cola Report for recount2:SRP041471

Date: 2019-12-26 00:09:05 CET, cola version: 1.3.2

Document is loading...


Summary

All available functions which can be applied to this res_list object:

res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#>   Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#>   Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#>  [1] "cola_report"           "collect_classes"       "collect_plots"         "collect_stats"        
#>  [5] "colnames"              "functional_enrichment" "get_anno_col"          "get_anno"             
#>  [9] "get_classes"           "get_matrix"            "get_membership"        "get_stats"            
#> [13] "is_best_k"             "is_stable_k"           "ncol"                  "nrow"                 
#> [17] "rownames"              "show"                  "suggest_best_k"        "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap"      "top_rows_overlap"     
#> 
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]

The call of run_all_consensus_partition_methods() was:

#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)

Dimension of the input matrix:

mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 12310   313

Density distribution

The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.

library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
    mc.cores = 4)

plot of chunk density-heatmap

Suggest the best k

Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in the table goes to the section for a single combination of methods.

The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.

suggest_best_k(res_list)
The best k 1-PAC Mean silhouette Concordance Optional k
SD:hclust 2 1.000 0.999 1.000 **
SD:skmeans 3 1.000 0.994 0.995 ** 2
SD:pam 6 1.000 0.987 0.989 ** 3,4,5
CV:hclust 2 1.000 0.994 0.998 **
CV:kmeans 2 1.000 0.984 0.979 **
CV:skmeans 3 1.000 1.000 1.000 **
MAD:hclust 2 1.000 0.995 0.997 **
MAD:pam 6 1.000 0.978 0.986 ** 2,3,4,5
ATC:hclust 2 1.000 0.997 0.999 **
ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 **
ATC:pam 3 1.000 0.998 0.999 ** 2
ATC:mclust 2 1.000 0.997 0.999 **
ATC:NMF 3 1.000 0.973 0.986 **
ATC:skmeans 4 0.975 0.987 0.990 ** 2,3
CV:pam 6 0.973 0.934 0.966 ** 2,3,4,5
SD:NMF 3 0.968 0.926 0.968 **
MAD:NMF 3 0.964 0.949 0.975 **
CV:NMF 3 0.963 0.924 0.971 **
SD:mclust 3 0.948 0.891 0.960 *
MAD:skmeans 3 0.931 0.966 0.977 * 2
MAD:mclust 3 0.899 0.921 0.969
SD:kmeans 3 0.715 0.943 0.895
MAD:kmeans 2 0.659 0.957 0.947
CV:mclust 3 0.657 0.783 0.906

**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9

CDF of consensus matrices

Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.

collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)

plot of chunk collect-plots

Consensus heatmap

Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-5

Membership heatmap

Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-5

Signature heatmap

Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)

Note in following heatmaps, rows are scaled.

collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-5

Statistics table

The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)

get_stats(res_list, k = 2)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      2 0.400           0.661       0.796          0.428 0.625   0.625
#> CV:NMF      2 0.312           0.762       0.778          0.428 0.589   0.589
#> MAD:NMF     2 0.694           0.831       0.927          0.487 0.505   0.505
#> ATC:NMF     2 0.801           0.914       0.958          0.494 0.502   0.502
#> SD:skmeans  2 1.000           0.992       0.997          0.499 0.501   0.501
#> CV:skmeans  2 0.846           0.962       0.979          0.408 0.576   0.576
#> MAD:skmeans 2 1.000           0.993       0.998          0.499 0.501   0.501
#> ATC:skmeans 2 1.000           1.000       1.000          0.420 0.581   0.581
#> SD:mclust   2 0.868           0.964       0.981          0.464 0.526   0.526
#> CV:mclust   2 0.732           0.903       0.953          0.410 0.573   0.573
#> MAD:mclust  2 0.713           0.901       0.944          0.436 0.529   0.529
#> ATC:mclust  2 1.000           0.997       0.999          0.350 0.652   0.652
#> SD:kmeans   2 0.336           0.852       0.832          0.440 0.501   0.501
#> CV:kmeans   2 1.000           0.984       0.979          0.339 0.662   0.662
#> MAD:kmeans  2 0.659           0.957       0.947          0.475 0.502   0.502
#> ATC:kmeans  2 1.000           1.000       1.000          0.342 0.659   0.659
#> SD:pam      2 0.531           0.758       0.890          0.420 0.581   0.581
#> CV:pam      2 1.000           1.000       1.000          0.338 0.662   0.662
#> MAD:pam     2 1.000           1.000       1.000          0.499 0.502   0.502
#> ATC:pam     2 1.000           1.000       1.000          0.342 0.659   0.659
#> SD:hclust   2 1.000           0.999       1.000          0.499 0.502   0.502
#> CV:hclust   2 1.000           0.994       0.998          0.339 0.662   0.662
#> MAD:hclust  2 1.000           0.995       0.997          0.498 0.502   0.502
#> ATC:hclust  2 1.000           0.997       0.999          0.342 0.659   0.659
get_stats(res_list, k = 3)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      3 0.968           0.926       0.968         0.5264 0.639   0.454
#> CV:NMF      3 0.963           0.924       0.971         0.5221 0.756   0.588
#> MAD:NMF     3 0.964           0.949       0.975         0.3482 0.773   0.575
#> ATC:NMF     3 1.000           0.973       0.986         0.2811 0.797   0.619
#> SD:skmeans  3 1.000           0.994       0.995         0.2812 0.856   0.713
#> CV:skmeans  3 1.000           1.000       1.000         0.5663 0.703   0.519
#> MAD:skmeans 3 0.931           0.966       0.977         0.2813 0.856   0.713
#> ATC:skmeans 3 1.000           0.999       0.999         0.5829 0.755   0.579
#> SD:mclust   3 0.948           0.891       0.960         0.3894 0.677   0.462
#> CV:mclust   3 0.657           0.783       0.906         0.5512 0.704   0.519
#> MAD:mclust  3 0.899           0.921       0.969         0.4739 0.728   0.531
#> ATC:mclust  3 0.899           0.965       0.983         0.7705 0.733   0.590
#> SD:kmeans   3 0.715           0.943       0.895         0.3864 0.852   0.707
#> CV:kmeans   3 0.654           0.935       0.899         0.6943 0.700   0.547
#> MAD:kmeans  3 0.727           0.918       0.855         0.2813 0.859   0.720
#> ATC:kmeans  3 0.653           0.842       0.910         0.6898 0.749   0.619
#> SD:pam      3 1.000           1.000       1.000         0.5239 0.702   0.519
#> CV:pam      3 1.000           0.999       0.999         0.8879 0.699   0.546
#> MAD:pam     3 1.000           0.999       1.000         0.2802 0.860   0.721
#> ATC:pam     3 1.000           0.998       0.999         0.8634 0.705   0.552
#> SD:hclust   3 0.859           0.989       0.954         0.2427 0.859   0.720
#> CV:hclust   3 0.610           0.686       0.840         0.4327 0.985   0.977
#> MAD:hclust  3 0.859           0.982       0.883         0.1581 0.859   0.720
#> ATC:hclust  3 0.978           0.985       0.990         0.0361 0.990   0.985
get_stats(res_list, k = 4)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      4 0.773           0.817       0.886       0.092503 0.929   0.794
#> CV:NMF      4 0.777           0.809       0.896       0.109451 0.855   0.625
#> MAD:NMF     4 0.864           0.884       0.920       0.082268 0.924   0.781
#> ATC:NMF     4 0.748           0.870       0.893       0.138872 0.837   0.598
#> SD:skmeans  4 0.869           0.810       0.895       0.084500 0.952   0.867
#> CV:skmeans  4 0.877           0.890       0.880       0.076493 0.963   0.898
#> MAD:skmeans 4 0.869           0.916       0.904       0.082064 0.948   0.855
#> ATC:skmeans 4 0.975           0.987       0.990       0.054875 0.967   0.902
#> SD:mclust   4 0.742           0.759       0.850       0.118275 0.785   0.476
#> CV:mclust   4 0.711           0.697       0.807       0.141001 0.824   0.553
#> MAD:mclust  4 0.742           0.771       0.865       0.100551 0.944   0.846
#> ATC:mclust  4 0.754           0.947       0.954       0.112911 0.900   0.749
#> SD:kmeans   4 0.751           0.869       0.865       0.123261 1.000   1.000
#> CV:kmeans   4 0.671           0.762       0.855       0.181146 0.997   0.992
#> MAD:kmeans  4 0.603           0.835       0.811       0.115586 1.000   1.000
#> ATC:kmeans  4 0.701           0.722       0.865       0.163480 0.873   0.716
#> SD:pam      4 1.000           1.000       1.000       0.065448 0.958   0.884
#> CV:pam      4 1.000           0.999       0.999       0.066436 0.958   0.883
#> MAD:pam     4 1.000           0.999       1.000       0.066434 0.958   0.883
#> ATC:pam     4 0.930           0.892       0.917       0.052139 1.000   1.000
#> SD:hclust   4 0.950           0.984       0.991       0.051019 0.994   0.984
#> CV:hclust   4 0.609           0.917       0.838       0.057461 0.700   0.541
#> MAD:hclust  4 0.860           0.986       0.944       0.091141 0.994   0.984
#> ATC:hclust  4 0.979           0.979       0.990       0.000229 1.000   1.000
get_stats(res_list, k = 5)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      5 0.793           0.832       0.854       0.084892 0.872   0.587
#> CV:NMF      5 0.894           0.893       0.923       0.072561 0.901   0.664
#> MAD:NMF     5 0.765           0.783       0.832       0.086346 0.869   0.578
#> ATC:NMF     5 0.754           0.798       0.853       0.085366 0.870   0.579
#> SD:skmeans  5 0.790           0.823       0.877       0.087731 0.922   0.759
#> CV:skmeans  5 0.866           0.892       0.928       0.081892 0.943   0.824
#> MAD:skmeans 5 0.779           0.758       0.857       0.088730 0.947   0.829
#> ATC:skmeans 5 0.878           0.948       0.945       0.096869 0.924   0.749
#> SD:mclust   5 0.782           0.826       0.880       0.052305 0.864   0.581
#> CV:mclust   5 0.684           0.641       0.787       0.064992 0.852   0.519
#> MAD:mclust  5 0.807           0.851       0.881       0.061761 0.948   0.834
#> ATC:mclust  5 0.863           0.932       0.958       0.087656 0.902   0.702
#> SD:kmeans   5 0.713           0.731       0.776       0.080145 0.947   0.853
#> CV:kmeans   5 0.704           0.745       0.801       0.075315 0.947   0.852
#> MAD:kmeans  5 0.614           0.643       0.742       0.073972 0.909   0.747
#> ATC:kmeans  5 0.634           0.692       0.758       0.083051 0.955   0.877
#> SD:pam      5 0.954           0.975       0.979       0.085573 0.945   0.829
#> CV:pam      5 0.984           0.945       0.979       0.103037 0.929   0.780
#> MAD:pam     5 0.907           0.961       0.971       0.090263 0.943   0.822
#> ATC:pam     5 0.839           0.858       0.873       0.087756 0.865   0.641
#> SD:hclust   5 0.950           0.977       0.991       0.000128 1.000   1.000
#> CV:hclust   5 0.686           0.934       0.951       0.209731 0.994   0.984
#> MAD:hclust  5 1.000           0.978       0.988       0.028670 1.000   1.000
#> ATC:hclust  5 0.638           0.925       0.853       0.542882 0.706   0.547
get_stats(res_list, k = 6)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      6 0.841           0.827       0.879        0.03928 0.974   0.880
#> CV:NMF      6 0.874           0.863       0.910        0.03097 0.995   0.976
#> MAD:NMF     6 0.825           0.795       0.849        0.04085 0.958   0.810
#> ATC:NMF     6 0.772           0.827       0.834        0.03416 0.942   0.736
#> SD:skmeans  6 0.798           0.695       0.778        0.05158 0.923   0.717
#> CV:skmeans  6 0.842           0.797       0.832        0.05054 1.000   1.000
#> MAD:skmeans 6 0.778           0.703       0.772        0.04985 0.997   0.989
#> ATC:skmeans 6 0.838           0.831       0.840        0.04788 0.960   0.823
#> SD:mclust   6 0.859           0.899       0.887        0.04469 0.927   0.721
#> CV:mclust   6 0.771           0.770       0.828        0.03925 0.889   0.564
#> MAD:mclust  6 0.856           0.650       0.711        0.05004 0.831   0.485
#> ATC:mclust  6 0.899           0.947       0.959        0.02144 0.983   0.933
#> SD:kmeans   6 0.705           0.684       0.728        0.04074 0.948   0.830
#> CV:kmeans   6 0.695           0.551       0.635        0.05729 0.898   0.698
#> MAD:kmeans  6 0.686           0.655       0.712        0.05019 0.921   0.743
#> ATC:kmeans  6 0.672           0.571       0.655        0.04771 0.892   0.684
#> SD:pam      6 1.000           0.987       0.989        0.02864 0.977   0.913
#> CV:pam      6 0.973           0.934       0.966        0.02574 0.980   0.922
#> MAD:pam     6 1.000           0.978       0.986        0.02643 0.977   0.913
#> ATC:pam     6 0.961           0.961       0.957        0.04614 0.989   0.955
#> SD:hclust   6 0.936           0.918       0.960        0.03251 1.000   1.000
#> CV:hclust   6 0.682           0.932       0.951        0.00248 0.999   0.996
#> MAD:hclust  6 0.876           0.918       0.944        0.04572 0.999   0.996
#> ATC:hclust  6 0.871           0.897       0.949        0.17994 0.979   0.942

Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.

collect_stats(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-1

collect_stats(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-2

collect_stats(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-3

collect_stats(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-4

collect_stats(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-5

Partition from all methods

Collect partitions from all methods:

collect_classes(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-1

collect_classes(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-2

collect_classes(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-3

collect_classes(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-4

collect_classes(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-5

Top rows overlap

Overlap of top rows from different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-5

Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-5

Heatmaps of the top rows:

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-1

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-2

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-3

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-4

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-5

Results for each method


SD:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.999       1.000       0.498950 0.502   0.502
#> 3 3 0.859           0.989       0.954       0.242739 0.859   0.720
#> 4 4 0.950           0.984       0.991       0.051019 0.994   0.984
#> 5 5 0.950           0.977       0.991       0.000128 1.000   1.000
#> 6 6 0.936           0.918       0.960       0.032513 1.000   1.000

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR1264085     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.4690      0.889 0.100 0.900
#> SRR1264091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR1264098     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264253     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264254     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264255     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264256     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264257     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264258     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264259     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264260     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264261     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264262     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264263     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264264     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264265     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264266     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264267     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264268     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264269     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264270     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264271     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264272     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264273     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264274     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264275     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264276     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264277     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264278     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264279     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264280     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264281     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264282     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264283     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264284     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264285     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264286     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264287     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264288     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264289     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264290     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264291     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264292     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264293     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264294     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264295     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264296     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264297     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264325     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264326     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264327     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264328     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264329     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264330     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264331     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264332     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264333     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264334     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264335     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264336     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264337     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264338     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264339     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264340     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264341     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264342     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264343     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264344     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264345     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264346     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264347     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264348     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264349     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264350     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264351     2  0.0000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264352     2  0.0000      0.999 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2   p3
#> SRR1264040     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264041     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264042     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264043     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264044     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264045     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264046     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264047     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264048     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264049     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264050     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264051     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264052     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264053     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264054     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264055     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264056     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264057     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264058     1   0.288      0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264059     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264060     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264061     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264062     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264063     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264064     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264065     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264066     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264067     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264068     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264069     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264070     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264071     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264072     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264073     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264074     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264075     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264076     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264077     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264078     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264079     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264080     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264081     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264082     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264083     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264084     1   0.435      0.853 0.816 0.184 0.00
#> SRR1264085     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264086     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264087     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264088     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264089     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264090     2   0.254      0.878 0.000 0.920 0.08
#> SRR1264091     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264092     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264093     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264094     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264095     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264096     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264097     1   0.435      0.853 0.816 0.184 0.00
#> SRR1264098     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264099     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264100     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264101     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264102     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264103     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264104     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264105     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264106     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264107     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264108     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264109     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264110     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264111     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264112     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264113     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264114     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264115     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264116     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264117     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264118     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264119     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264120     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264121     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264122     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264123     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264124     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264125     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264126     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264127     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264128     2   0.429      0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264129     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264130     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264131     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264132     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264133     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264134     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264135     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264136     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264137     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264138     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264139     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264140     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264141     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264142     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264143     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264144     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264145     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264146     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264147     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264148     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264149     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264150     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264151     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264152     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264153     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264154     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264155     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264156     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264157     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264158     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264159     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264160     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264161     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264162     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264163     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264164     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264165     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264166     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264167     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264168     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264169     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264170     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264171     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264172     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264173     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264174     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264175     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264176     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264177     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264178     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264179     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264180     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264181     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264182     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264183     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264184     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264185     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264186     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264187     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264188     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264189     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264190     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264191     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264192     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264193     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264194     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264195     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264196     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264197     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264198     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264199     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264200     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264201     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264202     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264203     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264204     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264205     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264206     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264207     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264208     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264209     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264210     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264211     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264212     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264213     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264214     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264215     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264216     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264217     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264218     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264219     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264220     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264221     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264222     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264223     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264224     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264225     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264226     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264227     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264228     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264229     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264230     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264231     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264232     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264233     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264234     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264235     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264236     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264237     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264238     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264239     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264240     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264241     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264242     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264243     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264244     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264245     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264246     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264247     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264248     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264249     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264250     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264251     1   0.000      0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264252     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264253     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264254     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264255     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264256     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264257     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264258     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264259     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264260     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264261     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264262     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264263     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264264     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264265     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264266     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264267     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264268     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264269     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264270     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264271     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264272     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264273     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264274     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264275     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264276     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264277     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264278     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264279     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264280     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264281     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264282     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264283     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264284     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264285     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264286     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264287     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264288     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264289     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264290     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264291     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264292     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264293     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264294     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264295     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264296     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264297     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264298     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264299     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264300     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264301     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264302     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264303     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264304     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264305     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264306     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264307     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264308     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264309     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264310     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264311     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264312     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264313     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264314     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264315     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264316     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264317     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264318     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264319     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264320     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264321     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264322     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264323     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264324     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264325     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264326     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264327     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264328     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264329     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264330     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264331     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264332     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264333     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264334     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264335     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264336     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264337     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264338     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264339     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264340     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264341     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264342     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264343     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264344     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264345     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264346     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264347     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264348     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264349     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264350     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264351     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264352     3   0.000      1.000 0.000 0.000 1.00

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1  p2 p3    p4
#> SRR1264040     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264041     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264042     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264043     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264044     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264045     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264046     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264047     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264048     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264049     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264050     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264051     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264052     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264053     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264054     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264055     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264056     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264057     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264058     1   0.287      0.863 0.864 0.0  0 0.136
#> SRR1264059     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264084     4   0.000      1.000 0.000 0.0  0 1.000
#> SRR1264085     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264090     2   0.234      0.882 0.000 0.9  0 0.100
#> SRR1264091     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264097     4   0.000      1.000 0.000 0.0  0 1.000
#> SRR1264098     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000
#> SRR1264252     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264253     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264254     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264255     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264256     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264257     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264258     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264259     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264260     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264261     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264262     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264263     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264264     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264265     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264266     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264267     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264268     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264269     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264270     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264271     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264272     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264273     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264274     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264275     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264276     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264277     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264278     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264279     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264280     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264281     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264282     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264283     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264284     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264285     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264286     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264287     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264288     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264289     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264290     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264291     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264292     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264293     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264294     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264295     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264296     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264297     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264298     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264299     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264300     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264301     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264302     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264303     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264304     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264305     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264306     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264307     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264308     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264309     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264310     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264311     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264312     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264313     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264314     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264315     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264316     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264317     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264318     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264319     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264320     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264321     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264322     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264323     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264324     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264325     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264326     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264327     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264328     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264329     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264330     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264331     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264332     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264333     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264334     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264335     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264336     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264337     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264338     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264339     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264340     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264341     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264342     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264343     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264344     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264345     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264346     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264347     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264348     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264349     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264350     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264351     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000
#> SRR1264352     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1  p2 p3    p4    p5
#> SRR1264040     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264041     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264042     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264043     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264044     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264045     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264046     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264047     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264048     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264049     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264050     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264051     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264052     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264053     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264054     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264055     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264056     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264057     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264058     1   0.247      0.863 0.864 0.0  0 0.136 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264084     5   0.213      0.000 0.000 0.0  0 0.108 0.892
#> SRR1264085     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264090     2   0.245      0.886 0.000 0.9  0 0.048 0.052
#> SRR1264091     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264097     4   0.213      0.000 0.000 0.0  0 0.892 0.108
#> SRR1264098     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.998 0.000 1.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      0.981 1.000 0.0  0 0.000 0.000
#> SRR1264252     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264253     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264254     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264255     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264256     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264257     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264258     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264259     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264260     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264261     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264262     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264263     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264264     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264265     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264266     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264267     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264268     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264269     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264270     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264271     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264272     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264273     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264274     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264275     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264276     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264277     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264278     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264279     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264280     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264281     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264282     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264283     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264284     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264285     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264286     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264287     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264288     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264289     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264290     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264291     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264292     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264293     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264294     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264295     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264296     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264297     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264298     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264299     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264300     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264301     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264302     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264303     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264304     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264305     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264306     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264307     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264308     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264309     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264310     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264311     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264312     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264313     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264314     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264315     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264316     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264317     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264318     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264319     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264320     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264321     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264322     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264323     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264324     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264325     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264326     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264327     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264328     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264329     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264330     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264331     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264332     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264333     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264334     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264335     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264336     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264337     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264338     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264339     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264340     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264341     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264342     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264343     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264344     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264345     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264346     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264347     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264348     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264349     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264350     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264351     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000
#> SRR1264352     3   0.000      1.000 0.000 0.0  1 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4    p5 p6
#> SRR1264040     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264041     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264042     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264043     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264044     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264045     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264046     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264047     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264048     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264049     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264050     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264051     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264052     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264053     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264054     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264055     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264056     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264057     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264058     1  0.3789      0.443 0.584 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264059     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264060     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264061     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264062     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264063     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264064     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264065     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264066     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264067     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264068     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264069     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264070     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264071     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264072     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264073     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264074     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264075     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264076     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264077     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264078     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264079     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264080     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264081     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264082     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264083     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264084     5  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000  0 1.000 NA
#> SRR1264085     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264086     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264087     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264088     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264089     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264090     2  0.5238      0.239 0.000 0.560 0.004  0 0.096 NA
#> SRR1264091     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264092     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264093     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264094     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264095     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264096     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264097     3  0.0000      0.000 0.000 0.000 1.000  0 0.000 NA
#> SRR1264098     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264099     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264100     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264101     2  0.0632      0.969 0.000 0.976 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264102     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264103     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264104     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264105     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264106     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264107     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264108     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264109     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264110     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264111     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264112     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264113     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264114     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264115     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264116     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264117     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264118     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264119     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264120     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264121     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264122     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264123     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264124     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264125     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264126     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264127     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264128     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264129     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264130     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264131     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264132     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264133     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264134     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264135     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264136     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264137     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264138     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264139     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264140     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264141     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264142     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264143     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264144     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264145     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264146     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264147     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264148     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264149     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264150     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264151     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264152     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264153     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264154     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264155     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264156     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264157     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264158     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264159     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264160     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264161     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264162     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264163     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264164     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264165     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264166     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264167     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264168     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264169     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264170     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264171     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264172     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264173     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264174     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264175     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264176     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264177     1  0.2631      0.815 0.820 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264178     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264179     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264180     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264181     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264182     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264183     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264184     1  0.2631      0.816 0.820 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264185     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264186     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264187     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264188     1  0.2631      0.815 0.820 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264189     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264190     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264191     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264192     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264193     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264194     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264195     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264196     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264197     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264198     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264199     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264200     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264201     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264202     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264203     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264204     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264205     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264206     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264207     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264208     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264209     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264210     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264211     1  0.0865      0.912 0.964 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264212     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264213     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264214     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264215     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264216     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264217     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264218     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264219     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264220     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264221     1  0.3023      0.722 0.768 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264222     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264223     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264224     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264225     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264226     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264227     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264228     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264229     1  0.0000      0.913 1.000 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264230     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264231     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264232     1  0.3101      0.711 0.756 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264233     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264234     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264235     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264236     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264237     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264238     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264239     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264240     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264241     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264242     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264243     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264244     1  0.3101      0.711 0.756 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264245     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264246     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264247     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264248     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264249     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264250     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264251     1  0.1075      0.910 0.952 0.000 0.000  0 0.000 NA
#> SRR1264252     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264253     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264254     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264255     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264256     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264257     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264258     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264259     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264260     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264261     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264262     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264263     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264264     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264265     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264266     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264267     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264268     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264269     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264270     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264271     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264272     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264273     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264274     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264275     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264276     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264277     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264278     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264279     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264280     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264281     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264282     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264283     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264284     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264285     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264286     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264287     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264288     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264289     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264290     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264291     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264292     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264293     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264294     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264295     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264296     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264297     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264298     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264299     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264300     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264301     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264302     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264303     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264304     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264305     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264306     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264307     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264308     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264309     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264310     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264311     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264312     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264313     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264314     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264315     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264316     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264317     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264318     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264319     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264320     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264321     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264322     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264323     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264324     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264325     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264326     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264327     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264328     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264329     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264330     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264331     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264332     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264333     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264334     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264335     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264336     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264337     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264338     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264339     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264340     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264341     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264342     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264343     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264344     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264345     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264346     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264347     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264348     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264349     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264350     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264351     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA
#> SRR1264352     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1 0.000 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:kmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.336           0.852       0.832         0.4396 0.501   0.501
#> 3 3 0.715           0.943       0.895         0.3864 0.852   0.707
#> 4 4 0.751           0.869       0.865         0.1233 1.000   1.000
#> 5 5 0.713           0.731       0.776         0.0801 0.947   0.853
#> 6 6 0.705           0.684       0.728         0.0407 0.948   0.830

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264041     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264042     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264043     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264044     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264045     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264046     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264047     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264048     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264049     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264050     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264051     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264052     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264053     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264054     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264055     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264056     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264057     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264058     1  0.0672      0.981 0.992 0.008
#> SRR1264059     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264060     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264061     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264062     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264063     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264064     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264065     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264066     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264067     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264068     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264069     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264070     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264071     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264072     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264073     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264074     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264075     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264076     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264077     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264078     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264079     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264080     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264081     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264082     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264083     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264084     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264086     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264087     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264088     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264089     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264090     2  0.7602      0.776 0.220 0.780
#> SRR1264091     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264092     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264093     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264094     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264095     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264096     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264097     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264099     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264100     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264101     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264102     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264103     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264104     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264105     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264106     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264107     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264108     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264109     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264110     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264111     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264112     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264113     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264114     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264115     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264116     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264117     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264118     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264119     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264120     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264121     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264122     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264123     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264124     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264125     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264126     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264127     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264128     2  0.4690      0.773 0.100 0.900
#> SRR1264129     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.990 1.000 0.000
#> SRR1264252     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264253     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264254     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264255     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264256     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264257     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264258     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264259     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264260     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264261     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264262     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264263     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264264     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264265     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264266     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264267     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264268     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264269     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264270     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264271     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264272     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264273     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264274     2  0.9686      0.722 0.396 0.604
#> SRR1264275     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264276     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264277     1  0.9970     -0.350 0.532 0.468
#> SRR1264278     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264279     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264280     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264281     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264282     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264283     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264284     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264285     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264286     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264287     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264288     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264289     1  0.9896     -0.247 0.560 0.440
#> SRR1264290     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264291     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264292     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264293     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264294     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264295     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264296     2  0.9754      0.662 0.408 0.592
#> SRR1264297     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264298     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264299     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264300     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264301     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264302     2  0.7883      0.774 0.236 0.764
#> SRR1264303     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264304     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264305     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264306     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264307     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264308     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264309     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264310     2  0.7883      0.774 0.236 0.764
#> SRR1264311     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264312     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264313     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264314     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264315     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264316     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264317     2  0.7883      0.774 0.236 0.764
#> SRR1264318     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264319     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264320     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264321     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264322     2  0.7883      0.774 0.236 0.764
#> SRR1264323     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264324     2  0.7674      0.777 0.224 0.776
#> SRR1264325     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264326     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264327     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264328     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264329     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264330     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264331     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264332     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264333     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264334     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264335     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264336     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264337     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264338     2  0.9323      0.738 0.348 0.652
#> SRR1264339     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264340     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264341     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264342     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264343     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264344     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264345     2  0.9323      0.738 0.348 0.652
#> SRR1264346     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264347     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264348     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264349     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264350     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264351     2  0.9248      0.745 0.340 0.660
#> SRR1264352     2  0.9248      0.745 0.340 0.660

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264041     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264042     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264043     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264044     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264045     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264046     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264047     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264048     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264049     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264050     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264051     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264052     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264053     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264054     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264055     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264056     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264057     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264058     1  0.4861      0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264059     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264060     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264061     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264062     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264063     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264064     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264065     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264066     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264067     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264068     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264069     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264070     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264071     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264072     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264073     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264074     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264075     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264076     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264077     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264078     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264079     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264080     2  0.1129      0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264081     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264082     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264083     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264084     1  0.5461      0.828 0.768 0.016 0.216
#> SRR1264085     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264086     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264087     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264088     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264089     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264090     2  0.3752      0.876 0.020 0.884 0.096
#> SRR1264091     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264092     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264093     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264094     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264095     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264096     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264097     1  0.5315      0.832 0.772 0.012 0.216
#> SRR1264098     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264099     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264100     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264101     2  0.2200      0.937 0.004 0.940 0.056
#> SRR1264102     2  0.0983      0.976 0.004 0.980 0.016
#> SRR1264103     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264104     2  0.1129      0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264105     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264106     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264107     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264108     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264109     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264110     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264111     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264112     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264113     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264114     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264115     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264116     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264117     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264118     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264119     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264120     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264121     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264122     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264123     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264124     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264125     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264126     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264127     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264128     2  0.0829      0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264129     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264130     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264131     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264132     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264133     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264134     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264135     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264136     1  0.1289      0.954 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264137     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264138     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264139     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264140     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264141     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264142     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264143     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264144     1  0.1163      0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264145     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264170     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264171     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264172     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264173     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264174     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264175     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264176     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264177     1  0.1411      0.956 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264178     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264179     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264180     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264181     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264182     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264183     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264184     1  0.2356      0.948 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264185     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264186     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264187     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264188     1  0.1289      0.956 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264189     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264190     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264191     1  0.1643      0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264192     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264193     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264194     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264195     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264196     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264197     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264198     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264199     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264200     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264201     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264202     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264203     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264204     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264205     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264206     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264207     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264208     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264209     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264210     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264211     1  0.1031      0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264212     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264213     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264214     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264215     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264216     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264217     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264218     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264219     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264220     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264221     1  0.2625      0.933 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264222     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264223     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264224     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264225     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264226     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264227     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264228     1  0.1529      0.952 0.960 0.000 0.040
#> SRR1264229     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264230     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264231     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264232     1  0.1163      0.957 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264233     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264234     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264235     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264236     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264237     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264238     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264239     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264240     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264241     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264242     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264243     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264244     1  0.1163      0.957 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264245     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264246     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264247     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264248     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264249     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264250     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264251     1  0.1289      0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264252     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264253     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264254     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264255     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264256     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264257     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264258     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264259     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264260     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264261     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264262     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264263     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264264     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264265     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264266     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264267     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264268     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264269     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264270     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264271     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264272     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264273     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264274     3  0.8063      0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264275     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264276     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264277     3  0.5663      0.812 0.096 0.096 0.808
#> SRR1264278     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264279     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264280     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264281     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264282     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264283     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264284     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264285     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264286     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264287     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264288     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264289     3  0.5505      0.802 0.096 0.088 0.816
#> SRR1264290     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264291     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264292     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264293     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264294     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264295     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264296     3  0.6585      0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264297     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264298     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264299     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264300     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264301     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264302     3  0.6264      0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264303     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264304     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264305     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264306     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264307     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264308     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264309     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264310     3  0.6264      0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264311     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264312     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264313     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264314     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264315     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264316     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264317     3  0.6264      0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264318     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264319     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264320     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264321     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264322     3  0.6264      0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264323     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264324     3  0.6303      0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264325     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264326     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264327     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264328     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264329     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264330     3  0.6847      0.939 0.060 0.232 0.708
#> SRR1264331     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264332     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264333     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264334     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264335     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264336     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264337     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264338     3  0.6806      0.938 0.060 0.228 0.712
#> SRR1264339     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264340     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264341     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264342     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264343     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264344     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264345     3  0.6806      0.938 0.060 0.228 0.712
#> SRR1264346     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264347     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264348     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264349     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264350     3  0.6796      0.940 0.056 0.236 0.708
#> SRR1264351     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264352     3  0.6875      0.940 0.056 0.244 0.700

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264041     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264042     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264043     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264044     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264045     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264046     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264047     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264048     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264049     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264050     1   0.580      0.663 0.624 0.024 0.012 0.340
#> SRR1264051     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264052     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264053     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264054     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264055     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264056     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264057     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264058     1   0.579      0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264059     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264060     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264061     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264062     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264063     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264064     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264065     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264066     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264067     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264068     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264069     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264070     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264071     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264072     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264073     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264074     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264075     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264076     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264077     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264078     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264079     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264080     2   0.247      0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264081     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264082     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264083     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264084     1   0.592      0.534 0.512 0.036 0.000 0.452
#> SRR1264085     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264086     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264087     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264088     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264089     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264090     2   0.554      0.735 0.004 0.648 0.028 0.320
#> SRR1264091     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264092     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264093     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264094     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264095     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264096     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264097     1   0.591      0.556 0.528 0.036 0.000 0.436
#> SRR1264098     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264099     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264100     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264101     2   0.438      0.888 0.000 0.792 0.036 0.172
#> SRR1264102     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264103     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264104     2   0.357      0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264105     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264106     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264107     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264108     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264109     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264110     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264111     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264112     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264113     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264114     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264115     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264116     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264117     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264118     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264119     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264120     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264121     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264122     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264123     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264124     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264125     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264126     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264127     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264128     2   0.130      0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264129     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264130     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264131     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264132     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264133     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264134     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264135     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264136     1   0.112      0.877 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264137     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264138     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264139     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264140     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264141     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264142     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264143     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264144     1   0.102      0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264145     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264170     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264171     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264172     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264173     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264174     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264175     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264176     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264177     1   0.335      0.867 0.836 0.004 0.000 0.160
#> SRR1264178     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264179     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264180     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264181     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264182     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264183     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264184     1   0.377      0.859 0.808 0.008 0.000 0.184
#> SRR1264185     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264186     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264187     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264188     1   0.331      0.867 0.840 0.004 0.000 0.156
#> SRR1264189     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264190     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264191     1   0.375      0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264192     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264193     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264194     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264195     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264196     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264197     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264198     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264199     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264200     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264201     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264202     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264203     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264204     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264205     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264206     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264207     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264208     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264209     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264210     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264211     1   0.253      0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264212     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264213     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264214     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264215     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264216     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264217     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264218     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264219     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264220     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264221     1   0.292      0.847 0.876 0.008 0.000 0.116
#> SRR1264222     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264223     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264224     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264225     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264226     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264227     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264228     1   0.139      0.876 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264229     1   0.140      0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264230     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264231     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264232     1   0.354      0.860 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1264233     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264234     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264235     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264236     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264237     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264238     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264239     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264240     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264241     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264242     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264243     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264244     1   0.349      0.862 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1264245     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264246     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264247     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264248     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264249     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264250     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264251     1   0.399      0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264252     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264253     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264254     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264255     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264256     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264257     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264258     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264259     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264260     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264261     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264262     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264263     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264264     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264265     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264266     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264267     3   0.458      0.828 0.088 0.020 0.824 0.068
#> SRR1264268     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264269     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264270     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264271     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264272     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264273     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264274     3   0.439      0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264275     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264276     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264277     3   0.462      0.864 0.036 0.016 0.804 0.144
#> SRR1264278     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264279     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264280     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264281     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264282     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264283     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264284     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264285     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264286     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264287     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264288     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264289     3   0.462      0.864 0.036 0.016 0.804 0.144
#> SRR1264290     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264291     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264292     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264293     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264294     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264295     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264296     3   0.404      0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264297     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264298     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264299     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264300     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264301     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264302     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264303     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264304     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264305     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264306     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264307     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264308     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264309     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264310     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264311     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264312     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264313     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264314     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264315     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264316     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264317     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264318     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264319     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264320     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264321     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264322     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264323     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264324     3   0.457      0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264325     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264326     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264327     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264328     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264329     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264330     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264331     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264332     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264333     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264334     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264335     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264336     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264337     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264338     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264339     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264340     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264341     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264342     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264343     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264344     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264345     3   0.171      0.882 0.024 0.020 0.952 0.004
#> SRR1264346     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264347     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264348     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264349     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264350     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264351     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264352     3   0.152      0.883 0.024 0.020 0.956 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4    p5
#> SRR1264040     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264041     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264042     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264043     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264044     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264045     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264046     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264047     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264048     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264049     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264050     5  0.4545      0.956 0.432 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264051     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264052     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264053     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264054     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264055     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264056     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264057     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264058     5  0.4403      0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264059     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264060     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264061     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264062     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264063     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264064     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264065     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264066     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264067     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264068     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264069     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264070     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264071     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264072     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264073     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264074     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264075     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264076     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264077     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264078     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264079     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264080     2  0.2341      0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264081     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264082     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264083     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264084     5  0.5770      0.681 0.264 0.004 0.000 NA 0.612
#> SRR1264085     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264086     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264087     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264088     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264089     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264090     2  0.6659      0.408 0.000 0.436 0.012 NA 0.396
#> SRR1264091     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264092     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264093     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264094     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264095     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264096     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264097     5  0.5886      0.710 0.288 0.004 0.000 NA 0.588
#> SRR1264098     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264099     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264100     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264101     2  0.5667      0.771 0.000 0.672 0.016 NA 0.144
#> SRR1264102     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264103     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264104     2  0.3831      0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264105     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264106     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264107     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264108     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264109     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264110     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264111     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264112     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264113     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264114     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264115     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264116     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264117     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264118     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264119     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264120     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264121     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264122     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264123     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264124     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264125     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264126     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264127     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264128     2  0.0510      0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264129     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264130     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264131     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264132     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264133     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264134     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264135     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264136     1  0.2408      0.571 0.892 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264137     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264138     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264139     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264140     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264141     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264142     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264143     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264144     1  0.2305      0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264145     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264146     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264147     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264148     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264149     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264150     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264151     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264152     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264153     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264154     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264155     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264156     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264157     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264158     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264159     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264160     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264161     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264162     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264163     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264164     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264165     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264166     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264167     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264168     1  0.0324      0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264169     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264170     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264171     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264172     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264173     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264174     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264175     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264176     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264177     1  0.3983      0.598 0.660 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264178     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264179     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264180     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264181     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264182     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264183     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264184     1  0.5404      0.489 0.620 0.000 0.000 NA 0.088
#> SRR1264185     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264186     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264187     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264188     1  0.3983      0.598 0.660 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264189     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264190     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264191     1  0.4074      0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264192     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264193     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264194     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264195     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264196     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264197     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264198     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264199     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264200     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264201     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264202     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264203     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264204     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264205     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264206     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264207     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264208     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264209     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264210     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264211     1  0.3582      0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264212     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264213     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264214     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264215     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264216     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264217     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264218     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264219     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264220     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264221     1  0.4522      0.305 0.744 0.000 0.000 NA 0.176
#> SRR1264222     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264223     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264224     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264225     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264226     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264227     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264228     1  0.3090      0.556 0.860 0.004 0.000 NA 0.104
#> SRR1264229     1  0.2678      0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264230     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264231     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264232     1  0.4577      0.625 0.716 0.012 0.000 NA 0.028
#> SRR1264233     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264234     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264235     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264236     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264237     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264238     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264239     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264240     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264241     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264242     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264243     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264244     1  0.4342      0.631 0.724 0.012 0.000 NA 0.016
#> SRR1264245     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264246     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264247     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264248     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264249     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264250     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264251     1  0.5321      0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264252     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264253     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264254     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264255     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264256     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264257     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264258     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264259     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264260     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264261     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264262     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264263     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264264     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264265     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264266     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264267     3  0.5481      0.647 0.068 0.012 0.728 NA 0.040
#> SRR1264268     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264269     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264270     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264271     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264272     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264273     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264274     3  0.5254      0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264275     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264276     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264277     3  0.5002      0.749 0.000 0.000 0.708 NA 0.160
#> SRR1264278     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264279     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264280     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264281     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264282     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264283     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264284     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264285     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264286     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264287     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264288     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264289     3  0.5002      0.749 0.000 0.000 0.708 NA 0.160
#> SRR1264290     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264291     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264292     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264293     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264294     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264295     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264296     3  0.4926      0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264297     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264298     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264299     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264300     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264301     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264302     3  0.6101      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.216
#> SRR1264303     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264304     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264305     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264306     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264307     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264308     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264309     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264310     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264311     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264312     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264313     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264314     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264315     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264316     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264317     3  0.6101      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.216
#> SRR1264318     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264319     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264320     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264321     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264322     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264323     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264324     3  0.6095      0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264325     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264326     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264327     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264328     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264329     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264330     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264331     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264332     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264333     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264334     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264335     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264336     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264337     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264338     3  0.0451      0.780 0.000 0.004 0.988 NA 0.000
#> SRR1264339     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264340     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264341     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264342     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264343     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264344     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264345     3  0.0727      0.778 0.000 0.004 0.980 NA 0.004
#> SRR1264346     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264347     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264348     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264349     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264350     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264351     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264352     3  0.0162      0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264041     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264042     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264043     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264044     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264045     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264046     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264047     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264048     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264049     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264050     5  0.3804      0.948 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.008
#> SRR1264051     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264052     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264053     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264054     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264055     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264056     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264057     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264058     5  0.3789      0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264059     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264060     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264061     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264062     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264063     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264064     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264065     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264066     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264067     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264068     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264069     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264070     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264071     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264072     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264073     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264074     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264075     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264076     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264077     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264078     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264079     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264080     2  0.3278      0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264081     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264082     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264083     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264084     5  0.6519      0.597 0.148 0.012 0.000 0.096 0.584 0.160
#> SRR1264085     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264086     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264087     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264088     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264089     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264090     2  0.7412      0.264 0.000 0.336 0.000 0.144 0.328 0.192
#> SRR1264091     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264092     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264093     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264094     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264095     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264096     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264097     5  0.6524      0.621 0.168 0.012 0.000 0.088 0.580 0.152
#> SRR1264098     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264099     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264100     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264101     2  0.6873      0.577 0.000 0.504 0.000 0.144 0.148 0.204
#> SRR1264102     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264103     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264104     2  0.4738      0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264105     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0363      0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264130     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264131     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264132     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264133     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264134     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264135     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264136     1  0.3467      0.439 0.820 0.000 0.000 0.024 0.124 0.032
#> SRR1264137     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264138     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264139     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264140     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264141     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264142     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264143     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264144     1  0.3227      0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264145     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0363      0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264170     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264171     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264172     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264173     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264174     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264175     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264176     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264177     1  0.4238      0.532 0.540 0.000 0.000 0.016 0.000 0.444
#> SRR1264178     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264179     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264180     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264181     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264182     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264183     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264184     1  0.5520      0.480 0.540 0.000 0.000 0.036 0.060 0.364
#> SRR1264185     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264186     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264187     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264188     1  0.4161      0.532 0.540 0.000 0.000 0.012 0.000 0.448
#> SRR1264189     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264190     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264191     1  0.3828      0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264192     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264193     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264194     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264195     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264196     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264197     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264198     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264199     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264200     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264201     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264202     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264203     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264204     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264205     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264206     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264207     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264208     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264209     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264210     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264211     1  0.3791      0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264212     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264213     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264214     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264215     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264216     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264217     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264218     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264219     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264220     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264221     1  0.5479      0.236 0.660 0.000 0.004 0.040 0.184 0.112
#> SRR1264222     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264223     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264224     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264225     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264226     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264227     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264228     1  0.4278      0.408 0.772 0.000 0.004 0.036 0.136 0.052
#> SRR1264229     1  0.3908      0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264230     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264231     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264232     1  0.5275      0.540 0.624 0.000 0.000 0.064 0.036 0.276
#> SRR1264233     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264234     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264235     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264236     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264237     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264238     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264239     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264240     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264241     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264242     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264243     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264244     1  0.5456      0.532 0.604 0.000 0.000 0.076 0.036 0.284
#> SRR1264245     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264246     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264247     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264248     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264249     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264250     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264251     1  0.6063      0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264252     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264253     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264254     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264255     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264256     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264257     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264258     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264259     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264260     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264261     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264262     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264263     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264264     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264265     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264266     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264267     4  0.5761      0.724 0.028 0.012 0.256 0.624 0.012 0.068
#> SRR1264268     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264269     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264270     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264271     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264272     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264273     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264274     4  0.5955      0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264275     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264276     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264277     3  0.5968      0.582 0.004 0.000 0.596 0.216 0.144 0.040
#> SRR1264278     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264279     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264280     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264281     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264282     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264283     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264284     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264285     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264286     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264287     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264288     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264289     3  0.5968      0.582 0.004 0.000 0.596 0.216 0.144 0.040
#> SRR1264290     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264291     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264292     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264293     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264294     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264295     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264296     3  0.6127      0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264297     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0717      0.736 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264303     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0717      0.736 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264318     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0260      0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264326     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264327     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264328     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264329     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264330     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264331     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264332     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264333     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264334     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264335     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264336     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264337     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264338     4  0.4471      0.773 0.004 0.016 0.420 0.556 0.004 0.000
#> SRR1264339     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264340     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264341     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264342     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264343     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264344     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264345     4  0.4471      0.773 0.004 0.016 0.420 0.556 0.004 0.000
#> SRR1264346     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264347     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264348     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264349     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264350     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264351     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264352     4  0.4483      0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.992       0.997         0.4993 0.501   0.501
#> 3 3 1.000           0.994       0.995         0.2812 0.856   0.713
#> 4 4 0.869           0.810       0.895         0.0845 0.952   0.867
#> 5 5 0.790           0.823       0.877         0.0877 0.922   0.759
#> 6 6 0.798           0.695       0.778         0.0516 0.923   0.717

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264252     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264253     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264254     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264255     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264256     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264257     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264258     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264259     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264260     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264261     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264262     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264263     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264264     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264265     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264266     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264267     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264268     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264269     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264270     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264271     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264272     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264273     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264274     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264275     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264276     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264277     2  0.9323     0.4657 0.348 0.652
#> SRR1264278     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264279     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264280     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264281     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264282     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264283     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264284     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264285     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264286     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264287     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264288     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264289     1  0.9993     0.0535 0.516 0.484
#> SRR1264290     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264291     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264292     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264293     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264294     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264295     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264296     2  0.0672     0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264297     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264325     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264326     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264327     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264328     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264329     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264330     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264331     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264332     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264333     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264334     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264335     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264336     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264337     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264338     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264339     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264340     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264341     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264342     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264343     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264344     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264345     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264346     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264347     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264348     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264349     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264350     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264351     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264352     2  0.0000     0.9969 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264041     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264042     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264043     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264044     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264045     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264046     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264047     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264048     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264049     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264050     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264051     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264052     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264053     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264054     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264055     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264056     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264057     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264058     1  0.0424      0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.4784      0.749 0.796 0.200 0.004
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0237      0.996 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.3573      0.862 0.876 0.120 0.004
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264253     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264254     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264255     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264256     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264257     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264258     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264259     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264260     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264261     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264262     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264263     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264264     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264265     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264266     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264267     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264268     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264269     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264270     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264271     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264272     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264273     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264274     3  0.1031      0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264275     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264298     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264299     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264300     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264301     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264302     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264303     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264304     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264305     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264306     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264307     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264308     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264309     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264310     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264311     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264312     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264313     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264314     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264315     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264316     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264317     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264318     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264319     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264320     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264321     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264322     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264323     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264324     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264325     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264326     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264327     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264328     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264329     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264330     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264331     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264332     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264333     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264334     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264335     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264336     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264337     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264338     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264339     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264340     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264341     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264342     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264343     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264344     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264345     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264346     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264347     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264348     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264349     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264350     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264351     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264352     3  0.0424      0.994 0.000 0.008 0.992

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264041     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264042     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264043     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264044     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264045     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264046     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264047     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264048     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264049     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264050     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264051     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264052     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264053     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264054     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264055     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264056     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264057     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264058     1  0.3726      0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.5728      0.739 0.708 0.104 0.000 0.188
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.4949      0.799 0.760 0.060 0.000 0.180
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264130     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264131     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264132     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264133     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264134     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264135     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264136     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264137     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264138     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264139     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264140     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264141     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264142     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264143     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264144     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264145     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264170     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264171     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264172     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264173     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264174     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264175     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264176     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264177     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264178     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264179     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264180     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264181     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264182     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264183     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264184     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264185     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264186     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264187     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264188     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264189     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264190     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264191     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264192     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264193     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264194     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264195     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264196     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264197     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264198     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264199     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264200     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264201     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264202     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264203     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264204     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264205     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264206     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264207     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264208     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264209     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264210     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264211     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264212     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264213     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264214     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264215     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264216     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264217     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264218     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264219     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264220     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264221     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264222     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264223     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264224     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264225     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264226     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264227     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264228     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264229     1  0.0817      0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264230     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264231     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264232     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264233     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264234     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264235     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264236     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264237     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264238     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264239     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264240     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264241     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264242     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264243     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264244     1  0.0469      0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264245     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264246     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264247     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264248     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264249     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264250     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264251     1  0.2149      0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264252     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264253     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264254     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264255     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264256     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264257     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264258     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264259     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264260     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264261     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264262     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264263     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264264     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264265     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264266     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264267     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264268     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264269     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264270     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264271     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264272     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264273     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264274     3  0.4220      0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264275     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264276     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264277     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264278     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264279     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264280     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264281     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264282     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264283     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264284     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264285     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264286     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264287     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264288     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264289     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264290     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264291     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264292     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264293     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264294     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264295     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264296     4  0.4907      0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264297     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264298     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264299     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264300     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264301     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264302     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264303     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264304     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264305     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264306     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264307     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264308     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264309     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264310     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264311     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264312     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264313     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264314     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264315     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264316     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264317     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264318     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264319     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264320     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264321     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264322     4  0.5000      0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264323     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264324     3  0.5000     -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264325     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.618 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264041     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264042     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264043     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264044     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264045     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264046     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264047     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264048     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264049     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264050     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264051     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264052     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264053     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264054     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264055     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264056     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264057     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264058     5  0.3274      0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264059     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264082     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264083     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264084     5  0.3530      0.967 0.204 0.012 0.000 0.000 0.784
#> SRR1264085     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264086     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264087     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264088     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264089     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264090     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264091     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264092     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264093     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264094     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264095     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264096     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264097     5  0.3242      0.992 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1264098     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264099     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264100     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264101     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264102     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264103     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264104     2  0.0290      0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264130     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264131     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264132     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264133     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264134     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264135     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264136     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264137     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264138     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264139     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264140     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264141     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264142     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264143     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264144     1  0.3752      0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264145     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264146     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264147     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264148     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264149     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264150     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264151     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264152     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264153     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264154     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264155     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264156     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264157     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264158     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264159     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264160     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264161     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264162     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264163     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264164     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264165     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264166     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264167     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264168     1  0.2377      0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264169     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264170     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264171     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264172     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264173     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264174     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264175     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264176     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264177     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264178     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264179     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264180     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264181     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264182     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264183     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264184     1  0.0290      0.772 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264185     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264186     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264187     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264188     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264189     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264190     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264191     1  0.2017      0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264192     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264213     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264214     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264215     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264216     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264217     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264218     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264219     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264220     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264221     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264222     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264223     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264224     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264225     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264226     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264227     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264228     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264229     1  0.3796      0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264230     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264231     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264232     1  0.3039      0.708 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR1264233     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264234     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264235     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264236     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264237     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264238     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264239     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264240     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264241     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264242     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264243     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264244     1  0.3039      0.708 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR1264245     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264246     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264247     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264248     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264249     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264250     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264251     1  0.3649      0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264252     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264253     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264254     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264255     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264256     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264257     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264258     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264259     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264260     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264261     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264262     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264263     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264264     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264265     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264266     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264267     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264268     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264269     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264270     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264271     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264272     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264273     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264274     4  0.0404      0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264275     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264276     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264277     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264278     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264279     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264280     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264281     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264282     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264283     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264284     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264285     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264286     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264287     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264288     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264289     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264290     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264291     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264292     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264293     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264294     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264295     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264296     3  0.1341      0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264297     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264298     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264299     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264300     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264301     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264302     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264303     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264304     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264305     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264306     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264307     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264308     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264309     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264310     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264311     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264312     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264313     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264314     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264315     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264316     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264317     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264318     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264319     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264320     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264321     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264322     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264323     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264324     3  0.1430      0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264325     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264326     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264327     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264328     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264329     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264330     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264331     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264332     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264333     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264334     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264335     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264336     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264337     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264338     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264339     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264340     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264341     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264342     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264343     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264344     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264345     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264346     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264347     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264348     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264349     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264350     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264351     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264352     4  0.4576      0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> SRR1264040     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264041     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264042     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264043     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264044     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264045     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264046     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264047     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264048     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264049     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264050     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264051     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264052     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264053     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264054     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264055     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264056     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264057     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264058     5  0.0260      0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264059     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264060     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264061     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264062     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264063     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264064     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264065     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264066     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264067     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264068     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264069     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264070     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264071     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264072     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264073     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264074     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264075     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264076     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264077     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264078     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264079     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264080     2  0.0146      0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264081     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264082     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264083     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264084     5  0.1232      0.495 0.004 0.016 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR1264085     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264086     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264087     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264088     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264089     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264090     2  0.1327      0.963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264091     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264092     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264093     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264094     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264095     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264096     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264097     5  0.0806      0.511 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR1264098     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264099     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264100     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264101     2  0.1327      0.963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264102     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264103     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264104     2  0.1204      0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264105     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264130     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264131     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264132     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264133     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264134     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264135     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264136     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264137     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264138     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264139     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264140     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264141     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264142     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264143     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264144     5  0.6048      0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264145     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264146     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264147     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264148     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264149     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264150     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264151     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264152     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264153     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264154     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264155     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264156     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264157     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264158     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264159     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264160     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264161     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264162     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264163     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264164     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264165     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264166     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264167     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264168     1  0.5795      0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264169     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264170     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264171     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264172     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264173     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264174     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264175     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264176     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264177     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264178     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264179     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264180     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264181     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264182     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264183     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264184     1  0.5019      0.624 0.500 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR1264185     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264186     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264187     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264188     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264189     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264190     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264191     1  0.4371      0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264192     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264193     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264194     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264195     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264196     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264197     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264198     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264199     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264200     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264201     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264202     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264203     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264204     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264205     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264206     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264207     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264208     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264209     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264210     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264211     1  0.5050      0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264212     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264213     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264214     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264215     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264216     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264217     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264218     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264219     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264220     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264221     5  0.5955      0.458 0.232 0.000 0.000 0.000 0.436 NA
#> SRR1264222     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264223     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264224     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264225     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264226     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264227     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264228     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264229     5  0.6032      0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264230     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264231     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264232     1  0.0291      0.540 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1264233     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264234     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264235     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264236     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264237     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264238     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264239     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264240     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264241     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264242     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264243     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264244     1  0.0291      0.540 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1264245     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264246     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264247     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264248     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264249     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264250     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264251     1  0.0547      0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264252     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264253     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264254     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264255     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264256     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264257     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264258     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264259     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264260     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264261     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264262     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264263     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264264     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264265     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264266     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264267     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264268     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264269     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264270     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264271     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264272     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264273     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264274     4  0.0146      0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264275     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264276     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264277     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264278     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264279     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264280     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264281     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264282     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264283     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264284     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264285     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264286     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264287     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264288     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264289     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264290     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264291     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264292     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264293     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264294     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264295     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264296     3  0.2538      0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264297     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264298     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264299     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264300     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264301     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264302     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264303     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264304     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264305     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264306     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264307     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264308     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264309     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264310     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264311     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264312     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264313     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264314     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264315     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264316     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264317     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264318     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264319     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264320     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264321     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264322     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264323     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264324     3  0.2907      0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264325     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264326     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264327     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264328     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264329     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264330     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264331     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264332     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264333     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264334     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264335     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264336     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264337     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264338     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264339     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264340     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264341     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264342     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264343     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264344     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264345     4  0.5726      0.687 0.000 0.000 0.196 0.504 0.000 NA
#> SRR1264346     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264347     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264348     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264349     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264350     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264351     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264352     4  0.5747      0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.531           0.758       0.890         0.4196 0.581   0.581
#> 3 3 1.000           1.000       1.000         0.5239 0.702   0.519
#> 4 4 1.000           1.000       1.000         0.0654 0.958   0.884
#> 5 5 0.954           0.975       0.979         0.0856 0.945   0.829
#> 6 6 1.000           0.987       0.989         0.0286 0.977   0.913

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5

There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264084     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264090     2   0.373      0.821 0.072 0.928
#> SRR1264091     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264097     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.876 0.000 1.000
#> SRR1264129     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      0.848 1.000 0.000
#> SRR1264252     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264253     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264254     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264255     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264256     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264257     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264258     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264259     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264260     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264261     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264262     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264263     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264264     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264265     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264266     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264267     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264268     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264269     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264270     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264271     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264272     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264273     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264274     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264275     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264276     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264277     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264278     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264279     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264280     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264281     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264282     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264283     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264284     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264285     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264286     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264287     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264288     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264289     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264290     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264291     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264292     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264293     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264294     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264295     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264296     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264297     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264298     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264299     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264300     2   0.929      0.470 0.344 0.656
#> SRR1264301     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264302     1   0.993      0.295 0.548 0.452
#> SRR1264303     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264304     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264305     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264306     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264307     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264308     2   0.929      0.470 0.344 0.656
#> SRR1264309     2   0.929      0.470 0.344 0.656
#> SRR1264310     1   0.999      0.194 0.520 0.480
#> SRR1264311     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264312     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264313     2   0.925      0.478 0.340 0.660
#> SRR1264314     2   0.921      0.485 0.336 0.664
#> SRR1264315     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264316     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264317     1   0.994      0.281 0.544 0.456
#> SRR1264318     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264319     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264320     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264321     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264322     2   0.992      0.111 0.448 0.552
#> SRR1264323     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264324     2   0.932      0.462 0.348 0.652
#> SRR1264325     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264326     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264327     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264328     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264329     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264330     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264331     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264332     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264333     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264334     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264335     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264336     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264337     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264338     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264339     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264340     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264341     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264342     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264343     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264344     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264345     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264346     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264347     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264348     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264349     1   0.921      0.593 0.664 0.336
#> SRR1264350     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264351     1   0.917      0.599 0.668 0.332
#> SRR1264352     1   0.921      0.593 0.664 0.336

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1264040     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264084     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264090     2   0.175      0.950  0 0.952 0.048
#> SRR1264091     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264097     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.999  0 1.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264252     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264253     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264254     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264255     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264256     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264257     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264258     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264259     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264260     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264261     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264262     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264263     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264264     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264265     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264266     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264267     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264268     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264269     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264270     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264271     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264272     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264273     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264274     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264275     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264276     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264277     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264278     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264279     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264280     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264281     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264282     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264283     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264284     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264285     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264286     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264287     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264288     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264289     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264290     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264291     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264292     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264293     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264294     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264295     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264296     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264297     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264298     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264299     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264300     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264301     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264302     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264303     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264304     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264305     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264306     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264307     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264308     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264309     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264310     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264311     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264312     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264313     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264314     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264315     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264316     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264317     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264318     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264319     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264320     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264321     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264322     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264323     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264324     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264325     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264326     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264327     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264328     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264329     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264330     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264331     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264332     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264333     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264334     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264335     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264336     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264337     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264338     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264339     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264340     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264341     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264342     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264343     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264344     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264345     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264346     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264347     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264348     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264349     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264350     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264351     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264352     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3 p4
#> SRR1264040     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264041     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264042     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264043     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264044     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264045     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264046     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264047     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264048     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264049     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264050     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264051     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264052     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264053     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264054     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264055     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264056     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264057     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264058     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264059     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264060     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264061     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264062     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264063     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264064     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264065     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264066     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264067     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264068     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264069     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264070     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264071     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264072     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264073     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264074     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264075     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264076     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264077     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264078     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264079     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264080     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264081     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264082     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264083     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264084     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264085     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264086     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264087     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264088     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264089     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264090     2    0.13      0.945  0 0.956 0.044  0
#> SRR1264091     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264092     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264093     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264094     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264095     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264096     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264097     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264098     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264099     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264100     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264101     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264102     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264103     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264104     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264105     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264106     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264107     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264108     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264109     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264110     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264111     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264112     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264113     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264114     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264115     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264116     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264117     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264118     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264119     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264120     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264121     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264122     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264123     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264124     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264125     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264126     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264127     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264128     2    0.00      0.999  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264129     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264130     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264131     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264132     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264133     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264134     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264135     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264136     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264137     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264138     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264139     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264140     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264141     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264142     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264143     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264144     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264145     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264146     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264147     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264148     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264149     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264150     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264151     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264152     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264153     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264154     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264155     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264156     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264157     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264158     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264159     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264160     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264161     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264162     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264163     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264164     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264165     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264166     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264167     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264168     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264169     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264170     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264171     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264172     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264173     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264174     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264175     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264176     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264177     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264178     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264179     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264180     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264181     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264182     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264183     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264184     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264185     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264186     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264187     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264188     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264189     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264190     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264191     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264192     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264193     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264194     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264195     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264196     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264197     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264198     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264199     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264200     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264201     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264202     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264203     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264204     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264205     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264206     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264207     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264208     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264209     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264210     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264211     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264212     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264213     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264214     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264215     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264216     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264217     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264218     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264219     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264220     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264221     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264222     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264223     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264224     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264225     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264226     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264227     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264228     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264229     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264230     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264231     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264232     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264233     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264234     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264235     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264236     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264237     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264238     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264239     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264240     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264241     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264242     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264243     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264244     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264245     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264246     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264247     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264248     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264249     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264250     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264251     1    0.00      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264252     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264253     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264254     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264255     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264256     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264257     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264258     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264259     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264260     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264261     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264262     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264263     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264264     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264265     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264266     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264267     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264268     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264269     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264270     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264271     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264272     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264273     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264274     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264275     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264276     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264277     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264278     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264279     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264280     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264281     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264282     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264283     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264284     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264285     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264286     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264287     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264288     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264289     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264290     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264291     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264292     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264293     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264294     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264295     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264296     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264297     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264298     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264299     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264300     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264301     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264302     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264303     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264304     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264305     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264306     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264307     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264308     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264309     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264310     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264311     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264312     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264313     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264314     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264315     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264316     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264317     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264318     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264319     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264320     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264321     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264322     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264323     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264324     4    0.00      1.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264325     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264326     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264327     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264328     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264329     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264330     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264331     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264332     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264333     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264334     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264335     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264336     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264337     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264338     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264339     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264340     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264341     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264342     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264343     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264344     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264345     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264346     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264347     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264348     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264349     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264350     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264351     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264352     3    0.00      1.000  0 0.000 1.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264041     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264042     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264043     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264044     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264045     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264046     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264047     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264048     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264049     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264050     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264051     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264052     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264053     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264054     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264055     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264056     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264057     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264058     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.0510      0.984 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264090     5  0.3612      0.655 0.000 0.228  0 0.008 0.764
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.0703      0.972 0.024 0.000  0 0.000 0.976
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264130     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264131     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264132     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264133     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264134     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264135     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264136     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264137     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264138     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264139     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264140     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264141     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264142     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264143     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264144     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264145     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264146     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264147     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264148     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264149     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264150     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264151     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264152     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264153     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264154     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264155     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264156     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264157     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264158     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264159     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264160     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264161     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264162     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264163     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264164     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264165     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264166     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264167     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264168     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264169     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.2329      0.849 0.876 0.000  0 0.000 0.124
#> SRR1264185     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0404      0.952 0.988 0.000  0 0.000 0.012
#> SRR1264193     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0703      0.952 0.976 0.000  0 0.000 0.024
#> SRR1264195     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0162      0.951 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> SRR1264197     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.1410      0.952 0.940 0.000  0 0.000 0.060
#> SRR1264201     1  0.1671      0.951 0.924 0.000  0 0.000 0.076
#> SRR1264202     1  0.0162      0.951 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> SRR1264203     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0290      0.951 0.992 0.000  0 0.000 0.008
#> SRR1264205     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.1121      0.952 0.956 0.000  0 0.000 0.044
#> SRR1264207     1  0.0290      0.951 0.992 0.000  0 0.000 0.008
#> SRR1264208     1  0.0162      0.951 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> SRR1264209     1  0.0290      0.951 0.992 0.000  0 0.000 0.008
#> SRR1264210     1  0.0162      0.951 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> SRR1264211     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264213     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264214     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264215     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264216     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264217     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264218     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264219     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264220     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264221     1  0.3177      0.819 0.792 0.000  0 0.000 0.208
#> SRR1264222     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264223     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264224     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264225     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264226     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264227     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264228     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264229     1  0.1792      0.951 0.916 0.000  0 0.000 0.084
#> SRR1264230     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264231     1  0.0404      0.944 0.988 0.000  0 0.012 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264234     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264235     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264236     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264237     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264238     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264239     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264240     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264241     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264242     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264243     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.950 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264246     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264247     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264248     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264249     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264250     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264251     1  0.0510      0.942 0.984 0.000  0 0.016 0.000
#> SRR1264252     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264275     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264276     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264277     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264278     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264279     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264280     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264281     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264282     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264283     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264284     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264285     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264286     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264287     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264288     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264289     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264290     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264291     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264292     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264293     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264294     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264295     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264296     4  0.0510      0.989 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0000      0.995 0.000 0.000  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5 p6
#> SRR1264040     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264041     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264042     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264043     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264044     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264045     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264046     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264047     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264048     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264049     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264050     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264051     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264052     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264053     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264054     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264055     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264056     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264057     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264058     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264084     5  0.0000      0.987 0.000 0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264090     5  0.2848      0.724 0.000 0.176  0 0.008 0.816  0
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264097     5  0.0260      0.974 0.008 0.000  0 0.000 0.992  0
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264129     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264130     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264131     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264132     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264133     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264134     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264135     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264136     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264137     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264138     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264139     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264140     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264141     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264142     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264143     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264144     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264145     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264146     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264147     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264148     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264149     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264150     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264151     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264152     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264153     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264154     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264155     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264156     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264157     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264158     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264159     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264160     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264161     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264162     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264163     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264164     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264165     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264166     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264167     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264168     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264169     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264170     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264171     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264172     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264173     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264174     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264175     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264176     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264177     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264178     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264179     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264180     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264181     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264182     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264183     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264184     1  0.2003      0.863 0.884 0.000  0 0.000 0.116  0
#> SRR1264185     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264186     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264187     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264188     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264189     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264190     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264191     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264192     1  0.0146      0.974 0.996 0.000  0 0.000 0.004  0
#> SRR1264193     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264194     1  0.0458      0.974 0.984 0.000  0 0.000 0.016  0
#> SRR1264195     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264196     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264197     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264198     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264199     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264200     1  0.0790      0.974 0.968 0.000  0 0.000 0.032  0
#> SRR1264201     1  0.1007      0.973 0.956 0.000  0 0.000 0.044  0
#> SRR1264202     1  0.0146      0.974 0.996 0.000  0 0.000 0.004  0
#> SRR1264203     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264204     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264205     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264206     1  0.0632      0.974 0.976 0.000  0 0.000 0.024  0
#> SRR1264207     1  0.0146      0.974 0.996 0.000  0 0.000 0.004  0
#> SRR1264208     1  0.0146      0.974 0.996 0.000  0 0.000 0.004  0
#> SRR1264209     1  0.0146      0.974 0.996 0.000  0 0.000 0.004  0
#> SRR1264210     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264211     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264212     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264213     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264214     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264215     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264216     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264217     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264218     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264219     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264220     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264221     1  0.2562      0.842 0.828 0.000  0 0.000 0.172  0
#> SRR1264222     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264223     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264224     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264225     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264226     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264227     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264228     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264229     1  0.1075      0.973 0.952 0.000  0 0.000 0.048  0
#> SRR1264230     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264231     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264232     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264233     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264234     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264235     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264236     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264237     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264238     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264239     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264240     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264241     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264242     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264243     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264244     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264245     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264246     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264247     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264248     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264249     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264250     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264251     1  0.0000      0.974 1.000 0.000  0 0.000 0.000  0
#> SRR1264252     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264253     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264254     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264255     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264256     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264257     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264258     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264259     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264260     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264261     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264262     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264263     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264264     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264265     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264266     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264267     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264268     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264269     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264270     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264271     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264272     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264273     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264274     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264275     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264276     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264277     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264278     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264279     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264280     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264281     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264282     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264283     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264284     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264285     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264286     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264287     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264288     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264289     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264290     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264291     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264292     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264293     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264294     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264295     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264296     6  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264325     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264326     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264327     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264328     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264329     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264330     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264331     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264332     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264333     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264334     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264335     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264336     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264337     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264338     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264339     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264340     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264341     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264342     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264343     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264344     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264345     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264346     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264347     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264348     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264349     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264350     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264351     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264352     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000  0

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:mclust*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.868           0.964       0.981         0.4636 0.526   0.526
#> 3 3 0.948           0.891       0.960         0.3894 0.677   0.462
#> 4 4 0.742           0.759       0.850         0.1183 0.785   0.476
#> 5 5 0.782           0.826       0.880         0.0523 0.864   0.581
#> 6 6 0.859           0.899       0.887         0.0447 0.927   0.721

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264041     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264042     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264043     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264044     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264045     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264046     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264047     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264048     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264049     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264050     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264051     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264052     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264053     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264054     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264055     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264056     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264057     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264058     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264059     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264084     2  0.7745      0.758 0.228 0.772
#> SRR1264085     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264097     2  0.9710      0.423 0.400 0.600
#> SRR1264098     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264137     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264178     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264185     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264189     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264229     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264231     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264232     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264233     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264234     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264235     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264236     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264237     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264238     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264239     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264240     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264241     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264242     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264243     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264244     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264246     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264247     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264248     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264249     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264250     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264251     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264252     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264253     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264254     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264255     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264256     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264257     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264258     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264259     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264260     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264261     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264262     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264263     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264264     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264265     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264266     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264267     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264268     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264269     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264270     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264271     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264272     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264273     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264274     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264275     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264276     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264277     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264278     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264279     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264280     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264281     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264282     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264283     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264284     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264285     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264286     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264287     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264288     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264289     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264290     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264291     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264292     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264293     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264294     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264295     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264296     2  0.7745      0.759 0.228 0.772
#> SRR1264297     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000      0.951 0.000 1.000
#> SRR1264325     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264326     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264327     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264328     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264329     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264330     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264331     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264332     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264333     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264334     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264335     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264336     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264337     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264338     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264339     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264340     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264341     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264342     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264343     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264344     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264345     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264346     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264347     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264348     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264349     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264350     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264351     1  0.0376      0.998 0.996 0.004
#> SRR1264352     1  0.0376      0.998 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264041     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264042     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264043     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264044     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264045     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264046     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264047     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264048     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264049     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264050     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264051     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264052     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264053     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264054     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264055     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264056     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264057     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264058     1  0.0237     0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264082     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264083     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264084     1  0.4974     0.7002 0.764 0.236 0.000
#> SRR1264085     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264086     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264087     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264088     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264089     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264090     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264091     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264092     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264093     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264094     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264095     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264096     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264097     1  0.4654     0.7408 0.792 0.208 0.000
#> SRR1264098     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264099     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264100     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264101     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264102     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264103     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264104     2  0.0237     0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264146     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264147     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264148     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264149     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264150     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264151     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264152     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264153     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264154     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264155     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264156     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264157     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264158     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264159     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264160     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264161     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264162     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264163     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264164     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264165     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264166     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264167     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264168     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264169     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.1860     0.9234 0.948 0.000 0.052
#> SRR1264178     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264184     1  0.4062     0.7857 0.836 0.000 0.164
#> SRR1264185     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264195     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264198     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264201     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264202     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264203     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264206     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264207     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264208     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264209     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264210     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264211     1  0.0237     0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264212     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264213     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264214     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264215     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264216     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264217     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264218     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264219     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264220     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264221     1  0.4002     0.7962 0.840 0.000 0.160
#> SRR1264222     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264223     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264224     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264225     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264226     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264227     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264228     1  0.2711     0.8962 0.912 0.000 0.088
#> SRR1264229     1  0.2878     0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264230     3  0.6309     0.0717 0.496 0.000 0.504
#> SRR1264231     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264232     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264233     3  0.6307     0.0985 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264234     3  0.6307     0.0985 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264235     1  0.6309    -0.0596 0.504 0.000 0.496
#> SRR1264236     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264237     1  0.6308    -0.0459 0.508 0.000 0.492
#> SRR1264238     3  0.6305     0.1096 0.484 0.000 0.516
#> SRR1264239     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264240     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264241     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264242     3  0.6307     0.0966 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264243     3  0.6307     0.0985 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264244     1  0.0237     0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264245     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264246     1  0.6309    -0.0733 0.500 0.000 0.500
#> SRR1264247     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264248     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264249     3  0.6305     0.1096 0.484 0.000 0.516
#> SRR1264250     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264251     3  0.6308     0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264252     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000     0.9156 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264041     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264042     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264043     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264044     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264045     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264046     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264047     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264048     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264049     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264050     4  0.7268      0.557 0.172 0.000 0.312 0.516
#> SRR1264051     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264052     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264053     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264054     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264055     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264056     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264057     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264058     4  0.6375      0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264059     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264082     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264083     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264084     1  0.3873      0.649 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264085     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264086     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264087     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264088     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264089     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264090     1  0.5816      0.557 0.688 0.088 0.000 0.224
#> SRR1264091     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264092     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264093     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264094     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264095     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264096     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264097     1  0.3873      0.649 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264098     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264099     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264100     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264101     1  0.6248      0.513 0.656 0.120 0.000 0.224
#> SRR1264102     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264103     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264104     2  0.3837      0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264105     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0188      0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264137     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264146     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264147     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264148     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264149     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264150     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264151     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264152     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264153     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264154     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264155     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264156     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264157     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264158     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264159     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264160     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264161     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264162     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264163     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264164     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264165     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264166     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264167     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264168     1  0.0188      0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264169     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264170     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264171     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264172     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264173     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264174     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264175     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264176     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264177     1  0.3873      0.569 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264178     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264179     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264180     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264181     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264182     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264183     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264184     1  0.3982      0.584 0.776 0.000 0.220 0.004
#> SRR1264185     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264186     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264187     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264188     1  0.4304      0.412 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1264189     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264190     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264191     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0188      0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0188      0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264229     1  0.0000      0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264231     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264232     3  0.4989      0.393 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1264233     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264234     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264235     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264236     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264237     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264238     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264239     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264240     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264241     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264242     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264243     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264244     3  0.4996      0.373 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1264245     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264246     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264247     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264248     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264249     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264250     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264251     3  0.4985      0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264252     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264253     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264254     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264255     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264256     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264257     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264258     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264259     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264260     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264261     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264262     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264263     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264264     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264265     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264266     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264267     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264268     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264269     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264270     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264271     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264272     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264273     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264274     3  0.4585      0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264275     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     4  0.0000      0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264326     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264327     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264328     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264329     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264330     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264331     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264332     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264333     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264334     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264335     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264336     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264337     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264338     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264339     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264340     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264341     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264342     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264343     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264344     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264345     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264346     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264347     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264348     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264349     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264350     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264351     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264352     3  0.4898      0.519 0.000 0.000 0.584 0.416

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264041     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264042     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264043     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264044     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264045     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264046     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264047     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264048     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264049     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264050     5  0.3810      0.918 0.040 0.000 0.168 0.000 0.792
#> SRR1264051     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264052     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264053     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264054     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264055     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264056     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264057     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264058     5  0.3177      0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264059     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264082     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264083     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264084     1  0.4270      0.581 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264085     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264086     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264087     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264088     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264089     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264090     1  0.4270      0.581 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264091     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264092     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264093     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264094     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264095     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264096     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264097     1  0.4270      0.581 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264098     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264099     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264100     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264101     1  0.5923      0.495 0.692 0.084 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264102     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264103     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264104     2  0.4270      0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264105     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0162      0.789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264137     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264170     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264171     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264172     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264173     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264174     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264175     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264176     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264177     1  0.2338      0.741 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1264178     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264179     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264180     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264181     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264182     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264183     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264184     1  0.2286      0.742 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> SRR1264185     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264186     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264187     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264188     1  0.2852      0.709 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1264189     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264190     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264191     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264192     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0162      0.789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0162      0.789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264229     1  0.0000      0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264231     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264232     1  0.6432      0.482 0.484 0.000 0.000 0.320 0.196
#> SRR1264233     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264234     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264235     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264236     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264237     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264238     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264239     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264240     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264241     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264242     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264243     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264244     1  0.6050      0.514 0.544 0.000 0.000 0.312 0.144
#> SRR1264245     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264246     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264247     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264248     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264249     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264250     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264251     1  0.6506      0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264252     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264253     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264254     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264255     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264256     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264257     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264258     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264259     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264260     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264261     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264262     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264263     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264264     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264265     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264266     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264267     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264268     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264269     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264270     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264271     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264272     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264273     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264274     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264275     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264276     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264277     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264278     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264279     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264280     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264281     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264282     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264283     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264284     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264285     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264286     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264287     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264288     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264289     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264290     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264291     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264292     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264293     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264294     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264295     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264296     3  0.2179      0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264297     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0162      0.919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264318     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264326     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264327     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264328     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264329     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264330     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264331     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264332     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264333     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264334     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264335     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264336     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264337     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264338     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264339     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264340     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264341     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264342     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264343     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264344     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264345     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264346     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264347     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264348     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264349     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264350     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264351     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264352     4  0.0404      1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     5  0.0146      0.994 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264051     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264082     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264083     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264084     1  0.5841      0.608 0.480 0.000 0.000 0.000 0.220 0.300
#> SRR1264085     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264086     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264087     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264088     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264089     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264090     1  0.5858      0.602 0.476 0.000 0.000 0.000 0.224 0.300
#> SRR1264091     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264092     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264093     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264094     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264095     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264096     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264097     1  0.5841      0.608 0.480 0.000 0.000 0.000 0.220 0.300
#> SRR1264098     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264099     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264100     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264101     1  0.7096      0.453 0.392 0.084 0.000 0.000 0.224 0.300
#> SRR1264102     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264103     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264104     2  0.2969      0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264130     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264131     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264132     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264133     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264134     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264135     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264136     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264137     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264138     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264139     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264140     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264141     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264142     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264143     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264144     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264145     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264146     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264147     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264148     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264149     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264150     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264151     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264152     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264153     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264154     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264155     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264156     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264157     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264158     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264159     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264160     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264161     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264162     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264163     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264164     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264165     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264166     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264167     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264168     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264169     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264170     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264171     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264172     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264173     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264174     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264175     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264176     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264177     1  0.3464      0.964 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1264178     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264179     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264180     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264181     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264182     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264183     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264184     1  0.3428      0.975 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264185     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264186     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264187     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264188     1  0.3804      0.774 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1264189     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264190     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264191     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264192     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264193     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264194     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264195     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264196     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264197     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264198     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264199     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264200     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264201     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264202     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264203     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264204     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264205     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264206     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264207     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264208     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264209     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264210     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264211     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264212     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264213     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264214     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264215     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264216     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264217     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264218     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264219     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264220     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264221     1  0.3428      0.975 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264222     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264223     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264224     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264225     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264226     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264227     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264228     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264229     1  0.3409      0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264230     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264231     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264232     6  0.0547      0.964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1264233     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264234     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264235     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264236     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264237     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264238     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264239     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264240     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264241     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264242     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264243     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264244     6  0.2854      0.573 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1264245     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264246     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264247     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264248     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264249     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264250     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264251     6  0.0000      0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264252     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264253     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264254     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264255     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264256     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264257     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264258     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264259     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264260     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264261     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264262     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264263     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264264     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264265     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264266     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264267     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264268     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264269     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264270     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264271     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264272     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264273     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264274     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264275     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264276     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264277     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264278     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264279     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264280     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264281     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264282     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264283     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264284     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264285     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264286     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264287     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264288     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264289     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264290     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264291     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264292     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264293     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264294     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264295     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264296     3  0.7084      0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264297     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0146      0.708 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264326     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264327     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264328     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264329     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264330     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264331     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264332     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264333     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264334     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264335     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264336     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264337     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264338     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264339     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264340     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264341     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264342     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264343     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264344     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264345     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264346     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264347     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264348     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264349     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264350     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264351     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264352     4  0.1610      1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.400           0.661       0.796         0.4285 0.625   0.625
#> 3 3 0.968           0.926       0.968         0.5264 0.639   0.454
#> 4 4 0.773           0.817       0.886         0.0925 0.929   0.794
#> 5 5 0.793           0.832       0.854         0.0849 0.872   0.587
#> 6 6 0.841           0.827       0.879         0.0393 0.974   0.880

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264041     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264042     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264043     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264044     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264045     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264046     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264047     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264048     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264049     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264050     1  0.9661      0.642 0.608 0.392
#> SRR1264051     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264052     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264053     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264054     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264055     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264056     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264057     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264058     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264059     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264060     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264061     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264062     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264063     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264064     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264065     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264066     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264067     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264068     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264069     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264070     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264071     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264072     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264073     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264074     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264075     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264076     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264077     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264078     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264079     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264080     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264081     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264082     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264083     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264084     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264085     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264086     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264087     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264088     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264089     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264090     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264091     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264092     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264093     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264094     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264095     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264096     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264097     1  0.9608      0.649 0.616 0.384
#> SRR1264098     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264099     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264100     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264101     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264102     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264103     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264104     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264105     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264106     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264107     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264108     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264109     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264110     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264111     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264112     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264113     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264114     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264115     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264116     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264117     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264118     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264119     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264120     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264121     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264122     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264123     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264124     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264125     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264126     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264127     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264128     1  0.9580      0.652 0.620 0.380
#> SRR1264129     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264170     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264171     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264172     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0376      0.714 0.996 0.004
#> SRR1264174     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264175     1  0.0376      0.714 0.996 0.004
#> SRR1264176     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264177     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264178     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264179     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264180     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264181     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264182     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264183     1  0.0672      0.712 0.992 0.008
#> SRR1264184     1  0.4161      0.613 0.916 0.084
#> SRR1264185     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264186     1  0.0672      0.712 0.992 0.008
#> SRR1264187     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264188     1  0.0376      0.714 0.996 0.004
#> SRR1264189     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264190     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264191     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264192     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.716 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264213     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264214     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264215     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264216     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264217     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264218     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264219     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264220     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264221     1  0.1843      0.694 0.972 0.028
#> SRR1264222     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264223     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264224     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264225     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264226     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264227     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264228     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264229     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264230     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264231     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264232     1  0.1414      0.703 0.980 0.020
#> SRR1264233     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264234     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264235     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264236     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264237     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264238     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264239     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264240     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264241     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264242     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264243     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264244     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264245     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264246     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264247     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264248     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264249     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264250     1  0.0938      0.710 0.988 0.012
#> SRR1264251     1  0.1184      0.707 0.984 0.016
#> SRR1264252     1  0.9896     -0.488 0.560 0.440
#> SRR1264253     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264254     1  0.9775     -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264255     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264256     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264257     1  0.9795     -0.416 0.584 0.416
#> SRR1264258     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264259     1  0.9775     -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264260     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264261     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264262     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264263     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264264     1  0.9881     -0.476 0.564 0.436
#> SRR1264265     1  0.9775     -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264266     1  0.9754     -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264267     1  0.9833     -0.440 0.576 0.424
#> SRR1264268     1  0.9850     -0.452 0.572 0.428
#> SRR1264269     1  0.9866     -0.464 0.568 0.432
#> SRR1264270     1  0.9775     -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264271     1  0.9866     -0.464 0.568 0.432
#> SRR1264272     1  0.9833     -0.440 0.576 0.424
#> SRR1264273     1  0.9795     -0.416 0.584 0.416
#> SRR1264274     1  0.9866     -0.464 0.568 0.432
#> SRR1264275     2  0.9170      0.917 0.332 0.668
#> SRR1264276     2  0.9087      0.925 0.324 0.676
#> SRR1264277     2  0.8955      0.930 0.312 0.688
#> SRR1264278     2  0.8861      0.930 0.304 0.696
#> SRR1264279     2  0.8861      0.930 0.304 0.696
#> SRR1264280     2  0.8763      0.929 0.296 0.704
#> SRR1264281     2  0.8713      0.928 0.292 0.708
#> SRR1264282     2  0.8861      0.930 0.304 0.696
#> SRR1264283     2  0.8763      0.929 0.296 0.704
#> SRR1264284     2  0.9170      0.917 0.332 0.668
#> SRR1264285     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264286     2  0.8909      0.930 0.308 0.692
#> SRR1264287     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264288     2  0.8909      0.930 0.308 0.692
#> SRR1264289     2  0.8955      0.930 0.312 0.688
#> SRR1264290     2  0.8763      0.929 0.296 0.704
#> SRR1264291     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264292     2  0.8813      0.930 0.300 0.700
#> SRR1264293     2  0.8555      0.924 0.280 0.720
#> SRR1264294     2  0.8555      0.925 0.280 0.720
#> SRR1264295     2  0.9129      0.921 0.328 0.672
#> SRR1264296     2  0.8909      0.930 0.308 0.692
#> SRR1264297     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264298     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264299     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264300     2  0.7528      0.892 0.216 0.784
#> SRR1264301     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264302     2  0.7745      0.901 0.228 0.772
#> SRR1264303     2  0.7674      0.899 0.224 0.776
#> SRR1264304     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264305     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264306     2  0.7674      0.899 0.224 0.776
#> SRR1264307     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264308     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264309     2  0.7453      0.886 0.212 0.788
#> SRR1264310     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264311     2  0.7674      0.899 0.224 0.776
#> SRR1264312     2  0.7674      0.899 0.224 0.776
#> SRR1264313     2  0.7528      0.892 0.216 0.784
#> SRR1264314     2  0.7528      0.892 0.216 0.784
#> SRR1264315     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264316     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264317     2  0.7674      0.899 0.224 0.776
#> SRR1264318     2  0.7528      0.892 0.216 0.784
#> SRR1264319     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264320     2  0.7453      0.886 0.212 0.788
#> SRR1264321     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264322     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264323     2  0.7602      0.897 0.220 0.780
#> SRR1264324     2  0.7453      0.886 0.212 0.788
#> SRR1264325     2  0.8955      0.930 0.312 0.688
#> SRR1264326     2  0.9087      0.925 0.324 0.676
#> SRR1264327     2  0.9129      0.921 0.328 0.672
#> SRR1264328     2  0.9087      0.925 0.324 0.676
#> SRR1264329     2  0.9209      0.912 0.336 0.664
#> SRR1264330     2  0.9323      0.896 0.348 0.652
#> SRR1264331     2  0.9087      0.925 0.324 0.676
#> SRR1264332     2  0.9248      0.907 0.340 0.660
#> SRR1264333     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264334     2  0.9129      0.922 0.328 0.672
#> SRR1264335     2  0.8955      0.930 0.312 0.688
#> SRR1264336     2  0.9129      0.921 0.328 0.672
#> SRR1264337     2  0.9129      0.921 0.328 0.672
#> SRR1264338     2  0.9087      0.925 0.324 0.676
#> SRR1264339     2  0.9248      0.907 0.340 0.660
#> SRR1264340     2  0.9209      0.912 0.336 0.664
#> SRR1264341     2  0.8909      0.930 0.308 0.692
#> SRR1264342     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264343     2  0.9286      0.902 0.344 0.656
#> SRR1264344     2  0.9129      0.921 0.328 0.672
#> SRR1264345     2  0.8555      0.925 0.280 0.720
#> SRR1264346     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264347     2  0.9323      0.896 0.348 0.652
#> SRR1264348     2  0.9286      0.902 0.344 0.656
#> SRR1264349     2  0.9044      0.927 0.320 0.680
#> SRR1264350     2  0.9087      0.925 0.324 0.676
#> SRR1264351     2  0.9170      0.917 0.332 0.668
#> SRR1264352     2  0.9087      0.925 0.324 0.676

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3
#> SRR1264040     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264041     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264042     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264043     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264044     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264045     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264046     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264047     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264048     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264049     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264050     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264051     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264052     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264053     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264054     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264055     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264056     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264057     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264058     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264184     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264185     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264221     1  0.1860      0.936 0.948  0 0.052
#> SRR1264222     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.999 1.000  0 0.000
#> SRR1264252     3  0.6126      0.460 0.400  0 0.600
#> SRR1264253     3  0.6260      0.359 0.448  0 0.552
#> SRR1264254     3  0.6299      0.283 0.476  0 0.524
#> SRR1264255     3  0.6274      0.339 0.456  0 0.544
#> SRR1264256     3  0.6267      0.349 0.452  0 0.548
#> SRR1264257     3  0.6180      0.431 0.416  0 0.584
#> SRR1264258     3  0.6308      0.234 0.492  0 0.508
#> SRR1264259     3  0.6215      0.406 0.428  0 0.572
#> SRR1264260     3  0.6215      0.406 0.428  0 0.572
#> SRR1264261     3  0.6299      0.283 0.476  0 0.524
#> SRR1264262     3  0.6225      0.397 0.432  0 0.568
#> SRR1264263     3  0.6260      0.359 0.448  0 0.552
#> SRR1264264     3  0.6154      0.446 0.408  0 0.592
#> SRR1264265     3  0.6154      0.446 0.408  0 0.592
#> SRR1264266     3  0.6286      0.318 0.464  0 0.536
#> SRR1264267     3  0.6154      0.446 0.408  0 0.592
#> SRR1264268     3  0.6192      0.423 0.420  0 0.580
#> SRR1264269     3  0.6180      0.431 0.416  0 0.584
#> SRR1264270     3  0.6286      0.317 0.464  0 0.536
#> SRR1264271     3  0.6154      0.446 0.408  0 0.592
#> SRR1264272     3  0.6192      0.423 0.420  0 0.580
#> SRR1264273     3  0.6215      0.406 0.428  0 0.572
#> SRR1264274     3  0.6180      0.431 0.416  0 0.584
#> SRR1264275     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.887 0.000  0 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     4  0.3907      0.627 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1264041     4  0.3837      0.638 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264042     4  0.4008      0.608 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1264043     4  0.3610      0.656 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1264044     4  0.3801      0.642 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264045     4  0.3907      0.627 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1264046     4  0.3726      0.649 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1264047     4  0.3837      0.638 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264048     4  0.3801      0.643 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264049     4  0.3764      0.646 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1264050     4  0.4134      0.582 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1264051     4  0.3837      0.638 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264052     4  0.3688      0.652 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264053     4  0.3610      0.656 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1264054     4  0.3569      0.657 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264055     4  0.3801      0.643 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264056     4  0.3688      0.652 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264057     4  0.3764      0.646 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1264058     4  0.3801      0.643 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3688      0.807 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264130     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264131     1  0.3764      0.800 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264132     1  0.3649      0.810 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264133     1  0.3688      0.807 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264134     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264135     1  0.3610      0.814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264136     1  0.3356      0.834 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264137     1  0.3688      0.807 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264138     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264139     1  0.3801      0.795 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264140     1  0.3569      0.817 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1264141     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264142     1  0.3172      0.844 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264143     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264144     1  0.3649      0.810 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264145     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264170     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264171     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264172     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264173     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264174     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264175     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264176     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264177     1  0.0592      0.933 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264178     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264179     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264180     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264181     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264182     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264183     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264184     1  0.6179      0.307 0.608 0.000 0.320 0.072
#> SRR1264185     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264186     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264187     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264188     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264189     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264190     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264191     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264192     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.3266      0.838 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1264213     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264214     1  0.3486      0.823 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1264215     1  0.2868      0.859 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264216     1  0.3726      0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264217     1  0.3172      0.844 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264218     1  0.3610      0.814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264219     1  0.3764      0.799 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264220     1  0.3266      0.839 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1264221     1  0.1767      0.896 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR1264222     1  0.3444      0.827 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264223     1  0.3400      0.830 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1264224     1  0.3764      0.799 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264225     1  0.3837      0.791 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1264226     1  0.3528      0.820 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1264227     1  0.3649      0.810 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264228     1  0.0188      0.937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264229     1  0.3610      0.814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264230     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264231     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264232     1  0.0804      0.930 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1264233     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264234     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264235     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264236     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264237     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264238     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264239     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264240     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264241     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264242     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264243     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264244     1  0.1042      0.925 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1264245     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264246     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264247     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264248     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264249     1  0.0336      0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264250     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264251     1  0.0469      0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264252     3  0.5256      0.617 0.204 0.000 0.732 0.064
#> SRR1264253     3  0.5596      0.592 0.236 0.000 0.696 0.068
#> SRR1264254     3  0.5663      0.569 0.264 0.000 0.676 0.060
#> SRR1264255     3  0.5705      0.571 0.260 0.000 0.676 0.064
#> SRR1264256     3  0.5648      0.582 0.252 0.000 0.684 0.064
#> SRR1264257     3  0.5496      0.601 0.232 0.000 0.704 0.064
#> SRR1264258     3  0.5742      0.557 0.276 0.000 0.664 0.060
#> SRR1264259     3  0.5579      0.584 0.252 0.000 0.688 0.060
#> SRR1264260     3  0.5590      0.588 0.244 0.000 0.692 0.064
#> SRR1264261     3  0.5791      0.548 0.284 0.000 0.656 0.060
#> SRR1264262     3  0.5677      0.577 0.256 0.000 0.680 0.064
#> SRR1264263     3  0.5627      0.589 0.240 0.000 0.692 0.068
#> SRR1264264     3  0.5325      0.618 0.204 0.000 0.728 0.068
#> SRR1264265     3  0.5466      0.606 0.220 0.000 0.712 0.068
#> SRR1264266     3  0.5716      0.560 0.272 0.000 0.668 0.060
#> SRR1264267     3  0.5532      0.602 0.228 0.000 0.704 0.068
#> SRR1264268     3  0.5394      0.604 0.228 0.000 0.712 0.060
#> SRR1264269     3  0.5464      0.603 0.228 0.000 0.708 0.064
#> SRR1264270     3  0.5705      0.573 0.260 0.000 0.676 0.064
#> SRR1264271     3  0.5292      0.616 0.208 0.000 0.728 0.064
#> SRR1264272     3  0.5432      0.607 0.216 0.000 0.716 0.068
#> SRR1264273     3  0.5432      0.609 0.216 0.000 0.716 0.068
#> SRR1264274     3  0.5288      0.618 0.200 0.000 0.732 0.068
#> SRR1264275     4  0.4746      0.525 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1264276     4  0.4643      0.553 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264277     4  0.4817      0.490 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1264278     4  0.4804      0.499 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1264279     4  0.4817      0.491 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1264280     4  0.4713      0.536 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1264281     4  0.4624      0.555 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1264282     4  0.4830      0.483 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1264283     4  0.4164      0.581 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1264284     4  0.4643      0.551 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264285     4  0.4522      0.565 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1264286     4  0.4790      0.506 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1264287     4  0.4866      0.456 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1264288     4  0.4761      0.519 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1264289     4  0.4898      0.424 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1264290     4  0.4713      0.536 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1264291     4  0.4661      0.549 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1264292     4  0.4477      0.564 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1264293     4  0.4624      0.556 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1264294     4  0.4855      0.465 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1264295     4  0.4643      0.553 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264296     4  0.4679      0.545 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1264297     3  0.4072      0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264298     3  0.3975      0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264299     3  0.4072      0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264300     3  0.4072      0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264301     3  0.4008      0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264302     3  0.3726      0.641 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1264303     3  0.3942      0.623 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1264304     3  0.3942      0.623 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1264305     3  0.3975      0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264306     3  0.3837      0.633 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1264307     3  0.3975      0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264308     3  0.4072      0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264309     3  0.4072      0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264310     3  0.3837      0.633 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1264311     3  0.4008      0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264312     3  0.4040      0.609 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1264313     3  0.4008      0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264314     3  0.4040      0.609 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1264315     3  0.3975      0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264316     3  0.4040      0.609 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1264317     3  0.3649      0.646 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264318     3  0.3975      0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264319     3  0.4008      0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264320     3  0.4008      0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264321     3  0.4072      0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264322     3  0.3837      0.633 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1264323     3  0.3975      0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264324     3  0.3907      0.627 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1264325     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264326     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264327     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264329     3  0.0336      0.729 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264330     3  0.1022      0.719 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264331     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264334     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264335     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264337     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264338     3  0.1557      0.708 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264339     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264340     3  0.0336      0.729 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264341     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264343     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.1474      0.710 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264346     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264348     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264350     3  0.0707      0.724 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1264351     3  0.0000      0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0188      0.729 0.000 0.000 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.6096    0.59279 0.000 0.052 0.292 0.056 0.600
#> SRR1264041     5  0.5214    0.65482 0.000 0.044 0.184 0.052 0.720
#> SRR1264042     5  0.6169    0.60748 0.000 0.068 0.260 0.056 0.616
#> SRR1264043     5  0.5701    0.61814 0.000 0.040 0.264 0.052 0.644
#> SRR1264044     5  0.5601    0.63359 0.000 0.044 0.236 0.052 0.668
#> SRR1264045     5  0.6221    0.57201 0.000 0.060 0.308 0.052 0.580
#> SRR1264046     5  0.6131    0.58240 0.000 0.056 0.300 0.052 0.592
#> SRR1264047     5  0.6171    0.58520 0.000 0.060 0.296 0.052 0.592
#> SRR1264048     5  0.5532    0.64350 0.000 0.048 0.216 0.052 0.684
#> SRR1264049     5  0.5852    0.60594 0.000 0.044 0.280 0.052 0.624
#> SRR1264050     5  0.6786    0.57420 0.000 0.124 0.256 0.056 0.564
#> SRR1264051     5  0.6156    0.60552 0.000 0.064 0.268 0.056 0.612
#> SRR1264052     5  0.6209    0.56098 0.000 0.052 0.320 0.056 0.572
#> SRR1264053     5  0.5903    0.59657 0.000 0.040 0.292 0.056 0.612
#> SRR1264054     5  0.5608    0.62242 0.000 0.036 0.260 0.052 0.652
#> SRR1264055     5  0.5897    0.61661 0.000 0.052 0.264 0.052 0.632
#> SRR1264056     5  0.6282    0.55273 0.000 0.056 0.324 0.056 0.564
#> SRR1264057     5  0.6020    0.60530 0.000 0.052 0.276 0.056 0.616
#> SRR1264058     5  0.6282    0.55273 0.000 0.056 0.324 0.056 0.564
#> SRR1264059     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000    1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     5  0.2825    0.74242 0.124 0.000 0.000 0.016 0.860
#> SRR1264130     5  0.2891    0.73746 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1264131     5  0.2773    0.74073 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1264132     5  0.2920    0.74206 0.132 0.000 0.000 0.016 0.852
#> SRR1264133     5  0.3003    0.73463 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1264134     5  0.2782    0.73302 0.072 0.000 0.000 0.048 0.880
#> SRR1264135     5  0.2929    0.73755 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1264136     5  0.3305    0.71371 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1264137     5  0.2583    0.74349 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1264138     5  0.2732    0.74206 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264139     5  0.3143    0.72753 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1264140     5  0.3366    0.72191 0.212 0.000 0.000 0.004 0.784
#> SRR1264141     5  0.2909    0.74261 0.140 0.000 0.000 0.012 0.848
#> SRR1264142     5  0.3109    0.72418 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1264143     5  0.3274    0.71476 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264144     5  0.3074    0.72964 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1264145     1  0.1965    0.85661 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264146     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264147     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264148     1  0.2074    0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264149     1  0.2074    0.85252 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264150     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264151     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264152     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264153     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264154     1  0.2074    0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264155     1  0.1851    0.85963 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264156     1  0.1965    0.85661 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264157     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264158     1  0.2020    0.85459 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264159     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264160     1  0.1965    0.85661 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264161     1  0.1965    0.85698 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264162     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264163     1  0.1851    0.85963 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264164     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264165     1  0.2471    0.82806 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264166     1  0.2074    0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264167     1  0.2074    0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264168     1  0.1908    0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264169     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264170     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264171     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264172     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264173     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264174     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264175     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264176     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264177     1  0.1282    0.86103 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1264178     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264179     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264180     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264181     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264182     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264183     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264184     1  0.1282    0.86103 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1264185     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264186     1  0.1043    0.86331 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264187     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264188     1  0.1282    0.86103 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1264189     1  0.1043    0.86331 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264190     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264191     1  0.1205    0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264192     1  0.0162    0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264193     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0162    0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264198     1  0.0162    0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264199     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0290    0.87513 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264201     1  0.0162    0.87532 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264202     1  0.0162    0.87535 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264203     1  0.0162    0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264204     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0290    0.87513 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264209     1  0.0290    0.87383 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264210     1  0.0000    0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0290    0.87379 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264212     5  0.4288    0.47312 0.384 0.000 0.000 0.004 0.612
#> SRR1264213     5  0.3882    0.73257 0.168 0.000 0.000 0.044 0.788
#> SRR1264214     5  0.3857    0.60815 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1264215     5  0.3934    0.68779 0.244 0.000 0.000 0.016 0.740
#> SRR1264216     5  0.4519    0.68935 0.228 0.000 0.000 0.052 0.720
#> SRR1264217     5  0.4251    0.49180 0.372 0.000 0.000 0.004 0.624
#> SRR1264218     5  0.4519    0.69184 0.228 0.000 0.000 0.052 0.720
#> SRR1264219     5  0.4063    0.65093 0.280 0.000 0.000 0.012 0.708
#> SRR1264220     5  0.3477    0.74081 0.136 0.000 0.000 0.040 0.824
#> SRR1264221     1  0.2362    0.85591 0.912 0.000 0.040 0.008 0.040
#> SRR1264222     5  0.4063    0.64708 0.280 0.000 0.000 0.012 0.708
#> SRR1264223     5  0.4599    0.64219 0.272 0.000 0.000 0.040 0.688
#> SRR1264224     5  0.4104    0.70671 0.220 0.000 0.000 0.032 0.748
#> SRR1264225     5  0.3628    0.71611 0.216 0.000 0.000 0.012 0.772
#> SRR1264226     5  0.4192    0.43115 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1264227     5  0.3730    0.64729 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1264228     1  0.4451   -0.11179 0.504 0.000 0.000 0.004 0.492
#> SRR1264229     5  0.3949    0.58016 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1264230     1  0.4618    0.73444 0.724 0.000 0.000 0.208 0.068
#> SRR1264231     1  0.4297    0.77030 0.764 0.000 0.000 0.164 0.072
#> SRR1264232     4  0.6959    0.00785 0.352 0.000 0.092 0.488 0.068
#> SRR1264233     1  0.4589    0.75918 0.752 0.000 0.008 0.172 0.068
#> SRR1264234     1  0.4637    0.74212 0.728 0.000 0.000 0.196 0.076
#> SRR1264235     1  0.5540    0.65431 0.656 0.000 0.020 0.252 0.072
#> SRR1264236     1  0.4946    0.70335 0.696 0.000 0.004 0.232 0.068
#> SRR1264237     1  0.5035    0.71780 0.704 0.000 0.008 0.212 0.076
#> SRR1264238     1  0.6567    0.57157 0.600 0.000 0.076 0.236 0.088
#> SRR1264239     1  0.4909    0.75910 0.744 0.000 0.020 0.156 0.080
#> SRR1264240     1  0.5174    0.72521 0.712 0.000 0.020 0.192 0.076
#> SRR1264241     1  0.5172    0.70147 0.692 0.000 0.012 0.224 0.072
#> SRR1264242     1  0.5156    0.71583 0.708 0.000 0.020 0.204 0.068
#> SRR1264243     1  0.4541    0.75865 0.744 0.000 0.000 0.172 0.084
#> SRR1264244     4  0.6367    0.21126 0.304 0.000 0.072 0.572 0.052
#> SRR1264245     1  0.4801    0.74373 0.728 0.000 0.004 0.184 0.084
#> SRR1264246     1  0.4767    0.73737 0.724 0.000 0.004 0.200 0.072
#> SRR1264247     1  0.5731    0.64143 0.644 0.000 0.024 0.252 0.080
#> SRR1264248     1  0.5625    0.68636 0.688 0.000 0.048 0.196 0.068
#> SRR1264249     1  0.4297    0.77072 0.764 0.000 0.000 0.164 0.072
#> SRR1264250     1  0.5462    0.70248 0.688 0.000 0.024 0.204 0.084
#> SRR1264251     1  0.4709    0.73889 0.728 0.000 0.004 0.200 0.068
#> SRR1264252     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264253     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264254     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264255     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264256     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264257     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264258     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264259     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264260     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264261     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264262     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264263     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264264     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264265     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264266     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264267     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264268     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264269     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264270     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264271     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264272     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264273     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264274     4  0.2179    0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264275     3  0.0000    0.96142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264276     3  0.0566    0.94856 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1264277     3  0.0898    0.93583 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1264278     3  0.0162    0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264279     3  0.0451    0.95271 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264280     3  0.0566    0.94862 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1264281     3  0.0451    0.95933 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1264282     3  0.0162    0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264283     3  0.1579    0.89369 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> SRR1264284     3  0.0162    0.95915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264285     3  0.0451    0.95283 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1264286     3  0.0162    0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264287     3  0.0290    0.96443 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264288     3  0.0912    0.93390 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1264289     3  0.0671    0.94381 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1264290     3  0.0162    0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264291     3  0.0324    0.96162 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1264292     3  0.0451    0.95259 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264293     3  0.1216    0.91736 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1264294     3  0.0162    0.95908 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264295     3  0.0451    0.95268 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264296     3  0.0000    0.96142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264298     3  0.0703    0.96729 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264299     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264300     3  0.0880    0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264301     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264302     3  0.1478    0.91868 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1264303     3  0.0880    0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264304     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264305     3  0.0880    0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264306     3  0.1043    0.95438 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1264307     3  0.0880    0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264308     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264309     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264310     3  0.0880    0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264311     3  0.0703    0.96729 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264312     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264313     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264314     3  0.0880    0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264315     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264316     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264317     3  0.1671    0.89845 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1264318     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264319     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264320     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264321     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264322     3  0.1121    0.94887 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264323     3  0.0794    0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264324     3  0.0880    0.96420 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264325     4  0.4227    0.68431 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1264326     4  0.4150    0.70255 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1264327     4  0.4242    0.67751 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264328     4  0.4302    0.58533 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1264329     4  0.4249    0.67276 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264330     4  0.4101    0.70959 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1264331     4  0.4242    0.67726 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264332     4  0.4300    0.59544 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1264333     4  0.4192    0.69416 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1264334     4  0.4249    0.67265 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264335     4  0.4268    0.65530 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264336     4  0.4256    0.66662 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264337     4  0.4278    0.64238 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1264338     4  0.3966    0.72133 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1264339     4  0.4235    0.68062 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1264340     4  0.4268    0.65581 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264341     4  0.4262    0.66243 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264342     4  0.4302    0.58630 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1264343     4  0.4227    0.68455 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1264344     4  0.4227    0.68448 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1264345     4  0.3684    0.73400 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1264346     4  0.4256    0.66723 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264347     4  0.4249    0.67242 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264348     4  0.4235    0.68122 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1264349     4  0.4242    0.67732 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264350     4  0.4045    0.71554 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264351     4  0.4291    0.61966 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1264352     4  0.4302    0.58565 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.4339     0.9719 0.000 0.040 0.040 0.000 0.748 0.172
#> SRR1264041     5  0.4096     0.9815 0.000 0.028 0.024 0.000 0.744 0.204
#> SRR1264042     5  0.4184     0.9844 0.000 0.032 0.028 0.000 0.744 0.196
#> SRR1264043     5  0.4142     0.9830 0.000 0.028 0.028 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264044     5  0.4139     0.9820 0.000 0.032 0.024 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264045     5  0.4300     0.9787 0.000 0.040 0.032 0.000 0.744 0.184
#> SRR1264046     5  0.4226     0.9846 0.000 0.032 0.032 0.000 0.744 0.192
#> SRR1264047     5  0.4302     0.9818 0.000 0.036 0.036 0.000 0.744 0.184
#> SRR1264048     5  0.4096     0.9803 0.000 0.028 0.024 0.000 0.744 0.204
#> SRR1264049     5  0.4139     0.9808 0.000 0.024 0.032 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264050     5  0.4141     0.9455 0.000 0.012 0.060 0.000 0.752 0.176
#> SRR1264051     5  0.4264     0.9847 0.000 0.032 0.036 0.000 0.744 0.188
#> SRR1264052     5  0.4259     0.9821 0.000 0.028 0.040 0.000 0.744 0.188
#> SRR1264053     5  0.4184     0.9842 0.000 0.028 0.032 0.000 0.744 0.196
#> SRR1264054     5  0.4125     0.9763 0.000 0.024 0.028 0.000 0.740 0.208
#> SRR1264055     5  0.4139     0.9814 0.000 0.032 0.024 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264056     5  0.4332     0.9792 0.000 0.032 0.044 0.000 0.744 0.180
#> SRR1264057     5  0.4264     0.9847 0.000 0.032 0.036 0.000 0.744 0.188
#> SRR1264058     5  0.4302     0.9818 0.000 0.036 0.036 0.000 0.744 0.184
#> SRR1264059     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264060     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264061     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264062     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264063     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264064     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264065     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264066     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264067     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264068     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264069     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264070     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264071     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264072     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264073     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264074     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264075     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264076     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264077     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264078     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264079     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264080     2  0.0260     0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264081     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264082     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264083     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264084     2  0.3244     0.6703 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1264085     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264086     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264087     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264088     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264089     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264090     2  0.1663     0.9138 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1264091     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264092     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264093     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264094     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264095     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264096     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264097     2  0.2941     0.7520 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264098     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264099     2  0.0260     0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264100     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264101     2  0.1387     0.9327 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1264102     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264103     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264104     2  0.0146     0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0146     0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0146     0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0146     0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264118     2  0.0146     0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     6  0.2191     0.8719 0.120 0.000 0.000 0.000 0.004 0.876
#> SRR1264130     6  0.2346     0.8724 0.124 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868
#> SRR1264131     6  0.2593     0.8754 0.148 0.000 0.000 0.000 0.008 0.844
#> SRR1264132     6  0.2302     0.8720 0.120 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872
#> SRR1264133     6  0.2814     0.8661 0.172 0.000 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1264134     6  0.1958     0.8599 0.100 0.000 0.000 0.000 0.004 0.896
#> SRR1264135     6  0.2454     0.8832 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264136     6  0.2772     0.8520 0.180 0.000 0.000 0.000 0.004 0.816
#> SRR1264137     6  0.2389     0.8753 0.128 0.000 0.000 0.000 0.008 0.864
#> SRR1264138     6  0.2531     0.8765 0.132 0.000 0.000 0.000 0.012 0.856
#> SRR1264139     6  0.3104     0.8739 0.184 0.000 0.000 0.000 0.016 0.800
#> SRR1264140     6  0.2454     0.8828 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264141     6  0.2302     0.8714 0.120 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872
#> SRR1264142     6  0.2527     0.8770 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1264143     6  0.2805     0.8670 0.184 0.000 0.000 0.000 0.004 0.812
#> SRR1264144     6  0.2562     0.8727 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1264145     1  0.4040     0.5330 0.688 0.000 0.000 0.000 0.032 0.280
#> SRR1264146     1  0.3933     0.5759 0.716 0.000 0.000 0.000 0.036 0.248
#> SRR1264147     1  0.3848     0.6075 0.736 0.000 0.000 0.000 0.040 0.224
#> SRR1264148     1  0.4731     0.2221 0.524 0.000 0.000 0.000 0.048 0.428
#> SRR1264149     1  0.4676     0.2403 0.528 0.000 0.000 0.000 0.044 0.428
#> SRR1264150     1  0.3794     0.6039 0.744 0.000 0.000 0.000 0.040 0.216
#> SRR1264151     1  0.4172     0.5378 0.680 0.000 0.000 0.000 0.040 0.280
#> SRR1264152     1  0.4378     0.4647 0.632 0.000 0.000 0.000 0.040 0.328
#> SRR1264153     1  0.3865     0.5777 0.720 0.000 0.000 0.000 0.032 0.248
#> SRR1264154     1  0.4689     0.1676 0.516 0.000 0.000 0.000 0.044 0.440
#> SRR1264155     1  0.3606     0.5744 0.728 0.000 0.000 0.000 0.016 0.256
#> SRR1264156     1  0.3998     0.5723 0.712 0.000 0.000 0.000 0.040 0.248
#> SRR1264157     1  0.4110     0.5483 0.692 0.000 0.000 0.000 0.040 0.268
#> SRR1264158     1  0.4210     0.5249 0.672 0.000 0.000 0.000 0.040 0.288
#> SRR1264159     1  0.3860     0.5880 0.728 0.000 0.000 0.000 0.036 0.236
#> SRR1264160     1  0.4229     0.5145 0.668 0.000 0.000 0.000 0.040 0.292
#> SRR1264161     1  0.4704     0.0708 0.488 0.000 0.000 0.000 0.044 0.468
#> SRR1264162     1  0.3794     0.5787 0.724 0.000 0.000 0.000 0.028 0.248
#> SRR1264163     1  0.3539     0.6086 0.756 0.000 0.000 0.000 0.024 0.220
#> SRR1264164     1  0.3860     0.5902 0.728 0.000 0.000 0.000 0.036 0.236
#> SRR1264165     6  0.4569     0.2800 0.396 0.000 0.000 0.000 0.040 0.564
#> SRR1264166     1  0.4065     0.5009 0.672 0.000 0.000 0.000 0.028 0.300
#> SRR1264167     1  0.4265     0.4896 0.660 0.000 0.000 0.000 0.040 0.300
#> SRR1264168     1  0.4229     0.5263 0.668 0.000 0.000 0.000 0.040 0.292
#> SRR1264169     1  0.0551     0.7162 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1264170     1  0.0146     0.7196 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0291     0.7187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264172     1  0.0405     0.7176 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1264173     1  0.0291     0.7190 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0291     0.7187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264175     1  0.0436     0.7201 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1264176     1  0.0405     0.7189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264177     1  0.1503     0.7033 0.944 0.000 0.000 0.008 0.032 0.016
#> SRR1264178     1  0.0291     0.7207 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0520     0.7157 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264180     1  0.0520     0.7183 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264181     1  0.0653     0.7181 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1264182     1  0.0520     0.7157 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264183     1  0.0508     0.7189 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264184     1  0.3368     0.6230 0.828 0.000 0.004 0.028 0.124 0.016
#> SRR1264185     1  0.0436     0.7183 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1264186     1  0.0665     0.7147 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1264187     1  0.0520     0.7157 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264188     1  0.0964     0.7118 0.968 0.000 0.000 0.004 0.012 0.016
#> SRR1264189     1  0.0405     0.7189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264190     1  0.0260     0.7182 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264191     1  0.0405     0.7189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264192     1  0.0790     0.7230 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264193     1  0.0935     0.7229 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264194     1  0.0865     0.7224 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264195     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264196     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264197     1  0.1010     0.7222 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1264198     1  0.0713     0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264199     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264200     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264201     1  0.1082     0.7214 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264202     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264203     1  0.0713     0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264204     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264205     1  0.0790     0.7230 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264206     1  0.1010     0.7222 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1264207     1  0.0935     0.7230 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264208     1  0.0937     0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264209     1  0.0790     0.7230 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264210     1  0.0713     0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264211     1  0.0713     0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264212     6  0.3904     0.8264 0.232 0.000 0.000 0.004 0.032 0.732
#> SRR1264213     6  0.2762     0.8133 0.092 0.000 0.000 0.000 0.048 0.860
#> SRR1264214     6  0.3134     0.8747 0.168 0.000 0.000 0.000 0.024 0.808
#> SRR1264215     6  0.2988     0.8657 0.152 0.000 0.000 0.000 0.024 0.824
#> SRR1264216     6  0.3176     0.8577 0.156 0.000 0.000 0.000 0.032 0.812
#> SRR1264217     6  0.3789     0.7937 0.260 0.000 0.000 0.000 0.024 0.716
#> SRR1264218     6  0.2473     0.8718 0.136 0.000 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR1264219     6  0.3062     0.8664 0.160 0.000 0.000 0.000 0.024 0.816
#> SRR1264220     6  0.2436     0.8152 0.088 0.000 0.000 0.000 0.032 0.880
#> SRR1264221     1  0.6676     0.2455 0.460 0.004 0.064 0.036 0.384 0.052
#> SRR1264222     6  0.3488     0.8585 0.184 0.000 0.000 0.000 0.036 0.780
#> SRR1264223     6  0.3614     0.8272 0.220 0.000 0.000 0.000 0.028 0.752
#> SRR1264224     6  0.3417     0.8626 0.160 0.000 0.000 0.000 0.044 0.796
#> SRR1264225     6  0.2312     0.8631 0.112 0.000 0.000 0.000 0.012 0.876
#> SRR1264226     6  0.3766     0.7422 0.304 0.000 0.000 0.000 0.012 0.684
#> SRR1264227     6  0.3134     0.8710 0.144 0.000 0.000 0.000 0.036 0.820
#> SRR1264228     6  0.4993     0.4048 0.396 0.000 0.004 0.008 0.044 0.548
#> SRR1264229     6  0.3342     0.8535 0.228 0.000 0.000 0.000 0.012 0.760
#> SRR1264230     1  0.6591     0.3663 0.448 0.000 0.004 0.368 0.076 0.104
#> SRR1264231     1  0.6569     0.4251 0.484 0.000 0.000 0.308 0.076 0.132
#> SRR1264232     4  0.5965     0.4977 0.124 0.000 0.004 0.632 0.156 0.084
#> SRR1264233     1  0.6707     0.3995 0.456 0.000 0.004 0.340 0.076 0.124
#> SRR1264234     1  0.6719     0.3349 0.424 0.000 0.004 0.376 0.076 0.120
#> SRR1264235     4  0.6788    -0.2059 0.360 0.000 0.004 0.428 0.076 0.132
#> SRR1264236     1  0.6580     0.2982 0.420 0.000 0.004 0.400 0.076 0.100
#> SRR1264237     1  0.6831     0.3705 0.428 0.000 0.004 0.352 0.076 0.140
#> SRR1264238     4  0.6734    -0.2799 0.384 0.000 0.000 0.396 0.072 0.148
#> SRR1264239     1  0.6846     0.3845 0.432 0.000 0.004 0.344 0.076 0.144
#> SRR1264240     1  0.6680     0.3364 0.428 0.000 0.004 0.376 0.072 0.120
#> SRR1264241     1  0.6722     0.3239 0.420 0.000 0.004 0.380 0.076 0.120
#> SRR1264242     1  0.6561     0.3495 0.436 0.000 0.000 0.372 0.076 0.116
#> SRR1264243     1  0.6827     0.3880 0.440 0.000 0.000 0.312 0.076 0.172
#> SRR1264244     4  0.4931     0.6384 0.052 0.000 0.004 0.716 0.168 0.060
#> SRR1264245     1  0.6860     0.3859 0.436 0.000 0.004 0.336 0.076 0.148
#> SRR1264246     1  0.6788     0.3593 0.428 0.000 0.004 0.360 0.076 0.132
#> SRR1264247     4  0.6661    -0.2086 0.376 0.000 0.004 0.432 0.076 0.112
#> SRR1264248     1  0.6727     0.3673 0.440 0.000 0.004 0.360 0.088 0.108
#> SRR1264249     1  0.6567     0.4180 0.480 0.000 0.004 0.332 0.076 0.108
#> SRR1264250     1  0.7010     0.3068 0.384 0.000 0.004 0.368 0.080 0.164
#> SRR1264251     1  0.6630     0.3944 0.448 0.000 0.000 0.348 0.080 0.124
#> SRR1264252     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0547     0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0547     0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0547     0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0547     0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0547     0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0458     0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0547     0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264275     3  0.0405     0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264276     3  0.0260     0.9841 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264277     3  0.0405     0.9837 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264278     3  0.0405     0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264279     3  0.0291     0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264280     3  0.0146     0.9843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264281     3  0.0405     0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264282     3  0.0291     0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264283     3  0.0260     0.9841 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264284     3  0.0520     0.9887 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264285     3  0.0291     0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264286     3  0.0520     0.9887 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264287     3  0.0260     0.9896 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264288     3  0.0260     0.9896 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264289     3  0.0508     0.9826 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1264290     3  0.0520     0.9887 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264291     3  0.0291     0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264292     3  0.0551     0.9871 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1264293     3  0.0405     0.9868 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264294     3  0.0405     0.9868 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264295     3  0.0405     0.9868 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264296     3  0.0405     0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264297     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264298     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264299     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264300     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264301     3  0.0717     0.9886 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1264302     3  0.0806     0.9814 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1264303     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264304     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264305     3  0.0717     0.9886 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1264306     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264307     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264308     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264309     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264310     3  0.0508     0.9879 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264311     3  0.0405     0.9895 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264312     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264313     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264314     3  0.0458     0.9887 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264316     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264317     3  0.0692     0.9836 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1264318     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264319     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264320     3  0.0603     0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264321     3  0.0508     0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264322     3  0.0603     0.9873 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264323     3  0.0508     0.9879 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264324     3  0.0717     0.9886 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1264325     4  0.2006     0.8928 0.000 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1264326     4  0.1908     0.8963 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR1264327     4  0.2020     0.8956 0.000 0.000 0.096 0.896 0.008 0.000
#> SRR1264328     4  0.2482     0.8555 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004 0.000
#> SRR1264329     4  0.2257     0.8844 0.000 0.000 0.116 0.876 0.008 0.000
#> SRR1264330     4  0.2056     0.8974 0.000 0.000 0.080 0.904 0.012 0.004
#> SRR1264331     4  0.2100     0.8883 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004 0.000
#> SRR1264332     4  0.2146     0.8853 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR1264333     4  0.1858     0.8965 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR1264334     4  0.2006     0.8928 0.000 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1264335     4  0.2146     0.8854 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR1264336     4  0.2006     0.8927 0.000 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1264337     4  0.2053     0.8909 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1264338     4  0.1524     0.8987 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008 0.000
#> SRR1264339     4  0.2053     0.8912 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1264340     4  0.2053     0.8906 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1264341     4  0.2257     0.8838 0.000 0.000 0.116 0.876 0.008 0.000
#> SRR1264342     4  0.2191     0.8825 0.000 0.000 0.120 0.876 0.004 0.000
#> SRR1264343     4  0.1958     0.8954 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1264344     4  0.1806     0.8971 0.000 0.000 0.088 0.908 0.004 0.000
#> SRR1264345     4  0.1528     0.8974 0.000 0.000 0.048 0.936 0.016 0.000
#> SRR1264346     4  0.2070     0.8937 0.000 0.000 0.100 0.892 0.008 0.000
#> SRR1264347     4  0.2100     0.8884 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004 0.000
#> SRR1264348     4  0.1958     0.8944 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1264349     4  0.1958     0.8948 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1264350     4  0.1812     0.8983 0.000 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> SRR1264351     4  0.2146     0.8854 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR1264352     4  0.2473     0.8667 0.000 0.000 0.136 0.856 0.008 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.994       0.998        0.33918 0.662   0.662
#> 3 3 0.610           0.686       0.840        0.43270 0.985   0.977
#> 4 4 0.609           0.917       0.838        0.05746 0.700   0.541
#> 5 5 0.686           0.934       0.951        0.20973 0.994   0.984
#> 6 6 0.682           0.932       0.951        0.00248 0.999   0.996

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264060     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264061     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264062     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264063     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264064     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264065     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264066     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264067     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264068     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264069     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264070     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264071     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264072     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264073     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264074     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264075     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264076     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264077     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264078     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264079     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264080     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264081     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264082     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264083     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264084     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264086     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264087     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264088     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264089     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264090     1   0.998     0.0848 0.524 0.476
#> SRR1264091     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264092     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264093     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264094     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264095     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264096     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264097     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264099     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264100     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264101     2   0.738     0.7363 0.208 0.792
#> SRR1264102     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264103     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264104     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264105     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264106     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264107     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264108     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264109     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264110     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264111     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264112     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264113     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264114     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264115     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264116     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264117     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264118     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264119     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264120     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264121     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264122     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264123     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264124     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264125     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264126     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264127     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264128     2   0.000     0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264129     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264252     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264253     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264254     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264255     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264256     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264257     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264258     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264259     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264260     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264261     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264262     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264263     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264264     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264265     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264266     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264267     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264268     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264269     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264270     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264271     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264272     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264273     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264274     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264275     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264276     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264277     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264278     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264279     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264280     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264281     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264282     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264283     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264284     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264285     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264286     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264287     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264288     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264289     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264290     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264291     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264292     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264293     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264294     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264295     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264296     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264297     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264298     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264299     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264300     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264301     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264302     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264303     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264304     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264305     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264306     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264307     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264308     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264309     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264310     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264311     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264312     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264313     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264314     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264315     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264316     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264317     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264318     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264319     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264320     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264321     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264322     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264323     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264324     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264325     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264326     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264327     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264328     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264329     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264330     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264331     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264332     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264333     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264334     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264335     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264336     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264337     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264338     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264339     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264340     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264341     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264342     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264343     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264344     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264345     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264346     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264347     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264348     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264349     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264350     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264351     1   0.000     0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264352     1   0.000     0.9980 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264041     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264042     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264043     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264044     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264045     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264046     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264047     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264048     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264049     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264050     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264051     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264052     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264053     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264054     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264055     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264056     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264057     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264058     1   0.533      0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264059     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     3   0.460      0.417 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264085     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     3   0.915     -0.337 0.148 0.380 0.472
#> SRR1264091     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     3   0.460      0.417 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264098     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2   0.691      0.668 0.092 0.728 0.180
#> SRR1264102     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264130     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264131     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264132     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264133     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264134     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264135     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264136     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264137     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264138     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264139     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264140     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264141     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264142     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264143     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264144     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264145     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264146     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264147     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264148     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264149     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264150     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264151     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264152     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264153     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264154     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264155     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264156     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264157     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264158     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264159     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264160     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264161     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264162     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264163     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264164     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264165     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264166     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264167     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264168     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264169     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264170     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264171     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264172     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264173     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264174     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264175     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264176     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264177     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264178     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264179     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264180     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264181     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264182     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264183     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264184     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264185     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264186     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264187     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264188     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264189     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264190     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264191     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264192     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264193     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264194     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264195     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264196     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264197     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264198     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264199     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264200     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264201     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264202     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264203     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264204     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264205     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264206     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264207     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264208     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264209     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264210     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264211     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264212     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264213     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264214     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264215     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264216     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264217     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264218     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264219     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264220     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264221     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264222     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264223     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264224     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264225     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264226     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264227     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264228     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264229     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264230     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264231     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264232     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264233     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264234     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264235     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264236     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264237     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264238     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264239     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264240     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264241     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264242     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264243     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264244     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264245     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264246     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264247     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264248     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264249     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264250     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264251     1   0.619      0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264252     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264276     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264277     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264278     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264279     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264280     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264281     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264282     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264283     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264284     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264285     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264286     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264287     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264288     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264289     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264290     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264291     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264292     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264293     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264294     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264295     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264296     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264297     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264298     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264299     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264300     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264301     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264302     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264303     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264304     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264305     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264306     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264307     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264308     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264309     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264310     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264311     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264312     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264313     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264314     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264315     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264316     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264317     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264318     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264319     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264320     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264321     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264322     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264323     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264324     1   0.312      0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264325     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352     1   0.000      0.593 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264041     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264042     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264043     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264044     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264045     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264046     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264047     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264048     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264049     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264052     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264053     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264054     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264055     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264056     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264057     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264058     1   0.302      0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     1   0.531      0.167 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR1264085     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     4   0.000      0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264091     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     1   0.531      0.167 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR1264098     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2   0.494      0.227 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264102     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264253     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264254     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264255     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264256     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264257     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264258     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264259     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264260     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264261     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264262     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264263     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264264     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264265     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264266     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264267     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264268     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264269     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264270     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264271     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264272     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264273     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264274     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264275     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264276     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264277     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264278     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264279     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264280     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264281     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264282     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264283     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264284     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264285     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264286     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264287     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264288     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264289     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264290     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264291     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264292     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264293     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264294     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264295     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264296     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264297     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264298     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264299     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264300     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264301     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264302     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264303     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264304     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264305     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264306     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264307     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264308     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264309     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264310     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264311     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264312     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264313     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264314     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264315     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264316     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264317     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264318     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264319     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264320     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264321     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264322     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264323     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264324     3   0.478      0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264325     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264326     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264327     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264328     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264329     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264330     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264331     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264332     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264333     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264334     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264335     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264336     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264337     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264338     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264339     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264340     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264341     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264342     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264343     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264344     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264345     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264346     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264347     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264348     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264349     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264350     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264351     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264352     3   0.500      0.929 0.496 0.000 0.504 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.2929      0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.0000      0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264085     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     4  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.0324      0.966 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1264098     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.4256      0.227 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264253     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264254     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264255     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264256     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264257     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264258     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264259     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264260     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264261     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264262     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264263     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264264     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264265     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264266     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264267     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264268     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264269     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264270     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264271     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264272     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264273     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264274     3  0.2732      0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264275     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264276     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264277     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264278     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264279     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264280     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264281     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264282     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264283     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264284     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264285     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264286     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264287     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264288     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264289     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264290     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264291     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264292     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264293     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264294     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264295     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264296     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0162      0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264325     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264331     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264334     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264338     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264339     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264346     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264348     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264351     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.2690      0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1   p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.263      0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     5   0.377      0.625 0.000 0.00 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1264085     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     6   0.377      0.000 0.000 0.00 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1264091     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     5   0.000      0.625 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     3   0.320      0.000 0.000 0.26 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264253     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264254     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264255     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264256     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264257     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264258     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264259     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264260     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264261     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264262     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264263     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264264     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264265     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264266     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264267     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264268     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264269     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264270     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264271     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264272     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264273     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264274     4   0.242      0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264275     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264276     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264277     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264278     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264279     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264280     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264281     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264282     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264283     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264284     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264285     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264286     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264287     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264288     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264289     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264290     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264291     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264292     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264293     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264294     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264295     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264296     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264297     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264318     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     4   0.000      0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264326     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264327     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264328     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264329     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264330     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264331     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264332     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264333     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264334     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264335     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264336     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264337     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264338     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264339     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264340     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264341     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264342     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264343     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264344     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264345     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264346     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264347     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264348     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264349     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264350     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264351     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264352     4   0.238      0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.984       0.979         0.3388 0.662   0.662
#> 3 3 0.654           0.935       0.899         0.6943 0.700   0.547
#> 4 4 0.671           0.762       0.855         0.1811 0.997   0.992
#> 5 5 0.704           0.745       0.801         0.0753 0.947   0.852
#> 6 6 0.695           0.551       0.635         0.0573 0.898   0.698

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264041     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264042     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264043     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264044     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264045     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264046     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264047     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264048     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264049     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264050     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264051     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264052     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264053     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264054     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264055     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264056     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264057     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264058     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264059     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264060     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264061     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264062     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264063     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264064     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264065     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264066     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264067     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264068     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264069     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264070     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264071     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264072     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264073     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264074     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264075     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264076     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264077     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264078     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264079     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264080     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264081     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264082     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264083     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264084     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264085     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264086     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264087     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264088     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264089     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264090     1  0.0938      0.983 0.988 0.012
#> SRR1264091     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264092     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264093     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264094     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264095     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264096     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264097     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264098     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264099     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264100     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264101     2  0.2603      0.996 0.044 0.956
#> SRR1264102     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264103     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264104     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264105     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264106     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264107     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264108     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264109     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264110     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264111     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264112     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264113     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264114     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264115     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264116     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264117     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264118     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264119     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264120     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264121     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264122     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264123     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264124     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264125     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264126     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264127     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264128     2  0.2423      1.000 0.040 0.960
#> SRR1264129     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264130     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264131     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264132     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264133     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264134     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264135     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264136     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264137     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264138     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264139     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264140     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264141     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264142     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264143     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264144     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264145     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264146     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264147     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264148     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264149     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264150     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264151     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264152     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264153     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264154     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264155     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264156     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264157     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264158     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264159     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264160     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264161     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264162     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264163     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264164     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264165     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264166     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264167     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264168     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264169     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264170     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264171     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264172     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264173     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264174     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264175     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264176     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264177     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264178     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264179     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264180     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264181     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264182     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264183     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264184     1  0.1414      0.982 0.980 0.020
#> SRR1264185     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264186     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264187     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264188     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264189     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264190     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264191     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264192     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264193     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264194     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264195     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264196     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264197     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264198     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264199     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264200     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264201     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264202     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264203     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264204     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264205     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264206     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264207     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264208     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264209     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264210     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264211     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264212     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264213     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264214     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264215     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264216     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264217     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264218     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264219     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264220     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264221     1  0.1414      0.982 0.980 0.020
#> SRR1264222     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264223     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264224     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264225     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264226     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264227     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264228     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264229     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264230     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264231     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264232     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264233     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264234     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264235     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264236     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264237     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264238     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264239     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264240     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264241     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264242     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264243     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264244     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264245     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264246     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264247     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264248     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264249     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264250     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264251     1  0.0672      0.985 0.992 0.008
#> SRR1264252     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264253     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264267     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264268     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      0.984 1.000 0.000
#> SRR1264275     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264276     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264277     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264278     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264279     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264280     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264281     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264282     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264283     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264284     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264285     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264286     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264287     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264288     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264289     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264290     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264291     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264292     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264293     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264294     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264295     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264296     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264297     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264298     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264299     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264300     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264301     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264302     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264303     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264304     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264305     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264306     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264307     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264308     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264309     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264310     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264311     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264312     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264313     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264314     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264315     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264316     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264317     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264318     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264319     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264320     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264321     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264322     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264323     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264324     1  0.2423      0.967 0.960 0.040
#> SRR1264325     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264326     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264327     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264328     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264329     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264330     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264331     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264332     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264333     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264334     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264335     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264336     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264337     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264338     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264339     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264340     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264341     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264342     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264343     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264344     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264345     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264346     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264347     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264348     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264349     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264350     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264351     1  0.2043      0.972 0.968 0.032
#> SRR1264352     1  0.2043      0.972 0.968 0.032

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264041     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264042     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264043     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264044     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264045     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264046     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264047     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264048     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264049     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264050     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264051     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264052     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264053     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264054     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264055     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264056     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264057     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264058     1  0.1411      0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264059     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264060     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264061     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264062     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264063     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264064     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264065     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264066     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264067     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264068     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264069     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264070     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264071     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264072     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264073     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264074     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264075     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264076     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264077     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264078     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264079     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264080     2  0.1753      0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264081     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264082     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264083     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264084     1  0.2796      0.885 0.908 0.000 0.092
#> SRR1264085     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264086     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264087     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264088     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264089     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264090     1  0.7316      0.611 0.704 0.112 0.184
#> SRR1264091     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264092     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264093     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264094     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264095     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264096     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264097     1  0.2796      0.885 0.908 0.000 0.092
#> SRR1264098     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264099     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264100     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264101     2  0.2711      0.954 0.000 0.912 0.088
#> SRR1264102     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264103     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264104     2  0.1860      0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264105     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264137     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0747      0.971 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264143     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264178     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264185     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264189     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264222     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264229     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264233     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.1964      0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264245     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.6267      0.680 0.452 0.000 0.548
#> SRR1264253     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264254     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264255     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264256     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264257     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264258     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264259     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264260     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264261     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264262     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264263     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264264     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264265     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264266     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264267     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264268     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264269     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264270     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264271     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264272     3  0.6252      0.692 0.444 0.000 0.556
#> SRR1264273     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264274     3  0.6274      0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264275     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264276     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264277     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264278     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264279     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264280     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264281     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264282     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264283     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264284     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264285     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264286     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264287     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264288     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264289     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264290     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264291     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264292     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264293     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264294     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264295     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264296     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264297     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264298     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264299     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264300     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264301     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264302     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264303     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264304     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264305     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264306     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264307     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264308     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264309     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264310     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264311     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264312     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264313     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264314     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264315     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264316     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264317     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264318     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264319     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264320     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264321     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264322     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264323     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264324     3  0.4452      0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264325     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264326     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264327     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264328     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264329     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264330     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264331     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264332     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264333     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264334     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264335     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264336     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264337     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264338     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264339     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264340     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264341     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264342     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264343     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264344     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264345     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264346     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264347     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264348     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264349     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264350     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264351     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264352     3  0.5016      0.914 0.240 0.000 0.760

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264041     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264042     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264043     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264044     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264045     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264046     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264047     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264048     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264049     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264050     1  0.5047     0.5220 0.668 0.000 0.016 0.316
#> SRR1264051     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264052     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264053     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264054     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264055     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264056     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264057     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264058     1  0.6259     0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264059     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264060     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264061     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264062     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264063     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264064     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264065     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264066     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264067     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264068     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264069     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264070     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264071     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264072     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264073     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264074     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264075     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264076     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264077     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264078     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264079     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264080     2  0.2363     0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264081     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264082     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264083     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264084     1  0.6605    -0.0879 0.480 0.000 0.080 0.440
#> SRR1264085     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264086     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264087     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264088     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264089     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264090     4  0.7477     0.0000 0.140 0.036 0.224 0.600
#> SRR1264091     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264092     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264093     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264094     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264095     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264096     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264097     1  0.6655    -0.1058 0.476 0.000 0.084 0.440
#> SRR1264098     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264099     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264100     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264101     2  0.4313     0.7562 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1264102     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264103     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264104     2  0.2530     0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264130     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264131     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264132     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264133     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264134     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264135     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264136     1  0.2773     0.8187 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR1264137     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264138     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264139     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264140     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264141     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264142     1  0.1792     0.8390 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264143     1  0.1716     0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264144     1  0.1557     0.8434 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264145     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264146     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264147     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264148     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264149     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264150     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264151     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264152     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264153     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264154     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264155     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264156     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264157     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264158     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264159     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264160     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264161     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264162     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264163     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264164     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264165     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264166     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264167     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264168     1  0.0188     0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264169     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264170     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264171     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264172     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264173     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264174     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264175     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264176     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264177     1  0.3945     0.7699 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1264178     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264179     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264180     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264181     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264182     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264183     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264184     1  0.4606     0.6999 0.724 0.000 0.012 0.264
#> SRR1264185     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264186     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264187     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264188     1  0.3208     0.8087 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1264189     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264190     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264191     1  0.2530     0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264192     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264193     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264194     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264195     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264196     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264197     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264198     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264199     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264200     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264201     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264202     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264203     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264204     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264205     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264206     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264207     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264208     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264209     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264210     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264211     1  0.2345     0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264212     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264213     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264214     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264215     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264216     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264217     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264218     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264219     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264220     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264221     1  0.4420     0.7097 0.748 0.000 0.012 0.240
#> SRR1264222     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264223     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264224     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264225     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264226     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264227     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264228     1  0.3355     0.7920 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR1264229     1  0.1637     0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264230     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264231     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264232     1  0.1209     0.8516 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264233     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264234     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264235     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264236     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264237     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264238     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264239     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264240     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264241     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264242     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264243     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264244     1  0.3257     0.7962 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1264245     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264246     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264247     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264248     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264249     1  0.1792     0.8259 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264250     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264251     1  0.1940     0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264252     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264253     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264254     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264255     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264256     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264257     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264258     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264259     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264260     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264261     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264262     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264263     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264264     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264265     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264266     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264267     3  0.6248     0.4538 0.224 0.000 0.656 0.120
#> SRR1264268     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264269     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264270     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264271     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264272     3  0.6134     0.4752 0.216 0.000 0.668 0.116
#> SRR1264273     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264274     3  0.6198     0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264275     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264276     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264277     3  0.4181     0.7296 0.052 0.000 0.820 0.128
#> SRR1264278     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264279     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264280     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264281     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264282     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264283     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264284     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264285     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264286     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264287     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264288     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264289     3  0.4387     0.7241 0.052 0.000 0.804 0.144
#> SRR1264290     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264291     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264292     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264293     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264294     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264295     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264296     3  0.4234     0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264297     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264298     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264299     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264300     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264301     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264302     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264303     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264304     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264305     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264306     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264307     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264308     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264309     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264310     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264311     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264312     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264313     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264314     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264315     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264316     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264317     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264318     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264319     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264320     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264321     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264322     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264323     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264324     3  0.4799     0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264325     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264326     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264327     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264328     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264329     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264330     3  0.2256     0.7548 0.056 0.000 0.924 0.020
#> SRR1264331     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264332     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264333     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264334     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264335     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264336     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264337     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264338     3  0.2660     0.7487 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR1264339     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264340     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264341     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264342     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264343     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264344     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264345     3  0.2660     0.7487 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR1264346     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264347     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264348     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264349     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264350     3  0.2142     0.7567 0.056 0.000 0.928 0.016
#> SRR1264351     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264352     3  0.1557     0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4    p5
#> SRR1264040     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264041     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264042     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264043     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264044     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264045     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264046     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264047     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264048     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264049     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264050     5  0.5211      0.777 0.396 0.000 0.008 NA 0.564
#> SRR1264051     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264052     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264053     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264054     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264055     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264056     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264057     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264058     5  0.5435      0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264059     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264060     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264061     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264062     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264063     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264064     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264065     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264066     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264067     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264068     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264069     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264070     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264071     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264072     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264073     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264074     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264075     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264076     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264077     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264078     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264079     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264080     2  0.3272      0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264081     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264082     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264083     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264084     5  0.5576      0.651 0.220 0.000 0.032 NA 0.676
#> SRR1264085     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264086     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264087     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264088     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264089     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264090     5  0.6081      0.385 0.036 0.024 0.076 NA 0.680
#> SRR1264091     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264092     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264093     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264094     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264095     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264096     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264097     5  0.5576      0.651 0.220 0.000 0.032 NA 0.676
#> SRR1264098     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264099     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264100     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264101     2  0.6257      0.655 0.000 0.564 0.004 NA 0.212
#> SRR1264102     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264103     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264104     2  0.3489      0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264105     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264129     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264130     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264131     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264132     1  0.1942      0.697 0.920 0.000 0.000 NA 0.068
#> SRR1264133     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264134     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264135     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264136     1  0.3904      0.594 0.792 0.000 0.000 NA 0.156
#> SRR1264137     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264138     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264139     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264140     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264141     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264142     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264143     1  0.2069      0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264144     1  0.1809      0.704 0.928 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264145     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264146     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264147     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264148     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264149     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264150     1  0.0451      0.740 0.988 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264151     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264152     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264153     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264154     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264155     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264156     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264157     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264158     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264159     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264160     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264161     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264162     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264163     1  0.0451      0.740 0.988 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264164     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264165     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264166     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264167     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264168     1  0.0290      0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264169     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264170     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264171     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264172     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264173     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264174     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264175     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264176     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264177     1  0.6084      0.331 0.572 0.000 0.000 NA 0.220
#> SRR1264178     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264179     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264180     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264181     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264182     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264183     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264184     1  0.6237     -0.183 0.500 0.000 0.004 NA 0.364
#> SRR1264185     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264186     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264187     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264188     1  0.5459      0.538 0.644 0.000 0.000 NA 0.120
#> SRR1264189     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264190     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264191     1  0.4619      0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264192     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264193     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264194     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264195     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264196     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264197     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264198     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264199     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264200     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264201     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264202     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264203     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264204     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264205     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264206     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264207     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264208     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264209     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264210     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264211     1  0.4400      0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264212     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264213     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264214     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264215     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264216     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264217     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264218     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264219     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264220     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264221     1  0.5898     -0.181 0.548 0.000 0.004 NA 0.348
#> SRR1264222     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264223     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264224     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264225     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264226     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264227     1  0.2189      0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264228     1  0.5035      0.302 0.672 0.000 0.000 NA 0.252
#> SRR1264229     1  0.2130      0.695 0.908 0.000 0.000 NA 0.080
#> SRR1264230     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264231     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264232     1  0.2588      0.706 0.892 0.000 0.000 NA 0.048
#> SRR1264233     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264234     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264235     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264236     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264237     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264238     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264239     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264240     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264241     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264242     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264243     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264244     1  0.5035      0.297 0.672 0.000 0.000 NA 0.252
#> SRR1264245     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264246     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264247     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264248     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264249     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264250     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264251     1  0.3037      0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264252     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264253     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264254     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264255     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264256     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264257     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264258     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264259     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264260     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264261     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264262     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264263     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264264     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264265     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264266     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264267     3  0.5938      0.626 0.096 0.000 0.688 NA 0.136
#> SRR1264268     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264269     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264270     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264271     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264272     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264273     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264274     3  0.5897      0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264275     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264276     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264277     3  0.4280      0.762 0.016 0.000 0.796 NA 0.112
#> SRR1264278     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264279     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264280     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264281     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264282     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264283     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264284     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264285     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264286     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264287     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264288     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264289     3  0.4752      0.745 0.016 0.000 0.756 NA 0.144
#> SRR1264290     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264291     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264292     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264293     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264294     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264295     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264296     3  0.4603      0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264297     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264298     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264299     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264300     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264301     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264302     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264303     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264304     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264305     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264306     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264307     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264308     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264309     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264310     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264311     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264312     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264313     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264314     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264315     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264316     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264317     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264318     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264319     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264320     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264321     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264322     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264323     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264324     3  0.4511      0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264325     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264326     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264327     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264328     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264329     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264330     3  0.0960      0.785 0.016 0.000 0.972 NA 0.008
#> SRR1264331     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264332     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264333     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264334     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264335     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264336     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264337     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264338     3  0.1372      0.780 0.016 0.000 0.956 NA 0.024
#> SRR1264339     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264340     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264341     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264342     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264343     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264344     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264345     3  0.1547      0.778 0.016 0.000 0.948 NA 0.032
#> SRR1264346     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264347     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264348     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264349     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264350     3  0.0798      0.786 0.016 0.000 0.976 NA 0.008
#> SRR1264351     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264352     3  0.0510      0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> SRR1264040     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264041     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264042     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264043     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264044     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264045     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264046     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264047     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264048     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264049     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264050     1  0.7213    -0.4451 0.376 0.000 0.324 0.000 0.188 NA
#> SRR1264051     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264052     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264053     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264054     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264055     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264056     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264057     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264058     1  0.7527    -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264059     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264060     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264061     2  0.3275     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.004 0.064 NA
#> SRR1264062     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264063     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264064     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264065     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264066     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264067     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264068     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264069     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264070     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264071     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264072     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264073     2  0.3275     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.004 0.064 NA
#> SRR1264074     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264075     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264076     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264077     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264078     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264079     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264080     2  0.3189     0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264081     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264082     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264083     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264084     5  0.7750     0.9107 0.140 0.000 0.280 0.012 0.340 NA
#> SRR1264085     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264086     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264087     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264088     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264089     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264090     5  0.7080     0.8407 0.080 0.000 0.180 0.004 0.372 NA
#> SRR1264091     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264092     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264093     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264094     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264095     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264096     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264097     5  0.7817     0.9110 0.140 0.000 0.276 0.016 0.340 NA
#> SRR1264098     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264099     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264100     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264101     2  0.6621     0.2496 0.000 0.440 0.044 0.000 0.204 NA
#> SRR1264102     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264103     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264104     2  0.3453     0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264105     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128     2  0.0000     0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264130     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264131     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264132     1  0.0291     0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264133     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264134     1  0.0291     0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264135     1  0.0291     0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264136     1  0.2019     0.3648 0.900 0.000 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1264137     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264138     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264139     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264140     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264141     1  0.0146     0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264142     1  0.0291     0.4363 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264143     1  0.0291     0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264144     1  0.0520     0.4298 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1264145     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264146     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264147     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264148     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264149     1  0.4094     0.2290 0.744 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> SRR1264150     1  0.4094     0.2263 0.744 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> SRR1264151     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264152     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264153     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264154     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264155     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264156     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264157     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264158     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264159     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264160     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264161     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264162     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264163     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264164     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264165     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264166     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264167     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264168     1  0.4061     0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264169     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264170     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264171     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264172     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264173     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264174     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264175     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264176     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264177     3  0.5905     0.4323 0.336 0.000 0.532 0.000 0.052 NA
#> SRR1264178     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264179     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264180     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264181     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264182     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264183     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264184     1  0.6557    -0.0878 0.456 0.000 0.352 0.000 0.104 NA
#> SRR1264185     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264186     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264187     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264188     3  0.5302     0.6623 0.364 0.000 0.552 0.000 0.020 NA
#> SRR1264189     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264190     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264191     3  0.4546     0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264192     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264193     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264194     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264195     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264196     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264197     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264198     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264199     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264200     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264201     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264202     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264203     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264204     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264205     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264206     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264207     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264208     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264209     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264210     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264211     3  0.3999     0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264212     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264213     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264214     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264215     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264216     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264217     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264218     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264219     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264220     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264221     1  0.6583    -0.0524 0.508 0.000 0.276 0.000 0.116 NA
#> SRR1264222     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264223     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264224     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264225     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264226     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264227     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264228     1  0.4667     0.2711 0.724 0.000 0.172 0.000 0.032 NA
#> SRR1264229     1  0.0777     0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264230     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264231     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264232     1  0.5678     0.1015 0.564 0.000 0.244 0.000 0.008 NA
#> SRR1264233     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264234     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264235     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264236     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264237     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264238     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264239     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264240     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264241     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264242     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264243     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264244     1  0.5842     0.2079 0.608 0.000 0.224 0.000 0.060 NA
#> SRR1264245     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264246     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264247     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264248     1  0.5614     0.2345 0.544 0.000 0.160 0.000 0.004 NA
#> SRR1264249     1  0.5600     0.2324 0.548 0.000 0.160 0.000 0.004 NA
#> SRR1264250     1  0.5600     0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264251     1  0.5614     0.2345 0.544 0.000 0.160 0.000 0.004 NA
#> SRR1264252     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264253     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264254     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264255     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264256     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264257     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264258     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264259     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264260     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264261     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264262     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264263     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264264     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264265     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264266     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264267     4  0.5002     0.4385 0.048 0.000 0.012 0.596 0.004 NA
#> SRR1264268     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264269     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264270     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264271     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264272     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264273     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264274     4  0.4919     0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264275     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264276     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264277     4  0.5613     0.5466 0.008 0.000 0.116 0.668 0.152 NA
#> SRR1264278     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264279     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264280     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264281     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264282     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264283     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264284     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264285     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264286     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264287     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264288     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264289     4  0.6042     0.5208 0.024 0.000 0.120 0.644 0.152 NA
#> SRR1264290     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264291     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264292     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264293     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264294     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264295     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264296     4  0.5518     0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264297     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264298     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264299     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264300     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264301     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264302     4  0.4211     0.5467 0.004 0.000 0.008 0.532 0.456 NA
#> SRR1264303     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264304     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264305     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264306     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264307     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264308     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264309     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264310     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264311     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264312     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264313     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264314     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264315     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264316     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264317     4  0.4211     0.5467 0.004 0.000 0.008 0.532 0.456 NA
#> SRR1264318     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264319     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264320     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264321     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264322     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264323     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264324     4  0.3986     0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264325     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264326     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264327     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264328     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264329     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264330     4  0.0665     0.6633 0.008 0.000 0.004 0.980 0.000 NA
#> SRR1264331     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264332     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264333     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264334     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264335     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264336     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264337     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264338     4  0.0862     0.6601 0.008 0.000 0.004 0.972 0.000 NA
#> SRR1264339     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264340     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264341     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264342     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264343     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264344     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264345     4  0.0862     0.6601 0.008 0.000 0.004 0.972 0.000 NA
#> SRR1264346     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264347     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264348     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264349     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264350     4  0.0551     0.6646 0.008 0.000 0.004 0.984 0.000 NA
#> SRR1264351     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264352     4  0.0260     0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.846           0.962       0.979         0.4082 0.576   0.576
#> 3 3 1.000           1.000       1.000         0.5663 0.703   0.519
#> 4 4 0.877           0.890       0.880         0.0765 0.963   0.898
#> 5 5 0.866           0.892       0.928         0.0819 0.943   0.824
#> 6 6 0.842           0.797       0.832         0.0505 1.000   1.000

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264253     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264254     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264255     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264256     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264257     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264258     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264259     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264260     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264261     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264262     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264263     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264264     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264265     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264266     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264267     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264268     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264269     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264270     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264271     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264272     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264273     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264274     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264275     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264276     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264277     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264278     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264279     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264280     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264281     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264282     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264283     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264284     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264285     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264286     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264287     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264288     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264289     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264290     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264291     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264292     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264293     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264294     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264295     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264296     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264297     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264298     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264299     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264300     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264301     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264302     1  0.9922     0.0589 0.552 0.448
#> SRR1264303     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264304     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264305     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264306     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264307     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264308     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264309     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264310     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264311     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264312     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264313     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264314     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264315     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264316     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264317     2  0.9922     0.3119 0.448 0.552
#> SRR1264318     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264319     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264320     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264321     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264322     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264323     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264324     2  0.7376     0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264325     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264326     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264327     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264328     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264329     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264330     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264331     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264332     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264333     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264334     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264335     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264336     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264337     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264338     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264339     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264340     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264341     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264342     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264343     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264344     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264345     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264346     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264347     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264348     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264349     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264350     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264351     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264352     1  0.0376     0.9943 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264084     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264097     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000  0 0.000
#> SRR1264252     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264253     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264254     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264255     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264256     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264257     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264258     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264259     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264260     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264261     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264262     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264263     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264264     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264265     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264266     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264267     3  0.0237      0.995 0.004  0 0.996
#> SRR1264268     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264269     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264270     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264271     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264272     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264273     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264274     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264275     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264041     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264042     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264043     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264044     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264045     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264046     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264047     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264048     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264049     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264050     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264051     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264052     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264053     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264054     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264055     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264056     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264057     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264058     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.5314      0.758 0.740  0 0.084 0.176
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0188      0.958 0.996  0 0.000 0.004
#> SRR1264178     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.2761      0.895 0.904  0 0.048 0.048
#> SRR1264185     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.3004      0.885 0.892  0 0.060 0.048
#> SRR1264222     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0188      0.958 0.996  0 0.000 0.004
#> SRR1264229     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264231     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264232     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264234     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264235     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264236     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264237     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264238     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264239     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264240     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264241     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264242     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264243     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264244     1  0.0000      0.960 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264246     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264247     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264248     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264249     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264250     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264251     1  0.0707      0.949 0.980  0 0.000 0.020
#> SRR1264252     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264253     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264254     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264255     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264256     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264257     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264258     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264259     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264260     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264261     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264262     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264263     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264264     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264265     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264266     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264267     4  0.3494      0.990 0.004  0 0.172 0.824
#> SRR1264268     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264269     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264270     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264271     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264272     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264273     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264274     4  0.3356      1.000 0.000  0 0.176 0.824
#> SRR1264275     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264277     3  0.1022      0.721 0.000  0 0.968 0.032
#> SRR1264278     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264289     3  0.1716      0.681 0.000  0 0.936 0.064
#> SRR1264290     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.756 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264298     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264299     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264300     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264301     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264302     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264303     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264304     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264305     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264306     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264307     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264308     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264309     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264310     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264311     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264312     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264313     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264314     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264315     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264316     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264317     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264318     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264319     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264320     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264321     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264322     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264323     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264324     3  0.2081      0.789 0.000  0 0.916 0.084
#> SRR1264325     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264326     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264327     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264328     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264329     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264330     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264331     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264332     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264333     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264334     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264335     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264336     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264337     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264338     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264339     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264340     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264341     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264342     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264343     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264344     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264345     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264346     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264347     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264348     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264349     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264350     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264351     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376
#> SRR1264352     3  0.4776      0.545 0.000  0 0.624 0.376

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264041     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264042     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264043     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264044     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264045     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264046     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264047     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264048     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264049     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264050     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264051     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264052     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264053     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264054     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264055     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264056     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264057     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264058     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.1270      0.951 0.052  0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264130     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264131     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264132     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264133     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264134     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264135     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264136     1  0.2561      0.865 0.856  0 0.000 0.000 0.144
#> SRR1264137     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264138     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264139     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264140     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264141     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264142     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264143     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264144     1  0.2329      0.876 0.876  0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264145     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.940 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264170     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264171     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264172     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264173     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264174     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264175     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264176     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264177     1  0.2966      0.864 0.848  0 0.000 0.016 0.136
#> SRR1264178     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264179     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264180     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264181     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264182     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264183     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264184     5  0.4150      0.386 0.388  0 0.000 0.000 0.612
#> SRR1264185     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264186     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264187     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264188     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264189     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264190     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264191     1  0.1117      0.938 0.964  0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264192     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264193     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264194     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264195     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264196     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264197     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264198     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264199     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264200     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264201     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264202     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264203     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264204     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264205     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264206     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264207     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264208     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264209     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264210     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264211     1  0.1012      0.938 0.968  0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264212     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264213     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264214     1  0.2471      0.869 0.864  0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264215     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264216     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264217     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264218     1  0.2471      0.869 0.864  0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264219     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264220     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264221     5  0.4045      0.475 0.356  0 0.000 0.000 0.644
#> SRR1264222     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264223     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264224     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264225     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264226     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264227     1  0.2516      0.866 0.860  0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264228     1  0.3534      0.710 0.744  0 0.000 0.000 0.256
#> SRR1264229     1  0.2471      0.869 0.864  0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264230     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264231     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264232     1  0.0451      0.941 0.988  0 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264233     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264234     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264235     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264236     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264237     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264238     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264239     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264240     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264241     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264242     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264243     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264244     1  0.2848      0.853 0.840  0 0.000 0.004 0.156
#> SRR1264245     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264246     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264247     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264248     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264249     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264250     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264251     1  0.0566      0.938 0.984  0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264252     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264253     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264254     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264255     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264256     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264257     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264258     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264259     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264260     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264261     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264262     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264263     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264264     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264265     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264266     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264267     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264268     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264269     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264270     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264271     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264272     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264273     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264274     4  0.4403      1.000 0.000  0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264275     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264276     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264277     3  0.5744      0.769 0.000  0 0.564 0.332 0.104
#> SRR1264278     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264279     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264280     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264281     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264282     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264283     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264284     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264285     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264286     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264287     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264288     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264289     3  0.5826      0.763 0.000  0 0.556 0.332 0.112
#> SRR1264290     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264291     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264292     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264293     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264294     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264295     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264296     3  0.5715      0.770 0.000  0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264297     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264298     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264299     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264300     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264301     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264302     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264303     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264304     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264305     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264306     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264307     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264308     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264309     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264310     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264311     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264312     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264313     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264314     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264315     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264316     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264317     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264318     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264319     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264320     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264321     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264322     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264323     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264324     3  0.4387      0.799 0.000  0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264325     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.0290      0.605 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.615 0.000  0 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> SRR1264040     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264041     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264042     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264043     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264044     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264045     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264046     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264047     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264048     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264049     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264050     5  0.0622      0.946 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR1264051     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264052     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264053     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264054     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264055     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264056     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264057     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264058     5  0.0363      0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264059     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264060     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264061     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264062     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264063     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264064     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264065     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264066     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264067     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264068     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264069     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264070     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264071     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264072     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264073     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264074     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264075     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264076     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264077     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264078     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264079     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264080     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264081     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264082     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264083     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264084     5  0.0820      0.942 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR1264085     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264086     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264087     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264088     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264089     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264090     2  0.0363      0.992 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264091     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264092     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264093     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264094     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264095     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264096     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264097     5  0.0820      0.942 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR1264098     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264099     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264100     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264101     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264102     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264103     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264104     2  0.0146      0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264130     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264131     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264132     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264133     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264134     1  0.3291      0.765 0.828 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR1264135     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264136     1  0.3655      0.753 0.800 0.000 0.000 0.004 0.088 NA
#> SRR1264137     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264138     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264139     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264140     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264141     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264142     1  0.3347      0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264143     1  0.3291      0.765 0.828 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR1264144     1  0.3233      0.767 0.832 0.000 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1264145     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264146     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264147     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264148     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264149     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264150     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264151     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264152     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264153     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264154     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264155     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264156     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264157     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264158     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264159     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264160     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264161     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264162     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264163     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264164     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264165     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264166     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264167     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264168     1  0.0000      0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264169     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264170     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264171     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264172     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264173     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264174     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264175     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264176     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264177     1  0.4814      0.693 0.616 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR1264178     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264179     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264180     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264181     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264182     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264183     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264184     5  0.4989      0.335 0.328 0.000 0.000 0.004 0.592 NA
#> SRR1264185     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264186     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264187     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264188     1  0.3690      0.743 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264189     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264190     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264191     1  0.3774      0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264192     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264193     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264194     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264195     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264196     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264197     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264198     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264199     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264200     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264201     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264202     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264203     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264204     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264205     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264206     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264207     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264208     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264209     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264210     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264211     1  0.3615      0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264212     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264213     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264214     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264215     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264216     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264217     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264218     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264219     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264220     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264221     5  0.4522      0.463 0.300 0.000 0.000 0.004 0.648 NA
#> SRR1264222     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264223     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264224     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264225     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264226     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264227     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264228     1  0.4697      0.635 0.688 0.000 0.000 0.004 0.200 NA
#> SRR1264229     1  0.3402      0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264230     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264231     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264232     1  0.1913      0.803 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1264233     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264234     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264235     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264236     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264237     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264238     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264239     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264240     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264241     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264242     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264243     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264244     1  0.3347      0.775 0.824 0.000 0.000 0.004 0.104 NA
#> SRR1264245     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264246     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264247     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264248     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264249     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264250     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264251     1  0.1858      0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264252     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264253     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264254     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264255     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264256     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264257     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264258     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264259     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264260     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264261     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264262     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264263     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264264     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264265     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264266     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264267     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264268     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264269     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264270     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264271     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264272     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264273     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264274     4  0.0146      1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264275     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264276     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264277     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264278     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264279     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264280     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264281     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264282     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264283     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264284     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264285     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264286     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264287     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264288     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264289     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264290     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264291     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264292     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264293     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264294     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264295     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264296     3  0.4903      0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264297     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264298     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264299     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264300     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264301     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264302     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264303     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264304     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264305     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264306     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264307     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264308     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264309     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264310     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264311     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264312     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264313     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264314     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264315     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264316     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264317     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264318     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264319     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264320     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264321     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264322     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264323     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264324     3  0.0000      0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264325     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264326     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264327     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264328     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264329     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264330     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264331     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264332     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264333     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264334     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264335     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264336     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264337     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264338     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264339     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264340     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264341     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264342     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264343     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264344     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264345     3  0.5996      0.463 0.000 0.000 0.480 0.316 0.008 NA
#> SRR1264346     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264347     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264348     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264349     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264350     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264351     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264352     3  0.5987      0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3383 0.662   0.662
#> 3 3 1.000           0.999       0.999         0.8879 0.699   0.546
#> 4 4 1.000           0.999       0.999         0.0664 0.958   0.883
#> 5 5 0.984           0.945       0.979         0.1030 0.929   0.780
#> 6 6 0.973           0.934       0.966         0.0257 0.980   0.922

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5

There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264090     1  0.1184      0.984 0.984 0.016
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0376      0.996 0.004 0.996
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264253     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264267     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264268     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264275     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264276     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264277     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264278     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264279     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264280     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264281     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264282     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264283     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264284     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264285     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264286     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264287     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264288     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264289     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264290     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264291     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264292     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264293     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264294     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264295     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264296     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264297     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264298     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264299     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264300     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264301     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264302     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264303     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264304     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264305     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264306     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264307     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264308     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264309     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264310     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264311     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264312     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264313     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264314     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264315     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264316     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264317     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264318     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264319     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264320     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264321     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264322     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264323     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264324     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264325     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264331     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264334     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264338     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264339     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264346     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264348     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264351     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     1  0.0000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.0237      0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     3  0.1643      0.945 0.044 0.000 0.956
#> SRR1264091     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.0424      0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264098     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.3192      0.874 0.000 0.888 0.112
#> SRR1264102     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264059     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264061     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264063     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264066     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264068     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264071     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264073     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264074     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264075     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264076     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264077     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264078     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264079     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264080     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264082     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264083     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264084     1  0.0188      0.995 0.996 0.000 0.004  0
#> SRR1264085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264086     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264087     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264088     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264089     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264090     3  0.1474      0.921 0.052 0.000 0.948  0
#> SRR1264091     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264092     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264093     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264094     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264095     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264096     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264097     1  0.0336      0.991 0.992 0.000 0.008  0
#> SRR1264098     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264099     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264100     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264101     2  0.2408      0.864 0.000 0.896 0.104  0
#> SRR1264102     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264103     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264104     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264252     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264253     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264254     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264255     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264256     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264257     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264258     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264259     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264260     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264261     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264262     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264263     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264264     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264265     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264266     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264267     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264268     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264269     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264270     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264271     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264272     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264273     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264274     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264275     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264276     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264277     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264278     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264279     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264280     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264281     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264282     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264283     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264284     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264285     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264286     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264287     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264288     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264289     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264290     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264291     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264292     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264293     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264294     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264295     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264296     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264297     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264298     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264299     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264300     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264301     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264302     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264303     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264304     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264305     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264306     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264307     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264308     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264309     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264310     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264311     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264312     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264313     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264314     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264315     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264316     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264317     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264318     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264319     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264320     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264321     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264322     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264323     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264324     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264325     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264326     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264327     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264328     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264329     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264330     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264331     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264332     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264333     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264334     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264335     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264336     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264337     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264338     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264339     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264340     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264341     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264342     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264343     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264344     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264345     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264346     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264347     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264348     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264349     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264350     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264351     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264352     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264041     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264042     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264043     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264044     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264045     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264046     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264047     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264048     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264049     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264050     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264051     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264052     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264053     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264054     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264055     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264056     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264057     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264058     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264059     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264085     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264090     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264098     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264101     5  0.2179     0.7752 0.000 0.112  0 0.000 0.888
#> SRR1264102     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264136     5  0.4297     0.1153 0.472 0.000  0 0.000 0.528
#> SRR1264137     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264177     5  0.4306     0.0388 0.492 0.000  0 0.000 0.508
#> SRR1264178     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264184     5  0.3143     0.6685 0.204 0.000  0 0.000 0.796
#> SRR1264185     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0963     0.9340 0.964 0.000  0 0.000 0.036
#> SRR1264189     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.3752     0.5843 0.708 0.000  0 0.000 0.292
#> SRR1264213     1  0.2561     0.8228 0.856 0.000  0 0.000 0.144
#> SRR1264214     1  0.4030     0.4504 0.648 0.000  0 0.000 0.352
#> SRR1264215     1  0.3684     0.6106 0.720 0.000  0 0.000 0.280
#> SRR1264216     1  0.2230     0.8553 0.884 0.000  0 0.000 0.116
#> SRR1264217     1  0.1851     0.8856 0.912 0.000  0 0.000 0.088
#> SRR1264218     1  0.1732     0.8924 0.920 0.000  0 0.000 0.080
#> SRR1264219     1  0.1732     0.8936 0.920 0.000  0 0.000 0.080
#> SRR1264220     1  0.3661     0.6170 0.724 0.000  0 0.000 0.276
#> SRR1264221     5  0.3109     0.6729 0.200 0.000  0 0.000 0.800
#> SRR1264222     1  0.4304     0.0169 0.516 0.000  0 0.000 0.484
#> SRR1264223     1  0.3242     0.7212 0.784 0.000  0 0.000 0.216
#> SRR1264224     1  0.2516     0.8276 0.860 0.000  0 0.000 0.140
#> SRR1264225     1  0.3452     0.6769 0.756 0.000  0 0.000 0.244
#> SRR1264226     1  0.4126     0.3780 0.620 0.000  0 0.000 0.380
#> SRR1264227     1  0.2561     0.8228 0.856 0.000  0 0.000 0.144
#> SRR1264228     5  0.4249     0.2480 0.432 0.000  0 0.000 0.568
#> SRR1264229     1  0.3074     0.7489 0.804 0.000  0 0.000 0.196
#> SRR1264230     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.4242     0.2288 0.572 0.000  0 0.000 0.428
#> SRR1264245     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000     0.9637 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264275     4  0.0703     0.9737 0.000 0.000  0 0.976 0.024
#> SRR1264276     4  0.1671     0.9242 0.000 0.000  0 0.924 0.076
#> SRR1264277     5  0.0000     0.8962 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264278     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264279     4  0.1121     0.9570 0.000 0.000  0 0.956 0.044
#> SRR1264280     4  0.0162     0.9868 0.000 0.000  0 0.996 0.004
#> SRR1264281     4  0.0510     0.9791 0.000 0.000  0 0.984 0.016
#> SRR1264282     4  0.1341     0.9449 0.000 0.000  0 0.944 0.056
#> SRR1264283     4  0.3074     0.7764 0.000 0.000  0 0.804 0.196
#> SRR1264284     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264285     4  0.2561     0.8481 0.000 0.000  0 0.856 0.144
#> SRR1264286     4  0.0794     0.9701 0.000 0.000  0 0.972 0.028
#> SRR1264287     4  0.0963     0.9642 0.000 0.000  0 0.964 0.036
#> SRR1264288     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264289     5  0.0162     0.8923 0.000 0.000  0 0.004 0.996
#> SRR1264290     4  0.0290     0.9844 0.000 0.000  0 0.992 0.008
#> SRR1264291     4  0.1043     0.9593 0.000 0.000  0 0.960 0.040
#> SRR1264292     4  0.0963     0.9638 0.000 0.000  0 0.964 0.036
#> SRR1264293     4  0.1043     0.9595 0.000 0.000  0 0.960 0.040
#> SRR1264294     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264295     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264296     4  0.0703     0.9732 0.000 0.000  0 0.976 0.024
#> SRR1264297     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0000     0.9893 0.000 0.000  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264082     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264083     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264084     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264086     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264087     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264088     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264089     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264090     5  0.3838     0.0757 0.000 0.000  0 0.000 0.552 0.448
#> SRR1264091     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264092     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264093     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264094     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264095     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264096     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264097     5  0.0000     0.8667 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264099     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264100     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264101     6  0.1930     0.9487 0.000 0.048  0 0.000 0.036 0.916
#> SRR1264102     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264103     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264104     6  0.1610     0.9975 0.000 0.084  0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0260     0.9913 0.000 0.992  0 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0260     0.9913 0.000 0.992  0 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9996 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     5  0.3860     0.1171 0.472 0.000  0 0.000 0.528 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     5  0.3868     0.0407 0.492 0.000  0 0.000 0.508 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     5  0.2823     0.6383 0.204 0.000  0 0.000 0.796 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0865     0.9333 0.964 0.000  0 0.000 0.036 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.3409     0.5665 0.700 0.000  0 0.000 0.300 0.000
#> SRR1264213     1  0.2340     0.8167 0.852 0.000  0 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264214     1  0.3607     0.4582 0.652 0.000  0 0.000 0.348 0.000
#> SRR1264215     1  0.3309     0.6092 0.720 0.000  0 0.000 0.280 0.000
#> SRR1264216     1  0.2048     0.8500 0.880 0.000  0 0.000 0.120 0.000
#> SRR1264217     1  0.1663     0.8847 0.912 0.000  0 0.000 0.088 0.000
#> SRR1264218     1  0.1556     0.8914 0.920 0.000  0 0.000 0.080 0.000
#> SRR1264219     1  0.1556     0.8928 0.920 0.000  0 0.000 0.080 0.000
#> SRR1264220     1  0.3330     0.6002 0.716 0.000  0 0.000 0.284 0.000
#> SRR1264221     5  0.2793     0.6428 0.200 0.000  0 0.000 0.800 0.000
#> SRR1264222     1  0.3866     0.0129 0.516 0.000  0 0.000 0.484 0.000
#> SRR1264223     1  0.2941     0.7138 0.780 0.000  0 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264224     1  0.2260     0.8267 0.860 0.000  0 0.000 0.140 0.000
#> SRR1264225     1  0.3126     0.6687 0.752 0.000  0 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264226     1  0.3717     0.3646 0.616 0.000  0 0.000 0.384 0.000
#> SRR1264227     1  0.2378     0.8119 0.848 0.000  0 0.000 0.152 0.000
#> SRR1264228     5  0.3817     0.2488 0.432 0.000  0 0.000 0.568 0.000
#> SRR1264229     1  0.2793     0.7417 0.800 0.000  0 0.000 0.200 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.3804     0.2391 0.576 0.000  0 0.000 0.424 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000     0.9632 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275     4  0.2147     0.9245 0.000 0.000  0 0.896 0.020 0.084
#> SRR1264276     4  0.3017     0.8819 0.000 0.000  0 0.844 0.072 0.084
#> SRR1264277     5  0.1610     0.8090 0.000 0.000  0 0.000 0.916 0.084
#> SRR1264278     4  0.1610     0.9336 0.000 0.000  0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264279     4  0.2595     0.9080 0.000 0.000  0 0.872 0.044 0.084
#> SRR1264280     4  0.1610     0.9336 0.000 0.000  0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264281     4  0.2060     0.9266 0.000 0.000  0 0.900 0.016 0.084
#> SRR1264282     4  0.2786     0.8977 0.000 0.000  0 0.860 0.056 0.084
#> SRR1264283     4  0.3552     0.8327 0.000 0.000  0 0.800 0.116 0.084
#> SRR1264284     4  0.1610     0.9336 0.000 0.000  0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264285     4  0.3277     0.8619 0.000 0.000  0 0.824 0.092 0.084
#> SRR1264286     4  0.1967     0.9286 0.000 0.000  0 0.904 0.012 0.084
#> SRR1264287     4  0.2384     0.9166 0.000 0.000  0 0.884 0.032 0.084
#> SRR1264288     4  0.1610     0.9336 0.000 0.000  0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264289     5  0.1753     0.8060 0.000 0.000  0 0.004 0.912 0.084
#> SRR1264290     4  0.1866     0.9300 0.000 0.000  0 0.908 0.008 0.084
#> SRR1264291     4  0.2527     0.9108 0.000 0.000  0 0.876 0.040 0.084
#> SRR1264292     4  0.2457     0.9143 0.000 0.000  0 0.880 0.036 0.084
#> SRR1264293     4  0.2527     0.9115 0.000 0.000  0 0.876 0.040 0.084
#> SRR1264294     4  0.1610     0.9336 0.000 0.000  0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264295     4  0.1610     0.9336 0.000 0.000  0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264296     4  0.2147     0.9244 0.000 0.000  0 0.896 0.020 0.084
#> SRR1264297     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0000     0.9721 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.732           0.903       0.953         0.4104 0.573   0.573
#> 3 3 0.657           0.783       0.906         0.5512 0.704   0.519
#> 4 4 0.711           0.697       0.807         0.1410 0.824   0.553
#> 5 5 0.684           0.641       0.787         0.0650 0.852   0.519
#> 6 6 0.771           0.770       0.828         0.0393 0.889   0.564

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264041     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264042     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264043     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264044     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264045     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264046     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264047     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264048     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264049     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264050     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264051     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264052     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264053     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264054     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264055     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264056     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264057     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264058     1  0.7219      0.738 0.800 0.200
#> SRR1264059     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.9491      0.408 0.632 0.368
#> SRR1264085     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.9491      0.408 0.632 0.368
#> SRR1264098     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.885 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0376      0.971 0.996 0.004
#> SRR1264185     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0376      0.971 0.996 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264253     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264267     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264268     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264275     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264276     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264277     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264278     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264279     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264280     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264281     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264282     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264283     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264284     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264285     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264286     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264287     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264288     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264289     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264290     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264291     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264292     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264293     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264294     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264295     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264296     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264297     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264298     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264299     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264300     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264301     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264302     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264303     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264304     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264305     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264306     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264307     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264308     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264309     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264310     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264311     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264312     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264313     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264314     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264315     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264316     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264317     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264318     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264319     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264320     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264321     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264322     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264323     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264324     2  0.9491      0.588 0.368 0.632
#> SRR1264325     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264326     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264327     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264328     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264329     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264330     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264331     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264332     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264333     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264334     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264335     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264336     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264337     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264338     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264339     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264340     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264341     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264342     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264343     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264344     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264345     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264346     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264347     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264348     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264349     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264350     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264351     1  0.0000      0.975 1.000 0.000
#> SRR1264352     1  0.0000      0.975 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264041     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264042     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264043     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264044     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264045     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264046     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264047     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264048     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264049     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264050     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264051     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264052     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264053     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264054     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264055     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264056     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264057     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264058     1  0.6045      0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.7150      0.448 0.616 0.036 0.348
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.6247      0.437 0.620 0.004 0.376
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264137     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264147     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264148     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264149     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264150     1  0.1163      0.838 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264151     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264152     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264153     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264154     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264155     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264156     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264157     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264158     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264159     1  0.0747      0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264160     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264161     1  0.0747      0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264162     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264163     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264164     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264165     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264166     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264167     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264168     1  0.0892      0.844 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264169     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.2261      0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264178     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.2356      0.807 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264185     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.2261      0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264189     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264190     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264193     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264194     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264195     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264196     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264197     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264198     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264199     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264200     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264201     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264202     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264203     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264204     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264205     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264206     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264207     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264208     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264210     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264211     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264212     1  0.0747      0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264213     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264214     1  0.0892      0.844 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264215     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264216     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264217     1  0.0747      0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264218     1  0.0892      0.844 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264219     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264220     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264221     1  0.2356      0.807 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264222     1  0.0747      0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264223     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264224     1  0.1163      0.838 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264225     1  0.0424      0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264226     1  0.1031      0.841 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264227     1  0.0237      0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264228     1  0.2261      0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264229     1  0.0592      0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264230     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264231     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264232     1  0.1289      0.836 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264233     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264234     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264235     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264236     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264237     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264238     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264239     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264240     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264241     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264242     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264243     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264244     1  0.2261      0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264245     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264246     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264247     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264248     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264249     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264250     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264251     1  0.6095      0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264252     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264253     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264254     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264255     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264256     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264257     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264258     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264259     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264260     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264261     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264262     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264263     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264264     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264265     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264266     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264267     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264268     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264269     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264270     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264271     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264272     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264273     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264274     3  0.6126      0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264275     3  0.0237      0.841 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264276     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0237      0.841 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264285     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0237      0.841 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264290     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264326     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264327     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264328     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264329     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264330     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264331     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264332     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264333     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264334     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264335     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264336     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264337     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264338     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264339     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264340     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264341     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264342     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264343     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264344     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264345     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264346     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264347     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264348     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264349     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264350     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264351     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264352     3  0.3267      0.822 0.116 0.000 0.884

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264041     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264042     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264043     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264044     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264045     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264046     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264047     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264048     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264049     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264050     1  0.4431     0.1727 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1264051     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264052     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264053     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264054     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264055     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264056     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264057     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264058     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264082     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264083     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264084     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264085     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264086     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264087     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264088     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264089     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264090     2  0.1584     0.9629 0.012 0.952 0.036 0.000
#> SRR1264091     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264092     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264093     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264094     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264095     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264096     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264097     1  0.2973     0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264098     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264099     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264100     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264101     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264102     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264103     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264104     2  0.1452     0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264130     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264131     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264132     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264133     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264134     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264135     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264136     4  0.7893    -0.2231 0.300 0.000 0.324 0.376
#> SRR1264137     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264138     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264139     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264140     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264141     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264142     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264143     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264144     1  0.4977     0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264145     4  0.4477     0.2975 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1264146     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264147     4  0.4454     0.3169 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264148     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264149     4  0.4454     0.3169 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264150     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264151     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264152     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264153     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264154     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264155     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264156     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264157     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264158     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264159     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264160     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264161     4  0.4454     0.3098 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264162     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264163     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264164     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264165     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264166     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264167     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264168     4  0.4431     0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264169     4  0.3311     0.5597 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1264170     4  0.3688     0.5138 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1264171     4  0.3266     0.5630 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1264172     4  0.3172     0.5700 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264173     4  0.3123     0.5728 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1264174     4  0.3400     0.5509 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1264175     4  0.2868     0.5857 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1264176     4  0.3356     0.5555 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1264177     4  0.7162    -0.0860 0.392 0.000 0.136 0.472
#> SRR1264178     4  0.3486     0.5414 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1264179     4  0.3356     0.5553 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1264180     4  0.2345     0.6027 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1264181     4  0.3400     0.5510 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1264182     4  0.2704     0.5921 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1264183     4  0.2921     0.5832 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1264184     1  0.7362     0.0860 0.444 0.000 0.160 0.396
#> SRR1264185     4  0.3569     0.5311 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1264186     4  0.3219     0.5647 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1264187     4  0.3610     0.5253 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1264188     4  0.6748    -0.0427 0.328 0.000 0.112 0.560
#> SRR1264189     4  0.1637     0.6160 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1264190     4  0.3074     0.5758 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264191     4  0.3172     0.5697 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264192     1  0.4977     0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264193     1  0.4961     0.6206 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1264194     1  0.4977     0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264195     1  0.4972     0.6183 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264196     1  0.4967     0.6198 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264197     1  0.4977     0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264198     1  0.4972     0.6178 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264199     1  0.4977     0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264200     1  0.4967     0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264201     1  0.4977     0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264202     1  0.4967     0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264203     1  0.4972     0.6178 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264204     1  0.4977     0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264205     1  0.4967     0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264206     1  0.4955     0.6227 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1264207     1  0.4972     0.6183 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264208     1  0.4972     0.6178 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264209     1  0.4972     0.6184 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264210     1  0.4967     0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264211     1  0.4961     0.6206 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1264212     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264213     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264214     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264215     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264216     1  0.4936     0.6380 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1264217     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264218     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264219     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264220     1  0.4964     0.6363 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1264221     4  0.7732    -0.0962 0.384 0.000 0.228 0.388
#> SRR1264222     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264223     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264224     1  0.5510     0.6251 0.600 0.000 0.024 0.376
#> SRR1264225     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264226     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264227     1  0.4950     0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264228     4  0.7816    -0.2197 0.340 0.000 0.260 0.400
#> SRR1264229     1  0.4964     0.6386 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1264230     4  0.0817     0.6327 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264231     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264232     4  0.4855    -0.1708 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1264233     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264234     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264235     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264236     4  0.0188     0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264237     4  0.0188     0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264238     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264239     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264240     4  0.0188     0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264241     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264242     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264243     4  0.1118     0.6291 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1264244     4  0.6292    -0.0438 0.332 0.000 0.076 0.592
#> SRR1264245     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264246     4  0.0469     0.6355 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1264247     4  0.0188     0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264248     4  0.0188     0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264249     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264250     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264251     4  0.0336     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264252     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264253     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264254     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264255     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264256     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264257     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264258     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264259     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264260     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264261     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264262     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264263     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264264     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264265     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264266     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264267     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264268     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264269     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264270     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264271     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264272     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264273     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264274     4  0.3726     0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264275     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264276     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264277     3  0.4040     0.8113 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1264278     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264279     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264280     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264281     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264282     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264283     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264284     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264285     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264286     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264287     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264288     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264289     3  0.3975     0.8118 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1264290     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264291     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264292     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264293     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264294     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264295     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264296     3  0.3444     0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264297     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264298     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264299     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264300     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264301     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264302     3  0.3249     0.8560 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1264303     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264304     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264305     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264306     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264307     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264308     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264309     3  0.2921     0.8563 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1264310     3  0.3249     0.8560 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1264311     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264312     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264313     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264314     3  0.2921     0.8563 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1264315     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264316     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264317     3  0.3249     0.8560 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1264318     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264319     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264320     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264321     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264322     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264323     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264324     3  0.3105     0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264325     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264326     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264327     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264328     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264329     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264330     3  0.2408     0.8675 0.044 0.000 0.920 0.036
#> SRR1264331     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264332     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264333     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264334     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264335     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264336     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264337     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264338     3  0.2589     0.8643 0.044 0.000 0.912 0.044
#> SRR1264339     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264340     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264341     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264342     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264343     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264344     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264345     3  0.2675     0.8644 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR1264346     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264347     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264348     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264349     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264350     3  0.2313     0.8681 0.044 0.000 0.924 0.032
#> SRR1264351     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264352     3  0.2500     0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264041     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264042     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264043     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264044     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264045     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264046     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264047     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264048     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264049     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264050     3  0.4652      0.447 0.188 0.000 0.744 0.012 0.056
#> SRR1264051     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264052     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264053     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264054     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264055     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264056     3  0.3752      0.452 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1264057     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264058     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264084     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.4235      0.551 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264097     3  0.3774      0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.4161      0.596 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.4060      0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264130     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264131     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264132     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264133     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264134     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264135     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264136     1  0.5422      0.598 0.732 0.000 0.092 0.072 0.104
#> SRR1264137     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264138     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264139     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264140     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264141     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264142     1  0.1809      0.810 0.928 0.000 0.060 0.012 0.000
#> SRR1264143     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264144     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264145     1  0.2648      0.759 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1264146     1  0.3395      0.667 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1264147     1  0.3480      0.639 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264148     1  0.3480      0.639 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264149     1  0.3508      0.630 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1264150     1  0.3508      0.638 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1264151     1  0.3177      0.700 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264152     1  0.3480      0.644 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264153     1  0.3210      0.695 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1264154     1  0.3395      0.667 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1264155     1  0.3274      0.687 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264156     1  0.3395      0.667 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1264157     1  0.3366      0.671 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264158     1  0.3480      0.644 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264159     1  0.3480      0.646 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264160     1  0.3424      0.658 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1264161     1  0.2852      0.742 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1264162     1  0.3305      0.688 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264163     1  0.3480      0.646 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264164     1  0.3480      0.642 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264165     1  0.3336      0.679 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264166     1  0.3424      0.656 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1264167     1  0.3366      0.674 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264168     1  0.3366      0.671 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264169     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264170     4  0.4101      0.551 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1264171     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264172     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264173     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264174     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264175     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264176     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264177     1  0.7256      0.283 0.540 0.000 0.204 0.172 0.084
#> SRR1264178     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264179     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264180     4  0.4196      0.574 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR1264181     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264182     4  0.4060      0.571 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1264183     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264184     3  0.7863      0.208 0.272 0.000 0.444 0.120 0.164
#> SRR1264185     4  0.4101      0.551 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1264186     4  0.4074      0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264187     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264188     1  0.5557      0.496 0.680 0.000 0.120 0.184 0.016
#> SRR1264189     4  0.4060      0.571 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1264190     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264191     4  0.4088      0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264192     1  0.0162      0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264193     1  0.0609      0.855 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264194     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264195     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264196     1  0.0510      0.860 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264197     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264198     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264199     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264200     1  0.0404      0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264201     1  0.0162      0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264202     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264203     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264204     1  0.0451      0.857 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264205     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264206     1  0.0162      0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264207     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264208     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264209     1  0.0290      0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264210     1  0.0162      0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264211     1  0.0162      0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264212     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264213     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264214     1  0.0609      0.857 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264215     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264216     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264217     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264218     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264219     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264220     1  0.0963      0.847 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1264221     3  0.7875      0.215 0.268 0.000 0.444 0.120 0.168
#> SRR1264222     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264223     1  0.0609      0.858 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264224     1  0.0794      0.853 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264225     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264226     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264227     1  0.0404      0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264228     1  0.5736      0.544 0.696 0.000 0.116 0.140 0.048
#> SRR1264229     1  0.0510      0.859 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264230     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264231     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264232     1  0.4303      0.620 0.764 0.000 0.036 0.188 0.012
#> SRR1264233     4  0.3861      0.635 0.284 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1264234     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264235     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264236     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264237     4  0.3730      0.632 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1264238     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264239     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264240     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264241     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264242     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264243     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264244     1  0.5824      0.483 0.664 0.000 0.132 0.180 0.024
#> SRR1264245     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264246     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264247     4  0.3730      0.632 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1264248     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264249     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264250     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264251     4  0.3707      0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264252     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264253     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264254     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264255     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264256     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264257     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264258     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264259     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264260     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264261     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264262     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264263     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264264     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264265     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264266     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264267     4  0.4393      0.417 0.000 0.000 0.076 0.756 0.168
#> SRR1264268     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264269     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264270     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264271     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264272     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264273     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264274     4  0.4096      0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264275     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264276     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264277     3  0.3963      0.409 0.004 0.000 0.732 0.008 0.256
#> SRR1264278     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264279     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264280     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264281     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264282     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264283     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264284     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264285     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264286     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264287     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264288     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264289     3  0.3963      0.409 0.004 0.000 0.732 0.008 0.256
#> SRR1264290     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264291     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264292     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264293     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264294     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264295     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264296     3  0.3937      0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264297     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     5  0.3301      0.794 0.000 0.000 0.080 0.072 0.848
#> SRR1264303     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     5  0.0510      0.962 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1264311     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     5  0.3301      0.790 0.000 0.000 0.080 0.072 0.848
#> SRR1264318     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     5  0.0404      0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264323     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     5  0.0000      0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264326     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264327     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264328     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264329     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264330     3  0.6245      0.167 0.000 0.000 0.516 0.168 0.316
#> SRR1264331     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264332     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264333     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264334     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264335     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264336     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264337     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264338     3  0.6206      0.181 0.000 0.000 0.528 0.168 0.304
#> SRR1264339     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264340     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264341     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264342     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264343     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264344     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264345     3  0.6206      0.181 0.000 0.000 0.528 0.168 0.304
#> SRR1264346     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264347     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264348     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264349     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264350     3  0.6158      0.173 0.000 0.000 0.528 0.156 0.316
#> SRR1264351     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264352     3  0.6785      0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264041     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264042     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264043     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264044     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264045     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264046     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264047     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264048     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264049     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264050     5  0.0891     0.7004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR1264051     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264052     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264053     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264054     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264055     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264056     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264057     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264058     5  0.1610     0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264082     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264083     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264084     5  0.1663     0.7115 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1264085     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264086     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264087     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264088     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264089     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264090     5  0.3023     0.6702 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1264091     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264092     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264093     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264094     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264095     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264096     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264097     5  0.1663     0.7115 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1264098     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264099     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264100     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264101     5  0.3409     0.6341 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR1264102     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264103     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264104     5  0.3782     0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264130     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264131     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264132     1  0.0260     0.8399 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0260     0.8399 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264135     1  0.0291     0.8397 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264136     1  0.6448    -0.0446 0.424 0.000 0.032 0.016 0.412 0.116
#> SRR1264137     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264138     1  0.0291     0.8397 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264139     1  0.0291     0.8397 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264140     1  0.0146     0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264142     1  0.3979     0.4531 0.708 0.000 0.020 0.008 0.264 0.000
#> SRR1264143     1  0.0405     0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264144     1  0.0260     0.8399 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.2941     0.6785 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264146     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264147     1  0.3023     0.6654 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264148     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264149     1  0.3050     0.6574 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1264150     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264151     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264152     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264153     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264154     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264155     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264156     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264157     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264158     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264159     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264160     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264161     1  0.2941     0.6785 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264162     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264163     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264164     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264165     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264166     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264167     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264168     1  0.2996     0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264169     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264170     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264171     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264172     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264173     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264174     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264175     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264176     6  0.3584     0.8805 0.308 0.000 0.000 0.000 0.004 0.688
#> SRR1264177     5  0.6509     0.2493 0.328 0.000 0.008 0.032 0.468 0.164
#> SRR1264178     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264179     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264180     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264181     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264182     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264183     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264184     5  0.5245     0.6159 0.108 0.000 0.032 0.028 0.716 0.116
#> SRR1264185     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264186     6  0.3619     0.8737 0.316 0.000 0.000 0.000 0.004 0.680
#> SRR1264187     6  0.3584     0.8805 0.308 0.000 0.000 0.000 0.004 0.688
#> SRR1264188     5  0.6731     0.1349 0.360 0.000 0.024 0.016 0.408 0.192
#> SRR1264189     6  0.3619     0.8739 0.316 0.000 0.000 0.000 0.004 0.680
#> SRR1264190     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264191     6  0.3601     0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264192     1  0.0146     0.8402 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264193     1  0.1082     0.8284 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264194     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0146     0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0146     0.8404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264197     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0146     0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.1294     0.8274 0.956 0.000 0.004 0.008 0.008 0.024
#> SRR1264205     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0146     0.8402 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264207     1  0.0146     0.8405 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264208     1  0.0146     0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0363     0.8382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264210     1  0.0260     0.8394 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264211     1  0.0000     0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264213     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264214     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264215     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264216     1  0.1701     0.8082 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1264217     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264218     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264219     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264220     1  0.1918     0.7957 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1264221     5  0.5245     0.6161 0.108 0.000 0.028 0.032 0.716 0.116
#> SRR1264222     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264223     1  0.1866     0.7995 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1264224     1  0.1866     0.7995 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1264225     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264226     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264227     1  0.1812     0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264228     5  0.6569     0.0789 0.396 0.000 0.028 0.016 0.416 0.144
#> SRR1264229     1  0.1757     0.8049 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1264230     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264231     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264232     1  0.5879     0.4241 0.636 0.000 0.024 0.028 0.132 0.180
#> SRR1264233     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264234     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264235     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264236     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264237     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264238     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264239     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264240     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264241     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264242     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264243     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264244     5  0.6646     0.1466 0.364 0.000 0.012 0.032 0.428 0.164
#> SRR1264245     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264246     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264247     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264248     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264249     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264250     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264251     6  0.2703     0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264252     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264253     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264254     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264255     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264256     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264257     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264258     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264259     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264260     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264261     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264262     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264263     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264264     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264265     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264266     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264267     4  0.4060     0.6482 0.000 0.000 0.008 0.644 0.008 0.340
#> SRR1264268     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264269     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264270     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264271     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264272     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264273     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264274     4  0.3592     0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264275     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264276     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264277     5  0.4529     0.6537 0.004 0.000 0.096 0.176 0.720 0.004
#> SRR1264278     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264279     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264280     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264281     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264282     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264283     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264284     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264285     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264286     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264287     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264288     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264289     5  0.4529     0.6537 0.004 0.000 0.096 0.176 0.720 0.004
#> SRR1264290     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264291     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264292     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264293     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264294     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264295     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264296     5  0.4389     0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264297     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.3658     0.6548 0.000 0.000 0.752 0.032 0.216 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.2178     0.8097 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.3630     0.6615 0.000 0.000 0.756 0.032 0.212 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.2092     0.8200 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000     0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264326     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264327     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264328     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264329     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264330     4  0.5142    -0.0406 0.000 0.000 0.084 0.488 0.428 0.000
#> SRR1264331     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264332     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264333     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264334     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264335     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264336     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264337     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264338     4  0.5027    -0.0759 0.000 0.000 0.072 0.488 0.440 0.000
#> SRR1264339     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264340     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264341     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264342     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264343     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264344     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264345     4  0.4986    -0.0878 0.000 0.000 0.068 0.488 0.444 0.000
#> SRR1264346     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264347     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264348     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264349     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264350     4  0.5142    -0.0406 0.000 0.000 0.084 0.488 0.428 0.000
#> SRR1264351     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264352     4  0.3611     0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.312           0.762       0.778         0.4279 0.589   0.589
#> 3 3 0.963           0.924       0.971         0.5221 0.756   0.588
#> 4 4 0.777           0.809       0.896         0.1095 0.855   0.625
#> 5 5 0.894           0.893       0.923         0.0726 0.901   0.664
#> 6 6 0.874           0.863       0.910         0.0310 0.995   0.976

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264041     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264042     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264043     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264044     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264045     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264046     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264047     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264048     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264049     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264050     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264051     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264052     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264053     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264054     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264055     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264056     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264057     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264058     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264084     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264085     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264090     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264091     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264097     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264098     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264129     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264130     1   0.949      0.686 0.632 0.368
#> SRR1264131     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264132     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264133     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264134     1   0.949      0.686 0.632 0.368
#> SRR1264135     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264136     1   0.955      0.674 0.624 0.376
#> SRR1264137     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264138     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264139     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264140     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264141     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264142     1   0.952      0.681 0.628 0.372
#> SRR1264143     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264144     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264145     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264146     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264147     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264148     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264149     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264150     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264151     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264152     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264153     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264154     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264155     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264156     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264157     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264158     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264159     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264160     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264161     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264162     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264163     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264164     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264165     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264166     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264167     1   0.943      0.697 0.640 0.360
#> SRR1264168     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264169     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264170     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264171     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264172     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264173     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264174     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264175     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264176     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264177     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264178     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264179     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264180     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264181     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264182     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264183     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264184     1   0.946      0.689 0.636 0.364
#> SRR1264185     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264186     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264187     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264188     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264189     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264190     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264191     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264192     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264193     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264194     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264195     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264196     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264197     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264198     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264199     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264200     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264201     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264202     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264203     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264204     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264205     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264206     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264207     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264208     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264209     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264210     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264211     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264212     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264213     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264214     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264215     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264216     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264217     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264218     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264219     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264220     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264221     2   0.745      0.620 0.212 0.788
#> SRR1264222     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264223     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264224     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264225     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264226     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264227     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264228     1   0.946      0.692 0.636 0.364
#> SRR1264229     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264230     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264231     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264232     1   0.936      0.705 0.648 0.352
#> SRR1264233     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264234     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264235     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264236     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264237     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264238     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264239     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264240     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264241     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264242     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264243     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264244     1   0.939      0.701 0.644 0.356
#> SRR1264245     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264246     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264247     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264248     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264249     1   0.932      0.707 0.652 0.348
#> SRR1264250     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264251     1   0.929      0.709 0.656 0.344
#> SRR1264252     1   0.416      0.668 0.916 0.084
#> SRR1264253     1   0.625      0.687 0.844 0.156
#> SRR1264254     1   0.506      0.676 0.888 0.112
#> SRR1264255     1   0.644      0.688 0.836 0.164
#> SRR1264256     1   0.653      0.689 0.832 0.168
#> SRR1264257     1   0.680      0.691 0.820 0.180
#> SRR1264258     1   0.653      0.689 0.832 0.168
#> SRR1264259     1   0.595      0.684 0.856 0.144
#> SRR1264260     1   0.634      0.688 0.840 0.160
#> SRR1264261     1   0.584      0.683 0.860 0.140
#> SRR1264262     1   0.430      0.670 0.912 0.088
#> SRR1264263     1   0.680      0.691 0.820 0.180
#> SRR1264264     1   0.388      0.666 0.924 0.076
#> SRR1264265     1   0.671      0.690 0.824 0.176
#> SRR1264266     1   0.697      0.692 0.812 0.188
#> SRR1264267     1   0.730      0.694 0.796 0.204
#> SRR1264268     1   0.163      0.647 0.976 0.024
#> SRR1264269     1   0.653      0.689 0.832 0.168
#> SRR1264270     1   0.518      0.677 0.884 0.116
#> SRR1264271     1   0.141      0.645 0.980 0.020
#> SRR1264272     1   0.402      0.667 0.920 0.080
#> SRR1264273     1   0.563      0.681 0.868 0.132
#> SRR1264274     1   0.430      0.670 0.912 0.088
#> SRR1264275     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264276     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264277     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264278     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264279     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264280     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264281     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264282     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264283     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264284     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264285     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264286     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264287     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264288     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264289     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264290     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264291     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264292     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264293     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264294     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264295     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264296     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264297     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264298     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264299     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264300     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264301     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264302     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264303     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264304     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264305     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264306     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264307     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264308     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264309     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264310     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264311     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264312     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264313     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264314     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264315     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264316     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264317     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264318     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264319     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264320     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264321     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264322     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264323     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264324     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264325     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264326     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264327     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264328     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264329     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264330     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264331     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264332     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264333     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264334     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264335     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264336     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264337     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264338     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264339     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264340     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264341     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264342     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264343     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264344     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264345     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264346     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264347     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264348     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264349     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264350     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264351     1   0.615      0.610 0.848 0.152
#> SRR1264352     1   0.615      0.610 0.848 0.152

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000     1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.319     0.8399 0.888 0.112 0.000
#> SRR1264222     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000     0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3   0.630     0.0224 0.480 0.000 0.520
#> SRR1264253     1   0.618     0.3211 0.584 0.000 0.416
#> SRR1264254     1   0.568     0.5523 0.684 0.000 0.316
#> SRR1264255     1   0.525     0.6452 0.736 0.000 0.264
#> SRR1264256     1   0.620     0.2985 0.576 0.000 0.424
#> SRR1264257     1   0.595     0.4607 0.640 0.000 0.360
#> SRR1264258     1   0.497     0.6881 0.764 0.000 0.236
#> SRR1264259     1   0.601     0.4338 0.628 0.000 0.372
#> SRR1264260     1   0.629     0.1726 0.536 0.000 0.464
#> SRR1264261     1   0.583     0.5043 0.660 0.000 0.340
#> SRR1264262     1   0.614     0.3545 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264263     1   0.525     0.6440 0.736 0.000 0.264
#> SRR1264264     3   0.627     0.1268 0.452 0.000 0.548
#> SRR1264265     1   0.613     0.3645 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264266     1   0.568     0.5515 0.684 0.000 0.316
#> SRR1264267     1   0.606     0.4051 0.616 0.000 0.384
#> SRR1264268     3   0.624     0.1669 0.440 0.000 0.560
#> SRR1264269     1   0.606     0.4050 0.616 0.000 0.384
#> SRR1264270     1   0.621     0.2869 0.572 0.000 0.428
#> SRR1264271     3   0.627     0.1274 0.452 0.000 0.548
#> SRR1264272     3   0.631    -0.0261 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264273     1   0.533     0.6313 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264274     3   0.629     0.0687 0.468 0.000 0.532
#> SRR1264275     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3   0.000     0.9617 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264041     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264042     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264043     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264044     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264045     4  0.4222     0.6116 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1264046     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264047     4  0.3837     0.6774 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264048     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264049     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264050     4  0.3649     0.6997 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264051     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264052     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264053     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264054     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264055     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264056     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264057     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264058     4  0.3311     0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264059     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.4866     0.1072 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1264130     1  0.4925     0.0105 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1264131     1  0.4981    -0.1302 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1264132     1  0.4730     0.2448 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1264133     1  0.4994    -0.1952 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1264134     1  0.4888     0.0769 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1264135     1  0.4713     0.2556 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1264136     4  0.4761     0.5714 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1264137     1  0.5000    -0.2518 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1264138     1  0.4998    -0.2242 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1264139     1  0.4996    -0.2098 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1264140     1  0.4981    -0.1349 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1264141     4  0.4989     0.3324 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1264142     1  0.4972    -0.1033 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264143     1  0.4907     0.0428 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1264144     1  0.4624     0.3153 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1264145     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264149     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264151     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264152     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264155     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264159     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264162     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264166     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264167     1  0.0188     0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264168     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.1209     0.8746 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264178     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184     1  0.3013     0.7827 0.888 0.000 0.032 0.080
#> SRR1264185     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0188     0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264211     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     4  0.4605     0.6266 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1264213     4  0.4454     0.6493 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264214     4  0.4564     0.6345 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1264215     4  0.4543     0.6378 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1264216     4  0.4679     0.6054 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1264217     4  0.4661     0.6114 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1264218     4  0.4605     0.6259 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1264219     4  0.4643     0.6169 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1264220     4  0.4543     0.6377 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1264221     1  0.6522     0.2551 0.608 0.112 0.000 0.280
#> SRR1264222     4  0.4522     0.6419 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1264223     4  0.4933     0.4446 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1264224     4  0.4697     0.5985 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1264225     4  0.4431     0.6513 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264226     4  0.4941     0.4338 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264227     4  0.4761     0.5724 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1264228     1  0.4855     0.1664 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1264229     4  0.4994     0.3069 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1264230     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0188     0.9059 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.2999     0.7609 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1264245     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000     0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.5458     0.6782 0.204 0.000 0.720 0.076
#> SRR1264253     3  0.5939     0.6213 0.248 0.000 0.668 0.084
#> SRR1264254     3  0.6124     0.5837 0.276 0.000 0.640 0.084
#> SRR1264255     3  0.6423     0.4954 0.336 0.000 0.580 0.084
#> SRR1264256     3  0.6238     0.5566 0.296 0.000 0.620 0.084
#> SRR1264257     3  0.6583     0.3925 0.388 0.000 0.528 0.084
#> SRR1264258     3  0.6338     0.5261 0.316 0.000 0.600 0.084
#> SRR1264259     3  0.5448     0.6844 0.196 0.000 0.724 0.080
#> SRR1264260     3  0.5655     0.6648 0.212 0.000 0.704 0.084
#> SRR1264261     3  0.5620     0.6692 0.208 0.000 0.708 0.084
#> SRR1264262     3  0.5646     0.6739 0.204 0.000 0.708 0.088
#> SRR1264263     3  0.6426     0.4750 0.352 0.000 0.568 0.080
#> SRR1264264     3  0.4411     0.7636 0.108 0.000 0.812 0.080
#> SRR1264265     3  0.6351     0.5070 0.332 0.000 0.588 0.080
#> SRR1264266     3  0.6538     0.3870 0.392 0.000 0.528 0.080
#> SRR1264267     3  0.6554     0.4215 0.376 0.000 0.540 0.084
#> SRR1264268     3  0.4477     0.7617 0.108 0.000 0.808 0.084
#> SRR1264269     3  0.6396     0.4651 0.360 0.000 0.564 0.076
#> SRR1264270     3  0.5851     0.6363 0.236 0.000 0.680 0.084
#> SRR1264271     3  0.4297     0.7717 0.096 0.000 0.820 0.084
#> SRR1264272     3  0.5661     0.6577 0.220 0.000 0.700 0.080
#> SRR1264273     3  0.5690     0.6598 0.216 0.000 0.700 0.084
#> SRR1264274     3  0.5272     0.7050 0.172 0.000 0.744 0.084
#> SRR1264275     3  0.3311     0.8228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1264276     3  0.3486     0.8145 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1264277     3  0.4855     0.5655 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264278     3  0.3649     0.8053 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264279     3  0.3311     0.8228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1264280     3  0.3400     0.8189 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1264281     3  0.3486     0.8149 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1264282     3  0.3569     0.8100 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264283     3  0.4164     0.7572 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1264284     3  0.3649     0.8049 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264285     3  0.3569     0.8095 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264286     3  0.3569     0.8117 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264287     3  0.3649     0.8044 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264288     3  0.3356     0.8213 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1264289     3  0.4866     0.5626 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1264290     3  0.3400     0.8190 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1264291     3  0.3569     0.8095 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264292     3  0.3726     0.8002 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1264293     3  0.3400     0.8187 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1264294     3  0.3266     0.8245 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1264295     3  0.3444     0.8165 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1264296     3  0.3311     0.8228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1264297     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264298     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264299     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264300     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264301     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264302     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264303     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264304     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264305     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264306     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264307     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264308     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264309     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264310     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264311     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264312     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264313     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264314     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264315     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264316     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264317     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264318     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264319     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264320     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264321     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264322     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264323     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264324     3  0.1867     0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264325     3  0.0469     0.8504 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264326     3  0.1118     0.8458 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1264327     3  0.1389     0.8420 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264328     3  0.0469     0.8503 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264329     3  0.0469     0.8504 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264330     3  0.2081     0.8280 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1264331     3  0.0707     0.8493 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1264332     3  0.0592     0.8498 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264333     3  0.0921     0.8478 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1264334     3  0.1211     0.8447 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1264335     3  0.0707     0.8492 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1264336     3  0.1118     0.8462 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1264337     3  0.0817     0.8485 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264338     3  0.2149     0.8263 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1264339     3  0.1211     0.8449 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1264340     3  0.0817     0.8484 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264341     3  0.1022     0.8467 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264342     3  0.0469     0.8504 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264343     3  0.0336     0.8508 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264344     3  0.0336     0.8515 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264345     3  0.2216     0.8244 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1264346     3  0.0592     0.8498 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264347     3  0.0817     0.8485 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264348     3  0.1022     0.8467 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264349     3  0.0817     0.8485 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264350     3  0.1302     0.8443 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1264351     3  0.1022     0.8468 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264352     3  0.1211     0.8448 0.000 0.000 0.960 0.040

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.1604      0.759 0.004 0.044 0.004 0.004 0.944
#> SRR1264041     5  0.0648      0.762 0.004 0.004 0.004 0.004 0.984
#> SRR1264042     5  0.1187      0.762 0.004 0.024 0.004 0.004 0.964
#> SRR1264043     5  0.0775      0.763 0.004 0.008 0.004 0.004 0.980
#> SRR1264044     5  0.0775      0.763 0.004 0.008 0.004 0.004 0.980
#> SRR1264045     5  0.3666      0.665 0.004 0.196 0.004 0.008 0.788
#> SRR1264046     5  0.0613      0.763 0.004 0.008 0.004 0.000 0.984
#> SRR1264047     5  0.3121      0.700 0.004 0.152 0.004 0.004 0.836
#> SRR1264048     5  0.1016      0.763 0.004 0.012 0.004 0.008 0.972
#> SRR1264049     5  0.1446      0.761 0.004 0.036 0.004 0.004 0.952
#> SRR1264050     5  0.1116      0.758 0.000 0.028 0.004 0.004 0.964
#> SRR1264051     5  0.0902      0.763 0.004 0.008 0.004 0.008 0.976
#> SRR1264052     5  0.2088      0.748 0.004 0.072 0.004 0.004 0.916
#> SRR1264053     5  0.0902      0.762 0.004 0.004 0.008 0.008 0.976
#> SRR1264054     5  0.0648      0.763 0.004 0.004 0.004 0.004 0.984
#> SRR1264055     5  0.0486      0.763 0.004 0.004 0.004 0.000 0.988
#> SRR1264056     5  0.2387      0.748 0.004 0.068 0.012 0.008 0.908
#> SRR1264057     5  0.1446      0.761 0.004 0.036 0.004 0.004 0.952
#> SRR1264058     5  0.1526      0.760 0.004 0.040 0.004 0.004 0.948
#> SRR1264059     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0162      0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264082     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264083     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264084     2  0.0771      0.984 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264085     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264086     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264087     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264088     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264089     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264090     2  0.0451      0.992 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264091     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264092     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264093     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264094     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264095     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264096     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264097     2  0.1059      0.977 0.000 0.968 0.004 0.020 0.008
#> SRR1264098     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264099     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264100     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264101     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264102     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264103     2  0.0324      0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264104     2  0.0162      0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     5  0.4060      0.666 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1264130     5  0.3876      0.722 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1264131     5  0.2732      0.803 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264132     5  0.4242      0.548 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1264133     5  0.3636      0.762 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1264134     5  0.4294      0.457 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1264135     5  0.4307      0.381 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1264136     5  0.1830      0.788 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1264137     5  0.3336      0.787 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1264138     5  0.3837      0.731 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264139     5  0.3774      0.743 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1264140     5  0.3796      0.740 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1264141     5  0.2648      0.804 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264142     5  0.3003      0.801 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1264143     5  0.3837      0.732 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264144     5  0.4305      0.396 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1264145     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.0290      0.979 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264178     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184     1  0.3167      0.742 0.820 0.000 0.004 0.172 0.004
#> SRR1264185     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     5  0.2377      0.802 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1264213     5  0.1965      0.797 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264214     5  0.3684      0.755 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1264215     5  0.3586      0.761 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1264216     5  0.2561      0.804 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1264217     5  0.4150      0.612 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1264218     5  0.2605      0.804 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1264219     5  0.3480      0.779 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1264220     5  0.1628      0.785 0.056 0.000 0.000 0.008 0.936
#> SRR1264221     5  0.7555      0.351 0.360 0.176 0.000 0.064 0.400
#> SRR1264222     5  0.3707      0.753 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1264223     5  0.3684      0.757 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1264224     5  0.3895      0.722 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1264225     5  0.2389      0.800 0.116 0.000 0.000 0.004 0.880
#> SRR1264226     5  0.4192      0.596 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1264227     5  0.3932      0.707 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1264228     5  0.4420      0.402 0.448 0.000 0.000 0.004 0.548
#> SRR1264229     1  0.4307     -0.371 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1264230     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0609      0.966 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264232     1  0.3452      0.650 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1264233     1  0.0290      0.978 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0703      0.961 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264236     1  0.0162      0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264237     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0162      0.981 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0794      0.957 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0162      0.981 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264244     4  0.6233      0.114 0.168 0.000 0.000 0.520 0.312
#> SRR1264245     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0510      0.970 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0404      0.974 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.1341      0.811 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1264253     4  0.1121      0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264254     4  0.1484      0.810 0.008 0.000 0.048 0.944 0.000
#> SRR1264255     4  0.1168      0.803 0.008 0.000 0.032 0.960 0.000
#> SRR1264256     4  0.1124      0.806 0.004 0.000 0.036 0.960 0.000
#> SRR1264257     4  0.1043      0.808 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264258     4  0.1300      0.798 0.016 0.000 0.028 0.956 0.000
#> SRR1264259     4  0.1043      0.808 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264260     4  0.1121      0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264261     4  0.0955      0.802 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1264262     4  0.1282      0.810 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000
#> SRR1264263     4  0.1251      0.805 0.008 0.000 0.036 0.956 0.000
#> SRR1264264     4  0.1043      0.808 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264265     4  0.1282      0.809 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000
#> SRR1264266     4  0.0955      0.801 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1264267     4  0.0955      0.801 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1264268     4  0.1197      0.810 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1264269     4  0.1408      0.809 0.008 0.000 0.044 0.948 0.000
#> SRR1264270     4  0.1121      0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264271     4  0.1197      0.810 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1264272     4  0.1121      0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264273     4  0.1205      0.808 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000
#> SRR1264274     4  0.1205      0.808 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000
#> SRR1264275     3  0.1012      0.957 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1264276     3  0.1168      0.947 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1264277     3  0.1956      0.918 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1264278     3  0.1331      0.946 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1264279     3  0.0807      0.958 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1264280     3  0.0693      0.958 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1264281     3  0.1281      0.951 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1264282     3  0.1124      0.949 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1264283     3  0.2011      0.886 0.000 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1264284     3  0.1205      0.948 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1264285     3  0.1197      0.938 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1264286     3  0.1877      0.923 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1264287     3  0.1502      0.926 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1264288     3  0.0771      0.956 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1264289     3  0.1571      0.919 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1264290     3  0.0992      0.956 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1264291     3  0.1282      0.938 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1264292     3  0.1502      0.931 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1264293     3  0.0898      0.957 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1264294     3  0.1211      0.957 0.000 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1264295     3  0.0794      0.952 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264296     3  0.0807      0.958 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1264297     3  0.0609      0.963 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264298     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264299     3  0.0880      0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264300     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264301     3  0.0963      0.960 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1264302     3  0.1478      0.931 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1264303     3  0.1121      0.953 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264304     3  0.0880      0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264305     3  0.0963      0.960 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1264306     3  0.1043      0.957 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1264307     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264308     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264309     3  0.0703      0.964 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264310     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264311     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264312     3  0.0963      0.960 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1264313     3  0.0703      0.963 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264314     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264315     3  0.0703      0.963 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264316     3  0.0703      0.963 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264317     3  0.1121      0.953 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264318     3  0.0880      0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264319     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264320     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264321     3  0.0880      0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264322     3  0.1121      0.954 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264323     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264324     3  0.0794      0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264325     4  0.4045      0.723 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264326     4  0.3796      0.771 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1264327     4  0.3707      0.777 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1264328     4  0.4114      0.695 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1264329     4  0.4030      0.728 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1264330     4  0.3003      0.802 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1264331     4  0.4045      0.723 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264332     4  0.4126      0.689 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1264333     4  0.3876      0.762 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1264334     4  0.3857      0.765 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1264335     4  0.4030      0.728 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1264336     4  0.3752      0.774 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1264337     4  0.4074      0.713 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1264338     4  0.3143      0.800 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1264339     4  0.3837      0.767 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1264340     4  0.3949      0.748 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1264341     4  0.3816      0.769 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1264342     4  0.4171      0.661 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1264343     4  0.4161      0.668 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1264344     4  0.4101      0.702 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1264345     4  0.2813      0.805 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1264346     4  0.4138      0.683 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1264347     4  0.3949      0.749 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1264348     4  0.3895      0.759 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1264349     4  0.3913      0.756 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1264350     4  0.3143      0.800 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1264351     4  0.3895      0.759 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1264352     4  0.3983      0.741 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.2094     0.6499 0.000 0.020 0.000 0.000 0.900 0.080
#> SRR1264041     5  0.1524     0.6576 0.000 0.008 0.000 0.000 0.932 0.060
#> SRR1264042     5  0.2752     0.6244 0.000 0.036 0.000 0.000 0.856 0.108
#> SRR1264043     5  0.1838     0.6547 0.000 0.016 0.000 0.000 0.916 0.068
#> SRR1264044     5  0.1802     0.6554 0.000 0.012 0.000 0.000 0.916 0.072
#> SRR1264045     5  0.3732     0.5516 0.000 0.076 0.000 0.000 0.780 0.144
#> SRR1264046     5  0.1719     0.6568 0.000 0.016 0.000 0.000 0.924 0.060
#> SRR1264047     5  0.3254     0.5957 0.000 0.056 0.000 0.000 0.820 0.124
#> SRR1264048     5  0.2070     0.6485 0.000 0.012 0.000 0.000 0.896 0.092
#> SRR1264049     5  0.1838     0.6547 0.000 0.016 0.000 0.000 0.916 0.068
#> SRR1264050     5  0.4067     0.4644 0.000 0.060 0.000 0.000 0.728 0.212
#> SRR1264051     5  0.1745     0.6538 0.000 0.012 0.000 0.000 0.920 0.068
#> SRR1264052     5  0.2771     0.6264 0.000 0.032 0.000 0.000 0.852 0.116
#> SRR1264053     5  0.1367     0.6583 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> SRR1264054     5  0.2006     0.6509 0.000 0.016 0.000 0.000 0.904 0.080
#> SRR1264055     5  0.2199     0.6458 0.000 0.020 0.000 0.000 0.892 0.088
#> SRR1264056     5  0.2822     0.6210 0.000 0.040 0.000 0.000 0.852 0.108
#> SRR1264057     5  0.2605     0.6332 0.000 0.028 0.000 0.000 0.864 0.108
#> SRR1264058     5  0.2432     0.6400 0.000 0.024 0.000 0.000 0.876 0.100
#> SRR1264059     2  0.0937     0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264060     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264061     2  0.1267     0.9377 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264062     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264063     2  0.1007     0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264064     2  0.1007     0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264065     2  0.1075     0.9423 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264066     2  0.0937     0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264067     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264068     2  0.0937     0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264069     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264070     2  0.1007     0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264071     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264072     2  0.1075     0.9403 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264073     2  0.1075     0.9412 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264074     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264075     2  0.1007     0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264076     2  0.0937     0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264077     2  0.0937     0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264078     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264079     2  0.1007     0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264080     2  0.1075     0.9383 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264081     2  0.1462     0.9345 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1264082     2  0.1563     0.9320 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1264083     2  0.1594     0.9317 0.000 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR1264084     2  0.4230     0.5616 0.000 0.648 0.000 0.004 0.024 0.324
#> SRR1264085     2  0.1367     0.9361 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1264086     2  0.1686     0.9266 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1264087     2  0.1779     0.9277 0.000 0.920 0.000 0.000 0.016 0.064
#> SRR1264088     2  0.1500     0.9328 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1264089     2  0.1563     0.9311 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1264090     2  0.3431     0.7472 0.000 0.756 0.000 0.000 0.016 0.228
#> SRR1264091     2  0.1434     0.9344 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1264092     2  0.1686     0.9270 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1264093     2  0.1500     0.9333 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1264094     2  0.1500     0.9331 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1264095     2  0.1563     0.9311 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1264096     2  0.1434     0.9351 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1264097     2  0.4317     0.5576 0.000 0.640 0.000 0.004 0.028 0.328
#> SRR1264098     2  0.1657     0.9292 0.000 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1264099     2  0.1745     0.9240 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1264100     2  0.1625     0.9289 0.000 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1264101     2  0.3374     0.7691 0.000 0.772 0.000 0.000 0.020 0.208
#> SRR1264102     2  0.1625     0.9295 0.000 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1264103     2  0.1686     0.9266 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1264104     2  0.0935     0.9427 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264105     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264106     2  0.0405     0.9486 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264107     2  0.0146     0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264108     2  0.0405     0.9493 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264109     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264110     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264111     2  0.0146     0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264112     2  0.0146     0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264113     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264114     2  0.0405     0.9489 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264115     2  0.0405     0.9487 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264116     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264117     2  0.0363     0.9478 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264118     2  0.0260     0.9484 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264119     2  0.0405     0.9486 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264120     2  0.0363     0.9494 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264121     2  0.0405     0.9490 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264122     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264123     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264124     2  0.0260     0.9494 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264125     2  0.0520     0.9481 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264126     2  0.0405     0.9489 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264127     2  0.0291     0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264128     2  0.0146     0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264129     5  0.3758     0.6287 0.284 0.000 0.000 0.000 0.700 0.016
#> SRR1264130     5  0.3190     0.6828 0.220 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR1264131     5  0.3315     0.7089 0.156 0.000 0.000 0.000 0.804 0.040
#> SRR1264132     5  0.3922     0.5749 0.320 0.000 0.000 0.000 0.664 0.016
#> SRR1264133     5  0.3468     0.6528 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.008
#> SRR1264134     5  0.3795     0.5207 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> SRR1264135     5  0.3742     0.5348 0.348 0.000 0.000 0.000 0.648 0.004
#> SRR1264136     5  0.3449     0.6821 0.076 0.000 0.000 0.000 0.808 0.116
#> SRR1264137     5  0.3409     0.6975 0.192 0.000 0.000 0.000 0.780 0.028
#> SRR1264138     5  0.3394     0.6691 0.236 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012
#> SRR1264139     5  0.3555     0.6275 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1264140     5  0.3897     0.6303 0.280 0.000 0.000 0.000 0.696 0.024
#> SRR1264141     5  0.3240     0.7114 0.148 0.000 0.000 0.000 0.812 0.040
#> SRR1264142     5  0.3908     0.6980 0.132 0.000 0.000 0.000 0.768 0.100
#> SRR1264143     5  0.3652     0.6517 0.264 0.000 0.000 0.000 0.720 0.016
#> SRR1264144     5  0.3975     0.4495 0.392 0.000 0.000 0.000 0.600 0.008
#> SRR1264145     1  0.2066     0.8706 0.908 0.000 0.000 0.000 0.040 0.052
#> SRR1264146     1  0.1995     0.8707 0.912 0.000 0.000 0.000 0.036 0.052
#> SRR1264147     1  0.1789     0.8728 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR1264148     1  0.3293     0.8311 0.812 0.000 0.000 0.000 0.048 0.140
#> SRR1264149     1  0.2221     0.8696 0.896 0.000 0.000 0.000 0.032 0.072
#> SRR1264150     1  0.2263     0.8664 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR1264151     1  0.3732     0.8069 0.780 0.000 0.000 0.000 0.076 0.144
#> SRR1264152     1  0.2999     0.8453 0.840 0.000 0.000 0.000 0.048 0.112
#> SRR1264153     1  0.1863     0.8720 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> SRR1264154     1  0.3252     0.8357 0.824 0.000 0.000 0.000 0.068 0.108
#> SRR1264155     1  0.1644     0.8743 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1264156     1  0.2420     0.8651 0.884 0.000 0.000 0.000 0.040 0.076
#> SRR1264157     1  0.2197     0.8685 0.900 0.000 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1264158     1  0.3138     0.8414 0.832 0.000 0.000 0.000 0.060 0.108
#> SRR1264159     1  0.1765     0.8748 0.924 0.000 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1264160     1  0.2908     0.8504 0.848 0.000 0.000 0.000 0.048 0.104
#> SRR1264161     1  0.3907     0.7926 0.764 0.000 0.000 0.000 0.084 0.152
#> SRR1264162     1  0.2956     0.8498 0.848 0.000 0.000 0.000 0.064 0.088
#> SRR1264163     1  0.1856     0.8732 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 0.048
#> SRR1264164     1  0.2331     0.8654 0.888 0.000 0.000 0.000 0.032 0.080
#> SRR1264165     1  0.3297     0.8329 0.820 0.000 0.000 0.000 0.068 0.112
#> SRR1264166     1  0.2762     0.8547 0.860 0.000 0.000 0.000 0.048 0.092
#> SRR1264167     1  0.3501     0.8208 0.804 0.000 0.000 0.000 0.080 0.116
#> SRR1264168     1  0.2826     0.8525 0.856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.092
#> SRR1264169     1  0.0291     0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0146     0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0291     0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0291     0.8776 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0146     0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0291     0.8776 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.1152     0.8680 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1264178     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0146     0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0146     0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0291     0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264184     1  0.3413     0.7196 0.820 0.004 0.000 0.048 0.004 0.124
#> SRR1264185     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0146     0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0291     0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0858     0.8770 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1264189     1  0.0146     0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0291     0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0508     0.8758 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1264192     1  0.0937     0.8683 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264193     1  0.0865     0.8703 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264194     1  0.1007     0.8675 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264195     1  0.1411     0.8574 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1264196     1  0.0937     0.8694 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264197     1  0.0937     0.8686 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264198     1  0.0790     0.8728 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264199     1  0.0632     0.8742 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264200     1  0.0713     0.8730 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264201     1  0.0363     0.8770 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264202     1  0.0937     0.8703 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264203     1  0.1007     0.8677 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264204     1  0.0790     0.8721 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264205     1  0.1204     0.8610 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264206     1  0.1387     0.8524 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264207     1  0.1267     0.8577 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264208     1  0.1204     0.8603 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264209     1  0.0790     0.8718 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264210     1  0.1700     0.8419 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1264211     1  0.1007     0.8674 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264212     5  0.3790     0.6948 0.116 0.000 0.000 0.000 0.780 0.104
#> SRR1264213     5  0.3520     0.6992 0.100 0.000 0.000 0.000 0.804 0.096
#> SRR1264214     5  0.4037     0.6767 0.200 0.000 0.000 0.000 0.736 0.064
#> SRR1264215     5  0.4012     0.6834 0.164 0.000 0.000 0.000 0.752 0.084
#> SRR1264216     5  0.3612     0.6986 0.104 0.000 0.000 0.000 0.796 0.100
#> SRR1264217     5  0.3956     0.6000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.684 0.024
#> SRR1264218     5  0.3775     0.6875 0.092 0.000 0.000 0.000 0.780 0.128
#> SRR1264219     5  0.3585     0.6999 0.172 0.000 0.000 0.000 0.780 0.048
#> SRR1264220     5  0.3318     0.6461 0.032 0.000 0.000 0.000 0.796 0.172
#> SRR1264221     6  0.6502     0.5294 0.136 0.124 0.000 0.012 0.136 0.592
#> SRR1264222     5  0.3404     0.6868 0.224 0.000 0.000 0.000 0.760 0.016
#> SRR1264223     5  0.4030     0.6910 0.140 0.000 0.000 0.000 0.756 0.104
#> SRR1264224     5  0.3582     0.6692 0.252 0.000 0.000 0.000 0.732 0.016
#> SRR1264225     5  0.3678     0.6849 0.084 0.000 0.000 0.000 0.788 0.128
#> SRR1264226     5  0.3993     0.6010 0.300 0.000 0.000 0.000 0.676 0.024
#> SRR1264227     5  0.3766     0.6733 0.232 0.000 0.000 0.000 0.736 0.032
#> SRR1264228     5  0.5753     0.0151 0.364 0.000 0.000 0.000 0.460 0.176
#> SRR1264229     5  0.4506     0.4847 0.348 0.000 0.000 0.000 0.608 0.044
#> SRR1264230     1  0.2879     0.8216 0.816 0.000 0.000 0.004 0.004 0.176
#> SRR1264231     1  0.3479     0.7889 0.768 0.000 0.000 0.008 0.012 0.212
#> SRR1264232     1  0.4909     0.3129 0.552 0.000 0.000 0.048 0.008 0.392
#> SRR1264233     1  0.3720     0.7577 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028 0.236
#> SRR1264234     1  0.2915     0.8168 0.808 0.000 0.000 0.000 0.008 0.184
#> SRR1264235     1  0.4370     0.6728 0.672 0.000 0.000 0.004 0.044 0.280
#> SRR1264236     1  0.2902     0.8102 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR1264237     1  0.3217     0.7828 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR1264238     1  0.3566     0.7631 0.744 0.000 0.000 0.000 0.020 0.236
#> SRR1264239     1  0.3713     0.7695 0.744 0.000 0.000 0.000 0.032 0.224
#> SRR1264240     1  0.2841     0.8296 0.824 0.000 0.000 0.000 0.012 0.164
#> SRR1264241     1  0.3840     0.7614 0.740 0.000 0.000 0.008 0.024 0.228
#> SRR1264242     1  0.2300     0.8457 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1264243     1  0.4529     0.6935 0.676 0.000 0.000 0.004 0.064 0.256
#> SRR1264244     6  0.7185     0.5487 0.172 0.000 0.000 0.224 0.156 0.448
#> SRR1264245     1  0.3817     0.7359 0.720 0.000 0.000 0.000 0.028 0.252
#> SRR1264246     1  0.3183     0.8029 0.788 0.000 0.000 0.004 0.008 0.200
#> SRR1264247     1  0.3806     0.7734 0.752 0.000 0.000 0.008 0.028 0.212
#> SRR1264248     1  0.3189     0.7697 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1264249     1  0.3217     0.7827 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR1264250     1  0.3965     0.7344 0.720 0.000 0.000 0.008 0.024 0.248
#> SRR1264251     1  0.2912     0.7930 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264252     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0603     0.9568 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0405     0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0405     0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0458     0.9558 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0653     0.9553 0.004 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004
#> SRR1264265     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0405     0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0405     0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0603     0.9568 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0603     0.9568 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0405     0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0508     0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264275     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264276     3  0.0146     0.9941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264277     3  0.0405     0.9908 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264278     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264279     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264280     3  0.0146     0.9941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264281     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264282     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264283     3  0.0632     0.9698 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264284     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264285     3  0.0260     0.9920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264286     3  0.0405     0.9908 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264287     3  0.0146     0.9941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264288     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264289     3  0.0405     0.9908 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264290     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264291     3  0.0260     0.9920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264292     3  0.0260     0.9920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264293     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264294     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264295     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264296     3  0.0291     0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264297     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0146     0.9935 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0146     0.9935 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000     0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.1501     0.9459 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.1267     0.9547 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.1204     0.9558 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.1663     0.9352 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.1501     0.9463 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0713     0.9580 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.1556     0.9428 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.1765     0.9256 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.1444     0.9488 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.1327     0.9531 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.1610     0.9392 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.1204     0.9556 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.1610     0.9396 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0713     0.9579 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.1327     0.9531 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.1444     0.9490 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.1267     0.9549 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.1663     0.9354 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.1663     0.9352 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.1863     0.9151 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0713     0.9579 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.1663     0.9355 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.1501     0.9464 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.1444     0.9492 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.1267     0.9550 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0865     0.9578 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.1267     0.9547 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.1327     0.9535 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.995       0.997         0.4984 0.502   0.502
#> 3 3 0.859           0.982       0.883         0.1581 0.859   0.720
#> 4 4 0.860           0.986       0.944         0.0911 0.994   0.984
#> 5 5 1.000           0.978       0.988         0.0287 1.000   1.000
#> 6 6 0.876           0.918       0.944         0.0457 0.999   0.996

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.7219      0.760 0.200 0.800
#> SRR1264091     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264231     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264232     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264234     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264235     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264236     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264237     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264238     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264239     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264240     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264241     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264242     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264243     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264244     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264246     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264247     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264248     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264249     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264250     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264251     1  0.0938      0.989 0.988 0.012
#> SRR1264252     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264253     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264254     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264255     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264256     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264257     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264258     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264259     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264260     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264261     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264262     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264263     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264264     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264265     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264266     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264267     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264268     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264269     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264270     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264271     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264272     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264273     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264274     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264275     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264276     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264277     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264278     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264279     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264280     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264281     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264282     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264283     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264284     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264285     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264286     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264287     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264288     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264289     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264290     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264291     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264292     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264293     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264294     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264295     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264296     2  0.0938      0.991 0.012 0.988
#> SRR1264297     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1264325     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264326     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264327     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264328     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264329     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264330     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264331     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264332     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264333     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264334     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264335     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264336     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264337     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264338     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264339     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264340     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264341     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264342     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264343     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264344     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264345     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264346     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264347     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264348     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264349     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264350     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264351     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1264352     2  0.0376      0.994 0.004 0.996

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264041     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264042     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264043     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264044     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264045     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264046     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264047     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264048     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264049     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264050     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264051     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264052     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264053     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264054     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264055     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264056     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264057     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264058     1  0.1860      0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264059     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264060     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264061     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264062     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264063     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264064     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264065     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264066     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264067     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264068     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264069     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264070     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264071     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264072     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264073     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264074     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264075     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264076     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264077     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264078     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264079     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264080     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264081     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264082     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264083     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264084     1  0.6521      0.506 0.504 0.492 0.004
#> SRR1264085     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264086     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264087     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264088     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264089     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264090     2  0.5560      0.660 0.000 0.700 0.300
#> SRR1264091     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264092     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264093     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264094     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264095     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264096     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264097     1  0.6521      0.506 0.504 0.492 0.004
#> SRR1264098     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264099     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264100     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264101     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264102     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264103     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264104     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264105     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264106     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264107     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264108     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264109     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264110     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264111     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264112     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264113     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264114     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264115     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264116     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264117     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264118     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264119     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264120     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264121     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264122     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264123     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264124     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264125     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264126     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264127     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264128     2  0.6308      0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264129     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264231     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264232     1  0.0237      0.984 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264233     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264234     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264235     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264236     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264237     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264238     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264239     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264240     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264241     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264242     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264243     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264244     1  0.0237      0.984 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264245     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264246     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264247     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264248     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264249     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264250     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264251     1  0.1170      0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264252     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264253     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264254     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264255     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264256     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264257     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264258     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264259     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264260     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264261     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264262     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264263     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264264     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264265     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264266     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264267     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264268     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264269     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264270     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264271     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264272     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264273     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264274     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264275     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264276     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264277     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264278     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264279     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264280     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264281     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264282     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264283     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264284     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264285     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264286     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264287     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264288     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264289     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264290     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264291     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264292     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264293     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264294     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264295     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264296     3  0.0424      0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264297     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264298     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264299     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264300     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264301     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264302     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264303     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264304     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264305     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264306     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264307     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264308     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264309     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264310     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264311     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264312     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264313     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264314     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264315     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264316     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264317     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264318     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264319     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264320     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264321     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264322     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264323     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264324     3  0.0237      0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264325     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.990 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264041     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264042     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264043     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264044     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264045     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264046     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264047     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264048     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264049     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264050     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264051     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264052     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264053     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264054     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264055     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264056     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264057     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264058     1  0.1733      0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264059     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264060     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264061     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264062     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264063     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264064     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264065     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264066     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264067     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264068     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264069     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264070     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264071     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264072     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264073     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264074     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264075     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264076     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264077     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264078     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264079     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264080     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264081     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264082     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264083     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264084     4  0.2647      0.971 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1264085     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264086     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264087     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264088     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264089     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264090     2  0.2662      0.685 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR1264091     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264092     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264093     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264094     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264095     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264096     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264097     4  0.0469      0.971 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264098     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264099     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264100     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264101     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264102     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264103     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264104     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264105     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264106     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264107     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264108     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264109     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264110     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264111     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264112     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264113     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264114     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264115     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264116     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264117     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264118     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264119     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264120     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264121     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264122     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264123     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264124     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264125     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264126     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264127     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264128     2  0.2814      0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264231     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264232     1  0.0188      0.986 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264233     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264234     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264235     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264236     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264237     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264238     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264239     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264240     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264241     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264242     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264243     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264244     1  0.0188      0.986 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264245     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264246     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264247     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264248     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264249     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264250     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264251     1  0.0927      0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264252     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264253     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264254     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264255     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264256     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264257     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264258     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264259     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264260     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264261     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264262     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264263     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264264     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264265     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264266     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264267     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264268     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264269     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264270     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264271     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264272     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264273     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264274     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264275     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264276     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264277     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264278     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264279     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264280     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264281     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264282     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264283     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264284     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264285     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264286     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264287     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264288     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264289     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264290     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264291     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264292     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264293     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264294     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264295     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264296     3  0.0336      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264297     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264298     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264299     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264300     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264301     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264302     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264303     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264304     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264305     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264306     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264307     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264308     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264309     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264310     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264311     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264312     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264313     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264314     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264315     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264316     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264317     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264318     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264319     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264320     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264321     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264322     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264323     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264324     3  0.0592      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264325     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264326     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264327     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264328     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264329     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264330     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264331     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264332     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264333     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264334     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264335     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264336     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264337     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264338     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264339     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264340     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264341     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264342     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264343     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264344     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264345     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264346     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264347     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264348     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264349     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264350     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264351     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264352     3  0.0469      0.989 0.000 0.012 0.988 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264041     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264042     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264043     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264044     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264045     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264046     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264047     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264048     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264049     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264050     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264051     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264052     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264053     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264054     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264055     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264056     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264057     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264058     1  0.1270      0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264059     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264084     4  0.0000      0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.3565      0.747 0.000 0.800 0.000 0.176 0.024
#> SRR1264091     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.0162      0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264098     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0290      0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0162      0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264231     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264232     1  0.0613      0.980 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264233     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264234     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264235     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264236     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264237     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264238     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264239     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264240     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264241     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264242     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264243     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264244     1  0.0613      0.980 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264245     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264246     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264247     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264248     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264249     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264250     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264251     1  0.1179      0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264252     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264253     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264254     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264255     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264256     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264257     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264258     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264259     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264260     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264261     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264262     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264263     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264264     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264265     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264266     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264267     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264268     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264269     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264270     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264271     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264272     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264273     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264274     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264275     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264276     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264277     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264278     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264279     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264280     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264281     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264282     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264283     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264284     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264285     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264286     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264287     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264288     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264289     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264290     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264291     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264292     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264293     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264294     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264295     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264296     3  0.0290      0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0510      0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264325     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264331     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264334     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264338     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264339     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264346     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264348     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264351     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0404      0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264041     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264042     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264043     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264044     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264045     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264046     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264047     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264048     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264049     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264050     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264051     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264052     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264053     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264054     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264055     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264056     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264057     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264058     1  0.2703      0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264059     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.3797      0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1264085     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     6  0.3539      0.000 0.000 0.220 0.024 0.000 0.000 0.756
#> SRR1264091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     3  0.0000      0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.1204      0.923 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264102     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0146      0.887 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264170     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264171     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264172     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264173     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264174     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264175     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264176     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264177     1  0.2912      0.834 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1264178     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264179     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264180     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264181     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264182     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264183     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264184     1  0.2941      0.828 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264185     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264186     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264187     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264188     1  0.2854      0.836 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264189     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264190     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264191     1  0.2854      0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264192     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264193     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264194     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264195     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264196     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264197     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264198     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264199     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264200     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264201     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264202     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264203     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264204     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264205     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264206     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264207     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264208     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264209     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264210     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264211     1  0.1501      0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.2135      0.813 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264231     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264232     1  0.2996      0.823 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264233     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264234     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264235     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264236     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264237     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264238     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264239     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264240     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264241     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264242     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264243     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264244     1  0.2996      0.823 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264245     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264246     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264247     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264248     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264249     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264250     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264251     1  0.3240      0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264252     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264253     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264254     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264255     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264256     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264257     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264258     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264259     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264260     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264261     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264262     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264263     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264264     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264265     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264266     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264267     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264268     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264269     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264270     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264271     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264272     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264273     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264274     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264275     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264276     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264277     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264278     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264279     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264280     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264281     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264282     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264283     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264284     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264285     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264286     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264287     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264288     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264289     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264290     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264291     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264292     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264293     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264294     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264295     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264296     4  0.0547      0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264297     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264298     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264299     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264300     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264301     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264302     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264303     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264304     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264305     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264306     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264307     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264308     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264309     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264310     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264311     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264312     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264313     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264314     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264315     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264316     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264317     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264318     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264319     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264320     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264321     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264322     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264323     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264324     4  0.0146      0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264325     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0000      0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:kmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.659           0.957       0.947         0.4748 0.502   0.502
#> 3 3 0.727           0.918       0.855         0.2813 0.859   0.720
#> 4 4 0.603           0.835       0.811         0.1156 1.000   1.000
#> 5 5 0.614           0.643       0.742         0.0740 0.909   0.747
#> 6 6 0.686           0.655       0.712         0.0502 0.921   0.743

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264060     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264061     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264062     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264063     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264064     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264065     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264066     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264067     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264068     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264069     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264070     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264071     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264072     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264073     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264074     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264075     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264076     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264077     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264078     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264079     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264080     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264081     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264082     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264083     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264084     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264086     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264087     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264088     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264089     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264090     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264091     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264092     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264093     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264094     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264095     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264096     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264097     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264099     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264100     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264101     2   0.388      0.934 0.076 0.924
#> SRR1264102     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264103     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264104     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264105     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264106     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264107     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264108     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264109     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264110     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264111     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264112     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264113     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264114     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264115     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264116     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264117     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264118     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264119     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264120     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264121     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264122     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264123     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264124     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264125     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264126     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264127     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264128     2   0.278      0.931 0.048 0.952
#> SRR1264129     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264253     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264254     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264255     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264256     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264257     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264258     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264259     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264260     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264261     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264262     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264263     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264264     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264265     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264266     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264267     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264268     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264269     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264270     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264271     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264272     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264273     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264274     2   0.584      0.929 0.140 0.860
#> SRR1264275     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264276     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264277     2   0.753      0.850 0.216 0.784
#> SRR1264278     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264279     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264280     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264281     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264282     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264283     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264284     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264285     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264286     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264287     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264288     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264289     2   0.844      0.772 0.272 0.728
#> SRR1264290     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264291     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264292     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264293     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264294     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264295     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264296     2   0.738      0.860 0.208 0.792
#> SRR1264297     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264298     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264299     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264300     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264301     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264302     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264303     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264304     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264305     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264306     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264307     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264308     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264309     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264310     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264311     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264312     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264313     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264314     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264315     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264316     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264317     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264318     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264319     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264320     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264321     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264322     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264323     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264324     2   0.388      0.932 0.076 0.924
#> SRR1264325     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264326     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264327     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264328     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264329     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264330     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264331     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264332     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264333     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264334     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264335     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264336     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264337     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264338     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264339     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264340     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264341     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264342     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264343     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264344     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264345     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264346     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264347     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264348     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264349     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264350     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264351     2   0.518      0.933 0.116 0.884
#> SRR1264352     2   0.518      0.933 0.116 0.884

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264041     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264042     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264043     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264044     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264045     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264046     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264047     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264048     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264049     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264050     1  0.4452      0.862 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264051     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264052     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264053     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264054     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264055     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264056     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264057     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264058     1  0.4452      0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264059     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264060     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264061     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264062     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264063     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264064     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264065     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264066     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264067     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264068     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264069     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264070     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264071     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264072     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264073     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264074     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264075     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264076     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264077     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264078     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264079     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264080     2  0.6467      0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264081     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264082     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264083     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264084     1  0.4931      0.832 0.768 0.232 0.000
#> SRR1264085     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264086     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264087     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264088     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264089     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264090     2  0.9379      0.439 0.216 0.508 0.276
#> SRR1264091     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264092     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264093     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264094     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264095     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264096     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264097     1  0.4931      0.832 0.768 0.232 0.000
#> SRR1264098     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264099     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264100     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264101     2  0.6252      0.920 0.008 0.648 0.344
#> SRR1264102     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264103     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264104     2  0.6416      0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264105     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264106     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264107     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264108     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264109     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264110     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264111     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264112     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264113     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264114     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264115     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264116     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264117     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264118     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264119     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264120     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264121     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264122     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264123     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264124     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264125     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264126     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264127     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264128     2  0.6434      0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264129     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264130     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264131     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264132     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264133     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264134     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264135     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264136     1  0.1643      0.935 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264137     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264138     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264139     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264140     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264141     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264142     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264143     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264144     1  0.2066      0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264145     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264146     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264147     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264148     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264149     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264150     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264151     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264152     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264153     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264154     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264155     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264156     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264157     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264158     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264159     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264160     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264161     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264162     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264163     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264164     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264165     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264166     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264167     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264168     1  0.0747      0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264169     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264170     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264171     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264172     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264173     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264174     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264175     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264176     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264177     1  0.2448      0.934 0.924 0.076 0.000
#> SRR1264178     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264179     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264180     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264181     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264182     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264183     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264184     1  0.2448      0.934 0.924 0.076 0.000
#> SRR1264185     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264186     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264187     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264188     1  0.2625      0.932 0.916 0.084 0.000
#> SRR1264189     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264190     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264191     1  0.2537      0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264192     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264193     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264194     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264195     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264196     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264197     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264198     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264199     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264200     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264201     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264202     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264203     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264204     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264205     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264206     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264207     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264208     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264209     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264210     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264211     1  0.1753      0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264212     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264213     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264214     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264215     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264216     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264217     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264218     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264219     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264220     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264221     1  0.2959      0.916 0.900 0.100 0.000
#> SRR1264222     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264223     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264224     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264225     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264226     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264227     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264228     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264229     1  0.1860      0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264230     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264231     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264232     1  0.2796      0.934 0.908 0.092 0.000
#> SRR1264233     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264234     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264235     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264236     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264237     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264238     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264239     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264240     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264241     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264242     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264243     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264244     1  0.2878      0.934 0.904 0.096 0.000
#> SRR1264245     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264246     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264247     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264248     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264249     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264250     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264251     1  0.3116      0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264252     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264253     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264254     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264255     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264256     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264257     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264258     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264259     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264260     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264261     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264262     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264263     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264264     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264265     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264266     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264267     3  0.4137      0.849 0.032 0.096 0.872
#> SRR1264268     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264269     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264270     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264271     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264272     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264273     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264274     3  0.4056      0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264275     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264276     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264277     3  0.5944      0.714 0.064 0.152 0.784
#> SRR1264278     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264279     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264280     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264281     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264282     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264283     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264284     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264285     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264286     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264287     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264288     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264289     3  0.6239      0.692 0.072 0.160 0.768
#> SRR1264290     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264291     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264292     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264293     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264294     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264295     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264296     3  0.3947      0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264297     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264298     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264299     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264300     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264301     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264302     3  0.1482      0.903 0.020 0.012 0.968
#> SRR1264303     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264304     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264305     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264306     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264307     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264308     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264309     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264310     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264311     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264312     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264313     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264314     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264315     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264316     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264317     3  0.1636      0.904 0.020 0.016 0.964
#> SRR1264318     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264319     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264320     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264321     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264322     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264323     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264324     3  0.2297      0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264325     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264326     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264327     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264328     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264329     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264330     3  0.1711      0.910 0.032 0.008 0.960
#> SRR1264331     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264332     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264333     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264334     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264335     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264336     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264337     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264338     3  0.1877      0.909 0.032 0.012 0.956
#> SRR1264339     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264340     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264341     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264342     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264343     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264344     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264345     3  0.2176      0.906 0.032 0.020 0.948
#> SRR1264346     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264347     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264348     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264349     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264350     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264351     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264352     3  0.1525      0.910 0.032 0.004 0.964

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4
#> SRR1264040     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264041     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264042     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264043     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264044     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264045     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264046     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264047     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264048     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264049     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264050     1  0.6164      0.691 0.604 0.004 0.056 NA
#> SRR1264051     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264052     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264053     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264054     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264055     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264056     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264057     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264058     1  0.6290      0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264059     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264060     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264061     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264062     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264063     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264064     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264065     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264066     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264067     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264068     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264069     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264070     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264071     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264072     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264073     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264074     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264075     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264076     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264077     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264078     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264079     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264080     2  0.1854      0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264081     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264082     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264083     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264084     1  0.6774      0.564 0.472 0.004 0.080 NA
#> SRR1264085     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264086     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264087     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264088     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264089     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264090     2  0.8895      0.262 0.084 0.388 0.156 NA
#> SRR1264091     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264092     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264093     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264094     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264095     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264096     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264097     1  0.6769      0.575 0.480 0.004 0.080 NA
#> SRR1264098     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264099     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264100     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264101     2  0.4332      0.823 0.000 0.800 0.040 NA
#> SRR1264102     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264103     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264104     2  0.2329      0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264105     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264106     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264107     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264108     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264109     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264110     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264111     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264112     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264113     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264114     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264115     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264116     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264117     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264118     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264119     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264120     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264121     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264122     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264123     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264124     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264125     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264126     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264127     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264128     2  0.0336      0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264129     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264130     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264131     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264132     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264133     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264134     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264135     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264136     1  0.2342      0.854 0.912 0.000 0.008 NA
#> SRR1264137     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264138     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264139     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264140     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264141     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264142     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264143     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264144     1  0.2271      0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264145     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264146     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264147     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264148     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264149     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264150     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264151     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264152     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264153     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264154     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264155     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264156     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264157     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264158     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264159     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264160     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264161     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264162     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264163     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264164     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264165     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264166     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264167     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264168     1  0.0524      0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264169     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264170     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264171     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264172     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264173     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264174     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264175     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264176     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264177     1  0.4225      0.846 0.792 0.000 0.024 NA
#> SRR1264178     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264179     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264180     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264181     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264182     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264183     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264184     1  0.3539      0.845 0.820 0.000 0.004 NA
#> SRR1264185     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264186     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264187     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264188     1  0.4182      0.846 0.796 0.000 0.024 NA
#> SRR1264189     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264190     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264191     1  0.4238      0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264192     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264193     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264194     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264195     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264196     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264197     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264198     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264199     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264200     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264201     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264202     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264203     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264204     1  0.3157      0.855 0.852 0.000 0.004 NA
#> SRR1264205     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264206     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264207     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264208     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264209     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264210     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264211     1  0.3208      0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264212     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264213     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264214     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264215     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264216     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264217     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264218     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264219     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264220     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264221     1  0.3808      0.829 0.812 0.000 0.012 NA
#> SRR1264222     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264223     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264224     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264225     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264226     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264227     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264228     1  0.2741      0.856 0.892 0.000 0.012 NA
#> SRR1264229     1  0.2402      0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264230     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264231     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264232     1  0.4804      0.840 0.776 0.000 0.064 NA
#> SRR1264233     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264234     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264235     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264236     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264237     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264238     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264239     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264240     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264241     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264242     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264243     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264244     1  0.4849      0.840 0.772 0.000 0.064 NA
#> SRR1264245     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264246     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264247     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264248     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264249     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264250     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264251     1  0.5376      0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264252     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264253     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264254     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264255     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264256     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264257     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264258     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264259     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264260     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264261     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264262     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264263     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264264     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264265     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264266     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264267     3  0.6198      0.776 0.020 0.280 0.652 NA
#> SRR1264268     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264269     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264270     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264271     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264272     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264273     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264274     3  0.6223      0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264275     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264276     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264277     3  0.5983      0.759 0.016 0.100 0.720 NA
#> SRR1264278     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264279     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264280     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264281     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264282     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264283     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264284     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264285     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264286     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264287     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264288     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264289     3  0.6074      0.752 0.024 0.092 0.720 NA
#> SRR1264290     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264291     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264292     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264293     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264294     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264295     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264296     3  0.6065      0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264297     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264298     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264299     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264300     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264301     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264302     3  0.7028      0.780 0.004 0.204 0.596 NA
#> SRR1264303     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264304     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264305     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264306     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264307     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264308     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264309     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264310     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264311     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264312     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264313     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264314     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264315     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264316     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264317     3  0.7088      0.776 0.004 0.212 0.588 NA
#> SRR1264318     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264319     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264320     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264321     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264322     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264323     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264324     3  0.7173      0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264325     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264326     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264327     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264328     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264329     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264330     3  0.4508      0.832 0.016 0.216 0.764 NA
#> SRR1264331     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264332     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264333     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264334     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264335     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264336     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264337     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264338     3  0.4648      0.832 0.016 0.216 0.760 NA
#> SRR1264339     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264340     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264341     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264342     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264343     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264344     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264345     3  0.4773      0.831 0.016 0.216 0.756 NA
#> SRR1264346     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264347     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264348     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264349     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264350     3  0.4648      0.832 0.016 0.216 0.760 NA
#> SRR1264351     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264352     3  0.4399      0.832 0.016 0.224 0.760 NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264041     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264042     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264043     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264044     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264045     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264046     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264047     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264048     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264049     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264050     5  0.5258     0.8846 0.472 0.000 0.036 0.004 0.488
#> SRR1264051     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264052     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264053     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264054     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264055     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264056     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264057     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264058     5  0.5115     0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264059     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264060     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264061     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264062     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264063     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264064     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264065     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264066     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264067     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264068     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264069     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264070     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264071     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264072     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264073     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264074     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264075     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264076     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264077     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264078     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264079     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264080     2  0.2221     0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264081     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264082     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264083     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264084     5  0.5940     0.6027 0.276 0.000 0.028 0.080 0.616
#> SRR1264085     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264086     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264087     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264088     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264089     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264090     5  0.7383     0.0264 0.032 0.200 0.056 0.140 0.572
#> SRR1264091     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264092     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264093     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264094     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264095     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264096     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264097     5  0.5959     0.6065 0.280 0.000 0.028 0.080 0.612
#> SRR1264098     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264099     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264100     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264101     2  0.6376     0.6180 0.000 0.576 0.036 0.100 0.288
#> SRR1264102     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264103     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264104     2  0.3579     0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264105     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0290     0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264130     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264131     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264132     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264133     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264134     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264135     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264136     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264137     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264138     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264139     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264140     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264141     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264142     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264143     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264144     1  0.2241     0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264145     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264146     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264147     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264148     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264149     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264150     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264151     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264152     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264153     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264154     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264155     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264156     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264157     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264158     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264159     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264160     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264161     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264162     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264163     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264164     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264165     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264166     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264167     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264168     1  0.0324     0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264169     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264170     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264171     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264172     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264173     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264174     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264175     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264176     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264177     1  0.5513     0.5923 0.684 0.000 0.016 0.184 0.116
#> SRR1264178     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264179     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264180     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264181     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264182     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264183     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264184     1  0.5844     0.3018 0.636 0.000 0.020 0.100 0.244
#> SRR1264185     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264186     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264187     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264188     1  0.5545     0.5904 0.680 0.000 0.016 0.188 0.116
#> SRR1264189     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264190     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264191     1  0.5512     0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264192     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264193     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264194     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264195     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264196     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264197     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264198     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264199     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264200     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264201     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264202     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264203     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264204     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264205     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264206     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264207     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264208     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264209     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264210     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264211     1  0.4294     0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264212     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264213     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264214     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264215     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264216     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264217     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264218     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264219     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264220     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264221     1  0.4573     0.0278 0.704 0.000 0.008 0.028 0.260
#> SRR1264222     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264223     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264224     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264225     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264226     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264227     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264228     1  0.2699     0.5635 0.880 0.000 0.008 0.012 0.100
#> SRR1264229     1  0.2589     0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264230     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264231     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264232     1  0.4681     0.5806 0.728 0.000 0.000 0.188 0.084
#> SRR1264233     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264234     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264235     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264236     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264237     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264238     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264239     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264240     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264241     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264242     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264243     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264244     1  0.4747     0.5755 0.720 0.000 0.000 0.196 0.084
#> SRR1264245     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264246     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264247     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264248     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264249     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264250     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264251     1  0.5263     0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264252     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264253     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264254     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264255     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264256     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264257     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264258     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264259     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264260     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264261     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264262     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264263     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264264     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264265     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264266     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264267     4  0.6177     0.9616 0.000 0.164 0.304 0.532 0.000
#> SRR1264268     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264269     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264270     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264271     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264272     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264273     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264274     4  0.6248     0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264275     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264276     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264277     3  0.5980     0.4637 0.000 0.040 0.660 0.188 0.112
#> SRR1264278     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264279     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264280     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264281     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264282     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264283     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264284     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264285     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264286     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264287     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264288     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264289     3  0.5980     0.4637 0.000 0.040 0.660 0.188 0.112
#> SRR1264290     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264291     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264292     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264293     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264294     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264295     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264296     3  0.6104     0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264297     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264298     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264299     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264300     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264301     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264302     3  0.2727     0.5397 0.000 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR1264303     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264304     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264305     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264306     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264307     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264308     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264309     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264310     3  0.2873     0.5429 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1264311     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264312     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264313     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264314     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264315     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264316     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264317     3  0.2873     0.5429 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1264318     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264319     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264320     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264321     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264322     3  0.2873     0.5429 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1264323     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264324     3  0.2920     0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264325     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264326     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264327     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264328     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264329     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264330     3  0.6498     0.1602 0.000 0.144 0.528 0.312 0.016
#> SRR1264331     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264332     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264333     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264334     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264335     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264336     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264337     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264338     3  0.6482     0.0893 0.000 0.136 0.520 0.328 0.016
#> SRR1264339     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264340     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264341     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264342     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264343     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264344     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264345     3  0.6509    -0.0581 0.000 0.132 0.500 0.352 0.016
#> SRR1264346     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264347     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264348     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264349     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264350     3  0.6511     0.1443 0.000 0.144 0.524 0.316 0.016
#> SRR1264351     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264352     3  0.6471     0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264041     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264042     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264043     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264044     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264045     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264046     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264047     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264048     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264049     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264050     5  0.3647      0.887 0.216 0.000 NA 0.004 0.760 0.008
#> SRR1264051     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264052     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264053     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264054     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264055     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264056     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264057     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264058     5  0.3217      0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264059     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264060     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264061     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264062     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264063     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264064     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264065     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264066     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264067     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264068     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264069     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264070     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264071     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264072     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264073     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264074     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264075     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264076     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264077     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264078     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264079     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264080     2  0.3507      0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264081     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264082     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264083     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264084     5  0.6482      0.543 0.100 0.012 NA 0.004 0.588 0.092
#> SRR1264085     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264086     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264087     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264088     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264089     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264090     5  0.8228      0.184 0.012 0.140 NA 0.048 0.404 0.160
#> SRR1264091     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264092     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264093     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264094     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264095     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264096     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264097     5  0.6506      0.543 0.100 0.012 NA 0.004 0.584 0.092
#> SRR1264098     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264099     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264100     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264101     2  0.7568      0.525 0.000 0.460 NA 0.032 0.116 0.196
#> SRR1264102     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264103     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264104     2  0.5211      0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264105     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.1007      0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264130     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264131     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264132     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264133     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264134     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264135     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264136     1  0.5920      0.524 0.596 0.000 NA 0.000 0.240 0.088
#> SRR1264137     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264138     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264139     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264140     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264141     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264142     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264143     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264144     1  0.5899      0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264145     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264146     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264147     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264148     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264149     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264150     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264151     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264152     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264153     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264154     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264155     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264156     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264157     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264158     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264159     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264160     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264161     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264162     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264163     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264164     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264165     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264166     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264167     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264168     1  0.5021      0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264169     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264170     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264171     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264172     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264173     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264174     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264175     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264176     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264177     1  0.4313      0.214 0.764 0.008 NA 0.000 0.012 0.132
#> SRR1264178     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264179     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264180     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264181     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264182     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264183     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264184     1  0.5726      0.234 0.656 0.012 NA 0.000 0.184 0.080
#> SRR1264185     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264186     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264187     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264188     1  0.4243      0.195 0.764 0.008 NA 0.000 0.008 0.140
#> SRR1264189     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264190     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264191     1  0.4106      0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264192     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264193     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264194     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264195     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264196     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264197     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264198     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264199     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264200     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264201     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264202     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264203     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264204     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264205     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264206     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264207     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264208     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264209     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264210     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264211     1  0.0717      0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264212     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264213     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264214     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264215     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264216     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264217     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264218     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264219     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264220     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264221     1  0.6516     -0.017 0.440 0.012 NA 0.000 0.396 0.056
#> SRR1264222     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264223     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264224     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264225     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264226     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264227     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264228     1  0.5978      0.512 0.584 0.000 NA 0.000 0.252 0.088
#> SRR1264229     1  0.6100      0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264230     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264231     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264232     1  0.4972     -0.598 0.564 0.000 NA 0.000 0.056 0.372
#> SRR1264233     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264234     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264235     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264236     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264237     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264238     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264239     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264240     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264241     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264242     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264243     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264244     1  0.4910     -0.560 0.572 0.000 NA 0.000 0.052 0.368
#> SRR1264245     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264246     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264247     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264248     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264249     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264250     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264251     6  0.5114      1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264252     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264253     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264254     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264255     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264256     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264257     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264258     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264259     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264260     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264261     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264262     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264263     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264264     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264265     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264266     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264267     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264268     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264269     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264270     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264271     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264272     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264273     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264274     4  0.5181      0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264275     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264276     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264277     4  0.5839      0.651 0.000 0.012 NA 0.636 0.068 0.076
#> SRR1264278     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264279     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264280     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264281     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264282     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264283     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264284     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264285     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264286     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264287     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264288     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264289     4  0.5839      0.651 0.000 0.012 NA 0.636 0.068 0.076
#> SRR1264290     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264291     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264292     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264293     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264294     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264295     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264296     4  0.5876      0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264297     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264298     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264299     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264300     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264301     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264302     4  0.5080      0.653 0.000 0.036 NA 0.540 0.008 0.012
#> SRR1264303     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264304     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264305     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264306     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264307     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264308     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264309     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264310     4  0.4955      0.645 0.000 0.056 NA 0.520 0.004 0.000
#> SRR1264311     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264312     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264313     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264314     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264315     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264316     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264317     4  0.5251      0.649 0.000 0.048 NA 0.528 0.008 0.012
#> SRR1264318     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264319     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264320     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264321     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264322     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264323     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264324     4  0.4824      0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0865      0.736 0.000 0.036 NA 0.964 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.1010      0.735 0.000 0.036 NA 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264339     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.1194      0.731 0.000 0.032 NA 0.956 0.000 0.008
#> SRR1264346     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0865      0.736 0.000 0.036 NA 0.964 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0937      0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.993       0.998         0.4993 0.501   0.501
#> 3 3 0.931           0.966       0.977         0.2813 0.856   0.713
#> 4 4 0.869           0.916       0.904         0.0821 0.948   0.855
#> 5 5 0.779           0.758       0.857         0.0887 0.947   0.829
#> 6 6 0.778           0.703       0.772         0.0499 0.997   0.989

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264060     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264061     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264062     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264063     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264064     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264065     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264066     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264067     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264068     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264069     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264070     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264071     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264072     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264073     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264074     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264075     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264076     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264077     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264078     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264079     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264080     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264081     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264082     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264083     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264084     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264086     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264087     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264088     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264089     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264090     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264091     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264092     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264093     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264094     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264095     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264096     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264097     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264099     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264100     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264101     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264102     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264103     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264104     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264105     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264106     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264107     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264108     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264109     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264110     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264111     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264112     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264113     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264114     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264115     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264116     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264117     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264118     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264119     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264120     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264121     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264122     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264123     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264124     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264125     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264126     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264127     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264128     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264129     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000     0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264252     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264253     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264254     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264255     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264256     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264257     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264258     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264259     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264260     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264261     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264262     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264263     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264264     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264265     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264266     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264267     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264268     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264269     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264270     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264271     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264272     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264273     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264274     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264275     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264276     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264277     2   0.814     0.6611 0.252 0.748
#> SRR1264278     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264279     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264280     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264281     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264282     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264283     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264284     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264285     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264286     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264287     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264288     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264289     1   1.000     0.0271 0.508 0.492
#> SRR1264290     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264291     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264292     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264293     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264294     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264295     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264296     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264297     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264298     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264299     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264300     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264301     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264302     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264303     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264304     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264305     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264306     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264307     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264308     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264309     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264310     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264311     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264312     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264313     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264314     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264315     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264316     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264317     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264318     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264319     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264320     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264321     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264322     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264323     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264324     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264325     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264326     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264327     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264328     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264329     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264330     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264331     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264332     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264333     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264334     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264335     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264336     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264337     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264338     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264339     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264340     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264341     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264342     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264343     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264344     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264345     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264346     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264347     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264348     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264349     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264350     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264351     2   0.000     0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264352     2   0.000     0.9985 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1264040     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264082     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264083     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264084     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264086     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264087     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264088     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264089     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264090     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264091     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264092     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264093     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264094     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264095     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264096     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264097     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264099     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264100     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264101     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264102     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264103     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264104     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264105     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      1.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264252     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264253     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264254     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264255     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264256     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264257     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264258     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264259     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264260     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264261     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264262     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264263     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264264     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264265     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264266     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264267     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264268     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264269     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264270     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264271     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264272     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264273     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264274     3   0.475      0.779  0 0.216 0.784
#> SRR1264275     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264276     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264277     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264278     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264279     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264280     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264281     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264282     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264283     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264284     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264285     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264286     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264287     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264288     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264289     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264290     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264291     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264292     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264293     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264294     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264295     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264296     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264297     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264298     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264299     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264300     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264301     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264302     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264303     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264304     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264305     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264306     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264307     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264308     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264309     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264310     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264311     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264312     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264313     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264314     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264315     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264316     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264317     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264318     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264319     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264320     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264321     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264322     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264323     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264324     3   0.164      0.932  0 0.044 0.956
#> SRR1264325     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264326     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264327     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264328     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264329     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264330     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264331     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264332     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264333     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264334     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264335     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264336     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264337     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264338     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264339     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264340     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264341     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264342     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264343     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264344     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264345     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264346     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264347     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264348     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264349     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264350     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264351     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000
#> SRR1264352     3   0.000      0.923  0 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264041     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264042     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264043     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264044     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264045     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264046     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264047     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264048     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264049     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264050     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264051     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264052     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264053     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264054     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264055     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264056     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264057     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264058     1  0.3652      0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264059     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264082     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264083     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264084     1  0.3716      0.897 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1264085     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264086     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264087     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264088     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264089     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264090     2  0.1635      0.955 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1264091     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264092     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264093     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264094     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264095     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264096     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264097     1  0.3716      0.897 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1264098     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264099     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264100     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264101     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264102     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264103     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264104     2  0.0188      0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264130     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264131     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264132     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264133     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264134     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264135     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264136     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264137     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264138     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264139     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264140     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264141     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264142     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264143     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264144     1  0.1557      0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264145     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264146     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264147     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264148     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264149     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264150     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264151     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264152     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264153     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264154     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264155     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264156     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264157     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264158     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264159     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264160     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264161     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264162     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264163     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264164     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264165     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264166     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264167     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264168     1  0.0188      0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264169     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264170     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264171     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264172     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264173     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264174     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264175     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264176     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264177     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264178     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264179     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264180     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264181     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264182     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264183     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264184     1  0.1022      0.956 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1264185     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264186     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264187     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264188     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264189     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264190     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264191     1  0.0707      0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264192     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264193     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264194     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264195     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264196     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264197     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264198     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264199     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264200     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264201     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264202     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264203     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264204     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264205     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264206     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264207     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264208     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264209     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264210     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264211     1  0.0469      0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264212     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264213     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264214     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264215     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264216     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264217     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264218     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264219     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264220     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264221     1  0.1716      0.946 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1264222     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264223     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264224     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264225     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264226     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264227     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264228     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264229     1  0.1474      0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264230     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264231     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264232     1  0.0921      0.957 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264233     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264234     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264235     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264236     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264237     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264238     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264239     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264240     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264241     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264242     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264243     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264244     1  0.0921      0.957 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264245     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264246     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264247     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264248     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264249     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264250     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264251     1  0.1637      0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264252     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264253     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264254     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264255     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264256     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264257     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264258     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264259     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264260     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264261     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264262     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264263     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264264     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264265     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264266     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264267     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264268     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264269     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264270     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264271     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264272     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264273     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264274     3  0.3143      0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264275     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264276     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264277     4  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264279     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264280     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264281     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264282     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264283     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264284     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264285     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264286     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264287     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264288     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264289     4  0.0000      0.836 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264291     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264292     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264293     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264294     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264295     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264296     4  0.0188      0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264297     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264298     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264299     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264300     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264301     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264302     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264303     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264304     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264305     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264306     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264307     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264308     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264309     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264310     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264311     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264312     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264313     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264314     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264315     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264316     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264317     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264318     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264319     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264320     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264321     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264322     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264323     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264324     4  0.3764      0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264325     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264326     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264327     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264328     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264329     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264330     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264331     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264332     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264333     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264334     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264335     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264336     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264337     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264338     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264339     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264340     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264341     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264342     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264343     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264344     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264345     3  0.4624      0.785 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1264346     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264347     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264348     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264349     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264350     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264351     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264352     3  0.4643      0.785 0.000 0.000 0.656 0.344

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264041     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264042     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264043     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264044     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264045     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264046     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264047     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264048     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264049     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264050     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264051     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264052     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264053     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264054     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264055     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264056     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264057     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264058     5  0.4331      0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264059     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264060     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264061     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264062     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264063     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264064     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264065     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264066     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264067     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264068     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264069     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264070     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264071     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264072     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264073     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264074     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264075     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264076     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264077     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264078     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264079     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264080     2  0.0404      0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264081     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264082     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264083     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264084     5  0.4114      0.943 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1264085     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264086     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264087     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264088     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264089     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264090     2  0.3366      0.778 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264091     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264092     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264093     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264094     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264095     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264096     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264097     5  0.4101      0.942 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1264098     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264099     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264100     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264101     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264102     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264103     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264104     2  0.0794      0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264105     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264130     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264131     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264132     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264133     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264134     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264135     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264136     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264137     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264138     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264139     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264140     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264141     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264142     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264143     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264144     1  0.3561      0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264145     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264146     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264147     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264148     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264149     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264150     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264151     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264152     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264153     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264154     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264155     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264156     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264157     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264158     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264159     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264160     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264161     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264162     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264163     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264164     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264165     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264166     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264167     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264168     1  0.1608      0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264169     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264170     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264171     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264172     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264173     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264174     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264175     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264176     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264177     1  0.2424      0.662 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1264178     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264179     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264180     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264181     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264182     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264183     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264184     1  0.3274      0.477 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264185     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264186     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264187     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264188     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264189     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264190     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264191     1  0.2719      0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264192     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264193     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264194     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264195     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264196     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264197     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264198     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264199     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264200     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264201     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264202     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264203     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264204     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264205     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264206     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264207     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264208     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264209     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264210     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264211     1  0.0703      0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264212     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264213     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264214     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264215     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264216     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264217     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264218     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264219     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264220     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264221     1  0.4182     -0.325 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1264222     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264223     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264224     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264225     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264226     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264227     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264228     1  0.3684      0.295 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1264229     1  0.3661      0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264230     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264231     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264232     1  0.3863      0.565 0.740 0.000 0.000 0.012 0.248
#> SRR1264233     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264234     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264235     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264236     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264237     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264238     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264239     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264240     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264241     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264242     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264243     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264244     1  0.3863      0.565 0.740 0.000 0.000 0.012 0.248
#> SRR1264245     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264246     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264247     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264248     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264249     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264250     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264251     1  0.4141      0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264252     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264253     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264254     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264255     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264256     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264257     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264258     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264259     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264260     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264261     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264262     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264263     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264264     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264265     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264266     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264267     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264268     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264269     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264270     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264271     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264272     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264273     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264274     4  0.0451      0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264275     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264276     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264277     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264278     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264279     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264280     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264281     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264282     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264283     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264284     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264285     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264286     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264287     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264288     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264289     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264290     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264291     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264292     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264293     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264294     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264295     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264296     3  0.1608      0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264297     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264298     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264299     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264300     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264301     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264302     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264303     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264304     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264305     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264306     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264307     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264308     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264309     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264310     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264311     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264312     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264313     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264314     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264315     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264316     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264317     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264318     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264319     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264320     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264321     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264322     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264323     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264324     3  0.1831      0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264325     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264326     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264327     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264328     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264329     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264330     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264331     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264332     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264333     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264334     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264335     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264336     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264337     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264338     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264339     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264340     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264341     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264342     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264343     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264344     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264345     4  0.4714      0.736 0.000 0.000 0.324 0.644 0.032
#> SRR1264346     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264347     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264348     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264349     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264350     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264351     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264352     4  0.4794      0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> SRR1264040     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264041     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264042     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264043     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264044     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264045     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264046     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264047     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264048     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264049     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264050     5  0.1765     0.9640 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 NA
#> SRR1264051     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264052     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264053     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264054     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264055     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264056     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264057     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264058     5  0.1714     0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264059     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264060     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264061     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264062     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264063     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264064     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264065     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264066     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264067     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264068     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264069     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264070     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264071     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264072     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264073     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264074     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264075     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264076     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264077     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264078     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264079     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264080     2  0.0146     0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264081     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264082     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264083     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264084     5  0.1918     0.9389 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 NA
#> SRR1264085     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264086     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264087     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264088     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264089     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264090     2  0.4979     0.5640 0.000 0.604 0.000 0.004 0.312 NA
#> SRR1264091     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264092     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264093     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264094     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264095     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264096     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264097     5  0.1970     0.9436 0.092 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR1264098     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264099     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264100     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264101     2  0.2320     0.9311 0.000 0.892 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR1264102     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264103     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264104     2  0.2126     0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264130     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264131     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264132     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264133     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264134     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264135     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264136     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264137     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264138     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264139     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264140     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264141     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264142     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264143     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264144     1  0.4720     0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264145     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264146     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264147     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264148     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264149     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264150     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264151     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264152     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264153     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264154     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264155     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264156     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264157     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264158     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264159     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264160     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264161     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264162     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264163     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264164     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264165     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264166     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264167     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264168     1  0.3344     0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264169     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264170     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264171     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264172     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264173     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264174     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264175     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264176     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264177     1  0.2100     0.6219 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264178     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264179     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264180     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264181     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264182     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264183     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264184     1  0.3953     0.5338 0.744 0.000 0.000 0.000 0.196 NA
#> SRR1264185     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264186     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264187     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264188     1  0.2146     0.6211 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264189     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264190     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264191     1  0.2402     0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264192     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264193     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264194     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264195     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264196     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264197     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264198     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264199     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264200     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264201     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264202     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264203     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264204     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264205     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264206     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264207     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264208     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264209     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264210     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264211     1  0.1807     0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264212     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264213     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264214     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264215     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264216     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264217     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264218     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264219     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264220     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264221     5  0.4449     0.0551 0.440 0.000 0.000 0.000 0.532 NA
#> SRR1264222     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264223     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264224     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264225     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264226     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264227     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264228     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264229     1  0.4690     0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264230     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264231     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264232     1  0.4080     0.4387 0.536 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264233     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264234     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264235     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264236     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264237     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264238     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264239     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264240     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264241     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264242     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264243     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264244     1  0.4080     0.4387 0.536 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264245     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264246     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264247     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264248     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264249     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264250     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264251     1  0.4312     0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264252     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264253     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264254     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264255     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264256     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264257     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264258     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264259     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264260     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264261     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264262     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264263     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264264     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264265     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264266     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264267     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264268     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264269     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264270     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264271     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264272     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264273     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264274     4  0.0146     0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264275     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264276     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264277     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264278     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264279     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264280     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264281     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264282     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264283     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264284     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264285     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264286     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264287     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264288     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264289     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264290     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264291     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264292     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264293     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264294     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264295     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264296     3  0.4294     0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264297     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264298     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264299     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264300     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264301     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264302     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264303     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264304     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264305     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264306     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264307     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264308     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264309     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264310     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264311     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264312     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264313     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264314     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264315     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264316     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264317     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264318     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264319     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264320     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264321     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264322     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264323     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264324     3  0.1387     0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264325     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264326     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264327     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264328     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264329     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264330     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264331     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264332     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264333     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264334     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264335     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264336     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264337     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264338     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264339     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264340     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264341     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264342     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264343     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264344     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264345     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264346     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264347     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264348     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264349     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264350     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264351     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264352     4  0.5395     0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.4989 0.502   0.502
#> 3 3 1.000           0.999       1.000         0.2802 0.860   0.721
#> 4 4 1.000           0.999       1.000         0.0664 0.958   0.883
#> 5 5 0.907           0.961       0.971         0.0903 0.943   0.822
#> 6 6 1.000           0.978       0.986         0.0264 0.977   0.913

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5

There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264253     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264254     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264255     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264256     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264257     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264258     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264259     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264260     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264261     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264262     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264263     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264264     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264265     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264266     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264267     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264268     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264269     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264270     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264271     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264272     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264273     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264274     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264275     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     2  0.0000      1.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.0237      0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264085     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     3  0.1163      0.971 0.000 0.028 0.972
#> SRR1264091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.2796      0.899 0.000 0.908 0.092
#> SRR1264102     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4
#> SRR1264040     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264041     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264042     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264043     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264044     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264045     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264046     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264047     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264049     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264051     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264052     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264053     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264054     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264055     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264056     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264058     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264059     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264061     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264063     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264066     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264068     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264071     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264073     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264074     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264075     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264076     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264077     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264078     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264079     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264080     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264082     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264083     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264084     1  0.0188      0.995 0.996 0.000 0.004  0
#> SRR1264085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264086     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264087     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264088     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264089     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264090     3  0.0817      0.971 0.000 0.024 0.976  0
#> SRR1264091     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264092     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264093     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264094     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264095     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264096     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264097     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264098     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264099     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264100     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264101     2  0.2216      0.881 0.000 0.908 0.092  0
#> SRR1264102     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264103     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264104     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR1264129     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264131     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264132     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264134     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264135     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264136     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264137     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264138     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264139     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264140     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264141     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264142     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264143     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264144     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264145     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264146     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264147     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264148     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264149     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264150     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264151     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264152     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264153     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264154     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264155     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264156     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264157     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264158     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264159     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264160     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264161     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264162     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264163     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264164     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264165     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264166     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264167     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264168     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264170     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264171     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264172     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264173     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264174     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264176     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264177     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264178     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264179     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264180     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264181     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264182     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264183     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264184     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264185     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264186     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264187     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264188     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264189     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264190     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264191     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264192     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264193     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264194     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264195     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264196     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264197     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264198     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264199     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264201     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264202     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264203     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264204     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264205     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264206     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264207     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264208     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264209     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264210     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264211     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264212     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264213     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264214     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264215     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264216     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264217     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264218     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264219     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264220     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264221     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264222     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264223     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264224     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264225     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264226     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264227     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264228     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264229     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264230     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264231     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264232     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264233     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264235     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264236     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264237     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264238     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264239     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264240     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264241     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264242     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264243     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264244     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264245     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264246     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264247     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264248     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264249     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264250     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264251     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR1264252     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264253     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264254     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264255     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264256     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264257     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264258     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264259     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264260     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264261     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264262     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264263     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264264     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264265     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264266     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264267     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264268     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264269     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264270     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264271     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264272     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264273     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264274     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264275     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264276     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264277     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264278     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264279     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264280     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264281     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264282     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264283     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264284     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264285     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264286     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264287     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264288     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264289     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264290     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264291     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264292     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264293     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264294     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264295     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264296     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264297     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264298     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264299     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264300     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264301     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264302     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264303     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264304     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264305     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264306     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264307     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264308     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264309     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264310     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264311     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264312     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264313     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264314     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264315     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264316     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264317     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264318     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264319     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264320     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264321     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264322     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264323     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264324     4  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR1264325     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264326     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264327     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264328     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264329     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264330     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264331     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264332     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264333     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264334     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264335     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264336     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264337     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264338     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264339     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264340     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264341     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264342     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264343     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264344     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264345     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264346     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264347     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264348     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264349     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264350     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264351     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR1264352     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264041     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264042     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264043     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264044     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264045     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264046     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264047     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264048     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264049     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264050     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264051     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264052     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264053     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264054     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264055     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264056     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264057     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264058     5  0.0000      0.947 0.000 0.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.0404      0.931 0.012 0.000  0 0.000 0.988
#> SRR1264085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264090     5  0.3906      0.531 0.000 0.004  0 0.292 0.704
#> SRR1264091     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.0510      0.925 0.016 0.000  0 0.000 0.984
#> SRR1264098     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.1908      0.877 0.000 0.908  0 0.092 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.998 0.000 1.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264130     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264131     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264132     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264133     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264134     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264135     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264136     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264137     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264138     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264139     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264140     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264141     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264142     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264143     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264144     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264145     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264146     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264147     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264148     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264149     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264150     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264151     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264152     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264153     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264154     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264155     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264156     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264157     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264158     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264159     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264160     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264161     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264162     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264163     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264164     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264165     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264166     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264167     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264168     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264169     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.3816      0.553 0.696 0.000  0 0.000 0.304
#> SRR1264185     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.1043      0.930 0.960 0.000  0 0.000 0.040
#> SRR1264193     1  0.1121      0.930 0.956 0.000  0 0.000 0.044
#> SRR1264194     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0609      0.929 0.980 0.000  0 0.000 0.020
#> SRR1264196     1  0.0162      0.927 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> SRR1264197     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0404      0.928 0.988 0.000  0 0.000 0.012
#> SRR1264199     1  0.0290      0.928 0.992 0.000  0 0.000 0.008
#> SRR1264200     1  0.2074      0.928 0.896 0.000  0 0.000 0.104
#> SRR1264201     1  0.1478      0.930 0.936 0.000  0 0.000 0.064
#> SRR1264202     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0162      0.927 0.996 0.000  0 0.000 0.004
#> SRR1264204     1  0.1544      0.930 0.932 0.000  0 0.000 0.068
#> SRR1264205     1  0.0880      0.930 0.968 0.000  0 0.000 0.032
#> SRR1264206     1  0.1197      0.930 0.952 0.000  0 0.000 0.048
#> SRR1264207     1  0.0404      0.928 0.988 0.000  0 0.000 0.012
#> SRR1264208     1  0.1341      0.930 0.944 0.000  0 0.000 0.056
#> SRR1264209     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0290      0.928 0.992 0.000  0 0.000 0.008
#> SRR1264211     1  0.0290      0.928 0.992 0.000  0 0.000 0.008
#> SRR1264212     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264213     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264214     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264215     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264216     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264217     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264218     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264219     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264220     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264221     5  0.4219      0.103 0.416 0.000  0 0.000 0.584
#> SRR1264222     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264223     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264224     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264225     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264226     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264227     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264228     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264229     1  0.2377      0.926 0.872 0.000  0 0.000 0.128
#> SRR1264230     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.926 1.000 0.000  0 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264275     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264276     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264277     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264278     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264279     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264280     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264281     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264282     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264283     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264284     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264285     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264286     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264287     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264288     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264289     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264290     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264291     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264292     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264293     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264294     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264295     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264296     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0000      1.000 0.000 0.000  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2 p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     5  0.0000     0.9487 0.000 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.0260     0.9370 0.008 0.000  0 0.000 0.992 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     5  0.3963     0.6629 0.000 0.000  0 0.164 0.756 0.080
#> SRR1264091     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.0146     0.9432 0.004 0.000  0 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.1913     0.8920 0.000 0.908  0 0.080 0.000 0.012
#> SRR1264102     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9985 0.000 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264130     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264131     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264132     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264133     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264134     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264135     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264136     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264137     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264138     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264139     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264140     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264141     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264142     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264143     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264144     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264145     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264146     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264147     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264148     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264149     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264150     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264151     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264152     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264153     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264154     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264155     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264156     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264157     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264158     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264159     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264160     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264161     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264162     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264163     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264164     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264165     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264166     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264167     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264168     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.3330     0.5970 0.716 0.000  0 0.000 0.284 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0458     0.9697 0.984 0.000  0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264193     1  0.0458     0.9697 0.984 0.000  0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0260     0.9692 0.992 0.000  0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0260     0.9692 0.992 0.000  0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.1075     0.9689 0.952 0.000  0 0.000 0.048 0.000
#> SRR1264201     1  0.0458     0.9696 0.984 0.000  0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0937     0.9692 0.960 0.000  0 0.000 0.040 0.000
#> SRR1264205     1  0.0458     0.9696 0.984 0.000  0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264206     1  0.0458     0.9697 0.984 0.000  0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264207     1  0.0260     0.9691 0.992 0.000  0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264208     1  0.0632     0.9696 0.976 0.000  0 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0146     0.9687 0.996 0.000  0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264211     1  0.0260     0.9692 0.992 0.000  0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264212     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264213     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264214     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264215     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264216     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264217     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264218     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264219     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264220     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264221     5  0.3854     0.0338 0.464 0.000  0 0.000 0.536 0.000
#> SRR1264222     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264223     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264224     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264225     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264226     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264227     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264228     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264229     1  0.1204     0.9685 0.944 0.000  0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000     0.9683 1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     6  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000     1.0000 0.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.0000     1.0000 0.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.713           0.901       0.944         0.4363 0.529   0.529
#> 3 3 0.899           0.921       0.969         0.4739 0.728   0.531
#> 4 4 0.742           0.771       0.865         0.1006 0.944   0.846
#> 5 5 0.807           0.851       0.881         0.0618 0.948   0.834
#> 6 6 0.856           0.650       0.711         0.0500 0.831   0.485

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264041     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264042     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264043     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264044     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264045     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264046     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264047     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264048     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264049     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264050     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264051     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264052     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264053     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264054     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264055     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264056     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264057     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264058     1  0.2603      0.949 0.956 0.044
#> SRR1264059     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.6801      0.758 0.820 0.180
#> SRR1264085     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.1184      0.853 0.016 0.984
#> SRR1264091     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.4562      0.893 0.904 0.096
#> SRR1264098     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.1184      0.853 0.016 0.984
#> SRR1264102     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.858 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264178     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264185     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264189     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264231     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264232     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264234     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264235     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264236     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264237     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264238     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264239     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264240     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264241     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264242     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264243     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264244     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264246     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264247     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264248     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264249     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264250     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264251     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264252     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264253     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264254     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264255     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264256     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264257     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264258     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264259     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264260     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264261     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264262     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264263     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264264     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264265     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264266     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264267     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264268     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264269     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264270     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264271     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264272     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264273     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264274     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264275     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264276     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264277     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264278     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264279     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264280     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264281     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264282     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264283     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264284     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264285     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264286     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264287     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264288     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264289     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264290     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264291     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264292     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264293     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264294     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264295     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264296     2  0.9933      0.439 0.452 0.548
#> SRR1264297     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264298     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264299     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264300     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264301     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264302     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264303     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264304     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264305     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264306     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264307     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264308     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264309     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264310     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264311     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264312     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264313     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264314     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264315     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264316     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264317     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264318     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264319     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264320     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264321     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264322     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264323     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264324     2  0.7528      0.779 0.216 0.784
#> SRR1264325     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264326     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264327     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264328     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264329     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264330     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264331     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264332     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264333     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264334     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264335     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264336     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264337     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264338     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264339     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264340     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264341     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264342     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264343     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264344     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264345     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264346     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264347     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264348     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264349     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264350     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264351     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR1264352     1  0.0376      0.991 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.0661      0.919 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264085     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.5397      0.592 0.280 0.720 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.0661      0.919 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264098     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.4291      0.769 0.180 0.820 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0424      0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264137     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0424      0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264178     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0424      0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264185     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0424      0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264189     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0424      0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264222     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0424      0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264229     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264231     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264232     1  0.3619      0.805 0.864 0.000 0.136
#> SRR1264233     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264234     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264235     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264236     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264237     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264238     1  0.6280      0.267 0.540 0.000 0.460
#> SRR1264239     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264240     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264241     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264242     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264243     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264244     1  0.0000      0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264246     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264247     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264248     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264249     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264250     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264251     1  0.6274      0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264252     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264041     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264042     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264043     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264044     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264045     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264046     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264047     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264048     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264049     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264050     4  0.0707      0.980 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1264051     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264052     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264053     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264054     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264055     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264056     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264057     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264058     4  0.0336      0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264059     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264082     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264083     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264084     1  0.3873      0.609 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264085     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264086     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264087     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264088     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264089     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264090     1  0.4692      0.604 0.756 0.032 0.000 0.212
#> SRR1264091     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264092     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264093     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264094     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264095     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264096     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264097     1  0.3873      0.609 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264098     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264099     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264100     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264101     1  0.4692      0.604 0.756 0.032 0.000 0.212
#> SRR1264102     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264103     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264104     2  0.3726      0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264105     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264170     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264171     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264172     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264173     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264174     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264175     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264176     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264177     1  0.3569      0.764 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1264178     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264179     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264180     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264181     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264182     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264183     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264184     1  0.2973      0.785 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264185     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264186     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264187     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264188     1  0.3907      0.749 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264189     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264190     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264191     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264192     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0188      0.838 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0188      0.838 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264231     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264232     1  0.5024      0.692 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR1264233     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264234     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264235     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264236     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264237     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264238     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264239     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264240     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264241     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264242     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264243     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264244     1  0.5040      0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264245     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264246     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264247     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264248     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264249     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264250     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264251     1  0.5070      0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264252     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264253     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264254     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264255     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264256     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264257     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264258     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264259     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264260     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264261     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264262     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264263     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264264     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264265     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264266     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264267     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264268     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264269     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264270     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264271     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264272     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264273     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264274     3  0.0336      0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264275     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264276     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264277     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264278     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264279     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264280     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264281     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264282     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264283     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264284     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264285     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264286     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264287     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264288     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264289     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264290     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264291     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264292     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264293     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264294     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264295     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264296     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264297     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264298     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264299     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264300     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264301     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264302     3  0.4843      0.603 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1264303     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264304     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264305     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264306     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264307     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264308     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264309     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264310     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264311     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264312     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264313     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264314     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264315     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264316     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264317     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264318     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264319     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264320     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264321     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264322     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264323     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264324     3  0.4855      0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264325     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.710 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264041     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264042     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264043     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264044     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264045     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264046     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264047     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264048     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264049     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264050     5  0.0451      0.992 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR1264051     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264052     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264053     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264054     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264055     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264056     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264057     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264058     5  0.0290      1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264059     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264082     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264083     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264084     1  0.3421      0.667 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> SRR1264085     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264086     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264087     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264088     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264089     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264090     1  0.3904      0.636 0.764 0.012 0.008 0.000 0.216
#> SRR1264091     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264092     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264093     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264094     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264095     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264096     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264097     1  0.3421      0.667 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> SRR1264098     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264099     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264100     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264101     1  0.4004      0.633 0.760 0.016 0.008 0.000 0.216
#> SRR1264102     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264103     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264104     2  0.3353      0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264105     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264170     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264171     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264172     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264173     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264174     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264175     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264176     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264177     1  0.3787      0.757 0.800 0.000 0.012 0.168 0.020
#> SRR1264178     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264179     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264180     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264181     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264182     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264183     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264184     1  0.3216      0.784 0.852 0.000 0.012 0.116 0.020
#> SRR1264185     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264186     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264187     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264188     1  0.3690      0.726 0.764 0.000 0.012 0.224 0.000
#> SRR1264189     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264190     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264191     1  0.4620      0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264192     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0162      0.832 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0566      0.830 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264213     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264214     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264215     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264216     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264217     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264218     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264219     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264220     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264221     1  0.1059      0.823 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1264222     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264223     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264224     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264225     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264226     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264227     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264228     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264229     1  0.0771      0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264230     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264231     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264232     1  0.4710      0.620 0.616 0.000 0.012 0.364 0.008
#> SRR1264233     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264234     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264235     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264236     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264237     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264238     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264239     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264240     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264241     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264242     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264243     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264244     1  0.4683      0.622 0.624 0.000 0.008 0.356 0.012
#> SRR1264245     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264246     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264247     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264248     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264249     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264250     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264251     1  0.4723      0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264252     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264253     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264254     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264255     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264256     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264257     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264258     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264259     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264260     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264261     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264262     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264263     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264264     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264265     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264266     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264267     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264268     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264269     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264270     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264271     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264272     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264273     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264274     4  0.0703      0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264275     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264276     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264277     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264278     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264279     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264280     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264281     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264282     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264283     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264284     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264285     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264286     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264287     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264288     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264289     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264290     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264291     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264292     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264293     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264294     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264295     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264296     3  0.3177      0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264297     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264298     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264299     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264300     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264301     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264302     3  0.0510      0.876 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264303     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264304     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264305     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264306     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264307     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264308     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264309     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264310     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264311     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264312     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264313     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264314     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264315     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264316     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264317     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264318     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264319     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264320     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264321     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264322     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264323     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264324     3  0.0404      0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264325     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264326     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264327     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264328     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264329     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264330     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264331     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264332     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264333     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264334     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264335     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264336     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264337     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264338     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264339     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264340     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264341     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264342     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264343     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264344     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264345     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264346     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264347     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264348     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264349     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264350     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264351     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264352     4  0.0963      0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264041     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264042     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264043     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264044     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264045     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264046     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264047     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264048     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264049     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264050     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264051     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264052     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264053     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264054     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264055     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264056     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264057     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264058     5  0.2793     1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264059     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264060     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264061     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264062     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264063     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264064     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264065     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264066     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264067     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264068     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264069     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264070     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264071     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264072     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264073     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264074     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264075     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264076     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264077     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264078     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264079     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264080     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264081     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264082     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264083     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264084     1  0.2597     0.7180 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264085     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264086     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264087     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264088     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264089     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264090     1  0.3231     0.6501 0.784 0.000 0.000 0.000 0.016 0.200
#> SRR1264091     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264092     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264093     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264094     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264095     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264096     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264097     1  0.2597     0.7180 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264098     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264099     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264100     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264101     1  0.3371     0.6440 0.780 0.000 0.000 0.004 0.016 0.200
#> SRR1264102     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264103     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264104     2  0.6263    -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264105     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264106     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264107     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264108     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264109     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264110     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264111     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264112     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264113     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264114     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264115     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264116     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264117     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264118     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264119     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264120     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264121     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264122     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264123     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264124     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264125     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264126     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264127     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264128     4  0.5887     0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264170     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264171     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264172     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264173     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264174     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264175     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264176     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.1075     0.9195 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264179     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264180     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264181     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264182     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264183     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0405     0.9641 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264185     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264186     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264187     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.2668     0.7233 0.828 0.168 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264189     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264190     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264191     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0146     0.9732 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000     0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264231     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264232     2  0.4066     0.4774 0.392 0.596 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264233     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264234     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264235     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264236     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264237     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264238     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264239     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264240     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264241     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264242     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264243     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.3883     0.3128 0.656 0.332 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264245     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264246     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264247     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264248     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264249     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264250     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264251     2  0.4047     0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264253     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264254     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264255     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264256     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264257     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264258     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264259     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264260     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264261     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264262     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264263     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264264     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264265     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264266     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264267     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264268     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264269     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264270     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264271     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264272     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264273     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264274     4  0.3823     0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264275     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264276     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264277     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264278     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264279     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264280     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264281     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264282     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264283     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264284     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264285     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264286     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264287     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264288     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264289     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264290     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264291     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264292     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264293     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264294     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264295     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264296     6  0.3823     1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264297     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0260     0.9815 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264303     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0260     0.9815 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264318     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000     0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264326     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264327     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264328     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264329     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264330     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264331     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264332     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264333     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264334     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264335     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264336     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264337     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264338     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264339     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264340     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264341     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264342     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264343     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264344     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264345     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264346     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264347     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264348     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264349     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264350     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264351     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264352     4  0.3765     0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.694           0.831       0.927         0.4874 0.505   0.505
#> 3 3 0.964           0.949       0.975         0.3482 0.773   0.575
#> 4 4 0.864           0.884       0.920         0.0823 0.924   0.781
#> 5 5 0.765           0.783       0.832         0.0863 0.869   0.578
#> 6 6 0.825           0.795       0.849         0.0409 0.958   0.810

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     2  0.0376    0.89655 0.004 0.996
#> SRR1264041     2  0.3114    0.88008 0.056 0.944
#> SRR1264042     2  0.0672    0.89585 0.008 0.992
#> SRR1264043     2  0.1414    0.89308 0.020 0.980
#> SRR1264044     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264045     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264046     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264047     2  0.2043    0.88986 0.032 0.968
#> SRR1264048     2  0.2043    0.88986 0.032 0.968
#> SRR1264049     2  0.0376    0.89656 0.004 0.996
#> SRR1264050     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264051     2  0.3431    0.87595 0.064 0.936
#> SRR1264052     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264053     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264054     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264055     2  0.0938    0.89499 0.012 0.988
#> SRR1264056     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264057     2  0.1184    0.89410 0.016 0.984
#> SRR1264058     2  0.0376    0.89658 0.004 0.996
#> SRR1264059     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264060     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264061     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264062     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264063     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264064     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264065     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264066     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264067     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264068     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264069     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264070     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264071     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264072     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264073     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264074     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264075     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264076     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264077     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264078     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264079     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264080     2  0.9710    0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264081     2  0.2948    0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264082     2  0.1633    0.89187 0.024 0.976
#> SRR1264083     2  0.2236    0.88815 0.036 0.964
#> SRR1264084     2  0.4815    0.85231 0.104 0.896
#> SRR1264085     2  0.2236    0.88824 0.036 0.964
#> SRR1264086     2  0.2423    0.88671 0.040 0.960
#> SRR1264087     2  0.1843    0.89073 0.028 0.972
#> SRR1264088     2  0.2948    0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264089     2  0.2603    0.88511 0.044 0.956
#> SRR1264090     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.2423    0.88671 0.040 0.960
#> SRR1264092     2  0.2948    0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264093     2  0.3431    0.87559 0.064 0.936
#> SRR1264094     2  0.2043    0.88963 0.032 0.968
#> SRR1264095     2  0.2603    0.88511 0.044 0.956
#> SRR1264096     2  0.2948    0.88182 0.052 0.948
#> SRR1264097     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264098     2  0.2948    0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264099     2  0.3114    0.87980 0.056 0.944
#> SRR1264100     2  0.3114    0.87978 0.056 0.944
#> SRR1264101     2  0.0376    0.89655 0.004 0.996
#> SRR1264102     2  0.2236    0.88826 0.036 0.964
#> SRR1264103     2  0.2778    0.88343 0.048 0.952
#> SRR1264104     2  0.0938    0.89495 0.012 0.988
#> SRR1264105     2  0.5946    0.82208 0.144 0.856
#> SRR1264106     2  0.6438    0.80294 0.164 0.836
#> SRR1264107     2  0.5178    0.84367 0.116 0.884
#> SRR1264108     2  0.5519    0.83512 0.128 0.872
#> SRR1264109     2  0.5842    0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264110     2  0.6247    0.81098 0.156 0.844
#> SRR1264111     2  0.6148    0.81487 0.152 0.848
#> SRR1264112     2  0.6148    0.81482 0.152 0.848
#> SRR1264113     2  0.5737    0.82890 0.136 0.864
#> SRR1264114     2  0.6148    0.81487 0.152 0.848
#> SRR1264115     2  0.5842    0.82572 0.140 0.860
#> SRR1264116     2  0.5629    0.83216 0.132 0.868
#> SRR1264117     2  0.5737    0.82890 0.136 0.864
#> SRR1264118     2  0.5842    0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264119     2  0.5294    0.84085 0.120 0.880
#> SRR1264120     2  0.5842    0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264121     2  0.6247    0.81098 0.156 0.844
#> SRR1264122     2  0.4939    0.84906 0.108 0.892
#> SRR1264123     2  0.4562    0.85679 0.096 0.904
#> SRR1264124     2  0.5842    0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264125     2  0.5946    0.82208 0.144 0.856
#> SRR1264126     2  0.5519    0.83505 0.128 0.872
#> SRR1264127     2  0.5519    0.83505 0.128 0.872
#> SRR1264128     2  0.5737    0.82890 0.136 0.864
#> SRR1264129     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.4161    0.85795 0.916 0.084
#> SRR1264222     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000    0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264252     2  0.9522    0.50273 0.372 0.628
#> SRR1264253     1  0.9850    0.14083 0.572 0.428
#> SRR1264254     1  0.9833    0.15463 0.576 0.424
#> SRR1264255     1  0.9427    0.35415 0.640 0.360
#> SRR1264256     1  0.9795    0.18920 0.584 0.416
#> SRR1264257     2  0.9988    0.21555 0.480 0.520
#> SRR1264258     1  0.6712    0.73188 0.824 0.176
#> SRR1264259     1  0.8661    0.53255 0.712 0.288
#> SRR1264260     2  1.0000    0.15208 0.496 0.504
#> SRR1264261     1  0.7745    0.64907 0.772 0.228
#> SRR1264262     1  0.9286    0.39641 0.656 0.344
#> SRR1264263     1  0.9998   -0.12473 0.508 0.492
#> SRR1264264     2  0.9635    0.46925 0.388 0.612
#> SRR1264265     2  0.9998    0.16877 0.492 0.508
#> SRR1264266     1  0.9970   -0.02893 0.532 0.468
#> SRR1264267     2  0.9998    0.17896 0.492 0.508
#> SRR1264268     1  0.9998   -0.11422 0.508 0.492
#> SRR1264269     1  0.9896    0.09814 0.560 0.440
#> SRR1264270     1  0.8499    0.56245 0.724 0.276
#> SRR1264271     2  0.9522    0.50435 0.372 0.628
#> SRR1264272     1  0.9933    0.05338 0.548 0.452
#> SRR1264273     1  0.9963    0.00409 0.536 0.464
#> SRR1264274     1  0.9983   -0.04866 0.524 0.476
#> SRR1264275     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264276     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264277     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264278     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264279     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264280     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264281     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264282     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264283     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264284     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264285     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264286     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264287     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264288     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264289     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264290     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264291     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264292     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264293     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264294     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264295     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264296     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264297     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264325     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264326     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264327     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264328     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264329     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264330     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264331     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264332     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264333     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264334     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264335     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264336     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264337     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264338     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264339     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264340     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264341     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264342     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264343     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264344     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264345     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264346     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264347     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264348     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264349     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264350     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264351     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264352     2  0.0000    0.89721 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3
#> SRR1264040     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264041     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264042     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264043     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264044     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264045     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264046     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264047     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264048     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264049     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264050     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264051     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264052     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264053     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264054     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264055     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264056     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264057     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264058     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264177     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264178     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264184     1  0.2625      0.899 0.916  0 0.084
#> SRR1264185     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264188     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264189     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264221     3  0.6308      0.199 0.492  0 0.508
#> SRR1264222     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264230     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264231     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264232     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264233     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264234     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264235     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264236     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264237     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264238     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264239     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264240     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264241     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264242     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264243     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264244     1  0.2711      0.893 0.912  0 0.088
#> SRR1264245     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000
#> SRR1264246     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264247     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264248     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264249     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264250     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264251     1  0.0237      0.995 0.996  0 0.004
#> SRR1264252     3  0.5216      0.707 0.260  0 0.740
#> SRR1264253     3  0.5529      0.663 0.296  0 0.704
#> SRR1264254     3  0.5591      0.651 0.304  0 0.696
#> SRR1264255     3  0.5882      0.576 0.348  0 0.652
#> SRR1264256     3  0.5431      0.679 0.284  0 0.716
#> SRR1264257     3  0.5621      0.645 0.308  0 0.692
#> SRR1264258     3  0.5988      0.535 0.368  0 0.632
#> SRR1264259     3  0.5785      0.605 0.332  0 0.668
#> SRR1264260     3  0.5465      0.674 0.288  0 0.712
#> SRR1264261     3  0.5859      0.583 0.344  0 0.656
#> SRR1264262     3  0.5859      0.583 0.344  0 0.656
#> SRR1264263     3  0.5760      0.612 0.328  0 0.672
#> SRR1264264     3  0.5327      0.694 0.272  0 0.728
#> SRR1264265     3  0.5529      0.663 0.296  0 0.704
#> SRR1264266     3  0.5760      0.612 0.328  0 0.672
#> SRR1264267     3  0.5760      0.612 0.328  0 0.672
#> SRR1264268     3  0.5397      0.684 0.280  0 0.720
#> SRR1264269     3  0.5465      0.674 0.288  0 0.712
#> SRR1264270     3  0.5497      0.668 0.292  0 0.708
#> SRR1264271     3  0.5216      0.707 0.260  0 0.740
#> SRR1264272     3  0.5397      0.684 0.280  0 0.720
#> SRR1264273     3  0.5327      0.694 0.272  0 0.728
#> SRR1264274     3  0.5327      0.694 0.272  0 0.728
#> SRR1264275     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.918 0.000  0 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     4  0.3486      0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264041     4  0.3528      0.707 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264042     4  0.3610      0.697 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1264043     4  0.3486      0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264044     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264045     4  0.3486      0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264046     4  0.3569      0.702 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264047     4  0.3569      0.702 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264048     4  0.3486      0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264049     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264050     4  0.3649      0.691 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264051     4  0.3569      0.702 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264052     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264053     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264054     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264055     4  0.3528      0.707 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264056     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264057     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264058     4  0.3444      0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264059     2  0.0592      0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264060     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0592      0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264062     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264063     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0469      0.986 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264065     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264066     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264067     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264068     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264070     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264071     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0592      0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264073     2  0.0707      0.979 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264074     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264075     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264076     2  0.0188      0.991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264077     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0188      0.991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264079     2  0.0592      0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264080     2  0.0336      0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264081     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264082     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264083     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264084     2  0.1716      0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1264085     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264086     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264087     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264088     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264089     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264090     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264091     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264092     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264093     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264094     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264095     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264096     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264097     2  0.1902      0.925 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1264098     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264099     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264100     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264101     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264102     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264103     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264104     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264105     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264117     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264118     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264119     2  0.0188      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264120     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.1211      0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264130     1  0.1211      0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264131     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264132     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264133     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264134     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264135     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264136     1  0.0707      0.977 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264137     1  0.1022      0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264138     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264139     1  0.1389      0.959 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264140     1  0.1022      0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264141     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264142     1  0.0921      0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264143     1  0.1022      0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264144     1  0.1022      0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264145     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.1284      0.956 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1264178     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     3  0.6607      0.534 0.236 0.004 0.632 0.128
#> SRR1264185     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0524      0.979 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264189     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264213     1  0.1302      0.962 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264214     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264215     1  0.0817      0.975 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264216     1  0.1211      0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264217     1  0.0921      0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264218     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264219     1  0.1211      0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264220     1  0.0921      0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264221     3  0.5290      0.205 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR1264222     1  0.0921      0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264223     1  0.1022      0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264224     1  0.1637      0.947 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264225     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264226     1  0.1118      0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264227     1  0.1211      0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264228     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.1211      0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264230     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0336      0.982 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264233     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.5373      0.509 0.688 0.004 0.276 0.032
#> SRR1264245     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     3  0.4869      0.730 0.080 0.004 0.788 0.128
#> SRR1264253     3  0.5352      0.712 0.112 0.004 0.756 0.128
#> SRR1264254     3  0.5406      0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264255     3  0.5459      0.705 0.120 0.004 0.748 0.128
#> SRR1264256     3  0.5352      0.712 0.112 0.004 0.756 0.128
#> SRR1264257     3  0.5406      0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264258     3  0.5406      0.710 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264259     3  0.5512      0.703 0.124 0.004 0.744 0.128
#> SRR1264260     3  0.5406      0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264261     3  0.5512      0.702 0.124 0.004 0.744 0.128
#> SRR1264262     3  0.5512      0.701 0.124 0.004 0.744 0.128
#> SRR1264263     3  0.5406      0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264264     3  0.5121      0.722 0.096 0.004 0.772 0.128
#> SRR1264265     3  0.5492      0.710 0.112 0.008 0.752 0.128
#> SRR1264266     3  0.5459      0.706 0.120 0.004 0.748 0.128
#> SRR1264267     3  0.5406      0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264268     3  0.5296      0.715 0.108 0.004 0.760 0.128
#> SRR1264269     3  0.5406      0.710 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264270     3  0.5406      0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264271     3  0.5121      0.722 0.096 0.004 0.772 0.128
#> SRR1264272     3  0.5352      0.712 0.112 0.004 0.756 0.128
#> SRR1264273     3  0.5296      0.715 0.108 0.004 0.760 0.128
#> SRR1264274     3  0.5296      0.715 0.108 0.004 0.760 0.128
#> SRR1264275     4  0.4697      0.649 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1264276     4  0.4585      0.671 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1264277     4  0.5000      0.314 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264278     4  0.4643      0.662 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264279     4  0.4866      0.571 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1264280     4  0.4543      0.675 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1264281     4  0.4454      0.680 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1264282     4  0.4804      0.608 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1264283     4  0.4454      0.680 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1264284     4  0.4746      0.633 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1264285     4  0.4713      0.643 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1264286     4  0.4605      0.668 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1264287     4  0.4746      0.634 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1264288     4  0.4776      0.623 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1264289     4  0.4955      0.473 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1264290     4  0.4661      0.658 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1264291     4  0.4643      0.662 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264292     4  0.4543      0.675 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1264293     4  0.4605      0.668 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1264294     4  0.4817      0.601 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1264295     4  0.4679      0.655 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1264296     4  0.4543      0.675 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1264297     3  0.2760      0.772 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1264298     3  0.2760      0.772 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1264299     3  0.3024      0.746 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1264300     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264301     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264302     3  0.2281      0.791 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1264303     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264304     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264305     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264306     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264307     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264308     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264309     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264310     3  0.2469      0.786 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264311     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264312     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264313     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264314     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264315     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264316     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264317     3  0.2345      0.790 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1264318     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264319     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264320     3  0.2704      0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264321     3  0.2760      0.772 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1264322     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264323     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264324     3  0.2647      0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264325     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.0469      0.821 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264331     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0188      0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264334     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.0188      0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264338     3  0.0592      0.820 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264339     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.0188      0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264342     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.0592      0.820 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264346     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0188      0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264348     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.0469      0.821 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264351     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.824 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.6624      0.468 0.000 0.072 0.428 0.052 0.448
#> SRR1264041     5  0.6430      0.492 0.000 0.072 0.400 0.040 0.488
#> SRR1264042     5  0.6613      0.472 0.000 0.076 0.424 0.048 0.452
#> SRR1264043     5  0.6521      0.477 0.000 0.068 0.424 0.048 0.460
#> SRR1264044     5  0.6523      0.472 0.000 0.068 0.428 0.048 0.456
#> SRR1264045     5  0.6625      0.463 0.000 0.072 0.432 0.052 0.444
#> SRR1264046     5  0.6568      0.475 0.000 0.072 0.424 0.048 0.456
#> SRR1264047     5  0.6624      0.468 0.000 0.072 0.428 0.052 0.448
#> SRR1264048     5  0.6447      0.490 0.000 0.068 0.404 0.044 0.484
#> SRR1264049     5  0.6523      0.472 0.000 0.068 0.428 0.048 0.456
#> SRR1264050     5  0.6475      0.470 0.000 0.064 0.428 0.048 0.460
#> SRR1264051     5  0.6568      0.475 0.000 0.072 0.424 0.048 0.456
#> SRR1264052     5  0.6524      0.468 0.000 0.068 0.432 0.048 0.452
#> SRR1264053     5  0.6477      0.469 0.000 0.064 0.432 0.048 0.456
#> SRR1264054     5  0.6475      0.471 0.000 0.064 0.428 0.048 0.460
#> SRR1264055     5  0.6521      0.476 0.000 0.068 0.424 0.048 0.460
#> SRR1264056     5  0.6572      0.452 0.000 0.072 0.440 0.048 0.440
#> SRR1264057     5  0.6524      0.468 0.000 0.068 0.432 0.048 0.452
#> SRR1264058     5  0.6525      0.462 0.000 0.068 0.436 0.048 0.448
#> SRR1264059     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264060     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264061     2  0.0609      0.985 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264062     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264063     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264064     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264065     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264066     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264067     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264068     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264069     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264070     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264071     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264072     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264073     2  0.0703      0.982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264074     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264075     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264076     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264077     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264078     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264079     2  0.0703      0.982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264080     2  0.0404      0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264081     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264082     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264083     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264084     2  0.0451      0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264085     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264086     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264087     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264088     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264089     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264090     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264091     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264092     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264093     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264094     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264095     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264096     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264097     2  0.0807      0.983 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1264098     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264099     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264100     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264101     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264102     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264103     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264104     2  0.0162      0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264105     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0162      0.993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     5  0.2424      0.674 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1264130     5  0.3210      0.670 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1264131     5  0.3305      0.663 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1264132     5  0.3143      0.672 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1264133     5  0.3336      0.661 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1264134     5  0.2813      0.677 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1264135     5  0.3534      0.640 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1264136     5  0.3398      0.670 0.216 0.000 0.004 0.000 0.780
#> SRR1264137     5  0.3074      0.674 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1264138     5  0.3333      0.673 0.208 0.000 0.004 0.000 0.788
#> SRR1264139     5  0.3395      0.657 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1264140     5  0.3534      0.640 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1264141     5  0.3210      0.670 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1264142     5  0.3424      0.655 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1264143     5  0.3366      0.659 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1264144     5  0.3395      0.657 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1264145     1  0.2127      0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264146     1  0.1965      0.861 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264147     1  0.2179      0.855 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264148     1  0.2377      0.845 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264149     1  0.2230      0.852 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1264150     1  0.1965      0.861 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264151     1  0.2074      0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264152     1  0.2179      0.855 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264153     1  0.2020      0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264154     1  0.2280      0.850 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1264155     1  0.2020      0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264156     1  0.2020      0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264157     1  0.2074      0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264158     1  0.2074      0.859 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264159     1  0.2020      0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264160     1  0.2127      0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264161     1  0.2127      0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264162     1  0.2074      0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264163     1  0.2020      0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264164     1  0.2020      0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264165     1  0.2377      0.845 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264166     1  0.2179      0.855 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264167     1  0.2127      0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264168     1  0.2074      0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264169     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264170     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264171     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264172     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264173     1  0.0703      0.869 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264174     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264175     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264176     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264177     1  0.1124      0.860 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1264178     1  0.0703      0.869 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264179     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264180     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264181     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264182     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264183     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264184     1  0.2388      0.828 0.916 0.004 0.016 0.020 0.044
#> SRR1264185     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264186     1  0.0703      0.870 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264187     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264188     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264189     1  0.0794      0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264190     1  0.0880      0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264191     1  0.0703      0.869 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264192     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264193     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264195     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264196     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264197     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264201     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264206     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264207     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0290      0.877 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264209     1  0.0162      0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264210     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     5  0.4505      0.453 0.368 0.000 0.004 0.008 0.620
#> SRR1264213     5  0.2976      0.674 0.132 0.000 0.004 0.012 0.852
#> SRR1264214     5  0.3474      0.676 0.192 0.000 0.004 0.008 0.796
#> SRR1264215     5  0.3676      0.653 0.232 0.000 0.004 0.004 0.760
#> SRR1264216     5  0.3548      0.667 0.188 0.000 0.004 0.012 0.796
#> SRR1264217     5  0.4341      0.396 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR1264218     5  0.3990      0.581 0.308 0.000 0.004 0.000 0.688
#> SRR1264219     5  0.3884      0.599 0.288 0.000 0.004 0.000 0.708
#> SRR1264220     5  0.3243      0.676 0.180 0.000 0.004 0.004 0.812
#> SRR1264221     4  0.7880      0.276 0.324 0.000 0.200 0.388 0.088
#> SRR1264222     5  0.4096      0.616 0.260 0.000 0.004 0.012 0.724
#> SRR1264223     5  0.3611      0.662 0.208 0.000 0.004 0.008 0.780
#> SRR1264224     5  0.3387      0.675 0.196 0.000 0.004 0.004 0.796
#> SRR1264225     5  0.3706      0.645 0.236 0.000 0.004 0.004 0.756
#> SRR1264226     5  0.4126      0.455 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1264227     5  0.4118      0.532 0.336 0.000 0.004 0.000 0.660
#> SRR1264228     1  0.4425      0.121 0.544 0.000 0.004 0.000 0.452
#> SRR1264229     5  0.4166      0.517 0.348 0.000 0.004 0.000 0.648
#> SRR1264230     1  0.4541      0.778 0.760 0.000 0.004 0.140 0.096
#> SRR1264231     1  0.4401      0.782 0.764 0.000 0.000 0.132 0.104
#> SRR1264232     4  0.6171      0.321 0.212 0.000 0.052 0.640 0.096
#> SRR1264233     1  0.4349      0.801 0.788 0.000 0.012 0.112 0.088
#> SRR1264234     1  0.6241      0.593 0.620 0.000 0.040 0.232 0.108
#> SRR1264235     1  0.6480      0.563 0.600 0.000 0.048 0.236 0.116
#> SRR1264236     1  0.4850      0.756 0.732 0.000 0.004 0.156 0.108
#> SRR1264237     1  0.4498      0.778 0.756 0.000 0.000 0.132 0.112
#> SRR1264238     1  0.5867      0.664 0.656 0.000 0.024 0.196 0.124
#> SRR1264239     1  0.5825      0.667 0.684 0.000 0.048 0.164 0.104
#> SRR1264240     1  0.5197      0.727 0.708 0.000 0.012 0.180 0.100
#> SRR1264241     1  0.5079      0.748 0.728 0.000 0.016 0.156 0.100
#> SRR1264242     1  0.4905      0.761 0.736 0.000 0.008 0.140 0.116
#> SRR1264243     1  0.4545      0.776 0.752 0.000 0.000 0.132 0.116
#> SRR1264244     4  0.4715      0.556 0.104 0.000 0.064 0.780 0.052
#> SRR1264245     1  0.4807      0.756 0.728 0.000 0.000 0.140 0.132
#> SRR1264246     1  0.5849      0.668 0.668 0.000 0.036 0.192 0.104
#> SRR1264247     1  0.6455      0.533 0.580 0.000 0.044 0.276 0.100
#> SRR1264248     1  0.5322      0.717 0.708 0.000 0.024 0.180 0.088
#> SRR1264249     1  0.4216      0.796 0.780 0.000 0.000 0.120 0.100
#> SRR1264250     1  0.4864      0.745 0.720 0.000 0.000 0.164 0.116
#> SRR1264251     1  0.4316      0.791 0.772 0.000 0.000 0.120 0.108
#> SRR1264252     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264253     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264254     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264255     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264256     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264257     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264258     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264259     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264260     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264261     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264262     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264263     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264264     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264265     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264266     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264267     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264268     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264269     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264270     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264271     4  0.1638      0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264272     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264273     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264274     4  0.1478      0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264275     3  0.1485      0.820 0.000 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1264276     3  0.0880      0.796 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264277     3  0.2036      0.848 0.000 0.000 0.920 0.056 0.024
#> SRR1264278     3  0.1836      0.834 0.000 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR1264279     3  0.2260      0.849 0.000 0.000 0.908 0.064 0.028
#> SRR1264280     3  0.1300      0.819 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1264281     3  0.1205      0.781 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1264282     3  0.2193      0.849 0.000 0.000 0.912 0.060 0.028
#> SRR1264283     3  0.1043      0.787 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1264284     3  0.2278      0.847 0.000 0.000 0.908 0.060 0.032
#> SRR1264285     3  0.2209      0.846 0.000 0.000 0.912 0.056 0.032
#> SRR1264286     3  0.1281      0.811 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1264287     3  0.2193      0.848 0.000 0.000 0.912 0.060 0.028
#> SRR1264288     3  0.2124      0.847 0.000 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264289     3  0.1403      0.828 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024
#> SRR1264290     3  0.2054      0.846 0.000 0.000 0.920 0.052 0.028
#> SRR1264291     3  0.2067      0.841 0.000 0.000 0.920 0.048 0.032
#> SRR1264292     3  0.1579      0.824 0.000 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1264293     3  0.0955      0.805 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1264294     3  0.1668      0.834 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1264295     3  0.1579      0.824 0.000 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1264296     3  0.1582      0.830 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1264297     3  0.2561      0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264298     3  0.2424      0.857 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264299     3  0.2471      0.857 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1264300     3  0.2424      0.857 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264301     3  0.2561      0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264302     3  0.3774      0.512 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1264303     3  0.2690      0.845 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264304     3  0.2852      0.823 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1264305     3  0.2813      0.829 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1264306     3  0.3003      0.795 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1264307     3  0.2605      0.852 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1264308     3  0.2516      0.856 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1264309     3  0.2471      0.857 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1264310     3  0.3336      0.709 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1264311     3  0.2561      0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264312     3  0.2648      0.849 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1264313     3  0.2561      0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264314     3  0.2605      0.853 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1264315     3  0.2732      0.841 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1264316     3  0.2690      0.846 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264317     3  0.3612      0.601 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1264318     3  0.2648      0.850 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1264319     3  0.2732      0.840 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1264320     3  0.2690      0.846 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264321     3  0.2605      0.852 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1264322     3  0.3274      0.728 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1264323     3  0.2690      0.845 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264324     3  0.2690      0.846 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264325     4  0.4273      0.548 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1264326     4  0.4249      0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264327     4  0.4242      0.577 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264328     4  0.4268      0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264329     4  0.4273      0.548 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1264330     4  0.4219      0.584 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1264331     4  0.4273      0.548 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1264332     4  0.4268      0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264333     4  0.4249      0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264334     4  0.4268      0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264335     4  0.4256      0.569 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264336     4  0.4249      0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264337     4  0.4262      0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264338     4  0.4101      0.608 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1264339     4  0.4256      0.569 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264340     4  0.4249      0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264341     4  0.4268      0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264342     4  0.4278      0.538 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1264343     4  0.4268      0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264344     4  0.4262      0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264345     4  0.4015      0.618 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1264346     4  0.4278      0.539 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1264347     4  0.4262      0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264348     4  0.4262      0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264349     4  0.4256      0.569 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264350     4  0.4045      0.615 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264351     4  0.4262      0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264352     4  0.4268      0.556 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.4567     0.9851 0.000 0.012 0.064 0.000 0.696 0.228
#> SRR1264041     5  0.4520     0.9745 0.000 0.012 0.052 0.000 0.688 0.248
#> SRR1264042     5  0.4600     0.9833 0.000 0.016 0.060 0.000 0.696 0.228
#> SRR1264043     5  0.4538     0.9841 0.000 0.012 0.060 0.000 0.696 0.232
#> SRR1264044     5  0.4538     0.9840 0.000 0.012 0.060 0.000 0.696 0.232
#> SRR1264045     5  0.4595     0.9812 0.000 0.012 0.068 0.000 0.696 0.224
#> SRR1264046     5  0.4567     0.9851 0.000 0.012 0.064 0.000 0.696 0.228
#> SRR1264047     5  0.4620     0.9838 0.000 0.012 0.068 0.000 0.692 0.228
#> SRR1264048     5  0.4543     0.9710 0.000 0.012 0.052 0.000 0.684 0.252
#> SRR1264049     5  0.4592     0.9852 0.000 0.012 0.064 0.000 0.692 0.232
#> SRR1264050     5  0.4568     0.9492 0.000 0.012 0.072 0.000 0.704 0.212
#> SRR1264051     5  0.4531     0.9825 0.000 0.012 0.056 0.000 0.692 0.240
#> SRR1264052     5  0.4620     0.9800 0.000 0.012 0.072 0.000 0.696 0.220
#> SRR1264053     5  0.4562     0.9844 0.000 0.012 0.060 0.000 0.692 0.236
#> SRR1264054     5  0.4577     0.9779 0.000 0.012 0.056 0.000 0.684 0.248
#> SRR1264055     5  0.4609     0.9807 0.000 0.012 0.060 0.000 0.684 0.244
#> SRR1264056     5  0.4594     0.9777 0.000 0.012 0.072 0.000 0.700 0.216
#> SRR1264057     5  0.4620     0.9842 0.000 0.012 0.068 0.000 0.692 0.228
#> SRR1264058     5  0.4516     0.9819 0.000 0.012 0.064 0.000 0.704 0.220
#> SRR1264059     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264060     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264061     2  0.0405     0.9792 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264062     2  0.0520     0.9777 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264063     2  0.0291     0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264064     2  0.0291     0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264065     2  0.0291     0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264066     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264067     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264068     2  0.0291     0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264069     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264070     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264071     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264072     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264073     2  0.0405     0.9792 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264074     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264075     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264076     2  0.0291     0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264077     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264078     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264079     2  0.0291     0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264080     2  0.0405     0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264081     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264082     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264083     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264084     2  0.4349     0.5087 0.000 0.632 0.004 0.020 0.340 0.004
#> SRR1264085     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000     0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264088     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264089     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264090     2  0.3245     0.7770 0.000 0.796 0.004 0.016 0.184 0.000
#> SRR1264091     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264092     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264093     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264094     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264095     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264096     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264097     2  0.4153     0.6035 0.000 0.680 0.004 0.020 0.292 0.004
#> SRR1264098     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264099     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264100     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264101     2  0.1204     0.9400 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264102     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264103     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264104     2  0.0146     0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264106     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264107     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264108     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264109     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264112     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264113     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264118     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264119     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264120     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264123     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264124     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264127     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264128     2  0.0146     0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264129     6  0.2536     0.8812 0.116 0.000 0.000 0.000 0.020 0.864
#> SRR1264130     6  0.3062     0.8914 0.144 0.000 0.000 0.000 0.032 0.824
#> SRR1264131     6  0.3134     0.8931 0.168 0.000 0.000 0.000 0.024 0.808
#> SRR1264132     6  0.3102     0.9003 0.156 0.000 0.000 0.000 0.028 0.816
#> SRR1264133     6  0.3053     0.8870 0.168 0.000 0.000 0.000 0.020 0.812
#> SRR1264134     6  0.2664     0.8938 0.136 0.000 0.000 0.000 0.016 0.848
#> SRR1264135     6  0.3348     0.8604 0.216 0.000 0.000 0.000 0.016 0.768
#> SRR1264136     6  0.2945     0.8662 0.156 0.000 0.000 0.000 0.020 0.824
#> SRR1264137     6  0.2667     0.8853 0.128 0.000 0.000 0.000 0.020 0.852
#> SRR1264138     6  0.2950     0.8979 0.148 0.000 0.000 0.000 0.024 0.828
#> SRR1264139     6  0.3424     0.8715 0.204 0.000 0.000 0.000 0.024 0.772
#> SRR1264140     6  0.3141     0.8816 0.200 0.000 0.000 0.000 0.012 0.788
#> SRR1264141     6  0.2744     0.8937 0.144 0.000 0.000 0.000 0.016 0.840
#> SRR1264142     6  0.3003     0.8971 0.172 0.000 0.000 0.000 0.016 0.812
#> SRR1264143     6  0.3364     0.8849 0.196 0.000 0.000 0.000 0.024 0.780
#> SRR1264144     6  0.2805     0.8982 0.160 0.000 0.000 0.000 0.012 0.828
#> SRR1264145     1  0.4065     0.5747 0.672 0.000 0.000 0.000 0.028 0.300
#> SRR1264146     1  0.3897     0.6084 0.696 0.000 0.000 0.000 0.024 0.280
#> SRR1264147     1  0.3886     0.6208 0.708 0.000 0.000 0.000 0.028 0.264
#> SRR1264148     1  0.4531     0.3756 0.556 0.000 0.000 0.000 0.036 0.408
#> SRR1264149     1  0.4181     0.5404 0.644 0.000 0.000 0.000 0.028 0.328
#> SRR1264150     1  0.3743     0.6309 0.724 0.000 0.000 0.000 0.024 0.252
#> SRR1264151     1  0.4047     0.5838 0.676 0.000 0.000 0.000 0.028 0.296
#> SRR1264152     1  0.4047     0.5805 0.676 0.000 0.000 0.000 0.028 0.296
#> SRR1264153     1  0.3619     0.6475 0.744 0.000 0.000 0.000 0.024 0.232
#> SRR1264154     1  0.4482     0.4243 0.580 0.000 0.000 0.000 0.036 0.384
#> SRR1264155     1  0.3445     0.6427 0.744 0.000 0.000 0.000 0.012 0.244
#> SRR1264156     1  0.3863     0.6249 0.712 0.000 0.000 0.000 0.028 0.260
#> SRR1264157     1  0.3876     0.6091 0.700 0.000 0.000 0.000 0.024 0.276
#> SRR1264158     1  0.4181     0.5456 0.644 0.000 0.000 0.000 0.028 0.328
#> SRR1264159     1  0.3695     0.6379 0.732 0.000 0.000 0.000 0.024 0.244
#> SRR1264160     1  0.3970     0.6019 0.692 0.000 0.000 0.000 0.028 0.280
#> SRR1264161     1  0.4356     0.4831 0.608 0.000 0.000 0.000 0.032 0.360
#> SRR1264162     1  0.3876     0.6092 0.700 0.000 0.000 0.000 0.024 0.276
#> SRR1264163     1  0.3592     0.6432 0.740 0.000 0.000 0.000 0.020 0.240
#> SRR1264164     1  0.3812     0.6180 0.712 0.000 0.000 0.000 0.024 0.264
#> SRR1264165     1  0.4565     0.2982 0.532 0.000 0.000 0.000 0.036 0.432
#> SRR1264166     1  0.4094     0.5414 0.652 0.000 0.000 0.000 0.024 0.324
#> SRR1264167     1  0.4166     0.5474 0.648 0.000 0.000 0.000 0.028 0.324
#> SRR1264168     1  0.3950     0.6108 0.696 0.000 0.000 0.000 0.028 0.276
#> SRR1264169     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264170     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264171     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264172     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264173     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264174     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264175     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264176     1  0.0692     0.7229 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264177     1  0.1477     0.7010 0.940 0.000 0.000 0.008 0.048 0.004
#> SRR1264178     1  0.0806     0.7240 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1264179     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264180     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264181     1  0.0692     0.7228 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264182     1  0.0692     0.7228 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264183     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264184     1  0.4675     0.4894 0.728 0.000 0.012 0.096 0.156 0.008
#> SRR1264185     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264186     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264187     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264188     1  0.1003     0.7155 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1264189     1  0.0692     0.7226 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264190     1  0.0692     0.7226 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264191     1  0.0547     0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264192     1  0.1501     0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264193     1  0.1644     0.7427 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264194     1  0.1501     0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264195     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1264196     1  0.1753     0.7417 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1264197     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264198     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264199     1  0.1501     0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264200     1  0.1501     0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264201     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264202     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1264203     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264204     1  0.1700     0.7409 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1264205     1  0.1788     0.7422 0.916 0.000 0.000 0.004 0.004 0.076
#> SRR1264206     1  0.1901     0.7417 0.912 0.000 0.000 0.004 0.008 0.076
#> SRR1264207     1  0.1812     0.7416 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264208     1  0.1556     0.7415 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1264209     1  0.1644     0.7425 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1264210     1  0.1701     0.7416 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264211     1  0.1501     0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264212     6  0.3794     0.8542 0.216 0.000 0.000 0.000 0.040 0.744
#> SRR1264213     6  0.2282     0.8410 0.088 0.000 0.000 0.000 0.024 0.888
#> SRR1264214     6  0.2775     0.8429 0.104 0.000 0.000 0.000 0.040 0.856
#> SRR1264215     6  0.2768     0.8842 0.156 0.000 0.000 0.000 0.012 0.832
#> SRR1264216     6  0.2266     0.8681 0.108 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880
#> SRR1264217     6  0.3445     0.8333 0.244 0.000 0.000 0.000 0.012 0.744
#> SRR1264218     6  0.3017     0.8983 0.164 0.000 0.000 0.000 0.020 0.816
#> SRR1264219     6  0.2730     0.8955 0.152 0.000 0.000 0.000 0.012 0.836
#> SRR1264220     6  0.2446     0.8803 0.124 0.000 0.000 0.000 0.012 0.864
#> SRR1264221     4  0.8454     0.1657 0.172 0.000 0.080 0.324 0.264 0.160
#> SRR1264222     6  0.3098     0.8689 0.164 0.000 0.000 0.000 0.024 0.812
#> SRR1264223     6  0.3065     0.8767 0.152 0.000 0.000 0.000 0.028 0.820
#> SRR1264224     6  0.2942     0.8656 0.132 0.000 0.000 0.000 0.032 0.836
#> SRR1264225     6  0.2653     0.8854 0.144 0.000 0.000 0.000 0.012 0.844
#> SRR1264226     6  0.3738     0.7839 0.280 0.000 0.000 0.000 0.016 0.704
#> SRR1264227     6  0.3614     0.8721 0.220 0.000 0.000 0.000 0.028 0.752
#> SRR1264228     6  0.4551     0.4317 0.344 0.000 0.000 0.000 0.048 0.608
#> SRR1264229     6  0.3189     0.8905 0.184 0.000 0.000 0.000 0.020 0.796
#> SRR1264230     1  0.7146     0.1905 0.364 0.000 0.000 0.336 0.092 0.208
#> SRR1264231     1  0.7160     0.2596 0.396 0.000 0.000 0.240 0.092 0.272
#> SRR1264232     4  0.5597     0.5386 0.096 0.000 0.008 0.680 0.128 0.088
#> SRR1264233     1  0.7136     0.2697 0.400 0.000 0.000 0.284 0.092 0.224
#> SRR1264234     4  0.7502    -0.0108 0.264 0.000 0.008 0.372 0.108 0.248
#> SRR1264235     4  0.7361     0.0215 0.284 0.000 0.008 0.396 0.096 0.216
#> SRR1264236     4  0.7360    -0.0292 0.288 0.000 0.004 0.380 0.104 0.224
#> SRR1264237     1  0.7305     0.2215 0.360 0.000 0.000 0.272 0.104 0.264
#> SRR1264238     4  0.7451    -0.0683 0.292 0.000 0.008 0.360 0.096 0.244
#> SRR1264239     1  0.7475     0.2460 0.376 0.000 0.012 0.280 0.092 0.240
#> SRR1264240     4  0.7334    -0.1034 0.316 0.000 0.004 0.360 0.096 0.224
#> SRR1264241     4  0.7322    -0.1262 0.336 0.000 0.008 0.356 0.084 0.216
#> SRR1264242     1  0.7318     0.2197 0.364 0.000 0.004 0.308 0.092 0.232
#> SRR1264243     1  0.7136     0.2366 0.384 0.000 0.000 0.224 0.088 0.304
#> SRR1264244     4  0.4578     0.6244 0.024 0.000 0.024 0.760 0.136 0.056
#> SRR1264245     4  0.7432    -0.1572 0.304 0.000 0.004 0.328 0.100 0.264
#> SRR1264246     4  0.7410    -0.0442 0.300 0.000 0.008 0.372 0.096 0.224
#> SRR1264247     4  0.7368     0.0207 0.292 0.000 0.012 0.404 0.092 0.200
#> SRR1264248     4  0.7367    -0.1310 0.324 0.000 0.004 0.348 0.100 0.224
#> SRR1264249     1  0.7023     0.3042 0.436 0.000 0.000 0.252 0.088 0.224
#> SRR1264250     1  0.7420     0.1605 0.320 0.000 0.004 0.296 0.096 0.284
#> SRR1264251     1  0.7279     0.1921 0.340 0.000 0.000 0.320 0.100 0.240
#> SRR1264252     4  0.0458     0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264254     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264255     4  0.0458     0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264257     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264258     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264259     4  0.0458     0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264261     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264262     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264263     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264264     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264265     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264266     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264267     4  0.0458     0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264269     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264270     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264271     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264272     4  0.0603     0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264273     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264274     4  0.0717     0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264275     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264276     3  0.0291     0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264277     3  0.0862     0.9696 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1264278     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264279     3  0.0405     0.9787 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264280     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264281     3  0.0291     0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264282     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264283     3  0.0291     0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264284     3  0.0405     0.9786 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264285     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264286     3  0.0291     0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264287     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264288     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264289     3  0.0260     0.9746 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264290     3  0.0508     0.9797 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1264291     3  0.0405     0.9753 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1264292     3  0.0291     0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264293     3  0.0146     0.9763 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264294     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264295     3  0.0291     0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264296     3  0.0291     0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264297     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264298     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264299     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264300     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264301     3  0.0858     0.9797 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1264302     3  0.1196     0.9619 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1264303     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264304     3  0.0935     0.9769 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1264305     3  0.0713     0.9793 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0790     0.9765 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0632     0.9810 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264309     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264310     3  0.1124     0.9707 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> SRR1264311     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264312     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264313     3  0.0972     0.9784 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1264314     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264315     3  0.0632     0.9810 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0858     0.9797 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1264317     3  0.1265     0.9625 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1264318     3  0.0935     0.9769 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1264319     3  0.0935     0.9769 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1264320     3  0.0858     0.9797 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1264321     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264322     3  0.1049     0.9748 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1264323     3  0.0777     0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264324     3  0.0790     0.9765 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.3432     0.7323 0.000 0.000 0.216 0.764 0.020 0.000
#> SRR1264326     4  0.3345     0.7394 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020 0.000
#> SRR1264327     4  0.3253     0.7431 0.000 0.000 0.192 0.788 0.020 0.000
#> SRR1264328     4  0.3812     0.6833 0.000 0.000 0.264 0.712 0.024 0.000
#> SRR1264329     4  0.3566     0.7170 0.000 0.000 0.236 0.744 0.020 0.000
#> SRR1264330     4  0.3622     0.7341 0.000 0.000 0.212 0.760 0.024 0.004
#> SRR1264331     4  0.3566     0.7170 0.000 0.000 0.236 0.744 0.020 0.000
#> SRR1264332     4  0.3665     0.6991 0.000 0.000 0.252 0.728 0.020 0.000
#> SRR1264333     4  0.3315     0.7405 0.000 0.000 0.200 0.780 0.020 0.000
#> SRR1264334     4  0.3432     0.7324 0.000 0.000 0.216 0.764 0.020 0.000
#> SRR1264335     4  0.3460     0.7297 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264336     4  0.3345     0.7391 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020 0.000
#> SRR1264337     4  0.3460     0.7307 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264338     4  0.2932     0.7540 0.000 0.000 0.140 0.836 0.020 0.004
#> SRR1264339     4  0.3460     0.7305 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264340     4  0.3345     0.7388 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020 0.000
#> SRR1264341     4  0.3539     0.7290 0.000 0.000 0.220 0.756 0.024 0.000
#> SRR1264342     4  0.3641     0.7030 0.000 0.000 0.248 0.732 0.020 0.000
#> SRR1264343     4  0.3514     0.7237 0.000 0.000 0.228 0.752 0.020 0.000
#> SRR1264344     4  0.3487     0.7269 0.000 0.000 0.224 0.756 0.020 0.000
#> SRR1264345     4  0.2809     0.7545 0.000 0.000 0.128 0.848 0.020 0.004
#> SRR1264346     4  0.3514     0.7241 0.000 0.000 0.228 0.752 0.020 0.000
#> SRR1264347     4  0.3460     0.7297 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264348     4  0.3403     0.7348 0.000 0.000 0.212 0.768 0.020 0.000
#> SRR1264349     4  0.3619     0.7189 0.000 0.000 0.232 0.744 0.024 0.000
#> SRR1264350     4  0.3037     0.7493 0.000 0.000 0.176 0.808 0.016 0.000
#> SRR1264351     4  0.3566     0.7167 0.000 0.000 0.236 0.744 0.020 0.000
#> SRR1264352     4  0.3719     0.7032 0.000 0.000 0.248 0.728 0.024 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.997       0.999       0.342139 0.659   0.659
#> 3 3 0.978           0.985       0.990       0.036068 0.990   0.985
#> 4 4 0.979           0.979       0.990       0.000229 1.000   1.000
#> 5 5 0.638           0.925       0.853       0.542882 0.706   0.547
#> 6 6 0.871           0.897       0.949       0.179940 0.979   0.942

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264082     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264083     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264084     1  0.5519      0.853 0.872 0.128
#> SRR1264085     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264086     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264087     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264088     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264089     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264090     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264091     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264092     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264093     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264094     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264095     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264096     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264097     1  0.5519      0.853 0.872 0.128
#> SRR1264098     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264099     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264100     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264101     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264102     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264103     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264104     2  0.0672      0.994 0.008 0.992
#> SRR1264105     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264253     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264267     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264268     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264275     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264276     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264277     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264278     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264279     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264280     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264281     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264282     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264283     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264284     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264285     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264286     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264287     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264288     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264289     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264290     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264291     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264292     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264293     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264294     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264295     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264296     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264297     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264298     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264299     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264300     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264301     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264302     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264303     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264304     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264305     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264306     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264307     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264308     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264309     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264310     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264311     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264312     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264313     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264314     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264315     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264316     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264317     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264318     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264319     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264320     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264321     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264322     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264323     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264324     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264325     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264326     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264327     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264328     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264329     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264330     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264331     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264332     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264333     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264334     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264335     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264336     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264337     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264338     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264339     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264340     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264341     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264342     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264343     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264344     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264345     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264346     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264347     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264348     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264349     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264350     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264351     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1264352     1  0.0000      0.999 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1264040     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264081     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264082     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264083     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264084     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264085     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264086     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264087     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264088     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264089     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264090     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264091     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264092     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264093     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264094     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264095     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264096     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264097     3   0.000      1.000  0 0.000 1.000
#> SRR1264098     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264099     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264100     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264101     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264102     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264103     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264104     2   0.362      0.892  0 0.864 0.136
#> SRR1264105     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000
#> SRR1264129     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264252     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264253     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264254     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264255     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264256     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264257     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264258     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264259     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264260     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264261     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264262     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264263     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264264     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264265     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264266     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264267     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264268     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264269     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264270     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264271     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264272     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264273     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264274     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264275     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264276     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264277     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264278     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264279     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264280     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264281     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264282     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264283     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264284     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264285     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264286     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264287     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264288     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264289     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264290     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264291     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264292     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264293     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264294     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264295     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264296     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264297     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264298     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264299     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264300     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264301     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264302     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264303     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264304     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264305     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264306     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264307     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264308     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264309     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264310     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264311     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264312     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264313     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264314     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264315     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264316     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264317     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264318     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264319     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264320     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264321     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264322     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264323     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264324     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264325     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264326     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264327     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264328     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264329     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264330     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264331     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264332     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264333     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264334     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264335     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264336     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264337     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264338     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264339     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264340     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264341     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264342     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264343     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264344     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264345     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264346     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264347     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264348     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264349     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264350     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264351     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1264352     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3 p4
#> SRR1264040     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264041     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264042     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264043     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264044     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264045     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264046     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264047     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264048     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264049     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264050     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264051     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264052     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264053     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264054     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264055     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264056     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264057     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264058     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264059     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264060     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264061     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264062     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264063     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264064     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264065     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264066     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264067     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264068     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264069     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264070     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264071     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264072     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264073     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264074     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264075     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264076     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264077     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264078     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264079     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264080     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264081     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264082     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264083     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264084     3   0.000      0.000  0 0.000 1.000  0
#> SRR1264085     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264086     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264087     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264088     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264089     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264090     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264091     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264092     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264093     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264094     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264095     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264096     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264097     4   0.000      0.000  0 0.000 0.000  1
#> SRR1264098     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264099     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264100     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264101     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264102     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264103     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264104     2   0.287      0.892  0 0.864 0.136  0
#> SRR1264105     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264106     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264107     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264108     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264109     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264110     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264111     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264112     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264113     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264114     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264115     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264116     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264117     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264118     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264119     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264120     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264121     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264122     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264123     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264124     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264125     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264126     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264127     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264128     2   0.000      0.952  0 1.000 0.000  0
#> SRR1264129     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264130     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264131     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264132     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264133     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264134     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264135     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264136     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264137     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264138     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264139     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264140     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264141     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264142     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264143     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264144     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264145     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264146     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264147     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264148     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264149     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264150     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264151     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264152     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264153     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264154     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264155     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264156     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264157     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264158     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264159     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264160     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264161     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264162     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264163     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264164     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264165     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264166     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264167     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264168     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264169     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264170     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264171     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264172     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264173     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264174     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264175     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264176     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264177     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264178     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264179     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264180     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264181     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264182     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264183     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264184     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264185     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264186     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264187     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264188     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264189     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264190     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264191     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264192     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264193     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264194     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264195     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264196     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264197     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264198     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264199     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264200     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264201     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264202     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264203     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264204     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264205     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264206     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264207     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264208     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264209     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264210     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264211     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264212     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264213     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264214     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264215     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264216     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264217     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264218     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264219     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264220     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264221     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264222     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264223     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264224     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264225     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264226     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264227     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264228     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264229     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264230     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264231     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264232     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264233     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264234     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264235     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264236     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264237     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264238     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264239     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264240     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264241     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264242     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264243     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264244     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264245     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264246     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264247     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264248     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264249     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264250     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264251     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264252     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264253     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264254     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264255     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264256     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264257     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264258     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264259     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264260     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264261     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264262     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264263     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264264     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264265     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264266     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264267     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264268     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264269     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264270     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264271     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264272     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264273     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264274     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264275     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264276     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264277     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264278     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264279     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264280     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264281     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264282     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264283     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264284     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264285     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264286     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264287     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264288     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264289     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264290     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264291     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264292     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264293     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264294     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264295     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264296     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264297     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264298     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264299     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264300     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264301     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264302     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264303     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264304     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264305     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264306     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264307     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264308     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264309     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264310     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264311     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264312     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264313     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264314     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264315     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264316     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264317     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264318     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264319     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264320     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264321     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264322     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264323     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264324     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264325     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264326     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264327     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264328     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264329     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264330     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264331     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264332     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264333     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264334     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264335     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264336     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264337     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264338     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264339     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264340     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264341     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264342     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264343     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264344     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264345     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264346     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264347     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264348     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264349     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264350     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264351     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0
#> SRR1264352     1   0.000      1.000  1 0.000 0.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1   p2    p3 p4 p5
#> SRR1264040     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264041     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264042     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264043     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264044     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264045     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264046     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264047     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264048     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264049     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264050     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264051     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264052     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264053     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264054     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264055     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264056     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264057     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264058     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264059     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264060     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264061     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264062     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264063     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264064     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264065     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264066     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264067     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264068     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264069     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264070     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264071     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264072     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264073     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264074     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264075     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264076     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264077     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264078     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264079     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264080     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264081     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264082     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264083     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264084     5  0.0000      0.000 0.000 0.00 0.000  0  1
#> SRR1264085     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264086     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264087     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264088     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264089     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264090     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264091     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264092     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264093     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264094     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264095     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264096     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264097     4  0.0000      0.000 0.000 0.00 0.000  1  0
#> SRR1264098     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264099     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264100     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264101     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264102     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264103     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264104     2  0.3983      0.707 0.000 0.66 0.340  0  0
#> SRR1264105     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264106     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264107     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264108     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264109     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264110     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264111     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264112     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264113     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264114     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264115     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264116     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264117     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264118     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264119     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264120     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264121     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264122     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264123     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264124     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264125     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264126     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264127     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264128     2  0.0000      0.878 0.000 1.00 0.000  0  0
#> SRR1264129     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264130     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264131     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264132     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264133     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264134     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264135     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264136     1  0.0794      0.952 0.972 0.00 0.028  0  0
#> SRR1264137     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264138     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264139     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264140     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264141     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264142     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264143     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264144     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264145     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264146     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264147     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264148     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264149     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264150     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264151     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264152     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264153     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264154     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264155     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264156     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264157     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264158     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264159     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264160     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264161     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264162     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264163     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264164     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264165     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264166     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264167     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264168     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264169     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264170     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264171     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264172     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264173     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264174     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264175     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264176     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264177     3  0.4074      0.931 0.364 0.00 0.636  0  0
#> SRR1264178     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264179     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264180     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264181     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264182     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264183     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264184     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264185     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264186     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264187     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264188     3  0.4304      0.768 0.484 0.00 0.516  0  0
#> SRR1264189     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264190     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264191     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264192     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264193     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264194     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264195     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264196     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264197     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264198     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264199     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264200     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264201     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264202     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264203     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264204     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264205     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264206     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264207     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264208     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264209     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264210     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264211     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264212     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264213     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264214     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264215     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264216     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264217     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264218     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264219     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264220     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264221     3  0.4138      0.917 0.384 0.00 0.616  0  0
#> SRR1264222     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264223     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264224     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264225     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264226     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264227     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264228     1  0.0880      0.944 0.968 0.00 0.032  0  0
#> SRR1264229     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264230     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264231     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264232     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264233     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264234     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264235     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264236     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264237     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264238     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264239     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264240     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264241     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264242     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264243     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264244     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264245     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264246     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264247     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264248     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264249     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264250     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264251     1  0.0000      0.997 1.000 0.00 0.000  0  0
#> SRR1264252     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264253     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264254     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264255     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264256     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264257     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264258     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264259     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264260     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264261     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264262     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264263     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264264     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264265     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264266     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264267     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264268     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264269     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264270     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264271     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264272     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264273     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264274     1  0.0290      0.988 0.992 0.00 0.008  0  0
#> SRR1264275     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264276     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264277     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264278     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264279     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264280     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264281     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264282     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264283     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264284     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264285     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264286     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264287     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264288     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264289     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264290     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264291     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264292     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264293     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264294     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264295     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264296     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264297     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264298     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264299     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264300     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264301     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264302     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264303     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264304     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264305     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264306     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264307     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264308     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264309     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264310     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264311     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264312     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264313     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264314     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264315     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264316     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264317     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264318     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264319     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264320     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264321     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264322     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264323     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264324     3  0.4015      0.945 0.348 0.00 0.652  0  0
#> SRR1264325     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264326     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264327     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264328     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264329     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264330     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264331     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264332     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264333     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264334     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264335     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264336     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264337     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264338     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264339     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264340     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264341     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264342     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264343     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264344     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264345     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264346     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264347     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264348     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264349     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264350     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264351     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0
#> SRR1264352     3  0.4283      0.843 0.456 0.00 0.544  0  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264041     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264042     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264043     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264044     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264045     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264046     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264047     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264048     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264049     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264050     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264051     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264052     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264053     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264054     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264055     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264056     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264057     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264058     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264081     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264082     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264083     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264084     5  0.0000      0.000 0.000  0 0.000  0  1  0
#> SRR1264085     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264086     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264087     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264088     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264089     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264090     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264091     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264092     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264093     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264094     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264095     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264096     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264097     6  0.0000      0.000 0.000  0 0.000  0  0  1
#> SRR1264098     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264099     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264100     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264101     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264102     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264103     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264104     4  0.0000      1.000 0.000  0 0.000  1  0  0
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000  0  0  0
#> SRR1264129     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264130     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264131     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264132     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264133     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264134     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264135     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264136     1  0.0713      0.962 0.972  0 0.028  0  0  0
#> SRR1264137     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264138     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264139     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264140     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264141     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264142     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264143     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264144     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264145     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264146     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264147     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264148     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264149     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264150     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264151     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264152     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264153     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264154     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264155     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264156     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264157     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264158     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264159     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264160     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264161     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264162     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264163     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264164     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264165     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264166     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264167     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264168     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264169     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264170     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264171     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264172     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264173     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264174     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264175     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264176     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264177     3  0.1267      0.780 0.060  0 0.940  0  0  0
#> SRR1264178     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264179     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264180     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264181     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264182     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264183     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264184     3  0.0632      0.791 0.024  0 0.976  0  0  0
#> SRR1264185     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264186     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264187     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264188     3  0.3620      0.505 0.352  0 0.648  0  0  0
#> SRR1264189     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264190     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264191     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264192     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264193     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264194     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264195     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264196     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264197     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264198     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264199     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264200     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264201     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264202     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264203     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264204     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264205     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264206     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264207     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264208     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264209     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264210     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264211     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264212     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264213     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264214     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264215     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264216     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264217     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264218     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264219     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264220     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264221     3  0.1556      0.759 0.080  0 0.920  0  0  0
#> SRR1264222     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264223     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264224     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264225     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264226     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264227     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264228     1  0.0790      0.957 0.968  0 0.032  0  0  0
#> SRR1264229     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264230     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264231     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264232     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264233     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264234     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264235     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264236     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264237     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264238     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264239     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264240     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264241     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264242     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264243     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264244     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264245     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264246     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264247     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264248     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264249     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264250     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264251     1  0.0000      0.994 1.000  0 0.000  0  0  0
#> SRR1264252     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264253     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264254     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264255     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264256     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264257     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264258     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264259     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264260     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264261     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264262     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264263     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264264     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264265     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264266     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264267     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264268     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264269     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264270     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264271     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264272     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264273     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264274     1  0.0632      0.974 0.976  0 0.024  0  0  0
#> SRR1264275     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264276     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264277     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264278     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264279     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264280     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264281     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264282     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264283     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264284     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264285     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264286     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264287     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264288     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264289     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264290     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264291     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264292     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264293     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264294     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264295     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264296     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264297     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264298     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264299     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264300     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264301     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264302     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264303     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264304     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264305     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264306     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264307     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264308     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264309     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264310     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264311     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264312     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264313     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264314     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264315     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264316     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264317     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264318     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264319     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264320     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264321     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264322     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264323     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264324     3  0.0790      0.803 0.032  0 0.968  0  0  0
#> SRR1264325     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264326     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264327     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264328     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264329     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264330     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264331     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264332     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264333     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264334     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264335     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264336     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264337     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264338     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264339     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264340     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264341     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264342     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264343     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264344     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264345     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264346     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264347     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264348     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264349     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264350     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264351     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0
#> SRR1264352     3  0.3765      0.493 0.404  0 0.596  0  0  0

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3417 0.659   0.659
#> 3 3 0.653           0.842       0.910         0.6898 0.749   0.619
#> 4 4 0.701           0.722       0.865         0.1635 0.873   0.716
#> 5 5 0.634           0.692       0.758         0.0831 0.955   0.877
#> 6 6 0.672           0.571       0.655         0.0477 0.892   0.684

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264084     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264090     2   0.278      0.950 0.048 0.952
#> SRR1264091     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264097     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264129     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264253     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264254     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264255     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264256     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264257     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264258     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264259     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264260     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264261     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264262     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264263     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264264     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264265     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264266     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264267     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264268     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264269     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264270     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264271     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264272     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264273     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264274     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264275     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264276     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264277     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264278     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264279     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264280     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264281     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264282     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264283     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264284     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264285     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264286     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264287     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264288     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264289     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264290     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264291     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264292     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264293     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264294     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264295     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264296     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264297     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264298     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264299     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264300     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264301     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264302     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264303     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264304     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264305     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264306     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264307     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264308     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264309     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264310     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264311     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264312     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264313     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264314     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264315     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264316     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264317     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264318     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264319     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264320     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264321     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264322     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264323     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264324     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264325     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264331     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264334     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264338     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264339     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264346     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264348     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264351     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     1   0.000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264041     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264042     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264043     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264044     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264045     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264046     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264047     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264048     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264049     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264050     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264051     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264052     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264053     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264054     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264055     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264056     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264057     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264058     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264059     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264060     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264061     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264062     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264063     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264064     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264065     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264066     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264067     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264068     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264069     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264070     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264071     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264072     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264073     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264074     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264075     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264076     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264077     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264078     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264079     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264080     2  0.1289      0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264081     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264082     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264083     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264084     1  0.2711      0.811 0.912 0.000 0.088
#> SRR1264085     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264086     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264087     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264088     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264089     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264090     2  0.7412      0.716 0.176 0.700 0.124
#> SRR1264091     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264092     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264093     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264094     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264095     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264096     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264097     1  0.2537      0.821 0.920 0.000 0.080
#> SRR1264098     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264099     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264100     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264101     2  0.3412      0.933 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264102     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264103     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264104     2  0.2356      0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264105     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264185     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.1860      0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1264222     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264253     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264254     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264255     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264256     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264257     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264258     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264259     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264260     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264261     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264262     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264263     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264264     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264265     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264266     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264267     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264268     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264269     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264270     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264271     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264272     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264273     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264274     1  0.0747      0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264275     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264276     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264277     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264278     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264279     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264280     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264281     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264282     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264283     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264284     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264285     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264286     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264287     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264288     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264289     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264290     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264291     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264292     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264293     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264294     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264295     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264296     3  0.4121      0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264297     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264298     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264299     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264300     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264301     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264302     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264303     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264304     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264305     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264306     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264307     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264308     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264309     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264310     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264311     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264312     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264313     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264314     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264315     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264316     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264317     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264318     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264319     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264320     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264321     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264322     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264323     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264324     3  0.3941      0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264325     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264326     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264327     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264328     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264329     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264330     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264331     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264332     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264333     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264334     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264335     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264336     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264337     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264338     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264339     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264340     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264341     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264342     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264343     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264344     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264345     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264346     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264347     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264348     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264349     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264350     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264351     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264352     1  0.6302     -0.112 0.520 0.000 0.480

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264041     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264042     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264043     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264044     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264045     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264046     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264047     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264048     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264049     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264050     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264051     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264052     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264053     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264054     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264055     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264056     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264057     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264058     3  0.2871      0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264059     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264060     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264061     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264062     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264063     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264064     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264065     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264066     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264067     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264068     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264069     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264070     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264071     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264072     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264073     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264074     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264075     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264076     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264077     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264078     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264079     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264080     2  0.1975      0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264081     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264082     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264083     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264084     4  0.5512      0.000 0.492 0.000 0.016 0.492
#> SRR1264085     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264086     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264087     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264088     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264089     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264090     2  0.7329      0.337 0.120 0.456 0.008 0.416
#> SRR1264091     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264092     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264093     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264094     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264095     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264096     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264097     1  0.5472     -0.846 0.544 0.000 0.016 0.440
#> SRR1264098     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264099     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264100     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264101     2  0.4522      0.763 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1264102     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264103     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264104     2  0.3024      0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264105     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264130     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264131     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264132     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264133     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264134     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264135     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264136     1  0.1302      0.772 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264137     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264138     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264139     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264140     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264141     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264142     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264143     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264144     1  0.0707      0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264145     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264170     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264171     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264172     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264173     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264174     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264175     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264176     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264177     1  0.3401      0.703 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR1264178     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264179     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264180     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264181     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264182     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264183     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264184     3  0.2399      0.791 0.032 0.000 0.920 0.048
#> SRR1264185     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264186     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264187     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264188     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264189     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264190     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264191     1  0.3351      0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264192     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264193     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264194     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264195     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264196     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264197     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264198     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264199     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264200     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264201     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264202     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264203     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264204     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264205     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264206     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264207     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264208     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264209     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264210     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264211     1  0.2281      0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264212     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264213     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264214     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264215     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264216     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264217     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264218     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264219     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264220     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264221     1  0.4731      0.577 0.780 0.000 0.060 0.160
#> SRR1264222     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264223     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264224     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264225     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264226     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264227     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264228     1  0.2408      0.763 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264229     1  0.2345      0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264230     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264231     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264232     1  0.0469      0.767 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264233     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264234     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264235     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264236     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264237     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264238     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264239     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264240     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264241     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264242     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264243     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264244     1  0.0469      0.767 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264245     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264246     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264247     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264248     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264249     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264250     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264251     1  0.1867      0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264252     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264253     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264254     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264255     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264256     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264257     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264258     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264259     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264260     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264261     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264262     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264263     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264264     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264265     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264266     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264267     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264268     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264269     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264270     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264271     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264272     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264273     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264274     1  0.4295      0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264275     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264276     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264277     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264278     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264279     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264280     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264281     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264282     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264283     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264284     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264285     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264286     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264287     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264288     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264289     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264290     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264291     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264292     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264293     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264294     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264295     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264296     3  0.0817      0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264297     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264298     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264299     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264300     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264301     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264302     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264303     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264304     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264305     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264306     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264307     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264308     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264309     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264310     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264311     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264312     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264313     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264314     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264315     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264316     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264317     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264318     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264319     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264320     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264321     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264322     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264323     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264324     3  0.4225      0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264325     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264326     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264327     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264328     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264329     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264330     3  0.7146      0.511 0.212 0.000 0.560 0.228
#> SRR1264331     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264332     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264333     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264334     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264335     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264336     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264337     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264338     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264339     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264340     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264341     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264342     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264343     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264344     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264345     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264346     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264347     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264348     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264349     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264350     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264351     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264352     3  0.7173      0.505 0.216 0.000 0.556 0.228

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264041     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264042     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264043     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264044     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264045     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264046     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264047     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264048     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264049     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264050     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264051     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264052     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264053     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264054     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264055     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264056     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264057     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264058     3  0.3436     0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264059     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264060     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264061     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264062     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264063     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264064     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264065     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264066     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264067     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264068     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264069     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264070     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264071     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264072     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264073     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264074     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264075     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264076     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264077     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264078     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264079     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264080     2  0.2592     0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264081     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264082     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264083     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264084     5  0.6942     0.6459 0.232 0.000 0.012 0.316 0.440
#> SRR1264085     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264086     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264087     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264088     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264089     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264090     5  0.6910     0.1310 0.044 0.304 0.000 0.136 0.516
#> SRR1264091     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264092     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264093     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264094     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264095     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264096     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264097     5  0.7084     0.6088 0.272 0.000 0.012 0.328 0.388
#> SRR1264098     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264099     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264100     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264101     2  0.5483     0.3577 0.000 0.512 0.000 0.064 0.424
#> SRR1264102     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264103     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264104     2  0.3109     0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264105     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264130     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264131     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264132     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264133     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264134     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264135     1  0.0579     0.7085 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264136     1  0.1830     0.7092 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028
#> SRR1264137     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264138     1  0.0579     0.7085 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264139     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264140     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264141     1  0.0579     0.7085 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264142     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264143     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264144     1  0.0451     0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264145     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264146     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264147     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264148     1  0.0451     0.7068 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264149     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264150     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264151     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264152     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264153     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264154     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264155     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264156     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264157     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264158     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264159     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264160     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264161     1  0.0451     0.7068 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264162     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264163     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264164     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264165     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264166     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264167     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264168     1  0.0324     0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264169     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264170     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264171     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264172     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264173     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264174     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264175     1  0.5500     0.5977 0.644 0.000 0.012 0.268 0.076
#> SRR1264176     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264177     1  0.5798     0.5754 0.620 0.000 0.020 0.280 0.080
#> SRR1264178     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264179     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264180     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264181     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264182     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264183     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264184     3  0.3164     0.7122 0.012 0.000 0.868 0.076 0.044
#> SRR1264185     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264186     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264187     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264188     1  0.5617     0.5895 0.636 0.000 0.016 0.272 0.076
#> SRR1264189     1  0.5500     0.5977 0.644 0.000 0.012 0.268 0.076
#> SRR1264190     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264191     1  0.5595     0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264192     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264193     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264194     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264195     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264196     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264197     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264198     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264199     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264200     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264201     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264202     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264203     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264204     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264205     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264206     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264207     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264208     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264209     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264210     1  0.3803     0.6996 0.804 0.000 0.000 0.140 0.056
#> SRR1264211     1  0.3846     0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264212     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264213     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264214     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264215     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264216     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264217     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264218     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264219     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264220     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264221     1  0.6260     0.5545 0.612 0.000 0.048 0.252 0.088
#> SRR1264222     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264223     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264224     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264225     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264226     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264227     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264228     1  0.4019     0.6921 0.792 0.000 0.004 0.152 0.052
#> SRR1264229     1  0.3692     0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264230     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264231     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264232     1  0.1648     0.6811 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR1264233     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264234     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264235     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264236     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264237     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264238     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264239     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264240     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264241     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264242     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264243     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264244     1  0.1117     0.6955 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264245     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264246     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264247     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264248     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264249     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264250     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264251     1  0.3866     0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264252     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264253     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264254     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264255     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264256     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264257     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264258     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264259     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264260     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264261     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264262     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264263     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264264     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264265     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264266     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264267     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264268     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264269     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264270     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264271     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264272     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264273     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264274     1  0.6344    -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264275     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264276     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264277     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264278     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264279     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264280     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264281     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264282     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264283     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264284     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264285     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264286     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264287     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264288     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264289     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264290     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264291     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264292     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264293     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264294     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264295     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264296     3  0.0693     0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264297     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264298     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264299     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264300     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264301     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264302     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264303     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264304     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264305     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264306     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264307     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264308     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264309     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264310     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264311     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264312     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264313     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264314     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264315     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264316     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264317     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264318     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264319     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264320     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264321     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264322     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264323     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264324     3  0.5081     0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264325     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264326     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264327     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264328     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264329     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264330     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264331     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264332     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264333     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264334     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264335     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264336     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264337     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264338     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264339     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264340     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264341     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264342     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264343     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264344     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264345     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264346     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264347     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264348     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264349     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264350     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264351     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264352     4  0.6024     1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264041     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264042     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264043     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264044     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264045     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264046     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264047     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264048     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264049     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264050     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264051     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264052     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264053     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264054     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264055     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264056     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264057     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264058     5  0.5736    0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264059     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264060     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264061     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264062     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264063     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264064     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264065     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264066     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264067     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264068     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264069     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264070     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264071     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264072     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264073     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264074     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264075     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264076     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264077     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264078     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264079     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264080     2  0.4191    0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264081     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264082     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264083     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264084     4  0.6799   -0.05334 0.036 0.000 0.092 0.544 0.080 0.248
#> SRR1264085     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264086     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264087     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264088     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264089     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264090     6  0.7238    0.81126 0.000 0.208 0.056 0.212 0.040 0.484
#> SRR1264091     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264092     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264093     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264094     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264095     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264096     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264097     4  0.6716    0.09629 0.044 0.000 0.092 0.576 0.080 0.208
#> SRR1264098     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264099     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264100     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264101     6  0.6979    0.77895 0.000 0.308 0.056 0.120 0.036 0.480
#> SRR1264102     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264103     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264104     2  0.4302    0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264105     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0146    0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264107     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0291    0.74196 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264109     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0146    0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264113     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0146    0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264120     2  0.0146    0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264121     2  0.0291    0.74196 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264122     2  0.0146    0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264123     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0146    0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264127     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0146    0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264130     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264131     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264132     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264133     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264134     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264135     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264136     1  0.3938    0.64373 0.784 0.000 0.008 0.068 0.004 0.136
#> SRR1264137     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264138     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264139     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264140     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264141     1  0.4702    0.62792 0.716 0.000 0.008 0.132 0.004 0.140
#> SRR1264142     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264143     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264144     1  0.4776    0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264145     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264146     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264147     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264148     1  0.4974    0.61267 0.672 0.000 0.008 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264149     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264150     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264151     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264152     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264153     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264154     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264155     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264156     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264157     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264158     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264159     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264160     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264161     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264162     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264163     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264164     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264165     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264166     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264167     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264168     1  0.4868    0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264169     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264170     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264171     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264172     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264173     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264174     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264175     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264176     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264177     1  0.4558    0.50879 0.744 0.000 0.028 0.008 0.056 0.164
#> SRR1264178     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264179     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264180     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264181     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264182     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264183     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264184     5  0.5729    0.06556 0.012 0.000 0.388 0.016 0.508 0.076
#> SRR1264185     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264186     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264187     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264188     1  0.4070    0.55615 0.788 0.000 0.020 0.008 0.056 0.128
#> SRR1264189     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264190     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264191     1  0.4149    0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264192     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264193     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264194     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264195     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264196     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264197     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264198     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264199     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264200     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264201     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264202     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264203     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264204     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264205     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264206     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264207     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264208     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264209     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264210     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264211     1  0.0865    0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264212     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264213     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264214     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264215     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264216     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264217     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264218     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264219     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264220     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264221     1  0.4994    0.47044 0.720 0.000 0.044 0.008 0.076 0.152
#> SRR1264222     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264223     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264224     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264225     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264226     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264227     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264228     1  0.0767    0.66210 0.976 0.000 0.004 0.000 0.008 0.012
#> SRR1264229     1  0.0146    0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264230     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264231     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264232     1  0.5451    0.54348 0.616 0.000 0.012 0.196 0.000 0.176
#> SRR1264233     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264234     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264235     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264236     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264237     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264238     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264239     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264240     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264241     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264242     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264243     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264244     1  0.5227    0.58720 0.648 0.000 0.012 0.164 0.000 0.176
#> SRR1264245     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264246     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264247     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264248     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264249     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264250     1  0.5963    0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264251     1  0.5956    0.31436 0.476 0.000 0.008 0.336 0.000 0.180
#> SRR1264252     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264253     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264254     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264255     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264256     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264257     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264258     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264259     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264260     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264261     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264262     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264263     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264264     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264265     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264266     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264267     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264268     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264269     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264270     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264271     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264272     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264273     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264274     4  0.2994    0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264275     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264276     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264277     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264278     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264279     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264280     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264281     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264282     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264283     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264284     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264285     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264286     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264287     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264288     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264289     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264290     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264291     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264292     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264293     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264294     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264295     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264296     5  0.3819    0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264297     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264298     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264299     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264300     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264301     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264302     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264303     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264304     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264305     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264306     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264307     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264308     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264309     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264310     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264311     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264312     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264313     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264314     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264315     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264316     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264317     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264318     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264319     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264320     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264321     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264322     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264323     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264324     3  0.3508    1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264325     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264326     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264327     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264328     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264329     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264330     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264331     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264332     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264333     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264334     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264335     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264336     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264337     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264338     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264339     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264340     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264341     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264342     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264343     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264344     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264345     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264346     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264347     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264348     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264349     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264350     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264351     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264352     5  0.6431    0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.4196 0.581   0.581
#> 3 3 1.000           0.999       0.999         0.5829 0.755   0.579
#> 4 4 0.975           0.987       0.990         0.0549 0.967   0.902
#> 5 5 0.878           0.948       0.945         0.0969 0.924   0.749
#> 6 6 0.838           0.831       0.840         0.0479 0.960   0.823

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3

There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040     1       0          1  1  0
#> SRR1264041     1       0          1  1  0
#> SRR1264042     1       0          1  1  0
#> SRR1264043     1       0          1  1  0
#> SRR1264044     1       0          1  1  0
#> SRR1264045     1       0          1  1  0
#> SRR1264046     1       0          1  1  0
#> SRR1264047     1       0          1  1  0
#> SRR1264048     1       0          1  1  0
#> SRR1264049     1       0          1  1  0
#> SRR1264050     1       0          1  1  0
#> SRR1264051     1       0          1  1  0
#> SRR1264052     1       0          1  1  0
#> SRR1264053     1       0          1  1  0
#> SRR1264054     1       0          1  1  0
#> SRR1264055     1       0          1  1  0
#> SRR1264056     1       0          1  1  0
#> SRR1264057     1       0          1  1  0
#> SRR1264058     1       0          1  1  0
#> SRR1264059     2       0          1  0  1
#> SRR1264060     2       0          1  0  1
#> SRR1264061     2       0          1  0  1
#> SRR1264062     2       0          1  0  1
#> SRR1264063     2       0          1  0  1
#> SRR1264064     2       0          1  0  1
#> SRR1264065     2       0          1  0  1
#> SRR1264066     2       0          1  0  1
#> SRR1264067     2       0          1  0  1
#> SRR1264068     2       0          1  0  1
#> SRR1264069     2       0          1  0  1
#> SRR1264070     2       0          1  0  1
#> SRR1264071     2       0          1  0  1
#> SRR1264072     2       0          1  0  1
#> SRR1264073     2       0          1  0  1
#> SRR1264074     2       0          1  0  1
#> SRR1264075     2       0          1  0  1
#> SRR1264076     2       0          1  0  1
#> SRR1264077     2       0          1  0  1
#> SRR1264078     2       0          1  0  1
#> SRR1264079     2       0          1  0  1
#> SRR1264080     2       0          1  0  1
#> SRR1264081     2       0          1  0  1
#> SRR1264082     2       0          1  0  1
#> SRR1264083     2       0          1  0  1
#> SRR1264084     2       0          1  0  1
#> SRR1264085     2       0          1  0  1
#> SRR1264086     2       0          1  0  1
#> SRR1264087     2       0          1  0  1
#> SRR1264088     2       0          1  0  1
#> SRR1264089     2       0          1  0  1
#> SRR1264090     2       0          1  0  1
#> SRR1264091     2       0          1  0  1
#> SRR1264092     2       0          1  0  1
#> SRR1264093     2       0          1  0  1
#> SRR1264094     2       0          1  0  1
#> SRR1264095     2       0          1  0  1
#> SRR1264096     2       0          1  0  1
#> SRR1264097     2       0          1  0  1
#> SRR1264098     2       0          1  0  1
#> SRR1264099     2       0          1  0  1
#> SRR1264100     2       0          1  0  1
#> SRR1264101     2       0          1  0  1
#> SRR1264102     2       0          1  0  1
#> SRR1264103     2       0          1  0  1
#> SRR1264104     2       0          1  0  1
#> SRR1264105     2       0          1  0  1
#> SRR1264106     2       0          1  0  1
#> SRR1264107     2       0          1  0  1
#> SRR1264108     2       0          1  0  1
#> SRR1264109     2       0          1  0  1
#> SRR1264110     2       0          1  0  1
#> SRR1264111     2       0          1  0  1
#> SRR1264112     2       0          1  0  1
#> SRR1264113     2       0          1  0  1
#> SRR1264114     2       0          1  0  1
#> SRR1264115     2       0          1  0  1
#> SRR1264116     2       0          1  0  1
#> SRR1264117     2       0          1  0  1
#> SRR1264118     2       0          1  0  1
#> SRR1264119     2       0          1  0  1
#> SRR1264120     2       0          1  0  1
#> SRR1264121     2       0          1  0  1
#> SRR1264122     2       0          1  0  1
#> SRR1264123     2       0          1  0  1
#> SRR1264124     2       0          1  0  1
#> SRR1264125     2       0          1  0  1
#> SRR1264126     2       0          1  0  1
#> SRR1264127     2       0          1  0  1
#> SRR1264128     2       0          1  0  1
#> SRR1264129     1       0          1  1  0
#> SRR1264130     1       0          1  1  0
#> SRR1264131     1       0          1  1  0
#> SRR1264132     1       0          1  1  0
#> SRR1264133     1       0          1  1  0
#> SRR1264134     1       0          1  1  0
#> SRR1264135     1       0          1  1  0
#> SRR1264136     1       0          1  1  0
#> SRR1264137     1       0          1  1  0
#> SRR1264138     1       0          1  1  0
#> SRR1264139     1       0          1  1  0
#> SRR1264140     1       0          1  1  0
#> SRR1264141     1       0          1  1  0
#> SRR1264142     1       0          1  1  0
#> SRR1264143     1       0          1  1  0
#> SRR1264144     1       0          1  1  0
#> SRR1264145     1       0          1  1  0
#> SRR1264146     1       0          1  1  0
#> SRR1264147     1       0          1  1  0
#> SRR1264148     1       0          1  1  0
#> SRR1264149     1       0          1  1  0
#> SRR1264150     1       0          1  1  0
#> SRR1264151     1       0          1  1  0
#> SRR1264152     1       0          1  1  0
#> SRR1264153     1       0          1  1  0
#> SRR1264154     1       0          1  1  0
#> SRR1264155     1       0          1  1  0
#> SRR1264156     1       0          1  1  0
#> SRR1264157     1       0          1  1  0
#> SRR1264158     1       0          1  1  0
#> SRR1264159     1       0          1  1  0
#> SRR1264160     1       0          1  1  0
#> SRR1264161     1       0          1  1  0
#> SRR1264162     1       0          1  1  0
#> SRR1264163     1       0          1  1  0
#> SRR1264164     1       0          1  1  0
#> SRR1264165     1       0          1  1  0
#> SRR1264166     1       0          1  1  0
#> SRR1264167     1       0          1  1  0
#> SRR1264168     1       0          1  1  0
#> SRR1264169     1       0          1  1  0
#> SRR1264170     1       0          1  1  0
#> SRR1264171     1       0          1  1  0
#> SRR1264172     1       0          1  1  0
#> SRR1264173     1       0          1  1  0
#> SRR1264174     1       0          1  1  0
#> SRR1264175     1       0          1  1  0
#> SRR1264176     1       0          1  1  0
#> SRR1264177     1       0          1  1  0
#> SRR1264178     1       0          1  1  0
#> SRR1264179     1       0          1  1  0
#> SRR1264180     1       0          1  1  0
#> SRR1264181     1       0          1  1  0
#> SRR1264182     1       0          1  1  0
#> SRR1264183     1       0          1  1  0
#> SRR1264184     1       0          1  1  0
#> SRR1264185     1       0          1  1  0
#> SRR1264186     1       0          1  1  0
#> SRR1264187     1       0          1  1  0
#> SRR1264188     1       0          1  1  0
#> SRR1264189     1       0          1  1  0
#> SRR1264190     1       0          1  1  0
#> SRR1264191     1       0          1  1  0
#> SRR1264192     1       0          1  1  0
#> SRR1264193     1       0          1  1  0
#> SRR1264194     1       0          1  1  0
#> SRR1264195     1       0          1  1  0
#> SRR1264196     1       0          1  1  0
#> SRR1264197     1       0          1  1  0
#> SRR1264198     1       0          1  1  0
#> SRR1264199     1       0          1  1  0
#> SRR1264200     1       0          1  1  0
#> SRR1264201     1       0          1  1  0
#> SRR1264202     1       0          1  1  0
#> SRR1264203     1       0          1  1  0
#> SRR1264204     1       0          1  1  0
#> SRR1264205     1       0          1  1  0
#> SRR1264206     1       0          1  1  0
#> SRR1264207     1       0          1  1  0
#> SRR1264208     1       0          1  1  0
#> SRR1264209     1       0          1  1  0
#> SRR1264210     1       0          1  1  0
#> SRR1264211     1       0          1  1  0
#> SRR1264212     1       0          1  1  0
#> SRR1264213     1       0          1  1  0
#> SRR1264214     1       0          1  1  0
#> SRR1264215     1       0          1  1  0
#> SRR1264216     1       0          1  1  0
#> SRR1264217     1       0          1  1  0
#> SRR1264218     1       0          1  1  0
#> SRR1264219     1       0          1  1  0
#> SRR1264220     1       0          1  1  0
#> SRR1264221     1       0          1  1  0
#> SRR1264222     1       0          1  1  0
#> SRR1264223     1       0          1  1  0
#> SRR1264224     1       0          1  1  0
#> SRR1264225     1       0          1  1  0
#> SRR1264226     1       0          1  1  0
#> SRR1264227     1       0          1  1  0
#> SRR1264228     1       0          1  1  0
#> SRR1264229     1       0          1  1  0
#> SRR1264230     1       0          1  1  0
#> SRR1264231     1       0          1  1  0
#> SRR1264232     1       0          1  1  0
#> SRR1264233     1       0          1  1  0
#> SRR1264234     1       0          1  1  0
#> SRR1264235     1       0          1  1  0
#> SRR1264236     1       0          1  1  0
#> SRR1264237     1       0          1  1  0
#> SRR1264238     1       0          1  1  0
#> SRR1264239     1       0          1  1  0
#> SRR1264240     1       0          1  1  0
#> SRR1264241     1       0          1  1  0
#> SRR1264242     1       0          1  1  0
#> SRR1264243     1       0          1  1  0
#> SRR1264244     1       0          1  1  0
#> SRR1264245     1       0          1  1  0
#> SRR1264246     1       0          1  1  0
#> SRR1264247     1       0          1  1  0
#> SRR1264248     1       0          1  1  0
#> SRR1264249     1       0          1  1  0
#> SRR1264250     1       0          1  1  0
#> SRR1264251     1       0          1  1  0
#> SRR1264252     2       0          1  0  1
#> SRR1264253     2       0          1  0  1
#> SRR1264254     2       0          1  0  1
#> SRR1264255     2       0          1  0  1
#> SRR1264256     2       0          1  0  1
#> SRR1264257     2       0          1  0  1
#> SRR1264258     2       0          1  0  1
#> SRR1264259     2       0          1  0  1
#> SRR1264260     2       0          1  0  1
#> SRR1264261     2       0          1  0  1
#> SRR1264262     2       0          1  0  1
#> SRR1264263     2       0          1  0  1
#> SRR1264264     2       0          1  0  1
#> SRR1264265     2       0          1  0  1
#> SRR1264266     2       0          1  0  1
#> SRR1264267     2       0          1  0  1
#> SRR1264268     2       0          1  0  1
#> SRR1264269     2       0          1  0  1
#> SRR1264270     2       0          1  0  1
#> SRR1264271     2       0          1  0  1
#> SRR1264272     2       0          1  0  1
#> SRR1264273     2       0          1  0  1
#> SRR1264274     2       0          1  0  1
#> SRR1264275     1       0          1  1  0
#> SRR1264276     1       0          1  1  0
#> SRR1264277     1       0          1  1  0
#> SRR1264278     1       0          1  1  0
#> SRR1264279     1       0          1  1  0
#> SRR1264280     1       0          1  1  0
#> SRR1264281     1       0          1  1  0
#> SRR1264282     1       0          1  1  0
#> SRR1264283     1       0          1  1  0
#> SRR1264284     1       0          1  1  0
#> SRR1264285     1       0          1  1  0
#> SRR1264286     1       0          1  1  0
#> SRR1264287     1       0          1  1  0
#> SRR1264288     1       0          1  1  0
#> SRR1264289     1       0          1  1  0
#> SRR1264290     1       0          1  1  0
#> SRR1264291     1       0          1  1  0
#> SRR1264292     1       0          1  1  0
#> SRR1264293     1       0          1  1  0
#> SRR1264294     1       0          1  1  0
#> SRR1264295     1       0          1  1  0
#> SRR1264296     1       0          1  1  0
#> SRR1264297     1       0          1  1  0
#> SRR1264298     1       0          1  1  0
#> SRR1264299     1       0          1  1  0
#> SRR1264300     1       0          1  1  0
#> SRR1264301     1       0          1  1  0
#> SRR1264302     1       0          1  1  0
#> SRR1264303     1       0          1  1  0
#> SRR1264304     1       0          1  1  0
#> SRR1264305     1       0          1  1  0
#> SRR1264306     1       0          1  1  0
#> SRR1264307     1       0          1  1  0
#> SRR1264308     1       0          1  1  0
#> SRR1264309     1       0          1  1  0
#> SRR1264310     1       0          1  1  0
#> SRR1264311     1       0          1  1  0
#> SRR1264312     1       0          1  1  0
#> SRR1264313     1       0          1  1  0
#> SRR1264314     1       0          1  1  0
#> SRR1264315     1       0          1  1  0
#> SRR1264316     1       0          1  1  0
#> SRR1264317     1       0          1  1  0
#> SRR1264318     1       0          1  1  0
#> SRR1264319     1       0          1  1  0
#> SRR1264320     1       0          1  1  0
#> SRR1264321     1       0          1  1  0
#> SRR1264322     1       0          1  1  0
#> SRR1264323     1       0          1  1  0
#> SRR1264324     1       0          1  1  0
#> SRR1264325     1       0          1  1  0
#> SRR1264326     1       0          1  1  0
#> SRR1264327     1       0          1  1  0
#> SRR1264328     1       0          1  1  0
#> SRR1264329     1       0          1  1  0
#> SRR1264330     1       0          1  1  0
#> SRR1264331     1       0          1  1  0
#> SRR1264332     1       0          1  1  0
#> SRR1264333     1       0          1  1  0
#> SRR1264334     1       0          1  1  0
#> SRR1264335     1       0          1  1  0
#> SRR1264336     1       0          1  1  0
#> SRR1264337     1       0          1  1  0
#> SRR1264338     1       0          1  1  0
#> SRR1264339     1       0          1  1  0
#> SRR1264340     1       0          1  1  0
#> SRR1264341     1       0          1  1  0
#> SRR1264342     1       0          1  1  0
#> SRR1264343     1       0          1  1  0
#> SRR1264344     1       0          1  1  0
#> SRR1264345     1       0          1  1  0
#> SRR1264346     1       0          1  1  0
#> SRR1264347     1       0          1  1  0
#> SRR1264348     1       0          1  1  0
#> SRR1264349     1       0          1  1  0
#> SRR1264350     1       0          1  1  0
#> SRR1264351     1       0          1  1  0
#> SRR1264352     1       0          1  1  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264041     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264042     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264043     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264044     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264045     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264046     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264047     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264048     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264049     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264050     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264051     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264052     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264054     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264055     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264056     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264057     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264058     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264178     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264184     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264185     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264189     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0237      0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264253     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264254     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264255     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264256     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264257     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264258     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264259     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264260     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264261     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264262     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264263     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264264     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264265     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264266     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264267     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264268     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264269     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264270     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264271     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264272     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264273     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264274     2  0.0237      0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264275     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264130     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264131     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264132     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264133     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264134     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264135     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264136     1  0.0336      0.978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264137     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264138     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264139     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264140     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264141     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264142     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264143     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264144     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264145     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264146     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264147     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264148     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264149     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264150     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264151     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264152     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264153     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264154     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264155     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264156     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264157     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264158     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264159     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264160     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264161     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264162     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264163     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264164     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264165     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264166     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264167     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264168     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264169     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264178     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184     3  0.0524      0.987 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1264185     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0188      0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264231     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264232     1  0.0707      0.976 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264233     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264234     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264235     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264236     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264237     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264238     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264239     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264240     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264241     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264242     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264243     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264244     1  0.0592      0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264245     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264246     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264247     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264248     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264249     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264250     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264251     1  0.2345      0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264252     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264253     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264254     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264255     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264256     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264257     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264258     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264259     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264260     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264261     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264262     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264263     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264264     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264265     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264266     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264267     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264268     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264269     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264270     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264271     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264272     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264273     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264274     4  0.0469      1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264275     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264276     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264277     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264278     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264279     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264280     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264281     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264282     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264283     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264284     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264285     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264286     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264287     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264288     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264289     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264290     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264291     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264292     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264293     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264294     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264295     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264296     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264325     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264331     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264334     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264338     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264339     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264346     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264348     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264351     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264041     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264042     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264043     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264044     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264045     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264046     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264047     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264048     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264049     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264050     3  0.3030      0.905 0.040 0.000 0.868 0.004 0.088
#> SRR1264051     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264052     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264053     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264054     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264055     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264056     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264057     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264058     3  0.3086      0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264130     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264131     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264132     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264133     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264134     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264135     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264136     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264137     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264138     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264139     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264140     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264141     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264142     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264143     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264144     1  0.3366      0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264145     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264146     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264147     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264148     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264149     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264150     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264151     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264152     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264153     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264154     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264155     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264156     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264157     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264158     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264159     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264160     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264161     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264162     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264163     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264164     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264165     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264166     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264167     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264168     1  0.1851      0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264169     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264170     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264171     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264172     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264173     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264174     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264175     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264176     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264177     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264178     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264179     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264180     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264181     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264182     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264183     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264184     3  0.4558      0.713 0.036 0.000 0.708 0.004 0.252
#> SRR1264185     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264186     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264187     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264188     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264189     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264190     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264191     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264192     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264193     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264194     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264195     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264196     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264197     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264198     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264199     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264200     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264201     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264202     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264203     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264204     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264205     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264206     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264207     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264208     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264209     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264210     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264211     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264212     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264213     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264214     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264215     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264216     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264217     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264218     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264219     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264220     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264221     5  0.0162      0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264222     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264223     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264224     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264225     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264226     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264227     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264228     5  0.1965      0.931 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264229     5  0.2230      0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264230     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264231     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264232     1  0.1671      0.942 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264233     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264234     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264235     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264236     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264237     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264238     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264239     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264240     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264241     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264242     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264243     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264244     1  0.1671      0.942 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264245     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264246     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264247     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264248     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264249     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264250     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264251     1  0.1768      0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264252     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264253     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264254     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264255     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264256     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264257     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264258     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264259     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264260     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264261     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264262     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264263     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264264     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264265     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264266     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264267     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264268     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264269     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264270     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264271     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264272     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264273     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264274     4  0.0162      1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264275     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264276     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264277     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264278     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264279     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264280     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264281     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264282     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264283     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264284     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264285     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264286     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264287     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264288     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264289     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264290     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264291     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264292     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264293     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264294     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264295     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264296     3  0.1822      0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264297     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264326     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264327     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264328     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264329     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264330     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264331     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264332     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264333     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264334     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264335     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264336     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264337     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264338     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264339     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264340     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264341     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264342     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264343     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264344     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264345     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264346     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264347     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264348     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264349     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264350     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264351     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264352     3  0.1124      0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264041     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264042     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264043     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264044     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264045     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264046     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264047     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264048     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264049     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264050     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264051     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264052     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264053     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264054     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264055     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264056     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264057     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264058     3  0.3515      0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264059     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0713      0.983 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1264085     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.1049      0.974 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR1264098     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0547      0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264130     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264131     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264132     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264133     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264134     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264135     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264136     1  0.4638      0.664 0.636 0.000 0.000 0.068 0.000 0.296
#> SRR1264137     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264138     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264139     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264140     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264141     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264142     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264143     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264144     1  0.4620      0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264145     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264146     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264147     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264148     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264149     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264150     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264151     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264152     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264153     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264154     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264155     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264156     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264157     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264158     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264159     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264160     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264161     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264162     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264163     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264164     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264165     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264166     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264167     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264168     1  0.1387      0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264169     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264170     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264171     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264172     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264173     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264174     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264175     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264176     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264177     6  0.2257      0.851 0.000 0.000 0.008 0.116 0.000 0.876
#> SRR1264178     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264179     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264180     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264181     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264182     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264183     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264184     3  0.4700      0.441 0.008 0.000 0.704 0.128 0.000 0.160
#> SRR1264185     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264186     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264187     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264188     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264189     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264190     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264191     6  0.2357      0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264192     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264193     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264194     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264195     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264196     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264197     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264198     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264199     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264200     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264201     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264202     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264203     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264204     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264205     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264206     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264207     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264208     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264209     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264210     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264211     6  0.1501      0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264212     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264213     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264214     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264215     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264216     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264217     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264218     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264219     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264220     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264221     6  0.1462      0.866 0.000 0.000 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1264222     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264223     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264224     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264225     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264226     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264227     6  0.2404      0.884 0.080 0.000 0.000 0.036 0.000 0.884
#> SRR1264228     6  0.2404      0.884 0.080 0.000 0.000 0.036 0.000 0.884
#> SRR1264229     6  0.2457      0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264230     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264231     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264232     1  0.1492      0.879 0.940 0.000 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR1264233     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264234     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264235     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264236     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264237     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264238     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264239     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264240     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264241     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264242     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264243     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264244     1  0.1492      0.879 0.940 0.000 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR1264245     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264246     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264247     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264248     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264249     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264250     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264251     1  0.1700      0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264252     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264253     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264254     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264255     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264256     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264257     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264258     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264259     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264260     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264261     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264262     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264263     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264264     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264265     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264266     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264267     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264268     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264269     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264270     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264271     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264272     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264273     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264274     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264275     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264276     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264277     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264278     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264279     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264280     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264281     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264282     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264283     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264284     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264285     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264286     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264287     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264288     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264289     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264290     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264291     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264292     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264293     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264294     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264295     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264296     3  0.0146      0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264297     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.3756      0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264326     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264327     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264328     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264329     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264330     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264332     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264333     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264334     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264335     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264336     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264337     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264338     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264340     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264341     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264342     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264343     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264344     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264345     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264347     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264348     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264349     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264350     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264352     4  0.3737      1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3416 0.659   0.659
#> 3 3 1.000           0.998       0.999         0.8634 0.705   0.552
#> 4 4 0.930           0.892       0.917         0.0521 1.000   1.000
#> 5 5 0.839           0.858       0.873         0.0878 0.865   0.641
#> 6 6 0.961           0.961       0.957         0.0461 0.989   0.955

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264060     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264061     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264062     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264063     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264064     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264065     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264066     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264067     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264068     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264069     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264070     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264071     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264072     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264073     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264074     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264075     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264076     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264077     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264078     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264079     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264080     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264081     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264082     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264083     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264084     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264086     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264087     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264088     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264089     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264090     2   0.373      0.922 0.072 0.928
#> SRR1264091     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264092     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264093     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264094     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264095     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264096     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264097     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264099     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264100     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264101     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264102     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264103     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264104     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264105     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264106     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264107     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264108     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264109     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264110     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264111     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264112     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264113     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264114     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264115     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264116     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264117     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264118     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264119     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264120     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264121     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264122     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264123     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264124     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264125     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264126     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264127     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264128     2   0.000      0.999 0.000 1.000
#> SRR1264129     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264253     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264254     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264255     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264256     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264257     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264258     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264259     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264260     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264261     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264262     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264263     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264264     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264265     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264266     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264267     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264268     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264269     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264270     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264271     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264272     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264273     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264274     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264275     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264276     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264277     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264278     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264279     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264280     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264281     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264282     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264283     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264284     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264285     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264286     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264287     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264288     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264289     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264290     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264291     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264292     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264293     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264294     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264295     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264296     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264297     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264298     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264299     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264300     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264301     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264302     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264303     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264304     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264305     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264306     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264307     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264308     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264309     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264310     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264311     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264312     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264313     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264314     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264315     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264316     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264317     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264318     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264319     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264320     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264321     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264322     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264323     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264324     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264325     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264326     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264327     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264328     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264329     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264330     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264331     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264332     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264333     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264334     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264335     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264336     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264337     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264338     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264339     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264340     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264341     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264342     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264343     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264344     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264345     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264346     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264347     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264348     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264349     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264350     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264351     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1264352     1   0.000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1   p2    p3
#> SRR1264040     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264041     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264042     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264043     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264044     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264045     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264046     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264047     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264048     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264049     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264050     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264051     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264052     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264053     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264054     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264055     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264056     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264057     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264058     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264084     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264090     2  0.2537      0.906 0.080 0.92 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264097     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264184     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264221     1  0.4062      0.803 0.836 0.00 0.164
#> SRR1264222     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264252     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264253     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264267     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264268     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264275     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264289     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264290     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264297     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264325     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264326     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264327     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264328     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264329     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264330     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264331     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264332     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264333     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264334     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264335     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264336     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264337     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264338     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264339     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264340     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264341     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264342     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264343     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264344     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264345     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264346     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264347     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264348     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264349     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264350     3  0.0000      0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264351     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264352     3  0.0237      0.996 0.004 0.00 0.996

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     3  0.0188      0.869 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264045     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264060     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264061     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264062     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264063     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264064     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264065     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264066     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264067     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264068     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264069     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264070     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264071     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264072     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264073     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264074     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264075     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264076     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264077     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264078     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264079     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264080     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264081     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     1  0.5602      0.285 0.508 0.472 0.000 0.020
#> SRR1264085     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.2593      0.643 0.080 0.904 0.000 0.016
#> SRR1264091     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     1  0.4245      0.767 0.784 0.196 0.000 0.020
#> SRR1264098     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264106     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264107     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264108     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264109     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264110     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264111     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264112     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264113     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264114     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264115     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264116     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264117     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264118     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264119     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264120     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264121     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264122     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264123     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264124     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264125     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264126     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264127     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264128     2  0.4994      0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264129     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.3172      0.796 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0188      0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264231     1  0.0188      0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264232     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0188      0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264234     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0336      0.987 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264246     1  0.0188      0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264247     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0188      0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264249     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0188      0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264251     1  0.0000      0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264253     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264254     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264255     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264256     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264257     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264258     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264259     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264260     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264261     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264262     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264263     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264264     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264265     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264266     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264267     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264268     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264269     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264270     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264271     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264272     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264273     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264274     1  0.0817      0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264275     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264276     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264277     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264278     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264279     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264280     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264281     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264282     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264283     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264284     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264285     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264286     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264287     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264288     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264289     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264290     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264291     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264292     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264294     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264295     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264296     3  0.0000      0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264297     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264298     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264299     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264300     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264301     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264302     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264303     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264304     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264305     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264306     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264307     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264308     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264309     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264310     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264311     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264312     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264313     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264314     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264315     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264316     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264317     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264318     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264319     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264320     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264321     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264322     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264323     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264324     3  0.5000      0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264325     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264326     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264327     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264328     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264329     3  0.0376      0.867 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1264330     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264331     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264332     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264333     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264334     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264335     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264336     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264337     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264338     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264339     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264340     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264341     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264342     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264343     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264344     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264345     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264346     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264347     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264348     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264349     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264350     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264351     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264352     3  0.0188      0.870 0.000 0.000 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264041     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264042     3  0.4310      0.811 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1264043     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264044     3  0.4321      0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264045     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264046     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264047     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264048     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264049     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264050     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264051     3  0.4321      0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264052     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264053     3  0.4171      0.813 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1264054     3  0.4321      0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264055     3  0.4321      0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264056     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264057     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264058     3  0.4321      0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264082     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264083     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264084     4  0.1661      0.420 0.024 0.000 0.036 0.940 0.000
#> SRR1264085     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264086     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264087     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264088     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264089     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264090     4  0.3305      0.395 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1264091     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264092     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264093     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264094     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264095     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264096     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264097     4  0.3741      0.493 0.264 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR1264098     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264099     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264100     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264101     4  0.5856      0.328 0.000 0.172 0.224 0.604 0.000
#> SRR1264102     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264103     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264104     4  0.6643      0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0162      0.993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264178     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264185     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.1544      0.907 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264222     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0404      0.986 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264231     1  0.0404      0.986 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0290      0.991 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264234     1  0.0290      0.991 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0162      0.995 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0880      0.964 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1264246     1  0.0290      0.991 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0404      0.986 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264249     1  0.0162      0.994 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264250     1  0.0162      0.995 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264251     1  0.0162      0.994 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264252     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264253     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264254     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264255     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264256     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264257     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264258     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264259     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264260     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264261     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264262     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264263     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264264     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264265     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264266     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264267     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264268     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264269     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264270     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264271     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264272     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264273     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264274     4  0.5911      0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264275     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264276     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264277     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264278     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264279     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264280     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264281     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264282     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264283     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264284     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264285     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264286     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264287     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264288     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264289     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264290     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264291     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264292     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264293     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264294     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264295     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264296     3  0.4182      0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264297     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264326     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264327     3  0.5001      0.742 0.004 0.000 0.700 0.080 0.216
#> SRR1264328     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264329     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264330     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264331     3  0.5001      0.742 0.004 0.000 0.700 0.080 0.216
#> SRR1264332     3  0.5065      0.742 0.008 0.000 0.700 0.076 0.216
#> SRR1264333     3  0.5065      0.742 0.008 0.000 0.700 0.076 0.216
#> SRR1264334     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264335     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264336     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264337     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264338     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264339     3  0.5141      0.737 0.012 0.000 0.700 0.076 0.212
#> SRR1264340     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264341     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264342     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264343     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264344     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264345     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264346     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264347     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264348     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264349     3  0.4975      0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264350     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264351     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264352     3  0.4850      0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264041     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264042     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264043     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264044     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264045     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264046     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264047     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264048     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264049     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264050     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264051     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264052     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264053     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264054     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264055     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264056     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264057     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264058     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264082     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264083     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264084     4  0.2597      0.772 0.000  0 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1264085     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264086     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264087     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264088     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264089     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264090     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264091     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264092     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264093     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264094     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264095     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264096     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264097     4  0.2331      0.850 0.032  0 0.000 0.888 0.000 0.080
#> SRR1264098     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264099     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264100     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264101     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264102     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264103     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264104     6  0.0000      1.000 0.000  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     5  0.2793      0.807 0.000  0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.1633      0.923 0.932  0 0.024 0.000 0.044 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0363      0.988 0.988  0 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0363      0.988 0.988  0 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0363      0.988 0.988  0 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0260      0.992 0.992  0 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0146      0.995 0.996  0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0865      0.964 0.964  0 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0260      0.992 0.992  0 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0458      0.984 0.984  0 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.998 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0146      0.995 0.996  0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0146      0.995 0.996  0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264252     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0146      0.980 0.004  0 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0146      0.980 0.004  0 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000      0.986 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264276     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264277     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264278     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264279     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264280     5  0.1765      0.872 0.000  0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264281     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264282     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264283     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264284     5  0.2048      0.860 0.000  0 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1264285     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264286     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264287     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264288     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264289     5  0.2135      0.856 0.000  0 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1264290     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264291     5  0.1765      0.872 0.000  0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264292     5  0.1765      0.872 0.000  0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264293     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264294     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264295     5  0.1714      0.873 0.000  0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264296     5  0.1765      0.872 0.000  0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264326     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264327     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264328     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264329     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264330     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264331     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264332     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264333     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264334     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264335     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264336     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264337     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264338     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264339     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264340     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264341     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264342     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264343     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264344     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264345     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264346     5  0.2762      0.787 0.000  0 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1264347     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264348     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264349     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264350     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264351     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264352     5  0.2730      0.791 0.000  0 0.000 0.192 0.808 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.997       0.999         0.3503 0.652   0.652
#> 3 3 0.899           0.965       0.983         0.7705 0.733   0.590
#> 4 4 0.754           0.947       0.954         0.1129 0.900   0.749
#> 5 5 0.863           0.932       0.958         0.0877 0.902   0.702
#> 6 6 0.899           0.947       0.959         0.0214 0.983   0.933

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264041     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264042     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264043     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264044     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264045     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264046     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264047     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264048     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264049     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264050     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264052     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264053     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264054     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264055     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264056     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264057     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264058     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264081     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264084     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264085     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264097     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264098     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.8207      0.658 0.744 0.256
#> SRR1264185     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264253     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264254     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264255     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264256     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264257     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264258     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264259     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264260     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264261     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264262     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264263     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264264     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264265     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264266     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264267     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264268     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264269     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264270     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264271     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264272     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264273     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264274     1  0.0376      0.995 0.996 0.004
#> SRR1264275     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264276     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264277     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264278     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264279     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264280     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264281     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264282     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264283     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264284     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264285     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264286     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264287     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264288     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264289     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264290     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264291     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264292     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264293     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264294     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264295     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264296     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264297     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264298     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264299     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264300     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264301     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264302     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264303     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264304     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264305     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264306     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264307     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264308     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264309     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264310     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264311     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264312     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264313     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264314     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264315     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264316     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264317     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264318     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264319     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264320     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264321     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264322     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264323     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264324     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264325     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264326     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264327     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264328     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264329     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264330     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264331     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264332     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264333     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264334     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264335     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264336     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264337     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264338     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264339     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264340     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264341     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264342     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264343     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264344     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264345     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264346     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264347     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264348     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264349     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264350     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264351     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1264352     1  0.0000      0.998 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.7176      0.608 0.068 0.684 0.248
#> SRR1264085     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.7259      0.603 0.072 0.680 0.248
#> SRR1264098     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     3  0.5968      0.405 0.364 0.000 0.636
#> SRR1264185     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264231     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264232     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264233     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264234     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264235     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264236     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264237     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264238     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264239     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264240     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264241     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264242     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264243     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264244     1  0.0592      0.965 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264245     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264246     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264247     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264248     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264249     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264250     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264251     1  0.0424      0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264252     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264276     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264277     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264278     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264279     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264280     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264281     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264282     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264283     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264284     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264285     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264286     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264287     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264288     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264289     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264290     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264291     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264292     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264293     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264294     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264295     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264296     1  0.4452      0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264297     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352     3  0.0000      0.994 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264041     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264042     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264043     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264044     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264045     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264046     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264047     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264048     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264049     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264050     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264051     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264052     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264053     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264054     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264055     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264056     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264057     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264058     1  0.2530      0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264082     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264083     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264084     4  0.1211      0.951 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1264085     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264086     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264087     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264088     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264089     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264090     4  0.1706      0.962 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR1264091     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264092     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264093     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264094     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264095     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264096     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264097     4  0.1211      0.951 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1264098     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264099     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264100     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264101     4  0.1706      0.962 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR1264102     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264103     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264104     4  0.1557      0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264137     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.3172      0.859 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264178     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184     4  0.0188      0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1264185     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0188      0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.3172      0.859 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264222     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264231     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264232     1  0.2469      0.903 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264233     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264234     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264235     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264236     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264237     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264238     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264239     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264240     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264241     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264242     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264243     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264244     1  0.2469      0.903 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264245     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264246     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264247     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264248     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264249     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264250     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264251     1  0.2654      0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264252     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264253     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264254     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264255     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264256     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264257     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264258     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264259     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264260     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264261     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264262     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264263     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264264     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264265     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264266     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264267     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264268     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264269     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264270     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264271     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264272     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264273     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264274     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264275     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264298     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264299     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264300     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264301     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264302     3  0.1474      0.885 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264303     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264304     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264305     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264306     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264307     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264308     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264309     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264310     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264311     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264312     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264313     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264314     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264315     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264316     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264317     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264318     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264319     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264320     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264321     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264322     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264323     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264324     3  0.1557      0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264325     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264326     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264327     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264328     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264329     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264330     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264331     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264332     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264333     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264334     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264335     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264336     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264337     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264338     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264339     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264340     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264341     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264342     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264343     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264344     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264345     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264346     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264347     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264348     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264349     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264350     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264351     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264352     3  0.2469      0.936 0.000 0.000 0.892 0.108

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264041     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264042     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264043     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264044     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264045     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264046     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264047     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264048     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264049     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264050     5  0.3143      0.759 0.204  0 0.000 0.000 0.796
#> SRR1264051     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264052     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264053     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264054     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264055     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264056     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264057     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264058     5  0.2648      0.817 0.152  0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264082     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264083     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264084     5  0.3636      0.527 0.272  0 0.000 0.000 0.728
#> SRR1264085     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264086     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264087     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264088     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264089     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264090     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264091     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264092     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264093     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264094     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264095     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264096     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264097     5  0.3857      0.466 0.312  0 0.000 0.000 0.688
#> SRR1264098     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264099     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264100     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264101     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264102     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264103     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264104     5  0.0000      0.842 0.000  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0290      0.961 0.992  0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0162      0.962 0.996  0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177     1  0.3106      0.819 0.840  0 0.140 0.000 0.020
#> SRR1264178     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184     1  0.6219     -0.202 0.436  0 0.140 0.000 0.424
#> SRR1264185     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191     1  0.0162      0.961 0.996  0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.3278      0.798 0.824  0 0.156 0.000 0.020
#> SRR1264222     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.962 1.000  0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264231     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264232     1  0.2843      0.861 0.848  0 0.008 0.000 0.144
#> SRR1264233     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264234     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264235     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264236     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264237     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264238     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264239     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264240     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264241     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264242     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264243     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264244     1  0.2843      0.861 0.848  0 0.008 0.000 0.144
#> SRR1264245     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264246     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264247     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264248     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264249     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264250     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264251     1  0.3001      0.859 0.844  0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264252     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264253     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264254     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264255     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264256     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264257     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264258     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264259     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264260     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264261     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264262     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264263     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264264     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264265     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264266     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264267     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264268     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264269     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264270     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264271     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264272     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264273     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264274     4  0.0000      0.991 0.000  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264275     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264276     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264277     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264278     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264279     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264280     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264281     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264282     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264283     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264284     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264285     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264286     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264287     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264288     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264289     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264290     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264291     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264292     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264293     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264294     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264295     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264296     5  0.3177      0.802 0.000  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264297     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264298     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264299     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264300     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264301     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264302     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264303     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264304     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264305     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264306     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264307     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264308     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264309     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264310     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264311     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264312     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264313     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264314     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264315     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264316     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264317     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264318     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264319     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264320     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264321     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264322     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264323     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264324     3  0.0290      1.000 0.000  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264325     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264326     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264327     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264328     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264329     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264330     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264331     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264332     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264333     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264334     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264335     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264336     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264337     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264338     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264339     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264340     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264341     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264342     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264343     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264344     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264345     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264346     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264347     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264348     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264349     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264350     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264351     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264352     4  0.0404      0.993 0.000  0 0.000 0.988 0.012

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1 p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264041     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264042     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264043     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264044     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264045     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264046     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264047     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264048     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264049     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264050     5  0.2178      0.838 0.132  0 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1264051     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264052     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264053     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264054     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264055     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264056     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264057     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264058     5  0.1444      0.903 0.072  0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     5  0.3729      0.511 0.296  0 0.000 0.000 0.692 0.012
#> SRR1264085     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     5  0.3912      0.422 0.340  0 0.000 0.000 0.648 0.012
#> SRR1264098     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     5  0.0000      0.914 0.000  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      1.000 0.000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264130     1  0.0632      0.949 0.976  0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264131     1  0.0632      0.949 0.976  0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264132     1  0.0632      0.949 0.976  0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264133     1  0.0632      0.949 0.976  0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264134     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264135     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264136     1  0.1196      0.946 0.952  0 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1264137     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264138     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264139     1  0.0632      0.949 0.976  0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264140     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264141     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264142     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264143     1  0.0547      0.950 0.980  0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264144     1  0.0632      0.949 0.976  0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264145     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264146     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264147     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264148     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264149     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264150     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264151     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264152     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264153     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264154     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264155     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264156     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264157     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264158     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264159     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264160     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264161     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264162     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264163     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264164     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264165     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264166     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264167     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264168     1  0.0937      0.946 0.960  0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264169     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264170     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264171     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264172     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264173     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264174     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264175     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264176     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264177     1  0.3103      0.846 0.836  0 0.064 0.000 0.100 0.000
#> SRR1264178     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264179     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264180     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264181     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264182     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264183     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264184     5  0.5046      0.155 0.424  0 0.012 0.048 0.516 0.000
#> SRR1264185     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264186     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264187     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264188     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264189     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264190     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264191     1  0.0632      0.945 0.976  0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.3103      0.846 0.836  0 0.064 0.000 0.100 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.950 1.000  0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264231     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264232     1  0.3532      0.845 0.796  0 0.000 0.000 0.140 0.064
#> SRR1264233     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264234     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264235     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264236     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264237     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264238     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264239     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264240     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264241     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264242     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264243     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264244     1  0.3532      0.845 0.796  0 0.000 0.000 0.140 0.064
#> SRR1264245     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264246     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264247     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264248     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264249     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264250     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264251     1  0.3607      0.847 0.796  0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264252     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264253     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264254     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264255     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264256     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264257     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264258     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264259     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264260     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264261     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264262     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264263     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264264     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264265     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264266     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264267     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264268     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264269     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264270     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264271     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264272     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264273     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264274     6  0.1267      1.000 0.000  0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264275     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264276     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264277     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264278     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264279     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264280     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264281     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264282     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264283     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264284     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264285     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264286     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264287     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264288     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264289     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264290     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264291     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264292     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264293     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264294     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264295     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264296     5  0.1814      0.902 0.000  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264297     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      1.000 0.000  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264326     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264327     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264328     4  0.0146      0.996 0.000  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264329     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264330     4  0.0000      0.993 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264332     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264333     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264334     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264335     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264336     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264337     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264338     4  0.0000      0.993 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264340     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264341     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264342     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264343     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264344     4  0.0146      0.996 0.000  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264345     4  0.0000      0.993 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264347     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264348     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264349     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264350     4  0.0000      0.993 0.000  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264352     4  0.0260      0.998 0.000  0 0.000 0.992 0.000 0.008

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.801           0.914       0.958         0.4944 0.502   0.502
#> 3 3 1.000           0.973       0.986         0.2811 0.797   0.619
#> 4 4 0.748           0.870       0.893         0.1389 0.837   0.598
#> 5 5 0.754           0.798       0.853         0.0854 0.870   0.579
#> 6 6 0.772           0.827       0.834         0.0342 0.942   0.736

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1264040     1  0.9608      0.373 0.616 0.384
#> SRR1264041     1  0.7219      0.745 0.800 0.200
#> SRR1264042     1  0.5946      0.819 0.856 0.144
#> SRR1264043     1  0.8386      0.637 0.732 0.268
#> SRR1264044     1  0.5294      0.847 0.880 0.120
#> SRR1264045     2  0.8955      0.580 0.312 0.688
#> SRR1264046     1  0.9944      0.143 0.544 0.456
#> SRR1264047     1  0.8499      0.623 0.724 0.276
#> SRR1264048     1  0.8861      0.568 0.696 0.304
#> SRR1264049     1  0.6623      0.783 0.828 0.172
#> SRR1264050     1  0.2043      0.938 0.968 0.032
#> SRR1264051     1  0.8267      0.652 0.740 0.260
#> SRR1264052     1  0.8813      0.574 0.700 0.300
#> SRR1264053     1  0.8955      0.549 0.688 0.312
#> SRR1264054     1  0.8016      0.677 0.756 0.244
#> SRR1264055     1  0.9393      0.445 0.644 0.356
#> SRR1264056     1  0.8813      0.574 0.700 0.300
#> SRR1264057     1  0.8207      0.656 0.744 0.256
#> SRR1264058     1  0.7376      0.734 0.792 0.208
#> SRR1264059     2  0.4022      0.908 0.080 0.920
#> SRR1264060     2  0.4562      0.895 0.096 0.904
#> SRR1264061     2  0.6973      0.791 0.188 0.812
#> SRR1264062     2  0.3733      0.913 0.072 0.928
#> SRR1264063     2  0.3733      0.913 0.072 0.928
#> SRR1264064     2  0.3879      0.910 0.076 0.924
#> SRR1264065     2  0.3879      0.910 0.076 0.924
#> SRR1264066     2  0.3733      0.913 0.072 0.928
#> SRR1264067     2  0.3733      0.913 0.072 0.928
#> SRR1264068     2  0.4022      0.908 0.080 0.920
#> SRR1264069     2  0.3584      0.915 0.068 0.932
#> SRR1264070     2  0.3584      0.915 0.068 0.932
#> SRR1264071     2  0.4022      0.908 0.080 0.920
#> SRR1264072     2  0.4161      0.905 0.084 0.916
#> SRR1264073     2  0.7056      0.785 0.192 0.808
#> SRR1264074     2  0.4022      0.908 0.080 0.920
#> SRR1264075     2  0.3733      0.913 0.072 0.928
#> SRR1264076     2  0.4690      0.891 0.100 0.900
#> SRR1264077     2  0.4161      0.905 0.084 0.916
#> SRR1264078     2  0.4022      0.908 0.080 0.920
#> SRR1264079     2  0.4431      0.898 0.092 0.908
#> SRR1264080     2  0.3431      0.918 0.064 0.936
#> SRR1264081     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264084     1  0.9044      0.533 0.680 0.320
#> SRR1264085     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264090     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264097     1  0.2423      0.930 0.960 0.040
#> SRR1264098     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264253     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264267     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264268     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      0.965 1.000 0.000
#> SRR1264275     2  0.0672      0.941 0.008 0.992
#> SRR1264276     2  0.5737      0.858 0.136 0.864
#> SRR1264277     1  0.4690      0.867 0.900 0.100
#> SRR1264278     2  0.3431      0.919 0.064 0.936
#> SRR1264279     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264280     2  0.5519      0.869 0.128 0.872
#> SRR1264281     2  0.2603      0.929 0.044 0.956
#> SRR1264282     2  0.0376      0.942 0.004 0.996
#> SRR1264283     2  0.1184      0.940 0.016 0.984
#> SRR1264284     2  0.0672      0.942 0.008 0.992
#> SRR1264285     2  0.3879      0.911 0.076 0.924
#> SRR1264286     2  0.4161      0.906 0.084 0.916
#> SRR1264287     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264288     2  0.4431      0.901 0.092 0.908
#> SRR1264289     1  0.7376      0.720 0.792 0.208
#> SRR1264290     2  0.6973      0.794 0.188 0.812
#> SRR1264291     2  0.4939      0.887 0.108 0.892
#> SRR1264292     2  0.0376      0.942 0.004 0.996
#> SRR1264293     2  0.0938      0.940 0.012 0.988
#> SRR1264294     2  0.8386      0.679 0.268 0.732
#> SRR1264295     2  0.3431      0.919 0.064 0.936
#> SRR1264296     2  0.4298      0.904 0.088 0.912
#> SRR1264297     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264298     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264299     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264300     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264301     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264302     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264303     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264304     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264305     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264306     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264307     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264308     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264309     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264310     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264311     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264312     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264313     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264314     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264315     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264316     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264317     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264318     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264319     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264320     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264321     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264322     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264323     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264324     2  0.0000      0.943 0.000 1.000
#> SRR1264325     2  0.1633      0.937 0.024 0.976
#> SRR1264326     2  0.3274      0.921 0.060 0.940
#> SRR1264327     2  0.6801      0.811 0.180 0.820
#> SRR1264328     2  0.9661      0.420 0.392 0.608
#> SRR1264329     2  0.4562      0.898 0.096 0.904
#> SRR1264330     2  0.9460      0.484 0.364 0.636
#> SRR1264331     2  0.5737      0.863 0.136 0.864
#> SRR1264332     2  0.5059      0.884 0.112 0.888
#> SRR1264333     2  0.4690      0.894 0.100 0.900
#> SRR1264334     2  0.3584      0.917 0.068 0.932
#> SRR1264335     2  0.1414      0.938 0.020 0.980
#> SRR1264336     2  0.9248      0.544 0.340 0.660
#> SRR1264337     2  0.4161      0.906 0.084 0.916
#> SRR1264338     1  0.2778      0.922 0.952 0.048
#> SRR1264339     2  0.7745      0.744 0.228 0.772
#> SRR1264340     2  0.9087      0.578 0.324 0.676
#> SRR1264341     2  0.6048      0.848 0.148 0.852
#> SRR1264342     2  0.2236      0.932 0.036 0.964
#> SRR1264343     2  0.6623      0.821 0.172 0.828
#> SRR1264344     2  0.6048      0.848 0.148 0.852
#> SRR1264345     1  0.6623      0.774 0.828 0.172
#> SRR1264346     2  0.7883      0.731 0.236 0.764
#> SRR1264347     2  0.1184      0.939 0.016 0.984
#> SRR1264348     2  0.4161      0.907 0.084 0.916
#> SRR1264349     2  0.6048      0.850 0.148 0.852
#> SRR1264350     2  0.9661      0.414 0.392 0.608
#> SRR1264351     2  0.4815      0.890 0.104 0.896
#> SRR1264352     2  0.1633      0.937 0.024 0.976

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1264040     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.0237      0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264085     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097     2  0.1529      0.950 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264098     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252     1  0.0747      0.978 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264253     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267     1  0.0237      0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264268     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274     1  0.0000      0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276     3  0.1964      0.930 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264277     1  0.5397      0.573 0.720 0.000 0.280
#> SRR1264278     3  0.1031      0.944 0.024 0.000 0.976
#> SRR1264279     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280     3  0.1031      0.944 0.024 0.000 0.976
#> SRR1264281     3  0.0424      0.945 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264282     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283     3  0.0424      0.945 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264284     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285     3  0.0747      0.945 0.016 0.000 0.984
#> SRR1264286     3  0.0892      0.945 0.020 0.000 0.980
#> SRR1264287     3  0.0237      0.945 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264288     3  0.1163      0.942 0.028 0.000 0.972
#> SRR1264289     1  0.6192      0.193 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264290     3  0.3816      0.847 0.148 0.000 0.852
#> SRR1264291     3  0.1289      0.943 0.032 0.000 0.968
#> SRR1264292     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294     3  0.4702      0.775 0.212 0.000 0.788
#> SRR1264295     3  0.0592      0.945 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264296     3  0.1411      0.941 0.036 0.000 0.964
#> SRR1264297     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325     3  0.1753      0.938 0.048 0.000 0.952
#> SRR1264326     3  0.2711      0.917 0.088 0.000 0.912
#> SRR1264327     3  0.3038      0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR1264328     3  0.3340      0.890 0.120 0.000 0.880
#> SRR1264329     3  0.2066      0.933 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264330     3  0.4399      0.815 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264331     3  0.2878      0.911 0.096 0.000 0.904
#> SRR1264332     3  0.2261      0.929 0.068 0.000 0.932
#> SRR1264333     3  0.1964      0.935 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264334     3  0.2356      0.927 0.072 0.000 0.928
#> SRR1264335     3  0.1411      0.941 0.036 0.000 0.964
#> SRR1264336     3  0.2537      0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR1264337     3  0.2165      0.931 0.064 0.000 0.936
#> SRR1264338     3  0.6140      0.407 0.404 0.000 0.596
#> SRR1264339     3  0.2711      0.917 0.088 0.000 0.912
#> SRR1264340     3  0.3412      0.886 0.124 0.000 0.876
#> SRR1264341     3  0.2878      0.910 0.096 0.000 0.904
#> SRR1264342     3  0.1753      0.938 0.048 0.000 0.952
#> SRR1264343     3  0.3038      0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR1264344     3  0.2356      0.927 0.072 0.000 0.928
#> SRR1264345     3  0.6095      0.440 0.392 0.000 0.608
#> SRR1264346     3  0.3879      0.858 0.152 0.000 0.848
#> SRR1264347     3  0.1529      0.940 0.040 0.000 0.960
#> SRR1264348     3  0.2261      0.929 0.068 0.000 0.932
#> SRR1264349     3  0.2066      0.933 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264350     3  0.3941      0.854 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264351     3  0.2711      0.916 0.088 0.000 0.912
#> SRR1264352     3  0.1753      0.938 0.048 0.000 0.952

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1264040     2  0.1807      0.952 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1264041     2  0.2142      0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264042     2  0.2021      0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264043     2  0.2142      0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264044     2  0.2142      0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264045     2  0.1807      0.952 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1264046     2  0.2021      0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264047     2  0.1938      0.950 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1264048     2  0.2142      0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264049     2  0.2256      0.942 0.020 0.924 0.000 0.056
#> SRR1264050     2  0.4731      0.779 0.160 0.780 0.000 0.060
#> SRR1264051     2  0.2021      0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264052     2  0.1890      0.950 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1264053     2  0.2021      0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264054     2  0.2021      0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264055     2  0.2021      0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264056     2  0.1807      0.952 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1264057     2  0.1890      0.950 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1264058     2  0.2142      0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264059     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084     2  0.3266      0.809 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1264085     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090     2  0.0188      0.981 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264091     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097     4  0.5050      0.265 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1264098     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000      0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     1  0.3726      0.762 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264130     1  0.2760      0.800 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264131     1  0.2647      0.800 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1264132     1  0.2921      0.799 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264133     1  0.2530      0.801 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264134     1  0.3172      0.793 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264135     1  0.2469      0.802 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264136     1  0.3688      0.779 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264137     1  0.3688      0.765 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264138     1  0.4222      0.699 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1264139     1  0.2973      0.798 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1264140     1  0.2345      0.800 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264141     1  0.3726      0.764 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264142     1  0.3801      0.760 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264143     1  0.3123      0.795 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1264144     1  0.3172      0.792 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264145     1  0.4431      0.699 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264146     1  0.3528      0.791 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1264147     1  0.3172      0.799 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264148     1  0.3400      0.793 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1264149     1  0.3311      0.797 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1264150     1  0.4134      0.744 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264151     1  0.3444      0.793 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264152     1  0.4164      0.745 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1264153     1  0.2281      0.807 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264154     1  0.3528      0.791 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1264155     1  0.3219      0.801 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1264156     1  0.3801      0.777 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264157     1  0.2469      0.806 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264158     1  0.2868      0.805 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264159     1  0.4008      0.753 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1264160     1  0.3486      0.793 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1264161     1  0.3219      0.799 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1264162     1  0.3266      0.797 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1264163     1  0.3356      0.796 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264164     1  0.2216      0.806 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264165     1  0.2081      0.806 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1264166     1  0.3444      0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264167     1  0.3688      0.782 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264168     1  0.2345      0.807 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264169     4  0.2081      0.950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264170     4  0.2011      0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264171     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264172     4  0.2081      0.950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264173     4  0.1940      0.943 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264174     4  0.2081      0.950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264175     4  0.2011      0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264176     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264177     4  0.2281      0.953 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264178     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264179     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264180     4  0.1940      0.943 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264181     4  0.2011      0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264182     4  0.2011      0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264183     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264184     4  0.1940      0.937 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264185     4  0.2216      0.953 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1264186     4  0.2011      0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264187     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264188     4  0.2216      0.953 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1264189     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264190     4  0.2149      0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264191     4  0.2081      0.951 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264192     4  0.2530      0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264193     4  0.2530      0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264194     4  0.2469      0.949 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264195     4  0.2530      0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264196     4  0.2469      0.949 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264197     4  0.2530      0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264198     4  0.2530      0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264199     4  0.2408      0.951 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1264200     4  0.2647      0.940 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1264201     4  0.2589      0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264202     4  0.2589      0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264203     4  0.2530      0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264204     4  0.2281      0.952 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264205     4  0.2469      0.950 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264206     4  0.2589      0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264207     4  0.2589      0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264208     4  0.2589      0.943 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264209     4  0.2345      0.952 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1264210     4  0.2589      0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264211     4  0.2589      0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264212     1  0.3486      0.777 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1264213     1  0.3123      0.790 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1264214     1  0.3074      0.792 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1264215     1  0.3975      0.751 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1264216     1  0.4250      0.701 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264217     1  0.4907      0.409 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1264218     1  0.3444      0.790 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264219     1  0.2081      0.800 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1264220     1  0.2704      0.799 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264221     4  0.2469      0.950 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264222     1  0.3311      0.785 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1264223     1  0.4585      0.605 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1264224     1  0.3873      0.749 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264225     1  0.4134      0.716 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264226     4  0.5000     -0.142 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1264227     1  0.4356      0.687 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264228     1  0.2814      0.798 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1264229     1  0.3123      0.797 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1264230     1  0.4543      0.661 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1264231     1  0.3649      0.779 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264232     1  0.3172      0.799 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264233     1  0.3975      0.754 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1264234     1  0.4661      0.630 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1264235     1  0.3074      0.801 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1264236     1  0.4955      0.407 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1264237     1  0.4679      0.612 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1264238     1  0.4605      0.639 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1264239     1  0.4277      0.717 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1264240     1  0.4500      0.669 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1264241     1  0.4431      0.685 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264242     1  0.4925      0.439 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1264243     1  0.3907      0.760 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264244     1  0.3688      0.776 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264245     1  0.4454      0.685 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1264246     1  0.3873      0.762 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264247     1  0.3649      0.779 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264248     1  0.4103      0.743 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1264249     1  0.4454      0.680 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1264250     1  0.4040      0.746 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1264251     1  0.4222      0.725 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1264252     1  0.3893      0.729 0.796 0.000 0.196 0.008
#> SRR1264253     1  0.3307      0.786 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR1264254     1  0.4046      0.777 0.828 0.000 0.124 0.048
#> SRR1264255     1  0.3495      0.768 0.844 0.000 0.140 0.016
#> SRR1264256     1  0.3143      0.786 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR1264257     1  0.2845      0.793 0.896 0.000 0.076 0.028
#> SRR1264258     1  0.2918      0.779 0.876 0.000 0.116 0.008
#> SRR1264259     1  0.2174      0.796 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1264260     1  0.2730      0.789 0.896 0.000 0.088 0.016
#> SRR1264261     1  0.3427      0.783 0.860 0.000 0.112 0.028
#> SRR1264262     1  0.2563      0.793 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR1264263     1  0.3123      0.760 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1264264     1  0.4079      0.741 0.800 0.000 0.180 0.020
#> SRR1264265     1  0.2593      0.783 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1264266     1  0.2466      0.786 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1264267     1  0.3161      0.776 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR1264268     1  0.4716      0.727 0.764 0.000 0.196 0.040
#> SRR1264269     1  0.4462      0.772 0.804 0.000 0.132 0.064
#> SRR1264270     1  0.3280      0.778 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR1264271     1  0.3024      0.763 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264272     1  0.3895      0.739 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1264273     1  0.3900      0.753 0.816 0.000 0.164 0.020
#> SRR1264274     1  0.3870      0.719 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1264275     1  0.3732      0.719 0.852 0.000 0.092 0.056
#> SRR1264276     1  0.3858      0.714 0.844 0.000 0.100 0.056
#> SRR1264277     1  0.3004      0.744 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR1264278     1  0.4701      0.665 0.780 0.000 0.164 0.056
#> SRR1264279     1  0.5219      0.606 0.728 0.000 0.216 0.056
#> SRR1264280     1  0.4259      0.701 0.816 0.000 0.128 0.056
#> SRR1264281     1  0.3533      0.726 0.864 0.000 0.080 0.056
#> SRR1264282     1  0.4514      0.679 0.796 0.000 0.148 0.056
#> SRR1264283     1  0.3732      0.720 0.852 0.000 0.092 0.056
#> SRR1264284     1  0.4415      0.685 0.804 0.000 0.140 0.056
#> SRR1264285     1  0.4713      0.660 0.776 0.000 0.172 0.052
#> SRR1264286     1  0.4037      0.710 0.832 0.000 0.112 0.056
#> SRR1264287     1  0.4957      0.635 0.748 0.000 0.204 0.048
#> SRR1264288     1  0.3858      0.714 0.844 0.000 0.100 0.056
#> SRR1264289     1  0.3004      0.743 0.892 0.000 0.060 0.048
#> SRR1264290     1  0.4364      0.690 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1264291     1  0.4127      0.710 0.824 0.000 0.124 0.052
#> SRR1264292     1  0.4514      0.679 0.796 0.000 0.148 0.056
#> SRR1264293     1  0.5184      0.617 0.732 0.000 0.212 0.056
#> SRR1264294     1  0.3667      0.722 0.856 0.000 0.088 0.056
#> SRR1264295     1  0.4364      0.691 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1264296     1  0.4127      0.702 0.824 0.000 0.124 0.052
#> SRR1264297     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0000      0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264325     3  0.0817      0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264326     3  0.1211      0.964 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264327     3  0.1474      0.955 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1264328     3  0.2011      0.926 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1264329     3  0.0817      0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264330     3  0.1302      0.960 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264331     3  0.1389      0.958 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1264332     3  0.0921      0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264333     3  0.0817      0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264334     3  0.0817      0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264335     3  0.1118      0.966 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1264336     3  0.2216      0.914 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264337     3  0.1211      0.963 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264338     3  0.3172      0.830 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1264339     3  0.0921      0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264340     3  0.2345      0.905 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264341     3  0.0921      0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264342     3  0.1302      0.961 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264343     3  0.1211      0.964 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264344     3  0.1302      0.961 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264345     3  0.4382      0.567 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1264346     3  0.1302      0.961 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264347     3  0.0921      0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264348     3  0.1022      0.967 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1264349     3  0.0817      0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264350     3  0.1940      0.935 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1264351     3  0.1211      0.964 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264352     3  0.0921      0.969 0.028 0.000 0.972 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1264040     5  0.4522     0.3177 0.000 0.440 0.000 0.008 0.552
#> SRR1264041     5  0.4575     0.4132 0.004 0.392 0.000 0.008 0.596
#> SRR1264042     5  0.4668     0.4290 0.008 0.384 0.000 0.008 0.600
#> SRR1264043     5  0.4595     0.4024 0.004 0.400 0.000 0.008 0.588
#> SRR1264044     5  0.4668     0.4276 0.008 0.384 0.000 0.008 0.600
#> SRR1264045     5  0.4670     0.3179 0.004 0.440 0.000 0.008 0.548
#> SRR1264046     5  0.4604     0.3943 0.004 0.404 0.000 0.008 0.584
#> SRR1264047     5  0.4735     0.3790 0.008 0.412 0.000 0.008 0.572
#> SRR1264048     5  0.4699     0.4083 0.008 0.396 0.000 0.008 0.588
#> SRR1264049     5  0.4645     0.4397 0.008 0.376 0.000 0.008 0.608
#> SRR1264050     5  0.4082     0.5917 0.008 0.240 0.000 0.012 0.740
#> SRR1264051     5  0.4637     0.3593 0.004 0.420 0.000 0.008 0.568
#> SRR1264052     5  0.4718     0.3945 0.008 0.404 0.000 0.008 0.580
#> SRR1264053     5  0.4604     0.3943 0.004 0.404 0.000 0.008 0.584
#> SRR1264054     5  0.4758     0.3553 0.008 0.424 0.000 0.008 0.560
#> SRR1264055     5  0.4709     0.4041 0.008 0.400 0.000 0.008 0.584
#> SRR1264056     5  0.4777     0.3271 0.008 0.436 0.000 0.008 0.548
#> SRR1264057     5  0.4743     0.3704 0.008 0.416 0.000 0.008 0.568
#> SRR1264058     5  0.4718     0.3948 0.008 0.404 0.000 0.008 0.580
#> SRR1264059     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264082     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264083     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264084     2  0.3190     0.8085 0.140 0.840 0.000 0.012 0.008
#> SRR1264085     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264086     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264087     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264088     2  0.0162     0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264089     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264090     2  0.0162     0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264091     2  0.0162     0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264092     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264093     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264094     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264095     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264096     2  0.0162     0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264097     2  0.4125     0.7274 0.172 0.780 0.000 0.008 0.040
#> SRR1264098     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264099     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264100     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264101     2  0.0613     0.9837 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264102     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264103     2  0.0324     0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264104     2  0.0162     0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0000     0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     5  0.4696     0.4485 0.360 0.000 0.000 0.024 0.616
#> SRR1264130     5  0.4857     0.4907 0.324 0.000 0.000 0.040 0.636
#> SRR1264131     5  0.4697     0.5148 0.304 0.000 0.000 0.036 0.660
#> SRR1264132     5  0.4873     0.5021 0.312 0.000 0.000 0.044 0.644
#> SRR1264133     5  0.4920     0.5023 0.308 0.000 0.000 0.048 0.644
#> SRR1264134     5  0.4866     0.4671 0.344 0.000 0.000 0.036 0.620
#> SRR1264135     5  0.4735     0.5244 0.284 0.000 0.000 0.044 0.672
#> SRR1264136     5  0.5747     0.2631 0.408 0.000 0.000 0.088 0.504
#> SRR1264137     5  0.4874     0.4356 0.368 0.000 0.000 0.032 0.600
#> SRR1264138     5  0.4807     0.2668 0.448 0.000 0.000 0.020 0.532
#> SRR1264139     5  0.4728     0.5223 0.296 0.000 0.000 0.040 0.664
#> SRR1264140     5  0.4665     0.5435 0.260 0.000 0.000 0.048 0.692
#> SRR1264141     5  0.4757     0.4123 0.380 0.000 0.000 0.024 0.596
#> SRR1264142     5  0.4798     0.3854 0.396 0.000 0.000 0.024 0.580
#> SRR1264143     5  0.4908     0.4951 0.320 0.000 0.000 0.044 0.636
#> SRR1264144     5  0.5094     0.4495 0.352 0.000 0.000 0.048 0.600
#> SRR1264145     4  0.5309     0.7977 0.160 0.000 0.000 0.676 0.164
#> SRR1264146     4  0.5240     0.8066 0.120 0.000 0.000 0.676 0.204
#> SRR1264147     4  0.5264     0.7788 0.092 0.000 0.000 0.652 0.256
#> SRR1264148     4  0.4933     0.8179 0.096 0.000 0.000 0.704 0.200
#> SRR1264149     4  0.5832     0.7365 0.152 0.000 0.000 0.600 0.248
#> SRR1264150     4  0.5638     0.7650 0.152 0.000 0.000 0.632 0.216
#> SRR1264151     4  0.5284     0.7843 0.104 0.000 0.000 0.660 0.236
#> SRR1264152     4  0.5513     0.7797 0.168 0.000 0.000 0.652 0.180
#> SRR1264153     4  0.5254     0.7711 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR1264154     4  0.5197     0.8026 0.116 0.000 0.000 0.680 0.204
#> SRR1264155     4  0.5909     0.7162 0.164 0.000 0.000 0.592 0.244
#> SRR1264156     4  0.5964     0.7204 0.180 0.000 0.000 0.588 0.232
#> SRR1264157     4  0.4995     0.7809 0.068 0.000 0.000 0.668 0.264
#> SRR1264158     4  0.5195     0.8019 0.108 0.000 0.000 0.676 0.216
#> SRR1264159     4  0.6108     0.6970 0.208 0.000 0.000 0.568 0.224
#> SRR1264160     4  0.5149     0.8027 0.104 0.000 0.000 0.680 0.216
#> SRR1264161     4  0.5137     0.8061 0.108 0.000 0.000 0.684 0.208
#> SRR1264162     4  0.5489     0.7807 0.136 0.000 0.000 0.648 0.216
#> SRR1264163     4  0.5205     0.7978 0.104 0.000 0.000 0.672 0.224
#> SRR1264164     4  0.4928     0.7759 0.056 0.000 0.000 0.660 0.284
#> SRR1264165     4  0.4800     0.7799 0.052 0.000 0.000 0.676 0.272
#> SRR1264166     4  0.5167     0.8061 0.116 0.000 0.000 0.684 0.200
#> SRR1264167     4  0.5594     0.7700 0.136 0.000 0.000 0.632 0.232
#> SRR1264168     4  0.4815     0.7999 0.064 0.000 0.000 0.692 0.244
#> SRR1264169     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264170     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264171     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264172     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264173     1  0.0451     0.8995 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264174     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264175     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264176     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264177     1  0.1211     0.8879 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1264178     1  0.0324     0.9021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264179     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264180     1  0.0324     0.9021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264181     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264182     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264183     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264184     1  0.5544     0.4613 0.624 0.000 0.004 0.280 0.092
#> SRR1264185     1  0.0290     0.9041 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264186     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264187     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264188     1  0.0451     0.9034 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264189     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264190     1  0.0451     0.9034 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264191     1  0.0162     0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264192     1  0.1830     0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264193     1  0.1764     0.8992 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1264194     1  0.1894     0.8963 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264195     1  0.1956     0.8933 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1264196     1  0.1830     0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264197     1  0.1894     0.8963 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264198     1  0.1956     0.8933 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1264199     1  0.1764     0.8993 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1264200     1  0.2136     0.8821 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR1264201     1  0.2249     0.8728 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR1264202     1  0.1830     0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264203     1  0.1894     0.8963 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264204     1  0.1697     0.8998 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1264205     1  0.1894     0.8960 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264206     1  0.1894     0.8961 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264207     1  0.2193     0.8776 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR1264208     1  0.1830     0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264209     1  0.1764     0.8992 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1264210     1  0.2304     0.8677 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1264211     1  0.2077     0.8856 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR1264212     5  0.4592     0.4920 0.332 0.000 0.000 0.024 0.644
#> SRR1264213     5  0.4338     0.5396 0.280 0.000 0.000 0.024 0.696
#> SRR1264214     5  0.4716     0.5149 0.308 0.000 0.000 0.036 0.656
#> SRR1264215     5  0.4867     0.3034 0.432 0.000 0.000 0.024 0.544
#> SRR1264216     5  0.4658     0.3648 0.408 0.000 0.000 0.016 0.576
#> SRR1264217     1  0.4731    -0.0467 0.528 0.000 0.000 0.016 0.456
#> SRR1264218     5  0.5091     0.4187 0.372 0.000 0.000 0.044 0.584
#> SRR1264219     5  0.3954     0.5854 0.192 0.000 0.000 0.036 0.772
#> SRR1264220     5  0.4397     0.5398 0.276 0.000 0.000 0.028 0.696
#> SRR1264221     1  0.2645     0.8512 0.888 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1264222     5  0.4400     0.5170 0.308 0.000 0.000 0.020 0.672
#> SRR1264223     1  0.4658    -0.1181 0.504 0.000 0.000 0.012 0.484
#> SRR1264224     5  0.4731     0.4936 0.328 0.000 0.000 0.032 0.640
#> SRR1264225     5  0.4949     0.3863 0.396 0.000 0.000 0.032 0.572
#> SRR1264226     1  0.4522     0.0404 0.552 0.000 0.000 0.008 0.440
#> SRR1264227     5  0.4767     0.3356 0.420 0.000 0.000 0.020 0.560
#> SRR1264228     5  0.4793     0.5431 0.260 0.000 0.000 0.056 0.684
#> SRR1264229     5  0.4840     0.4989 0.320 0.000 0.000 0.040 0.640
#> SRR1264230     4  0.4266     0.8419 0.104 0.000 0.000 0.776 0.120
#> SRR1264231     4  0.3911     0.8450 0.060 0.000 0.000 0.796 0.144
#> SRR1264232     4  0.2616     0.8238 0.020 0.000 0.000 0.880 0.100
#> SRR1264233     4  0.3800     0.8454 0.080 0.000 0.000 0.812 0.108
#> SRR1264234     4  0.4351     0.8337 0.132 0.000 0.000 0.768 0.100
#> SRR1264235     4  0.3573     0.8395 0.036 0.000 0.000 0.812 0.152
#> SRR1264236     4  0.4159     0.8247 0.156 0.000 0.000 0.776 0.068
#> SRR1264237     4  0.3517     0.8389 0.100 0.000 0.000 0.832 0.068
#> SRR1264238     4  0.4406     0.8366 0.128 0.000 0.000 0.764 0.108
#> SRR1264239     4  0.4123     0.8422 0.104 0.000 0.000 0.788 0.108
#> SRR1264240     4  0.4406     0.8404 0.108 0.000 0.000 0.764 0.128
#> SRR1264241     4  0.3812     0.8445 0.092 0.000 0.000 0.812 0.096
#> SRR1264242     4  0.4127     0.8348 0.136 0.000 0.000 0.784 0.080
#> SRR1264243     4  0.3849     0.8457 0.080 0.000 0.000 0.808 0.112
#> SRR1264244     4  0.2735     0.8251 0.036 0.000 0.000 0.880 0.084
#> SRR1264245     4  0.3812     0.8437 0.092 0.000 0.000 0.812 0.096
#> SRR1264246     4  0.4127     0.8443 0.080 0.000 0.000 0.784 0.136
#> SRR1264247     4  0.3692     0.8430 0.052 0.000 0.000 0.812 0.136
#> SRR1264248     4  0.4073     0.8429 0.104 0.000 0.000 0.792 0.104
#> SRR1264249     4  0.3704     0.8426 0.092 0.000 0.000 0.820 0.088
#> SRR1264250     4  0.4049     0.8448 0.084 0.000 0.000 0.792 0.124
#> SRR1264251     4  0.4064     0.8446 0.092 0.000 0.000 0.792 0.116
#> SRR1264252     4  0.1894     0.7866 0.000 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1264253     4  0.1469     0.8059 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR1264254     4  0.1408     0.8004 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1264255     4  0.1522     0.8020 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1264256     4  0.1648     0.8020 0.000 0.000 0.040 0.940 0.020
#> SRR1264257     4  0.1399     0.8080 0.000 0.000 0.028 0.952 0.020
#> SRR1264258     4  0.1386     0.8080 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1264259     4  0.1386     0.8077 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1264260     4  0.1818     0.8067 0.000 0.000 0.044 0.932 0.024
#> SRR1264261     4  0.1408     0.8003 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1264262     4  0.1386     0.8084 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1264263     4  0.1408     0.8023 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1264264     4  0.1750     0.7942 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1264265     4  0.1522     0.8037 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1264266     4  0.1469     0.8047 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR1264267     4  0.1725     0.7979 0.000 0.000 0.044 0.936 0.020
#> SRR1264268     4  0.1877     0.7871 0.000 0.000 0.064 0.924 0.012
#> SRR1264269     4  0.1800     0.7910 0.000 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR1264270     4  0.1485     0.8067 0.000 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1264271     4  0.1568     0.8054 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1264272     4  0.1701     0.7939 0.000 0.000 0.048 0.936 0.016
#> SRR1264273     4  0.2012     0.7933 0.000 0.000 0.060 0.920 0.020
#> SRR1264274     4  0.1877     0.7964 0.000 0.000 0.064 0.924 0.012
#> SRR1264275     5  0.3612     0.6278 0.000 0.004 0.100 0.064 0.832
#> SRR1264276     5  0.3410     0.6230 0.000 0.000 0.092 0.068 0.840
#> SRR1264277     5  0.3134     0.5736 0.000 0.000 0.032 0.120 0.848
#> SRR1264278     5  0.4138     0.6087 0.000 0.000 0.160 0.064 0.776
#> SRR1264279     5  0.4129     0.5972 0.000 0.000 0.204 0.040 0.756
#> SRR1264280     5  0.3705     0.6208 0.000 0.000 0.120 0.064 0.816
#> SRR1264281     5  0.3392     0.6225 0.000 0.004 0.084 0.064 0.848
#> SRR1264282     5  0.3803     0.6215 0.000 0.000 0.140 0.056 0.804
#> SRR1264283     5  0.3543     0.6270 0.000 0.000 0.112 0.060 0.828
#> SRR1264284     5  0.4002     0.6185 0.000 0.004 0.144 0.056 0.796
#> SRR1264285     5  0.4069     0.6139 0.000 0.000 0.136 0.076 0.788
#> SRR1264286     5  0.3875     0.6142 0.000 0.000 0.124 0.072 0.804
#> SRR1264287     5  0.3954     0.6069 0.000 0.000 0.192 0.036 0.772
#> SRR1264288     5  0.3639     0.6191 0.000 0.000 0.100 0.076 0.824
#> SRR1264289     5  0.4548     0.5492 0.000 0.000 0.120 0.128 0.752
#> SRR1264290     5  0.3765     0.6261 0.004 0.000 0.112 0.064 0.820
#> SRR1264291     5  0.3764     0.6179 0.000 0.000 0.156 0.044 0.800
#> SRR1264292     5  0.3779     0.6209 0.000 0.000 0.144 0.052 0.804
#> SRR1264293     5  0.4170     0.6051 0.000 0.000 0.192 0.048 0.760
#> SRR1264294     5  0.3862     0.6059 0.000 0.000 0.104 0.088 0.808
#> SRR1264295     5  0.3752     0.6243 0.000 0.000 0.124 0.064 0.812
#> SRR1264296     5  0.3861     0.6170 0.000 0.000 0.128 0.068 0.804
#> SRR1264297     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264298     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264299     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264300     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264301     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264302     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264303     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264304     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264305     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264306     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264307     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264308     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264309     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264310     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264311     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264312     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264313     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264314     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264315     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264316     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264317     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264318     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264319     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264320     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264321     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264322     3  0.0324     0.9400 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1264323     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264324     3  0.0162     0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264325     3  0.1914     0.9381 0.000 0.000 0.924 0.060 0.016
#> SRR1264326     3  0.2411     0.9225 0.000 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1264327     3  0.2248     0.9309 0.000 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1264328     3  0.2248     0.9318 0.000 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1264329     3  0.2069     0.9361 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264330     3  0.3242     0.8644 0.000 0.000 0.816 0.172 0.012
#> SRR1264331     3  0.2293     0.9325 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR1264332     3  0.2172     0.9357 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR1264333     3  0.2069     0.9361 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264334     3  0.1956     0.9364 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1264335     3  0.2136     0.9328 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1264336     3  0.2574     0.9165 0.000 0.000 0.876 0.112 0.012
#> SRR1264337     3  0.2130     0.9347 0.000 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR1264338     3  0.4165     0.6509 0.000 0.000 0.672 0.320 0.008
#> SRR1264339     3  0.2136     0.9332 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1264340     3  0.2723     0.9068 0.000 0.000 0.864 0.124 0.012
#> SRR1264341     3  0.2006     0.9365 0.000 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR1264342     3  0.2077     0.9348 0.000 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR1264343     3  0.2172     0.9353 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR1264344     3  0.2416     0.9256 0.000 0.000 0.888 0.100 0.012
#> SRR1264345     3  0.4575     0.5971 0.000 0.000 0.648 0.328 0.024
#> SRR1264346     3  0.2136     0.9316 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1264347     3  0.1809     0.9388 0.000 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1264348     3  0.1956     0.9362 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1264349     3  0.2069     0.9355 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264350     3  0.3596     0.8171 0.000 0.000 0.776 0.212 0.012
#> SRR1264351     3  0.2069     0.9355 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264352     3  0.1956     0.9364 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1264040     5  0.5071      0.545 0.084 0.276 0.000 0.012 0.628 0.000
#> SRR1264041     5  0.4640      0.639 0.080 0.208 0.000 0.012 0.700 0.000
#> SRR1264042     5  0.4652      0.644 0.088 0.196 0.000 0.012 0.704 0.000
#> SRR1264043     5  0.4715      0.634 0.084 0.212 0.000 0.012 0.692 0.000
#> SRR1264044     5  0.4593      0.649 0.088 0.188 0.000 0.012 0.712 0.000
#> SRR1264045     5  0.5096      0.519 0.080 0.292 0.000 0.012 0.616 0.000
#> SRR1264046     5  0.4816      0.614 0.084 0.228 0.000 0.012 0.676 0.000
#> SRR1264047     5  0.4909      0.596 0.084 0.244 0.000 0.012 0.660 0.000
#> SRR1264048     5  0.4719      0.626 0.080 0.220 0.000 0.012 0.688 0.000
#> SRR1264049     5  0.4556      0.647 0.080 0.196 0.000 0.012 0.712 0.000
#> SRR1264050     5  0.3911      0.684 0.092 0.108 0.000 0.012 0.788 0.000
#> SRR1264051     5  0.4817      0.607 0.080 0.236 0.000 0.012 0.672 0.000
#> SRR1264052     5  0.4791      0.620 0.084 0.224 0.000 0.012 0.680 0.000
#> SRR1264053     5  0.4906      0.586 0.080 0.252 0.000 0.012 0.656 0.000
#> SRR1264054     5  0.4954      0.592 0.088 0.244 0.000 0.012 0.656 0.000
#> SRR1264055     5  0.4840      0.600 0.080 0.240 0.000 0.012 0.668 0.000
#> SRR1264056     5  0.4988      0.558 0.080 0.268 0.000 0.012 0.640 0.000
#> SRR1264057     5  0.4840      0.603 0.080 0.240 0.000 0.012 0.668 0.000
#> SRR1264058     5  0.4813      0.623 0.088 0.220 0.000 0.012 0.680 0.000
#> SRR1264059     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264060     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264061     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264062     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264063     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264064     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264065     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264066     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264067     2  0.0622      0.970 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264068     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264069     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264070     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264071     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264072     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264073     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264074     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264075     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264076     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264077     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264078     2  0.0622      0.970 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264079     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264080     2  0.0508      0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264081     2  0.1078      0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264082     2  0.1078      0.961 0.016 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264083     2  0.1078      0.961 0.016 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264084     2  0.5935      0.516 0.160 0.604 0.004 0.012 0.016 0.204
#> SRR1264085     2  0.0881      0.965 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264086     2  0.1262      0.956 0.020 0.956 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264087     2  0.0767      0.966 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264088     2  0.1173      0.959 0.016 0.960 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264089     2  0.0984      0.963 0.012 0.968 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264090     2  0.1194      0.958 0.032 0.956 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264091     2  0.1078      0.961 0.016 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264092     2  0.1173      0.959 0.016 0.960 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264093     2  0.0767      0.966 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264094     2  0.1078      0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264095     2  0.0984      0.963 0.012 0.968 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264096     2  0.0976      0.963 0.016 0.968 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264097     2  0.7000      0.200 0.232 0.448 0.004 0.040 0.012 0.264
#> SRR1264098     2  0.1173      0.959 0.016 0.960 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264099     2  0.1078      0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264100     2  0.1078      0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264101     2  0.0820      0.967 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264102     2  0.0984      0.963 0.012 0.968 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264103     2  0.1078      0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264104     2  0.0976      0.963 0.016 0.968 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264105     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113     2  0.0146      0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114     2  0.0146      0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118     2  0.0146      0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127     2  0.0000      0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128     2  0.0146      0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129     5  0.4109      0.689 0.040 0.000 0.000 0.012 0.736 0.212
#> SRR1264130     5  0.4046      0.696 0.036 0.000 0.000 0.016 0.748 0.200
#> SRR1264131     5  0.4353      0.686 0.060 0.000 0.000 0.012 0.724 0.204
#> SRR1264132     5  0.4166      0.698 0.040 0.000 0.000 0.020 0.744 0.196
#> SRR1264133     5  0.4217      0.703 0.044 0.000 0.000 0.024 0.748 0.184
#> SRR1264134     5  0.4120      0.676 0.040 0.000 0.000 0.008 0.724 0.228
#> SRR1264135     5  0.4441      0.700 0.056 0.000 0.004 0.024 0.744 0.172
#> SRR1264136     5  0.5417      0.611 0.064 0.000 0.004 0.040 0.628 0.264
#> SRR1264137     5  0.4329      0.682 0.040 0.000 0.004 0.012 0.720 0.224
#> SRR1264138     5  0.4595      0.620 0.040 0.000 0.000 0.016 0.664 0.280
#> SRR1264139     5  0.4058      0.699 0.044 0.000 0.000 0.012 0.748 0.196
#> SRR1264140     5  0.4057      0.715 0.052 0.000 0.004 0.020 0.780 0.144
#> SRR1264141     5  0.4332      0.645 0.040 0.000 0.000 0.008 0.688 0.264
#> SRR1264142     5  0.4366      0.672 0.048 0.000 0.000 0.012 0.708 0.232
#> SRR1264143     5  0.4428      0.676 0.048 0.000 0.000 0.016 0.708 0.228
#> SRR1264144     5  0.4566      0.671 0.048 0.000 0.004 0.016 0.704 0.228
#> SRR1264145     1  0.6182      0.926 0.584 0.000 0.000 0.212 0.092 0.112
#> SRR1264146     1  0.6266      0.929 0.572 0.000 0.000 0.220 0.112 0.096
#> SRR1264147     1  0.6387      0.921 0.560 0.000 0.000 0.212 0.136 0.092
#> SRR1264148     1  0.6189      0.930 0.580 0.000 0.000 0.220 0.108 0.092
#> SRR1264149     1  0.6520      0.904 0.556 0.000 0.000 0.184 0.132 0.128
#> SRR1264150     1  0.6374      0.911 0.572 0.000 0.000 0.188 0.112 0.128
#> SRR1264151     1  0.6272      0.926 0.576 0.000 0.000 0.208 0.120 0.096
#> SRR1264152     1  0.6229      0.916 0.584 0.000 0.000 0.196 0.092 0.128
#> SRR1264153     1  0.6467      0.911 0.548 0.000 0.000 0.212 0.152 0.088
#> SRR1264154     1  0.6269      0.927 0.572 0.000 0.000 0.216 0.124 0.088
#> SRR1264155     1  0.6449      0.887 0.568 0.000 0.000 0.168 0.132 0.132
#> SRR1264156     1  0.6488      0.903 0.560 0.000 0.000 0.184 0.128 0.128
#> SRR1264157     1  0.6367      0.923 0.556 0.000 0.000 0.224 0.136 0.084
#> SRR1264158     1  0.6298      0.927 0.572 0.000 0.000 0.212 0.116 0.100
#> SRR1264159     1  0.6578      0.873 0.552 0.000 0.000 0.164 0.136 0.148
#> SRR1264160     1  0.6450      0.921 0.556 0.000 0.000 0.208 0.132 0.104
#> SRR1264161     1  0.6301      0.928 0.572 0.000 0.000 0.212 0.112 0.104
#> SRR1264162     1  0.6346      0.925 0.568 0.000 0.000 0.208 0.124 0.100
#> SRR1264163     1  0.6352      0.919 0.572 0.000 0.000 0.196 0.124 0.108
#> SRR1264164     1  0.6399      0.920 0.556 0.000 0.000 0.216 0.140 0.088
#> SRR1264165     1  0.6342      0.916 0.556 0.000 0.000 0.224 0.144 0.076
#> SRR1264166     1  0.6276      0.928 0.576 0.000 0.000 0.208 0.116 0.100
#> SRR1264167     1  0.6454      0.906 0.564 0.000 0.000 0.184 0.128 0.124
#> SRR1264168     1  0.6281      0.922 0.564 0.000 0.000 0.224 0.136 0.076
#> SRR1264169     6  0.0865      0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264170     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264171     6  0.0865      0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264172     6  0.0865      0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264173     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264174     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264175     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264176     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264177     6  0.1765      0.876 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264178     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264179     6  0.0865      0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264180     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264181     6  0.0713      0.940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1264182     6  0.0937      0.936 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1264183     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264184     6  0.5726      0.427 0.320 0.000 0.000 0.164 0.004 0.512
#> SRR1264185     6  0.0865      0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264186     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264187     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264188     6  0.0632      0.938 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1264189     6  0.0790      0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264190     6  0.0713      0.939 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1264191     6  0.0865      0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264192     6  0.1265      0.933 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR1264193     6  0.1297      0.935 0.012 0.000 0.000 0.000 0.040 0.948
#> SRR1264194     6  0.1411      0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936
#> SRR1264195     6  0.1563      0.927 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056 0.932
#> SRR1264196     6  0.1152      0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044 0.952
#> SRR1264197     6  0.1196      0.935 0.008 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952
#> SRR1264198     6  0.1462      0.926 0.008 0.000 0.000 0.000 0.056 0.936
#> SRR1264199     6  0.1225      0.936 0.012 0.000 0.000 0.000 0.036 0.952
#> SRR1264200     6  0.1588      0.912 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924
#> SRR1264201     6  0.1588      0.912 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924
#> SRR1264202     6  0.1398      0.929 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052 0.940
#> SRR1264203     6  0.1333      0.934 0.008 0.000 0.000 0.000 0.048 0.944
#> SRR1264204     6  0.1265      0.931 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR1264205     6  0.1398      0.929 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052 0.940
#> SRR1264206     6  0.1219      0.929 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048 0.948
#> SRR1264207     6  0.1471      0.918 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932
#> SRR1264208     6  0.1434      0.932 0.012 0.000 0.000 0.000 0.048 0.940
#> SRR1264209     6  0.0858      0.933 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968
#> SRR1264210     6  0.1745      0.916 0.012 0.000 0.000 0.000 0.068 0.920
#> SRR1264211     6  0.1411      0.925 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936
#> SRR1264212     5  0.3651      0.694 0.016 0.000 0.000 0.008 0.752 0.224
#> SRR1264213     5  0.3682      0.703 0.032 0.000 0.000 0.004 0.764 0.200
#> SRR1264214     5  0.3877      0.696 0.040 0.000 0.000 0.004 0.748 0.208
#> SRR1264215     5  0.4338      0.604 0.036 0.000 0.000 0.004 0.660 0.300
#> SRR1264216     5  0.3979      0.659 0.028 0.000 0.000 0.004 0.712 0.256
#> SRR1264217     5  0.4362      0.462 0.028 0.000 0.000 0.000 0.584 0.388
#> SRR1264218     5  0.4295      0.672 0.048 0.000 0.000 0.008 0.708 0.236
#> SRR1264219     5  0.2804      0.726 0.024 0.000 0.000 0.004 0.852 0.120
#> SRR1264220     5  0.3604      0.716 0.036 0.000 0.000 0.008 0.788 0.168
#> SRR1264221     6  0.5492      0.562 0.328 0.000 0.000 0.044 0.056 0.572
#> SRR1264222     5  0.3580      0.704 0.028 0.000 0.000 0.004 0.772 0.196
#> SRR1264223     5  0.4218      0.526 0.024 0.000 0.000 0.000 0.616 0.360
#> SRR1264224     5  0.3651      0.692 0.016 0.000 0.000 0.008 0.752 0.224
#> SRR1264225     5  0.4139      0.660 0.036 0.000 0.000 0.004 0.700 0.260
#> SRR1264226     5  0.4189      0.500 0.020 0.000 0.000 0.000 0.604 0.376
#> SRR1264227     5  0.4029      0.619 0.028 0.000 0.000 0.000 0.680 0.292
#> SRR1264228     5  0.4098      0.715 0.040 0.000 0.000 0.028 0.764 0.168
#> SRR1264229     5  0.4149      0.689 0.056 0.000 0.000 0.004 0.728 0.212
#> SRR1264230     1  0.5798      0.922 0.592 0.000 0.000 0.264 0.060 0.084
#> SRR1264231     1  0.5569      0.906 0.584 0.000 0.000 0.304 0.064 0.048
#> SRR1264232     1  0.4810      0.837 0.596 0.000 0.000 0.352 0.036 0.016
#> SRR1264233     1  0.5491      0.908 0.596 0.000 0.000 0.296 0.052 0.056
#> SRR1264234     1  0.5833      0.920 0.584 0.000 0.000 0.272 0.060 0.084
#> SRR1264235     1  0.5574      0.901 0.576 0.000 0.000 0.308 0.084 0.032
#> SRR1264236     1  0.5745      0.918 0.596 0.000 0.000 0.260 0.048 0.096
#> SRR1264237     1  0.5436      0.906 0.600 0.000 0.000 0.296 0.048 0.056
#> SRR1264238     1  0.5837      0.922 0.596 0.000 0.000 0.248 0.056 0.100
#> SRR1264239     1  0.5816      0.922 0.588 0.000 0.000 0.268 0.060 0.084
#> SRR1264240     1  0.5816      0.926 0.596 0.000 0.000 0.256 0.068 0.080
#> SRR1264241     1  0.5626      0.916 0.596 0.000 0.000 0.280 0.052 0.072
#> SRR1264242     1  0.5648      0.921 0.604 0.000 0.000 0.264 0.052 0.080
#> SRR1264243     1  0.5504      0.908 0.592 0.000 0.000 0.300 0.060 0.048
#> SRR1264244     1  0.5015      0.800 0.564 0.000 0.004 0.380 0.036 0.016
#> SRR1264245     1  0.5504      0.906 0.592 0.000 0.000 0.300 0.060 0.048
#> SRR1264246     1  0.5750      0.918 0.584 0.000 0.000 0.284 0.068 0.064
#> SRR1264247     1  0.5534      0.906 0.588 0.000 0.000 0.300 0.072 0.040
#> SRR1264248     1  0.5680      0.918 0.592 0.000 0.000 0.280 0.056 0.072
#> SRR1264249     1  0.5581      0.913 0.592 0.000 0.000 0.292 0.056 0.060
#> SRR1264250     1  0.5569      0.906 0.584 0.000 0.000 0.304 0.064 0.048
#> SRR1264251     1  0.5594      0.911 0.588 0.000 0.000 0.296 0.064 0.052
#> SRR1264252     4  0.1542      0.704 0.008 0.000 0.052 0.936 0.004 0.000
#> SRR1264253     4  0.1592      0.687 0.020 0.000 0.032 0.940 0.008 0.000
#> SRR1264254     4  0.1483      0.695 0.012 0.000 0.036 0.944 0.008 0.000
#> SRR1264255     4  0.1138      0.693 0.004 0.000 0.024 0.960 0.012 0.000
#> SRR1264256     4  0.1332      0.692 0.012 0.000 0.028 0.952 0.008 0.000
#> SRR1264257     4  0.1434      0.664 0.024 0.000 0.008 0.948 0.020 0.000
#> SRR1264258     4  0.1542      0.673 0.024 0.000 0.016 0.944 0.016 0.000
#> SRR1264259     4  0.1630      0.671 0.024 0.000 0.020 0.940 0.016 0.000
#> SRR1264260     4  0.1616      0.690 0.012 0.000 0.028 0.940 0.020 0.000
#> SRR1264261     4  0.1353      0.687 0.012 0.000 0.024 0.952 0.012 0.000
#> SRR1264262     4  0.1675      0.651 0.032 0.000 0.008 0.936 0.024 0.000
#> SRR1264263     4  0.1657      0.695 0.012 0.000 0.040 0.936 0.012 0.000
#> SRR1264264     4  0.1401      0.674 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004 0.000
#> SRR1264265     4  0.1882      0.680 0.024 0.000 0.028 0.928 0.020 0.000
#> SRR1264266     4  0.1787      0.685 0.020 0.000 0.032 0.932 0.016 0.000
#> SRR1264267     4  0.1232      0.693 0.004 0.000 0.024 0.956 0.016 0.000
#> SRR1264268     4  0.1410      0.699 0.008 0.000 0.044 0.944 0.004 0.000
#> SRR1264269     4  0.1426      0.687 0.016 0.000 0.028 0.948 0.008 0.000
#> SRR1264270     4  0.1515      0.687 0.020 0.000 0.028 0.944 0.008 0.000
#> SRR1264271     4  0.1511      0.693 0.012 0.000 0.032 0.944 0.012 0.000
#> SRR1264272     4  0.1307      0.696 0.008 0.000 0.032 0.952 0.008 0.000
#> SRR1264273     4  0.1382      0.697 0.008 0.000 0.036 0.948 0.008 0.000
#> SRR1264274     4  0.1555      0.700 0.008 0.000 0.040 0.940 0.012 0.000
#> SRR1264275     5  0.3101      0.708 0.012 0.000 0.136 0.020 0.832 0.000
#> SRR1264276     5  0.3060      0.707 0.012 0.000 0.132 0.020 0.836 0.000
#> SRR1264277     5  0.3419      0.707 0.056 0.000 0.064 0.040 0.840 0.000
#> SRR1264278     5  0.3755      0.669 0.012 0.000 0.192 0.028 0.768 0.000
#> SRR1264279     5  0.3883      0.626 0.004 0.000 0.240 0.028 0.728 0.000
#> SRR1264280     5  0.3279      0.699 0.008 0.000 0.148 0.028 0.816 0.000
#> SRR1264281     5  0.2844      0.717 0.016 0.000 0.104 0.020 0.860 0.000
#> SRR1264282     5  0.3349      0.691 0.008 0.000 0.164 0.024 0.804 0.000
#> SRR1264283     5  0.3001      0.708 0.008 0.000 0.128 0.024 0.840 0.000
#> SRR1264284     5  0.3411      0.690 0.012 0.000 0.160 0.024 0.804 0.000
#> SRR1264285     5  0.3800      0.680 0.020 0.000 0.176 0.028 0.776 0.000
#> SRR1264286     5  0.3395      0.705 0.020 0.000 0.132 0.028 0.820 0.000
#> SRR1264287     5  0.3678      0.636 0.008 0.000 0.228 0.016 0.748 0.000
#> SRR1264288     5  0.3351      0.705 0.016 0.000 0.136 0.028 0.820 0.000
#> SRR1264289     5  0.4305      0.687 0.048 0.000 0.116 0.064 0.772 0.000
#> SRR1264290     5  0.3357      0.702 0.020 0.000 0.144 0.020 0.816 0.000
#> SRR1264291     5  0.3460      0.688 0.008 0.000 0.168 0.028 0.796 0.000
#> SRR1264292     5  0.3353      0.695 0.008 0.000 0.156 0.028 0.808 0.000
#> SRR1264293     5  0.3858      0.617 0.004 0.000 0.248 0.024 0.724 0.000
#> SRR1264294     5  0.3467      0.706 0.024 0.000 0.124 0.032 0.820 0.000
#> SRR1264295     5  0.3233      0.706 0.016 0.000 0.132 0.024 0.828 0.000
#> SRR1264296     5  0.3663      0.690 0.020 0.000 0.160 0.028 0.792 0.000
#> SRR1264297     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264298     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264299     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264300     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264301     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264302     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264303     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264304     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264305     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264306     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264307     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264308     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264309     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264310     3  0.0363      0.991 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264311     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264312     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264313     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264314     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264315     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264316     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264317     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264318     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264319     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264320     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264321     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264322     3  0.0146      0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264323     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264324     3  0.0260      0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264325     4  0.4276      0.620 0.000 0.000 0.416 0.564 0.020 0.000
#> SRR1264326     4  0.4264      0.665 0.000 0.000 0.352 0.620 0.028 0.000
#> SRR1264327     4  0.4563      0.646 0.000 0.000 0.368 0.588 0.044 0.000
#> SRR1264328     4  0.4831      0.655 0.008 0.000 0.340 0.600 0.052 0.000
#> SRR1264329     4  0.4116      0.626 0.000 0.000 0.416 0.572 0.012 0.000
#> SRR1264330     4  0.4384      0.680 0.012 0.000 0.296 0.664 0.028 0.000
#> SRR1264331     4  0.4263      0.656 0.000 0.000 0.376 0.600 0.024 0.000
#> SRR1264332     4  0.4101      0.634 0.000 0.000 0.408 0.580 0.012 0.000
#> SRR1264333     4  0.4129      0.611 0.000 0.000 0.424 0.564 0.012 0.000
#> SRR1264334     4  0.4018      0.632 0.000 0.000 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1264335     4  0.4002      0.637 0.000 0.000 0.404 0.588 0.008 0.000
#> SRR1264336     4  0.4099      0.661 0.000 0.000 0.372 0.612 0.016 0.000
#> SRR1264337     4  0.4184      0.634 0.000 0.000 0.408 0.576 0.016 0.000
#> SRR1264338     4  0.4229      0.694 0.008 0.000 0.208 0.728 0.056 0.000
#> SRR1264339     4  0.4276      0.618 0.000 0.000 0.416 0.564 0.020 0.000
#> SRR1264340     4  0.4306      0.669 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032 0.000
#> SRR1264341     4  0.4192      0.628 0.000 0.000 0.412 0.572 0.016 0.000
#> SRR1264342     4  0.4176      0.637 0.000 0.000 0.404 0.580 0.016 0.000
#> SRR1264343     4  0.4310      0.642 0.000 0.000 0.396 0.580 0.024 0.000
#> SRR1264344     4  0.4206      0.665 0.000 0.000 0.356 0.620 0.024 0.000
#> SRR1264345     4  0.4576      0.679 0.008 0.000 0.220 0.696 0.076 0.000
#> SRR1264346     4  0.4246      0.639 0.000 0.000 0.400 0.580 0.020 0.000
#> SRR1264347     4  0.4254      0.635 0.000 0.000 0.404 0.576 0.020 0.000
#> SRR1264348     4  0.4192      0.630 0.000 0.000 0.412 0.572 0.016 0.000
#> SRR1264349     4  0.4388      0.634 0.000 0.000 0.400 0.572 0.028 0.000
#> SRR1264350     4  0.4034      0.675 0.004 0.000 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1264351     4  0.4168      0.641 0.000 0.000 0.400 0.584 0.016 0.000
#> SRR1264352     4  0.4261      0.631 0.000 0.000 0.408 0.572 0.020 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

Session info

sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS:   /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#> 
#> locale:
#>  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
#>  [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
#>  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
#> [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
#> 
#> attached base packages:
#> [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0    ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1         knitr_1.26          
#> [5] GetoptLong_0.1.7     cola_1.3.2          
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] circlize_0.4.8       shape_1.4.4          xfun_0.11            slam_0.1-46         
#>  [5] lattice_0.20-38      splines_3.6.0        colorspace_1.4-1     vctrs_0.2.0         
#>  [9] stats4_3.6.0         blob_1.2.0           XML_3.98-1.20        survival_2.44-1.1   
#> [13] rlang_0.4.2          pillar_1.4.2         DBI_1.0.0            BiocGenerics_0.30.0 
#> [17] bit64_0.9-7          RColorBrewer_1.1-2   matrixStats_0.55.0   stringr_1.4.0       
#> [21] GlobalOptions_0.1.1  evaluate_0.14        memoise_1.1.0        Biobase_2.44.0      
#> [25] IRanges_2.18.3       parallel_3.6.0       AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8           
#> [29] Rcpp_1.0.3           xtable_1.8-4         backports_1.1.5      S4Vectors_0.22.1    
#> [33] annotate_1.62.0      skmeans_0.2-11       bit_1.1-14           microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6           impute_1.58.0        rjson_0.2.20         png_0.1-7           
#> [41] digest_0.6.23        stringi_1.4.3        polyclip_1.10-0      clue_0.3-57         
#> [45] tools_3.6.0          bitops_1.0-6         magrittr_1.5         eulerr_6.0.0        
#> [49] RCurl_1.95-4.12      RSQLite_2.1.4        tibble_2.1.3         cluster_2.1.0       
#> [53] crayon_1.3.4         pkgconfig_2.0.3      zeallot_0.1.0        Matrix_1.2-17       
#> [57] xml2_1.2.2           httr_1.4.1           R6_2.4.1             mclust_5.4.5        
#> [61] compiler_3.6.0