Date: 2019-12-26 00:09:05 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 12310 313
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 0.999 | 1.000 | ** | |
| SD:skmeans | 3 | 1.000 | 0.994 | 0.995 | ** | 2 |
| SD:pam | 6 | 1.000 | 0.987 | 0.989 | ** | 3,4,5 |
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 0.994 | 0.998 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.979 | ** | |
| CV:skmeans | 3 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:hclust | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.997 | ** | |
| MAD:pam | 6 | 1.000 | 0.978 | 0.986 | ** | 2,3,4,5 |
| ATC:hclust | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:pam | 3 | 1.000 | 0.998 | 0.999 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| ATC:NMF | 3 | 1.000 | 0.973 | 0.986 | ** | |
| ATC:skmeans | 4 | 0.975 | 0.987 | 0.990 | ** | 2,3 |
| CV:pam | 6 | 0.973 | 0.934 | 0.966 | ** | 2,3,4,5 |
| SD:NMF | 3 | 0.968 | 0.926 | 0.968 | ** | |
| MAD:NMF | 3 | 0.964 | 0.949 | 0.975 | ** | |
| CV:NMF | 3 | 0.963 | 0.924 | 0.971 | ** | |
| SD:mclust | 3 | 0.948 | 0.891 | 0.960 | * | |
| MAD:skmeans | 3 | 0.931 | 0.966 | 0.977 | * | 2 |
| MAD:mclust | 3 | 0.899 | 0.921 | 0.969 | ||
| SD:kmeans | 3 | 0.715 | 0.943 | 0.895 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.659 | 0.957 | 0.947 | ||
| CV:mclust | 3 | 0.657 | 0.783 | 0.906 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.400 0.661 0.796 0.428 0.625 0.625
#> CV:NMF 2 0.312 0.762 0.778 0.428 0.589 0.589
#> MAD:NMF 2 0.694 0.831 0.927 0.487 0.505 0.505
#> ATC:NMF 2 0.801 0.914 0.958 0.494 0.502 0.502
#> SD:skmeans 2 1.000 0.992 0.997 0.499 0.501 0.501
#> CV:skmeans 2 0.846 0.962 0.979 0.408 0.576 0.576
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.993 0.998 0.499 0.501 0.501
#> ATC:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.420 0.581 0.581
#> SD:mclust 2 0.868 0.964 0.981 0.464 0.526 0.526
#> CV:mclust 2 0.732 0.903 0.953 0.410 0.573 0.573
#> MAD:mclust 2 0.713 0.901 0.944 0.436 0.529 0.529
#> ATC:mclust 2 1.000 0.997 0.999 0.350 0.652 0.652
#> SD:kmeans 2 0.336 0.852 0.832 0.440 0.501 0.501
#> CV:kmeans 2 1.000 0.984 0.979 0.339 0.662 0.662
#> MAD:kmeans 2 0.659 0.957 0.947 0.475 0.502 0.502
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.342 0.659 0.659
#> SD:pam 2 0.531 0.758 0.890 0.420 0.581 0.581
#> CV:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.338 0.662 0.662
#> MAD:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.499 0.502 0.502
#> ATC:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.342 0.659 0.659
#> SD:hclust 2 1.000 0.999 1.000 0.499 0.502 0.502
#> CV:hclust 2 1.000 0.994 0.998 0.339 0.662 0.662
#> MAD:hclust 2 1.000 0.995 0.997 0.498 0.502 0.502
#> ATC:hclust 2 1.000 0.997 0.999 0.342 0.659 0.659
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.968 0.926 0.968 0.5264 0.639 0.454
#> CV:NMF 3 0.963 0.924 0.971 0.5221 0.756 0.588
#> MAD:NMF 3 0.964 0.949 0.975 0.3482 0.773 0.575
#> ATC:NMF 3 1.000 0.973 0.986 0.2811 0.797 0.619
#> SD:skmeans 3 1.000 0.994 0.995 0.2812 0.856 0.713
#> CV:skmeans 3 1.000 1.000 1.000 0.5663 0.703 0.519
#> MAD:skmeans 3 0.931 0.966 0.977 0.2813 0.856 0.713
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.999 0.999 0.5829 0.755 0.579
#> SD:mclust 3 0.948 0.891 0.960 0.3894 0.677 0.462
#> CV:mclust 3 0.657 0.783 0.906 0.5512 0.704 0.519
#> MAD:mclust 3 0.899 0.921 0.969 0.4739 0.728 0.531
#> ATC:mclust 3 0.899 0.965 0.983 0.7705 0.733 0.590
#> SD:kmeans 3 0.715 0.943 0.895 0.3864 0.852 0.707
#> CV:kmeans 3 0.654 0.935 0.899 0.6943 0.700 0.547
#> MAD:kmeans 3 0.727 0.918 0.855 0.2813 0.859 0.720
#> ATC:kmeans 3 0.653 0.842 0.910 0.6898 0.749 0.619
#> SD:pam 3 1.000 1.000 1.000 0.5239 0.702 0.519
#> CV:pam 3 1.000 0.999 0.999 0.8879 0.699 0.546
#> MAD:pam 3 1.000 0.999 1.000 0.2802 0.860 0.721
#> ATC:pam 3 1.000 0.998 0.999 0.8634 0.705 0.552
#> SD:hclust 3 0.859 0.989 0.954 0.2427 0.859 0.720
#> CV:hclust 3 0.610 0.686 0.840 0.4327 0.985 0.977
#> MAD:hclust 3 0.859 0.982 0.883 0.1581 0.859 0.720
#> ATC:hclust 3 0.978 0.985 0.990 0.0361 0.990 0.985
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.773 0.817 0.886 0.092503 0.929 0.794
#> CV:NMF 4 0.777 0.809 0.896 0.109451 0.855 0.625
#> MAD:NMF 4 0.864 0.884 0.920 0.082268 0.924 0.781
#> ATC:NMF 4 0.748 0.870 0.893 0.138872 0.837 0.598
#> SD:skmeans 4 0.869 0.810 0.895 0.084500 0.952 0.867
#> CV:skmeans 4 0.877 0.890 0.880 0.076493 0.963 0.898
#> MAD:skmeans 4 0.869 0.916 0.904 0.082064 0.948 0.855
#> ATC:skmeans 4 0.975 0.987 0.990 0.054875 0.967 0.902
#> SD:mclust 4 0.742 0.759 0.850 0.118275 0.785 0.476
#> CV:mclust 4 0.711 0.697 0.807 0.141001 0.824 0.553
#> MAD:mclust 4 0.742 0.771 0.865 0.100551 0.944 0.846
#> ATC:mclust 4 0.754 0.947 0.954 0.112911 0.900 0.749
#> SD:kmeans 4 0.751 0.869 0.865 0.123261 1.000 1.000
#> CV:kmeans 4 0.671 0.762 0.855 0.181146 0.997 0.992
#> MAD:kmeans 4 0.603 0.835 0.811 0.115586 1.000 1.000
#> ATC:kmeans 4 0.701 0.722 0.865 0.163480 0.873 0.716
#> SD:pam 4 1.000 1.000 1.000 0.065448 0.958 0.884
#> CV:pam 4 1.000 0.999 0.999 0.066436 0.958 0.883
#> MAD:pam 4 1.000 0.999 1.000 0.066434 0.958 0.883
#> ATC:pam 4 0.930 0.892 0.917 0.052139 1.000 1.000
#> SD:hclust 4 0.950 0.984 0.991 0.051019 0.994 0.984
#> CV:hclust 4 0.609 0.917 0.838 0.057461 0.700 0.541
#> MAD:hclust 4 0.860 0.986 0.944 0.091141 0.994 0.984
#> ATC:hclust 4 0.979 0.979 0.990 0.000229 1.000 1.000
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.793 0.832 0.854 0.084892 0.872 0.587
#> CV:NMF 5 0.894 0.893 0.923 0.072561 0.901 0.664
#> MAD:NMF 5 0.765 0.783 0.832 0.086346 0.869 0.578
#> ATC:NMF 5 0.754 0.798 0.853 0.085366 0.870 0.579
#> SD:skmeans 5 0.790 0.823 0.877 0.087731 0.922 0.759
#> CV:skmeans 5 0.866 0.892 0.928 0.081892 0.943 0.824
#> MAD:skmeans 5 0.779 0.758 0.857 0.088730 0.947 0.829
#> ATC:skmeans 5 0.878 0.948 0.945 0.096869 0.924 0.749
#> SD:mclust 5 0.782 0.826 0.880 0.052305 0.864 0.581
#> CV:mclust 5 0.684 0.641 0.787 0.064992 0.852 0.519
#> MAD:mclust 5 0.807 0.851 0.881 0.061761 0.948 0.834
#> ATC:mclust 5 0.863 0.932 0.958 0.087656 0.902 0.702
#> SD:kmeans 5 0.713 0.731 0.776 0.080145 0.947 0.853
#> CV:kmeans 5 0.704 0.745 0.801 0.075315 0.947 0.852
#> MAD:kmeans 5 0.614 0.643 0.742 0.073972 0.909 0.747
#> ATC:kmeans 5 0.634 0.692 0.758 0.083051 0.955 0.877
#> SD:pam 5 0.954 0.975 0.979 0.085573 0.945 0.829
#> CV:pam 5 0.984 0.945 0.979 0.103037 0.929 0.780
#> MAD:pam 5 0.907 0.961 0.971 0.090263 0.943 0.822
#> ATC:pam 5 0.839 0.858 0.873 0.087756 0.865 0.641
#> SD:hclust 5 0.950 0.977 0.991 0.000128 1.000 1.000
#> CV:hclust 5 0.686 0.934 0.951 0.209731 0.994 0.984
#> MAD:hclust 5 1.000 0.978 0.988 0.028670 1.000 1.000
#> ATC:hclust 5 0.638 0.925 0.853 0.542882 0.706 0.547
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.841 0.827 0.879 0.03928 0.974 0.880
#> CV:NMF 6 0.874 0.863 0.910 0.03097 0.995 0.976
#> MAD:NMF 6 0.825 0.795 0.849 0.04085 0.958 0.810
#> ATC:NMF 6 0.772 0.827 0.834 0.03416 0.942 0.736
#> SD:skmeans 6 0.798 0.695 0.778 0.05158 0.923 0.717
#> CV:skmeans 6 0.842 0.797 0.832 0.05054 1.000 1.000
#> MAD:skmeans 6 0.778 0.703 0.772 0.04985 0.997 0.989
#> ATC:skmeans 6 0.838 0.831 0.840 0.04788 0.960 0.823
#> SD:mclust 6 0.859 0.899 0.887 0.04469 0.927 0.721
#> CV:mclust 6 0.771 0.770 0.828 0.03925 0.889 0.564
#> MAD:mclust 6 0.856 0.650 0.711 0.05004 0.831 0.485
#> ATC:mclust 6 0.899 0.947 0.959 0.02144 0.983 0.933
#> SD:kmeans 6 0.705 0.684 0.728 0.04074 0.948 0.830
#> CV:kmeans 6 0.695 0.551 0.635 0.05729 0.898 0.698
#> MAD:kmeans 6 0.686 0.655 0.712 0.05019 0.921 0.743
#> ATC:kmeans 6 0.672 0.571 0.655 0.04771 0.892 0.684
#> SD:pam 6 1.000 0.987 0.989 0.02864 0.977 0.913
#> CV:pam 6 0.973 0.934 0.966 0.02574 0.980 0.922
#> MAD:pam 6 1.000 0.978 0.986 0.02643 0.977 0.913
#> ATC:pam 6 0.961 0.961 0.957 0.04614 0.989 0.955
#> SD:hclust 6 0.936 0.918 0.960 0.03251 1.000 1.000
#> CV:hclust 6 0.682 0.932 0.951 0.00248 0.999 0.996
#> MAD:hclust 6 0.876 0.918 0.944 0.04572 0.999 0.996
#> ATC:hclust 6 0.871 0.897 0.949 0.17994 0.979 0.942
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 1.000 0.498950 0.502 0.502
#> 3 3 0.859 0.989 0.954 0.242739 0.859 0.720
#> 4 4 0.950 0.984 0.991 0.051019 0.994 0.984
#> 5 5 0.950 0.977 0.991 0.000128 1.000 1.000
#> 6 6 0.936 0.918 0.960 0.032513 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1264085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.4690 0.889 0.100 0.900
#> SRR1264091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1264098 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264253 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264254 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264255 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264256 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264257 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264258 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264259 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264260 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264261 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264262 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264263 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264264 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264265 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264266 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264267 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264268 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264269 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264270 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264271 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264272 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264273 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264274 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264275 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264276 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264277 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264278 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264279 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264280 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264281 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264282 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264283 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264284 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264285 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264286 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264287 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264288 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264289 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264290 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264291 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264292 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264293 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264294 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264295 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264296 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264297 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264326 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264327 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264328 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264329 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264330 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264331 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264332 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264333 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264334 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264335 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264336 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264337 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264338 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264339 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264340 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264341 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264342 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264343 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264344 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264345 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264346 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264347 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264348 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264349 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264350 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264351 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264352 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264041 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264042 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264043 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264044 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264045 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264046 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264047 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264048 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264049 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264050 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264051 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264052 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264053 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264054 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264055 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264056 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264057 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264058 1 0.288 0.927 0.904 0.096 0.00
#> SRR1264059 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264060 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264061 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264062 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264063 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264064 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264065 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264066 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264067 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264068 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264069 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264070 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264071 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264072 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264073 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264074 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264075 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264076 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264077 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264078 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264079 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264080 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264081 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264082 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264083 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264084 1 0.435 0.853 0.816 0.184 0.00
#> SRR1264085 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264086 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264087 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264088 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264089 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264090 2 0.254 0.878 0.000 0.920 0.08
#> SRR1264091 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264092 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264093 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264094 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264095 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264096 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264097 1 0.435 0.853 0.816 0.184 0.00
#> SRR1264098 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264099 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264100 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264101 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264102 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264103 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264104 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264105 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264106 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264107 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264108 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264109 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264110 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264111 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264112 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264113 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264114 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264115 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264116 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264117 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264118 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264119 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264120 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264121 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264122 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264123 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264124 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264125 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264126 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264127 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264128 2 0.429 0.998 0.000 0.820 0.18
#> SRR1264129 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264130 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264131 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264132 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264133 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264134 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264135 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264136 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264137 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264138 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264139 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264140 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264141 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264142 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264143 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264144 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264145 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264146 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264147 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264148 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264149 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264150 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264151 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264152 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264153 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264154 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264155 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264156 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264157 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264158 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264159 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264160 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264161 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264162 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264163 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264164 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264165 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264166 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264167 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264168 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264169 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264170 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264171 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264172 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264173 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264174 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264175 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264176 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264177 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264178 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264179 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264180 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264181 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264182 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264183 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264184 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264185 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264186 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264187 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264188 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264189 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264190 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264191 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264192 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264193 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264194 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264195 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264196 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264197 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264198 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264199 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264200 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264201 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264202 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264203 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264204 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264205 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264206 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264207 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264208 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264209 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264210 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264211 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264212 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264213 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264214 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264215 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264216 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264217 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264218 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264219 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264220 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264221 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264222 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264223 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264224 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264225 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264226 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264227 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264228 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264229 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264230 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264231 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264232 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264233 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264234 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264235 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264236 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264237 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264238 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264239 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264240 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264241 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264242 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264243 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264244 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264245 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264246 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264247 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264248 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264249 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264250 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264251 1 0.000 0.987 1.000 0.000 0.00
#> SRR1264252 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264253 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264254 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264255 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264256 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264257 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264258 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264259 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264260 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264261 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264262 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264263 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264264 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264265 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264266 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264267 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264268 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264269 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264270 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264271 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264272 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264273 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264274 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264275 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264276 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264277 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264278 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264279 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264280 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264281 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264282 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264283 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264284 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264285 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264286 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264287 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264288 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264289 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264290 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264291 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264292 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264293 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264294 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264295 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264296 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264297 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264298 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264299 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264300 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264301 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264302 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264303 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264304 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264305 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264306 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264307 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264312 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264313 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264314 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264315 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264316 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264317 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264318 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264319 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264320 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264321 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264322 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264323 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264324 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264325 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264326 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264327 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264328 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264329 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264330 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264331 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264332 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264333 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264334 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264335 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264336 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264337 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264338 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264339 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264340 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264341 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264342 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264343 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264344 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264345 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264346 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264347 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264348 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264349 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264350 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264351 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR1264352 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.00
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264041 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264042 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264043 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264044 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264045 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264046 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264047 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264048 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264049 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264050 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264051 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264052 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264053 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264054 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264055 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264056 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264057 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264058 1 0.287 0.863 0.864 0.0 0 0.136
#> SRR1264059 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264084 4 0.000 1.000 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264090 2 0.234 0.882 0.000 0.9 0 0.100
#> SRR1264091 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264097 4 0.000 1.000 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000
#> SRR1264252 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264253 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264254 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264255 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264256 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264257 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264258 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264259 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264260 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264261 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264262 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264263 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264264 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264265 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264266 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264267 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264268 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264269 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264270 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264271 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264272 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264273 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264274 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264275 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264276 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264277 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264278 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264279 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264280 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264281 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264282 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264283 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264284 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264285 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264286 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264287 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264288 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264289 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264290 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264291 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264292 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264293 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264294 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264295 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264296 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264297 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264298 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264299 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264300 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264301 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264302 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264303 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264304 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264305 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264306 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264307 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264308 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264309 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264310 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264311 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264312 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264313 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264314 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264315 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264316 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264317 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264318 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264319 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264320 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264321 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264322 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264323 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264324 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264325 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264326 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264327 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264328 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264329 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264330 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264331 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264332 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264333 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264334 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264335 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264336 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264337 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264338 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264339 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264340 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264341 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264342 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264343 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264344 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264345 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264346 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264347 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264348 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264349 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264350 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264351 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR1264352 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264041 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264042 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264043 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264044 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264045 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264046 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264047 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264048 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264049 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264050 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264051 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264052 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264053 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264054 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264055 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264056 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264057 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264058 1 0.247 0.863 0.864 0.0 0 0.136 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.213 0.000 0.000 0.0 0 0.108 0.892
#> SRR1264085 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.245 0.886 0.000 0.9 0 0.048 0.052
#> SRR1264091 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264097 4 0.213 0.000 0.000 0.0 0 0.892 0.108
#> SRR1264098 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.998 0.000 1.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.981 1.000 0.0 0 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264253 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264254 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264255 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264256 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264257 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264258 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264259 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264260 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264261 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264262 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264263 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264264 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264265 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264266 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264267 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264268 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264269 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264270 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264271 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264272 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264273 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264274 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264277 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264278 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264279 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264280 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264281 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264282 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264283 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264284 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264285 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264286 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264287 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264290 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264291 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264292 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264293 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264294 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264295 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264296 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264325 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264346 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264041 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264042 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264043 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264044 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264045 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264046 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264047 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264048 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264049 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264050 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264051 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264052 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264053 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264054 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264055 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264056 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264057 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264058 1 0.3789 0.443 0.584 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264059 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264060 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264061 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264062 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264063 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264064 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264065 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264066 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264067 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264068 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264069 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264070 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264071 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264072 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264073 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264074 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264075 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264076 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264077 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264078 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264079 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264080 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264081 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264082 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264083 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264084 5 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0 1.000 NA
#> SRR1264085 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264086 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264087 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264088 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264089 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264090 2 0.5238 0.239 0.000 0.560 0.004 0 0.096 NA
#> SRR1264091 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264092 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264093 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264094 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264095 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264096 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264097 3 0.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0 0.000 NA
#> SRR1264098 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264099 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264100 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264101 2 0.0632 0.969 0.000 0.976 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264102 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264103 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264104 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264105 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264106 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264107 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264108 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264109 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264110 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264111 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264112 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264113 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264114 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264115 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264116 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264117 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264118 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264119 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264120 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264121 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264122 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264123 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264124 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264125 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264126 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264127 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264128 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264129 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264130 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264131 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264132 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264133 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264134 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264135 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264136 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264137 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264138 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264139 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264140 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264141 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264142 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264143 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264144 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264145 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264146 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264147 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264148 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264149 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264150 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264151 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264152 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264153 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264154 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264155 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264156 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264157 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264158 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264159 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264160 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264161 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264162 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264163 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264164 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264165 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264166 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264167 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264168 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264169 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264170 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264171 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264172 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264173 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264174 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264175 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264176 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264177 1 0.2631 0.815 0.820 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264178 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264179 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264180 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264181 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264182 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264183 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264184 1 0.2631 0.816 0.820 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264185 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264186 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264187 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264188 1 0.2631 0.815 0.820 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264189 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264190 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264191 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264192 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264193 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264194 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264195 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264196 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264197 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264198 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264199 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264200 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264201 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264202 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264203 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264204 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264205 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264206 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264207 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264208 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264209 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264210 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264211 1 0.0865 0.912 0.964 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264212 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264213 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264214 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264215 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264216 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264217 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264218 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264219 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264220 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264221 1 0.3023 0.722 0.768 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264222 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264223 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264224 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264225 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264226 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264227 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264228 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264229 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264230 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264231 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264232 1 0.3101 0.711 0.756 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264233 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264234 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264235 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264236 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264237 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264238 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264239 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264240 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264241 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264242 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264243 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264244 1 0.3101 0.711 0.756 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264245 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264246 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264247 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264248 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264249 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264250 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264251 1 0.1075 0.910 0.952 0.000 0.000 0 0.000 NA
#> SRR1264252 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264253 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264254 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264255 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264256 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264257 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264258 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264259 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264260 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264261 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264262 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264263 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264264 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264265 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264266 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264267 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264268 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264269 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264270 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264271 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264272 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264273 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264274 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264275 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264276 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264277 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264278 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264279 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264280 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264281 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264282 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264283 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264284 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264285 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264286 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264287 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264288 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264289 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264290 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264291 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264292 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264293 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264294 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264295 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264296 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264297 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264298 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264299 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264300 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264301 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264302 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264303 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264304 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264305 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264306 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264307 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264308 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264309 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264310 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264311 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264312 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264313 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264314 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264315 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264316 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264317 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264318 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264319 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264320 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264321 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264322 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264323 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264324 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264325 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264326 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264327 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264328 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264329 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264330 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264331 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264332 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264333 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264335 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264336 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264337 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264338 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264339 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264340 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264341 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264342 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264343 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264344 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264345 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264346 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264347 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264348 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264349 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264350 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264351 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
#> SRR1264352 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.336 0.852 0.832 0.4396 0.501 0.501
#> 3 3 0.715 0.943 0.895 0.3864 0.852 0.707
#> 4 4 0.751 0.869 0.865 0.1233 1.000 1.000
#> 5 5 0.713 0.731 0.776 0.0801 0.947 0.853
#> 6 6 0.705 0.684 0.728 0.0407 0.948 0.830
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264041 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264042 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264043 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264044 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264045 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264046 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264047 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264048 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264049 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264050 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264051 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264052 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264053 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264054 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264055 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264056 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264057 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264058 1 0.0672 0.981 0.992 0.008
#> SRR1264059 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264060 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264061 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264062 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264063 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264064 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264065 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264066 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264067 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264068 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264069 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264070 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264071 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264072 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264073 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264074 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264075 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264076 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264077 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264078 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264079 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264080 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264081 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264082 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264083 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264084 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264086 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264087 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264088 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264089 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264090 2 0.7602 0.776 0.220 0.780
#> SRR1264091 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264092 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264093 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264094 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264095 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264096 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264097 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264099 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264100 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264101 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264102 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264103 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264104 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264105 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264106 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264107 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264108 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264109 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264110 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264111 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264112 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264113 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264114 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264115 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264116 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264117 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264118 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264119 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264120 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264121 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264122 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264123 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264124 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264125 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264126 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264127 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264128 2 0.4690 0.773 0.100 0.900
#> SRR1264129 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264253 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264254 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264255 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264256 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264257 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264258 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264259 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264260 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264261 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264262 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264263 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264264 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264265 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264266 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264267 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264268 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264269 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264270 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264271 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264272 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264273 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264274 2 0.9686 0.722 0.396 0.604
#> SRR1264275 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264276 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264277 1 0.9970 -0.350 0.532 0.468
#> SRR1264278 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264279 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264280 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264281 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264282 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264283 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264284 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264285 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264286 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264287 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264288 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264289 1 0.9896 -0.247 0.560 0.440
#> SRR1264290 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264291 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264292 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264293 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264294 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264295 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264296 2 0.9754 0.662 0.408 0.592
#> SRR1264297 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264298 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264299 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264300 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264301 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264302 2 0.7883 0.774 0.236 0.764
#> SRR1264303 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264304 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264305 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264306 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264307 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264308 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264309 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264310 2 0.7883 0.774 0.236 0.764
#> SRR1264311 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264312 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264313 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264314 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264315 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264316 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264317 2 0.7883 0.774 0.236 0.764
#> SRR1264318 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264319 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264320 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264321 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264322 2 0.7883 0.774 0.236 0.764
#> SRR1264323 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264324 2 0.7674 0.777 0.224 0.776
#> SRR1264325 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264326 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264327 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264328 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264329 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264330 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264331 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264332 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264333 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264334 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264335 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264336 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264337 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264338 2 0.9323 0.738 0.348 0.652
#> SRR1264339 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264340 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264341 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264342 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264343 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264344 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264345 2 0.9323 0.738 0.348 0.652
#> SRR1264346 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264347 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264348 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264349 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264350 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264351 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
#> SRR1264352 2 0.9248 0.745 0.340 0.660
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264041 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264042 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264043 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264044 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264045 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264046 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264047 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264048 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264049 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264050 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264051 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264052 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264053 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264054 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264055 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264056 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264057 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264058 1 0.4861 0.861 0.808 0.012 0.180
#> SRR1264059 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264060 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264061 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264062 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264063 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264064 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264065 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264066 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264067 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264068 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264069 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264070 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264071 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264072 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264073 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264074 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264075 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264076 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264077 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264078 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264079 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264080 2 0.1129 0.984 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264081 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264082 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264083 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264084 1 0.5461 0.828 0.768 0.016 0.216
#> SRR1264085 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264086 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264087 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264088 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264089 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264090 2 0.3752 0.876 0.020 0.884 0.096
#> SRR1264091 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264092 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264093 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264094 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264095 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264096 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264097 1 0.5315 0.832 0.772 0.012 0.216
#> SRR1264098 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264099 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264100 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264101 2 0.2200 0.937 0.004 0.940 0.056
#> SRR1264102 2 0.0983 0.976 0.004 0.980 0.016
#> SRR1264103 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264104 2 0.1129 0.975 0.004 0.976 0.020
#> SRR1264105 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264106 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264107 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264108 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264109 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264110 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264111 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264112 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264113 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264114 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264115 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264116 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264117 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264118 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264119 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264120 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264121 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264122 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264123 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264124 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264125 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264126 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264127 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264128 2 0.0829 0.985 0.004 0.984 0.012
#> SRR1264129 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264130 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264131 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264132 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264133 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264134 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264135 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264136 1 0.1289 0.954 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264137 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264138 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264139 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264140 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264141 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264142 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264143 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264144 1 0.1163 0.955 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264145 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264170 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264171 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264172 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264173 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264174 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264175 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264176 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264177 1 0.1411 0.956 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264178 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264179 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264180 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264181 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264182 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264183 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264184 1 0.2356 0.948 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264185 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264186 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264187 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264188 1 0.1289 0.956 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264189 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264190 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264191 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> SRR1264192 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264193 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264194 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264195 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264196 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264197 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264198 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264199 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264200 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264201 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264202 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264203 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264204 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264205 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264206 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264207 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264208 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264209 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264210 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264211 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264212 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264213 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264214 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264215 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264216 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264217 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264218 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264219 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264220 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264221 1 0.2625 0.933 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264222 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264223 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264224 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264225 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264226 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264227 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264228 1 0.1529 0.952 0.960 0.000 0.040
#> SRR1264229 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264230 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264231 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264232 1 0.1163 0.957 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264233 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264234 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264235 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264236 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264237 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264238 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264239 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264240 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264241 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264242 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264243 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264244 1 0.1163 0.957 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264245 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264246 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264247 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264248 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264249 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264250 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264251 1 0.1289 0.958 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264252 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264253 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264254 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264255 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264256 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264257 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264258 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264259 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264260 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264261 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264262 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264263 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264264 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264265 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264266 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264267 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264268 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264269 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264270 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264271 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264272 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264273 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264274 3 0.8063 0.886 0.132 0.224 0.644
#> SRR1264275 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264276 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264277 3 0.5663 0.812 0.096 0.096 0.808
#> SRR1264278 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264279 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264280 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264281 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264282 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264283 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264284 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264285 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264286 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264287 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264288 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264289 3 0.5505 0.802 0.096 0.088 0.816
#> SRR1264290 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264291 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264292 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264293 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264294 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264295 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264296 3 0.6585 0.929 0.064 0.200 0.736
#> SRR1264297 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264298 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264299 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264300 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264301 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264302 3 0.6264 0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264303 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264304 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264305 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264306 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264307 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264308 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264309 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264310 3 0.6264 0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264311 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264312 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264313 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264314 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264315 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264316 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264317 3 0.6264 0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264318 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264319 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264320 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264321 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264322 3 0.6264 0.929 0.032 0.244 0.724
#> SRR1264323 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264324 3 0.6303 0.929 0.032 0.248 0.720
#> SRR1264325 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264326 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264327 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264328 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264329 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264330 3 0.6847 0.939 0.060 0.232 0.708
#> SRR1264331 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264332 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264333 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264334 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264335 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264336 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264337 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264338 3 0.6806 0.938 0.060 0.228 0.712
#> SRR1264339 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264340 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264341 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264342 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264343 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264344 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264345 3 0.6806 0.938 0.060 0.228 0.712
#> SRR1264346 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264347 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264348 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264349 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264350 3 0.6796 0.940 0.056 0.236 0.708
#> SRR1264351 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
#> SRR1264352 3 0.6875 0.940 0.056 0.244 0.700
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264041 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264042 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264043 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264044 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264045 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264046 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264047 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264048 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264049 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264050 1 0.580 0.663 0.624 0.024 0.012 0.340
#> SRR1264051 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264052 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264053 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264054 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264055 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264056 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264057 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264058 1 0.579 0.665 0.628 0.020 0.016 0.336
#> SRR1264059 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264060 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264061 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264062 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264063 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264064 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264065 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264066 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264067 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264068 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264069 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264070 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264071 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264072 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264073 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264074 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264075 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264076 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264077 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264078 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264079 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264080 2 0.247 0.960 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264081 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264082 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264083 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264084 1 0.592 0.534 0.512 0.036 0.000 0.452
#> SRR1264085 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264086 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264087 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264088 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264089 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264090 2 0.554 0.735 0.004 0.648 0.028 0.320
#> SRR1264091 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264092 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264093 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264094 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264095 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264096 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264097 1 0.591 0.556 0.528 0.036 0.000 0.436
#> SRR1264098 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264099 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264100 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264101 2 0.438 0.888 0.000 0.792 0.036 0.172
#> SRR1264102 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264103 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264104 2 0.357 0.943 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR1264105 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264106 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264107 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264108 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264109 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264110 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264111 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264112 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264113 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264114 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264115 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264116 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264117 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264118 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264119 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264120 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264121 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264122 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264123 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264124 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264125 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264126 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264127 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264128 2 0.130 0.964 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264129 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264130 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264131 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264132 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264133 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264134 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264135 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264136 1 0.112 0.877 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264137 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264138 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264139 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264140 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264141 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264142 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264143 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264144 1 0.102 0.878 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264145 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264170 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264171 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264172 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264173 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264174 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264175 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264176 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264177 1 0.335 0.867 0.836 0.004 0.000 0.160
#> SRR1264178 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264179 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264180 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264181 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264182 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264183 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264184 1 0.377 0.859 0.808 0.008 0.000 0.184
#> SRR1264185 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264186 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264187 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264188 1 0.331 0.867 0.840 0.004 0.000 0.156
#> SRR1264189 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264190 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264191 1 0.375 0.853 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1264192 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264193 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264194 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264195 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264196 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264197 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264198 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264199 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264200 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264201 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264202 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264203 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264204 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264205 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264206 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264207 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264208 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264209 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264210 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264211 1 0.253 0.877 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264212 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264213 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264214 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264215 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264216 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264217 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264218 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264219 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264220 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264221 1 0.292 0.847 0.876 0.008 0.000 0.116
#> SRR1264222 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264223 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264224 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264225 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264226 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264227 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264228 1 0.139 0.876 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264229 1 0.140 0.878 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264230 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264231 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264232 1 0.354 0.860 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1264233 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264234 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264235 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264236 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264237 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264238 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264239 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264240 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264241 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264242 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264243 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264244 1 0.349 0.862 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1264245 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264246 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264247 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264248 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264249 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264250 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264251 1 0.399 0.851 0.800 0.004 0.008 0.188
#> SRR1264252 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264253 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264254 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264255 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264256 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264257 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264258 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264259 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264260 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264261 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264262 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264263 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264264 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264265 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264266 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264267 3 0.458 0.828 0.088 0.020 0.824 0.068
#> SRR1264268 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264269 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264270 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264271 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264272 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264273 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264274 3 0.439 0.833 0.088 0.016 0.832 0.064
#> SRR1264275 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264276 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264277 3 0.462 0.864 0.036 0.016 0.804 0.144
#> SRR1264278 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264279 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264280 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264281 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264282 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264283 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264284 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264285 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264286 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264287 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264288 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264289 3 0.462 0.864 0.036 0.016 0.804 0.144
#> SRR1264290 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264291 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264292 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264293 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264294 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264295 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264296 3 0.404 0.874 0.024 0.008 0.828 0.140
#> SRR1264297 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264298 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264299 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264300 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264301 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264302 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264303 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264304 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264305 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264306 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264307 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264308 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264309 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264310 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264311 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264312 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264313 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264314 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264315 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264316 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264317 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264318 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264319 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264320 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264321 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264322 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264323 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264324 3 0.457 0.839 0.008 0.012 0.760 0.220
#> SRR1264325 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264326 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264327 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264328 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264329 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264330 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264331 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264332 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264333 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264334 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264335 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264336 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264337 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264338 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264339 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264340 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264341 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264342 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264343 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264344 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264345 3 0.171 0.882 0.024 0.020 0.952 0.004
#> SRR1264346 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264347 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264348 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264349 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264350 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264351 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
#> SRR1264352 3 0.152 0.883 0.024 0.020 0.956 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264041 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264042 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264043 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264044 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264045 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264046 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264047 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264048 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264049 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264050 5 0.4545 0.956 0.432 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264051 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264052 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264053 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264054 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264055 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264056 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264057 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264058 5 0.4403 0.963 0.436 0.000 0.004 NA 0.560
#> SRR1264059 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264060 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264061 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264062 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264063 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264064 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264065 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264066 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264067 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264068 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264069 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264070 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264071 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264072 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264073 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264074 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264075 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264076 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264077 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264078 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264079 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264080 2 0.2341 0.928 0.000 0.912 0.020 NA 0.012
#> SRR1264081 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264082 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264083 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264084 5 0.5770 0.681 0.264 0.004 0.000 NA 0.612
#> SRR1264085 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264086 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264087 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264088 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264089 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264090 2 0.6659 0.408 0.000 0.436 0.012 NA 0.396
#> SRR1264091 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264092 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264093 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264094 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264095 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264096 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264097 5 0.5886 0.710 0.288 0.004 0.000 NA 0.588
#> SRR1264098 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264099 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264100 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264101 2 0.5667 0.771 0.000 0.672 0.016 NA 0.144
#> SRR1264102 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264103 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264104 2 0.3831 0.899 0.000 0.832 0.020 NA 0.076
#> SRR1264105 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264106 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264107 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264108 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264109 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264110 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264111 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264112 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264113 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264114 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264115 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264116 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264117 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264118 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264119 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264120 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264121 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264122 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264123 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264124 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264125 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264126 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264127 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264128 2 0.0510 0.936 0.000 0.984 0.016 NA 0.000
#> SRR1264129 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264130 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264131 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264132 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264133 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264134 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264135 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264136 1 0.2408 0.571 0.892 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264137 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264138 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264139 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264140 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264141 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264142 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264143 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264144 1 0.2305 0.570 0.896 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR1264145 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264146 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264147 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264148 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264149 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264150 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264151 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264152 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264153 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264154 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264155 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264156 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264157 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264158 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264159 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264160 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264161 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264162 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264163 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264164 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264165 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264166 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264167 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264168 1 0.0324 0.656 0.992 0.004 0.000 NA 0.004
#> SRR1264169 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264170 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264171 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264172 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264173 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264174 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264175 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264176 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264177 1 0.3983 0.598 0.660 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264178 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264179 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264180 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264181 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264182 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264183 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264184 1 0.5404 0.489 0.620 0.000 0.000 NA 0.088
#> SRR1264185 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264186 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264187 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264188 1 0.3983 0.598 0.660 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264189 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264190 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264191 1 0.4074 0.597 0.636 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264192 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264193 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264194 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264195 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264196 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264197 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264198 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264199 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264200 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264201 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264202 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264203 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264204 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264205 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264206 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264207 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264208 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264209 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264210 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264211 1 0.3582 0.654 0.768 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264212 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264213 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264214 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264215 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264216 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264217 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264218 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264219 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264220 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264221 1 0.4522 0.305 0.744 0.000 0.000 NA 0.176
#> SRR1264222 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264223 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264224 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264225 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264226 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264227 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264228 1 0.3090 0.556 0.860 0.004 0.000 NA 0.104
#> SRR1264229 1 0.2678 0.559 0.880 0.004 0.000 NA 0.100
#> SRR1264230 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264231 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264232 1 0.4577 0.625 0.716 0.012 0.000 NA 0.028
#> SRR1264233 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264234 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264235 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264236 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264237 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264238 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264239 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264240 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264241 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264242 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264243 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264244 1 0.4342 0.631 0.724 0.012 0.000 NA 0.016
#> SRR1264245 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264246 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264247 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264248 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264249 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264250 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264251 1 0.5321 0.540 0.644 0.012 0.004 NA 0.044
#> SRR1264252 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264253 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264254 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264255 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264256 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264257 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264258 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264259 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264260 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264261 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264262 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264263 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264264 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264265 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264266 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264267 3 0.5481 0.647 0.068 0.012 0.728 NA 0.040
#> SRR1264268 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264269 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264270 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264271 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264272 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264273 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264274 3 0.5254 0.656 0.068 0.004 0.736 NA 0.040
#> SRR1264275 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264276 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264277 3 0.5002 0.749 0.000 0.000 0.708 NA 0.160
#> SRR1264278 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264279 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264280 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264281 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264282 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264283 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264284 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264285 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264286 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264287 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264288 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264289 3 0.5002 0.749 0.000 0.000 0.708 NA 0.160
#> SRR1264290 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264291 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264292 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264293 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264294 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264295 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264296 3 0.4926 0.753 0.000 0.000 0.716 NA 0.152
#> SRR1264297 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264298 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264299 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264300 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264301 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264302 3 0.6101 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.216
#> SRR1264303 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264304 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264305 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264306 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264307 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264308 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264309 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264310 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264311 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264312 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264313 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264314 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264315 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264316 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264317 3 0.6101 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.216
#> SRR1264318 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264319 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264320 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264321 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264322 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264323 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264324 3 0.6095 0.725 0.000 0.008 0.600 NA 0.220
#> SRR1264325 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264326 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264327 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264328 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264329 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264330 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264331 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264332 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264333 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264334 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264335 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264336 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264337 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264338 3 0.0451 0.780 0.000 0.004 0.988 NA 0.000
#> SRR1264339 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264340 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264341 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264342 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264343 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264344 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264345 3 0.0727 0.778 0.000 0.004 0.980 NA 0.004
#> SRR1264346 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264347 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264348 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264349 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264350 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264351 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
#> SRR1264352 3 0.0162 0.782 0.000 0.004 0.996 NA 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264041 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264042 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264043 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264044 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264045 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264046 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264047 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264048 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264049 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264050 5 0.3804 0.948 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.008
#> SRR1264051 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264052 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264053 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264054 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264055 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264056 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264057 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264058 5 0.3789 0.953 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1264059 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264060 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264061 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264062 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264063 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264064 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264065 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264066 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264067 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264068 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264069 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264070 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264071 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264072 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264073 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264074 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264075 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264076 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264077 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264078 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264079 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264080 2 0.3278 0.870 0.000 0.844 0.012 0.016 0.024 0.104
#> SRR1264081 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264082 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264083 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264084 5 0.6519 0.597 0.148 0.012 0.000 0.096 0.584 0.160
#> SRR1264085 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264086 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264087 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264088 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264089 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264090 2 0.7412 0.264 0.000 0.336 0.000 0.144 0.328 0.192
#> SRR1264091 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264092 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264093 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264094 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264095 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264096 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264097 5 0.6524 0.621 0.168 0.012 0.000 0.088 0.580 0.152
#> SRR1264098 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264099 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264100 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264101 2 0.6873 0.577 0.000 0.504 0.000 0.144 0.148 0.204
#> SRR1264102 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264103 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264104 2 0.4738 0.833 0.000 0.760 0.012 0.072 0.076 0.080
#> SRR1264105 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0363 0.890 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264130 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264131 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264132 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264133 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264134 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264135 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264136 1 0.3467 0.439 0.820 0.000 0.000 0.024 0.124 0.032
#> SRR1264137 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264138 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264139 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264140 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264141 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264142 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264143 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264144 1 0.3227 0.444 0.832 0.000 0.000 0.016 0.124 0.028
#> SRR1264145 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0363 0.590 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264170 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264171 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264172 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264173 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264174 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264175 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264176 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264177 1 0.4238 0.532 0.540 0.000 0.000 0.016 0.000 0.444
#> SRR1264178 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264179 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264180 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264181 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264182 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264183 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264184 1 0.5520 0.480 0.540 0.000 0.000 0.036 0.060 0.364
#> SRR1264185 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264186 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264187 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264188 1 0.4161 0.532 0.540 0.000 0.000 0.012 0.000 0.448
#> SRR1264189 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264190 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264191 1 0.3828 0.552 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1264192 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264193 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264194 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264195 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264196 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264197 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264198 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264199 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264200 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264201 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264202 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264203 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264204 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264205 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264206 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264207 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264208 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264209 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264210 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264211 1 0.3791 0.599 0.688 0.000 0.000 0.008 0.004 0.300
#> SRR1264212 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264213 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264214 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264215 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264216 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264217 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264218 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264219 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264220 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264221 1 0.5479 0.236 0.660 0.000 0.004 0.040 0.184 0.112
#> SRR1264222 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264223 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264224 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264225 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264226 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264227 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264228 1 0.4278 0.408 0.772 0.000 0.004 0.036 0.136 0.052
#> SRR1264229 1 0.3908 0.430 0.792 0.000 0.004 0.024 0.140 0.040
#> SRR1264230 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264231 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264232 1 0.5275 0.540 0.624 0.000 0.000 0.064 0.036 0.276
#> SRR1264233 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264234 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264235 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264236 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264237 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264238 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264239 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264240 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264241 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264242 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264243 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264244 1 0.5456 0.532 0.604 0.000 0.000 0.076 0.036 0.284
#> SRR1264245 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264246 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264247 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264248 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264249 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264250 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264251 1 0.6063 0.467 0.552 0.000 0.000 0.156 0.036 0.256
#> SRR1264252 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264253 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264254 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264255 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264256 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264257 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264258 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264259 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264260 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264261 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264262 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264263 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264264 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264265 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264266 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264267 4 0.5761 0.724 0.028 0.012 0.256 0.624 0.012 0.068
#> SRR1264268 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264269 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264270 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264271 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264272 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264273 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264274 4 0.5955 0.768 0.028 0.016 0.280 0.596 0.012 0.068
#> SRR1264275 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264276 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264277 3 0.5968 0.582 0.004 0.000 0.596 0.216 0.144 0.040
#> SRR1264278 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264279 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264280 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264281 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264282 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264283 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264284 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264285 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264286 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264287 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264288 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264289 3 0.5968 0.582 0.004 0.000 0.596 0.216 0.144 0.040
#> SRR1264290 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264291 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264292 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264293 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264294 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264295 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264296 3 0.6127 0.594 0.004 0.008 0.600 0.208 0.140 0.040
#> SRR1264297 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0717 0.736 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264303 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0717 0.736 0.000 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264318 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0260 0.742 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264326 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264327 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264328 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264329 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264330 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264331 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264332 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264333 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264334 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264335 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264336 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264337 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264338 4 0.4471 0.773 0.004 0.016 0.420 0.556 0.004 0.000
#> SRR1264339 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264340 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264341 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264342 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264343 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264344 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264345 4 0.4471 0.773 0.004 0.016 0.420 0.556 0.004 0.000
#> SRR1264346 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264347 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264348 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264349 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264350 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264351 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
#> SRR1264352 4 0.4483 0.774 0.004 0.016 0.428 0.548 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.997 0.4993 0.501 0.501
#> 3 3 1.000 0.994 0.995 0.2812 0.856 0.713
#> 4 4 0.869 0.810 0.895 0.0845 0.952 0.867
#> 5 5 0.790 0.823 0.877 0.0877 0.922 0.759
#> 6 6 0.798 0.695 0.778 0.0516 0.923 0.717
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264253 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264254 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264255 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264256 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264257 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264258 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264259 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264260 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264261 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264262 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264263 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264264 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264265 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264266 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264267 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264268 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264269 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264270 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264271 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264272 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264273 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264274 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264275 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264276 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264277 2 0.9323 0.4657 0.348 0.652
#> SRR1264278 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264279 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264280 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264281 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264282 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264283 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264284 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264285 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264286 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264287 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264288 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264289 1 0.9993 0.0535 0.516 0.484
#> SRR1264290 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264291 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264292 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264293 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264294 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264295 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264296 2 0.0672 0.9908 0.008 0.992
#> SRR1264297 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264326 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264327 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264328 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264329 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264330 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264331 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264332 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264333 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264334 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264335 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264336 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264337 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264338 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264339 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264340 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264341 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264342 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264343 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264344 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264345 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264346 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264347 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264348 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264349 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264350 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264351 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
#> SRR1264352 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264041 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264042 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264043 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264044 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264045 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264046 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264047 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264048 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264049 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264050 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264051 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264052 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264053 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264054 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264055 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264056 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264057 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264058 1 0.0424 0.992 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.4784 0.749 0.796 0.200 0.004
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0237 0.996 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.3573 0.862 0.876 0.120 0.004
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264253 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264254 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264255 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264256 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264257 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264258 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264259 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264260 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264261 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264262 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264263 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264264 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264265 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264266 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264267 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264268 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264269 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264270 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264271 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264272 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264273 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264274 3 0.1031 0.986 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264275 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264298 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264299 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264300 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264301 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264302 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264303 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264304 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264305 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264306 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264307 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264308 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264309 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264310 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264311 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264312 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264313 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264314 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264315 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264316 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264317 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264318 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264319 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264320 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264321 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264322 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264323 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264324 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264325 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264326 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264327 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264328 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264329 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264330 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264331 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264332 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264333 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264334 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264335 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264336 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264337 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264338 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264339 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264340 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264341 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264342 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264343 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264344 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264345 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264346 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264347 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264348 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264349 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264350 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264351 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264352 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264041 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264042 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264043 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264044 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264045 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264046 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264047 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264048 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264049 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264050 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264051 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264052 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264053 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264054 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264055 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264056 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264057 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264058 1 0.3726 0.827 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.5728 0.739 0.708 0.104 0.000 0.188
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.4949 0.799 0.760 0.060 0.000 0.180
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264130 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264131 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264132 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264133 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264134 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264135 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264136 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264137 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264138 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264139 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264140 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264141 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264142 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264143 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264144 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264145 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264170 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264171 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264172 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264173 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264174 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264175 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264176 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264177 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264178 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264179 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264180 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264181 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264182 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264183 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264184 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264185 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264186 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264187 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264188 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264189 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264190 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264191 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264192 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264193 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264194 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264195 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264196 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264197 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264198 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264199 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264200 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264201 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264202 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264203 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264204 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264205 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264206 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264207 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264208 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264209 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264210 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264211 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264212 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264213 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264214 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264215 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264216 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264217 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264218 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264219 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264220 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264221 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264222 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264223 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264224 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264225 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264226 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264227 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264228 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264229 1 0.0817 0.950 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264230 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264231 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264232 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264233 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264234 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264235 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264236 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264237 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264238 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264239 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264240 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264241 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264242 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264243 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264244 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264245 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264246 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264247 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264248 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264249 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264250 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264251 1 0.2149 0.914 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264252 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264253 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264254 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264255 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264256 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264257 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264258 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264259 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264260 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264261 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264262 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264263 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264264 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264265 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264266 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264267 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264268 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264269 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264270 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264271 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264272 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264273 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264274 3 0.4220 0.621 0.000 0.004 0.748 0.248
#> SRR1264275 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264276 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264277 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264278 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264279 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264280 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264281 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264282 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264283 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264284 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264285 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264286 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264287 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264288 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264289 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264290 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264291 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264292 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264293 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264294 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264295 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264296 4 0.4907 0.932 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1264297 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264298 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264299 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264300 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264301 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264302 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264303 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264304 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264305 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264306 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264307 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264308 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264309 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264310 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264311 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264312 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264313 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264314 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264315 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264316 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264317 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264318 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264319 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264320 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264321 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264322 4 0.5000 0.883 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264323 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264324 3 0.5000 -0.888 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264325 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.618 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264041 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264042 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264043 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264044 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264045 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264046 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264047 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264048 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264049 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264050 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264051 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264052 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264053 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264054 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264055 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264056 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264057 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264058 5 0.3274 0.998 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264082 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264083 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264084 5 0.3530 0.967 0.204 0.012 0.000 0.000 0.784
#> SRR1264085 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264086 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264087 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264088 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264089 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264090 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264091 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264092 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264093 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264094 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264095 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264096 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264097 5 0.3242 0.992 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1264098 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264099 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264100 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264101 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264102 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264103 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264104 2 0.0290 0.995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264130 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264131 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264132 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264133 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264134 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264135 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264136 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264137 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264138 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264139 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264140 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264141 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264142 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264143 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264144 1 0.3752 0.576 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264145 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264146 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264147 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264148 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264149 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264150 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264151 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264152 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264153 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264154 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264155 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264156 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264157 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264158 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264159 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264160 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264161 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264162 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264163 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264164 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264165 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264166 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264167 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264168 1 0.2377 0.744 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264169 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264170 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264171 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264172 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264173 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264174 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264175 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264176 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264177 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264178 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264179 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264180 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264181 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264182 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264183 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264184 1 0.0290 0.772 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264185 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264186 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264187 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264188 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264189 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264190 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264191 1 0.2017 0.755 0.912 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264192 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264213 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264214 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264215 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264216 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264217 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264218 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264219 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264220 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264221 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264222 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264223 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264224 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264225 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264226 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264227 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264228 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264229 1 0.3796 0.563 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264230 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264231 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264232 1 0.3039 0.708 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR1264233 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264234 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264235 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264236 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264237 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264238 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264239 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264240 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264241 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264242 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264243 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264244 1 0.3039 0.708 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR1264245 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264246 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264247 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264248 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264249 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264250 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264251 1 0.3649 0.693 0.808 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1264252 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264253 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264254 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264255 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264256 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264257 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264258 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264259 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264260 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264261 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264262 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264263 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264264 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264265 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264266 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264267 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264268 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264269 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264270 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264271 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264272 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264273 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264274 4 0.0404 0.743 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264275 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264276 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264277 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264278 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264279 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264280 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264281 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264282 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264283 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264284 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264285 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264286 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264287 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264288 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264289 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264290 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264291 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264292 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264293 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264294 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264295 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264296 3 0.1341 0.923 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264297 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264298 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264299 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264300 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264301 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264302 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264303 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264304 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264305 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264306 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264307 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264308 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264309 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264310 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264311 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264312 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264313 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264314 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264315 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264316 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264317 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264318 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264319 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264320 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264321 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264322 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264323 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264324 3 0.1430 0.937 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1264325 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264326 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264327 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264328 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264329 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264330 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264331 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264332 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264333 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264334 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264335 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264336 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264337 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264338 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264339 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264340 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264341 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264342 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264343 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264344 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264345 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264346 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264347 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264348 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264349 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264350 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264351 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1264352 4 0.4576 0.710 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264041 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264042 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264043 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264044 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264045 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264046 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264047 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264048 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264049 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264050 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264051 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264052 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264053 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264054 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264055 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264056 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264057 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264058 5 0.0260 0.521 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1264059 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264060 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264061 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264062 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264063 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264064 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264065 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264066 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264067 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264068 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264069 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264070 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264071 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264072 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264073 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264074 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264075 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264076 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264077 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264078 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264079 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264080 2 0.0146 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264081 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264082 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264083 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264084 5 0.1232 0.495 0.004 0.016 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR1264085 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264086 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264087 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264088 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264089 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264090 2 0.1327 0.963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264091 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264092 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264093 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264094 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264095 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264096 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264097 5 0.0806 0.511 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR1264098 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264099 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264100 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264101 2 0.1327 0.963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264102 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264103 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264104 2 0.1204 0.967 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264105 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264130 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264131 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264132 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264133 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264134 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264135 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264136 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264137 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264138 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264139 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264140 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264141 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264142 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264143 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264144 5 0.6048 0.516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR1264145 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264146 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264147 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264148 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264149 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264150 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264151 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264152 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264153 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264154 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264155 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264156 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264157 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264158 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264159 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264160 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264161 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264162 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264163 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264164 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264165 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264166 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264167 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264168 1 0.5795 0.279 0.496 0.000 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR1264169 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264170 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264171 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264172 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264173 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264174 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264175 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264176 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264177 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264178 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264179 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264180 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264181 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264182 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264183 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264184 1 0.5019 0.624 0.500 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR1264185 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264186 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264187 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264188 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264189 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264190 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264191 1 0.4371 0.649 0.620 0.000 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1264192 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264193 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264194 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264195 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264196 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264197 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264198 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264199 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264200 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264201 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264202 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264203 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264204 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264205 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264206 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264207 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264208 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264209 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264210 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264211 1 0.5050 0.626 0.508 0.000 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1264212 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264213 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264214 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264215 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264216 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264217 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264218 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264219 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264220 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264221 5 0.5955 0.458 0.232 0.000 0.000 0.000 0.436 NA
#> SRR1264222 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264223 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264224 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264225 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264226 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264227 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264228 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264229 5 0.6032 0.523 0.288 0.000 0.000 0.000 0.424 NA
#> SRR1264230 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264231 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264232 1 0.0291 0.540 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1264233 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264234 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264235 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264236 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264237 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264238 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264239 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264240 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264241 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264242 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264243 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264244 1 0.0291 0.540 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1264245 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264246 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264247 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264248 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264249 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264250 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264251 1 0.0547 0.535 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1264252 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264253 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264254 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264255 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264256 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264257 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264258 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264259 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264260 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264261 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264262 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264263 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264264 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264265 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264266 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264267 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264268 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264269 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264270 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264271 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264272 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264273 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264274 4 0.0146 0.703 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264275 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264276 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264277 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264278 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264279 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264280 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264281 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264282 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264283 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264284 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264285 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264286 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264287 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264288 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264289 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264290 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264291 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264292 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264293 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264294 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264295 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264296 3 0.2538 0.804 0.000 0.000 0.860 0.000 0.016 NA
#> SRR1264297 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264298 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264299 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264300 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264301 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264302 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264303 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264304 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264305 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264306 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264307 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264308 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264309 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264310 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264311 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264312 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264313 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264314 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264315 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264316 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264317 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264318 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264319 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264320 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264321 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264322 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264323 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264324 3 0.2907 0.837 0.000 0.000 0.828 0.020 0.000 NA
#> SRR1264325 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264326 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264327 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264328 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264329 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264330 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264331 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264332 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264333 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264334 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264335 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264336 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264337 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264338 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264339 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264340 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264341 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264342 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264343 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264344 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264345 4 0.5726 0.687 0.000 0.000 0.196 0.504 0.000 NA
#> SRR1264346 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264347 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264348 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264349 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264350 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264351 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
#> SRR1264352 4 0.5747 0.687 0.000 0.000 0.200 0.500 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.531 0.758 0.890 0.4196 0.581 0.581
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5239 0.702 0.519
#> 4 4 1.000 1.000 1.000 0.0654 0.958 0.884
#> 5 5 0.954 0.975 0.979 0.0856 0.945 0.829
#> 6 6 1.000 0.987 0.989 0.0286 0.977 0.913
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.373 0.821 0.072 0.928
#> SRR1264091 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.876 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.848 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264253 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264254 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264255 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264256 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264257 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264258 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264259 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264260 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264261 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264262 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264263 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264264 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264265 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264266 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264267 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264268 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264269 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264270 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264271 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264272 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264273 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264274 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264275 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264276 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264277 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264278 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264279 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264280 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264281 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264282 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264283 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264284 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264285 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264286 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264287 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264288 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264289 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264290 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264291 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264292 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264293 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264294 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264295 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264296 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264297 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264298 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264299 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264300 2 0.929 0.470 0.344 0.656
#> SRR1264301 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264302 1 0.993 0.295 0.548 0.452
#> SRR1264303 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264304 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264305 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264306 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264307 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264308 2 0.929 0.470 0.344 0.656
#> SRR1264309 2 0.929 0.470 0.344 0.656
#> SRR1264310 1 0.999 0.194 0.520 0.480
#> SRR1264311 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264312 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264313 2 0.925 0.478 0.340 0.660
#> SRR1264314 2 0.921 0.485 0.336 0.664
#> SRR1264315 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264316 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264317 1 0.994 0.281 0.544 0.456
#> SRR1264318 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264319 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264320 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264321 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264322 2 0.992 0.111 0.448 0.552
#> SRR1264323 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264324 2 0.932 0.462 0.348 0.652
#> SRR1264325 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264326 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264327 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264328 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264329 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264330 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264331 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264332 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264333 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264334 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264335 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264336 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264337 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264338 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264339 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264340 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264341 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264342 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264343 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264344 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264345 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264346 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264347 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264348 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264349 1 0.921 0.593 0.664 0.336
#> SRR1264350 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264351 1 0.917 0.599 0.668 0.332
#> SRR1264352 1 0.921 0.593 0.664 0.336
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.175 0.950 0 0.952 0.048
#> SRR1264091 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.999 0 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264253 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264254 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264255 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264256 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264257 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264258 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264259 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264260 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264261 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264262 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264263 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264264 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264265 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264266 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264267 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264268 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264269 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264270 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264271 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264272 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264273 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264274 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264275 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264041 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264042 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264043 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264044 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264045 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264046 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264047 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264048 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264049 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264050 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264051 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264052 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264053 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264054 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264055 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264056 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264057 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264058 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264059 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264060 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264061 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264062 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264063 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264064 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264065 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264066 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264067 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264068 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264069 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264070 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264071 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264072 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264073 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264074 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264075 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264076 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264077 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264078 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264079 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264080 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264081 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264082 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264083 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264084 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264085 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264086 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264087 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264088 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264089 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264090 2 0.13 0.945 0 0.956 0.044 0
#> SRR1264091 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264092 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264093 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264094 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264095 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264096 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264097 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264098 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264099 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264100 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264101 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264102 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264103 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264104 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264105 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264106 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264107 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264108 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264109 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264110 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264111 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264112 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264113 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264114 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264115 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264116 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264117 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264118 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264119 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264120 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264121 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264122 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264123 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264124 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264125 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264126 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264127 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264128 2 0.00 0.999 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264129 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264130 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264131 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264132 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264133 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264134 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264135 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264136 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264137 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264138 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264139 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264140 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264141 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264142 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264143 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264144 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264145 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264146 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264147 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264148 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264149 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264150 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264151 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264152 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264153 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264154 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264155 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264156 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264157 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264158 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264159 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264160 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264161 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264162 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264163 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264164 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264165 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264166 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264167 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264168 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264169 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264170 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264171 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264172 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264173 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264174 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264175 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264176 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264177 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264178 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264179 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264180 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264181 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264182 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264183 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264184 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264185 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264186 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264187 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264188 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264189 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264190 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264191 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264192 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264193 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264194 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264195 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264196 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264197 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264198 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264199 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264200 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264201 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264202 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264203 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264204 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264205 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264206 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264207 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264208 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264209 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264210 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264211 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264212 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264213 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264214 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264215 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264216 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264217 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264218 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264219 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264220 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264221 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264222 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264223 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264224 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264225 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264226 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264227 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264228 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264229 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264230 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264231 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264232 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264233 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264234 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264235 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264236 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264237 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264238 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264239 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264240 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264241 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264242 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264243 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264244 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264245 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264246 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264247 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264248 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264249 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264250 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264251 1 0.00 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264252 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264253 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264254 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264255 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264256 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264257 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264258 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264259 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264260 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264261 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264262 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264263 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264264 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264265 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264266 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264267 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264268 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264269 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264270 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264271 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264272 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264273 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264274 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264275 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264276 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264277 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264278 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264279 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264280 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264281 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264282 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264283 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264284 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264285 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264286 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264287 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264288 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264289 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264290 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264291 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264292 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264293 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264294 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264295 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264296 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264297 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264298 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264299 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264300 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264301 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264302 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264303 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264304 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264305 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264306 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264307 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264308 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264309 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264310 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264311 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264312 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264313 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264314 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264315 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264316 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264317 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264318 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264319 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264320 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264321 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264322 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264323 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264324 4 0.00 1.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264325 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264326 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264327 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264328 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264329 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264330 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264331 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264332 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264333 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264334 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264335 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264336 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264337 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264338 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264339 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264340 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264341 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264342 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264343 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264344 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264345 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264346 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264347 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264348 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264349 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264350 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264351 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264352 3 0.00 1.000 0 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264041 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264042 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264043 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264044 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264045 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264046 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264047 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264048 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264049 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264050 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264051 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264052 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264053 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264054 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264055 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264056 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264057 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264058 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.0510 0.984 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264090 5 0.3612 0.655 0.000 0.228 0 0.008 0.764
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.0703 0.972 0.024 0.000 0 0.000 0.976
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264130 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264131 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264132 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264133 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264134 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264135 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264136 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264137 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264138 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264139 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264140 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264141 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264142 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264143 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264144 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264145 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264146 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264147 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264148 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264149 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264150 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264151 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264152 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264153 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264154 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264155 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264156 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264157 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264158 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264159 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264160 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264161 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264162 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264163 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264164 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264165 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264166 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264167 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264168 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264169 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.2329 0.849 0.876 0.000 0 0.000 0.124
#> SRR1264185 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0404 0.952 0.988 0.000 0 0.000 0.012
#> SRR1264193 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0703 0.952 0.976 0.000 0 0.000 0.024
#> SRR1264195 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0162 0.951 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR1264197 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.1410 0.952 0.940 0.000 0 0.000 0.060
#> SRR1264201 1 0.1671 0.951 0.924 0.000 0 0.000 0.076
#> SRR1264202 1 0.0162 0.951 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR1264203 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0290 0.951 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR1264205 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.1121 0.952 0.956 0.000 0 0.000 0.044
#> SRR1264207 1 0.0290 0.951 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR1264208 1 0.0162 0.951 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR1264209 1 0.0290 0.951 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR1264210 1 0.0162 0.951 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR1264211 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264213 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264214 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264215 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264216 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264217 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264218 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264219 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264220 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264221 1 0.3177 0.819 0.792 0.000 0 0.000 0.208
#> SRR1264222 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264223 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264224 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264225 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264226 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264227 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264228 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264229 1 0.1792 0.951 0.916 0.000 0 0.000 0.084
#> SRR1264230 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264231 1 0.0404 0.944 0.988 0.000 0 0.012 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264234 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264235 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264236 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264237 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264238 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264239 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264240 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264241 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264242 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264243 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.950 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264246 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264247 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264248 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264249 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264250 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264251 1 0.0510 0.942 0.984 0.000 0 0.016 0.000
#> SRR1264252 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264275 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264276 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264277 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264278 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264279 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264280 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264281 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264282 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264283 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264284 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264285 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264286 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264287 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264288 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264289 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264290 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264291 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264292 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264293 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264294 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264295 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264296 4 0.0510 0.989 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0000 0.995 0.000 0.000 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264041 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264042 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264043 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264044 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264045 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264046 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264047 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264048 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264049 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264050 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264051 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264052 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264053 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264054 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264055 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264056 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264057 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264058 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264084 5 0.0000 0.987 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264090 5 0.2848 0.724 0.000 0.176 0 0.008 0.816 0
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264097 5 0.0260 0.974 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264129 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264130 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264131 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264132 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264133 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264134 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264135 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264136 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264137 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264138 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264139 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264140 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264141 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264142 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264143 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264144 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264145 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264146 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264147 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264148 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264149 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264150 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264151 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264152 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264153 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264154 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264155 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264156 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264157 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264158 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264159 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264160 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264161 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264162 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264163 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264164 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264165 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264166 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264167 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264168 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264169 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264170 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264171 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264172 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264173 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264174 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264175 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264176 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264177 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264178 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264179 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264180 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264181 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264182 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264183 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264184 1 0.2003 0.863 0.884 0.000 0 0.000 0.116 0
#> SRR1264185 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264186 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264187 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264188 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264189 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264190 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264191 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264192 1 0.0146 0.974 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0
#> SRR1264193 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264194 1 0.0458 0.974 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0
#> SRR1264195 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264196 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264197 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264198 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264199 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264200 1 0.0790 0.974 0.968 0.000 0 0.000 0.032 0
#> SRR1264201 1 0.1007 0.973 0.956 0.000 0 0.000 0.044 0
#> SRR1264202 1 0.0146 0.974 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0
#> SRR1264203 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264204 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264205 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264206 1 0.0632 0.974 0.976 0.000 0 0.000 0.024 0
#> SRR1264207 1 0.0146 0.974 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0
#> SRR1264208 1 0.0146 0.974 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0
#> SRR1264209 1 0.0146 0.974 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0
#> SRR1264210 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264211 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264212 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264213 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264214 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264215 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264216 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264217 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264218 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264219 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264220 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264221 1 0.2562 0.842 0.828 0.000 0 0.000 0.172 0
#> SRR1264222 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264223 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264224 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264225 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264226 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264227 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264228 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264229 1 0.1075 0.973 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0
#> SRR1264230 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264231 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264232 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264233 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264234 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264235 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264236 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264237 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264238 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264239 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264240 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264241 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264242 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264243 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264244 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264245 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264246 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264247 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264248 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264249 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264250 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264251 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR1264252 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264253 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264254 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264255 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264256 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264257 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264258 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264259 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264260 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264261 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264262 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264263 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264264 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264265 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264266 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264267 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264268 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264269 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264270 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264271 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264272 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264273 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264274 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264275 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264276 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264277 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264278 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264279 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264280 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264281 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264282 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264283 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264284 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264285 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264286 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264287 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264288 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264289 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264290 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264291 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264292 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264293 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264294 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264295 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264296 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264325 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264326 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264327 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264328 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264329 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264330 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264331 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264332 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264333 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264335 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264336 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264337 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264338 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264339 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264340 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264341 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264342 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264343 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264344 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264345 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264346 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264347 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264348 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264349 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264350 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264351 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264352 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.868 0.964 0.981 0.4636 0.526 0.526
#> 3 3 0.948 0.891 0.960 0.3894 0.677 0.462
#> 4 4 0.742 0.759 0.850 0.1183 0.785 0.476
#> 5 5 0.782 0.826 0.880 0.0523 0.864 0.581
#> 6 6 0.859 0.899 0.887 0.0447 0.927 0.721
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264041 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264042 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264043 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264044 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264045 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264046 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264047 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264048 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264049 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264050 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264051 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264052 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264053 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264054 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264055 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264056 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264057 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264058 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264059 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264084 2 0.7745 0.758 0.228 0.772
#> SRR1264085 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264097 2 0.9710 0.423 0.400 0.600
#> SRR1264098 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264137 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264178 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264185 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264189 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264229 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264231 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264232 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264233 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264234 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264235 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264236 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264237 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264238 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264239 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264240 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264241 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264242 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264243 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264244 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264246 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264247 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264248 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264249 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264250 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264251 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264252 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264253 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264254 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264255 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264256 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264257 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264258 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264259 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264260 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264261 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264262 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264263 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264264 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264265 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264266 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264267 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264268 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264269 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264270 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264271 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264272 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264273 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264274 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264275 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264276 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264277 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264278 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264279 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264280 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264281 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264282 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264283 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264284 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264285 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264286 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264287 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264288 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264289 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264290 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264291 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264292 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264293 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264294 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264295 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264296 2 0.7745 0.759 0.228 0.772
#> SRR1264297 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR1264325 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264326 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264327 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264328 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264329 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264330 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264331 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264332 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264333 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264334 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264335 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264336 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264337 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264338 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264339 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264340 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264341 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264342 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264343 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264344 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264345 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264346 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264347 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264348 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264349 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264350 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264351 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
#> SRR1264352 1 0.0376 0.998 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264041 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264042 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264043 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264044 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264045 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264046 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264047 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264048 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264049 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264050 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264051 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264052 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264053 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264054 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264055 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264056 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264057 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264058 1 0.0237 0.9628 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264082 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264083 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264084 1 0.4974 0.7002 0.764 0.236 0.000
#> SRR1264085 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264086 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264087 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264088 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264089 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264090 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264091 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264092 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264093 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264094 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264095 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264096 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264097 1 0.4654 0.7408 0.792 0.208 0.000
#> SRR1264098 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264099 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264100 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264101 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264102 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264103 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264104 2 0.0237 0.9976 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264146 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264147 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264148 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264149 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264150 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264151 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264152 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264153 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264154 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264155 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264156 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264157 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264158 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264159 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264160 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264161 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264162 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264163 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264164 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264165 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264166 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264167 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264168 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264169 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.1860 0.9234 0.948 0.000 0.052
#> SRR1264178 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264184 1 0.4062 0.7857 0.836 0.000 0.164
#> SRR1264185 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264195 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264198 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264201 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264202 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264203 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9630 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264206 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264207 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264208 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264209 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264210 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264211 1 0.0237 0.9637 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264212 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264213 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264214 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264215 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264216 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264217 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264218 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264219 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264220 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264221 1 0.4002 0.7962 0.840 0.000 0.160
#> SRR1264222 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264223 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264224 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264225 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264226 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264227 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264228 1 0.2711 0.8962 0.912 0.000 0.088
#> SRR1264229 1 0.2878 0.8887 0.904 0.000 0.096
#> SRR1264230 3 0.6309 0.0717 0.496 0.000 0.504
#> SRR1264231 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264232 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264233 3 0.6307 0.0985 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264234 3 0.6307 0.0985 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264235 1 0.6309 -0.0596 0.504 0.000 0.496
#> SRR1264236 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264237 1 0.6308 -0.0459 0.508 0.000 0.492
#> SRR1264238 3 0.6305 0.1096 0.484 0.000 0.516
#> SRR1264239 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264240 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264241 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264242 3 0.6307 0.0966 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264243 3 0.6307 0.0985 0.488 0.000 0.512
#> SRR1264244 1 0.0237 0.9628 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264245 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264246 1 0.6309 -0.0733 0.500 0.000 0.500
#> SRR1264247 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264248 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264249 3 0.6305 0.1096 0.484 0.000 0.516
#> SRR1264250 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264251 3 0.6308 0.0850 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264252 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.9156 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264041 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264042 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264043 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264044 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264045 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264046 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264047 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264048 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264049 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264050 4 0.7268 0.557 0.172 0.000 0.312 0.516
#> SRR1264051 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264052 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264053 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264054 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264055 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264056 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264057 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264058 4 0.6375 0.646 0.088 0.000 0.312 0.600
#> SRR1264059 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264082 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264083 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264084 1 0.3873 0.649 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264085 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264086 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264087 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264088 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264089 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264090 1 0.5816 0.557 0.688 0.088 0.000 0.224
#> SRR1264091 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264092 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264093 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264094 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264095 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264096 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264097 1 0.3873 0.649 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264098 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264099 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264100 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264101 1 0.6248 0.513 0.656 0.120 0.000 0.224
#> SRR1264102 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264103 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264104 2 0.3837 0.782 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1264105 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264137 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264146 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264147 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264148 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264149 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264150 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264151 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264152 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264153 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264154 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264155 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264156 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264157 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264158 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264159 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264160 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264161 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264162 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264163 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264164 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264165 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264166 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264167 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264168 1 0.0188 0.967 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264169 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264170 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264171 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264172 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264173 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264174 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264175 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264176 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264177 1 0.3873 0.569 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264178 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264179 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264180 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264181 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264182 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264183 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264184 1 0.3982 0.584 0.776 0.000 0.220 0.004
#> SRR1264185 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264186 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264187 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264188 1 0.4304 0.412 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1264189 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264190 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264191 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0188 0.965 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264229 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264231 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264232 3 0.4989 0.393 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1264233 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264234 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264235 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264236 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264237 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264238 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264239 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264240 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264241 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264242 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264243 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264244 3 0.4996 0.373 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1264245 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264246 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264247 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264248 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264249 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264250 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264251 3 0.4985 0.401 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1264252 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264253 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264254 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264255 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264256 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264257 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264258 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264259 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264260 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264261 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264262 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264263 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264264 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264265 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264266 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264267 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264268 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264269 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264270 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264271 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264272 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264273 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264274 3 0.4585 0.572 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1264275 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264326 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264327 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264328 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264329 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264330 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264331 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264332 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264333 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264334 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264335 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264336 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264337 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264338 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264339 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264340 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264341 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264342 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264343 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264344 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264345 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264346 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264347 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264348 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264349 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264350 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264351 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1264352 3 0.4898 0.519 0.000 0.000 0.584 0.416
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264041 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264042 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264043 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264044 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264045 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264046 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264047 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264048 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264049 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264050 5 0.3810 0.918 0.040 0.000 0.168 0.000 0.792
#> SRR1264051 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264052 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264053 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264054 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264055 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264056 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264057 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264058 5 0.3177 0.995 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264059 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264082 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264083 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264084 1 0.4270 0.581 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264085 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264086 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264087 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264088 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264089 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264090 1 0.4270 0.581 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264091 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264092 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264093 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264094 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264095 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264096 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264097 1 0.4270 0.581 0.776 0.000 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264098 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264099 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264100 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264101 1 0.5923 0.495 0.692 0.084 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264102 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264103 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264104 2 0.4270 0.760 0.000 0.776 0.112 0.000 0.112
#> SRR1264105 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.913 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0162 0.789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264137 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264170 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264171 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264172 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264173 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264174 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264175 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264176 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264177 1 0.2338 0.741 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004
#> SRR1264178 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264179 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264180 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264181 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264182 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264183 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264184 1 0.2286 0.742 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> SRR1264185 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264186 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264187 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264188 1 0.2852 0.709 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1264189 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264190 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264191 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264192 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0162 0.789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0162 0.789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264229 1 0.0000 0.792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264231 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264232 1 0.6432 0.482 0.484 0.000 0.000 0.320 0.196
#> SRR1264233 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264234 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264235 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264236 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264237 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264238 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264239 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264240 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264241 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264242 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264243 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264244 1 0.6050 0.514 0.544 0.000 0.000 0.312 0.144
#> SRR1264245 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264246 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264247 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264248 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264249 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264250 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264251 1 0.6506 0.473 0.468 0.000 0.000 0.324 0.208
#> SRR1264252 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264253 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264254 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264255 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264256 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264257 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264258 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264259 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264260 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264261 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264262 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264263 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264264 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264265 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264266 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264267 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264268 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264269 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264270 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264271 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264272 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264273 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264274 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264275 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264276 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264277 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264278 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264279 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264280 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264281 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264282 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264283 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264284 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264285 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264286 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264287 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264288 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264289 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264290 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264291 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264292 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264293 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264294 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264295 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264296 3 0.2179 0.891 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264297 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0162 0.919 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264318 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264326 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264327 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264328 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264329 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264330 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264331 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264332 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264333 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264334 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264335 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264336 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264337 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264338 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264339 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264340 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264341 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264342 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264343 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264344 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264345 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264346 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264347 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264348 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264349 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264350 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264351 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264352 4 0.0404 1.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 5 0.0146 0.994 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264051 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264082 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264083 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264084 1 0.5841 0.608 0.480 0.000 0.000 0.000 0.220 0.300
#> SRR1264085 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264086 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264087 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264088 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264089 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264090 1 0.5858 0.602 0.476 0.000 0.000 0.000 0.224 0.300
#> SRR1264091 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264092 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264093 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264094 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264095 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264096 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264097 1 0.5841 0.608 0.480 0.000 0.000 0.000 0.220 0.300
#> SRR1264098 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264099 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264100 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264101 1 0.7096 0.453 0.392 0.084 0.000 0.000 0.224 0.300
#> SRR1264102 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264103 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264104 2 0.2969 0.768 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264130 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264131 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264132 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264133 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264134 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264135 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264136 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264137 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264138 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264139 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264140 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264141 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264142 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264143 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264144 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264145 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264146 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264147 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264148 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264149 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264150 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264151 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264152 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264153 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264154 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264155 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264156 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264157 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264158 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264159 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264160 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264161 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264162 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264163 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264164 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264165 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264166 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264167 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264168 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264169 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264170 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264171 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264172 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264173 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264174 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264175 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264176 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264177 1 0.3464 0.964 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1264178 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264179 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264180 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264181 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264182 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264183 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264184 1 0.3428 0.975 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264185 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264186 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264187 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264188 1 0.3804 0.774 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1264189 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264190 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264191 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264192 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264193 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264194 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264195 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264196 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264197 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264198 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264199 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264200 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264201 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264202 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264203 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264204 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264205 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264206 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264207 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264208 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264209 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264210 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264211 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264212 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264213 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264214 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264215 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264216 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264217 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264218 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264219 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264220 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264221 1 0.3428 0.975 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264222 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264223 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264224 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264225 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264226 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264227 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264228 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264229 1 0.3409 0.980 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1264230 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264231 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264232 6 0.0547 0.964 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1264233 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264234 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264235 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264236 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264237 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264238 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264239 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264240 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264241 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264242 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264243 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264244 6 0.2854 0.573 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1264245 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264246 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264247 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264248 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264249 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264250 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264251 6 0.0000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264252 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264253 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264254 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264255 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264256 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264257 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264258 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264259 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264260 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264261 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264262 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264263 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264264 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264265 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264266 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264267 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264268 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264269 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264270 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264271 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264272 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264273 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264274 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264275 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264276 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264277 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264278 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264279 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264280 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264281 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264282 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264283 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264284 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264285 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264286 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264287 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264288 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264289 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264290 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264291 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264292 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264293 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264294 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264295 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264296 3 0.7084 0.524 0.300 0.000 0.396 0.084 0.220 0.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0146 0.708 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264326 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264327 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264328 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264329 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264330 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264331 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264332 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264333 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264334 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264335 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264336 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264337 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264338 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264339 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264340 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264341 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264342 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264343 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264344 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264345 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264346 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264347 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264348 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264349 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264350 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264351 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264352 4 0.1610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.400 0.661 0.796 0.4285 0.625 0.625
#> 3 3 0.968 0.926 0.968 0.5264 0.639 0.454
#> 4 4 0.773 0.817 0.886 0.0925 0.929 0.794
#> 5 5 0.793 0.832 0.854 0.0849 0.872 0.587
#> 6 6 0.841 0.827 0.879 0.0393 0.974 0.880
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264041 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264042 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264043 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264044 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264045 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264046 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264047 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264048 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264049 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264050 1 0.9661 0.642 0.608 0.392
#> SRR1264051 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264052 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264053 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264054 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264055 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264056 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264057 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264058 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264059 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264060 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264061 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264062 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264063 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264064 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264065 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264066 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264067 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264068 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264069 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264070 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264071 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264072 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264073 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264074 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264075 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264076 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264077 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264078 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264079 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264080 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264081 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264082 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264083 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264084 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264085 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264086 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264087 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264088 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264089 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264090 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264091 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264092 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264093 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264094 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264095 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264096 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264097 1 0.9608 0.649 0.616 0.384
#> SRR1264098 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264099 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264100 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264101 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264102 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264103 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264104 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264105 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264106 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264107 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264108 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264109 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264110 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264111 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264112 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264113 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264114 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264115 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264116 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264117 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264118 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264119 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264120 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264121 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264122 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264123 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264124 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264125 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264126 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264127 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264128 1 0.9580 0.652 0.620 0.380
#> SRR1264129 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264170 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264171 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264172 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0376 0.714 0.996 0.004
#> SRR1264174 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264175 1 0.0376 0.714 0.996 0.004
#> SRR1264176 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264177 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264178 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264179 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264180 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264181 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264182 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264183 1 0.0672 0.712 0.992 0.008
#> SRR1264184 1 0.4161 0.613 0.916 0.084
#> SRR1264185 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264186 1 0.0672 0.712 0.992 0.008
#> SRR1264187 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264188 1 0.0376 0.714 0.996 0.004
#> SRR1264189 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264190 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264191 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264192 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.716 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264213 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264214 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264215 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264216 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264217 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264218 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264219 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264220 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264221 1 0.1843 0.694 0.972 0.028
#> SRR1264222 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264223 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264224 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264225 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264226 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264227 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264228 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264229 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264230 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264231 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264232 1 0.1414 0.703 0.980 0.020
#> SRR1264233 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264234 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264235 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264236 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264237 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264238 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264239 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264240 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264241 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264242 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264243 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264244 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264245 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264246 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264247 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264248 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264249 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264250 1 0.0938 0.710 0.988 0.012
#> SRR1264251 1 0.1184 0.707 0.984 0.016
#> SRR1264252 1 0.9896 -0.488 0.560 0.440
#> SRR1264253 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264254 1 0.9775 -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264255 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264256 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264257 1 0.9795 -0.416 0.584 0.416
#> SRR1264258 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264259 1 0.9775 -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264260 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264261 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264262 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264263 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264264 1 0.9881 -0.476 0.564 0.436
#> SRR1264265 1 0.9775 -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264266 1 0.9754 -0.391 0.592 0.408
#> SRR1264267 1 0.9833 -0.440 0.576 0.424
#> SRR1264268 1 0.9850 -0.452 0.572 0.428
#> SRR1264269 1 0.9866 -0.464 0.568 0.432
#> SRR1264270 1 0.9775 -0.404 0.588 0.412
#> SRR1264271 1 0.9866 -0.464 0.568 0.432
#> SRR1264272 1 0.9833 -0.440 0.576 0.424
#> SRR1264273 1 0.9795 -0.416 0.584 0.416
#> SRR1264274 1 0.9866 -0.464 0.568 0.432
#> SRR1264275 2 0.9170 0.917 0.332 0.668
#> SRR1264276 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
#> SRR1264277 2 0.8955 0.930 0.312 0.688
#> SRR1264278 2 0.8861 0.930 0.304 0.696
#> SRR1264279 2 0.8861 0.930 0.304 0.696
#> SRR1264280 2 0.8763 0.929 0.296 0.704
#> SRR1264281 2 0.8713 0.928 0.292 0.708
#> SRR1264282 2 0.8861 0.930 0.304 0.696
#> SRR1264283 2 0.8763 0.929 0.296 0.704
#> SRR1264284 2 0.9170 0.917 0.332 0.668
#> SRR1264285 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264286 2 0.8909 0.930 0.308 0.692
#> SRR1264287 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264288 2 0.8909 0.930 0.308 0.692
#> SRR1264289 2 0.8955 0.930 0.312 0.688
#> SRR1264290 2 0.8763 0.929 0.296 0.704
#> SRR1264291 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264292 2 0.8813 0.930 0.300 0.700
#> SRR1264293 2 0.8555 0.924 0.280 0.720
#> SRR1264294 2 0.8555 0.925 0.280 0.720
#> SRR1264295 2 0.9129 0.921 0.328 0.672
#> SRR1264296 2 0.8909 0.930 0.308 0.692
#> SRR1264297 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264298 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264299 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264300 2 0.7528 0.892 0.216 0.784
#> SRR1264301 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264302 2 0.7745 0.901 0.228 0.772
#> SRR1264303 2 0.7674 0.899 0.224 0.776
#> SRR1264304 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264305 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264306 2 0.7674 0.899 0.224 0.776
#> SRR1264307 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264308 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264309 2 0.7453 0.886 0.212 0.788
#> SRR1264310 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264311 2 0.7674 0.899 0.224 0.776
#> SRR1264312 2 0.7674 0.899 0.224 0.776
#> SRR1264313 2 0.7528 0.892 0.216 0.784
#> SRR1264314 2 0.7528 0.892 0.216 0.784
#> SRR1264315 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264316 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264317 2 0.7674 0.899 0.224 0.776
#> SRR1264318 2 0.7528 0.892 0.216 0.784
#> SRR1264319 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264320 2 0.7453 0.886 0.212 0.788
#> SRR1264321 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264322 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264323 2 0.7602 0.897 0.220 0.780
#> SRR1264324 2 0.7453 0.886 0.212 0.788
#> SRR1264325 2 0.8955 0.930 0.312 0.688
#> SRR1264326 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
#> SRR1264327 2 0.9129 0.921 0.328 0.672
#> SRR1264328 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
#> SRR1264329 2 0.9209 0.912 0.336 0.664
#> SRR1264330 2 0.9323 0.896 0.348 0.652
#> SRR1264331 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
#> SRR1264332 2 0.9248 0.907 0.340 0.660
#> SRR1264333 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264334 2 0.9129 0.922 0.328 0.672
#> SRR1264335 2 0.8955 0.930 0.312 0.688
#> SRR1264336 2 0.9129 0.921 0.328 0.672
#> SRR1264337 2 0.9129 0.921 0.328 0.672
#> SRR1264338 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
#> SRR1264339 2 0.9248 0.907 0.340 0.660
#> SRR1264340 2 0.9209 0.912 0.336 0.664
#> SRR1264341 2 0.8909 0.930 0.308 0.692
#> SRR1264342 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264343 2 0.9286 0.902 0.344 0.656
#> SRR1264344 2 0.9129 0.921 0.328 0.672
#> SRR1264345 2 0.8555 0.925 0.280 0.720
#> SRR1264346 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264347 2 0.9323 0.896 0.348 0.652
#> SRR1264348 2 0.9286 0.902 0.344 0.656
#> SRR1264349 2 0.9044 0.927 0.320 0.680
#> SRR1264350 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
#> SRR1264351 2 0.9170 0.917 0.332 0.668
#> SRR1264352 2 0.9087 0.925 0.324 0.676
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264041 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264042 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264043 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264044 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264045 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264046 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264047 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264048 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264049 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264050 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264051 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264052 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264053 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264054 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264055 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264056 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264057 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264058 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264184 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264185 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264221 1 0.1860 0.936 0.948 0 0.052
#> SRR1264222 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.999 1.000 0 0.000
#> SRR1264252 3 0.6126 0.460 0.400 0 0.600
#> SRR1264253 3 0.6260 0.359 0.448 0 0.552
#> SRR1264254 3 0.6299 0.283 0.476 0 0.524
#> SRR1264255 3 0.6274 0.339 0.456 0 0.544
#> SRR1264256 3 0.6267 0.349 0.452 0 0.548
#> SRR1264257 3 0.6180 0.431 0.416 0 0.584
#> SRR1264258 3 0.6308 0.234 0.492 0 0.508
#> SRR1264259 3 0.6215 0.406 0.428 0 0.572
#> SRR1264260 3 0.6215 0.406 0.428 0 0.572
#> SRR1264261 3 0.6299 0.283 0.476 0 0.524
#> SRR1264262 3 0.6225 0.397 0.432 0 0.568
#> SRR1264263 3 0.6260 0.359 0.448 0 0.552
#> SRR1264264 3 0.6154 0.446 0.408 0 0.592
#> SRR1264265 3 0.6154 0.446 0.408 0 0.592
#> SRR1264266 3 0.6286 0.318 0.464 0 0.536
#> SRR1264267 3 0.6154 0.446 0.408 0 0.592
#> SRR1264268 3 0.6192 0.423 0.420 0 0.580
#> SRR1264269 3 0.6180 0.431 0.416 0 0.584
#> SRR1264270 3 0.6286 0.317 0.464 0 0.536
#> SRR1264271 3 0.6154 0.446 0.408 0 0.592
#> SRR1264272 3 0.6192 0.423 0.420 0 0.580
#> SRR1264273 3 0.6215 0.406 0.428 0 0.572
#> SRR1264274 3 0.6180 0.431 0.416 0 0.584
#> SRR1264275 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.887 0.000 0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 4 0.3907 0.627 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1264041 4 0.3837 0.638 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264042 4 0.4008 0.608 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1264043 4 0.3610 0.656 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1264044 4 0.3801 0.642 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264045 4 0.3907 0.627 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1264046 4 0.3726 0.649 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1264047 4 0.3837 0.638 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264048 4 0.3801 0.643 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264049 4 0.3764 0.646 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1264050 4 0.4134 0.582 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1264051 4 0.3837 0.638 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264052 4 0.3688 0.652 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264053 4 0.3610 0.656 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1264054 4 0.3569 0.657 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264055 4 0.3801 0.643 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264056 4 0.3688 0.652 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264057 4 0.3764 0.646 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1264058 4 0.3801 0.643 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3688 0.807 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264130 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264131 1 0.3764 0.800 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264132 1 0.3649 0.810 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264133 1 0.3688 0.807 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264134 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264135 1 0.3610 0.814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264136 1 0.3356 0.834 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264137 1 0.3688 0.807 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264138 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264139 1 0.3801 0.795 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264140 1 0.3569 0.817 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1264141 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264142 1 0.3172 0.844 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264143 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264144 1 0.3649 0.810 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264145 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264170 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264171 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264172 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264173 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264174 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264175 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264176 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264177 1 0.0592 0.933 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264178 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264179 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264180 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264181 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264182 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264183 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264184 1 0.6179 0.307 0.608 0.000 0.320 0.072
#> SRR1264185 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264186 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264187 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264188 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264189 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264190 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264191 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264192 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.3266 0.838 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1264213 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264214 1 0.3486 0.823 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1264215 1 0.2868 0.859 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264216 1 0.3726 0.803 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264217 1 0.3172 0.844 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264218 1 0.3610 0.814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264219 1 0.3764 0.799 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264220 1 0.3266 0.839 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1264221 1 0.1767 0.896 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR1264222 1 0.3444 0.827 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264223 1 0.3400 0.830 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1264224 1 0.3764 0.799 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264225 1 0.3837 0.791 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1264226 1 0.3528 0.820 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1264227 1 0.3649 0.810 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264228 1 0.0188 0.937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264229 1 0.3610 0.814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264230 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264231 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264232 1 0.0804 0.930 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1264233 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264234 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264235 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264236 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264237 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264238 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264239 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264240 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264241 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264242 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264243 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264244 1 0.1042 0.925 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1264245 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264246 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264247 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264248 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264249 1 0.0336 0.937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264250 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264251 1 0.0469 0.935 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264252 3 0.5256 0.617 0.204 0.000 0.732 0.064
#> SRR1264253 3 0.5596 0.592 0.236 0.000 0.696 0.068
#> SRR1264254 3 0.5663 0.569 0.264 0.000 0.676 0.060
#> SRR1264255 3 0.5705 0.571 0.260 0.000 0.676 0.064
#> SRR1264256 3 0.5648 0.582 0.252 0.000 0.684 0.064
#> SRR1264257 3 0.5496 0.601 0.232 0.000 0.704 0.064
#> SRR1264258 3 0.5742 0.557 0.276 0.000 0.664 0.060
#> SRR1264259 3 0.5579 0.584 0.252 0.000 0.688 0.060
#> SRR1264260 3 0.5590 0.588 0.244 0.000 0.692 0.064
#> SRR1264261 3 0.5791 0.548 0.284 0.000 0.656 0.060
#> SRR1264262 3 0.5677 0.577 0.256 0.000 0.680 0.064
#> SRR1264263 3 0.5627 0.589 0.240 0.000 0.692 0.068
#> SRR1264264 3 0.5325 0.618 0.204 0.000 0.728 0.068
#> SRR1264265 3 0.5466 0.606 0.220 0.000 0.712 0.068
#> SRR1264266 3 0.5716 0.560 0.272 0.000 0.668 0.060
#> SRR1264267 3 0.5532 0.602 0.228 0.000 0.704 0.068
#> SRR1264268 3 0.5394 0.604 0.228 0.000 0.712 0.060
#> SRR1264269 3 0.5464 0.603 0.228 0.000 0.708 0.064
#> SRR1264270 3 0.5705 0.573 0.260 0.000 0.676 0.064
#> SRR1264271 3 0.5292 0.616 0.208 0.000 0.728 0.064
#> SRR1264272 3 0.5432 0.607 0.216 0.000 0.716 0.068
#> SRR1264273 3 0.5432 0.609 0.216 0.000 0.716 0.068
#> SRR1264274 3 0.5288 0.618 0.200 0.000 0.732 0.068
#> SRR1264275 4 0.4746 0.525 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1264276 4 0.4643 0.553 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264277 4 0.4817 0.490 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1264278 4 0.4804 0.499 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1264279 4 0.4817 0.491 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1264280 4 0.4713 0.536 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1264281 4 0.4624 0.555 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1264282 4 0.4830 0.483 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1264283 4 0.4164 0.581 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1264284 4 0.4643 0.551 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264285 4 0.4522 0.565 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1264286 4 0.4790 0.506 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1264287 4 0.4866 0.456 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1264288 4 0.4761 0.519 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1264289 4 0.4898 0.424 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1264290 4 0.4713 0.536 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1264291 4 0.4661 0.549 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1264292 4 0.4477 0.564 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1264293 4 0.4624 0.556 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1264294 4 0.4855 0.465 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1264295 4 0.4643 0.553 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264296 4 0.4679 0.545 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1264297 3 0.4072 0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264298 3 0.3975 0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264299 3 0.4072 0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264300 3 0.4072 0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264301 3 0.4008 0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264302 3 0.3726 0.641 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1264303 3 0.3942 0.623 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1264304 3 0.3942 0.623 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1264305 3 0.3975 0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264306 3 0.3837 0.633 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1264307 3 0.3975 0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264308 3 0.4072 0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264309 3 0.4072 0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264310 3 0.3837 0.633 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1264311 3 0.4008 0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264312 3 0.4040 0.609 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1264313 3 0.4008 0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264314 3 0.4040 0.609 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1264315 3 0.3975 0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264316 3 0.4040 0.609 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1264317 3 0.3649 0.646 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264318 3 0.3975 0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264319 3 0.4008 0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264320 3 0.4008 0.614 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1264321 3 0.4072 0.603 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1264322 3 0.3837 0.633 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1264323 3 0.3975 0.619 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1264324 3 0.3907 0.627 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1264325 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264326 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264327 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264329 3 0.0336 0.729 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264330 3 0.1022 0.719 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264331 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264334 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264335 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264337 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264338 3 0.1557 0.708 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264339 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264340 3 0.0336 0.729 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264341 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264343 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.1474 0.710 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264346 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264348 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264350 3 0.0707 0.724 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1264351 3 0.0000 0.730 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0188 0.729 0.000 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.6096 0.59279 0.000 0.052 0.292 0.056 0.600
#> SRR1264041 5 0.5214 0.65482 0.000 0.044 0.184 0.052 0.720
#> SRR1264042 5 0.6169 0.60748 0.000 0.068 0.260 0.056 0.616
#> SRR1264043 5 0.5701 0.61814 0.000 0.040 0.264 0.052 0.644
#> SRR1264044 5 0.5601 0.63359 0.000 0.044 0.236 0.052 0.668
#> SRR1264045 5 0.6221 0.57201 0.000 0.060 0.308 0.052 0.580
#> SRR1264046 5 0.6131 0.58240 0.000 0.056 0.300 0.052 0.592
#> SRR1264047 5 0.6171 0.58520 0.000 0.060 0.296 0.052 0.592
#> SRR1264048 5 0.5532 0.64350 0.000 0.048 0.216 0.052 0.684
#> SRR1264049 5 0.5852 0.60594 0.000 0.044 0.280 0.052 0.624
#> SRR1264050 5 0.6786 0.57420 0.000 0.124 0.256 0.056 0.564
#> SRR1264051 5 0.6156 0.60552 0.000 0.064 0.268 0.056 0.612
#> SRR1264052 5 0.6209 0.56098 0.000 0.052 0.320 0.056 0.572
#> SRR1264053 5 0.5903 0.59657 0.000 0.040 0.292 0.056 0.612
#> SRR1264054 5 0.5608 0.62242 0.000 0.036 0.260 0.052 0.652
#> SRR1264055 5 0.5897 0.61661 0.000 0.052 0.264 0.052 0.632
#> SRR1264056 5 0.6282 0.55273 0.000 0.056 0.324 0.056 0.564
#> SRR1264057 5 0.6020 0.60530 0.000 0.052 0.276 0.056 0.616
#> SRR1264058 5 0.6282 0.55273 0.000 0.056 0.324 0.056 0.564
#> SRR1264059 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 5 0.2825 0.74242 0.124 0.000 0.000 0.016 0.860
#> SRR1264130 5 0.2891 0.73746 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1264131 5 0.2773 0.74073 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1264132 5 0.2920 0.74206 0.132 0.000 0.000 0.016 0.852
#> SRR1264133 5 0.3003 0.73463 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1264134 5 0.2782 0.73302 0.072 0.000 0.000 0.048 0.880
#> SRR1264135 5 0.2929 0.73755 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1264136 5 0.3305 0.71371 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1264137 5 0.2583 0.74349 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1264138 5 0.2732 0.74206 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264139 5 0.3143 0.72753 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1264140 5 0.3366 0.72191 0.212 0.000 0.000 0.004 0.784
#> SRR1264141 5 0.2909 0.74261 0.140 0.000 0.000 0.012 0.848
#> SRR1264142 5 0.3109 0.72418 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1264143 5 0.3274 0.71476 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1264144 5 0.3074 0.72964 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1264145 1 0.1965 0.85661 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264146 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264147 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264148 1 0.2074 0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264149 1 0.2074 0.85252 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264150 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264151 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264152 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264153 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264154 1 0.2074 0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264155 1 0.1851 0.85963 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264156 1 0.1965 0.85661 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264157 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264158 1 0.2020 0.85459 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264159 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264160 1 0.1965 0.85661 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264161 1 0.1965 0.85698 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264162 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264163 1 0.1851 0.85963 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264164 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264165 1 0.2471 0.82806 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264166 1 0.2074 0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264167 1 0.2074 0.85227 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264168 1 0.1908 0.85833 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264169 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264170 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264171 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264172 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264173 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264174 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264175 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264176 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264177 1 0.1282 0.86103 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1264178 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264179 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264180 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264181 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264182 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264183 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264184 1 0.1282 0.86103 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1264185 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264186 1 0.1043 0.86331 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264187 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264188 1 0.1282 0.86103 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1264189 1 0.1043 0.86331 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264190 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264191 1 0.1205 0.86358 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264192 1 0.0162 0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264193 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0162 0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264198 1 0.0162 0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264199 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0290 0.87513 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264201 1 0.0162 0.87532 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264202 1 0.0162 0.87535 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264203 1 0.0162 0.87464 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264204 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0290 0.87513 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264209 1 0.0290 0.87383 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264210 1 0.0000 0.87526 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0290 0.87379 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264212 5 0.4288 0.47312 0.384 0.000 0.000 0.004 0.612
#> SRR1264213 5 0.3882 0.73257 0.168 0.000 0.000 0.044 0.788
#> SRR1264214 5 0.3857 0.60815 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR1264215 5 0.3934 0.68779 0.244 0.000 0.000 0.016 0.740
#> SRR1264216 5 0.4519 0.68935 0.228 0.000 0.000 0.052 0.720
#> SRR1264217 5 0.4251 0.49180 0.372 0.000 0.000 0.004 0.624
#> SRR1264218 5 0.4519 0.69184 0.228 0.000 0.000 0.052 0.720
#> SRR1264219 5 0.4063 0.65093 0.280 0.000 0.000 0.012 0.708
#> SRR1264220 5 0.3477 0.74081 0.136 0.000 0.000 0.040 0.824
#> SRR1264221 1 0.2362 0.85591 0.912 0.000 0.040 0.008 0.040
#> SRR1264222 5 0.4063 0.64708 0.280 0.000 0.000 0.012 0.708
#> SRR1264223 5 0.4599 0.64219 0.272 0.000 0.000 0.040 0.688
#> SRR1264224 5 0.4104 0.70671 0.220 0.000 0.000 0.032 0.748
#> SRR1264225 5 0.3628 0.71611 0.216 0.000 0.000 0.012 0.772
#> SRR1264226 5 0.4192 0.43115 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1264227 5 0.3730 0.64729 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1264228 1 0.4451 -0.11179 0.504 0.000 0.000 0.004 0.492
#> SRR1264229 5 0.3949 0.58016 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1264230 1 0.4618 0.73444 0.724 0.000 0.000 0.208 0.068
#> SRR1264231 1 0.4297 0.77030 0.764 0.000 0.000 0.164 0.072
#> SRR1264232 4 0.6959 0.00785 0.352 0.000 0.092 0.488 0.068
#> SRR1264233 1 0.4589 0.75918 0.752 0.000 0.008 0.172 0.068
#> SRR1264234 1 0.4637 0.74212 0.728 0.000 0.000 0.196 0.076
#> SRR1264235 1 0.5540 0.65431 0.656 0.000 0.020 0.252 0.072
#> SRR1264236 1 0.4946 0.70335 0.696 0.000 0.004 0.232 0.068
#> SRR1264237 1 0.5035 0.71780 0.704 0.000 0.008 0.212 0.076
#> SRR1264238 1 0.6567 0.57157 0.600 0.000 0.076 0.236 0.088
#> SRR1264239 1 0.4909 0.75910 0.744 0.000 0.020 0.156 0.080
#> SRR1264240 1 0.5174 0.72521 0.712 0.000 0.020 0.192 0.076
#> SRR1264241 1 0.5172 0.70147 0.692 0.000 0.012 0.224 0.072
#> SRR1264242 1 0.5156 0.71583 0.708 0.000 0.020 0.204 0.068
#> SRR1264243 1 0.4541 0.75865 0.744 0.000 0.000 0.172 0.084
#> SRR1264244 4 0.6367 0.21126 0.304 0.000 0.072 0.572 0.052
#> SRR1264245 1 0.4801 0.74373 0.728 0.000 0.004 0.184 0.084
#> SRR1264246 1 0.4767 0.73737 0.724 0.000 0.004 0.200 0.072
#> SRR1264247 1 0.5731 0.64143 0.644 0.000 0.024 0.252 0.080
#> SRR1264248 1 0.5625 0.68636 0.688 0.000 0.048 0.196 0.068
#> SRR1264249 1 0.4297 0.77072 0.764 0.000 0.000 0.164 0.072
#> SRR1264250 1 0.5462 0.70248 0.688 0.000 0.024 0.204 0.084
#> SRR1264251 1 0.4709 0.73889 0.728 0.000 0.004 0.200 0.068
#> SRR1264252 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264253 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264254 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264255 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264256 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264257 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264258 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264259 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264260 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264261 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264262 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264263 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264264 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264265 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264266 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264267 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264268 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264269 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264270 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264271 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264272 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264273 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264274 4 0.2179 0.75842 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1264275 3 0.0000 0.96142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.0566 0.94856 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1264277 3 0.0898 0.93583 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1264278 3 0.0162 0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264279 3 0.0451 0.95271 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264280 3 0.0566 0.94862 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1264281 3 0.0451 0.95933 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1264282 3 0.0162 0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264283 3 0.1579 0.89369 0.000 0.000 0.944 0.032 0.024
#> SRR1264284 3 0.0162 0.95915 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264285 3 0.0451 0.95283 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1264286 3 0.0162 0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264287 3 0.0290 0.96443 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264288 3 0.0912 0.93390 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1264289 3 0.0671 0.94381 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1264290 3 0.0162 0.96327 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264291 3 0.0324 0.96162 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1264292 3 0.0451 0.95259 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264293 3 0.1216 0.91736 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1264294 3 0.0162 0.95908 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264295 3 0.0451 0.95268 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264296 3 0.0000 0.96142 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264298 3 0.0703 0.96729 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264299 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264300 3 0.0880 0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264301 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264302 3 0.1478 0.91868 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1264303 3 0.0880 0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264304 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264305 3 0.0880 0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264306 3 0.1043 0.95438 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1264307 3 0.0880 0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264308 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264309 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264310 3 0.0880 0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264311 3 0.0703 0.96729 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264312 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264313 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264314 3 0.0880 0.96425 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264315 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264316 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264317 3 0.1671 0.89845 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1264318 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264319 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264320 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264321 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264322 3 0.1121 0.94887 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264323 3 0.0794 0.96745 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264324 3 0.0880 0.96420 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264325 4 0.4227 0.68431 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1264326 4 0.4150 0.70255 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1264327 4 0.4242 0.67751 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264328 4 0.4302 0.58533 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1264329 4 0.4249 0.67276 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264330 4 0.4101 0.70959 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1264331 4 0.4242 0.67726 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264332 4 0.4300 0.59544 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1264333 4 0.4192 0.69416 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1264334 4 0.4249 0.67265 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264335 4 0.4268 0.65530 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264336 4 0.4256 0.66662 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264337 4 0.4278 0.64238 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1264338 4 0.3966 0.72133 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1264339 4 0.4235 0.68062 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1264340 4 0.4268 0.65581 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264341 4 0.4262 0.66243 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264342 4 0.4302 0.58630 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1264343 4 0.4227 0.68455 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1264344 4 0.4227 0.68448 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1264345 4 0.3684 0.73400 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1264346 4 0.4256 0.66723 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264347 4 0.4249 0.67242 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264348 4 0.4235 0.68122 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1264349 4 0.4242 0.67732 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264350 4 0.4045 0.71554 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264351 4 0.4291 0.61966 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1264352 4 0.4302 0.58565 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.4339 0.9719 0.000 0.040 0.040 0.000 0.748 0.172
#> SRR1264041 5 0.4096 0.9815 0.000 0.028 0.024 0.000 0.744 0.204
#> SRR1264042 5 0.4184 0.9844 0.000 0.032 0.028 0.000 0.744 0.196
#> SRR1264043 5 0.4142 0.9830 0.000 0.028 0.028 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264044 5 0.4139 0.9820 0.000 0.032 0.024 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264045 5 0.4300 0.9787 0.000 0.040 0.032 0.000 0.744 0.184
#> SRR1264046 5 0.4226 0.9846 0.000 0.032 0.032 0.000 0.744 0.192
#> SRR1264047 5 0.4302 0.9818 0.000 0.036 0.036 0.000 0.744 0.184
#> SRR1264048 5 0.4096 0.9803 0.000 0.028 0.024 0.000 0.744 0.204
#> SRR1264049 5 0.4139 0.9808 0.000 0.024 0.032 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264050 5 0.4141 0.9455 0.000 0.012 0.060 0.000 0.752 0.176
#> SRR1264051 5 0.4264 0.9847 0.000 0.032 0.036 0.000 0.744 0.188
#> SRR1264052 5 0.4259 0.9821 0.000 0.028 0.040 0.000 0.744 0.188
#> SRR1264053 5 0.4184 0.9842 0.000 0.028 0.032 0.000 0.744 0.196
#> SRR1264054 5 0.4125 0.9763 0.000 0.024 0.028 0.000 0.740 0.208
#> SRR1264055 5 0.4139 0.9814 0.000 0.032 0.024 0.000 0.744 0.200
#> SRR1264056 5 0.4332 0.9792 0.000 0.032 0.044 0.000 0.744 0.180
#> SRR1264057 5 0.4264 0.9847 0.000 0.032 0.036 0.000 0.744 0.188
#> SRR1264058 5 0.4302 0.9818 0.000 0.036 0.036 0.000 0.744 0.184
#> SRR1264059 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264060 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264061 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264062 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264063 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264064 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264065 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264066 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264067 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264068 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264069 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264070 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264071 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264072 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264073 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264074 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264075 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264076 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264077 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264078 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264079 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264080 2 0.0260 0.9860 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264081 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264082 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264083 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264084 2 0.3244 0.6703 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1264085 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264086 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264087 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264088 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264089 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264090 2 0.1663 0.9138 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1264091 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264092 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264093 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264094 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264095 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264096 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264097 2 0.2941 0.7520 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264098 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264099 2 0.0260 0.9846 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264100 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264101 2 0.1387 0.9327 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1264102 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264103 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264104 2 0.0146 0.9864 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0146 0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0146 0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0146 0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264118 2 0.0146 0.9867 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9872 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 6 0.2191 0.8719 0.120 0.000 0.000 0.000 0.004 0.876
#> SRR1264130 6 0.2346 0.8724 0.124 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868
#> SRR1264131 6 0.2593 0.8754 0.148 0.000 0.000 0.000 0.008 0.844
#> SRR1264132 6 0.2302 0.8720 0.120 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872
#> SRR1264133 6 0.2814 0.8661 0.172 0.000 0.000 0.000 0.008 0.820
#> SRR1264134 6 0.1958 0.8599 0.100 0.000 0.000 0.000 0.004 0.896
#> SRR1264135 6 0.2454 0.8832 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264136 6 0.2772 0.8520 0.180 0.000 0.000 0.000 0.004 0.816
#> SRR1264137 6 0.2389 0.8753 0.128 0.000 0.000 0.000 0.008 0.864
#> SRR1264138 6 0.2531 0.8765 0.132 0.000 0.000 0.000 0.012 0.856
#> SRR1264139 6 0.3104 0.8739 0.184 0.000 0.000 0.000 0.016 0.800
#> SRR1264140 6 0.2454 0.8828 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264141 6 0.2302 0.8714 0.120 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872
#> SRR1264142 6 0.2527 0.8770 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1264143 6 0.2805 0.8670 0.184 0.000 0.000 0.000 0.004 0.812
#> SRR1264144 6 0.2562 0.8727 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1264145 1 0.4040 0.5330 0.688 0.000 0.000 0.000 0.032 0.280
#> SRR1264146 1 0.3933 0.5759 0.716 0.000 0.000 0.000 0.036 0.248
#> SRR1264147 1 0.3848 0.6075 0.736 0.000 0.000 0.000 0.040 0.224
#> SRR1264148 1 0.4731 0.2221 0.524 0.000 0.000 0.000 0.048 0.428
#> SRR1264149 1 0.4676 0.2403 0.528 0.000 0.000 0.000 0.044 0.428
#> SRR1264150 1 0.3794 0.6039 0.744 0.000 0.000 0.000 0.040 0.216
#> SRR1264151 1 0.4172 0.5378 0.680 0.000 0.000 0.000 0.040 0.280
#> SRR1264152 1 0.4378 0.4647 0.632 0.000 0.000 0.000 0.040 0.328
#> SRR1264153 1 0.3865 0.5777 0.720 0.000 0.000 0.000 0.032 0.248
#> SRR1264154 1 0.4689 0.1676 0.516 0.000 0.000 0.000 0.044 0.440
#> SRR1264155 1 0.3606 0.5744 0.728 0.000 0.000 0.000 0.016 0.256
#> SRR1264156 1 0.3998 0.5723 0.712 0.000 0.000 0.000 0.040 0.248
#> SRR1264157 1 0.4110 0.5483 0.692 0.000 0.000 0.000 0.040 0.268
#> SRR1264158 1 0.4210 0.5249 0.672 0.000 0.000 0.000 0.040 0.288
#> SRR1264159 1 0.3860 0.5880 0.728 0.000 0.000 0.000 0.036 0.236
#> SRR1264160 1 0.4229 0.5145 0.668 0.000 0.000 0.000 0.040 0.292
#> SRR1264161 1 0.4704 0.0708 0.488 0.000 0.000 0.000 0.044 0.468
#> SRR1264162 1 0.3794 0.5787 0.724 0.000 0.000 0.000 0.028 0.248
#> SRR1264163 1 0.3539 0.6086 0.756 0.000 0.000 0.000 0.024 0.220
#> SRR1264164 1 0.3860 0.5902 0.728 0.000 0.000 0.000 0.036 0.236
#> SRR1264165 6 0.4569 0.2800 0.396 0.000 0.000 0.000 0.040 0.564
#> SRR1264166 1 0.4065 0.5009 0.672 0.000 0.000 0.000 0.028 0.300
#> SRR1264167 1 0.4265 0.4896 0.660 0.000 0.000 0.000 0.040 0.300
#> SRR1264168 1 0.4229 0.5263 0.668 0.000 0.000 0.000 0.040 0.292
#> SRR1264169 1 0.0551 0.7162 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1264170 1 0.0146 0.7196 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0291 0.7187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264172 1 0.0405 0.7176 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1264173 1 0.0291 0.7190 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0291 0.7187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264175 1 0.0436 0.7201 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1264176 1 0.0405 0.7189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264177 1 0.1503 0.7033 0.944 0.000 0.000 0.008 0.032 0.016
#> SRR1264178 1 0.0291 0.7207 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0520 0.7157 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264180 1 0.0520 0.7183 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264181 1 0.0653 0.7181 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1264182 1 0.0520 0.7157 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264183 1 0.0508 0.7189 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264184 1 0.3368 0.6230 0.828 0.000 0.004 0.028 0.124 0.016
#> SRR1264185 1 0.0436 0.7183 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1264186 1 0.0665 0.7147 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1264187 1 0.0520 0.7157 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264188 1 0.0964 0.7118 0.968 0.000 0.000 0.004 0.012 0.016
#> SRR1264189 1 0.0405 0.7189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264190 1 0.0260 0.7182 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264191 1 0.0405 0.7189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264192 1 0.0790 0.7230 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264193 1 0.0935 0.7229 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264194 1 0.0865 0.7224 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264195 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264196 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264197 1 0.1010 0.7222 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1264198 1 0.0713 0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264199 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264200 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264201 1 0.1082 0.7214 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1264202 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264203 1 0.0713 0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264204 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264205 1 0.0790 0.7230 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264206 1 0.1010 0.7222 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1264207 1 0.0935 0.7230 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264208 1 0.0937 0.7218 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264209 1 0.0790 0.7230 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264210 1 0.0713 0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264211 1 0.0713 0.7233 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264212 6 0.3904 0.8264 0.232 0.000 0.000 0.004 0.032 0.732
#> SRR1264213 6 0.2762 0.8133 0.092 0.000 0.000 0.000 0.048 0.860
#> SRR1264214 6 0.3134 0.8747 0.168 0.000 0.000 0.000 0.024 0.808
#> SRR1264215 6 0.2988 0.8657 0.152 0.000 0.000 0.000 0.024 0.824
#> SRR1264216 6 0.3176 0.8577 0.156 0.000 0.000 0.000 0.032 0.812
#> SRR1264217 6 0.3789 0.7937 0.260 0.000 0.000 0.000 0.024 0.716
#> SRR1264218 6 0.2473 0.8718 0.136 0.000 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR1264219 6 0.3062 0.8664 0.160 0.000 0.000 0.000 0.024 0.816
#> SRR1264220 6 0.2436 0.8152 0.088 0.000 0.000 0.000 0.032 0.880
#> SRR1264221 1 0.6676 0.2455 0.460 0.004 0.064 0.036 0.384 0.052
#> SRR1264222 6 0.3488 0.8585 0.184 0.000 0.000 0.000 0.036 0.780
#> SRR1264223 6 0.3614 0.8272 0.220 0.000 0.000 0.000 0.028 0.752
#> SRR1264224 6 0.3417 0.8626 0.160 0.000 0.000 0.000 0.044 0.796
#> SRR1264225 6 0.2312 0.8631 0.112 0.000 0.000 0.000 0.012 0.876
#> SRR1264226 6 0.3766 0.7422 0.304 0.000 0.000 0.000 0.012 0.684
#> SRR1264227 6 0.3134 0.8710 0.144 0.000 0.000 0.000 0.036 0.820
#> SRR1264228 6 0.4993 0.4048 0.396 0.000 0.004 0.008 0.044 0.548
#> SRR1264229 6 0.3342 0.8535 0.228 0.000 0.000 0.000 0.012 0.760
#> SRR1264230 1 0.6591 0.3663 0.448 0.000 0.004 0.368 0.076 0.104
#> SRR1264231 1 0.6569 0.4251 0.484 0.000 0.000 0.308 0.076 0.132
#> SRR1264232 4 0.5965 0.4977 0.124 0.000 0.004 0.632 0.156 0.084
#> SRR1264233 1 0.6707 0.3995 0.456 0.000 0.004 0.340 0.076 0.124
#> SRR1264234 1 0.6719 0.3349 0.424 0.000 0.004 0.376 0.076 0.120
#> SRR1264235 4 0.6788 -0.2059 0.360 0.000 0.004 0.428 0.076 0.132
#> SRR1264236 1 0.6580 0.2982 0.420 0.000 0.004 0.400 0.076 0.100
#> SRR1264237 1 0.6831 0.3705 0.428 0.000 0.004 0.352 0.076 0.140
#> SRR1264238 4 0.6734 -0.2799 0.384 0.000 0.000 0.396 0.072 0.148
#> SRR1264239 1 0.6846 0.3845 0.432 0.000 0.004 0.344 0.076 0.144
#> SRR1264240 1 0.6680 0.3364 0.428 0.000 0.004 0.376 0.072 0.120
#> SRR1264241 1 0.6722 0.3239 0.420 0.000 0.004 0.380 0.076 0.120
#> SRR1264242 1 0.6561 0.3495 0.436 0.000 0.000 0.372 0.076 0.116
#> SRR1264243 1 0.6827 0.3880 0.440 0.000 0.000 0.312 0.076 0.172
#> SRR1264244 4 0.4931 0.6384 0.052 0.000 0.004 0.716 0.168 0.060
#> SRR1264245 1 0.6860 0.3859 0.436 0.000 0.004 0.336 0.076 0.148
#> SRR1264246 1 0.6788 0.3593 0.428 0.000 0.004 0.360 0.076 0.132
#> SRR1264247 4 0.6661 -0.2086 0.376 0.000 0.004 0.432 0.076 0.112
#> SRR1264248 1 0.6727 0.3673 0.440 0.000 0.004 0.360 0.088 0.108
#> SRR1264249 1 0.6567 0.4180 0.480 0.000 0.004 0.332 0.076 0.108
#> SRR1264250 1 0.7010 0.3068 0.384 0.000 0.004 0.368 0.080 0.164
#> SRR1264251 1 0.6630 0.3944 0.448 0.000 0.000 0.348 0.080 0.124
#> SRR1264252 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0547 0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0547 0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0547 0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0547 0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0547 0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0458 0.8957 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0547 0.8968 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.0405 0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264276 3 0.0260 0.9841 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264277 3 0.0405 0.9837 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264278 3 0.0405 0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264279 3 0.0291 0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264280 3 0.0146 0.9843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264281 3 0.0405 0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264282 3 0.0291 0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264283 3 0.0260 0.9841 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264284 3 0.0520 0.9887 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264285 3 0.0291 0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264286 3 0.0520 0.9887 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264287 3 0.0260 0.9896 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.0260 0.9896 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.0508 0.9826 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1264290 3 0.0520 0.9887 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264291 3 0.0291 0.9867 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264292 3 0.0551 0.9871 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1264293 3 0.0405 0.9868 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264294 3 0.0405 0.9868 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264295 3 0.0405 0.9868 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264296 3 0.0405 0.9887 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264297 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264298 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264299 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264300 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264301 3 0.0717 0.9886 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1264302 3 0.0806 0.9814 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1264303 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264304 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264305 3 0.0717 0.9886 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1264306 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264307 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264308 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264309 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264310 3 0.0508 0.9879 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264311 3 0.0405 0.9895 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264312 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264313 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264314 3 0.0458 0.9887 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264316 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264317 3 0.0692 0.9836 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1264318 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264319 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264320 3 0.0603 0.9897 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264321 3 0.0508 0.9898 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264322 3 0.0603 0.9873 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1264323 3 0.0508 0.9879 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264324 3 0.0717 0.9886 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1264325 4 0.2006 0.8928 0.000 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1264326 4 0.1908 0.8963 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR1264327 4 0.2020 0.8956 0.000 0.000 0.096 0.896 0.008 0.000
#> SRR1264328 4 0.2482 0.8555 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004 0.000
#> SRR1264329 4 0.2257 0.8844 0.000 0.000 0.116 0.876 0.008 0.000
#> SRR1264330 4 0.2056 0.8974 0.000 0.000 0.080 0.904 0.012 0.004
#> SRR1264331 4 0.2100 0.8883 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004 0.000
#> SRR1264332 4 0.2146 0.8853 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR1264333 4 0.1858 0.8965 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR1264334 4 0.2006 0.8928 0.000 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1264335 4 0.2146 0.8854 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR1264336 4 0.2006 0.8927 0.000 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1264337 4 0.2053 0.8909 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1264338 4 0.1524 0.8987 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008 0.000
#> SRR1264339 4 0.2053 0.8912 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1264340 4 0.2053 0.8906 0.000 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1264341 4 0.2257 0.8838 0.000 0.000 0.116 0.876 0.008 0.000
#> SRR1264342 4 0.2191 0.8825 0.000 0.000 0.120 0.876 0.004 0.000
#> SRR1264343 4 0.1958 0.8954 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1264344 4 0.1806 0.8971 0.000 0.000 0.088 0.908 0.004 0.000
#> SRR1264345 4 0.1528 0.8974 0.000 0.000 0.048 0.936 0.016 0.000
#> SRR1264346 4 0.2070 0.8937 0.000 0.000 0.100 0.892 0.008 0.000
#> SRR1264347 4 0.2100 0.8884 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004 0.000
#> SRR1264348 4 0.1958 0.8944 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1264349 4 0.1958 0.8948 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR1264350 4 0.1812 0.8983 0.000 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> SRR1264351 4 0.2146 0.8854 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000
#> SRR1264352 4 0.2473 0.8667 0.000 0.000 0.136 0.856 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.33918 0.662 0.662
#> 3 3 0.610 0.686 0.840 0.43270 0.985 0.977
#> 4 4 0.609 0.917 0.838 0.05746 0.700 0.541
#> 5 5 0.686 0.934 0.951 0.20973 0.994 0.984
#> 6 6 0.682 0.932 0.951 0.00248 0.999 0.996
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264090 1 0.998 0.0848 0.524 0.476
#> SRR1264091 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.738 0.7363 0.208 0.792
#> SRR1264102 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.000 0.9980 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264041 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264042 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264043 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264044 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264045 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264046 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264047 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264048 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264049 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264050 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264051 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264052 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264053 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264054 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264055 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264056 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264057 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264058 1 0.533 0.629 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264059 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 3 0.460 0.417 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264085 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 3 0.915 -0.337 0.148 0.380 0.472
#> SRR1264091 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 3 0.460 0.417 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264098 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.691 0.668 0.092 0.728 0.180
#> SRR1264102 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264130 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264131 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264132 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264133 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264134 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264135 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264136 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264137 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264138 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264139 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264140 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264141 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264142 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264143 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264144 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264145 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264146 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264147 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264148 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264149 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264150 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264151 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264152 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264153 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264154 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264155 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264156 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264157 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264158 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264159 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264160 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264161 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264162 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264163 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264164 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264165 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264166 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264167 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264168 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264169 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264170 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264171 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264172 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264173 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264174 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264175 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264176 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264177 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264178 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264179 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264180 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264181 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264182 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264183 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264184 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264185 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264186 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264187 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264188 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264189 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264190 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264191 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264192 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264193 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264194 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264195 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264196 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264197 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264198 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264199 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264200 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264201 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264202 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264203 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264204 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264205 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264206 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264207 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264208 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264209 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264210 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264211 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264212 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264213 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264214 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264215 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264216 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264217 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264218 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264219 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264220 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264221 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264222 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264223 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264224 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264225 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264226 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264227 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264228 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264229 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264230 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264231 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264232 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264233 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264234 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264235 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264236 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264237 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264238 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264239 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264240 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264241 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264242 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264243 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264244 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264245 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264246 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264247 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264248 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264249 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264250 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264251 1 0.619 0.645 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264252 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264298 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264299 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264300 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264301 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264302 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264303 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264304 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264305 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264306 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264307 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264308 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264309 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264310 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264311 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264312 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264313 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264314 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264315 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264316 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264317 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264318 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264319 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264320 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264321 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264322 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264323 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264324 1 0.312 0.476 0.892 0.000 0.108
#> SRR1264325 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.000 0.593 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264041 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264042 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264043 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264044 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264045 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264046 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264047 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264048 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264049 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264052 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264053 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264054 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264055 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264056 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264057 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264058 1 0.302 0.641 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.531 0.167 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR1264085 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 4 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.531 0.167 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR1264098 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.494 0.227 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264102 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264253 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264254 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264255 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264256 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264257 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264258 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264259 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264260 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264261 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264262 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264263 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264264 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264265 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264266 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264267 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264268 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264269 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264270 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264271 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264272 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264273 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264274 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264275 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264276 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264277 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264278 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264279 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264280 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264281 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264282 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264283 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264284 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264285 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264286 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264287 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264288 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264289 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264290 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264291 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264292 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264293 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264294 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264295 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264296 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264297 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264298 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264299 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264300 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264301 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264302 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264303 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264304 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264305 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264306 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264307 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264308 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264309 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264310 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264311 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264312 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264313 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264314 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264315 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264316 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264317 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264318 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264319 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264320 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264321 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264322 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264323 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264324 3 0.478 0.835 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264325 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264326 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264327 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264328 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264329 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264330 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264331 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264332 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264333 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264334 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264335 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264336 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264337 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264338 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264339 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264340 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264341 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264342 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264343 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264344 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264345 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264346 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264347 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264348 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264349 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264350 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264351 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1264352 3 0.500 0.929 0.496 0.000 0.504 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.2929 0.767 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 4 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.0324 0.966 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1264098 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.4256 0.227 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.970 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264253 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264254 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264255 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264256 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264257 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264258 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264259 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264260 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264261 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264262 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264263 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264264 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264265 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264266 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264267 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264268 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264269 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264270 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264271 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264272 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264273 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264274 3 0.2732 0.929 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264277 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264278 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264279 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264280 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264281 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264282 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264283 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264284 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264285 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264286 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264287 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264290 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264291 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264292 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264293 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264294 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264295 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264296 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0162 0.808 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264325 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264346 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.2690 0.932 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.263 0.766 0.820 0.00 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.377 0.625 0.000 0.00 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1264085 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 6 0.377 0.000 0.000 0.00 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1264091 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.000 0.625 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 3 0.320 0.000 0.000 0.26 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 1.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.970 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.242 0.929 0.156 0.00 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1264275 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264276 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264277 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264278 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264279 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264280 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264281 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264282 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264283 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264284 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264285 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264286 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264287 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264288 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264289 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264290 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264291 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264292 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264293 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264294 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264295 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264296 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264297 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264318 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 4 0.000 0.808 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.238 0.932 0.152 0.00 0.000 0.848 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.979 0.3388 0.662 0.662
#> 3 3 0.654 0.935 0.899 0.6943 0.700 0.547
#> 4 4 0.671 0.762 0.855 0.1811 0.997 0.992
#> 5 5 0.704 0.745 0.801 0.0753 0.947 0.852
#> 6 6 0.695 0.551 0.635 0.0573 0.898 0.698
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264041 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264042 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264043 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264044 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264045 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264046 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264047 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264048 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264049 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264050 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264051 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264052 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264053 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264054 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264055 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264056 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264057 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264058 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264059 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264060 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264061 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264062 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264063 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264064 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264065 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264066 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264067 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264068 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264069 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264070 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264071 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264072 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264073 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264074 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264075 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264076 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264077 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264078 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264079 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264080 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264081 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264082 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264083 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264084 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264085 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264086 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264087 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264088 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264089 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264090 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR1264091 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264092 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264093 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264094 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264095 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264096 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264097 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264098 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264099 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264100 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264101 2 0.2603 0.996 0.044 0.956
#> SRR1264102 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264103 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264104 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264105 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264106 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264107 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264108 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264109 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264110 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264111 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264112 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264113 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264114 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264115 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264116 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264117 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264118 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264119 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264120 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264121 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264122 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264123 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264124 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264125 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264126 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264127 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264128 2 0.2423 1.000 0.040 0.960
#> SRR1264129 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264130 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264131 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264132 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264133 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264134 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264135 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264136 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264137 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264138 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264139 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264140 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264141 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264142 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264143 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264144 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264145 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264146 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264147 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264148 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264149 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264150 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264151 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264152 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264153 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264154 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264155 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264156 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264157 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264158 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264159 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264160 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264161 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264162 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264163 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264164 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264165 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264166 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264167 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264168 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264169 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264170 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264171 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264172 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264173 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264174 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264175 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264176 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264177 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264178 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264179 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264180 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264181 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264182 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264183 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264184 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR1264185 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264186 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264187 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264188 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264189 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264190 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264191 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264192 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264193 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264194 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264195 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264196 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264197 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264198 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264199 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264200 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264201 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264202 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264203 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264204 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264205 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264206 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264207 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264208 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264209 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264210 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264211 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264212 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264213 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264214 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264215 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264216 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264217 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264218 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264219 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264220 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264221 1 0.1414 0.982 0.980 0.020
#> SRR1264222 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264223 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264224 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264225 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264226 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264227 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264228 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264229 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264230 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264231 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264232 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264233 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264234 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264235 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264236 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264237 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264238 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264239 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264240 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264241 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264242 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264243 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264244 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264245 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264246 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264247 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264248 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264249 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264250 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264251 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR1264252 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264276 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264277 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264278 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264279 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264280 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264281 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264282 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264283 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264284 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264285 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264286 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264287 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264288 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264289 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264290 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264291 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264292 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264293 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264294 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264295 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264296 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264297 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264298 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264299 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264300 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264301 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264302 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264303 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264304 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264305 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264306 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264307 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264308 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264309 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264310 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264311 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264312 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264313 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264314 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264315 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264316 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264317 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264318 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264319 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264320 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264321 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264322 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264323 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264324 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> SRR1264325 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264326 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264327 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264328 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264329 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264330 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264331 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264332 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264333 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264334 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264335 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264336 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264337 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264338 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264339 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264340 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264341 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264342 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264343 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264344 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264345 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264346 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264347 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264348 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264349 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264350 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264351 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
#> SRR1264352 1 0.2043 0.972 0.968 0.032
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264041 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264042 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264043 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264044 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264045 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264046 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264047 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264048 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264049 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264050 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264051 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264052 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264053 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264054 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264055 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264056 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264057 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264058 1 0.1411 0.954 0.964 0.000 0.036
#> SRR1264059 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264060 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264061 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264062 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264063 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264064 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264065 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264066 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264067 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264068 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264069 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264070 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264071 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264072 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264073 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264074 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264075 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264076 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264077 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264078 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264079 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264080 2 0.1753 0.972 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264081 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264082 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264083 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264084 1 0.2796 0.885 0.908 0.000 0.092
#> SRR1264085 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264086 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264087 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264088 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264089 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264090 1 0.7316 0.611 0.704 0.112 0.184
#> SRR1264091 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264092 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264093 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264094 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264095 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264096 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264097 1 0.2796 0.885 0.908 0.000 0.092
#> SRR1264098 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264099 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264100 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264101 2 0.2711 0.954 0.000 0.912 0.088
#> SRR1264102 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264103 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264104 2 0.1860 0.970 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264105 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264137 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0747 0.971 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264143 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264178 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264185 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264189 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264222 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264229 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1264245 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.6267 0.680 0.452 0.000 0.548
#> SRR1264253 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264254 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264255 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264256 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264257 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264258 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264259 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264260 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264261 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264262 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264263 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264264 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264265 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264266 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264267 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264268 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264269 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264270 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264271 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264272 3 0.6252 0.692 0.444 0.000 0.556
#> SRR1264273 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264274 3 0.6274 0.674 0.456 0.000 0.544
#> SRR1264275 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264276 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264277 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264278 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264279 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264280 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264281 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264282 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264283 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264284 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264285 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264286 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264287 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264288 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264289 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264290 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264291 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264292 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264293 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264294 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264295 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264296 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264297 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264298 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264299 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264300 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264301 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264302 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264303 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264304 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264305 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264306 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264307 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264308 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264309 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264310 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264311 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264312 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264313 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264314 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264315 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264316 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264317 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264318 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264319 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264320 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264321 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264322 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264323 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264324 3 0.4452 0.893 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264325 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264326 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264327 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264328 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264329 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264330 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264331 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264332 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264333 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264334 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264335 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264336 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264337 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264338 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264339 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264340 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264341 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264342 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264343 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264344 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264345 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264346 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264347 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264348 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264349 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264350 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264351 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
#> SRR1264352 3 0.5016 0.914 0.240 0.000 0.760
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264041 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264042 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264043 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264044 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264045 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264046 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264047 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264048 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264049 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264050 1 0.5047 0.5220 0.668 0.000 0.016 0.316
#> SRR1264051 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264052 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264053 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264054 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264055 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264056 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264057 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264058 1 0.6259 0.3746 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1264059 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264060 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264061 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264062 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264063 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264064 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264065 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264066 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264067 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264068 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264069 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264070 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264071 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264072 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264073 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264074 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264075 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264076 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264077 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264078 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264079 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264080 2 0.2363 0.9248 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1264081 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264082 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264083 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264084 1 0.6605 -0.0879 0.480 0.000 0.080 0.440
#> SRR1264085 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264086 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264087 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264088 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264089 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264090 4 0.7477 0.0000 0.140 0.036 0.224 0.600
#> SRR1264091 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264092 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264093 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264094 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264095 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264096 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264097 1 0.6655 -0.1058 0.476 0.000 0.084 0.440
#> SRR1264098 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264099 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264100 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264101 2 0.4313 0.7562 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1264102 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264103 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264104 2 0.2530 0.9073 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264130 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264131 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264132 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264133 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264134 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264135 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264136 1 0.2773 0.8187 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR1264137 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264138 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264139 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264140 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264141 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264142 1 0.1792 0.8390 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264143 1 0.1716 0.8408 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1264144 1 0.1557 0.8434 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264145 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264146 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264147 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264148 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264149 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264150 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264151 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264152 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264153 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264154 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264155 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264156 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264157 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264158 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264159 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264160 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264161 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264162 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264163 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264164 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264165 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264166 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264167 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264168 1 0.0188 0.8508 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264169 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264170 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264171 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264172 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264173 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264174 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264175 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264176 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264177 1 0.3945 0.7699 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1264178 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264179 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264180 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264181 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264182 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264183 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264184 1 0.4606 0.6999 0.724 0.000 0.012 0.264
#> SRR1264185 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264186 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264187 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264188 1 0.3208 0.8087 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1264189 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264190 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264191 1 0.2530 0.8278 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264192 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264193 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264194 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264195 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264196 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264197 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264198 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264199 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264200 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264201 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264202 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264203 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264204 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264205 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264206 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264207 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264208 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264209 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264210 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264211 1 0.2345 0.8319 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264212 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264213 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264214 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264215 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264216 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264217 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264218 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264219 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264220 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264221 1 0.4420 0.7097 0.748 0.000 0.012 0.240
#> SRR1264222 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264223 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264224 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264225 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264226 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264227 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264228 1 0.3355 0.7920 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR1264229 1 0.1637 0.8410 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264230 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264231 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264232 1 0.1209 0.8516 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264233 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264234 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264235 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264236 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264237 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264238 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264239 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264240 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264241 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264242 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264243 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264244 1 0.3257 0.7962 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1264245 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264246 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264247 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264248 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264249 1 0.1792 0.8259 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264250 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264251 1 0.1940 0.8203 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264252 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264253 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264254 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264255 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264256 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264257 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264258 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264259 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264260 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264261 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264262 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264263 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264264 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264265 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264266 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264267 3 0.6248 0.4538 0.224 0.000 0.656 0.120
#> SRR1264268 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264269 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264270 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264271 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264272 3 0.6134 0.4752 0.216 0.000 0.668 0.116
#> SRR1264273 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264274 3 0.6198 0.4615 0.224 0.000 0.660 0.116
#> SRR1264275 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264276 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264277 3 0.4181 0.7296 0.052 0.000 0.820 0.128
#> SRR1264278 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264279 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264280 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264281 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264282 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264283 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264284 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264285 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264286 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264287 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264288 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264289 3 0.4387 0.7241 0.052 0.000 0.804 0.144
#> SRR1264290 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264291 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264292 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264293 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264294 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264295 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264296 3 0.4234 0.7362 0.052 0.000 0.816 0.132
#> SRR1264297 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264298 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264299 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264300 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264301 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264302 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264303 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264304 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264305 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264306 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264307 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264308 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264309 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264310 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264311 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264312 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264313 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264314 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264315 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264316 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264317 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264318 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264319 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264320 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264321 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264322 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264323 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264324 3 0.4799 0.6894 0.032 0.000 0.744 0.224
#> SRR1264325 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264326 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264327 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264328 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264329 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264330 3 0.2256 0.7548 0.056 0.000 0.924 0.020
#> SRR1264331 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264332 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264333 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264334 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264335 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264336 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264337 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264338 3 0.2660 0.7487 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR1264339 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264340 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264341 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264342 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264343 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264344 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264345 3 0.2660 0.7487 0.056 0.000 0.908 0.036
#> SRR1264346 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264347 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264348 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264349 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264350 3 0.2142 0.7567 0.056 0.000 0.928 0.016
#> SRR1264351 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1264352 3 0.1557 0.7625 0.056 0.000 0.944 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264041 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264042 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264043 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264044 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264045 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264046 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264047 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264048 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264049 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264050 5 0.5211 0.777 0.396 0.000 0.008 NA 0.564
#> SRR1264051 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264052 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264053 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264054 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264055 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264056 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264057 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264058 5 0.5435 0.907 0.428 0.000 0.060 NA 0.512
#> SRR1264059 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264060 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264061 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264062 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264063 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264064 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264065 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264066 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264067 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264068 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264069 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264070 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264071 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264072 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264073 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264074 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264075 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264076 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264077 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264078 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264079 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264080 2 0.3272 0.896 0.000 0.860 0.008 NA 0.060
#> SRR1264081 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264082 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264083 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264084 5 0.5576 0.651 0.220 0.000 0.032 NA 0.676
#> SRR1264085 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264086 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264087 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264088 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264089 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264090 5 0.6081 0.385 0.036 0.024 0.076 NA 0.680
#> SRR1264091 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264092 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264093 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264094 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264095 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264096 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264097 5 0.5576 0.651 0.220 0.000 0.032 NA 0.676
#> SRR1264098 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264099 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264100 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264101 2 0.6257 0.655 0.000 0.564 0.004 NA 0.212
#> SRR1264102 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264103 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264104 2 0.3489 0.876 0.000 0.820 0.000 NA 0.036
#> SRR1264105 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1264129 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264130 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264131 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264132 1 0.1942 0.697 0.920 0.000 0.000 NA 0.068
#> SRR1264133 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264134 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264135 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264136 1 0.3904 0.594 0.792 0.000 0.000 NA 0.156
#> SRR1264137 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264138 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264139 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264140 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264141 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264142 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264143 1 0.2069 0.693 0.912 0.000 0.000 NA 0.076
#> SRR1264144 1 0.1809 0.704 0.928 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264145 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264146 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264147 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264148 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264149 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264150 1 0.0451 0.740 0.988 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264151 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264152 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264153 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264154 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264155 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264156 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264157 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264158 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264159 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264160 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264161 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264162 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264163 1 0.0451 0.740 0.988 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264164 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264165 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264166 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264167 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264168 1 0.0290 0.739 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1264169 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264170 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264171 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264172 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264173 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264174 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264175 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264176 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264177 1 0.6084 0.331 0.572 0.000 0.000 NA 0.220
#> SRR1264178 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264179 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264180 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264181 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264182 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264183 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264184 1 0.6237 -0.183 0.500 0.000 0.004 NA 0.364
#> SRR1264185 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264186 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264187 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264188 1 0.5459 0.538 0.644 0.000 0.000 NA 0.120
#> SRR1264189 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264190 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264191 1 0.4619 0.652 0.720 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1264192 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264193 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264194 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264195 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264196 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264197 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264198 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264199 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264200 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264201 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264202 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264203 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264204 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264205 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264206 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264207 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264208 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264209 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264210 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264211 1 0.4400 0.662 0.744 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1264212 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264213 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264214 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264215 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264216 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264217 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264218 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264219 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264220 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264221 1 0.5898 -0.181 0.548 0.000 0.004 NA 0.348
#> SRR1264222 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264223 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264224 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264225 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264226 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264227 1 0.2189 0.693 0.904 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1264228 1 0.5035 0.302 0.672 0.000 0.000 NA 0.252
#> SRR1264229 1 0.2130 0.695 0.908 0.000 0.000 NA 0.080
#> SRR1264230 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264231 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264232 1 0.2588 0.706 0.892 0.000 0.000 NA 0.048
#> SRR1264233 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264234 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264235 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264236 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264237 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264238 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264239 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264240 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264241 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264242 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264243 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264244 1 0.5035 0.297 0.672 0.000 0.000 NA 0.252
#> SRR1264245 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264246 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264247 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264248 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264249 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264250 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264251 1 0.3037 0.670 0.860 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR1264252 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264253 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264254 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264255 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264256 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264257 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264258 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264259 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264260 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264261 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264262 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264263 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264264 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264265 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264266 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264267 3 0.5938 0.626 0.096 0.000 0.688 NA 0.136
#> SRR1264268 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264269 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264270 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264271 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264272 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264273 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264274 3 0.5897 0.630 0.096 0.000 0.692 NA 0.132
#> SRR1264275 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264276 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264277 3 0.4280 0.762 0.016 0.000 0.796 NA 0.112
#> SRR1264278 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264279 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264280 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264281 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264282 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264283 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264284 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264285 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264286 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264287 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264288 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264289 3 0.4752 0.745 0.016 0.000 0.756 NA 0.144
#> SRR1264290 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264291 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264292 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264293 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264294 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264295 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264296 3 0.4603 0.763 0.016 0.000 0.772 NA 0.096
#> SRR1264297 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264298 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264299 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264300 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264301 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264302 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264303 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264304 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264305 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264306 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264307 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264308 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264309 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264310 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264311 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264312 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264313 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264314 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264315 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264316 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264317 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264318 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264319 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264320 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264321 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264322 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264323 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264324 3 0.4511 0.715 0.016 0.000 0.628 NA 0.000
#> SRR1264325 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264326 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264327 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264328 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264329 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264330 3 0.0960 0.785 0.016 0.000 0.972 NA 0.008
#> SRR1264331 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264332 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264333 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264334 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264335 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264336 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264337 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264338 3 0.1372 0.780 0.016 0.000 0.956 NA 0.024
#> SRR1264339 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264340 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264341 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264342 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264343 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264344 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264345 3 0.1547 0.778 0.016 0.000 0.948 NA 0.032
#> SRR1264346 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264347 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264348 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264349 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264350 3 0.0798 0.786 0.016 0.000 0.976 NA 0.008
#> SRR1264351 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
#> SRR1264352 3 0.0510 0.788 0.016 0.000 0.984 NA 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264041 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264042 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264043 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264044 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264045 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264046 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264047 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264048 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264049 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264050 1 0.7213 -0.4451 0.376 0.000 0.324 0.000 0.188 NA
#> SRR1264051 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264052 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264053 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264054 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264055 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264056 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264057 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264058 1 0.7527 -0.2278 0.452 0.000 0.252 0.040 0.168 NA
#> SRR1264059 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264060 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264061 2 0.3275 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.004 0.064 NA
#> SRR1264062 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264063 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264064 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264065 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264066 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264067 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264068 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264069 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264070 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264071 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264072 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264073 2 0.3275 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.004 0.064 NA
#> SRR1264074 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264075 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264076 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264077 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264078 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264079 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264080 2 0.3189 0.8472 0.000 0.848 0.016 0.000 0.064 NA
#> SRR1264081 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264082 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264083 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264084 5 0.7750 0.9107 0.140 0.000 0.280 0.012 0.340 NA
#> SRR1264085 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264086 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264087 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264088 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264089 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264090 5 0.7080 0.8407 0.080 0.000 0.180 0.004 0.372 NA
#> SRR1264091 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264092 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264093 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264094 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264095 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264096 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264097 5 0.7817 0.9110 0.140 0.000 0.276 0.016 0.340 NA
#> SRR1264098 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264099 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264100 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264101 2 0.6621 0.2496 0.000 0.440 0.044 0.000 0.204 NA
#> SRR1264102 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264103 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264104 2 0.3453 0.8085 0.000 0.788 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR1264105 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128 2 0.0000 0.8772 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264130 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264131 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264132 1 0.0291 0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264133 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264134 1 0.0291 0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264135 1 0.0291 0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264136 1 0.2019 0.3648 0.900 0.000 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1264137 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264138 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264139 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264140 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264141 1 0.0146 0.4353 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264142 1 0.0291 0.4363 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264143 1 0.0291 0.4334 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1264144 1 0.0520 0.4298 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1264145 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264146 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264147 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264148 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264149 1 0.4094 0.2290 0.744 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> SRR1264150 1 0.4094 0.2263 0.744 0.000 0.168 0.000 0.000 NA
#> SRR1264151 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264152 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264153 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264154 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264155 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264156 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264157 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264158 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264159 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264160 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264161 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264162 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264163 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264164 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264165 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264166 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264167 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264168 1 0.4061 0.2396 0.748 0.000 0.164 0.000 0.000 NA
#> SRR1264169 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264170 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264171 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264172 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264173 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264174 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264175 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264176 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264177 3 0.5905 0.4323 0.336 0.000 0.532 0.000 0.052 NA
#> SRR1264178 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264179 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264180 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264181 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264182 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264183 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264184 1 0.6557 -0.0878 0.456 0.000 0.352 0.000 0.104 NA
#> SRR1264185 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264186 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264187 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264188 3 0.5302 0.6623 0.364 0.000 0.552 0.000 0.020 NA
#> SRR1264189 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264190 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264191 3 0.4546 0.8940 0.432 0.000 0.540 0.000 0.012 NA
#> SRR1264192 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264193 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264194 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264195 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264196 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264197 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264198 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264199 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264200 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264201 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264202 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264203 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264204 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264205 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264206 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264207 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264208 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264209 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264210 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264211 3 0.3999 0.8881 0.496 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1264212 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264213 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264214 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264215 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264216 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264217 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264218 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264219 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264220 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264221 1 0.6583 -0.0524 0.508 0.000 0.276 0.000 0.116 NA
#> SRR1264222 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264223 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264224 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264225 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264226 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264227 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264228 1 0.4667 0.2711 0.724 0.000 0.172 0.000 0.032 NA
#> SRR1264229 1 0.0777 0.4232 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1264230 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264231 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264232 1 0.5678 0.1015 0.564 0.000 0.244 0.000 0.008 NA
#> SRR1264233 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264234 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264235 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264236 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264237 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264238 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264239 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264240 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264241 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264242 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264243 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264244 1 0.5842 0.2079 0.608 0.000 0.224 0.000 0.060 NA
#> SRR1264245 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264246 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264247 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264248 1 0.5614 0.2345 0.544 0.000 0.160 0.000 0.004 NA
#> SRR1264249 1 0.5600 0.2324 0.548 0.000 0.160 0.000 0.004 NA
#> SRR1264250 1 0.5600 0.2384 0.544 0.000 0.156 0.000 0.004 NA
#> SRR1264251 1 0.5614 0.2345 0.544 0.000 0.160 0.000 0.004 NA
#> SRR1264252 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264253 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264254 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264255 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264256 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264257 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264258 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264259 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264260 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264261 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264262 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264263 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264264 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264265 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264266 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264267 4 0.5002 0.4385 0.048 0.000 0.012 0.596 0.004 NA
#> SRR1264268 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264269 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264270 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264271 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264272 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264273 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264274 4 0.4919 0.4685 0.048 0.000 0.012 0.620 0.004 NA
#> SRR1264275 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264276 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264277 4 0.5613 0.5466 0.008 0.000 0.116 0.668 0.152 NA
#> SRR1264278 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264279 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264280 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264281 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264282 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264283 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264284 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264285 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264286 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264287 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264288 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264289 4 0.6042 0.5208 0.024 0.000 0.120 0.644 0.152 NA
#> SRR1264290 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264291 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264292 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264293 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264294 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264295 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264296 4 0.5518 0.5624 0.008 0.000 0.100 0.660 0.192 NA
#> SRR1264297 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264298 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264299 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264300 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264301 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264302 4 0.4211 0.5467 0.004 0.000 0.008 0.532 0.456 NA
#> SRR1264303 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264304 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264305 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264306 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264307 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264308 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264309 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264310 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264311 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264312 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264313 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264314 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264315 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264316 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264317 4 0.4211 0.5467 0.004 0.000 0.008 0.532 0.456 NA
#> SRR1264318 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264319 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264320 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264321 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264322 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264323 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264324 4 0.3986 0.5474 0.004 0.000 0.000 0.532 0.464 NA
#> SRR1264325 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264326 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264327 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264328 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264329 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264330 4 0.0665 0.6633 0.008 0.000 0.004 0.980 0.000 NA
#> SRR1264331 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264332 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264333 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264334 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264335 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264336 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264337 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264338 4 0.0862 0.6601 0.008 0.000 0.004 0.972 0.000 NA
#> SRR1264339 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264340 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264341 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264342 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264343 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264344 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264345 4 0.0862 0.6601 0.008 0.000 0.004 0.972 0.000 NA
#> SRR1264346 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264347 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264348 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264349 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264350 4 0.0551 0.6646 0.008 0.000 0.004 0.984 0.000 NA
#> SRR1264351 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR1264352 4 0.0260 0.6664 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.846 0.962 0.979 0.4082 0.576 0.576
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5663 0.703 0.519
#> 4 4 0.877 0.890 0.880 0.0765 0.963 0.898
#> 5 5 0.866 0.892 0.928 0.0819 0.943 0.824
#> 6 6 0.842 0.797 0.832 0.0505 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9357 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264253 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264254 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264255 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264256 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264257 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264258 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264259 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264260 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264261 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264262 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264263 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264264 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264265 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264266 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264267 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264268 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264269 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264270 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264271 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264272 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264273 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264274 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264275 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264297 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264298 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264299 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264300 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264301 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264302 1 0.9922 0.0589 0.552 0.448
#> SRR1264303 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264304 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264305 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264306 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264307 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264308 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264309 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264310 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264311 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264312 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264313 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264314 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264315 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264316 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264317 2 0.9922 0.3119 0.448 0.552
#> SRR1264318 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264319 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264320 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264321 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264322 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264323 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264324 2 0.7376 0.8053 0.208 0.792
#> SRR1264325 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264326 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264327 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264328 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264329 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264330 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264332 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264333 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264334 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264335 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264336 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264337 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264338 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264340 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264341 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264342 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264343 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264344 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264345 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264347 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264348 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264349 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264350 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
#> SRR1264352 1 0.0376 0.9943 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264084 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264097 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0 0.000
#> SRR1264252 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264253 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264254 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264255 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264256 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264257 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264258 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264259 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264260 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264261 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264262 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264263 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264264 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264265 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264266 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264267 3 0.0237 0.995 0.004 0 0.996
#> SRR1264268 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264269 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264270 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264271 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264272 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264273 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264274 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264275 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264041 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264042 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264043 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264044 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264045 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264046 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264047 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264048 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264049 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264050 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264051 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264052 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264053 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264054 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264055 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264056 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264057 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264058 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.5314 0.758 0.740 0 0.084 0.176
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0188 0.958 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1264178 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.2761 0.895 0.904 0 0.048 0.048
#> SRR1264185 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.3004 0.885 0.892 0 0.060 0.048
#> SRR1264222 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0188 0.958 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1264229 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264231 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264232 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264234 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264235 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264236 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264237 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264238 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264239 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264240 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264241 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264242 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264243 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264244 1 0.0000 0.960 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264246 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264247 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264248 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264249 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264250 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264251 1 0.0707 0.949 0.980 0 0.000 0.020
#> SRR1264252 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264253 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264254 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264255 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264256 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264257 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264258 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264259 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264260 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264261 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264262 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264263 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264264 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264265 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264266 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264267 4 0.3494 0.990 0.004 0 0.172 0.824
#> SRR1264268 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264269 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264270 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264271 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264272 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264273 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264274 4 0.3356 1.000 0.000 0 0.176 0.824
#> SRR1264275 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264277 3 0.1022 0.721 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR1264278 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.1716 0.681 0.000 0 0.936 0.064
#> SRR1264290 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.756 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264298 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264299 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264300 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264301 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264302 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264303 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264304 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264305 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264306 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264307 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264308 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264309 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264310 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264311 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264312 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264313 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264314 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264315 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264316 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264317 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264318 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264319 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264320 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264321 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264322 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264323 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264324 3 0.2081 0.789 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1264325 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264326 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264327 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264328 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264329 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264330 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264331 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264332 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264333 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264334 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264335 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264336 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264337 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264338 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264339 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264340 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264341 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264342 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264343 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264344 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264345 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264346 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264347 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264348 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264349 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264350 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264351 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1264352 3 0.4776 0.545 0.000 0 0.624 0.376
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264041 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264042 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264043 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264044 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264045 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264046 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264047 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264048 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264049 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264050 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264051 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264052 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264053 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264054 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264055 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264056 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264057 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264058 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.1270 0.951 0.052 0 0.000 0.000 0.948
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264130 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264131 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264132 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264133 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264134 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264135 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264136 1 0.2561 0.865 0.856 0 0.000 0.000 0.144
#> SRR1264137 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264138 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264139 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264140 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264141 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264142 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264143 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264144 1 0.2329 0.876 0.876 0 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264145 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.940 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264170 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264171 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264172 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264173 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264174 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264175 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264176 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264177 1 0.2966 0.864 0.848 0 0.000 0.016 0.136
#> SRR1264178 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264179 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264180 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264181 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264182 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264183 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264184 5 0.4150 0.386 0.388 0 0.000 0.000 0.612
#> SRR1264185 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264186 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264187 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264188 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264189 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264190 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264191 1 0.1117 0.938 0.964 0 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264192 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264193 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264194 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264195 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264196 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264197 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264198 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264199 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264200 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264201 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264202 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264203 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264204 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264205 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264206 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264207 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264208 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264209 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264210 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264211 1 0.1012 0.938 0.968 0 0.000 0.012 0.020
#> SRR1264212 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264213 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264214 1 0.2471 0.869 0.864 0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264215 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264216 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264217 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264218 1 0.2471 0.869 0.864 0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264219 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264220 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264221 5 0.4045 0.475 0.356 0 0.000 0.000 0.644
#> SRR1264222 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264223 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264224 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264225 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264226 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264227 1 0.2516 0.866 0.860 0 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264228 1 0.3534 0.710 0.744 0 0.000 0.000 0.256
#> SRR1264229 1 0.2471 0.869 0.864 0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264230 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264231 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264232 1 0.0451 0.941 0.988 0 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264233 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264234 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264235 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264236 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264237 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264238 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264239 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264240 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264241 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264242 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264243 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264244 1 0.2848 0.853 0.840 0 0.000 0.004 0.156
#> SRR1264245 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264246 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264247 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264248 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264249 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264250 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264251 1 0.0566 0.938 0.984 0 0.000 0.004 0.012
#> SRR1264252 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264253 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264254 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264255 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264256 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264257 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264258 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264259 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264260 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264261 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264262 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264263 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264264 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264265 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264266 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264267 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264268 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264269 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264270 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264271 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264272 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264273 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264274 4 0.4403 1.000 0.000 0 0.384 0.608 0.008
#> SRR1264275 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264276 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264277 3 0.5744 0.769 0.000 0 0.564 0.332 0.104
#> SRR1264278 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264279 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264280 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264281 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264282 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264283 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264284 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264285 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264286 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264287 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264288 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264289 3 0.5826 0.763 0.000 0 0.556 0.332 0.112
#> SRR1264290 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264291 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264292 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264293 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264294 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264295 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264296 3 0.5715 0.770 0.000 0 0.564 0.336 0.100
#> SRR1264297 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264298 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264299 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264300 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264301 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264302 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264303 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264304 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264305 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264306 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264307 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264308 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264309 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264310 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264311 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264312 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264313 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264314 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264315 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264316 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264317 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264318 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264319 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264320 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264321 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264322 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264323 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264324 3 0.4387 0.799 0.000 0 0.640 0.348 0.012
#> SRR1264325 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.0290 0.605 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.615 0.000 0 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264041 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264042 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264043 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264044 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264045 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264046 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264047 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264048 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264049 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264050 5 0.0622 0.946 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR1264051 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264052 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264053 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264054 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264055 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264056 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264057 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264058 5 0.0363 0.950 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR1264059 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264060 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264061 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264062 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264063 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264064 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264065 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264066 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264067 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264068 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264069 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264070 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264071 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264072 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264073 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264074 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264075 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264076 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264077 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264078 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264079 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264080 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264081 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264082 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264083 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264084 5 0.0820 0.942 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR1264085 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264086 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264087 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264088 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264089 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264090 2 0.0363 0.992 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264091 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264092 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264093 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264094 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264095 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264096 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264097 5 0.0820 0.942 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 NA
#> SRR1264098 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264099 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264100 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264101 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264102 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264103 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264104 2 0.0146 0.997 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264130 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264131 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264132 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264133 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264134 1 0.3291 0.765 0.828 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR1264135 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264136 1 0.3655 0.753 0.800 0.000 0.000 0.004 0.088 NA
#> SRR1264137 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264138 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264139 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264140 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264141 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264142 1 0.3347 0.762 0.824 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1264143 1 0.3291 0.765 0.828 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR1264144 1 0.3233 0.767 0.832 0.000 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1264145 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264146 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264147 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264148 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264149 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264150 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264151 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264152 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264153 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264154 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264155 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264156 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264157 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264158 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264159 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264160 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264161 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264162 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264163 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264164 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264165 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264166 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264167 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264168 1 0.0000 0.815 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264169 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264170 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264171 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264172 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264173 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264174 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264175 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264176 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264177 1 0.4814 0.693 0.616 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR1264178 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264179 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264180 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264181 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264182 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264183 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264184 5 0.4989 0.335 0.328 0.000 0.000 0.004 0.592 NA
#> SRR1264185 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264186 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264187 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264188 1 0.3690 0.743 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264189 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264190 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264191 1 0.3774 0.736 0.664 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264192 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264193 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264194 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264195 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264196 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264197 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264198 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264199 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264200 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264201 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264202 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264203 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264204 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264205 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264206 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264207 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264208 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264209 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264210 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264211 1 0.3615 0.748 0.700 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264212 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264213 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264214 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264215 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264216 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264217 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264218 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264219 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264220 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264221 5 0.4522 0.463 0.300 0.000 0.000 0.004 0.648 NA
#> SRR1264222 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264223 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264224 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264225 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264226 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264227 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264228 1 0.4697 0.635 0.688 0.000 0.000 0.004 0.200 NA
#> SRR1264229 1 0.3402 0.761 0.820 0.000 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1264230 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264231 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264232 1 0.1913 0.803 0.908 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1264233 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264234 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264235 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264236 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264237 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264238 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264239 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264240 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264241 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264242 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264243 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264244 1 0.3347 0.775 0.824 0.000 0.000 0.004 0.104 NA
#> SRR1264245 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264246 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264247 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264248 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264249 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264250 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264251 1 0.1858 0.799 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264252 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264253 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264254 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264255 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264256 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264257 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264258 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264259 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264260 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264261 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264262 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264263 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264264 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264265 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264266 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264267 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264268 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264269 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264270 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264271 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264272 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264273 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264274 4 0.0146 1.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264275 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264276 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264277 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264278 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264279 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264280 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264281 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264282 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264283 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264284 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264285 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264286 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264287 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264288 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264289 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264290 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264291 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264292 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264293 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264294 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264295 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264296 3 0.4903 0.574 0.000 0.000 0.568 0.000 0.072 NA
#> SRR1264297 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264298 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264299 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264300 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264301 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264302 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264303 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264304 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264305 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264306 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264307 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264308 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264309 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264310 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264311 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264312 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264313 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264314 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264315 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264316 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264317 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264318 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264319 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264320 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264321 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264322 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264323 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264324 3 0.0000 0.676 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264325 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264326 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264327 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264328 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264329 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264330 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264331 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264332 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264333 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264334 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264335 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264336 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264337 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264338 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264339 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264340 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264341 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264342 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264343 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264344 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264345 3 0.5996 0.463 0.000 0.000 0.480 0.316 0.008 NA
#> SRR1264346 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264347 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264348 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264349 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264350 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264351 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
#> SRR1264352 3 0.5987 0.470 0.000 0.000 0.484 0.312 0.008 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3383 0.662 0.662
#> 3 3 1.000 0.999 0.999 0.8879 0.699 0.546
#> 4 4 1.000 0.999 0.999 0.0664 0.958 0.883
#> 5 5 0.984 0.945 0.979 0.1030 0.929 0.780
#> 6 6 0.973 0.934 0.966 0.0257 0.980 0.922
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264090 1 0.1184 0.984 0.984 0.016
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264085 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 3 0.1643 0.945 0.044 0.000 0.956
#> SRR1264091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.3192 0.874 0.000 0.888 0.112
#> SRR1264102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264061 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264074 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264076 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264077 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264078 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264079 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264081 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264082 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264083 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264084 1 0.0188 0.995 0.996 0.000 0.004 0
#> SRR1264085 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264086 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264087 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264090 3 0.1474 0.921 0.052 0.000 0.948 0
#> SRR1264091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264092 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264095 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264097 1 0.0336 0.991 0.992 0.000 0.008 0
#> SRR1264098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264099 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264101 2 0.2408 0.864 0.000 0.896 0.104 0
#> SRR1264102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264252 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264253 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264254 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264255 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264256 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264257 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264258 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264259 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264260 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264261 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264262 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264263 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264264 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264265 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264266 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264267 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264268 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264269 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264270 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264271 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264272 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264273 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264274 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264275 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264276 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264277 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264278 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264279 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264280 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264281 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264282 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264283 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264284 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264285 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264286 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264287 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264288 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264289 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264290 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264291 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264292 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264293 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264294 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264295 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264296 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264297 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264298 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264299 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264300 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264301 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264302 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264303 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264304 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264305 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264306 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264307 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264308 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264309 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264310 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264311 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264312 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264313 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264314 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264315 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264316 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264317 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264318 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264319 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264320 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264321 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264322 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264323 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264324 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264325 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264326 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264327 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264328 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264329 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264330 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264331 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264332 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264333 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264334 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264335 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264336 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264337 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264338 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264339 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264340 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264341 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264342 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264343 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264344 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264345 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264346 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264347 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264348 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264349 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264350 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264351 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264352 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264041 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264042 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264043 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264044 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264045 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264046 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264047 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264048 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264049 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264050 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264051 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264052 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264053 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264054 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264055 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264056 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264057 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264058 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264090 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264101 5 0.2179 0.7752 0.000 0.112 0 0.000 0.888
#> SRR1264102 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264136 5 0.4297 0.1153 0.472 0.000 0 0.000 0.528
#> SRR1264137 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264177 5 0.4306 0.0388 0.492 0.000 0 0.000 0.508
#> SRR1264178 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264184 5 0.3143 0.6685 0.204 0.000 0 0.000 0.796
#> SRR1264185 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0963 0.9340 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR1264189 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.3752 0.5843 0.708 0.000 0 0.000 0.292
#> SRR1264213 1 0.2561 0.8228 0.856 0.000 0 0.000 0.144
#> SRR1264214 1 0.4030 0.4504 0.648 0.000 0 0.000 0.352
#> SRR1264215 1 0.3684 0.6106 0.720 0.000 0 0.000 0.280
#> SRR1264216 1 0.2230 0.8553 0.884 0.000 0 0.000 0.116
#> SRR1264217 1 0.1851 0.8856 0.912 0.000 0 0.000 0.088
#> SRR1264218 1 0.1732 0.8924 0.920 0.000 0 0.000 0.080
#> SRR1264219 1 0.1732 0.8936 0.920 0.000 0 0.000 0.080
#> SRR1264220 1 0.3661 0.6170 0.724 0.000 0 0.000 0.276
#> SRR1264221 5 0.3109 0.6729 0.200 0.000 0 0.000 0.800
#> SRR1264222 1 0.4304 0.0169 0.516 0.000 0 0.000 0.484
#> SRR1264223 1 0.3242 0.7212 0.784 0.000 0 0.000 0.216
#> SRR1264224 1 0.2516 0.8276 0.860 0.000 0 0.000 0.140
#> SRR1264225 1 0.3452 0.6769 0.756 0.000 0 0.000 0.244
#> SRR1264226 1 0.4126 0.3780 0.620 0.000 0 0.000 0.380
#> SRR1264227 1 0.2561 0.8228 0.856 0.000 0 0.000 0.144
#> SRR1264228 5 0.4249 0.2480 0.432 0.000 0 0.000 0.568
#> SRR1264229 1 0.3074 0.7489 0.804 0.000 0 0.000 0.196
#> SRR1264230 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.4242 0.2288 0.572 0.000 0 0.000 0.428
#> SRR1264245 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264275 4 0.0703 0.9737 0.000 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1264276 4 0.1671 0.9242 0.000 0.000 0 0.924 0.076
#> SRR1264277 5 0.0000 0.8962 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264278 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264279 4 0.1121 0.9570 0.000 0.000 0 0.956 0.044
#> SRR1264280 4 0.0162 0.9868 0.000 0.000 0 0.996 0.004
#> SRR1264281 4 0.0510 0.9791 0.000 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1264282 4 0.1341 0.9449 0.000 0.000 0 0.944 0.056
#> SRR1264283 4 0.3074 0.7764 0.000 0.000 0 0.804 0.196
#> SRR1264284 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264285 4 0.2561 0.8481 0.000 0.000 0 0.856 0.144
#> SRR1264286 4 0.0794 0.9701 0.000 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1264287 4 0.0963 0.9642 0.000 0.000 0 0.964 0.036
#> SRR1264288 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264289 5 0.0162 0.8923 0.000 0.000 0 0.004 0.996
#> SRR1264290 4 0.0290 0.9844 0.000 0.000 0 0.992 0.008
#> SRR1264291 4 0.1043 0.9593 0.000 0.000 0 0.960 0.040
#> SRR1264292 4 0.0963 0.9638 0.000 0.000 0 0.964 0.036
#> SRR1264293 4 0.1043 0.9595 0.000 0.000 0 0.960 0.040
#> SRR1264294 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264295 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264296 4 0.0703 0.9732 0.000 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1264297 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0000 0.9893 0.000 0.000 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264082 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264083 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264084 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264086 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264087 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264088 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264089 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264090 5 0.3838 0.0757 0.000 0.000 0 0.000 0.552 0.448
#> SRR1264091 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264092 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264093 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264094 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264095 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264096 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264097 5 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264099 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264100 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264101 6 0.1930 0.9487 0.000 0.048 0 0.000 0.036 0.916
#> SRR1264102 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264103 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264104 6 0.1610 0.9975 0.000 0.084 0 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0260 0.9913 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0260 0.9913 0.000 0.992 0 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9996 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 5 0.3860 0.1171 0.472 0.000 0 0.000 0.528 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 5 0.3868 0.0407 0.492 0.000 0 0.000 0.508 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 5 0.2823 0.6383 0.204 0.000 0 0.000 0.796 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0865 0.9333 0.964 0.000 0 0.000 0.036 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.3409 0.5665 0.700 0.000 0 0.000 0.300 0.000
#> SRR1264213 1 0.2340 0.8167 0.852 0.000 0 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264214 1 0.3607 0.4582 0.652 0.000 0 0.000 0.348 0.000
#> SRR1264215 1 0.3309 0.6092 0.720 0.000 0 0.000 0.280 0.000
#> SRR1264216 1 0.2048 0.8500 0.880 0.000 0 0.000 0.120 0.000
#> SRR1264217 1 0.1663 0.8847 0.912 0.000 0 0.000 0.088 0.000
#> SRR1264218 1 0.1556 0.8914 0.920 0.000 0 0.000 0.080 0.000
#> SRR1264219 1 0.1556 0.8928 0.920 0.000 0 0.000 0.080 0.000
#> SRR1264220 1 0.3330 0.6002 0.716 0.000 0 0.000 0.284 0.000
#> SRR1264221 5 0.2793 0.6428 0.200 0.000 0 0.000 0.800 0.000
#> SRR1264222 1 0.3866 0.0129 0.516 0.000 0 0.000 0.484 0.000
#> SRR1264223 1 0.2941 0.7138 0.780 0.000 0 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264224 1 0.2260 0.8267 0.860 0.000 0 0.000 0.140 0.000
#> SRR1264225 1 0.3126 0.6687 0.752 0.000 0 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264226 1 0.3717 0.3646 0.616 0.000 0 0.000 0.384 0.000
#> SRR1264227 1 0.2378 0.8119 0.848 0.000 0 0.000 0.152 0.000
#> SRR1264228 5 0.3817 0.2488 0.432 0.000 0 0.000 0.568 0.000
#> SRR1264229 1 0.2793 0.7417 0.800 0.000 0 0.000 0.200 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.3804 0.2391 0.576 0.000 0 0.000 0.424 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.9632 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275 4 0.2147 0.9245 0.000 0.000 0 0.896 0.020 0.084
#> SRR1264276 4 0.3017 0.8819 0.000 0.000 0 0.844 0.072 0.084
#> SRR1264277 5 0.1610 0.8090 0.000 0.000 0 0.000 0.916 0.084
#> SRR1264278 4 0.1610 0.9336 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264279 4 0.2595 0.9080 0.000 0.000 0 0.872 0.044 0.084
#> SRR1264280 4 0.1610 0.9336 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264281 4 0.2060 0.9266 0.000 0.000 0 0.900 0.016 0.084
#> SRR1264282 4 0.2786 0.8977 0.000 0.000 0 0.860 0.056 0.084
#> SRR1264283 4 0.3552 0.8327 0.000 0.000 0 0.800 0.116 0.084
#> SRR1264284 4 0.1610 0.9336 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264285 4 0.3277 0.8619 0.000 0.000 0 0.824 0.092 0.084
#> SRR1264286 4 0.1967 0.9286 0.000 0.000 0 0.904 0.012 0.084
#> SRR1264287 4 0.2384 0.9166 0.000 0.000 0 0.884 0.032 0.084
#> SRR1264288 4 0.1610 0.9336 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264289 5 0.1753 0.8060 0.000 0.000 0 0.004 0.912 0.084
#> SRR1264290 4 0.1866 0.9300 0.000 0.000 0 0.908 0.008 0.084
#> SRR1264291 4 0.2527 0.9108 0.000 0.000 0 0.876 0.040 0.084
#> SRR1264292 4 0.2457 0.9143 0.000 0.000 0 0.880 0.036 0.084
#> SRR1264293 4 0.2527 0.9115 0.000 0.000 0 0.876 0.040 0.084
#> SRR1264294 4 0.1610 0.9336 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264295 4 0.1610 0.9336 0.000 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1264296 4 0.2147 0.9244 0.000 0.000 0 0.896 0.020 0.084
#> SRR1264297 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0000 0.9721 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.732 0.903 0.953 0.4104 0.573 0.573
#> 3 3 0.657 0.783 0.906 0.5512 0.704 0.519
#> 4 4 0.711 0.697 0.807 0.1410 0.824 0.553
#> 5 5 0.684 0.641 0.787 0.0650 0.852 0.519
#> 6 6 0.771 0.770 0.828 0.0393 0.889 0.564
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264041 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264042 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264043 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264044 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264045 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264046 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264047 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264048 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264049 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264050 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264051 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264052 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264053 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264054 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264055 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264056 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264057 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264058 1 0.7219 0.738 0.800 0.200
#> SRR1264059 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.9491 0.408 0.632 0.368
#> SRR1264085 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.9491 0.408 0.632 0.368
#> SRR1264098 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.885 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1264185 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264297 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264298 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264299 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264300 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264301 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264302 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264303 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264304 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264305 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264306 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264307 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264308 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264309 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264310 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264311 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264312 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264313 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264314 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264315 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264316 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264317 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264318 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264319 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264320 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264321 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264322 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264323 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264324 2 0.9491 0.588 0.368 0.632
#> SRR1264325 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264041 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264042 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264043 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264044 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264045 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264046 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264047 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264048 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264049 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264050 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264051 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264052 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264053 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264054 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264055 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264056 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264057 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264058 1 0.6045 0.435 0.620 0.000 0.380
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.7150 0.448 0.616 0.036 0.348
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.6247 0.437 0.620 0.004 0.376
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264137 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264147 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264148 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264149 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264150 1 0.1163 0.838 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264151 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264152 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264153 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264154 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264155 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264156 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264157 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264158 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264159 1 0.0747 0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264160 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264161 1 0.0747 0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264162 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264163 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264164 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264165 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264166 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264167 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264168 1 0.0892 0.844 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264169 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.2261 0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264178 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.2356 0.807 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264185 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.2261 0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264189 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264190 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264193 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264194 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264195 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264196 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264197 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264198 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264199 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264200 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264201 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264202 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264203 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264204 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264205 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264206 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264207 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264208 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264210 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264211 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264212 1 0.0747 0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264213 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264214 1 0.0892 0.844 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264215 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264216 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264217 1 0.0747 0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264218 1 0.0892 0.844 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264219 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264220 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264221 1 0.2356 0.807 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264222 1 0.0747 0.846 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264223 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264224 1 0.1163 0.838 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264225 1 0.0424 0.850 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264226 1 0.1031 0.841 0.976 0.000 0.024
#> SRR1264227 1 0.0237 0.851 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264228 1 0.2261 0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264229 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264230 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264231 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264232 1 0.1289 0.836 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264233 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264234 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264235 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264236 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264237 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264238 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264239 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264240 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264241 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264242 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264243 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264244 1 0.2261 0.808 0.932 0.000 0.068
#> SRR1264245 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264246 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264247 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264248 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264249 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264250 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264251 1 0.6095 0.233 0.608 0.000 0.392
#> SRR1264252 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264253 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264254 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264255 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264256 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264257 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264258 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264259 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264260 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264261 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264262 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264263 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264264 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264265 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264266 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264267 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264268 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264269 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264270 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264271 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264272 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264273 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264274 3 0.6126 0.473 0.400 0.000 0.600
#> SRR1264275 3 0.0237 0.841 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264276 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0237 0.841 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264285 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0237 0.841 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264290 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.841 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264326 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264327 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264328 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264329 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264330 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264331 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264332 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264333 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264334 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264335 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264336 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264337 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264338 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264339 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264340 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264341 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264342 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264343 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264344 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264345 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264346 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264347 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264348 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264349 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264350 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264351 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
#> SRR1264352 3 0.3267 0.822 0.116 0.000 0.884
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264041 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264042 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264043 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264044 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264045 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264046 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264047 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264048 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264049 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264050 1 0.4431 0.1727 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1264051 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264052 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264053 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264054 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264055 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264056 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264057 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264058 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264082 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264083 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264084 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264085 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264086 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264087 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264088 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264089 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264090 2 0.1584 0.9629 0.012 0.952 0.036 0.000
#> SRR1264091 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264092 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264093 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264094 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264095 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264096 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264097 1 0.2973 0.4946 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264098 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264099 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264100 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264101 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264102 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264103 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264104 2 0.1452 0.9657 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264130 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264131 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264132 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264133 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264134 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264135 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264136 4 0.7893 -0.2231 0.300 0.000 0.324 0.376
#> SRR1264137 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264138 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264139 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264140 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264141 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264142 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264143 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264144 1 0.4977 0.6143 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264145 4 0.4477 0.2975 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1264146 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264147 4 0.4454 0.3169 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264148 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264149 4 0.4454 0.3169 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264150 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264151 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264152 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264153 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264154 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264155 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264156 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264157 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264158 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264159 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264160 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264161 4 0.4454 0.3098 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264162 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264163 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264164 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264165 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264166 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264167 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264168 4 0.4431 0.3232 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264169 4 0.3311 0.5597 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1264170 4 0.3688 0.5138 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1264171 4 0.3266 0.5630 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1264172 4 0.3172 0.5700 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264173 4 0.3123 0.5728 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1264174 4 0.3400 0.5509 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1264175 4 0.2868 0.5857 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1264176 4 0.3356 0.5555 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1264177 4 0.7162 -0.0860 0.392 0.000 0.136 0.472
#> SRR1264178 4 0.3486 0.5414 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1264179 4 0.3356 0.5553 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1264180 4 0.2345 0.6027 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1264181 4 0.3400 0.5510 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1264182 4 0.2704 0.5921 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1264183 4 0.2921 0.5832 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1264184 1 0.7362 0.0860 0.444 0.000 0.160 0.396
#> SRR1264185 4 0.3569 0.5311 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1264186 4 0.3219 0.5647 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1264187 4 0.3610 0.5253 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1264188 4 0.6748 -0.0427 0.328 0.000 0.112 0.560
#> SRR1264189 4 0.1637 0.6160 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1264190 4 0.3074 0.5758 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264191 4 0.3172 0.5697 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264192 1 0.4977 0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264193 1 0.4961 0.6206 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1264194 1 0.4977 0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264195 1 0.4972 0.6183 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264196 1 0.4967 0.6198 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264197 1 0.4977 0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264198 1 0.4972 0.6178 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264199 1 0.4977 0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264200 1 0.4967 0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264201 1 0.4977 0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264202 1 0.4967 0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264203 1 0.4972 0.6178 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264204 1 0.4977 0.6151 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1264205 1 0.4967 0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264206 1 0.4955 0.6227 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1264207 1 0.4972 0.6183 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264208 1 0.4972 0.6178 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264209 1 0.4972 0.6184 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264210 1 0.4967 0.6200 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1264211 1 0.4961 0.6206 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1264212 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264213 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264214 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264215 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264216 1 0.4936 0.6380 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1264217 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264218 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264219 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264220 1 0.4964 0.6363 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1264221 4 0.7732 -0.0962 0.384 0.000 0.228 0.388
#> SRR1264222 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264223 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264224 1 0.5510 0.6251 0.600 0.000 0.024 0.376
#> SRR1264225 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264226 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264227 1 0.4950 0.6391 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1264228 4 0.7816 -0.2197 0.340 0.000 0.260 0.400
#> SRR1264229 1 0.4964 0.6386 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1264230 4 0.0817 0.6327 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1264231 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264232 4 0.4855 -0.1708 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1264233 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264234 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264235 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264236 4 0.0188 0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264237 4 0.0188 0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264238 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264239 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264240 4 0.0188 0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264241 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264242 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264243 4 0.1118 0.6291 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1264244 4 0.6292 -0.0438 0.332 0.000 0.076 0.592
#> SRR1264245 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264246 4 0.0469 0.6355 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1264247 4 0.0188 0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264248 4 0.0188 0.6352 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264249 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264250 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264251 4 0.0336 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264252 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264253 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264254 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264255 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264256 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264257 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264258 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264259 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264260 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264261 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264262 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264263 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264264 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264265 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264266 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264267 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264268 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264269 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264270 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264271 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264272 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264273 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264274 4 0.3726 0.5613 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1264275 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264276 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264277 3 0.4040 0.8113 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1264278 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264279 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264280 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264281 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264282 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264283 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264284 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264285 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264286 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264287 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264288 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264289 3 0.3975 0.8118 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1264290 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264291 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264292 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264293 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264294 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264295 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264296 3 0.3444 0.8110 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1264297 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264298 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264299 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264300 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264301 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264302 3 0.3249 0.8560 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1264303 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264304 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264305 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264306 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264307 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264308 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264309 3 0.2921 0.8563 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1264310 3 0.3249 0.8560 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1264311 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264312 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264313 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264314 3 0.2921 0.8563 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1264315 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264316 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264317 3 0.3249 0.8560 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1264318 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264319 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264320 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264321 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264322 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264323 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264324 3 0.3105 0.8569 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1264325 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264326 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264327 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264328 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264329 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264330 3 0.2408 0.8675 0.044 0.000 0.920 0.036
#> SRR1264331 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264332 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264333 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264334 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264335 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264336 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264337 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264338 3 0.2589 0.8643 0.044 0.000 0.912 0.044
#> SRR1264339 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264340 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264341 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264342 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264343 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264344 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264345 3 0.2675 0.8644 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR1264346 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264347 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264348 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264349 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264350 3 0.2313 0.8681 0.044 0.000 0.924 0.032
#> SRR1264351 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1264352 3 0.2500 0.8677 0.044 0.000 0.916 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264041 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264042 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264043 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264044 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264045 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264046 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264047 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264048 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264049 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264050 3 0.4652 0.447 0.188 0.000 0.744 0.012 0.056
#> SRR1264051 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264052 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264053 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264054 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264055 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264056 3 0.3752 0.452 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR1264057 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264058 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264084 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.4235 0.551 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264097 3 0.3774 0.449 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.4161 0.596 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.4060 0.635 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.863 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264130 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264131 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264132 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264133 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264134 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264135 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264136 1 0.5422 0.598 0.732 0.000 0.092 0.072 0.104
#> SRR1264137 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264138 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264139 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264140 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264141 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264142 1 0.1809 0.810 0.928 0.000 0.060 0.012 0.000
#> SRR1264143 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264144 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264145 1 0.2648 0.759 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1264146 1 0.3395 0.667 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1264147 1 0.3480 0.639 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264148 1 0.3480 0.639 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264149 1 0.3508 0.630 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1264150 1 0.3508 0.638 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1264151 1 0.3177 0.700 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264152 1 0.3480 0.644 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264153 1 0.3210 0.695 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1264154 1 0.3395 0.667 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1264155 1 0.3274 0.687 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264156 1 0.3395 0.667 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1264157 1 0.3366 0.671 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264158 1 0.3480 0.644 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264159 1 0.3480 0.646 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264160 1 0.3424 0.658 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1264161 1 0.2852 0.742 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1264162 1 0.3305 0.688 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1264163 1 0.3480 0.646 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264164 1 0.3480 0.642 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1264165 1 0.3336 0.679 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264166 1 0.3424 0.656 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1264167 1 0.3366 0.674 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264168 1 0.3366 0.671 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264169 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264170 4 0.4101 0.551 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1264171 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264172 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264173 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264174 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264175 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264176 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264177 1 0.7256 0.283 0.540 0.000 0.204 0.172 0.084
#> SRR1264178 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264179 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264180 4 0.4196 0.574 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR1264181 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264182 4 0.4060 0.571 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1264183 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264184 3 0.7863 0.208 0.272 0.000 0.444 0.120 0.164
#> SRR1264185 4 0.4101 0.551 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1264186 4 0.4074 0.566 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1264187 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264188 1 0.5557 0.496 0.680 0.000 0.120 0.184 0.016
#> SRR1264189 4 0.4060 0.571 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1264190 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264191 4 0.4088 0.560 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1264192 1 0.0162 0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264193 1 0.0609 0.855 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264194 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264195 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264196 1 0.0510 0.860 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264197 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264198 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264199 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264200 1 0.0404 0.862 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264201 1 0.0162 0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264202 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264203 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264204 1 0.0451 0.857 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264205 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264206 1 0.0162 0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264207 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264208 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264209 1 0.0290 0.862 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264210 1 0.0162 0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264211 1 0.0162 0.861 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264212 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264213 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264214 1 0.0609 0.857 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264215 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264216 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264217 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264218 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264219 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264220 1 0.0963 0.847 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1264221 3 0.7875 0.215 0.268 0.000 0.444 0.120 0.168
#> SRR1264222 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264223 1 0.0609 0.858 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264224 1 0.0794 0.853 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264225 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264226 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264227 1 0.0404 0.861 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264228 1 0.5736 0.544 0.696 0.000 0.116 0.140 0.048
#> SRR1264229 1 0.0510 0.859 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264230 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264231 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264232 1 0.4303 0.620 0.764 0.000 0.036 0.188 0.012
#> SRR1264233 4 0.3861 0.635 0.284 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1264234 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264235 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264236 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264237 4 0.3730 0.632 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1264238 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264239 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264240 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264241 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264242 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264243 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264244 1 0.5824 0.483 0.664 0.000 0.132 0.180 0.024
#> SRR1264245 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264246 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264247 4 0.3730 0.632 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1264248 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264249 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264250 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264251 4 0.3707 0.636 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1264252 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264253 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264254 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264255 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264256 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264257 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264258 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264259 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264260 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264261 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264262 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264263 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264264 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264265 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264266 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264267 4 0.4393 0.417 0.000 0.000 0.076 0.756 0.168
#> SRR1264268 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264269 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264270 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264271 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264272 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264273 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264274 4 0.4096 0.465 0.000 0.000 0.072 0.784 0.144
#> SRR1264275 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264276 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264277 3 0.3963 0.409 0.004 0.000 0.732 0.008 0.256
#> SRR1264278 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264279 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264280 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264281 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264282 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264283 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264284 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264285 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264286 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264287 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264288 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264289 3 0.3963 0.409 0.004 0.000 0.732 0.008 0.256
#> SRR1264290 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264291 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264292 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264293 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264294 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264295 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264296 3 0.3937 0.413 0.004 0.000 0.736 0.008 0.252
#> SRR1264297 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 5 0.3301 0.794 0.000 0.000 0.080 0.072 0.848
#> SRR1264303 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 5 0.0510 0.962 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1264311 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 5 0.3301 0.790 0.000 0.000 0.080 0.072 0.848
#> SRR1264318 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 5 0.0404 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264323 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 5 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264326 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264327 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264328 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264329 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264330 3 0.6245 0.167 0.000 0.000 0.516 0.168 0.316
#> SRR1264331 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264332 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264333 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264334 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264335 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264336 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264337 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264338 3 0.6206 0.181 0.000 0.000 0.528 0.168 0.304
#> SRR1264339 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264340 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264341 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264342 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264343 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264344 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264345 3 0.6206 0.181 0.000 0.000 0.528 0.168 0.304
#> SRR1264346 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264347 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264348 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264349 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264350 3 0.6158 0.173 0.000 0.000 0.528 0.156 0.316
#> SRR1264351 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
#> SRR1264352 3 0.6785 0.112 0.000 0.000 0.364 0.280 0.356
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264041 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264042 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264043 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264044 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264045 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264046 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264047 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264048 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264049 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264050 5 0.0891 0.7004 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR1264051 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264052 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264053 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264054 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264055 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264056 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264057 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264058 5 0.1610 0.7132 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264082 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264083 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264084 5 0.1663 0.7115 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1264085 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264086 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264087 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264088 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264089 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264090 5 0.3023 0.6702 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR1264091 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264092 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264093 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264094 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264095 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264096 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264097 5 0.1663 0.7115 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1264098 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264099 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264100 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264101 5 0.3409 0.6341 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR1264102 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264103 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264104 5 0.3782 0.5952 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264130 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264131 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264132 1 0.0260 0.8399 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0260 0.8399 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264135 1 0.0291 0.8397 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264136 1 0.6448 -0.0446 0.424 0.000 0.032 0.016 0.412 0.116
#> SRR1264137 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264138 1 0.0291 0.8397 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264139 1 0.0291 0.8397 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264140 1 0.0146 0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264142 1 0.3979 0.4531 0.708 0.000 0.020 0.008 0.264 0.000
#> SRR1264143 1 0.0405 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264144 1 0.0260 0.8399 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.2941 0.6785 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264146 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264147 1 0.3023 0.6654 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264148 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264149 1 0.3050 0.6574 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1264150 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264151 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264152 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264153 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264154 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264155 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264156 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264157 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264158 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264159 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264160 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264161 1 0.2941 0.6785 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264162 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264163 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264164 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264165 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264166 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264167 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264168 1 0.2996 0.6704 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264169 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264170 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264171 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264172 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264173 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264174 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264175 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264176 6 0.3584 0.8805 0.308 0.000 0.000 0.000 0.004 0.688
#> SRR1264177 5 0.6509 0.2493 0.328 0.000 0.008 0.032 0.468 0.164
#> SRR1264178 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264179 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264180 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264181 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264182 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264183 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264184 5 0.5245 0.6159 0.108 0.000 0.032 0.028 0.716 0.116
#> SRR1264185 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264186 6 0.3619 0.8737 0.316 0.000 0.000 0.000 0.004 0.680
#> SRR1264187 6 0.3584 0.8805 0.308 0.000 0.000 0.000 0.004 0.688
#> SRR1264188 5 0.6731 0.1349 0.360 0.000 0.024 0.016 0.408 0.192
#> SRR1264189 6 0.3619 0.8739 0.316 0.000 0.000 0.000 0.004 0.680
#> SRR1264190 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264191 6 0.3601 0.8797 0.312 0.000 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1264192 1 0.0146 0.8402 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264193 1 0.1082 0.8284 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1264194 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0146 0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0146 0.8404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264197 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0146 0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.1294 0.8274 0.956 0.000 0.004 0.008 0.008 0.024
#> SRR1264205 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0146 0.8402 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264207 1 0.0146 0.8405 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264208 1 0.0146 0.8401 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0363 0.8382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264210 1 0.0260 0.8394 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264211 1 0.0000 0.8401 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264213 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264214 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264215 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264216 1 0.1701 0.8082 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1264217 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264218 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264219 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264220 1 0.1918 0.7957 0.904 0.000 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1264221 5 0.5245 0.6161 0.108 0.000 0.028 0.032 0.716 0.116
#> SRR1264222 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264223 1 0.1866 0.7995 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1264224 1 0.1866 0.7995 0.908 0.000 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1264225 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264226 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264227 1 0.1812 0.8032 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR1264228 5 0.6569 0.0789 0.396 0.000 0.028 0.016 0.416 0.144
#> SRR1264229 1 0.1757 0.8049 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1264230 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264231 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264232 1 0.5879 0.4241 0.636 0.000 0.024 0.028 0.132 0.180
#> SRR1264233 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264234 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264235 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264236 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264237 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264238 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264239 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264240 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264241 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264242 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264243 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264244 5 0.6646 0.1466 0.364 0.000 0.012 0.032 0.428 0.164
#> SRR1264245 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264246 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264247 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264248 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264249 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264250 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264251 6 0.2703 0.8938 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR1264252 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264253 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264254 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264255 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264256 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264257 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264258 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264259 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264260 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264261 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264262 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264263 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264264 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264265 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264266 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264267 4 0.4060 0.6482 0.000 0.000 0.008 0.644 0.008 0.340
#> SRR1264268 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264269 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264270 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264271 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264272 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264273 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264274 4 0.3592 0.6527 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1264275 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264276 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264277 5 0.4529 0.6537 0.004 0.000 0.096 0.176 0.720 0.004
#> SRR1264278 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264279 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264280 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264281 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264282 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264283 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264284 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264285 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264286 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264287 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264288 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264289 5 0.4529 0.6537 0.004 0.000 0.096 0.176 0.720 0.004
#> SRR1264290 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264291 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264292 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264293 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264294 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264295 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264296 5 0.4389 0.6590 0.004 0.000 0.084 0.176 0.732 0.004
#> SRR1264297 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.3658 0.6548 0.000 0.000 0.752 0.032 0.216 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.2178 0.8097 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.3630 0.6615 0.000 0.000 0.756 0.032 0.212 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.2092 0.8200 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.9630 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264326 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264327 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264328 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264329 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264330 4 0.5142 -0.0406 0.000 0.000 0.084 0.488 0.428 0.000
#> SRR1264331 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264332 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264333 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264334 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264335 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264336 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264337 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264338 4 0.5027 -0.0759 0.000 0.000 0.072 0.488 0.440 0.000
#> SRR1264339 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264340 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264341 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264342 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264343 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264344 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264345 4 0.4986 -0.0878 0.000 0.000 0.068 0.488 0.444 0.000
#> SRR1264346 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264347 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264348 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264349 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264350 4 0.5142 -0.0406 0.000 0.000 0.084 0.488 0.428 0.000
#> SRR1264351 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
#> SRR1264352 4 0.3611 0.6698 0.000 0.000 0.108 0.796 0.096 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.312 0.762 0.778 0.4279 0.589 0.589
#> 3 3 0.963 0.924 0.971 0.5221 0.756 0.588
#> 4 4 0.777 0.809 0.896 0.1095 0.855 0.625
#> 5 5 0.894 0.893 0.923 0.0726 0.901 0.664
#> 6 6 0.874 0.863 0.910 0.0310 0.995 0.976
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264041 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264042 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264043 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264044 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264045 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264046 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264047 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264048 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264049 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264050 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264051 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264052 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264053 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264054 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264055 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264056 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264057 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264058 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264084 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264097 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264130 1 0.949 0.686 0.632 0.368
#> SRR1264131 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264132 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264133 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264134 1 0.949 0.686 0.632 0.368
#> SRR1264135 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264136 1 0.955 0.674 0.624 0.376
#> SRR1264137 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264138 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264139 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264140 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264141 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264142 1 0.952 0.681 0.628 0.372
#> SRR1264143 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264144 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264145 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264146 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264147 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264148 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264149 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264150 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264151 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264152 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264153 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264154 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264155 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264156 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264157 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264158 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264159 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264160 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264161 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264162 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264163 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264164 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264165 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264166 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264167 1 0.943 0.697 0.640 0.360
#> SRR1264168 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264169 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264170 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264171 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264172 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264173 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264174 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264175 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264176 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264177 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264178 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264179 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264180 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264181 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264182 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264183 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264184 1 0.946 0.689 0.636 0.364
#> SRR1264185 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264186 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264187 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264188 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264189 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264190 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264191 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264192 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264193 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264194 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264195 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264196 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264197 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264198 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264199 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264200 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264201 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264202 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264203 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264204 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264205 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264206 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264207 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264208 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264209 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264210 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264211 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264212 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264213 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264214 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264215 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264216 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264217 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264218 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264219 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264220 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264221 2 0.745 0.620 0.212 0.788
#> SRR1264222 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264223 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264224 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264225 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264226 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264227 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264228 1 0.946 0.692 0.636 0.364
#> SRR1264229 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264230 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264231 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264232 1 0.936 0.705 0.648 0.352
#> SRR1264233 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264234 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264235 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264236 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264237 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264238 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264239 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264240 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264241 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264242 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264243 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264244 1 0.939 0.701 0.644 0.356
#> SRR1264245 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264246 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264247 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264248 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264249 1 0.932 0.707 0.652 0.348
#> SRR1264250 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264251 1 0.929 0.709 0.656 0.344
#> SRR1264252 1 0.416 0.668 0.916 0.084
#> SRR1264253 1 0.625 0.687 0.844 0.156
#> SRR1264254 1 0.506 0.676 0.888 0.112
#> SRR1264255 1 0.644 0.688 0.836 0.164
#> SRR1264256 1 0.653 0.689 0.832 0.168
#> SRR1264257 1 0.680 0.691 0.820 0.180
#> SRR1264258 1 0.653 0.689 0.832 0.168
#> SRR1264259 1 0.595 0.684 0.856 0.144
#> SRR1264260 1 0.634 0.688 0.840 0.160
#> SRR1264261 1 0.584 0.683 0.860 0.140
#> SRR1264262 1 0.430 0.670 0.912 0.088
#> SRR1264263 1 0.680 0.691 0.820 0.180
#> SRR1264264 1 0.388 0.666 0.924 0.076
#> SRR1264265 1 0.671 0.690 0.824 0.176
#> SRR1264266 1 0.697 0.692 0.812 0.188
#> SRR1264267 1 0.730 0.694 0.796 0.204
#> SRR1264268 1 0.163 0.647 0.976 0.024
#> SRR1264269 1 0.653 0.689 0.832 0.168
#> SRR1264270 1 0.518 0.677 0.884 0.116
#> SRR1264271 1 0.141 0.645 0.980 0.020
#> SRR1264272 1 0.402 0.667 0.920 0.080
#> SRR1264273 1 0.563 0.681 0.868 0.132
#> SRR1264274 1 0.430 0.670 0.912 0.088
#> SRR1264275 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264276 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264277 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264278 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264279 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264280 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264281 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264282 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264283 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264284 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264285 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264286 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264287 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264288 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264289 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264290 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264291 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264292 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264293 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264294 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264295 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264296 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264297 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264298 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264299 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264300 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264301 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264302 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264303 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264304 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264305 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264306 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264307 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264308 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264309 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264310 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264311 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264312 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264313 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264314 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264315 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264316 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264317 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264318 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264319 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264320 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264321 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264322 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264323 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264324 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264325 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264326 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264327 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264328 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264329 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264330 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264331 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264332 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264333 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264334 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264335 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264336 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264337 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264338 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264339 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264340 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264341 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264342 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264343 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264344 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264345 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264346 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264347 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264348 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264349 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264350 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264351 1 0.615 0.610 0.848 0.152
#> SRR1264352 1 0.615 0.610 0.848 0.152
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.319 0.8399 0.888 0.112 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.9528 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.630 0.0224 0.480 0.000 0.520
#> SRR1264253 1 0.618 0.3211 0.584 0.000 0.416
#> SRR1264254 1 0.568 0.5523 0.684 0.000 0.316
#> SRR1264255 1 0.525 0.6452 0.736 0.000 0.264
#> SRR1264256 1 0.620 0.2985 0.576 0.000 0.424
#> SRR1264257 1 0.595 0.4607 0.640 0.000 0.360
#> SRR1264258 1 0.497 0.6881 0.764 0.000 0.236
#> SRR1264259 1 0.601 0.4338 0.628 0.000 0.372
#> SRR1264260 1 0.629 0.1726 0.536 0.000 0.464
#> SRR1264261 1 0.583 0.5043 0.660 0.000 0.340
#> SRR1264262 1 0.614 0.3545 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264263 1 0.525 0.6440 0.736 0.000 0.264
#> SRR1264264 3 0.627 0.1268 0.452 0.000 0.548
#> SRR1264265 1 0.613 0.3645 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264266 1 0.568 0.5515 0.684 0.000 0.316
#> SRR1264267 1 0.606 0.4051 0.616 0.000 0.384
#> SRR1264268 3 0.624 0.1669 0.440 0.000 0.560
#> SRR1264269 1 0.606 0.4050 0.616 0.000 0.384
#> SRR1264270 1 0.621 0.2869 0.572 0.000 0.428
#> SRR1264271 3 0.627 0.1274 0.452 0.000 0.548
#> SRR1264272 3 0.631 -0.0261 0.492 0.000 0.508
#> SRR1264273 1 0.533 0.6313 0.728 0.000 0.272
#> SRR1264274 3 0.629 0.0687 0.468 0.000 0.532
#> SRR1264275 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.000 0.9617 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264041 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264042 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264043 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264044 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264045 4 0.4222 0.6116 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1264046 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264047 4 0.3837 0.6774 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1264048 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264049 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264050 4 0.3649 0.6997 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264051 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264052 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264053 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264054 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264055 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264056 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264057 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264058 4 0.3311 0.7283 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1264059 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.4866 0.1072 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1264130 1 0.4925 0.0105 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1264131 1 0.4981 -0.1302 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1264132 1 0.4730 0.2448 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1264133 1 0.4994 -0.1952 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1264134 1 0.4888 0.0769 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1264135 1 0.4713 0.2556 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1264136 4 0.4761 0.5714 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1264137 1 0.5000 -0.2518 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1264138 1 0.4998 -0.2242 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1264139 1 0.4996 -0.2098 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1264140 1 0.4981 -0.1349 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1264141 4 0.4989 0.3324 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1264142 1 0.4972 -0.1033 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1264143 1 0.4907 0.0428 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1264144 1 0.4624 0.3153 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1264145 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264149 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264151 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264152 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264155 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264159 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264162 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264166 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264167 1 0.0188 0.9066 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264168 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.1209 0.8746 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264178 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184 1 0.3013 0.7827 0.888 0.000 0.032 0.080
#> SRR1264185 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0188 0.9074 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264211 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 4 0.4605 0.6266 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1264213 4 0.4454 0.6493 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264214 4 0.4564 0.6345 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1264215 4 0.4543 0.6378 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1264216 4 0.4679 0.6054 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1264217 4 0.4661 0.6114 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1264218 4 0.4605 0.6259 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1264219 4 0.4643 0.6169 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1264220 4 0.4543 0.6377 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1264221 1 0.6522 0.2551 0.608 0.112 0.000 0.280
#> SRR1264222 4 0.4522 0.6419 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1264223 4 0.4933 0.4446 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1264224 4 0.4697 0.5985 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1264225 4 0.4431 0.6513 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1264226 4 0.4941 0.4338 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264227 4 0.4761 0.5724 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1264228 1 0.4855 0.1664 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1264229 4 0.4994 0.3069 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1264230 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0188 0.9059 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.2999 0.7609 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR1264245 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.9091 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.5458 0.6782 0.204 0.000 0.720 0.076
#> SRR1264253 3 0.5939 0.6213 0.248 0.000 0.668 0.084
#> SRR1264254 3 0.6124 0.5837 0.276 0.000 0.640 0.084
#> SRR1264255 3 0.6423 0.4954 0.336 0.000 0.580 0.084
#> SRR1264256 3 0.6238 0.5566 0.296 0.000 0.620 0.084
#> SRR1264257 3 0.6583 0.3925 0.388 0.000 0.528 0.084
#> SRR1264258 3 0.6338 0.5261 0.316 0.000 0.600 0.084
#> SRR1264259 3 0.5448 0.6844 0.196 0.000 0.724 0.080
#> SRR1264260 3 0.5655 0.6648 0.212 0.000 0.704 0.084
#> SRR1264261 3 0.5620 0.6692 0.208 0.000 0.708 0.084
#> SRR1264262 3 0.5646 0.6739 0.204 0.000 0.708 0.088
#> SRR1264263 3 0.6426 0.4750 0.352 0.000 0.568 0.080
#> SRR1264264 3 0.4411 0.7636 0.108 0.000 0.812 0.080
#> SRR1264265 3 0.6351 0.5070 0.332 0.000 0.588 0.080
#> SRR1264266 3 0.6538 0.3870 0.392 0.000 0.528 0.080
#> SRR1264267 3 0.6554 0.4215 0.376 0.000 0.540 0.084
#> SRR1264268 3 0.4477 0.7617 0.108 0.000 0.808 0.084
#> SRR1264269 3 0.6396 0.4651 0.360 0.000 0.564 0.076
#> SRR1264270 3 0.5851 0.6363 0.236 0.000 0.680 0.084
#> SRR1264271 3 0.4297 0.7717 0.096 0.000 0.820 0.084
#> SRR1264272 3 0.5661 0.6577 0.220 0.000 0.700 0.080
#> SRR1264273 3 0.5690 0.6598 0.216 0.000 0.700 0.084
#> SRR1264274 3 0.5272 0.7050 0.172 0.000 0.744 0.084
#> SRR1264275 3 0.3311 0.8228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1264276 3 0.3486 0.8145 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1264277 3 0.4855 0.5655 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264278 3 0.3649 0.8053 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264279 3 0.3311 0.8228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1264280 3 0.3400 0.8189 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1264281 3 0.3486 0.8149 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1264282 3 0.3569 0.8100 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264283 3 0.4164 0.7572 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1264284 3 0.3649 0.8049 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264285 3 0.3569 0.8095 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264286 3 0.3569 0.8117 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264287 3 0.3649 0.8044 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1264288 3 0.3356 0.8213 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1264289 3 0.4866 0.5626 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1264290 3 0.3400 0.8190 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1264291 3 0.3569 0.8095 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1264292 3 0.3726 0.8002 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1264293 3 0.3400 0.8187 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1264294 3 0.3266 0.8245 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1264295 3 0.3444 0.8165 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1264296 3 0.3311 0.8228 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1264297 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264298 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264299 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264300 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264301 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264302 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264303 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264304 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264305 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264306 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264307 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264308 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264309 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264310 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264311 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264312 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264313 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264314 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264315 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264316 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264317 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264318 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264319 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264320 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264321 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264322 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264323 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264324 3 0.1867 0.8535 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264325 3 0.0469 0.8504 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264326 3 0.1118 0.8458 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1264327 3 0.1389 0.8420 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1264328 3 0.0469 0.8503 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264329 3 0.0469 0.8504 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264330 3 0.2081 0.8280 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1264331 3 0.0707 0.8493 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1264332 3 0.0592 0.8498 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264333 3 0.0921 0.8478 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1264334 3 0.1211 0.8447 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1264335 3 0.0707 0.8492 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1264336 3 0.1118 0.8462 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1264337 3 0.0817 0.8485 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264338 3 0.2149 0.8263 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1264339 3 0.1211 0.8449 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1264340 3 0.0817 0.8484 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264341 3 0.1022 0.8467 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264342 3 0.0469 0.8504 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264343 3 0.0336 0.8508 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264344 3 0.0336 0.8515 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264345 3 0.2216 0.8244 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1264346 3 0.0592 0.8498 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264347 3 0.0817 0.8485 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264348 3 0.1022 0.8467 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264349 3 0.0817 0.8485 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1264350 3 0.1302 0.8443 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1264351 3 0.1022 0.8468 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264352 3 0.1211 0.8448 0.000 0.000 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.1604 0.759 0.004 0.044 0.004 0.004 0.944
#> SRR1264041 5 0.0648 0.762 0.004 0.004 0.004 0.004 0.984
#> SRR1264042 5 0.1187 0.762 0.004 0.024 0.004 0.004 0.964
#> SRR1264043 5 0.0775 0.763 0.004 0.008 0.004 0.004 0.980
#> SRR1264044 5 0.0775 0.763 0.004 0.008 0.004 0.004 0.980
#> SRR1264045 5 0.3666 0.665 0.004 0.196 0.004 0.008 0.788
#> SRR1264046 5 0.0613 0.763 0.004 0.008 0.004 0.000 0.984
#> SRR1264047 5 0.3121 0.700 0.004 0.152 0.004 0.004 0.836
#> SRR1264048 5 0.1016 0.763 0.004 0.012 0.004 0.008 0.972
#> SRR1264049 5 0.1446 0.761 0.004 0.036 0.004 0.004 0.952
#> SRR1264050 5 0.1116 0.758 0.000 0.028 0.004 0.004 0.964
#> SRR1264051 5 0.0902 0.763 0.004 0.008 0.004 0.008 0.976
#> SRR1264052 5 0.2088 0.748 0.004 0.072 0.004 0.004 0.916
#> SRR1264053 5 0.0902 0.762 0.004 0.004 0.008 0.008 0.976
#> SRR1264054 5 0.0648 0.763 0.004 0.004 0.004 0.004 0.984
#> SRR1264055 5 0.0486 0.763 0.004 0.004 0.004 0.000 0.988
#> SRR1264056 5 0.2387 0.748 0.004 0.068 0.012 0.008 0.908
#> SRR1264057 5 0.1446 0.761 0.004 0.036 0.004 0.004 0.952
#> SRR1264058 5 0.1526 0.760 0.004 0.040 0.004 0.004 0.948
#> SRR1264059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264082 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264083 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264084 2 0.0771 0.984 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264085 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264086 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264087 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264088 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264089 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264090 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264091 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264092 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264093 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264094 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264095 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264096 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264097 2 0.1059 0.977 0.000 0.968 0.004 0.020 0.008
#> SRR1264098 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264099 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264100 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264101 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264102 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264103 2 0.0324 0.995 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264104 2 0.0162 0.996 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 5 0.4060 0.666 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1264130 5 0.3876 0.722 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1264131 5 0.2732 0.803 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1264132 5 0.4242 0.548 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1264133 5 0.3636 0.762 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1264134 5 0.4294 0.457 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1264135 5 0.4307 0.381 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1264136 5 0.1830 0.788 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1264137 5 0.3336 0.787 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1264138 5 0.3837 0.731 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264139 5 0.3774 0.743 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1264140 5 0.3796 0.740 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1264141 5 0.2648 0.804 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264142 5 0.3003 0.801 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1264143 5 0.3837 0.732 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1264144 5 0.4305 0.396 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1264145 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.0290 0.979 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264178 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184 1 0.3167 0.742 0.820 0.000 0.004 0.172 0.004
#> SRR1264185 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 5 0.2377 0.802 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1264213 5 0.1965 0.797 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264214 5 0.3684 0.755 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1264215 5 0.3586 0.761 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1264216 5 0.2561 0.804 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1264217 5 0.4150 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1264218 5 0.2605 0.804 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR1264219 5 0.3480 0.779 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1264220 5 0.1628 0.785 0.056 0.000 0.000 0.008 0.936
#> SRR1264221 5 0.7555 0.351 0.360 0.176 0.000 0.064 0.400
#> SRR1264222 5 0.3707 0.753 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1264223 5 0.3684 0.757 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1264224 5 0.3895 0.722 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1264225 5 0.2389 0.800 0.116 0.000 0.000 0.004 0.880
#> SRR1264226 5 0.4192 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1264227 5 0.3932 0.707 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1264228 5 0.4420 0.402 0.448 0.000 0.000 0.004 0.548
#> SRR1264229 1 0.4307 -0.371 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1264230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0609 0.966 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264232 1 0.3452 0.650 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1264233 1 0.0290 0.978 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0703 0.961 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264236 1 0.0162 0.982 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264237 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0162 0.981 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0794 0.957 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0162 0.981 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264244 4 0.6233 0.114 0.168 0.000 0.000 0.520 0.312
#> SRR1264245 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0510 0.970 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0404 0.974 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.1341 0.811 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1264253 4 0.1121 0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264254 4 0.1484 0.810 0.008 0.000 0.048 0.944 0.000
#> SRR1264255 4 0.1168 0.803 0.008 0.000 0.032 0.960 0.000
#> SRR1264256 4 0.1124 0.806 0.004 0.000 0.036 0.960 0.000
#> SRR1264257 4 0.1043 0.808 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264258 4 0.1300 0.798 0.016 0.000 0.028 0.956 0.000
#> SRR1264259 4 0.1043 0.808 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264260 4 0.1121 0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264261 4 0.0955 0.802 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1264262 4 0.1282 0.810 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000
#> SRR1264263 4 0.1251 0.805 0.008 0.000 0.036 0.956 0.000
#> SRR1264264 4 0.1043 0.808 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264265 4 0.1282 0.809 0.004 0.000 0.044 0.952 0.000
#> SRR1264266 4 0.0955 0.801 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1264267 4 0.0955 0.801 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1264268 4 0.1197 0.810 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1264269 4 0.1408 0.809 0.008 0.000 0.044 0.948 0.000
#> SRR1264270 4 0.1121 0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264271 4 0.1197 0.810 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1264272 4 0.1121 0.809 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1264273 4 0.1205 0.808 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000
#> SRR1264274 4 0.1205 0.808 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000
#> SRR1264275 3 0.1012 0.957 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1264276 3 0.1168 0.947 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1264277 3 0.1956 0.918 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1264278 3 0.1331 0.946 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1264279 3 0.0807 0.958 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1264280 3 0.0693 0.958 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1264281 3 0.1281 0.951 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1264282 3 0.1124 0.949 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1264283 3 0.2011 0.886 0.000 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1264284 3 0.1205 0.948 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1264285 3 0.1197 0.938 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1264286 3 0.1877 0.923 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1264287 3 0.1502 0.926 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1264288 3 0.0771 0.956 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1264289 3 0.1571 0.919 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1264290 3 0.0992 0.956 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1264291 3 0.1282 0.938 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1264292 3 0.1502 0.931 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1264293 3 0.0898 0.957 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1264294 3 0.1211 0.957 0.000 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1264295 3 0.0794 0.952 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1264296 3 0.0807 0.958 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1264297 3 0.0609 0.963 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264298 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264299 3 0.0880 0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264300 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264301 3 0.0963 0.960 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1264302 3 0.1478 0.931 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1264303 3 0.1121 0.953 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264304 3 0.0880 0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264305 3 0.0963 0.960 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1264306 3 0.1043 0.957 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1264307 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264308 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264309 3 0.0703 0.964 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264310 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264311 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264312 3 0.0963 0.960 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1264313 3 0.0703 0.963 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264314 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264315 3 0.0703 0.963 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264316 3 0.0703 0.963 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1264317 3 0.1121 0.953 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264318 3 0.0880 0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264319 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264320 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264321 3 0.0880 0.962 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1264322 3 0.1121 0.954 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264323 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264324 3 0.0794 0.963 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1264325 4 0.4045 0.723 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264326 4 0.3796 0.771 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1264327 4 0.3707 0.777 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1264328 4 0.4114 0.695 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1264329 4 0.4030 0.728 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1264330 4 0.3003 0.802 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1264331 4 0.4045 0.723 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264332 4 0.4126 0.689 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1264333 4 0.3876 0.762 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1264334 4 0.3857 0.765 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1264335 4 0.4030 0.728 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1264336 4 0.3752 0.774 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1264337 4 0.4074 0.713 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1264338 4 0.3143 0.800 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1264339 4 0.3837 0.767 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1264340 4 0.3949 0.748 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1264341 4 0.3816 0.769 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1264342 4 0.4171 0.661 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1264343 4 0.4161 0.668 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1264344 4 0.4101 0.702 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1264345 4 0.2813 0.805 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1264346 4 0.4138 0.683 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1264347 4 0.3949 0.749 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1264348 4 0.3895 0.759 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1264349 4 0.3913 0.756 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1264350 4 0.3143 0.800 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1264351 4 0.3895 0.759 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1264352 4 0.3983 0.741 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.2094 0.6499 0.000 0.020 0.000 0.000 0.900 0.080
#> SRR1264041 5 0.1524 0.6576 0.000 0.008 0.000 0.000 0.932 0.060
#> SRR1264042 5 0.2752 0.6244 0.000 0.036 0.000 0.000 0.856 0.108
#> SRR1264043 5 0.1838 0.6547 0.000 0.016 0.000 0.000 0.916 0.068
#> SRR1264044 5 0.1802 0.6554 0.000 0.012 0.000 0.000 0.916 0.072
#> SRR1264045 5 0.3732 0.5516 0.000 0.076 0.000 0.000 0.780 0.144
#> SRR1264046 5 0.1719 0.6568 0.000 0.016 0.000 0.000 0.924 0.060
#> SRR1264047 5 0.3254 0.5957 0.000 0.056 0.000 0.000 0.820 0.124
#> SRR1264048 5 0.2070 0.6485 0.000 0.012 0.000 0.000 0.896 0.092
#> SRR1264049 5 0.1838 0.6547 0.000 0.016 0.000 0.000 0.916 0.068
#> SRR1264050 5 0.4067 0.4644 0.000 0.060 0.000 0.000 0.728 0.212
#> SRR1264051 5 0.1745 0.6538 0.000 0.012 0.000 0.000 0.920 0.068
#> SRR1264052 5 0.2771 0.6264 0.000 0.032 0.000 0.000 0.852 0.116
#> SRR1264053 5 0.1367 0.6583 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> SRR1264054 5 0.2006 0.6509 0.000 0.016 0.000 0.000 0.904 0.080
#> SRR1264055 5 0.2199 0.6458 0.000 0.020 0.000 0.000 0.892 0.088
#> SRR1264056 5 0.2822 0.6210 0.000 0.040 0.000 0.000 0.852 0.108
#> SRR1264057 5 0.2605 0.6332 0.000 0.028 0.000 0.000 0.864 0.108
#> SRR1264058 5 0.2432 0.6400 0.000 0.024 0.000 0.000 0.876 0.100
#> SRR1264059 2 0.0937 0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264060 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264061 2 0.1267 0.9377 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264062 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264063 2 0.1007 0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264064 2 0.1007 0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264065 2 0.1075 0.9423 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264066 2 0.0937 0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264067 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264068 2 0.0937 0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264069 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264070 2 0.1007 0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264071 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264072 2 0.1075 0.9403 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264073 2 0.1075 0.9412 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264074 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264075 2 0.1007 0.9420 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264076 2 0.0937 0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264077 2 0.0937 0.9413 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264078 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264079 2 0.1007 0.9397 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264080 2 0.1075 0.9383 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264081 2 0.1462 0.9345 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR1264082 2 0.1563 0.9320 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1264083 2 0.1594 0.9317 0.000 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR1264084 2 0.4230 0.5616 0.000 0.648 0.000 0.004 0.024 0.324
#> SRR1264085 2 0.1367 0.9361 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1264086 2 0.1686 0.9266 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1264087 2 0.1779 0.9277 0.000 0.920 0.000 0.000 0.016 0.064
#> SRR1264088 2 0.1500 0.9328 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1264089 2 0.1563 0.9311 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1264090 2 0.3431 0.7472 0.000 0.756 0.000 0.000 0.016 0.228
#> SRR1264091 2 0.1434 0.9344 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1264092 2 0.1686 0.9270 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1264093 2 0.1500 0.9333 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1264094 2 0.1500 0.9331 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1264095 2 0.1563 0.9311 0.000 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1264096 2 0.1434 0.9351 0.000 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1264097 2 0.4317 0.5576 0.000 0.640 0.000 0.004 0.028 0.328
#> SRR1264098 2 0.1657 0.9292 0.000 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1264099 2 0.1745 0.9240 0.000 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1264100 2 0.1625 0.9289 0.000 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1264101 2 0.3374 0.7691 0.000 0.772 0.000 0.000 0.020 0.208
#> SRR1264102 2 0.1625 0.9295 0.000 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1264103 2 0.1686 0.9266 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1264104 2 0.0935 0.9427 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1264105 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264106 2 0.0405 0.9486 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264107 2 0.0146 0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264108 2 0.0405 0.9493 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264109 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264110 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264111 2 0.0146 0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264112 2 0.0146 0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264113 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264114 2 0.0405 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264115 2 0.0405 0.9487 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264116 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264117 2 0.0363 0.9478 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264118 2 0.0260 0.9484 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264119 2 0.0405 0.9486 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264120 2 0.0363 0.9494 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264121 2 0.0405 0.9490 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264122 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264123 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264124 2 0.0260 0.9494 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264125 2 0.0520 0.9481 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264126 2 0.0405 0.9489 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264127 2 0.0291 0.9488 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264128 2 0.0146 0.9488 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264129 5 0.3758 0.6287 0.284 0.000 0.000 0.000 0.700 0.016
#> SRR1264130 5 0.3190 0.6828 0.220 0.000 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR1264131 5 0.3315 0.7089 0.156 0.000 0.000 0.000 0.804 0.040
#> SRR1264132 5 0.3922 0.5749 0.320 0.000 0.000 0.000 0.664 0.016
#> SRR1264133 5 0.3468 0.6528 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.008
#> SRR1264134 5 0.3795 0.5207 0.364 0.000 0.000 0.000 0.632 0.004
#> SRR1264135 5 0.3742 0.5348 0.348 0.000 0.000 0.000 0.648 0.004
#> SRR1264136 5 0.3449 0.6821 0.076 0.000 0.000 0.000 0.808 0.116
#> SRR1264137 5 0.3409 0.6975 0.192 0.000 0.000 0.000 0.780 0.028
#> SRR1264138 5 0.3394 0.6691 0.236 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012
#> SRR1264139 5 0.3555 0.6275 0.280 0.000 0.000 0.000 0.712 0.008
#> SRR1264140 5 0.3897 0.6303 0.280 0.000 0.000 0.000 0.696 0.024
#> SRR1264141 5 0.3240 0.7114 0.148 0.000 0.000 0.000 0.812 0.040
#> SRR1264142 5 0.3908 0.6980 0.132 0.000 0.000 0.000 0.768 0.100
#> SRR1264143 5 0.3652 0.6517 0.264 0.000 0.000 0.000 0.720 0.016
#> SRR1264144 5 0.3975 0.4495 0.392 0.000 0.000 0.000 0.600 0.008
#> SRR1264145 1 0.2066 0.8706 0.908 0.000 0.000 0.000 0.040 0.052
#> SRR1264146 1 0.1995 0.8707 0.912 0.000 0.000 0.000 0.036 0.052
#> SRR1264147 1 0.1789 0.8728 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR1264148 1 0.3293 0.8311 0.812 0.000 0.000 0.000 0.048 0.140
#> SRR1264149 1 0.2221 0.8696 0.896 0.000 0.000 0.000 0.032 0.072
#> SRR1264150 1 0.2263 0.8664 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR1264151 1 0.3732 0.8069 0.780 0.000 0.000 0.000 0.076 0.144
#> SRR1264152 1 0.2999 0.8453 0.840 0.000 0.000 0.000 0.048 0.112
#> SRR1264153 1 0.1863 0.8720 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> SRR1264154 1 0.3252 0.8357 0.824 0.000 0.000 0.000 0.068 0.108
#> SRR1264155 1 0.1644 0.8743 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1264156 1 0.2420 0.8651 0.884 0.000 0.000 0.000 0.040 0.076
#> SRR1264157 1 0.2197 0.8685 0.900 0.000 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1264158 1 0.3138 0.8414 0.832 0.000 0.000 0.000 0.060 0.108
#> SRR1264159 1 0.1765 0.8748 0.924 0.000 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1264160 1 0.2908 0.8504 0.848 0.000 0.000 0.000 0.048 0.104
#> SRR1264161 1 0.3907 0.7926 0.764 0.000 0.000 0.000 0.084 0.152
#> SRR1264162 1 0.2956 0.8498 0.848 0.000 0.000 0.000 0.064 0.088
#> SRR1264163 1 0.1856 0.8732 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032 0.048
#> SRR1264164 1 0.2331 0.8654 0.888 0.000 0.000 0.000 0.032 0.080
#> SRR1264165 1 0.3297 0.8329 0.820 0.000 0.000 0.000 0.068 0.112
#> SRR1264166 1 0.2762 0.8547 0.860 0.000 0.000 0.000 0.048 0.092
#> SRR1264167 1 0.3501 0.8208 0.804 0.000 0.000 0.000 0.080 0.116
#> SRR1264168 1 0.2826 0.8525 0.856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.092
#> SRR1264169 1 0.0291 0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0146 0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0291 0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0291 0.8776 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0146 0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0291 0.8776 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.1152 0.8680 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1264178 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0146 0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0146 0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0291 0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264184 1 0.3413 0.7196 0.820 0.004 0.000 0.048 0.004 0.124
#> SRR1264185 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0146 0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0291 0.8780 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0858 0.8770 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1264189 1 0.0146 0.8775 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0291 0.8773 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0508 0.8758 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1264192 1 0.0937 0.8683 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264193 1 0.0865 0.8703 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264194 1 0.1007 0.8675 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264195 1 0.1411 0.8574 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1264196 1 0.0937 0.8694 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264197 1 0.0937 0.8686 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264198 1 0.0790 0.8728 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264199 1 0.0632 0.8742 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264200 1 0.0713 0.8730 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264201 1 0.0363 0.8770 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264202 1 0.0937 0.8703 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264203 1 0.1007 0.8677 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264204 1 0.0790 0.8721 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264205 1 0.1204 0.8610 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264206 1 0.1387 0.8524 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264207 1 0.1267 0.8577 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264208 1 0.1204 0.8603 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264209 1 0.0790 0.8718 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264210 1 0.1700 0.8419 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1264211 1 0.1007 0.8674 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264212 5 0.3790 0.6948 0.116 0.000 0.000 0.000 0.780 0.104
#> SRR1264213 5 0.3520 0.6992 0.100 0.000 0.000 0.000 0.804 0.096
#> SRR1264214 5 0.4037 0.6767 0.200 0.000 0.000 0.000 0.736 0.064
#> SRR1264215 5 0.4012 0.6834 0.164 0.000 0.000 0.000 0.752 0.084
#> SRR1264216 5 0.3612 0.6986 0.104 0.000 0.000 0.000 0.796 0.100
#> SRR1264217 5 0.3956 0.6000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.684 0.024
#> SRR1264218 5 0.3775 0.6875 0.092 0.000 0.000 0.000 0.780 0.128
#> SRR1264219 5 0.3585 0.6999 0.172 0.000 0.000 0.000 0.780 0.048
#> SRR1264220 5 0.3318 0.6461 0.032 0.000 0.000 0.000 0.796 0.172
#> SRR1264221 6 0.6502 0.5294 0.136 0.124 0.000 0.012 0.136 0.592
#> SRR1264222 5 0.3404 0.6868 0.224 0.000 0.000 0.000 0.760 0.016
#> SRR1264223 5 0.4030 0.6910 0.140 0.000 0.000 0.000 0.756 0.104
#> SRR1264224 5 0.3582 0.6692 0.252 0.000 0.000 0.000 0.732 0.016
#> SRR1264225 5 0.3678 0.6849 0.084 0.000 0.000 0.000 0.788 0.128
#> SRR1264226 5 0.3993 0.6010 0.300 0.000 0.000 0.000 0.676 0.024
#> SRR1264227 5 0.3766 0.6733 0.232 0.000 0.000 0.000 0.736 0.032
#> SRR1264228 5 0.5753 0.0151 0.364 0.000 0.000 0.000 0.460 0.176
#> SRR1264229 5 0.4506 0.4847 0.348 0.000 0.000 0.000 0.608 0.044
#> SRR1264230 1 0.2879 0.8216 0.816 0.000 0.000 0.004 0.004 0.176
#> SRR1264231 1 0.3479 0.7889 0.768 0.000 0.000 0.008 0.012 0.212
#> SRR1264232 1 0.4909 0.3129 0.552 0.000 0.000 0.048 0.008 0.392
#> SRR1264233 1 0.3720 0.7577 0.736 0.000 0.000 0.000 0.028 0.236
#> SRR1264234 1 0.2915 0.8168 0.808 0.000 0.000 0.000 0.008 0.184
#> SRR1264235 1 0.4370 0.6728 0.672 0.000 0.000 0.004 0.044 0.280
#> SRR1264236 1 0.2902 0.8102 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196
#> SRR1264237 1 0.3217 0.7828 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR1264238 1 0.3566 0.7631 0.744 0.000 0.000 0.000 0.020 0.236
#> SRR1264239 1 0.3713 0.7695 0.744 0.000 0.000 0.000 0.032 0.224
#> SRR1264240 1 0.2841 0.8296 0.824 0.000 0.000 0.000 0.012 0.164
#> SRR1264241 1 0.3840 0.7614 0.740 0.000 0.000 0.008 0.024 0.228
#> SRR1264242 1 0.2300 0.8457 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1264243 1 0.4529 0.6935 0.676 0.000 0.000 0.004 0.064 0.256
#> SRR1264244 6 0.7185 0.5487 0.172 0.000 0.000 0.224 0.156 0.448
#> SRR1264245 1 0.3817 0.7359 0.720 0.000 0.000 0.000 0.028 0.252
#> SRR1264246 1 0.3183 0.8029 0.788 0.000 0.000 0.004 0.008 0.200
#> SRR1264247 1 0.3806 0.7734 0.752 0.000 0.000 0.008 0.028 0.212
#> SRR1264248 1 0.3189 0.7697 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1264249 1 0.3217 0.7827 0.768 0.000 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR1264250 1 0.3965 0.7344 0.720 0.000 0.000 0.008 0.024 0.248
#> SRR1264251 1 0.2912 0.7930 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1264252 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0603 0.9568 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0405 0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0405 0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0458 0.9558 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0653 0.9553 0.004 0.000 0.012 0.980 0.000 0.004
#> SRR1264265 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0405 0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0405 0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0603 0.9568 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0603 0.9568 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0405 0.9520 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0508 0.9555 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264276 3 0.0146 0.9941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264277 3 0.0405 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264278 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264279 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264280 3 0.0146 0.9941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264281 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264282 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264283 3 0.0632 0.9698 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264284 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264285 3 0.0260 0.9920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264286 3 0.0405 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264287 3 0.0146 0.9941 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264288 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264289 3 0.0405 0.9908 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264290 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264291 3 0.0260 0.9920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264292 3 0.0260 0.9920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264293 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264294 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264295 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264296 3 0.0291 0.9939 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0146 0.9935 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.9956 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.1501 0.9459 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.1267 0.9547 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.1204 0.9558 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.1663 0.9352 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.1501 0.9463 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0713 0.9580 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.1556 0.9428 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.1765 0.9256 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.1444 0.9488 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.1327 0.9531 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.1610 0.9392 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.1204 0.9556 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.1610 0.9396 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0713 0.9579 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.1327 0.9531 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.1444 0.9490 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.1267 0.9549 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.1663 0.9354 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.1663 0.9352 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.1863 0.9151 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0713 0.9579 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.1663 0.9355 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.1501 0.9464 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.1444 0.9492 0.000 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.1267 0.9550 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0865 0.9578 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.1267 0.9547 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.1327 0.9535 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.997 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.859 0.982 0.883 0.1581 0.859 0.720
#> 4 4 0.860 0.986 0.944 0.0911 0.994 0.984
#> 5 5 1.000 0.978 0.988 0.0287 1.000 1.000
#> 6 6 0.876 0.918 0.944 0.0457 0.999 0.996
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.7219 0.760 0.200 0.800
#> SRR1264091 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264231 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264232 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264234 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264235 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264236 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264237 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264238 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264239 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264240 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264241 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264242 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264243 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264244 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264246 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264247 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264248 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264249 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264250 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264251 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1264252 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264253 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264254 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264255 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264256 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264257 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264258 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264259 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264260 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264261 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264262 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264263 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264264 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264265 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264266 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264267 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264268 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264269 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264270 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264271 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264272 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264273 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264274 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264275 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264276 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264277 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264278 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264279 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264280 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264281 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264282 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264283 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264284 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264285 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264286 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264287 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264288 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264289 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264290 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264291 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264292 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264293 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264294 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264295 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264296 2 0.0938 0.991 0.012 0.988
#> SRR1264297 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264326 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264327 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264328 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264329 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264330 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264331 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264332 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264333 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264334 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264335 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264336 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264337 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264338 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264339 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264340 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264341 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264342 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264343 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264344 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264345 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264346 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264347 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264348 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264349 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264350 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264351 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1264352 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264041 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264042 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264043 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264044 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264045 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264046 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264047 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264048 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264049 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264050 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264051 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264052 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264053 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264054 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264055 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264056 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264057 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264058 1 0.1860 0.959 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264059 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264060 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264061 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264062 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264063 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264064 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264065 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264066 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264067 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264068 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264069 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264070 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264071 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264072 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264073 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264074 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264075 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264076 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264077 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264078 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264079 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264080 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264081 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264082 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264083 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264084 1 0.6521 0.506 0.504 0.492 0.004
#> SRR1264085 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264086 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264087 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264088 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264089 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264090 2 0.5560 0.660 0.000 0.700 0.300
#> SRR1264091 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264092 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264093 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264094 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264095 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264096 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264097 1 0.6521 0.506 0.504 0.492 0.004
#> SRR1264098 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264099 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264100 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264101 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264102 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264103 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264104 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264105 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264106 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264107 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264108 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264109 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264110 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264111 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264112 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264113 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264114 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264115 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264116 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264117 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264118 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264119 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264120 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264121 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264122 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264123 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264124 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264125 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264126 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264127 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264128 2 0.6308 0.994 0.000 0.508 0.492
#> SRR1264129 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264231 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264232 1 0.0237 0.984 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264233 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264234 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264235 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264236 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264237 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264238 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264239 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264240 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264241 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264242 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264243 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264244 1 0.0237 0.984 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264245 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264246 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264247 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264248 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264249 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264250 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264251 1 0.1170 0.973 0.976 0.008 0.016
#> SRR1264252 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264253 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264254 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264255 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264256 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264257 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264258 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264259 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264260 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264261 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264262 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264263 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264264 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264265 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264266 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264267 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264268 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264269 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264270 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264271 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264272 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264273 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264274 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264275 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264276 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264277 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264278 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264279 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264280 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264281 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264282 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264283 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264284 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264285 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264286 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264287 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264288 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264289 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264290 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264291 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264292 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264293 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264294 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264295 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264296 3 0.0424 0.989 0.000 0.008 0.992
#> SRR1264297 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264298 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264299 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264300 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264301 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264302 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264303 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264304 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264305 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264306 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264307 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264308 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264309 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264310 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264311 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264312 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264313 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264314 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264315 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264316 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264317 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264318 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264319 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264320 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264321 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264322 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264323 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264324 3 0.0237 0.987 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264325 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264041 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264042 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264043 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264044 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264045 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264046 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264047 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264048 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264049 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264050 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264051 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264052 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264053 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264054 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264055 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264056 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264057 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264058 1 0.1733 0.953 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1264059 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264060 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264061 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264062 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264063 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264064 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264065 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264066 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264067 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264068 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264069 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264070 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264071 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264072 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264073 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264074 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264075 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264076 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264077 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264078 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264079 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264080 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264081 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264082 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264083 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264084 4 0.2647 0.971 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1264085 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264086 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264087 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264088 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264089 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264090 2 0.2662 0.685 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR1264091 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264092 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264093 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264094 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264095 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264096 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264097 4 0.0469 0.971 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264098 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264099 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264100 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264101 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264102 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264103 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264104 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264105 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264106 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264107 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264108 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264109 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264110 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264111 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264112 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264113 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264114 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264115 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264116 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264117 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264118 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264119 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264120 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264121 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264122 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264123 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264124 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264125 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264126 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264127 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264128 2 0.2814 0.996 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264231 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264232 1 0.0188 0.986 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264233 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264234 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264235 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264236 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264237 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264238 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264239 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264240 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264241 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264242 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264243 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264244 1 0.0188 0.986 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264245 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264246 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264247 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264248 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264249 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264250 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264251 1 0.0927 0.973 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264252 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264253 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264254 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264255 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264256 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264257 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264258 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264259 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264260 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264261 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264262 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264263 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264264 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264265 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264266 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264267 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264268 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264269 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264270 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264271 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264272 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264273 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264274 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264275 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264276 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264277 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264278 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264279 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264280 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264281 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264282 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264283 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264284 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264285 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264286 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264287 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264288 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264289 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264290 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264291 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264292 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264293 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264294 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264295 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264296 3 0.0336 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1264297 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264298 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264299 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264300 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264301 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264302 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264303 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264304 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264305 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264306 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264307 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264308 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264309 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264310 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264311 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264312 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264313 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264314 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264315 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264316 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264317 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264318 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264319 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264320 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264321 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264322 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264323 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264324 3 0.0592 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1264325 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264326 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264327 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264328 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264329 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264330 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264331 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264332 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264333 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264334 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264335 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264336 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264337 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264338 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264339 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264340 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264341 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264342 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264343 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264344 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264345 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264346 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264347 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264348 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264349 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264350 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264351 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1264352 3 0.0469 0.989 0.000 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264041 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264042 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264043 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264044 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264045 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264046 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264047 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264048 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264049 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264050 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264051 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264052 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264053 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264054 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264055 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264056 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264057 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264058 1 0.1270 0.952 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264059 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264084 4 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.3565 0.747 0.000 0.800 0.000 0.176 0.024
#> SRR1264091 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.0162 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1264098 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0290 0.997 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0162 0.986 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264231 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264232 1 0.0613 0.980 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264233 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264234 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264235 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264236 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264237 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264238 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264239 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264240 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264241 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264242 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264243 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264244 1 0.0613 0.980 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264245 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264246 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264247 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264248 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264249 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264250 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264251 1 0.1179 0.966 0.964 0.016 0.016 0.000 0.004
#> SRR1264252 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264253 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264254 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264255 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264256 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264257 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264258 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264259 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264260 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264261 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264262 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264263 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264264 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264265 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264266 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264267 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264268 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264269 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264270 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264271 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264272 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264273 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264274 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264277 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264278 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264279 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264280 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264281 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264282 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264283 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264284 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264285 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264286 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264287 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264290 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264291 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264292 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264293 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264294 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264295 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264296 3 0.0290 0.987 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0510 0.987 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264325 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264346 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0404 0.988 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264041 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264042 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264043 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264044 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264045 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264046 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264047 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264048 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264049 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264050 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264051 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264052 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264053 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264054 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264055 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264056 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264057 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264058 1 0.2703 0.766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1264059 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.3797 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1264085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 6 0.3539 0.000 0.000 0.220 0.024 0.000 0.000 0.756
#> SRR1264091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 3 0.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.1204 0.923 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1264102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0146 0.887 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264170 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264171 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264172 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264173 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264174 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264175 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264176 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264177 1 0.2912 0.834 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1264178 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264179 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264180 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264181 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264182 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264183 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264184 1 0.2941 0.828 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1264185 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264186 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264187 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264188 1 0.2854 0.836 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264189 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264190 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264191 1 0.2854 0.835 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1264192 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264193 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264194 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264195 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264196 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264197 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264198 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264199 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264200 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264201 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264202 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264203 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264204 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264205 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264206 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264207 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264208 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264209 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264210 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264211 1 0.1501 0.882 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.2135 0.813 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264231 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264232 1 0.2996 0.823 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264233 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264234 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264235 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264236 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264237 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264238 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264239 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264240 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264241 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264242 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264243 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264244 1 0.2996 0.823 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1264245 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264246 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264247 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264248 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264249 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264250 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264251 1 0.3240 0.810 0.752 0.000 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR1264252 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264253 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264254 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264255 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264256 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264257 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264258 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264259 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264260 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264261 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264262 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264263 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264264 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264265 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264266 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264267 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264268 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264269 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264270 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264271 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264272 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264273 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264274 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264275 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264276 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264277 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264278 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264279 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264280 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264281 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264282 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264283 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264284 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264285 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264286 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264287 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264288 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264289 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264290 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264291 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264292 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264293 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264294 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264295 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264296 4 0.0547 0.987 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1264297 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264298 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264299 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264300 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264301 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264302 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264303 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264304 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264305 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264306 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264307 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264308 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264309 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264310 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264311 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264312 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264313 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264314 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264315 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264316 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264317 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264318 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264319 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264320 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264321 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264322 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264323 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264324 4 0.0146 0.988 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264325 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0000 0.989 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.659 0.957 0.947 0.4748 0.502 0.502
#> 3 3 0.727 0.918 0.855 0.2813 0.859 0.720
#> 4 4 0.603 0.835 0.811 0.1156 1.000 1.000
#> 5 5 0.614 0.643 0.742 0.0740 0.909 0.747
#> 6 6 0.686 0.655 0.712 0.0502 0.921 0.743
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264060 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264061 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264062 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264063 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264064 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264065 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264066 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264067 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264068 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264069 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264070 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264071 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264072 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264073 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264074 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264075 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264076 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264077 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264078 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264079 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264080 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264081 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264082 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264083 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264084 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264086 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264087 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264088 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264089 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264090 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264091 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264092 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264093 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264094 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264095 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264096 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264099 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264100 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264101 2 0.388 0.934 0.076 0.924
#> SRR1264102 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264103 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264104 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264105 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264106 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264107 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264108 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264109 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264110 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264111 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264112 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264113 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264114 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264115 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264116 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264117 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264118 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264119 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264120 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264121 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264122 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264123 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264124 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264125 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264126 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264127 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264128 2 0.278 0.931 0.048 0.952
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264253 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264254 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264255 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264256 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264257 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264258 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264259 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264260 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264261 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264262 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264263 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264264 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264265 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264266 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264267 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264268 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264269 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264270 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264271 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264272 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264273 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264274 2 0.584 0.929 0.140 0.860
#> SRR1264275 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264276 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264277 2 0.753 0.850 0.216 0.784
#> SRR1264278 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264279 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264280 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264281 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264282 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264283 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264284 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264285 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264286 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264287 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264288 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264289 2 0.844 0.772 0.272 0.728
#> SRR1264290 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264291 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264292 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264293 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264294 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264295 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264296 2 0.738 0.860 0.208 0.792
#> SRR1264297 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264298 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264299 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264300 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264301 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264302 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264303 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264304 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264305 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264306 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264307 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264308 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264309 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264310 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264311 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264312 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264313 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264314 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264315 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264316 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264317 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264318 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264319 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264320 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264321 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264322 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264323 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264324 2 0.388 0.932 0.076 0.924
#> SRR1264325 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264326 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264327 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264328 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264329 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264330 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264331 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264332 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264333 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264334 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264335 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264336 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264337 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264338 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264339 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264340 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264341 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264342 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264343 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264344 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264345 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264346 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264347 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264348 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264349 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264350 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264351 2 0.518 0.933 0.116 0.884
#> SRR1264352 2 0.518 0.933 0.116 0.884
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264041 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264042 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264043 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264044 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264045 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264046 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264047 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264048 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264049 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264050 1 0.4452 0.862 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264051 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264052 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264053 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264054 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264055 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264056 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264057 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264058 1 0.4452 0.861 0.808 0.192 0.000
#> SRR1264059 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264060 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264061 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264062 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264063 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264064 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264065 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264066 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264067 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264068 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264069 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264070 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264071 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264072 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264073 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264074 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264075 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264076 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264077 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264078 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264079 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264080 2 0.6467 0.975 0.008 0.604 0.388
#> SRR1264081 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264082 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264083 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264084 1 0.4931 0.832 0.768 0.232 0.000
#> SRR1264085 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264086 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264087 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264088 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264089 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264090 2 0.9379 0.439 0.216 0.508 0.276
#> SRR1264091 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264092 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264093 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264094 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264095 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264096 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264097 1 0.4931 0.832 0.768 0.232 0.000
#> SRR1264098 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264099 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264100 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264101 2 0.6252 0.920 0.008 0.648 0.344
#> SRR1264102 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264103 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264104 2 0.6416 0.964 0.008 0.616 0.376
#> SRR1264105 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264106 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264107 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264108 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264109 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264110 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264111 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264112 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264113 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264114 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264115 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264116 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264117 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264118 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264119 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264120 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264121 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264122 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264123 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264124 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264125 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264126 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264127 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264128 2 0.6434 0.976 0.008 0.612 0.380
#> SRR1264129 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264130 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264131 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264132 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264133 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264134 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264135 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264136 1 0.1643 0.935 0.956 0.044 0.000
#> SRR1264137 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264138 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264139 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264140 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264141 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264142 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264143 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264144 1 0.2066 0.935 0.940 0.060 0.000
#> SRR1264145 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264146 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264147 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264148 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264149 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264150 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264151 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264152 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264153 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264154 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264155 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264156 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264157 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264158 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264159 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264160 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264161 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264162 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264163 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264164 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264165 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264166 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264167 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264168 1 0.0747 0.942 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264169 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264170 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264171 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264172 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264173 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264174 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264175 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264176 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264177 1 0.2448 0.934 0.924 0.076 0.000
#> SRR1264178 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264179 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264180 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264181 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264182 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264183 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264184 1 0.2448 0.934 0.924 0.076 0.000
#> SRR1264185 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264186 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264187 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264188 1 0.2625 0.932 0.916 0.084 0.000
#> SRR1264189 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264190 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264191 1 0.2537 0.933 0.920 0.080 0.000
#> SRR1264192 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264193 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264194 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264195 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264196 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264197 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264198 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264199 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264200 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264201 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264202 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264203 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264204 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264205 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264206 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264207 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264208 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264209 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264210 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264211 1 0.1753 0.939 0.952 0.048 0.000
#> SRR1264212 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264213 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264214 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264215 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264216 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264217 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264218 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264219 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264220 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264221 1 0.2959 0.916 0.900 0.100 0.000
#> SRR1264222 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264223 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264224 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264225 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264226 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264227 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264228 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264229 1 0.1860 0.934 0.948 0.052 0.000
#> SRR1264230 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264231 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264232 1 0.2796 0.934 0.908 0.092 0.000
#> SRR1264233 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264234 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264235 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264236 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264237 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264238 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264239 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264240 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264241 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264242 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264243 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264244 1 0.2878 0.934 0.904 0.096 0.000
#> SRR1264245 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264246 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264247 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264248 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264249 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264250 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264251 1 0.3116 0.928 0.892 0.108 0.000
#> SRR1264252 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264253 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264254 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264255 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264256 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264257 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264258 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264259 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264260 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264261 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264262 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264263 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264264 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264265 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264266 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264267 3 0.4137 0.849 0.032 0.096 0.872
#> SRR1264268 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264269 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264270 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264271 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264272 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264273 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264274 3 0.4056 0.848 0.032 0.092 0.876
#> SRR1264275 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264276 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264277 3 0.5944 0.714 0.064 0.152 0.784
#> SRR1264278 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264279 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264280 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264281 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264282 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264283 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264284 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264285 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264286 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264287 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264288 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264289 3 0.6239 0.692 0.072 0.160 0.768
#> SRR1264290 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264291 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264292 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264293 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264294 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264295 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264296 3 0.3947 0.853 0.040 0.076 0.884
#> SRR1264297 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264298 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264299 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264300 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264301 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264302 3 0.1482 0.903 0.020 0.012 0.968
#> SRR1264303 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264304 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264305 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264306 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264307 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264308 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264309 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264310 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264311 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264312 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264313 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264314 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264315 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264316 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264317 3 0.1636 0.904 0.020 0.016 0.964
#> SRR1264318 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264319 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264320 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264321 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264322 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264323 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264324 3 0.2297 0.901 0.020 0.036 0.944
#> SRR1264325 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264326 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264327 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264328 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264329 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264330 3 0.1711 0.910 0.032 0.008 0.960
#> SRR1264331 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264332 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264333 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264334 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264335 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264336 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264337 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264338 3 0.1877 0.909 0.032 0.012 0.956
#> SRR1264339 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264340 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264341 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264342 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264343 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264344 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264345 3 0.2176 0.906 0.032 0.020 0.948
#> SRR1264346 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264347 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264348 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264349 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264350 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264351 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
#> SRR1264352 3 0.1525 0.910 0.032 0.004 0.964
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264041 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264042 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264043 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264044 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264045 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264046 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264047 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264048 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264049 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264050 1 0.6164 0.691 0.604 0.004 0.056 NA
#> SRR1264051 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264052 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264053 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264054 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264055 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264056 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264057 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264058 1 0.6290 0.692 0.608 0.004 0.068 NA
#> SRR1264059 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264060 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264061 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264062 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264063 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264064 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264065 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264066 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264067 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264068 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264069 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264070 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264071 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264072 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264073 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264074 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264075 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264076 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264077 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264078 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264079 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264080 2 0.1854 0.937 0.000 0.940 0.012 NA
#> SRR1264081 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264082 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264083 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264084 1 0.6774 0.564 0.472 0.004 0.080 NA
#> SRR1264085 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264086 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264087 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264088 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264089 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264090 2 0.8895 0.262 0.084 0.388 0.156 NA
#> SRR1264091 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264092 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264093 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264094 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264095 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264096 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264097 1 0.6769 0.575 0.480 0.004 0.080 NA
#> SRR1264098 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264099 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264100 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264101 2 0.4332 0.823 0.000 0.800 0.040 NA
#> SRR1264102 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264103 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264104 2 0.2329 0.920 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1264105 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264106 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264107 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264108 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264109 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264110 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264111 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264112 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264113 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264114 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264115 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264116 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264117 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264118 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264119 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264120 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264121 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264122 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264123 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264124 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264125 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264126 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264127 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264128 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR1264129 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264130 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264131 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264132 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264133 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264134 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264135 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264136 1 0.2342 0.854 0.912 0.000 0.008 NA
#> SRR1264137 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264138 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264139 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264140 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264141 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264142 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264143 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264144 1 0.2271 0.855 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1264145 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264146 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264147 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264148 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264149 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264150 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264151 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264152 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264153 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264154 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264155 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264156 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264157 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264158 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264159 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264160 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264161 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264162 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264163 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264164 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264165 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264166 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264167 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264168 1 0.0524 0.866 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1264169 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264170 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264171 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264172 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264173 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264174 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264175 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264176 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264177 1 0.4225 0.846 0.792 0.000 0.024 NA
#> SRR1264178 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264179 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264180 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264181 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264182 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264183 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264184 1 0.3539 0.845 0.820 0.000 0.004 NA
#> SRR1264185 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264186 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264187 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264188 1 0.4182 0.846 0.796 0.000 0.024 NA
#> SRR1264189 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264190 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264191 1 0.4238 0.845 0.796 0.000 0.028 NA
#> SRR1264192 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264193 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264194 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264195 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264196 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264197 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264198 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264199 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264200 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264201 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264202 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264203 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264204 1 0.3157 0.855 0.852 0.000 0.004 NA
#> SRR1264205 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264206 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264207 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264208 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264209 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264210 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264211 1 0.3208 0.854 0.848 0.000 0.004 NA
#> SRR1264212 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264213 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264214 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264215 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264216 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264217 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264218 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264219 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264220 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264221 1 0.3808 0.829 0.812 0.000 0.012 NA
#> SRR1264222 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264223 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264224 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264225 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264226 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264227 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264228 1 0.2741 0.856 0.892 0.000 0.012 NA
#> SRR1264229 1 0.2402 0.855 0.912 0.000 0.012 NA
#> SRR1264230 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264231 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264232 1 0.4804 0.840 0.776 0.000 0.064 NA
#> SRR1264233 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264234 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264235 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264236 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264237 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264238 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264239 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264240 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264241 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264242 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264243 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264244 1 0.4849 0.840 0.772 0.000 0.064 NA
#> SRR1264245 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264246 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264247 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264248 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264249 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264250 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264251 1 0.5376 0.816 0.736 0.000 0.088 NA
#> SRR1264252 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264253 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264254 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264255 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264256 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264257 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264258 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264259 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264260 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264261 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264262 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264263 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264264 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264265 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264266 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264267 3 0.6198 0.776 0.020 0.280 0.652 NA
#> SRR1264268 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264269 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264270 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264271 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264272 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264273 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264274 3 0.6223 0.776 0.020 0.284 0.648 NA
#> SRR1264275 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264276 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264277 3 0.5983 0.759 0.016 0.100 0.720 NA
#> SRR1264278 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264279 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264280 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264281 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264282 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264283 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264284 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264285 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264286 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264287 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264288 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264289 3 0.6074 0.752 0.024 0.092 0.720 NA
#> SRR1264290 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264291 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264292 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264293 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264294 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264295 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264296 3 0.6065 0.788 0.012 0.128 0.712 NA
#> SRR1264297 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264298 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264299 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264300 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264301 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264302 3 0.7028 0.780 0.004 0.204 0.596 NA
#> SRR1264303 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264304 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264305 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264306 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264307 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264308 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264309 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264310 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264311 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264312 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264313 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264314 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264315 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264316 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264317 3 0.7088 0.776 0.004 0.212 0.588 NA
#> SRR1264318 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264319 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264320 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264321 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264322 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264323 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264324 3 0.7173 0.770 0.004 0.224 0.576 NA
#> SRR1264325 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264326 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264327 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264328 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264329 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264330 3 0.4508 0.832 0.016 0.216 0.764 NA
#> SRR1264331 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264332 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264333 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264334 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264335 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264336 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264337 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264338 3 0.4648 0.832 0.016 0.216 0.760 NA
#> SRR1264339 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264340 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264341 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264342 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264343 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264344 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264345 3 0.4773 0.831 0.016 0.216 0.756 NA
#> SRR1264346 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264347 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264348 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264349 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264350 3 0.4648 0.832 0.016 0.216 0.760 NA
#> SRR1264351 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
#> SRR1264352 3 0.4399 0.832 0.016 0.224 0.760 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264041 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264042 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264043 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264044 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264045 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264046 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264047 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264048 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264049 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264050 5 0.5258 0.8846 0.472 0.000 0.036 0.004 0.488
#> SRR1264051 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264052 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264053 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264054 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264055 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264056 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264057 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264058 5 0.5115 0.8949 0.480 0.000 0.036 0.000 0.484
#> SRR1264059 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264060 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264061 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264062 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264063 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264064 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264065 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264066 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264067 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264068 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264069 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264070 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264071 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264072 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264073 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264074 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264075 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264076 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264077 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264078 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264079 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264080 2 0.2221 0.9008 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036
#> SRR1264081 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264082 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264083 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264084 5 0.5940 0.6027 0.276 0.000 0.028 0.080 0.616
#> SRR1264085 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264086 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264087 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264088 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264089 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264090 5 0.7383 0.0264 0.032 0.200 0.056 0.140 0.572
#> SRR1264091 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264092 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264093 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264094 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264095 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264096 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264097 5 0.5959 0.6065 0.280 0.000 0.028 0.080 0.612
#> SRR1264098 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264099 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264100 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264101 2 0.6376 0.6180 0.000 0.576 0.036 0.100 0.288
#> SRR1264102 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264103 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264104 2 0.3579 0.8642 0.000 0.836 0.016 0.032 0.116
#> SRR1264105 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264130 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264131 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264132 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264133 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264134 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264135 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264136 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264137 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264138 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264139 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264140 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264141 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264142 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264143 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264144 1 0.2241 0.5774 0.908 0.000 0.008 0.008 0.076
#> SRR1264145 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264146 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264147 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264148 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264149 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264150 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264151 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264152 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264153 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264154 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264155 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264156 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264157 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264158 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264159 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264160 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264161 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264162 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264163 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264164 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264165 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264166 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264167 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264168 1 0.0324 0.6511 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264169 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264170 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264171 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264172 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264173 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264174 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264175 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264176 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264177 1 0.5513 0.5923 0.684 0.000 0.016 0.184 0.116
#> SRR1264178 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264179 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264180 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264181 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264182 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264183 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264184 1 0.5844 0.3018 0.636 0.000 0.020 0.100 0.244
#> SRR1264185 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264186 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264187 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264188 1 0.5545 0.5904 0.680 0.000 0.016 0.188 0.116
#> SRR1264189 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264190 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264191 1 0.5512 0.5923 0.676 0.000 0.012 0.196 0.116
#> SRR1264192 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264193 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264194 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264195 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264196 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264197 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264198 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264199 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264200 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264201 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264202 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264203 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264204 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264205 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264206 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264207 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264208 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264209 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264210 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264211 1 0.4294 0.6412 0.788 0.000 0.008 0.112 0.092
#> SRR1264212 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264213 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264214 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264215 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264216 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264217 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264218 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264219 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264220 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264221 1 0.4573 0.0278 0.704 0.000 0.008 0.028 0.260
#> SRR1264222 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264223 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264224 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264225 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264226 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264227 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264228 1 0.2699 0.5635 0.880 0.000 0.008 0.012 0.100
#> SRR1264229 1 0.2589 0.5658 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1264230 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264231 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264232 1 0.4681 0.5806 0.728 0.000 0.000 0.188 0.084
#> SRR1264233 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264234 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264235 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264236 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264237 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264238 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264239 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264240 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264241 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264242 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264243 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264244 1 0.4747 0.5755 0.720 0.000 0.000 0.196 0.084
#> SRR1264245 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264246 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264247 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264248 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264249 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264250 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264251 1 0.5263 0.4415 0.616 0.000 0.004 0.324 0.056
#> SRR1264252 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264253 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264254 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264255 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264256 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264257 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264258 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264259 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264260 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264261 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264262 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264263 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264264 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264265 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264266 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264267 4 0.6177 0.9616 0.000 0.164 0.304 0.532 0.000
#> SRR1264268 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264269 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264270 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264271 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264272 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264273 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264274 4 0.6248 0.9983 0.000 0.176 0.300 0.524 0.000
#> SRR1264275 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264276 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264277 3 0.5980 0.4637 0.000 0.040 0.660 0.188 0.112
#> SRR1264278 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264279 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264280 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264281 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264282 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264283 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264284 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264285 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264286 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264287 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264288 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264289 3 0.5980 0.4637 0.000 0.040 0.660 0.188 0.112
#> SRR1264290 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264291 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264292 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264293 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264294 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264295 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264296 3 0.6104 0.4840 0.000 0.056 0.656 0.188 0.100
#> SRR1264297 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264298 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264299 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264300 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264301 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264302 3 0.2727 0.5397 0.000 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR1264303 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264304 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264305 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264306 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264307 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264308 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264309 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264310 3 0.2873 0.5429 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1264311 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264312 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264313 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264314 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264315 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264316 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264317 3 0.2873 0.5429 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1264318 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264319 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264320 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264321 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264322 3 0.2873 0.5429 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1264323 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264324 3 0.2920 0.5432 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR1264325 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264326 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264327 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264328 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264329 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264330 3 0.6498 0.1602 0.000 0.144 0.528 0.312 0.016
#> SRR1264331 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264332 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264333 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264334 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264335 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264336 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264337 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264338 3 0.6482 0.0893 0.000 0.136 0.520 0.328 0.016
#> SRR1264339 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264340 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264341 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264342 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264343 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264344 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264345 3 0.6509 -0.0581 0.000 0.132 0.500 0.352 0.016
#> SRR1264346 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264347 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264348 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264349 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264350 3 0.6511 0.1443 0.000 0.144 0.524 0.316 0.016
#> SRR1264351 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
#> SRR1264352 3 0.6471 0.1556 0.000 0.152 0.524 0.312 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264041 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264042 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264043 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264044 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264045 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264046 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264047 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264048 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264049 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264050 5 0.3647 0.887 0.216 0.000 NA 0.004 0.760 0.008
#> SRR1264051 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264052 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264053 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264054 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264055 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264056 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264057 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264058 5 0.3217 0.907 0.224 0.000 NA 0.008 0.768 0.000
#> SRR1264059 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264060 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264061 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264062 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264063 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264064 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264065 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264066 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264067 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264068 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264069 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264070 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264071 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264072 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264073 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264074 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264075 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264076 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264077 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264078 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264079 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264080 2 0.3507 0.883 0.000 0.848 NA 0.044 0.028 0.024
#> SRR1264081 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264082 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264083 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264084 5 0.6482 0.543 0.100 0.012 NA 0.004 0.588 0.092
#> SRR1264085 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264086 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264087 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264088 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264089 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264090 5 0.8228 0.184 0.012 0.140 NA 0.048 0.404 0.160
#> SRR1264091 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264092 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264093 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264094 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264095 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264096 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264097 5 0.6506 0.543 0.100 0.012 NA 0.004 0.584 0.092
#> SRR1264098 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264099 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264100 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264101 2 0.7568 0.525 0.000 0.460 NA 0.032 0.116 0.196
#> SRR1264102 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264103 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264104 2 0.5211 0.826 0.000 0.724 NA 0.052 0.044 0.136
#> SRR1264105 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.1007 0.897 0.000 0.956 NA 0.044 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264130 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264131 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264132 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264133 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264134 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264135 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264136 1 0.5920 0.524 0.596 0.000 NA 0.000 0.240 0.088
#> SRR1264137 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264138 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264139 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264140 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264141 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264142 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264143 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264144 1 0.5899 0.524 0.600 0.000 NA 0.000 0.236 0.088
#> SRR1264145 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264146 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264147 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264148 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264149 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264150 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264151 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264152 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264153 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264154 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264155 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264156 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264157 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264158 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264159 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264160 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264161 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264162 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264163 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264164 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264165 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264166 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264167 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264168 1 0.5021 0.508 0.712 0.000 NA 0.000 0.112 0.124
#> SRR1264169 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264170 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264171 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264172 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264173 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264174 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264175 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264176 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264177 1 0.4313 0.214 0.764 0.008 NA 0.000 0.012 0.132
#> SRR1264178 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264179 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264180 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264181 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264182 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264183 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264184 1 0.5726 0.234 0.656 0.012 NA 0.000 0.184 0.080
#> SRR1264185 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264186 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264187 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264188 1 0.4243 0.195 0.764 0.008 NA 0.000 0.008 0.140
#> SRR1264189 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264190 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264191 1 0.4106 0.195 0.768 0.004 NA 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264192 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264193 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264194 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264195 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264196 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264197 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264198 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264199 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264200 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264201 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264202 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264203 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264204 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264205 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264206 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264207 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264208 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264209 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264210 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264211 1 0.0717 0.418 0.976 0.016 NA 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264212 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264213 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264214 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264215 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264216 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264217 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264218 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264219 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264220 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264221 1 0.6516 -0.017 0.440 0.012 NA 0.000 0.396 0.056
#> SRR1264222 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264223 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264224 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264225 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264226 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264227 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264228 1 0.5978 0.512 0.584 0.000 NA 0.000 0.252 0.088
#> SRR1264229 1 0.6100 0.498 0.572 0.000 NA 0.000 0.252 0.100
#> SRR1264230 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264231 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264232 1 0.4972 -0.598 0.564 0.000 NA 0.000 0.056 0.372
#> SRR1264233 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264234 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264235 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264236 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264237 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264238 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264239 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264240 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264241 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264242 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264243 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264244 1 0.4910 -0.560 0.572 0.000 NA 0.000 0.052 0.368
#> SRR1264245 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264246 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264247 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264248 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264249 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264250 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264251 6 0.5114 1.000 0.444 0.000 NA 0.012 0.052 0.492
#> SRR1264252 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264253 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264254 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264255 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264256 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264257 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264258 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264259 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264260 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264261 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264262 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264263 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264264 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264265 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264266 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264267 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264268 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264269 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264270 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264271 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264272 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264273 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264274 4 0.5181 0.628 0.004 0.060 NA 0.672 0.012 0.232
#> SRR1264275 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264276 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264277 4 0.5839 0.651 0.000 0.012 NA 0.636 0.068 0.076
#> SRR1264278 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264279 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264280 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264281 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264282 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264283 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264284 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264285 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264286 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264287 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264288 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264289 4 0.5839 0.651 0.000 0.012 NA 0.636 0.068 0.076
#> SRR1264290 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264291 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264292 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264293 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264294 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264295 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264296 4 0.5876 0.665 0.000 0.020 NA 0.640 0.060 0.076
#> SRR1264297 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264298 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264299 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264300 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264301 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264302 4 0.5080 0.653 0.000 0.036 NA 0.540 0.008 0.012
#> SRR1264303 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264304 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264305 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264306 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264307 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264308 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264309 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264310 4 0.4955 0.645 0.000 0.056 NA 0.520 0.004 0.000
#> SRR1264311 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264312 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264313 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264314 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264315 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264316 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264317 4 0.5251 0.649 0.000 0.048 NA 0.528 0.008 0.012
#> SRR1264318 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264319 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264320 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264321 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264322 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264323 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264324 4 0.4824 0.645 0.000 0.056 NA 0.524 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0865 0.736 0.000 0.036 NA 0.964 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.1010 0.735 0.000 0.036 NA 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264339 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.1194 0.731 0.000 0.032 NA 0.956 0.000 0.008
#> SRR1264346 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0865 0.736 0.000 0.036 NA 0.964 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0937 0.737 0.000 0.040 NA 0.960 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.998 0.4993 0.501 0.501
#> 3 3 0.931 0.966 0.977 0.2813 0.856 0.713
#> 4 4 0.869 0.916 0.904 0.0821 0.948 0.855
#> 5 5 0.779 0.758 0.857 0.0887 0.947 0.829
#> 6 6 0.778 0.703 0.772 0.0499 0.997 0.989
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 0.9966 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264253 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264254 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264255 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264256 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264257 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264258 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264259 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264260 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264261 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264262 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264263 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264264 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264265 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264266 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264267 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264268 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264269 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264270 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264271 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264272 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264273 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264274 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264275 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264276 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264277 2 0.814 0.6611 0.252 0.748
#> SRR1264278 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264279 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264280 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264281 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264282 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264283 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264284 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264285 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264286 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264287 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264288 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264289 1 1.000 0.0271 0.508 0.492
#> SRR1264290 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264291 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264292 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264293 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264294 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264295 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264296 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264297 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264326 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264327 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264328 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264329 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264330 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264331 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264332 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264333 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264334 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264335 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264336 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264337 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264338 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264339 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264340 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264341 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264342 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264343 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264344 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264345 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264346 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264347 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264348 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264349 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264350 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264351 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
#> SRR1264352 2 0.000 0.9985 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 1.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264253 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264254 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264255 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264256 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264257 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264258 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264259 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264260 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264261 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264262 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264263 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264264 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264265 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264266 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264267 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264268 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264269 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264270 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264271 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264272 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264273 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264274 3 0.475 0.779 0 0.216 0.784
#> SRR1264275 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264276 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264277 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264278 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264279 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264280 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264281 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264282 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264283 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264284 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264285 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264286 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264287 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264288 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264289 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264290 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264291 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264292 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264293 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264294 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264295 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264296 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264297 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264298 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264299 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264300 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264301 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264302 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264303 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264304 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264305 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264306 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264307 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264308 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264309 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264310 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264311 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264312 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264313 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264314 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264315 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264316 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264317 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264318 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264319 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264320 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264321 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264322 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264323 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264324 3 0.164 0.932 0 0.044 0.956
#> SRR1264325 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.000 0.923 0 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264041 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264042 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264043 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264044 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264045 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264046 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264047 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264048 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264049 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264050 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264051 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264052 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264053 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264054 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264055 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264056 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264057 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264058 1 0.3652 0.899 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1264059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264082 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264083 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264084 1 0.3716 0.897 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1264085 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264086 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264087 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264088 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264089 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264090 2 0.1635 0.955 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1264091 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264092 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264093 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264094 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264095 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264096 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264097 1 0.3716 0.897 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1264098 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264099 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264100 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264101 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264102 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264103 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264104 2 0.0188 0.997 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264130 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264131 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264132 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264133 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264134 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264135 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264136 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264137 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264138 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264139 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264140 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264141 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264142 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264143 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264144 1 0.1557 0.951 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264145 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264146 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264147 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264148 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264149 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264150 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264151 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264152 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264153 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264154 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264155 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264156 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264157 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264158 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264159 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264160 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264161 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264162 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264163 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264164 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264165 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264166 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264167 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264168 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264169 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264170 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264171 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264172 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264173 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264174 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264175 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264176 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264177 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264178 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264179 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264180 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264181 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264182 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264183 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264184 1 0.1022 0.956 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1264185 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264186 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264187 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264188 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264189 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264190 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264191 1 0.0707 0.959 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264192 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264193 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264194 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264195 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264196 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264197 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264198 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264199 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264200 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264201 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264202 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264203 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264204 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264205 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264206 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264207 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264208 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264209 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264210 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264211 1 0.0469 0.960 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264212 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264213 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264214 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264215 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264216 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264217 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264218 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264219 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264220 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264221 1 0.1716 0.946 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1264222 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264223 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264224 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264225 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264226 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264227 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264228 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264229 1 0.1474 0.951 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1264230 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264231 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264232 1 0.0921 0.957 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264233 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264234 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264235 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264236 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264237 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264238 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264239 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264240 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264241 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264242 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264243 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264244 1 0.0921 0.957 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1264245 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264246 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264247 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264248 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264249 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264250 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264251 1 0.1637 0.943 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1264252 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264253 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264254 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264255 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264256 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264257 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264258 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264259 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264260 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264261 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264262 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264263 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264264 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264265 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264266 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264267 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264268 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264269 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264270 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264271 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264272 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264273 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264274 3 0.3143 0.793 0.000 0.024 0.876 0.100
#> SRR1264275 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264276 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264277 4 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264279 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264280 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264281 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264282 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264283 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264284 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264285 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264286 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264287 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264288 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264289 4 0.0000 0.836 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264291 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264292 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264293 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264294 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264295 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264296 4 0.0188 0.840 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264297 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264298 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264299 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264300 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264301 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264302 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264303 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264304 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264305 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264306 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264307 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264308 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264309 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264310 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264311 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264312 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264313 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264314 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264315 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264316 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264317 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264318 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264319 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264320 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264321 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264322 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264323 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264324 4 0.3764 0.855 0.000 0.012 0.172 0.816
#> SRR1264325 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264326 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264327 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264328 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264329 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264330 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264331 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264332 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264333 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264334 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264335 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264336 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264337 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264338 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264339 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264340 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264341 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264342 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264343 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264344 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264345 3 0.4624 0.785 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1264346 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264347 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264348 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264349 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264350 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264351 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1264352 3 0.4643 0.785 0.000 0.000 0.656 0.344
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264041 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264042 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264043 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264044 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264045 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264046 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264047 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264048 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264049 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264050 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264051 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264052 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264053 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264054 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264055 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264056 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264057 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264058 5 0.4331 0.994 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1264059 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264060 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264061 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264062 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264063 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264064 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264065 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264066 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264067 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264068 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264069 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264070 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264071 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264072 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264073 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264074 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264075 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264076 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264077 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264078 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264079 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264080 2 0.0404 0.985 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264081 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264082 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264083 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264084 5 0.4114 0.943 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1264085 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264086 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264087 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264088 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264089 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264090 2 0.3366 0.778 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264091 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264092 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264093 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264094 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264095 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264096 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264097 5 0.4101 0.942 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1264098 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264099 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264100 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264101 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264102 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264103 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264104 2 0.0794 0.980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264105 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264130 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264131 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264132 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264133 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264134 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264135 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264136 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264137 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264138 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264139 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264140 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264141 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264142 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264143 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264144 1 0.3561 0.347 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264145 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264146 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264147 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264148 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264149 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264150 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264151 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264152 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264153 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264154 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264155 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264156 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264157 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264158 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264159 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264160 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264161 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264162 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264163 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264164 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264165 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264166 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264167 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264168 1 0.1608 0.654 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264169 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264170 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264171 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264172 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264173 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264174 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264175 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264176 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264177 1 0.2424 0.662 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1264178 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264179 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264180 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264181 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264182 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264183 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264184 1 0.3274 0.477 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264185 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264186 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264187 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264188 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264189 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264190 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264191 1 0.2719 0.658 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1264192 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264193 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264194 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264195 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264196 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264197 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264198 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264199 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264200 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264201 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264202 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264203 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264204 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264205 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264206 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264207 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264208 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264209 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264210 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264211 1 0.0703 0.681 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264212 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264213 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264214 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264215 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264216 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264217 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264218 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264219 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264220 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264221 1 0.4182 -0.325 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1264222 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264223 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264224 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264225 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264226 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264227 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264228 1 0.3684 0.295 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1264229 1 0.3661 0.300 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264230 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264231 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264232 1 0.3863 0.565 0.740 0.000 0.000 0.012 0.248
#> SRR1264233 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264234 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264235 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264236 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264237 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264238 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264239 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264240 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264241 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264242 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264243 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264244 1 0.3863 0.565 0.740 0.000 0.000 0.012 0.248
#> SRR1264245 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264246 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264247 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264248 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264249 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264250 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264251 1 0.4141 0.556 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1264252 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264253 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264254 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264255 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264256 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264257 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264258 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264259 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264260 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264261 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264262 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264263 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264264 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264265 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264266 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264267 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264268 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264269 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264270 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264271 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264272 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264273 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264274 4 0.0451 0.756 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1264275 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264276 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264277 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264278 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264279 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264280 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264281 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264282 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264283 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264284 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264285 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264286 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264287 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264288 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264289 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264290 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264291 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264292 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264293 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264294 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264295 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264296 3 0.1608 0.892 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1264297 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264298 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264299 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264300 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264301 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264302 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264303 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264304 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264305 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264306 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264307 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264308 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264309 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264310 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264311 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264312 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264313 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264314 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264315 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264316 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264317 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264318 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264319 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264320 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264321 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264322 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264323 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264324 3 0.1831 0.910 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1264325 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264326 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264327 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264328 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264329 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264330 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264331 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264332 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264333 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264334 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264335 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264336 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264337 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264338 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264339 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264340 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264341 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264342 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264343 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264344 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264345 4 0.4714 0.736 0.000 0.000 0.324 0.644 0.032
#> SRR1264346 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264347 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264348 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264349 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264350 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264351 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
#> SRR1264352 4 0.4794 0.735 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264041 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264042 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264043 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264044 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264045 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264046 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264047 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264048 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264049 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264050 5 0.1765 0.9640 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904 NA
#> SRR1264051 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264052 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264053 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264054 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264055 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264056 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264057 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264058 5 0.1714 0.9694 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1264059 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264060 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264061 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264062 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264063 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264064 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264065 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264066 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264067 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264068 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264069 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264070 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264071 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264072 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264073 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264074 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264075 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264076 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264077 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264078 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264079 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264080 2 0.0146 0.9680 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264081 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264082 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264083 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264084 5 0.1918 0.9389 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904 NA
#> SRR1264085 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264086 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264087 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264088 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264089 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264090 2 0.4979 0.5640 0.000 0.604 0.000 0.004 0.312 NA
#> SRR1264091 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264092 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264093 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264094 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264095 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264096 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264097 5 0.1970 0.9436 0.092 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR1264098 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264099 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264100 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264101 2 0.2320 0.9311 0.000 0.892 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR1264102 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264103 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264104 2 0.2126 0.9378 0.000 0.904 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1264129 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264130 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264131 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264132 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264133 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264134 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264135 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264136 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264137 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264138 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264139 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264140 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264141 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264142 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264143 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264144 1 0.4720 0.3151 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR1264145 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264146 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264147 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264148 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264149 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264150 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264151 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264152 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264153 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264154 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264155 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264156 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264157 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264158 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264159 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264160 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264161 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264162 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264163 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264164 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264165 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264166 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264167 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264168 1 0.3344 0.6111 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR1264169 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264170 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264171 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264172 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264173 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264174 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264175 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264176 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264177 1 0.2100 0.6219 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264178 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264179 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264180 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264181 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264182 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264183 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264184 1 0.3953 0.5338 0.744 0.000 0.000 0.000 0.196 NA
#> SRR1264185 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264186 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264187 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264188 1 0.2146 0.6211 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264189 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264190 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264191 1 0.2402 0.6151 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1264192 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264193 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264194 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264195 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264196 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264197 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264198 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264199 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264200 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264201 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264202 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264203 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264204 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264205 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264206 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264207 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264208 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264209 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264210 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264211 1 0.1807 0.6339 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1264212 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264213 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264214 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264215 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264216 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264217 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264218 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264219 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264220 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264221 5 0.4449 0.0551 0.440 0.000 0.000 0.000 0.532 NA
#> SRR1264222 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264223 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264224 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264225 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264226 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264227 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264228 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264229 1 0.4690 0.2933 0.552 0.000 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR1264230 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264231 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264232 1 0.4080 0.4387 0.536 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264233 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264234 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264235 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264236 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264237 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264238 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264239 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264240 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264241 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264242 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264243 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264244 1 0.4080 0.4387 0.536 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1264245 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264246 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264247 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264248 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264249 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264250 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264251 1 0.4312 0.4346 0.528 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1264252 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264253 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264254 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264255 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264256 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264257 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264258 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264259 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264260 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264261 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264262 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264263 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264264 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264265 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264266 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264267 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264268 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264269 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264270 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264271 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264272 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264273 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264274 4 0.0146 0.7102 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR1264275 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264276 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264277 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264278 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264279 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264280 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264281 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264282 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264283 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264284 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264285 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264286 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264287 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264288 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264289 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264290 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264291 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264292 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264293 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264294 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264295 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264296 3 0.4294 0.7411 0.000 0.000 0.672 0.000 0.048 NA
#> SRR1264297 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264298 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264299 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264300 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264301 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264302 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264303 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264304 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264305 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264306 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264307 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264308 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264309 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264310 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264311 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264312 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264313 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264314 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264315 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264316 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264317 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264318 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264319 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264320 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264321 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264322 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264323 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264324 3 0.1387 0.7676 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 NA
#> SRR1264325 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264326 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264327 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264328 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264329 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264330 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264331 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264332 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264333 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264334 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264335 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264336 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264337 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264338 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264339 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264340 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264341 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264342 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264343 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264344 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264345 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264346 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264347 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264348 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264349 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264350 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264351 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
#> SRR1264352 4 0.5395 0.7006 0.000 0.000 0.364 0.544 0.020 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4989 0.502 0.502
#> 3 3 1.000 0.999 1.000 0.2802 0.860 0.721
#> 4 4 1.000 0.999 1.000 0.0664 0.958 0.883
#> 5 5 0.907 0.961 0.971 0.0903 0.943 0.822
#> 6 6 1.000 0.978 0.986 0.0264 0.977 0.913
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264253 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264254 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264255 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264256 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264259 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264261 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264263 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264265 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264266 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264267 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264269 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264273 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 3 0.1163 0.971 0.000 0.028 0.972
#> SRR1264091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.2796 0.899 0.000 0.908 0.092
#> SRR1264102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264061 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264074 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264076 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264077 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264078 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264079 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264081 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264082 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264083 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264084 1 0.0188 0.995 0.996 0.000 0.004 0
#> SRR1264085 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264086 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264087 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264090 3 0.0817 0.971 0.000 0.024 0.976 0
#> SRR1264091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264092 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264095 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264099 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264101 2 0.2216 0.881 0.000 0.908 0.092 0
#> SRR1264102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR1264129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264139 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264167 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR1264252 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264253 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264254 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264255 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264256 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264257 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264258 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264259 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264260 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264261 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264262 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264263 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264264 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264265 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264266 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264267 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264268 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264269 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264270 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264271 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264272 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264273 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264274 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264275 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264276 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264277 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264278 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264279 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264280 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264281 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264282 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264283 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264284 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264285 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264286 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264287 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264288 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264289 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264290 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264291 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264292 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264293 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264294 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264295 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264296 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264297 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264298 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264299 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264300 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264301 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264302 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264303 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264304 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264305 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264306 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264307 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264308 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264309 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264310 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264311 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264312 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264313 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264314 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264315 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264316 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264317 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264318 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264319 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264320 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264321 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264322 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264323 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264324 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR1264325 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264326 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264327 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264328 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264329 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264330 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264331 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264332 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264333 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264334 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264335 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264336 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264337 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264338 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR1264352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264041 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264042 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264043 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264044 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264045 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264046 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264047 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264048 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264049 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264050 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264051 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264052 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264053 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264054 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264055 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264056 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264057 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264058 5 0.0000 0.947 0.000 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.0404 0.931 0.012 0.000 0 0.000 0.988
#> SRR1264085 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264090 5 0.3906 0.531 0.000 0.004 0 0.292 0.704
#> SRR1264091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.0510 0.925 0.016 0.000 0 0.000 0.984
#> SRR1264098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.1908 0.877 0.000 0.908 0 0.092 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264130 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264131 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264132 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264133 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264134 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264135 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264136 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264137 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264138 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264139 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264140 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264141 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264142 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264143 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264144 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264145 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264146 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264147 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264148 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264149 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264150 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264151 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264152 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264153 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264154 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264155 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264156 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264157 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264158 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264159 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264160 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264161 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264162 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264163 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264164 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264165 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264166 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264167 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264168 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264169 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.3816 0.553 0.696 0.000 0 0.000 0.304
#> SRR1264185 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.1043 0.930 0.960 0.000 0 0.000 0.040
#> SRR1264193 1 0.1121 0.930 0.956 0.000 0 0.000 0.044
#> SRR1264194 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0609 0.929 0.980 0.000 0 0.000 0.020
#> SRR1264196 1 0.0162 0.927 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR1264197 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0404 0.928 0.988 0.000 0 0.000 0.012
#> SRR1264199 1 0.0290 0.928 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR1264200 1 0.2074 0.928 0.896 0.000 0 0.000 0.104
#> SRR1264201 1 0.1478 0.930 0.936 0.000 0 0.000 0.064
#> SRR1264202 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0162 0.927 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR1264204 1 0.1544 0.930 0.932 0.000 0 0.000 0.068
#> SRR1264205 1 0.0880 0.930 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR1264206 1 0.1197 0.930 0.952 0.000 0 0.000 0.048
#> SRR1264207 1 0.0404 0.928 0.988 0.000 0 0.000 0.012
#> SRR1264208 1 0.1341 0.930 0.944 0.000 0 0.000 0.056
#> SRR1264209 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0290 0.928 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR1264211 1 0.0290 0.928 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR1264212 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264213 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264214 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264215 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264216 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264217 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264218 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264219 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264220 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264221 5 0.4219 0.103 0.416 0.000 0 0.000 0.584
#> SRR1264222 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264223 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264224 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264225 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264226 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264227 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264228 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264229 1 0.2377 0.926 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR1264230 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264275 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264276 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264277 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264278 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264279 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264280 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264281 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264282 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264283 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264284 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264285 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264286 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264287 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264288 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264289 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264290 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264291 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264292 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264293 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264294 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264295 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264296 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 5 0.0000 0.9487 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.0260 0.9370 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 5 0.3963 0.6629 0.000 0.000 0 0.164 0.756 0.080
#> SRR1264091 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.0146 0.9432 0.004 0.000 0 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.1913 0.8920 0.000 0.908 0 0.080 0.000 0.012
#> SRR1264102 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9985 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264130 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264131 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264132 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264133 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264134 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264135 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264136 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264137 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264138 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264139 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264140 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264141 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264142 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264143 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264144 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264145 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264146 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264147 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264148 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264149 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264150 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264151 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264152 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264153 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264154 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264155 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264156 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264157 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264158 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264159 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264160 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264161 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264162 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264163 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264164 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264165 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264166 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264167 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264168 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.3330 0.5970 0.716 0.000 0 0.000 0.284 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0458 0.9697 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264193 1 0.0458 0.9697 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0260 0.9692 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0260 0.9692 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.1075 0.9689 0.952 0.000 0 0.000 0.048 0.000
#> SRR1264201 1 0.0458 0.9696 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0937 0.9692 0.960 0.000 0 0.000 0.040 0.000
#> SRR1264205 1 0.0458 0.9696 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264206 1 0.0458 0.9697 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0.000
#> SRR1264207 1 0.0260 0.9691 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264208 1 0.0632 0.9696 0.976 0.000 0 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0146 0.9687 0.996 0.000 0 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264211 1 0.0260 0.9692 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264212 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264213 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264214 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264215 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264216 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264217 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264218 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264219 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264220 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264221 5 0.3854 0.0338 0.464 0.000 0 0.000 0.536 0.000
#> SRR1264222 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264223 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264224 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264225 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264226 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264227 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264228 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264229 1 0.1204 0.9685 0.944 0.000 0 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.9683 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.713 0.901 0.944 0.4363 0.529 0.529
#> 3 3 0.899 0.921 0.969 0.4739 0.728 0.531
#> 4 4 0.742 0.771 0.865 0.1006 0.944 0.846
#> 5 5 0.807 0.851 0.881 0.0618 0.948 0.834
#> 6 6 0.856 0.650 0.711 0.0500 0.831 0.485
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264041 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264042 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264043 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264044 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264045 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264046 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264047 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264048 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264049 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264050 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264051 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264052 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264053 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264054 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264055 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264056 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264057 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264058 1 0.2603 0.949 0.956 0.044
#> SRR1264059 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.6801 0.758 0.820 0.180
#> SRR1264085 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1264091 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.4562 0.893 0.904 0.096
#> SRR1264098 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.1184 0.853 0.016 0.984
#> SRR1264102 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.858 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264178 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264185 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264189 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264231 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264232 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264234 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264235 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264236 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264237 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264238 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264239 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264240 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264241 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264242 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264243 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264244 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264246 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264247 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264248 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264249 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264250 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264251 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264252 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264253 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264254 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264255 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264256 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264257 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264258 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264259 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264260 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264261 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264262 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264263 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264264 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264265 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264266 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264267 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264268 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264269 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264270 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264271 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264272 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264273 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264274 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264275 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264276 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264277 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264278 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264279 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264280 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264281 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264282 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264283 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264284 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264285 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264286 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264287 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264288 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264289 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264290 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264291 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264292 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264293 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264294 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264295 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264296 2 0.9933 0.439 0.452 0.548
#> SRR1264297 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264298 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264299 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264300 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264301 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264302 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264303 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264304 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264305 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264306 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264307 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264308 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264309 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264310 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264311 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264312 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264313 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264314 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264315 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264316 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264317 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264318 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264319 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264320 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264321 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264322 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264323 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264324 2 0.7528 0.779 0.216 0.784
#> SRR1264325 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264326 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264327 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264328 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264329 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264330 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264331 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264332 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264333 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264334 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264335 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264336 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264337 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264338 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264339 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264340 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264341 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264342 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264343 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264344 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264345 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264346 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264347 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264348 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264349 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264350 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264351 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1264352 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.0661 0.919 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264085 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.5397 0.592 0.280 0.720 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.0661 0.919 0.988 0.004 0.008
#> SRR1264098 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.4291 0.769 0.180 0.820 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264137 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264178 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264185 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264189 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264222 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0424 0.921 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264229 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264231 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264232 1 0.3619 0.805 0.864 0.000 0.136
#> SRR1264233 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264234 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264235 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264236 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264237 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264238 1 0.6280 0.267 0.540 0.000 0.460
#> SRR1264239 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264240 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264241 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264242 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264243 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264244 1 0.0000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264246 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264247 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264248 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264249 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264250 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264251 1 0.6274 0.278 0.544 0.000 0.456
#> SRR1264252 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264041 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264042 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264043 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264044 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264045 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264046 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264047 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264048 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264049 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264050 4 0.0707 0.980 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1264051 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264052 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264053 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264054 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264055 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264056 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264057 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264058 4 0.0336 0.999 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1264059 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264082 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264083 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264084 1 0.3873 0.609 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264085 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264086 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264087 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264088 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264089 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264090 1 0.4692 0.604 0.756 0.032 0.000 0.212
#> SRR1264091 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264092 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264093 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264094 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264095 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264096 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264097 1 0.3873 0.609 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264098 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264099 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264100 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264101 1 0.4692 0.604 0.756 0.032 0.000 0.212
#> SRR1264102 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264103 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264104 2 0.3726 0.760 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1264105 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264170 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264171 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264172 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264173 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264174 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264175 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264176 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264177 1 0.3569 0.764 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1264178 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264179 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264180 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264181 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264182 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264183 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264184 1 0.2973 0.785 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1264185 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264186 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264187 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264188 1 0.3907 0.749 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1264189 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264190 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264191 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264192 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0188 0.838 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0188 0.838 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264231 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264232 1 0.5024 0.692 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR1264233 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264234 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264235 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264236 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264237 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264238 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264239 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264240 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264241 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264242 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264243 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264244 1 0.5040 0.690 0.628 0.000 0.364 0.008
#> SRR1264245 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264246 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264247 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264248 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264249 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264250 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264251 1 0.5070 0.682 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1264252 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264253 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264254 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264255 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264256 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264257 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264258 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264259 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264260 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264261 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264262 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264263 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264264 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264265 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264266 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264267 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264268 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264269 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264270 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264271 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264272 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264273 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264274 3 0.0336 0.707 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1264275 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264276 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264277 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264278 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264279 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264280 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264281 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264282 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264283 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264284 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264285 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264286 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264287 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264288 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264289 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264290 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264291 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264292 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264293 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264294 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264295 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264296 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264297 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264298 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264299 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264300 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264301 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264302 3 0.4843 0.603 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1264303 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264304 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264305 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264306 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264307 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264308 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264309 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264310 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264311 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264312 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264313 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264314 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264315 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264316 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264317 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264318 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264319 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264320 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264321 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264322 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264323 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264324 3 0.4855 0.602 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1264325 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.710 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264041 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264042 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264043 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264044 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264045 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264046 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264047 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264048 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264049 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264050 5 0.0451 0.992 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR1264051 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264052 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264053 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264054 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264055 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264056 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264057 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264058 5 0.0290 1.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264059 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264082 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264083 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264084 1 0.3421 0.667 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> SRR1264085 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264086 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264087 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264088 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264089 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264090 1 0.3904 0.636 0.764 0.012 0.008 0.000 0.216
#> SRR1264091 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264092 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264093 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264094 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264095 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264096 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264097 1 0.3421 0.667 0.788 0.000 0.008 0.000 0.204
#> SRR1264098 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264099 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264100 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264101 1 0.4004 0.633 0.760 0.016 0.008 0.000 0.216
#> SRR1264102 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264103 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264104 2 0.3353 0.793 0.000 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1264105 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.923 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264170 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264171 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264172 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264173 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264174 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264175 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264176 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264177 1 0.3787 0.757 0.800 0.000 0.012 0.168 0.020
#> SRR1264178 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264179 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264180 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264181 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264182 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264183 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264184 1 0.3216 0.784 0.852 0.000 0.012 0.116 0.020
#> SRR1264185 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264186 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264187 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264188 1 0.3690 0.726 0.764 0.000 0.012 0.224 0.000
#> SRR1264189 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264190 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264191 1 0.4620 0.617 0.616 0.000 0.008 0.368 0.008
#> SRR1264192 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0162 0.832 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0566 0.830 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.833 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264213 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264214 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264215 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264216 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264217 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264218 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264219 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264220 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264221 1 0.1059 0.823 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> SRR1264222 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264223 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264224 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264225 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264226 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264227 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264228 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264229 1 0.0771 0.822 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1264230 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264231 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264232 1 0.4710 0.620 0.616 0.000 0.012 0.364 0.008
#> SRR1264233 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264234 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264235 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264236 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264237 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264238 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264239 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264240 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264241 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264242 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264243 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264244 1 0.4683 0.622 0.624 0.000 0.008 0.356 0.012
#> SRR1264245 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264246 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264247 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264248 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264249 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264250 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264251 1 0.4723 0.616 0.612 0.000 0.012 0.368 0.008
#> SRR1264252 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264253 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264254 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264255 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264256 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264257 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264258 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264259 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264260 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264261 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264262 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264263 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264264 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264265 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264266 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264267 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264268 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264269 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264270 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264271 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264272 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264273 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264274 4 0.0703 0.992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1264275 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264276 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264277 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264278 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264279 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264280 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264281 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264282 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264283 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264284 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264285 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264286 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264287 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264288 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264289 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264290 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264291 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264292 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264293 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264294 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264295 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264296 3 0.3177 0.827 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1264297 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264298 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264299 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264300 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264301 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264302 3 0.0510 0.876 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1264303 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264304 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264305 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264306 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264307 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264308 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264309 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264310 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264311 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264312 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264313 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264314 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264315 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264316 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264317 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264318 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264319 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264320 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264321 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264322 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264323 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264324 3 0.0404 0.880 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1264325 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264326 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264327 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264328 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264329 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264330 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264331 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264332 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264333 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264334 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264335 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264336 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264337 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264338 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264339 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264340 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264341 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264342 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264343 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264344 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264345 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264346 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264347 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264348 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264349 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264350 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264351 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1264352 4 0.0963 0.994 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264041 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264042 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264043 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264044 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264045 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264046 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264047 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264048 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264049 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264050 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264051 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264052 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264053 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264054 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264055 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264056 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264057 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264058 5 0.2793 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1264059 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264060 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264061 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264062 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264063 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264064 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264065 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264066 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264067 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264068 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264069 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264070 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264071 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264072 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264073 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264074 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264075 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264076 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264077 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264078 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264079 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264080 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264081 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264082 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264083 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264084 1 0.2597 0.7180 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264085 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264086 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264087 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264088 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264089 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264090 1 0.3231 0.6501 0.784 0.000 0.000 0.000 0.016 0.200
#> SRR1264091 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264092 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264093 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264094 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264095 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264096 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264097 1 0.2597 0.7180 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264098 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264099 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264100 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264101 1 0.3371 0.6440 0.780 0.000 0.000 0.004 0.016 0.200
#> SRR1264102 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264103 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264104 2 0.6263 -0.0941 0.000 0.396 0.000 0.388 0.016 0.200
#> SRR1264105 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264106 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264107 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264108 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264109 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264110 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264111 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264112 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264113 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264114 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264115 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264116 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264117 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264118 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264119 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264120 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264121 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264122 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264123 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264124 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264125 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264126 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264127 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264128 4 0.5887 0.2989 0.000 0.396 0.000 0.404 0.200 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264170 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264171 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264172 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264173 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264174 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264175 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264176 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.1075 0.9195 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264179 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264180 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264181 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264182 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264183 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0405 0.9641 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264185 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264186 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264187 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.2668 0.7233 0.828 0.168 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264189 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264190 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264191 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0146 0.9732 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264231 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264232 2 0.4066 0.4774 0.392 0.596 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264233 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264234 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264235 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264236 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264237 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264238 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264239 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264240 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264241 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264242 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264243 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.3883 0.3128 0.656 0.332 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264245 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264246 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264247 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264248 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264249 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264250 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264251 2 0.4047 0.4928 0.384 0.604 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264253 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264254 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264255 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264256 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264257 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264258 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264259 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264260 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264261 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264262 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264263 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264264 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264265 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264266 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264267 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264268 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264269 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264270 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264271 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264272 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264273 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264274 4 0.3823 0.3990 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1264275 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264276 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264277 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264278 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264279 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264280 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264281 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264282 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264283 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264284 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264285 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264286 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264287 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264288 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264289 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264290 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264291 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264292 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264293 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264294 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264295 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264296 6 0.3823 1.0000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1264297 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0260 0.9815 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264303 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0260 0.9815 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264318 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.9986 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264326 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264327 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264328 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264329 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264330 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264331 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264332 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264333 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264334 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264335 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264336 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264337 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264338 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264339 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264340 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264341 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264342 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264343 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264344 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264345 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264346 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264347 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264348 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264349 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264350 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264351 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1264352 4 0.3765 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.694 0.831 0.927 0.4874 0.505 0.505
#> 3 3 0.964 0.949 0.975 0.3482 0.773 0.575
#> 4 4 0.864 0.884 0.920 0.0823 0.924 0.781
#> 5 5 0.765 0.783 0.832 0.0863 0.869 0.578
#> 6 6 0.825 0.795 0.849 0.0409 0.958 0.810
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 2 0.0376 0.89655 0.004 0.996
#> SRR1264041 2 0.3114 0.88008 0.056 0.944
#> SRR1264042 2 0.0672 0.89585 0.008 0.992
#> SRR1264043 2 0.1414 0.89308 0.020 0.980
#> SRR1264044 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264045 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264046 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264047 2 0.2043 0.88986 0.032 0.968
#> SRR1264048 2 0.2043 0.88986 0.032 0.968
#> SRR1264049 2 0.0376 0.89656 0.004 0.996
#> SRR1264050 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264051 2 0.3431 0.87595 0.064 0.936
#> SRR1264052 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264053 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264054 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264055 2 0.0938 0.89499 0.012 0.988
#> SRR1264056 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264057 2 0.1184 0.89410 0.016 0.984
#> SRR1264058 2 0.0376 0.89658 0.004 0.996
#> SRR1264059 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264060 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264061 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264062 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264063 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264064 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264065 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264066 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264067 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264068 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264069 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264070 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264071 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264072 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264073 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264074 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264075 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264076 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264077 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264078 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264079 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264080 2 0.9710 0.45550 0.400 0.600
#> SRR1264081 2 0.2948 0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264082 2 0.1633 0.89187 0.024 0.976
#> SRR1264083 2 0.2236 0.88815 0.036 0.964
#> SRR1264084 2 0.4815 0.85231 0.104 0.896
#> SRR1264085 2 0.2236 0.88824 0.036 0.964
#> SRR1264086 2 0.2423 0.88671 0.040 0.960
#> SRR1264087 2 0.1843 0.89073 0.028 0.972
#> SRR1264088 2 0.2948 0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264089 2 0.2603 0.88511 0.044 0.956
#> SRR1264090 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.2423 0.88671 0.040 0.960
#> SRR1264092 2 0.2948 0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264093 2 0.3431 0.87559 0.064 0.936
#> SRR1264094 2 0.2043 0.88963 0.032 0.968
#> SRR1264095 2 0.2603 0.88511 0.044 0.956
#> SRR1264096 2 0.2948 0.88182 0.052 0.948
#> SRR1264097 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264098 2 0.2948 0.88171 0.052 0.948
#> SRR1264099 2 0.3114 0.87980 0.056 0.944
#> SRR1264100 2 0.3114 0.87978 0.056 0.944
#> SRR1264101 2 0.0376 0.89655 0.004 0.996
#> SRR1264102 2 0.2236 0.88826 0.036 0.964
#> SRR1264103 2 0.2778 0.88343 0.048 0.952
#> SRR1264104 2 0.0938 0.89495 0.012 0.988
#> SRR1264105 2 0.5946 0.82208 0.144 0.856
#> SRR1264106 2 0.6438 0.80294 0.164 0.836
#> SRR1264107 2 0.5178 0.84367 0.116 0.884
#> SRR1264108 2 0.5519 0.83512 0.128 0.872
#> SRR1264109 2 0.5842 0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264110 2 0.6247 0.81098 0.156 0.844
#> SRR1264111 2 0.6148 0.81487 0.152 0.848
#> SRR1264112 2 0.6148 0.81482 0.152 0.848
#> SRR1264113 2 0.5737 0.82890 0.136 0.864
#> SRR1264114 2 0.6148 0.81487 0.152 0.848
#> SRR1264115 2 0.5842 0.82572 0.140 0.860
#> SRR1264116 2 0.5629 0.83216 0.132 0.868
#> SRR1264117 2 0.5737 0.82890 0.136 0.864
#> SRR1264118 2 0.5842 0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264119 2 0.5294 0.84085 0.120 0.880
#> SRR1264120 2 0.5842 0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264121 2 0.6247 0.81098 0.156 0.844
#> SRR1264122 2 0.4939 0.84906 0.108 0.892
#> SRR1264123 2 0.4562 0.85679 0.096 0.904
#> SRR1264124 2 0.5842 0.82557 0.140 0.860
#> SRR1264125 2 0.5946 0.82208 0.144 0.856
#> SRR1264126 2 0.5519 0.83505 0.128 0.872
#> SRR1264127 2 0.5519 0.83505 0.128 0.872
#> SRR1264128 2 0.5737 0.82890 0.136 0.864
#> SRR1264129 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.4161 0.85795 0.916 0.084
#> SRR1264222 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.94666 1.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.9522 0.50273 0.372 0.628
#> SRR1264253 1 0.9850 0.14083 0.572 0.428
#> SRR1264254 1 0.9833 0.15463 0.576 0.424
#> SRR1264255 1 0.9427 0.35415 0.640 0.360
#> SRR1264256 1 0.9795 0.18920 0.584 0.416
#> SRR1264257 2 0.9988 0.21555 0.480 0.520
#> SRR1264258 1 0.6712 0.73188 0.824 0.176
#> SRR1264259 1 0.8661 0.53255 0.712 0.288
#> SRR1264260 2 1.0000 0.15208 0.496 0.504
#> SRR1264261 1 0.7745 0.64907 0.772 0.228
#> SRR1264262 1 0.9286 0.39641 0.656 0.344
#> SRR1264263 1 0.9998 -0.12473 0.508 0.492
#> SRR1264264 2 0.9635 0.46925 0.388 0.612
#> SRR1264265 2 0.9998 0.16877 0.492 0.508
#> SRR1264266 1 0.9970 -0.02893 0.532 0.468
#> SRR1264267 2 0.9998 0.17896 0.492 0.508
#> SRR1264268 1 0.9998 -0.11422 0.508 0.492
#> SRR1264269 1 0.9896 0.09814 0.560 0.440
#> SRR1264270 1 0.8499 0.56245 0.724 0.276
#> SRR1264271 2 0.9522 0.50435 0.372 0.628
#> SRR1264272 1 0.9933 0.05338 0.548 0.452
#> SRR1264273 1 0.9963 0.00409 0.536 0.464
#> SRR1264274 1 0.9983 -0.04866 0.524 0.476
#> SRR1264275 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264276 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264277 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264278 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264279 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264280 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264281 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264282 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264283 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264284 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264285 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264286 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264287 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264288 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264289 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264290 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264291 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264292 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264293 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264294 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264295 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264296 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264297 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264326 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264327 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264328 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264329 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264330 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264331 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264332 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264333 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264334 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264335 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264336 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264337 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264338 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264339 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264340 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264341 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264342 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264343 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264344 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264345 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264346 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264347 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264348 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264349 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264350 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264351 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
#> SRR1264352 2 0.0000 0.89721 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264041 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264042 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264043 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264044 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264045 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264046 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264047 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264048 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264049 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264050 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264051 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264052 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264053 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264054 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264055 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264056 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264057 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264058 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264177 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264178 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264184 1 0.2625 0.899 0.916 0 0.084
#> SRR1264185 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264188 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264189 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264221 3 0.6308 0.199 0.492 0 0.508
#> SRR1264222 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264230 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264231 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264232 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264233 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264234 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264235 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264236 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264237 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264238 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264239 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264240 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264241 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264242 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264243 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264244 1 0.2711 0.893 0.912 0 0.088
#> SRR1264245 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000
#> SRR1264246 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264247 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264248 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264249 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264250 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264251 1 0.0237 0.995 0.996 0 0.004
#> SRR1264252 3 0.5216 0.707 0.260 0 0.740
#> SRR1264253 3 0.5529 0.663 0.296 0 0.704
#> SRR1264254 3 0.5591 0.651 0.304 0 0.696
#> SRR1264255 3 0.5882 0.576 0.348 0 0.652
#> SRR1264256 3 0.5431 0.679 0.284 0 0.716
#> SRR1264257 3 0.5621 0.645 0.308 0 0.692
#> SRR1264258 3 0.5988 0.535 0.368 0 0.632
#> SRR1264259 3 0.5785 0.605 0.332 0 0.668
#> SRR1264260 3 0.5465 0.674 0.288 0 0.712
#> SRR1264261 3 0.5859 0.583 0.344 0 0.656
#> SRR1264262 3 0.5859 0.583 0.344 0 0.656
#> SRR1264263 3 0.5760 0.612 0.328 0 0.672
#> SRR1264264 3 0.5327 0.694 0.272 0 0.728
#> SRR1264265 3 0.5529 0.663 0.296 0 0.704
#> SRR1264266 3 0.5760 0.612 0.328 0 0.672
#> SRR1264267 3 0.5760 0.612 0.328 0 0.672
#> SRR1264268 3 0.5397 0.684 0.280 0 0.720
#> SRR1264269 3 0.5465 0.674 0.288 0 0.712
#> SRR1264270 3 0.5497 0.668 0.292 0 0.708
#> SRR1264271 3 0.5216 0.707 0.260 0 0.740
#> SRR1264272 3 0.5397 0.684 0.280 0 0.720
#> SRR1264273 3 0.5327 0.694 0.272 0 0.728
#> SRR1264274 3 0.5327 0.694 0.272 0 0.728
#> SRR1264275 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.918 0.000 0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 4 0.3486 0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264041 4 0.3528 0.707 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264042 4 0.3610 0.697 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1264043 4 0.3486 0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264044 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264045 4 0.3486 0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264046 4 0.3569 0.702 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264047 4 0.3569 0.702 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264048 4 0.3486 0.711 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264049 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264050 4 0.3649 0.691 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1264051 4 0.3569 0.702 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1264052 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264053 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264054 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264055 4 0.3528 0.707 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1264056 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264057 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264058 4 0.3444 0.714 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1264059 2 0.0592 0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264060 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0592 0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264062 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264063 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0469 0.986 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264065 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264066 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264067 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264068 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264070 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264071 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0592 0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264073 2 0.0707 0.979 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1264074 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264075 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264076 2 0.0188 0.991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264077 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0188 0.991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264079 2 0.0592 0.983 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264080 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264081 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264082 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264083 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264084 2 0.1716 0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1264085 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264086 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264087 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264088 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264089 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264090 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264091 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264092 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264093 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264094 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264095 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264096 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264097 2 0.1902 0.925 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1264098 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264099 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264100 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264101 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264102 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264103 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264104 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264105 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264117 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264118 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264119 2 0.0188 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264120 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.1211 0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264130 1 0.1211 0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264131 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264132 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264133 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264134 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264135 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264136 1 0.0707 0.977 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264137 1 0.1022 0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264138 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264139 1 0.1389 0.959 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1264140 1 0.1022 0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264141 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264142 1 0.0921 0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264143 1 0.1022 0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264144 1 0.1022 0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264145 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.1284 0.956 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1264178 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 3 0.6607 0.534 0.236 0.004 0.632 0.128
#> SRR1264185 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0524 0.979 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264189 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264213 1 0.1302 0.962 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264214 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264215 1 0.0817 0.975 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264216 1 0.1211 0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264217 1 0.0921 0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264218 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264219 1 0.1211 0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264220 1 0.0921 0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264221 3 0.5290 0.205 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR1264222 1 0.0921 0.973 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264223 1 0.1022 0.971 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264224 1 0.1637 0.947 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1264225 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264226 1 0.1118 0.968 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264227 1 0.1211 0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264228 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.1211 0.965 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264230 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0336 0.982 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264233 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.5373 0.509 0.688 0.004 0.276 0.032
#> SRR1264245 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 3 0.4869 0.730 0.080 0.004 0.788 0.128
#> SRR1264253 3 0.5352 0.712 0.112 0.004 0.756 0.128
#> SRR1264254 3 0.5406 0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264255 3 0.5459 0.705 0.120 0.004 0.748 0.128
#> SRR1264256 3 0.5352 0.712 0.112 0.004 0.756 0.128
#> SRR1264257 3 0.5406 0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264258 3 0.5406 0.710 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264259 3 0.5512 0.703 0.124 0.004 0.744 0.128
#> SRR1264260 3 0.5406 0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264261 3 0.5512 0.702 0.124 0.004 0.744 0.128
#> SRR1264262 3 0.5512 0.701 0.124 0.004 0.744 0.128
#> SRR1264263 3 0.5406 0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264264 3 0.5121 0.722 0.096 0.004 0.772 0.128
#> SRR1264265 3 0.5492 0.710 0.112 0.008 0.752 0.128
#> SRR1264266 3 0.5459 0.706 0.120 0.004 0.748 0.128
#> SRR1264267 3 0.5406 0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264268 3 0.5296 0.715 0.108 0.004 0.760 0.128
#> SRR1264269 3 0.5406 0.710 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264270 3 0.5406 0.709 0.116 0.004 0.752 0.128
#> SRR1264271 3 0.5121 0.722 0.096 0.004 0.772 0.128
#> SRR1264272 3 0.5352 0.712 0.112 0.004 0.756 0.128
#> SRR1264273 3 0.5296 0.715 0.108 0.004 0.760 0.128
#> SRR1264274 3 0.5296 0.715 0.108 0.004 0.760 0.128
#> SRR1264275 4 0.4697 0.649 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1264276 4 0.4585 0.671 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1264277 4 0.5000 0.314 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1264278 4 0.4643 0.662 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264279 4 0.4866 0.571 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1264280 4 0.4543 0.675 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1264281 4 0.4454 0.680 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1264282 4 0.4804 0.608 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1264283 4 0.4454 0.680 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1264284 4 0.4746 0.633 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1264285 4 0.4713 0.643 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1264286 4 0.4605 0.668 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1264287 4 0.4746 0.634 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1264288 4 0.4776 0.623 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1264289 4 0.4955 0.473 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1264290 4 0.4661 0.658 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1264291 4 0.4643 0.662 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1264292 4 0.4543 0.675 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1264293 4 0.4605 0.668 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1264294 4 0.4817 0.601 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1264295 4 0.4679 0.655 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1264296 4 0.4543 0.675 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1264297 3 0.2760 0.772 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1264298 3 0.2760 0.772 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1264299 3 0.3024 0.746 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1264300 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264301 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264302 3 0.2281 0.791 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1264303 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264304 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264305 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264306 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264307 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264308 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264309 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264310 3 0.2469 0.786 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264311 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264312 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264313 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264314 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264315 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264316 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264317 3 0.2345 0.790 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1264318 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264319 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264320 3 0.2704 0.776 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264321 3 0.2760 0.772 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1264322 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264323 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264324 3 0.2647 0.779 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1264325 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.0469 0.821 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264331 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264334 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264338 3 0.0592 0.820 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264339 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264342 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.0592 0.820 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1264346 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0188 0.823 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264348 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.0469 0.821 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264351 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.6624 0.468 0.000 0.072 0.428 0.052 0.448
#> SRR1264041 5 0.6430 0.492 0.000 0.072 0.400 0.040 0.488
#> SRR1264042 5 0.6613 0.472 0.000 0.076 0.424 0.048 0.452
#> SRR1264043 5 0.6521 0.477 0.000 0.068 0.424 0.048 0.460
#> SRR1264044 5 0.6523 0.472 0.000 0.068 0.428 0.048 0.456
#> SRR1264045 5 0.6625 0.463 0.000 0.072 0.432 0.052 0.444
#> SRR1264046 5 0.6568 0.475 0.000 0.072 0.424 0.048 0.456
#> SRR1264047 5 0.6624 0.468 0.000 0.072 0.428 0.052 0.448
#> SRR1264048 5 0.6447 0.490 0.000 0.068 0.404 0.044 0.484
#> SRR1264049 5 0.6523 0.472 0.000 0.068 0.428 0.048 0.456
#> SRR1264050 5 0.6475 0.470 0.000 0.064 0.428 0.048 0.460
#> SRR1264051 5 0.6568 0.475 0.000 0.072 0.424 0.048 0.456
#> SRR1264052 5 0.6524 0.468 0.000 0.068 0.432 0.048 0.452
#> SRR1264053 5 0.6477 0.469 0.000 0.064 0.432 0.048 0.456
#> SRR1264054 5 0.6475 0.471 0.000 0.064 0.428 0.048 0.460
#> SRR1264055 5 0.6521 0.476 0.000 0.068 0.424 0.048 0.460
#> SRR1264056 5 0.6572 0.452 0.000 0.072 0.440 0.048 0.440
#> SRR1264057 5 0.6524 0.468 0.000 0.068 0.432 0.048 0.452
#> SRR1264058 5 0.6525 0.462 0.000 0.068 0.436 0.048 0.448
#> SRR1264059 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264060 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264061 2 0.0609 0.985 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264062 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264063 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264064 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264065 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264066 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264067 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264068 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264069 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264070 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264071 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264072 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264073 2 0.0703 0.982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264074 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264075 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264076 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264077 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264078 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264079 2 0.0703 0.982 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264080 2 0.0404 0.990 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264081 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264082 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264083 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264084 2 0.0451 0.992 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264085 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264086 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264087 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264088 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264089 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264090 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264091 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264092 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264093 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264094 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264095 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264096 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264097 2 0.0807 0.983 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1264098 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264099 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264100 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264101 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264102 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264103 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264104 2 0.0162 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264105 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 5 0.2424 0.674 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1264130 5 0.3210 0.670 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1264131 5 0.3305 0.663 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1264132 5 0.3143 0.672 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1264133 5 0.3336 0.661 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1264134 5 0.2813 0.677 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1264135 5 0.3534 0.640 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1264136 5 0.3398 0.670 0.216 0.000 0.004 0.000 0.780
#> SRR1264137 5 0.3074 0.674 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1264138 5 0.3333 0.673 0.208 0.000 0.004 0.000 0.788
#> SRR1264139 5 0.3395 0.657 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1264140 5 0.3534 0.640 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1264141 5 0.3210 0.670 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1264142 5 0.3424 0.655 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1264143 5 0.3366 0.659 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1264144 5 0.3395 0.657 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1264145 1 0.2127 0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264146 1 0.1965 0.861 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264147 1 0.2179 0.855 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264148 1 0.2377 0.845 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264149 1 0.2230 0.852 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1264150 1 0.1965 0.861 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264151 1 0.2074 0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264152 1 0.2179 0.855 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264153 1 0.2020 0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264154 1 0.2280 0.850 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1264155 1 0.2020 0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264156 1 0.2020 0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264157 1 0.2074 0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264158 1 0.2074 0.859 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264159 1 0.2020 0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264160 1 0.2127 0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264161 1 0.2127 0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264162 1 0.2074 0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264163 1 0.2020 0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264164 1 0.2020 0.860 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264165 1 0.2377 0.845 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264166 1 0.2179 0.855 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264167 1 0.2127 0.857 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264168 1 0.2074 0.858 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264169 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264170 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264171 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264172 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264173 1 0.0703 0.869 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264174 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264175 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264176 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264177 1 0.1124 0.860 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1264178 1 0.0703 0.869 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264179 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264180 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264181 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264182 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264183 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264184 1 0.2388 0.828 0.916 0.004 0.016 0.020 0.044
#> SRR1264185 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264186 1 0.0703 0.870 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264187 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264188 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264189 1 0.0794 0.868 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1264190 1 0.0880 0.865 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1264191 1 0.0703 0.869 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264192 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264193 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264195 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264196 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264197 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264201 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264206 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264207 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0290 0.877 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264209 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264210 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.877 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 5 0.4505 0.453 0.368 0.000 0.004 0.008 0.620
#> SRR1264213 5 0.2976 0.674 0.132 0.000 0.004 0.012 0.852
#> SRR1264214 5 0.3474 0.676 0.192 0.000 0.004 0.008 0.796
#> SRR1264215 5 0.3676 0.653 0.232 0.000 0.004 0.004 0.760
#> SRR1264216 5 0.3548 0.667 0.188 0.000 0.004 0.012 0.796
#> SRR1264217 5 0.4341 0.396 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR1264218 5 0.3990 0.581 0.308 0.000 0.004 0.000 0.688
#> SRR1264219 5 0.3884 0.599 0.288 0.000 0.004 0.000 0.708
#> SRR1264220 5 0.3243 0.676 0.180 0.000 0.004 0.004 0.812
#> SRR1264221 4 0.7880 0.276 0.324 0.000 0.200 0.388 0.088
#> SRR1264222 5 0.4096 0.616 0.260 0.000 0.004 0.012 0.724
#> SRR1264223 5 0.3611 0.662 0.208 0.000 0.004 0.008 0.780
#> SRR1264224 5 0.3387 0.675 0.196 0.000 0.004 0.004 0.796
#> SRR1264225 5 0.3706 0.645 0.236 0.000 0.004 0.004 0.756
#> SRR1264226 5 0.4126 0.455 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1264227 5 0.4118 0.532 0.336 0.000 0.004 0.000 0.660
#> SRR1264228 1 0.4425 0.121 0.544 0.000 0.004 0.000 0.452
#> SRR1264229 5 0.4166 0.517 0.348 0.000 0.004 0.000 0.648
#> SRR1264230 1 0.4541 0.778 0.760 0.000 0.004 0.140 0.096
#> SRR1264231 1 0.4401 0.782 0.764 0.000 0.000 0.132 0.104
#> SRR1264232 4 0.6171 0.321 0.212 0.000 0.052 0.640 0.096
#> SRR1264233 1 0.4349 0.801 0.788 0.000 0.012 0.112 0.088
#> SRR1264234 1 0.6241 0.593 0.620 0.000 0.040 0.232 0.108
#> SRR1264235 1 0.6480 0.563 0.600 0.000 0.048 0.236 0.116
#> SRR1264236 1 0.4850 0.756 0.732 0.000 0.004 0.156 0.108
#> SRR1264237 1 0.4498 0.778 0.756 0.000 0.000 0.132 0.112
#> SRR1264238 1 0.5867 0.664 0.656 0.000 0.024 0.196 0.124
#> SRR1264239 1 0.5825 0.667 0.684 0.000 0.048 0.164 0.104
#> SRR1264240 1 0.5197 0.727 0.708 0.000 0.012 0.180 0.100
#> SRR1264241 1 0.5079 0.748 0.728 0.000 0.016 0.156 0.100
#> SRR1264242 1 0.4905 0.761 0.736 0.000 0.008 0.140 0.116
#> SRR1264243 1 0.4545 0.776 0.752 0.000 0.000 0.132 0.116
#> SRR1264244 4 0.4715 0.556 0.104 0.000 0.064 0.780 0.052
#> SRR1264245 1 0.4807 0.756 0.728 0.000 0.000 0.140 0.132
#> SRR1264246 1 0.5849 0.668 0.668 0.000 0.036 0.192 0.104
#> SRR1264247 1 0.6455 0.533 0.580 0.000 0.044 0.276 0.100
#> SRR1264248 1 0.5322 0.717 0.708 0.000 0.024 0.180 0.088
#> SRR1264249 1 0.4216 0.796 0.780 0.000 0.000 0.120 0.100
#> SRR1264250 1 0.4864 0.745 0.720 0.000 0.000 0.164 0.116
#> SRR1264251 1 0.4316 0.791 0.772 0.000 0.000 0.120 0.108
#> SRR1264252 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264253 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264254 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264255 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264256 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264257 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264258 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264259 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264260 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264261 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264262 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264263 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264264 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264265 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264266 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264267 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264268 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264269 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264270 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264271 4 0.1638 0.692 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1264272 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264273 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264274 4 0.1478 0.693 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1264275 3 0.1485 0.820 0.000 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1264276 3 0.0880 0.796 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1264277 3 0.2036 0.848 0.000 0.000 0.920 0.056 0.024
#> SRR1264278 3 0.1836 0.834 0.000 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR1264279 3 0.2260 0.849 0.000 0.000 0.908 0.064 0.028
#> SRR1264280 3 0.1300 0.819 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1264281 3 0.1205 0.781 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1264282 3 0.2193 0.849 0.000 0.000 0.912 0.060 0.028
#> SRR1264283 3 0.1043 0.787 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1264284 3 0.2278 0.847 0.000 0.000 0.908 0.060 0.032
#> SRR1264285 3 0.2209 0.846 0.000 0.000 0.912 0.056 0.032
#> SRR1264286 3 0.1281 0.811 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1264287 3 0.2193 0.848 0.000 0.000 0.912 0.060 0.028
#> SRR1264288 3 0.2124 0.847 0.000 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1264289 3 0.1403 0.828 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024
#> SRR1264290 3 0.2054 0.846 0.000 0.000 0.920 0.052 0.028
#> SRR1264291 3 0.2067 0.841 0.000 0.000 0.920 0.048 0.032
#> SRR1264292 3 0.1579 0.824 0.000 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1264293 3 0.0955 0.805 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1264294 3 0.1668 0.834 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1264295 3 0.1579 0.824 0.000 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1264296 3 0.1582 0.830 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1264297 3 0.2561 0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264298 3 0.2424 0.857 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264299 3 0.2471 0.857 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1264300 3 0.2424 0.857 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1264301 3 0.2561 0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264302 3 0.3774 0.512 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1264303 3 0.2690 0.845 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264304 3 0.2852 0.823 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1264305 3 0.2813 0.829 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1264306 3 0.3003 0.795 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1264307 3 0.2605 0.852 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1264308 3 0.2516 0.856 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1264309 3 0.2471 0.857 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1264310 3 0.3336 0.709 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1264311 3 0.2561 0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264312 3 0.2648 0.849 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1264313 3 0.2561 0.855 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1264314 3 0.2605 0.853 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1264315 3 0.2732 0.841 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1264316 3 0.2690 0.846 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264317 3 0.3612 0.601 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1264318 3 0.2648 0.850 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1264319 3 0.2732 0.840 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1264320 3 0.2690 0.846 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264321 3 0.2605 0.852 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1264322 3 0.3274 0.728 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1264323 3 0.2690 0.845 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264324 3 0.2690 0.846 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1264325 4 0.4273 0.548 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1264326 4 0.4249 0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264327 4 0.4242 0.577 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1264328 4 0.4268 0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264329 4 0.4273 0.548 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1264330 4 0.4219 0.584 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1264331 4 0.4273 0.548 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1264332 4 0.4268 0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264333 4 0.4249 0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264334 4 0.4268 0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264335 4 0.4256 0.569 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264336 4 0.4249 0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264337 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264338 4 0.4101 0.608 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1264339 4 0.4256 0.569 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264340 4 0.4249 0.573 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1264341 4 0.4268 0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264342 4 0.4278 0.538 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1264343 4 0.4268 0.557 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1264344 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264345 4 0.4015 0.618 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1264346 4 0.4278 0.539 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1264347 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264348 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264349 4 0.4256 0.569 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1264350 4 0.4045 0.615 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1264351 4 0.4262 0.564 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1264352 4 0.4268 0.556 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.4567 0.9851 0.000 0.012 0.064 0.000 0.696 0.228
#> SRR1264041 5 0.4520 0.9745 0.000 0.012 0.052 0.000 0.688 0.248
#> SRR1264042 5 0.4600 0.9833 0.000 0.016 0.060 0.000 0.696 0.228
#> SRR1264043 5 0.4538 0.9841 0.000 0.012 0.060 0.000 0.696 0.232
#> SRR1264044 5 0.4538 0.9840 0.000 0.012 0.060 0.000 0.696 0.232
#> SRR1264045 5 0.4595 0.9812 0.000 0.012 0.068 0.000 0.696 0.224
#> SRR1264046 5 0.4567 0.9851 0.000 0.012 0.064 0.000 0.696 0.228
#> SRR1264047 5 0.4620 0.9838 0.000 0.012 0.068 0.000 0.692 0.228
#> SRR1264048 5 0.4543 0.9710 0.000 0.012 0.052 0.000 0.684 0.252
#> SRR1264049 5 0.4592 0.9852 0.000 0.012 0.064 0.000 0.692 0.232
#> SRR1264050 5 0.4568 0.9492 0.000 0.012 0.072 0.000 0.704 0.212
#> SRR1264051 5 0.4531 0.9825 0.000 0.012 0.056 0.000 0.692 0.240
#> SRR1264052 5 0.4620 0.9800 0.000 0.012 0.072 0.000 0.696 0.220
#> SRR1264053 5 0.4562 0.9844 0.000 0.012 0.060 0.000 0.692 0.236
#> SRR1264054 5 0.4577 0.9779 0.000 0.012 0.056 0.000 0.684 0.248
#> SRR1264055 5 0.4609 0.9807 0.000 0.012 0.060 0.000 0.684 0.244
#> SRR1264056 5 0.4594 0.9777 0.000 0.012 0.072 0.000 0.700 0.216
#> SRR1264057 5 0.4620 0.9842 0.000 0.012 0.068 0.000 0.692 0.228
#> SRR1264058 5 0.4516 0.9819 0.000 0.012 0.064 0.000 0.704 0.220
#> SRR1264059 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264060 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264061 2 0.0405 0.9792 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264062 2 0.0520 0.9777 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264063 2 0.0291 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264064 2 0.0291 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264065 2 0.0291 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264066 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264067 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264068 2 0.0291 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264069 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264070 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264071 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264072 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264073 2 0.0405 0.9792 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264074 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264075 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264076 2 0.0291 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264077 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264078 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264079 2 0.0291 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264080 2 0.0405 0.9802 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264081 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264082 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264083 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264084 2 0.4349 0.5087 0.000 0.632 0.004 0.020 0.340 0.004
#> SRR1264085 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264088 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264089 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264090 2 0.3245 0.7770 0.000 0.796 0.004 0.016 0.184 0.000
#> SRR1264091 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264092 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264093 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264094 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264095 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264096 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264097 2 0.4153 0.6035 0.000 0.680 0.004 0.020 0.292 0.004
#> SRR1264098 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264099 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264100 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264101 2 0.1204 0.9400 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1264102 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264103 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264104 2 0.0146 0.9815 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264106 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264107 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264108 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264109 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264112 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264113 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264118 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264119 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264120 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264123 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264124 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9820 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264127 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264128 2 0.0146 0.9823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264129 6 0.2536 0.8812 0.116 0.000 0.000 0.000 0.020 0.864
#> SRR1264130 6 0.3062 0.8914 0.144 0.000 0.000 0.000 0.032 0.824
#> SRR1264131 6 0.3134 0.8931 0.168 0.000 0.000 0.000 0.024 0.808
#> SRR1264132 6 0.3102 0.9003 0.156 0.000 0.000 0.000 0.028 0.816
#> SRR1264133 6 0.3053 0.8870 0.168 0.000 0.000 0.000 0.020 0.812
#> SRR1264134 6 0.2664 0.8938 0.136 0.000 0.000 0.000 0.016 0.848
#> SRR1264135 6 0.3348 0.8604 0.216 0.000 0.000 0.000 0.016 0.768
#> SRR1264136 6 0.2945 0.8662 0.156 0.000 0.000 0.000 0.020 0.824
#> SRR1264137 6 0.2667 0.8853 0.128 0.000 0.000 0.000 0.020 0.852
#> SRR1264138 6 0.2950 0.8979 0.148 0.000 0.000 0.000 0.024 0.828
#> SRR1264139 6 0.3424 0.8715 0.204 0.000 0.000 0.000 0.024 0.772
#> SRR1264140 6 0.3141 0.8816 0.200 0.000 0.000 0.000 0.012 0.788
#> SRR1264141 6 0.2744 0.8937 0.144 0.000 0.000 0.000 0.016 0.840
#> SRR1264142 6 0.3003 0.8971 0.172 0.000 0.000 0.000 0.016 0.812
#> SRR1264143 6 0.3364 0.8849 0.196 0.000 0.000 0.000 0.024 0.780
#> SRR1264144 6 0.2805 0.8982 0.160 0.000 0.000 0.000 0.012 0.828
#> SRR1264145 1 0.4065 0.5747 0.672 0.000 0.000 0.000 0.028 0.300
#> SRR1264146 1 0.3897 0.6084 0.696 0.000 0.000 0.000 0.024 0.280
#> SRR1264147 1 0.3886 0.6208 0.708 0.000 0.000 0.000 0.028 0.264
#> SRR1264148 1 0.4531 0.3756 0.556 0.000 0.000 0.000 0.036 0.408
#> SRR1264149 1 0.4181 0.5404 0.644 0.000 0.000 0.000 0.028 0.328
#> SRR1264150 1 0.3743 0.6309 0.724 0.000 0.000 0.000 0.024 0.252
#> SRR1264151 1 0.4047 0.5838 0.676 0.000 0.000 0.000 0.028 0.296
#> SRR1264152 1 0.4047 0.5805 0.676 0.000 0.000 0.000 0.028 0.296
#> SRR1264153 1 0.3619 0.6475 0.744 0.000 0.000 0.000 0.024 0.232
#> SRR1264154 1 0.4482 0.4243 0.580 0.000 0.000 0.000 0.036 0.384
#> SRR1264155 1 0.3445 0.6427 0.744 0.000 0.000 0.000 0.012 0.244
#> SRR1264156 1 0.3863 0.6249 0.712 0.000 0.000 0.000 0.028 0.260
#> SRR1264157 1 0.3876 0.6091 0.700 0.000 0.000 0.000 0.024 0.276
#> SRR1264158 1 0.4181 0.5456 0.644 0.000 0.000 0.000 0.028 0.328
#> SRR1264159 1 0.3695 0.6379 0.732 0.000 0.000 0.000 0.024 0.244
#> SRR1264160 1 0.3970 0.6019 0.692 0.000 0.000 0.000 0.028 0.280
#> SRR1264161 1 0.4356 0.4831 0.608 0.000 0.000 0.000 0.032 0.360
#> SRR1264162 1 0.3876 0.6092 0.700 0.000 0.000 0.000 0.024 0.276
#> SRR1264163 1 0.3592 0.6432 0.740 0.000 0.000 0.000 0.020 0.240
#> SRR1264164 1 0.3812 0.6180 0.712 0.000 0.000 0.000 0.024 0.264
#> SRR1264165 1 0.4565 0.2982 0.532 0.000 0.000 0.000 0.036 0.432
#> SRR1264166 1 0.4094 0.5414 0.652 0.000 0.000 0.000 0.024 0.324
#> SRR1264167 1 0.4166 0.5474 0.648 0.000 0.000 0.000 0.028 0.324
#> SRR1264168 1 0.3950 0.6108 0.696 0.000 0.000 0.000 0.028 0.276
#> SRR1264169 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264170 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264171 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264172 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264173 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264174 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264175 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264176 1 0.0692 0.7229 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264177 1 0.1477 0.7010 0.940 0.000 0.000 0.008 0.048 0.004
#> SRR1264178 1 0.0806 0.7240 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1264179 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264180 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264181 1 0.0692 0.7228 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264182 1 0.0692 0.7228 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264183 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264184 1 0.4675 0.4894 0.728 0.000 0.012 0.096 0.156 0.008
#> SRR1264185 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264186 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264187 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264188 1 0.1003 0.7155 0.964 0.000 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1264189 1 0.0692 0.7226 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264190 1 0.0692 0.7226 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1264191 1 0.0547 0.7209 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1264192 1 0.1501 0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264193 1 0.1644 0.7427 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264194 1 0.1501 0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264195 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1264196 1 0.1753 0.7417 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1264197 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264198 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264199 1 0.1501 0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264200 1 0.1501 0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264201 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264202 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1264203 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1264204 1 0.1700 0.7409 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1264205 1 0.1788 0.7422 0.916 0.000 0.000 0.004 0.004 0.076
#> SRR1264206 1 0.1901 0.7417 0.912 0.000 0.000 0.004 0.008 0.076
#> SRR1264207 1 0.1812 0.7416 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1264208 1 0.1556 0.7415 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1264209 1 0.1644 0.7425 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1264210 1 0.1701 0.7416 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264211 1 0.1501 0.7425 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264212 6 0.3794 0.8542 0.216 0.000 0.000 0.000 0.040 0.744
#> SRR1264213 6 0.2282 0.8410 0.088 0.000 0.000 0.000 0.024 0.888
#> SRR1264214 6 0.2775 0.8429 0.104 0.000 0.000 0.000 0.040 0.856
#> SRR1264215 6 0.2768 0.8842 0.156 0.000 0.000 0.000 0.012 0.832
#> SRR1264216 6 0.2266 0.8681 0.108 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880
#> SRR1264217 6 0.3445 0.8333 0.244 0.000 0.000 0.000 0.012 0.744
#> SRR1264218 6 0.3017 0.8983 0.164 0.000 0.000 0.000 0.020 0.816
#> SRR1264219 6 0.2730 0.8955 0.152 0.000 0.000 0.000 0.012 0.836
#> SRR1264220 6 0.2446 0.8803 0.124 0.000 0.000 0.000 0.012 0.864
#> SRR1264221 4 0.8454 0.1657 0.172 0.000 0.080 0.324 0.264 0.160
#> SRR1264222 6 0.3098 0.8689 0.164 0.000 0.000 0.000 0.024 0.812
#> SRR1264223 6 0.3065 0.8767 0.152 0.000 0.000 0.000 0.028 0.820
#> SRR1264224 6 0.2942 0.8656 0.132 0.000 0.000 0.000 0.032 0.836
#> SRR1264225 6 0.2653 0.8854 0.144 0.000 0.000 0.000 0.012 0.844
#> SRR1264226 6 0.3738 0.7839 0.280 0.000 0.000 0.000 0.016 0.704
#> SRR1264227 6 0.3614 0.8721 0.220 0.000 0.000 0.000 0.028 0.752
#> SRR1264228 6 0.4551 0.4317 0.344 0.000 0.000 0.000 0.048 0.608
#> SRR1264229 6 0.3189 0.8905 0.184 0.000 0.000 0.000 0.020 0.796
#> SRR1264230 1 0.7146 0.1905 0.364 0.000 0.000 0.336 0.092 0.208
#> SRR1264231 1 0.7160 0.2596 0.396 0.000 0.000 0.240 0.092 0.272
#> SRR1264232 4 0.5597 0.5386 0.096 0.000 0.008 0.680 0.128 0.088
#> SRR1264233 1 0.7136 0.2697 0.400 0.000 0.000 0.284 0.092 0.224
#> SRR1264234 4 0.7502 -0.0108 0.264 0.000 0.008 0.372 0.108 0.248
#> SRR1264235 4 0.7361 0.0215 0.284 0.000 0.008 0.396 0.096 0.216
#> SRR1264236 4 0.7360 -0.0292 0.288 0.000 0.004 0.380 0.104 0.224
#> SRR1264237 1 0.7305 0.2215 0.360 0.000 0.000 0.272 0.104 0.264
#> SRR1264238 4 0.7451 -0.0683 0.292 0.000 0.008 0.360 0.096 0.244
#> SRR1264239 1 0.7475 0.2460 0.376 0.000 0.012 0.280 0.092 0.240
#> SRR1264240 4 0.7334 -0.1034 0.316 0.000 0.004 0.360 0.096 0.224
#> SRR1264241 4 0.7322 -0.1262 0.336 0.000 0.008 0.356 0.084 0.216
#> SRR1264242 1 0.7318 0.2197 0.364 0.000 0.004 0.308 0.092 0.232
#> SRR1264243 1 0.7136 0.2366 0.384 0.000 0.000 0.224 0.088 0.304
#> SRR1264244 4 0.4578 0.6244 0.024 0.000 0.024 0.760 0.136 0.056
#> SRR1264245 4 0.7432 -0.1572 0.304 0.000 0.004 0.328 0.100 0.264
#> SRR1264246 4 0.7410 -0.0442 0.300 0.000 0.008 0.372 0.096 0.224
#> SRR1264247 4 0.7368 0.0207 0.292 0.000 0.012 0.404 0.092 0.200
#> SRR1264248 4 0.7367 -0.1310 0.324 0.000 0.004 0.348 0.100 0.224
#> SRR1264249 1 0.7023 0.3042 0.436 0.000 0.000 0.252 0.088 0.224
#> SRR1264250 1 0.7420 0.1605 0.320 0.000 0.004 0.296 0.096 0.284
#> SRR1264251 1 0.7279 0.1921 0.340 0.000 0.000 0.320 0.100 0.240
#> SRR1264252 4 0.0458 0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264254 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264255 4 0.0458 0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264257 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264258 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264259 4 0.0458 0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264261 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264262 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264263 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264264 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264265 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264266 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264267 4 0.0458 0.7499 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264269 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264270 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264271 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264272 4 0.0603 0.7497 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1264273 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264274 4 0.0717 0.7492 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1264275 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264276 3 0.0291 0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264277 3 0.0862 0.9696 0.000 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1264278 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264279 3 0.0405 0.9787 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264280 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264281 3 0.0291 0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264282 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264283 3 0.0291 0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264284 3 0.0405 0.9786 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1264285 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264286 3 0.0291 0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264287 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264288 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264289 3 0.0260 0.9746 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264290 3 0.0508 0.9797 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1264291 3 0.0405 0.9753 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1264292 3 0.0291 0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264293 3 0.0146 0.9763 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264294 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264295 3 0.0291 0.9773 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1264296 3 0.0291 0.9742 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264297 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264298 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264299 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264300 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264301 3 0.0858 0.9797 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1264302 3 0.1196 0.9619 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1264303 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264304 3 0.0935 0.9769 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1264305 3 0.0713 0.9793 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0790 0.9765 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0632 0.9810 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264309 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264310 3 0.1124 0.9707 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000
#> SRR1264311 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264312 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264313 3 0.0972 0.9784 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1264314 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264315 3 0.0632 0.9810 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0858 0.9797 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1264317 3 0.1265 0.9625 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1264318 3 0.0935 0.9769 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1264319 3 0.0935 0.9769 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1264320 3 0.0858 0.9797 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1264321 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264322 3 0.1049 0.9748 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1264323 3 0.0777 0.9816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1264324 3 0.0790 0.9765 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.3432 0.7323 0.000 0.000 0.216 0.764 0.020 0.000
#> SRR1264326 4 0.3345 0.7394 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020 0.000
#> SRR1264327 4 0.3253 0.7431 0.000 0.000 0.192 0.788 0.020 0.000
#> SRR1264328 4 0.3812 0.6833 0.000 0.000 0.264 0.712 0.024 0.000
#> SRR1264329 4 0.3566 0.7170 0.000 0.000 0.236 0.744 0.020 0.000
#> SRR1264330 4 0.3622 0.7341 0.000 0.000 0.212 0.760 0.024 0.004
#> SRR1264331 4 0.3566 0.7170 0.000 0.000 0.236 0.744 0.020 0.000
#> SRR1264332 4 0.3665 0.6991 0.000 0.000 0.252 0.728 0.020 0.000
#> SRR1264333 4 0.3315 0.7405 0.000 0.000 0.200 0.780 0.020 0.000
#> SRR1264334 4 0.3432 0.7324 0.000 0.000 0.216 0.764 0.020 0.000
#> SRR1264335 4 0.3460 0.7297 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264336 4 0.3345 0.7391 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020 0.000
#> SRR1264337 4 0.3460 0.7307 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264338 4 0.2932 0.7540 0.000 0.000 0.140 0.836 0.020 0.004
#> SRR1264339 4 0.3460 0.7305 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264340 4 0.3345 0.7388 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020 0.000
#> SRR1264341 4 0.3539 0.7290 0.000 0.000 0.220 0.756 0.024 0.000
#> SRR1264342 4 0.3641 0.7030 0.000 0.000 0.248 0.732 0.020 0.000
#> SRR1264343 4 0.3514 0.7237 0.000 0.000 0.228 0.752 0.020 0.000
#> SRR1264344 4 0.3487 0.7269 0.000 0.000 0.224 0.756 0.020 0.000
#> SRR1264345 4 0.2809 0.7545 0.000 0.000 0.128 0.848 0.020 0.004
#> SRR1264346 4 0.3514 0.7241 0.000 0.000 0.228 0.752 0.020 0.000
#> SRR1264347 4 0.3460 0.7297 0.000 0.000 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1264348 4 0.3403 0.7348 0.000 0.000 0.212 0.768 0.020 0.000
#> SRR1264349 4 0.3619 0.7189 0.000 0.000 0.232 0.744 0.024 0.000
#> SRR1264350 4 0.3037 0.7493 0.000 0.000 0.176 0.808 0.016 0.000
#> SRR1264351 4 0.3566 0.7167 0.000 0.000 0.236 0.744 0.020 0.000
#> SRR1264352 4 0.3719 0.7032 0.000 0.000 0.248 0.728 0.024 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.342139 0.659 0.659
#> 3 3 0.978 0.985 0.990 0.036068 0.990 0.985
#> 4 4 0.979 0.979 0.990 0.000229 1.000 1.000
#> 5 5 0.638 0.925 0.853 0.542882 0.706 0.547
#> 6 6 0.871 0.897 0.949 0.179940 0.979 0.942
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264082 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264083 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264084 1 0.5519 0.853 0.872 0.128
#> SRR1264085 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264086 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264087 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264088 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264089 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264090 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264091 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264092 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264093 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264094 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264095 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264096 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264097 1 0.5519 0.853 0.872 0.128
#> SRR1264098 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264099 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264100 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264101 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264102 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264103 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264104 2 0.0672 0.994 0.008 0.992
#> SRR1264105 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264082 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264083 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264084 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264085 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264086 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264087 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264088 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264089 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264090 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264091 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264092 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264093 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264094 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264095 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264096 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264097 3 0.000 1.000 0 0.000 1.000
#> SRR1264098 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264099 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264100 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264101 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264102 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264103 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264104 2 0.362 0.892 0 0.864 0.136
#> SRR1264105 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264059 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264060 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264061 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264062 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264063 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264064 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264065 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264066 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264067 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264068 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264069 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264070 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264071 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264072 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264073 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264074 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264075 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264076 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264077 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264078 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264079 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264080 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264081 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264082 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264083 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264084 3 0.000 0.000 0 0.000 1.000 0
#> SRR1264085 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264086 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264087 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264088 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264089 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264090 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264091 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264092 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264093 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264094 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264095 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264096 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264097 4 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR1264098 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264099 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264100 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264101 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264102 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264103 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264104 2 0.287 0.892 0 0.864 0.136 0
#> SRR1264105 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264106 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264107 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264108 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264109 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264110 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264111 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264112 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264113 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264114 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264115 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264116 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264117 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264118 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264119 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264120 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264121 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264122 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264123 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264124 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264125 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264126 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264127 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264128 2 0.000 0.952 0 1.000 0.000 0
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264252 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264253 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264254 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264255 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264256 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264257 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264258 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264259 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264260 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264261 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264262 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264263 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264264 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264265 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264266 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264267 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264268 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264269 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264270 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264271 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264272 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264273 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264274 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264275 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264276 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264277 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264278 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264279 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264280 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264281 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264282 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264283 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264284 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264285 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264286 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264287 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264288 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264289 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264290 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264291 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264292 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264293 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264294 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264295 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264296 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264297 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264298 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264299 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264300 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264301 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264302 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264303 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264304 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264305 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264306 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264307 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264308 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264309 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264310 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264311 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264312 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264313 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264314 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264315 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264316 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264317 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264318 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264319 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264320 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264321 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264322 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264323 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264324 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264325 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264326 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264327 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264328 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264329 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264330 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264331 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264332 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264333 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264334 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264335 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264336 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264337 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264338 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264339 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264340 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264341 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264342 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264343 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264344 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264345 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264346 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264347 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264348 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264349 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264350 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264351 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR1264352 1 0.000 1.000 1 0.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264041 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264042 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264043 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264044 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264045 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264046 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264047 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264048 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264049 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264050 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264051 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264052 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264053 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264054 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264055 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264056 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264057 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264058 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264059 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264060 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264061 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264062 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264063 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264064 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264065 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264066 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264067 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264068 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264069 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264070 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264071 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264072 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264073 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264074 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264075 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264076 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264077 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264078 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264079 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264080 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264081 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264082 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264083 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264084 5 0.0000 0.000 0.000 0.00 0.000 0 1
#> SRR1264085 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264086 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264087 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264088 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264089 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264090 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264091 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264092 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264093 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264094 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264095 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264096 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264097 4 0.0000 0.000 0.000 0.00 0.000 1 0
#> SRR1264098 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264099 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264100 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264101 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264102 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264103 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264104 2 0.3983 0.707 0.000 0.66 0.340 0 0
#> SRR1264105 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264106 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264107 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264108 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264109 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264110 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264111 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264112 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264113 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264114 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264115 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264116 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264117 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264118 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264119 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264120 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264121 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264122 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264123 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264124 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264125 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264126 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264127 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264128 2 0.0000 0.878 0.000 1.00 0.000 0 0
#> SRR1264129 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264130 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264131 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264132 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264133 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264134 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264135 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264136 1 0.0794 0.952 0.972 0.00 0.028 0 0
#> SRR1264137 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264138 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264139 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264140 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264141 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264142 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264143 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264144 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264145 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264146 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264147 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264148 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264149 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264150 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264151 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264152 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264153 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264154 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264155 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264156 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264157 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264158 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264159 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264160 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264161 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264162 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264163 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264164 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264165 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264166 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264167 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264168 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264169 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264170 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264171 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264172 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264173 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264174 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264175 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264176 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264177 3 0.4074 0.931 0.364 0.00 0.636 0 0
#> SRR1264178 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264179 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264180 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264181 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264182 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264183 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264184 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264185 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264186 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264187 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264188 3 0.4304 0.768 0.484 0.00 0.516 0 0
#> SRR1264189 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264190 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264191 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264192 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264193 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264194 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264195 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264196 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264197 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264198 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264199 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264200 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264201 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264202 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264203 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264204 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264205 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264206 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264207 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264208 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264209 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264210 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264211 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264212 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264213 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264214 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264215 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264216 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264217 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264218 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264219 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264220 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264221 3 0.4138 0.917 0.384 0.00 0.616 0 0
#> SRR1264222 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264223 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264224 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264225 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264226 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264227 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264228 1 0.0880 0.944 0.968 0.00 0.032 0 0
#> SRR1264229 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264230 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264231 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264232 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264233 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264234 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264235 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264236 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264237 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264238 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264239 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264240 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264241 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264242 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264243 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264244 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264245 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264246 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264247 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264248 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264249 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264250 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264251 1 0.0000 0.997 1.000 0.00 0.000 0 0
#> SRR1264252 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264253 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264254 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264255 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264256 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264257 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264258 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264259 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264260 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264261 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264262 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264263 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264264 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264265 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264266 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264267 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264268 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264269 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264270 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264271 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264272 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264273 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264274 1 0.0290 0.988 0.992 0.00 0.008 0 0
#> SRR1264275 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264276 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264277 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264278 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264279 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264280 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264281 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264282 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264283 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264284 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264285 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264286 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264287 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264288 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264289 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264290 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264291 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264292 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264293 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264294 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264295 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264296 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264297 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264298 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264299 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264300 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264301 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264302 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264303 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264304 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264305 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264306 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264307 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264308 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264309 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264310 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264311 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264312 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264313 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264314 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264315 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264316 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264317 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264318 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264319 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264320 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264321 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264322 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264323 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264324 3 0.4015 0.945 0.348 0.00 0.652 0 0
#> SRR1264325 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264326 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264327 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264328 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264329 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264330 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264331 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264332 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264333 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264334 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264335 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264336 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264337 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264338 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264339 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264340 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264341 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264342 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264343 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264344 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264345 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264346 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264347 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264348 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264349 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264350 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264351 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
#> SRR1264352 3 0.4283 0.843 0.456 0.00 0.544 0 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264041 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264042 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264043 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264044 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264045 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264046 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264047 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264048 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264049 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264050 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264051 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264052 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264053 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264054 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264055 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264056 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264057 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264058 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264081 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264082 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264083 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264084 5 0.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 1 0
#> SRR1264085 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264086 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264087 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264088 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264089 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264090 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264091 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264092 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264093 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264094 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264095 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264096 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264097 6 0.0000 0.000 0.000 0 0.000 0 0 1
#> SRR1264098 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264099 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264100 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264101 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264102 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264103 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264104 4 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 1 0 0
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0 0 0
#> SRR1264129 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264130 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264131 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264132 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264133 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264134 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264135 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264136 1 0.0713 0.962 0.972 0 0.028 0 0 0
#> SRR1264137 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264138 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264139 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264140 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264141 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264142 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264143 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264144 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264145 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264146 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264147 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264148 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264149 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264150 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264151 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264152 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264153 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264154 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264155 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264156 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264157 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264158 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264159 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264160 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264161 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264162 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264163 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264164 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264165 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264166 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264167 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264168 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264169 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264170 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264171 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264172 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264173 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264174 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264175 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264176 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264177 3 0.1267 0.780 0.060 0 0.940 0 0 0
#> SRR1264178 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264179 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264180 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264181 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264182 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264183 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264184 3 0.0632 0.791 0.024 0 0.976 0 0 0
#> SRR1264185 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264186 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264187 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264188 3 0.3620 0.505 0.352 0 0.648 0 0 0
#> SRR1264189 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264190 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264191 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264192 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264193 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264194 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264195 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264196 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264197 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264198 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264199 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264200 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264201 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264202 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264203 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264204 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264205 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264206 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264207 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264208 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264209 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264210 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264211 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264212 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264213 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264214 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264215 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264216 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264217 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264218 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264219 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264220 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264221 3 0.1556 0.759 0.080 0 0.920 0 0 0
#> SRR1264222 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264223 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264224 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264225 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264226 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264227 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264228 1 0.0790 0.957 0.968 0 0.032 0 0 0
#> SRR1264229 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264230 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264231 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264232 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264233 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264234 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264235 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264236 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264237 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264238 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264239 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264240 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264241 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264242 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264243 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264244 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264245 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264246 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264247 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264248 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264249 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264250 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264251 1 0.0000 0.994 1.000 0 0.000 0 0 0
#> SRR1264252 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264253 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264254 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264255 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264256 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264257 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264258 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264259 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264260 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264261 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264262 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264263 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264264 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264265 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264266 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264267 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264268 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264269 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264270 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264271 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264272 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264273 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264274 1 0.0632 0.974 0.976 0 0.024 0 0 0
#> SRR1264275 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264276 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264277 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264278 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264279 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264280 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264281 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264282 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264283 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264284 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264285 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264286 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264287 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264288 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264289 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264290 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264291 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264292 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264293 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264294 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264295 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264296 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264297 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264298 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264299 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264300 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264301 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264302 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264303 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264304 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264305 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264306 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264307 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264308 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264309 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264310 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264311 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264312 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264313 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264314 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264315 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264316 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264317 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264318 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264319 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264320 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264321 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264322 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264323 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264324 3 0.0790 0.803 0.032 0 0.968 0 0 0
#> SRR1264325 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264326 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264327 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264328 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264329 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264330 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264331 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264332 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264333 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264334 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264335 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264336 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264337 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264338 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264339 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264340 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264341 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264342 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264343 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264344 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264345 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264346 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264347 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264348 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264349 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264350 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264351 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
#> SRR1264352 3 0.3765 0.493 0.404 0 0.596 0 0 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3417 0.659 0.659
#> 3 3 0.653 0.842 0.910 0.6898 0.749 0.619
#> 4 4 0.701 0.722 0.865 0.1635 0.873 0.716
#> 5 5 0.634 0.692 0.758 0.0831 0.955 0.877
#> 6 6 0.672 0.571 0.655 0.0477 0.892 0.684
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.278 0.950 0.048 0.952
#> SRR1264091 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264041 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264042 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264043 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264044 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264045 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264046 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264047 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264048 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264049 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264050 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264051 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264052 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264053 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264054 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264055 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264056 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264057 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264058 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264059 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264060 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264061 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264062 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264063 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264064 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264065 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264066 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264067 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264068 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264069 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264070 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264071 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264072 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264073 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264074 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264075 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264076 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264077 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264078 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264079 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264080 2 0.1289 0.969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1264081 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264082 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264083 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264084 1 0.2711 0.811 0.912 0.000 0.088
#> SRR1264085 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264086 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264087 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264088 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264089 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264090 2 0.7412 0.716 0.176 0.700 0.124
#> SRR1264091 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264092 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264093 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264094 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264095 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264096 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264097 1 0.2537 0.821 0.920 0.000 0.080
#> SRR1264098 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264099 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264100 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264101 2 0.3412 0.933 0.000 0.876 0.124
#> SRR1264102 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264103 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264104 2 0.2356 0.958 0.000 0.928 0.072
#> SRR1264105 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264185 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1264222 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264253 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264254 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264255 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264256 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264257 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264258 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264259 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264260 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264261 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264262 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264263 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264264 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264265 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264266 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264267 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264268 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264269 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264270 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264271 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264272 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264273 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264274 1 0.0747 0.888 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264275 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264276 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264277 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264278 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264279 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264280 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264281 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264282 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264283 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264284 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264285 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264286 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264287 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264288 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264289 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264290 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264291 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264292 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264293 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264294 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264295 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264296 3 0.4121 0.994 0.168 0.000 0.832
#> SRR1264297 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264298 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264299 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264300 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264301 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264302 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264303 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264304 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264305 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264306 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264307 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264308 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264309 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264310 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264311 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264312 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264313 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264314 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264315 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264316 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264317 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264318 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264319 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264320 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264321 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264322 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264323 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264324 3 0.3941 0.991 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264325 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264326 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264327 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264328 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264329 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264330 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264331 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264332 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264333 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264334 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264335 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264336 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264337 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264338 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264339 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264340 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264341 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264342 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264343 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264344 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264345 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264346 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264347 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264348 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264349 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264350 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264351 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264352 1 0.6302 -0.112 0.520 0.000 0.480
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264041 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264042 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264043 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264044 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264045 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264046 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264047 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264048 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264049 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264050 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264051 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264052 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264053 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264054 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264055 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264056 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264057 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264058 3 0.2871 0.783 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1264059 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264060 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264061 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264062 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264063 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264064 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264065 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264066 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264067 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264068 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264069 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264070 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264071 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264072 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264073 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264074 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264075 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264076 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264077 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264078 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264079 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264080 2 0.1975 0.928 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1264081 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264082 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264083 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264084 4 0.5512 0.000 0.492 0.000 0.016 0.492
#> SRR1264085 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264086 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264087 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264088 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264089 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264090 2 0.7329 0.337 0.120 0.456 0.008 0.416
#> SRR1264091 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264092 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264093 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264094 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264095 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264096 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264097 1 0.5472 -0.846 0.544 0.000 0.016 0.440
#> SRR1264098 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264099 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264100 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264101 2 0.4522 0.763 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1264102 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264103 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264104 2 0.3024 0.898 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1264105 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264130 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264131 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264132 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264133 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264134 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264135 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264136 1 0.1302 0.772 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1264137 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264138 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264139 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264140 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264141 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264142 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264143 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264144 1 0.0707 0.765 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264145 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264170 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264171 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264172 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264173 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264174 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264175 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264176 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264177 1 0.3401 0.703 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR1264178 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264179 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264180 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264181 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264182 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264183 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264184 3 0.2399 0.791 0.032 0.000 0.920 0.048
#> SRR1264185 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264186 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264187 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264188 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264189 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264190 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264191 1 0.3351 0.709 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR1264192 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264193 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264194 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264195 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264196 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264197 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264198 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264199 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264200 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264201 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264202 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264203 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264204 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264205 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264206 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264207 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264208 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264209 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264210 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264211 1 0.2281 0.768 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264212 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264213 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264214 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264215 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264216 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264217 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264218 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264219 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264220 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264221 1 0.4731 0.577 0.780 0.000 0.060 0.160
#> SRR1264222 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264223 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264224 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264225 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264226 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264227 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264228 1 0.2408 0.763 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1264229 1 0.2345 0.766 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264230 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264231 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264232 1 0.0469 0.767 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264233 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264234 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264235 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264236 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264237 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264238 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264239 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264240 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264241 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264242 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264243 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264244 1 0.0469 0.767 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1264245 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264246 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264247 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264248 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264249 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264250 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264251 1 0.1867 0.707 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1264252 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264253 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264254 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264255 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264256 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264257 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264258 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264259 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264260 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264261 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264262 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264263 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264264 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264265 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264266 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264267 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264268 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264269 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264270 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264271 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264272 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264273 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264274 1 0.4295 0.198 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1264275 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264276 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264277 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264278 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264279 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264280 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264281 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264282 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264283 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264284 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264285 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264286 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264287 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264288 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264289 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264290 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264291 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264292 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264293 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264294 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264295 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264296 3 0.0817 0.800 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264297 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264298 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264299 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264300 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264301 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264302 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264303 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264304 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264305 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264306 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264307 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264308 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264309 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264310 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264311 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264312 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264313 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264314 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264315 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264316 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264317 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264318 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264319 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264320 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264321 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264322 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264323 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264324 3 0.4225 0.779 0.024 0.000 0.792 0.184
#> SRR1264325 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264326 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264327 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264328 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264329 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264330 3 0.7146 0.511 0.212 0.000 0.560 0.228
#> SRR1264331 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264332 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264333 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264334 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264335 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264336 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264337 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264338 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264339 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264340 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264341 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264342 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264343 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264344 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264345 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264346 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264347 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264348 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264349 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264350 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264351 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
#> SRR1264352 3 0.7173 0.505 0.216 0.000 0.556 0.228
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264041 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264042 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264043 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264044 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264045 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264046 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264047 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264048 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264049 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264050 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264051 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264052 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264053 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264054 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264055 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264056 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264057 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264058 3 0.3436 0.7067 0.012 0.000 0.852 0.080 0.056
#> SRR1264059 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264060 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264061 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264062 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264063 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264064 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264065 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264066 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264067 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264068 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264069 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264070 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264071 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264072 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264073 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264074 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264075 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264076 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264077 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264078 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264079 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264080 2 0.2592 0.8745 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> SRR1264081 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264082 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264083 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264084 5 0.6942 0.6459 0.232 0.000 0.012 0.316 0.440
#> SRR1264085 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264086 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264087 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264088 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264089 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264090 5 0.6910 0.1310 0.044 0.304 0.000 0.136 0.516
#> SRR1264091 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264092 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264093 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264094 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264095 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264096 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264097 5 0.7084 0.6088 0.272 0.000 0.012 0.328 0.388
#> SRR1264098 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264099 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264100 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264101 2 0.5483 0.3577 0.000 0.512 0.000 0.064 0.424
#> SRR1264102 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264103 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264104 2 0.3109 0.8196 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1264105 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.8922 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264130 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264131 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264132 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264133 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264134 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264135 1 0.0579 0.7085 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264136 1 0.1830 0.7092 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028
#> SRR1264137 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264138 1 0.0579 0.7085 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264139 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264140 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264141 1 0.0579 0.7085 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1264142 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264143 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264144 1 0.0451 0.7077 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264145 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264146 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264147 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264148 1 0.0451 0.7068 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264149 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264150 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264151 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264152 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264153 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264154 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264155 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264156 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264157 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264158 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264159 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264160 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264161 1 0.0451 0.7068 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264162 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264163 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264164 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264165 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264166 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264167 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264168 1 0.0324 0.7081 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264169 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264170 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264171 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264172 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264173 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264174 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264175 1 0.5500 0.5977 0.644 0.000 0.012 0.268 0.076
#> SRR1264176 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264177 1 0.5798 0.5754 0.620 0.000 0.020 0.280 0.080
#> SRR1264178 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264179 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264180 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264181 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264182 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264183 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264184 3 0.3164 0.7122 0.012 0.000 0.868 0.076 0.044
#> SRR1264185 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264186 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264187 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264188 1 0.5617 0.5895 0.636 0.000 0.016 0.272 0.076
#> SRR1264189 1 0.5500 0.5977 0.644 0.000 0.012 0.268 0.076
#> SRR1264190 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264191 1 0.5595 0.5939 0.640 0.000 0.016 0.268 0.076
#> SRR1264192 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264193 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264194 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264195 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264196 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264197 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264198 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264199 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264200 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264201 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264202 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264203 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264204 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264205 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264206 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264207 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264208 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264209 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264210 1 0.3803 0.6996 0.804 0.000 0.000 0.140 0.056
#> SRR1264211 1 0.3846 0.6985 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR1264212 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264213 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264214 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264215 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264216 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264217 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264218 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264219 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264220 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264221 1 0.6260 0.5545 0.612 0.000 0.048 0.252 0.088
#> SRR1264222 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264223 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264224 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264225 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264226 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264227 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264228 1 0.4019 0.6921 0.792 0.000 0.004 0.152 0.052
#> SRR1264229 1 0.3692 0.7010 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1264230 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264231 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264232 1 0.1648 0.6811 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR1264233 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264234 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264235 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264236 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264237 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264238 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264239 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264240 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264241 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264242 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264243 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264244 1 0.1117 0.6955 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1264245 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264246 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264247 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264248 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264249 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264250 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264251 1 0.3866 0.5769 0.808 0.000 0.000 0.096 0.096
#> SRR1264252 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264253 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264254 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264255 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264256 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264257 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264258 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264259 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264260 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264261 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264262 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264263 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264264 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264265 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264266 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264267 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264268 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264269 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264270 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264271 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264272 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264273 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264274 1 0.6344 -0.0663 0.484 0.000 0.000 0.344 0.172
#> SRR1264275 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264276 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264277 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264278 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264279 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264280 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264281 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264282 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264283 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264284 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264285 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264286 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264287 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264288 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264289 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264290 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264291 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264292 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264293 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264294 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264295 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264296 3 0.0693 0.7561 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1264297 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264298 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264299 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264300 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264301 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264302 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264303 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264304 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264305 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264306 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264307 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264308 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264309 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264310 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264311 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264312 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264313 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264314 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264315 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264316 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264317 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264318 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264319 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264320 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264321 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264322 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264323 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264324 3 0.5081 0.7102 0.012 0.000 0.708 0.076 0.204
#> SRR1264325 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264326 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264327 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264328 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264329 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264330 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264331 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264332 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264333 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264334 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264335 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264336 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264337 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264338 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264339 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264340 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264341 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264342 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264343 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264344 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264345 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264346 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264347 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264348 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264349 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264350 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264351 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
#> SRR1264352 4 0.6024 1.0000 0.116 0.000 0.412 0.472 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264041 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264042 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264043 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264044 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264045 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264046 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264047 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264048 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264049 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264050 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264051 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264052 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264053 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264054 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264055 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264056 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264057 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264058 5 0.5736 0.21690 0.028 0.000 0.372 0.020 0.532 0.048
#> SRR1264059 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264060 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264061 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264062 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264063 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264064 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264065 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264066 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264067 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264068 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264069 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264070 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264071 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264072 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264073 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264074 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264075 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264076 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264077 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264078 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264079 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264080 2 0.4191 0.70724 0.000 0.800 0.064 0.020 0.032 0.084
#> SRR1264081 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264082 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264083 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264084 4 0.6799 -0.05334 0.036 0.000 0.092 0.544 0.080 0.248
#> SRR1264085 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264086 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264087 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264088 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264089 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264090 6 0.7238 0.81126 0.000 0.208 0.056 0.212 0.040 0.484
#> SRR1264091 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264092 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264093 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264094 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264095 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264096 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264097 4 0.6716 0.09629 0.044 0.000 0.092 0.576 0.080 0.208
#> SRR1264098 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264099 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264100 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264101 6 0.6979 0.77895 0.000 0.308 0.056 0.120 0.036 0.480
#> SRR1264102 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264103 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264104 2 0.4302 0.44848 0.000 0.672 0.016 0.008 0.008 0.296
#> SRR1264105 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0146 0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264107 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0291 0.74196 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264109 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0146 0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264113 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0146 0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264120 2 0.0146 0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264121 2 0.0291 0.74196 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1264122 2 0.0146 0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264123 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0146 0.74215 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264127 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264130 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264131 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264132 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264133 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264134 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264135 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264136 1 0.3938 0.64373 0.784 0.000 0.008 0.068 0.004 0.136
#> SRR1264137 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264138 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264139 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264140 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264141 1 0.4702 0.62792 0.716 0.000 0.008 0.132 0.004 0.140
#> SRR1264142 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264143 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264144 1 0.4776 0.62494 0.708 0.000 0.008 0.140 0.004 0.140
#> SRR1264145 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264146 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264147 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264148 1 0.4974 0.61267 0.672 0.000 0.008 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264149 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264150 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264151 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264152 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264153 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264154 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264155 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264156 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264157 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264158 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264159 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264160 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264161 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264162 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264163 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264164 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264165 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264166 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264167 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264168 1 0.4868 0.61592 0.676 0.000 0.004 0.148 0.000 0.172
#> SRR1264169 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264170 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264171 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264172 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264173 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264174 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264175 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264176 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264177 1 0.4558 0.50879 0.744 0.000 0.028 0.008 0.056 0.164
#> SRR1264178 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264179 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264180 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264181 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264182 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264183 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264184 5 0.5729 0.06556 0.012 0.000 0.388 0.016 0.508 0.076
#> SRR1264185 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264186 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264187 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264188 1 0.4070 0.55615 0.788 0.000 0.020 0.008 0.056 0.128
#> SRR1264189 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264190 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264191 1 0.4149 0.55764 0.780 0.000 0.020 0.008 0.056 0.136
#> SRR1264192 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264193 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264194 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264195 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264196 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264197 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264198 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264199 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264200 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264201 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264202 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264203 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264204 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264205 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264206 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264207 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264208 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264209 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264210 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264211 1 0.0865 0.65936 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1264212 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264213 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264214 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264215 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264216 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264217 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264218 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264219 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264220 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264221 1 0.4994 0.47044 0.720 0.000 0.044 0.008 0.076 0.152
#> SRR1264222 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264223 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264224 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264225 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264226 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264227 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264228 1 0.0767 0.66210 0.976 0.000 0.004 0.000 0.008 0.012
#> SRR1264229 1 0.0146 0.66595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264230 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264231 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264232 1 0.5451 0.54348 0.616 0.000 0.012 0.196 0.000 0.176
#> SRR1264233 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264234 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264235 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264236 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264237 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264238 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264239 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264240 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264241 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264242 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264243 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264244 1 0.5227 0.58720 0.648 0.000 0.012 0.164 0.000 0.176
#> SRR1264245 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264246 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264247 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264248 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264249 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264250 1 0.5963 0.30843 0.472 0.000 0.008 0.340 0.000 0.180
#> SRR1264251 1 0.5956 0.31436 0.476 0.000 0.008 0.336 0.000 0.180
#> SRR1264252 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264253 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264254 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264255 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264256 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264257 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264258 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264259 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264260 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264261 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264262 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264263 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264264 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264265 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264266 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264267 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264268 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264269 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264270 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264271 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264272 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264273 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264274 4 0.2994 0.95083 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR1264275 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264276 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264277 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264278 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264279 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264280 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264281 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264282 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264283 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264284 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264285 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264286 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264287 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264288 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264289 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264290 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264291 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264292 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264293 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264294 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264295 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264296 5 0.3819 0.00633 0.004 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000
#> SRR1264297 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264298 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264299 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264300 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264301 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264302 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264303 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264304 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264305 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264306 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264307 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264308 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264309 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264310 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264311 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264312 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264313 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264314 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264315 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264316 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264317 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264318 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264319 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264320 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264321 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264322 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264323 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264324 3 0.3508 1.00000 0.004 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000
#> SRR1264325 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264326 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264327 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264328 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264329 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264330 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264331 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264332 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264333 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264334 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264335 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264336 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264337 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264338 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264339 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264340 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264341 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264342 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264343 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264344 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264345 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264346 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264347 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264348 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264349 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264350 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264351 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
#> SRR1264352 5 0.6431 0.40692 0.120 0.000 0.040 0.192 0.600 0.048
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4196 0.581 0.581
#> 3 3 1.000 0.999 0.999 0.5829 0.755 0.579
#> 4 4 0.975 0.987 0.990 0.0549 0.967 0.902
#> 5 5 0.878 0.948 0.945 0.0969 0.924 0.749
#> 6 6 0.838 0.831 0.840 0.0479 0.960 0.823
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0 1 1 0
#> SRR1264041 1 0 1 1 0
#> SRR1264042 1 0 1 1 0
#> SRR1264043 1 0 1 1 0
#> SRR1264044 1 0 1 1 0
#> SRR1264045 1 0 1 1 0
#> SRR1264046 1 0 1 1 0
#> SRR1264047 1 0 1 1 0
#> SRR1264048 1 0 1 1 0
#> SRR1264049 1 0 1 1 0
#> SRR1264050 1 0 1 1 0
#> SRR1264051 1 0 1 1 0
#> SRR1264052 1 0 1 1 0
#> SRR1264053 1 0 1 1 0
#> SRR1264054 1 0 1 1 0
#> SRR1264055 1 0 1 1 0
#> SRR1264056 1 0 1 1 0
#> SRR1264057 1 0 1 1 0
#> SRR1264058 1 0 1 1 0
#> SRR1264059 2 0 1 0 1
#> SRR1264060 2 0 1 0 1
#> SRR1264061 2 0 1 0 1
#> SRR1264062 2 0 1 0 1
#> SRR1264063 2 0 1 0 1
#> SRR1264064 2 0 1 0 1
#> SRR1264065 2 0 1 0 1
#> SRR1264066 2 0 1 0 1
#> SRR1264067 2 0 1 0 1
#> SRR1264068 2 0 1 0 1
#> SRR1264069 2 0 1 0 1
#> SRR1264070 2 0 1 0 1
#> SRR1264071 2 0 1 0 1
#> SRR1264072 2 0 1 0 1
#> SRR1264073 2 0 1 0 1
#> SRR1264074 2 0 1 0 1
#> SRR1264075 2 0 1 0 1
#> SRR1264076 2 0 1 0 1
#> SRR1264077 2 0 1 0 1
#> SRR1264078 2 0 1 0 1
#> SRR1264079 2 0 1 0 1
#> SRR1264080 2 0 1 0 1
#> SRR1264081 2 0 1 0 1
#> SRR1264082 2 0 1 0 1
#> SRR1264083 2 0 1 0 1
#> SRR1264084 2 0 1 0 1
#> SRR1264085 2 0 1 0 1
#> SRR1264086 2 0 1 0 1
#> SRR1264087 2 0 1 0 1
#> SRR1264088 2 0 1 0 1
#> SRR1264089 2 0 1 0 1
#> SRR1264090 2 0 1 0 1
#> SRR1264091 2 0 1 0 1
#> SRR1264092 2 0 1 0 1
#> SRR1264093 2 0 1 0 1
#> SRR1264094 2 0 1 0 1
#> SRR1264095 2 0 1 0 1
#> SRR1264096 2 0 1 0 1
#> SRR1264097 2 0 1 0 1
#> SRR1264098 2 0 1 0 1
#> SRR1264099 2 0 1 0 1
#> SRR1264100 2 0 1 0 1
#> SRR1264101 2 0 1 0 1
#> SRR1264102 2 0 1 0 1
#> SRR1264103 2 0 1 0 1
#> SRR1264104 2 0 1 0 1
#> SRR1264105 2 0 1 0 1
#> SRR1264106 2 0 1 0 1
#> SRR1264107 2 0 1 0 1
#> SRR1264108 2 0 1 0 1
#> SRR1264109 2 0 1 0 1
#> SRR1264110 2 0 1 0 1
#> SRR1264111 2 0 1 0 1
#> SRR1264112 2 0 1 0 1
#> SRR1264113 2 0 1 0 1
#> SRR1264114 2 0 1 0 1
#> SRR1264115 2 0 1 0 1
#> SRR1264116 2 0 1 0 1
#> SRR1264117 2 0 1 0 1
#> SRR1264118 2 0 1 0 1
#> SRR1264119 2 0 1 0 1
#> SRR1264120 2 0 1 0 1
#> SRR1264121 2 0 1 0 1
#> SRR1264122 2 0 1 0 1
#> SRR1264123 2 0 1 0 1
#> SRR1264124 2 0 1 0 1
#> SRR1264125 2 0 1 0 1
#> SRR1264126 2 0 1 0 1
#> SRR1264127 2 0 1 0 1
#> SRR1264128 2 0 1 0 1
#> SRR1264129 1 0 1 1 0
#> SRR1264130 1 0 1 1 0
#> SRR1264131 1 0 1 1 0
#> SRR1264132 1 0 1 1 0
#> SRR1264133 1 0 1 1 0
#> SRR1264134 1 0 1 1 0
#> SRR1264135 1 0 1 1 0
#> SRR1264136 1 0 1 1 0
#> SRR1264137 1 0 1 1 0
#> SRR1264138 1 0 1 1 0
#> SRR1264139 1 0 1 1 0
#> SRR1264140 1 0 1 1 0
#> SRR1264141 1 0 1 1 0
#> SRR1264142 1 0 1 1 0
#> SRR1264143 1 0 1 1 0
#> SRR1264144 1 0 1 1 0
#> SRR1264145 1 0 1 1 0
#> SRR1264146 1 0 1 1 0
#> SRR1264147 1 0 1 1 0
#> SRR1264148 1 0 1 1 0
#> SRR1264149 1 0 1 1 0
#> SRR1264150 1 0 1 1 0
#> SRR1264151 1 0 1 1 0
#> SRR1264152 1 0 1 1 0
#> SRR1264153 1 0 1 1 0
#> SRR1264154 1 0 1 1 0
#> SRR1264155 1 0 1 1 0
#> SRR1264156 1 0 1 1 0
#> SRR1264157 1 0 1 1 0
#> SRR1264158 1 0 1 1 0
#> SRR1264159 1 0 1 1 0
#> SRR1264160 1 0 1 1 0
#> SRR1264161 1 0 1 1 0
#> SRR1264162 1 0 1 1 0
#> SRR1264163 1 0 1 1 0
#> SRR1264164 1 0 1 1 0
#> SRR1264165 1 0 1 1 0
#> SRR1264166 1 0 1 1 0
#> SRR1264167 1 0 1 1 0
#> SRR1264168 1 0 1 1 0
#> SRR1264169 1 0 1 1 0
#> SRR1264170 1 0 1 1 0
#> SRR1264171 1 0 1 1 0
#> SRR1264172 1 0 1 1 0
#> SRR1264173 1 0 1 1 0
#> SRR1264174 1 0 1 1 0
#> SRR1264175 1 0 1 1 0
#> SRR1264176 1 0 1 1 0
#> SRR1264177 1 0 1 1 0
#> SRR1264178 1 0 1 1 0
#> SRR1264179 1 0 1 1 0
#> SRR1264180 1 0 1 1 0
#> SRR1264181 1 0 1 1 0
#> SRR1264182 1 0 1 1 0
#> SRR1264183 1 0 1 1 0
#> SRR1264184 1 0 1 1 0
#> SRR1264185 1 0 1 1 0
#> SRR1264186 1 0 1 1 0
#> SRR1264187 1 0 1 1 0
#> SRR1264188 1 0 1 1 0
#> SRR1264189 1 0 1 1 0
#> SRR1264190 1 0 1 1 0
#> SRR1264191 1 0 1 1 0
#> SRR1264192 1 0 1 1 0
#> SRR1264193 1 0 1 1 0
#> SRR1264194 1 0 1 1 0
#> SRR1264195 1 0 1 1 0
#> SRR1264196 1 0 1 1 0
#> SRR1264197 1 0 1 1 0
#> SRR1264198 1 0 1 1 0
#> SRR1264199 1 0 1 1 0
#> SRR1264200 1 0 1 1 0
#> SRR1264201 1 0 1 1 0
#> SRR1264202 1 0 1 1 0
#> SRR1264203 1 0 1 1 0
#> SRR1264204 1 0 1 1 0
#> SRR1264205 1 0 1 1 0
#> SRR1264206 1 0 1 1 0
#> SRR1264207 1 0 1 1 0
#> SRR1264208 1 0 1 1 0
#> SRR1264209 1 0 1 1 0
#> SRR1264210 1 0 1 1 0
#> SRR1264211 1 0 1 1 0
#> SRR1264212 1 0 1 1 0
#> SRR1264213 1 0 1 1 0
#> SRR1264214 1 0 1 1 0
#> SRR1264215 1 0 1 1 0
#> SRR1264216 1 0 1 1 0
#> SRR1264217 1 0 1 1 0
#> SRR1264218 1 0 1 1 0
#> SRR1264219 1 0 1 1 0
#> SRR1264220 1 0 1 1 0
#> SRR1264221 1 0 1 1 0
#> SRR1264222 1 0 1 1 0
#> SRR1264223 1 0 1 1 0
#> SRR1264224 1 0 1 1 0
#> SRR1264225 1 0 1 1 0
#> SRR1264226 1 0 1 1 0
#> SRR1264227 1 0 1 1 0
#> SRR1264228 1 0 1 1 0
#> SRR1264229 1 0 1 1 0
#> SRR1264230 1 0 1 1 0
#> SRR1264231 1 0 1 1 0
#> SRR1264232 1 0 1 1 0
#> SRR1264233 1 0 1 1 0
#> SRR1264234 1 0 1 1 0
#> SRR1264235 1 0 1 1 0
#> SRR1264236 1 0 1 1 0
#> SRR1264237 1 0 1 1 0
#> SRR1264238 1 0 1 1 0
#> SRR1264239 1 0 1 1 0
#> SRR1264240 1 0 1 1 0
#> SRR1264241 1 0 1 1 0
#> SRR1264242 1 0 1 1 0
#> SRR1264243 1 0 1 1 0
#> SRR1264244 1 0 1 1 0
#> SRR1264245 1 0 1 1 0
#> SRR1264246 1 0 1 1 0
#> SRR1264247 1 0 1 1 0
#> SRR1264248 1 0 1 1 0
#> SRR1264249 1 0 1 1 0
#> SRR1264250 1 0 1 1 0
#> SRR1264251 1 0 1 1 0
#> SRR1264252 2 0 1 0 1
#> SRR1264253 2 0 1 0 1
#> SRR1264254 2 0 1 0 1
#> SRR1264255 2 0 1 0 1
#> SRR1264256 2 0 1 0 1
#> SRR1264257 2 0 1 0 1
#> SRR1264258 2 0 1 0 1
#> SRR1264259 2 0 1 0 1
#> SRR1264260 2 0 1 0 1
#> SRR1264261 2 0 1 0 1
#> SRR1264262 2 0 1 0 1
#> SRR1264263 2 0 1 0 1
#> SRR1264264 2 0 1 0 1
#> SRR1264265 2 0 1 0 1
#> SRR1264266 2 0 1 0 1
#> SRR1264267 2 0 1 0 1
#> SRR1264268 2 0 1 0 1
#> SRR1264269 2 0 1 0 1
#> SRR1264270 2 0 1 0 1
#> SRR1264271 2 0 1 0 1
#> SRR1264272 2 0 1 0 1
#> SRR1264273 2 0 1 0 1
#> SRR1264274 2 0 1 0 1
#> SRR1264275 1 0 1 1 0
#> SRR1264276 1 0 1 1 0
#> SRR1264277 1 0 1 1 0
#> SRR1264278 1 0 1 1 0
#> SRR1264279 1 0 1 1 0
#> SRR1264280 1 0 1 1 0
#> SRR1264281 1 0 1 1 0
#> SRR1264282 1 0 1 1 0
#> SRR1264283 1 0 1 1 0
#> SRR1264284 1 0 1 1 0
#> SRR1264285 1 0 1 1 0
#> SRR1264286 1 0 1 1 0
#> SRR1264287 1 0 1 1 0
#> SRR1264288 1 0 1 1 0
#> SRR1264289 1 0 1 1 0
#> SRR1264290 1 0 1 1 0
#> SRR1264291 1 0 1 1 0
#> SRR1264292 1 0 1 1 0
#> SRR1264293 1 0 1 1 0
#> SRR1264294 1 0 1 1 0
#> SRR1264295 1 0 1 1 0
#> SRR1264296 1 0 1 1 0
#> SRR1264297 1 0 1 1 0
#> SRR1264298 1 0 1 1 0
#> SRR1264299 1 0 1 1 0
#> SRR1264300 1 0 1 1 0
#> SRR1264301 1 0 1 1 0
#> SRR1264302 1 0 1 1 0
#> SRR1264303 1 0 1 1 0
#> SRR1264304 1 0 1 1 0
#> SRR1264305 1 0 1 1 0
#> SRR1264306 1 0 1 1 0
#> SRR1264307 1 0 1 1 0
#> SRR1264308 1 0 1 1 0
#> SRR1264309 1 0 1 1 0
#> SRR1264310 1 0 1 1 0
#> SRR1264311 1 0 1 1 0
#> SRR1264312 1 0 1 1 0
#> SRR1264313 1 0 1 1 0
#> SRR1264314 1 0 1 1 0
#> SRR1264315 1 0 1 1 0
#> SRR1264316 1 0 1 1 0
#> SRR1264317 1 0 1 1 0
#> SRR1264318 1 0 1 1 0
#> SRR1264319 1 0 1 1 0
#> SRR1264320 1 0 1 1 0
#> SRR1264321 1 0 1 1 0
#> SRR1264322 1 0 1 1 0
#> SRR1264323 1 0 1 1 0
#> SRR1264324 1 0 1 1 0
#> SRR1264325 1 0 1 1 0
#> SRR1264326 1 0 1 1 0
#> SRR1264327 1 0 1 1 0
#> SRR1264328 1 0 1 1 0
#> SRR1264329 1 0 1 1 0
#> SRR1264330 1 0 1 1 0
#> SRR1264331 1 0 1 1 0
#> SRR1264332 1 0 1 1 0
#> SRR1264333 1 0 1 1 0
#> SRR1264334 1 0 1 1 0
#> SRR1264335 1 0 1 1 0
#> SRR1264336 1 0 1 1 0
#> SRR1264337 1 0 1 1 0
#> SRR1264338 1 0 1 1 0
#> SRR1264339 1 0 1 1 0
#> SRR1264340 1 0 1 1 0
#> SRR1264341 1 0 1 1 0
#> SRR1264342 1 0 1 1 0
#> SRR1264343 1 0 1 1 0
#> SRR1264344 1 0 1 1 0
#> SRR1264345 1 0 1 1 0
#> SRR1264346 1 0 1 1 0
#> SRR1264347 1 0 1 1 0
#> SRR1264348 1 0 1 1 0
#> SRR1264349 1 0 1 1 0
#> SRR1264350 1 0 1 1 0
#> SRR1264351 1 0 1 1 0
#> SRR1264352 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264043 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264044 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264045 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264046 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264047 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264048 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264049 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264050 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264051 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264052 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264054 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264055 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264056 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264058 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264178 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264184 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264185 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264189 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264253 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264254 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264255 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264256 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264257 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264258 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264259 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264260 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264261 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264262 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264263 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264264 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264265 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264266 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264267 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264268 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264269 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264270 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264271 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264272 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264273 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264274 2 0.0237 0.997 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264275 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264130 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264131 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264132 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264133 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264134 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264135 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264136 1 0.0336 0.978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264137 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264138 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264139 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264140 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264141 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264142 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264143 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264144 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264145 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264146 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264147 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264148 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264149 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264150 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264151 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264152 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264153 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264154 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264155 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264156 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264157 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264158 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264159 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264160 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264161 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264162 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264163 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264164 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264165 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264166 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264167 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264168 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264169 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264178 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184 3 0.0524 0.987 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1264185 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0188 0.977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264222 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264231 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264232 1 0.0707 0.976 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264233 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264234 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264235 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264236 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264237 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264238 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264239 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264240 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264241 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264242 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264243 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264244 1 0.0592 0.978 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1264245 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264246 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264247 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264248 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264249 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264250 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264251 1 0.2345 0.918 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264252 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264253 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264254 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264255 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264256 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264257 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264258 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264259 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264260 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264261 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264262 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264263 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264264 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264265 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264266 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264267 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264268 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264269 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264270 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264271 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264272 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264273 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264274 4 0.0469 1.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264275 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264277 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264278 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264279 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264280 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264281 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264282 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264283 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264284 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264285 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264286 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264287 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264290 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264291 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264292 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264293 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264294 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264295 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264296 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264325 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264331 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264334 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264338 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264339 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264346 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264348 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264351 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264041 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264042 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264043 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264044 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264045 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264046 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264047 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264048 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264049 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264050 3 0.3030 0.905 0.040 0.000 0.868 0.004 0.088
#> SRR1264051 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264052 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264053 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264054 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264055 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264056 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264057 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264058 3 0.3086 0.903 0.040 0.000 0.864 0.004 0.092
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264130 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264131 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264132 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264133 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264134 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264135 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264136 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264137 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264138 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264139 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264140 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264141 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264142 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264143 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264144 1 0.3366 0.833 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264145 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264146 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264147 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264148 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264149 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264150 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264151 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264152 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264153 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264154 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264155 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264156 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264157 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264158 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264159 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264160 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264161 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264162 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264163 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264164 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264165 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264166 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264167 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264168 1 0.1851 0.945 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1264169 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264170 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264171 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264172 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264173 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264174 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264175 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264176 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264177 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264178 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264179 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264180 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264181 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264182 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264183 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264184 3 0.4558 0.713 0.036 0.000 0.708 0.004 0.252
#> SRR1264185 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264186 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264187 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264188 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264189 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264190 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264191 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264192 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264193 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264194 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264195 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264196 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264197 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264198 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264199 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264200 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264201 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264202 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264203 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264204 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264205 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264206 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264207 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264208 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264209 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264210 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264211 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264212 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264213 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264214 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264215 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264216 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264217 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264218 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264219 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264220 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264221 5 0.0162 0.906 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264222 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264223 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264224 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264225 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264226 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264227 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264228 5 0.1965 0.931 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264229 5 0.2230 0.936 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264230 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264231 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264232 1 0.1671 0.942 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264233 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264234 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264235 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264236 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264237 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264238 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264239 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264240 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264241 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264242 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264243 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264244 1 0.1671 0.942 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1264245 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264246 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264247 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264248 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264249 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264250 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264251 1 0.1768 0.941 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1264252 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264253 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264254 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264255 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264256 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264257 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264258 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264259 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264260 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264261 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264262 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264263 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264264 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264265 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264266 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264267 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264268 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264269 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264270 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264271 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264272 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264273 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264274 4 0.0162 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264275 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264276 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264277 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264278 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264279 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264280 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264281 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264282 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264283 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264284 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264285 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264286 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264287 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264288 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264289 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264290 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264291 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264292 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264293 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264294 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264295 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264296 3 0.1822 0.940 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1264297 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264326 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264327 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264328 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264329 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264330 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264331 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264332 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264333 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264334 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264335 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264336 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264337 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264338 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264339 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264340 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264341 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264342 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264343 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264344 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264345 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264346 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264347 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264348 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264349 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264350 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264351 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1264352 3 0.1124 0.940 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264041 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264042 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264043 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264044 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264045 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264046 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264047 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264048 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264049 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264050 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264051 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264052 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264053 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264054 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264055 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264056 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264057 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264058 3 0.3515 0.591 0.016 0.000 0.780 0.192 0.000 0.012
#> SRR1264059 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0713 0.983 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.1049 0.974 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR1264098 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0547 0.988 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264130 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264131 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264132 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264133 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264134 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264135 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264136 1 0.4638 0.664 0.636 0.000 0.000 0.068 0.000 0.296
#> SRR1264137 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264138 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264139 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264140 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264141 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264142 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264143 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264144 1 0.4620 0.670 0.640 0.000 0.000 0.068 0.000 0.292
#> SRR1264145 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264146 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264147 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264148 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264149 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264150 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264151 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264152 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264153 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264154 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264155 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264156 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264157 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264158 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264159 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264160 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264161 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264162 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264163 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264164 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264165 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264166 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264167 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264168 1 0.1387 0.890 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264169 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264170 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264171 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264172 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264173 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264174 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264175 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264176 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264177 6 0.2257 0.851 0.000 0.000 0.008 0.116 0.000 0.876
#> SRR1264178 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264179 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264180 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264181 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264182 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264183 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264184 3 0.4700 0.441 0.008 0.000 0.704 0.128 0.000 0.160
#> SRR1264185 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264186 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264187 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264188 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264189 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264190 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264191 6 0.2357 0.850 0.000 0.000 0.012 0.116 0.000 0.872
#> SRR1264192 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264193 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264194 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264195 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264196 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264197 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264198 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264199 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264200 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264201 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264202 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264203 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264204 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264205 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264206 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264207 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264208 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264209 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264210 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264211 6 0.1501 0.897 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264212 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264213 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264214 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264215 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264216 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264217 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264218 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264219 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264220 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264221 6 0.1462 0.866 0.000 0.000 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR1264222 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264223 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264224 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264225 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264226 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264227 6 0.2404 0.884 0.080 0.000 0.000 0.036 0.000 0.884
#> SRR1264228 6 0.2404 0.884 0.080 0.000 0.000 0.036 0.000 0.884
#> SRR1264229 6 0.2457 0.882 0.084 0.000 0.000 0.036 0.000 0.880
#> SRR1264230 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264231 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264232 1 0.1492 0.879 0.940 0.000 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR1264233 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264234 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264235 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264236 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264237 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264238 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264239 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264240 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264241 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264242 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264243 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264244 1 0.1492 0.879 0.940 0.000 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR1264245 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264246 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264247 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264248 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264249 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264250 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264251 1 0.1700 0.875 0.936 0.000 0.000 0.024 0.012 0.028
#> SRR1264252 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264253 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264254 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264255 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264256 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264257 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264258 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264259 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264260 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264261 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264262 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264263 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264264 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264265 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264266 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264267 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264268 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264269 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264270 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264271 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264272 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264273 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264274 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264276 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264277 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264278 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264279 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264280 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264281 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264282 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264283 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264284 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264285 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264286 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264287 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264288 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264289 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264290 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264291 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264292 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264293 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264294 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264295 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264296 3 0.0146 0.654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264297 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.3756 0.353 0.020 0.000 0.712 0.268 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264326 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264327 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264328 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264329 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264330 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264332 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264333 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264334 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264335 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264336 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264337 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264338 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264340 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264341 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264342 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264343 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264344 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264345 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264347 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264348 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264349 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264350 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR1264352 4 0.3737 1.000 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3416 0.659 0.659
#> 3 3 1.000 0.998 0.999 0.8634 0.705 0.552
#> 4 4 0.930 0.892 0.917 0.0521 1.000 1.000
#> 5 5 0.839 0.858 0.873 0.0878 0.865 0.641
#> 6 6 0.961 0.961 0.957 0.0461 0.989 0.955
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264085 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.373 0.922 0.072 0.928
#> SRR1264091 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264098 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264275 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264041 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264042 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264043 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264044 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264045 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264046 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264047 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264048 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264049 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264050 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264051 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264052 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264053 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264054 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264055 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264056 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264057 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264058 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264084 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264090 2 0.2537 0.906 0.080 0.92 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264097 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.999 0.000 1.00 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264184 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264221 1 0.4062 0.803 0.836 0.00 0.164
#> SRR1264222 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264252 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264253 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264267 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264268 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 0.999 1.000 0.00 0.000
#> SRR1264275 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264297 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264325 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264326 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264327 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264328 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264329 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264330 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264331 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264332 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264333 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264334 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264335 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264336 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264337 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264338 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264339 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264340 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264341 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264342 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264343 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264344 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264345 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264346 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264347 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264348 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264349 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264350 3 0.0000 0.999 0.000 0.00 1.000
#> SRR1264351 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
#> SRR1264352 3 0.0237 0.996 0.004 0.00 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 3 0.0188 0.869 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1264045 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264060 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264061 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264062 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264063 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264064 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264065 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264066 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264067 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264068 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264069 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264070 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264071 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264072 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264073 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264074 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264075 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264076 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264077 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264078 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264079 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264080 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264081 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 1 0.5602 0.285 0.508 0.472 0.000 0.020
#> SRR1264085 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.2593 0.643 0.080 0.904 0.000 0.016
#> SRR1264091 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 1 0.4245 0.767 0.784 0.196 0.000 0.020
#> SRR1264098 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264106 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264107 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264108 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264109 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264110 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264111 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264112 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264113 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264114 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264115 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264116 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264117 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264118 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264119 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264120 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264121 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264122 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264123 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264124 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264125 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264126 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264127 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264128 2 0.4994 0.879 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1264129 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.3172 0.796 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0188 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264231 1 0.0188 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264232 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0188 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264234 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0336 0.987 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1264246 1 0.0188 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264247 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0188 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264249 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0188 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264251 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264253 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264254 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264255 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264256 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264257 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264258 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264259 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264260 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264261 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264262 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264263 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264264 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264265 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264266 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264267 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264268 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264269 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264270 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264271 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264272 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264273 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264274 1 0.0817 0.977 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264275 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264276 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264277 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264278 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264279 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264280 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264281 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264282 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264283 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264284 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264285 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264286 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264287 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264288 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264289 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264290 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264291 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264292 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264294 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264295 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264296 3 0.0000 0.871 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264297 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264298 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264299 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264300 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264301 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264302 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264303 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264304 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264305 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264306 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264307 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264308 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264309 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264310 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264311 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264312 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264313 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264314 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264315 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264316 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264317 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264318 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264319 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264320 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264321 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264322 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264323 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264324 3 0.5000 0.630 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1264325 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264326 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264327 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264328 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264329 3 0.0376 0.867 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1264330 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264331 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264332 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264333 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264334 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264335 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264336 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264337 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264338 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264339 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264340 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264341 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264342 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264343 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264344 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264345 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264346 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264347 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264348 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264349 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264350 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264351 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1264352 3 0.0188 0.870 0.000 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264041 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264042 3 0.4310 0.811 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1264043 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264044 3 0.4321 0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264045 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264046 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264047 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264048 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264049 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264050 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264051 3 0.4321 0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264052 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264053 3 0.4171 0.813 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1264054 3 0.4321 0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264055 3 0.4321 0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264056 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264057 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264058 3 0.4321 0.811 0.004 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264082 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264083 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264084 4 0.1661 0.420 0.024 0.000 0.036 0.940 0.000
#> SRR1264085 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264086 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264087 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264088 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264089 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264090 4 0.3305 0.395 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1264091 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264092 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264093 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264094 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264095 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264096 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264097 4 0.3741 0.493 0.264 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR1264098 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264099 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264100 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264101 4 0.5856 0.328 0.000 0.172 0.224 0.604 0.000
#> SRR1264102 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264103 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264104 4 0.6643 0.193 0.000 0.372 0.224 0.404 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0162 0.993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264178 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264185 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.1544 0.907 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1264222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0404 0.986 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264231 1 0.0404 0.986 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0290 0.991 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264234 1 0.0290 0.991 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0880 0.964 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1264246 1 0.0290 0.991 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0404 0.986 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264249 1 0.0162 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264250 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264251 1 0.0162 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264252 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264253 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264254 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264255 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264256 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264257 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264258 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264259 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264260 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264261 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264262 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264263 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264264 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264265 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264266 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264267 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264268 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264269 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264270 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264271 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264272 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264273 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264274 4 0.5911 0.544 0.228 0.000 0.176 0.596 0.000
#> SRR1264275 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264276 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264277 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264278 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264279 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264280 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264281 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264282 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264283 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264284 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264285 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264286 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264287 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264288 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264289 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264290 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264291 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264292 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264293 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264294 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264295 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264296 3 0.4182 0.814 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1264297 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264326 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264327 3 0.5001 0.742 0.004 0.000 0.700 0.080 0.216
#> SRR1264328 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264329 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264330 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264331 3 0.5001 0.742 0.004 0.000 0.700 0.080 0.216
#> SRR1264332 3 0.5065 0.742 0.008 0.000 0.700 0.076 0.216
#> SRR1264333 3 0.5065 0.742 0.008 0.000 0.700 0.076 0.216
#> SRR1264334 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264335 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264336 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264337 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264338 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264339 3 0.5141 0.737 0.012 0.000 0.700 0.076 0.212
#> SRR1264340 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264341 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264342 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264343 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264344 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264345 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264346 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264347 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264348 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264349 3 0.4975 0.746 0.004 0.000 0.700 0.076 0.220
#> SRR1264350 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264351 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR1264352 3 0.4850 0.748 0.000 0.000 0.700 0.076 0.224
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264041 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264042 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264043 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264044 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264045 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264046 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264047 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264048 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264049 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264050 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264051 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264052 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264053 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264054 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264055 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264056 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264057 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264058 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264082 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264083 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264084 4 0.2597 0.772 0.000 0 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1264085 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264086 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264087 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264088 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264089 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264090 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264091 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264092 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264093 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264094 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264095 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264096 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264097 4 0.2331 0.850 0.032 0 0.000 0.888 0.000 0.080
#> SRR1264098 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264099 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264100 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264101 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264102 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264103 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264104 6 0.0000 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 5 0.2793 0.807 0.000 0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.1633 0.923 0.932 0 0.024 0.000 0.044 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0363 0.988 0.988 0 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0363 0.988 0.988 0 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0363 0.988 0.988 0 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0260 0.992 0.992 0 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0146 0.995 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0865 0.964 0.964 0 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0260 0.992 0.992 0 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0458 0.984 0.984 0 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.998 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0146 0.995 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0146 0.995 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264252 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0146 0.980 0.004 0 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0146 0.980 0.004 0 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 0.986 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264276 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264277 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264278 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264279 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264280 5 0.1765 0.872 0.000 0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264281 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264282 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264283 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264284 5 0.2048 0.860 0.000 0 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1264285 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264286 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264287 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264288 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264289 5 0.2135 0.856 0.000 0 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1264290 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264291 5 0.1765 0.872 0.000 0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264292 5 0.1765 0.872 0.000 0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264293 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264294 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264295 5 0.1714 0.873 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264296 5 0.1765 0.872 0.000 0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264326 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264327 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264328 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264329 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264330 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264331 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264332 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264333 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264334 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264335 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264336 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264337 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264338 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264339 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264340 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264341 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264342 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264343 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264344 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264345 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264346 5 0.2762 0.787 0.000 0 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1264347 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264348 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264349 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264350 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264351 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1264352 5 0.2730 0.791 0.000 0 0.000 0.192 0.808 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.3503 0.652 0.652
#> 3 3 0.899 0.965 0.983 0.7705 0.733 0.590
#> 4 4 0.754 0.947 0.954 0.1129 0.900 0.749
#> 5 5 0.863 0.932 0.958 0.0877 0.902 0.702
#> 6 6 0.899 0.947 0.959 0.0214 0.983 0.933
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264041 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264042 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264043 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264044 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264045 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264046 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264047 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264048 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264049 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264052 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264053 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264054 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264055 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264056 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264057 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264058 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264081 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.8207 0.658 0.744 0.256
#> SRR1264185 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264253 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264254 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264255 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264256 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264257 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264258 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264259 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264260 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264261 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264262 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264263 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264264 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264265 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264266 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264267 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264268 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264269 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264270 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264271 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264272 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264273 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264274 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1264275 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264276 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264277 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264278 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264279 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264280 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264281 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264282 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264283 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264284 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264285 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264286 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264287 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264288 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264289 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264290 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264291 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264292 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264293 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264294 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264295 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264296 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264297 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264298 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264299 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264300 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264301 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264302 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264303 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264304 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264305 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264306 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264307 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264308 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264309 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264310 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264311 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264312 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264313 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264314 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264315 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264316 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264317 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264318 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264325 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264326 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264327 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264334 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264335 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264336 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264337 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264338 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264339 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264340 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264341 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264343 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264344 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264345 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264346 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264348 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264349 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264350 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1264352 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264041 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264042 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264043 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264044 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264045 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264046 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264047 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264048 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264049 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264050 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264051 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264052 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264053 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264054 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264055 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264056 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264057 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264058 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.7176 0.608 0.068 0.684 0.248
#> SRR1264085 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.7259 0.603 0.072 0.680 0.248
#> SRR1264098 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 3 0.5968 0.405 0.364 0.000 0.636
#> SRR1264185 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264231 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264232 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264233 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264234 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264235 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264236 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264237 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264238 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264239 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264240 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264241 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264242 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264243 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264244 1 0.0592 0.965 0.988 0.000 0.012
#> SRR1264245 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264246 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264247 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264248 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264249 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264250 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264251 1 0.0424 0.968 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264252 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264253 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264254 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264255 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264256 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264257 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264258 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264259 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264260 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264261 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264262 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264263 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264264 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264265 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264266 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264267 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264268 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264269 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264270 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264271 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264272 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264273 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264274 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264275 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264276 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264277 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264278 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264279 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264280 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264281 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264282 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264283 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264284 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264285 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264286 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264287 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264288 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264289 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264290 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264291 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264292 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264293 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264294 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264295 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264296 1 0.4452 0.795 0.808 0.000 0.192
#> SRR1264297 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264326 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264327 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264328 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264329 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264330 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264331 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264332 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264333 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264334 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264335 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264336 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264337 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264338 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264339 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264340 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264341 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264342 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264343 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264344 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264345 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264346 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264347 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264348 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264349 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264350 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264351 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264352 3 0.0000 0.994 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264041 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264042 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264043 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264044 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264045 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264046 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264047 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264048 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264049 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264050 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264051 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264052 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264053 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264054 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264055 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264056 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264057 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264058 1 0.2530 0.901 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264082 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264083 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264084 4 0.1211 0.951 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1264085 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264086 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264087 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264088 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264089 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264090 4 0.1706 0.962 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR1264091 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264092 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264093 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264094 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264095 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264096 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264097 4 0.1211 0.951 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1264098 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264099 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264100 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264101 4 0.1706 0.962 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR1264102 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264103 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264104 4 0.1557 0.963 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264137 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.3172 0.859 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264178 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1264185 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.3172 0.859 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264222 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264231 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264232 1 0.2469 0.903 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264233 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264234 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264235 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264236 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264237 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264238 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264239 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264240 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264241 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264242 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264243 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264244 1 0.2469 0.903 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264245 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264246 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264247 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264248 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264249 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264250 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264251 1 0.2654 0.901 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1264252 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264253 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264254 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264255 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264256 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264257 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264258 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264259 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264260 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264261 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264262 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264263 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264264 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264265 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264266 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264267 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264268 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264269 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264270 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264271 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264272 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264273 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264274 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264275 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264277 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264278 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264279 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264281 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264282 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264284 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264286 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264287 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264288 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264289 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264290 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264291 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264292 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264295 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264296 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264297 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264298 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264299 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264300 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264301 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264302 3 0.1474 0.885 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1264303 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264304 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264305 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264306 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264307 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264308 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264309 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264310 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264311 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264312 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264313 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264314 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264315 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264316 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264317 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264318 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264319 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264320 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264321 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264322 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264323 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264324 3 0.1557 0.885 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1264325 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264326 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264327 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264328 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264329 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264330 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264331 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264332 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264333 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264334 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264335 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264336 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264337 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264338 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264339 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264340 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264341 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264342 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264343 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264344 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264345 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264346 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264347 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264348 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264349 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264350 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264351 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1264352 3 0.2469 0.936 0.000 0.000 0.892 0.108
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264041 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264042 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264043 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264044 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264045 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264046 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264047 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264048 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264049 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264050 5 0.3143 0.759 0.204 0 0.000 0.000 0.796
#> SRR1264051 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264052 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264053 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264054 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264055 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264056 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264057 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264058 5 0.2648 0.817 0.152 0 0.000 0.000 0.848
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264082 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264083 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264084 5 0.3636 0.527 0.272 0 0.000 0.000 0.728
#> SRR1264085 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264086 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264087 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264088 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264089 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264090 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264091 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264092 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264093 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264094 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264095 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264096 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264097 5 0.3857 0.466 0.312 0 0.000 0.000 0.688
#> SRR1264098 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264099 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264100 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264101 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264102 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264103 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264104 5 0.0000 0.842 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0290 0.961 0.992 0 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0162 0.962 0.996 0 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264170 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264171 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264172 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264173 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264174 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264175 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264176 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264177 1 0.3106 0.819 0.840 0 0.140 0.000 0.020
#> SRR1264178 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264179 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264180 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264181 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264182 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264183 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264184 1 0.6219 -0.202 0.436 0 0.140 0.000 0.424
#> SRR1264185 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264186 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264187 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264188 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264189 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264190 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264191 1 0.0162 0.961 0.996 0 0.000 0.000 0.004
#> SRR1264192 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.3278 0.798 0.824 0 0.156 0.000 0.020
#> SRR1264222 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.962 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264231 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264232 1 0.2843 0.861 0.848 0 0.008 0.000 0.144
#> SRR1264233 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264234 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264235 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264236 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264237 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264238 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264239 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264240 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264241 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264242 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264243 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264244 1 0.2843 0.861 0.848 0 0.008 0.000 0.144
#> SRR1264245 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264246 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264247 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264248 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264249 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264250 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264251 1 0.3001 0.859 0.844 0 0.008 0.004 0.144
#> SRR1264252 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264253 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264254 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264255 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264256 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264257 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264258 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264259 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264260 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264261 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264262 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264263 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264264 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264265 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264266 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264267 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264268 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264269 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264270 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264271 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264272 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264273 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264274 4 0.0000 0.991 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264275 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264276 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264277 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264278 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264279 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264280 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264281 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264282 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264283 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264284 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264285 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264286 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264287 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264288 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264289 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264290 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264291 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264292 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264293 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264294 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264295 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264296 5 0.3177 0.802 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1264297 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264298 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264299 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264300 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264301 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264302 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264303 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264304 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264305 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264306 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264307 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264308 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264309 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264310 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264311 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264312 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264313 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264314 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264315 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264316 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264317 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264318 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264319 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264320 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264321 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264322 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264323 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264324 3 0.0290 1.000 0.000 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1264325 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264326 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264327 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264328 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264329 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264330 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264331 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264332 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264333 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264334 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264335 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264336 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264337 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264338 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264339 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264340 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264341 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264342 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264343 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264344 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264345 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264346 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264347 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264348 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264349 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264350 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264351 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1264352 4 0.0404 0.993 0.000 0 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264041 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264042 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264043 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264044 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264045 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264046 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264047 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264048 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264049 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264050 5 0.2178 0.838 0.132 0 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1264051 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264052 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264053 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264054 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264055 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264056 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264057 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264058 5 0.1444 0.903 0.072 0 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 5 0.3729 0.511 0.296 0 0.000 0.000 0.692 0.012
#> SRR1264085 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 5 0.3912 0.422 0.340 0 0.000 0.000 0.648 0.012
#> SRR1264098 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 5 0.0000 0.914 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264130 1 0.0632 0.949 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264131 1 0.0632 0.949 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264132 1 0.0632 0.949 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264133 1 0.0632 0.949 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264134 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264135 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264136 1 0.1196 0.946 0.952 0 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1264137 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264138 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264139 1 0.0632 0.949 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264140 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264141 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264142 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264143 1 0.0547 0.950 0.980 0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1264144 1 0.0632 0.949 0.976 0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1264145 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264146 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264147 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264148 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264149 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264150 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264151 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264152 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264153 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264154 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264155 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264156 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264157 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264158 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264159 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264160 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264161 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264162 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264163 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264164 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264165 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264166 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264167 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264168 1 0.0937 0.946 0.960 0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1264169 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264170 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264171 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264172 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264173 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264174 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264175 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264176 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264177 1 0.3103 0.846 0.836 0 0.064 0.000 0.100 0.000
#> SRR1264178 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264179 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264180 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264181 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264182 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264183 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264184 5 0.5046 0.155 0.424 0 0.012 0.048 0.516 0.000
#> SRR1264185 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264186 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264187 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264188 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264189 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264190 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264191 1 0.0632 0.945 0.976 0 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.3103 0.846 0.836 0 0.064 0.000 0.100 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.950 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264231 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264232 1 0.3532 0.845 0.796 0 0.000 0.000 0.140 0.064
#> SRR1264233 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264234 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264235 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264236 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264237 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264238 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264239 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264240 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264241 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264242 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264243 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264244 1 0.3532 0.845 0.796 0 0.000 0.000 0.140 0.064
#> SRR1264245 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264246 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264247 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264248 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264249 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264250 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264251 1 0.3607 0.847 0.796 0 0.000 0.000 0.112 0.092
#> SRR1264252 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264253 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264254 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264255 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264256 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264257 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264258 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264259 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264260 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264261 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264262 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264263 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264264 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264265 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264266 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264267 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264268 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264269 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264270 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264271 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264272 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264273 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264274 6 0.1267 1.000 0.000 0 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264275 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264276 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264277 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264278 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264279 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264280 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264281 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264282 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264283 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264284 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264285 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264286 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264287 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264288 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264289 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264290 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264291 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264292 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264293 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264294 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264295 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264296 5 0.1814 0.902 0.000 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264297 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264326 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264327 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264328 4 0.0146 0.996 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264329 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264330 4 0.0000 0.993 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264331 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264332 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264333 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264334 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264335 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264336 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264337 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264338 4 0.0000 0.993 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264339 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264340 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264341 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264342 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264343 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264344 4 0.0146 0.996 0.000 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264345 4 0.0000 0.993 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264346 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264347 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264348 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264349 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264350 4 0.0000 0.993 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264351 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1264352 4 0.0260 0.998 0.000 0 0.000 0.992 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 12310 rows and 313 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.801 0.914 0.958 0.4944 0.502 0.502
#> 3 3 1.000 0.973 0.986 0.2811 0.797 0.619
#> 4 4 0.748 0.870 0.893 0.1389 0.837 0.598
#> 5 5 0.754 0.798 0.853 0.0854 0.870 0.579
#> 6 6 0.772 0.827 0.834 0.0342 0.942 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1264040 1 0.9608 0.373 0.616 0.384
#> SRR1264041 1 0.7219 0.745 0.800 0.200
#> SRR1264042 1 0.5946 0.819 0.856 0.144
#> SRR1264043 1 0.8386 0.637 0.732 0.268
#> SRR1264044 1 0.5294 0.847 0.880 0.120
#> SRR1264045 2 0.8955 0.580 0.312 0.688
#> SRR1264046 1 0.9944 0.143 0.544 0.456
#> SRR1264047 1 0.8499 0.623 0.724 0.276
#> SRR1264048 1 0.8861 0.568 0.696 0.304
#> SRR1264049 1 0.6623 0.783 0.828 0.172
#> SRR1264050 1 0.2043 0.938 0.968 0.032
#> SRR1264051 1 0.8267 0.652 0.740 0.260
#> SRR1264052 1 0.8813 0.574 0.700 0.300
#> SRR1264053 1 0.8955 0.549 0.688 0.312
#> SRR1264054 1 0.8016 0.677 0.756 0.244
#> SRR1264055 1 0.9393 0.445 0.644 0.356
#> SRR1264056 1 0.8813 0.574 0.700 0.300
#> SRR1264057 1 0.8207 0.656 0.744 0.256
#> SRR1264058 1 0.7376 0.734 0.792 0.208
#> SRR1264059 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR1264060 2 0.4562 0.895 0.096 0.904
#> SRR1264061 2 0.6973 0.791 0.188 0.812
#> SRR1264062 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1264063 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1264064 2 0.3879 0.910 0.076 0.924
#> SRR1264065 2 0.3879 0.910 0.076 0.924
#> SRR1264066 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1264067 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1264068 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR1264069 2 0.3584 0.915 0.068 0.932
#> SRR1264070 2 0.3584 0.915 0.068 0.932
#> SRR1264071 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR1264072 2 0.4161 0.905 0.084 0.916
#> SRR1264073 2 0.7056 0.785 0.192 0.808
#> SRR1264074 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR1264075 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1264076 2 0.4690 0.891 0.100 0.900
#> SRR1264077 2 0.4161 0.905 0.084 0.916
#> SRR1264078 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR1264079 2 0.4431 0.898 0.092 0.908
#> SRR1264080 2 0.3431 0.918 0.064 0.936
#> SRR1264081 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264084 1 0.9044 0.533 0.680 0.320
#> SRR1264085 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264097 1 0.2423 0.930 0.960 0.040
#> SRR1264098 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264253 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264268 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> SRR1264275 2 0.0672 0.941 0.008 0.992
#> SRR1264276 2 0.5737 0.858 0.136 0.864
#> SRR1264277 1 0.4690 0.867 0.900 0.100
#> SRR1264278 2 0.3431 0.919 0.064 0.936
#> SRR1264279 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264280 2 0.5519 0.869 0.128 0.872
#> SRR1264281 2 0.2603 0.929 0.044 0.956
#> SRR1264282 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR1264283 2 0.1184 0.940 0.016 0.984
#> SRR1264284 2 0.0672 0.942 0.008 0.992
#> SRR1264285 2 0.3879 0.911 0.076 0.924
#> SRR1264286 2 0.4161 0.906 0.084 0.916
#> SRR1264287 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264288 2 0.4431 0.901 0.092 0.908
#> SRR1264289 1 0.7376 0.720 0.792 0.208
#> SRR1264290 2 0.6973 0.794 0.188 0.812
#> SRR1264291 2 0.4939 0.887 0.108 0.892
#> SRR1264292 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR1264293 2 0.0938 0.940 0.012 0.988
#> SRR1264294 2 0.8386 0.679 0.268 0.732
#> SRR1264295 2 0.3431 0.919 0.064 0.936
#> SRR1264296 2 0.4298 0.904 0.088 0.912
#> SRR1264297 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264298 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264299 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264300 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264301 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264302 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264303 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264304 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264305 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264306 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264307 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264308 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264309 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264310 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264311 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264312 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264313 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264314 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264315 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264316 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264317 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264318 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264319 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264320 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264321 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264322 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264323 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264324 2 0.0000 0.943 0.000 1.000
#> SRR1264325 2 0.1633 0.937 0.024 0.976
#> SRR1264326 2 0.3274 0.921 0.060 0.940
#> SRR1264327 2 0.6801 0.811 0.180 0.820
#> SRR1264328 2 0.9661 0.420 0.392 0.608
#> SRR1264329 2 0.4562 0.898 0.096 0.904
#> SRR1264330 2 0.9460 0.484 0.364 0.636
#> SRR1264331 2 0.5737 0.863 0.136 0.864
#> SRR1264332 2 0.5059 0.884 0.112 0.888
#> SRR1264333 2 0.4690 0.894 0.100 0.900
#> SRR1264334 2 0.3584 0.917 0.068 0.932
#> SRR1264335 2 0.1414 0.938 0.020 0.980
#> SRR1264336 2 0.9248 0.544 0.340 0.660
#> SRR1264337 2 0.4161 0.906 0.084 0.916
#> SRR1264338 1 0.2778 0.922 0.952 0.048
#> SRR1264339 2 0.7745 0.744 0.228 0.772
#> SRR1264340 2 0.9087 0.578 0.324 0.676
#> SRR1264341 2 0.6048 0.848 0.148 0.852
#> SRR1264342 2 0.2236 0.932 0.036 0.964
#> SRR1264343 2 0.6623 0.821 0.172 0.828
#> SRR1264344 2 0.6048 0.848 0.148 0.852
#> SRR1264345 1 0.6623 0.774 0.828 0.172
#> SRR1264346 2 0.7883 0.731 0.236 0.764
#> SRR1264347 2 0.1184 0.939 0.016 0.984
#> SRR1264348 2 0.4161 0.907 0.084 0.916
#> SRR1264349 2 0.6048 0.850 0.148 0.852
#> SRR1264350 2 0.9661 0.414 0.392 0.608
#> SRR1264351 2 0.4815 0.890 0.104 0.896
#> SRR1264352 2 0.1633 0.937 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1264040 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264041 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264042 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264043 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264044 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264045 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264046 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264047 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264048 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264049 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264050 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264051 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264052 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264053 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264054 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264055 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264056 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264057 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264058 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264059 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR1264085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264097 2 0.1529 0.950 0.040 0.960 0.000
#> SRR1264098 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264130 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264131 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264132 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264133 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264134 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264135 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264136 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264137 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264138 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264139 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264140 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264141 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264142 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264143 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264144 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264145 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264146 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264147 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264148 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264149 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264150 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264151 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264152 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264153 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264154 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264155 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264156 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264157 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264158 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264159 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264160 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264161 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264162 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264163 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264164 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264165 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264166 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264167 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264168 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264169 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264170 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264171 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264172 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264173 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264174 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264175 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264176 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264177 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264178 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264179 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264180 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264181 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264182 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264183 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264184 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264185 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264186 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264187 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264188 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264189 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264190 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264191 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264192 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264193 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264194 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264195 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264196 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264197 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264198 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264199 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264200 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264201 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264202 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264203 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264204 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264205 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264206 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264207 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264210 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264211 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264212 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264213 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264214 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264215 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264216 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264217 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264218 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264219 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264220 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264221 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264223 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264224 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264225 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264226 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264227 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264228 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264229 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264230 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264231 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264232 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264233 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264234 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264235 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264236 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264237 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264238 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264239 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264240 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264241 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264242 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264243 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264244 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264245 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264246 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264247 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264248 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264249 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264250 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264251 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264252 1 0.0747 0.978 0.984 0.000 0.016
#> SRR1264253 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264254 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264255 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264256 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264257 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264258 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264259 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264260 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264261 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264262 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264263 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264264 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264265 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264266 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264267 1 0.0237 0.991 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264268 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264269 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264270 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264271 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264272 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264273 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264274 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264275 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264276 3 0.1964 0.930 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264277 1 0.5397 0.573 0.720 0.000 0.280
#> SRR1264278 3 0.1031 0.944 0.024 0.000 0.976
#> SRR1264279 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264280 3 0.1031 0.944 0.024 0.000 0.976
#> SRR1264281 3 0.0424 0.945 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264282 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264283 3 0.0424 0.945 0.008 0.000 0.992
#> SRR1264284 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264285 3 0.0747 0.945 0.016 0.000 0.984
#> SRR1264286 3 0.0892 0.945 0.020 0.000 0.980
#> SRR1264287 3 0.0237 0.945 0.004 0.000 0.996
#> SRR1264288 3 0.1163 0.942 0.028 0.000 0.972
#> SRR1264289 1 0.6192 0.193 0.580 0.000 0.420
#> SRR1264290 3 0.3816 0.847 0.148 0.000 0.852
#> SRR1264291 3 0.1289 0.943 0.032 0.000 0.968
#> SRR1264292 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264293 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264294 3 0.4702 0.775 0.212 0.000 0.788
#> SRR1264295 3 0.0592 0.945 0.012 0.000 0.988
#> SRR1264296 3 0.1411 0.941 0.036 0.000 0.964
#> SRR1264297 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR1264325 3 0.1753 0.938 0.048 0.000 0.952
#> SRR1264326 3 0.2711 0.917 0.088 0.000 0.912
#> SRR1264327 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR1264328 3 0.3340 0.890 0.120 0.000 0.880
#> SRR1264329 3 0.2066 0.933 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264330 3 0.4399 0.815 0.188 0.000 0.812
#> SRR1264331 3 0.2878 0.911 0.096 0.000 0.904
#> SRR1264332 3 0.2261 0.929 0.068 0.000 0.932
#> SRR1264333 3 0.1964 0.935 0.056 0.000 0.944
#> SRR1264334 3 0.2356 0.927 0.072 0.000 0.928
#> SRR1264335 3 0.1411 0.941 0.036 0.000 0.964
#> SRR1264336 3 0.2537 0.922 0.080 0.000 0.920
#> SRR1264337 3 0.2165 0.931 0.064 0.000 0.936
#> SRR1264338 3 0.6140 0.407 0.404 0.000 0.596
#> SRR1264339 3 0.2711 0.917 0.088 0.000 0.912
#> SRR1264340 3 0.3412 0.886 0.124 0.000 0.876
#> SRR1264341 3 0.2878 0.910 0.096 0.000 0.904
#> SRR1264342 3 0.1753 0.938 0.048 0.000 0.952
#> SRR1264343 3 0.3038 0.904 0.104 0.000 0.896
#> SRR1264344 3 0.2356 0.927 0.072 0.000 0.928
#> SRR1264345 3 0.6095 0.440 0.392 0.000 0.608
#> SRR1264346 3 0.3879 0.858 0.152 0.000 0.848
#> SRR1264347 3 0.1529 0.940 0.040 0.000 0.960
#> SRR1264348 3 0.2261 0.929 0.068 0.000 0.932
#> SRR1264349 3 0.2066 0.933 0.060 0.000 0.940
#> SRR1264350 3 0.3941 0.854 0.156 0.000 0.844
#> SRR1264351 3 0.2711 0.916 0.088 0.000 0.912
#> SRR1264352 3 0.1753 0.938 0.048 0.000 0.952
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1264040 2 0.1807 0.952 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1264041 2 0.2142 0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264042 2 0.2021 0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264043 2 0.2142 0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264044 2 0.2142 0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264045 2 0.1807 0.952 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1264046 2 0.2021 0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264047 2 0.1938 0.950 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1264048 2 0.2142 0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264049 2 0.2256 0.942 0.020 0.924 0.000 0.056
#> SRR1264050 2 0.4731 0.779 0.160 0.780 0.000 0.060
#> SRR1264051 2 0.2021 0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264052 2 0.1890 0.950 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1264053 2 0.2021 0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264054 2 0.2021 0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264055 2 0.2021 0.947 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1264056 2 0.1807 0.952 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1264057 2 0.1890 0.950 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1264058 2 0.2142 0.945 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1264059 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264082 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264083 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264084 2 0.3266 0.809 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1264085 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264086 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264087 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264088 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264089 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264090 2 0.0188 0.981 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264091 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264092 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264093 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264094 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264095 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264096 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264097 4 0.5050 0.265 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1264098 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264099 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264100 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264101 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264102 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264103 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264104 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 1 0.3726 0.762 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264130 1 0.2760 0.800 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1264131 1 0.2647 0.800 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1264132 1 0.2921 0.799 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1264133 1 0.2530 0.801 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1264134 1 0.3172 0.793 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264135 1 0.2469 0.802 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264136 1 0.3688 0.779 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264137 1 0.3688 0.765 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264138 1 0.4222 0.699 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1264139 1 0.2973 0.798 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1264140 1 0.2345 0.800 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264141 1 0.3726 0.764 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1264142 1 0.3801 0.760 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264143 1 0.3123 0.795 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1264144 1 0.3172 0.792 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264145 1 0.4431 0.699 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264146 1 0.3528 0.791 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1264147 1 0.3172 0.799 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264148 1 0.3400 0.793 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1264149 1 0.3311 0.797 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1264150 1 0.4134 0.744 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264151 1 0.3444 0.793 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264152 1 0.4164 0.745 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1264153 1 0.2281 0.807 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1264154 1 0.3528 0.791 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1264155 1 0.3219 0.801 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1264156 1 0.3801 0.777 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1264157 1 0.2469 0.806 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1264158 1 0.2868 0.805 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1264159 1 0.4008 0.753 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1264160 1 0.3486 0.793 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1264161 1 0.3219 0.799 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1264162 1 0.3266 0.797 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1264163 1 0.3356 0.796 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1264164 1 0.2216 0.806 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1264165 1 0.2081 0.806 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1264166 1 0.3444 0.792 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264167 1 0.3688 0.782 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264168 1 0.2345 0.807 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1264169 4 0.2081 0.950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264170 4 0.2011 0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264171 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264172 4 0.2081 0.950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264173 4 0.1940 0.943 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264174 4 0.2081 0.950 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264175 4 0.2011 0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264176 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264177 4 0.2281 0.953 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264178 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264179 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264180 4 0.1940 0.943 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264181 4 0.2011 0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264182 4 0.2011 0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264183 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264184 4 0.1940 0.937 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1264185 4 0.2216 0.953 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1264186 4 0.2011 0.948 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1264187 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264188 4 0.2216 0.953 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1264189 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264190 4 0.2149 0.953 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1264191 4 0.2081 0.951 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1264192 4 0.2530 0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264193 4 0.2530 0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264194 4 0.2469 0.949 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264195 4 0.2530 0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264196 4 0.2469 0.949 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264197 4 0.2530 0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264198 4 0.2530 0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264199 4 0.2408 0.951 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1264200 4 0.2647 0.940 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1264201 4 0.2589 0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264202 4 0.2589 0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264203 4 0.2530 0.947 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1264204 4 0.2281 0.952 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264205 4 0.2469 0.950 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264206 4 0.2589 0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264207 4 0.2589 0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264208 4 0.2589 0.943 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264209 4 0.2345 0.952 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1264210 4 0.2589 0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264211 4 0.2589 0.945 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1264212 1 0.3486 0.777 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1264213 1 0.3123 0.790 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1264214 1 0.3074 0.792 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1264215 1 0.3975 0.751 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1264216 1 0.4250 0.701 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1264217 1 0.4907 0.409 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1264218 1 0.3444 0.790 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1264219 1 0.2081 0.800 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1264220 1 0.2704 0.799 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1264221 4 0.2469 0.950 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1264222 1 0.3311 0.785 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1264223 1 0.4585 0.605 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1264224 1 0.3873 0.749 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264225 1 0.4134 0.716 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1264226 4 0.5000 -0.142 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1264227 1 0.4356 0.687 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1264228 1 0.2814 0.798 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1264229 1 0.3123 0.797 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1264230 1 0.4543 0.661 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1264231 1 0.3649 0.779 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264232 1 0.3172 0.799 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1264233 1 0.3975 0.754 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1264234 1 0.4661 0.630 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1264235 1 0.3074 0.801 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1264236 1 0.4955 0.407 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1264237 1 0.4679 0.612 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1264238 1 0.4605 0.639 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1264239 1 0.4277 0.717 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1264240 1 0.4500 0.669 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1264241 1 0.4431 0.685 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1264242 1 0.4925 0.439 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1264243 1 0.3907 0.760 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1264244 1 0.3688 0.776 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1264245 1 0.4454 0.685 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1264246 1 0.3873 0.762 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1264247 1 0.3649 0.779 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1264248 1 0.4103 0.743 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1264249 1 0.4454 0.680 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1264250 1 0.4040 0.746 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1264251 1 0.4222 0.725 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1264252 1 0.3893 0.729 0.796 0.000 0.196 0.008
#> SRR1264253 1 0.3307 0.786 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR1264254 1 0.4046 0.777 0.828 0.000 0.124 0.048
#> SRR1264255 1 0.3495 0.768 0.844 0.000 0.140 0.016
#> SRR1264256 1 0.3143 0.786 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR1264257 1 0.2845 0.793 0.896 0.000 0.076 0.028
#> SRR1264258 1 0.2918 0.779 0.876 0.000 0.116 0.008
#> SRR1264259 1 0.2174 0.796 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1264260 1 0.2730 0.789 0.896 0.000 0.088 0.016
#> SRR1264261 1 0.3427 0.783 0.860 0.000 0.112 0.028
#> SRR1264262 1 0.2563 0.793 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR1264263 1 0.3123 0.760 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1264264 1 0.4079 0.741 0.800 0.000 0.180 0.020
#> SRR1264265 1 0.2593 0.783 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1264266 1 0.2466 0.786 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1264267 1 0.3161 0.776 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR1264268 1 0.4716 0.727 0.764 0.000 0.196 0.040
#> SRR1264269 1 0.4462 0.772 0.804 0.000 0.132 0.064
#> SRR1264270 1 0.3280 0.778 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR1264271 1 0.3024 0.763 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1264272 1 0.3895 0.739 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1264273 1 0.3900 0.753 0.816 0.000 0.164 0.020
#> SRR1264274 1 0.3870 0.719 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1264275 1 0.3732 0.719 0.852 0.000 0.092 0.056
#> SRR1264276 1 0.3858 0.714 0.844 0.000 0.100 0.056
#> SRR1264277 1 0.3004 0.744 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR1264278 1 0.4701 0.665 0.780 0.000 0.164 0.056
#> SRR1264279 1 0.5219 0.606 0.728 0.000 0.216 0.056
#> SRR1264280 1 0.4259 0.701 0.816 0.000 0.128 0.056
#> SRR1264281 1 0.3533 0.726 0.864 0.000 0.080 0.056
#> SRR1264282 1 0.4514 0.679 0.796 0.000 0.148 0.056
#> SRR1264283 1 0.3732 0.720 0.852 0.000 0.092 0.056
#> SRR1264284 1 0.4415 0.685 0.804 0.000 0.140 0.056
#> SRR1264285 1 0.4713 0.660 0.776 0.000 0.172 0.052
#> SRR1264286 1 0.4037 0.710 0.832 0.000 0.112 0.056
#> SRR1264287 1 0.4957 0.635 0.748 0.000 0.204 0.048
#> SRR1264288 1 0.3858 0.714 0.844 0.000 0.100 0.056
#> SRR1264289 1 0.3004 0.743 0.892 0.000 0.060 0.048
#> SRR1264290 1 0.4364 0.690 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1264291 1 0.4127 0.710 0.824 0.000 0.124 0.052
#> SRR1264292 1 0.4514 0.679 0.796 0.000 0.148 0.056
#> SRR1264293 1 0.5184 0.617 0.732 0.000 0.212 0.056
#> SRR1264294 1 0.3667 0.722 0.856 0.000 0.088 0.056
#> SRR1264295 1 0.4364 0.691 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1264296 1 0.4127 0.702 0.824 0.000 0.124 0.052
#> SRR1264297 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1264325 3 0.0817 0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264326 3 0.1211 0.964 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264327 3 0.1474 0.955 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1264328 3 0.2011 0.926 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1264329 3 0.0817 0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264330 3 0.1302 0.960 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264331 3 0.1389 0.958 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1264332 3 0.0921 0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264333 3 0.0817 0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264334 3 0.0817 0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264335 3 0.1118 0.966 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1264336 3 0.2216 0.914 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1264337 3 0.1211 0.963 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264338 3 0.3172 0.830 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1264339 3 0.0921 0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264340 3 0.2345 0.905 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1264341 3 0.0921 0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264342 3 0.1302 0.961 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264343 3 0.1211 0.964 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264344 3 0.1302 0.961 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264345 3 0.4382 0.567 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1264346 3 0.1302 0.961 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1264347 3 0.0921 0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1264348 3 0.1022 0.967 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1264349 3 0.0817 0.969 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1264350 3 0.1940 0.935 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1264351 3 0.1211 0.964 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1264352 3 0.0921 0.969 0.028 0.000 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1264040 5 0.4522 0.3177 0.000 0.440 0.000 0.008 0.552
#> SRR1264041 5 0.4575 0.4132 0.004 0.392 0.000 0.008 0.596
#> SRR1264042 5 0.4668 0.4290 0.008 0.384 0.000 0.008 0.600
#> SRR1264043 5 0.4595 0.4024 0.004 0.400 0.000 0.008 0.588
#> SRR1264044 5 0.4668 0.4276 0.008 0.384 0.000 0.008 0.600
#> SRR1264045 5 0.4670 0.3179 0.004 0.440 0.000 0.008 0.548
#> SRR1264046 5 0.4604 0.3943 0.004 0.404 0.000 0.008 0.584
#> SRR1264047 5 0.4735 0.3790 0.008 0.412 0.000 0.008 0.572
#> SRR1264048 5 0.4699 0.4083 0.008 0.396 0.000 0.008 0.588
#> SRR1264049 5 0.4645 0.4397 0.008 0.376 0.000 0.008 0.608
#> SRR1264050 5 0.4082 0.5917 0.008 0.240 0.000 0.012 0.740
#> SRR1264051 5 0.4637 0.3593 0.004 0.420 0.000 0.008 0.568
#> SRR1264052 5 0.4718 0.3945 0.008 0.404 0.000 0.008 0.580
#> SRR1264053 5 0.4604 0.3943 0.004 0.404 0.000 0.008 0.584
#> SRR1264054 5 0.4758 0.3553 0.008 0.424 0.000 0.008 0.560
#> SRR1264055 5 0.4709 0.4041 0.008 0.400 0.000 0.008 0.584
#> SRR1264056 5 0.4777 0.3271 0.008 0.436 0.000 0.008 0.548
#> SRR1264057 5 0.4743 0.3704 0.008 0.416 0.000 0.008 0.568
#> SRR1264058 5 0.4718 0.3948 0.008 0.404 0.000 0.008 0.580
#> SRR1264059 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264060 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264061 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264062 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264063 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264064 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264065 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264066 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264067 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264068 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264069 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264070 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264071 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264072 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264073 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264074 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264075 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264076 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264077 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264078 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264079 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264080 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264081 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264082 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264083 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264084 2 0.3190 0.8085 0.140 0.840 0.000 0.012 0.008
#> SRR1264085 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264086 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264087 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264088 2 0.0162 0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264089 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264090 2 0.0162 0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264091 2 0.0162 0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264092 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264093 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264094 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264095 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264096 2 0.0162 0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264097 2 0.4125 0.7274 0.172 0.780 0.000 0.008 0.040
#> SRR1264098 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264099 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264100 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264101 2 0.0613 0.9837 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264102 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264103 2 0.0324 0.9891 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264104 2 0.0162 0.9905 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0000 0.9920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 5 0.4696 0.4485 0.360 0.000 0.000 0.024 0.616
#> SRR1264130 5 0.4857 0.4907 0.324 0.000 0.000 0.040 0.636
#> SRR1264131 5 0.4697 0.5148 0.304 0.000 0.000 0.036 0.660
#> SRR1264132 5 0.4873 0.5021 0.312 0.000 0.000 0.044 0.644
#> SRR1264133 5 0.4920 0.5023 0.308 0.000 0.000 0.048 0.644
#> SRR1264134 5 0.4866 0.4671 0.344 0.000 0.000 0.036 0.620
#> SRR1264135 5 0.4735 0.5244 0.284 0.000 0.000 0.044 0.672
#> SRR1264136 5 0.5747 0.2631 0.408 0.000 0.000 0.088 0.504
#> SRR1264137 5 0.4874 0.4356 0.368 0.000 0.000 0.032 0.600
#> SRR1264138 5 0.4807 0.2668 0.448 0.000 0.000 0.020 0.532
#> SRR1264139 5 0.4728 0.5223 0.296 0.000 0.000 0.040 0.664
#> SRR1264140 5 0.4665 0.5435 0.260 0.000 0.000 0.048 0.692
#> SRR1264141 5 0.4757 0.4123 0.380 0.000 0.000 0.024 0.596
#> SRR1264142 5 0.4798 0.3854 0.396 0.000 0.000 0.024 0.580
#> SRR1264143 5 0.4908 0.4951 0.320 0.000 0.000 0.044 0.636
#> SRR1264144 5 0.5094 0.4495 0.352 0.000 0.000 0.048 0.600
#> SRR1264145 4 0.5309 0.7977 0.160 0.000 0.000 0.676 0.164
#> SRR1264146 4 0.5240 0.8066 0.120 0.000 0.000 0.676 0.204
#> SRR1264147 4 0.5264 0.7788 0.092 0.000 0.000 0.652 0.256
#> SRR1264148 4 0.4933 0.8179 0.096 0.000 0.000 0.704 0.200
#> SRR1264149 4 0.5832 0.7365 0.152 0.000 0.000 0.600 0.248
#> SRR1264150 4 0.5638 0.7650 0.152 0.000 0.000 0.632 0.216
#> SRR1264151 4 0.5284 0.7843 0.104 0.000 0.000 0.660 0.236
#> SRR1264152 4 0.5513 0.7797 0.168 0.000 0.000 0.652 0.180
#> SRR1264153 4 0.5254 0.7711 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR1264154 4 0.5197 0.8026 0.116 0.000 0.000 0.680 0.204
#> SRR1264155 4 0.5909 0.7162 0.164 0.000 0.000 0.592 0.244
#> SRR1264156 4 0.5964 0.7204 0.180 0.000 0.000 0.588 0.232
#> SRR1264157 4 0.4995 0.7809 0.068 0.000 0.000 0.668 0.264
#> SRR1264158 4 0.5195 0.8019 0.108 0.000 0.000 0.676 0.216
#> SRR1264159 4 0.6108 0.6970 0.208 0.000 0.000 0.568 0.224
#> SRR1264160 4 0.5149 0.8027 0.104 0.000 0.000 0.680 0.216
#> SRR1264161 4 0.5137 0.8061 0.108 0.000 0.000 0.684 0.208
#> SRR1264162 4 0.5489 0.7807 0.136 0.000 0.000 0.648 0.216
#> SRR1264163 4 0.5205 0.7978 0.104 0.000 0.000 0.672 0.224
#> SRR1264164 4 0.4928 0.7759 0.056 0.000 0.000 0.660 0.284
#> SRR1264165 4 0.4800 0.7799 0.052 0.000 0.000 0.676 0.272
#> SRR1264166 4 0.5167 0.8061 0.116 0.000 0.000 0.684 0.200
#> SRR1264167 4 0.5594 0.7700 0.136 0.000 0.000 0.632 0.232
#> SRR1264168 4 0.4815 0.7999 0.064 0.000 0.000 0.692 0.244
#> SRR1264169 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264170 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264171 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264172 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264173 1 0.0451 0.8995 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1264174 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264175 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264176 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264177 1 0.1211 0.8879 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1264178 1 0.0324 0.9021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264179 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264180 1 0.0324 0.9021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1264181 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264182 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264183 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264184 1 0.5544 0.4613 0.624 0.000 0.004 0.280 0.092
#> SRR1264185 1 0.0290 0.9041 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264186 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264187 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264188 1 0.0451 0.9034 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264189 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264190 1 0.0451 0.9034 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1264191 1 0.0162 0.9044 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264192 1 0.1830 0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264193 1 0.1764 0.8992 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1264194 1 0.1894 0.8963 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264195 1 0.1956 0.8933 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1264196 1 0.1830 0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264197 1 0.1894 0.8963 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264198 1 0.1956 0.8933 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1264199 1 0.1764 0.8993 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1264200 1 0.2136 0.8821 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR1264201 1 0.2249 0.8728 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR1264202 1 0.1830 0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264203 1 0.1894 0.8963 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264204 1 0.1697 0.8998 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1264205 1 0.1894 0.8960 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264206 1 0.1894 0.8961 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1264207 1 0.2193 0.8776 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR1264208 1 0.1830 0.8981 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1264209 1 0.1764 0.8992 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1264210 1 0.2304 0.8677 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1264211 1 0.2077 0.8856 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR1264212 5 0.4592 0.4920 0.332 0.000 0.000 0.024 0.644
#> SRR1264213 5 0.4338 0.5396 0.280 0.000 0.000 0.024 0.696
#> SRR1264214 5 0.4716 0.5149 0.308 0.000 0.000 0.036 0.656
#> SRR1264215 5 0.4867 0.3034 0.432 0.000 0.000 0.024 0.544
#> SRR1264216 5 0.4658 0.3648 0.408 0.000 0.000 0.016 0.576
#> SRR1264217 1 0.4731 -0.0467 0.528 0.000 0.000 0.016 0.456
#> SRR1264218 5 0.5091 0.4187 0.372 0.000 0.000 0.044 0.584
#> SRR1264219 5 0.3954 0.5854 0.192 0.000 0.000 0.036 0.772
#> SRR1264220 5 0.4397 0.5398 0.276 0.000 0.000 0.028 0.696
#> SRR1264221 1 0.2645 0.8512 0.888 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR1264222 5 0.4400 0.5170 0.308 0.000 0.000 0.020 0.672
#> SRR1264223 1 0.4658 -0.1181 0.504 0.000 0.000 0.012 0.484
#> SRR1264224 5 0.4731 0.4936 0.328 0.000 0.000 0.032 0.640
#> SRR1264225 5 0.4949 0.3863 0.396 0.000 0.000 0.032 0.572
#> SRR1264226 1 0.4522 0.0404 0.552 0.000 0.000 0.008 0.440
#> SRR1264227 5 0.4767 0.3356 0.420 0.000 0.000 0.020 0.560
#> SRR1264228 5 0.4793 0.5431 0.260 0.000 0.000 0.056 0.684
#> SRR1264229 5 0.4840 0.4989 0.320 0.000 0.000 0.040 0.640
#> SRR1264230 4 0.4266 0.8419 0.104 0.000 0.000 0.776 0.120
#> SRR1264231 4 0.3911 0.8450 0.060 0.000 0.000 0.796 0.144
#> SRR1264232 4 0.2616 0.8238 0.020 0.000 0.000 0.880 0.100
#> SRR1264233 4 0.3800 0.8454 0.080 0.000 0.000 0.812 0.108
#> SRR1264234 4 0.4351 0.8337 0.132 0.000 0.000 0.768 0.100
#> SRR1264235 4 0.3573 0.8395 0.036 0.000 0.000 0.812 0.152
#> SRR1264236 4 0.4159 0.8247 0.156 0.000 0.000 0.776 0.068
#> SRR1264237 4 0.3517 0.8389 0.100 0.000 0.000 0.832 0.068
#> SRR1264238 4 0.4406 0.8366 0.128 0.000 0.000 0.764 0.108
#> SRR1264239 4 0.4123 0.8422 0.104 0.000 0.000 0.788 0.108
#> SRR1264240 4 0.4406 0.8404 0.108 0.000 0.000 0.764 0.128
#> SRR1264241 4 0.3812 0.8445 0.092 0.000 0.000 0.812 0.096
#> SRR1264242 4 0.4127 0.8348 0.136 0.000 0.000 0.784 0.080
#> SRR1264243 4 0.3849 0.8457 0.080 0.000 0.000 0.808 0.112
#> SRR1264244 4 0.2735 0.8251 0.036 0.000 0.000 0.880 0.084
#> SRR1264245 4 0.3812 0.8437 0.092 0.000 0.000 0.812 0.096
#> SRR1264246 4 0.4127 0.8443 0.080 0.000 0.000 0.784 0.136
#> SRR1264247 4 0.3692 0.8430 0.052 0.000 0.000 0.812 0.136
#> SRR1264248 4 0.4073 0.8429 0.104 0.000 0.000 0.792 0.104
#> SRR1264249 4 0.3704 0.8426 0.092 0.000 0.000 0.820 0.088
#> SRR1264250 4 0.4049 0.8448 0.084 0.000 0.000 0.792 0.124
#> SRR1264251 4 0.4064 0.8446 0.092 0.000 0.000 0.792 0.116
#> SRR1264252 4 0.1894 0.7866 0.000 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1264253 4 0.1469 0.8059 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR1264254 4 0.1408 0.8004 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1264255 4 0.1522 0.8020 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1264256 4 0.1648 0.8020 0.000 0.000 0.040 0.940 0.020
#> SRR1264257 4 0.1399 0.8080 0.000 0.000 0.028 0.952 0.020
#> SRR1264258 4 0.1386 0.8080 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1264259 4 0.1386 0.8077 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1264260 4 0.1818 0.8067 0.000 0.000 0.044 0.932 0.024
#> SRR1264261 4 0.1408 0.8003 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1264262 4 0.1386 0.8084 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1264263 4 0.1408 0.8023 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1264264 4 0.1750 0.7942 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1264265 4 0.1522 0.8037 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1264266 4 0.1469 0.8047 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR1264267 4 0.1725 0.7979 0.000 0.000 0.044 0.936 0.020
#> SRR1264268 4 0.1877 0.7871 0.000 0.000 0.064 0.924 0.012
#> SRR1264269 4 0.1800 0.7910 0.000 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR1264270 4 0.1485 0.8067 0.000 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1264271 4 0.1568 0.8054 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1264272 4 0.1701 0.7939 0.000 0.000 0.048 0.936 0.016
#> SRR1264273 4 0.2012 0.7933 0.000 0.000 0.060 0.920 0.020
#> SRR1264274 4 0.1877 0.7964 0.000 0.000 0.064 0.924 0.012
#> SRR1264275 5 0.3612 0.6278 0.000 0.004 0.100 0.064 0.832
#> SRR1264276 5 0.3410 0.6230 0.000 0.000 0.092 0.068 0.840
#> SRR1264277 5 0.3134 0.5736 0.000 0.000 0.032 0.120 0.848
#> SRR1264278 5 0.4138 0.6087 0.000 0.000 0.160 0.064 0.776
#> SRR1264279 5 0.4129 0.5972 0.000 0.000 0.204 0.040 0.756
#> SRR1264280 5 0.3705 0.6208 0.000 0.000 0.120 0.064 0.816
#> SRR1264281 5 0.3392 0.6225 0.000 0.004 0.084 0.064 0.848
#> SRR1264282 5 0.3803 0.6215 0.000 0.000 0.140 0.056 0.804
#> SRR1264283 5 0.3543 0.6270 0.000 0.000 0.112 0.060 0.828
#> SRR1264284 5 0.4002 0.6185 0.000 0.004 0.144 0.056 0.796
#> SRR1264285 5 0.4069 0.6139 0.000 0.000 0.136 0.076 0.788
#> SRR1264286 5 0.3875 0.6142 0.000 0.000 0.124 0.072 0.804
#> SRR1264287 5 0.3954 0.6069 0.000 0.000 0.192 0.036 0.772
#> SRR1264288 5 0.3639 0.6191 0.000 0.000 0.100 0.076 0.824
#> SRR1264289 5 0.4548 0.5492 0.000 0.000 0.120 0.128 0.752
#> SRR1264290 5 0.3765 0.6261 0.004 0.000 0.112 0.064 0.820
#> SRR1264291 5 0.3764 0.6179 0.000 0.000 0.156 0.044 0.800
#> SRR1264292 5 0.3779 0.6209 0.000 0.000 0.144 0.052 0.804
#> SRR1264293 5 0.4170 0.6051 0.000 0.000 0.192 0.048 0.760
#> SRR1264294 5 0.3862 0.6059 0.000 0.000 0.104 0.088 0.808
#> SRR1264295 5 0.3752 0.6243 0.000 0.000 0.124 0.064 0.812
#> SRR1264296 5 0.3861 0.6170 0.000 0.000 0.128 0.068 0.804
#> SRR1264297 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264298 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264299 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264300 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264301 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264302 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264303 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264304 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264305 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264306 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264307 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264308 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264309 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264310 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264311 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264312 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264313 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264314 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264315 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264316 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264317 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264318 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264319 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264320 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264321 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264322 3 0.0324 0.9400 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1264323 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264324 3 0.0162 0.9426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1264325 3 0.1914 0.9381 0.000 0.000 0.924 0.060 0.016
#> SRR1264326 3 0.2411 0.9225 0.000 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1264327 3 0.2248 0.9309 0.000 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1264328 3 0.2248 0.9318 0.000 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1264329 3 0.2069 0.9361 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264330 3 0.3242 0.8644 0.000 0.000 0.816 0.172 0.012
#> SRR1264331 3 0.2293 0.9325 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR1264332 3 0.2172 0.9357 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR1264333 3 0.2069 0.9361 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264334 3 0.1956 0.9364 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1264335 3 0.2136 0.9328 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1264336 3 0.2574 0.9165 0.000 0.000 0.876 0.112 0.012
#> SRR1264337 3 0.2130 0.9347 0.000 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR1264338 3 0.4165 0.6509 0.000 0.000 0.672 0.320 0.008
#> SRR1264339 3 0.2136 0.9332 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1264340 3 0.2723 0.9068 0.000 0.000 0.864 0.124 0.012
#> SRR1264341 3 0.2006 0.9365 0.000 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR1264342 3 0.2077 0.9348 0.000 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR1264343 3 0.2172 0.9353 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR1264344 3 0.2416 0.9256 0.000 0.000 0.888 0.100 0.012
#> SRR1264345 3 0.4575 0.5971 0.000 0.000 0.648 0.328 0.024
#> SRR1264346 3 0.2136 0.9316 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1264347 3 0.1809 0.9388 0.000 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR1264348 3 0.1956 0.9362 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1264349 3 0.2069 0.9355 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264350 3 0.3596 0.8171 0.000 0.000 0.776 0.212 0.012
#> SRR1264351 3 0.2069 0.9355 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1264352 3 0.1956 0.9364 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1264040 5 0.5071 0.545 0.084 0.276 0.000 0.012 0.628 0.000
#> SRR1264041 5 0.4640 0.639 0.080 0.208 0.000 0.012 0.700 0.000
#> SRR1264042 5 0.4652 0.644 0.088 0.196 0.000 0.012 0.704 0.000
#> SRR1264043 5 0.4715 0.634 0.084 0.212 0.000 0.012 0.692 0.000
#> SRR1264044 5 0.4593 0.649 0.088 0.188 0.000 0.012 0.712 0.000
#> SRR1264045 5 0.5096 0.519 0.080 0.292 0.000 0.012 0.616 0.000
#> SRR1264046 5 0.4816 0.614 0.084 0.228 0.000 0.012 0.676 0.000
#> SRR1264047 5 0.4909 0.596 0.084 0.244 0.000 0.012 0.660 0.000
#> SRR1264048 5 0.4719 0.626 0.080 0.220 0.000 0.012 0.688 0.000
#> SRR1264049 5 0.4556 0.647 0.080 0.196 0.000 0.012 0.712 0.000
#> SRR1264050 5 0.3911 0.684 0.092 0.108 0.000 0.012 0.788 0.000
#> SRR1264051 5 0.4817 0.607 0.080 0.236 0.000 0.012 0.672 0.000
#> SRR1264052 5 0.4791 0.620 0.084 0.224 0.000 0.012 0.680 0.000
#> SRR1264053 5 0.4906 0.586 0.080 0.252 0.000 0.012 0.656 0.000
#> SRR1264054 5 0.4954 0.592 0.088 0.244 0.000 0.012 0.656 0.000
#> SRR1264055 5 0.4840 0.600 0.080 0.240 0.000 0.012 0.668 0.000
#> SRR1264056 5 0.4988 0.558 0.080 0.268 0.000 0.012 0.640 0.000
#> SRR1264057 5 0.4840 0.603 0.080 0.240 0.000 0.012 0.668 0.000
#> SRR1264058 5 0.4813 0.623 0.088 0.220 0.000 0.012 0.680 0.000
#> SRR1264059 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264060 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264061 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264062 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264063 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264064 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264065 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264066 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264067 2 0.0622 0.970 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264068 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264069 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264070 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264071 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264072 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264073 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264074 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264075 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264076 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264077 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264078 2 0.0622 0.970 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1264079 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264080 2 0.0508 0.970 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1264081 2 0.1078 0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264082 2 0.1078 0.961 0.016 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264083 2 0.1078 0.961 0.016 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264084 2 0.5935 0.516 0.160 0.604 0.004 0.012 0.016 0.204
#> SRR1264085 2 0.0881 0.965 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264086 2 0.1262 0.956 0.020 0.956 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264087 2 0.0767 0.966 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264088 2 0.1173 0.959 0.016 0.960 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264089 2 0.0984 0.963 0.012 0.968 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264090 2 0.1194 0.958 0.032 0.956 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1264091 2 0.1078 0.961 0.016 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264092 2 0.1173 0.959 0.016 0.960 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264093 2 0.0767 0.966 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1264094 2 0.1078 0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264095 2 0.0984 0.963 0.012 0.968 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264096 2 0.0976 0.963 0.016 0.968 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264097 2 0.7000 0.200 0.232 0.448 0.004 0.040 0.012 0.264
#> SRR1264098 2 0.1173 0.959 0.016 0.960 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264099 2 0.1078 0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264100 2 0.1078 0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264101 2 0.0820 0.967 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1264102 2 0.0984 0.963 0.012 0.968 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1264103 2 0.1078 0.961 0.012 0.964 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1264104 2 0.0976 0.963 0.016 0.968 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1264105 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264106 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264107 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264108 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264109 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264110 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264111 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264112 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264113 2 0.0146 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264114 2 0.0146 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264115 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264116 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264117 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264118 2 0.0146 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264119 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264120 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264121 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264122 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264123 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264124 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264125 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264126 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264127 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264128 2 0.0146 0.972 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1264129 5 0.4109 0.689 0.040 0.000 0.000 0.012 0.736 0.212
#> SRR1264130 5 0.4046 0.696 0.036 0.000 0.000 0.016 0.748 0.200
#> SRR1264131 5 0.4353 0.686 0.060 0.000 0.000 0.012 0.724 0.204
#> SRR1264132 5 0.4166 0.698 0.040 0.000 0.000 0.020 0.744 0.196
#> SRR1264133 5 0.4217 0.703 0.044 0.000 0.000 0.024 0.748 0.184
#> SRR1264134 5 0.4120 0.676 0.040 0.000 0.000 0.008 0.724 0.228
#> SRR1264135 5 0.4441 0.700 0.056 0.000 0.004 0.024 0.744 0.172
#> SRR1264136 5 0.5417 0.611 0.064 0.000 0.004 0.040 0.628 0.264
#> SRR1264137 5 0.4329 0.682 0.040 0.000 0.004 0.012 0.720 0.224
#> SRR1264138 5 0.4595 0.620 0.040 0.000 0.000 0.016 0.664 0.280
#> SRR1264139 5 0.4058 0.699 0.044 0.000 0.000 0.012 0.748 0.196
#> SRR1264140 5 0.4057 0.715 0.052 0.000 0.004 0.020 0.780 0.144
#> SRR1264141 5 0.4332 0.645 0.040 0.000 0.000 0.008 0.688 0.264
#> SRR1264142 5 0.4366 0.672 0.048 0.000 0.000 0.012 0.708 0.232
#> SRR1264143 5 0.4428 0.676 0.048 0.000 0.000 0.016 0.708 0.228
#> SRR1264144 5 0.4566 0.671 0.048 0.000 0.004 0.016 0.704 0.228
#> SRR1264145 1 0.6182 0.926 0.584 0.000 0.000 0.212 0.092 0.112
#> SRR1264146 1 0.6266 0.929 0.572 0.000 0.000 0.220 0.112 0.096
#> SRR1264147 1 0.6387 0.921 0.560 0.000 0.000 0.212 0.136 0.092
#> SRR1264148 1 0.6189 0.930 0.580 0.000 0.000 0.220 0.108 0.092
#> SRR1264149 1 0.6520 0.904 0.556 0.000 0.000 0.184 0.132 0.128
#> SRR1264150 1 0.6374 0.911 0.572 0.000 0.000 0.188 0.112 0.128
#> SRR1264151 1 0.6272 0.926 0.576 0.000 0.000 0.208 0.120 0.096
#> SRR1264152 1 0.6229 0.916 0.584 0.000 0.000 0.196 0.092 0.128
#> SRR1264153 1 0.6467 0.911 0.548 0.000 0.000 0.212 0.152 0.088
#> SRR1264154 1 0.6269 0.927 0.572 0.000 0.000 0.216 0.124 0.088
#> SRR1264155 1 0.6449 0.887 0.568 0.000 0.000 0.168 0.132 0.132
#> SRR1264156 1 0.6488 0.903 0.560 0.000 0.000 0.184 0.128 0.128
#> SRR1264157 1 0.6367 0.923 0.556 0.000 0.000 0.224 0.136 0.084
#> SRR1264158 1 0.6298 0.927 0.572 0.000 0.000 0.212 0.116 0.100
#> SRR1264159 1 0.6578 0.873 0.552 0.000 0.000 0.164 0.136 0.148
#> SRR1264160 1 0.6450 0.921 0.556 0.000 0.000 0.208 0.132 0.104
#> SRR1264161 1 0.6301 0.928 0.572 0.000 0.000 0.212 0.112 0.104
#> SRR1264162 1 0.6346 0.925 0.568 0.000 0.000 0.208 0.124 0.100
#> SRR1264163 1 0.6352 0.919 0.572 0.000 0.000 0.196 0.124 0.108
#> SRR1264164 1 0.6399 0.920 0.556 0.000 0.000 0.216 0.140 0.088
#> SRR1264165 1 0.6342 0.916 0.556 0.000 0.000 0.224 0.144 0.076
#> SRR1264166 1 0.6276 0.928 0.576 0.000 0.000 0.208 0.116 0.100
#> SRR1264167 1 0.6454 0.906 0.564 0.000 0.000 0.184 0.128 0.124
#> SRR1264168 1 0.6281 0.922 0.564 0.000 0.000 0.224 0.136 0.076
#> SRR1264169 6 0.0865 0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264170 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264171 6 0.0865 0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264172 6 0.0865 0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264173 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264174 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264175 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264176 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264177 6 0.1765 0.876 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1264178 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264179 6 0.0865 0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264180 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264181 6 0.0713 0.940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1264182 6 0.0937 0.936 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1264183 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264184 6 0.5726 0.427 0.320 0.000 0.000 0.164 0.004 0.512
#> SRR1264185 6 0.0865 0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264186 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264187 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264188 6 0.0632 0.938 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1264189 6 0.0790 0.940 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1264190 6 0.0713 0.939 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1264191 6 0.0865 0.938 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1264192 6 0.1265 0.933 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR1264193 6 0.1297 0.935 0.012 0.000 0.000 0.000 0.040 0.948
#> SRR1264194 6 0.1411 0.926 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936
#> SRR1264195 6 0.1563 0.927 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056 0.932
#> SRR1264196 6 0.1152 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044 0.952
#> SRR1264197 6 0.1196 0.935 0.008 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952
#> SRR1264198 6 0.1462 0.926 0.008 0.000 0.000 0.000 0.056 0.936
#> SRR1264199 6 0.1225 0.936 0.012 0.000 0.000 0.000 0.036 0.952
#> SRR1264200 6 0.1588 0.912 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924
#> SRR1264201 6 0.1588 0.912 0.004 0.000 0.000 0.000 0.072 0.924
#> SRR1264202 6 0.1398 0.929 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052 0.940
#> SRR1264203 6 0.1333 0.934 0.008 0.000 0.000 0.000 0.048 0.944
#> SRR1264204 6 0.1265 0.931 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR1264205 6 0.1398 0.929 0.008 0.000 0.000 0.000 0.052 0.940
#> SRR1264206 6 0.1219 0.929 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048 0.948
#> SRR1264207 6 0.1471 0.918 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932
#> SRR1264208 6 0.1434 0.932 0.012 0.000 0.000 0.000 0.048 0.940
#> SRR1264209 6 0.0858 0.933 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968
#> SRR1264210 6 0.1745 0.916 0.012 0.000 0.000 0.000 0.068 0.920
#> SRR1264211 6 0.1411 0.925 0.004 0.000 0.000 0.000 0.060 0.936
#> SRR1264212 5 0.3651 0.694 0.016 0.000 0.000 0.008 0.752 0.224
#> SRR1264213 5 0.3682 0.703 0.032 0.000 0.000 0.004 0.764 0.200
#> SRR1264214 5 0.3877 0.696 0.040 0.000 0.000 0.004 0.748 0.208
#> SRR1264215 5 0.4338 0.604 0.036 0.000 0.000 0.004 0.660 0.300
#> SRR1264216 5 0.3979 0.659 0.028 0.000 0.000 0.004 0.712 0.256
#> SRR1264217 5 0.4362 0.462 0.028 0.000 0.000 0.000 0.584 0.388
#> SRR1264218 5 0.4295 0.672 0.048 0.000 0.000 0.008 0.708 0.236
#> SRR1264219 5 0.2804 0.726 0.024 0.000 0.000 0.004 0.852 0.120
#> SRR1264220 5 0.3604 0.716 0.036 0.000 0.000 0.008 0.788 0.168
#> SRR1264221 6 0.5492 0.562 0.328 0.000 0.000 0.044 0.056 0.572
#> SRR1264222 5 0.3580 0.704 0.028 0.000 0.000 0.004 0.772 0.196
#> SRR1264223 5 0.4218 0.526 0.024 0.000 0.000 0.000 0.616 0.360
#> SRR1264224 5 0.3651 0.692 0.016 0.000 0.000 0.008 0.752 0.224
#> SRR1264225 5 0.4139 0.660 0.036 0.000 0.000 0.004 0.700 0.260
#> SRR1264226 5 0.4189 0.500 0.020 0.000 0.000 0.000 0.604 0.376
#> SRR1264227 5 0.4029 0.619 0.028 0.000 0.000 0.000 0.680 0.292
#> SRR1264228 5 0.4098 0.715 0.040 0.000 0.000 0.028 0.764 0.168
#> SRR1264229 5 0.4149 0.689 0.056 0.000 0.000 0.004 0.728 0.212
#> SRR1264230 1 0.5798 0.922 0.592 0.000 0.000 0.264 0.060 0.084
#> SRR1264231 1 0.5569 0.906 0.584 0.000 0.000 0.304 0.064 0.048
#> SRR1264232 1 0.4810 0.837 0.596 0.000 0.000 0.352 0.036 0.016
#> SRR1264233 1 0.5491 0.908 0.596 0.000 0.000 0.296 0.052 0.056
#> SRR1264234 1 0.5833 0.920 0.584 0.000 0.000 0.272 0.060 0.084
#> SRR1264235 1 0.5574 0.901 0.576 0.000 0.000 0.308 0.084 0.032
#> SRR1264236 1 0.5745 0.918 0.596 0.000 0.000 0.260 0.048 0.096
#> SRR1264237 1 0.5436 0.906 0.600 0.000 0.000 0.296 0.048 0.056
#> SRR1264238 1 0.5837 0.922 0.596 0.000 0.000 0.248 0.056 0.100
#> SRR1264239 1 0.5816 0.922 0.588 0.000 0.000 0.268 0.060 0.084
#> SRR1264240 1 0.5816 0.926 0.596 0.000 0.000 0.256 0.068 0.080
#> SRR1264241 1 0.5626 0.916 0.596 0.000 0.000 0.280 0.052 0.072
#> SRR1264242 1 0.5648 0.921 0.604 0.000 0.000 0.264 0.052 0.080
#> SRR1264243 1 0.5504 0.908 0.592 0.000 0.000 0.300 0.060 0.048
#> SRR1264244 1 0.5015 0.800 0.564 0.000 0.004 0.380 0.036 0.016
#> SRR1264245 1 0.5504 0.906 0.592 0.000 0.000 0.300 0.060 0.048
#> SRR1264246 1 0.5750 0.918 0.584 0.000 0.000 0.284 0.068 0.064
#> SRR1264247 1 0.5534 0.906 0.588 0.000 0.000 0.300 0.072 0.040
#> SRR1264248 1 0.5680 0.918 0.592 0.000 0.000 0.280 0.056 0.072
#> SRR1264249 1 0.5581 0.913 0.592 0.000 0.000 0.292 0.056 0.060
#> SRR1264250 1 0.5569 0.906 0.584 0.000 0.000 0.304 0.064 0.048
#> SRR1264251 1 0.5594 0.911 0.588 0.000 0.000 0.296 0.064 0.052
#> SRR1264252 4 0.1542 0.704 0.008 0.000 0.052 0.936 0.004 0.000
#> SRR1264253 4 0.1592 0.687 0.020 0.000 0.032 0.940 0.008 0.000
#> SRR1264254 4 0.1483 0.695 0.012 0.000 0.036 0.944 0.008 0.000
#> SRR1264255 4 0.1138 0.693 0.004 0.000 0.024 0.960 0.012 0.000
#> SRR1264256 4 0.1332 0.692 0.012 0.000 0.028 0.952 0.008 0.000
#> SRR1264257 4 0.1434 0.664 0.024 0.000 0.008 0.948 0.020 0.000
#> SRR1264258 4 0.1542 0.673 0.024 0.000 0.016 0.944 0.016 0.000
#> SRR1264259 4 0.1630 0.671 0.024 0.000 0.020 0.940 0.016 0.000
#> SRR1264260 4 0.1616 0.690 0.012 0.000 0.028 0.940 0.020 0.000
#> SRR1264261 4 0.1353 0.687 0.012 0.000 0.024 0.952 0.012 0.000
#> SRR1264262 4 0.1675 0.651 0.032 0.000 0.008 0.936 0.024 0.000
#> SRR1264263 4 0.1657 0.695 0.012 0.000 0.040 0.936 0.012 0.000
#> SRR1264264 4 0.1401 0.674 0.028 0.000 0.020 0.948 0.004 0.000
#> SRR1264265 4 0.1882 0.680 0.024 0.000 0.028 0.928 0.020 0.000
#> SRR1264266 4 0.1787 0.685 0.020 0.000 0.032 0.932 0.016 0.000
#> SRR1264267 4 0.1232 0.693 0.004 0.000 0.024 0.956 0.016 0.000
#> SRR1264268 4 0.1410 0.699 0.008 0.000 0.044 0.944 0.004 0.000
#> SRR1264269 4 0.1426 0.687 0.016 0.000 0.028 0.948 0.008 0.000
#> SRR1264270 4 0.1515 0.687 0.020 0.000 0.028 0.944 0.008 0.000
#> SRR1264271 4 0.1511 0.693 0.012 0.000 0.032 0.944 0.012 0.000
#> SRR1264272 4 0.1307 0.696 0.008 0.000 0.032 0.952 0.008 0.000
#> SRR1264273 4 0.1382 0.697 0.008 0.000 0.036 0.948 0.008 0.000
#> SRR1264274 4 0.1555 0.700 0.008 0.000 0.040 0.940 0.012 0.000
#> SRR1264275 5 0.3101 0.708 0.012 0.000 0.136 0.020 0.832 0.000
#> SRR1264276 5 0.3060 0.707 0.012 0.000 0.132 0.020 0.836 0.000
#> SRR1264277 5 0.3419 0.707 0.056 0.000 0.064 0.040 0.840 0.000
#> SRR1264278 5 0.3755 0.669 0.012 0.000 0.192 0.028 0.768 0.000
#> SRR1264279 5 0.3883 0.626 0.004 0.000 0.240 0.028 0.728 0.000
#> SRR1264280 5 0.3279 0.699 0.008 0.000 0.148 0.028 0.816 0.000
#> SRR1264281 5 0.2844 0.717 0.016 0.000 0.104 0.020 0.860 0.000
#> SRR1264282 5 0.3349 0.691 0.008 0.000 0.164 0.024 0.804 0.000
#> SRR1264283 5 0.3001 0.708 0.008 0.000 0.128 0.024 0.840 0.000
#> SRR1264284 5 0.3411 0.690 0.012 0.000 0.160 0.024 0.804 0.000
#> SRR1264285 5 0.3800 0.680 0.020 0.000 0.176 0.028 0.776 0.000
#> SRR1264286 5 0.3395 0.705 0.020 0.000 0.132 0.028 0.820 0.000
#> SRR1264287 5 0.3678 0.636 0.008 0.000 0.228 0.016 0.748 0.000
#> SRR1264288 5 0.3351 0.705 0.016 0.000 0.136 0.028 0.820 0.000
#> SRR1264289 5 0.4305 0.687 0.048 0.000 0.116 0.064 0.772 0.000
#> SRR1264290 5 0.3357 0.702 0.020 0.000 0.144 0.020 0.816 0.000
#> SRR1264291 5 0.3460 0.688 0.008 0.000 0.168 0.028 0.796 0.000
#> SRR1264292 5 0.3353 0.695 0.008 0.000 0.156 0.028 0.808 0.000
#> SRR1264293 5 0.3858 0.617 0.004 0.000 0.248 0.024 0.724 0.000
#> SRR1264294 5 0.3467 0.706 0.024 0.000 0.124 0.032 0.820 0.000
#> SRR1264295 5 0.3233 0.706 0.016 0.000 0.132 0.024 0.828 0.000
#> SRR1264296 5 0.3663 0.690 0.020 0.000 0.160 0.028 0.792 0.000
#> SRR1264297 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264298 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264299 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264300 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264301 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264302 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264303 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264304 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264305 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264306 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264307 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264308 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264309 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264310 3 0.0363 0.991 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1264311 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264312 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264313 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264314 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264315 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264316 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264317 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264318 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264319 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264320 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264321 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264322 3 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1264323 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264324 3 0.0260 0.996 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1264325 4 0.4276 0.620 0.000 0.000 0.416 0.564 0.020 0.000
#> SRR1264326 4 0.4264 0.665 0.000 0.000 0.352 0.620 0.028 0.000
#> SRR1264327 4 0.4563 0.646 0.000 0.000 0.368 0.588 0.044 0.000
#> SRR1264328 4 0.4831 0.655 0.008 0.000 0.340 0.600 0.052 0.000
#> SRR1264329 4 0.4116 0.626 0.000 0.000 0.416 0.572 0.012 0.000
#> SRR1264330 4 0.4384 0.680 0.012 0.000 0.296 0.664 0.028 0.000
#> SRR1264331 4 0.4263 0.656 0.000 0.000 0.376 0.600 0.024 0.000
#> SRR1264332 4 0.4101 0.634 0.000 0.000 0.408 0.580 0.012 0.000
#> SRR1264333 4 0.4129 0.611 0.000 0.000 0.424 0.564 0.012 0.000
#> SRR1264334 4 0.4018 0.632 0.000 0.000 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1264335 4 0.4002 0.637 0.000 0.000 0.404 0.588 0.008 0.000
#> SRR1264336 4 0.4099 0.661 0.000 0.000 0.372 0.612 0.016 0.000
#> SRR1264337 4 0.4184 0.634 0.000 0.000 0.408 0.576 0.016 0.000
#> SRR1264338 4 0.4229 0.694 0.008 0.000 0.208 0.728 0.056 0.000
#> SRR1264339 4 0.4276 0.618 0.000 0.000 0.416 0.564 0.020 0.000
#> SRR1264340 4 0.4306 0.669 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032 0.000
#> SRR1264341 4 0.4192 0.628 0.000 0.000 0.412 0.572 0.016 0.000
#> SRR1264342 4 0.4176 0.637 0.000 0.000 0.404 0.580 0.016 0.000
#> SRR1264343 4 0.4310 0.642 0.000 0.000 0.396 0.580 0.024 0.000
#> SRR1264344 4 0.4206 0.665 0.000 0.000 0.356 0.620 0.024 0.000
#> SRR1264345 4 0.4576 0.679 0.008 0.000 0.220 0.696 0.076 0.000
#> SRR1264346 4 0.4246 0.639 0.000 0.000 0.400 0.580 0.020 0.000
#> SRR1264347 4 0.4254 0.635 0.000 0.000 0.404 0.576 0.020 0.000
#> SRR1264348 4 0.4192 0.630 0.000 0.000 0.412 0.572 0.016 0.000
#> SRR1264349 4 0.4388 0.634 0.000 0.000 0.400 0.572 0.028 0.000
#> SRR1264350 4 0.4034 0.675 0.004 0.000 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1264351 4 0.4168 0.641 0.000 0.000 0.400 0.584 0.016 0.000
#> SRR1264352 4 0.4261 0.631 0.000 0.000 0.408 0.572 0.020 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0