Date: 2019-12-26 00:12:58 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 16900 314
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:NMF | 3 | 0.990 | 0.944 | 0.972 | ** | |
| SD:skmeans | 6 | 0.974 | 0.917 | 0.959 | ** | 5 |
| MAD:NMF | 2 | 0.973 | 0.961 | 0.983 | ** | |
| MAD:skmeans | 6 | 0.960 | 0.900 | 0.952 | ** | 3 |
| CV:skmeans | 6 | 0.956 | 0.923 | 0.957 | ** | 3,5 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.933 | 0.916 | 0.969 | * | 2 |
| SD:NMF | 4 | 0.924 | 0.913 | 0.958 | * | |
| ATC:pam | 5 | 0.904 | 0.840 | 0.916 | * | 3,4 |
| ATC:skmeans | 6 | 0.903 | 0.871 | 0.935 | * | 2,3 |
| MAD:mclust | 4 | 0.891 | 0.890 | 0.948 | ||
| CV:mclust | 5 | 0.860 | 0.861 | 0.909 | ||
| SD:kmeans | 5 | 0.854 | 0.863 | 0.908 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.841 | 0.908 | 0.959 | ||
| CV:kmeans | 5 | 0.830 | 0.846 | 0.887 | ||
| SD:mclust | 4 | 0.818 | 0.877 | 0.945 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.765 | 0.881 | 0.950 | ||
| CV:pam | 2 | 0.693 | 0.898 | 0.947 | ||
| SD:pam | 2 | 0.674 | 0.856 | 0.938 | ||
| ATC:NMF | 4 | 0.568 | 0.738 | 0.842 | ||
| ATC:mclust | 3 | 0.512 | 0.805 | 0.835 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.480 | 0.720 | 0.881 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.332 | 0.724 | 0.823 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.323 | 0.714 | 0.848 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.318 | 0.725 | 0.833 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.879 0.938 0.972 0.498 0.500 0.500
#> CV:NMF 2 0.778 0.906 0.956 0.498 0.502 0.502
#> MAD:NMF 2 0.973 0.961 0.983 0.501 0.499 0.499
#> ATC:NMF 2 0.420 0.733 0.780 0.396 0.616 0.616
#> SD:skmeans 2 0.739 0.874 0.947 0.501 0.498 0.498
#> CV:skmeans 2 0.602 0.811 0.916 0.500 0.498 0.498
#> MAD:skmeans 2 0.747 0.879 0.949 0.502 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 0.993 0.954 0.982 0.500 0.501 0.501
#> SD:mclust 2 0.546 0.860 0.919 0.375 0.656 0.656
#> CV:mclust 2 0.344 0.850 0.860 0.368 0.649 0.649
#> MAD:mclust 2 0.514 0.858 0.879 0.370 0.667 0.667
#> ATC:mclust 2 0.728 0.888 0.952 0.383 0.598 0.598
#> SD:kmeans 2 0.624 0.814 0.909 0.484 0.498 0.498
#> CV:kmeans 2 0.638 0.814 0.915 0.493 0.499 0.499
#> MAD:kmeans 2 0.765 0.881 0.950 0.500 0.498 0.498
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.982 0.993 0.404 0.592 0.592
#> SD:pam 2 0.674 0.856 0.938 0.498 0.500 0.500
#> CV:pam 2 0.693 0.898 0.947 0.497 0.501 0.501
#> MAD:pam 2 0.841 0.908 0.959 0.499 0.500 0.500
#> ATC:pam 2 0.677 0.884 0.923 0.436 0.512 0.512
#> SD:hclust 2 0.332 0.724 0.823 0.429 0.504 0.504
#> CV:hclust 2 0.323 0.714 0.848 0.427 0.517 0.517
#> MAD:hclust 2 0.318 0.725 0.833 0.430 0.512 0.512
#> ATC:hclust 2 0.480 0.720 0.881 0.431 0.533 0.533
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.632 0.642 0.799 0.273 0.821 0.659
#> CV:NMF 3 0.990 0.944 0.972 0.330 0.752 0.544
#> MAD:NMF 3 0.625 0.683 0.782 0.282 0.752 0.548
#> ATC:NMF 3 0.461 0.678 0.833 0.443 0.716 0.574
#> SD:skmeans 3 0.651 0.807 0.887 0.300 0.769 0.572
#> CV:skmeans 3 0.949 0.929 0.971 0.321 0.728 0.509
#> MAD:skmeans 3 0.940 0.922 0.970 0.303 0.765 0.566
#> ATC:skmeans 3 0.939 0.916 0.966 0.271 0.812 0.643
#> SD:mclust 3 0.386 0.713 0.794 0.392 0.926 0.890
#> CV:mclust 3 0.354 0.669 0.774 0.566 0.451 0.329
#> MAD:mclust 3 0.302 0.497 0.633 0.472 0.665 0.517
#> ATC:mclust 3 0.512 0.805 0.835 0.541 0.636 0.451
#> SD:kmeans 3 0.570 0.576 0.700 0.331 0.740 0.524
#> CV:kmeans 3 0.696 0.845 0.895 0.324 0.748 0.540
#> MAD:kmeans 3 0.516 0.656 0.785 0.301 0.723 0.501
#> ATC:kmeans 3 0.933 0.916 0.969 0.545 0.624 0.443
#> SD:pam 3 0.708 0.732 0.885 0.276 0.671 0.446
#> CV:pam 3 0.685 0.765 0.868 0.318 0.754 0.547
#> MAD:pam 3 0.702 0.733 0.888 0.275 0.673 0.450
#> ATC:pam 3 0.966 0.929 0.972 0.385 0.635 0.427
#> SD:hclust 3 0.302 0.682 0.816 0.351 0.825 0.675
#> CV:hclust 3 0.324 0.568 0.759 0.354 0.860 0.742
#> MAD:hclust 3 0.326 0.668 0.795 0.412 0.762 0.575
#> ATC:hclust 3 0.453 0.654 0.825 0.356 0.740 0.566
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.924 0.913 0.958 0.147 0.821 0.562
#> CV:NMF 4 0.836 0.888 0.928 0.111 0.852 0.602
#> MAD:NMF 4 0.891 0.880 0.939 0.137 0.829 0.566
#> ATC:NMF 4 0.568 0.738 0.842 0.245 0.727 0.450
#> SD:skmeans 4 0.795 0.857 0.913 0.126 0.875 0.661
#> CV:skmeans 4 0.799 0.746 0.850 0.122 0.864 0.627
#> MAD:skmeans 4 0.811 0.741 0.861 0.123 0.874 0.662
#> ATC:skmeans 4 0.890 0.867 0.947 0.125 0.909 0.752
#> SD:mclust 4 0.818 0.877 0.945 0.359 0.553 0.336
#> CV:mclust 4 0.805 0.842 0.909 0.254 0.802 0.564
#> MAD:mclust 4 0.891 0.890 0.948 0.316 0.732 0.427
#> ATC:mclust 4 0.830 0.828 0.932 0.133 0.650 0.343
#> SD:kmeans 4 0.615 0.641 0.741 0.137 0.817 0.533
#> CV:kmeans 4 0.766 0.749 0.804 0.118 0.867 0.645
#> MAD:kmeans 4 0.613 0.789 0.834 0.135 0.847 0.589
#> ATC:kmeans 4 0.671 0.780 0.872 0.161 0.796 0.520
#> SD:pam 4 0.746 0.760 0.853 0.109 0.838 0.610
#> CV:pam 4 0.619 0.690 0.843 0.103 0.819 0.547
#> MAD:pam 4 0.750 0.799 0.889 0.132 0.847 0.612
#> ATC:pam 4 0.914 0.898 0.958 0.210 0.776 0.496
#> SD:hclust 4 0.450 0.648 0.800 0.137 0.903 0.758
#> CV:hclust 4 0.516 0.668 0.819 0.199 0.818 0.600
#> MAD:hclust 4 0.483 0.639 0.788 0.133 0.913 0.772
#> ATC:hclust 4 0.501 0.603 0.734 0.142 0.818 0.580
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.844 0.820 0.915 0.0535 0.931 0.754
#> CV:NMF 5 0.852 0.829 0.911 0.0583 0.939 0.777
#> MAD:NMF 5 0.861 0.829 0.922 0.0540 0.913 0.701
#> ATC:NMF 5 0.549 0.564 0.730 0.0860 0.845 0.538
#> SD:skmeans 5 0.934 0.907 0.951 0.0762 0.905 0.664
#> CV:skmeans 5 0.947 0.914 0.957 0.0731 0.897 0.632
#> MAD:skmeans 5 0.891 0.881 0.938 0.0691 0.895 0.641
#> ATC:skmeans 5 0.862 0.715 0.849 0.0581 0.935 0.781
#> SD:mclust 5 0.811 0.831 0.915 0.1197 0.873 0.583
#> CV:mclust 5 0.860 0.861 0.909 0.0947 0.879 0.595
#> MAD:mclust 5 0.810 0.859 0.922 0.1074 0.884 0.613
#> ATC:mclust 5 0.674 0.553 0.751 0.1329 0.833 0.564
#> SD:kmeans 5 0.854 0.863 0.908 0.0728 0.901 0.655
#> CV:kmeans 5 0.830 0.846 0.887 0.0667 0.921 0.720
#> MAD:kmeans 5 0.862 0.845 0.899 0.0645 0.910 0.673
#> ATC:kmeans 5 0.858 0.882 0.929 0.0763 0.918 0.712
#> SD:pam 5 0.804 0.838 0.905 0.0985 0.873 0.613
#> CV:pam 5 0.727 0.589 0.802 0.0749 0.905 0.686
#> MAD:pam 5 0.764 0.761 0.855 0.0713 0.912 0.699
#> ATC:pam 5 0.904 0.840 0.916 0.0546 0.945 0.803
#> SD:hclust 5 0.552 0.650 0.720 0.1069 0.857 0.569
#> CV:hclust 5 0.591 0.642 0.787 0.0630 0.942 0.813
#> MAD:hclust 5 0.558 0.649 0.754 0.0778 0.892 0.655
#> ATC:hclust 5 0.568 0.588 0.796 0.0794 0.861 0.597
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.796 0.710 0.859 0.0404 0.936 0.732
#> CV:NMF 6 0.831 0.781 0.873 0.0386 0.916 0.661
#> MAD:NMF 6 0.821 0.765 0.877 0.0400 0.933 0.724
#> ATC:NMF 6 0.610 0.494 0.705 0.0495 0.904 0.640
#> SD:skmeans 6 0.974 0.917 0.959 0.0240 0.971 0.863
#> CV:skmeans 6 0.956 0.923 0.957 0.0247 0.976 0.883
#> MAD:skmeans 6 0.960 0.900 0.952 0.0270 0.961 0.824
#> ATC:skmeans 6 0.903 0.871 0.935 0.0361 0.933 0.746
#> SD:mclust 6 0.826 0.790 0.880 0.0338 0.950 0.763
#> CV:mclust 6 0.813 0.767 0.837 0.0289 0.965 0.843
#> MAD:mclust 6 0.849 0.831 0.902 0.0339 0.963 0.824
#> ATC:mclust 6 0.734 0.748 0.827 0.0718 0.854 0.487
#> SD:kmeans 6 0.822 0.694 0.823 0.0345 0.956 0.799
#> CV:kmeans 6 0.806 0.729 0.857 0.0431 0.980 0.906
#> MAD:kmeans 6 0.783 0.686 0.845 0.0371 0.981 0.911
#> ATC:kmeans 6 0.795 0.724 0.839 0.0452 0.947 0.769
#> SD:pam 6 0.744 0.619 0.787 0.0456 0.954 0.801
#> CV:pam 6 0.766 0.701 0.841 0.0472 0.868 0.515
#> MAD:pam 6 0.717 0.603 0.752 0.0501 0.943 0.760
#> ATC:pam 6 0.813 0.856 0.910 0.0434 0.956 0.812
#> SD:hclust 6 0.611 0.653 0.791 0.0468 0.957 0.812
#> CV:hclust 6 0.641 0.603 0.759 0.0604 0.930 0.744
#> MAD:hclust 6 0.623 0.640 0.786 0.0446 0.968 0.860
#> ATC:hclust 6 0.632 0.694 0.778 0.0679 0.849 0.516
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.332 0.724 0.823 0.4289 0.504 0.504
#> 3 3 0.302 0.682 0.816 0.3514 0.825 0.675
#> 4 4 0.450 0.648 0.800 0.1372 0.903 0.758
#> 5 5 0.552 0.650 0.720 0.1069 0.857 0.569
#> 6 6 0.611 0.653 0.791 0.0468 0.957 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.9358 0.2141 0.352 0.648
#> SRR1782686 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.8555 0.7609 0.720 0.280
#> SRR1782688 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.8955 0.7557 0.688 0.312
#> SRR1782691 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782693 1 0.3274 0.7125 0.940 0.060
#> SRR1782694 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.8813 0.3699 0.300 0.700
#> SRR1782697 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782695 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782700 1 0.9933 0.5767 0.548 0.452
#> SRR1782699 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782701 1 0.1184 0.6954 0.984 0.016
#> SRR1782702 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782704 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782705 1 0.2603 0.6919 0.956 0.044
#> SRR1782709 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782711 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.6247 0.7285 0.156 0.844
#> SRR1782708 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782713 2 0.0938 0.8817 0.012 0.988
#> SRR1782710 1 0.9460 0.7209 0.636 0.364
#> SRR1782714 2 0.6801 0.7085 0.180 0.820
#> SRR1782716 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782715 1 0.9491 0.7246 0.632 0.368
#> SRR1782717 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782718 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782719 1 0.9580 0.7119 0.620 0.380
#> SRR1782720 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782721 2 0.8661 0.4943 0.288 0.712
#> SRR1782726 1 0.9427 0.7319 0.640 0.360
#> SRR1782722 1 0.9686 0.6895 0.604 0.396
#> SRR1782723 1 0.9248 0.7456 0.660 0.340
#> SRR1782727 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782725 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782724 2 0.9922 -0.2424 0.448 0.552
#> SRR1782728 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782730 1 0.2948 0.7107 0.948 0.052
#> SRR1782729 1 0.9460 0.7279 0.636 0.364
#> SRR1782733 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782732 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782735 1 0.2043 0.7018 0.968 0.032
#> SRR1782731 1 0.9944 0.5725 0.544 0.456
#> SRR1782734 2 0.2948 0.8616 0.052 0.948
#> SRR1782736 1 0.9491 0.7177 0.632 0.368
#> SRR1782737 1 0.9552 0.7166 0.624 0.376
#> SRR1782738 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782739 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782740 1 0.2236 0.7051 0.964 0.036
#> SRR1782741 2 0.3274 0.8524 0.060 0.940
#> SRR1782742 2 0.2948 0.8616 0.052 0.948
#> SRR1782743 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782744 2 0.1414 0.8785 0.020 0.980
#> SRR1782745 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782747 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782750 1 0.9686 0.6911 0.604 0.396
#> SRR1782749 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782751 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782752 1 0.9044 0.7277 0.680 0.320
#> SRR1782746 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0672 0.6910 0.992 0.008
#> SRR1782748 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782754 1 0.1843 0.6997 0.972 0.028
#> SRR1782755 2 0.0672 0.8829 0.008 0.992
#> SRR1782756 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782757 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782758 1 0.8713 0.7593 0.708 0.292
#> SRR1782761 2 0.2948 0.8586 0.052 0.948
#> SRR1782759 1 0.9087 0.7507 0.676 0.324
#> SRR1782762 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.2043 0.8740 0.032 0.968
#> SRR1782764 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.9460 0.7279 0.636 0.364
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.9996 -0.4245 0.488 0.512
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0672 0.8831 0.008 0.992
#> SRR1782770 2 1.0000 -0.4493 0.496 0.504
#> SRR1782774 2 0.0672 0.8831 0.008 0.992
#> SRR1782771 2 1.0000 -0.4493 0.496 0.504
#> SRR1782772 1 0.9686 0.6905 0.604 0.396
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.2603 0.7075 0.956 0.044
#> SRR1782776 2 0.7674 0.6010 0.224 0.776
#> SRR1782778 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782780 2 0.8327 0.4869 0.264 0.736
#> SRR1782781 2 0.7056 0.6741 0.192 0.808
#> SRR1782779 2 0.9933 -0.0942 0.452 0.548
#> SRR1782782 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.8327 0.7608 0.736 0.264
#> SRR1782783 1 0.9044 0.7277 0.680 0.320
#> SRR1782785 1 0.9044 0.7523 0.680 0.320
#> SRR1782786 1 0.2603 0.6919 0.956 0.044
#> SRR1782787 1 0.9491 0.7236 0.632 0.368
#> SRR1782788 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.9491 0.7005 0.632 0.368
#> SRR1782789 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782791 1 0.7674 0.7079 0.776 0.224
#> SRR1782792 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782793 1 0.9732 0.2956 0.596 0.404
#> SRR1782794 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782795 2 0.6801 0.7085 0.180 0.820
#> SRR1782796 2 0.3274 0.8524 0.060 0.940
#> SRR1782798 2 0.0938 0.8817 0.012 0.988
#> SRR1782797 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782799 1 0.9608 0.7063 0.616 0.384
#> SRR1782800 1 0.9580 0.7067 0.620 0.380
#> SRR1782801 2 0.0672 0.8831 0.008 0.992
#> SRR1782802 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782803 1 0.9963 0.5545 0.536 0.464
#> SRR1782804 1 0.9248 0.7456 0.660 0.340
#> SRR1782805 1 0.9522 0.7202 0.628 0.372
#> SRR1782806 1 0.9248 0.7456 0.660 0.340
#> SRR1782808 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782807 1 0.9881 0.2601 0.564 0.436
#> SRR1782809 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782810 2 0.1414 0.8786 0.020 0.980
#> SRR1782812 2 0.0376 0.8823 0.004 0.996
#> SRR1782813 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782814 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782815 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782816 1 0.9686 0.6911 0.604 0.396
#> SRR1782818 1 0.9608 0.7066 0.616 0.384
#> SRR1782819 2 0.6801 0.7085 0.180 0.820
#> SRR1782817 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.9087 0.7511 0.676 0.324
#> SRR1782825 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782820 1 0.8909 0.7562 0.692 0.308
#> SRR1782822 2 0.5519 0.7792 0.128 0.872
#> SRR1782821 1 0.7528 0.7557 0.784 0.216
#> SRR1782823 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.3274 0.7117 0.940 0.060
#> SRR1782830 1 0.0376 0.6852 0.996 0.004
#> SRR1782828 2 0.3274 0.8541 0.060 0.940
#> SRR1782829 1 0.9087 0.7511 0.676 0.324
#> SRR1782831 2 0.3114 0.8572 0.056 0.944
#> SRR1782834 2 0.3879 0.8390 0.076 0.924
#> SRR1782832 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782835 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782837 2 0.4562 0.8186 0.096 0.904
#> SRR1782836 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782838 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782839 1 0.9358 0.7380 0.648 0.352
#> SRR1782840 2 0.1414 0.8793 0.020 0.980
#> SRR1782833 2 0.6801 0.7085 0.180 0.820
#> SRR1782842 1 0.9608 0.7067 0.616 0.384
#> SRR1782841 1 0.0376 0.6852 0.996 0.004
#> SRR1782843 2 0.9710 -0.0601 0.400 0.600
#> SRR1782845 1 0.1843 0.6997 0.972 0.028
#> SRR1782844 1 0.9427 0.7311 0.640 0.360
#> SRR1782846 1 0.9998 0.4832 0.508 0.492
#> SRR1782847 1 0.2043 0.7018 0.968 0.032
#> SRR1782848 1 0.9427 0.7311 0.640 0.360
#> SRR1782849 1 0.6247 0.7421 0.844 0.156
#> SRR1782850 1 0.9710 0.6856 0.600 0.400
#> SRR1782851 1 0.9170 0.7470 0.668 0.332
#> SRR1782852 2 0.6343 0.7395 0.160 0.840
#> SRR1782853 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782855 1 0.6801 0.7484 0.820 0.180
#> SRR1782856 1 0.4298 0.7232 0.912 0.088
#> SRR1782854 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782857 2 0.1414 0.8793 0.020 0.980
#> SRR1782858 1 0.2603 0.7075 0.956 0.044
#> SRR1782859 1 1.0000 0.4716 0.504 0.496
#> SRR1782860 1 0.9896 0.6036 0.560 0.440
#> SRR1782861 1 0.8955 0.7562 0.688 0.312
#> SRR1782862 2 0.9881 -0.2128 0.436 0.564
#> SRR1782863 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782864 1 0.9358 0.7380 0.648 0.352
#> SRR1782866 1 0.9248 0.7445 0.660 0.340
#> SRR1782865 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782868 1 0.9635 0.7027 0.612 0.388
#> SRR1782872 1 0.1843 0.6997 0.972 0.028
#> SRR1782874 1 0.9608 0.6970 0.616 0.384
#> SRR1782875 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782870 1 0.9635 0.7027 0.612 0.388
#> SRR1782871 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.9000 0.7535 0.684 0.316
#> SRR1782873 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782878 1 0.0376 0.6852 0.996 0.004
#> SRR1782879 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782880 1 0.9087 0.7508 0.676 0.324
#> SRR1782883 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.9358 0.7380 0.648 0.352
#> SRR1782882 2 0.0938 0.8819 0.012 0.988
#> SRR1782884 1 0.3274 0.7080 0.940 0.060
#> SRR1782885 1 0.9775 0.6645 0.588 0.412
#> SRR1782886 1 0.9248 0.7441 0.660 0.340
#> SRR1782887 1 0.9909 0.6012 0.556 0.444
#> SRR1782888 1 0.8813 0.7584 0.700 0.300
#> SRR1782889 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782892 1 0.4431 0.7225 0.908 0.092
#> SRR1782890 1 0.8763 0.7599 0.704 0.296
#> SRR1782891 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782893 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782894 1 0.8955 0.7557 0.688 0.312
#> SRR1782897 1 0.6801 0.7485 0.820 0.180
#> SRR1782896 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782895 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782898 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782900 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.2423 0.7079 0.960 0.040
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.6973 0.7503 0.812 0.188
#> SRR1782903 2 0.0672 0.8829 0.008 0.992
#> SRR1782905 1 0.9661 0.6976 0.608 0.392
#> SRR1782904 1 0.9358 0.7380 0.648 0.352
#> SRR1782907 1 0.9248 0.7441 0.660 0.340
#> SRR1782906 1 0.9286 0.7440 0.656 0.344
#> SRR1782908 1 0.9608 0.7067 0.616 0.384
#> SRR1782909 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782911 1 0.9732 0.6654 0.596 0.404
#> SRR1782910 1 0.9460 0.7279 0.636 0.364
#> SRR1782912 1 0.3733 0.7167 0.928 0.072
#> SRR1782913 1 0.8081 0.7601 0.752 0.248
#> SRR1782915 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.2948 0.7129 0.948 0.052
#> SRR1782916 2 0.7299 0.6445 0.204 0.796
#> SRR1782918 1 0.9129 0.7514 0.672 0.328
#> SRR1782919 1 0.9491 0.7243 0.632 0.368
#> SRR1782920 1 0.4690 0.7274 0.900 0.100
#> SRR1782917 2 0.9970 -0.3509 0.468 0.532
#> SRR1782922 2 0.8861 0.4934 0.304 0.696
#> SRR1782921 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782923 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.9608 0.7067 0.616 0.384
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.9998 -0.4367 0.492 0.508
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0672 0.8831 0.008 0.992
#> SRR1782933 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782930 1 0.9248 0.7456 0.660 0.340
#> SRR1782931 2 0.1414 0.8794 0.020 0.980
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782936 1 0.6887 0.7495 0.816 0.184
#> SRR1782937 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782940 1 0.9998 0.4690 0.508 0.492
#> SRR1782941 1 0.7950 0.7593 0.760 0.240
#> SRR1782942 1 0.9686 0.6905 0.604 0.396
#> SRR1782945 1 0.1633 0.6984 0.976 0.024
#> SRR1782944 1 0.9323 0.7385 0.652 0.348
#> SRR1782947 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.2778 0.8638 0.048 0.952
#> SRR1782949 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.1184 0.6932 0.984 0.016
#> SRR1782950 2 0.0938 0.8825 0.012 0.988
#> SRR1782953 2 0.2948 0.8609 0.052 0.948
#> SRR1782951 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.9933 -0.0942 0.452 0.548
#> SRR1782955 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782956 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.9522 0.7206 0.628 0.372
#> SRR1782946 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0938 0.8817 0.012 0.988
#> SRR1782958 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782962 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782964 1 0.9460 0.7279 0.636 0.364
#> SRR1782963 1 0.9044 0.7277 0.680 0.320
#> SRR1782965 1 0.1843 0.6997 0.972 0.028
#> SRR1782966 2 0.0672 0.8831 0.008 0.992
#> SRR1782968 1 0.9427 0.7320 0.640 0.360
#> SRR1782967 1 0.9608 0.7064 0.616 0.384
#> SRR1782969 1 0.9170 0.7494 0.668 0.332
#> SRR1782970 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.4939 0.8044 0.108 0.892
#> SRR1782972 1 0.9323 0.7409 0.652 0.348
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.9358 0.7348 0.648 0.352
#> SRR1782976 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782977 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782980 1 0.4298 0.7211 0.912 0.088
#> SRR1782981 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782985 2 0.5629 0.7636 0.132 0.868
#> SRR1782983 1 0.9661 0.6960 0.608 0.392
#> SRR1782987 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1782984 1 0.0000 0.6859 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.9358 0.7382 0.648 0.352
#> SRR1782988 1 0.9608 0.7067 0.616 0.384
#> SRR1782990 2 0.0938 0.8828 0.012 0.988
#> SRR1782991 1 0.3274 0.7080 0.940 0.060
#> SRR1782989 2 0.0672 0.8827 0.008 0.992
#> SRR1782992 1 0.9087 0.7512 0.676 0.324
#> SRR1782993 1 0.9209 0.7137 0.664 0.336
#> SRR1782995 1 0.1843 0.7003 0.972 0.028
#> SRR1782994 1 0.2043 0.7018 0.968 0.032
#> SRR1782996 1 0.9522 0.7210 0.628 0.372
#> SRR1782998 1 0.9248 0.7456 0.660 0.340
#> SRR1782999 1 0.9286 0.7429 0.656 0.344
#> SRR1782997 2 0.9209 0.2438 0.336 0.664
#> SRR1783000 2 0.8955 0.3266 0.312 0.688
#> SRR1783001 1 0.7453 0.7548 0.788 0.212
#> SRR1783002 2 0.1414 0.8793 0.020 0.980
#> SRR1783003 1 0.9427 0.7323 0.640 0.360
#> SRR1783004 2 0.0376 0.8827 0.004 0.996
#> SRR1783005 2 0.8555 0.4458 0.280 0.720
#> SRR1783006 2 0.0000 0.8810 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 3 0.706 -0.00325 0.020 0.460 0.520
#> SRR1782686 1 0.280 0.70233 0.908 0.000 0.092
#> SRR1782687 3 0.563 0.63689 0.188 0.032 0.780
#> SRR1782688 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782690 3 0.395 0.74920 0.076 0.040 0.884
#> SRR1782691 1 0.608 0.71011 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782689 1 0.280 0.70233 0.908 0.000 0.092
#> SRR1782692 2 0.271 0.87358 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782693 3 0.621 -0.25259 0.428 0.000 0.572
#> SRR1782694 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782696 2 0.630 0.14079 0.000 0.520 0.480
#> SRR1782697 2 0.280 0.87353 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782695 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782700 3 0.580 0.69884 0.040 0.184 0.776
#> SRR1782699 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782701 1 0.627 0.58785 0.548 0.000 0.452
#> SRR1782702 2 0.280 0.87353 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782704 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782703 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782705 1 0.241 0.64754 0.940 0.020 0.040
#> SRR1782709 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782711 1 0.489 0.75553 0.772 0.000 0.228
#> SRR1782707 1 0.601 0.72505 0.628 0.000 0.372
#> SRR1782706 2 0.571 0.62535 0.000 0.680 0.320
#> SRR1782708 2 0.271 0.87438 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782712 2 0.241 0.83143 0.040 0.940 0.020
#> SRR1782713 2 0.308 0.82027 0.060 0.916 0.024
#> SRR1782710 3 0.454 0.75473 0.056 0.084 0.860
#> SRR1782714 2 0.749 0.62711 0.084 0.668 0.248
#> SRR1782716 2 0.280 0.82071 0.060 0.924 0.016
#> SRR1782715 3 0.236 0.77303 0.000 0.072 0.928
#> SRR1782717 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782718 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782719 3 0.263 0.77118 0.000 0.084 0.916
#> SRR1782720 2 0.298 0.82245 0.056 0.920 0.024
#> SRR1782721 2 0.891 0.29727 0.128 0.496 0.376
#> SRR1782726 3 0.216 0.77261 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782722 3 0.319 0.75947 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782723 3 0.245 0.76832 0.012 0.052 0.936
#> SRR1782727 2 0.271 0.87358 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782725 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782724 3 0.674 0.48870 0.028 0.316 0.656
#> SRR1782728 2 0.255 0.82268 0.056 0.932 0.012
#> SRR1782730 1 0.603 0.71268 0.660 0.004 0.336
#> SRR1782729 3 0.226 0.77276 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782733 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782732 2 0.285 0.82239 0.056 0.924 0.020
#> SRR1782735 3 0.630 -0.39208 0.472 0.000 0.528
#> SRR1782731 3 0.584 0.68100 0.036 0.196 0.768
#> SRR1782734 2 0.418 0.83199 0.000 0.828 0.172
#> SRR1782736 3 0.434 0.75539 0.048 0.084 0.868
#> SRR1782737 3 0.295 0.77338 0.004 0.088 0.908
#> SRR1782738 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782739 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782740 3 0.630 -0.38158 0.472 0.000 0.528
#> SRR1782741 2 0.540 0.78203 0.060 0.816 0.124
#> SRR1782742 2 0.418 0.83199 0.000 0.828 0.172
#> SRR1782743 2 0.394 0.84031 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782744 2 0.319 0.86671 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782745 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782747 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782750 3 0.442 0.75523 0.020 0.132 0.848
#> SRR1782749 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782751 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782752 3 0.506 0.69646 0.100 0.064 0.836
#> SRR1782746 1 0.296 0.70659 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782753 1 0.611 0.69641 0.604 0.000 0.396
#> SRR1782748 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782754 3 0.630 -0.40470 0.476 0.000 0.524
#> SRR1782755 2 0.271 0.87356 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782756 2 0.280 0.82071 0.060 0.924 0.016
#> SRR1782757 2 0.394 0.84031 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782758 3 0.337 0.73529 0.072 0.024 0.904
#> SRR1782761 2 0.533 0.78383 0.060 0.820 0.120
#> SRR1782759 3 0.327 0.75680 0.044 0.044 0.912
#> SRR1782762 2 0.145 0.83778 0.024 0.968 0.008
#> SRR1782760 2 0.389 0.83387 0.048 0.888 0.064
#> SRR1782764 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782763 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782765 3 0.226 0.77276 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782766 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782767 3 0.493 0.64495 0.000 0.232 0.768
#> SRR1782769 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782768 2 0.319 0.86748 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782770 3 0.489 0.65149 0.000 0.228 0.772
#> SRR1782774 2 0.319 0.86748 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782771 3 0.489 0.65149 0.000 0.228 0.772
#> SRR1782772 3 0.304 0.76654 0.000 0.104 0.896
#> SRR1782773 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782775 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782777 3 0.627 -0.32544 0.452 0.000 0.548
#> SRR1782776 2 0.694 0.47977 0.024 0.604 0.372
#> SRR1782778 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782780 2 0.661 0.33352 0.008 0.560 0.432
#> SRR1782781 2 0.698 0.58536 0.040 0.656 0.304
#> SRR1782779 3 0.870 0.29039 0.128 0.320 0.552
#> SRR1782782 1 0.280 0.70233 0.908 0.000 0.092
#> SRR1782784 3 0.399 0.70305 0.108 0.020 0.872
#> SRR1782783 3 0.506 0.69646 0.100 0.064 0.836
#> SRR1782785 3 0.325 0.75214 0.052 0.036 0.912
#> SRR1782786 1 0.241 0.64754 0.940 0.020 0.040
#> SRR1782787 3 0.268 0.77206 0.004 0.076 0.920
#> SRR1782788 1 0.590 0.73954 0.648 0.000 0.352
#> SRR1782790 3 0.454 0.72422 0.056 0.084 0.860
#> SRR1782789 2 0.241 0.83143 0.040 0.940 0.020
#> SRR1782791 3 0.809 0.10732 0.308 0.092 0.600
#> SRR1782792 2 0.241 0.83143 0.040 0.940 0.020
#> SRR1782793 1 0.831 0.35489 0.584 0.312 0.104
#> SRR1782794 1 0.608 0.71011 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782795 2 0.746 0.63390 0.084 0.672 0.244
#> SRR1782796 2 0.540 0.78203 0.060 0.816 0.124
#> SRR1782798 2 0.308 0.82027 0.060 0.916 0.024
#> SRR1782797 2 0.280 0.82071 0.060 0.924 0.016
#> SRR1782799 3 0.280 0.77038 0.000 0.092 0.908
#> SRR1782800 3 0.449 0.75510 0.036 0.108 0.856
#> SRR1782801 2 0.319 0.86748 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782802 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782803 3 0.435 0.69969 0.000 0.184 0.816
#> SRR1782804 3 0.245 0.76832 0.012 0.052 0.936
#> SRR1782805 3 0.245 0.77256 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782806 3 0.245 0.76832 0.012 0.052 0.936
#> SRR1782808 2 0.255 0.82268 0.056 0.932 0.012
#> SRR1782807 1 0.998 0.12295 0.364 0.320 0.316
#> SRR1782809 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782810 2 0.368 0.81805 0.060 0.896 0.044
#> SRR1782812 2 0.165 0.83133 0.036 0.960 0.004
#> SRR1782813 2 0.353 0.86917 0.008 0.884 0.108
#> SRR1782814 2 0.659 0.69646 0.056 0.728 0.216
#> SRR1782815 2 0.255 0.82268 0.056 0.932 0.012
#> SRR1782816 3 0.442 0.75523 0.020 0.132 0.848
#> SRR1782818 3 0.437 0.76312 0.032 0.108 0.860
#> SRR1782819 2 0.746 0.63390 0.084 0.672 0.244
#> SRR1782817 1 0.590 0.73954 0.648 0.000 0.352
#> SRR1782824 3 0.444 0.74532 0.084 0.052 0.864
#> SRR1782825 2 0.394 0.84031 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782820 3 0.325 0.75092 0.052 0.036 0.912
#> SRR1782822 2 0.585 0.74348 0.028 0.756 0.216
#> SRR1782821 3 0.546 0.58387 0.204 0.020 0.776
#> SRR1782823 1 0.497 0.75741 0.764 0.000 0.236
#> SRR1782826 1 0.636 0.68929 0.628 0.008 0.364
#> SRR1782830 1 0.516 0.75657 0.764 0.004 0.232
#> SRR1782828 2 0.429 0.82165 0.000 0.820 0.180
#> SRR1782829 3 0.444 0.74532 0.084 0.052 0.864
#> SRR1782831 2 0.480 0.82756 0.032 0.836 0.132
#> SRR1782834 2 0.567 0.77118 0.060 0.800 0.140
#> SRR1782832 2 0.280 0.82071 0.060 0.924 0.016
#> SRR1782835 2 0.280 0.82071 0.060 0.924 0.016
#> SRR1782837 2 0.529 0.79381 0.028 0.800 0.172
#> SRR1782836 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782838 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782839 3 0.220 0.77143 0.004 0.056 0.940
#> SRR1782840 2 0.406 0.86585 0.020 0.868 0.112
#> SRR1782833 2 0.746 0.63390 0.084 0.672 0.244
#> SRR1782842 3 0.271 0.77122 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782841 1 0.516 0.75657 0.764 0.004 0.232
#> SRR1782843 3 0.626 0.37678 0.004 0.380 0.616
#> SRR1782845 3 0.630 -0.40470 0.476 0.000 0.524
#> SRR1782844 3 0.216 0.77218 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782846 3 0.502 0.64346 0.000 0.240 0.760
#> SRR1782847 3 0.630 -0.39208 0.472 0.000 0.528
#> SRR1782848 3 0.216 0.77218 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782849 3 0.616 0.34259 0.288 0.016 0.696
#> SRR1782850 3 0.319 0.76354 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782851 3 0.369 0.75660 0.056 0.048 0.896
#> SRR1782852 2 0.733 0.63260 0.064 0.660 0.276
#> SRR1782853 2 0.304 0.86887 0.000 0.896 0.104
#> SRR1782855 3 0.568 0.47325 0.236 0.016 0.748
#> SRR1782856 1 0.642 0.58678 0.572 0.004 0.424
#> SRR1782854 2 0.304 0.86957 0.000 0.896 0.104
#> SRR1782857 2 0.406 0.86585 0.020 0.868 0.112
#> SRR1782858 3 0.627 -0.32544 0.452 0.000 0.548
#> SRR1782859 3 0.489 0.65271 0.000 0.228 0.772
#> SRR1782860 3 0.558 0.71250 0.040 0.168 0.792
#> SRR1782861 3 0.383 0.74325 0.076 0.036 0.888
#> SRR1782862 3 0.632 0.40062 0.008 0.356 0.636
#> SRR1782863 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782864 3 0.220 0.77143 0.004 0.056 0.940
#> SRR1782866 3 0.368 0.76234 0.044 0.060 0.896
#> SRR1782865 1 0.296 0.70659 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782867 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782868 3 0.327 0.76896 0.004 0.104 0.892
#> SRR1782872 3 0.630 -0.40470 0.476 0.000 0.524
#> SRR1782874 3 0.474 0.75192 0.048 0.104 0.848
#> SRR1782875 2 0.280 0.87369 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782870 3 0.327 0.76896 0.004 0.104 0.892
#> SRR1782871 1 0.608 0.71011 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782877 3 0.357 0.75221 0.060 0.040 0.900
#> SRR1782873 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782878 1 0.516 0.75657 0.764 0.004 0.232
#> SRR1782879 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782880 3 0.337 0.75503 0.052 0.040 0.908
#> SRR1782883 1 0.540 0.75863 0.720 0.000 0.280
#> SRR1782881 3 0.196 0.77169 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782882 2 0.327 0.86442 0.000 0.884 0.116
#> SRR1782884 3 0.603 -0.09743 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782885 3 0.355 0.74709 0.000 0.132 0.868
#> SRR1782886 3 0.368 0.76219 0.044 0.060 0.896
#> SRR1782887 3 0.400 0.72507 0.000 0.160 0.840
#> SRR1782888 3 0.401 0.73510 0.084 0.036 0.880
#> SRR1782889 2 0.394 0.84031 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782892 3 0.634 0.04866 0.360 0.008 0.632
#> SRR1782890 3 0.331 0.74240 0.064 0.028 0.908
#> SRR1782891 2 0.271 0.87378 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782893 2 0.394 0.84036 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782894 3 0.395 0.74920 0.076 0.040 0.884
#> SRR1782897 3 0.562 0.45578 0.244 0.012 0.744
#> SRR1782896 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782895 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782898 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782900 1 0.590 0.73954 0.648 0.000 0.352
#> SRR1782901 1 0.606 0.69319 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782899 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782902 3 0.541 0.50049 0.224 0.012 0.764
#> SRR1782903 2 0.271 0.87356 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782905 3 0.335 0.76725 0.004 0.108 0.888
#> SRR1782904 3 0.196 0.77169 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782907 3 0.368 0.76219 0.044 0.060 0.896
#> SRR1782906 3 0.390 0.76492 0.052 0.060 0.888
#> SRR1782908 3 0.271 0.77101 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782909 2 0.394 0.84031 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782911 3 0.514 0.73642 0.044 0.132 0.824
#> SRR1782910 3 0.226 0.77276 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782912 3 0.632 0.06084 0.356 0.008 0.636
#> SRR1782913 3 0.585 0.61194 0.188 0.040 0.772
#> SRR1782915 1 0.603 0.72158 0.624 0.000 0.376
#> SRR1782914 1 0.615 0.65523 0.592 0.000 0.408
#> SRR1782916 2 0.618 0.58987 0.008 0.660 0.332
#> SRR1782918 3 0.279 0.76156 0.028 0.044 0.928
#> SRR1782919 3 0.245 0.77267 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782920 3 0.645 -0.02879 0.384 0.008 0.608
#> SRR1782917 3 0.522 0.60925 0.000 0.260 0.740
#> SRR1782922 2 0.885 0.48218 0.168 0.568 0.264
#> SRR1782921 2 0.394 0.84031 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782923 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782925 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782924 3 0.271 0.77122 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782926 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782929 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782927 3 0.493 0.64714 0.000 0.232 0.768
#> SRR1782928 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782932 2 0.319 0.86748 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782933 2 0.659 0.70475 0.060 0.732 0.208
#> SRR1782930 3 0.245 0.76832 0.012 0.052 0.936
#> SRR1782931 2 0.341 0.86136 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782934 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782935 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782936 3 0.585 0.42143 0.268 0.012 0.720
#> SRR1782937 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782939 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782940 3 0.625 0.60036 0.024 0.268 0.708
#> SRR1782941 3 0.492 0.64752 0.164 0.020 0.816
#> SRR1782942 3 0.304 0.76654 0.000 0.104 0.896
#> SRR1782945 1 0.630 0.53710 0.528 0.000 0.472
#> SRR1782944 3 0.388 0.76292 0.044 0.068 0.888
#> SRR1782947 1 0.296 0.70659 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782948 2 0.400 0.83708 0.000 0.840 0.160
#> SRR1782949 1 0.296 0.70659 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782952 1 0.628 0.57908 0.540 0.000 0.460
#> SRR1782950 2 0.304 0.87152 0.000 0.896 0.104
#> SRR1782953 2 0.417 0.84070 0.004 0.840 0.156
#> SRR1782951 1 0.296 0.70659 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782954 3 0.870 0.29039 0.128 0.320 0.552
#> SRR1782955 2 0.270 0.82289 0.056 0.928 0.016
#> SRR1782956 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782957 3 0.245 0.77354 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782946 1 0.608 0.71011 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782959 2 0.321 0.82078 0.060 0.912 0.028
#> SRR1782958 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782960 1 0.604 0.71723 0.620 0.000 0.380
#> SRR1782961 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782962 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782964 3 0.226 0.77276 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782963 3 0.506 0.69646 0.100 0.064 0.836
#> SRR1782965 3 0.630 -0.43091 0.484 0.000 0.516
#> SRR1782966 2 0.319 0.86748 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782968 3 0.240 0.77284 0.004 0.064 0.932
#> SRR1782967 3 0.271 0.77069 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782969 3 0.348 0.76063 0.044 0.052 0.904
#> SRR1782970 2 0.145 0.83778 0.024 0.968 0.008
#> SRR1782971 2 0.659 0.69646 0.056 0.728 0.216
#> SRR1782972 3 0.210 0.77077 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782973 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782974 1 0.608 0.71011 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782975 3 0.484 0.74388 0.076 0.076 0.848
#> SRR1782976 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782977 1 0.593 0.73676 0.644 0.000 0.356
#> SRR1782979 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782980 3 0.636 0.02840 0.364 0.008 0.628
#> SRR1782981 2 0.254 0.87411 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782982 2 0.280 0.87369 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782985 2 0.543 0.68430 0.000 0.716 0.284
#> SRR1782983 3 0.319 0.76097 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782987 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782984 1 0.540 0.75863 0.720 0.000 0.280
#> SRR1782986 3 0.220 0.77180 0.004 0.056 0.940
#> SRR1782988 3 0.271 0.77101 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782990 2 0.327 0.86681 0.000 0.884 0.116
#> SRR1782991 3 0.603 -0.09743 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782989 2 0.255 0.82268 0.056 0.932 0.012
#> SRR1782992 3 0.337 0.75447 0.052 0.040 0.908
#> SRR1782993 3 0.526 0.69255 0.092 0.080 0.828
#> SRR1782995 1 0.630 0.52545 0.520 0.000 0.480
#> SRR1782994 3 0.629 -0.37937 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782996 3 0.245 0.77355 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782998 3 0.245 0.76832 0.012 0.052 0.936
#> SRR1782999 3 0.399 0.76259 0.052 0.064 0.884
#> SRR1782997 3 0.650 0.07175 0.004 0.464 0.532
#> SRR1783000 2 0.631 0.10892 0.000 0.512 0.488
#> SRR1783001 3 0.569 0.50429 0.224 0.020 0.756
#> SRR1783002 2 0.414 0.86439 0.020 0.864 0.116
#> SRR1783003 3 0.216 0.77302 0.000 0.064 0.936
#> SRR1783004 2 0.263 0.87405 0.000 0.916 0.084
#> SRR1783005 2 0.676 0.29003 0.012 0.552 0.436
#> SRR1783006 2 0.236 0.87192 0.000 0.928 0.072
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.634 0.007226 0.000 0.480 0.460 0.060
#> SRR1782686 1 0.147 0.660846 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782687 3 0.524 0.630321 0.164 0.008 0.760 0.068
#> SRR1782688 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782690 3 0.373 0.738091 0.048 0.016 0.868 0.068
#> SRR1782691 1 0.473 0.726456 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782689 1 0.147 0.660846 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782692 2 0.121 0.875630 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782693 3 0.536 -0.266204 0.436 0.000 0.552 0.012
#> SRR1782694 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782696 2 0.516 0.091935 0.000 0.516 0.480 0.004
#> SRR1782697 2 0.130 0.875251 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1782695 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782700 3 0.480 0.696635 0.016 0.152 0.792 0.040
#> SRR1782699 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782701 1 0.492 0.616682 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1782702 2 0.130 0.875251 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1782704 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782703 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782705 1 0.200 0.579179 0.944 0.020 0.016 0.020
#> SRR1782709 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782711 1 0.357 0.762972 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782707 1 0.466 0.739984 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1782706 2 0.465 0.549409 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR1782708 2 0.121 0.874058 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782712 4 0.601 0.401378 0.000 0.464 0.040 0.496
#> SRR1782713 4 0.520 0.710117 0.000 0.276 0.032 0.692
#> SRR1782710 3 0.431 0.739940 0.032 0.064 0.844 0.060
#> SRR1782714 4 0.487 0.667142 0.012 0.032 0.184 0.772
#> SRR1782716 4 0.484 0.719562 0.000 0.252 0.024 0.724
#> SRR1782715 3 0.164 0.764858 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1782717 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782718 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782719 3 0.189 0.763994 0.000 0.056 0.936 0.008
#> SRR1782720 4 0.500 0.724241 0.000 0.248 0.032 0.720
#> SRR1782721 4 0.773 0.478864 0.104 0.048 0.300 0.548
#> SRR1782726 3 0.145 0.764300 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1782722 3 0.241 0.754708 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR1782723 3 0.147 0.761665 0.012 0.024 0.960 0.004
#> SRR1782727 2 0.121 0.875630 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782725 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782724 3 0.633 0.471310 0.016 0.324 0.612 0.048
#> SRR1782728 4 0.513 0.660950 0.000 0.332 0.016 0.652
#> SRR1782730 1 0.489 0.723615 0.680 0.000 0.308 0.012
#> SRR1782729 3 0.155 0.764359 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1782733 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782732 4 0.525 0.689533 0.000 0.300 0.028 0.672
#> SRR1782735 3 0.517 -0.412353 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1782731 3 0.515 0.682722 0.016 0.168 0.768 0.048
#> SRR1782734 2 0.300 0.809241 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR1782736 3 0.419 0.740485 0.024 0.064 0.848 0.064
#> SRR1782737 3 0.216 0.765238 0.004 0.060 0.928 0.008
#> SRR1782738 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782739 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782740 3 0.529 -0.399809 0.480 0.000 0.512 0.008
#> SRR1782741 4 0.511 0.753599 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR1782742 2 0.300 0.809241 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR1782743 2 0.270 0.822753 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782744 2 0.179 0.865827 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1782745 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782747 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782750 3 0.349 0.750916 0.004 0.104 0.864 0.028
#> SRR1782749 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782751 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782752 3 0.591 0.583550 0.016 0.048 0.684 0.252
#> SRR1782746 1 0.164 0.668341 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782753 1 0.476 0.714876 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1782748 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782754 3 0.517 -0.431112 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1782755 2 0.121 0.875637 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782756 4 0.477 0.717386 0.000 0.256 0.020 0.724
#> SRR1782757 2 0.270 0.822753 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782758 3 0.295 0.734077 0.048 0.004 0.900 0.048
#> SRR1782761 4 0.516 0.752737 0.000 0.136 0.104 0.760
#> SRR1782759 3 0.303 0.746362 0.020 0.020 0.900 0.060
#> SRR1782762 2 0.508 0.201844 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1782760 4 0.625 0.640630 0.000 0.336 0.072 0.592
#> SRR1782764 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782763 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782765 3 0.155 0.764359 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1782766 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782767 3 0.393 0.654850 0.000 0.200 0.792 0.008
#> SRR1782769 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782768 2 0.208 0.857003 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782770 3 0.387 0.651159 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR1782774 2 0.208 0.857003 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782771 3 0.387 0.651159 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR1782772 3 0.227 0.759730 0.000 0.076 0.916 0.008
#> SRR1782773 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782775 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782777 3 0.515 -0.349112 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1782776 3 0.797 -0.386293 0.004 0.252 0.376 0.368
#> SRR1782778 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782780 2 0.712 0.152602 0.004 0.472 0.412 0.112
#> SRR1782781 4 0.879 0.413385 0.040 0.292 0.304 0.364
#> SRR1782779 4 0.545 0.136258 0.004 0.012 0.400 0.584
#> SRR1782782 1 0.147 0.660846 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782784 3 0.352 0.707003 0.084 0.000 0.864 0.052
#> SRR1782783 3 0.591 0.583550 0.016 0.048 0.684 0.252
#> SRR1782785 3 0.298 0.742569 0.024 0.012 0.900 0.064
#> SRR1782786 1 0.200 0.579179 0.944 0.020 0.016 0.020
#> SRR1782787 3 0.191 0.763789 0.004 0.048 0.940 0.008
#> SRR1782788 1 0.456 0.752012 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1782790 3 0.524 0.667434 0.016 0.048 0.760 0.176
#> SRR1782789 4 0.594 0.391723 0.000 0.468 0.036 0.496
#> SRR1782791 3 0.662 0.022186 0.320 0.000 0.576 0.104
#> SRR1782792 4 0.594 0.391723 0.000 0.468 0.036 0.496
#> SRR1782793 1 0.722 0.214149 0.568 0.036 0.076 0.320
#> SRR1782794 1 0.473 0.726456 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782795 4 0.391 0.675866 0.004 0.008 0.180 0.808
#> SRR1782796 4 0.511 0.753599 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR1782798 4 0.520 0.717510 0.000 0.264 0.036 0.700
#> SRR1782797 4 0.477 0.717386 0.000 0.256 0.020 0.724
#> SRR1782799 3 0.205 0.762679 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR1782800 3 0.401 0.741876 0.016 0.084 0.852 0.048
#> SRR1782801 2 0.208 0.857018 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782802 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782803 3 0.331 0.703346 0.000 0.156 0.840 0.004
#> SRR1782804 3 0.147 0.761665 0.012 0.024 0.960 0.004
#> SRR1782805 3 0.172 0.764352 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR1782806 3 0.147 0.761665 0.012 0.024 0.960 0.004
#> SRR1782808 4 0.513 0.660950 0.000 0.332 0.016 0.652
#> SRR1782807 4 0.805 0.158417 0.264 0.036 0.176 0.524
#> SRR1782809 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782810 4 0.522 0.736618 0.000 0.216 0.056 0.728
#> SRR1782812 2 0.522 0.060973 0.000 0.608 0.012 0.380
#> SRR1782813 2 0.249 0.858165 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR1782814 4 0.540 0.720227 0.000 0.068 0.212 0.720
#> SRR1782815 4 0.513 0.660950 0.000 0.332 0.016 0.652
#> SRR1782816 3 0.349 0.750916 0.004 0.104 0.864 0.028
#> SRR1782818 3 0.366 0.754493 0.012 0.080 0.868 0.040
#> SRR1782819 4 0.482 0.668677 0.012 0.032 0.180 0.776
#> SRR1782817 1 0.456 0.752012 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1782824 3 0.401 0.733401 0.056 0.020 0.856 0.068
#> SRR1782825 2 0.270 0.822753 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782820 3 0.305 0.744054 0.028 0.016 0.900 0.056
#> SRR1782822 4 0.767 0.443588 0.000 0.336 0.224 0.440
#> SRR1782821 3 0.468 0.585472 0.192 0.000 0.768 0.040
#> SRR1782823 1 0.365 0.765306 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782826 1 0.504 0.706973 0.652 0.000 0.336 0.012
#> SRR1782830 1 0.383 0.764760 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1782828 2 0.307 0.788460 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1782829 3 0.401 0.733401 0.056 0.020 0.856 0.068
#> SRR1782831 4 0.717 0.443542 0.000 0.396 0.136 0.468
#> SRR1782834 4 0.628 0.749108 0.008 0.180 0.128 0.684
#> SRR1782832 4 0.484 0.719562 0.000 0.252 0.024 0.724
#> SRR1782835 4 0.477 0.717386 0.000 0.256 0.020 0.724
#> SRR1782837 4 0.744 0.409282 0.000 0.384 0.172 0.444
#> SRR1782836 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782838 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782839 3 0.144 0.762944 0.004 0.028 0.960 0.008
#> SRR1782840 2 0.466 0.714920 0.000 0.796 0.088 0.116
#> SRR1782833 4 0.482 0.668677 0.012 0.032 0.180 0.776
#> SRR1782842 3 0.197 0.763481 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1782841 1 0.383 0.764760 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1782843 3 0.527 0.414945 0.000 0.364 0.620 0.016
#> SRR1782845 3 0.517 -0.431112 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1782844 3 0.145 0.763771 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1782846 3 0.395 0.650475 0.000 0.216 0.780 0.004
#> SRR1782847 3 0.517 -0.427744 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1782848 3 0.145 0.763771 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1782849 3 0.451 0.344344 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR1782850 3 0.247 0.758450 0.000 0.080 0.908 0.012
#> SRR1782851 3 0.342 0.744283 0.028 0.024 0.884 0.064
#> SRR1782852 4 0.668 0.662548 0.008 0.116 0.248 0.628
#> SRR1782853 2 0.164 0.869321 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782855 3 0.467 0.496597 0.220 0.000 0.752 0.028
#> SRR1782856 1 0.536 0.611852 0.592 0.000 0.392 0.016
#> SRR1782854 2 0.164 0.869787 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782857 2 0.466 0.714920 0.000 0.796 0.088 0.116
#> SRR1782858 3 0.515 -0.349112 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1782859 3 0.393 0.662317 0.000 0.200 0.792 0.008
#> SRR1782860 3 0.470 0.712917 0.020 0.128 0.808 0.044
#> SRR1782861 3 0.313 0.738640 0.060 0.016 0.896 0.028
#> SRR1782862 3 0.661 0.460926 0.004 0.188 0.644 0.164
#> SRR1782863 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782864 3 0.144 0.762944 0.004 0.028 0.960 0.008
#> SRR1782866 3 0.327 0.750381 0.020 0.036 0.892 0.052
#> SRR1782865 1 0.164 0.668341 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782867 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782868 3 0.220 0.762060 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1782872 3 0.517 -0.431112 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1782874 3 0.416 0.739046 0.024 0.080 0.848 0.048
#> SRR1782875 2 0.156 0.871573 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1782870 3 0.220 0.762060 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1782871 1 0.473 0.726456 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782877 3 0.330 0.742623 0.032 0.016 0.888 0.064
#> SRR1782873 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782878 1 0.383 0.764760 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1782879 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782880 3 0.310 0.744699 0.024 0.016 0.896 0.064
#> SRR1782883 1 0.407 0.768648 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1782881 3 0.126 0.763121 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1782882 2 0.187 0.862818 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1782884 3 0.484 -0.129116 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782885 3 0.259 0.743825 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1782886 3 0.326 0.749567 0.020 0.032 0.892 0.056
#> SRR1782887 3 0.314 0.724620 0.000 0.132 0.860 0.008
#> SRR1782888 3 0.350 0.734277 0.060 0.016 0.880 0.044
#> SRR1782889 2 0.270 0.822753 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782892 3 0.506 0.050770 0.368 0.000 0.624 0.008
#> SRR1782890 3 0.299 0.739678 0.036 0.008 0.900 0.056
#> SRR1782891 2 0.121 0.875605 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782893 2 0.270 0.822982 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782894 3 0.373 0.738091 0.048 0.016 0.868 0.068
#> SRR1782897 3 0.487 0.480979 0.232 0.000 0.736 0.032
#> SRR1782896 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782895 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782898 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782900 1 0.456 0.752012 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1782901 1 0.471 0.708209 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1782899 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782902 3 0.456 0.521643 0.208 0.000 0.764 0.028
#> SRR1782903 2 0.121 0.875637 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782905 3 0.233 0.761361 0.000 0.072 0.916 0.012
#> SRR1782904 3 0.126 0.763121 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1782907 3 0.326 0.749567 0.020 0.032 0.892 0.056
#> SRR1782906 3 0.341 0.751657 0.020 0.032 0.884 0.064
#> SRR1782908 3 0.197 0.763238 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1782909 2 0.270 0.822753 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782911 3 0.460 0.724411 0.024 0.108 0.820 0.048
#> SRR1782910 3 0.155 0.764359 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1782912 3 0.492 0.018957 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR1782913 3 0.455 0.602953 0.188 0.028 0.780 0.004
#> SRR1782915 1 0.468 0.736808 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1782914 1 0.498 0.668928 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1782916 2 0.735 0.230298 0.004 0.520 0.316 0.160
#> SRR1782918 3 0.202 0.756411 0.032 0.024 0.940 0.004
#> SRR1782919 3 0.172 0.764675 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR1782920 3 0.513 -0.000616 0.388 0.000 0.604 0.008
#> SRR1782917 3 0.426 0.619174 0.000 0.236 0.756 0.008
#> SRR1782922 4 0.528 0.554003 0.064 0.048 0.096 0.792
#> SRR1782921 2 0.270 0.822753 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782923 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782925 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782924 3 0.197 0.763481 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1782926 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782929 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782927 3 0.391 0.648134 0.000 0.212 0.784 0.004
#> SRR1782928 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782932 2 0.208 0.857018 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782933 4 0.510 0.731265 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR1782930 3 0.147 0.761665 0.012 0.024 0.960 0.004
#> SRR1782931 2 0.253 0.842828 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1782934 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782935 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782936 3 0.508 0.439488 0.260 0.000 0.708 0.032
#> SRR1782937 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782939 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782940 3 0.503 0.608867 0.008 0.236 0.732 0.024
#> SRR1782941 3 0.432 0.646605 0.152 0.000 0.804 0.044
#> SRR1782942 3 0.227 0.759730 0.000 0.076 0.916 0.008
#> SRR1782945 1 0.514 0.554404 0.544 0.000 0.452 0.004
#> SRR1782944 3 0.336 0.751437 0.020 0.040 0.888 0.052
#> SRR1782947 1 0.164 0.668341 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782948 2 0.276 0.818549 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1782949 1 0.164 0.668341 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782952 1 0.494 0.602170 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1782950 2 0.172 0.867770 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1782953 2 0.283 0.824015 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR1782951 1 0.164 0.668341 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782954 4 0.545 0.136258 0.004 0.012 0.400 0.584
#> SRR1782955 4 0.506 0.691356 0.000 0.300 0.020 0.680
#> SRR1782956 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782957 3 0.172 0.765295 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR1782946 1 0.473 0.726456 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782959 4 0.526 0.720000 0.000 0.260 0.040 0.700
#> SRR1782958 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782960 1 0.470 0.732698 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1782961 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782962 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782964 3 0.155 0.764359 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1782963 3 0.591 0.583550 0.016 0.048 0.684 0.252
#> SRR1782965 1 0.517 0.448636 0.504 0.000 0.492 0.004
#> SRR1782966 2 0.208 0.857003 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782968 3 0.164 0.764336 0.004 0.036 0.952 0.008
#> SRR1782967 3 0.197 0.763161 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1782969 3 0.308 0.749824 0.020 0.028 0.900 0.052
#> SRR1782970 2 0.508 0.201844 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1782971 4 0.540 0.720227 0.000 0.068 0.212 0.720
#> SRR1782972 3 0.119 0.762578 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1782973 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782974 1 0.473 0.726456 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782975 3 0.444 0.720683 0.048 0.020 0.828 0.104
#> SRR1782976 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782977 1 0.458 0.749448 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1782979 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782980 3 0.507 0.029590 0.372 0.000 0.620 0.008
#> SRR1782981 2 0.102 0.873664 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782982 2 0.147 0.872265 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782985 2 0.448 0.601536 0.000 0.740 0.248 0.012
#> SRR1782983 3 0.227 0.755624 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1782987 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782984 1 0.407 0.768648 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1782986 3 0.130 0.763749 0.004 0.028 0.964 0.004
#> SRR1782988 3 0.197 0.763238 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1782990 2 0.215 0.854382 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1782991 3 0.484 -0.129116 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782989 4 0.513 0.660950 0.000 0.332 0.016 0.652
#> SRR1782992 3 0.306 0.742879 0.024 0.012 0.896 0.068
#> SRR1782993 3 0.604 0.573849 0.016 0.052 0.672 0.260
#> SRR1782995 1 0.497 0.557007 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1782994 3 0.516 -0.400574 0.480 0.000 0.516 0.004
#> SRR1782996 3 0.172 0.765257 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR1782998 3 0.147 0.761665 0.012 0.024 0.960 0.004
#> SRR1782999 3 0.372 0.748795 0.028 0.036 0.872 0.064
#> SRR1782997 3 0.550 0.106339 0.000 0.460 0.524 0.016
#> SRR1783000 2 0.517 0.062576 0.000 0.508 0.488 0.004
#> SRR1783001 3 0.421 0.518136 0.216 0.000 0.772 0.012
#> SRR1783002 2 0.472 0.711915 0.000 0.792 0.092 0.116
#> SRR1783003 3 0.145 0.764747 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1783004 2 0.112 0.875556 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1783005 2 0.597 0.258988 0.004 0.544 0.420 0.032
#> SRR1783006 2 0.204 0.850637 0.000 0.936 0.032 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 2 0.5051 0.0597 0.480 0.492 0.024 0.004 0.000
#> SRR1782686 5 0.0579 0.6059 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1782687 1 0.3802 0.5880 0.800 0.004 0.024 0.004 0.168
#> SRR1782688 2 0.0162 0.8734 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1699 0.6395 0.944 0.008 0.008 0.004 0.036
#> SRR1782691 5 0.5314 0.7293 0.192 0.000 0.136 0.000 0.672
#> SRR1782689 5 0.0579 0.6059 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1782692 2 0.0579 0.8742 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.6367 0.5180 0.372 0.000 0.168 0.000 0.460
#> SRR1782694 2 0.0162 0.8734 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.6691 0.1443 0.296 0.500 0.192 0.012 0.000
#> SRR1782697 2 0.0854 0.8733 0.012 0.976 0.008 0.004 0.000
#> SRR1782695 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4291 0.5446 0.800 0.128 0.044 0.024 0.004
#> SRR1782699 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782701 5 0.5866 0.6879 0.248 0.000 0.156 0.000 0.596
#> SRR1782702 2 0.0693 0.8739 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0162 0.8734 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.2177 0.5542 0.008 0.000 0.080 0.004 0.908
#> SRR1782709 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782711 5 0.3269 0.7008 0.096 0.000 0.056 0.000 0.848
#> SRR1782707 5 0.5177 0.7325 0.180 0.000 0.132 0.000 0.688
#> SRR1782706 2 0.5169 0.6119 0.156 0.716 0.116 0.012 0.000
#> SRR1782708 2 0.0740 0.8715 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000
#> SRR1782712 4 0.4702 0.4414 0.000 0.432 0.016 0.552 0.000
#> SRR1782713 4 0.3696 0.7523 0.000 0.212 0.016 0.772 0.000
#> SRR1782710 1 0.2032 0.6373 0.924 0.052 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782714 4 0.5270 0.6561 0.120 0.000 0.208 0.672 0.000
#> SRR1782716 4 0.3656 0.7610 0.000 0.196 0.020 0.784 0.000
#> SRR1782715 3 0.4961 0.8321 0.456 0.020 0.520 0.004 0.000
#> SRR1782717 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782719 3 0.5184 0.8300 0.456 0.032 0.508 0.004 0.000
#> SRR1782720 4 0.3724 0.7654 0.000 0.184 0.028 0.788 0.000
#> SRR1782721 3 0.7400 -0.3751 0.204 0.000 0.448 0.300 0.048
#> SRR1782726 3 0.4740 0.8308 0.468 0.016 0.516 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.5585 0.8001 0.432 0.060 0.504 0.004 0.000
#> SRR1782723 3 0.4688 0.8072 0.456 0.004 0.532 0.000 0.008
#> SRR1782727 2 0.0579 0.8742 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782724 1 0.5587 0.3075 0.604 0.324 0.060 0.008 0.004
#> SRR1782728 4 0.4339 0.6890 0.000 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR1782730 5 0.4971 0.6558 0.212 0.000 0.080 0.004 0.704
#> SRR1782729 3 0.4877 0.8323 0.456 0.016 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782733 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782732 4 0.3906 0.7362 0.000 0.240 0.016 0.744 0.000
#> SRR1782735 5 0.6326 0.6114 0.300 0.000 0.188 0.000 0.512
#> SRR1782731 1 0.4684 0.4941 0.772 0.144 0.060 0.012 0.012
#> SRR1782734 2 0.3052 0.8177 0.072 0.876 0.036 0.016 0.000
#> SRR1782736 1 0.1830 0.6347 0.932 0.052 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782737 3 0.5647 0.8100 0.456 0.032 0.492 0.008 0.012
#> SRR1782738 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782739 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782740 5 0.6311 0.5949 0.320 0.000 0.176 0.000 0.504
#> SRR1782741 4 0.3550 0.7704 0.016 0.072 0.064 0.848 0.000
#> SRR1782742 2 0.3052 0.8177 0.072 0.876 0.036 0.016 0.000
#> SRR1782743 2 0.2846 0.8243 0.052 0.888 0.048 0.012 0.000
#> SRR1782744 2 0.1442 0.8641 0.032 0.952 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782745 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782747 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782750 1 0.5900 -0.3862 0.596 0.072 0.312 0.016 0.004
#> SRR1782749 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.5278 0.5642 0.704 0.008 0.184 0.100 0.004
#> SRR1782746 5 0.0290 0.6108 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782753 5 0.5382 0.7191 0.212 0.000 0.128 0.000 0.660
#> SRR1782748 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.6298 0.6208 0.292 0.000 0.188 0.000 0.520
#> SRR1782755 2 0.0290 0.8749 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3596 0.7593 0.000 0.200 0.016 0.784 0.000
#> SRR1782757 2 0.2846 0.8243 0.052 0.888 0.048 0.012 0.000
#> SRR1782758 1 0.2153 0.5788 0.916 0.000 0.044 0.000 0.040
#> SRR1782761 4 0.3242 0.7689 0.000 0.072 0.076 0.852 0.000
#> SRR1782759 1 0.1314 0.6237 0.960 0.016 0.012 0.000 0.012
#> SRR1782762 2 0.4015 0.2670 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1782760 4 0.5218 0.6865 0.036 0.280 0.024 0.660 0.000
#> SRR1782764 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.4877 0.8322 0.456 0.016 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.6637 0.6010 0.352 0.176 0.464 0.008 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1948 0.8537 0.024 0.932 0.036 0.008 0.000
#> SRR1782770 3 0.6710 0.5918 0.372 0.184 0.436 0.008 0.000
#> SRR1782774 2 0.1822 0.8546 0.024 0.936 0.036 0.004 0.000
#> SRR1782771 3 0.6710 0.5918 0.372 0.184 0.436 0.008 0.000
#> SRR1782772 3 0.5491 0.8117 0.452 0.052 0.492 0.004 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0162 0.8734 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.6386 0.5806 0.320 0.000 0.188 0.000 0.492
#> SRR1782776 4 0.8192 0.3996 0.160 0.216 0.212 0.412 0.000
#> SRR1782778 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.7662 0.1750 0.284 0.464 0.144 0.108 0.000
#> SRR1782781 3 0.8555 -0.3702 0.160 0.268 0.360 0.204 0.008
#> SRR1782779 4 0.6355 0.1061 0.408 0.000 0.140 0.448 0.004
#> SRR1782782 5 0.0579 0.6059 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1782784 1 0.3454 0.5675 0.836 0.000 0.064 0.000 0.100
#> SRR1782783 1 0.5278 0.5642 0.704 0.008 0.184 0.100 0.004
#> SRR1782785 1 0.0960 0.6339 0.972 0.008 0.000 0.004 0.016
#> SRR1782786 5 0.2177 0.5542 0.008 0.000 0.080 0.004 0.908
#> SRR1782787 3 0.5179 0.8320 0.448 0.024 0.520 0.004 0.004
#> SRR1782788 5 0.4901 0.7339 0.168 0.000 0.116 0.000 0.716
#> SRR1782790 1 0.4225 0.5894 0.792 0.012 0.148 0.044 0.004
#> SRR1782789 4 0.4622 0.4253 0.000 0.440 0.012 0.548 0.000
#> SRR1782791 5 0.7725 0.2930 0.328 0.000 0.284 0.052 0.336
#> SRR1782792 4 0.4622 0.4253 0.000 0.440 0.012 0.548 0.000
#> SRR1782793 5 0.7374 0.3376 0.104 0.000 0.268 0.120 0.508
#> SRR1782794 5 0.5314 0.7293 0.192 0.000 0.136 0.000 0.672
#> SRR1782795 4 0.4057 0.7009 0.120 0.000 0.088 0.792 0.000
#> SRR1782796 4 0.3550 0.7704 0.016 0.072 0.064 0.848 0.000
#> SRR1782798 4 0.3690 0.7583 0.000 0.200 0.020 0.780 0.000
#> SRR1782797 4 0.3596 0.7593 0.000 0.200 0.016 0.784 0.000
#> SRR1782799 3 0.5359 0.8214 0.452 0.036 0.504 0.008 0.000
#> SRR1782800 1 0.3347 0.5733 0.864 0.072 0.048 0.008 0.008
#> SRR1782801 2 0.1822 0.8546 0.024 0.936 0.036 0.004 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.6285 0.6880 0.396 0.132 0.468 0.004 0.000
#> SRR1782804 3 0.4688 0.8072 0.456 0.004 0.532 0.000 0.008
#> SRR1782805 3 0.5042 0.8326 0.460 0.024 0.512 0.004 0.000
#> SRR1782806 3 0.4688 0.8072 0.456 0.004 0.532 0.000 0.008
#> SRR1782808 4 0.4360 0.6846 0.000 0.300 0.020 0.680 0.000
#> SRR1782807 3 0.8385 -0.3242 0.200 0.000 0.372 0.220 0.208
#> SRR1782809 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782810 4 0.3649 0.7706 0.000 0.152 0.040 0.808 0.000
#> SRR1782812 2 0.4138 0.1351 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1782813 2 0.1721 0.8616 0.016 0.944 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782814 4 0.3360 0.7204 0.012 0.004 0.168 0.816 0.000
#> SRR1782815 4 0.4318 0.6929 0.000 0.292 0.020 0.688 0.000
#> SRR1782816 1 0.5900 -0.3862 0.596 0.072 0.312 0.016 0.004
#> SRR1782818 1 0.4040 0.4532 0.816 0.060 0.108 0.012 0.004
#> SRR1782819 4 0.5240 0.6568 0.120 0.000 0.204 0.676 0.000
#> SRR1782817 5 0.4901 0.7339 0.168 0.000 0.116 0.000 0.716
#> SRR1782824 1 0.2415 0.6401 0.916 0.016 0.016 0.008 0.044
#> SRR1782825 2 0.2846 0.8243 0.052 0.888 0.048 0.012 0.000
#> SRR1782820 1 0.1710 0.6097 0.944 0.012 0.024 0.000 0.020
#> SRR1782822 4 0.7414 0.4889 0.148 0.300 0.076 0.476 0.000
#> SRR1782821 1 0.4822 0.4424 0.704 0.000 0.076 0.000 0.220
#> SRR1782823 5 0.3401 0.7043 0.096 0.000 0.064 0.000 0.840
#> SRR1782826 5 0.5113 0.6429 0.232 0.000 0.080 0.004 0.684
#> SRR1782830 5 0.3535 0.6979 0.088 0.000 0.080 0.000 0.832
#> SRR1782828 2 0.3211 0.7994 0.064 0.864 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782829 1 0.2415 0.6401 0.916 0.016 0.016 0.008 0.044
#> SRR1782831 4 0.6595 0.4893 0.072 0.360 0.056 0.512 0.000
#> SRR1782834 4 0.5632 0.7540 0.032 0.100 0.180 0.688 0.000
#> SRR1782832 4 0.3656 0.7610 0.000 0.196 0.020 0.784 0.000
#> SRR1782835 4 0.3596 0.7593 0.000 0.200 0.016 0.784 0.000
#> SRR1782837 4 0.7117 0.4551 0.104 0.348 0.072 0.476 0.000
#> SRR1782836 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.4549 0.8262 0.464 0.008 0.528 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.4151 0.7127 0.040 0.800 0.024 0.136 0.000
#> SRR1782833 4 0.5240 0.6568 0.120 0.000 0.204 0.676 0.000
#> SRR1782842 3 0.5246 0.8261 0.448 0.036 0.512 0.004 0.000
#> SRR1782841 5 0.3535 0.6979 0.088 0.000 0.080 0.000 0.832
#> SRR1782843 1 0.7060 -0.1563 0.388 0.344 0.256 0.012 0.000
#> SRR1782845 5 0.6298 0.6208 0.292 0.000 0.188 0.000 0.520
#> SRR1782844 3 0.4791 0.8303 0.460 0.012 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782846 3 0.6817 0.5561 0.400 0.184 0.404 0.012 0.000
#> SRR1782847 5 0.6298 0.6193 0.292 0.000 0.188 0.000 0.520
#> SRR1782848 3 0.4791 0.8303 0.460 0.012 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782849 1 0.6133 0.0101 0.540 0.000 0.160 0.000 0.300
#> SRR1782850 3 0.5699 0.7927 0.456 0.052 0.480 0.012 0.000
#> SRR1782851 1 0.1200 0.6376 0.964 0.016 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782852 4 0.6990 0.6468 0.144 0.080 0.204 0.572 0.000
#> SRR1782853 2 0.0912 0.8707 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.5373 0.2913 0.652 0.000 0.112 0.000 0.236
#> SRR1782856 5 0.5422 0.5736 0.296 0.000 0.076 0.004 0.624
#> SRR1782854 2 0.0898 0.8710 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.4151 0.7127 0.040 0.800 0.024 0.136 0.000
#> SRR1782858 5 0.6386 0.5806 0.320 0.000 0.188 0.000 0.492
#> SRR1782859 3 0.6796 0.5958 0.408 0.164 0.412 0.016 0.000
#> SRR1782860 1 0.4332 0.5477 0.808 0.104 0.056 0.024 0.008
#> SRR1782861 1 0.2772 0.5769 0.892 0.012 0.044 0.000 0.052
#> SRR1782862 1 0.8219 -0.3101 0.368 0.160 0.304 0.168 0.000
#> SRR1782863 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.4546 0.8239 0.460 0.008 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.2067 0.6153 0.928 0.032 0.028 0.000 0.012
#> SRR1782865 5 0.0290 0.6108 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782867 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782868 3 0.5549 0.7903 0.468 0.048 0.476 0.008 0.000
#> SRR1782872 5 0.6298 0.6208 0.292 0.000 0.188 0.000 0.520
#> SRR1782874 1 0.2893 0.6159 0.888 0.068 0.028 0.008 0.008
#> SRR1782875 2 0.1200 0.8694 0.012 0.964 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782870 3 0.5548 0.7948 0.464 0.048 0.480 0.008 0.000
#> SRR1782871 5 0.5314 0.7293 0.192 0.000 0.136 0.000 0.672
#> SRR1782877 1 0.1059 0.6326 0.968 0.008 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782873 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.3535 0.6979 0.088 0.000 0.080 0.000 0.832
#> SRR1782879 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782880 1 0.0854 0.6317 0.976 0.008 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782883 5 0.4111 0.7195 0.120 0.000 0.092 0.000 0.788
#> SRR1782881 3 0.4555 0.8255 0.472 0.008 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.1216 0.8657 0.020 0.960 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.6710 0.4412 0.304 0.000 0.272 0.000 0.424
#> SRR1782885 3 0.5886 0.7771 0.424 0.076 0.492 0.008 0.000
#> SRR1782886 1 0.1701 0.6254 0.944 0.028 0.016 0.000 0.012
#> SRR1782887 3 0.6180 0.7285 0.432 0.104 0.456 0.008 0.000
#> SRR1782888 1 0.2363 0.6060 0.912 0.012 0.024 0.000 0.052
#> SRR1782889 2 0.2846 0.8243 0.052 0.888 0.048 0.012 0.000
#> SRR1782892 1 0.6411 -0.3681 0.436 0.000 0.172 0.000 0.392
#> SRR1782890 1 0.2115 0.6137 0.928 0.008 0.028 0.004 0.032
#> SRR1782891 2 0.0451 0.8743 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.2609 0.8283 0.048 0.896 0.052 0.004 0.000
#> SRR1782894 1 0.1699 0.6395 0.944 0.008 0.008 0.004 0.036
#> SRR1782897 1 0.5116 0.3110 0.668 0.000 0.084 0.000 0.248
#> SRR1782896 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.4901 0.7339 0.168 0.000 0.116 0.000 0.716
#> SRR1782901 5 0.5039 0.6711 0.244 0.000 0.080 0.000 0.676
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.4982 0.3694 0.692 0.000 0.088 0.000 0.220
#> SRR1782903 2 0.0290 0.8749 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.5645 0.7874 0.468 0.048 0.472 0.012 0.000
#> SRR1782904 3 0.4555 0.8255 0.472 0.008 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.1701 0.6254 0.944 0.028 0.016 0.000 0.012
#> SRR1782906 1 0.1507 0.6289 0.952 0.024 0.012 0.000 0.012
#> SRR1782908 3 0.5289 0.8255 0.448 0.032 0.512 0.008 0.000
#> SRR1782909 2 0.2846 0.8243 0.052 0.888 0.048 0.012 0.000
#> SRR1782911 1 0.3571 0.5946 0.852 0.088 0.036 0.016 0.008
#> SRR1782910 3 0.4877 0.8322 0.456 0.016 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782912 5 0.6763 0.3803 0.324 0.000 0.280 0.000 0.396
#> SRR1782913 1 0.6497 -0.1026 0.556 0.016 0.252 0.000 0.176
#> SRR1782915 5 0.5210 0.7318 0.184 0.000 0.132 0.000 0.684
#> SRR1782914 5 0.5203 0.6468 0.272 0.000 0.080 0.000 0.648
#> SRR1782916 2 0.7369 0.1506 0.268 0.480 0.056 0.196 0.000
#> SRR1782918 3 0.5042 0.7792 0.460 0.004 0.512 0.000 0.024
#> SRR1782919 3 0.5036 0.8327 0.452 0.024 0.520 0.004 0.000
#> SRR1782920 1 0.6372 -0.3571 0.428 0.000 0.164 0.000 0.408
#> SRR1782917 3 0.6825 0.4971 0.372 0.208 0.412 0.008 0.000
#> SRR1782922 4 0.5658 0.4172 0.056 0.000 0.460 0.476 0.008
#> SRR1782921 2 0.2846 0.8243 0.052 0.888 0.048 0.012 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.5246 0.8261 0.448 0.036 0.512 0.004 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.6731 0.5810 0.372 0.188 0.432 0.008 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1948 0.8537 0.024 0.932 0.036 0.008 0.000
#> SRR1782933 4 0.2953 0.7321 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1782930 3 0.4688 0.8072 0.456 0.004 0.532 0.000 0.008
#> SRR1782931 2 0.2474 0.8365 0.040 0.908 0.040 0.012 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.5192 0.2703 0.644 0.000 0.076 0.000 0.280
#> SRR1782937 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782940 1 0.6491 0.0626 0.584 0.220 0.176 0.012 0.008
#> SRR1782941 1 0.4010 0.5287 0.784 0.000 0.056 0.000 0.160
#> SRR1782942 3 0.5491 0.8117 0.452 0.052 0.492 0.004 0.000
#> SRR1782945 5 0.6023 0.6624 0.260 0.000 0.168 0.000 0.572
#> SRR1782944 1 0.2171 0.6241 0.928 0.032 0.020 0.008 0.012
#> SRR1782947 5 0.0290 0.6108 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782948 2 0.2917 0.8211 0.052 0.884 0.052 0.012 0.000
#> SRR1782949 5 0.0290 0.6108 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782952 5 0.5877 0.6906 0.244 0.000 0.160 0.000 0.596
#> SRR1782950 2 0.1243 0.8670 0.008 0.960 0.028 0.004 0.000
#> SRR1782953 2 0.2728 0.8301 0.048 0.896 0.040 0.016 0.000
#> SRR1782951 5 0.0290 0.6108 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782954 4 0.6355 0.1061 0.408 0.000 0.140 0.448 0.004
#> SRR1782955 4 0.4080 0.7288 0.000 0.252 0.020 0.728 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.5036 0.8330 0.452 0.024 0.520 0.004 0.000
#> SRR1782946 5 0.5314 0.7293 0.192 0.000 0.136 0.000 0.672
#> SRR1782959 4 0.3745 0.7597 0.000 0.196 0.024 0.780 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.5210 0.7321 0.184 0.000 0.132 0.000 0.684
#> SRR1782961 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782964 3 0.4877 0.8322 0.456 0.016 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782963 1 0.5278 0.5642 0.704 0.008 0.184 0.100 0.004
#> SRR1782965 5 0.6253 0.6330 0.280 0.000 0.188 0.000 0.532
#> SRR1782966 2 0.1948 0.8537 0.024 0.932 0.036 0.008 0.000
#> SRR1782968 3 0.4783 0.8313 0.452 0.012 0.532 0.004 0.000
#> SRR1782967 3 0.5286 0.8284 0.444 0.032 0.516 0.008 0.000
#> SRR1782969 1 0.1804 0.6184 0.940 0.024 0.024 0.000 0.012
#> SRR1782970 2 0.4015 0.2670 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1782971 4 0.3360 0.7204 0.012 0.004 0.168 0.816 0.000
#> SRR1782972 3 0.4437 0.8142 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.5314 0.7293 0.192 0.000 0.136 0.000 0.672
#> SRR1782975 1 0.3317 0.6274 0.876 0.016 0.020 0.052 0.036
#> SRR1782976 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.4946 0.7338 0.168 0.000 0.120 0.000 0.712
#> SRR1782979 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782980 1 0.6390 -0.3762 0.436 0.000 0.168 0.000 0.396
#> SRR1782981 2 0.0000 0.8733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0960 0.8708 0.004 0.972 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782985 2 0.4492 0.6334 0.208 0.744 0.032 0.016 0.000
#> SRR1782983 3 0.5585 0.7995 0.432 0.060 0.504 0.004 0.000
#> SRR1782987 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.4111 0.7195 0.120 0.000 0.092 0.000 0.788
#> SRR1782986 3 0.4583 0.8199 0.464 0.004 0.528 0.004 0.000
#> SRR1782988 3 0.5289 0.8255 0.448 0.032 0.512 0.008 0.000
#> SRR1782990 2 0.1822 0.8557 0.024 0.936 0.036 0.004 0.000
#> SRR1782991 5 0.6710 0.4412 0.304 0.000 0.272 0.000 0.424
#> SRR1782989 4 0.4360 0.6846 0.000 0.300 0.020 0.680 0.000
#> SRR1782992 1 0.1200 0.6350 0.964 0.008 0.012 0.000 0.016
#> SRR1782993 1 0.5417 0.5564 0.696 0.012 0.188 0.100 0.004
#> SRR1782995 5 0.6031 0.6660 0.268 0.000 0.164 0.000 0.568
#> SRR1782994 5 0.6339 0.6075 0.304 0.000 0.188 0.000 0.508
#> SRR1782996 3 0.4971 0.8279 0.460 0.028 0.512 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.4688 0.8072 0.456 0.004 0.532 0.000 0.008
#> SRR1782999 1 0.2269 0.6292 0.920 0.032 0.028 0.000 0.020
#> SRR1782997 2 0.6991 -0.0735 0.332 0.436 0.216 0.016 0.000
#> SRR1783000 2 0.6737 0.1174 0.296 0.492 0.200 0.012 0.000
#> SRR1783001 1 0.5391 0.3103 0.652 0.000 0.116 0.000 0.232
#> SRR1783002 2 0.4236 0.7101 0.040 0.796 0.028 0.136 0.000
#> SRR1783003 3 0.4738 0.8314 0.464 0.016 0.520 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0162 0.8746 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.6573 0.3042 0.296 0.540 0.140 0.024 0.000
#> SRR1783006 2 0.0963 0.8519 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 2 0.4984 0.02594 0.464 0.480 0.048 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.1340 0.46429 0.040 0.000 0.000 0.008 0.948 0.004
#> SRR1782687 1 0.4912 0.60204 0.684 0.004 0.152 0.004 0.156 0.000
#> SRR1782688 2 0.0146 0.88170 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.3633 0.70759 0.784 0.004 0.176 0.004 0.032 0.000
#> SRR1782691 5 0.3916 0.73421 0.020 0.000 0.300 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782689 5 0.1340 0.46429 0.040 0.000 0.000 0.008 0.948 0.004
#> SRR1782692 2 0.0622 0.88190 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.5870 0.58822 0.156 0.000 0.368 0.008 0.468 0.000
#> SRR1782694 2 0.0146 0.88170 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.5880 0.12233 0.120 0.476 0.384 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0862 0.88088 0.016 0.972 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782700 1 0.5227 0.60854 0.664 0.112 0.196 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782701 5 0.4728 0.70444 0.052 0.000 0.340 0.004 0.604 0.000
#> SRR1782702 2 0.0717 0.88140 0.016 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0146 0.88170 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782705 5 0.2872 0.35278 0.052 0.000 0.000 0.008 0.864 0.076
#> SRR1782709 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782711 5 0.3073 0.66243 0.020 0.000 0.140 0.004 0.832 0.004
#> SRR1782707 5 0.3778 0.73333 0.016 0.000 0.288 0.000 0.696 0.000
#> SRR1782706 2 0.4887 0.59003 0.120 0.700 0.160 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0665 0.88039 0.008 0.980 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.3937 0.48253 0.000 0.424 0.004 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.2854 0.71936 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.4064 0.70055 0.768 0.044 0.168 0.004 0.016 0.000
#> SRR1782714 4 0.4742 0.43670 0.096 0.000 0.012 0.696 0.000 0.196
#> SRR1782716 4 0.3333 0.72408 0.000 0.192 0.000 0.784 0.000 0.024
#> SRR1782715 3 0.0725 0.82990 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782718 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782719 3 0.1176 0.82978 0.020 0.024 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.3452 0.72498 0.000 0.176 0.008 0.792 0.000 0.024
#> SRR1782721 6 0.5188 0.55529 0.076 0.000 0.184 0.008 0.040 0.692
#> SRR1782726 3 0.0922 0.82885 0.024 0.004 0.968 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.1500 0.81536 0.012 0.052 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0909 0.80690 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782727 2 0.0622 0.88190 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782724 1 0.5813 0.24218 0.524 0.312 0.152 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.3879 0.66612 0.000 0.292 0.000 0.688 0.000 0.020
#> SRR1782730 5 0.4768 0.58616 0.168 0.000 0.140 0.004 0.688 0.000
#> SRR1782729 3 0.0622 0.82897 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782732 4 0.3023 0.70819 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1782735 5 0.5094 0.61873 0.060 0.000 0.412 0.008 0.520 0.000
#> SRR1782731 1 0.5553 0.57113 0.624 0.124 0.228 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782734 2 0.2934 0.82735 0.064 0.868 0.044 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.3877 0.69893 0.776 0.044 0.168 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782737 3 0.2231 0.81641 0.048 0.020 0.912 0.008 0.012 0.000
#> SRR1782738 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782739 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782740 5 0.5404 0.62638 0.092 0.000 0.388 0.008 0.512 0.000
#> SRR1782741 4 0.2663 0.68688 0.012 0.068 0.004 0.884 0.000 0.032
#> SRR1782742 2 0.2934 0.82735 0.064 0.868 0.044 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.2772 0.83021 0.036 0.876 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.1321 0.87379 0.024 0.952 0.020 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782747 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782750 3 0.5017 0.30668 0.312 0.060 0.612 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3968 0.51294 0.756 0.000 0.060 0.000 0.004 0.180
#> SRR1782746 5 0.0951 0.48368 0.020 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR1782753 5 0.4083 0.73212 0.028 0.000 0.304 0.000 0.668 0.000
#> SRR1782748 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.5040 0.62715 0.056 0.000 0.408 0.008 0.528 0.000
#> SRR1782755 2 0.0260 0.88276 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3364 0.72328 0.000 0.196 0.000 0.780 0.000 0.024
#> SRR1782757 2 0.2772 0.83021 0.036 0.876 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.4183 0.66456 0.692 0.000 0.268 0.004 0.036 0.000
#> SRR1782761 4 0.2492 0.68573 0.000 0.068 0.008 0.888 0.000 0.036
#> SRR1782759 1 0.3560 0.71005 0.772 0.012 0.204 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782762 2 0.3620 0.24951 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.4485 0.65173 0.020 0.268 0.032 0.680 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0622 0.82931 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3158 0.67435 0.020 0.164 0.812 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1921 0.85567 0.012 0.920 0.056 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.3219 0.67379 0.016 0.168 0.808 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.1707 0.85841 0.012 0.928 0.056 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3219 0.67379 0.016 0.168 0.808 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.1716 0.82097 0.028 0.036 0.932 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0146 0.88170 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.5200 0.59321 0.068 0.000 0.424 0.008 0.500 0.000
#> SRR1782776 4 0.6843 0.18158 0.076 0.208 0.252 0.464 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.7248 0.05032 0.224 0.444 0.208 0.120 0.000 0.004
#> SRR1782781 6 0.8422 0.18605 0.084 0.256 0.220 0.120 0.000 0.320
#> SRR1782779 1 0.5772 -0.06394 0.468 0.000 0.000 0.348 0.000 0.184
#> SRR1782782 5 0.1340 0.46429 0.040 0.000 0.000 0.008 0.948 0.004
#> SRR1782784 1 0.4969 0.61139 0.636 0.000 0.260 0.004 0.100 0.000
#> SRR1782783 1 0.3968 0.51294 0.756 0.000 0.060 0.000 0.004 0.180
#> SRR1782785 1 0.3468 0.71036 0.784 0.004 0.192 0.008 0.012 0.000
#> SRR1782786 5 0.2872 0.35278 0.052 0.000 0.000 0.008 0.864 0.076
#> SRR1782787 3 0.1096 0.82870 0.020 0.008 0.964 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782788 5 0.3895 0.72900 0.008 0.000 0.272 0.008 0.708 0.004
#> SRR1782790 1 0.3039 0.56039 0.848 0.004 0.060 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782789 4 0.3950 0.46654 0.000 0.432 0.004 0.564 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.6713 -0.34158 0.076 0.000 0.452 0.004 0.344 0.124
#> SRR1782792 4 0.3950 0.46654 0.000 0.432 0.004 0.564 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.5404 -0.04582 0.100 0.000 0.000 0.004 0.488 0.408
#> SRR1782794 5 0.3916 0.73421 0.020 0.000 0.300 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782795 4 0.3517 0.56061 0.096 0.000 0.012 0.820 0.000 0.072
#> SRR1782796 4 0.2663 0.68688 0.012 0.068 0.004 0.884 0.000 0.032
#> SRR1782798 4 0.2762 0.72328 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.3364 0.72328 0.000 0.196 0.000 0.780 0.000 0.024
#> SRR1782799 3 0.1666 0.82302 0.036 0.020 0.936 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.4705 0.66652 0.692 0.064 0.228 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782801 2 0.1707 0.85843 0.012 0.928 0.056 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.2494 0.74457 0.016 0.120 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0909 0.80690 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782805 3 0.0964 0.83047 0.016 0.012 0.968 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0909 0.80690 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782808 4 0.3898 0.66229 0.000 0.296 0.000 0.684 0.000 0.020
#> SRR1782807 6 0.5395 0.41583 0.220 0.000 0.000 0.000 0.196 0.584
#> SRR1782809 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782810 4 0.2950 0.71945 0.000 0.148 0.000 0.828 0.000 0.024
#> SRR1782812 2 0.3727 0.10843 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.1478 0.86985 0.004 0.944 0.032 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.2020 0.61858 0.000 0.000 0.096 0.896 0.000 0.008
#> SRR1782815 4 0.3859 0.66949 0.000 0.288 0.000 0.692 0.000 0.020
#> SRR1782816 3 0.5017 0.30668 0.312 0.060 0.612 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.4869 0.58814 0.612 0.052 0.324 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.4742 0.43535 0.096 0.000 0.012 0.696 0.000 0.196
#> SRR1782817 5 0.3895 0.72900 0.008 0.000 0.272 0.008 0.708 0.004
#> SRR1782824 1 0.4488 0.70570 0.736 0.008 0.196 0.012 0.040 0.008
#> SRR1782825 2 0.2772 0.83021 0.036 0.876 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.3900 0.69060 0.724 0.012 0.248 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782822 4 0.6646 0.37758 0.112 0.284 0.108 0.496 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.5843 0.43195 0.516 0.000 0.260 0.004 0.220 0.000
#> SRR1782823 5 0.3152 0.66847 0.020 0.000 0.148 0.004 0.824 0.004
#> SRR1782826 5 0.4882 0.56297 0.188 0.000 0.136 0.000 0.672 0.004
#> SRR1782830 5 0.3496 0.65121 0.048 0.000 0.132 0.004 0.812 0.004
#> SRR1782828 2 0.3075 0.80499 0.040 0.852 0.092 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.4458 0.70569 0.740 0.008 0.192 0.012 0.040 0.008
#> SRR1782831 4 0.5807 0.46640 0.044 0.340 0.080 0.536 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.4970 0.62083 0.020 0.096 0.028 0.732 0.000 0.124
#> SRR1782832 4 0.3333 0.72408 0.000 0.192 0.000 0.784 0.000 0.024
#> SRR1782835 4 0.3364 0.72328 0.000 0.196 0.000 0.780 0.000 0.024
#> SRR1782837 4 0.6326 0.40762 0.072 0.332 0.100 0.496 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782838 3 0.0820 0.81610 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782839 3 0.0603 0.82377 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782840 2 0.3872 0.71198 0.024 0.788 0.044 0.144 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.4742 0.43535 0.096 0.000 0.012 0.696 0.000 0.196
#> SRR1782842 3 0.1478 0.82573 0.032 0.020 0.944 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.3496 0.65121 0.048 0.000 0.132 0.004 0.812 0.004
#> SRR1782843 3 0.5870 0.19732 0.144 0.324 0.516 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.5040 0.62715 0.056 0.000 0.408 0.008 0.528 0.000
#> SRR1782844 3 0.0508 0.82767 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.3943 0.65223 0.040 0.168 0.772 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.4995 0.62466 0.052 0.000 0.412 0.008 0.528 0.000
#> SRR1782848 3 0.0508 0.82767 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.6190 -0.26668 0.248 0.000 0.436 0.008 0.308 0.000
#> SRR1782850 3 0.2841 0.76906 0.092 0.032 0.864 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.3166 0.70945 0.800 0.008 0.184 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782852 4 0.6643 0.42299 0.108 0.080 0.064 0.612 0.000 0.136
#> SRR1782853 2 0.0777 0.87854 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.6108 0.15163 0.424 0.000 0.332 0.004 0.240 0.000
#> SRR1782856 5 0.5143 0.49119 0.248 0.000 0.140 0.000 0.612 0.000
#> SRR1782854 2 0.0806 0.87937 0.008 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.3872 0.71198 0.024 0.788 0.044 0.144 0.000 0.000
#> SRR1782858 5 0.5200 0.59321 0.068 0.000 0.424 0.008 0.500 0.000
#> SRR1782859 3 0.3612 0.68551 0.036 0.148 0.800 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.5135 0.62552 0.676 0.092 0.204 0.024 0.004 0.000
#> SRR1782861 1 0.4832 0.65853 0.660 0.012 0.272 0.008 0.048 0.000
#> SRR1782862 3 0.6204 0.32927 0.092 0.144 0.592 0.172 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782864 3 0.0363 0.82332 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4000 0.70392 0.740 0.028 0.220 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782865 5 0.0951 0.48368 0.020 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR1782867 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782868 3 0.2859 0.76028 0.108 0.028 0.856 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782872 5 0.5040 0.62715 0.056 0.000 0.408 0.008 0.528 0.000
#> SRR1782874 1 0.4374 0.68527 0.736 0.060 0.188 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782875 2 0.1332 0.87372 0.008 0.952 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.2764 0.76851 0.100 0.028 0.864 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.3916 0.73421 0.020 0.000 0.300 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782877 1 0.3449 0.71051 0.784 0.004 0.192 0.004 0.016 0.000
#> SRR1782873 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.3496 0.65121 0.048 0.000 0.132 0.004 0.812 0.004
#> SRR1782879 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782880 1 0.3121 0.71008 0.796 0.004 0.192 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782883 5 0.3345 0.69892 0.028 0.000 0.184 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782881 3 0.0777 0.82707 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.1049 0.87442 0.008 0.960 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.4701 -0.39943 0.036 0.000 0.524 0.004 0.436 0.000
#> SRR1782885 3 0.1976 0.80542 0.016 0.060 0.916 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.3812 0.70906 0.760 0.024 0.204 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782887 3 0.2691 0.77348 0.032 0.088 0.872 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.4587 0.68048 0.696 0.012 0.236 0.004 0.052 0.000
#> SRR1782889 2 0.2772 0.83021 0.036 0.876 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.6106 0.48213 0.200 0.000 0.392 0.008 0.400 0.000
#> SRR1782890 1 0.4053 0.69731 0.732 0.004 0.228 0.008 0.028 0.000
#> SRR1782891 2 0.0405 0.88211 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.2476 0.83751 0.032 0.888 0.072 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.3633 0.70759 0.784 0.004 0.176 0.004 0.032 0.000
#> SRR1782897 1 0.6144 0.12494 0.412 0.000 0.332 0.004 0.252 0.000
#> SRR1782896 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.3788 0.72970 0.008 0.000 0.272 0.004 0.712 0.004
#> SRR1782901 5 0.4787 0.64099 0.144 0.000 0.184 0.000 0.672 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.6015 0.26646 0.460 0.000 0.312 0.004 0.224 0.000
#> SRR1782903 2 0.0260 0.88276 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.2912 0.75747 0.104 0.028 0.856 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0777 0.82707 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.3812 0.70906 0.760 0.024 0.204 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782906 1 0.3620 0.71204 0.772 0.016 0.200 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782908 3 0.1503 0.82486 0.032 0.016 0.944 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.2772 0.83021 0.036 0.876 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.4726 0.66064 0.716 0.076 0.184 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782910 3 0.0622 0.82931 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.4936 -0.35256 0.048 0.000 0.536 0.008 0.408 0.000
#> SRR1782913 3 0.5808 0.25635 0.228 0.008 0.576 0.008 0.180 0.000
#> SRR1782915 5 0.3797 0.73390 0.016 0.000 0.292 0.000 0.692 0.000
#> SRR1782914 5 0.5010 0.61757 0.172 0.000 0.184 0.000 0.644 0.000
#> SRR1782916 2 0.7044 0.13667 0.220 0.460 0.112 0.208 0.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.1464 0.78677 0.016 0.000 0.944 0.004 0.036 0.000
#> SRR1782919 3 0.0870 0.82985 0.012 0.012 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.5784 0.45957 0.176 0.000 0.408 0.000 0.416 0.000
#> SRR1782917 3 0.4322 0.56264 0.076 0.184 0.732 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782922 6 0.1152 0.52089 0.004 0.000 0.000 0.044 0.000 0.952
#> SRR1782921 2 0.2772 0.83021 0.036 0.876 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.1478 0.82573 0.032 0.020 0.944 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.3352 0.66560 0.016 0.172 0.800 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1921 0.85570 0.012 0.920 0.056 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1643 0.63814 0.000 0.000 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782930 3 0.0909 0.80690 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782931 2 0.2401 0.83587 0.016 0.892 0.076 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.6141 0.17577 0.428 0.000 0.288 0.004 0.280 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782940 1 0.6403 0.23040 0.388 0.204 0.388 0.016 0.004 0.000
#> SRR1782941 1 0.5432 0.55365 0.588 0.000 0.248 0.004 0.160 0.000
#> SRR1782942 3 0.1716 0.82097 0.028 0.036 0.932 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.4534 0.67294 0.040 0.000 0.380 0.000 0.580 0.000
#> SRR1782944 1 0.4121 0.70595 0.744 0.028 0.208 0.012 0.008 0.000
#> SRR1782947 5 0.0951 0.48368 0.020 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR1782948 2 0.2828 0.82678 0.036 0.872 0.072 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0951 0.48368 0.020 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR1782952 5 0.4731 0.70342 0.044 0.000 0.344 0.008 0.604 0.000
#> SRR1782950 2 0.1307 0.87338 0.008 0.952 0.032 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.2737 0.83617 0.036 0.880 0.060 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0951 0.48368 0.020 0.000 0.000 0.008 0.968 0.004
#> SRR1782954 1 0.5772 -0.06394 0.468 0.000 0.000 0.348 0.000 0.184
#> SRR1782955 4 0.3719 0.69993 0.000 0.248 0.000 0.728 0.000 0.024
#> SRR1782956 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0820 0.83066 0.012 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.3916 0.73421 0.020 0.000 0.300 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782959 4 0.2730 0.72404 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.3797 0.73425 0.016 0.000 0.292 0.000 0.692 0.000
#> SRR1782961 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782964 3 0.0622 0.82931 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3968 0.51294 0.756 0.000 0.060 0.000 0.004 0.180
#> SRR1782965 5 0.4930 0.63776 0.048 0.000 0.404 0.008 0.540 0.000
#> SRR1782966 2 0.1921 0.85567 0.012 0.920 0.056 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0405 0.82805 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.1262 0.82852 0.020 0.016 0.956 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.3874 0.70548 0.744 0.020 0.224 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782970 2 0.3620 0.24951 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.2020 0.61858 0.000 0.000 0.096 0.896 0.000 0.008
#> SRR1782972 3 0.0725 0.81391 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.3916 0.73421 0.020 0.000 0.300 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782975 1 0.5130 0.68371 0.708 0.008 0.184 0.056 0.032 0.012
#> SRR1782976 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.3916 0.72946 0.008 0.000 0.276 0.008 0.704 0.004
#> SRR1782979 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782980 5 0.6147 0.48543 0.212 0.000 0.376 0.008 0.404 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.88154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.1167 0.87578 0.008 0.960 0.020 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.4370 0.63170 0.196 0.732 0.048 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.1500 0.81502 0.012 0.052 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.3345 0.69892 0.028 0.000 0.184 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782986 3 0.0820 0.82028 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782988 3 0.1503 0.82486 0.032 0.016 0.944 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.1707 0.85984 0.012 0.928 0.056 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4701 -0.39943 0.036 0.000 0.524 0.004 0.436 0.000
#> SRR1782989 4 0.3898 0.66229 0.000 0.296 0.000 0.684 0.000 0.020
#> SRR1782992 1 0.3187 0.71081 0.796 0.004 0.188 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782993 1 0.3943 0.49800 0.756 0.004 0.056 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782995 5 0.4900 0.68270 0.052 0.000 0.364 0.008 0.576 0.000
#> SRR1782994 5 0.5142 0.61601 0.064 0.000 0.412 0.008 0.516 0.000
#> SRR1782996 3 0.1370 0.82676 0.036 0.012 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0909 0.80690 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782999 1 0.3799 0.70951 0.764 0.024 0.196 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782997 3 0.6087 0.00262 0.148 0.412 0.420 0.020 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.5889 0.10416 0.120 0.468 0.392 0.020 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.6229 0.11424 0.392 0.000 0.360 0.008 0.240 0.000
#> SRR1783002 2 0.3973 0.70887 0.024 0.780 0.048 0.148 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0891 0.82973 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0146 0.88275 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.6328 0.25470 0.236 0.520 0.204 0.040 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0865 0.86039 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.624 0.814 0.909 0.4843 0.498 0.498
#> 3 3 0.570 0.576 0.700 0.3307 0.740 0.524
#> 4 4 0.615 0.641 0.741 0.1365 0.817 0.533
#> 5 5 0.854 0.863 0.908 0.0728 0.901 0.655
#> 6 6 0.822 0.694 0.823 0.0345 0.956 0.799
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.3274 0.9211 0.060 0.940
#> SRR1782686 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782690 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782693 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782696 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782697 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782695 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782700 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782699 1 0.9983 -0.0179 0.524 0.476
#> SRR1782701 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782704 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782703 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782705 1 0.2948 0.8443 0.948 0.052
#> SRR1782709 2 0.8144 0.6866 0.252 0.748
#> SRR1782711 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782708 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.7376 0.7188 0.792 0.208
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.9977 0.0463 0.472 0.528
#> SRR1782717 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.5408 0.8570 0.124 0.876
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.8144 0.7445 0.748 0.252
#> SRR1782726 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782722 2 0.5408 0.8570 0.124 0.876
#> SRR1782723 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782727 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.8661 0.5937 0.288 0.712
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.9710 0.3984 0.600 0.400
#> SRR1782733 2 0.8144 0.6866 0.252 0.748
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.6973 0.7750 0.812 0.188
#> SRR1782734 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782736 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.6973 0.7750 0.812 0.188
#> SRR1782738 2 0.1414 0.9023 0.020 0.980
#> SRR1782739 1 0.9933 0.3875 0.548 0.452
#> SRR1782740 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782743 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782744 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782745 2 0.8144 0.6866 0.252 0.748
#> SRR1782747 2 0.9998 0.1280 0.492 0.508
#> SRR1782750 1 0.6973 0.7750 0.812 0.188
#> SRR1782749 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782751 2 0.2778 0.9252 0.048 0.952
#> SRR1782752 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782754 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782758 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782763 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782765 1 0.9963 0.2030 0.536 0.464
#> SRR1782766 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782767 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782769 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782768 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782770 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782774 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782771 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782772 1 1.0000 0.0627 0.500 0.500
#> SRR1782773 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782775 2 0.2236 0.9215 0.036 0.964
#> SRR1782777 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782780 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782781 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.2948 0.8443 0.948 0.052
#> SRR1782782 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.2948 0.8443 0.948 0.052
#> SRR1782787 1 0.7056 0.7718 0.808 0.192
#> SRR1782788 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.2948 0.8443 0.948 0.052
#> SRR1782794 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.7376 0.7188 0.792 0.208
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782800 1 0.6973 0.7750 0.812 0.188
#> SRR1782801 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782802 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782803 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782804 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782805 1 0.9850 0.3196 0.572 0.428
#> SRR1782806 1 0.7056 0.7718 0.808 0.192
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.2948 0.8443 0.948 0.052
#> SRR1782809 1 0.7299 0.7871 0.796 0.204
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782814 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.6973 0.7750 0.812 0.188
#> SRR1782818 1 0.9427 0.4994 0.640 0.360
#> SRR1782819 1 0.7376 0.7188 0.792 0.208
#> SRR1782817 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782820 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782829 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782838 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782839 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782840 2 0.1843 0.9186 0.028 0.972
#> SRR1782833 1 0.9710 0.3534 0.600 0.400
#> SRR1782842 1 0.7674 0.7366 0.776 0.224
#> SRR1782841 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.5408 0.8570 0.124 0.876
#> SRR1782845 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.7602 0.7417 0.780 0.220
#> SRR1782846 2 0.5519 0.8523 0.128 0.872
#> SRR1782847 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.7602 0.7417 0.780 0.220
#> SRR1782849 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.9833 0.2245 0.424 0.576
#> SRR1782851 1 0.0376 0.8800 0.996 0.004
#> SRR1782852 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782855 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.5294 0.8615 0.120 0.880
#> SRR1782860 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782861 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782863 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782864 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782866 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9922 0.2216 0.552 0.448
#> SRR1782868 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782872 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.6148 0.8360 0.152 0.848
#> SRR1782875 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782870 1 0.7139 0.7685 0.804 0.196
#> SRR1782871 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782878 1 0.1843 0.8622 0.972 0.028
#> SRR1782879 1 0.8144 0.7445 0.748 0.252
#> SRR1782880 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782882 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782884 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.9393 0.4320 0.356 0.644
#> SRR1782886 1 0.9754 0.3827 0.592 0.408
#> SRR1782887 2 0.5519 0.8523 0.128 0.872
#> SRR1782888 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782892 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782893 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782894 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782895 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782898 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782900 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782902 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782905 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782904 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782907 1 0.9170 0.5572 0.668 0.332
#> SRR1782906 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.9988 0.1438 0.520 0.480
#> SRR1782909 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782911 1 0.0376 0.8800 0.996 0.004
#> SRR1782910 2 1.0000 -0.0746 0.500 0.500
#> SRR1782912 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.2603 0.9242 0.044 0.956
#> SRR1782918 1 0.3733 0.8485 0.928 0.072
#> SRR1782919 2 0.9996 -0.0236 0.488 0.512
#> SRR1782920 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782922 2 0.9710 0.2832 0.400 0.600
#> SRR1782921 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782923 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782925 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782924 1 0.7674 0.7366 0.776 0.224
#> SRR1782926 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782929 2 0.2778 0.9252 0.048 0.952
#> SRR1782927 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782928 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782932 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782933 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782931 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782934 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782935 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782936 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.2778 0.9252 0.048 0.952
#> SRR1782939 1 0.6531 0.7405 0.832 0.168
#> SRR1782940 1 0.9933 0.2450 0.548 0.452
#> SRR1782941 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.9977 0.0463 0.472 0.528
#> SRR1782945 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.9460 0.4198 0.364 0.636
#> SRR1782947 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782949 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782953 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782951 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.7376 0.6735 0.208 0.792
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.1843 0.9186 0.028 0.972
#> SRR1782957 2 0.9977 0.0463 0.472 0.528
#> SRR1782946 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782960 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782962 1 0.9881 0.1249 0.564 0.436
#> SRR1782964 1 0.9944 0.2307 0.544 0.456
#> SRR1782963 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782968 1 0.8861 0.6122 0.696 0.304
#> SRR1782967 2 1.0000 -0.0746 0.500 0.500
#> SRR1782969 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782973 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782974 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782977 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.1843 0.9186 0.028 0.972
#> SRR1782982 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782985 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782983 2 0.9977 0.0463 0.472 0.528
#> SRR1782987 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782984 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.7602 0.7417 0.780 0.220
#> SRR1782988 1 0.9954 0.2172 0.540 0.460
#> SRR1782990 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1782991 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.8144 0.6866 0.252 0.748
#> SRR1782995 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782998 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1782999 1 0.1184 0.8755 0.984 0.016
#> SRR1782997 2 0.5408 0.8570 0.124 0.876
#> SRR1783000 2 0.3114 0.9232 0.056 0.944
#> SRR1783001 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.7219 0.7651 0.800 0.200
#> SRR1783004 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1783005 2 0.2948 0.9260 0.052 0.948
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 3 0.8800 -0.5043 0.116 0.396 0.488
#> SRR1782686 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782687 1 0.0892 0.8436 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782688 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782690 1 0.1411 0.8424 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782691 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782689 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782692 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782693 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782694 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782696 2 0.6302 0.6641 0.000 0.520 0.480
#> SRR1782697 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782695 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782700 3 0.6201 0.0575 0.044 0.208 0.748
#> SRR1782699 3 0.9212 0.0660 0.372 0.156 0.472
#> SRR1782701 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782702 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782704 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782703 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782705 1 0.4475 0.7277 0.840 0.144 0.016
#> SRR1782709 3 0.9718 -0.2472 0.260 0.288 0.452
#> SRR1782711 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782707 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782706 3 0.5560 -0.1660 0.000 0.300 0.700
#> SRR1782708 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782712 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782713 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782710 1 0.3340 0.7913 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782714 1 0.7901 0.3867 0.540 0.400 0.060
#> SRR1782716 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782715 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782717 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782718 2 0.5678 0.0725 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782719 3 0.1529 0.4929 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782720 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782721 3 0.9759 0.2270 0.284 0.272 0.444
#> SRR1782726 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782722 3 0.1643 0.4885 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782723 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782727 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782725 2 0.5529 0.1186 0.000 0.704 0.296
#> SRR1782724 3 0.5791 0.1775 0.048 0.168 0.784
#> SRR1782728 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782730 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782729 3 0.5404 0.5156 0.256 0.004 0.740
#> SRR1782733 3 0.9624 -0.2546 0.240 0.292 0.468
#> SRR1782732 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782735 3 0.6225 0.2790 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782731 3 0.4121 0.4467 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782734 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782736 1 0.3116 0.8014 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782737 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782738 3 0.6521 0.2779 0.004 0.496 0.500
#> SRR1782739 3 0.7013 0.3446 0.020 0.432 0.548
#> SRR1782740 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782741 2 0.0661 0.5509 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782742 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782743 2 0.6295 0.6773 0.000 0.528 0.472
#> SRR1782744 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782745 3 0.9657 -0.2720 0.240 0.300 0.460
#> SRR1782747 3 0.9183 0.0590 0.360 0.156 0.484
#> SRR1782750 3 0.5948 0.4130 0.360 0.000 0.640
#> SRR1782749 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782751 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782752 1 0.1989 0.8391 0.948 0.004 0.048
#> SRR1782746 1 0.1411 0.8519 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782753 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782748 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782754 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782755 2 0.6180 0.7553 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782756 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782757 2 0.6252 0.7203 0.000 0.556 0.444
#> SRR1782758 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782761 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782759 1 0.3340 0.7913 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782762 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782760 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782764 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782763 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782765 3 0.1163 0.5017 0.000 0.028 0.972
#> SRR1782766 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782767 3 0.2165 0.4620 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782769 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782768 2 0.6192 0.7511 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782770 3 0.2356 0.4494 0.000 0.072 0.928
#> SRR1782774 2 0.6192 0.7511 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782771 3 0.2165 0.4620 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782772 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782773 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782775 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782777 1 0.4931 0.6608 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782776 2 0.5926 0.2383 0.000 0.644 0.356
#> SRR1782778 2 0.6180 0.7553 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782780 3 0.5138 -0.0114 0.000 0.252 0.748
#> SRR1782781 2 0.6373 0.1046 0.004 0.588 0.408
#> SRR1782779 1 0.7665 0.4611 0.600 0.340 0.060
#> SRR1782782 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782784 1 0.0892 0.8436 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782783 1 0.1129 0.8433 0.976 0.004 0.020
#> SRR1782785 1 0.3619 0.7781 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782786 1 0.5639 0.6129 0.752 0.232 0.016
#> SRR1782787 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782788 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782790 1 0.6057 0.3959 0.656 0.004 0.340
#> SRR1782789 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782791 1 0.5948 0.2734 0.640 0.000 0.360
#> SRR1782792 2 0.0592 0.5599 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782793 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782794 1 0.1411 0.8519 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782795 1 0.7263 0.4047 0.568 0.400 0.032
#> SRR1782796 2 0.0661 0.5509 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782798 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782797 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782799 3 0.6045 0.3865 0.380 0.000 0.620
#> SRR1782800 1 0.6307 -0.1190 0.512 0.000 0.488
#> SRR1782801 2 0.6180 0.7553 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782802 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782803 3 0.2165 0.4620 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782804 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782805 3 0.0983 0.5081 0.004 0.016 0.980
#> SRR1782806 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782808 2 0.0424 0.5585 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782807 1 0.6090 0.5741 0.716 0.264 0.020
#> SRR1782809 2 0.9625 -0.3155 0.204 0.408 0.388
#> SRR1782810 2 0.0424 0.5539 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782812 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782813 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782814 2 0.6305 -0.2682 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782815 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782816 3 0.6154 0.3258 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782818 3 0.1643 0.4964 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782819 1 0.7648 0.3943 0.552 0.400 0.048
#> SRR1782817 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782824 1 0.1163 0.8434 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782825 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782820 1 0.3340 0.7913 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782822 2 0.5526 0.4602 0.036 0.792 0.172
#> SRR1782821 1 0.0892 0.8436 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782823 1 0.1411 0.8519 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782826 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782830 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782828 2 0.6235 0.7317 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782829 1 0.2066 0.8328 0.940 0.000 0.060
#> SRR1782831 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782834 2 0.3253 0.4820 0.036 0.912 0.052
#> SRR1782832 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782835 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782837 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782836 3 0.6154 0.3418 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782838 3 0.6111 0.3643 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782839 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782840 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782833 1 0.7389 0.3937 0.556 0.408 0.036
#> SRR1782842 3 0.2356 0.5499 0.072 0.000 0.928
#> SRR1782841 1 0.0424 0.8503 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782843 3 0.2165 0.4620 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782845 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782844 3 0.5560 0.4792 0.300 0.000 0.700
#> SRR1782846 3 0.1643 0.4885 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782847 1 0.2448 0.8287 0.924 0.000 0.076
#> SRR1782848 3 0.5560 0.4792 0.300 0.000 0.700
#> SRR1782849 1 0.4121 0.7558 0.832 0.000 0.168
#> SRR1782850 3 0.1529 0.4912 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782851 1 0.3619 0.7785 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782852 2 0.6805 0.1366 0.044 0.688 0.268
#> SRR1782853 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782855 1 0.3412 0.7986 0.876 0.000 0.124
#> SRR1782856 1 0.0892 0.8436 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782854 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782857 2 0.6111 0.7518 0.000 0.604 0.396
#> SRR1782858 3 0.6225 0.2790 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782859 3 0.1964 0.4732 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782860 3 0.6057 0.0969 0.044 0.196 0.760
#> SRR1782861 1 0.3551 0.7908 0.868 0.000 0.132
#> SRR1782862 3 0.2066 0.4678 0.000 0.060 0.940
#> SRR1782863 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782864 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782866 1 0.3619 0.7759 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782865 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782867 1 0.8066 0.3740 0.528 0.404 0.068
#> SRR1782868 3 0.6154 0.3603 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782872 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782874 3 0.9007 -0.0302 0.268 0.180 0.552
#> SRR1782875 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782870 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782871 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782877 1 0.3340 0.7913 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782873 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782878 1 0.1031 0.8521 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782879 3 0.7411 0.3578 0.036 0.416 0.548
#> SRR1782880 1 0.2537 0.8226 0.920 0.000 0.080
#> SRR1782883 1 0.1411 0.8519 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782881 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782882 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782884 1 0.6286 -0.0522 0.536 0.000 0.464
#> SRR1782885 3 0.1643 0.4885 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782886 3 0.7116 0.2655 0.324 0.040 0.636
#> SRR1782887 3 0.1643 0.4885 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782888 1 0.3340 0.7913 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782889 2 0.6192 0.7511 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782892 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782890 1 0.3412 0.7914 0.876 0.000 0.124
#> SRR1782891 2 0.6192 0.7511 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782893 2 0.6215 0.7416 0.000 0.572 0.428
#> SRR1782894 1 0.1411 0.8424 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782897 1 0.1289 0.8527 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782896 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782895 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782898 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782900 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782901 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782899 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782902 1 0.1529 0.8487 0.960 0.000 0.040
#> SRR1782903 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782905 3 0.5948 0.3964 0.360 0.000 0.640
#> SRR1782904 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782907 3 0.6714 0.3033 0.296 0.032 0.672
#> SRR1782906 1 0.6244 0.1499 0.560 0.000 0.440
#> SRR1782908 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782909 2 0.6180 0.7553 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782911 1 0.3752 0.7702 0.856 0.000 0.144
#> SRR1782910 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782912 3 0.6274 0.2308 0.456 0.000 0.544
#> SRR1782913 3 0.6225 0.2790 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782915 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782914 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782916 2 0.6154 0.7544 0.000 0.592 0.408
#> SRR1782918 3 0.6180 0.3232 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782919 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782920 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782917 3 0.2165 0.4620 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782922 2 0.7378 0.0402 0.320 0.628 0.052
#> SRR1782921 2 0.6235 0.7317 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782923 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782925 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782924 3 0.5178 0.5138 0.256 0.000 0.744
#> SRR1782926 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782929 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782927 3 0.1964 0.4732 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782928 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782932 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782933 2 0.6113 0.0972 0.012 0.688 0.300
#> SRR1782930 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782931 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782934 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782935 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782936 1 0.0747 0.8450 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782937 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782939 1 0.6779 0.1183 0.544 0.012 0.444
#> SRR1782940 3 0.1643 0.4964 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782941 1 0.1529 0.8413 0.960 0.000 0.040
#> SRR1782942 3 0.1529 0.4929 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782945 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782944 3 0.7821 0.0707 0.152 0.176 0.672
#> SRR1782947 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782948 2 0.6235 0.7317 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782949 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782952 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782950 2 0.6235 0.7317 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782953 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782951 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782954 2 0.7301 0.0761 0.308 0.640 0.052
#> SRR1782955 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782956 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782957 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782946 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782959 2 0.0424 0.5539 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782958 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782960 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782961 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782962 3 0.9152 0.0657 0.364 0.152 0.484
#> SRR1782964 3 0.4602 0.5776 0.152 0.016 0.832
#> SRR1782963 1 0.1129 0.8433 0.976 0.004 0.020
#> SRR1782965 1 0.3752 0.7554 0.856 0.000 0.144
#> SRR1782966 2 0.6225 0.7369 0.000 0.568 0.432
#> SRR1782968 3 0.5244 0.5270 0.240 0.004 0.756
#> SRR1782967 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782969 1 0.3340 0.7913 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782970 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782971 2 0.5138 0.2115 0.000 0.748 0.252
#> SRR1782972 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782973 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782974 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782975 1 0.2066 0.8328 0.940 0.000 0.060
#> SRR1782976 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782977 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782979 1 0.4110 0.7571 0.844 0.004 0.152
#> SRR1782980 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782981 2 0.6140 0.7557 0.000 0.596 0.404
#> SRR1782982 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782985 2 0.6587 0.7433 0.008 0.568 0.424
#> SRR1782983 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782987 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782984 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782986 3 0.5560 0.4792 0.300 0.000 0.700
#> SRR1782988 3 0.1411 0.4968 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782990 2 0.6168 0.7590 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782991 1 0.6295 -0.0774 0.528 0.000 0.472
#> SRR1782989 2 0.0237 0.5568 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782992 1 0.3192 0.7981 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782993 3 0.9686 -0.2878 0.240 0.308 0.452
#> SRR1782995 1 0.1643 0.8509 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782994 1 0.6192 0.1992 0.580 0.000 0.420
#> SRR1782996 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782998 3 0.6168 0.3338 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782999 3 0.6291 0.2268 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782997 3 0.2165 0.4601 0.000 0.064 0.936
#> SRR1783000 3 0.2261 0.4563 0.000 0.068 0.932
#> SRR1783001 1 0.2165 0.8450 0.936 0.000 0.064
#> SRR1783002 2 0.6111 0.7518 0.000 0.604 0.396
#> SRR1783003 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR1783004 2 0.6180 0.7553 0.000 0.584 0.416
#> SRR1783005 3 0.6140 -0.4547 0.000 0.404 0.596
#> SRR1783006 2 0.6111 0.7518 0.000 0.604 0.396
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.7313 0.0978 0.508 0.384 0.080 0.028
#> SRR1782686 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.5241 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782690 1 0.2589 0.5220 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1782691 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782689 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782692 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782693 1 0.6259 0.5702 0.652 0.232 0.116 0.000
#> SRR1782694 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782696 2 0.5256 0.9198 0.000 0.596 0.012 0.392
#> SRR1782697 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782695 3 0.0804 0.8589 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1782700 1 0.7557 0.1944 0.488 0.252 0.260 0.000
#> SRR1782699 1 0.7399 0.2637 0.532 0.280 0.184 0.004
#> SRR1782701 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782702 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782704 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782703 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782705 1 0.7493 0.5460 0.508 0.376 0.072 0.044
#> SRR1782709 1 0.6683 0.1477 0.512 0.408 0.076 0.004
#> SRR1782711 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782707 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782706 2 0.8594 0.5692 0.064 0.464 0.164 0.308
#> SRR1782708 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782712 4 0.1398 0.5757 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1782713 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.3610 0.4706 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782714 4 0.5039 0.4098 0.404 0.000 0.004 0.592
#> SRR1782716 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782717 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782718 4 0.4679 0.4009 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782719 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782720 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 3 0.6785 -0.0343 0.096 0.000 0.484 0.420
#> SRR1782726 3 0.0927 0.8601 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1782722 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782723 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782727 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782725 4 0.4406 0.4899 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1782724 1 0.7554 0.1875 0.488 0.244 0.268 0.000
#> SRR1782728 4 0.0895 0.6053 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1782730 1 0.5600 0.5684 0.596 0.376 0.028 0.000
#> SRR1782729 3 0.1022 0.8607 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1782733 1 0.6640 0.1353 0.508 0.416 0.072 0.004
#> SRR1782732 4 0.0188 0.6291 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782735 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782731 1 0.7542 0.1763 0.488 0.232 0.280 0.000
#> SRR1782734 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782736 1 0.3751 0.4698 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR1782737 3 0.0921 0.8529 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782738 4 0.5004 0.3224 0.004 0.000 0.392 0.604
#> SRR1782739 4 0.5004 0.3224 0.004 0.000 0.392 0.604
#> SRR1782740 1 0.6909 0.5727 0.520 0.364 0.116 0.000
#> SRR1782741 4 0.3172 0.6266 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1782742 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782743 2 0.5311 0.9212 0.004 0.596 0.008 0.392
#> SRR1782744 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782745 1 0.6479 0.1125 0.508 0.428 0.060 0.004
#> SRR1782747 1 0.7399 0.2659 0.532 0.280 0.184 0.004
#> SRR1782750 3 0.5125 0.3684 0.388 0.008 0.604 0.000
#> SRR1782749 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782751 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782752 1 0.4673 0.5253 0.792 0.076 0.132 0.000
#> SRR1782746 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782753 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782748 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782754 1 0.6863 0.5738 0.536 0.348 0.116 0.000
#> SRR1782755 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782756 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.5256 0.9198 0.000 0.596 0.012 0.392
#> SRR1782758 1 0.1807 0.5348 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.3751 0.4698 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR1782762 4 0.2197 0.5059 0.000 0.080 0.004 0.916
#> SRR1782760 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782764 3 0.0804 0.8589 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1782763 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782765 3 0.2216 0.8469 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1782766 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782767 3 0.3448 0.7823 0.000 0.168 0.828 0.004
#> SRR1782769 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782768 2 0.5256 0.9198 0.000 0.596 0.012 0.392
#> SRR1782770 3 0.4372 0.6344 0.000 0.268 0.728 0.004
#> SRR1782774 2 0.5150 0.9247 0.000 0.596 0.008 0.396
#> SRR1782771 3 0.3668 0.7564 0.000 0.188 0.808 0.004
#> SRR1782772 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782773 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782775 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782777 3 0.5085 0.3912 0.304 0.020 0.676 0.000
#> SRR1782776 4 0.5206 0.4708 0.000 0.024 0.308 0.668
#> SRR1782778 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782780 2 0.7972 -0.1740 0.252 0.376 0.368 0.004
#> SRR1782781 4 0.6994 0.1748 0.072 0.016 0.424 0.488
#> SRR1782779 4 0.5948 0.2745 0.476 0.028 0.004 0.492
#> SRR1782782 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782784 1 0.1722 0.5301 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR1782783 1 0.4720 0.5627 0.672 0.324 0.004 0.000
#> SRR1782785 1 0.3751 0.4698 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR1782786 1 0.7288 0.5317 0.520 0.376 0.036 0.068
#> SRR1782787 3 0.0469 0.8533 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782788 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782790 1 0.4901 0.4587 0.764 0.044 0.188 0.004
#> SRR1782789 4 0.0895 0.6053 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1782791 3 0.6785 -0.0901 0.420 0.096 0.484 0.000
#> SRR1782792 4 0.3257 0.3388 0.000 0.152 0.004 0.844
#> SRR1782793 1 0.5496 0.5653 0.604 0.372 0.024 0.000
#> SRR1782794 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782795 4 0.5028 0.4142 0.400 0.000 0.004 0.596
#> SRR1782796 4 0.1474 0.6368 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1782798 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 3 0.1042 0.8577 0.020 0.008 0.972 0.000
#> SRR1782800 1 0.5055 0.1834 0.624 0.008 0.368 0.000
#> SRR1782801 2 0.5028 0.9288 0.000 0.596 0.004 0.400
#> SRR1782802 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782803 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782804 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782805 3 0.2408 0.8425 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1782806 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782808 4 0.3306 0.3290 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR1782807 1 0.6815 0.3272 0.620 0.168 0.004 0.208
#> SRR1782809 4 0.5852 0.3202 0.012 0.020 0.380 0.588
#> SRR1782810 4 0.0188 0.6315 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782812 4 0.3306 0.3290 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR1782813 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782814 4 0.4817 0.3261 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1782815 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 3 0.4250 0.5943 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1782818 1 0.7355 0.1066 0.488 0.172 0.340 0.000
#> SRR1782819 4 0.5028 0.4142 0.400 0.000 0.004 0.596
#> SRR1782817 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782824 1 0.1211 0.5260 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782825 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782820 1 0.3610 0.4706 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782822 4 0.6440 0.2801 0.456 0.004 0.056 0.484
#> SRR1782821 1 0.0804 0.5283 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1782823 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782826 1 0.5414 0.5667 0.604 0.376 0.020 0.000
#> SRR1782830 1 0.6850 0.5701 0.516 0.376 0.108 0.000
#> SRR1782828 2 0.5150 0.9247 0.000 0.596 0.008 0.396
#> SRR1782829 1 0.2469 0.5204 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782831 4 0.0188 0.6291 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782834 4 0.4837 0.4749 0.348 0.000 0.004 0.648
#> SRR1782832 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.5088 0.9072 0.000 0.572 0.004 0.424
#> SRR1782836 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782838 3 0.0524 0.8550 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1782839 3 0.0804 0.8589 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1782840 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782833 4 0.5016 0.4191 0.396 0.000 0.004 0.600
#> SRR1782842 3 0.3080 0.8119 0.096 0.024 0.880 0.000
#> SRR1782841 1 0.6554 0.5698 0.540 0.376 0.084 0.000
#> SRR1782843 3 0.3908 0.7327 0.000 0.212 0.784 0.004
#> SRR1782845 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782844 3 0.1042 0.8607 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1782846 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782847 1 0.7253 0.5622 0.484 0.364 0.152 0.000
#> SRR1782848 3 0.1042 0.8607 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1782849 3 0.6661 -0.2311 0.456 0.084 0.460 0.000
#> SRR1782850 3 0.2918 0.8339 0.008 0.116 0.876 0.000
#> SRR1782851 1 0.3751 0.4698 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR1782852 4 0.5587 0.4329 0.372 0.000 0.028 0.600
#> SRR1782853 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782855 1 0.3569 0.4742 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782856 1 0.1743 0.5353 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1782854 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782857 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782858 3 0.1474 0.8266 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782859 3 0.3539 0.7784 0.000 0.176 0.820 0.004
#> SRR1782860 1 0.7557 0.1944 0.488 0.252 0.260 0.000
#> SRR1782861 1 0.3610 0.4706 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782862 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782863 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782864 3 0.0927 0.8601 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1782866 1 0.3907 0.4322 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1782865 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782867 1 0.7017 -0.0179 0.564 0.028 0.068 0.340
#> SRR1782868 3 0.3400 0.7374 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1782872 1 0.7392 0.4861 0.520 0.232 0.248 0.000
#> SRR1782874 1 0.7430 0.2388 0.512 0.260 0.228 0.000
#> SRR1782875 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782870 3 0.0921 0.8529 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782871 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782877 1 0.3610 0.4706 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782873 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782878 1 0.6894 0.5684 0.512 0.376 0.112 0.000
#> SRR1782879 4 0.5220 0.2539 0.008 0.000 0.424 0.568
#> SRR1782880 1 0.3311 0.4927 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782883 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782881 3 0.0804 0.8589 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1782882 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782884 3 0.7036 0.2037 0.208 0.216 0.576 0.000
#> SRR1782885 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782886 1 0.7539 0.2011 0.492 0.252 0.256 0.000
#> SRR1782887 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782888 1 0.3610 0.4706 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782889 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782892 1 0.6954 0.5720 0.568 0.280 0.152 0.000
#> SRR1782890 1 0.3610 0.4706 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782891 2 0.5150 0.9247 0.000 0.596 0.008 0.396
#> SRR1782893 2 0.5150 0.9247 0.000 0.596 0.008 0.396
#> SRR1782894 1 0.2530 0.5229 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1782897 1 0.6403 0.5733 0.628 0.260 0.112 0.000
#> SRR1782896 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782895 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782898 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782900 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782901 1 0.5848 0.5698 0.584 0.376 0.040 0.000
#> SRR1782899 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782902 1 0.2704 0.5262 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782903 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782905 3 0.2281 0.8181 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782904 3 0.0927 0.8601 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1782907 1 0.7557 0.1944 0.488 0.252 0.260 0.000
#> SRR1782906 1 0.4998 0.4379 0.748 0.052 0.200 0.000
#> SRR1782908 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782909 2 0.5256 0.9191 0.012 0.596 0.000 0.392
#> SRR1782911 1 0.3751 0.4698 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR1782910 3 0.2408 0.8425 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1782912 3 0.1388 0.8305 0.028 0.012 0.960 0.000
#> SRR1782913 3 0.1389 0.8330 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782915 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782914 1 0.5769 0.5694 0.588 0.376 0.036 0.000
#> SRR1782916 2 0.7167 0.1959 0.420 0.460 0.004 0.116
#> SRR1782918 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782919 3 0.2408 0.8425 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1782920 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782917 3 0.3306 0.7999 0.000 0.156 0.840 0.004
#> SRR1782922 4 0.5786 0.4185 0.380 0.028 0.004 0.588
#> SRR1782921 2 0.5256 0.9191 0.012 0.596 0.000 0.392
#> SRR1782923 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782925 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782924 3 0.1629 0.8589 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782926 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782929 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782927 3 0.3052 0.8176 0.000 0.136 0.860 0.004
#> SRR1782928 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782932 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782933 4 0.5836 0.4525 0.056 0.000 0.304 0.640
#> SRR1782930 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782931 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782934 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782935 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782936 1 0.5453 0.5715 0.660 0.304 0.036 0.000
#> SRR1782937 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782939 1 0.7293 0.2953 0.556 0.248 0.192 0.004
#> SRR1782940 1 0.7355 0.1066 0.488 0.172 0.340 0.000
#> SRR1782941 1 0.2530 0.5226 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1782942 3 0.2831 0.8314 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1782945 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782944 1 0.7557 0.1944 0.488 0.252 0.260 0.000
#> SRR1782947 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782948 2 0.5150 0.9247 0.000 0.596 0.008 0.396
#> SRR1782949 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782952 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782950 2 0.5256 0.9198 0.000 0.596 0.012 0.392
#> SRR1782953 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782951 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782954 4 0.5760 0.4274 0.372 0.028 0.004 0.596
#> SRR1782955 4 0.0000 0.6308 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782957 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782946 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782959 4 0.1211 0.6366 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1782958 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782960 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782961 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782962 1 0.7399 0.2659 0.532 0.280 0.184 0.004
#> SRR1782964 3 0.1389 0.8589 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1782963 1 0.1798 0.5234 0.944 0.040 0.016 0.000
#> SRR1782965 2 0.7888 -0.5515 0.288 0.368 0.344 0.000
#> SRR1782966 2 0.5256 0.9198 0.000 0.596 0.012 0.392
#> SRR1782968 3 0.1118 0.8605 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1782967 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782969 1 0.3649 0.4665 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782970 4 0.3306 0.3290 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR1782971 4 0.4406 0.4899 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1782972 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782973 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782974 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782975 1 0.2408 0.5209 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1782976 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782977 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782979 1 0.4599 0.4688 0.780 0.032 0.184 0.004
#> SRR1782980 1 0.6936 0.5733 0.568 0.284 0.148 0.000
#> SRR1782981 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1782982 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782985 2 0.6143 0.1858 0.456 0.496 0.000 0.048
#> SRR1782983 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782987 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782984 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782986 3 0.1042 0.8607 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1782988 3 0.2647 0.8345 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR1782990 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782991 3 0.4801 0.5646 0.188 0.048 0.764 0.000
#> SRR1782989 4 0.0188 0.6291 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782992 1 0.3528 0.4775 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1782993 1 0.6689 0.1382 0.508 0.412 0.076 0.004
#> SRR1782995 1 0.6937 0.5715 0.508 0.376 0.116 0.000
#> SRR1782994 3 0.2530 0.7653 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1782996 3 0.0927 0.8580 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1782998 3 0.0336 0.8526 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782999 1 0.5313 0.1585 0.608 0.016 0.376 0.000
#> SRR1782997 2 0.8166 -0.1247 0.344 0.360 0.288 0.008
#> SRR1783000 3 0.5024 0.4943 0.000 0.360 0.632 0.008
#> SRR1783001 1 0.4121 0.5152 0.796 0.020 0.184 0.000
#> SRR1783002 2 0.5039 0.9291 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR1783003 3 0.0927 0.8601 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1783004 2 0.4866 0.9322 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1783005 1 0.8979 -0.0790 0.384 0.368 0.156 0.092
#> SRR1783006 2 0.5060 0.9187 0.000 0.584 0.004 0.412
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.1618 0.90134 0.944 0.040 0.008 0.008 0.000
#> SRR1782686 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782687 1 0.1121 0.90722 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782688 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1281 0.91217 0.956 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1782691 5 0.1195 0.91834 0.000 0.000 0.012 0.028 0.960
#> SRR1782689 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782692 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.4573 0.70937 0.232 0.000 0.012 0.032 0.724
#> SRR1782694 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1124 0.93898 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1782697 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0771 0.93794 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1782700 1 0.2095 0.90194 0.928 0.028 0.020 0.024 0.000
#> SRR1782699 1 0.3751 0.86139 0.832 0.028 0.032 0.108 0.000
#> SRR1782701 5 0.1442 0.91814 0.004 0.000 0.012 0.032 0.952
#> SRR1782702 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782705 5 0.1251 0.89531 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> SRR1782709 1 0.3730 0.85443 0.832 0.040 0.020 0.108 0.000
#> SRR1782711 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782707 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782706 2 0.1934 0.91632 0.008 0.932 0.020 0.040 0.000
#> SRR1782708 2 0.0771 0.94915 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1782712 4 0.3628 0.78095 0.012 0.216 0.000 0.772 0.000
#> SRR1782713 4 0.3183 0.82258 0.016 0.156 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782710 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782714 4 0.4305 0.64490 0.296 0.000 0.004 0.688 0.012
#> SRR1782716 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782715 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782717 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782718 4 0.3628 0.73014 0.012 0.000 0.216 0.772 0.000
#> SRR1782719 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782720 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782721 4 0.5841 0.39108 0.048 0.000 0.404 0.524 0.024
#> SRR1782726 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782722 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782723 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782727 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3552 0.77037 0.012 0.012 0.164 0.812 0.000
#> SRR1782724 1 0.2095 0.90194 0.928 0.028 0.020 0.024 0.000
#> SRR1782728 4 0.3427 0.80622 0.012 0.192 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782730 5 0.0880 0.90973 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782729 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782733 1 0.3805 0.85225 0.828 0.044 0.020 0.108 0.000
#> SRR1782732 4 0.3081 0.82121 0.012 0.156 0.000 0.832 0.000
#> SRR1782735 3 0.1739 0.91679 0.004 0.000 0.940 0.032 0.024
#> SRR1782731 1 0.2002 0.90327 0.932 0.028 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782734 2 0.0865 0.94630 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1782736 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782737 3 0.2116 0.88473 0.076 0.000 0.912 0.004 0.008
#> SRR1782738 4 0.4376 0.72737 0.028 0.000 0.216 0.744 0.012
#> SRR1782739 4 0.4731 0.69591 0.036 0.000 0.244 0.708 0.012
#> SRR1782740 5 0.2741 0.88527 0.064 0.000 0.012 0.032 0.892
#> SRR1782741 4 0.3446 0.82030 0.048 0.108 0.004 0.840 0.000
#> SRR1782742 2 0.0865 0.94630 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1782743 2 0.1205 0.93672 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1782744 2 0.0865 0.94738 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1782745 1 0.3781 0.84897 0.828 0.048 0.016 0.108 0.000
#> SRR1782747 1 0.3668 0.86310 0.836 0.028 0.028 0.108 0.000
#> SRR1782750 1 0.4445 0.56444 0.676 0.000 0.300 0.024 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3864 0.86456 0.820 0.000 0.028 0.124 0.028
#> SRR1782746 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782753 5 0.1442 0.91814 0.004 0.000 0.012 0.032 0.952
#> SRR1782748 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.3209 0.86153 0.088 0.000 0.016 0.032 0.864
#> SRR1782755 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782757 2 0.1043 0.93996 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782758 1 0.2152 0.89615 0.920 0.000 0.004 0.032 0.044
#> SRR1782761 4 0.3167 0.82156 0.004 0.172 0.004 0.820 0.000
#> SRR1782759 1 0.1461 0.91307 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR1782762 4 0.4565 0.45000 0.012 0.408 0.000 0.580 0.000
#> SRR1782760 4 0.3141 0.82241 0.016 0.152 0.000 0.832 0.000
#> SRR1782764 3 0.0771 0.93794 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1782763 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.1469 0.92936 0.000 0.036 0.948 0.016 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782770 3 0.1981 0.90447 0.000 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR1782774 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782771 3 0.1549 0.92626 0.000 0.040 0.944 0.016 0.000
#> SRR1782772 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0162 0.95809 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.5143 0.65048 0.220 0.000 0.704 0.032 0.044
#> SRR1782776 4 0.4307 0.74791 0.024 0.024 0.184 0.768 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.4434 0.78072 0.792 0.048 0.120 0.040 0.000
#> SRR1782781 4 0.5473 0.57735 0.056 0.016 0.300 0.628 0.000
#> SRR1782779 4 0.5092 0.04012 0.464 0.000 0.016 0.508 0.012
#> SRR1782782 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782784 1 0.1682 0.90543 0.940 0.000 0.004 0.012 0.044
#> SRR1782783 1 0.5465 0.42118 0.568 0.000 0.012 0.044 0.376
#> SRR1782785 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782786 5 0.1682 0.88825 0.044 0.000 0.004 0.012 0.940
#> SRR1782787 3 0.0671 0.93734 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782788 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782790 1 0.3668 0.86866 0.836 0.000 0.028 0.108 0.028
#> SRR1782789 4 0.3318 0.81508 0.012 0.180 0.000 0.808 0.000
#> SRR1782791 5 0.4909 0.39886 0.000 0.000 0.380 0.032 0.588
#> SRR1782792 2 0.4656 -0.14321 0.012 0.508 0.000 0.480 0.000
#> SRR1782793 5 0.1121 0.90163 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1782794 5 0.0727 0.92349 0.004 0.000 0.012 0.004 0.980
#> SRR1782795 4 0.4146 0.67577 0.268 0.000 0.004 0.716 0.012
#> SRR1782796 4 0.3340 0.82494 0.032 0.124 0.004 0.840 0.000
#> SRR1782798 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782797 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782799 3 0.0740 0.93812 0.008 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1782800 1 0.2006 0.90901 0.932 0.000 0.024 0.020 0.024
#> SRR1782801 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782804 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782805 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782806 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782808 2 0.4617 0.00691 0.012 0.552 0.000 0.436 0.000
#> SRR1782807 1 0.6096 0.45230 0.576 0.000 0.012 0.296 0.116
#> SRR1782809 4 0.4532 0.72386 0.036 0.000 0.216 0.736 0.012
#> SRR1782810 4 0.2970 0.82238 0.004 0.168 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782812 2 0.4622 -0.00813 0.012 0.548 0.000 0.440 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.3519 0.73031 0.008 0.000 0.216 0.776 0.000
#> SRR1782815 4 0.3171 0.81855 0.008 0.176 0.000 0.816 0.000
#> SRR1782816 3 0.4326 0.62514 0.264 0.000 0.708 0.028 0.000
#> SRR1782818 1 0.2188 0.90126 0.924 0.024 0.024 0.028 0.000
#> SRR1782819 4 0.4305 0.64490 0.296 0.000 0.004 0.688 0.012
#> SRR1782817 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782824 1 0.0880 0.90891 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782825 2 0.0794 0.94648 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782820 1 0.1399 0.91262 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1782822 1 0.1662 0.89157 0.936 0.004 0.004 0.056 0.000
#> SRR1782821 1 0.1484 0.90441 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1782823 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782826 5 0.0880 0.90973 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782830 5 0.0162 0.91901 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782828 2 0.1043 0.93996 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782829 1 0.0703 0.90865 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782831 4 0.3081 0.82121 0.012 0.156 0.000 0.832 0.000
#> SRR1782834 4 0.3006 0.74863 0.156 0.004 0.004 0.836 0.000
#> SRR1782832 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782835 4 0.2891 0.81969 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782837 2 0.2408 0.88250 0.016 0.892 0.000 0.092 0.000
#> SRR1782836 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782838 3 0.0771 0.93794 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1782839 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782840 2 0.0162 0.95815 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.4283 0.65003 0.292 0.000 0.004 0.692 0.012
#> SRR1782842 3 0.1243 0.92964 0.028 0.004 0.960 0.008 0.000
#> SRR1782841 5 0.0609 0.91308 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782843 3 0.4191 0.79788 0.112 0.044 0.808 0.036 0.000
#> SRR1782845 5 0.1281 0.91695 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> SRR1782844 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782846 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782847 5 0.4481 0.79832 0.060 0.000 0.120 0.032 0.788
#> SRR1782848 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782849 3 0.5423 0.61304 0.232 0.000 0.680 0.032 0.056
#> SRR1782850 3 0.2249 0.91594 0.020 0.020 0.920 0.040 0.000
#> SRR1782851 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782852 4 0.3875 0.70940 0.228 0.000 0.004 0.756 0.012
#> SRR1782853 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.2171 0.90342 0.924 0.000 0.016 0.032 0.028
#> SRR1782856 1 0.2020 0.87990 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782854 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0162 0.95815 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3221 0.85531 0.076 0.000 0.868 0.032 0.024
#> SRR1782859 3 0.2153 0.90924 0.000 0.044 0.916 0.040 0.000
#> SRR1782860 1 0.2095 0.90194 0.928 0.028 0.020 0.024 0.000
#> SRR1782861 1 0.2002 0.90903 0.932 0.000 0.020 0.020 0.028
#> SRR1782862 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782863 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782864 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782866 1 0.2002 0.90961 0.932 0.000 0.020 0.020 0.028
#> SRR1782865 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782867 1 0.2522 0.84965 0.880 0.000 0.012 0.108 0.000
#> SRR1782868 1 0.5096 0.14126 0.520 0.000 0.444 0.036 0.000
#> SRR1782872 5 0.4769 0.78087 0.076 0.000 0.124 0.032 0.768
#> SRR1782874 1 0.2002 0.90327 0.932 0.028 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0693 0.93636 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1782871 5 0.1195 0.91828 0.000 0.000 0.012 0.028 0.960
#> SRR1782877 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782873 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0404 0.91549 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782879 4 0.4926 0.65575 0.036 0.000 0.276 0.676 0.012
#> SRR1782880 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782883 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782881 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782882 2 0.0162 0.95832 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782884 5 0.4974 0.34006 0.000 0.000 0.408 0.032 0.560
#> SRR1782885 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782886 1 0.2002 0.90327 0.932 0.028 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782887 3 0.1836 0.92160 0.000 0.032 0.932 0.036 0.000
#> SRR1782888 1 0.1461 0.91307 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR1782889 2 0.0963 0.94255 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782892 5 0.4608 0.73825 0.200 0.000 0.024 0.032 0.744
#> SRR1782890 1 0.1461 0.91256 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR1782891 2 0.0404 0.95529 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782893 2 0.0963 0.94175 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782894 1 0.1281 0.91217 0.956 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1782897 5 0.4360 0.70456 0.240 0.000 0.008 0.024 0.728
#> SRR1782896 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782901 5 0.0955 0.91254 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR1782899 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.1967 0.90619 0.932 0.000 0.012 0.020 0.036
#> SRR1782903 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.1907 0.91011 0.044 0.000 0.928 0.028 0.000
#> SRR1782904 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782907 1 0.2002 0.90327 0.932 0.028 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782906 1 0.1588 0.91284 0.948 0.000 0.016 0.008 0.028
#> SRR1782908 3 0.1461 0.93290 0.004 0.028 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782909 2 0.1043 0.93996 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782911 1 0.1300 0.91278 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1782910 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782912 3 0.1915 0.90744 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1782913 3 0.3929 0.79739 0.116 0.000 0.820 0.036 0.028
#> SRR1782915 5 0.0693 0.92223 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1782914 5 0.0880 0.90973 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782916 1 0.3264 0.79686 0.840 0.132 0.004 0.024 0.000
#> SRR1782918 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782919 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782920 5 0.2536 0.89335 0.052 0.000 0.012 0.032 0.904
#> SRR1782917 3 0.1549 0.92699 0.000 0.040 0.944 0.016 0.000
#> SRR1782922 4 0.3618 0.68597 0.196 0.000 0.004 0.788 0.012
#> SRR1782921 2 0.1043 0.93996 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0693 0.93743 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782933 4 0.4277 0.76360 0.036 0.004 0.168 0.780 0.012
#> SRR1782930 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782931 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.3877 0.74702 0.212 0.000 0.000 0.024 0.764
#> SRR1782937 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3668 0.86310 0.836 0.028 0.028 0.108 0.000
#> SRR1782940 1 0.2099 0.90274 0.928 0.024 0.024 0.024 0.000
#> SRR1782941 1 0.1281 0.91217 0.956 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1782942 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782945 5 0.1442 0.91814 0.004 0.000 0.012 0.032 0.952
#> SRR1782944 1 0.2002 0.90327 0.932 0.028 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782947 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782948 2 0.1043 0.93996 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782949 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782952 5 0.1281 0.91695 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> SRR1782950 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782953 2 0.1043 0.93996 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782951 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782954 4 0.3879 0.67775 0.188 0.000 0.016 0.784 0.012
#> SRR1782955 4 0.3209 0.81677 0.008 0.180 0.000 0.812 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.1168 0.93399 0.000 0.032 0.960 0.008 0.000
#> SRR1782946 5 0.0693 0.92223 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1782959 4 0.3146 0.82551 0.028 0.128 0.000 0.844 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0727 0.92348 0.004 0.000 0.012 0.004 0.980
#> SRR1782961 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3751 0.86139 0.832 0.028 0.032 0.108 0.000
#> SRR1782964 3 0.0771 0.93797 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1782963 1 0.3709 0.86233 0.832 0.000 0.016 0.108 0.044
#> SRR1782965 5 0.5561 0.50056 0.036 0.000 0.320 0.032 0.612
#> SRR1782966 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782968 3 0.0693 0.93906 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782967 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782969 1 0.1399 0.91262 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1782970 2 0.4617 0.00691 0.012 0.552 0.000 0.436 0.000
#> SRR1782971 4 0.3421 0.77452 0.008 0.016 0.152 0.824 0.000
#> SRR1782972 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782973 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.1281 0.91695 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> SRR1782975 1 0.0703 0.90865 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782976 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782979 1 0.3668 0.86866 0.836 0.000 0.028 0.108 0.028
#> SRR1782980 5 0.4523 0.73206 0.212 0.000 0.016 0.032 0.740
#> SRR1782981 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782985 1 0.3920 0.77182 0.804 0.148 0.012 0.036 0.000
#> SRR1782983 3 0.1041 0.93468 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0566 0.92366 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782986 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782988 3 0.1386 0.93201 0.000 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR1782990 2 0.0510 0.95325 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782991 3 0.2879 0.84655 0.000 0.000 0.868 0.032 0.100
#> SRR1782989 4 0.3280 0.81763 0.012 0.176 0.000 0.812 0.000
#> SRR1782992 1 0.1461 0.91297 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR1782993 1 0.3805 0.85225 0.828 0.044 0.020 0.108 0.000
#> SRR1782995 5 0.1682 0.91302 0.012 0.000 0.012 0.032 0.944
#> SRR1782994 3 0.3715 0.81662 0.112 0.000 0.832 0.032 0.024
#> SRR1782996 3 0.0727 0.93875 0.004 0.004 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782998 3 0.0703 0.93607 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782999 1 0.1653 0.91153 0.944 0.000 0.028 0.004 0.024
#> SRR1782997 1 0.3536 0.85536 0.856 0.056 0.048 0.040 0.000
#> SRR1783000 3 0.5299 0.20863 0.004 0.436 0.520 0.040 0.000
#> SRR1783001 1 0.2436 0.89733 0.912 0.000 0.020 0.032 0.036
#> SRR1783002 2 0.0566 0.95182 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783003 3 0.0671 0.93874 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1783004 2 0.0404 0.95529 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1783005 1 0.2869 0.87451 0.888 0.056 0.016 0.040 0.000
#> SRR1783006 2 0.0566 0.94969 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.4403 0.5464 0.564 0.000 0.000 0.028 0.000 0.408
#> SRR1782686 5 0.0260 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782687 1 0.3937 0.5682 0.572 0.000 0.000 0.000 0.004 0.424
#> SRR1782688 2 0.1265 0.9283 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1782690 1 0.4158 0.5616 0.572 0.000 0.000 0.008 0.004 0.416
#> SRR1782691 5 0.3481 0.7812 0.000 0.000 0.000 0.048 0.792 0.160
#> SRR1782689 5 0.0260 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782692 2 0.0806 0.9387 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782693 6 0.5402 0.1823 0.028 0.000 0.004 0.056 0.336 0.576
#> SRR1782694 2 0.1265 0.9283 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1782696 2 0.3410 0.8284 0.004 0.824 0.016 0.028 0.000 0.128
#> SRR1782697 2 0.1196 0.9301 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1782695 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4513 0.5468 0.572 0.000 0.004 0.028 0.000 0.396
#> SRR1782699 1 0.0692 0.3836 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1782701 5 0.3551 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.048 0.784 0.168
#> SRR1782702 2 0.1082 0.9303 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1782704 2 0.1265 0.9283 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1782703 3 0.1049 0.8733 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1782705 5 0.2048 0.7825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1782709 1 0.0777 0.3809 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1782711 5 0.0260 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782707 5 0.0146 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782706 2 0.4550 0.7551 0.012 0.748 0.040 0.036 0.000 0.164
#> SRR1782708 2 0.1957 0.9147 0.008 0.920 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1782712 4 0.3023 0.7864 0.000 0.140 0.000 0.828 0.000 0.032
#> SRR1782713 4 0.2201 0.8152 0.000 0.076 0.000 0.896 0.000 0.028
#> SRR1782710 1 0.3955 0.5586 0.560 0.000 0.004 0.000 0.000 0.436
#> SRR1782714 4 0.4408 0.5910 0.036 0.000 0.000 0.608 0.000 0.356
#> SRR1782716 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0547 0.8895 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782717 3 0.0520 0.8846 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782718 4 0.4061 0.7356 0.000 0.000 0.164 0.748 0.000 0.088
#> SRR1782719 3 0.0632 0.8890 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782720 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.5983 -0.2819 0.000 0.000 0.388 0.384 0.000 0.228
#> SRR1782726 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.1958 0.8625 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1782723 3 0.1049 0.8733 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1782727 2 0.0717 0.9398 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1782725 4 0.3321 0.7816 0.000 0.008 0.088 0.832 0.000 0.072
#> SRR1782724 1 0.4542 0.5189 0.556 0.000 0.004 0.028 0.000 0.412
#> SRR1782728 4 0.2822 0.8048 0.000 0.108 0.000 0.852 0.000 0.040
#> SRR1782730 5 0.0458 0.8545 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782729 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.0777 0.3809 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1782732 4 0.2201 0.8152 0.000 0.076 0.000 0.896 0.000 0.028
#> SRR1782735 3 0.4117 0.6086 0.000 0.000 0.716 0.056 0.000 0.228
#> SRR1782731 1 0.4495 0.5569 0.580 0.000 0.004 0.028 0.000 0.388
#> SRR1782734 2 0.0914 0.9340 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1782736 1 0.4049 0.5714 0.580 0.000 0.004 0.004 0.000 0.412
#> SRR1782737 3 0.2845 0.7170 0.004 0.000 0.820 0.004 0.000 0.172
#> SRR1782738 4 0.4465 0.7305 0.000 0.000 0.144 0.712 0.000 0.144
#> SRR1782739 4 0.4946 0.6877 0.000 0.000 0.188 0.652 0.000 0.160
#> SRR1782740 5 0.4756 0.5768 0.004 0.000 0.000 0.056 0.608 0.332
#> SRR1782741 4 0.2520 0.7859 0.008 0.012 0.000 0.872 0.000 0.108
#> SRR1782742 2 0.1092 0.9308 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1782743 2 0.3164 0.8285 0.004 0.824 0.000 0.032 0.000 0.140
#> SRR1782744 2 0.1633 0.9201 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR1782745 1 0.0777 0.3809 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1782747 1 0.0146 0.3946 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782750 6 0.6138 0.0678 0.296 0.000 0.164 0.028 0.000 0.512
#> SRR1782749 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0405 0.3931 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782746 5 0.0260 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782753 5 0.3387 0.7834 0.000 0.000 0.000 0.040 0.796 0.164
#> SRR1782748 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.4928 0.5506 0.004 0.000 0.004 0.056 0.592 0.344
#> SRR1782755 2 0.0146 0.9424 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782756 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.2926 0.8457 0.004 0.844 0.000 0.028 0.000 0.124
#> SRR1782758 6 0.5086 -0.0381 0.384 0.000 0.000 0.044 0.020 0.552
#> SRR1782761 4 0.2425 0.8176 0.004 0.088 0.000 0.884 0.000 0.024
#> SRR1782759 1 0.4088 0.5604 0.556 0.000 0.004 0.004 0.000 0.436
#> SRR1782762 4 0.4428 0.4356 0.000 0.388 0.000 0.580 0.000 0.032
#> SRR1782760 4 0.2145 0.8146 0.000 0.072 0.000 0.900 0.000 0.028
#> SRR1782764 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0458 0.8898 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782766 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.2261 0.8578 0.000 0.008 0.884 0.004 0.000 0.104
#> SRR1782769 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0858 0.9320 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1782770 3 0.2622 0.8483 0.000 0.024 0.868 0.004 0.000 0.104
#> SRR1782774 2 0.0291 0.9417 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782771 3 0.2361 0.8556 0.000 0.012 0.880 0.004 0.000 0.104
#> SRR1782772 3 0.2339 0.8550 0.004 0.004 0.880 0.004 0.000 0.108
#> SRR1782773 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.1265 0.9283 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1782777 6 0.5209 0.0571 0.004 0.000 0.452 0.056 0.008 0.480
#> SRR1782776 4 0.4756 0.7333 0.000 0.012 0.124 0.704 0.000 0.160
#> SRR1782778 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782780 6 0.5529 -0.1579 0.384 0.004 0.052 0.032 0.000 0.528
#> SRR1782781 4 0.6121 0.4618 0.004 0.000 0.252 0.428 0.000 0.316
#> SRR1782779 1 0.5329 -0.1186 0.608 0.000 0.000 0.228 0.004 0.160
#> SRR1782782 5 0.0260 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782784 1 0.4421 0.5167 0.552 0.000 0.000 0.020 0.004 0.424
#> SRR1782783 1 0.3534 0.1671 0.716 0.000 0.000 0.000 0.276 0.008
#> SRR1782785 1 0.4056 0.5711 0.576 0.000 0.004 0.004 0.000 0.416
#> SRR1782786 5 0.2302 0.7759 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872 0.120
#> SRR1782787 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0146 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782790 1 0.0146 0.3948 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782789 4 0.2537 0.8121 0.000 0.096 0.000 0.872 0.000 0.032
#> SRR1782791 3 0.6803 -0.2485 0.000 0.000 0.376 0.056 0.368 0.200
#> SRR1782792 4 0.4603 0.3390 0.000 0.416 0.000 0.544 0.000 0.040
#> SRR1782793 5 0.2048 0.7825 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1782794 5 0.0725 0.8568 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1782795 4 0.3898 0.6771 0.020 0.000 0.000 0.684 0.000 0.296
#> SRR1782796 4 0.2069 0.7949 0.004 0.020 0.000 0.908 0.000 0.068
#> SRR1782798 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0363 0.8900 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782800 1 0.4536 0.5518 0.560 0.000 0.004 0.028 0.000 0.408
#> SRR1782801 2 0.0291 0.9417 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782802 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.2006 0.8607 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1782804 3 0.1398 0.8609 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052
#> SRR1782805 3 0.0632 0.8890 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782806 3 0.1398 0.8609 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052
#> SRR1782808 4 0.4705 0.1824 0.000 0.472 0.000 0.484 0.000 0.044
#> SRR1782807 1 0.4629 0.1340 0.720 0.000 0.000 0.100 0.016 0.164
#> SRR1782809 4 0.4552 0.7240 0.000 0.000 0.128 0.700 0.000 0.172
#> SRR1782810 4 0.1701 0.8175 0.008 0.072 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.4535 0.1737 0.000 0.480 0.000 0.488 0.000 0.032
#> SRR1782813 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.3754 0.7469 0.000 0.000 0.152 0.776 0.000 0.072
#> SRR1782815 4 0.2579 0.8130 0.000 0.088 0.000 0.872 0.000 0.040
#> SRR1782816 6 0.5328 0.2368 0.088 0.000 0.368 0.008 0.000 0.536
#> SRR1782818 6 0.4593 -0.3367 0.456 0.000 0.004 0.028 0.000 0.512
#> SRR1782819 4 0.4420 0.5908 0.036 0.000 0.000 0.604 0.000 0.360
#> SRR1782817 5 0.0146 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782824 1 0.3950 0.5622 0.564 0.000 0.000 0.000 0.004 0.432
#> SRR1782825 2 0.1485 0.9215 0.004 0.944 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR1782820 1 0.4082 0.5611 0.560 0.000 0.004 0.004 0.000 0.432
#> SRR1782822 1 0.4517 0.4820 0.524 0.000 0.000 0.032 0.000 0.444
#> SRR1782821 1 0.4184 0.5425 0.556 0.000 0.000 0.008 0.004 0.432
#> SRR1782823 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.0790 0.8510 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782830 5 0.0363 0.8544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782828 2 0.2926 0.8457 0.004 0.844 0.000 0.028 0.000 0.124
#> SRR1782829 1 0.3961 0.5553 0.556 0.000 0.000 0.000 0.004 0.440
#> SRR1782831 4 0.2277 0.8133 0.000 0.076 0.000 0.892 0.000 0.032
#> SRR1782834 4 0.2346 0.7737 0.008 0.000 0.000 0.868 0.000 0.124
#> SRR1782832 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.1714 0.8180 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.4342 0.7457 0.008 0.740 0.000 0.100 0.000 0.152
#> SRR1782836 3 0.0146 0.8889 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782838 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0935 0.9370 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782833 4 0.4344 0.6071 0.032 0.000 0.000 0.612 0.000 0.356
#> SRR1782842 3 0.2101 0.8611 0.004 0.000 0.892 0.004 0.000 0.100
#> SRR1782841 5 0.0790 0.8487 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782843 3 0.4777 0.6008 0.032 0.004 0.676 0.032 0.000 0.256
#> SRR1782845 5 0.4255 0.7234 0.000 0.000 0.004 0.056 0.712 0.228
#> SRR1782844 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.2597 0.8468 0.004 0.004 0.868 0.012 0.000 0.112
#> SRR1782847 5 0.6543 0.3536 0.000 0.000 0.152 0.056 0.456 0.336
#> SRR1782848 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 6 0.5518 0.2950 0.008 0.000 0.368 0.056 0.024 0.544
#> SRR1782850 3 0.3565 0.7786 0.004 0.004 0.792 0.032 0.000 0.168
#> SRR1782851 1 0.3915 0.5727 0.584 0.000 0.000 0.004 0.000 0.412
#> SRR1782852 4 0.3778 0.6976 0.016 0.000 0.000 0.696 0.000 0.288
#> SRR1782853 2 0.0692 0.9397 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782855 6 0.4723 -0.3130 0.472 0.000 0.000 0.036 0.004 0.488
#> SRR1782856 1 0.5485 0.4159 0.560 0.000 0.000 0.012 0.108 0.320
#> SRR1782854 2 0.0508 0.9413 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782857 2 0.0603 0.9372 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1782858 3 0.4660 0.3713 0.000 0.000 0.600 0.056 0.000 0.344
#> SRR1782859 3 0.3294 0.8152 0.004 0.008 0.828 0.032 0.000 0.128
#> SRR1782860 1 0.4580 0.4546 0.528 0.000 0.004 0.028 0.000 0.440
#> SRR1782861 1 0.4220 0.4683 0.520 0.000 0.004 0.008 0.000 0.468
#> SRR1782862 3 0.2165 0.8572 0.000 0.000 0.884 0.008 0.000 0.108
#> SRR1782863 3 0.0717 0.8813 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1782864 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4082 0.5604 0.560 0.000 0.004 0.004 0.000 0.432
#> SRR1782865 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.0146 0.3946 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782868 6 0.6043 0.0198 0.320 0.000 0.140 0.028 0.000 0.512
#> SRR1782872 5 0.6247 0.4082 0.000 0.000 0.108 0.056 0.488 0.348
#> SRR1782874 1 0.4495 0.5569 0.580 0.000 0.004 0.028 0.000 0.388
#> SRR1782875 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0260 0.8901 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782871 5 0.3108 0.8034 0.000 0.000 0.000 0.044 0.828 0.128
#> SRR1782877 1 0.4063 0.5700 0.572 0.000 0.004 0.004 0.000 0.420
#> SRR1782873 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0713 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782879 4 0.5383 0.5989 0.000 0.000 0.260 0.576 0.000 0.164
#> SRR1782880 1 0.3804 0.5705 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1782883 5 0.0146 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782881 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0458 0.9410 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782884 5 0.6789 0.2596 0.000 0.000 0.368 0.056 0.380 0.196
#> SRR1782885 3 0.1858 0.8662 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1782886 1 0.4495 0.5569 0.580 0.000 0.004 0.028 0.000 0.388
#> SRR1782887 3 0.2935 0.8343 0.004 0.004 0.852 0.028 0.000 0.112
#> SRR1782888 1 0.4088 0.5604 0.556 0.000 0.004 0.004 0.000 0.436
#> SRR1782889 2 0.2913 0.8511 0.004 0.848 0.000 0.032 0.000 0.116
#> SRR1782892 6 0.6435 0.0660 0.004 0.000 0.124 0.056 0.316 0.500
#> SRR1782890 1 0.3955 0.5586 0.560 0.000 0.004 0.000 0.000 0.436
#> SRR1782891 2 0.0291 0.9417 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782893 2 0.2747 0.8594 0.004 0.860 0.000 0.028 0.000 0.108
#> SRR1782894 1 0.4178 0.5487 0.560 0.000 0.000 0.008 0.004 0.428
#> SRR1782897 6 0.4941 0.2079 0.036 0.000 0.000 0.020 0.372 0.572
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0146 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782901 5 0.0363 0.8559 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782899 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782902 6 0.4731 -0.1276 0.400 0.000 0.000 0.020 0.020 0.560
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3129 0.8069 0.004 0.000 0.820 0.024 0.000 0.152
#> SRR1782904 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.4495 0.5569 0.580 0.000 0.004 0.028 0.000 0.388
#> SRR1782906 1 0.4371 0.5621 0.580 0.000 0.004 0.020 0.000 0.396
#> SRR1782908 3 0.2292 0.8574 0.004 0.004 0.884 0.004 0.000 0.104
#> SRR1782909 2 0.3252 0.8340 0.012 0.828 0.000 0.032 0.000 0.128
#> SRR1782911 1 0.4049 0.5714 0.580 0.000 0.004 0.004 0.000 0.412
#> SRR1782910 3 0.0458 0.8898 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782912 3 0.4467 0.6042 0.000 0.000 0.712 0.056 0.016 0.216
#> SRR1782913 6 0.4569 0.2574 0.000 0.000 0.396 0.040 0.000 0.564
#> SRR1782915 5 0.2121 0.8304 0.000 0.000 0.000 0.012 0.892 0.096
#> SRR1782914 5 0.0363 0.8566 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782916 1 0.6193 0.3232 0.552 0.136 0.000 0.056 0.000 0.256
#> SRR1782918 3 0.1398 0.8609 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052
#> SRR1782919 3 0.0547 0.8895 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782920 5 0.4403 0.6213 0.000 0.000 0.000 0.048 0.648 0.304
#> SRR1782917 3 0.2708 0.8444 0.004 0.008 0.864 0.012 0.000 0.112
#> SRR1782922 4 0.5790 0.5947 0.300 0.000 0.000 0.512 0.004 0.184
#> SRR1782921 2 0.3000 0.8441 0.004 0.840 0.000 0.032 0.000 0.124
#> SRR1782923 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0632 0.8890 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782926 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.2261 0.8578 0.000 0.008 0.884 0.004 0.000 0.104
#> SRR1782928 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0291 0.9417 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782933 4 0.4136 0.7635 0.004 0.004 0.080 0.760 0.000 0.152
#> SRR1782930 3 0.0972 0.8755 0.000 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1782931 2 0.0858 0.9320 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1782934 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782936 6 0.4984 0.1926 0.036 0.000 0.000 0.020 0.392 0.552
#> SRR1782937 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0146 0.3946 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782940 6 0.4598 -0.3390 0.464 0.000 0.004 0.028 0.000 0.504
#> SRR1782941 1 0.3955 0.5575 0.560 0.000 0.000 0.000 0.004 0.436
#> SRR1782942 3 0.2339 0.8550 0.004 0.004 0.880 0.004 0.000 0.108
#> SRR1782945 5 0.3683 0.7646 0.000 0.000 0.000 0.048 0.768 0.184
#> SRR1782944 1 0.4504 0.5524 0.576 0.000 0.004 0.028 0.000 0.392
#> SRR1782947 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.3042 0.8403 0.004 0.836 0.000 0.032 0.000 0.128
#> SRR1782949 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 5 0.4064 0.7482 0.000 0.000 0.004 0.056 0.740 0.200
#> SRR1782950 2 0.2020 0.8806 0.000 0.896 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR1782953 2 0.2793 0.8561 0.004 0.856 0.000 0.028 0.000 0.112
#> SRR1782951 5 0.0000 0.8571 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.5762 -0.4944 0.428 0.000 0.000 0.420 0.004 0.148
#> SRR1782955 4 0.2487 0.8132 0.000 0.092 0.000 0.876 0.000 0.032
#> SRR1782956 2 0.0405 0.9412 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782957 3 0.1644 0.8725 0.000 0.000 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR1782946 5 0.1913 0.8363 0.000 0.000 0.000 0.012 0.908 0.080
#> SRR1782959 4 0.1693 0.7948 0.004 0.020 0.000 0.932 0.000 0.044
#> SRR1782958 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.1908 0.8333 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1782961 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0692 0.3836 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1782964 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0146 0.3946 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782965 5 0.6955 0.2024 0.000 0.000 0.272 0.056 0.364 0.308
#> SRR1782966 2 0.1531 0.9049 0.000 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1782968 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.1858 0.8662 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1782969 1 0.4088 0.5604 0.556 0.000 0.004 0.004 0.000 0.436
#> SRR1782970 2 0.4534 -0.1666 0.000 0.492 0.000 0.476 0.000 0.032
#> SRR1782971 4 0.3689 0.7673 0.000 0.008 0.120 0.800 0.000 0.072
#> SRR1782972 3 0.1049 0.8733 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1782973 2 0.0146 0.9430 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.4113 0.7512 0.000 0.000 0.008 0.056 0.744 0.192
#> SRR1782975 1 0.4063 0.5700 0.572 0.000 0.000 0.004 0.004 0.420
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0547 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782979 1 0.0146 0.3946 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782980 6 0.5582 0.1901 0.028 0.000 0.012 0.056 0.332 0.572
#> SRR1782981 2 0.0405 0.9412 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782982 2 0.0291 0.9417 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782985 1 0.5447 0.1846 0.608 0.276 0.000 0.032 0.000 0.084
#> SRR1782983 3 0.0632 0.8890 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0632 0.8557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782986 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1958 0.8625 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1782990 2 0.0291 0.9417 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782991 3 0.5734 0.4721 0.000 0.000 0.628 0.056 0.120 0.196
#> SRR1782989 4 0.2579 0.8130 0.000 0.088 0.000 0.872 0.000 0.040
#> SRR1782992 1 0.3804 0.5705 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1782993 1 0.0777 0.3809 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1782995 5 0.4531 0.7077 0.000 0.000 0.012 0.056 0.692 0.240
#> SRR1782994 3 0.4794 0.3632 0.004 0.000 0.596 0.056 0.000 0.344
#> SRR1782996 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.1049 0.8733 0.000 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1782999 1 0.4151 0.5678 0.576 0.000 0.004 0.008 0.000 0.412
#> SRR1782997 6 0.5518 -0.1899 0.412 0.004 0.048 0.032 0.000 0.504
#> SRR1783000 2 0.6433 0.2494 0.012 0.492 0.324 0.032 0.000 0.140
#> SRR1783001 6 0.4735 -0.0422 0.384 0.000 0.000 0.044 0.004 0.568
#> SRR1783002 2 0.1333 0.9262 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR1783003 3 0.0000 0.8901 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0146 0.9423 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1783005 6 0.4852 -0.3773 0.468 0.004 0.004 0.036 0.000 0.488
#> SRR1783006 2 0.1010 0.9270 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.739 0.874 0.947 0.5011 0.498 0.498
#> 3 3 0.651 0.807 0.887 0.3001 0.769 0.572
#> 4 4 0.795 0.857 0.913 0.1261 0.875 0.661
#> 5 5 0.934 0.907 0.951 0.0762 0.905 0.664
#> 6 6 0.974 0.917 0.959 0.0240 0.971 0.863
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 5
There is also optional best \(k\) = 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> SRR1782686 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782700 2 0.6531 0.776 0.168 0.832
#> SRR1782699 2 0.9732 0.361 0.404 0.596
#> SRR1782701 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.4298 0.871 0.912 0.088
#> SRR1782705 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> SRR1782711 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> SRR1782716 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.9686 0.296 0.396 0.604
#> SRR1782717 1 0.6247 0.809 0.844 0.156
#> SRR1782718 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782726 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782722 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.6712 0.766 0.176 0.824
#> SRR1782728 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.9686 0.401 0.604 0.396
#> SRR1782733 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> SRR1782732 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0376 0.941 0.004 0.996
#> SRR1782739 1 0.7299 0.757 0.796 0.204
#> SRR1782740 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> SRR1782747 2 0.9710 0.371 0.400 0.600
#> SRR1782750 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782763 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.9833 0.326 0.576 0.424
#> SRR1782766 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.9754 0.259 0.408 0.592
#> SRR1782773 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0376 0.934 0.996 0.004
#> SRR1782789 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.6801 0.784 0.820 0.180
#> SRR1782800 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.9710 0.391 0.600 0.400
#> SRR1782806 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.1184 0.925 0.984 0.016
#> SRR1782817 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> SRR1782832 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782838 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782839 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782840 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.9710 0.286 0.600 0.400
#> SRR1782842 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782841 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782846 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782849 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.4939 0.837 0.108 0.892
#> SRR1782851 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782852 2 0.8016 0.677 0.244 0.756
#> SRR1782853 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> SRR1782861 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.4431 0.868 0.908 0.092
#> SRR1782864 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782866 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9732 0.274 0.596 0.404
#> SRR1782868 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.9393 0.475 0.356 0.644
#> SRR1782875 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782880 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782882 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.7219 0.713 0.200 0.800
#> SRR1782886 1 0.9323 0.426 0.652 0.348
#> SRR1782887 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782907 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.9833 0.326 0.576 0.424
#> SRR1782909 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782910 2 0.9754 0.259 0.408 0.592
#> SRR1782912 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.9710 0.284 0.400 0.600
#> SRR1782920 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.9710 0.371 0.400 0.600
#> SRR1782921 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782926 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.6438 0.801 0.836 0.164
#> SRR1782931 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9686 0.298 0.604 0.396
#> SRR1782940 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.9608 0.329 0.384 0.616
#> SRR1782945 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.9170 0.526 0.332 0.668
#> SRR1782947 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.8608 0.614 0.284 0.716
#> SRR1782955 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.9686 0.296 0.396 0.604
#> SRR1782946 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.9710 0.371 0.400 0.600
#> SRR1782964 1 0.9795 0.349 0.584 0.416
#> SRR1782963 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.8909 0.592 0.692 0.308
#> SRR1782967 2 0.9775 0.247 0.412 0.588
#> SRR1782969 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.6247 0.809 0.844 0.156
#> SRR1782973 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.9686 0.296 0.396 0.604
#> SRR1782987 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1782988 1 0.9732 0.380 0.596 0.404
#> SRR1782990 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.7219 0.736 0.200 0.800
#> SRR1782995 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.6247 0.809 0.844 0.156
#> SRR1782999 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.937 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.7219 0.762 0.800 0.200
#> SRR1783004 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.944 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.631 -0.0814 0.496 0.504 0.000
#> SRR1782686 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782700 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.496 0.7140 0.792 0.200 0.008
#> SRR1782701 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782705 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782709 2 0.581 0.4393 0.336 0.664 0.000
#> SRR1782711 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782713 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782710 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782716 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782715 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782717 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782718 3 0.611 -0.0773 0.000 0.396 0.604
#> SRR1782719 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782720 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782721 3 0.611 0.0769 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782726 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782722 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782723 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782727 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.631 0.3923 0.000 0.508 0.492
#> SRR1782724 2 0.619 0.1743 0.420 0.580 0.000
#> SRR1782728 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782730 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782733 2 0.455 0.6931 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782732 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782735 3 0.597 0.6305 0.364 0.000 0.636
#> SRR1782731 1 0.450 0.7217 0.804 0.196 0.000
#> SRR1782734 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782738 3 0.000 0.7373 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 3 0.000 0.7373 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782742 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.455 0.6931 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782747 1 0.470 0.7052 0.788 0.212 0.000
#> SRR1782750 1 0.556 0.4086 0.700 0.000 0.300
#> SRR1782749 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782757 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782759 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782760 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782764 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782763 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782766 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782769 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782774 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782772 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782773 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782778 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.614 0.5751 0.000 0.596 0.404
#> SRR1782779 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782782 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782787 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782788 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.445 0.7258 0.808 0.192 0.000
#> SRR1782789 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782791 1 0.613 0.0467 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782792 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782793 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782794 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782796 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782798 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782797 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782799 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782800 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782804 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782805 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782806 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782808 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782807 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782809 3 0.611 0.0769 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782810 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782812 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782813 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.000 0.7373 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782816 1 0.450 0.6435 0.804 0.000 0.196
#> SRR1782818 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782819 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782817 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782825 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782821 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782831 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782834 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782832 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782835 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782837 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782836 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782838 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782839 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782840 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782842 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782841 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782845 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782846 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782847 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782849 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.579 0.8338 0.136 0.068 0.796
#> SRR1782851 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782852 2 0.941 0.3906 0.300 0.496 0.204
#> SRR1782853 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.631 0.3285 0.488 0.000 0.512
#> SRR1782859 2 0.611 0.2012 0.000 0.604 0.396
#> SRR1782860 2 0.861 0.6091 0.192 0.604 0.204
#> SRR1782861 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782863 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782864 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782866 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782868 1 0.611 0.0632 0.604 0.000 0.396
#> SRR1782872 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782875 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782871 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.000 0.7373 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782882 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782885 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782886 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782887 3 0.470 0.7457 0.000 0.212 0.788
#> SRR1782888 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782904 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782907 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782906 1 0.445 0.7258 0.808 0.192 0.000
#> SRR1782908 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782909 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782910 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782912 1 0.553 0.4034 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782913 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782918 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782919 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782920 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782922 1 0.963 -0.1030 0.400 0.396 0.204
#> SRR1782921 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782926 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782928 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.620 -0.1709 0.000 0.424 0.576
#> SRR1782930 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782931 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782940 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782941 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782945 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.460 0.7131 0.796 0.204 0.000
#> SRR1782947 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.963 -0.1030 0.400 0.396 0.204
#> SRR1782955 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782956 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782946 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782958 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.465 0.7093 0.792 0.208 0.000
#> SRR1782964 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782963 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.450 0.6435 0.804 0.000 0.196
#> SRR1782966 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782967 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782969 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782971 2 0.631 0.4019 0.000 0.512 0.488
#> SRR1782972 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782973 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.460 0.7484 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782976 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.103 0.8802 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782980 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.460 0.7538 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782987 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782988 3 0.502 0.8569 0.192 0.012 0.796
#> SRR1782990 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782989 2 0.460 0.8084 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782992 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.512 0.6916 0.200 0.788 0.012
#> SRR1782995 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.450 0.6435 0.804 0.000 0.196
#> SRR1782996 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782998 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782999 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.196 0.8507 0.000 0.944 0.056
#> SRR1783000 2 0.394 0.7324 0.000 0.844 0.156
#> SRR1783001 1 0.000 0.8980 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.450 0.8119 0.000 0.804 0.196
#> SRR1783003 3 0.460 0.8586 0.204 0.000 0.796
#> SRR1783004 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.000 0.8974 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.4137 0.694 0.012 0.780 0.000 0.208
#> SRR1782686 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782688 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782691 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.3688 0.707 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1782699 2 0.7312 -0.066 0.412 0.436 0.000 0.152
#> SRR1782701 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0817 0.885 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782709 2 0.5396 0.648 0.104 0.740 0.000 0.156
#> SRR1782711 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782713 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782710 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782714 4 0.0188 0.742 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782716 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782715 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.3831 0.713 0.000 0.004 0.204 0.792
#> SRR1782719 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782721 4 0.3933 0.713 0.008 0.000 0.200 0.792
#> SRR1782726 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3933 0.718 0.000 0.008 0.200 0.792
#> SRR1782724 2 0.4253 0.691 0.016 0.776 0.000 0.208
#> SRR1782728 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782730 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.4562 0.714 0.056 0.792 0.000 0.152
#> SRR1782732 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782735 3 0.3649 0.734 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782731 1 0.4011 0.831 0.784 0.008 0.000 0.208
#> SRR1782734 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782737 3 0.2814 0.824 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782738 4 0.3831 0.711 0.004 0.000 0.204 0.792
#> SRR1782739 4 0.3831 0.711 0.004 0.000 0.204 0.792
#> SRR1782740 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782742 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4562 0.714 0.056 0.792 0.000 0.152
#> SRR1782747 2 0.7205 0.187 0.344 0.504 0.000 0.152
#> SRR1782750 1 0.7646 0.234 0.408 0.000 0.384 0.208
#> SRR1782749 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0188 0.899 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782746 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782757 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782759 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782762 4 0.4866 0.583 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782760 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782764 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.4225 0.829 0.000 0.184 0.024 0.792
#> SRR1782778 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3933 0.718 0.000 0.008 0.200 0.792
#> SRR1782779 4 0.4624 0.532 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1782782 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0336 0.898 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782783 1 0.0336 0.898 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782785 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782786 1 0.2921 0.774 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1782787 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782789 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782791 1 0.3726 0.684 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1782792 4 0.4866 0.583 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782793 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.3688 0.711 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782796 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782798 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782797 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782799 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782801 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4866 0.583 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782807 1 0.4855 0.238 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782809 4 0.4710 0.736 0.120 0.000 0.088 0.792
#> SRR1782810 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782812 4 0.4866 0.583 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782813 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.3688 0.707 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1782815 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782816 1 0.4916 0.730 0.760 0.000 0.184 0.056
#> SRR1782818 1 0.5855 0.743 0.692 0.100 0.000 0.208
#> SRR1782819 4 0.3688 0.711 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782817 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782825 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782822 4 0.0336 0.748 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782821 1 0.3486 0.844 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1782823 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.3311 0.850 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1782831 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782834 4 0.2408 0.808 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1782832 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782835 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782837 4 0.4866 0.583 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782836 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0188 0.742 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782842 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.4888 0.298 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782852 4 0.0188 0.742 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782853 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.2973 0.857 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1782854 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4804 0.414 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782859 2 0.1389 0.885 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1782860 4 0.4086 0.620 0.008 0.216 0.000 0.776
#> SRR1782861 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782865 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 4 0.4072 0.479 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1782868 1 0.5755 0.508 0.624 0.000 0.332 0.044
#> SRR1782872 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.7239 0.528 0.544 0.248 0.000 0.208
#> SRR1782875 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782873 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.3831 0.711 0.004 0.000 0.204 0.792
#> SRR1782880 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782883 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.3688 0.729 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4011 0.831 0.784 0.008 0.000 0.208
#> SRR1782887 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782889 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782891 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782897 1 0.0592 0.896 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782896 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0592 0.896 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782903 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.4562 0.816 0.764 0.028 0.000 0.208
#> SRR1782906 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782908 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782910 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.1389 0.867 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.3801 0.595 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1782918 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.3311 0.741 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1782922 4 0.3688 0.711 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782921 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.3933 0.713 0.008 0.000 0.200 0.792
#> SRR1782930 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.1389 0.885 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782937 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3074 0.854 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1782940 2 0.7239 0.332 0.248 0.544 0.000 0.208
#> SRR1782941 1 0.3649 0.838 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1782942 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.7262 0.521 0.540 0.252 0.000 0.208
#> SRR1782947 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.1557 0.747 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782955 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782956 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782958 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 2 0.7128 0.261 0.320 0.528 0.000 0.152
#> SRR1782964 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3074 0.854 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1782965 1 0.3764 0.691 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782970 4 0.4866 0.583 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782971 4 0.3933 0.718 0.000 0.008 0.200 0.792
#> SRR1782972 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782976 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.3074 0.854 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1782980 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.1792 0.868 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1782983 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.3688 0.729 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1782989 4 0.3688 0.832 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782992 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782993 2 0.4916 0.685 0.056 0.760 0.000 0.184
#> SRR1782995 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.4222 0.597 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3688 0.836 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782997 2 0.0188 0.933 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1783000 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.3486 0.662 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1783003 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.937 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782701 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782713 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.3074 0.7346 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1782716 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.1965 0.8242 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782721 4 0.5430 0.6570 0.000 0.000 0.192 0.660 0.148
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.1965 0.8242 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782730 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782732 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782735 3 0.4304 0.0538 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.2020 0.8595 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782738 4 0.1965 0.8242 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782739 4 0.1965 0.8242 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782740 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 4 0.1908 0.8676 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782747 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782750 3 0.4302 0.0967 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.5599 0.4620 0.580 0.000 0.000 0.092 0.328
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782761 4 0.1908 0.8676 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.4182 0.4954 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782760 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 4 0.2300 0.8623 0.000 0.072 0.024 0.904 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3003 0.7528 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1782779 4 0.3177 0.6754 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1782782 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 5 0.4045 0.4295 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1782783 1 0.4096 0.7886 0.784 0.000 0.000 0.072 0.144
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.3109 0.7153 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.1965 0.9032 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782789 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782791 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782792 4 0.4182 0.4954 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 4 0.3074 0.7341 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1782796 4 0.1908 0.8676 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1782798 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782797 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4182 0.4954 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782807 4 0.6317 0.2559 0.172 0.000 0.000 0.496 0.332
#> SRR1782809 4 0.2260 0.8247 0.000 0.000 0.028 0.908 0.064
#> SRR1782810 4 0.1341 0.8557 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782812 4 0.4182 0.4954 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.1965 0.8242 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782815 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782816 5 0.4665 0.7024 0.112 0.000 0.148 0.000 0.740
#> SRR1782818 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.3074 0.7341 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.2179 0.8049 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1782821 1 0.4291 0.0718 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 5 0.6506 0.1432 0.344 0.000 0.000 0.200 0.456
#> SRR1782831 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782834 4 0.2011 0.8179 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> SRR1782832 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782835 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782837 4 0.4182 0.4954 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.2074 0.8087 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 2 0.4283 0.1440 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782850 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.1908 0.8143 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782856 1 0.2605 0.8180 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 2 0.2648 0.7882 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782868 5 0.3970 0.7699 0.104 0.000 0.096 0.000 0.800
#> SRR1782872 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.3039 0.7484 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0404 0.9657 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.4182 0.3553 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 5 0.4201 0.3345 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 5 0.0290 0.9580 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.0290 0.9580 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782913 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782915 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 2 0.6254 0.1187 0.368 0.480 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 3 0.0510 0.9613 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.2074 0.7747 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1908 0.8252 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0510 0.9506 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782940 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0162 0.9361 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 4 0.2351 0.7641 0.088 0.000 0.000 0.896 0.016
#> SRR1782955 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 4 0.1908 0.8676 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782965 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.4192 0.4863 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1782971 4 0.1965 0.8242 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782980 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.4540 0.5037 0.656 0.320 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 4 0.1965 0.8680 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782992 1 0.0290 0.9361 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782993 1 0.2464 0.8987 0.888 0.000 0.000 0.096 0.016
#> SRR1782995 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9385 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 5 0.0000 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783002 2 0.0404 0.9703 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9794 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0162 0.9795 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0260 0.945 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782686 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782687 1 0.0632 0.936 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782688 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782690 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782692 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782693 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782694 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782696 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782697 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782695 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782700 1 0.0146 0.947 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782699 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782701 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782704 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782703 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782705 5 0.0865 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782709 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782711 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782707 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782708 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782712 4 0.0547 0.857 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.3141 0.682 0.200 0.000 0.000 0.788 0.000 0.012
#> SRR1782716 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782717 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782718 4 0.0405 0.860 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1782719 3 0.0291 0.983 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782720 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.5666 0.450 0.000 0.000 0.200 0.592 0.192 0.016
#> SRR1782726 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782722 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782723 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782727 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782725 4 0.0405 0.860 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1782724 1 0.0260 0.946 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782728 4 0.0363 0.863 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.0777 0.961 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR1782729 3 0.0291 0.983 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782733 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782732 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782735 5 0.4076 0.334 0.000 0.000 0.396 0.000 0.592 0.012
#> SRR1782731 1 0.0146 0.947 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.2152 0.898 0.000 0.000 0.904 0.004 0.068 0.024
#> SRR1782738 4 0.0520 0.859 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782739 4 0.0520 0.859 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782740 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.0520 0.863 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782742 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782743 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782745 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782747 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782750 1 0.1793 0.894 0.932 0.000 0.040 0.004 0.008 0.016
#> SRR1782749 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.1789 0.880 0.032 0.000 0.000 0.000 0.044 0.924
#> SRR1782746 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782753 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.0520 0.863 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782759 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.3756 0.421 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782763 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782766 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782769 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0436 0.974 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782770 3 0.0508 0.981 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782774 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0508 0.981 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782772 3 0.0806 0.977 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782773 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0260 0.980 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782777 5 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782776 4 0.0146 0.863 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0551 0.973 0.004 0.984 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782781 4 0.2562 0.695 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.3161 0.690 0.000 0.000 0.000 0.216 0.008 0.776
#> SRR1782782 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782784 1 0.3457 0.626 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR1782783 6 0.3487 0.765 0.168 0.000 0.000 0.000 0.044 0.788
#> SRR1782785 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.3210 0.765 0.000 0.000 0.000 0.152 0.812 0.036
#> SRR1782787 3 0.0777 0.978 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782788 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782790 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782789 4 0.0458 0.860 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782791 5 0.0725 0.954 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1782792 4 0.3747 0.425 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.0865 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782794 5 0.0363 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782795 4 0.3078 0.656 0.000 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1782796 4 0.0520 0.863 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782798 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782800 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782804 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782805 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782806 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782808 4 0.3756 0.421 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782807 6 0.3212 0.728 0.004 0.000 0.000 0.180 0.016 0.800
#> SRR1782809 4 0.0622 0.858 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782810 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.3756 0.421 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0405 0.860 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1782815 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.2364 0.877 0.904 0.000 0.020 0.004 0.052 0.020
#> SRR1782818 1 0.0363 0.943 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782819 4 0.3078 0.656 0.000 0.000 0.000 0.796 0.192 0.012
#> SRR1782817 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782824 1 0.0713 0.934 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782825 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.2762 0.690 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.1341 0.912 0.948 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR1782823 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782826 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782830 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782828 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.6420 0.198 0.444 0.000 0.000 0.172 0.348 0.036
#> SRR1782831 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0520 0.859 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782832 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.3756 0.421 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782838 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782839 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782840 2 0.0260 0.978 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.2019 0.797 0.088 0.000 0.000 0.900 0.000 0.012
#> SRR1782842 3 0.0692 0.978 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782841 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782843 2 0.4554 0.255 0.000 0.568 0.400 0.008 0.000 0.024
#> SRR1782845 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0951 0.974 0.000 0.004 0.968 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782847 5 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782848 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.0806 0.977 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782851 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.0520 0.859 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782853 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.2219 0.825 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1782856 1 0.3511 0.640 0.760 0.000 0.000 0.000 0.216 0.024
#> SRR1782854 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0260 0.978 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782858 5 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1782859 2 0.1666 0.921 0.000 0.936 0.036 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782860 1 0.0405 0.943 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782861 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0717 0.978 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1782863 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782864 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782866 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0260 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782867 6 0.1387 0.912 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1782868 5 0.4816 0.405 0.332 0.000 0.032 0.004 0.616 0.016
#> SRR1782872 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0508 0.982 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782871 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782879 4 0.2814 0.699 0.000 0.000 0.172 0.820 0.000 0.008
#> SRR1782880 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0363 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782881 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782882 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.0820 0.951 0.000 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1782885 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782886 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.1350 0.958 0.000 0.020 0.952 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782888 1 0.1492 0.905 0.940 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR1782889 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.1267 0.898 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0146 0.947 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782897 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782896 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782901 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782899 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782903 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0692 0.979 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782904 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782907 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0717 0.978 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1782909 2 0.0146 0.982 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782911 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782912 5 0.0622 0.957 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1782913 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782915 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782916 2 0.5017 0.296 0.048 0.596 0.000 0.336 0.000 0.020
#> SRR1782918 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782919 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782920 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.2349 0.874 0.000 0.080 0.892 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782922 4 0.3984 0.343 0.000 0.000 0.000 0.596 0.008 0.396
#> SRR1782921 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782926 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0508 0.981 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782928 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0146 0.981 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0520 0.859 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782930 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782931 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782937 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782940 1 0.0508 0.941 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782941 1 0.0993 0.927 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR1782942 3 0.0806 0.977 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782945 5 0.0260 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782944 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0260 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782948 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0260 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782952 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0146 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782954 6 0.3323 0.655 0.008 0.000 0.000 0.240 0.000 0.752
#> SRR1782955 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0508 0.981 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782946 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782964 3 0.0291 0.983 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782963 6 0.1501 0.911 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782965 5 0.0405 0.963 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782966 2 0.0291 0.978 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782968 3 0.0291 0.983 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782967 3 0.0508 0.981 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782969 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.3765 0.413 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0405 0.860 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1782972 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782973 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782975 1 0.0713 0.934 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782976 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782980 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 6 0.4456 0.586 0.064 0.268 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1782983 3 0.0405 0.982 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782987 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0260 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782986 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782988 3 0.0806 0.977 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782990 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 5 0.0820 0.951 0.000 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1782989 4 0.0260 0.865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0146 0.947 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782993 6 0.1444 0.914 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782995 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 5 0.0405 0.963 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782996 3 0.0603 0.981 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1782998 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782999 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0692 0.966 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1783000 2 0.0603 0.970 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1783001 5 0.2048 0.845 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1783002 2 0.1267 0.919 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0363 0.983 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783004 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.1065 0.955 0.020 0.964 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1783006 2 0.0260 0.978 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.674 0.856 0.938 0.4981 0.500 0.500
#> 3 3 0.708 0.732 0.885 0.2761 0.671 0.446
#> 4 4 0.746 0.760 0.853 0.1085 0.838 0.610
#> 5 5 0.804 0.838 0.905 0.0985 0.873 0.613
#> 6 6 0.744 0.619 0.787 0.0456 0.954 0.801
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.2778 0.9063 0.048 0.952
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.5946 0.8233 0.856 0.144
#> SRR1782700 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782699 2 0.8267 0.6574 0.260 0.740
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7299 0.7408 0.204 0.796
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.6887 0.7507 0.816 0.184
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.9850 0.2124 0.428 0.572
#> SRR1782717 1 0.1184 0.9143 0.984 0.016
#> SRR1782718 2 0.8267 0.6175 0.260 0.740
#> SRR1782719 2 0.8661 0.5666 0.288 0.712
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782726 1 0.6048 0.8194 0.852 0.148
#> SRR1782722 2 0.8267 0.6175 0.260 0.740
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.4939 0.8382 0.108 0.892
#> SRR1782724 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.7376 0.7541 0.792 0.208
#> SRR1782733 2 0.7219 0.7461 0.200 0.800
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782731 2 0.3879 0.8826 0.076 0.924
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.9087 0.5147 0.676 0.324
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.9833 0.2496 0.424 0.576
#> SRR1782739 1 0.6343 0.8073 0.840 0.160
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.2043 0.9168 0.032 0.968
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.6973 0.7607 0.188 0.812
#> SRR1782747 2 0.7376 0.7354 0.208 0.792
#> SRR1782750 1 0.9608 0.4430 0.616 0.384
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.8267 0.6361 0.740 0.260
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.5737 0.8305 0.864 0.136
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.8661 0.6336 0.712 0.288
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.3431 0.8939 0.064 0.936
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782779 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.8661 0.5868 0.712 0.288
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.9954 0.1341 0.540 0.460
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.2043 0.9168 0.032 0.968
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.5519 0.8369 0.872 0.128
#> SRR1782800 1 0.9491 0.4307 0.632 0.368
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.9170 0.5349 0.668 0.332
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.8386 0.6036 0.268 0.732
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.2778 0.9055 0.048 0.952
#> SRR1782819 1 0.5519 0.8182 0.872 0.128
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0938 0.9158 0.988 0.012
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.8267 0.6361 0.740 0.260
#> SRR1782822 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.5737 0.8305 0.864 0.136
#> SRR1782838 1 0.5737 0.8305 0.864 0.136
#> SRR1782839 1 0.5946 0.8233 0.856 0.144
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.9998 0.1168 0.492 0.508
#> SRR1782842 1 0.6247 0.8120 0.844 0.156
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.1843 0.9194 0.028 0.972
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.6148 0.8155 0.848 0.152
#> SRR1782846 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.6247 0.8114 0.844 0.156
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782851 1 0.9866 0.2291 0.568 0.432
#> SRR1782852 2 0.2778 0.9063 0.048 0.952
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0672 0.9316 0.008 0.992
#> SRR1782860 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782863 1 0.2423 0.9000 0.960 0.040
#> SRR1782864 1 0.6148 0.8155 0.848 0.152
#> SRR1782866 1 0.6531 0.7716 0.832 0.168
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.9795 0.3071 0.416 0.584
#> SRR1782868 1 0.5629 0.8337 0.868 0.132
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.6973 0.7615 0.188 0.812
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.1633 0.9081 0.976 0.024
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.5842 0.8273 0.860 0.140
#> SRR1782880 1 0.8267 0.6361 0.740 0.260
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.5842 0.8270 0.860 0.140
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.8499 0.5892 0.276 0.724
#> SRR1782886 2 0.3733 0.8863 0.072 0.928
#> SRR1782887 2 0.2236 0.9141 0.036 0.964
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.5946 0.8234 0.856 0.144
#> SRR1782904 1 0.5737 0.8305 0.864 0.136
#> SRR1782907 2 0.4022 0.8792 0.080 0.920
#> SRR1782906 2 0.7299 0.7409 0.204 0.796
#> SRR1782908 2 0.9963 0.1150 0.464 0.536
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.9977 0.0897 0.528 0.472
#> SRR1782910 1 0.9833 0.3174 0.576 0.424
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.9896 0.1719 0.440 0.560
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.7453 0.7301 0.212 0.788
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.6247 0.8114 0.844 0.156
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.8813 0.5626 0.300 0.700
#> SRR1782930 1 0.0938 0.9165 0.988 0.012
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.9522 0.4266 0.372 0.628
#> SRR1782940 2 0.2948 0.9026 0.052 0.948
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.4022 0.8793 0.080 0.920
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.3274 0.8966 0.060 0.940
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.7376 0.7354 0.208 0.792
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.9795 0.2508 0.416 0.584
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0376 0.9339 0.004 0.996
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.7376 0.7354 0.208 0.792
#> SRR1782964 1 0.7815 0.7219 0.768 0.232
#> SRR1782963 1 0.3733 0.8721 0.928 0.072
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.6438 0.8027 0.836 0.164
#> SRR1782967 2 1.0000 -0.0141 0.496 0.504
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.8267 0.6361 0.740 0.260
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.8661 0.5868 0.712 0.288
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.9963 0.0840 0.464 0.536
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.6712 0.7895 0.824 0.176
#> SRR1782988 1 0.9209 0.5262 0.664 0.336
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.8267 0.6361 0.740 0.260
#> SRR1782993 2 0.7219 0.7461 0.200 0.800
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.5519 0.8369 0.872 0.128
#> SRR1782998 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0938 0.9293 0.012 0.988
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9228 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.6438 0.8027 0.836 0.164
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.5503 0.641 0.208 0.772 0.020
#> SRR1782686 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782691 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.6180 0.379 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782694 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.6180 0.240 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782697 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 3 0.5678 0.436 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782699 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782701 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.8865 -0.148 0.404 0.476 0.120
#> SRR1782711 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.3482 0.677 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782708 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782714 1 0.9847 0.220 0.416 0.268 0.316
#> SRR1782716 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.5529 0.446 0.000 0.296 0.704
#> SRR1782724 3 0.3816 0.654 0.000 0.148 0.852
#> SRR1782728 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.8762 -0.128 0.404 0.484 0.112
#> SRR1782732 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.4654 0.650 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782731 3 0.0237 0.790 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782734 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782737 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 3 0.6180 0.379 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782741 2 0.2711 0.872 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782742 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.4504 0.741 0.000 0.804 0.196
#> SRR1782744 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.5497 0.498 0.292 0.708 0.000
#> SRR1782747 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782750 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782746 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.4702 0.647 0.212 0.000 0.788
#> SRR1782755 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782761 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.9687 0.109 0.412 0.216 0.372
#> SRR1782762 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.2261 0.893 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782764 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.1964 0.758 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782774 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0592 0.786 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782772 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.4654 0.650 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782776 2 0.5058 0.676 0.000 0.756 0.244
#> SRR1782778 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 3 0.5733 0.425 0.000 0.324 0.676
#> SRR1782781 3 0.5678 0.436 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782779 3 0.6140 0.399 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782782 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782783 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.9787 0.162 0.412 0.240 0.348
#> SRR1782786 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782789 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.4702 0.647 0.212 0.000 0.788
#> SRR1782792 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 3 0.6008 0.449 0.372 0.000 0.628
#> SRR1782796 2 0.2711 0.872 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782798 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.2537 0.746 0.920 0.000 0.080
#> SRR1782809 3 0.0237 0.790 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782810 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782818 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782819 3 0.6140 0.400 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782817 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.9572 0.071 0.416 0.196 0.388
#> SRR1782825 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782822 2 0.4555 0.736 0.000 0.800 0.200
#> SRR1782821 1 0.2796 0.733 0.908 0.000 0.092
#> SRR1782823 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 3 0.6180 0.379 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782831 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782834 2 0.2796 0.868 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782832 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.2711 0.872 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782836 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.9840 0.286 0.408 0.336 0.256
#> SRR1782842 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782845 3 0.6140 0.400 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782844 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.6126 0.405 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782848 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782850 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782851 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782852 3 0.5650 0.441 0.000 0.312 0.688
#> SRR1782853 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782856 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4654 0.650 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782859 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782860 3 0.5678 0.436 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782861 3 0.6062 0.430 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782862 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 3 0.6140 0.398 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782865 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9850 0.284 0.412 0.324 0.264
#> SRR1782868 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782872 3 0.4702 0.647 0.212 0.000 0.788
#> SRR1782874 3 0.9991 -0.135 0.332 0.316 0.352
#> SRR1782875 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 1 0.0592 0.804 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782877 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782873 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.0237 0.790 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782880 3 0.6701 0.366 0.412 0.012 0.576
#> SRR1782883 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.4702 0.647 0.212 0.000 0.788
#> SRR1782885 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 3 0.9503 0.146 0.208 0.316 0.476
#> SRR1782887 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782889 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782890 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782891 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782897 1 0.1031 0.796 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782896 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782903 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 3 0.9472 0.153 0.204 0.316 0.480
#> SRR1782906 1 0.9891 0.265 0.404 0.316 0.280
#> SRR1782908 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.1411 0.924 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782911 1 0.9886 0.210 0.404 0.276 0.320
#> SRR1782910 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.4555 0.657 0.200 0.000 0.800
#> SRR1782913 3 0.0237 0.790 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782915 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782922 3 0.9991 -0.126 0.332 0.316 0.352
#> SRR1782921 2 0.2261 0.893 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782923 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.5785 0.464 0.004 0.300 0.696
#> SRR1782930 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782940 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782941 3 0.6180 0.379 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782942 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 3 0.9472 0.153 0.204 0.316 0.480
#> SRR1782947 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.3619 0.816 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782949 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.4504 0.599 0.804 0.000 0.196
#> SRR1782950 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0592 0.945 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782951 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.6111 0.216 0.396 0.604 0.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 1 0.0237 0.811 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782959 2 0.0237 0.952 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782958 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782964 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 1 0.0237 0.811 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782965 3 0.4654 0.650 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782966 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782970 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 3 0.6154 0.236 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782972 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0237 0.811 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782975 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782976 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.9862 0.278 0.412 0.316 0.272
#> SRR1782980 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782981 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4654 0.650 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782989 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782993 2 0.9641 -0.012 0.240 0.464 0.296
#> SRR1782995 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782994 3 0.4654 0.650 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782996 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 3 0.4062 0.679 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782997 3 0.5678 0.436 0.000 0.316 0.684
#> SRR1783000 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783001 3 0.6168 0.386 0.412 0.000 0.588
#> SRR1783002 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.792 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 3 0.5706 0.432 0.000 0.320 0.680
#> SRR1783006 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 3 0.6232 0.6586 0.004 0.048 0.548 0.400
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.4877 0.4610 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782691 1 0.0336 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.3908 0.7857 0.004 0.000 0.784 0.212
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1637 0.8598 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 3 0.4855 0.7097 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782699 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782701 1 0.0469 0.9187 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 4 0.7806 0.0518 0.004 0.380 0.208 0.408
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.3351 0.6956 0.000 0.148 0.844 0.008
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.4941 0.4673 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782713 4 0.4776 0.5413 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782710 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782714 4 0.0000 0.4930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782716 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782715 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.4877 0.4676 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782719 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782721 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.5536 0.4912 0.000 0.024 0.384 0.592
#> SRR1782724 3 0.4855 0.7097 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782728 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.4877 0.2157 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1782732 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782735 3 0.2921 0.7973 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782731 3 0.5028 0.7080 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782737 3 0.3123 0.7965 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782738 4 0.4877 0.4676 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782739 4 0.4877 0.4676 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782740 3 0.4508 0.7844 0.036 0.000 0.780 0.184
#> SRR1782741 4 0.2149 0.5458 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0592 0.9176 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4877 0.2157 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1782747 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782750 3 0.3569 0.7906 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.5869 0.7048 0.044 0.000 0.596 0.360
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0336 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.3569 0.7905 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782761 4 0.4866 0.5231 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782759 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782762 4 0.4941 0.4673 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782760 4 0.4964 0.5396 0.000 0.380 0.004 0.616
#> SRR1782764 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1557 0.8651 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1782770 2 0.4585 0.3706 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.4605 0.3633 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.3649 0.7887 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782776 3 0.2973 0.6718 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 3 0.4728 0.7586 0.000 0.032 0.752 0.216
#> SRR1782781 3 0.0921 0.7910 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782779 3 0.4941 0.6810 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782789 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782791 3 0.1940 0.7949 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0336 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782795 4 0.0000 0.4930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.3649 0.5928 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782798 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782797 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782799 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782800 3 0.4855 0.7097 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782801 2 0.1118 0.8923 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.4830 0.0510 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782807 4 0.6042 -0.1391 0.392 0.000 0.048 0.560
#> SRR1782809 4 0.4382 0.4817 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1782810 4 0.4776 0.5413 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782812 2 0.4877 -0.0157 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.4941 0.4270 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1782815 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782816 3 0.3400 0.7935 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1782818 3 0.4855 0.7097 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782819 4 0.0000 0.4930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 3 0.5112 0.6778 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782822 4 0.7711 0.0126 0.000 0.340 0.232 0.428
#> SRR1782821 1 0.6770 0.3130 0.496 0.000 0.096 0.408
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 3 0.5112 0.6778 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR1782831 2 0.3444 0.6592 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1782834 4 0.0336 0.4987 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782832 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782835 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782837 2 0.0336 0.9271 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.4930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.1716 0.7953 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782845 3 0.4840 0.7683 0.100 0.000 0.784 0.116
#> SRR1782844 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0188 0.7862 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782847 3 0.3626 0.7922 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1782848 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.3870 0.7868 0.004 0.000 0.788 0.208
#> SRR1782850 3 0.3024 0.7974 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1782851 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782852 4 0.0336 0.4952 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 3 0.5028 0.7093 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782856 1 0.4522 0.5886 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3219 0.7955 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1782859 3 0.1716 0.7953 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782860 3 0.4855 0.7097 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782861 3 0.3764 0.7856 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1782862 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 3 0.5112 0.6778 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR1782868 3 0.3123 0.7965 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782872 3 0.3172 0.7959 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1782874 3 0.5039 0.7064 0.004 0.000 0.592 0.404
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.3024 0.7970 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1782871 1 0.0524 0.9203 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782877 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.4877 0.4676 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782880 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.2125 0.7947 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR1782885 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 3 0.5028 0.7080 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782887 3 0.0188 0.7880 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782888 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.3908 0.7857 0.004 0.000 0.784 0.212
#> SRR1782890 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782897 1 0.5571 0.4446 0.580 0.000 0.024 0.396
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3172 0.7962 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1782904 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 3 0.5028 0.7080 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782906 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782908 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0188 0.9316 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782911 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782910 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.3123 0.7963 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782913 3 0.3172 0.7962 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.4382 0.4369 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782918 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.3486 0.7393 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1782917 3 0.0188 0.7862 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.4930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0188 0.9317 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0188 0.7862 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0592 0.9180 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782933 4 0.4804 0.4776 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782930 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.3764 0.7192 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782940 3 0.3649 0.7887 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782941 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782942 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.2216 0.8425 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782944 3 0.5028 0.7080 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0592 0.9176 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.5609 0.5574 0.712 0.000 0.200 0.088
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.0000 0.4930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782955 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0188 0.9217 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782959 4 0.4277 0.5766 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782964 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3907 0.7002 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782965 3 0.3208 0.7968 0.004 0.000 0.848 0.148
#> SRR1782966 2 0.1716 0.8537 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782970 2 0.4431 0.3579 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782971 4 0.6746 0.5415 0.000 0.116 0.316 0.568
#> SRR1782972 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0524 0.9203 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782975 3 0.5112 0.6778 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782980 3 0.3945 0.7845 0.004 0.000 0.780 0.216
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.4008 0.5375 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1782983 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9259 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.1940 0.7949 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782989 4 0.4877 0.5199 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782992 3 0.5050 0.7047 0.004 0.000 0.588 0.408
#> SRR1782993 4 0.7695 0.0274 0.000 0.372 0.220 0.408
#> SRR1782995 3 0.4879 0.7716 0.092 0.000 0.780 0.128
#> SRR1782994 3 0.3356 0.7939 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1782996 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 3 0.5028 0.7080 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782997 3 0.2924 0.7948 0.000 0.016 0.884 0.100
#> SRR1783000 3 0.2759 0.7773 0.000 0.052 0.904 0.044
#> SRR1783001 3 0.3945 0.7845 0.004 0.000 0.780 0.216
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.7874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 3 0.5905 0.6919 0.000 0.060 0.636 0.304
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9361 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.0290 0.8639 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0609 0.8609 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782691 5 0.0898 0.9307 0.008 0.000 0.000 0.020 0.972
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.4400 0.7788 0.196 0.000 0.744 0.060 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1270 0.9076 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0798 0.8607 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782699 1 0.2648 0.8056 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782701 5 0.2104 0.8977 0.024 0.000 0.000 0.060 0.916
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.2605 0.8060 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 3 0.3132 0.7325 0.008 0.172 0.820 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.3774 0.5103 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.3242 0.7929 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1782713 4 0.3266 0.7978 0.004 0.200 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782710 1 0.0510 0.8622 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782714 1 0.3143 0.6741 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782716 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.4015 0.5517 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782721 3 0.1907 0.8817 0.044 0.000 0.928 0.028 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0290 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3210 0.6786 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1782724 1 0.0798 0.8607 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782728 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782730 5 0.0404 0.9375 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782729 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.2648 0.8052 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782732 4 0.3143 0.7977 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782735 3 0.3734 0.8303 0.128 0.000 0.812 0.060 0.000
#> SRR1782731 1 0.0798 0.8607 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782737 3 0.4075 0.8115 0.160 0.000 0.780 0.060 0.000
#> SRR1782738 4 0.4015 0.5517 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1782739 4 0.4015 0.5517 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1782740 3 0.4367 0.7827 0.192 0.000 0.748 0.060 0.000
#> SRR1782741 4 0.4025 0.7123 0.140 0.060 0.004 0.796 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0579 0.9552 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3039 0.7979 0.836 0.012 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782747 1 0.2605 0.8060 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782750 3 0.3821 0.7782 0.216 0.000 0.764 0.020 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.6519 0.2959 0.456 0.000 0.340 0.204 0.000
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.1774 0.9089 0.016 0.000 0.000 0.052 0.932
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.4226 0.7968 0.176 0.000 0.764 0.060 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.4400 0.6432 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR1782761 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782759 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782762 4 0.3586 0.7395 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1782760 4 0.3266 0.7982 0.000 0.200 0.004 0.796 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0609 0.8847 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1671 0.8751 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.3210 0.6671 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.3210 0.6671 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0162 0.8970 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.4226 0.7968 0.176 0.000 0.764 0.060 0.000
#> SRR1782776 3 0.2378 0.8434 0.012 0.016 0.908 0.064 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.4890 0.4543 0.628 0.024 0.340 0.008 0.000
#> SRR1782781 3 0.4249 0.1708 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR1782779 1 0.3882 0.7858 0.788 0.000 0.044 0.168 0.000
#> SRR1782782 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 1 0.0794 0.8578 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782783 5 0.4746 0.3688 0.376 0.000 0.000 0.024 0.600
#> SRR1782785 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782786 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.1124 0.8904 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.2648 0.8056 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782789 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782791 3 0.2795 0.8617 0.064 0.000 0.880 0.056 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.3242 0.7142 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1782794 5 0.0898 0.9307 0.008 0.000 0.000 0.020 0.972
#> SRR1782795 4 0.3983 0.4585 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1782796 4 0.4078 0.7242 0.128 0.072 0.004 0.796 0.000
#> SRR1782798 4 0.3143 0.7977 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782797 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782799 3 0.1082 0.8921 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> SRR1782800 1 0.2971 0.7379 0.836 0.000 0.156 0.008 0.000
#> SRR1782801 2 0.1270 0.9076 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0290 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0963 0.8901 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782808 4 0.4297 0.3257 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1782807 1 0.3242 0.7941 0.816 0.000 0.000 0.172 0.012
#> SRR1782809 4 0.4763 0.5990 0.076 0.000 0.212 0.712 0.000
#> SRR1782810 4 0.3123 0.7930 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1782812 4 0.4283 0.3717 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.4030 0.5455 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1782815 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782816 3 0.4168 0.7948 0.184 0.000 0.764 0.052 0.000
#> SRR1782818 1 0.4455 0.2345 0.588 0.000 0.404 0.008 0.000
#> SRR1782819 4 0.4101 0.3809 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.0510 0.8651 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782822 1 0.0693 0.8626 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1782821 1 0.0510 0.8621 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.0771 0.9331 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0290 0.8639 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782831 2 0.4123 0.6939 0.108 0.788 0.000 0.104 0.000
#> SRR1782834 4 0.3143 0.6365 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782832 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782835 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782837 2 0.0451 0.9592 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.4101 0.3986 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782842 3 0.0162 0.8970 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0671 0.9352 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782843 3 0.2077 0.8697 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> SRR1782845 3 0.5168 0.7889 0.116 0.000 0.748 0.060 0.076
#> SRR1782844 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0451 0.8956 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.4333 0.7865 0.188 0.000 0.752 0.060 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.4367 0.7827 0.192 0.000 0.748 0.060 0.000
#> SRR1782850 3 0.2971 0.8353 0.156 0.000 0.836 0.008 0.000
#> SRR1782851 1 0.0162 0.8656 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782852 1 0.3491 0.6354 0.768 0.000 0.004 0.228 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.5320 0.2230 0.572 0.000 0.368 0.060 0.000
#> SRR1782856 1 0.1914 0.8387 0.924 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4075 0.8110 0.160 0.000 0.780 0.060 0.000
#> SRR1782859 3 0.2017 0.8716 0.080 0.000 0.912 0.008 0.000
#> SRR1782860 1 0.0693 0.8621 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1782861 3 0.4946 0.6681 0.276 0.000 0.664 0.060 0.000
#> SRR1782862 3 0.0162 0.8970 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0290 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.2648 0.8056 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782868 3 0.3883 0.8043 0.184 0.000 0.780 0.036 0.000
#> SRR1782872 3 0.4035 0.8140 0.156 0.000 0.784 0.060 0.000
#> SRR1782874 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.3844 0.8198 0.164 0.000 0.792 0.044 0.000
#> SRR1782871 5 0.1484 0.9142 0.008 0.000 0.000 0.048 0.944
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.4126 0.4958 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1782880 1 0.0290 0.8639 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.3078 0.8587 0.064 0.000 0.872 0.056 0.008
#> SRR1782885 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782887 3 0.0404 0.8961 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782889 2 0.0290 0.9630 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.4367 0.7827 0.192 0.000 0.748 0.060 0.000
#> SRR1782890 1 0.4369 0.6363 0.740 0.000 0.208 0.052 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0703 0.8593 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782897 1 0.5346 0.3005 0.584 0.000 0.020 0.028 0.368
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0671 0.9352 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3630 0.6668 0.780 0.000 0.204 0.016 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3958 0.8075 0.176 0.000 0.780 0.044 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782906 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782908 3 0.0290 0.8965 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0579 0.9552 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782911 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.3970 0.8163 0.156 0.000 0.788 0.056 0.000
#> SRR1782913 3 0.4088 0.8084 0.168 0.000 0.776 0.056 0.000
#> SRR1782915 5 0.0290 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782914 5 0.0671 0.9352 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782916 1 0.2248 0.7919 0.900 0.088 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782918 3 0.0404 0.8962 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.4367 0.7077 0.192 0.000 0.000 0.060 0.748
#> SRR1782917 3 0.0324 0.8960 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782922 1 0.4302 0.3147 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1782921 2 0.0579 0.9552 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0404 0.8918 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0510 0.9529 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.3462 0.6847 0.012 0.000 0.196 0.792 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.4550 0.5951 0.276 0.000 0.000 0.036 0.688
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2648 0.8056 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782940 3 0.4147 0.6413 0.316 0.000 0.676 0.008 0.000
#> SRR1782941 1 0.0290 0.8639 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782942 3 0.0162 0.8970 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.3051 0.8421 0.076 0.000 0.000 0.060 0.864
#> SRR1782944 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.6060 0.5708 0.084 0.000 0.200 0.060 0.656
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0290 0.9629 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 4 0.4219 -0.0426 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1782955 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0290 0.9396 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782959 4 0.4016 0.7398 0.112 0.092 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2648 0.8056 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3278 0.7950 0.824 0.000 0.000 0.156 0.020
#> SRR1782965 3 0.3780 0.8284 0.132 0.000 0.808 0.060 0.000
#> SRR1782966 2 0.2020 0.8410 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0290 0.8656 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782970 2 0.4256 -0.0180 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1782971 4 0.3242 0.6770 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1782972 3 0.0290 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.1697 0.9062 0.008 0.000 0.000 0.060 0.932
#> SRR1782975 1 0.0510 0.8651 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.2648 0.8056 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782980 3 0.4367 0.7827 0.192 0.000 0.748 0.060 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.2136 0.7948 0.904 0.088 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0162 0.9409 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782986 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0162 0.8970 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.2795 0.8617 0.064 0.000 0.880 0.056 0.000
#> SRR1782989 4 0.3210 0.7966 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782992 1 0.0290 0.8639 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782993 1 0.2997 0.8039 0.840 0.000 0.012 0.148 0.000
#> SRR1782995 3 0.5064 0.7926 0.140 0.000 0.748 0.060 0.052
#> SRR1782994 3 0.4152 0.8042 0.168 0.000 0.772 0.060 0.000
#> SRR1782996 3 0.1124 0.8904 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000
#> SRR1782998 3 0.0290 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782999 1 0.2886 0.7426 0.844 0.000 0.148 0.008 0.000
#> SRR1782997 3 0.3210 0.8296 0.152 0.008 0.832 0.008 0.000
#> SRR1783000 3 0.2664 0.8601 0.064 0.040 0.892 0.004 0.000
#> SRR1783001 3 0.5331 0.4679 0.372 0.000 0.568 0.060 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.8972 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4671 0.6143 0.712 0.040 0.240 0.008 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0146 0.64905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782686 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.2597 0.59796 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782688 2 0.0260 0.78422 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782690 1 0.2597 0.59796 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782691 5 0.3659 0.51915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1782689 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782693 6 0.5915 0.44293 0.208 0.000 0.384 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782694 2 0.0790 0.78071 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782696 2 0.4562 0.66632 0.004 0.576 0.032 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782697 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782695 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782700 1 0.2703 0.49094 0.824 0.000 0.172 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782699 1 0.5117 0.53006 0.628 0.000 0.000 0.172 0.000 0.200
#> SRR1782701 5 0.5765 0.19379 0.172 0.000 0.000 0.000 0.420 0.408
#> SRR1782702 2 0.3695 0.69342 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1782704 2 0.1007 0.77866 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782703 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782705 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.5548 0.46181 0.540 0.000 0.000 0.172 0.000 0.288
#> SRR1782711 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.6690 -0.05293 0.052 0.356 0.408 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782708 2 0.5353 0.58046 0.112 0.500 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782712 4 0.2793 0.76673 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.3225 0.79558 0.092 0.080 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.3050 0.53335 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1782714 1 0.3684 0.11694 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782718 4 0.3126 0.66723 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782720 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.3376 0.53121 0.220 0.000 0.764 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782726 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0713 0.78982 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782727 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.2597 0.72350 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.2703 0.49094 0.824 0.000 0.172 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782728 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.2597 0.74577 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782729 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782733 1 0.5142 0.52849 0.624 0.000 0.000 0.172 0.000 0.204
#> SRR1782732 4 0.3591 0.78385 0.120 0.052 0.000 0.812 0.000 0.016
#> SRR1782735 3 0.4341 0.17086 0.024 0.000 0.564 0.000 0.000 0.412
#> SRR1782731 1 0.2703 0.49094 0.824 0.000 0.172 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.4292 0.67239 0.024 0.588 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782736 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.5481 0.28744 0.200 0.000 0.568 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782738 4 0.3126 0.66723 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.3126 0.66723 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1782740 6 0.5915 0.44293 0.208 0.000 0.384 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782741 4 0.2988 0.77334 0.144 0.028 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782743 2 0.5999 0.49730 0.176 0.428 0.008 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782744 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782745 6 0.5438 -0.18231 0.260 0.000 0.000 0.172 0.000 0.568
#> SRR1782747 1 0.5142 0.52849 0.624 0.000 0.000 0.172 0.000 0.204
#> SRR1782750 3 0.5282 0.29046 0.304 0.000 0.568 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782749 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.4958 0.36606 0.560 0.000 0.000 0.076 0.000 0.364
#> SRR1782746 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782753 5 0.5679 0.22537 0.156 0.000 0.000 0.000 0.436 0.408
#> SRR1782748 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.4410 0.16091 0.028 0.000 0.560 0.000 0.000 0.412
#> SRR1782755 2 0.2491 0.75152 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1782756 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782758 1 0.3774 0.31603 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782761 4 0.2668 0.79636 0.004 0.168 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.3531 0.54368 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.3130 0.78437 0.124 0.048 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782763 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0260 0.79486 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0790 0.76143 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.3817 0.19751 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.3854 0.12435 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0458 0.79396 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.3659 0.69751 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1782777 3 0.4403 0.16308 0.028 0.000 0.564 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782776 6 0.7053 -0.16925 0.000 0.072 0.268 0.272 0.000 0.388
#> SRR1782778 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.5886 0.05369 0.412 0.000 0.200 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782781 6 0.6083 0.01299 0.280 0.000 0.332 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782779 1 0.6958 0.37684 0.488 0.000 0.132 0.172 0.000 0.208
#> SRR1782782 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.3547 0.43494 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1782783 1 0.5886 0.36827 0.576 0.000 0.000 0.028 0.228 0.168
#> SRR1782785 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.1686 0.76139 0.012 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782788 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.5091 0.53234 0.632 0.000 0.000 0.172 0.000 0.196
#> SRR1782789 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.4246 0.20742 0.020 0.000 0.580 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782792 2 0.4292 0.67298 0.000 0.588 0.000 0.024 0.000 0.388
#> SRR1782793 5 0.2823 0.72127 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782794 5 0.2631 0.73914 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1782795 4 0.3318 0.66897 0.032 0.000 0.000 0.796 0.000 0.172
#> SRR1782796 4 0.3023 0.77611 0.140 0.032 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.3150 0.80032 0.052 0.120 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.2563 0.72917 0.052 0.000 0.876 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782800 1 0.2597 0.48798 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0260 0.77962 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0790 0.78759 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782805 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.1387 0.76310 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782808 2 0.5127 0.60904 0.000 0.528 0.000 0.088 0.000 0.384
#> SRR1782807 1 0.3784 0.60345 0.776 0.000 0.000 0.080 0.000 0.144
#> SRR1782809 4 0.4275 0.72115 0.144 0.000 0.092 0.752 0.000 0.012
#> SRR1782810 4 0.2563 0.79131 0.072 0.052 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.3867 0.00302 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.3717 0.69019 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1782814 4 0.3126 0.66723 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.5484 0.28952 0.204 0.000 0.568 0.000 0.000 0.228
#> SRR1782818 3 0.3971 0.19290 0.448 0.000 0.548 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782819 4 0.4176 0.66588 0.212 0.000 0.000 0.720 0.000 0.068
#> SRR1782817 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.1327 0.64290 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782825 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782820 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.5735 0.08609 0.444 0.000 0.168 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782821 1 0.3547 0.43494 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1782823 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.2980 0.73517 0.180 0.000 0.000 0.000 0.808 0.012
#> SRR1782830 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782829 1 0.2597 0.59796 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782831 2 0.6600 0.48510 0.120 0.416 0.000 0.076 0.000 0.388
#> SRR1782834 4 0.2562 0.74778 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.5693 0.55190 0.140 0.468 0.004 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782836 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782838 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782839 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782840 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782833 4 0.3023 0.70450 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0713 0.78785 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.2912 0.74255 0.172 0.000 0.000 0.000 0.816 0.012
#> SRR1782843 3 0.3014 0.61726 0.184 0.000 0.804 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782845 6 0.6040 0.41701 0.184 0.000 0.396 0.000 0.008 0.412
#> SRR1782844 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782846 3 0.1007 0.77569 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 6 0.5855 0.41901 0.192 0.000 0.396 0.000 0.000 0.412
#> SRR1782848 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782849 6 0.5887 0.43431 0.200 0.000 0.392 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782850 3 0.4135 0.43482 0.300 0.000 0.668 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782851 1 0.1327 0.64396 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782852 4 0.4685 0.32254 0.436 0.000 0.044 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782855 1 0.3907 0.31165 0.588 0.000 0.004 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782856 1 0.3867 0.43481 0.660 0.000 0.000 0.000 0.012 0.328
#> SRR1782854 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782857 2 0.3717 0.69019 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1782858 3 0.4403 0.16308 0.028 0.000 0.564 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782859 3 0.2805 0.62212 0.184 0.000 0.812 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782860 1 0.5735 0.08609 0.444 0.000 0.168 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782861 6 0.6039 0.44375 0.260 0.000 0.332 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782862 3 0.0458 0.79405 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0363 0.79758 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782864 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0146 0.64905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782865 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.5117 0.53006 0.628 0.000 0.000 0.172 0.000 0.200
#> SRR1782868 3 0.4039 0.23602 0.424 0.000 0.568 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782872 3 0.4410 0.16091 0.028 0.000 0.560 0.000 0.000 0.412
#> SRR1782874 1 0.0146 0.64905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782875 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4874 0.32332 0.084 0.000 0.608 0.000 0.000 0.308
#> SRR1782871 5 0.2597 0.74268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1782877 1 0.2092 0.62163 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1782873 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.3659 0.49575 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.2527 0.60292 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1782883 5 0.0260 0.85986 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782881 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782882 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782884 3 0.4246 0.20742 0.020 0.000 0.580 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782885 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0146 0.64905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782887 3 0.1267 0.76335 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.4720 0.65167 0.052 0.560 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782892 6 0.5901 0.43909 0.204 0.000 0.388 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782890 1 0.3023 0.46169 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782891 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782894 1 0.2631 0.59545 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782897 1 0.4468 0.27992 0.560 0.000 0.000 0.000 0.032 0.408
#> SRR1782896 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0260 0.78422 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782898 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.2946 0.73915 0.176 0.000 0.000 0.000 0.812 0.012
#> SRR1782899 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3899 0.31543 0.592 0.000 0.004 0.000 0.000 0.404
#> SRR1782903 2 0.3126 0.73116 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1782905 3 0.4626 0.43553 0.272 0.000 0.652 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782904 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0146 0.64905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782906 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0790 0.78497 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.5904 0.50219 0.176 0.432 0.004 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782911 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.4403 0.17064 0.028 0.000 0.564 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782913 3 0.5094 0.23311 0.096 0.000 0.568 0.000 0.000 0.336
#> SRR1782915 5 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782914 5 0.2946 0.73915 0.176 0.000 0.000 0.000 0.812 0.012
#> SRR1782916 1 0.5852 0.04016 0.420 0.192 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782918 3 0.1387 0.76310 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782919 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 6 0.5901 -0.19244 0.204 0.000 0.000 0.000 0.388 0.408
#> SRR1782917 3 0.0458 0.79405 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.5124 0.27517 0.232 0.000 0.000 0.620 0.000 0.148
#> SRR1782921 2 0.5904 0.50219 0.176 0.432 0.004 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782923 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0146 0.79794 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.3183 0.75752 0.060 0.000 0.112 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782931 2 0.0458 0.78318 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782934 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.5902 0.23327 0.212 0.000 0.000 0.000 0.440 0.348
#> SRR1782937 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.5117 0.53006 0.628 0.000 0.000 0.172 0.000 0.200
#> SRR1782940 1 0.3986 -0.09591 0.532 0.000 0.464 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782941 1 0.2527 0.60337 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1782942 3 0.0363 0.79554 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.4228 0.44233 0.020 0.000 0.000 0.000 0.588 0.392
#> SRR1782944 1 0.0146 0.64905 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782947 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.3862 0.68647 0.004 0.608 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782949 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 6 0.7403 0.35305 0.192 0.000 0.200 0.000 0.200 0.408
#> SRR1782950 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.5386 0.58218 0.116 0.496 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1782951 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.5374 0.25489 0.212 0.000 0.000 0.588 0.000 0.200
#> SRR1782955 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.1007 0.84142 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782959 4 0.3023 0.77611 0.140 0.032 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5117 0.53006 0.628 0.000 0.000 0.172 0.000 0.200
#> SRR1782964 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782963 1 0.3388 0.60256 0.792 0.000 0.000 0.172 0.000 0.036
#> SRR1782965 3 0.4341 0.17086 0.024 0.000 0.564 0.000 0.000 0.412
#> SRR1782966 2 0.1387 0.72934 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.64962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.3955 0.17374 0.000 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004
#> SRR1782971 4 0.2730 0.71322 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782973 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.3782 0.44682 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782975 1 0.1007 0.64597 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782976 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.86269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.5117 0.53006 0.628 0.000 0.000 0.172 0.000 0.200
#> SRR1782980 6 0.5901 0.43909 0.204 0.000 0.388 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782981 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.3717 0.69019 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1782985 6 0.5521 -0.16121 0.400 0.132 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1782983 3 0.0000 0.79967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0363 0.85849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782986 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782988 3 0.0363 0.79554 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4246 0.20742 0.020 0.000 0.580 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782989 4 0.2562 0.79467 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.2562 0.60046 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1782993 6 0.5691 -0.27161 0.340 0.000 0.000 0.172 0.000 0.488
#> SRR1782995 6 0.5995 0.43472 0.196 0.000 0.388 0.000 0.004 0.412
#> SRR1782994 3 0.4403 0.16308 0.028 0.000 0.564 0.000 0.000 0.408
#> SRR1782996 3 0.2039 0.74795 0.020 0.000 0.904 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782998 3 0.0260 0.79888 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782999 1 0.1007 0.62578 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.5901 0.04839 0.408 0.000 0.204 0.000 0.000 0.388
#> SRR1783000 3 0.5242 0.35784 0.128 0.224 0.636 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783001 1 0.5162 0.10584 0.504 0.000 0.088 0.000 0.000 0.408
#> SRR1783002 2 0.3727 0.68851 0.000 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1783003 3 0.0146 0.79956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783004 2 0.0000 0.78478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.6056 0.06049 0.416 0.008 0.188 0.000 0.000 0.388
#> SRR1783006 2 0.2793 0.74323 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.546 0.860 0.919 0.3755 0.656 0.656
#> 3 3 0.386 0.713 0.794 0.3916 0.926 0.890
#> 4 4 0.818 0.877 0.945 0.3593 0.553 0.336
#> 5 5 0.811 0.831 0.915 0.1197 0.873 0.583
#> 6 6 0.826 0.790 0.880 0.0338 0.950 0.763
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 1 0.6438 0.8571 0.836 0.164
#> SRR1782686 1 0.9896 0.4111 0.560 0.440
#> SRR1782687 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782688 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782691 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782689 1 0.9909 0.4002 0.556 0.444
#> SRR1782692 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.9933 0.3777 0.548 0.452
#> SRR1782694 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782696 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782695 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782699 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782701 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782702 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782704 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782705 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782711 1 0.9833 0.4528 0.576 0.424
#> SRR1782707 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782706 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782714 2 0.0376 0.9560 0.004 0.996
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782719 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782726 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782727 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782729 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782732 2 0.0376 0.9560 0.004 0.996
#> SRR1782735 1 0.5178 0.8708 0.884 0.116
#> SRR1782731 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782734 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.6438 0.8571 0.836 0.164
#> SRR1782737 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782739 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782742 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782744 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782747 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782750 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782749 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782751 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782746 1 0.9988 0.2926 0.520 0.480
#> SRR1782753 1 0.6973 0.8438 0.812 0.188
#> SRR1782748 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782754 2 0.0938 0.9501 0.012 0.988
#> SRR1782755 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782763 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782765 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782766 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782769 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782768 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782770 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782772 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782773 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782776 2 0.0376 0.9560 0.004 0.996
#> SRR1782778 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.1633 0.9400 0.024 0.976
#> SRR1782779 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782782 1 0.9988 0.2926 0.520 0.480
#> SRR1782784 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782783 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782785 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782786 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782790 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782791 2 0.9552 0.2584 0.376 0.624
#> SRR1782792 2 0.0672 0.9533 0.008 0.992
#> SRR1782793 2 0.0376 0.9560 0.004 0.996
#> SRR1782794 2 0.9552 0.2584 0.376 0.624
#> SRR1782795 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782801 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782802 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782806 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782809 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782813 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.6247 0.8603 0.844 0.156
#> SRR1782818 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782819 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782824 1 0.9963 0.3424 0.536 0.464
#> SRR1782825 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.6801 0.8486 0.820 0.180
#> SRR1782822 2 0.1843 0.9343 0.028 0.972
#> SRR1782821 1 0.6887 0.8463 0.816 0.184
#> SRR1782823 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782826 1 0.9954 0.3545 0.540 0.460
#> SRR1782830 2 0.0672 0.9533 0.008 0.992
#> SRR1782828 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.1633 0.9385 0.024 0.976
#> SRR1782831 2 0.0672 0.9533 0.008 0.992
#> SRR1782834 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.7056 0.7186 0.192 0.808
#> SRR1782836 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782840 1 0.9460 0.3420 0.636 0.364
#> SRR1782833 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.0938 0.9501 0.012 0.988
#> SRR1782843 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782845 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782844 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782848 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782850 1 0.0376 0.8935 0.996 0.004
#> SRR1782851 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782852 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782853 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.6887 0.8463 0.816 0.184
#> SRR1782856 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782854 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.1414 0.9450 0.020 0.980
#> SRR1782858 1 0.6531 0.8550 0.832 0.168
#> SRR1782859 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782861 1 0.6973 0.8438 0.812 0.188
#> SRR1782862 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782865 1 0.9815 0.4628 0.580 0.420
#> SRR1782867 2 0.0376 0.9558 0.004 0.996
#> SRR1782868 1 0.5842 0.8649 0.860 0.140
#> SRR1782872 2 0.9710 0.1721 0.400 0.600
#> SRR1782874 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782875 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.2043 0.8886 0.968 0.032
#> SRR1782871 2 0.0672 0.9533 0.008 0.992
#> SRR1782877 1 0.6887 0.8463 0.816 0.184
#> SRR1782873 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782878 2 0.0672 0.9533 0.008 0.992
#> SRR1782879 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782883 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782881 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782882 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782884 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782885 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782887 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782889 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.6801 0.8486 0.820 0.180
#> SRR1782890 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782891 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782897 1 0.6438 0.8572 0.836 0.164
#> SRR1782896 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782895 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782898 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782901 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782899 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782903 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782906 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782908 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782909 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782910 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.6531 0.8551 0.832 0.168
#> SRR1782913 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782915 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782914 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782916 1 0.9944 0.3662 0.544 0.456
#> SRR1782918 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782919 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782917 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782923 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782925 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782926 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782929 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782927 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782928 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782932 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782933 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782931 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782934 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782935 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.6531 0.8553 0.832 0.168
#> SRR1782937 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782940 1 0.6048 0.8627 0.852 0.148
#> SRR1782941 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782942 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.9954 0.3545 0.540 0.460
#> SRR1782944 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782947 1 0.7528 0.8182 0.784 0.216
#> SRR1782948 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782952 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782950 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782953 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.7139 0.8380 0.804 0.196
#> SRR1782954 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782956 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782957 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782946 2 0.9580 0.2447 0.380 0.620
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782958 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782961 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782964 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782965 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782966 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782968 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782967 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782973 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782975 2 0.9954 -0.0844 0.460 0.540
#> SRR1782976 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782979 1 0.7219 0.8358 0.800 0.200
#> SRR1782980 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782981 1 0.2043 0.8886 0.968 0.032
#> SRR1782982 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.6438 0.8571 0.836 0.164
#> SRR1782983 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782986 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782988 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782990 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782991 1 0.6712 0.8509 0.824 0.176
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782993 1 0.7376 0.8283 0.792 0.208
#> SRR1782995 1 0.7056 0.8412 0.808 0.192
#> SRR1782994 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782996 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1782997 1 0.1843 0.8894 0.972 0.028
#> SRR1783000 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.6343 0.8589 0.840 0.160
#> SRR1783002 2 0.1633 0.9416 0.024 0.976
#> SRR1783003 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1783004 1 0.0000 0.8942 1.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.6148 0.8615 0.848 0.152
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782686 1 0.7793 0.045 0.524 0.424 NA
#> SRR1782687 2 0.4346 0.720 0.184 0.816 NA
#> SRR1782688 2 0.5760 0.617 0.000 0.672 NA
#> SRR1782690 2 0.3482 0.746 0.128 0.872 NA
#> SRR1782691 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782689 1 0.7607 0.255 0.584 0.364 NA
#> SRR1782692 2 0.5760 0.617 0.000 0.672 NA
#> SRR1782693 1 0.7260 0.383 0.636 0.316 NA
#> SRR1782694 2 0.5706 0.623 0.000 0.680 NA
#> SRR1782696 2 0.2537 0.736 0.000 0.920 NA
#> SRR1782697 2 0.4002 0.704 0.000 0.840 NA
#> SRR1782695 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782700 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782699 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782701 2 0.4883 0.702 0.208 0.788 NA
#> SRR1782702 2 0.5760 0.617 0.000 0.672 NA
#> SRR1782704 2 0.5760 0.617 0.000 0.672 NA
#> SRR1782703 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782705 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 NA
#> SRR1782709 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782711 1 0.7571 0.285 0.592 0.356 NA
#> SRR1782707 2 0.5493 0.679 0.232 0.756 NA
#> SRR1782706 2 0.0237 0.750 0.000 0.996 NA
#> SRR1782708 2 0.3551 0.747 0.132 0.868 NA
#> SRR1782712 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782713 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782710 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782714 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782716 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782715 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782717 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782718 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782719 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782720 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782721 1 0.5058 0.837 0.756 0.000 NA
#> SRR1782726 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782722 2 0.5882 0.635 0.000 0.652 NA
#> SRR1782723 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782727 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782725 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782724 2 0.2796 0.753 0.092 0.908 NA
#> SRR1782728 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782730 2 0.4963 0.706 0.200 0.792 NA
#> SRR1782729 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782733 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782732 1 0.0424 0.895 0.992 0.008 NA
#> SRR1782735 2 0.3784 0.747 0.132 0.864 NA
#> SRR1782731 2 0.1964 0.755 0.056 0.944 NA
#> SRR1782734 2 0.5678 0.620 0.000 0.684 NA
#> SRR1782736 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782737 2 0.0829 0.752 0.012 0.984 NA
#> SRR1782738 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782739 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782740 2 0.4504 0.713 0.196 0.804 NA
#> SRR1782741 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782742 2 0.5706 0.618 0.000 0.680 NA
#> SRR1782743 2 0.0424 0.750 0.000 0.992 NA
#> SRR1782744 2 0.5760 0.617 0.000 0.672 NA
#> SRR1782745 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782747 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782750 2 0.0237 0.750 0.000 0.996 NA
#> SRR1782749 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782751 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782752 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782746 1 0.7869 0.652 0.668 0.180 NA
#> SRR1782753 2 0.3752 0.741 0.144 0.856 NA
#> SRR1782748 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782754 1 0.5785 0.804 0.668 0.000 NA
#> SRR1782755 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782756 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782757 2 0.5098 0.667 0.000 0.752 NA
#> SRR1782758 2 0.4399 0.717 0.188 0.812 NA
#> SRR1782761 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782759 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782762 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782760 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782764 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782763 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782765 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782766 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782767 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782769 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782768 2 0.5948 0.654 0.000 0.640 NA
#> SRR1782770 2 0.5882 0.633 0.000 0.652 NA
#> SRR1782774 2 0.5835 0.616 0.000 0.660 NA
#> SRR1782771 2 0.5882 0.633 0.000 0.652 NA
#> SRR1782772 2 0.1031 0.749 0.000 0.976 NA
#> SRR1782773 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782775 2 0.6102 0.617 0.008 0.672 NA
#> SRR1782777 2 0.3619 0.744 0.136 0.864 NA
#> SRR1782776 1 0.5178 0.832 0.744 0.000 NA
#> SRR1782778 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782780 2 0.0000 0.751 0.000 1.000 NA
#> SRR1782781 1 0.2031 0.891 0.952 0.016 NA
#> SRR1782779 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782782 1 0.6354 0.660 0.748 0.196 NA
#> SRR1782784 2 0.3482 0.746 0.128 0.872 NA
#> SRR1782783 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782785 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782786 1 0.1031 0.895 0.976 0.000 NA
#> SRR1782787 2 0.1267 0.751 0.004 0.972 NA
#> SRR1782788 2 0.5461 0.674 0.244 0.748 NA
#> SRR1782790 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782789 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782791 1 0.5785 0.804 0.668 0.000 NA
#> SRR1782792 1 0.1453 0.893 0.968 0.008 NA
#> SRR1782793 1 0.1753 0.891 0.952 0.000 NA
#> SRR1782794 1 0.5785 0.804 0.668 0.000 NA
#> SRR1782795 1 0.0424 0.897 0.992 0.000 NA
#> SRR1782796 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782798 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782797 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782799 2 0.3921 0.752 0.112 0.872 NA
#> SRR1782800 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782801 2 0.5810 0.619 0.000 0.664 NA
#> SRR1782802 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782803 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782804 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782805 2 0.5098 0.681 0.000 0.752 NA
#> SRR1782806 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782808 1 0.1315 0.894 0.972 0.008 NA
#> SRR1782807 1 0.1529 0.893 0.960 0.000 NA
#> SRR1782809 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782810 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782812 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782813 2 0.6104 0.615 0.004 0.648 NA
#> SRR1782814 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782815 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782816 2 0.0475 0.751 0.004 0.992 NA
#> SRR1782818 2 0.0237 0.751 0.004 0.996 NA
#> SRR1782819 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782817 2 0.5845 0.607 0.308 0.688 NA
#> SRR1782824 1 0.5105 0.790 0.828 0.124 NA
#> SRR1782825 2 0.5706 0.618 0.000 0.680 NA
#> SRR1782820 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782822 1 0.2663 0.872 0.932 0.044 NA
#> SRR1782821 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782823 2 0.6373 0.630 0.268 0.704 NA
#> SRR1782826 1 0.6437 0.619 0.732 0.220 NA
#> SRR1782830 1 0.2356 0.889 0.928 0.000 NA
#> SRR1782828 2 0.4399 0.693 0.000 0.812 NA
#> SRR1782829 1 0.1753 0.891 0.952 0.000 NA
#> SRR1782831 1 0.1453 0.893 0.968 0.008 NA
#> SRR1782834 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782832 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782835 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782837 1 0.3461 0.845 0.900 0.076 NA
#> SRR1782836 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782838 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782839 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782840 1 0.5047 0.778 0.824 0.140 NA
#> SRR1782833 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782842 2 0.0661 0.751 0.004 0.988 NA
#> SRR1782841 1 0.2066 0.890 0.940 0.000 NA
#> SRR1782843 2 0.0424 0.750 0.000 0.992 NA
#> SRR1782845 2 0.6448 0.511 0.352 0.636 NA
#> SRR1782844 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782846 2 0.1529 0.748 0.000 0.960 NA
#> SRR1782847 2 0.3752 0.741 0.144 0.856 NA
#> SRR1782848 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782849 2 0.3340 0.749 0.120 0.880 NA
#> SRR1782850 2 0.3889 0.755 0.084 0.884 NA
#> SRR1782851 2 0.3619 0.744 0.136 0.864 NA
#> SRR1782852 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782853 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782855 2 0.3482 0.746 0.128 0.872 NA
#> SRR1782856 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782854 2 0.5706 0.618 0.000 0.680 NA
#> SRR1782857 1 0.2806 0.873 0.928 0.040 NA
#> SRR1782858 2 0.4575 0.722 0.184 0.812 NA
#> SRR1782859 2 0.1031 0.749 0.000 0.976 NA
#> SRR1782860 2 0.5431 0.630 0.284 0.716 NA
#> SRR1782861 2 0.3551 0.745 0.132 0.868 NA
#> SRR1782862 2 0.5173 0.743 0.148 0.816 NA
#> SRR1782863 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782864 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782866 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782865 1 0.7741 0.219 0.568 0.376 NA
#> SRR1782867 1 0.1529 0.892 0.960 0.000 NA
#> SRR1782868 2 0.3425 0.751 0.112 0.884 NA
#> SRR1782872 1 0.5785 0.804 0.668 0.000 NA
#> SRR1782874 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782875 2 0.5835 0.616 0.000 0.660 NA
#> SRR1782870 2 0.3682 0.750 0.116 0.876 NA
#> SRR1782871 1 0.5785 0.804 0.668 0.000 NA
#> SRR1782877 2 0.3482 0.746 0.128 0.872 NA
#> SRR1782873 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782878 1 0.2165 0.890 0.936 0.000 NA
#> SRR1782879 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782880 2 0.3879 0.737 0.152 0.848 NA
#> SRR1782883 2 0.4784 0.709 0.200 0.796 NA
#> SRR1782881 2 0.7424 0.643 0.064 0.648 NA
#> SRR1782882 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782884 2 0.8033 0.615 0.240 0.640 NA
#> SRR1782885 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782886 2 0.3267 0.750 0.116 0.884 NA
#> SRR1782887 2 0.1289 0.748 0.000 0.968 NA
#> SRR1782888 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782889 2 0.5591 0.628 0.000 0.696 NA
#> SRR1782892 2 0.3816 0.739 0.148 0.852 NA
#> SRR1782890 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782891 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782893 2 0.5810 0.619 0.000 0.664 NA
#> SRR1782894 2 0.3482 0.746 0.128 0.872 NA
#> SRR1782897 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782896 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782895 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782898 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782900 2 0.4784 0.709 0.200 0.796 NA
#> SRR1782901 2 0.4178 0.727 0.172 0.828 NA
#> SRR1782899 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782902 2 0.3482 0.746 0.128 0.872 NA
#> SRR1782903 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782905 2 0.3550 0.755 0.080 0.896 NA
#> SRR1782904 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782907 2 0.3267 0.750 0.116 0.884 NA
#> SRR1782906 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782908 2 0.1163 0.749 0.000 0.972 NA
#> SRR1782909 2 0.0592 0.750 0.000 0.988 NA
#> SRR1782911 2 0.3941 0.736 0.156 0.844 NA
#> SRR1782910 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782912 2 0.4750 0.700 0.216 0.784 NA
#> SRR1782913 2 0.3267 0.749 0.116 0.884 NA
#> SRR1782915 2 0.4796 0.695 0.220 0.780 NA
#> SRR1782914 2 0.4399 0.717 0.188 0.812 NA
#> SRR1782916 1 0.4615 0.778 0.836 0.144 NA
#> SRR1782918 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782919 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782920 2 0.3551 0.745 0.132 0.868 NA
#> SRR1782917 2 0.1289 0.748 0.000 0.968 NA
#> SRR1782922 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782921 2 0.1163 0.748 0.000 0.972 NA
#> SRR1782923 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782925 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782924 2 0.4063 0.752 0.112 0.868 NA
#> SRR1782926 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782929 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782927 2 0.5882 0.633 0.000 0.652 NA
#> SRR1782928 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782932 2 0.5810 0.619 0.000 0.664 NA
#> SRR1782933 1 0.4452 0.849 0.808 0.000 NA
#> SRR1782930 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782931 2 0.7265 0.681 0.076 0.684 NA
#> SRR1782934 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782935 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782936 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782937 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782939 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782940 2 0.0000 0.751 0.000 1.000 NA
#> SRR1782941 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782942 2 0.1643 0.747 0.000 0.956 NA
#> SRR1782945 1 0.7835 0.564 0.656 0.232 NA
#> SRR1782944 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782947 2 0.7757 0.179 0.464 0.488 NA
#> SRR1782948 2 0.3038 0.730 0.000 0.896 NA
#> SRR1782949 2 0.6717 0.518 0.352 0.628 NA
#> SRR1782952 2 0.4504 0.713 0.196 0.804 NA
#> SRR1782950 2 0.5678 0.631 0.000 0.684 NA
#> SRR1782953 2 0.5754 0.645 0.004 0.700 NA
#> SRR1782951 2 0.7102 0.370 0.420 0.556 NA
#> SRR1782954 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782955 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782956 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782957 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782946 1 0.5785 0.804 0.668 0.000 NA
#> SRR1782959 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782958 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782960 2 0.5810 0.573 0.336 0.664 NA
#> SRR1782961 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782962 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782964 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782963 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782965 2 0.4733 0.714 0.196 0.800 NA
#> SRR1782966 2 0.5678 0.633 0.000 0.684 NA
#> SRR1782968 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782967 2 0.2448 0.744 0.000 0.924 NA
#> SRR1782969 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1782970 1 0.0237 0.896 0.996 0.004 NA
#> SRR1782971 1 0.5431 0.814 0.716 0.000 NA
#> SRR1782972 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782973 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782974 2 0.4887 0.687 0.228 0.772 NA
#> SRR1782975 1 0.2173 0.890 0.944 0.008 NA
#> SRR1782976 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782977 2 0.4883 0.704 0.208 0.788 NA
#> SRR1782979 2 0.4555 0.711 0.200 0.800 NA
#> SRR1782980 2 0.4235 0.724 0.176 0.824 NA
#> SRR1782981 2 0.6934 0.584 0.028 0.624 NA
#> SRR1782982 2 0.5835 0.616 0.000 0.660 NA
#> SRR1782985 2 0.3482 0.747 0.128 0.872 NA
#> SRR1782983 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782987 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1782984 2 0.4808 0.714 0.188 0.804 NA
#> SRR1782986 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782988 2 0.1753 0.748 0.000 0.952 NA
#> SRR1782990 2 0.5835 0.616 0.000 0.660 NA
#> SRR1782991 2 0.5292 0.690 0.228 0.764 NA
#> SRR1782989 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 NA
#> SRR1782992 2 0.4178 0.727 0.172 0.828 NA
#> SRR1782993 2 0.4702 0.704 0.212 0.788 NA
#> SRR1782995 2 0.4504 0.713 0.196 0.804 NA
#> SRR1782994 2 0.3644 0.749 0.124 0.872 NA
#> SRR1782996 2 0.1267 0.751 0.004 0.972 NA
#> SRR1782998 2 0.5905 0.632 0.000 0.648 NA
#> SRR1782999 2 0.2537 0.754 0.080 0.920 NA
#> SRR1782997 2 0.0237 0.750 0.000 0.996 NA
#> SRR1783000 2 0.0424 0.750 0.000 0.992 NA
#> SRR1783001 2 0.3412 0.748 0.124 0.876 NA
#> SRR1783002 1 0.3973 0.831 0.880 0.088 NA
#> SRR1783003 2 0.7890 0.529 0.060 0.544 NA
#> SRR1783004 2 0.5882 0.614 0.000 0.652 NA
#> SRR1783005 2 0.3038 0.752 0.104 0.896 NA
#> SRR1783006 1 0.1453 0.893 0.968 0.008 NA
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.3074 0.7999 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782689 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782692 2 0.0188 0.9074 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782694 2 0.4431 0.6257 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0524 0.9036 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782697 2 0.4250 0.6719 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0336 0.9461 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782699 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782701 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782702 2 0.0188 0.9074 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.4356 0.6464 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782711 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782707 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782706 2 0.4621 0.6430 0.284 0.708 0.008 0.000
#> SRR1782708 1 0.2402 0.8833 0.912 0.076 0.012 0.000
#> SRR1782712 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 4 0.0188 0.9630 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0336 0.9461 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782735 3 0.3610 0.7483 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.2345 0.8449 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.4522 0.5711 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.1792 0.8684 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0188 0.9074 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.2345 0.8449 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782747 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782750 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0592 0.9365 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782746 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782753 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.1059 0.9389 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 3 0.4713 0.4337 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.3142 0.8095 0.132 0.008 0.860 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.4661 0.5382 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782776 4 0.4516 0.6266 0.252 0.000 0.012 0.736
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.3764 0.7623 0.816 0.172 0.012 0.000
#> SRR1782781 1 0.3978 0.7539 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR1782779 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782782 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.3311 0.7762 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782788 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782790 1 0.0469 0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782789 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0804 0.9441 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1782792 4 0.3432 0.8133 0.120 0.008 0.012 0.860
#> SRR1782793 4 0.5217 0.3569 0.380 0.000 0.012 0.608
#> SRR1782794 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 3 0.3610 0.7483 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782800 1 0.0336 0.9461 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782801 2 0.0592 0.8994 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782807 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.4122 0.7152 0.236 0.760 0.004 0.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782824 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782825 2 0.4304 0.6595 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782826 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782830 1 0.3161 0.8399 0.864 0.000 0.012 0.124
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782831 4 0.3375 0.8183 0.116 0.008 0.012 0.864
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 1 0.1471 0.9307 0.960 0.024 0.012 0.004
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 1 0.5516 0.1609 0.556 0.428 0.012 0.004
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.3610 0.7332 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782841 1 0.4844 0.5645 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1782843 2 0.5861 0.0932 0.476 0.492 0.032 0.000
#> SRR1782845 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.2760 0.8025 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1782847 1 0.3074 0.8008 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782850 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.3764 0.7402 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.2345 0.8454 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1782857 1 0.7099 0.4753 0.596 0.140 0.012 0.252
#> SRR1782858 3 0.4817 0.4197 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1782859 2 0.3156 0.8321 0.068 0.884 0.048 0.000
#> SRR1782860 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782861 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782862 1 0.4837 0.4313 0.648 0.004 0.348 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0336 0.9461 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782865 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782867 1 0.4098 0.7498 0.784 0.000 0.012 0.204
#> SRR1782868 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782872 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0469 0.9014 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782870 3 0.4972 0.2258 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1782871 1 0.5057 0.4860 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 4 0.3610 0.7080 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1782879 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782881 3 0.0188 0.9080 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.4999 0.0968 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.3937 0.7269 0.012 0.188 0.800 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0188 0.9074 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782901 1 0.0188 0.9454 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.1389 0.9201 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.3668 0.7592 0.188 0.004 0.808 0.000
#> SRR1782909 2 0.4477 0.6114 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0336 0.9461 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782913 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782915 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782917 3 0.5151 0.1591 0.004 0.464 0.532 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0707 0.8983 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.3356 0.7443 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0592 0.8994 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.5106 0.6847 0.240 0.720 0.040 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3569 0.7552 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1782940 1 0.0188 0.9454 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.1174 0.8943 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR1782945 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782952 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.4212 0.7288 0.216 0.772 0.012 0.000
#> SRR1782951 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782954 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.1302 0.8845 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.1022 0.9251 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782965 1 0.3123 0.7953 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1782966 2 0.4193 0.5852 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0188 0.9080 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782971 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782975 1 0.0657 0.9452 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782979 1 0.3610 0.7499 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782980 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782981 2 0.2654 0.8369 0.108 0.888 0.000 0.004
#> SRR1782982 2 0.0188 0.9067 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782985 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0376 0.9066 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1782990 2 0.0188 0.9067 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782991 3 0.3610 0.7483 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9677 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.3933 0.7526 0.792 0.000 0.008 0.200
#> SRR1782995 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782994 1 0.4477 0.5144 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1782996 3 0.3172 0.7872 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9445 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.3105 0.8345 0.868 0.120 0.012 0.000
#> SRR1783000 2 0.5057 0.5256 0.340 0.648 0.012 0.000
#> SRR1783001 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1783002 1 0.4781 0.7301 0.780 0.176 0.012 0.032
#> SRR1783003 3 0.1637 0.8615 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.0657 0.9450 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1783006 4 0.3377 0.7906 0.140 0.000 0.012 0.848
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782686 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.3074 0.72609 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1782688 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782691 5 0.0162 0.88607 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782689 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.2707 0.84652 0.132 0.860 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0609 0.86260 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782699 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782701 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.2127 0.86310 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1782709 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.2852 0.80220 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.4021 0.73868 0.808 0.108 0.000 0.076 0.008
#> SRR1782712 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782714 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0162 0.88124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.0404 0.85846 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782728 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.2020 0.82432 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1782729 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.4680 0.72756 0.128 0.000 0.740 0.000 0.132
#> SRR1782731 1 0.0609 0.86260 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782734 2 0.1121 0.93202 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782737 3 0.5376 0.72048 0.196 0.096 0.692 0.000 0.016
#> SRR1782738 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782740 5 0.1544 0.84473 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1782741 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.3177 0.75544 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0404 0.95753 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782747 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782750 1 0.5293 0.15690 0.568 0.012 0.388 0.000 0.032
#> SRR1782749 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0510 0.95633 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3971 0.77174 0.800 0.000 0.000 0.100 0.100
#> SRR1782746 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0963 0.87016 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782748 2 0.0404 0.95759 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0880 0.94639 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.2966 0.73577 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1782761 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782762 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0510 0.95633 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2761 0.86851 0.024 0.872 0.104 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0912 0.87448 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0992 0.95044 0.024 0.968 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0693 0.87658 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.4665 0.76183 0.148 0.112 0.740 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.6248 0.32520 0.176 0.000 0.300 0.000 0.524
#> SRR1782776 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.2536 0.75179 0.868 0.128 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782781 4 0.4509 0.77671 0.052 0.088 0.036 0.808 0.016
#> SRR1782779 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782782 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782783 5 0.5854 -0.02644 0.436 0.000 0.000 0.096 0.468
#> SRR1782785 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782786 4 0.2127 0.86310 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1782787 3 0.4978 0.77284 0.136 0.036 0.752 0.000 0.076
#> SRR1782788 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.2408 0.81820 0.892 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR1782789 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782791 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782792 4 0.1331 0.90776 0.008 0.040 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782793 4 0.3932 0.54652 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1782794 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.4471 0.78534 0.132 0.088 0.772 0.000 0.008
#> SRR1782800 1 0.0609 0.86260 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782801 2 0.1106 0.94821 0.024 0.964 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.1522 0.86400 0.044 0.012 0.944 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 4 0.2074 0.86689 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1782809 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0510 0.95340 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.5434 0.22363 0.452 0.004 0.496 0.000 0.048
#> SRR1782818 1 0.0510 0.85906 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782819 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 5 0.4446 0.06138 0.476 0.000 0.000 0.004 0.520
#> SRR1782825 2 0.0510 0.95340 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782822 4 0.4840 0.57889 0.248 0.000 0.000 0.688 0.064
#> SRR1782821 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782823 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.2074 0.81039 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782830 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.0794 0.95223 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.4383 0.26008 0.004 0.000 0.000 0.572 0.424
#> SRR1782831 4 0.0771 0.93083 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.4930 0.67892 0.048 0.204 0.000 0.724 0.024
#> SRR1782836 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.2625 0.86497 0.016 0.876 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.4577 0.76800 0.144 0.108 0.748 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.4060 0.35873 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1782843 2 0.6211 0.31184 0.192 0.544 0.264 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.4665 0.76183 0.148 0.112 0.740 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.5699 0.53519 0.156 0.000 0.220 0.000 0.624
#> SRR1782848 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.5954 0.49897 0.192 0.000 0.216 0.000 0.592
#> SRR1782850 3 0.5117 0.71660 0.204 0.096 0.696 0.000 0.004
#> SRR1782851 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782852 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.2516 0.77673 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1782856 1 0.3837 0.55137 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1782854 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.4748 0.36973 0.016 0.596 0.000 0.384 0.004
#> SRR1782858 3 0.5109 0.68826 0.172 0.000 0.696 0.000 0.132
#> SRR1782859 3 0.6510 0.30631 0.196 0.360 0.444 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.0880 0.85877 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782861 5 0.4088 0.40211 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1782862 3 0.4803 0.77951 0.040 0.096 0.772 0.092 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782865 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 4 0.2358 0.85212 0.008 0.000 0.000 0.888 0.104
#> SRR1782868 1 0.7189 0.00911 0.436 0.088 0.088 0.000 0.388
#> SRR1782872 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782875 2 0.0798 0.95342 0.016 0.976 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4588 0.74680 0.136 0.000 0.748 0.000 0.116
#> SRR1782871 5 0.0162 0.88529 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782877 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782873 2 0.0290 0.95863 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 4 0.4114 0.44692 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1782879 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.0794 0.86208 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782883 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0865 0.87136 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782882 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.1341 0.85495 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1782885 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782887 3 0.4743 0.75530 0.156 0.112 0.732 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782889 2 0.1270 0.93105 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.2773 0.75959 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1782890 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782891 2 0.0510 0.95633 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0794 0.95247 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782897 1 0.4304 0.02265 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1782896 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.3109 0.72594 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1782899 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.4297 0.06947 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1782903 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4869 0.75347 0.172 0.088 0.732 0.000 0.008
#> SRR1782904 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782906 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782908 3 0.4454 0.77615 0.128 0.112 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.3143 0.76329 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782910 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.4458 0.70789 0.120 0.000 0.120 0.000 0.760
#> SRR1782913 3 0.6465 0.14720 0.184 0.000 0.440 0.000 0.376
#> SRR1782915 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 5 0.3274 0.70190 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1782916 1 0.3165 0.78120 0.848 0.000 0.000 0.116 0.036
#> SRR1782918 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.2732 0.76395 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1782917 3 0.6031 0.39495 0.128 0.352 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.3534 0.68216 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.4107 0.79977 0.120 0.072 0.800 0.000 0.008
#> SRR1782926 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0162 0.88104 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1012 0.94995 0.020 0.968 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1721 0.93661 0.016 0.944 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782934 2 0.0290 0.95863 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0162 0.95932 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.3242 0.68149 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1782937 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3391 0.75105 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR1782940 1 0.0510 0.85906 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782941 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782942 3 0.4541 0.77092 0.136 0.112 0.752 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 1 0.0609 0.86260 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782947 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.1197 0.93820 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.0794 0.87399 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1782950 2 0.0794 0.95247 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0880 0.94962 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0404 0.88201 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782961 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.4364 0.75000 0.768 0.000 0.000 0.112 0.120
#> SRR1782965 5 0.5938 0.18559 0.112 0.000 0.376 0.000 0.512
#> SRR1782966 2 0.1661 0.93009 0.024 0.940 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.3967 0.80158 0.108 0.092 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0703 0.86391 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782970 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0162 0.88607 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782975 1 0.6707 0.03960 0.388 0.000 0.000 0.244 0.368
#> SRR1782976 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.3391 0.75105 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR1782980 5 0.2690 0.76790 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1782981 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0798 0.95342 0.016 0.976 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.0609 0.86260 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782983 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.95973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.88757 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.4364 0.78122 0.120 0.112 0.768 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0898 0.95205 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4800 0.43621 0.028 0.000 0.604 0.000 0.368
#> SRR1782989 4 0.0000 0.95202 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0794 0.86208 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782993 1 0.3109 0.74526 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782995 5 0.1544 0.84588 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1782994 3 0.5446 0.64141 0.176 0.000 0.660 0.000 0.164
#> SRR1782996 3 0.4627 0.77868 0.132 0.100 0.760 0.000 0.008
#> SRR1782998 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0609 0.86102 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782997 1 0.4637 0.09534 0.536 0.452 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783000 2 0.3039 0.77794 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.4150 0.35845 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1783002 4 0.3742 0.73425 0.020 0.188 0.000 0.788 0.004
#> SRR1783003 3 0.0000 0.88232 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0510 0.95633 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.1952 0.79123 0.912 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783006 4 0.0162 0.94853 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0692 0.88904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1782687 1 0.0790 0.86815 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782688 2 0.0790 0.90862 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782690 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.0806 0.88912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782689 5 0.0692 0.88904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1782692 2 0.0713 0.90895 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782693 5 0.0291 0.89037 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782694 2 0.0790 0.90862 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782696 2 0.3607 0.64558 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782697 2 0.1285 0.90686 0.004 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782695 3 0.0405 0.76041 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782700 1 0.0713 0.86844 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782699 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782701 5 0.0405 0.89046 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1782702 2 0.0713 0.90895 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782704 2 0.0790 0.90862 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782703 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.1257 0.93692 0.000 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782709 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782711 5 0.0692 0.88904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1782707 5 0.0622 0.89046 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1782706 2 0.4603 0.66517 0.068 0.644 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1782708 1 0.3774 0.77443 0.808 0.096 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR1782712 4 0.0632 0.94739 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782713 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.0603 0.94958 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782716 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 6 0.3937 0.17233 0.000 0.004 0.424 0.000 0.000 0.572
#> SRR1782717 3 0.3468 0.59189 0.000 0.004 0.712 0.000 0.000 0.284
#> SRR1782718 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782719 3 0.3995 -0.00728 0.000 0.004 0.516 0.000 0.000 0.480
#> SRR1782720 4 0.0146 0.95326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782721 4 0.1168 0.94079 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1782726 3 0.3619 0.56248 0.000 0.004 0.680 0.000 0.000 0.316
#> SRR1782722 6 0.3489 0.58144 0.000 0.004 0.288 0.000 0.000 0.708
#> SRR1782723 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0146 0.90757 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782725 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782724 1 0.1204 0.85448 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782728 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.2263 0.84372 0.100 0.000 0.000 0.000 0.884 0.016
#> SRR1782729 3 0.0935 0.75835 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782733 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.5803 0.35801 0.020 0.004 0.560 0.000 0.120 0.296
#> SRR1782731 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.3020 0.85405 0.076 0.844 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782736 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 6 0.3459 0.72182 0.032 0.004 0.172 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782738 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782739 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782740 5 0.0820 0.88946 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1782741 4 0.0146 0.95314 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.1686 0.90085 0.012 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782743 2 0.4354 0.74663 0.144 0.724 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782744 2 0.1327 0.90381 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782745 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782750 6 0.5248 0.07393 0.428 0.000 0.072 0.000 0.008 0.492
#> SRR1782749 2 0.0865 0.90651 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782751 2 0.1141 0.90757 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782752 1 0.3869 0.74682 0.768 0.000 0.000 0.060 0.168 0.004
#> SRR1782746 5 0.0547 0.88816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782753 5 0.0993 0.88829 0.012 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024
#> SRR1782748 2 0.0790 0.90723 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782754 5 0.1564 0.87186 0.000 0.000 0.000 0.040 0.936 0.024
#> SRR1782755 2 0.0547 0.90957 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782756 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.2730 0.85818 0.012 0.836 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1782758 5 0.2214 0.85181 0.096 0.000 0.000 0.000 0.888 0.016
#> SRR1782761 4 0.0146 0.95326 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0603 0.94883 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782760 4 0.0458 0.95003 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782764 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.1267 0.90558 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1782765 3 0.3944 0.38701 0.000 0.004 0.568 0.000 0.000 0.428
#> SRR1782766 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 6 0.3684 0.55901 0.000 0.004 0.332 0.000 0.000 0.664
#> SRR1782769 2 0.0713 0.90787 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782768 6 0.3758 0.44632 0.000 0.284 0.016 0.000 0.000 0.700
#> SRR1782770 6 0.3043 0.70089 0.000 0.008 0.200 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782774 2 0.2697 0.82582 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1782771 6 0.2964 0.69813 0.000 0.004 0.204 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782772 6 0.2656 0.72963 0.012 0.008 0.120 0.000 0.000 0.860
#> SRR1782773 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0790 0.90862 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782777 5 0.2989 0.84208 0.028 0.000 0.072 0.000 0.864 0.036
#> SRR1782776 4 0.1082 0.94211 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1782778 2 0.0260 0.90839 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782780 1 0.3470 0.70804 0.772 0.028 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782781 4 0.3175 0.70050 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1782779 4 0.0951 0.94633 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008 0.020
#> SRR1782782 5 0.0547 0.88816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782784 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.4674 0.48656 0.608 0.000 0.000 0.060 0.332 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.1257 0.93692 0.000 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782787 6 0.3516 0.71000 0.016 0.004 0.220 0.000 0.000 0.760
#> SRR1782788 5 0.0508 0.88987 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1782790 1 0.1856 0.85549 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032 0.000
#> SRR1782789 4 0.0777 0.94586 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782791 5 0.2558 0.82162 0.000 0.000 0.000 0.104 0.868 0.028
#> SRR1782792 4 0.1549 0.92759 0.000 0.020 0.000 0.936 0.000 0.044
#> SRR1782793 4 0.3487 0.71134 0.000 0.000 0.000 0.756 0.224 0.020
#> SRR1782794 5 0.0937 0.88566 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782795 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 6 0.3485 0.71789 0.020 0.004 0.204 0.000 0.000 0.772
#> SRR1782800 1 0.0547 0.87452 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782801 2 0.3620 0.61563 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1782802 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 6 0.3489 0.58144 0.000 0.004 0.288 0.000 0.000 0.708
#> SRR1782804 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 6 0.3404 0.65184 0.004 0.004 0.248 0.000 0.000 0.744
#> SRR1782806 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.1082 0.94024 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR1782807 4 0.1257 0.93692 0.000 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782809 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0777 0.94586 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782813 2 0.1814 0.89613 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782814 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 6 0.4893 0.46110 0.212 0.000 0.092 0.000 0.016 0.680
#> SRR1782818 1 0.1863 0.82860 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782819 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782817 5 0.0291 0.89029 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782824 1 0.3737 0.71733 0.772 0.000 0.000 0.016 0.188 0.024
#> SRR1782825 2 0.1806 0.89503 0.004 0.908 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782820 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.5014 0.49976 0.284 0.000 0.000 0.624 0.008 0.084
#> SRR1782821 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 5 0.0692 0.88904 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1782826 5 0.2798 0.82916 0.112 0.000 0.000 0.000 0.852 0.036
#> SRR1782830 5 0.1232 0.88326 0.004 0.000 0.000 0.016 0.956 0.024
#> SRR1782828 2 0.2219 0.87413 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782829 5 0.4850 0.16873 0.020 0.000 0.000 0.432 0.524 0.024
#> SRR1782831 4 0.1367 0.93405 0.000 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR1782834 4 0.0146 0.95314 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.5358 0.62834 0.036 0.140 0.000 0.664 0.000 0.160
#> SRR1782836 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.1349 0.75484 0.000 0.004 0.940 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782840 2 0.2572 0.87471 0.000 0.852 0.000 0.012 0.000 0.136
#> SRR1782833 4 0.0146 0.95314 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782842 6 0.2548 0.69557 0.016 0.004 0.100 0.000 0.004 0.876
#> SRR1782841 5 0.2723 0.80813 0.004 0.000 0.000 0.120 0.856 0.020
#> SRR1782843 6 0.3517 0.60860 0.048 0.104 0.024 0.000 0.000 0.824
#> SRR1782845 5 0.0806 0.88912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782844 3 0.3782 0.52592 0.000 0.004 0.636 0.000 0.000 0.360
#> SRR1782846 6 0.2742 0.73071 0.012 0.008 0.128 0.000 0.000 0.852
#> SRR1782847 5 0.2950 0.83929 0.028 0.000 0.080 0.000 0.864 0.028
#> SRR1782848 3 0.3360 0.63908 0.000 0.004 0.732 0.000 0.000 0.264
#> SRR1782849 5 0.4756 0.74854 0.144 0.000 0.064 0.000 0.732 0.060
#> SRR1782850 6 0.2951 0.71037 0.020 0.004 0.128 0.000 0.004 0.844
#> SRR1782851 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.0603 0.94958 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782853 2 0.0790 0.90862 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782855 1 0.3156 0.71454 0.800 0.000 0.000 0.000 0.180 0.020
#> SRR1782856 1 0.2854 0.72685 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1782854 2 0.1082 0.90797 0.004 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782857 2 0.5613 0.24317 0.000 0.468 0.000 0.384 0.000 0.148
#> SRR1782858 5 0.6043 0.32177 0.028 0.000 0.300 0.000 0.524 0.148
#> SRR1782859 6 0.4039 0.59044 0.064 0.116 0.032 0.000 0.000 0.788
#> SRR1782860 1 0.1387 0.84946 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782861 5 0.4264 0.61525 0.284 0.000 0.004 0.000 0.676 0.036
#> SRR1782862 6 0.3194 0.72621 0.020 0.004 0.168 0.000 0.000 0.808
#> SRR1782863 3 0.1411 0.74554 0.000 0.004 0.936 0.000 0.000 0.060
#> SRR1782864 3 0.3944 0.37342 0.000 0.004 0.568 0.000 0.000 0.428
#> SRR1782866 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0603 0.88954 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782867 4 0.3405 0.83138 0.060 0.000 0.000 0.836 0.080 0.024
#> SRR1782868 5 0.6231 0.14676 0.176 0.000 0.020 0.000 0.412 0.392
#> SRR1782872 5 0.1010 0.88701 0.000 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1782874 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.3371 0.71089 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1782870 6 0.3299 0.72201 0.020 0.004 0.164 0.000 0.004 0.808
#> SRR1782871 5 0.2790 0.79933 0.000 0.000 0.000 0.132 0.844 0.024
#> SRR1782877 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0790 0.90723 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782878 4 0.3916 0.57632 0.000 0.000 0.000 0.680 0.300 0.020
#> SRR1782879 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0622 0.89046 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1782881 3 0.3684 0.53152 0.000 0.004 0.664 0.000 0.000 0.332
#> SRR1782882 2 0.1141 0.90873 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782884 5 0.3809 0.79545 0.000 0.004 0.088 0.084 0.808 0.016
#> SRR1782885 6 0.3489 0.58144 0.000 0.004 0.288 0.000 0.000 0.708
#> SRR1782886 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 6 0.2611 0.72835 0.012 0.008 0.116 0.000 0.000 0.864
#> SRR1782888 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.3112 0.85132 0.068 0.836 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782892 5 0.2277 0.86866 0.028 0.000 0.032 0.000 0.908 0.032
#> SRR1782890 1 0.0260 0.87710 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782891 2 0.1863 0.88827 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782893 2 0.2454 0.85673 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1782894 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.4337 -0.04963 0.500 0.000 0.000 0.000 0.480 0.020
#> SRR1782896 2 0.1007 0.90622 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782895 2 0.0547 0.90914 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782898 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0508 0.88987 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1782901 5 0.3122 0.77257 0.176 0.000 0.000 0.000 0.804 0.020
#> SRR1782899 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.4399 0.01351 0.516 0.000 0.000 0.000 0.460 0.024
#> SRR1782903 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 6 0.3227 0.72115 0.020 0.004 0.156 0.000 0.004 0.816
#> SRR1782904 3 0.3742 0.53704 0.000 0.004 0.648 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782907 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 6 0.3212 0.72677 0.016 0.004 0.180 0.000 0.000 0.800
#> SRR1782909 2 0.3787 0.79948 0.120 0.780 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782911 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.3937 0.39901 0.000 0.004 0.572 0.000 0.000 0.424
#> SRR1782912 5 0.3799 0.79192 0.024 0.000 0.052 0.000 0.800 0.124
#> SRR1782913 5 0.5124 0.65847 0.044 0.000 0.072 0.000 0.676 0.208
#> SRR1782915 5 0.0806 0.88912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782914 5 0.3578 0.51061 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1782916 1 0.2088 0.84976 0.904 0.000 0.000 0.028 0.000 0.068
#> SRR1782918 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.3961 0.35246 0.000 0.004 0.556 0.000 0.000 0.440
#> SRR1782920 5 0.2480 0.84442 0.104 0.000 0.000 0.000 0.872 0.024
#> SRR1782917 6 0.3075 0.63358 0.008 0.108 0.040 0.000 0.000 0.844
#> SRR1782922 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782921 2 0.4148 0.76137 0.148 0.744 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782923 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0363 0.90884 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782924 6 0.3705 0.68618 0.020 0.004 0.236 0.000 0.000 0.740
#> SRR1782926 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 6 0.3265 0.65146 0.000 0.004 0.248 0.000 0.000 0.748
#> SRR1782928 2 0.0363 0.90866 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782932 2 0.3841 0.55639 0.000 0.616 0.004 0.000 0.000 0.380
#> SRR1782933 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782930 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 6 0.4245 0.33756 0.000 0.328 0.024 0.004 0.000 0.644
#> SRR1782934 2 0.0790 0.90723 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782935 2 0.0458 0.90878 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782936 1 0.2941 0.67397 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2838 0.76684 0.808 0.000 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR1782940 1 0.2135 0.81460 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782941 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 6 0.2784 0.73104 0.012 0.008 0.132 0.000 0.000 0.848
#> SRR1782945 5 0.0405 0.89059 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782944 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0603 0.88954 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782948 2 0.2980 0.84034 0.012 0.808 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782949 5 0.0508 0.88987 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1782952 5 0.1167 0.88776 0.012 0.000 0.008 0.000 0.960 0.020
#> SRR1782950 2 0.3050 0.78574 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1782953 2 0.2520 0.86991 0.004 0.844 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1782951 5 0.0508 0.88987 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1782954 4 0.0508 0.95105 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1782955 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0790 0.90862 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782957 6 0.3728 0.44675 0.000 0.004 0.344 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782946 5 0.1092 0.88263 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR1782959 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0806 0.88912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782961 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.1908 0.73968 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782963 1 0.3435 0.78301 0.804 0.000 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR1782965 5 0.3276 0.81940 0.028 0.000 0.100 0.000 0.840 0.032
#> SRR1782966 6 0.3852 0.18486 0.000 0.384 0.004 0.000 0.000 0.612
#> SRR1782968 3 0.3830 0.50393 0.000 0.004 0.620 0.000 0.000 0.376
#> SRR1782967 6 0.3178 0.72023 0.016 0.004 0.176 0.000 0.000 0.804
#> SRR1782969 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0777 0.94586 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782971 4 0.0291 0.95304 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782972 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.1148 0.88581 0.004 0.000 0.016 0.000 0.960 0.020
#> SRR1782975 1 0.4620 0.69479 0.728 0.000 0.000 0.088 0.160 0.024
#> SRR1782976 2 0.0146 0.90813 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782977 5 0.0520 0.89023 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1782979 1 0.2838 0.76684 0.808 0.000 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR1782980 5 0.1498 0.88067 0.028 0.000 0.000 0.000 0.940 0.032
#> SRR1782981 2 0.0865 0.90844 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782982 2 0.3023 0.78848 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782985 1 0.0632 0.87034 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782983 6 0.3862 0.30885 0.000 0.004 0.388 0.000 0.000 0.608
#> SRR1782987 2 0.0000 0.90697 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0405 0.89060 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1782986 3 0.1411 0.75040 0.000 0.004 0.936 0.000 0.000 0.060
#> SRR1782988 6 0.3073 0.72654 0.016 0.004 0.164 0.000 0.000 0.816
#> SRR1782990 2 0.2631 0.83614 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782991 5 0.4296 0.60756 0.004 0.004 0.288 0.008 0.680 0.016
#> SRR1782989 4 0.0000 0.95342 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.87891 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.2793 0.75745 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782995 5 0.0993 0.88829 0.012 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024
#> SRR1782994 5 0.4534 0.72336 0.028 0.000 0.132 0.000 0.744 0.096
#> SRR1782996 6 0.3516 0.71174 0.016 0.004 0.220 0.000 0.000 0.760
#> SRR1782998 3 0.0146 0.76045 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0458 0.87534 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782997 1 0.5850 0.06021 0.452 0.348 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1783000 2 0.5300 0.37319 0.104 0.496 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1783001 5 0.4423 0.32900 0.420 0.000 0.000 0.000 0.552 0.028
#> SRR1783002 4 0.4858 0.61130 0.000 0.180 0.000 0.664 0.000 0.156
#> SRR1783003 3 0.2805 0.68996 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000 0.184
#> SRR1783004 2 0.1387 0.89875 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1783005 1 0.2361 0.82088 0.884 0.028 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1783006 4 0.1349 0.93163 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.879 0.938 0.972 0.4982 0.500 0.500
#> 3 3 0.632 0.642 0.799 0.2728 0.821 0.659
#> 4 4 0.924 0.913 0.958 0.1473 0.821 0.562
#> 5 5 0.844 0.820 0.915 0.0535 0.931 0.754
#> 6 6 0.796 0.710 0.859 0.0404 0.936 0.732
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782700 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782699 2 0.9833 0.280 0.424 0.576
#> SRR1782701 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7219 0.747 0.200 0.800
#> SRR1782711 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782717 1 0.0938 0.952 0.988 0.012
#> SRR1782718 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.1843 0.940 0.972 0.028
#> SRR1782726 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782722 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782728 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.9775 0.363 0.588 0.412
#> SRR1782733 2 0.0672 0.973 0.008 0.992
#> SRR1782732 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.7299 0.768 0.796 0.204
#> SRR1782734 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.9754 0.264 0.408 0.592
#> SRR1782739 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782740 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782747 2 0.8608 0.614 0.284 0.716
#> SRR1782750 1 0.0376 0.957 0.996 0.004
#> SRR1782749 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.6623 0.810 0.828 0.172
#> SRR1782763 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782765 2 0.2948 0.931 0.052 0.948
#> SRR1782766 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.6973 0.791 0.812 0.188
#> SRR1782800 1 0.5294 0.863 0.880 0.120
#> SRR1782801 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782805 2 0.7376 0.724 0.208 0.792
#> SRR1782806 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.3584 0.916 0.068 0.932
#> SRR1782819 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.5408 0.859 0.876 0.124
#> SRR1782838 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782839 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782840 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.8763 0.627 0.704 0.296
#> SRR1782841 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782846 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.7299 0.772 0.796 0.204
#> SRR1782849 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782852 2 0.2236 0.947 0.036 0.964
#> SRR1782853 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782866 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.2236 0.933 0.964 0.036
#> SRR1782868 1 0.5519 0.855 0.872 0.128
#> SRR1782872 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.1414 0.963 0.020 0.980
#> SRR1782875 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.6712 0.805 0.824 0.176
#> SRR1782880 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782882 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782886 2 0.6343 0.808 0.160 0.840
#> SRR1782887 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.3431 0.912 0.936 0.064
#> SRR1782904 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1782907 2 0.3879 0.909 0.076 0.924
#> SRR1782906 1 0.6973 0.784 0.812 0.188
#> SRR1782908 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1782909 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782910 2 0.0672 0.973 0.008 0.992
#> SRR1782912 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.0672 0.973 0.008 0.992
#> SRR1782920 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782922 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.8267 0.689 0.740 0.260
#> SRR1782926 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.9833 0.211 0.424 0.576
#> SRR1782930 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9686 0.341 0.604 0.396
#> SRR1782940 2 0.1184 0.966 0.016 0.984
#> SRR1782941 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.0938 0.970 0.012 0.988
#> SRR1782947 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1782955 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.7528 0.726 0.216 0.784
#> SRR1782964 2 0.7674 0.696 0.224 0.776
#> SRR1782963 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.9491 0.475 0.632 0.368
#> SRR1782967 2 0.0672 0.973 0.008 0.992
#> SRR1782969 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.7883 0.727 0.764 0.236
#> SRR1782988 2 0.1843 0.955 0.028 0.972
#> SRR1782990 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.4298 0.892 0.088 0.912
#> SRR1782995 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.4161 0.895 0.916 0.084
#> SRR1782998 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.7219 0.777 0.800 0.200
#> SRR1783004 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.6669 0.23813 0.468 0.524 0.008
#> SRR1782686 1 0.0237 0.74911 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782687 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782688 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782691 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782689 1 0.0237 0.74911 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782692 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0892 0.74952 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782694 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782700 2 0.0475 0.82218 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782699 2 0.6505 0.24217 0.468 0.528 0.004
#> SRR1782701 1 0.1163 0.74867 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782702 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782705 1 0.0237 0.74741 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782709 2 0.6608 0.27689 0.432 0.560 0.008
#> SRR1782711 1 0.0237 0.74741 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782707 1 0.1411 0.74738 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782706 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782713 3 0.6291 0.62917 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782710 1 0.0237 0.74912 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782714 3 0.6291 0.19382 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782716 3 0.6291 0.62917 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782715 2 0.6282 0.35670 0.004 0.612 0.384
#> SRR1782717 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782718 3 0.4178 0.51587 0.000 0.172 0.828
#> SRR1782719 2 0.6476 0.26862 0.004 0.548 0.448
#> SRR1782720 3 0.6295 0.62807 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782721 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782726 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782722 2 0.5588 0.50263 0.004 0.720 0.276
#> SRR1782723 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782727 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.6111 0.60429 0.000 0.396 0.604
#> SRR1782724 2 0.1753 0.78139 0.048 0.952 0.000
#> SRR1782728 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782730 1 0.0237 0.74741 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782729 3 0.9497 -0.33913 0.332 0.200 0.468
#> SRR1782733 2 0.5365 0.50295 0.252 0.744 0.004
#> SRR1782732 3 0.6295 0.62750 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782735 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782731 2 0.6509 0.23695 0.472 0.524 0.004
#> SRR1782734 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782737 1 0.9129 0.46291 0.532 0.180 0.288
#> SRR1782738 3 0.1647 0.38276 0.004 0.036 0.960
#> SRR1782739 3 0.0237 0.33513 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782740 1 0.1031 0.74911 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782741 3 0.7699 0.61800 0.048 0.420 0.532
#> SRR1782742 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4834 0.56680 0.204 0.792 0.004
#> SRR1782747 2 0.6664 0.24243 0.464 0.528 0.008
#> SRR1782750 2 0.5988 0.32807 0.368 0.632 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0424 0.74948 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782746 1 0.0747 0.74972 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782753 1 0.0892 0.74944 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782748 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782755 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782757 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 3 0.6291 0.62917 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782759 1 0.0475 0.74518 0.992 0.004 0.004
#> SRR1782762 3 0.6302 0.62048 0.000 0.480 0.520
#> SRR1782760 3 0.6295 0.62807 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782764 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782763 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 2 0.6410 0.30701 0.004 0.576 0.420
#> SRR1782766 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.1964 0.77757 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782769 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0237 0.82553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782774 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.1031 0.80831 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782772 2 0.3784 0.68931 0.004 0.864 0.132
#> SRR1782773 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782776 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782778 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 3 0.6305 0.61378 0.000 0.484 0.516
#> SRR1782779 3 0.6291 0.19382 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782782 1 0.0237 0.74911 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782784 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782785 1 0.2860 0.66581 0.912 0.084 0.004
#> SRR1782786 1 0.4062 0.57859 0.836 0.000 0.164
#> SRR1782787 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782788 1 0.0237 0.74911 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782790 1 0.6404 0.23927 0.644 0.344 0.012
#> SRR1782789 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782791 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782792 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782793 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782794 1 0.1289 0.74806 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782795 3 0.6291 0.19382 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782796 3 0.7152 0.62606 0.024 0.444 0.532
#> SRR1782798 3 0.6291 0.62917 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782797 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782799 1 0.8120 0.56256 0.532 0.072 0.396
#> SRR1782800 1 0.3412 0.65034 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.3816 0.67435 0.000 0.852 0.148
#> SRR1782804 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782805 2 0.6057 0.41644 0.004 0.656 0.340
#> SRR1782806 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782808 3 0.6302 0.62048 0.000 0.480 0.520
#> SRR1782807 1 0.5678 0.31144 0.684 0.000 0.316
#> SRR1782809 3 0.0592 0.33790 0.012 0.000 0.988
#> SRR1782810 3 0.6291 0.62917 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782812 3 0.6302 0.62048 0.000 0.480 0.520
#> SRR1782813 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.4796 0.53200 0.000 0.220 0.780
#> SRR1782815 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782816 1 0.6761 0.46497 0.700 0.252 0.048
#> SRR1782818 2 0.6192 0.29984 0.420 0.580 0.000
#> SRR1782819 3 0.6291 0.19382 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782817 1 0.0592 0.74963 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782824 1 0.0592 0.74389 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782825 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782822 3 0.7619 0.61905 0.044 0.424 0.532
#> SRR1782821 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782823 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782830 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782828 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.6252 -0.00536 0.556 0.000 0.444
#> SRR1782831 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782834 3 0.9217 0.52014 0.260 0.208 0.532
#> SRR1782832 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782835 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782837 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782836 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782838 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782839 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782840 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 3 0.6291 0.19382 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782842 2 0.4865 0.65469 0.032 0.832 0.136
#> SRR1782841 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782843 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782845 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782844 1 0.7841 0.55195 0.480 0.052 0.468
#> SRR1782846 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782848 3 0.8963 -0.45810 0.404 0.128 0.468
#> SRR1782849 1 0.1753 0.74441 0.952 0.000 0.048
#> SRR1782850 2 0.5591 0.26530 0.304 0.696 0.000
#> SRR1782851 1 0.0592 0.74389 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782852 3 0.9050 0.56456 0.164 0.304 0.532
#> SRR1782853 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0592 0.74963 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782856 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782854 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.1860 0.76055 0.000 0.948 0.052
#> SRR1782858 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782859 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.6200 0.41918 0.312 0.676 0.012
#> SRR1782861 1 0.0237 0.74912 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782862 2 0.1031 0.80830 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782863 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782864 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782866 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782865 1 0.0747 0.74968 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782867 3 0.6305 0.16096 0.484 0.000 0.516
#> SRR1782868 1 0.6500 0.04515 0.532 0.464 0.004
#> SRR1782872 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782874 2 0.6672 0.23310 0.472 0.520 0.008
#> SRR1782875 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782871 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782877 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782873 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782879 3 0.0237 0.33513 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782880 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782883 1 0.0237 0.74741 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782881 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782882 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782885 2 0.5325 0.53990 0.004 0.748 0.248
#> SRR1782886 2 0.6513 0.23277 0.476 0.520 0.004
#> SRR1782887 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782889 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.3482 0.72100 0.872 0.000 0.128
#> SRR1782890 1 0.0237 0.74732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782891 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782897 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0424 0.74945 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782901 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782899 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.8180 0.16742 0.532 0.392 0.076
#> SRR1782904 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782907 2 0.6500 0.24716 0.464 0.532 0.004
#> SRR1782906 1 0.6521 -0.21771 0.500 0.496 0.004
#> SRR1782908 2 0.3784 0.68935 0.004 0.864 0.132
#> SRR1782909 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0592 0.74389 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782910 2 0.6442 0.29071 0.004 0.564 0.432
#> SRR1782912 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782913 1 0.3267 0.72511 0.884 0.000 0.116
#> SRR1782915 1 0.6260 0.61670 0.552 0.000 0.448
#> SRR1782914 1 0.0237 0.74732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782916 2 0.1643 0.77779 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782918 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782919 2 0.6228 0.37323 0.004 0.624 0.372
#> SRR1782920 1 0.0592 0.74963 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782917 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782922 3 0.0424 0.33039 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782921 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.8543 0.53012 0.496 0.096 0.408
#> SRR1782926 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.2356 0.76079 0.000 0.928 0.072
#> SRR1782928 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.4700 0.53305 0.008 0.180 0.812
#> SRR1782930 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782931 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.6680 0.21653 0.484 0.508 0.008
#> SRR1782940 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782942 2 0.2590 0.75655 0.004 0.924 0.072
#> SRR1782945 1 0.0424 0.74957 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782944 2 0.6500 0.24716 0.464 0.532 0.004
#> SRR1782947 1 0.1031 0.74911 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782948 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0592 0.74972 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782952 1 0.6192 0.62564 0.580 0.000 0.420
#> SRR1782950 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.1031 0.74911 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782954 3 0.6291 0.19382 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782955 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782956 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 2 0.6033 0.42200 0.004 0.660 0.336
#> SRR1782946 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782959 3 0.6925 0.62777 0.016 0.452 0.532
#> SRR1782958 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.1289 0.74806 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782961 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 2 0.6460 0.27287 0.440 0.556 0.004
#> SRR1782964 3 0.9636 -0.18799 0.248 0.284 0.468
#> SRR1782963 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782965 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782966 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 2 0.7672 0.18247 0.044 0.488 0.468
#> SRR1782967 2 0.5443 0.52421 0.004 0.736 0.260
#> SRR1782969 1 0.0237 0.74732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782970 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782971 3 0.6291 0.62244 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782972 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782973 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782975 1 0.0747 0.74143 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782976 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0892 0.74944 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782979 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782980 1 0.1411 0.74727 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782981 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0237 0.82506 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782983 2 0.6148 0.39498 0.004 0.640 0.356
#> SRR1782987 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.74838 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.8210 -0.53753 0.460 0.072 0.468
#> SRR1782988 2 0.5553 0.50807 0.004 0.724 0.272
#> SRR1782990 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782989 3 0.6299 0.62624 0.000 0.476 0.524
#> SRR1782992 1 0.0424 0.74606 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782993 2 0.0983 0.81045 0.016 0.980 0.004
#> SRR1782995 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782994 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782996 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782998 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782999 1 0.6126 0.24841 0.644 0.352 0.004
#> SRR1782997 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0237 0.74912 0.996 0.000 0.004
#> SRR1783002 3 0.6305 0.61292 0.000 0.484 0.516
#> SRR1783003 1 0.6291 0.61029 0.532 0.000 0.468
#> SRR1783004 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.82877 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.1820 0.9324 0.944 0.020 0.000 0.036
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0188 0.9641 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.1792 0.8963 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.1576 0.9360 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1782701 1 0.0188 0.9641 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.5971 0.3481 0.368 0.584 0.000 0.048
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.3837 0.7135 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.1389 0.9593 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1782713 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.1211 0.9282 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1782716 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782715 3 0.3907 0.7381 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.1488 0.9602 0.000 0.032 0.012 0.956
#> SRR1782719 3 0.2345 0.8667 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1782720 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782721 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0336 0.9287 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782722 2 0.4477 0.5038 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782724 2 0.3942 0.6876 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.1302 0.9618 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0336 0.9287 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782733 2 0.4436 0.7525 0.148 0.800 0.000 0.052
#> SRR1782732 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.3024 0.8018 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.4643 0.5473 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1782738 4 0.1256 0.9603 0.000 0.028 0.008 0.964
#> SRR1782739 4 0.1297 0.9496 0.000 0.016 0.020 0.964
#> SRR1782740 1 0.0336 0.9620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782741 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4257 0.7671 0.140 0.812 0.000 0.048
#> SRR1782747 1 0.3570 0.8460 0.860 0.092 0.000 0.048
#> SRR1782750 2 0.1474 0.9103 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.1302 0.9408 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782746 1 0.0707 0.9539 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.0921 0.9112 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.1637 0.9476 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1782760 4 0.1211 0.9638 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.3074 0.8222 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.0817 0.9412 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.0188 0.9571 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782772 2 0.0188 0.9571 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3569 0.7766 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1782779 4 0.0469 0.9335 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0336 0.9287 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.1118 0.9456 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782789 4 0.1211 0.9638 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.1389 0.9593 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.3837 0.7191 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1782795 4 0.1211 0.9282 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1782796 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782798 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782797 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782799 3 0.2589 0.8537 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1782800 1 0.3074 0.7946 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.1637 0.9059 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.4382 0.6409 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.1474 0.9558 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1782807 1 0.0469 0.9600 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782809 4 0.1305 0.9346 0.000 0.004 0.036 0.960
#> SRR1782810 4 0.1022 0.9629 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1782812 4 0.1389 0.9593 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1782813 2 0.0336 0.9546 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782814 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782815 4 0.1302 0.9618 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782816 2 0.0921 0.9358 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.4955 0.2111 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.1211 0.9282 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.1398 0.9633 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0469 0.9591 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782831 4 0.1211 0.9638 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1782834 4 0.1284 0.9565 0.012 0.024 0.000 0.964
#> SRR1782832 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782835 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782837 4 0.1389 0.9593 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0336 0.9546 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782833 4 0.1211 0.9282 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1782842 2 0.0188 0.9571 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0188 0.9292 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782844 3 0.1211 0.9099 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1782846 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.2408 0.8755 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1782850 2 0.0188 0.9575 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.1284 0.9565 0.012 0.024 0.000 0.964
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 4 0.4981 0.1879 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.0188 0.9632 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.3870 0.7610 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0188 0.9303 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0592 0.9567 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782867 1 0.2011 0.9129 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782868 2 0.4685 0.7290 0.060 0.784 0.156 0.000
#> SRR1782872 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0188 0.9302 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782871 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.1389 0.9252 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.4866 0.4048 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.4948 0.2253 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3764 0.7551 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1782904 3 0.0336 0.9287 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 2 0.0921 0.9375 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.3123 0.8181 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.4961 0.2013 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1782915 3 0.1302 0.8993 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.3734 0.8087 0.044 0.848 0.000 0.108
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.3311 0.8020 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.4477 0.5691 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.2281 0.8698 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.0188 0.9571 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0188 0.9575 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1302 0.9408 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782940 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.0188 0.9571 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782945 1 0.0592 0.9567 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782944 1 0.0188 0.9636 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.1022 0.9449 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.2081 0.8638 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0336 0.9546 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782951 1 0.1474 0.9281 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782954 4 0.0188 0.9350 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782955 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.4382 0.6412 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.2011 0.9013 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 2 0.6077 0.0589 0.460 0.496 0.000 0.044
#> SRR1782964 3 0.0469 0.9266 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1782963 1 0.0336 0.9624 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.1302 0.9073 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1782967 2 0.4661 0.4132 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.1389 0.9593 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1782971 4 0.1302 0.9618 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0336 0.9620 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782979 1 0.1302 0.9408 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782980 1 0.0921 0.9480 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.1118 0.9311 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782983 3 0.4304 0.6616 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 2 0.4817 0.3013 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.1118 0.9651 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782992 1 0.0188 0.9643 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782993 2 0.2845 0.8753 0.028 0.896 0.000 0.076
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.2814 0.8401 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.4697 0.5649 0.696 0.296 0.000 0.008
#> SRR1782997 2 0.0188 0.9574 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9661 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 4 0.1557 0.9524 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9315 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9601 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0336 0.9546 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.4581 0.627 0.696 0.032 0.000 0.004 0.268
#> SRR1782686 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 5 0.0609 0.885 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782688 2 0.0404 0.941 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 5 0.1638 0.861 0.064 0.000 0.000 0.004 0.932
#> SRR1782691 3 0.2136 0.816 0.008 0.000 0.904 0.000 0.088
#> SRR1782689 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0290 0.942 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.1251 0.876 0.036 0.000 0.008 0.000 0.956
#> SRR1782694 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782697 2 0.1205 0.929 0.040 0.956 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.5531 0.350 0.576 0.352 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782699 1 0.1809 0.771 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1782701 5 0.1082 0.876 0.008 0.000 0.028 0.000 0.964
#> SRR1782702 2 0.0609 0.939 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.1948 0.753 0.932 0.036 0.000 0.008 0.024
#> SRR1782711 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.1410 0.839 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1782706 2 0.0865 0.936 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782708 2 0.1251 0.929 0.036 0.956 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782712 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782713 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782710 5 0.3491 0.660 0.228 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR1782714 4 0.0290 0.927 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782716 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782715 3 0.3561 0.680 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0671 0.931 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1782719 3 0.2471 0.806 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0404 0.933 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0703 0.872 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782722 2 0.4101 0.347 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0404 0.933 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782724 2 0.5185 0.324 0.040 0.580 0.000 0.004 0.376
#> SRR1782728 4 0.0609 0.930 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782730 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782729 3 0.0794 0.871 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.1690 0.756 0.944 0.024 0.000 0.008 0.024
#> SRR1782732 4 0.0404 0.933 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782735 3 0.0290 0.874 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782731 5 0.3752 0.658 0.044 0.140 0.000 0.004 0.812
#> SRR1782734 2 0.2806 0.828 0.152 0.844 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782736 5 0.1205 0.875 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1782737 3 0.4789 0.608 0.036 0.292 0.668 0.004 0.000
#> SRR1782738 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782739 4 0.0451 0.933 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1782740 5 0.4623 0.458 0.032 0.000 0.304 0.000 0.664
#> SRR1782741 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782742 2 0.1430 0.921 0.052 0.944 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782743 2 0.2068 0.893 0.092 0.904 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782744 2 0.0566 0.939 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782745 1 0.1772 0.752 0.940 0.032 0.000 0.008 0.020
#> SRR1782747 1 0.1809 0.771 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1782750 2 0.5042 0.579 0.256 0.676 0.000 0.004 0.064
#> SRR1782749 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.1638 0.771 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1782746 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.1026 0.864 0.004 0.000 0.968 0.004 0.024
#> SRR1782755 2 0.0963 0.933 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0404 0.933 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782757 2 0.0865 0.936 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782758 5 0.2127 0.826 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1782761 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782759 5 0.1041 0.877 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1782762 4 0.2561 0.789 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1782760 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.2813 0.778 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0290 0.942 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.1197 0.915 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0510 0.937 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.0609 0.935 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782772 2 0.3169 0.807 0.016 0.840 0.140 0.004 0.000
#> SRR1782773 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.2381 0.828 0.036 0.000 0.908 0.004 0.052
#> SRR1782776 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782778 2 0.1043 0.930 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.1124 0.923 0.036 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782781 2 0.1430 0.903 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1782779 4 0.4849 0.433 0.360 0.000 0.000 0.608 0.032
#> SRR1782782 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 5 0.3635 0.620 0.248 0.000 0.000 0.004 0.748
#> SRR1782783 1 0.3752 0.629 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1782785 1 0.4440 0.261 0.528 0.000 0.000 0.004 0.468
#> SRR1782786 5 0.0162 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782787 3 0.1082 0.870 0.008 0.028 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.1571 0.771 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1782789 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.0880 0.919 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 5 0.0963 0.860 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782795 4 0.0290 0.927 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782796 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782798 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782797 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782799 3 0.2690 0.787 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1782800 5 0.5236 0.512 0.184 0.120 0.000 0.004 0.692
#> SRR1782801 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.1544 0.897 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.3730 0.643 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.3999 0.482 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1782807 5 0.4348 0.335 0.316 0.000 0.000 0.016 0.668
#> SRR1782809 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782810 4 0.0324 0.931 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782812 4 0.1478 0.887 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0451 0.933 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1782815 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782816 2 0.6684 0.454 0.052 0.596 0.228 0.004 0.120
#> SRR1782818 5 0.4428 0.393 0.020 0.284 0.000 0.004 0.692
#> SRR1782819 4 0.0290 0.927 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782817 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 5 0.0703 0.883 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782825 2 0.0794 0.936 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.4452 0.147 0.500 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR1782822 4 0.0798 0.923 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782821 5 0.0162 0.889 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782823 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.1671 0.907 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.4989 0.144 0.032 0.000 0.000 0.552 0.416
#> SRR1782831 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782834 4 0.0290 0.927 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782832 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782835 4 0.0404 0.933 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782837 4 0.0880 0.921 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0162 0.941 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782833 4 0.0290 0.927 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782842 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 2 0.1502 0.916 0.056 0.940 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782845 3 0.1628 0.843 0.008 0.000 0.936 0.000 0.056
#> SRR1782844 3 0.2074 0.829 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.0771 0.935 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782847 3 0.1764 0.837 0.008 0.000 0.928 0.000 0.064
#> SRR1782848 3 0.0162 0.876 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.4288 0.594 0.032 0.000 0.224 0.004 0.740
#> SRR1782850 2 0.3609 0.825 0.024 0.844 0.092 0.040 0.000
#> SRR1782851 1 0.4434 0.287 0.536 0.000 0.000 0.004 0.460
#> SRR1782852 4 0.0324 0.931 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782853 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.4166 0.386 0.348 0.000 0.000 0.004 0.648
#> SRR1782856 5 0.0609 0.884 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782854 2 0.1671 0.906 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.4101 0.377 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1782858 3 0.0404 0.874 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.2068 0.893 0.092 0.904 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782860 5 0.2608 0.832 0.088 0.004 0.000 0.020 0.888
#> SRR1782861 1 0.4630 0.381 0.572 0.000 0.008 0.004 0.416
#> SRR1782862 3 0.2864 0.801 0.000 0.136 0.852 0.012 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.1121 0.863 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782866 5 0.1282 0.873 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952
#> SRR1782865 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.2079 0.767 0.916 0.000 0.000 0.020 0.064
#> SRR1782868 2 0.4749 0.752 0.032 0.780 0.100 0.004 0.084
#> SRR1782872 3 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.4480 0.424 0.592 0.004 0.000 0.004 0.400
#> SRR1782875 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0404 0.875 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.4029 0.575 0.680 0.000 0.000 0.004 0.316
#> SRR1782873 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.0609 0.920 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1782880 1 0.4196 0.516 0.640 0.000 0.000 0.004 0.356
#> SRR1782883 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0609 0.939 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.4210 0.406 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782886 5 0.1124 0.876 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1782887 2 0.0955 0.935 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782889 2 0.2011 0.896 0.088 0.908 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782892 3 0.4830 0.460 0.032 0.000 0.648 0.004 0.316
#> SRR1782890 5 0.2286 0.823 0.108 0.000 0.000 0.004 0.888
#> SRR1782891 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.0703 0.884 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782897 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0290 0.942 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0290 0.942 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.0794 0.881 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1782903 2 0.0510 0.940 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4714 0.567 0.032 0.324 0.644 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0671 0.874 0.004 0.016 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782907 5 0.3489 0.687 0.208 0.004 0.000 0.004 0.784
#> SRR1782906 5 0.2068 0.836 0.092 0.000 0.000 0.004 0.904
#> SRR1782908 2 0.4307 -0.120 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.1831 0.904 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782911 5 0.3707 0.543 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1782910 3 0.3003 0.759 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782913 5 0.3977 0.629 0.032 0.000 0.204 0.000 0.764
#> SRR1782915 3 0.4003 0.567 0.008 0.000 0.704 0.000 0.288
#> SRR1782914 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 1 0.4002 0.639 0.796 0.056 0.000 0.144 0.004
#> SRR1782918 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.3039 0.756 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.0963 0.878 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782917 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.2516 0.792 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1782921 2 0.1952 0.899 0.084 0.912 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782923 2 0.0404 0.941 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.2561 0.797 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.1270 0.912 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1697 0.771 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1782940 2 0.4426 0.441 0.380 0.612 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782941 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782942 2 0.1671 0.889 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 1 0.4443 0.223 0.524 0.000 0.000 0.004 0.472
#> SRR1782947 5 0.0162 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782948 2 0.0324 0.940 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 3 0.3934 0.581 0.008 0.000 0.716 0.000 0.276
#> SRR1782950 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0162 0.942 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0404 0.883 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1782954 4 0.4310 0.420 0.392 0.000 0.000 0.604 0.004
#> SRR1782955 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.3966 0.574 0.000 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0865 0.866 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782959 4 0.0290 0.933 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782958 2 0.0510 0.940 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.3861 0.501 0.004 0.000 0.284 0.000 0.712
#> SRR1782961 2 0.0404 0.941 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1153 0.753 0.964 0.004 0.000 0.008 0.024
#> SRR1782964 3 0.0880 0.870 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.2020 0.763 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782965 3 0.0290 0.874 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.1671 0.845 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.4210 0.404 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782969 5 0.3884 0.541 0.288 0.000 0.000 0.004 0.708
#> SRR1782970 4 0.2377 0.813 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1782971 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0290 0.874 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782975 5 0.0963 0.878 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782976 2 0.0510 0.940 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0794 0.874 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782979 1 0.1697 0.771 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1782980 5 0.5315 0.125 0.040 0.000 0.456 0.004 0.500
#> SRR1782981 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.1638 0.734 0.932 0.064 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782983 3 0.3966 0.576 0.000 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0510 0.940 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0609 0.873 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.4390 0.343 0.004 0.428 0.568 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0510 0.932 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782992 1 0.1908 0.759 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782993 1 0.2100 0.744 0.924 0.048 0.000 0.012 0.016
#> SRR1782995 3 0.0290 0.874 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.1630 0.854 0.036 0.000 0.944 0.004 0.016
#> SRR1782996 3 0.3128 0.773 0.004 0.168 0.824 0.004 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.6748 0.391 0.456 0.252 0.000 0.004 0.288
#> SRR1782997 2 0.2890 0.821 0.160 0.836 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783000 2 0.1205 0.929 0.040 0.956 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783001 5 0.1205 0.874 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1783002 4 0.4074 0.445 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.1282 0.920 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.942 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 6 0.4315 -0.11159 0.488 0.012 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR1782686 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782687 5 0.3747 0.15032 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782688 2 0.1723 0.88604 0.036 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782690 1 0.4892 0.20765 0.500 0.000 0.000 0.000 0.060 0.440
#> SRR1782691 3 0.1866 0.82962 0.008 0.000 0.908 0.000 0.084 0.000
#> SRR1782689 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.1007 0.90121 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.5663 0.37330 0.524 0.000 0.156 0.004 0.316 0.000
#> SRR1782694 2 0.1049 0.90425 0.032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782696 2 0.1075 0.89969 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.4358 0.64022 0.100 0.716 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782695 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4370 0.23077 0.552 0.008 0.000 0.000 0.012 0.428
#> SRR1782699 6 0.0260 0.79760 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782701 5 0.4968 0.26607 0.076 0.000 0.368 0.000 0.556 0.000
#> SRR1782702 2 0.1856 0.87993 0.048 0.920 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782704 2 0.1010 0.90376 0.036 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782703 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 6 0.0363 0.79636 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782711 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 5 0.0146 0.81335 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782706 2 0.3193 0.78909 0.124 0.824 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782708 2 0.5727 0.17646 0.220 0.516 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1782712 4 0.0692 0.91782 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.5137 0.37773 0.552 0.000 0.000 0.000 0.096 0.352
#> SRR1782714 4 0.0260 0.92201 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.3428 0.60479 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0260 0.88165 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0951 0.91504 0.004 0.020 0.008 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.2631 0.75733 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0291 0.88238 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 2 0.3867 -0.05476 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0713 0.90754 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.5711 0.42568 0.528 0.360 0.000 0.000 0.040 0.072
#> SRR1782728 4 0.1225 0.90058 0.012 0.036 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.1863 0.82040 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 6 0.0000 0.79635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782732 4 0.0291 0.92596 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0363 0.88135 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.5633 0.37277 0.552 0.048 0.000 0.000 0.060 0.340
#> SRR1782734 2 0.2625 0.84847 0.072 0.872 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782736 1 0.5798 0.50071 0.528 0.000 0.000 0.004 0.228 0.240
#> SRR1782737 3 0.4378 0.45759 0.328 0.040 0.632 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.5648 0.13948 0.304 0.000 0.516 0.000 0.180 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.3348 0.68012 0.216 0.768 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782743 2 0.4456 0.02981 0.448 0.524 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782744 2 0.2696 0.82038 0.116 0.856 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782745 6 0.0000 0.79635 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782747 6 0.0146 0.79446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782750 1 0.5520 0.53061 0.628 0.188 0.000 0.000 0.160 0.024
#> SRR1782749 2 0.0146 0.91159 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0146 0.91164 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.0260 0.79760 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782746 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0260 0.91158 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.0914 0.87317 0.016 0.000 0.968 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.2176 0.86868 0.080 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782756 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.1700 0.87810 0.080 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782758 5 0.4263 -0.16919 0.480 0.000 0.000 0.000 0.504 0.016
#> SRR1782761 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.3860 0.23414 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR1782762 4 0.4010 0.31274 0.008 0.408 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0146 0.92623 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0146 0.88228 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0291 0.91126 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.2442 0.78793 0.004 0.144 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0146 0.91159 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.1141 0.88474 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.91153 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0291 0.91158 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0146 0.91180 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0146 0.91180 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.0363 0.91049 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 2 0.4859 0.36701 0.072 0.584 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0551 0.91152 0.004 0.984 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782775 2 0.1124 0.90239 0.036 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782777 3 0.3360 0.61963 0.264 0.000 0.732 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782776 4 0.0405 0.92438 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0935 0.90602 0.004 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782780 1 0.3966 0.28437 0.552 0.444 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782781 2 0.4233 0.69485 0.100 0.752 0.008 0.140 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.3860 0.01666 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1782782 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.5178 0.32906 0.488 0.000 0.000 0.000 0.424 0.088
#> SRR1782783 6 0.3076 0.57193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1782785 1 0.4927 0.29902 0.540 0.000 0.000 0.004 0.056 0.400
#> SRR1782786 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0508 0.88070 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 6 0.0363 0.79636 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782789 4 0.0458 0.92144 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.0146 0.88199 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.0547 0.91896 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782794 5 0.2838 0.57537 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808 0.000
#> SRR1782795 4 0.0260 0.92201 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0363 0.88141 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 5 0.4260 -0.15656 0.472 0.016 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1782801 2 0.0146 0.91180 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0291 0.91126 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.3023 0.68761 0.004 0.784 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.2738 0.76011 0.004 0.176 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4076 0.33351 0.012 0.396 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1782807 5 0.4830 0.10373 0.004 0.000 0.000 0.044 0.496 0.456
#> SRR1782809 4 0.0146 0.92388 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0146 0.92498 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782812 4 0.1970 0.83997 0.008 0.092 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0405 0.91026 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0603 0.92062 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.4588 0.44095 0.632 0.016 0.020 0.000 0.328 0.004
#> SRR1782818 5 0.3376 0.63041 0.092 0.092 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1782819 4 0.0260 0.92201 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 5 0.3706 0.20432 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1782825 2 0.1714 0.86090 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.4988 0.44691 0.624 0.004 0.000 0.004 0.292 0.076
#> SRR1782822 4 0.2762 0.69700 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1782821 5 0.2178 0.68812 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.1549 0.89447 0.020 0.936 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782829 4 0.5447 -0.12215 0.420 0.000 0.000 0.460 0.120 0.000
#> SRR1782831 4 0.0146 0.92623 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0146 0.92657 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.0603 0.91931 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0820 0.90647 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0260 0.92201 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782842 2 0.4463 0.05470 0.028 0.516 0.456 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0146 0.81396 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782843 1 0.4225 0.17743 0.508 0.480 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782845 3 0.0260 0.88165 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.2491 0.77132 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.1865 0.87884 0.040 0.920 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.1074 0.86961 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782848 3 0.0146 0.88228 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.4543 0.10922 0.384 0.000 0.040 0.000 0.576 0.000
#> SRR1782850 2 0.5306 0.34805 0.340 0.580 0.028 0.048 0.000 0.004
#> SRR1782851 1 0.4900 0.26623 0.528 0.000 0.000 0.004 0.052 0.416
#> SRR1782852 4 0.0458 0.91752 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0508 0.91145 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.5625 0.51919 0.548 0.000 0.000 0.004 0.280 0.168
#> SRR1782856 5 0.1858 0.73123 0.092 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004
#> SRR1782854 2 0.1391 0.89774 0.016 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782857 2 0.4064 0.43880 0.020 0.644 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0458 0.88071 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.4276 0.22744 0.416 0.564 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782860 1 0.4488 0.34854 0.564 0.008 0.000 0.008 0.412 0.008
#> SRR1782861 1 0.5713 0.41955 0.548 0.000 0.008 0.004 0.136 0.304
#> SRR1782862 3 0.0551 0.88084 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0260 0.88165 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0260 0.88147 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4284 0.30764 0.544 0.000 0.000 0.004 0.440 0.012
#> SRR1782865 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 6 0.0508 0.79468 0.004 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1782868 1 0.6616 0.46813 0.548 0.184 0.172 0.004 0.092 0.000
#> SRR1782872 3 0.0146 0.88199 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.4845 0.30929 0.560 0.008 0.000 0.000 0.044 0.388
#> SRR1782875 2 0.0436 0.91151 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0291 0.88238 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.0858 0.86754 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782877 6 0.4578 -0.08283 0.444 0.000 0.000 0.000 0.036 0.520
#> SRR1782873 2 0.0146 0.91159 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.0458 0.91912 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782880 6 0.4696 0.15478 0.356 0.000 0.000 0.000 0.056 0.588
#> SRR1782883 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.1194 0.90176 0.032 0.956 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782884 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3854 0.21454 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4218 0.33333 0.556 0.000 0.000 0.000 0.428 0.016
#> SRR1782887 2 0.2377 0.86651 0.076 0.892 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782888 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782889 1 0.3923 0.31559 0.580 0.416 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782892 3 0.5196 0.38291 0.252 0.000 0.604 0.000 0.144 0.000
#> SRR1782890 1 0.4072 0.29280 0.544 0.000 0.000 0.000 0.448 0.008
#> SRR1782891 2 0.0291 0.91192 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782893 2 0.0790 0.90453 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.4532 -0.19534 0.468 0.000 0.000 0.000 0.500 0.032
#> SRR1782897 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0146 0.91159 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0146 0.91164 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0291 0.91201 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782900 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.91153 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.2631 0.62170 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR1782903 2 0.1297 0.89989 0.040 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782905 1 0.5489 -0.01220 0.448 0.108 0.440 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0363 0.88135 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.5594 0.52939 0.556 0.004 0.000 0.000 0.272 0.168
#> SRR1782906 5 0.4335 -0.16422 0.472 0.000 0.000 0.000 0.508 0.020
#> SRR1782908 3 0.3445 0.66434 0.008 0.260 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 1 0.4325 0.25435 0.524 0.456 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782911 1 0.5718 0.50703 0.528 0.000 0.000 0.004 0.292 0.176
#> SRR1782910 3 0.2562 0.76500 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0146 0.88199 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782913 5 0.5300 -0.00740 0.376 0.000 0.108 0.000 0.516 0.000
#> SRR1782915 5 0.3923 0.26533 0.008 0.000 0.372 0.000 0.620 0.000
#> SRR1782914 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782916 6 0.4407 0.38579 0.292 0.008 0.000 0.036 0.000 0.664
#> SRR1782918 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.2631 0.75750 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.3747 0.14315 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782917 2 0.1003 0.90473 0.020 0.964 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.3330 0.57203 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.4246 0.21053 0.532 0.452 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782923 2 0.0405 0.91183 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782925 2 0.0146 0.91191 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782924 3 0.0508 0.87859 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0603 0.91030 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782929 2 0.0146 0.91164 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.1007 0.89164 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0146 0.91191 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782932 2 0.0291 0.91129 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0665 0.90864 0.008 0.980 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0551 0.91084 0.008 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782935 2 0.0146 0.91173 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0146 0.91164 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782939 6 0.0146 0.79731 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782940 1 0.5277 0.41666 0.620 0.172 0.000 0.000 0.004 0.204
#> SRR1782941 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.2613 0.78455 0.012 0.848 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.4939 0.44083 0.612 0.016 0.000 0.000 0.320 0.052
#> SRR1782947 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0937 0.90070 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.4067 0.28305 0.008 0.000 0.548 0.000 0.444 0.000
#> SRR1782950 2 0.0547 0.91045 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1349 0.89206 0.056 0.940 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 6 0.3843 0.08431 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1782955 4 0.0508 0.92311 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0146 0.91164 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.3371 0.62511 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.3690 0.58186 0.008 0.000 0.684 0.000 0.308 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.92549 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0146 0.91159 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0632 0.79368 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782961 2 0.0260 0.91134 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 6 0.0146 0.79446 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782964 3 0.1858 0.83025 0.004 0.092 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 6 0.1074 0.78197 0.012 0.000 0.000 0.000 0.028 0.960
#> SRR1782965 3 0.0260 0.88165 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.91153 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0458 0.87817 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.3782 0.49283 0.004 0.360 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.5353 0.44701 0.528 0.000 0.000 0.000 0.352 0.120
#> SRR1782970 4 0.3078 0.70765 0.012 0.192 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0777 0.91486 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0146 0.91173 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0405 0.88105 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782975 5 0.4057 0.00793 0.436 0.000 0.000 0.008 0.556 0.000
#> SRR1782976 2 0.0508 0.91116 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782977 5 0.0146 0.81335 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782979 6 0.0260 0.79760 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782980 1 0.6267 0.25150 0.404 0.000 0.272 0.000 0.316 0.008
#> SRR1782981 2 0.0146 0.91164 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0405 0.91153 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782985 6 0.0632 0.78899 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782983 3 0.3695 0.45556 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0260 0.91137 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.81690 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0260 0.88116 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.3373 0.67396 0.008 0.248 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.91153 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0146 0.88199 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0725 0.92067 0.012 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782992 6 0.2520 0.64553 0.152 0.000 0.000 0.000 0.004 0.844
#> SRR1782993 6 0.0146 0.79731 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782995 3 0.0458 0.87999 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.2664 0.73555 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0909 0.87523 0.020 0.012 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.5724 0.16965 0.452 0.060 0.000 0.000 0.044 0.444
#> SRR1782997 1 0.5492 0.40510 0.536 0.312 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1783000 2 0.2412 0.84542 0.092 0.880 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1783001 1 0.4169 0.27362 0.532 0.000 0.000 0.000 0.456 0.012
#> SRR1783002 4 0.2572 0.77534 0.012 0.136 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.88244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0146 0.91159 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4968 0.40789 0.556 0.368 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1783006 2 0.0405 0.91084 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.323 0.714 0.848 0.4268 0.517 0.517
#> 3 3 0.324 0.568 0.759 0.3535 0.860 0.742
#> 4 4 0.516 0.668 0.819 0.1993 0.818 0.600
#> 5 5 0.591 0.642 0.787 0.0630 0.942 0.813
#> 6 6 0.641 0.603 0.759 0.0604 0.930 0.744
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.7376 0.7086 0.208 0.792
#> SRR1782686 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782687 2 0.8763 0.6000 0.296 0.704
#> SRR1782688 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782690 2 0.8267 0.6496 0.260 0.740
#> SRR1782691 1 0.2236 0.7453 0.964 0.036
#> SRR1782689 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.4815 0.7622 0.896 0.104
#> SRR1782694 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.1184 0.8506 0.016 0.984
#> SRR1782697 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782700 2 0.8207 0.6179 0.256 0.744
#> SRR1782699 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782701 1 0.4022 0.7580 0.920 0.080
#> SRR1782702 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782705 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782711 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.2043 0.8442 0.032 0.968
#> SRR1782708 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782710 2 0.9044 0.5160 0.320 0.680
#> SRR1782714 2 0.3114 0.8341 0.056 0.944
#> SRR1782716 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.9608 0.6257 0.616 0.384
#> SRR1782717 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782718 2 0.6531 0.7414 0.168 0.832
#> SRR1782719 1 0.9732 0.5929 0.596 0.404
#> SRR1782720 2 0.2236 0.8424 0.036 0.964
#> SRR1782721 2 0.7376 0.6943 0.208 0.792
#> SRR1782726 1 0.9248 0.6912 0.660 0.340
#> SRR1782722 1 0.9754 0.5811 0.592 0.408
#> SRR1782723 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782727 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.6531 0.7414 0.168 0.832
#> SRR1782724 2 0.9209 0.4498 0.336 0.664
#> SRR1782728 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.2603 0.7459 0.956 0.044
#> SRR1782729 1 0.9129 0.7044 0.672 0.328
#> SRR1782733 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782732 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.5519 0.7650 0.872 0.128
#> SRR1782731 2 0.7950 0.6523 0.240 0.760
#> SRR1782734 2 0.0938 0.8519 0.012 0.988
#> SRR1782736 2 0.8499 0.6081 0.276 0.724
#> SRR1782737 1 0.8267 0.7469 0.740 0.260
#> SRR1782738 2 0.7745 0.6555 0.228 0.772
#> SRR1782739 2 0.9977 -0.2183 0.472 0.528
#> SRR1782740 1 0.4690 0.7616 0.900 0.100
#> SRR1782741 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.1633 0.8482 0.024 0.976
#> SRR1782744 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782747 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782750 1 0.9909 0.4392 0.556 0.444
#> SRR1782749 2 0.0938 0.8518 0.012 0.988
#> SRR1782751 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782752 2 0.7299 0.7109 0.204 0.796
#> SRR1782746 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.4562 0.7614 0.904 0.096
#> SRR1782755 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0938 0.8517 0.012 0.988
#> SRR1782758 1 0.7453 0.7430 0.788 0.212
#> SRR1782761 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782759 2 0.9209 0.4803 0.336 0.664
#> SRR1782762 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.9129 0.7044 0.672 0.328
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782767 1 0.9732 0.5929 0.596 0.404
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.2043 0.8450 0.032 0.968
#> SRR1782770 1 0.9970 0.4311 0.532 0.468
#> SRR1782774 2 0.1184 0.8505 0.016 0.984
#> SRR1782771 1 0.9970 0.4311 0.532 0.468
#> SRR1782772 1 0.9996 0.3752 0.512 0.488
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> SRR1782776 2 0.7299 0.6946 0.204 0.796
#> SRR1782778 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0938 0.8519 0.012 0.988
#> SRR1782781 2 0.0672 0.8523 0.008 0.992
#> SRR1782779 2 0.6887 0.7303 0.184 0.816
#> SRR1782782 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.9754 0.5033 0.592 0.408
#> SRR1782783 2 0.7219 0.7203 0.200 0.800
#> SRR1782785 2 0.9580 0.3376 0.380 0.620
#> SRR1782786 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.9044 0.7132 0.680 0.320
#> SRR1782788 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.7299 0.7078 0.204 0.796
#> SRR1782789 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782791 2 0.8267 0.6094 0.260 0.740
#> SRR1782792 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.9552 0.3243 0.624 0.376
#> SRR1782794 1 0.3114 0.7517 0.944 0.056
#> SRR1782795 2 0.2236 0.8407 0.036 0.964
#> SRR1782796 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.9286 0.6881 0.656 0.344
#> SRR1782800 2 0.9393 0.3882 0.356 0.644
#> SRR1782801 2 0.1184 0.8505 0.016 0.984
#> SRR1782802 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782803 1 0.9775 0.5743 0.588 0.412
#> SRR1782804 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782805 1 0.9209 0.6946 0.664 0.336
#> SRR1782806 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782808 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.7056 0.7285 0.192 0.808
#> SRR1782809 2 0.7745 0.6555 0.228 0.772
#> SRR1782810 2 0.0376 0.8531 0.004 0.996
#> SRR1782812 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.9977 -0.2183 0.472 0.528
#> SRR1782815 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.9909 0.4392 0.556 0.444
#> SRR1782818 2 0.9963 0.0230 0.464 0.536
#> SRR1782819 2 0.2236 0.8407 0.036 0.964
#> SRR1782817 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.9963 0.1029 0.464 0.536
#> SRR1782825 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782820 2 0.9427 0.3887 0.360 0.640
#> SRR1782822 2 0.1633 0.8480 0.024 0.976
#> SRR1782821 1 0.8608 0.6950 0.716 0.284
#> SRR1782823 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.4431 0.7421 0.908 0.092
#> SRR1782830 1 0.0672 0.7299 0.992 0.008
#> SRR1782828 2 0.3274 0.8265 0.060 0.940
#> SRR1782829 2 0.9358 0.4090 0.352 0.648
#> SRR1782831 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0376 0.8513 0.004 0.996
#> SRR1782832 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782838 1 0.8909 0.7223 0.692 0.308
#> SRR1782839 1 0.9129 0.7040 0.672 0.328
#> SRR1782840 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.2236 0.8407 0.036 0.964
#> SRR1782842 1 0.9732 0.5898 0.596 0.404
#> SRR1782841 1 0.1414 0.7343 0.980 0.020
#> SRR1782843 2 0.3879 0.8186 0.076 0.924
#> SRR1782845 1 0.4562 0.7614 0.904 0.096
#> SRR1782844 1 0.9129 0.7044 0.672 0.328
#> SRR1782846 1 0.9998 0.3643 0.508 0.492
#> SRR1782847 1 0.4815 0.7626 0.896 0.104
#> SRR1782848 1 0.8955 0.7173 0.688 0.312
#> SRR1782849 1 0.6343 0.7627 0.840 0.160
#> SRR1782850 2 0.7815 0.6447 0.232 0.768
#> SRR1782851 2 0.7674 0.6894 0.224 0.776
#> SRR1782852 2 0.0376 0.8532 0.004 0.996
#> SRR1782853 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.9710 0.5284 0.600 0.400
#> SRR1782856 1 0.9710 0.5212 0.600 0.400
#> SRR1782854 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.6343 0.7640 0.840 0.160
#> SRR1782859 2 0.9427 0.2625 0.360 0.640
#> SRR1782860 2 0.9000 0.4995 0.316 0.684
#> SRR1782861 1 0.7376 0.7455 0.792 0.208
#> SRR1782862 2 0.9970 -0.2082 0.468 0.532
#> SRR1782863 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782864 1 0.8955 0.7190 0.688 0.312
#> SRR1782866 2 0.9248 0.4380 0.340 0.660
#> SRR1782865 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.6887 0.7305 0.184 0.816
#> SRR1782868 2 0.9248 0.4380 0.340 0.660
#> SRR1782872 1 0.4562 0.7614 0.904 0.096
#> SRR1782874 2 0.9087 0.4845 0.324 0.676
#> SRR1782875 2 0.0938 0.8518 0.012 0.988
#> SRR1782870 1 0.8763 0.7325 0.704 0.296
#> SRR1782871 1 0.0672 0.7333 0.992 0.008
#> SRR1782877 2 0.8327 0.6434 0.264 0.736
#> SRR1782873 2 0.0938 0.8518 0.012 0.988
#> SRR1782878 1 0.1184 0.7323 0.984 0.016
#> SRR1782879 2 0.6531 0.7414 0.168 0.832
#> SRR1782880 2 0.8327 0.6434 0.264 0.736
#> SRR1782883 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.9248 0.6912 0.660 0.340
#> SRR1782882 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.8661 0.7356 0.712 0.288
#> SRR1782885 1 0.9248 0.6909 0.660 0.340
#> SRR1782886 2 0.8909 0.5383 0.308 0.692
#> SRR1782887 2 0.9732 0.0732 0.404 0.596
#> SRR1782888 1 1.0000 0.0965 0.504 0.496
#> SRR1782889 2 0.0672 0.8525 0.008 0.992
#> SRR1782892 1 0.5059 0.7596 0.888 0.112
#> SRR1782890 2 0.9580 0.3376 0.380 0.620
#> SRR1782891 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782894 2 0.8499 0.6275 0.276 0.724
#> SRR1782897 1 0.2236 0.7450 0.964 0.036
#> SRR1782896 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.8861 0.7058 0.696 0.304
#> SRR1782903 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.9661 0.5869 0.608 0.392
#> SRR1782904 1 0.9170 0.6996 0.668 0.332
#> SRR1782907 2 0.8909 0.5383 0.308 0.692
#> SRR1782906 2 0.8327 0.6434 0.264 0.736
#> SRR1782908 1 0.9661 0.6174 0.608 0.392
#> SRR1782909 2 0.0672 0.8525 0.008 0.992
#> SRR1782911 2 0.9286 0.4283 0.344 0.656
#> SRR1782910 1 0.9129 0.7044 0.672 0.328
#> SRR1782912 1 0.8661 0.7366 0.712 0.288
#> SRR1782913 1 0.8386 0.7341 0.732 0.268
#> SRR1782915 1 0.0376 0.7312 0.996 0.004
#> SRR1782914 1 0.2043 0.7438 0.968 0.032
#> SRR1782916 2 0.2603 0.8389 0.044 0.956
#> SRR1782918 1 0.8661 0.7356 0.712 0.288
#> SRR1782919 1 0.9248 0.6909 0.660 0.340
#> SRR1782920 1 0.7745 0.7463 0.772 0.228
#> SRR1782917 2 0.9358 0.2987 0.352 0.648
#> SRR1782922 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.1414 0.8495 0.020 0.980
#> SRR1782923 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.9732 0.5898 0.596 0.404
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782927 1 0.9963 0.4435 0.536 0.464
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.1184 0.8505 0.016 0.984
#> SRR1782933 2 0.6048 0.7613 0.148 0.852
#> SRR1782930 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782931 2 0.1184 0.8505 0.016 0.984
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.2423 0.7452 0.960 0.040
#> SRR1782937 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.6887 0.7305 0.184 0.816
#> SRR1782940 2 0.9795 0.1312 0.416 0.584
#> SRR1782941 1 0.2043 0.7406 0.968 0.032
#> SRR1782942 1 0.9933 0.4821 0.548 0.452
#> SRR1782945 1 0.3114 0.7517 0.944 0.056
#> SRR1782944 2 0.9170 0.4629 0.332 0.668
#> SRR1782947 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.1184 0.8507 0.016 0.984
#> SRR1782949 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0672 0.7333 0.992 0.008
#> SRR1782950 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782955 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.9209 0.6944 0.664 0.336
#> SRR1782946 1 0.0672 0.7333 0.992 0.008
#> SRR1782959 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782964 1 0.9129 0.7044 0.672 0.328
#> SRR1782963 2 0.7219 0.7203 0.200 0.800
#> SRR1782965 1 0.5519 0.7650 0.872 0.128
#> SRR1782966 2 0.2043 0.8450 0.032 0.968
#> SRR1782968 1 0.9129 0.7044 0.672 0.328
#> SRR1782967 1 0.9286 0.6868 0.656 0.344
#> SRR1782969 2 0.9833 0.1806 0.424 0.576
#> SRR1782970 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.7602 0.6710 0.220 0.780
#> SRR1782972 1 0.8713 0.7336 0.708 0.292
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.2236 0.7453 0.964 0.036
#> SRR1782975 2 0.7815 0.6840 0.232 0.768
#> SRR1782976 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.6973 0.7277 0.188 0.812
#> SRR1782980 1 0.5737 0.7605 0.864 0.136
#> SRR1782981 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0938 0.8518 0.012 0.988
#> SRR1782985 2 0.4939 0.7956 0.108 0.892
#> SRR1782983 1 0.9522 0.6465 0.628 0.372
#> SRR1782987 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.7290 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.9000 0.7148 0.684 0.316
#> SRR1782988 1 0.9933 0.4821 0.548 0.452
#> SRR1782990 2 0.0938 0.8518 0.012 0.988
#> SRR1782991 1 0.8661 0.7356 0.712 0.288
#> SRR1782989 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1782992 2 0.9580 0.3420 0.380 0.620
#> SRR1782993 2 0.6801 0.7331 0.180 0.820
#> SRR1782995 1 0.4431 0.7607 0.908 0.092
#> SRR1782994 1 0.5946 0.7647 0.856 0.144
#> SRR1782996 1 0.8763 0.7325 0.704 0.296
#> SRR1782998 1 0.8909 0.7223 0.692 0.308
#> SRR1782999 2 0.9580 0.3420 0.380 0.620
#> SRR1782997 2 0.3431 0.8267 0.064 0.936
#> SRR1783000 2 0.7950 0.6081 0.240 0.760
#> SRR1783001 1 0.5629 0.7641 0.868 0.132
#> SRR1783002 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.9732 0.5929 0.596 0.404
#> SRR1783004 2 0.0938 0.8518 0.012 0.988
#> SRR1783005 2 0.1633 0.8484 0.024 0.976
#> SRR1783006 2 0.0000 0.8535 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.8530 0.4713 0.108 0.548 0.344
#> SRR1782686 1 0.0237 0.7686 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782687 2 0.9338 0.3823 0.196 0.504 0.300
#> SRR1782688 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782690 2 0.9090 0.4050 0.156 0.512 0.332
#> SRR1782691 3 0.6215 -0.1021 0.428 0.000 0.572
#> SRR1782689 1 0.0237 0.7686 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782692 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782693 3 0.6793 -0.0567 0.452 0.012 0.536
#> SRR1782694 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782696 2 0.1753 0.7933 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782697 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782695 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782700 2 0.8665 0.4218 0.124 0.552 0.324
#> SRR1782699 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782701 3 0.6295 -0.1207 0.472 0.000 0.528
#> SRR1782702 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782704 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782703 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782705 1 0.0237 0.7686 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782709 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782711 1 0.3340 0.7909 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782707 1 0.6286 0.3582 0.536 0.000 0.464
#> SRR1782706 2 0.3192 0.7709 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782708 2 0.0592 0.8025 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782712 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782713 2 0.1411 0.7953 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782710 2 0.9476 0.2323 0.184 0.436 0.380
#> SRR1782714 2 0.5407 0.7195 0.040 0.804 0.156
#> SRR1782716 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782715 3 0.4399 0.6451 0.000 0.188 0.812
#> SRR1782717 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782718 2 0.5859 0.4872 0.000 0.656 0.344
#> SRR1782719 3 0.4605 0.6404 0.000 0.204 0.796
#> SRR1782720 2 0.1964 0.7885 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782721 2 0.6954 0.4679 0.028 0.620 0.352
#> SRR1782726 3 0.4047 0.6555 0.004 0.148 0.848
#> SRR1782722 3 0.4702 0.6357 0.000 0.212 0.788
#> SRR1782723 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782727 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782725 2 0.5859 0.4872 0.000 0.656 0.344
#> SRR1782724 2 0.9357 0.1679 0.168 0.440 0.392
#> SRR1782728 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782730 1 0.5420 0.7001 0.752 0.008 0.240
#> SRR1782729 3 0.3482 0.6557 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782733 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782732 2 0.1289 0.7969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782735 3 0.6762 0.3098 0.288 0.036 0.676
#> SRR1782731 2 0.8637 0.4492 0.128 0.564 0.308
#> SRR1782734 2 0.2165 0.7922 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782736 2 0.9193 0.3375 0.156 0.480 0.364
#> SRR1782737 3 0.5966 0.5948 0.104 0.104 0.792
#> SRR1782738 2 0.6154 0.3346 0.000 0.592 0.408
#> SRR1782739 3 0.5859 0.4958 0.000 0.344 0.656
#> SRR1782740 3 0.6654 -0.0671 0.456 0.008 0.536
#> SRR1782741 2 0.1289 0.7963 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782742 2 0.1289 0.8005 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782743 2 0.2096 0.7927 0.004 0.944 0.052
#> SRR1782744 2 0.1529 0.7992 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782745 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782747 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782750 3 0.9156 0.4152 0.204 0.256 0.540
#> SRR1782749 2 0.1031 0.8005 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782751 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782752 2 0.8437 0.4288 0.092 0.520 0.388
#> SRR1782746 1 0.0747 0.7753 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782753 1 0.6274 0.3754 0.544 0.000 0.456
#> SRR1782748 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782754 3 0.6345 0.0683 0.400 0.004 0.596
#> SRR1782755 2 0.0424 0.8024 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782756 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782757 2 0.1289 0.7996 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782758 3 0.7968 0.1920 0.372 0.068 0.560
#> SRR1782761 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782759 2 0.9561 0.1954 0.196 0.428 0.376
#> SRR1782762 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782760 2 0.1031 0.7972 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782764 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782763 2 0.0424 0.8023 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782765 3 0.3482 0.6557 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782766 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782767 3 0.4796 0.6344 0.000 0.220 0.780
#> SRR1782769 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782768 2 0.2625 0.7730 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782770 3 0.5591 0.5764 0.000 0.304 0.696
#> SRR1782774 2 0.1529 0.7956 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782771 3 0.5591 0.5764 0.000 0.304 0.696
#> SRR1782772 3 0.5733 0.5513 0.000 0.324 0.676
#> SRR1782773 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782775 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782777 3 0.5756 0.4515 0.208 0.028 0.764
#> SRR1782776 2 0.5926 0.4489 0.000 0.644 0.356
#> SRR1782778 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782780 2 0.3412 0.7660 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782781 2 0.2959 0.7797 0.000 0.900 0.100
#> SRR1782779 2 0.8215 0.4572 0.080 0.540 0.380
#> SRR1782782 1 0.0237 0.7686 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782784 3 0.9305 0.2117 0.308 0.188 0.504
#> SRR1782783 2 0.8414 0.4429 0.092 0.528 0.380
#> SRR1782785 3 0.9663 -0.0526 0.212 0.372 0.416
#> SRR1782786 1 0.0237 0.7686 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782787 3 0.3989 0.6550 0.012 0.124 0.864
#> SRR1782788 1 0.3941 0.7788 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782790 2 0.8488 0.4306 0.096 0.520 0.384
#> SRR1782789 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782791 2 0.7411 0.2769 0.036 0.548 0.416
#> SRR1782792 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782793 1 0.8137 0.2232 0.592 0.316 0.092
#> SRR1782794 3 0.6309 -0.2115 0.500 0.000 0.500
#> SRR1782795 2 0.4609 0.7427 0.028 0.844 0.128
#> SRR1782796 2 0.1289 0.7963 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782798 2 0.0000 0.8016 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782799 3 0.6336 0.6346 0.064 0.180 0.756
#> SRR1782800 2 0.9491 0.1105 0.184 0.420 0.396
#> SRR1782801 2 0.1753 0.7925 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782802 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782803 3 0.4887 0.6305 0.000 0.228 0.772
#> SRR1782804 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782805 3 0.3686 0.6563 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782806 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782808 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782807 2 0.8295 0.4509 0.084 0.532 0.384
#> SRR1782809 2 0.6168 0.3254 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782810 2 0.2796 0.7729 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782812 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782813 2 0.0592 0.8025 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782814 3 0.5859 0.4958 0.000 0.344 0.656
#> SRR1782815 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782816 3 0.9156 0.4152 0.204 0.256 0.540
#> SRR1782818 3 0.9850 0.1663 0.264 0.324 0.412
#> SRR1782819 2 0.4609 0.7427 0.028 0.844 0.128
#> SRR1782817 1 0.4002 0.7765 0.840 0.000 0.160
#> SRR1782824 2 0.9982 -0.0356 0.344 0.352 0.304
#> SRR1782825 2 0.0892 0.8018 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782820 3 0.9512 -0.0843 0.188 0.384 0.428
#> SRR1782822 2 0.3192 0.7726 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782821 1 0.8775 0.1840 0.500 0.116 0.384
#> SRR1782823 1 0.3038 0.7922 0.896 0.000 0.104
#> SRR1782826 1 0.5371 0.7032 0.812 0.048 0.140
#> SRR1782830 1 0.2866 0.7907 0.916 0.008 0.076
#> SRR1782828 2 0.3715 0.7534 0.004 0.868 0.128
#> SRR1782829 3 0.9491 -0.1104 0.184 0.396 0.420
#> SRR1782831 2 0.1753 0.7936 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782834 2 0.1647 0.7963 0.004 0.960 0.036
#> SRR1782832 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782835 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782837 2 0.1529 0.7972 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782836 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782838 3 0.3607 0.6507 0.008 0.112 0.880
#> SRR1782839 3 0.3482 0.6558 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782840 2 0.0592 0.8025 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782833 2 0.4677 0.7406 0.028 0.840 0.132
#> SRR1782842 3 0.4702 0.6374 0.000 0.212 0.788
#> SRR1782841 1 0.2845 0.7824 0.920 0.012 0.068
#> SRR1782843 2 0.4351 0.7266 0.004 0.828 0.168
#> SRR1782845 3 0.6345 0.0683 0.400 0.004 0.596
#> SRR1782844 3 0.3482 0.6557 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782846 3 0.5810 0.5325 0.000 0.336 0.664
#> SRR1782847 3 0.6148 0.1674 0.356 0.004 0.640
#> SRR1782848 3 0.3425 0.6497 0.004 0.112 0.884
#> SRR1782849 3 0.6954 0.2365 0.352 0.028 0.620
#> SRR1782850 2 0.6632 0.3827 0.012 0.596 0.392
#> SRR1782851 2 0.8705 0.4311 0.116 0.524 0.360
#> SRR1782852 2 0.2711 0.7817 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782853 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782855 3 0.9058 0.3120 0.276 0.180 0.544
#> SRR1782856 3 0.9465 0.0996 0.372 0.184 0.444
#> SRR1782854 2 0.0892 0.8028 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782857 2 0.0592 0.8027 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782858 3 0.5756 0.4515 0.208 0.028 0.764
#> SRR1782859 2 0.6509 -0.0321 0.004 0.524 0.472
#> SRR1782860 2 0.9305 0.2488 0.164 0.456 0.380
#> SRR1782861 3 0.7968 0.2035 0.372 0.068 0.560
#> SRR1782862 3 0.6079 0.4237 0.000 0.388 0.612
#> SRR1782863 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782864 3 0.4139 0.6531 0.016 0.124 0.860
#> SRR1782866 2 0.9392 0.1572 0.172 0.436 0.392
#> SRR1782865 1 0.0892 0.7766 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782867 2 0.8157 0.4593 0.076 0.540 0.384
#> SRR1782868 2 0.9383 0.1640 0.172 0.444 0.384
#> SRR1782872 3 0.6345 0.0683 0.400 0.004 0.596
#> SRR1782874 2 0.9425 0.2096 0.176 0.432 0.392
#> SRR1782875 2 0.1031 0.8005 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782870 3 0.5471 0.6381 0.060 0.128 0.812
#> SRR1782871 3 0.6280 -0.1957 0.460 0.000 0.540
#> SRR1782877 2 0.9133 0.3985 0.160 0.508 0.332
#> SRR1782873 2 0.1031 0.8005 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782878 1 0.2749 0.7838 0.924 0.012 0.064
#> SRR1782879 2 0.5905 0.4724 0.000 0.648 0.352
#> SRR1782880 2 0.9133 0.3985 0.160 0.508 0.332
#> SRR1782883 1 0.3482 0.7897 0.872 0.000 0.128
#> SRR1782881 3 0.4047 0.6555 0.004 0.148 0.848
#> SRR1782882 2 0.0592 0.8022 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782884 3 0.4217 0.6368 0.032 0.100 0.868
#> SRR1782885 3 0.3686 0.6562 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782886 2 0.9411 0.2506 0.176 0.444 0.380
#> SRR1782887 3 0.6495 0.2254 0.004 0.460 0.536
#> SRR1782888 3 0.9963 0.1890 0.312 0.312 0.376
#> SRR1782889 2 0.1529 0.7991 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782892 3 0.7015 0.1073 0.392 0.024 0.584
#> SRR1782890 3 0.9663 -0.0526 0.212 0.372 0.416
#> SRR1782891 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782893 2 0.0424 0.8022 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782894 2 0.9223 0.3904 0.172 0.504 0.324
#> SRR1782897 1 0.5529 0.6564 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782896 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782895 2 0.0424 0.8024 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782898 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782900 1 0.4002 0.7765 0.840 0.000 0.160
#> SRR1782901 1 0.3482 0.7897 0.872 0.000 0.128
#> SRR1782899 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782902 3 0.8137 0.2835 0.316 0.092 0.592
#> SRR1782903 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782905 3 0.8911 0.4765 0.204 0.224 0.572
#> SRR1782904 3 0.3551 0.6562 0.000 0.132 0.868
#> SRR1782907 2 0.9411 0.2506 0.176 0.444 0.380
#> SRR1782906 2 0.9133 0.3985 0.160 0.508 0.332
#> SRR1782908 3 0.6276 0.6273 0.040 0.224 0.736
#> SRR1782909 2 0.2448 0.7882 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782911 3 0.9462 -0.1290 0.180 0.400 0.420
#> SRR1782910 3 0.3482 0.6557 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782912 3 0.5588 0.6338 0.068 0.124 0.808
#> SRR1782913 3 0.7844 0.4540 0.240 0.108 0.652
#> SRR1782915 1 0.6307 0.2954 0.512 0.000 0.488
#> SRR1782914 1 0.4887 0.7287 0.772 0.000 0.228
#> SRR1782916 2 0.4099 0.7549 0.008 0.852 0.140
#> SRR1782918 3 0.3966 0.6403 0.024 0.100 0.876
#> SRR1782919 3 0.3686 0.6562 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782920 3 0.7597 0.1431 0.384 0.048 0.568
#> SRR1782917 2 0.6518 -0.0475 0.004 0.512 0.484
#> SRR1782922 2 0.2165 0.7865 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782921 2 0.1989 0.7944 0.004 0.948 0.048
#> SRR1782923 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782925 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782924 3 0.4702 0.6374 0.000 0.212 0.788
#> SRR1782926 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782929 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782927 3 0.5431 0.5903 0.000 0.284 0.716
#> SRR1782928 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782932 2 0.1643 0.7942 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782933 2 0.5650 0.5332 0.000 0.688 0.312
#> SRR1782930 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782931 2 0.1643 0.7942 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782934 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782935 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782936 1 0.5553 0.6784 0.724 0.004 0.272
#> SRR1782937 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782939 2 0.8157 0.4593 0.076 0.540 0.384
#> SRR1782940 3 0.9398 0.1137 0.172 0.400 0.428
#> SRR1782941 1 0.5618 0.6832 0.732 0.008 0.260
#> SRR1782942 3 0.5363 0.5964 0.000 0.276 0.724
#> SRR1782945 3 0.6309 -0.2162 0.500 0.000 0.500
#> SRR1782944 2 0.9431 0.1832 0.176 0.424 0.400
#> SRR1782947 1 0.0892 0.7766 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782948 2 0.1647 0.7984 0.004 0.960 0.036
#> SRR1782949 1 0.0892 0.7766 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782952 3 0.6274 -0.1853 0.456 0.000 0.544
#> SRR1782950 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782953 2 0.0747 0.8020 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782951 1 0.2878 0.7858 0.904 0.000 0.096
#> SRR1782954 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782955 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782956 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782957 3 0.3619 0.6564 0.000 0.136 0.864
#> SRR1782946 3 0.6280 -0.1957 0.460 0.000 0.540
#> SRR1782959 2 0.1289 0.7963 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782958 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782960 1 0.6286 0.3593 0.536 0.000 0.464
#> SRR1782961 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782962 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782964 3 0.3482 0.6557 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782963 2 0.8414 0.4429 0.092 0.528 0.380
#> SRR1782965 3 0.6762 0.3098 0.288 0.036 0.676
#> SRR1782966 2 0.2625 0.7730 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782968 3 0.3482 0.6557 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782967 3 0.3752 0.6558 0.000 0.144 0.856
#> SRR1782969 3 0.9752 0.0808 0.236 0.340 0.424
#> SRR1782970 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782971 2 0.6095 0.3786 0.000 0.608 0.392
#> SRR1782972 3 0.3910 0.6434 0.020 0.104 0.876
#> SRR1782973 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782974 3 0.6215 -0.1021 0.428 0.000 0.572
#> SRR1782975 2 0.8806 0.4389 0.128 0.528 0.344
#> SRR1782976 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782977 1 0.6286 0.3593 0.536 0.000 0.464
#> SRR1782979 2 0.8227 0.4540 0.080 0.536 0.384
#> SRR1782980 3 0.7207 0.1430 0.384 0.032 0.584
#> SRR1782981 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782982 2 0.1163 0.7994 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782985 2 0.6857 0.6334 0.052 0.696 0.252
#> SRR1782983 3 0.4178 0.6510 0.000 0.172 0.828
#> SRR1782987 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782984 1 0.3482 0.7897 0.872 0.000 0.128
#> SRR1782986 3 0.3573 0.6532 0.004 0.120 0.876
#> SRR1782988 3 0.5363 0.5964 0.000 0.276 0.724
#> SRR1782990 2 0.1163 0.7995 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782991 3 0.4217 0.6368 0.032 0.100 0.868
#> SRR1782989 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782992 3 0.9658 -0.0502 0.212 0.368 0.420
#> SRR1782993 2 0.8144 0.4629 0.076 0.544 0.380
#> SRR1782995 3 0.6421 0.0288 0.424 0.004 0.572
#> SRR1782994 3 0.6441 0.3477 0.276 0.028 0.696
#> SRR1782996 3 0.5722 0.6341 0.068 0.132 0.800
#> SRR1782998 3 0.3607 0.6507 0.008 0.112 0.880
#> SRR1782999 3 0.9658 -0.0502 0.212 0.368 0.420
#> SRR1782997 2 0.4110 0.7409 0.004 0.844 0.152
#> SRR1783000 2 0.6379 0.3950 0.008 0.624 0.368
#> SRR1783001 3 0.6617 -0.0385 0.436 0.008 0.556
#> SRR1783002 2 0.0747 0.8029 0.000 0.984 0.016
#> SRR1783003 3 0.4605 0.6404 0.000 0.204 0.796
#> SRR1783004 2 0.1031 0.8005 0.000 0.976 0.024
#> SRR1783005 2 0.3532 0.7685 0.008 0.884 0.108
#> SRR1783006 2 0.0237 0.8023 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.3105 0.79872 0.888 0.084 0.008 0.020
#> SRR1782686 4 0.1118 0.75626 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782687 1 0.4060 0.77942 0.840 0.044 0.008 0.108
#> SRR1782688 2 0.0657 0.88337 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782690 1 0.3485 0.80087 0.876 0.048 0.008 0.068
#> SRR1782691 3 0.4888 0.11656 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782689 4 0.1118 0.75626 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782692 2 0.1716 0.88621 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.6347 0.03073 0.064 0.000 0.524 0.412
#> SRR1782694 2 0.0657 0.88337 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782696 2 0.2915 0.87173 0.080 0.892 0.028 0.000
#> SRR1782697 2 0.1716 0.88621 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782700 1 0.7369 0.63234 0.612 0.244 0.084 0.060
#> SRR1782699 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782701 3 0.6125 -0.01198 0.048 0.000 0.516 0.436
#> SRR1782702 2 0.1716 0.88621 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0657 0.88337 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782703 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782705 4 0.1118 0.75626 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782709 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782711 4 0.2773 0.78501 0.004 0.000 0.116 0.880
#> SRR1782707 4 0.4994 0.20354 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1782706 2 0.5056 0.75968 0.164 0.760 0.076 0.000
#> SRR1782708 2 0.1004 0.88501 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1782712 2 0.1004 0.88004 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1782713 2 0.2401 0.85954 0.092 0.904 0.000 0.004
#> SRR1782710 1 0.5734 0.79977 0.764 0.084 0.048 0.104
#> SRR1782714 2 0.5476 0.55809 0.308 0.660 0.004 0.028
#> SRR1782716 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782715 3 0.2983 0.68130 0.040 0.068 0.892 0.000
#> SRR1782717 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782718 2 0.6795 0.19510 0.084 0.500 0.412 0.004
#> SRR1782719 3 0.3182 0.67387 0.028 0.096 0.876 0.000
#> SRR1782720 2 0.3414 0.85424 0.072 0.876 0.048 0.004
#> SRR1782721 2 0.8099 0.02305 0.260 0.392 0.340 0.008
#> SRR1782726 3 0.2400 0.69350 0.028 0.044 0.924 0.004
#> SRR1782722 3 0.3399 0.66994 0.040 0.092 0.868 0.000
#> SRR1782723 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782727 2 0.1302 0.89079 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.6795 0.19510 0.084 0.500 0.412 0.004
#> SRR1782724 1 0.7068 0.73462 0.676 0.116 0.128 0.080
#> SRR1782728 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782730 4 0.6115 0.69403 0.148 0.000 0.172 0.680
#> SRR1782729 3 0.1629 0.69217 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782733 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782732 2 0.2334 0.86594 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1782735 3 0.4663 0.41523 0.012 0.000 0.716 0.272
#> SRR1782731 1 0.6146 0.74386 0.724 0.164 0.064 0.048
#> SRR1782734 2 0.3172 0.82334 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.4851 0.80656 0.812 0.088 0.028 0.072
#> SRR1782737 3 0.4585 0.63199 0.048 0.036 0.828 0.088
#> SRR1782738 3 0.6771 0.02444 0.080 0.440 0.476 0.004
#> SRR1782739 3 0.5328 0.56022 0.064 0.212 0.724 0.000
#> SRR1782740 3 0.6347 0.03064 0.064 0.000 0.524 0.412
#> SRR1782741 2 0.2334 0.86151 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1782742 2 0.2589 0.85850 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.2891 0.87441 0.080 0.896 0.020 0.004
#> SRR1782744 2 0.2888 0.85100 0.124 0.872 0.004 0.000
#> SRR1782745 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782747 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782750 3 0.8979 0.06864 0.316 0.104 0.432 0.148
#> SRR1782749 2 0.2224 0.88501 0.040 0.928 0.032 0.000
#> SRR1782751 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.2483 0.80022 0.920 0.056 0.012 0.012
#> SRR1782746 4 0.1284 0.76794 0.024 0.000 0.012 0.964
#> SRR1782753 4 0.4989 0.22783 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782748 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.5352 0.19495 0.016 0.000 0.596 0.388
#> SRR1782755 2 0.1302 0.89027 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782757 2 0.2198 0.88351 0.072 0.920 0.008 0.000
#> SRR1782758 3 0.7984 -0.03801 0.244 0.008 0.440 0.308
#> SRR1782761 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782759 1 0.5707 0.79240 0.768 0.072 0.060 0.100
#> SRR1782762 2 0.1004 0.88004 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1782760 2 0.2197 0.87488 0.080 0.916 0.000 0.004
#> SRR1782764 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782763 2 0.1545 0.89047 0.040 0.952 0.008 0.000
#> SRR1782765 3 0.1629 0.69217 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782766 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3427 0.66775 0.028 0.112 0.860 0.000
#> SRR1782769 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4285 0.78792 0.040 0.804 0.156 0.000
#> SRR1782770 3 0.4801 0.59797 0.048 0.188 0.764 0.000
#> SRR1782774 2 0.2830 0.87091 0.040 0.900 0.060 0.000
#> SRR1782771 3 0.4801 0.59797 0.048 0.188 0.764 0.000
#> SRR1782772 3 0.5257 0.57123 0.060 0.212 0.728 0.000
#> SRR1782773 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0657 0.88337 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782777 3 0.5036 0.52912 0.036 0.012 0.760 0.192
#> SRR1782776 2 0.6851 0.16793 0.088 0.492 0.416 0.004
#> SRR1782778 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.4604 0.75389 0.176 0.784 0.036 0.004
#> SRR1782781 2 0.4398 0.80180 0.104 0.820 0.072 0.004
#> SRR1782779 1 0.1970 0.79826 0.932 0.060 0.008 0.000
#> SRR1782782 4 0.1118 0.75626 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782784 1 0.7004 0.40973 0.580 0.000 0.200 0.220
#> SRR1782783 1 0.2353 0.79700 0.924 0.056 0.008 0.012
#> SRR1782785 1 0.5969 0.76448 0.748 0.052 0.080 0.120
#> SRR1782786 4 0.1118 0.75626 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782787 3 0.2297 0.69385 0.024 0.032 0.932 0.012
#> SRR1782788 4 0.3123 0.76598 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1782790 1 0.2186 0.80054 0.932 0.048 0.008 0.012
#> SRR1782789 2 0.1004 0.88004 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1782791 3 0.7793 0.21358 0.216 0.292 0.484 0.008
#> SRR1782792 2 0.1004 0.88004 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1782793 4 0.7051 0.14360 0.356 0.104 0.008 0.532
#> SRR1782794 3 0.6009 -0.09449 0.040 0.000 0.492 0.468
#> SRR1782795 2 0.4706 0.70426 0.224 0.748 0.000 0.028
#> SRR1782796 2 0.2334 0.86151 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1782798 2 0.1305 0.87716 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1782797 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782799 3 0.5222 0.65064 0.056 0.092 0.796 0.056
#> SRR1782800 1 0.7193 0.72615 0.668 0.104 0.132 0.096
#> SRR1782801 2 0.3266 0.85510 0.040 0.876 0.084 0.000
#> SRR1782802 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.3616 0.66409 0.036 0.112 0.852 0.000
#> SRR1782804 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782805 3 0.2021 0.69322 0.024 0.040 0.936 0.000
#> SRR1782806 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782808 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782807 1 0.4427 0.73110 0.800 0.164 0.008 0.028
#> SRR1782809 3 0.6769 0.03956 0.080 0.436 0.480 0.004
#> SRR1782810 2 0.3355 0.81142 0.160 0.836 0.000 0.004
#> SRR1782812 2 0.1004 0.88004 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1782813 2 0.1576 0.88983 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1782814 3 0.5328 0.56022 0.064 0.212 0.724 0.000
#> SRR1782815 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782816 3 0.8979 0.06864 0.316 0.104 0.432 0.148
#> SRR1782818 1 0.7737 0.61303 0.604 0.060 0.164 0.172
#> SRR1782819 2 0.4706 0.70426 0.224 0.748 0.000 0.028
#> SRR1782817 4 0.3219 0.76167 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782824 1 0.6768 0.62980 0.644 0.036 0.072 0.248
#> SRR1782825 2 0.2345 0.86951 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.5707 0.78228 0.768 0.056 0.080 0.096
#> SRR1782822 2 0.4198 0.73610 0.224 0.768 0.004 0.004
#> SRR1782821 4 0.7660 0.13478 0.396 0.004 0.180 0.420
#> SRR1782823 4 0.2281 0.78883 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1782826 4 0.5365 0.68823 0.176 0.004 0.076 0.744
#> SRR1782830 4 0.3312 0.78954 0.052 0.000 0.072 0.876
#> SRR1782828 2 0.4946 0.78504 0.124 0.784 0.088 0.004
#> SRR1782829 1 0.5655 0.78620 0.772 0.060 0.076 0.092
#> SRR1782831 2 0.2654 0.86273 0.108 0.888 0.000 0.004
#> SRR1782834 2 0.2546 0.85813 0.092 0.900 0.000 0.008
#> SRR1782832 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782835 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782837 2 0.2401 0.87339 0.092 0.904 0.000 0.004
#> SRR1782836 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782838 3 0.0927 0.68719 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1782839 3 0.1629 0.69219 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782840 2 0.1576 0.88983 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1782833 2 0.4741 0.69808 0.228 0.744 0.000 0.028
#> SRR1782842 3 0.3647 0.66886 0.040 0.108 0.852 0.000
#> SRR1782841 4 0.3601 0.77047 0.084 0.000 0.056 0.860
#> SRR1782843 2 0.6020 0.67708 0.168 0.700 0.128 0.004
#> SRR1782845 3 0.5352 0.19495 0.016 0.000 0.596 0.388
#> SRR1782844 3 0.1629 0.69217 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782846 3 0.5361 0.55958 0.060 0.224 0.716 0.000
#> SRR1782847 3 0.4800 0.30686 0.004 0.000 0.656 0.340
#> SRR1782848 3 0.1042 0.68703 0.020 0.008 0.972 0.000
#> SRR1782849 3 0.6846 0.25430 0.116 0.004 0.580 0.300
#> SRR1782850 2 0.7747 0.13042 0.180 0.452 0.360 0.008
#> SRR1782851 1 0.2797 0.80513 0.908 0.056 0.008 0.028
#> SRR1782852 2 0.4318 0.76206 0.208 0.776 0.012 0.004
#> SRR1782853 2 0.0895 0.88758 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1782855 1 0.7993 0.32641 0.504 0.024 0.280 0.192
#> SRR1782856 1 0.6856 0.38325 0.576 0.000 0.140 0.284
#> SRR1782854 2 0.2081 0.87983 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.1576 0.89102 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1782858 3 0.5036 0.52912 0.036 0.012 0.760 0.192
#> SRR1782859 3 0.6709 0.15453 0.076 0.428 0.492 0.004
#> SRR1782860 1 0.6494 0.76580 0.716 0.128 0.076 0.080
#> SRR1782861 3 0.7889 0.01075 0.224 0.008 0.460 0.308
#> SRR1782862 3 0.5497 0.50397 0.044 0.284 0.672 0.000
#> SRR1782863 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782864 3 0.1042 0.69053 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1782866 1 0.7077 0.73361 0.676 0.112 0.128 0.084
#> SRR1782865 4 0.1174 0.76800 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR1782867 1 0.1970 0.79776 0.932 0.060 0.008 0.000
#> SRR1782868 1 0.7171 0.72653 0.668 0.112 0.136 0.084
#> SRR1782872 3 0.5352 0.19495 0.016 0.000 0.596 0.388
#> SRR1782874 1 0.5859 0.79144 0.760 0.088 0.064 0.088
#> SRR1782875 2 0.2500 0.88003 0.040 0.916 0.044 0.000
#> SRR1782870 3 0.3850 0.67263 0.044 0.036 0.868 0.052
#> SRR1782871 3 0.4955 0.01788 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1782877 1 0.3558 0.80085 0.872 0.048 0.008 0.072
#> SRR1782873 2 0.2411 0.88179 0.040 0.920 0.040 0.000
#> SRR1782878 4 0.3464 0.77488 0.076 0.000 0.056 0.868
#> SRR1782879 2 0.6806 0.16938 0.084 0.492 0.420 0.004
#> SRR1782880 1 0.3558 0.80085 0.872 0.048 0.008 0.072
#> SRR1782883 4 0.2888 0.78240 0.004 0.000 0.124 0.872
#> SRR1782881 3 0.2400 0.69350 0.028 0.044 0.924 0.004
#> SRR1782882 2 0.1557 0.88848 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0336 0.67636 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782885 3 0.1929 0.69279 0.024 0.036 0.940 0.000
#> SRR1782886 1 0.5146 0.80211 0.800 0.072 0.044 0.084
#> SRR1782887 3 0.6468 0.38866 0.072 0.348 0.576 0.004
#> SRR1782888 1 0.7899 0.56267 0.576 0.056 0.148 0.220
#> SRR1782889 2 0.2662 0.87736 0.084 0.900 0.016 0.000
#> SRR1782892 3 0.6290 0.19323 0.068 0.000 0.568 0.364
#> SRR1782890 1 0.5969 0.76448 0.748 0.052 0.080 0.120
#> SRR1782891 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.1557 0.88914 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.3767 0.79667 0.860 0.048 0.008 0.084
#> SRR1782897 4 0.6248 0.62977 0.104 0.000 0.252 0.644
#> SRR1782896 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.1302 0.89037 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782900 4 0.3172 0.76288 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1782901 4 0.3032 0.78323 0.008 0.000 0.124 0.868
#> SRR1782899 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.8265 -0.00952 0.380 0.016 0.360 0.244
#> SRR1782903 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.8525 0.33754 0.220 0.100 0.532 0.148
#> SRR1782904 3 0.1833 0.69324 0.024 0.032 0.944 0.000
#> SRR1782907 1 0.5146 0.80211 0.800 0.072 0.044 0.084
#> SRR1782906 1 0.3558 0.80085 0.872 0.048 0.008 0.072
#> SRR1782908 3 0.5208 0.64427 0.052 0.132 0.784 0.032
#> SRR1782909 2 0.4237 0.80681 0.152 0.808 0.040 0.000
#> SRR1782911 1 0.5598 0.78965 0.776 0.064 0.072 0.088
#> SRR1782910 3 0.1629 0.69217 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782912 3 0.4008 0.66886 0.044 0.036 0.860 0.060
#> SRR1782913 3 0.7741 0.35090 0.184 0.036 0.576 0.204
#> SRR1782915 3 0.5000 -0.15326 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1782914 4 0.5637 0.72285 0.112 0.000 0.168 0.720
#> SRR1782916 2 0.4856 0.64973 0.272 0.712 0.008 0.008
#> SRR1782918 3 0.0000 0.67948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.1929 0.69279 0.024 0.036 0.940 0.000
#> SRR1782920 3 0.7869 -0.13376 0.296 0.000 0.392 0.312
#> SRR1782917 3 0.6477 0.26535 0.064 0.392 0.540 0.004
#> SRR1782922 2 0.3272 0.83742 0.128 0.860 0.008 0.004
#> SRR1782921 2 0.2778 0.87614 0.080 0.900 0.016 0.004
#> SRR1782923 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.3647 0.66886 0.040 0.108 0.852 0.000
#> SRR1782926 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.4589 0.61431 0.048 0.168 0.784 0.000
#> SRR1782928 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.3198 0.85815 0.040 0.880 0.080 0.000
#> SRR1782933 2 0.6009 0.30464 0.036 0.560 0.400 0.004
#> SRR1782930 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782931 2 0.2908 0.86846 0.040 0.896 0.064 0.000
#> SRR1782934 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782936 4 0.6216 0.65872 0.120 0.000 0.220 0.660
#> SRR1782937 2 0.1302 0.89079 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1970 0.79776 0.932 0.060 0.008 0.000
#> SRR1782940 1 0.9294 0.35872 0.408 0.188 0.288 0.116
#> SRR1782941 4 0.6083 0.66441 0.112 0.000 0.216 0.672
#> SRR1782942 3 0.4578 0.61929 0.052 0.160 0.788 0.000
#> SRR1782945 3 0.6080 -0.11120 0.044 0.000 0.488 0.468
#> SRR1782944 1 0.6059 0.78532 0.748 0.092 0.072 0.088
#> SRR1782947 4 0.1174 0.76800 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR1782948 2 0.2457 0.88040 0.076 0.912 0.008 0.004
#> SRR1782949 4 0.1174 0.76800 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR1782952 3 0.4948 0.03172 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1782950 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1824 0.88948 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR1782951 4 0.2973 0.78006 0.020 0.000 0.096 0.884
#> SRR1782954 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782955 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782956 2 0.0779 0.88268 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1782957 3 0.1929 0.69314 0.024 0.036 0.940 0.000
#> SRR1782946 3 0.4955 0.01788 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1782959 2 0.2334 0.86151 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR1782958 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782960 4 0.4994 0.20512 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1782961 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782964 3 0.1629 0.69217 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782963 1 0.2353 0.79700 0.924 0.056 0.008 0.012
#> SRR1782965 3 0.4663 0.41523 0.012 0.000 0.716 0.272
#> SRR1782966 2 0.4285 0.78792 0.040 0.804 0.156 0.000
#> SRR1782968 3 0.1629 0.69217 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1782967 3 0.2197 0.69204 0.024 0.048 0.928 0.000
#> SRR1782969 1 0.7136 0.68916 0.660 0.056 0.132 0.152
#> SRR1782970 2 0.0779 0.88268 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1782971 3 0.6777 -0.04509 0.080 0.456 0.460 0.004
#> SRR1782972 3 0.0188 0.68265 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782973 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.4888 0.11656 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782975 1 0.4538 0.75243 0.800 0.148 0.004 0.048
#> SRR1782976 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782977 4 0.4994 0.20512 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1782979 1 0.2156 0.79844 0.928 0.060 0.008 0.004
#> SRR1782980 3 0.6523 0.19969 0.088 0.000 0.564 0.348
#> SRR1782981 2 0.0657 0.88335 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782982 2 0.2586 0.87814 0.040 0.912 0.048 0.000
#> SRR1782985 1 0.5004 0.34928 0.604 0.392 0.004 0.000
#> SRR1782983 3 0.2660 0.68738 0.036 0.056 0.908 0.000
#> SRR1782987 2 0.1211 0.89057 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782984 4 0.2888 0.78240 0.004 0.000 0.124 0.872
#> SRR1782986 3 0.1297 0.68985 0.020 0.016 0.964 0.000
#> SRR1782988 3 0.4578 0.61929 0.052 0.160 0.788 0.000
#> SRR1782990 2 0.2586 0.87825 0.040 0.912 0.048 0.000
#> SRR1782991 3 0.0336 0.67636 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782989 2 0.1209 0.87661 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR1782992 1 0.5677 0.76749 0.764 0.044 0.072 0.120
#> SRR1782993 1 0.2048 0.79829 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1782995 3 0.5746 0.15267 0.032 0.000 0.572 0.396
#> SRR1782994 3 0.5366 0.43484 0.024 0.012 0.700 0.264
#> SRR1782996 3 0.4435 0.66127 0.052 0.048 0.840 0.060
#> SRR1782998 3 0.0927 0.68719 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1782999 1 0.5677 0.76749 0.764 0.044 0.072 0.120
#> SRR1782997 2 0.5713 0.69745 0.192 0.716 0.088 0.004
#> SRR1783000 2 0.7191 0.21867 0.112 0.504 0.376 0.008
#> SRR1783001 3 0.6882 -0.01787 0.108 0.000 0.500 0.392
#> SRR1783002 2 0.1743 0.88818 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR1783003 3 0.3182 0.67387 0.028 0.096 0.876 0.000
#> SRR1783004 2 0.2411 0.88179 0.040 0.920 0.040 0.000
#> SRR1783005 2 0.4900 0.76066 0.180 0.768 0.048 0.004
#> SRR1783006 2 0.0779 0.88227 0.016 0.980 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.1956 0.7801 0.928 0.052 0.000 0.008 0.012
#> SRR1782686 5 0.0451 0.7445 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782687 1 0.2930 0.7639 0.880 0.012 0.000 0.032 0.076
#> SRR1782688 2 0.1197 0.8676 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782690 1 0.2338 0.7825 0.916 0.016 0.000 0.032 0.036
#> SRR1782691 4 0.4856 0.7885 0.004 0.000 0.392 0.584 0.020
#> SRR1782689 5 0.0451 0.7445 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782692 2 0.1644 0.8706 0.048 0.940 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782693 4 0.7408 0.7742 0.060 0.000 0.376 0.408 0.156
#> SRR1782694 2 0.1197 0.8676 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782696 2 0.2822 0.8549 0.064 0.888 0.036 0.012 0.000
#> SRR1782697 2 0.1357 0.8708 0.048 0.948 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782695 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782700 1 0.6596 0.6115 0.640 0.204 0.076 0.032 0.048
#> SRR1782699 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782701 4 0.7184 0.7896 0.044 0.000 0.360 0.440 0.156
#> SRR1782702 2 0.1357 0.8708 0.048 0.948 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782704 2 0.1197 0.8676 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782703 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782705 5 0.0451 0.7418 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782709 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782711 5 0.4078 0.7447 0.004 0.000 0.072 0.128 0.796
#> SRR1782707 4 0.6328 0.7420 0.004 0.000 0.324 0.516 0.156
#> SRR1782706 2 0.4811 0.7392 0.160 0.744 0.084 0.012 0.000
#> SRR1782708 2 0.1597 0.8690 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782712 2 0.2286 0.8526 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782713 2 0.4649 0.7638 0.068 0.720 0.000 0.212 0.000
#> SRR1782710 1 0.4709 0.7846 0.804 0.052 0.036 0.036 0.072
#> SRR1782714 2 0.6922 0.3039 0.316 0.460 0.000 0.208 0.016
#> SRR1782716 2 0.3487 0.8010 0.008 0.780 0.000 0.212 0.000
#> SRR1782715 3 0.1518 0.6084 0.004 0.048 0.944 0.004 0.000
#> SRR1782717 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782718 3 0.7048 0.2613 0.024 0.208 0.464 0.304 0.000
#> SRR1782719 3 0.1934 0.6056 0.004 0.052 0.928 0.016 0.000
#> SRR1782720 2 0.5558 0.6894 0.024 0.652 0.064 0.260 0.000
#> SRR1782721 3 0.8544 0.1054 0.272 0.176 0.364 0.180 0.008
#> SRR1782726 3 0.1074 0.6101 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1782722 3 0.2037 0.6021 0.004 0.064 0.920 0.012 0.000
#> SRR1782723 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782727 2 0.0771 0.8733 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782725 3 0.7048 0.2613 0.024 0.208 0.464 0.304 0.000
#> SRR1782724 1 0.6162 0.7244 0.708 0.084 0.108 0.044 0.056
#> SRR1782728 2 0.2798 0.8401 0.008 0.852 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782730 5 0.6978 0.5430 0.140 0.000 0.096 0.180 0.584
#> SRR1782729 3 0.0451 0.6082 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782733 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782732 2 0.4514 0.7803 0.072 0.740 0.000 0.188 0.000
#> SRR1782735 3 0.5028 -0.4973 0.016 0.000 0.560 0.412 0.012
#> SRR1782731 1 0.5089 0.7253 0.760 0.132 0.056 0.012 0.040
#> SRR1782734 2 0.2886 0.8165 0.148 0.844 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782736 1 0.3867 0.7885 0.848 0.060 0.016 0.032 0.044
#> SRR1782737 3 0.4655 0.2960 0.040 0.020 0.756 0.180 0.004
#> SRR1782738 3 0.6787 0.3106 0.024 0.192 0.528 0.256 0.000
#> SRR1782739 3 0.4427 0.5108 0.008 0.088 0.776 0.128 0.000
#> SRR1782740 4 0.7408 0.7730 0.060 0.000 0.376 0.408 0.156
#> SRR1782741 2 0.4707 0.7539 0.064 0.708 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782742 2 0.2358 0.8492 0.104 0.888 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782743 2 0.2741 0.8519 0.064 0.892 0.032 0.012 0.000
#> SRR1782744 2 0.2857 0.8398 0.112 0.868 0.012 0.008 0.000
#> SRR1782745 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782747 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782750 3 0.8748 -0.1692 0.312 0.080 0.392 0.132 0.084
#> SRR1782749 2 0.1646 0.8678 0.020 0.944 0.032 0.004 0.000
#> SRR1782751 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.2053 0.7791 0.932 0.024 0.004 0.028 0.012
#> SRR1782746 5 0.0963 0.7521 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782753 4 0.6481 0.7146 0.004 0.000 0.320 0.496 0.180
#> SRR1782748 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 4 0.6246 0.7773 0.016 0.000 0.428 0.464 0.092
#> SRR1782755 2 0.0703 0.8728 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.3421 0.8048 0.008 0.788 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782757 2 0.2032 0.8630 0.052 0.924 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782758 3 0.8361 -0.5270 0.236 0.004 0.336 0.304 0.120
#> SRR1782761 2 0.3630 0.8001 0.016 0.780 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782759 1 0.5132 0.7789 0.780 0.056 0.044 0.044 0.076
#> SRR1782762 2 0.1768 0.8619 0.004 0.924 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782760 2 0.4313 0.7951 0.068 0.760 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782764 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782763 2 0.0898 0.8728 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0451 0.6082 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782766 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.2206 0.6004 0.004 0.068 0.912 0.016 0.000
#> SRR1782769 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3556 0.7601 0.020 0.808 0.168 0.004 0.000
#> SRR1782770 3 0.3373 0.5249 0.008 0.168 0.816 0.008 0.000
#> SRR1782774 2 0.2238 0.8533 0.020 0.912 0.064 0.004 0.000
#> SRR1782771 3 0.3373 0.5249 0.008 0.168 0.816 0.008 0.000
#> SRR1782772 3 0.3840 0.4930 0.016 0.196 0.780 0.008 0.000
#> SRR1782773 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.1197 0.8676 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782777 3 0.4976 -0.1556 0.028 0.000 0.660 0.296 0.016
#> SRR1782776 3 0.7175 0.2542 0.032 0.292 0.464 0.212 0.000
#> SRR1782778 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.5225 0.7347 0.164 0.728 0.044 0.064 0.000
#> SRR1782781 2 0.5115 0.7773 0.088 0.756 0.080 0.076 0.000
#> SRR1782779 1 0.1653 0.7750 0.944 0.024 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782782 5 0.0579 0.7439 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR1782784 1 0.7145 0.4567 0.572 0.000 0.148 0.120 0.160
#> SRR1782783 1 0.1893 0.7734 0.936 0.024 0.000 0.028 0.012
#> SRR1782785 1 0.5407 0.7545 0.760 0.036 0.060 0.052 0.092
#> SRR1782786 5 0.0451 0.7418 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782787 3 0.0992 0.6024 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR1782788 5 0.5135 0.6752 0.004 0.000 0.100 0.200 0.696
#> SRR1782790 1 0.1498 0.7791 0.952 0.016 0.000 0.024 0.008
#> SRR1782789 2 0.2286 0.8526 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782791 3 0.7742 0.2307 0.228 0.088 0.496 0.180 0.008
#> SRR1782792 2 0.2286 0.8526 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782793 5 0.6277 0.1835 0.388 0.024 0.000 0.084 0.504
#> SRR1782794 4 0.7005 0.7911 0.036 0.000 0.328 0.480 0.156
#> SRR1782795 2 0.6715 0.5041 0.204 0.520 0.000 0.260 0.016
#> SRR1782796 2 0.4707 0.7539 0.064 0.708 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782798 2 0.3530 0.8043 0.012 0.784 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782797 2 0.3487 0.8010 0.008 0.780 0.000 0.212 0.000
#> SRR1782799 3 0.4655 0.4666 0.036 0.072 0.788 0.100 0.004
#> SRR1782800 1 0.6448 0.7127 0.688 0.080 0.112 0.044 0.076
#> SRR1782801 2 0.2664 0.8356 0.020 0.884 0.092 0.004 0.000
#> SRR1782802 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.2332 0.5963 0.004 0.076 0.904 0.016 0.000
#> SRR1782804 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782805 3 0.0671 0.6125 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1782806 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782808 2 0.2798 0.8401 0.008 0.852 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782807 1 0.3975 0.7049 0.816 0.048 0.000 0.116 0.020
#> SRR1782809 3 0.6762 0.3138 0.024 0.188 0.532 0.256 0.000
#> SRR1782810 2 0.5437 0.7013 0.128 0.652 0.000 0.220 0.000
#> SRR1782812 2 0.2286 0.8526 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782813 2 0.2830 0.8597 0.044 0.876 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782814 3 0.4427 0.5108 0.008 0.088 0.776 0.128 0.000
#> SRR1782815 2 0.2798 0.8401 0.008 0.852 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782816 3 0.8748 -0.1692 0.312 0.080 0.392 0.132 0.084
#> SRR1782818 1 0.7328 0.6200 0.612 0.044 0.136 0.096 0.112
#> SRR1782819 2 0.6715 0.5041 0.204 0.520 0.000 0.260 0.016
#> SRR1782817 5 0.5642 0.5910 0.004 0.000 0.104 0.272 0.620
#> SRR1782824 1 0.6246 0.6513 0.660 0.020 0.048 0.068 0.204
#> SRR1782825 2 0.2136 0.8580 0.088 0.904 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782820 1 0.5033 0.7681 0.784 0.040 0.060 0.036 0.080
#> SRR1782822 2 0.5213 0.6890 0.224 0.680 0.004 0.092 0.000
#> SRR1782821 1 0.7938 -0.0545 0.388 0.004 0.112 0.140 0.356
#> SRR1782823 5 0.4418 0.7352 0.004 0.000 0.060 0.180 0.756
#> SRR1782826 5 0.5309 0.6586 0.172 0.000 0.052 0.056 0.720
#> SRR1782830 5 0.3467 0.7567 0.040 0.000 0.048 0.052 0.860
#> SRR1782828 2 0.4657 0.7599 0.112 0.768 0.104 0.016 0.000
#> SRR1782829 1 0.4963 0.7716 0.788 0.044 0.056 0.032 0.080
#> SRR1782831 2 0.4072 0.8170 0.108 0.792 0.000 0.100 0.000
#> SRR1782834 2 0.4799 0.7635 0.072 0.720 0.000 0.204 0.004
#> SRR1782832 2 0.3487 0.8010 0.008 0.780 0.000 0.212 0.000
#> SRR1782835 2 0.3421 0.8048 0.008 0.788 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782837 2 0.3812 0.8310 0.092 0.812 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782836 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782838 3 0.0794 0.5991 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782839 3 0.0451 0.6081 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782840 2 0.2889 0.8581 0.044 0.872 0.000 0.084 0.000
#> SRR1782833 2 0.6738 0.4960 0.208 0.516 0.000 0.260 0.016
#> SRR1782842 3 0.2444 0.5997 0.012 0.068 0.904 0.016 0.000
#> SRR1782841 5 0.3793 0.7423 0.072 0.000 0.040 0.048 0.840
#> SRR1782843 2 0.5683 0.6516 0.164 0.676 0.140 0.020 0.000
#> SRR1782845 4 0.6246 0.7773 0.016 0.000 0.428 0.464 0.092
#> SRR1782844 3 0.0451 0.6082 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782846 3 0.3940 0.4802 0.016 0.208 0.768 0.008 0.000
#> SRR1782847 3 0.5368 -0.6999 0.008 0.000 0.480 0.476 0.036
#> SRR1782848 3 0.0955 0.6023 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR1782849 3 0.7376 -0.6120 0.108 0.000 0.448 0.352 0.092
#> SRR1782850 2 0.7068 -0.0733 0.152 0.420 0.392 0.036 0.000
#> SRR1782851 1 0.1612 0.7858 0.948 0.024 0.000 0.016 0.012
#> SRR1782852 2 0.6322 0.5693 0.216 0.568 0.008 0.208 0.000
#> SRR1782853 2 0.1364 0.8715 0.012 0.952 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782855 1 0.8058 0.2980 0.492 0.024 0.232 0.144 0.108
#> SRR1782856 1 0.6963 0.4246 0.568 0.000 0.096 0.104 0.232
#> SRR1782854 2 0.1894 0.8655 0.072 0.920 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782857 2 0.2228 0.8725 0.040 0.912 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782858 3 0.4976 -0.1556 0.028 0.000 0.660 0.296 0.016
#> SRR1782859 3 0.5594 0.2354 0.048 0.408 0.532 0.012 0.000
#> SRR1782860 1 0.5691 0.7424 0.736 0.104 0.064 0.024 0.072
#> SRR1782861 3 0.8315 -0.5410 0.216 0.004 0.348 0.312 0.120
#> SRR1782862 3 0.4671 0.4353 0.016 0.232 0.720 0.032 0.000
#> SRR1782863 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782864 3 0.0955 0.6029 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR1782866 1 0.6224 0.7226 0.704 0.084 0.108 0.044 0.060
#> SRR1782865 5 0.3074 0.7250 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782867 1 0.1653 0.7754 0.944 0.028 0.000 0.024 0.004
#> SRR1782868 1 0.6315 0.7155 0.696 0.084 0.116 0.044 0.060
#> SRR1782872 4 0.6246 0.7773 0.016 0.000 0.428 0.464 0.092
#> SRR1782874 1 0.5068 0.7725 0.780 0.068 0.052 0.024 0.076
#> SRR1782875 2 0.1885 0.8636 0.020 0.932 0.044 0.004 0.000
#> SRR1782870 3 0.3241 0.4961 0.028 0.012 0.856 0.104 0.000
#> SRR1782871 4 0.4986 0.8014 0.004 0.000 0.356 0.608 0.032
#> SRR1782877 1 0.2417 0.7827 0.912 0.016 0.000 0.032 0.040
#> SRR1782873 2 0.1808 0.8652 0.020 0.936 0.040 0.004 0.000
#> SRR1782878 5 0.3520 0.7488 0.064 0.000 0.040 0.040 0.856
#> SRR1782879 3 0.7007 0.2672 0.024 0.200 0.472 0.304 0.000
#> SRR1782880 1 0.2417 0.7827 0.912 0.016 0.000 0.032 0.040
#> SRR1782883 5 0.4450 0.7330 0.004 0.000 0.080 0.152 0.764
#> SRR1782881 3 0.1074 0.6101 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1782882 2 0.0963 0.8715 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.1608 0.5682 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1782885 3 0.0290 0.6104 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4575 0.7857 0.812 0.056 0.032 0.036 0.064
#> SRR1782887 3 0.5393 0.3312 0.040 0.320 0.620 0.020 0.000
#> SRR1782888 1 0.7564 0.5824 0.584 0.040 0.120 0.100 0.156
#> SRR1782889 2 0.2331 0.8590 0.064 0.908 0.024 0.004 0.000
#> SRR1782892 4 0.6903 0.7336 0.064 0.000 0.420 0.432 0.084
#> SRR1782890 1 0.5407 0.7545 0.760 0.036 0.060 0.052 0.092
#> SRR1782891 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.1124 0.8719 0.036 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782894 1 0.2640 0.7793 0.900 0.016 0.000 0.032 0.052
#> SRR1782897 5 0.7468 0.3484 0.100 0.000 0.144 0.252 0.504
#> SRR1782896 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0703 0.8729 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.5243 0.6645 0.004 0.000 0.104 0.208 0.684
#> SRR1782901 5 0.4316 0.7404 0.008 0.000 0.080 0.128 0.784
#> SRR1782899 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.8636 -0.1268 0.368 0.016 0.276 0.188 0.152
#> SRR1782903 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.8412 -0.1312 0.216 0.072 0.484 0.152 0.076
#> SRR1782904 3 0.0451 0.6108 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1782907 1 0.4575 0.7857 0.812 0.056 0.032 0.036 0.064
#> SRR1782906 1 0.2417 0.7827 0.912 0.016 0.000 0.032 0.040
#> SRR1782908 3 0.4442 0.5096 0.032 0.104 0.800 0.060 0.004
#> SRR1782909 2 0.3946 0.7968 0.140 0.804 0.048 0.008 0.000
#> SRR1782911 1 0.4886 0.7737 0.792 0.048 0.052 0.028 0.080
#> SRR1782910 3 0.0451 0.6082 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782912 3 0.3344 0.4834 0.028 0.012 0.848 0.112 0.000
#> SRR1782913 3 0.7752 -0.3331 0.180 0.020 0.496 0.244 0.060
#> SRR1782915 4 0.5879 0.7803 0.004 0.000 0.328 0.564 0.104
#> SRR1782914 5 0.6766 0.5911 0.112 0.000 0.096 0.188 0.604
#> SRR1782916 2 0.5646 0.5956 0.280 0.624 0.004 0.088 0.004
#> SRR1782918 3 0.1341 0.5831 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1782919 3 0.0290 0.6104 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.8417 -0.4633 0.284 0.000 0.296 0.272 0.148
#> SRR1782917 3 0.5546 0.2867 0.040 0.364 0.576 0.020 0.000
#> SRR1782922 2 0.5580 0.7026 0.100 0.644 0.008 0.248 0.000
#> SRR1782921 2 0.2656 0.8539 0.064 0.896 0.028 0.012 0.000
#> SRR1782923 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.2444 0.5997 0.012 0.068 0.904 0.016 0.000
#> SRR1782926 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.3167 0.5437 0.008 0.148 0.836 0.008 0.000
#> SRR1782928 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2608 0.8385 0.020 0.888 0.088 0.004 0.000
#> SRR1782933 3 0.7062 0.2242 0.016 0.248 0.432 0.304 0.000
#> SRR1782930 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782931 2 0.2304 0.8510 0.020 0.908 0.068 0.004 0.000
#> SRR1782934 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.7387 0.4063 0.112 0.000 0.136 0.224 0.528
#> SRR1782937 2 0.1012 0.8735 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782939 1 0.1653 0.7754 0.944 0.028 0.000 0.024 0.004
#> SRR1782940 1 0.8740 0.2980 0.420 0.160 0.264 0.084 0.072
#> SRR1782941 5 0.7286 0.4218 0.104 0.000 0.136 0.220 0.540
#> SRR1782942 3 0.3044 0.5440 0.008 0.148 0.840 0.004 0.000
#> SRR1782945 4 0.7257 0.7763 0.040 0.000 0.336 0.440 0.184
#> SRR1782944 1 0.5259 0.7666 0.768 0.072 0.060 0.024 0.076
#> SRR1782947 5 0.2516 0.7459 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782948 2 0.2297 0.8584 0.060 0.912 0.020 0.008 0.000
#> SRR1782949 5 0.2516 0.7459 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782952 4 0.4924 0.8003 0.004 0.000 0.360 0.608 0.028
#> SRR1782950 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.2300 0.8715 0.052 0.908 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782951 5 0.4575 0.6676 0.000 0.000 0.052 0.236 0.712
#> SRR1782954 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782955 2 0.3013 0.8292 0.008 0.832 0.000 0.160 0.000
#> SRR1782956 2 0.1430 0.8663 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782957 3 0.0290 0.6108 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782946 4 0.5057 0.8007 0.004 0.000 0.356 0.604 0.036
#> SRR1782959 2 0.4589 0.7662 0.064 0.724 0.000 0.212 0.000
#> SRR1782958 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 4 0.6451 0.7261 0.004 0.000 0.328 0.496 0.172
#> SRR1782961 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782964 3 0.0451 0.6082 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782963 1 0.1893 0.7734 0.936 0.024 0.000 0.028 0.012
#> SRR1782965 3 0.5028 -0.4973 0.016 0.000 0.560 0.412 0.012
#> SRR1782966 2 0.3556 0.7601 0.020 0.808 0.168 0.004 0.000
#> SRR1782968 3 0.0451 0.6082 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1782967 3 0.0609 0.6132 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.6646 0.6898 0.672 0.040 0.108 0.088 0.092
#> SRR1782970 2 0.1430 0.8663 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782971 3 0.6836 0.2992 0.024 0.184 0.512 0.280 0.000
#> SRR1782972 3 0.1270 0.5869 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782973 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 4 0.4856 0.7885 0.004 0.000 0.392 0.584 0.020
#> SRR1782975 1 0.3921 0.7417 0.828 0.072 0.000 0.076 0.024
#> SRR1782976 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 4 0.6451 0.7261 0.004 0.000 0.328 0.496 0.172
#> SRR1782979 1 0.1743 0.7757 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782980 3 0.7155 -0.7148 0.080 0.000 0.424 0.404 0.092
#> SRR1782981 2 0.1282 0.8681 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782982 2 0.1960 0.8619 0.020 0.928 0.048 0.004 0.000
#> SRR1782985 1 0.4686 0.3142 0.596 0.384 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782983 3 0.1412 0.6115 0.004 0.036 0.952 0.008 0.000
#> SRR1782987 2 0.0609 0.8731 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.4239 0.7392 0.004 0.000 0.080 0.132 0.784
#> SRR1782986 3 0.0771 0.6051 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR1782988 3 0.3044 0.5440 0.008 0.148 0.840 0.004 0.000
#> SRR1782990 2 0.2086 0.8614 0.020 0.924 0.048 0.008 0.000
#> SRR1782991 3 0.1608 0.5682 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1782989 2 0.2798 0.8401 0.008 0.852 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782992 1 0.5117 0.7581 0.776 0.028 0.056 0.048 0.092
#> SRR1782993 1 0.1743 0.7752 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782995 4 0.6813 0.7796 0.036 0.000 0.408 0.440 0.116
#> SRR1782994 3 0.5321 -0.4843 0.024 0.000 0.568 0.388 0.020
#> SRR1782996 3 0.3843 0.4520 0.036 0.024 0.824 0.116 0.000
#> SRR1782998 3 0.0880 0.5975 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782999 1 0.5117 0.7581 0.776 0.028 0.056 0.048 0.092
#> SRR1782997 2 0.5452 0.6738 0.188 0.692 0.100 0.020 0.000
#> SRR1783000 2 0.6492 0.0610 0.096 0.476 0.404 0.020 0.004
#> SRR1783001 4 0.7812 0.7261 0.104 0.000 0.364 0.380 0.152
#> SRR1783002 2 0.3159 0.8524 0.056 0.856 0.000 0.088 0.000
#> SRR1783003 3 0.1934 0.6056 0.004 0.052 0.928 0.016 0.000
#> SRR1783004 2 0.1808 0.8652 0.020 0.936 0.040 0.004 0.000
#> SRR1783005 2 0.5103 0.7486 0.172 0.732 0.056 0.040 0.000
#> SRR1783006 2 0.1571 0.8659 0.004 0.936 0.000 0.060 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.2078 0.7455 0.912 0.044 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1782686 5 0.0767 0.7374 0.008 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004
#> SRR1782687 1 0.2696 0.7331 0.888 0.016 0.000 0.024 0.060 0.012
#> SRR1782688 2 0.1606 0.7581 0.000 0.932 0.000 0.056 0.004 0.008
#> SRR1782690 1 0.1989 0.7448 0.928 0.016 0.000 0.020 0.024 0.012
#> SRR1782691 6 0.3679 0.6997 0.000 0.000 0.192 0.024 0.012 0.772
#> SRR1782689 5 0.0767 0.7374 0.008 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004
#> SRR1782692 2 0.1116 0.7857 0.028 0.960 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782693 6 0.5680 0.6917 0.052 0.000 0.208 0.000 0.112 0.628
#> SRR1782694 2 0.1606 0.7581 0.000 0.932 0.000 0.056 0.004 0.008
#> SRR1782696 2 0.2669 0.7557 0.044 0.892 0.028 0.028 0.000 0.008
#> SRR1782697 2 0.0858 0.7861 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782700 1 0.7010 0.6006 0.596 0.180 0.048 0.080 0.044 0.052
#> SRR1782699 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782701 6 0.5604 0.6941 0.036 0.000 0.196 0.008 0.112 0.648
#> SRR1782702 2 0.0858 0.7861 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.1606 0.7581 0.000 0.932 0.000 0.056 0.004 0.008
#> SRR1782703 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782705 5 0.1065 0.7332 0.008 0.000 0.000 0.020 0.964 0.008
#> SRR1782709 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782711 5 0.3136 0.7452 0.000 0.000 0.016 0.000 0.796 0.188
#> SRR1782707 6 0.4944 0.5682 0.000 0.000 0.132 0.028 0.136 0.704
#> SRR1782706 2 0.5052 0.5445 0.132 0.724 0.072 0.064 0.000 0.008
#> SRR1782708 2 0.1931 0.7587 0.004 0.916 0.000 0.068 0.004 0.008
#> SRR1782712 2 0.3753 0.3584 0.000 0.696 0.000 0.292 0.004 0.008
#> SRR1782713 4 0.4463 0.6198 0.036 0.376 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.4351 0.7478 0.808 0.044 0.020 0.020 0.064 0.044
#> SRR1782714 4 0.5860 0.3912 0.312 0.168 0.000 0.512 0.004 0.004
#> SRR1782716 4 0.4169 0.5360 0.012 0.456 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.1760 0.7313 0.000 0.048 0.928 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782717 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782718 4 0.6823 -0.1250 0.020 0.068 0.388 0.424 0.000 0.100
#> SRR1782719 3 0.2400 0.7246 0.004 0.040 0.900 0.048 0.000 0.008
#> SRR1782720 4 0.6039 0.5183 0.016 0.416 0.036 0.468 0.000 0.064
#> SRR1782721 3 0.8055 0.0503 0.268 0.064 0.328 0.280 0.008 0.052
#> SRR1782726 3 0.1616 0.7352 0.000 0.012 0.940 0.028 0.000 0.020
#> SRR1782722 3 0.2401 0.7200 0.000 0.060 0.892 0.044 0.000 0.004
#> SRR1782723 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782727 2 0.0146 0.7914 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.6823 -0.1250 0.020 0.068 0.388 0.424 0.000 0.100
#> SRR1782724 1 0.6387 0.6969 0.676 0.072 0.072 0.044 0.056 0.080
#> SRR1782728 2 0.4346 -0.0809 0.008 0.588 0.000 0.392 0.004 0.008
#> SRR1782730 5 0.5893 0.5440 0.148 0.000 0.016 0.008 0.572 0.256
#> SRR1782729 3 0.0508 0.7347 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782733 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782732 4 0.4768 0.5695 0.052 0.416 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782735 6 0.4280 0.4960 0.008 0.000 0.428 0.008 0.000 0.556
#> SRR1782731 1 0.5590 0.7039 0.724 0.104 0.036 0.068 0.036 0.032
#> SRR1782734 2 0.2843 0.6978 0.116 0.848 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.3380 0.7519 0.860 0.048 0.004 0.020 0.036 0.032
#> SRR1782737 3 0.4612 0.3778 0.032 0.012 0.684 0.012 0.000 0.260
#> SRR1782738 3 0.6726 0.2396 0.016 0.064 0.448 0.368 0.000 0.104
#> SRR1782739 3 0.5172 0.5819 0.000 0.056 0.696 0.148 0.000 0.100
#> SRR1782740 6 0.5704 0.6914 0.052 0.000 0.212 0.000 0.112 0.624
#> SRR1782741 4 0.4306 0.6388 0.032 0.344 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.2474 0.7370 0.080 0.880 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.2471 0.7531 0.040 0.896 0.020 0.044 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.2966 0.7193 0.088 0.856 0.008 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782747 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782750 3 0.8592 -0.2620 0.292 0.068 0.308 0.036 0.064 0.232
#> SRR1782749 2 0.1405 0.7751 0.000 0.948 0.024 0.024 0.000 0.004
#> SRR1782751 2 0.0146 0.7920 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3968 0.7141 0.792 0.036 0.000 0.140 0.012 0.020
#> SRR1782746 5 0.1297 0.7463 0.000 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR1782753 6 0.5151 0.5394 0.000 0.000 0.132 0.028 0.160 0.680
#> SRR1782748 2 0.0146 0.7920 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782754 6 0.4811 0.7329 0.008 0.000 0.244 0.008 0.064 0.676
#> SRR1782755 2 0.0146 0.7921 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4089 0.5112 0.008 0.468 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.1700 0.7753 0.024 0.936 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782758 6 0.7080 0.4873 0.240 0.004 0.196 0.004 0.084 0.472
#> SRR1782761 4 0.4279 0.5645 0.012 0.436 0.000 0.548 0.000 0.004
#> SRR1782759 1 0.4595 0.7437 0.792 0.044 0.020 0.020 0.060 0.064
#> SRR1782762 2 0.2989 0.6198 0.000 0.812 0.000 0.176 0.004 0.008
#> SRR1782760 4 0.4748 0.5214 0.048 0.448 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782763 2 0.0260 0.7914 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0291 0.7352 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782766 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.2726 0.7182 0.004 0.056 0.880 0.052 0.000 0.008
#> SRR1782769 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3381 0.5996 0.000 0.808 0.148 0.040 0.000 0.004
#> SRR1782770 3 0.3694 0.6422 0.000 0.156 0.788 0.048 0.000 0.008
#> SRR1782774 2 0.2074 0.7478 0.000 0.912 0.048 0.036 0.000 0.004
#> SRR1782771 3 0.3694 0.6422 0.000 0.156 0.788 0.048 0.000 0.008
#> SRR1782772 3 0.4312 0.6091 0.004 0.176 0.748 0.056 0.000 0.016
#> SRR1782773 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.1606 0.7581 0.000 0.932 0.000 0.056 0.004 0.008
#> SRR1782777 3 0.4353 -0.0217 0.020 0.000 0.588 0.004 0.000 0.388
#> SRR1782776 3 0.7409 0.0685 0.024 0.196 0.400 0.308 0.000 0.072
#> SRR1782778 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.6107 0.3885 0.136 0.624 0.036 0.180 0.004 0.020
#> SRR1782781 2 0.6065 0.3862 0.064 0.628 0.072 0.212 0.004 0.020
#> SRR1782779 1 0.3965 0.7077 0.772 0.036 0.000 0.172 0.004 0.016
#> SRR1782782 5 0.0881 0.7347 0.008 0.000 0.000 0.012 0.972 0.008
#> SRR1782784 1 0.6391 0.4506 0.580 0.000 0.076 0.008 0.140 0.196
#> SRR1782783 1 0.3862 0.7066 0.792 0.036 0.000 0.148 0.008 0.016
#> SRR1782785 1 0.4916 0.7180 0.768 0.032 0.032 0.016 0.076 0.076
#> SRR1782786 5 0.1065 0.7332 0.008 0.000 0.000 0.020 0.964 0.008
#> SRR1782787 3 0.1116 0.7312 0.000 0.004 0.960 0.008 0.000 0.028
#> SRR1782788 5 0.4152 0.6881 0.000 0.000 0.028 0.008 0.696 0.268
#> SRR1782790 1 0.3178 0.7166 0.816 0.016 0.000 0.160 0.004 0.004
#> SRR1782789 2 0.3628 0.4210 0.000 0.720 0.000 0.268 0.004 0.008
#> SRR1782791 3 0.7294 0.2678 0.244 0.016 0.456 0.216 0.008 0.060
#> SRR1782792 2 0.3628 0.4210 0.000 0.720 0.000 0.268 0.004 0.008
#> SRR1782793 5 0.5554 0.1492 0.424 0.000 0.000 0.072 0.480 0.024
#> SRR1782794 6 0.5317 0.6845 0.028 0.000 0.152 0.016 0.112 0.692
#> SRR1782795 4 0.5306 0.5506 0.192 0.168 0.000 0.632 0.004 0.004
#> SRR1782796 4 0.4306 0.6388 0.032 0.344 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.4172 0.5259 0.012 0.460 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.4169 0.5360 0.012 0.456 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.4621 0.5781 0.032 0.060 0.756 0.016 0.000 0.136
#> SRR1782800 1 0.6592 0.6856 0.660 0.068 0.076 0.044 0.068 0.084
#> SRR1782801 2 0.2493 0.7157 0.000 0.884 0.076 0.036 0.000 0.004
#> SRR1782802 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.2649 0.7149 0.000 0.068 0.876 0.052 0.000 0.004
#> SRR1782804 3 0.1610 0.7080 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782805 3 0.0748 0.7382 0.000 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782806 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782808 2 0.4346 -0.0809 0.008 0.588 0.000 0.392 0.004 0.008
#> SRR1782807 1 0.3900 0.6343 0.724 0.000 0.000 0.248 0.016 0.012
#> SRR1782809 3 0.6714 0.2468 0.016 0.060 0.448 0.368 0.000 0.108
#> SRR1782810 4 0.4482 0.6237 0.048 0.324 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.3606 0.4323 0.000 0.724 0.000 0.264 0.004 0.008
#> SRR1782813 2 0.3651 0.5584 0.048 0.772 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.5172 0.5819 0.000 0.056 0.696 0.148 0.000 0.100
#> SRR1782815 2 0.4346 -0.0809 0.008 0.588 0.000 0.392 0.004 0.008
#> SRR1782816 3 0.8592 -0.2620 0.292 0.068 0.308 0.036 0.064 0.232
#> SRR1782818 1 0.6876 0.6086 0.612 0.036 0.076 0.032 0.092 0.152
#> SRR1782819 4 0.5306 0.5506 0.192 0.168 0.000 0.632 0.004 0.004
#> SRR1782817 5 0.4607 0.5884 0.000 0.000 0.028 0.012 0.604 0.356
#> SRR1782824 1 0.5790 0.6384 0.672 0.024 0.032 0.016 0.180 0.076
#> SRR1782825 2 0.2237 0.7520 0.068 0.896 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.4677 0.7353 0.788 0.036 0.036 0.016 0.064 0.060
#> SRR1782822 2 0.5867 -0.1438 0.196 0.496 0.004 0.304 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.6978 -0.0622 0.404 0.000 0.036 0.016 0.324 0.220
#> SRR1782823 5 0.3535 0.7344 0.000 0.000 0.012 0.008 0.760 0.220
#> SRR1782826 5 0.5171 0.6450 0.176 0.000 0.008 0.024 0.688 0.104
#> SRR1782830 5 0.3591 0.7482 0.040 0.000 0.008 0.024 0.828 0.100
#> SRR1782828 2 0.4773 0.5892 0.088 0.756 0.084 0.060 0.000 0.012
#> SRR1782829 1 0.4686 0.7380 0.788 0.040 0.036 0.016 0.064 0.056
#> SRR1782831 2 0.4945 0.0633 0.084 0.588 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.4563 0.6281 0.044 0.368 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.4169 0.5360 0.012 0.456 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.4091 0.5006 0.008 0.472 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.4814 0.1710 0.080 0.616 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782838 3 0.1082 0.7290 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1782839 3 0.0767 0.7361 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782840 2 0.3806 0.5160 0.048 0.752 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.5332 0.5474 0.196 0.168 0.000 0.628 0.004 0.004
#> SRR1782842 3 0.2582 0.7243 0.008 0.060 0.892 0.028 0.000 0.012
#> SRR1782841 5 0.3932 0.7310 0.080 0.000 0.008 0.024 0.808 0.080
#> SRR1782843 2 0.5988 0.4169 0.140 0.648 0.120 0.076 0.000 0.016
#> SRR1782845 6 0.4811 0.7329 0.008 0.000 0.244 0.008 0.064 0.676
#> SRR1782844 3 0.0291 0.7352 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782846 3 0.4406 0.5953 0.004 0.188 0.736 0.056 0.000 0.016
#> SRR1782847 6 0.4064 0.7222 0.008 0.000 0.284 0.008 0.008 0.692
#> SRR1782848 3 0.1082 0.7291 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782849 6 0.6312 0.6351 0.104 0.004 0.304 0.004 0.052 0.532
#> SRR1782850 2 0.7724 -0.0844 0.124 0.388 0.332 0.100 0.000 0.056
#> SRR1782851 1 0.1237 0.7468 0.956 0.020 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782852 4 0.5944 0.5783 0.204 0.248 0.008 0.536 0.000 0.004
#> SRR1782853 2 0.1226 0.7735 0.000 0.952 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1782855 1 0.7435 0.2961 0.492 0.024 0.140 0.016 0.084 0.244
#> SRR1782856 1 0.6101 0.4043 0.580 0.000 0.032 0.008 0.212 0.168
#> SRR1782854 2 0.1616 0.7716 0.048 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.2771 0.6892 0.032 0.852 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4353 -0.0217 0.020 0.000 0.588 0.004 0.000 0.388
#> SRR1782859 3 0.5929 0.2212 0.040 0.380 0.508 0.060 0.000 0.012
#> SRR1782860 1 0.5969 0.7163 0.704 0.088 0.032 0.052 0.060 0.064
#> SRR1782861 6 0.7038 0.5151 0.216 0.004 0.208 0.004 0.084 0.484
#> SRR1782862 3 0.5336 0.5485 0.016 0.184 0.672 0.112 0.000 0.016
#> SRR1782863 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782864 3 0.1555 0.7242 0.000 0.004 0.932 0.004 0.000 0.060
#> SRR1782866 1 0.6435 0.6950 0.672 0.072 0.072 0.044 0.056 0.084
#> SRR1782865 5 0.3078 0.7117 0.000 0.000 0.000 0.012 0.796 0.192
#> SRR1782867 1 0.3897 0.7074 0.780 0.036 0.000 0.164 0.004 0.016
#> SRR1782868 1 0.6470 0.6914 0.668 0.072 0.080 0.040 0.056 0.084
#> SRR1782872 6 0.4811 0.7329 0.008 0.000 0.244 0.008 0.064 0.676
#> SRR1782874 1 0.5304 0.7367 0.752 0.052 0.028 0.044 0.064 0.060
#> SRR1782875 2 0.1636 0.7665 0.000 0.936 0.036 0.024 0.000 0.004
#> SRR1782870 3 0.3432 0.6223 0.020 0.012 0.816 0.008 0.000 0.144
#> SRR1782871 6 0.3687 0.6824 0.000 0.000 0.164 0.032 0.016 0.788
#> SRR1782877 1 0.2069 0.7451 0.924 0.016 0.000 0.020 0.028 0.012
#> SRR1782873 2 0.1642 0.7673 0.000 0.936 0.032 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782878 5 0.3715 0.7381 0.064 0.000 0.008 0.024 0.824 0.080
#> SRR1782879 4 0.6772 -0.1452 0.020 0.060 0.392 0.424 0.000 0.104
#> SRR1782880 1 0.2069 0.7451 0.924 0.016 0.000 0.020 0.028 0.012
#> SRR1782883 5 0.3599 0.7327 0.000 0.000 0.020 0.004 0.756 0.220
#> SRR1782881 3 0.1616 0.7352 0.000 0.012 0.940 0.028 0.000 0.020
#> SRR1782882 2 0.0520 0.7903 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.2191 0.6796 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.120
#> SRR1782885 3 0.0508 0.7359 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.3910 0.7478 0.828 0.044 0.008 0.012 0.052 0.056
#> SRR1782887 3 0.5805 0.4152 0.032 0.296 0.584 0.072 0.000 0.016
#> SRR1782888 1 0.7011 0.5792 0.588 0.032 0.064 0.028 0.136 0.152
#> SRR1782889 2 0.2188 0.7611 0.036 0.912 0.020 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782892 6 0.5530 0.7150 0.052 0.004 0.268 0.004 0.048 0.624
#> SRR1782890 1 0.4916 0.7180 0.768 0.032 0.032 0.016 0.076 0.076
#> SRR1782891 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0622 0.7901 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.2290 0.7431 0.912 0.016 0.000 0.020 0.040 0.012
#> SRR1782897 5 0.6296 0.3825 0.116 0.000 0.044 0.004 0.484 0.352
#> SRR1782896 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0146 0.7923 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.4288 0.6805 0.000 0.000 0.028 0.012 0.684 0.276
#> SRR1782901 5 0.3393 0.7421 0.004 0.000 0.020 0.000 0.784 0.192
#> SRR1782899 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.7804 -0.0988 0.372 0.004 0.148 0.032 0.116 0.328
#> SRR1782903 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.8274 -0.1809 0.204 0.056 0.400 0.032 0.064 0.244
#> SRR1782904 3 0.0436 0.7364 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782907 1 0.3910 0.7478 0.828 0.044 0.008 0.012 0.052 0.056
#> SRR1782906 1 0.2069 0.7451 0.924 0.016 0.000 0.020 0.028 0.012
#> SRR1782908 3 0.4909 0.6266 0.024 0.084 0.752 0.052 0.000 0.088
#> SRR1782909 2 0.4120 0.6345 0.116 0.784 0.040 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.4922 0.7404 0.776 0.044 0.032 0.028 0.064 0.056
#> SRR1782910 3 0.0508 0.7347 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782912 3 0.3508 0.6116 0.020 0.012 0.808 0.008 0.000 0.152
#> SRR1782913 3 0.7428 -0.4070 0.160 0.020 0.384 0.020 0.048 0.368
#> SRR1782915 6 0.4431 0.6240 0.000 0.000 0.136 0.028 0.084 0.752
#> SRR1782914 5 0.5740 0.5968 0.120 0.000 0.020 0.008 0.596 0.256
#> SRR1782916 2 0.6199 -0.2107 0.252 0.448 0.004 0.292 0.004 0.000
#> SRR1782918 3 0.1858 0.7014 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1782919 3 0.0508 0.7359 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782920 6 0.7384 0.3563 0.284 0.004 0.164 0.008 0.112 0.428
#> SRR1782917 3 0.5945 0.3164 0.032 0.340 0.540 0.072 0.000 0.016
#> SRR1782922 4 0.5059 0.6321 0.068 0.276 0.008 0.640 0.004 0.004
#> SRR1782921 2 0.2384 0.7561 0.040 0.900 0.016 0.044 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.2582 0.7243 0.008 0.060 0.892 0.028 0.000 0.012
#> SRR1782926 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.3441 0.6632 0.000 0.136 0.812 0.044 0.000 0.008
#> SRR1782928 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2437 0.7210 0.000 0.888 0.072 0.036 0.000 0.004
#> SRR1782933 4 0.6096 -0.0171 0.020 0.044 0.356 0.520 0.000 0.060
#> SRR1782930 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782931 2 0.2138 0.7443 0.000 0.908 0.052 0.036 0.000 0.004
#> SRR1782934 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.6311 0.4263 0.128 0.000 0.044 0.004 0.508 0.316
#> SRR1782937 2 0.0458 0.7887 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3897 0.7065 0.780 0.036 0.000 0.164 0.004 0.016
#> SRR1782940 1 0.8831 0.2834 0.388 0.136 0.216 0.056 0.064 0.140
#> SRR1782941 5 0.6203 0.4475 0.116 0.000 0.044 0.004 0.524 0.312
#> SRR1782942 3 0.3331 0.6647 0.000 0.136 0.816 0.044 0.000 0.004
#> SRR1782945 6 0.5565 0.6684 0.032 0.000 0.164 0.008 0.140 0.656
#> SRR1782944 1 0.5490 0.7314 0.740 0.056 0.032 0.044 0.064 0.064
#> SRR1782947 5 0.2346 0.7406 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR1782948 2 0.2081 0.7637 0.036 0.916 0.012 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.2346 0.7406 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR1782952 6 0.3523 0.6836 0.000 0.000 0.164 0.028 0.012 0.796
#> SRR1782950 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.2706 0.7089 0.036 0.860 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.3895 0.6436 0.000 0.000 0.008 0.012 0.700 0.280
#> SRR1782954 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782955 2 0.4208 -0.3202 0.008 0.536 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1782956 2 0.1845 0.7453 0.000 0.916 0.000 0.072 0.004 0.008
#> SRR1782957 3 0.0508 0.7361 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782946 6 0.3771 0.6804 0.000 0.000 0.164 0.032 0.020 0.784
#> SRR1782959 4 0.4409 0.6186 0.032 0.380 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 6 0.5154 0.5468 0.000 0.000 0.136 0.028 0.156 0.680
#> SRR1782961 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782964 3 0.0291 0.7352 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782963 1 0.3862 0.7066 0.792 0.036 0.000 0.148 0.008 0.016
#> SRR1782965 6 0.4280 0.4960 0.008 0.000 0.428 0.008 0.000 0.556
#> SRR1782966 2 0.3381 0.5996 0.000 0.808 0.148 0.040 0.000 0.004
#> SRR1782968 3 0.0508 0.7347 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782967 3 0.0909 0.7374 0.000 0.012 0.968 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.5972 0.6615 0.684 0.036 0.068 0.012 0.076 0.124
#> SRR1782970 2 0.2213 0.7227 0.000 0.888 0.000 0.100 0.004 0.008
#> SRR1782971 3 0.6917 0.2014 0.016 0.084 0.436 0.360 0.000 0.104
#> SRR1782972 3 0.1663 0.7059 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782973 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 6 0.3679 0.6997 0.000 0.000 0.192 0.024 0.012 0.772
#> SRR1782975 1 0.2839 0.7148 0.872 0.024 0.000 0.084 0.012 0.008
#> SRR1782976 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 6 0.5154 0.5468 0.000 0.000 0.136 0.028 0.156 0.680
#> SRR1782979 1 0.3897 0.7058 0.780 0.036 0.000 0.164 0.004 0.016
#> SRR1782980 6 0.5695 0.6927 0.068 0.004 0.276 0.000 0.052 0.600
#> SRR1782981 2 0.1728 0.7522 0.000 0.924 0.000 0.064 0.004 0.008
#> SRR1782982 2 0.1788 0.7604 0.000 0.928 0.040 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782985 1 0.5537 0.2108 0.492 0.368 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.1268 0.7363 0.000 0.036 0.952 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782987 2 0.0000 0.7926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.3345 0.7400 0.000 0.000 0.020 0.000 0.776 0.204
#> SRR1782986 3 0.0858 0.7320 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782988 3 0.3331 0.6647 0.000 0.136 0.816 0.044 0.000 0.004
#> SRR1782990 2 0.1864 0.7591 0.000 0.924 0.040 0.032 0.000 0.004
#> SRR1782991 3 0.2191 0.6796 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000 0.120
#> SRR1782989 2 0.4346 -0.0809 0.008 0.588 0.000 0.392 0.004 0.008
#> SRR1782992 1 0.4665 0.7273 0.784 0.032 0.032 0.012 0.076 0.064
#> SRR1782993 1 0.4125 0.7010 0.752 0.036 0.000 0.192 0.004 0.016
#> SRR1782995 6 0.5198 0.7238 0.028 0.000 0.248 0.000 0.080 0.644
#> SRR1782994 6 0.4594 0.4992 0.016 0.000 0.436 0.008 0.004 0.536
#> SRR1782996 3 0.4029 0.5496 0.028 0.012 0.772 0.016 0.000 0.172
#> SRR1782998 3 0.1007 0.7260 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782999 1 0.4665 0.7273 0.784 0.032 0.032 0.012 0.076 0.064
#> SRR1782997 2 0.5698 0.4588 0.156 0.672 0.080 0.076 0.000 0.016
#> SRR1783000 2 0.6743 0.0132 0.076 0.456 0.364 0.084 0.000 0.020
#> SRR1783001 6 0.6363 0.6435 0.100 0.000 0.200 0.004 0.116 0.580
#> SRR1783002 2 0.4223 0.4097 0.060 0.704 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.2400 0.7246 0.004 0.040 0.900 0.048 0.000 0.008
#> SRR1783004 2 0.1642 0.7673 0.000 0.936 0.032 0.028 0.000 0.004
#> SRR1783005 2 0.5606 0.5166 0.144 0.688 0.044 0.100 0.004 0.020
#> SRR1783006 2 0.2920 0.6366 0.000 0.820 0.000 0.168 0.004 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.638 0.814 0.915 0.4930 0.499 0.499
#> 3 3 0.696 0.845 0.895 0.3240 0.748 0.540
#> 4 4 0.766 0.749 0.804 0.1181 0.867 0.645
#> 5 5 0.830 0.846 0.887 0.0667 0.921 0.720
#> 6 6 0.806 0.729 0.857 0.0431 0.980 0.906
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.8763 0.5609 0.296 0.704
#> SRR1782686 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782700 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782699 2 0.8327 0.6097 0.264 0.736
#> SRR1782701 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782705 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.0376 0.9268 0.004 0.996
#> SRR1782711 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782714 2 0.9988 0.1735 0.480 0.520
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.9635 0.5225 0.612 0.388
#> SRR1782717 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.9044 0.4061 0.320 0.680
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.5946 0.7663 0.144 0.856
#> SRR1782726 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782722 2 0.9775 0.1089 0.412 0.588
#> SRR1782723 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.1843 0.9038 0.028 0.972
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782733 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782736 2 0.9988 0.1735 0.480 0.520
#> SRR1782737 1 0.2948 0.8454 0.948 0.052
#> SRR1782738 2 0.3584 0.8611 0.068 0.932
#> SRR1782739 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782740 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782747 2 0.9710 0.3783 0.400 0.600
#> SRR1782750 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.8443 0.7111 0.728 0.272
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0376 0.9266 0.004 0.996
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782772 1 0.9522 0.5557 0.628 0.372
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.8327 0.7181 0.736 0.264
#> SRR1782788 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.8144 0.5868 0.748 0.252
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.7139 0.7650 0.804 0.196
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782795 2 0.9988 0.1735 0.480 0.520
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782800 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782805 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782806 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.9686 0.2476 0.604 0.396
#> SRR1782809 1 0.8443 0.7111 0.728 0.272
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.5842 0.7646 0.140 0.860
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0938 0.8638 0.988 0.012
#> SRR1782818 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782819 2 0.9983 0.1855 0.476 0.524
#> SRR1782817 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.8443 0.7111 0.728 0.272
#> SRR1782838 1 0.8713 0.6897 0.708 0.292
#> SRR1782839 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.9635 0.4037 0.388 0.612
#> SRR1782842 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782841 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782846 2 0.9754 0.1235 0.408 0.592
#> SRR1782847 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782849 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.3431 0.8677 0.064 0.936
#> SRR1782851 2 0.9988 0.1735 0.480 0.520
#> SRR1782852 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.7299 0.6605 0.204 0.796
#> SRR1782860 2 0.0376 0.9268 0.004 0.996
#> SRR1782861 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0376 0.9266 0.004 0.996
#> SRR1782863 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782864 1 0.8713 0.6897 0.708 0.292
#> SRR1782866 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.9661 0.3955 0.392 0.608
#> SRR1782868 1 0.8443 0.7111 0.728 0.272
#> SRR1782872 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.8016 0.6385 0.244 0.756
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.8207 0.7241 0.744 0.256
#> SRR1782871 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782880 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.8713 0.6897 0.708 0.292
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0376 0.8671 0.996 0.004
#> SRR1782885 1 0.9491 0.5635 0.632 0.368
#> SRR1782886 2 0.9686 0.3870 0.396 0.604
#> SRR1782887 1 0.9970 0.3218 0.532 0.468
#> SRR1782888 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782904 1 0.8443 0.7111 0.728 0.272
#> SRR1782907 1 0.9552 0.3106 0.624 0.376
#> SRR1782906 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.8955 0.6619 0.688 0.312
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782911 2 0.9988 0.1735 0.480 0.520
#> SRR1782910 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782912 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.7745 0.7440 0.772 0.228
#> SRR1782919 1 0.9170 0.6298 0.668 0.332
#> SRR1782920 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.9710 0.1518 0.400 0.600
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.8443 0.7111 0.728 0.272
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.9933 0.2533 0.452 0.548
#> SRR1782940 1 0.9983 0.2911 0.524 0.476
#> SRR1782941 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782942 1 0.9209 0.6229 0.664 0.336
#> SRR1782945 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.9635 0.4043 0.388 0.612
#> SRR1782947 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.8144 0.6271 0.252 0.748
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.9129 0.6364 0.672 0.328
#> SRR1782946 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.9988 -0.0824 0.480 0.520
#> SRR1782964 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782963 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782967 1 0.8955 0.6619 0.688 0.312
#> SRR1782969 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.9988 0.1735 0.480 0.520
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.9170 0.4227 0.668 0.332
#> SRR1782980 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782983 1 0.9087 0.6430 0.676 0.324
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1782988 1 0.8955 0.6619 0.688 0.312
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0672 0.8655 0.992 0.008
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1782995 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782998 1 0.8386 0.7149 0.732 0.268
#> SRR1782999 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.8763 0.6851 0.704 0.296
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.3412 0.82293 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782686 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782687 1 0.2537 0.91002 0.920 0.000 0.080
#> SRR1782688 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782691 3 0.6307 -0.19720 0.488 0.000 0.512
#> SRR1782689 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782692 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782693 1 0.3551 0.92059 0.868 0.000 0.132
#> SRR1782694 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782697 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782695 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782700 2 0.6410 0.29038 0.420 0.576 0.004
#> SRR1782699 1 0.5480 0.63127 0.732 0.264 0.004
#> SRR1782701 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782702 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782704 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782705 1 0.2261 0.87731 0.932 0.000 0.068
#> SRR1782709 2 0.2774 0.89489 0.072 0.920 0.008
#> SRR1782711 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782707 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782706 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782708 2 0.1289 0.91403 0.032 0.968 0.000
#> SRR1782712 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782713 2 0.4033 0.87291 0.136 0.856 0.008
#> SRR1782710 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782714 1 0.0661 0.84577 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782716 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782715 3 0.2537 0.87451 0.000 0.080 0.920
#> SRR1782717 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782718 2 0.8663 0.31122 0.112 0.524 0.364
#> SRR1782719 3 0.3686 0.83035 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782720 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782721 3 0.8588 0.29890 0.112 0.344 0.544
#> SRR1782726 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782722 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782723 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782727 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782725 2 0.8258 0.51197 0.112 0.604 0.284
#> SRR1782724 2 0.6451 0.22019 0.436 0.560 0.004
#> SRR1782728 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782730 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782729 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782733 2 0.5024 0.72588 0.220 0.776 0.004
#> SRR1782732 2 0.4033 0.87291 0.136 0.856 0.008
#> SRR1782735 3 0.1411 0.86252 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782731 1 0.3832 0.87730 0.888 0.076 0.036
#> SRR1782734 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782736 1 0.2625 0.85644 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782737 3 0.1999 0.87315 0.036 0.012 0.952
#> SRR1782738 3 0.4892 0.80949 0.112 0.048 0.840
#> SRR1782739 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782740 1 0.3619 0.92064 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782741 2 0.4033 0.87291 0.136 0.856 0.008
#> SRR1782742 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782743 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782744 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782745 2 0.2301 0.89887 0.060 0.936 0.004
#> SRR1782747 1 0.4293 0.77782 0.832 0.164 0.004
#> SRR1782750 3 0.6260 0.12115 0.448 0.000 0.552
#> SRR1782749 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782751 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782746 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782753 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782748 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782754 3 0.5760 0.44185 0.328 0.000 0.672
#> SRR1782755 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782756 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782757 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782758 1 0.3551 0.92059 0.868 0.000 0.132
#> SRR1782761 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782759 1 0.3832 0.87730 0.888 0.076 0.036
#> SRR1782762 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782760 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782764 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782763 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782765 3 0.1964 0.88744 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782766 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782767 3 0.4291 0.79636 0.000 0.180 0.820
#> SRR1782769 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782768 2 0.2165 0.88179 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782770 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782774 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782771 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782772 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782773 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782775 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.4702 0.66560 0.212 0.000 0.788
#> SRR1782776 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782778 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782780 2 0.1753 0.90965 0.048 0.952 0.000
#> SRR1782781 2 0.3771 0.88088 0.112 0.876 0.012
#> SRR1782779 1 0.2711 0.91306 0.912 0.000 0.088
#> SRR1782782 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782784 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782783 1 0.3340 0.92120 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782785 1 0.3899 0.89258 0.888 0.056 0.056
#> SRR1782786 1 0.2261 0.87731 0.932 0.000 0.068
#> SRR1782787 3 0.2176 0.88489 0.020 0.032 0.948
#> SRR1782788 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782790 1 0.3031 0.86592 0.912 0.076 0.012
#> SRR1782789 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782791 3 0.1877 0.87111 0.032 0.012 0.956
#> SRR1782792 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782793 1 0.2625 0.88876 0.916 0.000 0.084
#> SRR1782794 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782795 1 0.3682 0.73633 0.876 0.116 0.008
#> SRR1782796 2 0.4033 0.87291 0.136 0.856 0.008
#> SRR1782798 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782797 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782799 3 0.2116 0.88896 0.012 0.040 0.948
#> SRR1782800 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782801 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782802 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782804 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782805 3 0.2096 0.88874 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782806 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782808 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782807 1 0.0661 0.84577 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782809 3 0.4892 0.80949 0.112 0.048 0.840
#> SRR1782810 2 0.4033 0.87291 0.136 0.856 0.008
#> SRR1782812 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782813 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.4165 0.85105 0.048 0.076 0.876
#> SRR1782815 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782816 3 0.3941 0.76819 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782818 1 0.3966 0.85387 0.876 0.100 0.024
#> SRR1782819 1 0.3682 0.73633 0.876 0.116 0.008
#> SRR1782817 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782824 1 0.1411 0.88391 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782825 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782822 2 0.4353 0.85973 0.156 0.836 0.008
#> SRR1782821 1 0.3686 0.92238 0.860 0.000 0.140
#> SRR1782823 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782826 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782830 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782828 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782829 1 0.1411 0.88391 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782831 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782834 2 0.4353 0.85973 0.156 0.836 0.008
#> SRR1782832 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782835 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782837 2 0.2584 0.90351 0.064 0.928 0.008
#> SRR1782836 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782838 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782839 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782840 2 0.0475 0.92258 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782833 1 0.4413 0.67742 0.832 0.160 0.008
#> SRR1782842 3 0.1989 0.88973 0.004 0.048 0.948
#> SRR1782841 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782843 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782845 3 0.5363 0.54698 0.276 0.000 0.724
#> SRR1782844 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782846 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782847 3 0.5363 0.54694 0.276 0.000 0.724
#> SRR1782848 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782849 1 0.3619 0.92064 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782850 2 0.5216 0.60765 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782851 1 0.2625 0.85644 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782852 2 0.4353 0.85973 0.156 0.836 0.008
#> SRR1782853 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782856 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782854 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782857 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.1411 0.86252 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782859 2 0.6307 -0.09823 0.000 0.512 0.488
#> SRR1782860 2 0.2496 0.89772 0.068 0.928 0.004
#> SRR1782861 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782862 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782863 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782864 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782866 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782865 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782867 1 0.1711 0.82627 0.960 0.032 0.008
#> SRR1782868 3 0.6664 -0.00671 0.464 0.008 0.528
#> SRR1782872 3 0.1411 0.86252 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782874 2 0.6421 0.28671 0.424 0.572 0.004
#> SRR1782875 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782870 3 0.2187 0.87997 0.028 0.024 0.948
#> SRR1782871 3 0.5098 0.56411 0.248 0.000 0.752
#> SRR1782877 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782873 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782878 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782879 3 0.4892 0.80949 0.112 0.048 0.840
#> SRR1782880 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782883 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782881 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782882 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782884 3 0.1525 0.86542 0.032 0.004 0.964
#> SRR1782885 3 0.2261 0.88173 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782886 1 0.3038 0.84400 0.896 0.104 0.000
#> SRR1782887 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782888 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782889 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782892 1 0.3816 0.91526 0.852 0.000 0.148
#> SRR1782890 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782891 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782893 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782894 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782897 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782896 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782895 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782898 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782900 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782901 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782899 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782902 1 0.3340 0.92081 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782903 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782905 3 0.2116 0.87258 0.040 0.012 0.948
#> SRR1782904 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782907 1 0.3500 0.84094 0.880 0.116 0.004
#> SRR1782906 1 0.3875 0.88367 0.888 0.068 0.044
#> SRR1782908 3 0.2261 0.88163 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782909 2 0.0829 0.91965 0.012 0.984 0.004
#> SRR1782911 1 0.2625 0.85644 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782910 3 0.1964 0.88744 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782912 3 0.1411 0.86252 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782913 3 0.5497 0.52240 0.292 0.000 0.708
#> SRR1782915 3 0.6305 -0.18243 0.484 0.000 0.516
#> SRR1782914 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782916 2 0.2774 0.89489 0.072 0.920 0.008
#> SRR1782918 3 0.1711 0.88471 0.008 0.032 0.960
#> SRR1782919 3 0.1964 0.88744 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782920 1 0.3619 0.92064 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782917 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782922 2 0.3965 0.87488 0.132 0.860 0.008
#> SRR1782921 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782923 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782925 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782924 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782926 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782929 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782927 3 0.4062 0.81037 0.000 0.164 0.836
#> SRR1782928 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782932 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782933 2 0.8285 0.50320 0.112 0.600 0.288
#> SRR1782930 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782931 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782934 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782935 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782936 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782937 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2878 0.84728 0.904 0.096 0.000
#> SRR1782940 2 0.6359 0.30945 0.404 0.592 0.004
#> SRR1782941 1 0.3879 0.92131 0.848 0.000 0.152
#> SRR1782942 3 0.2625 0.87188 0.000 0.084 0.916
#> SRR1782945 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782944 1 0.3715 0.82704 0.868 0.128 0.004
#> SRR1782947 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782948 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782949 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782952 3 0.5926 0.29985 0.356 0.000 0.644
#> SRR1782950 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782953 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782951 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782954 2 0.6451 0.55504 0.384 0.608 0.008
#> SRR1782955 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782956 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.1964 0.88744 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782946 3 0.6154 0.12492 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782959 2 0.4033 0.87291 0.136 0.856 0.008
#> SRR1782958 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782960 1 0.4121 0.91265 0.832 0.000 0.168
#> SRR1782961 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782962 1 0.6057 0.50652 0.656 0.340 0.004
#> SRR1782964 3 0.2096 0.88874 0.004 0.052 0.944
#> SRR1782963 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782965 3 0.1289 0.86228 0.032 0.000 0.968
#> SRR1782966 2 0.0592 0.92044 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782968 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782967 3 0.1964 0.88744 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782969 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782970 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782971 2 0.8139 0.52988 0.108 0.616 0.276
#> SRR1782972 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782973 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782974 3 0.1289 0.86228 0.032 0.000 0.968
#> SRR1782975 1 0.0661 0.84577 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782976 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782977 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782979 1 0.2860 0.85882 0.912 0.084 0.004
#> SRR1782980 1 0.3551 0.92059 0.868 0.000 0.132
#> SRR1782981 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.92407 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.1964 0.89908 0.056 0.944 0.000
#> SRR1782983 3 0.1964 0.88744 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782987 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782984 1 0.3941 0.92082 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782986 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782988 3 0.2261 0.88163 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782990 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782991 3 0.1525 0.86542 0.032 0.004 0.964
#> SRR1782989 2 0.3607 0.88267 0.112 0.880 0.008
#> SRR1782992 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782993 2 0.2774 0.89489 0.072 0.920 0.008
#> SRR1782995 1 0.6309 0.14008 0.500 0.000 0.500
#> SRR1782994 3 0.1411 0.86252 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782996 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782998 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1782999 1 0.3192 0.92020 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782997 2 0.0475 0.92314 0.004 0.992 0.004
#> SRR1783000 2 0.2356 0.87063 0.000 0.928 0.072
#> SRR1783001 1 0.3619 0.92064 0.864 0.000 0.136
#> SRR1783002 2 0.1585 0.91568 0.028 0.964 0.008
#> SRR1783003 3 0.2063 0.89056 0.008 0.044 0.948
#> SRR1783004 2 0.0237 0.92445 0.000 0.996 0.004
#> SRR1783005 2 0.1529 0.91356 0.040 0.960 0.000
#> SRR1783006 2 0.1315 0.91762 0.020 0.972 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.3667 0.68352 0.856 0.088 0.000 0.056
#> SRR1782686 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782687 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782688 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782691 4 0.6854 0.58868 0.196 0.000 0.204 0.600
#> SRR1782689 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782692 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0469 0.70194 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782694 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782700 1 0.4820 0.55191 0.692 0.296 0.000 0.012
#> SRR1782699 1 0.4546 0.65523 0.804 0.136 0.004 0.056
#> SRR1782701 4 0.4866 0.82608 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782702 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782705 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782709 1 0.7019 0.53499 0.596 0.216 0.004 0.184
#> SRR1782711 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782707 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782706 2 0.2760 0.74218 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0657 0.86762 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1782712 2 0.4624 0.70164 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1782713 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782710 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782714 1 0.4543 0.52854 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1782716 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782715 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782717 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782718 3 0.8009 0.01374 0.004 0.268 0.376 0.352
#> SRR1782719 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782720 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782721 3 0.7773 0.38651 0.132 0.028 0.508 0.332
#> SRR1782726 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782722 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782723 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782727 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.8068 -0.30741 0.004 0.340 0.304 0.352
#> SRR1782724 1 0.4635 0.57434 0.720 0.268 0.000 0.012
#> SRR1782728 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782730 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782729 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782733 1 0.6147 0.50209 0.608 0.332 0.004 0.056
#> SRR1782732 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782735 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782731 1 0.1356 0.71183 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR1782734 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0336 0.71242 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782737 3 0.0657 0.93401 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1782738 3 0.4483 0.65853 0.000 0.004 0.712 0.284
#> SRR1782739 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782740 1 0.3873 0.26270 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1782741 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782742 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0188 0.87237 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.6212 0.48766 0.592 0.348 0.004 0.056
#> SRR1782747 1 0.5136 0.62016 0.752 0.188 0.004 0.056
#> SRR1782750 1 0.4697 0.39196 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.1576 0.70639 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1782746 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782753 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782748 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.5977 0.54473 0.216 0.000 0.680 0.104
#> SRR1782755 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782757 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.1637 0.64327 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1782761 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782759 1 0.0000 0.71060 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.4624 0.70164 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1782760 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782764 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782763 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3751 0.72481 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR1782769 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0524 0.86790 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1782770 3 0.1398 0.90637 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1782774 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3626 0.74188 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1782772 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782773 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.2342 0.86501 0.080 0.000 0.912 0.008
#> SRR1782776 2 0.6654 0.60832 0.004 0.560 0.084 0.352
#> SRR1782778 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.2256 0.82423 0.056 0.924 0.000 0.020
#> SRR1782781 2 0.5856 0.66052 0.004 0.608 0.036 0.352
#> SRR1782779 1 0.1743 0.70694 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1782782 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782784 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782783 1 0.1576 0.70639 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1782785 1 0.0000 0.71060 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.4888 0.82155 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1782787 3 0.0188 0.93496 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782788 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782790 1 0.1661 0.70747 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1782789 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782791 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782792 2 0.4661 0.69804 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1782793 1 0.4925 -0.48775 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1782794 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782795 1 0.4837 0.50904 0.648 0.004 0.000 0.348
#> SRR1782796 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782798 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782797 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782799 3 0.0376 0.93472 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782800 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782801 2 0.0188 0.87301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782802 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782804 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782805 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782806 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782808 2 0.4624 0.70164 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1782807 1 0.4456 0.57981 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR1782809 3 0.4456 0.66307 0.004 0.000 0.716 0.280
#> SRR1782810 2 0.5064 0.68358 0.004 0.632 0.004 0.360
#> SRR1782812 2 0.4624 0.70164 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1782813 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782815 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782816 1 0.5163 0.09912 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR1782818 1 0.2053 0.69943 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR1782819 1 0.4837 0.50904 0.648 0.004 0.000 0.348
#> SRR1782817 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782824 1 0.0000 0.71060 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0336 0.71242 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782822 1 0.6863 0.41953 0.536 0.116 0.000 0.348
#> SRR1782821 1 0.0336 0.70638 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782823 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782826 4 0.4888 0.82155 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1782830 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782828 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0336 0.71242 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782831 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782834 4 0.7921 -0.25875 0.320 0.332 0.000 0.348
#> SRR1782832 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782835 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782837 2 0.3402 0.79750 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1782836 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782838 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782839 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.5093 0.50493 0.640 0.012 0.000 0.348
#> SRR1782842 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782841 4 0.4888 0.82155 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1782843 2 0.7471 0.20700 0.228 0.532 0.236 0.004
#> SRR1782845 3 0.5382 0.67259 0.124 0.000 0.744 0.132
#> SRR1782844 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782846 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782847 3 0.4957 0.72063 0.112 0.000 0.776 0.112
#> SRR1782848 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782849 1 0.4444 0.43237 0.808 0.000 0.072 0.120
#> SRR1782850 1 0.7765 0.38934 0.488 0.320 0.180 0.012
#> SRR1782851 1 0.0592 0.71328 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782852 1 0.6039 0.47770 0.596 0.056 0.000 0.348
#> SRR1782853 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782856 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782854 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782859 2 0.5158 -0.00587 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR1782860 1 0.5440 0.45524 0.596 0.384 0.000 0.020
#> SRR1782861 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782862 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782863 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782864 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782866 1 0.0336 0.71242 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782865 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782867 1 0.4936 0.51130 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1782868 1 0.4067 0.66669 0.848 0.060 0.080 0.012
#> SRR1782872 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782874 1 0.4744 0.56211 0.704 0.284 0.000 0.012
#> SRR1782875 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0376 0.93472 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782871 4 0.6933 0.48172 0.140 0.000 0.300 0.560
#> SRR1782877 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782873 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782879 3 0.4283 0.69150 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1782880 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782883 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782881 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782882 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782885 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782886 1 0.2412 0.69455 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR1782887 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782888 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782889 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.5300 -0.43372 0.580 0.000 0.012 0.408
#> SRR1782890 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782891 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782897 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782896 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782901 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782899 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.1474 0.65475 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782903 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.1743 0.89012 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1782904 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782907 1 0.2412 0.69455 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR1782906 1 0.0000 0.71060 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782909 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0336 0.71242 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782910 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782912 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782913 3 0.3725 0.74991 0.180 0.000 0.812 0.008
#> SRR1782915 4 0.6822 0.59047 0.192 0.000 0.204 0.604
#> SRR1782914 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782916 1 0.6356 0.49578 0.596 0.320 0.000 0.084
#> SRR1782918 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782919 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782920 1 0.4967 -0.54784 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1782917 3 0.4699 0.54588 0.000 0.320 0.676 0.004
#> SRR1782922 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782921 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782926 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782928 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0188 0.87301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782933 4 0.8064 -0.24543 0.004 0.300 0.344 0.352
#> SRR1782930 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782931 2 0.0188 0.87301 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782934 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782937 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3577 0.69016 0.868 0.072 0.004 0.056
#> SRR1782940 1 0.5230 0.48566 0.620 0.368 0.004 0.008
#> SRR1782941 1 0.3764 0.30312 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1782942 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782945 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782944 1 0.3725 0.63813 0.812 0.180 0.000 0.008
#> SRR1782947 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782948 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782952 4 0.6203 0.37942 0.068 0.000 0.340 0.592
#> SRR1782950 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782954 1 0.5178 0.49298 0.600 0.004 0.004 0.392
#> SRR1782955 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782956 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782946 4 0.6790 0.56453 0.168 0.000 0.228 0.604
#> SRR1782959 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782958 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 4 0.4855 0.82855 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782961 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5398 0.59957 0.724 0.216 0.004 0.056
#> SRR1782964 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782963 1 0.1576 0.70639 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1782965 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782966 2 0.0524 0.86790 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1782968 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782967 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782969 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782970 2 0.4624 0.70164 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1782971 2 0.7815 0.33061 0.000 0.392 0.256 0.352
#> SRR1782972 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782973 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.2593 0.85016 0.004 0.000 0.892 0.104
#> SRR1782975 1 0.0469 0.71271 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782976 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782979 1 0.1661 0.70747 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1782980 1 0.2867 0.55794 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR1782981 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.6212 0.48766 0.592 0.348 0.004 0.056
#> SRR1782983 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782987 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 4 0.4866 0.83252 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1782986 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782988 3 0.0376 0.93622 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782990 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782989 2 0.4837 0.69618 0.004 0.648 0.000 0.348
#> SRR1782992 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782993 1 0.7048 0.53133 0.592 0.220 0.004 0.184
#> SRR1782995 3 0.6794 0.19334 0.372 0.000 0.524 0.104
#> SRR1782994 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782996 3 0.0524 0.93351 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782998 3 0.0524 0.93510 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782999 1 0.0188 0.70891 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782997 2 0.4855 0.14364 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.5083 0.55545 0.216 0.740 0.040 0.004
#> SRR1783001 1 0.0469 0.70194 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783002 2 0.2281 0.83358 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1783003 3 0.0188 0.93646 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.87525 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0895 0.86475 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1783006 2 0.0188 0.87383 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0693 0.8850 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782686 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782687 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782691 5 0.3773 0.8259 0.004 0.000 0.032 0.164 0.800
#> SRR1782689 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.4751 0.7083 0.732 0.000 0.000 0.152 0.116
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0727 0.9369 0.004 0.980 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.1502 0.8705 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782699 1 0.3098 0.8344 0.836 0.016 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782701 5 0.3359 0.8465 0.020 0.000 0.000 0.164 0.816
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782705 5 0.0510 0.9285 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782709 1 0.3435 0.8275 0.820 0.020 0.000 0.156 0.004
#> SRR1782711 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782707 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782706 2 0.1525 0.8979 0.036 0.948 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782708 2 0.1043 0.9134 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782712 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782713 4 0.3857 0.8569 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782710 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782714 1 0.3391 0.7418 0.800 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR1782716 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782718 4 0.5616 0.4988 0.008 0.048 0.300 0.628 0.016
#> SRR1782719 3 0.0290 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782720 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782721 3 0.5709 0.0405 0.032 0.004 0.484 0.460 0.020
#> SRR1782726 3 0.0162 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782722 3 0.0162 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782723 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.5778 0.6310 0.008 0.088 0.228 0.660 0.016
#> SRR1782724 1 0.1430 0.8730 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782728 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782730 5 0.0794 0.9315 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3370 0.8281 0.824 0.028 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782732 4 0.3857 0.8569 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782735 3 0.2930 0.8230 0.000 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR1782731 1 0.1251 0.8914 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782734 2 0.0162 0.9518 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782736 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782737 3 0.4355 0.7583 0.076 0.000 0.760 0.164 0.000
#> SRR1782738 3 0.5021 0.2371 0.008 0.000 0.556 0.416 0.020
#> SRR1782739 3 0.0798 0.9033 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1782740 5 0.6366 0.1675 0.396 0.000 0.000 0.164 0.440
#> SRR1782741 4 0.3990 0.8564 0.004 0.308 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782742 2 0.0162 0.9518 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782743 2 0.0451 0.9453 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782744 2 0.0162 0.9518 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782745 1 0.3452 0.8256 0.820 0.032 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782747 1 0.3194 0.8329 0.832 0.020 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782750 1 0.4668 0.7356 0.764 0.000 0.136 0.084 0.016
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.2886 0.8373 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR1782746 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782753 5 0.1106 0.9300 0.024 0.000 0.000 0.012 0.964
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.7712 0.2579 0.100 0.000 0.456 0.164 0.280
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782757 2 0.0324 0.9492 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782758 1 0.4968 0.6739 0.712 0.000 0.000 0.136 0.152
#> SRR1782761 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782759 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782762 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782760 4 0.3857 0.8569 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782764 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.1484 0.8732 0.000 0.048 0.944 0.000 0.008
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2020 0.8129 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0510 0.9034 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0703 0.8965 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0162 0.9096 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.4899 0.7303 0.096 0.000 0.732 0.164 0.008
#> SRR1782776 4 0.5919 0.7549 0.008 0.180 0.132 0.664 0.016
#> SRR1782778 2 0.0162 0.9513 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.5348 0.0534 0.456 0.492 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782781 4 0.4595 0.8401 0.000 0.284 0.028 0.684 0.004
#> SRR1782779 1 0.3194 0.8278 0.832 0.000 0.000 0.148 0.020
#> SRR1782782 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782784 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782783 1 0.2997 0.8385 0.840 0.000 0.000 0.148 0.012
#> SRR1782785 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782786 5 0.0671 0.9279 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782787 3 0.0510 0.9085 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782788 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782790 1 0.2886 0.8373 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR1782789 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782791 3 0.1597 0.8972 0.000 0.000 0.940 0.048 0.012
#> SRR1782792 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782793 5 0.4354 0.3564 0.368 0.000 0.000 0.008 0.624
#> SRR1782794 5 0.3152 0.8642 0.024 0.000 0.000 0.136 0.840
#> SRR1782795 4 0.4402 0.4141 0.352 0.000 0.000 0.636 0.012
#> SRR1782796 4 0.3990 0.8564 0.004 0.308 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782798 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782797 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782799 3 0.0451 0.9100 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1782800 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0162 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782804 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782808 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782807 1 0.2971 0.8297 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR1782809 3 0.5028 0.2279 0.008 0.000 0.552 0.420 0.020
#> SRR1782810 4 0.3366 0.8100 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1782812 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0798 0.9033 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1782815 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782816 1 0.5142 0.6547 0.704 0.000 0.192 0.096 0.008
#> SRR1782818 1 0.1412 0.8909 0.952 0.008 0.000 0.004 0.036
#> SRR1782819 4 0.4402 0.4141 0.352 0.000 0.000 0.636 0.012
#> SRR1782817 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782824 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782825 2 0.0162 0.9518 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782820 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782822 4 0.4586 0.4537 0.336 0.016 0.000 0.644 0.004
#> SRR1782821 1 0.1478 0.8841 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782823 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782826 5 0.1041 0.9279 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1782830 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782828 2 0.0324 0.9492 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782829 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782831 4 0.3949 0.8343 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1782834 4 0.4960 0.6352 0.232 0.080 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782832 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782835 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782837 4 0.4114 0.7633 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782836 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782838 3 0.0162 0.9101 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782839 3 0.0162 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782840 2 0.1270 0.8939 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782833 4 0.4151 0.4229 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004
#> SRR1782842 3 0.0324 0.9092 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782841 5 0.1205 0.9224 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1782843 2 0.5090 0.4743 0.264 0.668 0.064 0.004 0.000
#> SRR1782845 3 0.7648 0.2756 0.096 0.000 0.468 0.164 0.272
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0324 0.9087 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.7282 0.4469 0.096 0.000 0.544 0.164 0.196
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.7907 0.1784 0.452 0.000 0.136 0.164 0.248
#> SRR1782850 1 0.4903 0.7823 0.784 0.052 0.072 0.080 0.012
#> SRR1782851 1 0.0898 0.8898 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1782852 4 0.4127 0.4846 0.312 0.000 0.000 0.680 0.008
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782856 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.2930 0.8230 0.000 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR1782859 2 0.4570 0.3933 0.016 0.648 0.332 0.004 0.000
#> SRR1782860 1 0.1764 0.8638 0.928 0.064 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782861 1 0.3622 0.8052 0.816 0.000 0.000 0.136 0.048
#> SRR1782862 3 0.0727 0.9061 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> SRR1782863 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782865 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782867 1 0.3053 0.8255 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR1782868 1 0.3320 0.8512 0.864 0.008 0.008 0.080 0.040
#> SRR1782872 3 0.3163 0.8216 0.000 0.000 0.824 0.164 0.012
#> SRR1782874 1 0.1341 0.8715 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.1952 0.8752 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR1782871 5 0.4000 0.8105 0.004 0.000 0.044 0.164 0.788
#> SRR1782877 1 0.1282 0.8918 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782879 3 0.4865 0.3933 0.008 0.000 0.616 0.356 0.020
#> SRR1782880 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782883 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782881 3 0.0290 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.1571 0.8912 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.1251 0.8914 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782887 3 0.0613 0.9073 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1782888 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782889 2 0.0324 0.9492 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782892 5 0.6218 0.6683 0.156 0.000 0.040 0.164 0.640
#> SRR1782890 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0162 0.9518 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782894 1 0.1282 0.8918 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782897 5 0.1106 0.9300 0.024 0.000 0.000 0.012 0.964
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782901 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.2873 0.8222 0.856 0.000 0.000 0.016 0.128
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4620 0.7379 0.136 0.000 0.760 0.096 0.008
#> SRR1782904 3 0.0703 0.9071 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782907 1 0.1251 0.8914 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782906 1 0.1282 0.8918 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782908 3 0.0324 0.9092 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782909 2 0.0451 0.9453 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782911 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.3053 0.8225 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR1782913 3 0.6020 0.6209 0.172 0.000 0.644 0.160 0.024
#> SRR1782915 5 0.2504 0.8841 0.004 0.000 0.032 0.064 0.900
#> SRR1782914 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782916 1 0.2193 0.8644 0.912 0.060 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782918 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.4929 0.7405 0.148 0.000 0.000 0.136 0.716
#> SRR1782917 3 0.2741 0.7804 0.004 0.132 0.860 0.000 0.004
#> SRR1782922 4 0.3969 0.8548 0.004 0.304 0.000 0.692 0.000
#> SRR1782921 2 0.0324 0.9492 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0162 0.9097 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.5658 0.6243 0.008 0.084 0.232 0.664 0.012
#> SRR1782930 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0880 0.9295 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2997 0.8357 0.840 0.012 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782940 1 0.1798 0.8637 0.928 0.064 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782941 1 0.3906 0.6358 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.1965 0.9121 0.024 0.000 0.000 0.052 0.924
#> SRR1782944 1 0.1357 0.8761 0.948 0.048 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782947 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782948 2 0.0324 0.9492 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782949 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782952 5 0.4772 0.7516 0.000 0.000 0.108 0.164 0.728
#> SRR1782950 2 0.0324 0.9480 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0162 0.9518 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782951 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782954 1 0.3093 0.8233 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008
#> SRR1782955 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782956 2 0.0404 0.9420 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.3851 0.8225 0.004 0.000 0.036 0.164 0.796
#> SRR1782959 4 0.3990 0.8564 0.004 0.308 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.1012 0.9286 0.020 0.000 0.000 0.012 0.968
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3194 0.8329 0.832 0.020 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.2886 0.8373 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR1782965 3 0.2930 0.8230 0.000 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR1782966 2 0.1197 0.8947 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782970 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782971 4 0.5870 0.6471 0.008 0.100 0.220 0.656 0.016
#> SRR1782972 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.4772 0.7194 0.000 0.000 0.728 0.164 0.108
#> SRR1782975 1 0.1484 0.8921 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0609 0.9312 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782979 1 0.2886 0.8373 0.844 0.000 0.000 0.148 0.008
#> SRR1782980 1 0.6150 0.4442 0.588 0.000 0.008 0.164 0.240
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.3452 0.8256 0.820 0.032 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0703 0.9331 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.1430 0.8953 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1782989 4 0.3876 0.8580 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782992 1 0.1408 0.8920 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1782993 1 0.3435 0.8275 0.820 0.020 0.000 0.156 0.004
#> SRR1782995 3 0.7767 0.3383 0.136 0.000 0.484 0.164 0.216
#> SRR1782994 3 0.4510 0.7564 0.076 0.000 0.756 0.164 0.004
#> SRR1782996 3 0.0703 0.9070 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782998 3 0.0955 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782999 1 0.1121 0.8917 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782997 2 0.3300 0.6560 0.204 0.792 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783000 2 0.2928 0.7935 0.092 0.872 0.032 0.004 0.000
#> SRR1783001 1 0.3551 0.8058 0.820 0.000 0.000 0.136 0.044
#> SRR1783002 2 0.3949 0.1939 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1783003 3 0.0290 0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.4168 0.5882 0.200 0.756 0.000 0.044 0.000
#> SRR1783006 2 0.0703 0.9287 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0260 0.7791 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782686 5 0.0405 0.8408 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1782687 1 0.1346 0.7696 0.952 0.000 0.000 0.016 0.008 0.024
#> SRR1782688 2 0.1141 0.9175 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782690 1 0.0665 0.7768 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1782691 5 0.3890 0.3676 0.000 0.000 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782689 5 0.0291 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1782692 2 0.0713 0.9274 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782693 1 0.4241 0.2643 0.628 0.000 0.000 0.004 0.020 0.348
#> SRR1782694 2 0.1141 0.9175 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782696 2 0.2630 0.8776 0.000 0.872 0.004 0.032 0.000 0.092
#> SRR1782697 2 0.0937 0.9261 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782695 3 0.0146 0.8303 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782700 1 0.1606 0.7576 0.932 0.004 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1782699 1 0.4481 0.6197 0.648 0.000 0.000 0.056 0.000 0.296
#> SRR1782701 5 0.3890 0.3841 0.004 0.000 0.000 0.000 0.596 0.400
#> SRR1782702 2 0.0713 0.9274 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782704 2 0.1141 0.9175 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782703 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782705 5 0.1801 0.8161 0.004 0.000 0.000 0.016 0.924 0.056
#> SRR1782709 1 0.4498 0.6175 0.644 0.000 0.000 0.056 0.000 0.300
#> SRR1782711 5 0.0291 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1782707 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782706 2 0.3942 0.8260 0.036 0.804 0.004 0.052 0.000 0.104
#> SRR1782708 2 0.3740 0.7900 0.000 0.784 0.000 0.120 0.000 0.096
#> SRR1782712 4 0.2404 0.8547 0.000 0.112 0.000 0.872 0.000 0.016
#> SRR1782713 4 0.2062 0.8558 0.008 0.088 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782710 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782714 1 0.4154 0.5777 0.740 0.000 0.000 0.164 0.000 0.096
#> SRR1782716 4 0.1863 0.8581 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0692 0.8293 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782717 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782718 4 0.4844 0.6019 0.000 0.008 0.200 0.680 0.000 0.112
#> SRR1782719 3 0.1003 0.8272 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR1782720 4 0.1863 0.8581 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.5711 0.2497 0.000 0.004 0.380 0.472 0.000 0.144
#> SRR1782726 3 0.0692 0.8293 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782722 3 0.1257 0.8209 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR1782723 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782727 2 0.0632 0.9278 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782725 4 0.4138 0.7163 0.000 0.012 0.108 0.768 0.000 0.112
#> SRR1782724 1 0.1982 0.7479 0.912 0.004 0.000 0.016 0.000 0.068
#> SRR1782728 4 0.2480 0.8551 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782730 5 0.2617 0.7637 0.100 0.000 0.000 0.016 0.872 0.012
#> SRR1782729 3 0.0146 0.8311 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.4481 0.6197 0.648 0.000 0.000 0.056 0.000 0.296
#> SRR1782732 4 0.2062 0.8558 0.008 0.088 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782735 3 0.3881 0.1461 0.000 0.000 0.600 0.000 0.004 0.396
#> SRR1782731 1 0.1429 0.7619 0.940 0.000 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1782734 2 0.2164 0.8974 0.000 0.900 0.000 0.032 0.000 0.068
#> SRR1782736 1 0.0146 0.7790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782737 3 0.4908 -0.0274 0.064 0.000 0.584 0.004 0.000 0.348
#> SRR1782738 4 0.5472 0.1727 0.000 0.000 0.412 0.464 0.000 0.124
#> SRR1782739 3 0.2094 0.7814 0.000 0.000 0.900 0.020 0.000 0.080
#> SRR1782740 6 0.5917 0.2997 0.392 0.000 0.000 0.000 0.208 0.400
#> SRR1782741 4 0.2062 0.8558 0.008 0.088 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782742 2 0.2164 0.8974 0.000 0.900 0.000 0.032 0.000 0.068
#> SRR1782743 2 0.2881 0.8708 0.012 0.864 0.000 0.040 0.000 0.084
#> SRR1782744 2 0.2221 0.8962 0.000 0.896 0.000 0.032 0.000 0.072
#> SRR1782745 1 0.4481 0.6197 0.648 0.000 0.000 0.056 0.000 0.296
#> SRR1782747 1 0.4426 0.6213 0.652 0.000 0.000 0.052 0.000 0.296
#> SRR1782750 1 0.4518 0.5107 0.708 0.000 0.080 0.008 0.000 0.204
#> SRR1782749 2 0.0363 0.9295 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782751 2 0.0458 0.9287 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782752 1 0.4403 0.6196 0.648 0.000 0.000 0.048 0.000 0.304
#> SRR1782746 5 0.0291 0.8412 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1782753 5 0.1753 0.8019 0.004 0.000 0.000 0.000 0.912 0.084
#> SRR1782748 2 0.0363 0.9295 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782754 6 0.6330 0.5377 0.072 0.000 0.352 0.000 0.096 0.480
#> SRR1782755 2 0.0146 0.9310 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.2118 0.8577 0.000 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1782757 2 0.1913 0.8975 0.000 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> SRR1782758 1 0.4278 0.2632 0.632 0.000 0.000 0.000 0.032 0.336
#> SRR1782761 4 0.1863 0.8581 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782762 4 0.2950 0.8305 0.000 0.148 0.000 0.828 0.000 0.024
#> SRR1782760 4 0.1908 0.8568 0.000 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782764 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0146 0.8311 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.2538 0.7786 0.000 0.040 0.892 0.020 0.000 0.048
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2271 0.8790 0.000 0.908 0.036 0.024 0.000 0.032
#> SRR1782770 3 0.2737 0.7606 0.000 0.060 0.880 0.024 0.000 0.036
#> SRR1782774 2 0.0291 0.9304 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782771 3 0.2614 0.7690 0.000 0.052 0.888 0.024 0.000 0.036
#> SRR1782772 3 0.1644 0.8104 0.000 0.000 0.932 0.028 0.000 0.040
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.1141 0.9175 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782777 3 0.5122 -0.2081 0.072 0.000 0.520 0.000 0.004 0.404
#> SRR1782776 4 0.3880 0.7565 0.000 0.024 0.052 0.792 0.000 0.132
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.6626 0.3061 0.536 0.208 0.000 0.128 0.000 0.128
#> SRR1782781 4 0.3320 0.8188 0.004 0.052 0.012 0.840 0.000 0.092
#> SRR1782779 1 0.4697 0.5274 0.548 0.000 0.000 0.048 0.000 0.404
#> SRR1782782 5 0.1536 0.8242 0.004 0.000 0.000 0.016 0.940 0.040
#> SRR1782784 1 0.0508 0.7781 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782783 1 0.4515 0.6177 0.640 0.000 0.000 0.056 0.000 0.304
#> SRR1782785 1 0.0291 0.7788 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782786 5 0.2015 0.8117 0.012 0.000 0.000 0.016 0.916 0.056
#> SRR1782787 3 0.0260 0.8293 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782788 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782790 1 0.4386 0.6214 0.652 0.000 0.000 0.048 0.000 0.300
#> SRR1782789 4 0.2480 0.8551 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782791 3 0.2668 0.7018 0.000 0.000 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1782792 4 0.2480 0.8551 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782793 5 0.4383 0.5733 0.212 0.000 0.000 0.016 0.720 0.052
#> SRR1782794 5 0.3738 0.5376 0.004 0.000 0.000 0.004 0.680 0.312
#> SRR1782795 4 0.4965 0.5811 0.216 0.000 0.000 0.644 0.000 0.140
#> SRR1782796 4 0.2062 0.8558 0.008 0.088 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782798 4 0.1863 0.8581 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.1863 0.8581 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0914 0.8305 0.000 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR1782800 1 0.0508 0.7779 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782801 2 0.1092 0.9189 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1782802 2 0.0458 0.9287 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782803 3 0.1334 0.8187 0.000 0.000 0.948 0.020 0.000 0.032
#> SRR1782804 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782805 3 0.0603 0.8302 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1782806 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782808 4 0.3041 0.8355 0.000 0.128 0.000 0.832 0.000 0.040
#> SRR1782807 1 0.4684 0.5645 0.576 0.000 0.000 0.052 0.000 0.372
#> SRR1782809 4 0.5627 0.1904 0.000 0.000 0.400 0.452 0.000 0.148
#> SRR1782810 4 0.1500 0.8320 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1782812 4 0.2911 0.8333 0.000 0.144 0.000 0.832 0.000 0.024
#> SRR1782813 2 0.0458 0.9287 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782814 3 0.2147 0.7804 0.000 0.000 0.896 0.020 0.000 0.084
#> SRR1782815 4 0.2480 0.8551 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782816 1 0.4954 0.4106 0.656 0.000 0.088 0.012 0.000 0.244
#> SRR1782818 1 0.1788 0.7486 0.916 0.000 0.000 0.004 0.004 0.076
#> SRR1782819 4 0.5012 0.5577 0.236 0.000 0.000 0.632 0.000 0.132
#> SRR1782817 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782824 1 0.1218 0.7717 0.956 0.000 0.000 0.012 0.004 0.028
#> SRR1782825 2 0.2221 0.8951 0.000 0.896 0.000 0.032 0.000 0.072
#> SRR1782820 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782822 4 0.4421 0.5785 0.256 0.004 0.000 0.684 0.000 0.056
#> SRR1782821 1 0.1078 0.7747 0.964 0.000 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR1782823 5 0.0146 0.8414 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782826 5 0.3414 0.7170 0.128 0.000 0.000 0.016 0.820 0.036
#> SRR1782830 5 0.1059 0.8348 0.004 0.000 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1782828 2 0.2781 0.8734 0.008 0.868 0.000 0.040 0.000 0.084
#> SRR1782829 1 0.1340 0.7686 0.948 0.000 0.000 0.008 0.004 0.040
#> SRR1782831 4 0.2212 0.8517 0.000 0.112 0.000 0.880 0.000 0.008
#> SRR1782834 4 0.2149 0.7964 0.080 0.016 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782832 4 0.1863 0.8581 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.2118 0.8577 0.000 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008
#> SRR1782837 4 0.3501 0.8123 0.000 0.116 0.000 0.804 0.000 0.080
#> SRR1782836 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782838 3 0.0146 0.8303 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782839 3 0.0000 0.8308 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.3490 0.7412 0.000 0.784 0.000 0.176 0.000 0.040
#> SRR1782833 4 0.4330 0.6026 0.236 0.000 0.000 0.696 0.000 0.068
#> SRR1782842 3 0.1633 0.8116 0.000 0.000 0.932 0.024 0.000 0.044
#> SRR1782841 5 0.3693 0.7000 0.136 0.000 0.000 0.016 0.800 0.048
#> SRR1782843 2 0.7308 0.2659 0.296 0.468 0.072 0.060 0.000 0.104
#> SRR1782845 6 0.6685 0.5268 0.072 0.000 0.376 0.000 0.140 0.412
#> SRR1782844 3 0.0146 0.8311 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.2555 0.7741 0.000 0.016 0.888 0.032 0.000 0.064
#> SRR1782847 3 0.6355 -0.5073 0.076 0.000 0.428 0.000 0.088 0.408
#> SRR1782848 3 0.0000 0.8308 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.6346 -0.3702 0.440 0.000 0.072 0.000 0.092 0.396
#> SRR1782850 1 0.5479 0.5098 0.688 0.024 0.072 0.048 0.000 0.168
#> SRR1782851 1 0.0146 0.7790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782852 4 0.3264 0.7645 0.088 0.004 0.000 0.832 0.000 0.076
#> SRR1782853 2 0.1141 0.9175 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782855 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782856 1 0.0665 0.7768 0.980 0.000 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1782854 2 0.0777 0.9283 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782857 2 0.0405 0.9303 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782858 3 0.4015 0.1389 0.000 0.000 0.596 0.004 0.004 0.396
#> SRR1782859 2 0.6297 0.4632 0.020 0.580 0.248 0.060 0.000 0.092
#> SRR1782860 1 0.2207 0.7410 0.900 0.008 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1782861 1 0.3684 0.3359 0.664 0.000 0.000 0.000 0.004 0.332
#> SRR1782862 3 0.3024 0.7370 0.000 0.008 0.844 0.032 0.000 0.116
#> SRR1782863 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782864 3 0.0146 0.8303 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782866 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782865 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782867 1 0.4538 0.5925 0.612 0.000 0.000 0.048 0.000 0.340
#> SRR1782868 1 0.3168 0.6747 0.820 0.000 0.004 0.028 0.000 0.148
#> SRR1782872 3 0.3915 0.0941 0.000 0.000 0.584 0.000 0.004 0.412
#> SRR1782874 1 0.0837 0.7752 0.972 0.004 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.2019 0.7819 0.000 0.000 0.900 0.012 0.000 0.088
#> SRR1782871 5 0.4468 0.2840 0.000 0.000 0.032 0.000 0.560 0.408
#> SRR1782877 1 0.0146 0.7790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.1605 0.8225 0.004 0.000 0.000 0.016 0.936 0.044
#> SRR1782879 3 0.5486 0.1118 0.000 0.000 0.496 0.372 0.000 0.132
#> SRR1782880 1 0.0291 0.7788 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782883 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782881 3 0.0458 0.8306 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0972 0.9219 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR1782884 3 0.2772 0.6703 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1782885 3 0.0692 0.8293 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782886 1 0.0603 0.7776 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1782887 3 0.2863 0.7481 0.000 0.012 0.864 0.036 0.000 0.088
#> SRR1782888 1 0.0653 0.7779 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1782889 2 0.2404 0.8836 0.000 0.884 0.000 0.036 0.000 0.080
#> SRR1782892 6 0.6552 0.1947 0.184 0.000 0.040 0.000 0.368 0.408
#> SRR1782890 1 0.0508 0.7779 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782891 2 0.0291 0.9304 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782893 2 0.1951 0.8975 0.000 0.908 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1782894 1 0.0767 0.7766 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR1782897 5 0.2651 0.7876 0.036 0.000 0.000 0.004 0.872 0.088
#> SRR1782896 2 0.0146 0.9310 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782901 5 0.0767 0.8374 0.004 0.000 0.000 0.012 0.976 0.008
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.2949 0.6455 0.832 0.000 0.000 0.000 0.028 0.140
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.6146 -0.1201 0.204 0.000 0.520 0.024 0.000 0.252
#> SRR1782904 3 0.0363 0.8281 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782907 1 0.0858 0.7743 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1782906 1 0.0146 0.7790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782908 3 0.2164 0.7852 0.000 0.000 0.900 0.032 0.000 0.068
#> SRR1782909 2 0.2883 0.8702 0.008 0.860 0.000 0.040 0.000 0.092
#> SRR1782911 1 0.0146 0.7790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782910 3 0.0146 0.8311 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.3899 0.1201 0.000 0.000 0.592 0.000 0.004 0.404
#> SRR1782913 6 0.6126 0.5277 0.316 0.000 0.332 0.000 0.000 0.352
#> SRR1782915 5 0.3330 0.5841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1782914 5 0.0551 0.8396 0.004 0.000 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR1782916 1 0.3579 0.6892 0.816 0.016 0.000 0.108 0.000 0.060
#> SRR1782918 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782919 3 0.0692 0.8293 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782920 5 0.5825 -0.0431 0.196 0.000 0.000 0.000 0.460 0.344
#> SRR1782917 3 0.4102 0.6276 0.000 0.100 0.784 0.028 0.000 0.088
#> SRR1782922 4 0.2476 0.8568 0.004 0.092 0.000 0.880 0.000 0.024
#> SRR1782921 2 0.2781 0.8738 0.008 0.868 0.000 0.040 0.000 0.084
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0806 0.8285 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0146 0.9309 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782927 3 0.1334 0.8186 0.000 0.000 0.948 0.020 0.000 0.032
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1092 0.9189 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1782933 4 0.3958 0.7319 0.000 0.012 0.096 0.784 0.000 0.108
#> SRR1782930 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782931 2 0.1176 0.9172 0.000 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.2890 0.7307 0.124 0.000 0.000 0.012 0.848 0.016
#> SRR1782937 2 0.0458 0.9287 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782939 1 0.4426 0.6213 0.652 0.000 0.000 0.052 0.000 0.296
#> SRR1782940 1 0.2454 0.7277 0.884 0.000 0.008 0.020 0.000 0.088
#> SRR1782941 1 0.3895 0.5008 0.700 0.000 0.000 0.012 0.280 0.008
#> SRR1782942 3 0.1572 0.8128 0.000 0.000 0.936 0.028 0.000 0.036
#> SRR1782945 5 0.3074 0.6956 0.004 0.000 0.000 0.004 0.792 0.200
#> SRR1782944 1 0.1152 0.7680 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782947 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782948 2 0.2527 0.8783 0.000 0.876 0.000 0.040 0.000 0.084
#> SRR1782949 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782952 5 0.4743 0.2284 0.000 0.000 0.052 0.000 0.548 0.400
#> SRR1782950 2 0.0858 0.9227 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1782953 2 0.2404 0.8836 0.000 0.884 0.000 0.036 0.000 0.080
#> SRR1782951 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782954 1 0.5016 0.5129 0.532 0.000 0.000 0.076 0.000 0.392
#> SRR1782955 4 0.2480 0.8551 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782956 2 0.0937 0.9195 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782957 3 0.0692 0.8293 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782946 5 0.3737 0.3923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1782959 4 0.2062 0.8558 0.008 0.088 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.2048 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.4481 0.6197 0.648 0.000 0.000 0.056 0.000 0.296
#> SRR1782964 3 0.0146 0.8311 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.4476 0.6173 0.640 0.000 0.000 0.052 0.000 0.308
#> SRR1782965 3 0.3890 0.1315 0.000 0.000 0.596 0.000 0.004 0.400
#> SRR1782966 2 0.1882 0.8974 0.000 0.928 0.020 0.024 0.000 0.028
#> SRR1782968 3 0.0000 0.8308 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0692 0.8293 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782969 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782970 4 0.2950 0.8305 0.000 0.148 0.000 0.828 0.000 0.024
#> SRR1782971 4 0.4594 0.6594 0.000 0.012 0.160 0.720 0.000 0.108
#> SRR1782972 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.5152 -0.2094 0.000 0.000 0.512 0.000 0.088 0.400
#> SRR1782975 1 0.1268 0.7688 0.952 0.000 0.000 0.008 0.004 0.036
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0713 0.8322 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782979 1 0.4386 0.6214 0.652 0.000 0.000 0.048 0.000 0.300
#> SRR1782980 1 0.5110 -0.0911 0.528 0.000 0.004 0.000 0.072 0.396
#> SRR1782981 2 0.0937 0.9195 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782982 2 0.0508 0.9305 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782985 1 0.4524 0.6104 0.628 0.000 0.000 0.052 0.000 0.320
#> SRR1782983 3 0.0508 0.8306 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9315 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0291 0.8420 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782986 3 0.0146 0.8303 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782988 3 0.1572 0.8128 0.000 0.000 0.936 0.028 0.000 0.036
#> SRR1782990 2 0.0405 0.9296 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782991 3 0.2482 0.7174 0.000 0.000 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1782989 4 0.2480 0.8551 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782992 1 0.0146 0.7790 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782993 1 0.4515 0.6146 0.640 0.000 0.000 0.056 0.000 0.304
#> SRR1782995 6 0.6687 0.5418 0.140 0.000 0.380 0.000 0.072 0.408
#> SRR1782994 3 0.5156 -0.1692 0.064 0.000 0.528 0.004 0.004 0.400
#> SRR1782996 3 0.0820 0.8313 0.000 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1782998 3 0.1531 0.8012 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1782999 1 0.0405 0.7782 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782997 2 0.5590 0.5492 0.244 0.616 0.000 0.040 0.000 0.100
#> SRR1783000 2 0.5936 0.6785 0.092 0.680 0.068 0.060 0.000 0.100
#> SRR1783001 1 0.3819 0.3168 0.652 0.000 0.000 0.000 0.008 0.340
#> SRR1783002 4 0.4493 0.4515 0.000 0.364 0.000 0.596 0.000 0.040
#> SRR1783003 3 0.0622 0.8304 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1783004 2 0.0146 0.9310 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.6964 0.2831 0.288 0.452 0.000 0.128 0.000 0.132
#> SRR1783006 2 0.2822 0.8202 0.000 0.852 0.000 0.108 0.000 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.602 0.811 0.916 0.5003 0.498 0.498
#> 3 3 0.949 0.929 0.971 0.3206 0.728 0.509
#> 4 4 0.799 0.746 0.850 0.1224 0.864 0.627
#> 5 5 0.947 0.914 0.957 0.0731 0.897 0.632
#> 6 6 0.956 0.923 0.957 0.0247 0.976 0.883
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 5
There is also optional best \(k\) = 3 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.844 0.6424 0.272 0.728
#> SRR1782686 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.808 0.7217 0.752 0.248
#> SRR1782700 2 0.814 0.6683 0.252 0.748
#> SRR1782699 2 0.961 0.4591 0.384 0.616
#> SRR1782701 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782705 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.745 0.7160 0.212 0.788
#> SRR1782711 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782714 2 0.990 0.3332 0.440 0.560
#> SRR1782716 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.969 0.4777 0.604 0.396
#> SRR1782717 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782718 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 1.000 -0.1621 0.488 0.512
#> SRR1782720 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.456 0.8260 0.096 0.904
#> SRR1782726 1 0.814 0.7169 0.748 0.252
#> SRR1782722 1 1.000 0.2064 0.504 0.496
#> SRR1782723 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782727 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.814 0.6683 0.252 0.748
#> SRR1782728 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.821 0.7119 0.744 0.256
#> SRR1782733 2 0.767 0.7023 0.224 0.776
#> SRR1782732 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782736 2 0.988 0.3432 0.436 0.564
#> SRR1782737 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.932 0.3411 0.348 0.652
#> SRR1782739 1 0.808 0.7217 0.752 0.248
#> SRR1782740 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.689 0.7464 0.184 0.816
#> SRR1782747 2 0.961 0.4591 0.384 0.616
#> SRR1782750 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782763 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.839 0.6964 0.732 0.268
#> SRR1782766 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782772 1 0.969 0.4777 0.604 0.396
#> SRR1782773 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.204 0.8740 0.968 0.032
#> SRR1782788 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.891 0.4607 0.692 0.308
#> SRR1782789 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782795 2 0.994 0.2909 0.456 0.544
#> SRR1782796 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.706 0.7756 0.808 0.192
#> SRR1782800 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782805 1 0.814 0.7169 0.748 0.252
#> SRR1782806 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782808 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.971 0.2037 0.600 0.400
#> SRR1782809 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782810 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.895 0.4361 0.312 0.688
#> SRR1782815 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782819 2 0.987 0.3532 0.432 0.568
#> SRR1782817 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.722 0.7289 0.200 0.800
#> SRR1782821 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.722 0.7289 0.200 0.800
#> SRR1782832 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782838 1 0.738 0.7625 0.792 0.208
#> SRR1782839 1 0.767 0.7470 0.776 0.224
#> SRR1782840 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.961 0.4591 0.384 0.616
#> SRR1782842 1 0.781 0.7388 0.768 0.232
#> SRR1782841 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.802 0.7261 0.756 0.244
#> SRR1782846 2 0.992 -0.0104 0.448 0.552
#> SRR1782847 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.808 0.7217 0.752 0.248
#> SRR1782849 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.163 0.8965 0.024 0.976
#> SRR1782851 2 0.991 0.3227 0.444 0.556
#> SRR1782852 2 0.714 0.7334 0.196 0.804
#> SRR1782853 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.722 0.6688 0.200 0.800
#> SRR1782860 2 0.745 0.7161 0.212 0.788
#> SRR1782861 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782864 1 0.730 0.7662 0.796 0.204
#> SRR1782866 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.966 0.4430 0.392 0.608
#> SRR1782868 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.814 0.6683 0.252 0.748
#> SRR1782875 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.814 0.7169 0.748 0.252
#> SRR1782880 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782882 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782885 1 0.963 0.4949 0.612 0.388
#> SRR1782886 2 0.961 0.4591 0.384 0.616
#> SRR1782887 1 0.981 0.4221 0.580 0.420
#> SRR1782888 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782907 2 1.000 0.1681 0.496 0.504
#> SRR1782906 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.949 0.5347 0.632 0.368
#> SRR1782909 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782911 2 0.990 0.3331 0.440 0.560
#> SRR1782910 1 0.839 0.6964 0.732 0.268
#> SRR1782912 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.714 0.7334 0.196 0.804
#> SRR1782918 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782919 1 0.961 0.5032 0.616 0.384
#> SRR1782920 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.808 0.7217 0.752 0.248
#> SRR1782926 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.971 0.1743 0.400 0.600
#> SRR1782928 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782931 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.966 0.4430 0.392 0.608
#> SRR1782940 1 0.469 0.8128 0.900 0.100
#> SRR1782941 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782942 1 0.961 0.5032 0.616 0.384
#> SRR1782945 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.952 0.4820 0.372 0.628
#> SRR1782947 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.821 0.6633 0.256 0.744
#> SRR1782955 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.961 0.5032 0.616 0.384
#> SRR1782946 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782962 1 1.000 -0.1314 0.504 0.496
#> SRR1782964 1 0.839 0.6964 0.732 0.268
#> SRR1782963 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.808 0.7217 0.752 0.248
#> SRR1782967 1 0.961 0.5032 0.616 0.384
#> SRR1782969 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782973 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.993 0.3014 0.452 0.548
#> SRR1782976 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.978 0.1637 0.588 0.412
#> SRR1782980 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.722 0.7289 0.200 0.800
#> SRR1782983 1 0.961 0.5032 0.616 0.384
#> SRR1782987 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.808 0.7217 0.752 0.248
#> SRR1782988 1 0.946 0.5423 0.636 0.364
#> SRR1782990 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.689 0.7464 0.184 0.816
#> SRR1782995 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782998 1 0.722 0.7698 0.800 0.200
#> SRR1782999 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.000 0.8901 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.814 0.7169 0.748 0.252
#> SRR1783004 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.000 0.9128 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.6291 0.210 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782689 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 1 0.1643 0.938 0.956 0.044 0.000
#> SRR1782699 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782701 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.4178 0.784 0.172 0.828 0.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 2 0.6154 0.343 0.000 0.592 0.408
#> SRR1782719 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.5591 0.518 0.000 0.304 0.696
#> SRR1782726 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.5988 0.442 0.000 0.632 0.368
#> SRR1782724 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 1 0.5968 0.424 0.636 0.364 0.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.6095 0.274 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782749 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.6192 0.347 0.420 0.000 0.580
#> SRR1782755 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2711 0.894 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782770 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.6026 0.449 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782776 2 0.1860 0.932 0.000 0.948 0.052
#> SRR1782778 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.0424 0.974 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782779 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.6215 0.326 0.428 0.000 0.572
#> SRR1782818 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.0424 0.980 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.6026 0.449 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782844 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.6008 0.457 0.372 0.000 0.628
#> SRR1782848 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.5926 0.431 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782851 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 3 0.6095 0.363 0.000 0.392 0.608
#> SRR1782860 2 0.4931 0.690 0.232 0.768 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782872 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 3 0.4654 0.721 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782877 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0592 0.977 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782890 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0237 0.926 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782904 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782913 3 0.6225 0.315 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782915 3 0.6252 0.282 0.444 0.000 0.556
#> SRR1782914 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 2 0.6026 0.424 0.000 0.624 0.376
#> SRR1782930 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0892 0.967 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.6026 0.449 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782950 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.3412 0.838 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 3 0.6026 0.449 0.376 0.000 0.624
#> SRR1782959 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0237 0.985 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.0592 0.971 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782968 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 2 0.5968 0.451 0.000 0.636 0.364
#> SRR1782972 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.6309 0.116 0.496 0.000 0.504
#> SRR1782994 3 0.2066 0.880 0.060 0.000 0.940
#> SRR1782996 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.3686 0.823 0.000 0.860 0.140
#> SRR1783001 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782686 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782691 1 0.4977 -0.1692 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782699 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782701 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0921 0.9249 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782712 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782713 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782710 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782714 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782716 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.4855 0.3399 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782721 4 0.4855 0.3399 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.5016 0.3480 0.000 0.004 0.396 0.600
#> SRR1782724 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782728 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782730 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 4 0.7119 -0.0390 0.128 0.432 0.000 0.440
#> SRR1782732 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782735 3 0.0469 0.8921 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782731 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782737 3 0.3873 0.7131 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1782738 4 0.4916 0.2924 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1782739 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782740 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4961 0.2084 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1782747 1 0.5028 0.6956 0.596 0.004 0.000 0.400
#> SRR1782750 1 0.4277 0.3716 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.4477 0.7174 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1782746 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.5000 -0.2732 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782759 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782762 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782760 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3688 0.6482 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3266 0.6886 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1782770 3 0.0921 0.8739 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3942 0.6077 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.4855 0.5021 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782776 4 0.6855 0.6075 0.000 0.200 0.200 0.600
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782781 4 0.5659 0.6551 0.000 0.368 0.032 0.600
#> SRR1782779 1 0.4992 0.6082 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782782 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.3873 0.7333 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1782783 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782785 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782786 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782789 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782793 1 0.0707 0.7687 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782794 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.4564 0.3776 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1782796 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782798 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782797 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782807 4 0.2760 0.2922 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1782809 4 0.4925 0.2838 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR1782810 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782812 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782816 1 0.4989 -0.2053 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1782818 1 0.1022 0.7675 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782819 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782822 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782831 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782834 4 0.2814 0.6214 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1782832 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782835 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782837 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.4522 0.2156 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1782833 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.4866 0.4950 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.4866 0.4950 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.9448 -0.2297 0.104 0.260 0.356 0.280
#> SRR1782851 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782852 4 0.1557 0.5655 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.4776 0.7040 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1782856 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4817 0.5187 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1782859 2 0.0188 0.9567 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782860 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782865 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.1474 0.7642 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782872 3 0.4855 0.5021 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782874 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.4866 0.4950 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1782877 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.5000 0.0994 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1782880 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782883 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.4277 0.7235 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782897 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3837 0.7173 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782906 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.4855 0.5021 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782913 1 0.4998 -0.2508 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1782915 1 0.4998 -0.2507 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.4999 0.0157 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR1782922 4 0.4843 0.6624 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.5016 0.3480 0.000 0.004 0.396 0.600
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782940 1 0.5279 0.6888 0.588 0.012 0.000 0.400
#> SRR1782941 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782947 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.4866 0.4950 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782955 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.4907 0.4632 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1782959 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5161 0.6923 0.592 0.008 0.000 0.400
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782965 3 0.4855 0.5021 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782966 2 0.2281 0.8128 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782970 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782971 4 0.5016 0.3480 0.000 0.004 0.396 0.600
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.4855 0.5021 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782975 4 0.4855 -0.4249 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782980 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.4866 0.2790 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782992 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782993 4 0.0000 0.5120 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782995 1 0.4961 -0.1326 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1782994 3 0.4855 0.5021 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.4855 0.6987 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.7715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.4855 0.6627 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782701 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.2516 0.832 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782712 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782713 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.4182 0.407 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782716 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.3109 0.757 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782721 4 0.4114 0.475 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.1671 0.861 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782730 1 0.4249 0.274 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1782729 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782732 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782735 3 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782731 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.2690 0.805 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782738 4 0.4015 0.533 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1782739 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782740 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782747 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782750 5 0.4305 0.713 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748
#> SRR1782749 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.5193 0.408 0.584 0.000 0.000 0.052 0.364
#> SRR1782746 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782761 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782760 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0963 0.950 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 4 0.1270 0.872 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.1341 0.903 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782781 4 0.1408 0.901 0.000 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR1782779 5 0.5246 0.200 0.384 0.000 0.000 0.052 0.564
#> SRR1782782 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 1 0.1270 0.881 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782783 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782789 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782791 3 0.3074 0.752 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1782792 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782793 1 0.4242 0.289 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1782794 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 4 0.3109 0.725 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1782796 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782798 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782797 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782807 1 0.2230 0.851 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1782809 4 0.3932 0.570 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.874 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782816 5 0.4272 0.718 0.052 0.000 0.196 0.000 0.752
#> SRR1782818 1 0.4045 0.443 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1782819 4 0.3109 0.747 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.2179 0.833 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1782821 1 0.4138 0.378 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1782823 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.3661 0.586 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1782830 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782834 4 0.1270 0.870 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782832 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782835 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782837 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.3612 0.658 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782833 4 0.3109 0.747 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0162 0.962 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782843 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0404 0.971 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782850 4 0.4478 0.758 0.000 0.024 0.168 0.768 0.040
#> SRR1782851 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.1270 0.870 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0703 0.903 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782856 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3707 0.592 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1782859 2 0.3177 0.728 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.4138 0.267 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1782861 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.1341 0.900 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782868 5 0.2773 0.794 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1782872 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.4192 0.410 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.2471 0.830 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1782889 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 1 0.4249 0.258 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1782891 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.0794 0.941 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1782903 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3109 0.741 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782904 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782913 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782915 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 4 0.3983 0.535 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0880 0.895 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1341 0.871 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.4249 0.276 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1782942 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 4 0.4150 0.332 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1782955 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782965 5 0.3177 0.738 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1782966 2 0.0703 0.965 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782971 4 0.2929 0.778 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782980 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.1270 0.902 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.1341 0.900 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782995 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 5 0.3143 0.744 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782996 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.917 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 5 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783002 4 0.1270 0.905 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.1671 0.888 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1783006 2 0.0162 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782686 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782687 1 0.0405 0.9385 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782691 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782689 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0260 0.9403 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782699 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782701 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782709 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782711 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782707 5 0.0603 0.9330 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.2883 0.7239 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782714 4 0.4080 0.2071 0.456 0.000 0.000 0.536 0.008 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.3231 0.7133 0.000 0.000 0.200 0.784 0.000 0.016
#> SRR1782719 3 0.0260 0.9684 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.4150 0.4171 0.000 0.000 0.392 0.592 0.000 0.016
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.1528 0.8654 0.000 0.000 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1782724 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.2945 0.7862 0.824 0.000 0.000 0.000 0.156 0.020
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.2442 0.8638 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048 0.068
#> SRR1782731 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782737 3 0.3587 0.7432 0.000 0.000 0.792 0.000 0.140 0.068
#> SRR1782738 4 0.4088 0.4723 0.000 0.000 0.368 0.616 0.000 0.016
#> SRR1782739 3 0.0458 0.9630 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782740 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782747 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782750 1 0.5158 0.6075 0.696 0.000 0.160 0.000 0.076 0.068
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.1970 0.9796 0.092 0.000 0.000 0.000 0.008 0.900
#> SRR1782746 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782753 5 0.0146 0.9340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0405 0.9340 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0260 0.9684 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782776 4 0.0914 0.8896 0.000 0.000 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.1745 0.9456 0.056 0.000 0.000 0.000 0.020 0.924
#> SRR1782782 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782784 1 0.1471 0.8972 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1782783 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782785 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782786 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0717 0.9324 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1782790 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782789 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.3450 0.7194 0.000 0.000 0.780 0.000 0.188 0.032
#> SRR1782792 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.4064 0.5069 0.644 0.000 0.000 0.000 0.336 0.020
#> SRR1782794 5 0.1349 0.9321 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056
#> SRR1782795 4 0.3152 0.7067 0.004 0.000 0.000 0.792 0.196 0.008
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0260 0.9679 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782800 1 0.0146 0.9418 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782807 6 0.2060 0.9730 0.084 0.000 0.000 0.016 0.000 0.900
#> SRR1782809 4 0.4026 0.5143 0.000 0.000 0.348 0.636 0.000 0.016
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0458 0.9630 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 5 0.6769 0.0944 0.360 0.000 0.164 0.000 0.408 0.068
#> SRR1782818 1 0.1387 0.8970 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782819 4 0.3230 0.7287 0.192 0.000 0.000 0.792 0.008 0.008
#> SRR1782817 5 0.0603 0.9330 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782824 1 0.1010 0.9198 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782822 4 0.2416 0.7762 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.1983 0.8778 0.908 0.000 0.000 0.000 0.072 0.020
#> SRR1782823 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782826 1 0.3017 0.7767 0.816 0.000 0.000 0.000 0.164 0.020
#> SRR1782830 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0363 0.9386 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782831 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.2416 0.7197 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.3319 0.7425 0.164 0.000 0.000 0.800 0.036 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.1616 0.9020 0.048 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0713 0.9430 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.1267 0.9274 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1782850 4 0.4931 0.6965 0.004 0.020 0.120 0.748 0.040 0.068
#> SRR1782851 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0146 0.9421 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782856 1 0.0146 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0146 0.9891 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4894 0.2557 0.000 0.000 0.556 0.000 0.376 0.068
#> SRR1782859 2 0.2854 0.7031 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.0937 0.9115 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782861 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782862 3 0.0363 0.9658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0603 0.9330 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782867 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782868 1 0.2294 0.8574 0.892 0.000 0.000 0.000 0.036 0.072
#> SRR1782872 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782874 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.1867 0.8981 0.000 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR1782871 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782877 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782879 4 0.4168 0.3972 0.000 0.000 0.400 0.584 0.000 0.016
#> SRR1782880 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782883 5 0.0717 0.9324 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0993 0.9446 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.2147 0.8671 0.896 0.000 0.000 0.000 0.084 0.020
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782890 1 0.1265 0.9115 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0692 0.9313 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1782897 5 0.0622 0.9332 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0717 0.9324 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1782901 5 0.0806 0.9314 0.008 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.3198 0.6197 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4120 0.6457 0.000 0.000 0.728 0.000 0.204 0.068
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782906 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782913 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782915 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782914 5 0.0909 0.9292 0.012 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020
#> SRR1782916 4 0.2902 0.7276 0.196 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.0405 0.9340 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1782917 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0914 0.8896 0.000 0.000 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.2830 0.7974 0.144 0.000 0.000 0.000 0.836 0.020
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782940 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782941 1 0.2945 0.7862 0.824 0.000 0.000 0.000 0.156 0.020
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0603 0.9330 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782944 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782947 5 0.0717 0.9324 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0717 0.9324 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1782952 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0603 0.9330 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1782954 6 0.2190 0.9433 0.060 0.000 0.000 0.040 0.000 0.900
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0458 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782965 5 0.3874 0.7253 0.000 0.000 0.172 0.000 0.760 0.068
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.3104 0.7315 0.000 0.000 0.184 0.800 0.000 0.016
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782975 1 0.0260 0.9429 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0146 0.9340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782979 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782980 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0717 0.9324 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0909 0.9481 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782993 6 0.1863 0.9907 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1782995 5 0.1387 0.9260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782994 5 0.3874 0.7253 0.000 0.000 0.172 0.000 0.760 0.068
#> SRR1782996 3 0.0260 0.9679 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0146 0.9438 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 5 0.1285 0.9295 0.004 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052
#> SRR1783002 4 0.0000 0.9065 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0260 0.9684 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.0146 0.9034 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0547 0.9717 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.693 0.898 0.947 0.4968 0.501 0.501
#> 3 3 0.685 0.765 0.868 0.3183 0.754 0.547
#> 4 4 0.619 0.690 0.843 0.1027 0.819 0.547
#> 5 5 0.727 0.589 0.802 0.0749 0.905 0.686
#> 6 6 0.766 0.701 0.841 0.0472 0.868 0.515
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.1184 0.943 0.016 0.984
#> SRR1782686 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782687 2 0.9209 0.575 0.336 0.664
#> SRR1782688 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.7139 0.809 0.804 0.196
#> SRR1782700 2 0.3584 0.903 0.068 0.932
#> SRR1782699 2 0.8081 0.696 0.248 0.752
#> SRR1782701 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0672 0.928 0.992 0.008
#> SRR1782705 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1782711 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1782708 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782714 2 0.7950 0.726 0.240 0.760
#> SRR1782716 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.7815 0.769 0.768 0.232
#> SRR1782717 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782718 1 0.8267 0.733 0.740 0.260
#> SRR1782719 1 0.8081 0.749 0.752 0.248
#> SRR1782720 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.7602 0.784 0.780 0.220
#> SRR1782726 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782722 1 0.8081 0.749 0.752 0.248
#> SRR1782723 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782727 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR1782724 2 0.3274 0.911 0.060 0.940
#> SRR1782728 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.7299 0.801 0.796 0.204
#> SRR1782733 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782731 2 0.7453 0.762 0.212 0.788
#> SRR1782734 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782736 2 0.8207 0.707 0.256 0.744
#> SRR1782737 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782738 1 0.8081 0.749 0.752 0.248
#> SRR1782739 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782740 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782747 2 0.7950 0.727 0.240 0.760
#> SRR1782750 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782759 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782762 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0672 0.928 0.992 0.008
#> SRR1782763 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.7219 0.805 0.800 0.200
#> SRR1782766 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.9608 0.312 0.384 0.616
#> SRR1782773 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782785 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782786 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782788 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782789 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782792 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.9552 0.340 0.624 0.376
#> SRR1782796 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.2236 0.915 0.964 0.036
#> SRR1782800 1 0.5737 0.818 0.864 0.136
#> SRR1782801 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782803 1 0.8081 0.749 0.752 0.248
#> SRR1782804 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782805 1 0.7139 0.809 0.804 0.196
#> SRR1782806 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782808 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.4022 0.873 0.920 0.080
#> SRR1782809 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782810 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782814 1 0.8081 0.749 0.752 0.248
#> SRR1782815 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.6048 0.846 0.852 0.148
#> SRR1782818 2 0.3879 0.898 0.076 0.924
#> SRR1782819 2 0.7950 0.726 0.240 0.760
#> SRR1782817 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782825 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782820 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782822 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.4161 0.870 0.916 0.084
#> SRR1782831 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0672 0.928 0.992 0.008
#> SRR1782838 1 0.5519 0.860 0.872 0.128
#> SRR1782839 1 0.6887 0.819 0.816 0.184
#> SRR1782840 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.7299 0.762 0.204 0.796
#> SRR1782842 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782841 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0672 0.947 0.008 0.992
#> SRR1782845 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782846 2 0.3733 0.896 0.072 0.928
#> SRR1782847 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782849 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.2423 0.925 0.040 0.960
#> SRR1782851 2 0.8207 0.707 0.256 0.744
#> SRR1782852 2 0.0672 0.947 0.008 0.992
#> SRR1782853 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782859 2 0.1633 0.936 0.024 0.976
#> SRR1782860 2 0.1414 0.940 0.020 0.980
#> SRR1782861 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0672 0.947 0.008 0.992
#> SRR1782863 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782864 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782866 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782865 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.7815 0.734 0.232 0.768
#> SRR1782868 1 0.6973 0.815 0.812 0.188
#> SRR1782872 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782874 2 0.2236 0.929 0.036 0.964
#> SRR1782875 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782871 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.7453 0.793 0.788 0.212
#> SRR1782880 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782883 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.6973 0.816 0.812 0.188
#> SRR1782882 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782885 1 0.7815 0.769 0.768 0.232
#> SRR1782886 2 0.3733 0.901 0.072 0.928
#> SRR1782887 2 0.7815 0.683 0.232 0.768
#> SRR1782888 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1782889 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.5946 0.805 0.856 0.144
#> SRR1782891 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.5737 0.854 0.864 0.136
#> SRR1782904 1 0.2236 0.915 0.964 0.036
#> SRR1782907 2 0.3879 0.898 0.076 0.924
#> SRR1782906 2 0.8207 0.708 0.256 0.744
#> SRR1782908 1 0.7139 0.809 0.804 0.196
#> SRR1782909 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782911 2 0.8207 0.707 0.256 0.744
#> SRR1782910 1 0.7299 0.801 0.796 0.204
#> SRR1782912 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782913 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782915 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782919 1 0.7528 0.788 0.784 0.216
#> SRR1782920 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782926 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782927 1 0.8081 0.749 0.752 0.248
#> SRR1782928 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.5178 0.839 0.116 0.884
#> SRR1782930 1 0.1184 0.924 0.984 0.016
#> SRR1782931 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.8207 0.707 0.256 0.744
#> SRR1782940 2 0.3584 0.903 0.068 0.932
#> SRR1782941 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782942 1 0.7139 0.809 0.804 0.196
#> SRR1782945 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.3733 0.901 0.072 0.928
#> SRR1782947 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.2778 0.920 0.048 0.952
#> SRR1782955 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.7376 0.797 0.792 0.208
#> SRR1782946 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.3879 0.898 0.076 0.924
#> SRR1782964 1 0.7219 0.805 0.800 0.200
#> SRR1782963 1 0.2423 0.906 0.960 0.040
#> SRR1782965 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782967 1 0.7219 0.805 0.800 0.200
#> SRR1782969 1 0.2778 0.900 0.952 0.048
#> SRR1782970 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782973 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.8207 0.707 0.256 0.744
#> SRR1782976 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782980 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782983 1 0.7219 0.805 0.800 0.200
#> SRR1782987 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.7056 0.812 0.808 0.192
#> SRR1782988 1 0.7219 0.805 0.800 0.200
#> SRR1782990 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0376 0.929 0.996 0.004
#> SRR1782989 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782992 2 0.8267 0.703 0.260 0.740
#> SRR1782993 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1782995 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0938 0.926 0.988 0.012
#> SRR1782998 1 0.0672 0.928 0.992 0.008
#> SRR1782999 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1782997 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0672 0.947 0.008 0.992
#> SRR1783001 1 0.0000 0.929 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.7139 0.809 0.804 0.196
#> SRR1783004 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.5843 0.663 0.732 0.252 0.016
#> SRR1782686 3 0.6252 0.597 0.444 0.000 0.556
#> SRR1782687 1 0.0424 0.809 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782688 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1163 0.810 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782691 3 0.6045 0.659 0.380 0.000 0.620
#> SRR1782689 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782692 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.6062 0.657 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782694 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.4605 0.755 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782697 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782695 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782700 1 0.4937 0.754 0.824 0.148 0.028
#> SRR1782699 1 0.4449 0.779 0.860 0.100 0.040
#> SRR1782701 3 0.6111 0.647 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782702 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782705 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782709 1 0.6497 0.542 0.648 0.336 0.016
#> SRR1782711 3 0.6308 0.504 0.492 0.000 0.508
#> SRR1782707 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782706 2 0.6598 0.318 0.008 0.564 0.428
#> SRR1782708 2 0.4235 0.733 0.176 0.824 0.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 2 0.0747 0.925 0.016 0.984 0.000
#> SRR1782710 1 0.1163 0.810 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782714 1 0.3995 0.778 0.868 0.116 0.016
#> SRR1782716 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782715 3 0.0892 0.765 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782717 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782718 2 0.6008 0.548 0.000 0.628 0.372
#> SRR1782719 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782720 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.2301 0.745 0.004 0.060 0.936
#> SRR1782726 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782722 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782723 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782727 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.4796 0.747 0.000 0.780 0.220
#> SRR1782724 1 0.6239 0.714 0.768 0.160 0.072
#> SRR1782728 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782729 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782733 1 0.6935 0.470 0.604 0.372 0.024
#> SRR1782732 2 0.0747 0.925 0.016 0.984 0.000
#> SRR1782735 3 0.5465 0.723 0.288 0.000 0.712
#> SRR1782731 1 0.1491 0.819 0.968 0.016 0.016
#> SRR1782734 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782736 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782737 3 0.5560 0.717 0.300 0.000 0.700
#> SRR1782738 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782739 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782740 3 0.6062 0.657 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782741 2 0.1491 0.913 0.016 0.968 0.016
#> SRR1782742 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782743 2 0.1711 0.911 0.008 0.960 0.032
#> SRR1782744 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782745 1 0.6598 0.355 0.564 0.428 0.008
#> SRR1782747 1 0.2903 0.804 0.924 0.028 0.048
#> SRR1782750 1 0.5988 0.130 0.632 0.000 0.368
#> SRR1782749 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.6062 0.657 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782746 3 0.6204 0.627 0.424 0.000 0.576
#> SRR1782753 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782748 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782755 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.1031 0.917 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782758 3 0.6291 0.528 0.468 0.000 0.532
#> SRR1782761 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782762 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.1182 0.919 0.012 0.976 0.012
#> SRR1782764 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782763 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782766 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.6045 0.541 0.000 0.620 0.380
#> SRR1782769 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.5591 0.651 0.000 0.696 0.304
#> SRR1782770 2 0.5968 0.564 0.000 0.636 0.364
#> SRR1782774 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782771 2 0.5968 0.564 0.000 0.636 0.364
#> SRR1782772 3 0.0892 0.766 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782773 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782776 2 0.4399 0.778 0.000 0.812 0.188
#> SRR1782778 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.6869 0.363 0.560 0.424 0.016
#> SRR1782781 1 0.8185 0.282 0.500 0.428 0.072
#> SRR1782779 1 0.5859 0.141 0.656 0.000 0.344
#> SRR1782782 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782784 1 0.1031 0.812 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782783 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782785 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782786 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782787 3 0.0475 0.772 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782788 3 0.6235 0.610 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782790 1 0.1491 0.819 0.968 0.016 0.016
#> SRR1782789 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782791 3 0.1647 0.772 0.036 0.004 0.960
#> SRR1782792 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782793 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782794 3 0.6111 0.647 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782795 1 0.4731 0.767 0.840 0.128 0.032
#> SRR1782796 2 0.1491 0.913 0.016 0.968 0.016
#> SRR1782798 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782797 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782799 3 0.3619 0.760 0.136 0.000 0.864
#> SRR1782800 1 0.1711 0.812 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782801 2 0.3686 0.820 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782802 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0892 0.765 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782804 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782805 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782806 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782808 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.1399 0.813 0.968 0.004 0.028
#> SRR1782809 3 0.1529 0.772 0.040 0.000 0.960
#> SRR1782810 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.4291 0.599 0.000 0.180 0.820
#> SRR1782815 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782816 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782818 1 0.2050 0.819 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782819 1 0.4551 0.765 0.840 0.140 0.020
#> SRR1782817 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782824 1 0.1491 0.819 0.968 0.016 0.016
#> SRR1782825 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782820 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782822 1 0.6798 0.415 0.584 0.400 0.016
#> SRR1782821 1 0.0237 0.810 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782823 3 0.6235 0.610 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782826 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782830 1 0.6309 -0.496 0.500 0.000 0.500
#> SRR1782828 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.1315 0.816 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782831 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782834 1 0.6879 0.356 0.556 0.428 0.016
#> SRR1782832 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.1015 0.922 0.008 0.980 0.012
#> SRR1782836 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782838 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782839 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782840 2 0.0237 0.931 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782833 1 0.4723 0.752 0.824 0.160 0.016
#> SRR1782842 3 0.0892 0.772 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782841 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782843 2 0.9380 0.284 0.256 0.512 0.232
#> SRR1782845 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782844 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782846 3 0.4555 0.603 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782847 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782848 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782849 3 0.5926 0.680 0.356 0.000 0.644
#> SRR1782850 3 0.8665 0.329 0.324 0.124 0.552
#> SRR1782851 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782852 1 0.6721 0.461 0.604 0.380 0.016
#> SRR1782853 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.1289 0.809 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782856 1 0.0747 0.813 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782854 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.5465 0.723 0.288 0.000 0.712
#> SRR1782859 2 0.6404 0.590 0.012 0.644 0.344
#> SRR1782860 1 0.6853 0.676 0.712 0.224 0.064
#> SRR1782861 3 0.5882 0.686 0.348 0.000 0.652
#> SRR1782862 2 0.6330 0.515 0.004 0.600 0.396
#> SRR1782863 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782864 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782866 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782865 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782867 1 0.4475 0.763 0.840 0.144 0.016
#> SRR1782868 3 0.5928 0.716 0.296 0.008 0.696
#> SRR1782872 3 0.5465 0.723 0.288 0.000 0.712
#> SRR1782874 1 0.4953 0.739 0.808 0.176 0.016
#> SRR1782875 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4796 0.741 0.220 0.000 0.780
#> SRR1782871 3 0.5497 0.722 0.292 0.000 0.708
#> SRR1782877 1 0.1163 0.810 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782873 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 3 0.6235 0.610 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782879 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782880 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782883 3 0.6235 0.610 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782881 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782882 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782884 3 0.2866 0.768 0.076 0.008 0.916
#> SRR1782885 3 0.0892 0.765 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782886 1 0.2152 0.818 0.948 0.036 0.016
#> SRR1782887 3 0.2492 0.755 0.016 0.048 0.936
#> SRR1782888 1 0.1267 0.814 0.972 0.004 0.024
#> SRR1782889 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782892 3 0.5948 0.677 0.360 0.000 0.640
#> SRR1782890 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782891 2 0.0592 0.926 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782893 2 0.0237 0.931 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782894 1 0.1163 0.810 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782897 3 0.6267 0.583 0.452 0.000 0.548
#> SRR1782896 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.6204 0.627 0.424 0.000 0.576
#> SRR1782901 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782899 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.6299 -0.395 0.524 0.000 0.476
#> SRR1782903 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.5497 0.721 0.292 0.000 0.708
#> SRR1782904 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782907 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782906 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782908 3 0.1525 0.773 0.032 0.004 0.964
#> SRR1782909 2 0.0848 0.925 0.008 0.984 0.008
#> SRR1782911 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782910 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782912 3 0.5465 0.723 0.288 0.000 0.712
#> SRR1782913 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782915 3 0.5988 0.677 0.368 0.000 0.632
#> SRR1782914 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782916 1 0.6859 0.372 0.564 0.420 0.016
#> SRR1782918 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782919 3 0.0892 0.765 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782920 3 0.6111 0.646 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782917 2 0.6045 0.543 0.000 0.620 0.380
#> SRR1782922 1 0.6859 0.372 0.564 0.420 0.016
#> SRR1782921 2 0.1170 0.922 0.008 0.976 0.016
#> SRR1782923 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782926 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.2625 0.714 0.000 0.084 0.916
#> SRR1782928 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.3686 0.820 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782933 2 0.4887 0.738 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782930 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782931 2 0.2537 0.873 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782934 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0424 0.805 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782937 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782940 1 0.6865 0.687 0.736 0.160 0.104
#> SRR1782941 1 0.0424 0.809 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782942 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782945 3 0.6140 0.645 0.404 0.000 0.596
#> SRR1782944 1 0.1905 0.820 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782947 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782948 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782949 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782952 3 0.5988 0.677 0.368 0.000 0.632
#> SRR1782950 2 0.1031 0.917 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782953 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782951 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782954 1 0.6686 0.477 0.612 0.372 0.016
#> SRR1782955 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782946 3 0.5988 0.677 0.368 0.000 0.632
#> SRR1782959 2 0.1170 0.919 0.016 0.976 0.008
#> SRR1782958 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.6168 0.641 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782961 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3888 0.785 0.888 0.048 0.064
#> SRR1782964 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782963 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.5465 0.723 0.288 0.000 0.712
#> SRR1782966 2 0.5591 0.651 0.000 0.696 0.304
#> SRR1782968 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782967 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782969 1 0.1267 0.814 0.972 0.004 0.024
#> SRR1782970 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 2 0.4842 0.740 0.000 0.776 0.224
#> SRR1782972 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782973 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.5465 0.723 0.288 0.000 0.712
#> SRR1782975 1 0.2804 0.808 0.924 0.060 0.016
#> SRR1782976 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.6180 0.637 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782979 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782980 3 0.6062 0.657 0.384 0.000 0.616
#> SRR1782981 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.1031 0.918 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782985 1 0.6771 0.324 0.548 0.440 0.012
#> SRR1782983 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782987 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 3 0.6235 0.610 0.436 0.000 0.564
#> SRR1782986 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782988 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782990 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.2772 0.768 0.080 0.004 0.916
#> SRR1782989 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782992 1 0.1337 0.818 0.972 0.012 0.016
#> SRR1782993 1 0.6859 0.372 0.564 0.420 0.016
#> SRR1782995 3 0.5882 0.686 0.348 0.000 0.652
#> SRR1782994 3 0.5621 0.713 0.308 0.000 0.692
#> SRR1782996 3 0.3644 0.762 0.124 0.004 0.872
#> SRR1782998 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782999 1 0.1753 0.798 0.952 0.000 0.048
#> SRR1782997 2 0.8067 0.551 0.188 0.652 0.160
#> SRR1783000 2 0.8703 0.456 0.124 0.544 0.332
#> SRR1783001 3 0.6180 0.621 0.416 0.000 0.584
#> SRR1783002 2 0.0424 0.929 0.008 0.992 0.000
#> SRR1783003 3 0.0424 0.773 0.000 0.008 0.992
#> SRR1783004 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.2492 0.883 0.048 0.936 0.016
#> SRR1783006 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.2675 0.72831 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR1782686 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782687 1 0.2704 0.72341 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1782688 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782691 4 0.5979 0.73665 0.272 0.000 0.076 0.652
#> SRR1782689 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782692 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.2466 0.72409 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1782694 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.7836 -0.16066 0.348 0.388 0.264 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0469 0.76871 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0336 0.76906 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782701 4 0.6494 0.61272 0.340 0.000 0.088 0.572
#> SRR1782702 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0188 0.73144 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782709 1 0.3991 0.69715 0.832 0.048 0.000 0.120
#> SRR1782711 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782707 4 0.4046 0.89541 0.124 0.000 0.048 0.828
#> SRR1782706 1 0.7815 0.17707 0.392 0.352 0.256 0.000
#> SRR1782708 2 0.1677 0.84278 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1782712 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782713 2 0.5512 0.73626 0.100 0.728 0.000 0.172
#> SRR1782710 1 0.0000 0.76840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.3356 0.69094 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782716 2 0.3764 0.79460 0.012 0.816 0.000 0.172
#> SRR1782715 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.7170 0.47412 0.000 0.540 0.288 0.172
#> SRR1782719 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782721 3 0.8370 0.00364 0.384 0.052 0.424 0.140
#> SRR1782726 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.7470 0.58109 0.024 0.588 0.216 0.172
#> SRR1782724 1 0.0336 0.76906 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782728 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782730 4 0.5943 0.64889 0.360 0.000 0.048 0.592
#> SRR1782729 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3528 0.65051 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1782732 2 0.5512 0.73626 0.100 0.728 0.000 0.172
#> SRR1782735 3 0.3751 0.65819 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1782731 1 0.0000 0.76840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.1867 0.82613 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.1109 0.76442 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1782737 1 0.4819 0.42489 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1782738 3 0.3311 0.69494 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1782739 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782740 1 0.4535 0.51897 0.704 0.000 0.292 0.004
#> SRR1782741 2 0.5512 0.73626 0.100 0.728 0.000 0.172
#> SRR1782742 2 0.1792 0.82850 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.6878 -0.02171 0.424 0.472 0.104 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.4222 0.56545 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.2256 0.75113 0.924 0.056 0.020 0.000
#> SRR1782750 1 0.4155 0.58346 0.756 0.000 0.240 0.004
#> SRR1782749 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.2125 0.74003 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1782746 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782753 4 0.4046 0.89541 0.124 0.000 0.048 0.828
#> SRR1782748 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.5028 0.31161 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1782755 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782757 2 0.4722 0.46626 0.300 0.692 0.008 0.000
#> SRR1782758 1 0.1356 0.76205 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1782761 2 0.3991 0.79107 0.020 0.808 0.000 0.172
#> SRR1782759 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782762 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.5334 0.74763 0.088 0.740 0.000 0.172
#> SRR1782764 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.4888 0.24252 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4643 0.41044 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1782770 3 0.6903 0.44169 0.224 0.184 0.592 0.000
#> SRR1782774 2 0.0188 0.85595 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782771 3 0.7285 0.29217 0.300 0.180 0.520 0.000
#> SRR1782772 3 0.4804 0.32939 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.4800 0.43471 0.656 0.000 0.340 0.004
#> SRR1782776 2 0.7520 0.59664 0.032 0.596 0.204 0.168
#> SRR1782778 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.5657 0.59219 0.720 0.160 0.000 0.120
#> SRR1782781 2 0.9221 0.30879 0.272 0.432 0.124 0.172
#> SRR1782779 1 0.2334 0.73756 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1782782 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782784 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782783 1 0.4790 -0.04996 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1782785 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782786 4 0.0188 0.73144 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782787 3 0.1576 0.78850 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1782788 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782790 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782789 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782791 3 0.2408 0.73703 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1782792 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782793 4 0.4624 0.41208 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1782794 4 0.5927 0.74672 0.264 0.000 0.076 0.660
#> SRR1782795 1 0.6198 0.52411 0.672 0.152 0.000 0.176
#> SRR1782796 2 0.5512 0.73626 0.100 0.728 0.000 0.172
#> SRR1782798 2 0.4713 0.77379 0.052 0.776 0.000 0.172
#> SRR1782797 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782799 3 0.5070 0.28133 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR1782800 1 0.0707 0.76595 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782801 2 0.2647 0.77695 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0921 0.80012 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.1389 0.78822 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.3266 0.80079 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1782807 1 0.3356 0.69094 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782809 3 0.3494 0.69305 0.004 0.000 0.824 0.172
#> SRR1782810 2 0.5007 0.76331 0.068 0.760 0.000 0.172
#> SRR1782812 2 0.3266 0.80081 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1782813 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0921 0.79857 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782815 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782816 1 0.4343 0.54952 0.732 0.000 0.264 0.004
#> SRR1782818 1 0.0188 0.76926 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.4552 0.65549 0.784 0.044 0.000 0.172
#> SRR1782817 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782824 1 0.3123 0.70097 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782825 2 0.0817 0.84957 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782822 1 0.6613 0.50122 0.628 0.200 0.000 0.172
#> SRR1782821 1 0.1389 0.73723 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782823 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782826 4 0.5943 0.64522 0.360 0.000 0.048 0.592
#> SRR1782830 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782828 2 0.4585 0.43930 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.3311 0.69127 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1782831 2 0.4776 0.77420 0.060 0.776 0.000 0.164
#> SRR1782834 2 0.7414 0.26544 0.368 0.460 0.000 0.172
#> SRR1782832 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782835 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782837 2 0.5100 0.75995 0.076 0.756 0.000 0.168
#> SRR1782836 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.7185 0.26785 0.540 0.284 0.000 0.176
#> SRR1782842 3 0.4948 0.22048 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1782841 4 0.4817 0.38306 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1782843 1 0.7058 0.39719 0.560 0.168 0.272 0.000
#> SRR1782845 3 0.4761 0.45822 0.332 0.000 0.664 0.004
#> SRR1782844 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.7156 0.17702 0.368 0.140 0.492 0.000
#> SRR1782847 1 0.5112 0.19346 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1782848 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.4560 0.51243 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR1782850 1 0.7126 0.39913 0.564 0.152 0.280 0.004
#> SRR1782851 1 0.1398 0.76013 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1782852 1 0.6613 0.49097 0.628 0.200 0.000 0.172
#> SRR1782853 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0188 0.76822 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782856 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782854 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.4905 0.40042 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR1782859 1 0.7398 0.12644 0.456 0.168 0.376 0.000
#> SRR1782860 1 0.3105 0.71717 0.868 0.012 0.000 0.120
#> SRR1782861 1 0.3494 0.67828 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1782862 3 0.6483 0.21202 0.392 0.076 0.532 0.000
#> SRR1782863 3 0.0188 0.81518 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782864 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782865 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782867 1 0.4511 0.65882 0.784 0.040 0.000 0.176
#> SRR1782868 1 0.3831 0.63866 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1782872 3 0.4220 0.60089 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1782874 1 0.1004 0.76566 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782875 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.5168 0.03104 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1782871 3 0.7265 0.10464 0.184 0.000 0.528 0.288
#> SRR1782877 1 0.0000 0.76840 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782879 3 0.2704 0.73250 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782880 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782883 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782881 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0376 0.81348 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782885 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782887 3 0.6108 0.14426 0.424 0.048 0.528 0.000
#> SRR1782888 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782889 2 0.4746 0.36288 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.5213 0.44355 0.652 0.000 0.328 0.020
#> SRR1782890 1 0.0524 0.76851 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782891 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.1637 0.82345 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782897 4 0.4719 0.86021 0.180 0.000 0.048 0.772
#> SRR1782896 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782901 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782899 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.1902 0.74183 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1782903 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.4343 0.54952 0.732 0.000 0.264 0.004
#> SRR1782904 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782906 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782908 1 0.4985 0.05682 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1782909 2 0.4916 0.23175 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0779 0.76769 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1782910 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.2831 0.72448 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1782913 1 0.4401 0.54102 0.724 0.000 0.272 0.004
#> SRR1782915 4 0.4724 0.85200 0.112 0.000 0.096 0.792
#> SRR1782914 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782916 2 0.7040 0.20132 0.420 0.460 0.000 0.120
#> SRR1782918 3 0.0188 0.81518 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782919 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.4547 0.63962 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR1782917 3 0.6909 0.23529 0.364 0.116 0.520 0.000
#> SRR1782922 2 0.7384 0.30929 0.352 0.476 0.000 0.172
#> SRR1782921 2 0.4916 0.23175 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0336 0.81415 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.1716 0.76902 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2408 0.79058 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1782933 2 0.7755 0.56433 0.036 0.572 0.220 0.172
#> SRR1782930 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1211 0.83701 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 4 0.4925 0.53404 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1782937 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782940 1 0.4126 0.61755 0.776 0.004 0.216 0.004
#> SRR1782941 1 0.4972 -0.27347 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1782942 3 0.4713 0.38492 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1782945 4 0.4621 0.87447 0.128 0.000 0.076 0.796
#> SRR1782944 1 0.0376 0.76881 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782947 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782948 2 0.4697 0.38496 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1782949 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782952 3 0.7561 -0.22368 0.192 0.000 0.424 0.384
#> SRR1782950 2 0.2408 0.78668 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1782953 2 0.1474 0.83752 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1782951 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782954 1 0.7072 0.34039 0.560 0.268 0.000 0.172
#> SRR1782955 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782956 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 4 0.6953 0.32213 0.112 0.000 0.412 0.476
#> SRR1782959 2 0.5512 0.73626 0.100 0.728 0.000 0.172
#> SRR1782958 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 4 0.4100 0.89289 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782961 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0921 0.76641 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.4331 0.28365 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1782965 3 0.4401 0.56447 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR1782966 2 0.4661 0.40113 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0469 0.81244 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782969 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782970 2 0.2973 0.81152 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1782971 2 0.4313 0.60649 0.000 0.736 0.260 0.004
#> SRR1782972 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.5599 0.54215 0.228 0.000 0.700 0.072
#> SRR1782975 1 0.3356 0.69094 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782976 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 4 0.4046 0.89541 0.124 0.000 0.048 0.828
#> SRR1782979 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782980 1 0.2773 0.71491 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1782981 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0592 0.85046 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782985 2 0.4933 0.28363 0.432 0.568 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 4 0.4100 0.89762 0.128 0.000 0.048 0.824
#> SRR1782986 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.4964 0.33581 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR1782990 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0376 0.81348 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782989 2 0.3311 0.79887 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1782992 1 0.0188 0.76807 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782993 1 0.5339 0.53870 0.688 0.272 0.000 0.040
#> SRR1782995 1 0.4819 0.42778 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1782994 1 0.4936 0.36044 0.624 0.000 0.372 0.004
#> SRR1782996 3 0.4283 0.59918 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1782998 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0188 0.76822 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782997 1 0.7244 0.40935 0.544 0.244 0.212 0.000
#> SRR1783000 1 0.7530 0.10034 0.436 0.188 0.376 0.000
#> SRR1783001 1 0.2334 0.72861 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1783002 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.81688 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.6118 0.65201 0.208 0.672 0.000 0.120
#> SRR1783006 2 0.0000 0.85762 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.1341 0.7062 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1608 0.6871 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782691 4 0.4825 0.0331 0.024 0.000 0.000 0.568 0.408
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 4 0.4249 0.4332 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.6959 -0.1287 0.336 0.340 0.320 0.004 0.000
#> SRR1782697 2 0.0162 0.8206 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.1671 0.6812 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1782700 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0703 0.7222 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782701 4 0.4825 0.0331 0.024 0.000 0.000 0.568 0.408
#> SRR1782702 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.1851 0.6743 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.0880 0.7212 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 3 0.6915 -0.0326 0.356 0.276 0.364 0.004 0.000
#> SRR1782708 2 0.4069 0.7060 0.136 0.788 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782712 2 0.4030 0.6411 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1782713 2 0.6460 0.3715 0.180 0.416 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782710 1 0.2424 0.6259 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1782714 1 0.4192 0.4469 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782716 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782715 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782717 3 0.1732 0.6663 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1782718 3 0.6024 0.2241 0.000 0.116 0.472 0.412 0.000
#> SRR1782719 3 0.0290 0.7090 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782720 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782721 4 0.4552 -0.2518 0.008 0.000 0.468 0.524 0.000
#> SRR1782726 3 0.1197 0.6938 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1782722 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782723 3 0.2377 0.6451 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.6229 0.2194 0.004 0.124 0.468 0.404 0.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782730 5 0.2563 0.8019 0.120 0.000 0.000 0.008 0.872
#> SRR1782729 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.0703 0.7222 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782732 2 0.6460 0.3715 0.180 0.416 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782735 4 0.4824 0.2646 0.020 0.000 0.468 0.512 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.1732 0.7749 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 4 0.6081 0.4703 0.376 0.000 0.128 0.496 0.000
#> SRR1782738 3 0.1671 0.6651 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1782739 3 0.1608 0.6837 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1782740 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782741 2 0.6460 0.3715 0.180 0.416 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782742 2 0.1608 0.7804 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.5998 0.0939 0.436 0.464 0.096 0.004 0.000
#> SRR1782744 2 0.0162 0.8206 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.0703 0.7222 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782747 1 0.0703 0.7222 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782750 1 0.6050 -0.2511 0.512 0.000 0.128 0.360 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 4 0.4341 0.4444 0.404 0.000 0.004 0.592 0.000
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 4 0.5226 0.3749 0.052 0.000 0.376 0.572 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782757 2 0.1281 0.7983 0.032 0.956 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782758 4 0.4262 0.4197 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1782761 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.5556 0.5419 0.072 0.524 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.4182 0.3693 0.000 0.352 0.644 0.004 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4310 0.2246 0.000 0.604 0.392 0.004 0.000
#> SRR1782770 3 0.4425 0.2026 0.000 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.4420 0.2137 0.000 0.448 0.548 0.004 0.000
#> SRR1782772 3 0.4921 0.2285 0.340 0.000 0.620 0.040 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782776 3 0.6823 0.1310 0.004 0.236 0.388 0.372 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.0703 0.7165 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.7001 -0.1286 0.208 0.016 0.372 0.404 0.000
#> SRR1782779 1 0.3177 0.5856 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1782782 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 1 0.1608 0.6871 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782783 1 0.5626 0.2808 0.572 0.000 0.000 0.092 0.336
#> SRR1782785 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.3109 0.7119 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782787 3 0.3612 0.3658 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.0963 0.7209 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782789 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782791 3 0.2605 0.6272 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1782792 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782793 1 0.6401 0.3262 0.480 0.000 0.000 0.336 0.184
#> SRR1782794 5 0.4827 0.1673 0.020 0.000 0.000 0.476 0.504
#> SRR1782795 1 0.4201 0.4461 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1782796 2 0.6460 0.3715 0.180 0.416 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782798 2 0.4966 0.5808 0.032 0.564 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782797 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782799 4 0.6455 0.4796 0.352 0.000 0.188 0.460 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.3752 0.4514 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.1041 0.6945 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1782804 3 0.2605 0.6272 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1782805 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782806 3 0.2230 0.6547 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782808 2 0.4101 0.6280 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1782807 1 0.4300 0.4155 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1782809 4 0.4415 -0.2273 0.004 0.000 0.444 0.552 0.000
#> SRR1782810 2 0.5302 0.5555 0.052 0.536 0.000 0.412 0.000
#> SRR1782812 2 0.3949 0.6538 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782815 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782816 1 0.6127 -0.3768 0.456 0.000 0.128 0.416 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.4201 0.4461 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.4045 0.4825 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1782825 2 0.0404 0.8168 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.4557 0.4403 0.584 0.012 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782821 1 0.1768 0.6866 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.2516 0.7828 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.4030 0.4256 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.4045 0.4825 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1782831 2 0.5095 0.5779 0.040 0.560 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782834 1 0.4649 0.4378 0.580 0.016 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782832 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782835 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782837 2 0.5605 0.5378 0.076 0.520 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.1671 0.6812 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1782839 3 0.1544 0.6859 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1782840 2 0.0162 0.8206 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.4192 0.4469 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782842 3 0.5094 0.1994 0.352 0.000 0.600 0.048 0.000
#> SRR1782841 5 0.5260 0.3870 0.348 0.000 0.000 0.060 0.592
#> SRR1782843 1 0.6936 -0.1154 0.460 0.076 0.388 0.076 0.000
#> SRR1782845 4 0.5321 0.3486 0.024 0.000 0.388 0.568 0.020
#> SRR1782844 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.6811 0.0805 0.352 0.124 0.488 0.036 0.000
#> SRR1782847 4 0.6084 0.5356 0.220 0.000 0.208 0.572 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782850 1 0.5641 0.2167 0.648 0.004 0.200 0.148 0.000
#> SRR1782851 1 0.0162 0.7254 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782852 1 0.4341 0.4450 0.592 0.004 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.1671 0.6836 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782856 1 0.1608 0.6871 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782854 2 0.0162 0.8206 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 4 0.5168 0.2978 0.040 0.000 0.452 0.508 0.000
#> SRR1782859 3 0.6481 0.0113 0.428 0.080 0.456 0.036 0.000
#> SRR1782860 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782862 3 0.5057 0.2221 0.356 0.036 0.604 0.004 0.000
#> SRR1782863 3 0.3586 0.3819 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.4126 0.4758 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1782868 1 0.3336 0.4356 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782872 4 0.5077 0.3565 0.040 0.000 0.392 0.568 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 4 0.6308 0.4805 0.352 0.000 0.164 0.484 0.000
#> SRR1782871 4 0.6006 0.3596 0.012 0.000 0.328 0.564 0.096
#> SRR1782877 1 0.1608 0.6871 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 3 0.4074 0.4296 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1782880 1 0.1608 0.6871 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.2605 0.6272 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.4249 0.0571 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1782885 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.6035 -0.0375 0.432 0.004 0.464 0.100 0.000
#> SRR1782888 1 0.0162 0.7254 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782889 2 0.4045 0.4179 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782890 1 0.4563 0.2888 0.708 0.000 0.048 0.244 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.1608 0.6871 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782897 5 0.1582 0.8718 0.028 0.000 0.000 0.028 0.944
#> SRR1782896 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3452 0.4376 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.6132 -0.3993 0.444 0.000 0.128 0.428 0.000
#> SRR1782904 3 0.2280 0.6307 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.6239 -0.0630 0.404 0.000 0.452 0.144 0.000
#> SRR1782909 2 0.4256 0.2708 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0162 0.7254 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 4 0.4752 0.3200 0.020 0.000 0.412 0.568 0.000
#> SRR1782913 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782915 5 0.4219 0.3477 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1782914 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 1 0.3527 0.5999 0.792 0.016 0.000 0.192 0.000
#> SRR1782918 3 0.3857 0.3623 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1782919 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782920 4 0.5281 0.4551 0.400 0.000 0.000 0.548 0.052
#> SRR1782917 3 0.5057 0.2177 0.356 0.036 0.604 0.004 0.000
#> SRR1782922 1 0.4893 0.4282 0.568 0.028 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782921 2 0.4256 0.2708 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.2761 0.6619 0.024 0.000 0.872 0.104 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0451 0.7074 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2230 0.7210 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.6693 -0.1865 0.004 0.200 0.392 0.404 0.000
#> SRR1782930 3 0.1671 0.6812 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.3093 0.7432 0.168 0.000 0.000 0.008 0.824
#> SRR1782937 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0703 0.7222 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782940 1 0.2771 0.5854 0.860 0.000 0.128 0.012 0.000
#> SRR1782941 1 0.4446 0.2243 0.592 0.000 0.000 0.008 0.400
#> SRR1782942 3 0.4957 0.2334 0.332 0.000 0.624 0.044 0.000
#> SRR1782945 5 0.4074 0.4539 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1782944 1 0.0000 0.7264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.3242 0.6377 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 4 0.5824 0.3527 0.012 0.000 0.344 0.568 0.076
#> SRR1782950 2 0.1831 0.7608 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1782953 2 0.1043 0.8015 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 1 0.4219 0.4486 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1782955 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782946 4 0.6487 0.2974 0.000 0.000 0.316 0.476 0.208
#> SRR1782959 2 0.6460 0.3715 0.180 0.416 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1818 0.6912 0.932 0.000 0.044 0.024 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.5357 0.4393 0.640 0.000 0.000 0.096 0.264
#> SRR1782965 4 0.4817 0.3308 0.024 0.000 0.404 0.572 0.000
#> SRR1782966 2 0.4310 0.2246 0.000 0.604 0.392 0.004 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.7101 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0771 0.7003 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> SRR1782969 1 0.0162 0.7254 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782970 2 0.3143 0.7283 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782971 2 0.4294 -0.0103 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.1671 0.6692 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 4 0.4892 0.3249 0.020 0.000 0.408 0.568 0.004
#> SRR1782975 1 0.4045 0.4825 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.1732 0.6989 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782980 4 0.5236 0.5139 0.380 0.000 0.052 0.568 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0162 0.8196 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.1493 0.7082 0.948 0.028 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782983 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0162 0.7098 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782988 3 0.6343 -0.0294 0.332 0.000 0.492 0.176 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4161 0.1608 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1782989 2 0.4192 0.6064 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782992 1 0.1341 0.6989 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782993 1 0.0703 0.7222 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782995 4 0.5226 0.5182 0.376 0.000 0.052 0.572 0.000
#> SRR1782994 4 0.6081 0.4703 0.376 0.000 0.128 0.496 0.000
#> SRR1782996 4 0.6264 0.3482 0.148 0.000 0.400 0.452 0.000
#> SRR1782998 3 0.2605 0.6277 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1782999 1 0.0162 0.7254 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782997 1 0.6253 0.0615 0.472 0.396 0.128 0.004 0.000
#> SRR1783000 1 0.6513 -0.1102 0.416 0.164 0.416 0.004 0.000
#> SRR1783001 4 0.4249 0.4332 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1783002 2 0.0162 0.8206 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.1671 0.6812 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4294 -0.0348 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.8221 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.1710 0.7212 0.936 0.000 0.000 0.016 0.028 0.020
#> SRR1782688 2 0.0260 0.9102 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1610 0.7191 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782691 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0806 0.9033 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782693 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782694 2 0.0260 0.9102 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.6285 -0.1589 0.408 0.420 0.132 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0972 0.8988 0.008 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.1556 0.8681 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782700 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782701 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782702 2 0.0291 0.9107 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0632 0.9047 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.1765 0.8579 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782705 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.3883 0.6149 0.656 0.000 0.000 0.332 0.000 0.012
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.6473 0.4020 0.496 0.248 0.212 0.044 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.5083 0.3683 0.164 0.632 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.3833 -0.0864 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.4893 0.6905 0.172 0.168 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.1327 0.7296 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782714 4 0.4002 0.4427 0.404 0.000 0.000 0.588 0.000 0.008
#> SRR1782716 4 0.3789 0.6497 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0632 0.9112 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0713 0.9058 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782718 4 0.3672 0.3417 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.1807 0.8872 0.000 0.000 0.920 0.020 0.000 0.060
#> SRR1782720 4 0.3728 0.6429 0.004 0.344 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1782721 6 0.5524 0.2964 0.012 0.000 0.364 0.100 0.000 0.524
#> SRR1782726 6 0.4407 0.1547 0.000 0.000 0.480 0.024 0.000 0.496
#> SRR1782722 3 0.0632 0.9112 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.1714 0.8608 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782727 2 0.0146 0.9123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.4052 0.3832 0.000 0.016 0.356 0.628 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.3578 0.6457 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.1745 0.8744 0.068 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782732 4 0.4893 0.6905 0.172 0.168 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782735 6 0.2219 0.7425 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1782731 1 0.0146 0.7328 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.2651 0.7802 0.112 0.860 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782737 6 0.1913 0.7711 0.012 0.000 0.080 0.000 0.000 0.908
#> SRR1782738 4 0.3774 0.3033 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1782739 3 0.2562 0.7713 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1782740 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782741 4 0.4893 0.6905 0.172 0.168 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.2510 0.7958 0.100 0.872 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.5279 0.4108 0.596 0.316 0.036 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0972 0.8988 0.008 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782747 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782750 1 0.4798 0.4761 0.620 0.000 0.080 0.000 0.000 0.300
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0146 0.9117 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.4291 0.6049 0.044 0.000 0.000 0.292 0.000 0.664
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782753 5 0.0146 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782755 2 0.0622 0.9074 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3578 0.6457 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.2740 0.7674 0.120 0.852 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782758 6 0.3843 -0.0379 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782761 4 0.3789 0.6497 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782762 2 0.1267 0.8772 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.4727 0.6953 0.100 0.240 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.1700 0.8814 0.000 0.048 0.928 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3364 0.6317 0.000 0.780 0.196 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.2911 0.7478 0.000 0.144 0.832 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0547 0.8996 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.2911 0.7489 0.000 0.144 0.832 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.1819 0.8916 0.004 0.008 0.932 0.024 0.000 0.032
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0865 0.8981 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782777 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782776 4 0.5195 0.3089 0.000 0.100 0.360 0.540 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.0865 0.7200 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.4042 0.4327 0.016 0.004 0.316 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.5030 0.5238 0.096 0.000 0.000 0.316 0.000 0.588
#> SRR1782782 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.1814 0.7137 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782783 5 0.6639 0.4195 0.200 0.000 0.000 0.268 0.476 0.056
#> SRR1782785 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782786 5 0.2793 0.7005 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782787 3 0.3023 0.6264 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782789 4 0.3789 0.6497 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782791 6 0.3717 0.4008 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1782792 4 0.3789 0.6497 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.6242 -0.1598 0.348 0.000 0.000 0.304 0.344 0.004
#> SRR1782794 6 0.1802 0.7775 0.012 0.000 0.000 0.000 0.072 0.916
#> SRR1782795 4 0.3993 0.4488 0.400 0.000 0.000 0.592 0.000 0.008
#> SRR1782796 4 0.4893 0.6905 0.172 0.168 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.4350 0.6774 0.048 0.292 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.3578 0.6457 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782799 6 0.1585 0.7958 0.012 0.000 0.036 0.012 0.000 0.940
#> SRR1782800 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782801 2 0.3156 0.6601 0.000 0.800 0.180 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0777 0.9097 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782804 6 0.3789 0.3347 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1782805 3 0.0632 0.9112 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.1714 0.8608 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782808 4 0.3851 0.3929 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR1782807 4 0.1913 0.5033 0.080 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012
#> SRR1782809 4 0.5159 0.2505 0.000 0.000 0.380 0.528 0.000 0.092
#> SRR1782810 4 0.2703 0.6850 0.004 0.172 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.3782 0.0553 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0865 0.8981 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0146 0.9145 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.3578 0.6457 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.4873 0.4399 0.600 0.000 0.080 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782818 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.3993 0.4488 0.400 0.000 0.000 0.592 0.000 0.008
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.4097 -0.2739 0.504 0.000 0.000 0.488 0.000 0.008
#> SRR1782825 2 0.1245 0.8932 0.016 0.952 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782822 4 0.3747 0.4685 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.1934 0.7162 0.916 0.000 0.000 0.000 0.040 0.044
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.1501 0.8734 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 1 0.4753 0.1706 0.496 0.456 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.4097 -0.2739 0.504 0.000 0.000 0.488 0.000 0.008
#> SRR1782831 4 0.4533 0.6788 0.064 0.284 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.3592 0.5268 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.3789 0.6497 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.3578 0.6457 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.4750 0.6937 0.100 0.244 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.2135 0.8268 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782839 3 0.1556 0.8681 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782840 2 0.1584 0.8724 0.008 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.3993 0.4488 0.400 0.000 0.000 0.592 0.000 0.008
#> SRR1782842 3 0.5563 -0.1485 0.072 0.000 0.456 0.024 0.000 0.448
#> SRR1782841 5 0.3608 0.6706 0.248 0.000 0.000 0.004 0.736 0.012
#> SRR1782843 1 0.6288 0.5359 0.600 0.056 0.228 0.036 0.000 0.080
#> SRR1782845 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.6524 0.3570 0.488 0.140 0.324 0.028 0.000 0.020
#> SRR1782847 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 6 0.1204 0.7888 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782850 1 0.4520 0.6508 0.760 0.008 0.084 0.028 0.000 0.120
#> SRR1782851 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782852 4 0.3717 0.4843 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.1049 0.8978 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.2003 0.7063 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782856 1 0.0937 0.7294 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782854 2 0.0972 0.8988 0.008 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0865 0.8981 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782858 6 0.1858 0.7738 0.012 0.000 0.076 0.000 0.000 0.912
#> SRR1782859 1 0.6080 0.5155 0.592 0.112 0.244 0.024 0.000 0.028
#> SRR1782860 1 0.0146 0.7314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782861 6 0.3867 -0.1789 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1782862 1 0.4781 0.2103 0.504 0.012 0.456 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.2491 0.7376 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 4 0.3014 0.3754 0.184 0.000 0.000 0.804 0.000 0.012
#> SRR1782868 1 0.3062 0.6625 0.816 0.000 0.000 0.024 0.000 0.160
#> SRR1782872 6 0.0363 0.8051 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782874 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 6 0.1633 0.7888 0.000 0.000 0.044 0.024 0.000 0.932
#> SRR1782871 6 0.0717 0.8045 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR1782877 1 0.1267 0.7270 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 6 0.4237 0.3573 0.000 0.000 0.396 0.020 0.000 0.584
#> SRR1782880 1 0.0713 0.7320 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 6 0.4093 0.3356 0.000 0.000 0.404 0.012 0.000 0.584
#> SRR1782882 2 0.0891 0.9010 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782884 6 0.2793 0.6846 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1782885 3 0.0891 0.9082 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 1 0.5831 0.4969 0.596 0.024 0.276 0.024 0.000 0.080
#> SRR1782888 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782889 1 0.4472 0.1283 0.496 0.476 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782892 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782890 1 0.4203 0.5915 0.716 0.000 0.068 0.000 0.000 0.216
#> SRR1782891 2 0.0363 0.9059 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0972 0.8951 0.008 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.1141 0.7277 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782897 5 0.0858 0.9070 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028
#> SRR1782896 2 0.0291 0.9115 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3309 0.5175 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1782903 2 0.0622 0.9073 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.5034 0.4192 0.588 0.000 0.080 0.004 0.000 0.328
#> SRR1782904 3 0.1141 0.8887 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782907 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0146 0.7328 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782908 1 0.6088 0.4234 0.536 0.008 0.300 0.024 0.000 0.132
#> SRR1782909 1 0.4493 0.3725 0.596 0.364 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 6 0.0363 0.8051 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782913 6 0.3647 0.2519 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1782915 6 0.2454 0.7134 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1782914 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.3647 0.1343 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1782918 6 0.3515 0.5182 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1782919 3 0.0632 0.9112 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782920 6 0.0790 0.8022 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782917 1 0.5329 0.2315 0.492 0.052 0.432 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.3789 0.5406 0.332 0.008 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.4389 0.3689 0.596 0.372 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 6 0.4407 0.0667 0.000 0.000 0.484 0.024 0.000 0.492
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.1418 0.8938 0.000 0.032 0.944 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2176 0.8021 0.000 0.896 0.080 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.4026 0.3970 0.000 0.016 0.348 0.636 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.1556 0.8681 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.1802 0.8711 0.072 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012
#> SRR1782937 2 0.0146 0.9117 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782940 1 0.2207 0.7049 0.900 0.000 0.076 0.016 0.000 0.008
#> SRR1782941 5 0.4109 0.3851 0.412 0.000 0.000 0.000 0.576 0.012
#> SRR1782942 3 0.1819 0.8913 0.004 0.008 0.932 0.024 0.000 0.032
#> SRR1782945 6 0.3101 0.6182 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1782944 1 0.0000 0.7321 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.4403 0.4318 0.304 0.648 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 6 0.0405 0.8057 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782950 2 0.0806 0.8985 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1970 0.8504 0.060 0.912 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.2170 0.4842 0.100 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012
#> SRR1782955 4 0.3578 0.6457 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0260 0.9102 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0632 0.9112 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782946 6 0.1714 0.7662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1782959 4 0.4893 0.6905 0.172 0.168 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5096 0.6014 0.600 0.000 0.072 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 5 0.6544 0.2891 0.244 0.000 0.000 0.312 0.416 0.028
#> SRR1782965 6 0.0909 0.8040 0.012 0.000 0.020 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782966 2 0.3301 0.6431 0.000 0.788 0.188 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9147 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0891 0.9082 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782970 2 0.3266 0.5205 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1782971 2 0.4064 0.3433 0.000 0.624 0.360 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0260 0.9131 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 6 0.0363 0.8051 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782975 1 0.4097 -0.2739 0.504 0.000 0.000 0.488 0.000 0.008
#> SRR1782976 2 0.0146 0.9119 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.3819 0.6255 0.672 0.000 0.000 0.316 0.000 0.012
#> SRR1782980 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782981 2 0.0260 0.9102 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0146 0.9122 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.3710 0.6384 0.696 0.000 0.000 0.292 0.000 0.012
#> SRR1782983 3 0.0632 0.9112 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9128 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0363 0.9120 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782988 1 0.6224 0.1518 0.424 0.008 0.420 0.024 0.000 0.124
#> SRR1782990 2 0.0405 0.9104 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782991 6 0.2996 0.6550 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1782989 4 0.3789 0.6497 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0865 0.7300 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782993 1 0.3852 0.6225 0.664 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012
#> SRR1782995 6 0.0363 0.8065 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782994 6 0.1913 0.7711 0.012 0.000 0.080 0.000 0.000 0.908
#> SRR1782996 6 0.2146 0.7570 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000 0.880
#> SRR1782998 6 0.3854 0.2206 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1782999 1 0.0260 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782997 1 0.5674 0.4508 0.604 0.260 0.084 0.052 0.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.5926 0.4931 0.572 0.140 0.252 0.036 0.000 0.000
#> SRR1783001 6 0.1387 0.7792 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1783002 2 0.1584 0.8724 0.008 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.1863 0.8515 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1783004 2 0.0260 0.9087 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4500 0.4660 0.688 0.224 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0937 0.8905 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.344 0.850 0.860 0.3682 0.649 0.649
#> 3 3 0.354 0.669 0.774 0.5661 0.451 0.329
#> 4 4 0.805 0.842 0.909 0.2536 0.802 0.564
#> 5 5 0.860 0.861 0.909 0.0947 0.879 0.595
#> 6 6 0.813 0.767 0.837 0.0289 0.965 0.843
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782686 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782687 1 0.0376 0.8370 0.996 0.004
#> SRR1782688 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782690 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782691 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782689 1 0.0938 0.8327 0.988 0.012
#> SRR1782692 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782693 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782694 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782696 1 0.7950 0.8084 0.760 0.240
#> SRR1782697 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782695 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782700 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782699 1 0.1184 0.8322 0.984 0.016
#> SRR1782701 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782702 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782704 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782703 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782705 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782709 1 0.1414 0.8254 0.980 0.020
#> SRR1782711 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782707 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782706 1 0.7376 0.8259 0.792 0.208
#> SRR1782708 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782712 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782713 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782710 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782714 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782716 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782715 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782717 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782718 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782719 1 0.2948 0.8449 0.948 0.052
#> SRR1782720 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782721 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782726 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782722 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782723 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782727 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782725 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782724 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782728 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782730 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782729 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782733 1 0.0938 0.8354 0.988 0.012
#> SRR1782732 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782735 1 0.4431 0.8475 0.908 0.092
#> SRR1782731 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782734 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782736 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782737 1 0.0938 0.8393 0.988 0.012
#> SRR1782738 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782739 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782740 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782741 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782742 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782743 1 0.8499 0.7805 0.724 0.276
#> SRR1782744 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782745 1 0.0938 0.8354 0.988 0.012
#> SRR1782747 1 0.0938 0.8354 0.988 0.012
#> SRR1782750 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782749 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782751 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782752 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782746 2 0.9754 0.8223 0.408 0.592
#> SRR1782753 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782748 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782754 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782755 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782756 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782757 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782758 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782761 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782759 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782762 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782760 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782764 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782763 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782765 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782766 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782767 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782769 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782768 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782770 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782774 1 0.8763 0.7743 0.704 0.296
#> SRR1782771 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782772 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782773 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782775 1 0.8081 0.7873 0.752 0.248
#> SRR1782777 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782776 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782778 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782780 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782781 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782779 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782782 2 0.8955 0.9724 0.312 0.688
#> SRR1782784 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782783 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782785 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782786 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782787 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782788 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782790 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782789 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782791 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782792 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782793 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782794 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782795 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782796 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782798 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782797 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782799 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782800 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782801 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782802 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782803 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782804 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782805 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782806 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782808 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782807 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782809 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782810 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782812 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782813 1 0.2423 0.8320 0.960 0.040
#> SRR1782814 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782815 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782816 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782818 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782819 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782817 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782824 1 0.4161 0.7406 0.916 0.084
#> SRR1782825 1 0.6438 0.7919 0.836 0.164
#> SRR1782820 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782822 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782821 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782823 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782826 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782830 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782828 1 0.8763 0.7742 0.704 0.296
#> SRR1782829 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782831 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782834 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782832 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782835 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782837 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782836 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782838 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782839 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782840 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782833 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782842 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782841 2 0.8909 0.9773 0.308 0.692
#> SRR1782843 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782845 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782844 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782846 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782847 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782848 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782849 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782850 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782851 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782852 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782853 1 0.8207 0.7854 0.744 0.256
#> SRR1782855 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782856 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782854 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782857 1 0.8955 0.0953 0.688 0.312
#> SRR1782858 1 0.2043 0.8425 0.968 0.032
#> SRR1782859 1 0.6438 0.8458 0.836 0.164
#> SRR1782860 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782861 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782862 1 0.2043 0.8425 0.968 0.032
#> SRR1782863 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782864 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782866 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782865 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782867 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782868 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782872 2 0.9754 0.8265 0.408 0.592
#> SRR1782874 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782875 1 0.6531 0.8459 0.832 0.168
#> SRR1782870 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782871 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782877 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782873 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782878 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782879 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782880 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782883 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782881 1 0.4690 0.8481 0.900 0.100
#> SRR1782882 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782884 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782885 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782886 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782887 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782888 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782889 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782892 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782890 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782891 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782893 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782894 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782897 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782896 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782895 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782898 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782900 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782901 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782899 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782902 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782903 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782905 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782904 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782907 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782906 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782908 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782909 1 0.5408 0.7969 0.876 0.124
#> SRR1782911 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782910 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782912 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782913 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782915 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782914 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782916 1 0.0376 0.8359 0.996 0.004
#> SRR1782918 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782919 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782920 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782917 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782922 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782921 1 0.8443 0.7817 0.728 0.272
#> SRR1782923 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782925 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782924 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782926 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782929 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782927 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782928 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782932 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782933 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782930 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782931 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782934 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782935 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782936 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782937 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782939 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782940 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782941 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782942 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782945 1 0.0938 0.8326 0.988 0.012
#> SRR1782944 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782947 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782948 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782949 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782952 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782950 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782953 1 0.4939 0.8484 0.892 0.108
#> SRR1782951 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782954 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782955 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782956 2 0.9710 -0.0238 0.400 0.600
#> SRR1782957 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782946 1 0.5294 0.6727 0.880 0.120
#> SRR1782959 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782958 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782960 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782961 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782962 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782964 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782963 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782965 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782966 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782968 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782967 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782969 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782970 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782971 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782972 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782973 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782974 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782975 2 0.8813 0.9833 0.300 0.700
#> SRR1782976 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782977 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782979 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782980 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782981 1 0.8499 0.7798 0.724 0.276
#> SRR1782982 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782985 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782983 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782987 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1782984 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1782986 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782988 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782990 1 0.6801 0.8410 0.820 0.180
#> SRR1782991 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782989 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1782992 1 0.0672 0.8378 0.992 0.008
#> SRR1782993 1 0.2778 0.7930 0.952 0.048
#> SRR1782995 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782994 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1782996 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782998 1 0.6438 0.8475 0.836 0.164
#> SRR1782999 1 0.0376 0.8387 0.996 0.004
#> SRR1782997 1 0.3879 0.8211 0.924 0.076
#> SRR1783000 1 0.6438 0.8458 0.836 0.164
#> SRR1783001 1 0.0672 0.8355 0.992 0.008
#> SRR1783002 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
#> SRR1783003 1 0.9775 -0.2884 0.588 0.412
#> SRR1783004 1 0.8813 0.7716 0.700 0.300
#> SRR1783005 1 0.0376 0.8363 0.996 0.004
#> SRR1783006 2 0.8861 0.9858 0.304 0.696
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.6859 0.6008 0.564 0.420 0.016
#> SRR1782686 1 0.5117 0.7426 0.832 0.108 0.060
#> SRR1782687 1 0.4473 0.7392 0.828 0.164 0.008
#> SRR1782688 2 0.1482 0.7986 0.012 0.968 0.020
#> SRR1782690 1 0.6824 0.6211 0.576 0.408 0.016
#> SRR1782691 1 0.6735 0.7151 0.696 0.260 0.044
#> SRR1782689 1 0.7107 0.7265 0.712 0.196 0.092
#> SRR1782692 2 0.0592 0.7974 0.012 0.988 0.000
#> SRR1782693 1 0.7252 0.7262 0.704 0.196 0.100
#> SRR1782694 2 0.8283 -0.0236 0.380 0.536 0.084
#> SRR1782696 2 0.3619 0.7457 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782697 2 0.0892 0.7916 0.020 0.980 0.000
#> SRR1782695 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782700 1 0.6859 0.6053 0.564 0.420 0.016
#> SRR1782699 1 0.6758 0.6383 0.620 0.360 0.020
#> SRR1782701 1 0.7186 0.7240 0.696 0.224 0.080
#> SRR1782702 2 0.0661 0.7993 0.004 0.988 0.008
#> SRR1782704 2 0.7467 0.2493 0.320 0.624 0.056
#> SRR1782703 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782705 1 0.1163 0.7193 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782709 1 0.5092 0.7250 0.804 0.176 0.020
#> SRR1782711 1 0.6091 0.7357 0.784 0.124 0.092
#> SRR1782707 1 0.7287 0.7241 0.696 0.212 0.092
#> SRR1782706 2 0.0983 0.7924 0.004 0.980 0.016
#> SRR1782708 1 0.6434 0.6478 0.612 0.380 0.008
#> SRR1782712 1 0.3349 0.7060 0.888 0.004 0.108
#> SRR1782713 1 0.0661 0.7138 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782710 1 0.6919 0.5828 0.536 0.448 0.016
#> SRR1782714 1 0.0000 0.7170 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.1015 0.7126 0.980 0.008 0.012
#> SRR1782715 3 0.3755 0.8414 0.008 0.120 0.872
#> SRR1782717 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782718 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782719 3 0.4628 0.7466 0.088 0.056 0.856
#> SRR1782720 1 0.3619 0.7037 0.864 0.000 0.136
#> SRR1782721 1 0.5363 0.6644 0.724 0.000 0.276
#> SRR1782726 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782722 3 0.4413 0.8057 0.008 0.160 0.832
#> SRR1782723 3 0.3295 0.8493 0.008 0.096 0.896
#> SRR1782727 2 0.1860 0.7956 0.000 0.948 0.052
#> SRR1782725 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782724 1 0.6912 0.5830 0.540 0.444 0.016
#> SRR1782728 1 0.1711 0.7132 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782730 1 0.6617 0.6332 0.600 0.388 0.012
#> SRR1782729 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782733 1 0.6924 0.6184 0.580 0.400 0.020
#> SRR1782732 1 0.0424 0.7150 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782735 3 0.9589 0.2659 0.316 0.220 0.464
#> SRR1782731 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782734 2 0.1031 0.7888 0.024 0.976 0.000
#> SRR1782736 1 0.6704 0.6306 0.608 0.376 0.016
#> SRR1782737 1 0.9944 0.1449 0.384 0.296 0.320
#> SRR1782738 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782739 1 0.5560 0.6553 0.700 0.000 0.300
#> SRR1782740 1 0.6913 0.7194 0.696 0.248 0.056
#> SRR1782741 1 0.0424 0.7150 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782742 2 0.0592 0.7968 0.012 0.988 0.000
#> SRR1782743 2 0.0829 0.7938 0.012 0.984 0.004
#> SRR1782744 2 0.0592 0.7968 0.012 0.988 0.000
#> SRR1782745 1 0.6950 0.6115 0.572 0.408 0.020
#> SRR1782747 1 0.6849 0.6300 0.600 0.380 0.020
#> SRR1782750 1 0.6659 0.5741 0.532 0.460 0.008
#> SRR1782749 2 0.5156 0.6484 0.008 0.776 0.216
#> SRR1782751 2 0.8733 0.4323 0.160 0.580 0.260
#> SRR1782752 1 0.6482 0.7015 0.680 0.296 0.024
#> SRR1782746 1 0.5662 0.7289 0.808 0.092 0.100
#> SRR1782753 1 0.6950 0.7180 0.692 0.252 0.056
#> SRR1782748 2 0.5012 0.6696 0.008 0.788 0.204
#> SRR1782754 1 0.6678 0.6993 0.728 0.064 0.208
#> SRR1782755 2 0.0237 0.7979 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782756 1 0.1711 0.7132 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782757 2 0.0237 0.7979 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782758 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782761 1 0.2165 0.7154 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782759 1 0.6811 0.6156 0.580 0.404 0.016
#> SRR1782762 1 0.1711 0.7132 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782760 1 0.0661 0.7138 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782764 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782763 2 0.4504 0.6894 0.000 0.804 0.196
#> SRR1782765 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782766 2 0.1315 0.7996 0.008 0.972 0.020
#> SRR1782767 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782769 2 0.1964 0.7942 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782768 3 0.5848 0.6348 0.012 0.268 0.720
#> SRR1782770 3 0.5122 0.7510 0.012 0.200 0.788
#> SRR1782774 2 0.4605 0.6792 0.000 0.796 0.204
#> SRR1782771 3 0.5171 0.7454 0.012 0.204 0.784
#> SRR1782772 3 0.6082 0.5872 0.012 0.296 0.692
#> SRR1782773 2 0.1919 0.7966 0.020 0.956 0.024
#> SRR1782775 1 0.8608 0.1945 0.512 0.384 0.104
#> SRR1782777 1 0.6193 0.7019 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782776 1 0.5016 0.6748 0.760 0.000 0.240
#> SRR1782778 2 0.4786 0.7477 0.044 0.844 0.112
#> SRR1782780 1 0.3532 0.7373 0.884 0.108 0.008
#> SRR1782781 1 0.2066 0.7147 0.940 0.000 0.060
#> SRR1782779 1 0.2796 0.7114 0.908 0.000 0.092
#> SRR1782782 1 0.1015 0.7217 0.980 0.008 0.012
#> SRR1782784 1 0.6879 0.6051 0.556 0.428 0.016
#> SRR1782783 1 0.6721 0.6307 0.604 0.380 0.016
#> SRR1782785 1 0.6798 0.6188 0.584 0.400 0.016
#> SRR1782786 1 0.0424 0.7180 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782787 3 0.5292 0.7233 0.008 0.228 0.764
#> SRR1782788 1 0.7145 0.7215 0.692 0.236 0.072
#> SRR1782790 1 0.6811 0.6155 0.580 0.404 0.016
#> SRR1782789 1 0.1711 0.7132 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782791 1 0.5397 0.6629 0.720 0.000 0.280
#> SRR1782792 1 0.1832 0.7149 0.956 0.008 0.036
#> SRR1782793 1 0.0237 0.7187 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782794 1 0.6860 0.7138 0.732 0.092 0.176
#> SRR1782795 1 0.2261 0.7140 0.932 0.000 0.068
#> SRR1782796 1 0.0424 0.7150 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782798 1 0.0848 0.7121 0.984 0.008 0.008
#> SRR1782797 1 0.1015 0.7126 0.980 0.008 0.012
#> SRR1782799 1 0.9687 0.3787 0.456 0.296 0.248
#> SRR1782800 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782801 2 0.6713 0.2150 0.012 0.572 0.416
#> SRR1782802 2 0.5222 0.7236 0.040 0.816 0.144
#> SRR1782803 3 0.3755 0.8414 0.008 0.120 0.872
#> SRR1782804 3 0.3129 0.8414 0.008 0.088 0.904
#> SRR1782805 3 0.4413 0.8068 0.008 0.160 0.832
#> SRR1782806 3 0.3295 0.8493 0.008 0.096 0.896
#> SRR1782808 1 0.2173 0.7138 0.944 0.008 0.048
#> SRR1782807 1 0.0237 0.7165 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782809 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782810 1 0.0424 0.7150 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782812 1 0.1711 0.7132 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782813 1 0.9309 0.1022 0.520 0.264 0.216
#> SRR1782814 1 0.5678 0.6371 0.684 0.000 0.316
#> SRR1782815 1 0.1015 0.7126 0.980 0.008 0.012
#> SRR1782816 1 0.6584 0.6517 0.608 0.380 0.012
#> SRR1782818 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782819 1 0.0592 0.7156 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782817 1 0.7256 0.7241 0.696 0.216 0.088
#> SRR1782824 1 0.1267 0.7257 0.972 0.024 0.004
#> SRR1782825 2 0.6168 -0.1215 0.412 0.588 0.000
#> SRR1782820 1 0.6811 0.6183 0.580 0.404 0.016
#> SRR1782822 1 0.0661 0.7195 0.988 0.008 0.004
#> SRR1782821 1 0.6769 0.6275 0.592 0.392 0.016
#> SRR1782823 1 0.7186 0.7235 0.696 0.224 0.080
#> SRR1782826 1 0.1399 0.7267 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782830 1 0.3690 0.7115 0.884 0.016 0.100
#> SRR1782828 2 0.0475 0.7971 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782829 1 0.0237 0.7187 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782831 1 0.1832 0.7149 0.956 0.008 0.036
#> SRR1782834 1 0.0661 0.7138 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782832 1 0.1711 0.7132 0.960 0.008 0.032
#> SRR1782835 1 0.1015 0.7126 0.980 0.008 0.012
#> SRR1782837 1 0.1877 0.7184 0.956 0.012 0.032
#> SRR1782836 3 0.3295 0.8493 0.008 0.096 0.896
#> SRR1782838 3 0.2680 0.8184 0.008 0.068 0.924
#> SRR1782839 3 0.3295 0.8493 0.008 0.096 0.896
#> SRR1782840 1 0.2681 0.7143 0.932 0.028 0.040
#> SRR1782833 1 0.0237 0.7158 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782842 1 0.9386 0.4751 0.500 0.296 0.204
#> SRR1782841 1 0.0747 0.7201 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782843 2 0.6307 0.2046 0.328 0.660 0.012
#> SRR1782845 1 0.7433 0.7195 0.700 0.132 0.168
#> SRR1782844 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782846 3 0.5737 0.6705 0.012 0.256 0.732
#> SRR1782847 1 0.6193 0.7019 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782848 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782849 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782850 1 0.5896 0.7033 0.700 0.292 0.008
#> SRR1782851 1 0.6284 0.6760 0.680 0.304 0.016
#> SRR1782852 1 0.0424 0.7150 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782853 1 0.8796 0.1632 0.508 0.372 0.120
#> SRR1782855 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782856 1 0.6737 0.6285 0.600 0.384 0.016
#> SRR1782854 2 0.5733 0.0828 0.324 0.676 0.000
#> SRR1782857 1 0.5956 0.6277 0.768 0.044 0.188
#> SRR1782858 3 0.9952 0.0683 0.332 0.292 0.376
#> SRR1782859 2 0.3649 0.7356 0.068 0.896 0.036
#> SRR1782860 1 0.4531 0.7401 0.824 0.168 0.008
#> SRR1782861 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782862 1 0.8337 0.5506 0.592 0.112 0.296
#> SRR1782863 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782864 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782866 1 0.6888 0.5968 0.552 0.432 0.016
#> SRR1782865 1 0.7317 0.7243 0.696 0.208 0.096
#> SRR1782867 1 0.0424 0.7181 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782868 1 0.5958 0.6990 0.692 0.300 0.008
#> SRR1782872 1 0.6723 0.7004 0.724 0.064 0.212
#> SRR1782874 1 0.6824 0.6124 0.576 0.408 0.016
#> SRR1782875 2 0.7536 0.4949 0.068 0.640 0.292
#> SRR1782870 1 0.6684 0.6956 0.676 0.292 0.032
#> SRR1782871 1 0.6678 0.6993 0.728 0.064 0.208
#> SRR1782877 1 0.6859 0.6069 0.564 0.420 0.016
#> SRR1782873 2 0.4235 0.7108 0.000 0.824 0.176
#> SRR1782878 1 0.3459 0.7094 0.892 0.012 0.096
#> SRR1782879 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782880 1 0.6824 0.6124 0.576 0.408 0.016
#> SRR1782883 1 0.6965 0.7203 0.696 0.244 0.060
#> SRR1782881 3 0.4458 0.7553 0.080 0.056 0.864
#> SRR1782882 2 0.0747 0.7956 0.016 0.984 0.000
#> SRR1782884 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782885 3 0.4291 0.8141 0.008 0.152 0.840
#> SRR1782886 1 0.6836 0.6088 0.572 0.412 0.016
#> SRR1782887 2 0.9901 -0.0746 0.348 0.384 0.268
#> SRR1782888 1 0.6879 0.6012 0.556 0.428 0.016
#> SRR1782889 2 0.0592 0.7946 0.012 0.988 0.000
#> SRR1782892 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782890 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782891 2 0.4346 0.6996 0.000 0.816 0.184
#> SRR1782893 2 0.3116 0.7637 0.000 0.892 0.108
#> SRR1782894 1 0.6783 0.6279 0.588 0.396 0.016
#> SRR1782897 1 0.6497 0.6835 0.648 0.336 0.016
#> SRR1782896 2 0.1643 0.7972 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782895 2 0.3850 0.7741 0.028 0.884 0.088
#> SRR1782898 2 0.0848 0.8002 0.008 0.984 0.008
#> SRR1782900 1 0.7062 0.7220 0.696 0.236 0.068
#> SRR1782901 1 0.6180 0.6839 0.660 0.332 0.008
#> SRR1782899 2 0.1774 0.7985 0.016 0.960 0.024
#> SRR1782902 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782903 2 0.0475 0.7993 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782905 1 0.5928 0.7015 0.696 0.296 0.008
#> SRR1782904 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782907 1 0.6824 0.6143 0.576 0.408 0.016
#> SRR1782906 1 0.6824 0.6124 0.576 0.408 0.016
#> SRR1782908 3 0.9738 0.0979 0.252 0.304 0.444
#> SRR1782909 2 0.6126 -0.0509 0.352 0.644 0.004
#> SRR1782911 1 0.4277 0.7367 0.852 0.132 0.016
#> SRR1782910 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782912 1 0.7186 0.7091 0.696 0.224 0.080
#> SRR1782913 1 0.5958 0.6990 0.692 0.300 0.008
#> SRR1782915 1 0.6262 0.7056 0.696 0.284 0.020
#> SRR1782914 1 0.6632 0.6311 0.596 0.392 0.012
#> SRR1782916 1 0.2301 0.7263 0.936 0.060 0.004
#> SRR1782918 3 0.3213 0.8456 0.008 0.092 0.900
#> SRR1782919 3 0.3532 0.8486 0.008 0.108 0.884
#> SRR1782920 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782917 2 0.8071 0.3235 0.076 0.564 0.360
#> SRR1782922 1 0.0424 0.7150 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782921 2 0.0983 0.7918 0.016 0.980 0.004
#> SRR1782923 2 0.4446 0.7591 0.032 0.856 0.112
#> SRR1782925 2 0.3551 0.7519 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782924 3 0.7899 0.5513 0.192 0.144 0.664
#> SRR1782926 2 0.1774 0.7985 0.016 0.960 0.024
#> SRR1782929 2 0.1781 0.7956 0.020 0.960 0.020
#> SRR1782927 3 0.4755 0.7759 0.008 0.184 0.808
#> SRR1782928 2 0.1163 0.7982 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782932 2 0.7080 0.2202 0.024 0.564 0.412
#> SRR1782933 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782930 3 0.2866 0.8281 0.008 0.076 0.916
#> SRR1782931 3 0.9651 -0.1407 0.392 0.208 0.400
#> SRR1782934 2 0.4235 0.7108 0.000 0.824 0.176
#> SRR1782935 2 0.4062 0.7224 0.000 0.836 0.164
#> SRR1782936 1 0.6783 0.6251 0.588 0.396 0.016
#> SRR1782937 2 0.5947 0.6806 0.052 0.776 0.172
#> SRR1782939 1 0.6798 0.6186 0.584 0.400 0.016
#> SRR1782940 1 0.6952 0.5349 0.504 0.480 0.016
#> SRR1782941 1 0.6753 0.6296 0.596 0.388 0.016
#> SRR1782942 3 0.5315 0.7368 0.012 0.216 0.772
#> SRR1782945 1 0.6955 0.7271 0.728 0.172 0.100
#> SRR1782944 1 0.6879 0.5966 0.556 0.428 0.016
#> SRR1782947 1 0.7287 0.7241 0.696 0.212 0.092
#> SRR1782948 2 0.0237 0.7979 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782949 1 0.7287 0.7241 0.696 0.212 0.092
#> SRR1782952 1 0.6798 0.7172 0.696 0.256 0.048
#> SRR1782950 2 0.4235 0.7044 0.000 0.824 0.176
#> SRR1782953 2 0.6157 0.6926 0.128 0.780 0.092
#> SRR1782951 1 0.7287 0.7241 0.696 0.212 0.092
#> SRR1782954 1 0.0237 0.7165 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782955 1 0.0829 0.7142 0.984 0.004 0.012
#> SRR1782956 1 0.9181 0.1871 0.540 0.236 0.224
#> SRR1782957 3 0.3454 0.8505 0.008 0.104 0.888
#> SRR1782946 1 0.7042 0.7156 0.728 0.132 0.140
#> SRR1782959 1 0.0661 0.7138 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782958 2 0.3406 0.7843 0.028 0.904 0.068
#> SRR1782960 1 0.7317 0.7243 0.696 0.208 0.096
#> SRR1782961 2 0.1453 0.7996 0.008 0.968 0.024
#> SRR1782962 1 0.6973 0.6048 0.564 0.416 0.020
#> SRR1782964 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782963 1 0.6798 0.6186 0.584 0.400 0.016
#> SRR1782965 3 0.9941 0.0668 0.340 0.284 0.376
#> SRR1782966 2 0.7610 0.1879 0.044 0.536 0.420
#> SRR1782968 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782967 3 0.4861 0.7661 0.008 0.192 0.800
#> SRR1782969 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782970 1 0.1950 0.7126 0.952 0.008 0.040
#> SRR1782971 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782972 3 0.3295 0.8493 0.008 0.096 0.896
#> SRR1782973 2 0.2200 0.7944 0.004 0.940 0.056
#> SRR1782974 1 0.9496 0.4456 0.492 0.276 0.232
#> SRR1782975 1 0.0983 0.7239 0.980 0.016 0.004
#> SRR1782976 2 0.0475 0.7993 0.004 0.992 0.004
#> SRR1782977 1 0.7256 0.7241 0.696 0.216 0.088
#> SRR1782979 1 0.6783 0.6215 0.588 0.396 0.016
#> SRR1782980 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1782981 1 0.9182 0.1808 0.540 0.228 0.232
#> SRR1782982 2 0.8817 0.4334 0.160 0.568 0.272
#> SRR1782985 1 0.6888 0.5878 0.552 0.432 0.016
#> SRR1782983 3 0.3682 0.8440 0.008 0.116 0.876
#> SRR1782987 2 0.0983 0.8006 0.004 0.980 0.016
#> SRR1782984 1 0.7015 0.7213 0.696 0.240 0.064
#> SRR1782986 3 0.3375 0.8520 0.008 0.100 0.892
#> SRR1782988 3 0.6019 0.6053 0.012 0.288 0.700
#> SRR1782990 2 0.6556 0.5389 0.032 0.692 0.276
#> SRR1782991 3 0.4558 0.8258 0.044 0.100 0.856
#> SRR1782989 1 0.1453 0.7132 0.968 0.008 0.024
#> SRR1782992 1 0.6769 0.6242 0.592 0.392 0.016
#> SRR1782993 1 0.2173 0.7277 0.944 0.048 0.008
#> SRR1782995 1 0.6735 0.7151 0.696 0.260 0.044
#> SRR1782994 1 0.8985 0.5398 0.544 0.292 0.164
#> SRR1782996 3 0.5896 0.6058 0.008 0.292 0.700
#> SRR1782998 3 0.3295 0.8493 0.008 0.096 0.896
#> SRR1782999 1 0.6925 0.5779 0.532 0.452 0.016
#> SRR1782997 2 0.1315 0.7877 0.020 0.972 0.008
#> SRR1783000 2 0.1182 0.7886 0.012 0.976 0.012
#> SRR1783001 1 0.6193 0.7028 0.692 0.292 0.016
#> SRR1783002 1 0.1832 0.7149 0.956 0.008 0.036
#> SRR1783003 3 0.4861 0.5940 0.180 0.012 0.808
#> SRR1783004 2 0.4399 0.6964 0.000 0.812 0.188
#> SRR1783005 1 0.2680 0.7294 0.924 0.068 0.008
#> SRR1783006 1 0.3120 0.7113 0.908 0.012 0.080
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782686 1 0.3568 0.8694 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782687 1 0.3668 0.8732 0.872 0.016 0.056 0.056
#> SRR1782688 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.3849 0.8587 0.856 0.008 0.084 0.052
#> SRR1782689 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782692 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782694 2 0.0672 0.9455 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782696 2 0.1211 0.9404 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782697 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.1296 0.8614 0.964 0.028 0.004 0.004
#> SRR1782699 1 0.4446 0.6832 0.776 0.028 0.000 0.196
#> SRR1782701 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782702 2 0.0336 0.9492 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782704 2 0.0672 0.9467 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.6023 0.4141 0.328 0.000 0.060 0.612
#> SRR1782709 1 0.4747 0.6911 0.764 0.024 0.008 0.204
#> SRR1782711 1 0.3424 0.8687 0.876 0.004 0.068 0.052
#> SRR1782707 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782706 2 0.0524 0.9472 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1782708 1 0.5277 0.7815 0.768 0.108 0.008 0.116
#> SRR1782712 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782713 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782710 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.6228 0.3070 0.364 0.000 0.064 0.572
#> SRR1782716 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.2269 0.8756 0.032 0.008 0.028 0.932
#> SRR1782719 3 0.1042 0.9269 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1782720 4 0.0592 0.8874 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782721 4 0.3052 0.8532 0.032 0.008 0.064 0.896
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0336 0.9492 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782725 4 0.2165 0.8772 0.032 0.008 0.024 0.936
#> SRR1782724 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782730 1 0.3481 0.8737 0.884 0.028 0.052 0.036
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.4149 0.7231 0.804 0.028 0.000 0.168
#> SRR1782732 4 0.0376 0.8885 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1782735 3 0.1256 0.9203 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1782731 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782737 1 0.5256 0.4690 0.596 0.000 0.392 0.012
#> SRR1782738 4 0.2896 0.8596 0.032 0.008 0.056 0.904
#> SRR1782739 4 0.3446 0.8351 0.028 0.008 0.092 0.872
#> SRR1782740 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782741 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782742 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0524 0.9455 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1782744 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.4238 0.7124 0.796 0.028 0.000 0.176
#> SRR1782747 1 0.4057 0.7338 0.812 0.028 0.000 0.160
#> SRR1782750 1 0.3881 0.8728 0.864 0.028 0.068 0.040
#> SRR1782749 2 0.0921 0.9469 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782751 2 0.1388 0.9437 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1782752 1 0.3351 0.8733 0.884 0.012 0.068 0.036
#> SRR1782746 1 0.3726 0.8621 0.864 0.008 0.068 0.060
#> SRR1782753 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782748 2 0.0817 0.9484 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782754 4 0.6686 0.0282 0.452 0.008 0.064 0.476
#> SRR1782755 2 0.0376 0.9484 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782756 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782757 2 0.0376 0.9484 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782758 1 0.3568 0.8694 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782761 4 0.0336 0.8885 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782759 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0188 0.8862 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782760 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.1211 0.9408 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0469 0.9497 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782767 3 0.0188 0.9461 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782769 2 0.0817 0.9483 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782768 3 0.4679 0.4159 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.1211 0.9404 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0188 0.9465 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782773 2 0.0592 0.9498 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782775 2 0.1151 0.9382 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1782777 1 0.4379 0.8071 0.792 0.000 0.172 0.036
#> SRR1782776 4 0.2706 0.8576 0.024 0.004 0.064 0.908
#> SRR1782778 2 0.1004 0.9476 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1782780 1 0.4956 0.8461 0.812 0.072 0.068 0.048
#> SRR1782781 4 0.0779 0.8869 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782779 4 0.6461 0.3540 0.344 0.008 0.064 0.584
#> SRR1782782 1 0.3691 0.8638 0.856 0.000 0.068 0.076
#> SRR1782784 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.1510 0.8615 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1782785 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.5929 0.4735 0.296 0.000 0.064 0.640
#> SRR1782787 3 0.0188 0.9462 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782788 1 0.3424 0.8687 0.876 0.004 0.068 0.052
#> SRR1782790 1 0.1624 0.8545 0.952 0.028 0.000 0.020
#> SRR1782789 4 0.0188 0.8862 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782791 4 0.6085 0.5617 0.260 0.008 0.068 0.664
#> SRR1782792 4 0.0376 0.8871 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782793 1 0.5744 0.6572 0.676 0.000 0.068 0.256
#> SRR1782794 1 0.5714 0.6984 0.712 0.008 0.068 0.212
#> SRR1782795 4 0.1297 0.8843 0.016 0.000 0.020 0.964
#> SRR1782796 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782798 4 0.0188 0.8862 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782797 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782799 3 0.1042 0.9276 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1782800 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.1792 0.9219 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1782802 2 0.0817 0.9484 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0524 0.8865 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1782807 4 0.5489 0.5857 0.240 0.000 0.060 0.700
#> SRR1782809 4 0.2975 0.8565 0.032 0.008 0.060 0.900
#> SRR1782810 4 0.0000 0.8863 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0188 0.8862 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782813 2 0.1617 0.9378 0.012 0.956 0.008 0.024
#> SRR1782814 4 0.3103 0.8488 0.028 0.008 0.072 0.892
#> SRR1782815 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782816 1 0.4052 0.8721 0.856 0.028 0.068 0.048
#> SRR1782818 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.1297 0.8843 0.016 0.000 0.020 0.964
#> SRR1782817 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782824 1 0.3876 0.8680 0.856 0.008 0.068 0.068
#> SRR1782825 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782822 4 0.6400 0.1247 0.408 0.000 0.068 0.524
#> SRR1782821 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.3568 0.8694 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782826 1 0.3777 0.8698 0.864 0.012 0.068 0.056
#> SRR1782830 1 0.4937 0.7922 0.784 0.008 0.064 0.144
#> SRR1782828 2 0.0469 0.9453 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.3828 0.8618 0.848 0.000 0.068 0.084
#> SRR1782831 4 0.1978 0.8606 0.000 0.004 0.068 0.928
#> SRR1782834 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782832 4 0.0188 0.8862 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782835 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782837 4 0.2561 0.8553 0.016 0.004 0.068 0.912
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.4980 0.5255 0.000 0.304 0.016 0.680
#> SRR1782833 4 0.1297 0.8843 0.016 0.000 0.020 0.964
#> SRR1782842 3 0.4820 0.4814 0.296 0.000 0.692 0.012
#> SRR1782841 1 0.4083 0.8496 0.832 0.000 0.068 0.100
#> SRR1782843 2 0.2909 0.8625 0.020 0.888 0.092 0.000
#> SRR1782845 1 0.5391 0.7500 0.732 0.008 0.208 0.052
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0592 0.9367 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1782847 1 0.5064 0.7608 0.748 0.008 0.208 0.036
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.3697 0.8697 0.868 0.012 0.068 0.052
#> SRR1782850 1 0.3521 0.8656 0.864 0.000 0.084 0.052
#> SRR1782851 1 0.1151 0.8601 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1782852 4 0.1004 0.8849 0.004 0.000 0.024 0.972
#> SRR1782853 2 0.1262 0.9442 0.008 0.968 0.008 0.016
#> SRR1782855 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782854 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.5435 0.2461 0.000 0.564 0.016 0.420
#> SRR1782858 3 0.2805 0.8356 0.100 0.000 0.888 0.012
#> SRR1782859 2 0.3959 0.8080 0.068 0.840 0.092 0.000
#> SRR1782860 1 0.3697 0.8733 0.868 0.012 0.068 0.052
#> SRR1782861 1 0.3568 0.8694 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782862 3 0.3612 0.8052 0.044 0.000 0.856 0.100
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782867 1 0.6447 0.1910 0.484 0.000 0.068 0.448
#> SRR1782868 1 0.3697 0.8697 0.868 0.012 0.068 0.052
#> SRR1782872 1 0.6741 0.0605 0.476 0.008 0.068 0.448
#> SRR1782874 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782875 2 0.1716 0.9252 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1782870 3 0.5130 0.4324 0.312 0.000 0.668 0.020
#> SRR1782871 4 0.6639 0.2001 0.408 0.008 0.064 0.520
#> SRR1782877 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782873 2 0.1118 0.9421 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782878 1 0.6686 0.0496 0.476 0.008 0.064 0.452
#> SRR1782879 4 0.2896 0.8596 0.032 0.008 0.056 0.904
#> SRR1782880 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.3568 0.8694 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782881 3 0.1042 0.9269 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1782882 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782887 2 0.6933 0.3889 0.140 0.560 0.300 0.000
#> SRR1782888 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782890 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.1118 0.9421 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782893 2 0.1118 0.9428 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782894 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.2335 0.8707 0.920 0.020 0.060 0.000
#> SRR1782896 2 0.0921 0.9467 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782895 2 0.0524 0.9481 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1782898 2 0.0336 0.9492 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782900 1 0.3424 0.8668 0.876 0.004 0.068 0.052
#> SRR1782901 1 0.4052 0.8721 0.856 0.028 0.068 0.048
#> SRR1782899 2 0.0592 0.9498 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782902 1 0.1624 0.8655 0.952 0.028 0.020 0.000
#> SRR1782903 2 0.0376 0.9484 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782905 1 0.5247 0.7412 0.720 0.000 0.228 0.052
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782906 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782908 3 0.0336 0.9436 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782909 2 0.0779 0.9414 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1782911 1 0.1486 0.8630 0.960 0.024 0.008 0.008
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.6292 0.4087 0.548 0.008 0.400 0.044
#> SRR1782913 1 0.3453 0.8662 0.868 0.000 0.080 0.052
#> SRR1782915 1 0.5317 0.7590 0.740 0.008 0.200 0.052
#> SRR1782914 1 0.3622 0.8736 0.876 0.028 0.064 0.032
#> SRR1782916 1 0.4310 0.8696 0.844 0.032 0.056 0.068
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.3442 0.8721 0.880 0.012 0.068 0.040
#> SRR1782917 3 0.4998 -0.0246 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1782922 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782921 2 0.0524 0.9455 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1782923 2 0.0921 0.9469 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782925 2 0.0921 0.9469 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782924 3 0.0188 0.9462 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782926 2 0.0817 0.9483 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782929 2 0.0592 0.9498 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0592 0.9496 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782932 2 0.2469 0.8827 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1782933 4 0.2165 0.8772 0.032 0.008 0.024 0.936
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.5183 0.3268 0.000 0.584 0.408 0.008
#> SRR1782934 2 0.1118 0.9421 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782935 2 0.0921 0.9469 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782936 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0844 0.9495 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR1782939 1 0.2773 0.8239 0.900 0.028 0.000 0.072
#> SRR1782940 1 0.1637 0.8550 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0188 0.9465 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782945 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782944 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782947 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782948 2 0.0336 0.9467 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782952 1 0.5349 0.7483 0.732 0.008 0.212 0.048
#> SRR1782950 2 0.1118 0.9421 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782953 2 0.1749 0.9355 0.012 0.952 0.012 0.024
#> SRR1782951 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782954 4 0.4979 0.6825 0.176 0.000 0.064 0.760
#> SRR1782955 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782956 2 0.3972 0.7836 0.004 0.816 0.016 0.164
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.6304 0.5376 0.628 0.008 0.068 0.296
#> SRR1782959 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782958 2 0.0921 0.9469 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782960 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782961 2 0.0469 0.9495 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782962 1 0.3760 0.7626 0.836 0.028 0.000 0.136
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.1733 0.8615 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1782965 3 0.5337 0.0980 0.424 0.000 0.564 0.012
#> SRR1782966 2 0.4643 0.5114 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0188 0.8862 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782971 4 0.2368 0.8738 0.032 0.008 0.032 0.928
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0707 0.9492 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782974 1 0.5693 0.2250 0.504 0.000 0.472 0.024
#> SRR1782975 1 0.3761 0.8631 0.852 0.000 0.068 0.080
#> SRR1782976 2 0.0376 0.9484 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1782977 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782979 1 0.3182 0.8040 0.876 0.028 0.000 0.096
#> SRR1782980 1 0.3568 0.8694 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782981 2 0.1114 0.9459 0.004 0.972 0.008 0.016
#> SRR1782982 2 0.1661 0.9326 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1782985 1 0.1510 0.8562 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0469 0.9495 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782984 1 0.3424 0.8668 0.876 0.004 0.068 0.052
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0188 0.9465 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782990 2 0.1557 0.9313 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1782991 3 0.0592 0.9371 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782989 4 0.0188 0.8885 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782992 1 0.1109 0.8598 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1782993 1 0.6084 0.6687 0.672 0.012 0.064 0.252
#> SRR1782995 1 0.3568 0.8657 0.872 0.008 0.068 0.052
#> SRR1782994 1 0.4999 0.6042 0.660 0.000 0.328 0.012
#> SRR1782996 3 0.0188 0.9462 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9488 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0921 0.8606 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.4053 0.6508 0.228 0.768 0.000 0.004
#> SRR1783000 2 0.1209 0.9308 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1783001 1 0.2716 0.8724 0.908 0.012 0.068 0.012
#> SRR1783002 4 0.2586 0.8591 0.000 0.040 0.048 0.912
#> SRR1783003 3 0.4427 0.7208 0.028 0.008 0.800 0.164
#> SRR1783004 2 0.1211 0.9404 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1783005 1 0.5962 0.7841 0.744 0.136 0.048 0.072
#> SRR1783006 4 0.1936 0.8728 0.000 0.032 0.028 0.940
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.1469 0.92189 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1782686 5 0.0963 0.88945 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1782687 5 0.2677 0.83437 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872
#> SRR1782688 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1792 0.91420 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782691 5 0.0162 0.89197 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782689 5 0.0162 0.89154 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782692 2 0.0162 0.93871 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0404 0.89311 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782694 2 0.1281 0.93232 0.032 0.956 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782696 2 0.2337 0.90760 0.008 0.904 0.080 0.004 0.004
#> SRR1782697 2 0.1041 0.93418 0.032 0.964 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782695 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.1116 0.92092 0.964 0.004 0.000 0.004 0.028
#> SRR1782699 1 0.2424 0.82702 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1782701 5 0.0290 0.89268 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782702 2 0.0324 0.93926 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782704 2 0.0865 0.93673 0.024 0.972 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782703 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.4303 0.69276 0.056 0.000 0.000 0.192 0.752
#> SRR1782709 1 0.3106 0.81739 0.844 0.000 0.000 0.132 0.024
#> SRR1782711 5 0.0703 0.89254 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782707 5 0.0510 0.89296 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782706 2 0.2481 0.91592 0.024 0.908 0.056 0.004 0.008
#> SRR1782708 2 0.4554 0.78351 0.144 0.776 0.000 0.036 0.044
#> SRR1782712 4 0.1410 0.91965 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1782713 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782710 1 0.1851 0.90842 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782714 4 0.3934 0.84081 0.076 0.000 0.000 0.800 0.124
#> SRR1782716 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782715 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782719 3 0.1281 0.91729 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> SRR1782720 4 0.1864 0.87425 0.004 0.004 0.000 0.924 0.068
#> SRR1782721 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782726 3 0.0324 0.92726 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1782722 3 0.0162 0.92686 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782724 1 0.1205 0.92323 0.956 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782728 4 0.1478 0.91953 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782730 5 0.1732 0.86592 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1782729 3 0.0290 0.92711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.2179 0.84910 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1782732 4 0.1768 0.91807 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR1782735 3 0.2694 0.84523 0.004 0.000 0.864 0.004 0.128
#> SRR1782731 1 0.1892 0.91537 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782734 2 0.1571 0.92246 0.060 0.936 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782736 1 0.1485 0.91733 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR1782737 3 0.3921 0.78985 0.040 0.004 0.804 0.004 0.148
#> SRR1782738 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782739 3 0.6173 0.19099 0.004 0.004 0.500 0.388 0.104
#> SRR1782740 5 0.0510 0.89296 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782741 4 0.1571 0.92068 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR1782742 2 0.1502 0.92497 0.056 0.940 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782743 2 0.1638 0.92210 0.064 0.932 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782744 2 0.1282 0.93069 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782745 1 0.2230 0.84503 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1782747 1 0.2127 0.85278 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782750 1 0.4700 0.07870 0.516 0.008 0.000 0.004 0.472
#> SRR1782749 2 0.1082 0.93422 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1782751 2 0.1731 0.92875 0.008 0.940 0.040 0.012 0.000
#> SRR1782752 5 0.1549 0.88597 0.040 0.000 0.000 0.016 0.944
#> SRR1782746 5 0.0162 0.89154 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782753 5 0.0510 0.89296 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782748 2 0.0992 0.93557 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1782754 5 0.3280 0.74473 0.004 0.004 0.000 0.184 0.808
#> SRR1782755 2 0.0290 0.93898 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.1410 0.91965 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1782757 2 0.1043 0.93399 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0703 0.89175 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782761 4 0.0324 0.90104 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782759 1 0.1670 0.92532 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1782762 4 0.1768 0.91809 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782760 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782764 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.1492 0.92928 0.004 0.948 0.040 0.008 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0566 0.92665 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1782769 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4607 0.43413 0.012 0.616 0.368 0.000 0.004
#> SRR1782770 3 0.0566 0.92559 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782774 2 0.1731 0.91960 0.004 0.932 0.060 0.004 0.000
#> SRR1782771 3 0.0566 0.92559 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782772 3 0.1130 0.92077 0.012 0.012 0.968 0.004 0.004
#> SRR1782773 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.2012 0.91263 0.060 0.920 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782777 5 0.4892 -0.05959 0.016 0.000 0.484 0.004 0.496
#> SRR1782776 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782778 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.7140 0.09423 0.356 0.432 0.000 0.032 0.180
#> SRR1782781 4 0.2112 0.87186 0.004 0.004 0.000 0.908 0.084
#> SRR1782779 5 0.4467 0.49680 0.016 0.000 0.000 0.344 0.640
#> SRR1782782 5 0.0671 0.89014 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782784 1 0.1732 0.91531 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782783 5 0.2763 0.82227 0.148 0.000 0.000 0.004 0.848
#> SRR1782785 1 0.1670 0.92532 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR1782786 5 0.4558 0.65667 0.060 0.000 0.000 0.216 0.724
#> SRR1782787 3 0.0833 0.92390 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR1782788 5 0.0609 0.89318 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782790 1 0.1836 0.91048 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1782789 4 0.1608 0.91824 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1782791 5 0.5537 0.51065 0.004 0.004 0.072 0.300 0.620
#> SRR1782792 4 0.1768 0.91809 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782793 5 0.2588 0.84028 0.060 0.000 0.000 0.048 0.892
#> SRR1782794 5 0.0451 0.88674 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1782795 4 0.2305 0.87797 0.012 0.000 0.000 0.896 0.092
#> SRR1782796 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782798 4 0.1478 0.91953 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782797 4 0.1410 0.91965 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1782799 3 0.1404 0.91796 0.008 0.004 0.956 0.004 0.028
#> SRR1782800 1 0.1892 0.91537 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782801 2 0.2084 0.91454 0.008 0.920 0.064 0.004 0.004
#> SRR1782802 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0162 0.92686 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0648 0.92617 0.004 0.004 0.984 0.004 0.004
#> SRR1782806 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.1768 0.91958 0.072 0.000 0.000 0.924 0.004
#> SRR1782807 4 0.5099 0.47316 0.052 0.000 0.000 0.612 0.336
#> SRR1782809 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782810 4 0.1544 0.91930 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1782812 4 0.1768 0.91809 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782813 2 0.3176 0.86558 0.080 0.856 0.000 0.064 0.000
#> SRR1782814 4 0.6217 -0.00724 0.004 0.004 0.440 0.448 0.104
#> SRR1782815 4 0.1410 0.91965 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1782816 5 0.4449 0.47574 0.352 0.008 0.000 0.004 0.636
#> SRR1782818 1 0.1671 0.91810 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782819 4 0.2540 0.88865 0.024 0.000 0.000 0.888 0.088
#> SRR1782817 5 0.0510 0.89296 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782824 5 0.3183 0.80078 0.156 0.000 0.000 0.016 0.828
#> SRR1782825 2 0.1571 0.92246 0.060 0.936 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782820 1 0.0963 0.92368 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782822 4 0.3416 0.87538 0.088 0.000 0.000 0.840 0.072
#> SRR1782821 1 0.1732 0.91531 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782823 5 0.0703 0.89254 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782826 5 0.1732 0.86878 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1782830 5 0.0451 0.89091 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782828 2 0.1805 0.92918 0.048 0.936 0.004 0.004 0.008
#> SRR1782829 5 0.4914 0.65686 0.092 0.000 0.000 0.204 0.704
#> SRR1782831 4 0.2708 0.90990 0.072 0.000 0.000 0.884 0.044
#> SRR1782834 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782832 4 0.1478 0.91953 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782835 4 0.1478 0.91953 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782837 4 0.3081 0.90169 0.072 0.004 0.000 0.868 0.056
#> SRR1782836 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.5595 0.52901 0.076 0.640 0.000 0.268 0.016
#> SRR1782833 4 0.2922 0.90338 0.072 0.000 0.000 0.872 0.056
#> SRR1782842 3 0.1812 0.90834 0.012 0.008 0.940 0.004 0.036
#> SRR1782841 5 0.1408 0.88419 0.044 0.000 0.000 0.008 0.948
#> SRR1782843 2 0.3099 0.89775 0.040 0.884 0.040 0.004 0.032
#> SRR1782845 5 0.0290 0.89094 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782844 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.2523 0.88753 0.012 0.052 0.908 0.004 0.024
#> SRR1782847 5 0.2731 0.82003 0.016 0.000 0.104 0.004 0.876
#> SRR1782848 3 0.0290 0.92711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.0955 0.88999 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968
#> SRR1782850 3 0.7166 0.14622 0.080 0.012 0.472 0.064 0.372
#> SRR1782851 1 0.1485 0.91733 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR1782852 4 0.2580 0.90962 0.064 0.000 0.000 0.892 0.044
#> SRR1782853 2 0.0771 0.93719 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782855 1 0.1965 0.90074 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782856 1 0.1571 0.92425 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1782854 2 0.1282 0.93126 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782857 2 0.5351 0.56532 0.076 0.656 0.000 0.260 0.008
#> SRR1782858 3 0.3078 0.83055 0.016 0.000 0.848 0.004 0.132
#> SRR1782859 2 0.2881 0.90576 0.036 0.892 0.052 0.004 0.016
#> SRR1782860 1 0.2392 0.87803 0.888 0.004 0.000 0.004 0.104
#> SRR1782861 5 0.1357 0.88309 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1782862 3 0.2748 0.86604 0.008 0.000 0.880 0.016 0.096
#> SRR1782863 3 0.0290 0.92711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.1197 0.92498 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782865 5 0.0510 0.89296 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782867 5 0.5551 0.06754 0.068 0.000 0.000 0.444 0.488
#> SRR1782868 5 0.4124 0.79405 0.124 0.008 0.060 0.004 0.804
#> SRR1782872 5 0.4605 0.72339 0.004 0.004 0.080 0.152 0.760
#> SRR1782874 1 0.1469 0.92121 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1782875 2 0.2017 0.91669 0.008 0.924 0.060 0.004 0.004
#> SRR1782870 3 0.2984 0.83912 0.016 0.000 0.856 0.004 0.124
#> SRR1782871 5 0.3387 0.72864 0.004 0.004 0.000 0.196 0.796
#> SRR1782877 1 0.1638 0.92262 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1782873 2 0.0898 0.93656 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1782878 5 0.2660 0.80862 0.008 0.000 0.000 0.128 0.864
#> SRR1782879 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782880 1 0.1956 0.92058 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1782883 5 0.0609 0.89318 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782881 3 0.0771 0.92437 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1782882 2 0.1430 0.92656 0.052 0.944 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782884 3 0.1981 0.89699 0.016 0.000 0.920 0.000 0.064
#> SRR1782885 3 0.0162 0.92686 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.2006 0.92270 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR1782887 3 0.4461 0.80146 0.024 0.104 0.796 0.004 0.072
#> SRR1782888 1 0.1608 0.91983 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782889 2 0.1571 0.92246 0.060 0.936 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782892 5 0.0671 0.89225 0.016 0.000 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782890 1 0.1671 0.91810 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782891 2 0.0992 0.93561 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1782893 2 0.1644 0.92778 0.008 0.940 0.048 0.004 0.000
#> SRR1782894 1 0.1671 0.91810 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782897 5 0.3816 0.59804 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1782896 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0162 0.93871 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0609 0.89318 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782901 5 0.1478 0.87639 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1782899 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3366 0.73095 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782903 2 0.0162 0.93871 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4090 0.77618 0.036 0.008 0.792 0.004 0.160
#> SRR1782904 3 0.0324 0.92726 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1782907 1 0.1364 0.92085 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1782906 1 0.1740 0.92534 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1782908 3 0.1574 0.91532 0.012 0.012 0.952 0.004 0.020
#> SRR1782909 2 0.1830 0.91595 0.068 0.924 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782911 1 0.1485 0.91647 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR1782910 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.3522 0.75389 0.004 0.000 0.780 0.004 0.212
#> SRR1782913 5 0.3712 0.78865 0.052 0.000 0.124 0.004 0.820
#> SRR1782915 5 0.0162 0.89197 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782914 5 0.1478 0.87639 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1782916 1 0.3517 0.82870 0.832 0.000 0.000 0.100 0.068
#> SRR1782918 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0162 0.92686 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.1831 0.86830 0.076 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR1782917 3 0.5140 0.06499 0.012 0.452 0.520 0.004 0.012
#> SRR1782922 4 0.0566 0.90401 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1782921 2 0.1478 0.92307 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0324 0.92726 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1782926 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0451 0.92629 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1782928 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2213 0.90936 0.008 0.912 0.072 0.004 0.004
#> SRR1782933 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782930 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782931 3 0.5190 0.33356 0.008 0.388 0.576 0.004 0.024
#> SRR1782934 2 0.0992 0.93557 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1782935 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.2074 0.90272 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782937 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1892 0.87536 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1782940 1 0.2452 0.90336 0.896 0.016 0.000 0.004 0.084
#> SRR1782941 1 0.1671 0.91810 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782942 3 0.1130 0.92077 0.012 0.012 0.968 0.004 0.004
#> SRR1782945 5 0.0162 0.89197 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782944 1 0.1364 0.92085 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1782947 5 0.0609 0.89318 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782948 2 0.1492 0.93447 0.040 0.948 0.008 0.004 0.000
#> SRR1782949 5 0.0609 0.89318 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782952 5 0.0486 0.89172 0.004 0.000 0.004 0.004 0.988
#> SRR1782950 2 0.1026 0.93596 0.004 0.968 0.024 0.004 0.000
#> SRR1782953 2 0.2189 0.90643 0.084 0.904 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782951 5 0.0404 0.89309 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782954 4 0.2927 0.90183 0.068 0.000 0.000 0.872 0.060
#> SRR1782955 4 0.1341 0.91870 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782956 2 0.1041 0.93433 0.032 0.964 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.1285 0.87671 0.004 0.004 0.000 0.036 0.956
#> SRR1782959 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782958 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0162 0.89197 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782961 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2179 0.86075 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1782964 3 0.0162 0.92716 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782963 5 0.4882 0.22647 0.444 0.000 0.000 0.024 0.532
#> SRR1782965 3 0.3280 0.80755 0.012 0.000 0.824 0.004 0.160
#> SRR1782966 2 0.2568 0.89256 0.008 0.888 0.096 0.004 0.004
#> SRR1782968 3 0.0000 0.92708 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0486 0.92679 0.004 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1782969 1 0.1732 0.91531 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782970 4 0.1768 0.91809 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782971 4 0.2445 0.86324 0.004 0.004 0.000 0.884 0.108
#> SRR1782972 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.4350 0.38077 0.004 0.000 0.588 0.000 0.408
#> SRR1782975 5 0.4796 0.71025 0.120 0.000 0.000 0.152 0.728
#> SRR1782976 2 0.0162 0.93871 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0510 0.89296 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782979 1 0.2077 0.87263 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR1782980 5 0.1041 0.88900 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1782981 2 0.1365 0.93025 0.040 0.952 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782982 2 0.2017 0.91669 0.008 0.924 0.060 0.004 0.004
#> SRR1782985 1 0.1668 0.91022 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028
#> SRR1782983 3 0.0162 0.92686 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0162 0.93960 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0609 0.89318 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782986 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1130 0.92077 0.012 0.012 0.968 0.004 0.004
#> SRR1782990 2 0.1731 0.91960 0.004 0.932 0.060 0.004 0.000
#> SRR1782991 3 0.1310 0.91970 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> SRR1782989 4 0.1638 0.92027 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782992 1 0.1041 0.92297 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1782993 1 0.4134 0.71065 0.760 0.000 0.000 0.196 0.044
#> SRR1782995 5 0.0404 0.89217 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782994 3 0.3684 0.76238 0.016 0.000 0.788 0.004 0.192
#> SRR1782996 3 0.1143 0.92169 0.012 0.008 0.968 0.004 0.008
#> SRR1782998 3 0.0404 0.92692 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.2352 0.90035 0.896 0.008 0.000 0.004 0.092
#> SRR1782997 2 0.1956 0.91509 0.076 0.916 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783000 2 0.2710 0.91044 0.040 0.900 0.044 0.004 0.012
#> SRR1783001 5 0.1768 0.86871 0.072 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1783002 4 0.3853 0.88264 0.076 0.048 0.000 0.836 0.040
#> SRR1783003 3 0.2289 0.88188 0.012 0.000 0.904 0.004 0.080
#> SRR1783004 2 0.1569 0.92752 0.004 0.944 0.044 0.008 0.000
#> SRR1783005 2 0.5959 0.56134 0.256 0.632 0.000 0.044 0.068
#> SRR1783006 4 0.2916 0.91022 0.072 0.008 0.000 0.880 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0777 0.9186 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1782686 5 0.2106 0.8183 0.032 0.000 0.000 0.000 0.904 NA
#> SRR1782687 5 0.4547 0.5220 0.332 0.000 0.000 0.020 0.628 NA
#> SRR1782688 2 0.0363 0.9279 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782690 1 0.0790 0.9111 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR1782691 5 0.2367 0.8223 0.016 0.000 0.008 0.000 0.888 NA
#> SRR1782689 5 0.1082 0.8292 0.004 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR1782692 2 0.0458 0.9276 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782693 5 0.2849 0.8224 0.020 0.000 0.008 0.016 0.872 NA
#> SRR1782694 2 0.1826 0.9133 0.004 0.924 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782696 2 0.2332 0.9088 0.012 0.908 0.020 0.000 0.012 NA
#> SRR1782697 2 0.0964 0.9255 0.004 0.968 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1782695 3 0.3789 0.6808 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 NA
#> SRR1782700 1 0.1509 0.9147 0.948 0.008 0.000 0.024 0.008 NA
#> SRR1782699 1 0.2703 0.8081 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000 NA
#> SRR1782701 5 0.1863 0.8305 0.016 0.000 0.004 0.000 0.920 NA
#> SRR1782702 2 0.0363 0.9278 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782704 2 0.1218 0.9236 0.004 0.956 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1782703 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782705 4 0.5643 0.3294 0.032 0.000 0.000 0.572 0.304 NA
#> SRR1782709 1 0.3632 0.7893 0.792 0.004 0.000 0.168 0.020 NA
#> SRR1782711 5 0.1500 0.8270 0.012 0.000 0.000 0.000 0.936 NA
#> SRR1782707 5 0.0146 0.8328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1782706 2 0.2212 0.9116 0.016 0.912 0.020 0.000 0.004 NA
#> SRR1782708 2 0.5774 0.6808 0.152 0.672 0.000 0.072 0.024 NA
#> SRR1782712 4 0.3284 0.7890 0.020 0.000 0.000 0.784 0.000 NA
#> SRR1782713 4 0.3512 0.7875 0.032 0.000 0.000 0.772 0.000 NA
#> SRR1782710 1 0.1124 0.9022 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1782714 4 0.2914 0.7359 0.048 0.000 0.000 0.860 0.084 NA
#> SRR1782716 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782715 3 0.0260 0.8030 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1782717 3 0.1007 0.8028 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR1782718 4 0.2747 0.7494 0.004 0.000 0.008 0.876 0.036 NA
#> SRR1782719 3 0.4441 0.6132 0.004 0.000 0.728 0.204 0.024 NA
#> SRR1782720 4 0.3682 0.7778 0.004 0.000 0.004 0.752 0.016 NA
#> SRR1782721 4 0.2826 0.7455 0.004 0.000 0.012 0.876 0.056 NA
#> SRR1782726 3 0.0717 0.8017 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 NA
#> SRR1782722 3 0.0260 0.8031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1782723 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782727 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782725 4 0.2747 0.7494 0.004 0.000 0.008 0.876 0.036 NA
#> SRR1782724 1 0.1078 0.9182 0.964 0.008 0.000 0.012 0.016 NA
#> SRR1782728 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782730 5 0.2742 0.7956 0.128 0.000 0.000 0.008 0.852 NA
#> SRR1782729 3 0.3797 0.6786 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 NA
#> SRR1782733 1 0.2520 0.8307 0.844 0.000 0.000 0.152 0.000 NA
#> SRR1782732 4 0.3695 0.7882 0.040 0.000 0.000 0.772 0.004 NA
#> SRR1782735 3 0.2965 0.7671 0.024 0.000 0.864 0.000 0.076 NA
#> SRR1782731 1 0.0806 0.9130 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1782734 2 0.1003 0.9229 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782736 1 0.0777 0.9176 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1782737 3 0.4073 0.7143 0.024 0.004 0.788 0.000 0.064 NA
#> SRR1782738 4 0.2917 0.7461 0.004 0.000 0.012 0.868 0.040 NA
#> SRR1782739 4 0.4997 0.6394 0.004 0.000 0.124 0.720 0.044 NA
#> SRR1782740 5 0.2467 0.8216 0.016 0.000 0.012 0.000 0.884 NA
#> SRR1782741 4 0.2581 0.7934 0.020 0.000 0.000 0.860 0.000 NA
#> SRR1782742 2 0.1003 0.9229 0.016 0.964 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782743 2 0.1605 0.9210 0.032 0.940 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1782744 2 0.1065 0.9241 0.008 0.964 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782745 1 0.2595 0.8211 0.836 0.000 0.000 0.160 0.000 NA
#> SRR1782747 1 0.2219 0.8485 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 NA
#> SRR1782750 1 0.5038 0.5245 0.668 0.012 0.004 0.000 0.220 NA
#> SRR1782749 2 0.1049 0.9238 0.000 0.960 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782751 2 0.2205 0.9058 0.004 0.896 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1782752 5 0.3605 0.7576 0.192 0.000 0.000 0.016 0.776 NA
#> SRR1782746 5 0.1349 0.8264 0.004 0.000 0.000 0.000 0.940 NA
#> SRR1782753 5 0.1219 0.8335 0.004 0.000 0.000 0.000 0.948 NA
#> SRR1782748 2 0.0891 0.9246 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782754 4 0.5666 -0.0156 0.020 0.000 0.012 0.484 0.424 NA
#> SRR1782755 2 0.0603 0.9283 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782756 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782757 2 0.1078 0.9269 0.016 0.964 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1782758 5 0.2408 0.8329 0.052 0.000 0.004 0.000 0.892 NA
#> SRR1782761 4 0.3342 0.7843 0.012 0.000 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR1782759 1 0.0260 0.9179 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1782762 4 0.3516 0.7861 0.016 0.004 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR1782760 4 0.3364 0.7884 0.024 0.000 0.000 0.780 0.000 NA
#> SRR1782764 3 0.3789 0.6815 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 NA
#> SRR1782763 2 0.1668 0.9159 0.000 0.928 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1782765 3 0.0632 0.8034 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR1782766 2 0.0363 0.9272 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782767 3 0.0912 0.8041 0.004 0.008 0.972 0.000 0.004 NA
#> SRR1782769 2 0.0458 0.9275 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782768 3 0.4450 0.3467 0.004 0.348 0.620 0.000 0.004 NA
#> SRR1782770 3 0.1590 0.7971 0.012 0.008 0.944 0.000 0.008 NA
#> SRR1782774 2 0.1692 0.9158 0.000 0.932 0.012 0.000 0.008 NA
#> SRR1782771 3 0.1785 0.7949 0.012 0.016 0.936 0.000 0.008 NA
#> SRR1782772 3 0.2641 0.7790 0.012 0.028 0.888 0.000 0.008 NA
#> SRR1782773 2 0.0363 0.9272 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782775 2 0.2265 0.9035 0.004 0.896 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR1782777 5 0.5653 0.3692 0.024 0.000 0.324 0.000 0.552 NA
#> SRR1782776 4 0.2288 0.7561 0.004 0.000 0.004 0.904 0.048 NA
#> SRR1782778 2 0.0146 0.9279 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782780 2 0.8010 0.0269 0.316 0.352 0.000 0.176 0.076 NA
#> SRR1782781 4 0.3295 0.7816 0.008 0.000 0.008 0.828 0.024 NA
#> SRR1782779 4 0.4929 0.4695 0.024 0.000 0.004 0.660 0.264 NA
#> SRR1782782 5 0.3772 0.7810 0.032 0.000 0.000 0.068 0.812 NA
#> SRR1782784 1 0.0547 0.9144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1782783 5 0.4690 0.1581 0.452 0.000 0.000 0.028 0.512 NA
#> SRR1782785 1 0.0520 0.9195 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1782786 4 0.5643 0.2644 0.028 0.000 0.000 0.556 0.324 NA
#> SRR1782787 3 0.1346 0.7976 0.008 0.000 0.952 0.000 0.024 NA
#> SRR1782788 5 0.0603 0.8319 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR1782790 1 0.1297 0.9138 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012 NA
#> SRR1782789 4 0.3543 0.7854 0.016 0.004 0.000 0.756 0.000 NA
#> SRR1782791 4 0.6081 0.4233 0.004 0.000 0.084 0.596 0.228 NA
#> SRR1782792 4 0.3648 0.7822 0.016 0.004 0.000 0.740 0.000 NA
#> SRR1782793 5 0.5748 0.4392 0.040 0.000 0.000 0.324 0.552 NA
#> SRR1782794 5 0.3578 0.7578 0.020 0.000 0.004 0.144 0.808 NA
#> SRR1782795 4 0.2007 0.7622 0.004 0.000 0.000 0.916 0.036 NA
#> SRR1782796 4 0.3088 0.7928 0.020 0.000 0.000 0.808 0.000 NA
#> SRR1782798 4 0.3374 0.7881 0.020 0.000 0.000 0.772 0.000 NA
#> SRR1782797 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782799 3 0.2407 0.7768 0.004 0.000 0.892 0.000 0.048 NA
#> SRR1782800 1 0.0806 0.9130 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1782801 2 0.3812 0.7633 0.000 0.772 0.168 0.000 0.004 NA
#> SRR1782802 2 0.0363 0.9280 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782803 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1782804 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782805 3 0.1148 0.8001 0.000 0.004 0.960 0.000 0.020 NA
#> SRR1782806 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782808 4 0.3599 0.7853 0.020 0.000 0.000 0.756 0.004 NA
#> SRR1782807 4 0.3576 0.6994 0.008 0.000 0.000 0.812 0.096 NA
#> SRR1782809 4 0.2917 0.7461 0.004 0.000 0.012 0.868 0.040 NA
#> SRR1782810 4 0.3290 0.7884 0.016 0.000 0.000 0.776 0.000 NA
#> SRR1782812 4 0.3570 0.7849 0.016 0.004 0.000 0.752 0.000 NA
#> SRR1782813 2 0.3474 0.8565 0.016 0.824 0.000 0.056 0.000 NA
#> SRR1782814 4 0.4841 0.6490 0.004 0.000 0.128 0.732 0.040 NA
#> SRR1782815 4 0.3374 0.7881 0.020 0.000 0.000 0.772 0.000 NA
#> SRR1782816 1 0.6092 -0.1839 0.440 0.012 0.012 0.000 0.412 NA
#> SRR1782818 1 0.0862 0.9165 0.972 0.008 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR1782819 4 0.1515 0.7688 0.008 0.000 0.000 0.944 0.028 NA
#> SRR1782817 5 0.0146 0.8328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1782824 5 0.5062 0.4077 0.372 0.000 0.000 0.056 0.560 NA
#> SRR1782825 2 0.2016 0.9145 0.016 0.920 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR1782820 1 0.0717 0.9193 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 NA
#> SRR1782822 4 0.3088 0.7494 0.064 0.000 0.000 0.860 0.044 NA
#> SRR1782821 1 0.0547 0.9166 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1782823 5 0.0717 0.8317 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR1782826 5 0.3130 0.7953 0.072 0.000 0.000 0.016 0.852 NA
#> SRR1782830 5 0.2812 0.8102 0.016 0.000 0.000 0.040 0.872 NA
#> SRR1782828 2 0.2094 0.9152 0.044 0.920 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1782829 4 0.5500 -0.1050 0.088 0.000 0.000 0.456 0.444 NA
#> SRR1782831 4 0.3806 0.7392 0.032 0.056 0.000 0.828 0.020 NA
#> SRR1782834 4 0.3488 0.7889 0.036 0.000 0.000 0.780 0.000 NA
#> SRR1782832 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782835 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782837 4 0.4628 0.7091 0.040 0.064 0.000 0.776 0.036 NA
#> SRR1782836 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782838 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782839 3 0.3309 0.7382 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 NA
#> SRR1782840 2 0.5866 0.3567 0.016 0.544 0.000 0.324 0.012 NA
#> SRR1782833 4 0.1788 0.7680 0.040 0.000 0.000 0.928 0.028 NA
#> SRR1782842 3 0.2795 0.7680 0.004 0.004 0.864 0.000 0.028 NA
#> SRR1782841 5 0.4811 0.7159 0.044 0.000 0.000 0.148 0.724 NA
#> SRR1782843 2 0.4299 0.8092 0.020 0.788 0.108 0.000 0.032 NA
#> SRR1782845 5 0.3468 0.8082 0.016 0.000 0.040 0.016 0.840 NA
#> SRR1782844 3 0.2340 0.7819 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 NA
#> SRR1782846 3 0.3449 0.7491 0.012 0.072 0.840 0.000 0.012 NA
#> SRR1782847 5 0.4543 0.7118 0.024 0.000 0.136 0.000 0.740 NA
#> SRR1782848 3 0.1714 0.7974 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 NA
#> SRR1782849 5 0.2900 0.8231 0.044 0.000 0.008 0.000 0.860 NA
#> SRR1782850 4 0.8713 -0.0932 0.028 0.056 0.268 0.284 0.256 NA
#> SRR1782851 1 0.0777 0.9176 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1782852 4 0.1257 0.7726 0.028 0.000 0.000 0.952 0.020 NA
#> SRR1782853 2 0.1858 0.9116 0.000 0.912 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1782855 1 0.1196 0.8986 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR1782856 1 0.1168 0.9160 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1782854 2 0.0909 0.9255 0.020 0.968 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1782857 2 0.5485 0.5527 0.020 0.620 0.000 0.248 0.004 NA
#> SRR1782858 3 0.3541 0.7353 0.020 0.000 0.824 0.000 0.088 NA
#> SRR1782859 2 0.3287 0.8787 0.020 0.860 0.048 0.000 0.024 NA
#> SRR1782860 1 0.3878 0.8171 0.816 0.016 0.000 0.024 0.092 NA
#> SRR1782861 5 0.3516 0.8146 0.076 0.000 0.008 0.004 0.824 NA
#> SRR1782862 3 0.3682 0.7606 0.008 0.004 0.836 0.036 0.064 NA
#> SRR1782863 3 0.3747 0.6900 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 NA
#> SRR1782864 3 0.1007 0.8031 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR1782866 1 0.0976 0.9190 0.968 0.008 0.000 0.016 0.008 NA
#> SRR1782865 5 0.0458 0.8316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR1782867 4 0.4485 0.5872 0.068 0.000 0.000 0.728 0.184 NA
#> SRR1782868 5 0.7574 0.5549 0.168 0.012 0.024 0.184 0.492 NA
#> SRR1782872 4 0.6659 -0.0699 0.020 0.000 0.096 0.440 0.388 NA
#> SRR1782874 1 0.0692 0.9188 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 NA
#> SRR1782875 2 0.2209 0.9049 0.000 0.900 0.024 0.000 0.004 NA
#> SRR1782870 3 0.3656 0.7253 0.012 0.000 0.808 0.000 0.072 NA
#> SRR1782871 4 0.5582 -0.0230 0.020 0.000 0.008 0.484 0.428 NA
#> SRR1782877 1 0.0806 0.9199 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 NA
#> SRR1782873 2 0.0891 0.9246 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782878 5 0.5410 0.2985 0.016 0.000 0.000 0.388 0.520 NA
#> SRR1782879 4 0.2917 0.7461 0.004 0.000 0.012 0.868 0.040 NA
#> SRR1782880 1 0.0363 0.9178 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1782883 5 0.0603 0.8319 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR1782881 3 0.2138 0.7925 0.004 0.000 0.908 0.000 0.052 NA
#> SRR1782882 2 0.1053 0.9240 0.004 0.964 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782884 3 0.4910 0.6507 0.016 0.000 0.520 0.004 0.024 NA
#> SRR1782885 3 0.0551 0.8030 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 NA
#> SRR1782886 1 0.0260 0.9179 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1782887 3 0.4839 0.6292 0.016 0.192 0.712 0.000 0.016 NA
#> SRR1782888 1 0.0405 0.9191 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR1782889 2 0.1173 0.9247 0.016 0.960 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1782892 5 0.2554 0.8213 0.020 0.000 0.012 0.000 0.880 NA
#> SRR1782890 1 0.0622 0.9162 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1782891 2 0.0891 0.9246 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782893 2 0.1332 0.9233 0.012 0.952 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782894 1 0.0632 0.9140 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR1782897 5 0.3986 0.2631 0.464 0.000 0.000 0.000 0.532 NA
#> SRR1782896 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782895 2 0.0458 0.9276 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782898 2 0.0458 0.9272 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782900 5 0.0291 0.8334 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR1782901 5 0.2070 0.8124 0.092 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1782899 2 0.0363 0.9272 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782902 1 0.1970 0.8581 0.900 0.008 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1782903 2 0.0363 0.9277 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782905 3 0.4346 0.6938 0.020 0.004 0.764 0.000 0.088 NA
#> SRR1782904 3 0.1225 0.8045 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 NA
#> SRR1782907 1 0.0777 0.9182 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1782906 1 0.0520 0.9196 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR1782908 3 0.2956 0.7724 0.012 0.024 0.872 0.000 0.020 NA
#> SRR1782909 2 0.2020 0.9116 0.040 0.920 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782911 1 0.0858 0.9160 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR1782910 3 0.0865 0.8035 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR1782912 3 0.5664 0.0915 0.016 0.000 0.480 0.000 0.404 NA
#> SRR1782913 5 0.5535 0.4702 0.024 0.000 0.280 0.000 0.592 NA
#> SRR1782915 5 0.2367 0.8223 0.016 0.000 0.008 0.000 0.888 NA
#> SRR1782914 5 0.2070 0.8124 0.092 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1782916 1 0.4542 0.7717 0.760 0.008 0.000 0.120 0.032 NA
#> SRR1782918 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782919 3 0.0260 0.8030 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1782920 5 0.3144 0.8160 0.100 0.004 0.004 0.000 0.844 NA
#> SRR1782917 3 0.5052 0.4210 0.012 0.300 0.628 0.000 0.012 NA
#> SRR1782922 4 0.3329 0.7842 0.008 0.000 0.000 0.768 0.004 NA
#> SRR1782921 2 0.1452 0.9215 0.020 0.948 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1782923 2 0.0458 0.9272 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782925 2 0.0458 0.9274 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782924 3 0.1176 0.7990 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 NA
#> SRR1782926 2 0.0458 0.9272 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782929 2 0.0458 0.9274 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782927 3 0.1129 0.8011 0.012 0.008 0.964 0.000 0.004 NA
#> SRR1782928 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782932 2 0.4035 0.7132 0.000 0.740 0.204 0.000 0.004 NA
#> SRR1782933 4 0.2635 0.7506 0.004 0.000 0.004 0.880 0.036 NA
#> SRR1782930 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782931 3 0.5283 0.2602 0.000 0.364 0.560 0.020 0.004 NA
#> SRR1782934 2 0.0891 0.9246 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782935 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782936 1 0.1434 0.9073 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048 NA
#> SRR1782937 2 0.0508 0.9277 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1782939 1 0.1765 0.8817 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 NA
#> SRR1782940 1 0.2102 0.8893 0.920 0.020 0.004 0.000 0.032 NA
#> SRR1782941 1 0.0603 0.9186 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR1782942 3 0.2115 0.7888 0.012 0.012 0.916 0.000 0.008 NA
#> SRR1782945 5 0.1452 0.8349 0.020 0.000 0.000 0.012 0.948 NA
#> SRR1782944 1 0.0748 0.9195 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1782947 5 0.0458 0.8316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR1782948 2 0.1764 0.9208 0.024 0.936 0.012 0.000 0.004 NA
#> SRR1782949 5 0.0603 0.8319 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 NA
#> SRR1782952 5 0.2816 0.8176 0.020 0.000 0.024 0.000 0.868 NA
#> SRR1782950 2 0.1230 0.9240 0.008 0.956 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1782953 2 0.3095 0.8915 0.028 0.864 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1782951 5 0.0458 0.8316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR1782954 4 0.1844 0.7622 0.024 0.000 0.000 0.924 0.048 NA
#> SRR1782955 4 0.3290 0.7883 0.016 0.000 0.000 0.776 0.000 NA
#> SRR1782956 2 0.1895 0.9116 0.000 0.912 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1782957 3 0.0260 0.8030 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1782946 5 0.5072 0.6000 0.020 0.000 0.008 0.264 0.652 NA
#> SRR1782959 4 0.3649 0.7852 0.040 0.000 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR1782958 2 0.0363 0.9272 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782960 5 0.1387 0.8312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR1782961 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782962 1 0.2135 0.8557 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 NA
#> SRR1782964 3 0.1610 0.7979 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 NA
#> SRR1782963 1 0.3808 0.6737 0.736 0.000 0.000 0.036 0.228 NA
#> SRR1782965 3 0.5687 0.2858 0.024 0.000 0.540 0.000 0.336 NA
#> SRR1782966 2 0.4650 0.5714 0.008 0.656 0.288 0.000 0.004 NA
#> SRR1782968 3 0.1075 0.8028 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR1782967 3 0.1036 0.8011 0.000 0.008 0.964 0.000 0.004 NA
#> SRR1782969 1 0.0806 0.9130 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR1782970 4 0.3543 0.7854 0.016 0.004 0.000 0.756 0.000 NA
#> SRR1782971 4 0.2847 0.7479 0.004 0.000 0.012 0.872 0.036 NA
#> SRR1782972 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782973 2 0.0363 0.9272 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782974 5 0.5525 0.2641 0.020 0.000 0.364 0.000 0.532 NA
#> SRR1782975 5 0.6283 0.1748 0.188 0.000 0.000 0.384 0.408 NA
#> SRR1782976 2 0.0260 0.9272 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782977 5 0.0632 0.8333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR1782979 1 0.2003 0.8655 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 NA
#> SRR1782980 5 0.2537 0.8226 0.024 0.000 0.008 0.000 0.880 NA
#> SRR1782981 2 0.2309 0.9007 0.000 0.888 0.000 0.028 0.000 NA
#> SRR1782982 2 0.2604 0.8921 0.000 0.872 0.028 0.000 0.004 NA
#> SRR1782985 1 0.0935 0.9157 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 NA
#> SRR1782983 3 0.0260 0.8030 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1782987 2 0.0363 0.9273 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1782984 5 0.0146 0.8341 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR1782986 3 0.3797 0.6786 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 NA
#> SRR1782988 3 0.1983 0.7918 0.012 0.012 0.924 0.000 0.008 NA
#> SRR1782990 2 0.2069 0.9087 0.000 0.908 0.020 0.000 0.004 NA
#> SRR1782991 3 0.4970 0.6490 0.016 0.000 0.512 0.000 0.036 NA
#> SRR1782989 4 0.3348 0.7874 0.016 0.000 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1782992 1 0.0777 0.9176 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1782993 1 0.5473 0.5611 0.628 0.008 0.000 0.260 0.032 NA
#> SRR1782995 5 0.2697 0.8208 0.020 0.000 0.012 0.004 0.876 NA
#> SRR1782994 3 0.4766 0.6327 0.024 0.000 0.716 0.000 0.156 NA
#> SRR1782996 3 0.1700 0.7946 0.012 0.000 0.936 0.000 0.024 NA
#> SRR1782998 3 0.3804 0.6771 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 NA
#> SRR1782999 1 0.1265 0.8952 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1782997 2 0.2390 0.9029 0.060 0.900 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1783000 2 0.2595 0.9035 0.020 0.896 0.024 0.000 0.012 NA
#> SRR1783001 5 0.3415 0.7177 0.228 0.004 0.004 0.000 0.760 NA
#> SRR1783002 4 0.5218 0.6439 0.016 0.192 0.000 0.684 0.020 NA
#> SRR1783003 3 0.5691 0.1904 0.000 0.000 0.500 0.392 0.032 NA
#> SRR1783004 2 0.0993 0.9236 0.000 0.964 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1783005 2 0.6961 0.4676 0.168 0.548 0.000 0.168 0.032 NA
#> SRR1783006 4 0.5279 0.6418 0.016 0.188 0.000 0.680 0.020 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.778 0.906 0.956 0.4976 0.502 0.502
#> 3 3 0.990 0.944 0.972 0.3303 0.752 0.544
#> 4 4 0.836 0.888 0.928 0.1110 0.852 0.602
#> 5 5 0.852 0.829 0.911 0.0583 0.939 0.777
#> 6 6 0.831 0.781 0.873 0.0386 0.916 0.661
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.7815 0.746 0.768 0.232
#> SRR1782700 1 0.3274 0.894 0.940 0.060
#> SRR1782699 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782701 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782705 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.6801 0.767 0.820 0.180
#> SRR1782711 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.1633 0.957 0.024 0.976
#> SRR1782717 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782718 2 0.0376 0.975 0.004 0.996
#> SRR1782719 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR1782720 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782726 1 0.9358 0.547 0.648 0.352
#> SRR1782722 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782723 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782727 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> SRR1782728 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.9850 0.365 0.572 0.428
#> SRR1782733 1 0.9170 0.508 0.668 0.332
#> SRR1782732 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 1.0000 -0.145 0.500 0.500
#> SRR1782739 1 0.8207 0.713 0.744 0.256
#> SRR1782740 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.6887 0.757 0.184 0.816
#> SRR1782747 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> SRR1782750 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782763 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782765 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1782766 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.0376 0.975 0.004 0.996
#> SRR1782773 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.1184 0.964 0.016 0.984
#> SRR1782779 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782788 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782800 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782805 1 0.9580 0.486 0.620 0.380
#> SRR1782806 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782808 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.6531 0.812 0.832 0.168
#> SRR1782810 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.6148 0.803 0.152 0.848
#> SRR1782821 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.7883 0.680 0.236 0.764
#> SRR1782832 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782838 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782839 1 0.7299 0.780 0.796 0.204
#> SRR1782840 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.7376 0.775 0.792 0.208
#> SRR1782841 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.7528 0.766 0.784 0.216
#> SRR1782846 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.7602 0.761 0.780 0.220
#> SRR1782849 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782850 1 0.9358 0.549 0.648 0.352
#> SRR1782851 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> SRR1782853 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782860 1 0.9460 0.436 0.636 0.364
#> SRR1782861 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782864 1 0.7299 0.780 0.796 0.204
#> SRR1782866 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.4161 0.869 0.916 0.084
#> SRR1782875 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0376 0.928 0.996 0.004
#> SRR1782871 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782880 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782882 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782887 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782907 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.9983 0.220 0.524 0.476
#> SRR1782909 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782910 2 0.6712 0.761 0.176 0.824
#> SRR1782912 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.4298 0.885 0.088 0.912
#> SRR1782918 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782919 2 0.1414 0.960 0.020 0.980
#> SRR1782920 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782922 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782921 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.8081 0.724 0.752 0.248
#> SRR1782926 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782933 1 0.9775 0.408 0.588 0.412
#> SRR1782930 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782931 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.4161 0.879 0.916 0.084
#> SRR1782941 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.0376 0.975 0.004 0.996
#> SRR1782945 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0672 0.926 0.992 0.008
#> SRR1782947 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.1414 0.960 0.020 0.980
#> SRR1782946 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782962 1 0.0938 0.923 0.988 0.012
#> SRR1782964 2 0.9866 0.126 0.432 0.568
#> SRR1782963 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.9661 0.458 0.608 0.392
#> SRR1782967 2 0.6623 0.767 0.172 0.828
#> SRR1782969 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782973 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.6887 0.757 0.184 0.816
#> SRR1782983 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> SRR1782987 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.9393 0.538 0.644 0.356
#> SRR1782988 2 0.5408 0.838 0.124 0.876
#> SRR1782990 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.9491 0.424 0.632 0.368
#> SRR1782995 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782998 1 0.7219 0.784 0.800 0.200
#> SRR1782999 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.8713 0.657 0.708 0.292
#> SRR1783004 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.1163 0.9624 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782700 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782699 1 0.0892 0.9636 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782701 1 0.0892 0.9628 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782713 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.1031 0.9618 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782716 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782715 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782717 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782718 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.0892 0.9636 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782720 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782721 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782726 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782722 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782723 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.0424 0.9511 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782724 1 0.0892 0.9636 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782728 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782733 1 0.1289 0.9545 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782732 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782735 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782731 1 0.0424 0.9725 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782738 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.1031 0.9591 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782741 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.6309 -0.0517 0.500 0.500 0.000
#> SRR1782747 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782750 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.1163 0.9624 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782760 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782764 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3412 0.8559 0.000 0.124 0.876
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782770 2 0.5926 0.4248 0.000 0.644 0.356
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.6154 0.3375 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782772 3 0.1411 0.9465 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782776 2 0.1163 0.9673 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.5678 0.5690 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782779 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782791 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782792 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0592 0.9693 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782795 1 0.1031 0.9618 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782796 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782798 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782797 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782799 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782804 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782805 3 0.1170 0.9585 0.008 0.016 0.976
#> SRR1782806 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782808 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782812 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782816 1 0.1411 0.9479 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782818 1 0.0424 0.9725 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782819 1 0.1031 0.9618 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.3637 0.8820 0.892 0.084 0.024
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782834 1 0.1267 0.9597 0.972 0.004 0.024
#> SRR1782832 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782835 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782837 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782836 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782838 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782839 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782840 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782833 1 0.1031 0.9618 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782842 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782845 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782844 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782846 2 0.5905 0.4339 0.000 0.648 0.352
#> SRR1782847 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782848 3 0.1170 0.9622 0.016 0.008 0.976
#> SRR1782849 1 0.0424 0.9723 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782850 2 0.1919 0.9455 0.024 0.956 0.020
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.1620 0.9545 0.964 0.012 0.024
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782858 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782859 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782860 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.3193 0.8822 0.004 0.100 0.896
#> SRR1782863 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782864 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 1 0.1267 0.9576 0.972 0.004 0.024
#> SRR1782872 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782874 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782871 3 0.1163 0.9624 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782885 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782886 1 0.0747 0.9668 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782887 2 0.0424 0.9728 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.4002 0.7963 0.840 0.000 0.160
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.1643 0.9501 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782904 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782907 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782912 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782913 3 0.6168 0.3370 0.412 0.000 0.588
#> SRR1782915 3 0.3482 0.8618 0.128 0.000 0.872
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.6448 0.4568 0.636 0.352 0.012
#> SRR1782918 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782919 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.2165 0.9188 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782922 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.4399 0.7765 0.000 0.188 0.812
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782933 3 0.0000 0.9541 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782931 2 0.0424 0.9748 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0237 0.9751 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782940 1 0.6302 0.1073 0.520 0.480 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.1031 0.9602 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.6045 0.4221 0.380 0.000 0.620
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.1031 0.9618 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782955 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782946 3 0.1163 0.9624 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782959 2 0.4342 0.8429 0.120 0.856 0.024
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0424 0.9723 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1753 0.9406 0.952 0.048 0.000
#> SRR1782964 3 0.1170 0.9622 0.016 0.008 0.976
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782966 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782968 3 0.1170 0.9585 0.008 0.016 0.976
#> SRR1782967 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782971 3 0.6309 -0.0292 0.000 0.496 0.504
#> SRR1782972 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0237 0.9749 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.5058 0.6925 0.756 0.244 0.000
#> SRR1782983 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782988 3 0.1031 0.9540 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782989 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.5291 0.6520 0.732 0.268 0.000
#> SRR1782995 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782994 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782996 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782998 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0237 0.9754 0.000 0.996 0.004
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.1031 0.9687 0.000 0.976 0.024
#> SRR1783003 3 0.1031 0.9649 0.024 0.000 0.976
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0592 0.9733 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.2814 0.903 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782686 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.1474 0.945 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782691 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0592 0.948 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782694 2 0.0592 0.926 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782696 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.3764 0.887 0.844 0.040 0.000 0.116
#> SRR1782699 1 0.4669 0.831 0.780 0.052 0.000 0.168
#> SRR1782701 1 0.1557 0.915 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.5100 0.804 0.756 0.076 0.000 0.168
#> SRR1782711 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.1022 0.912 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782712 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782713 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782710 1 0.1824 0.941 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR1782714 4 0.4933 0.337 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1782716 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782715 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.3610 0.723 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782719 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.3172 0.868 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1782721 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782725 4 0.3842 0.796 0.000 0.036 0.128 0.836
#> SRR1782724 1 0.1545 0.947 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1782728 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782730 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.7205 0.316 0.304 0.528 0.000 0.168
#> SRR1782732 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782735 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.2892 0.919 0.896 0.036 0.000 0.068
#> SRR1782734 2 0.1940 0.872 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1782736 1 0.1557 0.944 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782737 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782738 4 0.3688 0.713 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1782739 4 0.4008 0.672 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1782740 1 0.2469 0.865 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782741 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782742 2 0.0469 0.920 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782743 2 0.0469 0.920 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782744 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4244 0.753 0.032 0.800 0.000 0.168
#> SRR1782747 1 0.4746 0.827 0.776 0.056 0.000 0.168
#> SRR1782750 2 0.6102 0.201 0.420 0.532 0.000 0.048
#> SRR1782749 2 0.1211 0.917 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1782751 2 0.2281 0.868 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1782752 1 0.3219 0.879 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1782746 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0817 0.924 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782754 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3172 0.868 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1782757 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0188 0.953 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782761 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782759 1 0.0707 0.952 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782762 4 0.3266 0.864 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782760 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782764 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.1302 0.915 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782765 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0469 0.926 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782767 3 0.3123 0.759 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1782769 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782768 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782770 2 0.0921 0.915 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782774 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782771 2 0.1302 0.903 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1782772 2 0.3610 0.713 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1782773 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782775 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782777 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.2011 0.839 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782778 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.3581 0.808 0.116 0.852 0.000 0.032
#> SRR1782781 4 0.3577 0.866 0.000 0.156 0.012 0.832
#> SRR1782779 4 0.4477 0.367 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1782782 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782783 1 0.3123 0.885 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782785 1 0.1867 0.938 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782786 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.3219 0.879 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1782789 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782791 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.3266 0.864 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782793 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.3172 0.793 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1782795 4 0.3873 0.709 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1782796 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782798 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782797 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782799 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0817 0.951 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782801 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782802 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782803 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.3266 0.864 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782807 1 0.3266 0.876 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1782809 4 0.4040 0.665 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1782810 4 0.1022 0.815 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1782812 4 0.3266 0.864 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782813 2 0.3172 0.789 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1782814 4 0.3937 0.738 0.000 0.012 0.188 0.800
#> SRR1782815 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782816 2 0.6407 0.178 0.424 0.520 0.008 0.048
#> SRR1782818 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.3975 0.695 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1782817 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782820 1 0.1302 0.947 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782822 4 0.3547 0.760 0.144 0.016 0.000 0.840
#> SRR1782821 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.1474 0.893 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1782829 1 0.0921 0.951 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782831 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782834 4 0.3400 0.758 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1782832 4 0.3123 0.869 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1782835 4 0.3172 0.868 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1782837 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782836 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.3356 0.857 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1782833 4 0.4776 0.470 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1782842 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.1584 0.898 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1782845 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.0592 0.917 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0188 0.952 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782850 3 0.7940 0.192 0.044 0.340 0.500 0.116
#> SRR1782851 1 0.1474 0.945 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782852 4 0.3172 0.756 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1782853 2 0.1022 0.921 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782855 1 0.1637 0.942 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1782856 1 0.1211 0.948 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782854 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 4 0.3266 0.864 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782858 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0188 0.923 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782860 1 0.1389 0.946 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782861 1 0.1557 0.944 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782862 3 0.1004 0.944 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1782863 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.1302 0.948 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782865 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.3266 0.876 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1782868 1 0.2474 0.920 0.920 0.008 0.056 0.016
#> SRR1782872 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.2081 0.932 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782875 2 0.1389 0.912 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1782870 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.1792 0.940 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782873 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782878 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.4624 0.519 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1782880 1 0.1474 0.945 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782883 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.1022 0.921 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782884 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0188 0.966 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782886 1 0.1389 0.946 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782887 2 0.0469 0.920 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0817 0.913 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782892 1 0.4356 0.610 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1782890 1 0.1389 0.946 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782891 2 0.0592 0.926 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782893 2 0.0188 0.925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782894 1 0.0336 0.953 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782897 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0188 0.925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782895 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782898 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782900 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782902 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782905 3 0.2149 0.869 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.1576 0.946 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1782906 1 0.1389 0.946 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782908 3 0.2868 0.806 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1782909 2 0.1389 0.895 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1782911 1 0.1022 0.950 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782910 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782913 3 0.4843 0.347 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782915 3 0.3528 0.745 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.3257 0.886 0.844 0.004 0.000 0.152
#> SRR1782918 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.1792 0.878 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1782922 4 0.4605 0.526 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1782921 2 0.0817 0.913 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782923 2 0.0469 0.926 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782925 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782924 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782929 2 0.0921 0.923 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782927 2 0.2973 0.793 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1782928 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782932 2 0.1302 0.915 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782933 4 0.3172 0.760 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1782930 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.3873 0.676 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1782934 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782935 2 0.0921 0.923 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782936 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.1118 0.919 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782939 1 0.3946 0.860 0.812 0.020 0.000 0.168
#> SRR1782940 2 0.2773 0.851 0.028 0.900 0.000 0.072
#> SRR1782941 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.3837 0.684 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.1970 0.940 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR1782947 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.4382 0.595 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1782950 2 0.0336 0.926 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782953 2 0.3610 0.728 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782951 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.2149 0.744 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1782955 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782956 2 0.1637 0.902 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1782957 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.1389 0.923 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782959 4 0.3858 0.846 0.056 0.100 0.000 0.844
#> SRR1782958 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0469 0.948 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782961 2 0.0188 0.925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782962 2 0.6790 0.482 0.228 0.604 0.000 0.168
#> SRR1782964 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3172 0.882 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1782965 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0817 0.924 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782968 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.1389 0.946 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782970 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782971 4 0.3355 0.868 0.000 0.160 0.004 0.836
#> SRR1782972 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0817 0.924 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782974 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0592 0.926 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782977 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.3219 0.879 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1782980 1 0.1489 0.947 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782981 2 0.1474 0.909 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1782982 2 0.1302 0.914 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1782985 2 0.4669 0.730 0.052 0.780 0.000 0.168
#> SRR1782983 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0188 0.925 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782984 1 0.0000 0.953 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.1557 0.906 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1782991 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.3219 0.867 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782992 1 0.2149 0.930 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782993 2 0.6678 0.508 0.208 0.620 0.000 0.172
#> SRR1782995 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3400 0.897 0.872 0.064 0.000 0.064
#> SRR1782997 2 0.1716 0.882 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1783000 2 0.1118 0.904 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1783001 1 0.0469 0.953 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783002 4 0.3266 0.864 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1783003 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0707 0.925 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1783005 2 0.1792 0.903 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1783006 4 0.4994 0.230 0.000 0.480 0.000 0.520
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.4116 0.6643 0.756 0.004 0.000 0.028 0.212
#> SRR1782686 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 5 0.0898 0.8418 0.020 0.000 0.000 0.008 0.972
#> SRR1782688 2 0.0290 0.9209 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 5 0.3193 0.7956 0.132 0.000 0.000 0.028 0.840
#> SRR1782691 3 0.0451 0.9591 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1782689 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0290 0.9209 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.3566 0.7966 0.056 0.000 0.064 0.028 0.852
#> SRR1782694 2 0.0162 0.9216 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0290 0.9209 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.2690 0.8246 0.156 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.3734 0.7288 0.824 0.020 0.000 0.028 0.128
#> SRR1782699 1 0.2390 0.8295 0.896 0.000 0.000 0.020 0.084
#> SRR1782701 5 0.1851 0.7863 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1782702 2 0.0290 0.9209 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0162 0.9216 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.2390 0.8295 0.896 0.000 0.000 0.020 0.084
#> SRR1782711 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.1121 0.9077 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.2450 0.8684 0.076 0.896 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782712 4 0.1341 0.9056 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782713 4 0.0671 0.9014 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782710 5 0.4754 0.5777 0.316 0.004 0.000 0.028 0.652
#> SRR1782714 4 0.3381 0.7093 0.016 0.000 0.000 0.808 0.176
#> SRR1782716 4 0.0794 0.9083 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.1671 0.8675 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.1197 0.9079 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782725 4 0.1485 0.9000 0.000 0.020 0.032 0.948 0.000
#> SRR1782724 5 0.3256 0.8074 0.084 0.024 0.000 0.028 0.864
#> SRR1782728 4 0.1732 0.8923 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782730 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.1845 0.8239 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1782732 4 0.0794 0.9083 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782735 3 0.0404 0.9603 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782731 5 0.4406 0.7107 0.220 0.012 0.000 0.028 0.740
#> SRR1782734 2 0.3106 0.8290 0.132 0.844 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782736 5 0.3283 0.7903 0.140 0.000 0.000 0.028 0.832
#> SRR1782737 3 0.2214 0.8984 0.052 0.004 0.916 0.028 0.000
#> SRR1782738 4 0.1544 0.8716 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1782739 4 0.1671 0.8660 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1782740 5 0.4798 0.3379 0.016 0.000 0.404 0.004 0.576
#> SRR1782741 4 0.0955 0.9072 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782742 2 0.1872 0.8911 0.052 0.928 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782743 2 0.3495 0.7987 0.160 0.812 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782744 2 0.0290 0.9209 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.1787 0.8107 0.940 0.012 0.000 0.016 0.032
#> SRR1782747 1 0.2104 0.8258 0.916 0.000 0.000 0.024 0.060
#> SRR1782750 5 0.7009 0.1694 0.344 0.172 0.000 0.028 0.456
#> SRR1782749 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782751 2 0.0794 0.9142 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782752 1 0.2331 0.8296 0.900 0.000 0.000 0.020 0.080
#> SRR1782746 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782754 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.1043 0.9107 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.1197 0.9079 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782757 2 0.0963 0.9116 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.3002 0.8052 0.116 0.000 0.000 0.028 0.856
#> SRR1782761 4 0.0794 0.9083 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782759 5 0.2511 0.8184 0.080 0.000 0.000 0.028 0.892
#> SRR1782762 4 0.2424 0.8451 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782760 4 0.0794 0.9083 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782767 3 0.3003 0.7327 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782768 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782770 2 0.1638 0.8811 0.004 0.932 0.064 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782771 2 0.1792 0.8645 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782772 2 0.4481 0.3252 0.008 0.576 0.416 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782775 2 0.0451 0.9218 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782777 3 0.0955 0.9476 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.1281 0.8866 0.032 0.000 0.012 0.956 0.000
#> SRR1782778 2 0.1121 0.9057 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.4637 0.7247 0.080 0.780 0.000 0.032 0.108
#> SRR1782781 4 0.4453 0.6991 0.000 0.228 0.048 0.724 0.000
#> SRR1782779 1 0.4450 0.6461 0.736 0.000 0.004 0.216 0.044
#> SRR1782782 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 5 0.3612 0.7651 0.172 0.000 0.000 0.028 0.800
#> SRR1782783 1 0.3074 0.7641 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1782785 1 0.5121 -0.1131 0.500 0.004 0.000 0.028 0.468
#> SRR1782786 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.2505 0.8272 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> SRR1782789 4 0.1270 0.9070 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.1732 0.8923 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 5 0.1121 0.8111 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1782795 4 0.1282 0.8793 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> SRR1782796 4 0.0955 0.9072 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782798 4 0.0794 0.9083 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782797 4 0.0880 0.9087 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782799 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782800 5 0.3650 0.7616 0.176 0.000 0.000 0.028 0.796
#> SRR1782801 2 0.0404 0.9210 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782802 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782803 3 0.0162 0.9626 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4138 0.4695 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782807 1 0.5099 0.5567 0.612 0.000 0.000 0.052 0.336
#> SRR1782809 4 0.1478 0.8733 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1782810 4 0.1043 0.8850 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1782812 4 0.2074 0.8728 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1782813 2 0.1121 0.9042 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782814 4 0.1809 0.8822 0.000 0.012 0.060 0.928 0.000
#> SRR1782815 4 0.1341 0.9057 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782816 5 0.8658 0.0279 0.308 0.168 0.128 0.028 0.368
#> SRR1782818 5 0.0290 0.8451 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782819 4 0.1571 0.8664 0.004 0.000 0.000 0.936 0.060
#> SRR1782817 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 5 0.1251 0.8375 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> SRR1782825 2 0.2139 0.8784 0.052 0.916 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782820 5 0.4822 0.5082 0.352 0.000 0.000 0.032 0.616
#> SRR1782822 4 0.1430 0.8527 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR1782821 5 0.0290 0.8451 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782823 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.3093 0.8137 0.168 0.824 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782829 5 0.5083 0.6498 0.120 0.000 0.000 0.184 0.696
#> SRR1782831 4 0.1043 0.9088 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1782834 4 0.0955 0.8879 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028
#> SRR1782832 4 0.0880 0.9087 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782835 4 0.1270 0.9070 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782837 4 0.1121 0.9086 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.4291 0.2127 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1782833 4 0.3579 0.6270 0.004 0.000 0.000 0.756 0.240
#> SRR1782842 3 0.0162 0.9625 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 2 0.3241 0.8393 0.104 0.856 0.012 0.028 0.000
#> SRR1782845 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.3307 0.8145 0.052 0.844 0.104 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.1074 0.9473 0.016 0.004 0.968 0.000 0.012
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.1281 0.8314 0.012 0.000 0.032 0.000 0.956
#> SRR1782850 2 0.7708 0.3920 0.036 0.552 0.148 0.076 0.188
#> SRR1782851 5 0.4475 0.6422 0.276 0.000 0.000 0.032 0.692
#> SRR1782852 4 0.0566 0.8846 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1782853 2 0.0404 0.9210 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782855 5 0.4754 0.5810 0.316 0.004 0.000 0.028 0.652
#> SRR1782856 5 0.2951 0.8046 0.112 0.000 0.000 0.028 0.860
#> SRR1782854 2 0.1410 0.8982 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 4 0.3452 0.7011 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1782858 3 0.0703 0.9529 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.3687 0.7885 0.180 0.792 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782860 5 0.4360 0.7301 0.184 0.000 0.000 0.064 0.752
#> SRR1782861 5 0.7020 0.2755 0.308 0.000 0.176 0.032 0.484
#> SRR1782862 3 0.1851 0.8824 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1782863 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 5 0.3283 0.7892 0.140 0.000 0.000 0.028 0.832
#> SRR1782865 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.3416 0.8137 0.840 0.000 0.000 0.072 0.088
#> SRR1782868 5 0.4612 0.7390 0.084 0.000 0.108 0.028 0.780
#> SRR1782872 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.4924 0.0772 0.552 0.000 0.000 0.028 0.420
#> SRR1782875 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782870 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 5 0.4965 0.2374 0.452 0.000 0.000 0.028 0.520
#> SRR1782873 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.2230 0.8282 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1782880 5 0.4953 0.2782 0.440 0.000 0.000 0.028 0.532
#> SRR1782883 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.1310 0.9142 0.024 0.956 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.1124 0.9330 0.004 0.036 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782886 5 0.3238 0.7928 0.136 0.000 0.000 0.028 0.836
#> SRR1782887 2 0.4874 0.7487 0.108 0.760 0.104 0.028 0.000
#> SRR1782888 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782889 2 0.3327 0.8139 0.144 0.828 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782892 3 0.4517 0.1198 0.008 0.000 0.556 0.000 0.436
#> SRR1782890 5 0.4323 0.6900 0.240 0.004 0.000 0.028 0.728
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9216 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0324 0.9215 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782894 5 0.2628 0.8158 0.088 0.000 0.000 0.028 0.884
#> SRR1782897 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0162 0.9209 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782898 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782902 5 0.1818 0.8318 0.044 0.000 0.000 0.024 0.932
#> SRR1782903 2 0.0566 0.9207 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782905 3 0.4536 0.7322 0.068 0.004 0.792 0.028 0.108
#> SRR1782904 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782907 5 0.4454 0.6646 0.260 0.004 0.000 0.028 0.708
#> SRR1782906 5 0.3193 0.7949 0.132 0.000 0.000 0.028 0.840
#> SRR1782908 3 0.2338 0.8358 0.004 0.112 0.884 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.3612 0.7818 0.172 0.800 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782911 5 0.3327 0.7869 0.144 0.000 0.000 0.028 0.828
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782913 5 0.5282 0.5716 0.052 0.000 0.232 0.028 0.688
#> SRR1782915 3 0.4276 0.4006 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR1782914 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 1 0.2511 0.7895 0.892 0.000 0.000 0.080 0.028
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0162 0.9630 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.1981 0.8293 0.048 0.000 0.000 0.028 0.924
#> SRR1782917 2 0.1851 0.8631 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.2471 0.8037 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1782921 2 0.3454 0.8019 0.156 0.816 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782923 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782925 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782929 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782927 2 0.3838 0.6076 0.004 0.716 0.280 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782932 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782933 4 0.1121 0.8845 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1851 0.8702 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1782934 2 0.0404 0.9210 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782935 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782937 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782939 1 0.2208 0.8287 0.908 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1782940 2 0.4976 0.2099 0.468 0.504 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782941 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782942 2 0.4641 0.1891 0.012 0.532 0.456 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 5 0.5107 0.2667 0.448 0.004 0.000 0.028 0.520
#> SRR1782947 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0510 0.9189 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 3 0.3366 0.6760 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782950 2 0.0162 0.9209 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.2891 0.7725 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 1 0.3897 0.6665 0.768 0.000 0.000 0.204 0.028
#> SRR1782955 4 0.1270 0.9070 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782956 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.1732 0.8902 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1782959 4 0.0955 0.9072 0.004 0.028 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782958 2 0.0324 0.9215 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782960 5 0.0955 0.8295 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR1782961 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782962 1 0.1787 0.8167 0.936 0.004 0.000 0.016 0.044
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.2771 0.8122 0.860 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR1782965 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0451 0.9595 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782969 5 0.4546 0.6017 0.304 0.000 0.000 0.028 0.668
#> SRR1782970 4 0.2230 0.8615 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1782971 4 0.1557 0.9076 0.000 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0290 0.9218 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782974 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782975 5 0.2208 0.8280 0.072 0.000 0.000 0.020 0.908
#> SRR1782976 2 0.0324 0.9215 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.2390 0.8295 0.896 0.000 0.000 0.020 0.084
#> SRR1782980 5 0.6205 0.4826 0.112 0.000 0.256 0.028 0.604
#> SRR1782981 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782982 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782985 1 0.2541 0.7838 0.900 0.068 0.000 0.012 0.020
#> SRR1782983 3 0.0162 0.9630 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0162 0.9209 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.8460 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1907 0.9105 0.028 0.044 0.928 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0510 0.9200 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.1732 0.8926 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782992 1 0.4301 0.5416 0.712 0.000 0.000 0.028 0.260
#> SRR1782993 1 0.2585 0.8176 0.904 0.024 0.000 0.024 0.048
#> SRR1782995 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0955 0.9476 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0162 0.9640 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.5329 -0.1340 0.488 0.012 0.000 0.028 0.472
#> SRR1782997 2 0.4546 0.5838 0.304 0.668 0.000 0.028 0.000
#> SRR1783000 2 0.2795 0.8525 0.100 0.872 0.000 0.028 0.000
#> SRR1783001 5 0.2260 0.8234 0.064 0.000 0.000 0.028 0.908
#> SRR1783002 4 0.1851 0.8863 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9649 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0162 0.9219 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783005 2 0.2900 0.8347 0.108 0.864 0.000 0.028 0.000
#> SRR1783006 2 0.1851 0.8683 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 6 0.3907 0.0756 0.408 0.000 0.000 0.000 0.004 0.588
#> SRR1782686 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782687 5 0.3337 0.4088 0.260 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR1782688 2 0.1088 0.9070 0.016 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782690 1 0.5498 0.4209 0.488 0.000 0.000 0.000 0.132 0.380
#> SRR1782691 3 0.1138 0.9199 0.024 0.000 0.960 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782689 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782692 2 0.0508 0.9158 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782693 1 0.5488 0.5284 0.556 0.000 0.172 0.000 0.272 0.000
#> SRR1782694 2 0.0622 0.9189 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0790 0.9101 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.4648 0.1613 0.032 0.520 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4045 0.3435 0.564 0.000 0.000 0.000 0.008 0.428
#> SRR1782699 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782701 3 0.4211 0.4486 0.016 0.000 0.616 0.000 0.364 0.004
#> SRR1782702 2 0.1633 0.8890 0.024 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782704 2 0.1518 0.9052 0.024 0.944 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782711 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782706 2 0.2617 0.8448 0.040 0.876 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1782708 2 0.5630 0.2596 0.232 0.540 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1782712 4 0.0508 0.9215 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0547 0.9163 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.5373 0.6440 0.588 0.000 0.000 0.000 0.216 0.196
#> SRR1782714 4 0.2006 0.8567 0.080 0.000 0.000 0.904 0.016 0.000
#> SRR1782716 4 0.0146 0.9217 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0508 0.9286 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782718 4 0.1411 0.8919 0.004 0.000 0.060 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0363 0.9217 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0291 0.9297 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0622 0.9189 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0291 0.9221 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.5528 0.6224 0.568 0.016 0.000 0.000 0.308 0.108
#> SRR1782728 4 0.2165 0.8372 0.008 0.108 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782729 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782732 4 0.0692 0.9184 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.1349 0.9087 0.056 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782731 1 0.5445 0.5475 0.572 0.012 0.000 0.000 0.108 0.308
#> SRR1782734 2 0.2511 0.8534 0.056 0.880 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782736 1 0.5488 0.6371 0.568 0.000 0.000 0.000 0.216 0.216
#> SRR1782737 3 0.4058 0.5174 0.372 0.008 0.616 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782738 4 0.0632 0.9131 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.1007 0.9028 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.5478 0.2412 0.236 0.000 0.568 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782741 4 0.0458 0.9177 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.2053 0.8483 0.108 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782743 1 0.3652 0.3641 0.672 0.324 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782744 2 0.1219 0.8993 0.048 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782745 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782747 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782750 1 0.1480 0.5510 0.940 0.020 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782749 2 0.0603 0.9190 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.1049 0.9116 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782746 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0717 0.9182 0.008 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.0748 0.9259 0.016 0.000 0.976 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782755 2 0.2632 0.8164 0.164 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782756 4 0.0363 0.9217 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.2871 0.7899 0.192 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782758 1 0.3989 0.4491 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR1782761 4 0.0146 0.9217 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.3961 0.4983 0.556 0.000 0.000 0.000 0.440 0.004
#> SRR1782762 4 0.1970 0.8564 0.008 0.092 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0260 0.9221 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0260 0.9300 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0632 0.9177 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0260 0.9299 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0260 0.9193 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3782 0.2894 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0858 0.9060 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.0632 0.9093 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.4300 0.4985 0.036 0.324 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0622 0.9189 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.2442 0.8451 0.144 0.000 0.852 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782776 4 0.0993 0.9123 0.000 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR1782778 2 0.0692 0.9142 0.020 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782780 1 0.4151 0.3478 0.576 0.412 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782781 4 0.5547 0.2882 0.012 0.376 0.100 0.512 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.2772 0.7552 0.000 0.000 0.000 0.180 0.004 0.816
#> SRR1782782 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.4256 0.4593 0.520 0.000 0.000 0.000 0.464 0.016
#> SRR1782783 6 0.0632 0.9259 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782785 1 0.5301 0.5981 0.584 0.000 0.000 0.000 0.148 0.268
#> SRR1782786 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0260 0.9300 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782790 6 0.0291 0.9373 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782789 4 0.0508 0.9215 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.0603 0.9202 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782794 5 0.2178 0.6954 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782795 4 0.1138 0.9087 0.012 0.000 0.000 0.960 0.024 0.004
#> SRR1782796 4 0.0508 0.9180 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782798 4 0.0146 0.9217 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0260 0.9221 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0547 0.9271 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.4561 0.5591 0.568 0.000 0.000 0.000 0.392 0.040
#> SRR1782801 2 0.0547 0.9189 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0547 0.9189 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.1663 0.8527 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.4089 0.0828 0.008 0.524 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1782807 6 0.1225 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> SRR1782809 4 0.1007 0.9007 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0790 0.9095 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782812 4 0.1049 0.9099 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.1082 0.9084 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0790 0.9093 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0622 0.9207 0.008 0.012 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.1109 0.5259 0.964 0.016 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782818 5 0.3189 0.5197 0.236 0.004 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782819 4 0.1196 0.9008 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008 0.000
#> SRR1782817 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782824 5 0.3857 -0.3156 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1782825 2 0.3765 0.2578 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.4659 0.5999 0.612 0.004 0.000 0.000 0.336 0.048
#> SRR1782822 4 0.3690 0.4990 0.308 0.000 0.000 0.684 0.008 0.000
#> SRR1782821 5 0.2003 0.7472 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.1995 0.8848 0.052 0.912 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782829 1 0.5751 0.5360 0.524 0.000 0.000 0.156 0.312 0.008
#> SRR1782831 4 0.0806 0.9207 0.020 0.008 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0790 0.9103 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0260 0.9221 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0363 0.9217 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.0937 0.9077 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.3215 0.6624 0.004 0.240 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.3190 0.6923 0.008 0.000 0.000 0.772 0.220 0.000
#> SRR1782842 3 0.0146 0.9292 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782843 1 0.4212 0.2988 0.560 0.424 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0837 0.9246 0.020 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.4536 0.4708 0.408 0.560 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782847 3 0.2333 0.8622 0.120 0.000 0.872 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782848 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.2822 0.7218 0.124 0.004 0.016 0.000 0.852 0.004
#> SRR1782850 1 0.4940 0.5024 0.756 0.036 0.048 0.108 0.048 0.004
#> SRR1782851 1 0.5428 0.6339 0.568 0.000 0.000 0.000 0.264 0.168
#> SRR1782852 4 0.1204 0.8957 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.4580 0.6062 0.612 0.000 0.000 0.000 0.336 0.052
#> SRR1782856 5 0.4260 -0.3709 0.472 0.000 0.000 0.000 0.512 0.016
#> SRR1782854 2 0.0806 0.9126 0.020 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782857 4 0.2738 0.7503 0.004 0.176 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.2100 0.8706 0.112 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782859 1 0.4135 -0.0970 0.584 0.404 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782860 1 0.5342 0.5903 0.592 0.004 0.000 0.096 0.300 0.008
#> SRR1782861 1 0.4579 0.6211 0.684 0.004 0.020 0.000 0.260 0.032
#> SRR1782862 3 0.2003 0.8351 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0260 0.9300 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4561 0.5627 0.568 0.000 0.000 0.000 0.392 0.040
#> SRR1782865 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782867 6 0.0508 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1782868 1 0.5190 0.5637 0.592 0.000 0.128 0.000 0.280 0.000
#> SRR1782872 3 0.0508 0.9280 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782874 1 0.4858 0.4894 0.588 0.004 0.000 0.000 0.060 0.348
#> SRR1782875 2 0.0692 0.9180 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0291 0.9297 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782871 3 0.0291 0.9297 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782877 1 0.5608 0.6216 0.540 0.000 0.000 0.000 0.200 0.260
#> SRR1782873 2 0.0508 0.9192 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.2300 0.7987 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.5682 0.6209 0.524 0.000 0.000 0.000 0.268 0.208
#> SRR1782883 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0146 0.9301 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.2309 0.8815 0.084 0.888 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0260 0.9300 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.1564 0.8982 0.024 0.040 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4602 0.5703 0.572 0.000 0.000 0.000 0.384 0.044
#> SRR1782887 1 0.3933 0.2761 0.716 0.248 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782889 1 0.3789 0.1910 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.5046 0.2583 0.072 0.000 0.560 0.000 0.364 0.004
#> SRR1782890 1 0.4323 0.5718 0.600 0.004 0.000 0.000 0.376 0.020
#> SRR1782891 2 0.0632 0.9137 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0713 0.9114 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.4184 0.4083 0.500 0.000 0.000 0.000 0.488 0.012
#> SRR1782897 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782896 2 0.0458 0.9151 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.1088 0.9175 0.016 0.960 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.1074 0.9153 0.028 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0622 0.9193 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.3782 -0.1186 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782903 2 0.1584 0.8985 0.064 0.928 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.2261 0.4796 0.884 0.008 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782904 3 0.0777 0.9249 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782907 1 0.5192 0.6213 0.576 0.000 0.000 0.000 0.308 0.116
#> SRR1782906 1 0.4294 0.5178 0.552 0.000 0.000 0.000 0.428 0.020
#> SRR1782908 3 0.1370 0.9134 0.036 0.012 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782909 1 0.5003 0.4557 0.588 0.320 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782911 1 0.4468 0.5442 0.560 0.000 0.000 0.000 0.408 0.032
#> SRR1782910 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0291 0.9297 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782913 1 0.4792 0.4908 0.536 0.000 0.044 0.000 0.416 0.004
#> SRR1782915 5 0.2946 0.6460 0.012 0.000 0.160 0.000 0.824 0.004
#> SRR1782914 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.4933 0.3440 0.536 0.000 0.000 0.056 0.004 0.404
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0508 0.9287 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.3864 -0.3498 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1782917 2 0.2092 0.8150 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.2454 0.7792 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.3482 0.4485 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0725 0.9187 0.012 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0622 0.9193 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0622 0.9193 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0458 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.3725 0.5187 0.008 0.676 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0520 0.9189 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0547 0.9189 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0603 0.9167 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.2278 0.8285 0.004 0.868 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0603 0.9198 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0820 0.9183 0.016 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0603 0.9190 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782939 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782940 1 0.2201 0.5257 0.896 0.028 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782941 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.5650 0.3169 0.168 0.332 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.4193 0.6434 0.748 0.008 0.000 0.000 0.168 0.076
#> SRR1782947 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782948 2 0.2340 0.8109 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782952 3 0.2909 0.7914 0.012 0.000 0.828 0.000 0.156 0.004
#> SRR1782950 2 0.1863 0.8686 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.5087 0.2105 0.080 0.508 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0146 0.8931 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782954 6 0.2738 0.7608 0.000 0.000 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1782955 4 0.0508 0.9215 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0603 0.9190 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0508 0.9287 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.3213 0.7307 0.008 0.000 0.784 0.000 0.204 0.004
#> SRR1782959 4 0.0547 0.9163 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0146 0.9188 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0551 0.8821 0.008 0.000 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR1782961 2 0.0260 0.9193 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782962 6 0.0146 0.9355 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782964 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 6 0.0458 0.9316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782965 3 0.1010 0.9194 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782966 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0820 0.9237 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.4516 0.5535 0.564 0.000 0.000 0.000 0.400 0.036
#> SRR1782970 4 0.1124 0.9072 0.008 0.036 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0508 0.9222 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0146 0.9302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0820 0.9183 0.016 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0858 0.9230 0.028 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782975 1 0.3997 0.4056 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1782976 2 0.0891 0.9158 0.024 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0291 0.8905 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782979 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782980 1 0.4770 0.5421 0.572 0.000 0.040 0.000 0.380 0.008
#> SRR1782981 2 0.0777 0.9167 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0806 0.9171 0.008 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782985 6 0.0291 0.9336 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1782983 3 0.0405 0.9294 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0363 0.9160 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.3370 0.7694 0.212 0.012 0.772 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782990 2 0.0547 0.9189 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0146 0.9301 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.2948 0.7326 0.008 0.188 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.5426 0.5175 0.516 0.000 0.000 0.000 0.128 0.356
#> SRR1782993 6 0.0405 0.9389 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782995 3 0.0692 0.9260 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782994 3 0.2558 0.8350 0.156 0.000 0.840 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782996 3 0.1010 0.9192 0.036 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.5533 0.5342 0.552 0.012 0.000 0.000 0.112 0.324
#> SRR1782997 1 0.5252 0.4668 0.592 0.264 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1783000 2 0.3481 0.7134 0.192 0.776 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1783001 1 0.3955 0.5043 0.560 0.000 0.000 0.000 0.436 0.004
#> SRR1783002 4 0.0547 0.9190 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9300 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0363 0.9195 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.5070 0.4546 0.584 0.316 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1783006 2 0.1398 0.8986 0.008 0.940 0.000 0.052 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.318 0.725 0.833 0.4305 0.512 0.512
#> 3 3 0.326 0.668 0.795 0.4124 0.762 0.575
#> 4 4 0.483 0.639 0.788 0.1325 0.913 0.772
#> 5 5 0.558 0.649 0.754 0.0778 0.892 0.655
#> 6 6 0.623 0.640 0.786 0.0446 0.968 0.860
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.9170 0.36020 0.332 0.668
#> SRR1782686 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.7674 0.78032 0.776 0.224
#> SRR1782688 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.8608 0.77194 0.716 0.284
#> SRR1782691 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0376 0.71945 0.996 0.004
#> SRR1782694 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.9087 0.35939 0.324 0.676
#> SRR1782697 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782700 1 0.9170 0.74184 0.668 0.332
#> SRR1782699 1 0.9522 0.69789 0.628 0.372
#> SRR1782701 1 0.0376 0.71945 0.996 0.004
#> SRR1782702 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782705 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.9522 0.69789 0.628 0.372
#> SRR1782711 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.7453 0.63291 0.212 0.788
#> SRR1782708 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0938 0.86016 0.012 0.988
#> SRR1782713 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782710 1 0.8763 0.76680 0.704 0.296
#> SRR1782714 2 0.9323 0.35833 0.348 0.652
#> SRR1782716 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782715 1 0.9358 0.72429 0.648 0.352
#> SRR1782717 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782718 2 0.9358 0.31995 0.352 0.648
#> SRR1782719 1 0.9522 0.70162 0.628 0.372
#> SRR1782720 2 0.4161 0.82401 0.084 0.916
#> SRR1782721 2 0.9522 0.30768 0.372 0.628
#> SRR1782726 1 0.9044 0.75106 0.680 0.320
#> SRR1782722 1 0.9580 0.68768 0.620 0.380
#> SRR1782723 1 0.7883 0.77340 0.764 0.236
#> SRR1782727 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.9358 0.31995 0.352 0.648
#> SRR1782724 1 0.9993 0.38994 0.516 0.484
#> SRR1782728 2 0.2236 0.85347 0.036 0.964
#> SRR1782730 1 0.3114 0.73999 0.944 0.056
#> SRR1782729 1 0.9129 0.74477 0.672 0.328
#> SRR1782733 1 0.9522 0.69789 0.628 0.372
#> SRR1782732 2 0.1843 0.85614 0.028 0.972
#> SRR1782735 1 0.0376 0.71862 0.996 0.004
#> SRR1782731 1 0.8955 0.75977 0.688 0.312
#> SRR1782734 2 0.1414 0.85770 0.020 0.980
#> SRR1782736 1 0.8763 0.76680 0.704 0.296
#> SRR1782737 1 0.8813 0.76298 0.700 0.300
#> SRR1782738 2 0.9209 0.38442 0.336 0.664
#> SRR1782739 2 0.9209 0.38442 0.336 0.664
#> SRR1782740 1 0.0376 0.71945 0.996 0.004
#> SRR1782741 2 0.8713 0.50360 0.292 0.708
#> SRR1782742 2 0.1414 0.85770 0.020 0.980
#> SRR1782743 2 0.4022 0.81780 0.080 0.920
#> SRR1782744 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782745 1 0.9522 0.69789 0.628 0.372
#> SRR1782747 1 0.9522 0.69789 0.628 0.372
#> SRR1782750 1 0.9393 0.72415 0.644 0.356
#> SRR1782749 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.8713 0.76842 0.708 0.292
#> SRR1782746 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0376 0.71945 0.996 0.004
#> SRR1782748 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782757 2 0.4022 0.81780 0.080 0.920
#> SRR1782758 1 0.7674 0.77975 0.776 0.224
#> SRR1782761 2 0.4939 0.80021 0.108 0.892
#> SRR1782759 1 0.8763 0.76691 0.704 0.296
#> SRR1782762 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.2778 0.84688 0.048 0.952
#> SRR1782764 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782763 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.9286 0.73071 0.656 0.344
#> SRR1782766 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782767 1 0.9881 0.58525 0.564 0.436
#> SRR1782769 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0672 0.86057 0.008 0.992
#> SRR1782770 1 0.9933 0.54764 0.548 0.452
#> SRR1782774 2 0.0672 0.86057 0.008 0.992
#> SRR1782771 1 0.9933 0.54764 0.548 0.452
#> SRR1782772 1 0.9491 0.70658 0.632 0.368
#> SRR1782773 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.2778 0.73743 0.952 0.048
#> SRR1782776 2 0.9988 -0.34264 0.480 0.520
#> SRR1782778 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.9427 0.23368 0.360 0.640
#> SRR1782781 2 0.9393 0.25712 0.356 0.644
#> SRR1782779 1 0.9580 0.68599 0.620 0.380
#> SRR1782782 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.7139 0.77564 0.804 0.196
#> SRR1782783 1 0.8386 0.77469 0.732 0.268
#> SRR1782785 1 0.8763 0.76680 0.704 0.296
#> SRR1782786 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.9286 0.73165 0.656 0.344
#> SRR1782788 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.9358 0.72212 0.648 0.352
#> SRR1782789 2 0.0938 0.86016 0.012 0.988
#> SRR1782791 1 0.0938 0.72232 0.988 0.012
#> SRR1782792 2 0.0938 0.86016 0.012 0.988
#> SRR1782793 1 0.4815 0.73887 0.896 0.104
#> SRR1782794 1 0.0376 0.71931 0.996 0.004
#> SRR1782795 2 0.9286 0.37160 0.344 0.656
#> SRR1782796 2 0.8713 0.50360 0.292 0.708
#> SRR1782798 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782797 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782799 1 0.9286 0.73152 0.656 0.344
#> SRR1782800 1 0.9044 0.75300 0.680 0.320
#> SRR1782801 2 0.0672 0.86057 0.008 0.992
#> SRR1782802 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782803 1 0.9881 0.58525 0.564 0.436
#> SRR1782804 1 0.7883 0.77340 0.764 0.236
#> SRR1782805 1 0.9248 0.73484 0.660 0.340
#> SRR1782806 1 0.7883 0.77340 0.764 0.236
#> SRR1782808 2 0.2043 0.85491 0.032 0.968
#> SRR1782807 1 0.5294 0.74445 0.880 0.120
#> SRR1782809 2 0.9209 0.38442 0.336 0.664
#> SRR1782810 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782812 2 0.0672 0.86104 0.008 0.992
#> SRR1782813 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.9833 -0.02037 0.424 0.576
#> SRR1782815 2 0.2236 0.85347 0.036 0.964
#> SRR1782816 1 0.9393 0.72415 0.644 0.356
#> SRR1782818 1 0.9209 0.74334 0.664 0.336
#> SRR1782819 2 0.9286 0.37160 0.344 0.656
#> SRR1782817 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.8499 0.77374 0.724 0.276
#> SRR1782825 2 0.3733 0.82426 0.072 0.928
#> SRR1782820 1 0.8499 0.77454 0.724 0.276
#> SRR1782822 2 0.7528 0.63218 0.216 0.784
#> SRR1782821 1 0.6438 0.77064 0.836 0.164
#> SRR1782823 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.2423 0.73427 0.960 0.040
#> SRR1782830 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.4431 0.80603 0.092 0.908
#> SRR1782829 1 0.8499 0.77374 0.724 0.276
#> SRR1782831 2 0.5408 0.77838 0.124 0.876
#> SRR1782834 2 0.8555 0.52915 0.280 0.720
#> SRR1782832 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782835 2 0.2603 0.84979 0.044 0.956
#> SRR1782837 2 0.5842 0.75309 0.140 0.860
#> SRR1782836 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782838 1 0.8207 0.77347 0.744 0.256
#> SRR1782839 1 0.8713 0.76528 0.708 0.292
#> SRR1782840 2 0.0672 0.86064 0.008 0.992
#> SRR1782833 2 0.9286 0.37160 0.344 0.656
#> SRR1782842 1 0.9323 0.72724 0.652 0.348
#> SRR1782841 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782843 1 0.9922 0.54586 0.552 0.448
#> SRR1782845 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.9129 0.74477 0.672 0.328
#> SRR1782846 1 0.9983 0.47990 0.524 0.476
#> SRR1782847 1 0.0376 0.71862 0.996 0.004
#> SRR1782848 1 0.9209 0.73772 0.664 0.336
#> SRR1782849 1 0.4690 0.75372 0.900 0.100
#> SRR1782850 1 0.9393 0.71932 0.644 0.356
#> SRR1782851 1 0.8608 0.77175 0.716 0.284
#> SRR1782852 2 0.9795 0.02623 0.416 0.584
#> SRR1782853 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.6343 0.76967 0.840 0.160
#> SRR1782856 1 0.2948 0.73869 0.948 0.052
#> SRR1782854 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0672 0.86064 0.008 0.992
#> SRR1782858 1 0.2043 0.73103 0.968 0.032
#> SRR1782859 1 0.9970 0.50437 0.532 0.468
#> SRR1782860 1 0.9209 0.73997 0.664 0.336
#> SRR1782861 1 0.8016 0.77953 0.756 0.244
#> SRR1782862 1 0.9977 0.49045 0.528 0.472
#> SRR1782863 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782864 1 0.8555 0.76880 0.720 0.280
#> SRR1782866 1 0.8555 0.77304 0.720 0.280
#> SRR1782865 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9358 0.72212 0.648 0.352
#> SRR1782868 1 0.9286 0.73188 0.656 0.344
#> SRR1782872 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.9087 0.74983 0.676 0.324
#> SRR1782875 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.9323 0.72724 0.652 0.348
#> SRR1782871 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.8713 0.76853 0.708 0.292
#> SRR1782873 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782879 2 0.9209 0.38442 0.336 0.664
#> SRR1782880 1 0.8661 0.77025 0.712 0.288
#> SRR1782883 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.8955 0.75702 0.688 0.312
#> SRR1782882 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0672 0.72056 0.992 0.008
#> SRR1782885 1 0.9635 0.67581 0.612 0.388
#> SRR1782886 1 0.8763 0.76691 0.704 0.296
#> SRR1782887 1 0.9795 0.62783 0.584 0.416
#> SRR1782888 1 0.8443 0.77540 0.728 0.272
#> SRR1782889 2 0.4022 0.81780 0.080 0.920
#> SRR1782892 1 0.3431 0.74274 0.936 0.064
#> SRR1782890 1 0.8144 0.78068 0.748 0.252
#> SRR1782891 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.4161 0.81407 0.084 0.916
#> SRR1782894 1 0.8608 0.77194 0.716 0.284
#> SRR1782897 1 0.5842 0.76417 0.860 0.140
#> SRR1782896 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0938 0.72249 0.988 0.012
#> SRR1782899 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.5842 0.76519 0.860 0.140
#> SRR1782903 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.9286 0.73188 0.656 0.344
#> SRR1782904 1 0.9209 0.73880 0.664 0.336
#> SRR1782907 1 0.8763 0.76691 0.704 0.296
#> SRR1782906 1 0.9044 0.75189 0.680 0.320
#> SRR1782908 1 0.9608 0.68248 0.616 0.384
#> SRR1782909 2 0.3733 0.82426 0.072 0.928
#> SRR1782911 1 0.9044 0.75261 0.680 0.320
#> SRR1782910 1 0.9323 0.72787 0.652 0.348
#> SRR1782912 1 0.2236 0.73182 0.964 0.036
#> SRR1782913 1 0.7376 0.78036 0.792 0.208
#> SRR1782915 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.1633 0.72757 0.976 0.024
#> SRR1782916 2 0.7299 0.65015 0.204 0.796
#> SRR1782918 1 0.7528 0.77439 0.784 0.216
#> SRR1782919 1 0.9460 0.71099 0.636 0.364
#> SRR1782920 1 0.3274 0.74196 0.940 0.060
#> SRR1782917 2 0.9944 -0.23915 0.456 0.544
#> SRR1782922 2 0.9393 0.35794 0.356 0.644
#> SRR1782921 2 0.4022 0.81780 0.080 0.920
#> SRR1782923 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.9323 0.72724 0.652 0.348
#> SRR1782926 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782927 1 0.9933 0.54764 0.548 0.452
#> SRR1782928 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0672 0.86057 0.008 0.992
#> SRR1782933 2 0.9209 0.38442 0.336 0.664
#> SRR1782930 1 0.7883 0.77340 0.764 0.236
#> SRR1782931 2 0.1184 0.85791 0.016 0.984
#> SRR1782934 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.5946 0.76532 0.856 0.144
#> SRR1782937 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9358 0.72212 0.648 0.352
#> SRR1782940 1 0.9286 0.73680 0.656 0.344
#> SRR1782941 1 0.7883 0.77851 0.764 0.236
#> SRR1782942 1 0.9427 0.71538 0.640 0.360
#> SRR1782945 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.8955 0.75863 0.688 0.312
#> SRR1782947 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.4431 0.80574 0.092 0.908
#> SRR1782949 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.2236 0.84971 0.036 0.964
#> SRR1782953 2 0.3879 0.82174 0.076 0.924
#> SRR1782951 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.9580 0.68599 0.620 0.380
#> SRR1782955 2 0.2236 0.85347 0.036 0.964
#> SRR1782956 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.9358 0.72455 0.648 0.352
#> SRR1782946 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.2778 0.84768 0.048 0.952
#> SRR1782958 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782962 1 0.9491 0.70390 0.632 0.368
#> SRR1782964 1 0.9286 0.73071 0.656 0.344
#> SRR1782963 1 0.8608 0.77076 0.716 0.284
#> SRR1782965 1 0.0376 0.71862 0.996 0.004
#> SRR1782966 2 0.0672 0.86057 0.008 0.992
#> SRR1782968 1 0.8861 0.75896 0.696 0.304
#> SRR1782967 1 0.9580 0.68866 0.620 0.380
#> SRR1782969 1 0.8443 0.77650 0.728 0.272
#> SRR1782970 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.9815 0.00259 0.420 0.580
#> SRR1782972 1 0.8267 0.77324 0.740 0.260
#> SRR1782973 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.8499 0.77454 0.724 0.276
#> SRR1782976 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.9460 0.70878 0.636 0.364
#> SRR1782980 1 0.3733 0.74562 0.928 0.072
#> SRR1782981 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0376 0.86125 0.004 0.996
#> SRR1782985 2 0.5519 0.76317 0.128 0.872
#> SRR1782983 1 0.9522 0.69956 0.628 0.372
#> SRR1782987 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.71713 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.8386 0.77228 0.732 0.268
#> SRR1782988 1 0.9393 0.71981 0.644 0.356
#> SRR1782990 2 0.1843 0.85479 0.028 0.972
#> SRR1782991 1 0.0672 0.72056 0.992 0.008
#> SRR1782989 2 0.2236 0.85347 0.036 0.964
#> SRR1782992 1 0.8661 0.76986 0.712 0.288
#> SRR1782993 1 0.9522 0.69789 0.628 0.372
#> SRR1782995 1 0.0376 0.71945 0.996 0.004
#> SRR1782994 1 0.0376 0.71862 0.996 0.004
#> SRR1782996 1 0.9286 0.73152 0.656 0.344
#> SRR1782998 1 0.7883 0.77340 0.764 0.236
#> SRR1782999 1 0.8861 0.76225 0.696 0.304
#> SRR1782997 2 0.9552 0.18240 0.376 0.624
#> SRR1783000 2 0.9358 0.26105 0.352 0.648
#> SRR1783001 1 0.6343 0.76967 0.840 0.160
#> SRR1783002 2 0.0938 0.86023 0.012 0.988
#> SRR1783003 1 0.9000 0.75410 0.684 0.316
#> SRR1783004 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.8661 0.47205 0.288 0.712
#> SRR1783006 2 0.0000 0.86156 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.819 0.1564 0.072 0.496 0.432
#> SRR1782686 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782687 3 0.593 0.4970 0.320 0.004 0.676
#> SRR1782688 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782690 3 0.582 0.6396 0.224 0.024 0.752
#> SRR1782691 1 0.493 0.8527 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782689 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782692 2 0.254 0.8643 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782693 1 0.573 0.7992 0.676 0.000 0.324
#> SRR1782694 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782696 3 0.641 0.1486 0.004 0.420 0.576
#> SRR1782697 2 0.263 0.8639 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782695 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782700 3 0.606 0.6886 0.160 0.064 0.776
#> SRR1782699 3 0.539 0.7073 0.108 0.072 0.820
#> SRR1782701 1 0.553 0.8241 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782702 2 0.254 0.8643 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782704 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782703 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782705 1 0.274 0.7577 0.928 0.020 0.052
#> SRR1782709 3 0.539 0.7073 0.108 0.072 0.820
#> SRR1782711 1 0.382 0.8433 0.852 0.000 0.148
#> SRR1782707 1 0.484 0.8544 0.776 0.000 0.224
#> SRR1782706 2 0.663 0.3441 0.008 0.552 0.440
#> SRR1782708 2 0.263 0.8642 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782712 2 0.475 0.8092 0.040 0.844 0.116
#> SRR1782713 2 0.572 0.7647 0.084 0.804 0.112
#> SRR1782710 3 0.556 0.6684 0.192 0.028 0.780
#> SRR1782714 3 0.894 -0.0638 0.124 0.432 0.444
#> SRR1782716 2 0.586 0.7520 0.084 0.796 0.120
#> SRR1782715 3 0.164 0.7264 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782717 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782718 3 0.823 0.0113 0.076 0.412 0.512
#> SRR1782719 3 0.216 0.7265 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782720 2 0.637 0.7290 0.084 0.764 0.152
#> SRR1782721 2 0.907 0.0839 0.136 0.444 0.420
#> SRR1782726 3 0.256 0.7151 0.036 0.028 0.936
#> SRR1782722 3 0.245 0.7236 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782723 3 0.364 0.6466 0.124 0.004 0.872
#> SRR1782727 2 0.254 0.8643 0.000 0.920 0.080
#> SRR1782725 3 0.823 0.0113 0.076 0.412 0.512
#> SRR1782724 3 0.836 0.5586 0.140 0.244 0.616
#> SRR1782728 2 0.517 0.7820 0.076 0.832 0.092
#> SRR1782730 1 0.543 0.7342 0.716 0.000 0.284
#> SRR1782729 3 0.188 0.7207 0.012 0.032 0.956
#> SRR1782733 3 0.539 0.7073 0.108 0.072 0.820
#> SRR1782732 2 0.559 0.7906 0.068 0.808 0.124
#> SRR1782735 1 0.565 0.8132 0.688 0.000 0.312
#> SRR1782731 3 0.541 0.6900 0.164 0.036 0.800
#> SRR1782734 2 0.355 0.8455 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782736 3 0.556 0.6684 0.192 0.028 0.780
#> SRR1782737 3 0.346 0.7092 0.060 0.036 0.904
#> SRR1782738 3 0.840 -0.0721 0.084 0.440 0.476
#> SRR1782739 3 0.840 -0.0721 0.084 0.440 0.476
#> SRR1782740 1 0.565 0.8129 0.688 0.000 0.312
#> SRR1782741 2 0.849 0.2280 0.092 0.496 0.412
#> SRR1782742 2 0.355 0.8455 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782743 2 0.489 0.7689 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782744 2 0.296 0.8594 0.000 0.900 0.100
#> SRR1782745 3 0.539 0.7073 0.108 0.072 0.820
#> SRR1782747 3 0.539 0.7073 0.108 0.072 0.820
#> SRR1782750 3 0.313 0.7336 0.032 0.052 0.916
#> SRR1782749 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782751 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782752 3 0.651 0.6309 0.236 0.044 0.720
#> SRR1782746 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782753 1 0.510 0.8489 0.752 0.000 0.248
#> SRR1782748 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782754 1 0.559 0.8201 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782755 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782756 2 0.586 0.7520 0.084 0.796 0.120
#> SRR1782757 2 0.489 0.7689 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782758 3 0.605 0.4574 0.312 0.008 0.680
#> SRR1782761 2 0.700 0.6692 0.084 0.716 0.200
#> SRR1782759 3 0.546 0.6743 0.184 0.028 0.788
#> SRR1782762 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782760 2 0.550 0.7894 0.048 0.804 0.148
#> SRR1782764 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782763 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782765 3 0.141 0.7244 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782766 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782767 3 0.355 0.7003 0.000 0.132 0.868
#> SRR1782769 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782768 2 0.369 0.8308 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782770 3 0.382 0.6893 0.000 0.148 0.852
#> SRR1782774 2 0.369 0.8308 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782771 3 0.382 0.6893 0.000 0.148 0.852
#> SRR1782772 3 0.207 0.7268 0.000 0.060 0.940
#> SRR1782773 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782775 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782777 1 0.608 0.7040 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782776 3 0.577 0.6216 0.024 0.220 0.756
#> SRR1782778 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782780 3 0.729 0.1846 0.032 0.408 0.560
#> SRR1782781 3 0.782 0.1439 0.056 0.400 0.544
#> SRR1782779 3 0.557 0.7057 0.108 0.080 0.812
#> SRR1782782 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782784 3 0.643 0.3044 0.380 0.008 0.612
#> SRR1782783 3 0.684 0.5559 0.284 0.040 0.676
#> SRR1782785 3 0.556 0.6684 0.192 0.028 0.780
#> SRR1782786 1 0.274 0.7577 0.928 0.020 0.052
#> SRR1782787 3 0.176 0.7242 0.004 0.040 0.956
#> SRR1782788 1 0.435 0.8508 0.816 0.000 0.184
#> SRR1782790 3 0.621 0.6850 0.164 0.068 0.768
#> SRR1782789 2 0.456 0.8153 0.036 0.852 0.112
#> SRR1782791 1 0.652 0.4648 0.508 0.004 0.488
#> SRR1782792 2 0.456 0.8153 0.036 0.852 0.112
#> SRR1782793 1 0.665 0.5808 0.712 0.048 0.240
#> SRR1782794 1 0.465 0.8557 0.792 0.000 0.208
#> SRR1782795 2 0.894 0.0684 0.124 0.440 0.436
#> SRR1782796 2 0.849 0.2280 0.092 0.496 0.412
#> SRR1782798 2 0.565 0.7594 0.084 0.808 0.108
#> SRR1782797 2 0.586 0.7520 0.084 0.796 0.120
#> SRR1782799 3 0.195 0.7264 0.008 0.040 0.952
#> SRR1782800 3 0.579 0.6854 0.168 0.048 0.784
#> SRR1782801 2 0.362 0.8340 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782802 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782803 3 0.355 0.7003 0.000 0.132 0.868
#> SRR1782804 3 0.364 0.6466 0.124 0.004 0.872
#> SRR1782805 3 0.165 0.7234 0.004 0.036 0.960
#> SRR1782806 3 0.364 0.6466 0.124 0.004 0.872
#> SRR1782808 2 0.497 0.7902 0.060 0.840 0.100
#> SRR1782807 1 0.753 0.2749 0.584 0.048 0.368
#> SRR1782809 3 0.840 -0.0721 0.084 0.440 0.476
#> SRR1782810 2 0.586 0.7520 0.084 0.796 0.120
#> SRR1782812 2 0.293 0.8361 0.036 0.924 0.040
#> SRR1782813 2 0.296 0.8616 0.008 0.912 0.080
#> SRR1782814 3 0.791 0.3010 0.072 0.340 0.588
#> SRR1782815 2 0.541 0.7778 0.076 0.820 0.104
#> SRR1782816 3 0.313 0.7336 0.032 0.052 0.916
#> SRR1782818 3 0.554 0.7115 0.132 0.060 0.808
#> SRR1782819 2 0.894 0.0684 0.124 0.440 0.436
#> SRR1782817 1 0.435 0.8508 0.816 0.000 0.184
#> SRR1782824 3 0.568 0.6236 0.236 0.016 0.748
#> SRR1782825 2 0.470 0.7850 0.000 0.788 0.212
#> SRR1782820 3 0.531 0.6420 0.216 0.012 0.772
#> SRR1782822 2 0.773 0.4298 0.056 0.572 0.372
#> SRR1782821 3 0.645 0.0577 0.436 0.004 0.560
#> SRR1782823 1 0.382 0.8433 0.852 0.000 0.148
#> SRR1782826 1 0.497 0.8018 0.764 0.000 0.236
#> SRR1782830 1 0.369 0.8409 0.860 0.000 0.140
#> SRR1782828 2 0.510 0.7440 0.000 0.752 0.248
#> SRR1782829 3 0.555 0.6373 0.224 0.016 0.760
#> SRR1782831 2 0.662 0.6951 0.044 0.708 0.248
#> SRR1782834 2 0.846 0.2651 0.092 0.512 0.396
#> SRR1782832 2 0.586 0.7520 0.084 0.796 0.120
#> SRR1782835 2 0.586 0.7520 0.084 0.796 0.120
#> SRR1782837 2 0.684 0.6631 0.044 0.684 0.272
#> SRR1782836 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782838 3 0.327 0.6660 0.104 0.004 0.892
#> SRR1782839 3 0.309 0.6933 0.072 0.016 0.912
#> SRR1782840 2 0.321 0.8605 0.008 0.900 0.092
#> SRR1782833 2 0.894 0.0684 0.124 0.440 0.436
#> SRR1782842 3 0.153 0.7249 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782841 1 0.369 0.8409 0.860 0.000 0.140
#> SRR1782843 3 0.478 0.6778 0.016 0.164 0.820
#> SRR1782845 1 0.559 0.8201 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782844 3 0.188 0.7207 0.012 0.032 0.956
#> SRR1782846 3 0.424 0.6707 0.000 0.176 0.824
#> SRR1782847 1 0.565 0.8132 0.688 0.000 0.312
#> SRR1782848 3 0.153 0.7233 0.004 0.032 0.964
#> SRR1782849 3 0.630 -0.3370 0.484 0.000 0.516
#> SRR1782850 3 0.217 0.7286 0.008 0.048 0.944
#> SRR1782851 3 0.546 0.6586 0.204 0.020 0.776
#> SRR1782852 3 0.826 0.2906 0.088 0.356 0.556
#> SRR1782853 2 0.271 0.8630 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782855 3 0.644 -0.0285 0.432 0.004 0.564
#> SRR1782856 1 0.565 0.6954 0.688 0.000 0.312
#> SRR1782854 2 0.263 0.8633 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782857 2 0.321 0.8605 0.008 0.900 0.092
#> SRR1782858 1 0.586 0.7738 0.656 0.000 0.344
#> SRR1782859 3 0.424 0.6738 0.000 0.176 0.824
#> SRR1782860 3 0.630 0.6864 0.164 0.072 0.764
#> SRR1782861 3 0.617 0.4861 0.308 0.012 0.680
#> SRR1782862 3 0.486 0.6774 0.020 0.160 0.820
#> SRR1782863 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782864 3 0.321 0.6848 0.084 0.012 0.904
#> SRR1782866 3 0.527 0.6603 0.200 0.016 0.784
#> SRR1782865 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782867 3 0.621 0.6850 0.164 0.068 0.768
#> SRR1782868 3 0.215 0.7280 0.016 0.036 0.948
#> SRR1782872 1 0.559 0.8201 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782874 3 0.604 0.6837 0.172 0.056 0.772
#> SRR1782875 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782870 3 0.212 0.7281 0.012 0.040 0.948
#> SRR1782871 1 0.480 0.8532 0.780 0.000 0.220
#> SRR1782877 3 0.571 0.6581 0.204 0.028 0.768
#> SRR1782873 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782878 1 0.369 0.8409 0.860 0.000 0.140
#> SRR1782879 3 0.840 -0.0721 0.084 0.440 0.476
#> SRR1782880 3 0.558 0.6582 0.204 0.024 0.772
#> SRR1782883 1 0.400 0.8484 0.840 0.000 0.160
#> SRR1782881 3 0.277 0.7103 0.048 0.024 0.928
#> SRR1782882 2 0.280 0.8626 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782884 3 0.631 -0.4757 0.496 0.000 0.504
#> SRR1782885 3 0.263 0.7217 0.000 0.084 0.916
#> SRR1782886 3 0.546 0.6743 0.184 0.028 0.788
#> SRR1782887 3 0.319 0.7121 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782888 3 0.550 0.6439 0.208 0.020 0.772
#> SRR1782889 2 0.489 0.7689 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782892 1 0.629 0.5226 0.536 0.000 0.464
#> SRR1782890 3 0.548 0.5757 0.264 0.004 0.732
#> SRR1782891 2 0.263 0.8629 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782893 2 0.484 0.7717 0.000 0.776 0.224
#> SRR1782894 3 0.582 0.6396 0.224 0.024 0.752
#> SRR1782897 3 0.645 -0.0964 0.436 0.004 0.560
#> SRR1782896 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782895 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782898 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782900 1 0.435 0.8508 0.816 0.000 0.184
#> SRR1782901 1 0.460 0.8390 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782899 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782902 3 0.619 -0.0361 0.420 0.000 0.580
#> SRR1782903 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782905 3 0.243 0.7292 0.024 0.036 0.940
#> SRR1782904 3 0.200 0.7242 0.012 0.036 0.952
#> SRR1782907 3 0.546 0.6743 0.184 0.028 0.788
#> SRR1782906 3 0.600 0.6797 0.176 0.052 0.772
#> SRR1782908 3 0.277 0.7243 0.004 0.080 0.916
#> SRR1782909 2 0.470 0.7850 0.000 0.788 0.212
#> SRR1782911 3 0.589 0.6866 0.168 0.052 0.780
#> SRR1782910 3 0.153 0.7255 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782912 1 0.629 0.5542 0.532 0.000 0.468
#> SRR1782913 3 0.613 0.2882 0.352 0.004 0.644
#> SRR1782915 1 0.484 0.8544 0.776 0.000 0.224
#> SRR1782914 1 0.522 0.7959 0.740 0.000 0.260
#> SRR1782916 2 0.778 0.4233 0.056 0.556 0.388
#> SRR1782918 3 0.388 0.6148 0.152 0.000 0.848
#> SRR1782919 3 0.196 0.7259 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782920 1 0.608 0.6653 0.612 0.000 0.388
#> SRR1782917 3 0.548 0.5536 0.004 0.264 0.732
#> SRR1782922 2 0.929 0.1706 0.164 0.464 0.372
#> SRR1782921 2 0.489 0.7689 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782923 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782925 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782924 3 0.153 0.7249 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782926 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782929 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782927 3 0.382 0.6893 0.000 0.148 0.852
#> SRR1782928 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782932 2 0.362 0.8340 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782933 3 0.840 -0.0755 0.084 0.444 0.472
#> SRR1782930 3 0.364 0.6466 0.124 0.004 0.872
#> SRR1782931 2 0.388 0.8225 0.000 0.848 0.152
#> SRR1782934 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782935 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782936 3 0.646 -0.0590 0.440 0.004 0.556
#> SRR1782937 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782939 3 0.621 0.6850 0.164 0.068 0.768
#> SRR1782940 3 0.536 0.7204 0.116 0.064 0.820
#> SRR1782941 3 0.596 0.5628 0.264 0.016 0.720
#> SRR1782942 3 0.186 0.7266 0.000 0.052 0.948
#> SRR1782945 1 0.546 0.8295 0.712 0.000 0.288
#> SRR1782944 3 0.580 0.6818 0.176 0.044 0.780
#> SRR1782947 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782948 2 0.510 0.7445 0.000 0.752 0.248
#> SRR1782949 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782952 1 0.525 0.8422 0.736 0.000 0.264
#> SRR1782950 2 0.362 0.8442 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782953 2 0.470 0.7847 0.000 0.788 0.212
#> SRR1782951 1 0.312 0.8234 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782954 3 0.549 0.7064 0.104 0.080 0.816
#> SRR1782955 2 0.517 0.7820 0.076 0.832 0.092
#> SRR1782956 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782957 3 0.164 0.7263 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782946 1 0.480 0.8532 0.780 0.000 0.220
#> SRR1782959 2 0.572 0.7637 0.084 0.804 0.112
#> SRR1782958 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782960 1 0.493 0.8527 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782961 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782962 3 0.530 0.7086 0.108 0.068 0.824
#> SRR1782964 3 0.141 0.7244 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782963 3 0.659 0.6207 0.244 0.044 0.712
#> SRR1782965 1 0.565 0.8132 0.688 0.000 0.312
#> SRR1782966 2 0.369 0.8308 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782968 3 0.266 0.7105 0.044 0.024 0.932
#> SRR1782967 3 0.245 0.7238 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782969 3 0.491 0.6558 0.196 0.008 0.796
#> SRR1782970 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782971 3 0.792 0.2906 0.072 0.344 0.584
#> SRR1782972 3 0.319 0.6695 0.100 0.004 0.896
#> SRR1782973 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782974 1 0.493 0.8527 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782975 3 0.598 0.6438 0.228 0.028 0.744
#> SRR1782976 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782977 1 0.445 0.8513 0.808 0.000 0.192
#> SRR1782979 3 0.559 0.7030 0.124 0.068 0.808
#> SRR1782980 1 0.630 0.4985 0.528 0.000 0.472
#> SRR1782981 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782982 2 0.263 0.8636 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782985 2 0.558 0.7191 0.008 0.736 0.256
#> SRR1782983 3 0.226 0.7257 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782987 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782984 1 0.400 0.8484 0.840 0.000 0.160
#> SRR1782986 3 0.321 0.6766 0.092 0.008 0.900
#> SRR1782988 3 0.175 0.7262 0.000 0.048 0.952
#> SRR1782990 2 0.400 0.8224 0.000 0.840 0.160
#> SRR1782991 3 0.631 -0.4757 0.496 0.000 0.504
#> SRR1782989 2 0.541 0.7778 0.076 0.820 0.104
#> SRR1782992 3 0.554 0.6606 0.200 0.024 0.776
#> SRR1782993 3 0.539 0.7073 0.108 0.072 0.820
#> SRR1782995 1 0.553 0.8241 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782994 1 0.565 0.8132 0.688 0.000 0.312
#> SRR1782996 3 0.195 0.7264 0.008 0.040 0.952
#> SRR1782998 3 0.364 0.6466 0.124 0.004 0.872
#> SRR1782999 3 0.547 0.6796 0.176 0.032 0.792
#> SRR1782997 3 0.676 0.3264 0.020 0.360 0.620
#> SRR1783000 3 0.630 0.2515 0.004 0.388 0.608
#> SRR1783001 3 0.648 -0.1046 0.448 0.004 0.548
#> SRR1783002 2 0.329 0.8596 0.008 0.896 0.096
#> SRR1783003 3 0.255 0.7129 0.040 0.024 0.936
#> SRR1783004 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1783005 3 0.759 -0.1230 0.040 0.480 0.480
#> SRR1783006 2 0.245 0.8651 0.000 0.924 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.7837 0.17025 0.040 0.536 0.296 0.128
#> SRR1782686 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782687 3 0.6907 0.51290 0.316 0.008 0.572 0.104
#> SRR1782688 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 3 0.6616 0.63215 0.208 0.020 0.664 0.108
#> SRR1782691 1 0.3649 0.81938 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782689 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782692 2 0.0336 0.84156 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782693 1 0.4795 0.77136 0.696 0.000 0.292 0.012
#> SRR1782694 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 3 0.5524 0.21535 0.004 0.432 0.552 0.012
#> SRR1782697 2 0.0469 0.84039 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782695 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782700 3 0.7002 0.66152 0.144 0.056 0.672 0.128
#> SRR1782699 3 0.6834 0.57934 0.068 0.020 0.572 0.340
#> SRR1782701 1 0.4372 0.79423 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1782702 2 0.0336 0.84156 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782705 1 0.1489 0.71974 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782709 3 0.6834 0.57934 0.068 0.020 0.572 0.340
#> SRR1782711 1 0.2401 0.80984 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1782707 1 0.3528 0.82175 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1782706 2 0.5546 0.31128 0.008 0.620 0.356 0.016
#> SRR1782708 2 0.0376 0.84125 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1782712 2 0.5605 -0.03999 0.008 0.572 0.012 0.408
#> SRR1782713 4 0.5452 0.45845 0.000 0.428 0.016 0.556
#> SRR1782710 3 0.6334 0.65561 0.172 0.016 0.692 0.120
#> SRR1782714 4 0.4997 0.61613 0.024 0.008 0.232 0.736
#> SRR1782716 4 0.5150 0.51597 0.000 0.396 0.008 0.596
#> SRR1782715 3 0.1398 0.71694 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR1782717 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782718 4 0.5313 0.50435 0.000 0.016 0.376 0.608
#> SRR1782719 3 0.1824 0.71769 0.004 0.060 0.936 0.000
#> SRR1782720 4 0.6028 0.54050 0.000 0.364 0.052 0.584
#> SRR1782721 4 0.5636 0.58670 0.072 0.008 0.196 0.724
#> SRR1782726 3 0.1724 0.70525 0.032 0.020 0.948 0.000
#> SRR1782722 3 0.2053 0.71225 0.004 0.072 0.924 0.000
#> SRR1782723 3 0.2647 0.64197 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1782727 2 0.0336 0.84156 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782725 4 0.5313 0.50435 0.000 0.016 0.376 0.608
#> SRR1782724 3 0.8476 0.48561 0.124 0.252 0.524 0.100
#> SRR1782728 4 0.5463 0.33611 0.008 0.484 0.004 0.504
#> SRR1782730 1 0.5346 0.68351 0.732 0.000 0.192 0.076
#> SRR1782729 3 0.1284 0.71257 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR1782733 3 0.6834 0.57934 0.068 0.020 0.572 0.340
#> SRR1782732 2 0.5694 -0.24680 0.008 0.516 0.012 0.464
#> SRR1782735 1 0.4483 0.78347 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1782731 3 0.6379 0.66800 0.152 0.024 0.700 0.124
#> SRR1782734 2 0.1975 0.81178 0.000 0.936 0.048 0.016
#> SRR1782736 3 0.6334 0.65561 0.172 0.016 0.692 0.120
#> SRR1782737 3 0.2816 0.69923 0.064 0.036 0.900 0.000
#> SRR1782738 4 0.4722 0.61166 0.000 0.008 0.300 0.692
#> SRR1782739 4 0.4722 0.61166 0.000 0.008 0.300 0.692
#> SRR1782740 1 0.4483 0.78306 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1782741 4 0.5148 0.66756 0.000 0.056 0.208 0.736
#> SRR1782742 2 0.1975 0.81178 0.000 0.936 0.048 0.016
#> SRR1782743 2 0.3853 0.68725 0.000 0.820 0.160 0.020
#> SRR1782744 2 0.1109 0.83096 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1782745 3 0.6834 0.57934 0.068 0.020 0.572 0.340
#> SRR1782747 3 0.6834 0.57934 0.068 0.020 0.572 0.340
#> SRR1782750 3 0.3268 0.72490 0.028 0.056 0.892 0.024
#> SRR1782749 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.7555 0.53869 0.188 0.012 0.544 0.256
#> SRR1782746 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782753 1 0.3837 0.81550 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.4428 0.78996 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1782755 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.5150 0.51597 0.000 0.396 0.008 0.596
#> SRR1782757 2 0.3853 0.68725 0.000 0.820 0.160 0.020
#> SRR1782758 3 0.6448 0.49759 0.292 0.004 0.616 0.088
#> SRR1782761 4 0.5195 0.59878 0.000 0.276 0.032 0.692
#> SRR1782759 3 0.6457 0.65815 0.164 0.020 0.688 0.128
#> SRR1782762 2 0.0336 0.83742 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.6462 -0.17491 0.008 0.524 0.052 0.416
#> SRR1782764 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.1209 0.71485 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.2760 0.69169 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2216 0.77486 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1782770 3 0.3024 0.68251 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1782774 2 0.2216 0.77486 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1782771 3 0.3024 0.68251 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1782772 3 0.1743 0.71681 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.4889 0.68585 0.636 0.000 0.360 0.004
#> SRR1782776 3 0.5719 0.54944 0.000 0.152 0.716 0.132
#> SRR1782778 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 3 0.7533 0.12808 0.040 0.412 0.472 0.076
#> SRR1782781 3 0.8337 -0.21396 0.020 0.256 0.412 0.312
#> SRR1782779 3 0.6729 0.57291 0.064 0.016 0.564 0.356
#> SRR1782782 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782784 3 0.6833 0.34931 0.368 0.008 0.540 0.084
#> SRR1782783 3 0.7689 0.49587 0.240 0.012 0.528 0.220
#> SRR1782785 3 0.6334 0.65561 0.172 0.016 0.692 0.120
#> SRR1782786 1 0.1576 0.71882 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1782787 3 0.1452 0.71480 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1782788 1 0.2868 0.81917 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782790 3 0.7284 0.57726 0.116 0.020 0.568 0.296
#> SRR1782789 2 0.5760 0.12217 0.008 0.608 0.024 0.360
#> SRR1782791 1 0.5396 0.45745 0.524 0.000 0.464 0.012
#> SRR1782792 2 0.5760 0.12217 0.008 0.608 0.024 0.360
#> SRR1782793 1 0.6286 0.55581 0.660 0.000 0.140 0.200
#> SRR1782794 1 0.3355 0.82345 0.836 0.000 0.160 0.004
#> SRR1782795 4 0.4929 0.62369 0.024 0.008 0.224 0.744
#> SRR1782796 4 0.5148 0.66756 0.000 0.056 0.208 0.736
#> SRR1782798 4 0.5212 0.47784 0.000 0.420 0.008 0.572
#> SRR1782797 4 0.5150 0.51597 0.000 0.396 0.008 0.596
#> SRR1782799 3 0.1584 0.71661 0.012 0.036 0.952 0.000
#> SRR1782800 3 0.6678 0.66797 0.144 0.044 0.692 0.120
#> SRR1782801 2 0.2149 0.77919 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.2760 0.69169 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1782804 3 0.2647 0.64197 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1782805 3 0.1356 0.71436 0.008 0.032 0.960 0.000
#> SRR1782806 3 0.2647 0.64197 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1782808 2 0.5588 -0.28242 0.008 0.508 0.008 0.476
#> SRR1782807 1 0.7416 0.31788 0.496 0.000 0.192 0.312
#> SRR1782809 4 0.4722 0.61166 0.000 0.008 0.300 0.692
#> SRR1782810 4 0.5150 0.51597 0.000 0.396 0.008 0.596
#> SRR1782812 2 0.4123 0.54814 0.008 0.772 0.000 0.220
#> SRR1782813 2 0.1510 0.82423 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1782814 3 0.5937 -0.19434 0.000 0.036 0.492 0.472
#> SRR1782815 4 0.5586 0.36076 0.008 0.472 0.008 0.512
#> SRR1782816 3 0.3268 0.72490 0.028 0.056 0.892 0.024
#> SRR1782818 3 0.6055 0.69914 0.116 0.056 0.744 0.084
#> SRR1782819 4 0.4929 0.62369 0.024 0.008 0.224 0.744
#> SRR1782817 1 0.2868 0.81917 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782824 3 0.6423 0.62355 0.224 0.012 0.664 0.100
#> SRR1782825 2 0.3552 0.72406 0.000 0.848 0.128 0.024
#> SRR1782820 3 0.6118 0.64498 0.196 0.008 0.692 0.104
#> SRR1782822 2 0.8265 -0.20318 0.016 0.412 0.264 0.308
#> SRR1782821 3 0.6539 0.14858 0.428 0.004 0.504 0.064
#> SRR1782823 1 0.2334 0.80831 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1782826 1 0.4776 0.73956 0.776 0.000 0.164 0.060
#> SRR1782830 1 0.2266 0.80731 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1782828 2 0.4012 0.65319 0.000 0.800 0.184 0.016
#> SRR1782829 3 0.6325 0.63510 0.212 0.012 0.676 0.100
#> SRR1782831 2 0.7513 -0.08608 0.008 0.500 0.156 0.336
#> SRR1782834 4 0.5486 0.67361 0.004 0.076 0.188 0.732
#> SRR1782832 4 0.5150 0.51597 0.000 0.396 0.008 0.596
#> SRR1782835 4 0.5150 0.51597 0.000 0.396 0.008 0.596
#> SRR1782837 2 0.7658 -0.09893 0.008 0.484 0.176 0.332
#> SRR1782836 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782838 3 0.2345 0.66276 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1782839 3 0.2255 0.68785 0.068 0.012 0.920 0.000
#> SRR1782840 2 0.2494 0.79712 0.000 0.916 0.036 0.048
#> SRR1782833 4 0.4929 0.62369 0.024 0.008 0.224 0.744
#> SRR1782842 3 0.1305 0.71520 0.004 0.036 0.960 0.000
#> SRR1782841 1 0.2266 0.80731 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1782843 3 0.4441 0.65665 0.012 0.172 0.796 0.020
#> SRR1782845 1 0.4428 0.78996 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1782844 3 0.1284 0.71257 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR1782846 3 0.3721 0.65875 0.004 0.176 0.816 0.004
#> SRR1782847 1 0.4483 0.78347 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1782848 3 0.1256 0.71474 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR1782849 1 0.5696 0.29875 0.492 0.000 0.484 0.024
#> SRR1782850 3 0.1767 0.71939 0.012 0.044 0.944 0.000
#> SRR1782851 3 0.6505 0.64885 0.184 0.020 0.680 0.116
#> SRR1782852 4 0.8150 0.16373 0.036 0.144 0.408 0.412
#> SRR1782853 2 0.0592 0.83845 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1782855 3 0.6289 0.05605 0.432 0.004 0.516 0.048
#> SRR1782856 1 0.5740 0.64796 0.700 0.000 0.208 0.092
#> SRR1782854 2 0.0469 0.84006 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782857 2 0.2494 0.79712 0.000 0.916 0.036 0.048
#> SRR1782858 1 0.4677 0.74796 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1782859 3 0.3990 0.66102 0.004 0.176 0.808 0.012
#> SRR1782860 3 0.7063 0.66183 0.152 0.060 0.668 0.120
#> SRR1782861 3 0.6207 0.50662 0.316 0.008 0.620 0.056
#> SRR1782862 3 0.4773 0.63932 0.000 0.120 0.788 0.092
#> SRR1782863 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782864 3 0.2342 0.67944 0.080 0.008 0.912 0.000
#> SRR1782866 3 0.6129 0.65782 0.168 0.012 0.704 0.116
#> SRR1782865 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782867 3 0.7302 0.57276 0.116 0.020 0.564 0.300
#> SRR1782868 3 0.1820 0.71946 0.020 0.036 0.944 0.000
#> SRR1782872 1 0.4428 0.78996 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1782874 3 0.6942 0.66098 0.152 0.048 0.672 0.128
#> SRR1782875 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.1706 0.71923 0.016 0.036 0.948 0.000
#> SRR1782871 1 0.3486 0.81940 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1782877 3 0.6556 0.64648 0.184 0.020 0.676 0.120
#> SRR1782873 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.2266 0.80731 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1782879 4 0.4746 0.60688 0.000 0.008 0.304 0.688
#> SRR1782880 3 0.6505 0.64722 0.184 0.020 0.680 0.116
#> SRR1782883 1 0.2654 0.81521 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1782881 3 0.1888 0.70130 0.044 0.016 0.940 0.000
#> SRR1782882 2 0.1042 0.83396 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1782884 1 0.4996 0.46068 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1782885 3 0.2197 0.71070 0.004 0.080 0.916 0.000
#> SRR1782886 3 0.6457 0.65815 0.164 0.020 0.688 0.128
#> SRR1782887 3 0.2654 0.70248 0.004 0.108 0.888 0.000
#> SRR1782888 3 0.6426 0.64106 0.188 0.012 0.676 0.124
#> SRR1782889 2 0.3853 0.68725 0.000 0.820 0.160 0.020
#> SRR1782892 1 0.5628 0.52417 0.556 0.000 0.420 0.024
#> SRR1782890 3 0.6117 0.60051 0.240 0.004 0.668 0.088
#> SRR1782891 2 0.0336 0.84097 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782893 2 0.3695 0.69679 0.000 0.828 0.156 0.016
#> SRR1782894 3 0.6616 0.63215 0.208 0.020 0.664 0.108
#> SRR1782897 3 0.6529 -0.00403 0.420 0.004 0.512 0.064
#> SRR1782896 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.3052 0.81988 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1782901 1 0.4336 0.78426 0.812 0.000 0.128 0.060
#> SRR1782899 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.6332 0.06136 0.404 0.000 0.532 0.064
#> SRR1782903 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.2032 0.72113 0.028 0.036 0.936 0.000
#> SRR1782904 3 0.1610 0.71414 0.016 0.032 0.952 0.000
#> SRR1782907 3 0.6457 0.65815 0.164 0.020 0.688 0.128
#> SRR1782906 3 0.6954 0.65543 0.156 0.044 0.668 0.132
#> SRR1782908 3 0.2271 0.71388 0.008 0.076 0.916 0.000
#> SRR1782909 2 0.3552 0.72406 0.000 0.848 0.128 0.024
#> SRR1782911 3 0.6871 0.66253 0.144 0.044 0.676 0.136
#> SRR1782910 3 0.1305 0.71595 0.004 0.036 0.960 0.000
#> SRR1782912 1 0.4955 0.55479 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1782913 3 0.5578 0.33099 0.348 0.004 0.624 0.024
#> SRR1782915 1 0.3569 0.82110 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782914 1 0.5141 0.74582 0.756 0.000 0.160 0.084
#> SRR1782916 2 0.8209 -0.00420 0.028 0.484 0.264 0.224
#> SRR1782918 3 0.3024 0.61512 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1782919 3 0.1661 0.71596 0.004 0.052 0.944 0.000
#> SRR1782920 1 0.5007 0.65351 0.636 0.000 0.356 0.008
#> SRR1782917 3 0.4401 0.51909 0.004 0.272 0.724 0.000
#> SRR1782922 4 0.1833 0.55584 0.032 0.000 0.024 0.944
#> SRR1782921 2 0.3853 0.68725 0.000 0.820 0.160 0.020
#> SRR1782923 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.1305 0.71520 0.004 0.036 0.960 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.3024 0.68251 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2149 0.77919 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1782933 4 0.4697 0.61497 0.000 0.008 0.296 0.696
#> SRR1782930 3 0.2647 0.64197 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1782931 2 0.2593 0.75921 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1782934 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 3 0.6544 0.03735 0.432 0.004 0.500 0.064
#> SRR1782937 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 3 0.7302 0.57276 0.116 0.020 0.564 0.300
#> SRR1782940 3 0.5878 0.70204 0.112 0.060 0.756 0.072
#> SRR1782941 3 0.6677 0.56657 0.240 0.008 0.632 0.120
#> SRR1782942 3 0.1576 0.71689 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1782945 1 0.4422 0.80071 0.736 0.000 0.256 0.008
#> SRR1782944 3 0.6737 0.66134 0.160 0.036 0.680 0.124
#> SRR1782947 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782948 2 0.4012 0.65301 0.000 0.800 0.184 0.016
#> SRR1782949 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782952 1 0.4122 0.81039 0.760 0.000 0.236 0.004
#> SRR1782950 2 0.1637 0.80825 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782953 2 0.3803 0.71508 0.000 0.836 0.132 0.032
#> SRR1782951 1 0.1302 0.78755 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782954 3 0.6715 0.57494 0.064 0.016 0.568 0.352
#> SRR1782955 4 0.5461 0.34698 0.008 0.480 0.004 0.508
#> SRR1782956 2 0.0336 0.83742 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.1398 0.71659 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR1782946 1 0.3486 0.81940 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1782959 4 0.5466 0.44635 0.000 0.436 0.016 0.548
#> SRR1782958 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.3649 0.81938 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.6734 0.58188 0.068 0.016 0.576 0.340
#> SRR1782964 3 0.1209 0.71485 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR1782963 3 0.7563 0.53737 0.192 0.012 0.544 0.252
#> SRR1782965 1 0.4483 0.78347 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1782966 2 0.2216 0.77486 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1782968 3 0.2002 0.70137 0.044 0.020 0.936 0.000
#> SRR1782967 3 0.2053 0.71349 0.004 0.072 0.924 0.000
#> SRR1782969 3 0.5982 0.65601 0.176 0.008 0.708 0.108
#> SRR1782970 2 0.0336 0.83742 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782971 3 0.5938 -0.20553 0.000 0.036 0.488 0.476
#> SRR1782972 3 0.2281 0.66660 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.3649 0.81938 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782975 3 0.6752 0.62849 0.204 0.012 0.644 0.140
#> SRR1782976 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.3074 0.82090 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782979 3 0.6853 0.57728 0.076 0.016 0.568 0.340
#> SRR1782980 1 0.5643 0.50192 0.548 0.000 0.428 0.024
#> SRR1782981 2 0.0336 0.83742 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0336 0.84053 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782985 2 0.4757 0.64575 0.012 0.796 0.144 0.048
#> SRR1782983 3 0.1902 0.71531 0.004 0.064 0.932 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.2469 0.81540 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782986 3 0.2334 0.67313 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1782988 3 0.1489 0.71693 0.004 0.044 0.952 0.000
#> SRR1782990 2 0.2530 0.75907 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1782991 1 0.4996 0.46068 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1782989 4 0.5586 0.36076 0.008 0.472 0.008 0.512
#> SRR1782992 3 0.6467 0.65052 0.180 0.020 0.684 0.116
#> SRR1782993 3 0.6834 0.57934 0.068 0.020 0.572 0.340
#> SRR1782995 1 0.4372 0.79423 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1782994 1 0.4483 0.78347 0.712 0.000 0.284 0.004
#> SRR1782996 3 0.1584 0.71661 0.012 0.036 0.952 0.000
#> SRR1782998 3 0.2647 0.64197 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1782999 3 0.6472 0.66156 0.156 0.024 0.692 0.128
#> SRR1782997 3 0.6179 0.33044 0.012 0.372 0.580 0.036
#> SRR1783000 3 0.5334 0.28989 0.004 0.400 0.588 0.008
#> SRR1783001 3 0.5763 -0.03250 0.460 0.004 0.516 0.020
#> SRR1783002 2 0.2586 0.79497 0.000 0.912 0.040 0.048
#> SRR1783003 3 0.1706 0.70351 0.036 0.016 0.948 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.84321 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.7362 0.10175 0.044 0.496 0.400 0.060
#> SRR1783006 2 0.0336 0.83742 0.008 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 2 0.6690 0.2169 0.308 0.524 0.140 0.028 0.000
#> SRR1782686 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782687 1 0.6478 0.7208 0.520 0.004 0.264 0.000 0.212
#> SRR1782688 2 0.0324 0.8400 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782690 1 0.5978 0.7832 0.572 0.012 0.320 0.000 0.096
#> SRR1782691 5 0.3160 0.7655 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR1782689 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782692 2 0.0451 0.8391 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.4749 0.7356 0.040 0.000 0.252 0.008 0.700
#> SRR1782694 2 0.0324 0.8400 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782696 3 0.6204 0.1911 0.068 0.420 0.484 0.028 0.000
#> SRR1782697 2 0.0613 0.8383 0.004 0.984 0.008 0.004 0.000
#> SRR1782695 3 0.2102 0.7547 0.012 0.000 0.916 0.004 0.068
#> SRR1782700 1 0.6488 0.7557 0.552 0.048 0.340 0.016 0.044
#> SRR1782699 1 0.6414 0.6784 0.560 0.012 0.248 0.180 0.000
#> SRR1782701 5 0.4181 0.7490 0.016 0.000 0.240 0.008 0.736
#> SRR1782702 2 0.0451 0.8391 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0324 0.8400 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782703 3 0.2206 0.7523 0.016 0.000 0.912 0.004 0.068
#> SRR1782705 5 0.2850 0.6785 0.092 0.000 0.000 0.036 0.872
#> SRR1782709 1 0.6414 0.6784 0.560 0.012 0.248 0.180 0.000
#> SRR1782711 5 0.2634 0.7390 0.024 0.000 0.056 0.020 0.900
#> SRR1782707 5 0.3010 0.7673 0.004 0.000 0.172 0.000 0.824
#> SRR1782706 2 0.6112 0.3565 0.096 0.604 0.272 0.028 0.000
#> SRR1782708 2 0.0566 0.8391 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782712 2 0.4604 -0.0447 0.012 0.560 0.000 0.428 0.000
#> SRR1782713 4 0.4219 0.4484 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1782710 1 0.5847 0.7820 0.584 0.012 0.336 0.008 0.060
#> SRR1782714 4 0.4866 0.5813 0.148 0.000 0.116 0.732 0.004
#> SRR1782716 4 0.4138 0.5084 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782715 3 0.1202 0.8008 0.004 0.032 0.960 0.004 0.000
#> SRR1782717 3 0.2206 0.7523 0.016 0.000 0.912 0.004 0.068
#> SRR1782718 4 0.4669 0.4766 0.012 0.008 0.352 0.628 0.000
#> SRR1782719 3 0.1670 0.7952 0.012 0.052 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.4822 0.5348 0.000 0.352 0.032 0.616 0.000
#> SRR1782721 4 0.6954 0.4643 0.240 0.000 0.168 0.544 0.048
#> SRR1782726 3 0.1518 0.7943 0.012 0.016 0.952 0.000 0.020
#> SRR1782722 3 0.1731 0.7926 0.004 0.060 0.932 0.004 0.000
#> SRR1782723 3 0.2568 0.7287 0.016 0.000 0.888 0.004 0.092
#> SRR1782727 2 0.0451 0.8391 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.4669 0.4766 0.012 0.008 0.352 0.628 0.000
#> SRR1782724 1 0.7537 0.4672 0.432 0.244 0.284 0.008 0.032
#> SRR1782728 4 0.4904 0.3257 0.024 0.472 0.000 0.504 0.000
#> SRR1782730 5 0.5483 0.5428 0.204 0.000 0.108 0.012 0.676
#> SRR1782729 3 0.1012 0.7984 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1782733 1 0.6414 0.6784 0.560 0.012 0.248 0.180 0.000
#> SRR1782732 2 0.4658 -0.2445 0.012 0.504 0.000 0.484 0.000
#> SRR1782735 5 0.4405 0.7378 0.020 0.000 0.260 0.008 0.712
#> SRR1782731 1 0.6105 0.7694 0.568 0.020 0.348 0.020 0.044
#> SRR1782734 2 0.2027 0.8100 0.008 0.928 0.040 0.024 0.000
#> SRR1782736 1 0.5847 0.7820 0.584 0.012 0.336 0.008 0.060
#> SRR1782737 3 0.3361 0.7752 0.032 0.024 0.872 0.012 0.060
#> SRR1782738 4 0.4181 0.5830 0.020 0.000 0.268 0.712 0.000
#> SRR1782739 4 0.4114 0.5803 0.016 0.000 0.272 0.712 0.000
#> SRR1782740 5 0.4354 0.7416 0.020 0.000 0.252 0.008 0.720
#> SRR1782741 4 0.4959 0.6384 0.072 0.048 0.120 0.760 0.000
#> SRR1782742 2 0.2027 0.8100 0.008 0.928 0.040 0.024 0.000
#> SRR1782743 2 0.3870 0.7022 0.024 0.816 0.132 0.028 0.000
#> SRR1782744 2 0.0992 0.8314 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1782745 1 0.6414 0.6784 0.560 0.012 0.248 0.180 0.000
#> SRR1782747 1 0.6414 0.6784 0.560 0.012 0.248 0.180 0.000
#> SRR1782750 3 0.4124 0.6400 0.136 0.040 0.804 0.016 0.004
#> SRR1782749 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.6924 0.7250 0.584 0.008 0.236 0.096 0.076
#> SRR1782746 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782753 5 0.3719 0.7615 0.012 0.000 0.208 0.004 0.776
#> SRR1782748 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.4209 0.7477 0.016 0.000 0.244 0.008 0.732
#> SRR1782755 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4138 0.5084 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782757 2 0.3870 0.7022 0.024 0.816 0.132 0.028 0.000
#> SRR1782758 1 0.6897 0.6176 0.452 0.004 0.332 0.008 0.204
#> SRR1782761 4 0.4015 0.5962 0.004 0.264 0.008 0.724 0.000
#> SRR1782759 1 0.5938 0.7765 0.580 0.016 0.340 0.012 0.052
#> SRR1782762 2 0.0451 0.8350 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782760 2 0.5627 -0.1803 0.032 0.508 0.024 0.436 0.000
#> SRR1782764 3 0.2206 0.7523 0.016 0.000 0.912 0.004 0.068
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0865 0.7986 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.2907 0.7430 0.012 0.116 0.864 0.008 0.000
#> SRR1782769 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782768 2 0.1908 0.7756 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.3035 0.7223 0.008 0.136 0.848 0.008 0.000
#> SRR1782774 2 0.1908 0.7756 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3035 0.7223 0.008 0.136 0.848 0.008 0.000
#> SRR1782772 3 0.2193 0.7873 0.028 0.044 0.920 0.008 0.000
#> SRR1782773 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782775 2 0.0324 0.8400 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782777 5 0.5355 0.6778 0.064 0.000 0.292 0.008 0.636
#> SRR1782776 3 0.6069 0.5247 0.044 0.140 0.660 0.156 0.000
#> SRR1782778 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782780 2 0.7742 -0.0251 0.192 0.396 0.336 0.076 0.000
#> SRR1782781 3 0.8518 -0.2929 0.184 0.240 0.288 0.288 0.000
#> SRR1782779 1 0.6471 0.6756 0.540 0.008 0.248 0.204 0.000
#> SRR1782782 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782784 1 0.6965 0.5110 0.428 0.004 0.272 0.004 0.292
#> SRR1782783 1 0.7221 0.7180 0.556 0.008 0.236 0.080 0.120
#> SRR1782785 1 0.5847 0.7820 0.584 0.012 0.336 0.008 0.060
#> SRR1782786 5 0.2905 0.6768 0.096 0.000 0.000 0.036 0.868
#> SRR1782787 3 0.1393 0.7985 0.012 0.024 0.956 0.008 0.000
#> SRR1782788 5 0.3166 0.7585 0.016 0.000 0.104 0.020 0.860
#> SRR1782790 1 0.6632 0.7171 0.596 0.012 0.248 0.108 0.036
#> SRR1782789 2 0.4852 0.1146 0.016 0.596 0.008 0.380 0.000
#> SRR1782791 5 0.5479 0.4325 0.044 0.000 0.444 0.008 0.504
#> SRR1782792 2 0.4852 0.1146 0.016 0.596 0.008 0.380 0.000
#> SRR1782793 5 0.5819 0.3770 0.360 0.000 0.008 0.080 0.552
#> SRR1782794 5 0.2920 0.7665 0.016 0.000 0.132 0.000 0.852
#> SRR1782795 4 0.4700 0.5873 0.132 0.000 0.116 0.748 0.004
#> SRR1782796 4 0.4959 0.6384 0.072 0.048 0.120 0.760 0.000
#> SRR1782798 4 0.4201 0.4696 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1782797 4 0.4138 0.5084 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782799 3 0.2138 0.7948 0.032 0.024 0.928 0.012 0.004
#> SRR1782800 1 0.6351 0.7397 0.532 0.036 0.372 0.012 0.048
#> SRR1782801 2 0.1851 0.7799 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782803 3 0.2907 0.7430 0.012 0.116 0.864 0.008 0.000
#> SRR1782804 3 0.2568 0.7287 0.016 0.000 0.888 0.004 0.092
#> SRR1782805 3 0.0703 0.7995 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.2568 0.7287 0.016 0.000 0.888 0.004 0.092
#> SRR1782808 2 0.4906 -0.2690 0.024 0.496 0.000 0.480 0.000
#> SRR1782807 1 0.6538 -0.0859 0.444 0.000 0.008 0.152 0.396
#> SRR1782809 4 0.4181 0.5830 0.020 0.000 0.268 0.712 0.000
#> SRR1782810 4 0.4138 0.5084 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782812 2 0.3720 0.5395 0.012 0.760 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782813 2 0.1281 0.8251 0.000 0.956 0.012 0.032 0.000
#> SRR1782814 4 0.5256 0.1993 0.012 0.024 0.472 0.492 0.000
#> SRR1782815 4 0.4897 0.3480 0.024 0.460 0.000 0.516 0.000
#> SRR1782816 3 0.4124 0.6400 0.136 0.040 0.804 0.016 0.004
#> SRR1782818 3 0.6537 -0.4210 0.388 0.048 0.508 0.016 0.040
#> SRR1782819 4 0.4785 0.5863 0.140 0.000 0.116 0.740 0.004
#> SRR1782817 5 0.3166 0.7585 0.016 0.000 0.104 0.020 0.860
#> SRR1782824 1 0.6445 0.7638 0.536 0.008 0.332 0.012 0.112
#> SRR1782825 2 0.3594 0.7370 0.028 0.844 0.096 0.032 0.000
#> SRR1782820 1 0.5966 0.7470 0.536 0.004 0.368 0.004 0.088
#> SRR1782822 2 0.8124 -0.1858 0.176 0.392 0.140 0.292 0.000
#> SRR1782821 1 0.6893 0.3003 0.368 0.000 0.264 0.004 0.364
#> SRR1782823 5 0.2564 0.7378 0.024 0.000 0.052 0.020 0.904
#> SRR1782826 5 0.5321 0.6110 0.152 0.000 0.116 0.020 0.712
#> SRR1782830 5 0.2597 0.7306 0.036 0.000 0.040 0.020 0.904
#> SRR1782828 2 0.4037 0.6744 0.020 0.796 0.156 0.028 0.000
#> SRR1782829 1 0.6323 0.7691 0.548 0.008 0.332 0.012 0.100
#> SRR1782831 2 0.6999 -0.0692 0.072 0.488 0.092 0.348 0.000
#> SRR1782834 4 0.5262 0.6414 0.088 0.068 0.100 0.744 0.000
#> SRR1782832 4 0.4138 0.5084 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782835 4 0.4138 0.5084 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782837 2 0.7238 -0.0832 0.080 0.468 0.108 0.344 0.000
#> SRR1782836 3 0.2206 0.7523 0.016 0.000 0.912 0.004 0.068
#> SRR1782838 3 0.2270 0.7487 0.016 0.000 0.908 0.004 0.072
#> SRR1782839 3 0.2156 0.7753 0.012 0.012 0.924 0.004 0.048
#> SRR1782840 2 0.2472 0.7972 0.020 0.908 0.020 0.052 0.000
#> SRR1782833 4 0.4785 0.5863 0.140 0.000 0.116 0.740 0.004
#> SRR1782842 3 0.1690 0.7946 0.024 0.024 0.944 0.008 0.000
#> SRR1782841 5 0.2597 0.7306 0.036 0.000 0.040 0.020 0.904
#> SRR1782843 3 0.5108 0.5814 0.092 0.160 0.728 0.020 0.000
#> SRR1782845 5 0.4209 0.7477 0.016 0.000 0.244 0.008 0.732
#> SRR1782844 3 0.1012 0.7984 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1782846 3 0.4287 0.6372 0.032 0.164 0.780 0.024 0.000
#> SRR1782847 5 0.4405 0.7378 0.020 0.000 0.260 0.008 0.712
#> SRR1782848 3 0.1059 0.7986 0.004 0.020 0.968 0.000 0.008
#> SRR1782849 5 0.6736 0.3435 0.196 0.000 0.344 0.008 0.452
#> SRR1782850 3 0.2417 0.7833 0.040 0.032 0.912 0.016 0.000
#> SRR1782851 1 0.5704 0.7863 0.592 0.012 0.324 0.000 0.072
#> SRR1782852 4 0.8149 0.2138 0.284 0.132 0.196 0.388 0.000
#> SRR1782853 2 0.0510 0.8374 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.7049 -0.1599 0.316 0.000 0.316 0.008 0.360
#> SRR1782856 5 0.5763 0.4930 0.232 0.000 0.116 0.012 0.640
#> SRR1782854 2 0.0404 0.8386 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.2472 0.7972 0.020 0.908 0.020 0.052 0.000
#> SRR1782858 5 0.4610 0.7049 0.020 0.000 0.296 0.008 0.676
#> SRR1782859 3 0.4650 0.6196 0.052 0.164 0.760 0.024 0.000
#> SRR1782860 1 0.6784 0.7407 0.532 0.052 0.344 0.024 0.048
#> SRR1782861 1 0.7109 0.6040 0.404 0.004 0.356 0.012 0.224
#> SRR1782862 3 0.5340 0.6219 0.048 0.104 0.732 0.116 0.000
#> SRR1782863 3 0.2206 0.7523 0.016 0.000 0.912 0.004 0.068
#> SRR1782864 3 0.2255 0.7661 0.012 0.008 0.916 0.004 0.060
#> SRR1782866 1 0.5939 0.7572 0.552 0.008 0.364 0.008 0.068
#> SRR1782865 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782867 1 0.6831 0.7065 0.576 0.012 0.248 0.128 0.036
#> SRR1782868 3 0.2264 0.7843 0.044 0.024 0.920 0.008 0.004
#> SRR1782872 5 0.4209 0.7477 0.016 0.000 0.244 0.008 0.732
#> SRR1782874 1 0.6398 0.7681 0.564 0.040 0.332 0.016 0.048
#> SRR1782875 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.2217 0.7840 0.044 0.024 0.920 0.012 0.000
#> SRR1782871 5 0.2773 0.7673 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782877 1 0.5853 0.7873 0.588 0.012 0.324 0.004 0.072
#> SRR1782873 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.2597 0.7306 0.036 0.000 0.040 0.020 0.904
#> SRR1782879 4 0.4138 0.5764 0.016 0.000 0.276 0.708 0.000
#> SRR1782880 1 0.5704 0.7862 0.592 0.012 0.324 0.000 0.072
#> SRR1782883 5 0.2270 0.7545 0.020 0.000 0.076 0.000 0.904
#> SRR1782881 3 0.1988 0.7882 0.012 0.016 0.936 0.008 0.028
#> SRR1782882 2 0.0912 0.8341 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1782884 5 0.4992 0.4290 0.016 0.000 0.460 0.008 0.516
#> SRR1782885 3 0.1990 0.7869 0.004 0.068 0.920 0.008 0.000
#> SRR1782886 1 0.5938 0.7765 0.580 0.016 0.340 0.012 0.052
#> SRR1782887 3 0.3134 0.7467 0.028 0.096 0.864 0.012 0.000
#> SRR1782888 1 0.6239 0.7602 0.544 0.008 0.348 0.012 0.088
#> SRR1782889 2 0.3870 0.7022 0.024 0.816 0.132 0.028 0.000
#> SRR1782892 5 0.6332 0.5740 0.156 0.000 0.292 0.008 0.544
#> SRR1782890 1 0.6163 0.7049 0.504 0.000 0.352 0.000 0.144
#> SRR1782891 2 0.0290 0.8394 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.3734 0.7118 0.020 0.824 0.128 0.028 0.000
#> SRR1782894 1 0.5978 0.7832 0.572 0.012 0.320 0.000 0.096
#> SRR1782897 5 0.7044 -0.1090 0.332 0.000 0.300 0.008 0.360
#> SRR1782896 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.3262 0.7583 0.020 0.000 0.104 0.020 0.856
#> SRR1782901 5 0.4774 0.6740 0.148 0.000 0.076 0.020 0.756
#> SRR1782899 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782902 5 0.6952 -0.1507 0.340 0.000 0.308 0.004 0.348
#> SRR1782903 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.2681 0.7613 0.068 0.024 0.896 0.008 0.004
#> SRR1782904 3 0.1314 0.8002 0.004 0.024 0.960 0.004 0.008
#> SRR1782907 1 0.5938 0.7765 0.580 0.016 0.340 0.012 0.052
#> SRR1782906 1 0.6244 0.7797 0.572 0.036 0.328 0.008 0.056
#> SRR1782908 3 0.2656 0.7769 0.028 0.064 0.896 0.012 0.000
#> SRR1782909 2 0.3594 0.7370 0.028 0.844 0.096 0.032 0.000
#> SRR1782911 1 0.6295 0.7637 0.564 0.036 0.340 0.016 0.044
#> SRR1782910 3 0.0955 0.8000 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.4936 0.5347 0.016 0.000 0.416 0.008 0.560
#> SRR1782913 3 0.6580 -0.1062 0.192 0.000 0.508 0.008 0.292
#> SRR1782915 5 0.3048 0.7668 0.004 0.000 0.176 0.000 0.820
#> SRR1782914 5 0.5147 0.6205 0.200 0.000 0.076 0.016 0.708
#> SRR1782916 2 0.7898 0.0312 0.192 0.464 0.136 0.208 0.000
#> SRR1782918 3 0.3010 0.6968 0.016 0.000 0.860 0.008 0.116
#> SRR1782919 3 0.1492 0.8005 0.004 0.040 0.948 0.008 0.000
#> SRR1782920 5 0.5648 0.6205 0.096 0.000 0.292 0.004 0.608
#> SRR1782917 3 0.4974 0.5039 0.044 0.260 0.684 0.012 0.000
#> SRR1782922 4 0.3966 0.3953 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR1782921 2 0.3870 0.7022 0.024 0.816 0.132 0.028 0.000
#> SRR1782923 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782925 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782924 3 0.1690 0.7946 0.024 0.024 0.944 0.008 0.000
#> SRR1782926 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782929 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782927 3 0.3035 0.7223 0.008 0.136 0.848 0.008 0.000
#> SRR1782928 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782932 2 0.1851 0.7799 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.4157 0.5862 0.020 0.000 0.264 0.716 0.000
#> SRR1782930 3 0.2568 0.7287 0.016 0.000 0.888 0.004 0.092
#> SRR1782931 2 0.2233 0.7621 0.000 0.892 0.104 0.004 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.7028 -0.1874 0.344 0.000 0.284 0.008 0.364
#> SRR1782937 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782939 1 0.6831 0.7065 0.576 0.012 0.248 0.128 0.036
#> SRR1782940 3 0.6435 -0.3221 0.368 0.052 0.532 0.020 0.028
#> SRR1782941 1 0.6711 0.7000 0.500 0.004 0.324 0.012 0.160
#> SRR1782942 3 0.2036 0.7890 0.028 0.036 0.928 0.008 0.000
#> SRR1782945 5 0.4125 0.7550 0.024 0.000 0.224 0.004 0.748
#> SRR1782944 1 0.6182 0.7742 0.572 0.032 0.336 0.012 0.048
#> SRR1782947 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782948 2 0.4037 0.6733 0.020 0.796 0.156 0.028 0.000
#> SRR1782949 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782952 5 0.4004 0.7581 0.016 0.000 0.216 0.008 0.760
#> SRR1782950 2 0.1787 0.8092 0.004 0.936 0.044 0.016 0.000
#> SRR1782953 2 0.3932 0.7293 0.044 0.828 0.092 0.036 0.000
#> SRR1782951 5 0.1485 0.7053 0.032 0.000 0.000 0.020 0.948
#> SRR1782954 1 0.6495 0.6728 0.536 0.008 0.248 0.208 0.000
#> SRR1782955 4 0.4902 0.3365 0.024 0.468 0.000 0.508 0.000
#> SRR1782956 2 0.0451 0.8350 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782957 3 0.1041 0.8010 0.004 0.032 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.2773 0.7673 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1782959 4 0.4235 0.4362 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1782958 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782960 5 0.3317 0.7651 0.004 0.000 0.188 0.004 0.804
#> SRR1782961 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.6333 0.6796 0.560 0.008 0.252 0.180 0.000
#> SRR1782964 3 0.1026 0.7992 0.004 0.024 0.968 0.000 0.004
#> SRR1782963 1 0.6878 0.7251 0.588 0.008 0.236 0.092 0.076
#> SRR1782965 5 0.4405 0.7378 0.020 0.000 0.260 0.008 0.712
#> SRR1782966 2 0.1908 0.7756 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.1547 0.7912 0.004 0.016 0.948 0.000 0.032
#> SRR1782967 3 0.2095 0.7905 0.008 0.060 0.920 0.012 0.000
#> SRR1782969 1 0.5803 0.7374 0.540 0.004 0.380 0.004 0.072
#> SRR1782970 2 0.0451 0.8350 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782971 4 0.5255 0.2120 0.012 0.024 0.468 0.496 0.000
#> SRR1782972 3 0.2206 0.7523 0.016 0.000 0.912 0.004 0.068
#> SRR1782973 2 0.0162 0.8400 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782974 5 0.3160 0.7655 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR1782975 1 0.6441 0.7785 0.568 0.008 0.308 0.028 0.088
#> SRR1782976 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.3368 0.7617 0.016 0.000 0.120 0.020 0.844
#> SRR1782979 1 0.6331 0.6895 0.576 0.008 0.252 0.160 0.004
#> SRR1782980 5 0.6362 0.5582 0.156 0.000 0.300 0.008 0.536
#> SRR1782981 2 0.0451 0.8350 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782982 2 0.0290 0.8391 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.4548 0.6591 0.112 0.784 0.076 0.028 0.000
#> SRR1782983 3 0.1717 0.7967 0.004 0.052 0.936 0.008 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.2332 0.7553 0.016 0.000 0.076 0.004 0.904
#> SRR1782986 3 0.2197 0.7610 0.012 0.004 0.916 0.004 0.064
#> SRR1782988 3 0.1865 0.7918 0.024 0.032 0.936 0.008 0.000
#> SRR1782990 2 0.2358 0.7634 0.000 0.888 0.104 0.008 0.000
#> SRR1782991 5 0.4992 0.4290 0.016 0.000 0.460 0.008 0.516
#> SRR1782989 4 0.4897 0.3480 0.024 0.460 0.000 0.516 0.000
#> SRR1782992 1 0.5694 0.7841 0.584 0.012 0.336 0.000 0.068
#> SRR1782993 1 0.6414 0.6784 0.560 0.012 0.248 0.180 0.000
#> SRR1782995 5 0.4181 0.7490 0.016 0.000 0.240 0.008 0.736
#> SRR1782994 5 0.4405 0.7378 0.020 0.000 0.260 0.008 0.712
#> SRR1782996 3 0.2026 0.7938 0.032 0.024 0.932 0.008 0.004
#> SRR1782998 3 0.2568 0.7287 0.016 0.000 0.888 0.004 0.092
#> SRR1782999 1 0.5903 0.7755 0.576 0.016 0.348 0.012 0.048
#> SRR1782997 3 0.6621 0.2075 0.116 0.360 0.496 0.028 0.000
#> SRR1783000 3 0.5983 0.2700 0.060 0.388 0.528 0.024 0.000
#> SRR1783001 5 0.6992 -0.0463 0.276 0.000 0.320 0.008 0.396
#> SRR1783002 2 0.2472 0.7970 0.020 0.908 0.020 0.052 0.000
#> SRR1783003 3 0.1659 0.7902 0.008 0.016 0.948 0.004 0.024
#> SRR1783004 2 0.0000 0.8408 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.7264 0.1526 0.172 0.480 0.296 0.052 0.000
#> SRR1783006 2 0.0451 0.8350 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 2 0.5464 0.1789 0.412 0.508 0.032 0.044 0.000 0.004
#> SRR1782686 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782687 1 0.3982 0.6813 0.776 0.004 0.044 0.008 0.164 0.004
#> SRR1782688 2 0.0405 0.8472 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.3176 0.7474 0.856 0.012 0.068 0.008 0.056 0.000
#> SRR1782691 5 0.3388 0.7399 0.000 0.000 0.172 0.000 0.792 0.036
#> SRR1782689 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782692 2 0.0665 0.8463 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.5377 0.7077 0.052 0.000 0.220 0.020 0.668 0.040
#> SRR1782694 2 0.0405 0.8472 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782696 3 0.6531 0.1865 0.104 0.360 0.452 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0767 0.8456 0.004 0.976 0.008 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.2553 0.7651 0.000 0.000 0.888 0.012 0.056 0.044
#> SRR1782700 1 0.3893 0.7297 0.812 0.044 0.104 0.024 0.016 0.000
#> SRR1782699 1 0.3882 0.5472 0.716 0.012 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782701 5 0.4814 0.7221 0.024 0.000 0.216 0.016 0.704 0.040
#> SRR1782702 2 0.0665 0.8463 0.004 0.980 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0405 0.8472 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.2893 0.7563 0.000 0.000 0.872 0.028 0.056 0.044
#> SRR1782705 5 0.2636 0.6010 0.016 0.000 0.000 0.004 0.860 0.120
#> SRR1782709 1 0.3882 0.5472 0.716 0.012 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782711 5 0.2645 0.7007 0.016 0.000 0.056 0.000 0.884 0.044
#> SRR1782707 5 0.3424 0.7423 0.004 0.000 0.160 0.000 0.800 0.036
#> SRR1782706 2 0.6333 0.3025 0.132 0.556 0.232 0.080 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.1285 0.8344 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.4208 -0.1846 0.008 0.536 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1782713 4 0.3819 0.5387 0.000 0.372 0.000 0.624 0.000 0.004
#> SRR1782710 1 0.3020 0.7520 0.860 0.008 0.092 0.012 0.028 0.000
#> SRR1782714 4 0.4398 0.1825 0.148 0.000 0.040 0.760 0.004 0.048
#> SRR1782716 4 0.3728 0.5462 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1782715 3 0.1649 0.8276 0.040 0.008 0.936 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.2893 0.7563 0.000 0.000 0.872 0.028 0.056 0.044
#> SRR1782718 4 0.3964 0.1413 0.004 0.004 0.308 0.676 0.000 0.008
#> SRR1782719 3 0.2036 0.8249 0.048 0.028 0.916 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.4254 0.5348 0.000 0.312 0.028 0.656 0.000 0.004
#> SRR1782721 6 0.6863 0.6079 0.036 0.000 0.132 0.272 0.048 0.512
#> SRR1782726 3 0.2393 0.8185 0.028 0.004 0.912 0.020 0.020 0.016
#> SRR1782722 3 0.2103 0.8247 0.040 0.020 0.916 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.3234 0.7343 0.000 0.000 0.848 0.028 0.080 0.044
#> SRR1782727 2 0.0405 0.8481 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3964 0.1413 0.004 0.004 0.308 0.676 0.000 0.008
#> SRR1782724 1 0.6181 0.3892 0.568 0.236 0.156 0.024 0.016 0.000
#> SRR1782728 4 0.4760 0.3913 0.008 0.464 0.000 0.496 0.000 0.032
#> SRR1782730 5 0.5194 0.4781 0.260 0.000 0.036 0.012 0.652 0.040
#> SRR1782729 3 0.1621 0.8238 0.028 0.004 0.944 0.004 0.008 0.012
#> SRR1782733 1 0.3882 0.5472 0.716 0.012 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782732 4 0.4214 0.3730 0.008 0.460 0.000 0.528 0.000 0.004
#> SRR1782735 5 0.5069 0.7104 0.028 0.000 0.232 0.020 0.680 0.040
#> SRR1782731 1 0.3455 0.7463 0.836 0.016 0.104 0.024 0.020 0.000
#> SRR1782734 2 0.2638 0.7960 0.016 0.884 0.040 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.3020 0.7520 0.860 0.008 0.092 0.012 0.028 0.000
#> SRR1782737 3 0.3149 0.8001 0.056 0.004 0.860 0.024 0.056 0.000
#> SRR1782738 4 0.3666 0.2313 0.016 0.000 0.200 0.768 0.000 0.016
#> SRR1782739 4 0.3607 0.2294 0.012 0.000 0.204 0.768 0.000 0.016
#> SRR1782740 5 0.5020 0.7144 0.028 0.000 0.224 0.020 0.688 0.040
#> SRR1782741 4 0.3326 0.2829 0.084 0.016 0.040 0.848 0.000 0.012
#> SRR1782742 2 0.2638 0.7960 0.016 0.884 0.040 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.4344 0.6709 0.032 0.764 0.120 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.1245 0.8338 0.000 0.952 0.032 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3882 0.5472 0.716 0.012 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782747 1 0.3882 0.5472 0.716 0.012 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782750 3 0.4270 0.6787 0.200 0.012 0.740 0.040 0.008 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.4224 0.6193 0.780 0.008 0.012 0.008 0.056 0.136
#> SRR1782746 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782753 5 0.4036 0.7370 0.012 0.000 0.192 0.004 0.756 0.036
#> SRR1782748 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.4943 0.7211 0.028 0.000 0.212 0.020 0.700 0.040
#> SRR1782755 2 0.0260 0.8475 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.3728 0.5462 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1782757 2 0.4344 0.6709 0.032 0.764 0.120 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.5335 0.6209 0.668 0.004 0.148 0.016 0.160 0.004
#> SRR1782761 4 0.3217 0.4666 0.000 0.224 0.000 0.768 0.000 0.008
#> SRR1782759 1 0.3278 0.7484 0.844 0.012 0.104 0.016 0.024 0.000
#> SRR1782762 2 0.0520 0.8427 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.5057 0.3180 0.032 0.468 0.016 0.480 0.000 0.004
#> SRR1782764 3 0.2893 0.7563 0.000 0.000 0.872 0.028 0.056 0.044
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.1226 0.8259 0.040 0.004 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3338 0.7835 0.048 0.072 0.844 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2269 0.7845 0.012 0.896 0.080 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.3532 0.7644 0.044 0.092 0.828 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.2269 0.7845 0.012 0.896 0.080 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3532 0.7644 0.044 0.092 0.828 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.2400 0.8177 0.064 0.024 0.896 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0405 0.8472 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.5974 0.6490 0.088 0.000 0.260 0.020 0.596 0.036
#> SRR1782776 3 0.5867 0.4899 0.072 0.100 0.612 0.216 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0363 0.8475 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.7655 -0.0901 0.240 0.352 0.264 0.136 0.000 0.008
#> SRR1782781 4 0.8787 -0.0748 0.184 0.200 0.228 0.272 0.000 0.116
#> SRR1782779 1 0.4425 0.5392 0.696 0.008 0.012 0.028 0.000 0.256
#> SRR1782782 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782784 1 0.5290 0.5675 0.636 0.004 0.088 0.012 0.256 0.004
#> SRR1782783 1 0.4555 0.6090 0.764 0.008 0.012 0.012 0.100 0.104
#> SRR1782785 1 0.3020 0.7520 0.860 0.008 0.092 0.012 0.028 0.000
#> SRR1782786 5 0.2723 0.5985 0.020 0.000 0.000 0.004 0.856 0.120
#> SRR1782787 3 0.1760 0.8273 0.048 0.004 0.928 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.3076 0.7287 0.004 0.000 0.112 0.000 0.840 0.044
#> SRR1782790 1 0.4033 0.6088 0.776 0.012 0.012 0.008 0.020 0.172
#> SRR1782789 2 0.4428 0.0174 0.012 0.588 0.008 0.388 0.000 0.004
#> SRR1782791 5 0.6033 0.4349 0.012 0.000 0.400 0.036 0.480 0.072
#> SRR1782792 2 0.4428 0.0174 0.012 0.588 0.008 0.388 0.000 0.004
#> SRR1782793 5 0.5961 0.1949 0.284 0.000 0.000 0.020 0.532 0.164
#> SRR1782794 5 0.3523 0.7415 0.016 0.000 0.132 0.000 0.812 0.040
#> SRR1782795 4 0.3985 0.2055 0.140 0.000 0.040 0.788 0.004 0.028
#> SRR1782796 4 0.3326 0.2829 0.084 0.016 0.040 0.848 0.000 0.012
#> SRR1782798 4 0.3795 0.5421 0.000 0.364 0.000 0.632 0.000 0.004
#> SRR1782797 4 0.3728 0.5462 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1782799 3 0.2296 0.8226 0.068 0.004 0.900 0.024 0.004 0.000
#> SRR1782800 1 0.4148 0.7191 0.780 0.032 0.148 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782801 2 0.2215 0.7884 0.012 0.900 0.076 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.3338 0.7835 0.048 0.072 0.844 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.3234 0.7343 0.000 0.000 0.848 0.028 0.080 0.044
#> SRR1782805 3 0.1268 0.8263 0.036 0.004 0.952 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.3234 0.7343 0.000 0.000 0.848 0.028 0.080 0.044
#> SRR1782808 4 0.4756 0.3763 0.008 0.456 0.000 0.504 0.000 0.032
#> SRR1782807 5 0.6486 -0.1596 0.348 0.000 0.000 0.020 0.376 0.256
#> SRR1782809 4 0.3666 0.2313 0.016 0.000 0.200 0.768 0.000 0.016
#> SRR1782810 4 0.3728 0.5462 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1782812 2 0.3411 0.5148 0.008 0.756 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1782813 2 0.1480 0.8273 0.000 0.940 0.020 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.4423 0.0125 0.008 0.004 0.436 0.544 0.000 0.008
#> SRR1782815 4 0.4726 0.4533 0.008 0.424 0.000 0.536 0.000 0.032
#> SRR1782816 3 0.4270 0.6787 0.200 0.012 0.740 0.040 0.008 0.000
#> SRR1782818 1 0.5370 0.5237 0.612 0.028 0.304 0.032 0.024 0.000
#> SRR1782819 4 0.4323 0.1890 0.140 0.000 0.040 0.768 0.004 0.048
#> SRR1782817 5 0.3076 0.7287 0.004 0.000 0.112 0.000 0.840 0.044
#> SRR1782824 1 0.3847 0.7432 0.812 0.008 0.088 0.020 0.072 0.000
#> SRR1782825 2 0.4054 0.7059 0.036 0.792 0.084 0.088 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.3747 0.7304 0.796 0.004 0.140 0.008 0.052 0.000
#> SRR1782822 4 0.7262 0.2461 0.228 0.340 0.084 0.344 0.000 0.004
#> SRR1782821 1 0.5397 0.4187 0.568 0.000 0.088 0.016 0.328 0.000
#> SRR1782823 5 0.2553 0.7005 0.012 0.000 0.056 0.000 0.888 0.044
#> SRR1782826 5 0.5112 0.5331 0.224 0.000 0.036 0.012 0.680 0.048
#> SRR1782830 5 0.2851 0.6873 0.032 0.000 0.040 0.004 0.880 0.044
#> SRR1782828 2 0.4491 0.6447 0.032 0.748 0.140 0.080 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.3651 0.7453 0.824 0.008 0.088 0.016 0.064 0.000
#> SRR1782831 2 0.6437 -0.2563 0.092 0.428 0.068 0.408 0.000 0.004
#> SRR1782834 4 0.4298 0.2803 0.088 0.040 0.028 0.796 0.000 0.048
#> SRR1782832 4 0.3728 0.5462 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1782835 4 0.3728 0.5462 0.000 0.344 0.000 0.652 0.000 0.004
#> SRR1782837 2 0.6656 -0.2409 0.096 0.416 0.088 0.396 0.000 0.004
#> SRR1782836 3 0.2893 0.7563 0.000 0.000 0.872 0.028 0.056 0.044
#> SRR1782838 3 0.2954 0.7530 0.000 0.000 0.868 0.028 0.060 0.044
#> SRR1782839 3 0.2587 0.7903 0.008 0.004 0.900 0.020 0.036 0.032
#> SRR1782840 2 0.2562 0.7963 0.016 0.892 0.028 0.060 0.000 0.004
#> SRR1782833 4 0.4323 0.1890 0.140 0.000 0.040 0.768 0.004 0.048
#> SRR1782842 3 0.1889 0.8239 0.056 0.004 0.920 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.2851 0.6873 0.032 0.000 0.040 0.004 0.880 0.044
#> SRR1782843 3 0.5140 0.6375 0.120 0.128 0.700 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.4943 0.7211 0.028 0.000 0.212 0.020 0.700 0.040
#> SRR1782844 3 0.1621 0.8238 0.028 0.004 0.944 0.004 0.008 0.012
#> SRR1782846 3 0.4623 0.7022 0.068 0.104 0.752 0.076 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.5069 0.7104 0.028 0.000 0.232 0.020 0.680 0.040
#> SRR1782848 3 0.1369 0.8256 0.032 0.004 0.952 0.004 0.004 0.004
#> SRR1782849 5 0.6779 0.3134 0.284 0.000 0.260 0.024 0.420 0.012
#> SRR1782850 3 0.2527 0.8125 0.084 0.004 0.880 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.2663 0.7526 0.876 0.012 0.084 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782852 4 0.7581 -0.0293 0.320 0.100 0.100 0.420 0.000 0.060
#> SRR1782853 2 0.0891 0.8407 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.6291 0.2610 0.484 0.000 0.168 0.024 0.320 0.004
#> SRR1782856 5 0.5360 0.4336 0.296 0.000 0.036 0.012 0.616 0.040
#> SRR1782854 2 0.0622 0.8454 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.2562 0.7963 0.016 0.892 0.028 0.060 0.000 0.004
#> SRR1782858 5 0.5265 0.6784 0.028 0.000 0.268 0.020 0.644 0.040
#> SRR1782859 3 0.4867 0.6796 0.088 0.108 0.732 0.072 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.4181 0.7196 0.792 0.040 0.116 0.036 0.016 0.000
#> SRR1782861 1 0.5664 0.6147 0.636 0.004 0.144 0.024 0.188 0.004
#> SRR1782862 3 0.5204 0.6341 0.084 0.072 0.696 0.148 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.2893 0.7563 0.000 0.000 0.872 0.028 0.056 0.044
#> SRR1782864 3 0.2544 0.7770 0.004 0.000 0.896 0.020 0.044 0.036
#> SRR1782866 1 0.3503 0.7398 0.820 0.008 0.128 0.012 0.032 0.000
#> SRR1782865 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782867 1 0.4193 0.5925 0.756 0.012 0.012 0.008 0.020 0.192
#> SRR1782868 3 0.2536 0.8119 0.092 0.004 0.880 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782872 5 0.4943 0.7211 0.028 0.000 0.212 0.020 0.700 0.040
#> SRR1782874 1 0.3671 0.7385 0.828 0.032 0.096 0.028 0.016 0.000
#> SRR1782875 2 0.0363 0.8466 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.2476 0.8116 0.092 0.004 0.880 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.3065 0.7425 0.000 0.000 0.152 0.000 0.820 0.028
#> SRR1782877 1 0.2828 0.7522 0.872 0.012 0.080 0.004 0.032 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.2851 0.6873 0.032 0.000 0.040 0.004 0.880 0.044
#> SRR1782879 4 0.3636 0.2260 0.012 0.000 0.208 0.764 0.000 0.016
#> SRR1782880 1 0.2611 0.7507 0.880 0.012 0.080 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782883 5 0.2002 0.7245 0.012 0.000 0.076 0.000 0.908 0.004
#> SRR1782881 3 0.2867 0.8096 0.028 0.004 0.888 0.036 0.028 0.016
#> SRR1782882 2 0.1176 0.8363 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.5499 0.4442 0.000 0.000 0.412 0.036 0.500 0.052
#> SRR1782885 3 0.2421 0.8196 0.040 0.028 0.900 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.3278 0.7484 0.844 0.012 0.104 0.016 0.024 0.000
#> SRR1782887 3 0.3409 0.7872 0.064 0.060 0.840 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.3969 0.7370 0.796 0.008 0.124 0.020 0.052 0.000
#> SRR1782889 2 0.4344 0.6709 0.032 0.764 0.120 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.6428 0.5473 0.200 0.000 0.248 0.024 0.516 0.012
#> SRR1782890 1 0.4100 0.7015 0.760 0.000 0.124 0.004 0.112 0.000
#> SRR1782891 2 0.0260 0.8478 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.4137 0.6886 0.028 0.780 0.112 0.080 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.3176 0.7474 0.856 0.012 0.068 0.008 0.056 0.000
#> SRR1782897 1 0.6147 0.2143 0.480 0.000 0.176 0.020 0.324 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0260 0.8486 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0260 0.8486 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.3187 0.7286 0.008 0.000 0.112 0.000 0.836 0.044
#> SRR1782901 5 0.4931 0.6096 0.172 0.000 0.052 0.012 0.720 0.044
#> SRR1782899 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.5988 0.2366 0.496 0.000 0.180 0.012 0.312 0.000
#> SRR1782903 2 0.0260 0.8475 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.2821 0.7939 0.116 0.004 0.856 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782904 3 0.1924 0.8271 0.036 0.004 0.928 0.024 0.004 0.004
#> SRR1782907 1 0.3278 0.7484 0.844 0.012 0.104 0.016 0.024 0.000
#> SRR1782906 1 0.3310 0.7467 0.852 0.032 0.080 0.020 0.016 0.000
#> SRR1782908 3 0.2875 0.8106 0.064 0.028 0.872 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.4054 0.7059 0.036 0.792 0.084 0.088 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.3688 0.7369 0.824 0.032 0.104 0.024 0.016 0.000
#> SRR1782910 3 0.1340 0.8268 0.040 0.004 0.948 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.5807 0.5339 0.024 0.000 0.372 0.028 0.528 0.048
#> SRR1782913 3 0.6705 0.0201 0.276 0.000 0.428 0.020 0.264 0.012
#> SRR1782915 5 0.3283 0.7413 0.000 0.000 0.160 0.000 0.804 0.036
#> SRR1782914 5 0.5246 0.5584 0.216 0.000 0.052 0.012 0.676 0.044
#> SRR1782916 2 0.7167 -0.1267 0.248 0.412 0.080 0.256 0.000 0.004
#> SRR1782918 3 0.3675 0.6994 0.000 0.000 0.816 0.036 0.104 0.044
#> SRR1782919 3 0.1649 0.8284 0.040 0.008 0.936 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.5714 0.6085 0.148 0.000 0.240 0.016 0.592 0.004
#> SRR1782917 3 0.5149 0.5389 0.076 0.224 0.664 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782922 6 0.2730 0.6602 0.012 0.000 0.000 0.152 0.000 0.836
#> SRR1782921 2 0.4344 0.6709 0.032 0.764 0.120 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.1889 0.8239 0.056 0.004 0.920 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.3532 0.7644 0.044 0.092 0.828 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2215 0.7884 0.012 0.900 0.076 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.3636 0.2330 0.016 0.000 0.196 0.772 0.000 0.016
#> SRR1782930 3 0.3234 0.7343 0.000 0.000 0.848 0.028 0.080 0.044
#> SRR1782931 2 0.2518 0.7698 0.012 0.880 0.092 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.5897 0.3020 0.516 0.000 0.136 0.020 0.328 0.000
#> SRR1782937 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.4193 0.5925 0.756 0.012 0.012 0.008 0.020 0.192
#> SRR1782940 1 0.5583 0.4849 0.592 0.036 0.312 0.040 0.020 0.000
#> SRR1782941 1 0.4614 0.6896 0.740 0.004 0.108 0.020 0.128 0.000
#> SRR1782942 3 0.2170 0.8202 0.060 0.016 0.908 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.4613 0.7292 0.032 0.000 0.208 0.012 0.720 0.028
#> SRR1782944 1 0.3494 0.7467 0.836 0.024 0.100 0.020 0.020 0.000
#> SRR1782947 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782948 2 0.4491 0.6434 0.032 0.748 0.140 0.080 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782952 5 0.4360 0.7326 0.012 0.000 0.196 0.016 0.740 0.036
#> SRR1782950 2 0.2066 0.8083 0.000 0.908 0.040 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.4375 0.6946 0.044 0.776 0.084 0.092 0.000 0.004
#> SRR1782951 5 0.1528 0.6478 0.016 0.000 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1782954 1 0.4447 0.5351 0.692 0.008 0.012 0.028 0.000 0.260
#> SRR1782955 4 0.4758 0.4006 0.008 0.460 0.000 0.500 0.000 0.032
#> SRR1782956 2 0.0520 0.8427 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.1453 0.8281 0.040 0.008 0.944 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.3065 0.7425 0.000 0.000 0.152 0.000 0.820 0.028
#> SRR1782959 4 0.3841 0.5330 0.000 0.380 0.000 0.616 0.000 0.004
#> SRR1782958 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.3529 0.7394 0.000 0.000 0.172 0.004 0.788 0.036
#> SRR1782961 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3787 0.5494 0.720 0.008 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782964 3 0.1299 0.8263 0.036 0.004 0.952 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782963 1 0.4282 0.6200 0.780 0.008 0.012 0.012 0.056 0.132
#> SRR1782965 5 0.5069 0.7104 0.028 0.000 0.232 0.020 0.680 0.040
#> SRR1782966 2 0.2269 0.7845 0.012 0.896 0.080 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.1621 0.8097 0.008 0.004 0.944 0.004 0.012 0.028
#> SRR1782967 3 0.2415 0.8213 0.040 0.024 0.900 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.3730 0.7265 0.796 0.004 0.148 0.012 0.040 0.000
#> SRR1782970 2 0.0520 0.8427 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.4418 0.0177 0.008 0.004 0.432 0.548 0.000 0.008
#> SRR1782972 3 0.2893 0.7563 0.000 0.000 0.872 0.028 0.056 0.044
#> SRR1782973 2 0.0260 0.8473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.3388 0.7399 0.000 0.000 0.172 0.000 0.792 0.036
#> SRR1782975 1 0.3702 0.7451 0.832 0.008 0.080 0.032 0.044 0.004
#> SRR1782976 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.3141 0.7327 0.004 0.000 0.124 0.000 0.832 0.040
#> SRR1782979 1 0.3806 0.5661 0.736 0.008 0.012 0.000 0.004 0.240
#> SRR1782980 5 0.6472 0.5302 0.212 0.000 0.244 0.024 0.508 0.012
#> SRR1782981 2 0.0520 0.8427 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0653 0.8446 0.004 0.980 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.4561 0.6257 0.144 0.744 0.040 0.072 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.2078 0.8251 0.040 0.012 0.916 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.2044 0.7253 0.008 0.000 0.076 0.004 0.908 0.004
#> SRR1782986 3 0.2633 0.7722 0.000 0.004 0.888 0.012 0.052 0.044
#> SRR1782988 3 0.2015 0.8221 0.056 0.012 0.916 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.2790 0.7680 0.012 0.868 0.088 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782991 5 0.5499 0.4442 0.000 0.000 0.412 0.036 0.500 0.052
#> SRR1782989 4 0.4721 0.4574 0.008 0.420 0.000 0.540 0.000 0.032
#> SRR1782992 1 0.2666 0.7530 0.872 0.008 0.092 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782993 1 0.3882 0.5472 0.716 0.012 0.012 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782995 5 0.4814 0.7221 0.024 0.000 0.216 0.016 0.704 0.040
#> SRR1782994 5 0.5069 0.7104 0.028 0.000 0.232 0.020 0.680 0.040
#> SRR1782996 3 0.2154 0.8230 0.064 0.004 0.908 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782998 3 0.3234 0.7343 0.000 0.000 0.848 0.028 0.080 0.044
#> SRR1782999 1 0.3063 0.7499 0.856 0.012 0.100 0.016 0.016 0.000
#> SRR1782997 3 0.6653 0.2415 0.144 0.308 0.472 0.076 0.000 0.000
#> SRR1783000 3 0.6286 0.2801 0.092 0.328 0.504 0.076 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.6381 0.1429 0.440 0.000 0.172 0.024 0.360 0.004
#> SRR1783002 2 0.2562 0.7957 0.016 0.892 0.028 0.060 0.000 0.004
#> SRR1783003 3 0.2480 0.8108 0.024 0.004 0.908 0.024 0.024 0.016
#> SRR1783004 2 0.0000 0.8485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.7249 0.0783 0.220 0.432 0.236 0.108 0.000 0.004
#> SRR1783006 2 0.0520 0.8427 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.765 0.881 0.950 0.5003 0.498 0.498
#> 3 3 0.516 0.656 0.785 0.3008 0.723 0.501
#> 4 4 0.613 0.789 0.834 0.1353 0.847 0.589
#> 5 5 0.862 0.845 0.899 0.0645 0.910 0.673
#> 6 6 0.783 0.686 0.845 0.0371 0.981 0.911
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.0672 0.9377 0.008 0.992
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.5946 0.8319 0.856 0.144
#> SRR1782700 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782699 2 0.9635 0.4054 0.388 0.612
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0672 0.9433 0.992 0.008
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7219 0.7432 0.200 0.800
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.9044 0.5080 0.320 0.680
#> SRR1782717 1 0.2043 0.9285 0.968 0.032
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.2236 0.9133 0.036 0.964
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.0672 0.9433 0.992 0.008
#> SRR1782726 1 0.5842 0.8363 0.860 0.140
#> SRR1782722 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.1414 0.9277 0.020 0.980
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.7299 0.7554 0.796 0.204
#> SRR1782733 2 0.7219 0.7432 0.200 0.800
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.2236 0.9267 0.964 0.036
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782738 1 0.7219 0.7609 0.800 0.200
#> SRR1782739 1 0.5946 0.8319 0.856 0.144
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.7219 0.7432 0.200 0.800
#> SRR1782747 2 0.8763 0.6013 0.296 0.704
#> SRR1782750 1 0.2603 0.9200 0.956 0.044
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.5519 0.8488 0.872 0.128
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.9933 0.2130 0.548 0.452
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.9710 0.3105 0.400 0.600
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.2236 0.9216 0.964 0.036
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.3733 0.8986 0.928 0.072
#> SRR1782800 1 0.3114 0.9110 0.944 0.056
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.8443 0.6493 0.728 0.272
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.9815 0.2531 0.420 0.580
#> SRR1782819 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.5294 0.8565 0.880 0.120
#> SRR1782838 1 0.5519 0.8488 0.872 0.128
#> SRR1782839 1 0.5629 0.8447 0.868 0.132
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.7376 0.7111 0.792 0.208
#> SRR1782842 1 0.5737 0.8406 0.864 0.136
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.6048 0.8274 0.852 0.148
#> SRR1782846 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.6048 0.8274 0.852 0.148
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.9552 0.3785 0.376 0.624
#> SRR1782851 1 0.0376 0.9452 0.996 0.004
#> SRR1782852 2 0.9686 0.3700 0.396 0.604
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.2948 0.9003 0.052 0.948
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.1633 0.9337 0.976 0.024
#> SRR1782864 1 0.5737 0.8406 0.864 0.136
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9833 0.2144 0.576 0.424
#> SRR1782868 1 0.3114 0.9110 0.944 0.056
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.8267 0.6617 0.260 0.740
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.5178 0.8603 0.884 0.116
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.5519 0.8488 0.872 0.128
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.8016 0.6530 0.244 0.756
#> SRR1782886 2 0.8207 0.6632 0.256 0.744
#> SRR1782887 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.3733 0.8986 0.928 0.072
#> SRR1782904 1 0.5519 0.8488 0.872 0.128
#> SRR1782907 1 0.9866 0.2240 0.568 0.432
#> SRR1782906 1 0.0672 0.9429 0.992 0.008
#> SRR1782908 1 0.9944 0.1988 0.544 0.456
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.0376 0.9452 0.996 0.004
#> SRR1782910 2 0.9983 0.0493 0.476 0.524
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.9963 0.0943 0.464 0.536
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.9815 0.3203 0.420 0.580
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.5842 0.8363 0.860 0.140
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.9710 0.3201 0.400 0.600
#> SRR1782930 1 0.1633 0.9337 0.976 0.024
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9954 0.0895 0.540 0.460
#> SRR1782940 1 0.9866 0.2348 0.568 0.432
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.8267 0.6254 0.260 0.740
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.7139 0.7472 0.196 0.804
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.8327 0.6552 0.264 0.736
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.9044 0.5080 0.320 0.680
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.8499 0.6359 0.276 0.724
#> SRR1782964 1 0.9209 0.5238 0.664 0.336
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.7219 0.7609 0.800 0.200
#> SRR1782967 2 0.9983 0.0493 0.476 0.524
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.1633 0.9337 0.976 0.024
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0376 0.9452 0.996 0.004
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.8861 0.5412 0.304 0.696
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.7219 0.7609 0.800 0.200
#> SRR1782988 1 0.9833 0.2995 0.576 0.424
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.7219 0.7432 0.200 0.800
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.2236 0.9257 0.964 0.036
#> SRR1782998 1 0.1633 0.9337 0.976 0.024
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9475 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.5946 0.8319 0.856 0.144
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9442 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.7478 0.54648 0.192 0.692 0.116
#> SRR1782686 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782687 1 0.4605 0.73442 0.796 0.000 0.204
#> SRR1782688 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.5465 0.72856 0.712 0.000 0.288
#> SRR1782691 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782689 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782692 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782694 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1643 0.83456 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782697 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782700 2 0.9490 -0.14071 0.188 0.444 0.368
#> SRR1782699 1 0.9125 0.10828 0.464 0.392 0.144
#> SRR1782701 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782702 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0237 0.63948 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782705 1 0.5621 0.74852 0.692 0.000 0.308
#> SRR1782709 2 0.8718 0.23141 0.364 0.520 0.116
#> SRR1782711 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782707 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782706 2 0.4796 0.58098 0.000 0.780 0.220
#> SRR1782708 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.4504 0.76798 0.196 0.804 0.000
#> SRR1782713 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782710 1 0.6095 0.64890 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782714 1 0.3412 0.51340 0.876 0.000 0.124
#> SRR1782716 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782715 3 0.5529 0.63638 0.000 0.296 0.704
#> SRR1782717 3 0.0424 0.64377 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782718 3 0.9615 0.24872 0.224 0.316 0.460
#> SRR1782719 3 0.5529 0.63638 0.000 0.296 0.704
#> SRR1782720 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782721 3 0.6299 0.30473 0.476 0.000 0.524
#> SRR1782726 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782722 3 0.5810 0.58995 0.000 0.336 0.664
#> SRR1782723 3 0.0000 0.63468 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.9674 0.19124 0.224 0.336 0.440
#> SRR1782724 3 0.9464 0.24996 0.180 0.408 0.412
#> SRR1782728 2 0.4796 0.75744 0.220 0.780 0.000
#> SRR1782730 1 0.5138 0.74604 0.748 0.000 0.252
#> SRR1782729 3 0.0892 0.65141 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782733 2 0.8705 0.23963 0.360 0.524 0.116
#> SRR1782732 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782735 3 0.0747 0.61771 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782731 3 0.9371 0.40944 0.324 0.188 0.488
#> SRR1782734 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.5968 0.64591 0.636 0.000 0.364
#> SRR1782737 3 0.0747 0.63820 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782738 3 0.5639 0.59539 0.232 0.016 0.752
#> SRR1782739 3 0.5595 0.59598 0.228 0.016 0.756
#> SRR1782740 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782741 2 0.7920 0.54510 0.360 0.572 0.068
#> SRR1782742 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.1411 0.84241 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782744 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.8280 0.30412 0.360 0.552 0.088
#> SRR1782747 1 0.9305 0.09185 0.456 0.380 0.164
#> SRR1782750 3 0.2959 0.59471 0.100 0.000 0.900
#> SRR1782749 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.5591 0.73322 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782746 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782753 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782748 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782755 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.5216 0.74756 0.740 0.000 0.260
#> SRR1782761 2 0.4931 0.75092 0.232 0.768 0.000
#> SRR1782759 1 0.6008 0.64279 0.628 0.000 0.372
#> SRR1782762 2 0.4452 0.76956 0.192 0.808 0.000
#> SRR1782760 2 0.4887 0.75335 0.228 0.772 0.000
#> SRR1782764 3 0.0592 0.64693 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782763 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.5254 0.65555 0.000 0.264 0.736
#> SRR1782766 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.6062 0.51911 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782769 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.6252 0.39812 0.000 0.444 0.556
#> SRR1782774 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.6062 0.51911 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782772 3 0.5864 0.64150 0.008 0.288 0.704
#> SRR1782773 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.6204 -0.53549 0.424 0.000 0.576
#> SRR1782776 2 0.9672 0.07746 0.216 0.424 0.360
#> SRR1782778 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.7363 0.13252 0.040 0.588 0.372
#> SRR1782781 2 0.9883 -0.00248 0.260 0.380 0.360
#> SRR1782779 1 0.4062 0.55808 0.836 0.000 0.164
#> SRR1782782 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782784 1 0.4887 0.74202 0.772 0.000 0.228
#> SRR1782783 1 0.4974 0.74368 0.764 0.000 0.236
#> SRR1782785 1 0.6189 0.63878 0.632 0.004 0.364
#> SRR1782786 1 0.4346 0.71985 0.816 0.000 0.184
#> SRR1782787 3 0.0424 0.63734 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782788 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782790 1 0.8063 0.47340 0.644 0.132 0.224
#> SRR1782789 2 0.4796 0.75744 0.220 0.780 0.000
#> SRR1782791 3 0.6154 -0.34491 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782792 2 0.4504 0.76798 0.196 0.804 0.000
#> SRR1782793 1 0.4887 0.74174 0.772 0.000 0.228
#> SRR1782794 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782795 1 0.0892 0.57450 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782796 2 0.5553 0.71814 0.272 0.724 0.004
#> SRR1782798 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782797 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782799 3 0.0892 0.63789 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782800 3 0.5650 0.26828 0.312 0.000 0.688
#> SRR1782801 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.6062 0.51911 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782804 3 0.0000 0.63468 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.5115 0.65693 0.004 0.228 0.768
#> SRR1782806 3 0.0000 0.63468 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 2 0.4605 0.76405 0.204 0.796 0.000
#> SRR1782807 1 0.1860 0.61896 0.948 0.000 0.052
#> SRR1782809 3 0.6045 0.40901 0.380 0.000 0.620
#> SRR1782810 2 0.4931 0.75092 0.232 0.768 0.000
#> SRR1782812 2 0.4452 0.76956 0.192 0.808 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.7692 0.58500 0.224 0.108 0.668
#> SRR1782815 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782816 3 0.2625 0.60664 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782818 3 0.8433 0.58148 0.176 0.204 0.620
#> SRR1782819 1 0.2959 0.53482 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782817 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782824 1 0.5178 0.72092 0.744 0.000 0.256
#> SRR1782825 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.5988 0.64137 0.632 0.000 0.368
#> SRR1782822 2 0.8817 0.42833 0.380 0.500 0.120
#> SRR1782821 1 0.4887 0.74202 0.772 0.000 0.228
#> SRR1782823 1 0.5859 0.74423 0.656 0.000 0.344
#> SRR1782826 1 0.5058 0.74468 0.756 0.000 0.244
#> SRR1782830 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782828 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.5560 0.69487 0.700 0.000 0.300
#> SRR1782831 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782834 2 0.8538 0.46400 0.380 0.520 0.100
#> SRR1782832 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782835 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782837 2 0.1289 0.86014 0.032 0.968 0.000
#> SRR1782836 3 0.0424 0.64377 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782838 3 0.0592 0.64693 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782839 3 0.0592 0.64693 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782840 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.2959 0.53482 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782842 3 0.4249 0.66406 0.028 0.108 0.864
#> SRR1782841 1 0.5254 0.74788 0.736 0.000 0.264
#> SRR1782843 3 0.6777 0.53931 0.020 0.364 0.616
#> SRR1782845 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782844 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782846 3 0.5926 0.56274 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782847 1 0.6154 0.70723 0.592 0.000 0.408
#> SRR1782848 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782849 3 0.6274 -0.59219 0.456 0.000 0.544
#> SRR1782850 3 0.7076 0.64280 0.060 0.256 0.684
#> SRR1782851 1 0.6297 0.63309 0.640 0.008 0.352
#> SRR1782852 1 0.8230 0.17757 0.632 0.224 0.144
#> SRR1782853 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.6045 0.67077 0.620 0.000 0.380
#> SRR1782856 1 0.4974 0.74339 0.764 0.000 0.236
#> SRR1782854 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3879 0.32945 0.152 0.000 0.848
#> SRR1782859 3 0.6062 0.51911 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782860 3 0.9522 0.24517 0.188 0.404 0.408
#> SRR1782861 1 0.6140 0.64751 0.596 0.000 0.404
#> SRR1782862 3 0.6228 0.60962 0.012 0.316 0.672
#> SRR1782863 3 0.0424 0.64377 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782864 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782866 1 0.5988 0.64137 0.632 0.000 0.368
#> SRR1782865 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782867 1 0.5428 0.43982 0.816 0.064 0.120
#> SRR1782868 3 0.4002 0.54773 0.160 0.000 0.840
#> SRR1782872 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782874 1 0.9357 0.07666 0.440 0.392 0.168
#> SRR1782875 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0747 0.63820 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782871 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782877 1 0.5988 0.64137 0.632 0.000 0.368
#> SRR1782873 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.5810 0.74615 0.664 0.000 0.336
#> SRR1782879 3 0.5315 0.59428 0.216 0.012 0.772
#> SRR1782880 1 0.5948 0.64536 0.640 0.000 0.360
#> SRR1782883 1 0.5859 0.74423 0.656 0.000 0.344
#> SRR1782881 3 0.0592 0.64693 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782882 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.4605 0.29754 0.204 0.000 0.796
#> SRR1782885 3 0.5733 0.60537 0.000 0.324 0.676
#> SRR1782886 1 0.9633 0.04875 0.436 0.352 0.212
#> SRR1782887 3 0.6008 0.53873 0.000 0.372 0.628
#> SRR1782888 1 0.6095 0.64890 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782889 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782890 1 0.6126 0.64851 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782891 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.5363 0.73348 0.724 0.000 0.276
#> SRR1782897 1 0.5591 0.74951 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782896 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782901 1 0.5216 0.74756 0.740 0.000 0.260
#> SRR1782899 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.5706 0.72336 0.680 0.000 0.320
#> SRR1782903 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.1411 0.63313 0.036 0.000 0.964
#> SRR1782904 3 0.0592 0.64693 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782907 1 0.9450 0.13872 0.492 0.296 0.212
#> SRR1782906 1 0.8307 0.41016 0.632 0.176 0.192
#> SRR1782908 3 0.5953 0.64723 0.012 0.280 0.708
#> SRR1782909 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.6297 0.63309 0.640 0.008 0.352
#> SRR1782910 3 0.5291 0.65506 0.000 0.268 0.732
#> SRR1782912 3 0.2448 0.53715 0.076 0.000 0.924
#> SRR1782913 3 0.0424 0.63734 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782915 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782914 1 0.5216 0.74756 0.740 0.000 0.260
#> SRR1782916 2 0.2448 0.83225 0.076 0.924 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.63468 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.5465 0.64406 0.000 0.288 0.712
#> SRR1782920 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782917 3 0.6062 0.51911 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782922 1 0.7781 0.22211 0.664 0.220 0.116
#> SRR1782921 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.1170 0.65016 0.008 0.016 0.976
#> SRR1782926 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.6062 0.51911 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782928 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.9424 0.40364 0.352 0.184 0.464
#> SRR1782930 3 0.0424 0.64377 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782931 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.5098 0.74708 0.752 0.000 0.248
#> SRR1782937 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.8379 0.35335 0.624 0.208 0.168
#> SRR1782940 3 0.8392 0.58087 0.176 0.200 0.624
#> SRR1782941 1 0.5859 0.69229 0.656 0.000 0.344
#> SRR1782942 3 0.5733 0.60537 0.000 0.324 0.676
#> SRR1782945 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782944 1 0.9648 0.00976 0.408 0.384 0.208
#> SRR1782947 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782948 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782952 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782950 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782954 1 0.8007 0.18800 0.640 0.244 0.116
#> SRR1782955 2 0.4796 0.75744 0.220 0.780 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.5529 0.63638 0.000 0.296 0.704
#> SRR1782946 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782959 2 0.5178 0.73378 0.256 0.744 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782961 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.9317 0.08044 0.448 0.388 0.164
#> SRR1782964 3 0.3482 0.66642 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782963 1 0.4555 0.73352 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782965 1 0.6308 0.59785 0.508 0.000 0.492
#> SRR1782966 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.1289 0.65499 0.000 0.032 0.968
#> SRR1782967 3 0.5497 0.64018 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782969 1 0.6095 0.64890 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782970 2 0.4452 0.76956 0.192 0.808 0.000
#> SRR1782971 2 0.9560 0.14302 0.204 0.452 0.344
#> SRR1782972 3 0.0424 0.64377 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782973 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782975 1 0.5529 0.69336 0.704 0.000 0.296
#> SRR1782976 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782979 1 0.6275 0.63139 0.644 0.008 0.348
#> SRR1782980 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782981 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.2165 0.83727 0.064 0.936 0.000
#> SRR1782983 3 0.5529 0.63638 0.000 0.296 0.704
#> SRR1782987 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782986 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782988 3 0.5618 0.65565 0.008 0.260 0.732
#> SRR1782990 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4555 0.30756 0.200 0.000 0.800
#> SRR1782989 2 0.4842 0.75563 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782992 1 0.5968 0.64025 0.636 0.000 0.364
#> SRR1782993 2 0.8705 0.23963 0.360 0.524 0.116
#> SRR1782995 1 0.6062 0.73057 0.616 0.000 0.384
#> SRR1782994 3 0.5016 0.00930 0.240 0.000 0.760
#> SRR1782996 3 0.0592 0.63780 0.012 0.000 0.988
#> SRR1782998 3 0.0424 0.64377 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782999 3 0.5656 0.28547 0.284 0.004 0.712
#> SRR1782997 3 0.7021 0.40068 0.020 0.436 0.544
#> SRR1783000 3 0.6111 0.49850 0.000 0.396 0.604
#> SRR1783001 1 0.6154 0.72394 0.592 0.000 0.408
#> SRR1783002 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0747 0.64965 0.000 0.016 0.984
#> SRR1783004 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.5334 0.70203 0.060 0.820 0.120
#> SRR1783006 2 0.0000 0.87645 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 4 0.4874 0.760 0.000 0.180 0.056 0.764
#> SRR1782686 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782687 4 0.4134 0.687 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1782688 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 4 0.5369 0.781 0.164 0.000 0.096 0.740
#> SRR1782691 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782692 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782694 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782700 4 0.5277 0.780 0.000 0.116 0.132 0.752
#> SRR1782699 4 0.5119 0.783 0.000 0.124 0.112 0.764
#> SRR1782701 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782705 1 0.0779 0.913 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1782709 4 0.4136 0.741 0.000 0.196 0.016 0.788
#> SRR1782711 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782707 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.3463 0.766 0.000 0.864 0.096 0.040
#> SRR1782708 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.6534 0.639 0.000 0.624 0.132 0.244
#> SRR1782713 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782710 4 0.5483 0.790 0.136 0.000 0.128 0.736
#> SRR1782714 4 0.2546 0.669 0.008 0.000 0.092 0.900
#> SRR1782716 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782715 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782717 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782718 3 0.4422 0.563 0.000 0.008 0.736 0.256
#> SRR1782719 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782720 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782721 3 0.5606 0.170 0.020 0.000 0.500 0.480
#> SRR1782726 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782722 3 0.2944 0.811 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR1782723 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.5877 0.475 0.000 0.068 0.656 0.276
#> SRR1782724 4 0.5326 0.779 0.000 0.116 0.136 0.748
#> SRR1782728 2 0.6612 0.629 0.000 0.612 0.132 0.256
#> SRR1782730 1 0.2760 0.800 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782729 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782733 4 0.4761 0.751 0.000 0.192 0.044 0.764
#> SRR1782732 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782735 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782731 4 0.5396 0.772 0.000 0.104 0.156 0.740
#> SRR1782734 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 4 0.5321 0.793 0.140 0.000 0.112 0.748
#> SRR1782737 3 0.2944 0.838 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1782738 3 0.4103 0.570 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782739 3 0.4103 0.570 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782740 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.3142 0.639 0.000 0.008 0.132 0.860
#> SRR1782742 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0188 0.900 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782744 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 4 0.4364 0.728 0.000 0.220 0.016 0.764
#> SRR1782747 4 0.5119 0.783 0.000 0.124 0.112 0.764
#> SRR1782750 4 0.5000 0.187 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1782749 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 4 0.6783 0.437 0.388 0.000 0.100 0.512
#> SRR1782746 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782757 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.5712 0.393 0.644 0.000 0.048 0.308
#> SRR1782761 2 0.6936 0.546 0.000 0.548 0.132 0.320
#> SRR1782759 4 0.5380 0.793 0.136 0.000 0.120 0.744
#> SRR1782762 2 0.5476 0.727 0.000 0.736 0.120 0.144
#> SRR1782760 2 0.6966 0.533 0.000 0.540 0.132 0.328
#> SRR1782764 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.3389 0.822 0.024 0.104 0.868 0.004
#> SRR1782766 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3074 0.797 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.3837 0.731 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3688 0.748 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1782772 3 0.2944 0.811 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR1782773 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.4188 0.618 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1782776 3 0.7415 0.256 0.000 0.216 0.512 0.272
#> SRR1782778 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.7439 0.489 0.000 0.272 0.220 0.508
#> SRR1782781 3 0.4994 0.150 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1782779 4 0.2335 0.738 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR1782782 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782784 4 0.5444 0.686 0.264 0.000 0.048 0.688
#> SRR1782783 1 0.3610 0.708 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782785 4 0.5380 0.793 0.136 0.000 0.120 0.744
#> SRR1782786 1 0.3108 0.808 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1782787 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 4 0.5119 0.797 0.124 0.000 0.112 0.764
#> SRR1782789 2 0.6612 0.629 0.000 0.612 0.132 0.256
#> SRR1782791 1 0.3610 0.685 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782792 2 0.5977 0.691 0.000 0.688 0.120 0.192
#> SRR1782793 1 0.3668 0.723 0.808 0.000 0.004 0.188
#> SRR1782794 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.3088 0.644 0.008 0.000 0.128 0.864
#> SRR1782796 4 0.4234 0.604 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1782798 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782797 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782799 3 0.2944 0.838 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1782800 4 0.5396 0.787 0.104 0.000 0.156 0.740
#> SRR1782801 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.2814 0.810 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1782804 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782805 3 0.3292 0.820 0.016 0.112 0.868 0.004
#> SRR1782806 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782808 2 0.6327 0.663 0.000 0.652 0.132 0.216
#> SRR1782807 4 0.5186 0.422 0.344 0.000 0.016 0.640
#> SRR1782809 3 0.5672 0.533 0.056 0.000 0.668 0.276
#> SRR1782810 2 0.6936 0.546 0.000 0.548 0.132 0.320
#> SRR1782812 2 0.5476 0.727 0.000 0.736 0.120 0.144
#> SRR1782813 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.3801 0.607 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1782815 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782816 3 0.4978 0.248 0.004 0.000 0.612 0.384
#> SRR1782818 4 0.5440 0.770 0.000 0.104 0.160 0.736
#> SRR1782819 4 0.2976 0.650 0.008 0.000 0.120 0.872
#> SRR1782817 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 4 0.5109 0.757 0.196 0.000 0.060 0.744
#> SRR1782825 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 4 0.5380 0.793 0.136 0.000 0.120 0.744
#> SRR1782822 4 0.0804 0.717 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1782821 4 0.4868 0.695 0.256 0.000 0.024 0.720
#> SRR1782823 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782826 1 0.2760 0.800 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782830 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782828 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.5185 0.773 0.176 0.000 0.076 0.748
#> SRR1782831 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782834 4 0.3142 0.639 0.000 0.008 0.132 0.860
#> SRR1782832 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782835 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782837 2 0.3390 0.809 0.000 0.852 0.016 0.132
#> SRR1782836 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782838 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782839 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.3088 0.644 0.008 0.000 0.128 0.864
#> SRR1782842 3 0.2944 0.756 0.004 0.000 0.868 0.128
#> SRR1782841 1 0.1474 0.884 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782843 3 0.3969 0.759 0.000 0.180 0.804 0.016
#> SRR1782845 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782846 3 0.2944 0.811 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR1782847 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782849 1 0.4711 0.615 0.740 0.000 0.236 0.024
#> SRR1782850 3 0.3492 0.812 0.004 0.092 0.868 0.036
#> SRR1782851 4 0.5222 0.796 0.132 0.000 0.112 0.756
#> SRR1782852 4 0.2814 0.646 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1782853 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 4 0.5889 0.758 0.188 0.000 0.116 0.696
#> SRR1782856 4 0.4994 0.239 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1782854 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3528 0.787 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1782859 3 0.3402 0.784 0.000 0.164 0.832 0.004
#> SRR1782860 4 0.5226 0.782 0.000 0.116 0.128 0.756
#> SRR1782861 4 0.5533 0.788 0.136 0.000 0.132 0.732
#> SRR1782862 3 0.3072 0.814 0.004 0.124 0.868 0.004
#> SRR1782863 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782864 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782866 4 0.5380 0.793 0.136 0.000 0.120 0.744
#> SRR1782865 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 4 0.0188 0.726 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782868 3 0.3873 0.629 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782872 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 4 0.5442 0.786 0.008 0.120 0.116 0.756
#> SRR1782875 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.2944 0.838 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1782871 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 4 0.5380 0.793 0.136 0.000 0.120 0.744
#> SRR1782873 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782879 3 0.4737 0.588 0.020 0.000 0.728 0.252
#> SRR1782880 4 0.5369 0.791 0.144 0.000 0.112 0.744
#> SRR1782883 1 0.0188 0.924 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782881 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 1 0.2760 0.783 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1782885 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782886 4 0.5494 0.785 0.008 0.116 0.124 0.752
#> SRR1782887 3 0.2944 0.811 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR1782888 4 0.5432 0.792 0.136 0.000 0.124 0.740
#> SRR1782889 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.1022 0.899 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782890 4 0.5624 0.783 0.148 0.000 0.128 0.724
#> SRR1782891 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 4 0.5369 0.781 0.164 0.000 0.096 0.740
#> SRR1782897 1 0.3356 0.737 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782896 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.2589 0.815 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782899 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 4 0.6356 0.593 0.320 0.000 0.084 0.596
#> SRR1782903 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3166 0.768 0.016 0.000 0.868 0.116
#> SRR1782904 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782907 4 0.5646 0.780 0.008 0.116 0.136 0.740
#> SRR1782906 4 0.5510 0.795 0.132 0.004 0.120 0.744
#> SRR1782908 3 0.3317 0.819 0.012 0.112 0.868 0.008
#> SRR1782909 2 0.0188 0.900 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782911 4 0.5226 0.796 0.128 0.000 0.116 0.756
#> SRR1782910 3 0.3292 0.820 0.016 0.112 0.868 0.004
#> SRR1782912 3 0.4008 0.728 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1782913 3 0.2868 0.836 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.2704 0.805 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1782916 4 0.3764 0.724 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1782918 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782919 3 0.3292 0.820 0.016 0.112 0.868 0.004
#> SRR1782920 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.3355 0.787 0.000 0.160 0.836 0.004
#> SRR1782922 4 0.2814 0.640 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1782921 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.3032 0.837 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR1782926 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.2868 0.808 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.4996 0.148 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782930 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.4250 0.573 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1782937 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 4 0.5511 0.793 0.020 0.100 0.116 0.764
#> SRR1782940 4 0.5440 0.770 0.000 0.104 0.160 0.736
#> SRR1782941 4 0.5383 0.784 0.160 0.000 0.100 0.740
#> SRR1782942 3 0.2944 0.811 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR1782945 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 4 0.5546 0.783 0.008 0.116 0.128 0.748
#> SRR1782947 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.2345 0.663 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1782955 2 0.6612 0.629 0.000 0.612 0.132 0.256
#> SRR1782956 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782946 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.4673 0.582 0.000 0.076 0.132 0.792
#> SRR1782958 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 4 0.5119 0.783 0.000 0.124 0.112 0.764
#> SRR1782964 3 0.2944 0.839 0.128 0.004 0.868 0.000
#> SRR1782963 4 0.4957 0.747 0.204 0.000 0.048 0.748
#> SRR1782965 1 0.1637 0.868 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782967 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782969 4 0.5432 0.792 0.136 0.000 0.124 0.740
#> SRR1782970 2 0.3745 0.808 0.000 0.852 0.088 0.060
#> SRR1782971 3 0.5810 0.498 0.000 0.072 0.672 0.256
#> SRR1782972 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 4 0.5100 0.778 0.168 0.000 0.076 0.756
#> SRR1782976 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 4 0.5119 0.797 0.124 0.000 0.112 0.764
#> SRR1782980 1 0.0817 0.906 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 4 0.4624 0.577 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782983 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782987 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782988 3 0.3231 0.818 0.012 0.116 0.868 0.004
#> SRR1782990 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 1 0.4164 0.564 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1782989 2 0.6708 0.613 0.000 0.596 0.132 0.272
#> SRR1782992 4 0.5326 0.794 0.136 0.000 0.116 0.748
#> SRR1782993 4 0.4136 0.741 0.000 0.196 0.016 0.788
#> SRR1782995 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.4585 0.583 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1782996 3 0.2944 0.838 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1782998 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1782999 4 0.5440 0.785 0.104 0.000 0.160 0.736
#> SRR1782997 4 0.6854 0.629 0.000 0.232 0.172 0.596
#> SRR1783000 3 0.4188 0.695 0.000 0.244 0.752 0.004
#> SRR1783001 1 0.5553 0.610 0.724 0.000 0.100 0.176
#> SRR1783002 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.2814 0.838 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.5226 0.760 0.000 0.180 0.076 0.744
#> SRR1783006 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0703 0.8961 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0162 0.9470 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782687 1 0.0609 0.9019 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782691 5 0.0451 0.9479 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1782689 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.3116 0.8817 0.064 0.000 0.000 0.076 0.860
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.2193 0.9051 0.000 0.912 0.028 0.060 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782700 1 0.0932 0.8970 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782699 1 0.3471 0.8459 0.840 0.020 0.012 0.124 0.004
#> SRR1782701 5 0.1282 0.9403 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782705 5 0.0955 0.9333 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR1782709 1 0.3452 0.8438 0.840 0.024 0.008 0.124 0.004
#> SRR1782711 5 0.0162 0.9470 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782707 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782706 2 0.3097 0.8714 0.024 0.876 0.032 0.068 0.000
#> SRR1782708 2 0.0880 0.9476 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782712 4 0.4088 0.5702 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1782713 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782710 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782714 4 0.4648 0.3060 0.464 0.000 0.012 0.524 0.000
#> SRR1782716 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782715 3 0.0992 0.9131 0.000 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR1782717 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782718 4 0.4620 0.4858 0.012 0.004 0.372 0.612 0.000
#> SRR1782719 3 0.0992 0.9131 0.000 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR1782720 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782721 4 0.5159 0.4019 0.044 0.000 0.400 0.556 0.000
#> SRR1782726 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782722 3 0.1579 0.9073 0.000 0.024 0.944 0.032 0.000
#> SRR1782723 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3969 0.5744 0.000 0.004 0.304 0.692 0.000
#> SRR1782724 1 0.1471 0.8920 0.952 0.020 0.004 0.024 0.000
#> SRR1782728 4 0.3612 0.7069 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782730 5 0.0609 0.9380 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782729 3 0.0671 0.9178 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782733 1 0.3452 0.8438 0.840 0.024 0.008 0.124 0.004
#> SRR1782732 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782735 3 0.2390 0.8719 0.000 0.000 0.896 0.084 0.020
#> SRR1782731 1 0.0932 0.8970 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782734 2 0.0794 0.9495 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782736 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782737 3 0.1844 0.8998 0.040 0.000 0.936 0.012 0.012
#> SRR1782738 4 0.4867 0.3819 0.024 0.000 0.432 0.544 0.000
#> SRR1782739 4 0.4872 0.3647 0.024 0.000 0.436 0.540 0.000
#> SRR1782740 5 0.1831 0.9295 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1782741 4 0.3797 0.6245 0.232 0.004 0.008 0.756 0.000
#> SRR1782742 2 0.0880 0.9492 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782743 2 0.1704 0.9268 0.004 0.928 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782744 2 0.0880 0.9492 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782745 1 0.3452 0.8438 0.840 0.024 0.008 0.124 0.004
#> SRR1782747 1 0.3374 0.8500 0.848 0.020 0.012 0.116 0.004
#> SRR1782750 1 0.5068 0.2714 0.572 0.000 0.388 0.040 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.5092 0.7633 0.720 0.000 0.012 0.168 0.100
#> SRR1782746 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782753 5 0.1502 0.9365 0.000 0.000 0.004 0.056 0.940
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.1831 0.9295 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1782755 2 0.0162 0.9625 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782756 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782757 2 0.1544 0.9299 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782758 1 0.3102 0.8331 0.860 0.000 0.000 0.056 0.084
#> SRR1782761 4 0.3700 0.7263 0.000 0.240 0.008 0.752 0.000
#> SRR1782759 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782762 2 0.3366 0.6200 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1782760 4 0.3398 0.7283 0.004 0.216 0.000 0.780 0.000
#> SRR1782764 3 0.1012 0.9164 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0960 0.9159 0.000 0.016 0.972 0.008 0.004
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1251 0.9382 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1782770 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782774 2 0.0963 0.9445 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782771 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782772 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.6824 0.4749 0.104 0.000 0.580 0.084 0.232
#> SRR1782776 4 0.4679 0.5231 0.000 0.032 0.316 0.652 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.4200 0.7766 0.812 0.032 0.088 0.068 0.000
#> SRR1782781 4 0.5120 0.5719 0.056 0.004 0.292 0.648 0.000
#> SRR1782779 1 0.3124 0.8267 0.844 0.000 0.016 0.136 0.004
#> SRR1782782 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782784 1 0.1741 0.8876 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR1782783 1 0.4769 0.3000 0.544 0.000 0.004 0.012 0.440
#> SRR1782785 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782786 5 0.1124 0.9304 0.036 0.000 0.004 0.000 0.960
#> SRR1782787 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782788 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782790 1 0.3307 0.8543 0.848 0.000 0.012 0.116 0.024
#> SRR1782789 4 0.3480 0.7188 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1782791 5 0.4779 0.6976 0.000 0.000 0.200 0.084 0.716
#> SRR1782792 2 0.4297 -0.1068 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1782793 5 0.1282 0.9266 0.044 0.000 0.004 0.000 0.952
#> SRR1782794 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782795 4 0.4457 0.5493 0.328 0.000 0.012 0.656 0.004
#> SRR1782796 4 0.3888 0.6288 0.228 0.008 0.008 0.756 0.000
#> SRR1782798 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782797 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782799 3 0.0854 0.9173 0.008 0.000 0.976 0.004 0.012
#> SRR1782800 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782801 2 0.0963 0.9445 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782804 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782805 3 0.0898 0.9148 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1782806 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782808 4 0.4227 0.4559 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1782807 1 0.6411 0.4977 0.564 0.000 0.012 0.192 0.232
#> SRR1782809 4 0.5024 0.4031 0.028 0.000 0.396 0.572 0.004
#> SRR1782810 4 0.3395 0.7275 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1782812 2 0.3395 0.6125 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.4302 -0.1554 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1782815 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782816 3 0.5439 0.3417 0.372 0.000 0.560 0.068 0.000
#> SRR1782818 1 0.2103 0.8761 0.920 0.020 0.004 0.056 0.000
#> SRR1782819 4 0.4416 0.5115 0.356 0.000 0.012 0.632 0.000
#> SRR1782817 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782824 1 0.0609 0.9019 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782825 2 0.0880 0.9492 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782820 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782822 1 0.1478 0.8792 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1782821 1 0.1579 0.8914 0.944 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR1782823 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782826 5 0.0703 0.9360 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782830 5 0.0162 0.9470 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782828 2 0.1544 0.9299 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782829 1 0.0510 0.9016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782831 4 0.3305 0.7269 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1782834 4 0.3779 0.6192 0.236 0.000 0.012 0.752 0.000
#> SRR1782832 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782835 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782837 4 0.4201 0.4085 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1782836 3 0.1117 0.9153 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1782838 3 0.1012 0.9164 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1782839 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782840 2 0.0794 0.9495 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782833 4 0.4323 0.5463 0.332 0.000 0.012 0.656 0.000
#> SRR1782842 3 0.1579 0.9058 0.024 0.000 0.944 0.032 0.000
#> SRR1782841 5 0.0451 0.9438 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1782843 3 0.3957 0.7980 0.112 0.028 0.820 0.040 0.000
#> SRR1782845 5 0.1831 0.9295 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1782844 3 0.0609 0.9173 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782846 3 0.1741 0.9038 0.000 0.024 0.936 0.040 0.000
#> SRR1782847 5 0.2017 0.9255 0.000 0.000 0.008 0.080 0.912
#> SRR1782848 3 0.0771 0.9174 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1782849 3 0.7181 0.4557 0.172 0.000 0.552 0.084 0.192
#> SRR1782850 3 0.2977 0.8552 0.076 0.008 0.876 0.040 0.000
#> SRR1782851 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782852 4 0.4306 0.5467 0.328 0.000 0.012 0.660 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.2103 0.8801 0.920 0.000 0.004 0.056 0.020
#> SRR1782856 1 0.2891 0.7946 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3741 0.8271 0.044 0.000 0.840 0.084 0.032
#> SRR1782859 3 0.3404 0.8471 0.048 0.024 0.860 0.068 0.000
#> SRR1782860 1 0.1377 0.8929 0.956 0.020 0.004 0.020 0.000
#> SRR1782861 1 0.2032 0.8826 0.924 0.000 0.004 0.052 0.020
#> SRR1782862 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782863 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782864 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782866 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782865 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782867 1 0.2770 0.8401 0.864 0.000 0.008 0.124 0.004
#> SRR1782868 1 0.5111 0.0208 0.500 0.000 0.464 0.036 0.000
#> SRR1782872 5 0.2189 0.9208 0.000 0.000 0.012 0.084 0.904
#> SRR1782874 1 0.0932 0.8970 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0981 0.9171 0.008 0.000 0.972 0.008 0.012
#> SRR1782871 5 0.0865 0.9453 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1782877 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0451 0.9446 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1782879 4 0.4886 0.3142 0.024 0.000 0.448 0.528 0.000
#> SRR1782880 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782883 5 0.0162 0.9470 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782881 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782882 2 0.0880 0.9492 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782884 5 0.3234 0.8794 0.000 0.000 0.064 0.084 0.852
#> SRR1782885 3 0.1579 0.9073 0.000 0.024 0.944 0.032 0.000
#> SRR1782886 1 0.0932 0.8970 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782887 3 0.1741 0.9038 0.000 0.024 0.936 0.040 0.000
#> SRR1782888 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782889 2 0.1544 0.9299 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782892 5 0.2017 0.9255 0.000 0.000 0.008 0.080 0.912
#> SRR1782890 1 0.1560 0.8958 0.948 0.000 0.004 0.028 0.020
#> SRR1782891 2 0.0703 0.9523 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782893 2 0.1478 0.9329 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1782894 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782897 5 0.4645 0.6221 0.268 0.000 0.000 0.044 0.688
#> SRR1782896 2 0.0162 0.9625 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782901 5 0.0609 0.9380 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.1836 0.8859 0.932 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.1750 0.9024 0.028 0.000 0.936 0.036 0.000
#> SRR1782904 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782907 1 0.0932 0.8970 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782906 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782908 3 0.1673 0.9084 0.008 0.016 0.944 0.032 0.000
#> SRR1782909 2 0.2409 0.8996 0.032 0.900 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782911 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782910 3 0.0898 0.9148 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1782912 3 0.2889 0.8520 0.000 0.000 0.872 0.084 0.044
#> SRR1782913 3 0.4941 0.7328 0.116 0.000 0.760 0.084 0.040
#> SRR1782915 5 0.0566 0.9475 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1782914 5 0.0609 0.9380 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782916 1 0.2304 0.8642 0.908 0.048 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782918 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782919 3 0.0898 0.9148 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1782920 5 0.1502 0.9365 0.000 0.000 0.004 0.056 0.940
#> SRR1782917 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782922 4 0.3628 0.5842 0.216 0.000 0.012 0.772 0.000
#> SRR1782921 2 0.1544 0.9299 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0693 0.9164 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0963 0.9445 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782933 4 0.5119 0.5943 0.060 0.004 0.280 0.656 0.000
#> SRR1782930 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782931 2 0.0963 0.9445 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.4713 0.6015 0.280 0.000 0.000 0.044 0.676
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3374 0.8500 0.848 0.020 0.012 0.116 0.004
#> SRR1782940 1 0.1560 0.8901 0.948 0.020 0.004 0.028 0.000
#> SRR1782941 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782942 3 0.1661 0.9057 0.000 0.024 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782945 5 0.1502 0.9365 0.000 0.000 0.004 0.056 0.940
#> SRR1782944 1 0.0932 0.8970 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782947 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782948 2 0.1544 0.9299 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782949 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782952 5 0.1768 0.9311 0.000 0.000 0.004 0.072 0.924
#> SRR1782950 2 0.0963 0.9445 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782953 2 0.1544 0.9299 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782951 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782954 4 0.4779 0.2419 0.396 0.000 0.016 0.584 0.004
#> SRR1782955 4 0.3612 0.7069 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.1403 0.9099 0.000 0.024 0.952 0.024 0.000
#> SRR1782946 5 0.0324 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782959 4 0.4168 0.6699 0.184 0.052 0.000 0.764 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3471 0.8459 0.840 0.020 0.012 0.124 0.004
#> SRR1782964 3 0.0671 0.9178 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782963 1 0.3283 0.8529 0.848 0.000 0.008 0.116 0.028
#> SRR1782965 5 0.2962 0.8926 0.000 0.000 0.048 0.084 0.868
#> SRR1782966 2 0.1251 0.9382 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1782968 3 0.0671 0.9178 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1782967 3 0.1579 0.9073 0.000 0.024 0.944 0.032 0.000
#> SRR1782969 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782970 2 0.1197 0.9208 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782971 4 0.4101 0.5161 0.000 0.004 0.332 0.664 0.000
#> SRR1782972 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.1571 0.9361 0.000 0.000 0.004 0.060 0.936
#> SRR1782975 1 0.0609 0.9019 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0162 0.9481 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782979 1 0.3307 0.8543 0.848 0.000 0.012 0.116 0.024
#> SRR1782980 5 0.1831 0.9295 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0290 0.9610 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782985 1 0.4087 0.7056 0.784 0.168 0.008 0.040 0.000
#> SRR1782983 3 0.0992 0.9131 0.000 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9639 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0451 0.9479 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1782986 3 0.0771 0.9174 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1782988 3 0.1579 0.9073 0.000 0.024 0.944 0.032 0.000
#> SRR1782990 2 0.0963 0.9445 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782991 5 0.5091 0.6381 0.000 0.000 0.244 0.084 0.672
#> SRR1782989 4 0.3424 0.7265 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1782992 1 0.0771 0.9026 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782993 1 0.3452 0.8438 0.840 0.024 0.008 0.124 0.004
#> SRR1782995 5 0.1831 0.9295 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1782994 3 0.5267 0.7183 0.072 0.000 0.744 0.084 0.100
#> SRR1782996 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782998 3 0.1399 0.9112 0.000 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782999 1 0.0932 0.9024 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782997 1 0.3348 0.8334 0.864 0.036 0.032 0.068 0.000
#> SRR1783000 3 0.5801 0.4538 0.028 0.280 0.624 0.068 0.000
#> SRR1783001 1 0.4725 0.6927 0.732 0.000 0.004 0.076 0.188
#> SRR1783002 2 0.0880 0.9476 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1783003 3 0.0898 0.9171 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1783004 2 0.0162 0.9625 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783005 1 0.2142 0.8755 0.920 0.028 0.004 0.048 0.000
#> SRR1783006 2 0.0404 0.9551 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.1575 0.6551 0.936 0.000 0.000 0.032 0.000 0.032
#> SRR1782686 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782687 1 0.0146 0.6683 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0547 0.9170 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782690 1 0.0260 0.6671 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.2320 0.8487 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864 0.132
#> SRR1782689 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782692 2 0.0146 0.9217 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782693 5 0.5949 0.5479 0.220 0.000 0.000 0.028 0.568 0.184
#> SRR1782694 2 0.0547 0.9170 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782696 2 0.4988 0.6835 0.000 0.688 0.024 0.104 0.000 0.184
#> SRR1782697 2 0.0692 0.9167 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782695 3 0.0363 0.8516 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782700 1 0.1572 0.6579 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1782699 1 0.4179 -0.3259 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.472
#> SRR1782701 5 0.2730 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.012 0.836 0.152
#> SRR1782702 2 0.0458 0.9182 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782704 2 0.0547 0.9170 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782703 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782705 5 0.1714 0.8058 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782709 1 0.4179 -0.3259 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.472
#> SRR1782711 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782707 5 0.0000 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.6617 0.5393 0.068 0.576 0.028 0.128 0.000 0.200
#> SRR1782708 2 0.1984 0.8850 0.000 0.912 0.000 0.056 0.000 0.032
#> SRR1782712 4 0.3052 0.6360 0.000 0.216 0.000 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782713 4 0.1610 0.7059 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0146 0.6683 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.5480 0.0429 0.432 0.000 0.000 0.444 0.000 0.124
#> SRR1782716 4 0.1957 0.7107 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.1434 0.8520 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1782717 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782718 4 0.5271 0.4973 0.000 0.000 0.292 0.576 0.000 0.132
#> SRR1782719 3 0.1500 0.8513 0.000 0.000 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR1782720 4 0.2053 0.7116 0.000 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> SRR1782721 4 0.5888 0.4071 0.008 0.000 0.364 0.468 0.000 0.160
#> SRR1782726 3 0.0000 0.8537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.2988 0.8159 0.000 0.000 0.828 0.028 0.000 0.144
#> SRR1782723 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.4011 0.5901 0.000 0.000 0.212 0.732 0.000 0.056
#> SRR1782724 1 0.1995 0.6471 0.912 0.000 0.000 0.036 0.000 0.052
#> SRR1782728 4 0.2912 0.6725 0.000 0.172 0.000 0.816 0.000 0.012
#> SRR1782730 5 0.0891 0.8536 0.024 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR1782729 3 0.0405 0.8546 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782733 1 0.4179 -0.3259 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.472
#> SRR1782732 4 0.1753 0.7057 0.000 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1782735 3 0.3626 0.6832 0.000 0.000 0.776 0.028 0.008 0.188
#> SRR1782731 1 0.1572 0.6579 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1782734 2 0.1757 0.8864 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> SRR1782736 1 0.0000 0.6689 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.3154 0.7965 0.072 0.000 0.848 0.012 0.000 0.068
#> SRR1782738 4 0.5528 0.4439 0.000 0.000 0.348 0.508 0.000 0.144
#> SRR1782739 4 0.5521 0.4273 0.000 0.000 0.376 0.488 0.000 0.136
#> SRR1782740 5 0.4196 0.8005 0.040 0.000 0.000 0.028 0.752 0.180
#> SRR1782741 4 0.2506 0.6501 0.068 0.000 0.000 0.880 0.000 0.052
#> SRR1782742 2 0.2230 0.8750 0.000 0.892 0.000 0.084 0.000 0.024
#> SRR1782743 2 0.4970 0.6891 0.016 0.684 0.000 0.124 0.000 0.176
#> SRR1782744 2 0.2164 0.8839 0.000 0.900 0.000 0.068 0.000 0.032
#> SRR1782745 1 0.4179 -0.3259 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.472
#> SRR1782747 1 0.4091 -0.3154 0.520 0.000 0.000 0.008 0.000 0.472
#> SRR1782750 1 0.4766 0.4648 0.724 0.000 0.072 0.044 0.000 0.160
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.4596 -0.3740 0.508 0.000 0.000 0.004 0.028 0.460
#> SRR1782746 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782753 5 0.3025 0.8329 0.000 0.000 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.3833 0.8118 0.020 0.000 0.000 0.028 0.772 0.180
#> SRR1782755 2 0.0692 0.9171 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1782756 4 0.1957 0.7107 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.4416 0.7246 0.000 0.716 0.000 0.124 0.000 0.160
#> SRR1782758 1 0.3989 0.4570 0.768 0.000 0.000 0.024 0.036 0.172
#> SRR1782761 4 0.2480 0.7097 0.000 0.104 0.000 0.872 0.000 0.024
#> SRR1782759 1 0.0260 0.6704 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782762 2 0.3360 0.5840 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000 0.004
#> SRR1782760 4 0.1464 0.6877 0.016 0.036 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1782764 3 0.0458 0.8504 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.1225 0.8535 0.000 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.3315 0.8040 0.000 0.000 0.804 0.040 0.000 0.156
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2003 0.8834 0.000 0.912 0.000 0.044 0.000 0.044
#> SRR1782770 3 0.3381 0.8016 0.000 0.000 0.800 0.044 0.000 0.156
#> SRR1782774 2 0.1418 0.9021 0.000 0.944 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR1782771 3 0.3381 0.8016 0.000 0.000 0.800 0.044 0.000 0.156
#> SRR1782772 3 0.3522 0.7943 0.000 0.000 0.784 0.044 0.000 0.172
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0547 0.9170 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782777 3 0.7452 -0.0437 0.344 0.000 0.360 0.028 0.064 0.204
#> SRR1782776 4 0.5143 0.5172 0.000 0.004 0.212 0.636 0.000 0.148
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.5184 0.3816 0.660 0.000 0.020 0.120 0.000 0.200
#> SRR1782781 4 0.5637 0.5114 0.024 0.000 0.176 0.612 0.000 0.188
#> SRR1782779 6 0.4282 0.5067 0.420 0.000 0.000 0.020 0.000 0.560
#> SRR1782782 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782784 1 0.1003 0.6580 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1782783 1 0.5796 -0.2806 0.432 0.000 0.000 0.000 0.388 0.180
#> SRR1782785 1 0.0146 0.6689 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782786 5 0.1714 0.8058 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1782787 3 0.0632 0.8515 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782788 5 0.0000 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.3966 -0.2734 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1782789 4 0.2191 0.7067 0.000 0.120 0.000 0.876 0.000 0.004
#> SRR1782791 5 0.6278 0.4647 0.000 0.000 0.296 0.028 0.488 0.188
#> SRR1782792 4 0.3998 0.4568 0.000 0.340 0.000 0.644 0.000 0.016
#> SRR1782793 5 0.2333 0.7941 0.024 0.000 0.000 0.000 0.884 0.092
#> SRR1782794 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782795 4 0.5013 0.4434 0.224 0.000 0.000 0.636 0.000 0.140
#> SRR1782796 4 0.2009 0.6548 0.068 0.000 0.000 0.908 0.000 0.024
#> SRR1782798 4 0.1957 0.7107 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.1957 0.7107 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0790 0.8559 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782800 1 0.1794 0.6594 0.924 0.000 0.000 0.036 0.000 0.040
#> SRR1782801 2 0.1564 0.8981 0.000 0.936 0.000 0.040 0.000 0.024
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.3247 0.8062 0.000 0.000 0.808 0.036 0.000 0.156
#> SRR1782804 3 0.1531 0.8243 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1782805 3 0.1563 0.8505 0.000 0.000 0.932 0.012 0.000 0.056
#> SRR1782806 3 0.1531 0.8243 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1782808 4 0.3729 0.5398 0.000 0.296 0.000 0.692 0.000 0.012
#> SRR1782807 6 0.5767 0.6367 0.284 0.000 0.000 0.028 0.120 0.568
#> SRR1782809 4 0.5645 0.4396 0.000 0.000 0.320 0.508 0.000 0.172
#> SRR1782810 4 0.2121 0.7088 0.000 0.096 0.000 0.892 0.000 0.012
#> SRR1782812 2 0.3405 0.5686 0.000 0.724 0.000 0.272 0.000 0.004
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.4933 0.0840 0.000 0.000 0.536 0.396 0.000 0.068
#> SRR1782815 4 0.2312 0.7087 0.000 0.112 0.000 0.876 0.000 0.012
#> SRR1782816 1 0.5789 0.2411 0.584 0.000 0.228 0.024 0.000 0.164
#> SRR1782818 1 0.3453 0.5492 0.792 0.000 0.000 0.044 0.000 0.164
#> SRR1782819 4 0.5273 0.3446 0.284 0.000 0.000 0.580 0.000 0.136
#> SRR1782817 5 0.0000 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0146 0.6683 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.2560 0.8613 0.000 0.872 0.000 0.092 0.000 0.036
#> SRR1782820 1 0.0458 0.6680 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782822 1 0.2822 0.5981 0.852 0.000 0.000 0.108 0.000 0.040
#> SRR1782821 1 0.0820 0.6620 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR1782823 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782826 5 0.1398 0.8437 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR1782830 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782828 2 0.4619 0.7127 0.004 0.704 0.000 0.124 0.000 0.168
#> SRR1782829 1 0.0520 0.6664 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782831 4 0.1542 0.6917 0.004 0.052 0.000 0.936 0.000 0.008
#> SRR1782834 4 0.2506 0.6501 0.068 0.000 0.000 0.880 0.000 0.052
#> SRR1782832 4 0.1957 0.7107 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.1957 0.7107 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.5034 0.4675 0.012 0.172 0.000 0.672 0.000 0.144
#> SRR1782836 3 0.0858 0.8457 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1782838 3 0.0713 0.8471 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782839 3 0.0260 0.8523 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782840 2 0.1563 0.8942 0.000 0.932 0.000 0.056 0.000 0.012
#> SRR1782833 4 0.5135 0.4328 0.240 0.000 0.000 0.616 0.000 0.144
#> SRR1782842 3 0.3139 0.8139 0.000 0.000 0.816 0.032 0.000 0.152
#> SRR1782841 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782843 3 0.6919 0.2958 0.276 0.000 0.444 0.080 0.000 0.200
#> SRR1782845 5 0.3245 0.8248 0.000 0.000 0.000 0.028 0.800 0.172
#> SRR1782844 3 0.0291 0.8543 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782846 3 0.3763 0.7824 0.000 0.000 0.768 0.060 0.000 0.172
#> SRR1782847 5 0.5437 0.7314 0.020 0.000 0.080 0.028 0.668 0.204
#> SRR1782848 3 0.0000 0.8537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.7279 0.0706 0.444 0.000 0.268 0.028 0.060 0.200
#> SRR1782850 3 0.5518 0.6771 0.076 0.000 0.656 0.080 0.000 0.188
#> SRR1782851 1 0.0146 0.6689 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782852 4 0.5111 0.4130 0.224 0.000 0.000 0.624 0.000 0.152
#> SRR1782853 2 0.0146 0.9217 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.2176 0.6099 0.896 0.000 0.000 0.024 0.000 0.080
#> SRR1782856 1 0.2234 0.5392 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR1782854 2 0.0291 0.9213 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782857 2 0.0260 0.9208 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.5654 0.5172 0.116 0.000 0.640 0.028 0.012 0.204
#> SRR1782859 3 0.5771 0.6409 0.060 0.000 0.628 0.124 0.000 0.188
#> SRR1782860 1 0.2058 0.6447 0.908 0.000 0.000 0.036 0.000 0.056
#> SRR1782861 1 0.1616 0.6407 0.932 0.000 0.000 0.020 0.000 0.048
#> SRR1782862 3 0.3522 0.7943 0.000 0.000 0.784 0.044 0.000 0.172
#> SRR1782863 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782864 3 0.0146 0.8532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782866 1 0.0603 0.6706 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1782865 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782867 1 0.4067 -0.2847 0.548 0.000 0.000 0.008 0.000 0.444
#> SRR1782868 1 0.5545 0.3590 0.648 0.000 0.140 0.044 0.000 0.168
#> SRR1782872 5 0.5335 0.7431 0.020 0.000 0.076 0.028 0.680 0.196
#> SRR1782874 1 0.1572 0.6579 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0937 0.8525 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782871 5 0.2257 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.008 0.876 0.116
#> SRR1782877 1 0.0146 0.6689 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782879 4 0.5631 0.3391 0.000 0.000 0.408 0.444 0.000 0.148
#> SRR1782880 1 0.0260 0.6678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782883 5 0.0000 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0146 0.8532 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782882 2 0.1779 0.8911 0.000 0.920 0.000 0.064 0.000 0.016
#> SRR1782884 5 0.6072 0.5572 0.000 0.000 0.240 0.028 0.544 0.188
#> SRR1782885 3 0.2909 0.8197 0.000 0.000 0.836 0.028 0.000 0.136
#> SRR1782886 1 0.1572 0.6579 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1782887 3 0.4012 0.7644 0.000 0.000 0.748 0.076 0.000 0.176
#> SRR1782888 1 0.0632 0.6691 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782889 2 0.4593 0.7267 0.008 0.716 0.000 0.124 0.000 0.152
#> SRR1782892 5 0.5184 0.7632 0.044 0.000 0.036 0.028 0.696 0.196
#> SRR1782890 1 0.0777 0.6643 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782891 2 0.1176 0.9083 0.000 0.956 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR1782893 2 0.4121 0.7554 0.000 0.748 0.000 0.116 0.000 0.136
#> SRR1782894 1 0.0260 0.6671 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.5872 0.1318 0.536 0.000 0.000 0.016 0.288 0.160
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.1333 0.8464 0.048 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3651 0.4836 0.792 0.000 0.000 0.016 0.032 0.160
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.3721 0.8026 0.016 0.000 0.788 0.036 0.000 0.160
#> SRR1782904 3 0.0260 0.8523 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782907 1 0.1572 0.6579 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1782906 1 0.1168 0.6626 0.956 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1782908 3 0.3351 0.8053 0.000 0.000 0.800 0.040 0.000 0.160
#> SRR1782909 2 0.6119 0.5749 0.092 0.600 0.000 0.124 0.000 0.184
#> SRR1782911 1 0.0146 0.6689 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782910 3 0.1225 0.8535 0.000 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1782912 3 0.4502 0.6244 0.000 0.000 0.720 0.028 0.048 0.204
#> SRR1782913 1 0.6696 0.0468 0.412 0.000 0.340 0.028 0.008 0.212
#> SRR1782915 5 0.2320 0.8487 0.000 0.000 0.000 0.004 0.864 0.132
#> SRR1782914 5 0.1141 0.8462 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1782916 1 0.4259 0.3731 0.708 0.008 0.000 0.240 0.000 0.044
#> SRR1782918 3 0.1806 0.8098 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR1782919 3 0.1367 0.8526 0.000 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1782920 5 0.3921 0.8133 0.036 0.000 0.000 0.024 0.776 0.164
#> SRR1782917 3 0.3679 0.7857 0.000 0.000 0.772 0.052 0.000 0.176
#> SRR1782922 4 0.4802 0.2562 0.056 0.000 0.000 0.540 0.000 0.404
#> SRR1782921 2 0.4694 0.7131 0.008 0.704 0.000 0.124 0.000 0.164
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.1333 0.8530 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000 0.048
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.3381 0.8016 0.000 0.000 0.800 0.044 0.000 0.156
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1564 0.8981 0.000 0.936 0.000 0.040 0.000 0.024
#> SRR1782933 4 0.5324 0.5559 0.016 0.000 0.196 0.640 0.000 0.148
#> SRR1782930 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782931 2 0.1649 0.8959 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.5669 0.1418 0.552 0.000 0.000 0.016 0.308 0.124
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3979 -0.2770 0.540 0.000 0.000 0.004 0.000 0.456
#> SRR1782940 1 0.3381 0.5581 0.800 0.000 0.000 0.044 0.000 0.156
#> SRR1782941 1 0.0000 0.6689 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.3522 0.7943 0.000 0.000 0.784 0.044 0.000 0.172
#> SRR1782945 5 0.3277 0.8305 0.008 0.000 0.000 0.024 0.812 0.156
#> SRR1782944 1 0.1572 0.6579 0.936 0.000 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR1782947 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782948 2 0.4651 0.7079 0.004 0.700 0.000 0.124 0.000 0.172
#> SRR1782949 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782952 5 0.3351 0.8252 0.000 0.000 0.004 0.028 0.800 0.168
#> SRR1782950 2 0.2930 0.8271 0.000 0.840 0.000 0.036 0.000 0.124
#> SRR1782953 2 0.4341 0.7456 0.004 0.736 0.000 0.124 0.000 0.136
#> SRR1782951 5 0.0260 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782954 6 0.5504 0.5264 0.188 0.000 0.000 0.252 0.000 0.560
#> SRR1782955 4 0.2442 0.6936 0.000 0.144 0.000 0.852 0.000 0.004
#> SRR1782956 2 0.0146 0.9212 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782957 3 0.2312 0.8340 0.000 0.000 0.876 0.012 0.000 0.112
#> SRR1782946 5 0.2100 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1782959 4 0.1643 0.6554 0.068 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.2234 0.8510 0.000 0.000 0.000 0.004 0.872 0.124
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.4179 -0.3259 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.472
#> SRR1782964 3 0.0725 0.8545 0.000 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1782963 1 0.3966 -0.2734 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1782965 5 0.5358 0.7004 0.000 0.000 0.120 0.028 0.648 0.204
#> SRR1782966 2 0.2839 0.8448 0.000 0.860 0.004 0.044 0.000 0.092
#> SRR1782968 3 0.0520 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782967 3 0.2949 0.8176 0.000 0.000 0.832 0.028 0.000 0.140
#> SRR1782969 1 0.0632 0.6691 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782970 2 0.2278 0.8083 0.000 0.868 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR1782971 4 0.4478 0.5518 0.000 0.000 0.244 0.680 0.000 0.076
#> SRR1782972 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.3073 0.8331 0.000 0.000 0.004 0.016 0.816 0.164
#> SRR1782975 1 0.0000 0.6689 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0260 0.8639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782979 1 0.3966 -0.2734 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1782980 5 0.4857 0.7668 0.072 0.000 0.004 0.028 0.708 0.188
#> SRR1782981 2 0.0146 0.9212 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782982 2 0.1261 0.9062 0.000 0.952 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR1782985 1 0.6786 -0.0922 0.492 0.256 0.000 0.104 0.000 0.148
#> SRR1782983 3 0.1500 0.8513 0.000 0.000 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.1700 0.8593 0.000 0.000 0.000 0.004 0.916 0.080
#> SRR1782986 3 0.0000 0.8537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.3172 0.8131 0.000 0.000 0.816 0.036 0.000 0.148
#> SRR1782990 2 0.1418 0.9021 0.000 0.944 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR1782991 5 0.6365 0.4062 0.000 0.000 0.336 0.028 0.448 0.188
#> SRR1782989 4 0.2312 0.7087 0.000 0.112 0.000 0.876 0.000 0.012
#> SRR1782992 1 0.0260 0.6678 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782993 1 0.4179 -0.3259 0.516 0.000 0.000 0.012 0.000 0.472
#> SRR1782995 5 0.3453 0.8193 0.000 0.000 0.004 0.028 0.788 0.180
#> SRR1782994 3 0.6030 0.4689 0.140 0.000 0.608 0.028 0.020 0.204
#> SRR1782996 3 0.0790 0.8539 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782998 3 0.0935 0.8445 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1782999 1 0.1257 0.6625 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1782997 1 0.5077 0.3993 0.668 0.000 0.020 0.104 0.000 0.208
#> SRR1783000 3 0.8602 0.1329 0.124 0.208 0.332 0.128 0.000 0.208
#> SRR1783001 1 0.4116 0.4609 0.764 0.000 0.000 0.024 0.048 0.164
#> SRR1783002 2 0.1926 0.8859 0.000 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020
#> SRR1783003 3 0.0000 0.8537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0260 0.9208 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4162 0.4861 0.744 0.000 0.000 0.120 0.000 0.136
#> SRR1783006 2 0.0146 0.9212 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.747 0.879 0.949 0.5018 0.498 0.498
#> 3 3 0.940 0.922 0.970 0.3029 0.765 0.566
#> 4 4 0.811 0.741 0.861 0.1231 0.874 0.662
#> 5 5 0.891 0.881 0.938 0.0691 0.895 0.641
#> 6 6 0.960 0.900 0.952 0.0270 0.961 0.824
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.6247 0.7938 0.156 0.844
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.6973 0.7677 0.812 0.188
#> SRR1782700 2 0.6623 0.7753 0.172 0.828
#> SRR1782699 2 0.9686 0.3722 0.396 0.604
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7219 0.7410 0.200 0.800
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.8713 0.5723 0.292 0.708
#> SRR1782717 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.2778 0.9035 0.048 0.952
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782726 1 0.6343 0.8016 0.840 0.160
#> SRR1782722 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.0376 0.9416 0.004 0.996
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.8661 0.6126 0.712 0.288
#> SRR1782733 2 0.7219 0.7410 0.200 0.800
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.2423 0.9125 0.960 0.040
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782738 1 0.7299 0.7464 0.796 0.204
#> SRR1782739 1 0.6712 0.7827 0.824 0.176
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.7139 0.7461 0.196 0.804
#> SRR1782747 2 0.9427 0.4608 0.360 0.640
#> SRR1782750 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.5629 0.8319 0.868 0.132
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.9954 0.1830 0.540 0.460
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.8608 0.5879 0.284 0.716
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.7219 0.7270 0.800 0.200
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.8813 0.5902 0.700 0.300
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.2236 0.9143 0.036 0.964
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.8443 0.6292 0.272 0.728
#> SRR1782819 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.2236 0.9149 0.036 0.964
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.5178 0.8476 0.884 0.116
#> SRR1782838 1 0.5629 0.8319 0.868 0.132
#> SRR1782839 1 0.5842 0.8235 0.860 0.140
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.7299 0.7210 0.796 0.204
#> SRR1782842 1 0.6343 0.8016 0.840 0.160
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.6973 0.7677 0.812 0.188
#> SRR1782846 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.6973 0.7677 0.812 0.188
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.7299 0.7226 0.204 0.796
#> SRR1782851 1 0.2778 0.9056 0.952 0.048
#> SRR1782852 1 0.9944 0.1257 0.544 0.456
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.6973 0.7559 0.188 0.812
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.6438 0.7970 0.836 0.164
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9732 0.2948 0.596 0.404
#> SRR1782868 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.8763 0.5928 0.296 0.704
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.1414 0.9293 0.980 0.020
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.5737 0.8277 0.864 0.136
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.7219 0.7282 0.200 0.800
#> SRR1782886 2 0.9795 0.3182 0.416 0.584
#> SRR1782887 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.5629 0.8319 0.868 0.132
#> SRR1782907 1 0.9983 0.0442 0.524 0.476
#> SRR1782906 1 0.2778 0.9056 0.952 0.048
#> SRR1782908 1 0.9881 0.2607 0.564 0.436
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.2778 0.9056 0.952 0.048
#> SRR1782910 2 0.9795 0.2620 0.416 0.584
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.9775 0.2744 0.412 0.588
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.9944 0.1949 0.456 0.544
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.6531 0.7923 0.832 0.168
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.9954 0.0983 0.460 0.540
#> SRR1782930 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9775 0.2709 0.588 0.412
#> SRR1782940 1 0.9000 0.5178 0.684 0.316
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.7219 0.7282 0.200 0.800
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.7815 0.6973 0.232 0.768
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.8608 0.6141 0.284 0.716
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.8713 0.5723 0.292 0.708
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.8813 0.5855 0.300 0.700
#> SRR1782964 1 0.9491 0.4448 0.632 0.368
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.7219 0.7518 0.800 0.200
#> SRR1782967 2 0.9775 0.2744 0.412 0.588
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.2423 0.9125 0.960 0.040
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.8713 0.5723 0.292 0.708
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.7219 0.7518 0.800 0.200
#> SRR1782988 1 0.9833 0.2969 0.576 0.424
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.7219 0.7410 0.200 0.800
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9434 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.6973 0.7677 0.812 0.188
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9447 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.2356 0.903 0.072 0.928 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 2 0.2448 0.898 0.076 0.924 0.000
#> SRR1782699 1 0.3619 0.809 0.864 0.136 0.000
#> SRR1782701 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.4702 0.731 0.212 0.788 0.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 3 0.6126 0.296 0.000 0.400 0.600
#> SRR1782719 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.6095 0.363 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782726 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.6126 0.349 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782724 2 0.5835 0.470 0.340 0.660 0.000
#> SRR1782728 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.4555 0.749 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0237 0.976 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782731 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4555 0.749 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782747 1 0.5926 0.440 0.644 0.356 0.000
#> SRR1782750 1 0.6305 0.101 0.516 0.000 0.484
#> SRR1782749 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.3686 0.827 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782778 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.4555 0.746 0.000 0.800 0.200
#> SRR1782779 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782791 1 0.6095 0.363 0.608 0.000 0.392
#> SRR1782792 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.6126 0.342 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782810 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.5733 0.528 0.676 0.000 0.324
#> SRR1782818 1 0.4452 0.743 0.808 0.192 0.000
#> SRR1782819 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.1163 0.926 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.6215 0.194 0.428 0.000 0.572
#> SRR1782859 3 0.6295 0.108 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782860 2 0.4555 0.749 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 1 0.5216 0.634 0.740 0.000 0.260
#> SRR1782872 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 1 0.5926 0.449 0.644 0.000 0.356
#> SRR1782913 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782922 1 0.6252 0.195 0.556 0.444 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 2 0.6345 0.342 0.004 0.596 0.400
#> SRR1782930 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.6095 0.349 0.608 0.392 0.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5859 0.467 0.656 0.344 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.5678 0.543 0.684 0.000 0.316
#> SRR1782966 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 2 0.6111 0.360 0.000 0.604 0.396
#> SRR1782972 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.4555 0.749 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782995 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.6126 0.355 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782996 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.4855 0.3666 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782689 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782700 2 0.4855 0.3666 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.4855 -0.0304 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1782701 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782705 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782709 2 0.4855 0.3666 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782711 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782707 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782713 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782710 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782716 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782715 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782717 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782718 4 0.0000 0.3448 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782720 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782721 4 0.3907 0.4770 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1782726 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782722 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782723 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.3448 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.4855 0.3666 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782730 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782729 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782733 2 0.4855 0.3666 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782735 3 0.0000 0.4115 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.3801 0.7119 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1782738 4 0.0000 0.3448 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.3448 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782741 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4855 0.3666 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.4941 0.3133 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.4981 0.0571 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782746 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782753 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782761 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782759 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.4855 -0.0870 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782760 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782764 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782772 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782776 4 0.3610 0.6188 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3610 0.6188 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1782779 4 0.6746 0.3634 0.116 0.000 0.316 0.568
#> SRR1782782 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782784 1 0.4790 0.8158 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1782783 1 0.4008 0.7648 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782787 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782788 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782789 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782791 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782792 2 0.5000 -0.4040 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1782793 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782794 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782795 4 0.4855 0.3500 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1782796 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782798 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782797 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782799 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782800 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782804 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782805 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782806 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782808 4 0.4999 0.4173 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1782807 1 0.7535 0.5833 0.464 0.000 0.336 0.200
#> SRR1782809 4 0.4855 0.3500 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1782810 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782812 2 0.4855 -0.0870 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.3448 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782816 1 0.4941 0.7941 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1782818 1 0.4898 -0.0807 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.6074 0.4008 0.060 0.000 0.340 0.600
#> SRR1782817 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782821 1 0.3356 0.7378 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782823 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782826 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782830 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0188 0.6658 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782831 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782834 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782832 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782835 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782837 4 0.4972 0.5030 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1782836 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782838 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782839 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782842 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782841 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782843 2 0.6607 0.0626 0.000 0.516 0.084 0.400
#> SRR1782845 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782844 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782846 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782847 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782848 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782849 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782850 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782851 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3356 -0.1048 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 4 0.5837 0.5227 0.400 0.036 0.000 0.564
#> SRR1782861 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782862 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782863 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782864 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782866 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782867 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782868 1 0.5510 0.8086 0.600 0.000 0.376 0.024
#> SRR1782872 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782874 1 0.1940 0.5792 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782871 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782879 4 0.0000 0.3448 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782881 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.4115 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782886 1 0.0336 0.6566 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782888 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782890 1 0.3356 0.7378 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782901 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782904 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782907 1 0.0592 0.6485 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782912 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782913 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782915 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782914 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782916 2 0.3400 0.6234 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1782918 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782919 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782920 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782917 4 0.7851 -0.4412 0.000 0.312 0.288 0.400
#> SRR1782922 4 0.6338 0.5202 0.316 0.000 0.084 0.600
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1792 0.4042 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1782930 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.4877 -0.0553 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782945 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782944 1 0.3219 0.4523 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782952 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782954 4 0.4855 0.5251 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782955 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782946 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782959 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 2 0.4898 0.3437 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782963 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.4855 -0.6151 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782967 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782969 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.3024 0.6873 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1782971 4 0.0469 0.3673 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1782972 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782986 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782988 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.4115 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.4855 0.6097 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782992 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.5582 0.3325 0.400 0.576 0.000 0.024
#> SRR1782995 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782994 3 0.4776 -0.5765 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782996 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782998 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1782999 1 0.0000 0.6640 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.4855 0.8221 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.4855 0.9273 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9107 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782701 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.4182 0.4815 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782713 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.3109 0.7122 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782716 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.3143 0.7402 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782721 4 0.5756 0.6267 0.000 0.000 0.176 0.620 0.204
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3074 0.7462 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782730 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782732 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782735 5 0.4201 0.3116 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.3039 0.7164 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1782738 4 0.3143 0.7402 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1782739 4 0.3143 0.7402 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1782740 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 4 0.2773 0.8365 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782747 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782750 1 0.4297 0.0787 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 5 0.4624 0.6932 0.096 0.000 0.000 0.164 0.740
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782761 4 0.2773 0.8365 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.4171 0.1821 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1782760 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 4 0.3266 0.7441 0.000 0.004 0.200 0.796 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3109 0.7433 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782779 4 0.3913 0.3888 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1782782 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 5 0.3730 0.5864 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1782783 1 0.5602 0.6522 0.640 0.000 0.000 0.164 0.196
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.2852 0.8451 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782789 4 0.2891 0.8342 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782791 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782792 2 0.4291 -0.0869 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 4 0.3039 0.7152 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1782796 4 0.2773 0.8365 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782798 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782797 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4307 0.2058 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1782807 5 0.6477 0.1172 0.184 0.000 0.000 0.392 0.424
#> SRR1782809 4 0.3336 0.6801 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1782810 4 0.2773 0.8365 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782812 2 0.4171 0.1821 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.3143 0.7402 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1782815 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782816 5 0.2891 0.7737 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1782818 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.3039 0.7152 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.2891 0.7308 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782821 5 0.4302 0.1548 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 5 0.3480 0.6583 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1782831 4 0.2891 0.8342 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782834 4 0.2773 0.7373 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782832 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782835 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782837 2 0.4307 -0.2050 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.2773 0.7373 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 3 0.4307 0.0571 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782850 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.2773 0.7373 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782856 1 0.4161 0.3450 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782868 5 0.1041 0.9234 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> SRR1782872 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.4045 0.5185 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.4302 0.1502 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 5 0.4150 0.4102 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782913 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782915 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 1 0.5003 0.2305 0.544 0.424 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 3 0.4030 0.4561 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.7519 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.2852 0.7610 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0703 0.9329 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2852 0.8451 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 4 0.0794 0.7390 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782955 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.2852 0.8451 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782965 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.3143 0.7402 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.2852 0.8451 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782980 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.4273 0.1920 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 4 0.2852 0.8370 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1782992 1 0.2773 0.8479 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782993 1 0.2891 0.8435 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782995 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9053 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0290 0.9642 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 5 0.0000 0.9529 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9772 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.2074 0.8490 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9736 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782687 1 0.0405 0.9290 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782688 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0363 0.9277 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782691 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782692 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0146 0.9829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782694 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782700 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782701 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782705 5 0.1204 0.9401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782709 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782711 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.3578 0.4735 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0146 0.9329 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782714 4 0.4110 0.6448 0.236 0.000 0.000 0.712 0.000 0.052
#> SRR1782716 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782717 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782718 4 0.3746 0.7063 0.000 0.000 0.192 0.760 0.000 0.048
#> SRR1782719 3 0.0260 0.9775 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.6533 0.5167 0.000 0.000 0.164 0.548 0.188 0.100
#> SRR1782726 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782722 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782723 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.2999 0.7677 0.000 0.000 0.112 0.840 0.000 0.048
#> SRR1782724 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782729 3 0.0260 0.9775 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782733 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782732 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782735 5 0.3872 0.3618 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.2814 0.7279 0.000 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR1782738 4 0.3867 0.7046 0.000 0.000 0.200 0.748 0.000 0.052
#> SRR1782739 4 0.3925 0.7020 0.000 0.000 0.200 0.744 0.000 0.056
#> SRR1782740 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.1333 0.8174 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1782742 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782745 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782747 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782750 1 0.1624 0.8744 0.936 0.000 0.044 0.000 0.008 0.012
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.1765 0.8675 0.024 0.000 0.000 0.000 0.052 0.924
#> SRR1782746 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782753 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.1333 0.8174 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.3756 0.2874 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782766 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0665 0.9750 0.000 0.004 0.980 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0260 0.9603 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0767 0.9735 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0767 0.9735 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782772 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782773 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.2191 0.7688 0.000 0.004 0.120 0.876 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0713 0.9415 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.2730 0.7187 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.0692 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1782782 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782784 1 0.3725 0.4962 0.676 0.000 0.000 0.000 0.316 0.008
#> SRR1782783 6 0.6071 0.2397 0.300 0.000 0.000 0.000 0.296 0.404
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 5 0.1204 0.9401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782787 3 0.0260 0.9770 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782788 5 0.0146 0.9829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782790 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782789 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782791 5 0.0508 0.9721 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1782792 4 0.3810 0.2846 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.1204 0.9401 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782794 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782795 4 0.3867 0.6532 0.000 0.000 0.000 0.748 0.200 0.052
#> SRR1782796 4 0.1333 0.8174 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1782798 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0260 0.9603 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782804 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782805 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782806 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782808 4 0.3737 0.3861 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1782807 6 0.0551 0.8653 0.004 0.000 0.000 0.004 0.008 0.984
#> SRR1782809 4 0.4406 0.6218 0.000 0.000 0.012 0.712 0.220 0.056
#> SRR1782810 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.3756 0.2874 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.3746 0.7063 0.000 0.000 0.192 0.760 0.000 0.048
#> SRR1782815 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.2948 0.7006 0.804 0.000 0.000 0.000 0.188 0.008
#> SRR1782818 1 0.0146 0.9325 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782819 4 0.3867 0.6532 0.000 0.000 0.000 0.748 0.200 0.052
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0405 0.9290 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782825 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.2883 0.6834 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.1049 0.9036 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1782823 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782826 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782830 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.4833 0.2251 0.516 0.000 0.000 0.000 0.428 0.056
#> SRR1782831 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.1333 0.8149 0.008 0.000 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1782832 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.3797 0.3135 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782838 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782839 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782840 2 0.0790 0.9445 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.1921 0.8050 0.032 0.000 0.000 0.916 0.000 0.052
#> SRR1782842 3 0.0508 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782841 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782843 2 0.4410 0.0144 0.000 0.508 0.472 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782845 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9778 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0767 0.9735 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782847 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9778 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782850 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.1500 0.8119 0.012 0.000 0.000 0.936 0.000 0.052
#> SRR1782853 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.0363 0.9752 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782856 1 0.3653 0.5154 0.692 0.000 0.000 0.000 0.300 0.008
#> SRR1782854 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0790 0.9445 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782858 5 0.0405 0.9756 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1782859 2 0.0767 0.9476 0.000 0.976 0.004 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782860 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782863 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782864 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782867 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782868 5 0.1708 0.9213 0.040 0.000 0.024 0.000 0.932 0.004
#> SRR1782872 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0291 0.9753 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782871 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782879 4 0.4607 0.5464 0.000 0.000 0.328 0.616 0.000 0.056
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782881 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782882 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.0692 0.9650 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1782885 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0767 0.9735 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782888 1 0.1462 0.8765 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1782889 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.1501 0.8596 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0363 0.9277 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782897 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782899 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0260 0.9775 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782904 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782909 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782912 5 0.0508 0.9721 0.000 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1782913 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782915 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782916 2 0.6532 -0.0648 0.028 0.416 0.000 0.320 0.000 0.236
#> SRR1782918 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782919 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782920 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.4219 0.3971 0.000 0.360 0.620 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782922 4 0.3838 0.3720 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1782921 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782926 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0767 0.9735 0.000 0.004 0.976 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0260 0.9603 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1500 0.8129 0.000 0.000 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1782930 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.1462 0.9242 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR1782937 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782939 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782940 1 0.0146 0.9325 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782941 1 0.0405 0.9290 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1782942 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782945 5 0.0146 0.9829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782952 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0146 0.9829 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782954 6 0.0692 0.8581 0.004 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976
#> SRR1782955 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782946 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782962 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782964 3 0.0405 0.9773 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782963 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782965 5 0.0146 0.9814 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782966 2 0.0260 0.9603 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0405 0.9773 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782967 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782969 1 0.0146 0.9329 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782970 2 0.2527 0.7831 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.2838 0.7182 0.000 0.000 0.188 0.808 0.000 0.004
#> SRR1782972 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782973 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0260 0.9309 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782976 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782980 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0146 0.9672 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 6 0.5147 0.3004 0.076 0.392 0.000 0.004 0.000 0.528
#> SRR1782983 3 0.0520 0.9767 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0260 0.9820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782986 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782988 3 0.0622 0.9755 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 5 0.0692 0.9650 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1782989 4 0.0260 0.8284 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.2597 0.7320 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782993 6 0.1501 0.9120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782995 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 5 0.0146 0.9814 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782996 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782998 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9345 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0520 0.9552 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783000 2 0.0260 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783001 5 0.0000 0.9835 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.1204 0.9216 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0146 0.9777 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9665 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.1219 0.9265 0.004 0.948 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.1075 0.9294 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.841 0.908 0.959 0.4991 0.500 0.500
#> 3 3 0.702 0.733 0.888 0.2754 0.673 0.450
#> 4 4 0.750 0.799 0.889 0.1322 0.847 0.612
#> 5 5 0.764 0.761 0.855 0.0713 0.912 0.699
#> 6 6 0.717 0.603 0.752 0.0501 0.943 0.760
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.4161 0.9010 0.916 0.084
#> SRR1782700 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782699 2 0.8443 0.6721 0.272 0.728
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7674 0.7430 0.224 0.776
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.3733 0.9032 0.928 0.072
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.9460 0.4195 0.364 0.636
#> SRR1782717 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0938 0.9413 0.012 0.988
#> SRR1782719 2 0.1633 0.9361 0.024 0.976
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782726 1 0.4161 0.9010 0.916 0.084
#> SRR1782722 2 0.0938 0.9413 0.012 0.988
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0938 0.9413 0.012 0.988
#> SRR1782724 2 0.3431 0.9093 0.064 0.936
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.6623 0.8008 0.828 0.172
#> SRR1782733 2 0.7139 0.7790 0.196 0.804
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782731 2 0.6712 0.7985 0.176 0.824
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782738 1 0.6343 0.8142 0.840 0.160
#> SRR1782739 1 0.4562 0.8896 0.904 0.096
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.2423 0.9257 0.040 0.960
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.4815 0.8778 0.104 0.896
#> SRR1782747 2 0.8267 0.6914 0.260 0.740
#> SRR1782750 1 0.4562 0.8920 0.904 0.096
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.2778 0.9310 0.952 0.048
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.6712 0.7942 0.824 0.176
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.4161 0.8926 0.084 0.916
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.1843 0.9330 0.028 0.972
#> SRR1782781 2 0.2948 0.9181 0.052 0.948
#> SRR1782779 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.9993 -0.0384 0.516 0.484
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.2423 0.9257 0.040 0.960
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.8713 0.5897 0.708 0.292
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.7674 0.7222 0.776 0.224
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.1633 0.9361 0.024 0.976
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.3733 0.9028 0.072 0.928
#> SRR1782819 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782822 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0376 0.9627 0.996 0.004
#> SRR1782838 1 0.1414 0.9521 0.980 0.020
#> SRR1782839 1 0.4161 0.9010 0.916 0.084
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.9608 0.4508 0.384 0.616
#> SRR1782842 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1782846 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782851 1 0.9323 0.4224 0.652 0.348
#> SRR1782852 2 0.4815 0.8749 0.104 0.896
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.2778 0.9208 0.048 0.952
#> SRR1782860 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782863 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.9944 0.2449 0.456 0.544
#> SRR1782868 1 0.3114 0.9246 0.944 0.056
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.7528 0.7521 0.216 0.784
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.4161 0.9010 0.916 0.084
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.1633 0.9361 0.024 0.976
#> SRR1782886 2 0.4939 0.8713 0.108 0.892
#> SRR1782887 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1782904 1 0.4161 0.9010 0.916 0.084
#> SRR1782907 2 0.4939 0.8709 0.108 0.892
#> SRR1782906 2 0.6973 0.7891 0.188 0.812
#> SRR1782908 2 0.9998 0.0494 0.492 0.508
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.8144 0.6396 0.748 0.252
#> SRR1782910 1 0.9933 0.2032 0.548 0.452
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.9993 0.0309 0.484 0.516
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782922 2 0.8267 0.6914 0.260 0.740
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782933 2 0.7299 0.7624 0.204 0.796
#> SRR1782930 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.9635 0.4368 0.388 0.612
#> SRR1782940 2 0.6531 0.8073 0.168 0.832
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.3114 0.9153 0.056 0.944
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.4815 0.8745 0.104 0.896
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.8016 0.7151 0.244 0.756
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.7883 0.6869 0.236 0.764
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.8267 0.6914 0.260 0.740
#> SRR1782964 1 0.6343 0.8142 0.840 0.160
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.4939 0.8767 0.892 0.108
#> SRR1782967 2 0.9977 0.1141 0.472 0.528
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.9775 0.2850 0.412 0.588
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.5519 0.8540 0.872 0.128
#> SRR1782988 1 0.8207 0.6677 0.744 0.256
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0938 0.9573 0.988 0.012
#> SRR1782993 2 0.7376 0.7638 0.208 0.792
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.2236 0.9285 0.036 0.964
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9651 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.4298 0.8974 0.912 0.088
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9482 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.6357 0.4841 0.296 0.684 0.020
#> SRR1782686 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782691 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.3192 0.8392 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 3 0.5138 0.5240 0.000 0.252 0.748
#> SRR1782699 1 0.9841 0.1413 0.400 0.252 0.348
#> SRR1782701 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7710 0.2291 0.368 0.576 0.056
#> SRR1782711 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.3038 0.7022 0.000 0.104 0.896
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782714 3 0.8045 0.2083 0.432 0.064 0.504
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.0237 0.7894 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782726 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.3482 0.6659 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782724 3 0.2796 0.7147 0.000 0.092 0.908
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.7903 0.2308 0.356 0.576 0.068
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.3619 0.7092 0.136 0.000 0.864
#> SRR1782731 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782737 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782741 2 0.4121 0.7852 0.000 0.832 0.168
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.3412 0.8364 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4750 0.6730 0.216 0.784 0.000
#> SRR1782747 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782750 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782746 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.5291 0.5807 0.268 0.000 0.732
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.9746 0.1925 0.432 0.240 0.328
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.3752 0.8139 0.000 0.856 0.144
#> SRR1782764 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.1964 0.7573 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.1643 0.7650 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782772 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.5291 0.5807 0.268 0.000 0.732
#> SRR1782776 2 0.5905 0.4974 0.000 0.648 0.352
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 3 0.5988 0.3364 0.000 0.368 0.632
#> SRR1782781 3 0.5138 0.5240 0.000 0.252 0.748
#> SRR1782779 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782782 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782783 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.9676 0.1553 0.432 0.220 0.348
#> SRR1782786 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.3619 0.7092 0.136 0.000 0.864
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782796 2 0.4121 0.7852 0.000 0.832 0.168
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 3 0.0237 0.7894 0.004 0.000 0.996
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782818 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782819 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782817 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 3 0.8260 0.1814 0.432 0.076 0.492
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 3 0.6008 0.4250 0.372 0.000 0.628
#> SRR1782822 2 0.5327 0.6455 0.000 0.728 0.272
#> SRR1782821 1 0.2625 0.7589 0.916 0.000 0.084
#> SRR1782823 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782834 2 0.4121 0.7852 0.000 0.832 0.168
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.3192 0.8495 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782836 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.9830 0.1601 0.408 0.252 0.340
#> SRR1782842 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.6126 0.1939 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782844 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.6154 0.3764 0.408 0.000 0.592
#> SRR1782848 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.6079 0.4111 0.388 0.000 0.612
#> SRR1782850 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782851 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782852 3 0.5098 0.5292 0.000 0.248 0.752
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782856 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3619 0.7092 0.136 0.000 0.864
#> SRR1782859 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782860 3 0.5138 0.5240 0.000 0.252 0.748
#> SRR1782861 3 0.6180 0.3631 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782862 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 3 0.5988 0.4304 0.368 0.000 0.632
#> SRR1782865 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782868 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782872 3 0.4842 0.6298 0.224 0.000 0.776
#> SRR1782874 3 0.9855 -0.0716 0.364 0.252 0.384
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 1 0.0747 0.8202 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782877 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782883 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.3619 0.7092 0.136 0.000 0.864
#> SRR1782885 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 3 0.9709 0.0995 0.296 0.252 0.452
#> SRR1782887 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 3 0.6111 0.3905 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782890 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782897 1 0.5988 0.2730 0.632 0.000 0.368
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 3 0.9693 0.1091 0.292 0.252 0.456
#> SRR1782906 3 0.9857 -0.0811 0.368 0.252 0.380
#> SRR1782908 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 3 0.9857 -0.0811 0.368 0.252 0.380
#> SRR1782910 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.2356 0.7523 0.072 0.000 0.928
#> SRR1782913 3 0.1289 0.7749 0.032 0.000 0.968
#> SRR1782915 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782922 3 0.9857 -0.0811 0.368 0.252 0.380
#> SRR1782921 2 0.0237 0.9572 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.0237 0.7885 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782930 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782940 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782941 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782942 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 3 0.9709 0.0995 0.296 0.252 0.452
#> SRR1782947 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.5678 0.4019 0.684 0.000 0.316
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.6192 0.1781 0.420 0.580 0.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.9767 0.2056 0.432 0.248 0.320
#> SRR1782964 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.5291 0.5807 0.268 0.000 0.732
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 3 0.6204 0.3473 0.424 0.000 0.576
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 3 0.6079 0.2575 0.000 0.388 0.612
#> SRR1782972 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.9776 0.2116 0.432 0.252 0.316
#> SRR1782980 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.8360 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.3619 0.7092 0.136 0.000 0.864
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782993 2 0.8311 0.3402 0.292 0.596 0.112
#> SRR1782995 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1782994 3 0.4842 0.6298 0.224 0.000 0.776
#> SRR1782996 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 3 0.3116 0.7282 0.108 0.000 0.892
#> SRR1782997 3 0.5138 0.5240 0.000 0.252 0.748
#> SRR1783000 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783001 3 0.6225 0.3341 0.432 0.000 0.568
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.7911 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 3 0.5529 0.4672 0.000 0.296 0.704
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9609 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 4 0.0469 0.79001 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1782686 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 4 0.4222 0.54394 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1782688 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 4 0.0707 0.78540 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782691 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.6599 0.77105 0.096 0.000 0.564 0.340
#> SRR1782694 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1211 0.89391 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782700 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782699 4 0.0469 0.78915 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782701 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782705 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 4 0.4072 0.59314 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1782711 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.6525 0.78315 0.000 0.116 0.612 0.272
#> SRR1782708 2 0.3123 0.78165 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782712 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 2 0.7499 0.36604 0.000 0.500 0.256 0.244
#> SRR1782710 4 0.0336 0.79033 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782714 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782716 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782715 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782717 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782718 3 0.0000 0.59174 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782720 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782721 3 0.3486 0.82772 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1782726 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782722 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782723 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782727 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 3 0.1118 0.55051 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1782724 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782728 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782733 4 0.4103 0.58802 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1782732 2 0.4422 0.73855 0.000 0.736 0.256 0.008
#> SRR1782735 3 0.6054 0.84246 0.088 0.000 0.656 0.256
#> SRR1782731 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782737 3 0.4769 0.85943 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR1782738 3 0.0000 0.59174 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782739 3 0.4072 0.88679 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1782740 3 0.7478 0.68809 0.240 0.000 0.504 0.256
#> SRR1782741 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782742 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.1629 0.89298 0.000 0.952 0.024 0.024
#> SRR1782744 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 4 0.4103 0.58802 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1782747 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782750 3 0.4877 0.75990 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1782749 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 4 0.7442 -0.22624 0.200 0.000 0.304 0.496
#> SRR1782746 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.6915 0.77456 0.140 0.000 0.564 0.296
#> SRR1782755 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 4 0.5003 0.48590 0.084 0.000 0.148 0.768
#> SRR1782761 2 0.7005 0.51352 0.000 0.572 0.256 0.172
#> SRR1782759 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 2 0.7468 0.37885 0.000 0.492 0.304 0.204
#> SRR1782764 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782763 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782766 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782769 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0921 0.90476 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782770 3 0.4992 0.08102 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.4989 0.09391 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1782772 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782773 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.6552 0.78527 0.096 0.000 0.576 0.328
#> SRR1782776 3 0.7336 0.61428 0.000 0.216 0.528 0.256
#> SRR1782778 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.4761 -0.20597 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1782781 3 0.4804 -0.27147 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1782779 4 0.0707 0.78540 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782782 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 4 0.0707 0.78540 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782783 1 0.1940 0.87834 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782785 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782786 1 0.3569 0.76822 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782787 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782788 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782789 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782791 3 0.6167 0.83675 0.096 0.000 0.648 0.256
#> SRR1782792 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.3674 0.82612 0.852 0.000 0.104 0.044
#> SRR1782794 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.4767 0.66139 0.020 0.000 0.256 0.724
#> SRR1782796 4 0.5227 0.64409 0.000 0.040 0.256 0.704
#> SRR1782798 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782797 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782799 3 0.4193 0.88442 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1782800 4 0.1389 0.73770 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1782801 2 0.0188 0.92268 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782804 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782805 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782806 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782808 2 0.4072 0.74698 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1782807 4 0.7256 0.44787 0.204 0.000 0.256 0.540
#> SRR1782809 3 0.1913 0.56360 0.020 0.000 0.940 0.040
#> SRR1782810 2 0.7073 0.50000 0.000 0.564 0.256 0.180
#> SRR1782812 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782815 2 0.6474 0.60027 0.000 0.624 0.256 0.120
#> SRR1782816 3 0.4830 0.78198 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1782818 4 0.3123 0.55024 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1782819 4 0.4767 0.66139 0.020 0.000 0.256 0.724
#> SRR1782817 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 4 0.4422 0.66579 0.008 0.000 0.256 0.736
#> SRR1782825 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782822 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782821 4 0.3975 0.59913 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1782823 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.4767 0.66139 0.020 0.000 0.256 0.724
#> SRR1782831 2 0.4283 0.74118 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR1782834 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782832 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782835 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782837 2 0.1520 0.89583 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1782836 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782838 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782839 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782840 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782842 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782841 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.4500 0.85713 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782845 1 0.6534 0.29333 0.624 0.000 0.132 0.244
#> SRR1782844 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782846 3 0.4193 0.88442 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1782847 3 0.7073 0.76194 0.180 0.000 0.564 0.256
#> SRR1782848 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782849 3 0.6412 0.80096 0.088 0.000 0.592 0.320
#> SRR1782850 3 0.4500 0.85713 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782851 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782852 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782853 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 4 0.5306 -0.13020 0.020 0.000 0.348 0.632
#> SRR1782856 4 0.4817 0.33848 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1782854 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.6295 0.82156 0.088 0.000 0.616 0.296
#> SRR1782859 3 0.4500 0.85713 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782860 4 0.0188 0.78976 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782861 3 0.5558 0.69911 0.020 0.000 0.548 0.432
#> SRR1782862 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782863 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782864 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782866 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 4 0.4767 0.66139 0.020 0.000 0.256 0.724
#> SRR1782868 3 0.4804 0.79202 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1782872 3 0.6404 0.81524 0.096 0.000 0.608 0.296
#> SRR1782874 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4632 0.86064 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR1782871 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 3 0.1557 0.66955 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782880 4 0.0469 0.78910 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782883 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782882 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.6326 0.82756 0.108 0.000 0.636 0.256
#> SRR1782885 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782886 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782887 3 0.4222 0.88272 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1782888 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782889 2 0.0469 0.91746 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782892 3 0.6869 0.77514 0.132 0.000 0.564 0.304
#> SRR1782890 4 0.3208 0.56247 0.004 0.000 0.148 0.848
#> SRR1782891 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 4 0.0707 0.78540 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782897 4 0.6432 0.40898 0.236 0.000 0.128 0.636
#> SRR1782896 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 4 0.5085 0.06754 0.020 0.000 0.304 0.676
#> SRR1782903 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4500 0.85698 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782904 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782907 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782906 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782908 3 0.4193 0.88442 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1782909 2 0.0817 0.90959 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782911 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782910 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782912 3 0.5489 0.85301 0.040 0.000 0.664 0.296
#> SRR1782913 3 0.5127 0.81515 0.012 0.000 0.632 0.356
#> SRR1782915 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 4 0.4103 0.58802 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1782918 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782919 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782920 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782922 4 0.4661 0.66277 0.016 0.000 0.256 0.728
#> SRR1782921 2 0.0707 0.91237 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782923 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782926 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782928 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 3 0.4522 -0.14215 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1782930 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782931 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.4933 0.16341 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1782937 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 4 0.0188 0.79179 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782940 3 0.4961 0.69726 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1782941 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782942 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782945 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.5848 0.45158 0.684 0.000 0.088 0.228
#> SRR1782950 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.4103 0.66767 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782955 2 0.4103 0.74371 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782946 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.7823 -0.00342 0.000 0.376 0.256 0.368
#> SRR1782958 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782964 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782963 4 0.4382 0.50966 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1782965 3 0.7198 0.74366 0.196 0.000 0.548 0.256
#> SRR1782966 2 0.1118 0.89818 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1782968 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782967 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782969 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 3 0.7362 0.60754 0.000 0.220 0.524 0.256
#> SRR1782972 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782973 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 4 0.4283 0.66692 0.004 0.000 0.256 0.740
#> SRR1782976 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 4 0.0707 0.78540 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782980 3 0.7198 0.74388 0.180 0.000 0.540 0.280
#> SRR1782981 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.4996 0.06128 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1782983 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782987 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.95511 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782988 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782990 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.6167 0.83675 0.096 0.000 0.648 0.256
#> SRR1782989 2 0.7005 0.51352 0.000 0.572 0.256 0.172
#> SRR1782992 4 0.0592 0.78738 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782993 4 0.4008 0.60296 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1782995 3 0.7434 0.69878 0.232 0.000 0.512 0.256
#> SRR1782994 3 0.6350 0.81845 0.092 0.000 0.612 0.296
#> SRR1782996 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782998 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782999 4 0.0000 0.79275 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782997 3 0.4830 0.78207 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1783000 3 0.5432 0.84179 0.000 0.032 0.652 0.316
#> SRR1783001 3 0.6634 0.77214 0.100 0.000 0.564 0.336
#> SRR1783002 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.4103 0.88909 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1783004 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.1211 0.75275 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1783006 2 0.0000 0.92538 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.0510 0.8265 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0703 0.8247 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782691 5 0.0290 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.5776 0.5334 0.288 0.000 0.588 0.124 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0963 0.9084 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782700 1 0.3400 0.7335 0.828 0.000 0.136 0.036 0.000
#> SRR1782699 1 0.2561 0.7967 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1782701 5 0.2127 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.2471 0.7973 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 3 0.2835 0.7600 0.016 0.112 0.868 0.004 0.000
#> SRR1782708 2 0.4047 0.3618 0.320 0.676 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782712 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782713 4 0.5452 0.6415 0.092 0.292 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782710 1 0.0510 0.8278 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782714 1 0.0880 0.8292 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782716 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782715 3 0.1341 0.8483 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1782717 3 0.2280 0.8398 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1782718 4 0.3913 0.3598 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1782719 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782720 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782721 3 0.3575 0.8267 0.056 0.000 0.824 0.120 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.2648 0.8381 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.4403 0.4037 0.000 0.008 0.384 0.608 0.000
#> SRR1782724 1 0.3400 0.7335 0.828 0.000 0.136 0.036 0.000
#> SRR1782728 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782730 5 0.3731 0.7938 0.160 0.000 0.000 0.040 0.800
#> SRR1782729 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782733 1 0.2516 0.7961 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782732 4 0.4457 0.6337 0.012 0.368 0.000 0.620 0.000
#> SRR1782735 3 0.3424 0.8098 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1782731 1 0.3400 0.7335 0.828 0.000 0.136 0.036 0.000
#> SRR1782734 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782736 1 0.0880 0.8292 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782737 3 0.2953 0.8104 0.012 0.000 0.844 0.144 0.000
#> SRR1782738 4 0.3932 0.3597 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1782739 4 0.3913 0.3598 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR1782740 3 0.6982 0.5731 0.172 0.000 0.588 0.124 0.116
#> SRR1782741 4 0.4599 0.2964 0.356 0.020 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782742 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782743 2 0.3704 0.7149 0.020 0.832 0.112 0.036 0.000
#> SRR1782744 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782745 1 0.2516 0.7961 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782747 1 0.2471 0.7973 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782750 3 0.3410 0.7918 0.092 0.000 0.840 0.068 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.7828 0.0894 0.368 0.000 0.376 0.144 0.112
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.3622 0.8186 0.056 0.000 0.000 0.124 0.820
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.5357 0.7447 0.036 0.000 0.724 0.124 0.116
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782757 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782758 1 0.5758 0.3656 0.592 0.000 0.284 0.124 0.000
#> SRR1782761 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782759 1 0.0880 0.8292 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782762 2 0.3999 0.1627 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1782760 4 0.5817 0.6407 0.016 0.272 0.092 0.620 0.000
#> SRR1782764 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0162 0.8460 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0703 0.9225 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.4150 0.2558 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.4192 0.2287 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0290 0.8457 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.3992 0.7890 0.080 0.000 0.796 0.124 0.000
#> SRR1782776 3 0.5687 -0.2083 0.000 0.080 0.484 0.436 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 3 0.5112 -0.0492 0.468 0.000 0.496 0.036 0.000
#> SRR1782781 3 0.5604 -0.1307 0.460 0.000 0.468 0.072 0.000
#> SRR1782779 1 0.1877 0.8228 0.924 0.000 0.012 0.064 0.000
#> SRR1782782 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782784 1 0.1671 0.7982 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782783 1 0.5202 0.2705 0.596 0.000 0.000 0.056 0.348
#> SRR1782785 1 0.0794 0.8294 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782786 5 0.0703 0.8937 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782787 3 0.1270 0.8455 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.2424 0.7993 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1782789 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782791 3 0.3424 0.8098 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.4798 0.3982 0.396 0.000 0.000 0.024 0.580
#> SRR1782794 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 4 0.4219 0.1832 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1782796 4 0.5323 0.4106 0.296 0.080 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782798 4 0.4201 0.6213 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1782797 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782799 3 0.1331 0.8465 0.008 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR1782800 1 0.4880 0.4042 0.616 0.000 0.348 0.036 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.2516 0.8394 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.2732 0.8369 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1782808 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782807 1 0.4010 0.6718 0.792 0.000 0.000 0.072 0.136
#> SRR1782809 4 0.3612 0.2243 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1782810 4 0.4538 0.6358 0.016 0.364 0.000 0.620 0.000
#> SRR1782812 2 0.4242 -0.2059 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.4262 0.3316 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1782815 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782816 3 0.3193 0.8077 0.028 0.000 0.840 0.132 0.000
#> SRR1782818 3 0.4866 0.4622 0.344 0.000 0.620 0.036 0.000
#> SRR1782819 1 0.4201 0.2818 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.0404 0.8274 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782825 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782820 1 0.0880 0.8292 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782822 1 0.1651 0.8213 0.944 0.012 0.008 0.036 0.000
#> SRR1782821 1 0.1608 0.8005 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.3921 0.7798 0.172 0.000 0.000 0.044 0.784
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782829 1 0.0609 0.8253 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782831 4 0.5598 0.5613 0.076 0.400 0.000 0.524 0.000
#> SRR1782834 4 0.4599 0.2964 0.356 0.020 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782832 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782835 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782837 2 0.3693 0.7239 0.024 0.836 0.104 0.036 0.000
#> SRR1782836 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782838 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782839 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.4307 -0.0539 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR1782842 3 0.0290 0.8457 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782841 5 0.3921 0.7798 0.172 0.000 0.000 0.044 0.784
#> SRR1782843 3 0.1568 0.8334 0.020 0.000 0.944 0.036 0.000
#> SRR1782845 5 0.6856 0.0559 0.036 0.000 0.380 0.124 0.460
#> SRR1782844 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782846 3 0.0613 0.8453 0.008 0.004 0.984 0.004 0.000
#> SRR1782847 3 0.5871 0.7066 0.056 0.000 0.688 0.124 0.132
#> SRR1782848 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782849 3 0.3734 0.7891 0.060 0.000 0.812 0.128 0.000
#> SRR1782850 3 0.1661 0.8323 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.4303 0.6530 0.752 0.000 0.056 0.192 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.6099 -0.0951 0.452 0.000 0.424 0.124 0.000
#> SRR1782856 1 0.4010 0.6718 0.792 0.000 0.000 0.072 0.136
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.3146 0.8060 0.028 0.000 0.844 0.128 0.000
#> SRR1782859 3 0.1728 0.8324 0.020 0.004 0.940 0.036 0.000
#> SRR1782860 1 0.1661 0.8207 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> SRR1782861 3 0.5843 0.4895 0.304 0.000 0.572 0.124 0.000
#> SRR1782862 3 0.0404 0.8455 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782863 3 0.2516 0.8394 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1782864 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782866 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.2690 0.7947 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1782868 3 0.3410 0.7914 0.092 0.000 0.840 0.068 0.000
#> SRR1782872 3 0.4169 0.7960 0.028 0.000 0.732 0.240 0.000
#> SRR1782874 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.2338 0.8270 0.004 0.000 0.884 0.112 0.000
#> SRR1782871 5 0.0703 0.8970 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8289 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.4302 -0.0848 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1782880 1 0.0290 0.8281 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782883 5 0.0880 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1782881 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.4666 0.7755 0.000 0.000 0.704 0.240 0.056
#> SRR1782885 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782887 3 0.0912 0.8427 0.012 0.000 0.972 0.016 0.000
#> SRR1782888 1 0.0880 0.8292 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782889 2 0.0451 0.9403 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782892 3 0.5730 0.7286 0.064 0.000 0.704 0.124 0.108
#> SRR1782890 1 0.5655 0.3637 0.600 0.000 0.288 0.112 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782894 1 0.0703 0.8247 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782897 1 0.7278 0.3052 0.516 0.000 0.272 0.108 0.104
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.3921 0.7798 0.172 0.000 0.000 0.044 0.784
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.5770 0.1452 0.532 0.000 0.372 0.096 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.2293 0.8313 0.016 0.000 0.900 0.084 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782906 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782908 3 0.0579 0.8450 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1782909 2 0.1997 0.8583 0.040 0.924 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782911 1 0.0510 0.8304 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782910 3 0.1544 0.8474 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1782912 3 0.3424 0.8098 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1782913 3 0.2929 0.8080 0.008 0.000 0.840 0.152 0.000
#> SRR1782915 5 0.0162 0.9042 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782914 5 0.3921 0.7798 0.172 0.000 0.000 0.044 0.784
#> SRR1782916 1 0.3400 0.6929 0.828 0.136 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782918 3 0.2732 0.8371 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.4801 0.7506 0.148 0.000 0.000 0.124 0.728
#> SRR1782917 3 0.0290 0.8457 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782922 1 0.4283 0.3803 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1782921 2 0.1728 0.8780 0.020 0.940 0.004 0.036 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0290 0.8448 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.4528 0.4634 0.060 0.000 0.212 0.728 0.000
#> SRR1782930 3 0.2280 0.8398 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.5951 0.1299 0.520 0.000 0.000 0.116 0.364
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.2516 0.7973 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782940 3 0.4894 0.4547 0.352 0.000 0.612 0.036 0.000
#> SRR1782941 1 0.0162 0.8285 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782942 3 0.0290 0.8457 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782945 5 0.3262 0.8289 0.036 0.000 0.000 0.124 0.840
#> SRR1782944 1 0.0963 0.8281 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.7019 0.2601 0.056 0.000 0.316 0.124 0.504
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0703 0.9253 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 1 0.2648 0.7960 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782955 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0162 0.9042 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782959 4 0.5699 0.6112 0.156 0.220 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2516 0.7973 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782964 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782963 1 0.0609 0.8253 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782965 3 0.4825 0.7823 0.028 0.000 0.708 0.240 0.024
#> SRR1782966 2 0.0963 0.9059 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0880 0.8292 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.4846 0.4386 0.000 0.028 0.384 0.588 0.000
#> SRR1782972 3 0.2424 0.8398 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.1671 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782975 1 0.1043 0.8301 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.2690 0.7947 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1782980 3 0.5699 0.7253 0.056 0.000 0.704 0.124 0.116
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.4134 0.5480 0.744 0.224 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.8465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.2853 0.8523 0.052 0.000 0.000 0.072 0.876
#> SRR1782986 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782988 3 0.0162 0.8461 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4086 0.7977 0.000 0.000 0.736 0.240 0.024
#> SRR1782989 4 0.4210 0.6209 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1782992 1 0.0510 0.8265 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782993 1 0.2471 0.7973 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782995 3 0.6365 0.6271 0.056 0.000 0.632 0.124 0.188
#> SRR1782994 3 0.3229 0.8037 0.032 0.000 0.840 0.128 0.000
#> SRR1782996 3 0.1270 0.8455 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782998 3 0.2424 0.8398 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1782999 1 0.3954 0.6823 0.772 0.000 0.192 0.036 0.000
#> SRR1782997 3 0.2905 0.7939 0.096 0.000 0.868 0.036 0.000
#> SRR1783000 3 0.2818 0.8028 0.020 0.052 0.892 0.036 0.000
#> SRR1783001 3 0.6124 0.2132 0.412 0.000 0.460 0.128 0.000
#> SRR1783002 2 0.0162 0.9494 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783003 3 0.2230 0.8396 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.5088 0.2229 0.528 0.000 0.436 0.036 0.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9527 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0260 0.7351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.1204 0.7177 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782688 2 0.1957 0.8159 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1782690 1 0.2048 0.6833 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1782691 5 0.2416 0.7860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1782689 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782693 6 0.5889 0.6307 0.264 0.000 0.260 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782694 2 0.1957 0.8159 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1782696 2 0.5553 0.5595 0.000 0.568 0.172 0.004 0.000 0.256
#> SRR1782697 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782695 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782700 1 0.1643 0.7051 0.924 0.000 0.068 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.3493 0.6854 0.796 0.000 0.000 0.056 0.000 0.148
#> SRR1782701 5 0.4089 0.2873 0.008 0.000 0.000 0.000 0.524 0.468
#> SRR1782702 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782704 2 0.2003 0.8147 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782703 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782705 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.4696 0.5400 0.588 0.000 0.000 0.056 0.000 0.356
#> SRR1782711 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.5576 0.1785 0.008 0.304 0.572 0.008 0.000 0.108
#> SRR1782708 2 0.5054 0.6332 0.100 0.636 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782712 4 0.3482 0.6680 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.4536 0.6956 0.120 0.180 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.3023 0.5526 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782714 1 0.0363 0.7346 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.1075 0.6314 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782718 4 0.2980 0.4445 0.000 0.000 0.192 0.800 0.000 0.008
#> SRR1782719 3 0.4668 0.5333 0.000 0.000 0.680 0.204 0.000 0.116
#> SRR1782720 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.7202 0.1627 0.252 0.000 0.420 0.212 0.000 0.116
#> SRR1782726 3 0.0937 0.6315 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.5391 0.4532 0.000 0.000 0.580 0.244 0.000 0.176
#> SRR1782727 2 0.1957 0.8159 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1782725 4 0.3534 0.5257 0.000 0.008 0.276 0.716 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.2020 0.6875 0.896 0.000 0.096 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.3828 0.7424 0.100 0.000 0.000 0.000 0.776 0.124
#> SRR1782729 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782733 1 0.3777 0.6792 0.776 0.004 0.000 0.056 0.000 0.164
#> SRR1782732 4 0.6747 0.4225 0.052 0.248 0.000 0.444 0.000 0.256
#> SRR1782735 6 0.5110 0.5594 0.008 0.000 0.320 0.080 0.000 0.592
#> SRR1782731 1 0.1398 0.7127 0.940 0.000 0.052 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.3421 0.7535 0.000 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782736 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.4895 0.0164 0.108 0.000 0.636 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782738 4 0.2768 0.4369 0.000 0.000 0.156 0.832 0.000 0.012
#> SRR1782739 4 0.2730 0.4363 0.000 0.000 0.152 0.836 0.000 0.012
#> SRR1782740 6 0.6162 0.6371 0.252 0.000 0.260 0.000 0.012 0.476
#> SRR1782741 4 0.4380 0.5933 0.220 0.080 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.3421 0.7535 0.000 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782743 2 0.7157 0.2653 0.064 0.404 0.268 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782744 2 0.3421 0.7535 0.000 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782745 1 0.4933 0.4797 0.536 0.004 0.000 0.056 0.000 0.404
#> SRR1782747 1 0.3493 0.6854 0.796 0.000 0.000 0.056 0.000 0.148
#> SRR1782750 3 0.5169 0.1026 0.260 0.000 0.604 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782749 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.3999 -0.1128 0.496 0.000 0.004 0.000 0.000 0.500
#> SRR1782746 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782753 6 0.5221 -0.1416 0.092 0.000 0.000 0.000 0.432 0.476
#> SRR1782748 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 6 0.5016 0.6323 0.096 0.000 0.312 0.000 0.000 0.592
#> SRR1782755 2 0.0937 0.8352 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782756 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.3560 0.7508 0.004 0.732 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782758 1 0.3993 0.0719 0.520 0.000 0.004 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782761 4 0.3547 0.6818 0.004 0.300 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.3531 0.3343 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.5134 0.6804 0.052 0.136 0.112 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0777 0.6335 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0146 0.6331 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1387 0.7856 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.3531 0.2973 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.3482 0.3067 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0146 0.6327 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782777 6 0.5319 0.5590 0.104 0.000 0.420 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782776 3 0.6155 -0.2058 0.004 0.000 0.408 0.332 0.000 0.256
#> SRR1782778 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.6269 0.1313 0.368 0.000 0.368 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782781 1 0.7416 0.0891 0.332 0.000 0.292 0.120 0.000 0.256
#> SRR1782779 1 0.5786 0.3777 0.596 0.000 0.180 0.028 0.000 0.196
#> SRR1782782 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.3756 0.2829 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782783 1 0.5961 0.1174 0.452 0.000 0.000 0.000 0.264 0.284
#> SRR1782785 1 0.0146 0.7348 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782786 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.2856 0.5766 0.000 0.000 0.856 0.068 0.000 0.076
#> SRR1782788 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.3394 0.6900 0.804 0.000 0.000 0.052 0.000 0.144
#> SRR1782789 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782791 6 0.6109 0.2852 0.004 0.000 0.324 0.244 0.000 0.428
#> SRR1782792 2 0.3314 0.7567 0.000 0.740 0.000 0.004 0.000 0.256
#> SRR1782793 5 0.3023 0.7764 0.140 0.000 0.000 0.000 0.828 0.032
#> SRR1782794 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.4672 0.2997 0.348 0.000 0.000 0.596 0.000 0.056
#> SRR1782796 4 0.4380 0.5933 0.220 0.080 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.3690 0.6849 0.012 0.288 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.1686 0.5842 0.012 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782800 1 0.1462 0.7115 0.936 0.000 0.056 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.5417 0.4479 0.000 0.000 0.576 0.244 0.000 0.180
#> SRR1782805 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.5492 0.4282 0.000 0.000 0.564 0.244 0.000 0.192
#> SRR1782808 4 0.6006 0.3261 0.000 0.316 0.000 0.428 0.000 0.256
#> SRR1782807 1 0.4288 0.5653 0.716 0.000 0.000 0.004 0.064 0.216
#> SRR1782809 4 0.4135 0.4092 0.056 0.000 0.056 0.788 0.000 0.100
#> SRR1782810 4 0.4361 0.6945 0.060 0.236 0.000 0.700 0.000 0.004
#> SRR1782812 2 0.3868 -0.2086 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782814 4 0.3999 0.1686 0.000 0.000 0.496 0.500 0.000 0.004
#> SRR1782815 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.4989 0.0151 0.120 0.000 0.628 0.000 0.000 0.252
#> SRR1782818 1 0.4086 0.0437 0.528 0.000 0.464 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.4524 0.2164 0.560 0.000 0.000 0.404 0.000 0.036
#> SRR1782817 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0363 0.7335 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782825 2 0.3421 0.7535 0.000 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782820 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.5298 0.4883 0.648 0.044 0.040 0.012 0.000 0.256
#> SRR1782821 1 0.3634 0.3664 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1782823 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.3908 0.7346 0.100 0.000 0.000 0.000 0.768 0.132
#> SRR1782830 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.4156 0.7309 0.000 0.704 0.032 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782829 1 0.1327 0.7135 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782831 4 0.7019 0.2382 0.052 0.324 0.004 0.364 0.000 0.256
#> SRR1782834 4 0.4377 0.4657 0.312 0.044 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.6419 0.5312 0.056 0.552 0.124 0.012 0.000 0.256
#> SRR1782836 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782838 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782839 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782840 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782833 1 0.3975 0.0785 0.544 0.000 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1782842 3 0.0458 0.6282 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.3514 0.7673 0.088 0.000 0.000 0.000 0.804 0.108
#> SRR1782843 3 0.2404 0.5400 0.104 0.004 0.880 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782845 6 0.5803 0.5675 0.004 0.000 0.260 0.000 0.212 0.524
#> SRR1782844 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782846 3 0.0508 0.6283 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782847 6 0.5631 0.6409 0.092 0.000 0.284 0.036 0.000 0.588
#> SRR1782848 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782849 6 0.5586 0.5909 0.144 0.000 0.384 0.000 0.000 0.472
#> SRR1782850 3 0.3644 0.3440 0.252 0.000 0.732 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782851 1 0.0146 0.7348 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782852 1 0.4389 0.2597 0.596 0.000 0.032 0.372 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782855 1 0.4181 0.0536 0.512 0.000 0.012 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782856 1 0.4763 0.3115 0.592 0.000 0.000 0.000 0.064 0.344
#> SRR1782854 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782857 2 0.2300 0.8031 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1782858 3 0.5060 -0.4673 0.020 0.000 0.472 0.036 0.000 0.472
#> SRR1782859 3 0.1701 0.5758 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.4925 0.5139 0.648 0.000 0.088 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782861 6 0.5888 0.6227 0.268 0.000 0.256 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782862 3 0.0363 0.6300 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.5336 0.4641 0.000 0.000 0.588 0.244 0.000 0.168
#> SRR1782864 3 0.4832 0.5254 0.000 0.000 0.648 0.244 0.000 0.108
#> SRR1782866 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.3551 0.6842 0.792 0.000 0.000 0.060 0.000 0.148
#> SRR1782868 3 0.4092 0.1885 0.344 0.000 0.636 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782872 6 0.5257 0.5710 0.016 0.000 0.312 0.080 0.000 0.592
#> SRR1782874 1 0.0260 0.7351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4496 0.0294 0.020 0.000 0.656 0.024 0.000 0.300
#> SRR1782871 5 0.2048 0.8210 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1782877 1 0.1007 0.7233 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782873 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.4410 0.2583 0.000 0.000 0.164 0.716 0.000 0.120
#> SRR1782880 1 0.1075 0.7214 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782883 5 0.2581 0.8122 0.016 0.000 0.000 0.000 0.856 0.128
#> SRR1782881 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782882 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782884 6 0.6465 0.3101 0.004 0.000 0.308 0.244 0.016 0.428
#> SRR1782885 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0260 0.7351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0806 0.6211 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.3668 0.7478 0.008 0.728 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782892 6 0.5826 0.6427 0.236 0.000 0.272 0.000 0.000 0.492
#> SRR1782890 1 0.3890 0.2152 0.596 0.000 0.004 0.000 0.000 0.400
#> SRR1782891 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.4156 0.7309 0.000 0.704 0.032 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782894 1 0.2178 0.6742 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782897 1 0.4195 0.1472 0.548 0.000 0.004 0.000 0.008 0.440
#> SRR1782896 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.3908 0.7346 0.100 0.000 0.000 0.000 0.768 0.132
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3912 0.3541 0.648 0.000 0.012 0.000 0.000 0.340
#> SRR1782903 2 0.1910 0.8167 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782905 3 0.4354 0.3113 0.144 0.000 0.724 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782904 3 0.1387 0.6255 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0260 0.7351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0260 0.7351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0363 0.6300 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.5353 0.6579 0.064 0.640 0.032 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782911 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.1349 0.6298 0.000 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004
#> SRR1782912 6 0.5479 0.5505 0.016 0.000 0.316 0.100 0.000 0.568
#> SRR1782913 3 0.4788 -0.3161 0.056 0.000 0.548 0.000 0.000 0.396
#> SRR1782915 5 0.0632 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782914 5 0.3908 0.7346 0.100 0.000 0.000 0.000 0.768 0.132
#> SRR1782916 1 0.5445 0.3864 0.600 0.132 0.000 0.012 0.000 0.256
#> SRR1782918 3 0.5492 0.4282 0.000 0.000 0.564 0.244 0.000 0.192
#> SRR1782919 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 6 0.5623 0.0171 0.152 0.000 0.000 0.000 0.372 0.476
#> SRR1782917 3 0.0363 0.6300 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.5548 -0.0618 0.400 0.000 0.000 0.464 0.000 0.136
#> SRR1782921 2 0.5419 0.6532 0.064 0.636 0.036 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782923 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0146 0.6326 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1649 0.5468 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782931 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.4463 0.0799 0.516 0.000 0.000 0.000 0.028 0.456
#> SRR1782937 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3493 0.6854 0.796 0.000 0.000 0.056 0.000 0.148
#> SRR1782940 1 0.2743 0.6221 0.828 0.000 0.164 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0458 0.7327 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782942 3 0.0146 0.6327 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.4089 0.2840 0.008 0.000 0.000 0.000 0.524 0.468
#> SRR1782944 1 0.0260 0.7351 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.4294 0.7276 0.004 0.700 0.032 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782949 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 6 0.6347 0.6210 0.068 0.000 0.244 0.000 0.144 0.544
#> SRR1782950 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.4883 0.6980 0.032 0.672 0.032 0.008 0.000 0.256
#> SRR1782951 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 1 0.3821 0.6783 0.772 0.000 0.000 0.080 0.000 0.148
#> SRR1782955 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0632 0.8795 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782959 4 0.4526 0.6380 0.184 0.116 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.1663 0.8422 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1782961 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3493 0.6854 0.796 0.000 0.000 0.056 0.000 0.148
#> SRR1782964 3 0.4791 0.5272 0.000 0.000 0.652 0.244 0.000 0.104
#> SRR1782963 1 0.2389 0.7150 0.888 0.000 0.000 0.052 0.000 0.060
#> SRR1782965 6 0.5188 0.5658 0.012 0.000 0.316 0.080 0.000 0.592
#> SRR1782966 2 0.1714 0.7603 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.3215 0.5670 0.000 0.000 0.756 0.240 0.000 0.004
#> SRR1782967 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.7353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.1219 0.8328 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1782971 4 0.3727 0.4012 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.5020 0.5105 0.000 0.000 0.628 0.244 0.000 0.128
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.3706 0.4639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1782975 1 0.0260 0.7344 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782976 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.8889 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.3493 0.6854 0.796 0.000 0.000 0.056 0.000 0.148
#> SRR1782980 6 0.5887 0.6348 0.252 0.000 0.272 0.000 0.000 0.476
#> SRR1782981 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782985 1 0.5695 0.3141 0.552 0.168 0.000 0.008 0.000 0.272
#> SRR1782983 3 0.0000 0.6339 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.4186 0.5759 0.032 0.000 0.000 0.000 0.656 0.312
#> SRR1782986 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1782988 3 0.0146 0.6327 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 6 0.5989 0.2734 0.000 0.000 0.328 0.244 0.000 0.428
#> SRR1782989 4 0.3446 0.6789 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.1075 0.7215 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782993 1 0.4920 0.4896 0.544 0.004 0.000 0.056 0.000 0.396
#> SRR1782995 6 0.5667 0.6576 0.124 0.000 0.268 0.000 0.024 0.584
#> SRR1782994 6 0.4903 0.4680 0.060 0.000 0.468 0.000 0.000 0.472
#> SRR1782996 3 0.1644 0.5756 0.004 0.000 0.920 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782998 3 0.5219 0.4849 0.000 0.000 0.604 0.244 0.000 0.152
#> SRR1782999 1 0.0713 0.7266 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 3 0.6263 -0.1100 0.348 0.000 0.388 0.008 0.000 0.256
#> SRR1783000 3 0.4284 0.3378 0.056 0.216 0.720 0.008 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.4650 -0.0507 0.488 0.000 0.040 0.000 0.000 0.472
#> SRR1783002 2 0.3175 0.7587 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1783003 3 0.4947 0.5187 0.000 0.000 0.636 0.244 0.000 0.120
#> SRR1783004 2 0.0000 0.8411 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.6287 0.3649 0.508 0.016 0.212 0.008 0.000 0.256
#> SRR1783006 2 0.0713 0.8376 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.514 0.858 0.879 0.3698 0.667 0.667
#> 3 3 0.302 0.497 0.633 0.4719 0.665 0.517
#> 4 4 0.891 0.890 0.948 0.3165 0.732 0.427
#> 5 5 0.810 0.859 0.922 0.1074 0.884 0.613
#> 6 6 0.849 0.831 0.902 0.0339 0.963 0.824
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 1 0.7528 0.847 0.784 0.216
#> SRR1782686 1 0.9608 0.633 0.616 0.384
#> SRR1782687 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782688 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782690 1 0.7453 0.847 0.788 0.212
#> SRR1782691 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782689 1 0.9686 0.597 0.604 0.396
#> SRR1782692 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782693 1 0.9286 0.695 0.656 0.344
#> SRR1782694 1 0.1633 0.859 0.976 0.024
#> SRR1782696 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782695 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782700 1 0.7376 0.847 0.792 0.208
#> SRR1782699 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782701 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782702 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782704 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782703 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782705 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782709 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782711 1 0.9286 0.695 0.656 0.344
#> SRR1782707 1 0.7745 0.840 0.772 0.228
#> SRR1782706 1 0.0376 0.860 0.996 0.004
#> SRR1782708 1 0.7299 0.847 0.796 0.204
#> SRR1782712 2 0.0938 0.959 0.012 0.988
#> SRR1782713 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782710 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782714 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782716 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782715 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782717 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782718 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782719 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782720 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782721 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782726 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782722 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782723 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782727 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782725 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782724 1 0.6973 0.851 0.812 0.188
#> SRR1782728 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782730 1 0.7745 0.845 0.772 0.228
#> SRR1782729 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782733 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782732 2 0.2423 0.940 0.040 0.960
#> SRR1782735 1 0.6623 0.862 0.828 0.172
#> SRR1782731 1 0.6973 0.851 0.812 0.188
#> SRR1782734 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782736 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782737 1 0.3431 0.874 0.936 0.064
#> SRR1782738 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782739 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782740 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782741 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782742 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782743 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782744 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782745 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782747 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782750 1 0.6887 0.851 0.816 0.184
#> SRR1782749 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782751 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782752 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782746 1 0.9977 0.405 0.528 0.472
#> SRR1782753 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782748 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782754 2 0.4939 0.870 0.108 0.892
#> SRR1782755 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782756 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782757 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782758 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782761 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782759 1 0.6973 0.851 0.812 0.188
#> SRR1782762 2 0.1414 0.953 0.020 0.980
#> SRR1782760 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782764 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782763 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782765 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782766 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782767 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782769 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782768 1 0.3114 0.873 0.944 0.056
#> SRR1782770 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782774 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782772 1 0.2603 0.872 0.956 0.044
#> SRR1782773 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782775 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782777 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782776 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> SRR1782778 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782780 1 0.0672 0.862 0.992 0.008
#> SRR1782781 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> SRR1782779 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782782 1 0.9983 0.392 0.524 0.476
#> SRR1782784 1 0.7453 0.847 0.788 0.212
#> SRR1782783 1 0.7883 0.843 0.764 0.236
#> SRR1782785 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782786 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782787 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782788 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782790 1 0.7883 0.843 0.764 0.236
#> SRR1782789 2 0.2043 0.944 0.032 0.968
#> SRR1782791 2 0.6148 0.806 0.152 0.848
#> SRR1782792 2 0.3274 0.926 0.060 0.940
#> SRR1782793 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782794 2 0.8207 0.592 0.256 0.744
#> SRR1782795 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782796 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782798 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782797 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782799 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782800 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782801 1 0.0938 0.861 0.988 0.012
#> SRR1782802 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782803 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782804 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782805 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782806 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782808 2 0.0938 0.958 0.012 0.988
#> SRR1782807 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782809 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782810 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782812 2 0.2236 0.940 0.036 0.964
#> SRR1782813 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782814 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782815 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782816 1 0.6973 0.851 0.812 0.188
#> SRR1782818 1 0.6887 0.851 0.816 0.184
#> SRR1782819 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782817 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782824 1 0.9323 0.679 0.652 0.348
#> SRR1782825 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782820 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782822 2 0.6531 0.808 0.168 0.832
#> SRR1782821 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782823 1 0.8327 0.806 0.736 0.264
#> SRR1782826 1 0.9909 0.475 0.556 0.444
#> SRR1782830 2 0.6247 0.799 0.156 0.844
#> SRR1782828 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.4562 0.873 0.096 0.904
#> SRR1782831 2 0.2603 0.937 0.044 0.956
#> SRR1782834 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782832 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782835 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782837 2 0.7376 0.781 0.208 0.792
#> SRR1782836 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782838 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782839 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782840 1 0.6973 0.754 0.812 0.188
#> SRR1782833 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782842 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782841 2 0.4298 0.895 0.088 0.912
#> SRR1782843 1 0.0376 0.860 0.996 0.004
#> SRR1782845 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782844 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782846 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782848 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782849 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782850 1 0.2236 0.871 0.964 0.036
#> SRR1782851 1 0.7674 0.846 0.776 0.224
#> SRR1782852 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782853 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782855 1 0.7528 0.846 0.784 0.216
#> SRR1782856 1 0.7883 0.843 0.764 0.236
#> SRR1782854 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782857 2 0.9552 0.456 0.376 0.624
#> SRR1782858 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782859 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.6973 0.851 0.812 0.188
#> SRR1782861 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782862 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782863 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782864 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782866 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782865 1 0.9286 0.696 0.656 0.344
#> SRR1782867 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782868 1 0.7528 0.846 0.784 0.216
#> SRR1782872 1 0.9977 0.405 0.528 0.472
#> SRR1782874 1 0.7376 0.847 0.792 0.208
#> SRR1782875 1 0.3114 0.873 0.944 0.056
#> SRR1782870 1 0.6148 0.866 0.848 0.152
#> SRR1782871 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> SRR1782877 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782873 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782878 2 0.1843 0.952 0.028 0.972
#> SRR1782879 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782880 1 0.7602 0.847 0.780 0.220
#> SRR1782883 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782881 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782882 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782884 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782885 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782886 1 0.7299 0.847 0.796 0.204
#> SRR1782887 1 0.2043 0.870 0.968 0.032
#> SRR1782888 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782889 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782892 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782890 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782891 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782897 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782896 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782895 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782898 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782900 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782901 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782899 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782902 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1782903 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782905 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782904 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782907 1 0.7299 0.847 0.796 0.204
#> SRR1782906 1 0.7376 0.847 0.792 0.208
#> SRR1782908 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782909 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782911 1 0.7674 0.846 0.776 0.224
#> SRR1782910 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782912 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782913 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782915 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782914 1 0.7528 0.846 0.784 0.216
#> SRR1782916 1 0.8499 0.787 0.724 0.276
#> SRR1782918 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782919 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782920 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782917 1 0.1633 0.866 0.976 0.024
#> SRR1782922 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782921 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782923 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782925 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782924 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782926 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782929 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782927 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782928 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782932 1 0.3431 0.874 0.936 0.064
#> SRR1782933 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782930 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782931 1 0.3114 0.874 0.944 0.056
#> SRR1782934 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782935 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782936 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782937 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782939 1 0.7883 0.843 0.764 0.236
#> SRR1782940 1 0.6973 0.851 0.812 0.188
#> SRR1782941 1 0.7219 0.850 0.800 0.200
#> SRR1782942 1 0.2778 0.872 0.952 0.048
#> SRR1782945 1 0.9427 0.667 0.640 0.360
#> SRR1782944 1 0.7299 0.847 0.796 0.204
#> SRR1782947 1 0.9248 0.702 0.660 0.340
#> SRR1782948 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.8081 0.823 0.752 0.248
#> SRR1782952 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782950 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782953 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782951 1 0.9000 0.739 0.684 0.316
#> SRR1782954 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782955 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782956 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782957 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782946 1 0.9944 0.451 0.544 0.456
#> SRR1782959 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782958 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782960 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782961 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782962 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782964 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782963 1 0.7883 0.843 0.764 0.236
#> SRR1782965 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782966 1 0.2236 0.867 0.964 0.036
#> SRR1782968 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782967 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782969 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782970 2 0.1843 0.947 0.028 0.972
#> SRR1782971 2 0.1633 0.953 0.024 0.976
#> SRR1782972 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782973 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782974 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782975 1 0.9866 0.519 0.568 0.432
#> SRR1782976 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782977 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782979 1 0.7950 0.841 0.760 0.240
#> SRR1782980 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782981 1 0.3274 0.843 0.940 0.060
#> SRR1782982 1 0.1414 0.865 0.980 0.020
#> SRR1782985 1 0.7376 0.847 0.792 0.208
#> SRR1782983 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782987 1 0.1184 0.857 0.984 0.016
#> SRR1782984 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782986 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782988 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782990 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1782991 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782989 2 0.0672 0.961 0.008 0.992
#> SRR1782992 1 0.7745 0.845 0.772 0.228
#> SRR1782993 1 0.8499 0.809 0.724 0.276
#> SRR1782995 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782994 1 0.7602 0.845 0.780 0.220
#> SRR1782996 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> SRR1782998 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1782999 1 0.7056 0.851 0.808 0.192
#> SRR1782997 1 0.3584 0.868 0.932 0.068
#> SRR1783000 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.7376 0.848 0.792 0.208
#> SRR1783002 2 0.8207 0.736 0.256 0.744
#> SRR1783003 1 0.3879 0.873 0.924 0.076
#> SRR1783004 1 0.0000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.7299 0.847 0.796 0.204
#> SRR1783006 2 0.2423 0.937 0.040 0.960
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 3 0.5656 0.5604 0.284 0.004 0.712
#> SRR1782686 1 0.7885 0.7381 0.660 0.212 0.128
#> SRR1782687 3 0.5797 0.5612 0.280 0.008 0.712
#> SRR1782688 2 0.6291 0.8419 0.000 0.532 0.468
#> SRR1782690 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782691 3 0.6189 0.5306 0.364 0.004 0.632
#> SRR1782689 1 0.8878 0.6178 0.576 0.216 0.208
#> SRR1782692 2 0.6295 0.8335 0.000 0.528 0.472
#> SRR1782693 1 0.7581 0.0689 0.548 0.044 0.408
#> SRR1782694 2 0.6291 0.8419 0.000 0.532 0.468
#> SRR1782696 2 0.6309 0.7993 0.000 0.504 0.496
#> SRR1782697 3 0.6280 -0.6823 0.000 0.460 0.540
#> SRR1782695 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782700 3 0.6341 0.5457 0.252 0.032 0.716
#> SRR1782699 3 0.6018 0.5601 0.308 0.008 0.684
#> SRR1782701 3 0.6379 0.5165 0.368 0.008 0.624
#> SRR1782702 2 0.6295 0.8335 0.000 0.528 0.472
#> SRR1782704 2 0.6495 0.8503 0.004 0.536 0.460
#> SRR1782703 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782705 1 0.4504 0.7965 0.804 0.196 0.000
#> SRR1782709 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782711 1 0.9268 0.5112 0.524 0.208 0.268
#> SRR1782707 1 0.9391 0.2804 0.456 0.176 0.368
#> SRR1782706 3 0.6298 -0.4909 0.004 0.388 0.608
#> SRR1782708 3 0.8733 0.3841 0.260 0.160 0.580
#> SRR1782712 1 0.0592 0.8153 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782713 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.6546 0.5363 0.240 0.044 0.716
#> SRR1782714 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782717 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782718 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782719 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782720 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.5363 0.7716 0.724 0.276 0.000
#> SRR1782726 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782722 3 0.5706 -0.0437 0.000 0.320 0.680
#> SRR1782723 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782727 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782725 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782724 3 0.7021 0.5055 0.216 0.076 0.708
#> SRR1782728 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 3 0.6143 0.5591 0.304 0.012 0.684
#> SRR1782729 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782733 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782732 1 0.1774 0.8017 0.960 0.024 0.016
#> SRR1782735 3 0.8749 0.4628 0.276 0.152 0.572
#> SRR1782731 3 0.7165 0.4441 0.172 0.112 0.716
#> SRR1782734 3 0.6305 -0.7241 0.000 0.484 0.516
#> SRR1782736 3 0.5992 0.5554 0.268 0.016 0.716
#> SRR1782737 3 0.7607 -0.2806 0.052 0.364 0.584
#> SRR1782738 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782739 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782740 3 0.6189 0.5285 0.364 0.004 0.632
#> SRR1782741 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 3 0.6307 -0.7351 0.000 0.488 0.512
#> SRR1782743 3 0.6111 -0.5142 0.000 0.396 0.604
#> SRR1782744 3 0.6308 -0.7462 0.000 0.492 0.508
#> SRR1782745 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782747 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782750 3 0.6601 -0.1592 0.028 0.296 0.676
#> SRR1782749 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782751 2 0.6386 0.9196 0.004 0.584 0.412
#> SRR1782752 3 0.5785 0.5613 0.300 0.004 0.696
#> SRR1782746 1 0.8415 0.7110 0.564 0.332 0.104
#> SRR1782753 3 0.5733 0.5562 0.324 0.000 0.676
#> SRR1782748 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782754 1 0.8415 0.7110 0.564 0.332 0.104
#> SRR1782755 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782756 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.6295 0.8388 0.000 0.528 0.472
#> SRR1782758 3 0.5706 0.5572 0.320 0.000 0.680
#> SRR1782761 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 3 0.6764 0.5215 0.224 0.060 0.716
#> SRR1782762 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782763 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782765 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782766 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782767 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782769 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782768 2 0.6235 0.8047 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782770 3 0.5905 -0.1135 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782774 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782771 3 0.5905 -0.1135 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782772 3 0.6280 -0.5805 0.000 0.460 0.540
#> SRR1782773 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782775 2 0.7922 0.7795 0.060 0.532 0.408
#> SRR1782777 3 0.6387 0.5613 0.300 0.020 0.680
#> SRR1782776 1 0.4702 0.7525 0.788 0.212 0.000
#> SRR1782778 2 0.6192 0.9203 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782780 3 0.7970 -0.1352 0.088 0.300 0.612
#> SRR1782781 1 0.3183 0.7701 0.908 0.076 0.016
#> SRR1782779 1 0.1163 0.8196 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782782 1 0.7543 0.7554 0.680 0.216 0.104
#> SRR1782784 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782783 3 0.5958 0.5605 0.300 0.008 0.692
#> SRR1782785 3 0.5884 0.5575 0.272 0.012 0.716
#> SRR1782786 1 0.4291 0.8007 0.820 0.180 0.000
#> SRR1782787 3 0.8071 -0.2895 0.072 0.380 0.548
#> SRR1782788 3 0.6483 0.4781 0.392 0.008 0.600
#> SRR1782790 3 0.5785 0.5613 0.300 0.004 0.696
#> SRR1782789 1 0.2152 0.7946 0.948 0.036 0.016
#> SRR1782791 1 0.7263 0.7058 0.568 0.400 0.032
#> SRR1782792 1 0.4475 0.7105 0.840 0.144 0.016
#> SRR1782793 1 0.3802 0.7956 0.888 0.032 0.080
#> SRR1782794 1 0.8415 0.7110 0.564 0.332 0.104
#> SRR1782795 1 0.4121 0.7996 0.832 0.168 0.000
#> SRR1782796 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.9150 0.3382 0.232 0.224 0.544
#> SRR1782800 3 0.6662 0.5293 0.232 0.052 0.716
#> SRR1782801 2 0.6192 0.9208 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782802 2 0.6386 0.9196 0.004 0.584 0.412
#> SRR1782803 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782804 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782805 3 0.6275 -0.1335 0.008 0.348 0.644
#> SRR1782806 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782808 1 0.0983 0.8104 0.980 0.004 0.016
#> SRR1782807 1 0.1289 0.8180 0.968 0.032 0.000
#> SRR1782809 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782810 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 1 0.2152 0.7946 0.948 0.036 0.016
#> SRR1782813 2 0.7607 0.8223 0.052 0.584 0.364
#> SRR1782814 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782815 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.7610 0.3494 0.144 0.168 0.688
#> SRR1782818 3 0.6968 0.2113 0.080 0.204 0.716
#> SRR1782819 1 0.3482 0.8081 0.872 0.128 0.000
#> SRR1782817 3 0.6398 0.4339 0.416 0.004 0.580
#> SRR1782824 1 0.4731 0.7713 0.840 0.032 0.128
#> SRR1782825 2 0.6309 0.7742 0.000 0.504 0.496
#> SRR1782820 3 0.5884 0.5575 0.272 0.012 0.716
#> SRR1782822 1 0.4371 0.7788 0.860 0.032 0.108
#> SRR1782821 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782823 3 0.8404 0.0735 0.452 0.084 0.464
#> SRR1782826 1 0.4676 0.7776 0.848 0.040 0.112
#> SRR1782830 1 0.7543 0.7554 0.680 0.216 0.104
#> SRR1782828 2 0.6305 0.8104 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782829 1 0.4335 0.7840 0.864 0.036 0.100
#> SRR1782831 1 0.4345 0.7184 0.848 0.136 0.016
#> SRR1782834 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 1 0.5639 0.5941 0.752 0.232 0.016
#> SRR1782836 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782838 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782839 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782840 1 0.7853 0.2389 0.556 0.384 0.060
#> SRR1782833 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.7442 -0.2588 0.056 0.316 0.628
#> SRR1782841 1 0.7543 0.7554 0.680 0.216 0.104
#> SRR1782843 3 0.6079 -0.5058 0.000 0.388 0.612
#> SRR1782845 1 0.9489 0.3226 0.464 0.196 0.340
#> SRR1782844 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782846 2 0.6305 0.6629 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782847 3 0.6512 0.5610 0.300 0.024 0.676
#> SRR1782848 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782849 3 0.6937 0.5511 0.272 0.048 0.680
#> SRR1782850 3 0.9280 -0.1510 0.168 0.352 0.480
#> SRR1782851 3 0.5656 0.5604 0.284 0.004 0.712
#> SRR1782852 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.7379 0.8490 0.040 0.584 0.376
#> SRR1782855 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782856 3 0.5958 0.5605 0.300 0.008 0.692
#> SRR1782854 3 0.6307 -0.7351 0.000 0.488 0.512
#> SRR1782857 1 0.6473 0.4458 0.652 0.332 0.016
#> SRR1782858 3 0.8512 0.4926 0.296 0.124 0.580
#> SRR1782859 3 0.6260 -0.5829 0.000 0.448 0.552
#> SRR1782860 3 0.6715 0.5258 0.228 0.056 0.716
#> SRR1782861 3 0.5706 0.5572 0.320 0.000 0.680
#> SRR1782862 3 0.9559 0.1551 0.220 0.308 0.472
#> SRR1782863 3 0.5896 0.0162 0.008 0.292 0.700
#> SRR1782864 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782866 3 0.6482 0.5397 0.244 0.040 0.716
#> SRR1782865 1 0.9115 0.5667 0.548 0.216 0.236
#> SRR1782867 1 0.3213 0.7901 0.900 0.008 0.092
#> SRR1782868 3 0.8941 0.4225 0.292 0.160 0.548
#> SRR1782872 1 0.8476 0.7086 0.560 0.332 0.108
#> SRR1782874 3 0.6662 0.5293 0.232 0.052 0.716
#> SRR1782875 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782870 3 0.8599 0.4648 0.276 0.140 0.584
#> SRR1782871 1 0.8415 0.7110 0.564 0.332 0.104
#> SRR1782877 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782873 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782878 1 0.6491 0.7812 0.732 0.216 0.052
#> SRR1782879 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782880 3 0.5656 0.5604 0.284 0.004 0.712
#> SRR1782883 3 0.6057 0.5485 0.340 0.004 0.656
#> SRR1782881 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782882 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782884 3 0.9777 0.3771 0.324 0.248 0.428
#> SRR1782885 3 0.5678 -0.0355 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782886 3 0.6764 0.5215 0.224 0.060 0.716
#> SRR1782887 2 0.6305 0.6629 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782888 3 0.6764 0.5215 0.224 0.060 0.716
#> SRR1782889 3 0.6305 -0.7241 0.000 0.484 0.516
#> SRR1782892 3 0.5706 0.5572 0.320 0.000 0.680
#> SRR1782890 3 0.6662 0.5293 0.232 0.052 0.716
#> SRR1782891 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782893 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782894 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782897 3 0.5815 0.5617 0.304 0.004 0.692
#> SRR1782896 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782895 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782898 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782900 3 0.6057 0.5485 0.340 0.004 0.656
#> SRR1782901 3 0.5797 0.5612 0.280 0.008 0.712
#> SRR1782899 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782902 3 0.5754 0.5626 0.296 0.004 0.700
#> SRR1782903 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782905 3 0.8984 -0.0253 0.148 0.328 0.524
#> SRR1782904 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782907 3 0.6764 0.5215 0.224 0.060 0.716
#> SRR1782906 3 0.6606 0.5331 0.236 0.048 0.716
#> SRR1782908 3 0.7268 -0.5228 0.028 0.448 0.524
#> SRR1782909 3 0.6111 -0.5142 0.000 0.396 0.604
#> SRR1782911 3 0.5656 0.5604 0.284 0.004 0.712
#> SRR1782910 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782912 3 0.8561 0.4545 0.420 0.096 0.484
#> SRR1782913 3 0.8170 0.4889 0.256 0.120 0.624
#> SRR1782915 3 0.6008 0.5247 0.372 0.000 0.628
#> SRR1782914 3 0.5896 0.5613 0.292 0.008 0.700
#> SRR1782916 1 0.6262 0.5293 0.696 0.020 0.284
#> SRR1782918 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782919 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782920 3 0.5706 0.5572 0.320 0.000 0.680
#> SRR1782917 2 0.6308 0.6735 0.000 0.508 0.492
#> SRR1782922 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 3 0.6180 -0.5734 0.000 0.416 0.584
#> SRR1782923 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782925 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782924 3 0.9242 0.3345 0.240 0.228 0.532
#> SRR1782926 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782929 2 0.6386 0.9196 0.004 0.584 0.412
#> SRR1782927 3 0.5760 -0.0607 0.000 0.328 0.672
#> SRR1782928 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782932 2 0.6168 0.9201 0.000 0.588 0.412
#> SRR1782933 1 0.5138 0.7794 0.748 0.252 0.000
#> SRR1782930 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782931 2 0.8280 0.7356 0.080 0.516 0.404
#> SRR1782934 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782935 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782936 3 0.5763 0.5592 0.276 0.008 0.716
#> SRR1782937 2 0.6386 0.9196 0.004 0.584 0.412
#> SRR1782939 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782940 3 0.6933 0.1971 0.076 0.208 0.716
#> SRR1782941 3 0.5623 0.5607 0.280 0.004 0.716
#> SRR1782942 2 0.6307 0.6546 0.000 0.512 0.488
#> SRR1782945 1 0.8610 0.7016 0.556 0.324 0.120
#> SRR1782944 3 0.6764 0.5215 0.224 0.060 0.716
#> SRR1782947 1 0.9401 0.4906 0.504 0.216 0.280
#> SRR1782948 2 0.6286 0.8619 0.000 0.536 0.464
#> SRR1782949 1 0.9479 0.3415 0.460 0.192 0.348
#> SRR1782952 3 0.5882 0.5459 0.348 0.000 0.652
#> SRR1782950 2 0.6095 0.8808 0.000 0.608 0.392
#> SRR1782953 2 0.7091 0.8851 0.024 0.560 0.416
#> SRR1782951 1 0.9561 0.4202 0.468 0.216 0.316
#> SRR1782954 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782955 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.7824 0.7967 0.064 0.580 0.356
#> SRR1782957 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782946 1 0.8415 0.7110 0.564 0.332 0.104
#> SRR1782959 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782960 3 0.6180 0.4422 0.416 0.000 0.584
#> SRR1782961 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782962 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782964 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782963 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782965 3 0.6688 0.5582 0.308 0.028 0.664
#> SRR1782966 2 0.6154 0.8492 0.000 0.592 0.408
#> SRR1782968 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782967 3 0.6295 -0.5201 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782969 3 0.6341 0.5457 0.252 0.032 0.716
#> SRR1782970 1 0.2152 0.7946 0.948 0.036 0.016
#> SRR1782971 1 0.5591 0.7613 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782972 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782973 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782974 3 0.6587 0.5406 0.352 0.016 0.632
#> SRR1782975 1 0.4662 0.7737 0.844 0.032 0.124
#> SRR1782976 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782977 3 0.6148 0.5390 0.356 0.004 0.640
#> SRR1782979 3 0.5845 0.5612 0.308 0.004 0.688
#> SRR1782980 3 0.5733 0.5562 0.324 0.000 0.676
#> SRR1782981 2 0.8733 0.5698 0.160 0.580 0.260
#> SRR1782982 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782985 3 0.6887 0.5256 0.236 0.060 0.704
#> SRR1782983 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782987 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782984 3 0.6738 0.5138 0.356 0.020 0.624
#> SRR1782986 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782988 2 0.6825 0.6166 0.012 0.496 0.492
#> SRR1782990 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1782991 3 0.9342 0.4379 0.336 0.180 0.484
#> SRR1782989 1 0.0000 0.8187 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 3 0.5656 0.5604 0.284 0.004 0.712
#> SRR1782993 3 0.6664 0.2807 0.464 0.008 0.528
#> SRR1782995 3 0.5859 0.5481 0.344 0.000 0.656
#> SRR1782994 3 0.6793 0.5607 0.292 0.036 0.672
#> SRR1782996 3 0.7996 -0.2979 0.068 0.380 0.552
#> SRR1782998 3 0.5497 0.0116 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782999 3 0.7001 0.4914 0.200 0.084 0.716
#> SRR1782997 3 0.6079 -0.4934 0.000 0.388 0.612
#> SRR1783000 3 0.6111 -0.5164 0.000 0.396 0.604
#> SRR1783001 3 0.5588 0.5611 0.276 0.004 0.720
#> SRR1783002 1 0.6027 0.5392 0.712 0.272 0.016
#> SRR1783003 3 0.6396 -0.0138 0.016 0.320 0.664
#> SRR1783004 2 0.6180 0.9249 0.000 0.584 0.416
#> SRR1783005 3 0.8578 0.2149 0.172 0.224 0.604
#> SRR1783006 1 0.4277 0.7221 0.852 0.132 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.2198 0.9002 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782689 1 0.0804 0.9362 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782694 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.2216 0.8852 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782701 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.1389 0.9204 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1782709 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782711 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782707 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782706 2 0.4981 0.1394 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.3791 0.7513 0.796 0.200 0.000 0.004
#> SRR1782712 4 0.0707 0.9485 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.0707 0.9478 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.1389 0.9107 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782732 4 0.1867 0.9031 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1782735 3 0.3688 0.7435 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.4877 0.4881 0.664 0.008 0.328 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.1940 0.8823 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.2011 0.8951 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782747 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782750 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.2011 0.8928 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782746 1 0.1356 0.9261 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1782753 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0927 0.9334 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0592 0.9512 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3123 0.8006 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.3247 0.8610 0.060 0.060 0.880 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782777 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782776 4 0.1940 0.8864 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.3486 0.7704 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.2494 0.8998 0.048 0.036 0.000 0.916
#> SRR1782779 4 0.1716 0.9027 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1782782 1 0.2124 0.9029 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0817 0.9297 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.1389 0.9204 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1782787 3 0.4370 0.7799 0.156 0.044 0.800 0.000
#> SRR1782788 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782790 1 0.2081 0.8900 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782789 4 0.1637 0.9150 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1782791 1 0.3852 0.7892 0.800 0.000 0.008 0.192
#> SRR1782792 4 0.4100 0.7863 0.036 0.148 0.000 0.816
#> SRR1782793 4 0.4830 0.2756 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1782794 1 0.0524 0.9389 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 3 0.3907 0.8172 0.120 0.044 0.836 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0921 0.9424 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782807 4 0.1389 0.9204 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.1637 0.9150 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1782813 2 0.1716 0.9055 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782818 1 0.0592 0.9325 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.1767 0.9114 0.944 0.044 0.000 0.012
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782826 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782830 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782831 4 0.4458 0.7899 0.076 0.116 0.000 0.808
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 1 0.6769 0.5459 0.624 0.212 0.004 0.160
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.5312 0.6333 0.712 0.052 0.236 0.000
#> SRR1782841 1 0.2198 0.8900 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1782843 1 0.4158 0.7189 0.768 0.224 0.008 0.000
#> SRR1782845 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.3024 0.8061 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1782847 1 0.2281 0.8660 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782850 1 0.2928 0.8810 0.896 0.052 0.052 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.1940 0.8978 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.2149 0.8891 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.2610 0.8834 0.088 0.900 0.000 0.012
#> SRR1782858 1 0.4941 0.1870 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1782859 2 0.5131 0.5645 0.280 0.692 0.028 0.000
#> SRR1782860 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782862 3 0.3239 0.8594 0.068 0.052 0.880 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782867 1 0.3688 0.7696 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782868 1 0.1042 0.9300 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1782872 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.4999 0.0904 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1782871 1 0.4792 0.5997 0.680 0.000 0.008 0.312
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.4898 0.2820 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1782879 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.6956 0.4445 0.288 0.000 0.564 0.148
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.3539 0.7699 0.004 0.176 0.820 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.5786 0.5510 0.308 0.052 0.640 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.3239 0.8597 0.068 0.052 0.880 0.000
#> SRR1782909 2 0.4817 0.3834 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0592 0.9356 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782913 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782915 1 0.0707 0.9332 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.3547 0.8543 0.864 0.072 0.000 0.064
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782917 3 0.4985 0.1533 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.1557 0.9031 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0336 0.9278 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.2281 0.8676 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782940 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.2124 0.8819 0.008 0.068 0.924 0.000
#> SRR1782945 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0524 0.9389 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0524 0.9389 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782952 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1302 0.9174 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782954 4 0.0188 0.9583 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.1940 0.8978 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.1970 0.9098 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3528 0.7851 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782965 1 0.2281 0.8660 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782966 2 0.3024 0.8108 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.1792 0.9074 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1782971 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.2466 0.8652 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782979 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782980 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782981 2 0.1940 0.8978 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.2011 0.8864 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1474 0.8956 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.4595 0.7481 0.176 0.000 0.780 0.044
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.3610 0.7756 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782995 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782994 1 0.2281 0.8660 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782996 3 0.3301 0.8561 0.076 0.048 0.876 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.1792 0.8962 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.4877 0.5600 0.664 0.328 0.008 0.000
#> SRR1783001 1 0.0336 0.9395 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1783002 2 0.6708 0.0344 0.088 0.464 0.000 0.448
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9333 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.2281 0.8752 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1783006 4 0.4482 0.7831 0.068 0.128 0.000 0.804
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.0609 0.8971 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782686 5 0.2286 0.8287 0.004 0.000 0.000 0.108 0.888
#> SRR1782687 1 0.1478 0.8818 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782688 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782691 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782694 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.2561 0.8277 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0510 0.9493 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0290 0.8879 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782701 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.3398 0.7315 0.004 0.000 0.000 0.780 0.216
#> SRR1782709 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782711 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.3242 0.7455 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.3304 0.7493 0.816 0.168 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782712 4 0.0771 0.9387 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782713 4 0.0290 0.9475 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782710 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782714 4 0.0703 0.9397 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0162 0.8768 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.0290 0.8879 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.3612 0.6566 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1782729 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782732 4 0.1753 0.9146 0.032 0.032 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782735 3 0.6387 0.6195 0.128 0.044 0.616 0.000 0.212
#> SRR1782731 1 0.0955 0.8985 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782734 2 0.1792 0.8940 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782737 3 0.6531 0.6586 0.208 0.076 0.616 0.000 0.100
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782740 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782742 2 0.0794 0.9427 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.2966 0.7834 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0510 0.9493 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782747 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782750 1 0.0992 0.8974 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3898 0.8067 0.804 0.000 0.000 0.116 0.080
#> SRR1782746 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 5 0.1671 0.8577 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782755 2 0.0290 0.9532 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.1908 0.8835 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.4074 0.4412 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782762 4 0.0566 0.9435 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782760 4 0.0324 0.9469 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1768 0.9005 0.004 0.924 0.072 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.5378 0.6980 0.172 0.160 0.668 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 5 0.3760 0.7254 0.188 0.000 0.028 0.000 0.784
#> SRR1782776 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.2891 0.7338 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.2740 0.8731 0.044 0.064 0.004 0.888 0.000
#> SRR1782779 4 0.0865 0.9336 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR1782782 5 0.1478 0.8690 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782784 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782783 1 0.4569 0.7558 0.748 0.000 0.000 0.104 0.148
#> SRR1782785 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782786 4 0.3398 0.7315 0.004 0.000 0.000 0.780 0.216
#> SRR1782787 3 0.6609 0.6499 0.148 0.068 0.616 0.000 0.168
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.1893 0.8796 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024
#> SRR1782789 4 0.1430 0.9145 0.004 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782791 5 0.2516 0.7968 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782792 4 0.2929 0.8138 0.008 0.152 0.000 0.840 0.000
#> SRR1782793 4 0.3491 0.7145 0.004 0.000 0.000 0.768 0.228
#> SRR1782794 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782796 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.6021 0.7094 0.172 0.104 0.668 0.000 0.056
#> SRR1782800 1 0.0290 0.8879 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0162 0.9549 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0290 0.8755 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0771 0.9385 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782807 4 0.2488 0.8443 0.004 0.000 0.000 0.872 0.124
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782812 4 0.1478 0.9073 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.3556 0.7294 0.808 0.004 0.168 0.000 0.020
#> SRR1782818 1 0.0451 0.8894 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782819 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.3837 0.5504 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1782825 2 0.0703 0.9452 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782822 4 0.4082 0.6909 0.240 0.008 0.000 0.740 0.012
#> SRR1782821 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 5 0.2732 0.7814 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1782830 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782828 2 0.1608 0.9055 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 5 0.5373 0.5533 0.092 0.000 0.000 0.276 0.632
#> SRR1782831 4 0.3291 0.8223 0.040 0.120 0.000 0.840 0.000
#> SRR1782834 4 0.0404 0.9462 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782832 4 0.0162 0.9477 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.4190 0.7470 0.060 0.172 0.000 0.768 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782842 3 0.5527 0.6960 0.176 0.156 0.664 0.000 0.004
#> SRR1782841 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 2 0.6243 0.3165 0.216 0.544 0.240 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.5379 0.6969 0.168 0.164 0.668 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.2516 0.7954 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1782848 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.3783 0.6483 0.252 0.000 0.008 0.000 0.740
#> SRR1782850 3 0.5718 0.6709 0.196 0.160 0.640 0.000 0.004
#> SRR1782851 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782852 4 0.0404 0.9462 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.1043 0.8963 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782856 1 0.2813 0.7855 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1782854 2 0.0510 0.9493 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.2648 0.8043 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782858 3 0.6508 0.6187 0.136 0.052 0.612 0.000 0.200
#> SRR1782859 2 0.6135 0.3397 0.192 0.560 0.248 0.000 0.000
#> SRR1782860 1 0.0290 0.8879 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.4045 0.4773 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1782862 3 0.5612 0.7064 0.160 0.156 0.672 0.012 0.000
#> SRR1782863 3 0.0290 0.8755 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0162 0.8768 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782865 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 4 0.0992 0.9321 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR1782868 5 0.8203 0.1575 0.296 0.152 0.176 0.000 0.376
#> SRR1782872 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782875 2 0.0162 0.9549 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.6118 0.7035 0.168 0.068 0.664 0.000 0.100
#> SRR1782871 5 0.0510 0.8991 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782877 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.3534 0.6092 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782879 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0510 0.9493 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 5 0.0963 0.8860 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782885 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782887 3 0.5413 0.6941 0.172 0.164 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782889 2 0.2852 0.7975 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 5 0.3003 0.7441 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1782890 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0510 0.9493 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782897 1 0.2891 0.7739 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 5 0.4045 0.4876 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1782899 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.2127 0.8465 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782903 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.5708 0.6945 0.180 0.148 0.660 0.000 0.012
#> SRR1782904 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782906 1 0.0794 0.8987 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782908 3 0.5378 0.6980 0.172 0.160 0.668 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.3143 0.7587 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0794 0.8987 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782910 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.3019 0.8213 0.088 0.000 0.048 0.000 0.864
#> SRR1782913 3 0.6761 0.4954 0.200 0.024 0.536 0.000 0.240
#> SRR1782915 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 1 0.4305 -0.0124 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1782916 1 0.2462 0.8087 0.880 0.008 0.000 0.112 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.3003 0.7441 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1782917 3 0.6088 0.5099 0.156 0.296 0.548 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782921 2 0.3480 0.7039 0.248 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.5038 0.7547 0.144 0.092 0.740 0.000 0.024
#> SRR1782926 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0162 0.9549 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0162 0.9549 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782937 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782940 1 0.0693 0.8933 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782941 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782942 3 0.5344 0.7004 0.168 0.160 0.672 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782947 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.1197 0.9266 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0162 0.9548 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0510 0.9493 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 4 0.0162 0.9480 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 4 0.0510 0.9443 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782958 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3282 0.7850 0.804 0.000 0.000 0.188 0.008
#> SRR1782965 5 0.2329 0.8097 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1782966 2 0.0451 0.9513 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.3752 0.7839 0.124 0.064 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0880 0.8993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782970 4 0.1704 0.9013 0.004 0.068 0.000 0.928 0.000
#> SRR1782971 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 1 0.3690 0.6999 0.764 0.000 0.000 0.012 0.224
#> SRR1782976 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 1 0.3074 0.7795 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782980 5 0.3003 0.7441 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1782981 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0162 0.9549 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.0290 0.8879 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0162 0.9557 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.5125 0.7196 0.148 0.156 0.696 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 5 0.0992 0.8934 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9488 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0794 0.8988 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782993 1 0.4060 0.4950 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1782995 5 0.0000 0.9102 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 3 0.5998 0.5403 0.188 0.000 0.584 0.000 0.228
#> SRR1782996 3 0.6031 0.7121 0.168 0.084 0.672 0.000 0.076
#> SRR1782998 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0771 0.8966 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782997 1 0.1041 0.8773 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783000 2 0.2891 0.7931 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.2690 0.8095 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1783002 4 0.4329 0.5553 0.016 0.312 0.000 0.672 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.8781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9559 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.2561 0.7709 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 4 0.2763 0.8205 0.004 0.148 0.000 0.848 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.2784 0.8063 0.000 0.000 0.000 0.124 0.848 0.028
#> SRR1782687 1 0.0508 0.8886 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1782688 2 0.0363 0.9023 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782690 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 5 0.0820 0.9040 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1782692 2 0.0458 0.9022 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782693 5 0.0260 0.9096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782694 2 0.0363 0.9023 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782696 2 0.2920 0.8577 0.008 0.844 0.128 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782697 2 0.2547 0.8668 0.004 0.868 0.112 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782695 6 0.2048 0.9529 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1782700 1 0.1075 0.8759 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.2933 0.7700 0.796 0.000 0.004 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782701 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0603 0.9027 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782704 2 0.0363 0.9023 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782703 6 0.2048 0.9529 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1782705 4 0.1116 0.9343 0.000 0.000 0.008 0.960 0.004 0.028
#> SRR1782709 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782711 5 0.0622 0.9061 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1782707 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.4870 0.7209 0.136 0.708 0.132 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782708 1 0.3382 0.8032 0.832 0.044 0.108 0.012 0.000 0.004
#> SRR1782712 4 0.0405 0.9492 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1782713 4 0.0146 0.9521 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782710 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782714 4 0.0891 0.9375 0.024 0.000 0.008 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782715 3 0.2854 0.7489 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782717 3 0.3221 0.6918 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1782718 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.3695 0.4503 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.3833 0.2393 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1782722 3 0.2730 0.7582 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782723 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782727 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.1863 0.8422 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782730 1 0.3804 0.4547 0.656 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008
#> SRR1782729 6 0.2092 0.9508 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1782733 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.1629 0.9164 0.028 0.004 0.024 0.940 0.000 0.004
#> SRR1782735 3 0.4844 0.3368 0.008 0.000 0.596 0.000 0.344 0.052
#> SRR1782731 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.2936 0.8584 0.020 0.852 0.112 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782736 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0405 0.7693 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782740 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782742 2 0.2758 0.8623 0.012 0.860 0.112 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782743 2 0.3263 0.8495 0.028 0.836 0.112 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782744 2 0.2592 0.8646 0.004 0.864 0.116 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782745 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.2944 0.8276 0.868 0.056 0.052 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782749 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782751 2 0.0632 0.9034 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.3521 0.7854 0.796 0.000 0.000 0.156 0.044 0.004
#> SRR1782746 5 0.1074 0.8997 0.000 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1782753 5 0.0146 0.9096 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782748 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782754 5 0.1257 0.8964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1782755 2 0.2954 0.8734 0.000 0.844 0.108 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782756 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782757 2 0.2742 0.8588 0.012 0.852 0.128 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782758 5 0.3747 0.3627 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782761 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782759 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0692 0.9429 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 6 0.2135 0.9477 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1782763 2 0.0891 0.9044 0.000 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782765 3 0.3076 0.7207 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1782766 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782767 3 0.2730 0.7582 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782769 2 0.1549 0.9026 0.000 0.936 0.020 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782768 2 0.3975 0.1943 0.000 0.544 0.452 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782770 3 0.2631 0.7629 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782774 2 0.1257 0.9050 0.000 0.952 0.028 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782771 3 0.2631 0.7617 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782772 3 0.0622 0.7628 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782775 2 0.0870 0.9017 0.000 0.972 0.004 0.012 0.000 0.012
#> SRR1782777 5 0.0405 0.9069 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782776 4 0.0146 0.9515 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.5617 0.4355 0.576 0.276 0.132 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782781 4 0.2234 0.8375 0.000 0.000 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR1782779 4 0.1230 0.9320 0.000 0.000 0.008 0.956 0.008 0.028
#> SRR1782782 5 0.2088 0.8620 0.000 0.000 0.000 0.068 0.904 0.028
#> SRR1782784 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.2218 0.8425 0.884 0.000 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.1116 0.9343 0.000 0.000 0.008 0.960 0.004 0.028
#> SRR1782787 3 0.1757 0.7355 0.008 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.1141 0.8743 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1782789 4 0.1010 0.9292 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1782791 5 0.4029 0.5977 0.000 0.000 0.000 0.292 0.680 0.028
#> SRR1782792 4 0.2380 0.8611 0.000 0.068 0.036 0.892 0.000 0.004
#> SRR1782793 4 0.3079 0.8011 0.000 0.000 0.008 0.836 0.128 0.028
#> SRR1782794 5 0.1074 0.8997 0.000 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1782795 4 0.0146 0.9515 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782798 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782797 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782799 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.1555 0.8747 0.940 0.008 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782801 2 0.2738 0.7808 0.000 0.820 0.176 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782802 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782803 3 0.2762 0.7563 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1782804 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782805 3 0.2631 0.7638 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782806 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782808 4 0.0405 0.9495 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1782807 4 0.0972 0.9368 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782812 4 0.1471 0.9033 0.000 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR1782813 2 0.0993 0.9018 0.000 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782814 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782816 1 0.5535 0.4075 0.580 0.036 0.328 0.000 0.044 0.012
#> SRR1782818 1 0.1657 0.8612 0.928 0.056 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782819 4 0.0260 0.9507 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.1425 0.8783 0.952 0.000 0.008 0.012 0.020 0.008
#> SRR1782825 2 0.2748 0.8623 0.008 0.856 0.120 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782820 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782822 4 0.5215 0.4119 0.316 0.000 0.088 0.588 0.004 0.004
#> SRR1782821 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.4947 0.3154 0.400 0.000 0.008 0.012 0.552 0.028
#> SRR1782830 5 0.1074 0.8997 0.000 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1782828 2 0.2834 0.8584 0.008 0.848 0.128 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782829 5 0.5535 0.6131 0.116 0.000 0.008 0.200 0.648 0.028
#> SRR1782831 4 0.3200 0.8131 0.012 0.036 0.104 0.844 0.000 0.004
#> SRR1782834 4 0.0508 0.9503 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1782832 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782835 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782837 4 0.5476 0.5463 0.012 0.200 0.124 0.648 0.000 0.016
#> SRR1782836 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782838 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782839 6 0.2092 0.9509 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1782840 2 0.0993 0.9018 0.000 0.964 0.024 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782833 4 0.0260 0.9507 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.2022 0.7031 0.008 0.052 0.916 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782841 5 0.2486 0.8685 0.016 0.000 0.008 0.048 0.900 0.028
#> SRR1782843 3 0.2649 0.6662 0.016 0.076 0.880 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782845 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.3221 0.6918 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1782846 3 0.0405 0.7686 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 5 0.0520 0.9057 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782848 3 0.3868 0.0169 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1782849 5 0.0508 0.9051 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR1782850 3 0.1268 0.7371 0.008 0.036 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782851 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0725 0.9030 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782855 1 0.1411 0.8656 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1782856 1 0.0547 0.8864 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782854 2 0.2592 0.8646 0.004 0.864 0.116 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782857 2 0.2279 0.8760 0.000 0.904 0.024 0.056 0.000 0.016
#> SRR1782858 5 0.2631 0.7708 0.008 0.000 0.152 0.000 0.840 0.000
#> SRR1782859 3 0.4496 0.0806 0.008 0.408 0.564 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782860 1 0.0717 0.8856 0.976 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782861 5 0.3852 0.3791 0.384 0.000 0.000 0.000 0.612 0.004
#> SRR1782862 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 6 0.2300 0.9304 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1782864 3 0.2823 0.7518 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1782866 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 5 0.0146 0.9103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782867 4 0.4177 0.6486 0.216 0.000 0.008 0.736 0.012 0.028
#> SRR1782868 5 0.4907 0.3024 0.024 0.024 0.420 0.000 0.532 0.000
#> SRR1782872 5 0.0725 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1782874 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0858 0.9028 0.000 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782870 3 0.0520 0.7695 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782871 5 0.2255 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.080 0.892 0.028
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782878 5 0.4331 0.4774 0.000 0.000 0.004 0.332 0.636 0.028
#> SRR1782879 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 6 0.3797 0.3281 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1782882 2 0.2494 0.8655 0.000 0.864 0.120 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782884 5 0.4388 0.7088 0.000 0.000 0.060 0.044 0.760 0.136
#> SRR1782885 3 0.2730 0.7582 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782886 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0891 0.7523 0.008 0.024 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782889 2 0.3095 0.8536 0.028 0.844 0.112 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782892 5 0.0260 0.9080 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782890 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782891 2 0.0777 0.9038 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782893 2 0.2302 0.8708 0.000 0.872 0.120 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782894 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.3163 0.6842 0.764 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR1782896 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782895 2 0.1152 0.8993 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782898 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782900 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.3737 0.3321 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1782899 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782902 1 0.3136 0.6889 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR1782903 2 0.1333 0.8999 0.000 0.944 0.008 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782905 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.3126 0.7119 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1782907 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.3896 0.8106 0.080 0.792 0.112 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782911 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.3151 0.7075 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1782912 5 0.0603 0.9038 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782913 5 0.2848 0.7591 0.008 0.000 0.176 0.000 0.816 0.000
#> SRR1782915 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.2219 0.8003 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782916 1 0.2655 0.8381 0.872 0.012 0.096 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782918 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782919 3 0.2996 0.7319 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1782920 5 0.0260 0.9080 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782917 3 0.1882 0.7056 0.008 0.060 0.920 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782922 4 0.0260 0.9507 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.3732 0.8258 0.080 0.812 0.084 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782923 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782925 2 0.1549 0.9026 0.000 0.936 0.020 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782924 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782929 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782927 3 0.2730 0.7582 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782928 2 0.1549 0.9026 0.000 0.936 0.020 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782932 2 0.3807 0.4270 0.000 0.628 0.368 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782933 4 0.0146 0.9521 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782930 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782931 2 0.3823 0.2539 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782935 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782936 1 0.0291 0.8911 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782937 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782939 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.1391 0.8707 0.944 0.040 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782941 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0260 0.9096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782944 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.0146 0.9103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782948 2 0.2834 0.8584 0.008 0.848 0.128 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782949 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.1152 0.9025 0.000 0.952 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782953 2 0.2723 0.8607 0.004 0.852 0.128 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782951 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.0260 0.9507 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782955 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782956 2 0.0363 0.9023 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782957 3 0.2793 0.7542 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782946 5 0.0725 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1782959 4 0.0622 0.9486 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782958 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782960 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782962 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782964 6 0.2762 0.8633 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1782963 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782965 5 0.1124 0.8871 0.008 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000
#> SRR1782966 2 0.3817 0.2629 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.3175 0.7025 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1782967 3 0.2020 0.7698 0.008 0.000 0.896 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782969 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782970 4 0.1588 0.8947 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> SRR1782971 4 0.0000 0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782972 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782973 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782974 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.1425 0.8783 0.952 0.000 0.008 0.012 0.020 0.008
#> SRR1782976 2 0.1434 0.9014 0.000 0.940 0.012 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782977 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.2793 0.7727 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782980 5 0.0260 0.9080 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782981 2 0.0363 0.9023 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782982 2 0.1074 0.9015 0.000 0.960 0.028 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782985 1 0.1814 0.8448 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.2793 0.7542 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1782987 2 0.1007 0.8979 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782984 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782986 6 0.2048 0.9529 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1782988 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0858 0.9037 0.000 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782991 5 0.4030 0.6616 0.000 0.000 0.080 0.000 0.748 0.172
#> SRR1782989 4 0.0363 0.9512 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782992 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.2933 0.7700 0.796 0.000 0.004 0.200 0.000 0.000
#> SRR1782995 5 0.0000 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 5 0.2257 0.8093 0.008 0.000 0.116 0.000 0.876 0.000
#> SRR1782996 3 0.0260 0.7711 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 6 0.2003 0.9532 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782999 1 0.0146 0.8918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782997 1 0.2487 0.8436 0.892 0.064 0.020 0.000 0.000 0.024
#> SRR1783000 2 0.3142 0.8495 0.012 0.832 0.132 0.000 0.000 0.024
#> SRR1783001 1 0.3619 0.5803 0.680 0.000 0.000 0.000 0.316 0.004
#> SRR1783002 2 0.5811 0.2957 0.000 0.504 0.116 0.360 0.000 0.020
#> SRR1783003 6 0.3101 0.7828 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1783004 2 0.1633 0.9028 0.000 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044
#> SRR1783005 1 0.3015 0.8103 0.844 0.024 0.120 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783006 4 0.1908 0.8667 0.000 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.973 0.961 0.983 0.501 0.499 0.499
#> 3 3 0.625 0.683 0.782 0.282 0.752 0.548
#> 4 4 0.891 0.880 0.939 0.137 0.829 0.566
#> 5 5 0.861 0.829 0.922 0.054 0.913 0.701
#> 6 6 0.821 0.765 0.877 0.040 0.933 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782695 1 0.1184 0.9690 0.984 0.016
#> SRR1782700 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782699 2 0.9710 0.3500 0.400 0.600
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.7219 0.7582 0.200 0.800
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782706 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782715 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782719 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782726 1 0.0376 0.9794 0.996 0.004
#> SRR1782722 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.8016 0.6843 0.756 0.244
#> SRR1782733 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.6801 0.7764 0.820 0.180
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782738 1 0.5519 0.8502 0.872 0.128
#> SRR1782739 1 0.0376 0.9794 0.996 0.004
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782747 2 0.8267 0.6619 0.260 0.740
#> SRR1782750 1 0.0376 0.9794 0.996 0.004
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782765 2 0.4690 0.8852 0.100 0.900
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782772 2 0.0672 0.9767 0.008 0.992
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0376 0.9794 0.996 0.004
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.4022 0.9060 0.920 0.080
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782805 2 0.9608 0.3778 0.384 0.616
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.0938 0.9734 0.012 0.988
#> SRR1782819 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.3274 0.9270 0.940 0.060
#> SRR1782841 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.1633 0.9619 0.976 0.024
#> SRR1782846 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.2236 0.9505 0.964 0.036
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.2778 0.9416 0.048 0.952
#> SRR1782851 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.4690 0.8834 0.900 0.100
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.1843 0.9593 0.028 0.972
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782862 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.4939 0.8781 0.108 0.892
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782885 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782886 2 0.5519 0.8550 0.128 0.872
#> SRR1782887 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.0376 0.9794 0.996 0.004
#> SRR1782904 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782907 2 0.3114 0.9335 0.056 0.944
#> SRR1782906 1 0.9608 0.3813 0.616 0.384
#> SRR1782908 2 0.4298 0.8992 0.088 0.912
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782910 2 0.1184 0.9699 0.016 0.984
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782919 2 0.0672 0.9765 0.008 0.992
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782922 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.1414 0.9657 0.980 0.020
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782933 1 0.0376 0.9794 0.996 0.004
#> SRR1782930 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782939 1 0.9896 0.1992 0.560 0.440
#> SRR1782940 2 0.6887 0.7814 0.184 0.816
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.1843 0.9594 0.028 0.972
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.7674 0.7222 0.224 0.776
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.7219 0.7582 0.200 0.800
#> SRR1782964 1 0.9993 0.0769 0.516 0.484
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782968 1 0.6712 0.7880 0.824 0.176
#> SRR1782967 2 0.0672 0.9765 0.008 0.992
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.6801 0.7820 0.820 0.180
#> SRR1782988 2 0.4562 0.8909 0.096 0.904
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.4815 0.8825 0.104 0.896
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1782997 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9825 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.0672 0.9760 0.992 0.008
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.6881 0.4655 0.648 0.032 0.320
#> SRR1782686 1 0.1411 0.7455 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782687 1 0.0892 0.7511 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782688 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782690 1 0.0000 0.7548 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782689 1 0.1964 0.7320 0.944 0.000 0.056
#> SRR1782692 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782693 1 0.1753 0.7378 0.952 0.000 0.048
#> SRR1782694 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782696 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782697 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782695 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782700 2 0.9969 0.4666 0.308 0.372 0.320
#> SRR1782699 1 0.7190 0.4488 0.636 0.044 0.320
#> SRR1782701 1 0.4399 0.5598 0.812 0.000 0.188
#> SRR1782702 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782704 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782703 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782705 1 0.1289 0.7524 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782709 1 0.8646 0.2841 0.556 0.124 0.320
#> SRR1782711 1 0.1031 0.7510 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782707 1 0.6305 -0.4004 0.516 0.000 0.484
#> SRR1782706 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782708 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782712 2 0.0424 0.6805 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782713 2 0.2313 0.6442 0.032 0.944 0.024
#> SRR1782710 1 0.1163 0.7496 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782714 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782716 2 0.2187 0.6472 0.028 0.948 0.024
#> SRR1782715 3 0.2680 0.4000 0.008 0.068 0.924
#> SRR1782717 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782718 3 0.6672 0.3803 0.008 0.472 0.520
#> SRR1782719 3 0.1989 0.4324 0.004 0.048 0.948
#> SRR1782720 2 0.1774 0.6568 0.016 0.960 0.024
#> SRR1782721 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782726 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782722 3 0.5178 -0.1151 0.000 0.256 0.744
#> SRR1782723 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782727 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782725 2 0.5639 0.3383 0.016 0.752 0.232
#> SRR1782724 2 0.8204 0.7922 0.096 0.588 0.316
#> SRR1782728 2 0.0592 0.6778 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782730 1 0.1031 0.7510 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782729 3 0.5902 0.7489 0.316 0.004 0.680
#> SRR1782733 2 0.9267 0.6889 0.180 0.504 0.316
#> SRR1782732 2 0.2056 0.6515 0.024 0.952 0.024
#> SRR1782735 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782731 1 0.6908 0.4856 0.656 0.036 0.308
#> SRR1782734 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782736 1 0.0892 0.7511 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782737 3 0.7748 0.7011 0.340 0.064 0.596
#> SRR1782738 3 0.6369 0.4744 0.016 0.316 0.668
#> SRR1782739 3 0.6369 0.4810 0.016 0.316 0.668
#> SRR1782740 1 0.2959 0.6900 0.900 0.000 0.100
#> SRR1782741 2 0.5903 0.3418 0.232 0.744 0.024
#> SRR1782742 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782743 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782744 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782745 2 0.9408 0.6634 0.196 0.488 0.316
#> SRR1782747 1 0.7491 0.4250 0.620 0.056 0.324
#> SRR1782750 1 0.9125 0.2039 0.516 0.320 0.164
#> SRR1782749 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782751 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782752 1 0.1860 0.7350 0.948 0.000 0.052
#> SRR1782746 1 0.5926 0.0877 0.644 0.000 0.356
#> SRR1782753 1 0.4504 0.5426 0.804 0.000 0.196
#> SRR1782748 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782754 3 0.5859 0.7627 0.344 0.000 0.656
#> SRR1782755 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782756 2 0.1774 0.6570 0.016 0.960 0.024
#> SRR1782757 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782758 1 0.1163 0.7496 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782761 2 0.2187 0.6472 0.028 0.948 0.024
#> SRR1782759 1 0.0424 0.7543 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782762 2 0.1031 0.7021 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782760 2 0.2313 0.6437 0.032 0.944 0.024
#> SRR1782764 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782763 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782765 3 0.2116 0.4471 0.012 0.040 0.948
#> SRR1782766 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782767 2 0.5706 0.8694 0.000 0.680 0.320
#> SRR1782769 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782768 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782770 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782774 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782771 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782772 2 0.6286 0.7247 0.000 0.536 0.464
#> SRR1782773 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782775 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782777 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782776 2 0.0000 0.6862 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782780 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782781 2 0.0424 0.6806 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782779 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782782 1 0.1411 0.7455 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782784 1 0.1031 0.7512 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782783 1 0.0424 0.7543 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782785 1 0.0892 0.7548 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782786 1 0.1905 0.7409 0.956 0.028 0.016
#> SRR1782787 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782788 1 0.1860 0.7348 0.948 0.000 0.052
#> SRR1782790 1 0.5061 0.5953 0.784 0.008 0.208
#> SRR1782789 2 0.1620 0.6603 0.012 0.964 0.024
#> SRR1782791 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782792 2 0.0592 0.6784 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782793 1 0.0983 0.7512 0.980 0.004 0.016
#> SRR1782794 1 0.5678 0.2097 0.684 0.000 0.316
#> SRR1782795 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782796 2 0.4683 0.5187 0.140 0.836 0.024
#> SRR1782798 2 0.2313 0.6442 0.032 0.944 0.024
#> SRR1782797 2 0.2056 0.6508 0.024 0.952 0.024
#> SRR1782799 3 0.6229 0.7608 0.340 0.008 0.652
#> SRR1782800 1 0.5036 0.5839 0.808 0.172 0.020
#> SRR1782801 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782802 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782803 2 0.6309 0.6741 0.000 0.500 0.500
#> SRR1782804 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782805 3 0.3359 0.3829 0.016 0.084 0.900
#> SRR1782806 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782808 2 0.0237 0.6835 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782807 1 0.6180 0.5697 0.716 0.260 0.024
#> SRR1782809 3 0.7529 0.4371 0.060 0.316 0.624
#> SRR1782810 2 0.2313 0.6442 0.032 0.944 0.024
#> SRR1782812 2 0.0237 0.6835 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782813 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782814 2 0.6280 -0.2801 0.000 0.540 0.460
#> SRR1782815 2 0.1453 0.6635 0.008 0.968 0.024
#> SRR1782816 1 0.5212 0.6303 0.828 0.064 0.108
#> SRR1782818 1 0.9820 -0.1376 0.424 0.264 0.312
#> SRR1782819 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782817 1 0.2878 0.6937 0.904 0.000 0.096
#> SRR1782824 1 0.2663 0.7271 0.932 0.044 0.024
#> SRR1782825 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782820 1 0.0592 0.7534 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782822 1 0.7080 0.4407 0.564 0.412 0.024
#> SRR1782821 1 0.0424 0.7543 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782823 1 0.1411 0.7455 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782826 1 0.0892 0.7511 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782830 1 0.0892 0.7546 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782828 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782829 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782831 2 0.1453 0.6635 0.008 0.968 0.024
#> SRR1782834 1 0.6726 0.5157 0.644 0.332 0.024
#> SRR1782832 2 0.1774 0.6574 0.016 0.960 0.024
#> SRR1782835 2 0.1620 0.6603 0.012 0.964 0.024
#> SRR1782837 2 0.1170 0.6700 0.008 0.976 0.016
#> SRR1782836 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782838 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782839 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782840 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782833 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782842 2 0.8771 0.5928 0.132 0.544 0.324
#> SRR1782841 1 0.0829 0.7525 0.984 0.004 0.012
#> SRR1782843 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782845 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782844 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782846 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782847 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782848 3 0.5810 0.7650 0.336 0.000 0.664
#> SRR1782849 1 0.4235 0.5799 0.824 0.000 0.176
#> SRR1782850 2 0.6730 0.5159 0.284 0.680 0.036
#> SRR1782851 1 0.1620 0.7446 0.964 0.012 0.024
#> SRR1782852 1 0.6677 0.5218 0.652 0.324 0.024
#> SRR1782853 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782855 1 0.1289 0.7477 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782856 1 0.0237 0.7547 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782854 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782857 2 0.5529 0.8630 0.000 0.704 0.296
#> SRR1782858 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782859 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782860 1 0.7004 0.5922 0.728 0.112 0.160
#> SRR1782861 1 0.1289 0.7477 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782862 2 0.6539 0.8516 0.028 0.684 0.288
#> SRR1782863 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782864 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782866 1 0.0592 0.7534 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782865 1 0.3267 0.6696 0.884 0.000 0.116
#> SRR1782867 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782868 2 0.7230 0.3109 0.344 0.616 0.040
#> SRR1782872 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782874 1 0.6625 0.4869 0.660 0.024 0.316
#> SRR1782875 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782870 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782871 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782877 1 0.0237 0.7547 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782873 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782878 1 0.1267 0.7544 0.972 0.004 0.024
#> SRR1782879 3 0.6501 0.4839 0.020 0.316 0.664
#> SRR1782880 1 0.0424 0.7542 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782883 1 0.1163 0.7495 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782881 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782882 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782884 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782885 3 0.5254 -0.1414 0.000 0.264 0.736
#> SRR1782886 1 0.6597 0.4901 0.664 0.024 0.312
#> SRR1782887 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782888 1 0.0747 0.7530 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782889 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782892 1 0.6260 -0.2841 0.552 0.000 0.448
#> SRR1782890 1 0.1031 0.7512 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782891 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782893 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782894 1 0.0000 0.7548 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.1289 0.7477 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782896 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782895 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782898 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782900 1 0.2448 0.7141 0.924 0.000 0.076
#> SRR1782901 1 0.0592 0.7537 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782899 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782902 1 0.1163 0.7496 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782903 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782905 2 0.9579 -0.1676 0.340 0.452 0.208
#> SRR1782904 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782907 1 0.7164 0.4515 0.640 0.044 0.316
#> SRR1782906 1 0.5977 0.5460 0.728 0.020 0.252
#> SRR1782908 3 0.6676 -0.6448 0.008 0.476 0.516
#> SRR1782909 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782911 1 0.1267 0.7481 0.972 0.004 0.024
#> SRR1782910 3 0.2116 0.4471 0.012 0.040 0.948
#> SRR1782912 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782913 1 0.5497 0.3070 0.708 0.000 0.292
#> SRR1782915 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782914 1 0.1031 0.7510 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782916 2 0.4146 0.6842 0.044 0.876 0.080
#> SRR1782918 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782919 3 0.2680 0.4006 0.008 0.068 0.924
#> SRR1782920 1 0.2356 0.7178 0.928 0.000 0.072
#> SRR1782917 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782922 3 0.6369 0.4810 0.016 0.316 0.668
#> SRR1782921 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782923 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782925 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782924 3 0.6651 0.7493 0.340 0.020 0.640
#> SRR1782926 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782929 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782927 2 0.5706 0.8693 0.000 0.680 0.320
#> SRR1782928 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782932 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782933 3 0.8503 0.3676 0.104 0.352 0.544
#> SRR1782930 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782931 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782934 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782935 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782936 1 0.1031 0.7510 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782937 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782939 1 0.6313 0.4979 0.676 0.016 0.308
#> SRR1782940 2 0.9065 0.7204 0.160 0.524 0.316
#> SRR1782941 1 0.0000 0.7548 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.5926 0.8406 0.000 0.644 0.356
#> SRR1782945 1 0.2625 0.7056 0.916 0.000 0.084
#> SRR1782944 1 0.7310 0.4390 0.628 0.048 0.324
#> SRR1782947 1 0.5968 0.0536 0.636 0.000 0.364
#> SRR1782948 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782949 1 0.3551 0.6488 0.868 0.000 0.132
#> SRR1782952 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782950 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782953 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782951 1 0.5678 0.2322 0.684 0.000 0.316
#> SRR1782954 1 0.6625 0.5272 0.660 0.316 0.024
#> SRR1782955 2 0.1031 0.6690 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782956 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782957 3 0.4834 0.0636 0.004 0.204 0.792
#> SRR1782946 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782959 2 0.5331 0.4431 0.184 0.792 0.024
#> SRR1782958 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782960 1 0.5327 0.3634 0.728 0.000 0.272
#> SRR1782961 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782962 1 0.9021 0.2154 0.528 0.156 0.316
#> SRR1782964 3 0.5881 0.6928 0.256 0.016 0.728
#> SRR1782963 1 0.0237 0.7547 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782965 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782966 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782968 3 0.4575 0.6271 0.184 0.004 0.812
#> SRR1782967 3 0.5541 -0.1012 0.008 0.252 0.740
#> SRR1782969 1 0.0747 0.7530 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782970 2 0.0747 0.6969 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782971 2 0.0237 0.6889 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782972 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782973 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782974 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782975 1 0.3550 0.7038 0.896 0.080 0.024
#> SRR1782976 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782977 1 0.4121 0.5938 0.832 0.000 0.168
#> SRR1782979 1 0.0424 0.7542 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782980 1 0.3686 0.6376 0.860 0.000 0.140
#> SRR1782981 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782982 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782985 2 0.6228 0.8650 0.012 0.672 0.316
#> SRR1782983 3 0.3686 0.2452 0.000 0.140 0.860
#> SRR1782987 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782984 1 0.1289 0.7477 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782986 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782988 3 0.5698 -0.1015 0.012 0.252 0.736
#> SRR1782990 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782991 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782989 2 0.1031 0.6690 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782992 1 0.0237 0.7547 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782993 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782995 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782994 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782996 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782998 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1782999 1 0.5042 0.6699 0.836 0.060 0.104
#> SRR1782997 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1783000 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1783001 1 0.1289 0.7477 0.968 0.000 0.032
#> SRR1783002 2 0.0424 0.6864 0.000 0.992 0.008
#> SRR1783003 3 0.5835 0.7679 0.340 0.000 0.660
#> SRR1783004 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1783005 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
#> SRR1783006 2 0.5678 0.8722 0.000 0.684 0.316
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.2399 0.9042 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR1782686 1 0.0376 0.9455 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782687 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.0376 0.9273 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782689 1 0.0524 0.9440 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0895 0.9377 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1782694 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0336 0.9385 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.3351 0.7954 0.844 0.148 0.000 0.008
#> SRR1782699 1 0.2943 0.8844 0.892 0.032 0.000 0.076
#> SRR1782701 1 0.1489 0.9218 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1782702 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782704 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.0376 0.9455 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782709 2 0.6491 0.2105 0.396 0.528 0.000 0.076
#> SRR1782711 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782707 3 0.4088 0.6776 0.232 0.000 0.764 0.004
#> SRR1782706 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782708 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782712 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782713 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782710 1 0.0376 0.9448 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782714 4 0.2589 0.8547 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782716 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782715 3 0.1940 0.8722 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.2300 0.9347 0.000 0.064 0.016 0.920
#> SRR1782719 3 0.0469 0.9244 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1782720 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782721 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.4994 0.0852 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782725 4 0.2125 0.9412 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR1782724 1 0.4981 0.1147 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782730 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.3037 0.8544 0.036 0.888 0.000 0.076
#> SRR1782732 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.1256 0.9292 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1782734 2 0.0336 0.9386 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.2760 0.8225 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1782738 4 0.2413 0.9323 0.000 0.064 0.020 0.916
#> SRR1782739 4 0.2401 0.8653 0.000 0.004 0.092 0.904
#> SRR1782740 1 0.1118 0.9281 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782741 4 0.2335 0.9311 0.020 0.060 0.000 0.920
#> SRR1782742 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782743 2 0.0376 0.9385 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.3383 0.8379 0.052 0.872 0.000 0.076
#> SRR1782747 1 0.3216 0.8755 0.880 0.044 0.000 0.076
#> SRR1782750 2 0.2675 0.8404 0.100 0.892 0.000 0.008
#> SRR1782749 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782751 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782752 1 0.2198 0.9049 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR1782746 1 0.4936 0.4205 0.624 0.000 0.372 0.004
#> SRR1782753 1 0.2197 0.8903 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1782748 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782754 3 0.1305 0.9017 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782757 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.4406 0.6508 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1782760 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782765 3 0.1389 0.8968 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.2988 0.8410 0.000 0.876 0.112 0.012
#> SRR1782769 2 0.0469 0.9413 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782768 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782770 2 0.0804 0.9400 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1782774 2 0.0188 0.9416 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782771 2 0.0707 0.9330 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782772 2 0.0707 0.9330 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782773 2 0.0469 0.9413 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782775 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782778 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782780 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782781 4 0.3356 0.8436 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1782779 4 0.2530 0.8479 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1782782 1 0.0376 0.9455 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782785 1 0.0376 0.9447 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782786 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782790 1 0.2271 0.9021 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR1782789 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782793 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782794 3 0.5050 0.2837 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR1782795 4 0.2530 0.8582 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1782796 4 0.2222 0.9332 0.016 0.060 0.000 0.924
#> SRR1782798 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782797 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.2868 0.8086 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782802 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782803 2 0.3123 0.7945 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.2408 0.8453 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782807 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782809 4 0.2401 0.8610 0.004 0.000 0.092 0.904
#> SRR1782810 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782812 4 0.2216 0.9334 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782813 2 0.1118 0.9273 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782814 4 0.2329 0.9371 0.000 0.072 0.012 0.916
#> SRR1782815 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782816 2 0.4972 0.1769 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR1782818 2 0.4925 0.2614 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.2530 0.8582 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1782817 1 0.0657 0.9419 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782824 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782825 2 0.0469 0.9414 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.2593 0.8861 0.080 0.016 0.000 0.904
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782826 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782830 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782828 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782829 1 0.0336 0.9453 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782831 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782834 4 0.2334 0.8758 0.088 0.004 0.000 0.908
#> SRR1782832 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782835 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782837 4 0.2081 0.9399 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.2011 0.8856 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1782833 4 0.2530 0.8582 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1782842 2 0.1302 0.9159 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1782841 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782843 2 0.0376 0.9385 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782845 3 0.0336 0.9271 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.0524 0.9367 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.3311 0.7806 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782850 2 0.3421 0.8407 0.000 0.868 0.044 0.088
#> SRR1782851 1 0.0188 0.9458 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782852 4 0.2334 0.8758 0.088 0.004 0.000 0.908
#> SRR1782853 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 4 0.4981 0.2299 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782860 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.3852 0.7419 0.000 0.180 0.808 0.012
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.1576 0.9168 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1782867 1 0.1867 0.9094 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782868 3 0.7982 0.1353 0.344 0.260 0.392 0.004
#> SRR1782872 3 0.0188 0.9294 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782874 1 0.0657 0.9417 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782875 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.0376 0.9273 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782877 1 0.0336 0.9446 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782873 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782878 1 0.0376 0.9455 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782879 4 0.2589 0.8434 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1782880 1 0.0336 0.9446 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782883 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.4500 0.5486 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1782886 1 0.0188 0.9458 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782887 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0376 0.9385 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782892 3 0.4222 0.6063 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782893 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782896 2 0.0188 0.9416 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782895 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782898 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782900 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782901 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782899 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782902 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.2921 0.8014 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0336 0.9442 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0524 0.9432 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1782908 2 0.2530 0.8461 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.1389 0.8969 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782913 3 0.5163 0.0548 0.480 0.000 0.516 0.004
#> SRR1782915 3 0.0779 0.9187 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.6347 0.2154 0.412 0.524 0.000 0.064
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.1716 0.8831 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 2 0.0937 0.9380 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1782922 4 0.3975 0.6864 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1782921 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782924 3 0.0336 0.9270 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782926 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782929 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782927 2 0.1004 0.9314 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1782928 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782932 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782933 4 0.1940 0.9414 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1211 0.9240 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1782934 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782935 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782936 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782937 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782939 1 0.2522 0.8961 0.908 0.016 0.000 0.076
#> SRR1782940 2 0.1929 0.8990 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR1782941 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782942 2 0.0707 0.9330 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782945 1 0.2831 0.8473 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1782944 1 0.0672 0.9416 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1782947 1 0.5060 0.3008 0.584 0.000 0.412 0.004
#> SRR1782948 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782949 1 0.1004 0.9347 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1782952 3 0.0376 0.9273 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782950 2 0.0336 0.9418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782953 2 0.0817 0.9360 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782951 1 0.5165 0.0490 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR1782954 4 0.1557 0.8742 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782955 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782956 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782957 3 0.3219 0.7784 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1782946 3 0.0376 0.9273 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1782959 4 0.2300 0.9351 0.016 0.064 0.000 0.920
#> SRR1782958 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782960 1 0.5028 0.3287 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 2 0.6527 0.1429 0.416 0.508 0.000 0.076
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0817 0.9376 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 2 0.4998 0.0144 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782971 4 0.2125 0.9412 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0469 0.9413 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782977 1 0.3105 0.8231 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR1782979 1 0.2402 0.8992 0.912 0.012 0.000 0.076
#> SRR1782980 1 0.1022 0.9305 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782981 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782982 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782985 2 0.2198 0.8818 0.008 0.920 0.000 0.072
#> SRR1782983 3 0.2760 0.8199 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1782987 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782984 1 0.0188 0.9466 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 2 0.5000 -0.0175 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR1782990 2 0.0592 0.9405 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782992 1 0.1004 0.9360 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782993 2 0.2125 0.8807 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0336 0.9272 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3858 0.8318 0.844 0.100 0.000 0.056
#> SRR1782997 2 0.0895 0.9285 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1783000 2 0.0188 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9468 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 4 0.2011 0.9427 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9317 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0469 0.9413 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1783005 2 0.0469 0.9414 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1783006 2 0.1302 0.9207 0.000 0.956 0.000 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.4171 0.3769 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1782686 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782687 5 0.0451 0.8479 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR1782688 2 0.0290 0.9502 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 5 0.1544 0.8325 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1782691 3 0.1124 0.8919 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1782689 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.2313 0.8240 0.044 0.000 0.040 0.004 0.912
#> SRR1782694 2 0.0162 0.9517 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0794 0.9408 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.5882 0.4677 0.588 0.148 0.000 0.000 0.264
#> SRR1782699 1 0.1544 0.8116 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782701 5 0.1792 0.8057 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782702 2 0.0290 0.9502 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0290 0.9502 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782709 1 0.1774 0.8079 0.932 0.016 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782711 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782707 5 0.2813 0.7010 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1782706 2 0.0671 0.9458 0.016 0.980 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782708 2 0.0963 0.9368 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.0510 0.9564 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782713 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782710 5 0.3177 0.7175 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1782714 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782715 3 0.2561 0.7953 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0510 0.9564 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782719 3 0.0880 0.8972 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.4235 0.3319 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782724 5 0.5285 0.2913 0.060 0.356 0.000 0.000 0.584
#> SRR1782728 4 0.0609 0.9529 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782730 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.1626 0.8060 0.940 0.016 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782732 4 0.0404 0.9591 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782735 3 0.0162 0.9125 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782731 5 0.2136 0.8206 0.088 0.008 0.000 0.000 0.904
#> SRR1782734 2 0.2462 0.8690 0.112 0.880 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782736 5 0.1732 0.8282 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1782737 3 0.4415 0.7038 0.044 0.184 0.760 0.000 0.012
#> SRR1782738 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782739 4 0.0290 0.9533 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1782740 5 0.4445 0.4997 0.024 0.000 0.300 0.000 0.676
#> SRR1782741 4 0.0162 0.9581 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782742 2 0.0609 0.9453 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.2462 0.8732 0.112 0.880 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782744 2 0.0324 0.9499 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782745 1 0.1648 0.8038 0.940 0.020 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782747 1 0.1638 0.8114 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782750 2 0.5865 0.2849 0.332 0.552 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.1704 0.8112 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1782746 5 0.1251 0.8330 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956
#> SRR1782753 5 0.0609 0.8452 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.0613 0.9086 0.004 0.000 0.984 0.004 0.008
#> SRR1782755 2 0.0404 0.9488 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782757 2 0.0566 0.9462 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782758 5 0.1851 0.8228 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1782761 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782759 5 0.1410 0.8338 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1782762 2 0.1732 0.8902 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782760 4 0.0404 0.9591 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.1197 0.8860 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.1341 0.9130 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0162 0.9513 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.0162 0.9513 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782772 2 0.3538 0.7565 0.016 0.804 0.176 0.000 0.004
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0290 0.9502 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.1399 0.8893 0.020 0.000 0.952 0.000 0.028
#> SRR1782776 4 0.0510 0.9564 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782778 2 0.0794 0.9402 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.1628 0.9117 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782781 2 0.3630 0.7224 0.000 0.780 0.016 0.204 0.000
#> SRR1782779 1 0.5271 0.1565 0.520 0.000 0.000 0.432 0.048
#> SRR1782782 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782784 5 0.3274 0.6952 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1782783 1 0.4464 0.4293 0.584 0.000 0.000 0.008 0.408
#> SRR1782785 5 0.4273 0.2073 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1782786 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782787 3 0.0162 0.9123 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782790 1 0.1671 0.8102 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782789 4 0.0510 0.9564 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.0794 0.9432 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782793 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782794 5 0.2017 0.8027 0.000 0.000 0.080 0.008 0.912
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0162 0.9581 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782798 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782797 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782799 3 0.0162 0.9123 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782800 5 0.5079 0.5769 0.164 0.136 0.000 0.000 0.700
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.1851 0.8809 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.2471 0.7984 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4045 0.4291 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1782807 5 0.3318 0.6600 0.180 0.000 0.000 0.012 0.808
#> SRR1782809 4 0.0162 0.9549 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782810 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782812 4 0.2329 0.8120 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782815 4 0.0404 0.9591 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782816 5 0.6643 0.4521 0.092 0.084 0.224 0.000 0.600
#> SRR1782818 5 0.4734 0.2996 0.024 0.372 0.000 0.000 0.604
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782817 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782824 5 0.1124 0.8438 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1782825 2 0.0794 0.9392 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 5 0.4307 0.0315 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1782822 4 0.1267 0.9281 0.024 0.004 0.000 0.960 0.012
#> SRR1782821 5 0.0162 0.8485 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782823 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782826 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782830 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782828 2 0.1410 0.9191 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.4622 0.4366 0.040 0.000 0.000 0.684 0.276
#> SRR1782831 4 0.0404 0.9591 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782835 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782837 4 0.0510 0.9564 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0404 0.9476 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782842 2 0.2561 0.8175 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782843 2 0.1697 0.9089 0.060 0.932 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782845 3 0.0865 0.9005 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782844 3 0.0510 0.9065 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.0693 0.9451 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0579 0.9088 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.4461 0.6030 0.052 0.000 0.220 0.000 0.728
#> SRR1782850 2 0.3822 0.8395 0.036 0.844 0.056 0.060 0.004
#> SRR1782851 5 0.4302 0.0445 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 5 0.3143 0.7211 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1782856 5 0.0579 0.8475 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR1782854 2 0.1121 0.9301 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.3395 0.6947 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1782858 3 0.0290 0.9118 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782859 2 0.2563 0.8678 0.120 0.872 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782860 5 0.1956 0.8263 0.076 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR1782861 1 0.4060 0.4177 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1782862 3 0.1952 0.8521 0.000 0.084 0.912 0.004 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 5 0.1608 0.8294 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1782865 5 0.0798 0.8430 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1782867 1 0.1894 0.8101 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR1782868 5 0.6097 0.3330 0.044 0.308 0.060 0.000 0.588
#> SRR1782872 3 0.0162 0.9122 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782874 1 0.4249 0.2041 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.0865 0.9001 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1782877 1 0.3966 0.4822 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782879 4 0.0510 0.9473 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1782880 1 0.3837 0.5786 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1782883 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0162 0.9518 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3876 0.5714 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR1782886 5 0.1671 0.8286 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782887 2 0.0451 0.9492 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.0162 0.8487 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782889 2 0.2462 0.8728 0.112 0.880 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782892 3 0.3366 0.6679 0.004 0.000 0.784 0.000 0.212
#> SRR1782890 5 0.1732 0.8267 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.0703 0.8441 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782897 5 0.0000 0.8487 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782901 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.1121 0.8378 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.4676 0.6603 0.044 0.216 0.728 0.000 0.012
#> SRR1782904 3 0.0162 0.9125 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782907 5 0.3231 0.7284 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800
#> SRR1782906 5 0.1671 0.8296 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782908 3 0.4249 0.3087 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.2304 0.8814 0.100 0.892 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782911 5 0.3336 0.6822 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1782910 3 0.1732 0.8583 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0162 0.9122 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782913 5 0.3300 0.6614 0.004 0.000 0.204 0.000 0.792
#> SRR1782915 3 0.1704 0.8625 0.004 0.000 0.928 0.000 0.068
#> SRR1782914 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782916 1 0.3393 0.7569 0.860 0.044 0.000 0.072 0.024
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.2074 0.8355 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.1043 0.8393 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1782917 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.1341 0.9026 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1782921 2 0.2249 0.8868 0.096 0.896 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0880 0.8963 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.1478 0.9042 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.8487 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.1544 0.8116 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782940 2 0.4976 0.1339 0.468 0.504 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782941 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782942 2 0.1792 0.8829 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0992 0.8406 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968
#> SRR1782944 5 0.4448 0.0918 0.480 0.004 0.000 0.000 0.516
#> SRR1782947 5 0.1329 0.8340 0.004 0.000 0.032 0.008 0.956
#> SRR1782948 2 0.0162 0.9516 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0613 0.8472 0.004 0.000 0.004 0.008 0.984
#> SRR1782952 3 0.1571 0.8717 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 5 0.1412 0.8311 0.004 0.000 0.036 0.008 0.952
#> SRR1782954 1 0.4294 0.0395 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR1782955 4 0.0290 0.9603 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.3508 0.6598 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0955 0.8974 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9550 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.4452 -0.0121 0.004 0.000 0.500 0.000 0.496
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1282 0.8050 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782964 3 0.0162 0.9123 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.2286 0.7970 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1782965 3 0.0324 0.9112 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.3837 0.5831 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1782969 5 0.3143 0.7199 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1782970 2 0.4304 0.0278 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1782971 4 0.0510 0.9564 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0324 0.9112 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782975 5 0.1408 0.8417 0.044 0.000 0.000 0.008 0.948
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 5 0.2722 0.7502 0.004 0.000 0.120 0.008 0.868
#> SRR1782979 1 0.1544 0.8116 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782980 5 0.5350 0.1296 0.052 0.000 0.460 0.000 0.488
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.2124 0.7554 0.900 0.096 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782983 3 0.2813 0.7678 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0290 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.4211 0.4803 0.004 0.360 0.636 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0404 0.9591 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782992 1 0.1965 0.8016 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782993 1 0.1608 0.7702 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0290 0.9106 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782994 3 0.0693 0.9070 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782996 3 0.1357 0.8831 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 5 0.5551 -0.1043 0.444 0.068 0.000 0.000 0.488
#> SRR1782997 2 0.3455 0.7547 0.208 0.784 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783000 2 0.0771 0.9438 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783001 5 0.1341 0.8349 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1783002 4 0.2813 0.7385 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.1894 0.9020 0.072 0.920 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 6 0.3971 0.1228 0.448 0.004 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782686 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782687 5 0.3221 0.4687 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1782688 2 0.1285 0.9063 0.052 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782690 1 0.5803 0.2793 0.444 0.000 0.000 0.000 0.184 0.372
#> SRR1782691 3 0.2668 0.7769 0.004 0.000 0.828 0.000 0.168 0.000
#> SRR1782689 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.1141 0.9078 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.4750 0.4660 0.544 0.000 0.052 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782694 2 0.1141 0.9078 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1327 0.9013 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.4486 0.6464 0.112 0.704 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4275 0.2794 0.592 0.004 0.000 0.000 0.016 0.388
#> SRR1782699 6 0.0146 0.8282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782701 5 0.3990 0.4364 0.028 0.000 0.284 0.000 0.688 0.000
#> SRR1782702 2 0.1584 0.8975 0.064 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782704 2 0.1141 0.9078 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 6 0.0146 0.8282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782711 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 5 0.0363 0.8513 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782706 2 0.2709 0.8317 0.132 0.848 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782708 2 0.5940 -0.0579 0.332 0.440 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1782712 4 0.0547 0.9277 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.4947 0.4199 0.596 0.000 0.000 0.000 0.088 0.316
#> SRR1782714 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.2260 0.7982 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0653 0.9331 0.004 0.004 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.1610 0.8538 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.3482 0.5608 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.1007 0.9112 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.5797 0.5022 0.600 0.252 0.000 0.000 0.080 0.068
#> SRR1782728 4 0.1411 0.8791 0.004 0.060 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.0146 0.8618 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782729 3 0.0363 0.9085 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 6 0.0146 0.8276 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782732 4 0.0146 0.9422 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0260 0.9115 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.5320 0.4330 0.600 0.020 0.000 0.000 0.084 0.296
#> SRR1782734 2 0.3044 0.8246 0.116 0.836 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782736 1 0.5395 0.5700 0.556 0.000 0.000 0.000 0.300 0.144
#> SRR1782737 3 0.3969 0.5073 0.332 0.016 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.4634 0.5859 0.144 0.000 0.692 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.3528 0.5827 0.296 0.700 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782743 1 0.4461 0.3070 0.564 0.404 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782744 2 0.2100 0.8642 0.112 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782745 6 0.0146 0.8276 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782747 6 0.0146 0.8276 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782750 1 0.4233 0.5752 0.680 0.028 0.000 0.000 0.284 0.008
#> SRR1782749 2 0.0260 0.9226 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0260 0.9226 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 6 0.0000 0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782746 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782753 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0632 0.9186 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.0405 0.9091 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1782755 2 0.2536 0.8524 0.116 0.864 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.2848 0.7833 0.176 0.816 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782758 1 0.3867 0.3471 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.3838 0.4390 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1782762 2 0.2996 0.6852 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0508 0.9082 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0260 0.9226 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.2300 0.7951 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 2 0.0291 0.9232 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0146 0.9230 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 2 0.0458 0.9195 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.5902 0.1033 0.212 0.348 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.1141 0.9078 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.2805 0.7585 0.184 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782776 4 0.0260 0.9391 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.1176 0.9166 0.020 0.956 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782780 1 0.3789 0.3197 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.4424 0.7079 0.088 0.740 0.016 0.156 0.000 0.000
#> SRR1782779 6 0.3659 0.3469 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1782782 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.4534 0.3695 0.492 0.000 0.000 0.000 0.476 0.032
#> SRR1782783 6 0.3817 0.2965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1782785 1 0.5004 0.3923 0.568 0.000 0.000 0.000 0.084 0.348
#> SRR1782786 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0363 0.9097 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 6 0.0146 0.8282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782789 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.0363 0.9352 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782793 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782794 5 0.2527 0.6276 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0146 0.9120 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.4096 0.3563 0.508 0.000 0.000 0.000 0.484 0.008
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0146 0.9229 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.3695 0.5958 0.016 0.712 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0260 0.9106 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.4093 0.0278 0.008 0.476 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1782807 5 0.2805 0.6743 0.000 0.000 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.3774 0.2843 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0146 0.9419 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0146 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.4289 0.5464 0.636 0.008 0.012 0.000 0.340 0.004
#> SRR1782818 5 0.4682 0.2717 0.284 0.076 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 5 0.3390 0.3837 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1782825 2 0.3266 0.6093 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.4420 0.5548 0.644 0.000 0.000 0.000 0.308 0.048
#> SRR1782822 4 0.2664 0.7134 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1782821 5 0.2003 0.7368 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.1245 0.9120 0.016 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782829 4 0.4873 0.3971 0.268 0.000 0.000 0.632 0.100 0.000
#> SRR1782831 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.0363 0.9360 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0692 0.9181 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.3885 0.6552 0.044 0.220 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782843 1 0.4037 0.3986 0.608 0.380 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782845 3 0.0405 0.9092 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782844 3 0.0713 0.8991 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 2 0.2724 0.8462 0.084 0.864 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0993 0.8961 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.4882 -0.2276 0.428 0.000 0.060 0.000 0.512 0.000
#> SRR1782850 2 0.6535 0.2610 0.232 0.472 0.040 0.256 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.4709 0.2559 0.540 0.000 0.000 0.000 0.048 0.412
#> SRR1782852 4 0.0146 0.9422 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0937 0.9130 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.4319 0.5070 0.576 0.000 0.000 0.000 0.400 0.024
#> SRR1782856 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0891 0.9189 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782857 2 0.3899 0.4125 0.008 0.628 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0260 0.9115 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.4210 0.3974 0.644 0.332 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782860 1 0.4395 0.4833 0.568 0.000 0.000 0.028 0.404 0.000
#> SRR1782861 1 0.5556 0.5431 0.588 0.000 0.008 0.000 0.184 0.220
#> SRR1782862 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.3955 0.4602 0.560 0.000 0.000 0.000 0.436 0.004
#> SRR1782865 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 6 0.0000 0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.5398 0.5443 0.600 0.020 0.096 0.000 0.284 0.000
#> SRR1782872 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.4797 0.3678 0.580 0.000 0.000 0.000 0.064 0.356
#> SRR1782875 2 0.0260 0.9226 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 3 0.1267 0.8757 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782877 6 0.4471 -0.0987 0.472 0.000 0.000 0.000 0.028 0.500
#> SRR1782873 2 0.0363 0.9219 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.0547 0.9282 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782880 6 0.4309 0.3932 0.296 0.000 0.000 0.000 0.044 0.660
#> SRR1782883 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.1265 0.9070 0.044 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3151 0.6614 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4129 0.4793 0.564 0.000 0.000 0.000 0.424 0.012
#> SRR1782887 2 0.2476 0.8657 0.092 0.880 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782888 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782889 1 0.3804 0.4403 0.656 0.336 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782892 3 0.3252 0.7665 0.068 0.000 0.824 0.000 0.108 0.000
#> SRR1782890 1 0.3930 0.4801 0.576 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004
#> SRR1782891 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0458 0.9224 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.4088 0.1047 0.368 0.000 0.000 0.000 0.616 0.016
#> SRR1782897 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0146 0.9230 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0363 0.9218 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0146 0.9229 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.3288 0.4425 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1782903 2 0.1219 0.9070 0.048 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782905 3 0.4844 0.1625 0.440 0.056 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.4917 0.5532 0.576 0.000 0.000 0.000 0.348 0.076
#> SRR1782906 5 0.4096 -0.3257 0.484 0.000 0.000 0.000 0.508 0.008
#> SRR1782908 3 0.2006 0.8356 0.004 0.104 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 1 0.4088 0.4159 0.616 0.368 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782911 1 0.5291 0.5594 0.552 0.000 0.000 0.000 0.328 0.120
#> SRR1782910 3 0.0790 0.8955 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782913 5 0.4488 0.5041 0.164 0.000 0.128 0.000 0.708 0.000
#> SRR1782915 3 0.3993 0.3856 0.008 0.000 0.592 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782914 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782916 6 0.4151 0.4857 0.264 0.000 0.000 0.044 0.000 0.692
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.1204 0.8782 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.3531 0.2885 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1782917 2 0.1124 0.9125 0.036 0.956 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.2178 0.7830 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.3819 0.4395 0.652 0.340 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782923 2 0.0405 0.9225 0.008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782925 2 0.0146 0.9229 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0632 0.9012 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0363 0.9218 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 2 0.1444 0.8779 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0363 0.9218 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0363 0.9218 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0260 0.9225 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 6 0.0000 0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782940 1 0.5590 0.5200 0.660 0.104 0.000 0.000 0.080 0.156
#> SRR1782941 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782942 2 0.3210 0.7520 0.028 0.804 0.168 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.4570 0.5600 0.644 0.012 0.000 0.000 0.308 0.036
#> SRR1782947 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.1444 0.8917 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.3215 0.6902 0.004 0.000 0.756 0.000 0.240 0.000
#> SRR1782950 2 0.0547 0.9196 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1349 0.9028 0.056 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782951 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 6 0.3620 0.3749 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1782955 4 0.0146 0.9422 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.0146 0.9230 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.2527 0.7683 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.2948 0.7508 0.008 0.000 0.804 0.000 0.188 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9445 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0260 0.9226 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 5 0.1753 0.7581 0.004 0.000 0.084 0.000 0.912 0.000
#> SRR1782961 2 0.0713 0.9174 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 6 0.0363 0.8231 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 6 0.0935 0.8099 0.004 0.000 0.000 0.000 0.032 0.964
#> SRR1782965 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.2883 0.7155 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.4361 0.4788 0.552 0.000 0.000 0.000 0.424 0.024
#> SRR1782970 2 0.2378 0.7918 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0508 0.9342 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0363 0.9218 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 5 0.3714 0.2478 0.340 0.000 0.000 0.004 0.656 0.000
#> SRR1782976 2 0.0508 0.9217 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782977 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 6 0.0146 0.8282 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782980 1 0.6058 0.2932 0.404 0.000 0.272 0.000 0.324 0.000
#> SRR1782981 2 0.0260 0.9226 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0547 0.9202 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 6 0.0603 0.8204 0.016 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1782983 3 0.2730 0.7394 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0260 0.9234 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.0000 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1531 0.8651 0.004 0.068 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0146 0.9427 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782992 6 0.0458 0.8205 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782993 6 0.0000 0.8286 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782995 3 0.0146 0.9118 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782994 3 0.1387 0.8749 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0146 0.9124 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.5882 0.3030 0.492 0.020 0.000 0.000 0.124 0.364
#> SRR1782997 1 0.4880 0.4437 0.620 0.288 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1783000 2 0.2692 0.8204 0.148 0.840 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783001 1 0.4147 0.4587 0.552 0.000 0.000 0.000 0.436 0.012
#> SRR1783002 4 0.1387 0.8723 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0458 0.9210 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4660 0.4304 0.600 0.344 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1783006 2 0.0146 0.9233 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.480 0.720 0.881 0.4312 0.533 0.533
#> 3 3 0.453 0.654 0.825 0.3564 0.740 0.566
#> 4 4 0.501 0.603 0.734 0.1423 0.818 0.580
#> 5 5 0.568 0.588 0.796 0.0794 0.861 0.597
#> 6 6 0.632 0.694 0.778 0.0679 0.849 0.516
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.9608 0.531 0.384 0.616
#> SRR1782686 1 0.0672 0.887 0.992 0.008
#> SRR1782687 2 0.9686 0.509 0.396 0.604
#> SRR1782688 2 0.9963 0.342 0.464 0.536
#> SRR1782690 1 0.3274 0.852 0.940 0.060
#> SRR1782691 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0672 0.887 0.992 0.008
#> SRR1782692 2 0.9983 0.306 0.476 0.524
#> SRR1782693 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782694 2 0.8207 0.696 0.256 0.744
#> SRR1782696 1 0.0938 0.885 0.988 0.012
#> SRR1782697 2 0.9963 0.342 0.464 0.536
#> SRR1782695 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.9087 0.435 0.676 0.324
#> SRR1782699 2 0.9944 0.369 0.456 0.544
#> SRR1782701 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.9963 0.342 0.464 0.536
#> SRR1782704 2 0.8207 0.696 0.256 0.744
#> SRR1782703 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782705 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.9635 0.520 0.388 0.612
#> SRR1782711 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782707 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782708 2 0.8207 0.696 0.256 0.744
#> SRR1782712 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782714 2 0.0376 0.786 0.004 0.996
#> SRR1782716 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.2043 0.788 0.032 0.968
#> SRR1782719 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782726 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.9983 0.306 0.476 0.524
#> SRR1782725 2 0.1184 0.788 0.016 0.984
#> SRR1782724 1 0.6148 0.762 0.848 0.152
#> SRR1782728 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.2948 0.859 0.948 0.052
#> SRR1782729 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.9944 0.369 0.456 0.544
#> SRR1782732 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.1414 0.881 0.980 0.020
#> SRR1782734 2 0.9970 0.332 0.468 0.532
#> SRR1782736 1 0.4815 0.813 0.896 0.104
#> SRR1782737 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.5519 0.770 0.128 0.872
#> SRR1782739 2 0.5519 0.770 0.128 0.872
#> SRR1782740 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.9963 0.344 0.464 0.536
#> SRR1782743 1 0.6247 0.750 0.844 0.156
#> SRR1782744 2 0.9983 0.306 0.476 0.524
#> SRR1782745 2 0.9944 0.369 0.456 0.544
#> SRR1782747 2 0.9944 0.369 0.456 0.544
#> SRR1782750 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782751 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782752 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782753 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782754 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782755 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782756 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.6343 0.744 0.840 0.160
#> SRR1782758 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> SRR1782761 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.2423 0.868 0.960 0.040
#> SRR1782762 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.1184 0.788 0.016 0.984
#> SRR1782764 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 1.0000 0.234 0.496 0.504
#> SRR1782765 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782766 1 0.9988 -0.154 0.520 0.480
#> SRR1782767 1 0.5737 0.778 0.864 0.136
#> SRR1782769 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782768 1 0.5737 0.778 0.864 0.136
#> SRR1782770 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.7453 0.667 0.788 0.212
#> SRR1782771 1 0.0672 0.887 0.992 0.008
#> SRR1782772 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782773 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782775 2 0.8207 0.696 0.256 0.744
#> SRR1782777 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.5946 0.765 0.144 0.856
#> SRR1782778 1 0.5294 0.790 0.880 0.120
#> SRR1782780 2 0.9686 0.509 0.396 0.604
#> SRR1782781 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782779 2 0.5737 0.767 0.136 0.864
#> SRR1782782 1 0.2043 0.873 0.968 0.032
#> SRR1782784 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> SRR1782783 1 0.1414 0.880 0.980 0.020
#> SRR1782785 1 0.0938 0.885 0.988 0.012
#> SRR1782786 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 1.0000 -0.215 0.504 0.496
#> SRR1782789 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782792 2 0.1184 0.788 0.016 0.984
#> SRR1782793 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782794 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782795 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.3431 0.850 0.936 0.064
#> SRR1782801 1 0.7528 0.661 0.784 0.216
#> SRR1782802 2 0.8499 0.679 0.276 0.724
#> SRR1782803 1 0.0672 0.886 0.992 0.008
#> SRR1782804 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782806 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782809 2 0.2043 0.788 0.032 0.968
#> SRR1782810 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.4431 0.780 0.092 0.908
#> SRR1782814 2 0.5737 0.767 0.136 0.864
#> SRR1782815 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.2043 0.873 0.968 0.032
#> SRR1782819 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.7950 0.703 0.240 0.760
#> SRR1782825 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782820 1 0.3584 0.845 0.932 0.068
#> SRR1782822 2 0.1184 0.788 0.016 0.984
#> SRR1782821 1 0.2778 0.863 0.952 0.048
#> SRR1782823 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782826 2 0.7950 0.703 0.240 0.760
#> SRR1782830 1 0.9988 -0.141 0.520 0.480
#> SRR1782828 1 0.6438 0.739 0.836 0.164
#> SRR1782829 2 0.7950 0.703 0.240 0.760
#> SRR1782831 2 0.2236 0.788 0.036 0.964
#> SRR1782834 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.1184 0.788 0.016 0.984
#> SRR1782836 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.4431 0.780 0.092 0.908
#> SRR1782833 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.7950 0.703 0.240 0.760
#> SRR1782843 1 0.1843 0.876 0.972 0.028
#> SRR1782845 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782850 1 0.5629 0.783 0.868 0.132
#> SRR1782851 2 0.9491 0.561 0.368 0.632
#> SRR1782852 2 0.1843 0.788 0.028 0.972
#> SRR1782853 2 0.5294 0.773 0.120 0.880
#> SRR1782855 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.6247 0.754 0.844 0.156
#> SRR1782854 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782857 2 0.4431 0.780 0.092 0.908
#> SRR1782858 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.9393 0.579 0.356 0.644
#> SRR1782861 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.2236 0.869 0.964 0.036
#> SRR1782863 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.6712 0.729 0.824 0.176
#> SRR1782865 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.1184 0.788 0.016 0.984
#> SRR1782868 1 0.6247 0.757 0.844 0.156
#> SRR1782872 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782874 1 0.9087 0.433 0.676 0.324
#> SRR1782875 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782870 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782877 1 0.8386 0.566 0.732 0.268
#> SRR1782873 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782878 2 0.7950 0.703 0.240 0.760
#> SRR1782879 2 0.2043 0.788 0.032 0.968
#> SRR1782880 1 0.1184 0.883 0.984 0.016
#> SRR1782883 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782881 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.9866 0.428 0.432 0.568
#> SRR1782884 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782885 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.8955 0.464 0.688 0.312
#> SRR1782887 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.3584 0.846 0.932 0.068
#> SRR1782889 1 0.9996 -0.192 0.512 0.488
#> SRR1782892 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> SRR1782891 1 0.7453 0.667 0.788 0.212
#> SRR1782893 1 0.7453 0.667 0.788 0.212
#> SRR1782894 1 0.3431 0.850 0.936 0.064
#> SRR1782897 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782896 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782895 1 1.0000 -0.230 0.500 0.500
#> SRR1782898 1 0.9996 -0.184 0.512 0.488
#> SRR1782900 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.1414 0.880 0.980 0.020
#> SRR1782899 1 0.9988 -0.154 0.520 0.480
#> SRR1782902 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> SRR1782903 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782905 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.1843 0.876 0.972 0.028
#> SRR1782906 1 0.8813 0.492 0.700 0.300
#> SRR1782908 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.9977 0.322 0.472 0.528
#> SRR1782911 2 0.9393 0.579 0.356 0.644
#> SRR1782910 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.1414 0.880 0.980 0.020
#> SRR1782916 2 0.4431 0.780 0.092 0.908
#> SRR1782918 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782919 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0672 0.886 0.992 0.008
#> SRR1782922 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.6247 0.750 0.844 0.156
#> SRR1782923 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782925 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782924 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782926 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782929 2 0.8763 0.658 0.296 0.704
#> SRR1782927 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782928 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782932 1 0.7674 0.647 0.776 0.224
#> SRR1782933 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.9732 0.486 0.404 0.596
#> SRR1782934 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782935 2 0.9460 0.562 0.364 0.636
#> SRR1782936 1 0.1414 0.880 0.980 0.020
#> SRR1782937 2 0.8499 0.679 0.276 0.724
#> SRR1782939 2 0.9944 0.369 0.456 0.544
#> SRR1782940 1 0.2778 0.862 0.952 0.048
#> SRR1782941 1 0.5294 0.797 0.880 0.120
#> SRR1782942 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782944 1 0.4298 0.828 0.912 0.088
#> SRR1782947 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782948 1 0.9996 -0.192 0.512 0.488
#> SRR1782949 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.7453 0.667 0.788 0.212
#> SRR1782953 2 0.9866 0.428 0.432 0.568
#> SRR1782951 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.3584 0.784 0.068 0.932
#> SRR1782955 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0938 0.788 0.012 0.988
#> SRR1782957 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782958 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782960 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782961 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782962 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782964 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782965 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.7453 0.667 0.788 0.212
#> SRR1782968 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782967 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.1184 0.882 0.984 0.016
#> SRR1782970 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.5408 0.772 0.124 0.876
#> SRR1782972 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782973 1 0.9993 -0.169 0.516 0.484
#> SRR1782974 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.7139 0.738 0.196 0.804
#> SRR1782976 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782977 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.9944 0.369 0.456 0.544
#> SRR1782980 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0938 0.788 0.012 0.988
#> SRR1782982 2 0.8555 0.675 0.280 0.720
#> SRR1782985 2 0.9866 0.427 0.432 0.568
#> SRR1782983 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.9460 0.304 0.636 0.364
#> SRR1782984 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782986 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782988 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.9970 0.331 0.468 0.532
#> SRR1782991 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.785 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.1414 0.880 0.980 0.020
#> SRR1782993 2 0.9635 0.520 0.388 0.612
#> SRR1782995 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1782997 1 0.0376 0.888 0.996 0.004
#> SRR1783000 1 0.0938 0.885 0.988 0.012
#> SRR1783001 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.2236 0.788 0.036 0.964
#> SRR1783003 1 0.0000 0.889 1.000 0.000
#> SRR1783004 1 0.7674 0.647 0.776 0.224
#> SRR1783005 2 0.9732 0.493 0.404 0.596
#> SRR1783006 2 0.0938 0.788 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.3797 0.693415 0.056 0.892 0.052
#> SRR1782686 3 0.5988 0.633691 0.000 0.368 0.632
#> SRR1782687 2 0.4288 0.693100 0.060 0.872 0.068
#> SRR1782688 2 0.2448 0.706651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782690 3 0.6026 0.610594 0.000 0.376 0.624
#> SRR1782691 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 3 0.5988 0.633691 0.000 0.368 0.632
#> SRR1782692 2 0.3030 0.701358 0.004 0.904 0.092
#> SRR1782693 3 0.5621 0.701213 0.000 0.308 0.692
#> SRR1782694 2 0.3551 0.630607 0.132 0.868 0.000
#> SRR1782696 3 0.5327 0.729265 0.000 0.272 0.728
#> SRR1782697 2 0.2448 0.706651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782695 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 2 0.5958 0.385064 0.008 0.692 0.300
#> SRR1782699 2 0.2448 0.709767 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782701 3 0.0424 0.796758 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782702 2 0.2448 0.706651 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782704 2 0.3551 0.630607 0.132 0.868 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0237 0.963675 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782709 2 0.1781 0.692226 0.020 0.960 0.020
#> SRR1782711 3 0.5926 0.650968 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782707 3 0.0237 0.796598 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782706 3 0.4796 0.759399 0.000 0.220 0.780
#> SRR1782708 2 0.3551 0.630607 0.132 0.868 0.000
#> SRR1782712 1 0.0592 0.959246 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782713 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.4504 0.769427 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782714 1 0.5591 0.539896 0.696 0.304 0.000
#> SRR1782716 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0592 0.797747 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782717 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 2 0.6079 0.262883 0.388 0.612 0.000
#> SRR1782719 3 0.5859 0.665433 0.000 0.344 0.656
#> SRR1782720 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.2066 0.918961 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782726 3 0.0747 0.796919 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782722 3 0.3412 0.787521 0.000 0.124 0.876
#> SRR1782723 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.3030 0.701358 0.004 0.904 0.092
#> SRR1782725 2 0.6309 -0.027447 0.496 0.504 0.000
#> SRR1782724 3 0.6521 0.331283 0.004 0.492 0.504
#> SRR1782728 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 3 0.5968 0.629260 0.000 0.364 0.636
#> SRR1782729 3 0.0237 0.796488 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782733 2 0.2448 0.709767 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782732 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782731 3 0.5291 0.734221 0.000 0.268 0.732
#> SRR1782734 2 0.3129 0.705144 0.008 0.904 0.088
#> SRR1782736 3 0.6235 0.489306 0.000 0.436 0.564
#> SRR1782737 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 2 0.5291 0.470037 0.268 0.732 0.000
#> SRR1782739 2 0.5291 0.470037 0.268 0.732 0.000
#> SRR1782740 3 0.0424 0.796758 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782741 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.3043 0.706762 0.008 0.908 0.084
#> SRR1782743 2 0.6308 -0.270522 0.000 0.508 0.492
#> SRR1782744 2 0.3030 0.701358 0.004 0.904 0.092
#> SRR1782745 2 0.2448 0.709767 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782747 2 0.2448 0.709767 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782750 3 0.3192 0.789480 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782749 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782751 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782752 3 0.0892 0.797880 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782746 3 0.5926 0.650968 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782753 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782754 3 0.5926 0.650968 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782755 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782756 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.6307 -0.255883 0.000 0.512 0.488
#> SRR1782758 3 0.5465 0.717338 0.000 0.288 0.712
#> SRR1782761 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 3 0.5760 0.676980 0.000 0.328 0.672
#> SRR1782762 1 0.0424 0.961945 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782760 1 0.6309 0.020342 0.504 0.496 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.3918 0.688613 0.012 0.868 0.120
#> SRR1782765 3 0.0237 0.796488 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782766 2 0.3551 0.670874 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782767 3 0.6295 0.383211 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782769 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782768 3 0.6295 0.383211 0.000 0.472 0.528
#> SRR1782770 3 0.2625 0.793434 0.000 0.084 0.916
#> SRR1782774 2 0.6235 -0.049249 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782771 3 0.4399 0.772264 0.000 0.188 0.812
#> SRR1782772 3 0.0424 0.797415 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782773 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782775 2 0.3551 0.630607 0.132 0.868 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 2 0.5098 0.506463 0.248 0.752 0.000
#> SRR1782778 3 0.6244 0.440038 0.000 0.440 0.560
#> SRR1782780 2 0.4288 0.693100 0.060 0.872 0.068
#> SRR1782781 1 0.2066 0.918961 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782779 2 0.5216 0.480266 0.260 0.740 0.000
#> SRR1782782 3 0.6140 0.569255 0.000 0.404 0.596
#> SRR1782784 3 0.5058 0.747054 0.000 0.244 0.756
#> SRR1782783 3 0.5591 0.702996 0.000 0.304 0.696
#> SRR1782785 3 0.5016 0.748452 0.000 0.240 0.760
#> SRR1782786 1 0.0237 0.963675 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 2 0.4683 0.668817 0.024 0.836 0.140
#> SRR1782789 1 0.0592 0.959246 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782791 3 0.5905 0.655970 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782792 2 0.6295 0.058619 0.472 0.528 0.000
#> SRR1782793 1 0.2066 0.918961 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782794 3 0.5905 0.655970 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782795 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.4504 0.769179 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782800 3 0.5988 0.621414 0.000 0.368 0.632
#> SRR1782801 2 0.6225 -0.033533 0.000 0.568 0.432
#> SRR1782802 2 0.3500 0.644332 0.116 0.880 0.004
#> SRR1782803 3 0.5216 0.737314 0.000 0.260 0.740
#> SRR1782804 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0592 0.797747 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782806 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 1 0.0424 0.961945 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782807 1 0.2066 0.918961 0.940 0.060 0.000
#> SRR1782809 2 0.6079 0.262883 0.388 0.612 0.000
#> SRR1782810 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 1 0.0592 0.959246 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782813 2 0.5956 0.403968 0.324 0.672 0.004
#> SRR1782814 2 0.5216 0.480266 0.260 0.740 0.000
#> SRR1782815 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.3116 0.790942 0.000 0.108 0.892
#> SRR1782818 3 0.5733 0.681208 0.000 0.324 0.676
#> SRR1782819 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 2 0.7303 0.525460 0.244 0.680 0.076
#> SRR1782825 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782820 3 0.6062 0.587623 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782822 2 0.6299 0.044449 0.476 0.524 0.000
#> SRR1782821 3 0.5948 0.639917 0.000 0.360 0.640
#> SRR1782823 3 0.5905 0.656505 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782826 2 0.7303 0.525460 0.244 0.680 0.076
#> SRR1782830 2 0.7677 0.546529 0.096 0.660 0.244
#> SRR1782828 2 0.6305 -0.243067 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782829 2 0.7303 0.525460 0.244 0.680 0.076
#> SRR1782831 2 0.6079 0.264052 0.388 0.612 0.000
#> SRR1782834 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.6252 0.125709 0.444 0.556 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0592 0.796527 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782839 3 0.0592 0.796527 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782840 2 0.5956 0.403968 0.324 0.672 0.004
#> SRR1782833 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.4555 0.767572 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782841 2 0.7303 0.525460 0.244 0.680 0.076
#> SRR1782843 3 0.5497 0.713520 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782845 3 0.0424 0.796758 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782844 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0424 0.797415 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782847 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.0237 0.796488 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782850 3 0.6291 0.393916 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782851 2 0.4370 0.684090 0.076 0.868 0.056
#> SRR1782852 2 0.6095 0.251353 0.392 0.608 0.000
#> SRR1782853 2 0.5431 0.462445 0.284 0.716 0.000
#> SRR1782855 3 0.4504 0.769709 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782856 2 0.6295 -0.239368 0.000 0.528 0.472
#> SRR1782854 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782857 2 0.5956 0.403968 0.324 0.672 0.004
#> SRR1782858 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 3 0.3192 0.789480 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782860 2 0.3856 0.684677 0.072 0.888 0.040
#> SRR1782861 3 0.5560 0.707776 0.000 0.300 0.700
#> SRR1782862 3 0.5926 0.641279 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782863 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 2 0.6489 -0.184609 0.004 0.540 0.456
#> SRR1782865 3 0.5905 0.656505 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782867 2 0.6299 0.044449 0.476 0.524 0.000
#> SRR1782868 3 0.6521 0.318172 0.004 0.496 0.500
#> SRR1782872 3 0.5905 0.655970 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782874 2 0.5958 0.385406 0.008 0.692 0.300
#> SRR1782875 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782870 3 0.4178 0.777295 0.000 0.172 0.828
#> SRR1782871 3 0.5926 0.650968 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782877 2 0.6189 0.196347 0.004 0.632 0.364
#> SRR1782873 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782878 2 0.7303 0.525460 0.244 0.680 0.076
#> SRR1782879 2 0.6079 0.262883 0.388 0.612 0.000
#> SRR1782880 3 0.5216 0.737255 0.000 0.260 0.740
#> SRR1782883 3 0.5926 0.650968 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782881 3 0.5859 0.665433 0.000 0.344 0.656
#> SRR1782882 2 0.3921 0.710266 0.036 0.884 0.080
#> SRR1782884 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.2448 0.794061 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782886 2 0.5873 0.351044 0.004 0.684 0.312
#> SRR1782887 3 0.3192 0.789480 0.000 0.112 0.888
#> SRR1782888 3 0.6062 0.595380 0.000 0.384 0.616
#> SRR1782889 2 0.4047 0.668282 0.004 0.848 0.148
#> SRR1782892 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 3 0.5098 0.744724 0.000 0.248 0.752
#> SRR1782891 2 0.6235 -0.049249 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782893 2 0.6235 -0.049249 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782894 3 0.6045 0.605464 0.000 0.380 0.620
#> SRR1782897 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782895 2 0.3500 0.686733 0.004 0.880 0.116
#> SRR1782898 2 0.3412 0.678106 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782900 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 3 0.5678 0.691289 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782899 2 0.3551 0.670874 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782902 3 0.5431 0.720548 0.000 0.284 0.716
#> SRR1782903 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782905 3 0.5560 0.707776 0.000 0.300 0.700
#> SRR1782904 3 0.0237 0.796488 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782907 3 0.5560 0.707414 0.000 0.300 0.700
#> SRR1782906 2 0.6008 0.300474 0.004 0.664 0.332
#> SRR1782908 3 0.4504 0.769179 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782909 2 0.3213 0.705744 0.008 0.900 0.092
#> SRR1782911 2 0.3856 0.684677 0.072 0.888 0.040
#> SRR1782910 3 0.0237 0.796488 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782912 3 0.5835 0.670551 0.000 0.340 0.660
#> SRR1782913 3 0.5497 0.714690 0.000 0.292 0.708
#> SRR1782915 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 3 0.5591 0.702996 0.000 0.304 0.696
#> SRR1782916 2 0.5956 0.399847 0.324 0.672 0.004
#> SRR1782918 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0424 0.797460 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782920 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 3 0.5216 0.737314 0.000 0.260 0.740
#> SRR1782922 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.6308 -0.270522 0.000 0.508 0.492
#> SRR1782923 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782925 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782924 3 0.4555 0.767572 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782926 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782929 2 0.3618 0.656872 0.104 0.884 0.012
#> SRR1782927 3 0.0424 0.797460 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782928 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782932 2 0.6204 0.000848 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782933 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.6250 0.677129 0.104 0.776 0.120
#> SRR1782934 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782935 2 0.4821 0.690036 0.088 0.848 0.064
#> SRR1782936 3 0.5591 0.702996 0.000 0.304 0.696
#> SRR1782937 2 0.3500 0.644332 0.116 0.880 0.004
#> SRR1782939 2 0.2448 0.709767 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782940 3 0.5905 0.644621 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782941 3 0.6286 0.421034 0.000 0.464 0.536
#> SRR1782942 3 0.0424 0.797415 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782945 3 0.5905 0.655970 0.000 0.352 0.648
#> SRR1782944 3 0.6154 0.544168 0.000 0.408 0.592
#> SRR1782947 3 0.1964 0.795533 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782948 2 0.4047 0.668282 0.004 0.848 0.148
#> SRR1782949 3 0.1964 0.795533 0.000 0.056 0.944
#> SRR1782952 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.6235 -0.049249 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782953 2 0.3921 0.710266 0.036 0.884 0.080
#> SRR1782951 3 0.0237 0.796598 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782954 2 0.5760 0.361431 0.328 0.672 0.000
#> SRR1782955 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.6168 0.197252 0.412 0.588 0.000
#> SRR1782957 3 0.0424 0.797460 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782946 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 1 0.0000 0.965218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782960 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782962 3 0.4555 0.767638 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782964 3 0.0237 0.796488 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782963 3 0.4702 0.762384 0.000 0.212 0.788
#> SRR1782965 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.6235 -0.049249 0.000 0.564 0.436
#> SRR1782968 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0424 0.797460 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782969 3 0.5465 0.717338 0.000 0.288 0.712
#> SRR1782970 1 0.0424 0.961945 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782971 2 0.5363 0.459594 0.276 0.724 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.3482 0.674532 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782974 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 2 0.6414 0.518366 0.248 0.716 0.036
#> SRR1782976 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782977 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 2 0.2448 0.709767 0.000 0.924 0.076
#> SRR1782980 3 0.4346 0.774369 0.000 0.184 0.816
#> SRR1782981 2 0.6168 0.197252 0.412 0.588 0.000
#> SRR1782982 2 0.3682 0.646539 0.116 0.876 0.008
#> SRR1782985 2 0.2280 0.706187 0.008 0.940 0.052
#> SRR1782983 3 0.2448 0.794061 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782987 2 0.5216 0.497004 0.000 0.740 0.260
#> SRR1782984 3 0.5926 0.650968 0.000 0.356 0.644
#> SRR1782986 3 0.0592 0.797747 0.000 0.012 0.988
#> SRR1782988 3 0.0424 0.797460 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782990 2 0.3610 0.705478 0.016 0.888 0.096
#> SRR1782991 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 1 0.0424 0.961945 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782992 3 0.5465 0.716248 0.000 0.288 0.712
#> SRR1782993 2 0.1781 0.692226 0.020 0.960 0.020
#> SRR1782995 3 0.0424 0.796758 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782994 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.795310 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 3 0.4504 0.769427 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782997 3 0.4654 0.763960 0.000 0.208 0.792
#> SRR1783000 3 0.5291 0.731842 0.000 0.268 0.732
#> SRR1783001 3 0.0424 0.796758 0.000 0.008 0.992
#> SRR1783002 2 0.6126 0.243058 0.400 0.600 0.000
#> SRR1783003 3 0.5859 0.665433 0.000 0.344 0.656
#> SRR1783004 2 0.6204 0.001303 0.000 0.576 0.424
#> SRR1783005 2 0.4087 0.695098 0.052 0.880 0.068
#> SRR1783006 2 0.6192 0.181170 0.420 0.580 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.4585 0.6492 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.1890 0.4895 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1782687 2 0.4643 0.6411 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.4888 0.5937 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.6296 0.5542 0.548 0.064 0.388 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.1890 0.4895 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1782692 2 0.4925 0.5747 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.4188 0.5729 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1782694 2 0.3539 0.6899 0.176 0.820 0.000 0.004
#> SRR1782696 3 0.5257 -0.1083 0.444 0.008 0.548 0.000
#> SRR1782697 2 0.4888 0.5937 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.7269 0.2201 0.488 0.356 0.156 0.000
#> SRR1782699 2 0.5212 0.5783 0.420 0.572 0.008 0.000
#> SRR1782701 3 0.0336 0.7961 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782702 2 0.4888 0.5937 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.3539 0.6899 0.176 0.820 0.000 0.004
#> SRR1782703 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0188 0.9663 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782709 2 0.4605 0.6547 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782711 1 0.2197 0.5242 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1782707 3 0.0779 0.7878 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1782706 3 0.4830 0.1406 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1782708 2 0.3539 0.6899 0.176 0.820 0.000 0.004
#> SRR1782712 4 0.0707 0.9584 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 3 0.4679 0.2729 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1782714 4 0.5158 0.2959 0.004 0.472 0.000 0.524
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0921 0.7871 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.2530 0.5852 0.004 0.896 0.000 0.100
#> SRR1782719 1 0.4477 0.5735 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 4 0.3355 0.8499 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1782726 3 0.1022 0.7865 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782722 3 0.3942 0.5422 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.4925 0.5747 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.4053 0.4272 0.004 0.768 0.000 0.228
#> SRR1782724 1 0.7149 0.6449 0.528 0.156 0.316 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.6179 0.5417 0.552 0.056 0.392 0.000
#> SRR1782729 3 0.0336 0.7962 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782733 2 0.5193 0.5856 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 3 0.5581 -0.1676 0.448 0.020 0.532 0.000
#> SRR1782734 2 0.4925 0.5773 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.6924 0.6315 0.536 0.124 0.340 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.2413 0.6536 0.064 0.916 0.000 0.020
#> SRR1782739 2 0.2413 0.6536 0.064 0.916 0.000 0.020
#> SRR1782740 3 0.0469 0.7957 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.4907 0.5833 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.7300 0.6409 0.516 0.180 0.304 0.000
#> SRR1782744 2 0.4925 0.5747 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.5193 0.5856 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1782747 2 0.5193 0.5856 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1782750 3 0.3649 0.5947 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782749 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782751 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782752 3 0.1557 0.7648 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1782746 1 0.2197 0.5242 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1782753 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782754 1 0.2466 0.5387 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1782755 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.7344 0.6344 0.512 0.188 0.300 0.000
#> SRR1782758 3 0.5604 -0.2668 0.476 0.020 0.504 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.6214 0.3878 0.480 0.052 0.468 0.000
#> SRR1782762 4 0.0592 0.9614 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782760 2 0.4122 0.4098 0.004 0.760 0.000 0.236
#> SRR1782764 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.5263 0.5327 0.448 0.544 0.008 0.000
#> SRR1782765 3 0.0188 0.7968 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782766 2 0.5288 0.4872 0.472 0.520 0.008 0.000
#> SRR1782767 1 0.7158 0.6386 0.512 0.148 0.340 0.000
#> SRR1782769 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782768 1 0.7146 0.6391 0.516 0.148 0.336 0.000
#> SRR1782770 3 0.2973 0.6756 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1782774 1 0.7458 0.5755 0.508 0.240 0.252 0.000
#> SRR1782771 3 0.4655 0.3671 0.312 0.004 0.684 0.000
#> SRR1782772 3 0.0707 0.7919 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782773 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782775 2 0.3539 0.6899 0.176 0.820 0.000 0.004
#> SRR1782777 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.3149 0.6677 0.088 0.880 0.000 0.032
#> SRR1782778 1 0.7060 0.5533 0.476 0.124 0.400 0.000
#> SRR1782780 2 0.4643 0.6411 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3355 0.8499 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1782779 2 0.2376 0.6556 0.068 0.916 0.000 0.016
#> SRR1782782 1 0.1042 0.4394 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1782784 3 0.5427 -0.0400 0.416 0.016 0.568 0.000
#> SRR1782783 1 0.5500 0.3635 0.520 0.016 0.464 0.000
#> SRR1782785 3 0.5279 0.0531 0.400 0.012 0.588 0.000
#> SRR1782786 4 0.0188 0.9663 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782787 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.5682 0.4593 0.456 0.520 0.024 0.000
#> SRR1782789 4 0.0707 0.9584 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782791 1 0.2714 0.5554 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1782792 2 0.3831 0.4755 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1782793 4 0.3355 0.8499 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1782794 1 0.2593 0.5474 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 3 0.4730 0.2557 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1782800 1 0.6419 0.5038 0.512 0.068 0.420 0.000
#> SRR1782801 1 0.7458 0.5759 0.508 0.240 0.252 0.000
#> SRR1782802 2 0.4049 0.6919 0.212 0.780 0.000 0.008
#> SRR1782803 3 0.5250 -0.0651 0.440 0.008 0.552 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0817 0.7892 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0592 0.9614 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782807 4 0.3355 0.8499 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1782809 2 0.2530 0.5852 0.004 0.896 0.000 0.100
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0707 0.9584 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1782813 2 0.3601 0.6403 0.056 0.860 0.000 0.084
#> SRR1782814 2 0.2376 0.6556 0.068 0.916 0.000 0.016
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 3 0.3688 0.5878 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1782818 1 0.6081 0.3786 0.484 0.044 0.472 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.4630 0.6277 0.196 0.768 0.000 0.036
#> SRR1782825 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782820 1 0.6451 0.5443 0.524 0.072 0.404 0.000
#> SRR1782822 2 0.3870 0.4674 0.004 0.788 0.000 0.208
#> SRR1782821 1 0.6121 0.5307 0.552 0.052 0.396 0.000
#> SRR1782823 1 0.2773 0.5511 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1782826 2 0.4630 0.6277 0.196 0.768 0.000 0.036
#> SRR1782830 2 0.5858 0.3643 0.468 0.500 0.032 0.000
#> SRR1782828 1 0.7344 0.6348 0.512 0.188 0.300 0.000
#> SRR1782829 2 0.4630 0.6277 0.196 0.768 0.000 0.036
#> SRR1782831 2 0.2737 0.5853 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.3448 0.5156 0.004 0.828 0.000 0.168
#> SRR1782836 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0592 0.7932 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782839 3 0.0592 0.7932 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782840 2 0.3601 0.6403 0.056 0.860 0.000 0.084
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 3 0.4746 0.2414 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1782841 2 0.4630 0.6277 0.196 0.768 0.000 0.036
#> SRR1782843 3 0.5691 -0.2637 0.468 0.024 0.508 0.000
#> SRR1782845 3 0.0336 0.7961 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0707 0.7919 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0336 0.7960 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782850 1 0.7122 0.6383 0.516 0.144 0.340 0.000
#> SRR1782851 2 0.4677 0.6608 0.316 0.680 0.000 0.004
#> SRR1782852 2 0.2593 0.5811 0.004 0.892 0.000 0.104
#> SRR1782853 2 0.3009 0.6575 0.056 0.892 0.000 0.052
#> SRR1782855 3 0.4804 0.2035 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782856 1 0.7118 0.6370 0.548 0.168 0.284 0.000
#> SRR1782854 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782857 2 0.3601 0.6403 0.056 0.860 0.000 0.084
#> SRR1782858 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.3649 0.5947 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782860 2 0.4655 0.6717 0.312 0.684 0.000 0.004
#> SRR1782861 1 0.4804 0.4832 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1782862 1 0.5698 0.5787 0.608 0.036 0.356 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.7260 0.6200 0.532 0.188 0.280 0.000
#> SRR1782865 1 0.2773 0.5511 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1782867 2 0.3870 0.4674 0.004 0.788 0.000 0.208
#> SRR1782868 1 0.7134 0.6463 0.532 0.156 0.312 0.000
#> SRR1782872 1 0.2593 0.5474 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1782874 1 0.7235 0.2029 0.492 0.356 0.152 0.000
#> SRR1782875 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782870 3 0.4522 0.3732 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1782871 1 0.2466 0.5387 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1782877 1 0.7300 0.4514 0.528 0.276 0.196 0.000
#> SRR1782873 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782878 2 0.4630 0.6277 0.196 0.768 0.000 0.036
#> SRR1782879 2 0.2530 0.5852 0.004 0.896 0.000 0.100
#> SRR1782880 3 0.5427 -0.0440 0.416 0.016 0.568 0.000
#> SRR1782883 1 0.2466 0.5389 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1782881 1 0.4222 0.5911 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1782882 2 0.4817 0.6153 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.2704 0.7010 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1782886 1 0.7238 0.2848 0.508 0.332 0.160 0.000
#> SRR1782887 3 0.3649 0.5947 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1782888 1 0.6384 0.5479 0.532 0.068 0.400 0.000
#> SRR1782889 2 0.5838 0.4663 0.444 0.524 0.032 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 3 0.5435 -0.0605 0.420 0.016 0.564 0.000
#> SRR1782891 1 0.7458 0.5755 0.508 0.240 0.252 0.000
#> SRR1782893 1 0.7458 0.5755 0.508 0.240 0.252 0.000
#> SRR1782894 1 0.6357 0.5554 0.544 0.068 0.388 0.000
#> SRR1782897 3 0.0188 0.7968 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782896 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782895 2 0.5137 0.5274 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR1782898 2 0.5155 0.5052 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.5472 0.4259 0.544 0.016 0.440 0.000
#> SRR1782899 2 0.5288 0.4872 0.472 0.520 0.008 0.000
#> SRR1782902 3 0.5600 -0.2370 0.468 0.020 0.512 0.000
#> SRR1782903 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782905 1 0.4978 0.4875 0.612 0.004 0.384 0.000
#> SRR1782904 3 0.0188 0.7968 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782907 3 0.5778 -0.2907 0.472 0.028 0.500 0.000
#> SRR1782906 1 0.7221 0.3599 0.524 0.308 0.168 0.000
#> SRR1782908 3 0.4730 0.2557 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1782909 2 0.4948 0.5657 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.4655 0.6717 0.312 0.684 0.000 0.004
#> SRR1782910 3 0.0336 0.7962 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782912 1 0.4250 0.5895 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1782913 1 0.4877 0.4407 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.5500 0.3635 0.520 0.016 0.464 0.000
#> SRR1782916 2 0.3601 0.6386 0.056 0.860 0.000 0.084
#> SRR1782918 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0469 0.7950 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782920 3 0.0188 0.7968 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782917 3 0.5250 -0.0651 0.440 0.008 0.552 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.7300 0.6409 0.516 0.180 0.304 0.000
#> SRR1782923 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782925 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782924 3 0.4761 0.2347 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782926 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782929 2 0.3907 0.6885 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0592 0.7937 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782928 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782932 1 0.7500 0.5580 0.500 0.252 0.248 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.6138 0.5808 0.260 0.656 0.080 0.004
#> SRR1782934 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782935 2 0.4406 0.6610 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.5500 0.3635 0.520 0.016 0.464 0.000
#> SRR1782937 2 0.4049 0.6919 0.212 0.780 0.000 0.008
#> SRR1782939 2 0.5193 0.5856 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1782940 1 0.6319 0.4760 0.504 0.060 0.436 0.000
#> SRR1782941 1 0.6882 0.6400 0.548 0.124 0.328 0.000
#> SRR1782942 3 0.0707 0.7919 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782945 1 0.2593 0.5474 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1782944 1 0.6875 0.5795 0.504 0.108 0.388 0.000
#> SRR1782947 3 0.4053 0.5872 0.228 0.004 0.768 0.000
#> SRR1782948 2 0.5838 0.4663 0.444 0.524 0.032 0.000
#> SRR1782949 3 0.4053 0.5872 0.228 0.004 0.768 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.7458 0.5755 0.508 0.240 0.252 0.000
#> SRR1782953 2 0.4817 0.6153 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0779 0.7878 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1782954 2 0.2816 0.6306 0.036 0.900 0.000 0.064
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.2704 0.5700 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1782957 3 0.0592 0.7937 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9678 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782962 3 0.4679 0.2632 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1782964 3 0.0336 0.7962 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782963 3 0.4776 0.1943 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.7458 0.5755 0.508 0.240 0.252 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0592 0.7937 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782969 3 0.5604 -0.2668 0.476 0.020 0.504 0.000
#> SRR1782970 4 0.0592 0.9614 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782971 2 0.2722 0.6518 0.064 0.904 0.000 0.032
#> SRR1782972 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.5158 0.4965 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.4285 0.6505 0.156 0.804 0.000 0.040
#> SRR1782976 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.5193 0.5856 0.412 0.580 0.008 0.000
#> SRR1782980 3 0.4713 0.2673 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1782981 2 0.2704 0.5700 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1782982 2 0.3945 0.6911 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR1782985 2 0.4817 0.6185 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.2704 0.7010 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1782987 1 0.7098 0.0154 0.472 0.400 0.128 0.000
#> SRR1782984 1 0.2466 0.5389 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1782986 3 0.0921 0.7871 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782988 3 0.0592 0.7937 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1782990 2 0.5203 0.5772 0.416 0.576 0.008 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0592 0.9614 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782992 3 0.5604 -0.2701 0.476 0.020 0.504 0.000
#> SRR1782993 2 0.4605 0.6547 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0336 0.7961 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.7972 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 3 0.4679 0.2729 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1782997 3 0.4761 0.2075 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1783000 3 0.5250 -0.0902 0.440 0.008 0.552 0.000
#> SRR1783001 3 0.0336 0.7961 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1783002 2 0.2589 0.5755 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1783003 1 0.4477 0.5735 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1783004 1 0.7500 0.5571 0.500 0.252 0.248 0.000
#> SRR1783005 2 0.4697 0.6383 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.2868 0.5588 0.000 0.864 0.000 0.136
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 2 0.4649 0.4389 0.212 0.720 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782686 5 0.1883 0.6107 0.048 0.012 0.008 0.000 0.932
#> SRR1782687 2 0.4958 0.4094 0.224 0.692 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782688 2 0.1965 0.5909 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 2 0.7192 -0.1069 0.016 0.376 0.316 0.000 0.292
#> SRR1782691 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 5 0.1883 0.6107 0.048 0.012 0.008 0.000 0.932
#> SRR1782692 2 0.1671 0.6005 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.5662 0.6146 0.004 0.164 0.184 0.000 0.648
#> SRR1782694 2 0.4268 0.2307 0.344 0.648 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782696 3 0.6624 0.2775 0.012 0.336 0.488 0.000 0.164
#> SRR1782697 2 0.1965 0.5909 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.6147 0.5236 0.088 0.668 0.152 0.000 0.092
#> SRR1782699 2 0.2674 0.6023 0.084 0.888 0.008 0.000 0.020
#> SRR1782701 3 0.0324 0.7590 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782702 2 0.1965 0.5909 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.4268 0.2307 0.344 0.648 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782703 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0404 0.9627 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782709 2 0.2732 0.5245 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782711 5 0.1739 0.7047 0.004 0.024 0.032 0.000 0.940
#> SRR1782707 3 0.0609 0.7476 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782706 3 0.6347 0.3742 0.012 0.304 0.544 0.000 0.140
#> SRR1782708 2 0.4268 0.2307 0.344 0.648 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782712 4 0.0703 0.9574 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.5964 0.4396 0.008 0.280 0.592 0.000 0.120
#> SRR1782714 1 0.4653 0.0024 0.516 0.012 0.000 0.472 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.1493 0.7446 0.000 0.028 0.948 0.000 0.024
#> SRR1782717 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 1 0.2359 0.7704 0.904 0.060 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782719 5 0.5823 0.5704 0.004 0.132 0.252 0.000 0.612
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.3242 0.7448 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1782726 3 0.1018 0.7536 0.000 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1782722 3 0.5057 0.5691 0.008 0.176 0.716 0.000 0.100
#> SRR1782723 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.1671 0.6005 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 1 0.3656 0.6770 0.800 0.032 0.000 0.168 0.000
#> SRR1782724 2 0.7351 0.1722 0.052 0.476 0.272 0.000 0.200
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 2 0.7215 -0.1413 0.016 0.356 0.320 0.000 0.308
#> SRR1782729 3 0.0579 0.7584 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782733 2 0.2474 0.5998 0.084 0.896 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782732 4 0.0162 0.9668 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 3 0.6764 0.2382 0.012 0.332 0.468 0.000 0.188
#> SRR1782734 2 0.1478 0.6020 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 2 0.7154 0.0590 0.024 0.448 0.280 0.000 0.248
#> SRR1782737 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 1 0.3300 0.7602 0.792 0.204 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782739 1 0.3300 0.7602 0.792 0.204 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782740 3 0.0566 0.7585 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.1608 0.5997 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.5470 0.3591 0.000 0.628 0.268 0.000 0.104
#> SRR1782744 2 0.1671 0.6005 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.2474 0.5998 0.084 0.896 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782747 2 0.2474 0.5998 0.084 0.896 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782750 3 0.4626 0.6086 0.008 0.152 0.756 0.000 0.084
#> SRR1782749 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782751 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782752 3 0.1960 0.7334 0.004 0.048 0.928 0.000 0.020
#> SRR1782746 5 0.1739 0.7047 0.004 0.024 0.032 0.000 0.940
#> SRR1782753 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782754 5 0.1818 0.7189 0.000 0.024 0.044 0.000 0.932
#> SRR1782755 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.5357 0.3727 0.000 0.640 0.264 0.000 0.096
#> SRR1782758 3 0.7003 0.1232 0.012 0.288 0.432 0.000 0.268
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 3 0.6917 0.1126 0.012 0.372 0.408 0.000 0.208
#> SRR1782762 4 0.0609 0.9599 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782760 1 0.3732 0.6705 0.792 0.032 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.1644 0.6154 0.048 0.940 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782765 3 0.0162 0.7599 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0932 0.6188 0.020 0.972 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782767 2 0.6431 0.2694 0.024 0.556 0.296 0.000 0.124
#> SRR1782769 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782768 2 0.6338 0.2780 0.024 0.568 0.292 0.000 0.116
#> SRR1782770 3 0.3697 0.6589 0.000 0.100 0.820 0.000 0.080
#> SRR1782774 2 0.5004 0.4410 0.000 0.692 0.216 0.000 0.092
#> SRR1782771 3 0.5555 0.4936 0.008 0.260 0.640 0.000 0.092
#> SRR1782772 3 0.0898 0.7556 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1782773 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782775 2 0.4268 0.2307 0.344 0.648 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782777 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 1 0.4015 0.6145 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.5879 0.2207 0.008 0.556 0.348 0.000 0.088
#> SRR1782780 2 0.4958 0.4094 0.224 0.692 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782781 4 0.3242 0.7448 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1782779 1 0.3366 0.7549 0.784 0.212 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782782 5 0.2124 0.5611 0.056 0.028 0.000 0.000 0.916
#> SRR1782784 3 0.6697 0.2851 0.012 0.272 0.508 0.000 0.208
#> SRR1782783 3 0.7090 0.0193 0.012 0.284 0.392 0.000 0.312
#> SRR1782785 3 0.6488 0.3406 0.012 0.308 0.524 0.000 0.156
#> SRR1782786 4 0.0404 0.9627 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.5012 0.5365 0.140 0.740 0.020 0.000 0.100
#> SRR1782789 4 0.0703 0.9574 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782791 5 0.2193 0.7254 0.000 0.028 0.060 0.000 0.912
#> SRR1782792 1 0.3639 0.7043 0.812 0.044 0.000 0.144 0.000
#> SRR1782793 4 0.3242 0.7448 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1782794 5 0.2054 0.7252 0.000 0.028 0.052 0.000 0.920
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.6104 0.4292 0.012 0.280 0.584 0.000 0.124
#> SRR1782800 2 0.7180 -0.0520 0.020 0.388 0.352 0.000 0.240
#> SRR1782801 2 0.5106 0.4404 0.004 0.692 0.216 0.000 0.088
#> SRR1782802 2 0.4088 0.3152 0.304 0.688 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782803 3 0.6678 0.2826 0.012 0.316 0.492 0.000 0.180
#> SRR1782804 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.1082 0.7521 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR1782806 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0609 0.9599 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782807 4 0.3242 0.7448 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1782809 1 0.2359 0.7704 0.904 0.060 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0703 0.9574 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782813 1 0.4787 0.6196 0.640 0.324 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782814 1 0.3366 0.7549 0.784 0.212 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.4665 0.6057 0.008 0.156 0.752 0.000 0.084
#> SRR1782818 3 0.6869 0.1256 0.012 0.380 0.412 0.000 0.196
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 1 0.5115 0.7317 0.696 0.168 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782825 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782820 2 0.6733 0.0548 0.012 0.460 0.352 0.000 0.176
#> SRR1782822 1 0.3531 0.6966 0.816 0.036 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782821 5 0.7299 0.1024 0.020 0.328 0.324 0.000 0.328
#> SRR1782823 5 0.2396 0.7210 0.004 0.024 0.068 0.000 0.904
#> SRR1782826 1 0.5115 0.7317 0.696 0.168 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782830 1 0.5858 0.2148 0.452 0.096 0.000 0.000 0.452
#> SRR1782828 2 0.5357 0.3719 0.000 0.640 0.264 0.000 0.096
#> SRR1782829 1 0.5115 0.7317 0.696 0.168 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782831 1 0.2504 0.7719 0.896 0.064 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 1 0.3090 0.7323 0.856 0.040 0.000 0.104 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0566 0.7571 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782839 3 0.0566 0.7571 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782840 1 0.4787 0.6196 0.640 0.324 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.6142 0.4239 0.012 0.280 0.580 0.000 0.128
#> SRR1782841 1 0.5115 0.7317 0.696 0.168 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782843 3 0.6750 0.2033 0.012 0.364 0.448 0.000 0.176
#> SRR1782845 3 0.0324 0.7590 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782844 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0898 0.7556 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1782847 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0324 0.7588 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782850 2 0.6468 0.2635 0.024 0.552 0.296 0.000 0.128
#> SRR1782851 2 0.5028 0.3379 0.260 0.668 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782852 1 0.2370 0.7677 0.904 0.056 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782853 1 0.5368 0.2800 0.480 0.476 0.000 0.036 0.008
#> SRR1782855 3 0.6346 0.3999 0.012 0.252 0.568 0.000 0.168
#> SRR1782856 2 0.6840 0.2775 0.036 0.544 0.244 0.000 0.176
#> SRR1782854 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782857 1 0.4787 0.6196 0.640 0.324 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.4626 0.6086 0.008 0.152 0.756 0.000 0.084
#> SRR1782860 2 0.4573 0.3779 0.256 0.700 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782861 5 0.6619 0.3626 0.004 0.204 0.320 0.000 0.472
#> SRR1782862 5 0.7009 0.3049 0.008 0.296 0.304 0.000 0.392
#> SRR1782863 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 2 0.6922 0.3062 0.052 0.552 0.240 0.000 0.156
#> SRR1782865 5 0.2396 0.7210 0.004 0.024 0.068 0.000 0.904
#> SRR1782867 1 0.4017 0.7137 0.788 0.064 0.000 0.148 0.000
#> SRR1782868 2 0.7329 0.1784 0.052 0.480 0.272 0.000 0.196
#> SRR1782872 5 0.2054 0.7252 0.000 0.028 0.052 0.000 0.920
#> SRR1782874 2 0.6120 0.5265 0.088 0.672 0.144 0.000 0.096
#> SRR1782875 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782870 3 0.5871 0.4802 0.012 0.236 0.628 0.000 0.124
#> SRR1782871 5 0.1818 0.7189 0.000 0.024 0.044 0.000 0.932
#> SRR1782877 2 0.6712 0.4192 0.068 0.604 0.168 0.000 0.160
#> SRR1782873 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782878 1 0.5115 0.7317 0.696 0.168 0.000 0.000 0.136
#> SRR1782879 1 0.2359 0.7704 0.904 0.060 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782880 3 0.6611 0.3001 0.012 0.320 0.500 0.000 0.168
#> SRR1782883 5 0.2053 0.7203 0.004 0.024 0.048 0.000 0.924
#> SRR1782881 5 0.5149 0.6372 0.000 0.104 0.216 0.000 0.680
#> SRR1782882 2 0.2358 0.5767 0.104 0.888 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782884 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3397 0.6806 0.004 0.080 0.848 0.000 0.068
#> SRR1782886 2 0.6509 0.4897 0.088 0.636 0.148 0.000 0.128
#> SRR1782887 3 0.4626 0.6086 0.008 0.152 0.756 0.000 0.084
#> SRR1782888 2 0.7021 0.0294 0.020 0.432 0.348 0.000 0.200
#> SRR1782889 2 0.2818 0.6174 0.052 0.892 0.020 0.000 0.036
#> SRR1782892 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 3 0.6719 0.2763 0.012 0.272 0.504 0.000 0.212
#> SRR1782891 2 0.5004 0.4410 0.000 0.692 0.216 0.000 0.092
#> SRR1782893 2 0.5004 0.4410 0.000 0.692 0.216 0.000 0.092
#> SRR1782894 2 0.7267 -0.1067 0.020 0.372 0.316 0.000 0.292
#> SRR1782897 3 0.0290 0.7599 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782895 2 0.1205 0.6153 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782898 2 0.0865 0.6173 0.024 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782900 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 3 0.7109 -0.0653 0.012 0.280 0.368 0.000 0.340
#> SRR1782899 2 0.0932 0.6188 0.020 0.972 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782902 3 0.6978 0.1488 0.012 0.288 0.440 0.000 0.260
#> SRR1782903 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782905 5 0.6619 0.3651 0.004 0.204 0.320 0.000 0.472
#> SRR1782904 3 0.0162 0.7599 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782907 3 0.6949 0.1554 0.012 0.328 0.432 0.000 0.228
#> SRR1782906 2 0.6701 0.4487 0.080 0.612 0.148 0.000 0.160
#> SRR1782908 3 0.6104 0.4292 0.012 0.280 0.584 0.000 0.124
#> SRR1782909 2 0.3201 0.5845 0.096 0.852 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782911 2 0.4573 0.3779 0.256 0.700 0.000 0.000 0.044
#> SRR1782910 3 0.0579 0.7584 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782912 5 0.5177 0.6333 0.000 0.104 0.220 0.000 0.676
#> SRR1782913 5 0.6606 0.3090 0.004 0.192 0.344 0.000 0.460
#> SRR1782915 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 3 0.7087 0.0148 0.012 0.280 0.392 0.000 0.316
#> SRR1782916 1 0.4789 0.6568 0.668 0.292 0.000 0.036 0.004
#> SRR1782918 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0693 0.7577 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1782920 3 0.0290 0.7599 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.6678 0.2826 0.012 0.316 0.492 0.000 0.180
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.5470 0.3591 0.000 0.628 0.268 0.000 0.104
#> SRR1782923 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782925 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782924 3 0.6198 0.4188 0.012 0.276 0.576 0.000 0.136
#> SRR1782926 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782929 2 0.3934 0.3622 0.276 0.716 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782927 3 0.0798 0.7568 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1782928 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782932 2 0.4971 0.4531 0.004 0.704 0.212 0.000 0.080
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.5320 0.4387 0.240 0.676 0.068 0.000 0.016
#> SRR1782934 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782935 2 0.3318 0.4833 0.192 0.800 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782936 3 0.7087 0.0148 0.012 0.280 0.392 0.000 0.316
#> SRR1782937 2 0.4088 0.3152 0.304 0.688 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782939 2 0.2474 0.5998 0.084 0.896 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782940 2 0.7003 -0.0869 0.016 0.400 0.376 0.000 0.208
#> SRR1782941 2 0.7157 0.1044 0.028 0.460 0.284 0.000 0.228
#> SRR1782942 3 0.0898 0.7556 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1782945 5 0.2054 0.7252 0.000 0.028 0.052 0.000 0.920
#> SRR1782944 2 0.6597 0.1547 0.020 0.504 0.340 0.000 0.136
#> SRR1782947 3 0.3366 0.4943 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782948 2 0.2818 0.6174 0.052 0.892 0.020 0.000 0.036
#> SRR1782949 3 0.3366 0.4943 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1782952 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.5004 0.4410 0.000 0.692 0.216 0.000 0.092
#> SRR1782953 2 0.2358 0.5767 0.104 0.888 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782951 3 0.0609 0.7476 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782954 1 0.3170 0.7807 0.848 0.124 0.000 0.024 0.004
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 1 0.5645 0.5468 0.572 0.352 0.000 0.068 0.008
#> SRR1782957 3 0.0798 0.7568 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1782946 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9683 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782960 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782962 3 0.5917 0.4350 0.012 0.304 0.588 0.000 0.096
#> SRR1782964 3 0.0579 0.7584 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782963 3 0.6211 0.4028 0.012 0.296 0.564 0.000 0.128
#> SRR1782965 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.5004 0.4410 0.000 0.692 0.216 0.000 0.092
#> SRR1782968 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0798 0.7568 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1782969 3 0.7003 0.1232 0.012 0.288 0.432 0.000 0.268
#> SRR1782970 4 0.0609 0.9599 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782971 1 0.3422 0.7628 0.792 0.200 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782972 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0771 0.6177 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782974 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.4930 0.7223 0.696 0.220 0.000 0.000 0.084
#> SRR1782976 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782977 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.2474 0.5998 0.084 0.896 0.008 0.000 0.012
#> SRR1782980 3 0.6197 0.4274 0.012 0.236 0.592 0.000 0.160
#> SRR1782981 1 0.5645 0.5468 0.572 0.352 0.000 0.068 0.008
#> SRR1782982 2 0.4025 0.3311 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782985 2 0.2074 0.5727 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.3397 0.6806 0.004 0.080 0.848 0.000 0.068
#> SRR1782987 2 0.2899 0.6091 0.008 0.872 0.100 0.000 0.020
#> SRR1782984 5 0.2053 0.7203 0.004 0.024 0.048 0.000 0.924
#> SRR1782986 3 0.1493 0.7446 0.000 0.028 0.948 0.000 0.024
#> SRR1782988 3 0.0798 0.7568 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1782990 2 0.2177 0.6032 0.080 0.908 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782991 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0609 0.9599 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782992 3 0.6950 0.1650 0.012 0.320 0.436 0.000 0.232
#> SRR1782993 2 0.2732 0.5245 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0324 0.7590 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782994 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.7598 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 3 0.5964 0.4396 0.008 0.280 0.592 0.000 0.120
#> SRR1782997 3 0.6135 0.4129 0.012 0.296 0.572 0.000 0.120
#> SRR1783000 3 0.6615 0.2844 0.012 0.332 0.492 0.000 0.164
#> SRR1783001 3 0.0324 0.7590 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1783002 1 0.3215 0.7740 0.852 0.092 0.000 0.056 0.000
#> SRR1783003 5 0.5823 0.5704 0.004 0.132 0.252 0.000 0.612
#> SRR1783004 2 0.4818 0.4556 0.000 0.708 0.212 0.000 0.080
#> SRR1783005 2 0.4841 0.4289 0.208 0.708 0.000 0.000 0.084
#> SRR1783006 1 0.5674 0.5964 0.596 0.316 0.000 0.080 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 2 0.4345 0.7102 0.180 0.740 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR1782686 5 0.2416 0.8031 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1782687 2 0.4635 0.6901 0.180 0.720 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR1782688 2 0.3583 0.7686 0.260 0.728 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782690 1 0.3113 0.6069 0.856 0.048 0.024 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 5 0.2416 0.8031 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1782692 2 0.3309 0.7652 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.5027 -0.3810 0.496 0.008 0.052 0.000 0.444 0.000
#> SRR1782694 2 0.3441 0.6311 0.076 0.832 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1782696 1 0.3526 0.6681 0.792 0.020 0.172 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782697 2 0.3583 0.7686 0.260 0.728 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.5827 0.2812 0.440 0.456 0.032 0.000 0.064 0.008
#> SRR1782699 2 0.3508 0.7646 0.292 0.704 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782701 3 0.0603 0.9124 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782702 2 0.3583 0.7686 0.260 0.728 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782704 2 0.3441 0.6311 0.076 0.832 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0363 0.9570 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782709 2 0.3250 0.7632 0.196 0.788 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782711 5 0.3596 0.8965 0.232 0.004 0.016 0.000 0.748 0.000
#> SRR1782707 3 0.0547 0.9051 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782706 1 0.3302 0.6395 0.760 0.004 0.232 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782708 2 0.3441 0.6311 0.076 0.832 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1782712 4 0.0717 0.9527 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.3330 0.6011 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 6 0.4280 0.1309 0.008 0.008 0.000 0.428 0.000 0.556
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.2597 0.7733 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 6 0.1285 0.7560 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004 0.944
#> SRR1782719 1 0.5462 -0.2920 0.492 0.008 0.096 0.000 0.404 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.3398 0.6782 0.000 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1782726 3 0.1080 0.9021 0.032 0.004 0.960 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782722 1 0.3866 0.1432 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.3309 0.7652 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 6 0.2346 0.7169 0.000 0.008 0.000 0.124 0.000 0.868
#> SRR1782724 1 0.4966 0.5231 0.704 0.184 0.036 0.000 0.072 0.004
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.3224 0.6024 0.848 0.036 0.032 0.000 0.084 0.000
#> SRR1782729 3 0.1556 0.8741 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.3468 0.7671 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782732 4 0.0146 0.9618 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.3780 0.6668 0.788 0.024 0.156 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782734 2 0.3351 0.7653 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.3990 0.5962 0.784 0.128 0.020 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 6 0.3683 0.7403 0.004 0.160 0.000 0.000 0.052 0.784
#> SRR1782739 6 0.3683 0.7403 0.004 0.160 0.000 0.000 0.052 0.784
#> SRR1782740 3 0.0692 0.9107 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.3468 0.7670 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782743 1 0.4630 0.4055 0.660 0.276 0.056 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782744 2 0.3309 0.7652 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.3468 0.7671 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782747 2 0.3468 0.7671 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782750 3 0.3847 0.0907 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782751 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782752 3 0.2491 0.7846 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 5 0.3596 0.8965 0.232 0.004 0.016 0.000 0.748 0.000
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782754 5 0.3809 0.9029 0.240 0.004 0.024 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782755 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 1 0.4563 0.3838 0.656 0.284 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782758 1 0.3436 0.6285 0.812 0.004 0.128 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.3500 0.6718 0.828 0.048 0.096 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782762 4 0.0622 0.9552 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782760 6 0.2784 0.7093 0.008 0.012 0.000 0.132 0.000 0.848
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.3636 0.7511 0.320 0.676 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782765 3 0.1007 0.8984 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.3592 0.7330 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.4769 0.5269 0.712 0.204 0.048 0.000 0.012 0.024
#> SRR1782769 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 1 0.4455 0.5199 0.724 0.208 0.044 0.000 0.004 0.020
#> SRR1782770 3 0.3563 0.4713 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.4465 0.2326 0.628 0.332 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782771 1 0.3769 0.5295 0.640 0.004 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.2219 0.8239 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.3441 0.6311 0.076 0.832 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 6 0.5250 0.5175 0.048 0.344 0.000 0.000 0.032 0.576
#> SRR1782778 1 0.5186 0.4681 0.612 0.232 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.4635 0.6901 0.180 0.720 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR1782781 4 0.3398 0.6782 0.000 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1782779 6 0.4368 0.7311 0.028 0.164 0.000 0.000 0.060 0.748
#> SRR1782782 5 0.1910 0.7306 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1782784 1 0.3500 0.6273 0.768 0.000 0.204 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782783 1 0.3277 0.6038 0.824 0.000 0.084 0.000 0.092 0.000
#> SRR1782785 1 0.3345 0.6498 0.776 0.000 0.204 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782786 4 0.0363 0.9570 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.4926 0.6448 0.308 0.616 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1782789 4 0.0717 0.9527 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1782791 5 0.3927 0.8942 0.260 0.004 0.024 0.000 0.712 0.000
#> SRR1782792 6 0.2828 0.7316 0.008 0.024 0.000 0.100 0.004 0.864
#> SRR1782793 4 0.3398 0.6782 0.000 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1782794 5 0.3881 0.9009 0.252 0.004 0.024 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 1 0.3672 0.5856 0.688 0.000 0.304 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782800 1 0.3856 0.6598 0.816 0.064 0.072 0.000 0.044 0.004
#> SRR1782801 1 0.4527 0.2399 0.624 0.332 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782802 2 0.3715 0.6878 0.108 0.800 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR1782803 1 0.3834 0.6519 0.760 0.020 0.200 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.2260 0.8177 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0622 0.9552 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782807 4 0.3398 0.6782 0.000 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1782809 6 0.1285 0.7560 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004 0.944
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0717 0.9527 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1782813 6 0.4836 0.4365 0.052 0.380 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR1782814 6 0.4368 0.7311 0.028 0.164 0.000 0.000 0.060 0.748
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.4072 0.0970 0.448 0.000 0.544 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782818 1 0.3453 0.6756 0.828 0.044 0.104 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 6 0.4660 0.6999 0.012 0.108 0.000 0.000 0.168 0.712
#> SRR1782825 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782820 1 0.3816 0.6474 0.808 0.100 0.072 0.000 0.012 0.008
#> SRR1782822 6 0.2615 0.7267 0.008 0.012 0.000 0.104 0.004 0.872
#> SRR1782821 1 0.3581 0.5927 0.824 0.036 0.044 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782823 5 0.4223 0.8831 0.232 0.004 0.052 0.000 0.712 0.000
#> SRR1782826 6 0.4660 0.6999 0.012 0.108 0.000 0.000 0.168 0.712
#> SRR1782830 6 0.6427 0.1036 0.172 0.040 0.000 0.000 0.320 0.468
#> SRR1782828 1 0.4563 0.3856 0.656 0.284 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782829 6 0.4660 0.6999 0.012 0.108 0.000 0.000 0.168 0.712
#> SRR1782831 6 0.1945 0.7571 0.016 0.056 0.000 0.004 0.004 0.920
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 6 0.2481 0.7432 0.008 0.028 0.000 0.060 0.008 0.896
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0748 0.9097 0.016 0.004 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782839 3 0.0748 0.9097 0.016 0.004 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782840 6 0.4836 0.4365 0.052 0.380 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.3615 0.5943 0.700 0.000 0.292 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782841 6 0.4660 0.6999 0.012 0.108 0.000 0.000 0.168 0.712
#> SRR1782843 1 0.3429 0.6780 0.812 0.028 0.144 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782845 3 0.0508 0.9128 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.2219 0.8239 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0508 0.9134 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782850 1 0.4741 0.5322 0.716 0.200 0.048 0.000 0.012 0.024
#> SRR1782851 2 0.5350 0.6308 0.144 0.684 0.000 0.000 0.072 0.100
#> SRR1782852 6 0.1219 0.7539 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR1782853 2 0.4716 0.3601 0.048 0.716 0.000 0.000 0.048 0.188
#> SRR1782855 1 0.4146 0.5790 0.676 0.000 0.288 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782856 1 0.5178 0.4252 0.652 0.236 0.028 0.000 0.084 0.000
#> SRR1782854 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782857 6 0.4836 0.4365 0.052 0.380 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.3847 0.0907 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.5230 0.6488 0.140 0.688 0.000 0.000 0.048 0.124
#> SRR1782861 1 0.5396 0.1752 0.600 0.012 0.120 0.000 0.268 0.000
#> SRR1782862 1 0.6405 0.3503 0.564 0.084 0.104 0.000 0.240 0.008
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.5278 0.3969 0.644 0.252 0.032 0.000 0.068 0.004
#> SRR1782865 5 0.4223 0.8831 0.232 0.004 0.052 0.000 0.712 0.000
#> SRR1782867 6 0.3237 0.7366 0.008 0.044 0.000 0.104 0.004 0.840
#> SRR1782868 1 0.5016 0.5177 0.700 0.184 0.036 0.000 0.076 0.004
#> SRR1782872 5 0.3881 0.9009 0.252 0.004 0.024 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782874 2 0.5649 0.3009 0.444 0.460 0.024 0.000 0.068 0.004
#> SRR1782875 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782870 1 0.3979 0.5031 0.628 0.000 0.360 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782871 5 0.3809 0.9029 0.240 0.004 0.024 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782877 1 0.5480 0.0498 0.544 0.360 0.028 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782873 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782878 6 0.4660 0.6999 0.012 0.108 0.000 0.000 0.168 0.712
#> SRR1782879 6 0.1285 0.7560 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004 0.944
#> SRR1782880 1 0.3156 0.6600 0.800 0.000 0.180 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782883 5 0.3809 0.9027 0.240 0.004 0.024 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782881 5 0.5445 0.4857 0.416 0.004 0.104 0.000 0.476 0.000
#> SRR1782882 2 0.3633 0.7695 0.252 0.732 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3446 0.5360 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.5680 -0.1789 0.480 0.420 0.024 0.000 0.072 0.004
#> SRR1782887 3 0.3838 0.1224 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.4081 0.6529 0.800 0.080 0.068 0.000 0.048 0.004
#> SRR1782889 2 0.3634 0.7216 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.3543 0.6270 0.768 0.000 0.200 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782891 1 0.4465 0.2326 0.628 0.332 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782893 1 0.4465 0.2326 0.628 0.332 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782894 1 0.3177 0.6049 0.852 0.052 0.024 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782897 3 0.0713 0.9077 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.3652 0.7489 0.324 0.672 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782898 2 0.3563 0.7392 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.3493 0.5817 0.812 0.004 0.072 0.000 0.112 0.000
#> SRR1782899 2 0.3592 0.7330 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3276 0.6328 0.816 0.000 0.132 0.000 0.052 0.000
#> SRR1782903 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.5498 0.1696 0.592 0.016 0.120 0.000 0.272 0.000
#> SRR1782904 3 0.0713 0.9068 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.3286 0.6579 0.832 0.016 0.116 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782906 1 0.5480 -0.0904 0.512 0.396 0.024 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782908 1 0.3672 0.5856 0.688 0.000 0.304 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782909 2 0.4516 0.7439 0.276 0.668 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR1782911 2 0.5230 0.6488 0.140 0.688 0.000 0.000 0.048 0.124
#> SRR1782910 3 0.1556 0.8741 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.5476 0.4786 0.412 0.004 0.108 0.000 0.476 0.000
#> SRR1782913 1 0.5424 0.1992 0.592 0.008 0.136 0.000 0.264 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.3325 0.5998 0.820 0.000 0.084 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782916 6 0.4817 0.5295 0.056 0.320 0.000 0.000 0.008 0.616
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.1765 0.8618 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.0713 0.9077 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.3834 0.6519 0.760 0.020 0.200 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.4630 0.4055 0.660 0.276 0.056 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782923 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.3797 0.5897 0.692 0.000 0.292 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782926 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.3956 0.7101 0.136 0.776 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782927 3 0.1910 0.8510 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 1 0.4506 0.1998 0.616 0.344 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.4711 0.6785 0.236 0.684 0.004 0.000 0.008 0.068
#> SRR1782934 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.4394 0.7437 0.208 0.716 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1782936 1 0.3325 0.5998 0.820 0.000 0.084 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782937 2 0.3715 0.6878 0.108 0.800 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR1782939 2 0.3468 0.7671 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782940 1 0.3775 0.6733 0.816 0.060 0.092 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782941 1 0.4625 0.5695 0.736 0.144 0.032 0.000 0.088 0.000
#> SRR1782942 3 0.2219 0.8239 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.3881 0.9009 0.252 0.004 0.024 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782944 1 0.4359 0.6053 0.756 0.152 0.068 0.000 0.020 0.004
#> SRR1782947 3 0.3136 0.6795 0.004 0.000 0.768 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782948 2 0.3634 0.7216 0.356 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.3136 0.6795 0.004 0.000 0.768 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.4465 0.2326 0.628 0.332 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782953 2 0.3633 0.7695 0.252 0.732 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782951 3 0.0547 0.9051 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782954 6 0.3790 0.7440 0.028 0.116 0.000 0.000 0.052 0.804
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.5357 -0.0327 0.028 0.644 0.000 0.016 0.056 0.256
#> SRR1782957 3 0.1814 0.8586 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9632 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3266 0.6179 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.1610 0.8709 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3470 0.6294 0.740 0.000 0.248 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.4465 0.2326 0.628 0.332 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.1814 0.8586 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.3436 0.6285 0.812 0.004 0.128 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782970 4 0.0622 0.9552 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782971 6 0.4094 0.7433 0.020 0.148 0.000 0.004 0.052 0.776
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.3578 0.7369 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 6 0.4990 0.7008 0.028 0.164 0.000 0.000 0.112 0.696
#> SRR1782976 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.3468 0.7671 0.284 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782980 1 0.4332 0.5436 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782981 2 0.5357 -0.0327 0.028 0.644 0.000 0.016 0.056 0.256
#> SRR1782982 2 0.3752 0.6945 0.116 0.796 0.000 0.000 0.008 0.080
#> SRR1782985 2 0.3240 0.7694 0.244 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782983 3 0.3446 0.5360 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.3989 0.5287 0.468 0.528 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.3809 0.9027 0.240 0.004 0.024 0.000 0.732 0.000
#> SRR1782986 3 0.2597 0.7733 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1910 0.8510 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.3595 0.7659 0.288 0.704 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0622 0.9552 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1782992 1 0.2696 0.6567 0.856 0.000 0.116 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782993 2 0.3250 0.7632 0.196 0.788 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782995 3 0.0603 0.9124 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0146 0.9156 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3330 0.6011 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.3175 0.6263 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.3470 0.6672 0.792 0.020 0.176 0.000 0.012 0.000
#> SRR1783001 3 0.0603 0.9124 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1783002 6 0.2794 0.7533 0.004 0.104 0.000 0.020 0.008 0.864
#> SRR1783003 1 0.5462 -0.2920 0.492 0.008 0.096 0.000 0.404 0.000
#> SRR1783004 1 0.4371 0.1863 0.620 0.344 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.4485 0.6963 0.184 0.728 0.000 0.000 0.068 0.020
#> SRR1783006 2 0.5792 -0.1707 0.028 0.584 0.000 0.028 0.056 0.304
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.993 0.4044 0.592 0.592
#> 3 3 0.933 0.916 0.969 0.5451 0.624 0.443
#> 4 4 0.671 0.780 0.872 0.1611 0.796 0.520
#> 5 5 0.858 0.882 0.929 0.0763 0.918 0.712
#> 6 6 0.795 0.724 0.839 0.0452 0.947 0.769
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782687 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782688 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782692 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782696 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782695 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782703 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782705 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.0672 0.9744 0.008 0.992
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782712 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782714 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782719 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782726 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782727 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782728 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782734 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782739 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782742 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782744 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782745 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782749 1 0.0938 0.9857 0.988 0.012
#> SRR1782751 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.9993 0.0857 0.484 0.516
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782755 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782763 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782765 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782766 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782769 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782768 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782770 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782772 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782773 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782778 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782779 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782786 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782793 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782795 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782801 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782803 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782809 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.6148 0.8161 0.152 0.848
#> SRR1782815 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782819 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782825 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782826 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782828 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782843 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782850 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782852 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.9881 0.2469 0.436 0.564
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.1843 0.9558 0.028 0.972
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782875 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782873 1 0.7674 0.7039 0.776 0.224
#> SRR1782878 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782879 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782882 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782885 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782887 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782889 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782891 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782896 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782895 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782898 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782899 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782903 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782909 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.0672 0.9744 0.008 0.992
#> SRR1782910 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782919 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782923 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782925 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782926 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.9833 0.2827 0.424 0.576
#> SRR1782927 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782928 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782932 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782933 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782931 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782934 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782935 1 0.7299 0.7372 0.796 0.204
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782939 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782942 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782948 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782953 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782958 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782961 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782964 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782968 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782967 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782973 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782976 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782985 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782983 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782988 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782990 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0376 0.9777 0.004 0.996
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1783004 1 0.0000 0.9980 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.6148 0.8164 0.152 0.848
#> SRR1783006 2 0.0000 0.9801 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782686 3 0.0237 0.9627 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782687 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 2 0.0592 0.9441 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.6286 0.1290 0.000 0.464 0.536
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782699 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782711 3 0.6291 0.1149 0.000 0.468 0.532
#> SRR1782707 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 3 0.4399 0.7446 0.000 0.188 0.812
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782719 2 0.5678 0.5310 0.000 0.684 0.316
#> SRR1782720 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782724 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782728 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 2 0.6291 0.1127 0.000 0.532 0.468
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782732 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782731 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 2 0.6308 0.0738 0.492 0.508 0.000
#> SRR1782739 2 0.6308 0.0738 0.492 0.508 0.000
#> SRR1782740 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782746 3 0.0237 0.9627 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 2 0.5760 0.5058 0.000 0.672 0.328
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782761 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782762 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782779 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782782 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782783 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782785 3 0.4178 0.7667 0.000 0.172 0.828
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782789 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.0237 0.9627 0.000 0.004 0.996
#> SRR1782792 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 3 0.4555 0.7260 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 3 0.4121 0.7728 0.000 0.168 0.832
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0237 0.9791 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782810 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782815 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782818 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782819 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782821 2 0.2356 0.8792 0.000 0.928 0.072
#> SRR1782823 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782830 2 0.4555 0.7179 0.000 0.800 0.200
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.6286 0.1680 0.464 0.536 0.000
#> SRR1782834 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.3879 0.7962 0.152 0.848 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 2 0.6291 0.1553 0.468 0.532 0.000
#> SRR1782843 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782850 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.3116 0.8636 0.892 0.108 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782856 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782861 3 0.4654 0.7150 0.000 0.208 0.792
#> SRR1782862 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782865 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782872 3 0.0424 0.9588 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782874 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 3 0.0424 0.9588 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782877 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 2 0.6291 0.1553 0.468 0.532 0.000
#> SRR1782879 2 0.6308 0.0738 0.492 0.508 0.000
#> SRR1782880 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782883 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.4654 0.7150 0.000 0.208 0.792
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 3 0.6111 0.3396 0.000 0.396 0.604
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 2 0.6026 0.3928 0.000 0.624 0.376
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782906 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782913 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 2 0.4178 0.7482 0.000 0.828 0.172
#> SRR1782922 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782940 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782941 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 3 0.6286 0.1290 0.000 0.464 0.536
#> SRR1782944 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782947 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782955 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 1 0.6140 0.3057 0.596 0.404 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.4504 0.7335 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782970 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 1 0.5178 0.6304 0.744 0.256 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782981 2 0.6308 0.0227 0.492 0.508 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 3 0.0424 0.9588 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 2 0.0424 0.9481 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782993 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782997 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783000 3 0.4346 0.7501 0.000 0.184 0.816
#> SRR1783001 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783002 2 0.2796 0.8656 0.092 0.908 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9665 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 1 0.0000 0.9829 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.2011 0.7982 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.3074 0.8241 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782687 2 0.4643 0.5453 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.3764 0.7757 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1782692 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.2831 0.8267 0.876 0.004 0.120 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 1 0.4382 0.5506 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.4406 0.6023 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.4250 0.6460 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1782699 2 0.4916 0.3413 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.4605 0.5406 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.0592 0.7911 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782711 1 0.2760 0.8270 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1782707 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.3024 0.7709 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.4477 0.6640 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1782714 4 0.3280 0.8649 0.124 0.016 0.000 0.860
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.6972 0.4324 0.124 0.356 0.000 0.520
#> SRR1782719 1 0.3266 0.8086 0.876 0.084 0.040 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 4 0.4428 0.8347 0.124 0.068 0.000 0.808
#> SRR1782726 1 0.4855 0.5137 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782722 1 0.4661 0.6208 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.3497 0.8609 0.124 0.024 0.000 0.852
#> SRR1782724 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.3320 0.8140 0.876 0.068 0.056 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.4522 0.5693 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.6819 0.1800 0.124 0.564 0.000 0.312
#> SRR1782739 2 0.6801 0.1918 0.124 0.568 0.000 0.308
#> SRR1782740 1 0.4277 0.7099 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.4916 0.1986 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.3024 0.7675 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.4661 0.5174 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.3907 0.6273 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1782749 2 0.1118 0.7975 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.1118 0.7975 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0188 0.7637 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.4643 0.5252 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.4972 0.2496 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782760 4 0.4428 0.8347 0.124 0.068 0.000 0.808
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.1792 0.7988 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.4989 -0.0416 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4356 0.6145 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.4967 0.2622 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.5823 0.7090 0.704 0.120 0.176 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0817 0.7735 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.2704 0.7045 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.4985 0.2107 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.1389 0.7986 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.4428 0.8347 0.124 0.068 0.000 0.808
#> SRR1782779 2 0.3311 0.6920 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0469 0.7596 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.3356 0.8154 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782783 1 0.2760 0.8271 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1782785 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782789 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782792 4 0.5792 0.7434 0.124 0.168 0.000 0.708
#> SRR1782793 4 0.3787 0.8542 0.124 0.036 0.000 0.840
#> SRR1782794 1 0.2973 0.8254 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.4543 0.6581 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1782800 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782807 4 0.0188 0.9272 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782809 4 0.6949 0.4499 0.124 0.348 0.000 0.528
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.2281 0.7270 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1782814 2 0.3024 0.6997 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.4103 0.7456 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1782818 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.4431 0.5977 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.5834 0.7387 0.124 0.172 0.000 0.704
#> SRR1782821 1 0.3215 0.8054 0.876 0.092 0.032 0.000
#> SRR1782823 1 0.3764 0.7757 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1782826 1 0.4985 -0.1383 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0469 0.7596 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.4961 0.2739 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.4431 0.5977 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.5619 0.5327 0.124 0.724 0.000 0.152
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.3694 0.6801 0.124 0.844 0.000 0.032
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.2704 0.7045 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.3356 0.8154 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782841 2 0.5292 0.2572 0.480 0.512 0.000 0.008
#> SRR1782843 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782850 1 0.3311 0.7449 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.3311 0.6920 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782852 2 0.6972 0.0357 0.124 0.520 0.000 0.356
#> SRR1782853 2 0.2149 0.7328 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.3356 0.8154 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782856 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0817 0.7938 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.2704 0.7045 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.4624 0.6324 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1782860 2 0.3311 0.6920 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.2704 0.8270 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782862 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4072 0.6296 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.3764 0.7757 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1782867 4 0.5063 0.8032 0.124 0.108 0.000 0.768
#> SRR1782868 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782874 2 0.2921 0.7806 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.1211 0.7980 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.4193 0.7264 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1782871 1 0.3266 0.8198 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1782877 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.1118 0.7975 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.5285 -0.1504 0.524 0.468 0.000 0.008
#> SRR1782879 2 0.6827 0.1976 0.128 0.568 0.000 0.304
#> SRR1782880 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.3486 0.8047 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1782881 1 0.2868 0.8264 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782882 2 0.1474 0.7986 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.1022 0.9467 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782886 2 0.4661 0.5549 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1782887 1 0.4661 0.6208 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1782888 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.3356 0.8154 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782891 2 0.4967 0.2622 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.4955 0.2857 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.4356 0.6145 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.1637 0.7988 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.2704 0.8270 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782899 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782903 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.3323 0.8163 0.876 0.060 0.064 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.2868 0.7798 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.4661 0.6208 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1782909 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.4277 0.6191 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782913 1 0.3266 0.8195 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.3356 0.8154 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782916 2 0.2704 0.7045 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.4955 0.2857 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782926 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.1118 0.7975 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.4356 0.6145 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1211 0.7980 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.1792 0.7988 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.1118 0.7975 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.7850 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.2760 0.8270 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1782944 1 0.4776 0.2864 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR1782947 3 0.3528 0.7184 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1782948 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.4977 0.2370 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1389 0.7986 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.7084 0.2260 0.124 0.436 0.000 0.440
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.4215 0.6856 0.072 0.824 0.000 0.104
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.3486 0.7366 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.3219 0.7568 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5062 0.5764 0.692 0.284 0.024 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3958 0.8251 0.836 0.052 0.112 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.4989 0.1968 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.2704 0.8270 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.6972 0.0357 0.124 0.520 0.000 0.356
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.4382 0.6048 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.3486 0.7366 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.2921 0.7756 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.4961 -0.0406 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1782981 2 0.2149 0.7328 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0707 0.7756 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.4356 0.6145 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.3123 0.8233 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.2216 0.7968 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.2704 0.7902 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.1557 0.7546 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9853 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3356 0.8154 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782997 1 0.4327 0.7867 0.768 0.016 0.216 0.000
#> SRR1783000 1 0.3024 0.7709 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.4543 0.6443 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1783002 2 0.2704 0.7045 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1783003 1 0.3219 0.8214 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1783004 2 0.4454 0.5895 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0336 0.7815 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1783006 4 0.5751 0.7479 0.124 0.164 0.000 0.712
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782686 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782687 5 0.0162 0.8352 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782688 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782690 1 0.2304 0.8959 0.892 0.008 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.2909 0.8832 0.848 0.000 0.012 0.000 0.140
#> SRR1782692 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782693 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782694 2 0.3333 0.7046 0.004 0.788 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782696 1 0.3452 0.6555 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.0290 0.9028 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.4303 0.6931 0.192 0.752 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782699 2 0.1341 0.8792 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0404 0.9015 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.3398 0.6921 0.004 0.780 0.000 0.000 0.216
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0290 0.9917 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782709 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782711 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782707 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.3333 0.7046 0.004 0.788 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782712 4 0.0162 0.9942 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782714 5 0.3093 0.8130 0.008 0.000 0.000 0.168 0.824
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.1410 0.9308 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 5 0.2561 0.8347 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1782719 1 0.0404 0.9109 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 5 0.3013 0.8199 0.008 0.000 0.000 0.160 0.832
#> SRR1782726 1 0.2966 0.7599 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782725 5 0.3093 0.8130 0.008 0.000 0.000 0.168 0.824
#> SRR1782724 1 0.5218 0.5783 0.632 0.296 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.2462 0.8922 0.880 0.008 0.000 0.000 0.112
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.1197 0.8816 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0703 0.9086 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782736 1 0.4123 0.8202 0.788 0.108 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 5 0.2077 0.8509 0.000 0.008 0.000 0.084 0.908
#> SRR1782739 5 0.0609 0.8416 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782740 1 0.1571 0.8889 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782743 2 0.3366 0.7077 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9041 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0290 0.9028 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.1270 0.8789 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.3759 0.6902 0.764 0.016 0.220 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782751 2 0.2583 0.8040 0.004 0.864 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782752 3 0.1965 0.8999 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782754 1 0.2690 0.8758 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782755 2 0.0794 0.8940 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.2516 0.8073 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0693 0.9102 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0703 0.9086 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 5 0.2890 0.8210 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782767 2 0.4542 0.1046 0.456 0.536 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782769 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782768 2 0.0404 0.9015 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.2920 0.8459 0.132 0.016 0.852 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.2377 0.8185 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.1792 0.9110 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782775 2 0.4430 0.0553 0.004 0.540 0.000 0.000 0.456
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 5 0.2561 0.8332 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1782778 2 0.2561 0.8032 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782781 5 0.3013 0.8199 0.008 0.000 0.000 0.160 0.832
#> SRR1782779 5 0.1478 0.8523 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1782782 1 0.2690 0.8758 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782784 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.2305 0.8991 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR1782785 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.0290 0.9917 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782789 4 0.0162 0.9942 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782791 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782792 5 0.2561 0.8347 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1782793 5 0.3053 0.8166 0.008 0.000 0.000 0.164 0.828
#> SRR1782794 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9041 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.2377 0.8106 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782803 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.1410 0.9308 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0162 0.9942 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782807 4 0.2017 0.9013 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR1782809 5 0.2074 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 5 0.3766 0.6935 0.004 0.268 0.000 0.000 0.728
#> SRR1782814 5 0.2732 0.7931 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 5 0.0000 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782825 2 0.2536 0.8085 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782820 1 0.1750 0.9074 0.936 0.036 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782822 5 0.2561 0.8347 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1782821 1 0.2411 0.8933 0.884 0.008 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782823 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782826 5 0.0510 0.8237 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782830 1 0.2690 0.8758 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782828 2 0.2230 0.8300 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 5 0.0000 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782831 5 0.2561 0.8332 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 5 0.2561 0.8332 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.3305 0.7435 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1782840 5 0.2719 0.8320 0.004 0.144 0.000 0.000 0.852
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0510 0.8237 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782843 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.1908 0.9038 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0290 0.9679 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1782850 1 0.5655 0.5587 0.600 0.288 0.000 0.000 0.112
#> SRR1782851 5 0.2124 0.8491 0.004 0.096 0.000 0.000 0.900
#> SRR1782852 5 0.2818 0.8414 0.000 0.012 0.000 0.132 0.856
#> SRR1782853 5 0.3949 0.6397 0.004 0.300 0.000 0.000 0.696
#> SRR1782855 1 0.0404 0.9104 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.2843 0.8794 0.848 0.008 0.000 0.000 0.144
#> SRR1782854 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782857 5 0.3266 0.7861 0.004 0.200 0.000 0.000 0.796
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0898 0.9093 0.972 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782860 5 0.2011 0.8508 0.004 0.088 0.000 0.000 0.908
#> SRR1782861 1 0.0566 0.9104 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1782862 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.5270 0.6899 0.672 0.208 0.000 0.000 0.120
#> SRR1782865 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782867 5 0.2890 0.8210 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836
#> SRR1782868 1 0.2513 0.8909 0.876 0.008 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782872 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782874 2 0.1386 0.8971 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782875 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782870 1 0.0404 0.9104 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782877 1 0.3090 0.8808 0.856 0.040 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782873 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782878 5 0.0510 0.8237 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782879 5 0.0000 0.8354 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.2818 0.8867 0.856 0.000 0.012 0.000 0.132
#> SRR1782881 1 0.2771 0.8879 0.860 0.000 0.012 0.000 0.128
#> SRR1782882 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3305 0.7468 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1782886 2 0.4199 0.7084 0.180 0.764 0.000 0.000 0.056
#> SRR1782887 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.2411 0.8933 0.884 0.008 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782889 2 0.0290 0.9028 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.2471 0.8108 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.2074 0.8401 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.2411 0.8933 0.884 0.008 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0404 0.9015 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782898 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782899 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782902 1 0.0693 0.9102 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1782903 2 0.0290 0.9028 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0451 0.9114 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.5522 0.5261 0.600 0.308 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782908 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782911 5 0.1892 0.8517 0.004 0.080 0.000 0.000 0.916
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.2130 0.9021 0.908 0.000 0.012 0.000 0.080
#> SRR1782913 1 0.0693 0.9102 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.2305 0.8991 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR1782916 5 0.2719 0.8320 0.004 0.144 0.000 0.000 0.852
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.1965 0.8468 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0162 0.9036 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782924 1 0.0566 0.9105 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782929 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782927 3 0.1908 0.9038 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9041 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0404 0.9015 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782934 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782935 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782936 1 0.2305 0.8991 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR1782937 2 0.3398 0.6921 0.004 0.780 0.000 0.000 0.216
#> SRR1782939 2 0.1043 0.8886 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.2411 0.8933 0.884 0.008 0.000 0.000 0.108
#> SRR1782942 3 0.1043 0.9456 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782944 2 0.3612 0.6818 0.228 0.764 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782947 3 0.4054 0.6298 0.248 0.000 0.732 0.000 0.020
#> SRR1782948 2 0.0290 0.9028 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.2561 0.8032 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782951 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 5 0.2561 0.8347 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 5 0.4359 0.3855 0.004 0.412 0.000 0.000 0.584
#> SRR1782957 3 0.1851 0.9073 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0162 0.9036 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0162 0.9036 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3039 0.7405 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0865 0.9091 0.972 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.2561 0.8032 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.1410 0.9308 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 5 0.2818 0.8414 0.000 0.012 0.000 0.132 0.856
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 5 0.0162 0.8373 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782976 2 0.0290 0.9028 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.4161 0.3546 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.1732 0.8760 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1782981 5 0.4350 0.3968 0.004 0.408 0.000 0.000 0.588
#> SRR1782982 2 0.3333 0.7046 0.004 0.788 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782985 2 0.0671 0.9040 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782983 3 0.1908 0.9038 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0404 0.9015 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.2953 0.8812 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.1908 0.9038 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0510 0.9053 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.4443 -0.0127 0.004 0.524 0.000 0.000 0.472
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0912 0.9094 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0898 0.9093 0.972 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0794 0.9083 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.1043 0.9008 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1783002 5 0.2561 0.8332 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1783003 1 0.0693 0.9102 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1783004 2 0.0404 0.9015 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.3715 0.6161 0.004 0.736 0.000 0.000 0.260
#> SRR1783006 5 0.3064 0.8478 0.000 0.036 0.000 0.108 0.856
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 2 0.3168 0.7589 0.000 0.792 0.000 0.000 0.192 0.016
#> SRR1782686 5 0.3314 0.8366 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> SRR1782687 6 0.2631 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1782688 2 0.1610 0.8105 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1782690 5 0.3823 0.6300 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1782691 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782689 5 0.3309 0.8327 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782692 2 0.0260 0.8266 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782693 5 0.3288 0.8356 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1782694 2 0.4535 0.6528 0.000 0.704 0.000 0.000 0.152 0.144
#> SRR1782696 1 0.4781 0.3637 0.624 0.296 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782697 2 0.1204 0.8201 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.5570 0.5451 0.232 0.552 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1782699 2 0.3933 0.6501 0.248 0.716 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782701 3 0.3455 0.7998 0.180 0.000 0.784 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782702 2 0.1327 0.8178 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.4535 0.6528 0.000 0.704 0.000 0.000 0.152 0.144
#> SRR1782703 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0937 0.9650 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1782709 2 0.3025 0.7686 0.000 0.820 0.000 0.000 0.156 0.024
#> SRR1782711 5 0.3189 0.8244 0.236 0.000 0.000 0.000 0.760 0.004
#> SRR1782707 3 0.0865 0.8691 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782706 1 0.0520 0.6333 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782708 2 0.4569 0.6504 0.000 0.700 0.000 0.000 0.156 0.144
#> SRR1782712 4 0.1010 0.9642 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.0937 0.6338 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782714 6 0.1780 0.8806 0.000 0.000 0.000 0.028 0.048 0.924
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.3547 0.6576 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 6 0.0405 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1782719 1 0.3351 0.3473 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 6 0.1686 0.8857 0.000 0.000 0.000 0.012 0.064 0.924
#> SRR1782726 1 0.4114 0.4242 0.732 0.000 0.196 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782722 1 0.1092 0.6300 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0260 0.8266 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782725 6 0.1644 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040 0.932
#> SRR1782724 1 0.5925 -0.0197 0.464 0.256 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.3198 0.8373 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.3245 0.6877 0.228 0.764 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0260 0.8823 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782731 1 0.3126 0.4310 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 5 0.3955 0.5829 0.436 0.004 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1782737 3 0.2631 0.8070 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 6 0.0632 0.8998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782739 6 0.0632 0.8998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782740 1 0.3620 0.0923 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0458 0.8259 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782743 1 0.3854 -0.0483 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0146 0.8269 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.1204 0.8203 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.3445 0.6487 0.260 0.732 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782750 1 0.2402 0.5327 0.856 0.000 0.140 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782749 2 0.2219 0.7891 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782751 2 0.3883 0.7213 0.000 0.768 0.000 0.000 0.144 0.088
#> SRR1782752 3 0.3833 0.4644 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 5 0.3314 0.8355 0.256 0.000 0.000 0.000 0.740 0.004
#> SRR1782753 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782748 2 0.2260 0.7871 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782754 5 0.3240 0.8268 0.244 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004
#> SRR1782755 2 0.1910 0.7988 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.3774 0.4011 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.3464 0.3038 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.3371 0.3389 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 6 0.1049 0.8952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.032 0.960
#> SRR1782764 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0146 0.8823 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.4855 -0.0656 0.484 0.460 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.1814 0.8033 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 1 0.3862 -0.2853 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.3515 0.5618 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.1858 0.5805 0.912 0.076 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.3706 0.5836 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.5631 0.2638 0.000 0.508 0.000 0.000 0.168 0.324
#> SRR1782777 3 0.2882 0.8072 0.180 0.000 0.812 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782776 6 0.0820 0.8985 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012 0.972
#> SRR1782778 2 0.3774 0.3936 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.3168 0.7589 0.000 0.792 0.000 0.000 0.192 0.016
#> SRR1782781 6 0.1471 0.8888 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064 0.932
#> SRR1782779 6 0.0632 0.9008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782782 5 0.2964 0.7925 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004
#> SRR1782784 1 0.1501 0.6203 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782783 5 0.3684 0.7463 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782785 1 0.0547 0.6355 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1782786 4 0.1480 0.9494 0.000 0.000 0.000 0.940 0.040 0.020
#> SRR1782787 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782790 2 0.4331 0.7374 0.072 0.728 0.000 0.000 0.192 0.008
#> SRR1782789 4 0.1010 0.9642 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1782791 5 0.3360 0.8372 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> SRR1782792 6 0.0777 0.8978 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1782793 6 0.1867 0.8812 0.000 0.000 0.000 0.020 0.064 0.916
#> SRR1782794 5 0.3337 0.8372 0.260 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 1 0.1267 0.6244 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782800 1 0.3266 0.3644 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1782801 2 0.0865 0.8236 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.3641 0.7379 0.000 0.788 0.000 0.000 0.140 0.072
#> SRR1782803 1 0.1124 0.6324 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782804 3 0.1858 0.8512 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782805 3 0.3563 0.6519 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.1010 0.9642 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1782807 4 0.4008 0.7052 0.000 0.000 0.000 0.740 0.064 0.196
#> SRR1782809 6 0.0547 0.8994 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0260 0.9824 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782813 6 0.5421 0.3313 0.000 0.328 0.000 0.000 0.136 0.536
#> SRR1782814 6 0.1908 0.8674 0.000 0.056 0.000 0.000 0.028 0.916
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.0937 0.6338 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782818 1 0.2854 0.4643 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782824 6 0.0547 0.9008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782825 2 0.4003 0.7128 0.000 0.756 0.000 0.000 0.152 0.092
#> SRR1782820 1 0.3337 0.3776 0.736 0.004 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR1782822 6 0.0777 0.8978 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1782821 5 0.3747 0.7051 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1782823 5 0.3288 0.8324 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1782826 6 0.2730 0.7901 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1782830 5 0.3487 0.8076 0.224 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020
#> SRR1782828 2 0.3547 0.5499 0.332 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 6 0.0458 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782831 6 0.0146 0.9009 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 6 0.0405 0.9008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1782836 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.2854 0.7883 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.4403 -0.2621 0.508 0.000 0.468 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782840 6 0.2320 0.8465 0.000 0.004 0.000 0.000 0.132 0.864
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.0937 0.6338 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782841 6 0.0865 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782843 1 0.2915 0.5020 0.808 0.008 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1782845 3 0.3523 0.7979 0.180 0.000 0.780 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.3756 0.5492 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.3710 0.7097 0.292 0.000 0.696 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782850 1 0.5748 -0.0775 0.492 0.192 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1782851 6 0.3776 0.7862 0.000 0.052 0.000 0.000 0.188 0.760
#> SRR1782852 6 0.0291 0.9009 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782853 6 0.5648 0.1903 0.000 0.372 0.000 0.000 0.156 0.472
#> SRR1782855 1 0.1556 0.6173 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782856 5 0.3515 0.7615 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1782854 2 0.2730 0.7763 0.000 0.836 0.000 0.000 0.152 0.012
#> SRR1782857 6 0.4526 0.6770 0.000 0.164 0.000 0.000 0.132 0.704
#> SRR1782858 3 0.0260 0.8823 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782859 1 0.1225 0.6116 0.952 0.036 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 6 0.3555 0.7982 0.000 0.040 0.000 0.000 0.184 0.776
#> SRR1782861 1 0.3409 0.3216 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1782862 1 0.3189 0.4135 0.760 0.004 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 5 0.4437 0.5822 0.392 0.032 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1782865 5 0.3383 0.8310 0.268 0.000 0.000 0.000 0.728 0.004
#> SRR1782867 6 0.1010 0.8955 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> SRR1782868 5 0.3817 0.6233 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1782872 5 0.3360 0.8372 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> SRR1782874 2 0.5055 0.6808 0.160 0.652 0.000 0.000 0.184 0.004
#> SRR1782875 2 0.1556 0.8125 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1782870 1 0.1387 0.6198 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782871 5 0.3337 0.8357 0.260 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR1782877 5 0.3961 0.5836 0.440 0.004 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1782873 2 0.2300 0.7856 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1782878 6 0.0937 0.8983 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782879 6 0.0632 0.8998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782880 1 0.3175 0.4023 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1782883 5 0.3309 0.8327 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782881 5 0.3390 0.8204 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1782882 2 0.1204 0.8191 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782884 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782885 1 0.3991 -0.2682 0.524 0.000 0.472 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782886 2 0.5571 0.5512 0.228 0.552 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1782887 1 0.0622 0.6273 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.3833 0.6210 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1782889 2 0.1141 0.8211 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782890 1 0.1327 0.6241 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1782891 2 0.3515 0.5618 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.2969 0.6980 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.3823 0.6268 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1782897 3 0.3078 0.8000 0.192 0.000 0.796 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782896 2 0.1327 0.8178 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0363 0.8263 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782901 5 0.3198 0.8373 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.3843 -0.2461 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1782903 2 0.1141 0.8210 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.3351 0.3437 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.2996 0.4518 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1782906 5 0.5099 0.4265 0.424 0.080 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1782908 1 0.1225 0.6325 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036 0.000
#> SRR1782909 2 0.2416 0.7851 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1782911 6 0.3450 0.8023 0.000 0.032 0.000 0.000 0.188 0.780
#> SRR1782910 3 0.0363 0.8803 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.3309 0.8327 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782913 1 0.3409 0.3330 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1782915 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782914 5 0.3309 0.8327 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1782916 6 0.2191 0.8535 0.000 0.004 0.000 0.000 0.120 0.876
#> SRR1782918 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782919 3 0.2912 0.7827 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.4149 0.7531 0.216 0.000 0.720 0.000 0.064 0.000
#> SRR1782917 1 0.1757 0.6135 0.916 0.008 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.3351 0.6187 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0865 0.8235 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.1387 0.6220 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.1204 0.8194 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782927 3 0.3843 0.4466 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1327 0.8178 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1204 0.8191 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.1387 0.8161 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782936 5 0.3288 0.8350 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1782937 2 0.4465 0.6586 0.000 0.712 0.000 0.000 0.144 0.144
#> SRR1782939 2 0.3983 0.6978 0.208 0.736 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782940 1 0.2854 0.4643 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1782941 5 0.3797 0.6541 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR1782942 3 0.3151 0.7504 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.3215 0.8267 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756 0.004
#> SRR1782944 2 0.4795 0.4789 0.324 0.604 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1782947 5 0.5831 0.1866 0.196 0.000 0.348 0.000 0.456 0.000
#> SRR1782948 2 0.1204 0.8203 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.2762 0.7315 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1782952 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782950 2 0.3782 0.3822 0.412 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.1267 0.8183 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1782951 3 0.2562 0.7551 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1782954 6 0.0291 0.9009 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.5634 -0.0178 0.000 0.436 0.000 0.000 0.148 0.416
#> SRR1782957 3 0.3843 0.4471 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0865 0.8235 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782961 2 0.0865 0.8235 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.2664 0.4890 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.2912 0.7827 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.1204 0.6311 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782965 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782966 2 0.3847 0.2630 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.3531 0.6635 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.2941 0.4760 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 6 0.0291 0.9009 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1782972 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782975 6 0.0547 0.9008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1782976 2 0.1204 0.8201 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782979 2 0.5142 0.2040 0.428 0.488 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1782980 1 0.4050 0.4236 0.752 0.000 0.096 0.000 0.152 0.000
#> SRR1782981 6 0.5631 0.0930 0.000 0.408 0.000 0.000 0.148 0.444
#> SRR1782982 2 0.4638 0.6373 0.000 0.692 0.000 0.000 0.152 0.156
#> SRR1782985 2 0.2219 0.7916 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782983 3 0.3857 0.4092 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.1327 0.8178 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.3360 0.8372 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> SRR1782986 3 0.2854 0.7883 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.3843 0.4470 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.8269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0363 0.8818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9870 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.3151 0.4199 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1782993 2 0.5507 0.3331 0.000 0.536 0.000 0.000 0.156 0.308
#> SRR1782995 3 0.3230 0.7874 0.212 0.000 0.776 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.1556 0.8568 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.8830 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0937 0.6338 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782997 1 0.0520 0.6333 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1783000 1 0.0547 0.6261 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.2703 0.4968 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172 0.000
#> SRR1783002 6 0.0858 0.8992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028 0.968
#> SRR1783003 1 0.3659 0.1556 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1783004 2 0.1327 0.8178 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.5095 0.5636 0.000 0.632 0.000 0.000 0.184 0.184
#> SRR1783006 6 0.1644 0.8861 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.993 0.954 0.982 0.4998 0.501 0.501
#> 3 3 0.939 0.916 0.966 0.2713 0.812 0.643
#> 4 4 0.890 0.867 0.947 0.1249 0.909 0.752
#> 5 5 0.862 0.715 0.849 0.0581 0.935 0.781
#> 6 6 0.903 0.871 0.935 0.0361 0.933 0.746
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782687 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782696 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.9686 0.344 0.396 0.604
#> SRR1782695 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782699 2 0.8499 0.619 0.276 0.724
#> SRR1782701 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.9754 0.310 0.592 0.408
#> SRR1782704 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782703 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782705 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782714 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782719 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782726 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782724 2 0.0672 0.977 0.008 0.992
#> SRR1782728 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.6438 0.802 0.164 0.836
#> SRR1782732 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782736 2 0.6887 0.772 0.184 0.816
#> SRR1782737 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782739 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782743 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782747 2 0.8081 0.671 0.248 0.752
#> SRR1782750 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.1184 0.964 0.984 0.016
#> SRR1782755 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1782756 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782765 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782767 1 0.9850 0.255 0.572 0.428
#> SRR1782769 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782768 1 0.9686 0.344 0.604 0.396
#> SRR1782770 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782772 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782778 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782781 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782779 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782782 2 0.5842 0.833 0.140 0.860
#> SRR1782784 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782786 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782789 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782793 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782795 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782803 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782806 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782809 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782819 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782826 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782830 1 0.9933 0.184 0.548 0.452
#> SRR1782828 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782843 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782851 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782852 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.9881 0.231 0.564 0.436
#> SRR1782854 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782858 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782866 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.1184 0.964 0.984 0.016
#> SRR1782873 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782878 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782879 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782885 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782886 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782887 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782891 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.9933 0.172 0.452 0.548
#> SRR1782895 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782906 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782908 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782911 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782910 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782919 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR1782925 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782924 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782927 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.6623 0.791 0.172 0.828
#> SRR1782933 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782942 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR1782947 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.4298 0.896 0.088 0.912
#> SRR1782960 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782962 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782964 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782968 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782967 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782976 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1782977 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.8443 0.620 0.728 0.272
#> SRR1782980 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782983 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.9833 0.263 0.576 0.424
#> SRR1782984 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782988 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1782995 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1783004 1 0.9732 0.322 0.596 0.404
#> SRR1783005 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1783006 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 1 0.6095 0.316 0.608 0.392 0.000
#> SRR1782686 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782694 2 0.6111 0.408 0.396 0.604 0.000
#> SRR1782696 3 0.6180 0.248 0.000 0.416 0.584
#> SRR1782697 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 1 0.4702 0.697 0.788 0.212 0.000
#> SRR1782699 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.6126 0.398 0.400 0.600 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.6204 0.333 0.424 0.576 0.000
#> SRR1782711 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782707 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782708 2 0.6192 0.344 0.420 0.580 0.000
#> SRR1782712 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782720 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782724 2 0.6513 0.389 0.400 0.592 0.008
#> SRR1782728 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782732 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782731 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.7880 0.476 0.636 0.268 0.096
#> SRR1782737 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782739 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0424 0.904 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782744 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782749 2 0.4555 0.741 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782751 2 0.6126 0.398 0.400 0.600 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782746 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782753 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.4555 0.741 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782754 1 0.1753 0.888 0.952 0.000 0.048
#> SRR1782755 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782761 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782762 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.4808 0.714 0.008 0.804 0.188
#> SRR1782769 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.5968 0.395 0.636 0.364 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782779 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.1529 0.897 0.960 0.000 0.040
#> SRR1782784 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782783 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782785 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782786 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 1 0.5948 0.405 0.640 0.360 0.000
#> SRR1782789 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782792 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782795 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.4555 0.741 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782810 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782815 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782818 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782819 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 1 0.5926 0.415 0.644 0.356 0.000
#> SRR1782820 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782822 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782821 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782823 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782834 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782850 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782853 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.6126 0.398 0.400 0.600 0.000
#> SRR1782857 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782860 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 3 0.5431 0.609 0.284 0.000 0.716
#> SRR1782872 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782874 1 0.5948 0.405 0.640 0.360 0.000
#> SRR1782875 2 0.4555 0.741 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782877 3 0.1163 0.964 0.028 0.000 0.972
#> SRR1782873 2 0.4702 0.726 0.212 0.788 0.000
#> SRR1782878 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782880 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782883 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782882 2 0.4555 0.741 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 1 0.5968 0.395 0.636 0.364 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782906 1 0.6154 0.267 0.592 0.408 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.6126 0.398 0.400 0.600 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782913 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782922 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 1 0.5529 0.551 0.704 0.296 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.4555 0.741 0.200 0.800 0.000
#> SRR1782936 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782937 2 0.6126 0.398 0.400 0.600 0.000
#> SRR1782939 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782940 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782941 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782944 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782947 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.6126 0.398 0.400 0.600 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782955 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 1 0.6126 0.292 0.600 0.400 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782970 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782981 1 0.4750 0.691 0.784 0.216 0.000
#> SRR1782982 1 0.4555 0.715 0.800 0.200 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782993 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782997 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783000 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783001 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783002 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.995 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 4 0.5244 0.3929 0.388 0.012 0.000 0.600
#> SRR1782686 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 4 0.3311 0.7800 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1782688 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.4454 0.5885 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1782694 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782696 3 0.4817 0.3365 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1782697 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 4 0.4730 0.4658 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1782699 2 0.1022 0.8518 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.4941 0.3125 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1782711 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.4925 0.3351 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1782712 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 3 0.4916 0.2283 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782740 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.3610 0.6522 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1782744 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.3610 0.7296 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782751 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782752 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.3610 0.7296 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782754 1 0.5203 0.4458 0.636 0.000 0.016 0.348
#> SRR1782755 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.1716 0.8188 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.4992 0.0906 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 4 0.3801 0.6874 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782781 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782779 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 3 0.0817 0.9492 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 3 0.1716 0.9059 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1782786 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 4 0.4730 0.4658 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1782789 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.4730 0.4884 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782792 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782793 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 1 0.0469 0.8540 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782800 3 0.4855 0.2988 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.3610 0.7296 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782807 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782813 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782818 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782825 4 0.3610 0.7202 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1782820 3 0.3486 0.7362 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1782822 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 4 0.2973 0.8132 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1782830 1 0.3942 0.6375 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1782828 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782831 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782841 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782850 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782851 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782853 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782855 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782857 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782860 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782861 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.3688 0.6410 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1782865 1 0.1211 0.8380 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782867 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.4855 0.4087 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782874 4 0.4730 0.4658 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1782875 2 0.3610 0.7296 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.4730 0.4884 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.4431 0.5921 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782878 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.4955 0.2111 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1782883 1 0.4356 0.6125 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1782881 3 0.1637 0.9089 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1782882 2 0.3610 0.7296 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4746 0.3090 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 3 0.4855 0.2988 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782911 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 3 0.0336 0.9654 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1782913 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 4 0.4277 0.5727 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1782934 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.3610 0.7296 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782936 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782939 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.8598 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.4585 0.4259 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.4776 0.4657 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0921 0.9450 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.4855 0.4088 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1782951 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 4 0.4843 0.2737 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 3 0.4855 0.2988 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.2589 0.7591 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782971 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 2 0.4855 0.2671 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782981 4 0.3610 0.7202 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1782982 4 0.3074 0.7902 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1782985 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.3400 0.7364 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782992 3 0.4855 0.2988 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1782993 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782997 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783000 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783001 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783002 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783006 4 0.0000 0.9575 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.5230 0.0792 0.504 0.000 0.000 0.044 0.452
#> SRR1782686 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782687 4 0.2280 0.8466 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1782688 1 0.2329 0.3985 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 5 0.0000 0.6127 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782692 1 0.2561 0.3790 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782694 1 0.0510 0.4573 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782696 3 0.4326 0.5791 0.264 0.028 0.708 0.000 0.000
#> SRR1782697 2 0.4291 0.7034 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.5289 0.0752 0.500 0.000 0.000 0.048 0.452
#> SRR1782699 1 0.5346 0.0841 0.496 0.052 0.000 0.000 0.452
#> SRR1782701 3 0.2280 0.8511 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1782702 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 1 0.0510 0.4573 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 1 0.1648 0.4545 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR1782711 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782707 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782706 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.1012 0.4559 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1782712 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782714 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 1 0.2561 0.3790 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782724 5 0.4306 -0.0544 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 5 0.0404 0.6188 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 3 0.4430 0.3486 0.004 0.000 0.540 0.000 0.456
#> SRR1782734 1 0.4161 -0.3966 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 5 0.3480 0.3838 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 1 0.2561 0.3790 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.5103 0.6437 0.452 0.512 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782744 1 0.2561 0.3779 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782749 1 0.2873 0.4019 0.856 0.128 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782751 1 0.3159 0.4235 0.856 0.056 0.000 0.088 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 1 0.2873 0.4019 0.856 0.128 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782754 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782755 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 5 0.3305 0.4092 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.4307 0.6499 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.4307 0.6499 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.6667 0.2592 0.348 0.416 0.236 0.000 0.000
#> SRR1782769 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.3612 0.3683 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 4 0.4283 0.3012 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR1782781 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782779 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782782 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782784 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 5 0.0404 0.6188 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1782785 3 0.4101 0.5171 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1782786 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.5230 0.0792 0.504 0.000 0.000 0.044 0.452
#> SRR1782789 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782791 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782792 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782793 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782794 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 3 0.4256 0.3975 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1782801 2 0.4307 0.6499 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 1 0.2873 0.4019 0.856 0.128 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782803 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782807 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782809 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782813 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782818 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.1851 0.8787 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782824 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782825 1 0.4171 0.2588 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1782820 3 0.4863 0.6059 0.000 0.056 0.672 0.000 0.272
#> SRR1782822 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782821 5 0.0510 0.6205 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782823 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782826 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782830 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782828 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782831 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 4 0.3305 0.6925 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1782851 4 0.2329 0.8423 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1782852 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782853 4 0.3913 0.5258 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1782855 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 5 0.0510 0.6043 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782854 1 0.0510 0.4573 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782857 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782861 3 0.1908 0.8754 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782862 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 5 0.5422 0.3237 0.144 0.000 0.000 0.196 0.660
#> SRR1782865 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782867 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782868 5 0.4517 0.7614 0.012 0.388 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782872 5 0.4425 0.7821 0.000 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR1782874 1 0.4811 0.0990 0.528 0.000 0.000 0.020 0.452
#> SRR1782875 1 0.2873 0.4019 0.856 0.128 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782877 5 0.2561 0.5046 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1782873 1 0.2873 0.4019 0.856 0.128 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782878 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782880 3 0.4443 0.3115 0.004 0.000 0.524 0.000 0.472
#> SRR1782883 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782881 2 0.6377 -0.6324 0.000 0.452 0.168 0.000 0.380
#> SRR1782882 1 0.2966 0.3919 0.848 0.136 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4637 0.1048 0.536 0.000 0.000 0.012 0.452
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.4256 0.7811 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1782889 2 0.4304 0.6764 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.0000 0.6127 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 1 0.3636 0.0369 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782899 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.3300 0.7612 0.000 0.204 0.792 0.000 0.004
#> SRR1782903 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 3 0.4430 0.3486 0.004 0.000 0.540 0.000 0.456
#> SRR1782906 5 0.3561 0.3662 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 1 0.0566 0.4562 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782911 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 2 0.6637 -0.5025 0.000 0.452 0.280 0.000 0.268
#> SRR1782913 3 0.2074 0.8652 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1782915 3 0.3003 0.7837 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782914 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782916 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782917 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.4307 0.6499 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.4307 0.6499 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 1 0.3336 0.1857 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 4 0.4341 0.1817 0.404 0.004 0.000 0.592 0.000
#> SRR1782934 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 1 0.2966 0.3919 0.848 0.136 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782936 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782937 1 0.3159 0.4235 0.856 0.056 0.000 0.088 0.000
#> SRR1782939 1 0.4278 0.1120 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1782940 3 0.2179 0.8570 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1782941 5 0.0290 0.6086 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782944 5 0.6264 -0.0562 0.148 0.400 0.000 0.000 0.452
#> SRR1782947 5 0.5230 0.7465 0.000 0.452 0.044 0.000 0.504
#> SRR1782948 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 2 0.6581 -0.4539 0.000 0.452 0.324 0.000 0.224
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 1 0.3346 0.4145 0.844 0.064 0.000 0.092 0.000
#> SRR1782951 2 0.6512 -0.4299 0.000 0.452 0.348 0.000 0.200
#> SRR1782954 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 1 0.3143 0.3899 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.3109 0.7705 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.1544 0.8867 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 3 0.4273 0.3733 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.4307 0.6499 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.5693 0.0780 0.468 0.080 0.000 0.000 0.452
#> SRR1782980 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 1 0.4171 0.2588 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1782982 1 0.4300 -0.0087 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR1782985 1 0.0794 0.4489 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.4278 0.7854 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 1 0.4307 -0.6665 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 3 0.4268 0.3814 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1782993 4 0.4300 0.2509 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.9441 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.4278 0.7226 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 4 0.4283 0.3012 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR1783006 4 0.0000 0.9637 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.1863 0.761 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782686 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782687 4 0.0520 0.977 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782688 6 0.1745 0.819 0.020 0.056 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782690 1 0.2969 0.680 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1782691 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782689 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782692 6 0.1349 0.819 0.004 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1782693 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782694 6 0.0891 0.831 0.024 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782696 2 0.4480 0.371 0.044 0.648 0.304 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782697 2 0.1333 0.808 0.008 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782695 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.2805 0.696 0.812 0.000 0.000 0.004 0.000 0.184
#> SRR1782699 1 0.1075 0.783 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782701 3 0.1349 0.924 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1782702 2 0.0363 0.835 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782704 6 0.0891 0.831 0.024 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782703 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 6 0.0790 0.826 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782711 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782707 3 0.2668 0.811 0.000 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1782706 3 0.2322 0.888 0.064 0.036 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782708 6 0.0858 0.829 0.028 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782712 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.1787 0.911 0.068 0.004 0.920 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782714 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782719 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 6 0.1327 0.816 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1782725 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782724 1 0.0632 0.786 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782728 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.3288 0.629 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.0260 0.837 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782732 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.3152 0.675 0.792 0.008 0.196 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.3782 0.498 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1782736 1 0.0547 0.786 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782737 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782739 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.2520 0.830 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1782741 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 6 0.2003 0.760 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1782743 2 0.0837 0.819 0.020 0.972 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782744 6 0.3819 0.463 0.020 0.280 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1782745 2 0.0547 0.837 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782747 2 0.0260 0.837 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782750 3 0.0862 0.950 0.016 0.004 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782749 6 0.0790 0.833 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782751 6 0.0632 0.835 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782752 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782746 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782753 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782748 6 0.0632 0.835 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782754 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.2442 0.838 0.000 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1782761 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.3513 0.686 0.792 0.008 0.176 0.000 0.020 0.004
#> SRR1782762 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.3547 0.651 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1782765 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782767 6 0.5994 0.118 0.000 0.244 0.332 0.000 0.000 0.424
#> SRR1782769 2 0.3531 0.657 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1782768 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782770 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.0632 0.949 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782775 6 0.0891 0.831 0.024 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782777 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782776 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0603 0.824 0.016 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782780 6 0.4224 0.460 0.028 0.000 0.000 0.340 0.000 0.632
#> SRR1782781 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782779 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782782 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782784 3 0.1757 0.907 0.076 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782783 1 0.3547 0.590 0.696 0.000 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR1782785 3 0.4387 0.301 0.392 0.016 0.584 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782786 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.2442 0.838 0.000 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1782790 1 0.2664 0.698 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782789 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.3804 0.505 0.656 0.000 0.336 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782801 2 0.3464 0.674 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1782802 6 0.1007 0.829 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1782803 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782807 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 6 0.3810 0.289 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1782814 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782818 3 0.2420 0.887 0.068 0.032 0.892 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782819 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.1082 0.937 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1782824 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 6 0.0909 0.835 0.000 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> SRR1782820 3 0.4737 0.401 0.344 0.012 0.612 0.000 0.024 0.008
#> SRR1782822 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782821 1 0.3578 0.537 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1782823 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782826 4 0.0858 0.962 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR1782830 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 4 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782833 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782843 3 0.1793 0.916 0.032 0.036 0.928 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782845 3 0.2520 0.830 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1782844 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782848 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782850 4 0.2697 0.771 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1782851 4 0.1003 0.958 0.016 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1782852 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782853 6 0.3482 0.514 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1782855 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782856 1 0.1387 0.771 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1782854 6 0.0520 0.834 0.008 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1782857 4 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1782858 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.1478 0.929 0.020 0.032 0.944 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782860 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 3 0.1082 0.937 0.000 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1782862 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.1829 0.774 0.928 0.000 0.000 0.028 0.036 0.008
#> SRR1782865 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782867 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 5 0.3482 0.559 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1782872 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.2883 0.666 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1782875 6 0.1267 0.820 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1782870 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.1049 0.783 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1782873 6 0.0632 0.835 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782878 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782879 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.3152 0.675 0.792 0.008 0.196 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782883 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782881 5 0.0937 0.904 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1782882 6 0.1267 0.820 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1782884 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.1444 0.776 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1782887 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 5 0.0937 0.921 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1782889 2 0.2527 0.769 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1782892 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782890 3 0.0806 0.949 0.020 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782891 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.2793 0.700 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1782897 3 0.0260 0.961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782896 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782895 6 0.3499 0.373 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1782898 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782900 3 0.2442 0.838 0.000 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1782901 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782902 3 0.2913 0.792 0.004 0.000 0.812 0.000 0.180 0.004
#> SRR1782903 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782905 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.3152 0.675 0.792 0.008 0.196 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782906 1 0.0806 0.786 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1782908 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 6 0.0891 0.831 0.024 0.008 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1782911 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.0790 0.916 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782913 3 0.1219 0.931 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1782915 3 0.2234 0.860 0.000 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1782914 5 0.0935 0.927 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1782916 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.2442 0.838 0.000 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1782917 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782925 2 0.3531 0.657 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1782924 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782929 6 0.1957 0.773 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1782927 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.3482 0.671 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1782932 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782933 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 6 0.3336 0.716 0.000 0.056 0.000 0.132 0.000 0.812
#> SRR1782934 2 0.3547 0.651 0.000 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1782935 6 0.1267 0.820 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1782936 5 0.0935 0.927 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR1782937 6 0.0632 0.835 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782939 1 0.3126 0.621 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1782940 3 0.3463 0.778 0.160 0.032 0.800 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782941 1 0.2454 0.730 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1782942 3 0.0146 0.962 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.1074 0.782 0.960 0.028 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782947 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.3464 0.675 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1782949 5 0.2378 0.700 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1782952 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782950 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 6 0.1267 0.820 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1782951 5 0.2730 0.622 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1782954 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 6 0.0820 0.836 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> SRR1782957 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.2520 0.830 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1782959 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782960 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782961 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782962 2 0.3702 0.581 0.044 0.784 0.164 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782964 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.3779 0.581 0.708 0.008 0.276 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782965 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 3 0.1584 0.917 0.064 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782970 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782974 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782975 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782977 3 0.0291 0.961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782979 1 0.0458 0.786 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782980 3 0.0291 0.961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782981 6 0.0972 0.831 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.964
#> SRR1782982 6 0.1333 0.819 0.000 0.008 0.000 0.048 0.000 0.944
#> SRR1782985 6 0.1908 0.776 0.096 0.004 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1782983 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0146 0.838 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782984 5 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.3499 0.668 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1782991 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.3779 0.581 0.708 0.008 0.276 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782993 6 0.3748 0.513 0.012 0.000 0.000 0.300 0.000 0.688
#> SRR1782995 3 0.0146 0.962 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782994 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 3 0.1787 0.911 0.068 0.004 0.920 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782997 3 0.1933 0.909 0.044 0.032 0.920 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783000 3 0.1938 0.909 0.040 0.036 0.920 0.000 0.000 0.004
#> SRR1783001 3 0.0291 0.961 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1783002 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783004 2 0.0363 0.838 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783005 6 0.4283 0.374 0.024 0.000 0.000 0.384 0.000 0.592
#> SRR1783006 4 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.677 0.884 0.923 0.4356 0.512 0.512
#> 3 3 0.966 0.929 0.972 0.3855 0.635 0.427
#> 4 4 0.914 0.898 0.958 0.2102 0.776 0.496
#> 5 5 0.904 0.840 0.916 0.0546 0.945 0.803
#> 6 6 0.813 0.856 0.910 0.0434 0.956 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782686 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782687 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782688 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782690 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782691 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782693 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.8327 0.7442 0.264 0.736
#> SRR1782696 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782695 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.9608 0.6591 0.384 0.616
#> SRR1782699 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782701 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.7299 0.7619 0.204 0.796
#> SRR1782703 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782705 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782711 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782712 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782714 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782719 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782726 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782725 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782728 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782729 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782736 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782737 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0938 0.8018 0.012 0.988
#> SRR1782739 2 0.7602 0.7577 0.220 0.780
#> SRR1782740 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782743 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782745 2 0.9552 0.6730 0.376 0.624
#> SRR1782747 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782751 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782752 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782753 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782754 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782755 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782762 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782765 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782767 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782768 1 0.1633 0.9617 0.976 0.024
#> SRR1782770 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782772 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782775 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782777 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782778 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782781 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782779 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782782 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782786 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782789 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782792 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782793 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782795 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.9552 0.6730 0.376 0.624
#> SRR1782802 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782803 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782806 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782809 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782814 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782815 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782819 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.7950 0.7518 0.240 0.760
#> SRR1782825 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782820 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782826 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782830 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782828 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782833 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782843 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782850 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782852 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782857 2 0.0376 0.8031 0.004 0.996
#> SRR1782858 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782861 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.5408 0.8079 0.876 0.124
#> SRR1782865 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782874 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782875 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782870 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782878 2 0.0376 0.8031 0.004 0.996
#> SRR1782879 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782884 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782885 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782886 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782887 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782892 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782891 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782896 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782898 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782900 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782902 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.9922 0.5256 0.448 0.552
#> SRR1782905 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782911 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782910 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782919 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.9661 0.6442 0.392 0.608
#> SRR1782925 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782924 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782929 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782927 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782932 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782933 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782934 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782935 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782936 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.5842 0.7771 0.140 0.860
#> SRR1782939 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782940 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782942 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 1.0000 0.3987 0.496 0.504
#> SRR1782949 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782951 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782957 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782958 1 0.9922 -0.2205 0.552 0.448
#> SRR1782960 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 1.0000 0.3868 0.500 0.500
#> SRR1782962 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782964 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782965 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782968 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782967 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782974 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782976 1 0.9775 -0.0734 0.588 0.412
#> SRR1782977 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782980 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782985 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782983 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.0672 0.9827 0.992 0.008
#> SRR1782984 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782986 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782988 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782991 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1782995 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1783004 1 0.0000 0.9927 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.9358 0.7117 0.352 0.648
#> SRR1783006 2 0.0000 0.8036 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782686 2 0.4346 0.7706 0.000 0.816 0.184
#> SRR1782687 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782690 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782693 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782696 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782697 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782699 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782702 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782711 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782707 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782706 2 0.6095 0.3771 0.000 0.608 0.392
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782712 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782714 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 2 0.6305 0.0426 0.484 0.516 0.000
#> SRR1782719 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782720 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782725 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782724 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782728 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782732 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782731 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782736 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 2 0.3752 0.8133 0.144 0.856 0.000
#> SRR1782739 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782741 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0747 0.9493 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782744 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782746 3 0.2448 0.8909 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782754 2 0.1529 0.9336 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782756 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782758 3 0.2356 0.8955 0.000 0.072 0.928
#> SRR1782761 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782762 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.1529 0.9314 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.1031 0.9416 0.024 0.976 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.1411 0.9364 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782780 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782781 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782779 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782782 2 0.1289 0.9391 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782784 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782783 2 0.6062 0.3986 0.000 0.616 0.384
#> SRR1782785 2 0.5859 0.4942 0.000 0.656 0.344
#> SRR1782786 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782790 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782789 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.4887 0.6804 0.000 0.228 0.772
#> SRR1782792 1 0.0892 0.9605 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782793 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782794 2 0.5529 0.5973 0.000 0.704 0.296
#> SRR1782795 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782800 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782803 2 0.4452 0.7594 0.000 0.808 0.192
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.5859 0.4725 0.656 0.344 0.000
#> SRR1782810 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782815 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782818 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782819 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782824 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782820 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.0892 0.9605 0.980 0.020 0.000
#> SRR1782821 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782823 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782826 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782830 2 0.0592 0.9516 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.1163 0.9385 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782834 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.1163 0.9385 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782833 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782841 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782843 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782845 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782850 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782852 2 0.1163 0.9385 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782855 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782856 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782860 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782861 2 0.6305 0.0839 0.000 0.516 0.484
#> SRR1782862 2 0.1529 0.9336 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782865 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782867 1 0.0592 0.9682 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782868 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782872 3 0.2711 0.8766 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782874 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782870 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782871 3 0.2537 0.8862 0.000 0.080 0.920
#> SRR1782877 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782878 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782879 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782880 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782883 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782881 2 0.6274 0.1841 0.000 0.544 0.456
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782888 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782894 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782901 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782902 3 0.2448 0.8909 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782905 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782906 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782908 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.2356 0.8955 0.000 0.072 0.928
#> SRR1782913 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782914 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782916 2 0.0237 0.9557 0.004 0.996 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782917 2 0.3482 0.8410 0.000 0.872 0.128
#> SRR1782922 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782924 3 0.5948 0.4325 0.000 0.360 0.640
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782933 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782936 3 0.1411 0.9352 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782940 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782941 2 0.1289 0.9392 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782944 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782947 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782948 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.0592 0.9516 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782954 2 0.4974 0.6786 0.236 0.764 0.000
#> SRR1782955 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.3879 0.8060 0.152 0.848 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782959 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782962 3 0.5859 0.4581 0.000 0.344 0.656
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 3 0.6260 0.1474 0.000 0.448 0.552
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.1529 0.9336 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 3 0.5678 0.5340 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782970 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 2 0.1289 0.9359 0.032 0.968 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782981 2 0.1163 0.9385 0.028 0.972 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782984 3 0.2959 0.8611 0.000 0.100 0.900
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 1 0.0000 0.9792 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782993 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782997 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783000 2 0.6079 0.3871 0.000 0.612 0.388
#> SRR1783001 3 0.0000 0.9719 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783002 2 0.1163 0.9385 0.028 0.972 0.000
#> SRR1783003 3 0.1964 0.9135 0.000 0.056 0.944
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9582 0.000 1.000 0.000
#> SRR1783006 1 0.6095 0.3498 0.608 0.392 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.4933 0.28033 0.432 0.568 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 2 0.3569 0.72409 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1782688 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 1 0.0336 0.95018 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.1389 0.87882 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0336 0.95018 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782709 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.1557 0.90129 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782714 4 0.0336 0.94738 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782716 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.4776 0.30651 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1782719 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 4 0.3764 0.75429 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1782726 3 0.1792 0.90522 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1782722 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0188 0.95164 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.4967 0.10358 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782739 2 0.0188 0.90596 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782740 3 0.0188 0.98764 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.3610 0.74487 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.3569 0.74802 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.4994 0.14862 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.4981 0.13540 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782755 1 0.4994 -0.00781 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782760 4 0.3726 0.75898 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1782764 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.4134 0.67584 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.4331 0.63055 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782778 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0469 0.90040 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782781 4 0.3764 0.75429 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1782779 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782782 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.4522 0.54727 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR1782789 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 4 0.4830 0.44272 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1782793 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.3942 0.70964 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.0188 0.95182 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782807 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782809 4 0.4855 0.41027 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1782810 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782813 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782814 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782815 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.0592 0.89745 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782825 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0592 0.94607 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782822 4 0.4134 0.69409 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1782821 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.2921 0.81370 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1782826 2 0.1716 0.86191 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 1 0.3764 0.69847 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.4079 0.69729 0.020 0.800 0.000 0.180
#> SRR1782843 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.4072 0.69038 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.0469 0.90040 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782852 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782853 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782860 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.1022 0.93349 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.1792 0.88918 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1782865 3 0.4898 0.24409 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1782867 4 0.3975 0.72225 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1782868 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.3528 0.75476 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1782874 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.4830 0.38446 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 2 0.2413 0.84205 0.020 0.916 0.000 0.064
#> SRR1782879 2 0.0188 0.90596 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.4222 0.63540 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1782881 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0188 0.95164 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782887 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782891 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.4477 0.58707 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0592 0.94607 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0188 0.95164 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782909 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.0469 0.90040 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0336 0.95029 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.4989 0.21061 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782947 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0592 0.94607 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.0707 0.94397 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.3975 0.70476 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0188 0.95164 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782981 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.4564 0.47471 0.672 0.328 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.95306 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.99199 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.95302 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0592 0.94539 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1783000 1 0.0188 0.95182 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1783001 3 0.0188 0.98766 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1783002 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 1 0.4843 0.37699 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1783004 2 0.4941 0.28980 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.90860 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 2 0.0336 0.90308 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 2 0.4283 0.2336 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782687 2 0.4387 0.4331 0.012 0.640 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782688 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782689 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782692 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782694 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.0290 0.8827 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782700 2 0.1908 0.8329 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.0162 0.8855 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782711 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782707 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782713 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.1341 0.8387 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1782714 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782716 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 5 0.4252 0.5284 0.000 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR1782719 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782721 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782726 3 0.1478 0.9086 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782724 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.4114 0.3860 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 5 0.4088 0.5645 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1782739 5 0.4150 0.3717 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1782740 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.0880 0.8897 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.4302 0.0574 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.4268 0.1588 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782746 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782753 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782755 1 0.4300 0.1269 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782760 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.3796 0.5202 0.300 0.700 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3534 0.5491 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 5 0.4060 0.6412 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1782777 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0404 0.9066 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782778 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.1732 0.8441 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782779 2 0.0404 0.9066 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782782 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782784 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.2280 0.8149 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.3999 0.4604 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782789 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782791 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782792 5 0.5264 0.5917 0.000 0.092 0.000 0.256 0.652
#> SRR1782793 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782794 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782795 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782807 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782809 5 0.0000 0.5483 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782812 4 0.4283 -0.0758 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1782813 2 0.0162 0.9128 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782814 2 0.0404 0.9066 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782815 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782824 5 0.4182 0.3680 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1782825 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782821 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782826 2 0.4060 0.4291 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1782830 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782828 1 0.2471 0.7671 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 5 0.0162 0.5484 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782831 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782834 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782837 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782840 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782833 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782841 5 0.0000 0.5483 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782843 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.2020 0.8238 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.1732 0.8451 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782853 5 0.4045 0.6461 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1782855 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782854 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.0162 0.9128 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.0162 0.9129 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.0404 0.8798 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.3561 0.5788 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.6729 0.2763 0.396 0.000 0.256 0.000 0.348
#> SRR1782867 5 0.4015 0.5209 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1782868 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782874 2 0.1908 0.8329 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782871 1 0.5142 0.6031 0.600 0.000 0.052 0.000 0.348
#> SRR1782877 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.0000 0.5483 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782879 5 0.0000 0.5483 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.4654 0.6356 0.628 0.000 0.024 0.000 0.348
#> SRR1782881 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782882 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.1908 0.8329 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782891 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782896 2 0.3707 0.4982 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.0290 0.9100 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.1792 0.8407 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782913 1 0.0162 0.8856 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.1792 0.8209 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.0162 0.9129 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.3612 0.5817 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782944 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 3 0.4015 0.5380 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1782948 2 0.1908 0.8329 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782955 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782956 5 0.4045 0.6461 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1782957 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782971 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 5 0.3774 0.6576 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782981 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1782982 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.1544 0.8562 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.3966 0.5057 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.4015 0.6602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782986 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.9742 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0000 0.8883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783001 3 0.0000 0.9942 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1783003 1 0.5142 0.6031 0.600 0.000 0.052 0.000 0.348
#> SRR1783004 2 0.4210 0.2490 0.412 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.9155 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 5 0.4015 0.6555 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 2 0.3659 0.439 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782686 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782687 5 0.3578 0.494 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1782688 2 0.2048 0.842 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782691 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782689 5 0.1501 0.820 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782692 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782694 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782696 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.2135 0.756 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782700 2 0.3151 0.678 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782701 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782702 1 0.1765 0.794 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782705 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782711 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782707 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782708 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782712 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.3534 0.794 0.800 0.000 0.076 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782714 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782716 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782717 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782718 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782719 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782726 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782722 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782723 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782727 2 0.1141 0.866 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.2941 0.606 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782731 1 0.1863 0.875 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1782734 2 0.2048 0.842 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.1765 0.894 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782738 6 0.2092 0.845 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1782739 6 0.3198 0.682 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1782740 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.1141 0.866 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 2 0.2300 0.833 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.2527 0.824 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.3531 0.339 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.5301 0.388 0.556 0.000 0.320 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782746 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782753 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.3492 0.794 0.076 0.120 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1782755 1 0.3266 0.497 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782764 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782763 2 0.1141 0.866 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.3563 0.653 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.3607 0.634 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782772 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782773 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 6 0.3175 0.674 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1782777 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782776 2 0.3151 0.629 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1782778 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 2 0.0790 0.856 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782781 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782779 2 0.2969 0.668 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1782782 5 0.3316 0.804 0.136 0.052 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1782784 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782783 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782785 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.3531 0.490 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1782787 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782788 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782790 2 0.3607 0.512 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782789 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782791 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782792 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782793 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782794 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782800 1 0.0458 0.883 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782801 2 0.2092 0.840 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782804 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782805 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782806 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782808 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782807 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782809 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782810 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 6 0.2762 0.741 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1782813 2 0.1765 0.806 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782814 2 0.2969 0.668 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1782815 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782824 6 0.3151 0.693 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1782825 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782823 5 0.1501 0.820 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782826 5 0.2793 0.702 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782830 5 0.3544 0.791 0.080 0.120 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782828 1 0.0260 0.877 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 6 0.1204 0.902 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782831 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782834 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782836 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782838 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782839 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782840 6 0.1204 0.902 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782833 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782841 5 0.3455 0.704 0.000 0.056 0.000 0.000 0.800 0.144
#> SRR1782843 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782844 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782846 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782849 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782850 2 0.3221 0.668 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782851 2 0.2793 0.735 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 6 0.0146 0.929 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1782853 6 0.2730 0.774 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1782855 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782856 5 0.3455 0.791 0.144 0.056 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1782854 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.1765 0.806 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782858 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782860 2 0.1957 0.813 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782862 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782864 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782866 1 0.4614 0.582 0.676 0.228 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782865 5 0.1501 0.820 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782867 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782872 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782874 2 0.3151 0.678 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.3130 0.827 0.828 0.000 0.048 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782871 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782877 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.3432 0.702 0.000 0.052 0.000 0.000 0.800 0.148
#> SRR1782879 6 0.1285 0.903 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004 0.944
#> SRR1782880 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782881 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782882 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782885 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782886 1 0.1444 0.852 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782887 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.3695 0.600 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782891 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782897 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782896 2 0.3330 0.679 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.1141 0.866 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782901 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782899 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782903 2 0.2092 0.840 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0260 0.882 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782904 3 0.0146 0.906 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782907 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.2538 0.859 0.860 0.000 0.016 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782909 2 0.2340 0.784 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.2823 0.732 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782913 1 0.2234 0.868 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782915 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782916 6 0.1204 0.902 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782918 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782920 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782917 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.2092 0.840 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782926 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782928 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.2491 0.810 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.1765 0.823 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.1141 0.866 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 2 0.3717 0.549 0.384 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.2597 0.715 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.2039 0.875 0.076 0.020 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1782944 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782947 5 0.3797 0.158 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1782948 2 0.3695 0.600 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 3 0.1765 0.894 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1782952 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782950 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.0146 0.859 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782951 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782955 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 6 0.3126 0.682 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1782957 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782946 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.2092 0.840 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782961 2 0.2092 0.840 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.1219 0.881 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782964 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782963 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782965 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782966 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782967 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782969 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782972 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782973 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782975 6 0.1501 0.889 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1782976 2 0.2092 0.840 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782979 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782981 6 0.1910 0.844 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1782982 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782985 2 0.2378 0.830 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782987 1 0.3499 0.425 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782986 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782988 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782990 2 0.1204 0.866 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.1501 0.893 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.882 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782993 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.2234 0.868 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782997 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1783000 1 0.2092 0.871 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1783001 3 0.2092 0.886 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1783002 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1783003 5 0.1501 0.885 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1783004 2 0.3789 0.441 0.416 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 2 0.0000 0.859 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783006 6 0.0000 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.728 0.888 0.952 0.3830 0.598 0.598
#> 3 3 0.512 0.805 0.835 0.5410 0.636 0.451
#> 4 4 0.830 0.828 0.932 0.1326 0.650 0.343
#> 5 5 0.674 0.553 0.751 0.1329 0.833 0.564
#> 6 6 0.734 0.748 0.827 0.0718 0.854 0.487
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782686 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782687 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782688 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782690 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782691 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782689 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782692 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.5737 0.851 0.864 0.136
#> SRR1782694 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782696 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782695 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782699 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782701 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782704 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782703 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782705 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782709 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782711 2 0.9988 0.206 0.480 0.520
#> SRR1782707 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782706 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782708 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782712 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782713 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782714 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782716 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782715 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782717 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782718 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782719 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782720 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782721 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782726 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782722 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782723 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782727 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782725 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782724 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782728 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782729 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782733 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782732 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782735 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782734 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782737 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782738 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782739 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782740 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782741 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782742 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782743 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782744 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782745 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782750 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782749 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782751 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782752 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782746 2 0.9881 0.318 0.436 0.564
#> SRR1782753 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782748 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782754 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782755 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782756 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782757 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782761 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.4022 0.912 0.920 0.080
#> SRR1782762 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782760 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782764 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782763 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782765 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782766 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782769 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782768 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782770 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782774 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782772 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782773 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782777 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782776 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782778 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782781 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782779 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782782 2 0.9988 0.206 0.480 0.520
#> SRR1782784 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782785 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782786 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782787 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782790 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782789 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782791 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782792 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782793 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782794 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782795 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782796 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782798 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782797 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782799 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782800 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782801 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782802 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782804 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782805 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782806 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782808 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782807 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782809 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782810 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782812 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782813 1 1.0000 -0.133 0.504 0.496
#> SRR1782814 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782815 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782816 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782818 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782819 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782817 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782824 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782825 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782822 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782821 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782823 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782826 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782830 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782828 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782829 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782831 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782834 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782832 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782835 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782837 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782836 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782838 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782839 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782840 2 0.8608 0.600 0.284 0.716
#> SRR1782833 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782841 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782843 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782845 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782844 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782846 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782847 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782848 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782849 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782850 2 0.9996 0.184 0.488 0.512
#> SRR1782851 1 0.4939 0.886 0.892 0.108
#> SRR1782852 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782853 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782855 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.5178 0.877 0.884 0.116
#> SRR1782854 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782857 2 0.5946 0.764 0.144 0.856
#> SRR1782858 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782860 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782861 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782863 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782864 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782865 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782867 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782868 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782872 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782874 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782875 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782871 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782877 1 0.4431 0.902 0.908 0.092
#> SRR1782873 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782878 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782879 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782880 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR1782883 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1782881 1 0.2603 0.939 0.956 0.044
#> SRR1782882 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782884 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782885 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782887 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782888 1 0.4562 0.899 0.904 0.096
#> SRR1782889 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782892 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782891 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782893 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782897 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782896 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782895 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782898 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782901 2 0.9996 0.180 0.488 0.512
#> SRR1782899 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782903 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782904 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782906 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782908 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782909 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782911 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782910 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782915 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782914 1 0.4298 0.906 0.912 0.088
#> SRR1782916 2 0.9988 0.206 0.480 0.520
#> SRR1782918 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782919 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782920 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782917 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782922 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782921 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782923 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782925 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782926 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782929 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782927 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782928 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782932 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782933 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782930 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782931 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782934 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782935 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782937 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782942 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782945 2 0.8909 0.563 0.308 0.692
#> SRR1782944 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.7883 0.650 0.764 0.236
#> SRR1782948 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782952 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782950 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782953 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782954 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782955 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782956 1 0.0672 0.965 0.992 0.008
#> SRR1782957 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782946 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782959 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782958 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782960 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782961 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782964 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782965 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782966 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782968 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782967 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782970 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782971 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782972 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782973 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782974 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782975 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782976 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782977 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782979 1 0.3879 0.916 0.924 0.076
#> SRR1782980 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782981 1 0.4562 0.899 0.904 0.096
#> SRR1782982 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1782985 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782983 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782987 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782984 2 0.9993 0.194 0.484 0.516
#> SRR1782986 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782988 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782990 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782991 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782989 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1782995 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782994 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782996 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782998 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3584 0.922 0.932 0.068
#> SRR1782997 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR1783002 2 0.0000 0.881 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1783004 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.4690 0.895 0.900 0.100
#> SRR1783006 2 0.0376 0.879 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782686 3 0.8120 0.639 0.136 0.224 0.640
#> SRR1782687 2 0.7013 0.756 0.036 0.640 0.324
#> SRR1782688 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782690 3 0.6309 -0.380 0.000 0.496 0.504
#> SRR1782691 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782689 3 0.5921 0.752 0.032 0.212 0.756
#> SRR1782692 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782693 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782694 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782696 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782697 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782695 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782700 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782699 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782701 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782702 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782704 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782703 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782705 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782709 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782711 3 0.8220 0.619 0.152 0.212 0.636
#> SRR1782707 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782706 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782708 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782712 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782713 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782710 2 0.6309 0.398 0.000 0.504 0.496
#> SRR1782714 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782718 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782719 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782720 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782721 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782722 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782723 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782727 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782725 1 0.3340 0.919 0.880 0.120 0.000
#> SRR1782724 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782728 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782730 3 0.5678 0.392 0.000 0.316 0.684
#> SRR1782729 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782733 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782732 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782731 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782734 2 0.5363 0.834 0.000 0.724 0.276
#> SRR1782736 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782737 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782738 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782739 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782740 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782741 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782742 2 0.5465 0.834 0.000 0.712 0.288
#> SRR1782743 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782744 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782745 2 0.5178 0.837 0.000 0.744 0.256
#> SRR1782747 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782750 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782749 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782751 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782752 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782746 3 0.8231 0.613 0.156 0.208 0.636
#> SRR1782753 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782748 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782754 3 0.8176 0.503 0.224 0.140 0.636
#> SRR1782755 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782756 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782757 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782758 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782761 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782759 2 0.6045 0.699 0.000 0.620 0.380
#> SRR1782762 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782760 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782763 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782765 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782766 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782767 3 0.6452 0.729 0.152 0.088 0.760
#> SRR1782769 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782768 2 0.5254 0.837 0.000 0.736 0.264
#> SRR1782770 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782774 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782771 3 0.6244 -0.148 0.000 0.440 0.560
#> SRR1782772 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782773 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782775 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782777 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782776 1 0.5360 0.700 0.768 0.220 0.012
#> SRR1782778 2 0.3686 0.838 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782780 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782781 1 0.3918 0.845 0.868 0.120 0.012
#> SRR1782779 1 0.3619 0.909 0.864 0.136 0.000
#> SRR1782782 3 0.8396 0.548 0.196 0.180 0.624
#> SRR1782784 3 0.3752 0.785 0.000 0.144 0.856
#> SRR1782783 3 0.4178 0.743 0.000 0.172 0.828
#> SRR1782785 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782786 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782788 3 0.2537 0.850 0.000 0.080 0.920
#> SRR1782790 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782789 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782791 3 0.8167 0.625 0.148 0.212 0.640
#> SRR1782792 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782793 1 0.0592 0.961 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782794 3 0.8220 0.619 0.152 0.212 0.636
#> SRR1782795 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782796 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782798 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782797 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782800 3 0.6309 -0.394 0.000 0.500 0.500
#> SRR1782801 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782802 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782803 3 0.3879 0.774 0.000 0.152 0.848
#> SRR1782804 3 0.2165 0.854 0.000 0.064 0.936
#> SRR1782805 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782808 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782807 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782809 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782810 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782812 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782813 2 0.4277 0.703 0.132 0.852 0.016
#> SRR1782814 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782815 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782816 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782818 2 0.6111 0.666 0.000 0.604 0.396
#> SRR1782819 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782817 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1782824 2 0.9109 0.302 0.364 0.488 0.148
#> SRR1782825 2 0.3752 0.838 0.000 0.856 0.144
#> SRR1782820 3 0.3879 0.774 0.000 0.152 0.848
#> SRR1782822 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782821 3 0.4504 0.700 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782823 3 0.4702 0.779 0.000 0.212 0.788
#> SRR1782826 3 0.8753 0.482 0.224 0.188 0.588
#> SRR1782830 3 0.8176 0.503 0.224 0.140 0.636
#> SRR1782828 2 0.5465 0.834 0.000 0.712 0.288
#> SRR1782829 1 0.0829 0.961 0.984 0.004 0.012
#> SRR1782831 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782834 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782832 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782835 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782837 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782836 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782838 3 0.2356 0.852 0.000 0.072 0.928
#> SRR1782839 3 0.2448 0.851 0.000 0.076 0.924
#> SRR1782840 2 0.6566 0.440 0.348 0.636 0.016
#> SRR1782833 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782842 3 0.4504 0.700 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782841 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782843 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782845 3 0.2537 0.850 0.000 0.080 0.920
#> SRR1782844 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782849 3 0.2356 0.852 0.000 0.072 0.928
#> SRR1782850 3 0.6452 0.729 0.152 0.088 0.760
#> SRR1782851 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782852 1 0.1170 0.954 0.976 0.016 0.008
#> SRR1782853 2 0.4810 0.833 0.028 0.832 0.140
#> SRR1782855 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782856 3 0.6225 -0.120 0.000 0.432 0.568
#> SRR1782854 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782857 2 0.6521 0.459 0.340 0.644 0.016
#> SRR1782858 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782859 2 0.5733 0.793 0.000 0.676 0.324
#> SRR1782860 2 0.6062 0.592 0.276 0.708 0.016
#> SRR1782861 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782862 3 0.6332 0.738 0.144 0.088 0.768
#> SRR1782863 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782866 3 0.6309 -0.380 0.000 0.496 0.504
#> SRR1782865 3 0.8001 0.645 0.136 0.212 0.652
#> SRR1782867 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782868 3 0.5016 0.607 0.000 0.240 0.760
#> SRR1782872 3 0.8220 0.619 0.152 0.212 0.636
#> SRR1782874 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782875 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782870 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782871 3 0.8192 0.510 0.220 0.144 0.636
#> SRR1782877 2 0.6299 0.463 0.000 0.524 0.476
#> SRR1782873 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782878 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782879 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782880 2 0.5621 0.814 0.000 0.692 0.308
#> SRR1782883 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782881 3 0.4914 0.813 0.068 0.088 0.844
#> SRR1782882 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782884 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782886 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782887 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782888 3 0.4121 0.749 0.000 0.168 0.832
#> SRR1782889 2 0.4654 0.839 0.000 0.792 0.208
#> SRR1782892 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782890 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782891 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782893 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782894 2 0.6302 0.450 0.000 0.520 0.480
#> SRR1782897 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782896 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782895 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782898 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782900 3 0.2537 0.850 0.000 0.080 0.920
#> SRR1782901 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782899 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782902 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782903 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782905 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782904 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782907 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782906 2 0.5591 0.819 0.000 0.696 0.304
#> SRR1782908 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782909 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782911 2 0.5690 0.833 0.004 0.708 0.288
#> SRR1782910 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782912 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782913 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782915 3 0.1411 0.858 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782914 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782916 2 0.6313 0.530 0.308 0.676 0.016
#> SRR1782918 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782920 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782917 2 0.6252 0.553 0.000 0.556 0.444
#> SRR1782922 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782921 2 0.5465 0.834 0.000 0.712 0.288
#> SRR1782923 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782925 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782924 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782926 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782929 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782927 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782928 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782932 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782933 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782931 2 0.7337 0.768 0.152 0.708 0.140
#> SRR1782934 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782935 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782936 3 0.2878 0.841 0.000 0.096 0.904
#> SRR1782937 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782939 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782940 2 0.5948 0.736 0.000 0.640 0.360
#> SRR1782941 3 0.6309 -0.380 0.000 0.496 0.504
#> SRR1782942 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782945 3 0.8231 0.613 0.156 0.208 0.636
#> SRR1782944 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782947 3 0.3412 0.842 0.000 0.124 0.876
#> SRR1782948 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782949 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782952 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782950 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782953 2 0.3686 0.838 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782951 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782954 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782955 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782956 2 0.3619 0.838 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782957 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782946 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782959 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782958 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782960 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782961 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782962 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782964 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782963 2 0.5621 0.814 0.000 0.692 0.308
#> SRR1782965 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782966 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782968 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782969 3 0.3412 0.811 0.000 0.124 0.876
#> SRR1782970 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782971 1 0.3412 0.917 0.876 0.124 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782973 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782974 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782975 2 0.7378 0.311 0.404 0.560 0.036
#> SRR1782976 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782977 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782979 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782980 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782981 2 0.3619 0.838 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782982 2 0.3686 0.838 0.000 0.860 0.140
#> SRR1782985 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782983 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782987 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782984 3 0.8220 0.619 0.152 0.212 0.636
#> SRR1782986 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782990 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782991 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782989 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782992 2 0.6309 0.398 0.000 0.504 0.496
#> SRR1782993 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1782995 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1782994 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782999 2 0.6308 0.412 0.000 0.508 0.492
#> SRR1782997 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1783000 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1783001 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1783002 1 0.4654 0.730 0.792 0.208 0.000
#> SRR1783003 3 0.2711 0.848 0.000 0.088 0.912
#> SRR1783004 2 0.3412 0.836 0.000 0.876 0.124
#> SRR1783005 2 0.5497 0.833 0.000 0.708 0.292
#> SRR1783006 2 0.5988 0.397 0.368 0.632 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782686 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782688 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782691 3 0.3356 0.73812 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1782689 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782692 1 0.0921 0.87551 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1782693 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782696 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782699 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782701 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782702 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782704 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782703 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782705 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782709 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782711 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782707 1 0.4955 0.07330 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1782706 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782712 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782713 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782710 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782714 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782716 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782715 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782718 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782719 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782720 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782721 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782726 3 0.0188 0.90524 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782722 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.1211 0.90770 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782725 1 0.4790 0.44308 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1782724 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782730 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782729 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.4877 0.32288 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782735 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782734 2 0.3400 0.70719 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782737 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782738 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782739 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782740 1 0.3486 0.69308 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1782741 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782742 1 0.1716 0.84518 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 1 0.4989 0.05359 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.4356 0.61331 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.1211 0.91065 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.4746 0.50252 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1782746 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782753 3 0.3837 0.68745 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1782748 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782755 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782757 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.2704 0.77855 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1782761 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782759 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782762 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782760 4 0.4994 -0.07799 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1782764 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782769 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 1 0.0469 0.88814 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782770 3 0.1022 0.87592 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 1 0.4920 0.44377 0.628 0.004 0.368 0.000
#> SRR1782772 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782777 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782776 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782778 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782781 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782779 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782782 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782784 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782783 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782785 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782786 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782787 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782788 1 0.4994 -0.06360 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1782790 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782789 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782791 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782792 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782793 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782794 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782795 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782796 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782798 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782797 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782799 3 0.4746 0.50252 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1782800 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782801 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782805 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782808 1 0.4776 0.45093 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1782807 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782809 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782810 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782812 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782813 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782814 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782815 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782816 3 0.4746 0.50252 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1782818 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782819 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782817 3 0.4761 0.49414 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782824 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782825 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782820 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782822 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782821 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782823 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782830 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782828 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 1 0.2814 0.78358 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782831 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782834 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782832 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782835 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782837 1 0.3975 0.66164 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1782836 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782839 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782840 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782833 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782842 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782841 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782843 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782845 3 0.4761 0.49761 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782844 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782849 3 0.3074 0.76282 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1782850 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782851 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782852 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782853 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782855 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782856 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782854 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782857 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782858 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782859 1 0.5060 0.34244 0.584 0.004 0.412 0.000
#> SRR1782860 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782861 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782862 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782863 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782865 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782868 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782874 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 1 0.4164 0.56904 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1782871 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782877 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782873 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782879 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782880 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782881 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782882 2 0.2760 0.78914 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782886 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782887 3 0.0707 0.88875 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782888 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782889 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782890 1 0.0376 0.89082 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782897 1 0.4855 0.23204 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782896 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 1 0.4989 -0.03219 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1782901 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782904 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782906 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782908 1 0.4605 0.41236 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1782909 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782911 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782910 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782912 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782913 1 0.4898 0.17619 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1782915 3 0.0188 0.90527 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1782914 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782916 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782918 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782920 3 0.4804 0.46661 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1782917 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782922 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782921 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782930 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782931 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782939 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782940 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782941 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782942 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782945 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782947 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.2149 0.84560 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782949 1 0.1302 0.85756 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782952 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.4998 0.07532 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1782951 1 0.0336 0.88761 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782954 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782955 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782956 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782957 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782946 3 0.4761 0.49761 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782959 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782958 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782965 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782970 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782971 1 0.4761 0.45893 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1782972 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782975 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782976 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.3726 0.70028 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1782979 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782980 3 0.4761 0.49414 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1782981 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782982 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782985 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782983 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782986 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.0000 0.97517 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1782992 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782993 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782995 3 0.4746 0.50252 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1782994 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.90845 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782997 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1783000 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1783001 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783002 1 0.0000 0.89270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783003 1 0.4981 -0.00366 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1783004 2 0.0000 0.95841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.0188 0.89289 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1783006 1 0.2408 0.81201 0.896 0.000 0.000 0.104
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.2408 0.4904 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1782686 1 0.4732 0.4272 0.716 0.000 0.000 0.076 0.208
#> SRR1782687 1 0.5312 0.4080 0.668 0.000 0.000 0.124 0.208
#> SRR1782688 1 0.2293 0.4955 0.900 0.000 0.000 0.084 0.016
#> SRR1782690 1 0.0566 0.5087 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782691 3 0.2690 0.8012 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782689 1 0.4527 0.4311 0.732 0.000 0.000 0.064 0.204
#> SRR1782692 1 0.3882 0.4062 0.788 0.168 0.000 0.044 0.000
#> SRR1782693 1 0.4262 -0.1867 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1782694 1 0.2408 0.4904 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1782696 1 0.2920 0.4061 0.852 0.132 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782697 1 0.1774 0.5085 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR1782695 3 0.0162 0.9165 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782700 1 0.3365 0.4958 0.836 0.000 0.000 0.044 0.120
#> SRR1782699 1 0.0324 0.5092 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1782701 5 0.4978 0.4459 0.476 0.000 0.028 0.000 0.496
#> SRR1782702 1 0.1549 0.5102 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR1782704 1 0.2408 0.4904 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1782703 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782705 4 0.1671 0.7604 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782709 1 0.2305 0.4927 0.896 0.000 0.000 0.092 0.012
#> SRR1782711 1 0.4830 0.3435 0.684 0.000 0.000 0.060 0.256
#> SRR1782707 5 0.5983 0.6278 0.380 0.000 0.116 0.000 0.504
#> SRR1782706 1 0.0162 0.5083 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782708 1 0.2408 0.4904 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1782712 4 0.2179 0.7546 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1782713 4 0.2329 0.7524 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782710 1 0.1043 0.4807 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782714 4 0.1671 0.7604 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782716 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782715 3 0.0510 0.9154 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782717 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782719 1 0.5384 -0.3308 0.512 0.000 0.032 0.012 0.444
#> SRR1782720 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782721 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782726 3 0.6175 -0.1972 0.344 0.000 0.508 0.000 0.148
#> SRR1782722 3 0.5904 0.3440 0.204 0.000 0.600 0.000 0.196
#> SRR1782723 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.1281 0.8820 0.032 0.956 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782725 4 0.1671 0.7604 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782724 1 0.0000 0.5084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782728 4 0.4138 0.7044 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1782730 1 0.3829 0.4479 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR1782729 3 0.0404 0.9160 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782733 2 0.3636 0.5518 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782732 4 0.2424 0.7516 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782735 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.0162 0.5083 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782734 2 0.3837 0.5427 0.308 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.2006 0.5036 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1782737 3 0.0162 0.9165 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782738 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782739 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782740 5 0.5171 0.5006 0.456 0.000 0.040 0.000 0.504
#> SRR1782741 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782742 1 0.4430 0.2347 0.628 0.360 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782743 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782744 1 0.1894 0.5048 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR1782745 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.3586 0.5698 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782750 3 0.5167 0.5375 0.092 0.000 0.668 0.000 0.240
#> SRR1782749 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.3816 0.4788 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 3 0.6109 0.2155 0.148 0.000 0.532 0.000 0.320
#> SRR1782746 1 0.5394 -0.0650 0.540 0.000 0.000 0.060 0.400
#> SRR1782753 3 0.3942 0.6656 0.012 0.000 0.728 0.000 0.260
#> SRR1782748 2 0.0162 0.9177 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 5 0.6929 0.2166 0.240 0.000 0.008 0.352 0.400
#> SRR1782755 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782757 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 1 0.5296 -0.4762 0.480 0.000 0.048 0.000 0.472
#> SRR1782761 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782759 1 0.0162 0.5079 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782762 4 0.2488 0.7538 0.004 0.000 0.000 0.872 0.124
#> SRR1782760 4 0.1608 0.7608 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1782764 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782766 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 1 0.7053 -0.0164 0.520 0.056 0.020 0.072 0.332
#> SRR1782769 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 1 0.7661 0.0599 0.416 0.336 0.000 0.080 0.168
#> SRR1782770 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782774 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.6536 -0.1543 0.392 0.088 0.484 0.000 0.036
#> SRR1782772 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782773 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.2408 0.4904 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1782777 3 0.0290 0.9155 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782776 4 0.5998 0.2838 0.184 0.008 0.000 0.616 0.192
#> SRR1782778 2 0.3796 0.4880 0.300 0.700 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782780 1 0.1628 0.5063 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1782781 4 0.3527 0.6751 0.172 0.000 0.000 0.804 0.024
#> SRR1782779 4 0.2304 0.7377 0.100 0.000 0.000 0.892 0.008
#> SRR1782782 1 0.5137 0.4186 0.684 0.000 0.000 0.108 0.208
#> SRR1782784 1 0.3876 0.1889 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1782783 1 0.2732 0.4650 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1782785 1 0.0000 0.5084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782786 4 0.1671 0.7604 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782787 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.6337 0.6164 0.320 0.000 0.180 0.000 0.500
#> SRR1782790 1 0.1502 0.5042 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1782789 4 0.2127 0.7552 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1782791 1 0.4817 -0.0624 0.572 0.000 0.000 0.024 0.404
#> SRR1782792 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782793 4 0.3574 0.6767 0.168 0.000 0.000 0.804 0.028
#> SRR1782794 1 0.4808 -0.0496 0.576 0.000 0.000 0.024 0.400
#> SRR1782795 4 0.4192 0.6974 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1782796 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782798 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782797 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782799 1 0.6680 -0.4196 0.436 0.000 0.268 0.000 0.296
#> SRR1782800 1 0.4060 0.1040 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1782801 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782803 1 0.5773 -0.4342 0.512 0.000 0.092 0.000 0.396
#> SRR1782804 3 0.1386 0.8871 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR1782805 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782806 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 4 0.2511 0.7601 0.080 0.000 0.000 0.892 0.028
#> SRR1782807 4 0.2136 0.7530 0.088 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR1782809 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782810 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782812 4 0.2329 0.7524 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782813 1 0.7024 0.3236 0.576 0.144 0.000 0.092 0.188
#> SRR1782814 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782815 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782816 1 0.6813 -0.3990 0.364 0.000 0.320 0.000 0.316
#> SRR1782818 1 0.4015 0.1235 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782819 4 0.4161 0.6993 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1782817 3 0.5821 0.0307 0.096 0.000 0.504 0.000 0.400
#> SRR1782824 4 0.6519 -0.1051 0.368 0.000 0.000 0.436 0.196
#> SRR1782825 1 0.6481 0.2942 0.588 0.216 0.000 0.028 0.168
#> SRR1782820 1 0.5136 -0.2150 0.528 0.000 0.008 0.024 0.440
#> SRR1782822 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782821 1 0.3074 0.4346 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1782823 1 0.4841 -0.1061 0.560 0.000 0.000 0.024 0.416
#> SRR1782826 1 0.5375 0.3958 0.664 0.000 0.000 0.136 0.200
#> SRR1782830 5 0.6682 0.2010 0.236 0.000 0.000 0.368 0.396
#> SRR1782828 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 4 0.5210 0.4301 0.132 0.000 0.000 0.684 0.184
#> SRR1782831 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782834 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782832 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782835 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782837 4 0.4696 0.5330 0.108 0.000 0.000 0.736 0.156
#> SRR1782836 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.1626 0.8757 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> SRR1782839 3 0.4671 0.6104 0.144 0.000 0.740 0.000 0.116
#> SRR1782840 1 0.7482 0.1990 0.492 0.076 0.000 0.240 0.192
#> SRR1782833 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782842 1 0.4192 -0.0953 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1782841 4 0.1892 0.7574 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1782843 1 0.4808 0.0506 0.620 0.032 0.000 0.000 0.348
#> SRR1782845 5 0.6653 0.5545 0.328 0.000 0.240 0.000 0.432
#> SRR1782844 3 0.0290 0.9162 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782846 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782847 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0162 0.9166 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782849 3 0.5040 0.5511 0.068 0.000 0.660 0.000 0.272
#> SRR1782850 1 0.6330 -0.0793 0.488 0.000 0.016 0.104 0.392
#> SRR1782851 1 0.4803 0.4375 0.720 0.000 0.000 0.096 0.184
#> SRR1782852 4 0.2905 0.7163 0.096 0.000 0.000 0.868 0.036
#> SRR1782853 1 0.6025 0.4183 0.664 0.056 0.000 0.096 0.184
#> SRR1782855 1 0.4450 -0.3448 0.508 0.000 0.004 0.000 0.488
#> SRR1782856 1 0.3318 0.4423 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1782854 1 0.3916 0.4396 0.804 0.104 0.000 0.092 0.000
#> SRR1782857 1 0.7991 0.1227 0.440 0.128 0.000 0.224 0.208
#> SRR1782858 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 3 0.6840 0.4692 0.164 0.116 0.604 0.000 0.116
#> SRR1782860 1 0.5341 0.3962 0.664 0.000 0.000 0.124 0.212
#> SRR1782861 1 0.5230 -0.3935 0.504 0.000 0.044 0.000 0.452
#> SRR1782862 1 0.5848 -0.1150 0.536 0.000 0.020 0.056 0.388
#> SRR1782863 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.3727 0.4252 0.768 0.000 0.000 0.016 0.216
#> SRR1782865 1 0.4825 -0.0765 0.568 0.000 0.000 0.024 0.408
#> SRR1782867 4 0.2017 0.7548 0.080 0.000 0.000 0.912 0.008
#> SRR1782868 1 0.3774 0.2786 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1782872 1 0.5249 -0.1428 0.544 0.000 0.008 0.032 0.416
#> SRR1782874 1 0.1197 0.5078 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782875 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 5 0.5591 0.5566 0.432 0.000 0.072 0.000 0.496
#> SRR1782871 5 0.6995 0.2404 0.292 0.000 0.008 0.300 0.400
#> SRR1782877 1 0.2966 0.4449 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1782873 2 0.3661 0.5409 0.276 0.724 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 4 0.1892 0.7574 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1782879 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782880 1 0.0000 0.5084 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782883 1 0.5046 -0.3892 0.500 0.000 0.032 0.000 0.468
#> SRR1782881 1 0.5230 -0.3935 0.504 0.000 0.044 0.000 0.452
#> SRR1782882 2 0.3707 0.5231 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782886 1 0.1041 0.5096 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1782887 3 0.2139 0.8667 0.052 0.000 0.916 0.000 0.032
#> SRR1782888 1 0.3932 0.2012 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1782889 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.1732 0.8658 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1782890 1 0.4826 -0.3751 0.508 0.000 0.020 0.000 0.472
#> SRR1782891 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.0162 0.5092 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782897 5 0.6133 0.6364 0.368 0.000 0.136 0.000 0.496
#> SRR1782896 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.6322 0.6205 0.324 0.000 0.176 0.000 0.500
#> SRR1782901 1 0.3366 0.3962 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1782899 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.4748 0.3718 0.492 0.000 0.016 0.000 0.492
#> SRR1782903 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 1 0.5748 -0.3840 0.492 0.000 0.044 0.020 0.444
#> SRR1782904 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.0162 0.5083 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782906 1 0.0162 0.5096 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782908 1 0.6467 -0.3941 0.496 0.000 0.232 0.000 0.272
#> SRR1782909 1 0.1341 0.5057 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1782911 1 0.5027 0.4254 0.700 0.000 0.000 0.112 0.188
#> SRR1782910 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782912 1 0.4907 -0.4200 0.492 0.000 0.024 0.000 0.484
#> SRR1782913 5 0.5459 0.4956 0.468 0.000 0.060 0.000 0.472
#> SRR1782915 3 0.3276 0.7852 0.032 0.000 0.836 0.000 0.132
#> SRR1782914 1 0.3684 0.3175 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1782916 1 0.5575 0.3758 0.644 0.000 0.000 0.168 0.188
#> SRR1782918 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782920 5 0.5996 0.6343 0.368 0.000 0.120 0.000 0.512
#> SRR1782917 1 0.6374 -0.1347 0.552 0.136 0.016 0.000 0.296
#> SRR1782922 4 0.4045 0.7111 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1782921 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 1 0.4743 -0.3518 0.512 0.000 0.016 0.000 0.472
#> SRR1782926 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782928 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.4227 0.6942 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1782930 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 1 0.7563 0.0786 0.468 0.100 0.000 0.136 0.296
#> SRR1782934 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.3210 0.4200 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1782937 2 0.4430 0.3216 0.360 0.628 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782939 1 0.1740 0.4985 0.932 0.056 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782940 1 0.3561 0.2826 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1782941 1 0.2648 0.4722 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1782942 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782945 1 0.5338 -0.0710 0.544 0.000 0.000 0.056 0.400
#> SRR1782944 1 0.3081 0.4671 0.832 0.012 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782947 1 0.5179 -0.3106 0.508 0.000 0.016 0.016 0.460
#> SRR1782948 2 0.3857 0.4575 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.5844 0.5765 0.420 0.000 0.096 0.000 0.484
#> SRR1782952 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 1 0.6519 0.0211 0.404 0.404 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782951 5 0.5752 0.5848 0.412 0.000 0.088 0.000 0.500
#> SRR1782954 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782955 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782956 1 0.6219 0.3229 0.624 0.044 0.000 0.232 0.100
#> SRR1782957 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782946 5 0.6618 0.5426 0.384 0.000 0.216 0.000 0.400
#> SRR1782959 4 0.4235 0.6932 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1782958 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.0162 0.9160 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782961 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.3752 0.2570 0.708 0.292 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782964 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782963 1 0.0566 0.5087 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782965 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782969 1 0.4287 -0.2518 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1782970 4 0.2329 0.7524 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1782971 4 0.1732 0.7593 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1782972 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 4 0.6530 -0.1359 0.380 0.000 0.000 0.424 0.196
#> SRR1782976 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.2583 0.8210 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> SRR1782979 1 0.0162 0.5083 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782980 5 0.6210 0.6277 0.360 0.000 0.148 0.000 0.492
#> SRR1782981 1 0.7025 0.2740 0.548 0.056 0.000 0.216 0.180
#> SRR1782982 1 0.6642 0.2931 0.580 0.200 0.000 0.036 0.184
#> SRR1782985 1 0.1956 0.5029 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1782983 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782987 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 1 0.5148 -0.2570 0.516 0.000 0.008 0.024 0.452
#> SRR1782986 3 0.0290 0.9165 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782988 3 0.0609 0.9147 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1782990 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 4 0.2011 0.7576 0.004 0.000 0.000 0.908 0.088
#> SRR1782992 1 0.1965 0.4417 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782993 1 0.2228 0.4943 0.900 0.004 0.000 0.092 0.004
#> SRR1782995 5 0.6432 0.5758 0.304 0.000 0.204 0.000 0.492
#> SRR1782994 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0162 0.9165 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782998 3 0.0000 0.9169 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.1270 0.4708 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1782997 1 0.1270 0.4708 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1783000 1 0.3825 0.3334 0.804 0.060 0.000 0.000 0.136
#> SRR1783001 1 0.4235 -0.1400 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1783002 4 0.5510 0.3606 0.164 0.000 0.000 0.652 0.184
#> SRR1783003 1 0.5401 -0.4375 0.492 0.000 0.056 0.000 0.452
#> SRR1783004 2 0.0000 0.9214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.2136 0.4995 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1783006 4 0.6176 0.3892 0.160 0.032 0.000 0.636 0.172
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.4293 0.65976 0.728 0.000 0.000 0.036 0.024 0.212
#> SRR1782686 1 0.5590 0.68105 0.628 0.000 0.000 0.036 0.208 0.128
#> SRR1782687 1 0.5376 0.59046 0.600 0.000 0.000 0.036 0.064 0.300
#> SRR1782688 1 0.5083 0.70259 0.728 0.124 0.000 0.040 0.020 0.088
#> SRR1782690 1 0.4055 0.74177 0.728 0.000 0.000 0.036 0.228 0.008
#> SRR1782691 3 0.3254 0.79732 0.048 0.000 0.816 0.000 0.136 0.000
#> SRR1782689 1 0.5498 0.67742 0.632 0.000 0.000 0.036 0.224 0.108
#> SRR1782692 1 0.4545 0.52457 0.616 0.344 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1782693 5 0.3840 0.72166 0.104 0.000 0.020 0.000 0.800 0.076
#> SRR1782694 1 0.4198 0.65581 0.732 0.000 0.000 0.040 0.016 0.212
#> SRR1782696 1 0.6121 0.40883 0.436 0.288 0.000 0.000 0.272 0.004
#> SRR1782697 1 0.5269 0.71786 0.720 0.132 0.000 0.040 0.040 0.068
#> SRR1782695 3 0.0146 0.90321 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782700 1 0.4530 0.76007 0.740 0.036 0.000 0.000 0.160 0.064
#> SRR1782699 1 0.4252 0.75124 0.768 0.076 0.000 0.000 0.128 0.028
#> SRR1782701 5 0.2454 0.77183 0.020 0.000 0.088 0.000 0.884 0.008
#> SRR1782702 1 0.5216 0.71664 0.716 0.152 0.000 0.032 0.044 0.056
#> SRR1782704 1 0.4198 0.65581 0.732 0.000 0.000 0.040 0.016 0.212
#> SRR1782703 3 0.1265 0.89660 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782705 6 0.1610 0.76390 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782709 1 0.4874 0.69133 0.732 0.052 0.000 0.036 0.020 0.160
#> SRR1782711 1 0.6074 0.48095 0.476 0.000 0.004 0.004 0.304 0.212
#> SRR1782707 5 0.3529 0.72434 0.040 0.000 0.152 0.000 0.800 0.008
#> SRR1782706 1 0.3136 0.73972 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR1782708 1 0.4198 0.65581 0.732 0.000 0.000 0.040 0.016 0.212
#> SRR1782712 6 0.2762 0.65889 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1782713 4 0.3428 0.62989 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1782710 1 0.3426 0.71356 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1782714 6 0.1814 0.75964 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1782716 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782715 3 0.2361 0.88312 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782717 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782718 6 0.1714 0.76273 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782719 5 0.3329 0.77500 0.040 0.000 0.040 0.000 0.844 0.076
#> SRR1782720 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782721 6 0.1556 0.76453 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1782726 5 0.3401 0.73857 0.016 0.000 0.204 0.000 0.776 0.004
#> SRR1782722 5 0.3264 0.74030 0.008 0.000 0.184 0.012 0.796 0.000
#> SRR1782723 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782727 2 0.0146 0.95634 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782725 6 0.1765 0.76118 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1782724 1 0.3290 0.73223 0.744 0.000 0.000 0.000 0.252 0.004
#> SRR1782728 4 0.2416 0.86927 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1782730 1 0.4371 0.71836 0.708 0.000 0.000 0.036 0.236 0.020
#> SRR1782729 3 0.1700 0.89355 0.080 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782733 2 0.0806 0.94067 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782732 6 0.3866 -0.01525 0.000 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1782735 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782731 1 0.3136 0.73972 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR1782734 2 0.1863 0.86243 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782736 1 0.4584 0.75379 0.736 0.000 0.000 0.036 0.160 0.068
#> SRR1782737 3 0.0790 0.90273 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782738 6 0.1714 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782739 6 0.1714 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782740 5 0.2341 0.78234 0.056 0.000 0.032 0.000 0.900 0.012
#> SRR1782741 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782742 1 0.3996 0.21167 0.512 0.484 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782743 2 0.1970 0.85861 0.008 0.900 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1782744 1 0.4456 0.72184 0.756 0.140 0.000 0.004 0.028 0.072
#> SRR1782745 2 0.0260 0.95389 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782747 2 0.1176 0.92805 0.020 0.956 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782750 5 0.4332 0.55747 0.040 0.000 0.316 0.000 0.644 0.000
#> SRR1782749 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782751 2 0.1663 0.88005 0.088 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782752 5 0.3133 0.69835 0.008 0.000 0.212 0.000 0.780 0.000
#> SRR1782746 6 0.5684 0.08476 0.140 0.000 0.004 0.000 0.380 0.476
#> SRR1782753 3 0.4371 0.56173 0.052 0.000 0.664 0.000 0.284 0.000
#> SRR1782748 2 0.0713 0.94281 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 6 0.3975 0.58758 0.048 0.000 0.004 0.000 0.204 0.744
#> SRR1782755 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782756 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782757 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782758 5 0.1616 0.78459 0.020 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000
#> SRR1782761 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782759 1 0.3314 0.72901 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004
#> SRR1782762 6 0.3563 0.42745 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1782760 6 0.1814 0.75964 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1782764 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782763 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782765 3 0.2121 0.88719 0.096 0.000 0.892 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782766 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782767 5 0.5258 0.66956 0.080 0.064 0.016 0.000 0.716 0.124
#> SRR1782769 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.2782 0.85064 0.024 0.876 0.000 0.000 0.032 0.068
#> SRR1782770 3 0.4103 0.81073 0.104 0.016 0.792 0.012 0.076 0.000
#> SRR1782774 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782771 5 0.6192 0.35392 0.072 0.044 0.348 0.012 0.520 0.004
#> SRR1782772 3 0.2361 0.88312 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782773 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782775 1 0.4336 0.65473 0.728 0.004 0.000 0.040 0.016 0.212
#> SRR1782777 3 0.0820 0.90296 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782776 6 0.1421 0.75648 0.028 0.028 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1782778 2 0.0972 0.93434 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782780 1 0.3689 0.69736 0.772 0.016 0.000 0.000 0.020 0.192
#> SRR1782781 6 0.1528 0.75932 0.016 0.000 0.000 0.048 0.000 0.936
#> SRR1782779 6 0.0458 0.77023 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782782 6 0.5897 -0.25314 0.432 0.000 0.000 0.036 0.088 0.444
#> SRR1782784 5 0.4012 0.48909 0.276 0.000 0.008 0.012 0.700 0.004
#> SRR1782783 1 0.3636 0.69225 0.676 0.000 0.000 0.000 0.320 0.004
#> SRR1782785 1 0.3265 0.73297 0.748 0.000 0.000 0.000 0.248 0.004
#> SRR1782786 6 0.1610 0.76390 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782787 3 0.0713 0.90177 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.4133 0.58813 0.032 0.000 0.252 0.000 0.708 0.008
#> SRR1782790 1 0.4208 0.72607 0.768 0.064 0.000 0.000 0.028 0.140
#> SRR1782789 6 0.2762 0.65938 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1782791 5 0.3534 0.71746 0.124 0.000 0.000 0.000 0.800 0.076
#> SRR1782792 6 0.1501 0.76819 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1782793 6 0.1863 0.76154 0.016 0.000 0.000 0.060 0.004 0.920
#> SRR1782794 5 0.4469 0.57194 0.220 0.000 0.004 0.000 0.700 0.076
#> SRR1782795 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782796 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782798 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782797 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782799 5 0.2538 0.77630 0.016 0.000 0.124 0.000 0.860 0.000
#> SRR1782800 5 0.4593 0.19639 0.384 0.000 0.016 0.012 0.584 0.004
#> SRR1782801 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782802 2 0.1858 0.87884 0.012 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1782803 5 0.3440 0.76922 0.028 0.064 0.040 0.012 0.852 0.004
#> SRR1782804 3 0.3446 0.49990 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1782805 3 0.2361 0.88312 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782806 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782808 6 0.1765 0.76156 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1782807 6 0.2053 0.76309 0.004 0.000 0.000 0.108 0.000 0.888
#> SRR1782809 6 0.1714 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782810 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782812 6 0.3672 0.36094 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1782813 6 0.5099 0.46548 0.216 0.076 0.000 0.000 0.036 0.672
#> SRR1782814 6 0.1714 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782815 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782816 5 0.2513 0.76618 0.008 0.000 0.140 0.000 0.852 0.000
#> SRR1782818 5 0.4052 0.60310 0.228 0.004 0.016 0.012 0.736 0.004
#> SRR1782819 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782817 3 0.4922 0.15664 0.044 0.000 0.504 0.000 0.444 0.008
#> SRR1782824 6 0.1728 0.74745 0.064 0.000 0.000 0.004 0.008 0.924
#> SRR1782825 1 0.5714 0.51320 0.536 0.332 0.000 0.000 0.020 0.112
#> SRR1782820 5 0.4391 0.73721 0.084 0.016 0.036 0.000 0.784 0.080
#> SRR1782822 6 0.1610 0.76604 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782821 1 0.3852 0.67734 0.664 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012
#> SRR1782823 5 0.3909 0.69493 0.148 0.000 0.004 0.000 0.772 0.076
#> SRR1782826 6 0.3671 0.69273 0.088 0.000 0.000 0.036 0.056 0.820
#> SRR1782830 6 0.4086 0.57726 0.048 0.000 0.004 0.000 0.220 0.728
#> SRR1782828 2 0.0260 0.95389 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782829 6 0.0436 0.76846 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004 0.988
#> SRR1782831 6 0.0858 0.77158 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR1782834 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782832 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782835 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782837 6 0.0748 0.77040 0.004 0.004 0.000 0.016 0.000 0.976
#> SRR1782836 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782838 3 0.4084 0.23628 0.012 0.000 0.588 0.000 0.400 0.000
#> SRR1782839 5 0.3647 0.51832 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1782840 6 0.3409 0.69452 0.076 0.076 0.000 0.000 0.016 0.832
#> SRR1782833 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782842 5 0.2933 0.73624 0.128 0.000 0.016 0.012 0.844 0.000
#> SRR1782841 6 0.0993 0.77153 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1782843 5 0.5490 0.53600 0.172 0.148 0.016 0.012 0.652 0.000
#> SRR1782845 5 0.4756 0.61441 0.004 0.000 0.292 0.000 0.636 0.068
#> SRR1782844 3 0.1196 0.90101 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.2361 0.88312 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782847 3 0.0000 0.90327 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782848 3 0.0146 0.90370 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782849 5 0.3607 0.48520 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1782850 5 0.5118 0.68425 0.092 0.024 0.028 0.000 0.720 0.136
#> SRR1782851 1 0.4313 0.64273 0.668 0.000 0.000 0.000 0.048 0.284
#> SRR1782852 6 0.0260 0.76881 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1782853 1 0.5521 0.26825 0.460 0.068 0.000 0.000 0.024 0.448
#> SRR1782855 5 0.1777 0.77800 0.032 0.000 0.024 0.012 0.932 0.000
#> SRR1782856 1 0.4718 0.68464 0.632 0.000 0.000 0.000 0.292 0.076
#> SRR1782854 1 0.5105 0.66043 0.660 0.228 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1782857 6 0.3409 0.69452 0.076 0.076 0.000 0.000 0.016 0.832
#> SRR1782858 3 0.0146 0.90370 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782859 5 0.6193 0.55893 0.060 0.108 0.228 0.012 0.592 0.000
#> SRR1782860 6 0.5700 -0.18244 0.412 0.040 0.000 0.000 0.064 0.484
#> SRR1782861 5 0.2975 0.78331 0.020 0.000 0.048 0.000 0.864 0.068
#> SRR1782862 5 0.4019 0.76247 0.056 0.008 0.048 0.000 0.808 0.080
#> SRR1782863 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782864 3 0.0865 0.90062 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782866 1 0.4810 0.66228 0.624 0.000 0.000 0.000 0.292 0.084
#> SRR1782865 5 0.3566 0.73551 0.104 0.000 0.008 0.000 0.812 0.076
#> SRR1782867 6 0.0458 0.77048 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1782868 1 0.5220 0.57134 0.572 0.000 0.012 0.000 0.340 0.076
#> SRR1782872 5 0.3779 0.76466 0.080 0.000 0.032 0.000 0.812 0.076
#> SRR1782874 1 0.4496 0.74814 0.764 0.080 0.000 0.000 0.076 0.080
#> SRR1782875 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782870 5 0.1605 0.77979 0.016 0.000 0.032 0.012 0.940 0.000
#> SRR1782871 6 0.4390 0.47377 0.048 0.000 0.004 0.000 0.272 0.676
#> SRR1782877 1 0.3766 0.68686 0.684 0.000 0.000 0.000 0.304 0.012
#> SRR1782873 2 0.0865 0.93352 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782878 6 0.1584 0.76967 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008 0.928
#> SRR1782879 6 0.1714 0.76273 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782880 1 0.3265 0.73297 0.748 0.000 0.000 0.000 0.248 0.004
#> SRR1782883 5 0.2644 0.76959 0.060 0.000 0.008 0.000 0.880 0.052
#> SRR1782881 5 0.3188 0.77493 0.032 0.000 0.040 0.000 0.852 0.076
#> SRR1782882 2 0.0937 0.92849 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782884 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782885 3 0.3442 0.83652 0.104 0.000 0.824 0.012 0.060 0.000
#> SRR1782886 1 0.4074 0.75744 0.760 0.020 0.000 0.000 0.176 0.044
#> SRR1782887 3 0.5066 0.37511 0.064 0.000 0.588 0.012 0.336 0.000
#> SRR1782888 5 0.5301 -0.30332 0.456 0.000 0.008 0.000 0.460 0.076
#> SRR1782889 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782892 3 0.0937 0.88906 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1782890 5 0.1777 0.77694 0.032 0.000 0.024 0.012 0.932 0.000
#> SRR1782891 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782894 1 0.3314 0.73054 0.740 0.000 0.000 0.000 0.256 0.004
#> SRR1782897 5 0.2932 0.75885 0.020 0.000 0.140 0.000 0.836 0.004
#> SRR1782896 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.4012 0.62156 0.032 0.000 0.232 0.000 0.728 0.008
#> SRR1782901 1 0.4917 0.55946 0.576 0.000 0.000 0.000 0.348 0.076
#> SRR1782899 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782902 5 0.1257 0.78233 0.020 0.000 0.028 0.000 0.952 0.000
#> SRR1782903 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782905 5 0.3320 0.77626 0.032 0.000 0.048 0.000 0.844 0.076
#> SRR1782904 3 0.0146 0.90370 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782907 1 0.3240 0.73465 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1782906 1 0.3349 0.73626 0.748 0.000 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR1782908 5 0.3056 0.76525 0.016 0.000 0.140 0.012 0.832 0.000
#> SRR1782909 1 0.4528 0.72415 0.744 0.144 0.000 0.000 0.032 0.080
#> SRR1782911 1 0.4481 0.63889 0.656 0.000 0.000 0.000 0.060 0.284
#> SRR1782910 3 0.2218 0.88453 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782912 5 0.2318 0.78366 0.020 0.000 0.028 0.000 0.904 0.048
#> SRR1782913 5 0.1605 0.78477 0.016 0.000 0.044 0.000 0.936 0.004
#> SRR1782915 3 0.2597 0.73704 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1782914 1 0.4499 0.43277 0.540 0.000 0.000 0.000 0.428 0.032
#> SRR1782916 6 0.4857 0.27851 0.320 0.024 0.000 0.000 0.036 0.620
#> SRR1782918 3 0.0000 0.90327 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782919 3 0.2218 0.88453 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782920 5 0.2983 0.75454 0.032 0.000 0.136 0.000 0.832 0.000
#> SRR1782917 5 0.4545 0.69226 0.072 0.128 0.028 0.012 0.760 0.000
#> SRR1782922 4 0.3101 0.73958 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1782921 2 0.0260 0.95389 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782924 5 0.1922 0.77615 0.040 0.000 0.024 0.012 0.924 0.000
#> SRR1782926 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782929 2 0.0363 0.95189 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782927 3 0.2473 0.88076 0.104 0.000 0.876 0.012 0.008 0.000
#> SRR1782928 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782930 3 0.0146 0.90370 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782931 6 0.5574 0.53162 0.112 0.156 0.000 0.000 0.072 0.660
#> SRR1782934 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782936 1 0.3940 0.65554 0.640 0.000 0.000 0.000 0.348 0.012
#> SRR1782937 2 0.4045 0.69331 0.124 0.756 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1782939 1 0.4787 0.68028 0.684 0.216 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1782940 5 0.4712 -0.00353 0.420 0.004 0.012 0.012 0.548 0.004
#> SRR1782941 1 0.3360 0.72634 0.732 0.000 0.000 0.000 0.264 0.004
#> SRR1782942 3 0.2218 0.88453 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782945 6 0.5624 0.01347 0.148 0.000 0.000 0.000 0.396 0.456
#> SRR1782944 1 0.5228 0.67914 0.620 0.120 0.000 0.000 0.252 0.008
#> SRR1782947 5 0.3472 0.75956 0.096 0.000 0.008 0.000 0.820 0.076
#> SRR1782948 2 0.0858 0.93701 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782949 5 0.3689 0.76101 0.084 0.000 0.056 0.000 0.820 0.040
#> SRR1782952 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782950 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782953 2 0.4715 0.60266 0.176 0.720 0.000 0.000 0.036 0.068
#> SRR1782951 5 0.4065 0.75627 0.080 0.000 0.060 0.000 0.796 0.064
#> SRR1782954 6 0.1714 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782955 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782956 6 0.4543 0.14696 0.380 0.032 0.000 0.000 0.004 0.584
#> SRR1782957 3 0.2361 0.88312 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782946 5 0.4892 0.64424 0.012 0.000 0.268 0.000 0.648 0.072
#> SRR1782959 4 0.1327 0.96986 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782958 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782960 3 0.1152 0.89820 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782961 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782962 2 0.6074 -0.14230 0.256 0.452 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1782964 3 0.2218 0.88453 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782963 1 0.4055 0.74179 0.728 0.000 0.000 0.036 0.228 0.008
#> SRR1782965 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.0713 0.93579 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1782968 3 0.0000 0.90327 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.2218 0.88453 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782969 5 0.2395 0.76424 0.076 0.000 0.020 0.012 0.892 0.000
#> SRR1782970 6 0.3672 0.36094 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1782971 6 0.1714 0.76255 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1782972 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782973 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782974 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782975 6 0.1477 0.75509 0.048 0.000 0.000 0.004 0.008 0.940
#> SRR1782976 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782977 3 0.3417 0.77650 0.044 0.000 0.796 0.000 0.160 0.000
#> SRR1782979 1 0.3627 0.74302 0.752 0.020 0.000 0.000 0.224 0.004
#> SRR1782980 5 0.2489 0.76790 0.012 0.000 0.128 0.000 0.860 0.000
#> SRR1782981 6 0.5062 0.34751 0.284 0.080 0.000 0.000 0.012 0.624
#> SRR1782982 1 0.6545 0.54278 0.504 0.212 0.000 0.000 0.056 0.228
#> SRR1782985 1 0.4247 0.71969 0.772 0.124 0.000 0.004 0.020 0.080
#> SRR1782983 3 0.2573 0.87803 0.104 0.000 0.872 0.012 0.012 0.000
#> SRR1782987 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782984 5 0.3779 0.76466 0.080 0.000 0.032 0.000 0.812 0.076
#> SRR1782986 3 0.2170 0.88607 0.100 0.000 0.888 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782988 3 0.2361 0.88312 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782990 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782991 3 0.1007 0.89915 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782989 6 0.3531 0.44746 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1782992 1 0.3912 0.64629 0.648 0.000 0.000 0.012 0.340 0.000
#> SRR1782993 1 0.4153 0.68376 0.736 0.024 0.000 0.000 0.028 0.212
#> SRR1782995 5 0.2932 0.74512 0.016 0.000 0.164 0.000 0.820 0.000
#> SRR1782994 3 0.0146 0.90370 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782996 3 0.0935 0.90231 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.0000 0.90327 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782999 1 0.3448 0.70994 0.716 0.000 0.000 0.000 0.280 0.004
#> SRR1782997 1 0.3489 0.70325 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1783000 5 0.6332 0.15292 0.272 0.220 0.004 0.012 0.488 0.004
#> SRR1783001 5 0.1753 0.75793 0.084 0.000 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1783002 6 0.0909 0.76563 0.012 0.020 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1783003 5 0.3008 0.78256 0.016 0.000 0.052 0.000 0.860 0.072
#> SRR1783004 2 0.0000 0.95809 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.3290 0.68303 0.776 0.000 0.000 0.000 0.016 0.208
#> SRR1783006 6 0.0777 0.76645 0.004 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16900 rows and 314 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.420 0.733 0.780 0.3965 0.616 0.616
#> 3 3 0.461 0.678 0.833 0.4430 0.716 0.574
#> 4 4 0.568 0.738 0.842 0.2449 0.727 0.450
#> 5 5 0.549 0.564 0.730 0.0860 0.845 0.538
#> 6 6 0.610 0.494 0.705 0.0495 0.904 0.640
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1782685 2 0.5519 0.7760 0.128 0.872
#> SRR1782686 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782687 1 0.2603 0.8262 0.956 0.044
#> SRR1782688 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782690 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782691 2 0.9815 0.5553 0.420 0.580
#> SRR1782689 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782692 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782693 1 0.5408 0.7580 0.876 0.124
#> SRR1782694 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782696 2 0.7745 0.7902 0.228 0.772
#> SRR1782697 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782695 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782700 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782699 2 0.7528 0.7886 0.216 0.784
#> SRR1782701 1 0.6531 0.7034 0.832 0.168
#> SRR1782702 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782704 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782703 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782705 1 0.0376 0.8169 0.996 0.004
#> SRR1782709 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782711 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782707 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782706 2 0.8207 0.7930 0.256 0.744
#> SRR1782708 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782712 2 0.6048 0.5813 0.148 0.852
#> SRR1782713 2 0.8713 0.2631 0.292 0.708
#> SRR1782710 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782714 1 0.0000 0.8147 1.000 0.000
#> SRR1782716 1 0.9710 0.5271 0.600 0.400
#> SRR1782715 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782717 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782718 1 0.0000 0.8147 1.000 0.000
#> SRR1782719 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782720 1 0.8386 0.6251 0.732 0.268
#> SRR1782721 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782726 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782722 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782723 2 0.8499 0.7885 0.276 0.724
#> SRR1782727 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782725 1 0.2603 0.7963 0.956 0.044
#> SRR1782724 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782728 2 0.6712 0.5327 0.176 0.824
#> SRR1782730 1 0.9754 0.0426 0.592 0.408
#> SRR1782729 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782733 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782732 2 0.7056 0.5032 0.192 0.808
#> SRR1782735 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782731 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782734 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782736 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782737 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782738 1 0.0000 0.8147 1.000 0.000
#> SRR1782739 1 0.2043 0.8291 0.968 0.032
#> SRR1782740 1 0.7299 0.6461 0.796 0.204
#> SRR1782741 1 0.8081 0.6421 0.752 0.248
#> SRR1782742 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782743 2 0.3431 0.7653 0.064 0.936
#> SRR1782744 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782745 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782747 2 0.0376 0.7541 0.004 0.996
#> SRR1782750 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782749 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782751 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782752 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782746 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782753 2 0.9170 0.7192 0.332 0.668
#> SRR1782748 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782754 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782755 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782756 1 0.9977 0.4193 0.528 0.472
#> SRR1782757 2 0.0376 0.7541 0.004 0.996
#> SRR1782758 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782761 1 0.8386 0.6251 0.732 0.268
#> SRR1782759 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782762 2 0.2236 0.7177 0.036 0.964
#> SRR1782760 1 0.9977 0.4177 0.528 0.472
#> SRR1782764 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782763 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782765 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782766 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782767 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782769 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782768 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782770 2 0.8016 0.7921 0.244 0.756
#> SRR1782774 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782771 2 0.8144 0.7928 0.252 0.748
#> SRR1782772 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782773 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782775 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782777 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782776 2 0.3274 0.7641 0.060 0.940
#> SRR1782778 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782780 2 0.8267 0.7935 0.260 0.740
#> SRR1782781 1 0.3733 0.8077 0.928 0.072
#> SRR1782779 2 0.9983 0.4219 0.476 0.524
#> SRR1782782 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782784 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782783 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782785 2 0.8327 0.7931 0.264 0.736
#> SRR1782786 1 0.0000 0.8147 1.000 0.000
#> SRR1782787 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782788 1 0.4815 0.7769 0.896 0.104
#> SRR1782790 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782789 2 0.5629 0.6064 0.132 0.868
#> SRR1782791 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782792 2 0.2043 0.7219 0.032 0.968
#> SRR1782793 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782794 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782795 1 0.0938 0.8117 0.988 0.012
#> SRR1782796 1 0.8386 0.6251 0.732 0.268
#> SRR1782798 1 0.8443 0.6217 0.728 0.272
#> SRR1782797 1 0.8443 0.6217 0.728 0.272
#> SRR1782799 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782800 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782801 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782802 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782803 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782804 1 0.7528 0.6261 0.784 0.216
#> SRR1782805 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782806 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782808 2 0.2236 0.7177 0.036 0.964
#> SRR1782807 1 0.0376 0.8169 0.996 0.004
#> SRR1782809 1 0.0000 0.8147 1.000 0.000
#> SRR1782810 1 0.8499 0.6203 0.724 0.276
#> SRR1782812 2 0.2236 0.7177 0.036 0.964
#> SRR1782813 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782814 1 0.9170 0.3255 0.668 0.332
#> SRR1782815 1 0.8955 0.6016 0.688 0.312
#> SRR1782816 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782818 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782819 1 0.0000 0.8147 1.000 0.000
#> SRR1782817 1 0.7815 0.5931 0.768 0.232
#> SRR1782824 1 0.4022 0.8004 0.920 0.080
#> SRR1782825 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782820 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782822 2 0.9286 0.2154 0.344 0.656
#> SRR1782821 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782823 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782826 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782830 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782828 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782829 1 0.2423 0.8285 0.960 0.040
#> SRR1782831 2 0.0672 0.7458 0.008 0.992
#> SRR1782834 1 0.7602 0.6656 0.780 0.220
#> SRR1782832 2 0.9833 -0.1784 0.424 0.576
#> SRR1782835 1 0.9323 0.5775 0.652 0.348
#> SRR1782837 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782836 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782838 1 0.9896 -0.1121 0.560 0.440
#> SRR1782839 2 0.8608 0.7803 0.284 0.716
#> SRR1782840 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782833 1 0.7602 0.6656 0.780 0.220
#> SRR1782842 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782841 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782843 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782845 1 0.2778 0.8238 0.952 0.048
#> SRR1782844 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782846 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782847 2 0.9427 0.6748 0.360 0.640
#> SRR1782848 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782849 2 0.8499 0.7885 0.276 0.724
#> SRR1782850 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782851 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782852 2 1.0000 0.3476 0.500 0.500
#> SRR1782853 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782855 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782856 1 0.9944 -0.1757 0.544 0.456
#> SRR1782854 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782857 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782858 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782859 2 0.8081 0.7925 0.248 0.752
#> SRR1782860 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782861 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782862 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782863 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782864 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782866 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782865 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782867 2 0.9358 0.5501 0.352 0.648
#> SRR1782868 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782872 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782874 2 0.8144 0.7928 0.252 0.748
#> SRR1782875 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782870 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782871 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782877 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782873 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782878 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782879 1 0.1843 0.8276 0.972 0.028
#> SRR1782880 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782883 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782881 1 0.5842 0.7393 0.860 0.140
#> SRR1782882 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782884 1 0.9323 0.2863 0.652 0.348
#> SRR1782885 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782886 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782887 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782888 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782889 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782892 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782890 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782891 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782893 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782894 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782897 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782896 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782895 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782898 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782900 1 0.7674 0.6060 0.776 0.224
#> SRR1782901 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782899 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782902 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782903 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782905 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782904 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782907 2 0.8327 0.7931 0.264 0.736
#> SRR1782906 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782908 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782909 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782911 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782910 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782912 1 0.4815 0.7795 0.896 0.104
#> SRR1782913 2 0.8909 0.7531 0.308 0.692
#> SRR1782915 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782914 1 0.9881 -0.1000 0.564 0.436
#> SRR1782916 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782918 1 0.8386 0.5171 0.732 0.268
#> SRR1782919 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782920 2 0.9996 0.3713 0.488 0.512
#> SRR1782917 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782922 1 0.0376 0.8169 0.996 0.004
#> SRR1782921 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782923 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782925 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782924 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782926 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782929 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782927 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782928 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782932 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782933 1 0.5059 0.7502 0.888 0.112
#> SRR1782930 2 0.9393 0.6844 0.356 0.644
#> SRR1782931 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782934 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782935 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782936 2 0.9775 0.5720 0.412 0.588
#> SRR1782937 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782939 2 0.4161 0.7687 0.084 0.916
#> SRR1782940 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782941 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782942 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782945 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782944 2 0.8327 0.7931 0.264 0.736
#> SRR1782947 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782948 2 0.0672 0.7549 0.008 0.992
#> SRR1782949 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782952 2 0.8763 0.7665 0.296 0.704
#> SRR1782950 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782953 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782951 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782954 2 0.4690 0.6517 0.100 0.900
#> SRR1782955 2 0.9087 0.1664 0.324 0.676
#> SRR1782956 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782957 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782946 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782959 1 0.8443 0.6217 0.728 0.272
#> SRR1782958 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782960 2 0.9044 0.7358 0.320 0.680
#> SRR1782961 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782962 2 0.5946 0.7782 0.144 0.856
#> SRR1782964 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782963 2 0.8386 0.7929 0.268 0.732
#> SRR1782965 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782966 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782968 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782967 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782969 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782970 2 0.2236 0.7177 0.036 0.964
#> SRR1782971 2 0.8713 0.4002 0.292 0.708
#> SRR1782972 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782973 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782974 2 0.9000 0.7417 0.316 0.684
#> SRR1782975 1 0.5737 0.7442 0.864 0.136
#> SRR1782976 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782977 1 0.9170 0.3371 0.668 0.332
#> SRR1782979 2 0.8144 0.7928 0.252 0.748
#> SRR1782980 2 0.8499 0.7885 0.276 0.724
#> SRR1782981 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782982 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782985 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782983 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782987 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782984 1 0.2236 0.8305 0.964 0.036
#> SRR1782986 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782988 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782990 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782991 2 0.9129 0.7251 0.328 0.672
#> SRR1782989 2 0.2236 0.7177 0.036 0.964
#> SRR1782992 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782993 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1782995 2 0.9358 0.6882 0.352 0.648
#> SRR1782994 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782996 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782998 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782999 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1782997 2 0.8081 0.7925 0.248 0.752
#> SRR1783000 2 0.8267 0.7931 0.260 0.740
#> SRR1783001 2 0.8443 0.7923 0.272 0.728
#> SRR1783002 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1783003 1 0.9170 0.3373 0.668 0.332
#> SRR1783004 2 0.0000 0.7532 0.000 1.000
#> SRR1783005 2 0.7299 0.7877 0.204 0.796
#> SRR1783006 2 0.0938 0.7420 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1782685 2 0.1832 0.7913 0.008 0.956 0.036
#> SRR1782686 1 0.1399 0.7725 0.968 0.004 0.028
#> SRR1782687 1 0.4075 0.7451 0.880 0.072 0.048
#> SRR1782688 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782690 2 0.7348 0.4735 0.348 0.608 0.044
#> SRR1782691 1 0.1860 0.7806 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782689 1 0.2050 0.7741 0.952 0.028 0.020
#> SRR1782692 2 0.1031 0.7976 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782693 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782694 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782696 2 0.0848 0.8048 0.008 0.984 0.008
#> SRR1782697 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782695 2 0.6608 0.4908 0.356 0.628 0.016
#> SRR1782700 2 0.2313 0.7987 0.024 0.944 0.032
#> SRR1782699 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782701 1 0.0592 0.7817 0.988 0.012 0.000
#> SRR1782702 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782704 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782703 1 0.6192 0.2124 0.580 0.420 0.000
#> SRR1782705 1 0.3879 0.5816 0.848 0.000 0.152
#> SRR1782709 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782711 1 0.0424 0.7745 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782707 1 0.0237 0.7802 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782706 2 0.1751 0.8002 0.012 0.960 0.028
#> SRR1782708 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782712 3 0.1753 0.8202 0.000 0.048 0.952
#> SRR1782713 3 0.1643 0.8210 0.000 0.044 0.956
#> SRR1782710 2 0.6143 0.6381 0.256 0.720 0.024
#> SRR1782714 3 0.6045 0.5363 0.380 0.000 0.620
#> SRR1782716 3 0.1031 0.8209 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782715 2 0.6771 0.6086 0.276 0.684 0.040
#> SRR1782717 2 0.8275 0.1330 0.452 0.472 0.076
#> SRR1782718 1 0.5363 0.3276 0.724 0.000 0.276
#> SRR1782719 2 0.7517 0.3045 0.420 0.540 0.040
#> SRR1782720 3 0.1337 0.8205 0.012 0.016 0.972
#> SRR1782721 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782726 1 0.8810 0.4840 0.576 0.252 0.172
#> SRR1782722 2 0.5921 0.6882 0.212 0.756 0.032
#> SRR1782723 1 0.6856 0.6850 0.740 0.128 0.132
#> SRR1782727 2 0.0747 0.7999 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782725 3 0.2625 0.7945 0.084 0.000 0.916
#> SRR1782724 2 0.4217 0.7747 0.100 0.868 0.032
#> SRR1782728 3 0.4399 0.7389 0.000 0.188 0.812
#> SRR1782730 1 0.4636 0.7282 0.848 0.116 0.036
#> SRR1782729 2 0.9292 0.3278 0.332 0.492 0.176
#> SRR1782733 2 0.0424 0.8024 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782732 3 0.4504 0.7446 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782735 1 0.9211 0.3351 0.512 0.312 0.176
#> SRR1782731 2 0.3009 0.7960 0.052 0.920 0.028
#> SRR1782734 2 0.0747 0.7999 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782736 2 0.6526 0.6289 0.260 0.704 0.036
#> SRR1782737 2 0.8269 0.4886 0.316 0.584 0.100
#> SRR1782738 3 0.6848 0.2452 0.416 0.016 0.568
#> SRR1782739 1 0.4172 0.7139 0.840 0.004 0.156
#> SRR1782740 1 0.0424 0.7819 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782741 3 0.4178 0.7493 0.172 0.000 0.828
#> SRR1782742 2 0.0747 0.7999 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782743 2 0.1163 0.8037 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782744 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782745 2 0.0592 0.8035 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782747 2 0.1411 0.8020 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782750 2 0.6400 0.6831 0.208 0.740 0.052
#> SRR1782749 2 0.0747 0.8011 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782751 2 0.1163 0.8007 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782752 2 0.6570 0.5917 0.292 0.680 0.028
#> SRR1782746 1 0.0237 0.7768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782753 1 0.2959 0.7625 0.900 0.100 0.000
#> SRR1782748 2 0.0892 0.8002 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782754 1 0.1529 0.7745 0.960 0.000 0.040
#> SRR1782755 2 0.2261 0.7914 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782756 3 0.1031 0.8209 0.000 0.024 0.976
#> SRR1782757 2 0.2173 0.7992 0.008 0.944 0.048
#> SRR1782758 1 0.8572 0.4489 0.580 0.288 0.132
#> SRR1782761 3 0.1647 0.8149 0.036 0.004 0.960
#> SRR1782759 2 0.6108 0.6543 0.240 0.732 0.028
#> SRR1782762 3 0.4002 0.7762 0.000 0.160 0.840
#> SRR1782760 3 0.1411 0.8219 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782764 2 0.9328 0.2118 0.372 0.460 0.168
#> SRR1782763 2 0.2625 0.7837 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782765 2 0.9083 0.4505 0.280 0.540 0.180
#> SRR1782766 2 0.0592 0.8022 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782767 2 0.8593 0.5489 0.248 0.596 0.156
#> SRR1782769 2 0.1289 0.8023 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782768 2 0.4589 0.7147 0.008 0.820 0.172
#> SRR1782770 2 0.4128 0.7493 0.012 0.856 0.132
#> SRR1782774 2 0.1529 0.8012 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782771 2 0.4128 0.7493 0.012 0.856 0.132
#> SRR1782772 2 0.3356 0.7958 0.036 0.908 0.056
#> SRR1782773 2 0.1753 0.7988 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782775 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782777 1 0.8909 0.0930 0.476 0.400 0.124
#> SRR1782776 2 0.6974 0.6954 0.104 0.728 0.168
#> SRR1782778 2 0.0237 0.8038 0.000 0.996 0.004
#> SRR1782780 2 0.2176 0.7972 0.020 0.948 0.032
#> SRR1782781 1 0.5442 0.7007 0.812 0.132 0.056
#> SRR1782779 1 0.9497 0.2258 0.468 0.332 0.200
#> SRR1782782 1 0.1163 0.7729 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782784 2 0.6200 0.5644 0.312 0.676 0.012
#> SRR1782783 1 0.7236 0.3007 0.576 0.392 0.032
#> SRR1782785 2 0.1905 0.7998 0.016 0.956 0.028
#> SRR1782786 1 0.5465 0.2609 0.712 0.000 0.288
#> SRR1782787 2 0.7924 0.5282 0.304 0.612 0.084
#> SRR1782788 1 0.0424 0.7810 0.992 0.008 0.000
#> SRR1782790 2 0.2176 0.7985 0.020 0.948 0.032
#> SRR1782789 3 0.4121 0.7716 0.000 0.168 0.832
#> SRR1782791 1 0.0237 0.7792 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782792 3 0.5988 0.4258 0.000 0.368 0.632
#> SRR1782793 1 0.1289 0.7701 0.968 0.000 0.032
#> SRR1782794 1 0.0237 0.7768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782795 3 0.4974 0.7111 0.236 0.000 0.764
#> SRR1782796 3 0.4796 0.7222 0.220 0.000 0.780
#> SRR1782798 3 0.1765 0.8151 0.040 0.004 0.956
#> SRR1782797 3 0.1170 0.8197 0.016 0.008 0.976
#> SRR1782799 2 0.7514 0.5147 0.328 0.616 0.056
#> SRR1782800 2 0.5812 0.6326 0.264 0.724 0.012
#> SRR1782801 2 0.1753 0.7990 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782802 2 0.1753 0.7980 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782803 2 0.2772 0.7939 0.080 0.916 0.004
#> SRR1782804 1 0.0848 0.7806 0.984 0.008 0.008
#> SRR1782805 2 0.7363 0.5854 0.280 0.656 0.064
#> SRR1782806 1 0.6984 0.6609 0.720 0.192 0.088
#> SRR1782808 2 0.6309 -0.1000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1782807 1 0.2165 0.7436 0.936 0.000 0.064
#> SRR1782809 1 0.4974 0.5281 0.764 0.000 0.236
#> SRR1782810 3 0.1182 0.8207 0.012 0.012 0.976
#> SRR1782812 3 0.3482 0.7937 0.000 0.128 0.872
#> SRR1782813 2 0.1753 0.7961 0.000 0.952 0.048
#> SRR1782814 3 0.3369 0.7949 0.052 0.040 0.908
#> SRR1782815 3 0.1482 0.8229 0.012 0.020 0.968
#> SRR1782816 2 0.8055 0.5356 0.292 0.612 0.096
#> SRR1782818 2 0.2269 0.8057 0.040 0.944 0.016
#> SRR1782819 3 0.4887 0.7164 0.228 0.000 0.772
#> SRR1782817 1 0.0983 0.7829 0.980 0.016 0.004
#> SRR1782824 1 0.1411 0.7703 0.964 0.000 0.036
#> SRR1782825 2 0.0892 0.8002 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782820 2 0.8623 0.5185 0.272 0.584 0.144
#> SRR1782822 3 0.4409 0.7262 0.004 0.172 0.824
#> SRR1782821 1 0.7339 0.3020 0.572 0.392 0.036
#> SRR1782823 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782826 1 0.1163 0.7706 0.972 0.000 0.028
#> SRR1782830 1 0.0237 0.7768 0.996 0.000 0.004
#> SRR1782828 2 0.1031 0.8037 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782829 1 0.1031 0.7690 0.976 0.000 0.024
#> SRR1782831 3 0.6280 -0.0540 0.000 0.460 0.540
#> SRR1782834 3 0.4887 0.7181 0.228 0.000 0.772
#> SRR1782832 3 0.1411 0.8202 0.000 0.036 0.964
#> SRR1782835 3 0.1129 0.8214 0.004 0.020 0.976
#> SRR1782837 2 0.3619 0.7576 0.000 0.864 0.136
#> SRR1782836 1 0.9343 0.2196 0.476 0.348 0.176
#> SRR1782838 1 0.6283 0.6861 0.760 0.064 0.176
#> SRR1782839 1 0.5455 0.6842 0.776 0.204 0.020
#> SRR1782840 2 0.1964 0.7931 0.000 0.944 0.056
#> SRR1782833 3 0.5178 0.6967 0.256 0.000 0.744
#> SRR1782842 2 0.5812 0.6326 0.264 0.724 0.012
#> SRR1782841 1 0.0747 0.7693 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782843 2 0.1585 0.8059 0.028 0.964 0.008
#> SRR1782845 1 0.1585 0.7784 0.964 0.008 0.028
#> SRR1782844 2 0.8614 0.4757 0.304 0.568 0.128
#> SRR1782846 2 0.3805 0.7773 0.024 0.884 0.092
#> SRR1782847 1 0.6737 0.6855 0.744 0.100 0.156
#> SRR1782848 2 0.9153 0.3967 0.308 0.520 0.172
#> SRR1782849 1 0.7478 0.6393 0.692 0.192 0.116
#> SRR1782850 2 0.9283 0.3647 0.320 0.500 0.180
#> SRR1782851 2 0.6168 0.6685 0.224 0.740 0.036
#> SRR1782852 2 0.7759 0.0604 0.472 0.480 0.048
#> SRR1782853 2 0.0892 0.7988 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782855 2 0.6148 0.4917 0.356 0.640 0.004
#> SRR1782856 1 0.3554 0.7604 0.900 0.064 0.036
#> SRR1782854 2 0.0747 0.7999 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782857 2 0.3551 0.7544 0.000 0.868 0.132
#> SRR1782858 1 0.8172 0.6030 0.644 0.180 0.176
#> SRR1782859 2 0.3459 0.7753 0.012 0.892 0.096
#> SRR1782860 2 0.6180 0.6373 0.260 0.716 0.024
#> SRR1782861 1 0.9109 0.1906 0.488 0.364 0.148
#> SRR1782862 2 0.9129 0.4409 0.288 0.532 0.180
#> SRR1782863 1 0.9029 0.2469 0.504 0.352 0.144
#> SRR1782864 2 0.6742 0.5558 0.316 0.656 0.028
#> SRR1782866 2 0.7141 0.4377 0.368 0.600 0.032
#> SRR1782865 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782867 2 0.8507 0.1190 0.424 0.484 0.092
#> SRR1782868 2 0.7152 0.2238 0.444 0.532 0.024
#> SRR1782872 1 0.0424 0.7784 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782874 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782875 2 0.1289 0.8023 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782870 2 0.6688 0.3538 0.408 0.580 0.012
#> SRR1782871 1 0.0424 0.7784 0.992 0.000 0.008
#> SRR1782877 2 0.6420 0.5947 0.288 0.688 0.024
#> SRR1782873 2 0.0747 0.8030 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782878 1 0.0747 0.7693 0.984 0.000 0.016
#> SRR1782879 1 0.0592 0.7745 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782880 2 0.2318 0.7998 0.028 0.944 0.028
#> SRR1782883 1 0.0237 0.7802 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782881 1 0.1315 0.7798 0.972 0.008 0.020
#> SRR1782882 2 0.1643 0.8002 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782884 1 0.5295 0.7111 0.808 0.036 0.156
#> SRR1782885 2 0.9061 0.4765 0.264 0.548 0.188
#> SRR1782886 2 0.2031 0.7981 0.016 0.952 0.032
#> SRR1782887 2 0.4045 0.7693 0.024 0.872 0.104
#> SRR1782888 2 0.6308 0.1428 0.492 0.508 0.000
#> SRR1782889 2 0.0747 0.8043 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782892 1 0.5578 0.6449 0.748 0.240 0.012
#> SRR1782890 2 0.6143 0.5785 0.304 0.684 0.012
#> SRR1782891 2 0.2496 0.7914 0.004 0.928 0.068
#> SRR1782893 2 0.1031 0.8037 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782894 2 0.6978 0.5117 0.336 0.632 0.032
#> SRR1782897 2 0.6299 0.1875 0.476 0.524 0.000
#> SRR1782896 2 0.1031 0.8037 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782895 2 0.0747 0.8011 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782898 2 0.1289 0.8025 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782900 1 0.1031 0.7835 0.976 0.024 0.000
#> SRR1782901 1 0.0592 0.7724 0.988 0.000 0.012
#> SRR1782899 2 0.1289 0.8021 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782902 1 0.5431 0.5658 0.716 0.284 0.000
#> SRR1782903 2 0.1163 0.8029 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782905 1 0.9428 0.0100 0.428 0.396 0.176
#> SRR1782904 2 0.9245 0.3612 0.320 0.504 0.176
#> SRR1782907 2 0.1905 0.7998 0.016 0.956 0.028
#> SRR1782906 2 0.3237 0.7940 0.056 0.912 0.032
#> SRR1782908 2 0.5541 0.6504 0.252 0.740 0.008
#> SRR1782909 2 0.1163 0.7960 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782911 2 0.6665 0.6072 0.276 0.688 0.036
#> SRR1782910 2 0.8464 0.5222 0.280 0.592 0.128
#> SRR1782912 1 0.0237 0.7802 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782913 1 0.3941 0.7297 0.844 0.156 0.000
#> SRR1782915 1 0.2063 0.7741 0.948 0.008 0.044
#> SRR1782914 1 0.1643 0.7818 0.956 0.044 0.000
#> SRR1782916 2 0.1411 0.7928 0.000 0.964 0.036
#> SRR1782918 1 0.4485 0.7287 0.844 0.020 0.136
#> SRR1782919 2 0.9129 0.4335 0.288 0.532 0.180
#> SRR1782920 1 0.1753 0.7813 0.952 0.048 0.000
#> SRR1782917 2 0.1585 0.8073 0.028 0.964 0.008
#> SRR1782922 1 0.4555 0.4837 0.800 0.000 0.200
#> SRR1782921 2 0.0592 0.8043 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782923 2 0.1289 0.8023 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782925 2 0.1529 0.8004 0.000 0.960 0.040
#> SRR1782924 2 0.6313 0.5690 0.308 0.676 0.016
#> SRR1782926 2 0.1643 0.7991 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782929 2 0.1289 0.8021 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782927 2 0.4995 0.7383 0.032 0.824 0.144
#> SRR1782928 2 0.2261 0.7911 0.000 0.932 0.068
#> SRR1782932 2 0.2165 0.7933 0.000 0.936 0.064
#> SRR1782933 3 0.5058 0.7058 0.244 0.000 0.756
#> SRR1782930 1 0.7165 0.6632 0.716 0.112 0.172
#> SRR1782931 2 0.4861 0.6937 0.008 0.800 0.192
#> SRR1782934 2 0.2625 0.7836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1782935 2 0.2066 0.7945 0.000 0.940 0.060
#> SRR1782936 1 0.3370 0.7685 0.904 0.072 0.024
#> SRR1782937 2 0.1031 0.7990 0.000 0.976 0.024
#> SRR1782939 2 0.0592 0.8012 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782940 2 0.1832 0.8066 0.036 0.956 0.008
#> SRR1782941 2 0.7672 0.0898 0.468 0.488 0.044
#> SRR1782942 2 0.4007 0.7817 0.036 0.880 0.084
#> SRR1782945 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782944 2 0.1905 0.8066 0.016 0.956 0.028
#> SRR1782947 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782948 2 0.0747 0.8043 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782949 1 0.0237 0.7802 0.996 0.004 0.000
#> SRR1782952 1 0.6025 0.7116 0.784 0.140 0.076
#> SRR1782950 2 0.3213 0.7784 0.008 0.900 0.092
#> SRR1782953 2 0.2356 0.7895 0.000 0.928 0.072
#> SRR1782951 1 0.0000 0.7785 1.000 0.000 0.000
#> SRR1782954 3 0.1878 0.8168 0.004 0.044 0.952
#> SRR1782955 3 0.4555 0.7541 0.000 0.200 0.800
#> SRR1782956 2 0.1163 0.7973 0.000 0.972 0.028
#> SRR1782957 2 0.8492 0.5243 0.276 0.592 0.132
#> SRR1782946 1 0.1170 0.7802 0.976 0.008 0.016
#> SRR1782959 3 0.2096 0.8087 0.052 0.004 0.944
#> SRR1782958 2 0.0592 0.8022 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782960 1 0.4786 0.7461 0.844 0.112 0.044
#> SRR1782961 2 0.0592 0.8022 0.000 0.988 0.012
#> SRR1782962 2 0.1170 0.8063 0.008 0.976 0.016
#> SRR1782964 2 0.9323 0.3681 0.312 0.500 0.188
#> SRR1782963 2 0.3310 0.7928 0.064 0.908 0.028
#> SRR1782965 1 0.7958 0.2277 0.544 0.392 0.064
#> SRR1782966 2 0.2955 0.7852 0.008 0.912 0.080
#> SRR1782968 2 0.8435 0.5203 0.284 0.592 0.124
#> SRR1782967 2 0.8111 0.5676 0.264 0.624 0.112
#> SRR1782969 2 0.5831 0.6081 0.284 0.708 0.008
#> SRR1782970 3 0.4504 0.7542 0.000 0.196 0.804
#> SRR1782971 3 0.5219 0.6474 0.016 0.196 0.788
#> SRR1782972 1 0.8561 0.5260 0.600 0.244 0.156
#> SRR1782973 2 0.1643 0.7991 0.000 0.956 0.044
#> SRR1782974 1 0.5166 0.7387 0.828 0.116 0.056
#> SRR1782975 1 0.2152 0.7760 0.948 0.016 0.036
#> SRR1782976 2 0.0892 0.8041 0.000 0.980 0.020
#> SRR1782977 1 0.1315 0.7832 0.972 0.020 0.008
#> SRR1782979 2 0.1525 0.7957 0.004 0.964 0.032
#> SRR1782980 1 0.4682 0.6999 0.804 0.192 0.004
#> SRR1782981 2 0.1289 0.7969 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782982 2 0.0747 0.8010 0.000 0.984 0.016
#> SRR1782985 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782983 2 0.8743 0.5089 0.268 0.576 0.156
#> SRR1782987 2 0.0424 0.8029 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782984 1 0.0661 0.7800 0.988 0.004 0.008
#> SRR1782986 2 0.8900 0.3404 0.356 0.512 0.132
#> SRR1782988 2 0.8405 0.5443 0.264 0.604 0.132
#> SRR1782990 2 0.1860 0.7974 0.000 0.948 0.052
#> SRR1782991 1 0.3832 0.7605 0.880 0.100 0.020
#> SRR1782989 3 0.4750 0.7179 0.000 0.216 0.784
#> SRR1782992 2 0.5335 0.6689 0.232 0.760 0.008
#> SRR1782993 2 0.1289 0.7942 0.000 0.968 0.032
#> SRR1782995 1 0.2625 0.7699 0.916 0.084 0.000
#> SRR1782994 1 0.9262 0.2966 0.500 0.324 0.176
#> SRR1782996 2 0.7246 0.5649 0.300 0.648 0.052
#> SRR1782998 1 0.8026 0.6132 0.656 0.180 0.164
#> SRR1782999 2 0.5277 0.7167 0.180 0.796 0.024
#> SRR1782997 2 0.1015 0.8054 0.012 0.980 0.008
#> SRR1783000 2 0.0747 0.8071 0.016 0.984 0.000
#> SRR1783001 1 0.7130 0.1617 0.544 0.432 0.024
#> SRR1783002 2 0.2537 0.7846 0.000 0.920 0.080
#> SRR1783003 1 0.4790 0.7445 0.848 0.056 0.096
#> SRR1783004 2 0.0592 0.8043 0.000 0.988 0.012
#> SRR1783005 2 0.1711 0.7967 0.008 0.960 0.032
#> SRR1783006 2 0.1643 0.7896 0.000 0.956 0.044
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1782685 2 0.1824 0.8207 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR1782686 1 0.1637 0.7596 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1782687 1 0.4436 0.6574 0.764 0.216 0.000 0.020
#> SRR1782688 2 0.1229 0.8542 0.008 0.968 0.020 0.004
#> SRR1782690 1 0.5263 0.3407 0.544 0.448 0.000 0.008
#> SRR1782691 3 0.5607 0.2651 0.420 0.016 0.560 0.004
#> SRR1782689 1 0.2773 0.7502 0.880 0.116 0.000 0.004
#> SRR1782692 2 0.0921 0.8604 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1782693 1 0.1796 0.7740 0.948 0.032 0.016 0.004
#> SRR1782694 2 0.0712 0.8488 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1782696 2 0.1743 0.8657 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1782697 2 0.1229 0.8542 0.008 0.968 0.020 0.004
#> SRR1782695 3 0.2960 0.8237 0.020 0.084 0.892 0.004
#> SRR1782700 2 0.2124 0.8250 0.040 0.932 0.000 0.028
#> SRR1782699 2 0.1369 0.8501 0.016 0.964 0.016 0.004
#> SRR1782701 1 0.2040 0.7724 0.936 0.048 0.012 0.004
#> SRR1782702 2 0.1209 0.8603 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1782704 2 0.0712 0.8488 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1782703 3 0.5542 0.6743 0.216 0.064 0.716 0.004
#> SRR1782705 1 0.1837 0.7596 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1782709 2 0.0992 0.8484 0.012 0.976 0.008 0.004
#> SRR1782711 1 0.0469 0.7683 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782707 1 0.2731 0.7465 0.896 0.008 0.092 0.004
#> SRR1782706 2 0.1674 0.8576 0.012 0.952 0.032 0.004
#> SRR1782708 2 0.0657 0.8451 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1782712 4 0.0524 0.8532 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1782713 4 0.0336 0.8531 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1782710 2 0.4514 0.7053 0.176 0.788 0.032 0.004
#> SRR1782714 4 0.4999 0.5735 0.328 0.000 0.012 0.660
#> SRR1782716 4 0.0779 0.8537 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1782715 3 0.2530 0.8102 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1782717 3 0.1284 0.8348 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR1782718 4 0.6163 0.2766 0.416 0.000 0.052 0.532
#> SRR1782719 3 0.4060 0.8000 0.048 0.112 0.836 0.004
#> SRR1782720 4 0.1022 0.8530 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1782721 1 0.1022 0.7677 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782726 3 0.1484 0.8299 0.020 0.004 0.960 0.016
#> SRR1782722 3 0.3172 0.7715 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1782723 3 0.1940 0.8116 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1782727 2 0.1474 0.8654 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1782725 4 0.1936 0.8494 0.028 0.000 0.032 0.940
#> SRR1782724 2 0.2156 0.8253 0.060 0.928 0.008 0.004
#> SRR1782728 4 0.3545 0.7533 0.008 0.164 0.000 0.828
#> SRR1782730 1 0.3908 0.6906 0.784 0.212 0.000 0.004
#> SRR1782729 3 0.1174 0.8354 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR1782733 2 0.2198 0.8687 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1782732 4 0.1767 0.8437 0.012 0.044 0.000 0.944
#> SRR1782735 3 0.1042 0.8345 0.020 0.008 0.972 0.000
#> SRR1782731 2 0.2365 0.8246 0.064 0.920 0.012 0.004
#> SRR1782734 2 0.1722 0.8659 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR1782736 2 0.5173 0.3778 0.320 0.660 0.000 0.020
#> SRR1782737 3 0.1822 0.8366 0.008 0.044 0.944 0.004
#> SRR1782738 3 0.3679 0.7647 0.060 0.000 0.856 0.084
#> SRR1782739 3 0.3249 0.7538 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1782740 1 0.1543 0.7690 0.956 0.004 0.032 0.008
#> SRR1782741 4 0.4374 0.7820 0.120 0.000 0.068 0.812
#> SRR1782742 2 0.1398 0.8625 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1782743 2 0.3494 0.8416 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1782744 2 0.1082 0.8557 0.004 0.972 0.020 0.004
#> SRR1782745 2 0.3149 0.8676 0.000 0.880 0.088 0.032
#> SRR1782747 2 0.4764 0.8350 0.000 0.788 0.124 0.088
#> SRR1782750 3 0.3975 0.6566 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1782749 2 0.3243 0.8670 0.000 0.876 0.088 0.036
#> SRR1782751 2 0.4168 0.8385 0.000 0.828 0.080 0.092
#> SRR1782752 3 0.3842 0.7891 0.024 0.136 0.836 0.004
#> SRR1782746 1 0.0657 0.7680 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1782753 1 0.5887 0.4165 0.616 0.040 0.340 0.004
#> SRR1782748 2 0.2329 0.8689 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR1782754 1 0.6081 -0.0498 0.484 0.000 0.472 0.044
#> SRR1782755 2 0.4086 0.8048 0.000 0.776 0.216 0.008
#> SRR1782756 4 0.1004 0.8527 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1782757 2 0.4387 0.7800 0.000 0.752 0.236 0.012
#> SRR1782758 3 0.4218 0.7294 0.184 0.012 0.796 0.008
#> SRR1782761 4 0.4199 0.7658 0.032 0.000 0.164 0.804
#> SRR1782759 2 0.3400 0.7629 0.128 0.856 0.012 0.004
#> SRR1782762 4 0.4332 0.7501 0.000 0.072 0.112 0.816
#> SRR1782760 4 0.0804 0.8520 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR1782764 3 0.1174 0.8355 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1782763 2 0.4833 0.7893 0.000 0.740 0.228 0.032
#> SRR1782765 3 0.1109 0.8321 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1782766 2 0.2216 0.8684 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1782767 3 0.3962 0.7404 0.000 0.028 0.820 0.152
#> SRR1782769 2 0.3597 0.8555 0.000 0.836 0.148 0.016
#> SRR1782768 3 0.5318 0.6227 0.000 0.196 0.732 0.072
#> SRR1782770 3 0.2530 0.7985 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1782774 2 0.3808 0.8390 0.000 0.812 0.176 0.012
#> SRR1782771 3 0.3266 0.7888 0.000 0.108 0.868 0.024
#> SRR1782772 3 0.3583 0.7434 0.000 0.180 0.816 0.004
#> SRR1782773 2 0.3862 0.8532 0.000 0.824 0.152 0.024
#> SRR1782775 2 0.0524 0.8469 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1782777 3 0.2385 0.8313 0.052 0.028 0.920 0.000
#> SRR1782776 3 0.3486 0.7846 0.000 0.044 0.864 0.092
#> SRR1782778 2 0.2944 0.8634 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR1782780 2 0.1639 0.8401 0.036 0.952 0.008 0.004
#> SRR1782781 1 0.4737 0.6346 0.728 0.252 0.000 0.020
#> SRR1782779 3 0.0336 0.8309 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1782782 1 0.1398 0.7653 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1782784 1 0.5726 0.5910 0.668 0.280 0.048 0.004
#> SRR1782783 1 0.3625 0.7163 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR1782785 2 0.1920 0.8526 0.024 0.944 0.028 0.004
#> SRR1782786 1 0.4567 0.4665 0.716 0.000 0.008 0.276
#> SRR1782787 3 0.1902 0.8316 0.004 0.064 0.932 0.000
#> SRR1782788 1 0.2402 0.7633 0.912 0.012 0.076 0.000
#> SRR1782790 2 0.1635 0.8377 0.044 0.948 0.008 0.000
#> SRR1782789 4 0.0927 0.8511 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR1782791 1 0.1975 0.7694 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR1782792 4 0.1635 0.8396 0.008 0.044 0.000 0.948
#> SRR1782793 1 0.2197 0.7574 0.928 0.048 0.000 0.024
#> SRR1782794 1 0.0469 0.7683 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1782795 4 0.4244 0.7682 0.160 0.000 0.036 0.804
#> SRR1782796 4 0.3450 0.7875 0.156 0.000 0.008 0.836
#> SRR1782798 4 0.0817 0.8515 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1782797 4 0.1398 0.8528 0.004 0.000 0.040 0.956
#> SRR1782799 3 0.2796 0.8205 0.016 0.092 0.892 0.000
#> SRR1782800 2 0.3948 0.8214 0.096 0.840 0.064 0.000
#> SRR1782801 2 0.5123 0.7737 0.000 0.724 0.232 0.044
#> SRR1782802 2 0.4534 0.8430 0.000 0.800 0.132 0.068
#> SRR1782803 3 0.4920 0.3864 0.000 0.368 0.628 0.004
#> SRR1782804 3 0.4991 0.3839 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR1782805 3 0.2401 0.8200 0.004 0.092 0.904 0.000
#> SRR1782806 3 0.2255 0.8173 0.068 0.012 0.920 0.000
#> SRR1782808 2 0.2647 0.7990 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1782807 1 0.2224 0.7584 0.928 0.040 0.000 0.032
#> SRR1782809 4 0.6757 0.3182 0.376 0.000 0.100 0.524
#> SRR1782810 4 0.0592 0.8542 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1782812 4 0.1182 0.8507 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1782813 2 0.5011 0.7849 0.000 0.764 0.076 0.160
#> SRR1782814 3 0.1545 0.8187 0.008 0.000 0.952 0.040
#> SRR1782815 4 0.0844 0.8529 0.012 0.004 0.004 0.980
#> SRR1782816 3 0.2101 0.8268 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR1782818 2 0.3157 0.8576 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR1782819 4 0.3219 0.8097 0.112 0.000 0.020 0.868
#> SRR1782817 1 0.5070 0.2423 0.580 0.004 0.416 0.000
#> SRR1782824 1 0.4514 0.6924 0.796 0.056 0.000 0.148
#> SRR1782825 2 0.2926 0.8621 0.000 0.896 0.056 0.048
#> SRR1782820 3 0.5532 0.6706 0.004 0.092 0.736 0.168
#> SRR1782822 4 0.1059 0.8506 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1782821 1 0.3718 0.7085 0.820 0.168 0.000 0.012
#> SRR1782823 1 0.0895 0.7679 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1782826 1 0.2565 0.7530 0.912 0.032 0.000 0.056
#> SRR1782830 1 0.1004 0.7680 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1782828 2 0.4100 0.8520 0.000 0.816 0.148 0.036
#> SRR1782829 1 0.4287 0.6948 0.804 0.016 0.012 0.168
#> SRR1782831 4 0.4882 0.5899 0.000 0.020 0.272 0.708
#> SRR1782834 4 0.2011 0.8314 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1782832 4 0.1211 0.8519 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782835 4 0.1211 0.8532 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1782837 2 0.7207 0.3194 0.012 0.492 0.100 0.396
#> SRR1782836 3 0.1042 0.8345 0.020 0.008 0.972 0.000
#> SRR1782838 3 0.2775 0.7968 0.084 0.000 0.896 0.020
#> SRR1782839 3 0.4955 0.6579 0.244 0.024 0.728 0.004
#> SRR1782840 2 0.4949 0.7756 0.000 0.760 0.060 0.180
#> SRR1782833 4 0.3764 0.7467 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1782842 2 0.2751 0.8607 0.040 0.904 0.056 0.000
#> SRR1782841 1 0.3489 0.7282 0.856 0.008 0.012 0.124
#> SRR1782843 2 0.2216 0.8686 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1782845 3 0.5781 0.0729 0.484 0.000 0.488 0.028
#> SRR1782844 3 0.1474 0.8321 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1782846 3 0.2868 0.7828 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1782847 3 0.2408 0.7942 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1782848 3 0.1284 0.8359 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR1782849 3 0.4155 0.6572 0.240 0.000 0.756 0.004
#> SRR1782850 3 0.3547 0.7570 0.000 0.016 0.840 0.144
#> SRR1782851 2 0.5627 0.5380 0.240 0.692 0.000 0.068
#> SRR1782852 1 0.8531 0.2902 0.440 0.256 0.036 0.268
#> SRR1782853 2 0.2282 0.8542 0.000 0.924 0.024 0.052
#> SRR1782855 1 0.4426 0.7064 0.796 0.168 0.032 0.004
#> SRR1782856 1 0.3554 0.7195 0.844 0.136 0.000 0.020
#> SRR1782854 2 0.2412 0.8320 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1782857 2 0.6826 0.6357 0.000 0.600 0.228 0.172
#> SRR1782858 3 0.1743 0.8179 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1782859 3 0.4843 0.2043 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1782860 2 0.5781 0.7442 0.060 0.740 0.032 0.168
#> SRR1782861 3 0.4522 0.7711 0.132 0.012 0.812 0.044
#> SRR1782862 3 0.1182 0.8295 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR1782863 3 0.1174 0.8355 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1782864 3 0.2452 0.8251 0.004 0.084 0.908 0.004
#> SRR1782866 1 0.4446 0.6807 0.776 0.196 0.000 0.028
#> SRR1782865 1 0.0895 0.7679 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1782867 1 0.7121 0.4051 0.540 0.300 0.000 0.160
#> SRR1782868 1 0.4164 0.6523 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1782872 1 0.4991 0.2643 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1782874 2 0.2578 0.8197 0.036 0.912 0.000 0.052
#> SRR1782875 2 0.3743 0.8497 0.000 0.824 0.160 0.016
#> SRR1782870 3 0.7436 0.1150 0.384 0.172 0.444 0.000
#> SRR1782871 1 0.4655 0.4661 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1782877 2 0.5606 -0.1543 0.480 0.500 0.000 0.020
#> SRR1782873 2 0.2987 0.8676 0.000 0.880 0.104 0.016
#> SRR1782878 1 0.2335 0.7597 0.920 0.000 0.020 0.060
#> SRR1782879 1 0.6854 0.3927 0.596 0.000 0.172 0.232
#> SRR1782880 2 0.2075 0.8377 0.044 0.936 0.016 0.004
#> SRR1782883 1 0.0779 0.7681 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1782881 3 0.5500 0.1896 0.464 0.000 0.520 0.016
#> SRR1782882 2 0.4869 0.8295 0.000 0.780 0.132 0.088
#> SRR1782884 3 0.2081 0.8046 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1782885 3 0.1488 0.8305 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1782886 2 0.2670 0.8044 0.072 0.904 0.000 0.024
#> SRR1782887 3 0.2888 0.7886 0.000 0.124 0.872 0.004
#> SRR1782888 1 0.2161 0.7706 0.932 0.048 0.016 0.004
#> SRR1782889 2 0.3266 0.8674 0.000 0.868 0.108 0.024
#> SRR1782892 3 0.5929 0.4282 0.356 0.048 0.596 0.000
#> SRR1782890 1 0.6723 0.5545 0.632 0.188 0.176 0.004
#> SRR1782891 2 0.4699 0.6564 0.000 0.676 0.320 0.004
#> SRR1782893 2 0.3074 0.8538 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1782894 1 0.5308 0.3315 0.540 0.452 0.004 0.004
#> SRR1782897 1 0.4844 0.7081 0.792 0.112 0.092 0.004
#> SRR1782896 2 0.3074 0.8538 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1782895 2 0.2676 0.8687 0.000 0.896 0.092 0.012
#> SRR1782898 2 0.3142 0.8617 0.000 0.860 0.132 0.008
#> SRR1782900 1 0.2813 0.7613 0.896 0.024 0.080 0.000
#> SRR1782901 1 0.0188 0.7679 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782899 2 0.3335 0.8624 0.000 0.856 0.128 0.016
#> SRR1782902 1 0.3429 0.7566 0.876 0.064 0.056 0.004
#> SRR1782903 2 0.3547 0.8571 0.000 0.840 0.144 0.016
#> SRR1782905 3 0.2049 0.8261 0.012 0.012 0.940 0.036
#> SRR1782904 3 0.0927 0.8344 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1782907 2 0.1443 0.8437 0.028 0.960 0.008 0.004
#> SRR1782906 2 0.2266 0.8058 0.084 0.912 0.000 0.004
#> SRR1782908 3 0.3791 0.7289 0.000 0.200 0.796 0.004
#> SRR1782909 2 0.0992 0.8559 0.004 0.976 0.012 0.008
#> SRR1782911 2 0.5915 0.1398 0.400 0.560 0.000 0.040
#> SRR1782910 3 0.1474 0.8316 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1782912 1 0.3497 0.7239 0.852 0.024 0.124 0.000
#> SRR1782913 1 0.5764 0.1918 0.568 0.024 0.404 0.004
#> SRR1782915 3 0.4122 0.6584 0.236 0.000 0.760 0.004
#> SRR1782914 1 0.0804 0.7720 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1782916 2 0.4004 0.7528 0.024 0.812 0.000 0.164
#> SRR1782918 3 0.3355 0.7442 0.160 0.000 0.836 0.004
#> SRR1782919 3 0.1109 0.8321 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1782920 1 0.3108 0.7436 0.872 0.016 0.112 0.000
#> SRR1782917 2 0.3311 0.8406 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1782922 1 0.4508 0.6031 0.780 0.000 0.036 0.184
#> SRR1782921 2 0.3088 0.8631 0.000 0.864 0.128 0.008
#> SRR1782923 2 0.3597 0.8546 0.000 0.836 0.148 0.016
#> SRR1782925 2 0.3790 0.8470 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1782924 1 0.7735 0.3217 0.444 0.280 0.276 0.000
#> SRR1782926 2 0.3881 0.8414 0.000 0.812 0.172 0.016
#> SRR1782929 2 0.3606 0.8611 0.000 0.844 0.132 0.024
#> SRR1782927 3 0.1867 0.8233 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1782928 2 0.4012 0.8321 0.000 0.800 0.184 0.016
#> SRR1782932 2 0.4844 0.6880 0.000 0.688 0.300 0.012
#> SRR1782933 4 0.4121 0.7570 0.184 0.000 0.020 0.796
#> SRR1782930 3 0.1792 0.8138 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1782931 3 0.5428 0.6655 0.000 0.120 0.740 0.140
#> SRR1782934 2 0.4903 0.7621 0.000 0.724 0.248 0.028
#> SRR1782935 2 0.4323 0.8333 0.000 0.788 0.184 0.028
#> SRR1782936 1 0.1792 0.7615 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1782937 2 0.3691 0.8510 0.000 0.856 0.068 0.076
#> SRR1782939 2 0.3366 0.8235 0.008 0.872 0.020 0.100
#> SRR1782940 2 0.3105 0.8595 0.004 0.856 0.140 0.000
#> SRR1782941 1 0.4826 0.6106 0.716 0.264 0.000 0.020
#> SRR1782942 3 0.2704 0.7934 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1782945 1 0.0779 0.7683 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1782944 2 0.3749 0.8629 0.000 0.840 0.128 0.032
#> SRR1782947 1 0.1109 0.7671 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1782948 2 0.3024 0.8557 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1782949 1 0.1305 0.7670 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1782952 3 0.2714 0.7904 0.112 0.004 0.884 0.000
#> SRR1782950 2 0.5337 0.4280 0.000 0.564 0.424 0.012
#> SRR1782953 2 0.5747 0.7740 0.000 0.704 0.196 0.100
#> SRR1782951 1 0.1661 0.7620 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1782954 4 0.4972 0.2968 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1782955 4 0.2408 0.8253 0.004 0.060 0.016 0.920
#> SRR1782956 2 0.2706 0.8692 0.000 0.900 0.080 0.020
#> SRR1782957 3 0.1474 0.8311 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1782946 3 0.4936 0.4083 0.372 0.000 0.624 0.004
#> SRR1782959 4 0.0779 0.8535 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1782958 2 0.2401 0.8684 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1782960 3 0.3583 0.7305 0.180 0.004 0.816 0.000
#> SRR1782961 2 0.2466 0.8685 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR1782962 2 0.3626 0.8336 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR1782964 3 0.0779 0.8340 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1782963 2 0.2528 0.8097 0.080 0.908 0.008 0.004
#> SRR1782965 3 0.2706 0.8232 0.064 0.024 0.908 0.004
#> SRR1782966 2 0.5163 0.2708 0.000 0.516 0.480 0.004
#> SRR1782968 3 0.1743 0.8331 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1782967 3 0.1716 0.8278 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1782969 1 0.6990 0.3265 0.524 0.364 0.108 0.004
#> SRR1782970 4 0.3919 0.7612 0.000 0.104 0.056 0.840
#> SRR1782971 3 0.0927 0.8282 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1782972 3 0.1388 0.8337 0.028 0.012 0.960 0.000
#> SRR1782973 2 0.3790 0.8470 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1782974 3 0.3306 0.7545 0.156 0.004 0.840 0.000
#> SRR1782975 1 0.4890 0.6816 0.776 0.080 0.000 0.144
#> SRR1782976 2 0.2868 0.8603 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1782977 3 0.5004 0.3693 0.392 0.004 0.604 0.000
#> SRR1782979 2 0.1339 0.8409 0.024 0.964 0.004 0.008
#> SRR1782980 3 0.5675 0.1293 0.472 0.016 0.508 0.004
#> SRR1782981 2 0.3761 0.8572 0.000 0.852 0.080 0.068
#> SRR1782982 2 0.3691 0.8536 0.000 0.856 0.076 0.068
#> SRR1782985 2 0.0937 0.8459 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1782983 3 0.1677 0.8308 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR1782987 2 0.2408 0.8676 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1782984 1 0.4387 0.5927 0.752 0.000 0.236 0.012
#> SRR1782986 3 0.1411 0.8366 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1782988 3 0.1722 0.8296 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR1782990 2 0.4399 0.7958 0.000 0.760 0.224 0.016
#> SRR1782991 3 0.3710 0.7174 0.192 0.004 0.804 0.000
#> SRR1782989 4 0.5070 0.4056 0.004 0.416 0.000 0.580
#> SRR1782992 2 0.4096 0.8032 0.084 0.848 0.016 0.052
#> SRR1782993 2 0.0469 0.8463 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782995 1 0.5832 0.4484 0.640 0.044 0.312 0.004
#> SRR1782994 3 0.0804 0.8345 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1782996 3 0.2530 0.8153 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1782998 3 0.1635 0.8267 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR1782999 2 0.2413 0.8522 0.036 0.924 0.036 0.004
#> SRR1782997 2 0.1661 0.8649 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1783000 2 0.3052 0.8610 0.000 0.860 0.136 0.004
#> SRR1783001 1 0.3356 0.7281 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1783002 2 0.5410 0.7582 0.000 0.728 0.080 0.192
#> SRR1783003 3 0.5300 0.5410 0.308 0.000 0.664 0.028
#> SRR1783004 2 0.2814 0.8616 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1783005 2 0.1398 0.8338 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR1783006 2 0.4614 0.7976 0.000 0.792 0.064 0.144
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1782685 1 0.5717 0.6568 0.572 0.324 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782686 5 0.1661 0.7636 0.036 0.000 0.024 0.000 0.940
#> SRR1782687 5 0.2389 0.7273 0.116 0.000 0.000 0.004 0.880
#> SRR1782688 1 0.4443 0.5570 0.524 0.472 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782690 1 0.5111 0.0391 0.500 0.036 0.000 0.000 0.464
#> SRR1782691 3 0.3056 0.7592 0.056 0.012 0.876 0.000 0.056
#> SRR1782689 5 0.5747 0.5074 0.328 0.004 0.092 0.000 0.576
#> SRR1782692 2 0.3876 0.0779 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782693 5 0.6297 0.5330 0.236 0.004 0.204 0.000 0.556
#> SRR1782694 1 0.4448 0.5503 0.516 0.480 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782696 2 0.4655 -0.4939 0.476 0.512 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782697 1 0.4430 0.5854 0.540 0.456 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782695 3 0.3800 0.7423 0.108 0.080 0.812 0.000 0.000
#> SRR1782700 1 0.6764 0.4637 0.400 0.308 0.000 0.000 0.292
#> SRR1782699 1 0.4824 0.6501 0.596 0.376 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782701 5 0.6916 0.4269 0.256 0.016 0.248 0.000 0.480
#> SRR1782702 1 0.4489 0.6177 0.572 0.420 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782704 1 0.4446 0.5554 0.520 0.476 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782703 3 0.3049 0.7564 0.084 0.032 0.872 0.000 0.012
#> SRR1782705 5 0.4031 0.6877 0.064 0.000 0.124 0.008 0.804
#> SRR1782709 1 0.4736 0.6334 0.576 0.404 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782711 5 0.0671 0.7582 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980
#> SRR1782707 5 0.5708 0.1800 0.072 0.000 0.408 0.004 0.516
#> SRR1782706 1 0.4446 0.5521 0.520 0.476 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782708 1 0.4658 0.6293 0.576 0.408 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782712 4 0.4697 0.4287 0.032 0.320 0.000 0.648 0.000
#> SRR1782713 4 0.0932 0.8425 0.004 0.020 0.000 0.972 0.004
#> SRR1782710 1 0.6078 0.6528 0.600 0.252 0.012 0.000 0.136
#> SRR1782714 4 0.5061 0.2598 0.008 0.000 0.020 0.528 0.444
#> SRR1782716 4 0.0671 0.8431 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR1782715 3 0.3821 0.7322 0.052 0.148 0.800 0.000 0.000
#> SRR1782717 3 0.2313 0.7668 0.040 0.032 0.916 0.000 0.012
#> SRR1782718 3 0.6909 0.1523 0.100 0.004 0.500 0.348 0.048
#> SRR1782719 3 0.4595 0.7268 0.068 0.120 0.784 0.004 0.024
#> SRR1782720 4 0.0798 0.8447 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1782721 5 0.5666 0.4708 0.088 0.004 0.284 0.004 0.620
#> SRR1782726 3 0.3599 0.7618 0.072 0.044 0.856 0.016 0.012
#> SRR1782722 3 0.4735 0.6073 0.044 0.284 0.672 0.000 0.000
#> SRR1782723 3 0.3399 0.7457 0.072 0.036 0.864 0.004 0.024
#> SRR1782727 2 0.3766 0.2381 0.268 0.728 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782725 4 0.4483 0.6507 0.028 0.004 0.224 0.736 0.008
#> SRR1782724 1 0.5538 0.6081 0.504 0.428 0.000 0.000 0.068
#> SRR1782728 4 0.3924 0.7568 0.096 0.080 0.000 0.816 0.008
#> SRR1782730 5 0.3809 0.5827 0.256 0.008 0.000 0.000 0.736
#> SRR1782729 3 0.1728 0.7679 0.020 0.036 0.940 0.000 0.004
#> SRR1782733 2 0.5339 0.1771 0.352 0.600 0.032 0.004 0.012
#> SRR1782732 4 0.1661 0.8394 0.000 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR1782735 3 0.1790 0.7657 0.036 0.016 0.940 0.004 0.004
#> SRR1782731 1 0.5657 0.6533 0.544 0.380 0.004 0.000 0.072
#> SRR1782734 2 0.2604 0.5801 0.108 0.880 0.004 0.004 0.004
#> SRR1782736 1 0.5917 0.4105 0.552 0.104 0.000 0.004 0.340
#> SRR1782737 3 0.6145 0.6551 0.248 0.120 0.612 0.016 0.004
#> SRR1782738 3 0.2390 0.7409 0.020 0.000 0.896 0.084 0.000
#> SRR1782739 3 0.2032 0.7442 0.052 0.000 0.924 0.020 0.004
#> SRR1782740 5 0.2204 0.7591 0.036 0.000 0.036 0.008 0.920
#> SRR1782741 4 0.3791 0.7936 0.024 0.000 0.080 0.836 0.060
#> SRR1782742 1 0.4916 0.5638 0.540 0.440 0.012 0.004 0.004
#> SRR1782743 2 0.5080 0.5337 0.176 0.708 0.112 0.004 0.000
#> SRR1782744 2 0.4451 -0.5255 0.492 0.504 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782745 2 0.4607 0.5720 0.156 0.772 0.032 0.036 0.004
#> SRR1782747 2 0.7496 0.4376 0.280 0.528 0.040 0.100 0.052
#> SRR1782750 1 0.6652 -0.1939 0.440 0.196 0.360 0.004 0.000
#> SRR1782749 2 0.0992 0.6392 0.024 0.968 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782751 2 0.1701 0.6450 0.016 0.936 0.000 0.048 0.000
#> SRR1782752 1 0.6237 0.3003 0.564 0.124 0.300 0.004 0.008
#> SRR1782746 5 0.1403 0.7545 0.024 0.000 0.024 0.000 0.952
#> SRR1782753 3 0.4973 0.6322 0.080 0.012 0.724 0.000 0.184
#> SRR1782748 2 0.1965 0.5814 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1782754 3 0.6883 0.2149 0.088 0.000 0.488 0.064 0.360
#> SRR1782755 2 0.4866 0.5367 0.120 0.740 0.132 0.008 0.000
#> SRR1782756 4 0.0451 0.8436 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782757 2 0.4885 0.5528 0.168 0.732 0.092 0.008 0.000
#> SRR1782758 3 0.7111 0.5736 0.244 0.040 0.556 0.016 0.144
#> SRR1782761 4 0.3343 0.7597 0.016 0.000 0.172 0.812 0.000
#> SRR1782759 1 0.5817 0.2694 0.524 0.084 0.000 0.004 0.388
#> SRR1782762 2 0.4574 0.2254 0.012 0.576 0.000 0.412 0.000
#> SRR1782760 4 0.6094 0.5656 0.044 0.200 0.000 0.648 0.108
#> SRR1782764 3 0.1442 0.7663 0.012 0.032 0.952 0.000 0.004
#> SRR1782763 2 0.2917 0.6470 0.052 0.888 0.032 0.028 0.000
#> SRR1782765 3 0.4713 0.7359 0.140 0.100 0.752 0.008 0.000
#> SRR1782766 2 0.2707 0.5546 0.132 0.860 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782767 2 0.6881 0.4379 0.232 0.568 0.136 0.064 0.000
#> SRR1782769 2 0.0324 0.6435 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782768 2 0.6244 0.4579 0.272 0.592 0.108 0.028 0.000
#> SRR1782770 3 0.5574 0.6809 0.196 0.144 0.656 0.004 0.000
#> SRR1782774 2 0.1485 0.6414 0.020 0.948 0.032 0.000 0.000
#> SRR1782771 3 0.6852 0.3199 0.224 0.336 0.432 0.008 0.000
#> SRR1782772 3 0.6486 0.2746 0.272 0.236 0.492 0.000 0.000
#> SRR1782773 2 0.1018 0.6483 0.016 0.968 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782775 2 0.4555 -0.4909 0.472 0.520 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782777 3 0.4427 0.7384 0.180 0.044 0.764 0.004 0.008
#> SRR1782776 3 0.6598 0.6370 0.124 0.128 0.632 0.116 0.000
#> SRR1782778 1 0.5533 0.5695 0.540 0.396 0.060 0.004 0.000
#> SRR1782780 1 0.5088 0.6132 0.528 0.436 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782781 5 0.6693 0.1454 0.384 0.112 0.032 0.000 0.472
#> SRR1782779 3 0.4960 0.6951 0.248 0.028 0.696 0.028 0.000
#> SRR1782782 5 0.1579 0.7556 0.024 0.000 0.032 0.000 0.944
#> SRR1782784 5 0.5765 0.1669 0.440 0.036 0.020 0.004 0.500
#> SRR1782783 5 0.2068 0.7394 0.092 0.000 0.000 0.004 0.904
#> SRR1782785 1 0.6272 0.6490 0.604 0.248 0.020 0.004 0.124
#> SRR1782786 5 0.3747 0.7136 0.044 0.000 0.052 0.060 0.844
#> SRR1782787 3 0.3237 0.7584 0.104 0.048 0.848 0.000 0.000
#> SRR1782788 5 0.3801 0.7253 0.040 0.008 0.140 0.000 0.812
#> SRR1782790 5 0.6715 -0.1885 0.292 0.284 0.000 0.000 0.424
#> SRR1782789 4 0.4937 0.4758 0.012 0.292 0.000 0.664 0.032
#> SRR1782791 3 0.6205 0.1871 0.108 0.004 0.500 0.004 0.384
#> SRR1782792 2 0.6764 0.2003 0.076 0.492 0.000 0.368 0.064
#> SRR1782793 5 0.1862 0.7629 0.048 0.000 0.016 0.004 0.932
#> SRR1782794 5 0.3579 0.7067 0.072 0.000 0.100 0.000 0.828
#> SRR1782795 4 0.4153 0.7792 0.024 0.000 0.076 0.812 0.088
#> SRR1782796 4 0.3452 0.8006 0.024 0.000 0.032 0.852 0.092
#> SRR1782798 4 0.1074 0.8428 0.004 0.012 0.000 0.968 0.016
#> SRR1782797 4 0.0898 0.8441 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1782799 3 0.3110 0.7626 0.028 0.112 0.856 0.000 0.004
#> SRR1782800 5 0.6609 0.2491 0.172 0.284 0.016 0.000 0.528
#> SRR1782801 2 0.2748 0.6377 0.096 0.880 0.016 0.008 0.000
#> SRR1782802 2 0.1117 0.6508 0.020 0.964 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782803 3 0.6688 -0.0318 0.240 0.356 0.404 0.000 0.000
#> SRR1782804 3 0.4955 0.6645 0.072 0.024 0.760 0.008 0.136
#> SRR1782805 3 0.3241 0.7476 0.024 0.144 0.832 0.000 0.000
#> SRR1782806 3 0.2943 0.7466 0.072 0.028 0.884 0.004 0.012
#> SRR1782808 2 0.6192 0.2052 0.136 0.604 0.000 0.240 0.020
#> SRR1782807 5 0.2037 0.7629 0.064 0.000 0.012 0.004 0.920
#> SRR1782809 3 0.6674 0.3422 0.068 0.000 0.560 0.288 0.084
#> SRR1782810 4 0.0451 0.8436 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782812 2 0.5438 0.0783 0.048 0.488 0.000 0.460 0.004
#> SRR1782813 2 0.4506 0.5987 0.104 0.780 0.008 0.104 0.004
#> SRR1782814 3 0.5229 0.6736 0.244 0.028 0.684 0.044 0.000
#> SRR1782815 4 0.1300 0.8416 0.000 0.028 0.000 0.956 0.016
#> SRR1782816 3 0.6634 0.5670 0.332 0.112 0.528 0.016 0.012
#> SRR1782818 2 0.6986 0.1004 0.388 0.464 0.068 0.004 0.076
#> SRR1782819 4 0.2544 0.8244 0.008 0.000 0.028 0.900 0.064
#> SRR1782817 3 0.5623 0.3294 0.044 0.012 0.560 0.004 0.380
#> SRR1782824 5 0.3099 0.7100 0.012 0.008 0.000 0.132 0.848
#> SRR1782825 2 0.1756 0.6390 0.036 0.940 0.000 0.016 0.008
#> SRR1782820 2 0.8928 0.2742 0.272 0.396 0.076 0.156 0.100
#> SRR1782822 2 0.7831 0.1246 0.076 0.404 0.000 0.284 0.236
#> SRR1782821 5 0.1628 0.7530 0.056 0.008 0.000 0.000 0.936
#> SRR1782823 5 0.0798 0.7598 0.008 0.000 0.016 0.000 0.976
#> SRR1782826 5 0.1117 0.7570 0.016 0.000 0.000 0.020 0.964
#> SRR1782830 5 0.1299 0.7595 0.008 0.000 0.020 0.012 0.960
#> SRR1782828 2 0.3079 0.6362 0.092 0.868 0.028 0.012 0.000
#> SRR1782829 5 0.3932 0.6904 0.024 0.016 0.004 0.148 0.808
#> SRR1782831 2 0.7635 0.1465 0.204 0.412 0.036 0.336 0.012
#> SRR1782834 4 0.1952 0.8200 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084
#> SRR1782832 4 0.0451 0.8433 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1782835 4 0.0798 0.8447 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> SRR1782837 2 0.7591 0.3326 0.168 0.504 0.004 0.236 0.088
#> SRR1782836 3 0.1442 0.7665 0.012 0.032 0.952 0.000 0.004
#> SRR1782838 3 0.3687 0.7442 0.064 0.024 0.856 0.016 0.040
#> SRR1782839 3 0.4698 0.7087 0.064 0.044 0.792 0.008 0.092
#> SRR1782840 2 0.5562 0.5539 0.152 0.700 0.004 0.124 0.020
#> SRR1782833 4 0.3716 0.7537 0.020 0.000 0.008 0.800 0.172
#> SRR1782842 2 0.5719 -0.4979 0.436 0.500 0.016 0.000 0.048
#> SRR1782841 5 0.3361 0.7159 0.020 0.000 0.012 0.128 0.840
#> SRR1782843 2 0.3967 0.2334 0.264 0.724 0.012 0.000 0.000
#> SRR1782845 5 0.7404 -0.1057 0.136 0.020 0.404 0.032 0.408
#> SRR1782844 3 0.2300 0.7665 0.040 0.052 0.908 0.000 0.000
#> SRR1782846 3 0.5711 0.6355 0.252 0.136 0.612 0.000 0.000
#> SRR1782847 3 0.4325 0.7534 0.144 0.032 0.792 0.004 0.028
#> SRR1782848 3 0.2264 0.7696 0.024 0.060 0.912 0.000 0.004
#> SRR1782849 5 0.7960 -0.0523 0.200 0.072 0.320 0.008 0.400
#> SRR1782850 2 0.7903 0.3512 0.296 0.464 0.124 0.100 0.016
#> SRR1782851 5 0.4753 0.6256 0.056 0.168 0.000 0.024 0.752
#> SRR1782852 1 0.7714 0.3921 0.540 0.076 0.232 0.112 0.040
#> SRR1782853 2 0.1605 0.6316 0.040 0.944 0.000 0.004 0.012
#> SRR1782855 5 0.3497 0.7191 0.044 0.108 0.008 0.000 0.840
#> SRR1782856 5 0.1502 0.7521 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> SRR1782854 2 0.2305 0.6272 0.044 0.916 0.000 0.012 0.028
#> SRR1782857 2 0.6264 0.4975 0.212 0.604 0.020 0.164 0.000
#> SRR1782858 3 0.4787 0.7336 0.168 0.036 0.760 0.024 0.012
#> SRR1782859 3 0.7043 0.1583 0.340 0.296 0.356 0.008 0.000
#> SRR1782860 2 0.7265 0.2223 0.060 0.456 0.000 0.140 0.344
#> SRR1782861 3 0.8919 0.2787 0.248 0.092 0.352 0.052 0.256
#> SRR1782862 3 0.4904 0.7222 0.160 0.060 0.748 0.032 0.000
#> SRR1782863 3 0.2234 0.7618 0.036 0.032 0.920 0.000 0.012
#> SRR1782864 3 0.3075 0.7557 0.092 0.048 0.860 0.000 0.000
#> SRR1782866 5 0.2027 0.7555 0.040 0.024 0.000 0.008 0.928
#> SRR1782865 5 0.1885 0.7540 0.020 0.000 0.044 0.004 0.932
#> SRR1782867 5 0.5117 0.6109 0.016 0.128 0.000 0.128 0.728
#> SRR1782868 5 0.4748 0.6818 0.080 0.140 0.020 0.000 0.760
#> SRR1782872 3 0.5933 0.2103 0.076 0.000 0.524 0.012 0.388
#> SRR1782874 2 0.6169 0.2040 0.084 0.524 0.000 0.020 0.372
#> SRR1782875 2 0.0955 0.6375 0.028 0.968 0.000 0.004 0.000
#> SRR1782870 3 0.7438 0.4395 0.104 0.164 0.524 0.000 0.208
#> SRR1782871 3 0.5781 0.2745 0.076 0.000 0.552 0.008 0.364
#> SRR1782877 5 0.3485 0.6957 0.048 0.124 0.000 0.000 0.828
#> SRR1782873 2 0.1124 0.6358 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR1782878 5 0.2930 0.7450 0.032 0.000 0.032 0.048 0.888
#> SRR1782879 3 0.6356 0.5267 0.076 0.000 0.648 0.128 0.148
#> SRR1782880 1 0.6078 0.4497 0.580 0.108 0.008 0.004 0.300
#> SRR1782883 5 0.1280 0.7593 0.008 0.000 0.024 0.008 0.960
#> SRR1782881 3 0.6921 0.3631 0.084 0.040 0.536 0.020 0.320
#> SRR1782882 2 0.4359 0.6103 0.124 0.792 0.012 0.068 0.004
#> SRR1782884 3 0.1503 0.7580 0.020 0.008 0.952 0.000 0.020
#> SRR1782885 3 0.5512 0.7016 0.180 0.128 0.680 0.012 0.000
#> SRR1782886 5 0.5343 0.3402 0.068 0.340 0.000 0.000 0.592
#> SRR1782887 3 0.6733 0.5235 0.288 0.204 0.496 0.012 0.000
#> SRR1782888 5 0.1772 0.7632 0.032 0.020 0.008 0.000 0.940
#> SRR1782889 2 0.2919 0.6477 0.064 0.888 0.016 0.028 0.004
#> SRR1782892 3 0.4951 0.7080 0.148 0.012 0.736 0.000 0.104
#> SRR1782890 5 0.6377 0.5406 0.240 0.064 0.072 0.004 0.620
#> SRR1782891 2 0.3512 0.6082 0.068 0.840 0.088 0.004 0.000
#> SRR1782893 2 0.3615 0.5007 0.156 0.808 0.036 0.000 0.000
#> SRR1782894 5 0.5242 0.1153 0.444 0.036 0.004 0.000 0.516
#> SRR1782897 5 0.6275 0.5288 0.260 0.032 0.096 0.004 0.608
#> SRR1782896 2 0.3844 0.4972 0.164 0.792 0.044 0.000 0.000
#> SRR1782895 2 0.3211 0.5495 0.164 0.824 0.008 0.004 0.000
#> SRR1782898 2 0.2519 0.6034 0.100 0.884 0.016 0.000 0.000
#> SRR1782900 5 0.5410 0.4098 0.056 0.008 0.332 0.000 0.604
#> SRR1782901 5 0.0671 0.7596 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1782899 2 0.2177 0.6213 0.080 0.908 0.004 0.008 0.000
#> SRR1782902 5 0.4344 0.7182 0.080 0.012 0.108 0.004 0.796
#> SRR1782903 2 0.3473 0.6021 0.112 0.840 0.040 0.008 0.000
#> SRR1782905 3 0.6281 0.6426 0.236 0.096 0.624 0.040 0.004
#> SRR1782904 3 0.3141 0.7587 0.096 0.040 0.860 0.004 0.000
#> SRR1782907 1 0.6118 0.6313 0.548 0.288 0.000 0.000 0.164
#> SRR1782906 5 0.5264 0.5093 0.128 0.196 0.000 0.000 0.676
#> SRR1782908 3 0.6673 -0.0116 0.244 0.332 0.424 0.000 0.000
#> SRR1782909 2 0.3366 0.5285 0.140 0.828 0.000 0.000 0.032
#> SRR1782911 5 0.2984 0.7187 0.124 0.004 0.000 0.016 0.856
#> SRR1782910 3 0.2866 0.7652 0.024 0.100 0.872 0.000 0.004
#> SRR1782912 3 0.5986 0.2651 0.080 0.008 0.540 0.004 0.368
#> SRR1782913 5 0.6695 0.3881 0.116 0.036 0.264 0.008 0.576
#> SRR1782915 3 0.4316 0.7481 0.092 0.008 0.804 0.012 0.084
#> SRR1782914 5 0.1697 0.7588 0.060 0.000 0.008 0.000 0.932
#> SRR1782916 2 0.6741 0.4331 0.060 0.592 0.000 0.152 0.196
#> SRR1782918 3 0.3226 0.7331 0.060 0.008 0.872 0.008 0.052
#> SRR1782919 3 0.4089 0.7519 0.100 0.088 0.804 0.008 0.000
#> SRR1782920 5 0.3676 0.7379 0.048 0.008 0.104 0.004 0.836
#> SRR1782917 2 0.4425 0.2418 0.244 0.716 0.040 0.000 0.000
#> SRR1782922 5 0.6244 0.4203 0.076 0.000 0.292 0.044 0.588
#> SRR1782921 2 0.3023 0.6118 0.112 0.860 0.024 0.000 0.004
#> SRR1782923 2 0.1399 0.6344 0.028 0.952 0.020 0.000 0.000
#> SRR1782925 2 0.1461 0.6506 0.028 0.952 0.016 0.004 0.000
#> SRR1782924 1 0.8299 0.3234 0.336 0.292 0.240 0.000 0.132
#> SRR1782926 2 0.0981 0.6478 0.008 0.972 0.012 0.008 0.000
#> SRR1782929 2 0.1082 0.6387 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782927 3 0.4918 0.7245 0.128 0.140 0.728 0.004 0.000
#> SRR1782928 2 0.1372 0.6446 0.016 0.956 0.024 0.004 0.000
#> SRR1782932 2 0.2074 0.6432 0.036 0.920 0.044 0.000 0.000
#> SRR1782933 4 0.4238 0.7705 0.028 0.000 0.056 0.804 0.112
#> SRR1782930 3 0.2765 0.7477 0.060 0.024 0.896 0.004 0.016
#> SRR1782931 2 0.7078 0.4270 0.284 0.528 0.092 0.096 0.000
#> SRR1782934 2 0.2990 0.6385 0.080 0.876 0.032 0.012 0.000
#> SRR1782935 2 0.1983 0.6474 0.060 0.924 0.008 0.008 0.000
#> SRR1782936 5 0.1768 0.7492 0.072 0.000 0.004 0.000 0.924
#> SRR1782937 2 0.1403 0.6472 0.024 0.952 0.000 0.024 0.000
#> SRR1782939 2 0.6738 0.4229 0.136 0.596 0.000 0.068 0.200
#> SRR1782940 2 0.5769 0.3732 0.296 0.612 0.072 0.000 0.020
#> SRR1782941 5 0.2575 0.7314 0.100 0.012 0.000 0.004 0.884
#> SRR1782942 3 0.5565 0.6521 0.216 0.144 0.640 0.000 0.000
#> SRR1782945 5 0.2227 0.7474 0.048 0.000 0.032 0.004 0.916
#> SRR1782944 2 0.7154 0.4139 0.200 0.564 0.020 0.036 0.180
#> SRR1782947 5 0.2362 0.7442 0.024 0.000 0.076 0.000 0.900
#> SRR1782948 2 0.2104 0.6172 0.060 0.916 0.024 0.000 0.000
#> SRR1782949 5 0.2628 0.7422 0.028 0.000 0.088 0.000 0.884
#> SRR1782952 3 0.2517 0.7633 0.104 0.008 0.884 0.000 0.004
#> SRR1782950 2 0.4990 0.5349 0.188 0.712 0.096 0.004 0.000
#> SRR1782953 2 0.5791 0.5462 0.172 0.676 0.032 0.120 0.000
#> SRR1782951 5 0.4431 0.6672 0.068 0.000 0.168 0.004 0.760
#> SRR1782954 4 0.6848 0.4415 0.200 0.036 0.216 0.548 0.000
#> SRR1782955 4 0.2609 0.8164 0.052 0.048 0.004 0.896 0.000
#> SRR1782956 2 0.1331 0.6299 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782957 3 0.3459 0.7606 0.080 0.072 0.844 0.004 0.000
#> SRR1782946 3 0.2196 0.7522 0.056 0.004 0.916 0.000 0.024
#> SRR1782959 4 0.0960 0.8426 0.004 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR1782958 2 0.3905 0.3874 0.232 0.752 0.012 0.004 0.000
#> SRR1782960 3 0.3972 0.7589 0.128 0.020 0.812 0.000 0.040
#> SRR1782961 2 0.4235 0.0198 0.336 0.656 0.008 0.000 0.000
#> SRR1782962 1 0.5731 0.5574 0.640 0.248 0.100 0.004 0.008
#> SRR1782964 3 0.2597 0.7649 0.060 0.040 0.896 0.004 0.000
#> SRR1782963 1 0.6120 0.5748 0.596 0.156 0.004 0.004 0.240
#> SRR1782965 3 0.2069 0.7620 0.076 0.012 0.912 0.000 0.000
#> SRR1782966 2 0.3970 0.5298 0.056 0.788 0.156 0.000 0.000
#> SRR1782968 3 0.2726 0.7627 0.064 0.052 0.884 0.000 0.000
#> SRR1782967 3 0.3932 0.7460 0.140 0.064 0.796 0.000 0.000
#> SRR1782969 1 0.6133 0.4185 0.612 0.072 0.036 0.004 0.276
#> SRR1782970 2 0.4291 0.0718 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1782971 3 0.3644 0.7495 0.084 0.024 0.844 0.048 0.000
#> SRR1782972 3 0.1646 0.7627 0.032 0.020 0.944 0.000 0.004
#> SRR1782973 2 0.0898 0.6465 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR1782974 3 0.2116 0.7649 0.076 0.008 0.912 0.000 0.004
#> SRR1782975 5 0.2669 0.7273 0.020 0.000 0.000 0.104 0.876
#> SRR1782976 2 0.3773 0.5348 0.164 0.800 0.032 0.004 0.000
#> SRR1782977 3 0.5332 0.6313 0.088 0.012 0.700 0.004 0.196
#> SRR1782979 1 0.6341 0.5993 0.564 0.200 0.000 0.008 0.228
#> SRR1782980 3 0.7161 0.1864 0.100 0.040 0.440 0.016 0.404
#> SRR1782981 2 0.1386 0.6473 0.016 0.952 0.000 0.032 0.000
#> SRR1782982 2 0.1626 0.6481 0.044 0.940 0.000 0.016 0.000
#> SRR1782985 2 0.4968 0.1354 0.300 0.652 0.000 0.004 0.044
#> SRR1782983 3 0.5312 0.7022 0.144 0.164 0.688 0.004 0.000
#> SRR1782987 2 0.3786 0.4733 0.204 0.776 0.016 0.004 0.000
#> SRR1782984 5 0.3445 0.7351 0.052 0.000 0.072 0.020 0.856
#> SRR1782986 3 0.3177 0.7560 0.056 0.068 0.868 0.004 0.004
#> SRR1782988 3 0.5693 0.6867 0.196 0.124 0.664 0.016 0.000
#> SRR1782990 2 0.1646 0.6506 0.032 0.944 0.020 0.004 0.000
#> SRR1782991 3 0.2199 0.7493 0.060 0.008 0.916 0.000 0.016
#> SRR1782989 4 0.5889 0.4390 0.268 0.100 0.000 0.616 0.016
#> SRR1782992 5 0.7441 0.1630 0.260 0.256 0.008 0.028 0.448
#> SRR1782993 1 0.5242 0.5834 0.516 0.444 0.000 0.004 0.036
#> SRR1782995 3 0.4433 0.6904 0.080 0.016 0.784 0.000 0.120
#> SRR1782994 3 0.3462 0.7512 0.128 0.028 0.836 0.004 0.004
#> SRR1782996 3 0.3569 0.7547 0.068 0.104 0.828 0.000 0.000
#> SRR1782998 3 0.2831 0.7473 0.064 0.024 0.892 0.004 0.016
#> SRR1782999 1 0.5971 0.6578 0.604 0.276 0.008 0.004 0.108
#> SRR1782997 1 0.4897 0.6336 0.592 0.384 0.016 0.004 0.004
#> SRR1783000 1 0.5454 0.5118 0.488 0.452 0.060 0.000 0.000
#> SRR1783001 5 0.3711 0.7148 0.136 0.032 0.012 0.000 0.820
#> SRR1783002 2 0.6443 0.5040 0.184 0.612 0.004 0.172 0.028
#> SRR1783003 3 0.4807 0.6530 0.068 0.012 0.764 0.012 0.144
#> SRR1783004 2 0.2574 0.5610 0.112 0.876 0.012 0.000 0.000
#> SRR1783005 1 0.5396 0.6464 0.560 0.376 0.000 0.000 0.064
#> SRR1783006 2 0.2677 0.6218 0.016 0.872 0.000 0.112 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1782685 1 0.4176 0.61067 0.768 0.096 0.000 0.000 0.120 0.016
#> SRR1782686 5 0.2909 0.67560 0.156 0.000 0.000 0.004 0.828 0.012
#> SRR1782687 5 0.3104 0.64889 0.204 0.000 0.000 0.004 0.788 0.004
#> SRR1782688 1 0.4168 0.25363 0.584 0.400 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782690 1 0.4522 0.33246 0.616 0.020 0.000 0.000 0.348 0.016
#> SRR1782691 3 0.6003 0.26353 0.308 0.008 0.556 0.000 0.048 0.080
#> SRR1782689 1 0.4732 0.35543 0.628 0.000 0.008 0.000 0.312 0.052
#> SRR1782692 2 0.3586 0.57372 0.268 0.720 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782693 1 0.7666 -0.10457 0.312 0.000 0.300 0.004 0.228 0.156
#> SRR1782694 2 0.4623 0.31478 0.400 0.564 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1782696 2 0.4260 0.06865 0.472 0.512 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782697 1 0.3984 0.45631 0.664 0.320 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1782695 3 0.3339 0.57354 0.024 0.040 0.836 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782700 1 0.5814 0.12784 0.484 0.080 0.000 0.004 0.404 0.028
#> SRR1782699 1 0.3112 0.61235 0.840 0.104 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1782701 1 0.7351 0.15434 0.412 0.000 0.216 0.000 0.216 0.156
#> SRR1782702 1 0.3445 0.54198 0.744 0.244 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782704 2 0.4410 0.30021 0.412 0.560 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782703 3 0.3917 0.57391 0.040 0.016 0.808 0.000 0.024 0.112
#> SRR1782705 5 0.4803 0.56937 0.012 0.000 0.080 0.016 0.720 0.172
#> SRR1782709 1 0.3936 0.57285 0.736 0.228 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1782711 5 0.1719 0.70482 0.032 0.000 0.000 0.004 0.932 0.032
#> SRR1782707 3 0.6317 0.10952 0.020 0.000 0.392 0.000 0.392 0.196
#> SRR1782706 1 0.4581 0.48637 0.656 0.300 0.008 0.000 0.020 0.016
#> SRR1782708 1 0.3830 0.57705 0.760 0.204 0.000 0.004 0.012 0.020
#> SRR1782712 4 0.5656 0.45894 0.008 0.256 0.004 0.600 0.008 0.124
#> SRR1782713 4 0.0363 0.80266 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782710 1 0.3502 0.60956 0.832 0.060 0.012 0.000 0.088 0.008
#> SRR1782714 4 0.5524 0.42108 0.012 0.000 0.016 0.568 0.336 0.068
#> SRR1782716 4 0.0520 0.80330 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1782715 3 0.4081 0.53572 0.016 0.120 0.776 0.000 0.000 0.088
#> SRR1782717 3 0.3670 0.49792 0.120 0.016 0.812 0.000 0.004 0.048
#> SRR1782718 3 0.6428 0.45441 0.028 0.004 0.600 0.188 0.044 0.136
#> SRR1782719 3 0.5393 0.51971 0.004 0.048 0.684 0.012 0.060 0.192
#> SRR1782720 4 0.0520 0.80432 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782721 3 0.6326 0.35043 0.008 0.012 0.480 0.000 0.280 0.220
#> SRR1782726 3 0.3057 0.57517 0.000 0.008 0.844 0.004 0.024 0.120
#> SRR1782722 3 0.4814 0.37268 0.020 0.284 0.648 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782723 3 0.3563 0.56569 0.000 0.012 0.808 0.000 0.048 0.132
#> SRR1782727 2 0.2358 0.73623 0.108 0.876 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782725 4 0.4411 0.32995 0.000 0.004 0.356 0.612 0.000 0.028
#> SRR1782724 1 0.4757 0.58673 0.688 0.220 0.000 0.000 0.076 0.016
#> SRR1782728 4 0.3170 0.74628 0.112 0.032 0.000 0.840 0.000 0.016
#> SRR1782730 5 0.3534 0.57269 0.276 0.000 0.000 0.000 0.716 0.008
#> SRR1782729 3 0.0862 0.56516 0.008 0.004 0.972 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782733 1 0.5744 0.49932 0.656 0.096 0.012 0.000 0.060 0.176
#> SRR1782732 4 0.2101 0.77468 0.004 0.072 0.000 0.908 0.008 0.008
#> SRR1782735 3 0.3760 0.46434 0.064 0.012 0.796 0.000 0.000 0.128
#> SRR1782731 1 0.4276 0.60992 0.752 0.156 0.000 0.000 0.076 0.016
#> SRR1782734 2 0.3197 0.68222 0.176 0.804 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1782736 1 0.4315 0.50676 0.704 0.040 0.000 0.000 0.244 0.012
#> SRR1782737 6 0.6415 0.27242 0.064 0.096 0.384 0.000 0.004 0.452
#> SRR1782738 3 0.4169 0.44031 0.020 0.000 0.748 0.188 0.000 0.044
#> SRR1782739 3 0.3092 0.53636 0.040 0.000 0.860 0.064 0.000 0.036
#> SRR1782740 5 0.4986 0.61412 0.028 0.000 0.092 0.008 0.712 0.160
#> SRR1782741 4 0.3078 0.75074 0.000 0.000 0.104 0.848 0.016 0.032
#> SRR1782742 1 0.3858 0.54273 0.724 0.248 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782743 6 0.7242 0.27717 0.216 0.272 0.096 0.000 0.004 0.412
#> SRR1782744 2 0.4018 0.30939 0.412 0.580 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782745 1 0.6830 0.40040 0.460 0.292 0.012 0.004 0.032 0.200
#> SRR1782747 6 0.6953 0.34066 0.084 0.140 0.016 0.012 0.192 0.556
#> SRR1782750 1 0.6980 -0.33244 0.392 0.052 0.248 0.000 0.004 0.304
#> SRR1782749 2 0.0984 0.77142 0.008 0.968 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1782751 2 0.1757 0.75942 0.008 0.928 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR1782752 1 0.4302 0.39424 0.756 0.020 0.144 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782746 5 0.2194 0.68393 0.004 0.000 0.004 0.004 0.892 0.096
#> SRR1782753 1 0.6609 -0.03408 0.524 0.012 0.276 0.000 0.068 0.120
#> SRR1782748 2 0.1578 0.76546 0.048 0.936 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782754 3 0.6842 0.37663 0.004 0.000 0.508 0.096 0.168 0.224
#> SRR1782755 6 0.7447 0.43875 0.212 0.168 0.196 0.004 0.000 0.420
#> SRR1782756 4 0.0922 0.80334 0.000 0.004 0.004 0.968 0.000 0.024
#> SRR1782757 2 0.5475 0.40237 0.052 0.616 0.064 0.000 0.000 0.268
#> SRR1782758 6 0.7008 0.27161 0.364 0.016 0.132 0.000 0.072 0.416
#> SRR1782761 4 0.2882 0.68701 0.000 0.000 0.180 0.812 0.000 0.008
#> SRR1782759 1 0.5187 0.35573 0.584 0.040 0.000 0.000 0.340 0.036
#> SRR1782762 2 0.4274 0.15364 0.000 0.552 0.004 0.432 0.000 0.012
#> SRR1782760 4 0.6367 0.50049 0.012 0.112 0.000 0.600 0.100 0.176
#> SRR1782764 3 0.1565 0.55272 0.028 0.004 0.940 0.000 0.000 0.028
#> SRR1782763 2 0.1819 0.77141 0.008 0.932 0.004 0.024 0.000 0.032
#> SRR1782765 3 0.4744 0.40583 0.032 0.064 0.708 0.000 0.000 0.196
#> SRR1782766 2 0.2313 0.74380 0.100 0.884 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782767 2 0.5240 0.59211 0.028 0.708 0.036 0.032 0.012 0.184
#> SRR1782769 2 0.0291 0.77293 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782768 2 0.3840 0.65279 0.020 0.792 0.028 0.008 0.000 0.152
#> SRR1782770 3 0.5952 0.05060 0.060 0.076 0.532 0.000 0.000 0.332
#> SRR1782774 2 0.1036 0.77119 0.024 0.964 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1782771 2 0.6647 -0.25432 0.020 0.420 0.292 0.008 0.000 0.260
#> SRR1782772 1 0.6222 -0.20358 0.468 0.056 0.376 0.000 0.000 0.100
#> SRR1782773 2 0.1332 0.77348 0.012 0.952 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1782775 2 0.4290 0.52896 0.296 0.668 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1782777 3 0.6218 0.06418 0.124 0.036 0.532 0.000 0.008 0.300
#> SRR1782776 3 0.5825 0.41109 0.012 0.076 0.660 0.140 0.000 0.112
#> SRR1782778 1 0.4883 0.44422 0.732 0.080 0.096 0.000 0.000 0.092
#> SRR1782780 2 0.4488 0.25820 0.432 0.544 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR1782781 5 0.8855 -0.01716 0.240 0.156 0.156 0.000 0.260 0.188
#> SRR1782779 3 0.7423 -0.36032 0.160 0.008 0.352 0.128 0.000 0.352
#> SRR1782782 5 0.3193 0.68327 0.036 0.000 0.008 0.004 0.840 0.112
#> SRR1782784 1 0.6050 0.25809 0.508 0.032 0.004 0.000 0.348 0.108
#> SRR1782783 5 0.3512 0.64160 0.196 0.000 0.000 0.000 0.772 0.032
#> SRR1782785 1 0.3801 0.58370 0.820 0.044 0.004 0.000 0.068 0.064
#> SRR1782786 5 0.4586 0.61047 0.012 0.000 0.032 0.056 0.752 0.148
#> SRR1782787 3 0.4997 0.34859 0.196 0.020 0.680 0.000 0.000 0.104
#> SRR1782788 5 0.4029 0.66980 0.124 0.008 0.056 0.000 0.792 0.020
#> SRR1782790 5 0.5293 0.37725 0.288 0.100 0.000 0.000 0.600 0.012
#> SRR1782789 4 0.4712 0.58477 0.008 0.196 0.000 0.716 0.020 0.060
#> SRR1782791 3 0.5906 0.46084 0.044 0.000 0.592 0.000 0.140 0.224
#> SRR1782792 2 0.6265 0.43010 0.016 0.576 0.000 0.188 0.032 0.188
#> SRR1782793 5 0.3454 0.68088 0.060 0.000 0.004 0.000 0.812 0.124
#> SRR1782794 5 0.6461 0.28920 0.048 0.000 0.232 0.000 0.508 0.212
#> SRR1782795 4 0.3568 0.74670 0.000 0.000 0.084 0.828 0.044 0.044
#> SRR1782796 4 0.2867 0.77336 0.000 0.000 0.024 0.872 0.064 0.040
#> SRR1782798 4 0.0291 0.80373 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1782797 4 0.0622 0.80409 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1782799 3 0.2240 0.56995 0.000 0.056 0.904 0.000 0.008 0.032
#> SRR1782800 5 0.5726 0.50012 0.184 0.128 0.000 0.000 0.632 0.056
#> SRR1782801 2 0.1488 0.76416 0.008 0.948 0.008 0.008 0.000 0.028
#> SRR1782802 2 0.0622 0.77171 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1782803 3 0.5599 0.22955 0.052 0.368 0.532 0.000 0.000 0.048
#> SRR1782804 3 0.5126 0.50713 0.004 0.012 0.668 0.000 0.120 0.196
#> SRR1782805 3 0.2393 0.55865 0.004 0.092 0.884 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782806 3 0.3224 0.56871 0.000 0.008 0.828 0.000 0.036 0.128
#> SRR1782808 2 0.3809 0.71484 0.124 0.796 0.000 0.064 0.000 0.016
#> SRR1782807 5 0.4126 0.65771 0.056 0.000 0.008 0.004 0.756 0.176
#> SRR1782809 3 0.6367 0.41330 0.000 0.000 0.556 0.224 0.084 0.136
#> SRR1782810 4 0.0893 0.80304 0.004 0.000 0.004 0.972 0.004 0.016
#> SRR1782812 2 0.5644 0.02161 0.008 0.452 0.000 0.424 0.000 0.116
#> SRR1782813 2 0.2649 0.72990 0.004 0.876 0.000 0.068 0.000 0.052
#> SRR1782814 6 0.5473 0.12483 0.052 0.008 0.448 0.012 0.004 0.476
#> SRR1782815 4 0.0363 0.80266 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1782816 6 0.6286 0.46571 0.148 0.032 0.284 0.000 0.008 0.528
#> SRR1782818 1 0.6901 0.37601 0.548 0.076 0.032 0.000 0.144 0.200
#> SRR1782819 4 0.2586 0.78231 0.000 0.000 0.008 0.880 0.080 0.032
#> SRR1782817 5 0.6938 0.27296 0.196 0.012 0.144 0.000 0.528 0.120
#> SRR1782824 5 0.5082 0.64127 0.040 0.008 0.000 0.124 0.716 0.112
#> SRR1782825 2 0.1317 0.77277 0.016 0.956 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR1782820 6 0.6064 0.03379 0.024 0.024 0.000 0.088 0.316 0.548
#> SRR1782822 5 0.7807 0.25461 0.032 0.172 0.000 0.152 0.420 0.224
#> SRR1782821 5 0.2547 0.68814 0.112 0.004 0.000 0.000 0.868 0.016
#> SRR1782823 5 0.1003 0.70757 0.028 0.000 0.000 0.004 0.964 0.004
#> SRR1782826 5 0.2202 0.70796 0.028 0.000 0.000 0.012 0.908 0.052
#> SRR1782830 5 0.2016 0.70998 0.016 0.000 0.000 0.024 0.920 0.040
#> SRR1782828 2 0.2327 0.75659 0.012 0.908 0.020 0.004 0.004 0.052
#> SRR1782829 5 0.5679 0.56752 0.024 0.020 0.000 0.120 0.648 0.188
#> SRR1782831 4 0.7056 0.18559 0.016 0.132 0.020 0.412 0.036 0.384
#> SRR1782834 4 0.1921 0.78295 0.000 0.000 0.000 0.916 0.052 0.032
#> SRR1782832 4 0.1633 0.79455 0.000 0.000 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1782835 4 0.0520 0.80429 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> SRR1782837 2 0.7202 0.33280 0.036 0.516 0.004 0.148 0.072 0.224
#> SRR1782836 3 0.1059 0.56087 0.016 0.004 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782838 3 0.3987 0.54836 0.000 0.000 0.760 0.008 0.056 0.176
#> SRR1782839 3 0.5303 0.50582 0.008 0.020 0.660 0.000 0.100 0.212
#> SRR1782840 2 0.4266 0.64194 0.008 0.760 0.000 0.116 0.004 0.112
#> SRR1782833 4 0.3541 0.72635 0.004 0.000 0.008 0.812 0.132 0.044
#> SRR1782842 2 0.6027 0.06562 0.416 0.472 0.040 0.000 0.020 0.052
#> SRR1782841 5 0.4421 0.64266 0.008 0.000 0.000 0.104 0.732 0.156
#> SRR1782843 2 0.3367 0.68922 0.164 0.804 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782845 3 0.6727 0.29009 0.004 0.000 0.436 0.036 0.268 0.256
#> SRR1782844 3 0.1862 0.56297 0.044 0.008 0.928 0.004 0.000 0.016
#> SRR1782846 3 0.6807 -0.32234 0.204 0.056 0.396 0.000 0.000 0.344
#> SRR1782847 3 0.6060 0.15182 0.060 0.028 0.544 0.000 0.036 0.332
#> SRR1782848 3 0.1679 0.55399 0.016 0.012 0.936 0.000 0.000 0.036
#> SRR1782849 5 0.7083 0.10717 0.036 0.060 0.136 0.004 0.516 0.248
#> SRR1782850 6 0.7368 0.19834 0.032 0.308 0.044 0.068 0.064 0.484
#> SRR1782851 5 0.3669 0.68760 0.108 0.020 0.000 0.008 0.820 0.044
#> SRR1782852 1 0.3933 0.51906 0.828 0.008 0.068 0.044 0.028 0.024
#> SRR1782853 2 0.1381 0.77084 0.020 0.952 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR1782855 5 0.4535 0.66044 0.028 0.108 0.008 0.000 0.760 0.096
#> SRR1782856 5 0.2622 0.68982 0.104 0.004 0.000 0.000 0.868 0.024
#> SRR1782854 2 0.2424 0.75664 0.028 0.900 0.000 0.000 0.036 0.036
#> SRR1782857 2 0.5659 0.48218 0.016 0.608 0.004 0.164 0.000 0.208
#> SRR1782858 3 0.5379 0.10896 0.064 0.012 0.564 0.004 0.004 0.352
#> SRR1782859 6 0.6727 0.45450 0.168 0.060 0.296 0.000 0.004 0.472
#> SRR1782860 5 0.6956 0.41306 0.020 0.112 0.000 0.108 0.520 0.240
#> SRR1782861 6 0.6314 0.36593 0.032 0.020 0.088 0.024 0.228 0.608
#> SRR1782862 3 0.4630 0.42144 0.044 0.012 0.720 0.020 0.000 0.204
#> SRR1782863 3 0.0767 0.57152 0.000 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004
#> SRR1782864 3 0.4397 0.29194 0.336 0.012 0.632 0.000 0.000 0.020
#> SRR1782866 5 0.3050 0.70313 0.044 0.012 0.000 0.000 0.852 0.092
#> SRR1782865 5 0.2611 0.67352 0.008 0.000 0.012 0.000 0.864 0.116
#> SRR1782867 5 0.5546 0.62591 0.048 0.020 0.000 0.112 0.688 0.132
#> SRR1782868 5 0.6812 0.35500 0.040 0.264 0.036 0.000 0.516 0.144
#> SRR1782872 3 0.5637 0.45306 0.004 0.000 0.592 0.008 0.176 0.220
#> SRR1782874 5 0.6209 0.52035 0.140 0.156 0.000 0.012 0.616 0.076
#> SRR1782875 2 0.1198 0.77273 0.020 0.960 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782870 3 0.6889 0.40562 0.016 0.176 0.536 0.000 0.092 0.180
#> SRR1782871 3 0.5539 0.45097 0.000 0.000 0.592 0.008 0.192 0.208
#> SRR1782877 5 0.3850 0.68686 0.076 0.036 0.000 0.000 0.808 0.080
#> SRR1782873 2 0.0984 0.77306 0.012 0.968 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782878 5 0.3544 0.67566 0.000 0.000 0.016 0.064 0.820 0.100
#> SRR1782879 3 0.5875 0.50048 0.016 0.000 0.648 0.068 0.088 0.180
#> SRR1782880 1 0.5143 0.53984 0.672 0.036 0.000 0.000 0.208 0.084
#> SRR1782883 5 0.1524 0.70923 0.008 0.000 0.000 0.000 0.932 0.060
#> SRR1782881 3 0.6159 0.45352 0.008 0.020 0.576 0.008 0.160 0.228
#> SRR1782882 2 0.3106 0.71799 0.004 0.844 0.000 0.040 0.004 0.108
#> SRR1782884 3 0.1232 0.57396 0.000 0.004 0.956 0.000 0.016 0.024
#> SRR1782885 3 0.6086 0.09751 0.036 0.132 0.520 0.000 0.000 0.312
#> SRR1782886 5 0.4917 0.61077 0.116 0.128 0.000 0.000 0.716 0.040
#> SRR1782887 6 0.6792 0.37650 0.088 0.120 0.340 0.000 0.004 0.448
#> SRR1782888 5 0.3556 0.68390 0.104 0.012 0.000 0.000 0.816 0.068
#> SRR1782889 2 0.3902 0.71681 0.064 0.796 0.004 0.004 0.008 0.124
#> SRR1782892 3 0.6901 -0.14154 0.316 0.012 0.432 0.000 0.044 0.196
#> SRR1782890 1 0.6581 0.10493 0.424 0.036 0.012 0.000 0.388 0.140
#> SRR1782891 2 0.3994 0.66080 0.036 0.796 0.072 0.000 0.000 0.096
#> SRR1782893 2 0.2847 0.72897 0.120 0.852 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782894 1 0.4467 -0.00639 0.496 0.020 0.000 0.000 0.480 0.004
#> SRR1782897 1 0.6198 0.20076 0.480 0.012 0.016 0.000 0.356 0.136
#> SRR1782896 2 0.3626 0.67907 0.180 0.784 0.008 0.004 0.000 0.024
#> SRR1782895 2 0.3806 0.67616 0.212 0.752 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1782898 2 0.2182 0.75939 0.076 0.900 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782900 5 0.5630 0.49226 0.252 0.008 0.068 0.000 0.624 0.048
#> SRR1782901 5 0.2604 0.69560 0.096 0.000 0.000 0.004 0.872 0.028
#> SRR1782899 2 0.1578 0.76745 0.048 0.936 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782902 5 0.5514 0.49764 0.228 0.008 0.008 0.000 0.616 0.140
#> SRR1782903 2 0.5644 0.48202 0.268 0.596 0.016 0.008 0.000 0.112
#> SRR1782905 3 0.5421 0.12870 0.024 0.036 0.536 0.008 0.004 0.392
#> SRR1782904 3 0.4667 0.34667 0.080 0.012 0.696 0.000 0.000 0.212
#> SRR1782907 1 0.4963 0.56851 0.672 0.096 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1782906 5 0.3733 0.64876 0.168 0.028 0.000 0.000 0.784 0.020
#> SRR1782908 3 0.6366 0.01770 0.312 0.212 0.452 0.000 0.000 0.024
#> SRR1782909 2 0.3957 0.62404 0.200 0.752 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1782911 5 0.4624 0.61318 0.224 0.008 0.000 0.028 0.708 0.032
#> SRR1782910 3 0.1887 0.56245 0.012 0.048 0.924 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782912 3 0.5788 0.45711 0.024 0.000 0.588 0.000 0.180 0.208
#> SRR1782913 5 0.5763 0.43493 0.004 0.024 0.164 0.000 0.608 0.200
#> SRR1782915 3 0.5966 0.45365 0.008 0.028 0.588 0.000 0.144 0.232
#> SRR1782914 5 0.3543 0.63565 0.200 0.000 0.000 0.000 0.768 0.032
#> SRR1782916 2 0.8070 0.07220 0.064 0.400 0.000 0.136 0.248 0.152
#> SRR1782918 3 0.3959 0.54729 0.000 0.004 0.760 0.000 0.064 0.172
#> SRR1782919 3 0.3307 0.50929 0.028 0.024 0.832 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782920 5 0.4105 0.67864 0.092 0.008 0.056 0.000 0.800 0.044
#> SRR1782917 2 0.2925 0.73511 0.104 0.856 0.024 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782922 3 0.6170 0.28207 0.008 0.000 0.460 0.004 0.328 0.200
#> SRR1782921 2 0.5901 0.41418 0.224 0.584 0.024 0.000 0.004 0.164
#> SRR1782923 2 0.1053 0.77147 0.020 0.964 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782925 2 0.0363 0.77222 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782924 3 0.7365 0.26505 0.064 0.284 0.452 0.000 0.044 0.156
#> SRR1782926 2 0.0820 0.77296 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782929 2 0.0653 0.77201 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782927 3 0.5985 0.21632 0.060 0.112 0.584 0.000 0.000 0.244
#> SRR1782928 2 0.0881 0.77193 0.012 0.972 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1782932 2 0.1180 0.77064 0.012 0.960 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782933 4 0.4017 0.73425 0.004 0.000 0.080 0.804 0.068 0.044
#> SRR1782930 3 0.3444 0.56645 0.000 0.012 0.812 0.000 0.036 0.140
#> SRR1782931 2 0.5720 0.39562 0.032 0.596 0.048 0.028 0.000 0.296
#> SRR1782934 2 0.0717 0.77033 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782935 2 0.0692 0.77168 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1782936 5 0.2980 0.65863 0.180 0.000 0.000 0.000 0.808 0.012
#> SRR1782937 2 0.1180 0.76914 0.012 0.960 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1782939 5 0.7098 0.04016 0.048 0.292 0.000 0.008 0.356 0.296
#> SRR1782940 1 0.7360 0.31118 0.472 0.196 0.028 0.000 0.088 0.216
#> SRR1782941 5 0.3053 0.66291 0.172 0.004 0.000 0.000 0.812 0.012
#> SRR1782942 3 0.6928 -0.22040 0.224 0.072 0.432 0.000 0.000 0.272
#> SRR1782945 5 0.3121 0.65035 0.008 0.000 0.020 0.000 0.824 0.148
#> SRR1782944 5 0.6378 0.16061 0.044 0.120 0.000 0.004 0.436 0.396
#> SRR1782947 5 0.2182 0.69295 0.016 0.000 0.004 0.004 0.904 0.072
#> SRR1782948 2 0.1887 0.76385 0.048 0.924 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1782949 5 0.2706 0.69938 0.044 0.000 0.016 0.000 0.880 0.060
#> SRR1782952 3 0.5689 0.09707 0.252 0.008 0.560 0.000 0.000 0.180
#> SRR1782950 2 0.3851 0.66043 0.028 0.800 0.056 0.000 0.000 0.116
#> SRR1782953 2 0.5201 0.57895 0.012 0.684 0.008 0.096 0.008 0.192
#> SRR1782951 5 0.4991 0.53214 0.016 0.000 0.120 0.000 0.680 0.184
#> SRR1782954 4 0.7592 -0.06467 0.148 0.016 0.156 0.404 0.000 0.276
#> SRR1782955 4 0.2349 0.77614 0.080 0.020 0.000 0.892 0.000 0.008
#> SRR1782956 2 0.1036 0.77114 0.024 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1782957 3 0.3733 0.46716 0.048 0.016 0.796 0.000 0.000 0.140
#> SRR1782946 3 0.3170 0.57442 0.036 0.000 0.836 0.004 0.004 0.120
#> SRR1782959 4 0.0767 0.80254 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1782958 2 0.3746 0.57270 0.272 0.712 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1782960 3 0.6406 -0.02931 0.244 0.020 0.496 0.000 0.008 0.232
#> SRR1782961 2 0.3772 0.50871 0.320 0.672 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1782962 1 0.5028 0.38629 0.708 0.048 0.104 0.000 0.000 0.140
#> SRR1782964 3 0.3355 0.48285 0.048 0.004 0.816 0.000 0.000 0.132
#> SRR1782963 1 0.3881 0.59747 0.792 0.036 0.000 0.000 0.136 0.036
#> SRR1782965 3 0.4817 0.32908 0.236 0.012 0.672 0.000 0.000 0.080
#> SRR1782966 2 0.3089 0.71360 0.024 0.856 0.080 0.000 0.000 0.040
#> SRR1782968 3 0.3426 0.49071 0.116 0.004 0.816 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782967 3 0.5818 0.17275 0.200 0.024 0.584 0.000 0.000 0.192
#> SRR1782969 1 0.4795 0.55829 0.736 0.028 0.008 0.000 0.120 0.108
#> SRR1782970 2 0.3528 0.51341 0.000 0.700 0.000 0.296 0.000 0.004
#> SRR1782971 3 0.4439 0.46222 0.040 0.000 0.760 0.116 0.000 0.084
#> SRR1782972 3 0.1232 0.56048 0.024 0.004 0.956 0.000 0.000 0.016
#> SRR1782973 2 0.0964 0.77296 0.012 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1782974 3 0.5249 0.27807 0.188 0.012 0.644 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782975 5 0.5068 0.65606 0.060 0.004 0.000 0.112 0.720 0.104
#> SRR1782976 2 0.5488 0.33129 0.332 0.556 0.008 0.004 0.000 0.100
#> SRR1782977 3 0.7654 -0.31625 0.296 0.008 0.324 0.000 0.128 0.244
#> SRR1782979 1 0.4831 0.58890 0.712 0.052 0.000 0.000 0.180 0.056
#> SRR1782980 5 0.6451 0.31157 0.032 0.024 0.156 0.004 0.576 0.208
#> SRR1782981 2 0.0767 0.77193 0.004 0.976 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1782982 2 0.1785 0.76150 0.016 0.936 0.000 0.012 0.008 0.028
#> SRR1782985 1 0.5162 0.35391 0.548 0.380 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR1782983 3 0.5210 0.37601 0.008 0.196 0.640 0.000 0.000 0.156
#> SRR1782987 2 0.4555 0.42184 0.340 0.616 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1782984 5 0.3379 0.66837 0.012 0.000 0.008 0.008 0.804 0.168
#> SRR1782986 3 0.3655 0.56552 0.000 0.072 0.812 0.000 0.016 0.100
#> SRR1782988 3 0.5956 0.05583 0.040 0.072 0.528 0.004 0.004 0.352
#> SRR1782990 2 0.1223 0.77449 0.008 0.960 0.004 0.012 0.000 0.016
#> SRR1782991 3 0.2859 0.57814 0.012 0.008 0.868 0.000 0.020 0.092
#> SRR1782989 4 0.4732 0.48452 0.312 0.052 0.000 0.628 0.000 0.008
#> SRR1782992 5 0.6484 0.23683 0.296 0.024 0.000 0.012 0.488 0.180
#> SRR1782993 1 0.4513 0.41085 0.636 0.324 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR1782995 3 0.5304 0.52333 0.032 0.004 0.680 0.004 0.092 0.188
#> SRR1782994 3 0.5070 0.22532 0.072 0.016 0.624 0.000 0.000 0.288
#> SRR1782996 3 0.5515 0.28078 0.244 0.064 0.628 0.000 0.000 0.064
#> SRR1782998 3 0.2262 0.57772 0.000 0.008 0.896 0.000 0.016 0.080
#> SRR1782999 1 0.3778 0.60416 0.816 0.052 0.004 0.000 0.096 0.032
#> SRR1782997 1 0.3047 0.59027 0.832 0.144 0.012 0.000 0.004 0.008
#> SRR1783000 1 0.4827 0.46737 0.652 0.264 0.076 0.000 0.000 0.008
#> SRR1783001 5 0.4533 0.38976 0.376 0.004 0.000 0.000 0.588 0.032
#> SRR1783002 2 0.5725 0.50758 0.012 0.628 0.004 0.176 0.012 0.168
#> SRR1783003 3 0.5340 0.49741 0.004 0.000 0.652 0.024 0.104 0.216
#> SRR1783004 2 0.1578 0.76437 0.048 0.936 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1783005 1 0.4479 0.48548 0.672 0.280 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1783006 2 0.2982 0.72013 0.016 0.844 0.000 0.124 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0