Date: 2019-12-26 00:24:59 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = cores)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 15583 430
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 3 | 0.987 | 0.961 | 0.984 | ** | 2 |
| CV:mclust | 3 | 0.987 | 0.935 | 0.975 | ** | |
| ATC:NMF | 3 | 0.969 | 0.965 | 0.985 | ** | |
| ATC:pam | 6 | 0.937 | 0.889 | 0.945 | * | 2,3,4,5 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.935 | 0.897 | 0.950 | * | |
| CV:NMF | 6 | 0.927 | 0.865 | 0.929 | * | 4,5 |
| CV:skmeans | 5 | 0.921 | 0.925 | 0.916 | * | 3,4 |
| CV:pam | 5 | 0.904 | 0.896 | 0.960 | * | |
| CV:hclust | 5 | 0.878 | 0.911 | 0.928 | ||
| SD:pam | 2 | 0.812 | 0.898 | 0.956 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.800 | 0.866 | 0.948 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.776 | 0.894 | 0.953 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.767 | 0.905 | 0.953 | ||
| MAD:skmeans | 2 | 0.686 | 0.849 | 0.939 | ||
| SD:skmeans | 2 | 0.681 | 0.801 | 0.921 | ||
| ATC:mclust | 3 | 0.645 | 0.819 | 0.910 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.566 | 0.779 | 0.894 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.508 | 0.764 | 0.864 | ||
| SD:hclust | 4 | 0.500 | 0.660 | 0.792 | ||
| MAD:mclust | 2 | 0.417 | 0.801 | 0.879 | ||
| CV:kmeans | 3 | 0.398 | 0.777 | 0.775 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.371 | 0.678 | 0.848 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.365 | 0.874 | 0.915 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.341 | 0.756 | 0.861 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.776 0.894 0.953 0.499 0.499 0.499
#> CV:NMF 2 0.616 0.826 0.910 0.483 0.512 0.512
#> MAD:NMF 2 0.800 0.866 0.948 0.499 0.500 0.500
#> ATC:NMF 2 0.809 0.889 0.955 0.480 0.513 0.513
#> SD:skmeans 2 0.681 0.801 0.921 0.493 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 0.561 0.845 0.908 0.493 0.507 0.507
#> MAD:skmeans 2 0.686 0.849 0.939 0.496 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.987 0.995 0.500 0.500 0.500
#> SD:mclust 2 0.335 0.687 0.844 0.479 0.500 0.500
#> CV:mclust 2 0.597 0.871 0.915 0.449 0.572 0.572
#> MAD:mclust 2 0.417 0.801 0.879 0.461 0.500 0.500
#> ATC:mclust 2 0.745 0.824 0.930 0.376 0.605 0.605
#> SD:kmeans 2 0.371 0.678 0.848 0.449 0.507 0.507
#> CV:kmeans 2 0.226 0.706 0.790 0.388 0.642 0.642
#> MAD:kmeans 2 0.566 0.779 0.894 0.479 0.507 0.507
#> ATC:kmeans 2 0.569 0.854 0.893 0.459 0.502 0.502
#> SD:pam 2 0.812 0.898 0.956 0.487 0.507 0.507
#> CV:pam 2 0.772 0.873 0.949 0.452 0.548 0.548
#> MAD:pam 2 0.767 0.905 0.953 0.488 0.503 0.503
#> ATC:pam 2 0.934 0.940 0.973 0.394 0.603 0.603
#> SD:hclust 2 0.403 0.563 0.822 0.423 0.520 0.520
#> CV:hclust 2 0.451 0.874 0.890 0.343 0.612 0.612
#> MAD:hclust 2 0.365 0.874 0.915 0.468 0.520 0.520
#> ATC:hclust 2 0.341 0.756 0.861 0.438 0.502 0.502
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.703 0.839 0.915 0.319 0.686 0.457
#> CV:NMF 3 0.888 0.878 0.950 0.361 0.668 0.441
#> MAD:NMF 3 0.564 0.582 0.811 0.330 0.746 0.536
#> ATC:NMF 3 0.969 0.965 0.985 0.326 0.665 0.447
#> SD:skmeans 3 0.663 0.838 0.916 0.345 0.734 0.516
#> CV:skmeans 3 0.928 0.953 0.978 0.334 0.817 0.645
#> MAD:skmeans 3 0.634 0.722 0.857 0.334 0.677 0.444
#> ATC:skmeans 3 0.987 0.961 0.984 0.319 0.760 0.555
#> SD:mclust 3 0.508 0.764 0.864 0.342 0.707 0.482
#> CV:mclust 3 0.987 0.935 0.975 0.437 0.775 0.606
#> MAD:mclust 3 0.349 0.596 0.738 0.321 0.695 0.466
#> ATC:mclust 3 0.645 0.819 0.910 0.636 0.608 0.435
#> SD:kmeans 3 0.382 0.735 0.788 0.406 0.677 0.451
#> CV:kmeans 3 0.398 0.777 0.775 0.503 0.722 0.567
#> MAD:kmeans 3 0.446 0.609 0.788 0.341 0.701 0.477
#> ATC:kmeans 3 0.935 0.897 0.950 0.398 0.784 0.597
#> SD:pam 3 0.813 0.865 0.940 0.335 0.809 0.636
#> CV:pam 3 0.821 0.880 0.948 0.449 0.791 0.618
#> MAD:pam 3 0.803 0.869 0.939 0.348 0.781 0.589
#> ATC:pam 3 1.000 0.958 0.984 0.604 0.638 0.457
#> SD:hclust 3 0.344 0.646 0.765 0.470 0.696 0.478
#> CV:hclust 3 0.716 0.849 0.917 0.311 0.892 0.824
#> MAD:hclust 3 0.452 0.613 0.802 0.372 0.821 0.655
#> ATC:hclust 3 0.545 0.430 0.734 0.405 0.574 0.376
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.785 0.828 0.898 0.132 0.869 0.642
#> CV:NMF 4 0.993 0.952 0.979 0.137 0.878 0.662
#> MAD:NMF 4 0.606 0.687 0.812 0.120 0.774 0.450
#> ATC:NMF 4 0.855 0.882 0.932 0.155 0.824 0.561
#> SD:skmeans 4 0.826 0.822 0.913 0.123 0.877 0.655
#> CV:skmeans 4 1.000 0.991 0.995 0.129 0.904 0.726
#> MAD:skmeans 4 0.759 0.722 0.872 0.126 0.895 0.703
#> ATC:skmeans 4 0.815 0.731 0.744 0.120 0.861 0.619
#> SD:mclust 4 0.628 0.667 0.783 0.131 0.824 0.540
#> CV:mclust 4 0.883 0.851 0.903 0.150 0.868 0.638
#> MAD:mclust 4 0.553 0.736 0.821 0.194 0.803 0.508
#> ATC:mclust 4 0.674 0.817 0.892 0.123 0.850 0.649
#> SD:kmeans 4 0.542 0.642 0.758 0.129 0.942 0.834
#> CV:kmeans 4 0.535 0.863 0.811 0.172 0.865 0.645
#> MAD:kmeans 4 0.526 0.589 0.712 0.126 0.834 0.566
#> ATC:kmeans 4 0.672 0.635 0.781 0.121 0.939 0.829
#> SD:pam 4 0.826 0.867 0.930 0.108 0.924 0.786
#> CV:pam 4 0.897 0.894 0.953 0.116 0.913 0.750
#> MAD:pam 4 0.826 0.838 0.919 0.101 0.895 0.710
#> ATC:pam 4 0.927 0.918 0.965 0.173 0.788 0.495
#> SD:hclust 4 0.500 0.660 0.792 0.115 0.937 0.816
#> CV:hclust 4 0.869 0.916 0.958 0.135 0.997 0.995
#> MAD:hclust 4 0.546 0.666 0.764 0.109 0.887 0.690
#> ATC:hclust 4 0.589 0.709 0.786 0.159 0.709 0.408
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.849 0.805 0.895 0.0527 0.924 0.725
#> CV:NMF 5 0.999 0.964 0.984 0.0383 0.954 0.824
#> MAD:NMF 5 0.769 0.701 0.835 0.0600 0.917 0.710
#> ATC:NMF 5 0.771 0.762 0.871 0.0780 0.887 0.605
#> SD:skmeans 5 0.795 0.659 0.813 0.0594 0.890 0.616
#> CV:skmeans 5 0.921 0.925 0.916 0.0581 0.952 0.814
#> MAD:skmeans 5 0.771 0.741 0.825 0.0617 0.893 0.628
#> ATC:skmeans 5 0.792 0.830 0.889 0.0662 0.895 0.624
#> SD:mclust 5 0.690 0.526 0.762 0.0741 0.866 0.551
#> CV:mclust 5 0.811 0.737 0.827 0.0587 0.894 0.622
#> MAD:mclust 5 0.636 0.643 0.771 0.0746 0.907 0.669
#> ATC:mclust 5 0.609 0.647 0.800 0.0943 0.826 0.509
#> SD:kmeans 5 0.647 0.667 0.748 0.0766 0.936 0.794
#> CV:kmeans 5 0.753 0.833 0.823 0.0880 0.992 0.969
#> MAD:kmeans 5 0.635 0.596 0.729 0.0679 0.951 0.821
#> ATC:kmeans 5 0.646 0.596 0.734 0.0611 0.883 0.641
#> SD:pam 5 0.885 0.845 0.916 0.0483 0.969 0.889
#> CV:pam 5 0.904 0.896 0.960 0.0205 0.984 0.940
#> MAD:pam 5 0.897 0.873 0.919 0.0511 0.939 0.783
#> ATC:pam 5 0.972 0.932 0.969 0.0507 0.926 0.734
#> SD:hclust 5 0.597 0.546 0.760 0.0666 0.977 0.918
#> CV:hclust 5 0.878 0.911 0.928 0.0645 0.972 0.944
#> MAD:hclust 5 0.563 0.479 0.690 0.0735 0.831 0.495
#> ATC:hclust 5 0.617 0.620 0.756 0.0622 0.943 0.789
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.861 0.814 0.899 0.0304 0.971 0.871
#> CV:NMF 6 0.927 0.865 0.929 0.0270 0.980 0.910
#> MAD:NMF 6 0.812 0.750 0.873 0.0303 0.926 0.699
#> ATC:NMF 6 0.725 0.649 0.801 0.0302 0.952 0.776
#> SD:skmeans 6 0.754 0.594 0.757 0.0375 0.928 0.689
#> CV:skmeans 6 0.811 0.751 0.859 0.0356 0.994 0.973
#> MAD:skmeans 6 0.748 0.590 0.730 0.0385 0.946 0.757
#> ATC:skmeans 6 0.812 0.746 0.858 0.0345 0.987 0.936
#> SD:mclust 6 0.712 0.627 0.757 0.0436 0.920 0.657
#> CV:mclust 6 0.758 0.537 0.726 0.0296 0.956 0.803
#> MAD:mclust 6 0.715 0.678 0.783 0.0423 0.965 0.833
#> ATC:mclust 6 0.723 0.718 0.827 0.0681 0.892 0.572
#> SD:kmeans 6 0.685 0.535 0.688 0.0435 0.929 0.731
#> CV:kmeans 6 0.761 0.793 0.796 0.0443 1.000 1.000
#> MAD:kmeans 6 0.645 0.482 0.663 0.0408 0.928 0.712
#> ATC:kmeans 6 0.639 0.550 0.715 0.0477 0.951 0.805
#> SD:pam 6 0.857 0.817 0.890 0.0225 0.985 0.943
#> CV:pam 6 0.932 0.896 0.962 0.0119 0.991 0.965
#> MAD:pam 6 0.829 0.635 0.792 0.0256 0.923 0.691
#> ATC:pam 6 0.937 0.889 0.945 0.0292 0.970 0.866
#> SD:hclust 6 0.635 0.636 0.741 0.0428 0.954 0.829
#> CV:hclust 6 0.660 0.808 0.849 0.1118 1.000 1.000
#> MAD:hclust 6 0.671 0.600 0.744 0.0436 0.914 0.662
#> ATC:hclust 6 0.643 0.589 0.735 0.0403 0.966 0.856
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.403 0.563 0.822 0.4226 0.520 0.520
#> 3 3 0.344 0.646 0.765 0.4696 0.696 0.478
#> 4 4 0.500 0.660 0.792 0.1150 0.937 0.816
#> 5 5 0.597 0.546 0.760 0.0666 0.977 0.918
#> 6 6 0.635 0.636 0.741 0.0428 0.954 0.829
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.4562 0.7074 0.904 0.096
#> SRR1608495 1 0.4562 0.7074 0.904 0.096
#> SRR1608496 1 0.4562 0.7074 0.904 0.096
#> SRR1608497 1 0.4562 0.7074 0.904 0.096
#> SRR1608498 1 0.1633 0.7378 0.976 0.024
#> SRR1608499 1 0.1633 0.7378 0.976 0.024
#> SRR1608500 1 0.1633 0.7378 0.976 0.024
#> SRR1608501 1 0.1633 0.7378 0.976 0.024
#> SRR1608502 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608503 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608504 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608505 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608510 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608507 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608508 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608509 1 0.9944 0.1554 0.544 0.456
#> SRR1608514 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608519 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608520 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608521 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608522 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608523 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608524 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608525 2 0.1184 0.7208 0.016 0.984
#> SRR1608526 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.9954 0.1789 0.460 0.540
#> SRR1608535 2 0.9954 0.1789 0.460 0.540
#> SRR1608536 2 0.9954 0.1789 0.460 0.540
#> SRR1608537 2 0.9954 0.1789 0.460 0.540
#> SRR1608538 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608542 1 0.9988 0.0541 0.520 0.480
#> SRR1608543 1 0.9988 0.0541 0.520 0.480
#> SRR1608544 1 0.9988 0.0541 0.520 0.480
#> SRR1608545 1 0.9988 0.0541 0.520 0.480
#> SRR1608546 2 0.9460 0.4234 0.364 0.636
#> SRR1608547 2 0.9460 0.4234 0.364 0.636
#> SRR1608548 2 0.9460 0.4234 0.364 0.636
#> SRR1608549 2 0.9460 0.4234 0.364 0.636
#> SRR1608550 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.2778 0.7115 0.048 0.952
#> SRR1608590 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.7242 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.2778 0.7115 0.048 0.952
#> SRR1608604 2 0.2778 0.7115 0.048 0.952
#> SRR1608605 2 0.2778 0.7115 0.048 0.952
#> SRR1608606 2 0.2778 0.7115 0.048 0.952
#> SRR1608607 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608608 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608609 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608610 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608611 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608612 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608613 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608614 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608615 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608616 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608617 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608618 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608619 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608620 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608621 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608622 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608623 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608624 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608625 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608626 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608627 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608628 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608629 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608630 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608634 1 0.9686 0.3239 0.604 0.396
#> SRR1608635 1 0.9686 0.3239 0.604 0.396
#> SRR1608636 1 0.9686 0.3239 0.604 0.396
#> SRR1608637 1 0.9686 0.3239 0.604 0.396
#> SRR1608631 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608632 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608633 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608642 1 0.9686 0.3239 0.604 0.396
#> SRR1608638 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608639 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608640 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608641 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608643 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608644 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608645 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608646 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608647 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608648 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608657 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608658 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608659 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608660 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608661 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608662 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608663 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608664 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608649 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608650 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608651 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608652 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608653 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608654 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608655 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608656 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608665 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608682 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608683 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608684 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608685 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608686 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608687 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608688 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608673 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608674 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608675 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608676 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608677 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608678 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608679 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608680 1 0.2603 0.7249 0.956 0.044
#> SRR1608689 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608690 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608691 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608692 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608693 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608694 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608695 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608696 1 0.9635 0.3431 0.612 0.388
#> SRR1608697 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608706 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608707 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608708 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608709 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608710 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608711 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608712 2 0.9608 0.3911 0.384 0.616
#> SRR1608713 1 0.7528 0.5865 0.784 0.216
#> SRR1608714 1 0.7528 0.5865 0.784 0.216
#> SRR1608715 1 0.7528 0.5865 0.784 0.216
#> SRR1608716 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608717 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608718 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608719 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608724 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608725 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608726 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608727 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608720 2 0.9998 0.0819 0.492 0.508
#> SRR1608721 2 0.9998 0.0819 0.492 0.508
#> SRR1608722 2 0.9998 0.0819 0.492 0.508
#> SRR1608723 2 0.9998 0.0819 0.492 0.508
#> SRR1608728 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608729 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608730 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608731 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608732 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608733 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608734 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608735 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608736 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608737 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608738 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608739 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608740 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608741 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608742 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608743 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608744 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608745 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608746 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608747 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608748 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608749 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608750 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608751 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608752 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608753 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608754 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608755 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608764 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608765 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608766 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608767 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608768 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608769 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608770 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608771 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608756 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608757 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608758 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608759 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608760 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608761 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608762 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608763 2 0.9996 0.0989 0.488 0.512
#> SRR1608772 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608773 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608774 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608775 1 0.9775 0.2837 0.588 0.412
#> SRR1608776 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608777 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608778 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608779 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608780 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608782 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608783 2 0.8267 0.5850 0.260 0.740
#> SRR1608784 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608785 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608786 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608787 1 0.9686 0.3195 0.604 0.396
#> SRR1608788 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608789 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608790 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608791 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608792 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608793 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608794 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608795 1 0.0376 0.7499 0.996 0.004
#> SRR1608796 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608797 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608798 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608799 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608800 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608801 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608802 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608803 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608812 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608814 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608815 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608816 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608817 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608818 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608819 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608804 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608805 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608806 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608807 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608808 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608809 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608810 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608811 1 0.4161 0.7384 0.916 0.084
#> SRR1608822 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608823 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608824 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608825 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608826 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608827 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608828 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608829 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608820 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608821 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608830 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608831 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608832 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608833 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608834 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608835 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608836 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608837 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608838 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608839 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608840 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608841 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608842 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608843 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608844 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608845 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608846 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.7481 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608855 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608856 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608857 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608858 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608859 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608860 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608861 1 0.2778 0.7572 0.952 0.048
#> SRR1608862 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608863 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608864 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608865 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608866 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608867 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608868 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608869 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608870 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608871 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608872 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608873 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608874 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608875 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608876 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608877 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608878 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608880 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608881 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608882 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608883 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608884 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608885 1 0.2948 0.7569 0.948 0.052
#> SRR1608886 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608887 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608888 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608889 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608890 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608891 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608892 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608893 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608894 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608895 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608896 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608897 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608898 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608899 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608901 1 0.1633 0.7539 0.976 0.024
#> SRR1608902 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608903 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608904 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608905 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608906 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608907 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608908 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608909 1 0.3274 0.7550 0.940 0.060
#> SRR1608910 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608911 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608912 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608913 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608914 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608915 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608916 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608917 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608918 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608919 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608920 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608921 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608922 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
#> SRR1608923 1 0.2603 0.7572 0.956 0.044
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.6912 0.293 0.540 0.016 0.444
#> SRR1608495 1 0.6912 0.293 0.540 0.016 0.444
#> SRR1608496 1 0.6912 0.293 0.540 0.016 0.444
#> SRR1608497 1 0.6912 0.293 0.540 0.016 0.444
#> SRR1608498 3 0.7145 -0.380 0.440 0.024 0.536
#> SRR1608499 3 0.7145 -0.380 0.440 0.024 0.536
#> SRR1608500 3 0.7145 -0.380 0.440 0.024 0.536
#> SRR1608501 3 0.7145 -0.380 0.440 0.024 0.536
#> SRR1608502 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608503 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608504 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608505 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608510 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608507 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608508 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608509 3 0.8907 0.628 0.332 0.140 0.528
#> SRR1608514 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608519 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608520 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608521 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608522 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608523 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608524 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608525 2 0.0747 0.864 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608526 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 3 0.9601 0.630 0.312 0.224 0.464
#> SRR1608535 3 0.9601 0.630 0.312 0.224 0.464
#> SRR1608536 3 0.9601 0.630 0.312 0.224 0.464
#> SRR1608537 3 0.9601 0.630 0.312 0.224 0.464
#> SRR1608538 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608539 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608540 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608541 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608542 3 0.9229 0.628 0.348 0.164 0.488
#> SRR1608543 3 0.9229 0.628 0.348 0.164 0.488
#> SRR1608544 3 0.9229 0.628 0.348 0.164 0.488
#> SRR1608545 3 0.9229 0.628 0.348 0.164 0.488
#> SRR1608546 3 0.9725 0.554 0.240 0.320 0.440
#> SRR1608547 3 0.9725 0.554 0.240 0.320 0.440
#> SRR1608548 3 0.9725 0.554 0.240 0.320 0.440
#> SRR1608549 3 0.9725 0.554 0.240 0.320 0.440
#> SRR1608550 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608556 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608557 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608558 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608559 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608560 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608561 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608562 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608563 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608564 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608575 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608576 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608577 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608578 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608569 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608585 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608586 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608587 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608588 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608579 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608580 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608581 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608582 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608583 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608589 2 0.1860 0.837 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608590 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608596 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608597 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608598 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608599 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608600 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608601 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608602 2 0.0237 0.873 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608603 2 0.1860 0.837 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608604 2 0.1860 0.837 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608605 2 0.1860 0.837 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608606 2 0.1860 0.837 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608607 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608608 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608609 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608610 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608611 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608612 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608613 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608614 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608615 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608616 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608617 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608618 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608619 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608620 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608621 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608622 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608623 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608624 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608625 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608626 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608627 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608628 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608629 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608630 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608634 3 0.4966 0.620 0.060 0.100 0.840
#> SRR1608635 3 0.4966 0.620 0.060 0.100 0.840
#> SRR1608636 3 0.4966 0.620 0.060 0.100 0.840
#> SRR1608637 3 0.4966 0.620 0.060 0.100 0.840
#> SRR1608631 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608632 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608633 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608642 3 0.4966 0.620 0.060 0.100 0.840
#> SRR1608638 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608639 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608640 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608641 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608643 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608644 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608645 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608646 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608647 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608648 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608657 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608658 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608659 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608660 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608661 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608662 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608663 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608664 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608649 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608650 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608651 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608652 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608653 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608654 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608655 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608656 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608665 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608666 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608667 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608668 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608669 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608670 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608671 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608672 1 0.5785 0.581 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608681 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608682 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608683 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608684 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608685 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608686 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608687 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608688 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608673 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608674 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608675 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608676 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608677 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608678 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608679 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608680 1 0.7363 0.550 0.588 0.040 0.372
#> SRR1608689 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608690 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608691 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608692 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608693 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608694 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608695 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608696 3 0.4807 0.618 0.060 0.092 0.848
#> SRR1608697 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608698 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608699 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608700 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608701 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608702 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608703 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608704 1 0.5760 0.585 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608705 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608706 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608707 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608708 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608709 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608710 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608711 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608712 3 0.9882 0.581 0.312 0.280 0.408
#> SRR1608713 3 0.8142 0.167 0.464 0.068 0.468
#> SRR1608714 3 0.8142 0.167 0.464 0.068 0.468
#> SRR1608715 3 0.8142 0.167 0.464 0.068 0.468
#> SRR1608716 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608717 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608718 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608719 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608724 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608725 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608726 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608727 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608720 3 0.9496 0.627 0.372 0.188 0.440
#> SRR1608721 3 0.9496 0.627 0.372 0.188 0.440
#> SRR1608722 3 0.9496 0.627 0.372 0.188 0.440
#> SRR1608723 3 0.9496 0.627 0.372 0.188 0.440
#> SRR1608728 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608729 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608730 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608731 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608732 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608733 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608734 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608735 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608736 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608737 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608738 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608739 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608740 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608741 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608742 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608743 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608744 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608745 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608746 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608747 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608748 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608749 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608750 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608751 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608752 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608753 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608754 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608755 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608764 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608765 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608766 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608767 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608768 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608769 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608770 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608771 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608756 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608757 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608758 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608759 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608760 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608761 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608762 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608763 3 0.9527 0.628 0.372 0.192 0.436
#> SRR1608772 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608773 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608774 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608775 3 0.4786 0.628 0.044 0.112 0.844
#> SRR1608776 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608777 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608778 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608779 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608780 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608782 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608783 2 0.8948 0.239 0.224 0.568 0.208
#> SRR1608784 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608785 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608786 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608787 3 0.8486 0.600 0.348 0.104 0.548
#> SRR1608788 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608789 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608790 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608791 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608792 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608793 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608794 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608795 1 0.5621 0.598 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608796 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608797 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608798 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608799 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608800 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608801 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608802 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608803 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608812 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608814 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608815 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608816 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608817 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608818 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608819 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608804 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608805 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608806 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608807 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608808 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608809 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608810 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608811 1 0.3637 0.698 0.892 0.024 0.084
#> SRR1608822 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608823 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608824 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608825 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608826 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608827 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608828 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608829 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608820 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608821 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608830 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608831 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608832 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608833 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608834 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608835 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608836 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608837 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608838 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608839 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608840 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608841 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608842 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608843 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608844 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608845 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608846 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608847 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608848 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608849 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608850 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608851 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608852 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608853 1 0.6045 0.515 0.620 0.000 0.380
#> SRR1608854 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608855 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608856 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608857 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608858 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608859 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608860 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608861 1 0.1289 0.742 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608862 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608863 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608864 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608865 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608866 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608867 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608868 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608869 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608870 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608871 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608872 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608873 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608874 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608875 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608876 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608877 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608878 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608880 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608881 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608882 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608883 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608884 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608885 1 0.3941 0.718 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608886 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608887 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608888 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608889 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608890 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608891 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608892 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608893 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608894 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608895 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608896 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608897 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608898 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608899 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608901 1 0.0424 0.748 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608902 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608903 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608904 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608905 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608906 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608907 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608908 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608909 1 0.2711 0.718 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608910 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608911 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608912 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608913 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608914 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608915 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608916 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608917 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608918 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608919 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608920 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608921 1 0.4887 0.676 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608922 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608923 1 0.6244 0.491 0.560 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608491 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608492 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608493 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608494 4 0.6729 0.637 0.128 0.000 0.284 0.588
#> SRR1608495 4 0.6729 0.637 0.128 0.000 0.284 0.588
#> SRR1608496 4 0.6729 0.637 0.128 0.000 0.284 0.588
#> SRR1608497 4 0.6729 0.637 0.128 0.000 0.284 0.588
#> SRR1608498 4 0.6773 0.444 0.348 0.000 0.108 0.544
#> SRR1608499 4 0.6773 0.444 0.348 0.000 0.108 0.544
#> SRR1608500 4 0.6773 0.444 0.348 0.000 0.108 0.544
#> SRR1608501 4 0.6773 0.444 0.348 0.000 0.108 0.544
#> SRR1608502 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608503 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608504 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608505 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608510 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608511 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608512 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608513 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608506 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608507 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608508 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608509 3 0.5781 0.469 0.036 0.024 0.700 0.240
#> SRR1608514 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608515 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608516 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608517 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608518 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608519 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608520 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608521 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608522 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608523 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608524 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608525 2 0.1042 0.848 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608526 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608527 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608528 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608529 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608530 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608531 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608532 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608533 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608534 3 0.4781 0.578 0.004 0.088 0.796 0.112
#> SRR1608535 3 0.4781 0.578 0.004 0.088 0.796 0.112
#> SRR1608536 3 0.4781 0.578 0.004 0.088 0.796 0.112
#> SRR1608537 3 0.4781 0.578 0.004 0.088 0.796 0.112
#> SRR1608538 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608539 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608540 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608541 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608542 3 0.4498 0.582 0.012 0.048 0.816 0.124
#> SRR1608543 3 0.4498 0.582 0.012 0.048 0.816 0.124
#> SRR1608544 3 0.4498 0.582 0.012 0.048 0.816 0.124
#> SRR1608545 3 0.4498 0.582 0.012 0.048 0.816 0.124
#> SRR1608546 3 0.4689 0.561 0.004 0.184 0.776 0.036
#> SRR1608547 3 0.4689 0.561 0.004 0.184 0.776 0.036
#> SRR1608548 3 0.4689 0.561 0.004 0.184 0.776 0.036
#> SRR1608549 3 0.4689 0.561 0.004 0.184 0.776 0.036
#> SRR1608550 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608551 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608552 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608553 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608554 2 0.0524 0.851 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1608555 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608556 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608557 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608558 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608559 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608560 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608561 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608562 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608563 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608564 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608565 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608566 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608567 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608568 2 0.0188 0.852 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608574 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608575 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608576 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608577 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608569 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608570 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608571 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608572 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608573 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608584 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608585 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608586 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608587 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608588 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608579 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608580 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608581 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608582 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608583 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608589 2 0.1811 0.827 0.028 0.948 0.004 0.020
#> SRR1608590 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608591 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608592 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608593 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608594 2 0.1488 0.843 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608595 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608596 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608597 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608598 2 0.0188 0.851 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608599 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608600 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608601 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608602 2 0.0707 0.848 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608603 2 0.1811 0.826 0.028 0.948 0.004 0.020
#> SRR1608604 2 0.1811 0.826 0.028 0.948 0.004 0.020
#> SRR1608605 2 0.1811 0.826 0.028 0.948 0.004 0.020
#> SRR1608606 2 0.1811 0.826 0.028 0.948 0.004 0.020
#> SRR1608607 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608608 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608609 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608610 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608611 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608612 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608613 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608614 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608615 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608616 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608617 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608618 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608619 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608620 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608621 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608622 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608623 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608624 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608625 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608626 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608627 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608628 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608629 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608630 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608634 3 0.5968 0.586 0.324 0.004 0.624 0.048
#> SRR1608635 3 0.5968 0.586 0.324 0.004 0.624 0.048
#> SRR1608636 3 0.5968 0.586 0.324 0.004 0.624 0.048
#> SRR1608637 3 0.5968 0.586 0.324 0.004 0.624 0.048
#> SRR1608631 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608632 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608633 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608642 3 0.5968 0.586 0.324 0.004 0.624 0.048
#> SRR1608638 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608639 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608640 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608641 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608643 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608644 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608645 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608646 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608647 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608648 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608657 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608658 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608659 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608660 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608661 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608662 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608663 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608664 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608649 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608650 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608651 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608652 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608653 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608654 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608655 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608656 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608665 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608666 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608667 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608668 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608669 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608670 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608671 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608672 4 0.5985 0.815 0.168 0.000 0.140 0.692
#> SRR1608681 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608682 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608683 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608684 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608685 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608686 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608687 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608688 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608673 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608674 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608675 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608676 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608677 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608678 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608679 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608680 4 0.1909 0.702 0.008 0.004 0.048 0.940
#> SRR1608689 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608690 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608691 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608692 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608693 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608694 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608695 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608696 3 0.6016 0.576 0.300 0.000 0.632 0.068
#> SRR1608697 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608698 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608699 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608700 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608701 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608702 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608703 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608704 4 0.5938 0.816 0.168 0.000 0.136 0.696
#> SRR1608705 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608706 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608707 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608708 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608709 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608710 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608711 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608712 3 0.4043 0.585 0.008 0.096 0.844 0.052
#> SRR1608713 4 0.6921 0.291 0.108 0.000 0.424 0.468
#> SRR1608714 4 0.6921 0.291 0.108 0.000 0.424 0.468
#> SRR1608715 4 0.6921 0.291 0.108 0.000 0.424 0.468
#> SRR1608716 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608717 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608718 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608719 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608724 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608725 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608726 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608727 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608720 3 0.3648 0.607 0.056 0.076 0.864 0.004
#> SRR1608721 3 0.3648 0.607 0.056 0.076 0.864 0.004
#> SRR1608722 3 0.3648 0.607 0.056 0.076 0.864 0.004
#> SRR1608723 3 0.3648 0.607 0.056 0.076 0.864 0.004
#> SRR1608728 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608729 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608730 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608731 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608732 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608733 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608734 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608735 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608736 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608737 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608738 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608739 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608740 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608741 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608742 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608743 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608744 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608745 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608746 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608747 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608748 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608749 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608750 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608751 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608752 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608753 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608754 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608755 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608764 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608765 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608766 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608767 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608768 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608769 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608770 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608771 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608756 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608757 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608758 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608759 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608760 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608761 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608762 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608763 3 0.3464 0.607 0.056 0.076 0.868 0.000
#> SRR1608772 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608773 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608774 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608775 3 0.5733 0.593 0.308 0.004 0.648 0.040
#> SRR1608776 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608777 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608778 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608779 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608780 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608782 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608783 2 0.5463 0.252 0.008 0.500 0.488 0.004
#> SRR1608784 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608785 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608786 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608787 3 0.6369 0.432 0.096 0.004 0.640 0.260
#> SRR1608788 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608789 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608790 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608791 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608792 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608793 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608794 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608795 4 0.6423 0.788 0.196 0.000 0.156 0.648
#> SRR1608796 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608797 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608798 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608799 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608800 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608801 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608802 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608803 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608812 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608814 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608815 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608816 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608817 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608818 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608819 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608804 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608805 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608806 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608807 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608808 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608809 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608810 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608811 1 0.5571 0.759 0.580 0.024 0.396 0.000
#> SRR1608822 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608823 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608824 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608825 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608826 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608827 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608828 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608829 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608820 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608821 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608830 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608831 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608832 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608833 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608834 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608835 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608836 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608837 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608838 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608839 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608840 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608841 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608842 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608843 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608844 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608845 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608846 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608847 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608848 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608849 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608850 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608851 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608852 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608853 1 0.2635 0.459 0.904 0.000 0.076 0.020
#> SRR1608854 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608855 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608856 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608857 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608858 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608859 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608860 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608861 1 0.4643 0.787 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608862 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608863 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608864 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608865 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608866 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608867 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608868 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608869 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608870 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608871 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608872 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608873 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608874 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608875 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608876 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608877 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608878 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608880 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608881 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608882 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608883 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608884 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608885 1 0.4585 0.766 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608886 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608887 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608888 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608889 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608890 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608891 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608892 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608893 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608894 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608895 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608896 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608897 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608898 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608899 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608901 1 0.4655 0.782 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1608902 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608903 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608904 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608905 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608906 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608907 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608908 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608909 1 0.4830 0.779 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608910 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608911 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608912 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608913 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608914 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608915 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608916 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608917 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608918 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608919 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608920 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608921 1 0.3710 0.671 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1608922 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1608923 1 0.3545 0.511 0.828 0.000 0.164 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608491 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608492 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608493 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608494 4 0.4890 0.6075 0.072 0.000 0.216 0.708 0.004
#> SRR1608495 4 0.4890 0.6075 0.072 0.000 0.216 0.708 0.004
#> SRR1608496 4 0.4890 0.6075 0.072 0.000 0.216 0.708 0.004
#> SRR1608497 4 0.4890 0.6075 0.072 0.000 0.216 0.708 0.004
#> SRR1608498 4 0.6545 0.4121 0.012 0.000 0.368 0.476 0.144
#> SRR1608499 4 0.6545 0.4121 0.012 0.000 0.368 0.476 0.144
#> SRR1608500 4 0.6545 0.4121 0.012 0.000 0.368 0.476 0.144
#> SRR1608501 4 0.6545 0.4121 0.012 0.000 0.368 0.476 0.144
#> SRR1608502 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608503 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608504 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608505 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608510 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608511 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608512 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608513 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608506 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608507 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608508 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608509 3 0.7265 0.1723 0.064 0.016 0.540 0.272 0.108
#> SRR1608514 2 0.3039 0.7497 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608515 2 0.3039 0.7497 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608516 2 0.3039 0.7497 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608517 2 0.3039 0.7497 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608518 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608519 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608520 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608521 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608522 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608523 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608524 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608525 2 0.4040 0.7416 0.000 0.724 0.016 0.000 0.260
#> SRR1608526 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608527 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608528 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608529 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608530 2 0.2605 0.7631 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608531 2 0.2605 0.7631 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608532 2 0.2605 0.7631 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608533 2 0.2605 0.7631 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608534 3 0.7763 -0.2821 0.052 0.040 0.508 0.136 0.264
#> SRR1608535 3 0.7763 -0.2821 0.052 0.040 0.508 0.136 0.264
#> SRR1608536 3 0.7763 -0.2821 0.052 0.040 0.508 0.136 0.264
#> SRR1608537 3 0.7763 -0.2821 0.052 0.040 0.508 0.136 0.264
#> SRR1608538 2 0.3109 0.7495 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608539 2 0.3109 0.7495 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608540 2 0.3109 0.7495 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608541 2 0.3109 0.7495 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608542 3 0.7449 -0.1465 0.060 0.012 0.528 0.172 0.228
#> SRR1608543 3 0.7449 -0.1465 0.060 0.012 0.528 0.172 0.228
#> SRR1608544 3 0.7449 -0.1465 0.060 0.012 0.528 0.172 0.228
#> SRR1608545 3 0.7449 -0.1465 0.060 0.012 0.528 0.172 0.228
#> SRR1608546 3 0.7572 -0.4220 0.044 0.100 0.508 0.048 0.300
#> SRR1608547 3 0.7572 -0.4220 0.044 0.100 0.508 0.048 0.300
#> SRR1608548 3 0.7572 -0.4220 0.044 0.100 0.508 0.048 0.300
#> SRR1608549 3 0.7572 -0.4220 0.044 0.100 0.508 0.048 0.300
#> SRR1608550 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608551 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608552 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608553 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608554 2 0.3636 0.7413 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608555 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608556 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608557 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608558 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608559 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608560 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608561 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608562 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608563 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608564 2 0.2648 0.7626 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608565 2 0.2648 0.7626 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608566 2 0.2648 0.7626 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608567 2 0.2648 0.7626 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608568 2 0.2648 0.7626 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608574 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608575 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608576 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608577 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608569 2 0.3336 0.7510 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1608570 2 0.3336 0.7510 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1608571 2 0.3336 0.7510 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1608572 2 0.3336 0.7510 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1608573 2 0.3336 0.7510 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1608584 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608585 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608586 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608587 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608588 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608579 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608580 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608581 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608582 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608583 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608589 2 0.4302 0.7335 0.000 0.744 0.048 0.000 0.208
#> SRR1608590 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608591 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608592 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608593 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608594 2 0.2280 0.7414 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1608595 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608596 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608597 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608598 2 0.0162 0.7587 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608599 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608600 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608601 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608602 2 0.0963 0.7511 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608603 2 0.3622 0.7454 0.000 0.816 0.048 0.000 0.136
#> SRR1608604 2 0.3622 0.7454 0.000 0.816 0.048 0.000 0.136
#> SRR1608605 2 0.3622 0.7454 0.000 0.816 0.048 0.000 0.136
#> SRR1608606 2 0.3622 0.7454 0.000 0.816 0.048 0.000 0.136
#> SRR1608607 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608608 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608609 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608610 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608611 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608612 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608613 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608614 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608615 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608616 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608617 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608618 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608619 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608620 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608621 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608622 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608623 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608624 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608625 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608626 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608627 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608628 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608629 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608630 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608634 3 0.0671 0.5233 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1608635 3 0.0671 0.5233 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1608636 3 0.0671 0.5233 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1608637 3 0.0671 0.5233 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1608631 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608632 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608633 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608642 3 0.0671 0.5233 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1608638 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608639 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608640 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608641 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608643 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608644 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608645 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608646 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608647 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608648 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608657 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608658 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608659 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608660 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608661 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608662 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608663 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608664 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608649 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608650 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608651 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608652 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608653 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608654 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608655 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608656 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608665 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608666 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608667 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608668 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608669 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608670 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608671 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608672 4 0.3839 0.7838 0.108 0.000 0.072 0.816 0.004
#> SRR1608681 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608682 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608683 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608684 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608685 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608686 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608687 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608688 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608673 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608674 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608675 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608676 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608677 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608678 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608679 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608680 4 0.3875 0.6452 0.000 0.004 0.012 0.756 0.228
#> SRR1608689 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608690 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608691 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608692 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608693 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608694 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608695 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608696 3 0.1364 0.5169 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608697 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608698 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608699 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608700 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608701 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608702 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608703 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608704 4 0.3682 0.7843 0.108 0.000 0.072 0.820 0.000
#> SRR1608705 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608706 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608707 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608708 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608709 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608710 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608711 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608712 5 0.6679 1.0000 0.076 0.000 0.352 0.060 0.512
#> SRR1608713 4 0.5757 0.2738 0.068 0.000 0.356 0.564 0.012
#> SRR1608714 4 0.5757 0.2738 0.068 0.000 0.356 0.564 0.012
#> SRR1608715 4 0.5757 0.2738 0.068 0.000 0.356 0.564 0.012
#> SRR1608716 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608717 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608718 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608719 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608724 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608725 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608726 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608727 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608720 3 0.6718 0.0135 0.188 0.000 0.552 0.028 0.232
#> SRR1608721 3 0.6718 0.0135 0.188 0.000 0.552 0.028 0.232
#> SRR1608722 3 0.6718 0.0135 0.188 0.000 0.552 0.028 0.232
#> SRR1608723 3 0.6718 0.0135 0.188 0.000 0.552 0.028 0.232
#> SRR1608728 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608729 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608730 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608731 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608732 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608733 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608734 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608735 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608736 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608737 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608738 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608739 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608740 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608741 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608742 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608743 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608744 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608745 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608746 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608747 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608748 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608749 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608750 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608751 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608752 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608753 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608754 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608755 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608764 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608765 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608766 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608767 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608768 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608769 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608770 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608771 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608756 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608757 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608758 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608759 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608760 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608761 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608762 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608763 3 0.6642 0.0110 0.188 0.000 0.556 0.024 0.232
#> SRR1608772 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608773 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608774 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608775 3 0.0162 0.5221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608776 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608777 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608778 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608779 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608780 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608782 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608783 2 0.7883 -0.1691 0.072 0.372 0.268 0.000 0.288
#> SRR1608784 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608785 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608786 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608787 3 0.6088 0.3137 0.140 0.000 0.564 0.292 0.004
#> SRR1608788 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608789 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608790 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608791 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608792 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608793 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608794 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608795 4 0.4676 0.7377 0.208 0.000 0.072 0.720 0.000
#> SRR1608796 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608797 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608798 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608799 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608800 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608801 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608802 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608803 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608812 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608814 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608815 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608816 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608817 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608818 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608819 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608804 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608805 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608806 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608807 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608808 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608809 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608810 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608811 1 0.2569 0.7970 0.896 0.016 0.076 0.000 0.012
#> SRR1608822 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608823 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608824 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608825 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608826 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608827 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608828 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608829 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608820 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608821 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608830 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608831 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608832 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608833 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608834 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608835 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608836 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608837 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608838 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608839 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608840 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608841 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608842 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608843 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608844 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608845 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608846 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608847 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608848 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608849 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608850 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608851 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608852 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608853 1 0.5637 0.5218 0.572 0.000 0.364 0.036 0.028
#> SRR1608854 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0609 0.8083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608863 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608864 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608865 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608866 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608867 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608868 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608869 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608870 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608871 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608872 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608873 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608874 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608875 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608876 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608877 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608878 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608880 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608881 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608882 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608883 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608884 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608885 1 0.3320 0.7893 0.844 0.000 0.124 0.016 0.016
#> SRR1608886 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608887 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608888 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608889 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608890 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608891 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608892 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608893 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608894 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608895 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608896 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608897 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608898 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608899 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608901 1 0.0404 0.8030 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608902 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608903 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608904 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608905 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608906 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608907 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608908 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608909 1 0.1892 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608910 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608911 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608912 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608913 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608914 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608915 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608916 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608917 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608918 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608919 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608920 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608921 1 0.4179 0.7083 0.756 0.000 0.212 0.016 0.016
#> SRR1608922 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
#> SRR1608923 1 0.5458 0.5547 0.532 0.000 0.420 0.020 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608491 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608492 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608493 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608494 4 0.3386 0.7327 0.040 0.000 0.104 0.832 0.000 0.024
#> SRR1608495 4 0.3386 0.7327 0.040 0.000 0.104 0.832 0.000 0.024
#> SRR1608496 4 0.3386 0.7327 0.040 0.000 0.104 0.832 0.000 0.024
#> SRR1608497 4 0.3386 0.7327 0.040 0.000 0.104 0.832 0.000 0.024
#> SRR1608498 5 0.5609 0.5455 0.000 0.000 0.364 0.120 0.508 0.008
#> SRR1608499 5 0.5609 0.5455 0.000 0.000 0.364 0.120 0.508 0.008
#> SRR1608500 5 0.5609 0.5455 0.000 0.000 0.364 0.120 0.508 0.008
#> SRR1608501 5 0.5609 0.5455 0.000 0.000 0.364 0.120 0.508 0.008
#> SRR1608502 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608503 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608504 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608505 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608510 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608511 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608512 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608513 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608506 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608507 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608508 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608509 3 0.7207 0.2582 0.076 0.004 0.428 0.252 0.004 0.236
#> SRR1608514 2 0.3627 0.7943 0.000 0.796 0.000 0.012 0.040 0.152
#> SRR1608515 2 0.3627 0.7943 0.000 0.796 0.000 0.012 0.040 0.152
#> SRR1608516 2 0.3627 0.7943 0.000 0.796 0.000 0.012 0.040 0.152
#> SRR1608517 2 0.3627 0.7943 0.000 0.796 0.000 0.012 0.040 0.152
#> SRR1608518 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608519 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608520 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608521 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608522 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608523 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608524 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608525 2 0.5432 0.7400 0.000 0.632 0.016 0.016 0.080 0.256
#> SRR1608526 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608527 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608528 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608529 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608530 2 0.3375 0.8220 0.000 0.824 0.000 0.008 0.056 0.112
#> SRR1608531 2 0.3375 0.8220 0.000 0.824 0.000 0.008 0.056 0.112
#> SRR1608532 2 0.3375 0.8220 0.000 0.824 0.000 0.008 0.056 0.112
#> SRR1608533 2 0.3375 0.8220 0.000 0.824 0.000 0.008 0.056 0.112
#> SRR1608534 6 0.6610 0.0129 0.036 0.024 0.404 0.096 0.004 0.436
#> SRR1608535 6 0.6610 0.0129 0.036 0.024 0.404 0.096 0.004 0.436
#> SRR1608536 6 0.6610 0.0129 0.036 0.024 0.404 0.096 0.004 0.436
#> SRR1608537 6 0.6610 0.0129 0.036 0.024 0.404 0.096 0.004 0.436
#> SRR1608538 2 0.4663 0.7784 0.000 0.708 0.000 0.016 0.084 0.192
#> SRR1608539 2 0.4663 0.7784 0.000 0.708 0.000 0.016 0.084 0.192
#> SRR1608540 2 0.4663 0.7784 0.000 0.708 0.000 0.016 0.084 0.192
#> SRR1608541 2 0.4663 0.7784 0.000 0.708 0.000 0.016 0.084 0.192
#> SRR1608542 3 0.6628 0.0841 0.044 0.004 0.424 0.124 0.008 0.396
#> SRR1608543 3 0.6628 0.0841 0.044 0.004 0.424 0.124 0.008 0.396
#> SRR1608544 3 0.6628 0.0841 0.044 0.004 0.424 0.124 0.008 0.396
#> SRR1608545 3 0.6628 0.0841 0.044 0.004 0.424 0.124 0.008 0.396
#> SRR1608546 6 0.6317 0.1761 0.028 0.084 0.404 0.020 0.004 0.460
#> SRR1608547 6 0.6317 0.1761 0.028 0.084 0.404 0.020 0.004 0.460
#> SRR1608548 6 0.6317 0.1761 0.028 0.084 0.404 0.020 0.004 0.460
#> SRR1608549 6 0.6317 0.1761 0.028 0.084 0.404 0.020 0.004 0.460
#> SRR1608550 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608551 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608552 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608553 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608554 2 0.5073 0.7382 0.000 0.636 0.000 0.016 0.080 0.268
#> SRR1608555 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608556 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608557 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608558 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608559 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608560 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608561 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608562 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608563 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608564 2 0.3434 0.8211 0.000 0.820 0.000 0.008 0.060 0.112
#> SRR1608565 2 0.3434 0.8211 0.000 0.820 0.000 0.008 0.060 0.112
#> SRR1608566 2 0.3434 0.8211 0.000 0.820 0.000 0.008 0.060 0.112
#> SRR1608567 2 0.3434 0.8211 0.000 0.820 0.000 0.008 0.060 0.112
#> SRR1608568 2 0.3434 0.8211 0.000 0.820 0.000 0.008 0.060 0.112
#> SRR1608574 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608575 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608576 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608577 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608578 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608569 2 0.3996 0.7993 0.000 0.760 0.000 0.012 0.048 0.180
#> SRR1608570 2 0.3996 0.7993 0.000 0.760 0.000 0.012 0.048 0.180
#> SRR1608571 2 0.3996 0.7993 0.000 0.760 0.000 0.012 0.048 0.180
#> SRR1608572 2 0.3996 0.7993 0.000 0.760 0.000 0.012 0.048 0.180
#> SRR1608573 2 0.3996 0.7993 0.000 0.760 0.000 0.012 0.048 0.180
#> SRR1608584 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608585 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608586 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608587 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608588 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608579 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608580 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608581 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608582 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608583 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608589 2 0.5656 0.7547 0.000 0.660 0.048 0.020 0.076 0.196
#> SRR1608590 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608591 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608592 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608593 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608594 2 0.2556 0.7818 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008 0.120
#> SRR1608595 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608596 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608597 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608598 2 0.0291 0.8300 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608599 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608600 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608601 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608602 2 0.1296 0.8161 0.000 0.948 0.000 0.004 0.004 0.044
#> SRR1608603 2 0.5130 0.7696 0.000 0.720 0.048 0.020 0.064 0.148
#> SRR1608604 2 0.5130 0.7696 0.000 0.720 0.048 0.020 0.064 0.148
#> SRR1608605 2 0.5130 0.7696 0.000 0.720 0.048 0.020 0.064 0.148
#> SRR1608606 2 0.5130 0.7696 0.000 0.720 0.048 0.020 0.064 0.148
#> SRR1608607 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608608 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608609 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608610 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608611 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608612 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608613 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608614 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608615 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608616 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608617 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608618 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608619 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608620 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608621 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608622 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608623 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608624 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608625 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608626 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608627 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608628 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608629 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608630 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608634 3 0.1173 0.5711 0.008 0.000 0.960 0.016 0.000 0.016
#> SRR1608635 3 0.1173 0.5711 0.008 0.000 0.960 0.016 0.000 0.016
#> SRR1608636 3 0.1173 0.5711 0.008 0.000 0.960 0.016 0.000 0.016
#> SRR1608637 3 0.1173 0.5711 0.008 0.000 0.960 0.016 0.000 0.016
#> SRR1608631 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608632 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608633 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608642 3 0.1173 0.5711 0.008 0.000 0.960 0.016 0.000 0.016
#> SRR1608638 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608639 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608640 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608641 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608643 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608644 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608645 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608646 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608647 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608648 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608657 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608658 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608659 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608660 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608661 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608662 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608663 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608664 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608649 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608650 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608651 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608652 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608653 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608654 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608655 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608656 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608665 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0935 0.8427 0.032 0.000 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608681 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608682 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608683 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608684 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608685 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608686 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608687 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608688 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608673 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608674 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608675 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608676 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608677 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608678 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608679 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608680 5 0.2146 0.7490 0.000 0.004 0.000 0.116 0.880 0.000
#> SRR1608689 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608690 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608691 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608692 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608693 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608694 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608695 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608696 3 0.2147 0.5580 0.012 0.000 0.912 0.044 0.000 0.032
#> SRR1608697 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608698 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608699 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608700 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608701 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608702 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608703 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608704 4 0.1080 0.8418 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004 0.000
#> SRR1608705 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608706 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608707 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608708 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608709 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608710 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608711 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608712 6 0.4117 0.5135 0.044 0.000 0.204 0.012 0.000 0.740
#> SRR1608713 4 0.5245 0.5533 0.056 0.000 0.200 0.672 0.000 0.072
#> SRR1608714 4 0.5245 0.5533 0.056 0.000 0.200 0.672 0.000 0.072
#> SRR1608715 4 0.5245 0.5533 0.056 0.000 0.200 0.672 0.000 0.072
#> SRR1608716 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608717 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608718 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608719 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608724 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608725 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608726 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608727 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608720 3 0.5706 0.3200 0.120 0.000 0.532 0.016 0.000 0.332
#> SRR1608721 3 0.5706 0.3200 0.120 0.000 0.532 0.016 0.000 0.332
#> SRR1608722 3 0.5706 0.3200 0.120 0.000 0.532 0.016 0.000 0.332
#> SRR1608723 3 0.5706 0.3200 0.120 0.000 0.532 0.016 0.000 0.332
#> SRR1608728 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608729 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608730 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608731 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608732 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608733 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608734 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608735 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608736 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608737 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608738 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608739 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608740 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608741 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608742 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608743 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608744 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608745 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608746 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608747 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608748 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608749 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608750 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608751 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608752 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608753 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608754 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608755 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608764 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608765 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608766 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608767 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608768 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608769 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608770 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608771 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608756 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608757 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608758 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608759 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608760 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608761 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608762 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608763 3 0.5625 0.3189 0.120 0.000 0.536 0.012 0.000 0.332
#> SRR1608772 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608773 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608774 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608775 3 0.0865 0.5620 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608776 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608777 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608778 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608779 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608780 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608782 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608783 6 0.6406 0.6196 0.004 0.336 0.236 0.000 0.012 0.412
#> SRR1608784 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608785 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608786 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608787 3 0.6080 0.4233 0.136 0.000 0.528 0.300 0.000 0.036
#> SRR1608788 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608789 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608790 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608791 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608792 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608793 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608794 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608795 4 0.2734 0.7811 0.148 0.000 0.008 0.840 0.000 0.004
#> SRR1608796 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608797 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608798 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608799 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608800 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608801 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608802 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608803 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608812 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608805 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608806 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608807 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608808 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608809 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608810 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608811 1 0.1419 0.8047 0.952 0.016 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1608822 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608831 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608832 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608833 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608834 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608835 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608836 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608837 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608838 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608847 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608848 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608849 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608850 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608851 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608852 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608853 1 0.6028 0.4783 0.508 0.000 0.360 0.092 0.032 0.008
#> SRR1608854 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.1082 0.8155 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608863 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608864 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608865 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608866 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608867 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608868 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608869 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608870 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608880 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608881 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608882 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608883 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608884 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608885 1 0.2575 0.7919 0.888 0.000 0.072 0.016 0.020 0.004
#> SRR1608886 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608887 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608888 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608889 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608890 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608891 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608892 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608893 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608894 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.1387 0.8114 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608903 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608904 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608905 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608906 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608907 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608908 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608909 1 0.0806 0.8138 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608910 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608911 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608912 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608913 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608914 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608915 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608916 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608917 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608918 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608919 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608920 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608921 1 0.4490 0.7007 0.728 0.000 0.196 0.052 0.020 0.004
#> SRR1608922 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
#> SRR1608923 1 0.5044 0.5261 0.584 0.000 0.360 0.016 0.024 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.371 0.678 0.848 0.4488 0.507 0.507
#> 3 3 0.382 0.735 0.788 0.4060 0.677 0.451
#> 4 4 0.542 0.642 0.758 0.1292 0.942 0.834
#> 5 5 0.647 0.667 0.748 0.0766 0.936 0.794
#> 6 6 0.685 0.535 0.688 0.0435 0.929 0.731
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608491 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608492 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608493 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608494 1 0.6887 0.716 0.816 0.184
#> SRR1608495 1 0.6887 0.716 0.816 0.184
#> SRR1608496 1 0.6887 0.716 0.816 0.184
#> SRR1608497 1 0.6887 0.716 0.816 0.184
#> SRR1608498 1 0.2948 0.806 0.948 0.052
#> SRR1608499 1 0.2948 0.806 0.948 0.052
#> SRR1608500 1 0.2948 0.806 0.948 0.052
#> SRR1608501 1 0.2948 0.806 0.948 0.052
#> SRR1608502 1 0.7299 0.701 0.796 0.204
#> SRR1608503 1 0.7299 0.701 0.796 0.204
#> SRR1608504 1 0.7299 0.701 0.796 0.204
#> SRR1608505 1 0.7299 0.701 0.796 0.204
#> SRR1608510 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608511 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608512 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608513 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608506 1 0.9635 0.410 0.612 0.388
#> SRR1608507 1 0.9635 0.410 0.612 0.388
#> SRR1608508 1 0.9635 0.410 0.612 0.388
#> SRR1608509 1 0.9635 0.410 0.612 0.388
#> SRR1608514 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608515 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608516 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608517 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608518 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608519 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608520 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608521 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608522 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608523 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608524 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608525 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608526 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608527 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608528 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608529 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608530 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608531 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608532 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608533 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608534 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608535 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608536 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608537 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608538 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608539 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608540 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608541 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608542 2 0.8267 0.656 0.260 0.740
#> SRR1608543 2 0.8267 0.656 0.260 0.740
#> SRR1608544 2 0.8267 0.656 0.260 0.740
#> SRR1608545 2 0.8267 0.656 0.260 0.740
#> SRR1608546 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608547 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608548 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608549 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608550 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608551 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608552 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608553 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608554 2 0.0376 0.790 0.004 0.996
#> SRR1608555 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608556 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608557 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608558 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608559 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608560 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608561 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608562 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608563 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608564 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608565 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608566 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608567 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608568 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608574 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608575 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608576 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608577 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608578 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608569 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608570 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608571 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608572 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608573 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608584 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608585 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608586 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608587 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608588 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608579 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608580 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608581 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608582 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608583 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608589 2 0.1414 0.781 0.020 0.980
#> SRR1608590 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608591 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608592 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608593 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608594 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608595 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608596 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608597 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608598 2 0.0672 0.790 0.008 0.992
#> SRR1608599 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608600 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608601 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608602 2 0.0376 0.791 0.004 0.996
#> SRR1608603 2 0.0672 0.789 0.008 0.992
#> SRR1608604 2 0.0672 0.789 0.008 0.992
#> SRR1608605 2 0.0672 0.789 0.008 0.992
#> SRR1608606 2 0.0672 0.789 0.008 0.992
#> SRR1608607 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608608 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608609 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608610 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608611 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608612 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608613 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608614 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608615 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608616 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608617 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608618 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR1608619 1 0.9775 0.346 0.588 0.412
#> SRR1608620 1 0.9775 0.346 0.588 0.412
#> SRR1608621 2 0.7056 0.711 0.192 0.808
#> SRR1608622 2 0.7056 0.711 0.192 0.808
#> SRR1608623 1 0.8955 0.583 0.688 0.312
#> SRR1608624 2 0.8909 0.583 0.308 0.692
#> SRR1608625 2 0.8909 0.583 0.308 0.692
#> SRR1608626 2 0.8909 0.583 0.308 0.692
#> SRR1608627 2 0.8909 0.583 0.308 0.692
#> SRR1608628 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608629 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608630 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608634 1 0.7883 0.674 0.764 0.236
#> SRR1608635 1 0.7883 0.674 0.764 0.236
#> SRR1608636 1 0.7883 0.674 0.764 0.236
#> SRR1608637 1 0.7883 0.674 0.764 0.236
#> SRR1608631 2 0.9775 0.347 0.412 0.588
#> SRR1608632 2 0.9775 0.347 0.412 0.588
#> SRR1608633 2 0.9775 0.347 0.412 0.588
#> SRR1608642 1 0.9129 0.543 0.672 0.328
#> SRR1608638 2 0.9881 0.297 0.436 0.564
#> SRR1608639 2 0.9881 0.297 0.436 0.564
#> SRR1608640 2 0.9881 0.297 0.436 0.564
#> SRR1608641 2 0.9881 0.297 0.436 0.564
#> SRR1608643 2 0.9866 0.280 0.432 0.568
#> SRR1608644 2 0.9866 0.280 0.432 0.568
#> SRR1608645 2 0.9866 0.280 0.432 0.568
#> SRR1608646 1 0.8813 0.595 0.700 0.300
#> SRR1608647 1 0.8813 0.595 0.700 0.300
#> SRR1608648 1 0.8813 0.595 0.700 0.300
#> SRR1608657 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608658 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608659 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608660 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608661 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608662 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608663 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608664 1 0.9129 0.524 0.672 0.328
#> SRR1608649 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608650 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608651 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608652 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608653 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608654 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608655 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608656 2 0.8144 0.674 0.252 0.748
#> SRR1608665 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608666 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608667 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608668 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608669 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608670 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608671 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608672 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608681 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608682 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608683 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608684 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608685 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608686 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608687 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608688 1 0.7745 0.671 0.772 0.228
#> SRR1608673 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608674 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608675 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608676 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608677 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608678 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608679 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608680 2 0.9491 0.326 0.368 0.632
#> SRR1608689 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608690 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608691 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608692 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608693 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608694 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608695 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608696 1 0.9427 0.457 0.640 0.360
#> SRR1608697 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608698 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608699 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608700 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608701 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608702 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608703 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608704 1 0.2778 0.803 0.952 0.048
#> SRR1608705 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608706 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608707 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608708 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608709 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608710 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608711 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608712 2 0.8081 0.678 0.248 0.752
#> SRR1608713 1 0.7745 0.672 0.772 0.228
#> SRR1608714 1 0.7745 0.672 0.772 0.228
#> SRR1608715 1 0.7745 0.672 0.772 0.228
#> SRR1608716 2 0.5519 0.746 0.128 0.872
#> SRR1608717 2 0.5519 0.746 0.128 0.872
#> SRR1608718 2 0.5519 0.746 0.128 0.872
#> SRR1608719 2 0.5519 0.746 0.128 0.872
#> SRR1608724 1 0.5946 0.762 0.856 0.144
#> SRR1608725 1 0.5946 0.762 0.856 0.144
#> SRR1608726 1 0.5946 0.762 0.856 0.144
#> SRR1608727 1 0.5946 0.762 0.856 0.144
#> SRR1608720 2 0.9754 0.359 0.408 0.592
#> SRR1608721 2 0.9754 0.359 0.408 0.592
#> SRR1608722 2 0.9754 0.359 0.408 0.592
#> SRR1608723 2 0.9754 0.359 0.408 0.592
#> SRR1608728 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608729 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608730 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608731 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608732 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608733 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608734 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608735 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608736 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608737 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608738 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608739 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608740 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608741 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608742 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608743 2 0.8661 0.615 0.288 0.712
#> SRR1608744 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608745 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608746 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608747 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608748 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608749 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608750 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608751 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> SRR1608752 1 0.9775 0.346 0.588 0.412
#> SRR1608753 1 0.9775 0.346 0.588 0.412
#> SRR1608754 1 0.9775 0.346 0.588 0.412
#> SRR1608755 1 0.9775 0.346 0.588 0.412
#> SRR1608764 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608765 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608766 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608767 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608768 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608769 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608770 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608771 1 0.9686 0.391 0.604 0.396
#> SRR1608756 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608757 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608758 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608759 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608760 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608761 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608762 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608763 2 0.9896 0.254 0.440 0.560
#> SRR1608772 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608773 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608774 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608775 1 0.9754 0.359 0.592 0.408
#> SRR1608776 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608777 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608778 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608779 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608780 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608782 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608783 2 0.7674 0.691 0.224 0.776
#> SRR1608784 1 0.9323 0.519 0.652 0.348
#> SRR1608785 1 0.9323 0.519 0.652 0.348
#> SRR1608786 1 0.9323 0.519 0.652 0.348
#> SRR1608787 1 0.9323 0.519 0.652 0.348
#> SRR1608788 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608789 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608790 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608791 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608792 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608793 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608794 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608795 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> SRR1608796 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608797 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608798 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608799 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608800 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608801 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608802 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608803 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608812 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608814 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608815 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608816 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608817 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608818 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608819 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608804 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608805 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608806 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608807 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608808 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608809 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608810 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608811 1 0.9393 0.330 0.644 0.356
#> SRR1608822 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608823 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608824 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608825 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608826 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608827 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608828 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608829 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608820 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608821 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608830 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608831 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608832 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608833 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608834 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608835 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608836 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608837 1 0.1414 0.813 0.980 0.020
#> SRR1608838 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608839 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608840 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608841 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608842 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608843 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608844 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608845 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608846 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608847 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608848 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608849 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608850 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608851 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608852 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608853 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608854 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608855 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608856 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608857 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608858 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608859 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608860 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608861 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608862 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608863 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608864 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608865 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608866 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608867 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608868 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608869 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608870 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608871 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608872 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608873 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608874 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608875 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608876 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608877 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608878 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608880 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608881 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608882 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608883 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608884 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608885 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608886 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608887 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608888 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608889 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608890 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608891 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608892 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608893 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608894 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608895 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608896 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608897 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608898 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608899 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608901 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> SRR1608902 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608903 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608904 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608905 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608906 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608907 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608908 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608909 1 0.2043 0.816 0.968 0.032
#> SRR1608910 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608911 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608912 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608913 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608914 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608915 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608916 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608917 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608918 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608919 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608920 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608921 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> SRR1608922 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
#> SRR1608923 1 0.1184 0.813 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 3 0.6814 0.300 0.372 0.020 0.608
#> SRR1608495 3 0.6814 0.300 0.372 0.020 0.608
#> SRR1608496 3 0.6814 0.300 0.372 0.020 0.608
#> SRR1608497 3 0.6814 0.300 0.372 0.020 0.608
#> SRR1608498 1 0.7386 0.410 0.508 0.032 0.460
#> SRR1608499 1 0.7386 0.410 0.508 0.032 0.460
#> SRR1608500 1 0.7386 0.410 0.508 0.032 0.460
#> SRR1608501 1 0.7386 0.410 0.508 0.032 0.460
#> SRR1608502 3 0.7299 0.149 0.412 0.032 0.556
#> SRR1608503 3 0.7299 0.149 0.412 0.032 0.556
#> SRR1608504 3 0.7299 0.149 0.412 0.032 0.556
#> SRR1608505 3 0.7299 0.149 0.412 0.032 0.556
#> SRR1608510 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608511 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608512 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608513 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608506 3 0.8263 0.476 0.268 0.120 0.612
#> SRR1608507 3 0.8263 0.476 0.268 0.120 0.612
#> SRR1608508 3 0.8263 0.476 0.268 0.120 0.612
#> SRR1608509 3 0.8263 0.476 0.268 0.120 0.612
#> SRR1608514 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608523 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608524 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608525 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608526 2 0.1031 0.923 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608527 2 0.1031 0.923 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608528 2 0.1031 0.923 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608529 2 0.1031 0.923 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608530 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0747 0.932 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608535 2 0.0747 0.932 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608536 2 0.0747 0.932 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608537 2 0.0747 0.932 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608538 2 0.0237 0.937 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608539 2 0.0237 0.937 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608540 2 0.0237 0.937 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608541 2 0.0237 0.937 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608542 3 0.8131 0.523 0.076 0.376 0.548
#> SRR1608543 3 0.8131 0.523 0.076 0.376 0.548
#> SRR1608544 3 0.8131 0.523 0.076 0.376 0.548
#> SRR1608545 3 0.8131 0.523 0.076 0.376 0.548
#> SRR1608546 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608547 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608548 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608549 2 0.0592 0.933 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608550 2 0.4796 0.612 0.000 0.780 0.220
#> SRR1608551 2 0.4796 0.612 0.000 0.780 0.220
#> SRR1608552 2 0.4796 0.612 0.000 0.780 0.220
#> SRR1608553 2 0.4796 0.612 0.000 0.780 0.220
#> SRR1608554 2 0.4796 0.612 0.000 0.780 0.220
#> SRR1608555 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0424 0.934 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608585 2 0.0424 0.934 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608586 2 0.0424 0.934 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608587 2 0.0424 0.934 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608588 2 0.0424 0.934 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608579 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0592 0.928 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608590 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.940 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608608 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608609 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608610 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608611 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608612 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608613 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608614 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608615 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608616 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608617 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608618 3 0.8753 0.722 0.188 0.224 0.588
#> SRR1608619 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608620 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608621 3 0.8452 0.616 0.104 0.340 0.556
#> SRR1608622 3 0.8452 0.616 0.104 0.340 0.556
#> SRR1608623 3 0.7065 0.671 0.288 0.048 0.664
#> SRR1608624 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608625 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608626 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608627 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608628 3 0.8280 0.592 0.088 0.360 0.552
#> SRR1608629 3 0.8280 0.592 0.088 0.360 0.552
#> SRR1608630 3 0.8280 0.592 0.088 0.360 0.552
#> SRR1608634 3 0.5508 0.638 0.188 0.028 0.784
#> SRR1608635 3 0.5508 0.638 0.188 0.028 0.784
#> SRR1608636 3 0.5508 0.638 0.188 0.028 0.784
#> SRR1608637 3 0.5508 0.638 0.188 0.028 0.784
#> SRR1608631 3 0.8649 0.730 0.204 0.196 0.600
#> SRR1608632 3 0.8649 0.730 0.204 0.196 0.600
#> SRR1608633 3 0.8649 0.730 0.204 0.196 0.600
#> SRR1608642 3 0.6004 0.702 0.156 0.064 0.780
#> SRR1608638 3 0.6590 0.726 0.132 0.112 0.756
#> SRR1608639 3 0.6590 0.726 0.132 0.112 0.756
#> SRR1608640 3 0.6590 0.726 0.132 0.112 0.756
#> SRR1608641 3 0.6590 0.726 0.132 0.112 0.756
#> SRR1608643 3 0.8437 0.733 0.200 0.180 0.620
#> SRR1608644 3 0.8437 0.733 0.200 0.180 0.620
#> SRR1608645 3 0.8437 0.733 0.200 0.180 0.620
#> SRR1608646 3 0.6904 0.682 0.268 0.048 0.684
#> SRR1608647 3 0.6904 0.682 0.268 0.048 0.684
#> SRR1608648 3 0.6904 0.682 0.268 0.048 0.684
#> SRR1608657 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608658 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608659 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608660 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608661 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608662 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608663 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608664 3 0.5111 0.630 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608649 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608650 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608651 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608652 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608653 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608654 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608655 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608656 3 0.8243 0.542 0.084 0.368 0.548
#> SRR1608665 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608666 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608667 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608668 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608669 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608670 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608671 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608672 1 0.6540 0.463 0.584 0.008 0.408
#> SRR1608681 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608682 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608683 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608684 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608685 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608686 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608687 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608688 3 0.5292 0.607 0.172 0.028 0.800
#> SRR1608673 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608674 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608675 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608676 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608677 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608678 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608679 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608680 2 0.9304 0.264 0.204 0.516 0.280
#> SRR1608689 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608690 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608691 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608692 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608693 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608694 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608695 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608696 3 0.5111 0.635 0.144 0.036 0.820
#> SRR1608697 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608698 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608699 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608700 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608701 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608702 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608703 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608704 1 0.6339 0.533 0.632 0.008 0.360
#> SRR1608705 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608706 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608707 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608708 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608709 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608710 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608711 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608712 3 0.8202 0.535 0.080 0.376 0.544
#> SRR1608713 3 0.6195 0.507 0.276 0.020 0.704
#> SRR1608714 3 0.6195 0.507 0.276 0.020 0.704
#> SRR1608715 3 0.6195 0.507 0.276 0.020 0.704
#> SRR1608716 3 0.7740 0.444 0.048 0.444 0.508
#> SRR1608717 3 0.7740 0.444 0.048 0.444 0.508
#> SRR1608718 3 0.7740 0.444 0.048 0.444 0.508
#> SRR1608719 3 0.7740 0.444 0.048 0.444 0.508
#> SRR1608724 3 0.6553 0.480 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608725 3 0.6553 0.480 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608726 3 0.6553 0.480 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608727 3 0.6553 0.480 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608720 3 0.8650 0.731 0.200 0.200 0.600
#> SRR1608721 3 0.8650 0.731 0.200 0.200 0.600
#> SRR1608722 3 0.8650 0.731 0.200 0.200 0.600
#> SRR1608723 3 0.8650 0.731 0.200 0.200 0.600
#> SRR1608728 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608729 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608730 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608731 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608732 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608733 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608734 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608735 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608736 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608737 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608738 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608739 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608740 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608741 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608742 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608743 3 0.8703 0.711 0.168 0.244 0.588
#> SRR1608744 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608745 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608746 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608747 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608748 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608749 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608750 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608751 3 0.7208 0.658 0.308 0.048 0.644
#> SRR1608752 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608753 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608754 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608755 3 0.6621 0.721 0.148 0.100 0.752
#> SRR1608764 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608765 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608766 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608767 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608768 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608769 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608770 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608771 3 0.6848 0.714 0.164 0.100 0.736
#> SRR1608756 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608757 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608758 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608759 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608760 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608761 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608762 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608763 3 0.8647 0.729 0.208 0.192 0.600
#> SRR1608772 3 0.6737 0.714 0.156 0.100 0.744
#> SRR1608773 3 0.6737 0.714 0.156 0.100 0.744
#> SRR1608774 3 0.6737 0.714 0.156 0.100 0.744
#> SRR1608775 3 0.6737 0.714 0.156 0.100 0.744
#> SRR1608776 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608777 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608778 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608779 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608780 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608782 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608783 3 0.8518 0.595 0.104 0.356 0.540
#> SRR1608784 3 0.6999 0.684 0.268 0.052 0.680
#> SRR1608785 3 0.6999 0.684 0.268 0.052 0.680
#> SRR1608786 3 0.6999 0.684 0.268 0.052 0.680
#> SRR1608787 3 0.6999 0.684 0.268 0.052 0.680
#> SRR1608788 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608789 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608790 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608791 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608792 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608793 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608794 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608795 1 0.4351 0.761 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608796 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608797 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608798 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608799 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608800 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608801 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608802 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608803 1 0.1411 0.844 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608812 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608814 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608815 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608816 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608817 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608818 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608819 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608804 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608805 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608806 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608807 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608808 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608809 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608810 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608811 1 0.6519 0.626 0.760 0.108 0.132
#> SRR1608822 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608823 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608824 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608825 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608826 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608827 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608828 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608829 1 0.0747 0.849 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608820 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608821 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608830 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608831 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608832 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608833 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608834 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608835 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608836 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608837 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608838 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608839 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608840 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608841 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608842 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608843 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608844 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608845 1 0.1031 0.848 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608846 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608847 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608848 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608849 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608850 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608851 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608852 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608853 1 0.4291 0.782 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608854 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608855 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608856 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608857 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608858 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608859 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608860 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608861 1 0.0424 0.848 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608862 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608863 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608864 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608865 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608866 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608867 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608868 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608869 1 0.2165 0.829 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608870 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608871 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608872 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608873 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608874 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608875 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608876 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608877 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608878 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608880 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608881 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608882 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608883 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608884 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608885 1 0.2537 0.838 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608886 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608887 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608888 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608889 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608890 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608891 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608892 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608893 1 0.1964 0.833 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608894 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608895 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608896 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608897 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608898 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608899 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608901 1 0.0892 0.849 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608902 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608903 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608904 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608905 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608906 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608907 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608908 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608909 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608910 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608911 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608912 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608913 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608914 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608915 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608916 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608917 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608918 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608919 1 0.4931 0.742 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608920 1 0.2165 0.836 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608921 1 0.2165 0.836 0.936 0.000 0.064
#> SRR1608922 1 0.4887 0.746 0.772 0.000 0.228
#> SRR1608923 1 0.4887 0.746 0.772 0.000 0.228
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.1510 0.9112 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1608491 2 0.1510 0.9112 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1608492 2 0.1510 0.9112 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1608493 2 0.1510 0.9112 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1608494 4 0.7431 0.6571 0.148 0.008 0.332 0.512
#> SRR1608495 4 0.7431 0.6571 0.148 0.008 0.332 0.512
#> SRR1608496 4 0.7431 0.6571 0.148 0.008 0.332 0.512
#> SRR1608497 4 0.7431 0.6571 0.148 0.008 0.332 0.512
#> SRR1608498 4 0.7487 0.5936 0.204 0.020 0.196 0.580
#> SRR1608499 4 0.7487 0.5936 0.204 0.020 0.196 0.580
#> SRR1608500 4 0.7487 0.5936 0.204 0.020 0.196 0.580
#> SRR1608501 4 0.7487 0.5936 0.204 0.020 0.196 0.580
#> SRR1608502 4 0.7517 0.7219 0.156 0.016 0.280 0.548
#> SRR1608503 4 0.7517 0.7219 0.156 0.016 0.280 0.548
#> SRR1608504 4 0.7517 0.7219 0.156 0.016 0.280 0.548
#> SRR1608505 4 0.7517 0.7219 0.156 0.016 0.280 0.548
#> SRR1608510 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608511 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608512 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608513 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608506 4 0.7406 0.4496 0.068 0.044 0.364 0.524
#> SRR1608507 4 0.7406 0.4496 0.068 0.044 0.364 0.524
#> SRR1608508 4 0.7406 0.4496 0.068 0.044 0.364 0.524
#> SRR1608509 4 0.7406 0.4496 0.068 0.044 0.364 0.524
#> SRR1608514 2 0.0895 0.9125 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1608515 2 0.0895 0.9125 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1608516 2 0.0895 0.9125 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1608517 2 0.0895 0.9125 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1608518 2 0.2002 0.9031 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608519 2 0.2002 0.9031 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608520 2 0.2002 0.9031 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608521 2 0.2002 0.9031 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608522 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608523 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608524 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608525 2 0.2844 0.8854 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1608526 2 0.3247 0.8743 0.000 0.880 0.060 0.060
#> SRR1608527 2 0.3247 0.8743 0.000 0.880 0.060 0.060
#> SRR1608528 2 0.3247 0.8743 0.000 0.880 0.060 0.060
#> SRR1608529 2 0.3247 0.8743 0.000 0.880 0.060 0.060
#> SRR1608530 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608531 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608532 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608533 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608534 2 0.3301 0.8710 0.000 0.876 0.048 0.076
#> SRR1608535 2 0.3301 0.8710 0.000 0.876 0.048 0.076
#> SRR1608536 2 0.3301 0.8710 0.000 0.876 0.048 0.076
#> SRR1608537 2 0.3301 0.8710 0.000 0.876 0.048 0.076
#> SRR1608538 2 0.1913 0.9104 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608539 2 0.1913 0.9104 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608540 2 0.1913 0.9104 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608541 2 0.1913 0.9104 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608542 3 0.8029 0.2673 0.016 0.220 0.472 0.292
#> SRR1608543 3 0.8029 0.2673 0.016 0.220 0.472 0.292
#> SRR1608544 3 0.8029 0.2673 0.016 0.220 0.472 0.292
#> SRR1608545 3 0.8029 0.2673 0.016 0.220 0.472 0.292
#> SRR1608546 2 0.3088 0.8801 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR1608547 2 0.3088 0.8801 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR1608548 2 0.3088 0.8801 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR1608549 2 0.3088 0.8801 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR1608550 2 0.5690 0.5728 0.000 0.672 0.268 0.060
#> SRR1608551 2 0.5690 0.5728 0.000 0.672 0.268 0.060
#> SRR1608552 2 0.5690 0.5728 0.000 0.672 0.268 0.060
#> SRR1608553 2 0.5690 0.5728 0.000 0.672 0.268 0.060
#> SRR1608554 2 0.5690 0.5728 0.000 0.672 0.268 0.060
#> SRR1608555 2 0.1724 0.9114 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1608556 2 0.1724 0.9114 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1608557 2 0.1724 0.9114 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1608558 2 0.1724 0.9114 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1608559 2 0.2002 0.9094 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608560 2 0.2002 0.9094 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608561 2 0.2002 0.9094 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608562 2 0.2002 0.9094 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608563 2 0.2002 0.9094 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR1608564 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608565 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608566 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608567 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608568 2 0.1297 0.9129 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR1608574 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608575 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608576 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608577 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608578 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608569 2 0.1520 0.9116 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1608570 2 0.1520 0.9116 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1608571 2 0.1520 0.9116 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1608572 2 0.1520 0.9116 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1608573 2 0.1520 0.9116 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1608584 2 0.1610 0.9109 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1608585 2 0.1610 0.9109 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1608586 2 0.1610 0.9109 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1608587 2 0.1610 0.9109 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1608588 2 0.1610 0.9109 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1608579 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608580 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608581 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608582 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608583 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608589 2 0.1520 0.9122 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1608590 2 0.1406 0.9117 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608591 2 0.1406 0.9117 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608592 2 0.1406 0.9117 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608593 2 0.1406 0.9117 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608594 2 0.1406 0.9117 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608595 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608596 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608597 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608598 2 0.1820 0.9109 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR1608599 2 0.1042 0.9128 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1608600 2 0.1042 0.9128 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1608601 2 0.1042 0.9128 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1608602 2 0.1042 0.9128 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1608603 2 0.2060 0.9093 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1608604 2 0.2060 0.9093 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1608605 2 0.2060 0.9093 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1608606 2 0.2060 0.9093 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1608607 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608608 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608609 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608610 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608611 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608612 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608613 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608614 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608615 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608616 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608617 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608618 3 0.4037 0.6637 0.056 0.112 0.832 0.000
#> SRR1608619 3 0.5287 0.5424 0.016 0.032 0.736 0.216
#> SRR1608620 3 0.5287 0.5424 0.016 0.032 0.736 0.216
#> SRR1608621 3 0.4803 0.6399 0.028 0.176 0.780 0.016
#> SRR1608622 3 0.4803 0.6399 0.028 0.176 0.780 0.016
#> SRR1608623 3 0.4678 0.5819 0.060 0.012 0.808 0.120
#> SRR1608624 3 0.4072 0.6641 0.052 0.120 0.828 0.000
#> SRR1608625 3 0.4072 0.6641 0.052 0.120 0.828 0.000
#> SRR1608626 3 0.4072 0.6641 0.052 0.120 0.828 0.000
#> SRR1608627 3 0.4072 0.6641 0.052 0.120 0.828 0.000
#> SRR1608628 3 0.5130 0.6330 0.020 0.188 0.760 0.032
#> SRR1608629 3 0.5130 0.6330 0.020 0.188 0.760 0.032
#> SRR1608630 3 0.5130 0.6330 0.020 0.188 0.760 0.032
#> SRR1608634 3 0.5214 0.4094 0.024 0.004 0.692 0.280
#> SRR1608635 3 0.5214 0.4094 0.024 0.004 0.692 0.280
#> SRR1608636 3 0.5214 0.4094 0.024 0.004 0.692 0.280
#> SRR1608637 3 0.5214 0.4094 0.024 0.004 0.692 0.280
#> SRR1608631 3 0.3978 0.6636 0.056 0.108 0.836 0.000
#> SRR1608632 3 0.3978 0.6636 0.056 0.108 0.836 0.000
#> SRR1608633 3 0.3978 0.6636 0.056 0.108 0.836 0.000
#> SRR1608642 3 0.4584 0.5270 0.016 0.012 0.776 0.196
#> SRR1608638 3 0.5287 0.5424 0.016 0.032 0.736 0.216
#> SRR1608639 3 0.5287 0.5424 0.016 0.032 0.736 0.216
#> SRR1608640 3 0.5287 0.5424 0.016 0.032 0.736 0.216
#> SRR1608641 3 0.5287 0.5424 0.016 0.032 0.736 0.216
#> SRR1608643 3 0.3652 0.6636 0.052 0.092 0.856 0.000
#> SRR1608644 3 0.3652 0.6636 0.052 0.092 0.856 0.000
#> SRR1608645 3 0.3652 0.6636 0.052 0.092 0.856 0.000
#> SRR1608646 3 0.4524 0.5879 0.064 0.012 0.820 0.104
#> SRR1608647 3 0.4524 0.5879 0.064 0.012 0.820 0.104
#> SRR1608648 3 0.4524 0.5879 0.064 0.012 0.820 0.104
#> SRR1608657 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608658 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608659 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608660 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608661 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608662 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608663 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608664 3 0.5503 -0.0278 0.016 0.000 0.516 0.468
#> SRR1608649 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608650 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608651 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608652 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608653 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608654 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608655 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608656 3 0.7712 0.4664 0.024 0.248 0.552 0.176
#> SRR1608665 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608666 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608667 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608668 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608669 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608670 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608671 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608672 4 0.7402 0.7591 0.268 0.004 0.192 0.536
#> SRR1608681 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608682 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608683 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608684 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608685 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608686 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608687 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608688 3 0.5856 -0.0971 0.032 0.000 0.504 0.464
#> SRR1608673 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608674 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608675 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608676 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608677 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608678 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608679 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608680 2 0.8470 0.0555 0.064 0.428 0.132 0.376
#> SRR1608689 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608690 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608691 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608692 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608693 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608694 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608695 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608696 3 0.5483 0.0155 0.016 0.000 0.536 0.448
#> SRR1608697 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608698 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608699 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608700 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608701 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608702 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608703 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608704 4 0.7487 0.7067 0.308 0.008 0.164 0.520
#> SRR1608705 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608706 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608707 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608708 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608709 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608710 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608711 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608712 3 0.7550 0.4793 0.020 0.248 0.564 0.168
#> SRR1608713 4 0.6737 0.4446 0.080 0.004 0.408 0.508
#> SRR1608714 4 0.6737 0.4446 0.080 0.004 0.408 0.508
#> SRR1608715 4 0.6737 0.4446 0.080 0.004 0.408 0.508
#> SRR1608716 3 0.4872 0.5925 0.000 0.244 0.728 0.028
#> SRR1608717 3 0.4872 0.5925 0.000 0.244 0.728 0.028
#> SRR1608718 3 0.4872 0.5925 0.000 0.244 0.728 0.028
#> SRR1608719 3 0.4872 0.5925 0.000 0.244 0.728 0.028
#> SRR1608724 3 0.6808 0.1602 0.164 0.000 0.600 0.236
#> SRR1608725 3 0.6808 0.1602 0.164 0.000 0.600 0.236
#> SRR1608726 3 0.6808 0.1602 0.164 0.000 0.600 0.236
#> SRR1608727 3 0.6808 0.1602 0.164 0.000 0.600 0.236
#> SRR1608720 3 0.3899 0.6645 0.052 0.108 0.840 0.000
#> SRR1608721 3 0.3899 0.6645 0.052 0.108 0.840 0.000
#> SRR1608722 3 0.3899 0.6645 0.052 0.108 0.840 0.000
#> SRR1608723 3 0.3899 0.6645 0.052 0.108 0.840 0.000
#> SRR1608728 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608729 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608730 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608731 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608732 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608733 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608734 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608735 3 0.4897 0.5644 0.016 0.032 0.776 0.176
#> SRR1608736 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608737 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608738 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608739 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608740 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608741 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608742 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608743 3 0.4524 0.6616 0.052 0.120 0.816 0.012
#> SRR1608744 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608745 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608746 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608747 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608748 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608749 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608750 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608751 3 0.3927 0.6099 0.072 0.012 0.856 0.060
#> SRR1608752 3 0.5322 0.5432 0.016 0.032 0.732 0.220
#> SRR1608753 3 0.5322 0.5432 0.016 0.032 0.732 0.220
#> SRR1608754 3 0.5322 0.5432 0.016 0.032 0.732 0.220
#> SRR1608755 3 0.5322 0.5432 0.016 0.032 0.732 0.220
#> SRR1608764 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608765 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608766 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608767 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608768 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608769 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608770 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608771 3 0.5356 0.5365 0.016 0.032 0.728 0.224
#> SRR1608756 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608757 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608758 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608759 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608760 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608761 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608762 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608763 3 0.4131 0.6599 0.064 0.096 0.836 0.004
#> SRR1608772 3 0.5423 0.5281 0.016 0.032 0.720 0.232
#> SRR1608773 3 0.5423 0.5281 0.016 0.032 0.720 0.232
#> SRR1608774 3 0.5423 0.5281 0.016 0.032 0.720 0.232
#> SRR1608775 3 0.5423 0.5281 0.016 0.032 0.720 0.232
#> SRR1608776 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608777 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608778 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608779 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608780 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608782 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608783 3 0.5337 0.6326 0.036 0.180 0.756 0.028
#> SRR1608784 3 0.4372 0.5918 0.056 0.012 0.828 0.104
#> SRR1608785 3 0.4372 0.5918 0.056 0.012 0.828 0.104
#> SRR1608786 3 0.4372 0.5918 0.056 0.012 0.828 0.104
#> SRR1608787 3 0.4372 0.5918 0.056 0.012 0.828 0.104
#> SRR1608788 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608789 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608790 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608791 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608792 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608793 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608794 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608795 1 0.6488 0.3893 0.616 0.008 0.080 0.296
#> SRR1608796 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608797 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608798 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608799 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608800 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608801 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608802 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608803 1 0.2845 0.7826 0.896 0.000 0.028 0.076
#> SRR1608812 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608814 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608815 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608816 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608817 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608818 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608819 1 0.3529 0.7609 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR1608804 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608805 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608806 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608807 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608808 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608809 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608810 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608811 1 0.4149 0.7197 0.844 0.020 0.096 0.040
#> SRR1608822 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608823 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608824 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608825 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608826 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608827 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608828 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608829 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608820 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608821 1 0.3577 0.7605 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608830 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608831 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608832 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608833 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608834 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608835 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608836 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608837 1 0.6519 0.5161 0.644 0.004 0.128 0.224
#> SRR1608838 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608839 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608840 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608841 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608842 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608843 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608844 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608845 1 0.3625 0.7583 0.828 0.000 0.012 0.160
#> SRR1608846 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608847 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608848 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608849 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608850 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608851 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608852 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608853 1 0.6295 0.5858 0.616 0.000 0.088 0.296
#> SRR1608854 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608855 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608856 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608857 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608858 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608859 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608860 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608861 1 0.1042 0.7841 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1608862 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608863 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608864 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608865 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608866 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608867 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608868 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608869 1 0.2644 0.7677 0.916 0.008 0.044 0.032
#> SRR1608870 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608871 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608872 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608873 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608874 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608875 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608876 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608877 1 0.3712 0.7602 0.832 0.004 0.012 0.152
#> SRR1608878 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608880 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608881 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608882 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608883 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608884 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608885 1 0.2855 0.7662 0.904 0.004 0.040 0.052
#> SRR1608886 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608887 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608888 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608889 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608890 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608891 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608892 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608893 1 0.2774 0.7648 0.908 0.004 0.044 0.044
#> SRR1608894 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608895 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608896 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608897 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608898 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608899 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608901 1 0.3577 0.7604 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1608902 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608903 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608904 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608905 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608906 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608907 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608908 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608909 1 0.1631 0.7805 0.956 0.008 0.016 0.020
#> SRR1608910 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608911 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608912 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608913 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608914 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608915 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608916 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608917 1 0.6281 0.5354 0.656 0.000 0.128 0.216
#> SRR1608918 1 0.6098 0.5614 0.676 0.000 0.124 0.200
#> SRR1608919 1 0.6098 0.5614 0.676 0.000 0.124 0.200
#> SRR1608920 1 0.3647 0.7737 0.852 0.000 0.040 0.108
#> SRR1608921 1 0.3647 0.7737 0.852 0.000 0.040 0.108
#> SRR1608922 1 0.5977 0.5767 0.688 0.000 0.120 0.192
#> SRR1608923 1 0.5977 0.5767 0.688 0.000 0.120 0.192
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.2672 0.892 0.000 0.896 0.016 0.024 NA
#> SRR1608491 2 0.2672 0.892 0.000 0.896 0.016 0.024 NA
#> SRR1608492 2 0.2672 0.892 0.000 0.896 0.016 0.024 NA
#> SRR1608493 2 0.2672 0.892 0.000 0.896 0.016 0.024 NA
#> SRR1608494 4 0.4177 0.689 0.060 0.000 0.116 0.804 NA
#> SRR1608495 4 0.4177 0.689 0.060 0.000 0.116 0.804 NA
#> SRR1608496 4 0.4177 0.689 0.060 0.000 0.116 0.804 NA
#> SRR1608497 4 0.4177 0.689 0.060 0.000 0.116 0.804 NA
#> SRR1608498 4 0.6525 0.558 0.112 0.008 0.040 0.612 NA
#> SRR1608499 4 0.6525 0.558 0.112 0.008 0.040 0.612 NA
#> SRR1608500 4 0.6525 0.558 0.112 0.008 0.040 0.612 NA
#> SRR1608501 4 0.6525 0.558 0.112 0.008 0.040 0.612 NA
#> SRR1608502 4 0.4330 0.688 0.068 0.000 0.104 0.800 NA
#> SRR1608503 4 0.4330 0.688 0.068 0.000 0.104 0.800 NA
#> SRR1608504 4 0.4330 0.688 0.068 0.000 0.104 0.800 NA
#> SRR1608505 4 0.4330 0.688 0.068 0.000 0.104 0.800 NA
#> SRR1608510 2 0.3920 0.830 0.000 0.796 0.044 0.004 NA
#> SRR1608511 2 0.3920 0.830 0.000 0.796 0.044 0.004 NA
#> SRR1608512 2 0.3920 0.830 0.000 0.796 0.044 0.004 NA
#> SRR1608513 2 0.3920 0.830 0.000 0.796 0.044 0.004 NA
#> SRR1608506 4 0.6611 0.642 0.048 0.016 0.112 0.632 NA
#> SRR1608507 4 0.6611 0.642 0.048 0.016 0.112 0.632 NA
#> SRR1608508 4 0.6611 0.642 0.048 0.016 0.112 0.632 NA
#> SRR1608509 4 0.6611 0.642 0.048 0.016 0.112 0.632 NA
#> SRR1608514 2 0.1731 0.896 0.000 0.940 0.012 0.008 NA
#> SRR1608515 2 0.1731 0.896 0.000 0.940 0.012 0.008 NA
#> SRR1608516 2 0.1731 0.896 0.000 0.940 0.012 0.008 NA
#> SRR1608517 2 0.1731 0.896 0.000 0.940 0.012 0.008 NA
#> SRR1608518 2 0.3031 0.862 0.000 0.856 0.020 0.004 NA
#> SRR1608519 2 0.3031 0.862 0.000 0.856 0.020 0.004 NA
#> SRR1608520 2 0.3031 0.862 0.000 0.856 0.020 0.004 NA
#> SRR1608521 2 0.3031 0.862 0.000 0.856 0.020 0.004 NA
#> SRR1608522 2 0.3880 0.831 0.000 0.800 0.044 0.004 NA
#> SRR1608523 2 0.3880 0.831 0.000 0.800 0.044 0.004 NA
#> SRR1608524 2 0.3880 0.831 0.000 0.800 0.044 0.004 NA
#> SRR1608525 2 0.3880 0.831 0.000 0.800 0.044 0.004 NA
#> SRR1608526 2 0.4391 0.811 0.000 0.768 0.060 0.008 NA
#> SRR1608527 2 0.4391 0.811 0.000 0.768 0.060 0.008 NA
#> SRR1608528 2 0.4391 0.811 0.000 0.768 0.060 0.008 NA
#> SRR1608529 2 0.4391 0.811 0.000 0.768 0.060 0.008 NA
#> SRR1608530 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608531 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608532 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608533 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608534 2 0.5456 0.772 0.004 0.724 0.044 0.080 NA
#> SRR1608535 2 0.5456 0.772 0.004 0.724 0.044 0.080 NA
#> SRR1608536 2 0.5456 0.772 0.004 0.724 0.044 0.080 NA
#> SRR1608537 2 0.5456 0.772 0.004 0.724 0.044 0.080 NA
#> SRR1608538 2 0.1525 0.902 0.000 0.948 0.004 0.012 NA
#> SRR1608539 2 0.1525 0.902 0.000 0.948 0.004 0.012 NA
#> SRR1608540 2 0.1525 0.902 0.000 0.948 0.004 0.012 NA
#> SRR1608541 2 0.1525 0.902 0.000 0.948 0.004 0.012 NA
#> SRR1608542 4 0.7749 0.373 0.008 0.108 0.304 0.464 NA
#> SRR1608543 4 0.7749 0.373 0.008 0.108 0.304 0.464 NA
#> SRR1608544 4 0.7749 0.373 0.008 0.108 0.304 0.464 NA
#> SRR1608545 4 0.7749 0.373 0.008 0.108 0.304 0.464 NA
#> SRR1608546 2 0.4339 0.815 0.000 0.772 0.048 0.012 NA
#> SRR1608547 2 0.4339 0.815 0.000 0.772 0.048 0.012 NA
#> SRR1608548 2 0.4339 0.815 0.000 0.772 0.048 0.012 NA
#> SRR1608549 2 0.4339 0.815 0.000 0.772 0.048 0.012 NA
#> SRR1608550 2 0.6625 0.486 0.000 0.540 0.236 0.016 NA
#> SRR1608551 2 0.6625 0.486 0.000 0.540 0.236 0.016 NA
#> SRR1608552 2 0.6625 0.486 0.000 0.540 0.236 0.016 NA
#> SRR1608553 2 0.6625 0.486 0.000 0.540 0.236 0.016 NA
#> SRR1608554 2 0.6625 0.486 0.000 0.540 0.236 0.016 NA
#> SRR1608555 2 0.1492 0.897 0.000 0.948 0.004 0.008 NA
#> SRR1608556 2 0.1492 0.897 0.000 0.948 0.004 0.008 NA
#> SRR1608557 2 0.1492 0.897 0.000 0.948 0.004 0.008 NA
#> SRR1608558 2 0.1492 0.897 0.000 0.948 0.004 0.008 NA
#> SRR1608559 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608560 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608561 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608562 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608563 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608564 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608565 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608566 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608567 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608568 2 0.0451 0.902 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR1608574 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608575 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608576 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608577 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608578 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608569 2 0.0727 0.901 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1608570 2 0.0727 0.901 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1608571 2 0.0727 0.901 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1608572 2 0.0727 0.901 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1608573 2 0.0727 0.901 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1608584 2 0.2312 0.894 0.000 0.912 0.012 0.016 NA
#> SRR1608585 2 0.2312 0.894 0.000 0.912 0.012 0.016 NA
#> SRR1608586 2 0.2312 0.894 0.000 0.912 0.012 0.016 NA
#> SRR1608587 2 0.2312 0.894 0.000 0.912 0.012 0.016 NA
#> SRR1608588 2 0.2312 0.894 0.000 0.912 0.012 0.016 NA
#> SRR1608579 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608580 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608581 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608582 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608583 2 0.1901 0.892 0.000 0.928 0.004 0.012 NA
#> SRR1608589 2 0.0912 0.901 0.000 0.972 0.012 0.000 NA
#> SRR1608590 2 0.2139 0.897 0.000 0.920 0.012 0.012 NA
#> SRR1608591 2 0.2139 0.897 0.000 0.920 0.012 0.012 NA
#> SRR1608592 2 0.2139 0.897 0.000 0.920 0.012 0.012 NA
#> SRR1608593 2 0.2139 0.897 0.000 0.920 0.012 0.012 NA
#> SRR1608594 2 0.2139 0.897 0.000 0.920 0.012 0.012 NA
#> SRR1608595 2 0.1830 0.893 0.000 0.932 0.004 0.012 NA
#> SRR1608596 2 0.1830 0.893 0.000 0.932 0.004 0.012 NA
#> SRR1608597 2 0.1830 0.893 0.000 0.932 0.004 0.012 NA
#> SRR1608598 2 0.1830 0.893 0.000 0.932 0.004 0.012 NA
#> SRR1608599 2 0.0324 0.902 0.000 0.992 0.004 0.004 NA
#> SRR1608600 2 0.0324 0.902 0.000 0.992 0.004 0.004 NA
#> SRR1608601 2 0.0324 0.902 0.000 0.992 0.004 0.004 NA
#> SRR1608602 2 0.0324 0.902 0.000 0.992 0.004 0.004 NA
#> SRR1608603 2 0.1862 0.895 0.000 0.932 0.004 0.016 NA
#> SRR1608604 2 0.1862 0.895 0.000 0.932 0.004 0.016 NA
#> SRR1608605 2 0.1862 0.895 0.000 0.932 0.004 0.016 NA
#> SRR1608606 2 0.1862 0.895 0.000 0.932 0.004 0.016 NA
#> SRR1608607 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608608 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608609 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608610 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608611 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608612 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608613 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608614 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608615 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608616 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608617 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608618 3 0.2313 0.715 0.024 0.040 0.920 0.008 NA
#> SRR1608619 3 0.6371 0.513 0.016 0.008 0.612 0.180 NA
#> SRR1608620 3 0.6371 0.513 0.016 0.008 0.612 0.180 NA
#> SRR1608621 3 0.3679 0.679 0.008 0.064 0.844 0.008 NA
#> SRR1608622 3 0.3679 0.679 0.008 0.064 0.844 0.008 NA
#> SRR1608623 3 0.3779 0.657 0.040 0.000 0.836 0.092 NA
#> SRR1608624 3 0.1969 0.716 0.012 0.044 0.932 0.004 NA
#> SRR1608625 3 0.1969 0.716 0.012 0.044 0.932 0.004 NA
#> SRR1608626 3 0.1969 0.716 0.012 0.044 0.932 0.004 NA
#> SRR1608627 3 0.1969 0.716 0.012 0.044 0.932 0.004 NA
#> SRR1608628 3 0.4871 0.652 0.004 0.072 0.756 0.020 NA
#> SRR1608629 3 0.4871 0.652 0.004 0.072 0.756 0.020 NA
#> SRR1608630 3 0.4871 0.652 0.004 0.072 0.756 0.020 NA
#> SRR1608634 3 0.6891 0.275 0.024 0.000 0.496 0.296 NA
#> SRR1608635 3 0.6891 0.275 0.024 0.000 0.496 0.296 NA
#> SRR1608636 3 0.6891 0.275 0.024 0.000 0.496 0.296 NA
#> SRR1608637 3 0.6891 0.275 0.024 0.000 0.496 0.296 NA
#> SRR1608631 3 0.2140 0.716 0.024 0.040 0.924 0.012 NA
#> SRR1608632 3 0.2140 0.716 0.024 0.040 0.924 0.012 NA
#> SRR1608633 3 0.2140 0.716 0.024 0.040 0.924 0.012 NA
#> SRR1608642 3 0.5844 0.518 0.012 0.000 0.644 0.188 NA
#> SRR1608638 3 0.6460 0.502 0.016 0.008 0.600 0.188 NA
#> SRR1608639 3 0.6460 0.502 0.016 0.008 0.600 0.188 NA
#> SRR1608640 3 0.6460 0.502 0.016 0.008 0.600 0.188 NA
#> SRR1608641 3 0.6460 0.502 0.016 0.008 0.600 0.188 NA
#> SRR1608643 3 0.2045 0.717 0.020 0.032 0.932 0.012 NA
#> SRR1608644 3 0.2045 0.717 0.020 0.032 0.932 0.012 NA
#> SRR1608645 3 0.2045 0.717 0.020 0.032 0.932 0.012 NA
#> SRR1608646 3 0.3511 0.665 0.028 0.000 0.848 0.096 NA
#> SRR1608647 3 0.3511 0.665 0.028 0.000 0.848 0.096 NA
#> SRR1608648 3 0.3511 0.665 0.028 0.000 0.848 0.096 NA
#> SRR1608657 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608658 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608659 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608660 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608661 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608662 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608663 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608664 4 0.6265 0.547 0.016 0.000 0.216 0.596 NA
#> SRR1608649 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608650 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608651 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608652 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608653 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608654 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608655 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608656 3 0.8132 0.239 0.016 0.160 0.412 0.092 NA
#> SRR1608665 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608666 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608667 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608668 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608669 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608670 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608671 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608672 4 0.4381 0.662 0.128 0.000 0.064 0.788 NA
#> SRR1608681 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608682 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608683 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608684 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608685 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608686 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608687 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608688 4 0.5650 0.608 0.012 0.000 0.228 0.652 NA
#> SRR1608673 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608674 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608675 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608676 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608677 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608678 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608679 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608680 4 0.7916 0.208 0.020 0.360 0.056 0.396 NA
#> SRR1608689 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608690 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608691 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608692 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608693 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608694 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608695 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608696 4 0.5876 0.570 0.004 0.000 0.248 0.608 NA
#> SRR1608697 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608698 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608699 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608700 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608701 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608702 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608703 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608704 4 0.4704 0.615 0.168 0.000 0.048 0.756 NA
#> SRR1608705 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608706 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608707 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608708 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608709 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608710 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608711 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608712 3 0.8032 0.235 0.008 0.176 0.412 0.092 NA
#> SRR1608713 4 0.5604 0.674 0.048 0.000 0.136 0.708 NA
#> SRR1608714 4 0.5604 0.674 0.048 0.000 0.136 0.708 NA
#> SRR1608715 4 0.5604 0.674 0.048 0.000 0.136 0.708 NA
#> SRR1608716 3 0.4997 0.605 0.000 0.128 0.728 0.008 NA
#> SRR1608717 3 0.4997 0.605 0.000 0.128 0.728 0.008 NA
#> SRR1608718 3 0.4997 0.605 0.000 0.128 0.728 0.008 NA
#> SRR1608719 3 0.4997 0.605 0.000 0.128 0.728 0.008 NA
#> SRR1608724 3 0.5673 0.341 0.072 0.000 0.632 0.276 NA
#> SRR1608725 3 0.5673 0.341 0.072 0.000 0.632 0.276 NA
#> SRR1608726 3 0.5673 0.341 0.072 0.000 0.632 0.276 NA
#> SRR1608727 3 0.5673 0.341 0.072 0.000 0.632 0.276 NA
#> SRR1608720 3 0.2047 0.717 0.020 0.040 0.928 0.012 NA
#> SRR1608721 3 0.2047 0.717 0.020 0.040 0.928 0.012 NA
#> SRR1608722 3 0.2047 0.717 0.020 0.040 0.928 0.012 NA
#> SRR1608723 3 0.2047 0.717 0.020 0.040 0.928 0.012 NA
#> SRR1608728 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608729 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608730 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608731 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608732 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608733 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608734 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608735 3 0.5581 0.581 0.012 0.008 0.696 0.144 NA
#> SRR1608736 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608737 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608738 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608739 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608740 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608741 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608742 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608743 3 0.2082 0.714 0.012 0.044 0.928 0.004 NA
#> SRR1608744 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608745 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608746 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608747 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608748 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608749 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608750 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608751 3 0.2438 0.698 0.044 0.008 0.912 0.032 NA
#> SRR1608752 3 0.6599 0.480 0.016 0.008 0.580 0.200 NA
#> SRR1608753 3 0.6599 0.480 0.016 0.008 0.580 0.200 NA
#> SRR1608754 3 0.6599 0.480 0.016 0.008 0.580 0.200 NA
#> SRR1608755 3 0.6599 0.480 0.016 0.008 0.580 0.200 NA
#> SRR1608764 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608765 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608766 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608767 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608768 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608769 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608770 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608771 3 0.6624 0.465 0.020 0.004 0.572 0.204 NA
#> SRR1608756 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608757 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608758 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608759 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608760 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608761 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608762 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608763 3 0.2149 0.716 0.028 0.036 0.924 0.012 NA
#> SRR1608772 3 0.6775 0.442 0.016 0.008 0.552 0.216 NA
#> SRR1608773 3 0.6775 0.442 0.016 0.008 0.552 0.216 NA
#> SRR1608774 3 0.6775 0.442 0.016 0.008 0.552 0.216 NA
#> SRR1608775 3 0.6775 0.442 0.016 0.008 0.552 0.216 NA
#> SRR1608776 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608777 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608778 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608779 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608780 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608782 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608783 3 0.3995 0.664 0.008 0.064 0.816 0.004 NA
#> SRR1608784 3 0.3833 0.657 0.032 0.000 0.832 0.096 NA
#> SRR1608785 3 0.3833 0.657 0.032 0.000 0.832 0.096 NA
#> SRR1608786 3 0.3833 0.657 0.032 0.000 0.832 0.096 NA
#> SRR1608787 3 0.3833 0.657 0.032 0.000 0.832 0.096 NA
#> SRR1608788 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608789 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608790 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608791 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608792 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608793 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608794 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608795 1 0.6428 0.268 0.504 0.000 0.048 0.384 NA
#> SRR1608796 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608797 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608798 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608799 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608800 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608801 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608802 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608803 1 0.3021 0.769 0.872 0.000 0.004 0.060 NA
#> SRR1608812 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608814 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608815 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608816 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608817 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608818 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608819 1 0.4453 0.745 0.796 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608804 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608805 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608806 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608807 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608808 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608809 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608810 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608811 1 0.4553 0.736 0.788 0.008 0.052 0.024 NA
#> SRR1608822 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608823 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608824 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608825 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608826 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608827 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608828 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608829 1 0.4510 0.744 0.792 0.000 0.036 0.080 NA
#> SRR1608820 1 0.4339 0.748 0.804 0.000 0.036 0.072 NA
#> SRR1608821 1 0.4339 0.748 0.804 0.000 0.036 0.072 NA
#> SRR1608830 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608831 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608832 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608833 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608834 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608835 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608836 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608837 1 0.6602 0.522 0.548 0.000 0.028 0.140 NA
#> SRR1608838 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608839 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608840 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608841 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608842 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608843 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608844 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608845 1 0.4622 0.742 0.784 0.000 0.036 0.088 NA
#> SRR1608846 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608847 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608848 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608849 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608850 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608851 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608852 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608853 1 0.6226 0.625 0.616 0.000 0.024 0.156 NA
#> SRR1608854 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608855 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608856 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608857 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608858 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608859 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608860 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608861 1 0.2060 0.774 0.928 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1608862 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608863 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608864 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608865 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608866 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608867 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608868 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608869 1 0.3972 0.750 0.812 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1608870 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608871 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608872 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608873 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608874 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608875 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608876 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608877 1 0.4506 0.745 0.792 0.000 0.036 0.076 NA
#> SRR1608878 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608880 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608881 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608882 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608883 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608884 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608885 1 0.3776 0.742 0.820 0.000 0.012 0.040 NA
#> SRR1608886 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608887 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608888 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608889 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608890 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608891 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608892 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608893 1 0.3825 0.749 0.816 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1608894 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608895 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608896 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608897 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608898 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608899 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608901 1 0.4555 0.747 0.796 0.004 0.036 0.076 NA
#> SRR1608902 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608903 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608904 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608905 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608906 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608907 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608908 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608909 1 0.2478 0.770 0.904 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR1608910 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608911 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608912 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608913 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608914 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608915 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608916 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608917 1 0.6460 0.559 0.576 0.000 0.032 0.124 NA
#> SRR1608918 1 0.6305 0.572 0.584 0.000 0.028 0.112 NA
#> SRR1608919 1 0.6305 0.572 0.584 0.000 0.028 0.112 NA
#> SRR1608920 1 0.3450 0.765 0.848 0.000 0.012 0.044 NA
#> SRR1608921 1 0.3450 0.765 0.848 0.000 0.012 0.044 NA
#> SRR1608922 1 0.6126 0.590 0.604 0.000 0.024 0.108 NA
#> SRR1608923 1 0.6126 0.590 0.604 0.000 0.024 0.108 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.3163 0.8459 0.000 0.856 0.004 0.020 0.076 0.044
#> SRR1608491 2 0.3163 0.8459 0.000 0.856 0.004 0.020 0.076 0.044
#> SRR1608492 2 0.3163 0.8459 0.000 0.856 0.004 0.020 0.076 0.044
#> SRR1608493 2 0.3163 0.8459 0.000 0.856 0.004 0.020 0.076 0.044
#> SRR1608494 4 0.3944 0.6574 0.044 0.004 0.040 0.816 0.008 0.088
#> SRR1608495 4 0.3944 0.6574 0.044 0.004 0.040 0.816 0.008 0.088
#> SRR1608496 4 0.3944 0.6574 0.044 0.004 0.040 0.816 0.008 0.088
#> SRR1608497 4 0.3944 0.6574 0.044 0.004 0.040 0.816 0.008 0.088
#> SRR1608498 6 0.6639 -0.2857 0.076 0.008 0.008 0.388 0.072 0.448
#> SRR1608499 6 0.6639 -0.2857 0.076 0.008 0.008 0.388 0.072 0.448
#> SRR1608500 6 0.6639 -0.2857 0.076 0.008 0.008 0.388 0.072 0.448
#> SRR1608501 6 0.6639 -0.2857 0.076 0.008 0.008 0.388 0.072 0.448
#> SRR1608502 4 0.4235 0.6562 0.072 0.008 0.024 0.808 0.028 0.060
#> SRR1608503 4 0.4235 0.6562 0.072 0.008 0.024 0.808 0.028 0.060
#> SRR1608504 4 0.4235 0.6562 0.072 0.008 0.024 0.808 0.028 0.060
#> SRR1608505 4 0.4235 0.6562 0.072 0.008 0.024 0.808 0.028 0.060
#> SRR1608510 2 0.4722 0.7746 0.000 0.740 0.032 0.016 0.160 0.052
#> SRR1608511 2 0.4722 0.7746 0.000 0.740 0.032 0.016 0.160 0.052
#> SRR1608512 2 0.4722 0.7746 0.000 0.740 0.032 0.016 0.160 0.052
#> SRR1608513 2 0.4722 0.7746 0.000 0.740 0.032 0.016 0.160 0.052
#> SRR1608506 4 0.5829 0.6090 0.028 0.016 0.024 0.672 0.164 0.096
#> SRR1608507 4 0.5829 0.6090 0.028 0.016 0.024 0.672 0.164 0.096
#> SRR1608508 4 0.5829 0.6090 0.028 0.016 0.024 0.672 0.164 0.096
#> SRR1608509 4 0.5829 0.6090 0.028 0.016 0.024 0.672 0.164 0.096
#> SRR1608514 2 0.1699 0.8576 0.000 0.936 0.004 0.008 0.040 0.012
#> SRR1608515 2 0.1699 0.8576 0.000 0.936 0.004 0.008 0.040 0.012
#> SRR1608516 2 0.1699 0.8576 0.000 0.936 0.004 0.008 0.040 0.012
#> SRR1608517 2 0.1699 0.8576 0.000 0.936 0.004 0.008 0.040 0.012
#> SRR1608518 2 0.3710 0.8119 0.000 0.812 0.016 0.016 0.128 0.028
#> SRR1608519 2 0.3710 0.8119 0.000 0.812 0.016 0.016 0.128 0.028
#> SRR1608520 2 0.3710 0.8119 0.000 0.812 0.016 0.016 0.128 0.028
#> SRR1608521 2 0.3710 0.8119 0.000 0.812 0.016 0.016 0.128 0.028
#> SRR1608522 2 0.4498 0.7813 0.000 0.752 0.028 0.016 0.164 0.040
#> SRR1608523 2 0.4498 0.7813 0.000 0.752 0.028 0.016 0.164 0.040
#> SRR1608524 2 0.4498 0.7813 0.000 0.752 0.028 0.016 0.164 0.040
#> SRR1608525 2 0.4498 0.7813 0.000 0.752 0.028 0.016 0.164 0.040
#> SRR1608526 2 0.5159 0.7396 0.000 0.696 0.048 0.020 0.196 0.040
#> SRR1608527 2 0.5159 0.7396 0.000 0.696 0.048 0.020 0.196 0.040
#> SRR1608528 2 0.5159 0.7396 0.000 0.696 0.048 0.020 0.196 0.040
#> SRR1608529 2 0.5159 0.7396 0.000 0.696 0.048 0.020 0.196 0.040
#> SRR1608530 2 0.0870 0.8610 0.000 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> SRR1608531 2 0.0870 0.8610 0.000 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> SRR1608532 2 0.0870 0.8610 0.000 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> SRR1608533 2 0.0870 0.8610 0.000 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> SRR1608534 2 0.5404 0.7295 0.000 0.672 0.008 0.092 0.188 0.040
#> SRR1608535 2 0.5404 0.7295 0.000 0.672 0.008 0.092 0.188 0.040
#> SRR1608536 2 0.5404 0.7295 0.000 0.672 0.008 0.092 0.188 0.040
#> SRR1608537 2 0.5404 0.7295 0.000 0.672 0.008 0.092 0.188 0.040
#> SRR1608538 2 0.2565 0.8563 0.000 0.892 0.000 0.032 0.044 0.032
#> SRR1608539 2 0.2565 0.8563 0.000 0.892 0.000 0.032 0.044 0.032
#> SRR1608540 2 0.2565 0.8563 0.000 0.892 0.000 0.032 0.044 0.032
#> SRR1608541 2 0.2565 0.8563 0.000 0.892 0.000 0.032 0.044 0.032
#> SRR1608542 4 0.7568 0.3646 0.004 0.100 0.248 0.476 0.124 0.048
#> SRR1608543 4 0.7568 0.3646 0.004 0.100 0.248 0.476 0.124 0.048
#> SRR1608544 4 0.7568 0.3646 0.004 0.100 0.248 0.476 0.124 0.048
#> SRR1608545 4 0.7568 0.3646 0.004 0.100 0.248 0.476 0.124 0.048
#> SRR1608546 2 0.5025 0.7542 0.000 0.708 0.032 0.028 0.192 0.040
#> SRR1608547 2 0.5025 0.7542 0.000 0.708 0.032 0.028 0.192 0.040
#> SRR1608548 2 0.5025 0.7542 0.000 0.708 0.032 0.028 0.192 0.040
#> SRR1608549 2 0.5025 0.7542 0.000 0.708 0.032 0.028 0.192 0.040
#> SRR1608550 2 0.7346 0.4568 0.000 0.480 0.192 0.032 0.212 0.084
#> SRR1608551 2 0.7346 0.4568 0.000 0.480 0.192 0.032 0.212 0.084
#> SRR1608552 2 0.7346 0.4568 0.000 0.480 0.192 0.032 0.212 0.084
#> SRR1608553 2 0.7346 0.4568 0.000 0.480 0.192 0.032 0.212 0.084
#> SRR1608554 2 0.7346 0.4568 0.000 0.480 0.192 0.032 0.212 0.084
#> SRR1608555 2 0.2490 0.8445 0.000 0.896 0.000 0.028 0.032 0.044
#> SRR1608556 2 0.2490 0.8445 0.000 0.896 0.000 0.028 0.032 0.044
#> SRR1608557 2 0.2490 0.8445 0.000 0.896 0.000 0.028 0.032 0.044
#> SRR1608558 2 0.2490 0.8445 0.000 0.896 0.000 0.028 0.032 0.044
#> SRR1608559 2 0.3217 0.8304 0.000 0.852 0.000 0.044 0.036 0.068
#> SRR1608560 2 0.3217 0.8304 0.000 0.852 0.000 0.044 0.036 0.068
#> SRR1608561 2 0.3217 0.8304 0.000 0.852 0.000 0.044 0.036 0.068
#> SRR1608562 2 0.3217 0.8304 0.000 0.852 0.000 0.044 0.036 0.068
#> SRR1608563 2 0.3217 0.8304 0.000 0.852 0.000 0.044 0.036 0.068
#> SRR1608564 2 0.0696 0.8604 0.000 0.980 0.004 0.004 0.008 0.004
#> SRR1608565 2 0.0696 0.8604 0.000 0.980 0.004 0.004 0.008 0.004
#> SRR1608566 2 0.0696 0.8604 0.000 0.980 0.004 0.004 0.008 0.004
#> SRR1608567 2 0.0696 0.8604 0.000 0.980 0.004 0.004 0.008 0.004
#> SRR1608568 2 0.0696 0.8604 0.000 0.980 0.004 0.004 0.008 0.004
#> SRR1608574 2 0.3092 0.8330 0.000 0.860 0.000 0.040 0.036 0.064
#> SRR1608575 2 0.3092 0.8330 0.000 0.860 0.000 0.040 0.036 0.064
#> SRR1608576 2 0.3092 0.8330 0.000 0.860 0.000 0.040 0.036 0.064
#> SRR1608577 2 0.3092 0.8330 0.000 0.860 0.000 0.040 0.036 0.064
#> SRR1608578 2 0.3092 0.8330 0.000 0.860 0.000 0.040 0.036 0.064
#> SRR1608569 2 0.1147 0.8594 0.000 0.960 0.004 0.004 0.028 0.004
#> SRR1608570 2 0.1147 0.8594 0.000 0.960 0.004 0.004 0.028 0.004
#> SRR1608571 2 0.1147 0.8594 0.000 0.960 0.004 0.004 0.028 0.004
#> SRR1608572 2 0.1147 0.8594 0.000 0.960 0.004 0.004 0.028 0.004
#> SRR1608573 2 0.1147 0.8594 0.000 0.960 0.004 0.004 0.028 0.004
#> SRR1608584 2 0.2494 0.8540 0.000 0.896 0.000 0.028 0.040 0.036
#> SRR1608585 2 0.2494 0.8540 0.000 0.896 0.000 0.028 0.040 0.036
#> SRR1608586 2 0.2494 0.8540 0.000 0.896 0.000 0.028 0.040 0.036
#> SRR1608587 2 0.2494 0.8540 0.000 0.896 0.000 0.028 0.040 0.036
#> SRR1608588 2 0.2494 0.8540 0.000 0.896 0.000 0.028 0.040 0.036
#> SRR1608579 2 0.3150 0.8324 0.000 0.856 0.000 0.040 0.036 0.068
#> SRR1608580 2 0.3150 0.8324 0.000 0.856 0.000 0.040 0.036 0.068
#> SRR1608581 2 0.3150 0.8324 0.000 0.856 0.000 0.040 0.036 0.068
#> SRR1608582 2 0.3150 0.8324 0.000 0.856 0.000 0.040 0.036 0.068
#> SRR1608583 2 0.3150 0.8324 0.000 0.856 0.000 0.040 0.036 0.068
#> SRR1608589 2 0.1026 0.8614 0.000 0.968 0.004 0.012 0.008 0.008
#> SRR1608590 2 0.2245 0.8573 0.000 0.908 0.004 0.008 0.052 0.028
#> SRR1608591 2 0.2245 0.8573 0.000 0.908 0.004 0.008 0.052 0.028
#> SRR1608592 2 0.2245 0.8573 0.000 0.908 0.004 0.008 0.052 0.028
#> SRR1608593 2 0.2245 0.8573 0.000 0.908 0.004 0.008 0.052 0.028
#> SRR1608594 2 0.2245 0.8573 0.000 0.908 0.004 0.008 0.052 0.028
#> SRR1608595 2 0.2981 0.8356 0.000 0.868 0.000 0.040 0.040 0.052
#> SRR1608596 2 0.2981 0.8356 0.000 0.868 0.000 0.040 0.040 0.052
#> SRR1608597 2 0.2981 0.8356 0.000 0.868 0.000 0.040 0.040 0.052
#> SRR1608598 2 0.2981 0.8356 0.000 0.868 0.000 0.040 0.040 0.052
#> SRR1608599 2 0.1129 0.8608 0.000 0.964 0.004 0.008 0.012 0.012
#> SRR1608600 2 0.1129 0.8608 0.000 0.964 0.004 0.008 0.012 0.012
#> SRR1608601 2 0.1129 0.8608 0.000 0.964 0.004 0.008 0.012 0.012
#> SRR1608602 2 0.1129 0.8608 0.000 0.964 0.004 0.008 0.012 0.012
#> SRR1608603 2 0.3779 0.8308 0.000 0.824 0.008 0.048 0.044 0.076
#> SRR1608604 2 0.3779 0.8308 0.000 0.824 0.008 0.048 0.044 0.076
#> SRR1608605 2 0.3779 0.8308 0.000 0.824 0.008 0.048 0.044 0.076
#> SRR1608606 2 0.3779 0.8308 0.000 0.824 0.008 0.048 0.044 0.076
#> SRR1608607 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608608 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608609 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608610 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608611 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608612 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608613 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608614 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608615 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608616 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608617 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608618 3 0.1129 0.6620 0.008 0.012 0.964 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608619 6 0.4566 0.7462 0.000 0.000 0.480 0.020 0.008 0.492
#> SRR1608620 6 0.4566 0.7462 0.000 0.000 0.480 0.020 0.008 0.492
#> SRR1608621 3 0.3007 0.6076 0.000 0.020 0.860 0.000 0.080 0.040
#> SRR1608622 3 0.3007 0.6076 0.000 0.020 0.860 0.000 0.080 0.040
#> SRR1608623 3 0.3324 0.5189 0.012 0.000 0.848 0.052 0.012 0.076
#> SRR1608624 3 0.0717 0.6560 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608625 3 0.0717 0.6560 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608626 3 0.0717 0.6560 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608627 3 0.0717 0.6560 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608628 3 0.4862 0.5098 0.000 0.024 0.736 0.016 0.120 0.104
#> SRR1608629 3 0.4862 0.5098 0.000 0.024 0.736 0.016 0.120 0.104
#> SRR1608630 3 0.4862 0.5098 0.000 0.024 0.736 0.016 0.120 0.104
#> SRR1608634 6 0.5260 0.7102 0.000 0.000 0.456 0.064 0.012 0.468
#> SRR1608635 6 0.5260 0.7102 0.000 0.000 0.456 0.064 0.012 0.468
#> SRR1608636 6 0.5260 0.7102 0.000 0.000 0.456 0.064 0.012 0.468
#> SRR1608637 6 0.5260 0.7102 0.000 0.000 0.456 0.064 0.012 0.468
#> SRR1608631 3 0.0881 0.6610 0.008 0.008 0.972 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0881 0.6610 0.008 0.008 0.972 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0881 0.6610 0.008 0.008 0.972 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.4341 -0.5942 0.000 0.000 0.564 0.024 0.000 0.412
#> SRR1608638 6 0.4730 0.7665 0.000 0.000 0.468 0.020 0.016 0.496
#> SRR1608639 6 0.4730 0.7665 0.000 0.000 0.468 0.020 0.016 0.496
#> SRR1608640 6 0.4730 0.7665 0.000 0.000 0.468 0.020 0.016 0.496
#> SRR1608641 6 0.4730 0.7665 0.000 0.000 0.468 0.020 0.016 0.496
#> SRR1608643 3 0.1337 0.6580 0.008 0.008 0.956 0.012 0.000 0.016
#> SRR1608644 3 0.1337 0.6580 0.008 0.008 0.956 0.012 0.000 0.016
#> SRR1608645 3 0.1337 0.6580 0.008 0.008 0.956 0.012 0.000 0.016
#> SRR1608646 3 0.3041 0.5313 0.012 0.000 0.864 0.044 0.008 0.072
#> SRR1608647 3 0.3041 0.5313 0.012 0.000 0.864 0.044 0.008 0.072
#> SRR1608648 3 0.3041 0.5313 0.012 0.000 0.864 0.044 0.008 0.072
#> SRR1608657 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608658 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608659 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608660 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608661 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608662 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608663 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608664 4 0.5706 0.3516 0.004 0.000 0.088 0.448 0.016 0.444
#> SRR1608649 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608650 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608651 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608652 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608653 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608654 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608655 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608656 3 0.8267 0.2079 0.000 0.088 0.360 0.120 0.276 0.156
#> SRR1608665 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608666 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608667 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608668 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608669 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608670 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608671 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608672 4 0.4101 0.6519 0.144 0.004 0.020 0.788 0.024 0.020
#> SRR1608681 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608682 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608683 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608684 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608685 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608686 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608687 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608688 4 0.5519 0.5680 0.016 0.000 0.092 0.616 0.012 0.264
#> SRR1608673 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608674 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608675 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608676 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608677 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608678 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608679 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608680 4 0.8156 0.1727 0.024 0.308 0.048 0.376 0.076 0.168
#> SRR1608689 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608690 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608691 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608692 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608693 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608694 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608695 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608696 4 0.5660 0.5069 0.004 0.000 0.100 0.548 0.016 0.332
#> SRR1608697 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608698 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608699 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608700 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608701 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608702 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608703 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608704 4 0.4510 0.6189 0.188 0.004 0.008 0.740 0.032 0.028
#> SRR1608705 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608706 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608707 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608708 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608709 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608710 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608711 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608712 3 0.8325 0.2128 0.000 0.092 0.368 0.124 0.248 0.168
#> SRR1608713 4 0.4492 0.6527 0.028 0.004 0.024 0.784 0.068 0.092
#> SRR1608714 4 0.4492 0.6527 0.028 0.004 0.024 0.784 0.068 0.092
#> SRR1608715 4 0.4492 0.6527 0.028 0.004 0.024 0.784 0.068 0.092
#> SRR1608716 3 0.5270 0.4896 0.000 0.056 0.708 0.012 0.136 0.088
#> SRR1608717 3 0.5270 0.4896 0.000 0.056 0.708 0.012 0.136 0.088
#> SRR1608718 3 0.5270 0.4896 0.000 0.056 0.708 0.012 0.136 0.088
#> SRR1608719 3 0.5270 0.4896 0.000 0.056 0.708 0.012 0.136 0.088
#> SRR1608724 3 0.5100 0.2765 0.056 0.000 0.700 0.192 0.016 0.036
#> SRR1608725 3 0.5100 0.2765 0.056 0.000 0.700 0.192 0.016 0.036
#> SRR1608726 3 0.5100 0.2765 0.056 0.000 0.700 0.192 0.016 0.036
#> SRR1608727 3 0.5100 0.2765 0.056 0.000 0.700 0.192 0.016 0.036
#> SRR1608720 3 0.1171 0.6610 0.008 0.008 0.964 0.012 0.004 0.004
#> SRR1608721 3 0.1171 0.6610 0.008 0.008 0.964 0.012 0.004 0.004
#> SRR1608722 3 0.1171 0.6610 0.008 0.008 0.964 0.012 0.004 0.004
#> SRR1608723 3 0.1171 0.6610 0.008 0.008 0.964 0.012 0.004 0.004
#> SRR1608728 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608729 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608730 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608731 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608732 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608733 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608734 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608735 3 0.4254 -0.4645 0.000 0.000 0.576 0.020 0.000 0.404
#> SRR1608736 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608737 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608738 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608739 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608740 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608741 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608742 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608743 3 0.1390 0.6492 0.000 0.016 0.948 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608744 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608745 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608746 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608747 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608748 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608749 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608750 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608751 3 0.1948 0.6363 0.020 0.004 0.932 0.020 0.016 0.008
#> SRR1608752 6 0.4864 0.7736 0.000 0.000 0.448 0.020 0.024 0.508
#> SRR1608753 6 0.4864 0.7736 0.000 0.000 0.448 0.020 0.024 0.508
#> SRR1608754 6 0.4864 0.7736 0.000 0.000 0.448 0.020 0.024 0.508
#> SRR1608755 6 0.4864 0.7736 0.000 0.000 0.448 0.020 0.024 0.508
#> SRR1608764 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608765 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608766 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608767 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608768 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608769 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608770 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608771 6 0.4933 0.7834 0.000 0.000 0.452 0.028 0.020 0.500
#> SRR1608756 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608757 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608758 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608759 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608760 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608761 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608762 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608763 3 0.1015 0.6580 0.012 0.004 0.968 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608772 6 0.4972 0.7787 0.000 0.000 0.424 0.032 0.020 0.524
#> SRR1608773 6 0.4972 0.7787 0.000 0.000 0.424 0.032 0.020 0.524
#> SRR1608774 6 0.4972 0.7787 0.000 0.000 0.424 0.032 0.020 0.524
#> SRR1608775 6 0.4972 0.7787 0.000 0.000 0.424 0.032 0.020 0.524
#> SRR1608776 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608777 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608778 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608779 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608780 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608782 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608783 3 0.4063 0.5659 0.000 0.024 0.796 0.008 0.104 0.068
#> SRR1608784 3 0.3368 0.5057 0.012 0.000 0.840 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608785 3 0.3368 0.5057 0.012 0.000 0.840 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608786 3 0.3368 0.5057 0.012 0.000 0.840 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608787 3 0.3368 0.5057 0.012 0.000 0.840 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608788 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608789 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608790 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608791 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608792 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608793 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608794 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608795 1 0.6638 0.2487 0.524 0.000 0.032 0.292 0.104 0.048
#> SRR1608796 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608797 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608798 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608799 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608800 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608801 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608802 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608803 1 0.4042 0.4727 0.760 0.000 0.000 0.020 0.180 0.040
#> SRR1608812 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608814 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608815 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608816 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608817 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608818 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608819 1 0.0870 0.6287 0.972 0.000 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR1608804 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608805 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608806 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608807 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608808 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608809 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608810 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608811 5 0.5743 0.3743 0.448 0.008 0.036 0.016 0.468 0.024
#> SRR1608822 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608823 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608824 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608825 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608826 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608827 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608828 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608829 1 0.0551 0.6309 0.984 0.000 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608820 1 0.0520 0.6308 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1608821 1 0.0520 0.6308 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1608830 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608831 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608832 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608833 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608834 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608835 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608836 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608837 5 0.6354 0.6680 0.216 0.000 0.008 0.012 0.468 0.296
#> SRR1608838 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608839 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608840 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608841 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608842 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608843 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608844 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608845 1 0.0622 0.6311 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1608846 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608847 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608848 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608849 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608850 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608851 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608852 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608853 1 0.6083 0.0595 0.544 0.000 0.000 0.048 0.120 0.288
#> SRR1608854 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608855 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608856 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608857 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608858 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608859 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608860 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608861 1 0.3187 0.5158 0.796 0.000 0.000 0.004 0.188 0.012
#> SRR1608862 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608863 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608864 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608865 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608866 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608867 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608868 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608869 1 0.5083 -0.3099 0.504 0.000 0.008 0.016 0.444 0.028
#> SRR1608870 1 0.1086 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> SRR1608871 1 0.1086 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> SRR1608872 1 0.1078 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.016 0.008
#> SRR1608873 1 0.1086 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> SRR1608874 1 0.1078 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.016 0.008
#> SRR1608875 1 0.1086 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.012 0.012
#> SRR1608876 1 0.1078 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.016 0.008
#> SRR1608877 1 0.1078 0.6266 0.964 0.000 0.000 0.012 0.016 0.008
#> SRR1608878 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608880 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608881 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608882 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608883 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608884 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608885 1 0.5300 -0.3547 0.492 0.000 0.008 0.008 0.436 0.056
#> SRR1608886 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608887 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608888 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608889 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608890 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608891 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608892 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608893 5 0.5013 0.4074 0.464 0.000 0.008 0.012 0.488 0.028
#> SRR1608894 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608895 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608896 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608897 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608898 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608899 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608901 1 0.1251 0.6278 0.956 0.000 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR1608902 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608903 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608904 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608905 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608906 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608907 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608908 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608909 1 0.3955 0.2520 0.668 0.000 0.000 0.012 0.316 0.004
#> SRR1608910 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608911 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608912 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608913 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608914 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608915 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608916 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608917 5 0.6579 0.6664 0.248 0.000 0.008 0.016 0.416 0.312
#> SRR1608918 5 0.6514 0.6733 0.252 0.000 0.008 0.016 0.448 0.276
#> SRR1608919 5 0.6514 0.6733 0.252 0.000 0.008 0.016 0.448 0.276
#> SRR1608920 1 0.3833 0.5070 0.788 0.000 0.000 0.016 0.144 0.052
#> SRR1608921 1 0.3833 0.5070 0.788 0.000 0.000 0.016 0.144 0.052
#> SRR1608922 5 0.6492 0.6689 0.256 0.000 0.008 0.016 0.456 0.264
#> SRR1608923 5 0.6492 0.6689 0.256 0.000 0.008 0.016 0.456 0.264
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.681 0.801 0.921 0.4932 0.499 0.499
#> 3 3 0.663 0.838 0.916 0.3452 0.734 0.516
#> 4 4 0.826 0.822 0.913 0.1235 0.877 0.655
#> 5 5 0.795 0.659 0.813 0.0594 0.890 0.616
#> 6 6 0.754 0.594 0.757 0.0375 0.928 0.689
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.494 0.821 0.892 0.108
#> SRR1608495 1 0.494 0.821 0.892 0.108
#> SRR1608496 1 0.494 0.821 0.892 0.108
#> SRR1608497 1 0.494 0.821 0.892 0.108
#> SRR1608498 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.278 0.871 0.952 0.048
#> SRR1608503 1 0.278 0.871 0.952 0.048
#> SRR1608504 1 0.278 0.871 0.952 0.048
#> SRR1608505 1 0.278 0.871 0.952 0.048
#> SRR1608510 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.895 0.555 0.688 0.312
#> SRR1608507 1 0.895 0.555 0.688 0.312
#> SRR1608508 1 0.895 0.555 0.688 0.312
#> SRR1608509 1 0.895 0.555 0.688 0.312
#> SRR1608514 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.891 0.524 0.308 0.692
#> SRR1608620 2 0.891 0.524 0.308 0.692
#> SRR1608621 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608623 1 0.943 0.454 0.640 0.360
#> SRR1608624 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608635 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608636 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608637 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608631 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608642 2 0.987 0.238 0.432 0.568
#> SRR1608638 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608646 1 0.900 0.548 0.684 0.316
#> SRR1608647 1 0.900 0.548 0.684 0.316
#> SRR1608648 1 0.900 0.548 0.684 0.316
#> SRR1608657 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608658 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608659 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608660 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608661 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608662 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608663 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608664 1 0.991 0.219 0.556 0.444
#> SRR1608649 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608682 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608683 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608684 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608685 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608686 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608687 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608688 1 0.745 0.709 0.788 0.212
#> SRR1608673 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608674 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608675 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608676 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608677 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608678 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608679 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608680 2 0.952 0.396 0.372 0.628
#> SRR1608689 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608690 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608691 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608692 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608693 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608694 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608695 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608696 2 0.987 0.240 0.432 0.568
#> SRR1608697 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.224 0.880 0.964 0.036
#> SRR1608714 1 0.224 0.880 0.964 0.036
#> SRR1608715 1 0.224 0.880 0.964 0.036
#> SRR1608716 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608728 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608729 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608730 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608731 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608732 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608733 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608734 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608735 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608736 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608744 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608745 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608746 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608747 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608748 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608749 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608750 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608751 1 0.886 0.571 0.696 0.304
#> SRR1608752 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608753 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608754 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608755 2 0.955 0.390 0.376 0.624
#> SRR1608764 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608765 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608766 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608767 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608768 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608769 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608770 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608771 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608756 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608772 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608773 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608774 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608775 2 0.969 0.342 0.396 0.604
#> SRR1608776 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.000 0.911 0.000 1.000
#> SRR1608784 1 0.985 0.271 0.572 0.428
#> SRR1608785 1 0.985 0.271 0.572 0.428
#> SRR1608786 1 0.985 0.271 0.572 0.428
#> SRR1608787 1 0.985 0.271 0.572 0.428
#> SRR1608788 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608805 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608806 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608807 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608808 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608809 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608810 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608811 1 0.971 0.307 0.600 0.400
#> SRR1608822 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.000 0.904 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.000 0.904 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.6617 0.419 0.556 0.008 0.436
#> SRR1608495 1 0.6617 0.419 0.556 0.008 0.436
#> SRR1608496 1 0.6617 0.419 0.556 0.008 0.436
#> SRR1608497 1 0.6617 0.419 0.556 0.008 0.436
#> SRR1608498 1 0.7699 0.709 0.672 0.116 0.212
#> SRR1608499 1 0.7699 0.709 0.672 0.116 0.212
#> SRR1608500 1 0.7699 0.709 0.672 0.116 0.212
#> SRR1608501 1 0.7699 0.709 0.672 0.116 0.212
#> SRR1608502 1 0.9738 0.265 0.424 0.344 0.232
#> SRR1608503 1 0.9738 0.265 0.424 0.344 0.232
#> SRR1608504 1 0.9738 0.265 0.424 0.344 0.232
#> SRR1608505 1 0.9738 0.265 0.424 0.344 0.232
#> SRR1608510 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.4702 0.702 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608507 2 0.4702 0.702 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608508 2 0.4702 0.702 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608509 2 0.4702 0.702 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608514 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.1964 0.870 0.000 0.944 0.056
#> SRR1608590 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0237 0.918 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608604 2 0.0237 0.918 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608605 2 0.0237 0.918 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608606 2 0.0237 0.918 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608607 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608608 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608609 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608610 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608611 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608612 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608613 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608614 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608615 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608616 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608617 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608618 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608619 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608622 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608623 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608624 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608625 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608626 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608627 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608628 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608629 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608630 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608634 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608632 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608633 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608642 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.4399 0.813 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608644 3 0.4399 0.813 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608645 3 0.4399 0.813 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608646 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608650 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608651 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608652 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608653 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608654 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608655 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608656 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608665 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608666 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608667 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608668 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608669 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608670 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608671 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608672 1 0.4750 0.805 0.784 0.000 0.216
#> SRR1608681 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608682 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608683 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608684 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608685 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608686 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608687 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608688 3 0.0237 0.859 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608673 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608674 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608675 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608676 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608677 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608678 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608679 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608680 2 0.4861 0.721 0.008 0.800 0.192
#> SRR1608689 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608698 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608699 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608700 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608701 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608702 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608703 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608704 1 0.3686 0.861 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608705 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608706 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608707 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608708 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608709 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608710 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608711 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608712 2 0.5882 0.392 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608713 3 0.6954 -0.229 0.484 0.016 0.500
#> SRR1608714 3 0.6954 -0.229 0.484 0.016 0.500
#> SRR1608715 3 0.6954 -0.229 0.484 0.016 0.500
#> SRR1608716 3 0.5905 0.587 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608717 3 0.5905 0.587 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608718 3 0.5905 0.587 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608719 3 0.5905 0.587 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608724 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608725 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608726 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608727 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608720 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608721 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608722 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608723 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608728 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608737 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608738 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608739 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608740 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608741 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608742 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608743 3 0.4702 0.799 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608744 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608745 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608746 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608747 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608748 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608749 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608750 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608751 3 0.3551 0.806 0.132 0.000 0.868
#> SRR1608752 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608757 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608758 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608759 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608760 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608761 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608762 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608763 3 0.4452 0.812 0.000 0.192 0.808
#> SRR1608772 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608777 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608778 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608779 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608780 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608782 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608783 3 0.4931 0.778 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608784 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608805 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608806 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608807 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608808 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608809 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608810 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608811 1 0.0892 0.917 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608831 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608832 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608833 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608834 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608835 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608836 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608837 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608838 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608847 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608848 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608849 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608850 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608851 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608852 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608853 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608854 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608911 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608912 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608913 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608914 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608915 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608916 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608917 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608918 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608919 1 0.3686 0.868 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608920 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.3619 0.870 0.864 0.000 0.136
#> SRR1608923 1 0.3619 0.870 0.864 0.000 0.136
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608495 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608496 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608497 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608498 4 0.5080 0.662 0.092 0.144 0.000 0.764
#> SRR1608499 4 0.5080 0.662 0.092 0.144 0.000 0.764
#> SRR1608500 4 0.5080 0.662 0.092 0.144 0.000 0.764
#> SRR1608501 4 0.5080 0.662 0.092 0.144 0.000 0.764
#> SRR1608502 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608503 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608504 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608505 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608510 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.1637 0.785 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608507 4 0.1637 0.785 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608508 4 0.1637 0.785 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608509 4 0.1637 0.785 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608514 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.4994 0.129 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1608543 4 0.4994 0.129 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1608544 4 0.4994 0.129 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1608545 4 0.4994 0.129 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1608546 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.966 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.4072 0.738 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608620 3 0.4072 0.738 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608621 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608624 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.4624 0.626 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1608635 3 0.4624 0.626 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1608636 3 0.4624 0.626 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1608637 3 0.4624 0.626 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1608631 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.4072 0.738 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608638 3 0.4103 0.734 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608639 3 0.4103 0.734 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608640 3 0.4103 0.734 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608641 3 0.4103 0.734 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608643 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608647 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608648 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608657 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608658 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608659 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608660 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608661 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608662 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608663 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608664 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608649 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608650 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608651 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608652 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608653 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608654 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608655 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608656 4 0.7798 0.301 0.000 0.364 0.248 0.388
#> SRR1608665 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608666 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608667 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608668 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608669 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608670 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608671 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608672 4 0.0188 0.803 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608681 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608682 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608683 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608684 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608685 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608686 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608687 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608688 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608673 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608674 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608675 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608676 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608677 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608678 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608679 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608680 2 0.4920 0.358 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR1608689 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608690 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608691 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608692 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608693 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608694 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608695 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608696 4 0.0188 0.803 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608697 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608698 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608699 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608700 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608701 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608702 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608703 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608704 4 0.3172 0.693 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608705 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608706 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608707 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608708 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608709 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608710 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608711 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608712 4 0.7761 0.287 0.000 0.376 0.236 0.388
#> SRR1608713 4 0.0000 0.803 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.803 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.803 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608716 3 0.1716 0.843 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608717 3 0.1716 0.843 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608718 3 0.1716 0.843 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608719 3 0.1716 0.843 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608724 3 0.2149 0.840 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608725 3 0.2149 0.840 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608726 3 0.2149 0.840 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608727 3 0.2149 0.840 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608720 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608729 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608730 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608731 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608732 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608733 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608734 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608735 3 0.3569 0.786 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1608736 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608753 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608754 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608755 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608764 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608765 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608766 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608767 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608768 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608769 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608770 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608771 3 0.4277 0.709 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608756 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.4304 0.704 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1608773 3 0.4304 0.704 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1608774 3 0.4304 0.704 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1608775 3 0.4304 0.704 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1608776 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.896 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608785 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608786 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608787 3 0.0336 0.893 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608788 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608789 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608790 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608791 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608792 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608793 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608794 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608795 1 0.4746 0.414 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608796 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608797 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608798 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608799 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608800 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608801 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608802 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608803 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608812 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608814 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608815 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608816 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608817 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608818 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608819 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608804 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0188 0.907 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608823 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608824 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608825 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608826 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608827 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608828 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608829 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608820 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608821 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608830 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608831 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608832 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608833 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608834 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608835 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608836 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608837 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608838 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608839 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608840 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608841 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608842 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608843 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608844 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608845 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608846 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608847 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608848 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608849 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608850 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608851 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608852 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608853 1 0.4134 0.703 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608854 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608871 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608872 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608873 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608874 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608875 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608876 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608877 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608878 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608895 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608896 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608897 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608898 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608899 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608901 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608902 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608911 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608912 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608913 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608914 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608915 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608916 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608917 1 0.4134 0.699 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608918 1 0.4072 0.708 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608919 1 0.4072 0.708 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608920 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608921 1 0.0188 0.910 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608922 1 0.3942 0.723 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608923 1 0.3942 0.723 0.764 0.000 0.000 0.236
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0510 0.8333 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608495 4 0.0510 0.8333 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608496 4 0.0510 0.8333 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608497 4 0.0510 0.8333 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608498 5 0.7066 -0.0471 0.232 0.016 0.000 0.340 0.412
#> SRR1608499 5 0.7066 -0.0471 0.232 0.016 0.000 0.340 0.412
#> SRR1608500 5 0.7066 -0.0471 0.232 0.016 0.000 0.340 0.412
#> SRR1608501 5 0.7066 -0.0471 0.232 0.016 0.000 0.340 0.412
#> SRR1608502 4 0.0510 0.8313 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608503 4 0.0510 0.8313 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608504 4 0.0510 0.8313 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608505 4 0.0510 0.8313 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608510 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.1270 0.8309 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608507 4 0.1270 0.8309 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608508 4 0.1270 0.8309 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608509 4 0.1270 0.8309 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0290 0.9782 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0290 0.9782 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0290 0.9782 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0290 0.9782 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.1544 0.9424 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.1851 0.9275 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.1851 0.9275 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.1851 0.9275 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.1851 0.9275 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0510 0.9744 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0510 0.9744 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0510 0.9744 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0510 0.9744 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.3967 0.6374 0.000 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR1608543 4 0.3967 0.6374 0.000 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR1608544 4 0.3967 0.6374 0.000 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR1608545 4 0.3967 0.6374 0.000 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR1608546 2 0.1608 0.9400 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.1608 0.9400 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.1608 0.9400 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.1608 0.9400 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.1965 0.9205 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.1965 0.9205 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.1965 0.9205 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.1965 0.9205 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.1965 0.9205 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608608 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608609 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608610 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608611 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608612 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608613 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608614 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608615 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608616 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608617 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608618 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608619 5 0.0290 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608620 5 0.0290 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608621 3 0.4101 0.6865 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608622 3 0.4101 0.6865 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608623 5 0.4650 -0.6380 0.000 0.000 0.468 0.012 0.520
#> SRR1608624 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608625 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608626 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608627 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608628 3 0.4219 0.6421 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1608629 3 0.4219 0.6421 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1608630 3 0.4219 0.6421 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1608634 5 0.0566 0.4975 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1608635 5 0.0566 0.4975 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1608636 5 0.0566 0.4975 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1608637 5 0.0566 0.4975 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1608631 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608632 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608633 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608642 5 0.0324 0.4904 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1608638 5 0.0290 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608639 5 0.0290 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608640 5 0.0290 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608641 5 0.0290 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608643 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608644 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608645 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608646 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608647 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608648 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608657 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608658 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608659 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608660 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608661 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608662 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608663 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608664 4 0.4503 0.6167 0.000 0.000 0.036 0.696 0.268
#> SRR1608649 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608650 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608651 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608652 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608653 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608654 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608655 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608656 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608665 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608666 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608667 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608668 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608669 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608670 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608671 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608672 4 0.0880 0.8284 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1608681 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608682 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608683 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608684 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608685 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608686 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608687 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608688 4 0.1750 0.8297 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1608673 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608674 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608675 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608676 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608677 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608678 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608679 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608680 4 0.4390 0.3330 0.004 0.428 0.000 0.568 0.000
#> SRR1608689 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608690 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608691 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608692 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608693 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608694 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608695 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608696 4 0.2291 0.8196 0.000 0.000 0.036 0.908 0.056
#> SRR1608697 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608698 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608699 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608700 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608701 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608702 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608703 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608704 4 0.2074 0.7899 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1608705 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608706 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608707 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608708 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608709 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608710 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608711 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608712 3 0.7144 -0.0354 0.000 0.212 0.420 0.344 0.024
#> SRR1608713 4 0.1043 0.8324 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608714 4 0.1043 0.8324 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608715 4 0.1043 0.8324 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608716 3 0.4946 0.6479 0.000 0.036 0.596 0.000 0.368
#> SRR1608717 3 0.4946 0.6479 0.000 0.036 0.596 0.000 0.368
#> SRR1608718 3 0.4946 0.6479 0.000 0.036 0.596 0.000 0.368
#> SRR1608719 3 0.4946 0.6479 0.000 0.036 0.596 0.000 0.368
#> SRR1608724 5 0.7252 -0.2824 0.024 0.000 0.276 0.284 0.416
#> SRR1608725 5 0.7252 -0.2824 0.024 0.000 0.276 0.284 0.416
#> SRR1608726 5 0.7252 -0.2824 0.024 0.000 0.276 0.284 0.416
#> SRR1608727 5 0.7252 -0.2824 0.024 0.000 0.276 0.284 0.416
#> SRR1608720 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608721 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608722 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608723 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608728 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608729 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608730 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608731 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608732 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608733 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608734 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608735 5 0.1043 0.4414 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608736 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608737 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608738 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608739 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608740 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608741 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608742 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608743 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608744 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608745 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608746 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608747 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608748 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608749 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608750 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608751 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608752 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608753 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608754 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608755 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608764 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608765 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608766 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608767 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608768 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608769 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608770 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608771 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608756 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608757 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608758 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608759 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608760 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608761 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608762 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608763 3 0.4283 0.7315 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608772 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608773 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608774 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608775 5 0.0404 0.4991 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608776 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608777 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608778 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608779 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608780 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608782 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608783 3 0.4088 0.6800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1608784 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608785 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608786 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608787 5 0.4430 -0.6094 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1608788 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608789 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608790 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608791 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608792 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608793 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608794 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608795 1 0.4150 0.2718 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608796 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.1792 0.8061 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608831 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608832 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608833 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608834 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608835 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608836 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608837 5 0.6814 0.1724 0.224 0.000 0.316 0.008 0.452
#> SRR1608838 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608847 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608848 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608849 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608850 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608851 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608852 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608853 1 0.4530 0.2787 0.612 0.000 0.004 0.008 0.376
#> SRR1608854 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.2020 0.8036 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.3857 0.7381 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.3837 0.7409 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.3876 0.7362 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.8045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.3480 0.7645 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608911 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608912 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608913 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608914 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608915 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608916 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608917 5 0.6848 0.1574 0.232 0.000 0.316 0.008 0.444
#> SRR1608918 5 0.6879 0.1382 0.240 0.000 0.316 0.008 0.436
#> SRR1608919 5 0.6879 0.1382 0.240 0.000 0.316 0.008 0.436
#> SRR1608920 1 0.0703 0.8052 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0703 0.8052 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608922 5 0.6956 0.0749 0.264 0.000 0.316 0.008 0.412
#> SRR1608923 5 0.6956 0.0749 0.264 0.000 0.316 0.008 0.412
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608491 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608492 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608493 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608494 4 0.0436 0.730 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1608495 4 0.0436 0.730 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1608496 4 0.0436 0.730 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1608497 4 0.0436 0.730 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR1608498 4 0.6409 0.323 0.100 0.020 0.000 0.480 0.364 0.036
#> SRR1608499 4 0.6409 0.323 0.100 0.020 0.000 0.480 0.364 0.036
#> SRR1608500 4 0.6409 0.323 0.100 0.020 0.000 0.480 0.364 0.036
#> SRR1608501 4 0.6409 0.323 0.100 0.020 0.000 0.480 0.364 0.036
#> SRR1608502 4 0.1168 0.728 0.028 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR1608503 4 0.1168 0.728 0.028 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR1608504 4 0.1168 0.728 0.028 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR1608505 4 0.1168 0.728 0.028 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR1608510 2 0.3508 0.616 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1608511 2 0.3508 0.616 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1608512 2 0.3508 0.616 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1608513 2 0.3508 0.616 0.000 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1608506 4 0.2416 0.686 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608507 4 0.2416 0.686 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608508 4 0.2416 0.686 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608509 4 0.2416 0.686 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608514 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608515 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608516 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608517 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608518 2 0.1588 0.855 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608519 2 0.1588 0.855 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608520 2 0.1588 0.855 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608521 2 0.1588 0.855 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608522 2 0.3489 0.622 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1608523 2 0.3489 0.622 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1608524 2 0.3489 0.622 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1608525 2 0.3489 0.622 0.000 0.708 0.000 0.000 0.004 0.288
#> SRR1608526 2 0.3830 0.464 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1608527 2 0.3830 0.464 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1608528 2 0.3830 0.464 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1608529 2 0.3830 0.464 0.000 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1608530 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.2163 0.838 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1608535 2 0.2163 0.838 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1608536 2 0.2163 0.838 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1608537 2 0.2163 0.838 0.000 0.892 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1608538 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608539 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608540 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608541 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608542 4 0.4771 0.465 0.000 0.256 0.000 0.648 0.000 0.096
#> SRR1608543 4 0.4771 0.465 0.000 0.256 0.000 0.648 0.000 0.096
#> SRR1608544 4 0.4771 0.465 0.000 0.256 0.000 0.648 0.000 0.096
#> SRR1608545 4 0.4771 0.465 0.000 0.256 0.000 0.648 0.000 0.096
#> SRR1608546 2 0.3565 0.602 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1608547 2 0.3565 0.602 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1608548 2 0.3565 0.602 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1608549 2 0.3565 0.602 0.000 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1608550 2 0.4093 0.297 0.000 0.552 0.004 0.000 0.004 0.440
#> SRR1608551 2 0.4093 0.297 0.000 0.552 0.004 0.000 0.004 0.440
#> SRR1608552 2 0.4093 0.297 0.000 0.552 0.004 0.000 0.004 0.440
#> SRR1608553 2 0.4093 0.297 0.000 0.552 0.004 0.000 0.004 0.440
#> SRR1608554 2 0.4093 0.297 0.000 0.552 0.004 0.000 0.004 0.440
#> SRR1608555 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608556 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608557 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608558 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608559 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608560 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608561 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608562 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608563 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608564 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608565 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608566 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608567 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608568 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608574 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608575 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608576 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608577 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608578 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608569 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608570 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608571 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608572 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608573 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608584 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608585 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608586 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608587 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608588 2 0.0405 0.896 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608579 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608580 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608581 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608582 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608583 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608589 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608590 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608591 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608592 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608593 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608594 2 0.0146 0.896 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608595 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608596 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608597 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608598 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608599 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608604 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608605 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608606 2 0.0508 0.895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608607 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608608 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608609 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608610 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608611 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608612 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608613 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608614 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608615 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608616 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608617 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608618 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608619 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608620 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608621 3 0.3741 0.344 0.000 0.000 0.672 0.000 0.008 0.320
#> SRR1608622 3 0.3741 0.344 0.000 0.000 0.672 0.000 0.008 0.320
#> SRR1608623 3 0.3662 0.680 0.000 0.000 0.780 0.004 0.044 0.172
#> SRR1608624 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608625 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608626 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608627 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608628 6 0.4701 0.288 0.000 0.004 0.436 0.000 0.036 0.524
#> SRR1608629 6 0.4701 0.288 0.000 0.004 0.436 0.000 0.036 0.524
#> SRR1608630 6 0.4701 0.288 0.000 0.004 0.436 0.000 0.036 0.524
#> SRR1608634 5 0.6305 0.276 0.000 0.000 0.320 0.016 0.436 0.228
#> SRR1608635 5 0.6305 0.276 0.000 0.000 0.320 0.016 0.436 0.228
#> SRR1608636 5 0.6305 0.276 0.000 0.000 0.320 0.016 0.436 0.228
#> SRR1608637 5 0.6305 0.276 0.000 0.000 0.320 0.016 0.436 0.228
#> SRR1608631 3 0.0146 0.873 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608632 3 0.0146 0.873 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608633 3 0.0146 0.873 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608642 5 0.6169 0.254 0.000 0.000 0.336 0.008 0.428 0.228
#> SRR1608638 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608639 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608640 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608641 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608643 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.3091 0.723 0.000 0.000 0.824 0.004 0.024 0.148
#> SRR1608647 3 0.3091 0.723 0.000 0.000 0.824 0.004 0.024 0.148
#> SRR1608648 3 0.3091 0.723 0.000 0.000 0.824 0.004 0.024 0.148
#> SRR1608657 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608658 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608659 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608660 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608661 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608662 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608663 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608664 4 0.5292 0.557 0.000 0.000 0.000 0.600 0.180 0.220
#> SRR1608649 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608650 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608651 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608652 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608653 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608654 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608655 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608656 6 0.5745 0.807 0.000 0.112 0.112 0.084 0.016 0.676
#> SRR1608665 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0713 0.731 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608682 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608683 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608684 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608685 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608686 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608687 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608688 4 0.3352 0.692 0.000 0.000 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1608673 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608674 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608675 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608676 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608677 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608678 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608679 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608680 4 0.4337 0.157 0.000 0.480 0.000 0.500 0.000 0.020
#> SRR1608689 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608690 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608691 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608692 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608693 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608694 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608695 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608696 4 0.3835 0.673 0.000 0.000 0.000 0.748 0.048 0.204
#> SRR1608697 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608698 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608699 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608700 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608701 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608702 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608703 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608704 4 0.1411 0.719 0.060 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1608705 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608706 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608707 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608708 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608709 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608710 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608711 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608712 6 0.5457 0.808 0.000 0.112 0.112 0.084 0.004 0.688
#> SRR1608713 4 0.1714 0.718 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608714 4 0.1714 0.718 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608715 4 0.1714 0.718 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608716 6 0.5008 0.312 0.000 0.028 0.472 0.000 0.024 0.476
#> SRR1608717 6 0.5008 0.312 0.000 0.028 0.472 0.000 0.024 0.476
#> SRR1608718 6 0.5008 0.312 0.000 0.028 0.472 0.000 0.024 0.476
#> SRR1608719 6 0.5008 0.312 0.000 0.028 0.472 0.000 0.024 0.476
#> SRR1608724 3 0.3299 0.693 0.028 0.000 0.820 0.140 0.000 0.012
#> SRR1608725 3 0.3299 0.693 0.028 0.000 0.820 0.140 0.000 0.012
#> SRR1608726 3 0.3299 0.693 0.028 0.000 0.820 0.140 0.000 0.012
#> SRR1608727 3 0.3299 0.693 0.028 0.000 0.820 0.140 0.000 0.012
#> SRR1608720 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608721 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608722 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608723 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608728 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608729 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608730 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608731 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608732 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608733 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608734 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608735 5 0.6342 0.245 0.000 0.000 0.324 0.012 0.400 0.264
#> SRR1608736 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608737 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608738 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608739 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608740 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608741 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608742 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608743 3 0.1219 0.847 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608744 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608745 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608746 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608747 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608748 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608749 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608750 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608751 3 0.0260 0.870 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608752 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608753 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608754 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608755 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608764 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608765 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608766 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608767 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608768 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608769 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608770 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608771 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608756 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.873 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608773 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608774 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608775 5 0.6315 0.315 0.000 0.000 0.276 0.016 0.448 0.260
#> SRR1608776 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608777 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608778 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608779 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608780 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608782 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608783 3 0.4066 0.108 0.000 0.000 0.596 0.000 0.012 0.392
#> SRR1608784 3 0.3812 0.671 0.000 0.000 0.772 0.004 0.056 0.168
#> SRR1608785 3 0.3812 0.671 0.000 0.000 0.772 0.004 0.056 0.168
#> SRR1608786 3 0.3812 0.671 0.000 0.000 0.772 0.004 0.056 0.168
#> SRR1608787 3 0.3812 0.671 0.000 0.000 0.772 0.004 0.056 0.168
#> SRR1608788 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608789 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608790 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608791 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608792 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608793 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608794 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608795 1 0.4403 0.253 0.564 0.000 0.000 0.408 0.000 0.028
#> SRR1608796 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608797 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608798 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608799 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608800 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608801 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608802 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608803 1 0.2553 0.714 0.848 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608812 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608805 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608806 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608807 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608808 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608809 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608810 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608811 5 0.5296 -0.183 0.448 0.000 0.000 0.000 0.452 0.100
#> SRR1608822 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608831 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608832 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608833 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608834 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608835 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608836 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608837 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608847 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608848 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608849 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608850 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608851 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608852 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608853 1 0.4079 0.320 0.608 0.000 0.000 0.008 0.380 0.004
#> SRR1608854 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608855 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608856 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608857 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608858 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608859 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608860 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608861 1 0.1501 0.745 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608862 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608863 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608864 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608865 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608866 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608867 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608868 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608869 1 0.4903 0.198 0.472 0.000 0.000 0.000 0.468 0.060
#> SRR1608870 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608880 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608881 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608882 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608883 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608884 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608885 5 0.4095 -0.227 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR1608886 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608887 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608888 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608889 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608890 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608891 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608892 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608893 5 0.4698 -0.182 0.452 0.000 0.000 0.000 0.504 0.044
#> SRR1608894 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608903 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608904 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608905 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608906 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608907 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608908 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608909 1 0.4180 0.450 0.628 0.000 0.000 0.000 0.348 0.024
#> SRR1608910 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608911 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608912 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608913 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608914 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608915 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608916 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608917 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608918 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608919 5 0.2257 0.368 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876 0.000
#> SRR1608920 1 0.2020 0.733 0.896 0.000 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1608921 1 0.2020 0.733 0.896 0.000 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1608922 5 0.2178 0.349 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608923 5 0.2178 0.349 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.812 0.898 0.956 0.4874 0.507 0.507
#> 3 3 0.813 0.865 0.940 0.3351 0.809 0.636
#> 4 4 0.826 0.867 0.930 0.1083 0.924 0.786
#> 5 5 0.885 0.845 0.916 0.0483 0.969 0.889
#> 6 6 0.857 0.817 0.890 0.0225 0.985 0.943
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.2423 0.907 0.960 0.040
#> SRR1608495 1 0.2603 0.904 0.956 0.044
#> SRR1608496 1 0.2423 0.907 0.960 0.040
#> SRR1608497 1 0.2236 0.910 0.964 0.036
#> SRR1608498 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608503 1 0.2423 0.908 0.960 0.040
#> SRR1608504 1 0.2423 0.908 0.960 0.040
#> SRR1608505 1 0.2236 0.911 0.964 0.036
#> SRR1608510 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.7376 0.745 0.792 0.208
#> SRR1608507 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR1608508 1 0.7139 0.759 0.804 0.196
#> SRR1608509 1 0.6973 0.769 0.812 0.188
#> SRR1608514 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.6712 0.765 0.176 0.824
#> SRR1608585 2 0.6712 0.765 0.176 0.824
#> SRR1608586 2 0.6712 0.765 0.176 0.824
#> SRR1608587 2 0.6712 0.765 0.176 0.824
#> SRR1608588 2 0.6712 0.765 0.176 0.824
#> SRR1608579 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.1184 0.955 0.016 0.984
#> SRR1608590 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608604 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608605 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608606 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608607 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608620 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608623 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608635 1 0.9732 0.374 0.596 0.404
#> SRR1608636 1 0.9754 0.364 0.592 0.408
#> SRR1608637 1 0.9754 0.364 0.592 0.408
#> SRR1608631 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608642 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608638 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608646 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608647 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608648 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608657 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608658 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608659 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608660 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608661 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608662 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608663 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608664 1 0.9710 0.385 0.600 0.400
#> SRR1608649 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.8955 0.574 0.688 0.312
#> SRR1608682 1 0.8499 0.635 0.724 0.276
#> SRR1608683 1 0.8861 0.588 0.696 0.304
#> SRR1608684 1 0.8763 0.602 0.704 0.296
#> SRR1608685 1 0.8909 0.581 0.692 0.308
#> SRR1608686 1 0.8713 0.609 0.708 0.292
#> SRR1608687 1 0.8713 0.609 0.708 0.292
#> SRR1608688 1 0.8713 0.609 0.708 0.292
#> SRR1608673 2 0.9209 0.474 0.336 0.664
#> SRR1608674 2 0.8955 0.531 0.312 0.688
#> SRR1608675 2 0.8813 0.557 0.300 0.700
#> SRR1608676 2 0.8909 0.540 0.308 0.692
#> SRR1608677 2 0.9129 0.493 0.328 0.672
#> SRR1608678 2 0.9248 0.464 0.340 0.660
#> SRR1608679 2 0.9393 0.423 0.356 0.644
#> SRR1608680 2 0.9427 0.412 0.360 0.640
#> SRR1608689 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608690 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608691 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608692 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608693 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608694 2 0.6887 0.764 0.184 0.816
#> SRR1608695 2 0.6887 0.764 0.184 0.816
#> SRR1608696 2 0.6887 0.764 0.184 0.816
#> SRR1608697 1 0.1414 0.921 0.980 0.020
#> SRR1608698 1 0.1184 0.923 0.984 0.016
#> SRR1608699 1 0.1184 0.923 0.984 0.016
#> SRR1608700 1 0.1414 0.921 0.980 0.020
#> SRR1608701 1 0.1414 0.921 0.980 0.020
#> SRR1608702 1 0.1633 0.918 0.976 0.024
#> SRR1608703 1 0.1414 0.921 0.980 0.020
#> SRR1608704 1 0.1414 0.921 0.980 0.020
#> SRR1608705 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.5294 0.840 0.880 0.120
#> SRR1608714 1 0.4815 0.855 0.896 0.104
#> SRR1608715 1 0.4562 0.863 0.904 0.096
#> SRR1608716 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608724 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608725 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608726 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608727 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608728 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608729 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608730 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608731 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608732 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608733 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608734 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608735 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608736 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608744 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608745 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608746 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608747 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608748 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608749 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608750 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608751 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608752 2 0.6887 0.765 0.184 0.816
#> SRR1608753 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608754 2 0.6887 0.765 0.184 0.816
#> SRR1608755 2 0.6973 0.759 0.188 0.812
#> SRR1608764 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608765 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608766 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608767 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608768 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608769 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608770 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608771 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608756 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608772 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608773 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608774 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608775 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608784 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608785 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608786 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608787 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608789 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608790 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608791 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608792 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608793 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608794 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608795 1 0.1843 0.916 0.972 0.028
#> SRR1608796 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.9710 0.351 0.600 0.400
#> SRR1608805 1 0.9732 0.340 0.596 0.404
#> SRR1608806 1 0.9732 0.340 0.596 0.404
#> SRR1608807 1 0.9754 0.329 0.592 0.408
#> SRR1608808 1 0.9732 0.340 0.596 0.404
#> SRR1608809 1 0.9710 0.351 0.600 0.400
#> SRR1608810 1 0.9732 0.340 0.596 0.404
#> SRR1608811 1 0.9775 0.318 0.588 0.412
#> SRR1608822 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.1184 0.922 0.984 0.016
#> SRR1608821 1 0.1184 0.922 0.984 0.016
#> SRR1608830 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608863 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608864 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608865 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608866 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608867 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608868 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608869 1 0.0938 0.924 0.988 0.012
#> SRR1608870 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.930 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608492 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0237 0.965 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608494 1 0.6252 0.303 0.556 0.000 0.444
#> SRR1608495 1 0.6204 0.354 0.576 0.000 0.424
#> SRR1608496 1 0.6244 0.316 0.560 0.000 0.440
#> SRR1608497 1 0.6267 0.279 0.548 0.000 0.452
#> SRR1608498 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.5905 0.530 0.648 0.000 0.352
#> SRR1608503 1 0.5926 0.522 0.644 0.000 0.356
#> SRR1608504 1 0.6026 0.484 0.624 0.000 0.376
#> SRR1608505 1 0.5926 0.524 0.644 0.000 0.356
#> SRR1608510 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.2599 0.911 0.052 0.016 0.932
#> SRR1608507 3 0.2599 0.911 0.052 0.016 0.932
#> SRR1608508 3 0.2599 0.911 0.052 0.016 0.932
#> SRR1608509 3 0.2599 0.911 0.052 0.016 0.932
#> SRR1608514 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3879 0.813 0.000 0.848 0.152
#> SRR1608535 2 0.4121 0.792 0.000 0.832 0.168
#> SRR1608536 2 0.3941 0.808 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608537 2 0.4235 0.781 0.000 0.824 0.176
#> SRR1608538 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.1753 0.926 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608547 2 0.1753 0.926 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608548 2 0.1753 0.926 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608549 2 0.1753 0.926 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608550 2 0.6111 0.360 0.000 0.604 0.396
#> SRR1608551 2 0.6111 0.360 0.000 0.604 0.396
#> SRR1608552 2 0.6111 0.360 0.000 0.604 0.396
#> SRR1608553 2 0.6154 0.327 0.000 0.592 0.408
#> SRR1608554 2 0.6111 0.360 0.000 0.604 0.396
#> SRR1608555 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608634 3 0.6244 0.146 0.440 0.000 0.560
#> SRR1608635 3 0.6252 0.131 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608636 3 0.6215 0.188 0.428 0.000 0.572
#> SRR1608637 3 0.6204 0.202 0.424 0.000 0.576
#> SRR1608631 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608658 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608659 1 0.6330 0.397 0.600 0.004 0.396
#> SRR1608660 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608661 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608662 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608663 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608664 1 0.6126 0.393 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608649 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608650 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608651 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608652 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608653 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608654 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608655 3 0.0424 0.957 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608656 3 0.0592 0.955 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608665 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.5968 0.472 0.636 0.000 0.364
#> SRR1608682 1 0.5859 0.510 0.656 0.000 0.344
#> SRR1608683 1 0.5948 0.480 0.640 0.000 0.360
#> SRR1608684 1 0.5926 0.488 0.644 0.000 0.356
#> SRR1608685 1 0.5948 0.480 0.640 0.000 0.360
#> SRR1608686 1 0.5905 0.496 0.648 0.000 0.352
#> SRR1608687 1 0.5905 0.496 0.648 0.000 0.352
#> SRR1608688 1 0.5905 0.496 0.648 0.000 0.352
#> SRR1608673 3 0.5536 0.711 0.024 0.200 0.776
#> SRR1608674 3 0.5536 0.711 0.024 0.200 0.776
#> SRR1608675 3 0.5318 0.712 0.016 0.204 0.780
#> SRR1608676 3 0.5318 0.712 0.016 0.204 0.780
#> SRR1608677 3 0.5318 0.712 0.016 0.204 0.780
#> SRR1608678 3 0.5536 0.711 0.024 0.200 0.776
#> SRR1608679 3 0.5660 0.706 0.028 0.200 0.772
#> SRR1608680 3 0.5660 0.706 0.028 0.200 0.772
#> SRR1608689 3 0.2537 0.891 0.080 0.000 0.920
#> SRR1608690 3 0.2448 0.896 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608691 3 0.2448 0.896 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608692 3 0.2448 0.896 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608693 3 0.2356 0.900 0.072 0.000 0.928
#> SRR1608694 3 0.2165 0.908 0.064 0.000 0.936
#> SRR1608695 3 0.2165 0.908 0.064 0.000 0.936
#> SRR1608696 3 0.2448 0.896 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608697 1 0.4178 0.777 0.828 0.000 0.172
#> SRR1608698 1 0.3941 0.791 0.844 0.000 0.156
#> SRR1608699 1 0.3879 0.794 0.848 0.000 0.152
#> SRR1608700 1 0.4178 0.777 0.828 0.000 0.172
#> SRR1608701 1 0.4235 0.773 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608702 1 0.4235 0.773 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608703 1 0.4291 0.769 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608704 1 0.4235 0.773 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608705 3 0.1529 0.934 0.000 0.040 0.960
#> SRR1608706 3 0.1529 0.934 0.000 0.040 0.960
#> SRR1608707 3 0.2066 0.916 0.000 0.060 0.940
#> SRR1608708 3 0.1753 0.927 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608709 3 0.1643 0.931 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608710 3 0.1753 0.927 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608711 3 0.1289 0.940 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608712 3 0.1411 0.937 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608713 3 0.1860 0.918 0.052 0.000 0.948
#> SRR1608714 3 0.2066 0.910 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608715 3 0.2165 0.906 0.064 0.000 0.936
#> SRR1608716 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608717 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608718 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608719 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608752 3 0.2537 0.891 0.080 0.000 0.920
#> SRR1608753 3 0.2625 0.887 0.084 0.000 0.916
#> SRR1608754 3 0.2625 0.887 0.084 0.000 0.916
#> SRR1608755 3 0.2625 0.887 0.084 0.000 0.916
#> SRR1608764 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.962 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.4605 0.744 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608789 1 0.4654 0.740 0.792 0.000 0.208
#> SRR1608790 1 0.4605 0.744 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608791 1 0.4654 0.740 0.792 0.000 0.208
#> SRR1608792 1 0.4605 0.744 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608793 1 0.4555 0.749 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608794 1 0.4555 0.749 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608795 1 0.4555 0.749 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608796 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.9706 0.226 0.456 0.268 0.276
#> SRR1608805 1 0.9687 0.228 0.460 0.272 0.268
#> SRR1608806 1 0.9704 0.215 0.456 0.280 0.264
#> SRR1608807 1 0.9759 0.203 0.444 0.272 0.284
#> SRR1608808 1 0.9687 0.199 0.456 0.296 0.248
#> SRR1608809 1 0.9667 0.241 0.464 0.264 0.272
#> SRR1608810 1 0.9731 0.167 0.444 0.308 0.248
#> SRR1608811 1 0.9749 0.180 0.444 0.296 0.260
#> SRR1608822 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.2066 0.856 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608821 1 0.1753 0.863 0.952 0.000 0.048
#> SRR1608830 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.3340 0.819 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608863 1 0.3340 0.819 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608864 1 0.3412 0.816 0.876 0.000 0.124
#> SRR1608865 1 0.3340 0.819 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608866 1 0.3340 0.819 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608867 1 0.3340 0.819 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608868 1 0.3340 0.819 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608869 1 0.3412 0.816 0.876 0.000 0.124
#> SRR1608870 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0188 0.953 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0188 0.953 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608494 4 0.4012 0.853 0.016 0.000 0.184 0.800
#> SRR1608495 4 0.3937 0.852 0.012 0.000 0.188 0.800
#> SRR1608496 4 0.4012 0.853 0.016 0.000 0.184 0.800
#> SRR1608497 4 0.4012 0.853 0.016 0.000 0.184 0.800
#> SRR1608498 1 0.3907 0.777 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608499 1 0.3907 0.777 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608500 1 0.3907 0.777 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608501 1 0.3907 0.777 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608502 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608503 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608504 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608505 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608510 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.5988 0.420 0.040 0.012 0.640 0.308
#> SRR1608507 3 0.5683 0.429 0.024 0.012 0.648 0.316
#> SRR1608508 3 0.5967 0.430 0.040 0.012 0.644 0.304
#> SRR1608509 3 0.5863 0.448 0.036 0.012 0.652 0.300
#> SRR1608514 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0188 0.954 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608523 2 0.0188 0.954 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608524 2 0.0188 0.954 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608525 2 0.0188 0.954 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3688 0.704 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1608535 2 0.3837 0.681 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1608536 2 0.3726 0.699 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1608537 2 0.3907 0.669 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.1637 0.895 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608547 2 0.1637 0.895 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608548 2 0.1637 0.895 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608549 2 0.1637 0.895 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608550 2 0.4866 0.342 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1608551 2 0.4866 0.342 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1608552 2 0.4866 0.342 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1608553 2 0.4898 0.310 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1608554 2 0.4866 0.342 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.6917 0.393 0.208 0.000 0.592 0.200
#> SRR1608635 3 0.6946 0.385 0.212 0.000 0.588 0.200
#> SRR1608636 3 0.6823 0.416 0.196 0.000 0.604 0.200
#> SRR1608637 3 0.6790 0.423 0.192 0.000 0.608 0.200
#> SRR1608631 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.793 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.1854 0.883 0.000 0.012 0.940 0.048
#> SRR1608650 3 0.1452 0.895 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR1608651 3 0.1256 0.901 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR1608652 3 0.1888 0.884 0.000 0.016 0.940 0.044
#> SRR1608653 3 0.1807 0.882 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR1608654 3 0.1635 0.889 0.000 0.008 0.948 0.044
#> SRR1608655 3 0.1890 0.879 0.000 0.008 0.936 0.056
#> SRR1608656 3 0.1807 0.882 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR1608665 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608666 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608667 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608668 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608669 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608670 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608671 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608672 4 0.3610 0.787 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1608681 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608682 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608683 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608684 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608685 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608686 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608687 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608688 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608673 3 0.4284 0.695 0.020 0.200 0.780 0.000
#> SRR1608674 3 0.4284 0.695 0.020 0.200 0.780 0.000
#> SRR1608675 3 0.4098 0.697 0.012 0.204 0.784 0.000
#> SRR1608676 3 0.4098 0.697 0.012 0.204 0.784 0.000
#> SRR1608677 3 0.4098 0.697 0.012 0.204 0.784 0.000
#> SRR1608678 3 0.4284 0.695 0.020 0.200 0.780 0.000
#> SRR1608679 3 0.4387 0.691 0.024 0.200 0.776 0.000
#> SRR1608680 3 0.4387 0.691 0.024 0.200 0.776 0.000
#> SRR1608689 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608690 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608691 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608692 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608693 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608694 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608695 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608696 4 0.3610 0.849 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1608697 4 0.4290 0.825 0.164 0.000 0.036 0.800
#> SRR1608698 4 0.4290 0.825 0.164 0.000 0.036 0.800
#> SRR1608699 4 0.4332 0.827 0.160 0.000 0.040 0.800
#> SRR1608700 4 0.4370 0.830 0.156 0.000 0.044 0.800
#> SRR1608701 4 0.4290 0.825 0.164 0.000 0.036 0.800
#> SRR1608702 4 0.4290 0.825 0.164 0.000 0.036 0.800
#> SRR1608703 4 0.4290 0.825 0.164 0.000 0.036 0.800
#> SRR1608704 4 0.4290 0.825 0.164 0.000 0.036 0.800
#> SRR1608705 3 0.3674 0.803 0.000 0.044 0.852 0.104
#> SRR1608706 3 0.3734 0.798 0.000 0.044 0.848 0.108
#> SRR1608707 3 0.3679 0.809 0.000 0.060 0.856 0.084
#> SRR1608708 3 0.4015 0.780 0.000 0.052 0.832 0.116
#> SRR1608709 3 0.4070 0.768 0.000 0.044 0.824 0.132
#> SRR1608710 3 0.4206 0.759 0.000 0.048 0.816 0.136
#> SRR1608711 3 0.3842 0.781 0.000 0.036 0.836 0.128
#> SRR1608712 3 0.4139 0.756 0.000 0.040 0.816 0.144
#> SRR1608713 3 0.4661 0.411 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608714 3 0.4790 0.316 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1608715 3 0.4730 0.365 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608716 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608753 3 0.3649 0.721 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1608754 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608755 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608764 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608773 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608774 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608775 3 0.3610 0.724 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1608776 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0188 0.918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608790 1 0.0188 0.918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608791 1 0.0188 0.918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.6352 0.440 0.632 0.108 0.260 0.000
#> SRR1608805 1 0.6377 0.442 0.632 0.112 0.256 0.000
#> SRR1608806 1 0.6400 0.444 0.632 0.116 0.252 0.000
#> SRR1608807 1 0.6298 0.436 0.632 0.100 0.268 0.000
#> SRR1608808 1 0.6461 0.448 0.632 0.128 0.240 0.000
#> SRR1608809 1 0.6377 0.442 0.632 0.112 0.256 0.000
#> SRR1608810 1 0.6461 0.448 0.632 0.128 0.240 0.000
#> SRR1608811 1 0.6422 0.446 0.632 0.120 0.248 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608831 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608832 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608833 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608834 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608835 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608836 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608837 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608838 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608847 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608848 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608849 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608850 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608851 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608852 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608853 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608854 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608911 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608912 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608913 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608914 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608915 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608916 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608917 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608918 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608919 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608920 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608923 1 0.3610 0.804 0.800 0.000 0.000 0.200
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0162 0.9441 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0162 0.9441 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608502 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 5 0.4548 0.7260 0.124 0.000 0.124 0.000 0.752
#> SRR1608507 5 0.4457 0.7108 0.092 0.000 0.152 0.000 0.756
#> SRR1608508 5 0.4801 0.7004 0.148 0.000 0.124 0.000 0.728
#> SRR1608509 5 0.4743 0.7015 0.112 0.000 0.156 0.000 0.732
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0771 0.9324 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608523 2 0.0865 0.9297 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608524 2 0.0771 0.9324 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608525 2 0.0771 0.9324 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608526 2 0.1478 0.9004 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608527 2 0.1410 0.9037 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1608528 2 0.1478 0.9004 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608529 2 0.1478 0.9004 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4163 0.5668 0.000 0.740 0.228 0.000 0.032
#> SRR1608535 2 0.4354 0.5103 0.000 0.712 0.256 0.000 0.032
#> SRR1608536 2 0.4221 0.5512 0.000 0.732 0.236 0.000 0.032
#> SRR1608537 2 0.4380 0.5009 0.000 0.708 0.260 0.000 0.032
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608543 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608544 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608545 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608546 2 0.1908 0.8754 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608547 2 0.1908 0.8754 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608548 2 0.1908 0.8754 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608549 2 0.1908 0.8754 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608550 2 0.6326 0.0672 0.000 0.492 0.336 0.000 0.172
#> SRR1608551 2 0.6326 0.0672 0.000 0.492 0.336 0.000 0.172
#> SRR1608552 2 0.6336 0.0544 0.000 0.488 0.340 0.000 0.172
#> SRR1608553 2 0.6336 0.0544 0.000 0.488 0.340 0.000 0.172
#> SRR1608554 2 0.6326 0.0672 0.000 0.492 0.336 0.000 0.172
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0162 0.9452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608585 2 0.0162 0.9452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608586 2 0.0162 0.9452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608587 2 0.0162 0.9452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608588 2 0.0162 0.9452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9475 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608608 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608609 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608610 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608611 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608612 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608613 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608614 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608615 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608616 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608617 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608618 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608619 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608620 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608621 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608622 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608623 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608624 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608625 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608626 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608627 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608628 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608629 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608630 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608634 3 0.1043 0.1161 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.1043 0.1160 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0794 0.1404 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0609 0.1561 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608632 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608633 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608642 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608638 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608639 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608640 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608641 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608643 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608644 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608645 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608646 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608647 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608648 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608657 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 3 0.6745 0.4736 0.008 0.188 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608674 3 0.6745 0.4736 0.008 0.188 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608675 3 0.6658 0.4707 0.004 0.192 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608676 3 0.6658 0.4707 0.004 0.192 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608677 3 0.6658 0.4707 0.004 0.192 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608678 3 0.6745 0.4736 0.008 0.188 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608679 3 0.6745 0.4736 0.008 0.188 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608680 3 0.6745 0.4736 0.008 0.188 0.404 0.000 0.400
#> SRR1608689 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608705 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608706 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608707 5 0.0162 0.8827 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608708 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608709 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608710 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608711 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608712 5 0.0000 0.8881 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608713 5 0.5993 0.4527 0.000 0.000 0.172 0.248 0.580
#> SRR1608714 5 0.6072 0.4912 0.000 0.000 0.156 0.292 0.552
#> SRR1608715 5 0.5952 0.4705 0.000 0.000 0.164 0.252 0.584
#> SRR1608716 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608717 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608718 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608719 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608724 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608725 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608726 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608727 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608720 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608721 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608722 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608723 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608728 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608729 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608730 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608731 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608732 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608733 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608734 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608735 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608736 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608737 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608738 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608739 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608740 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608741 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608742 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608743 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608744 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608745 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608746 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608747 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608748 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608749 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608750 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608751 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608752 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608765 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608766 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608767 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608768 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608769 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608770 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608771 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608756 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608757 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608758 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608759 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608760 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608761 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608762 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608763 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608772 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.1950 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608777 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608778 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608779 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608780 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608782 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608783 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608784 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608785 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608786 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608787 3 0.4182 0.8958 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608788 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.3109 0.6385 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.8890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.4182 0.6320 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0146 0.9294 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0146 0.9294 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.1528 0.6041 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608499 1 0.1528 0.6041 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608500 1 0.1528 0.6041 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608501 1 0.1528 0.6041 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608502 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608503 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608504 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608505 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608510 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608511 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608512 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608513 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608506 6 0.5112 0.3751 0.000 0.000 0.400 0.000 0.084 0.516
#> SRR1608507 6 0.4947 0.2679 0.000 0.000 0.456 0.000 0.064 0.480
#> SRR1608508 6 0.5166 0.3854 0.000 0.000 0.384 0.000 0.092 0.524
#> SRR1608509 6 0.5069 0.2883 0.000 0.000 0.440 0.000 0.076 0.484
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608519 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608520 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608521 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608522 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608523 2 0.1531 0.8967 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1608524 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608525 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608526 2 0.1531 0.8966 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1608527 2 0.1531 0.8966 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1608528 2 0.1531 0.8966 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1608529 2 0.1531 0.8966 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4354 0.4838 0.000 0.692 0.240 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608535 2 0.4487 0.4237 0.000 0.668 0.264 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608536 2 0.4400 0.4645 0.000 0.684 0.248 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608537 2 0.4507 0.4128 0.000 0.664 0.268 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608543 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608544 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608545 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608546 2 0.1745 0.8910 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1608547 2 0.1745 0.8910 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1608548 2 0.1745 0.8910 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1608549 2 0.1745 0.8910 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1608550 2 0.6072 -0.0192 0.000 0.496 0.364 0.000 0.068 0.072
#> SRR1608551 2 0.6072 -0.0192 0.000 0.496 0.364 0.000 0.068 0.072
#> SRR1608552 2 0.6078 -0.0327 0.000 0.492 0.368 0.000 0.068 0.072
#> SRR1608553 2 0.6078 -0.0327 0.000 0.492 0.368 0.000 0.068 0.072
#> SRR1608554 2 0.6072 -0.0192 0.000 0.496 0.364 0.000 0.068 0.072
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0146 0.9303 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608585 2 0.0146 0.9303 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608586 2 0.0146 0.9303 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608587 2 0.0146 0.9303 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608588 2 0.0146 0.9303 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.1387 0.8989 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0146 0.9309 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608620 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608621 3 0.0146 0.8617 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608622 3 0.0146 0.8617 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608623 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.5772 0.2021 0.276 0.000 0.556 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608635 3 0.5772 0.2022 0.276 0.000 0.556 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608636 3 0.5705 0.2397 0.260 0.000 0.572 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608637 3 0.5688 0.2489 0.256 0.000 0.576 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608631 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608638 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608639 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608640 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608641 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608643 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608647 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608648 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608649 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608650 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608651 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608652 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608653 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608654 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608655 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608656 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608665 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608666 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608667 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608668 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608669 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608670 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608671 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608672 4 0.1267 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608673 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608674 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608675 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608676 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608677 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608678 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608679 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608680 5 0.5548 1.0000 0.000 0.136 0.400 0.000 0.464 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.9703 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608698 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608699 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608700 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608701 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608702 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608703 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608704 4 0.2003 0.9208 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608705 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608706 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608707 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608708 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608709 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608710 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608711 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608712 6 0.3126 0.8702 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608713 3 0.5703 -0.3208 0.000 0.000 0.540 0.268 0.004 0.188
#> SRR1608714 3 0.5866 -0.3795 0.000 0.000 0.488 0.320 0.004 0.188
#> SRR1608715 3 0.5742 -0.3358 0.000 0.000 0.532 0.272 0.004 0.192
#> SRR1608716 3 0.0790 0.8279 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608717 3 0.0632 0.8386 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608718 3 0.0713 0.8333 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608719 3 0.0790 0.8279 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608724 3 0.0458 0.8470 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0458 0.8470 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0458 0.8470 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0458 0.8470 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608753 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608754 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608755 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608764 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608765 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608766 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608767 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608768 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608769 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608770 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608771 3 0.2821 0.6892 0.000 0.000 0.832 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608756 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608773 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608774 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608775 3 0.5650 0.2661 0.248 0.000 0.584 0.000 0.016 0.152
#> SRR1608776 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608785 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608786 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608787 3 0.0458 0.8547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608788 1 0.4400 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.376 0.032
#> SRR1608789 1 0.4400 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.376 0.032
#> SRR1608790 1 0.4283 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.384 0.024
#> SRR1608791 1 0.4219 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.388 0.020
#> SRR1608792 1 0.4283 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.384 0.024
#> SRR1608793 1 0.4400 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.376 0.032
#> SRR1608794 1 0.4504 0.8620 0.592 0.000 0.000 0.000 0.368 0.040
#> SRR1608795 1 0.4400 0.8623 0.592 0.000 0.000 0.000 0.376 0.032
#> SRR1608796 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608797 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608798 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608799 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608800 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608801 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608802 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608803 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608812 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608814 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608815 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608816 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608817 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608818 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608819 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608804 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608805 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608806 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608807 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608808 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608809 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608810 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608811 1 0.7018 0.6383 0.432 0.000 0.184 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608822 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608823 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608824 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608825 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608826 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608827 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608828 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608829 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608820 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608821 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608830 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608839 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608840 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608841 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608842 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608843 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608844 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608845 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608846 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608847 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608848 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608849 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608850 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608851 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608852 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608853 1 0.0632 0.6550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608854 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608855 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608856 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608857 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608858 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608859 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608860 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608861 1 0.3717 0.8617 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608862 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608863 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608864 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608865 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608866 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608867 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608868 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608869 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608870 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608871 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608872 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608873 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608874 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608875 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608876 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608877 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608878 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608880 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608881 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608882 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608883 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608884 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608885 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608886 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608887 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608888 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608889 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608890 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608891 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608892 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608893 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608894 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608895 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608896 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608897 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608898 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608899 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608901 1 0.3774 0.8611 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1608902 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608903 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608904 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608905 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608906 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608907 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608908 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608909 1 0.4922 0.8529 0.616 0.000 0.000 0.000 0.288 0.096
#> SRR1608910 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608921 1 0.4763 0.8602 0.592 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064
#> SRR1608922 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.6540 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.335 0.687 0.844 0.4790 0.500 0.500
#> 3 3 0.508 0.764 0.864 0.3420 0.707 0.482
#> 4 4 0.628 0.667 0.783 0.1310 0.824 0.540
#> 5 5 0.690 0.526 0.762 0.0741 0.866 0.551
#> 6 6 0.712 0.627 0.757 0.0436 0.920 0.657
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608491 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608492 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608493 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608494 1 0.9795 0.4624 0.584 0.416
#> SRR1608495 1 0.9795 0.4624 0.584 0.416
#> SRR1608496 1 0.9795 0.4624 0.584 0.416
#> SRR1608497 1 0.9795 0.4624 0.584 0.416
#> SRR1608498 1 0.9881 0.3666 0.564 0.436
#> SRR1608499 1 0.9881 0.3666 0.564 0.436
#> SRR1608500 1 0.9896 0.3569 0.560 0.440
#> SRR1608501 1 0.9881 0.3666 0.564 0.436
#> SRR1608502 1 0.9988 0.3241 0.520 0.480
#> SRR1608503 1 0.9988 0.3241 0.520 0.480
#> SRR1608504 1 0.9988 0.3241 0.520 0.480
#> SRR1608505 1 0.9983 0.3351 0.524 0.476
#> SRR1608510 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608511 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608512 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608513 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608506 2 0.7453 0.7064 0.212 0.788
#> SRR1608507 2 0.7528 0.7110 0.216 0.784
#> SRR1608508 2 0.7376 0.7132 0.208 0.792
#> SRR1608509 2 0.7883 0.6621 0.236 0.764
#> SRR1608514 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608515 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608516 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608517 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608518 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608519 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608520 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608521 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608522 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608523 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608524 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608525 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608526 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608527 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608528 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608529 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608530 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608531 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608532 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608533 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608534 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608535 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608536 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608537 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608538 2 0.4690 0.8307 0.100 0.900
#> SRR1608539 2 0.4690 0.8307 0.100 0.900
#> SRR1608540 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608541 2 0.4690 0.8307 0.100 0.900
#> SRR1608542 2 0.3431 0.8322 0.064 0.936
#> SRR1608543 2 0.3431 0.8322 0.064 0.936
#> SRR1608544 2 0.3274 0.8324 0.060 0.940
#> SRR1608545 2 0.3274 0.8324 0.060 0.940
#> SRR1608546 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608547 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608548 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608549 2 0.2236 0.8325 0.036 0.964
#> SRR1608550 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608556 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608557 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608558 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608559 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608560 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608561 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608562 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608563 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608564 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608565 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608566 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608567 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608568 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608574 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608575 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608576 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608577 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608578 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608569 2 0.6712 0.7976 0.176 0.824
#> SRR1608570 2 0.6712 0.7976 0.176 0.824
#> SRR1608571 2 0.6712 0.7976 0.176 0.824
#> SRR1608572 2 0.6712 0.7976 0.176 0.824
#> SRR1608573 2 0.6712 0.7976 0.176 0.824
#> SRR1608584 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608585 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608586 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608587 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608588 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608579 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608580 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608581 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608582 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608583 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608589 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608590 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608591 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608592 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608593 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608594 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608595 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608596 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608597 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608598 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608599 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608600 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608601 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608602 2 0.6801 0.7952 0.180 0.820
#> SRR1608603 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608604 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608605 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608606 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608607 2 0.5408 0.7549 0.124 0.876
#> SRR1608608 2 0.5294 0.7593 0.120 0.880
#> SRR1608609 2 0.5519 0.7504 0.128 0.872
#> SRR1608610 2 0.5294 0.7593 0.120 0.880
#> SRR1608611 2 0.5629 0.7457 0.132 0.868
#> SRR1608612 2 0.5629 0.7457 0.132 0.868
#> SRR1608613 2 0.7056 0.6597 0.192 0.808
#> SRR1608614 2 0.7056 0.6597 0.192 0.808
#> SRR1608615 2 0.7056 0.6597 0.192 0.808
#> SRR1608616 2 0.7056 0.6597 0.192 0.808
#> SRR1608617 2 0.7056 0.6597 0.192 0.808
#> SRR1608618 2 0.7056 0.6597 0.192 0.808
#> SRR1608619 1 0.9993 0.3872 0.516 0.484
#> SRR1608620 1 0.9993 0.3872 0.516 0.484
#> SRR1608621 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608622 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608623 1 0.9983 0.4074 0.524 0.476
#> SRR1608624 2 0.1633 0.8208 0.024 0.976
#> SRR1608625 2 0.1633 0.8208 0.024 0.976
#> SRR1608626 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608627 2 0.1633 0.8208 0.024 0.976
#> SRR1608628 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608629 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608630 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608634 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608635 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608636 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608637 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608631 2 0.4298 0.7881 0.088 0.912
#> SRR1608632 2 0.4298 0.7881 0.088 0.912
#> SRR1608633 2 0.4298 0.7881 0.088 0.912
#> SRR1608642 1 0.9993 0.3877 0.516 0.484
#> SRR1608638 2 0.9635 0.0390 0.388 0.612
#> SRR1608639 2 0.9608 0.0563 0.384 0.616
#> SRR1608640 2 0.9608 0.0563 0.384 0.616
#> SRR1608641 2 0.9608 0.0563 0.384 0.616
#> SRR1608643 2 0.4562 0.7819 0.096 0.904
#> SRR1608644 2 0.4562 0.7819 0.096 0.904
#> SRR1608645 2 0.4562 0.7819 0.096 0.904
#> SRR1608646 2 0.9909 -0.1603 0.444 0.556
#> SRR1608647 2 0.9922 -0.1758 0.448 0.552
#> SRR1608648 2 0.9954 -0.2205 0.460 0.540
#> SRR1608657 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608658 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608659 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608660 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608661 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608662 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608663 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608664 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608649 2 0.4939 0.7856 0.108 0.892
#> SRR1608650 2 0.4815 0.7892 0.104 0.896
#> SRR1608651 2 0.4690 0.7926 0.100 0.900
#> SRR1608652 2 0.4815 0.7892 0.104 0.896
#> SRR1608653 2 0.4939 0.7856 0.108 0.892
#> SRR1608654 2 0.4690 0.7926 0.100 0.900
#> SRR1608655 2 0.4939 0.7856 0.108 0.892
#> SRR1608656 2 0.4939 0.7856 0.108 0.892
#> SRR1608665 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608666 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608667 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608668 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608669 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608670 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608671 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608672 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608681 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608682 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608683 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608684 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608685 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608686 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608687 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608688 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608673 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608674 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608675 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608676 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608677 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608678 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608679 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608680 2 0.4562 0.8317 0.096 0.904
#> SRR1608689 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608690 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608691 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608692 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608693 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608694 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608695 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608696 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608697 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608698 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608699 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608700 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608701 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608702 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608703 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608704 1 0.7950 0.6637 0.760 0.240
#> SRR1608705 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.9580 0.5160 0.620 0.380
#> SRR1608714 1 0.9580 0.5160 0.620 0.380
#> SRR1608715 1 0.9580 0.5160 0.620 0.380
#> SRR1608716 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.8214 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.9983 0.4074 0.524 0.476
#> SRR1608725 1 0.9983 0.4074 0.524 0.476
#> SRR1608726 1 0.9983 0.4074 0.524 0.476
#> SRR1608727 1 0.9983 0.4074 0.524 0.476
#> SRR1608720 2 0.6343 0.7091 0.160 0.840
#> SRR1608721 2 0.6343 0.7091 0.160 0.840
#> SRR1608722 2 0.6343 0.7091 0.160 0.840
#> SRR1608723 2 0.6343 0.7091 0.160 0.840
#> SRR1608728 1 1.0000 0.3554 0.504 0.496
#> SRR1608729 2 1.0000 -0.3501 0.500 0.500
#> SRR1608730 1 1.0000 0.3554 0.504 0.496
#> SRR1608731 1 1.0000 0.3440 0.500 0.500
#> SRR1608732 1 1.0000 0.3440 0.500 0.500
#> SRR1608733 2 1.0000 -0.3501 0.500 0.500
#> SRR1608734 2 1.0000 -0.3501 0.500 0.500
#> SRR1608735 2 1.0000 -0.3501 0.500 0.500
#> SRR1608736 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608737 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608738 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608739 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608740 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608741 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608742 2 0.1414 0.8217 0.020 0.980
#> SRR1608743 2 0.1633 0.8208 0.024 0.976
#> SRR1608744 2 0.6712 0.6854 0.176 0.824
#> SRR1608745 2 0.6712 0.6856 0.176 0.824
#> SRR1608746 2 0.6531 0.6977 0.168 0.832
#> SRR1608747 2 0.6973 0.6655 0.188 0.812
#> SRR1608748 2 0.6887 0.6725 0.184 0.816
#> SRR1608749 2 0.6712 0.6856 0.176 0.824
#> SRR1608750 2 0.6712 0.6856 0.176 0.824
#> SRR1608751 2 0.6712 0.6856 0.176 0.824
#> SRR1608752 1 0.9963 0.4314 0.536 0.464
#> SRR1608753 1 0.9963 0.4314 0.536 0.464
#> SRR1608754 1 0.9963 0.4314 0.536 0.464
#> SRR1608755 1 0.9963 0.4314 0.536 0.464
#> SRR1608764 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608765 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608766 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608767 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608768 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608769 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608770 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608771 1 0.9970 0.4241 0.532 0.468
#> SRR1608756 2 0.5059 0.7678 0.112 0.888
#> SRR1608757 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608758 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608759 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608760 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608761 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608762 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608763 2 0.4815 0.7751 0.104 0.896
#> SRR1608772 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608773 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608774 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608775 1 0.9977 0.4254 0.528 0.472
#> SRR1608776 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608777 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608778 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608779 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608780 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608782 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608783 2 0.0938 0.8225 0.012 0.988
#> SRR1608784 1 0.9988 0.3981 0.520 0.480
#> SRR1608785 1 0.9988 0.3981 0.520 0.480
#> SRR1608786 1 0.9988 0.3981 0.520 0.480
#> SRR1608787 1 0.9988 0.3981 0.520 0.480
#> SRR1608788 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608789 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608790 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608791 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608792 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608793 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608794 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608795 1 0.3114 0.7531 0.944 0.056
#> SRR1608796 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608797 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608798 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608799 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608800 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608801 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608802 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608803 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608812 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608805 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608806 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608807 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608808 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608809 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608810 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608811 1 0.7453 0.5251 0.788 0.212
#> SRR1608822 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.1633 0.7656 0.976 0.024
#> SRR1608831 1 0.1633 0.7656 0.976 0.024
#> SRR1608832 1 0.1633 0.7656 0.976 0.024
#> SRR1608833 1 0.1414 0.7674 0.980 0.020
#> SRR1608834 1 0.1633 0.7656 0.976 0.024
#> SRR1608835 1 0.1633 0.7656 0.976 0.024
#> SRR1608836 1 0.1633 0.7656 0.976 0.024
#> SRR1608837 1 0.1414 0.7674 0.980 0.020
#> SRR1608838 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608847 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608848 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608849 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608850 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608851 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608852 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608853 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608854 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608880 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608881 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608882 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608883 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608884 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608885 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608886 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608887 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608888 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608889 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608890 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608891 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608892 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608893 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608894 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.7725 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608911 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608912 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608913 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608914 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608915 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608916 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608917 1 0.0672 0.7720 0.992 0.008
#> SRR1608918 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608919 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608920 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608921 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608922 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
#> SRR1608923 1 0.0376 0.7730 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.7948 0.304 0.520 0.420 0.060
#> SRR1608495 1 0.7948 0.304 0.520 0.420 0.060
#> SRR1608496 1 0.7948 0.304 0.520 0.420 0.060
#> SRR1608497 1 0.7876 0.300 0.520 0.424 0.056
#> SRR1608498 2 0.7767 0.015 0.412 0.536 0.052
#> SRR1608499 2 0.7767 0.015 0.412 0.536 0.052
#> SRR1608500 2 0.7767 0.015 0.412 0.536 0.052
#> SRR1608501 2 0.7767 0.015 0.412 0.536 0.052
#> SRR1608502 1 0.7807 0.286 0.516 0.432 0.052
#> SRR1608503 1 0.7807 0.286 0.516 0.432 0.052
#> SRR1608504 1 0.7807 0.286 0.516 0.432 0.052
#> SRR1608505 1 0.7807 0.286 0.516 0.432 0.052
#> SRR1608510 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608511 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608512 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608513 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608506 2 0.7295 0.165 0.380 0.584 0.036
#> SRR1608507 2 0.7279 0.178 0.376 0.588 0.036
#> SRR1608508 2 0.7279 0.178 0.376 0.588 0.036
#> SRR1608509 2 0.7311 0.151 0.384 0.580 0.036
#> SRR1608514 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.1643 0.903 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608519 2 0.1643 0.903 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608520 2 0.1643 0.903 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608521 2 0.1643 0.903 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608522 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608523 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608524 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608525 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608526 2 0.2711 0.871 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608527 2 0.2711 0.871 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608528 2 0.2711 0.871 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608529 2 0.2711 0.871 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608530 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0424 0.918 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608535 2 0.0424 0.918 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608536 2 0.0424 0.918 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608537 2 0.0424 0.918 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608538 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.5000 0.761 0.124 0.832 0.044
#> SRR1608543 2 0.5000 0.761 0.124 0.832 0.044
#> SRR1608544 2 0.5000 0.761 0.124 0.832 0.044
#> SRR1608545 2 0.5000 0.761 0.124 0.832 0.044
#> SRR1608546 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608547 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608548 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608549 2 0.3192 0.853 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608550 2 0.5560 0.570 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608551 2 0.5621 0.552 0.000 0.692 0.308
#> SRR1608552 2 0.5497 0.587 0.000 0.708 0.292
#> SRR1608553 2 0.5591 0.561 0.000 0.696 0.304
#> SRR1608554 2 0.5529 0.579 0.000 0.704 0.296
#> SRR1608555 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.1411 0.907 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608590 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.1163 0.910 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608604 2 0.1163 0.910 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608605 2 0.1163 0.910 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608606 2 0.1163 0.910 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608607 3 0.1289 0.838 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608608 3 0.1289 0.838 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608609 3 0.1289 0.838 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608610 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608611 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608612 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608613 3 0.1751 0.837 0.012 0.028 0.960
#> SRR1608614 3 0.1751 0.837 0.012 0.028 0.960
#> SRR1608615 3 0.1751 0.837 0.012 0.028 0.960
#> SRR1608616 3 0.1751 0.837 0.012 0.028 0.960
#> SRR1608617 3 0.1751 0.837 0.012 0.028 0.960
#> SRR1608618 3 0.1751 0.837 0.012 0.028 0.960
#> SRR1608619 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608620 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608621 3 0.1289 0.838 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608622 3 0.1289 0.838 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608623 3 0.5408 0.791 0.136 0.052 0.812
#> SRR1608624 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608625 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608626 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608627 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608628 3 0.3116 0.811 0.000 0.108 0.892
#> SRR1608629 3 0.3116 0.811 0.000 0.108 0.892
#> SRR1608630 3 0.3116 0.811 0.000 0.108 0.892
#> SRR1608634 3 0.8546 0.624 0.136 0.276 0.588
#> SRR1608635 3 0.8546 0.624 0.136 0.276 0.588
#> SRR1608636 3 0.8546 0.624 0.136 0.276 0.588
#> SRR1608637 3 0.8546 0.624 0.136 0.276 0.588
#> SRR1608631 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608632 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608633 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608642 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608638 3 0.6792 0.777 0.132 0.124 0.744
#> SRR1608639 3 0.6792 0.777 0.132 0.124 0.744
#> SRR1608640 3 0.6792 0.777 0.132 0.124 0.744
#> SRR1608641 3 0.6662 0.780 0.128 0.120 0.752
#> SRR1608643 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608644 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608645 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608646 3 0.5793 0.796 0.116 0.084 0.800
#> SRR1608647 3 0.5793 0.796 0.116 0.084 0.800
#> SRR1608648 3 0.5874 0.795 0.116 0.088 0.796
#> SRR1608657 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608658 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608659 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608660 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608661 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608662 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608663 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608664 3 0.8625 0.605 0.136 0.288 0.576
#> SRR1608649 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608650 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608651 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608652 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608653 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608654 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608655 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608656 3 0.1411 0.836 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608665 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608666 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608667 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608668 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608669 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608670 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608671 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608672 1 0.7801 0.297 0.520 0.428 0.052
#> SRR1608681 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608682 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608683 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608684 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608685 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608686 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608687 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608688 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608673 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608674 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608675 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608676 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608677 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608678 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608679 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608680 2 0.0661 0.917 0.004 0.988 0.008
#> SRR1608689 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608690 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608691 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608692 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608693 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608694 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608695 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608696 3 0.8573 0.619 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608697 1 0.7534 0.302 0.532 0.428 0.040
#> SRR1608698 1 0.7534 0.302 0.532 0.428 0.040
#> SRR1608699 1 0.7534 0.302 0.532 0.428 0.040
#> SRR1608700 1 0.7534 0.302 0.532 0.428 0.040
#> SRR1608701 1 0.7534 0.302 0.532 0.428 0.040
#> SRR1608702 1 0.7627 0.301 0.528 0.428 0.044
#> SRR1608703 1 0.7534 0.302 0.532 0.428 0.040
#> SRR1608704 1 0.7627 0.301 0.528 0.428 0.044
#> SRR1608705 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608706 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608707 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608708 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608709 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608710 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608711 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608712 3 0.1643 0.834 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608713 1 0.7814 0.279 0.512 0.436 0.052
#> SRR1608714 1 0.7814 0.279 0.512 0.436 0.052
#> SRR1608715 1 0.7814 0.279 0.512 0.436 0.052
#> SRR1608716 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608717 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608718 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608719 3 0.1411 0.837 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608724 3 0.7595 0.716 0.136 0.176 0.688
#> SRR1608725 3 0.7545 0.720 0.136 0.172 0.692
#> SRR1608726 3 0.7595 0.716 0.136 0.176 0.688
#> SRR1608727 3 0.7595 0.716 0.136 0.176 0.688
#> SRR1608720 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608721 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608722 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608723 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608728 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608729 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608730 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608731 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608732 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608733 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608734 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608735 3 0.6726 0.779 0.120 0.132 0.748
#> SRR1608736 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608737 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608738 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608739 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608740 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608741 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608742 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608743 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608744 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608745 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608746 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608747 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608748 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608749 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608750 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608751 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608752 3 0.6918 0.772 0.136 0.128 0.736
#> SRR1608753 3 0.6918 0.772 0.136 0.128 0.736
#> SRR1608754 3 0.6918 0.772 0.136 0.128 0.736
#> SRR1608755 3 0.6918 0.772 0.136 0.128 0.736
#> SRR1608764 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608765 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608766 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608767 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608768 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608769 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608770 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608771 3 0.6721 0.775 0.136 0.116 0.748
#> SRR1608756 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608757 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608758 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608759 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608760 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608761 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608762 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608763 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608772 3 0.7043 0.767 0.136 0.136 0.728
#> SRR1608773 3 0.7104 0.764 0.136 0.140 0.724
#> SRR1608774 3 0.6981 0.770 0.136 0.132 0.732
#> SRR1608775 3 0.7043 0.767 0.136 0.136 0.728
#> SRR1608776 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608777 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608778 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608779 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608780 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608782 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608783 3 0.1163 0.838 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608784 3 0.5094 0.791 0.136 0.040 0.824
#> SRR1608785 3 0.5202 0.791 0.136 0.044 0.820
#> SRR1608786 3 0.5094 0.791 0.136 0.040 0.824
#> SRR1608787 3 0.5202 0.791 0.136 0.044 0.820
#> SRR1608788 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608789 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608790 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608791 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608792 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608793 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608794 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608795 1 0.7067 0.390 0.596 0.376 0.028
#> SRR1608796 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608797 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608798 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608799 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608800 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608801 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608802 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608803 1 0.3039 0.821 0.920 0.036 0.044
#> SRR1608812 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608814 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608815 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608816 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608817 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608818 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608819 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608804 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608805 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608806 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608807 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608808 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608809 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608810 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608811 1 0.4782 0.735 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608822 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608823 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608824 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608825 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608826 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608827 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608828 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608829 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608820 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608821 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608830 1 0.6383 0.696 0.768 0.104 0.128
#> SRR1608831 1 0.6383 0.696 0.768 0.104 0.128
#> SRR1608832 1 0.6383 0.696 0.768 0.104 0.128
#> SRR1608833 1 0.6383 0.696 0.768 0.104 0.128
#> SRR1608834 1 0.6181 0.712 0.780 0.104 0.116
#> SRR1608835 1 0.6448 0.690 0.764 0.104 0.132
#> SRR1608836 1 0.6383 0.696 0.768 0.104 0.128
#> SRR1608837 1 0.6111 0.717 0.784 0.104 0.112
#> SRR1608838 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608839 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608840 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608841 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608842 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608843 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608844 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608845 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608846 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608847 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608848 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608849 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608850 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608851 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608852 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608853 1 0.4636 0.790 0.852 0.104 0.044
#> SRR1608854 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608863 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608864 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608865 1 0.1860 0.803 0.948 0.052 0.000
#> SRR1608866 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608867 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608868 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608869 1 0.1753 0.806 0.952 0.048 0.000
#> SRR1608870 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608871 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608872 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608873 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608874 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608875 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608876 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608877 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608878 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608880 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608881 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608882 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608883 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608884 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608885 1 0.2689 0.821 0.932 0.036 0.032
#> SRR1608886 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608895 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608896 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608897 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608898 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608899 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608901 1 0.0592 0.831 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608902 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608911 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608912 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608913 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608914 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608915 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608916 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608917 1 0.4295 0.789 0.864 0.104 0.032
#> SRR1608918 1 0.4217 0.792 0.868 0.100 0.032
#> SRR1608919 1 0.4217 0.792 0.868 0.100 0.032
#> SRR1608920 1 0.3267 0.819 0.912 0.044 0.044
#> SRR1608921 1 0.3375 0.818 0.908 0.048 0.044
#> SRR1608922 1 0.4056 0.797 0.876 0.092 0.032
#> SRR1608923 1 0.4056 0.797 0.876 0.092 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608491 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608492 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608493 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608494 4 0.7978 0.5642 0.104 0.232 0.088 0.576
#> SRR1608495 4 0.7893 0.5595 0.104 0.236 0.080 0.580
#> SRR1608496 4 0.7949 0.5615 0.104 0.236 0.084 0.576
#> SRR1608497 4 0.7893 0.5595 0.104 0.236 0.080 0.580
#> SRR1608498 4 0.4630 0.5432 0.000 0.252 0.016 0.732
#> SRR1608499 4 0.4630 0.5432 0.000 0.252 0.016 0.732
#> SRR1608500 4 0.4630 0.5432 0.000 0.252 0.016 0.732
#> SRR1608501 4 0.4630 0.5432 0.000 0.252 0.016 0.732
#> SRR1608502 4 0.7134 0.4894 0.124 0.252 0.020 0.604
#> SRR1608503 4 0.7134 0.4894 0.124 0.252 0.020 0.604
#> SRR1608504 4 0.7134 0.4894 0.124 0.252 0.020 0.604
#> SRR1608505 4 0.7134 0.4894 0.124 0.252 0.020 0.604
#> SRR1608510 2 0.1792 0.8949 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1608511 2 0.1792 0.8949 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1608512 2 0.1792 0.8949 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1608513 2 0.1792 0.8949 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1608506 2 0.6466 0.6748 0.124 0.692 0.024 0.160
#> SRR1608507 2 0.6466 0.6748 0.124 0.692 0.024 0.160
#> SRR1608508 2 0.6466 0.6748 0.124 0.692 0.024 0.160
#> SRR1608509 2 0.6466 0.6748 0.124 0.692 0.024 0.160
#> SRR1608514 2 0.0336 0.9308 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608515 2 0.0336 0.9308 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608516 2 0.0336 0.9308 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608517 2 0.0336 0.9308 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608523 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608524 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608525 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608526 2 0.1118 0.9158 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608527 2 0.1118 0.9158 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608528 2 0.1118 0.9158 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608529 2 0.1118 0.9158 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3450 0.8725 0.040 0.872 0.004 0.084
#> SRR1608535 2 0.3450 0.8725 0.040 0.872 0.004 0.084
#> SRR1608536 2 0.3450 0.8725 0.040 0.872 0.004 0.084
#> SRR1608537 2 0.3450 0.8725 0.040 0.872 0.004 0.084
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.5412 0.7787 0.068 0.768 0.024 0.140
#> SRR1608543 2 0.5412 0.7787 0.068 0.768 0.024 0.140
#> SRR1608544 2 0.5412 0.7787 0.068 0.768 0.024 0.140
#> SRR1608545 2 0.5412 0.7787 0.068 0.768 0.024 0.140
#> SRR1608546 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608547 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608548 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608549 2 0.1637 0.9010 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608550 2 0.4072 0.6903 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1608551 2 0.4072 0.6903 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1608552 2 0.4008 0.7025 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1608553 2 0.4008 0.7025 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1608554 2 0.4072 0.6903 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608585 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608586 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608587 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608588 2 0.1867 0.9083 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.1792 0.9102 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608591 2 0.1792 0.9102 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608592 2 0.1792 0.9102 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608593 2 0.1792 0.9102 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608594 2 0.1792 0.9102 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0188 0.8901 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608608 3 0.0188 0.8901 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608609 3 0.0188 0.8901 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608610 3 0.0188 0.8901 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608611 3 0.0188 0.8901 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608612 3 0.0188 0.8901 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608613 3 0.0779 0.8809 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608614 3 0.0779 0.8809 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608615 3 0.0779 0.8809 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608616 3 0.0779 0.8809 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608617 3 0.0779 0.8809 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608618 3 0.0779 0.8809 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608619 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608620 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608621 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.6119 0.0479 0.004 0.044 0.568 0.384
#> SRR1608624 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.1211 0.8639 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608629 3 0.1211 0.8639 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608630 3 0.1211 0.8639 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608634 4 0.6214 0.5847 0.000 0.092 0.272 0.636
#> SRR1608635 4 0.6214 0.5847 0.000 0.092 0.272 0.636
#> SRR1608636 4 0.6214 0.5847 0.000 0.092 0.272 0.636
#> SRR1608637 4 0.6214 0.5847 0.000 0.092 0.272 0.636
#> SRR1608631 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 4 0.4941 0.4136 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1608638 4 0.6389 0.3204 0.000 0.064 0.448 0.488
#> SRR1608639 4 0.6389 0.3204 0.000 0.064 0.448 0.488
#> SRR1608640 4 0.6447 0.3149 0.000 0.068 0.448 0.484
#> SRR1608641 4 0.6449 0.3048 0.000 0.068 0.452 0.480
#> SRR1608643 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.6443 -0.0844 0.000 0.072 0.528 0.400
#> SRR1608647 3 0.6458 -0.1143 0.000 0.072 0.520 0.408
#> SRR1608648 3 0.6400 -0.1039 0.000 0.068 0.524 0.408
#> SRR1608657 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608658 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608659 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608660 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608661 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608662 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608663 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608664 4 0.6110 0.6032 0.000 0.100 0.240 0.660
#> SRR1608649 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608650 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608651 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608652 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608653 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608654 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608655 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608656 3 0.0336 0.8885 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608665 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608666 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608667 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608668 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608669 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608670 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608671 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608672 4 0.6678 0.5179 0.104 0.236 0.016 0.644
#> SRR1608681 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608682 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608683 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608684 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608685 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608686 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608687 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608688 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608673 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608674 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608675 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608676 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608677 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608678 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608679 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608680 2 0.4463 0.8212 0.040 0.808 0.008 0.144
#> SRR1608689 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608690 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608691 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608692 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608693 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608694 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608695 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608696 4 0.6056 0.6007 0.000 0.092 0.248 0.660
#> SRR1608697 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608698 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608699 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608700 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608701 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608702 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608703 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608704 4 0.7226 0.4710 0.152 0.236 0.016 0.596
#> SRR1608705 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608706 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608707 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608708 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608709 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608710 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608711 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608712 3 0.2081 0.8260 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1608713 4 0.7815 0.5384 0.120 0.232 0.064 0.584
#> SRR1608714 4 0.7878 0.5408 0.120 0.232 0.068 0.580
#> SRR1608715 4 0.7815 0.5384 0.120 0.232 0.064 0.584
#> SRR1608716 3 0.0336 0.8888 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608717 3 0.0336 0.8888 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608718 3 0.0336 0.8888 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608719 3 0.0336 0.8888 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608724 3 0.7065 -0.1724 0.008 0.096 0.488 0.408
#> SRR1608725 3 0.7018 -0.1657 0.008 0.092 0.492 0.408
#> SRR1608726 3 0.7065 -0.1724 0.008 0.096 0.488 0.408
#> SRR1608727 3 0.7065 -0.1724 0.008 0.096 0.488 0.408
#> SRR1608720 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608729 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608730 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608731 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608732 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608733 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608734 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608735 4 0.5466 0.4030 0.000 0.016 0.436 0.548
#> SRR1608736 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608745 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608746 3 0.2530 0.7765 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608747 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608748 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608749 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608750 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608751 3 0.2589 0.7711 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608752 4 0.4941 0.4136 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1608753 4 0.4941 0.4136 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1608754 4 0.4941 0.4136 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1608755 4 0.4941 0.4136 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1608764 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608765 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608766 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608767 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608768 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608769 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608770 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608771 4 0.4948 0.4075 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1608756 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 4 0.5212 0.4371 0.000 0.008 0.420 0.572
#> SRR1608773 4 0.5320 0.4426 0.000 0.012 0.416 0.572
#> SRR1608774 4 0.5212 0.4371 0.000 0.008 0.420 0.572
#> SRR1608775 4 0.5320 0.4426 0.000 0.012 0.416 0.572
#> SRR1608776 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.8913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.5530 0.1781 0.004 0.020 0.616 0.360
#> SRR1608785 3 0.5574 0.1489 0.004 0.020 0.604 0.372
#> SRR1608786 3 0.5530 0.1781 0.004 0.020 0.616 0.360
#> SRR1608787 3 0.5530 0.1781 0.004 0.020 0.616 0.360
#> SRR1608788 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608789 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608790 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608791 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608792 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608793 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608794 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608795 1 0.8208 0.0756 0.416 0.236 0.016 0.332
#> SRR1608796 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608797 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608798 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608799 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608800 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608801 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608802 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608803 1 0.4989 -0.0978 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1608812 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608805 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608806 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608807 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608808 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608809 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608810 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608811 1 0.6764 0.6453 0.596 0.144 0.000 0.260
#> SRR1608822 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0336 0.7561 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608821 1 0.0336 0.7561 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608830 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608831 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608832 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608833 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608834 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608835 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608836 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608837 4 0.3718 0.4008 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR1608838 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608847 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608848 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608849 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608850 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608851 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608852 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608853 4 0.4925 0.3310 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608854 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608855 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608856 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608857 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608858 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608859 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608860 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608861 1 0.4072 0.7399 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608862 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608863 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608864 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608865 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608866 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608867 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608868 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608869 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608870 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 4 0.4543 0.1283 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1608880 4 0.4543 0.1283 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1608881 4 0.4543 0.1283 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1608882 4 0.4500 0.1484 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1608883 4 0.4500 0.1484 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1608884 4 0.4543 0.1283 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1608885 4 0.4543 0.1283 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1608886 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608887 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608888 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608889 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608890 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608891 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608892 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608893 1 0.4134 0.7387 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608894 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.7590 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608903 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608904 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608905 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608906 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608907 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608908 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608909 1 0.4103 0.7401 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608910 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608911 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608912 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608913 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608914 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608915 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608916 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608917 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608918 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608919 4 0.3400 0.3846 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608920 1 0.4981 -0.1416 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1608921 1 0.4981 -0.1416 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1608922 4 0.4008 0.2930 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1608923 4 0.4008 0.2930 0.244 0.000 0.000 0.756
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.3274 0.7340 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1608491 2 0.3274 0.7340 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1608492 2 0.3274 0.7340 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1608493 2 0.3274 0.7340 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1608494 4 0.4273 0.4878 0.004 0.036 0.132 0.800 0.028
#> SRR1608495 4 0.4096 0.5068 0.004 0.036 0.124 0.812 0.024
#> SRR1608496 4 0.4228 0.4951 0.004 0.036 0.128 0.804 0.028
#> SRR1608497 4 0.4049 0.5134 0.004 0.036 0.120 0.816 0.024
#> SRR1608498 4 0.4449 0.5165 0.000 0.080 0.000 0.752 0.168
#> SRR1608499 4 0.4449 0.5165 0.000 0.080 0.000 0.752 0.168
#> SRR1608500 4 0.4449 0.5165 0.000 0.080 0.000 0.752 0.168
#> SRR1608501 4 0.4449 0.5165 0.000 0.080 0.000 0.752 0.168
#> SRR1608502 4 0.2291 0.6562 0.012 0.072 0.000 0.908 0.008
#> SRR1608503 4 0.2291 0.6562 0.012 0.072 0.000 0.908 0.008
#> SRR1608504 4 0.2291 0.6562 0.012 0.072 0.000 0.908 0.008
#> SRR1608505 4 0.2291 0.6562 0.012 0.072 0.000 0.908 0.008
#> SRR1608510 2 0.1938 0.8621 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608511 2 0.1938 0.8621 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608512 2 0.1938 0.8621 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608513 2 0.1938 0.8621 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608506 4 0.3988 0.5261 0.016 0.252 0.000 0.732 0.000
#> SRR1608507 4 0.4014 0.5189 0.016 0.256 0.000 0.728 0.000
#> SRR1608508 4 0.4014 0.5192 0.016 0.256 0.000 0.728 0.000
#> SRR1608509 4 0.3988 0.5261 0.016 0.252 0.000 0.732 0.000
#> SRR1608514 2 0.0794 0.8767 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608515 2 0.0794 0.8767 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608516 2 0.0703 0.8784 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608517 2 0.0794 0.8767 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608518 2 0.0693 0.8816 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1608519 2 0.0693 0.8816 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1608520 2 0.0693 0.8816 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1608521 2 0.0693 0.8816 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1608522 2 0.1917 0.8623 0.008 0.936 0.036 0.016 0.004
#> SRR1608523 2 0.1917 0.8623 0.008 0.936 0.036 0.016 0.004
#> SRR1608524 2 0.1917 0.8623 0.008 0.936 0.036 0.016 0.004
#> SRR1608525 2 0.1917 0.8623 0.008 0.936 0.036 0.016 0.004
#> SRR1608526 2 0.1875 0.8665 0.008 0.940 0.028 0.016 0.008
#> SRR1608527 2 0.1875 0.8665 0.008 0.940 0.028 0.016 0.008
#> SRR1608528 2 0.1875 0.8665 0.008 0.940 0.028 0.016 0.008
#> SRR1608529 2 0.1875 0.8665 0.008 0.940 0.028 0.016 0.008
#> SRR1608530 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4084 0.5779 0.004 0.668 0.000 0.328 0.000
#> SRR1608535 2 0.4084 0.5779 0.004 0.668 0.000 0.328 0.000
#> SRR1608536 2 0.4084 0.5779 0.004 0.668 0.000 0.328 0.000
#> SRR1608537 2 0.4084 0.5779 0.004 0.668 0.000 0.328 0.000
#> SRR1608538 2 0.0404 0.8823 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608539 2 0.0404 0.8823 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608540 2 0.0404 0.8823 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608541 2 0.0404 0.8823 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608542 4 0.4760 0.1071 0.020 0.416 0.000 0.564 0.000
#> SRR1608543 4 0.4760 0.1071 0.020 0.416 0.000 0.564 0.000
#> SRR1608544 4 0.4760 0.1071 0.020 0.416 0.000 0.564 0.000
#> SRR1608545 4 0.4760 0.1071 0.020 0.416 0.000 0.564 0.000
#> SRR1608546 2 0.1938 0.8622 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608547 2 0.1938 0.8622 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608548 2 0.1938 0.8622 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608549 2 0.1938 0.8622 0.008 0.936 0.036 0.012 0.008
#> SRR1608550 2 0.4582 0.5738 0.000 0.684 0.288 0.016 0.012
#> SRR1608551 2 0.4582 0.5738 0.000 0.684 0.288 0.016 0.012
#> SRR1608552 2 0.4582 0.5738 0.000 0.684 0.288 0.016 0.012
#> SRR1608553 2 0.4561 0.5789 0.000 0.688 0.284 0.016 0.012
#> SRR1608554 2 0.4582 0.5738 0.000 0.684 0.288 0.016 0.012
#> SRR1608555 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.3177 0.7476 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1608585 2 0.3210 0.7432 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1608586 2 0.3143 0.7514 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1608587 2 0.3177 0.7476 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1608588 2 0.3210 0.7432 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.1074 0.8787 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608590 2 0.2929 0.7702 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1608591 2 0.2929 0.7702 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1608592 2 0.2929 0.7702 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1608593 2 0.2966 0.7666 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608594 2 0.2929 0.7702 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0162 0.8839 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608600 2 0.0162 0.8839 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.8843 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0162 0.8839 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608603 2 0.1074 0.8787 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608604 2 0.1074 0.8787 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608605 2 0.1074 0.8787 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608606 2 0.1074 0.8787 0.012 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608607 3 0.1282 0.8563 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1608608 3 0.1282 0.8563 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1608609 3 0.1282 0.8563 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1608610 3 0.1282 0.8563 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1608611 3 0.1282 0.8563 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1608612 3 0.1282 0.8563 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1608613 3 0.1526 0.8583 0.004 0.004 0.948 0.040 0.004
#> SRR1608614 3 0.1526 0.8583 0.004 0.004 0.948 0.040 0.004
#> SRR1608615 3 0.1526 0.8583 0.004 0.004 0.948 0.040 0.004
#> SRR1608616 3 0.1526 0.8583 0.004 0.004 0.948 0.040 0.004
#> SRR1608617 3 0.1526 0.8583 0.004 0.004 0.948 0.040 0.004
#> SRR1608618 3 0.1526 0.8583 0.004 0.004 0.948 0.040 0.004
#> SRR1608619 5 0.5768 0.0197 0.000 0.000 0.428 0.088 0.484
#> SRR1608620 5 0.5768 0.0197 0.000 0.000 0.428 0.088 0.484
#> SRR1608621 3 0.0566 0.8603 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1608622 3 0.0566 0.8603 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1608623 3 0.6586 0.5010 0.020 0.024 0.592 0.264 0.100
#> SRR1608624 3 0.0955 0.8583 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1608625 3 0.0955 0.8583 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1608626 3 0.0955 0.8583 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1608627 3 0.0955 0.8583 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1608628 3 0.0880 0.8493 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0880 0.8493 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0963 0.8467 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608634 5 0.6837 0.3036 0.000 0.016 0.184 0.336 0.464
#> SRR1608635 5 0.6837 0.3036 0.000 0.016 0.184 0.336 0.464
#> SRR1608636 5 0.6837 0.3036 0.000 0.016 0.184 0.336 0.464
#> SRR1608637 5 0.6837 0.3036 0.000 0.016 0.184 0.336 0.464
#> SRR1608631 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608632 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608633 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608642 5 0.6476 0.0859 0.020 0.000 0.384 0.112 0.484
#> SRR1608638 3 0.6210 0.0336 0.000 0.040 0.460 0.052 0.448
#> SRR1608639 3 0.6210 0.0336 0.000 0.040 0.460 0.052 0.448
#> SRR1608640 3 0.6214 0.0400 0.000 0.044 0.460 0.048 0.448
#> SRR1608641 3 0.6214 0.0400 0.000 0.044 0.460 0.048 0.448
#> SRR1608643 3 0.1282 0.8538 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1608644 3 0.1282 0.8538 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1608645 3 0.1357 0.8528 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1608646 3 0.6722 0.4318 0.020 0.020 0.552 0.304 0.104
#> SRR1608647 3 0.6737 0.4244 0.020 0.020 0.548 0.308 0.104
#> SRR1608648 3 0.6722 0.4318 0.020 0.020 0.552 0.304 0.104
#> SRR1608657 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608658 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608659 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608660 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608661 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608662 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608663 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608664 5 0.6416 0.3010 0.000 0.000 0.180 0.356 0.464
#> SRR1608649 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608650 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608651 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608652 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608653 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608654 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608655 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608656 3 0.0854 0.8514 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR1608665 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608666 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608667 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608668 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608669 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608670 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608671 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608672 4 0.1455 0.6585 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608681 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608682 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608683 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608684 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608685 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608686 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608687 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608688 5 0.6433 0.3052 0.000 0.000 0.184 0.352 0.464
#> SRR1608673 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608674 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608675 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608676 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608677 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608678 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608679 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608680 2 0.4787 0.2841 0.012 0.528 0.000 0.456 0.004
#> SRR1608689 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608690 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608691 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608692 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608693 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608694 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608695 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608696 5 0.6576 0.3097 0.000 0.004 0.188 0.340 0.468
#> SRR1608697 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608698 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608699 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608700 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608701 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608702 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608703 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608704 4 0.1455 0.6607 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR1608705 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608706 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608707 3 0.2228 0.8094 0.000 0.076 0.908 0.004 0.012
#> SRR1608708 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608709 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608710 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608711 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608712 3 0.2166 0.8135 0.000 0.072 0.912 0.004 0.012
#> SRR1608713 4 0.3431 0.6388 0.008 0.080 0.040 0.860 0.012
#> SRR1608714 4 0.3579 0.6326 0.008 0.080 0.048 0.852 0.012
#> SRR1608715 4 0.3579 0.6326 0.008 0.080 0.048 0.852 0.012
#> SRR1608716 3 0.0727 0.8576 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR1608717 3 0.0727 0.8576 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR1608718 3 0.0727 0.8576 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR1608719 3 0.0727 0.8576 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR1608724 3 0.6713 0.3364 0.024 0.024 0.508 0.372 0.072
#> SRR1608725 3 0.6713 0.3364 0.024 0.024 0.508 0.372 0.072
#> SRR1608726 3 0.6713 0.3364 0.024 0.024 0.508 0.372 0.072
#> SRR1608727 3 0.6713 0.3364 0.024 0.024 0.508 0.372 0.072
#> SRR1608720 3 0.1907 0.8518 0.000 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1608721 3 0.1907 0.8518 0.000 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1608722 3 0.1907 0.8518 0.000 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1608723 3 0.1907 0.8518 0.000 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1608728 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608729 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608730 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608731 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608732 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608733 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608734 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608735 5 0.5658 0.0881 0.000 0.000 0.408 0.080 0.512
#> SRR1608736 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608745 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608746 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608747 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608748 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608749 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608750 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608751 3 0.4164 0.7476 0.000 0.000 0.784 0.096 0.120
#> SRR1608752 5 0.6011 0.0840 0.000 0.012 0.408 0.080 0.500
#> SRR1608753 5 0.6011 0.0840 0.000 0.012 0.408 0.080 0.500
#> SRR1608754 5 0.6011 0.0840 0.000 0.012 0.408 0.080 0.500
#> SRR1608755 5 0.6011 0.0840 0.000 0.012 0.408 0.080 0.500
#> SRR1608764 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608765 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608766 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608767 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608768 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608769 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608770 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608771 5 0.5668 0.0587 0.000 0.000 0.416 0.080 0.504
#> SRR1608756 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608757 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608758 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608759 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608760 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608761 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608762 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608763 3 0.1893 0.8515 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> SRR1608772 5 0.6806 0.1224 0.000 0.024 0.360 0.148 0.468
#> SRR1608773 5 0.6806 0.1224 0.000 0.024 0.360 0.148 0.468
#> SRR1608774 5 0.6806 0.1224 0.000 0.024 0.360 0.148 0.468
#> SRR1608775 5 0.6806 0.1224 0.000 0.024 0.360 0.148 0.468
#> SRR1608776 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.8582 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.6270 0.5393 0.004 0.024 0.612 0.240 0.120
#> SRR1608785 3 0.6315 0.5269 0.004 0.024 0.604 0.248 0.120
#> SRR1608786 3 0.6270 0.5393 0.004 0.024 0.612 0.240 0.120
#> SRR1608787 3 0.6293 0.5332 0.004 0.024 0.608 0.244 0.120
#> SRR1608788 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608789 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608790 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608791 4 0.5518 0.5162 0.240 0.064 0.000 0.668 0.028
#> SRR1608792 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608793 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608794 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608795 4 0.5492 0.5228 0.236 0.064 0.000 0.672 0.028
#> SRR1608796 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608797 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608798 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608799 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608800 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608801 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608802 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608803 4 0.5624 0.2407 0.388 0.000 0.000 0.532 0.080
#> SRR1608812 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608814 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608815 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608816 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608817 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608818 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608819 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608804 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608805 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608806 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608807 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608808 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608809 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608810 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608811 5 0.7153 -0.1204 0.340 0.044 0.000 0.156 0.460
#> SRR1608822 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608823 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608824 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608825 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608826 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608827 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608828 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608829 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608820 1 0.0963 0.7888 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608821 1 0.0963 0.7888 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608830 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608831 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608832 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608833 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608834 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608835 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608836 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608837 5 0.4774 -0.0530 0.024 0.000 0.004 0.340 0.632
#> SRR1608838 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608839 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608840 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608841 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608842 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608843 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608844 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608845 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608846 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608847 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608848 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608849 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608850 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608851 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608852 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608853 1 0.6325 -0.1078 0.424 0.000 0.000 0.420 0.156
#> SRR1608854 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608855 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608856 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608857 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608858 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608859 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608860 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608861 1 0.4658 0.3940 0.576 0.000 0.000 0.016 0.408
#> SRR1608862 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608863 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608864 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608865 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608866 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608867 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608868 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608869 5 0.6347 -0.1406 0.376 0.000 0.000 0.164 0.460
#> SRR1608870 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608871 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608872 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608873 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608874 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608875 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608876 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608877 1 0.0290 0.8044 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608878 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608880 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608881 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608882 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608883 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608884 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608885 4 0.5308 0.2656 0.052 0.000 0.000 0.532 0.416
#> SRR1608886 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608887 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608888 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608889 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608890 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608891 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608892 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608893 5 0.6405 -0.1326 0.364 0.000 0.000 0.176 0.460
#> SRR1608894 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608895 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608896 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608897 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608898 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608899 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608901 1 0.0404 0.8078 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608902 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608903 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608904 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608905 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608906 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608907 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608908 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608909 5 0.6180 -0.1666 0.404 0.000 0.000 0.136 0.460
#> SRR1608910 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608911 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608912 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608913 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608914 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608915 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608916 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608917 5 0.5165 -0.0975 0.048 0.000 0.000 0.376 0.576
#> SRR1608918 5 0.5215 -0.0980 0.052 0.000 0.000 0.372 0.576
#> SRR1608919 5 0.5215 -0.0980 0.052 0.000 0.000 0.372 0.576
#> SRR1608920 4 0.4731 0.1595 0.456 0.000 0.000 0.528 0.016
#> SRR1608921 4 0.4731 0.1595 0.456 0.000 0.000 0.528 0.016
#> SRR1608922 5 0.5295 -0.1482 0.052 0.000 0.000 0.408 0.540
#> SRR1608923 5 0.5302 -0.1536 0.052 0.000 0.000 0.412 0.536
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.3514 0.7102 0.000 0.752 0.000 0.228 0.020 0.000
#> SRR1608491 2 0.3514 0.7102 0.000 0.752 0.000 0.228 0.020 0.000
#> SRR1608492 2 0.3514 0.7102 0.000 0.752 0.000 0.228 0.020 0.000
#> SRR1608493 2 0.3514 0.7102 0.000 0.752 0.000 0.228 0.020 0.000
#> SRR1608494 4 0.3978 0.5349 0.000 0.008 0.000 0.764 0.168 0.060
#> SRR1608495 4 0.3920 0.5377 0.000 0.008 0.000 0.768 0.168 0.056
#> SRR1608496 4 0.3920 0.5377 0.000 0.008 0.000 0.768 0.168 0.056
#> SRR1608497 4 0.3920 0.5377 0.000 0.008 0.000 0.768 0.168 0.056
#> SRR1608498 4 0.2119 0.5049 0.000 0.060 0.000 0.904 0.000 0.036
#> SRR1608499 4 0.2119 0.5049 0.000 0.060 0.000 0.904 0.000 0.036
#> SRR1608500 4 0.2119 0.5049 0.000 0.060 0.000 0.904 0.000 0.036
#> SRR1608501 4 0.2119 0.5049 0.000 0.060 0.000 0.904 0.000 0.036
#> SRR1608502 4 0.3551 0.5560 0.000 0.048 0.000 0.784 0.168 0.000
#> SRR1608503 4 0.3551 0.5560 0.000 0.048 0.000 0.784 0.168 0.000
#> SRR1608504 4 0.3551 0.5560 0.000 0.048 0.000 0.784 0.168 0.000
#> SRR1608505 4 0.3551 0.5560 0.000 0.048 0.000 0.784 0.168 0.000
#> SRR1608510 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608511 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608512 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608513 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608506 4 0.5297 0.4938 0.000 0.200 0.000 0.628 0.164 0.008
#> SRR1608507 4 0.5272 0.4963 0.000 0.196 0.000 0.632 0.164 0.008
#> SRR1608508 4 0.5297 0.4938 0.000 0.200 0.000 0.628 0.164 0.008
#> SRR1608509 4 0.5245 0.4982 0.000 0.192 0.000 0.636 0.164 0.008
#> SRR1608514 2 0.1074 0.8870 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1608515 2 0.1074 0.8870 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1608516 2 0.1074 0.8870 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1608517 2 0.1074 0.8870 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1608518 2 0.1708 0.8796 0.000 0.932 0.024 0.000 0.040 0.004
#> SRR1608519 2 0.1708 0.8796 0.000 0.932 0.024 0.000 0.040 0.004
#> SRR1608520 2 0.1708 0.8796 0.000 0.932 0.024 0.000 0.040 0.004
#> SRR1608521 2 0.1708 0.8796 0.000 0.932 0.024 0.000 0.040 0.004
#> SRR1608522 2 0.2384 0.8632 0.000 0.900 0.032 0.004 0.056 0.008
#> SRR1608523 2 0.2384 0.8632 0.000 0.900 0.032 0.004 0.056 0.008
#> SRR1608524 2 0.2384 0.8632 0.000 0.900 0.032 0.004 0.056 0.008
#> SRR1608525 2 0.2384 0.8632 0.000 0.900 0.032 0.004 0.056 0.008
#> SRR1608526 2 0.1565 0.8848 0.000 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1608527 2 0.1565 0.8848 0.000 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1608528 2 0.1565 0.8848 0.000 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1608529 2 0.1565 0.8848 0.000 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR1608530 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.5082 0.4596 0.004 0.600 0.000 0.316 0.076 0.004
#> SRR1608535 2 0.5082 0.4596 0.004 0.600 0.000 0.316 0.076 0.004
#> SRR1608536 2 0.5082 0.4596 0.004 0.600 0.000 0.316 0.076 0.004
#> SRR1608537 2 0.5082 0.4596 0.004 0.600 0.000 0.316 0.076 0.004
#> SRR1608538 2 0.1257 0.8886 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1608539 2 0.1257 0.8886 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1608540 2 0.1257 0.8886 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1608541 2 0.1257 0.8886 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1608542 4 0.6339 0.3285 0.016 0.332 0.000 0.464 0.180 0.008
#> SRR1608543 4 0.6339 0.3285 0.016 0.332 0.000 0.464 0.180 0.008
#> SRR1608544 4 0.6346 0.3201 0.016 0.336 0.000 0.460 0.180 0.008
#> SRR1608545 4 0.6346 0.3201 0.016 0.336 0.000 0.460 0.180 0.008
#> SRR1608546 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608547 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608548 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608549 2 0.2518 0.8600 0.000 0.892 0.036 0.004 0.060 0.008
#> SRR1608550 2 0.5172 0.4602 0.008 0.608 0.320 0.004 0.048 0.012
#> SRR1608551 2 0.5172 0.4602 0.008 0.608 0.320 0.004 0.048 0.012
#> SRR1608552 2 0.5172 0.4602 0.008 0.608 0.320 0.004 0.048 0.012
#> SRR1608553 2 0.5142 0.4796 0.008 0.616 0.312 0.004 0.048 0.012
#> SRR1608554 2 0.5172 0.4602 0.008 0.608 0.320 0.004 0.048 0.012
#> SRR1608555 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608556 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608557 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608558 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608559 2 0.0603 0.8928 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1608560 2 0.0603 0.8929 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1608561 2 0.0603 0.8928 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1608562 2 0.0692 0.8922 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608563 2 0.0603 0.8928 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608575 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608576 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608577 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608578 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.8930 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.3245 0.7155 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR1608585 2 0.3245 0.7155 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR1608586 2 0.3245 0.7155 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR1608587 2 0.3245 0.7155 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR1608588 2 0.3245 0.7155 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008 0.000
#> SRR1608579 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608580 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608581 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608582 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608583 2 0.0622 0.8927 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1608589 2 0.1765 0.8792 0.000 0.924 0.000 0.052 0.024 0.000
#> SRR1608590 2 0.3287 0.7238 0.000 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR1608591 2 0.3287 0.7238 0.000 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR1608592 2 0.3287 0.7238 0.000 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR1608593 2 0.3287 0.7238 0.000 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR1608594 2 0.3287 0.7238 0.000 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR1608595 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608596 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608597 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608598 2 0.0508 0.8929 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1608599 2 0.0363 0.8922 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608600 2 0.0363 0.8922 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608601 2 0.0363 0.8922 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608602 2 0.0363 0.8922 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608603 2 0.1950 0.8720 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> SRR1608604 2 0.1950 0.8720 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> SRR1608605 2 0.1950 0.8720 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> SRR1608606 2 0.1950 0.8720 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> SRR1608607 3 0.3972 0.7081 0.000 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320
#> SRR1608608 3 0.3972 0.7081 0.000 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320
#> SRR1608609 3 0.3972 0.7081 0.000 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320
#> SRR1608610 3 0.3972 0.7081 0.000 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320
#> SRR1608611 3 0.3972 0.7081 0.000 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320
#> SRR1608612 3 0.3972 0.7081 0.000 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320
#> SRR1608613 3 0.3925 0.7118 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008 0.332
#> SRR1608614 3 0.3925 0.7118 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008 0.332
#> SRR1608615 3 0.3925 0.7118 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008 0.332
#> SRR1608616 3 0.3925 0.7118 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008 0.332
#> SRR1608617 3 0.3925 0.7118 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008 0.332
#> SRR1608618 3 0.3925 0.7118 0.000 0.000 0.656 0.004 0.008 0.332
#> SRR1608619 6 0.3913 0.6222 0.000 0.000 0.156 0.056 0.012 0.776
#> SRR1608620 6 0.3877 0.6220 0.000 0.000 0.152 0.056 0.012 0.780
#> SRR1608621 3 0.2194 0.7300 0.000 0.004 0.892 0.004 0.004 0.096
#> SRR1608622 3 0.2194 0.7300 0.000 0.004 0.892 0.004 0.004 0.096
#> SRR1608623 3 0.6651 0.3000 0.004 0.000 0.420 0.240 0.028 0.308
#> SRR1608624 3 0.3405 0.7230 0.000 0.000 0.724 0.004 0.000 0.272
#> SRR1608625 3 0.3405 0.7230 0.000 0.000 0.724 0.004 0.000 0.272
#> SRR1608626 3 0.3405 0.7230 0.000 0.000 0.724 0.004 0.000 0.272
#> SRR1608627 3 0.3405 0.7230 0.000 0.000 0.724 0.004 0.000 0.272
#> SRR1608628 3 0.3039 0.7080 0.008 0.020 0.872 0.004 0.032 0.064
#> SRR1608629 3 0.3039 0.7080 0.008 0.020 0.872 0.004 0.032 0.064
#> SRR1608630 3 0.3039 0.7080 0.008 0.020 0.872 0.004 0.032 0.064
#> SRR1608634 6 0.3740 0.7408 0.000 0.008 0.012 0.252 0.000 0.728
#> SRR1608635 6 0.3740 0.7408 0.000 0.008 0.012 0.252 0.000 0.728
#> SRR1608636 6 0.3740 0.7408 0.000 0.008 0.012 0.252 0.000 0.728
#> SRR1608637 6 0.3740 0.7408 0.000 0.008 0.012 0.252 0.000 0.728
#> SRR1608631 3 0.4009 0.6867 0.000 0.000 0.632 0.004 0.008 0.356
#> SRR1608632 3 0.4022 0.6856 0.000 0.000 0.628 0.004 0.008 0.360
#> SRR1608633 3 0.4022 0.6856 0.000 0.000 0.628 0.004 0.008 0.360
#> SRR1608642 6 0.3724 0.6769 0.000 0.000 0.096 0.088 0.012 0.804
#> SRR1608638 6 0.6184 0.4911 0.000 0.064 0.264 0.104 0.004 0.564
#> SRR1608639 6 0.6232 0.4879 0.000 0.068 0.264 0.104 0.004 0.560
#> SRR1608640 6 0.6184 0.4911 0.000 0.064 0.264 0.104 0.004 0.564
#> SRR1608641 6 0.6278 0.4843 0.000 0.072 0.264 0.104 0.004 0.556
#> SRR1608643 3 0.3586 0.7018 0.000 0.000 0.712 0.004 0.004 0.280
#> SRR1608644 3 0.3586 0.7018 0.000 0.000 0.712 0.004 0.004 0.280
#> SRR1608645 3 0.3586 0.7018 0.000 0.000 0.712 0.004 0.004 0.280
#> SRR1608646 3 0.6675 0.2744 0.004 0.000 0.412 0.248 0.028 0.308
#> SRR1608647 3 0.6675 0.2744 0.004 0.000 0.412 0.248 0.028 0.308
#> SRR1608648 3 0.6680 0.2713 0.004 0.000 0.412 0.252 0.028 0.304
#> SRR1608657 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608658 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608659 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608660 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608661 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608662 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608663 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608664 6 0.3445 0.7406 0.000 0.000 0.008 0.260 0.000 0.732
#> SRR1608649 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608650 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608651 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608652 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608653 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608654 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608655 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608656 3 0.0508 0.7014 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608665 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608666 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608667 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608668 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608669 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608670 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608671 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608672 4 0.2932 0.5524 0.000 0.000 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR1608681 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608682 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608683 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608684 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608685 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608686 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608687 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608688 6 0.3421 0.7413 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608673 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608674 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608675 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608676 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608677 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608678 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608679 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608680 4 0.5097 0.0923 0.004 0.420 0.000 0.508 0.068 0.000
#> SRR1608689 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608690 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608691 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608692 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608693 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608694 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608695 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608696 6 0.3421 0.7437 0.000 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1608697 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608698 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608699 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608700 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608701 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608702 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608703 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608704 4 0.2668 0.5531 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1608705 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608706 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608707 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608708 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608709 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608710 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608711 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608712 3 0.3174 0.6231 0.008 0.080 0.860 0.004 0.032 0.016
#> SRR1608713 4 0.3631 0.5568 0.000 0.032 0.000 0.788 0.168 0.012
#> SRR1608714 4 0.3631 0.5568 0.000 0.032 0.000 0.788 0.168 0.012
#> SRR1608715 4 0.3631 0.5568 0.000 0.032 0.000 0.788 0.168 0.012
#> SRR1608716 3 0.2175 0.7196 0.004 0.004 0.908 0.004 0.012 0.068
#> SRR1608717 3 0.2175 0.7196 0.004 0.004 0.908 0.004 0.012 0.068
#> SRR1608718 3 0.2175 0.7196 0.004 0.004 0.908 0.004 0.012 0.068
#> SRR1608719 3 0.2175 0.7196 0.004 0.004 0.908 0.004 0.012 0.068
#> SRR1608724 3 0.6816 0.1652 0.004 0.000 0.364 0.352 0.036 0.244
#> SRR1608725 3 0.6816 0.1652 0.004 0.000 0.364 0.352 0.036 0.244
#> SRR1608726 3 0.6816 0.1652 0.004 0.000 0.364 0.352 0.036 0.244
#> SRR1608727 3 0.6816 0.1652 0.004 0.000 0.364 0.352 0.036 0.244
#> SRR1608720 3 0.3634 0.6951 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1608721 3 0.3634 0.6951 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1608722 3 0.3634 0.6951 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1608723 3 0.3634 0.6951 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1608728 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608729 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608730 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608731 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608732 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608733 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608734 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608735 6 0.3398 0.6178 0.000 0.000 0.216 0.004 0.012 0.768
#> SRR1608736 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608737 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608738 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608739 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608740 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608741 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608742 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608743 3 0.1588 0.7238 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1608744 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608745 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608746 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608747 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608748 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608749 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608750 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608751 3 0.4650 0.5608 0.000 0.000 0.500 0.020 0.012 0.468
#> SRR1608752 6 0.4067 0.5813 0.000 0.000 0.296 0.012 0.012 0.680
#> SRR1608753 6 0.4067 0.5813 0.000 0.000 0.296 0.012 0.012 0.680
#> SRR1608754 6 0.4067 0.5813 0.000 0.000 0.296 0.012 0.012 0.680
#> SRR1608755 6 0.4067 0.5813 0.000 0.000 0.296 0.012 0.012 0.680
#> SRR1608764 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608765 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608766 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608767 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608768 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608769 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608770 6 0.3868 0.6143 0.000 0.000 0.172 0.044 0.012 0.772
#> SRR1608771 6 0.3834 0.6145 0.000 0.000 0.168 0.044 0.012 0.776
#> SRR1608756 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608757 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608758 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608759 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608760 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608761 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608762 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608763 3 0.3911 0.6854 0.000 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1608772 6 0.3960 0.6836 0.000 0.012 0.100 0.104 0.000 0.784
#> SRR1608773 6 0.3960 0.6836 0.000 0.012 0.100 0.104 0.000 0.784
#> SRR1608774 6 0.3960 0.6836 0.000 0.012 0.100 0.104 0.000 0.784
#> SRR1608775 6 0.4004 0.6857 0.000 0.012 0.100 0.108 0.000 0.780
#> SRR1608776 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608777 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608778 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608779 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608780 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608782 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608783 3 0.1411 0.7260 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608784 3 0.6595 0.3394 0.004 0.000 0.428 0.216 0.028 0.324
#> SRR1608785 3 0.6595 0.3394 0.004 0.000 0.428 0.216 0.028 0.324
#> SRR1608786 3 0.6595 0.3394 0.004 0.000 0.428 0.216 0.028 0.324
#> SRR1608787 3 0.6595 0.3394 0.004 0.000 0.428 0.216 0.028 0.324
#> SRR1608788 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608789 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608790 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608791 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608792 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608793 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608794 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608795 4 0.5765 0.3823 0.076 0.028 0.000 0.544 0.344 0.008
#> SRR1608796 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608797 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608798 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608799 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608800 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608801 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608802 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608803 4 0.6230 0.1721 0.324 0.000 0.000 0.372 0.300 0.004
#> SRR1608812 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608814 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608815 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608816 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608817 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608818 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608819 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608804 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608805 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608806 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608807 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608808 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608809 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608810 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608811 5 0.2637 0.7319 0.088 0.024 0.000 0.012 0.876 0.000
#> SRR1608822 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608823 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608824 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608825 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608826 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608827 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608828 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608829 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608820 1 0.0632 0.8630 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608821 1 0.0632 0.8630 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608830 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608831 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608832 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608833 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608834 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608835 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608836 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608837 5 0.5893 0.3687 0.000 0.000 0.000 0.372 0.424 0.204
#> SRR1608838 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608839 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608840 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608841 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608842 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608843 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608844 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608845 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608846 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608847 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608848 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608849 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608850 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608851 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608852 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608853 4 0.5537 0.1408 0.396 0.000 0.000 0.512 0.052 0.040
#> SRR1608854 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608855 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608856 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608857 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608858 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608859 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608860 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608861 1 0.3810 0.1958 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1608862 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608863 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608864 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608865 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608866 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608867 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608868 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608869 5 0.1908 0.7441 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608870 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608871 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608872 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608873 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608874 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608875 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608876 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608877 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608878 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608880 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608881 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608882 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608883 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608884 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608885 5 0.4822 0.4129 0.000 0.000 0.000 0.332 0.596 0.072
#> SRR1608886 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608887 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608888 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608889 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608890 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608891 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608892 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608893 5 0.1970 0.7442 0.092 0.000 0.000 0.008 0.900 0.000
#> SRR1608894 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608895 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608896 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608897 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608898 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608899 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608901 1 0.0260 0.8798 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608902 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608903 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608904 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608905 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608906 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608907 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608908 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608909 5 0.2100 0.7383 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR1608910 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608911 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608912 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608913 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608914 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608915 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608916 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608917 4 0.5328 -0.3544 0.000 0.000 0.000 0.456 0.440 0.104
#> SRR1608918 5 0.5417 0.3581 0.000 0.000 0.000 0.420 0.464 0.116
#> SRR1608919 5 0.5417 0.3581 0.000 0.000 0.000 0.420 0.464 0.116
#> SRR1608920 1 0.6372 -0.2572 0.396 0.000 0.000 0.372 0.212 0.020
#> SRR1608921 1 0.6372 -0.2572 0.396 0.000 0.000 0.372 0.212 0.020
#> SRR1608922 5 0.5042 0.4070 0.000 0.000 0.000 0.332 0.576 0.092
#> SRR1608923 5 0.5042 0.4070 0.000 0.000 0.000 0.332 0.576 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.776 0.894 0.953 0.4989 0.499 0.499
#> 3 3 0.703 0.839 0.915 0.3186 0.686 0.457
#> 4 4 0.785 0.828 0.898 0.1316 0.869 0.642
#> 5 5 0.849 0.805 0.895 0.0527 0.924 0.725
#> 6 6 0.861 0.814 0.899 0.0304 0.971 0.871
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.7219 0.755 0.800 0.200
#> SRR1608495 1 0.7219 0.755 0.800 0.200
#> SRR1608496 1 0.7219 0.755 0.800 0.200
#> SRR1608497 1 0.7219 0.755 0.800 0.200
#> SRR1608498 1 0.2236 0.941 0.964 0.036
#> SRR1608499 1 0.3431 0.917 0.936 0.064
#> SRR1608500 1 0.1843 0.947 0.972 0.028
#> SRR1608501 1 0.1843 0.947 0.972 0.028
#> SRR1608502 1 0.7299 0.749 0.796 0.204
#> SRR1608503 1 0.7299 0.749 0.796 0.204
#> SRR1608504 1 0.7299 0.749 0.796 0.204
#> SRR1608505 1 0.7299 0.749 0.796 0.204
#> SRR1608510 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608506 2 0.3879 0.873 0.076 0.924
#> SRR1608507 2 0.3584 0.880 0.068 0.932
#> SRR1608508 2 0.3584 0.880 0.068 0.932
#> SRR1608509 2 0.4022 0.870 0.080 0.920
#> SRR1608514 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.9044 0.544 0.320 0.680
#> SRR1608614 2 0.9087 0.536 0.324 0.676
#> SRR1608615 2 0.8813 0.583 0.300 0.700
#> SRR1608616 2 0.8386 0.638 0.268 0.732
#> SRR1608617 2 0.8608 0.611 0.284 0.716
#> SRR1608618 2 0.9044 0.545 0.320 0.680
#> SRR1608619 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608620 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608623 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.0938 0.958 0.988 0.012
#> SRR1608635 1 0.0938 0.958 0.988 0.012
#> SRR1608636 1 0.0938 0.958 0.988 0.012
#> SRR1608637 1 0.0938 0.958 0.988 0.012
#> SRR1608631 2 0.4022 0.869 0.080 0.920
#> SRR1608632 2 0.4690 0.851 0.100 0.900
#> SRR1608633 2 0.4431 0.858 0.092 0.908
#> SRR1608642 1 0.1633 0.949 0.976 0.024
#> SRR1608638 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.5946 0.811 0.144 0.856
#> SRR1608644 2 0.5946 0.811 0.144 0.856
#> SRR1608645 2 0.6148 0.803 0.152 0.848
#> SRR1608646 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608657 2 0.9866 0.292 0.432 0.568
#> SRR1608658 2 0.9866 0.292 0.432 0.568
#> SRR1608659 2 0.9909 0.255 0.444 0.556
#> SRR1608660 2 0.9909 0.255 0.444 0.556
#> SRR1608661 2 0.9933 0.229 0.452 0.548
#> SRR1608662 2 0.9954 0.203 0.460 0.540
#> SRR1608663 2 0.9933 0.229 0.452 0.548
#> SRR1608664 2 0.9909 0.255 0.444 0.556
#> SRR1608649 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.7056 0.767 0.808 0.192
#> SRR1608682 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> SRR1608683 1 0.6887 0.779 0.816 0.184
#> SRR1608684 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> SRR1608685 1 0.6887 0.779 0.816 0.184
#> SRR1608686 1 0.6712 0.790 0.824 0.176
#> SRR1608687 1 0.6801 0.785 0.820 0.180
#> SRR1608688 1 0.6801 0.785 0.820 0.180
#> SRR1608673 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608674 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608675 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608676 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608677 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608678 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608679 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608680 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608689 2 0.8608 0.620 0.284 0.716
#> SRR1608690 2 0.8713 0.607 0.292 0.708
#> SRR1608691 2 0.8713 0.607 0.292 0.708
#> SRR1608692 2 0.8813 0.593 0.300 0.700
#> SRR1608693 2 0.9087 0.550 0.324 0.676
#> SRR1608694 2 0.9000 0.565 0.316 0.684
#> SRR1608695 2 0.8861 0.586 0.304 0.696
#> SRR1608696 2 0.9087 0.550 0.324 0.676
#> SRR1608697 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.6623 0.796 0.828 0.172
#> SRR1608714 1 0.6438 0.806 0.836 0.164
#> SRR1608715 1 0.6531 0.801 0.832 0.168
#> SRR1608716 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.8813 0.585 0.300 0.700
#> SRR1608721 2 0.8608 0.613 0.284 0.716
#> SRR1608722 2 0.9000 0.555 0.316 0.684
#> SRR1608723 2 0.8555 0.620 0.280 0.720
#> SRR1608728 2 0.9686 0.393 0.396 0.604
#> SRR1608729 2 0.9635 0.414 0.388 0.612
#> SRR1608730 2 0.9522 0.451 0.372 0.628
#> SRR1608731 2 0.9608 0.423 0.384 0.616
#> SRR1608732 2 0.9635 0.414 0.388 0.612
#> SRR1608733 2 0.9661 0.404 0.392 0.608
#> SRR1608734 2 0.9522 0.451 0.372 0.628
#> SRR1608735 2 0.9635 0.414 0.388 0.612
#> SRR1608736 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608752 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608753 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608754 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608755 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608764 1 0.4298 0.894 0.912 0.088
#> SRR1608765 1 0.3879 0.906 0.924 0.076
#> SRR1608766 1 0.4431 0.890 0.908 0.092
#> SRR1608767 1 0.5408 0.854 0.876 0.124
#> SRR1608768 1 0.4815 0.877 0.896 0.104
#> SRR1608769 1 0.3879 0.906 0.924 0.076
#> SRR1608770 1 0.4022 0.902 0.920 0.080
#> SRR1608771 1 0.4298 0.894 0.912 0.088
#> SRR1608756 1 0.3274 0.923 0.940 0.060
#> SRR1608757 1 0.2603 0.935 0.956 0.044
#> SRR1608758 1 0.2778 0.933 0.952 0.048
#> SRR1608759 1 0.2778 0.932 0.952 0.048
#> SRR1608760 1 0.2778 0.933 0.952 0.048
#> SRR1608761 1 0.2423 0.939 0.960 0.040
#> SRR1608762 1 0.2423 0.939 0.960 0.040
#> SRR1608763 1 0.2603 0.935 0.956 0.044
#> SRR1608772 2 0.5946 0.807 0.144 0.856
#> SRR1608773 2 0.6048 0.802 0.148 0.852
#> SRR1608774 2 0.5946 0.807 0.144 0.856
#> SRR1608775 2 0.5946 0.807 0.144 0.856
#> SRR1608776 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> SRR1608784 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608785 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608786 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608787 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608805 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608806 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608807 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608808 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608809 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608810 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608811 1 0.7299 0.734 0.796 0.204
#> SRR1608822 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 3 0.1163 0.8356 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608495 3 0.1163 0.8356 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608496 3 0.1163 0.8356 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608497 3 0.1163 0.8356 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608498 1 0.9024 0.2603 0.448 0.132 0.420
#> SRR1608499 1 0.9110 0.2464 0.440 0.140 0.420
#> SRR1608500 1 0.8884 0.2801 0.460 0.120 0.420
#> SRR1608501 1 0.8884 0.2799 0.460 0.120 0.420
#> SRR1608502 3 0.3263 0.8087 0.048 0.040 0.912
#> SRR1608503 3 0.3155 0.8119 0.044 0.040 0.916
#> SRR1608504 3 0.3155 0.8119 0.044 0.040 0.916
#> SRR1608505 3 0.3263 0.8087 0.048 0.040 0.912
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.6168 0.2654 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608507 3 0.6180 0.2540 0.000 0.416 0.584
#> SRR1608508 3 0.6168 0.2654 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608509 3 0.6140 0.2853 0.000 0.404 0.596
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.6168 0.0879 0.000 0.588 0.412
#> SRR1608543 2 0.6180 0.0715 0.000 0.584 0.416
#> SRR1608544 2 0.6180 0.0718 0.000 0.584 0.416
#> SRR1608545 2 0.6204 0.0378 0.000 0.576 0.424
#> SRR1608546 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.2711 0.8754 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608551 2 0.2711 0.8754 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608552 2 0.2711 0.8754 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608553 2 0.2796 0.8700 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608554 2 0.2625 0.8806 0.000 0.916 0.084
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.5115 0.7915 0.016 0.188 0.796
#> SRR1608608 3 0.5115 0.7915 0.016 0.188 0.796
#> SRR1608609 3 0.5115 0.7915 0.016 0.188 0.796
#> SRR1608610 3 0.5115 0.7915 0.016 0.188 0.796
#> SRR1608611 3 0.5115 0.7915 0.016 0.188 0.796
#> SRR1608612 3 0.5115 0.7915 0.016 0.188 0.796
#> SRR1608613 3 0.5366 0.7785 0.016 0.208 0.776
#> SRR1608614 3 0.5366 0.7785 0.016 0.208 0.776
#> SRR1608615 3 0.5366 0.7785 0.016 0.208 0.776
#> SRR1608616 3 0.5414 0.7753 0.016 0.212 0.772
#> SRR1608617 3 0.5366 0.7785 0.016 0.208 0.776
#> SRR1608618 3 0.5366 0.7785 0.016 0.208 0.776
#> SRR1608619 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.4842 0.7691 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608622 3 0.4842 0.7691 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608623 3 0.0424 0.8488 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608624 3 0.4654 0.7819 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608625 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608626 3 0.4654 0.7819 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608627 3 0.4654 0.7819 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608628 3 0.4504 0.7901 0.000 0.196 0.804
#> SRR1608629 3 0.4504 0.7901 0.000 0.196 0.804
#> SRR1608630 3 0.4504 0.7901 0.000 0.196 0.804
#> SRR1608634 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.4663 0.8075 0.016 0.156 0.828
#> SRR1608632 3 0.4663 0.8075 0.016 0.156 0.828
#> SRR1608633 3 0.4663 0.8075 0.016 0.156 0.828
#> SRR1608642 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.1905 0.8462 0.016 0.028 0.956
#> SRR1608644 3 0.1905 0.8462 0.016 0.028 0.956
#> SRR1608645 3 0.1905 0.8462 0.016 0.028 0.956
#> SRR1608646 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.5497 0.6935 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608650 3 0.5529 0.6881 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608651 3 0.5497 0.6935 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608652 3 0.5591 0.6766 0.000 0.304 0.696
#> SRR1608653 3 0.5465 0.6988 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608654 3 0.5465 0.6988 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608655 3 0.5465 0.6988 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608656 3 0.5497 0.6935 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608665 3 0.5529 0.4620 0.296 0.000 0.704
#> SRR1608666 3 0.5621 0.4385 0.308 0.000 0.692
#> SRR1608667 3 0.5621 0.4385 0.308 0.000 0.692
#> SRR1608668 3 0.5678 0.4185 0.316 0.000 0.684
#> SRR1608669 3 0.5560 0.4526 0.300 0.000 0.700
#> SRR1608670 3 0.5560 0.4526 0.300 0.000 0.700
#> SRR1608671 3 0.5560 0.4526 0.300 0.000 0.700
#> SRR1608672 3 0.5529 0.4620 0.296 0.000 0.704
#> SRR1608681 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608682 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608683 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608684 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608685 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608686 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608687 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608688 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608673 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608674 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608675 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608676 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608677 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608678 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608679 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608680 2 0.0000 0.9762 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608689 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 1 0.5650 0.4924 0.688 0.000 0.312
#> SRR1608698 1 0.5621 0.5018 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608699 1 0.5621 0.5018 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608700 1 0.5621 0.5018 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608701 1 0.5650 0.4924 0.688 0.000 0.312
#> SRR1608702 1 0.5621 0.5018 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608703 1 0.5621 0.5018 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608704 1 0.5650 0.4924 0.688 0.000 0.312
#> SRR1608705 3 0.4974 0.7582 0.000 0.236 0.764
#> SRR1608706 3 0.5058 0.7501 0.000 0.244 0.756
#> SRR1608707 3 0.5098 0.7464 0.000 0.248 0.752
#> SRR1608708 3 0.4974 0.7582 0.000 0.236 0.764
#> SRR1608709 3 0.4931 0.7620 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608710 3 0.4931 0.7620 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608711 3 0.4842 0.7692 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608712 3 0.4931 0.7620 0.000 0.232 0.768
#> SRR1608713 3 0.0747 0.8423 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608714 3 0.0747 0.8423 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608715 3 0.0592 0.8445 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608716 3 0.6180 0.4620 0.000 0.416 0.584
#> SRR1608717 3 0.6180 0.4620 0.000 0.416 0.584
#> SRR1608718 3 0.6180 0.4620 0.000 0.416 0.584
#> SRR1608719 3 0.6180 0.4620 0.000 0.416 0.584
#> SRR1608724 3 0.4555 0.7525 0.200 0.000 0.800
#> SRR1608725 3 0.4555 0.7525 0.200 0.000 0.800
#> SRR1608726 3 0.4555 0.7525 0.200 0.000 0.800
#> SRR1608727 3 0.4555 0.7525 0.200 0.000 0.800
#> SRR1608720 3 0.4897 0.7999 0.016 0.172 0.812
#> SRR1608721 3 0.4897 0.7999 0.016 0.172 0.812
#> SRR1608722 3 0.4897 0.7999 0.016 0.172 0.812
#> SRR1608723 3 0.4897 0.7999 0.016 0.172 0.812
#> SRR1608728 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608737 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608738 3 0.4654 0.7819 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608739 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608740 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608741 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608742 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608743 3 0.4605 0.7847 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608744 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608745 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608746 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608747 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608748 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608749 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608750 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608751 3 0.4346 0.7660 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608752 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.4291 0.7691 0.180 0.000 0.820
#> SRR1608757 3 0.4235 0.7720 0.176 0.000 0.824
#> SRR1608758 3 0.4291 0.7691 0.180 0.000 0.820
#> SRR1608759 3 0.4235 0.7720 0.176 0.000 0.824
#> SRR1608760 3 0.4178 0.7749 0.172 0.000 0.828
#> SRR1608761 3 0.4178 0.7749 0.172 0.000 0.828
#> SRR1608762 3 0.4178 0.7749 0.172 0.000 0.828
#> SRR1608763 3 0.4178 0.7749 0.172 0.000 0.828
#> SRR1608772 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.5621 0.6702 0.000 0.308 0.692
#> SRR1608777 3 0.5591 0.6764 0.000 0.304 0.696
#> SRR1608778 3 0.5621 0.6702 0.000 0.308 0.692
#> SRR1608779 3 0.5529 0.6881 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608780 3 0.5529 0.6881 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608782 3 0.5465 0.6989 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608783 3 0.5529 0.6881 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608784 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.8497 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608805 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608806 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608807 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608808 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608809 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608810 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608811 1 0.0237 0.9195 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.5591 0.6689 0.696 0.000 0.304
#> SRR1608831 1 0.5560 0.6748 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608832 1 0.5529 0.6806 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608833 1 0.5560 0.6748 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608834 1 0.5529 0.6806 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608835 1 0.5560 0.6748 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608836 1 0.5560 0.6748 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608837 1 0.5529 0.6806 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.4291 0.8047 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608847 1 0.4235 0.8081 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608848 1 0.4291 0.8047 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608849 1 0.4178 0.8112 0.828 0.000 0.172
#> SRR1608850 1 0.4291 0.8047 0.820 0.000 0.180
#> SRR1608851 1 0.4235 0.8081 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608852 1 0.4235 0.8081 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608853 1 0.4235 0.8081 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608854 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608880 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608881 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608882 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608883 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608884 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608885 1 0.0424 0.9182 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608886 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608911 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608912 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608913 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608914 1 0.4605 0.7855 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608915 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608916 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608917 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608918 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608919 1 0.4555 0.7891 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608920 1 0.0592 0.9160 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608921 1 0.0592 0.9160 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608922 1 0.3752 0.8323 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608923 1 0.3686 0.8352 0.860 0.000 0.140
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608495 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608496 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608497 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608498 4 0.3560 0.745 0.004 0.140 0.012 0.844
#> SRR1608499 4 0.3560 0.745 0.004 0.140 0.012 0.844
#> SRR1608500 4 0.3612 0.739 0.004 0.144 0.012 0.840
#> SRR1608501 4 0.3560 0.745 0.004 0.140 0.012 0.844
#> SRR1608502 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608503 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608504 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608505 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608510 2 0.0817 0.935 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608511 2 0.0707 0.938 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608512 2 0.0707 0.938 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608513 2 0.0707 0.938 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608506 4 0.3161 0.786 0.000 0.124 0.012 0.864
#> SRR1608507 4 0.3324 0.775 0.000 0.136 0.012 0.852
#> SRR1608508 4 0.3271 0.778 0.000 0.132 0.012 0.856
#> SRR1608509 4 0.3161 0.785 0.000 0.124 0.012 0.864
#> SRR1608514 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0336 0.950 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608523 2 0.0469 0.947 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608524 2 0.0336 0.950 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608525 2 0.0336 0.950 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608526 2 0.4008 0.697 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1608527 2 0.4008 0.698 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1608528 2 0.3942 0.709 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1608529 2 0.4008 0.698 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.5203 0.297 0.000 0.416 0.008 0.576
#> SRR1608543 4 0.5203 0.297 0.000 0.416 0.008 0.576
#> SRR1608544 4 0.5212 0.286 0.000 0.420 0.008 0.572
#> SRR1608545 4 0.5193 0.308 0.000 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608546 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.2593 0.798 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1608551 3 0.2593 0.798 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1608552 3 0.2530 0.801 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1608553 3 0.2593 0.798 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1608554 3 0.2530 0.801 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1608555 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.5769 0.747 0.020 0.032 0.684 0.264
#> SRR1608608 3 0.5769 0.747 0.020 0.032 0.684 0.264
#> SRR1608609 3 0.5769 0.747 0.020 0.032 0.684 0.264
#> SRR1608610 3 0.5769 0.747 0.020 0.032 0.684 0.264
#> SRR1608611 3 0.5769 0.747 0.020 0.032 0.684 0.264
#> SRR1608612 3 0.5769 0.747 0.020 0.032 0.684 0.264
#> SRR1608613 3 0.5811 0.782 0.044 0.028 0.716 0.212
#> SRR1608614 3 0.5821 0.783 0.040 0.032 0.716 0.212
#> SRR1608615 3 0.5811 0.782 0.044 0.028 0.716 0.212
#> SRR1608616 3 0.5821 0.783 0.040 0.032 0.716 0.212
#> SRR1608617 3 0.5821 0.783 0.040 0.032 0.716 0.212
#> SRR1608618 3 0.5811 0.782 0.044 0.028 0.716 0.212
#> SRR1608619 3 0.1940 0.844 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608620 3 0.1940 0.844 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608621 3 0.1489 0.838 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1608622 3 0.1489 0.838 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1608623 3 0.4730 0.615 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608624 3 0.3895 0.834 0.000 0.036 0.832 0.132
#> SRR1608625 3 0.3948 0.833 0.000 0.036 0.828 0.136
#> SRR1608626 3 0.3895 0.834 0.000 0.036 0.832 0.132
#> SRR1608627 3 0.3895 0.834 0.000 0.036 0.832 0.132
#> SRR1608628 3 0.0707 0.838 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608629 3 0.0707 0.838 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608630 3 0.0707 0.838 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608634 4 0.3486 0.682 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608635 4 0.3486 0.682 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608636 4 0.3486 0.682 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608637 4 0.3486 0.682 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1608631 3 0.4088 0.777 0.004 0.000 0.764 0.232
#> SRR1608632 3 0.4088 0.777 0.004 0.000 0.764 0.232
#> SRR1608633 3 0.4088 0.777 0.004 0.000 0.764 0.232
#> SRR1608642 3 0.4431 0.706 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1608638 3 0.0592 0.839 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608639 3 0.0592 0.839 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608640 3 0.0592 0.839 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608641 3 0.0592 0.839 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608643 3 0.1940 0.845 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608644 3 0.1940 0.845 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608645 3 0.1940 0.845 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608646 3 0.4730 0.615 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608647 3 0.4730 0.615 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608648 3 0.4730 0.615 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608657 4 0.1389 0.844 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608658 4 0.1389 0.844 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608659 4 0.1389 0.844 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608660 4 0.1389 0.844 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608661 4 0.1389 0.844 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608662 4 0.1211 0.849 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1608663 4 0.1302 0.847 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1608664 4 0.1211 0.849 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1608649 3 0.1767 0.838 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1608650 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608651 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608652 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608653 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608654 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608655 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608656 3 0.1635 0.838 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR1608665 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608666 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608667 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608668 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608669 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608670 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608671 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608672 4 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608681 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608682 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608683 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608684 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608685 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608686 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608687 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608688 4 0.0707 0.858 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608673 2 0.5075 0.464 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1608674 2 0.5075 0.464 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1608675 2 0.5075 0.464 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1608676 2 0.5075 0.464 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1608677 2 0.5110 0.447 0.000 0.636 0.012 0.352
#> SRR1608678 2 0.5110 0.447 0.000 0.636 0.012 0.352
#> SRR1608679 2 0.5110 0.447 0.000 0.636 0.012 0.352
#> SRR1608680 2 0.5110 0.447 0.000 0.636 0.012 0.352
#> SRR1608689 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608690 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608691 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608692 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608693 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608694 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608695 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608696 4 0.0817 0.857 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608697 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608698 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608699 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608700 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608701 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608702 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608703 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608704 4 0.1792 0.834 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608705 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608706 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608707 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608708 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608709 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608710 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608711 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608712 3 0.1584 0.841 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR1608713 4 0.0592 0.859 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608714 4 0.0592 0.859 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608715 4 0.0592 0.859 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608716 3 0.1557 0.832 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1608717 3 0.1557 0.832 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1608718 3 0.1557 0.832 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1608719 3 0.1557 0.832 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1608724 4 0.4467 0.727 0.172 0.000 0.040 0.788
#> SRR1608725 4 0.4335 0.734 0.168 0.000 0.036 0.796
#> SRR1608726 4 0.4379 0.731 0.172 0.000 0.036 0.792
#> SRR1608727 4 0.4379 0.731 0.172 0.000 0.036 0.792
#> SRR1608720 3 0.3893 0.801 0.008 0.000 0.796 0.196
#> SRR1608721 3 0.3751 0.801 0.004 0.000 0.800 0.196
#> SRR1608722 3 0.3893 0.801 0.008 0.000 0.796 0.196
#> SRR1608723 3 0.3751 0.801 0.004 0.000 0.800 0.196
#> SRR1608728 3 0.2011 0.845 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1608729 3 0.1940 0.845 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608730 3 0.1940 0.845 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608731 3 0.2149 0.844 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608732 3 0.2011 0.845 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1608733 3 0.1867 0.845 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1608734 3 0.2216 0.843 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608735 3 0.1940 0.845 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1608736 3 0.1452 0.842 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1608737 3 0.1356 0.842 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1608738 3 0.1452 0.842 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1608739 3 0.1452 0.842 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1608740 3 0.1356 0.842 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1608741 3 0.1452 0.842 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR1608742 3 0.1356 0.842 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1608743 3 0.1356 0.842 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1608744 3 0.6089 0.626 0.064 0.000 0.608 0.328
#> SRR1608745 3 0.5955 0.631 0.056 0.000 0.616 0.328
#> SRR1608746 3 0.6089 0.626 0.064 0.000 0.608 0.328
#> SRR1608747 3 0.6170 0.614 0.068 0.000 0.600 0.332
#> SRR1608748 3 0.5955 0.631 0.056 0.000 0.616 0.328
#> SRR1608749 3 0.5973 0.624 0.056 0.000 0.612 0.332
#> SRR1608750 3 0.5973 0.625 0.056 0.000 0.612 0.332
#> SRR1608751 3 0.5955 0.631 0.056 0.000 0.616 0.328
#> SRR1608752 3 0.1389 0.826 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608753 3 0.1474 0.824 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608754 3 0.1389 0.826 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608755 3 0.1389 0.826 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1608764 3 0.2530 0.834 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608765 3 0.2589 0.832 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608766 3 0.2704 0.831 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1608767 3 0.2589 0.832 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608768 3 0.2704 0.831 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1608769 3 0.2704 0.831 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1608770 3 0.2814 0.828 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608771 3 0.2814 0.829 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608756 3 0.4737 0.756 0.020 0.000 0.728 0.252
#> SRR1608757 3 0.4737 0.756 0.020 0.000 0.728 0.252
#> SRR1608758 3 0.4776 0.763 0.024 0.000 0.732 0.244
#> SRR1608759 3 0.4675 0.763 0.020 0.000 0.736 0.244
#> SRR1608760 3 0.4599 0.760 0.016 0.000 0.736 0.248
#> SRR1608761 3 0.4599 0.760 0.016 0.000 0.736 0.248
#> SRR1608762 3 0.4630 0.756 0.016 0.000 0.732 0.252
#> SRR1608763 3 0.4737 0.756 0.020 0.000 0.728 0.252
#> SRR1608772 3 0.4072 0.661 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608773 3 0.4072 0.661 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608774 3 0.4040 0.662 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1608775 3 0.4072 0.661 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608776 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608777 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608778 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608779 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608780 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608782 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608783 3 0.1474 0.834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608784 3 0.4605 0.660 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1608785 3 0.4605 0.660 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1608786 3 0.4605 0.660 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1608787 3 0.4605 0.660 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1608788 4 0.4996 0.240 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1608789 4 0.4961 0.338 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1608790 4 0.5000 0.199 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1608791 4 0.4996 0.240 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1608792 4 0.4992 0.264 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1608793 4 0.4992 0.264 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1608794 4 0.4985 0.286 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1608795 4 0.4972 0.318 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1608796 1 0.2271 0.885 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608797 1 0.2198 0.887 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1608798 1 0.2198 0.887 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1608799 1 0.2198 0.887 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1608800 1 0.2198 0.887 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1608801 1 0.2271 0.885 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608802 1 0.2271 0.885 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608803 1 0.2198 0.887 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1608812 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608814 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608815 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608816 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608817 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608818 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608819 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608804 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608805 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608806 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608807 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608808 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608809 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608810 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608811 1 0.0376 0.913 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608822 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608823 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608824 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608825 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608826 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608827 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608828 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608829 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608820 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608821 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608830 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608831 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608832 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608833 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608834 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608835 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608836 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608837 1 0.5387 0.698 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR1608838 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608839 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608840 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608841 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608842 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608843 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608844 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608845 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608846 1 0.5271 0.596 0.640 0.000 0.020 0.340
#> SRR1608847 1 0.5252 0.604 0.644 0.000 0.020 0.336
#> SRR1608848 1 0.5252 0.604 0.644 0.000 0.020 0.336
#> SRR1608849 1 0.5130 0.615 0.652 0.000 0.016 0.332
#> SRR1608850 1 0.5252 0.604 0.644 0.000 0.020 0.336
#> SRR1608851 1 0.5149 0.608 0.648 0.000 0.016 0.336
#> SRR1608852 1 0.5289 0.589 0.636 0.000 0.020 0.344
#> SRR1608853 1 0.5252 0.604 0.644 0.000 0.020 0.336
#> SRR1608854 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608863 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608864 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608865 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608866 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608867 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608868 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608869 1 0.0657 0.912 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608870 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608871 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608872 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608873 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608874 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608875 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608876 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608877 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608878 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608880 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608881 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608882 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608883 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608884 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608885 1 0.1938 0.896 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR1608886 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608887 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608888 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608889 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608890 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608891 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608892 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608893 1 0.0779 0.911 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608894 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608895 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608896 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608897 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608898 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608899 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608901 1 0.0188 0.915 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608902 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.915 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.5309 0.701 0.700 0.000 0.044 0.256
#> SRR1608911 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608912 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608913 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608914 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608915 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608916 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608917 1 0.5279 0.706 0.704 0.000 0.044 0.252
#> SRR1608918 1 0.4552 0.788 0.784 0.000 0.044 0.172
#> SRR1608919 1 0.4552 0.788 0.784 0.000 0.044 0.172
#> SRR1608920 1 0.2611 0.872 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1608921 1 0.2611 0.872 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1608922 1 0.4552 0.788 0.784 0.000 0.044 0.172
#> SRR1608923 1 0.4467 0.791 0.788 0.000 0.040 0.172
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 4 0.3535 0.760 0.000 0.028 0.000 0.808 0.164
#> SRR1608499 4 0.3844 0.749 0.000 0.044 0.000 0.792 0.164
#> SRR1608500 4 0.3695 0.755 0.000 0.036 0.000 0.800 0.164
#> SRR1608501 4 0.3616 0.758 0.000 0.032 0.000 0.804 0.164
#> SRR1608502 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0290 0.983 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0290 0.983 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0290 0.983 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0290 0.983 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608507 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608508 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608509 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0324 0.983 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608523 2 0.0324 0.983 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608524 2 0.0324 0.983 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608525 2 0.0324 0.983 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608526 2 0.3432 0.807 0.000 0.828 0.040 0.000 0.132
#> SRR1608527 2 0.3193 0.823 0.000 0.840 0.028 0.000 0.132
#> SRR1608528 2 0.3099 0.833 0.000 0.848 0.028 0.000 0.124
#> SRR1608529 2 0.3152 0.823 0.000 0.840 0.024 0.000 0.136
#> SRR1608530 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.1197 0.941 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608535 2 0.1270 0.937 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608536 2 0.1197 0.942 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608537 2 0.1043 0.950 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.1168 0.891 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR1608543 4 0.1168 0.891 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR1608544 4 0.1195 0.892 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> SRR1608545 4 0.1168 0.891 0.000 0.032 0.008 0.960 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 5 0.6191 0.474 0.000 0.172 0.292 0.000 0.536
#> SRR1608551 5 0.6219 0.471 0.000 0.176 0.292 0.000 0.532
#> SRR1608552 5 0.6103 0.482 0.000 0.160 0.292 0.000 0.548
#> SRR1608553 5 0.5974 0.490 0.000 0.144 0.292 0.000 0.564
#> SRR1608554 5 0.6163 0.477 0.000 0.168 0.292 0.000 0.540
#> SRR1608555 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.1954 0.839 0.028 0.000 0.932 0.008 0.032
#> SRR1608608 3 0.1739 0.841 0.024 0.000 0.940 0.004 0.032
#> SRR1608609 3 0.1954 0.839 0.028 0.000 0.932 0.008 0.032
#> SRR1608610 3 0.1865 0.841 0.024 0.000 0.936 0.008 0.032
#> SRR1608611 3 0.1954 0.839 0.028 0.000 0.932 0.008 0.032
#> SRR1608612 3 0.1954 0.839 0.028 0.000 0.932 0.008 0.032
#> SRR1608613 3 0.2209 0.820 0.056 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR1608614 3 0.2209 0.820 0.056 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR1608615 3 0.2209 0.820 0.056 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR1608616 3 0.2209 0.820 0.056 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR1608617 3 0.2209 0.820 0.056 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR1608618 3 0.2209 0.820 0.056 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR1608619 3 0.0963 0.848 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608620 3 0.1043 0.847 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608621 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608622 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608623 3 0.2196 0.832 0.004 0.000 0.916 0.056 0.024
#> SRR1608624 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.1732 0.804 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608629 3 0.1608 0.812 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608630 3 0.1608 0.812 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608634 3 0.6039 0.391 0.000 0.000 0.552 0.148 0.300
#> SRR1608635 3 0.5972 0.404 0.000 0.000 0.560 0.140 0.300
#> SRR1608636 3 0.5937 0.410 0.000 0.000 0.564 0.136 0.300
#> SRR1608637 3 0.5917 0.410 0.000 0.000 0.564 0.132 0.304
#> SRR1608631 3 0.0854 0.852 0.004 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1608632 3 0.0854 0.852 0.004 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1608633 3 0.0854 0.852 0.004 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1608642 3 0.1211 0.850 0.000 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608638 3 0.2377 0.788 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608639 3 0.2377 0.788 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608640 3 0.2377 0.788 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608641 3 0.2377 0.788 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608643 3 0.0162 0.851 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608644 3 0.0162 0.851 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608645 3 0.0162 0.851 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608646 3 0.1628 0.839 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1608647 3 0.1697 0.836 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR1608648 3 0.1697 0.836 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR1608657 4 0.1831 0.867 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608658 4 0.1704 0.873 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> SRR1608659 4 0.1768 0.871 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR1608660 4 0.1768 0.871 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR1608661 4 0.1768 0.871 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR1608662 4 0.1704 0.873 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> SRR1608663 4 0.1768 0.871 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR1608664 4 0.1704 0.873 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> SRR1608649 5 0.4383 0.455 0.004 0.000 0.424 0.000 0.572
#> SRR1608650 5 0.4397 0.440 0.004 0.000 0.432 0.000 0.564
#> SRR1608651 5 0.4390 0.448 0.004 0.000 0.428 0.000 0.568
#> SRR1608652 5 0.4383 0.455 0.004 0.000 0.424 0.000 0.572
#> SRR1608653 5 0.4383 0.455 0.004 0.000 0.424 0.000 0.572
#> SRR1608654 5 0.4242 0.454 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1608655 5 0.4242 0.454 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1608656 5 0.4242 0.454 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1608665 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608666 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608667 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608668 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608669 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608670 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608671 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608672 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608681 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608682 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608683 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608684 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608685 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608686 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608687 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608688 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608673 4 0.4227 0.357 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1608674 4 0.4227 0.357 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1608675 4 0.4242 0.335 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1608676 4 0.4219 0.368 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1608677 4 0.4219 0.368 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1608678 4 0.4210 0.378 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608679 4 0.4210 0.378 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608680 4 0.4201 0.386 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1608689 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608690 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608691 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608692 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608693 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608694 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608695 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608696 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608697 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608698 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608699 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608700 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608701 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608702 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608703 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608704 4 0.0162 0.910 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608705 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608706 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608707 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608708 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608709 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608710 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608711 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608712 5 0.4350 0.480 0.000 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1608713 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.1121 0.833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608717 3 0.1121 0.833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608718 3 0.1121 0.833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608719 3 0.1121 0.833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608724 3 0.5621 0.425 0.036 0.000 0.596 0.336 0.032
#> SRR1608725 3 0.5517 0.415 0.032 0.000 0.592 0.348 0.028
#> SRR1608726 3 0.5561 0.422 0.036 0.000 0.596 0.340 0.028
#> SRR1608727 3 0.5561 0.422 0.036 0.000 0.596 0.340 0.028
#> SRR1608720 3 0.0451 0.852 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608721 3 0.0451 0.852 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608722 3 0.0451 0.852 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608723 3 0.0451 0.852 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608728 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608729 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608730 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608731 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608732 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608733 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608734 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608735 3 0.1043 0.848 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608736 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608737 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608738 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608739 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608740 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608741 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608742 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608743 3 0.0162 0.850 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608744 3 0.3178 0.798 0.068 0.000 0.872 0.024 0.036
#> SRR1608745 3 0.3113 0.802 0.064 0.000 0.876 0.024 0.036
#> SRR1608746 3 0.3240 0.794 0.072 0.000 0.868 0.024 0.036
#> SRR1608747 3 0.3240 0.794 0.072 0.000 0.868 0.024 0.036
#> SRR1608748 3 0.3113 0.802 0.064 0.000 0.876 0.024 0.036
#> SRR1608749 3 0.3113 0.802 0.064 0.000 0.876 0.024 0.036
#> SRR1608750 3 0.3178 0.798 0.068 0.000 0.872 0.024 0.036
#> SRR1608751 3 0.3113 0.802 0.064 0.000 0.876 0.024 0.036
#> SRR1608752 3 0.4210 0.393 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608753 3 0.4210 0.393 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608754 3 0.4210 0.393 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608755 3 0.4210 0.393 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608764 3 0.3305 0.687 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1608765 3 0.3480 0.657 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1608766 3 0.3424 0.667 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1608767 3 0.3452 0.662 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1608768 3 0.3366 0.677 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1608769 3 0.3480 0.657 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1608770 3 0.3424 0.667 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1608771 3 0.3395 0.672 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1608756 3 0.1503 0.848 0.020 0.000 0.952 0.008 0.020
#> SRR1608757 3 0.1405 0.849 0.016 0.000 0.956 0.008 0.020
#> SRR1608758 3 0.1405 0.849 0.016 0.000 0.956 0.008 0.020
#> SRR1608759 3 0.1503 0.848 0.020 0.000 0.952 0.008 0.020
#> SRR1608760 3 0.1405 0.849 0.016 0.000 0.956 0.008 0.020
#> SRR1608761 3 0.1306 0.850 0.016 0.000 0.960 0.008 0.016
#> SRR1608762 3 0.1405 0.849 0.016 0.000 0.956 0.008 0.020
#> SRR1608763 3 0.1405 0.849 0.016 0.000 0.956 0.008 0.020
#> SRR1608772 3 0.4537 0.419 0.000 0.000 0.592 0.012 0.396
#> SRR1608773 3 0.4547 0.411 0.000 0.000 0.588 0.012 0.400
#> SRR1608774 3 0.4537 0.419 0.000 0.000 0.592 0.012 0.396
#> SRR1608775 3 0.4537 0.419 0.000 0.000 0.592 0.012 0.396
#> SRR1608776 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608777 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608778 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608779 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608780 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608782 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608783 3 0.0609 0.846 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608784 3 0.1195 0.851 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1608785 3 0.1281 0.849 0.000 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR1608786 3 0.1195 0.851 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1608787 3 0.1195 0.851 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1608788 4 0.2775 0.824 0.100 0.000 0.004 0.876 0.020
#> SRR1608789 4 0.2490 0.843 0.080 0.000 0.004 0.896 0.020
#> SRR1608790 4 0.2972 0.812 0.108 0.000 0.004 0.864 0.024
#> SRR1608791 4 0.3218 0.789 0.128 0.000 0.004 0.844 0.024
#> SRR1608792 4 0.2490 0.843 0.080 0.000 0.004 0.896 0.020
#> SRR1608793 4 0.2608 0.836 0.088 0.000 0.004 0.888 0.020
#> SRR1608794 4 0.2490 0.843 0.080 0.000 0.004 0.896 0.020
#> SRR1608795 4 0.2490 0.843 0.080 0.000 0.004 0.896 0.020
#> SRR1608796 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608797 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608798 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608799 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608800 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608801 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608802 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608803 1 0.2891 0.819 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608812 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608814 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608815 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608816 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608817 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608818 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608819 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608804 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608805 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608806 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608807 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608808 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608809 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608810 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608811 1 0.1251 0.879 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> SRR1608822 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608823 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608824 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608825 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608826 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608827 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608828 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608829 1 0.0510 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608820 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608821 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608830 5 0.2329 0.510 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1608831 5 0.2648 0.486 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1608832 5 0.2424 0.505 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1608833 5 0.2516 0.498 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1608834 5 0.2648 0.486 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1608835 5 0.2329 0.510 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1608836 5 0.2471 0.502 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608837 5 0.2471 0.502 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608838 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608839 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608840 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608841 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608842 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608843 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608844 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608845 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608846 1 0.4090 0.705 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> SRR1608847 1 0.4090 0.705 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> SRR1608848 1 0.4090 0.705 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> SRR1608849 1 0.4090 0.705 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> SRR1608850 1 0.4114 0.699 0.712 0.000 0.000 0.016 0.272
#> SRR1608851 1 0.4090 0.705 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> SRR1608852 1 0.4114 0.699 0.712 0.000 0.000 0.016 0.272
#> SRR1608853 1 0.4090 0.705 0.716 0.000 0.000 0.016 0.268
#> SRR1608854 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608855 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608856 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608857 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608858 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608859 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608860 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608861 1 0.0510 0.890 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608862 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608863 1 0.1608 0.876 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1608864 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608865 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608866 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608867 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608868 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608869 1 0.1671 0.875 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608870 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608871 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608872 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608873 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608874 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608875 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608876 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608877 1 0.1043 0.880 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608878 1 0.3177 0.791 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1608880 1 0.3210 0.787 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1608881 1 0.3177 0.791 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1608882 1 0.3210 0.787 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1608883 1 0.3210 0.787 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1608884 1 0.3210 0.787 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1608885 1 0.3177 0.791 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1608886 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608887 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608888 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608889 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608890 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608891 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608892 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608893 1 0.2127 0.862 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608894 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608895 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608896 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608897 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608898 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608899 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608901 1 0.0963 0.883 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608902 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608903 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608904 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608905 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608906 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608907 1 0.0162 0.891 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608908 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608909 1 0.0290 0.891 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608910 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608911 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608912 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608913 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608914 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608915 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608916 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608917 5 0.4450 -0.227 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> SRR1608918 1 0.4434 0.343 0.536 0.000 0.000 0.004 0.460
#> SRR1608919 1 0.4434 0.343 0.536 0.000 0.000 0.004 0.460
#> SRR1608920 1 0.3109 0.799 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608921 1 0.3143 0.795 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1608922 1 0.4015 0.599 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1608923 1 0.3999 0.606 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 5 0.4392 0.338 0.040 0.000 0.000 0.332 0.628 0.000
#> SRR1608499 5 0.4518 0.314 0.032 0.008 0.000 0.336 0.624 0.000
#> SRR1608500 5 0.4332 0.367 0.040 0.000 0.000 0.316 0.644 0.000
#> SRR1608501 5 0.4363 0.353 0.040 0.000 0.000 0.324 0.636 0.000
#> SRR1608502 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.4050 0.716 0.000 0.752 0.000 0.000 0.152 0.096
#> SRR1608511 2 0.4085 0.711 0.000 0.748 0.000 0.000 0.156 0.096
#> SRR1608512 2 0.4050 0.716 0.000 0.752 0.000 0.000 0.152 0.096
#> SRR1608513 2 0.3956 0.727 0.000 0.760 0.000 0.000 0.152 0.088
#> SRR1608506 4 0.0146 0.891 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608507 4 0.0146 0.891 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608508 4 0.0146 0.891 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608509 4 0.0146 0.891 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608514 2 0.0146 0.957 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608515 2 0.0146 0.957 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608516 2 0.0146 0.957 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608517 2 0.0146 0.957 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608518 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.3055 0.820 0.000 0.840 0.000 0.000 0.096 0.064
#> SRR1608523 2 0.3150 0.812 0.000 0.832 0.000 0.000 0.104 0.064
#> SRR1608524 2 0.2937 0.828 0.000 0.848 0.000 0.000 0.096 0.056
#> SRR1608525 2 0.2897 0.832 0.000 0.852 0.000 0.000 0.088 0.060
#> SRR1608526 6 0.2003 0.821 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608527 6 0.1910 0.828 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1608528 6 0.2003 0.821 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608529 6 0.1863 0.832 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1608530 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3695 0.368 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.3727 0.335 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.3756 0.300 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.3706 0.355 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.0146 0.891 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608543 4 0.0146 0.891 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608544 4 0.0146 0.891 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608545 4 0.0146 0.891 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0713 0.938 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608547 2 0.0632 0.942 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608548 2 0.0713 0.938 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608549 2 0.0632 0.942 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608550 6 0.2593 0.824 0.000 0.000 0.008 0.000 0.148 0.844
#> SRR1608551 6 0.2553 0.826 0.000 0.000 0.008 0.000 0.144 0.848
#> SRR1608552 6 0.2584 0.827 0.000 0.004 0.004 0.000 0.144 0.848
#> SRR1608553 6 0.2584 0.827 0.000 0.004 0.004 0.000 0.144 0.848
#> SRR1608554 6 0.2553 0.826 0.000 0.000 0.008 0.000 0.144 0.848
#> SRR1608555 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.1297 0.909 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608608 3 0.1082 0.912 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608609 3 0.1082 0.912 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608610 3 0.1297 0.909 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608611 3 0.1367 0.907 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608612 3 0.1082 0.912 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608613 3 0.2876 0.845 0.056 0.000 0.860 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608614 3 0.2876 0.845 0.056 0.000 0.860 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608615 3 0.2876 0.845 0.056 0.000 0.860 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608616 3 0.2876 0.845 0.056 0.000 0.860 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608617 3 0.2876 0.845 0.056 0.000 0.860 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608618 3 0.2876 0.845 0.056 0.000 0.860 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608619 3 0.0291 0.920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608620 3 0.0260 0.920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608621 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608622 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608623 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608625 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608626 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608627 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608628 3 0.2762 0.781 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608629 3 0.2597 0.804 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1608630 3 0.2562 0.808 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1608634 3 0.3464 0.586 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1608635 3 0.3464 0.586 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1608636 3 0.3464 0.586 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1608637 3 0.3446 0.592 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1608631 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608632 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608633 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608642 3 0.0260 0.920 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608638 3 0.1588 0.888 0.000 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1608639 3 0.1501 0.887 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608640 3 0.1556 0.884 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1608641 3 0.1444 0.890 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1608643 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608644 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608645 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608646 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608647 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608648 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608657 4 0.3838 0.445 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608658 4 0.3838 0.445 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608659 4 0.3828 0.457 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1608660 4 0.3857 0.410 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1608661 4 0.3833 0.450 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1608662 4 0.3804 0.485 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1608663 4 0.3817 0.471 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1608664 4 0.3804 0.485 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1608649 6 0.1007 0.890 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608650 6 0.1075 0.889 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1608651 6 0.0937 0.891 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608652 6 0.1007 0.890 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608653 6 0.1075 0.889 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1608654 6 0.1007 0.890 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608655 6 0.1075 0.889 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1608656 6 0.1075 0.889 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1608665 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608673 4 0.4828 0.407 0.000 0.368 0.000 0.568 0.064 0.000
#> SRR1608674 4 0.4838 0.397 0.000 0.372 0.000 0.564 0.064 0.000
#> SRR1608675 4 0.4903 0.373 0.000 0.380 0.000 0.552 0.068 0.000
#> SRR1608676 4 0.4866 0.413 0.000 0.364 0.000 0.568 0.068 0.000
#> SRR1608677 4 0.4818 0.416 0.000 0.364 0.000 0.572 0.064 0.000
#> SRR1608678 4 0.4846 0.430 0.000 0.356 0.000 0.576 0.068 0.000
#> SRR1608679 4 0.4835 0.439 0.000 0.352 0.000 0.580 0.068 0.000
#> SRR1608680 4 0.4835 0.439 0.000 0.352 0.000 0.580 0.068 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608706 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608707 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608708 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608709 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608710 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608711 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608712 6 0.0458 0.893 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608713 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.3073 0.775 0.000 0.000 0.788 0.000 0.008 0.204
#> SRR1608717 3 0.2915 0.799 0.000 0.000 0.808 0.000 0.008 0.184
#> SRR1608718 3 0.2948 0.794 0.000 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR1608719 3 0.3012 0.785 0.000 0.000 0.796 0.000 0.008 0.196
#> SRR1608724 3 0.3362 0.827 0.068 0.000 0.840 0.008 0.076 0.008
#> SRR1608725 3 0.3604 0.823 0.060 0.000 0.832 0.024 0.076 0.008
#> SRR1608726 3 0.3362 0.827 0.068 0.000 0.840 0.008 0.076 0.008
#> SRR1608727 3 0.3362 0.827 0.068 0.000 0.840 0.008 0.076 0.008
#> SRR1608720 3 0.0508 0.921 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608721 3 0.0508 0.921 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608722 3 0.0508 0.921 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608723 3 0.0508 0.921 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608728 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608729 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608730 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608731 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608732 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608733 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608734 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608735 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608736 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608737 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608738 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608739 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608740 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608741 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608742 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608743 3 0.0146 0.921 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608744 3 0.1382 0.909 0.008 0.000 0.948 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608745 3 0.1116 0.914 0.004 0.000 0.960 0.000 0.028 0.008
#> SRR1608746 3 0.1483 0.907 0.012 0.000 0.944 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608747 3 0.1483 0.907 0.012 0.000 0.944 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608748 3 0.1382 0.909 0.008 0.000 0.948 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608749 3 0.1268 0.911 0.004 0.000 0.952 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608750 3 0.1307 0.910 0.008 0.000 0.952 0.000 0.032 0.008
#> SRR1608751 3 0.1268 0.911 0.004 0.000 0.952 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608752 5 0.3601 0.339 0.000 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR1608753 5 0.3690 0.340 0.000 0.000 0.308 0.000 0.684 0.008
#> SRR1608754 5 0.3707 0.339 0.000 0.000 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR1608755 5 0.3690 0.340 0.000 0.000 0.308 0.000 0.684 0.008
#> SRR1608764 3 0.1387 0.892 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608765 3 0.1387 0.892 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608766 3 0.1327 0.895 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1608767 3 0.1444 0.889 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1608768 3 0.1387 0.892 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608769 3 0.1387 0.892 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608770 3 0.1387 0.892 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608771 3 0.1387 0.892 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608756 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608757 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608758 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608759 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608760 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608761 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608762 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608763 3 0.0363 0.921 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608772 3 0.3727 0.434 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608773 3 0.3727 0.434 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608774 3 0.3727 0.434 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608775 3 0.3727 0.434 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608776 3 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608777 3 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608778 3 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608779 3 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608780 3 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608782 3 0.1863 0.875 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608783 3 0.1910 0.873 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608784 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 4 0.1078 0.868 0.016 0.000 0.000 0.964 0.012 0.008
#> SRR1608789 4 0.0767 0.878 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1608790 4 0.0984 0.871 0.012 0.000 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR1608791 4 0.1251 0.860 0.024 0.000 0.000 0.956 0.012 0.008
#> SRR1608792 4 0.0881 0.875 0.008 0.000 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1608793 4 0.0881 0.875 0.008 0.000 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1608794 4 0.0881 0.875 0.008 0.000 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1608795 4 0.0767 0.878 0.008 0.000 0.000 0.976 0.012 0.004
#> SRR1608796 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608797 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608798 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608799 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608800 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608801 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608802 1 0.2562 0.748 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1608803 1 0.2527 0.752 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608812 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608814 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608815 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608816 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608817 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608818 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608819 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608804 6 0.2416 0.798 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608805 6 0.2416 0.798 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608806 6 0.2416 0.798 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608807 6 0.2454 0.791 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608808 6 0.2416 0.798 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608809 6 0.2416 0.798 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608810 6 0.2416 0.798 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608811 6 0.2378 0.801 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1608822 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608823 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608824 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608825 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608826 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608827 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608828 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608829 1 0.0665 0.835 0.980 0.000 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608820 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608821 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608830 5 0.4526 0.652 0.244 0.000 0.000 0.000 0.676 0.080
#> SRR1608831 5 0.4592 0.649 0.256 0.000 0.000 0.000 0.664 0.080
#> SRR1608832 5 0.4592 0.649 0.256 0.000 0.000 0.000 0.664 0.080
#> SRR1608833 5 0.4544 0.649 0.256 0.000 0.000 0.000 0.668 0.076
#> SRR1608834 5 0.4570 0.651 0.252 0.000 0.000 0.000 0.668 0.080
#> SRR1608835 5 0.4526 0.652 0.244 0.000 0.000 0.000 0.676 0.080
#> SRR1608836 5 0.4526 0.652 0.244 0.000 0.000 0.000 0.676 0.080
#> SRR1608837 5 0.4548 0.652 0.248 0.000 0.000 0.000 0.672 0.080
#> SRR1608838 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608839 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608840 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608841 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608842 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608843 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608844 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608845 1 0.1845 0.813 0.916 0.000 0.004 0.000 0.072 0.008
#> SRR1608846 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608847 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608848 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608849 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608850 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608851 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608852 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608853 1 0.3409 0.549 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1608854 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608855 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608856 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608857 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608858 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608859 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608860 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608861 1 0.0260 0.836 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608862 1 0.2164 0.810 0.900 0.000 0.000 0.000 0.068 0.032
#> SRR1608863 1 0.2088 0.811 0.904 0.000 0.000 0.000 0.068 0.028
#> SRR1608864 1 0.2164 0.810 0.900 0.000 0.000 0.000 0.068 0.032
#> SRR1608865 1 0.2237 0.808 0.896 0.000 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR1608866 1 0.2088 0.811 0.904 0.000 0.000 0.000 0.068 0.028
#> SRR1608867 1 0.2164 0.810 0.900 0.000 0.000 0.000 0.068 0.032
#> SRR1608868 1 0.2088 0.811 0.904 0.000 0.000 0.000 0.068 0.028
#> SRR1608869 1 0.2164 0.810 0.900 0.000 0.000 0.000 0.068 0.032
#> SRR1608870 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608871 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608872 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608873 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608874 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608875 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608876 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608877 1 0.2062 0.801 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1608878 1 0.2664 0.735 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608880 1 0.2664 0.735 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608881 1 0.2664 0.735 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608882 1 0.2664 0.735 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608883 1 0.2697 0.730 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1608884 1 0.2664 0.735 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608885 1 0.2664 0.735 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1608886 1 0.2255 0.806 0.892 0.000 0.000 0.000 0.080 0.028
#> SRR1608887 1 0.2350 0.804 0.888 0.000 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR1608888 1 0.2201 0.808 0.896 0.000 0.000 0.000 0.076 0.028
#> SRR1608889 1 0.2350 0.804 0.888 0.000 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR1608890 1 0.2350 0.804 0.888 0.000 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR1608891 1 0.2201 0.808 0.896 0.000 0.000 0.000 0.076 0.028
#> SRR1608892 1 0.2277 0.806 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR1608893 1 0.2201 0.808 0.896 0.000 0.000 0.000 0.076 0.028
#> SRR1608894 1 0.1728 0.818 0.924 0.000 0.004 0.000 0.064 0.008
#> SRR1608895 1 0.1728 0.818 0.924 0.000 0.004 0.000 0.064 0.008
#> SRR1608896 1 0.1728 0.818 0.924 0.000 0.004 0.000 0.064 0.008
#> SRR1608897 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608898 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608899 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608901 1 0.1787 0.816 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> SRR1608902 1 0.0458 0.834 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608903 1 0.0458 0.834 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608904 1 0.0363 0.834 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608905 1 0.0363 0.834 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608906 1 0.0363 0.834 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608907 1 0.0363 0.834 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608908 1 0.0363 0.834 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608909 1 0.0458 0.834 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608910 5 0.3828 0.428 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608911 5 0.3854 0.365 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1608912 5 0.3851 0.379 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1608913 5 0.3851 0.378 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1608914 5 0.3823 0.435 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1608915 5 0.3828 0.428 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608916 5 0.3843 0.400 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1608917 5 0.3847 0.390 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR1608918 1 0.3996 -0.220 0.512 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004
#> SRR1608919 1 0.3996 -0.220 0.512 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004
#> SRR1608920 1 0.2762 0.723 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1608921 1 0.2762 0.723 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1608922 1 0.3578 0.411 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1608923 1 0.3563 0.424 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.451 0.874 0.890 0.3434 0.612 0.612
#> 3 3 0.716 0.849 0.917 0.3107 0.892 0.824
#> 4 4 0.869 0.916 0.958 0.1354 0.997 0.995
#> 5 5 0.878 0.911 0.928 0.0645 0.972 0.944
#> 6 6 0.660 0.808 0.849 0.1118 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608491 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608492 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608493 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608494 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608495 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608496 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608497 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608498 1 0.1414 0.906 0.980 0.020
#> SRR1608499 1 0.1414 0.906 0.980 0.020
#> SRR1608500 1 0.1414 0.906 0.980 0.020
#> SRR1608501 1 0.1414 0.906 0.980 0.020
#> SRR1608502 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608503 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608504 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608505 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608510 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608511 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608512 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608513 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608506 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608507 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608508 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608509 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608514 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608515 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608516 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608517 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608518 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608519 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608520 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608521 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608522 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608523 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608524 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608525 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608526 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608527 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608528 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608529 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608530 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608531 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608532 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608533 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608534 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608535 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608536 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608537 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608538 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608539 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608540 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608541 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608542 1 0.7219 0.659 0.800 0.200
#> SRR1608543 1 0.7219 0.659 0.800 0.200
#> SRR1608544 1 0.7219 0.659 0.800 0.200
#> SRR1608545 1 0.7219 0.659 0.800 0.200
#> SRR1608546 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608547 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608548 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608549 2 0.7745 0.873 0.228 0.772
#> SRR1608550 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608551 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608552 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608553 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608554 2 0.8608 0.955 0.284 0.716
#> SRR1608555 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608556 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608557 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608558 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608559 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608560 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608561 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608562 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608563 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608564 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608565 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608566 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608567 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608568 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608574 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608575 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608576 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608577 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608578 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608569 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608570 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608571 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608572 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608573 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608584 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608585 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608586 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608587 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608588 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608579 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608580 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608581 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608582 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608583 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608589 2 0.8327 0.970 0.264 0.736
#> SRR1608590 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608591 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608592 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608593 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608594 2 0.8661 0.951 0.288 0.712
#> SRR1608595 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608596 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608597 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608598 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608599 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608600 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608601 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608602 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608603 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608604 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608605 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608606 2 0.8267 0.970 0.260 0.740
#> SRR1608607 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608608 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608609 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608610 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608611 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608612 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608613 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608614 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608615 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608616 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608617 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608618 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608619 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608620 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608621 1 0.8386 0.462 0.732 0.268
#> SRR1608622 1 0.8386 0.462 0.732 0.268
#> SRR1608623 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608624 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608625 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608626 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608627 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608628 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608629 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608630 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608634 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608631 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608642 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608638 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608639 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608640 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608641 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608643 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608657 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608658 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608659 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608660 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608661 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608662 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608663 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608664 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608649 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608650 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608651 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608652 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608653 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608654 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608655 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608656 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608665 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608666 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608667 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608668 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608669 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608670 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608671 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608672 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608681 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608682 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608683 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608684 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608685 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608686 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608687 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608688 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608673 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608674 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608675 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608676 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608677 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608678 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608679 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608680 2 0.8443 0.959 0.272 0.728
#> SRR1608689 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608690 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608691 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608692 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608693 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608694 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608695 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608696 1 0.1414 0.910 0.980 0.020
#> SRR1608697 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608698 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608699 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608700 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608701 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608702 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608703 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608704 1 0.1184 0.912 0.984 0.016
#> SRR1608705 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608706 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608707 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608708 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608709 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608710 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608711 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608712 1 0.8144 0.657 0.748 0.252
#> SRR1608713 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608714 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608715 1 0.8267 0.645 0.740 0.260
#> SRR1608716 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608717 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608718 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608719 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608724 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608720 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608721 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608722 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608723 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608728 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608729 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608730 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608731 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608732 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608733 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608734 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608735 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608736 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608737 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608738 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608739 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608740 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608741 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608742 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608743 1 0.6247 0.724 0.844 0.156
#> SRR1608744 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608752 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608753 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608754 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608755 1 0.5408 0.776 0.876 0.124
#> SRR1608764 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608756 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608776 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608777 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608778 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608779 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608780 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608782 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608783 1 0.9248 0.209 0.660 0.340
#> SRR1608784 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608785 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608786 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608787 1 0.0376 0.920 0.996 0.004
#> SRR1608788 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608789 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608790 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608791 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608792 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608793 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608794 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608795 1 0.0672 0.919 0.992 0.008
#> SRR1608796 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.923 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608491 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608492 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608493 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608494 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608495 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608496 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608497 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608498 1 0.1643 0.867 0.956 0.044 0.000
#> SRR1608499 1 0.1643 0.867 0.956 0.044 0.000
#> SRR1608500 1 0.1643 0.867 0.956 0.044 0.000
#> SRR1608501 1 0.1643 0.867 0.956 0.044 0.000
#> SRR1608502 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608503 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608504 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608505 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608510 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608511 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608512 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608513 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608506 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608507 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608508 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608509 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608514 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608515 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608516 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608517 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608518 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608519 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608520 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608521 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608522 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608523 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608524 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608525 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608526 2 0.2448 0.894 0.076 0.924 0.000
#> SRR1608527 2 0.2448 0.894 0.076 0.924 0.000
#> SRR1608528 2 0.2448 0.894 0.076 0.924 0.000
#> SRR1608529 2 0.2448 0.894 0.076 0.924 0.000
#> SRR1608530 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608531 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608532 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608533 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608534 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608535 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608536 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608537 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608538 2 0.0661 0.928 0.008 0.988 0.004
#> SRR1608539 2 0.0661 0.928 0.008 0.988 0.004
#> SRR1608540 2 0.0661 0.928 0.008 0.988 0.004
#> SRR1608541 2 0.0661 0.928 0.008 0.988 0.004
#> SRR1608542 1 0.5167 0.545 0.792 0.192 0.016
#> SRR1608543 1 0.5167 0.545 0.792 0.192 0.016
#> SRR1608544 1 0.5167 0.545 0.792 0.192 0.016
#> SRR1608545 1 0.5167 0.545 0.792 0.192 0.016
#> SRR1608546 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608547 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608548 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608549 2 0.6659 0.742 0.132 0.752 0.116
#> SRR1608550 2 0.2537 0.890 0.080 0.920 0.000
#> SRR1608551 2 0.2537 0.890 0.080 0.920 0.000
#> SRR1608552 2 0.2537 0.890 0.080 0.920 0.000
#> SRR1608553 2 0.2537 0.890 0.080 0.920 0.000
#> SRR1608554 2 0.2537 0.890 0.080 0.920 0.000
#> SRR1608555 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608556 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608557 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608558 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608559 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608560 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608561 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608562 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608563 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608564 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608565 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608566 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608567 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608568 2 0.1031 0.931 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608574 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608575 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608576 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608577 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608578 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608569 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608570 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608571 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608572 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608573 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608584 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608585 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608586 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608587 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608588 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608579 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608580 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608581 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608582 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608583 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608589 2 0.1163 0.931 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608590 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608591 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608592 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608593 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608594 2 0.2356 0.899 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608595 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608596 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608597 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608598 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608599 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608600 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608601 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608602 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608603 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608604 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608605 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608606 2 0.0237 0.926 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608607 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 1 0.5327 0.371 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608622 1 0.5327 0.371 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608623 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608624 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608629 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608630 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608634 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608658 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608659 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608660 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608661 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608662 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608663 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608664 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608649 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608650 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608651 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608652 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608653 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608654 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608655 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608656 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608665 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608666 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608667 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608668 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608669 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608670 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608671 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608672 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608681 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608682 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608683 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608684 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608685 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608686 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608687 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608688 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608673 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608674 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608675 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608676 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608677 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608678 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608679 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608680 3 0.9372 0.024 0.200 0.300 0.500
#> SRR1608689 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608690 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608691 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608692 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608693 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608694 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608695 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608696 1 0.1289 0.894 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608697 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608698 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608699 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608700 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608701 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608702 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608703 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608704 1 0.1163 0.899 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608705 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608706 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608707 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608708 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608709 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608710 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608711 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608712 3 0.6521 0.781 0.496 0.004 0.500
#> SRR1608713 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608714 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608715 3 0.6305 0.788 0.484 0.000 0.516
#> SRR1608716 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608717 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608718 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608719 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608721 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608722 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608723 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608728 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608729 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608730 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608731 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608732 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608733 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608734 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608735 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608736 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608737 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608738 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608739 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608740 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608741 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608742 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608743 1 0.4002 0.651 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608753 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608754 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608755 1 0.3412 0.726 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608764 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608777 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608778 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608779 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608780 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608782 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608783 1 0.5859 0.186 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608784 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608785 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608786 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608787 1 0.0237 0.926 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608788 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608789 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608790 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608791 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608792 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608793 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608794 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608795 1 0.0475 0.923 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608796 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.930 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608491 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608492 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608493 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608494 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608495 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608496 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608497 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608498 1 0.2483 0.889 0.916 0.032 0.000 0.052
#> SRR1608499 1 0.2483 0.889 0.916 0.032 0.000 0.052
#> SRR1608500 1 0.2483 0.889 0.916 0.032 0.000 0.052
#> SRR1608501 1 0.2483 0.889 0.916 0.032 0.000 0.052
#> SRR1608502 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608503 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608504 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608505 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608510 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608511 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608512 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608513 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608506 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608507 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608508 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608509 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608514 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608515 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608516 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608517 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608518 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608519 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608520 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608521 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608522 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608523 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608524 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608525 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608526 2 0.2221 0.897 0.044 0.932 0.008 0.016
#> SRR1608527 2 0.2221 0.897 0.044 0.932 0.008 0.016
#> SRR1608528 2 0.2221 0.897 0.044 0.932 0.008 0.016
#> SRR1608529 2 0.2221 0.897 0.044 0.932 0.008 0.016
#> SRR1608530 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608531 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608532 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608533 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608534 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608535 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608536 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608537 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608538 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608539 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608540 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608541 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608542 1 0.4587 0.733 0.776 0.192 0.028 0.004
#> SRR1608543 1 0.4587 0.733 0.776 0.192 0.028 0.004
#> SRR1608544 1 0.4587 0.733 0.776 0.192 0.028 0.004
#> SRR1608545 1 0.4587 0.733 0.776 0.192 0.028 0.004
#> SRR1608546 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608547 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608548 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608549 2 0.5711 0.736 0.100 0.756 0.116 0.028
#> SRR1608550 2 0.2307 0.893 0.048 0.928 0.008 0.016
#> SRR1608551 2 0.2307 0.893 0.048 0.928 0.008 0.016
#> SRR1608552 2 0.2307 0.893 0.048 0.928 0.008 0.016
#> SRR1608553 2 0.2307 0.893 0.048 0.928 0.008 0.016
#> SRR1608554 2 0.2307 0.893 0.048 0.928 0.008 0.016
#> SRR1608555 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608556 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608557 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608558 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608559 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608560 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608561 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608562 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608563 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608564 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608565 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608566 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608567 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608568 2 0.0657 0.929 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1608574 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608575 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608576 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608577 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608578 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608569 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608570 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608571 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608572 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608573 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608584 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608585 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608586 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608587 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608588 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608579 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608580 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608581 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608582 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608583 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608589 2 0.0779 0.928 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1608590 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608591 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608592 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608593 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608594 2 0.1975 0.897 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR1608595 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608596 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608597 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608598 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608599 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608600 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608601 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608602 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608603 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608604 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608605 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608606 2 0.0592 0.927 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608607 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 1 0.4539 0.635 0.720 0.272 0.008 0.000
#> SRR1608622 1 0.4539 0.635 0.720 0.272 0.008 0.000
#> SRR1608623 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608624 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608629 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608630 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608634 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608658 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608659 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608660 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608661 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608662 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608663 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608664 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608649 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608650 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608651 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608652 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608653 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608654 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608655 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608656 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608665 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608666 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608667 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608668 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608669 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608670 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608671 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608672 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608681 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608682 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608683 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608684 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608685 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608686 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608687 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608688 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608673 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608674 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608675 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608676 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608677 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608678 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608679 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608680 4 0.0712 1.000 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR1608689 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608690 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608691 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608692 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608693 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608694 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608695 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608696 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608697 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608698 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608699 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608700 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608701 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608702 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608703 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608704 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608705 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608706 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608707 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608708 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608709 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608710 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608711 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608712 3 0.0376 0.988 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608713 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608714 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608715 3 0.0336 0.987 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608716 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608717 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608718 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608719 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608721 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608722 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608723 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608728 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608729 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608730 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608731 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608732 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608733 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608734 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608735 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608736 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608737 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608738 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608739 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608740 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608741 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608742 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608743 1 0.3355 0.800 0.836 0.160 0.004 0.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.2704 0.845 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.955 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608777 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608778 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608779 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608780 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608782 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608783 1 0.4955 0.496 0.648 0.344 0.008 0.000
#> SRR1608784 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608785 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608786 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608787 1 0.0188 0.953 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608789 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608790 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608791 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608792 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608793 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608794 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608795 1 0.0376 0.952 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608796 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608797 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608798 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608799 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608800 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608801 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608802 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608803 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608812 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608814 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608815 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608816 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608817 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608818 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608819 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608804 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608805 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608806 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608807 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608808 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608809 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608810 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608811 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608822 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608823 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608824 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608825 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608826 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608827 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608828 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608829 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608820 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608821 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608830 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608831 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608832 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608833 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608834 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608835 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608836 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608837 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608838 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608839 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608840 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608841 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608842 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608843 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608844 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608845 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608846 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608847 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608848 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608849 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608850 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608851 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608852 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608853 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608854 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608855 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608856 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608857 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608858 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608859 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608860 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608861 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608862 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608863 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608864 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608865 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608866 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608867 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608868 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608869 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608870 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608871 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608872 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608873 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608874 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608875 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608876 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608877 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608878 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608880 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608881 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608882 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608883 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608884 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608885 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608886 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608887 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608888 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608889 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608890 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608891 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608892 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608893 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608894 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608895 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608896 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608897 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608898 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608899 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608901 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608902 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608903 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608904 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608905 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608906 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608907 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608908 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608909 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608910 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608911 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608912 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608913 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608914 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608915 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608916 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608917 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608918 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608919 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608920 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608921 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608922 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608923 1 0.0188 0.955 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608491 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608492 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608493 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608494 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608495 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608496 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608497 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608498 1 0.2513 0.883 0.904 0.060 0.000 0.02 0.016
#> SRR1608499 1 0.2513 0.883 0.904 0.060 0.000 0.02 0.016
#> SRR1608500 1 0.2513 0.883 0.904 0.060 0.000 0.02 0.016
#> SRR1608501 1 0.2513 0.883 0.904 0.060 0.000 0.02 0.016
#> SRR1608502 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608503 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608504 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608505 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608510 2 0.0794 0.886 0.000 0.972 0.000 0.00 0.028
#> SRR1608511 2 0.0794 0.886 0.000 0.972 0.000 0.00 0.028
#> SRR1608512 2 0.0794 0.886 0.000 0.972 0.000 0.00 0.028
#> SRR1608513 2 0.0794 0.886 0.000 0.972 0.000 0.00 0.028
#> SRR1608506 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608507 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608508 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608509 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608514 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608515 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608516 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608517 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608518 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608519 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608520 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608521 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608522 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608523 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608524 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608525 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608526 2 0.1885 0.873 0.032 0.936 0.012 0.00 0.020
#> SRR1608527 2 0.1885 0.873 0.032 0.936 0.012 0.00 0.020
#> SRR1608528 2 0.1885 0.873 0.032 0.936 0.012 0.00 0.020
#> SRR1608529 2 0.1885 0.873 0.032 0.936 0.012 0.00 0.020
#> SRR1608530 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608531 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608532 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608533 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608534 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608535 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608536 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608537 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608538 5 0.3452 0.965 0.000 0.244 0.000 0.00 0.756
#> SRR1608539 5 0.3452 0.965 0.000 0.244 0.000 0.00 0.756
#> SRR1608540 5 0.3452 0.965 0.000 0.244 0.000 0.00 0.756
#> SRR1608541 5 0.3452 0.965 0.000 0.244 0.000 0.00 0.756
#> SRR1608542 1 0.4175 0.727 0.764 0.200 0.016 0.00 0.020
#> SRR1608543 1 0.4175 0.727 0.764 0.200 0.016 0.00 0.020
#> SRR1608544 1 0.4175 0.727 0.764 0.200 0.016 0.00 0.020
#> SRR1608545 1 0.4175 0.727 0.764 0.200 0.016 0.00 0.020
#> SRR1608546 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608547 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608548 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608549 2 0.4486 0.769 0.068 0.784 0.024 0.00 0.124
#> SRR1608550 2 0.1869 0.870 0.036 0.936 0.012 0.00 0.016
#> SRR1608551 2 0.1869 0.870 0.036 0.936 0.012 0.00 0.016
#> SRR1608552 2 0.1869 0.870 0.036 0.936 0.012 0.00 0.016
#> SRR1608553 2 0.1869 0.870 0.036 0.936 0.012 0.00 0.016
#> SRR1608554 2 0.1869 0.870 0.036 0.936 0.012 0.00 0.016
#> SRR1608555 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608556 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608557 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608558 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608559 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608560 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608561 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608562 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608563 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608564 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608565 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608566 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608567 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608568 2 0.1270 0.886 0.000 0.948 0.000 0.00 0.052
#> SRR1608574 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608575 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608576 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608577 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608578 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608569 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608570 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608571 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608572 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608573 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608584 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608585 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608586 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608587 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608588 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608579 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608580 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608581 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608582 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608583 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608589 2 0.1197 0.888 0.000 0.952 0.000 0.00 0.048
#> SRR1608590 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608591 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608592 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608593 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608594 2 0.1485 0.886 0.020 0.948 0.000 0.00 0.032
#> SRR1608595 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608596 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608597 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608598 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608599 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608600 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608601 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608602 5 0.2732 0.919 0.000 0.160 0.000 0.00 0.840
#> SRR1608603 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608604 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608605 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608606 5 0.3366 0.976 0.000 0.232 0.000 0.00 0.768
#> SRR1608607 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608608 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608609 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608610 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608611 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608612 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608613 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608614 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608615 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608616 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608617 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608618 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608619 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608620 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608621 1 0.4016 0.638 0.716 0.272 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608622 1 0.4016 0.638 0.716 0.272 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608623 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608624 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608625 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608626 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608627 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608628 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608629 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608630 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608634 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608631 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608642 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608638 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608639 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608640 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608641 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608643 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608657 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608658 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608659 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608660 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608661 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608662 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608663 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608664 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608649 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608650 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608651 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608652 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608653 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608654 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608655 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608656 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608665 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608666 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608667 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608668 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608669 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608670 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608671 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608672 3 0.2127 0.926 0.000 0.000 0.892 0.00 0.108
#> SRR1608681 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608682 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608683 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608684 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608685 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608686 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608687 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608688 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608673 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608678 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608680 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR1608689 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608690 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608691 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608692 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608693 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608694 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608695 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608696 1 0.1399 0.925 0.952 0.000 0.020 0.00 0.028
#> SRR1608697 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608698 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608699 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608700 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608701 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608702 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608703 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608704 1 0.1300 0.928 0.956 0.000 0.016 0.00 0.028
#> SRR1608705 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608706 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608707 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608708 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608709 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608710 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608711 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608712 3 0.0162 0.950 0.000 0.004 0.996 0.00 0.000
#> SRR1608713 3 0.0609 0.945 0.000 0.000 0.980 0.00 0.020
#> SRR1608714 3 0.0609 0.945 0.000 0.000 0.980 0.00 0.020
#> SRR1608715 3 0.0609 0.945 0.000 0.000 0.980 0.00 0.020
#> SRR1608716 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608717 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608718 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608719 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608720 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608721 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608722 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608723 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608728 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608729 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608730 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608731 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608732 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608733 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608734 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608735 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608736 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608737 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608738 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608739 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608740 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608741 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608742 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608743 1 0.2890 0.809 0.836 0.160 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608752 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608753 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608754 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608755 1 0.2329 0.852 0.876 0.124 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608764 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608756 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.948 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608776 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608777 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608778 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608779 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608780 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608782 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608783 1 0.4371 0.495 0.644 0.344 0.012 0.00 0.000
#> SRR1608784 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608785 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608786 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608787 1 0.0162 0.948 0.996 0.004 0.000 0.00 0.000
#> SRR1608788 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608789 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608790 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608791 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608792 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608793 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608794 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608795 1 0.0324 0.947 0.992 0.004 0.004 0.00 0.000
#> SRR1608796 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608797 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608798 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608799 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608800 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608801 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608802 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608803 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608812 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608814 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608815 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608816 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608817 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608818 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608819 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608804 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608805 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608806 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608807 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608808 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608809 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608810 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608811 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608822 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608823 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608824 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608825 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608826 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608827 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608828 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608829 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608820 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608821 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608830 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608831 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608832 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608833 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608834 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608835 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608836 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608837 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608838 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608839 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608840 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608841 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608842 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608843 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608844 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608845 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608846 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608847 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608848 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608849 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608850 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608851 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608852 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608853 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608854 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608855 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608856 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608857 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608858 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608859 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608860 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608861 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608862 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608863 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608864 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608865 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608866 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608867 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608868 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608869 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608870 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608871 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608872 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608873 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608874 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608875 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608876 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608877 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608878 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608880 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608881 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608882 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608883 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608884 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608885 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608886 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608887 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608888 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608889 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608890 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608891 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608892 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608893 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608894 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608895 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608896 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608897 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608898 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608899 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608901 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608902 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608903 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608904 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608905 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608906 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608907 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608908 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608909 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608910 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608911 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608912 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608913 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608914 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608915 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608916 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608917 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608918 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608919 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608920 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608921 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608922 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
#> SRR1608923 1 0.0609 0.950 0.980 0.000 0.000 0.00 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608491 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608492 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608493 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608494 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608495 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608496 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608497 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608498 1 0.3070 0.794 0.856 0.056 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1608499 1 0.3070 0.794 0.856 0.056 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1608500 1 0.3070 0.794 0.856 0.056 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1608501 1 0.3070 0.794 0.856 0.056 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1608502 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608503 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608504 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608505 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608510 2 0.1910 0.883 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 NA
#> SRR1608511 2 0.1910 0.883 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 NA
#> SRR1608512 2 0.1910 0.883 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 NA
#> SRR1608513 2 0.1910 0.883 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 NA
#> SRR1608506 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608507 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608508 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608509 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608514 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608515 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608516 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608517 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608518 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608519 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608520 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608521 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608522 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608523 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608524 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608525 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608526 2 0.2883 0.866 0.016 0.864 0.000 0.000 0.088 NA
#> SRR1608527 2 0.2883 0.866 0.016 0.864 0.000 0.000 0.088 NA
#> SRR1608528 2 0.2883 0.866 0.016 0.864 0.000 0.000 0.088 NA
#> SRR1608529 2 0.2883 0.866 0.016 0.864 0.000 0.000 0.088 NA
#> SRR1608530 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608531 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608532 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608533 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608534 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608535 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608536 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608537 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608538 5 0.2178 0.920 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 NA
#> SRR1608539 5 0.2178 0.920 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 NA
#> SRR1608540 5 0.2178 0.920 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 NA
#> SRR1608541 5 0.2178 0.920 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868 NA
#> SRR1608542 1 0.5714 0.570 0.508 0.196 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608543 1 0.5714 0.570 0.508 0.196 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608544 1 0.5714 0.570 0.508 0.196 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608545 1 0.5714 0.570 0.508 0.196 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608546 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608547 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608548 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608549 2 0.3419 0.753 0.004 0.820 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1608550 2 0.2918 0.862 0.020 0.864 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR1608551 2 0.2918 0.862 0.020 0.864 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR1608552 2 0.2918 0.862 0.020 0.864 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR1608553 2 0.2918 0.862 0.020 0.864 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR1608554 2 0.2918 0.862 0.020 0.864 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR1608555 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608556 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608557 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608558 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608559 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608560 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608561 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608562 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608563 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608564 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608565 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608566 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608567 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608568 2 0.2178 0.883 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR1608574 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608575 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608576 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608577 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608578 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608569 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608570 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608571 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608572 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608573 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608584 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608585 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608586 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608587 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608588 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608579 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608580 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608581 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608582 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608583 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608589 2 0.2135 0.885 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR1608590 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608591 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608592 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608593 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608594 2 0.1219 0.870 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1608595 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608596 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608597 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608598 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608599 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608600 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608601 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608602 5 0.1714 0.753 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR1608603 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608604 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608605 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608606 5 0.2003 0.935 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1608607 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608608 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608609 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608610 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608611 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608612 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608613 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608614 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608615 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608616 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608617 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608618 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608619 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608620 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608621 1 0.5595 0.586 0.540 0.268 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608622 1 0.5595 0.586 0.540 0.268 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608623 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608624 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608625 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608626 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608627 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608628 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608629 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608630 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608634 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608635 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608636 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608637 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608631 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608632 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608633 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608642 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608638 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608639 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608640 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608641 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608643 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608644 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608645 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608646 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608647 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608648 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608657 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608658 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608659 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608660 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608661 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608662 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608663 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608664 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608649 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608650 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608651 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608652 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608653 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608654 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608655 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608656 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608665 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608666 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608667 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608668 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608669 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608670 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608671 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608672 3 0.1265 0.688 0.000 0.008 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1608681 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608682 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608683 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608684 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608685 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608686 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608687 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608688 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608673 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608674 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608675 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608676 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608677 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608678 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608679 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608680 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1608689 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608690 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608691 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608692 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608693 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608694 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608695 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608696 1 0.3727 0.725 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608697 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608698 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608699 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608700 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608701 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608702 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608703 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608704 1 0.3672 0.734 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608705 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608706 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608707 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608708 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608709 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608710 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608711 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608712 3 0.3857 0.743 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 NA
#> SRR1608713 3 0.1863 0.704 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 NA
#> SRR1608714 3 0.1863 0.704 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 NA
#> SRR1608715 3 0.1863 0.704 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 NA
#> SRR1608716 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608717 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608718 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608719 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608724 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608725 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608726 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608727 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608720 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608721 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608722 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608723 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608728 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608729 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608730 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608731 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608732 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608733 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608734 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608735 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608736 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608737 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608738 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608739 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608740 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608741 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608742 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608743 1 0.4915 0.743 0.656 0.156 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608744 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608745 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608746 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608747 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608748 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608749 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608750 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608751 1 0.2883 0.832 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608752 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608753 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608754 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608755 1 0.4634 0.774 0.688 0.124 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608764 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608765 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608766 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608767 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608768 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608769 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608770 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608771 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608756 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608757 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608758 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608759 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608760 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608761 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608762 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608763 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608772 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608773 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608774 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608775 1 0.2854 0.832 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608776 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608777 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608778 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608779 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608780 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608782 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608783 1 0.5691 0.459 0.488 0.340 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608784 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608785 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608786 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608787 1 0.3023 0.831 0.784 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608788 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608789 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608790 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608791 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608792 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608793 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608794 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608795 1 0.3547 0.785 0.696 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608796 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608797 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608798 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608799 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608800 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608801 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608802 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608803 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608812 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608814 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608815 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608816 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608817 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608818 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608819 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608804 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608805 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608806 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608807 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608808 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608809 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608810 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608811 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608822 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608823 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608824 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608825 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608826 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608827 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608828 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608829 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608820 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608821 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608830 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608831 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608832 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608833 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608834 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608835 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608836 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608837 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608838 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608839 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608840 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608841 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608842 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608843 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608844 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608845 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608846 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608847 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608848 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608849 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608850 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608851 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608852 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608853 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608854 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608855 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608856 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608857 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608858 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608859 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608860 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608861 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608862 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608863 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608864 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608865 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608866 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608867 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608868 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608869 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608870 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608871 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608872 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608873 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608874 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608875 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608876 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608877 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608878 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608880 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608881 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608882 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608883 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608884 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608885 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608886 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608887 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608888 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608889 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608890 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608891 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608892 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608893 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608894 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608895 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608896 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608897 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608898 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608899 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608901 1 0.0260 0.834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608902 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608903 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608904 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608905 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608906 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608907 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608908 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608909 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608910 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608911 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608912 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608913 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608914 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608915 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608916 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608917 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608918 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608919 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608920 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608921 1 0.0146 0.835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608922 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1608923 1 0.0000 0.836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.226 0.706 0.790 0.3883 0.642 0.642
#> 3 3 0.398 0.777 0.775 0.5033 0.722 0.567
#> 4 4 0.535 0.863 0.811 0.1722 0.865 0.645
#> 5 5 0.753 0.833 0.823 0.0880 0.992 0.969
#> 6 6 0.761 0.793 0.796 0.0443 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608491 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608492 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608493 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608494 1 0.8661 0.48317 0.712 0.288
#> SRR1608495 1 0.8661 0.48317 0.712 0.288
#> SRR1608496 1 0.8661 0.48317 0.712 0.288
#> SRR1608497 1 0.8661 0.48317 0.712 0.288
#> SRR1608498 1 0.4939 0.68717 0.892 0.108
#> SRR1608499 1 0.4939 0.68717 0.892 0.108
#> SRR1608500 1 0.4939 0.68717 0.892 0.108
#> SRR1608501 1 0.4939 0.68717 0.892 0.108
#> SRR1608502 1 0.8443 0.51526 0.728 0.272
#> SRR1608503 1 0.8443 0.51526 0.728 0.272
#> SRR1608504 1 0.8443 0.51526 0.728 0.272
#> SRR1608505 1 0.8443 0.51526 0.728 0.272
#> SRR1608510 2 0.9608 0.95660 0.384 0.616
#> SRR1608511 2 0.9608 0.95660 0.384 0.616
#> SRR1608512 2 0.9608 0.95660 0.384 0.616
#> SRR1608513 2 0.9608 0.95660 0.384 0.616
#> SRR1608506 1 0.9044 0.41196 0.680 0.320
#> SRR1608507 1 0.9044 0.41196 0.680 0.320
#> SRR1608508 1 0.9044 0.41196 0.680 0.320
#> SRR1608509 1 0.9044 0.41196 0.680 0.320
#> SRR1608514 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608515 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608516 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608517 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608518 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608519 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608520 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608521 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608522 2 0.9580 0.96028 0.380 0.620
#> SRR1608523 2 0.9580 0.96028 0.380 0.620
#> SRR1608524 2 0.9580 0.96028 0.380 0.620
#> SRR1608525 2 0.9580 0.96028 0.380 0.620
#> SRR1608526 2 0.9608 0.95633 0.384 0.616
#> SRR1608527 2 0.9608 0.95633 0.384 0.616
#> SRR1608528 2 0.9608 0.95633 0.384 0.616
#> SRR1608529 2 0.9608 0.95633 0.384 0.616
#> SRR1608530 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608531 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608532 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608533 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608534 2 0.8267 0.80413 0.260 0.740
#> SRR1608535 2 0.8267 0.80413 0.260 0.740
#> SRR1608536 2 0.8267 0.80413 0.260 0.740
#> SRR1608537 2 0.8267 0.80413 0.260 0.740
#> SRR1608538 2 0.9323 0.93867 0.348 0.652
#> SRR1608539 2 0.9323 0.93867 0.348 0.652
#> SRR1608540 2 0.9323 0.93867 0.348 0.652
#> SRR1608541 2 0.9323 0.93867 0.348 0.652
#> SRR1608542 1 0.6247 0.55938 0.844 0.156
#> SRR1608543 1 0.6247 0.55938 0.844 0.156
#> SRR1608544 1 0.6247 0.55938 0.844 0.156
#> SRR1608545 1 0.6247 0.55938 0.844 0.156
#> SRR1608546 2 0.8955 0.86830 0.312 0.688
#> SRR1608547 2 0.8955 0.86830 0.312 0.688
#> SRR1608548 2 0.8955 0.86830 0.312 0.688
#> SRR1608549 2 0.8955 0.86830 0.312 0.688
#> SRR1608550 1 0.8661 0.08844 0.712 0.288
#> SRR1608551 1 0.8661 0.08844 0.712 0.288
#> SRR1608552 1 0.8661 0.08844 0.712 0.288
#> SRR1608553 1 0.8661 0.08844 0.712 0.288
#> SRR1608554 1 0.8661 0.08844 0.712 0.288
#> SRR1608555 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608556 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608557 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608558 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608559 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608560 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608561 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608562 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608563 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608564 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608565 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608566 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608567 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608568 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608574 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608575 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608576 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608577 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608578 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608569 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608570 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608571 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608572 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608573 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608584 2 0.8763 0.87585 0.296 0.704
#> SRR1608585 2 0.8763 0.87585 0.296 0.704
#> SRR1608586 2 0.8763 0.87585 0.296 0.704
#> SRR1608587 2 0.8763 0.87585 0.296 0.704
#> SRR1608588 2 0.8763 0.87585 0.296 0.704
#> SRR1608579 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608580 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608581 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608582 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608583 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608589 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608590 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608591 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608592 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608593 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608594 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608595 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608596 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608597 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608598 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608599 2 0.9460 0.95412 0.364 0.636
#> SRR1608600 2 0.9460 0.95412 0.364 0.636
#> SRR1608601 2 0.9460 0.95412 0.364 0.636
#> SRR1608602 2 0.9460 0.95412 0.364 0.636
#> SRR1608603 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608604 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608605 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608606 2 0.9552 0.96350 0.376 0.624
#> SRR1608607 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608608 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608609 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608610 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608611 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608612 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608613 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608614 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608615 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608616 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608617 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608618 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608619 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608620 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608621 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608622 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608623 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608624 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608625 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608626 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608627 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608628 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608629 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608630 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608634 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608635 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608636 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608637 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608631 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608632 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608633 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608642 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608638 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608639 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608640 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608641 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608643 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608644 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608645 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608646 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608647 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608648 1 0.0376 0.71129 0.996 0.004
#> SRR1608657 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608658 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608659 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608660 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608661 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608662 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608663 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608664 1 0.7883 0.50106 0.764 0.236
#> SRR1608649 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608650 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608651 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608652 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608653 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608654 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608655 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608656 1 0.9170 0.27605 0.668 0.332
#> SRR1608665 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608666 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608667 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608668 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608669 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608670 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608671 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608672 1 0.8909 0.55725 0.692 0.308
#> SRR1608681 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608682 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608683 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608684 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608685 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608686 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608687 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608688 1 0.8207 0.51756 0.744 0.256
#> SRR1608673 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608674 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608675 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608676 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608677 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608678 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608679 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608680 2 0.9460 0.88735 0.364 0.636
#> SRR1608689 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608690 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608691 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608692 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608693 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608694 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608695 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608696 1 0.8144 0.47488 0.748 0.252
#> SRR1608697 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608698 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608699 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608700 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608701 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608702 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608703 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608704 1 0.8267 0.61217 0.740 0.260
#> SRR1608705 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608706 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608707 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608708 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608709 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608710 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608711 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608712 1 0.9686 0.00187 0.604 0.396
#> SRR1608713 1 0.9427 0.32587 0.640 0.360
#> SRR1608714 1 0.9427 0.32587 0.640 0.360
#> SRR1608715 1 0.9427 0.32587 0.640 0.360
#> SRR1608716 1 0.4690 0.60706 0.900 0.100
#> SRR1608717 1 0.4690 0.60706 0.900 0.100
#> SRR1608718 1 0.4690 0.60706 0.900 0.100
#> SRR1608719 1 0.4690 0.60706 0.900 0.100
#> SRR1608724 1 0.2423 0.71728 0.960 0.040
#> SRR1608725 1 0.2423 0.71728 0.960 0.040
#> SRR1608726 1 0.2423 0.71728 0.960 0.040
#> SRR1608727 1 0.2423 0.71728 0.960 0.040
#> SRR1608720 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608721 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608722 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608723 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608728 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608729 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608730 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608731 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608732 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608733 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608734 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608735 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608736 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608737 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608738 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608739 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608740 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608741 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608742 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608743 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608744 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608745 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608746 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608747 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608748 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608749 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608750 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608751 1 0.1843 0.71576 0.972 0.028
#> SRR1608752 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608753 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608754 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608755 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608764 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608765 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608766 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608767 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608768 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608769 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608770 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608771 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608756 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608757 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608758 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608759 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608760 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608761 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608762 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608763 1 0.0938 0.70891 0.988 0.012
#> SRR1608772 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608773 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608774 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608775 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608776 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608777 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608778 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608779 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608780 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608782 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608783 1 0.2043 0.69477 0.968 0.032
#> SRR1608784 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608785 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608786 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608787 1 0.1414 0.70564 0.980 0.020
#> SRR1608788 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608789 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608790 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608791 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608792 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608793 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608794 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608795 1 0.6531 0.72098 0.832 0.168
#> SRR1608796 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608797 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608798 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608799 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608800 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608801 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608802 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608803 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608812 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608814 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608815 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608816 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608817 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608818 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608819 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608804 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608805 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608806 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608807 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608808 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608809 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608810 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608811 1 0.8499 0.70506 0.724 0.276
#> SRR1608822 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608823 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608824 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608825 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608826 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608827 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608828 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608829 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608820 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608821 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608830 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608831 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608832 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608833 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608834 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608835 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608836 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608837 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608838 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608839 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608840 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608841 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608842 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608843 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608844 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608845 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608846 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608847 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608848 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608849 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608850 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608851 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608852 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608853 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608854 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608855 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608856 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608857 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608858 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608859 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608860 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608861 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608862 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608863 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608864 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608865 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608866 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608867 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608868 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608869 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608870 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608871 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608872 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608873 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608874 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608875 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608876 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608877 1 0.8499 0.70868 0.724 0.276
#> SRR1608878 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608880 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608881 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608882 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608883 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608884 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608885 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608886 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608887 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608888 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608889 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608890 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608891 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608892 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608893 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608894 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608895 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608896 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608897 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608898 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608899 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608901 1 0.8443 0.71001 0.728 0.272
#> SRR1608902 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608903 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608904 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608905 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608906 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608907 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608908 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608909 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608910 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608911 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608912 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608913 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608914 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608915 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608916 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608917 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608918 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608919 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608920 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608921 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608922 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
#> SRR1608923 1 0.8499 0.70957 0.724 0.276
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608491 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608492 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608493 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608494 3 0.846 0.523 0.376 0.096 0.528
#> SRR1608495 3 0.846 0.523 0.376 0.096 0.528
#> SRR1608496 3 0.846 0.523 0.376 0.096 0.528
#> SRR1608497 3 0.846 0.523 0.376 0.096 0.528
#> SRR1608498 3 0.826 0.301 0.216 0.152 0.632
#> SRR1608499 3 0.826 0.301 0.216 0.152 0.632
#> SRR1608500 3 0.826 0.301 0.216 0.152 0.632
#> SRR1608501 3 0.826 0.301 0.216 0.152 0.632
#> SRR1608502 3 0.833 0.532 0.356 0.092 0.552
#> SRR1608503 3 0.833 0.532 0.356 0.092 0.552
#> SRR1608504 3 0.833 0.532 0.356 0.092 0.552
#> SRR1608505 3 0.833 0.532 0.356 0.092 0.552
#> SRR1608510 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608511 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608512 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608513 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608506 3 0.889 0.484 0.352 0.132 0.516
#> SRR1608507 3 0.889 0.484 0.352 0.132 0.516
#> SRR1608508 3 0.889 0.484 0.352 0.132 0.516
#> SRR1608509 3 0.889 0.484 0.352 0.132 0.516
#> SRR1608514 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608515 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608516 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608517 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608518 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608519 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608520 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608521 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608522 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608523 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608524 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608525 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608526 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608527 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608528 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608529 2 0.296 0.963 0.008 0.912 0.080
#> SRR1608530 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608531 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608532 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608533 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608534 2 0.566 0.853 0.092 0.808 0.100
#> SRR1608535 2 0.566 0.853 0.092 0.808 0.100
#> SRR1608536 2 0.566 0.853 0.092 0.808 0.100
#> SRR1608537 2 0.566 0.853 0.092 0.808 0.100
#> SRR1608538 2 0.328 0.953 0.024 0.908 0.068
#> SRR1608539 2 0.328 0.953 0.024 0.908 0.068
#> SRR1608540 2 0.328 0.953 0.024 0.908 0.068
#> SRR1608541 2 0.328 0.953 0.024 0.908 0.068
#> SRR1608542 3 0.772 0.649 0.152 0.168 0.680
#> SRR1608543 3 0.772 0.649 0.152 0.168 0.680
#> SRR1608544 3 0.772 0.649 0.152 0.168 0.680
#> SRR1608545 3 0.772 0.649 0.152 0.168 0.680
#> SRR1608546 2 0.404 0.934 0.040 0.880 0.080
#> SRR1608547 2 0.404 0.934 0.040 0.880 0.080
#> SRR1608548 2 0.404 0.934 0.040 0.880 0.080
#> SRR1608549 2 0.404 0.934 0.040 0.880 0.080
#> SRR1608550 3 0.766 0.508 0.064 0.324 0.612
#> SRR1608551 3 0.766 0.508 0.064 0.324 0.612
#> SRR1608552 3 0.766 0.508 0.064 0.324 0.612
#> SRR1608553 3 0.766 0.508 0.064 0.324 0.612
#> SRR1608554 3 0.766 0.508 0.064 0.324 0.612
#> SRR1608555 2 0.346 0.962 0.024 0.900 0.076
#> SRR1608556 2 0.346 0.962 0.024 0.900 0.076
#> SRR1608557 2 0.346 0.962 0.024 0.900 0.076
#> SRR1608558 2 0.346 0.962 0.024 0.900 0.076
#> SRR1608559 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608560 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608561 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608562 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608563 2 0.318 0.964 0.016 0.908 0.076
#> SRR1608564 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608565 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608566 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608567 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608568 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608574 2 0.359 0.961 0.028 0.896 0.076
#> SRR1608575 2 0.359 0.961 0.028 0.896 0.076
#> SRR1608576 2 0.359 0.961 0.028 0.896 0.076
#> SRR1608577 2 0.359 0.961 0.028 0.896 0.076
#> SRR1608578 2 0.359 0.961 0.028 0.896 0.076
#> SRR1608569 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608570 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608571 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608572 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608573 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608584 2 0.298 0.923 0.024 0.920 0.056
#> SRR1608585 2 0.298 0.923 0.024 0.920 0.056
#> SRR1608586 2 0.298 0.923 0.024 0.920 0.056
#> SRR1608587 2 0.298 0.923 0.024 0.920 0.056
#> SRR1608588 2 0.298 0.923 0.024 0.920 0.056
#> SRR1608579 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608580 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608581 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608582 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608583 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608589 2 0.268 0.964 0.004 0.920 0.076
#> SRR1608590 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608591 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608592 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608593 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608594 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608595 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608596 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608597 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608598 2 0.303 0.964 0.012 0.912 0.076
#> SRR1608599 2 0.290 0.958 0.016 0.920 0.064
#> SRR1608600 2 0.290 0.958 0.016 0.920 0.064
#> SRR1608601 2 0.290 0.958 0.016 0.920 0.064
#> SRR1608602 2 0.290 0.958 0.016 0.920 0.064
#> SRR1608603 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608604 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608605 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608606 2 0.371 0.961 0.032 0.892 0.076
#> SRR1608607 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608608 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608609 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608610 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608611 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608612 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608613 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608614 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608615 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608616 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608617 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608618 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608619 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608620 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608621 3 0.327 0.696 0.004 0.104 0.892
#> SRR1608622 3 0.327 0.696 0.004 0.104 0.892
#> SRR1608623 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608624 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608625 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608626 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608627 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608628 3 0.369 0.696 0.012 0.108 0.880
#> SRR1608629 3 0.369 0.696 0.012 0.108 0.880
#> SRR1608630 3 0.369 0.696 0.012 0.108 0.880
#> SRR1608634 3 0.354 0.696 0.012 0.100 0.888
#> SRR1608635 3 0.354 0.696 0.012 0.100 0.888
#> SRR1608636 3 0.354 0.696 0.012 0.100 0.888
#> SRR1608637 3 0.354 0.696 0.012 0.100 0.888
#> SRR1608631 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608632 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608633 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608642 3 0.327 0.697 0.004 0.104 0.892
#> SRR1608638 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608639 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608640 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608641 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608643 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608644 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608645 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608646 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608647 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608648 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608657 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608658 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608659 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608660 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608661 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608662 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608663 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608664 3 0.777 0.564 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608649 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608650 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608651 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608652 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608653 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608654 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608655 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608656 3 0.911 0.486 0.284 0.180 0.536
#> SRR1608665 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608666 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608667 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608668 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608669 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608670 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608671 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608672 3 0.833 0.464 0.436 0.080 0.484
#> SRR1608681 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608682 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608683 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608684 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608685 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608686 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608687 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608688 3 0.780 0.563 0.320 0.072 0.608
#> SRR1608673 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608674 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608675 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608676 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608677 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608678 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608679 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608680 2 0.673 0.820 0.128 0.748 0.124
#> SRR1608689 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608690 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608691 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608692 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608693 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608694 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608695 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608696 3 0.777 0.563 0.316 0.072 0.612
#> SRR1608697 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608698 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608699 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608700 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608701 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608702 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608703 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608704 3 0.797 0.465 0.432 0.060 0.508
#> SRR1608705 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608706 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608707 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608708 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608709 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608710 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608711 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608712 3 0.917 0.476 0.276 0.192 0.532
#> SRR1608713 3 0.911 0.446 0.384 0.144 0.472
#> SRR1608714 3 0.911 0.446 0.384 0.144 0.472
#> SRR1608715 3 0.911 0.446 0.384 0.144 0.472
#> SRR1608716 3 0.406 0.690 0.012 0.128 0.860
#> SRR1608717 3 0.406 0.690 0.012 0.128 0.860
#> SRR1608718 3 0.406 0.690 0.012 0.128 0.860
#> SRR1608719 3 0.406 0.690 0.012 0.128 0.860
#> SRR1608724 3 0.277 0.678 0.008 0.072 0.920
#> SRR1608725 3 0.277 0.678 0.008 0.072 0.920
#> SRR1608726 3 0.277 0.678 0.008 0.072 0.920
#> SRR1608727 3 0.277 0.678 0.008 0.072 0.920
#> SRR1608720 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608721 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608722 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608723 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608728 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608729 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608730 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608731 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608732 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608733 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608734 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608735 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608736 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608737 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608738 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608739 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608740 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608741 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608742 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608743 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608744 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608745 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608746 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608747 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608748 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608749 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608750 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608751 3 0.296 0.687 0.008 0.080 0.912
#> SRR1608752 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608753 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608754 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608755 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608764 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608765 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608766 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608767 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608768 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608769 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608770 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608771 3 0.345 0.697 0.008 0.104 0.888
#> SRR1608756 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608757 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608758 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608759 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608760 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608761 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608762 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608763 3 0.296 0.696 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608772 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608773 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608774 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608775 3 0.362 0.696 0.012 0.104 0.884
#> SRR1608776 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608777 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608778 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608779 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608780 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608782 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608783 3 0.353 0.696 0.008 0.108 0.884
#> SRR1608784 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608785 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608786 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608787 3 0.304 0.696 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608788 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608789 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608790 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608791 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608792 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608793 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608794 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608795 3 0.764 -0.447 0.396 0.048 0.556
#> SRR1608796 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608797 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608798 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608799 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608800 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608801 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608802 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608803 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608812 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608814 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608815 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608816 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608817 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608818 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608819 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608804 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608805 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608806 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608807 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608808 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608809 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608810 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608811 1 0.676 0.976 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608822 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608823 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608824 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608825 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608826 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608827 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608828 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608829 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608820 1 0.725 0.977 0.596 0.036 0.368
#> SRR1608821 1 0.725 0.977 0.596 0.036 0.368
#> SRR1608830 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608831 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608832 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608833 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608834 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608835 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608836 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608837 1 0.674 0.977 0.624 0.020 0.356
#> SRR1608838 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608839 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608840 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608841 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608842 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608843 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608844 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608845 1 0.744 0.974 0.588 0.044 0.368
#> SRR1608846 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608847 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608848 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608849 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608850 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608851 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608852 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608853 1 0.686 0.980 0.620 0.024 0.356
#> SRR1608854 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608855 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608856 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608857 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608858 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608859 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608860 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608861 1 0.703 0.979 0.604 0.028 0.368
#> SRR1608862 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608863 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608864 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608865 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608866 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608867 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608868 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608869 1 0.665 0.980 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608870 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608871 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608872 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608873 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608874 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608875 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608876 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608877 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608878 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608880 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608881 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608882 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608883 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608884 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608885 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608886 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608887 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608888 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608889 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608890 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608891 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608892 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608893 1 0.678 0.980 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608894 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608895 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608896 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608897 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608898 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608899 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608901 1 0.735 0.976 0.592 0.040 0.368
#> SRR1608902 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608903 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608904 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608905 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608906 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608907 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608908 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608909 1 0.663 0.981 0.624 0.016 0.360
#> SRR1608910 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608911 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608912 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608913 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608914 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608915 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608916 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608917 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608918 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608919 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608920 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608921 1 0.661 0.980 0.628 0.016 0.356
#> SRR1608922 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
#> SRR1608923 1 0.676 0.978 0.620 0.020 0.360
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.362 0.925 0.016 0.860 0.108 0.016
#> SRR1608491 2 0.362 0.925 0.016 0.860 0.108 0.016
#> SRR1608492 2 0.362 0.925 0.016 0.860 0.108 0.016
#> SRR1608493 2 0.362 0.925 0.016 0.860 0.108 0.016
#> SRR1608494 4 0.627 0.854 0.072 0.032 0.196 0.700
#> SRR1608495 4 0.627 0.854 0.072 0.032 0.196 0.700
#> SRR1608496 4 0.627 0.854 0.072 0.032 0.196 0.700
#> SRR1608497 4 0.627 0.854 0.072 0.032 0.196 0.700
#> SRR1608498 1 0.796 0.196 0.520 0.060 0.320 0.100
#> SRR1608499 1 0.796 0.196 0.520 0.060 0.320 0.100
#> SRR1608500 1 0.796 0.196 0.520 0.060 0.320 0.100
#> SRR1608501 1 0.796 0.196 0.520 0.060 0.320 0.100
#> SRR1608502 4 0.702 0.857 0.068 0.048 0.260 0.624
#> SRR1608503 4 0.702 0.857 0.068 0.048 0.260 0.624
#> SRR1608504 4 0.702 0.857 0.068 0.048 0.260 0.624
#> SRR1608505 4 0.702 0.857 0.068 0.048 0.260 0.624
#> SRR1608510 2 0.374 0.916 0.012 0.848 0.124 0.016
#> SRR1608511 2 0.374 0.916 0.012 0.848 0.124 0.016
#> SRR1608512 2 0.374 0.916 0.012 0.848 0.124 0.016
#> SRR1608513 2 0.374 0.916 0.012 0.848 0.124 0.016
#> SRR1608506 4 0.688 0.856 0.056 0.068 0.220 0.656
#> SRR1608507 4 0.688 0.856 0.056 0.068 0.220 0.656
#> SRR1608508 4 0.688 0.856 0.056 0.068 0.220 0.656
#> SRR1608509 4 0.688 0.856 0.056 0.068 0.220 0.656
#> SRR1608514 2 0.368 0.920 0.016 0.856 0.112 0.016
#> SRR1608515 2 0.368 0.920 0.016 0.856 0.112 0.016
#> SRR1608516 2 0.368 0.920 0.016 0.856 0.112 0.016
#> SRR1608517 2 0.368 0.920 0.016 0.856 0.112 0.016
#> SRR1608518 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608519 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608520 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608521 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608522 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608523 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608524 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608525 2 0.380 0.917 0.016 0.848 0.120 0.016
#> SRR1608526 2 0.385 0.915 0.012 0.844 0.124 0.020
#> SRR1608527 2 0.385 0.915 0.012 0.844 0.124 0.020
#> SRR1608528 2 0.385 0.915 0.012 0.844 0.124 0.020
#> SRR1608529 2 0.385 0.915 0.012 0.844 0.124 0.020
#> SRR1608530 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608531 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608532 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608533 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608534 2 0.606 0.627 0.000 0.660 0.092 0.248
#> SRR1608535 2 0.606 0.627 0.000 0.660 0.092 0.248
#> SRR1608536 2 0.606 0.627 0.000 0.660 0.092 0.248
#> SRR1608537 2 0.606 0.627 0.000 0.660 0.092 0.248
#> SRR1608538 2 0.421 0.920 0.012 0.836 0.104 0.048
#> SRR1608539 2 0.421 0.920 0.012 0.836 0.104 0.048
#> SRR1608540 2 0.421 0.920 0.012 0.836 0.104 0.048
#> SRR1608541 2 0.421 0.920 0.012 0.836 0.104 0.048
#> SRR1608542 3 0.747 -0.316 0.072 0.044 0.516 0.368
#> SRR1608543 3 0.747 -0.316 0.072 0.044 0.516 0.368
#> SRR1608544 3 0.747 -0.316 0.072 0.044 0.516 0.368
#> SRR1608545 3 0.747 -0.316 0.072 0.044 0.516 0.368
#> SRR1608546 2 0.463 0.859 0.000 0.796 0.124 0.080
#> SRR1608547 2 0.463 0.859 0.000 0.796 0.124 0.080
#> SRR1608548 2 0.463 0.859 0.000 0.796 0.124 0.080
#> SRR1608549 2 0.463 0.859 0.000 0.796 0.124 0.080
#> SRR1608550 3 0.745 0.317 0.068 0.228 0.616 0.088
#> SRR1608551 3 0.745 0.317 0.068 0.228 0.616 0.088
#> SRR1608552 3 0.745 0.317 0.068 0.228 0.616 0.088
#> SRR1608553 3 0.745 0.317 0.068 0.228 0.616 0.088
#> SRR1608554 3 0.745 0.317 0.068 0.228 0.616 0.088
#> SRR1608555 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608556 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608557 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608558 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608559 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608560 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608561 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608562 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608563 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608564 2 0.286 0.926 0.016 0.888 0.096 0.000
#> SRR1608565 2 0.286 0.926 0.016 0.888 0.096 0.000
#> SRR1608566 2 0.286 0.926 0.016 0.888 0.096 0.000
#> SRR1608567 2 0.286 0.926 0.016 0.888 0.096 0.000
#> SRR1608568 2 0.286 0.926 0.016 0.888 0.096 0.000
#> SRR1608574 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608575 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608576 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608577 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608578 2 0.441 0.920 0.016 0.820 0.128 0.036
#> SRR1608569 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608570 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608571 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608572 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608573 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608584 2 0.433 0.887 0.016 0.836 0.080 0.068
#> SRR1608585 2 0.433 0.887 0.016 0.836 0.080 0.068
#> SRR1608586 2 0.433 0.887 0.016 0.836 0.080 0.068
#> SRR1608587 2 0.433 0.887 0.016 0.836 0.080 0.068
#> SRR1608588 2 0.433 0.887 0.016 0.836 0.080 0.068
#> SRR1608579 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608580 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608581 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608582 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608583 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608589 2 0.305 0.925 0.016 0.884 0.096 0.004
#> SRR1608590 2 0.332 0.924 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR1608591 2 0.332 0.924 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR1608592 2 0.332 0.924 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR1608593 2 0.332 0.924 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR1608594 2 0.332 0.924 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR1608595 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608596 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608597 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608598 2 0.436 0.920 0.016 0.824 0.124 0.036
#> SRR1608599 2 0.400 0.923 0.016 0.844 0.112 0.028
#> SRR1608600 2 0.400 0.923 0.016 0.844 0.112 0.028
#> SRR1608601 2 0.400 0.923 0.016 0.844 0.112 0.028
#> SRR1608602 2 0.400 0.923 0.016 0.844 0.112 0.028
#> SRR1608603 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608604 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608605 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608606 2 0.472 0.915 0.016 0.804 0.132 0.048
#> SRR1608607 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608608 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608609 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608610 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608611 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608612 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608613 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608614 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608615 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608616 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608617 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608618 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608619 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608620 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608621 3 0.321 0.928 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR1608622 3 0.321 0.928 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR1608623 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608624 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608625 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608626 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608627 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608628 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608629 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608630 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608634 3 0.354 0.936 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1608635 3 0.354 0.936 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1608636 3 0.354 0.936 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1608637 3 0.354 0.936 0.164 0.000 0.828 0.008
#> SRR1608631 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608632 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608633 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608642 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608638 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608639 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608640 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608641 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608643 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608644 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608645 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608646 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608647 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608648 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608657 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608658 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608659 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608660 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608661 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608662 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608663 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608664 4 0.616 0.850 0.040 0.024 0.284 0.652
#> SRR1608649 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608650 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608651 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608652 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608653 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608654 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608655 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608656 4 0.689 0.710 0.012 0.084 0.348 0.556
#> SRR1608665 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608666 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608667 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608668 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608669 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608670 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608671 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608672 4 0.617 0.840 0.092 0.028 0.164 0.716
#> SRR1608681 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608682 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608683 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608684 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608685 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608686 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608687 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608688 4 0.648 0.858 0.052 0.032 0.268 0.648
#> SRR1608673 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608674 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608675 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608676 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608677 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608678 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608679 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608680 2 0.696 0.673 0.020 0.624 0.116 0.240
#> SRR1608689 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608690 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608691 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608692 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608693 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608694 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608695 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608696 4 0.643 0.856 0.048 0.032 0.272 0.648
#> SRR1608697 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608698 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608699 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608700 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608701 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608702 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608703 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608704 4 0.706 0.838 0.108 0.040 0.208 0.644
#> SRR1608705 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608706 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608707 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608708 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608709 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608710 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608711 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608712 4 0.704 0.710 0.012 0.100 0.332 0.556
#> SRR1608713 4 0.568 0.816 0.044 0.048 0.156 0.752
#> SRR1608714 4 0.568 0.816 0.044 0.048 0.156 0.752
#> SRR1608715 4 0.568 0.816 0.044 0.048 0.156 0.752
#> SRR1608716 3 0.375 0.907 0.144 0.008 0.836 0.012
#> SRR1608717 3 0.375 0.907 0.144 0.008 0.836 0.012
#> SRR1608718 3 0.375 0.907 0.144 0.008 0.836 0.012
#> SRR1608719 3 0.375 0.907 0.144 0.008 0.836 0.012
#> SRR1608724 3 0.483 0.875 0.176 0.008 0.776 0.040
#> SRR1608725 3 0.483 0.875 0.176 0.008 0.776 0.040
#> SRR1608726 3 0.483 0.875 0.176 0.008 0.776 0.040
#> SRR1608727 3 0.483 0.875 0.176 0.008 0.776 0.040
#> SRR1608720 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608721 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608722 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608723 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608728 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608729 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608730 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608731 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608732 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608733 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608734 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608735 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608736 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608737 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608738 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608739 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608740 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608741 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608742 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608743 3 0.335 0.939 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1608744 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608745 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608746 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608747 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608748 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608749 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608750 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608751 3 0.432 0.900 0.176 0.004 0.796 0.024
#> SRR1608752 3 0.349 0.937 0.156 0.004 0.836 0.004
#> SRR1608753 3 0.349 0.937 0.156 0.004 0.836 0.004
#> SRR1608754 3 0.349 0.937 0.156 0.004 0.836 0.004
#> SRR1608755 3 0.349 0.937 0.156 0.004 0.836 0.004
#> SRR1608764 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608765 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608766 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608767 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608768 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608769 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608770 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608771 3 0.340 0.938 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608756 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608757 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608758 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608759 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608760 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608761 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608762 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608763 3 0.340 0.936 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1608772 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608773 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608774 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608775 3 0.354 0.939 0.160 0.004 0.832 0.004
#> SRR1608776 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608777 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608778 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608779 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608780 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608782 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608783 3 0.348 0.911 0.144 0.004 0.844 0.008
#> SRR1608784 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608785 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608786 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608787 3 0.340 0.939 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR1608788 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608789 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608790 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608791 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608792 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608793 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608794 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608795 1 0.660 0.626 0.680 0.024 0.164 0.132
#> SRR1608796 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608797 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608798 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608799 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608800 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608801 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608802 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608803 1 0.125 0.918 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1608812 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608814 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608815 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608816 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608817 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608818 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608819 1 0.363 0.900 0.868 0.048 0.008 0.076
#> SRR1608804 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608805 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608806 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608807 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608808 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608809 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608810 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608811 1 0.154 0.915 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR1608822 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608823 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608824 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608825 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608826 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608827 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608828 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608829 1 0.359 0.897 0.868 0.040 0.008 0.084
#> SRR1608820 1 0.354 0.899 0.872 0.044 0.008 0.076
#> SRR1608821 1 0.354 0.899 0.872 0.044 0.008 0.076
#> SRR1608830 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608831 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608832 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608833 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608834 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608835 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608836 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608837 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608838 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608839 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608840 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608841 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608842 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608843 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608844 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608845 1 0.353 0.898 0.872 0.040 0.008 0.080
#> SRR1608846 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608847 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608848 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608849 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608850 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608851 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608852 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608853 1 0.222 0.915 0.932 0.028 0.004 0.036
#> SRR1608854 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608855 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608856 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608857 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608858 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608859 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608860 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608861 1 0.241 0.912 0.924 0.032 0.004 0.040
#> SRR1608862 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608863 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608864 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608865 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608866 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608867 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608868 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608869 1 0.111 0.915 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608870 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608871 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608872 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608873 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608874 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608875 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608876 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608877 1 0.390 0.894 0.852 0.048 0.008 0.092
#> SRR1608878 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608880 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608881 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608882 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608883 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608884 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608885 1 0.115 0.915 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1608886 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608887 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608888 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608889 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608890 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608891 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608892 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608893 1 0.121 0.912 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608894 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608895 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608896 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608897 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608898 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608899 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608901 1 0.324 0.901 0.884 0.040 0.004 0.072
#> SRR1608902 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608903 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608904 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608905 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608906 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608907 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608908 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608909 1 0.170 0.916 0.952 0.016 0.004 0.028
#> SRR1608910 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608911 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608912 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608913 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608914 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608915 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608916 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608917 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608918 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608919 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608920 1 0.148 0.918 0.960 0.020 0.004 0.016
#> SRR1608921 1 0.148 0.918 0.960 0.020 0.004 0.016
#> SRR1608922 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1608923 1 0.111 0.913 0.968 0.004 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.3151 0.8639 0.012 0.880 0.036 0.012 NA
#> SRR1608491 2 0.3151 0.8639 0.012 0.880 0.036 0.012 NA
#> SRR1608492 2 0.3151 0.8639 0.012 0.880 0.036 0.012 NA
#> SRR1608493 2 0.3151 0.8639 0.012 0.880 0.036 0.012 NA
#> SRR1608494 4 0.4091 0.8257 0.020 0.004 0.092 0.820 NA
#> SRR1608495 4 0.4091 0.8257 0.020 0.004 0.092 0.820 NA
#> SRR1608496 4 0.4091 0.8257 0.020 0.004 0.092 0.820 NA
#> SRR1608497 4 0.4091 0.8257 0.020 0.004 0.092 0.820 NA
#> SRR1608498 1 0.8227 0.3174 0.512 0.064 0.204 0.132 NA
#> SRR1608499 1 0.8227 0.3174 0.512 0.064 0.204 0.132 NA
#> SRR1608500 1 0.8227 0.3174 0.512 0.064 0.204 0.132 NA
#> SRR1608501 1 0.8227 0.3174 0.512 0.064 0.204 0.132 NA
#> SRR1608502 4 0.5188 0.8219 0.016 0.020 0.136 0.748 NA
#> SRR1608503 4 0.5188 0.8219 0.016 0.020 0.136 0.748 NA
#> SRR1608504 4 0.5188 0.8219 0.016 0.020 0.136 0.748 NA
#> SRR1608505 4 0.5188 0.8219 0.016 0.020 0.136 0.748 NA
#> SRR1608510 2 0.4001 0.8422 0.008 0.828 0.048 0.020 NA
#> SRR1608511 2 0.4001 0.8422 0.008 0.828 0.048 0.020 NA
#> SRR1608512 2 0.4001 0.8422 0.008 0.828 0.048 0.020 NA
#> SRR1608513 2 0.4001 0.8422 0.008 0.828 0.048 0.020 NA
#> SRR1608506 4 0.5716 0.7935 0.024 0.040 0.108 0.728 NA
#> SRR1608507 4 0.5716 0.7935 0.024 0.040 0.108 0.728 NA
#> SRR1608508 4 0.5716 0.7935 0.024 0.040 0.108 0.728 NA
#> SRR1608509 4 0.5716 0.7935 0.024 0.040 0.108 0.728 NA
#> SRR1608514 2 0.3514 0.8498 0.008 0.856 0.036 0.016 NA
#> SRR1608515 2 0.3514 0.8498 0.008 0.856 0.036 0.016 NA
#> SRR1608516 2 0.3514 0.8498 0.008 0.856 0.036 0.016 NA
#> SRR1608517 2 0.3514 0.8498 0.008 0.856 0.036 0.016 NA
#> SRR1608518 2 0.3869 0.8448 0.012 0.836 0.040 0.016 NA
#> SRR1608519 2 0.3869 0.8448 0.012 0.836 0.040 0.016 NA
#> SRR1608520 2 0.3869 0.8448 0.012 0.836 0.040 0.016 NA
#> SRR1608521 2 0.3869 0.8448 0.012 0.836 0.040 0.016 NA
#> SRR1608522 2 0.3996 0.8419 0.012 0.828 0.044 0.016 NA
#> SRR1608523 2 0.3996 0.8419 0.012 0.828 0.044 0.016 NA
#> SRR1608524 2 0.3996 0.8419 0.012 0.828 0.044 0.016 NA
#> SRR1608525 2 0.3996 0.8419 0.012 0.828 0.044 0.016 NA
#> SRR1608526 2 0.4183 0.8333 0.008 0.812 0.044 0.020 NA
#> SRR1608527 2 0.4183 0.8333 0.008 0.812 0.044 0.020 NA
#> SRR1608528 2 0.4183 0.8333 0.008 0.812 0.044 0.020 NA
#> SRR1608529 2 0.4183 0.8333 0.008 0.812 0.044 0.020 NA
#> SRR1608530 2 0.1483 0.8704 0.008 0.952 0.028 0.000 NA
#> SRR1608531 2 0.1483 0.8704 0.008 0.952 0.028 0.000 NA
#> SRR1608532 2 0.1483 0.8704 0.008 0.952 0.028 0.000 NA
#> SRR1608533 2 0.1483 0.8704 0.008 0.952 0.028 0.000 NA
#> SRR1608534 2 0.6430 0.4815 0.004 0.572 0.024 0.288 NA
#> SRR1608535 2 0.6430 0.4815 0.004 0.572 0.024 0.288 NA
#> SRR1608536 2 0.6430 0.4815 0.004 0.572 0.024 0.288 NA
#> SRR1608537 2 0.6430 0.4815 0.004 0.572 0.024 0.288 NA
#> SRR1608538 2 0.3446 0.8633 0.008 0.840 0.036 0.000 NA
#> SRR1608539 2 0.3446 0.8633 0.008 0.840 0.036 0.000 NA
#> SRR1608540 2 0.3446 0.8633 0.008 0.840 0.036 0.000 NA
#> SRR1608541 2 0.3446 0.8633 0.008 0.840 0.036 0.000 NA
#> SRR1608542 4 0.7361 0.4690 0.048 0.028 0.376 0.460 NA
#> SRR1608543 4 0.7361 0.4690 0.048 0.028 0.376 0.460 NA
#> SRR1608544 4 0.7361 0.4690 0.048 0.028 0.376 0.460 NA
#> SRR1608545 4 0.7361 0.4690 0.048 0.028 0.376 0.460 NA
#> SRR1608546 2 0.5255 0.7758 0.004 0.744 0.040 0.096 NA
#> SRR1608547 2 0.5255 0.7758 0.004 0.744 0.040 0.096 NA
#> SRR1608548 2 0.5255 0.7758 0.004 0.744 0.040 0.096 NA
#> SRR1608549 2 0.5255 0.7758 0.004 0.744 0.040 0.096 NA
#> SRR1608550 3 0.8501 0.0435 0.028 0.252 0.432 0.144 NA
#> SRR1608551 3 0.8501 0.0435 0.028 0.252 0.432 0.144 NA
#> SRR1608552 3 0.8501 0.0435 0.028 0.252 0.432 0.144 NA
#> SRR1608553 3 0.8501 0.0435 0.028 0.252 0.432 0.144 NA
#> SRR1608554 3 0.8501 0.0435 0.028 0.252 0.432 0.144 NA
#> SRR1608555 2 0.3427 0.8595 0.008 0.836 0.028 0.000 NA
#> SRR1608556 2 0.3427 0.8595 0.008 0.836 0.028 0.000 NA
#> SRR1608557 2 0.3427 0.8595 0.008 0.836 0.028 0.000 NA
#> SRR1608558 2 0.3427 0.8595 0.008 0.836 0.028 0.000 NA
#> SRR1608559 2 0.3463 0.8604 0.008 0.836 0.032 0.000 NA
#> SRR1608560 2 0.3463 0.8604 0.008 0.836 0.032 0.000 NA
#> SRR1608561 2 0.3463 0.8604 0.008 0.836 0.032 0.000 NA
#> SRR1608562 2 0.3463 0.8604 0.008 0.836 0.032 0.000 NA
#> SRR1608563 2 0.3463 0.8604 0.008 0.836 0.032 0.000 NA
#> SRR1608564 2 0.1588 0.8709 0.008 0.948 0.028 0.000 NA
#> SRR1608565 2 0.1588 0.8709 0.008 0.948 0.028 0.000 NA
#> SRR1608566 2 0.1588 0.8709 0.008 0.948 0.028 0.000 NA
#> SRR1608567 2 0.1588 0.8709 0.008 0.948 0.028 0.000 NA
#> SRR1608568 2 0.1588 0.8709 0.008 0.948 0.028 0.000 NA
#> SRR1608574 2 0.3519 0.8581 0.008 0.828 0.028 0.000 NA
#> SRR1608575 2 0.3519 0.8581 0.008 0.828 0.028 0.000 NA
#> SRR1608576 2 0.3519 0.8581 0.008 0.828 0.028 0.000 NA
#> SRR1608577 2 0.3519 0.8581 0.008 0.828 0.028 0.000 NA
#> SRR1608578 2 0.3519 0.8581 0.008 0.828 0.028 0.000 NA
#> SRR1608569 2 0.1490 0.8699 0.008 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR1608570 2 0.1490 0.8699 0.008 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR1608571 2 0.1490 0.8699 0.008 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR1608572 2 0.1490 0.8699 0.008 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR1608573 2 0.1490 0.8699 0.008 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR1608584 2 0.4183 0.8116 0.000 0.776 0.020 0.024 NA
#> SRR1608585 2 0.4183 0.8116 0.000 0.776 0.020 0.024 NA
#> SRR1608586 2 0.4183 0.8116 0.000 0.776 0.020 0.024 NA
#> SRR1608587 2 0.4183 0.8116 0.000 0.776 0.020 0.024 NA
#> SRR1608588 2 0.4183 0.8116 0.000 0.776 0.020 0.024 NA
#> SRR1608579 2 0.3676 0.8570 0.008 0.824 0.028 0.004 NA
#> SRR1608580 2 0.3676 0.8570 0.008 0.824 0.028 0.004 NA
#> SRR1608581 2 0.3676 0.8570 0.008 0.824 0.028 0.004 NA
#> SRR1608582 2 0.3676 0.8570 0.008 0.824 0.028 0.004 NA
#> SRR1608583 2 0.3676 0.8570 0.008 0.824 0.028 0.004 NA
#> SRR1608589 2 0.1932 0.8688 0.008 0.936 0.032 0.004 NA
#> SRR1608590 2 0.2861 0.8625 0.012 0.896 0.032 0.012 NA
#> SRR1608591 2 0.2861 0.8625 0.012 0.896 0.032 0.012 NA
#> SRR1608592 2 0.2861 0.8625 0.012 0.896 0.032 0.012 NA
#> SRR1608593 2 0.2861 0.8625 0.012 0.896 0.032 0.012 NA
#> SRR1608594 2 0.2861 0.8625 0.012 0.896 0.032 0.012 NA
#> SRR1608595 2 0.3510 0.8594 0.008 0.832 0.032 0.000 NA
#> SRR1608596 2 0.3510 0.8594 0.008 0.832 0.032 0.000 NA
#> SRR1608597 2 0.3510 0.8594 0.008 0.832 0.032 0.000 NA
#> SRR1608598 2 0.3510 0.8594 0.008 0.832 0.032 0.000 NA
#> SRR1608599 2 0.2928 0.8654 0.004 0.872 0.032 0.000 NA
#> SRR1608600 2 0.2928 0.8654 0.004 0.872 0.032 0.000 NA
#> SRR1608601 2 0.2928 0.8654 0.004 0.872 0.032 0.000 NA
#> SRR1608602 2 0.2928 0.8654 0.004 0.872 0.032 0.000 NA
#> SRR1608603 2 0.3590 0.8557 0.008 0.828 0.024 0.004 NA
#> SRR1608604 2 0.3590 0.8557 0.008 0.828 0.024 0.004 NA
#> SRR1608605 2 0.3590 0.8557 0.008 0.828 0.024 0.004 NA
#> SRR1608606 2 0.3590 0.8557 0.008 0.828 0.024 0.004 NA
#> SRR1608607 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608608 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608609 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608610 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608611 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608612 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608613 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608614 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608615 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608616 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608617 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608618 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608619 3 0.2228 0.9371 0.076 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608620 3 0.2228 0.9371 0.076 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608621 3 0.2368 0.9346 0.060 0.004 0.912 0.012 NA
#> SRR1608622 3 0.2368 0.9346 0.060 0.004 0.912 0.012 NA
#> SRR1608623 3 0.2162 0.9401 0.064 0.000 0.916 0.012 NA
#> SRR1608624 3 0.1990 0.9409 0.068 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608625 3 0.1990 0.9409 0.068 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608626 3 0.1990 0.9409 0.068 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608627 3 0.1990 0.9409 0.068 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608628 3 0.3268 0.9066 0.060 0.004 0.872 0.020 NA
#> SRR1608629 3 0.3268 0.9066 0.060 0.004 0.872 0.020 NA
#> SRR1608630 3 0.3268 0.9066 0.060 0.004 0.872 0.020 NA
#> SRR1608634 3 0.2555 0.9366 0.072 0.004 0.900 0.008 NA
#> SRR1608635 3 0.2555 0.9366 0.072 0.004 0.900 0.008 NA
#> SRR1608636 3 0.2555 0.9366 0.072 0.004 0.900 0.008 NA
#> SRR1608637 3 0.2555 0.9366 0.072 0.004 0.900 0.008 NA
#> SRR1608631 3 0.2482 0.9379 0.064 0.000 0.904 0.016 NA
#> SRR1608632 3 0.2482 0.9379 0.064 0.000 0.904 0.016 NA
#> SRR1608633 3 0.2482 0.9379 0.064 0.000 0.904 0.016 NA
#> SRR1608642 3 0.1990 0.9400 0.068 0.000 0.920 0.004 NA
#> SRR1608638 3 0.2585 0.9345 0.072 0.000 0.896 0.008 NA
#> SRR1608639 3 0.2585 0.9345 0.072 0.000 0.896 0.008 NA
#> SRR1608640 3 0.2585 0.9345 0.072 0.000 0.896 0.008 NA
#> SRR1608641 3 0.2585 0.9345 0.072 0.000 0.896 0.008 NA
#> SRR1608643 3 0.2141 0.9400 0.064 0.000 0.916 0.016 NA
#> SRR1608644 3 0.2141 0.9400 0.064 0.000 0.916 0.016 NA
#> SRR1608645 3 0.2141 0.9400 0.064 0.000 0.916 0.016 NA
#> SRR1608646 3 0.2378 0.9393 0.064 0.000 0.908 0.012 NA
#> SRR1608647 3 0.2378 0.9393 0.064 0.000 0.908 0.012 NA
#> SRR1608648 3 0.2378 0.9393 0.064 0.000 0.908 0.012 NA
#> SRR1608657 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608658 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608659 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608660 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608661 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608662 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608663 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608664 4 0.4138 0.8431 0.020 0.004 0.168 0.788 NA
#> SRR1608649 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608650 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608651 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608652 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608653 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608654 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608655 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608656 4 0.7720 0.6861 0.036 0.048 0.188 0.524 NA
#> SRR1608665 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608666 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608667 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608668 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608669 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608670 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608671 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608672 4 0.3996 0.8273 0.024 0.004 0.088 0.828 NA
#> SRR1608681 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608682 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608683 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608684 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608685 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608686 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608687 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608688 4 0.3795 0.8425 0.020 0.004 0.164 0.804 NA
#> SRR1608673 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608674 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608675 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608676 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608677 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608678 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608679 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608680 2 0.7450 0.5509 0.012 0.520 0.060 0.156 NA
#> SRR1608689 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608690 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608691 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608692 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608693 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608694 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608695 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608696 4 0.3988 0.8422 0.016 0.004 0.172 0.792 NA
#> SRR1608697 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608698 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608699 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608700 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608701 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608702 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608703 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608704 4 0.4815 0.8245 0.028 0.004 0.132 0.768 NA
#> SRR1608705 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608706 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608707 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608708 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608709 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608710 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608711 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608712 4 0.7774 0.6769 0.028 0.060 0.188 0.516 NA
#> SRR1608713 4 0.4661 0.7865 0.012 0.012 0.064 0.776 NA
#> SRR1608714 4 0.4661 0.7865 0.012 0.012 0.064 0.776 NA
#> SRR1608715 4 0.4661 0.7865 0.012 0.012 0.064 0.776 NA
#> SRR1608716 3 0.3461 0.8922 0.048 0.012 0.868 0.024 NA
#> SRR1608717 3 0.3461 0.8922 0.048 0.012 0.868 0.024 NA
#> SRR1608718 3 0.3461 0.8922 0.048 0.012 0.868 0.024 NA
#> SRR1608719 3 0.3461 0.8922 0.048 0.012 0.868 0.024 NA
#> SRR1608724 3 0.3340 0.9088 0.064 0.000 0.864 0.024 NA
#> SRR1608725 3 0.3340 0.9088 0.064 0.000 0.864 0.024 NA
#> SRR1608726 3 0.3340 0.9088 0.064 0.000 0.864 0.024 NA
#> SRR1608727 3 0.3340 0.9088 0.064 0.000 0.864 0.024 NA
#> SRR1608720 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608721 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608722 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608723 3 0.2037 0.9399 0.064 0.000 0.920 0.012 NA
#> SRR1608728 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608729 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608730 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608731 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608732 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608733 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608734 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608735 3 0.2276 0.9381 0.076 0.004 0.908 0.008 NA
#> SRR1608736 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608737 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608738 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608739 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608740 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608741 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608742 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608743 3 0.2206 0.9404 0.068 0.000 0.912 0.016 NA
#> SRR1608744 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608745 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608746 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608747 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608748 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608749 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608750 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608751 3 0.3003 0.9261 0.064 0.000 0.880 0.016 NA
#> SRR1608752 3 0.2666 0.9341 0.076 0.000 0.892 0.012 NA
#> SRR1608753 3 0.2666 0.9341 0.076 0.000 0.892 0.012 NA
#> SRR1608754 3 0.2666 0.9341 0.076 0.000 0.892 0.012 NA
#> SRR1608755 3 0.2666 0.9341 0.076 0.000 0.892 0.012 NA
#> SRR1608764 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608765 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608766 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608767 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608768 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608769 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608770 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608771 3 0.2270 0.9376 0.072 0.000 0.908 0.004 NA
#> SRR1608756 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608757 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608758 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608759 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608760 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608761 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608762 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608763 3 0.2769 0.9358 0.064 0.000 0.892 0.020 NA
#> SRR1608772 3 0.2522 0.9338 0.076 0.000 0.896 0.004 NA
#> SRR1608773 3 0.2522 0.9338 0.076 0.000 0.896 0.004 NA
#> SRR1608774 3 0.2522 0.9338 0.076 0.000 0.896 0.004 NA
#> SRR1608775 3 0.2522 0.9338 0.076 0.000 0.896 0.004 NA
#> SRR1608776 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608777 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608778 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608779 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608780 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608782 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608783 3 0.3139 0.9116 0.056 0.004 0.880 0.024 NA
#> SRR1608784 3 0.2050 0.9406 0.064 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608785 3 0.2050 0.9406 0.064 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608786 3 0.2050 0.9406 0.064 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608787 3 0.2050 0.9406 0.064 0.000 0.920 0.008 NA
#> SRR1608788 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608789 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608790 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608791 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608792 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608793 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608794 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608795 1 0.7041 0.5531 0.592 0.004 0.176 0.116 NA
#> SRR1608796 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608797 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608798 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608799 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608800 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608801 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608802 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608803 1 0.2429 0.8758 0.904 0.004 0.004 0.016 NA
#> SRR1608812 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608814 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608815 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608816 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608817 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608818 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608819 1 0.4630 0.8347 0.732 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR1608804 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608805 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608806 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608807 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608808 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608809 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608810 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608811 1 0.1757 0.8630 0.936 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608822 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608823 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608824 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608825 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608826 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608827 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608828 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608829 1 0.4901 0.8261 0.712 0.004 0.016 0.036 NA
#> SRR1608820 1 0.4393 0.8409 0.736 0.000 0.016 0.020 NA
#> SRR1608821 1 0.4393 0.8409 0.736 0.000 0.016 0.020 NA
#> SRR1608830 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608831 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608832 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608833 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608834 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608835 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608836 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608837 1 0.1408 0.8603 0.948 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1608838 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608839 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608840 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608841 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608842 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608843 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608844 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608845 1 0.4563 0.8342 0.728 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608846 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608847 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608848 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608849 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608850 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608851 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608852 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608853 1 0.2925 0.8745 0.880 0.004 0.008 0.024 NA
#> SRR1608854 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608855 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608856 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608857 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608858 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608859 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608860 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608861 1 0.3047 0.8707 0.868 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR1608862 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608863 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608864 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608865 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608866 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608867 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608868 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608869 1 0.1682 0.8712 0.940 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1608870 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608871 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608872 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608873 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608874 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608875 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608876 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608877 1 0.4620 0.8318 0.720 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR1608878 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608880 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608881 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608882 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608883 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608884 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608885 1 0.0727 0.8723 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1608886 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608887 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608888 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608889 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608890 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608891 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608892 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608893 1 0.0960 0.8688 0.972 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608894 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608895 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608896 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608897 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608898 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608899 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608901 1 0.4326 0.8456 0.764 0.000 0.016 0.032 NA
#> SRR1608902 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608903 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608904 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608905 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608906 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608907 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608908 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608909 1 0.2753 0.8712 0.876 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1608910 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608911 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608912 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608913 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608914 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608915 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608916 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608917 1 0.1652 0.8629 0.944 0.004 0.008 0.004 NA
#> SRR1608918 1 0.1329 0.8667 0.956 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608919 1 0.1329 0.8667 0.956 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608920 1 0.2603 0.8762 0.900 0.004 0.012 0.016 NA
#> SRR1608921 1 0.2603 0.8762 0.900 0.004 0.012 0.016 NA
#> SRR1608922 1 0.1412 0.8664 0.952 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1608923 1 0.1412 0.8664 0.952 0.000 0.008 0.004 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.3980 0.8359 0.000 0.804 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608491 2 0.3980 0.8359 0.000 0.804 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608492 2 0.3980 0.8359 0.000 0.804 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608493 2 0.3980 0.8359 0.000 0.804 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608494 4 0.4040 0.7986 0.004 0.008 0.040 0.812 NA NA
#> SRR1608495 4 0.4040 0.7986 0.004 0.008 0.040 0.812 NA NA
#> SRR1608496 4 0.4040 0.7986 0.004 0.008 0.040 0.812 NA NA
#> SRR1608497 4 0.4040 0.7986 0.004 0.008 0.040 0.812 NA NA
#> SRR1608498 1 0.8810 0.2498 0.404 0.040 0.144 0.112 NA NA
#> SRR1608499 1 0.8810 0.2498 0.404 0.040 0.144 0.112 NA NA
#> SRR1608500 1 0.8810 0.2498 0.404 0.040 0.144 0.112 NA NA
#> SRR1608501 1 0.8810 0.2498 0.404 0.040 0.144 0.112 NA NA
#> SRR1608502 4 0.5062 0.7762 0.008 0.012 0.080 0.736 NA NA
#> SRR1608503 4 0.5062 0.7762 0.008 0.012 0.080 0.736 NA NA
#> SRR1608504 4 0.5062 0.7762 0.008 0.012 0.080 0.736 NA NA
#> SRR1608505 4 0.5062 0.7762 0.008 0.012 0.080 0.736 NA NA
#> SRR1608510 2 0.4495 0.7958 0.000 0.768 0.036 0.016 NA NA
#> SRR1608511 2 0.4495 0.7958 0.000 0.768 0.036 0.016 NA NA
#> SRR1608512 2 0.4495 0.7958 0.000 0.768 0.036 0.016 NA NA
#> SRR1608513 2 0.4495 0.7958 0.000 0.768 0.036 0.016 NA NA
#> SRR1608506 4 0.5240 0.7702 0.012 0.012 0.064 0.720 NA NA
#> SRR1608507 4 0.5240 0.7702 0.012 0.012 0.064 0.720 NA NA
#> SRR1608508 4 0.5240 0.7702 0.012 0.012 0.064 0.720 NA NA
#> SRR1608509 4 0.5240 0.7702 0.012 0.012 0.064 0.720 NA NA
#> SRR1608514 2 0.3278 0.8243 0.000 0.852 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608515 2 0.3278 0.8243 0.000 0.852 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608516 2 0.3278 0.8243 0.000 0.852 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608517 2 0.3278 0.8243 0.000 0.852 0.028 0.008 NA NA
#> SRR1608518 2 0.3945 0.8076 0.000 0.804 0.032 0.008 NA NA
#> SRR1608519 2 0.3945 0.8076 0.000 0.804 0.032 0.008 NA NA
#> SRR1608520 2 0.3945 0.8076 0.000 0.804 0.032 0.008 NA NA
#> SRR1608521 2 0.3945 0.8076 0.000 0.804 0.032 0.008 NA NA
#> SRR1608522 2 0.4596 0.7860 0.000 0.760 0.036 0.020 NA NA
#> SRR1608523 2 0.4596 0.7860 0.000 0.760 0.036 0.020 NA NA
#> SRR1608524 2 0.4596 0.7860 0.000 0.760 0.036 0.020 NA NA
#> SRR1608525 2 0.4596 0.7860 0.000 0.760 0.036 0.020 NA NA
#> SRR1608526 2 0.4839 0.7783 0.000 0.740 0.044 0.020 NA NA
#> SRR1608527 2 0.4839 0.7783 0.000 0.740 0.044 0.020 NA NA
#> SRR1608528 2 0.4839 0.7783 0.000 0.740 0.044 0.020 NA NA
#> SRR1608529 2 0.4839 0.7783 0.000 0.740 0.044 0.020 NA NA
#> SRR1608530 2 0.0922 0.8486 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608531 2 0.0922 0.8486 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608532 2 0.0922 0.8486 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608533 2 0.0922 0.8486 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608534 2 0.6772 0.4812 0.000 0.524 0.020 0.228 NA NA
#> SRR1608535 2 0.6772 0.4812 0.000 0.524 0.020 0.228 NA NA
#> SRR1608536 2 0.6772 0.4812 0.000 0.524 0.020 0.228 NA NA
#> SRR1608537 2 0.6772 0.4812 0.000 0.524 0.020 0.228 NA NA
#> SRR1608538 2 0.3521 0.8374 0.000 0.828 0.016 0.004 NA NA
#> SRR1608539 2 0.3521 0.8374 0.000 0.828 0.016 0.004 NA NA
#> SRR1608540 2 0.3521 0.8374 0.000 0.828 0.016 0.004 NA NA
#> SRR1608541 2 0.3521 0.8374 0.000 0.828 0.016 0.004 NA NA
#> SRR1608542 4 0.7170 0.5202 0.012 0.016 0.288 0.456 NA NA
#> SRR1608543 4 0.7170 0.5202 0.012 0.016 0.288 0.456 NA NA
#> SRR1608544 4 0.7170 0.5202 0.012 0.016 0.288 0.456 NA NA
#> SRR1608545 4 0.7170 0.5202 0.012 0.016 0.288 0.456 NA NA
#> SRR1608546 2 0.5749 0.7124 0.000 0.668 0.036 0.072 NA NA
#> SRR1608547 2 0.5749 0.7124 0.000 0.668 0.036 0.072 NA NA
#> SRR1608548 2 0.5749 0.7124 0.000 0.668 0.036 0.072 NA NA
#> SRR1608549 2 0.5749 0.7124 0.000 0.668 0.036 0.072 NA NA
#> SRR1608550 3 0.8265 -0.0691 0.008 0.252 0.360 0.108 NA NA
#> SRR1608551 3 0.8265 -0.0691 0.008 0.252 0.360 0.108 NA NA
#> SRR1608552 3 0.8265 -0.0691 0.008 0.252 0.360 0.108 NA NA
#> SRR1608553 3 0.8265 -0.0691 0.008 0.252 0.360 0.108 NA NA
#> SRR1608554 3 0.8265 -0.0691 0.008 0.252 0.360 0.108 NA NA
#> SRR1608555 2 0.2990 0.8401 0.000 0.860 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608556 2 0.2990 0.8401 0.000 0.860 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608557 2 0.2990 0.8401 0.000 0.860 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608558 2 0.2990 0.8401 0.000 0.860 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608559 2 0.2955 0.8403 0.000 0.860 0.016 0.000 NA NA
#> SRR1608560 2 0.2955 0.8403 0.000 0.860 0.016 0.000 NA NA
#> SRR1608561 2 0.2955 0.8403 0.000 0.860 0.016 0.000 NA NA
#> SRR1608562 2 0.2955 0.8403 0.000 0.860 0.016 0.000 NA NA
#> SRR1608563 2 0.2955 0.8403 0.000 0.860 0.016 0.000 NA NA
#> SRR1608564 2 0.0632 0.8484 0.000 0.976 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608565 2 0.0632 0.8484 0.000 0.976 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608566 2 0.0632 0.8484 0.000 0.976 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608567 2 0.0632 0.8484 0.000 0.976 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608568 2 0.0632 0.8484 0.000 0.976 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608574 2 0.3389 0.8353 0.000 0.832 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608575 2 0.3389 0.8353 0.000 0.832 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608576 2 0.3389 0.8353 0.000 0.832 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608577 2 0.3389 0.8353 0.000 0.832 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608578 2 0.3389 0.8353 0.000 0.832 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608569 2 0.0922 0.8480 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608570 2 0.0922 0.8480 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608571 2 0.0922 0.8480 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608572 2 0.0922 0.8480 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608573 2 0.0922 0.8480 0.000 0.968 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608584 2 0.4643 0.7662 0.000 0.720 0.012 0.008 NA NA
#> SRR1608585 2 0.4643 0.7662 0.000 0.720 0.012 0.008 NA NA
#> SRR1608586 2 0.4643 0.7662 0.000 0.720 0.012 0.008 NA NA
#> SRR1608587 2 0.4643 0.7662 0.000 0.720 0.012 0.008 NA NA
#> SRR1608588 2 0.4643 0.7662 0.000 0.720 0.012 0.008 NA NA
#> SRR1608579 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608580 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608581 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608582 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608583 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608589 2 0.1251 0.8481 0.000 0.956 0.024 0.000 NA NA
#> SRR1608590 2 0.2534 0.8421 0.000 0.896 0.024 0.008 NA NA
#> SRR1608591 2 0.2534 0.8421 0.000 0.896 0.024 0.008 NA NA
#> SRR1608592 2 0.2534 0.8421 0.000 0.896 0.024 0.008 NA NA
#> SRR1608593 2 0.2534 0.8421 0.000 0.896 0.024 0.008 NA NA
#> SRR1608594 2 0.2534 0.8421 0.000 0.896 0.024 0.008 NA NA
#> SRR1608595 2 0.3161 0.8387 0.000 0.848 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608596 2 0.3161 0.8387 0.000 0.848 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608597 2 0.3161 0.8387 0.000 0.848 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608598 2 0.3161 0.8387 0.000 0.848 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608599 2 0.2798 0.8445 0.000 0.876 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608600 2 0.2798 0.8445 0.000 0.876 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608601 2 0.2798 0.8445 0.000 0.876 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608602 2 0.2798 0.8445 0.000 0.876 0.020 0.000 NA NA
#> SRR1608603 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608604 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608605 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608606 2 0.3454 0.8364 0.000 0.824 0.020 0.004 NA NA
#> SRR1608607 3 0.1680 0.9212 0.040 0.004 0.936 0.000 NA NA
#> SRR1608608 3 0.1680 0.9212 0.040 0.004 0.936 0.000 NA NA
#> SRR1608609 3 0.1680 0.9212 0.040 0.004 0.936 0.000 NA NA
#> SRR1608610 3 0.1680 0.9212 0.040 0.004 0.936 0.000 NA NA
#> SRR1608611 3 0.1680 0.9212 0.040 0.004 0.936 0.000 NA NA
#> SRR1608612 3 0.1680 0.9212 0.040 0.004 0.936 0.000 NA NA
#> SRR1608613 3 0.1371 0.9220 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608614 3 0.1371 0.9220 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608615 3 0.1371 0.9220 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608616 3 0.1371 0.9220 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608617 3 0.1371 0.9220 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608618 3 0.1371 0.9220 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608619 3 0.2587 0.9175 0.036 0.004 0.900 0.008 NA NA
#> SRR1608620 3 0.2587 0.9175 0.036 0.004 0.900 0.008 NA NA
#> SRR1608621 3 0.1147 0.9203 0.028 0.004 0.960 0.000 NA NA
#> SRR1608622 3 0.1147 0.9203 0.028 0.004 0.960 0.000 NA NA
#> SRR1608623 3 0.2095 0.9222 0.040 0.000 0.920 0.012 NA NA
#> SRR1608624 3 0.1299 0.9221 0.036 0.004 0.952 0.000 NA NA
#> SRR1608625 3 0.1299 0.9221 0.036 0.004 0.952 0.000 NA NA
#> SRR1608626 3 0.1299 0.9221 0.036 0.004 0.952 0.000 NA NA
#> SRR1608627 3 0.1299 0.9221 0.036 0.004 0.952 0.000 NA NA
#> SRR1608628 3 0.3025 0.8812 0.024 0.004 0.868 0.004 NA NA
#> SRR1608629 3 0.3025 0.8812 0.024 0.004 0.868 0.004 NA NA
#> SRR1608630 3 0.3025 0.8812 0.024 0.004 0.868 0.004 NA NA
#> SRR1608634 3 0.2968 0.9159 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608635 3 0.2968 0.9159 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608636 3 0.2968 0.9159 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608637 3 0.2968 0.9159 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608631 3 0.1644 0.9172 0.040 0.000 0.932 0.000 NA NA
#> SRR1608632 3 0.1644 0.9172 0.040 0.000 0.932 0.000 NA NA
#> SRR1608633 3 0.1644 0.9172 0.040 0.000 0.932 0.000 NA NA
#> SRR1608642 3 0.2025 0.9225 0.040 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608638 3 0.2882 0.9113 0.036 0.004 0.884 0.008 NA NA
#> SRR1608639 3 0.2882 0.9113 0.036 0.004 0.884 0.008 NA NA
#> SRR1608640 3 0.2882 0.9113 0.036 0.004 0.884 0.008 NA NA
#> SRR1608641 3 0.2882 0.9113 0.036 0.004 0.884 0.008 NA NA
#> SRR1608643 3 0.1340 0.9217 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608644 3 0.1340 0.9217 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608645 3 0.1340 0.9217 0.040 0.004 0.948 0.000 NA NA
#> SRR1608646 3 0.2258 0.9174 0.040 0.000 0.912 0.008 NA NA
#> SRR1608647 3 0.2258 0.9174 0.040 0.000 0.912 0.008 NA NA
#> SRR1608648 3 0.2258 0.9174 0.040 0.000 0.912 0.008 NA NA
#> SRR1608657 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608658 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608659 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608660 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608661 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608662 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608663 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608664 4 0.3768 0.8151 0.008 0.000 0.096 0.812 NA NA
#> SRR1608649 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608650 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608651 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608652 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608653 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608654 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608655 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608656 4 0.6321 0.6437 0.016 0.012 0.128 0.436 NA NA
#> SRR1608665 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608666 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608667 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608668 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608669 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608670 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608671 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608672 4 0.3887 0.7904 0.008 0.008 0.032 0.824 NA NA
#> SRR1608681 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608682 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608683 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608684 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608685 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608686 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608687 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608688 4 0.2764 0.8158 0.008 0.000 0.100 0.864 NA NA
#> SRR1608673 2 0.7414 0.5004 0.004 0.480 0.024 0.128 NA NA
#> SRR1608674 2 0.7414 0.5004 0.004 0.480 0.024 0.128 NA NA
#> SRR1608675 2 0.7463 0.5004 0.004 0.480 0.028 0.128 NA NA
#> SRR1608676 2 0.7463 0.5004 0.004 0.480 0.028 0.128 NA NA
#> SRR1608677 2 0.7414 0.5004 0.004 0.480 0.024 0.128 NA NA
#> SRR1608678 2 0.7414 0.5004 0.004 0.480 0.024 0.128 NA NA
#> SRR1608679 2 0.7414 0.5004 0.004 0.480 0.024 0.128 NA NA
#> SRR1608680 2 0.7414 0.5004 0.004 0.480 0.024 0.128 NA NA
#> SRR1608689 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608690 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608691 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608692 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608693 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608694 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608695 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608696 4 0.3458 0.8167 0.008 0.000 0.104 0.820 NA NA
#> SRR1608697 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608698 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608699 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608700 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608701 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608702 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608703 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608704 4 0.5028 0.7891 0.024 0.008 0.064 0.756 NA NA
#> SRR1608705 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608706 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608707 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608708 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608709 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608710 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608711 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608712 4 0.6290 0.6301 0.016 0.020 0.120 0.424 NA NA
#> SRR1608713 4 0.4569 0.7552 0.004 0.008 0.024 0.712 NA NA
#> SRR1608714 4 0.4569 0.7552 0.004 0.008 0.024 0.712 NA NA
#> SRR1608715 4 0.4569 0.7552 0.004 0.008 0.024 0.712 NA NA
#> SRR1608716 3 0.2635 0.8758 0.020 0.004 0.884 0.004 NA NA
#> SRR1608717 3 0.2635 0.8758 0.020 0.004 0.884 0.004 NA NA
#> SRR1608718 3 0.2635 0.8758 0.020 0.004 0.884 0.004 NA NA
#> SRR1608719 3 0.2635 0.8758 0.020 0.004 0.884 0.004 NA NA
#> SRR1608724 3 0.3886 0.8642 0.040 0.008 0.824 0.008 NA NA
#> SRR1608725 3 0.3886 0.8642 0.040 0.008 0.824 0.008 NA NA
#> SRR1608726 3 0.3886 0.8642 0.040 0.008 0.824 0.008 NA NA
#> SRR1608727 3 0.3886 0.8642 0.040 0.008 0.824 0.008 NA NA
#> SRR1608720 3 0.1586 0.9229 0.040 0.004 0.940 0.004 NA NA
#> SRR1608721 3 0.1586 0.9229 0.040 0.004 0.940 0.004 NA NA
#> SRR1608722 3 0.1586 0.9229 0.040 0.004 0.940 0.004 NA NA
#> SRR1608723 3 0.1586 0.9229 0.040 0.004 0.940 0.004 NA NA
#> SRR1608728 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608729 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608730 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608731 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608732 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608733 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608734 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608735 3 0.2055 0.9216 0.036 0.004 0.924 0.004 NA NA
#> SRR1608736 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608737 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608738 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608739 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608740 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608741 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608742 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608743 3 0.1155 0.9221 0.036 0.004 0.956 0.000 NA NA
#> SRR1608744 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608745 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608746 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608747 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608748 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608749 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608750 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608751 3 0.3498 0.8795 0.040 0.004 0.848 0.008 NA NA
#> SRR1608752 3 0.2743 0.9135 0.036 0.004 0.892 0.008 NA NA
#> SRR1608753 3 0.2743 0.9135 0.036 0.004 0.892 0.008 NA NA
#> SRR1608754 3 0.2743 0.9135 0.036 0.004 0.892 0.008 NA NA
#> SRR1608755 3 0.2743 0.9135 0.036 0.004 0.892 0.008 NA NA
#> SRR1608764 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608765 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608766 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608767 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608768 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608769 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608770 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608771 3 0.3118 0.9115 0.040 0.004 0.872 0.012 NA NA
#> SRR1608756 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608757 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608758 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608759 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608760 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608761 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608762 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608763 3 0.2709 0.8956 0.040 0.000 0.884 0.000 NA NA
#> SRR1608772 3 0.2960 0.9108 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608773 3 0.2960 0.9108 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608774 3 0.2960 0.9108 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608775 3 0.2960 0.9108 0.036 0.004 0.880 0.008 NA NA
#> SRR1608776 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608777 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608778 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608779 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608780 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608782 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608783 3 0.2380 0.8926 0.024 0.004 0.900 0.004 NA NA
#> SRR1608784 3 0.2239 0.9219 0.040 0.004 0.916 0.012 NA NA
#> SRR1608785 3 0.2239 0.9219 0.040 0.004 0.916 0.012 NA NA
#> SRR1608786 3 0.2239 0.9219 0.040 0.004 0.916 0.012 NA NA
#> SRR1608787 3 0.2239 0.9219 0.040 0.004 0.916 0.012 NA NA
#> SRR1608788 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608789 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608790 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608791 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608792 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608793 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608794 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608795 1 0.7862 0.4809 0.476 0.004 0.140 0.112 NA NA
#> SRR1608796 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608797 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608798 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608799 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608800 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608801 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608802 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608803 1 0.2501 0.8207 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608812 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608814 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608815 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608816 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608817 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608818 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608819 1 0.3728 0.7794 0.652 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608804 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608805 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608806 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608807 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608808 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608809 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608810 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608811 1 0.2679 0.8100 0.868 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608822 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608823 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608824 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608825 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608826 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608827 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608828 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608829 1 0.4601 0.7616 0.616 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608820 1 0.3905 0.7873 0.668 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608821 1 0.3905 0.7873 0.668 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608830 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608831 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608832 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608833 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608834 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608835 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608836 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608837 1 0.2728 0.7752 0.860 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608838 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608839 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608840 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608841 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608842 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608843 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608844 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608845 1 0.4148 0.7718 0.636 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608846 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608847 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608848 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608849 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608850 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608851 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608852 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608853 1 0.3277 0.8165 0.792 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608854 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608855 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608856 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608857 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608858 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608859 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608860 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608861 1 0.3136 0.8115 0.768 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608862 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608863 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608864 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608865 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608866 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608867 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608868 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608869 1 0.2066 0.8175 0.904 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608870 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608871 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608872 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608873 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608874 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608875 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608876 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608877 1 0.4397 0.7526 0.596 0.000 0.004 0.000 NA NA
#> SRR1608878 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608880 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608881 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608882 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608883 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608884 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608885 1 0.1333 0.8173 0.944 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608886 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608887 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608888 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608889 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608890 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608891 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608892 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608893 1 0.1829 0.7982 0.920 0.004 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608894 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608895 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608896 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608897 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608898 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608899 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608901 1 0.3446 0.7908 0.692 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608902 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608903 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608904 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608905 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608906 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608907 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608908 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608909 1 0.2560 0.8187 0.872 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608910 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608911 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608912 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608913 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608914 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608915 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608916 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608917 1 0.2604 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608918 1 0.2393 0.7843 0.884 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608919 1 0.2393 0.7843 0.884 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608920 1 0.2313 0.8242 0.884 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608921 1 0.2313 0.8242 0.884 0.000 0.000 0.004 NA NA
#> SRR1608922 1 0.2147 0.7872 0.896 0.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR1608923 1 0.2147 0.7872 0.896 0.000 0.000 0.000 NA NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.561 0.845 0.908 0.4930 0.507 0.507
#> 3 3 0.928 0.953 0.978 0.3341 0.817 0.645
#> 4 4 1.000 0.991 0.995 0.1294 0.904 0.726
#> 5 5 0.921 0.925 0.916 0.0581 0.952 0.814
#> 6 6 0.811 0.751 0.859 0.0356 0.994 0.973
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608494 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608495 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608496 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608497 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608498 2 0.8555 0.698 0.280 0.720
#> SRR1608499 2 0.8555 0.698 0.280 0.720
#> SRR1608500 2 0.8555 0.698 0.280 0.720
#> SRR1608501 2 0.8555 0.698 0.280 0.720
#> SRR1608502 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608503 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608504 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608505 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608510 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608506 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608507 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608508 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608509 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608514 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608607 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608608 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608609 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608610 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608611 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608612 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608613 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608614 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608615 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608616 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608617 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608618 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608619 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608620 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608621 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608622 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608623 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608624 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608625 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608626 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608627 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608628 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608629 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608630 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608634 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608635 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608636 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608637 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608631 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608632 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608633 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608642 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608638 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608639 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608640 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608641 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608643 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608644 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608645 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608646 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608647 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608648 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608657 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608658 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608659 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608660 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608661 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608662 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608663 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608664 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR1608649 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608665 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608666 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608667 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608668 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608669 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608670 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608671 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608672 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608681 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608682 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608683 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608684 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608685 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608686 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608687 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608688 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608673 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608674 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608675 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608676 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608677 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608678 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608679 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608680 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR1608689 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608690 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608691 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608692 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608693 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608694 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608695 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608696 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608697 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608698 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608699 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608700 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608701 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608702 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608703 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608704 2 0.8386 0.713 0.268 0.732
#> SRR1608705 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> SRR1608713 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608714 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608715 2 0.8327 0.717 0.264 0.736
#> SRR1608716 2 0.4690 0.812 0.100 0.900
#> SRR1608717 2 0.4690 0.812 0.100 0.900
#> SRR1608718 2 0.4690 0.812 0.100 0.900
#> SRR1608719 2 0.4690 0.812 0.100 0.900
#> SRR1608724 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> SRR1608725 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> SRR1608726 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> SRR1608727 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> SRR1608720 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608721 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608722 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608723 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608728 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608729 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608730 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608731 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608732 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608733 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608734 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608735 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608736 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608737 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608738 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608739 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608740 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608741 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608742 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608743 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608744 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608745 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608746 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608747 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608748 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608749 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608750 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608751 1 0.1843 0.859 0.972 0.028
#> SRR1608752 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608753 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608754 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608755 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608764 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608765 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608766 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608767 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608768 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608769 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608770 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608771 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608756 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608757 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608758 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608759 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608760 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608761 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608762 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608763 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608772 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608773 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608774 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608775 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608776 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608777 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608778 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608779 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608780 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608782 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608783 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608784 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608785 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608786 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608787 1 0.8499 0.772 0.724 0.276
#> SRR1608788 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.866 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.6215 0.205 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608499 1 0.6215 0.205 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608500 1 0.6215 0.205 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608501 1 0.6215 0.205 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608502 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608503 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608504 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608505 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608507 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608508 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608509 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608543 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608544 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608545 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608546 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608608 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608609 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608610 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608611 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608612 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608613 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608614 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608615 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608616 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608617 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608618 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608619 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608622 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608623 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608624 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608625 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608627 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608628 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608629 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608630 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608634 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608632 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608633 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608642 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608644 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608645 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608646 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608658 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608659 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608660 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608661 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608662 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608663 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608664 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608649 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608650 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608651 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608652 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608653 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608654 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608655 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608656 2 0.0424 0.952 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608665 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608666 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608667 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608668 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608669 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608670 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608671 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608672 2 0.4897 0.795 0.172 0.812 0.016
#> SRR1608681 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608682 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608683 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608684 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608685 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608686 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608687 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608688 2 0.3941 0.835 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608673 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608674 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608675 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608676 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608677 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608678 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608679 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608680 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608689 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608690 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608691 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608692 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608693 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608694 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608695 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608696 2 0.3116 0.880 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608697 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608698 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608699 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608700 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608701 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608702 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608703 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608704 2 0.6750 0.517 0.336 0.640 0.024
#> SRR1608705 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608706 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608707 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608708 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608709 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608710 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608711 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608712 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608713 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608714 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608715 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608717 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608718 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608719 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608720 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608721 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608722 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608723 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608737 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608738 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608739 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608740 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608741 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608742 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608743 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608745 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608746 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608747 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608748 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608749 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608750 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608751 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608752 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608757 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608758 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608759 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608760 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608761 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608762 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608763 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608772 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608777 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608778 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608779 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608780 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608495 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608496 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608497 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608498 2 0.4677 0.735 0.192 0.768 0 0.040
#> SRR1608499 2 0.4677 0.735 0.192 0.768 0 0.040
#> SRR1608500 2 0.4677 0.735 0.192 0.768 0 0.040
#> SRR1608501 2 0.4677 0.735 0.192 0.768 0 0.040
#> SRR1608502 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608503 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608504 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608505 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608506 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608507 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608508 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608509 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608542 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608543 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608544 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608545 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608649 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608650 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608651 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608652 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608653 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608654 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608655 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608656 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608665 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608666 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608667 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608668 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608669 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608670 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608671 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608672 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608681 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608682 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608683 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608684 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608685 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608686 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608687 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608688 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608673 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608674 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608675 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608676 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608677 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608678 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608679 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608680 2 0.1792 0.927 0.000 0.932 0 0.068
#> SRR1608689 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608690 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608691 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608692 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608693 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608694 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608695 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608696 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608697 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608698 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608699 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608700 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608701 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608702 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608703 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608704 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608705 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608706 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608707 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608708 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608709 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608710 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608711 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608712 4 0.0188 0.996 0.000 0.004 0 0.996
#> SRR1608713 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608714 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608715 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR1608716 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608717 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608718 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608719 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR1608788 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608789 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608790 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608791 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608792 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608793 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608794 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608795 1 0.1637 0.940 0.940 0.000 0 0.060
#> SRR1608796 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.1043 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.1043 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.1043 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.1043 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608495 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608496 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608497 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608498 2 0.7653 0.267 0.260 0.424 0.000 0.060 0.256
#> SRR1608499 2 0.7653 0.267 0.260 0.424 0.000 0.060 0.256
#> SRR1608500 2 0.7653 0.267 0.260 0.424 0.000 0.060 0.256
#> SRR1608501 2 0.7653 0.267 0.260 0.424 0.000 0.060 0.256
#> SRR1608502 4 0.1792 0.944 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1608503 4 0.1792 0.944 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1608504 4 0.1792 0.944 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1608505 4 0.1792 0.944 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1608510 2 0.1410 0.923 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.1410 0.923 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.1410 0.923 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.1410 0.923 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.1965 0.943 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1608507 4 0.1965 0.943 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1608508 4 0.1965 0.943 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1608509 4 0.1965 0.943 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1608514 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.1270 0.926 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.1270 0.926 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.1270 0.926 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.1270 0.926 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.1478 0.922 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.1478 0.922 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.1478 0.922 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.1478 0.922 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.1792 0.915 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.1792 0.915 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.1792 0.915 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.1792 0.915 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.2179 0.908 0.100 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608535 2 0.2179 0.908 0.100 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608536 2 0.2179 0.908 0.100 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608537 2 0.2179 0.908 0.100 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608538 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.2865 0.911 0.132 0.008 0.004 0.856 0.000
#> SRR1608543 4 0.2865 0.911 0.132 0.008 0.004 0.856 0.000
#> SRR1608544 4 0.2865 0.911 0.132 0.008 0.004 0.856 0.000
#> SRR1608545 4 0.2865 0.911 0.132 0.008 0.004 0.856 0.000
#> SRR1608546 2 0.1908 0.913 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.1908 0.913 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.1908 0.913 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.1908 0.913 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.2563 0.892 0.120 0.872 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608551 2 0.2563 0.892 0.120 0.872 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608552 2 0.2563 0.892 0.120 0.872 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608553 2 0.2563 0.892 0.120 0.872 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608554 2 0.2563 0.892 0.120 0.872 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608555 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1197 0.933 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.1197 0.933 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.1197 0.933 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.1197 0.933 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.1197 0.933 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0880 0.931 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0963 0.936 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608620 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608621 3 0.0290 0.989 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0290 0.989 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0404 0.990 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.1124 0.975 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1608629 3 0.1124 0.975 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1608630 3 0.1124 0.975 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1608634 3 0.0324 0.989 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1608635 3 0.0324 0.989 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1608636 3 0.0324 0.989 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1608637 3 0.0324 0.989 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1608631 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608639 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608640 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608641 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608643 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608650 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608651 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608652 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608653 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608654 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608655 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608656 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608665 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608666 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608667 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608668 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608669 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608670 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608671 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608672 4 0.0510 0.966 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608674 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608675 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608676 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608677 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608678 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608679 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608680 2 0.4428 0.763 0.084 0.756 0.000 0.160 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608698 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608699 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608700 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608701 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608702 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608703 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608704 4 0.1410 0.954 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1608705 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608706 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608707 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608708 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608709 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608710 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608711 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608712 4 0.1990 0.943 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR1608713 4 0.0703 0.966 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1608714 4 0.0703 0.966 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1608715 4 0.0703 0.966 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1608716 3 0.1043 0.972 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.1043 0.972 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.1043 0.972 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.1043 0.972 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.0898 0.980 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR1608725 3 0.0898 0.980 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR1608726 3 0.0898 0.980 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR1608727 3 0.0898 0.980 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR1608720 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0162 0.990 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608745 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608746 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608747 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608748 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608749 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608750 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608751 3 0.0579 0.987 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1608752 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608753 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608754 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608755 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608764 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608765 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608766 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608767 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608768 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608769 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608770 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608771 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608756 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0290 0.990 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608773 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608774 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608775 3 0.0566 0.988 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1608776 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0880 0.978 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0404 0.990 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0404 0.990 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0404 0.990 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0404 0.990 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608789 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608790 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608791 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608792 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608793 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608794 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608795 1 0.3841 0.854 0.780 0.000 0.000 0.032 0.188
#> SRR1608796 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608797 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608798 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608799 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608800 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608801 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608802 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608803 5 0.2690 0.809 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1608812 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608814 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608815 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608816 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608817 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608818 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608819 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608804 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608805 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608806 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608807 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608808 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608809 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608810 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608811 5 0.1732 0.887 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608822 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608823 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608824 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608825 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608826 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608827 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608828 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608829 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608820 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608821 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608830 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608839 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608840 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608841 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608842 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608843 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608844 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608845 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608846 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608847 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608848 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608849 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608850 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608851 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608852 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608853 1 0.4201 0.752 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608854 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608855 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608856 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608857 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608858 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608859 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608860 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608861 1 0.3661 0.924 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608862 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608863 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608864 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608865 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608866 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608867 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608868 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608869 5 0.2230 0.873 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608870 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608871 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608872 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608873 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608874 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608875 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608876 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608877 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608878 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608880 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608881 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608882 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608883 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608884 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608885 5 0.1410 0.895 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608886 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608887 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608888 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608889 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608890 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608891 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608892 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608893 5 0.0510 0.899 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608894 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608895 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608896 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608897 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608898 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608899 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608901 1 0.3480 0.947 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1608902 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608903 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608904 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608905 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608906 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608907 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608908 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608909 5 0.2929 0.806 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608910 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 5 0.0000 0.894 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 5 0.3966 0.343 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1608921 5 0.3966 0.343 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1608922 5 0.0162 0.896 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608923 5 0.0162 0.896 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0790 0.666 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608491 2 0.0790 0.666 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608492 2 0.0790 0.666 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608493 2 0.0790 0.666 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608494 4 0.1219 0.882 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1608495 4 0.1219 0.882 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1608496 4 0.1219 0.882 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1608497 4 0.1219 0.882 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1608498 2 0.8014 -0.171 0.080 0.384 0.000 0.072 0.248 0.216
#> SRR1608499 2 0.8014 -0.171 0.080 0.384 0.000 0.072 0.248 0.216
#> SRR1608500 2 0.8014 -0.171 0.080 0.384 0.000 0.072 0.248 0.216
#> SRR1608501 2 0.8014 -0.171 0.080 0.384 0.000 0.072 0.248 0.216
#> SRR1608502 4 0.3562 0.792 0.012 0.000 0.000 0.756 0.008 0.224
#> SRR1608503 4 0.3562 0.792 0.012 0.000 0.000 0.756 0.008 0.224
#> SRR1608504 4 0.3562 0.792 0.012 0.000 0.000 0.756 0.008 0.224
#> SRR1608505 4 0.3562 0.792 0.012 0.000 0.000 0.756 0.008 0.224
#> SRR1608510 2 0.3330 0.137 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1608511 2 0.3330 0.137 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1608512 2 0.3330 0.137 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1608513 2 0.3330 0.137 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1608506 4 0.3604 0.809 0.012 0.000 0.000 0.760 0.012 0.216
#> SRR1608507 4 0.3604 0.809 0.012 0.000 0.000 0.760 0.012 0.216
#> SRR1608508 4 0.3604 0.809 0.012 0.000 0.000 0.760 0.012 0.216
#> SRR1608509 4 0.3604 0.809 0.012 0.000 0.000 0.760 0.012 0.216
#> SRR1608514 2 0.2730 0.453 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608515 2 0.2730 0.453 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608516 2 0.2730 0.453 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608517 2 0.2730 0.453 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608518 2 0.3175 0.257 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608519 2 0.3175 0.257 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608520 2 0.3175 0.257 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608521 2 0.3175 0.257 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608522 2 0.3409 0.054 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1608523 2 0.3409 0.054 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1608524 2 0.3409 0.054 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1608525 2 0.3409 0.054 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1608526 2 0.3620 -0.247 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1608527 2 0.3620 -0.247 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1608528 2 0.3620 -0.247 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1608529 2 0.3620 -0.247 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1608530 2 0.1714 0.628 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608531 2 0.1714 0.628 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608532 2 0.1714 0.628 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608533 2 0.1714 0.628 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608534 2 0.4830 -0.331 0.004 0.596 0.000 0.040 0.008 0.352
#> SRR1608535 2 0.4830 -0.331 0.004 0.596 0.000 0.040 0.008 0.352
#> SRR1608536 2 0.4830 -0.331 0.004 0.596 0.000 0.040 0.008 0.352
#> SRR1608537 2 0.4830 -0.331 0.004 0.596 0.000 0.040 0.008 0.352
#> SRR1608538 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608539 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608540 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608541 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608542 4 0.4319 0.690 0.024 0.000 0.000 0.648 0.008 0.320
#> SRR1608543 4 0.4319 0.690 0.024 0.000 0.000 0.648 0.008 0.320
#> SRR1608544 4 0.4319 0.690 0.024 0.000 0.000 0.648 0.008 0.320
#> SRR1608545 4 0.4319 0.690 0.024 0.000 0.000 0.648 0.008 0.320
#> SRR1608546 2 0.3892 -0.259 0.000 0.640 0.000 0.004 0.004 0.352
#> SRR1608547 2 0.3892 -0.259 0.000 0.640 0.000 0.004 0.004 0.352
#> SRR1608548 2 0.3892 -0.259 0.000 0.640 0.000 0.004 0.004 0.352
#> SRR1608549 2 0.3892 -0.259 0.000 0.640 0.000 0.004 0.004 0.352
#> SRR1608550 6 0.4922 1.000 0.004 0.472 0.004 0.032 0.004 0.484
#> SRR1608551 6 0.4922 1.000 0.004 0.472 0.004 0.032 0.004 0.484
#> SRR1608552 6 0.4922 1.000 0.004 0.472 0.004 0.032 0.004 0.484
#> SRR1608553 6 0.4922 1.000 0.004 0.472 0.004 0.032 0.004 0.484
#> SRR1608554 6 0.4922 1.000 0.004 0.472 0.004 0.032 0.004 0.484
#> SRR1608555 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608556 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608557 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608558 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608559 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608560 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608561 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608562 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608563 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608564 2 0.1663 0.631 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1608565 2 0.1663 0.631 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1608566 2 0.1663 0.631 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1608567 2 0.1663 0.631 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1608568 2 0.1663 0.631 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1608574 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608575 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608576 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608577 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608569 2 0.1765 0.624 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608570 2 0.1765 0.624 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608571 2 0.1765 0.624 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608572 2 0.1765 0.624 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608573 2 0.1765 0.624 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608584 2 0.1082 0.633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608585 2 0.1082 0.633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608586 2 0.1082 0.633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608587 2 0.1082 0.633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608588 2 0.1082 0.633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608579 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608580 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608581 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608582 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608583 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608589 2 0.1556 0.636 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1608590 2 0.2092 0.590 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608591 2 0.2092 0.590 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608592 2 0.2092 0.590 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608593 2 0.2092 0.590 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608594 2 0.2092 0.590 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608595 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608596 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608597 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608598 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608599 2 0.0000 0.675 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.675 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.675 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.675 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608604 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608605 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608606 2 0.0146 0.676 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608607 3 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608608 3 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608609 3 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608610 3 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608611 3 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608612 3 0.0260 0.909 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608613 3 0.0363 0.909 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608614 3 0.0363 0.909 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608615 3 0.0363 0.909 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608616 3 0.0363 0.909 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608617 3 0.0363 0.909 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608618 3 0.0363 0.909 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608619 3 0.3200 0.881 0.000 0.000 0.788 0.000 0.016 0.196
#> SRR1608620 3 0.3200 0.881 0.000 0.000 0.788 0.000 0.016 0.196
#> SRR1608621 3 0.2170 0.906 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR1608622 3 0.2170 0.906 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR1608623 3 0.1327 0.912 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608624 3 0.1398 0.915 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1608625 3 0.1398 0.915 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1608626 3 0.1398 0.915 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1608627 3 0.1398 0.915 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1608628 3 0.3738 0.828 0.000 0.000 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR1608629 3 0.3738 0.828 0.000 0.000 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR1608630 3 0.3738 0.828 0.000 0.000 0.704 0.000 0.016 0.280
#> SRR1608634 3 0.2020 0.909 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1608635 3 0.2020 0.909 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1608636 3 0.2020 0.909 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1608637 3 0.2020 0.909 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1608631 3 0.0713 0.905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608632 3 0.0713 0.905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608633 3 0.0713 0.905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608642 3 0.1970 0.910 0.000 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1608638 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608639 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608640 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608641 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608643 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0713 0.905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608647 3 0.0713 0.905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608648 3 0.0713 0.905 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608657 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608658 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608659 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608660 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608661 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608662 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608663 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608664 4 0.0146 0.883 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608649 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608650 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608651 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608652 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608653 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608654 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608655 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608656 4 0.4102 0.770 0.000 0.004 0.000 0.720 0.044 0.232
#> SRR1608665 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608666 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608667 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608668 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608669 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608670 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608671 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608672 4 0.1152 0.881 0.004 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1608681 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0146 0.884 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608673 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608674 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608675 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608676 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608677 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608678 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608679 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608680 2 0.4577 0.246 0.004 0.732 0.000 0.100 0.012 0.152
#> SRR1608689 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608690 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608691 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608692 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608693 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608694 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608695 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608696 4 0.0806 0.881 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1608697 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608698 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608699 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608700 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608701 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608702 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608703 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608704 4 0.2913 0.844 0.032 0.000 0.000 0.848 0.004 0.116
#> SRR1608705 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608706 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608707 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608708 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608709 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608710 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608711 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608712 4 0.4152 0.764 0.000 0.004 0.000 0.712 0.044 0.240
#> SRR1608713 4 0.2609 0.869 0.000 0.000 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR1608714 4 0.2609 0.869 0.000 0.000 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR1608715 4 0.2609 0.869 0.000 0.000 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR1608716 3 0.3852 0.769 0.000 0.000 0.664 0.000 0.012 0.324
#> SRR1608717 3 0.3852 0.769 0.000 0.000 0.664 0.000 0.012 0.324
#> SRR1608718 3 0.3852 0.769 0.000 0.000 0.664 0.000 0.012 0.324
#> SRR1608719 3 0.3852 0.769 0.000 0.000 0.664 0.000 0.012 0.324
#> SRR1608724 3 0.1872 0.884 0.004 0.000 0.920 0.008 0.004 0.064
#> SRR1608725 3 0.1872 0.884 0.004 0.000 0.920 0.008 0.004 0.064
#> SRR1608726 3 0.1872 0.884 0.004 0.000 0.920 0.008 0.004 0.064
#> SRR1608727 3 0.1872 0.884 0.004 0.000 0.920 0.008 0.004 0.064
#> SRR1608720 3 0.0547 0.913 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608721 3 0.0547 0.913 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608722 3 0.0547 0.913 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608723 3 0.0547 0.913 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608728 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608729 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608730 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608731 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608732 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608733 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608734 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608735 3 0.2312 0.909 0.000 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1608736 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608737 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608738 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608739 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608740 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608741 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608742 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608743 3 0.1757 0.911 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1608744 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608745 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608746 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608747 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608748 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608749 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608750 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608751 3 0.1555 0.890 0.000 0.000 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR1608752 3 0.3290 0.876 0.000 0.000 0.776 0.000 0.016 0.208
#> SRR1608753 3 0.3290 0.876 0.000 0.000 0.776 0.000 0.016 0.208
#> SRR1608754 3 0.3290 0.876 0.000 0.000 0.776 0.000 0.016 0.208
#> SRR1608755 3 0.3290 0.876 0.000 0.000 0.776 0.000 0.016 0.208
#> SRR1608764 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608765 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608766 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608767 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608768 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608769 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608770 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608771 3 0.3003 0.891 0.000 0.000 0.812 0.000 0.016 0.172
#> SRR1608756 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608757 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608758 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608759 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608760 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608761 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608762 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608763 3 0.0858 0.904 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608772 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608773 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608774 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608775 3 0.3231 0.880 0.000 0.000 0.784 0.000 0.016 0.200
#> SRR1608776 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608777 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608778 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608779 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608780 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608782 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608783 3 0.3314 0.853 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> SRR1608784 3 0.1765 0.910 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608785 3 0.1765 0.910 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608786 3 0.1765 0.910 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608787 3 0.1765 0.910 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608788 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608789 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608790 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608791 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608792 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608793 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608794 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608795 1 0.3620 0.769 0.816 0.000 0.000 0.044 0.028 0.112
#> SRR1608796 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608797 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608798 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608799 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608800 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608801 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608802 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608803 5 0.3748 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.688 0.012
#> SRR1608812 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608814 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608815 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608816 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608817 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608818 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608819 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608804 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608805 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608806 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608807 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608808 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608809 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608810 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608811 5 0.3548 0.841 0.136 0.000 0.000 0.000 0.796 0.068
#> SRR1608822 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608823 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608824 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608825 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608826 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608827 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608828 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608829 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608820 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608821 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608830 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608831 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608832 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608833 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608834 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608835 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608836 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608837 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608838 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608839 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608840 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608841 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608842 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608843 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608844 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608845 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608846 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608847 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608848 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608849 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608850 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608851 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608852 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608853 1 0.3309 0.647 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608854 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608855 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608856 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608857 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608858 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608859 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608860 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608861 1 0.2003 0.867 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1608862 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608863 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608864 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608865 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608866 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608867 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608868 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608869 5 0.3867 0.833 0.200 0.000 0.000 0.000 0.748 0.052
#> SRR1608870 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608871 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608872 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608873 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608874 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608875 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608876 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608877 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608878 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608880 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608881 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608882 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608883 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608884 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608885 5 0.2300 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1608886 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608887 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608888 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608889 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608890 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608891 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608892 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608893 5 0.1714 0.876 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608894 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608895 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608896 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608897 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608898 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608899 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608901 1 0.0790 0.919 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608902 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608903 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608904 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608905 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608906 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608907 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608908 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608909 5 0.4272 0.766 0.288 0.000 0.000 0.000 0.668 0.044
#> SRR1608910 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608911 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608912 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608913 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608914 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608915 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608916 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608917 5 0.1501 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1608918 5 0.1556 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1608919 5 0.1556 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1608920 5 0.3999 0.240 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR1608921 5 0.3999 0.240 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR1608922 5 0.1556 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1608923 5 0.1556 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.772 0.873 0.949 0.4521 0.548 0.548
#> 3 3 0.821 0.880 0.948 0.4489 0.791 0.618
#> 4 4 0.897 0.894 0.953 0.1157 0.913 0.750
#> 5 5 0.904 0.896 0.960 0.0205 0.984 0.940
#> 6 6 0.932 0.896 0.962 0.0119 0.991 0.965
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.7528 0.713 0.784 0.216
#> SRR1608495 1 0.7376 0.724 0.792 0.208
#> SRR1608496 1 0.7602 0.708 0.780 0.220
#> SRR1608497 1 0.7453 0.719 0.788 0.212
#> SRR1608498 2 0.8861 0.544 0.304 0.696
#> SRR1608499 2 0.8763 0.561 0.296 0.704
#> SRR1608500 2 0.8713 0.569 0.292 0.708
#> SRR1608501 2 0.8713 0.569 0.292 0.708
#> SRR1608502 2 0.9732 0.311 0.404 0.596
#> SRR1608503 2 0.9732 0.311 0.404 0.596
#> SRR1608504 2 0.9686 0.333 0.396 0.604
#> SRR1608505 2 0.9732 0.311 0.404 0.596
#> SRR1608510 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608506 2 0.9522 0.387 0.372 0.628
#> SRR1608507 2 0.9491 0.397 0.368 0.632
#> SRR1608508 2 0.9460 0.408 0.364 0.636
#> SRR1608509 2 0.9522 0.387 0.372 0.628
#> SRR1608514 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.9358 0.421 0.352 0.648
#> SRR1608585 2 0.9087 0.486 0.324 0.676
#> SRR1608586 2 0.9248 0.450 0.340 0.660
#> SRR1608587 2 0.8763 0.546 0.296 0.704
#> SRR1608588 2 0.8555 0.579 0.280 0.720
#> SRR1608579 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608620 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608623 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608634 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608635 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608636 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608637 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608631 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608642 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608638 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608646 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608647 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608648 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608657 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608658 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608659 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608660 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608661 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608662 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608663 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608664 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608666 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608667 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608668 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608669 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608670 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608671 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608672 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR1608681 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608682 2 0.1843 0.931 0.028 0.972
#> SRR1608683 2 0.2778 0.913 0.048 0.952
#> SRR1608684 2 0.3879 0.886 0.076 0.924
#> SRR1608685 2 0.0672 0.947 0.008 0.992
#> SRR1608686 2 0.2043 0.927 0.032 0.968
#> SRR1608687 2 0.2603 0.917 0.044 0.956
#> SRR1608688 2 0.3584 0.894 0.068 0.932
#> SRR1608673 2 0.5059 0.847 0.112 0.888
#> SRR1608674 2 0.5519 0.828 0.128 0.872
#> SRR1608675 2 0.1633 0.934 0.024 0.976
#> SRR1608676 2 0.3733 0.890 0.072 0.928
#> SRR1608677 2 0.4298 0.874 0.088 0.912
#> SRR1608678 2 0.5059 0.847 0.112 0.888
#> SRR1608679 2 0.5842 0.813 0.140 0.860
#> SRR1608680 2 0.4562 0.865 0.096 0.904
#> SRR1608689 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608690 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608691 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608692 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608693 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608694 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608695 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608696 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608697 2 0.9795 0.275 0.416 0.584
#> SRR1608698 2 0.9775 0.287 0.412 0.588
#> SRR1608699 2 0.9922 0.170 0.448 0.552
#> SRR1608700 2 0.9909 0.184 0.444 0.556
#> SRR1608701 2 0.9795 0.274 0.416 0.584
#> SRR1608702 2 0.9815 0.262 0.420 0.580
#> SRR1608703 2 0.9922 0.170 0.448 0.552
#> SRR1608704 2 0.9866 0.224 0.432 0.568
#> SRR1608705 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.9944 0.212 0.544 0.456
#> SRR1608714 1 0.9944 0.212 0.544 0.456
#> SRR1608715 1 0.9944 0.212 0.544 0.456
#> SRR1608716 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608724 2 0.5059 0.846 0.112 0.888
#> SRR1608725 2 0.5178 0.841 0.116 0.884
#> SRR1608726 2 0.5059 0.846 0.112 0.888
#> SRR1608727 2 0.5294 0.836 0.120 0.880
#> SRR1608720 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608728 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608729 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608730 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608731 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608732 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608733 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608734 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608735 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608736 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608744 2 0.4815 0.854 0.104 0.896
#> SRR1608745 2 0.4939 0.850 0.108 0.892
#> SRR1608746 2 0.4690 0.859 0.100 0.900
#> SRR1608747 2 0.4939 0.850 0.108 0.892
#> SRR1608748 2 0.5059 0.846 0.112 0.888
#> SRR1608749 2 0.5059 0.846 0.112 0.888
#> SRR1608750 2 0.5059 0.846 0.112 0.888
#> SRR1608751 2 0.5059 0.846 0.112 0.888
#> SRR1608752 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608753 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608754 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608755 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608764 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608765 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608766 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608767 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608768 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608769 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608770 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608771 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608756 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608772 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608773 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608774 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608775 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608784 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608785 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608786 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608787 2 0.0000 0.954 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.9710 0.357 0.600 0.400
#> SRR1608789 1 0.9608 0.398 0.616 0.384
#> SRR1608790 1 0.9710 0.357 0.600 0.400
#> SRR1608791 1 0.9661 0.378 0.608 0.392
#> SRR1608792 1 0.9661 0.378 0.608 0.392
#> SRR1608793 1 0.9754 0.335 0.592 0.408
#> SRR1608794 1 0.9732 0.346 0.596 0.404
#> SRR1608795 1 0.9833 0.289 0.576 0.424
#> SRR1608796 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.9000 0.548 0.684 0.316
#> SRR1608805 1 0.9732 0.356 0.596 0.404
#> SRR1608806 1 0.9944 0.208 0.544 0.456
#> SRR1608807 1 0.9922 0.232 0.552 0.448
#> SRR1608808 1 0.9754 0.346 0.592 0.408
#> SRR1608809 1 0.9580 0.415 0.620 0.380
#> SRR1608810 1 0.9896 0.257 0.560 0.440
#> SRR1608811 1 0.9686 0.376 0.604 0.396
#> SRR1608822 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.924 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.8265 0.565 0.636 0.180 0.184
#> SRR1608495 1 0.8265 0.565 0.636 0.180 0.184
#> SRR1608496 1 0.8265 0.565 0.636 0.180 0.184
#> SRR1608497 1 0.8265 0.565 0.636 0.180 0.184
#> SRR1608498 3 0.6267 0.169 0.452 0.000 0.548
#> SRR1608499 3 0.6267 0.168 0.452 0.000 0.548
#> SRR1608500 3 0.6235 0.221 0.436 0.000 0.564
#> SRR1608501 3 0.6252 0.196 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608502 3 0.7868 0.179 0.420 0.056 0.524
#> SRR1608503 3 0.8768 0.116 0.408 0.112 0.480
#> SRR1608504 3 0.8998 0.118 0.396 0.132 0.472
#> SRR1608505 3 0.7860 0.192 0.416 0.056 0.528
#> SRR1608510 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.5061 0.779 0.008 0.784 0.208
#> SRR1608507 2 0.5061 0.779 0.008 0.784 0.208
#> SRR1608508 2 0.5061 0.779 0.008 0.784 0.208
#> SRR1608509 2 0.5061 0.779 0.008 0.784 0.208
#> SRR1608514 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.3116 0.885 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608523 2 0.2959 0.891 0.000 0.900 0.100
#> SRR1608524 2 0.2959 0.891 0.000 0.900 0.100
#> SRR1608525 2 0.2878 0.893 0.000 0.904 0.096
#> SRR1608526 2 0.3412 0.873 0.000 0.876 0.124
#> SRR1608527 2 0.3412 0.873 0.000 0.876 0.124
#> SRR1608528 2 0.3482 0.870 0.000 0.872 0.128
#> SRR1608529 2 0.3482 0.870 0.000 0.872 0.128
#> SRR1608530 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.1031 0.935 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608547 2 0.0747 0.939 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608548 2 0.0892 0.937 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608549 2 0.0592 0.940 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608550 2 0.4702 0.779 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608551 2 0.4702 0.779 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608552 2 0.4750 0.773 0.000 0.784 0.216
#> SRR1608553 2 0.4702 0.779 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608554 2 0.4702 0.779 0.000 0.788 0.212
#> SRR1608555 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.2945 0.858 0.004 0.088 0.908
#> SRR1608650 3 0.1765 0.910 0.004 0.040 0.956
#> SRR1608651 3 0.1399 0.922 0.004 0.028 0.968
#> SRR1608652 3 0.2945 0.859 0.004 0.088 0.908
#> SRR1608653 3 0.1647 0.914 0.004 0.036 0.960
#> SRR1608654 3 0.1399 0.922 0.004 0.028 0.968
#> SRR1608655 3 0.2590 0.876 0.004 0.072 0.924
#> SRR1608656 3 0.1129 0.929 0.004 0.020 0.976
#> SRR1608665 1 0.4504 0.735 0.804 0.000 0.196
#> SRR1608666 1 0.4504 0.735 0.804 0.000 0.196
#> SRR1608667 1 0.4555 0.731 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608668 1 0.4555 0.731 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608669 1 0.4504 0.735 0.804 0.000 0.196
#> SRR1608670 1 0.4504 0.735 0.804 0.000 0.196
#> SRR1608671 1 0.4555 0.731 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608672 1 0.4504 0.735 0.804 0.000 0.196
#> SRR1608681 3 0.0237 0.945 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608682 3 0.1163 0.925 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608683 3 0.1753 0.907 0.048 0.000 0.952
#> SRR1608684 3 0.2625 0.871 0.084 0.000 0.916
#> SRR1608685 3 0.0424 0.942 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608686 3 0.1289 0.922 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608687 3 0.1643 0.911 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608688 3 0.2356 0.884 0.072 0.000 0.928
#> SRR1608673 2 0.3784 0.864 0.004 0.864 0.132
#> SRR1608674 2 0.3573 0.874 0.004 0.876 0.120
#> SRR1608675 2 0.3715 0.868 0.004 0.868 0.128
#> SRR1608676 2 0.3644 0.871 0.004 0.872 0.124
#> SRR1608677 2 0.3500 0.877 0.004 0.880 0.116
#> SRR1608678 2 0.3573 0.874 0.004 0.876 0.120
#> SRR1608679 2 0.3500 0.877 0.004 0.880 0.116
#> SRR1608680 2 0.3425 0.880 0.004 0.884 0.112
#> SRR1608689 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 3 0.6095 0.348 0.392 0.000 0.608
#> SRR1608698 3 0.6026 0.388 0.376 0.000 0.624
#> SRR1608699 3 0.6140 0.315 0.404 0.000 0.596
#> SRR1608700 3 0.6140 0.315 0.404 0.000 0.596
#> SRR1608701 3 0.6008 0.398 0.372 0.000 0.628
#> SRR1608702 3 0.6008 0.398 0.372 0.000 0.628
#> SRR1608703 3 0.6126 0.326 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608704 3 0.6111 0.337 0.396 0.000 0.604
#> SRR1608705 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608706 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608707 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608708 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608709 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608710 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608711 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608712 2 0.4883 0.781 0.004 0.788 0.208
#> SRR1608713 1 0.9389 0.183 0.468 0.352 0.180
#> SRR1608714 1 0.9319 0.224 0.484 0.340 0.176
#> SRR1608715 1 0.9281 0.231 0.488 0.340 0.172
#> SRR1608716 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608717 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608718 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608719 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.6079 0.371 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608789 1 0.6008 0.411 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608790 1 0.6140 0.328 0.596 0.000 0.404
#> SRR1608791 1 0.6079 0.371 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608792 1 0.6111 0.350 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608793 1 0.6168 0.306 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608794 1 0.6154 0.317 0.592 0.000 0.408
#> SRR1608795 1 0.6267 0.180 0.548 0.000 0.452
#> SRR1608796 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.2903 0.876 0.924 0.028 0.048
#> SRR1608805 1 0.5067 0.794 0.832 0.052 0.116
#> SRR1608806 1 0.5987 0.686 0.756 0.036 0.208
#> SRR1608807 1 0.6059 0.706 0.764 0.048 0.188
#> SRR1608808 1 0.5423 0.781 0.820 0.084 0.096
#> SRR1608809 1 0.4063 0.823 0.868 0.020 0.112
#> SRR1608810 1 0.5695 0.765 0.804 0.076 0.120
#> SRR1608811 1 0.5042 0.798 0.836 0.060 0.104
#> SRR1608822 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.933 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0188 0.904 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608495 4 0.0000 0.901 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608496 4 0.0188 0.904 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608497 4 0.0188 0.904 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608498 3 0.4972 0.132 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1608499 3 0.4972 0.132 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1608500 3 0.4948 0.185 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608501 3 0.4961 0.159 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608502 4 0.3632 0.812 0.004 0.008 0.156 0.832
#> SRR1608503 4 0.4036 0.804 0.004 0.020 0.160 0.816
#> SRR1608504 4 0.3862 0.811 0.000 0.024 0.152 0.824
#> SRR1608505 4 0.3988 0.808 0.004 0.020 0.156 0.820
#> SRR1608510 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.5857 0.491 0.008 0.620 0.032 0.340
#> SRR1608507 2 0.5764 0.528 0.008 0.640 0.032 0.320
#> SRR1608508 2 0.5821 0.506 0.008 0.628 0.032 0.332
#> SRR1608509 2 0.5887 0.509 0.008 0.628 0.036 0.328
#> SRR1608514 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.3172 0.784 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1608523 2 0.2814 0.812 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608524 2 0.2868 0.808 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1608525 2 0.2647 0.823 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608526 2 0.3444 0.758 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608527 2 0.3356 0.767 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1608528 2 0.3569 0.745 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1608529 2 0.3486 0.754 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.4624 0.551 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1608551 2 0.4624 0.551 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1608552 2 0.4624 0.551 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1608553 2 0.4624 0.551 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1608554 2 0.4624 0.551 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0592 0.907 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608585 2 0.0469 0.909 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608586 2 0.0469 0.909 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608587 2 0.0469 0.909 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608588 2 0.0592 0.907 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608579 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608658 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608659 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608660 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608661 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608662 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608663 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608664 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608649 4 0.5099 0.483 0.000 0.008 0.380 0.612
#> SRR1608650 4 0.4843 0.454 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1608651 4 0.4817 0.472 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1608652 4 0.5204 0.488 0.000 0.012 0.376 0.612
#> SRR1608653 4 0.4817 0.472 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1608654 4 0.4804 0.480 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1608655 4 0.4804 0.480 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1608656 4 0.4817 0.472 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1608665 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608666 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608667 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608668 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608669 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608670 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608671 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608672 4 0.0469 0.901 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608681 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608682 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608683 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608684 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608685 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608686 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608687 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608688 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608673 2 0.3351 0.795 0.008 0.844 0.148 0.000
#> SRR1608674 2 0.3032 0.818 0.008 0.868 0.124 0.000
#> SRR1608675 2 0.3249 0.803 0.008 0.852 0.140 0.000
#> SRR1608676 2 0.3088 0.815 0.008 0.864 0.128 0.000
#> SRR1608677 2 0.2976 0.822 0.008 0.872 0.120 0.000
#> SRR1608678 2 0.3032 0.818 0.008 0.868 0.124 0.000
#> SRR1608679 2 0.2976 0.822 0.008 0.872 0.120 0.000
#> SRR1608680 2 0.2976 0.822 0.008 0.872 0.120 0.000
#> SRR1608689 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608690 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608691 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608692 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608693 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608694 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608695 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608696 4 0.0817 0.914 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608697 4 0.2011 0.883 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1608698 4 0.2345 0.868 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1608699 4 0.1389 0.903 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608700 4 0.2011 0.883 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1608701 4 0.1637 0.897 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1608702 4 0.1637 0.897 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1608703 4 0.1474 0.901 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1608704 4 0.1557 0.899 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1608705 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608706 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608707 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608708 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608709 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608710 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608711 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608712 2 0.4888 0.409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608713 4 0.0000 0.901 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.901 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.901 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608716 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.4643 0.485 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1608789 1 0.4585 0.510 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1608790 1 0.4776 0.411 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1608791 1 0.4679 0.467 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1608792 1 0.4761 0.421 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1608793 1 0.4830 0.370 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1608794 1 0.4776 0.411 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1608795 1 0.4907 0.294 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.2300 0.892 0.924 0.028 0.048 0.000
#> SRR1608805 1 0.4015 0.793 0.832 0.052 0.116 0.000
#> SRR1608806 1 0.4745 0.683 0.756 0.036 0.208 0.000
#> SRR1608807 1 0.4801 0.700 0.764 0.048 0.188 0.000
#> SRR1608808 1 0.4297 0.782 0.820 0.084 0.096 0.000
#> SRR1608809 1 0.3219 0.827 0.868 0.020 0.112 0.000
#> SRR1608810 1 0.4513 0.762 0.804 0.076 0.120 0.000
#> SRR1608811 1 0.3996 0.799 0.836 0.060 0.104 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 3 0.428 0.145 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1608499 3 0.428 0.144 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1608500 3 0.426 0.197 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1608501 3 0.427 0.171 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1608502 4 0.425 0.471 0.004 0.004 0.332 0.660 0.000
#> SRR1608503 4 0.457 0.463 0.004 0.016 0.332 0.648 0.000
#> SRR1608504 4 0.449 0.468 0.000 0.020 0.328 0.652 0.000
#> SRR1608505 4 0.459 0.456 0.004 0.016 0.336 0.644 0.000
#> SRR1608510 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.465 0.433 0.004 0.600 0.012 0.384 0.000
#> SRR1608507 2 0.458 0.487 0.004 0.624 0.012 0.360 0.000
#> SRR1608508 2 0.462 0.461 0.004 0.612 0.012 0.372 0.000
#> SRR1608509 2 0.462 0.461 0.004 0.612 0.012 0.372 0.000
#> SRR1608514 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.273 0.765 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.242 0.797 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.247 0.793 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.228 0.809 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.297 0.736 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.289 0.746 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.307 0.720 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.300 0.731 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.405 0.489 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.405 0.489 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.405 0.489 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.405 0.489 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.405 0.489 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.388 0.573 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1608585 2 0.384 0.583 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1608586 2 0.361 0.645 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1608587 2 0.364 0.642 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608588 2 0.402 0.515 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1608579 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 2 0.297 0.768 0.008 0.836 0.156 0.000 0.000
#> SRR1608674 2 0.271 0.795 0.008 0.860 0.132 0.000 0.000
#> SRR1608675 2 0.289 0.777 0.008 0.844 0.148 0.000 0.000
#> SRR1608676 2 0.275 0.791 0.008 0.856 0.136 0.000 0.000
#> SRR1608677 2 0.266 0.800 0.008 0.864 0.128 0.000 0.000
#> SRR1608678 2 0.271 0.795 0.008 0.860 0.132 0.000 0.000
#> SRR1608679 2 0.266 0.800 0.008 0.864 0.128 0.000 0.000
#> SRR1608680 2 0.266 0.800 0.008 0.864 0.128 0.000 0.000
#> SRR1608689 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.277 0.728 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1608698 4 0.297 0.700 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1608699 4 0.256 0.752 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1608700 4 0.289 0.711 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR1608701 4 0.265 0.743 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1608702 4 0.285 0.717 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1608703 4 0.252 0.757 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1608704 4 0.269 0.738 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1608705 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608706 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608707 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608708 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608709 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608710 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608711 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608712 5 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608713 5 0.406 0.483 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1608714 5 0.406 0.483 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1608715 5 0.406 0.483 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1608716 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.398 0.471 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.393 0.490 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.410 0.414 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.402 0.457 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.409 0.423 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.415 0.373 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.410 0.415 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.422 0.297 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.198 0.881 0.924 0.028 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.348 0.771 0.832 0.056 0.112 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.409 0.648 0.756 0.036 0.208 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.414 0.666 0.764 0.048 0.188 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.376 0.752 0.816 0.088 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.281 0.811 0.868 0.024 0.108 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.389 0.735 0.804 0.076 0.120 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.344 0.777 0.836 0.060 0.104 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608491 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608492 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608493 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 3 0.3847 0.144 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608499 3 0.3847 0.143 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608500 3 0.3828 0.196 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608501 3 0.3838 0.170 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608502 4 0.3956 0.451 0.004 0.004 0.332 0.656 0.004 0.000
#> SRR1608503 4 0.4241 0.442 0.004 0.016 0.332 0.644 0.004 0.000
#> SRR1608504 4 0.4170 0.447 0.000 0.020 0.328 0.648 0.004 0.000
#> SRR1608505 4 0.4241 0.442 0.004 0.016 0.332 0.644 0.004 0.000
#> SRR1608510 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608511 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608512 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608513 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608506 2 0.4368 0.432 0.004 0.604 0.016 0.372 0.004 0.000
#> SRR1608507 2 0.4309 0.469 0.004 0.624 0.016 0.352 0.004 0.000
#> SRR1608508 2 0.4346 0.448 0.004 0.612 0.016 0.364 0.004 0.000
#> SRR1608509 2 0.4346 0.447 0.004 0.612 0.016 0.364 0.004 0.000
#> SRR1608514 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608515 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608516 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608517 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608518 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608519 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608520 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608521 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608522 2 0.2595 0.738 0.000 0.836 0.160 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608523 2 0.2320 0.775 0.000 0.864 0.132 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608524 2 0.2362 0.770 0.000 0.860 0.136 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608525 2 0.2234 0.785 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608526 2 0.2805 0.705 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608527 2 0.2738 0.717 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608528 2 0.2902 0.687 0.000 0.800 0.196 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608529 2 0.2838 0.699 0.000 0.808 0.188 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608530 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608531 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608532 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608533 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608534 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608535 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608536 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608537 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608547 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608548 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608549 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608550 2 0.3756 0.439 0.000 0.644 0.352 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608551 2 0.3756 0.439 0.000 0.644 0.352 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608552 2 0.3756 0.439 0.000 0.644 0.352 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608553 2 0.3756 0.439 0.000 0.644 0.352 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608554 2 0.3756 0.439 0.000 0.644 0.352 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.3446 0.581 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1608585 2 0.3428 0.582 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1608586 2 0.3244 0.642 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1608587 2 0.3266 0.639 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608588 2 0.3607 0.507 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1608579 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608590 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608591 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608592 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608593 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608594 2 0.0146 0.920 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608649 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608673 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608674 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608675 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608676 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608677 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608678 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608679 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608680 5 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.2527 0.715 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.2697 0.686 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.2300 0.745 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.2631 0.698 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.2416 0.731 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.2597 0.704 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.2300 0.746 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.2416 0.731 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1608705 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608706 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608707 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608708 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608709 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608710 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608711 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608712 6 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608713 6 0.3647 0.468 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1608714 6 0.3647 0.468 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1608715 6 0.3647 0.468 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1608716 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.979 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.3592 0.433 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.3547 0.454 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.3684 0.383 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.3620 0.419 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.3672 0.390 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.3727 0.353 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.3695 0.376 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.3797 0.286 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.1856 0.871 0.920 0.032 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.3107 0.759 0.832 0.052 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.3671 0.628 0.756 0.036 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.3744 0.649 0.764 0.052 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.3375 0.740 0.816 0.088 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.2527 0.801 0.868 0.024 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.3492 0.721 0.804 0.076 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.3092 0.766 0.836 0.060 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.597 0.871 0.915 0.4486 0.572 0.572
#> 3 3 0.987 0.935 0.975 0.4374 0.775 0.606
#> 4 4 0.883 0.851 0.903 0.1498 0.868 0.638
#> 5 5 0.811 0.737 0.827 0.0587 0.894 0.622
#> 6 6 0.758 0.537 0.726 0.0296 0.956 0.803
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608491 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608492 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608493 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608494 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608495 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608496 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608497 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608498 2 0.9993 0.387 0.484 0.516
#> SRR1608499 2 0.9993 0.387 0.484 0.516
#> SRR1608500 2 0.9993 0.387 0.484 0.516
#> SRR1608501 2 0.9993 0.387 0.484 0.516
#> SRR1608502 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608503 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608504 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608505 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608510 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608511 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608512 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608513 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608506 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608507 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608508 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608509 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608514 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608515 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608516 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608517 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608518 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608519 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608520 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608521 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608522 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608523 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608524 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608525 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608526 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608527 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608528 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608529 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608530 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608531 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608532 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608533 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608534 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608535 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608536 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608537 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608538 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608539 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608540 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608541 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608542 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608544 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608546 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608556 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608557 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608558 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608559 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608560 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608561 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608562 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608563 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608564 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608565 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608566 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608567 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608568 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608574 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608575 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608576 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608577 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608578 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608569 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608570 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608571 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608572 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608573 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608584 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608585 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608586 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608587 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608588 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608579 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608580 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608581 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608582 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608583 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608589 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608590 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608591 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608592 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608593 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608594 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608595 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608596 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608597 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608598 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608599 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608600 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608601 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608602 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608603 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608604 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608605 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608606 2 0.1843 0.861 0.028 0.972
#> SRR1608607 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608608 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608609 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608610 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608611 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608612 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608613 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608614 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608615 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608616 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608617 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608618 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608619 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608620 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608621 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608622 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608623 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608624 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608625 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608626 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608627 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608628 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608629 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608630 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608634 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608635 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608636 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608637 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608631 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608632 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608633 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608642 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608638 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608639 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608640 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608641 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608643 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608644 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608645 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608646 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608647 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608648 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608657 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608658 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608659 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608660 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608661 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608662 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608663 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608664 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608649 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608650 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608651 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608652 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608653 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608654 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608655 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608656 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608665 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608666 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608667 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608668 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608669 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608670 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608671 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608672 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608681 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608682 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608683 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608684 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608685 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608686 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608687 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608688 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608673 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608674 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608675 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608676 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608677 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608678 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608679 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608680 2 0.0376 0.861 0.004 0.996
#> SRR1608689 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608690 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608691 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608692 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608693 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608694 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608695 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608696 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608697 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608698 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608699 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608700 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608701 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608702 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608703 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608704 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608705 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608706 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608707 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608708 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608709 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608710 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608711 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608712 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608713 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608714 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608715 2 0.1633 0.862 0.024 0.976
#> SRR1608716 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608717 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608718 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608719 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608724 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608725 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608726 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608727 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608720 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608721 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608722 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608723 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608728 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608729 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608730 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608731 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608732 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608733 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608734 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608735 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608736 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608737 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608738 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608739 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608740 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608741 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608742 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608743 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608744 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608745 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608746 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608747 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608748 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608749 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608750 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608751 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608752 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608753 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608754 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608755 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608764 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608765 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608766 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608767 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608768 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608769 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608770 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608771 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608756 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608757 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608758 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608759 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608760 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608761 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608762 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608763 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608772 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608773 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608774 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608775 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608776 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608777 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608778 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608779 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608780 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608782 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608783 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608784 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608785 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608786 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608787 2 0.8386 0.766 0.268 0.732
#> SRR1608788 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608789 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608790 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608791 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608792 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608793 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608794 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608795 1 0.3879 0.900 0.924 0.076
#> SRR1608796 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 2 0.0892 0.977 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608499 2 0.0747 0.982 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608500 2 0.0892 0.977 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608501 2 0.0892 0.977 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608623 3 0.4504 0.740 0.000 0.196 0.804
#> SRR1608624 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608666 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608667 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608668 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608669 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608670 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608671 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608672 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608681 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608674 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608675 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608676 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608678 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608679 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608680 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608689 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608698 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608699 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608700 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608701 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608702 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608703 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608704 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608713 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608714 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608715 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.5905 0.505 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608717 3 0.5905 0.505 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608718 3 0.5905 0.505 0.000 0.352 0.648
#> SRR1608719 3 0.5948 0.489 0.000 0.360 0.640
#> SRR1608724 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608725 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608726 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608727 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608720 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608744 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608745 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608746 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608747 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608748 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608749 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608750 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608751 3 0.6305 0.188 0.000 0.484 0.516
#> SRR1608752 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608789 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608790 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608791 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608792 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608793 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608794 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608795 1 0.6095 0.390 0.608 0.392 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.972 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608491 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608492 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608493 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608494 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608498 4 0.6963 0.145 0.112 0.424 0.000 0.464
#> SRR1608499 4 0.6963 0.145 0.112 0.424 0.000 0.464
#> SRR1608500 4 0.6963 0.145 0.112 0.424 0.000 0.464
#> SRR1608501 4 0.6963 0.145 0.112 0.424 0.000 0.464
#> SRR1608502 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608503 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608504 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608505 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608510 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608507 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608508 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608509 4 0.4193 0.579 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1608514 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608530 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608535 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608536 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608537 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608538 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608539 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608540 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608541 2 0.1302 0.874 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1608542 4 0.4804 0.359 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1608543 4 0.4855 0.319 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608544 4 0.4843 0.330 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1608545 4 0.4843 0.330 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1608546 2 0.4193 0.607 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1608547 2 0.4250 0.594 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608548 2 0.4277 0.587 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608549 2 0.4193 0.607 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1608550 2 0.4679 0.452 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1608551 2 0.4730 0.426 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1608552 2 0.4661 0.462 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1608553 2 0.4605 0.486 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1608554 2 0.4643 0.470 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1608555 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608560 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608561 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608562 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608563 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608564 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1867 0.852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608585 2 0.1867 0.852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608586 2 0.1867 0.852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608587 2 0.1867 0.852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608588 2 0.1867 0.852 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608579 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608591 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608592 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608593 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608594 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608595 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0336 0.896 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608605 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0188 0.898 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608607 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.4327 0.654 0.000 0.016 0.768 0.216
#> SRR1608624 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608673 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608674 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608675 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608676 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608677 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608678 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608679 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608680 2 0.4830 0.357 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608689 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608698 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608699 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608700 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608701 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608702 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608703 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608704 4 0.3907 0.625 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608705 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608706 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608707 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608708 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608709 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608710 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608711 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608712 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608713 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608716 3 0.5932 0.579 0.000 0.132 0.696 0.172
#> SRR1608717 3 0.5932 0.579 0.000 0.132 0.696 0.172
#> SRR1608718 3 0.5932 0.579 0.000 0.132 0.696 0.172
#> SRR1608719 3 0.5932 0.579 0.000 0.132 0.696 0.172
#> SRR1608724 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608725 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608726 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608727 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608720 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608745 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608746 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608747 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608748 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608749 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608750 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608751 4 0.5861 0.175 0.000 0.032 0.476 0.492
#> SRR1608752 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0336 0.977 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608785 3 0.0336 0.977 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608786 3 0.0336 0.977 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608787 3 0.0336 0.977 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608788 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608789 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608790 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608791 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608792 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608793 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608794 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608795 4 0.7684 0.310 0.360 0.220 0.000 0.420
#> SRR1608796 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.4880 0.7702 0.348 0.616 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608491 2 0.4880 0.7702 0.348 0.616 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608492 2 0.4880 0.7702 0.348 0.616 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608493 2 0.4880 0.7702 0.348 0.616 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.7335 -0.2849 0.372 0.024 0.000 0.304 0.300
#> SRR1608499 1 0.7335 -0.2849 0.372 0.024 0.000 0.304 0.300
#> SRR1608500 1 0.7335 -0.2849 0.372 0.024 0.000 0.304 0.300
#> SRR1608501 1 0.7335 -0.2849 0.372 0.024 0.000 0.304 0.300
#> SRR1608502 4 0.4593 0.6961 0.128 0.124 0.000 0.748 0.000
#> SRR1608503 4 0.4548 0.7005 0.124 0.124 0.000 0.752 0.000
#> SRR1608504 4 0.4593 0.6961 0.128 0.124 0.000 0.748 0.000
#> SRR1608505 4 0.4548 0.7005 0.124 0.124 0.000 0.752 0.000
#> SRR1608510 2 0.4644 0.8024 0.280 0.680 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608511 2 0.4644 0.8024 0.280 0.680 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608512 2 0.4644 0.8024 0.280 0.680 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608513 2 0.4644 0.8024 0.280 0.680 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608506 4 0.4723 0.6794 0.132 0.132 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608507 4 0.4680 0.6845 0.128 0.132 0.000 0.740 0.000
#> SRR1608508 4 0.4637 0.6905 0.128 0.128 0.000 0.744 0.000
#> SRR1608509 4 0.4723 0.6794 0.132 0.132 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608514 2 0.4687 0.8007 0.288 0.672 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608515 2 0.4687 0.8007 0.288 0.672 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608516 2 0.4666 0.8024 0.284 0.676 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608517 2 0.4687 0.8007 0.288 0.672 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608518 2 0.4527 0.8081 0.260 0.700 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608519 2 0.4527 0.8081 0.260 0.700 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608520 2 0.4527 0.8081 0.260 0.700 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608521 2 0.4527 0.8081 0.260 0.700 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608522 2 0.4883 0.7899 0.300 0.652 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608523 2 0.4863 0.7919 0.296 0.656 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608524 2 0.4863 0.7919 0.296 0.656 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608525 2 0.4863 0.7919 0.296 0.656 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608526 2 0.5080 0.7764 0.316 0.628 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608527 2 0.5080 0.7764 0.316 0.628 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608528 2 0.5080 0.7764 0.316 0.628 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608529 2 0.5097 0.7742 0.320 0.624 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608530 2 0.1478 0.8202 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.1478 0.8202 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.1478 0.8202 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.1478 0.8202 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 4 0.6728 -0.0729 0.368 0.252 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608535 4 0.6718 -0.0629 0.368 0.248 0.000 0.384 0.000
#> SRR1608536 4 0.6728 -0.0729 0.368 0.252 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608537 4 0.6728 -0.0729 0.368 0.252 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608538 2 0.4575 0.7992 0.236 0.712 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608539 2 0.4666 0.7964 0.240 0.704 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608540 2 0.4666 0.7964 0.240 0.704 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608541 2 0.4666 0.7964 0.240 0.704 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608542 4 0.6488 0.2481 0.344 0.172 0.000 0.480 0.004
#> SRR1608543 4 0.6496 0.2393 0.348 0.172 0.000 0.476 0.004
#> SRR1608544 4 0.6496 0.2393 0.348 0.172 0.000 0.476 0.004
#> SRR1608545 4 0.6488 0.2481 0.344 0.172 0.000 0.480 0.004
#> SRR1608546 2 0.6641 0.5037 0.368 0.408 0.000 0.224 0.000
#> SRR1608547 2 0.6609 0.5192 0.368 0.416 0.000 0.216 0.000
#> SRR1608548 2 0.6625 0.5119 0.368 0.412 0.000 0.220 0.000
#> SRR1608549 2 0.6625 0.5120 0.368 0.412 0.000 0.220 0.000
#> SRR1608550 2 0.6879 0.4464 0.328 0.400 0.004 0.268 0.000
#> SRR1608551 2 0.6898 0.4271 0.328 0.392 0.004 0.276 0.000
#> SRR1608552 2 0.6846 0.4738 0.328 0.412 0.004 0.256 0.000
#> SRR1608553 2 0.6846 0.4738 0.328 0.412 0.004 0.256 0.000
#> SRR1608554 2 0.6846 0.4738 0.328 0.412 0.004 0.256 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.1831 0.8213 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608560 2 0.1831 0.8213 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608561 2 0.1831 0.8213 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608562 2 0.1831 0.8213 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608563 2 0.1831 0.8213 0.076 0.920 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0162 0.8082 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0162 0.8082 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0162 0.8082 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0162 0.8082 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0162 0.8082 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.5263 0.7408 0.368 0.576 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608585 2 0.5263 0.7408 0.368 0.576 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608586 2 0.5263 0.7408 0.368 0.576 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608587 2 0.5263 0.7408 0.368 0.576 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608588 2 0.5263 0.7408 0.368 0.576 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.4342 0.8137 0.232 0.728 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608590 2 0.3003 0.8240 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.3003 0.8240 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.3003 0.8240 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.3003 0.8240 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.3003 0.8240 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.8071 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.3766 0.8143 0.268 0.728 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608600 2 0.3766 0.8143 0.268 0.728 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608601 2 0.3790 0.8135 0.272 0.724 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608602 2 0.3790 0.8135 0.272 0.724 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608603 2 0.0703 0.8124 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0794 0.8130 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0703 0.8124 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0963 0.8143 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.2286 0.8501 0.000 0.004 0.888 0.108 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608674 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608675 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608676 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608677 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608678 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608679 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608680 1 0.6789 -0.4617 0.368 0.284 0.000 0.348 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608698 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608699 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608700 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608701 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608702 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608703 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608704 4 0.2777 0.8201 0.120 0.016 0.000 0.864 0.000
#> SRR1608705 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608713 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.8963 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.6010 0.4086 0.004 0.260 0.588 0.148 0.000
#> SRR1608717 3 0.6010 0.4086 0.004 0.260 0.588 0.148 0.000
#> SRR1608718 3 0.6010 0.4086 0.004 0.260 0.588 0.148 0.000
#> SRR1608719 3 0.6010 0.4086 0.004 0.260 0.588 0.148 0.000
#> SRR1608724 3 0.4710 0.4430 0.008 0.012 0.616 0.364 0.000
#> SRR1608725 3 0.4723 0.4335 0.008 0.012 0.612 0.368 0.000
#> SRR1608726 3 0.4654 0.4795 0.008 0.012 0.632 0.348 0.000
#> SRR1608727 3 0.4723 0.4335 0.008 0.012 0.612 0.368 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608745 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608746 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608747 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608748 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608749 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608750 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608751 3 0.4241 0.6438 0.008 0.012 0.716 0.264 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.9476 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.1518 0.9068 0.004 0.004 0.944 0.048 0.000
#> SRR1608785 3 0.1357 0.9090 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR1608786 3 0.1357 0.9090 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR1608787 3 0.1357 0.9090 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR1608788 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608789 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608790 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608791 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608792 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608793 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608794 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608795 5 0.6241 0.3000 0.324 0.000 0.000 0.164 0.512
#> SRR1608796 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608797 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608798 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608799 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608800 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608801 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608802 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608803 1 0.4161 0.6858 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608812 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608814 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608815 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608816 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608817 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608818 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608819 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608804 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608805 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608806 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608807 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608808 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608809 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608810 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608811 5 0.0703 0.7874 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608822 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608823 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608824 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608825 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608826 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608827 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608828 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608829 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608820 1 0.4171 0.6814 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1608821 1 0.4171 0.6814 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1608830 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608831 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608832 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608833 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608834 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608835 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608836 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608837 5 0.0404 0.7955 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1608838 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608839 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608840 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608841 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608842 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608843 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608844 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608845 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608846 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608847 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608848 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608849 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608850 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608851 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608852 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608853 1 0.4192 0.6668 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608854 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608855 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608856 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608857 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608858 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608859 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608860 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608861 5 0.4060 0.1084 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608862 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608863 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608864 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608865 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608866 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608867 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608868 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608869 5 0.0290 0.7996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608870 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608871 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608872 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608873 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608874 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608875 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608876 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608877 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608878 5 0.0290 0.7988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608880 5 0.0162 0.7994 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608881 5 0.0290 0.7988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608882 5 0.0290 0.7988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608883 5 0.0290 0.7988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608884 5 0.0290 0.7988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608885 5 0.0162 0.7994 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608886 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608887 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608888 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608889 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608890 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608891 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608892 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608893 5 0.0794 0.7905 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608894 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608895 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608896 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608897 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608898 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608899 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608901 1 0.4150 0.6896 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1608902 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608903 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608904 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608905 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608906 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608907 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608908 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608909 5 0.3143 0.5479 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1608910 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608911 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608912 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608913 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608914 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608915 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608916 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608917 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608918 5 0.0609 0.7986 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1608919 5 0.0609 0.7986 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1608920 1 0.4161 0.6848 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608921 1 0.4161 0.6848 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608922 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608923 5 0.0510 0.7978 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.5608 0.559 0.380 0.472 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608491 2 0.5608 0.559 0.380 0.472 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608492 2 0.5608 0.559 0.380 0.472 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608493 2 0.5608 0.559 0.380 0.472 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608494 4 0.2520 0.536 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152
#> SRR1608495 4 0.2520 0.536 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152
#> SRR1608496 4 0.2520 0.536 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152
#> SRR1608497 4 0.2520 0.536 0.004 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152
#> SRR1608498 1 0.7492 -0.412 0.360 0.000 0.000 0.156 0.264 0.220
#> SRR1608499 1 0.7492 -0.412 0.360 0.000 0.000 0.156 0.264 0.220
#> SRR1608500 1 0.7492 -0.412 0.360 0.000 0.000 0.156 0.264 0.220
#> SRR1608501 1 0.7492 -0.412 0.360 0.000 0.000 0.156 0.264 0.220
#> SRR1608502 6 0.6527 0.801 0.148 0.052 0.000 0.396 0.000 0.404
#> SRR1608503 6 0.6527 0.801 0.148 0.052 0.000 0.396 0.000 0.404
#> SRR1608504 6 0.6527 0.801 0.148 0.052 0.000 0.396 0.000 0.404
#> SRR1608505 6 0.6527 0.801 0.148 0.052 0.000 0.396 0.000 0.404
#> SRR1608510 2 0.5686 0.656 0.328 0.556 0.000 0.044 0.000 0.072
#> SRR1608511 2 0.5686 0.656 0.328 0.556 0.000 0.044 0.000 0.072
#> SRR1608512 2 0.5674 0.659 0.324 0.560 0.000 0.044 0.000 0.072
#> SRR1608513 2 0.5686 0.656 0.328 0.556 0.000 0.044 0.000 0.072
#> SRR1608506 4 0.6590 -0.792 0.160 0.052 0.000 0.400 0.000 0.388
#> SRR1608507 4 0.6590 -0.792 0.160 0.052 0.000 0.400 0.000 0.388
#> SRR1608508 4 0.6589 -0.789 0.160 0.052 0.000 0.404 0.000 0.384
#> SRR1608509 4 0.6589 -0.789 0.160 0.052 0.000 0.404 0.000 0.384
#> SRR1608514 2 0.5674 0.659 0.328 0.556 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608515 2 0.5685 0.656 0.332 0.552 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608516 2 0.5685 0.656 0.332 0.552 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608517 2 0.5674 0.659 0.328 0.556 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608518 2 0.5662 0.662 0.324 0.560 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608519 2 0.5662 0.662 0.324 0.560 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608520 2 0.5662 0.662 0.324 0.560 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608521 2 0.5662 0.662 0.324 0.560 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608522 2 0.5737 0.639 0.352 0.532 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608523 2 0.5737 0.639 0.352 0.532 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608524 2 0.5737 0.639 0.352 0.532 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608525 2 0.5727 0.643 0.348 0.536 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608526 2 0.6106 0.592 0.364 0.488 0.000 0.048 0.000 0.100
#> SRR1608527 2 0.6106 0.592 0.364 0.488 0.000 0.048 0.000 0.100
#> SRR1608528 2 0.6106 0.592 0.364 0.488 0.000 0.048 0.000 0.100
#> SRR1608529 2 0.6140 0.588 0.364 0.484 0.000 0.048 0.000 0.104
#> SRR1608530 2 0.1701 0.771 0.072 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608531 2 0.1701 0.771 0.072 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608532 2 0.1701 0.771 0.072 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608533 2 0.1701 0.771 0.072 0.920 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608534 1 0.7025 -0.470 0.448 0.108 0.000 0.268 0.000 0.176
#> SRR1608535 1 0.7004 -0.474 0.448 0.104 0.000 0.272 0.000 0.176
#> SRR1608536 1 0.7025 -0.470 0.448 0.108 0.000 0.268 0.000 0.176
#> SRR1608537 1 0.7004 -0.474 0.448 0.104 0.000 0.272 0.000 0.176
#> SRR1608538 2 0.6385 0.573 0.224 0.548 0.000 0.072 0.000 0.156
#> SRR1608539 2 0.6405 0.571 0.228 0.544 0.000 0.072 0.000 0.156
#> SRR1608540 2 0.6405 0.571 0.228 0.544 0.000 0.072 0.000 0.156
#> SRR1608541 2 0.6405 0.571 0.228 0.544 0.000 0.072 0.000 0.156
#> SRR1608542 1 0.6927 -0.603 0.420 0.060 0.000 0.316 0.004 0.200
#> SRR1608543 1 0.6927 -0.603 0.420 0.060 0.000 0.316 0.004 0.200
#> SRR1608544 1 0.6956 -0.591 0.424 0.064 0.000 0.308 0.004 0.200
#> SRR1608545 1 0.6927 -0.603 0.420 0.060 0.000 0.316 0.004 0.200
#> SRR1608546 1 0.7045 -0.370 0.476 0.196 0.000 0.188 0.000 0.140
#> SRR1608547 1 0.7045 -0.370 0.476 0.196 0.000 0.188 0.000 0.140
#> SRR1608548 1 0.7045 -0.370 0.476 0.196 0.000 0.188 0.000 0.140
#> SRR1608549 1 0.7043 -0.365 0.476 0.200 0.000 0.184 0.000 0.140
#> SRR1608550 1 0.7258 -0.441 0.416 0.180 0.000 0.264 0.000 0.140
#> SRR1608551 1 0.7258 -0.441 0.416 0.180 0.000 0.264 0.000 0.140
#> SRR1608552 1 0.7266 -0.435 0.416 0.184 0.000 0.260 0.000 0.140
#> SRR1608553 1 0.7266 -0.435 0.416 0.184 0.000 0.260 0.000 0.140
#> SRR1608554 1 0.7266 -0.435 0.416 0.184 0.000 0.260 0.000 0.140
#> SRR1608555 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.2121 0.767 0.096 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608560 2 0.2121 0.767 0.096 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608561 2 0.2121 0.767 0.096 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608562 2 0.2121 0.767 0.096 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608563 2 0.2121 0.767 0.096 0.892 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608564 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0508 0.760 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0622 0.763 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608570 2 0.0725 0.764 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608571 2 0.0622 0.763 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608572 2 0.0725 0.764 0.012 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608573 2 0.0622 0.763 0.012 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608584 1 0.6673 -0.554 0.408 0.372 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR1608585 1 0.6673 -0.554 0.408 0.372 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR1608586 1 0.6673 -0.554 0.408 0.372 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR1608587 1 0.6673 -0.554 0.408 0.372 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR1608588 1 0.6673 -0.554 0.408 0.372 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR1608579 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0363 0.761 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.5595 0.673 0.304 0.580 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR1608590 2 0.3342 0.748 0.228 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608591 2 0.3342 0.748 0.228 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608592 2 0.3342 0.748 0.228 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608593 2 0.3342 0.748 0.228 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608594 2 0.3342 0.748 0.228 0.760 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608595 2 0.0260 0.760 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608596 2 0.0260 0.760 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608597 2 0.0260 0.760 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608598 2 0.0260 0.760 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608599 2 0.5717 0.644 0.264 0.580 0.000 0.024 0.000 0.132
#> SRR1608600 2 0.5717 0.644 0.264 0.580 0.000 0.024 0.000 0.132
#> SRR1608601 2 0.5734 0.642 0.268 0.576 0.000 0.024 0.000 0.132
#> SRR1608602 2 0.5717 0.644 0.264 0.580 0.000 0.024 0.000 0.132
#> SRR1608603 2 0.2685 0.754 0.052 0.884 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1608604 2 0.2747 0.754 0.056 0.880 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1608605 2 0.2747 0.754 0.056 0.880 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1608606 2 0.2725 0.756 0.060 0.880 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR1608607 3 0.0363 0.859 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608608 3 0.0363 0.859 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608609 3 0.0458 0.859 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608610 3 0.0363 0.859 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608611 3 0.0458 0.859 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608612 3 0.0363 0.859 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608613 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608614 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608615 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608616 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608617 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608618 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608619 3 0.2219 0.855 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1608620 3 0.2135 0.857 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608621 3 0.3405 0.818 0.004 0.000 0.724 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608622 3 0.3405 0.818 0.004 0.000 0.724 0.000 0.000 0.272
#> SRR1608623 3 0.2112 0.820 0.000 0.000 0.896 0.088 0.000 0.016
#> SRR1608624 3 0.3023 0.836 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608625 3 0.3023 0.836 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608626 3 0.3023 0.836 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608627 3 0.2996 0.837 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1608628 3 0.3876 0.806 0.024 0.000 0.700 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608629 3 0.3876 0.806 0.024 0.000 0.700 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608630 3 0.3876 0.806 0.024 0.000 0.700 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608634 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608635 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608636 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608637 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608631 3 0.0603 0.858 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1608632 3 0.0603 0.858 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1608633 3 0.0603 0.858 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1608642 3 0.0458 0.861 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608638 3 0.3290 0.827 0.004 0.000 0.744 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608639 3 0.3290 0.827 0.004 0.000 0.744 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608640 3 0.3290 0.827 0.004 0.000 0.744 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608641 3 0.3290 0.827 0.004 0.000 0.744 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608643 3 0.0458 0.857 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608644 3 0.0458 0.857 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608645 3 0.0458 0.857 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608646 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608647 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608648 3 0.0146 0.859 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608657 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608658 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608659 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608660 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608661 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608662 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608663 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608664 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608649 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608650 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608651 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608652 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608653 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608654 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608655 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608656 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608665 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608666 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608667 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608668 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608669 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608670 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608671 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608672 4 0.2048 0.590 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1608681 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608682 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608683 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608684 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608685 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608686 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608687 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608688 4 0.2823 0.642 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1608673 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608674 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608675 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608676 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608677 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608678 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608679 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608680 1 0.7131 -0.437 0.452 0.140 0.000 0.236 0.000 0.172
#> SRR1608689 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608690 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608691 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608692 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608693 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608694 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608695 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608696 4 0.2793 0.644 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1608697 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608698 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608699 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608700 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608701 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608702 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608703 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608704 6 0.6097 0.886 0.088 0.020 0.000 0.408 0.020 0.464
#> SRR1608705 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608706 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608707 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608708 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608709 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608710 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608711 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608712 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608713 4 0.2300 0.550 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608714 4 0.2300 0.550 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608715 4 0.2300 0.550 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608716 3 0.6502 0.656 0.072 0.052 0.552 0.044 0.000 0.280
#> SRR1608717 3 0.6502 0.656 0.072 0.052 0.552 0.044 0.000 0.280
#> SRR1608718 3 0.6460 0.658 0.072 0.052 0.552 0.040 0.000 0.284
#> SRR1608719 3 0.6502 0.656 0.072 0.052 0.552 0.044 0.000 0.280
#> SRR1608724 3 0.5381 0.388 0.000 0.000 0.560 0.296 0.000 0.144
#> SRR1608725 3 0.5381 0.388 0.000 0.000 0.560 0.296 0.000 0.144
#> SRR1608726 3 0.5381 0.388 0.000 0.000 0.560 0.296 0.000 0.144
#> SRR1608727 3 0.5381 0.388 0.000 0.000 0.560 0.296 0.000 0.144
#> SRR1608720 3 0.0260 0.858 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608721 3 0.0363 0.858 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608722 3 0.0363 0.858 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608723 3 0.0363 0.858 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608728 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608729 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608730 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608731 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608732 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608733 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608734 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608735 3 0.0547 0.857 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608736 3 0.3101 0.833 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1608737 3 0.3076 0.835 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608738 3 0.3101 0.833 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1608739 3 0.3076 0.835 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608740 3 0.3076 0.835 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608741 3 0.3076 0.835 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608742 3 0.3076 0.835 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608743 3 0.3076 0.835 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608744 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608745 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608746 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608747 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608748 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608749 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608750 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608751 3 0.5227 0.486 0.000 0.000 0.600 0.252 0.000 0.148
#> SRR1608752 3 0.2631 0.849 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1608753 3 0.2664 0.848 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608754 3 0.2631 0.849 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1608755 3 0.2631 0.849 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1608764 3 0.2092 0.857 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608765 3 0.2092 0.857 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608766 3 0.2092 0.857 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608767 3 0.2219 0.855 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1608768 3 0.2092 0.857 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608769 3 0.2092 0.857 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608770 3 0.2135 0.856 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608771 3 0.2092 0.857 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608756 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608757 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608758 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608759 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608760 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608761 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608762 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608763 3 0.0547 0.856 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608772 3 0.3050 0.834 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608773 3 0.3050 0.834 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608774 3 0.3050 0.834 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608775 3 0.3050 0.834 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608776 3 0.4274 0.791 0.048 0.000 0.676 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608777 3 0.4214 0.794 0.044 0.000 0.680 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608778 3 0.4214 0.794 0.044 0.000 0.680 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608779 3 0.4214 0.794 0.044 0.000 0.680 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608780 3 0.4214 0.794 0.044 0.000 0.680 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608782 3 0.4214 0.794 0.044 0.000 0.680 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608783 3 0.4214 0.794 0.044 0.000 0.680 0.000 0.000 0.276
#> SRR1608784 3 0.2039 0.822 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR1608785 3 0.2039 0.822 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR1608786 3 0.2039 0.822 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR1608787 3 0.2094 0.819 0.000 0.000 0.900 0.020 0.000 0.080
#> SRR1608788 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608789 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608790 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608791 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608792 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608793 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608794 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608795 5 0.7154 -0.128 0.340 0.000 0.000 0.100 0.368 0.192
#> SRR1608796 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608797 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608798 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608799 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608800 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608801 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608802 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608803 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608812 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608814 1 0.3868 0.275 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608815 1 0.3868 0.275 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608816 1 0.3868 0.275 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608817 1 0.3868 0.275 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608818 1 0.3868 0.275 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608819 1 0.3868 0.275 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608804 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608805 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608806 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608807 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608808 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608809 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608810 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608811 5 0.3454 0.650 0.024 0.000 0.000 0.000 0.768 0.208
#> SRR1608822 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608823 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608824 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608825 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608826 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608827 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608828 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608829 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608820 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608821 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608830 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608831 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608832 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608833 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608834 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608835 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608836 5 0.1910 0.739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608837 5 0.1957 0.737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608838 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608839 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608840 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608841 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608842 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608843 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608844 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608845 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608846 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608847 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608848 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608849 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608850 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608851 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608852 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608853 1 0.3999 0.262 0.500 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004
#> SRR1608854 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608855 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608856 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608857 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608858 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608859 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608860 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608861 5 0.3468 0.350 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608862 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608863 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608864 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608865 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608866 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608867 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608868 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608869 5 0.2020 0.745 0.008 0.000 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1608870 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608871 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608872 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608873 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608874 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608875 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608876 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608877 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608878 5 0.1866 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084
#> SRR1608880 5 0.1812 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR1608881 5 0.1866 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084
#> SRR1608882 5 0.1866 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084
#> SRR1608883 5 0.1866 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084
#> SRR1608884 5 0.1866 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.908 0.084
#> SRR1608885 5 0.1812 0.746 0.008 0.000 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR1608886 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608887 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608888 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608889 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608890 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608891 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608892 5 0.0692 0.725 0.020 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1608893 5 0.0603 0.727 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR1608894 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608895 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608896 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608897 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608898 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608899 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608901 1 0.3997 0.274 0.508 0.000 0.000 0.000 0.488 0.004
#> SRR1608902 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608903 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608904 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608905 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608906 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608907 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608908 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608909 5 0.3652 0.571 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1608910 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608911 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608912 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608913 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608914 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608915 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608916 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608917 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608918 5 0.0291 0.736 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608919 5 0.0291 0.736 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1608920 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608921 1 0.3868 0.275 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608922 5 0.0405 0.735 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608923 5 0.0291 0.734 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.616 0.826 0.910 0.4832 0.512 0.512
#> 3 3 0.888 0.878 0.950 0.3610 0.668 0.441
#> 4 4 0.993 0.952 0.979 0.1369 0.878 0.662
#> 5 5 0.999 0.964 0.984 0.0383 0.954 0.824
#> 6 6 0.927 0.865 0.929 0.0270 0.980 0.910
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 4 5
There is also optional best \(k\) = 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608491 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608492 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608493 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608494 2 0.9754 0.27043 0.408 0.592
#> SRR1608495 2 0.9775 0.25849 0.412 0.588
#> SRR1608496 2 0.9710 0.29562 0.400 0.600
#> SRR1608497 2 0.9552 0.36294 0.376 0.624
#> SRR1608498 2 0.9866 0.25249 0.432 0.568
#> SRR1608499 2 0.9686 0.35782 0.396 0.604
#> SRR1608500 2 0.9795 0.30133 0.416 0.584
#> SRR1608501 2 0.9635 0.37982 0.388 0.612
#> SRR1608502 2 0.7056 0.72820 0.192 0.808
#> SRR1608503 2 0.7056 0.72820 0.192 0.808
#> SRR1608504 2 0.6712 0.75003 0.176 0.824
#> SRR1608505 2 0.7219 0.71682 0.200 0.800
#> SRR1608510 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608511 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608512 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608513 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608506 2 0.0672 0.88919 0.008 0.992
#> SRR1608507 2 0.0672 0.88919 0.008 0.992
#> SRR1608508 2 0.0672 0.88919 0.008 0.992
#> SRR1608509 2 0.0672 0.88919 0.008 0.992
#> SRR1608514 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608515 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608516 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608517 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608518 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608519 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608520 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608521 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608522 2 0.2043 0.90187 0.032 0.968
#> SRR1608523 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608524 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608525 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608526 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608527 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608528 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608529 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608530 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608531 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608532 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608533 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608534 2 0.1843 0.90089 0.028 0.972
#> SRR1608535 2 0.1843 0.90089 0.028 0.972
#> SRR1608536 2 0.1843 0.90089 0.028 0.972
#> SRR1608537 2 0.1843 0.90089 0.028 0.972
#> SRR1608538 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608539 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608540 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608541 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608542 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608543 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608544 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608545 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608546 2 0.0000 0.89229 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.89229 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.89229 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.89229 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608551 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608552 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608553 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608554 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608555 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608556 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608557 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608558 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608559 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608560 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608561 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608562 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608563 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608564 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608565 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608566 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608567 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608568 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608574 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608575 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608576 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608577 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608578 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608569 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608570 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608571 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608572 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608573 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608584 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608585 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608586 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608587 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608588 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608579 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608580 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608581 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608582 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608583 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608589 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608590 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608591 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608592 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608593 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608594 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608595 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608596 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608597 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608598 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608599 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608600 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608601 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608602 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608603 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608604 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608605 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608606 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608607 1 0.4690 0.88109 0.900 0.100
#> SRR1608608 1 0.4562 0.88349 0.904 0.096
#> SRR1608609 1 0.4562 0.88349 0.904 0.096
#> SRR1608610 1 0.4562 0.88349 0.904 0.096
#> SRR1608611 1 0.4562 0.88349 0.904 0.096
#> SRR1608612 1 0.4562 0.88349 0.904 0.096
#> SRR1608613 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608614 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608615 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608616 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608617 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608618 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608619 1 0.7674 0.75060 0.776 0.224
#> SRR1608620 1 0.7299 0.77811 0.796 0.204
#> SRR1608621 2 0.9833 0.23280 0.424 0.576
#> SRR1608622 2 0.9833 0.23280 0.424 0.576
#> SRR1608623 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608624 1 0.9427 0.50181 0.640 0.360
#> SRR1608625 1 0.9427 0.50181 0.640 0.360
#> SRR1608626 1 0.9460 0.49248 0.636 0.364
#> SRR1608627 1 0.9393 0.51099 0.644 0.356
#> SRR1608628 2 0.9323 0.44533 0.348 0.652
#> SRR1608629 2 0.9323 0.44533 0.348 0.652
#> SRR1608630 2 0.9323 0.44533 0.348 0.652
#> SRR1608634 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608635 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608636 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608637 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608631 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608632 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608633 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608642 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608638 2 0.9988 0.01907 0.480 0.520
#> SRR1608639 2 0.9993 0.00155 0.484 0.516
#> SRR1608640 2 0.9996 -0.01612 0.488 0.512
#> SRR1608641 2 0.9996 -0.01612 0.488 0.512
#> SRR1608643 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608644 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608645 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608646 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608647 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608648 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608657 2 0.6148 0.78369 0.152 0.848
#> SRR1608658 2 0.6801 0.75036 0.180 0.820
#> SRR1608659 2 0.6801 0.75085 0.180 0.820
#> SRR1608660 2 0.6623 0.75846 0.172 0.828
#> SRR1608661 2 0.6712 0.75531 0.176 0.824
#> SRR1608662 2 0.7528 0.70149 0.216 0.784
#> SRR1608663 2 0.7219 0.72563 0.200 0.800
#> SRR1608664 2 0.6712 0.75554 0.176 0.824
#> SRR1608649 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608650 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608651 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608652 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608653 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608654 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608655 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608656 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608665 1 0.7883 0.74316 0.764 0.236
#> SRR1608666 1 0.8016 0.73100 0.756 0.244
#> SRR1608667 1 0.7950 0.73720 0.760 0.240
#> SRR1608668 1 0.7745 0.75459 0.772 0.228
#> SRR1608669 1 0.7950 0.73720 0.760 0.240
#> SRR1608670 1 0.7950 0.73720 0.760 0.240
#> SRR1608671 1 0.7950 0.73720 0.760 0.240
#> SRR1608672 1 0.7950 0.73720 0.760 0.240
#> SRR1608681 1 0.6973 0.80512 0.812 0.188
#> SRR1608682 1 0.6801 0.81383 0.820 0.180
#> SRR1608683 1 0.6887 0.80946 0.816 0.184
#> SRR1608684 1 0.6712 0.81811 0.824 0.176
#> SRR1608685 1 0.6887 0.80946 0.816 0.184
#> SRR1608686 1 0.6887 0.80946 0.816 0.184
#> SRR1608687 1 0.6712 0.81811 0.824 0.176
#> SRR1608688 1 0.6887 0.80946 0.816 0.184
#> SRR1608673 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608674 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608675 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608676 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608677 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608678 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608679 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608680 2 0.2236 0.90279 0.036 0.964
#> SRR1608689 2 0.1633 0.88265 0.024 0.976
#> SRR1608690 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608691 2 0.1633 0.88265 0.024 0.976
#> SRR1608692 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608693 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608694 2 0.1633 0.88265 0.024 0.976
#> SRR1608695 2 0.1633 0.88265 0.024 0.976
#> SRR1608696 2 0.1633 0.88265 0.024 0.976
#> SRR1608697 1 0.7602 0.76567 0.780 0.220
#> SRR1608698 1 0.7602 0.76567 0.780 0.220
#> SRR1608699 1 0.7602 0.76567 0.780 0.220
#> SRR1608700 1 0.7602 0.76567 0.780 0.220
#> SRR1608701 1 0.7602 0.76567 0.780 0.220
#> SRR1608702 1 0.7674 0.76037 0.776 0.224
#> SRR1608703 1 0.7453 0.77592 0.788 0.212
#> SRR1608704 1 0.7674 0.76037 0.776 0.224
#> SRR1608705 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608706 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608707 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608708 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608709 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608710 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608711 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608712 2 0.1414 0.88360 0.020 0.980
#> SRR1608713 2 0.0376 0.89081 0.004 0.996
#> SRR1608714 2 0.0376 0.89081 0.004 0.996
#> SRR1608715 2 0.0376 0.89081 0.004 0.996
#> SRR1608716 2 0.3733 0.85673 0.072 0.928
#> SRR1608717 2 0.4939 0.82529 0.108 0.892
#> SRR1608718 2 0.4431 0.83999 0.092 0.908
#> SRR1608719 2 0.3114 0.86778 0.056 0.944
#> SRR1608724 1 0.3733 0.89182 0.928 0.072
#> SRR1608725 1 0.3733 0.89182 0.928 0.072
#> SRR1608726 1 0.3733 0.89182 0.928 0.072
#> SRR1608727 1 0.3584 0.89255 0.932 0.068
#> SRR1608720 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608721 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608722 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608723 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608728 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608729 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608730 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608731 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608732 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608733 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608734 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608735 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608736 1 0.9552 0.46331 0.624 0.376
#> SRR1608737 1 0.9522 0.47293 0.628 0.372
#> SRR1608738 1 0.9661 0.42175 0.608 0.392
#> SRR1608739 1 0.9427 0.50151 0.640 0.360
#> SRR1608740 1 0.9427 0.50151 0.640 0.360
#> SRR1608741 1 0.9460 0.49210 0.636 0.364
#> SRR1608742 1 0.9393 0.51059 0.644 0.356
#> SRR1608743 1 0.9460 0.49210 0.636 0.364
#> SRR1608744 1 0.3274 0.89366 0.940 0.060
#> SRR1608745 1 0.3274 0.89366 0.940 0.060
#> SRR1608746 1 0.3431 0.89317 0.936 0.064
#> SRR1608747 1 0.3431 0.89317 0.936 0.064
#> SRR1608748 1 0.3274 0.89366 0.940 0.060
#> SRR1608749 1 0.3274 0.89366 0.940 0.060
#> SRR1608750 1 0.3274 0.89366 0.940 0.060
#> SRR1608751 1 0.3274 0.89366 0.940 0.060
#> SRR1608752 1 0.9944 0.22760 0.544 0.456
#> SRR1608753 1 0.9922 0.25472 0.552 0.448
#> SRR1608754 1 0.9954 0.21348 0.540 0.460
#> SRR1608755 1 0.9922 0.25472 0.552 0.448
#> SRR1608764 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608765 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608766 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608767 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608768 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608769 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608770 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608771 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608756 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608757 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608758 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608759 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608760 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608761 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608762 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608763 1 0.4161 0.88897 0.916 0.084
#> SRR1608772 1 0.9933 0.24132 0.548 0.452
#> SRR1608773 1 0.9944 0.22762 0.544 0.456
#> SRR1608774 1 0.9944 0.22762 0.544 0.456
#> SRR1608775 1 0.9944 0.22762 0.544 0.456
#> SRR1608776 2 0.9881 0.19220 0.436 0.564
#> SRR1608777 2 0.9850 0.21965 0.428 0.572
#> SRR1608778 2 0.9866 0.20611 0.432 0.568
#> SRR1608779 2 0.9866 0.20611 0.432 0.568
#> SRR1608780 2 0.9881 0.19220 0.436 0.564
#> SRR1608782 2 0.9866 0.20611 0.432 0.568
#> SRR1608783 2 0.9850 0.21965 0.428 0.572
#> SRR1608784 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608785 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608786 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608787 1 0.4298 0.88752 0.912 0.088
#> SRR1608788 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608789 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608790 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608791 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608792 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608793 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608794 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608795 1 0.2236 0.89375 0.964 0.036
#> SRR1608796 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608797 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608798 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608799 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608800 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608801 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608802 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608803 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608812 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608814 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608815 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608816 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608817 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608818 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608819 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608804 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608805 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608806 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608807 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608808 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608809 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608810 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608811 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608822 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608823 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608824 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608825 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608826 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608827 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608828 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608829 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608820 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608821 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608830 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608831 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608832 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608833 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608834 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608835 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608836 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608837 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608838 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608839 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608840 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608841 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608842 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608843 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608844 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608845 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608846 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608847 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608848 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608849 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608850 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608851 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608852 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608853 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608854 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608855 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608856 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608857 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608858 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608859 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608860 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608861 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608862 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608863 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608864 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608865 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608866 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608867 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608868 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608869 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608870 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608871 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608872 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608873 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608874 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608875 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608876 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608877 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608878 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608880 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608881 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608882 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608883 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608884 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608885 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608886 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608887 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608888 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608889 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608890 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608891 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608892 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608893 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608894 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608895 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608896 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608897 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608898 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608899 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608901 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608902 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608903 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608904 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608905 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608906 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608907 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608908 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608909 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608910 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608911 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608912 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608913 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608914 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608915 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608916 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608917 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608918 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608919 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608920 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608921 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608922 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
#> SRR1608923 1 0.1414 0.90846 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 3 0.9612 0.2026 0.216 0.332 0.452
#> SRR1608495 3 0.9585 0.2092 0.212 0.332 0.456
#> SRR1608496 3 0.9532 0.2512 0.212 0.316 0.472
#> SRR1608497 3 0.9606 0.1871 0.212 0.340 0.448
#> SRR1608498 2 0.4808 0.7437 0.188 0.804 0.008
#> SRR1608499 2 0.4099 0.8124 0.140 0.852 0.008
#> SRR1608500 2 0.4353 0.7906 0.156 0.836 0.008
#> SRR1608501 2 0.3755 0.8379 0.120 0.872 0.008
#> SRR1608502 2 0.7121 0.1764 0.024 0.548 0.428
#> SRR1608503 2 0.7021 0.1557 0.020 0.544 0.436
#> SRR1608504 2 0.6608 0.1873 0.008 0.560 0.432
#> SRR1608505 2 0.7268 0.0996 0.028 0.524 0.448
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 2 0.3816 0.8100 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608507 2 0.3619 0.8257 0.000 0.864 0.136
#> SRR1608508 2 0.3619 0.8257 0.000 0.864 0.136
#> SRR1608509 2 0.3340 0.8456 0.000 0.880 0.120
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608535 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608536 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608537 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.2356 0.8533 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608543 3 0.1753 0.8744 0.000 0.048 0.952
#> SRR1608544 3 0.2448 0.8497 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608545 3 0.2711 0.8383 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608546 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.6079 0.3662 0.000 0.388 0.612
#> SRR1608551 3 0.5835 0.4796 0.000 0.340 0.660
#> SRR1608552 3 0.5621 0.5438 0.000 0.308 0.692
#> SRR1608553 3 0.6295 0.1177 0.000 0.472 0.528
#> SRR1608554 3 0.5363 0.5967 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9647 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608608 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608609 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608610 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608611 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608612 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608613 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608614 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608615 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608616 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608617 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608618 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608619 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608620 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608621 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608622 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608623 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608624 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608625 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608626 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608627 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608628 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608629 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608630 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608634 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608635 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608636 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608637 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608631 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608632 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608633 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608642 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608638 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608639 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608640 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608641 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608643 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608644 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608645 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608646 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608647 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608648 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608657 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 3 0.6252 0.2542 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608666 3 0.6252 0.2542 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608667 3 0.6252 0.2542 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608668 3 0.6252 0.2542 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608669 3 0.6244 0.2655 0.440 0.000 0.560
#> SRR1608670 3 0.6252 0.2542 0.444 0.000 0.556
#> SRR1608671 3 0.6235 0.2768 0.436 0.000 0.564
#> SRR1608672 3 0.6244 0.2655 0.440 0.000 0.560
#> SRR1608681 3 0.0424 0.9061 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608682 3 0.0424 0.9061 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608683 3 0.0592 0.9039 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608684 3 0.0747 0.9012 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608685 3 0.0424 0.9061 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608686 3 0.0592 0.9039 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608687 3 0.0592 0.9039 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608688 3 0.0592 0.9039 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608673 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608674 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608675 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608676 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608677 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608678 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608679 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608680 2 0.0424 0.9597 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608689 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 3 0.0000 0.9083 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 3 0.6154 0.3497 0.408 0.000 0.592
#> SRR1608698 3 0.6126 0.3686 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608699 3 0.6154 0.3497 0.408 0.000 0.592
#> SRR1608700 3 0.6154 0.3497 0.408 0.000 0.592
#> SRR1608701 3 0.6140 0.3593 0.404 0.000 0.596
#> SRR1608702 3 0.6126 0.3686 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608703 3 0.6140 0.3593 0.404 0.000 0.596
#> SRR1608704 3 0.6140 0.3593 0.404 0.000 0.596
#> SRR1608705 3 0.6260 0.2147 0.000 0.448 0.552
#> SRR1608706 3 0.6267 0.2026 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608707 3 0.6295 0.1377 0.000 0.472 0.528
#> SRR1608708 3 0.6260 0.2143 0.000 0.448 0.552
#> SRR1608709 3 0.6286 0.1652 0.000 0.464 0.536
#> SRR1608710 3 0.6286 0.1647 0.000 0.464 0.536
#> SRR1608711 3 0.6267 0.2026 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608712 3 0.6274 0.1897 0.000 0.456 0.544
#> SRR1608713 2 0.4750 0.7090 0.000 0.784 0.216
#> SRR1608714 2 0.4750 0.7090 0.000 0.784 0.216
#> SRR1608715 2 0.4750 0.7090 0.000 0.784 0.216
#> SRR1608716 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608717 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608718 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608719 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608724 3 0.0237 0.9096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608725 3 0.0237 0.9096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608726 3 0.0237 0.9096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608727 3 0.0237 0.9096 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608720 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608721 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608722 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608723 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608728 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608729 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608730 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608731 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608732 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608733 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608734 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608735 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608736 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608737 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608738 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608739 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608740 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608741 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608742 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608743 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608744 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608745 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608746 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608747 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608748 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608749 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608750 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608751 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608752 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608753 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608754 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608755 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608764 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608765 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608766 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608767 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608768 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608769 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608770 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608771 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608756 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608757 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608758 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608759 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608760 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608761 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608762 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608763 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608772 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608773 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608774 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608775 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608776 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608777 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608778 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608779 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608780 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608782 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608783 3 0.0424 0.9085 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608784 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608785 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608786 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608787 3 0.0424 0.9102 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608788 1 0.4842 0.6912 0.776 0.000 0.224
#> SRR1608789 1 0.5291 0.6115 0.732 0.000 0.268
#> SRR1608790 1 0.5431 0.5796 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608791 1 0.5397 0.5876 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608792 1 0.5678 0.5087 0.684 0.000 0.316
#> SRR1608793 1 0.5560 0.5453 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608794 1 0.5560 0.5454 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608795 1 0.5431 0.5796 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608796 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.9806 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608498 2 0.5152 0.5672 0.020 0.664 0.000 0.316
#> SRR1608499 2 0.4776 0.6425 0.016 0.712 0.000 0.272
#> SRR1608500 2 0.4748 0.6483 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR1608501 2 0.4831 0.6305 0.016 0.704 0.000 0.280
#> SRR1608502 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608503 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608504 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608505 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608507 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608508 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608509 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4933 0.2881 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1608535 2 0.4925 0.3012 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608536 2 0.5000 0.0794 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1608537 2 0.4907 0.3219 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608543 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608544 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608545 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0188 0.9368 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608547 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.7517 0.0109 0.000 0.388 0.428 0.184
#> SRR1608551 3 0.7553 0.1780 0.000 0.324 0.468 0.208
#> SRR1608552 3 0.7327 0.2480 0.000 0.320 0.504 0.176
#> SRR1608553 2 0.7448 0.0926 0.000 0.428 0.400 0.172
#> SRR1608554 3 0.7363 0.3026 0.000 0.284 0.516 0.200
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608673 2 0.4431 0.6060 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1608674 2 0.4624 0.5424 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1608675 2 0.4382 0.6188 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608676 2 0.4605 0.5501 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1608677 2 0.4431 0.6060 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1608678 2 0.4585 0.5576 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1608679 2 0.4605 0.5501 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1608680 2 0.4624 0.5424 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1608689 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608698 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608699 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608700 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608701 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608702 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608703 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608704 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608705 4 0.0336 0.9916 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608706 4 0.0336 0.9916 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608707 4 0.0336 0.9916 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608708 4 0.0188 0.9954 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608709 4 0.0336 0.9916 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608710 4 0.0188 0.9954 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608711 4 0.0188 0.9954 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608712 4 0.0188 0.9954 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608713 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.9984 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608716 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.2589 0.8564 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608725 3 0.2868 0.8311 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1608726 3 0.2469 0.8660 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1608727 3 0.2589 0.8564 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1608720 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608788 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608789 4 0.0336 0.9916 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608790 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608791 4 0.0336 0.9916 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608792 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608793 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608794 4 0.0188 0.9956 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608795 4 0.0336 0.9916 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608796 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 2 0.3421 0.73253 0.000 0.788 0.000 0.204 0.008
#> SRR1608499 2 0.2843 0.81707 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608500 2 0.2843 0.81717 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1608501 2 0.2798 0.82229 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1608502 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608507 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608508 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608509 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0880 0.95358 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608523 2 0.1341 0.93005 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1608524 2 0.1270 0.93428 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1608525 2 0.1270 0.93431 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1608526 5 0.3586 0.66708 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1608527 5 0.3508 0.68619 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1608528 5 0.3983 0.52150 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1608529 5 0.3480 0.69124 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608530 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 4 0.4294 0.12283 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1608535 4 0.4291 0.13275 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1608536 4 0.4088 0.41245 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1608537 2 0.4307 -0.00545 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 5 0.0833 0.91990 0.000 0.016 0.004 0.004 0.976
#> SRR1608551 5 0.0833 0.91990 0.000 0.016 0.004 0.004 0.976
#> SRR1608552 5 0.0727 0.92149 0.000 0.012 0.004 0.004 0.980
#> SRR1608553 5 0.0727 0.92149 0.000 0.012 0.004 0.004 0.980
#> SRR1608554 5 0.0727 0.92149 0.000 0.012 0.004 0.004 0.980
#> SRR1608555 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.98054 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 5 0.2648 0.80120 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1608629 5 0.2929 0.77155 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1608630 5 0.2813 0.78462 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608634 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608650 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608651 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608652 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608653 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608654 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608655 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608656 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608665 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 2 0.1082 0.95247 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1608674 2 0.1251 0.94486 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608675 2 0.0992 0.95601 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1608676 2 0.0992 0.95601 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1608677 2 0.1082 0.95247 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1608678 2 0.1251 0.94486 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608679 2 0.1251 0.94486 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608680 2 0.1251 0.94486 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608689 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608705 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608706 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608707 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608708 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608709 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608710 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608711 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608712 5 0.0404 0.92446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608713 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.95831 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.0162 0.99594 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608717 3 0.0162 0.99594 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608718 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.0290 0.99193 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608724 3 0.0162 0.99556 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608725 3 0.0162 0.99556 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608726 3 0.0162 0.99556 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608727 3 0.0162 0.99556 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608720 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.99968 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 4 0.2824 0.81102 0.116 0.000 0.000 0.864 0.020
#> SRR1608789 4 0.2653 0.83625 0.096 0.000 0.000 0.880 0.024
#> SRR1608790 4 0.2270 0.86357 0.076 0.000 0.000 0.904 0.020
#> SRR1608791 4 0.3317 0.79208 0.116 0.000 0.000 0.840 0.044
#> SRR1608792 4 0.2362 0.86116 0.076 0.000 0.000 0.900 0.024
#> SRR1608793 4 0.2561 0.83961 0.096 0.000 0.000 0.884 0.020
#> SRR1608794 4 0.2448 0.84901 0.088 0.000 0.000 0.892 0.020
#> SRR1608795 4 0.2616 0.83350 0.100 0.000 0.000 0.880 0.020
#> SRR1608796 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608814 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608815 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608816 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608817 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608818 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608819 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608804 5 0.2179 0.84746 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1608805 5 0.1478 0.89318 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1608806 5 0.1544 0.89004 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1608807 5 0.1671 0.88354 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1608808 5 0.0794 0.91420 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608809 5 0.1608 0.88703 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1608810 5 0.1121 0.90567 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1608811 5 0.1851 0.87216 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1608822 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608823 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608824 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608825 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608826 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608827 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608828 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608829 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608820 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608821 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608830 1 0.0963 0.96383 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608831 1 0.0880 0.96799 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608832 1 0.0794 0.97201 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608833 1 0.0609 0.97978 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608834 1 0.0609 0.97977 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608835 1 0.0609 0.97977 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608836 1 0.0880 0.96799 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608837 1 0.0703 0.97592 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608838 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608839 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608840 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608841 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608842 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608843 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608844 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608845 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608846 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608855 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608856 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608857 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608858 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608859 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608860 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608861 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608862 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608871 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608872 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608873 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608874 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608875 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608876 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608877 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608878 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608895 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608896 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608897 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608898 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608899 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608901 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608902 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608908 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608921 1 0.0162 0.99615 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608922 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.99643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 2 0.5123 0.35500 0.000 0.508 0.000 0.084 0.408 0.000
#> SRR1608499 2 0.4978 0.40082 0.000 0.532 0.000 0.072 0.396 0.000
#> SRR1608500 2 0.4957 0.37615 0.000 0.520 0.000 0.068 0.412 0.000
#> SRR1608501 2 0.4978 0.40082 0.000 0.532 0.000 0.072 0.396 0.000
#> SRR1608502 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.3847 0.53384 0.000 0.644 0.000 0.000 0.348 0.008
#> SRR1608511 2 0.3847 0.53465 0.000 0.644 0.000 0.000 0.348 0.008
#> SRR1608512 2 0.3847 0.53384 0.000 0.644 0.000 0.000 0.348 0.008
#> SRR1608513 2 0.3861 0.52726 0.000 0.640 0.000 0.000 0.352 0.008
#> SRR1608506 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608507 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608508 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608509 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608515 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608516 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608517 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608518 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608519 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608520 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608521 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608522 2 0.3934 0.48320 0.000 0.616 0.000 0.000 0.376 0.008
#> SRR1608523 2 0.3993 0.43559 0.000 0.592 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1608524 2 0.3975 0.45176 0.000 0.600 0.000 0.000 0.392 0.008
#> SRR1608525 2 0.3934 0.48247 0.000 0.616 0.000 0.000 0.376 0.008
#> SRR1608526 6 0.3911 0.42668 0.000 0.368 0.000 0.000 0.008 0.624
#> SRR1608527 6 0.3874 0.44063 0.000 0.356 0.000 0.000 0.008 0.636
#> SRR1608528 6 0.3955 0.40054 0.000 0.384 0.000 0.000 0.008 0.608
#> SRR1608529 6 0.3874 0.44154 0.000 0.356 0.000 0.000 0.008 0.636
#> SRR1608530 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 4 0.3899 0.41376 0.000 0.364 0.000 0.628 0.008 0.000
#> SRR1608535 4 0.3847 0.45153 0.000 0.348 0.000 0.644 0.008 0.000
#> SRR1608536 4 0.3615 0.55166 0.000 0.292 0.000 0.700 0.008 0.000
#> SRR1608537 4 0.3975 0.34000 0.000 0.392 0.000 0.600 0.008 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608547 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608548 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608549 2 0.0520 0.91252 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1608550 5 0.4779 0.19960 0.000 0.040 0.008 0.000 0.568 0.384
#> SRR1608551 5 0.4740 0.19494 0.000 0.028 0.008 0.004 0.568 0.392
#> SRR1608552 5 0.4797 0.19848 0.000 0.032 0.008 0.004 0.568 0.388
#> SRR1608553 5 0.4701 0.17915 0.000 0.040 0.004 0.000 0.560 0.396
#> SRR1608554 5 0.4554 0.18454 0.000 0.024 0.008 0.000 0.568 0.400
#> SRR1608555 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1075 0.88706 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608585 2 0.1075 0.88709 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608586 2 0.1327 0.87389 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608587 2 0.1327 0.87403 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608588 2 0.1267 0.87718 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1608579 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0405 0.91424 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608591 2 0.0405 0.91424 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608592 2 0.0405 0.91424 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608593 2 0.0405 0.91424 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608594 2 0.0405 0.91424 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608595 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.91860 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.5440 0.30428 0.000 0.000 0.576 0.000 0.200 0.224
#> SRR1608629 3 0.5276 0.37223 0.000 0.000 0.604 0.000 0.188 0.208
#> SRR1608630 3 0.5421 0.31350 0.000 0.000 0.580 0.000 0.208 0.212
#> SRR1608634 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608658 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608659 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608660 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608661 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608662 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608663 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608664 4 0.0363 0.93687 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608649 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608650 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608651 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608652 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608653 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608654 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608655 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608656 6 0.0146 0.89057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608665 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608682 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608683 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608684 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608685 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608686 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608687 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608688 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608673 2 0.3617 0.70137 0.000 0.736 0.000 0.020 0.244 0.000
#> SRR1608674 2 0.3841 0.68855 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244 0.000
#> SRR1608675 2 0.3534 0.70532 0.000 0.740 0.000 0.016 0.244 0.000
#> SRR1608676 2 0.3695 0.69738 0.000 0.732 0.000 0.024 0.244 0.000
#> SRR1608677 2 0.3695 0.69738 0.000 0.732 0.000 0.024 0.244 0.000
#> SRR1608678 2 0.3695 0.69738 0.000 0.732 0.000 0.024 0.244 0.000
#> SRR1608679 2 0.3770 0.69301 0.000 0.728 0.000 0.028 0.244 0.000
#> SRR1608680 2 0.3770 0.69301 0.000 0.728 0.000 0.028 0.244 0.000
#> SRR1608689 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608690 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608691 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608692 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608693 4 0.0146 0.94115 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608706 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608707 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608708 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608709 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608710 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608711 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608712 6 0.0000 0.89104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608713 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608714 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608715 4 0.0000 0.94222 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608716 3 0.1387 0.90851 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608717 3 0.1267 0.91701 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1608718 3 0.1387 0.90843 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608719 3 0.1610 0.89094 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.3869 -0.00489 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1608753 3 0.3864 0.06523 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1608754 5 0.3868 -0.04404 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1608755 5 0.3862 0.00810 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.97591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 4 0.4343 0.70416 0.160 0.000 0.000 0.748 0.072 0.020
#> SRR1608789 4 0.4442 0.70948 0.148 0.000 0.000 0.748 0.076 0.028
#> SRR1608790 4 0.4447 0.71009 0.144 0.000 0.000 0.744 0.092 0.020
#> SRR1608791 4 0.4766 0.68763 0.152 0.000 0.000 0.728 0.068 0.052
#> SRR1608792 4 0.4255 0.72985 0.136 0.000 0.000 0.764 0.076 0.024
#> SRR1608793 4 0.4176 0.73906 0.128 0.000 0.000 0.772 0.076 0.024
#> SRR1608794 4 0.4393 0.71777 0.140 0.000 0.000 0.752 0.084 0.024
#> SRR1608795 4 0.4467 0.70672 0.148 0.000 0.000 0.744 0.084 0.024
#> SRR1608796 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608797 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608798 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608799 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608800 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608801 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608802 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608803 1 0.2416 0.86650 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 6 0.0632 0.87067 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608805 6 0.0458 0.88282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608806 6 0.0547 0.87699 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1608807 6 0.0458 0.88282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608808 6 0.0458 0.88282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608809 6 0.0458 0.88282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608810 6 0.0458 0.88282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608811 6 0.0458 0.88282 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608822 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.4045 0.61080 0.268 0.000 0.000 0.000 0.696 0.036
#> SRR1608831 5 0.4002 0.61857 0.260 0.000 0.000 0.000 0.704 0.036
#> SRR1608832 5 0.4045 0.61079 0.268 0.000 0.000 0.000 0.696 0.036
#> SRR1608833 5 0.3978 0.61064 0.268 0.000 0.000 0.000 0.700 0.032
#> SRR1608834 5 0.3999 0.60390 0.272 0.000 0.000 0.000 0.696 0.032
#> SRR1608835 5 0.3956 0.61503 0.264 0.000 0.000 0.000 0.704 0.032
#> SRR1608836 5 0.4044 0.62061 0.256 0.000 0.000 0.000 0.704 0.040
#> SRR1608837 5 0.3999 0.60389 0.272 0.000 0.000 0.000 0.696 0.032
#> SRR1608838 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.1387 0.90091 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608847 1 0.1444 0.89975 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1608848 1 0.1444 0.89975 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1608849 1 0.1387 0.90091 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608850 1 0.1387 0.90091 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608851 1 0.1444 0.89975 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1608852 1 0.1387 0.90091 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608853 1 0.1387 0.90091 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.1610 0.89870 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1608863 1 0.1556 0.89984 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1608864 1 0.1757 0.89924 0.916 0.000 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1608865 1 0.1913 0.89688 0.908 0.000 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR1608866 1 0.1812 0.89805 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR1608867 1 0.1753 0.89777 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1608868 1 0.1866 0.89679 0.908 0.000 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR1608869 1 0.1700 0.89905 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608870 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608880 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608881 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608882 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608883 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608884 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608885 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608886 1 0.2491 0.86139 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1608887 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608888 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608889 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608890 1 0.2491 0.86139 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1608891 1 0.2491 0.86139 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1608892 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608893 1 0.2527 0.85878 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.90704 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608903 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608904 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608905 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608906 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608907 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608908 1 0.1204 0.90364 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608909 1 0.1141 0.90440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608910 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608911 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608912 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608913 1 0.3515 0.65474 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1608914 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608915 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608916 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608917 1 0.3499 0.66213 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1608918 1 0.3288 0.73349 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1608919 1 0.3244 0.74517 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1608920 1 0.1075 0.90672 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608921 1 0.1141 0.90661 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608922 1 0.2491 0.86210 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1608923 1 0.2491 0.86210 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.365 0.874 0.915 0.4681 0.520 0.520
#> 3 3 0.452 0.613 0.802 0.3716 0.821 0.655
#> 4 4 0.546 0.666 0.764 0.1091 0.887 0.690
#> 5 5 0.563 0.479 0.690 0.0735 0.831 0.495
#> 6 6 0.671 0.600 0.744 0.0436 0.914 0.662
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608491 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608492 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608493 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608494 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.5178 0.8539 0.884 0.116
#> SRR1608499 1 0.5178 0.8539 0.884 0.116
#> SRR1608500 1 0.5178 0.8539 0.884 0.116
#> SRR1608501 1 0.5178 0.8539 0.884 0.116
#> SRR1608502 1 0.4690 0.8952 0.900 0.100
#> SRR1608503 1 0.4690 0.8952 0.900 0.100
#> SRR1608504 1 0.4690 0.8952 0.900 0.100
#> SRR1608505 1 0.4690 0.8952 0.900 0.100
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.6148 0.8746 0.848 0.152
#> SRR1608507 1 0.6148 0.8746 0.848 0.152
#> SRR1608508 1 0.6148 0.8746 0.848 0.152
#> SRR1608509 1 0.6148 0.8746 0.848 0.152
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.9922 0.0688 0.448 0.552
#> SRR1608535 2 0.9922 0.0688 0.448 0.552
#> SRR1608536 2 0.9922 0.0688 0.448 0.552
#> SRR1608537 2 0.9922 0.0688 0.448 0.552
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608542 1 0.9044 0.6572 0.680 0.320
#> SRR1608543 1 0.9044 0.6572 0.680 0.320
#> SRR1608544 1 0.9044 0.6572 0.680 0.320
#> SRR1608545 1 0.9044 0.6572 0.680 0.320
#> SRR1608546 2 0.3114 0.8994 0.056 0.944
#> SRR1608547 2 0.3114 0.8994 0.056 0.944
#> SRR1608548 2 0.3114 0.8994 0.056 0.944
#> SRR1608549 2 0.3114 0.8994 0.056 0.944
#> SRR1608550 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608556 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608557 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608558 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608559 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608560 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608561 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608562 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608563 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608575 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608576 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608577 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608578 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9169 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608585 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608586 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608587 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608588 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608579 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608580 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608581 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608582 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608583 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608589 2 0.4161 0.8648 0.084 0.916
#> SRR1608590 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608591 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608592 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608593 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608594 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608595 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608596 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608597 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608598 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608599 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608600 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608601 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608602 2 0.0376 0.9176 0.004 0.996
#> SRR1608603 2 0.4161 0.8648 0.084 0.916
#> SRR1608604 2 0.4161 0.8648 0.084 0.916
#> SRR1608605 2 0.4161 0.8648 0.084 0.916
#> SRR1608606 2 0.4161 0.8648 0.084 0.916
#> SRR1608607 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608608 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608609 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608610 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608611 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608612 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608613 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608614 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608615 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608616 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608617 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608618 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608619 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608620 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608621 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608622 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608623 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608624 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608625 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608626 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608627 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608628 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608629 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608630 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608634 1 0.5294 0.8904 0.880 0.120
#> SRR1608635 1 0.5294 0.8904 0.880 0.120
#> SRR1608636 1 0.5294 0.8904 0.880 0.120
#> SRR1608637 1 0.5294 0.8904 0.880 0.120
#> SRR1608631 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608632 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608633 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608642 1 0.5294 0.8904 0.880 0.120
#> SRR1608638 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608639 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608640 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608641 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608643 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608644 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608645 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608646 1 0.5842 0.8830 0.860 0.140
#> SRR1608647 1 0.5842 0.8830 0.860 0.140
#> SRR1608648 1 0.5842 0.8830 0.860 0.140
#> SRR1608657 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608658 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608659 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608660 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608661 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608662 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608663 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608664 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608649 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608650 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608651 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608652 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608653 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608654 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608655 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608656 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608665 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608682 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608683 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608684 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608685 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608686 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608687 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608688 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608673 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608674 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608675 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608676 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608677 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608678 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608679 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608680 1 0.5629 0.8495 0.868 0.132
#> SRR1608689 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608690 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608691 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608692 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608693 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608694 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608695 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608696 1 0.6148 0.8786 0.848 0.152
#> SRR1608697 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608706 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608707 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608708 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608709 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608710 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608711 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608712 2 0.5519 0.8537 0.128 0.872
#> SRR1608713 1 0.5842 0.8836 0.860 0.140
#> SRR1608714 1 0.5842 0.8836 0.860 0.140
#> SRR1608715 1 0.5842 0.8836 0.860 0.140
#> SRR1608716 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608717 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608718 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608719 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608724 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608725 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608726 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608727 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608720 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608721 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608722 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608723 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608728 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608729 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608730 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608731 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608732 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608733 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608734 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608735 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608736 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608737 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608738 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608739 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608740 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608741 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608742 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608743 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608744 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608745 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608746 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608747 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608748 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608749 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608750 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608751 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608752 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608753 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608754 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608755 1 0.6343 0.8749 0.840 0.160
#> SRR1608764 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608765 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608766 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608767 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608768 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608769 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608770 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608771 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608756 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608757 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608758 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608759 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608760 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608761 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608762 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608763 2 0.7376 0.7842 0.208 0.792
#> SRR1608772 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608773 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608774 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608775 1 0.6247 0.8770 0.844 0.156
#> SRR1608776 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608777 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608778 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608779 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608780 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608782 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608783 2 0.1184 0.9162 0.016 0.984
#> SRR1608784 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608785 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608786 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608787 1 0.6247 0.8730 0.844 0.156
#> SRR1608788 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608789 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608790 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608791 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608792 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608793 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608794 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608795 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR1608796 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608797 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608798 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608799 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608800 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608801 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608802 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608803 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608812 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608814 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608815 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608816 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608817 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608818 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608819 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608804 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608805 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608806 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608807 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608808 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608809 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608810 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608811 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608822 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608823 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608824 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608825 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608826 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608827 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608828 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608829 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608820 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608821 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608830 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608831 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608832 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608833 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608834 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608835 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608836 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608837 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608838 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608839 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608840 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608841 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608842 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608843 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608844 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608845 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608846 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.8984 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608855 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608856 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608857 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608858 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608859 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608860 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608861 1 0.4562 0.8844 0.904 0.096
#> SRR1608862 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608863 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608864 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608865 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608866 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608867 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608868 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608869 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608870 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608871 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608872 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608873 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608874 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608875 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608876 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608877 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608878 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608880 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608881 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608882 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608883 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608884 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608885 1 0.4431 0.8918 0.908 0.092
#> SRR1608886 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608887 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608888 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608889 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608890 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608891 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608892 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608893 1 0.6247 0.8562 0.844 0.156
#> SRR1608894 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608895 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608896 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608897 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608898 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608899 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608901 1 0.0938 0.9018 0.988 0.012
#> SRR1608902 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608903 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608904 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608905 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608906 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608907 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608908 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608909 1 0.6148 0.8575 0.848 0.152
#> SRR1608910 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608911 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608912 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608913 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608914 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608915 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608916 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608917 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608918 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608919 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608920 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608921 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR1608922 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
#> SRR1608923 1 0.3114 0.9069 0.944 0.056
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608491 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608492 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608493 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608494 1 0.5621 0.4345 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608495 1 0.5621 0.4345 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608496 1 0.5621 0.4345 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608497 1 0.5621 0.4345 0.692 0.000 0.308
#> SRR1608498 3 0.7457 0.4102 0.208 0.104 0.688
#> SRR1608499 3 0.7457 0.4102 0.208 0.104 0.688
#> SRR1608500 3 0.7457 0.4102 0.208 0.104 0.688
#> SRR1608501 3 0.7457 0.4102 0.208 0.104 0.688
#> SRR1608502 1 0.7505 0.2974 0.572 0.044 0.384
#> SRR1608503 1 0.7505 0.2974 0.572 0.044 0.384
#> SRR1608504 1 0.7505 0.2974 0.572 0.044 0.384
#> SRR1608505 1 0.7505 0.2974 0.572 0.044 0.384
#> SRR1608510 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608511 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608512 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608513 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608506 3 0.7876 0.1335 0.424 0.056 0.520
#> SRR1608507 3 0.7876 0.1335 0.424 0.056 0.520
#> SRR1608508 3 0.7876 0.1335 0.424 0.056 0.520
#> SRR1608509 3 0.7876 0.1335 0.424 0.056 0.520
#> SRR1608514 2 0.1170 0.8606 0.008 0.976 0.016
#> SRR1608515 2 0.1170 0.8606 0.008 0.976 0.016
#> SRR1608516 2 0.1170 0.8606 0.008 0.976 0.016
#> SRR1608517 2 0.1170 0.8606 0.008 0.976 0.016
#> SRR1608518 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608519 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608520 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608521 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608522 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608523 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608524 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608525 2 0.1031 0.8619 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608526 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608527 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608528 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608529 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608530 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608531 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608532 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608533 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608534 2 0.9624 0.1216 0.272 0.472 0.256
#> SRR1608535 2 0.9624 0.1216 0.272 0.472 0.256
#> SRR1608536 2 0.9624 0.1216 0.272 0.472 0.256
#> SRR1608537 2 0.9624 0.1216 0.272 0.472 0.256
#> SRR1608538 2 0.1411 0.8585 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608539 2 0.1411 0.8585 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608540 2 0.1411 0.8585 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608541 2 0.1411 0.8585 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608542 3 0.9746 0.0525 0.364 0.228 0.408
#> SRR1608543 3 0.9746 0.0525 0.364 0.228 0.408
#> SRR1608544 3 0.9746 0.0525 0.364 0.228 0.408
#> SRR1608545 3 0.9746 0.0525 0.364 0.228 0.408
#> SRR1608546 2 0.3832 0.8453 0.020 0.880 0.100
#> SRR1608547 2 0.3832 0.8453 0.020 0.880 0.100
#> SRR1608548 2 0.3832 0.8453 0.020 0.880 0.100
#> SRR1608549 2 0.3832 0.8453 0.020 0.880 0.100
#> SRR1608550 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608551 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608552 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608553 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608554 2 0.0892 0.8622 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608555 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608556 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608557 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608558 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608559 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608560 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608561 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608562 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608563 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608564 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608565 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608566 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608567 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608568 2 0.0592 0.8619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608574 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608575 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608576 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608577 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608578 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608569 2 0.0424 0.8615 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608570 2 0.0424 0.8615 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608571 2 0.0424 0.8615 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608572 2 0.0424 0.8615 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608573 2 0.0424 0.8615 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608584 2 0.0747 0.8613 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608585 2 0.0747 0.8613 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608586 2 0.0747 0.8613 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608587 2 0.0747 0.8613 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608588 2 0.0747 0.8613 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608579 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608580 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608581 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608582 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608583 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608589 2 0.3340 0.8030 0.000 0.880 0.120
#> SRR1608590 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608591 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608592 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608593 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608594 2 0.1453 0.8606 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608595 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608596 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608597 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608598 2 0.0592 0.8603 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608599 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608600 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608601 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608602 2 0.0424 0.8609 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608603 2 0.3551 0.7894 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608604 2 0.3551 0.7894 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608605 2 0.3551 0.7894 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608606 2 0.3551 0.7894 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608607 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608608 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608609 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608610 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608611 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608612 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608613 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608614 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608615 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608616 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608617 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608618 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608619 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608620 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608621 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608622 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608623 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608624 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608625 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608626 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608627 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608628 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608629 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608630 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608634 3 0.2486 0.6963 0.060 0.008 0.932
#> SRR1608635 3 0.2486 0.6963 0.060 0.008 0.932
#> SRR1608636 3 0.2486 0.6963 0.060 0.008 0.932
#> SRR1608637 3 0.2486 0.6963 0.060 0.008 0.932
#> SRR1608631 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608632 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608633 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608642 3 0.2680 0.6930 0.068 0.008 0.924
#> SRR1608638 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608639 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608640 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608641 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608643 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608644 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608645 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608646 3 0.7069 0.2442 0.408 0.024 0.568
#> SRR1608647 3 0.7069 0.2442 0.408 0.024 0.568
#> SRR1608648 3 0.7069 0.2442 0.408 0.024 0.568
#> SRR1608657 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608658 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608659 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608660 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608661 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608662 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608663 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608664 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608649 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608650 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608651 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608652 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608653 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608654 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608655 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608656 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608665 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608666 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608667 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608668 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608669 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608670 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608671 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608672 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608681 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608682 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608683 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608684 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608685 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608686 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608687 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608688 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608673 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608674 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608675 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608676 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608677 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608678 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608679 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608680 1 0.8415 0.3021 0.564 0.104 0.332
#> SRR1608689 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608690 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608691 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608692 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608693 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608694 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608695 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608696 3 0.2031 0.7160 0.032 0.016 0.952
#> SRR1608697 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608698 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608699 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608700 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608701 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608702 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608703 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608704 1 0.5529 0.4445 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608705 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608706 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608707 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608708 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608709 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608710 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608711 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608712 2 0.6180 0.7506 0.024 0.716 0.260
#> SRR1608713 3 0.7735 0.1019 0.440 0.048 0.512
#> SRR1608714 3 0.7735 0.1019 0.440 0.048 0.512
#> SRR1608715 3 0.7735 0.1019 0.440 0.048 0.512
#> SRR1608716 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608717 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608718 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608719 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608724 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608725 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608726 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608727 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608720 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608721 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608722 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608723 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608728 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608729 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608730 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608731 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608732 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608733 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608734 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608735 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608736 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608737 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608738 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608739 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608740 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608741 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608742 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608743 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608744 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608745 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608746 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608747 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608748 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608749 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608750 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608751 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608752 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608753 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608754 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608755 3 0.2050 0.7145 0.028 0.020 0.952
#> SRR1608764 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608765 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608766 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608767 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608768 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608769 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608770 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608771 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608756 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608757 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608758 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608759 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608760 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608761 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608762 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608763 2 0.7446 0.6945 0.076 0.664 0.260
#> SRR1608772 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608773 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608774 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608775 3 0.1905 0.7162 0.028 0.016 0.956
#> SRR1608776 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608777 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608778 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608779 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608780 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608782 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608783 2 0.3459 0.8513 0.012 0.892 0.096
#> SRR1608784 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608785 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608786 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608787 3 0.7366 0.2442 0.400 0.036 0.564
#> SRR1608788 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608789 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608790 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608791 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608792 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608793 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608794 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608795 1 0.6018 0.4316 0.684 0.008 0.308
#> SRR1608796 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608797 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608798 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608799 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608800 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608801 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608802 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608803 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608812 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608814 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608815 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608816 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608817 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608818 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608819 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608804 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608805 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608806 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608807 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608808 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608809 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608810 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608811 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608822 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608823 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608824 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608825 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608826 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608827 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608828 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608829 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608820 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608821 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608830 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608831 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608832 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608833 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608834 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608835 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608836 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608837 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608838 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608839 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608840 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608841 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608842 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608843 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608844 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608845 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608846 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608847 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608848 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608849 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608850 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608851 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608852 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608853 1 0.6291 0.0945 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608854 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608855 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608856 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608857 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608858 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608859 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608860 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608861 1 0.4836 0.6107 0.848 0.072 0.080
#> SRR1608862 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608863 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608864 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608865 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608866 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608867 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608868 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608869 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608870 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608871 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608872 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608873 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608874 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608875 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608876 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608877 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608878 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608880 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608881 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608882 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608883 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608884 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608885 1 0.7015 0.5164 0.696 0.064 0.240
#> SRR1608886 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608887 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608888 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608889 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608890 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608891 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608892 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608893 1 0.7610 0.4878 0.676 0.108 0.216
#> SRR1608894 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608895 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608896 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608897 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608898 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608899 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608901 1 0.0424 0.6475 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608902 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608903 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608904 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608905 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608906 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608907 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608908 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608909 1 0.7568 0.4932 0.680 0.108 0.212
#> SRR1608910 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608911 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608912 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608913 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608914 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608915 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608916 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608917 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608918 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608919 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608920 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608921 1 0.6079 0.2832 0.612 0.000 0.388
#> SRR1608922 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
#> SRR1608923 3 0.6172 0.4116 0.308 0.012 0.680
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608491 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608492 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608493 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608494 4 0.5195 0.6543 0.276 0.000 0.032 0.692
#> SRR1608495 4 0.5195 0.6543 0.276 0.000 0.032 0.692
#> SRR1608496 4 0.5195 0.6543 0.276 0.000 0.032 0.692
#> SRR1608497 4 0.5195 0.6543 0.276 0.000 0.032 0.692
#> SRR1608498 3 0.7018 0.3252 0.032 0.060 0.556 0.352
#> SRR1608499 3 0.7018 0.3252 0.032 0.060 0.556 0.352
#> SRR1608500 3 0.7018 0.3252 0.032 0.060 0.556 0.352
#> SRR1608501 3 0.7018 0.3252 0.032 0.060 0.556 0.352
#> SRR1608502 4 0.5600 0.6620 0.200 0.004 0.076 0.720
#> SRR1608503 4 0.5600 0.6620 0.200 0.004 0.076 0.720
#> SRR1608504 4 0.5600 0.6620 0.200 0.004 0.076 0.720
#> SRR1608505 4 0.5600 0.6620 0.200 0.004 0.076 0.720
#> SRR1608510 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608511 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608512 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608513 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608506 4 0.6134 0.6335 0.084 0.008 0.232 0.676
#> SRR1608507 4 0.6134 0.6335 0.084 0.008 0.232 0.676
#> SRR1608508 4 0.6134 0.6335 0.084 0.008 0.232 0.676
#> SRR1608509 4 0.6134 0.6335 0.084 0.008 0.232 0.676
#> SRR1608514 2 0.2234 0.7765 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608515 2 0.2234 0.7765 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608516 2 0.2234 0.7765 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608517 2 0.2234 0.7765 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608518 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608519 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608520 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608521 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608522 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608523 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608524 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608525 2 0.3410 0.7802 0.040 0.884 0.016 0.060
#> SRR1608526 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608527 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608528 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608529 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608530 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608531 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608532 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608533 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608534 4 0.8001 0.1446 0.052 0.392 0.100 0.456
#> SRR1608535 4 0.8001 0.1446 0.052 0.392 0.100 0.456
#> SRR1608536 4 0.8001 0.1446 0.052 0.392 0.100 0.456
#> SRR1608537 4 0.8001 0.1446 0.052 0.392 0.100 0.456
#> SRR1608538 2 0.3015 0.7825 0.040 0.904 0.020 0.036
#> SRR1608539 2 0.3015 0.7825 0.040 0.904 0.020 0.036
#> SRR1608540 2 0.3015 0.7825 0.040 0.904 0.020 0.036
#> SRR1608541 2 0.3015 0.7825 0.040 0.904 0.020 0.036
#> SRR1608542 4 0.7743 0.5907 0.096 0.160 0.124 0.620
#> SRR1608543 4 0.7743 0.5907 0.096 0.160 0.124 0.620
#> SRR1608544 4 0.7743 0.5907 0.096 0.160 0.124 0.620
#> SRR1608545 4 0.7743 0.5907 0.096 0.160 0.124 0.620
#> SRR1608546 2 0.5673 0.7667 0.068 0.772 0.084 0.076
#> SRR1608547 2 0.5673 0.7667 0.068 0.772 0.084 0.076
#> SRR1608548 2 0.5673 0.7667 0.068 0.772 0.084 0.076
#> SRR1608549 2 0.5673 0.7667 0.068 0.772 0.084 0.076
#> SRR1608550 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608551 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608552 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608553 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608554 2 0.3442 0.7804 0.040 0.880 0.012 0.068
#> SRR1608555 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608556 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608557 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608558 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608559 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608560 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608561 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608562 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608563 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608564 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608565 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608566 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608567 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608568 2 0.1109 0.7720 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608574 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608575 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608576 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608577 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608578 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608569 2 0.1305 0.7721 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608570 2 0.1305 0.7721 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608571 2 0.1305 0.7721 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608572 2 0.1305 0.7721 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608573 2 0.1305 0.7721 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608584 2 0.2234 0.7644 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608585 2 0.2234 0.7644 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608586 2 0.2234 0.7644 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608587 2 0.2234 0.7644 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608588 2 0.2234 0.7644 0.008 0.924 0.004 0.064
#> SRR1608579 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608580 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608581 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608582 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608583 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608589 2 0.4743 0.7128 0.008 0.804 0.104 0.084
#> SRR1608590 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608591 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608592 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608593 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608594 2 0.2810 0.7718 0.008 0.896 0.008 0.088
#> SRR1608595 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608596 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608597 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608598 2 0.2124 0.7626 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1608599 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608600 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608601 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608602 2 0.1970 0.7652 0.008 0.932 0.000 0.060
#> SRR1608603 2 0.4119 0.7080 0.008 0.836 0.112 0.044
#> SRR1608604 2 0.4119 0.7080 0.008 0.836 0.112 0.044
#> SRR1608605 2 0.4119 0.7080 0.008 0.836 0.112 0.044
#> SRR1608606 2 0.4119 0.7080 0.008 0.836 0.112 0.044
#> SRR1608607 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608608 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608609 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608610 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608611 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608612 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608613 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608614 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608615 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608616 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608617 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608618 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608619 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608620 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608621 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608622 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608623 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608624 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608625 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608626 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608627 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608628 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608629 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608630 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608634 3 0.1182 0.7908 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1608635 3 0.1182 0.7908 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1608636 3 0.1182 0.7908 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1608637 3 0.1182 0.7908 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1608631 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608632 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608633 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608642 3 0.1406 0.7843 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR1608638 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608639 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608640 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608641 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608643 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608644 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608645 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608646 4 0.6969 0.4715 0.112 0.000 0.440 0.448
#> SRR1608647 4 0.6969 0.4715 0.112 0.000 0.440 0.448
#> SRR1608648 4 0.6969 0.4715 0.112 0.000 0.440 0.448
#> SRR1608657 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608658 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608659 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608660 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608661 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608662 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608663 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608664 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608649 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608650 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608651 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608652 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608653 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608654 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608655 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608656 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608665 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608666 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608667 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608668 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608669 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608670 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608671 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608672 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608681 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608682 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608683 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608684 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608685 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608686 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608687 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608688 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608673 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608674 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608675 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608676 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608677 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608678 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608679 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608680 4 0.4621 0.6298 0.076 0.060 0.036 0.828
#> SRR1608689 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608690 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608691 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608692 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608693 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608694 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608695 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608696 3 0.0376 0.8121 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608697 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608698 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608699 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608700 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608701 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608702 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608703 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608704 4 0.4988 0.6478 0.288 0.000 0.020 0.692
#> SRR1608705 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608706 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608707 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608708 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608709 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608710 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608711 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608712 2 0.7889 0.6689 0.108 0.584 0.228 0.080
#> SRR1608713 4 0.6162 0.6365 0.088 0.008 0.228 0.676
#> SRR1608714 4 0.6162 0.6365 0.088 0.008 0.228 0.676
#> SRR1608715 4 0.6162 0.6365 0.088 0.008 0.228 0.676
#> SRR1608716 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608717 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608718 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608719 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608724 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608725 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608726 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608727 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608720 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608721 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608722 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608723 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608728 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608729 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608730 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608731 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608732 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608733 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608734 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608735 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608736 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608737 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608738 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608739 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608740 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608741 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608742 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608743 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608744 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608745 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608746 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608747 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608748 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608749 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608750 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608751 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608752 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608753 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608754 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608755 3 0.0376 0.8114 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1608764 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608765 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608766 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608767 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608768 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608769 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608770 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608771 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608756 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608757 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608758 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608759 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608760 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608761 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608762 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608763 2 0.8337 0.6149 0.164 0.532 0.236 0.068
#> SRR1608772 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608773 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608774 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608775 3 0.0188 0.8130 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608776 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608777 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608778 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608779 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608780 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608782 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608783 2 0.6194 0.7656 0.088 0.740 0.088 0.084
#> SRR1608784 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608785 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608786 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608787 4 0.7037 0.4994 0.120 0.000 0.416 0.464
#> SRR1608788 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608789 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608790 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608791 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608792 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608793 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608794 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608795 4 0.5038 0.6519 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR1608796 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608797 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608798 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608799 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608800 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608801 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608802 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608803 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608812 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608814 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608815 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608816 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608817 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608818 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608819 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608804 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608805 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608806 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608807 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608808 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608809 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608810 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608811 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608822 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608823 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608824 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608825 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608826 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608827 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608828 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608829 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608820 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608821 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608830 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608831 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608832 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608833 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608834 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608835 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608836 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608837 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608838 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608839 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608840 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608841 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608842 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608843 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608844 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608845 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608846 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608847 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608848 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608849 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608850 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608851 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608852 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608853 3 0.6214 0.0609 0.472 0.000 0.476 0.052
#> SRR1608854 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608855 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608856 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608857 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608858 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608859 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608860 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608861 1 0.3245 0.7122 0.884 0.008 0.080 0.028
#> SRR1608862 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608863 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608864 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608865 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608866 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608867 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608868 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608869 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608870 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608871 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608872 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608873 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608874 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608875 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608876 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608877 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608878 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608880 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608881 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608882 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608883 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608884 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608885 1 0.5062 0.6465 0.728 0.008 0.240 0.024
#> SRR1608886 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608887 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608888 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608889 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608890 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608891 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608892 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608893 1 0.4658 0.6589 0.760 0.012 0.216 0.012
#> SRR1608894 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608895 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608896 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608897 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608898 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608899 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608901 1 0.2760 0.6830 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608902 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608903 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608904 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608905 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608906 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608907 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608908 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608909 1 0.4621 0.6637 0.764 0.012 0.212 0.012
#> SRR1608910 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608911 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608912 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608913 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608914 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608915 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608916 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608917 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608918 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608919 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608920 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608921 1 0.6270 0.2528 0.536 0.000 0.404 0.060
#> SRR1608922 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1608923 3 0.4483 0.5465 0.284 0.000 0.712 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608491 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608492 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608493 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608494 1 0.3963 0.3284 0.732 0.000 0.008 0.256 0.004
#> SRR1608495 1 0.3963 0.3284 0.732 0.000 0.008 0.256 0.004
#> SRR1608496 1 0.3963 0.3284 0.732 0.000 0.008 0.256 0.004
#> SRR1608497 1 0.3963 0.3284 0.732 0.000 0.008 0.256 0.004
#> SRR1608498 5 0.5733 0.3689 0.028 0.028 0.004 0.404 0.536
#> SRR1608499 5 0.5733 0.3689 0.028 0.028 0.004 0.404 0.536
#> SRR1608500 5 0.5733 0.3689 0.028 0.028 0.004 0.404 0.536
#> SRR1608501 5 0.5733 0.3689 0.028 0.028 0.004 0.404 0.536
#> SRR1608502 1 0.6484 0.2929 0.600 0.004 0.100 0.252 0.044
#> SRR1608503 1 0.6484 0.2929 0.600 0.004 0.100 0.252 0.044
#> SRR1608504 1 0.6484 0.2929 0.600 0.004 0.100 0.252 0.044
#> SRR1608505 1 0.6484 0.2929 0.600 0.004 0.100 0.252 0.044
#> SRR1608510 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608511 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608512 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608513 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608506 1 0.7845 0.2416 0.480 0.004 0.108 0.216 0.192
#> SRR1608507 1 0.7845 0.2416 0.480 0.004 0.108 0.216 0.192
#> SRR1608508 1 0.7845 0.2416 0.480 0.004 0.108 0.216 0.192
#> SRR1608509 1 0.7845 0.2416 0.480 0.004 0.108 0.216 0.192
#> SRR1608514 2 0.3522 0.8121 0.000 0.780 0.212 0.004 0.004
#> SRR1608515 2 0.3522 0.8121 0.000 0.780 0.212 0.004 0.004
#> SRR1608516 2 0.3522 0.8121 0.000 0.780 0.212 0.004 0.004
#> SRR1608517 2 0.3522 0.8121 0.000 0.780 0.212 0.004 0.004
#> SRR1608518 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608519 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608520 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608521 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608522 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608523 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608524 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608525 3 0.4537 0.2208 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> SRR1608526 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608527 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608528 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608529 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608530 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608531 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608532 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608533 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608534 1 0.8487 -0.0740 0.364 0.308 0.220 0.028 0.080
#> SRR1608535 1 0.8487 -0.0740 0.364 0.308 0.220 0.028 0.080
#> SRR1608536 1 0.8487 -0.0740 0.364 0.308 0.220 0.028 0.080
#> SRR1608537 1 0.8487 -0.0740 0.364 0.308 0.220 0.028 0.080
#> SRR1608538 3 0.4997 0.0279 0.000 0.468 0.508 0.016 0.008
#> SRR1608539 3 0.4997 0.0279 0.000 0.468 0.508 0.016 0.008
#> SRR1608540 3 0.4997 0.0279 0.000 0.468 0.508 0.016 0.008
#> SRR1608541 3 0.4997 0.0279 0.000 0.468 0.508 0.016 0.008
#> SRR1608542 1 0.9017 0.2223 0.420 0.112 0.192 0.192 0.084
#> SRR1608543 1 0.9017 0.2223 0.420 0.112 0.192 0.192 0.084
#> SRR1608544 1 0.9017 0.2223 0.420 0.112 0.192 0.192 0.084
#> SRR1608545 1 0.9017 0.2223 0.420 0.112 0.192 0.192 0.084
#> SRR1608546 2 0.5853 0.1025 0.000 0.476 0.448 0.012 0.064
#> SRR1608547 2 0.5853 0.1025 0.000 0.476 0.448 0.012 0.064
#> SRR1608548 2 0.5853 0.1025 0.000 0.476 0.448 0.012 0.064
#> SRR1608549 2 0.5853 0.1025 0.000 0.476 0.448 0.012 0.064
#> SRR1608550 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608551 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608552 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608553 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608554 3 0.4327 0.3067 0.000 0.360 0.632 0.000 0.008
#> SRR1608555 2 0.1205 0.8641 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1608556 2 0.1205 0.8641 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1608557 2 0.1205 0.8641 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1608558 2 0.1205 0.8641 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1608559 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608560 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608561 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608562 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608563 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608564 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608565 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608566 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608567 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608568 2 0.3123 0.8188 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004
#> SRR1608574 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608575 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608576 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608577 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608578 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608569 2 0.2930 0.8375 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1608570 2 0.2930 0.8375 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1608571 2 0.2930 0.8375 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1608572 2 0.2930 0.8375 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1608573 2 0.2930 0.8375 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1608584 2 0.0963 0.8630 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0963 0.8630 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0963 0.8630 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0963 0.8630 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0963 0.8630 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608580 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608581 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608582 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608583 2 0.0865 0.8603 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1608589 2 0.5382 0.5919 0.000 0.644 0.252 0.000 0.104
#> SRR1608590 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608591 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608592 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608593 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608594 2 0.2970 0.8147 0.000 0.828 0.168 0.004 0.000
#> SRR1608595 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608596 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608597 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608598 2 0.0771 0.8587 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608599 2 0.1043 0.8639 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.1043 0.8639 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.1043 0.8639 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.1043 0.8639 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.5956 0.5187 0.000 0.612 0.264 0.016 0.108
#> SRR1608604 2 0.5956 0.5187 0.000 0.612 0.264 0.016 0.108
#> SRR1608605 2 0.5956 0.5187 0.000 0.612 0.264 0.016 0.108
#> SRR1608606 2 0.5956 0.5187 0.000 0.612 0.264 0.016 0.108
#> SRR1608607 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608608 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608609 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608610 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608611 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608612 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608613 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608614 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608615 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608616 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608617 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608618 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608619 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608622 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608623 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608624 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608625 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608626 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608627 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608628 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608629 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608630 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608634 5 0.1243 0.8348 0.028 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR1608635 5 0.1243 0.8348 0.028 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR1608636 5 0.1243 0.8348 0.028 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR1608637 5 0.1243 0.8348 0.028 0.000 0.008 0.004 0.960
#> SRR1608631 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608632 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608633 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608642 5 0.1412 0.8283 0.036 0.000 0.008 0.004 0.952
#> SRR1608638 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608644 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608645 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608646 1 0.5872 0.1298 0.500 0.000 0.048 0.024 0.428
#> SRR1608647 1 0.5872 0.1298 0.500 0.000 0.048 0.024 0.428
#> SRR1608648 1 0.5872 0.1298 0.500 0.000 0.048 0.024 0.428
#> SRR1608657 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608650 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608651 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608652 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608653 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608654 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608655 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608656 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608665 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608666 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608667 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608668 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608669 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608670 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608671 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608672 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608681 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608682 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608683 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608684 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608685 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608686 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608687 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608688 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608673 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608674 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608675 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608676 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608677 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608678 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608679 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608680 4 0.5475 -0.1884 0.412 0.044 0.004 0.536 0.004
#> SRR1608689 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608690 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608691 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608692 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608693 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608694 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608695 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608696 5 0.0162 0.8605 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608697 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608698 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608699 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608700 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608701 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608702 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608703 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608704 1 0.3756 0.3300 0.744 0.000 0.008 0.248 0.000
#> SRR1608705 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608706 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608707 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608708 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608709 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608710 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608711 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608712 3 0.3963 0.7178 0.004 0.008 0.772 0.012 0.204
#> SRR1608713 1 0.7745 0.2445 0.492 0.004 0.100 0.216 0.188
#> SRR1608714 1 0.7745 0.2445 0.492 0.004 0.100 0.216 0.188
#> SRR1608715 1 0.7745 0.2445 0.492 0.004 0.100 0.216 0.188
#> SRR1608716 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608717 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608718 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608719 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608724 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608725 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608726 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608727 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608720 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608721 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608722 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608723 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608728 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608729 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608730 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608731 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608732 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608733 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608734 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608735 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608736 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608737 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608738 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608739 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608740 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608741 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608742 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608743 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608744 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608745 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608746 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608747 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608748 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608749 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608750 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608751 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608752 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608753 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608754 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608755 5 0.0162 0.8597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608764 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608757 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608758 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608759 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608760 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608761 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608762 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608763 3 0.4745 0.7191 0.048 0.000 0.724 0.012 0.216
#> SRR1608772 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 5 0.0000 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608777 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608778 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608779 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608780 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608782 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608783 3 0.3906 0.6727 0.000 0.112 0.804 0.000 0.084
#> SRR1608784 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608785 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608786 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608787 1 0.6113 0.1578 0.504 0.000 0.068 0.024 0.404
#> SRR1608788 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608789 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608790 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608791 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608792 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608793 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608794 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608795 1 0.4014 0.3290 0.728 0.000 0.016 0.256 0.000
#> SRR1608796 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608797 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608798 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608799 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608800 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608801 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608802 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608803 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608812 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608814 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608815 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608816 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608817 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608818 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608819 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608804 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608805 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608806 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608807 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608808 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608809 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608810 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608811 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608822 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608823 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608824 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608825 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608826 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608827 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608828 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608829 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608820 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608821 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608830 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608831 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608832 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608833 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608834 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608835 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608836 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608837 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608838 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608839 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608840 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608841 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608842 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608843 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608844 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608845 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608846 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608847 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608848 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608849 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608850 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608851 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608852 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608853 1 0.5048 -0.1265 0.492 0.000 0.000 0.032 0.476
#> SRR1608854 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608855 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608856 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608857 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608858 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608859 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608860 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608861 1 0.6309 -0.3170 0.452 0.000 0.028 0.444 0.076
#> SRR1608862 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608863 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608864 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608865 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608866 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608867 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608868 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608869 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608870 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608871 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608872 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608873 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608874 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608875 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608876 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608877 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608878 1 0.7542 -0.5030 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608880 1 0.7542 -0.5030 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608881 4 0.7542 0.4874 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608882 1 0.7542 -0.5030 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608883 4 0.7542 0.4874 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608884 4 0.7542 0.4874 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608885 1 0.7542 -0.5030 0.360 0.000 0.044 0.360 0.236
#> SRR1608886 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608887 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608888 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608889 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608890 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608891 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608892 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608893 4 0.7660 0.6946 0.276 0.000 0.076 0.448 0.200
#> SRR1608894 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608895 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608896 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608897 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608898 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608899 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608901 1 0.4088 0.0252 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1608902 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608903 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608904 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608905 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608906 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608907 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608908 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608909 4 0.7651 0.6940 0.280 0.000 0.076 0.448 0.196
#> SRR1608910 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608911 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608912 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608913 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608914 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608915 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608916 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608917 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608918 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608919 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608920 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608921 1 0.6398 -0.0990 0.460 0.000 0.008 0.132 0.400
#> SRR1608922 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
#> SRR1608923 5 0.4752 0.5352 0.256 0.000 0.016 0.028 0.700
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608491 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608492 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608493 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608494 4 0.2805 0.4839 0.184 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.2805 0.4839 0.184 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.2805 0.4839 0.184 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.2805 0.4839 0.184 0.000 0.004 0.812 0.000 0.000
#> SRR1608498 5 0.5946 0.0484 0.000 0.004 0.000 0.204 0.472 0.320
#> SRR1608499 5 0.5946 0.0484 0.000 0.004 0.000 0.204 0.472 0.320
#> SRR1608500 5 0.5946 0.0484 0.000 0.004 0.000 0.204 0.472 0.320
#> SRR1608501 5 0.5946 0.0484 0.000 0.004 0.000 0.204 0.472 0.320
#> SRR1608502 4 0.4541 0.4569 0.144 0.004 0.060 0.756 0.032 0.004
#> SRR1608503 4 0.4541 0.4569 0.144 0.004 0.060 0.756 0.032 0.004
#> SRR1608504 4 0.4541 0.4569 0.144 0.004 0.060 0.756 0.032 0.004
#> SRR1608505 4 0.4541 0.4569 0.144 0.004 0.060 0.756 0.032 0.004
#> SRR1608510 3 0.5662 0.2507 0.000 0.280 0.524 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608511 3 0.5662 0.2507 0.000 0.280 0.524 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608512 3 0.5662 0.2507 0.000 0.280 0.524 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608513 3 0.5662 0.2507 0.000 0.280 0.524 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608506 4 0.4277 0.3412 0.040 0.004 0.080 0.800 0.060 0.016
#> SRR1608507 4 0.4277 0.3412 0.040 0.004 0.080 0.800 0.060 0.016
#> SRR1608508 4 0.4277 0.3412 0.040 0.004 0.080 0.800 0.060 0.016
#> SRR1608509 4 0.4277 0.3412 0.040 0.004 0.080 0.800 0.060 0.016
#> SRR1608514 2 0.4893 0.7418 0.004 0.712 0.128 0.020 0.000 0.136
#> SRR1608515 2 0.4893 0.7418 0.004 0.712 0.128 0.020 0.000 0.136
#> SRR1608516 2 0.4893 0.7418 0.004 0.712 0.128 0.020 0.000 0.136
#> SRR1608517 2 0.4893 0.7418 0.004 0.712 0.128 0.020 0.000 0.136
#> SRR1608518 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608519 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608520 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608521 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608522 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608523 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608524 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608525 3 0.5789 0.1862 0.000 0.316 0.504 0.000 0.004 0.176
#> SRR1608526 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608527 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608528 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608529 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608530 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608531 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608532 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608533 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608534 4 0.7482 0.0527 0.024 0.324 0.160 0.424 0.040 0.028
#> SRR1608535 4 0.7482 0.0527 0.024 0.324 0.160 0.424 0.040 0.028
#> SRR1608536 4 0.7482 0.0527 0.024 0.324 0.160 0.424 0.040 0.028
#> SRR1608537 4 0.7482 0.0527 0.024 0.324 0.160 0.424 0.040 0.028
#> SRR1608538 2 0.5945 0.0381 0.000 0.392 0.392 0.000 0.000 0.216
#> SRR1608539 2 0.5945 0.0381 0.000 0.392 0.392 0.000 0.000 0.216
#> SRR1608540 3 0.5945 -0.0615 0.000 0.392 0.392 0.000 0.000 0.216
#> SRR1608541 2 0.5945 0.0381 0.000 0.392 0.392 0.000 0.000 0.216
#> SRR1608542 4 0.6347 0.2638 0.032 0.112 0.148 0.644 0.044 0.020
#> SRR1608543 4 0.6347 0.2638 0.032 0.112 0.148 0.644 0.044 0.020
#> SRR1608544 4 0.6347 0.2638 0.032 0.112 0.148 0.644 0.044 0.020
#> SRR1608545 4 0.6347 0.2638 0.032 0.112 0.148 0.644 0.044 0.020
#> SRR1608546 2 0.6422 0.1029 0.012 0.456 0.416 0.040 0.028 0.048
#> SRR1608547 2 0.6422 0.1029 0.012 0.456 0.416 0.040 0.028 0.048
#> SRR1608548 2 0.6422 0.1029 0.012 0.456 0.416 0.040 0.028 0.048
#> SRR1608549 2 0.6422 0.1029 0.012 0.456 0.416 0.040 0.028 0.048
#> SRR1608550 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608551 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608552 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608553 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608554 3 0.5640 0.2543 0.000 0.280 0.528 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608555 2 0.0717 0.7997 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608556 2 0.0717 0.7997 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608557 2 0.0717 0.7997 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608558 2 0.0717 0.7997 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608559 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608560 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608561 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608562 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608563 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608564 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608565 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608566 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608567 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608568 2 0.4379 0.7556 0.004 0.732 0.124 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608574 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608575 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608576 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608577 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608578 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608569 2 0.4180 0.7690 0.004 0.760 0.096 0.004 0.000 0.136
#> SRR1608570 2 0.4180 0.7690 0.004 0.760 0.096 0.004 0.000 0.136
#> SRR1608571 2 0.4180 0.7690 0.004 0.760 0.096 0.004 0.000 0.136
#> SRR1608572 2 0.4180 0.7690 0.004 0.760 0.096 0.004 0.000 0.136
#> SRR1608573 2 0.4180 0.7690 0.004 0.760 0.096 0.004 0.000 0.136
#> SRR1608584 2 0.0603 0.7988 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608585 2 0.0603 0.7988 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608586 2 0.0603 0.7988 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608587 2 0.0603 0.7988 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608588 2 0.0603 0.7988 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608579 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608580 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608581 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608582 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608583 2 0.0777 0.7965 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608589 2 0.6249 0.4988 0.000 0.580 0.204 0.000 0.096 0.120
#> SRR1608590 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608591 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608592 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608593 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608594 2 0.4404 0.7389 0.004 0.760 0.100 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608595 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608596 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608597 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608598 2 0.0632 0.7951 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608599 2 0.0603 0.7997 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608600 2 0.0603 0.7997 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608601 2 0.0603 0.7997 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608602 2 0.0603 0.7997 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608603 2 0.6596 0.4528 0.000 0.532 0.148 0.000 0.100 0.220
#> SRR1608604 2 0.6596 0.4528 0.000 0.532 0.148 0.000 0.100 0.220
#> SRR1608605 2 0.6596 0.4528 0.000 0.532 0.148 0.000 0.100 0.220
#> SRR1608606 2 0.6596 0.4528 0.000 0.532 0.148 0.000 0.100 0.220
#> SRR1608607 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608608 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608609 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608610 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608611 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608612 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608613 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608614 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608615 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608616 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608617 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608618 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608619 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608620 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608621 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608622 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608623 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608624 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608625 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608626 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608627 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608628 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608629 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608630 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608634 5 0.1124 0.7688 0.000 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1608635 5 0.1124 0.7688 0.000 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1608636 5 0.1124 0.7688 0.000 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1608637 5 0.1124 0.7688 0.000 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR1608631 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608632 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608633 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608642 5 0.1265 0.7607 0.000 0.000 0.008 0.044 0.948 0.000
#> SRR1608638 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608639 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608640 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608641 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608643 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608644 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608645 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608646 4 0.5610 0.3984 0.056 0.000 0.040 0.488 0.416 0.000
#> SRR1608647 4 0.5610 0.3984 0.056 0.000 0.040 0.488 0.416 0.000
#> SRR1608648 4 0.5610 0.3984 0.056 0.000 0.040 0.488 0.416 0.000
#> SRR1608657 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608658 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608659 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608660 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608661 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608662 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608663 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608664 5 0.0146 0.7997 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608649 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608650 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608651 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608652 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608653 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608654 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608655 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608656 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608665 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608681 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608682 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608683 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608684 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608685 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608686 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608687 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608688 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608673 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608674 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608675 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608676 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608677 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608678 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608679 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608680 6 0.3996 1.0000 0.004 0.004 0.000 0.388 0.000 0.604
#> SRR1608689 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608690 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608691 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608692 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608693 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608694 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608695 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608696 5 0.0260 0.7991 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608697 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.2762 0.4834 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608705 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608706 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608707 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608708 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608709 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608710 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608711 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608712 3 0.3974 0.6446 0.004 0.000 0.788 0.140 0.044 0.024
#> SRR1608713 4 0.4179 0.3376 0.044 0.004 0.072 0.808 0.056 0.016
#> SRR1608714 4 0.4179 0.3376 0.044 0.004 0.072 0.808 0.056 0.016
#> SRR1608715 4 0.4179 0.3376 0.044 0.004 0.072 0.808 0.056 0.016
#> SRR1608716 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608717 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608718 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608719 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608724 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608725 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608726 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608727 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608720 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608721 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608722 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608723 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608728 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608729 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608730 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608731 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608732 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608733 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608734 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608735 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608736 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608737 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608738 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608739 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608740 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608741 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608742 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608743 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608744 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608745 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608746 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608747 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608748 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608749 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608750 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608751 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608752 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608753 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608754 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608755 5 0.0363 0.7987 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608764 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608765 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608766 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608767 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608768 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608769 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608770 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608771 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608756 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608757 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608758 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608759 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608760 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608761 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608762 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608763 3 0.4529 0.6832 0.040 0.000 0.732 0.048 0.180 0.000
#> SRR1608772 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608773 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608774 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608775 5 0.0146 0.8001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608776 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608777 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608778 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608779 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608780 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608782 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608783 3 0.2433 0.6871 0.000 0.072 0.884 0.000 0.044 0.000
#> SRR1608784 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608785 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608786 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608787 4 0.5836 0.4179 0.064 0.000 0.052 0.492 0.392 0.000
#> SRR1608788 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608789 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608790 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608791 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608792 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608793 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608794 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608795 4 0.2948 0.4897 0.188 0.000 0.008 0.804 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608797 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608798 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608799 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608800 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608801 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608802 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608803 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608812 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608805 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608806 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608807 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608808 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608809 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608810 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608811 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608822 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608831 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608832 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608833 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608834 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608835 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608836 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608837 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608838 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608847 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608848 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608849 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608850 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608851 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608852 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608853 1 0.5996 0.1304 0.460 0.000 0.000 0.064 0.412 0.064
#> SRR1608854 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608855 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608856 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608857 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608858 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608859 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608860 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608861 1 0.1237 0.7315 0.956 0.000 0.020 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608862 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608863 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608864 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608865 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608866 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608867 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608868 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608869 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608870 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608880 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608881 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608882 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608883 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608884 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608885 1 0.4172 0.7042 0.788 0.000 0.032 0.084 0.092 0.004
#> SRR1608886 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608887 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608888 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608889 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608890 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608891 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608892 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608893 1 0.3896 0.6979 0.784 0.000 0.068 0.136 0.012 0.000
#> SRR1608894 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.2378 0.7082 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608903 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608904 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608905 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608906 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608907 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608908 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608909 1 0.3856 0.7003 0.788 0.000 0.068 0.132 0.012 0.000
#> SRR1608910 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608911 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608912 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608913 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608914 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608915 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608916 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608917 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608918 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608919 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608920 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608921 1 0.4946 0.4549 0.648 0.000 0.000 0.024 0.272 0.056
#> SRR1608922 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
#> SRR1608923 5 0.5754 0.2521 0.360 0.000 0.012 0.112 0.512 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.566 0.779 0.894 0.4788 0.507 0.507
#> 3 3 0.446 0.609 0.788 0.3412 0.701 0.477
#> 4 4 0.526 0.589 0.712 0.1261 0.834 0.566
#> 5 5 0.635 0.596 0.729 0.0679 0.951 0.821
#> 6 6 0.645 0.482 0.663 0.0408 0.928 0.712
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608491 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608492 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608493 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608494 1 0.3584 0.833 0.932 0.068
#> SRR1608495 1 0.3584 0.833 0.932 0.068
#> SRR1608496 1 0.3584 0.833 0.932 0.068
#> SRR1608497 1 0.3584 0.833 0.932 0.068
#> SRR1608498 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> SRR1608499 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> SRR1608500 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> SRR1608501 1 0.0672 0.850 0.992 0.008
#> SRR1608502 1 0.3733 0.831 0.928 0.072
#> SRR1608503 1 0.3733 0.831 0.928 0.072
#> SRR1608504 1 0.3733 0.831 0.928 0.072
#> SRR1608505 1 0.3733 0.831 0.928 0.072
#> SRR1608510 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608511 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608512 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608513 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608506 1 0.9491 0.528 0.632 0.368
#> SRR1608507 1 0.9491 0.528 0.632 0.368
#> SRR1608508 1 0.9491 0.528 0.632 0.368
#> SRR1608509 1 0.9491 0.528 0.632 0.368
#> SRR1608514 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608515 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608516 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608517 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608518 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608519 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608520 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608521 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608522 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608523 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608524 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608525 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608526 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608527 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608528 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608529 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608530 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608531 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608532 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608533 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608534 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608535 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608536 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608537 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608538 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608539 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608540 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608541 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608542 2 0.1184 0.909 0.016 0.984
#> SRR1608543 2 0.1184 0.909 0.016 0.984
#> SRR1608544 2 0.1184 0.909 0.016 0.984
#> SRR1608545 2 0.1184 0.909 0.016 0.984
#> SRR1608546 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608551 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608552 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608553 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608554 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608555 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608556 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608557 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608558 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608559 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1608560 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1608561 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1608562 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1608563 2 0.0672 0.910 0.008 0.992
#> SRR1608564 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608565 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608566 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608567 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608568 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608574 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608575 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608576 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608577 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608578 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608569 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608570 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608571 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608572 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608573 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608584 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608585 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608586 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608587 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608588 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608579 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608580 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608581 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608582 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608583 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608589 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> SRR1608590 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608591 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608592 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608593 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608594 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608595 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608596 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608597 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608598 2 0.0376 0.910 0.004 0.996
#> SRR1608599 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608600 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608601 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608602 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608603 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> SRR1608604 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> SRR1608605 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> SRR1608606 2 0.1184 0.902 0.016 0.984
#> SRR1608607 2 0.5519 0.834 0.128 0.872
#> SRR1608608 2 0.5519 0.834 0.128 0.872
#> SRR1608609 2 0.5519 0.834 0.128 0.872
#> SRR1608610 2 0.5519 0.834 0.128 0.872
#> SRR1608611 2 0.5519 0.834 0.128 0.872
#> SRR1608612 2 0.5519 0.834 0.128 0.872
#> SRR1608613 2 0.5842 0.821 0.140 0.860
#> SRR1608614 2 0.5842 0.821 0.140 0.860
#> SRR1608615 2 0.5842 0.821 0.140 0.860
#> SRR1608616 2 0.5842 0.821 0.140 0.860
#> SRR1608617 2 0.5842 0.821 0.140 0.860
#> SRR1608618 2 0.5842 0.821 0.140 0.860
#> SRR1608619 1 0.9944 0.296 0.544 0.456
#> SRR1608620 1 0.9944 0.296 0.544 0.456
#> SRR1608621 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608622 2 0.0376 0.911 0.004 0.996
#> SRR1608623 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608624 2 0.3733 0.885 0.072 0.928
#> SRR1608625 2 0.3733 0.885 0.072 0.928
#> SRR1608626 2 0.3733 0.885 0.072 0.928
#> SRR1608627 2 0.3733 0.885 0.072 0.928
#> SRR1608628 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608629 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608630 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608634 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608635 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608636 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608637 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608631 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608632 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608633 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608642 1 0.8763 0.625 0.704 0.296
#> SRR1608638 2 0.8499 0.624 0.276 0.724
#> SRR1608639 2 0.8499 0.624 0.276 0.724
#> SRR1608640 2 0.8499 0.624 0.276 0.724
#> SRR1608641 2 0.8499 0.624 0.276 0.724
#> SRR1608643 2 0.8443 0.617 0.272 0.728
#> SRR1608644 2 0.8443 0.617 0.272 0.728
#> SRR1608645 2 0.8443 0.617 0.272 0.728
#> SRR1608646 1 0.7453 0.735 0.788 0.212
#> SRR1608647 1 0.7453 0.735 0.788 0.212
#> SRR1608648 1 0.7453 0.735 0.788 0.212
#> SRR1608657 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608658 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608659 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608660 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608661 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608662 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608663 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608664 1 0.9170 0.573 0.668 0.332
#> SRR1608649 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608650 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608651 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608652 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608653 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608654 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608655 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608656 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608665 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608666 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608667 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608668 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608669 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608670 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608671 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608672 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608681 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608682 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608683 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608684 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608685 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608686 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608687 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608688 1 0.6973 0.750 0.812 0.188
#> SRR1608673 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608674 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608675 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608676 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608677 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608678 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608679 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608680 1 0.9988 0.286 0.520 0.480
#> SRR1608689 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608690 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608691 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608692 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608693 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608694 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608695 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608696 1 0.9460 0.516 0.636 0.364
#> SRR1608697 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608698 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608699 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608700 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608701 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608702 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608703 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608704 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608705 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608706 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608707 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608708 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608709 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608710 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608711 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608712 2 0.3114 0.894 0.056 0.944
#> SRR1608713 1 0.6973 0.755 0.812 0.188
#> SRR1608714 1 0.6973 0.755 0.812 0.188
#> SRR1608715 1 0.6973 0.755 0.812 0.188
#> SRR1608716 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.910 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.1633 0.853 0.976 0.024
#> SRR1608725 1 0.1633 0.853 0.976 0.024
#> SRR1608726 1 0.1633 0.853 0.976 0.024
#> SRR1608727 1 0.1633 0.853 0.976 0.024
#> SRR1608720 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608721 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608722 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608723 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR1608728 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608729 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608730 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608731 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608732 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608733 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608734 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608735 1 0.9922 0.320 0.552 0.448
#> SRR1608736 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608737 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608738 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608739 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608740 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608741 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608742 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608743 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608744 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608745 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608746 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608747 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608748 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608749 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608750 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608751 1 0.7528 0.733 0.784 0.216
#> SRR1608752 1 0.9963 0.272 0.536 0.464
#> SRR1608753 1 0.9963 0.272 0.536 0.464
#> SRR1608754 1 0.9963 0.272 0.536 0.464
#> SRR1608755 1 0.9963 0.272 0.536 0.464
#> SRR1608764 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608765 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608766 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608767 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608768 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608769 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608770 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608771 1 0.9896 0.342 0.560 0.440
#> SRR1608756 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608757 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608758 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608759 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608760 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608761 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608762 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608763 2 0.8555 0.600 0.280 0.720
#> SRR1608772 1 0.9944 0.298 0.544 0.456
#> SRR1608773 1 0.9944 0.298 0.544 0.456
#> SRR1608774 1 0.9944 0.298 0.544 0.456
#> SRR1608775 1 0.9944 0.298 0.544 0.456
#> SRR1608776 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608777 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608778 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608779 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608780 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608782 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608783 2 0.3274 0.894 0.060 0.940
#> SRR1608784 1 0.7883 0.713 0.764 0.236
#> SRR1608785 1 0.7883 0.713 0.764 0.236
#> SRR1608786 1 0.7883 0.713 0.764 0.236
#> SRR1608787 1 0.7883 0.713 0.764 0.236
#> SRR1608788 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608789 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608790 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608791 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608792 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608793 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608794 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608795 1 0.1414 0.854 0.980 0.020
#> SRR1608796 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.850 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608814 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608815 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608816 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608817 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608818 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608819 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608804 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608805 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608806 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608807 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608808 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608809 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608810 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608811 2 1.0000 0.104 0.496 0.504
#> SRR1608822 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608823 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608824 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608825 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608826 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608827 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608828 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608829 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608820 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608821 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608830 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608831 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608832 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608833 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608834 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608835 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608836 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608837 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608838 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608839 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608840 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608841 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608842 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608843 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608844 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608845 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608846 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608847 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608848 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608849 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608850 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608851 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608852 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608853 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608854 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608855 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608856 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608857 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608858 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608859 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608860 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608861 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608862 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608863 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608864 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608865 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608866 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608867 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608868 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608869 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608870 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608871 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608872 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608873 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608874 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608875 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608876 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608877 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608878 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608880 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608881 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608882 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608883 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608884 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608885 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608886 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608887 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608888 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608889 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608890 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608891 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608892 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608893 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608894 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608895 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608896 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608897 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608898 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608899 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608901 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608902 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608903 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608904 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608905 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608906 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608907 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608908 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608909 1 0.1184 0.854 0.984 0.016
#> SRR1608910 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608911 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608912 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608913 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608914 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608915 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608916 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608917 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608918 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608919 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608920 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608921 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608922 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
#> SRR1608923 1 0.0376 0.849 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.6280 0.33476 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608495 1 0.6280 0.33476 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608496 1 0.6280 0.33476 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608497 1 0.6280 0.33476 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608498 1 0.6518 0.43484 0.512 0.004 0.484
#> SRR1608499 1 0.6518 0.43484 0.512 0.004 0.484
#> SRR1608500 1 0.6518 0.43484 0.512 0.004 0.484
#> SRR1608501 1 0.6518 0.43484 0.512 0.004 0.484
#> SRR1608502 1 0.6062 0.49846 0.616 0.000 0.384
#> SRR1608503 1 0.6062 0.49846 0.616 0.000 0.384
#> SRR1608504 1 0.6062 0.49846 0.616 0.000 0.384
#> SRR1608505 1 0.6062 0.49846 0.616 0.000 0.384
#> SRR1608510 2 0.0892 0.79545 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608511 2 0.0892 0.79545 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608512 2 0.0892 0.79545 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608513 2 0.0892 0.79545 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608506 3 0.8445 0.36417 0.304 0.116 0.580
#> SRR1608507 3 0.8445 0.36417 0.304 0.116 0.580
#> SRR1608508 3 0.8445 0.36417 0.304 0.116 0.580
#> SRR1608509 3 0.8445 0.36417 0.304 0.116 0.580
#> SRR1608514 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608523 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608524 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608525 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608526 2 0.1529 0.78468 0.000 0.960 0.040
#> SRR1608527 2 0.1529 0.78468 0.000 0.960 0.040
#> SRR1608528 2 0.1529 0.78468 0.000 0.960 0.040
#> SRR1608529 2 0.1529 0.78468 0.000 0.960 0.040
#> SRR1608530 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608535 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608536 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608537 2 0.0424 0.80058 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608538 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.5953 0.53884 0.012 0.708 0.280
#> SRR1608543 2 0.5953 0.53884 0.012 0.708 0.280
#> SRR1608544 2 0.5953 0.53884 0.012 0.708 0.280
#> SRR1608545 2 0.5953 0.53884 0.012 0.708 0.280
#> SRR1608546 2 0.0592 0.79894 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608547 2 0.0592 0.79894 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608548 2 0.0592 0.79894 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608549 2 0.0592 0.79894 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608550 2 0.3551 0.71611 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608551 2 0.3551 0.71611 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608552 2 0.3551 0.71611 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608553 2 0.3551 0.71611 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608554 2 0.3551 0.71611 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608555 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.2165 0.74290 0.000 0.936 0.064
#> SRR1608590 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.80292 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0892 0.78808 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608604 2 0.0892 0.78808 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608605 2 0.0892 0.78808 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608606 2 0.0892 0.78808 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608607 3 0.8635 0.39092 0.112 0.356 0.532
#> SRR1608608 3 0.8635 0.39092 0.112 0.356 0.532
#> SRR1608609 3 0.8635 0.39092 0.112 0.356 0.532
#> SRR1608610 3 0.8635 0.39092 0.112 0.356 0.532
#> SRR1608611 3 0.8635 0.39092 0.112 0.356 0.532
#> SRR1608612 3 0.8635 0.39092 0.112 0.356 0.532
#> SRR1608613 3 0.8547 0.37597 0.104 0.364 0.532
#> SRR1608614 3 0.8547 0.37597 0.104 0.364 0.532
#> SRR1608615 3 0.8547 0.37597 0.104 0.364 0.532
#> SRR1608616 3 0.8547 0.37597 0.104 0.364 0.532
#> SRR1608617 3 0.8547 0.37597 0.104 0.364 0.532
#> SRR1608618 3 0.8547 0.37597 0.104 0.364 0.532
#> SRR1608619 3 0.5582 0.71318 0.100 0.088 0.812
#> SRR1608620 3 0.5582 0.71318 0.100 0.088 0.812
#> SRR1608621 2 0.6520 0.04727 0.004 0.508 0.488
#> SRR1608622 2 0.6520 0.04727 0.004 0.508 0.488
#> SRR1608623 3 0.6407 0.60266 0.272 0.028 0.700
#> SRR1608624 3 0.7534 0.22111 0.040 0.428 0.532
#> SRR1608625 3 0.7534 0.22111 0.040 0.428 0.532
#> SRR1608626 3 0.7534 0.22111 0.040 0.428 0.532
#> SRR1608627 3 0.7534 0.22111 0.040 0.428 0.532
#> SRR1608628 2 0.6682 0.03028 0.008 0.504 0.488
#> SRR1608629 2 0.6682 0.03028 0.008 0.504 0.488
#> SRR1608630 2 0.6682 0.03028 0.008 0.504 0.488
#> SRR1608634 3 0.4874 0.65570 0.144 0.028 0.828
#> SRR1608635 3 0.4874 0.65570 0.144 0.028 0.828
#> SRR1608636 3 0.4874 0.65570 0.144 0.028 0.828
#> SRR1608637 3 0.4874 0.65570 0.144 0.028 0.828
#> SRR1608631 3 0.8573 0.52062 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608632 3 0.8573 0.52062 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608633 3 0.8573 0.52062 0.136 0.280 0.584
#> SRR1608642 3 0.4563 0.68727 0.112 0.036 0.852
#> SRR1608638 3 0.5585 0.71390 0.096 0.092 0.812
#> SRR1608639 3 0.5585 0.71390 0.096 0.092 0.812
#> SRR1608640 3 0.5585 0.71390 0.096 0.092 0.812
#> SRR1608641 3 0.5585 0.71390 0.096 0.092 0.812
#> SRR1608643 3 0.8138 0.59131 0.132 0.232 0.636
#> SRR1608644 3 0.8138 0.59131 0.132 0.232 0.636
#> SRR1608645 3 0.8138 0.59131 0.132 0.232 0.636
#> SRR1608646 3 0.6148 0.63178 0.244 0.028 0.728
#> SRR1608647 3 0.6148 0.63178 0.244 0.028 0.728
#> SRR1608648 3 0.6148 0.63178 0.244 0.028 0.728
#> SRR1608657 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608658 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608659 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608660 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608661 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608662 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608663 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608664 3 0.4708 0.65627 0.120 0.036 0.844
#> SRR1608649 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608650 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608651 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608652 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608653 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608654 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608655 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608656 2 0.7004 0.21664 0.020 0.552 0.428
#> SRR1608665 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608666 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608667 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608668 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608669 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608670 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608671 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608672 1 0.5560 0.61363 0.700 0.000 0.300
#> SRR1608681 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608682 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608683 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608684 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608685 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608686 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608687 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608688 3 0.4840 0.61002 0.168 0.016 0.816
#> SRR1608673 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608674 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608675 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608676 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608677 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608678 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608679 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608680 2 0.9743 0.01487 0.276 0.448 0.276
#> SRR1608689 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608690 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608691 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608692 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608693 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608694 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608695 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608696 3 0.4249 0.66975 0.108 0.028 0.864
#> SRR1608697 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608698 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608699 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608700 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608701 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608702 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608703 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608704 1 0.5363 0.63590 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608705 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608706 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608707 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608708 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608709 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608710 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608711 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608712 2 0.7013 0.20613 0.020 0.548 0.432
#> SRR1608713 3 0.6704 0.24005 0.376 0.016 0.608
#> SRR1608714 3 0.6704 0.24005 0.376 0.016 0.608
#> SRR1608715 3 0.6704 0.24005 0.376 0.016 0.608
#> SRR1608716 2 0.6252 0.19862 0.000 0.556 0.444
#> SRR1608717 2 0.6252 0.19862 0.000 0.556 0.444
#> SRR1608718 2 0.6252 0.19862 0.000 0.556 0.444
#> SRR1608719 2 0.6252 0.19862 0.000 0.556 0.444
#> SRR1608724 1 0.6291 -0.00133 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608725 1 0.6291 -0.00133 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608726 1 0.6291 -0.00133 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608727 1 0.6291 -0.00133 0.532 0.000 0.468
#> SRR1608720 3 0.8517 0.51094 0.128 0.288 0.584
#> SRR1608721 3 0.8517 0.51094 0.128 0.288 0.584
#> SRR1608722 3 0.8517 0.51094 0.128 0.288 0.584
#> SRR1608723 3 0.8517 0.51094 0.128 0.288 0.584
#> SRR1608728 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608729 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608730 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608731 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608732 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608733 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608734 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608735 3 0.5423 0.71432 0.096 0.084 0.820
#> SRR1608736 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608737 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608738 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608739 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608740 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608741 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608742 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608743 3 0.7549 0.19623 0.040 0.436 0.524
#> SRR1608744 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608745 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608746 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608747 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608748 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608749 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608750 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608751 3 0.6522 0.59989 0.272 0.032 0.696
#> SRR1608752 3 0.5505 0.71354 0.096 0.088 0.816
#> SRR1608753 3 0.5505 0.71354 0.096 0.088 0.816
#> SRR1608754 3 0.5505 0.71354 0.096 0.088 0.816
#> SRR1608755 3 0.5505 0.71354 0.096 0.088 0.816
#> SRR1608764 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608765 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608766 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608767 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608768 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608769 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608770 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608771 3 0.5710 0.70578 0.116 0.080 0.804
#> SRR1608756 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608757 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608758 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608759 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608760 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608761 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608762 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608763 3 0.8505 0.55757 0.144 0.256 0.600
#> SRR1608772 3 0.5650 0.70711 0.108 0.084 0.808
#> SRR1608773 3 0.5650 0.70711 0.108 0.084 0.808
#> SRR1608774 3 0.5650 0.70711 0.108 0.084 0.808
#> SRR1608775 3 0.5650 0.70711 0.108 0.084 0.808
#> SRR1608776 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608777 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608778 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608779 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608780 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608782 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608783 2 0.7075 0.01051 0.020 0.496 0.484
#> SRR1608784 3 0.6183 0.63845 0.236 0.032 0.732
#> SRR1608785 3 0.6183 0.63845 0.236 0.032 0.732
#> SRR1608786 3 0.6183 0.63845 0.236 0.032 0.732
#> SRR1608787 3 0.6183 0.63845 0.236 0.032 0.732
#> SRR1608788 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608789 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608790 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608791 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608792 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608793 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608794 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608795 1 0.3644 0.73818 0.872 0.004 0.124
#> SRR1608796 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608797 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608798 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608799 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608800 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608801 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608802 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608803 1 0.1964 0.77971 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608812 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608814 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608815 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608816 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608817 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608818 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608819 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608804 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608805 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608806 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608807 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608808 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608809 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608810 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608811 1 0.8556 0.39176 0.604 0.232 0.164
#> SRR1608822 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608823 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608824 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608825 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608826 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608827 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608828 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608829 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608820 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608821 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608830 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608831 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608832 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608833 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608834 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608835 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608836 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608837 1 0.6451 0.47222 0.560 0.004 0.436
#> SRR1608838 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608839 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608840 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608841 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608842 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608843 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608844 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608845 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608846 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608847 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608848 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608849 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608850 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608851 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608852 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608853 1 0.5178 0.68649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608854 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608855 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608856 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608857 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608858 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608859 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608860 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608861 1 0.1129 0.78392 0.976 0.004 0.020
#> SRR1608862 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608863 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608864 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608865 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608866 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608867 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608868 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608869 1 0.3983 0.73711 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608870 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608871 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608872 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608873 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608874 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608875 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608876 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608877 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608878 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608880 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608881 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608882 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608883 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608884 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608885 1 0.4346 0.74029 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608886 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608887 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608888 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608889 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608890 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608891 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608892 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608893 1 0.3851 0.74293 0.860 0.004 0.136
#> SRR1608894 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608895 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608896 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608897 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608898 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608899 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608901 1 0.0475 0.78630 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608902 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608903 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608904 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608905 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608906 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608907 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608908 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608909 1 0.1399 0.78200 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608910 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608911 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608912 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608913 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608914 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608915 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608916 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608917 1 0.6282 0.56643 0.612 0.004 0.384
#> SRR1608918 1 0.6264 0.57090 0.616 0.004 0.380
#> SRR1608919 1 0.6264 0.57090 0.616 0.004 0.380
#> SRR1608920 1 0.2261 0.77688 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608921 1 0.2261 0.77688 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608922 1 0.6228 0.57806 0.624 0.004 0.372
#> SRR1608923 1 0.6228 0.57806 0.624 0.004 0.372
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.1913 0.925 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608491 2 0.1913 0.925 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608492 2 0.1913 0.925 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608493 2 0.1913 0.925 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608494 4 0.6790 0.564 0.296 0.000 0.128 0.576
#> SRR1608495 4 0.6790 0.564 0.296 0.000 0.128 0.576
#> SRR1608496 4 0.6790 0.564 0.296 0.000 0.128 0.576
#> SRR1608497 4 0.6790 0.564 0.296 0.000 0.128 0.576
#> SRR1608498 4 0.6654 0.456 0.224 0.004 0.140 0.632
#> SRR1608499 4 0.6654 0.456 0.224 0.004 0.140 0.632
#> SRR1608500 4 0.6654 0.456 0.224 0.004 0.140 0.632
#> SRR1608501 4 0.6654 0.456 0.224 0.004 0.140 0.632
#> SRR1608502 4 0.6596 0.516 0.336 0.004 0.084 0.576
#> SRR1608503 4 0.6596 0.516 0.336 0.004 0.084 0.576
#> SRR1608504 4 0.6596 0.516 0.336 0.004 0.084 0.576
#> SRR1608505 4 0.6596 0.516 0.336 0.004 0.084 0.576
#> SRR1608510 2 0.2844 0.891 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1608511 2 0.2844 0.891 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1608512 2 0.2844 0.891 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1608513 2 0.2844 0.891 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1608506 4 0.7474 0.553 0.148 0.068 0.148 0.636
#> SRR1608507 4 0.7474 0.553 0.148 0.068 0.148 0.636
#> SRR1608508 4 0.7474 0.553 0.148 0.068 0.148 0.636
#> SRR1608509 4 0.7474 0.553 0.148 0.068 0.148 0.636
#> SRR1608514 2 0.1182 0.927 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1608515 2 0.1182 0.927 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1608516 2 0.1182 0.927 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1608517 2 0.1182 0.927 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR1608518 2 0.1488 0.922 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608519 2 0.1488 0.922 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608520 2 0.1488 0.922 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608521 2 0.1488 0.922 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR1608522 2 0.2385 0.905 0.000 0.920 0.028 0.052
#> SRR1608523 2 0.2385 0.905 0.000 0.920 0.028 0.052
#> SRR1608524 2 0.2385 0.905 0.000 0.920 0.028 0.052
#> SRR1608525 2 0.2385 0.905 0.000 0.920 0.028 0.052
#> SRR1608526 2 0.3840 0.836 0.000 0.844 0.104 0.052
#> SRR1608527 2 0.3840 0.836 0.000 0.844 0.104 0.052
#> SRR1608528 2 0.3840 0.836 0.000 0.844 0.104 0.052
#> SRR1608529 2 0.3840 0.836 0.000 0.844 0.104 0.052
#> SRR1608530 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608531 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608532 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608533 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608534 2 0.2224 0.918 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1608535 2 0.2224 0.918 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1608536 2 0.2224 0.918 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1608537 2 0.2224 0.918 0.000 0.928 0.032 0.040
#> SRR1608538 2 0.0707 0.928 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608539 2 0.0707 0.928 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608540 2 0.0707 0.928 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608541 2 0.0707 0.928 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608542 2 0.8207 0.156 0.028 0.480 0.280 0.212
#> SRR1608543 2 0.8207 0.156 0.028 0.480 0.280 0.212
#> SRR1608544 2 0.8207 0.156 0.028 0.480 0.280 0.212
#> SRR1608545 2 0.8207 0.156 0.028 0.480 0.280 0.212
#> SRR1608546 2 0.2399 0.904 0.000 0.920 0.032 0.048
#> SRR1608547 2 0.2399 0.904 0.000 0.920 0.032 0.048
#> SRR1608548 2 0.2399 0.904 0.000 0.920 0.032 0.048
#> SRR1608549 2 0.2399 0.904 0.000 0.920 0.032 0.048
#> SRR1608550 2 0.5528 0.619 0.000 0.700 0.236 0.064
#> SRR1608551 2 0.5528 0.619 0.000 0.700 0.236 0.064
#> SRR1608552 2 0.5528 0.619 0.000 0.700 0.236 0.064
#> SRR1608553 2 0.5528 0.619 0.000 0.700 0.236 0.064
#> SRR1608554 2 0.5528 0.619 0.000 0.700 0.236 0.064
#> SRR1608555 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608556 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608557 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608558 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608559 2 0.1209 0.925 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1608560 2 0.1209 0.925 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1608561 2 0.1209 0.925 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1608562 2 0.1209 0.925 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1608563 2 0.1209 0.925 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1608564 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608565 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608566 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608567 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608568 2 0.0469 0.929 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608574 2 0.1109 0.925 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608575 2 0.1109 0.925 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608576 2 0.1109 0.925 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608577 2 0.1109 0.925 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608578 2 0.1109 0.925 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608569 2 0.0336 0.929 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608570 2 0.0336 0.929 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608571 2 0.0336 0.929 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608572 2 0.0336 0.929 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608573 2 0.0336 0.929 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608584 2 0.1151 0.927 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608585 2 0.1151 0.927 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608586 2 0.1151 0.927 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608587 2 0.1151 0.927 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608588 2 0.1151 0.927 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608579 2 0.0921 0.927 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608580 2 0.0921 0.927 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608581 2 0.0921 0.927 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608582 2 0.0921 0.927 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608583 2 0.0921 0.927 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608589 2 0.1975 0.889 0.000 0.936 0.048 0.016
#> SRR1608590 2 0.1406 0.928 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608591 2 0.1406 0.928 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608592 2 0.1406 0.928 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608593 2 0.1406 0.928 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608594 2 0.1406 0.928 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608595 2 0.1109 0.926 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608596 2 0.1109 0.926 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608597 2 0.1109 0.926 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608598 2 0.1109 0.926 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1608599 2 0.0524 0.929 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608600 2 0.0524 0.929 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608601 2 0.0524 0.929 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608602 2 0.0524 0.929 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608603 2 0.1913 0.910 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608604 2 0.1913 0.910 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608605 2 0.1913 0.910 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608606 2 0.1913 0.910 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1608607 3 0.5303 0.651 0.084 0.136 0.768 0.012
#> SRR1608608 3 0.5303 0.651 0.084 0.136 0.768 0.012
#> SRR1608609 3 0.5303 0.651 0.084 0.136 0.768 0.012
#> SRR1608610 3 0.5303 0.651 0.084 0.136 0.768 0.012
#> SRR1608611 3 0.5303 0.651 0.084 0.136 0.768 0.012
#> SRR1608612 3 0.5303 0.651 0.084 0.136 0.768 0.012
#> SRR1608613 3 0.5369 0.650 0.084 0.132 0.768 0.016
#> SRR1608614 3 0.5369 0.650 0.084 0.132 0.768 0.016
#> SRR1608615 3 0.5369 0.650 0.084 0.132 0.768 0.016
#> SRR1608616 3 0.5369 0.650 0.084 0.132 0.768 0.016
#> SRR1608617 3 0.5369 0.650 0.084 0.132 0.768 0.016
#> SRR1608618 3 0.5369 0.650 0.084 0.132 0.768 0.016
#> SRR1608619 3 0.5716 0.295 0.016 0.020 0.644 0.320
#> SRR1608620 3 0.5716 0.295 0.016 0.020 0.644 0.320
#> SRR1608621 3 0.5410 0.632 0.016 0.220 0.728 0.036
#> SRR1608622 3 0.5410 0.632 0.016 0.220 0.728 0.036
#> SRR1608623 3 0.6792 0.374 0.152 0.008 0.632 0.208
#> SRR1608624 3 0.4549 0.651 0.036 0.188 0.776 0.000
#> SRR1608625 3 0.4549 0.651 0.036 0.188 0.776 0.000
#> SRR1608626 3 0.4549 0.651 0.036 0.188 0.776 0.000
#> SRR1608627 3 0.4549 0.651 0.036 0.188 0.776 0.000
#> SRR1608628 3 0.5279 0.615 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR1608629 3 0.5279 0.615 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR1608630 3 0.5279 0.615 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR1608634 3 0.6073 -0.125 0.028 0.008 0.496 0.468
#> SRR1608635 3 0.6073 -0.125 0.028 0.008 0.496 0.468
#> SRR1608636 3 0.6073 -0.125 0.028 0.008 0.496 0.468
#> SRR1608637 3 0.6073 -0.125 0.028 0.008 0.496 0.468
#> SRR1608631 3 0.5104 0.648 0.088 0.116 0.784 0.012
#> SRR1608632 3 0.5104 0.648 0.088 0.116 0.784 0.012
#> SRR1608633 3 0.5104 0.648 0.088 0.116 0.784 0.012
#> SRR1608642 3 0.5616 0.236 0.020 0.008 0.624 0.348
#> SRR1608638 3 0.5696 0.296 0.016 0.020 0.648 0.316
#> SRR1608639 3 0.5696 0.296 0.016 0.020 0.648 0.316
#> SRR1608640 3 0.5696 0.296 0.016 0.020 0.648 0.316
#> SRR1608641 3 0.5696 0.296 0.016 0.020 0.648 0.316
#> SRR1608643 3 0.5227 0.646 0.092 0.112 0.780 0.016
#> SRR1608644 3 0.5227 0.646 0.092 0.112 0.780 0.016
#> SRR1608645 3 0.5227 0.646 0.092 0.112 0.780 0.016
#> SRR1608646 3 0.6607 0.402 0.144 0.008 0.652 0.196
#> SRR1608647 3 0.6607 0.402 0.144 0.008 0.652 0.196
#> SRR1608648 3 0.6607 0.402 0.144 0.008 0.652 0.196
#> SRR1608657 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608658 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608659 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608660 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608661 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608662 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608663 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608664 4 0.5966 0.380 0.032 0.008 0.368 0.592
#> SRR1608649 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608650 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608651 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608652 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608653 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608654 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608655 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608656 3 0.7827 0.355 0.028 0.352 0.488 0.132
#> SRR1608665 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608666 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608667 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608668 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608669 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608670 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608671 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608672 4 0.6114 0.384 0.428 0.000 0.048 0.524
#> SRR1608681 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608682 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608683 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608684 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608685 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608686 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608687 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608688 4 0.5961 0.462 0.052 0.004 0.308 0.636
#> SRR1608673 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608674 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608675 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608676 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608677 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608678 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608679 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608680 4 0.8703 0.380 0.144 0.328 0.080 0.448
#> SRR1608689 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608690 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608691 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608692 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608693 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608694 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608695 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608696 4 0.5841 0.349 0.024 0.008 0.384 0.584
#> SRR1608697 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608698 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608699 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608700 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608701 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608702 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608703 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608704 4 0.5850 0.322 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1608705 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608706 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608707 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608708 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608709 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608710 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608711 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608712 3 0.7677 0.365 0.028 0.356 0.500 0.116
#> SRR1608713 4 0.6678 0.591 0.196 0.004 0.164 0.636
#> SRR1608714 4 0.6678 0.591 0.196 0.004 0.164 0.636
#> SRR1608715 4 0.6678 0.591 0.196 0.004 0.164 0.636
#> SRR1608716 3 0.5857 0.527 0.000 0.308 0.636 0.056
#> SRR1608717 3 0.5857 0.527 0.000 0.308 0.636 0.056
#> SRR1608718 3 0.5857 0.527 0.000 0.308 0.636 0.056
#> SRR1608719 3 0.5857 0.527 0.000 0.308 0.636 0.056
#> SRR1608724 1 0.7910 -0.422 0.352 0.000 0.304 0.344
#> SRR1608725 1 0.7910 -0.422 0.352 0.000 0.304 0.344
#> SRR1608726 1 0.7910 -0.422 0.352 0.000 0.304 0.344
#> SRR1608727 1 0.7910 -0.422 0.352 0.000 0.304 0.344
#> SRR1608720 3 0.5095 0.650 0.084 0.120 0.784 0.012
#> SRR1608721 3 0.5095 0.650 0.084 0.120 0.784 0.012
#> SRR1608722 3 0.5095 0.650 0.084 0.120 0.784 0.012
#> SRR1608723 3 0.5095 0.650 0.084 0.120 0.784 0.012
#> SRR1608728 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608729 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608730 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608731 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608732 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608733 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608734 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608735 3 0.5542 0.327 0.012 0.020 0.660 0.308
#> SRR1608736 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608737 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608738 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608739 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608740 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608741 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608742 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608743 3 0.5166 0.650 0.044 0.188 0.756 0.012
#> SRR1608744 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608745 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608746 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608747 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608748 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608749 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608750 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608751 3 0.6035 0.476 0.176 0.008 0.704 0.112
#> SRR1608752 3 0.5774 0.291 0.016 0.020 0.632 0.332
#> SRR1608753 3 0.5774 0.291 0.016 0.020 0.632 0.332
#> SRR1608754 3 0.5774 0.291 0.016 0.020 0.632 0.332
#> SRR1608755 3 0.5774 0.291 0.016 0.020 0.632 0.332
#> SRR1608764 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608765 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608766 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608767 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608768 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608769 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608770 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608771 3 0.5774 0.261 0.020 0.016 0.632 0.332
#> SRR1608756 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608757 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608758 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608759 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608760 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608761 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608762 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608763 3 0.5443 0.642 0.096 0.108 0.772 0.024
#> SRR1608772 3 0.5844 0.240 0.020 0.016 0.616 0.348
#> SRR1608773 3 0.5844 0.240 0.020 0.016 0.616 0.348
#> SRR1608774 3 0.5844 0.240 0.020 0.016 0.616 0.348
#> SRR1608775 3 0.5844 0.240 0.020 0.016 0.616 0.348
#> SRR1608776 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608777 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608778 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608779 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608780 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608782 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608783 3 0.5460 0.634 0.024 0.212 0.732 0.032
#> SRR1608784 3 0.6587 0.401 0.136 0.008 0.652 0.204
#> SRR1608785 3 0.6587 0.401 0.136 0.008 0.652 0.204
#> SRR1608786 3 0.6587 0.401 0.136 0.008 0.652 0.204
#> SRR1608787 3 0.6587 0.401 0.136 0.008 0.652 0.204
#> SRR1608788 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608789 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608790 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608791 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608792 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608793 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608794 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608795 1 0.5247 0.327 0.684 0.000 0.032 0.284
#> SRR1608796 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608797 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608798 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608799 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608800 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608801 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608802 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608803 1 0.2773 0.713 0.900 0.000 0.028 0.072
#> SRR1608812 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608814 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608815 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608816 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608817 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608818 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608819 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608804 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608805 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608806 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608807 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608808 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608809 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608810 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608811 1 0.7476 0.496 0.640 0.108 0.164 0.088
#> SRR1608822 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608823 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608824 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608825 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608826 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608827 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608828 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608829 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608820 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608821 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608830 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608831 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608832 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608833 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608834 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608835 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608836 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608837 1 0.7383 0.298 0.448 0.000 0.164 0.388
#> SRR1608838 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608839 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608840 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608841 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608842 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608843 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608844 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608845 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608846 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608847 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608848 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608849 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608850 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608851 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608852 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608853 1 0.6495 0.451 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608854 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608855 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608856 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608857 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608858 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608859 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608860 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608861 1 0.1356 0.728 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1608862 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608863 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608864 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608865 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608866 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608867 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608868 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608869 1 0.3919 0.707 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1608870 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608871 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608872 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608873 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608874 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608875 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608876 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608877 1 0.1767 0.717 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1608878 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608880 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608881 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608882 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608883 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608884 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608885 1 0.5141 0.666 0.756 0.000 0.084 0.160
#> SRR1608886 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608887 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608888 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608889 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608890 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608891 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608892 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608893 1 0.4094 0.701 0.828 0.000 0.056 0.116
#> SRR1608894 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608895 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608896 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608897 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608898 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608899 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608901 1 0.1677 0.718 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1608902 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608903 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608904 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608905 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608906 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608907 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608908 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608909 1 0.2300 0.725 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1608910 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608911 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608912 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608913 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608914 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608915 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608916 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608917 1 0.7201 0.384 0.496 0.000 0.148 0.356
#> SRR1608918 1 0.7181 0.403 0.512 0.000 0.152 0.336
#> SRR1608919 1 0.7181 0.403 0.512 0.000 0.152 0.336
#> SRR1608920 1 0.3521 0.698 0.864 0.000 0.052 0.084
#> SRR1608921 1 0.3521 0.698 0.864 0.000 0.052 0.084
#> SRR1608922 1 0.7169 0.408 0.516 0.000 0.152 0.332
#> SRR1608923 1 0.7169 0.408 0.516 0.000 0.152 0.332
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.2354 0.9003 0.000 0.904 0.008 0.012 0.076
#> SRR1608491 2 0.2354 0.9003 0.000 0.904 0.008 0.012 0.076
#> SRR1608492 2 0.2354 0.9003 0.000 0.904 0.008 0.012 0.076
#> SRR1608493 2 0.2354 0.9003 0.000 0.904 0.008 0.012 0.076
#> SRR1608494 4 0.4252 0.6271 0.144 0.000 0.064 0.784 0.008
#> SRR1608495 4 0.4252 0.6271 0.144 0.000 0.064 0.784 0.008
#> SRR1608496 4 0.4252 0.6271 0.144 0.000 0.064 0.784 0.008
#> SRR1608497 4 0.4252 0.6271 0.144 0.000 0.064 0.784 0.008
#> SRR1608498 4 0.6184 0.3320 0.088 0.004 0.020 0.576 0.312
#> SRR1608499 4 0.6184 0.3320 0.088 0.004 0.020 0.576 0.312
#> SRR1608500 4 0.6184 0.3320 0.088 0.004 0.020 0.576 0.312
#> SRR1608501 4 0.6184 0.3320 0.088 0.004 0.020 0.576 0.312
#> SRR1608502 4 0.4607 0.6131 0.184 0.000 0.044 0.752 0.020
#> SRR1608503 4 0.4607 0.6131 0.184 0.000 0.044 0.752 0.020
#> SRR1608504 4 0.4607 0.6131 0.184 0.000 0.044 0.752 0.020
#> SRR1608505 4 0.4607 0.6131 0.184 0.000 0.044 0.752 0.020
#> SRR1608510 2 0.4604 0.8179 0.000 0.776 0.076 0.024 0.124
#> SRR1608511 2 0.4604 0.8179 0.000 0.776 0.076 0.024 0.124
#> SRR1608512 2 0.4604 0.8179 0.000 0.776 0.076 0.024 0.124
#> SRR1608513 2 0.4604 0.8179 0.000 0.776 0.076 0.024 0.124
#> SRR1608506 4 0.6052 0.5943 0.060 0.032 0.084 0.712 0.112
#> SRR1608507 4 0.6052 0.5943 0.060 0.032 0.084 0.712 0.112
#> SRR1608508 4 0.6052 0.5943 0.060 0.032 0.084 0.712 0.112
#> SRR1608509 4 0.6052 0.5943 0.060 0.032 0.084 0.712 0.112
#> SRR1608514 2 0.1597 0.9080 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1608515 2 0.1597 0.9080 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1608516 2 0.1597 0.9080 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1608517 2 0.1597 0.9080 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1608518 2 0.3009 0.8807 0.000 0.876 0.028 0.016 0.080
#> SRR1608519 2 0.3009 0.8807 0.000 0.876 0.028 0.016 0.080
#> SRR1608520 2 0.3009 0.8807 0.000 0.876 0.028 0.016 0.080
#> SRR1608521 2 0.3009 0.8807 0.000 0.876 0.028 0.016 0.080
#> SRR1608522 2 0.4089 0.8430 0.000 0.808 0.044 0.024 0.124
#> SRR1608523 2 0.4089 0.8430 0.000 0.808 0.044 0.024 0.124
#> SRR1608524 2 0.4089 0.8430 0.000 0.808 0.044 0.024 0.124
#> SRR1608525 2 0.4089 0.8430 0.000 0.808 0.044 0.024 0.124
#> SRR1608526 2 0.5251 0.7621 0.000 0.720 0.128 0.020 0.132
#> SRR1608527 2 0.5251 0.7621 0.000 0.720 0.128 0.020 0.132
#> SRR1608528 2 0.5251 0.7621 0.000 0.720 0.128 0.020 0.132
#> SRR1608529 2 0.5251 0.7621 0.000 0.720 0.128 0.020 0.132
#> SRR1608530 2 0.0451 0.9114 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608531 2 0.0451 0.9114 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608532 2 0.0451 0.9114 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608533 2 0.0451 0.9114 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608534 2 0.2965 0.8892 0.000 0.876 0.012 0.028 0.084
#> SRR1608535 2 0.2965 0.8892 0.000 0.876 0.012 0.028 0.084
#> SRR1608536 2 0.2965 0.8892 0.000 0.876 0.012 0.028 0.084
#> SRR1608537 2 0.2965 0.8892 0.000 0.876 0.012 0.028 0.084
#> SRR1608538 2 0.1682 0.9070 0.000 0.940 0.004 0.012 0.044
#> SRR1608539 2 0.1682 0.9070 0.000 0.940 0.004 0.012 0.044
#> SRR1608540 2 0.1682 0.9070 0.000 0.940 0.004 0.012 0.044
#> SRR1608541 2 0.1682 0.9070 0.000 0.940 0.004 0.012 0.044
#> SRR1608542 4 0.7899 0.0494 0.000 0.312 0.292 0.328 0.068
#> SRR1608543 4 0.7899 0.0494 0.000 0.312 0.292 0.328 0.068
#> SRR1608544 4 0.7899 0.0494 0.000 0.312 0.292 0.328 0.068
#> SRR1608545 4 0.7899 0.0494 0.000 0.312 0.292 0.328 0.068
#> SRR1608546 2 0.4182 0.8386 0.000 0.804 0.052 0.024 0.120
#> SRR1608547 2 0.4182 0.8386 0.000 0.804 0.052 0.024 0.120
#> SRR1608548 2 0.4182 0.8386 0.000 0.804 0.052 0.024 0.120
#> SRR1608549 2 0.4182 0.8386 0.000 0.804 0.052 0.024 0.120
#> SRR1608550 2 0.6805 0.4370 0.000 0.532 0.292 0.040 0.136
#> SRR1608551 2 0.6805 0.4370 0.000 0.532 0.292 0.040 0.136
#> SRR1608552 2 0.6805 0.4370 0.000 0.532 0.292 0.040 0.136
#> SRR1608553 2 0.6805 0.4370 0.000 0.532 0.292 0.040 0.136
#> SRR1608554 2 0.6805 0.4370 0.000 0.532 0.292 0.040 0.136
#> SRR1608555 2 0.1124 0.9088 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608556 2 0.1124 0.9088 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608557 2 0.1124 0.9088 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608558 2 0.1124 0.9088 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608559 2 0.1331 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1608560 2 0.1331 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1608561 2 0.1331 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1608562 2 0.1331 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1608563 2 0.1331 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1608564 2 0.0693 0.9114 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608565 2 0.0693 0.9114 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608566 2 0.0693 0.9114 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608567 2 0.0693 0.9114 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608568 2 0.0693 0.9114 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608574 2 0.1251 0.9068 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1608575 2 0.1251 0.9068 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1608576 2 0.1251 0.9068 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1608577 2 0.1251 0.9068 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1608578 2 0.1251 0.9068 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1608569 2 0.0798 0.9111 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1608570 2 0.0798 0.9111 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1608571 2 0.0798 0.9111 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1608572 2 0.0798 0.9111 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1608573 2 0.0798 0.9111 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1608584 2 0.1357 0.9081 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608585 2 0.1357 0.9081 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608586 2 0.1357 0.9081 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608587 2 0.1357 0.9081 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608588 2 0.1357 0.9081 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1608579 2 0.1124 0.9078 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608580 2 0.1124 0.9078 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608581 2 0.1124 0.9078 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608582 2 0.1124 0.9078 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608583 2 0.1124 0.9078 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1608589 2 0.1695 0.8984 0.000 0.940 0.008 0.008 0.044
#> SRR1608590 2 0.1843 0.9076 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR1608591 2 0.1843 0.9076 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR1608592 2 0.1843 0.9076 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR1608593 2 0.1843 0.9076 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR1608594 2 0.1843 0.9076 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR1608595 2 0.1041 0.9078 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608596 2 0.1041 0.9078 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608597 2 0.1041 0.9078 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608598 2 0.1041 0.9078 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1608599 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608600 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608601 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608602 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608603 2 0.2633 0.8911 0.000 0.896 0.012 0.024 0.068
#> SRR1608604 2 0.2633 0.8911 0.000 0.896 0.012 0.024 0.068
#> SRR1608605 2 0.2633 0.8911 0.000 0.896 0.012 0.024 0.068
#> SRR1608606 2 0.2633 0.8911 0.000 0.896 0.012 0.024 0.068
#> SRR1608607 3 0.3162 0.6743 0.016 0.064 0.876 0.040 0.004
#> SRR1608608 3 0.3162 0.6743 0.016 0.064 0.876 0.040 0.004
#> SRR1608609 3 0.3162 0.6743 0.016 0.064 0.876 0.040 0.004
#> SRR1608610 3 0.3162 0.6743 0.016 0.064 0.876 0.040 0.004
#> SRR1608611 3 0.3162 0.6743 0.016 0.064 0.876 0.040 0.004
#> SRR1608612 3 0.3162 0.6743 0.016 0.064 0.876 0.040 0.004
#> SRR1608613 3 0.3084 0.6750 0.016 0.064 0.880 0.036 0.004
#> SRR1608614 3 0.3084 0.6750 0.016 0.064 0.880 0.036 0.004
#> SRR1608615 3 0.3084 0.6750 0.016 0.064 0.880 0.036 0.004
#> SRR1608616 3 0.3084 0.6750 0.016 0.064 0.880 0.036 0.004
#> SRR1608617 3 0.3084 0.6750 0.016 0.064 0.880 0.036 0.004
#> SRR1608618 3 0.3084 0.6750 0.016 0.064 0.880 0.036 0.004
#> SRR1608619 3 0.6945 0.2609 0.004 0.004 0.436 0.284 0.272
#> SRR1608620 3 0.6945 0.2609 0.004 0.004 0.436 0.284 0.272
#> SRR1608621 3 0.3593 0.6447 0.000 0.096 0.840 0.012 0.052
#> SRR1608622 3 0.3593 0.6447 0.000 0.096 0.840 0.012 0.052
#> SRR1608623 3 0.5418 0.4187 0.040 0.004 0.644 0.292 0.020
#> SRR1608624 3 0.2548 0.6746 0.000 0.072 0.896 0.028 0.004
#> SRR1608625 3 0.2548 0.6746 0.000 0.072 0.896 0.028 0.004
#> SRR1608626 3 0.2548 0.6746 0.000 0.072 0.896 0.028 0.004
#> SRR1608627 3 0.2548 0.6746 0.000 0.072 0.896 0.028 0.004
#> SRR1608628 3 0.4667 0.6306 0.000 0.108 0.776 0.028 0.088
#> SRR1608629 3 0.4667 0.6306 0.000 0.108 0.776 0.028 0.088
#> SRR1608630 3 0.4667 0.6306 0.000 0.108 0.776 0.028 0.088
#> SRR1608634 4 0.7148 0.1284 0.012 0.004 0.300 0.424 0.260
#> SRR1608635 4 0.7148 0.1284 0.012 0.004 0.300 0.424 0.260
#> SRR1608636 4 0.7148 0.1284 0.012 0.004 0.300 0.424 0.260
#> SRR1608637 4 0.7148 0.1284 0.012 0.004 0.300 0.424 0.260
#> SRR1608631 3 0.2800 0.6728 0.016 0.052 0.892 0.040 0.000
#> SRR1608632 3 0.2800 0.6728 0.016 0.052 0.892 0.040 0.000
#> SRR1608633 3 0.2800 0.6728 0.016 0.052 0.892 0.040 0.000
#> SRR1608642 3 0.6917 0.2377 0.004 0.004 0.440 0.304 0.248
#> SRR1608638 3 0.6946 0.2662 0.004 0.004 0.436 0.280 0.276
#> SRR1608639 3 0.6946 0.2662 0.004 0.004 0.436 0.280 0.276
#> SRR1608640 3 0.6946 0.2662 0.004 0.004 0.436 0.280 0.276
#> SRR1608641 3 0.6946 0.2662 0.004 0.004 0.436 0.280 0.276
#> SRR1608643 3 0.2876 0.6721 0.016 0.052 0.888 0.044 0.000
#> SRR1608644 3 0.2876 0.6721 0.016 0.052 0.888 0.044 0.000
#> SRR1608645 3 0.2876 0.6721 0.016 0.052 0.888 0.044 0.000
#> SRR1608646 3 0.5362 0.4546 0.036 0.004 0.668 0.264 0.028
#> SRR1608647 3 0.5362 0.4546 0.036 0.004 0.668 0.264 0.028
#> SRR1608648 3 0.5362 0.4546 0.036 0.004 0.668 0.264 0.028
#> SRR1608657 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608658 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608659 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608660 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608661 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608662 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608663 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608664 4 0.5967 0.4919 0.012 0.000 0.160 0.628 0.200
#> SRR1608649 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608650 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608651 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608652 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608653 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608654 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608655 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608656 3 0.7095 0.4563 0.000 0.192 0.552 0.068 0.188
#> SRR1608665 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608666 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608667 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608668 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608669 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608670 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608671 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608672 4 0.4847 0.5765 0.268 0.000 0.040 0.684 0.008
#> SRR1608681 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608682 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608683 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608684 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608685 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608686 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608687 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608688 4 0.4419 0.5916 0.016 0.000 0.140 0.780 0.064
#> SRR1608673 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608674 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608675 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608676 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608677 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608678 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608679 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608680 4 0.7850 0.4001 0.076 0.288 0.024 0.480 0.132
#> SRR1608689 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608690 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608691 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608692 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608693 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608694 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608695 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608696 4 0.5375 0.5232 0.008 0.000 0.192 0.684 0.116
#> SRR1608697 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608698 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608699 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608700 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608701 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608702 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608703 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608704 4 0.5360 0.5565 0.284 0.000 0.048 0.648 0.020
#> SRR1608705 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608706 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608707 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608708 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608709 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608710 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608711 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608712 3 0.7038 0.4639 0.000 0.196 0.560 0.068 0.176
#> SRR1608713 4 0.4595 0.6205 0.072 0.000 0.096 0.788 0.044
#> SRR1608714 4 0.4595 0.6205 0.072 0.000 0.096 0.788 0.044
#> SRR1608715 4 0.4595 0.6205 0.072 0.000 0.096 0.788 0.044
#> SRR1608716 3 0.5130 0.5941 0.000 0.148 0.732 0.024 0.096
#> SRR1608717 3 0.5130 0.5941 0.000 0.148 0.732 0.024 0.096
#> SRR1608718 3 0.5130 0.5941 0.000 0.148 0.732 0.024 0.096
#> SRR1608719 3 0.5130 0.5941 0.000 0.148 0.732 0.024 0.096
#> SRR1608724 4 0.6897 0.4561 0.224 0.000 0.280 0.480 0.016
#> SRR1608725 4 0.6897 0.4561 0.224 0.000 0.280 0.480 0.016
#> SRR1608726 4 0.6897 0.4561 0.224 0.000 0.280 0.480 0.016
#> SRR1608727 4 0.6897 0.4561 0.224 0.000 0.280 0.480 0.016
#> SRR1608720 3 0.2959 0.6727 0.016 0.052 0.888 0.040 0.004
#> SRR1608721 3 0.2959 0.6727 0.016 0.052 0.888 0.040 0.004
#> SRR1608722 3 0.2959 0.6727 0.016 0.052 0.888 0.040 0.004
#> SRR1608723 3 0.2959 0.6727 0.016 0.052 0.888 0.040 0.004
#> SRR1608728 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608729 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608730 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608731 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608732 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608733 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608734 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608735 3 0.6710 0.3298 0.004 0.004 0.500 0.260 0.232
#> SRR1608736 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608737 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608738 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608739 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608740 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608741 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608742 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608743 3 0.2362 0.6658 0.000 0.076 0.900 0.000 0.024
#> SRR1608744 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608745 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608746 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608747 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608748 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608749 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608750 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608751 3 0.4312 0.5830 0.068 0.004 0.796 0.120 0.012
#> SRR1608752 3 0.6966 0.2508 0.004 0.004 0.428 0.276 0.288
#> SRR1608753 3 0.6966 0.2508 0.004 0.004 0.428 0.276 0.288
#> SRR1608754 3 0.6966 0.2508 0.004 0.004 0.428 0.276 0.288
#> SRR1608755 3 0.6966 0.2508 0.004 0.004 0.428 0.276 0.288
#> SRR1608764 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608765 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608766 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608767 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608768 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608769 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608770 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608771 3 0.7110 0.2197 0.008 0.004 0.408 0.296 0.284
#> SRR1608756 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608757 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608758 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608759 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608760 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608761 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608762 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608763 3 0.3108 0.6704 0.016 0.052 0.880 0.048 0.004
#> SRR1608772 3 0.7119 0.2171 0.008 0.004 0.404 0.296 0.288
#> SRR1608773 3 0.7119 0.2171 0.008 0.004 0.404 0.296 0.288
#> SRR1608774 3 0.7119 0.2171 0.008 0.004 0.404 0.296 0.288
#> SRR1608775 3 0.7119 0.2171 0.008 0.004 0.404 0.296 0.288
#> SRR1608776 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608777 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608778 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608779 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608780 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608782 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608783 3 0.3763 0.6463 0.000 0.096 0.832 0.016 0.056
#> SRR1608784 3 0.5462 0.4503 0.036 0.004 0.660 0.268 0.032
#> SRR1608785 3 0.5462 0.4503 0.036 0.004 0.660 0.268 0.032
#> SRR1608786 3 0.5462 0.4503 0.036 0.004 0.660 0.268 0.032
#> SRR1608787 3 0.5462 0.4503 0.036 0.004 0.660 0.268 0.032
#> SRR1608788 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608789 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608790 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608791 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608792 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608793 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608794 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608795 1 0.5341 0.2228 0.600 0.000 0.036 0.348 0.016
#> SRR1608796 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608797 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608798 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608799 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608800 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608801 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608802 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608803 1 0.3645 0.6087 0.804 0.000 0.004 0.024 0.168
#> SRR1608812 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608814 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608815 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608816 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608817 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608818 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608819 1 0.0740 0.6691 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608804 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608805 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608806 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608807 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608808 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608809 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608810 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608811 1 0.7659 0.1666 0.488 0.048 0.104 0.044 0.316
#> SRR1608822 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608823 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608824 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608825 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608826 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608827 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608828 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608829 1 0.0324 0.6680 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608820 1 0.0162 0.6689 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0162 0.6689 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608831 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608832 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608833 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608834 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608835 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608836 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608837 5 0.6311 0.9590 0.264 0.000 0.012 0.156 0.568
#> SRR1608838 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608839 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608840 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608841 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608842 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608843 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608844 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608845 1 0.0566 0.6644 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608846 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608847 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608848 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608849 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608850 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608851 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608852 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608853 1 0.6145 -0.1521 0.580 0.000 0.008 0.148 0.264
#> SRR1608854 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608855 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608856 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608857 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608858 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608859 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608860 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608861 1 0.3099 0.6416 0.848 0.000 0.008 0.012 0.132
#> SRR1608862 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608863 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608864 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608865 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608866 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608867 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608868 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608869 1 0.5474 0.3969 0.628 0.000 0.024 0.044 0.304
#> SRR1608870 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608871 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608872 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608873 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608874 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608875 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608876 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608877 1 0.0740 0.6692 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608878 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608880 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608881 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608882 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608883 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608884 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608885 1 0.5540 0.3516 0.608 0.000 0.020 0.048 0.324
#> SRR1608886 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608887 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608888 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608889 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608890 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608891 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608892 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608893 1 0.5605 0.3754 0.612 0.000 0.028 0.044 0.316
#> SRR1608894 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608895 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608896 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608897 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608898 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608899 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608901 1 0.0613 0.6699 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1608902 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608903 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608904 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608905 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608906 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608907 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608908 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608909 1 0.4147 0.5772 0.760 0.000 0.016 0.016 0.208
#> SRR1608910 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608911 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608912 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608913 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608914 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608915 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608916 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608917 5 0.6252 0.9678 0.288 0.000 0.008 0.148 0.556
#> SRR1608918 5 0.6217 0.9480 0.296 0.000 0.008 0.140 0.556
#> SRR1608919 5 0.6217 0.9480 0.296 0.000 0.008 0.140 0.556
#> SRR1608920 1 0.2880 0.6268 0.868 0.000 0.004 0.020 0.108
#> SRR1608921 1 0.2880 0.6268 0.868 0.000 0.004 0.020 0.108
#> SRR1608922 5 0.6198 0.9397 0.300 0.000 0.008 0.136 0.556
#> SRR1608923 5 0.6198 0.9397 0.300 0.000 0.008 0.136 0.556
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.3660 0.8180 0.000 0.832 0.012 0.044 0.032 0.080
#> SRR1608491 2 0.3660 0.8180 0.000 0.832 0.012 0.044 0.032 0.080
#> SRR1608492 2 0.3660 0.8180 0.000 0.832 0.012 0.044 0.032 0.080
#> SRR1608493 2 0.3660 0.8180 0.000 0.832 0.012 0.044 0.032 0.080
#> SRR1608494 4 0.4647 0.6128 0.092 0.000 0.016 0.736 0.148 0.008
#> SRR1608495 4 0.4647 0.6128 0.092 0.000 0.016 0.736 0.148 0.008
#> SRR1608496 4 0.4647 0.6128 0.092 0.000 0.016 0.736 0.148 0.008
#> SRR1608497 4 0.4647 0.6128 0.092 0.000 0.016 0.736 0.148 0.008
#> SRR1608498 5 0.6925 -0.0860 0.084 0.004 0.008 0.372 0.424 0.108
#> SRR1608499 5 0.6925 -0.0860 0.084 0.004 0.008 0.372 0.424 0.108
#> SRR1608500 5 0.6925 -0.0860 0.084 0.004 0.008 0.372 0.424 0.108
#> SRR1608501 5 0.6925 -0.0860 0.084 0.004 0.008 0.372 0.424 0.108
#> SRR1608502 4 0.4591 0.6325 0.128 0.000 0.020 0.752 0.088 0.012
#> SRR1608503 4 0.4591 0.6325 0.128 0.000 0.020 0.752 0.088 0.012
#> SRR1608504 4 0.4591 0.6325 0.128 0.000 0.020 0.752 0.088 0.012
#> SRR1608505 4 0.4591 0.6325 0.128 0.000 0.020 0.752 0.088 0.012
#> SRR1608510 2 0.5792 0.7143 0.000 0.664 0.040 0.048 0.068 0.180
#> SRR1608511 2 0.5792 0.7143 0.000 0.664 0.040 0.048 0.068 0.180
#> SRR1608512 2 0.5792 0.7143 0.000 0.664 0.040 0.048 0.068 0.180
#> SRR1608513 2 0.5792 0.7143 0.000 0.664 0.040 0.048 0.068 0.180
#> SRR1608506 4 0.6706 0.5345 0.028 0.040 0.044 0.616 0.164 0.108
#> SRR1608507 4 0.6706 0.5345 0.028 0.040 0.044 0.616 0.164 0.108
#> SRR1608508 4 0.6706 0.5345 0.028 0.040 0.044 0.616 0.164 0.108
#> SRR1608509 4 0.6706 0.5345 0.028 0.040 0.044 0.616 0.164 0.108
#> SRR1608514 2 0.2065 0.8409 0.000 0.916 0.012 0.012 0.004 0.056
#> SRR1608515 2 0.2065 0.8409 0.000 0.916 0.012 0.012 0.004 0.056
#> SRR1608516 2 0.2065 0.8409 0.000 0.916 0.012 0.012 0.004 0.056
#> SRR1608517 2 0.2065 0.8409 0.000 0.916 0.012 0.012 0.004 0.056
#> SRR1608518 2 0.3671 0.8071 0.000 0.828 0.012 0.028 0.040 0.092
#> SRR1608519 2 0.3671 0.8071 0.000 0.828 0.012 0.028 0.040 0.092
#> SRR1608520 2 0.3671 0.8071 0.000 0.828 0.012 0.028 0.040 0.092
#> SRR1608521 2 0.3671 0.8071 0.000 0.828 0.012 0.028 0.040 0.092
#> SRR1608522 2 0.5668 0.7231 0.000 0.672 0.032 0.052 0.064 0.180
#> SRR1608523 2 0.5668 0.7231 0.000 0.672 0.032 0.052 0.064 0.180
#> SRR1608524 2 0.5668 0.7231 0.000 0.672 0.032 0.052 0.064 0.180
#> SRR1608525 2 0.5668 0.7231 0.000 0.672 0.032 0.052 0.064 0.180
#> SRR1608526 2 0.6005 0.6795 0.000 0.632 0.064 0.036 0.056 0.212
#> SRR1608527 2 0.6005 0.6795 0.000 0.632 0.064 0.036 0.056 0.212
#> SRR1608528 2 0.6005 0.6795 0.000 0.632 0.064 0.036 0.056 0.212
#> SRR1608529 2 0.6005 0.6795 0.000 0.632 0.064 0.036 0.056 0.212
#> SRR1608530 2 0.1425 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.020 0.008 0.012
#> SRR1608531 2 0.1425 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.020 0.008 0.012
#> SRR1608532 2 0.1425 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.020 0.008 0.012
#> SRR1608533 2 0.1425 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.020 0.008 0.012
#> SRR1608534 2 0.5497 0.7426 0.000 0.704 0.036 0.108 0.044 0.108
#> SRR1608535 2 0.5497 0.7426 0.000 0.704 0.036 0.108 0.044 0.108
#> SRR1608536 2 0.5497 0.7426 0.000 0.704 0.036 0.108 0.044 0.108
#> SRR1608537 2 0.5497 0.7426 0.000 0.704 0.036 0.108 0.044 0.108
#> SRR1608538 2 0.3783 0.8301 0.000 0.824 0.008 0.056 0.040 0.072
#> SRR1608539 2 0.3783 0.8301 0.000 0.824 0.008 0.056 0.040 0.072
#> SRR1608540 2 0.3783 0.8301 0.000 0.824 0.008 0.056 0.040 0.072
#> SRR1608541 2 0.3783 0.8301 0.000 0.824 0.008 0.056 0.040 0.072
#> SRR1608542 4 0.8299 0.1622 0.000 0.284 0.220 0.316 0.080 0.100
#> SRR1608543 4 0.8299 0.1622 0.000 0.284 0.220 0.316 0.080 0.100
#> SRR1608544 4 0.8299 0.1622 0.000 0.284 0.220 0.316 0.080 0.100
#> SRR1608545 4 0.8299 0.1622 0.000 0.284 0.220 0.316 0.080 0.100
#> SRR1608546 2 0.5494 0.7174 0.000 0.676 0.032 0.040 0.056 0.196
#> SRR1608547 2 0.5494 0.7174 0.000 0.676 0.032 0.040 0.056 0.196
#> SRR1608548 2 0.5494 0.7174 0.000 0.676 0.032 0.040 0.056 0.196
#> SRR1608549 2 0.5494 0.7174 0.000 0.676 0.032 0.040 0.056 0.196
#> SRR1608550 2 0.7689 0.3443 0.000 0.436 0.220 0.048 0.084 0.212
#> SRR1608551 2 0.7689 0.3443 0.000 0.436 0.220 0.048 0.084 0.212
#> SRR1608552 2 0.7689 0.3443 0.000 0.436 0.220 0.048 0.084 0.212
#> SRR1608553 2 0.7689 0.3443 0.000 0.436 0.220 0.048 0.084 0.212
#> SRR1608554 2 0.7689 0.3443 0.000 0.436 0.220 0.048 0.084 0.212
#> SRR1608555 2 0.2966 0.8306 0.000 0.876 0.008 0.044 0.036 0.036
#> SRR1608556 2 0.2966 0.8306 0.000 0.876 0.008 0.044 0.036 0.036
#> SRR1608557 2 0.2966 0.8306 0.000 0.876 0.008 0.044 0.036 0.036
#> SRR1608558 2 0.2966 0.8306 0.000 0.876 0.008 0.044 0.036 0.036
#> SRR1608559 2 0.3232 0.8291 0.000 0.860 0.008 0.052 0.036 0.044
#> SRR1608560 2 0.3232 0.8291 0.000 0.860 0.008 0.052 0.036 0.044
#> SRR1608561 2 0.3232 0.8291 0.000 0.860 0.008 0.052 0.036 0.044
#> SRR1608562 2 0.3232 0.8291 0.000 0.860 0.008 0.052 0.036 0.044
#> SRR1608563 2 0.3232 0.8291 0.000 0.860 0.008 0.052 0.036 0.044
#> SRR1608564 2 0.1439 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.012 0.016 0.012
#> SRR1608565 2 0.1439 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.012 0.016 0.012
#> SRR1608566 2 0.1439 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.012 0.016 0.012
#> SRR1608567 2 0.1439 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.012 0.016 0.012
#> SRR1608568 2 0.1439 0.8478 0.000 0.952 0.008 0.012 0.016 0.012
#> SRR1608574 2 0.3227 0.8279 0.000 0.860 0.008 0.056 0.040 0.036
#> SRR1608575 2 0.3227 0.8279 0.000 0.860 0.008 0.056 0.040 0.036
#> SRR1608576 2 0.3227 0.8279 0.000 0.860 0.008 0.056 0.040 0.036
#> SRR1608577 2 0.3227 0.8279 0.000 0.860 0.008 0.056 0.040 0.036
#> SRR1608578 2 0.3227 0.8279 0.000 0.860 0.008 0.056 0.040 0.036
#> SRR1608569 2 0.1210 0.8457 0.000 0.960 0.008 0.008 0.004 0.020
#> SRR1608570 2 0.1210 0.8457 0.000 0.960 0.008 0.008 0.004 0.020
#> SRR1608571 2 0.1210 0.8457 0.000 0.960 0.008 0.008 0.004 0.020
#> SRR1608572 2 0.1210 0.8457 0.000 0.960 0.008 0.008 0.004 0.020
#> SRR1608573 2 0.1210 0.8457 0.000 0.960 0.008 0.008 0.004 0.020
#> SRR1608584 2 0.2413 0.8425 0.000 0.908 0.020 0.028 0.016 0.028
#> SRR1608585 2 0.2413 0.8425 0.000 0.908 0.020 0.028 0.016 0.028
#> SRR1608586 2 0.2413 0.8425 0.000 0.908 0.020 0.028 0.016 0.028
#> SRR1608587 2 0.2413 0.8425 0.000 0.908 0.020 0.028 0.016 0.028
#> SRR1608588 2 0.2413 0.8425 0.000 0.908 0.020 0.028 0.016 0.028
#> SRR1608579 2 0.3232 0.8281 0.000 0.860 0.008 0.052 0.044 0.036
#> SRR1608580 2 0.3232 0.8281 0.000 0.860 0.008 0.052 0.044 0.036
#> SRR1608581 2 0.3232 0.8281 0.000 0.860 0.008 0.052 0.044 0.036
#> SRR1608582 2 0.3232 0.8281 0.000 0.860 0.008 0.052 0.044 0.036
#> SRR1608583 2 0.3232 0.8281 0.000 0.860 0.008 0.052 0.044 0.036
#> SRR1608589 2 0.2051 0.8475 0.000 0.924 0.008 0.016 0.028 0.024
#> SRR1608590 2 0.2389 0.8381 0.000 0.904 0.008 0.016 0.020 0.052
#> SRR1608591 2 0.2389 0.8381 0.000 0.904 0.008 0.016 0.020 0.052
#> SRR1608592 2 0.2389 0.8381 0.000 0.904 0.008 0.016 0.020 0.052
#> SRR1608593 2 0.2389 0.8381 0.000 0.904 0.008 0.016 0.020 0.052
#> SRR1608594 2 0.2389 0.8381 0.000 0.904 0.008 0.016 0.020 0.052
#> SRR1608595 2 0.3165 0.8295 0.000 0.864 0.008 0.052 0.036 0.040
#> SRR1608596 2 0.3165 0.8295 0.000 0.864 0.008 0.052 0.036 0.040
#> SRR1608597 2 0.3165 0.8295 0.000 0.864 0.008 0.052 0.036 0.040
#> SRR1608598 2 0.3165 0.8295 0.000 0.864 0.008 0.052 0.036 0.040
#> SRR1608599 2 0.1065 0.8462 0.000 0.964 0.008 0.008 0.000 0.020
#> SRR1608600 2 0.1065 0.8462 0.000 0.964 0.008 0.008 0.000 0.020
#> SRR1608601 2 0.1065 0.8462 0.000 0.964 0.008 0.008 0.000 0.020
#> SRR1608602 2 0.1065 0.8462 0.000 0.964 0.008 0.008 0.000 0.020
#> SRR1608603 2 0.4373 0.8081 0.000 0.784 0.008 0.076 0.072 0.060
#> SRR1608604 2 0.4373 0.8081 0.000 0.784 0.008 0.076 0.072 0.060
#> SRR1608605 2 0.4373 0.8081 0.000 0.784 0.008 0.076 0.072 0.060
#> SRR1608606 2 0.4373 0.8081 0.000 0.784 0.008 0.076 0.072 0.060
#> SRR1608607 3 0.2145 0.7451 0.020 0.032 0.920 0.012 0.016 0.000
#> SRR1608608 3 0.2145 0.7451 0.020 0.032 0.920 0.012 0.016 0.000
#> SRR1608609 3 0.2145 0.7451 0.020 0.032 0.920 0.012 0.016 0.000
#> SRR1608610 3 0.2145 0.7451 0.020 0.032 0.920 0.012 0.016 0.000
#> SRR1608611 3 0.2145 0.7451 0.020 0.032 0.920 0.012 0.016 0.000
#> SRR1608612 3 0.2145 0.7451 0.020 0.032 0.920 0.012 0.016 0.000
#> SRR1608613 3 0.2688 0.7441 0.020 0.032 0.900 0.016 0.016 0.016
#> SRR1608614 3 0.2688 0.7441 0.020 0.032 0.900 0.016 0.016 0.016
#> SRR1608615 3 0.2688 0.7441 0.020 0.032 0.900 0.016 0.016 0.016
#> SRR1608616 3 0.2688 0.7441 0.020 0.032 0.900 0.016 0.016 0.016
#> SRR1608617 3 0.2688 0.7441 0.020 0.032 0.900 0.016 0.016 0.016
#> SRR1608618 3 0.2688 0.7441 0.020 0.032 0.900 0.016 0.016 0.016
#> SRR1608619 5 0.4560 0.5459 0.004 0.004 0.332 0.020 0.632 0.008
#> SRR1608620 5 0.4560 0.5459 0.004 0.004 0.332 0.020 0.632 0.008
#> SRR1608621 3 0.4563 0.6994 0.004 0.048 0.772 0.008 0.064 0.104
#> SRR1608622 3 0.4563 0.6994 0.004 0.048 0.772 0.008 0.064 0.104
#> SRR1608623 3 0.5464 0.4256 0.020 0.000 0.672 0.124 0.164 0.020
#> SRR1608624 3 0.1792 0.7454 0.008 0.032 0.936 0.004 0.016 0.004
#> SRR1608625 3 0.1792 0.7454 0.008 0.032 0.936 0.004 0.016 0.004
#> SRR1608626 3 0.1792 0.7454 0.008 0.032 0.936 0.004 0.016 0.004
#> SRR1608627 3 0.1792 0.7454 0.008 0.032 0.936 0.004 0.016 0.004
#> SRR1608628 3 0.5763 0.6210 0.000 0.092 0.660 0.008 0.088 0.152
#> SRR1608629 3 0.5763 0.6210 0.000 0.092 0.660 0.008 0.088 0.152
#> SRR1608630 3 0.5763 0.6210 0.000 0.092 0.660 0.008 0.088 0.152
#> SRR1608634 5 0.5040 0.5521 0.008 0.000 0.252 0.088 0.648 0.004
#> SRR1608635 5 0.5040 0.5521 0.008 0.000 0.252 0.088 0.648 0.004
#> SRR1608636 5 0.5040 0.5521 0.008 0.000 0.252 0.088 0.648 0.004
#> SRR1608637 5 0.5040 0.5521 0.008 0.000 0.252 0.088 0.648 0.004
#> SRR1608631 3 0.2160 0.7427 0.020 0.024 0.920 0.012 0.024 0.000
#> SRR1608632 3 0.2160 0.7427 0.020 0.024 0.920 0.012 0.024 0.000
#> SRR1608633 3 0.2160 0.7427 0.020 0.024 0.920 0.012 0.024 0.000
#> SRR1608642 5 0.4521 0.5231 0.004 0.000 0.348 0.028 0.616 0.004
#> SRR1608638 5 0.4608 0.5507 0.004 0.004 0.320 0.020 0.640 0.012
#> SRR1608639 5 0.4608 0.5507 0.004 0.004 0.320 0.020 0.640 0.012
#> SRR1608640 5 0.4608 0.5507 0.004 0.004 0.320 0.020 0.640 0.012
#> SRR1608641 5 0.4608 0.5507 0.004 0.004 0.320 0.020 0.640 0.012
#> SRR1608643 3 0.2460 0.7406 0.020 0.024 0.904 0.012 0.040 0.000
#> SRR1608644 3 0.2460 0.7406 0.020 0.024 0.904 0.012 0.040 0.000
#> SRR1608645 3 0.2460 0.7406 0.020 0.024 0.904 0.012 0.040 0.000
#> SRR1608646 3 0.5094 0.4427 0.016 0.000 0.696 0.092 0.180 0.016
#> SRR1608647 3 0.5094 0.4427 0.016 0.000 0.696 0.092 0.180 0.016
#> SRR1608648 3 0.5094 0.4427 0.016 0.000 0.696 0.092 0.180 0.016
#> SRR1608657 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608658 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608659 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608660 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608661 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608662 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608663 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608664 5 0.5851 0.2703 0.012 0.004 0.092 0.292 0.580 0.020
#> SRR1608649 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608650 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608651 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608652 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608653 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608654 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608655 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608656 3 0.8124 0.3923 0.008 0.152 0.376 0.064 0.096 0.304
#> SRR1608665 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608666 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608667 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608668 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608669 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608670 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608671 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608672 4 0.4504 0.6332 0.232 0.000 0.012 0.704 0.048 0.004
#> SRR1608681 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608682 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608683 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608684 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608685 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608686 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608687 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608688 4 0.5701 0.2795 0.016 0.000 0.068 0.524 0.376 0.016
#> SRR1608673 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608674 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608675 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608676 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608677 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608678 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608679 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608680 4 0.7595 0.4229 0.040 0.240 0.012 0.484 0.136 0.088
#> SRR1608689 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608690 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608691 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608692 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608693 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608694 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608695 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608696 5 0.6120 0.0929 0.004 0.000 0.112 0.368 0.484 0.032
#> SRR1608697 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608698 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608699 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608700 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608701 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608702 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608703 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608704 4 0.4764 0.6051 0.264 0.000 0.012 0.672 0.040 0.012
#> SRR1608705 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608706 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608707 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608708 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608709 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608710 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608711 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608712 3 0.8106 0.4205 0.008 0.156 0.396 0.056 0.108 0.276
#> SRR1608713 4 0.5709 0.5777 0.048 0.004 0.044 0.684 0.164 0.056
#> SRR1608714 4 0.5709 0.5777 0.048 0.004 0.044 0.684 0.164 0.056
#> SRR1608715 4 0.5709 0.5777 0.048 0.004 0.044 0.684 0.164 0.056
#> SRR1608716 3 0.6361 0.5861 0.000 0.132 0.604 0.016 0.080 0.168
#> SRR1608717 3 0.6361 0.5861 0.000 0.132 0.604 0.016 0.080 0.168
#> SRR1608718 3 0.6361 0.5861 0.000 0.132 0.604 0.016 0.080 0.168
#> SRR1608719 3 0.6361 0.5861 0.000 0.132 0.604 0.016 0.080 0.168
#> SRR1608724 4 0.7183 0.3112 0.144 0.000 0.352 0.404 0.084 0.016
#> SRR1608725 4 0.7183 0.3112 0.144 0.000 0.352 0.404 0.084 0.016
#> SRR1608726 4 0.7183 0.3112 0.144 0.000 0.352 0.404 0.084 0.016
#> SRR1608727 4 0.7183 0.3112 0.144 0.000 0.352 0.404 0.084 0.016
#> SRR1608720 3 0.1989 0.7428 0.020 0.024 0.928 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608721 3 0.1989 0.7428 0.020 0.024 0.928 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608722 3 0.1989 0.7428 0.020 0.024 0.928 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608723 3 0.1989 0.7428 0.020 0.024 0.928 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608728 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608729 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608730 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608731 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608732 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608733 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608734 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608735 5 0.4076 0.4413 0.000 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1608736 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608737 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608738 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608739 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608740 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608741 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608742 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608743 3 0.2609 0.7414 0.008 0.032 0.896 0.000 0.032 0.032
#> SRR1608744 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608745 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608746 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608747 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608748 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608749 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608750 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608751 3 0.3741 0.6670 0.032 0.000 0.828 0.072 0.056 0.012
#> SRR1608752 5 0.3851 0.5648 0.004 0.004 0.284 0.008 0.700 0.000
#> SRR1608753 5 0.3851 0.5648 0.004 0.004 0.284 0.008 0.700 0.000
#> SRR1608754 5 0.3851 0.5648 0.004 0.004 0.284 0.008 0.700 0.000
#> SRR1608755 5 0.3851 0.5648 0.004 0.004 0.284 0.008 0.700 0.000
#> SRR1608764 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608765 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608766 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608767 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608768 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608769 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608770 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608771 5 0.4741 0.5627 0.008 0.004 0.308 0.024 0.644 0.012
#> SRR1608756 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608757 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608758 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608759 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608760 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608761 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608762 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608763 3 0.2483 0.7380 0.024 0.020 0.904 0.016 0.036 0.000
#> SRR1608772 5 0.4313 0.5664 0.008 0.004 0.304 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608773 5 0.4313 0.5664 0.008 0.004 0.304 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608774 5 0.4313 0.5664 0.008 0.004 0.304 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608775 5 0.4313 0.5664 0.008 0.004 0.304 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608776 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608777 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608778 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608779 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608780 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608782 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608783 3 0.4588 0.6923 0.008 0.048 0.768 0.008 0.044 0.124
#> SRR1608784 3 0.5486 0.4117 0.020 0.000 0.664 0.108 0.188 0.020
#> SRR1608785 3 0.5486 0.4117 0.020 0.000 0.664 0.108 0.188 0.020
#> SRR1608786 3 0.5486 0.4117 0.020 0.000 0.664 0.108 0.188 0.020
#> SRR1608787 3 0.5486 0.4117 0.020 0.000 0.664 0.108 0.188 0.020
#> SRR1608788 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608789 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608790 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608791 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608792 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608793 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608794 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608795 1 0.5431 -0.0915 0.480 0.000 0.016 0.448 0.016 0.040
#> SRR1608796 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608797 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608798 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608799 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608800 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608801 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608802 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608803 1 0.4587 0.4272 0.720 0.000 0.004 0.032 0.040 0.204
#> SRR1608812 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608814 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608815 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608816 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608817 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608818 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608819 1 0.1129 0.5804 0.964 0.000 0.008 0.012 0.004 0.012
#> SRR1608804 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608805 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608806 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608807 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608808 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608809 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608810 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608811 6 0.7246 0.6673 0.340 0.048 0.060 0.028 0.056 0.468
#> SRR1608822 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0547 0.5829 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0653 0.5827 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1608821 1 0.0653 0.5827 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1608830 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608831 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608832 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608833 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608834 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608835 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608836 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608837 5 0.6421 -0.4061 0.152 0.000 0.004 0.032 0.412 0.400
#> SRR1608838 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608839 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608840 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608841 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608842 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608843 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608844 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608845 1 0.0972 0.5803 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1608846 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608847 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608848 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608849 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608850 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608851 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608852 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608853 1 0.6589 0.1067 0.504 0.000 0.000 0.080 0.272 0.144
#> SRR1608854 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608855 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608856 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608857 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608858 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608859 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608860 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608861 1 0.3481 0.4507 0.772 0.000 0.004 0.012 0.004 0.208
#> SRR1608862 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608863 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608864 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608865 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608866 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608867 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608868 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608869 1 0.6196 -0.2970 0.464 0.004 0.012 0.044 0.064 0.412
#> SRR1608870 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608871 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608872 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608873 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608874 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608875 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608876 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608877 1 0.0951 0.5803 0.968 0.000 0.008 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608878 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608880 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608881 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608882 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608883 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608884 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608885 1 0.6068 -0.2941 0.444 0.000 0.004 0.024 0.116 0.412
#> SRR1608886 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608887 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608888 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608889 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608890 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608891 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608892 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608893 1 0.5948 -0.3083 0.460 0.000 0.012 0.024 0.080 0.424
#> SRR1608894 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608895 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608896 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608897 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608898 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608899 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608901 1 0.0603 0.5808 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608902 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608903 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608904 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608905 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608906 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608907 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608908 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608909 1 0.4732 0.2387 0.644 0.004 0.008 0.036 0.004 0.304
#> SRR1608910 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608911 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608912 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608913 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608914 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608915 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608916 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608917 5 0.6413 -0.4303 0.164 0.000 0.000 0.036 0.408 0.392
#> SRR1608918 6 0.6374 0.4530 0.180 0.000 0.000 0.028 0.384 0.408
#> SRR1608919 6 0.6374 0.4530 0.180 0.000 0.000 0.028 0.384 0.408
#> SRR1608920 1 0.4037 0.4829 0.784 0.000 0.004 0.024 0.048 0.140
#> SRR1608921 1 0.4037 0.4829 0.784 0.000 0.004 0.024 0.048 0.140
#> SRR1608922 6 0.6429 0.4668 0.180 0.000 0.000 0.032 0.376 0.412
#> SRR1608923 6 0.6429 0.4668 0.180 0.000 0.000 0.032 0.376 0.412
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.686 0.849 0.939 0.4958 0.499 0.499
#> 3 3 0.634 0.722 0.857 0.3342 0.677 0.444
#> 4 4 0.759 0.722 0.872 0.1257 0.895 0.703
#> 5 5 0.771 0.741 0.825 0.0617 0.893 0.628
#> 6 6 0.748 0.590 0.730 0.0385 0.946 0.757
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.6048 0.821 0.852 0.148
#> SRR1608507 1 0.6048 0.821 0.852 0.148
#> SRR1608508 1 0.6048 0.821 0.852 0.148
#> SRR1608509 1 0.6048 0.821 0.852 0.148
#> SRR1608514 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.0376 0.928 0.004 0.996
#> SRR1608620 2 0.0376 0.928 0.004 0.996
#> SRR1608621 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608623 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608624 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608635 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608636 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608637 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608631 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608642 1 0.9754 0.360 0.592 0.408
#> SRR1608638 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608646 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608647 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608648 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608657 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608658 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608659 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608660 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608661 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608662 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608663 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608664 1 0.9775 0.349 0.588 0.412
#> SRR1608649 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608682 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608683 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608684 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608685 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608686 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608687 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608688 1 0.5519 0.839 0.872 0.128
#> SRR1608673 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608674 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608675 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608676 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608677 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608678 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608679 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608680 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> SRR1608689 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608690 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608691 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608692 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608693 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608694 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608695 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608696 1 0.9881 0.281 0.564 0.436
#> SRR1608697 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608714 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608715 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608728 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608729 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608730 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608731 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608732 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608733 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608734 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608735 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608736 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608744 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608745 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608746 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608747 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608748 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608749 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608750 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608751 1 0.6531 0.800 0.832 0.168
#> SRR1608752 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608753 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608754 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608755 2 0.9393 0.417 0.356 0.644
#> SRR1608764 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608765 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608766 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608767 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608768 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608769 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608770 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608771 2 0.9850 0.215 0.428 0.572
#> SRR1608756 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608772 2 0.9732 0.289 0.404 0.596
#> SRR1608773 2 0.9732 0.289 0.404 0.596
#> SRR1608774 2 0.9732 0.289 0.404 0.596
#> SRR1608775 2 0.9732 0.289 0.404 0.596
#> SRR1608776 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> SRR1608784 1 0.6623 0.796 0.828 0.172
#> SRR1608785 1 0.6623 0.796 0.828 0.172
#> SRR1608786 1 0.6623 0.796 0.828 0.172
#> SRR1608787 1 0.6623 0.796 0.828 0.172
#> SRR1608788 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608805 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608806 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608807 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608808 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608809 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608810 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608811 2 0.9866 0.260 0.432 0.568
#> SRR1608822 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608491 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608492 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608493 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608494 1 0.5435 0.789 0.784 0.192 0.024
#> SRR1608495 1 0.5435 0.789 0.784 0.192 0.024
#> SRR1608496 1 0.5435 0.789 0.784 0.192 0.024
#> SRR1608497 1 0.5435 0.789 0.784 0.192 0.024
#> SRR1608498 1 0.6899 0.639 0.612 0.364 0.024
#> SRR1608499 1 0.6899 0.639 0.612 0.364 0.024
#> SRR1608500 1 0.6899 0.639 0.612 0.364 0.024
#> SRR1608501 1 0.6899 0.639 0.612 0.364 0.024
#> SRR1608502 1 0.6677 0.671 0.652 0.324 0.024
#> SRR1608503 1 0.6677 0.671 0.652 0.324 0.024
#> SRR1608504 1 0.6677 0.671 0.652 0.324 0.024
#> SRR1608505 1 0.6677 0.671 0.652 0.324 0.024
#> SRR1608510 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608511 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608512 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608513 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608506 2 0.4873 0.430 0.152 0.824 0.024
#> SRR1608507 2 0.4873 0.430 0.152 0.824 0.024
#> SRR1608508 2 0.4873 0.430 0.152 0.824 0.024
#> SRR1608509 2 0.4873 0.430 0.152 0.824 0.024
#> SRR1608514 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608515 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608516 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608517 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608518 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608519 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608520 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608521 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608522 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608523 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608524 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608525 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608526 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608527 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608528 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608529 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608530 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608531 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608532 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608533 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608534 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608535 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608536 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608537 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608538 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608539 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608540 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608541 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608542 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608543 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608544 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608545 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608546 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608547 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608548 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608549 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608550 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608551 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608552 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608553 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608554 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608555 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608556 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608557 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608558 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608559 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608560 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608561 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608562 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608563 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608564 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608565 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608566 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608567 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608568 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608574 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608575 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608576 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608577 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608578 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608569 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608570 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608571 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608572 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608573 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608584 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608585 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608586 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608587 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608588 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608579 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608580 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608581 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608582 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608583 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608589 2 0.3619 0.613 0.000 0.864 0.136
#> SRR1608590 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608591 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608592 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608593 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608594 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608595 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608596 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608597 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608598 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608599 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608600 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608601 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608602 2 0.5968 0.925 0.000 0.636 0.364
#> SRR1608603 2 0.3941 0.645 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608604 2 0.3941 0.645 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608605 2 0.3941 0.645 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608606 2 0.3941 0.645 0.000 0.844 0.156
#> SRR1608607 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608608 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608609 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608610 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608611 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608612 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608613 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608614 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608615 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608616 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608617 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608618 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608619 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608620 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608621 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608622 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608623 3 0.6566 0.698 0.016 0.348 0.636
#> SRR1608624 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608625 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608626 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608627 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608628 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608629 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608630 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608634 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608635 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608636 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608637 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608631 3 0.0237 0.591 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608632 3 0.0237 0.591 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608633 3 0.0237 0.591 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608642 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608638 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608639 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608640 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608641 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608643 3 0.0237 0.591 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608644 3 0.0237 0.591 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608645 3 0.0237 0.591 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608646 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608647 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608648 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608657 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608658 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608659 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608660 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608661 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608662 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608663 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608664 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608649 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608650 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608651 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608652 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608653 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608654 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608655 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608656 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608665 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608666 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608667 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608668 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608669 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608670 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608671 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608672 1 0.4683 0.818 0.836 0.140 0.024
#> SRR1608681 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608682 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608683 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608684 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608685 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608686 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608687 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608688 3 0.6510 0.697 0.012 0.364 0.624
#> SRR1608673 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608674 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608675 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608676 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608677 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608678 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608679 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608680 2 0.5167 0.429 0.172 0.804 0.024
#> SRR1608689 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608690 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608691 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608692 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608693 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608694 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608695 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608696 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608697 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608698 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608699 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608700 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608701 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608702 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608703 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608704 1 0.4121 0.831 0.868 0.108 0.024
#> SRR1608705 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608706 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608707 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608708 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608709 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608710 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608711 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608712 3 0.6267 -0.599 0.000 0.452 0.548
#> SRR1608713 1 0.5772 0.771 0.756 0.220 0.024
#> SRR1608714 1 0.5772 0.771 0.756 0.220 0.024
#> SRR1608715 1 0.5772 0.771 0.756 0.220 0.024
#> SRR1608716 3 0.4002 0.306 0.000 0.160 0.840
#> SRR1608717 3 0.4002 0.306 0.000 0.160 0.840
#> SRR1608718 3 0.4002 0.306 0.000 0.160 0.840
#> SRR1608719 3 0.4002 0.306 0.000 0.160 0.840
#> SRR1608724 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608725 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608726 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608727 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608720 3 0.0000 0.589 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.589 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.589 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.589 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608728 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608729 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608730 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608731 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608732 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608733 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608734 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608735 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608736 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608737 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608738 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608739 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608740 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608741 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608742 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608743 3 0.1031 0.571 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608744 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608745 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608746 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608747 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608748 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608749 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608750 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608751 3 0.7880 0.532 0.268 0.096 0.636
#> SRR1608752 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608753 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608754 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608755 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608764 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608765 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608766 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608767 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608768 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608769 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608770 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608771 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608756 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608757 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608758 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608759 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608760 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608761 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608762 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608763 3 0.0424 0.592 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608772 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608773 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608774 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608775 3 0.5968 0.703 0.000 0.364 0.636
#> SRR1608776 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608777 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608778 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608779 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608780 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608782 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608783 3 0.1289 0.561 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608784 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608785 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608786 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608787 3 0.6169 0.702 0.004 0.360 0.636
#> SRR1608788 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608797 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608798 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608799 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608800 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608801 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608802 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608803 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608805 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608806 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608807 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608808 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608809 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608810 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608811 1 0.5406 0.669 0.764 0.012 0.224
#> SRR1608822 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608831 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608832 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608833 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608834 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608835 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608836 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608837 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608847 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608848 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608849 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608850 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608851 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608852 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608853 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608880 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608881 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608882 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608883 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608884 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608885 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608911 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608912 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608913 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608914 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608915 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608916 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608917 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608918 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608919 1 0.5327 0.750 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608920 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608921 1 0.0237 0.897 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608922 1 0.5291 0.752 0.732 0.268 0.000
#> SRR1608923 1 0.5291 0.752 0.732 0.268 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.2973 0.779 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1608495 4 0.2973 0.779 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1608496 4 0.2973 0.779 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1608497 4 0.2973 0.779 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1608498 4 0.2457 0.759 0.076 0.008 0.004 0.912
#> SRR1608499 4 0.2457 0.759 0.076 0.008 0.004 0.912
#> SRR1608500 4 0.2457 0.759 0.076 0.008 0.004 0.912
#> SRR1608501 4 0.2457 0.759 0.076 0.008 0.004 0.912
#> SRR1608502 4 0.2868 0.783 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608503 4 0.2868 0.783 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608504 4 0.2868 0.783 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608505 4 0.2868 0.783 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608510 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.4646 0.739 0.084 0.120 0.000 0.796
#> SRR1608507 4 0.4646 0.739 0.084 0.120 0.000 0.796
#> SRR1608508 4 0.4646 0.739 0.084 0.120 0.000 0.796
#> SRR1608509 4 0.4646 0.739 0.084 0.120 0.000 0.796
#> SRR1608514 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.1022 0.932 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608543 2 0.1022 0.932 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608544 2 0.1022 0.932 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608545 2 0.1022 0.932 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608546 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.1637 0.903 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608551 2 0.1637 0.903 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608552 2 0.1637 0.903 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608553 2 0.1637 0.903 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608554 2 0.1637 0.903 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0188 0.956 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0188 0.956 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608604 2 0.0188 0.956 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608605 2 0.0188 0.956 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608606 2 0.0188 0.956 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608607 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608608 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608609 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608610 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608611 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608612 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608613 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608614 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608615 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608616 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608617 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608618 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608619 3 0.4972 0.360 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1608620 3 0.4972 0.360 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1608621 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608622 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608623 3 0.2868 0.685 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1608624 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608625 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608626 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608627 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608628 3 0.1474 0.739 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608629 3 0.1474 0.739 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608630 3 0.1474 0.739 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608634 4 0.4624 0.249 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1608635 4 0.4624 0.249 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1608636 4 0.4624 0.249 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1608637 4 0.4624 0.249 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1608631 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608632 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608633 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608642 3 0.4972 0.360 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1608638 3 0.4977 0.354 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1608639 3 0.4977 0.354 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1608640 3 0.4977 0.354 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1608641 3 0.4977 0.354 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR1608643 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608644 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608645 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608646 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608647 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608648 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608657 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608658 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608659 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608660 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608661 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608662 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608663 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608664 4 0.0921 0.777 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1608649 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608650 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608651 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608652 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608653 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608654 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608655 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608656 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608665 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608666 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608667 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608668 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608669 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608670 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608671 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608672 4 0.3726 0.728 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608681 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608682 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608683 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608684 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608685 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608686 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608687 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608688 4 0.0707 0.780 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608673 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608674 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608675 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608676 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608677 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608678 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608679 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608680 2 0.6079 0.210 0.048 0.544 0.000 0.408
#> SRR1608689 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608690 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608691 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608692 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608693 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608694 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608695 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608696 4 0.0817 0.778 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608697 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608698 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608699 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608700 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608701 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608702 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608703 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608704 4 0.4661 0.531 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1608705 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608706 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608707 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608708 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608709 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608710 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608711 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608712 3 0.6607 0.288 0.000 0.376 0.536 0.088
#> SRR1608713 4 0.2081 0.793 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1608714 4 0.2081 0.793 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1608715 4 0.2081 0.793 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1608716 3 0.1716 0.732 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608717 3 0.1716 0.732 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608718 3 0.1716 0.732 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608719 3 0.1716 0.732 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1608724 4 0.7481 0.428 0.200 0.000 0.316 0.484
#> SRR1608725 4 0.7481 0.428 0.200 0.000 0.316 0.484
#> SRR1608726 4 0.7481 0.428 0.200 0.000 0.316 0.484
#> SRR1608727 4 0.7481 0.428 0.200 0.000 0.316 0.484
#> SRR1608720 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608721 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608722 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608723 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608728 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608729 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608730 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608731 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608732 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608733 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608734 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608735 3 0.4907 0.415 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608736 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608737 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608738 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608739 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608740 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608741 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608742 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608743 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608744 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608745 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608746 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608747 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608748 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608749 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608750 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608751 3 0.0188 0.759 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608752 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608753 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608754 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608755 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608764 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608765 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608766 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608767 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608768 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608769 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608770 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608771 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608756 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608757 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608758 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608759 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608760 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608761 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608762 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608763 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608772 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608773 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608774 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608775 3 0.4981 0.347 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1608776 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608777 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608778 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608779 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608780 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608782 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608783 3 0.0188 0.761 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608784 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608785 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608786 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608787 3 0.3688 0.636 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1608788 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608789 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608790 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608791 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608792 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608793 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608794 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608795 1 0.4907 0.111 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608796 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608797 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608798 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608799 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608800 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608801 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608802 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608803 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608812 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608814 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608815 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608816 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608817 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608818 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608819 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608804 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608805 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608806 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608807 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608808 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608809 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608810 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608811 1 0.3182 0.734 0.860 0.132 0.004 0.004
#> SRR1608822 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608823 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608824 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608825 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608826 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608827 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608828 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608829 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608820 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608821 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608830 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608831 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608832 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608833 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608834 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608835 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608836 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608837 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608838 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608839 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608840 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608841 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608842 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608843 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608844 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608845 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608846 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608847 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608848 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608849 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608850 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608851 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608852 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608853 1 0.4936 0.490 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1608854 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.846 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608863 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608864 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608865 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608866 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608867 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608868 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608869 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608870 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608871 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608872 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608873 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608874 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608875 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608876 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608877 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608878 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608880 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608881 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608882 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608883 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608884 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608885 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608886 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608887 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608888 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608889 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608890 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608891 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608892 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608893 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608894 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608895 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608896 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608897 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608898 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608899 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608901 1 0.0592 0.846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608902 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608903 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608904 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608905 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608906 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608907 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608908 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608909 1 0.0188 0.845 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608910 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608911 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608912 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608913 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608914 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608915 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608916 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608917 1 0.4978 0.457 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1608918 1 0.4964 0.463 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1608919 1 0.4964 0.463 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1608920 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608921 1 0.0469 0.846 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608922 1 0.4950 0.469 0.620 0.000 0.004 0.376
#> SRR1608923 1 0.4950 0.469 0.620 0.000 0.004 0.376
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608491 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608492 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608493 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608494 4 0.0404 0.78347 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608495 4 0.0404 0.78347 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608496 4 0.0404 0.78347 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608497 4 0.0404 0.78347 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608498 5 0.6069 0.00873 0.120 0.000 0.000 0.432 0.448
#> SRR1608499 5 0.6069 0.00873 0.120 0.000 0.000 0.432 0.448
#> SRR1608500 5 0.6069 0.00873 0.120 0.000 0.000 0.432 0.448
#> SRR1608501 5 0.6069 0.00873 0.120 0.000 0.000 0.432 0.448
#> SRR1608502 4 0.2329 0.79772 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1608503 4 0.2329 0.79772 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1608504 4 0.2329 0.79772 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1608505 4 0.2329 0.79772 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1608510 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608511 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608512 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608513 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608506 4 0.1830 0.76370 0.000 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR1608507 4 0.1830 0.76370 0.000 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR1608508 4 0.1830 0.76370 0.000 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR1608509 4 0.1830 0.76370 0.000 0.040 0.000 0.932 0.028
#> SRR1608514 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608515 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608516 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608517 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608518 2 0.1282 0.93651 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1608519 2 0.1282 0.93651 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1608520 2 0.1282 0.93651 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1608521 2 0.1282 0.93651 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR1608522 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608523 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608524 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608525 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608526 2 0.2011 0.91070 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1608527 2 0.2011 0.91070 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1608528 2 0.2011 0.91070 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1608529 2 0.2011 0.91070 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1608530 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608535 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608536 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608537 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.4150 0.32809 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608543 2 0.4150 0.32809 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608544 2 0.4150 0.32809 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608545 2 0.4150 0.32809 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1608546 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608547 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608548 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608549 2 0.1952 0.91365 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1608550 2 0.3285 0.86517 0.000 0.856 0.044 0.008 0.092
#> SRR1608551 2 0.3285 0.86517 0.000 0.856 0.044 0.008 0.092
#> SRR1608552 2 0.3285 0.86517 0.000 0.856 0.044 0.008 0.092
#> SRR1608553 2 0.3285 0.86517 0.000 0.856 0.044 0.008 0.092
#> SRR1608554 2 0.3285 0.86517 0.000 0.856 0.044 0.008 0.092
#> SRR1608555 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608591 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608592 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608593 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608594 2 0.0162 0.95841 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.95937 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608620 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608621 3 0.1851 0.78653 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608622 3 0.1851 0.78653 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1608623 3 0.5738 0.33571 0.000 0.000 0.604 0.264 0.132
#> SRR1608624 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.3425 0.75403 0.000 0.044 0.840 0.004 0.112
#> SRR1608629 3 0.3425 0.75403 0.000 0.044 0.840 0.004 0.112
#> SRR1608630 3 0.3425 0.75403 0.000 0.044 0.840 0.004 0.112
#> SRR1608634 5 0.4442 0.66706 0.000 0.000 0.284 0.028 0.688
#> SRR1608635 5 0.4442 0.66706 0.000 0.000 0.284 0.028 0.688
#> SRR1608636 5 0.4442 0.66706 0.000 0.000 0.284 0.028 0.688
#> SRR1608637 5 0.4442 0.66706 0.000 0.000 0.284 0.028 0.688
#> SRR1608631 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 5 0.4249 0.66507 0.000 0.000 0.296 0.016 0.688
#> SRR1608638 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608639 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608640 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608641 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608643 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.5344 0.43873 0.000 0.000 0.672 0.160 0.168
#> SRR1608647 3 0.5344 0.43873 0.000 0.000 0.672 0.160 0.168
#> SRR1608648 3 0.5344 0.43873 0.000 0.000 0.672 0.160 0.168
#> SRR1608657 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608658 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608659 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608660 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608661 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608662 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608663 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608664 5 0.4235 0.24553 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1608649 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608650 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608651 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608652 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608653 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608654 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608655 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608656 3 0.7640 0.45189 0.000 0.264 0.480 0.120 0.136
#> SRR1608665 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608666 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608667 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608668 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608669 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608670 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608671 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608672 4 0.2377 0.79766 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1608681 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608682 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608683 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608684 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608685 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608686 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608687 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608688 4 0.2561 0.71682 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608673 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608674 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608675 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608676 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608677 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608678 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608679 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608680 4 0.3586 0.64711 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1608689 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608690 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608691 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608692 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608693 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608694 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608695 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608696 4 0.3796 0.53201 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608697 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608698 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608699 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608700 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608701 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608702 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608703 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608704 4 0.2424 0.79630 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1608705 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608706 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608707 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608708 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608709 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608710 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608711 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608712 3 0.7609 0.45595 0.000 0.264 0.484 0.120 0.132
#> SRR1608713 4 0.1331 0.77385 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> SRR1608714 4 0.1331 0.77385 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> SRR1608715 4 0.1331 0.77385 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> SRR1608716 3 0.3861 0.72996 0.000 0.088 0.816 0.004 0.092
#> SRR1608717 3 0.3861 0.72996 0.000 0.088 0.816 0.004 0.092
#> SRR1608718 3 0.3861 0.72996 0.000 0.088 0.816 0.004 0.092
#> SRR1608719 3 0.3861 0.72996 0.000 0.088 0.816 0.004 0.092
#> SRR1608724 4 0.5237 0.66696 0.156 0.000 0.160 0.684 0.000
#> SRR1608725 4 0.5237 0.66696 0.156 0.000 0.160 0.684 0.000
#> SRR1608726 4 0.5237 0.66696 0.156 0.000 0.160 0.684 0.000
#> SRR1608727 4 0.5237 0.66696 0.156 0.000 0.160 0.684 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608729 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608730 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608731 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608732 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608733 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608734 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608735 5 0.4251 0.64465 0.000 0.000 0.316 0.012 0.672
#> SRR1608736 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608737 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608738 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608739 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608740 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608741 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608742 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608743 3 0.0162 0.81904 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608744 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608745 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608746 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608747 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608748 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608749 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608750 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608751 3 0.0404 0.81352 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608752 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608753 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608754 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608755 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608764 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608765 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608766 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608767 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608768 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608769 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608770 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608771 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608756 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.81941 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608773 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608774 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608775 5 0.4227 0.66750 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692
#> SRR1608776 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608777 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608778 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608779 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608780 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608782 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608783 3 0.1908 0.78544 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608784 3 0.5379 0.43251 0.000 0.000 0.668 0.164 0.168
#> SRR1608785 3 0.5379 0.43251 0.000 0.000 0.668 0.164 0.168
#> SRR1608786 3 0.5379 0.43251 0.000 0.000 0.668 0.164 0.168
#> SRR1608787 3 0.5379 0.43251 0.000 0.000 0.668 0.164 0.168
#> SRR1608788 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608789 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608790 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608791 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608792 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608793 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608794 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608795 4 0.3730 0.68348 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608796 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608797 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608798 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608799 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608800 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608801 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608802 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608803 1 0.2054 0.84873 0.920 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR1608812 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608814 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608815 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608816 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608817 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608818 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608819 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608804 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608805 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608806 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608807 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608808 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608809 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608810 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608811 1 0.3427 0.81239 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1608822 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608823 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608824 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608825 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608826 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608827 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608828 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608829 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608820 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608821 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608830 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608831 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608832 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608833 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608834 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608835 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608836 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608837 5 0.3809 0.44376 0.256 0.000 0.000 0.008 0.736
#> SRR1608838 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608839 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608840 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608841 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608842 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608843 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608844 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608845 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608846 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608847 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608848 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608849 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608850 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608851 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608852 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608853 1 0.5032 -0.05959 0.520 0.000 0.000 0.032 0.448
#> SRR1608854 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608855 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608856 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608857 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608858 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608859 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608860 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608861 1 0.2074 0.84177 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608862 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608863 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608864 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608865 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608866 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608867 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608868 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608869 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608870 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608871 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608872 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608873 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608874 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608875 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608876 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608877 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608878 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608880 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608881 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608882 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608883 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608884 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608885 1 0.3003 0.81962 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608886 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608887 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608888 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608889 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608890 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608891 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608892 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608893 1 0.3318 0.81484 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1608894 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608895 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608896 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608897 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608898 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608899 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608901 1 0.0880 0.84428 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608902 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608903 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608904 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608905 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608906 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608907 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608908 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608909 1 0.2648 0.83189 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608910 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608911 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608912 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608913 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608914 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608915 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608916 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608917 5 0.3861 0.43100 0.264 0.000 0.000 0.008 0.728
#> SRR1608918 5 0.3957 0.40134 0.280 0.000 0.000 0.008 0.712
#> SRR1608919 5 0.3957 0.40134 0.280 0.000 0.000 0.008 0.712
#> SRR1608920 1 0.0794 0.84460 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608921 1 0.0794 0.84460 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608922 5 0.3990 0.33576 0.308 0.000 0.000 0.004 0.688
#> SRR1608923 5 0.3990 0.33576 0.308 0.000 0.000 0.004 0.688
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0363 0.8720 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608491 2 0.0363 0.8720 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608492 2 0.0363 0.8720 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608493 2 0.0363 0.8720 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608494 4 0.0891 0.7015 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000
#> SRR1608495 4 0.0891 0.7015 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000
#> SRR1608496 4 0.0891 0.7015 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000
#> SRR1608497 4 0.0891 0.7015 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008 0.000
#> SRR1608498 4 0.6320 0.3434 0.108 0.016 0.000 0.452 0.396 0.028
#> SRR1608499 4 0.6320 0.3434 0.108 0.016 0.000 0.452 0.396 0.028
#> SRR1608500 4 0.6320 0.3434 0.108 0.016 0.000 0.452 0.396 0.028
#> SRR1608501 4 0.6320 0.3434 0.108 0.016 0.000 0.452 0.396 0.028
#> SRR1608502 4 0.1556 0.7081 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.1556 0.7081 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.1556 0.7081 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.1556 0.7081 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.3672 0.4496 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608511 2 0.3672 0.4496 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608512 2 0.3672 0.4496 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608513 2 0.3672 0.4496 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1608506 4 0.2288 0.6628 0.000 0.004 0.000 0.876 0.004 0.116
#> SRR1608507 4 0.2288 0.6628 0.000 0.004 0.000 0.876 0.004 0.116
#> SRR1608508 4 0.2288 0.6628 0.000 0.004 0.000 0.876 0.004 0.116
#> SRR1608509 4 0.2288 0.6628 0.000 0.004 0.000 0.876 0.004 0.116
#> SRR1608514 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.2135 0.7807 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608519 2 0.2135 0.7807 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608520 2 0.2135 0.7807 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608521 2 0.2135 0.7807 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608522 2 0.3446 0.5607 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1608523 2 0.3446 0.5607 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1608524 2 0.3446 0.5607 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1608525 2 0.3446 0.5607 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1608526 2 0.4032 0.3126 0.000 0.572 0.008 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608527 2 0.4032 0.3126 0.000 0.572 0.008 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608528 2 0.4032 0.3126 0.000 0.572 0.008 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608529 2 0.4032 0.3126 0.000 0.572 0.008 0.000 0.000 0.420
#> SRR1608530 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608531 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608532 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608533 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608534 2 0.1082 0.8536 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1608535 2 0.1082 0.8536 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1608536 2 0.1082 0.8536 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1608537 2 0.1082 0.8536 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1608538 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608539 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608540 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608541 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608542 2 0.4943 0.4551 0.000 0.620 0.000 0.300 0.008 0.072
#> SRR1608543 2 0.4943 0.4551 0.000 0.620 0.000 0.300 0.008 0.072
#> SRR1608544 2 0.4943 0.4551 0.000 0.620 0.000 0.300 0.008 0.072
#> SRR1608545 2 0.4943 0.4551 0.000 0.620 0.000 0.300 0.008 0.072
#> SRR1608546 2 0.3482 0.5511 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1608547 2 0.3482 0.5511 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1608548 2 0.3482 0.5511 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1608549 2 0.3482 0.5511 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1608550 2 0.4639 0.1077 0.000 0.512 0.040 0.000 0.000 0.448
#> SRR1608551 2 0.4639 0.1077 0.000 0.512 0.040 0.000 0.000 0.448
#> SRR1608552 2 0.4639 0.1077 0.000 0.512 0.040 0.000 0.000 0.448
#> SRR1608553 2 0.4639 0.1077 0.000 0.512 0.040 0.000 0.000 0.448
#> SRR1608554 2 0.4639 0.1077 0.000 0.512 0.040 0.000 0.000 0.448
#> SRR1608555 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608556 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608557 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608558 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608559 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608560 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608561 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608562 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608563 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608564 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608565 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608566 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608567 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608568 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608574 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608575 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608576 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608577 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608578 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608569 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608570 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608571 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608572 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608573 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608584 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608585 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608586 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608587 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608588 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608579 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608580 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608581 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608582 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608583 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608589 2 0.0146 0.8726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608590 2 0.0146 0.8731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608591 2 0.0146 0.8731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608592 2 0.0146 0.8731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608593 2 0.0146 0.8731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608594 2 0.0146 0.8731 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608595 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608596 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608597 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608598 2 0.0405 0.8723 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608599 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.8731 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0291 0.8730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608604 2 0.0291 0.8730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608605 2 0.0291 0.8730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608606 2 0.0291 0.8730 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608607 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608608 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608609 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608610 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608611 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608612 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608613 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608614 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608615 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608616 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608617 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608618 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608619 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608620 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608621 3 0.3695 -0.0631 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1608622 3 0.3695 -0.0631 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1608623 3 0.4800 0.4585 0.000 0.000 0.636 0.028 0.032 0.304
#> SRR1608624 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608625 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608626 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608627 3 0.0146 0.8034 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608628 6 0.4467 0.4653 0.000 0.020 0.480 0.000 0.004 0.496
#> SRR1608629 6 0.4467 0.4653 0.000 0.020 0.480 0.000 0.004 0.496
#> SRR1608630 6 0.4467 0.4653 0.000 0.020 0.480 0.000 0.004 0.496
#> SRR1608634 5 0.6531 0.4917 0.000 0.000 0.180 0.040 0.416 0.364
#> SRR1608635 5 0.6531 0.4917 0.000 0.000 0.180 0.040 0.416 0.364
#> SRR1608636 5 0.6531 0.4917 0.000 0.000 0.180 0.040 0.416 0.364
#> SRR1608637 5 0.6531 0.4917 0.000 0.000 0.180 0.040 0.416 0.364
#> SRR1608631 3 0.0146 0.8022 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608632 3 0.0146 0.8022 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608633 3 0.0146 0.8022 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608642 5 0.6496 0.4933 0.000 0.000 0.184 0.036 0.416 0.364
#> SRR1608638 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608639 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608640 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608641 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608643 3 0.0405 0.8025 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608644 3 0.0405 0.8025 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608645 3 0.0405 0.8025 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608646 3 0.4235 0.4974 0.000 0.000 0.668 0.008 0.024 0.300
#> SRR1608647 3 0.4235 0.4974 0.000 0.000 0.668 0.008 0.024 0.300
#> SRR1608648 3 0.4235 0.4974 0.000 0.000 0.668 0.008 0.024 0.300
#> SRR1608657 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608658 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608659 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608660 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608661 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608662 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608663 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608664 4 0.5977 0.3110 0.000 0.000 0.004 0.476 0.296 0.224
#> SRR1608649 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608650 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608651 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608652 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608653 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608654 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608655 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608656 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608665 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.1714 0.7086 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608682 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608683 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608684 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608685 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608686 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608687 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608688 4 0.3689 0.6541 0.000 0.000 0.004 0.792 0.068 0.136
#> SRR1608673 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608674 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608675 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608676 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608677 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608678 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608679 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608680 4 0.4161 0.5654 0.016 0.236 0.000 0.724 0.008 0.016
#> SRR1608689 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608690 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608691 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608692 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608693 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608694 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608695 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608696 4 0.5237 0.5396 0.000 0.000 0.004 0.624 0.160 0.212
#> SRR1608697 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608698 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608699 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608700 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608701 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608702 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608703 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608704 4 0.2006 0.7060 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608705 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608706 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608707 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608708 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608709 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608710 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608711 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608712 6 0.6283 0.9311 0.000 0.132 0.260 0.040 0.012 0.556
#> SRR1608713 4 0.1901 0.6831 0.004 0.000 0.000 0.912 0.008 0.076
#> SRR1608714 4 0.1901 0.6831 0.004 0.000 0.000 0.912 0.008 0.076
#> SRR1608715 4 0.1901 0.6831 0.004 0.000 0.000 0.912 0.008 0.076
#> SRR1608716 3 0.4903 -0.5638 0.000 0.060 0.476 0.000 0.000 0.464
#> SRR1608717 3 0.4903 -0.5638 0.000 0.060 0.476 0.000 0.000 0.464
#> SRR1608718 3 0.4903 -0.5638 0.000 0.060 0.476 0.000 0.000 0.464
#> SRR1608719 3 0.4903 -0.5638 0.000 0.060 0.476 0.000 0.000 0.464
#> SRR1608724 4 0.5963 0.2254 0.132 0.000 0.404 0.448 0.004 0.012
#> SRR1608725 4 0.5963 0.2254 0.132 0.000 0.404 0.448 0.004 0.012
#> SRR1608726 4 0.5963 0.2254 0.132 0.000 0.404 0.448 0.004 0.012
#> SRR1608727 4 0.5963 0.2254 0.132 0.000 0.404 0.448 0.004 0.012
#> SRR1608720 3 0.0291 0.8031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608721 3 0.0291 0.8031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608722 3 0.0291 0.8031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608723 3 0.0291 0.8031 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608728 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608729 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608730 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608731 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608732 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608733 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608734 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608735 5 0.6581 0.4721 0.000 0.000 0.204 0.036 0.388 0.372
#> SRR1608736 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608737 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608738 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608739 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608740 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608741 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608742 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608743 3 0.0458 0.7952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608744 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608745 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608746 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608747 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608748 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608749 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608750 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608751 3 0.0912 0.7925 0.004 0.000 0.972 0.008 0.004 0.012
#> SRR1608752 5 0.6501 0.4961 0.000 0.000 0.184 0.036 0.408 0.372
#> SRR1608753 5 0.6501 0.4961 0.000 0.000 0.184 0.036 0.408 0.372
#> SRR1608754 5 0.6501 0.4961 0.000 0.000 0.184 0.036 0.408 0.372
#> SRR1608755 5 0.6501 0.4961 0.000 0.000 0.184 0.036 0.408 0.372
#> SRR1608764 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608765 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608766 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608767 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608768 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608769 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608770 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608771 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608756 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608757 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608758 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608759 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608760 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608761 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608762 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608763 3 0.0291 0.8027 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608772 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608773 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608774 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608775 5 0.6483 0.4970 0.000 0.000 0.180 0.036 0.412 0.372
#> SRR1608776 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608777 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608778 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608779 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608780 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608782 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608783 3 0.3756 -0.1497 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608784 3 0.4670 0.4617 0.000 0.000 0.640 0.020 0.032 0.308
#> SRR1608785 3 0.4670 0.4617 0.000 0.000 0.640 0.020 0.032 0.308
#> SRR1608786 3 0.4670 0.4617 0.000 0.000 0.640 0.020 0.032 0.308
#> SRR1608787 3 0.4670 0.4617 0.000 0.000 0.640 0.020 0.032 0.308
#> SRR1608788 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608789 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608790 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608791 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608792 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608793 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608794 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608795 4 0.4098 0.3178 0.444 0.000 0.000 0.548 0.004 0.004
#> SRR1608796 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608797 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608798 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608799 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608800 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608801 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608802 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608803 1 0.2547 0.7517 0.868 0.000 0.000 0.004 0.112 0.016
#> SRR1608812 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608805 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608806 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608807 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608808 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608809 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608810 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608811 1 0.5809 0.3424 0.448 0.016 0.004 0.000 0.432 0.100
#> SRR1608822 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608831 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608832 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608833 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608834 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608835 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608836 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608837 5 0.1663 0.3937 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1608838 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0363 0.7817 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608847 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608848 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608849 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608850 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608851 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608852 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608853 1 0.4218 0.2652 0.556 0.000 0.000 0.016 0.428 0.000
#> SRR1608854 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608855 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608856 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608857 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608858 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608859 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608860 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608861 1 0.2510 0.7446 0.872 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1608862 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608863 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608864 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608865 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608866 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608867 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608868 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608869 1 0.4748 0.3902 0.504 0.000 0.000 0.000 0.448 0.048
#> SRR1608870 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608878 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608880 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608881 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608882 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608883 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608884 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608885 5 0.4504 -0.2997 0.432 0.000 0.000 0.000 0.536 0.032
#> SRR1608886 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608887 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608888 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608889 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608890 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608891 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608892 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608893 5 0.4735 -0.2984 0.432 0.000 0.000 0.000 0.520 0.048
#> SRR1608894 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0260 0.7840 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608903 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608904 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608905 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608906 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608907 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608908 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608909 1 0.3617 0.6457 0.736 0.000 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1608910 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608911 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608912 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608913 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608914 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608915 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608916 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608917 5 0.1714 0.3920 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608918 5 0.1714 0.3891 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608919 5 0.1714 0.3891 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1608920 1 0.2288 0.7347 0.876 0.000 0.000 0.004 0.116 0.004
#> SRR1608921 1 0.2288 0.7347 0.876 0.000 0.000 0.004 0.116 0.004
#> SRR1608922 5 0.2003 0.3572 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1608923 5 0.2003 0.3572 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.767 0.905 0.953 0.4880 0.503 0.503
#> 3 3 0.803 0.869 0.939 0.3481 0.781 0.589
#> 4 4 0.826 0.838 0.919 0.1010 0.895 0.710
#> 5 5 0.897 0.873 0.919 0.0511 0.939 0.783
#> 6 6 0.829 0.635 0.792 0.0256 0.923 0.691
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.1414 0.898 0.980 0.020
#> SRR1608495 1 0.1414 0.898 0.980 0.020
#> SRR1608496 1 0.1414 0.898 0.980 0.020
#> SRR1608497 1 0.1414 0.898 0.980 0.020
#> SRR1608498 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.7299 0.775 0.796 0.204
#> SRR1608503 1 0.7299 0.775 0.796 0.204
#> SRR1608504 1 0.7299 0.775 0.796 0.204
#> SRR1608505 1 0.7299 0.775 0.796 0.204
#> SRR1608510 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.7950 0.739 0.760 0.240
#> SRR1608507 1 0.7883 0.744 0.764 0.236
#> SRR1608508 1 0.7950 0.739 0.760 0.240
#> SRR1608509 1 0.7883 0.744 0.764 0.236
#> SRR1608514 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.1414 0.970 0.020 0.980
#> SRR1608560 2 0.1843 0.962 0.028 0.972
#> SRR1608561 2 0.1414 0.970 0.020 0.980
#> SRR1608562 2 0.1843 0.962 0.028 0.972
#> SRR1608563 2 0.1184 0.973 0.016 0.984
#> SRR1608564 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1608588 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.6712 0.769 0.176 0.824
#> SRR1608590 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.6887 0.758 0.184 0.816
#> SRR1608604 2 0.6887 0.758 0.184 0.816
#> SRR1608605 2 0.6887 0.758 0.184 0.816
#> SRR1608606 2 0.6887 0.758 0.184 0.816
#> SRR1608607 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608620 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608623 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.9710 0.417 0.600 0.400
#> SRR1608635 1 0.9710 0.417 0.600 0.400
#> SRR1608636 1 0.9710 0.417 0.600 0.400
#> SRR1608637 1 0.9710 0.417 0.600 0.400
#> SRR1608631 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608642 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608638 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608646 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608647 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608648 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608657 1 0.8555 0.659 0.720 0.280
#> SRR1608658 1 0.8608 0.652 0.716 0.284
#> SRR1608659 1 0.8555 0.658 0.720 0.280
#> SRR1608660 1 0.8661 0.646 0.712 0.288
#> SRR1608661 1 0.8386 0.677 0.732 0.268
#> SRR1608662 1 0.8207 0.694 0.744 0.256
#> SRR1608663 1 0.8327 0.682 0.736 0.264
#> SRR1608664 1 0.8207 0.694 0.744 0.256
#> SRR1608649 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.7139 0.766 0.804 0.196
#> SRR1608682 1 0.6973 0.774 0.812 0.188
#> SRR1608683 1 0.7056 0.770 0.808 0.192
#> SRR1608684 1 0.7056 0.770 0.808 0.192
#> SRR1608685 1 0.7056 0.770 0.808 0.192
#> SRR1608686 1 0.6973 0.774 0.812 0.188
#> SRR1608687 1 0.6973 0.774 0.812 0.188
#> SRR1608688 1 0.6973 0.774 0.812 0.188
#> SRR1608673 1 0.9522 0.536 0.628 0.372
#> SRR1608674 1 0.9580 0.520 0.620 0.380
#> SRR1608675 1 0.9608 0.512 0.616 0.384
#> SRR1608676 1 0.9686 0.485 0.604 0.396
#> SRR1608677 1 0.9522 0.536 0.628 0.372
#> SRR1608678 1 0.9491 0.544 0.632 0.368
#> SRR1608679 1 0.9460 0.552 0.636 0.364
#> SRR1608680 1 0.9427 0.560 0.640 0.360
#> SRR1608689 2 0.3584 0.917 0.068 0.932
#> SRR1608690 2 0.3733 0.913 0.072 0.928
#> SRR1608691 2 0.2948 0.936 0.052 0.948
#> SRR1608692 2 0.5178 0.856 0.116 0.884
#> SRR1608693 2 0.2948 0.936 0.052 0.948
#> SRR1608694 2 0.2423 0.949 0.040 0.960
#> SRR1608695 2 0.2603 0.945 0.044 0.956
#> SRR1608696 2 0.2778 0.940 0.048 0.952
#> SRR1608697 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608698 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608699 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608700 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608701 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608702 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608703 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608704 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608705 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.7602 0.760 0.780 0.220
#> SRR1608714 1 0.7602 0.760 0.780 0.220
#> SRR1608715 1 0.7602 0.760 0.780 0.220
#> SRR1608716 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608724 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR1608725 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR1608726 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR1608727 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR1608720 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608728 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608729 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608730 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608731 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608732 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608733 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608734 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608735 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608736 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608744 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608745 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608746 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608747 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608748 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608749 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608750 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608751 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608752 2 0.6973 0.752 0.188 0.812
#> SRR1608753 2 0.6973 0.752 0.188 0.812
#> SRR1608754 2 0.6973 0.752 0.188 0.812
#> SRR1608755 2 0.6973 0.752 0.188 0.812
#> SRR1608764 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608765 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608766 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608767 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608768 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608769 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608770 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608771 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608756 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608757 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608758 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608759 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608760 2 0.0672 0.981 0.008 0.992
#> SRR1608761 2 0.0672 0.981 0.008 0.992
#> SRR1608762 2 0.0938 0.978 0.012 0.988
#> SRR1608763 2 0.0672 0.981 0.008 0.992
#> SRR1608772 2 0.0672 0.981 0.008 0.992
#> SRR1608773 2 0.0672 0.981 0.008 0.992
#> SRR1608774 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1608775 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR1608776 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608784 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608785 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608786 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608787 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608789 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608790 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608791 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608792 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608793 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608794 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608795 1 0.6887 0.791 0.816 0.184
#> SRR1608796 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.9833 0.312 0.576 0.424
#> SRR1608805 1 0.9833 0.312 0.576 0.424
#> SRR1608806 1 0.9815 0.321 0.580 0.420
#> SRR1608807 1 0.9850 0.303 0.572 0.428
#> SRR1608808 1 0.9833 0.312 0.576 0.424
#> SRR1608809 1 0.9833 0.312 0.576 0.424
#> SRR1608810 1 0.9850 0.303 0.572 0.428
#> SRR1608811 1 0.9850 0.301 0.572 0.428
#> SRR1608822 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.6801 0.794 0.820 0.180
#> SRR1608821 1 0.6801 0.794 0.820 0.180
#> SRR1608830 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608831 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608832 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608833 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608834 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608835 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608836 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608837 1 0.0938 0.900 0.988 0.012
#> SRR1608838 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608863 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608864 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608865 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608866 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608867 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608868 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608869 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608870 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0376 0.904 0.996 0.004
#> SRR1608905 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.905 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608492 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608494 1 0.2356 0.880 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608495 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608496 1 0.2537 0.875 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608497 1 0.2448 0.876 0.924 0.000 0.076
#> SRR1608498 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.4346 0.783 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608503 1 0.4452 0.774 0.808 0.000 0.192
#> SRR1608504 1 0.4399 0.779 0.812 0.000 0.188
#> SRR1608505 1 0.4346 0.783 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608510 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.3112 0.880 0.056 0.028 0.916
#> SRR1608507 3 0.2384 0.890 0.056 0.008 0.936
#> SRR1608508 3 0.3237 0.878 0.056 0.032 0.912
#> SRR1608509 3 0.1964 0.893 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608514 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608535 2 0.0592 0.946 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608536 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608537 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608538 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.6280 0.220 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608635 1 0.6280 0.220 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608636 1 0.6280 0.220 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608637 1 0.6280 0.220 0.540 0.000 0.460
#> SRR1608631 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608657 1 0.9106 0.420 0.548 0.244 0.208
#> SRR1608658 1 0.9076 0.428 0.552 0.240 0.208
#> SRR1608659 1 0.9076 0.428 0.552 0.240 0.208
#> SRR1608660 1 0.9106 0.420 0.548 0.244 0.208
#> SRR1608661 1 0.9045 0.437 0.556 0.236 0.208
#> SRR1608662 1 0.9045 0.437 0.556 0.236 0.208
#> SRR1608663 1 0.9045 0.437 0.556 0.236 0.208
#> SRR1608664 1 0.9045 0.437 0.556 0.236 0.208
#> SRR1608649 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608650 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608651 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608652 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608653 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608654 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608655 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608656 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.5254 0.658 0.736 0.000 0.264
#> SRR1608682 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608683 1 0.5254 0.658 0.736 0.000 0.264
#> SRR1608684 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608685 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608686 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608687 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608688 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608673 3 0.8392 0.536 0.176 0.200 0.624
#> SRR1608674 3 0.8249 0.552 0.164 0.200 0.636
#> SRR1608675 3 0.8392 0.536 0.176 0.200 0.624
#> SRR1608676 3 0.8042 0.574 0.148 0.200 0.652
#> SRR1608677 3 0.8345 0.541 0.172 0.200 0.628
#> SRR1608678 3 0.8392 0.536 0.176 0.200 0.624
#> SRR1608679 3 0.8392 0.536 0.176 0.200 0.624
#> SRR1608680 3 0.8392 0.536 0.176 0.200 0.624
#> SRR1608689 3 0.0892 0.926 0.020 0.000 0.980
#> SRR1608690 3 0.0892 0.926 0.020 0.000 0.980
#> SRR1608691 3 0.0592 0.932 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608692 3 0.1289 0.915 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608693 3 0.0747 0.929 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608694 3 0.0424 0.935 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608695 3 0.0592 0.932 0.012 0.000 0.988
#> SRR1608696 3 0.0747 0.929 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608697 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608698 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608699 1 0.3816 0.818 0.852 0.000 0.148
#> SRR1608700 1 0.3816 0.818 0.852 0.000 0.148
#> SRR1608701 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608702 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608703 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608704 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608705 3 0.5254 0.650 0.000 0.264 0.736
#> SRR1608706 3 0.5254 0.650 0.000 0.264 0.736
#> SRR1608707 3 0.5678 0.559 0.000 0.316 0.684
#> SRR1608708 3 0.5254 0.650 0.000 0.264 0.736
#> SRR1608709 3 0.5363 0.631 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608710 3 0.5291 0.644 0.000 0.268 0.732
#> SRR1608711 3 0.5098 0.674 0.000 0.248 0.752
#> SRR1608712 3 0.5254 0.650 0.000 0.264 0.736
#> SRR1608713 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608714 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608715 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608716 3 0.5810 0.500 0.000 0.336 0.664
#> SRR1608717 3 0.5327 0.623 0.000 0.272 0.728
#> SRR1608718 3 0.5650 0.549 0.000 0.312 0.688
#> SRR1608719 3 0.5363 0.616 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608724 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608752 3 0.7447 0.532 0.068 0.280 0.652
#> SRR1608753 3 0.7758 0.511 0.084 0.280 0.636
#> SRR1608754 3 0.7847 0.392 0.068 0.344 0.588
#> SRR1608755 3 0.7850 0.445 0.076 0.316 0.608
#> SRR1608764 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608772 3 0.2448 0.874 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608773 3 0.2448 0.874 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608774 3 0.2448 0.874 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608775 3 0.2448 0.874 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608776 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608788 1 0.3752 0.822 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608789 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608790 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608791 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608792 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608793 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608794 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608795 1 0.3686 0.826 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608796 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.9899 0.172 0.280 0.400 0.320
#> SRR1608805 2 0.9882 0.192 0.280 0.408 0.312
#> SRR1608806 2 0.9863 0.215 0.284 0.416 0.300
#> SRR1608807 2 0.9913 0.135 0.276 0.388 0.336
#> SRR1608808 2 0.9823 0.246 0.288 0.428 0.284
#> SRR1608809 2 0.9887 0.201 0.288 0.408 0.304
#> SRR1608810 2 0.9889 0.205 0.292 0.408 0.300
#> SRR1608811 2 0.9886 0.178 0.276 0.404 0.320
#> SRR1608822 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.2066 0.883 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608821 1 0.2066 0.883 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608830 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608863 1 0.5216 0.664 0.740 0.000 0.260
#> SRR1608864 1 0.5431 0.622 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608865 1 0.5327 0.644 0.728 0.000 0.272
#> SRR1608866 1 0.5058 0.689 0.756 0.000 0.244
#> SRR1608867 1 0.5178 0.671 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608868 1 0.5291 0.651 0.732 0.000 0.268
#> SRR1608869 1 0.5397 0.630 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608870 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.918 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608491 2 0.0592 0.980 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608492 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608493 2 0.0592 0.980 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608494 4 0.4985 0.741 0.152 0.000 0.080 0.768
#> SRR1608495 4 0.4966 0.739 0.156 0.000 0.076 0.768
#> SRR1608496 4 0.5058 0.752 0.128 0.000 0.104 0.768
#> SRR1608497 4 0.5066 0.755 0.120 0.000 0.112 0.768
#> SRR1608498 1 0.4804 0.530 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1608499 1 0.4804 0.530 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1608500 1 0.4804 0.530 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1608501 1 0.4804 0.530 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1608502 4 0.4122 0.721 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR1608503 4 0.4122 0.721 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR1608504 4 0.4122 0.721 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR1608505 4 0.4122 0.721 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR1608510 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.6556 0.278 0.336 0.020 0.592 0.052
#> SRR1608507 3 0.6207 0.329 0.316 0.008 0.620 0.056
#> SRR1608508 3 0.6556 0.278 0.336 0.020 0.592 0.052
#> SRR1608509 3 0.5884 0.321 0.328 0.000 0.620 0.052
#> SRR1608514 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608535 2 0.0817 0.969 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608536 2 0.0336 0.989 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608537 2 0.0707 0.974 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608620 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608621 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 4 0.7673 0.234 0.216 0.000 0.368 0.416
#> SRR1608635 4 0.7673 0.234 0.216 0.000 0.368 0.416
#> SRR1608636 4 0.7679 0.218 0.216 0.000 0.376 0.408
#> SRR1608637 4 0.7681 0.209 0.216 0.000 0.380 0.404
#> SRR1608631 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608638 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608639 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608640 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608641 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608643 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 4 0.4454 0.618 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1608666 4 0.4454 0.618 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1608667 4 0.4406 0.627 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1608668 4 0.4454 0.618 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1608669 4 0.4500 0.606 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1608670 4 0.4454 0.618 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1608671 4 0.4454 0.618 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1608672 4 0.4431 0.623 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1608681 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608682 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608683 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608684 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608685 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608686 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608687 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608688 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608673 3 0.7452 0.375 0.164 0.200 0.604 0.032
#> SRR1608674 3 0.6957 0.427 0.152 0.200 0.632 0.016
#> SRR1608675 3 0.7076 0.404 0.164 0.200 0.620 0.016
#> SRR1608676 3 0.6784 0.456 0.136 0.200 0.648 0.016
#> SRR1608677 3 0.7497 0.375 0.160 0.200 0.604 0.036
#> SRR1608678 3 0.7452 0.375 0.164 0.200 0.604 0.032
#> SRR1608679 3 0.7535 0.367 0.164 0.200 0.600 0.036
#> SRR1608680 3 0.7691 0.350 0.164 0.200 0.592 0.044
#> SRR1608689 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608690 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608691 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608692 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608693 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608694 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608695 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608696 4 0.3837 0.730 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608697 4 0.4188 0.682 0.244 0.000 0.004 0.752
#> SRR1608698 4 0.4188 0.682 0.244 0.000 0.004 0.752
#> SRR1608699 4 0.4220 0.679 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1608700 4 0.4220 0.679 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1608701 4 0.4155 0.684 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR1608702 4 0.4155 0.684 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR1608703 4 0.4155 0.684 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR1608704 4 0.4155 0.684 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR1608705 3 0.3942 0.628 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1608706 3 0.3975 0.622 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1608707 3 0.4331 0.544 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1608708 3 0.3975 0.622 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1608709 3 0.4072 0.603 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1608710 3 0.4008 0.615 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1608711 3 0.3801 0.651 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1608712 3 0.3975 0.622 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1608713 3 0.0672 0.902 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1608714 3 0.0804 0.899 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1608715 3 0.0672 0.902 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1608716 3 0.4605 0.470 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1608717 3 0.4222 0.571 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1608718 3 0.4500 0.502 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1608719 3 0.4250 0.565 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608729 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608730 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608731 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608732 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608733 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608734 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608735 3 0.0188 0.911 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608736 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608752 4 0.5620 0.230 0.000 0.024 0.416 0.560
#> SRR1608753 4 0.4804 0.329 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1608754 4 0.5700 0.238 0.000 0.028 0.412 0.560
#> SRR1608755 4 0.5487 0.276 0.000 0.020 0.400 0.580
#> SRR1608764 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608765 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608766 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608767 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608768 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608769 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608770 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608771 3 0.0469 0.906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608756 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.3942 0.632 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608773 3 0.3942 0.632 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608774 3 0.3942 0.632 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608775 3 0.3942 0.632 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608776 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.6448 0.307 0.592 0.092 0.316 0.000
#> SRR1608805 1 0.6516 0.311 0.592 0.100 0.308 0.000
#> SRR1608806 1 0.6607 0.318 0.592 0.112 0.296 0.000
#> SRR1608807 1 0.6603 0.276 0.572 0.100 0.328 0.000
#> SRR1608808 1 0.6617 0.335 0.600 0.120 0.280 0.000
#> SRR1608809 1 0.6477 0.327 0.600 0.100 0.300 0.000
#> SRR1608810 1 0.6477 0.327 0.600 0.100 0.300 0.000
#> SRR1608811 1 0.6501 0.301 0.588 0.096 0.316 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608831 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608832 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608833 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608834 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608835 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608836 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608837 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608838 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608847 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608848 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608849 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608850 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608851 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608852 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608853 1 0.3907 0.743 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1608854 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.1118 0.868 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608863 1 0.1022 0.872 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608864 1 0.1211 0.864 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1608865 1 0.1118 0.868 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608866 1 0.0921 0.876 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608867 1 0.1118 0.868 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608868 1 0.1118 0.868 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608869 1 0.1118 0.868 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608880 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608881 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608882 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608883 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608884 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608885 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608886 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608887 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608888 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608889 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608890 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608891 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608892 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608893 1 0.0524 0.892 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1608894 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608911 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608912 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608913 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608914 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608915 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608916 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608917 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608918 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608919 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608920 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1608923 1 0.3942 0.741 0.764 0.000 0.000 0.236
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0703 0.970 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0880 0.961 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0703 0.970 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0880 0.961 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608498 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608499 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608500 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608501 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608502 4 0.0162 0.979 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608503 4 0.0162 0.979 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608504 4 0.0162 0.979 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608505 4 0.0162 0.979 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608510 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608511 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608512 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608513 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608506 1 0.5639 0.253 0.524 0.000 0.080 0.000 0.396
#> SRR1608507 1 0.5971 0.197 0.492 0.000 0.112 0.000 0.396
#> SRR1608508 1 0.5492 0.272 0.536 0.000 0.068 0.000 0.396
#> SRR1608509 1 0.5685 0.246 0.520 0.000 0.084 0.000 0.396
#> SRR1608514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608519 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608520 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608521 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608522 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608523 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608524 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608525 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608526 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608527 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608528 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608529 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608530 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0671 0.978 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1608535 2 0.1205 0.951 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1608536 2 0.0771 0.974 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608537 2 0.1205 0.951 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1608538 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608547 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608548 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608549 2 0.0290 0.990 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608550 2 0.1478 0.945 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608551 2 0.1478 0.945 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608552 2 0.1478 0.945 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608553 2 0.1478 0.945 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608554 2 0.1478 0.945 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608555 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608565 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608566 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608567 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608568 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608574 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608570 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608571 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608572 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608573 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608584 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608590 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608604 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608605 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608606 2 0.0162 0.992 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608607 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608621 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 5 0.5204 0.393 0.000 0.000 0.368 0.052 0.580
#> SRR1608635 5 0.5263 0.390 0.000 0.000 0.368 0.056 0.576
#> SRR1608636 5 0.5037 0.388 0.000 0.000 0.376 0.040 0.584
#> SRR1608637 5 0.4980 0.384 0.000 0.000 0.380 0.036 0.584
#> SRR1608631 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608643 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608650 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608651 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608652 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608653 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608654 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608655 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608656 3 0.4171 0.558 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608665 4 0.1608 0.911 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1608666 4 0.1608 0.911 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1608667 4 0.1478 0.920 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1608668 4 0.1608 0.911 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1608669 4 0.1732 0.899 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1608670 4 0.1608 0.911 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1608671 4 0.1608 0.911 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR1608672 4 0.1544 0.916 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 3 0.6490 0.443 0.164 0.200 0.600 0.036 0.000
#> SRR1608674 3 0.5992 0.489 0.152 0.200 0.632 0.016 0.000
#> SRR1608675 3 0.6095 0.467 0.164 0.200 0.620 0.016 0.000
#> SRR1608676 3 0.5844 0.517 0.136 0.200 0.648 0.016 0.000
#> SRR1608677 3 0.6526 0.446 0.160 0.200 0.600 0.040 0.000
#> SRR1608678 3 0.6490 0.443 0.164 0.200 0.600 0.036 0.000
#> SRR1608679 3 0.6559 0.438 0.164 0.200 0.596 0.040 0.000
#> SRR1608680 3 0.6559 0.438 0.164 0.200 0.596 0.040 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.980 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.0404 0.974 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608698 4 0.0404 0.974 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1608699 4 0.0510 0.970 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608700 4 0.0510 0.970 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1608701 4 0.0290 0.977 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608702 4 0.0290 0.977 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608703 4 0.0290 0.977 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608704 4 0.0290 0.977 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608705 3 0.5646 0.465 0.000 0.080 0.520 0.000 0.400
#> SRR1608706 3 0.5736 0.454 0.000 0.088 0.512 0.000 0.400
#> SRR1608707 3 0.6177 0.385 0.000 0.136 0.464 0.000 0.400
#> SRR1608708 3 0.5691 0.459 0.000 0.084 0.516 0.000 0.400
#> SRR1608709 3 0.5779 0.449 0.000 0.092 0.508 0.000 0.400
#> SRR1608710 3 0.5736 0.454 0.000 0.088 0.512 0.000 0.400
#> SRR1608711 3 0.5499 0.479 0.000 0.068 0.532 0.000 0.400
#> SRR1608712 3 0.5691 0.459 0.000 0.084 0.516 0.000 0.400
#> SRR1608713 3 0.1978 0.846 0.044 0.000 0.928 0.004 0.024
#> SRR1608714 3 0.2227 0.837 0.048 0.000 0.916 0.004 0.032
#> SRR1608715 3 0.2227 0.837 0.048 0.000 0.916 0.004 0.032
#> SRR1608716 3 0.3949 0.484 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.3636 0.575 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1608718 3 0.3876 0.508 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR1608719 3 0.3661 0.569 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608736 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 5 0.4517 0.383 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> SRR1608753 5 0.4746 0.397 0.000 0.000 0.376 0.024 0.600
#> SRR1608754 5 0.4517 0.383 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> SRR1608755 5 0.4675 0.392 0.000 0.000 0.380 0.020 0.600
#> SRR1608764 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.4182 0.366 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608773 5 0.4182 0.366 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608774 5 0.4182 0.366 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608775 5 0.4182 0.366 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1608776 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.3353 0.607 0.796 0.008 0.196 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.3318 0.613 0.800 0.008 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.3492 0.612 0.796 0.016 0.188 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.3596 0.589 0.784 0.016 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.3246 0.629 0.808 0.008 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.3160 0.627 0.808 0.004 0.188 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.3123 0.634 0.812 0.004 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.3266 0.603 0.796 0.004 0.200 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608831 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608832 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608833 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608834 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608835 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608836 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608837 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608838 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608847 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608848 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608849 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608850 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608851 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608852 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608853 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608854 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0609 0.921 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0404 0.933 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608880 1 0.0404 0.933 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608881 1 0.0510 0.930 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608882 1 0.0510 0.930 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608883 1 0.0404 0.933 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608884 1 0.0510 0.930 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608885 1 0.0404 0.933 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608886 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608887 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608888 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608889 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608890 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608891 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608892 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608893 1 0.0609 0.926 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608894 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608911 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608912 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608913 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608914 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608915 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608916 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608917 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608918 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608919 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608920 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0162 0.939 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608922 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1608923 5 0.4182 0.760 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0632 0.96868 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608491 2 0.0790 0.95928 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608492 2 0.0632 0.96868 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608493 2 0.0790 0.95928 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608494 4 0.0790 0.94473 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.1075 0.94337 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0937 0.94425 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0937 0.94421 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608498 5 0.3586 0.37492 0.020 0.000 0.024 0.000 0.796 0.160
#> SRR1608499 5 0.3586 0.37492 0.020 0.000 0.024 0.000 0.796 0.160
#> SRR1608500 5 0.3506 0.37730 0.020 0.000 0.020 0.000 0.800 0.160
#> SRR1608501 5 0.3586 0.37492 0.020 0.000 0.024 0.000 0.796 0.160
#> SRR1608502 4 0.2378 0.92644 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.2378 0.92644 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.2378 0.92644 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.2378 0.92644 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.4047 0.11212 0.760 0.000 0.084 0.000 0.152 0.004
#> SRR1608507 1 0.4406 0.09144 0.728 0.000 0.116 0.000 0.152 0.004
#> SRR1608508 1 0.3894 0.11852 0.772 0.000 0.072 0.000 0.152 0.004
#> SRR1608509 1 0.4095 0.10974 0.756 0.000 0.088 0.000 0.152 0.004
#> SRR1608514 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0458 0.97764 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608535 2 0.0937 0.94907 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608536 2 0.0547 0.97331 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608537 2 0.0937 0.94907 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608538 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608543 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608544 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608545 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608546 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0146 0.99134 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.1549 0.94178 0.044 0.936 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.1549 0.94178 0.044 0.936 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.1549 0.94178 0.044 0.936 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.1549 0.94178 0.044 0.936 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.1549 0.94178 0.044 0.936 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.99323 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608608 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608609 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608610 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608611 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608612 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608613 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608614 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608615 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608616 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608617 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608618 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608619 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608620 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608621 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608622 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608623 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608624 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608625 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608626 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608627 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608628 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608629 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608630 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608634 6 0.1398 0.69958 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 0.940
#> SRR1608635 6 0.1462 0.69844 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.936
#> SRR1608636 6 0.1124 0.70900 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956
#> SRR1608637 6 0.1049 0.71231 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1608631 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608632 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608633 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608642 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608638 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608639 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608640 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608641 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608643 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608644 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608645 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608646 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608647 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608648 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608657 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608649 3 0.4079 0.30318 0.380 0.004 0.608 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608650 3 0.3945 0.30593 0.380 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608651 3 0.4079 0.30318 0.380 0.004 0.608 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608652 3 0.4079 0.30318 0.380 0.004 0.608 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608653 3 0.4079 0.30318 0.380 0.004 0.608 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608654 3 0.3945 0.30593 0.380 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608655 3 0.3945 0.30593 0.380 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608656 3 0.3945 0.30593 0.380 0.000 0.612 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608665 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608666 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608667 4 0.2883 0.92498 0.008 0.000 0.152 0.832 0.008 0.000
#> SRR1608668 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608669 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608670 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608671 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608672 4 0.2982 0.92367 0.008 0.000 0.152 0.828 0.012 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608673 3 0.2942 0.21291 0.000 0.132 0.836 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608674 3 0.2664 0.23317 0.000 0.136 0.848 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608675 3 0.2664 0.23317 0.000 0.136 0.848 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608676 3 0.2664 0.23317 0.000 0.136 0.848 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608677 3 0.2983 0.21226 0.000 0.136 0.832 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608678 3 0.2983 0.21226 0.000 0.136 0.832 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608679 3 0.2942 0.21291 0.000 0.132 0.836 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608680 3 0.2983 0.21226 0.000 0.136 0.832 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.94638 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608697 4 0.3257 0.91811 0.020 0.000 0.152 0.816 0.012 0.000
#> SRR1608698 4 0.3338 0.91590 0.024 0.000 0.152 0.812 0.012 0.000
#> SRR1608699 4 0.3239 0.91871 0.024 0.000 0.152 0.816 0.008 0.000
#> SRR1608700 4 0.3239 0.91871 0.024 0.000 0.152 0.816 0.008 0.000
#> SRR1608701 4 0.3159 0.92048 0.020 0.000 0.152 0.820 0.008 0.000
#> SRR1608702 4 0.3159 0.92048 0.020 0.000 0.152 0.820 0.008 0.000
#> SRR1608703 4 0.3159 0.92048 0.020 0.000 0.152 0.820 0.008 0.000
#> SRR1608704 4 0.3159 0.92048 0.020 0.000 0.152 0.820 0.008 0.000
#> SRR1608705 3 0.5226 0.21801 0.380 0.076 0.536 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608706 3 0.5351 0.20193 0.380 0.088 0.524 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608707 3 0.5726 0.13530 0.380 0.132 0.480 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608708 3 0.5311 0.20781 0.380 0.084 0.528 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608709 3 0.5351 0.20177 0.380 0.088 0.524 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608710 3 0.5311 0.20781 0.380 0.084 0.528 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608711 3 0.5136 0.22784 0.380 0.068 0.544 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608712 3 0.5311 0.20781 0.380 0.084 0.528 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608713 3 0.5507 0.65946 0.032 0.000 0.540 0.008 0.044 0.376
#> SRR1608714 3 0.5598 0.63675 0.036 0.000 0.544 0.008 0.048 0.364
#> SRR1608715 3 0.5649 0.63195 0.040 0.000 0.544 0.008 0.048 0.360
#> SRR1608716 6 0.6053 0.12774 0.000 0.336 0.264 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608717 6 0.6063 -0.00705 0.000 0.272 0.328 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608718 6 0.6070 0.10706 0.000 0.320 0.280 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608719 6 0.6067 0.00530 0.000 0.276 0.324 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608724 3 0.4084 0.77922 0.012 0.000 0.588 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608725 3 0.4084 0.77922 0.012 0.000 0.588 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608726 3 0.4084 0.77922 0.012 0.000 0.588 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608727 3 0.4084 0.77922 0.012 0.000 0.588 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608720 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608721 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608722 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608723 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608728 3 0.3774 0.78789 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608729 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608730 3 0.3774 0.78789 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608731 3 0.3782 0.78332 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608732 3 0.3774 0.78789 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608733 3 0.3804 0.76313 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1608734 3 0.3774 0.78789 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608735 3 0.3782 0.78332 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608736 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608737 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608738 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608739 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608740 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608741 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608742 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608743 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608744 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608745 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608746 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608747 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608748 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608749 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608750 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608751 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608752 6 0.0622 0.71634 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1608753 6 0.0891 0.70886 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008 0.968
#> SRR1608754 6 0.0622 0.71634 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1608755 6 0.0806 0.71183 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008 0.972
#> SRR1608764 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608765 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608766 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608767 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608768 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608769 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608770 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608771 6 0.2527 0.71729 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608756 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608757 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608758 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608759 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608760 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608761 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608762 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608763 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608772 6 0.0260 0.71959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608773 6 0.0260 0.71959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608774 6 0.0260 0.71959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608775 6 0.0260 0.71959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1608776 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608777 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608778 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608779 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608780 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608782 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608783 3 0.3756 0.79516 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608784 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608785 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608786 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608787 3 0.3782 0.78379 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1608788 1 0.3868 0.47580 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608789 1 0.3868 0.47580 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608790 1 0.3868 0.47580 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608791 1 0.4095 0.48945 0.512 0.000 0.008 0.000 0.480 0.000
#> SRR1608792 1 0.3868 0.47580 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608793 5 0.3869 -0.46478 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1608794 5 0.3866 -0.41164 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1608795 1 0.4097 0.45198 0.500 0.000 0.008 0.000 0.492 0.000
#> SRR1608796 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608797 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608798 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608799 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608800 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608801 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608802 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608803 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608812 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608814 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608815 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608816 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608817 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608818 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608819 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608804 1 0.5918 0.29182 0.436 0.004 0.000 0.000 0.380 0.180
#> SRR1608805 1 0.5791 0.29463 0.440 0.000 0.000 0.000 0.380 0.180
#> SRR1608806 1 0.5997 0.29225 0.432 0.008 0.000 0.000 0.384 0.176
#> SRR1608807 1 0.6114 0.28000 0.428 0.012 0.000 0.000 0.376 0.184
#> SRR1608808 1 0.5756 0.30139 0.440 0.000 0.000 0.000 0.388 0.172
#> SRR1608809 1 0.5756 0.30140 0.440 0.000 0.000 0.000 0.388 0.172
#> SRR1608810 1 0.5737 0.30385 0.440 0.000 0.000 0.000 0.392 0.168
#> SRR1608811 1 0.5807 0.29053 0.440 0.000 0.000 0.000 0.376 0.184
#> SRR1608822 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608823 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608824 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608825 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608826 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608827 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608828 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608829 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608820 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608821 5 0.3860 -0.37150 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608830 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608831 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608832 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608833 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608834 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608835 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608836 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608837 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608838 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608839 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608840 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608841 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608842 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608843 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608844 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608845 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608846 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608847 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608848 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608849 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608850 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608851 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608852 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608853 5 0.2981 0.38518 0.020 0.000 0.000 0.000 0.820 0.160
#> SRR1608854 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608855 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608856 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608857 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608858 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608859 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608860 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608861 1 0.3756 0.71046 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1608862 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608863 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608864 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608865 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608866 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608867 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608868 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608869 5 0.3833 -0.31017 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1608870 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608871 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608872 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608873 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608874 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608875 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608876 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608877 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608878 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608880 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608881 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608882 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608883 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608884 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608885 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608886 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608887 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608888 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608889 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608890 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608891 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608892 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608893 5 0.3828 -0.30527 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1608894 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608895 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608896 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608897 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608898 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608899 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608901 1 0.3706 0.74061 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1608902 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608903 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608904 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608905 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608906 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608907 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608908 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608909 5 0.3838 -0.31845 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1608910 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608911 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608912 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608913 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608914 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608915 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608916 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608917 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608918 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608919 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608920 5 0.3989 -0.36489 0.468 0.000 0.000 0.000 0.528 0.004
#> SRR1608921 5 0.3989 -0.36489 0.468 0.000 0.000 0.000 0.528 0.004
#> SRR1608922 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608923 5 0.2454 0.39179 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.417 0.801 0.879 0.4606 0.500 0.500
#> 3 3 0.349 0.596 0.738 0.3207 0.695 0.466
#> 4 4 0.553 0.736 0.821 0.1936 0.803 0.508
#> 5 5 0.636 0.643 0.771 0.0746 0.907 0.669
#> 6 6 0.715 0.678 0.783 0.0423 0.965 0.833
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608491 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608492 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608493 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608494 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608495 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608496 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608497 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608498 1 0.9000 0.698 0.684 0.316
#> SRR1608499 1 0.9044 0.693 0.680 0.320
#> SRR1608500 1 0.9087 0.687 0.676 0.324
#> SRR1608501 1 0.9000 0.698 0.684 0.316
#> SRR1608502 1 0.8909 0.734 0.692 0.308
#> SRR1608503 1 0.8909 0.734 0.692 0.308
#> SRR1608504 1 0.8909 0.734 0.692 0.308
#> SRR1608505 1 0.8861 0.739 0.696 0.304
#> SRR1608510 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608506 2 0.9686 0.258 0.396 0.604
#> SRR1608507 2 0.9661 0.277 0.392 0.608
#> SRR1608508 2 0.9580 0.311 0.380 0.620
#> SRR1608509 2 0.9710 0.243 0.400 0.600
#> SRR1608514 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608515 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608516 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608517 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608518 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608519 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608520 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608521 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608522 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608531 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608532 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608533 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608534 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608535 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608536 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608537 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608538 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608539 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608540 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608541 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608542 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608543 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608544 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608545 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608546 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.894 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608556 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608557 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608558 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608559 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608560 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608561 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608562 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608563 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608564 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608565 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608566 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608567 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608568 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608574 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608575 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608576 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608577 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608578 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608569 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608570 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608571 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608572 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608573 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608584 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608585 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608586 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608587 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608588 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608579 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608580 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608581 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608582 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608583 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608589 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608590 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608591 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608592 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608593 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608594 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608595 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608596 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608597 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608598 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608599 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608600 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608601 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608602 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608603 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608604 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608605 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608606 2 0.0376 0.896 0.004 0.996
#> SRR1608607 2 0.6973 0.737 0.188 0.812
#> SRR1608608 2 0.6973 0.737 0.188 0.812
#> SRR1608609 2 0.6973 0.737 0.188 0.812
#> SRR1608610 2 0.6973 0.737 0.188 0.812
#> SRR1608611 2 0.6973 0.737 0.188 0.812
#> SRR1608612 2 0.6973 0.737 0.188 0.812
#> SRR1608613 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608614 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608615 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608616 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608617 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608618 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608619 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608620 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608621 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608622 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608623 1 0.9323 0.665 0.652 0.348
#> SRR1608624 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608625 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608626 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608627 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608628 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608629 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608630 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608634 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608635 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608636 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608637 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608631 2 0.6801 0.747 0.180 0.820
#> SRR1608632 2 0.6801 0.747 0.180 0.820
#> SRR1608633 2 0.6712 0.752 0.176 0.824
#> SRR1608642 1 0.9286 0.672 0.656 0.344
#> SRR1608638 1 0.9732 0.569 0.596 0.404
#> SRR1608639 1 0.9732 0.569 0.596 0.404
#> SRR1608640 1 0.9815 0.531 0.580 0.420
#> SRR1608641 1 0.9795 0.541 0.584 0.416
#> SRR1608643 2 0.6887 0.742 0.184 0.816
#> SRR1608644 2 0.6887 0.742 0.184 0.816
#> SRR1608645 2 0.6887 0.742 0.184 0.816
#> SRR1608646 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608647 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608648 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608657 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608658 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608659 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608660 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608661 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608662 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608663 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608664 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608649 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608650 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608651 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608652 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608653 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608654 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608655 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608656 2 0.7056 0.714 0.192 0.808
#> SRR1608665 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608666 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608667 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608668 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608669 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608670 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608671 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608672 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608681 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608682 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608683 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608684 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608685 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608686 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608687 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608688 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608673 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608674 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608675 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608676 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608677 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608678 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608679 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608680 2 0.7056 0.688 0.192 0.808
#> SRR1608689 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608690 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608691 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608692 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608693 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608694 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608695 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608696 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608697 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608698 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608699 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608700 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608701 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608702 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608703 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608704 1 0.5059 0.856 0.888 0.112
#> SRR1608705 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608706 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608707 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608708 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608709 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608710 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608711 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608712 2 0.1184 0.892 0.016 0.984
#> SRR1608713 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608714 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608715 1 0.4815 0.857 0.896 0.104
#> SRR1608716 2 0.0672 0.893 0.008 0.992
#> SRR1608717 2 0.0672 0.893 0.008 0.992
#> SRR1608718 2 0.0672 0.893 0.008 0.992
#> SRR1608719 2 0.0672 0.893 0.008 0.992
#> SRR1608724 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608725 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608726 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608727 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608720 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608721 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608722 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608723 2 0.7219 0.720 0.200 0.800
#> SRR1608728 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608729 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608730 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608731 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608732 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608733 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608734 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608735 1 0.9635 0.589 0.612 0.388
#> SRR1608736 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608737 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608738 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608739 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608740 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608741 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608742 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608743 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608744 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608745 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608746 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608747 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608748 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608749 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608750 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608751 2 0.8763 0.529 0.296 0.704
#> SRR1608752 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608753 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608754 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608755 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608764 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608765 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608766 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608767 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608768 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608769 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608770 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608771 1 0.8661 0.752 0.712 0.288
#> SRR1608756 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608757 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608758 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608759 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608760 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608761 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608762 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608763 2 0.7056 0.732 0.192 0.808
#> SRR1608772 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608773 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608774 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608775 1 0.8713 0.750 0.708 0.292
#> SRR1608776 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608777 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608778 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608779 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608780 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608782 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608783 2 0.1184 0.891 0.016 0.984
#> SRR1608784 1 0.9044 0.710 0.680 0.320
#> SRR1608785 1 0.9000 0.716 0.684 0.316
#> SRR1608786 1 0.9044 0.710 0.680 0.320
#> SRR1608787 1 0.9087 0.704 0.676 0.324
#> SRR1608788 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608789 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608790 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608791 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608792 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608793 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608794 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608795 1 0.4690 0.858 0.900 0.100
#> SRR1608796 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608797 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608798 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608799 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608800 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608801 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608802 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608803 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608812 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608805 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608806 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608807 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608808 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608809 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608810 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608811 2 0.9754 0.385 0.408 0.592
#> SRR1608822 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608831 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608832 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608833 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608834 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608835 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608836 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608837 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608838 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608847 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608848 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608849 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608850 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608851 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608852 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608853 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608854 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608863 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608864 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608865 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608866 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608867 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608868 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608869 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608870 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608880 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608881 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608882 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608883 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608884 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608885 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608886 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608887 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608888 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608889 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608890 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608891 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608892 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608893 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608894 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.817 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608903 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608904 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608905 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608906 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608907 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608908 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608909 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608910 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608911 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608912 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608913 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608914 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608915 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608916 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608917 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608918 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608919 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608920 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608921 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608922 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
#> SRR1608923 1 0.4161 0.860 0.916 0.084
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608491 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608492 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608493 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608494 3 0.9653 0.1561 0.328 0.224 0.448
#> SRR1608495 3 0.9653 0.1561 0.328 0.224 0.448
#> SRR1608496 3 0.9688 0.1346 0.332 0.228 0.440
#> SRR1608497 3 0.9688 0.1346 0.332 0.228 0.440
#> SRR1608498 1 0.9930 0.0764 0.364 0.276 0.360
#> SRR1608499 1 0.9930 0.0764 0.364 0.276 0.360
#> SRR1608500 1 0.9930 0.0764 0.364 0.276 0.360
#> SRR1608501 1 0.9930 0.0764 0.364 0.276 0.360
#> SRR1608502 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608503 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608504 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608505 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608510 2 0.5497 0.6109 0.000 0.708 0.292
#> SRR1608511 2 0.5497 0.6109 0.000 0.708 0.292
#> SRR1608512 2 0.5497 0.6109 0.000 0.708 0.292
#> SRR1608513 2 0.5497 0.6109 0.000 0.708 0.292
#> SRR1608506 2 0.9758 -0.0748 0.256 0.440 0.304
#> SRR1608507 2 0.9758 -0.0748 0.256 0.440 0.304
#> SRR1608508 2 0.9758 -0.0748 0.256 0.440 0.304
#> SRR1608509 2 0.9777 -0.0854 0.260 0.436 0.304
#> SRR1608514 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608515 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608516 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608517 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608518 2 0.1643 0.8026 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608519 2 0.1529 0.8046 0.000 0.960 0.040
#> SRR1608520 2 0.1643 0.8026 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608521 2 0.1529 0.8046 0.000 0.960 0.040
#> SRR1608522 2 0.4842 0.6859 0.000 0.776 0.224
#> SRR1608523 2 0.4842 0.6859 0.000 0.776 0.224
#> SRR1608524 2 0.4842 0.6859 0.000 0.776 0.224
#> SRR1608525 2 0.4842 0.6859 0.000 0.776 0.224
#> SRR1608526 2 0.5397 0.6265 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608527 2 0.5397 0.6265 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608528 2 0.5397 0.6265 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608529 2 0.5397 0.6265 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608530 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608531 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608532 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608533 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608534 2 0.5008 0.7062 0.016 0.804 0.180
#> SRR1608535 2 0.5147 0.7026 0.020 0.800 0.180
#> SRR1608536 2 0.4953 0.7106 0.016 0.808 0.176
#> SRR1608537 2 0.5147 0.7026 0.020 0.800 0.180
#> SRR1608538 2 0.4291 0.7214 0.000 0.820 0.180
#> SRR1608539 2 0.4235 0.7241 0.000 0.824 0.176
#> SRR1608540 2 0.4291 0.7214 0.000 0.820 0.180
#> SRR1608541 2 0.4399 0.7155 0.000 0.812 0.188
#> SRR1608542 2 0.7287 0.6032 0.092 0.696 0.212
#> SRR1608543 2 0.7413 0.5933 0.104 0.692 0.204
#> SRR1608544 2 0.7287 0.6032 0.092 0.696 0.212
#> SRR1608545 2 0.7287 0.6032 0.092 0.696 0.212
#> SRR1608546 2 0.5529 0.6017 0.000 0.704 0.296
#> SRR1608547 2 0.5529 0.6017 0.000 0.704 0.296
#> SRR1608548 2 0.5529 0.6017 0.000 0.704 0.296
#> SRR1608549 2 0.5529 0.6017 0.000 0.704 0.296
#> SRR1608550 3 0.6309 -0.1169 0.000 0.500 0.500
#> SRR1608551 3 0.6309 -0.1169 0.000 0.500 0.500
#> SRR1608552 2 0.6309 0.1123 0.000 0.504 0.496
#> SRR1608553 2 0.6309 0.1123 0.000 0.504 0.496
#> SRR1608554 3 0.6309 -0.1169 0.000 0.500 0.500
#> SRR1608555 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608556 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608557 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608558 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608559 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608560 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608561 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608562 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608563 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608564 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608565 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608566 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608567 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608568 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608574 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608575 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608576 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608577 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608578 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608569 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608570 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608571 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608572 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608573 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608584 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608585 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608586 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608587 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608588 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608579 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608580 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608581 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608582 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608583 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608589 2 0.3752 0.7456 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608590 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608591 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608592 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608593 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608594 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608595 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608596 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608597 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608598 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608599 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608600 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608601 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608602 2 0.0424 0.8181 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608603 2 0.3752 0.7428 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608604 2 0.3686 0.7442 0.000 0.860 0.140
#> SRR1608605 2 0.3686 0.7442 0.000 0.860 0.140
#> SRR1608606 2 0.3752 0.7428 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608607 3 0.2711 0.6871 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608608 3 0.2711 0.6871 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608609 3 0.2711 0.6871 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608610 3 0.2711 0.6871 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608611 3 0.2711 0.6871 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608612 3 0.2711 0.6871 0.000 0.088 0.912
#> SRR1608613 3 0.2682 0.6874 0.004 0.076 0.920
#> SRR1608614 3 0.2682 0.6874 0.004 0.076 0.920
#> SRR1608615 3 0.2682 0.6874 0.004 0.076 0.920
#> SRR1608616 3 0.2682 0.6874 0.004 0.076 0.920
#> SRR1608617 3 0.2682 0.6874 0.004 0.076 0.920
#> SRR1608618 3 0.2682 0.6874 0.004 0.076 0.920
#> SRR1608619 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608620 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608621 3 0.3879 0.6687 0.000 0.152 0.848
#> SRR1608622 3 0.3879 0.6687 0.000 0.152 0.848
#> SRR1608623 3 0.8008 0.6299 0.192 0.152 0.656
#> SRR1608624 3 0.3038 0.6852 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608625 3 0.3038 0.6852 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608626 3 0.3038 0.6852 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608627 3 0.3038 0.6852 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608628 3 0.4291 0.6615 0.000 0.180 0.820
#> SRR1608629 3 0.4235 0.6640 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608630 3 0.4235 0.6640 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608634 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608635 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608636 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608637 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608631 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608632 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608633 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608642 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608638 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608639 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608640 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608641 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608643 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608644 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608645 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608646 3 0.7680 0.6239 0.188 0.132 0.680
#> SRR1608647 3 0.7680 0.6239 0.188 0.132 0.680
#> SRR1608648 3 0.7739 0.6236 0.188 0.136 0.676
#> SRR1608657 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608658 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608659 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608660 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608661 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608662 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608663 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608664 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608649 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608650 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608651 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608652 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608653 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608654 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608655 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608656 3 0.3686 0.6349 0.000 0.140 0.860
#> SRR1608665 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608666 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608667 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608668 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608669 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608670 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608671 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608672 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608681 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608682 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608683 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608684 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608685 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608686 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608687 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608688 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608673 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608674 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608675 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608676 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608677 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608678 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608679 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608680 2 0.5823 0.6782 0.064 0.792 0.144
#> SRR1608689 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608690 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608691 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608692 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608693 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608694 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608695 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608696 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608697 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608698 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608699 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608700 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608701 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608702 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608703 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608704 1 0.9840 0.0991 0.388 0.248 0.364
#> SRR1608705 3 0.4842 0.6082 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608706 3 0.4887 0.6051 0.000 0.228 0.772
#> SRR1608707 3 0.4887 0.6051 0.000 0.228 0.772
#> SRR1608708 3 0.4887 0.6051 0.000 0.228 0.772
#> SRR1608709 3 0.4842 0.6082 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608710 3 0.4842 0.6082 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608711 3 0.4842 0.6082 0.000 0.224 0.776
#> SRR1608712 3 0.4887 0.6051 0.000 0.228 0.772
#> SRR1608713 1 0.9843 0.0790 0.380 0.248 0.372
#> SRR1608714 3 0.9843 -0.0604 0.372 0.248 0.380
#> SRR1608715 3 0.9843 -0.0604 0.372 0.248 0.380
#> SRR1608716 3 0.4235 0.6540 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608717 3 0.4121 0.6605 0.000 0.168 0.832
#> SRR1608718 3 0.4178 0.6574 0.000 0.172 0.828
#> SRR1608719 3 0.4178 0.6574 0.000 0.172 0.828
#> SRR1608724 3 0.7843 0.6316 0.192 0.140 0.668
#> SRR1608725 3 0.7843 0.6316 0.192 0.140 0.668
#> SRR1608726 3 0.7843 0.6316 0.192 0.140 0.668
#> SRR1608727 3 0.7843 0.6316 0.192 0.140 0.668
#> SRR1608720 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608721 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608722 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608723 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608728 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608729 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608730 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608731 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608732 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608733 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608734 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608735 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608736 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608737 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608738 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608739 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608740 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608741 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608742 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608743 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608744 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608745 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608746 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608747 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608748 3 0.2680 0.6896 0.008 0.068 0.924
#> SRR1608749 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608750 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608751 3 0.2496 0.6886 0.004 0.068 0.928
#> SRR1608752 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608753 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608754 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608755 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608764 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608765 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608766 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608767 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608768 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608769 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608770 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608771 3 0.8067 0.6129 0.188 0.160 0.652
#> SRR1608756 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608757 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608758 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608759 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608760 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608761 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608762 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608763 3 0.2356 0.6855 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608772 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608773 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608774 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608775 3 0.8216 0.6065 0.188 0.172 0.640
#> SRR1608776 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608777 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608778 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608779 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608780 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608782 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608783 3 0.2448 0.6842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608784 3 0.8105 0.6276 0.196 0.156 0.648
#> SRR1608785 3 0.8105 0.6276 0.196 0.156 0.648
#> SRR1608786 3 0.8105 0.6276 0.196 0.156 0.648
#> SRR1608787 3 0.8105 0.6276 0.196 0.156 0.648
#> SRR1608788 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608789 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608790 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608791 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608792 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608793 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608794 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608795 1 0.7970 0.4974 0.660 0.184 0.156
#> SRR1608796 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608797 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608798 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608799 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608800 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608801 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608802 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608803 1 0.7199 0.6053 0.676 0.064 0.260
#> SRR1608812 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608805 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608806 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608807 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608808 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608809 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608810 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608811 2 0.8277 -0.0877 0.460 0.464 0.076
#> SRR1608822 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608831 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608832 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608833 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608834 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608835 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608836 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608837 1 0.8454 0.3110 0.480 0.088 0.432
#> SRR1608838 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608847 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608848 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608849 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608850 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608851 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608852 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608853 1 0.8561 0.5091 0.600 0.156 0.244
#> SRR1608854 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608855 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608856 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608857 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608858 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608859 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608860 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608861 1 0.0592 0.7039 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608862 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608863 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608864 1 0.3764 0.6802 0.892 0.068 0.040
#> SRR1608865 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608866 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608867 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608868 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608869 1 0.3669 0.6802 0.896 0.064 0.040
#> SRR1608870 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.7616 0.5800 0.636 0.072 0.292
#> SRR1608880 1 0.7616 0.5800 0.636 0.072 0.292
#> SRR1608881 1 0.7616 0.5800 0.636 0.072 0.292
#> SRR1608882 1 0.7616 0.5800 0.636 0.072 0.292
#> SRR1608883 1 0.7616 0.5800 0.636 0.072 0.292
#> SRR1608884 1 0.7587 0.5839 0.640 0.072 0.288
#> SRR1608885 1 0.7616 0.5800 0.636 0.072 0.292
#> SRR1608886 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608887 1 0.1620 0.7057 0.964 0.012 0.024
#> SRR1608888 1 0.1620 0.7057 0.964 0.012 0.024
#> SRR1608889 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608890 1 0.1620 0.7057 0.964 0.012 0.024
#> SRR1608891 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608892 1 0.1620 0.7057 0.964 0.012 0.024
#> SRR1608893 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608894 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.7059 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608903 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608904 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608905 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608906 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608907 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608908 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608909 1 0.1453 0.7058 0.968 0.008 0.024
#> SRR1608910 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608911 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608912 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608913 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608914 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608915 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608916 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608917 1 0.8134 0.5234 0.584 0.088 0.328
#> SRR1608918 1 0.8091 0.5302 0.592 0.088 0.320
#> SRR1608919 1 0.8091 0.5302 0.592 0.088 0.320
#> SRR1608920 1 0.7351 0.5958 0.664 0.068 0.268
#> SRR1608921 1 0.7351 0.5958 0.664 0.068 0.268
#> SRR1608922 1 0.8020 0.5339 0.596 0.084 0.320
#> SRR1608923 1 0.8020 0.5339 0.596 0.084 0.320
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608491 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608492 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608493 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608494 4 0.8311 0.676 0.140 0.116 0.176 0.568
#> SRR1608495 4 0.8311 0.677 0.140 0.116 0.176 0.568
#> SRR1608496 4 0.8332 0.672 0.140 0.124 0.168 0.568
#> SRR1608497 4 0.8332 0.672 0.140 0.124 0.168 0.568
#> SRR1608498 4 0.3450 0.695 0.000 0.156 0.008 0.836
#> SRR1608499 4 0.3450 0.695 0.000 0.156 0.008 0.836
#> SRR1608500 4 0.3450 0.695 0.000 0.156 0.008 0.836
#> SRR1608501 4 0.3450 0.695 0.000 0.156 0.008 0.836
#> SRR1608502 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608503 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608504 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608505 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608510 2 0.4898 0.386 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1608511 2 0.4898 0.386 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1608512 2 0.4898 0.386 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1608513 2 0.4898 0.386 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1608506 2 0.8559 0.364 0.148 0.536 0.112 0.204
#> SRR1608507 2 0.8567 0.369 0.152 0.536 0.112 0.200
#> SRR1608508 2 0.8595 0.359 0.152 0.532 0.112 0.204
#> SRR1608509 2 0.8639 0.331 0.148 0.524 0.112 0.216
#> SRR1608514 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.3266 0.738 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1608523 2 0.3219 0.741 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1608524 2 0.3266 0.738 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1608525 2 0.3266 0.738 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1608526 2 0.4222 0.638 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608527 2 0.4222 0.638 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608528 2 0.4222 0.638 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608529 2 0.4222 0.638 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4376 0.732 0.028 0.796 0.172 0.004
#> SRR1608535 2 0.4376 0.732 0.028 0.796 0.172 0.004
#> SRR1608536 2 0.4376 0.732 0.028 0.796 0.172 0.004
#> SRR1608537 2 0.4376 0.732 0.028 0.796 0.172 0.004
#> SRR1608538 2 0.3681 0.736 0.008 0.816 0.176 0.000
#> SRR1608539 2 0.3494 0.740 0.004 0.824 0.172 0.000
#> SRR1608540 2 0.3681 0.736 0.008 0.816 0.176 0.000
#> SRR1608541 2 0.3681 0.736 0.008 0.816 0.176 0.000
#> SRR1608542 2 0.5089 0.714 0.032 0.764 0.184 0.020
#> SRR1608543 2 0.5089 0.714 0.032 0.764 0.184 0.020
#> SRR1608544 2 0.5089 0.714 0.032 0.764 0.184 0.020
#> SRR1608545 2 0.5089 0.714 0.032 0.764 0.184 0.020
#> SRR1608546 2 0.4585 0.556 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1608547 2 0.4585 0.556 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1608548 2 0.4585 0.556 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1608549 2 0.4585 0.556 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1608550 2 0.5167 0.186 0.000 0.508 0.488 0.004
#> SRR1608551 2 0.5167 0.186 0.000 0.508 0.488 0.004
#> SRR1608552 2 0.5165 0.199 0.000 0.512 0.484 0.004
#> SRR1608553 2 0.5165 0.199 0.000 0.512 0.484 0.004
#> SRR1608554 2 0.5167 0.186 0.000 0.508 0.488 0.004
#> SRR1608555 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608556 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608557 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608558 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608559 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608560 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608561 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608562 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608563 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608564 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608575 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608576 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608577 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608578 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608569 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0188 0.833 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608585 2 0.0188 0.833 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608586 2 0.0188 0.833 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608587 2 0.0188 0.833 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608588 2 0.0188 0.833 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608579 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608580 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608581 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608582 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608583 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608589 2 0.1118 0.820 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1608590 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608591 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608592 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608593 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608594 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608595 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608596 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608597 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608598 2 0.0469 0.833 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608599 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.1411 0.824 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1608604 2 0.1411 0.824 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1608605 2 0.1406 0.824 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1608606 2 0.1411 0.824 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1608607 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608608 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608609 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608610 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608611 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608612 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608613 3 0.0817 0.915 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608614 3 0.0817 0.915 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608615 3 0.0817 0.915 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608616 3 0.0817 0.915 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608617 3 0.0817 0.915 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608618 3 0.0817 0.915 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608619 4 0.4635 0.755 0.028 0.000 0.216 0.756
#> SRR1608620 4 0.4671 0.754 0.028 0.000 0.220 0.752
#> SRR1608621 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 4 0.6873 0.641 0.100 0.004 0.356 0.540
#> SRR1608624 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.0921 0.909 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608629 3 0.0921 0.909 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608630 3 0.0921 0.909 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608634 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608635 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608636 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608637 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608631 3 0.0469 0.920 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608632 3 0.0592 0.919 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608633 3 0.0592 0.919 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608642 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608638 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608639 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608640 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608641 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608643 3 0.0817 0.916 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608644 3 0.0817 0.916 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608645 3 0.0817 0.916 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608646 4 0.6873 0.641 0.100 0.004 0.356 0.540
#> SRR1608647 4 0.6873 0.641 0.100 0.004 0.356 0.540
#> SRR1608648 4 0.6873 0.641 0.100 0.004 0.356 0.540
#> SRR1608657 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608658 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608659 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608660 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608661 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608662 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608663 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608664 4 0.3791 0.751 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR1608649 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608650 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608651 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608652 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608653 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608654 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608655 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608656 3 0.3606 0.777 0.000 0.140 0.840 0.020
#> SRR1608665 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608666 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608667 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608668 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608669 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608670 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608671 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608672 4 0.7812 0.637 0.140 0.144 0.100 0.616
#> SRR1608681 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608682 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608683 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608684 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608685 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608686 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608687 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608688 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608673 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608674 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608675 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608676 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608677 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608678 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608679 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608680 2 0.5608 0.714 0.120 0.760 0.096 0.024
#> SRR1608689 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608690 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608691 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608692 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608693 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608694 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608695 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608696 4 0.5833 0.761 0.096 0.000 0.212 0.692
#> SRR1608697 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608698 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608699 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608700 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608701 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608702 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608703 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608704 4 0.7855 0.633 0.144 0.144 0.100 0.612
#> SRR1608705 3 0.3625 0.757 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1608706 3 0.3625 0.757 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1608707 3 0.3672 0.750 0.000 0.164 0.824 0.012
#> SRR1608708 3 0.3625 0.757 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1608709 3 0.3672 0.750 0.000 0.164 0.824 0.012
#> SRR1608710 3 0.3672 0.750 0.000 0.164 0.824 0.012
#> SRR1608711 3 0.3625 0.757 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1608712 3 0.3672 0.752 0.000 0.164 0.824 0.012
#> SRR1608713 4 0.8265 0.629 0.140 0.176 0.112 0.572
#> SRR1608714 4 0.8265 0.629 0.140 0.176 0.112 0.572
#> SRR1608715 4 0.8265 0.629 0.140 0.176 0.112 0.572
#> SRR1608716 3 0.1022 0.907 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1608717 3 0.1022 0.907 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1608718 3 0.1022 0.907 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1608719 3 0.1022 0.907 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1608724 4 0.6838 0.624 0.076 0.012 0.368 0.544
#> SRR1608725 4 0.6734 0.621 0.076 0.008 0.372 0.544
#> SRR1608726 4 0.6883 0.628 0.080 0.012 0.364 0.544
#> SRR1608727 4 0.6744 0.614 0.068 0.012 0.376 0.544
#> SRR1608720 3 0.0592 0.919 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608721 3 0.0592 0.919 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608722 3 0.0592 0.919 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608723 3 0.0592 0.919 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608728 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608729 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608730 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608731 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608732 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608733 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608734 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608735 4 0.5900 0.759 0.096 0.000 0.220 0.684
#> SRR1608736 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.3024 0.756 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608745 3 0.3024 0.756 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608746 3 0.2973 0.762 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608747 3 0.2973 0.762 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1608748 3 0.3024 0.756 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608749 3 0.3024 0.756 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608750 3 0.3024 0.756 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608751 3 0.3024 0.756 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608752 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608753 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608754 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608755 4 0.3688 0.748 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1608764 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608765 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608766 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608767 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608768 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608769 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608770 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608771 4 0.3726 0.746 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1608756 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608757 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608758 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608759 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608760 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608761 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608762 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608763 3 0.0707 0.918 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608772 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608773 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608774 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608775 4 0.3649 0.750 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1608776 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 4 0.6909 0.644 0.104 0.004 0.352 0.540
#> SRR1608785 4 0.6909 0.644 0.104 0.004 0.352 0.540
#> SRR1608786 4 0.6909 0.644 0.104 0.004 0.352 0.540
#> SRR1608787 4 0.6909 0.644 0.104 0.004 0.352 0.540
#> SRR1608788 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608789 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608790 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608791 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608792 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608793 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608794 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608795 1 0.7626 0.301 0.528 0.144 0.020 0.308
#> SRR1608796 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608797 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608798 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608799 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608800 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608801 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608802 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608803 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608812 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608805 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608806 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608807 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608808 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608809 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608810 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608811 2 0.8101 -0.193 0.392 0.404 0.020 0.184
#> SRR1608822 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0895 0.868 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1608821 1 0.0895 0.868 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1608830 4 0.2844 0.682 0.052 0.000 0.048 0.900
#> SRR1608831 4 0.2759 0.684 0.052 0.000 0.044 0.904
#> SRR1608832 4 0.2928 0.680 0.052 0.000 0.052 0.896
#> SRR1608833 4 0.2844 0.682 0.052 0.000 0.048 0.900
#> SRR1608834 4 0.2759 0.684 0.052 0.000 0.044 0.904
#> SRR1608835 4 0.2844 0.682 0.052 0.000 0.048 0.900
#> SRR1608836 4 0.2844 0.682 0.052 0.000 0.048 0.900
#> SRR1608837 4 0.2759 0.684 0.052 0.000 0.044 0.904
#> SRR1608838 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608839 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608840 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608841 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608842 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608843 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608844 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608845 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608846 4 0.3726 0.671 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1608847 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608848 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608849 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608850 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608851 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608852 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608853 4 0.3764 0.667 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1608854 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608855 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608856 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608857 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608858 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608859 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608860 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608861 1 0.3024 0.852 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608862 1 0.4544 0.821 0.780 0.012 0.016 0.192
#> SRR1608863 1 0.4544 0.821 0.780 0.012 0.016 0.192
#> SRR1608864 1 0.4660 0.820 0.776 0.016 0.016 0.192
#> SRR1608865 1 0.4660 0.820 0.776 0.016 0.016 0.192
#> SRR1608866 1 0.4544 0.821 0.780 0.012 0.016 0.192
#> SRR1608867 1 0.4544 0.821 0.780 0.012 0.016 0.192
#> SRR1608868 1 0.4544 0.821 0.780 0.012 0.016 0.192
#> SRR1608869 1 0.4544 0.821 0.780 0.012 0.016 0.192
#> SRR1608870 1 0.0336 0.871 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608871 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608872 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608873 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608874 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608875 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608876 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608877 1 0.0188 0.872 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608878 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608880 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608881 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608882 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608883 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608884 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608885 4 0.4621 0.525 0.284 0.000 0.008 0.708
#> SRR1608886 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608887 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608888 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608889 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608890 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608891 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608892 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608893 1 0.3836 0.844 0.816 0.000 0.016 0.168
#> SRR1608894 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608895 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608896 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608897 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608898 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608899 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608901 1 0.0469 0.870 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608902 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608903 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608904 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608905 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608906 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608907 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608908 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608909 1 0.3790 0.846 0.820 0.000 0.016 0.164
#> SRR1608910 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608911 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608912 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608913 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608914 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608915 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608916 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608917 4 0.1970 0.687 0.060 0.000 0.008 0.932
#> SRR1608918 4 0.2342 0.671 0.080 0.000 0.008 0.912
#> SRR1608919 4 0.2342 0.671 0.080 0.000 0.008 0.912
#> SRR1608920 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608921 4 0.5070 0.490 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR1608922 4 0.3725 0.596 0.180 0.000 0.008 0.812
#> SRR1608923 4 0.3810 0.587 0.188 0.000 0.008 0.804
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0451 0.85257 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608491 2 0.0451 0.85257 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608492 2 0.0451 0.85257 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608493 2 0.0451 0.85257 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608494 5 0.6083 0.37315 0.008 0.004 0.104 0.312 0.572
#> SRR1608495 5 0.6083 0.37307 0.008 0.004 0.104 0.312 0.572
#> SRR1608496 5 0.6208 0.38660 0.008 0.008 0.108 0.304 0.572
#> SRR1608497 5 0.6293 0.39344 0.008 0.012 0.108 0.300 0.572
#> SRR1608498 5 0.6530 0.50462 0.008 0.104 0.044 0.232 0.612
#> SRR1608499 5 0.6530 0.50462 0.008 0.104 0.044 0.232 0.612
#> SRR1608500 5 0.6530 0.50462 0.008 0.104 0.044 0.232 0.612
#> SRR1608501 5 0.6530 0.50462 0.008 0.104 0.044 0.232 0.612
#> SRR1608502 5 0.6474 0.57668 0.016 0.092 0.132 0.092 0.668
#> SRR1608503 5 0.6474 0.57668 0.016 0.092 0.132 0.092 0.668
#> SRR1608504 5 0.6474 0.57668 0.016 0.092 0.132 0.092 0.668
#> SRR1608505 5 0.6474 0.57668 0.016 0.092 0.132 0.092 0.668
#> SRR1608510 2 0.4171 0.49950 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.4171 0.49950 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.4171 0.49950 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.4171 0.49950 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1608506 5 0.8803 0.36740 0.140 0.276 0.096 0.076 0.412
#> SRR1608507 5 0.8803 0.36740 0.140 0.276 0.096 0.076 0.412
#> SRR1608508 5 0.8803 0.36740 0.140 0.276 0.096 0.076 0.412
#> SRR1608509 5 0.8792 0.37579 0.140 0.272 0.096 0.076 0.416
#> SRR1608514 2 0.0290 0.85560 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0290 0.85560 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0404 0.85541 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0290 0.85560 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.1908 0.81673 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.1908 0.81673 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.1908 0.81673 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.1908 0.81673 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.3452 0.71641 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.3452 0.71641 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.3452 0.71641 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.3452 0.71641 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.3990 0.64225 0.000 0.688 0.308 0.000 0.004
#> SRR1608527 2 0.3990 0.64225 0.000 0.688 0.308 0.000 0.004
#> SRR1608528 2 0.3990 0.64225 0.000 0.688 0.308 0.000 0.004
#> SRR1608529 2 0.3990 0.64225 0.000 0.688 0.308 0.000 0.004
#> SRR1608530 2 0.0404 0.85510 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0404 0.85510 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0404 0.85510 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0404 0.85510 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.4728 0.72407 0.020 0.764 0.128 0.000 0.088
#> SRR1608535 2 0.4728 0.72407 0.020 0.764 0.128 0.000 0.088
#> SRR1608536 2 0.4728 0.72407 0.020 0.764 0.128 0.000 0.088
#> SRR1608537 2 0.4728 0.72407 0.020 0.764 0.128 0.000 0.088
#> SRR1608538 2 0.3666 0.77541 0.012 0.824 0.132 0.000 0.032
#> SRR1608539 2 0.3666 0.77541 0.012 0.824 0.132 0.000 0.032
#> SRR1608540 2 0.3666 0.77541 0.012 0.824 0.132 0.000 0.032
#> SRR1608541 2 0.3666 0.77541 0.012 0.824 0.132 0.000 0.032
#> SRR1608542 2 0.6450 0.48883 0.024 0.596 0.144 0.004 0.232
#> SRR1608543 2 0.6473 0.48094 0.024 0.592 0.144 0.004 0.236
#> SRR1608544 2 0.6450 0.48883 0.024 0.596 0.144 0.004 0.232
#> SRR1608545 2 0.6450 0.48883 0.024 0.596 0.144 0.004 0.232
#> SRR1608546 2 0.3999 0.58296 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.3999 0.58296 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.4015 0.57609 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.4015 0.57609 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.4268 -0.05304 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1608551 3 0.4268 -0.05304 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1608552 3 0.4268 -0.05304 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1608553 3 0.4268 -0.05304 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1608554 3 0.4268 -0.05304 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0703 0.85248 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0290 0.85406 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.3805 0.80894 0.028 0.852 0.060 0.040 0.020
#> SRR1608590 2 0.0162 0.85532 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0162 0.85532 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0162 0.85532 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0162 0.85532 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0162 0.85532 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.85594 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0609 0.85361 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0609 0.85361 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0609 0.85361 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0609 0.85361 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.3765 0.80523 0.028 0.856 0.048 0.044 0.024
#> SRR1608604 2 0.3765 0.80523 0.028 0.856 0.048 0.044 0.024
#> SRR1608605 2 0.3765 0.80523 0.028 0.856 0.048 0.044 0.024
#> SRR1608606 2 0.3765 0.80523 0.028 0.856 0.048 0.044 0.024
#> SRR1608607 3 0.3160 0.77343 0.004 0.000 0.808 0.188 0.000
#> SRR1608608 3 0.3160 0.77343 0.004 0.000 0.808 0.188 0.000
#> SRR1608609 3 0.3160 0.77343 0.004 0.000 0.808 0.188 0.000
#> SRR1608610 3 0.3160 0.77343 0.004 0.000 0.808 0.188 0.000
#> SRR1608611 3 0.3160 0.77343 0.004 0.000 0.808 0.188 0.000
#> SRR1608612 3 0.3160 0.77343 0.004 0.000 0.808 0.188 0.000
#> SRR1608613 3 0.3866 0.76805 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> SRR1608614 3 0.3866 0.76805 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> SRR1608615 3 0.3866 0.76805 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> SRR1608616 3 0.3866 0.76805 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> SRR1608617 3 0.3866 0.76805 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> SRR1608618 3 0.3866 0.76805 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> SRR1608619 4 0.2054 0.82619 0.000 0.000 0.052 0.920 0.028
#> SRR1608620 4 0.2054 0.82619 0.000 0.000 0.052 0.920 0.028
#> SRR1608621 3 0.3368 0.78147 0.000 0.024 0.820 0.156 0.000
#> SRR1608622 3 0.3368 0.78147 0.000 0.024 0.820 0.156 0.000
#> SRR1608623 4 0.7021 0.01888 0.008 0.000 0.284 0.376 0.332
#> SRR1608624 3 0.3039 0.77458 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1608625 3 0.3039 0.77458 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1608626 3 0.3039 0.77458 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1608627 3 0.3039 0.77458 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1608628 3 0.2729 0.77372 0.000 0.060 0.884 0.056 0.000
#> SRR1608629 3 0.2729 0.77372 0.000 0.060 0.884 0.056 0.000
#> SRR1608630 3 0.2729 0.77372 0.000 0.060 0.884 0.056 0.000
#> SRR1608634 4 0.1493 0.84677 0.000 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR1608635 4 0.1493 0.84677 0.000 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR1608636 4 0.1493 0.84677 0.000 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR1608637 4 0.1493 0.84677 0.000 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR1608631 3 0.5195 0.70216 0.000 0.000 0.676 0.216 0.108
#> SRR1608632 3 0.5195 0.70216 0.000 0.000 0.676 0.216 0.108
#> SRR1608633 3 0.5195 0.70216 0.000 0.000 0.676 0.216 0.108
#> SRR1608642 4 0.2450 0.82363 0.000 0.000 0.048 0.900 0.052
#> SRR1608638 4 0.2409 0.83194 0.000 0.000 0.032 0.900 0.068
#> SRR1608639 4 0.2409 0.83194 0.000 0.000 0.032 0.900 0.068
#> SRR1608640 4 0.2409 0.83194 0.000 0.000 0.032 0.900 0.068
#> SRR1608641 4 0.2409 0.83194 0.000 0.000 0.032 0.900 0.068
#> SRR1608643 3 0.5417 0.67541 0.000 0.000 0.648 0.236 0.116
#> SRR1608644 3 0.5459 0.67122 0.000 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR1608645 3 0.5459 0.67122 0.000 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR1608646 4 0.7042 -0.00715 0.008 0.000 0.300 0.364 0.328
#> SRR1608647 4 0.7042 -0.00715 0.008 0.000 0.300 0.364 0.328
#> SRR1608648 4 0.7034 -0.01218 0.008 0.000 0.292 0.368 0.332
#> SRR1608657 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608658 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608659 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608660 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608661 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608662 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608663 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608664 4 0.1399 0.84414 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1608649 3 0.2074 0.75497 0.004 0.056 0.924 0.008 0.008
#> SRR1608650 3 0.2074 0.75497 0.004 0.056 0.924 0.008 0.008
#> SRR1608651 3 0.2074 0.75497 0.004 0.056 0.924 0.008 0.008
#> SRR1608652 3 0.2074 0.75497 0.004 0.056 0.924 0.008 0.008
#> SRR1608653 3 0.1948 0.75484 0.004 0.056 0.928 0.008 0.004
#> SRR1608654 3 0.1948 0.75484 0.004 0.056 0.928 0.008 0.004
#> SRR1608655 3 0.1948 0.75484 0.004 0.056 0.928 0.008 0.004
#> SRR1608656 3 0.1948 0.75484 0.004 0.056 0.928 0.008 0.004
#> SRR1608665 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608666 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608667 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608668 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608669 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608670 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608671 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608672 5 0.6219 0.57933 0.016 0.080 0.132 0.084 0.688
#> SRR1608681 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608682 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608683 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608684 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608685 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608686 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608687 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608688 4 0.1764 0.84104 0.000 0.000 0.008 0.928 0.064
#> SRR1608673 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608674 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608675 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608676 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608677 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608678 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608679 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608680 2 0.7071 0.32717 0.076 0.532 0.096 0.004 0.292
#> SRR1608689 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608690 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608691 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608692 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608693 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608694 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608695 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608696 4 0.1300 0.85879 0.000 0.000 0.016 0.956 0.028
#> SRR1608697 5 0.6446 0.58121 0.024 0.080 0.132 0.088 0.676
#> SRR1608698 5 0.6527 0.58138 0.028 0.080 0.132 0.088 0.672
#> SRR1608699 5 0.6446 0.58121 0.024 0.080 0.132 0.088 0.676
#> SRR1608700 5 0.6446 0.58121 0.024 0.080 0.132 0.088 0.676
#> SRR1608701 5 0.6361 0.58057 0.020 0.080 0.132 0.088 0.680
#> SRR1608702 5 0.6270 0.57955 0.016 0.080 0.132 0.088 0.684
#> SRR1608703 5 0.6361 0.58057 0.020 0.080 0.132 0.088 0.680
#> SRR1608704 5 0.6270 0.57955 0.016 0.080 0.132 0.088 0.684
#> SRR1608705 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608706 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608707 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608708 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608709 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608710 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608711 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608712 3 0.1864 0.74763 0.000 0.068 0.924 0.004 0.004
#> SRR1608713 5 0.7150 0.55566 0.020 0.100 0.116 0.156 0.608
#> SRR1608714 5 0.7183 0.55376 0.020 0.100 0.116 0.160 0.604
#> SRR1608715 5 0.7183 0.55376 0.020 0.100 0.116 0.160 0.604
#> SRR1608716 3 0.1981 0.75764 0.000 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR1608717 3 0.1981 0.75764 0.000 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR1608718 3 0.1981 0.75764 0.000 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR1608719 3 0.1981 0.75764 0.000 0.064 0.920 0.016 0.000
#> SRR1608724 5 0.7014 0.06865 0.008 0.000 0.276 0.344 0.372
#> SRR1608725 5 0.7014 0.06865 0.008 0.000 0.276 0.344 0.372
#> SRR1608726 5 0.7014 0.06865 0.008 0.000 0.276 0.344 0.372
#> SRR1608727 5 0.7014 0.06865 0.008 0.000 0.276 0.344 0.372
#> SRR1608720 3 0.3496 0.76612 0.000 0.000 0.788 0.200 0.012
#> SRR1608721 3 0.3496 0.76612 0.000 0.000 0.788 0.200 0.012
#> SRR1608722 3 0.3496 0.76612 0.000 0.000 0.788 0.200 0.012
#> SRR1608723 3 0.3496 0.76612 0.000 0.000 0.788 0.200 0.012
#> SRR1608728 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608729 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608730 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608731 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608732 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608733 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608734 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608735 4 0.0992 0.85452 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1608736 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608737 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608738 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608739 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608740 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608741 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608742 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608743 3 0.2966 0.77474 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608744 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608745 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608746 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608747 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608748 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608749 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608750 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608751 3 0.6498 0.34098 0.000 0.000 0.452 0.352 0.196
#> SRR1608752 4 0.0510 0.85338 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608753 4 0.0510 0.85338 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608754 4 0.0510 0.85338 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608755 4 0.0510 0.85338 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608764 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608765 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608766 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608767 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608768 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608769 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608770 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608771 4 0.2067 0.83393 0.000 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1608756 3 0.5322 0.68932 0.000 0.000 0.660 0.228 0.112
#> SRR1608757 3 0.5322 0.68932 0.000 0.000 0.660 0.228 0.112
#> SRR1608758 3 0.5322 0.68932 0.000 0.000 0.660 0.228 0.112
#> SRR1608759 3 0.5348 0.68503 0.000 0.000 0.656 0.232 0.112
#> SRR1608760 3 0.5348 0.68503 0.000 0.000 0.656 0.232 0.112
#> SRR1608761 3 0.5322 0.68932 0.000 0.000 0.660 0.228 0.112
#> SRR1608762 3 0.5348 0.68503 0.000 0.000 0.656 0.232 0.112
#> SRR1608763 3 0.5322 0.68932 0.000 0.000 0.660 0.228 0.112
#> SRR1608772 4 0.0912 0.85866 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1608773 4 0.0912 0.85866 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1608774 4 0.0912 0.85866 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1608775 4 0.0912 0.85866 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1608776 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608777 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608778 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608779 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608780 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608782 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608783 3 0.2067 0.76797 0.004 0.044 0.924 0.028 0.000
#> SRR1608784 4 0.7030 -0.01063 0.008 0.000 0.288 0.368 0.336
#> SRR1608785 4 0.7017 -0.00882 0.008 0.000 0.280 0.376 0.336
#> SRR1608786 4 0.7021 -0.00930 0.008 0.000 0.284 0.376 0.332
#> SRR1608787 4 0.7024 -0.00943 0.008 0.000 0.284 0.372 0.336
#> SRR1608788 1 0.8259 0.02831 0.400 0.092 0.056 0.088 0.364
#> SRR1608789 1 0.8261 0.02184 0.396 0.092 0.056 0.088 0.368
#> SRR1608790 1 0.8256 0.04145 0.404 0.092 0.056 0.088 0.360
#> SRR1608791 1 0.8256 0.04145 0.404 0.092 0.056 0.088 0.360
#> SRR1608792 1 0.8261 0.02184 0.396 0.092 0.056 0.088 0.368
#> SRR1608793 1 0.8261 0.02184 0.396 0.092 0.056 0.088 0.368
#> SRR1608794 1 0.8261 0.02184 0.396 0.092 0.056 0.088 0.368
#> SRR1608795 1 0.8261 0.02184 0.396 0.092 0.056 0.088 0.368
#> SRR1608796 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608797 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608798 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608799 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608800 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608801 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608802 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608803 5 0.5697 0.41252 0.376 0.000 0.004 0.076 0.544
#> SRR1608812 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608814 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608815 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608816 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608817 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608818 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608819 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608804 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608805 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608806 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608807 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608808 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608809 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608810 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608811 5 0.7214 -0.17542 0.304 0.324 0.016 0.000 0.356
#> SRR1608822 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608823 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608824 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608825 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608826 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608827 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608828 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608829 1 0.0880 0.77928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608820 1 0.1205 0.77679 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608821 1 0.1205 0.77679 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1608830 5 0.6607 0.25836 0.056 0.000 0.068 0.396 0.480
#> SRR1608831 5 0.6596 0.27658 0.056 0.000 0.068 0.388 0.488
#> SRR1608832 5 0.6596 0.27658 0.056 0.000 0.068 0.388 0.488
#> SRR1608833 5 0.6596 0.27658 0.056 0.000 0.068 0.388 0.488
#> SRR1608834 5 0.6602 0.26683 0.056 0.000 0.068 0.392 0.484
#> SRR1608835 5 0.6602 0.26683 0.056 0.000 0.068 0.392 0.484
#> SRR1608836 5 0.6602 0.26683 0.056 0.000 0.068 0.392 0.484
#> SRR1608837 5 0.6596 0.27658 0.056 0.000 0.068 0.388 0.488
#> SRR1608838 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608839 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608840 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608841 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608842 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608843 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608844 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608845 1 0.0963 0.77846 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608846 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608847 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608848 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608849 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608850 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608851 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608852 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608853 5 0.5941 0.53400 0.228 0.000 0.000 0.180 0.592
#> SRR1608854 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608855 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608856 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608857 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608858 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608859 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608860 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608861 1 0.3109 0.74500 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608862 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608863 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608864 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608865 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608866 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608867 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608868 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608869 1 0.4402 0.68300 0.636 0.000 0.012 0.000 0.352
#> SRR1608870 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608871 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608872 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608873 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608874 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608875 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608876 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608877 1 0.0162 0.77573 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608878 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608880 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608881 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608882 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608883 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608884 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608885 5 0.5503 0.47575 0.184 0.000 0.012 0.124 0.680
#> SRR1608886 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608887 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608888 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608889 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608890 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608891 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608892 1 0.4356 0.68458 0.648 0.000 0.012 0.000 0.340
#> SRR1608893 1 0.4371 0.68466 0.644 0.000 0.012 0.000 0.344
#> SRR1608894 1 0.0955 0.77884 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608895 1 0.0955 0.77884 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608896 1 0.0794 0.77923 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608897 1 0.0955 0.77884 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608898 1 0.0955 0.77884 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1608899 1 0.0794 0.77923 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608901 1 0.0794 0.77923 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608902 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608903 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608904 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608905 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608906 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608907 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608908 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608909 1 0.4270 0.68905 0.668 0.000 0.012 0.000 0.320
#> SRR1608910 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608911 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608912 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608913 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608914 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608915 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608916 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608917 5 0.5790 0.49151 0.096 0.000 0.012 0.276 0.616
#> SRR1608918 5 0.5690 0.51314 0.112 0.000 0.008 0.244 0.636
#> SRR1608919 5 0.5690 0.51314 0.112 0.000 0.008 0.244 0.636
#> SRR1608920 5 0.5837 0.42036 0.376 0.000 0.004 0.088 0.532
#> SRR1608921 5 0.5837 0.42036 0.376 0.000 0.004 0.088 0.532
#> SRR1608922 5 0.6257 0.50232 0.180 0.000 0.012 0.220 0.588
#> SRR1608923 5 0.6257 0.50232 0.180 0.000 0.012 0.220 0.588
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608491 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608492 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608493 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608494 5 0.4947 0.4562 0.000 0.000 0.000 0.244 0.636 0.120
#> SRR1608495 5 0.4947 0.4562 0.000 0.000 0.000 0.244 0.636 0.120
#> SRR1608496 5 0.4904 0.4687 0.000 0.000 0.000 0.236 0.644 0.120
#> SRR1608497 5 0.4904 0.4683 0.000 0.000 0.000 0.236 0.644 0.120
#> SRR1608498 5 0.3920 0.5665 0.104 0.060 0.000 0.036 0.800 0.000
#> SRR1608499 5 0.3920 0.5665 0.104 0.060 0.000 0.036 0.800 0.000
#> SRR1608500 5 0.3920 0.5665 0.104 0.060 0.000 0.036 0.800 0.000
#> SRR1608501 5 0.3920 0.5665 0.104 0.060 0.000 0.036 0.800 0.000
#> SRR1608502 5 0.3471 0.5582 0.012 0.044 0.000 0.004 0.824 0.116
#> SRR1608503 5 0.3471 0.5582 0.012 0.044 0.000 0.004 0.824 0.116
#> SRR1608504 5 0.3471 0.5582 0.012 0.044 0.000 0.004 0.824 0.116
#> SRR1608505 5 0.3471 0.5582 0.012 0.044 0.000 0.004 0.824 0.116
#> SRR1608510 2 0.4812 0.3817 0.044 0.520 0.432 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608511 2 0.4812 0.3817 0.044 0.520 0.432 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608512 2 0.4812 0.3817 0.044 0.520 0.432 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608513 2 0.4812 0.3817 0.044 0.520 0.432 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608506 5 0.6485 0.3241 0.012 0.236 0.000 0.032 0.524 0.196
#> SRR1608507 5 0.6462 0.3270 0.008 0.232 0.000 0.036 0.524 0.200
#> SRR1608508 5 0.6340 0.3223 0.004 0.236 0.000 0.032 0.524 0.204
#> SRR1608509 5 0.6529 0.3278 0.012 0.232 0.000 0.036 0.524 0.196
#> SRR1608514 2 0.0551 0.8356 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608515 2 0.0551 0.8356 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608516 2 0.0551 0.8356 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608517 2 0.0551 0.8356 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608518 2 0.2587 0.7804 0.020 0.868 0.108 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608519 2 0.2587 0.7804 0.020 0.868 0.108 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608520 2 0.2445 0.7828 0.020 0.872 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.2587 0.7804 0.020 0.868 0.108 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608522 2 0.4800 0.6557 0.064 0.676 0.244 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608523 2 0.4800 0.6542 0.064 0.676 0.244 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608524 2 0.4822 0.6514 0.064 0.672 0.248 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608525 2 0.4800 0.6557 0.064 0.676 0.244 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608526 2 0.4221 0.6421 0.020 0.684 0.284 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608527 2 0.4240 0.6381 0.020 0.680 0.288 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608528 2 0.4240 0.6381 0.020 0.680 0.288 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608529 2 0.4240 0.6381 0.020 0.680 0.288 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608530 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.5592 0.6555 0.008 0.676 0.088 0.000 0.148 0.080
#> SRR1608535 2 0.5592 0.6555 0.008 0.676 0.088 0.000 0.148 0.080
#> SRR1608536 2 0.5592 0.6555 0.008 0.676 0.088 0.000 0.148 0.080
#> SRR1608537 2 0.5592 0.6555 0.008 0.676 0.088 0.000 0.148 0.080
#> SRR1608538 2 0.4277 0.7356 0.000 0.780 0.088 0.000 0.068 0.064
#> SRR1608539 2 0.4277 0.7356 0.000 0.780 0.088 0.000 0.068 0.064
#> SRR1608540 2 0.4277 0.7356 0.000 0.780 0.088 0.000 0.068 0.064
#> SRR1608541 2 0.4277 0.7356 0.000 0.780 0.088 0.000 0.068 0.064
#> SRR1608542 2 0.6822 0.4821 0.016 0.548 0.092 0.004 0.224 0.116
#> SRR1608543 2 0.6842 0.4737 0.016 0.544 0.092 0.004 0.228 0.116
#> SRR1608544 2 0.6802 0.4893 0.016 0.552 0.092 0.004 0.220 0.116
#> SRR1608545 2 0.6802 0.4893 0.016 0.552 0.092 0.004 0.220 0.116
#> SRR1608546 2 0.4605 0.5142 0.040 0.600 0.356 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608547 2 0.4605 0.5142 0.040 0.600 0.356 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608548 2 0.4605 0.5142 0.040 0.600 0.356 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608549 2 0.4605 0.5142 0.040 0.600 0.356 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608550 3 0.4588 0.2530 0.044 0.332 0.620 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608551 3 0.4588 0.2530 0.044 0.332 0.620 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608552 3 0.4588 0.2530 0.044 0.332 0.620 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608553 3 0.4601 0.2408 0.044 0.336 0.616 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608554 3 0.4588 0.2530 0.044 0.332 0.620 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608555 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0777 0.8321 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1608560 2 0.0777 0.8321 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1608561 2 0.0777 0.8321 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1608562 2 0.0777 0.8321 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1608563 2 0.0777 0.8321 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1608564 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0146 0.8341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608575 2 0.0146 0.8341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608576 2 0.0146 0.8341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608577 2 0.0146 0.8341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0146 0.8341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608569 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0603 0.8332 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608585 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608586 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608587 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608588 2 0.1010 0.8291 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1608579 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.8342 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.3511 0.7882 0.056 0.848 0.004 0.056 0.016 0.020
#> SRR1608590 2 0.0713 0.8311 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608591 2 0.0713 0.8311 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608592 2 0.0713 0.8311 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608593 2 0.0713 0.8311 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608594 2 0.0713 0.8311 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608595 2 0.0405 0.8345 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608596 2 0.0405 0.8345 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608597 2 0.0405 0.8345 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608598 2 0.0405 0.8345 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608599 2 0.0291 0.8343 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0291 0.8343 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0291 0.8343 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0291 0.8343 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.3798 0.7796 0.076 0.828 0.000 0.032 0.040 0.024
#> SRR1608604 2 0.3798 0.7796 0.076 0.828 0.000 0.032 0.040 0.024
#> SRR1608605 2 0.3798 0.7796 0.076 0.828 0.000 0.032 0.040 0.024
#> SRR1608606 2 0.3798 0.7796 0.076 0.828 0.000 0.032 0.040 0.024
#> SRR1608607 3 0.3765 0.7751 0.004 0.000 0.780 0.156 0.060 0.000
#> SRR1608608 3 0.3765 0.7751 0.004 0.000 0.780 0.156 0.060 0.000
#> SRR1608609 3 0.3765 0.7751 0.004 0.000 0.780 0.156 0.060 0.000
#> SRR1608610 3 0.3800 0.7737 0.004 0.000 0.776 0.160 0.060 0.000
#> SRR1608611 3 0.3800 0.7737 0.004 0.000 0.776 0.160 0.060 0.000
#> SRR1608612 3 0.3800 0.7737 0.004 0.000 0.776 0.160 0.060 0.000
#> SRR1608613 3 0.3301 0.7774 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008 0.000
#> SRR1608614 3 0.3301 0.7774 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008 0.000
#> SRR1608615 3 0.3301 0.7774 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008 0.000
#> SRR1608616 3 0.3301 0.7774 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008 0.000
#> SRR1608617 3 0.3301 0.7774 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008 0.000
#> SRR1608618 3 0.3301 0.7774 0.004 0.000 0.772 0.216 0.008 0.000
#> SRR1608619 4 0.1938 0.8299 0.040 0.004 0.000 0.920 0.036 0.000
#> SRR1608620 4 0.1938 0.8299 0.040 0.004 0.000 0.920 0.036 0.000
#> SRR1608621 3 0.3521 0.7870 0.024 0.004 0.808 0.152 0.008 0.004
#> SRR1608622 3 0.3521 0.7870 0.024 0.004 0.808 0.152 0.008 0.004
#> SRR1608623 4 0.7691 0.0356 0.032 0.000 0.244 0.352 0.296 0.076
#> SRR1608624 3 0.2823 0.7841 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.2823 0.7841 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.2823 0.7841 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.2823 0.7841 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.2549 0.7745 0.036 0.004 0.892 0.060 0.004 0.004
#> SRR1608629 3 0.2549 0.7745 0.036 0.004 0.892 0.060 0.004 0.004
#> SRR1608630 3 0.2549 0.7745 0.036 0.004 0.892 0.060 0.004 0.004
#> SRR1608634 4 0.2003 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608635 4 0.2003 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608636 4 0.2003 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608637 4 0.2003 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608631 3 0.5104 0.7336 0.072 0.000 0.660 0.236 0.032 0.000
#> SRR1608632 3 0.5104 0.7336 0.072 0.000 0.660 0.236 0.032 0.000
#> SRR1608633 3 0.5104 0.7336 0.072 0.000 0.660 0.236 0.032 0.000
#> SRR1608642 4 0.1531 0.8480 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR1608638 4 0.2393 0.8189 0.040 0.004 0.000 0.892 0.064 0.000
#> SRR1608639 4 0.2393 0.8189 0.040 0.004 0.000 0.892 0.064 0.000
#> SRR1608640 4 0.2519 0.8126 0.044 0.004 0.000 0.884 0.068 0.000
#> SRR1608641 4 0.2519 0.8126 0.044 0.004 0.000 0.884 0.068 0.000
#> SRR1608643 3 0.5143 0.7291 0.068 0.000 0.656 0.240 0.036 0.000
#> SRR1608644 3 0.5143 0.7291 0.068 0.000 0.656 0.240 0.036 0.000
#> SRR1608645 3 0.5143 0.7291 0.068 0.000 0.656 0.240 0.036 0.000
#> SRR1608646 4 0.8102 0.0321 0.068 0.000 0.240 0.316 0.296 0.080
#> SRR1608647 4 0.8102 0.0321 0.068 0.000 0.240 0.316 0.296 0.080
#> SRR1608648 4 0.8102 0.0321 0.068 0.000 0.240 0.316 0.296 0.080
#> SRR1608657 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608658 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608659 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608660 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608661 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608662 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608663 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608664 4 0.1957 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608649 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608650 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608651 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608652 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608653 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608654 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608655 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608656 3 0.0291 0.7680 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608665 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608666 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608667 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608668 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608669 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608670 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608671 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608672 5 0.2191 0.5669 0.004 0.000 0.000 0.000 0.876 0.120
#> SRR1608681 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608682 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608683 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608684 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608685 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608686 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608687 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608688 4 0.1700 0.8436 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR1608673 2 0.5556 0.4105 0.012 0.544 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1608674 2 0.5580 0.4104 0.012 0.544 0.000 0.000 0.328 0.116
#> SRR1608675 2 0.5580 0.4104 0.012 0.544 0.000 0.000 0.328 0.116
#> SRR1608676 2 0.5556 0.4105 0.012 0.544 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1608677 2 0.5556 0.4105 0.012 0.544 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1608678 2 0.5556 0.4105 0.012 0.544 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1608679 2 0.5556 0.4105 0.012 0.544 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1608680 2 0.5556 0.4105 0.012 0.544 0.000 0.000 0.332 0.112
#> SRR1608689 4 0.0790 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608690 4 0.0713 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608691 4 0.0713 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608692 4 0.0790 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608693 4 0.0790 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608694 4 0.0713 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608695 4 0.0790 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608696 4 0.0790 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608697 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608698 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608699 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608700 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608701 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608702 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608703 5 0.2831 0.5606 0.024 0.000 0.000 0.000 0.840 0.136
#> SRR1608704 5 0.2790 0.5619 0.024 0.000 0.000 0.000 0.844 0.132
#> SRR1608705 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608706 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608707 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608708 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608709 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608710 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608711 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608712 3 0.1226 0.7492 0.040 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608713 5 0.5310 0.5461 0.004 0.044 0.000 0.132 0.688 0.132
#> SRR1608714 5 0.5310 0.5461 0.004 0.044 0.000 0.132 0.688 0.132
#> SRR1608715 5 0.5346 0.5447 0.004 0.044 0.000 0.136 0.684 0.132
#> SRR1608716 3 0.1296 0.7515 0.044 0.000 0.948 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608717 3 0.1296 0.7515 0.044 0.000 0.948 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608718 3 0.1296 0.7515 0.044 0.000 0.948 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608719 3 0.1296 0.7515 0.044 0.000 0.948 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608724 5 0.8173 0.0414 0.076 0.000 0.228 0.244 0.360 0.092
#> SRR1608725 5 0.8173 0.0414 0.076 0.000 0.228 0.244 0.360 0.092
#> SRR1608726 5 0.8173 0.0414 0.076 0.000 0.228 0.244 0.360 0.092
#> SRR1608727 5 0.8173 0.0414 0.076 0.000 0.228 0.244 0.360 0.092
#> SRR1608720 3 0.4347 0.7650 0.036 0.000 0.720 0.220 0.024 0.000
#> SRR1608721 3 0.4347 0.7650 0.036 0.000 0.720 0.220 0.024 0.000
#> SRR1608722 3 0.4347 0.7650 0.036 0.000 0.720 0.220 0.024 0.000
#> SRR1608723 3 0.4347 0.7650 0.036 0.000 0.720 0.220 0.024 0.000
#> SRR1608728 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608729 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608730 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608731 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608732 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608733 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608734 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608735 4 0.0964 0.8520 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1608736 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608737 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608738 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608739 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608740 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608741 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608742 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608743 3 0.3525 0.7866 0.032 0.000 0.784 0.180 0.004 0.000
#> SRR1608744 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608745 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608746 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608747 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608748 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608749 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608750 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608751 3 0.6621 0.4425 0.076 0.000 0.452 0.368 0.096 0.008
#> SRR1608752 4 0.0748 0.8512 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004 0.000
#> SRR1608753 4 0.0748 0.8512 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004 0.000
#> SRR1608754 4 0.0748 0.8512 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004 0.000
#> SRR1608755 4 0.0748 0.8512 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004 0.000
#> SRR1608764 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608765 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608766 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608767 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608768 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608769 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608770 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608771 4 0.1552 0.8361 0.036 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608756 3 0.5176 0.7290 0.076 0.000 0.652 0.240 0.032 0.000
#> SRR1608757 3 0.5198 0.7250 0.076 0.000 0.648 0.244 0.032 0.000
#> SRR1608758 3 0.5176 0.7290 0.076 0.000 0.652 0.240 0.032 0.000
#> SRR1608759 3 0.5198 0.7250 0.076 0.000 0.648 0.244 0.032 0.000
#> SRR1608760 3 0.5198 0.7250 0.076 0.000 0.648 0.244 0.032 0.000
#> SRR1608761 3 0.5176 0.7290 0.076 0.000 0.652 0.240 0.032 0.000
#> SRR1608762 3 0.5198 0.7250 0.076 0.000 0.648 0.244 0.032 0.000
#> SRR1608763 3 0.5176 0.7290 0.076 0.000 0.652 0.240 0.032 0.000
#> SRR1608772 4 0.0363 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608773 4 0.0363 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608774 4 0.0363 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608775 4 0.0363 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608776 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0405 0.7711 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608784 4 0.7700 0.0279 0.028 0.000 0.236 0.328 0.324 0.084
#> SRR1608785 4 0.7753 0.0334 0.032 0.000 0.236 0.328 0.320 0.084
#> SRR1608786 4 0.7753 0.0334 0.032 0.000 0.236 0.328 0.320 0.084
#> SRR1608787 4 0.7753 0.0334 0.032 0.000 0.236 0.328 0.320 0.084
#> SRR1608788 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608789 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608790 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608791 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608792 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608793 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608794 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608795 5 0.5979 0.2175 0.044 0.044 0.000 0.020 0.476 0.416
#> SRR1608796 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608797 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608798 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608799 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608800 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608801 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608802 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608803 5 0.5519 0.4822 0.264 0.000 0.008 0.000 0.580 0.148
#> SRR1608812 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608814 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608815 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608816 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608817 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608818 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608819 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608804 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608805 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608806 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608807 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608808 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608809 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608810 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608811 6 0.3938 0.5506 0.012 0.312 0.000 0.000 0.004 0.672
#> SRR1608822 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608823 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608824 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608825 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608826 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608827 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608828 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608829 1 0.3189 0.9246 0.760 0.000 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1608820 1 0.3349 0.9177 0.748 0.000 0.000 0.000 0.008 0.244
#> SRR1608821 1 0.3349 0.9177 0.748 0.000 0.000 0.000 0.008 0.244
#> SRR1608830 5 0.8076 0.3619 0.100 0.000 0.064 0.256 0.376 0.204
#> SRR1608831 5 0.8067 0.3652 0.100 0.000 0.064 0.252 0.380 0.204
#> SRR1608832 5 0.8106 0.3611 0.100 0.000 0.068 0.252 0.376 0.204
#> SRR1608833 5 0.8097 0.3645 0.100 0.000 0.068 0.248 0.380 0.204
#> SRR1608834 5 0.8076 0.3619 0.100 0.000 0.064 0.256 0.376 0.204
#> SRR1608835 5 0.8115 0.3571 0.100 0.000 0.068 0.256 0.372 0.204
#> SRR1608836 5 0.8076 0.3619 0.100 0.000 0.064 0.256 0.376 0.204
#> SRR1608837 5 0.8076 0.3619 0.100 0.000 0.064 0.256 0.376 0.204
#> SRR1608838 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608839 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608840 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608841 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608842 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608843 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608844 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608845 1 0.3245 0.9228 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1608846 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608847 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608848 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608849 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608850 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608851 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608852 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608853 5 0.3986 0.5265 0.316 0.000 0.000 0.020 0.664 0.000
#> SRR1608854 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608855 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608856 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608857 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608858 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608859 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608860 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608861 1 0.3979 0.6000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.004 0.456
#> SRR1608862 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608863 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608864 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608865 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608866 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608867 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608868 6 0.0717 0.8107 0.016 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976
#> SRR1608869 6 0.0622 0.8130 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR1608870 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608871 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608872 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608873 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608874 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608875 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608876 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608877 1 0.3151 0.9214 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1608878 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608880 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608881 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608882 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608883 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608884 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608885 5 0.5936 0.3566 0.024 0.000 0.008 0.088 0.460 0.420
#> SRR1608886 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608887 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608888 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608889 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608890 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608891 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608892 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608893 6 0.0291 0.8150 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1608894 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608895 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608896 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608897 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608898 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608899 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608901 1 0.3240 0.9239 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 0.244
#> SRR1608902 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608903 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608904 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608905 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608906 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608907 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608908 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608909 6 0.1588 0.7700 0.072 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924
#> SRR1608910 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608911 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608912 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608913 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608914 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608915 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608916 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608917 5 0.7014 0.4086 0.104 0.000 0.008 0.140 0.476 0.272
#> SRR1608918 5 0.6900 0.4228 0.100 0.000 0.012 0.116 0.496 0.276
#> SRR1608919 5 0.6813 0.4250 0.100 0.000 0.008 0.116 0.500 0.276
#> SRR1608920 5 0.5501 0.4836 0.260 0.000 0.008 0.000 0.584 0.148
#> SRR1608921 5 0.5501 0.4836 0.260 0.000 0.008 0.000 0.584 0.148
#> SRR1608922 5 0.6344 0.3916 0.044 0.000 0.012 0.096 0.476 0.372
#> SRR1608923 5 0.6344 0.3916 0.044 0.000 0.012 0.096 0.476 0.372
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.800 0.866 0.948 0.4991 0.500 0.500
#> 3 3 0.564 0.582 0.811 0.3304 0.746 0.536
#> 4 4 0.606 0.687 0.812 0.1198 0.774 0.450
#> 5 5 0.769 0.701 0.835 0.0600 0.917 0.710
#> 6 6 0.812 0.750 0.873 0.0303 0.926 0.699
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.0938 0.9527 0.988 0.012
#> SRR1608503 1 0.0938 0.9527 0.988 0.012
#> SRR1608504 1 0.0938 0.9527 0.988 0.012
#> SRR1608505 1 0.0672 0.9563 0.992 0.008
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608506 2 0.9000 0.5696 0.316 0.684
#> SRR1608507 2 0.8955 0.5768 0.312 0.688
#> SRR1608508 2 0.8909 0.5837 0.308 0.692
#> SRR1608509 2 0.9000 0.5696 0.316 0.684
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0376 0.9230 0.004 0.996
#> SRR1608614 2 0.0376 0.9230 0.004 0.996
#> SRR1608615 2 0.0376 0.9230 0.004 0.996
#> SRR1608616 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608620 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608623 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608631 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608642 1 0.0938 0.9528 0.988 0.012
#> SRR1608638 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608657 2 0.9896 0.2831 0.440 0.560
#> SRR1608658 2 0.9922 0.2596 0.448 0.552
#> SRR1608659 2 0.9922 0.2596 0.448 0.552
#> SRR1608660 2 0.9909 0.2715 0.444 0.556
#> SRR1608661 2 0.9970 0.1977 0.468 0.532
#> SRR1608662 2 0.9977 0.1847 0.472 0.528
#> SRR1608663 2 0.9977 0.1847 0.472 0.528
#> SRR1608664 2 0.9977 0.1847 0.472 0.528
#> SRR1608649 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.2948 0.9125 0.948 0.052
#> SRR1608682 1 0.2423 0.9251 0.960 0.040
#> SRR1608683 1 0.2603 0.9211 0.956 0.044
#> SRR1608684 1 0.2778 0.9168 0.952 0.048
#> SRR1608685 1 0.2778 0.9168 0.952 0.048
#> SRR1608686 1 0.2778 0.9168 0.952 0.048
#> SRR1608687 1 0.2948 0.9125 0.948 0.052
#> SRR1608688 1 0.2948 0.9125 0.948 0.052
#> SRR1608673 2 0.7602 0.7174 0.220 0.780
#> SRR1608674 2 0.7139 0.7477 0.196 0.804
#> SRR1608675 2 0.7219 0.7427 0.200 0.800
#> SRR1608676 2 0.7299 0.7378 0.204 0.796
#> SRR1608677 2 0.7602 0.7174 0.220 0.780
#> SRR1608678 2 0.7745 0.7068 0.228 0.772
#> SRR1608679 2 0.7745 0.7068 0.228 0.772
#> SRR1608680 2 0.7815 0.7014 0.232 0.768
#> SRR1608689 2 0.8955 0.5766 0.312 0.688
#> SRR1608690 2 0.9087 0.5546 0.324 0.676
#> SRR1608691 2 0.9170 0.5394 0.332 0.668
#> SRR1608692 2 0.9170 0.5394 0.332 0.668
#> SRR1608693 2 0.9358 0.4991 0.352 0.648
#> SRR1608694 2 0.9460 0.4734 0.364 0.636
#> SRR1608695 2 0.9323 0.5074 0.348 0.652
#> SRR1608696 2 0.9552 0.4465 0.376 0.624
#> SRR1608697 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.0376 0.9599 0.996 0.004
#> SRR1608714 1 0.0376 0.9599 0.996 0.004
#> SRR1608715 1 0.0376 0.9599 0.996 0.004
#> SRR1608716 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608728 2 0.5408 0.8271 0.124 0.876
#> SRR1608729 2 0.5059 0.8381 0.112 0.888
#> SRR1608730 2 0.5294 0.8306 0.120 0.880
#> SRR1608731 2 0.5519 0.8233 0.128 0.872
#> SRR1608732 2 0.5629 0.8193 0.132 0.868
#> SRR1608733 2 0.5842 0.8113 0.140 0.860
#> SRR1608734 2 0.5294 0.8307 0.120 0.880
#> SRR1608735 2 0.5178 0.8344 0.116 0.884
#> SRR1608736 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608752 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608753 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608754 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608755 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608764 1 0.9963 0.0504 0.536 0.464
#> SRR1608765 1 0.9881 0.1518 0.564 0.436
#> SRR1608766 1 0.9977 0.0175 0.528 0.472
#> SRR1608767 1 0.9977 0.0172 0.528 0.472
#> SRR1608768 1 0.9933 0.0948 0.548 0.452
#> SRR1608769 1 0.9815 0.2055 0.580 0.420
#> SRR1608770 1 0.9896 0.1380 0.560 0.440
#> SRR1608771 1 0.9754 0.2432 0.592 0.408
#> SRR1608756 2 0.9963 0.1649 0.464 0.536
#> SRR1608757 1 0.9977 0.0683 0.528 0.472
#> SRR1608758 2 1.0000 0.0312 0.500 0.500
#> SRR1608759 1 0.9922 0.1563 0.552 0.448
#> SRR1608760 1 0.9996 0.0047 0.512 0.488
#> SRR1608761 1 0.9933 0.1434 0.548 0.452
#> SRR1608762 1 0.9732 0.2947 0.596 0.404
#> SRR1608763 1 0.9866 0.2090 0.568 0.432
#> SRR1608772 2 0.5408 0.8266 0.124 0.876
#> SRR1608773 2 0.5842 0.8106 0.140 0.860
#> SRR1608774 2 0.5408 0.8266 0.124 0.876
#> SRR1608775 2 0.5408 0.8266 0.124 0.876
#> SRR1608776 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.9258 0.000 1.000
#> SRR1608784 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608785 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608786 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608787 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.9977 0.1256 0.472 0.528
#> SRR1608805 2 0.9988 0.0980 0.480 0.520
#> SRR1608806 2 0.9977 0.1256 0.472 0.528
#> SRR1608807 2 0.9983 0.1119 0.476 0.524
#> SRR1608808 2 0.9977 0.1256 0.472 0.528
#> SRR1608809 2 0.9963 0.1520 0.464 0.536
#> SRR1608810 2 0.9977 0.1256 0.472 0.528
#> SRR1608811 2 0.9970 0.1388 0.468 0.532
#> SRR1608822 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.6154 -0.4167 0.592 0.000 0.408
#> SRR1608495 1 0.6140 -0.4187 0.596 0.000 0.404
#> SRR1608496 1 0.6140 -0.4187 0.596 0.000 0.404
#> SRR1608497 1 0.6140 -0.4187 0.596 0.000 0.404
#> SRR1608498 1 0.5397 -0.0968 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608499 1 0.5397 -0.0968 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608500 1 0.5363 -0.0848 0.724 0.000 0.276
#> SRR1608501 1 0.5397 -0.0968 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608502 1 0.7519 -0.4344 0.568 0.044 0.388
#> SRR1608503 1 0.7519 -0.4344 0.568 0.044 0.388
#> SRR1608504 1 0.7533 -0.4427 0.564 0.044 0.392
#> SRR1608505 1 0.7519 -0.4344 0.568 0.044 0.388
#> SRR1608510 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608511 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608512 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608513 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608506 2 0.9226 -0.0681 0.412 0.436 0.152
#> SRR1608507 2 0.9187 -0.0584 0.412 0.440 0.148
#> SRR1608508 2 0.9226 -0.0681 0.412 0.436 0.152
#> SRR1608509 2 0.9264 -0.0774 0.412 0.432 0.156
#> SRR1608514 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608519 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608520 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608521 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608522 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608523 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608524 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608525 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608526 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608527 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608528 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608529 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608530 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608535 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608536 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608537 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608538 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608539 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608540 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608541 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608542 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608543 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608544 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608545 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608546 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608547 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608548 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608549 2 0.0237 0.8238 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608550 2 0.3551 0.7477 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608551 2 0.3551 0.7477 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608552 2 0.3551 0.7477 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608553 2 0.3551 0.7477 0.000 0.868 0.132
#> SRR1608554 2 0.3482 0.7503 0.000 0.872 0.128
#> SRR1608555 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.2947 0.7690 0.060 0.920 0.020
#> SRR1608590 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.8241 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.3722 0.7384 0.088 0.888 0.024
#> SRR1608604 2 0.3587 0.7421 0.088 0.892 0.020
#> SRR1608605 2 0.3670 0.7381 0.092 0.888 0.020
#> SRR1608606 2 0.3502 0.7460 0.084 0.896 0.020
#> SRR1608607 3 0.5760 0.2736 0.000 0.328 0.672
#> SRR1608608 3 0.5760 0.2736 0.000 0.328 0.672
#> SRR1608609 3 0.5733 0.2805 0.000 0.324 0.676
#> SRR1608610 3 0.5810 0.2582 0.000 0.336 0.664
#> SRR1608611 3 0.5733 0.2805 0.000 0.324 0.676
#> SRR1608612 3 0.5733 0.2805 0.000 0.324 0.676
#> SRR1608613 3 0.6008 0.2616 0.004 0.332 0.664
#> SRR1608614 3 0.6008 0.2616 0.004 0.332 0.664
#> SRR1608615 3 0.6008 0.2616 0.004 0.332 0.664
#> SRR1608616 3 0.6033 0.2538 0.004 0.336 0.660
#> SRR1608617 3 0.6033 0.2538 0.004 0.336 0.660
#> SRR1608618 3 0.6008 0.2616 0.004 0.332 0.664
#> SRR1608619 3 0.6386 0.6960 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608620 3 0.6386 0.6960 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608621 2 0.6215 0.3478 0.000 0.572 0.428
#> SRR1608622 2 0.6215 0.3478 0.000 0.572 0.428
#> SRR1608623 3 0.1964 0.4529 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608624 2 0.6192 0.3645 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608625 2 0.6192 0.3645 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608626 2 0.6192 0.3645 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608627 2 0.6192 0.3645 0.000 0.580 0.420
#> SRR1608628 3 0.6309 -0.1703 0.000 0.500 0.500
#> SRR1608629 3 0.6309 -0.1703 0.000 0.500 0.500
#> SRR1608630 3 0.6309 -0.1703 0.000 0.500 0.500
#> SRR1608634 3 0.6180 0.6934 0.416 0.000 0.584
#> SRR1608635 3 0.6180 0.6934 0.416 0.000 0.584
#> SRR1608636 3 0.6180 0.6934 0.416 0.000 0.584
#> SRR1608637 3 0.6180 0.6934 0.416 0.000 0.584
#> SRR1608631 3 0.3267 0.4839 0.000 0.116 0.884
#> SRR1608632 3 0.3267 0.4839 0.000 0.116 0.884
#> SRR1608633 3 0.3192 0.4814 0.000 0.112 0.888
#> SRR1608642 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608638 3 0.6701 0.6930 0.412 0.012 0.576
#> SRR1608639 3 0.6701 0.6930 0.412 0.012 0.576
#> SRR1608640 3 0.6836 0.6904 0.412 0.016 0.572
#> SRR1608641 3 0.6701 0.6930 0.412 0.012 0.576
#> SRR1608643 3 0.4235 0.5309 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608644 3 0.4121 0.5316 0.000 0.168 0.832
#> SRR1608645 3 0.4121 0.5316 0.000 0.168 0.832
#> SRR1608646 3 0.4235 0.5643 0.176 0.000 0.824
#> SRR1608647 3 0.4121 0.5593 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608648 3 0.4346 0.5692 0.184 0.000 0.816
#> SRR1608657 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608658 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608659 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608660 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608661 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608662 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608663 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608664 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608649 2 0.5291 0.6221 0.000 0.732 0.268
#> SRR1608650 2 0.5291 0.6221 0.000 0.732 0.268
#> SRR1608651 2 0.5291 0.6221 0.000 0.732 0.268
#> SRR1608652 2 0.5254 0.6268 0.000 0.736 0.264
#> SRR1608653 2 0.5327 0.6171 0.000 0.728 0.272
#> SRR1608654 2 0.5327 0.6171 0.000 0.728 0.272
#> SRR1608655 2 0.5363 0.6120 0.000 0.724 0.276
#> SRR1608656 2 0.5327 0.6171 0.000 0.728 0.272
#> SRR1608665 1 0.6008 0.5574 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608666 1 0.6008 0.5574 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608667 1 0.6008 0.5574 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608668 1 0.6008 0.5574 0.628 0.000 0.372
#> SRR1608669 1 0.5968 0.5516 0.636 0.000 0.364
#> SRR1608670 1 0.5968 0.5516 0.636 0.000 0.364
#> SRR1608671 1 0.5968 0.5516 0.636 0.000 0.364
#> SRR1608672 1 0.5948 0.5485 0.640 0.000 0.360
#> SRR1608681 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608682 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608683 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608684 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608685 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608686 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608687 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608688 3 0.6192 0.6906 0.420 0.000 0.580
#> SRR1608673 2 0.8775 0.1000 0.384 0.500 0.116
#> SRR1608674 2 0.8649 0.1535 0.360 0.528 0.112
#> SRR1608675 2 0.8620 0.1709 0.352 0.536 0.112
#> SRR1608676 2 0.8699 0.1183 0.376 0.512 0.112
#> SRR1608677 2 0.8784 0.0819 0.388 0.496 0.116
#> SRR1608678 2 0.8844 0.0626 0.392 0.488 0.120
#> SRR1608679 2 0.8895 0.0628 0.392 0.484 0.124
#> SRR1608680 2 0.8909 0.0437 0.400 0.476 0.124
#> SRR1608689 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608690 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608691 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608692 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608693 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608694 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608695 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608696 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608697 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608698 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608699 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608700 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608701 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608702 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608703 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608704 1 0.6260 0.7003 0.552 0.000 0.448
#> SRR1608705 2 0.4974 0.6576 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608706 2 0.5178 0.6371 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608707 2 0.5016 0.6537 0.000 0.760 0.240
#> SRR1608708 2 0.5178 0.6371 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608709 2 0.5138 0.6415 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608710 2 0.5138 0.6415 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608711 2 0.5397 0.6086 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608712 2 0.5216 0.6325 0.000 0.740 0.260
#> SRR1608713 1 0.5325 -0.0266 0.748 0.004 0.248
#> SRR1608714 1 0.5365 -0.0390 0.744 0.004 0.252
#> SRR1608715 1 0.5365 -0.0390 0.744 0.004 0.252
#> SRR1608716 2 0.5760 0.5374 0.000 0.672 0.328
#> SRR1608717 2 0.5785 0.5315 0.000 0.668 0.332
#> SRR1608718 2 0.5760 0.5374 0.000 0.672 0.328
#> SRR1608719 2 0.5785 0.5315 0.000 0.668 0.332
#> SRR1608724 3 0.4887 -0.1240 0.228 0.000 0.772
#> SRR1608725 3 0.4887 -0.1240 0.228 0.000 0.772
#> SRR1608726 3 0.4887 -0.1240 0.228 0.000 0.772
#> SRR1608727 3 0.4887 -0.1240 0.228 0.000 0.772
#> SRR1608720 3 0.5098 0.4221 0.000 0.248 0.752
#> SRR1608721 3 0.5058 0.4288 0.000 0.244 0.756
#> SRR1608722 3 0.5098 0.4221 0.000 0.248 0.752
#> SRR1608723 3 0.5138 0.4194 0.000 0.252 0.748
#> SRR1608728 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608729 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608730 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608731 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608732 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608733 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608734 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608735 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608736 2 0.6244 0.3193 0.000 0.560 0.440
#> SRR1608737 2 0.6260 0.2992 0.000 0.552 0.448
#> SRR1608738 2 0.6244 0.3193 0.000 0.560 0.440
#> SRR1608739 2 0.6244 0.3193 0.000 0.560 0.440
#> SRR1608740 2 0.6244 0.3193 0.000 0.560 0.440
#> SRR1608741 2 0.6267 0.2889 0.000 0.548 0.452
#> SRR1608742 2 0.6260 0.2992 0.000 0.552 0.448
#> SRR1608743 2 0.6267 0.2889 0.000 0.548 0.452
#> SRR1608744 3 0.1643 0.3775 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608745 3 0.1411 0.3890 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608746 3 0.1643 0.3775 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608747 3 0.1643 0.3775 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608748 3 0.1643 0.3775 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608749 3 0.1411 0.3890 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608750 3 0.1529 0.3834 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608751 3 0.1411 0.3890 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608752 3 0.6553 0.6950 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608753 3 0.6553 0.6950 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608754 3 0.6553 0.6950 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608755 3 0.6553 0.6950 0.412 0.008 0.580
#> SRR1608764 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608765 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608766 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608767 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608768 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608769 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608770 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608771 3 0.6168 0.6956 0.412 0.000 0.588
#> SRR1608756 3 0.1950 0.3802 0.040 0.008 0.952
#> SRR1608757 3 0.1643 0.3768 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608758 3 0.1753 0.3697 0.048 0.000 0.952
#> SRR1608759 3 0.1643 0.3768 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608760 3 0.1647 0.3882 0.036 0.004 0.960
#> SRR1608761 3 0.1643 0.3768 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608762 3 0.1529 0.3830 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608763 3 0.1643 0.3768 0.044 0.000 0.956
#> SRR1608772 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608773 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608774 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608775 3 0.6386 0.6959 0.412 0.004 0.584
#> SRR1608776 2 0.6026 0.4546 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608777 2 0.6026 0.4546 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608778 2 0.6008 0.4621 0.000 0.628 0.372
#> SRR1608779 2 0.6008 0.4621 0.000 0.628 0.372
#> SRR1608780 2 0.6026 0.4546 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608782 2 0.6026 0.4546 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608783 2 0.6026 0.4546 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608784 3 0.3267 0.5130 0.116 0.000 0.884
#> SRR1608785 3 0.3482 0.5233 0.128 0.000 0.872
#> SRR1608786 3 0.3412 0.5201 0.124 0.000 0.876
#> SRR1608787 3 0.3482 0.5233 0.128 0.000 0.872
#> SRR1608788 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608789 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608790 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608791 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608792 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608793 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608794 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608795 1 0.6215 0.7379 0.572 0.000 0.428
#> SRR1608796 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608797 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608798 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608799 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608800 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608801 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608802 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608803 1 0.5529 0.6981 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608812 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608814 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608815 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608816 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608817 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608818 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608819 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608804 1 0.9041 0.6312 0.488 0.140 0.372
#> SRR1608805 1 0.9041 0.6312 0.488 0.140 0.372
#> SRR1608806 1 0.9076 0.6270 0.488 0.144 0.368
#> SRR1608807 1 0.8984 0.6356 0.496 0.136 0.368
#> SRR1608808 1 0.9041 0.6308 0.488 0.140 0.372
#> SRR1608809 1 0.9129 0.6221 0.480 0.148 0.372
#> SRR1608810 1 0.9030 0.6310 0.492 0.140 0.368
#> SRR1608811 1 0.8995 0.6350 0.492 0.136 0.372
#> SRR1608822 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608823 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608824 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608825 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608826 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608827 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608828 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608829 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608820 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608821 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608830 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608831 1 0.4978 0.0642 0.780 0.004 0.216
#> SRR1608832 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608833 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608834 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608835 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608836 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608837 1 0.5024 0.0529 0.776 0.004 0.220
#> SRR1608838 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608839 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608840 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608841 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608842 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608843 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608844 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608845 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608846 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608847 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608848 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608849 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608850 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608851 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608852 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608853 1 0.0592 0.4568 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608854 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608855 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608856 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608857 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608858 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608859 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608860 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608861 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608862 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608863 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608864 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608865 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608866 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608867 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608868 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608869 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608870 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608871 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608872 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608873 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608874 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608875 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608876 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608877 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608878 1 0.3816 0.5931 0.852 0.000 0.148
#> SRR1608880 1 0.3816 0.5931 0.852 0.000 0.148
#> SRR1608881 1 0.3752 0.5896 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608882 1 0.3752 0.5896 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608883 1 0.3752 0.5896 0.856 0.000 0.144
#> SRR1608884 1 0.3816 0.5931 0.852 0.000 0.148
#> SRR1608885 1 0.3816 0.5931 0.852 0.000 0.148
#> SRR1608886 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608887 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608888 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608889 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608890 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608891 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608892 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608893 1 0.6386 0.7435 0.584 0.004 0.412
#> SRR1608894 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608895 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608896 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608897 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608898 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608899 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608901 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608902 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608903 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608904 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608905 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608906 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608907 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608908 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608909 1 0.6168 0.7447 0.588 0.000 0.412
#> SRR1608910 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608911 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608912 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608913 1 0.4293 0.1880 0.832 0.004 0.164
#> SRR1608914 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608915 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608916 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608917 1 0.4351 0.1809 0.828 0.004 0.168
#> SRR1608918 1 0.1647 0.4043 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608919 1 0.1647 0.4043 0.960 0.004 0.036
#> SRR1608920 1 0.4346 0.6219 0.816 0.000 0.184
#> SRR1608921 1 0.4235 0.6156 0.824 0.000 0.176
#> SRR1608922 1 0.1525 0.4484 0.964 0.004 0.032
#> SRR1608923 1 0.1399 0.4533 0.968 0.004 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608491 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608492 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608493 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608494 4 0.1394 0.717 0.016 0.012 0.008 0.964
#> SRR1608495 4 0.1394 0.717 0.016 0.012 0.008 0.964
#> SRR1608496 4 0.1394 0.717 0.016 0.012 0.008 0.964
#> SRR1608497 4 0.1394 0.717 0.016 0.012 0.008 0.964
#> SRR1608498 4 0.1953 0.725 0.044 0.004 0.012 0.940
#> SRR1608499 4 0.2040 0.725 0.048 0.004 0.012 0.936
#> SRR1608500 4 0.2125 0.724 0.052 0.004 0.012 0.932
#> SRR1608501 4 0.1953 0.725 0.044 0.004 0.012 0.940
#> SRR1608502 4 0.1648 0.716 0.016 0.016 0.012 0.956
#> SRR1608503 4 0.1648 0.716 0.016 0.016 0.012 0.956
#> SRR1608504 4 0.1648 0.716 0.016 0.016 0.012 0.956
#> SRR1608505 4 0.1648 0.716 0.016 0.016 0.012 0.956
#> SRR1608510 2 0.3486 0.751 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1608511 2 0.3486 0.751 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1608512 2 0.3444 0.757 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1608513 2 0.3528 0.746 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1608506 4 0.4956 0.545 0.000 0.232 0.036 0.732
#> SRR1608507 4 0.5113 0.523 0.000 0.252 0.036 0.712
#> SRR1608508 4 0.5041 0.542 0.000 0.232 0.040 0.728
#> SRR1608509 4 0.4939 0.555 0.000 0.220 0.040 0.740
#> SRR1608514 2 0.0592 0.936 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608515 2 0.0592 0.936 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608516 2 0.0592 0.936 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608517 2 0.0592 0.936 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608518 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608519 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608520 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608521 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608522 2 0.2216 0.872 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1608523 2 0.2408 0.859 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1608524 2 0.2345 0.863 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1608525 2 0.2011 0.882 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1608526 2 0.3726 0.736 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1608527 2 0.3764 0.730 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1608528 2 0.3610 0.753 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1608529 2 0.3801 0.724 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1608530 2 0.0336 0.938 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608531 2 0.0336 0.938 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608532 2 0.0336 0.938 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608533 2 0.0336 0.938 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0188 0.936 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608540 2 0.0188 0.936 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608541 2 0.0188 0.936 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608542 2 0.2216 0.858 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608543 2 0.2281 0.855 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1608544 2 0.2466 0.852 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1608545 2 0.2466 0.852 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1608546 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608547 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608548 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608549 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608550 3 0.3942 0.597 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1608551 3 0.3975 0.591 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1608552 3 0.4008 0.586 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1608553 3 0.3942 0.597 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1608554 3 0.3975 0.591 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1608555 2 0.0188 0.938 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608556 2 0.0188 0.938 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608557 2 0.0188 0.938 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608558 2 0.0188 0.938 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608559 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608560 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608561 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608562 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608563 2 0.0469 0.932 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608564 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608565 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608566 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608567 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608568 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0188 0.936 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608570 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608571 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608572 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608573 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.1488 0.920 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR1608590 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608591 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608592 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608593 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608594 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608600 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608601 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608602 2 0.0469 0.938 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608603 2 0.0707 0.927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608604 2 0.0707 0.927 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608605 2 0.0592 0.930 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608606 2 0.0592 0.930 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608607 3 0.7293 0.605 0.180 0.012 0.584 0.224
#> SRR1608608 3 0.7267 0.615 0.168 0.016 0.596 0.220
#> SRR1608609 3 0.7236 0.600 0.184 0.008 0.580 0.228
#> SRR1608610 3 0.7393 0.605 0.176 0.016 0.580 0.228
#> SRR1608611 3 0.7236 0.600 0.184 0.008 0.580 0.228
#> SRR1608612 3 0.7236 0.600 0.184 0.008 0.580 0.228
#> SRR1608613 3 0.7147 0.589 0.220 0.008 0.592 0.180
#> SRR1608614 3 0.7175 0.586 0.224 0.008 0.588 0.180
#> SRR1608615 3 0.7175 0.586 0.224 0.008 0.588 0.180
#> SRR1608616 3 0.7175 0.586 0.224 0.008 0.588 0.180
#> SRR1608617 3 0.7147 0.589 0.220 0.008 0.592 0.180
#> SRR1608618 3 0.7175 0.586 0.224 0.008 0.588 0.180
#> SRR1608619 3 0.4222 0.614 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1608620 3 0.4222 0.614 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1608621 3 0.3638 0.686 0.000 0.120 0.848 0.032
#> SRR1608622 3 0.3638 0.686 0.000 0.120 0.848 0.032
#> SRR1608623 3 0.6885 0.387 0.104 0.000 0.460 0.436
#> SRR1608624 3 0.5375 0.684 0.000 0.116 0.744 0.140
#> SRR1608625 3 0.5375 0.684 0.000 0.116 0.744 0.140
#> SRR1608626 3 0.5375 0.684 0.000 0.116 0.744 0.140
#> SRR1608627 3 0.5375 0.684 0.000 0.116 0.744 0.140
#> SRR1608628 3 0.2831 0.679 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1608629 3 0.2831 0.679 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1608630 3 0.2831 0.679 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1608634 4 0.2408 0.679 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608635 4 0.2408 0.679 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608636 4 0.2408 0.679 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1608637 4 0.2469 0.676 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1608631 3 0.6233 0.642 0.124 0.000 0.660 0.216
#> SRR1608632 3 0.6152 0.645 0.120 0.000 0.668 0.212
#> SRR1608633 3 0.6248 0.642 0.128 0.000 0.660 0.212
#> SRR1608642 3 0.4961 0.399 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1608638 3 0.3942 0.612 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608639 3 0.3975 0.609 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1608640 3 0.3975 0.609 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1608641 3 0.3942 0.612 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1608643 3 0.5066 0.676 0.088 0.000 0.764 0.148
#> SRR1608644 3 0.5066 0.676 0.088 0.000 0.764 0.148
#> SRR1608645 3 0.5066 0.676 0.088 0.000 0.764 0.148
#> SRR1608646 3 0.6055 0.532 0.052 0.000 0.576 0.372
#> SRR1608647 3 0.6055 0.532 0.052 0.000 0.576 0.372
#> SRR1608648 3 0.6055 0.532 0.052 0.000 0.576 0.372
#> SRR1608657 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608658 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608659 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608660 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608661 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608662 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608663 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608664 4 0.2281 0.686 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1608649 3 0.3196 0.675 0.008 0.136 0.856 0.000
#> SRR1608650 3 0.3196 0.675 0.008 0.136 0.856 0.000
#> SRR1608651 3 0.3105 0.674 0.004 0.140 0.856 0.000
#> SRR1608652 3 0.3196 0.675 0.008 0.136 0.856 0.000
#> SRR1608653 3 0.3052 0.675 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR1608654 3 0.3052 0.675 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR1608655 3 0.3052 0.675 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR1608656 3 0.3052 0.675 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR1608665 4 0.4036 0.696 0.116 0.012 0.032 0.840
#> SRR1608666 4 0.3920 0.697 0.108 0.012 0.032 0.848
#> SRR1608667 4 0.3979 0.697 0.112 0.012 0.032 0.844
#> SRR1608668 4 0.3979 0.697 0.112 0.012 0.032 0.844
#> SRR1608669 4 0.3920 0.697 0.108 0.012 0.032 0.848
#> SRR1608670 4 0.3920 0.697 0.108 0.012 0.032 0.848
#> SRR1608671 4 0.3920 0.697 0.108 0.012 0.032 0.848
#> SRR1608672 4 0.3979 0.697 0.112 0.012 0.032 0.844
#> SRR1608681 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608682 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608683 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608684 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608685 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608686 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608687 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608688 4 0.0592 0.712 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608673 2 0.4855 0.500 0.000 0.644 0.004 0.352
#> SRR1608674 2 0.4837 0.506 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1608675 2 0.4837 0.506 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1608676 2 0.4837 0.506 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1608677 2 0.4872 0.492 0.000 0.640 0.004 0.356
#> SRR1608678 2 0.4872 0.492 0.000 0.640 0.004 0.356
#> SRR1608679 2 0.4872 0.492 0.000 0.640 0.004 0.356
#> SRR1608680 2 0.4889 0.484 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR1608689 4 0.1940 0.699 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608690 4 0.2011 0.697 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1608691 4 0.1940 0.699 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608692 4 0.1940 0.699 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608693 4 0.1940 0.699 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1608694 4 0.1716 0.703 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608695 4 0.1716 0.703 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608696 4 0.1637 0.704 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1608697 4 0.5080 0.629 0.216 0.012 0.028 0.744
#> SRR1608698 4 0.5080 0.629 0.216 0.012 0.028 0.744
#> SRR1608699 4 0.5080 0.629 0.216 0.012 0.028 0.744
#> SRR1608700 4 0.5080 0.629 0.216 0.012 0.028 0.744
#> SRR1608701 4 0.5044 0.633 0.212 0.012 0.028 0.748
#> SRR1608702 4 0.5044 0.633 0.212 0.012 0.028 0.748
#> SRR1608703 4 0.5080 0.629 0.216 0.012 0.028 0.744
#> SRR1608704 4 0.5044 0.633 0.212 0.012 0.028 0.748
#> SRR1608705 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608706 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608707 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608708 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608709 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608710 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608711 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608712 3 0.2868 0.676 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1608713 4 0.2441 0.723 0.068 0.012 0.004 0.916
#> SRR1608714 4 0.2586 0.723 0.068 0.012 0.008 0.912
#> SRR1608715 4 0.2660 0.722 0.072 0.012 0.008 0.908
#> SRR1608716 3 0.3074 0.668 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1608717 3 0.3074 0.668 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1608718 3 0.3074 0.668 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1608719 3 0.3074 0.668 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR1608724 4 0.6253 0.329 0.372 0.000 0.064 0.564
#> SRR1608725 4 0.6214 0.352 0.360 0.000 0.064 0.576
#> SRR1608726 4 0.6240 0.336 0.368 0.000 0.064 0.568
#> SRR1608727 4 0.6253 0.329 0.372 0.000 0.064 0.564
#> SRR1608720 3 0.5772 0.660 0.116 0.000 0.708 0.176
#> SRR1608721 3 0.5772 0.660 0.116 0.000 0.708 0.176
#> SRR1608722 3 0.5772 0.660 0.116 0.000 0.708 0.176
#> SRR1608723 3 0.5883 0.662 0.108 0.004 0.708 0.180
#> SRR1608728 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608729 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608730 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608731 3 0.4134 0.622 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1608732 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608733 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608734 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608735 3 0.4103 0.624 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1608736 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608737 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608738 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608739 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608740 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608741 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608742 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608743 3 0.4277 0.690 0.004 0.116 0.824 0.056
#> SRR1608744 3 0.7828 0.400 0.296 0.000 0.412 0.292
#> SRR1608745 3 0.7817 0.405 0.288 0.000 0.416 0.296
#> SRR1608746 3 0.7828 0.400 0.296 0.000 0.412 0.292
#> SRR1608747 3 0.7828 0.400 0.296 0.000 0.412 0.292
#> SRR1608748 3 0.7828 0.399 0.292 0.000 0.412 0.296
#> SRR1608749 3 0.7828 0.400 0.296 0.000 0.412 0.292
#> SRR1608750 3 0.7837 0.393 0.296 0.000 0.408 0.296
#> SRR1608751 3 0.7817 0.405 0.288 0.000 0.416 0.296
#> SRR1608752 3 0.4072 0.587 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608753 3 0.4072 0.583 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608754 3 0.4040 0.587 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1608755 3 0.4072 0.583 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1608764 3 0.4746 0.495 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1608765 3 0.4830 0.459 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608766 3 0.4830 0.459 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608767 3 0.4804 0.472 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1608768 3 0.4830 0.459 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608769 3 0.4804 0.472 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1608770 3 0.4830 0.459 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608771 3 0.4830 0.459 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608756 3 0.7034 0.589 0.204 0.000 0.576 0.220
#> SRR1608757 3 0.6936 0.600 0.188 0.000 0.588 0.224
#> SRR1608758 3 0.7004 0.592 0.200 0.000 0.580 0.220
#> SRR1608759 3 0.7001 0.594 0.196 0.000 0.580 0.224
#> SRR1608760 3 0.6903 0.603 0.184 0.000 0.592 0.224
#> SRR1608761 3 0.6903 0.603 0.184 0.000 0.592 0.224
#> SRR1608762 3 0.6936 0.600 0.188 0.000 0.588 0.224
#> SRR1608763 3 0.6969 0.597 0.192 0.000 0.584 0.224
#> SRR1608772 3 0.4996 0.249 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1608773 3 0.4996 0.249 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1608774 3 0.4996 0.249 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1608775 3 0.4996 0.249 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1608776 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608777 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608778 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608779 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608780 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608782 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608783 3 0.3217 0.681 0.000 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608784 3 0.6187 0.572 0.068 0.000 0.596 0.336
#> SRR1608785 3 0.5970 0.564 0.052 0.000 0.600 0.348
#> SRR1608786 3 0.6074 0.569 0.060 0.000 0.600 0.340
#> SRR1608787 3 0.6123 0.572 0.064 0.000 0.600 0.336
#> SRR1608788 1 0.5464 0.348 0.632 0.004 0.020 0.344
#> SRR1608789 1 0.5514 0.320 0.620 0.004 0.020 0.356
#> SRR1608790 1 0.5409 0.377 0.644 0.004 0.020 0.332
#> SRR1608791 1 0.5389 0.386 0.648 0.004 0.020 0.328
#> SRR1608792 1 0.5481 0.338 0.628 0.004 0.020 0.348
#> SRR1608793 1 0.5498 0.330 0.624 0.004 0.020 0.352
#> SRR1608794 1 0.5514 0.320 0.620 0.004 0.020 0.356
#> SRR1608795 1 0.5514 0.320 0.620 0.004 0.020 0.356
#> SRR1608796 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608797 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608798 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608799 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608800 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608801 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608802 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608803 1 0.3718 0.712 0.820 0.000 0.012 0.168
#> SRR1608812 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608814 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608815 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608816 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608817 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608818 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608819 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608804 1 0.3962 0.744 0.832 0.044 0.124 0.000
#> SRR1608805 1 0.3984 0.739 0.828 0.040 0.132 0.000
#> SRR1608806 1 0.3962 0.744 0.832 0.044 0.124 0.000
#> SRR1608807 1 0.3962 0.744 0.832 0.044 0.124 0.000
#> SRR1608808 1 0.3876 0.747 0.836 0.040 0.124 0.000
#> SRR1608809 1 0.3962 0.744 0.832 0.044 0.124 0.000
#> SRR1608810 1 0.3962 0.744 0.832 0.044 0.124 0.000
#> SRR1608811 1 0.4017 0.740 0.828 0.044 0.128 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608821 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608830 3 0.7918 -0.198 0.316 0.000 0.352 0.332
#> SRR1608831 3 0.7921 -0.202 0.320 0.000 0.348 0.332
#> SRR1608832 3 0.7907 -0.183 0.308 0.000 0.364 0.328
#> SRR1608833 3 0.7918 -0.198 0.316 0.000 0.352 0.332
#> SRR1608834 3 0.7918 -0.198 0.316 0.000 0.352 0.332
#> SRR1608835 3 0.7907 -0.183 0.308 0.000 0.364 0.328
#> SRR1608836 3 0.7918 -0.198 0.316 0.000 0.352 0.332
#> SRR1608837 3 0.7918 -0.198 0.316 0.000 0.352 0.332
#> SRR1608838 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608839 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608840 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608841 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608842 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608843 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608844 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608845 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608846 4 0.6755 0.149 0.448 0.000 0.092 0.460
#> SRR1608847 4 0.6801 0.149 0.448 0.000 0.096 0.456
#> SRR1608848 4 0.6801 0.149 0.448 0.000 0.096 0.456
#> SRR1608849 4 0.6801 0.149 0.448 0.000 0.096 0.456
#> SRR1608850 4 0.6801 0.149 0.448 0.000 0.096 0.456
#> SRR1608851 4 0.6755 0.149 0.448 0.000 0.092 0.460
#> SRR1608852 4 0.6801 0.149 0.448 0.000 0.096 0.456
#> SRR1608853 4 0.6801 0.149 0.448 0.000 0.096 0.456
#> SRR1608854 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608863 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608864 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608865 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608866 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608867 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608868 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608869 1 0.0524 0.869 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608870 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608871 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608872 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608873 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608874 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608875 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608876 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608877 1 0.0707 0.868 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608878 1 0.5609 0.566 0.712 0.000 0.088 0.200
#> SRR1608880 1 0.5646 0.559 0.708 0.000 0.088 0.204
#> SRR1608881 1 0.5681 0.551 0.704 0.000 0.088 0.208
#> SRR1608882 1 0.5646 0.559 0.708 0.000 0.088 0.204
#> SRR1608883 1 0.5681 0.551 0.704 0.000 0.088 0.208
#> SRR1608884 1 0.5609 0.566 0.712 0.000 0.088 0.200
#> SRR1608885 1 0.5646 0.559 0.708 0.000 0.088 0.204
#> SRR1608886 1 0.0657 0.868 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608887 1 0.0657 0.868 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608888 1 0.0657 0.868 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608889 1 0.0779 0.868 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608890 1 0.0779 0.868 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608891 1 0.0657 0.868 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608892 1 0.0779 0.868 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608893 1 0.0657 0.868 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608894 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608895 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608896 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608897 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608898 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608899 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608901 1 0.0592 0.870 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608911 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608912 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608913 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608914 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608915 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608916 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608917 4 0.6926 0.177 0.432 0.000 0.108 0.460
#> SRR1608918 1 0.6700 0.265 0.572 0.000 0.112 0.316
#> SRR1608919 1 0.6682 0.277 0.576 0.000 0.112 0.312
#> SRR1608920 1 0.5325 0.590 0.728 0.000 0.068 0.204
#> SRR1608921 1 0.5325 0.590 0.728 0.000 0.068 0.204
#> SRR1608922 1 0.6495 0.358 0.608 0.000 0.108 0.284
#> SRR1608923 1 0.6495 0.358 0.608 0.000 0.108 0.284
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0404 0.8006 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1608495 4 0.0404 0.8006 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1608496 4 0.0404 0.8006 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1608497 4 0.0404 0.8006 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1608498 4 0.3300 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.792 0.204
#> SRR1608499 4 0.3300 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.792 0.204
#> SRR1608500 4 0.3300 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.792 0.204
#> SRR1608501 4 0.3300 0.6813 0.000 0.004 0.000 0.792 0.204
#> SRR1608502 4 0.0854 0.8014 0.000 0.012 0.008 0.976 0.004
#> SRR1608503 4 0.0854 0.8014 0.000 0.012 0.008 0.976 0.004
#> SRR1608504 4 0.0968 0.8014 0.000 0.012 0.012 0.972 0.004
#> SRR1608505 4 0.0854 0.8014 0.000 0.012 0.008 0.976 0.004
#> SRR1608510 2 0.2843 0.8333 0.000 0.848 0.144 0.000 0.008
#> SRR1608511 2 0.2583 0.8539 0.000 0.864 0.132 0.000 0.004
#> SRR1608512 2 0.2583 0.8539 0.000 0.864 0.132 0.000 0.004
#> SRR1608513 2 0.2674 0.8434 0.000 0.856 0.140 0.000 0.004
#> SRR1608506 4 0.1012 0.7979 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR1608507 4 0.1106 0.7972 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR1608508 4 0.1106 0.7972 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR1608509 4 0.1106 0.7972 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR1608514 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.1469 0.9514 0.000 0.948 0.036 0.000 0.016
#> SRR1608523 2 0.1568 0.9478 0.000 0.944 0.036 0.000 0.020
#> SRR1608524 2 0.1568 0.9478 0.000 0.944 0.036 0.000 0.020
#> SRR1608525 2 0.1364 0.9542 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012
#> SRR1608526 2 0.1857 0.9312 0.000 0.928 0.060 0.004 0.008
#> SRR1608527 2 0.1857 0.9312 0.000 0.928 0.060 0.004 0.008
#> SRR1608528 2 0.1788 0.9352 0.000 0.932 0.056 0.004 0.008
#> SRR1608529 2 0.1857 0.9312 0.000 0.928 0.060 0.004 0.008
#> SRR1608530 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608531 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608532 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608533 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608534 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608535 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608536 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608537 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608538 2 0.0609 0.9694 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608539 2 0.0609 0.9694 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608540 2 0.0609 0.9694 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608541 2 0.0609 0.9694 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608542 4 0.4302 0.1567 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1608543 4 0.4297 0.1821 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608544 4 0.4297 0.1821 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1608545 4 0.4434 0.2154 0.000 0.460 0.004 0.536 0.000
#> SRR1608546 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.6217 0.2405 0.000 0.140 0.444 0.000 0.416
#> SRR1608551 3 0.6217 0.2405 0.000 0.140 0.444 0.000 0.416
#> SRR1608552 3 0.6190 0.2405 0.000 0.136 0.444 0.000 0.420
#> SRR1608553 3 0.6130 0.2448 0.000 0.128 0.448 0.000 0.424
#> SRR1608554 3 0.6217 0.2405 0.000 0.140 0.444 0.000 0.416
#> SRR1608555 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608556 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608557 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608558 2 0.0324 0.9796 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608559 2 0.0510 0.9720 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608560 2 0.0510 0.9720 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608561 2 0.0510 0.9720 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608562 2 0.0510 0.9720 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608563 2 0.0510 0.9720 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608564 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0290 0.9771 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608575 2 0.0290 0.9771 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608576 2 0.0290 0.9771 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608577 2 0.0290 0.9771 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608578 2 0.0290 0.9771 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608569 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608585 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608586 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608587 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608588 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608579 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608580 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608581 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608582 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608583 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608589 2 0.0693 0.9732 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1608590 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0404 0.9785 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608596 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608597 2 0.0162 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608598 2 0.0290 0.9771 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608599 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0290 0.9796 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0510 0.9728 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608604 2 0.0510 0.9728 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608605 2 0.0510 0.9728 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608606 2 0.0510 0.9728 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608607 3 0.3895 0.6992 0.024 0.000 0.824 0.044 0.108
#> SRR1608608 3 0.3895 0.6992 0.024 0.000 0.824 0.044 0.108
#> SRR1608609 3 0.3895 0.6992 0.024 0.000 0.824 0.044 0.108
#> SRR1608610 3 0.3895 0.6992 0.024 0.000 0.824 0.044 0.108
#> SRR1608611 3 0.3895 0.6992 0.024 0.000 0.824 0.044 0.108
#> SRR1608612 3 0.3895 0.6992 0.024 0.000 0.824 0.044 0.108
#> SRR1608613 3 0.5079 0.6493 0.112 0.000 0.748 0.036 0.104
#> SRR1608614 3 0.5079 0.6493 0.112 0.000 0.748 0.036 0.104
#> SRR1608615 3 0.5079 0.6493 0.112 0.000 0.748 0.036 0.104
#> SRR1608616 3 0.5079 0.6493 0.112 0.000 0.748 0.036 0.104
#> SRR1608617 3 0.5049 0.6469 0.116 0.000 0.748 0.032 0.104
#> SRR1608618 3 0.5079 0.6493 0.112 0.000 0.748 0.036 0.104
#> SRR1608619 3 0.3612 0.5395 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1608620 3 0.3636 0.5361 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1608621 3 0.0955 0.7173 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1608622 3 0.0955 0.7173 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1608623 3 0.5166 0.6102 0.004 0.000 0.692 0.204 0.100
#> SRR1608624 3 0.0510 0.7245 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608625 3 0.0609 0.7246 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608626 3 0.0510 0.7245 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608627 3 0.0404 0.7240 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608628 3 0.3365 0.6445 0.000 0.008 0.808 0.004 0.180
#> SRR1608629 3 0.3328 0.6471 0.000 0.008 0.812 0.004 0.176
#> SRR1608630 3 0.3289 0.6500 0.000 0.008 0.816 0.004 0.172
#> SRR1608634 4 0.6671 0.0375 0.000 0.000 0.232 0.396 0.372
#> SRR1608635 4 0.6671 0.0375 0.000 0.000 0.232 0.396 0.372
#> SRR1608636 4 0.6671 0.0375 0.000 0.000 0.232 0.396 0.372
#> SRR1608637 4 0.6671 0.0375 0.000 0.000 0.232 0.396 0.372
#> SRR1608631 3 0.3317 0.7119 0.004 0.000 0.852 0.056 0.088
#> SRR1608632 3 0.3260 0.7132 0.004 0.000 0.856 0.056 0.084
#> SRR1608633 3 0.3317 0.7119 0.004 0.000 0.852 0.056 0.088
#> SRR1608642 3 0.2592 0.7131 0.000 0.000 0.892 0.052 0.056
#> SRR1608638 3 0.4171 0.3559 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608639 3 0.4182 0.3484 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1608640 3 0.4192 0.3401 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1608641 3 0.4171 0.3559 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1608643 3 0.0963 0.7250 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608644 3 0.0963 0.7250 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608645 3 0.0963 0.7250 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608646 3 0.4216 0.6807 0.000 0.000 0.780 0.120 0.100
#> SRR1608647 3 0.4351 0.6730 0.000 0.000 0.768 0.132 0.100
#> SRR1608648 3 0.4394 0.6704 0.000 0.000 0.764 0.136 0.100
#> SRR1608657 4 0.4152 0.5755 0.000 0.000 0.012 0.692 0.296
#> SRR1608658 4 0.4227 0.5788 0.000 0.000 0.016 0.692 0.292
#> SRR1608659 4 0.4152 0.5755 0.000 0.000 0.012 0.692 0.296
#> SRR1608660 4 0.4227 0.5788 0.000 0.000 0.016 0.692 0.292
#> SRR1608661 4 0.4109 0.5879 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> SRR1608662 4 0.4040 0.6043 0.000 0.000 0.012 0.712 0.276
#> SRR1608663 4 0.4109 0.5879 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> SRR1608664 4 0.4063 0.5996 0.000 0.000 0.012 0.708 0.280
#> SRR1608649 3 0.4806 0.4106 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1608650 3 0.4806 0.4106 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1608651 3 0.4806 0.4106 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1608652 3 0.4806 0.4106 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1608653 3 0.4814 0.4055 0.000 0.016 0.568 0.004 0.412
#> SRR1608654 3 0.4806 0.4106 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1608655 3 0.4806 0.4106 0.000 0.016 0.572 0.004 0.408
#> SRR1608656 3 0.4814 0.4055 0.000 0.016 0.568 0.004 0.412
#> SRR1608665 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608666 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608667 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608668 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608669 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608670 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608671 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608672 4 0.1179 0.7985 0.004 0.000 0.016 0.964 0.016
#> SRR1608681 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608682 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608683 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608684 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608685 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608686 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608687 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608688 4 0.0992 0.7992 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1608673 4 0.3837 0.5809 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1608674 4 0.3837 0.5809 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1608675 4 0.3837 0.5809 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1608676 4 0.3837 0.5809 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1608677 4 0.3837 0.5809 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1608678 4 0.3816 0.5872 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1608679 4 0.3816 0.5872 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1608680 4 0.3796 0.5928 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1608689 4 0.2632 0.7754 0.000 0.000 0.040 0.888 0.072
#> SRR1608690 4 0.2632 0.7754 0.000 0.000 0.040 0.888 0.072
#> SRR1608691 4 0.2632 0.7754 0.000 0.000 0.040 0.888 0.072
#> SRR1608692 4 0.2569 0.7765 0.000 0.000 0.040 0.892 0.068
#> SRR1608693 4 0.2569 0.7765 0.000 0.000 0.040 0.892 0.068
#> SRR1608694 4 0.2504 0.7781 0.000 0.000 0.040 0.896 0.064
#> SRR1608695 4 0.2569 0.7765 0.000 0.000 0.040 0.892 0.068
#> SRR1608696 4 0.2504 0.7781 0.000 0.000 0.040 0.896 0.064
#> SRR1608697 4 0.2204 0.7867 0.016 0.000 0.016 0.920 0.048
#> SRR1608698 4 0.2204 0.7867 0.016 0.000 0.016 0.920 0.048
#> SRR1608699 4 0.2204 0.7867 0.016 0.000 0.016 0.920 0.048
#> SRR1608700 4 0.2204 0.7867 0.016 0.000 0.016 0.920 0.048
#> SRR1608701 4 0.2204 0.7867 0.016 0.000 0.016 0.920 0.048
#> SRR1608702 4 0.2100 0.7873 0.012 0.000 0.016 0.924 0.048
#> SRR1608703 4 0.2204 0.7867 0.016 0.000 0.016 0.920 0.048
#> SRR1608704 4 0.2100 0.7873 0.012 0.000 0.016 0.924 0.048
#> SRR1608705 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608706 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608707 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608708 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608709 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608710 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608711 3 0.4849 0.3804 0.000 0.016 0.548 0.004 0.432
#> SRR1608712 3 0.4934 0.3760 0.000 0.020 0.544 0.004 0.432
#> SRR1608713 4 0.0740 0.8012 0.000 0.008 0.004 0.980 0.008
#> SRR1608714 4 0.0613 0.8015 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> SRR1608715 4 0.0613 0.8015 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> SRR1608716 3 0.2568 0.6918 0.000 0.016 0.888 0.004 0.092
#> SRR1608717 3 0.2568 0.6918 0.000 0.016 0.888 0.004 0.092
#> SRR1608718 3 0.2568 0.6918 0.000 0.016 0.888 0.004 0.092
#> SRR1608719 3 0.2568 0.6918 0.000 0.016 0.888 0.004 0.092
#> SRR1608724 3 0.6444 0.2477 0.012 0.000 0.476 0.384 0.128
#> SRR1608725 3 0.6449 0.2367 0.012 0.000 0.472 0.388 0.128
#> SRR1608726 3 0.6449 0.2367 0.012 0.000 0.472 0.388 0.128
#> SRR1608727 3 0.6438 0.2589 0.012 0.000 0.480 0.380 0.128
#> SRR1608720 3 0.1364 0.7250 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608721 3 0.1364 0.7250 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608722 3 0.1364 0.7250 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608723 3 0.1364 0.7250 0.000 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1608728 3 0.2408 0.7050 0.000 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR1608729 3 0.2351 0.7068 0.000 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1608730 3 0.2351 0.7068 0.000 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1608731 3 0.2351 0.7068 0.000 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1608732 3 0.2408 0.7050 0.000 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR1608733 3 0.2408 0.7050 0.000 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR1608734 3 0.2351 0.7068 0.000 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1608735 3 0.2351 0.7068 0.000 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1608736 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608737 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608738 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608739 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608740 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608741 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608742 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608743 3 0.0566 0.7220 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1608744 3 0.5971 0.6163 0.104 0.000 0.688 0.088 0.120
#> SRR1608745 3 0.5882 0.6243 0.096 0.000 0.696 0.092 0.116
#> SRR1608746 3 0.5866 0.6219 0.104 0.000 0.696 0.080 0.120
#> SRR1608747 3 0.5971 0.6163 0.104 0.000 0.688 0.088 0.120
#> SRR1608748 3 0.5974 0.6172 0.100 0.000 0.688 0.092 0.120
#> SRR1608749 3 0.5930 0.6208 0.100 0.000 0.692 0.092 0.116
#> SRR1608750 3 0.5974 0.6172 0.100 0.000 0.688 0.092 0.120
#> SRR1608751 3 0.5882 0.6243 0.096 0.000 0.696 0.092 0.116
#> SRR1608752 5 0.4533 -0.0806 0.000 0.000 0.448 0.008 0.544
#> SRR1608753 5 0.4504 -0.0233 0.000 0.000 0.428 0.008 0.564
#> SRR1608754 5 0.4517 -0.0445 0.000 0.000 0.436 0.008 0.556
#> SRR1608755 5 0.4504 -0.0255 0.000 0.000 0.428 0.008 0.564
#> SRR1608764 3 0.4538 0.3805 0.000 0.000 0.620 0.016 0.364
#> SRR1608765 3 0.4651 0.3629 0.000 0.000 0.608 0.020 0.372
#> SRR1608766 3 0.4639 0.3691 0.000 0.000 0.612 0.020 0.368
#> SRR1608767 3 0.4651 0.3629 0.000 0.000 0.608 0.020 0.372
#> SRR1608768 3 0.4639 0.3713 0.000 0.000 0.612 0.020 0.368
#> SRR1608769 3 0.4639 0.3713 0.000 0.000 0.612 0.020 0.368
#> SRR1608770 3 0.4626 0.3710 0.000 0.000 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608771 3 0.4626 0.3772 0.000 0.000 0.616 0.020 0.364
#> SRR1608756 3 0.3442 0.7104 0.016 0.000 0.852 0.044 0.088
#> SRR1608757 3 0.3514 0.7095 0.016 0.000 0.848 0.048 0.088
#> SRR1608758 3 0.3442 0.7104 0.016 0.000 0.852 0.044 0.088
#> SRR1608759 3 0.3514 0.7095 0.016 0.000 0.848 0.048 0.088
#> SRR1608760 3 0.3514 0.7095 0.016 0.000 0.848 0.048 0.088
#> SRR1608761 3 0.3514 0.7095 0.016 0.000 0.848 0.048 0.088
#> SRR1608762 3 0.3514 0.7095 0.016 0.000 0.848 0.048 0.088
#> SRR1608763 3 0.3514 0.7095 0.016 0.000 0.848 0.048 0.088
#> SRR1608772 3 0.5348 0.1294 0.000 0.000 0.492 0.052 0.456
#> SRR1608773 3 0.5348 0.1294 0.000 0.000 0.492 0.052 0.456
#> SRR1608774 3 0.5348 0.1294 0.000 0.000 0.492 0.052 0.456
#> SRR1608775 3 0.5348 0.1294 0.000 0.000 0.492 0.052 0.456
#> SRR1608776 3 0.1412 0.7138 0.000 0.008 0.952 0.004 0.036
#> SRR1608777 3 0.1412 0.7138 0.000 0.008 0.952 0.004 0.036
#> SRR1608778 3 0.1412 0.7138 0.000 0.008 0.952 0.004 0.036
#> SRR1608779 3 0.1412 0.7138 0.000 0.008 0.952 0.004 0.036
#> SRR1608780 3 0.1285 0.7148 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1608782 3 0.1285 0.7148 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1608783 3 0.1285 0.7148 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1608784 3 0.3532 0.7059 0.000 0.000 0.832 0.092 0.076
#> SRR1608785 3 0.3532 0.7059 0.000 0.000 0.832 0.092 0.076
#> SRR1608786 3 0.3471 0.7073 0.000 0.000 0.836 0.092 0.072
#> SRR1608787 3 0.3410 0.7087 0.000 0.000 0.840 0.092 0.068
#> SRR1608788 4 0.5138 0.6225 0.164 0.000 0.008 0.712 0.116
#> SRR1608789 4 0.5063 0.6332 0.156 0.000 0.008 0.720 0.116
#> SRR1608790 4 0.5253 0.6070 0.172 0.000 0.008 0.700 0.120
#> SRR1608791 4 0.5253 0.6104 0.172 0.000 0.008 0.700 0.120
#> SRR1608792 4 0.5101 0.6281 0.160 0.000 0.008 0.716 0.116
#> SRR1608793 4 0.5101 0.6281 0.160 0.000 0.008 0.716 0.116
#> SRR1608794 4 0.5063 0.6332 0.156 0.000 0.008 0.720 0.116
#> SRR1608795 4 0.5101 0.6281 0.160 0.000 0.008 0.716 0.116
#> SRR1608796 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608797 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608798 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608799 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608800 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608801 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608802 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608803 1 0.3462 0.6492 0.792 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR1608812 1 0.1792 0.7897 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1608814 1 0.1671 0.7957 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608815 1 0.1671 0.7957 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608816 1 0.1732 0.7928 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1608817 1 0.1671 0.7957 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608818 1 0.1732 0.7929 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1608819 1 0.1671 0.7957 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1608804 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608805 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608806 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608807 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608808 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608809 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608810 1 0.2560 0.7884 0.908 0.020 0.020 0.004 0.048
#> SRR1608811 1 0.2632 0.7887 0.904 0.020 0.020 0.004 0.052
#> SRR1608822 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608823 1 0.0404 0.8208 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608824 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608825 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608826 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608827 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608828 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608829 1 0.0290 0.8213 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608820 1 0.1544 0.8009 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1608821 1 0.1544 0.8009 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1608830 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608831 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608832 5 0.2930 0.6634 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR1608833 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608834 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608835 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608836 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608837 5 0.3053 0.6660 0.164 0.000 0.000 0.008 0.828
#> SRR1608838 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608839 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608840 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608841 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608842 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608843 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608844 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608845 1 0.2304 0.7761 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1608846 1 0.5145 0.2392 0.612 0.000 0.000 0.056 0.332
#> SRR1608847 1 0.5160 0.2269 0.608 0.000 0.000 0.056 0.336
#> SRR1608848 1 0.5160 0.2269 0.608 0.000 0.000 0.056 0.336
#> SRR1608849 1 0.5145 0.2392 0.612 0.000 0.000 0.056 0.332
#> SRR1608850 1 0.5160 0.2269 0.608 0.000 0.000 0.056 0.336
#> SRR1608851 1 0.5145 0.2392 0.612 0.000 0.000 0.056 0.332
#> SRR1608852 1 0.5160 0.2269 0.608 0.000 0.000 0.056 0.336
#> SRR1608853 1 0.5160 0.2269 0.608 0.000 0.000 0.056 0.336
#> SRR1608854 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608855 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608856 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608857 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608858 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608859 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608860 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608861 1 0.0404 0.8197 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608862 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608863 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608864 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608865 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608866 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608867 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608868 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608869 1 0.1591 0.8072 0.940 0.000 0.004 0.004 0.052
#> SRR1608870 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608871 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608872 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608873 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608874 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608875 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608876 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608877 1 0.2377 0.7512 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608878 1 0.3809 0.5505 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1608880 1 0.3809 0.5505 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1608881 1 0.3809 0.5505 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1608882 1 0.3809 0.5505 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1608883 1 0.3809 0.5505 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1608884 1 0.3783 0.5588 0.740 0.000 0.000 0.008 0.252
#> SRR1608885 1 0.3809 0.5505 0.736 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1608886 1 0.1991 0.7974 0.916 0.000 0.004 0.004 0.076
#> SRR1608887 1 0.1928 0.7999 0.920 0.000 0.004 0.004 0.072
#> SRR1608888 1 0.1864 0.8018 0.924 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1608889 1 0.1864 0.8018 0.924 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1608890 1 0.1864 0.8018 0.924 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1608891 1 0.1864 0.8018 0.924 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1608892 1 0.1864 0.8018 0.924 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1608893 1 0.1864 0.8018 0.924 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR1608894 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608895 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608896 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608897 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608898 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608899 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608901 1 0.1197 0.8107 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608902 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608903 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608904 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608905 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608906 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608907 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608908 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608909 1 0.0162 0.8216 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608910 5 0.4811 0.4315 0.452 0.000 0.000 0.020 0.528
#> SRR1608911 5 0.4815 0.4211 0.456 0.000 0.000 0.020 0.524
#> SRR1608912 5 0.4811 0.4315 0.452 0.000 0.000 0.020 0.528
#> SRR1608913 5 0.4815 0.4211 0.456 0.000 0.000 0.020 0.524
#> SRR1608914 5 0.4803 0.4429 0.444 0.000 0.000 0.020 0.536
#> SRR1608915 5 0.4811 0.4315 0.452 0.000 0.000 0.020 0.528
#> SRR1608916 5 0.4811 0.4315 0.452 0.000 0.000 0.020 0.528
#> SRR1608917 5 0.4811 0.4315 0.452 0.000 0.000 0.020 0.528
#> SRR1608918 1 0.4830 -0.3342 0.492 0.000 0.000 0.020 0.488
#> SRR1608919 5 0.4830 0.3104 0.488 0.000 0.000 0.020 0.492
#> SRR1608920 1 0.3934 0.5570 0.740 0.000 0.000 0.016 0.244
#> SRR1608921 1 0.3934 0.5570 0.740 0.000 0.000 0.016 0.244
#> SRR1608922 1 0.4663 0.1617 0.604 0.000 0.000 0.020 0.376
#> SRR1608923 1 0.4663 0.1617 0.604 0.000 0.000 0.020 0.376
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608491 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608492 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608493 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608494 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608495 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608496 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608497 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608498 5 0.3152 0.4106 0.004 0.000 0.000 0.196 0.792 0.008
#> SRR1608499 5 0.3152 0.4106 0.004 0.000 0.000 0.196 0.792 0.008
#> SRR1608500 5 0.3152 0.4106 0.004 0.000 0.000 0.196 0.792 0.008
#> SRR1608501 5 0.3152 0.4106 0.004 0.000 0.000 0.196 0.792 0.008
#> SRR1608502 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608503 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608504 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608505 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608510 2 0.5082 0.6223 0.000 0.696 0.036 0.000 0.132 0.136
#> SRR1608511 2 0.5082 0.6223 0.000 0.696 0.036 0.000 0.132 0.136
#> SRR1608512 2 0.5082 0.6223 0.000 0.696 0.036 0.000 0.132 0.136
#> SRR1608513 2 0.5082 0.6223 0.000 0.696 0.036 0.000 0.132 0.136
#> SRR1608506 4 0.0146 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608507 4 0.0146 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608508 4 0.0146 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608509 4 0.0146 0.9450 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608514 2 0.0363 0.9654 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608515 2 0.0260 0.9680 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608516 2 0.0363 0.9654 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608517 2 0.0363 0.9654 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.2742 0.8576 0.000 0.872 0.008 0.000 0.044 0.076
#> SRR1608523 2 0.2742 0.8576 0.000 0.872 0.008 0.000 0.044 0.076
#> SRR1608524 2 0.2742 0.8576 0.000 0.872 0.008 0.000 0.044 0.076
#> SRR1608525 2 0.2675 0.8617 0.000 0.876 0.008 0.000 0.040 0.076
#> SRR1608526 6 0.3714 0.4934 0.000 0.340 0.004 0.000 0.000 0.656
#> SRR1608527 6 0.3699 0.5014 0.000 0.336 0.004 0.000 0.000 0.660
#> SRR1608528 6 0.3714 0.4939 0.000 0.340 0.004 0.000 0.000 0.656
#> SRR1608529 6 0.3652 0.5227 0.000 0.324 0.004 0.000 0.000 0.672
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.1863 0.8619 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.1863 0.8620 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.1957 0.8517 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.1957 0.8517 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0291 0.9680 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608539 2 0.0291 0.9680 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608540 2 0.0291 0.9680 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608541 2 0.0291 0.9680 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1608542 4 0.0692 0.9305 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1608543 4 0.0692 0.9305 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1608544 4 0.0748 0.9323 0.000 0.016 0.004 0.976 0.000 0.004
#> SRR1608545 4 0.0692 0.9305 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1608546 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 6 0.4996 0.5955 0.000 0.024 0.164 0.000 0.120 0.692
#> SRR1608551 6 0.5059 0.5846 0.000 0.024 0.172 0.000 0.120 0.684
#> SRR1608552 6 0.4957 0.5986 0.000 0.024 0.164 0.000 0.116 0.696
#> SRR1608553 6 0.4875 0.6036 0.000 0.024 0.164 0.000 0.108 0.704
#> SRR1608554 6 0.4996 0.5955 0.000 0.024 0.164 0.000 0.120 0.692
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608560 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608561 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608562 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608563 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608575 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608576 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608577 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608578 2 0.0146 0.9702 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608585 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608586 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608587 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608588 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 2 0.0146 0.9696 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608590 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608591 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608592 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608593 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608594 2 0.0146 0.9703 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0291 0.9682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608604 2 0.0291 0.9682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608605 2 0.0291 0.9682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608606 2 0.0291 0.9682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1608607 3 0.1268 0.8497 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608608 3 0.1268 0.8497 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608609 3 0.1268 0.8497 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608610 3 0.1268 0.8497 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608611 3 0.1268 0.8497 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608612 3 0.1268 0.8497 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608613 3 0.2445 0.7954 0.120 0.000 0.868 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608614 3 0.2445 0.7954 0.120 0.000 0.868 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608615 3 0.2445 0.7954 0.120 0.000 0.868 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608616 3 0.2445 0.7954 0.120 0.000 0.868 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608617 3 0.2445 0.7954 0.120 0.000 0.868 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608618 3 0.2445 0.7954 0.120 0.000 0.868 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608619 3 0.2135 0.8185 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1608620 3 0.2135 0.8185 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1608621 3 0.1720 0.8497 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR1608622 3 0.1720 0.8497 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR1608623 3 0.0632 0.8601 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608624 3 0.0405 0.8599 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608625 3 0.0508 0.8597 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608626 3 0.0508 0.8597 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1608627 3 0.0405 0.8599 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1608628 3 0.3585 0.7593 0.000 0.000 0.780 0.000 0.048 0.172
#> SRR1608629 3 0.3551 0.7636 0.000 0.000 0.784 0.000 0.048 0.168
#> SRR1608630 3 0.3481 0.7716 0.000 0.000 0.792 0.000 0.048 0.160
#> SRR1608634 5 0.3772 0.2657 0.000 0.000 0.320 0.004 0.672 0.004
#> SRR1608635 5 0.3772 0.2657 0.000 0.000 0.320 0.004 0.672 0.004
#> SRR1608636 5 0.3772 0.2657 0.000 0.000 0.320 0.004 0.672 0.004
#> SRR1608637 5 0.3772 0.2657 0.000 0.000 0.320 0.004 0.672 0.004
#> SRR1608631 3 0.0665 0.8583 0.008 0.000 0.980 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608632 3 0.0665 0.8583 0.008 0.000 0.980 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608633 3 0.0665 0.8583 0.008 0.000 0.980 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608642 3 0.1501 0.8444 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608638 3 0.3309 0.6531 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1608639 3 0.3446 0.6152 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1608640 3 0.3390 0.6309 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1608641 3 0.3330 0.6477 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1608643 3 0.0603 0.8595 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608644 3 0.0603 0.8595 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608645 3 0.0603 0.8595 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1608646 3 0.0858 0.8590 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1608647 3 0.0858 0.8590 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1608648 3 0.0858 0.8590 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1608657 5 0.4791 -0.0315 0.000 0.000 0.052 0.436 0.512 0.000
#> SRR1608658 5 0.4791 -0.0328 0.000 0.000 0.052 0.436 0.512 0.000
#> SRR1608659 5 0.4794 -0.0396 0.000 0.000 0.052 0.440 0.508 0.000
#> SRR1608660 5 0.4787 -0.0209 0.000 0.000 0.052 0.432 0.516 0.000
#> SRR1608661 5 0.4700 -0.0856 0.000 0.000 0.044 0.456 0.500 0.000
#> SRR1608662 5 0.4648 -0.1031 0.000 0.000 0.040 0.464 0.496 0.000
#> SRR1608663 5 0.4751 -0.0754 0.000 0.000 0.048 0.452 0.500 0.000
#> SRR1608664 5 0.4703 -0.1052 0.000 0.000 0.044 0.464 0.492 0.000
#> SRR1608649 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608650 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608651 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608652 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608653 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608654 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608655 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608656 6 0.0520 0.7861 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608665 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608682 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608683 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608684 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608685 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608686 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608687 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608688 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608673 4 0.4022 0.5990 0.000 0.288 0.000 0.688 0.016 0.008
#> SRR1608674 4 0.4002 0.6047 0.000 0.284 0.000 0.692 0.016 0.008
#> SRR1608675 4 0.4022 0.5990 0.000 0.288 0.000 0.688 0.016 0.008
#> SRR1608676 4 0.3982 0.6099 0.000 0.280 0.000 0.696 0.016 0.008
#> SRR1608677 4 0.3982 0.6099 0.000 0.280 0.000 0.696 0.016 0.008
#> SRR1608678 4 0.3982 0.6099 0.000 0.280 0.000 0.696 0.016 0.008
#> SRR1608679 4 0.3940 0.6200 0.000 0.272 0.000 0.704 0.016 0.008
#> SRR1608680 4 0.3961 0.6151 0.000 0.276 0.000 0.700 0.016 0.008
#> SRR1608689 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608690 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608691 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608692 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608693 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608694 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608695 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608696 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608697 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.0000 0.9446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 6 0.0520 0.7853 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608706 6 0.0405 0.7856 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1608707 6 0.0405 0.7856 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1608708 6 0.0405 0.7856 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR1608709 6 0.0520 0.7853 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608710 6 0.0520 0.7853 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608711 6 0.0520 0.7853 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608712 6 0.0520 0.7853 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1608713 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608714 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608715 4 0.0260 0.9454 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608716 3 0.3394 0.7386 0.000 0.000 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1608717 3 0.3312 0.7583 0.000 0.000 0.792 0.000 0.028 0.180
#> SRR1608718 3 0.3364 0.7414 0.000 0.000 0.780 0.000 0.024 0.196
#> SRR1608719 3 0.3333 0.7485 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.192
#> SRR1608724 3 0.4825 0.4962 0.068 0.000 0.640 0.284 0.008 0.000
#> SRR1608725 3 0.4612 0.4768 0.052 0.000 0.636 0.308 0.004 0.000
#> SRR1608726 3 0.4825 0.4962 0.068 0.000 0.640 0.284 0.008 0.000
#> SRR1608727 3 0.4792 0.4944 0.064 0.000 0.640 0.288 0.008 0.000
#> SRR1608720 3 0.0551 0.8590 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608721 3 0.0436 0.8594 0.004 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608722 3 0.0653 0.8588 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608723 3 0.0436 0.8594 0.004 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608728 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608729 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608730 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608731 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608732 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608733 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608734 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608735 3 0.2191 0.8243 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1608736 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608737 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608738 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608739 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608740 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608741 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608742 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608743 3 0.0914 0.8581 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1608744 3 0.2544 0.7777 0.140 0.000 0.852 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608745 3 0.2377 0.7934 0.124 0.000 0.868 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608746 3 0.2584 0.7738 0.144 0.000 0.848 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608747 3 0.2737 0.7568 0.160 0.000 0.832 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608748 3 0.2420 0.7896 0.128 0.000 0.864 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608749 3 0.2420 0.7896 0.128 0.000 0.864 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608750 3 0.2420 0.7896 0.128 0.000 0.864 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608751 3 0.2377 0.7934 0.124 0.000 0.868 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608752 5 0.3998 0.1574 0.000 0.000 0.340 0.000 0.644 0.016
#> SRR1608753 5 0.3883 0.1759 0.000 0.000 0.332 0.000 0.656 0.012
#> SRR1608754 5 0.3898 0.1660 0.000 0.000 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR1608755 5 0.3984 0.1648 0.000 0.000 0.336 0.000 0.648 0.016
#> SRR1608764 3 0.3937 0.3900 0.000 0.000 0.572 0.004 0.424 0.000
#> SRR1608765 3 0.3979 0.3151 0.000 0.000 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1608766 3 0.3979 0.3149 0.000 0.000 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1608767 3 0.3979 0.3162 0.000 0.000 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1608768 3 0.3975 0.3255 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452 0.000
#> SRR1608769 3 0.3975 0.3255 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452 0.000
#> SRR1608770 3 0.3979 0.3159 0.000 0.000 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1608771 3 0.3971 0.3347 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448 0.000
#> SRR1608756 3 0.0837 0.8560 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608757 3 0.0748 0.8571 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608758 3 0.0837 0.8560 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608759 3 0.0748 0.8571 0.016 0.000 0.976 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608760 3 0.0653 0.8579 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608761 3 0.0653 0.8579 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608762 3 0.0653 0.8579 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608763 3 0.0653 0.8579 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608772 5 0.3756 0.0763 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1608773 5 0.3717 0.1209 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1608774 5 0.3747 0.0882 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1608775 5 0.3727 0.1107 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1608776 3 0.1958 0.8352 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1608777 3 0.1958 0.8352 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1608778 3 0.1958 0.8352 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1608779 3 0.1958 0.8352 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1608780 3 0.1958 0.8352 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1608782 3 0.1958 0.8352 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1608783 3 0.2006 0.8329 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR1608784 3 0.0632 0.8596 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608785 3 0.0632 0.8596 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608786 3 0.0632 0.8596 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608787 3 0.0632 0.8596 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608788 4 0.0436 0.9378 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1608789 4 0.0436 0.9378 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1608790 4 0.0551 0.9348 0.008 0.000 0.004 0.984 0.004 0.000
#> SRR1608791 4 0.0665 0.9309 0.008 0.000 0.008 0.980 0.004 0.000
#> SRR1608792 4 0.0436 0.9378 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1608793 4 0.0436 0.9378 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1608794 4 0.0436 0.9378 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1608795 4 0.0436 0.9378 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1608796 1 0.3468 0.6043 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608797 1 0.3468 0.6043 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608798 1 0.3468 0.6043 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608799 1 0.3489 0.5981 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1608800 1 0.3468 0.6043 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608801 1 0.3489 0.5981 0.708 0.000 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR1608802 1 0.3468 0.6043 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608803 1 0.3468 0.6043 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608812 1 0.0935 0.8284 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608814 1 0.0935 0.8284 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608815 1 0.0935 0.8284 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608816 1 0.0935 0.8284 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608817 1 0.0935 0.8284 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608818 1 0.0858 0.8305 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608819 1 0.0935 0.8284 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608804 6 0.3448 0.6074 0.280 0.004 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1608805 6 0.3468 0.6050 0.284 0.004 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1608806 6 0.3489 0.5954 0.288 0.004 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1608807 6 0.3468 0.6025 0.284 0.004 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1608808 6 0.3489 0.5954 0.288 0.004 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1608809 6 0.3489 0.5954 0.288 0.004 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1608810 6 0.3489 0.5954 0.288 0.004 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1608811 6 0.3426 0.6110 0.276 0.004 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1608822 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608823 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608824 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608825 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608826 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608827 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608828 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608829 1 0.0291 0.8386 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608820 1 0.1010 0.8256 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608821 1 0.1010 0.8256 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608830 5 0.5064 0.4815 0.216 0.000 0.000 0.000 0.632 0.152
#> SRR1608831 5 0.5119 0.4798 0.220 0.000 0.000 0.000 0.624 0.156
#> SRR1608832 5 0.5096 0.4788 0.216 0.000 0.000 0.000 0.628 0.156
#> SRR1608833 5 0.5119 0.4798 0.220 0.000 0.000 0.000 0.624 0.156
#> SRR1608834 5 0.5071 0.4789 0.212 0.000 0.000 0.000 0.632 0.156
#> SRR1608835 5 0.5096 0.4788 0.216 0.000 0.000 0.000 0.628 0.156
#> SRR1608836 5 0.5064 0.4815 0.216 0.000 0.000 0.000 0.632 0.152
#> SRR1608837 5 0.5064 0.4815 0.216 0.000 0.000 0.000 0.632 0.152
#> SRR1608838 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608839 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608840 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608841 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608842 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608843 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608844 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608845 1 0.1116 0.8306 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008 0.000
#> SRR1608846 5 0.3998 -0.0164 0.492 0.000 0.000 0.000 0.504 0.004
#> SRR1608847 5 0.3999 -0.0303 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR1608848 5 0.3999 -0.0303 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR1608849 5 0.3999 -0.0303 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR1608850 5 0.3998 -0.0164 0.492 0.000 0.000 0.000 0.504 0.004
#> SRR1608851 5 0.3999 -0.0303 0.496 0.000 0.000 0.000 0.500 0.004
#> SRR1608852 5 0.3998 -0.0164 0.492 0.000 0.000 0.000 0.504 0.004
#> SRR1608853 5 0.3998 -0.0164 0.492 0.000 0.000 0.000 0.504 0.004
#> SRR1608854 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608855 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608856 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608857 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608858 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608859 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608860 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608861 1 0.0260 0.8370 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608862 1 0.3618 0.7151 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR1608863 1 0.3582 0.7141 0.768 0.000 0.000 0.000 0.036 0.196
#> SRR1608864 1 0.3582 0.7141 0.768 0.000 0.000 0.000 0.036 0.196
#> SRR1608865 1 0.3618 0.7151 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR1608866 1 0.3618 0.7151 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR1608867 1 0.3582 0.7141 0.768 0.000 0.000 0.000 0.036 0.196
#> SRR1608868 1 0.3618 0.7151 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR1608869 1 0.3618 0.7151 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR1608870 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608871 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608872 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608873 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608874 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608875 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608876 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608877 1 0.1296 0.8156 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608878 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608880 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608881 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608882 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608883 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608884 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608885 1 0.3468 0.6044 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1608886 1 0.4067 0.6834 0.728 0.000 0.000 0.000 0.060 0.212
#> SRR1608887 1 0.4095 0.6839 0.728 0.000 0.000 0.000 0.064 0.208
#> SRR1608888 1 0.4067 0.6834 0.728 0.000 0.000 0.000 0.060 0.212
#> SRR1608889 1 0.4067 0.6834 0.728 0.000 0.000 0.000 0.060 0.212
#> SRR1608890 1 0.4067 0.6834 0.728 0.000 0.000 0.000 0.060 0.212
#> SRR1608891 1 0.4038 0.6826 0.728 0.000 0.000 0.000 0.056 0.216
#> SRR1608892 1 0.4038 0.6826 0.728 0.000 0.000 0.000 0.056 0.216
#> SRR1608893 1 0.4011 0.6905 0.736 0.000 0.000 0.000 0.060 0.204
#> SRR1608894 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608895 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608896 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608897 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608898 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608899 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608901 1 0.0508 0.8363 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.8383 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608911 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608912 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608913 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608914 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608915 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608916 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608917 5 0.3789 0.3932 0.332 0.000 0.000 0.000 0.660 0.008
#> SRR1608918 5 0.4574 0.1561 0.440 0.000 0.000 0.000 0.524 0.036
#> SRR1608919 5 0.4574 0.1561 0.440 0.000 0.000 0.000 0.524 0.036
#> SRR1608920 1 0.3668 0.5194 0.668 0.000 0.000 0.000 0.328 0.004
#> SRR1608921 1 0.3668 0.5194 0.668 0.000 0.000 0.000 0.328 0.004
#> SRR1608922 1 0.4051 0.2196 0.560 0.000 0.000 0.000 0.432 0.008
#> SRR1608923 1 0.4045 0.2329 0.564 0.000 0.000 0.000 0.428 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.341 0.756 0.861 0.4384 0.502 0.502
#> 3 3 0.545 0.430 0.734 0.4049 0.574 0.376
#> 4 4 0.589 0.709 0.786 0.1587 0.709 0.408
#> 5 5 0.617 0.620 0.756 0.0622 0.943 0.789
#> 6 6 0.643 0.589 0.735 0.0403 0.966 0.856
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608495 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608496 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608497 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608498 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608503 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608504 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608505 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608510 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608507 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608508 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608509 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608514 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.358 0.756 0.068 0.932
#> SRR1608523 2 0.358 0.756 0.068 0.932
#> SRR1608524 2 0.358 0.756 0.068 0.932
#> SRR1608525 2 0.358 0.756 0.068 0.932
#> SRR1608526 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.971 0.488 0.400 0.600
#> SRR1608535 2 0.971 0.488 0.400 0.600
#> SRR1608536 2 0.971 0.488 0.400 0.600
#> SRR1608537 2 0.971 0.488 0.400 0.600
#> SRR1608538 2 0.971 0.463 0.400 0.600
#> SRR1608539 2 0.971 0.463 0.400 0.600
#> SRR1608540 2 0.971 0.463 0.400 0.600
#> SRR1608541 2 0.971 0.463 0.400 0.600
#> SRR1608542 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608543 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608544 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608545 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608546 2 0.855 0.648 0.280 0.720
#> SRR1608547 2 0.855 0.648 0.280 0.720
#> SRR1608548 2 0.855 0.648 0.280 0.720
#> SRR1608549 2 0.855 0.648 0.280 0.720
#> SRR1608550 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608551 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608552 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608553 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608554 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608555 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608589 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608590 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.990 0.365 0.440 0.560
#> SRR1608604 2 0.990 0.365 0.440 0.560
#> SRR1608605 2 0.990 0.365 0.440 0.560
#> SRR1608606 2 0.990 0.365 0.440 0.560
#> SRR1608607 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608608 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608609 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608610 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608611 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608612 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608613 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608619 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608620 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608621 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608623 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608624 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608629 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608630 2 0.388 0.764 0.076 0.924
#> SRR1608634 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608631 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608632 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608633 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608642 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608638 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608639 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608640 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608641 1 0.311 0.834 0.944 0.056
#> SRR1608643 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608644 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608645 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608646 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608647 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608648 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608657 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608658 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608659 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608660 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608661 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608662 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608663 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608664 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608650 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608651 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608652 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608653 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608654 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608655 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608656 2 0.917 0.599 0.332 0.668
#> SRR1608665 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608666 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608667 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608668 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608669 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608670 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608671 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608672 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608681 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608682 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608683 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608684 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608685 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608686 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608687 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608688 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608673 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608674 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608675 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608676 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608677 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608678 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608679 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608680 1 0.552 0.886 0.872 0.128
#> SRR1608689 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608690 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608691 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608692 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608693 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608694 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608695 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608696 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR1608697 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608698 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608699 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608700 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608701 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608702 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608703 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608704 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608705 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608706 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608707 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608708 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608709 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608710 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608711 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608712 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608713 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608714 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608715 1 0.595 0.867 0.856 0.144
#> SRR1608716 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608725 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608726 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608727 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608720 2 0.936 0.571 0.352 0.648
#> SRR1608721 2 0.936 0.571 0.352 0.648
#> SRR1608722 2 0.936 0.571 0.352 0.648
#> SRR1608723 2 0.936 0.571 0.352 0.648
#> SRR1608728 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608729 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608730 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608731 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608732 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608733 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608734 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608735 1 0.141 0.868 0.980 0.020
#> SRR1608736 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608737 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608738 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608739 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608740 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608741 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608742 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608743 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608744 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608745 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608746 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608747 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608748 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608749 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608750 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608751 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608752 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608756 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608757 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608758 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608759 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608760 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608761 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608762 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608763 2 0.963 0.514 0.388 0.612
#> SRR1608772 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608777 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608778 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608779 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608780 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608782 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608783 2 0.839 0.668 0.268 0.732
#> SRR1608784 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608785 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608786 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608787 1 0.506 0.879 0.888 0.112
#> SRR1608788 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608789 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608790 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608791 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608792 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608793 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608794 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608795 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608796 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608797 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608798 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608799 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608800 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608801 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608802 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608803 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608812 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608814 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608815 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608816 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608817 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608818 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608819 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608804 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608805 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608806 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608807 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608808 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608809 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608810 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608811 2 0.000 0.783 0.000 1.000
#> SRR1608822 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608823 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608824 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608825 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608826 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608827 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608828 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608829 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608820 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608821 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608830 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608839 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608840 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608841 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608842 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608843 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608844 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608845 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608846 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608854 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608855 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608856 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608857 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608858 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608859 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608860 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608861 2 0.985 0.412 0.428 0.572
#> SRR1608862 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608863 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608864 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608865 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608866 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608867 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608868 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608869 2 0.990 0.380 0.440 0.560
#> SRR1608870 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608871 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608872 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608873 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608874 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608875 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608876 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608877 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608878 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608880 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608881 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608882 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608883 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608884 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608885 1 0.917 0.487 0.668 0.332
#> SRR1608886 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608887 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608888 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608889 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608890 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608891 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608892 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608893 1 0.971 0.296 0.600 0.400
#> SRR1608894 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608895 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608896 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608897 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608898 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608899 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608901 1 0.529 0.892 0.880 0.120
#> SRR1608902 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608903 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608904 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608905 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608906 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608907 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608908 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608909 1 0.913 0.533 0.672 0.328
#> SRR1608910 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608921 1 0.343 0.884 0.936 0.064
#> SRR1608922 1 0.000 0.858 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.000 0.858 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608491 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608492 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608493 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608494 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608495 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608496 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608497 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608498 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608499 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608500 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608501 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608502 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608503 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608504 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608505 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608510 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608511 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608512 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608513 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608506 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608507 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608508 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608509 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608514 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608515 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608516 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608517 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608518 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608519 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608520 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608521 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608522 2 0.7036 0.828 0.444 0.536 0.020
#> SRR1608523 2 0.7036 0.828 0.444 0.536 0.020
#> SRR1608524 2 0.7036 0.828 0.444 0.536 0.020
#> SRR1608525 2 0.7036 0.828 0.444 0.536 0.020
#> SRR1608526 1 0.6274 -0.814 0.544 0.456 0.000
#> SRR1608527 1 0.6274 -0.814 0.544 0.456 0.000
#> SRR1608528 1 0.6274 -0.814 0.544 0.456 0.000
#> SRR1608529 1 0.6274 -0.814 0.544 0.456 0.000
#> SRR1608530 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608531 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608532 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608533 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608534 1 0.0592 0.395 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608535 1 0.0592 0.395 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608536 1 0.0592 0.395 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608537 1 0.0592 0.395 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608538 1 0.4189 0.381 0.876 0.056 0.068
#> SRR1608539 1 0.4189 0.381 0.876 0.056 0.068
#> SRR1608540 1 0.4189 0.381 0.876 0.056 0.068
#> SRR1608541 1 0.4189 0.381 0.876 0.056 0.068
#> SRR1608542 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 1 0.3192 0.138 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608547 1 0.3192 0.138 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608548 1 0.3192 0.138 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608549 1 0.3192 0.138 0.888 0.112 0.000
#> SRR1608550 1 0.6079 -0.679 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608551 1 0.6079 -0.679 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608552 1 0.6079 -0.679 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608553 1 0.6079 -0.679 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608554 1 0.6079 -0.679 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608555 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608556 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608557 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608558 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608559 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608560 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608561 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608562 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608563 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608564 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608565 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608566 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608567 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608568 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608574 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608575 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608576 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608577 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608578 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608569 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608570 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608571 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608572 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608573 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608584 2 0.6309 0.892 0.500 0.500 0.000
#> SRR1608585 2 0.6309 0.892 0.500 0.500 0.000
#> SRR1608586 2 0.6309 0.892 0.500 0.500 0.000
#> SRR1608587 2 0.6309 0.892 0.500 0.500 0.000
#> SRR1608588 1 0.6309 -0.894 0.500 0.500 0.000
#> SRR1608579 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608580 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608581 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608582 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608583 1 0.6295 -0.843 0.528 0.472 0.000
#> SRR1608589 3 0.7397 0.760 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608590 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608591 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608592 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608593 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608594 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608595 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608596 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608597 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608598 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608599 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608600 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608601 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608602 1 0.6260 -0.799 0.552 0.448 0.000
#> SRR1608603 2 0.9738 0.311 0.304 0.444 0.252
#> SRR1608604 2 0.9738 0.311 0.304 0.444 0.252
#> SRR1608605 2 0.9738 0.311 0.304 0.444 0.252
#> SRR1608606 2 0.9738 0.311 0.304 0.444 0.252
#> SRR1608607 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608608 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608609 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608610 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608611 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608612 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608613 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608614 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608615 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608616 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608617 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608618 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608619 2 0.7397 -0.766 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608620 3 0.7397 0.760 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608621 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608622 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608623 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608624 1 0.6305 -0.865 0.516 0.484 0.000
#> SRR1608625 1 0.6305 -0.865 0.516 0.484 0.000
#> SRR1608626 1 0.6305 -0.865 0.516 0.484 0.000
#> SRR1608627 1 0.6305 -0.865 0.516 0.484 0.000
#> SRR1608628 1 0.6215 -0.758 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608629 1 0.6215 -0.758 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608630 1 0.6215 -0.758 0.572 0.428 0.000
#> SRR1608634 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608635 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608636 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608637 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608631 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608638 3 0.7397 0.760 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608639 3 0.7397 0.760 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608640 2 0.7397 -0.766 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608641 2 0.7397 -0.766 0.032 0.484 0.484
#> SRR1608643 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608647 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608648 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608657 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608658 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608659 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608660 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608661 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608662 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608663 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608664 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608649 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608650 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608651 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608652 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608653 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608654 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608655 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608656 1 0.1964 0.289 0.944 0.056 0.000
#> SRR1608665 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608666 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608667 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608668 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608669 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608670 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608671 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608672 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608681 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608682 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608683 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608684 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608685 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608686 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608687 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608688 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608673 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608674 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608675 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608676 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608677 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608678 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608679 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608680 1 0.6305 0.521 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608689 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608690 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608691 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608692 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608693 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608694 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608695 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608696 3 0.7848 0.110 0.264 0.096 0.640
#> SRR1608697 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608698 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608699 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608700 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608701 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608702 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608703 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608704 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608705 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608706 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608707 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608708 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608709 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608710 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608711 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608712 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608713 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608714 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608715 1 0.7059 0.501 0.520 0.020 0.460
#> SRR1608716 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608717 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608718 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608719 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608724 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608725 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608726 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608727 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608720 1 0.1411 0.326 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608721 1 0.1411 0.326 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608722 1 0.1411 0.326 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608723 1 0.1411 0.326 0.964 0.036 0.000
#> SRR1608728 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608729 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608730 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608731 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608732 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608733 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608734 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608735 3 0.7618 0.682 0.068 0.304 0.628
#> SRR1608736 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608737 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608738 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608739 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608740 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608741 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608742 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608743 1 0.3340 0.139 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608744 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608745 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608746 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608747 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608748 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608749 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608750 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608751 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608752 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608753 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608754 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608755 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608764 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608765 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608766 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608767 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608768 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608769 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608770 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608771 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608756 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.382 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608773 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608774 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608775 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608776 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608777 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608778 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608779 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608780 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608782 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608783 1 0.3551 0.101 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608784 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608785 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608786 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608787 1 0.7493 0.452 0.488 0.036 0.476
#> SRR1608788 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608789 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608790 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608791 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608792 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608793 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608794 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608795 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608796 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608797 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608798 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608799 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608800 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608801 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608802 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608803 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608812 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608814 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608815 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608816 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608817 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608818 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608819 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608804 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608805 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608806 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608807 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608808 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608809 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608810 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608811 2 0.6308 0.904 0.492 0.508 0.000
#> SRR1608822 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608823 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608824 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608825 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608826 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608827 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608828 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608829 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608820 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608821 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608830 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608831 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608832 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608833 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608834 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608835 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608836 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608837 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608838 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608839 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608840 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608841 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608842 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608843 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608844 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608845 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608846 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608847 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608848 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608849 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608850 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608851 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608852 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608853 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608854 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608855 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608856 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608857 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608858 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608859 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608860 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608861 1 0.2173 0.425 0.944 0.008 0.048
#> SRR1608862 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608863 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608864 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608865 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608866 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608867 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608868 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608869 1 0.1860 0.434 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608870 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608871 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608872 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608873 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608874 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608875 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608876 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608877 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608878 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608880 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608881 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608882 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608883 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608884 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608885 1 0.6497 0.499 0.648 0.016 0.336
#> SRR1608886 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608887 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608888 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608889 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608890 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608891 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608892 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608893 1 0.5156 0.526 0.776 0.008 0.216
#> SRR1608894 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608895 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608896 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608897 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608898 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608899 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608901 1 0.6308 0.519 0.508 0.000 0.492
#> SRR1608902 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608903 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608904 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608905 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608906 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608907 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608908 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608909 1 0.5431 0.563 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608910 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608911 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608912 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608913 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608914 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608915 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608916 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608917 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608918 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608919 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608920 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608921 3 0.6438 0.490 0.100 0.136 0.764
#> SRR1608922 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
#> SRR1608923 3 0.6308 0.803 0.000 0.492 0.508
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608491 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608492 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608493 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608494 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608495 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608496 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608497 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608498 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608499 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608500 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608501 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608502 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608503 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608504 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608505 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608510 2 0.1716 0.862 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1608511 2 0.1716 0.862 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1608512 2 0.1716 0.862 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1608513 2 0.1716 0.862 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1608506 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608507 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608508 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608509 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608514 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608515 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608516 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608517 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608518 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608519 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608520 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608521 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608522 2 0.3219 0.788 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1608523 2 0.3219 0.788 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1608524 2 0.3219 0.788 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1608525 2 0.3219 0.788 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1608526 2 0.3383 0.814 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1608527 2 0.3383 0.814 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1608528 2 0.3383 0.814 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1608529 2 0.3383 0.814 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1608530 2 0.0469 0.880 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608531 2 0.0469 0.880 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608532 2 0.0469 0.880 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608533 2 0.0469 0.880 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608534 3 0.7120 0.827 0.000 0.148 0.524 0.328
#> SRR1608535 3 0.7120 0.827 0.000 0.148 0.524 0.328
#> SRR1608536 3 0.7120 0.827 0.000 0.148 0.524 0.328
#> SRR1608537 3 0.7120 0.827 0.000 0.148 0.524 0.328
#> SRR1608538 3 0.7153 0.592 0.000 0.196 0.556 0.248
#> SRR1608539 3 0.7153 0.592 0.000 0.196 0.556 0.248
#> SRR1608540 3 0.7153 0.592 0.000 0.196 0.556 0.248
#> SRR1608541 3 0.7153 0.592 0.000 0.196 0.556 0.248
#> SRR1608542 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608543 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608544 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608545 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608546 3 0.7421 0.738 0.000 0.268 0.512 0.220
#> SRR1608547 3 0.7421 0.738 0.000 0.268 0.512 0.220
#> SRR1608548 3 0.7421 0.738 0.000 0.268 0.512 0.220
#> SRR1608549 3 0.7421 0.738 0.000 0.268 0.512 0.220
#> SRR1608550 2 0.5429 0.625 0.000 0.720 0.208 0.072
#> SRR1608551 2 0.5429 0.625 0.000 0.720 0.208 0.072
#> SRR1608552 2 0.5429 0.625 0.000 0.720 0.208 0.072
#> SRR1608553 2 0.5429 0.625 0.000 0.720 0.208 0.072
#> SRR1608554 2 0.5429 0.625 0.000 0.720 0.208 0.072
#> SRR1608555 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608556 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608557 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608558 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608559 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608560 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608561 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608562 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608563 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608564 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608565 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608566 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608567 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608568 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608574 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608575 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608576 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608577 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608578 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608569 2 0.0336 0.882 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608570 2 0.0336 0.882 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608571 2 0.0336 0.882 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608572 2 0.0336 0.882 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608573 2 0.0336 0.882 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608584 2 0.0524 0.881 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608585 2 0.0524 0.881 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608586 2 0.0524 0.881 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608587 2 0.0524 0.881 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608588 2 0.0524 0.881 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1608579 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608580 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608581 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608582 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608583 2 0.3842 0.784 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1608589 1 0.3583 0.819 0.816 0.004 0.180 0.000
#> SRR1608590 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608591 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608592 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608593 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608594 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608595 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608596 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608597 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608598 2 0.0707 0.879 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608599 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608600 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608601 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608602 2 0.4590 0.728 0.000 0.792 0.148 0.060
#> SRR1608603 2 0.7179 0.221 0.380 0.480 0.140 0.000
#> SRR1608604 2 0.7179 0.221 0.380 0.480 0.140 0.000
#> SRR1608605 2 0.7179 0.221 0.380 0.480 0.140 0.000
#> SRR1608606 2 0.7179 0.221 0.380 0.480 0.140 0.000
#> SRR1608607 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608608 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608609 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608610 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608611 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608612 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608613 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608614 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608615 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608616 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608617 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608618 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608619 1 0.3494 0.823 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1608620 1 0.3494 0.823 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1608621 2 0.1022 0.875 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608622 2 0.1022 0.875 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1608623 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608624 2 0.3143 0.803 0.000 0.876 0.100 0.024
#> SRR1608625 2 0.3143 0.803 0.000 0.876 0.100 0.024
#> SRR1608626 2 0.3143 0.803 0.000 0.876 0.100 0.024
#> SRR1608627 2 0.3143 0.803 0.000 0.876 0.100 0.024
#> SRR1608628 2 0.3958 0.772 0.000 0.824 0.144 0.032
#> SRR1608629 2 0.3958 0.772 0.000 0.824 0.144 0.032
#> SRR1608630 2 0.3958 0.772 0.000 0.824 0.144 0.032
#> SRR1608634 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608632 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608633 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608642 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608638 1 0.3494 0.823 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1608639 1 0.3494 0.823 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1608640 1 0.3494 0.823 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1608641 1 0.3494 0.823 0.824 0.004 0.172 0.000
#> SRR1608643 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608644 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608645 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608646 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608647 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608648 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608657 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608658 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608659 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608660 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608661 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608662 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608663 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608664 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608649 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608650 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608651 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608652 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608653 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608654 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608655 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608656 3 0.7521 0.818 0.000 0.220 0.488 0.292
#> SRR1608665 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608666 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608667 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608668 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608669 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608670 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608671 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608672 4 0.4356 0.677 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608681 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608682 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608683 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608684 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608685 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608686 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608687 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608688 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608673 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608674 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608675 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608676 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608677 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608678 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608679 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608680 4 0.4382 0.676 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1608689 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608690 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608691 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608692 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608693 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608694 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608695 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608696 4 0.7884 0.230 0.312 0.000 0.304 0.384
#> SRR1608697 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608698 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608699 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608700 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608701 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608702 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608703 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608704 4 0.4331 0.678 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1608705 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608706 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608707 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608708 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608709 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608710 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608711 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608712 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608713 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608714 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608715 4 0.5256 0.481 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1608716 2 0.0469 0.881 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608717 2 0.0469 0.881 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608718 2 0.0469 0.881 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608719 2 0.0469 0.881 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608724 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608725 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608726 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608727 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608720 3 0.7443 0.827 0.000 0.196 0.492 0.312
#> SRR1608721 3 0.7443 0.827 0.000 0.196 0.492 0.312
#> SRR1608722 3 0.7443 0.827 0.000 0.196 0.492 0.312
#> SRR1608723 3 0.7443 0.827 0.000 0.196 0.492 0.312
#> SRR1608728 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608729 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608730 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608731 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608732 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608733 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608734 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608735 1 0.6134 0.626 0.668 0.000 0.116 0.216
#> SRR1608736 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608737 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608738 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608739 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608740 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608741 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608742 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608743 3 0.7823 0.725 0.000 0.320 0.408 0.272
#> SRR1608744 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608745 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608746 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608747 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608748 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608749 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608750 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608751 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608752 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608765 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608766 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608767 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608768 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608769 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608770 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608771 1 0.1940 0.864 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608756 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608757 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608758 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608759 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608760 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608761 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608762 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608763 3 0.7191 0.833 0.000 0.156 0.516 0.328
#> SRR1608772 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608777 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608778 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608779 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608780 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608782 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608783 3 0.7816 0.692 0.000 0.340 0.400 0.260
#> SRR1608784 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608785 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608786 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608787 4 0.6121 0.468 0.060 0.000 0.352 0.588
#> SRR1608788 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608789 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608790 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608791 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608792 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608793 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608794 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608795 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608796 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608797 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608798 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608799 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608800 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608801 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608802 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608803 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608812 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608814 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608815 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608816 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608817 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608818 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608819 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608804 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608805 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608806 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608807 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608808 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608809 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608810 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608811 2 0.0188 0.882 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608822 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608823 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608824 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608825 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608826 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608827 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608828 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608829 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608820 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608821 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608830 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608838 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608839 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608840 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608841 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608842 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608843 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608844 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608845 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608846 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608847 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608848 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608849 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608850 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608851 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608852 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608853 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608854 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608855 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608856 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608857 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608858 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608859 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608860 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608861 3 0.6894 0.795 0.000 0.112 0.512 0.376
#> SRR1608862 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608863 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608864 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608865 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608866 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608867 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608868 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608869 3 0.6766 0.787 0.000 0.100 0.520 0.380
#> SRR1608870 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608871 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608872 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608873 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608874 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608875 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608876 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608877 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608878 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608880 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608881 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608882 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608883 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608884 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608885 3 0.8161 0.301 0.088 0.072 0.436 0.404
#> SRR1608886 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608887 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608888 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608889 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608890 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608891 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608892 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608893 3 0.6557 0.515 0.000 0.076 0.476 0.448
#> SRR1608894 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608895 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608896 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608897 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608898 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608899 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608901 4 0.0000 0.705 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608902 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608903 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608904 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608905 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608906 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608907 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608908 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608909 4 0.4932 0.111 0.000 0.032 0.240 0.728
#> SRR1608910 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608911 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608912 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608913 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608914 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608915 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608916 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608917 1 0.0188 0.886 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608921 1 0.7013 0.235 0.516 0.000 0.128 0.356
#> SRR1608922 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608495 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608496 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608497 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608498 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608503 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608504 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608505 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608510 2 0.2927 0.8187 0.000 0.872 0.060 0.068 0.000
#> SRR1608511 2 0.2927 0.8187 0.000 0.872 0.060 0.068 0.000
#> SRR1608512 2 0.2927 0.8187 0.000 0.872 0.060 0.068 0.000
#> SRR1608513 2 0.2927 0.8187 0.000 0.872 0.060 0.068 0.000
#> SRR1608506 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608507 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608508 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608509 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608514 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0290 0.8726 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0566 0.8705 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608519 2 0.0566 0.8705 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608520 2 0.0566 0.8705 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608521 2 0.0566 0.8705 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608522 2 0.3734 0.7429 0.000 0.796 0.036 0.168 0.000
#> SRR1608523 2 0.3734 0.7429 0.000 0.796 0.036 0.168 0.000
#> SRR1608524 2 0.3734 0.7429 0.000 0.796 0.036 0.168 0.000
#> SRR1608525 2 0.3734 0.7429 0.000 0.796 0.036 0.168 0.000
#> SRR1608526 2 0.2773 0.8223 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.2773 0.8223 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.2773 0.8223 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.2773 0.8223 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0693 0.8717 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608531 2 0.0693 0.8717 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608532 2 0.0693 0.8717 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608533 2 0.0693 0.8717 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608534 3 0.1442 0.7468 0.004 0.032 0.952 0.012 0.000
#> SRR1608535 3 0.1442 0.7468 0.004 0.032 0.952 0.012 0.000
#> SRR1608536 3 0.1442 0.7468 0.004 0.032 0.952 0.012 0.000
#> SRR1608537 3 0.1442 0.7468 0.004 0.032 0.952 0.012 0.000
#> SRR1608538 3 0.5758 0.5816 0.172 0.104 0.684 0.040 0.000
#> SRR1608539 3 0.5758 0.5816 0.172 0.104 0.684 0.040 0.000
#> SRR1608540 3 0.5758 0.5816 0.172 0.104 0.684 0.040 0.000
#> SRR1608541 3 0.5758 0.5816 0.172 0.104 0.684 0.040 0.000
#> SRR1608542 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608546 3 0.2605 0.6712 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1608547 3 0.2605 0.6712 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1608548 3 0.2605 0.6712 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1608549 3 0.2605 0.6712 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.5156 0.5932 0.000 0.620 0.320 0.060 0.000
#> SRR1608551 2 0.5156 0.5932 0.000 0.620 0.320 0.060 0.000
#> SRR1608552 2 0.5156 0.5932 0.000 0.620 0.320 0.060 0.000
#> SRR1608553 2 0.5156 0.5932 0.000 0.620 0.320 0.060 0.000
#> SRR1608554 2 0.5156 0.5932 0.000 0.620 0.320 0.060 0.000
#> SRR1608555 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608560 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608561 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608562 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608563 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608564 2 0.0693 0.8724 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608565 2 0.0693 0.8724 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608566 2 0.0693 0.8724 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608567 2 0.0693 0.8724 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608568 2 0.0693 0.8724 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608574 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0798 0.8749 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608570 2 0.0798 0.8749 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608571 2 0.0798 0.8749 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608572 2 0.0798 0.8749 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608573 2 0.0798 0.8749 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608584 2 0.0898 0.8743 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1608585 2 0.0898 0.8743 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1608586 2 0.0898 0.8743 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1608587 2 0.0898 0.8743 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1608588 2 0.0898 0.8743 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1608579 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.3336 0.7739 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608589 4 0.3636 0.5789 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1608590 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608596 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608597 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608598 2 0.0798 0.8690 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1608599 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.3636 0.7285 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608603 4 0.6715 0.1046 0.000 0.412 0.056 0.456 0.076
#> SRR1608604 4 0.6715 0.1046 0.000 0.412 0.056 0.456 0.076
#> SRR1608605 4 0.6715 0.1046 0.000 0.412 0.056 0.456 0.076
#> SRR1608606 4 0.6715 0.1046 0.000 0.412 0.056 0.456 0.076
#> SRR1608607 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608613 2 0.0510 0.8742 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608614 2 0.0510 0.8742 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608615 2 0.0510 0.8742 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608616 2 0.0510 0.8742 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608617 2 0.0510 0.8742 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608618 2 0.0510 0.8742 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608619 4 0.3684 0.5818 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608620 4 0.3684 0.5818 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608621 2 0.1544 0.8651 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.1544 0.8651 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608624 2 0.2605 0.8062 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.2605 0.8062 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.2605 0.8062 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.2605 0.8062 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.4400 0.7345 0.000 0.744 0.196 0.060 0.000
#> SRR1608629 2 0.4400 0.7345 0.000 0.744 0.196 0.060 0.000
#> SRR1608630 2 0.4400 0.7345 0.000 0.744 0.196 0.060 0.000
#> SRR1608634 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608635 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608636 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608637 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608631 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608642 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608638 4 0.3684 0.5818 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608639 4 0.3684 0.5818 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608640 4 0.3684 0.5818 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608641 4 0.3684 0.5818 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1608643 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608647 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608648 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608657 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608658 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608659 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608660 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608661 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608662 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608663 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608664 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608649 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.2074 0.7387 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608666 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608667 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608668 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608669 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608670 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608671 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608672 1 0.1851 0.6424 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608681 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608682 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608683 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608684 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608685 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608686 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608687 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608688 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608673 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608674 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608675 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608676 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608677 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608678 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608679 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608680 1 0.2628 0.6382 0.884 0.000 0.028 0.088 0.000
#> SRR1608689 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608690 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608691 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608692 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608693 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608694 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608695 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608696 1 0.6592 0.1139 0.460 0.000 0.000 0.240 0.300
#> SRR1608697 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608698 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608699 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608700 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608701 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608702 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608703 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608704 1 0.2011 0.6453 0.908 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1608705 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608706 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608707 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608708 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608709 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608710 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608711 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608712 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608713 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608714 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608715 3 0.6680 -0.0978 0.364 0.000 0.400 0.236 0.000
#> SRR1608716 2 0.0794 0.8731 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0794 0.8731 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0794 0.8731 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0794 0.8731 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.1732 0.7436 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.1732 0.7436 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.1732 0.7436 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.1732 0.7436 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1608728 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608729 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608730 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608731 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608732 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608733 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608734 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608735 4 0.7007 0.5261 0.176 0.000 0.052 0.544 0.228
#> SRR1608736 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.3177 0.6501 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608744 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608752 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608753 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608754 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608755 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608764 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608765 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608766 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608767 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608768 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608769 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608770 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608771 4 0.4161 0.4995 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1608756 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0880 0.7499 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608773 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608774 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608775 5 0.3661 0.5283 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR1608776 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.3366 0.6159 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608785 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608786 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608787 3 0.7424 -0.0760 0.372 0.000 0.392 0.188 0.048
#> SRR1608788 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608796 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608797 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608798 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608799 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608800 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608801 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608802 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608803 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608812 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0404 0.8737 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608821 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608830 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608831 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608832 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608833 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608834 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608835 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608836 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608837 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608838 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608855 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608856 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608857 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608858 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608859 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608860 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608861 3 0.3209 0.6831 0.088 0.016 0.864 0.032 0.000
#> SRR1608862 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608863 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608864 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608865 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608866 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608867 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608868 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608869 3 0.3052 0.6788 0.092 0.008 0.868 0.032 0.000
#> SRR1608870 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608878 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608880 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608881 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608882 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608883 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608884 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608885 3 0.7259 0.4179 0.200 0.008 0.520 0.232 0.040
#> SRR1608886 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608887 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608888 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608889 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608890 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608891 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608892 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608893 3 0.5835 0.5306 0.196 0.008 0.636 0.160 0.000
#> SRR1608894 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.3336 0.7272 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608903 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608904 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608905 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608906 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608907 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608908 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608909 1 0.4972 0.2465 0.500 0.004 0.476 0.020 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.6476 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608919 5 0.1608 0.6427 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1608920 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608921 5 0.6695 0.1551 0.308 0.000 0.000 0.264 0.428
#> SRR1608922 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1608923 5 0.3707 0.5194 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608498 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608499 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608500 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608501 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.5775 0.4024 0.000 0.488 0.072 0.400 0.000 0.040
#> SRR1608511 2 0.5775 0.4024 0.000 0.488 0.072 0.400 0.000 0.040
#> SRR1608512 2 0.5775 0.4024 0.000 0.488 0.072 0.400 0.000 0.040
#> SRR1608513 2 0.5775 0.4024 0.000 0.488 0.072 0.400 0.000 0.040
#> SRR1608506 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608507 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608508 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608509 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608514 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0146 0.8123 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.1967 0.7929 0.000 0.904 0.000 0.084 0.000 0.012
#> SRR1608519 2 0.1967 0.7929 0.000 0.904 0.000 0.084 0.000 0.012
#> SRR1608520 2 0.1967 0.7929 0.000 0.904 0.000 0.084 0.000 0.012
#> SRR1608521 2 0.1967 0.7929 0.000 0.904 0.000 0.084 0.000 0.012
#> SRR1608522 2 0.6108 0.3151 0.000 0.456 0.024 0.376 0.000 0.144
#> SRR1608523 2 0.6108 0.3151 0.000 0.456 0.024 0.376 0.000 0.144
#> SRR1608524 2 0.6108 0.3151 0.000 0.456 0.024 0.376 0.000 0.144
#> SRR1608525 2 0.6108 0.3151 0.000 0.456 0.024 0.376 0.000 0.144
#> SRR1608526 2 0.4120 0.7346 0.000 0.744 0.160 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.4120 0.7346 0.000 0.744 0.160 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.4120 0.7346 0.000 0.744 0.160 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.4120 0.7346 0.000 0.744 0.160 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.1218 0.8091 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 0.012
#> SRR1608531 2 0.1218 0.8091 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 0.012
#> SRR1608532 2 0.1218 0.8091 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 0.012
#> SRR1608533 2 0.1218 0.8091 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 0.012
#> SRR1608534 3 0.0508 0.6946 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608535 3 0.0508 0.6946 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608536 3 0.0508 0.6946 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608537 3 0.0508 0.6946 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608538 3 0.5111 0.4705 0.152 0.024 0.692 0.128 0.000 0.004
#> SRR1608539 3 0.5111 0.4705 0.152 0.024 0.692 0.128 0.000 0.004
#> SRR1608540 3 0.5111 0.4705 0.152 0.024 0.692 0.128 0.000 0.004
#> SRR1608541 3 0.5111 0.4705 0.152 0.024 0.692 0.128 0.000 0.004
#> SRR1608542 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 3 0.2361 0.6227 0.000 0.028 0.884 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608547 3 0.2361 0.6227 0.000 0.028 0.884 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608548 3 0.2361 0.6227 0.000 0.028 0.884 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608549 3 0.2361 0.6227 0.000 0.028 0.884 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608550 4 0.6757 -0.1781 0.000 0.252 0.340 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608551 4 0.6757 -0.1781 0.000 0.252 0.340 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608552 4 0.6757 -0.1781 0.000 0.252 0.340 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608553 4 0.6757 -0.1781 0.000 0.252 0.340 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608554 4 0.6757 -0.1781 0.000 0.252 0.340 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608555 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.1578 0.8050 0.000 0.936 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR1608560 2 0.1578 0.8050 0.000 0.936 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR1608561 2 0.1578 0.8050 0.000 0.936 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR1608562 2 0.1578 0.8050 0.000 0.936 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR1608563 2 0.1578 0.8050 0.000 0.936 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR1608564 2 0.1053 0.8114 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000 0.012
#> SRR1608565 2 0.1053 0.8114 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000 0.012
#> SRR1608566 2 0.1053 0.8114 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000 0.012
#> SRR1608567 2 0.1053 0.8114 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000 0.012
#> SRR1608568 2 0.1053 0.8114 0.000 0.964 0.004 0.020 0.000 0.012
#> SRR1608574 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.1251 0.8140 0.000 0.956 0.012 0.024 0.000 0.008
#> SRR1608570 2 0.1251 0.8140 0.000 0.956 0.012 0.024 0.000 0.008
#> SRR1608571 2 0.1251 0.8140 0.000 0.956 0.012 0.024 0.000 0.008
#> SRR1608572 2 0.1251 0.8140 0.000 0.956 0.012 0.024 0.000 0.008
#> SRR1608573 2 0.1251 0.8140 0.000 0.956 0.012 0.024 0.000 0.008
#> SRR1608584 2 0.0622 0.8131 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608585 2 0.0622 0.8131 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608586 2 0.0622 0.8131 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608587 2 0.0622 0.8131 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608588 2 0.0622 0.8131 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608579 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.4145 0.6716 0.000 0.700 0.252 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608589 6 0.1584 0.7107 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR1608590 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.1511 0.8052 0.000 0.940 0.004 0.044 0.000 0.012
#> SRR1608596 2 0.1511 0.8052 0.000 0.940 0.004 0.044 0.000 0.012
#> SRR1608597 2 0.1511 0.8052 0.000 0.940 0.004 0.044 0.000 0.012
#> SRR1608598 2 0.1511 0.8052 0.000 0.940 0.004 0.044 0.000 0.012
#> SRR1608599 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.4368 0.6221 0.000 0.656 0.296 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608603 6 0.6346 0.4176 0.000 0.156 0.044 0.304 0.000 0.496
#> SRR1608604 6 0.6346 0.4176 0.000 0.156 0.044 0.304 0.000 0.496
#> SRR1608605 6 0.6346 0.4176 0.000 0.156 0.044 0.304 0.000 0.496
#> SRR1608606 6 0.6346 0.4176 0.000 0.156 0.044 0.304 0.000 0.496
#> SRR1608607 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 2 0.0405 0.8137 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608614 2 0.0405 0.8137 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608615 2 0.0405 0.8137 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608616 2 0.0405 0.8137 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608617 2 0.0405 0.8137 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608618 2 0.0405 0.8137 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608619 6 0.1327 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608620 6 0.1327 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608621 2 0.2956 0.7809 0.000 0.848 0.064 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.2956 0.7809 0.000 0.848 0.064 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608624 2 0.3883 0.7064 0.000 0.768 0.144 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.3883 0.7064 0.000 0.768 0.144 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.3883 0.7064 0.000 0.768 0.144 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.3883 0.7064 0.000 0.768 0.144 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.6672 0.2947 0.000 0.376 0.216 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608629 2 0.6672 0.2947 0.000 0.376 0.216 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608630 2 0.6672 0.2947 0.000 0.376 0.216 0.368 0.000 0.040
#> SRR1608634 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608635 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608636 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608637 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608631 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608638 6 0.1327 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608639 6 0.1327 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608640 6 0.1327 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608641 6 0.1327 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1608643 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608647 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608648 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608657 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608658 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608659 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608660 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608661 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608662 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608663 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608664 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608649 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.1444 0.6847 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.2003 0.6061 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608682 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608683 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608684 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608685 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608686 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608687 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608688 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608673 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608674 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608675 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608676 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608677 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608678 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608679 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608680 1 0.2695 0.5932 0.844 0.000 0.008 0.144 0.000 0.004
#> SRR1608689 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608690 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608691 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608692 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608693 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608694 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608695 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608696 4 0.6810 0.4573 0.308 0.000 0.000 0.352 0.300 0.040
#> SRR1608697 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.2146 0.6104 0.880 0.000 0.004 0.116 0.000 0.000
#> SRR1608705 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608706 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608707 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608708 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608709 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608710 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608711 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608712 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608713 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608714 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608715 3 0.6734 -0.0976 0.244 0.000 0.384 0.332 0.000 0.040
#> SRR1608716 2 0.2199 0.7873 0.000 0.892 0.020 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.2199 0.7873 0.000 0.892 0.020 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.2199 0.7873 0.000 0.892 0.020 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.2199 0.7873 0.000 0.892 0.020 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.1075 0.6917 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.1075 0.6917 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.1075 0.6917 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.1075 0.6917 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608729 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608730 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608731 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608732 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608733 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608734 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608735 6 0.5408 0.6527 0.128 0.000 0.040 0.072 0.048 0.712
#> SRR1608736 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.2597 0.6254 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608753 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608754 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608755 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608764 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608765 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608766 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608767 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608768 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608769 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608770 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608771 6 0.2597 0.6639 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1608756 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.6996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608773 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608774 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608775 5 0.3695 0.5225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1608776 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.2793 0.6020 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608785 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608786 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608787 3 0.7180 -0.1084 0.252 0.000 0.376 0.284 0.000 0.088
#> SRR1608788 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608797 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608798 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608799 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608800 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608801 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608802 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608803 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608812 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0291 0.8132 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608831 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608832 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608833 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608834 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608835 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608836 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608837 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608838 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608855 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608856 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608857 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608858 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608859 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608860 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608861 3 0.4585 0.5282 0.116 0.000 0.692 0.192 0.000 0.000
#> SRR1608862 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608863 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608864 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608865 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608866 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608867 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608868 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608869 3 0.4566 0.5277 0.120 0.000 0.696 0.184 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608880 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608881 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608882 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608883 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608884 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608885 4 0.7312 0.0316 0.168 0.000 0.348 0.392 0.028 0.064
#> SRR1608886 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608887 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608888 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608889 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608890 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608891 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608892 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608893 3 0.5991 0.2497 0.184 0.000 0.464 0.344 0.000 0.008
#> SRR1608894 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.2793 0.8114 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.5159 0.4296 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.6626 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608918 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608919 5 0.1714 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608920 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608921 5 0.7440 -0.1289 0.184 0.000 0.000 0.272 0.376 0.168
#> SRR1608922 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1608923 5 0.3727 0.5112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.569 0.854 0.893 0.4588 0.502 0.502
#> 3 3 0.935 0.897 0.950 0.3982 0.784 0.597
#> 4 4 0.672 0.635 0.781 0.1205 0.939 0.829
#> 5 5 0.646 0.596 0.734 0.0611 0.883 0.641
#> 6 6 0.639 0.550 0.715 0.0477 0.951 0.805
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608491 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608492 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608493 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608494 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608495 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608496 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608497 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608498 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608499 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608500 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608501 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608502 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608503 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608504 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608505 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608510 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608511 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608512 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608513 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608506 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608507 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608508 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608509 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608515 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608516 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608517 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608518 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608519 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608520 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608521 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608522 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608523 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608524 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608525 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608526 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608527 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608528 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608529 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608530 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608531 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608532 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608533 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608534 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608535 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608536 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608537 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608538 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608539 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608540 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608541 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608542 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608543 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608544 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608545 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608546 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608547 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608548 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608549 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608550 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608551 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608552 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608553 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608554 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608555 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608556 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608557 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608558 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608559 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608560 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608561 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608562 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608563 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608564 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608565 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608566 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608567 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608568 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608574 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608575 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608576 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608577 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608578 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608569 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608570 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608571 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608572 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608573 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608584 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608585 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608586 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608587 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608588 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608579 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608580 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608581 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608582 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608583 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608589 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608590 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608591 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608592 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608593 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608594 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608595 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608596 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608597 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608598 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608599 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608600 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608601 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608602 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608603 2 0.9358 0.956 0.352 0.648
#> SRR1608604 2 0.9358 0.956 0.352 0.648
#> SRR1608605 2 0.9358 0.956 0.352 0.648
#> SRR1608606 2 0.9358 0.956 0.352 0.648
#> SRR1608607 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608608 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608609 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608610 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608611 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608612 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608613 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608614 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608615 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608616 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608617 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608618 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608619 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608620 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608621 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608622 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608623 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608625 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608626 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608627 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608628 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608629 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608630 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608634 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608635 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608636 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608637 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608631 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608632 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608633 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608642 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608638 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608639 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608640 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608641 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608643 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608644 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608645 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608646 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608657 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608658 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608659 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608660 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608661 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608662 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608663 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608664 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608649 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608650 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608651 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608652 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608653 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608654 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608655 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608656 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608665 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608666 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608667 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608668 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608669 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608670 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608671 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608672 1 0.6623 0.754 0.828 0.172
#> SRR1608681 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608682 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608683 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608684 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608685 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608686 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608687 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608688 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608673 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608674 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608675 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608676 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608677 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608678 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608679 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608680 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608689 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608690 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608691 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608692 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608693 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608694 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608695 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608696 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608697 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608706 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608707 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608708 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608709 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608710 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608711 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608712 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608713 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608714 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608715 1 0.6531 0.753 0.832 0.168
#> SRR1608716 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608717 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608718 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608719 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608724 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608721 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608722 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608723 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608728 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608729 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608730 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608731 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608732 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608733 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608734 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608735 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608736 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608737 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608738 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608739 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608740 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608741 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608742 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608743 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608744 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608745 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608746 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608747 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608748 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608749 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608750 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608751 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608752 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608753 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608754 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608755 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608764 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608765 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608766 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608767 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608768 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608769 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608770 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608771 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608756 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608757 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608758 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608759 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608760 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608761 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608762 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608763 2 0.9661 0.990 0.392 0.608
#> SRR1608772 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608773 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608774 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608775 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608776 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608777 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608778 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608779 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608780 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608782 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608783 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608784 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608785 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608786 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608787 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608788 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608789 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608790 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608791 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608792 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608793 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608794 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608795 1 0.0938 0.672 0.988 0.012
#> SRR1608796 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608797 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608798 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608799 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608800 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608801 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608802 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608803 1 0.9635 0.777 0.612 0.388
#> SRR1608812 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608805 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608806 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608807 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608808 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608809 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608810 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608811 2 0.9608 0.998 0.384 0.616
#> SRR1608822 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608831 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608832 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608833 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608834 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608835 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608836 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608837 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608838 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608847 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608848 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608849 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608850 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608851 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608852 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608853 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608854 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608855 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608856 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608857 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608858 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608859 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608860 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608861 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608862 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608863 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608864 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608865 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608866 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608867 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608868 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608869 2 0.9635 0.995 0.388 0.612
#> SRR1608870 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608880 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608881 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608882 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608883 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608884 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608885 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR1608886 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608887 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608888 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608889 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608890 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608891 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608892 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608893 1 0.0376 0.686 0.996 0.004
#> SRR1608894 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.689 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608911 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608912 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608913 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608914 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608915 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608916 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608917 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608918 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608919 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608920 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608921 1 0.9608 0.776 0.616 0.384
#> SRR1608922 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
#> SRR1608923 1 0.9661 0.777 0.608 0.392
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608491 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608492 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608493 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608494 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608495 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608496 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608497 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608498 3 0.1411 0.9423 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608499 3 0.1411 0.9423 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608500 3 0.1411 0.9423 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608501 3 0.1411 0.9423 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608502 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608503 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608504 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608505 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608510 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608511 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608512 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608513 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608506 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608507 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608508 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608509 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608514 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608515 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608516 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608517 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608518 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608519 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608520 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608521 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608522 2 0.1399 0.9574 0.004 0.968 0.028
#> SRR1608523 2 0.1399 0.9574 0.004 0.968 0.028
#> SRR1608524 2 0.1399 0.9574 0.004 0.968 0.028
#> SRR1608525 2 0.1399 0.9574 0.004 0.968 0.028
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608531 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608532 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608533 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608534 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608539 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608540 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608541 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608542 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608547 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608548 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608549 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608550 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608556 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608557 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608558 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608559 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608560 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608561 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608562 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608563 2 0.1031 0.9615 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608564 2 0.0892 0.9629 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608565 2 0.0892 0.9629 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608566 2 0.0892 0.9629 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608567 2 0.0892 0.9629 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608568 2 0.0892 0.9629 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608574 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608575 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608576 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608577 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608578 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608569 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608570 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608571 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608572 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608573 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608584 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608585 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608586 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608587 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608588 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608579 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608580 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608581 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608582 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608583 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608589 3 0.0424 0.9273 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608590 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608591 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608592 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608593 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608594 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608595 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608596 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608597 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608598 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608599 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608600 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608601 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608602 2 0.0237 0.9659 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608603 2 0.1267 0.9593 0.004 0.972 0.024
#> SRR1608604 2 0.1267 0.9593 0.004 0.972 0.024
#> SRR1608605 2 0.1267 0.9593 0.004 0.972 0.024
#> SRR1608606 2 0.1267 0.9593 0.004 0.972 0.024
#> SRR1608607 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 2 0.0237 0.9653 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608614 2 0.0237 0.9653 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608615 2 0.0237 0.9653 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608616 2 0.0237 0.9653 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608617 2 0.0237 0.9653 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608618 2 0.0237 0.9653 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608619 3 0.0424 0.9275 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608620 3 0.0424 0.9275 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608621 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0747 0.9635 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608629 2 0.0747 0.9635 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608630 2 0.0747 0.9635 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608634 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608635 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608636 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608637 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608631 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608632 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608633 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608642 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608638 3 0.0424 0.9275 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608639 3 0.0424 0.9275 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608640 3 0.0424 0.9275 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608641 3 0.0424 0.9275 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608643 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608644 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608645 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608646 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608647 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608648 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608657 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608658 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608659 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608660 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608661 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608662 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608663 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608664 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608649 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608666 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608667 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608668 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608669 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608670 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608671 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608672 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608681 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608682 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608683 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608684 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608685 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608686 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608687 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608688 1 0.5397 0.5382 0.720 0.000 0.280
#> SRR1608673 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608674 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608675 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608676 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608677 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608678 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608679 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608680 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608689 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608690 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608691 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608692 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608693 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608694 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608695 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608696 3 0.6260 0.3198 0.448 0.000 0.552
#> SRR1608697 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608698 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608699 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608700 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608701 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608702 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608703 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608704 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608713 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608714 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608715 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608716 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608717 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608718 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608719 2 0.0747 0.9638 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608724 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608725 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608726 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608727 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608720 2 0.0892 0.9505 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608721 2 0.1643 0.9261 0.044 0.956 0.000
#> SRR1608722 2 0.1163 0.9427 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608723 2 0.1289 0.9387 0.032 0.968 0.000
#> SRR1608728 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608729 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608730 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608731 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608732 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608733 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608734 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608735 3 0.1529 0.9408 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608736 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608745 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608746 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608747 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608748 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608749 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608750 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608751 1 0.1163 0.9370 0.972 0.028 0.000
#> SRR1608752 3 0.1031 0.9429 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608753 3 0.1031 0.9429 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608754 3 0.1031 0.9429 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608755 3 0.1031 0.9429 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608764 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608765 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608766 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608767 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608768 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608769 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608770 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608771 3 0.1163 0.9429 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608756 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608757 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608758 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608759 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608760 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608761 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608762 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608763 1 0.1529 0.9265 0.960 0.040 0.000
#> SRR1608772 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608773 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608774 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608775 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608776 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608785 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608786 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608787 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608788 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608789 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608790 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608791 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608792 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608793 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608794 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608795 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608796 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608797 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608798 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608799 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608800 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608801 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608802 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608803 3 0.4121 0.8267 0.168 0.000 0.832
#> SRR1608812 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608814 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608815 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608816 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608817 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608818 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608819 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608804 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608805 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608806 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608807 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608808 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608809 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608810 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608811 2 0.1031 0.9609 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608822 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608823 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608824 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608825 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608826 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608827 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608828 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608829 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608820 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608821 1 0.1031 0.9398 0.976 0.024 0.000
#> SRR1608830 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608831 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608832 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608833 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608834 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608835 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608836 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608837 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608838 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608839 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608840 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608841 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608842 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608843 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608844 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608845 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608846 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608847 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608848 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608849 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608850 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608851 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608852 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608853 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608854 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608855 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608856 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608857 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608858 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608859 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608860 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608861 1 0.6678 0.0850 0.512 0.480 0.008
#> SRR1608862 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608863 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608864 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608865 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608866 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608867 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608868 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608869 2 0.6305 0.0211 0.484 0.516 0.000
#> SRR1608870 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608871 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608872 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608873 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608874 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608875 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608876 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608877 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608878 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608880 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608881 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608882 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608883 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608884 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608885 1 0.0475 0.9392 0.992 0.004 0.004
#> SRR1608886 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608887 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608888 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608889 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608890 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608891 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608892 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608893 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608894 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608895 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608896 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608897 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608898 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608899 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608901 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608902 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608903 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608904 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608905 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608906 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608907 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608908 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608909 1 0.0592 0.9474 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608910 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608911 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608912 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608913 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608914 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608915 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608916 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608917 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608918 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608919 3 0.1163 0.9447 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608920 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608921 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608922 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608923 3 0.1289 0.9442 0.032 0.000 0.968
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.2125 0.69020 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1608491 2 0.2125 0.69020 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1608492 2 0.2125 0.69020 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1608493 2 0.2125 0.69020 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1608494 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608495 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608496 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608497 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608498 3 0.1004 0.90492 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1608499 3 0.1004 0.90492 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1608500 3 0.1004 0.90492 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1608501 3 0.1004 0.90492 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1608502 1 0.3610 0.78085 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608503 1 0.3610 0.78085 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608504 1 0.3610 0.78085 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608505 1 0.3610 0.78085 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608510 2 0.1474 0.69647 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608511 2 0.1474 0.69647 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608512 2 0.1474 0.69647 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608513 2 0.1474 0.69647 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608506 1 0.3123 0.81982 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608507 1 0.3123 0.81982 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608508 1 0.3123 0.81982 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608509 1 0.3123 0.81982 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608514 2 0.1867 0.69197 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608515 2 0.1867 0.69197 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608516 2 0.1867 0.69197 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608517 2 0.1867 0.69197 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608518 2 0.1557 0.69149 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608519 2 0.1557 0.69149 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608520 2 0.1557 0.69149 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608521 2 0.1557 0.69149 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1608522 2 0.2408 0.67185 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1608523 2 0.2408 0.67185 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1608524 2 0.2408 0.67185 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1608525 2 0.2408 0.67185 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1608526 2 0.3486 0.65048 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1608527 2 0.3486 0.65048 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1608528 2 0.3486 0.65048 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1608529 2 0.3486 0.65048 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1608530 2 0.1637 0.67393 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608531 2 0.1637 0.67393 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608532 2 0.1637 0.67393 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608533 2 0.1637 0.67393 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1608534 4 0.5511 0.14446 0.016 0.484 0.000 0.500
#> SRR1608535 4 0.5511 0.14446 0.016 0.484 0.000 0.500
#> SRR1608536 4 0.5511 0.14446 0.016 0.484 0.000 0.500
#> SRR1608537 4 0.5511 0.14446 0.016 0.484 0.000 0.500
#> SRR1608538 2 0.5590 0.00522 0.020 0.524 0.000 0.456
#> SRR1608539 2 0.5590 0.00522 0.020 0.524 0.000 0.456
#> SRR1608540 2 0.5590 0.00522 0.020 0.524 0.000 0.456
#> SRR1608541 2 0.5590 0.00522 0.020 0.524 0.000 0.456
#> SRR1608542 4 0.5600 0.18053 0.020 0.468 0.000 0.512
#> SRR1608543 4 0.5600 0.18053 0.020 0.468 0.000 0.512
#> SRR1608544 4 0.5600 0.18053 0.020 0.468 0.000 0.512
#> SRR1608545 4 0.5600 0.18053 0.020 0.468 0.000 0.512
#> SRR1608546 2 0.4382 0.48930 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608547 2 0.4382 0.48930 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608548 2 0.4382 0.48930 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608549 2 0.4382 0.48930 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1608550 2 0.4972 0.09760 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608551 2 0.4972 0.09760 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608552 2 0.4972 0.09760 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608553 2 0.4972 0.09760 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608554 2 0.4972 0.09760 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1608555 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608556 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608557 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608558 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608559 2 0.1474 0.67791 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608560 2 0.1474 0.67791 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608561 2 0.1474 0.67791 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608562 2 0.1474 0.67791 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608563 2 0.1474 0.67791 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608564 2 0.0336 0.69493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608565 2 0.0336 0.69493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608566 2 0.0336 0.69493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608567 2 0.0336 0.69493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608568 2 0.0336 0.69493 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608574 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608575 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608576 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608577 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608578 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608569 2 0.0000 0.69634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.69634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.69634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.69634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.69634 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1022 0.69764 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608585 2 0.1022 0.69764 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608586 2 0.1022 0.69764 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608587 2 0.1022 0.69764 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608588 2 0.1022 0.69764 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608579 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608580 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608581 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608582 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608583 2 0.2081 0.69509 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1608589 3 0.2334 0.89604 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR1608590 2 0.3074 0.66900 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1608591 2 0.3074 0.66900 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1608592 2 0.3074 0.66900 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1608593 2 0.3074 0.66900 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1608594 2 0.3074 0.66900 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1608595 2 0.1792 0.67062 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608596 2 0.1792 0.67062 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608597 2 0.1792 0.67062 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608598 2 0.1792 0.67062 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608599 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608600 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608601 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608602 2 0.2011 0.69592 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608603 2 0.3688 0.56287 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1608604 2 0.3688 0.56287 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1608605 2 0.3688 0.56287 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1608606 2 0.3688 0.56287 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1608607 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608608 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608609 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608610 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608611 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608612 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608613 2 0.4283 0.61526 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1608614 2 0.4283 0.61526 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1608615 2 0.4283 0.61526 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1608616 2 0.4283 0.61526 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1608617 2 0.4283 0.61526 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1608618 2 0.4283 0.61526 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1608619 3 0.2859 0.88731 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR1608620 3 0.2859 0.88731 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR1608621 2 0.4222 0.56021 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1608622 2 0.4222 0.56021 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1608623 1 0.2216 0.82837 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608624 2 0.4776 0.37005 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1608625 2 0.4830 0.33091 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1608626 2 0.4776 0.37005 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1608627 2 0.4679 0.42142 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1608628 2 0.4564 0.42050 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608629 2 0.4564 0.42050 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608630 2 0.4564 0.42050 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1608634 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608635 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608636 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608637 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608631 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608632 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608633 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608642 3 0.3547 0.86910 0.016 0.000 0.840 0.144
#> SRR1608638 3 0.2859 0.88731 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR1608639 3 0.2859 0.88731 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR1608640 3 0.2859 0.88731 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR1608641 3 0.2859 0.88731 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR1608643 1 0.4977 -0.05326 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1608644 1 0.4977 -0.05326 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1608645 1 0.4977 -0.05326 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR1608646 1 0.3172 0.80757 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608647 1 0.3172 0.80757 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608648 1 0.3172 0.80757 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608657 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608658 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608659 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608660 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608661 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608662 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608663 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608664 3 0.1576 0.90642 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1608649 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608650 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608651 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608652 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608653 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608654 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608655 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608656 2 0.4996 0.05556 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1608665 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608666 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608667 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608668 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608669 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608670 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608671 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608672 1 0.3528 0.78217 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608681 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608682 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608683 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608684 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608685 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608686 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608687 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608688 1 0.6810 0.56752 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1608673 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608674 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608675 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608676 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608677 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608678 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608679 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608680 1 0.3123 0.80345 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608689 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608690 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608691 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608692 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608693 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608694 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608695 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608696 3 0.7654 0.38320 0.252 0.000 0.464 0.284
#> SRR1608697 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608698 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608699 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608700 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608701 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608702 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608703 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608704 1 0.3172 0.79772 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1608705 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608706 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608707 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608708 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608709 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608710 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608711 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608712 4 0.5604 0.16275 0.020 0.476 0.000 0.504
#> SRR1608713 1 0.3975 0.75901 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608714 1 0.3975 0.75901 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608715 1 0.3975 0.75901 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608716 2 0.2216 0.69912 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608717 2 0.2216 0.69912 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608718 2 0.2216 0.69912 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608719 2 0.2216 0.69912 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1608724 1 0.0921 0.83811 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608725 1 0.0921 0.83811 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608726 1 0.0921 0.83811 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608727 1 0.0921 0.83811 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608720 4 0.6961 0.39530 0.124 0.352 0.000 0.524
#> SRR1608721 4 0.7096 0.41768 0.144 0.332 0.000 0.524
#> SRR1608722 4 0.6991 0.40091 0.128 0.348 0.000 0.524
#> SRR1608723 4 0.6991 0.40091 0.128 0.348 0.000 0.524
#> SRR1608728 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608729 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608730 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608731 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608732 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608733 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608734 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608735 3 0.3335 0.87758 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1608736 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608737 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608738 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608739 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608740 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608741 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608742 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608743 2 0.5407 -0.00632 0.012 0.504 0.000 0.484
#> SRR1608744 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608745 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608746 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608747 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608748 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608749 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608750 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608751 1 0.1118 0.83225 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608752 3 0.1109 0.90604 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1608753 3 0.1109 0.90604 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1608754 3 0.1109 0.90604 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1608755 3 0.1109 0.90604 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1608764 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608765 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608766 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608767 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608768 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608769 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608770 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608771 3 0.1978 0.90276 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1608756 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608757 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608758 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608759 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608760 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608761 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608762 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608763 1 0.4972 -0.04435 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608772 3 0.0779 0.90728 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608773 3 0.0779 0.90728 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608774 3 0.0779 0.90728 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608775 3 0.0779 0.90728 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1608776 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608777 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608778 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608779 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608780 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608782 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608783 2 0.4994 0.07214 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1608784 1 0.3975 0.73872 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608785 1 0.3975 0.73872 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608786 1 0.3975 0.73872 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608787 1 0.3975 0.73872 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1608788 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608789 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608790 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608791 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608792 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608793 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608794 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608795 1 0.0592 0.83851 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1608796 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608797 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608798 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608799 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608800 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608801 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608802 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608803 3 0.6115 0.69817 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1608812 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608814 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608815 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608816 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608817 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608818 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608819 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608804 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608805 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608806 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608807 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608808 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608809 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608810 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608811 2 0.3157 0.67477 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1608822 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608823 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608824 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608825 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608826 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608827 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608828 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608829 1 0.0336 0.83928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608820 1 0.1118 0.83347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608821 1 0.1118 0.83347 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608830 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608831 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608832 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608833 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608834 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608835 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608836 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608837 3 0.0188 0.90786 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608838 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608839 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608840 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608841 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608842 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608843 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608844 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608845 1 0.0188 0.83937 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608846 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608847 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608848 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608849 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608850 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608851 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608852 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608853 3 0.0657 0.90716 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1608854 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608855 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608856 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608857 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608858 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608859 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608860 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608861 4 0.7050 0.44631 0.432 0.104 0.004 0.460
#> SRR1608862 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608863 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608864 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608865 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608866 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608867 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608868 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608869 4 0.7135 0.51942 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1608870 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.83918 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608880 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608881 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608882 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608883 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608884 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608885 1 0.4095 0.77882 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1608886 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608887 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608888 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608889 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608890 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608891 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608892 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608893 1 0.3444 0.75414 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1608894 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608895 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608896 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608897 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608898 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608899 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608901 1 0.0817 0.83681 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608902 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608903 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608904 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608905 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608906 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608907 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608908 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608909 1 0.1389 0.82842 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608910 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608911 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608912 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608913 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608914 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608915 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608916 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608917 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608918 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608919 3 0.0524 0.90732 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1608920 3 0.2530 0.88847 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR1608921 3 0.2530 0.88847 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR1608922 3 0.1305 0.90640 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1608923 3 0.1305 0.90640 0.004 0.000 0.960 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.3500 0.7633 0.004 0.844 0.048 0.100 0.004
#> SRR1608491 2 0.3500 0.7633 0.004 0.844 0.048 0.100 0.004
#> SRR1608492 2 0.3500 0.7633 0.004 0.844 0.048 0.100 0.004
#> SRR1608493 2 0.3500 0.7633 0.004 0.844 0.048 0.100 0.004
#> SRR1608494 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608495 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608496 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608497 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608498 5 0.2317 0.8378 0.004 0.004 0.036 0.040 0.916
#> SRR1608499 5 0.2317 0.8378 0.004 0.004 0.036 0.040 0.916
#> SRR1608500 5 0.2317 0.8378 0.004 0.004 0.036 0.040 0.916
#> SRR1608501 5 0.2317 0.8378 0.004 0.004 0.036 0.040 0.916
#> SRR1608502 1 0.4686 0.0919 0.596 0.000 0.020 0.384 0.000
#> SRR1608503 1 0.4686 0.0919 0.596 0.000 0.020 0.384 0.000
#> SRR1608504 1 0.4686 0.0919 0.596 0.000 0.020 0.384 0.000
#> SRR1608505 1 0.4686 0.0919 0.596 0.000 0.020 0.384 0.000
#> SRR1608510 2 0.2952 0.7803 0.004 0.872 0.036 0.088 0.000
#> SRR1608511 2 0.2952 0.7803 0.004 0.872 0.036 0.088 0.000
#> SRR1608512 2 0.2952 0.7803 0.004 0.872 0.036 0.088 0.000
#> SRR1608513 2 0.2952 0.7803 0.004 0.872 0.036 0.088 0.000
#> SRR1608506 1 0.5289 0.4355 0.652 0.000 0.096 0.252 0.000
#> SRR1608507 1 0.5289 0.4355 0.652 0.000 0.096 0.252 0.000
#> SRR1608508 1 0.5289 0.4355 0.652 0.000 0.096 0.252 0.000
#> SRR1608509 1 0.5289 0.4355 0.652 0.000 0.096 0.252 0.000
#> SRR1608514 2 0.3279 0.7688 0.004 0.860 0.048 0.084 0.004
#> SRR1608515 2 0.3279 0.7688 0.004 0.860 0.048 0.084 0.004
#> SRR1608516 2 0.3279 0.7688 0.004 0.860 0.048 0.084 0.004
#> SRR1608517 2 0.3279 0.7688 0.004 0.860 0.048 0.084 0.004
#> SRR1608518 2 0.2492 0.7766 0.004 0.900 0.016 0.076 0.004
#> SRR1608519 2 0.2492 0.7766 0.004 0.900 0.016 0.076 0.004
#> SRR1608520 2 0.2492 0.7766 0.004 0.900 0.016 0.076 0.004
#> SRR1608521 2 0.2492 0.7766 0.004 0.900 0.016 0.076 0.004
#> SRR1608522 2 0.3708 0.7486 0.000 0.816 0.044 0.136 0.004
#> SRR1608523 2 0.3708 0.7486 0.000 0.816 0.044 0.136 0.004
#> SRR1608524 2 0.3708 0.7486 0.000 0.816 0.044 0.136 0.004
#> SRR1608525 2 0.3708 0.7486 0.000 0.816 0.044 0.136 0.004
#> SRR1608526 2 0.5257 0.5769 0.004 0.656 0.264 0.076 0.000
#> SRR1608527 2 0.5257 0.5769 0.004 0.656 0.264 0.076 0.000
#> SRR1608528 2 0.5257 0.5769 0.004 0.656 0.264 0.076 0.000
#> SRR1608529 2 0.5257 0.5769 0.004 0.656 0.264 0.076 0.000
#> SRR1608530 2 0.1901 0.7778 0.004 0.928 0.012 0.056 0.000
#> SRR1608531 2 0.1901 0.7778 0.004 0.928 0.012 0.056 0.000
#> SRR1608532 2 0.1901 0.7778 0.004 0.928 0.012 0.056 0.000
#> SRR1608533 2 0.1901 0.7778 0.004 0.928 0.012 0.056 0.000
#> SRR1608534 3 0.4953 0.5866 0.016 0.264 0.684 0.036 0.000
#> SRR1608535 3 0.4953 0.5866 0.016 0.264 0.684 0.036 0.000
#> SRR1608536 3 0.4953 0.5866 0.016 0.264 0.684 0.036 0.000
#> SRR1608537 3 0.4953 0.5866 0.016 0.264 0.684 0.036 0.000
#> SRR1608538 3 0.5939 0.4398 0.016 0.352 0.556 0.076 0.000
#> SRR1608539 3 0.5939 0.4398 0.016 0.352 0.556 0.076 0.000
#> SRR1608540 3 0.5939 0.4398 0.016 0.352 0.556 0.076 0.000
#> SRR1608541 3 0.5939 0.4398 0.016 0.352 0.556 0.076 0.000
#> SRR1608542 3 0.4380 0.6060 0.012 0.240 0.728 0.020 0.000
#> SRR1608543 3 0.4380 0.6060 0.012 0.240 0.728 0.020 0.000
#> SRR1608544 3 0.4380 0.6060 0.012 0.240 0.728 0.020 0.000
#> SRR1608545 3 0.4380 0.6060 0.012 0.240 0.728 0.020 0.000
#> SRR1608546 2 0.5315 -0.0843 0.004 0.500 0.456 0.040 0.000
#> SRR1608547 2 0.5315 -0.0843 0.004 0.500 0.456 0.040 0.000
#> SRR1608548 2 0.5315 -0.0843 0.004 0.500 0.456 0.040 0.000
#> SRR1608549 2 0.5315 -0.0843 0.004 0.500 0.456 0.040 0.000
#> SRR1608550 3 0.5149 0.4311 0.004 0.388 0.572 0.036 0.000
#> SRR1608551 3 0.5149 0.4311 0.004 0.388 0.572 0.036 0.000
#> SRR1608552 3 0.5149 0.4311 0.004 0.388 0.572 0.036 0.000
#> SRR1608553 3 0.5149 0.4311 0.004 0.388 0.572 0.036 0.000
#> SRR1608554 3 0.5149 0.4311 0.004 0.388 0.572 0.036 0.000
#> SRR1608555 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608556 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608557 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608558 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608559 2 0.2983 0.7715 0.004 0.868 0.032 0.096 0.000
#> SRR1608560 2 0.2983 0.7715 0.004 0.868 0.032 0.096 0.000
#> SRR1608561 2 0.2983 0.7715 0.004 0.868 0.032 0.096 0.000
#> SRR1608562 2 0.2983 0.7715 0.004 0.868 0.032 0.096 0.000
#> SRR1608563 2 0.2983 0.7715 0.004 0.868 0.032 0.096 0.000
#> SRR1608564 2 0.1372 0.7864 0.004 0.956 0.016 0.024 0.000
#> SRR1608565 2 0.1372 0.7864 0.004 0.956 0.016 0.024 0.000
#> SRR1608566 2 0.1372 0.7864 0.004 0.956 0.016 0.024 0.000
#> SRR1608567 2 0.1372 0.7864 0.004 0.956 0.016 0.024 0.000
#> SRR1608568 2 0.1372 0.7864 0.004 0.956 0.016 0.024 0.000
#> SRR1608574 2 0.4073 0.7432 0.004 0.800 0.104 0.092 0.000
#> SRR1608575 2 0.4073 0.7432 0.004 0.800 0.104 0.092 0.000
#> SRR1608576 2 0.4073 0.7432 0.004 0.800 0.104 0.092 0.000
#> SRR1608577 2 0.4073 0.7432 0.004 0.800 0.104 0.092 0.000
#> SRR1608578 2 0.4073 0.7432 0.004 0.800 0.104 0.092 0.000
#> SRR1608569 2 0.1173 0.7862 0.004 0.964 0.020 0.012 0.000
#> SRR1608570 2 0.1173 0.7862 0.004 0.964 0.020 0.012 0.000
#> SRR1608571 2 0.1173 0.7862 0.004 0.964 0.020 0.012 0.000
#> SRR1608572 2 0.1173 0.7862 0.004 0.964 0.020 0.012 0.000
#> SRR1608573 2 0.1173 0.7862 0.004 0.964 0.020 0.012 0.000
#> SRR1608584 2 0.2308 0.7811 0.004 0.912 0.048 0.036 0.000
#> SRR1608585 2 0.2308 0.7811 0.004 0.912 0.048 0.036 0.000
#> SRR1608586 2 0.2308 0.7811 0.004 0.912 0.048 0.036 0.000
#> SRR1608587 2 0.2308 0.7811 0.004 0.912 0.048 0.036 0.000
#> SRR1608588 2 0.2308 0.7811 0.004 0.912 0.048 0.036 0.000
#> SRR1608579 2 0.3743 0.7468 0.004 0.824 0.096 0.076 0.000
#> SRR1608580 2 0.3743 0.7468 0.004 0.824 0.096 0.076 0.000
#> SRR1608581 2 0.3743 0.7468 0.004 0.824 0.096 0.076 0.000
#> SRR1608582 2 0.3743 0.7468 0.004 0.824 0.096 0.076 0.000
#> SRR1608583 2 0.3743 0.7468 0.004 0.824 0.096 0.076 0.000
#> SRR1608589 5 0.3184 0.8373 0.000 0.000 0.048 0.100 0.852
#> SRR1608590 2 0.4490 0.6994 0.004 0.756 0.168 0.072 0.000
#> SRR1608591 2 0.4490 0.6994 0.004 0.756 0.168 0.072 0.000
#> SRR1608592 2 0.4490 0.6994 0.004 0.756 0.168 0.072 0.000
#> SRR1608593 2 0.4490 0.6994 0.004 0.756 0.168 0.072 0.000
#> SRR1608594 2 0.4490 0.6994 0.004 0.756 0.168 0.072 0.000
#> SRR1608595 2 0.2037 0.7761 0.004 0.920 0.012 0.064 0.000
#> SRR1608596 2 0.2037 0.7761 0.004 0.920 0.012 0.064 0.000
#> SRR1608597 2 0.2037 0.7761 0.004 0.920 0.012 0.064 0.000
#> SRR1608598 2 0.2037 0.7761 0.004 0.920 0.012 0.064 0.000
#> SRR1608599 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608600 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608601 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608602 2 0.3796 0.7462 0.004 0.820 0.100 0.076 0.000
#> SRR1608603 2 0.5528 0.6042 0.000 0.672 0.140 0.180 0.008
#> SRR1608604 2 0.5528 0.6042 0.000 0.672 0.140 0.180 0.008
#> SRR1608605 2 0.5528 0.6042 0.000 0.672 0.140 0.180 0.008
#> SRR1608606 2 0.5528 0.6042 0.000 0.672 0.140 0.180 0.008
#> SRR1608607 3 0.4199 0.5688 0.004 0.296 0.692 0.008 0.000
#> SRR1608608 3 0.4199 0.5688 0.004 0.296 0.692 0.008 0.000
#> SRR1608609 3 0.4199 0.5688 0.004 0.296 0.692 0.008 0.000
#> SRR1608610 3 0.4199 0.5688 0.004 0.296 0.692 0.008 0.000
#> SRR1608611 3 0.4199 0.5688 0.004 0.296 0.692 0.008 0.000
#> SRR1608612 3 0.4199 0.5688 0.004 0.296 0.692 0.008 0.000
#> SRR1608613 2 0.5878 0.4868 0.004 0.592 0.300 0.100 0.004
#> SRR1608614 2 0.5878 0.4868 0.004 0.592 0.300 0.100 0.004
#> SRR1608615 2 0.5878 0.4868 0.004 0.592 0.300 0.100 0.004
#> SRR1608616 2 0.5878 0.4868 0.004 0.592 0.300 0.100 0.004
#> SRR1608617 2 0.5878 0.4868 0.004 0.592 0.300 0.100 0.004
#> SRR1608618 2 0.5878 0.4868 0.004 0.592 0.300 0.100 0.004
#> SRR1608619 5 0.3647 0.8184 0.000 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1608620 5 0.3647 0.8184 0.000 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1608621 2 0.5352 0.2012 0.004 0.524 0.428 0.044 0.000
#> SRR1608622 2 0.5352 0.2012 0.004 0.524 0.428 0.044 0.000
#> SRR1608623 1 0.4761 0.5764 0.732 0.000 0.144 0.124 0.000
#> SRR1608624 3 0.4814 0.3220 0.004 0.412 0.568 0.016 0.000
#> SRR1608625 3 0.4814 0.3220 0.004 0.412 0.568 0.016 0.000
#> SRR1608626 3 0.4814 0.3220 0.004 0.412 0.568 0.016 0.000
#> SRR1608627 3 0.4849 0.2539 0.004 0.432 0.548 0.016 0.000
#> SRR1608628 2 0.5809 0.1611 0.004 0.528 0.384 0.084 0.000
#> SRR1608629 2 0.5809 0.1611 0.004 0.528 0.384 0.084 0.000
#> SRR1608630 2 0.5809 0.1611 0.004 0.528 0.384 0.084 0.000
#> SRR1608634 5 0.1179 0.8563 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608635 5 0.1179 0.8563 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608636 5 0.1179 0.8563 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608637 5 0.1179 0.8563 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608631 3 0.4467 0.4492 0.344 0.000 0.640 0.016 0.000
#> SRR1608632 3 0.4467 0.4492 0.344 0.000 0.640 0.016 0.000
#> SRR1608633 3 0.4467 0.4492 0.344 0.000 0.640 0.016 0.000
#> SRR1608642 5 0.5172 0.6925 0.012 0.000 0.072 0.224 0.692
#> SRR1608638 5 0.3647 0.8184 0.000 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1608639 5 0.3647 0.8184 0.000 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1608640 5 0.3647 0.8184 0.000 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1608641 5 0.3647 0.8184 0.000 0.000 0.052 0.132 0.816
#> SRR1608643 3 0.4491 0.4587 0.328 0.000 0.652 0.020 0.000
#> SRR1608644 3 0.4491 0.4587 0.328 0.000 0.652 0.020 0.000
#> SRR1608645 3 0.4491 0.4587 0.328 0.000 0.652 0.020 0.000
#> SRR1608646 1 0.5365 0.4738 0.664 0.000 0.132 0.204 0.000
#> SRR1608647 1 0.5365 0.4738 0.664 0.000 0.132 0.204 0.000
#> SRR1608648 1 0.5365 0.4738 0.664 0.000 0.132 0.204 0.000
#> SRR1608657 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608658 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608659 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608660 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608661 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608662 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608663 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608664 5 0.2437 0.8525 0.004 0.000 0.032 0.060 0.904
#> SRR1608649 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608650 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608651 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608652 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608653 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608654 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608655 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608656 3 0.4715 0.5643 0.004 0.292 0.672 0.032 0.000
#> SRR1608665 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608666 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608667 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608668 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608669 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608670 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608671 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608672 1 0.4538 0.1617 0.620 0.000 0.016 0.364 0.000
#> SRR1608681 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608682 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608683 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608684 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608685 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608686 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608687 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608688 4 0.5702 0.6210 0.420 0.000 0.016 0.516 0.048
#> SRR1608673 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608674 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608675 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608676 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608677 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608678 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608679 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608680 1 0.5144 0.2791 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1608689 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608690 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608691 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608692 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608693 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608694 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608695 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608696 4 0.7084 0.7370 0.184 0.000 0.048 0.524 0.244
#> SRR1608697 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608698 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608699 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608700 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608701 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608702 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608703 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608704 1 0.4397 0.3463 0.696 0.000 0.028 0.276 0.000
#> SRR1608705 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608706 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608707 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608708 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608709 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608710 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608711 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608712 3 0.4941 0.5980 0.012 0.244 0.696 0.048 0.000
#> SRR1608713 1 0.5046 -0.2603 0.500 0.000 0.032 0.468 0.000
#> SRR1608714 1 0.5046 -0.2603 0.500 0.000 0.032 0.468 0.000
#> SRR1608715 1 0.5046 -0.2603 0.500 0.000 0.032 0.468 0.000
#> SRR1608716 2 0.3349 0.7772 0.004 0.856 0.084 0.052 0.004
#> SRR1608717 2 0.3349 0.7772 0.004 0.856 0.084 0.052 0.004
#> SRR1608718 2 0.3349 0.7772 0.004 0.856 0.084 0.052 0.004
#> SRR1608719 2 0.3349 0.7772 0.004 0.856 0.084 0.052 0.004
#> SRR1608724 1 0.2006 0.6569 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR1608725 1 0.2006 0.6569 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR1608726 1 0.2006 0.6569 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR1608727 1 0.2006 0.6569 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR1608720 3 0.4769 0.6028 0.108 0.136 0.748 0.008 0.000
#> SRR1608721 3 0.4777 0.6010 0.116 0.128 0.748 0.008 0.000
#> SRR1608722 3 0.4769 0.6028 0.108 0.136 0.748 0.008 0.000
#> SRR1608723 3 0.4769 0.6028 0.108 0.136 0.748 0.008 0.000
#> SRR1608728 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608729 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608730 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608731 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608732 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608733 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608734 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608735 5 0.5081 0.7114 0.012 0.000 0.076 0.204 0.708
#> SRR1608736 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608737 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608738 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608739 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608740 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608741 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608742 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608743 3 0.4325 0.5691 0.004 0.300 0.684 0.012 0.000
#> SRR1608744 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608745 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608746 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608747 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608748 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608749 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608750 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608751 1 0.2505 0.6762 0.888 0.000 0.092 0.020 0.000
#> SRR1608752 5 0.1808 0.8554 0.004 0.000 0.020 0.040 0.936
#> SRR1608753 5 0.1808 0.8554 0.004 0.000 0.020 0.040 0.936
#> SRR1608754 5 0.1808 0.8554 0.004 0.000 0.020 0.040 0.936
#> SRR1608755 5 0.1808 0.8554 0.004 0.000 0.020 0.040 0.936
#> SRR1608764 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608765 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608766 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608767 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608768 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608769 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608770 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608771 5 0.3086 0.8415 0.004 0.000 0.040 0.092 0.864
#> SRR1608756 3 0.4356 0.4590 0.340 0.000 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608757 3 0.4371 0.4518 0.344 0.000 0.644 0.012 0.000
#> SRR1608758 3 0.4356 0.4590 0.340 0.000 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608759 3 0.4356 0.4590 0.340 0.000 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608760 3 0.4371 0.4518 0.344 0.000 0.644 0.012 0.000
#> SRR1608761 3 0.4371 0.4518 0.344 0.000 0.644 0.012 0.000
#> SRR1608762 3 0.4371 0.4518 0.344 0.000 0.644 0.012 0.000
#> SRR1608763 3 0.4371 0.4518 0.344 0.000 0.644 0.012 0.000
#> SRR1608772 5 0.1173 0.8583 0.004 0.000 0.012 0.020 0.964
#> SRR1608773 5 0.1173 0.8583 0.004 0.000 0.012 0.020 0.964
#> SRR1608774 5 0.1173 0.8583 0.004 0.000 0.012 0.020 0.964
#> SRR1608775 5 0.1173 0.8583 0.004 0.000 0.012 0.020 0.964
#> SRR1608776 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608777 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608778 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608779 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608780 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608782 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608783 3 0.4491 0.5189 0.004 0.336 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608784 1 0.6098 0.3453 0.568 0.000 0.236 0.196 0.000
#> SRR1608785 1 0.6098 0.3453 0.568 0.000 0.236 0.196 0.000
#> SRR1608786 1 0.6098 0.3453 0.568 0.000 0.236 0.196 0.000
#> SRR1608787 1 0.6098 0.3453 0.568 0.000 0.236 0.196 0.000
#> SRR1608788 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608789 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608790 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608791 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608792 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608793 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608794 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608795 1 0.1493 0.6927 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1608796 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608797 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608798 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608799 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608800 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608801 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608802 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608803 5 0.7382 0.1038 0.252 0.000 0.060 0.200 0.488
#> SRR1608812 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608814 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608815 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608816 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608817 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608818 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608819 1 0.0798 0.6966 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1608804 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608805 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608806 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608807 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608808 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608809 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608810 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608811 2 0.5074 0.6865 0.004 0.724 0.132 0.136 0.004
#> SRR1608822 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608823 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608824 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608825 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608826 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608827 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608828 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608829 1 0.0566 0.6969 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1608820 1 0.2325 0.6779 0.904 0.000 0.068 0.028 0.000
#> SRR1608821 1 0.2325 0.6779 0.904 0.000 0.068 0.028 0.000
#> SRR1608830 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608831 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608832 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608833 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608834 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608835 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608836 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608837 5 0.0324 0.8587 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1608838 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608839 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608840 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608841 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608842 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608843 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608844 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608845 1 0.0290 0.6957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608846 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608847 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608848 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608849 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608850 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608851 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608852 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608853 5 0.1377 0.8532 0.004 0.000 0.020 0.020 0.956
#> SRR1608854 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608855 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608856 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608857 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608858 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608859 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608860 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608861 3 0.6563 0.2126 0.408 0.028 0.472 0.088 0.004
#> SRR1608862 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608863 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608864 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608865 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608866 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608867 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608868 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608869 3 0.5940 0.3661 0.356 0.024 0.564 0.052 0.004
#> SRR1608870 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608871 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608872 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608873 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608874 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608875 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608876 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608877 1 0.0693 0.6949 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1608878 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608880 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608881 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608882 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608883 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608884 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608885 1 0.5923 0.3679 0.652 0.000 0.104 0.212 0.032
#> SRR1608886 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608887 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608888 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608889 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608890 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608891 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608892 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608893 1 0.5116 0.4953 0.692 0.000 0.188 0.120 0.000
#> SRR1608894 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608895 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608896 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608897 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608898 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608899 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608901 1 0.2124 0.6828 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR1608902 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608903 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608904 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608905 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608906 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608907 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608908 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608909 1 0.2761 0.6610 0.872 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR1608910 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608911 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608912 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608913 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608914 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608915 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608916 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608917 5 0.1179 0.8543 0.004 0.000 0.016 0.016 0.964
#> SRR1608918 5 0.0833 0.8566 0.004 0.000 0.016 0.004 0.976
#> SRR1608919 5 0.0833 0.8566 0.004 0.000 0.016 0.004 0.976
#> SRR1608920 5 0.4066 0.7575 0.004 0.000 0.032 0.196 0.768
#> SRR1608921 5 0.4066 0.7575 0.004 0.000 0.032 0.196 0.768
#> SRR1608922 5 0.2067 0.8558 0.004 0.000 0.028 0.044 0.924
#> SRR1608923 5 0.2067 0.8558 0.004 0.000 0.028 0.044 0.924
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.4348 0.68844 0.000 0.688 0.064 0.000 0.000 NA
#> SRR1608491 2 0.4348 0.68844 0.000 0.688 0.064 0.000 0.000 NA
#> SRR1608492 2 0.4348 0.68844 0.000 0.688 0.064 0.000 0.000 NA
#> SRR1608493 2 0.4348 0.68844 0.000 0.688 0.064 0.000 0.000 NA
#> SRR1608494 4 0.5035 0.11088 0.468 0.000 0.008 0.472 0.000 NA
#> SRR1608495 4 0.5035 0.11088 0.468 0.000 0.008 0.472 0.000 NA
#> SRR1608496 4 0.5035 0.11088 0.468 0.000 0.008 0.472 0.000 NA
#> SRR1608497 4 0.5035 0.11088 0.468 0.000 0.008 0.472 0.000 NA
#> SRR1608498 5 0.2490 0.82268 0.000 0.000 0.028 0.032 0.896 NA
#> SRR1608499 5 0.2490 0.82268 0.000 0.000 0.028 0.032 0.896 NA
#> SRR1608500 5 0.2490 0.82268 0.000 0.000 0.028 0.032 0.896 NA
#> SRR1608501 5 0.2490 0.82268 0.000 0.000 0.028 0.032 0.896 NA
#> SRR1608502 4 0.5111 0.17817 0.440 0.000 0.012 0.496 0.000 NA
#> SRR1608503 4 0.5111 0.17817 0.440 0.000 0.012 0.496 0.000 NA
#> SRR1608504 4 0.5111 0.17817 0.440 0.000 0.012 0.496 0.000 NA
#> SRR1608505 4 0.5111 0.17817 0.440 0.000 0.012 0.496 0.000 NA
#> SRR1608510 2 0.4201 0.72029 0.000 0.748 0.048 0.020 0.000 NA
#> SRR1608511 2 0.4201 0.72029 0.000 0.748 0.048 0.020 0.000 NA
#> SRR1608512 2 0.4201 0.72029 0.000 0.748 0.048 0.020 0.000 NA
#> SRR1608513 2 0.4201 0.72029 0.000 0.748 0.048 0.020 0.000 NA
#> SRR1608506 1 0.6117 0.07260 0.460 0.000 0.068 0.400 0.000 NA
#> SRR1608507 1 0.6117 0.07260 0.460 0.000 0.068 0.400 0.000 NA
#> SRR1608508 1 0.6117 0.07260 0.460 0.000 0.068 0.400 0.000 NA
#> SRR1608509 1 0.6117 0.07260 0.460 0.000 0.068 0.400 0.000 NA
#> SRR1608514 2 0.4011 0.70869 0.000 0.732 0.056 0.000 0.000 NA
#> SRR1608515 2 0.4011 0.70869 0.000 0.732 0.056 0.000 0.000 NA
#> SRR1608516 2 0.4011 0.70869 0.000 0.732 0.056 0.000 0.000 NA
#> SRR1608517 2 0.4011 0.70869 0.000 0.732 0.056 0.000 0.000 NA
#> SRR1608518 2 0.3516 0.72740 0.000 0.792 0.024 0.012 0.000 NA
#> SRR1608519 2 0.3516 0.72740 0.000 0.792 0.024 0.012 0.000 NA
#> SRR1608520 2 0.3516 0.72740 0.000 0.792 0.024 0.012 0.000 NA
#> SRR1608521 2 0.3516 0.72740 0.000 0.792 0.024 0.012 0.000 NA
#> SRR1608522 2 0.4749 0.66859 0.000 0.648 0.032 0.028 0.000 NA
#> SRR1608523 2 0.4749 0.66859 0.000 0.648 0.032 0.028 0.000 NA
#> SRR1608524 2 0.4749 0.66859 0.000 0.648 0.032 0.028 0.000 NA
#> SRR1608525 2 0.4749 0.66859 0.000 0.648 0.032 0.028 0.000 NA
#> SRR1608526 2 0.5672 0.34762 0.000 0.520 0.360 0.020 0.000 NA
#> SRR1608527 2 0.5672 0.34762 0.000 0.520 0.360 0.020 0.000 NA
#> SRR1608528 2 0.5672 0.34762 0.000 0.520 0.360 0.020 0.000 NA
#> SRR1608529 2 0.5672 0.34762 0.000 0.520 0.360 0.020 0.000 NA
#> SRR1608530 2 0.2536 0.73456 0.000 0.864 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1608531 2 0.2536 0.73456 0.000 0.864 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1608532 2 0.2536 0.73456 0.000 0.864 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1608533 2 0.2536 0.73456 0.000 0.864 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1608534 3 0.5668 0.61177 0.012 0.200 0.652 0.052 0.000 NA
#> SRR1608535 3 0.5668 0.61177 0.012 0.200 0.652 0.052 0.000 NA
#> SRR1608536 3 0.5668 0.61177 0.012 0.200 0.652 0.052 0.000 NA
#> SRR1608537 3 0.5668 0.61177 0.012 0.200 0.652 0.052 0.000 NA
#> SRR1608538 3 0.5977 0.47038 0.008 0.292 0.564 0.036 0.000 NA
#> SRR1608539 3 0.5977 0.47038 0.008 0.292 0.564 0.036 0.000 NA
#> SRR1608540 3 0.5977 0.47038 0.008 0.292 0.564 0.036 0.000 NA
#> SRR1608541 3 0.5977 0.47038 0.008 0.292 0.564 0.036 0.000 NA
#> SRR1608542 3 0.4344 0.65685 0.004 0.144 0.764 0.032 0.000 NA
#> SRR1608543 3 0.4344 0.65685 0.004 0.144 0.764 0.032 0.000 NA
#> SRR1608544 3 0.4344 0.65685 0.004 0.144 0.764 0.032 0.000 NA
#> SRR1608545 3 0.4344 0.65685 0.004 0.144 0.764 0.032 0.000 NA
#> SRR1608546 3 0.5782 0.24479 0.000 0.420 0.460 0.024 0.000 NA
#> SRR1608547 3 0.5782 0.24479 0.000 0.420 0.460 0.024 0.000 NA
#> SRR1608548 3 0.5782 0.24479 0.000 0.420 0.460 0.024 0.000 NA
#> SRR1608549 3 0.5782 0.24479 0.000 0.420 0.460 0.024 0.000 NA
#> SRR1608550 3 0.5339 0.56987 0.000 0.232 0.636 0.024 0.000 NA
#> SRR1608551 3 0.5339 0.56987 0.000 0.232 0.636 0.024 0.000 NA
#> SRR1608552 3 0.5339 0.56987 0.000 0.232 0.636 0.024 0.000 NA
#> SRR1608553 3 0.5316 0.57336 0.000 0.228 0.640 0.024 0.000 NA
#> SRR1608554 3 0.5339 0.56987 0.000 0.232 0.636 0.024 0.000 NA
#> SRR1608555 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608556 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608557 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608558 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608559 2 0.3612 0.71751 0.000 0.800 0.016 0.036 0.000 NA
#> SRR1608560 2 0.3612 0.71751 0.000 0.800 0.016 0.036 0.000 NA
#> SRR1608561 2 0.3612 0.71751 0.000 0.800 0.016 0.036 0.000 NA
#> SRR1608562 2 0.3612 0.71751 0.000 0.800 0.016 0.036 0.000 NA
#> SRR1608563 2 0.3612 0.71751 0.000 0.800 0.016 0.036 0.000 NA
#> SRR1608564 2 0.1155 0.74983 0.000 0.956 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1608565 2 0.1155 0.74983 0.000 0.956 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1608566 2 0.1155 0.74983 0.000 0.956 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1608567 2 0.1155 0.74983 0.000 0.956 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1608568 2 0.1155 0.74983 0.000 0.956 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1608574 2 0.3652 0.70897 0.000 0.820 0.072 0.028 0.000 NA
#> SRR1608575 2 0.3652 0.70897 0.000 0.820 0.072 0.028 0.000 NA
#> SRR1608576 2 0.3652 0.70897 0.000 0.820 0.072 0.028 0.000 NA
#> SRR1608577 2 0.3652 0.70897 0.000 0.820 0.072 0.028 0.000 NA
#> SRR1608578 2 0.3652 0.70897 0.000 0.820 0.072 0.028 0.000 NA
#> SRR1608569 2 0.0653 0.74807 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 NA
#> SRR1608570 2 0.0653 0.74807 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 NA
#> SRR1608571 2 0.0653 0.74807 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 NA
#> SRR1608572 2 0.0653 0.74807 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 NA
#> SRR1608573 2 0.0653 0.74807 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 NA
#> SRR1608584 2 0.2812 0.73144 0.000 0.872 0.040 0.016 0.000 NA
#> SRR1608585 2 0.2812 0.73144 0.000 0.872 0.040 0.016 0.000 NA
#> SRR1608586 2 0.2812 0.73144 0.000 0.872 0.040 0.016 0.000 NA
#> SRR1608587 2 0.2812 0.73144 0.000 0.872 0.040 0.016 0.000 NA
#> SRR1608588 2 0.2812 0.73144 0.000 0.872 0.040 0.016 0.000 NA
#> SRR1608579 2 0.3599 0.70602 0.000 0.820 0.084 0.020 0.000 NA
#> SRR1608580 2 0.3599 0.70602 0.000 0.820 0.084 0.020 0.000 NA
#> SRR1608581 2 0.3599 0.70602 0.000 0.820 0.084 0.020 0.000 NA
#> SRR1608582 2 0.3599 0.70602 0.000 0.820 0.084 0.020 0.000 NA
#> SRR1608583 2 0.3599 0.70602 0.000 0.820 0.084 0.020 0.000 NA
#> SRR1608589 5 0.4524 0.75913 0.000 0.004 0.000 0.092 0.704 NA
#> SRR1608590 2 0.4851 0.63412 0.000 0.708 0.168 0.028 0.000 NA
#> SRR1608591 2 0.4851 0.63412 0.000 0.708 0.168 0.028 0.000 NA
#> SRR1608592 2 0.4851 0.63412 0.000 0.708 0.168 0.028 0.000 NA
#> SRR1608593 2 0.4851 0.63412 0.000 0.708 0.168 0.028 0.000 NA
#> SRR1608594 2 0.4851 0.63412 0.000 0.708 0.168 0.028 0.000 NA
#> SRR1608595 2 0.2706 0.72983 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR1608596 2 0.2706 0.72983 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR1608597 2 0.2706 0.72983 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR1608598 2 0.2706 0.72983 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR1608599 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608600 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608601 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608602 2 0.3948 0.69940 0.000 0.792 0.096 0.020 0.000 NA
#> SRR1608603 2 0.5910 0.53195 0.000 0.568 0.028 0.108 0.008 NA
#> SRR1608604 2 0.5910 0.53195 0.000 0.568 0.028 0.108 0.008 NA
#> SRR1608605 2 0.5910 0.53195 0.000 0.568 0.028 0.108 0.008 NA
#> SRR1608606 2 0.5910 0.53195 0.000 0.568 0.028 0.108 0.008 NA
#> SRR1608607 3 0.3596 0.63976 0.000 0.172 0.784 0.004 0.000 NA
#> SRR1608608 3 0.3596 0.63976 0.000 0.172 0.784 0.004 0.000 NA
#> SRR1608609 3 0.3596 0.63976 0.000 0.172 0.784 0.004 0.000 NA
#> SRR1608610 3 0.3596 0.63976 0.000 0.172 0.784 0.004 0.000 NA
#> SRR1608611 3 0.3596 0.63976 0.000 0.172 0.784 0.004 0.000 NA
#> SRR1608612 3 0.3596 0.63976 0.000 0.172 0.784 0.004 0.000 NA
#> SRR1608613 2 0.6043 0.33182 0.000 0.412 0.320 0.000 0.000 NA
#> SRR1608614 2 0.6043 0.33182 0.000 0.412 0.320 0.000 0.000 NA
#> SRR1608615 2 0.6043 0.33182 0.000 0.412 0.320 0.000 0.000 NA
#> SRR1608616 2 0.6043 0.33182 0.000 0.412 0.320 0.000 0.000 NA
#> SRR1608617 2 0.6043 0.33182 0.000 0.412 0.320 0.000 0.000 NA
#> SRR1608618 2 0.6043 0.33182 0.000 0.412 0.320 0.000 0.000 NA
#> SRR1608619 5 0.5039 0.71239 0.000 0.004 0.000 0.120 0.640 NA
#> SRR1608620 5 0.5039 0.71239 0.000 0.004 0.000 0.120 0.640 NA
#> SRR1608621 3 0.5422 0.22352 0.000 0.340 0.540 0.004 0.000 NA
#> SRR1608622 3 0.5422 0.22352 0.000 0.340 0.540 0.004 0.000 NA
#> SRR1608623 1 0.6198 0.29085 0.540 0.000 0.144 0.268 0.000 NA
#> SRR1608624 3 0.4720 0.46787 0.000 0.284 0.644 0.004 0.000 NA
#> SRR1608625 3 0.4720 0.46787 0.000 0.284 0.644 0.004 0.000 NA
#> SRR1608626 3 0.4720 0.46787 0.000 0.284 0.644 0.004 0.000 NA
#> SRR1608627 3 0.4822 0.41142 0.000 0.308 0.620 0.004 0.000 NA
#> SRR1608628 3 0.6177 0.29936 0.000 0.352 0.480 0.036 0.000 NA
#> SRR1608629 3 0.6177 0.29936 0.000 0.352 0.480 0.036 0.000 NA
#> SRR1608630 3 0.6177 0.29936 0.000 0.352 0.480 0.036 0.000 NA
#> SRR1608634 5 0.1616 0.83260 0.000 0.000 0.012 0.020 0.940 NA
#> SRR1608635 5 0.1616 0.83260 0.000 0.000 0.012 0.020 0.940 NA
#> SRR1608636 5 0.1616 0.83260 0.000 0.000 0.012 0.020 0.940 NA
#> SRR1608637 5 0.1616 0.83260 0.000 0.000 0.012 0.020 0.940 NA
#> SRR1608631 3 0.4303 0.54804 0.236 0.000 0.712 0.032 0.000 NA
#> SRR1608632 3 0.4303 0.54804 0.236 0.000 0.712 0.032 0.000 NA
#> SRR1608633 3 0.4303 0.54804 0.236 0.000 0.712 0.032 0.000 NA
#> SRR1608642 5 0.6122 0.47517 0.008 0.000 0.012 0.312 0.504 NA
#> SRR1608638 5 0.4994 0.71942 0.000 0.004 0.000 0.120 0.648 NA
#> SRR1608639 5 0.4994 0.71942 0.000 0.004 0.000 0.120 0.648 NA
#> SRR1608640 5 0.4994 0.71942 0.000 0.004 0.000 0.120 0.648 NA
#> SRR1608641 5 0.4994 0.71942 0.000 0.004 0.000 0.120 0.648 NA
#> SRR1608643 3 0.4367 0.55133 0.228 0.000 0.712 0.044 0.000 NA
#> SRR1608644 3 0.4367 0.55133 0.228 0.000 0.712 0.044 0.000 NA
#> SRR1608645 3 0.4367 0.55133 0.228 0.000 0.712 0.044 0.000 NA
#> SRR1608646 1 0.6641 0.00686 0.420 0.000 0.116 0.380 0.000 NA
#> SRR1608647 1 0.6641 0.00686 0.420 0.000 0.116 0.380 0.000 NA
#> SRR1608648 1 0.6641 0.00686 0.420 0.000 0.116 0.380 0.000 NA
#> SRR1608657 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608658 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608659 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608660 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608661 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608662 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608663 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608664 5 0.2888 0.82619 0.000 0.000 0.004 0.068 0.860 NA
#> SRR1608649 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608650 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608651 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608652 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608653 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608654 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608655 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608656 3 0.3869 0.63615 0.000 0.180 0.768 0.012 0.000 NA
#> SRR1608665 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608666 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608667 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608668 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608669 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608670 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608671 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608672 1 0.5035 -0.13890 0.472 0.000 0.008 0.468 0.000 NA
#> SRR1608681 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608682 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608683 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608684 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608685 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608686 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608687 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608688 4 0.4519 0.52431 0.248 0.000 0.004 0.696 0.024 NA
#> SRR1608673 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608674 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608675 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608676 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608677 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608678 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608679 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608680 1 0.5918 0.25281 0.560 0.000 0.056 0.296 0.000 NA
#> SRR1608689 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608690 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608691 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608692 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608693 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608694 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608695 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608696 4 0.4993 0.55906 0.104 0.000 0.004 0.720 0.128 NA
#> SRR1608697 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608698 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608699 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608700 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608701 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608702 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608703 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608704 1 0.5128 0.23388 0.608 0.000 0.012 0.300 0.000 NA
#> SRR1608705 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608706 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608707 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608708 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608709 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608710 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608711 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608712 3 0.4418 0.65393 0.004 0.136 0.760 0.028 0.000 NA
#> SRR1608713 4 0.4377 0.42554 0.300 0.000 0.008 0.660 0.000 NA
#> SRR1608714 4 0.4377 0.42554 0.300 0.000 0.008 0.660 0.000 NA
#> SRR1608715 4 0.4377 0.42554 0.300 0.000 0.008 0.660 0.000 NA
#> SRR1608716 2 0.4902 0.67660 0.000 0.672 0.152 0.004 0.000 NA
#> SRR1608717 2 0.4902 0.67660 0.000 0.672 0.152 0.004 0.000 NA
#> SRR1608718 2 0.4902 0.67660 0.000 0.672 0.152 0.004 0.000 NA
#> SRR1608719 2 0.4902 0.67660 0.000 0.672 0.152 0.004 0.000 NA
#> SRR1608724 1 0.3563 0.56378 0.820 0.000 0.024 0.108 0.000 NA
#> SRR1608725 1 0.3563 0.56378 0.820 0.000 0.024 0.108 0.000 NA
#> SRR1608726 1 0.3563 0.56378 0.820 0.000 0.024 0.108 0.000 NA
#> SRR1608727 1 0.3563 0.56378 0.820 0.000 0.024 0.108 0.000 NA
#> SRR1608720 3 0.3656 0.65904 0.044 0.084 0.832 0.020 0.000 NA
#> SRR1608721 3 0.3669 0.65826 0.048 0.080 0.832 0.020 0.000 NA
#> SRR1608722 3 0.3669 0.65826 0.048 0.080 0.832 0.020 0.000 NA
#> SRR1608723 3 0.3669 0.65826 0.048 0.080 0.832 0.020 0.000 NA
#> SRR1608728 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608729 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608730 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608731 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608732 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608733 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608734 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608735 5 0.6113 0.49411 0.008 0.000 0.012 0.300 0.512 NA
#> SRR1608736 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608737 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608738 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608739 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608740 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608741 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608742 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608743 3 0.3492 0.64097 0.000 0.176 0.788 0.004 0.000 NA
#> SRR1608744 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608745 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608746 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608747 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608748 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608749 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608750 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608751 1 0.3544 0.61177 0.816 0.000 0.124 0.032 0.000 NA
#> SRR1608752 5 0.2290 0.83104 0.000 0.000 0.004 0.020 0.892 NA
#> SRR1608753 5 0.2290 0.83104 0.000 0.000 0.004 0.020 0.892 NA
#> SRR1608754 5 0.2290 0.83104 0.000 0.000 0.004 0.020 0.892 NA
#> SRR1608755 5 0.2290 0.83104 0.000 0.000 0.004 0.020 0.892 NA
#> SRR1608764 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608765 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608766 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608767 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608768 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608769 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608770 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608771 5 0.4111 0.77879 0.000 0.000 0.000 0.108 0.748 NA
#> SRR1608756 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608757 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608758 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608759 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608760 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608761 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608762 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608763 3 0.4291 0.54332 0.240 0.000 0.708 0.040 0.000 NA
#> SRR1608772 5 0.1785 0.83876 0.000 0.000 0.008 0.016 0.928 NA
#> SRR1608773 5 0.1785 0.83876 0.000 0.000 0.008 0.016 0.928 NA
#> SRR1608774 5 0.1785 0.83876 0.000 0.000 0.008 0.016 0.928 NA
#> SRR1608775 5 0.1785 0.83876 0.000 0.000 0.008 0.016 0.928 NA
#> SRR1608776 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608777 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608778 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608779 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608780 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608782 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608783 3 0.3941 0.60773 0.000 0.208 0.744 0.004 0.000 NA
#> SRR1608784 4 0.6990 0.03364 0.368 0.000 0.172 0.372 0.000 NA
#> SRR1608785 4 0.6990 0.03364 0.368 0.000 0.172 0.372 0.000 NA
#> SRR1608786 4 0.6990 0.03364 0.368 0.000 0.172 0.372 0.000 NA
#> SRR1608787 4 0.6990 0.03364 0.368 0.000 0.172 0.372 0.000 NA
#> SRR1608788 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608789 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608790 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608791 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608792 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608793 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608794 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608795 1 0.2849 0.63300 0.876 0.000 0.044 0.036 0.000 NA
#> SRR1608796 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608797 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608798 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608799 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608800 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608801 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608802 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608803 4 0.7864 0.24283 0.224 0.000 0.028 0.324 0.312 NA
#> SRR1608812 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608814 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608815 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608816 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608817 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608818 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608819 1 0.1053 0.65265 0.964 0.000 0.020 0.004 0.000 NA
#> SRR1608804 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608805 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608806 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608807 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608808 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608809 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608810 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608811 2 0.5454 0.57780 0.000 0.548 0.152 0.000 0.000 NA
#> SRR1608822 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608823 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608824 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608825 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608826 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608827 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608828 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608829 1 0.0767 0.65272 0.976 0.000 0.012 0.008 0.000 NA
#> SRR1608820 1 0.2380 0.62782 0.900 0.000 0.036 0.048 0.000 NA
#> SRR1608821 1 0.2380 0.62782 0.900 0.000 0.036 0.048 0.000 NA
#> SRR1608830 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608831 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608832 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608833 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608834 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608835 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608836 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608837 5 0.0551 0.83987 0.000 0.000 0.008 0.004 0.984 NA
#> SRR1608838 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608839 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608840 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608841 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608842 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608843 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608844 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608845 1 0.0363 0.65194 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1608846 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608847 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608848 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608849 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608850 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608851 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608852 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608853 5 0.1773 0.83129 0.000 0.000 0.016 0.016 0.932 NA
#> SRR1608854 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608855 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608856 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608857 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608858 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608859 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608860 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608861 3 0.7201 0.15921 0.372 0.024 0.388 0.068 0.000 NA
#> SRR1608862 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608863 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608864 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608865 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608866 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608867 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608868 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608869 3 0.6954 0.31406 0.320 0.024 0.472 0.080 0.000 NA
#> SRR1608870 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608871 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608872 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608873 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608874 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608875 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608876 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608877 1 0.1275 0.64803 0.956 0.000 0.012 0.016 0.000 NA
#> SRR1608878 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608880 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608881 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608882 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608883 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608884 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608885 1 0.6423 0.01544 0.464 0.000 0.048 0.360 0.004 NA
#> SRR1608886 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608887 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608888 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608889 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608890 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608891 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608892 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608893 1 0.6419 0.23016 0.536 0.000 0.104 0.260 0.000 NA
#> SRR1608894 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608895 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608896 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608897 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608898 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608899 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608901 1 0.2164 0.63474 0.912 0.000 0.028 0.044 0.000 NA
#> SRR1608902 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608903 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608904 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608905 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608906 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608907 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608908 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608909 1 0.3338 0.59626 0.844 0.000 0.064 0.060 0.000 NA
#> SRR1608910 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608911 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608912 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608913 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608914 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608915 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608916 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608917 5 0.1585 0.83197 0.000 0.000 0.012 0.012 0.940 NA
#> SRR1608918 5 0.1679 0.83259 0.000 0.000 0.016 0.012 0.936 NA
#> SRR1608919 5 0.1679 0.83259 0.000 0.000 0.016 0.012 0.936 NA
#> SRR1608920 5 0.5067 0.58522 0.004 0.000 0.004 0.300 0.612 NA
#> SRR1608921 5 0.5067 0.58522 0.004 0.000 0.004 0.300 0.612 NA
#> SRR1608922 5 0.2526 0.82989 0.000 0.000 0.004 0.024 0.876 NA
#> SRR1608923 5 0.2526 0.82989 0.000 0.000 0.004 0.024 0.876 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.987 0.995 0.4999 0.500 0.500
#> 3 3 0.987 0.961 0.984 0.3186 0.760 0.555
#> 4 4 0.815 0.731 0.744 0.1197 0.861 0.619
#> 5 5 0.792 0.830 0.889 0.0662 0.895 0.624
#> 6 6 0.812 0.746 0.858 0.0345 0.987 0.936
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608507 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608508 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608509 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608589 1 0.963 0.352 0.612 0.388
#> SRR1608590 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.921 0.505 0.336 0.664
#> SRR1608620 2 0.921 0.505 0.336 0.664
#> SRR1608621 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608623 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608631 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608642 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608638 2 0.913 0.522 0.328 0.672
#> SRR1608639 2 0.913 0.522 0.328 0.672
#> SRR1608640 2 0.886 0.571 0.304 0.696
#> SRR1608641 2 0.886 0.571 0.304 0.696
#> SRR1608643 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608646 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608657 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608658 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608659 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608660 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608661 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608662 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608663 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608664 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608682 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608683 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608684 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608685 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608686 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608687 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608688 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608673 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608674 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608675 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608676 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608677 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608678 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608679 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608680 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608689 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608690 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608691 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608692 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608693 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608694 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608695 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608696 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608697 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608714 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608715 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608716 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608728 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608729 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608730 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608731 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608732 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608733 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608734 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608735 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608736 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608744 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608752 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608756 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608772 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608784 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608785 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608786 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608787 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608805 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608806 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608807 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608808 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608809 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608810 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608811 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608822 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608830 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608854 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608855 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608856 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608857 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608858 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608859 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608860 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608861 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608862 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608863 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608864 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608865 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608866 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608867 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608868 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608869 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1608870 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608910 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608507 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608508 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608509 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 3 0.3941 0.815 0.000 0.156 0.844
#> SRR1608604 3 0.3941 0.815 0.000 0.156 0.844
#> SRR1608605 3 0.3941 0.815 0.000 0.156 0.844
#> SRR1608606 3 0.3941 0.815 0.000 0.156 0.844
#> SRR1608607 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 1 0.5178 0.660 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608647 1 0.5178 0.660 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608648 1 0.5178 0.660 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608657 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608682 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608683 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608684 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608685 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608686 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608687 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608688 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608673 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608674 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608675 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608676 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608677 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608678 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608679 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608680 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608689 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608690 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608691 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608692 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608693 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608694 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608695 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608696 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608697 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608713 1 0.4002 0.801 0.840 0.000 0.160
#> SRR1608714 1 0.4002 0.801 0.840 0.000 0.160
#> SRR1608715 1 0.4002 0.801 0.840 0.000 0.160
#> SRR1608716 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.1031 0.972 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608785 3 0.1031 0.972 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608786 3 0.1031 0.972 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608787 3 0.1031 0.972 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608788 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608797 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608798 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608799 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608800 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608801 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608802 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608803 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608855 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608856 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608857 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608858 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608859 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608860 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608861 1 0.6111 0.367 0.604 0.396 0.000
#> SRR1608862 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608863 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608864 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608865 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608866 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608867 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608868 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608869 2 0.4654 0.735 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608880 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608881 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608882 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608883 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608884 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608885 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608886 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608887 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608888 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608889 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608890 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608891 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608892 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608893 1 0.0892 0.949 0.980 0.000 0.020
#> SRR1608894 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608921 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608922 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608495 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608496 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608497 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608498 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608503 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608504 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608505 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608507 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608508 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608509 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.4454 0.311 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1608527 2 0.4454 0.311 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1608528 2 0.4454 0.311 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1608529 2 0.4454 0.311 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0336 0.917 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608539 2 0.0336 0.917 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608540 2 0.0336 0.917 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608541 2 0.0336 0.917 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608542 3 0.4992 0.499 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608543 3 0.4992 0.499 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608544 3 0.4992 0.499 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608545 3 0.4992 0.499 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608551 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608552 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608553 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608554 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.4406 0.329 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1608591 2 0.4406 0.329 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1608592 2 0.4406 0.329 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1608593 2 0.4406 0.329 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1608594 2 0.4406 0.329 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.4955 0.133 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1608604 2 0.4955 0.133 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1608605 2 0.4955 0.133 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1608606 2 0.4955 0.133 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1608607 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608608 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608609 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608610 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608611 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608612 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608613 3 0.4967 0.543 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608614 3 0.4967 0.543 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608615 3 0.4967 0.543 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608616 3 0.4967 0.543 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608617 3 0.4967 0.543 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608618 3 0.4967 0.543 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608619 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.4382 0.352 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1608622 2 0.4382 0.352 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1608623 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608624 3 0.4992 0.498 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608625 3 0.4992 0.498 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608626 3 0.4992 0.498 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608627 3 0.4992 0.498 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.4888 0.405 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608632 3 0.4888 0.405 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608633 3 0.4888 0.405 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608642 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.4888 0.405 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608644 3 0.4888 0.405 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608645 3 0.4888 0.405 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1608646 3 0.7748 -0.389 0.280 0.000 0.440 0.280
#> SRR1608647 3 0.7746 -0.399 0.288 0.000 0.440 0.272
#> SRR1608648 3 0.7748 -0.389 0.280 0.000 0.440 0.280
#> SRR1608657 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608650 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608651 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608652 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608653 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608654 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608655 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608656 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608665 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608666 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608667 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608668 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608669 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608670 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608671 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608672 1 0.4948 0.693 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1608681 4 0.7047 0.269 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608682 4 0.7047 0.269 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608683 4 0.7047 0.269 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608684 4 0.7047 0.269 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608685 3 0.7047 -0.430 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608686 3 0.7047 -0.430 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608687 3 0.7047 -0.430 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608688 4 0.7047 0.269 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR1608673 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608674 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608675 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608676 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608677 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608678 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608679 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608680 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608689 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608690 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608691 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608692 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608693 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608694 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608695 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608696 4 0.4888 0.538 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1608697 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608698 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608699 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608700 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608701 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608702 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608703 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608704 1 0.4941 0.694 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1608705 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608706 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608707 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608708 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608709 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608710 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608711 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608712 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608713 1 0.5570 0.676 0.540 0.000 0.440 0.020
#> SRR1608714 1 0.5570 0.676 0.540 0.000 0.440 0.020
#> SRR1608715 1 0.5570 0.676 0.540 0.000 0.440 0.020
#> SRR1608716 2 0.0592 0.909 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608717 2 0.0592 0.909 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608718 2 0.0592 0.909 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608719 2 0.0592 0.909 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608724 1 0.4898 0.699 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1608725 1 0.4898 0.699 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1608726 1 0.4898 0.699 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1608727 1 0.4898 0.699 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1608720 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608721 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608722 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608723 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608728 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608737 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608738 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608739 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608740 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608741 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608742 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608743 3 0.4948 0.554 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1608744 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608745 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608746 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608747 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608748 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608749 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608750 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608751 1 0.0921 0.796 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608752 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608757 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608758 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608759 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608760 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608761 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608762 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608763 3 0.4916 0.407 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1608772 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608777 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608778 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608779 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608780 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608782 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608783 3 0.4961 0.548 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1608784 4 0.6843 0.315 0.100 0.000 0.440 0.460
#> SRR1608785 4 0.6843 0.315 0.100 0.000 0.440 0.460
#> SRR1608786 4 0.6843 0.315 0.100 0.000 0.440 0.460
#> SRR1608787 4 0.6843 0.315 0.100 0.000 0.440 0.460
#> SRR1608788 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608789 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608790 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608791 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608792 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608793 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608794 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608795 1 0.0817 0.797 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608796 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608797 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608798 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608799 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608800 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608801 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608802 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608803 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608812 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608805 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608806 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608807 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608808 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608809 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608810 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608811 2 0.0707 0.906 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608855 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608856 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608857 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608858 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608859 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608860 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608861 3 0.5126 0.401 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1608862 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608863 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608864 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608865 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608866 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608867 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608868 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608869 3 0.5800 0.435 0.420 0.032 0.548 0.000
#> SRR1608870 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608871 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608872 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608873 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608874 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608875 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608876 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608877 1 0.0336 0.797 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608878 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608880 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608881 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608882 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608883 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608884 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608885 4 0.0336 0.920 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1608886 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608887 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608888 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608889 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608890 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608891 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608892 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608893 1 0.1824 0.751 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1608894 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.797 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608921 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608922 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 4 0.0000 0.925 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0290 0.936 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608491 2 0.0290 0.936 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608492 2 0.0290 0.936 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608493 2 0.0290 0.936 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608494 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608495 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608496 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608497 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608498 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608503 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608504 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608505 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608510 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608511 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608512 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608513 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608506 4 0.3039 0.792 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1608507 4 0.3039 0.792 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1608508 4 0.3039 0.792 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1608509 4 0.3039 0.792 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608523 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608524 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608525 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608526 3 0.4392 0.533 0.000 0.380 0.612 0.008 0.000
#> SRR1608527 3 0.4392 0.533 0.000 0.380 0.612 0.008 0.000
#> SRR1608528 3 0.4392 0.533 0.000 0.380 0.612 0.008 0.000
#> SRR1608529 3 0.4392 0.533 0.000 0.380 0.612 0.008 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0912 0.929 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608535 2 0.0912 0.929 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608536 2 0.0912 0.929 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608537 2 0.0912 0.929 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608538 2 0.3318 0.776 0.000 0.808 0.180 0.012 0.000
#> SRR1608539 2 0.3318 0.776 0.000 0.808 0.180 0.012 0.000
#> SRR1608540 2 0.3318 0.776 0.000 0.808 0.180 0.012 0.000
#> SRR1608541 2 0.3318 0.776 0.000 0.808 0.180 0.012 0.000
#> SRR1608542 3 0.3454 0.851 0.000 0.156 0.816 0.028 0.000
#> SRR1608543 3 0.3454 0.851 0.000 0.156 0.816 0.028 0.000
#> SRR1608544 3 0.3454 0.851 0.000 0.156 0.816 0.028 0.000
#> SRR1608545 3 0.3454 0.851 0.000 0.156 0.816 0.028 0.000
#> SRR1608546 2 0.0912 0.930 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608547 2 0.0912 0.930 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608548 2 0.0912 0.930 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608549 2 0.0912 0.930 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1608550 2 0.3163 0.784 0.000 0.824 0.164 0.012 0.000
#> SRR1608551 2 0.3163 0.784 0.000 0.824 0.164 0.012 0.000
#> SRR1608552 2 0.3163 0.784 0.000 0.824 0.164 0.012 0.000
#> SRR1608553 2 0.3163 0.784 0.000 0.824 0.164 0.012 0.000
#> SRR1608554 2 0.3163 0.784 0.000 0.824 0.164 0.012 0.000
#> SRR1608555 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608556 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608557 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608558 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608575 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608576 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608577 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608578 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608580 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608581 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608582 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608583 2 0.0162 0.938 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608589 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.4182 0.367 0.000 0.644 0.352 0.004 0.000
#> SRR1608591 2 0.4182 0.367 0.000 0.644 0.352 0.004 0.000
#> SRR1608592 2 0.4182 0.367 0.000 0.644 0.352 0.004 0.000
#> SRR1608593 2 0.4182 0.367 0.000 0.644 0.352 0.004 0.000
#> SRR1608594 2 0.4182 0.367 0.000 0.644 0.352 0.004 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608600 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608601 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608602 2 0.0324 0.937 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608603 2 0.2497 0.821 0.000 0.880 0.004 0.004 0.112
#> SRR1608604 2 0.2497 0.821 0.000 0.880 0.004 0.004 0.112
#> SRR1608605 2 0.2497 0.821 0.000 0.880 0.004 0.004 0.112
#> SRR1608606 2 0.2497 0.821 0.000 0.880 0.004 0.004 0.112
#> SRR1608607 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.4850 0.750 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000
#> SRR1608614 3 0.4850 0.750 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000
#> SRR1608615 3 0.4850 0.750 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000
#> SRR1608616 3 0.4850 0.750 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000
#> SRR1608617 3 0.4850 0.750 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000
#> SRR1608618 3 0.4850 0.750 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000
#> SRR1608619 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 3 0.4238 0.554 0.000 0.368 0.628 0.004 0.000
#> SRR1608622 3 0.4238 0.554 0.000 0.368 0.628 0.004 0.000
#> SRR1608623 4 0.2966 0.790 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1608624 3 0.3838 0.731 0.000 0.280 0.716 0.004 0.000
#> SRR1608625 3 0.3838 0.731 0.000 0.280 0.716 0.004 0.000
#> SRR1608626 3 0.3838 0.731 0.000 0.280 0.716 0.004 0.000
#> SRR1608627 3 0.3838 0.731 0.000 0.280 0.716 0.004 0.000
#> SRR1608628 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608629 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608630 2 0.0324 0.936 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608634 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.2074 0.799 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.2074 0.799 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.2074 0.799 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608642 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 3 0.2074 0.799 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.2074 0.799 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.2074 0.799 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1608646 4 0.3555 0.777 0.124 0.000 0.000 0.824 0.052
#> SRR1608647 4 0.3555 0.777 0.124 0.000 0.000 0.824 0.052
#> SRR1608648 4 0.3555 0.777 0.124 0.000 0.000 0.824 0.052
#> SRR1608657 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608650 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608651 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608652 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608653 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608654 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608655 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608656 3 0.2653 0.883 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608665 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608666 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608667 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608668 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608669 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608670 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608671 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608672 4 0.3074 0.792 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1608681 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608682 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608683 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608684 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608685 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608686 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608687 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608688 4 0.3595 0.739 0.044 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1608673 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608674 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608675 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608676 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608677 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608678 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608679 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608680 4 0.4151 0.689 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000
#> SRR1608689 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608690 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608691 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608692 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608693 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608694 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608695 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608696 4 0.4015 0.481 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1608697 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608698 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608699 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608700 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608701 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608702 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608703 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608704 4 0.4299 0.630 0.388 0.000 0.004 0.608 0.000
#> SRR1608705 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608706 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608707 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608708 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608709 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608710 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608711 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608712 3 0.2653 0.882 0.000 0.096 0.880 0.024 0.000
#> SRR1608713 4 0.3132 0.789 0.172 0.000 0.000 0.820 0.008
#> SRR1608714 4 0.3132 0.789 0.172 0.000 0.000 0.820 0.008
#> SRR1608715 4 0.3132 0.789 0.172 0.000 0.000 0.820 0.008
#> SRR1608716 2 0.0880 0.920 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0880 0.920 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0880 0.920 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0880 0.920 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608724 4 0.4552 0.459 0.468 0.000 0.008 0.524 0.000
#> SRR1608725 4 0.4552 0.459 0.468 0.000 0.008 0.524 0.000
#> SRR1608726 4 0.4552 0.459 0.468 0.000 0.008 0.524 0.000
#> SRR1608727 4 0.4552 0.459 0.468 0.000 0.008 0.524 0.000
#> SRR1608720 3 0.1121 0.874 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.1121 0.874 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.1121 0.874 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.1121 0.874 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608728 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.1197 0.876 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608744 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608745 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608746 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608747 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608748 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608749 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608750 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608751 1 0.3531 0.696 0.816 0.000 0.036 0.148 0.000
#> SRR1608752 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.2127 0.796 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608777 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608778 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608779 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608780 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608782 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608783 3 0.2233 0.882 0.000 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1608784 4 0.3531 0.730 0.036 0.000 0.000 0.816 0.148
#> SRR1608785 4 0.3531 0.730 0.036 0.000 0.000 0.816 0.148
#> SRR1608786 4 0.3531 0.730 0.036 0.000 0.000 0.816 0.148
#> SRR1608787 4 0.3531 0.730 0.036 0.000 0.000 0.816 0.148
#> SRR1608788 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608789 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608790 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608791 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608792 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608793 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608794 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608795 1 0.2929 0.710 0.840 0.000 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608796 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608797 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608798 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608799 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608800 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608801 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608802 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608803 5 0.1018 0.972 0.016 0.000 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608812 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608814 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608815 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608816 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608817 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608818 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608819 1 0.1282 0.814 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608804 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608805 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608806 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608807 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608808 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608809 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608810 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608811 2 0.3506 0.813 0.000 0.832 0.064 0.104 0.000
#> SRR1608822 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608823 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608824 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608825 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608826 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608827 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608828 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608829 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608839 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608840 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608841 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608842 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608843 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608844 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608845 1 0.1197 0.813 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608855 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608856 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608857 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608858 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608859 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608860 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608861 1 0.5656 0.549 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000
#> SRR1608862 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608863 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608864 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608865 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608866 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608867 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608868 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608869 1 0.6724 0.311 0.488 0.024 0.348 0.140 0.000
#> SRR1608870 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608871 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608872 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608873 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608874 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608875 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608876 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608877 1 0.1357 0.812 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1608878 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608880 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608881 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608882 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608883 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608884 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608885 5 0.1710 0.946 0.040 0.000 0.004 0.016 0.940
#> SRR1608886 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608887 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608888 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608889 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608890 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608891 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608892 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608893 1 0.3694 0.714 0.824 0.000 0.024 0.132 0.020
#> SRR1608894 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.810 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 5 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608921 5 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1608922 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 5 0.0000 0.993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.2051 0.851 0.000 0.896 0.004 0.004 0.000 0.096
#> SRR1608491 2 0.2051 0.851 0.000 0.896 0.004 0.004 0.000 0.096
#> SRR1608492 2 0.2051 0.851 0.000 0.896 0.004 0.004 0.000 0.096
#> SRR1608493 2 0.2051 0.851 0.000 0.896 0.004 0.004 0.000 0.096
#> SRR1608494 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608495 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608496 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608497 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608498 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608499 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608500 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608501 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608502 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608503 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608504 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608505 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608510 2 0.1806 0.858 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1608511 2 0.1806 0.858 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1608512 2 0.1806 0.858 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1608513 2 0.1806 0.858 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1608506 4 0.2685 0.819 0.060 0.000 0.000 0.868 0.000 0.072
#> SRR1608507 4 0.2685 0.819 0.060 0.000 0.000 0.868 0.000 0.072
#> SRR1608508 4 0.2685 0.819 0.060 0.000 0.000 0.868 0.000 0.072
#> SRR1608509 4 0.2685 0.819 0.060 0.000 0.000 0.868 0.000 0.072
#> SRR1608514 2 0.1897 0.854 0.000 0.908 0.004 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608515 2 0.1897 0.854 0.000 0.908 0.004 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608516 2 0.1897 0.854 0.000 0.908 0.004 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608517 2 0.1897 0.854 0.000 0.908 0.004 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608518 2 0.1644 0.857 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1608519 2 0.1644 0.857 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1608520 2 0.1644 0.857 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1608521 2 0.1644 0.857 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1608522 2 0.1753 0.857 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608523 2 0.1753 0.857 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608524 2 0.1753 0.857 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608525 2 0.1753 0.857 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1608526 3 0.5306 0.437 0.000 0.316 0.576 0.008 0.000 0.100
#> SRR1608527 3 0.5306 0.437 0.000 0.316 0.576 0.008 0.000 0.100
#> SRR1608528 3 0.5306 0.437 0.000 0.316 0.576 0.008 0.000 0.100
#> SRR1608529 3 0.5306 0.437 0.000 0.316 0.576 0.008 0.000 0.100
#> SRR1608530 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608531 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608532 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608533 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608534 2 0.3031 0.834 0.000 0.852 0.032 0.016 0.000 0.100
#> SRR1608535 2 0.3031 0.834 0.000 0.852 0.032 0.016 0.000 0.100
#> SRR1608536 2 0.3031 0.834 0.000 0.852 0.032 0.016 0.000 0.100
#> SRR1608537 2 0.3031 0.834 0.000 0.852 0.032 0.016 0.000 0.100
#> SRR1608538 2 0.4673 0.702 0.000 0.716 0.164 0.016 0.000 0.104
#> SRR1608539 2 0.4673 0.702 0.000 0.716 0.164 0.016 0.000 0.104
#> SRR1608540 2 0.4673 0.702 0.000 0.716 0.164 0.016 0.000 0.104
#> SRR1608541 2 0.4673 0.702 0.000 0.716 0.164 0.016 0.000 0.104
#> SRR1608542 3 0.4669 0.664 0.000 0.092 0.704 0.012 0.000 0.192
#> SRR1608543 3 0.4669 0.664 0.000 0.092 0.704 0.012 0.000 0.192
#> SRR1608544 3 0.4669 0.664 0.000 0.092 0.704 0.012 0.000 0.192
#> SRR1608545 3 0.4669 0.664 0.000 0.092 0.704 0.012 0.000 0.192
#> SRR1608546 2 0.2478 0.850 0.000 0.888 0.024 0.012 0.000 0.076
#> SRR1608547 2 0.2478 0.850 0.000 0.888 0.024 0.012 0.000 0.076
#> SRR1608548 2 0.2478 0.850 0.000 0.888 0.024 0.012 0.000 0.076
#> SRR1608549 2 0.2478 0.850 0.000 0.888 0.024 0.012 0.000 0.076
#> SRR1608550 2 0.4874 0.648 0.000 0.680 0.216 0.016 0.000 0.088
#> SRR1608551 2 0.4874 0.648 0.000 0.680 0.216 0.016 0.000 0.088
#> SRR1608552 2 0.4874 0.648 0.000 0.680 0.216 0.016 0.000 0.088
#> SRR1608553 2 0.4874 0.648 0.000 0.680 0.216 0.016 0.000 0.088
#> SRR1608554 2 0.4874 0.648 0.000 0.680 0.216 0.016 0.000 0.088
#> SRR1608555 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608556 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608557 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608558 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608559 2 0.0622 0.868 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608560 2 0.0622 0.868 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608561 2 0.0622 0.868 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608562 2 0.0622 0.868 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608563 2 0.0622 0.868 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1608564 2 0.0146 0.868 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608565 2 0.0146 0.868 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608566 2 0.0146 0.868 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608567 2 0.0146 0.868 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608568 2 0.0146 0.868 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608574 2 0.1750 0.862 0.000 0.932 0.012 0.016 0.000 0.040
#> SRR1608575 2 0.1750 0.862 0.000 0.932 0.012 0.016 0.000 0.040
#> SRR1608576 2 0.1750 0.862 0.000 0.932 0.012 0.016 0.000 0.040
#> SRR1608577 2 0.1820 0.862 0.000 0.928 0.012 0.016 0.000 0.044
#> SRR1608578 2 0.1750 0.862 0.000 0.932 0.012 0.016 0.000 0.040
#> SRR1608569 2 0.0405 0.868 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608570 2 0.0405 0.868 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608571 2 0.0405 0.868 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608572 2 0.0405 0.868 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608573 2 0.0405 0.868 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608584 2 0.1080 0.867 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608585 2 0.1080 0.867 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608586 2 0.1080 0.867 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608587 2 0.1080 0.867 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608588 2 0.1080 0.867 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR1608579 2 0.2001 0.860 0.000 0.920 0.020 0.016 0.000 0.044
#> SRR1608580 2 0.2001 0.860 0.000 0.920 0.020 0.016 0.000 0.044
#> SRR1608581 2 0.2001 0.860 0.000 0.920 0.020 0.016 0.000 0.044
#> SRR1608582 2 0.2001 0.860 0.000 0.920 0.020 0.016 0.000 0.044
#> SRR1608583 2 0.2001 0.860 0.000 0.920 0.020 0.016 0.000 0.044
#> SRR1608589 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608590 2 0.4722 0.512 0.000 0.640 0.296 0.008 0.000 0.056
#> SRR1608591 2 0.4722 0.512 0.000 0.640 0.296 0.008 0.000 0.056
#> SRR1608592 2 0.4722 0.512 0.000 0.640 0.296 0.008 0.000 0.056
#> SRR1608593 2 0.4722 0.512 0.000 0.640 0.296 0.008 0.000 0.056
#> SRR1608594 2 0.4722 0.512 0.000 0.640 0.296 0.008 0.000 0.056
#> SRR1608595 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608596 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608597 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608598 2 0.0692 0.867 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608599 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608600 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608601 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608602 2 0.2113 0.857 0.000 0.912 0.032 0.008 0.000 0.048
#> SRR1608603 2 0.2604 0.805 0.000 0.880 0.000 0.008 0.076 0.036
#> SRR1608604 2 0.2604 0.805 0.000 0.880 0.000 0.008 0.076 0.036
#> SRR1608605 2 0.2604 0.805 0.000 0.880 0.000 0.008 0.076 0.036
#> SRR1608606 2 0.2604 0.805 0.000 0.880 0.000 0.008 0.076 0.036
#> SRR1608607 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608608 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608609 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608610 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608611 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608612 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608613 3 0.5659 0.334 0.000 0.208 0.556 0.004 0.000 0.232
#> SRR1608614 3 0.5659 0.334 0.000 0.208 0.556 0.004 0.000 0.232
#> SRR1608615 3 0.5659 0.334 0.000 0.208 0.556 0.004 0.000 0.232
#> SRR1608616 3 0.5659 0.334 0.000 0.208 0.556 0.004 0.000 0.232
#> SRR1608617 3 0.5659 0.334 0.000 0.208 0.556 0.004 0.000 0.232
#> SRR1608618 3 0.5659 0.334 0.000 0.208 0.556 0.004 0.000 0.232
#> SRR1608619 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608620 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608621 3 0.5146 0.457 0.000 0.300 0.596 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608622 3 0.5146 0.457 0.000 0.300 0.596 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608623 4 0.2129 0.797 0.040 0.000 0.000 0.904 0.000 0.056
#> SRR1608624 3 0.4991 0.508 0.000 0.252 0.644 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608625 3 0.4991 0.508 0.000 0.252 0.644 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608626 3 0.4991 0.508 0.000 0.252 0.644 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608627 3 0.5012 0.502 0.000 0.256 0.640 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608628 2 0.2454 0.846 0.000 0.876 0.016 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608629 2 0.2454 0.846 0.000 0.876 0.016 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608630 2 0.2454 0.846 0.000 0.876 0.016 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608634 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608632 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608633 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608642 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608638 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608639 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608640 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608641 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608643 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608644 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608645 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608646 4 0.2186 0.793 0.024 0.000 0.000 0.908 0.012 0.056
#> SRR1608647 4 0.2186 0.793 0.024 0.000 0.000 0.908 0.012 0.056
#> SRR1608648 4 0.2186 0.793 0.024 0.000 0.000 0.908 0.012 0.056
#> SRR1608657 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608658 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608659 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608660 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608661 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608662 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608663 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608664 5 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1608649 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608650 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608651 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608652 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608653 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608654 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608655 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608656 3 0.3043 0.748 0.000 0.024 0.836 0.008 0.000 0.132
#> SRR1608665 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608666 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608667 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608668 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608669 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608670 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608671 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608672 4 0.2512 0.821 0.060 0.000 0.000 0.880 0.000 0.060
#> SRR1608681 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608682 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608683 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608684 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608685 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608686 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608687 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608688 4 0.1168 0.803 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608673 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608674 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608675 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608676 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608677 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608678 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608679 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608680 4 0.5206 0.588 0.284 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128
#> SRR1608689 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608690 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608691 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608692 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608693 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608694 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608695 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608696 4 0.2092 0.728 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1608697 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608698 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608699 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608700 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608701 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608702 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608703 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608704 4 0.5054 0.373 0.420 0.000 0.000 0.504 0.000 0.076
#> SRR1608705 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608706 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608707 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608708 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608709 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608710 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608711 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608712 3 0.3240 0.743 0.000 0.028 0.820 0.008 0.000 0.144
#> SRR1608713 4 0.1007 0.810 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608714 4 0.1007 0.810 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608715 4 0.1007 0.810 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608716 2 0.3402 0.811 0.000 0.820 0.072 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608717 2 0.3402 0.811 0.000 0.820 0.072 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608718 2 0.3402 0.811 0.000 0.820 0.072 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608719 2 0.3402 0.811 0.000 0.820 0.072 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608724 1 0.5089 0.389 0.620 0.000 0.000 0.244 0.000 0.136
#> SRR1608725 1 0.5089 0.389 0.620 0.000 0.000 0.244 0.000 0.136
#> SRR1608726 1 0.5089 0.389 0.620 0.000 0.000 0.244 0.000 0.136
#> SRR1608727 1 0.5089 0.389 0.620 0.000 0.000 0.244 0.000 0.136
#> SRR1608720 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608721 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608722 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608723 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608728 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608729 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608730 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608731 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608732 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608733 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608734 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608735 5 0.0632 0.962 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1608736 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608737 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608738 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608739 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608740 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608741 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608742 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608743 3 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608744 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608745 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608746 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608747 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608748 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608749 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608750 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608751 1 0.4695 0.625 0.736 0.000 0.068 0.052 0.000 0.144
#> SRR1608752 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608753 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608754 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608755 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608764 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608765 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608766 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608767 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608768 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608769 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608770 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608771 5 0.0865 0.959 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1608756 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608757 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608758 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608759 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608760 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608761 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608762 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608763 3 0.2933 0.663 0.040 0.000 0.856 0.008 0.000 0.096
#> SRR1608772 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608773 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608774 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608775 5 0.0713 0.961 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608776 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608777 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608778 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608779 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608780 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608782 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608783 3 0.1950 0.758 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608784 4 0.2547 0.768 0.004 0.000 0.000 0.880 0.036 0.080
#> SRR1608785 4 0.2547 0.768 0.004 0.000 0.000 0.880 0.036 0.080
#> SRR1608786 4 0.2547 0.768 0.004 0.000 0.000 0.880 0.036 0.080
#> SRR1608787 4 0.2547 0.768 0.004 0.000 0.000 0.880 0.036 0.080
#> SRR1608788 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608789 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608790 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608791 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608792 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608793 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608794 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608795 1 0.3297 0.690 0.820 0.000 0.000 0.068 0.000 0.112
#> SRR1608796 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608797 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608798 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608799 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608800 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608801 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608802 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608803 5 0.2658 0.879 0.008 0.000 0.000 0.016 0.864 0.112
#> SRR1608812 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608814 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608815 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608816 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608817 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608818 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608819 1 0.0777 0.767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608804 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608805 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608806 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608807 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608808 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608809 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608810 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608811 2 0.4916 0.540 0.000 0.620 0.080 0.004 0.000 0.296
#> SRR1608822 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0405 0.762 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608821 1 0.0405 0.762 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608830 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608831 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608832 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608833 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608834 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608835 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608836 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608837 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0363 0.768 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608855 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608856 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608857 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608858 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608859 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608860 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608861 1 0.5946 -0.674 0.412 0.004 0.184 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608862 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608863 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608864 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608865 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608866 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608867 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608868 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608869 6 0.6625 1.000 0.276 0.040 0.240 0.000 0.000 0.444
#> SRR1608870 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608871 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608872 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608873 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608874 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608875 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608876 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608877 1 0.1151 0.763 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1608878 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608880 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608881 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608882 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608883 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608884 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608885 5 0.3149 0.853 0.024 0.000 0.000 0.016 0.836 0.124
#> SRR1608886 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608887 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608888 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608889 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608890 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608891 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608892 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608893 1 0.4344 0.203 0.612 0.000 0.000 0.032 0.000 0.356
#> SRR1608894 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608895 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608896 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608897 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608898 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608899 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608901 1 0.0260 0.761 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608902 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608903 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608904 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608905 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608906 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608907 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608908 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608909 1 0.1285 0.731 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1608910 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608918 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608919 5 0.0000 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608920 5 0.1967 0.909 0.000 0.000 0.000 0.012 0.904 0.084
#> SRR1608921 5 0.1967 0.909 0.000 0.000 0.000 0.012 0.904 0.084
#> SRR1608922 5 0.0363 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608923 5 0.0363 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.934 0.940 0.973 0.3944 0.603 0.603
#> 3 3 1.000 0.958 0.984 0.6039 0.638 0.457
#> 4 4 0.927 0.918 0.965 0.1734 0.788 0.495
#> 5 5 0.972 0.932 0.969 0.0507 0.926 0.734
#> 6 6 0.937 0.889 0.945 0.0292 0.970 0.866
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608494 2 0.3584 0.919 0.068 0.932
#> SRR1608495 2 0.3431 0.923 0.064 0.936
#> SRR1608496 2 0.3584 0.919 0.068 0.932
#> SRR1608497 2 0.3584 0.919 0.068 0.932
#> SRR1608498 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608502 2 0.8499 0.607 0.276 0.724
#> SRR1608503 2 0.7745 0.698 0.228 0.772
#> SRR1608504 2 0.7602 0.712 0.220 0.780
#> SRR1608505 2 0.7950 0.676 0.240 0.760
#> SRR1608510 2 0.6712 0.776 0.176 0.824
#> SRR1608511 2 0.5178 0.860 0.116 0.884
#> SRR1608512 2 0.5946 0.822 0.144 0.856
#> SRR1608513 2 0.6623 0.782 0.172 0.828
#> SRR1608506 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608507 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608508 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608509 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608522 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608523 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608524 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608525 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608526 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.7299 0.731 0.204 0.796
#> SRR1608531 2 0.7453 0.718 0.212 0.788
#> SRR1608532 2 0.7376 0.725 0.208 0.792
#> SRR1608533 2 0.7528 0.711 0.216 0.784
#> SRR1608534 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608589 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608603 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608604 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608605 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608606 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608607 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608619 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608620 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608623 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.9393 0.408 0.356 0.644
#> SRR1608629 2 0.9522 0.363 0.372 0.628
#> SRR1608630 2 0.9491 0.375 0.368 0.632
#> SRR1608634 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608631 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608642 1 0.7453 0.739 0.788 0.212
#> SRR1608638 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608639 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608640 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608641 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608646 2 0.3274 0.927 0.060 0.940
#> SRR1608647 2 0.3431 0.923 0.064 0.936
#> SRR1608648 2 0.4939 0.874 0.108 0.892
#> SRR1608657 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608658 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608659 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608660 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608661 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608662 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608663 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608664 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608665 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1608666 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1608667 2 0.4022 0.906 0.080 0.920
#> SRR1608668 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1608669 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1608670 2 0.4431 0.893 0.092 0.908
#> SRR1608671 2 0.4161 0.902 0.084 0.916
#> SRR1608672 2 0.4298 0.897 0.088 0.912
#> SRR1608681 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608682 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608683 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608684 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608685 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608686 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608687 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608688 1 0.1843 0.930 0.972 0.028
#> SRR1608673 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608674 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608675 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608676 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608677 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608678 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608679 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608680 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608689 1 0.2948 0.911 0.948 0.052
#> SRR1608690 1 0.5059 0.855 0.888 0.112
#> SRR1608691 1 0.4022 0.886 0.920 0.080
#> SRR1608692 1 0.2423 0.921 0.960 0.040
#> SRR1608693 1 0.2236 0.924 0.964 0.036
#> SRR1608694 1 0.2423 0.921 0.960 0.040
#> SRR1608695 1 0.2043 0.927 0.968 0.032
#> SRR1608696 1 0.2043 0.927 0.968 0.032
#> SRR1608697 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608698 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608699 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608700 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608701 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608702 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608703 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608704 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608713 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1608714 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1608715 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608724 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608725 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608726 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608727 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608728 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608729 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608730 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608731 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608732 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608733 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608734 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608735 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608736 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608744 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608745 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608746 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608747 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608748 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608749 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608750 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608751 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608752 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608756 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608784 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608785 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608786 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608787 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608788 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608789 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608790 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608791 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608792 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608793 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608794 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608795 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608812 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608814 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608815 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608816 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608817 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608818 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608819 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608822 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608823 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608824 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608825 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608826 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608827 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608828 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608829 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608820 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608821 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608838 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608839 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608840 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608841 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608842 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608843 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608844 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608845 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608854 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608855 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608856 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608857 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608858 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608859 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608860 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608861 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608862 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608863 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608864 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608865 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608866 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608867 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608868 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608869 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608870 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608871 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608872 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608873 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608874 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608875 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608876 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608877 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608878 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608880 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608881 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608882 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608883 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608884 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608885 1 0.9286 0.529 0.656 0.344
#> SRR1608886 2 0.4562 0.888 0.096 0.904
#> SRR1608887 2 0.4690 0.884 0.100 0.900
#> SRR1608888 2 0.3733 0.914 0.072 0.928
#> SRR1608889 2 0.3584 0.919 0.068 0.932
#> SRR1608890 2 0.4431 0.892 0.092 0.908
#> SRR1608891 2 0.5294 0.859 0.120 0.880
#> SRR1608892 2 0.4298 0.898 0.088 0.912
#> SRR1608893 2 0.3733 0.914 0.072 0.928
#> SRR1608894 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608895 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608896 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608897 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608898 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608899 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608901 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608902 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608903 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608904 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608905 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608906 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608907 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608908 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608909 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.945 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608507 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608508 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608509 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3267 0.837 0.116 0.884 0.000
#> SRR1608535 2 0.4654 0.725 0.208 0.792 0.000
#> SRR1608536 2 0.4555 0.735 0.200 0.800 0.000
#> SRR1608537 2 0.5905 0.487 0.352 0.648 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608590 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.2625 0.879 0.000 0.916 0.084
#> SRR1608604 2 0.2066 0.904 0.000 0.940 0.060
#> SRR1608605 2 0.2711 0.874 0.000 0.912 0.088
#> SRR1608606 2 0.3192 0.847 0.000 0.888 0.112
#> SRR1608607 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 2 0.0237 0.957 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608642 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608638 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608639 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608640 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608641 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.6095 0.393 0.392 0.608 0.000
#> SRR1608644 2 0.6291 0.179 0.468 0.532 0.000
#> SRR1608645 2 0.6286 0.192 0.464 0.536 0.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608682 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608683 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608684 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608685 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608686 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608687 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608688 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608674 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608676 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608677 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608678 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608679 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608680 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608689 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608690 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608691 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608692 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608693 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608694 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608695 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608696 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608713 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608714 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608715 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0424 0.986 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608729 3 0.0892 0.976 0.020 0.000 0.980
#> SRR1608730 3 0.2448 0.918 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608731 3 0.1529 0.957 0.040 0.000 0.960
#> SRR1608732 3 0.0747 0.979 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608733 3 0.1031 0.972 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608734 3 0.1289 0.964 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608735 3 0.0747 0.979 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608736 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 2 0.5859 0.501 0.344 0.656 0.000
#> SRR1608757 2 0.6286 0.191 0.464 0.536 0.000
#> SRR1608758 2 0.6008 0.440 0.372 0.628 0.000
#> SRR1608759 2 0.5948 0.467 0.360 0.640 0.000
#> SRR1608760 2 0.6267 0.229 0.452 0.548 0.000
#> SRR1608761 2 0.6309 0.081 0.496 0.504 0.000
#> SRR1608762 2 0.6299 0.152 0.476 0.524 0.000
#> SRR1608763 2 0.6295 0.165 0.472 0.528 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0592 0.986 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608797 1 0.1163 0.970 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608798 1 0.1529 0.958 0.960 0.000 0.040
#> SRR1608799 1 0.0747 0.982 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608800 1 0.2537 0.913 0.920 0.000 0.080
#> SRR1608801 1 0.3686 0.836 0.860 0.000 0.140
#> SRR1608802 1 0.0424 0.990 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608803 1 0.1031 0.974 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608812 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 3 0.4399 0.775 0.188 0.000 0.812
#> SRR1608921 3 0.4399 0.775 0.188 0.000 0.812
#> SRR1608922 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 3 0.0000 0.992 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608507 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608508 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608509 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.4790 0.3949 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1608547 2 0.4977 0.1627 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1608548 2 0.4730 0.4312 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1608549 3 0.4697 0.4288 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1608550 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 4 0.0188 0.9738 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608590 2 0.3311 0.7814 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1608591 2 0.2281 0.8761 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1608592 2 0.2760 0.8396 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1608593 3 0.5000 0.0664 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1608594 2 0.1940 0.8978 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.4431 0.5826 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1608614 3 0.4134 0.6576 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1608615 3 0.4431 0.5826 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1608616 3 0.4605 0.5202 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1608617 3 0.4661 0.4950 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1608618 3 0.4164 0.6513 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1608619 4 0.4454 0.5730 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1608620 4 0.3907 0.7083 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1608621 2 0.2814 0.8349 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1608622 2 0.3649 0.7315 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0469 0.9636 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1608629 2 0.1474 0.9252 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1608630 2 0.1637 0.9171 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1608634 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.3172 0.7892 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1608638 4 0.1118 0.9499 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608639 4 0.1118 0.9499 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608640 4 0.1118 0.9499 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608641 4 0.1118 0.9499 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608643 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608647 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608648 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608657 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608682 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608683 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608684 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608685 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608686 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608687 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608688 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608673 1 0.1792 0.8960 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1608674 1 0.0921 0.9416 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608675 1 0.1557 0.9102 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608676 1 0.0592 0.9547 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608677 1 0.0188 0.9666 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608678 1 0.0188 0.9666 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608679 1 0.0188 0.9666 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608680 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608689 3 0.6152 0.6402 0.212 0.000 0.668 0.120
#> SRR1608690 3 0.4839 0.7299 0.200 0.000 0.756 0.044
#> SRR1608691 3 0.5705 0.6821 0.204 0.000 0.704 0.092
#> SRR1608692 3 0.6482 0.6016 0.208 0.000 0.640 0.152
#> SRR1608693 3 0.6504 0.5971 0.216 0.000 0.636 0.148
#> SRR1608694 3 0.6449 0.6034 0.220 0.000 0.640 0.140
#> SRR1608695 3 0.6504 0.5971 0.216 0.000 0.636 0.148
#> SRR1608696 3 0.6504 0.5971 0.216 0.000 0.636 0.148
#> SRR1608697 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608713 3 0.4855 0.4132 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1608714 3 0.4855 0.4132 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1608715 3 0.4830 0.4318 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608728 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608729 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608730 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608731 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608732 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608733 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608734 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608735 4 0.1118 0.9483 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608736 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608752 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608772 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.4866 0.3212 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608797 1 0.4941 0.2297 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1608798 1 0.4933 0.2418 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1608799 1 0.4985 0.1251 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1608800 1 0.4994 0.0824 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1608801 4 0.4877 0.2940 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1608802 1 0.4500 0.5259 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1608803 1 0.4866 0.3212 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608812 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.9745 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608855 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608856 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608857 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608858 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608859 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608860 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608861 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608862 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608863 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608864 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608865 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608866 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608867 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608868 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608869 3 0.0000 0.9404 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 3 0.3528 0.7703 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1608887 3 0.3444 0.7798 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1608888 3 0.3074 0.8146 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1608889 3 0.3486 0.7751 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1608890 3 0.3219 0.8022 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1608891 3 0.3356 0.7891 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1608892 3 0.3172 0.8064 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1608893 3 0.3311 0.7935 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0188 0.9666 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608904 1 0.0921 0.9419 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.9701 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0336 0.9628 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608907 1 0.0336 0.9628 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608908 1 0.0188 0.9666 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608909 1 0.0336 0.9628 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608910 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 4 0.3400 0.7750 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1608921 4 0.3444 0.7691 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1608922 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 4 0.0000 0.9765 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608495 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608496 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608497 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608498 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608503 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608504 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608505 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608507 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608508 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608509 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608538 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.4171 0.3534 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.4305 0.0632 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.4150 0.3714 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1608549 3 0.3983 0.4648 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608551 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608552 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608553 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608554 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608590 2 0.2929 0.7492 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.2074 0.8510 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.2516 0.8045 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1608593 3 0.4300 0.1247 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.1851 0.8705 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 4 0.0794 0.9502 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608604 4 0.0794 0.9502 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608605 4 0.0794 0.9502 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608606 4 0.0794 0.9502 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608607 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.3561 0.6522 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.3336 0.7012 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.3534 0.6588 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.3774 0.5899 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.3796 0.5826 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.3336 0.7012 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR1608619 4 0.0865 0.9652 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1608620 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608621 2 0.2516 0.8044 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.3210 0.7028 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0404 0.9566 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.1410 0.9048 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.1544 0.8956 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608634 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 4 0.0794 0.9452 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608638 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608639 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608640 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608641 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608643 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.3949 0.5441 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1608647 3 0.3966 0.5363 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1608648 3 0.4138 0.4333 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1608657 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608658 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608659 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608660 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608661 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608662 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608663 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608664 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608649 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608666 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608667 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608668 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608669 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608670 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608671 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608672 1 0.0794 0.9758 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608681 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608673 1 0.1270 0.9328 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1608674 1 0.0794 0.9636 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608675 1 0.1197 0.9383 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608676 1 0.0510 0.9778 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608677 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608678 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608679 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608680 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608689 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0000 0.9599 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608697 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608706 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608707 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608708 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608709 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608710 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608711 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608712 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608713 3 0.4949 0.3284 0.396 0.000 0.572 0.032 0.000
#> SRR1608714 3 0.4885 0.3231 0.400 0.000 0.572 0.028 0.000
#> SRR1608715 3 0.4885 0.3231 0.400 0.000 0.572 0.028 0.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608729 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608730 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608731 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608732 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608733 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608734 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608735 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608736 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 4 0.3796 0.6080 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1608753 4 0.4126 0.4381 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1608754 4 0.3999 0.5208 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1608755 4 0.3966 0.5376 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1608764 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608765 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608766 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608767 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608768 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608769 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608770 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608771 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608756 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608785 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608797 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608798 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608799 4 0.0865 0.9581 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1608800 4 0.0865 0.9581 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR1608801 4 0.0912 0.9621 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1608802 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608803 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.9687 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608868 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 3 0.0000 0.9384 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608880 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608881 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608882 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608883 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608884 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608885 4 0.0794 0.9557 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1608886 3 0.4815 0.6250 0.064 0.000 0.692 0.244 0.000
#> SRR1608887 3 0.4565 0.5554 0.028 0.000 0.664 0.308 0.000
#> SRR1608888 3 0.4302 0.6527 0.032 0.000 0.720 0.248 0.000
#> SRR1608889 3 0.4563 0.6433 0.048 0.000 0.708 0.244 0.000
#> SRR1608890 3 0.4565 0.5561 0.028 0.000 0.664 0.308 0.000
#> SRR1608891 3 0.4703 0.4906 0.028 0.000 0.632 0.340 0.000
#> SRR1608892 3 0.4339 0.5208 0.012 0.000 0.652 0.336 0.000
#> SRR1608893 3 0.4495 0.6470 0.044 0.000 0.712 0.244 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0880 0.9588 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0162 0.9893 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.9922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0290 0.9856 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608921 4 0.0794 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1608922 4 0.0880 0.9640 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1608923 4 0.0963 0.9615 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608495 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608496 4 0.0790 0.8158 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608497 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608498 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608499 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608500 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608501 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608502 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608503 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608504 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608505 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608507 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608508 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608509 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 3 0.0146 0.9210 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 3 0.0508 0.9212 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608536 3 0.0260 0.9213 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 3 0.0508 0.9212 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608538 3 0.0458 0.9210 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608539 3 0.0458 0.9211 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608540 3 0.0547 0.9206 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608541 3 0.0547 0.9206 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.4237 0.3852 0.000 0.584 0.396 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.4336 0.1364 0.000 0.504 0.476 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.4246 0.3720 0.000 0.580 0.400 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608549 3 0.4049 0.4375 0.000 0.332 0.648 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608551 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608552 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608553 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608554 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.1480 0.9214 0.000 0.940 0.040 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.1616 0.9173 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.1616 0.9173 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.1616 0.9173 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.1616 0.9173 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.1616 0.9173 0.000 0.932 0.048 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608589 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608590 2 0.3541 0.6922 0.000 0.748 0.232 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.2907 0.8055 0.000 0.828 0.152 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.3253 0.7511 0.000 0.788 0.192 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608593 3 0.4261 0.2574 0.000 0.408 0.572 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.2750 0.8258 0.000 0.844 0.136 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.1682 0.9148 0.000 0.928 0.052 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608603 6 0.0458 0.9478 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608604 6 0.0458 0.9478 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608605 6 0.0458 0.9478 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608606 6 0.0458 0.9478 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1608607 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608608 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608609 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608610 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608611 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608612 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608613 3 0.3253 0.7239 0.000 0.192 0.788 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608614 3 0.2981 0.7647 0.000 0.160 0.820 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608615 3 0.3221 0.7293 0.000 0.188 0.792 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608616 3 0.3514 0.6744 0.000 0.228 0.752 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608617 3 0.3541 0.6688 0.000 0.232 0.748 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608618 3 0.2981 0.7647 0.000 0.160 0.820 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608619 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608620 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.3221 0.7569 0.000 0.792 0.188 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.3711 0.6488 0.000 0.720 0.260 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608624 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.1434 0.9215 0.000 0.940 0.048 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.2170 0.8768 0.000 0.888 0.100 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.2361 0.8704 0.000 0.880 0.104 0.012 0.000 0.004
#> SRR1608634 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.0692 0.9200 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608632 3 0.0692 0.9200 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608633 3 0.0777 0.9193 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608642 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608638 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608639 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608640 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608641 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608643 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608644 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608645 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608646 3 0.3699 0.5618 0.000 0.000 0.660 0.004 0.000 0.336
#> SRR1608647 3 0.3728 0.5459 0.000 0.000 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR1608648 3 0.3862 0.4494 0.000 0.000 0.608 0.004 0.000 0.388
#> SRR1608657 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608658 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608659 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608660 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608661 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608662 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608663 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608664 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608649 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608665 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608666 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608667 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608668 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608669 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608670 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608671 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608672 4 0.0632 0.8186 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608682 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608683 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608684 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608685 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608686 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608687 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608688 4 0.0632 0.8025 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608673 4 0.3857 0.3384 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1608674 4 0.3868 0.2580 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1608675 1 0.3866 -0.2251 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1608676 4 0.3854 0.3487 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1608677 4 0.3797 0.4460 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1608678 4 0.3789 0.4534 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1608679 4 0.3804 0.4382 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1608680 4 0.3695 0.5176 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1608689 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608690 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608691 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608692 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608693 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608694 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608695 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608696 6 0.2048 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608697 1 0.0363 0.9655 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0146 0.9731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0146 0.9731 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0865 0.9371 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.3864 -0.2207 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR1608702 4 0.3866 0.3015 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1608703 4 0.3869 0.2546 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1608704 4 0.3782 0.4657 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1608705 3 0.0146 0.9204 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608706 3 0.0146 0.9204 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608707 3 0.0146 0.9204 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608708 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608709 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608710 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608711 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608712 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608713 4 0.6518 0.2621 0.336 0.000 0.276 0.368 0.000 0.020
#> SRR1608714 4 0.3290 0.7067 0.208 0.000 0.016 0.776 0.000 0.000
#> SRR1608715 3 0.6431 -0.0833 0.360 0.000 0.404 0.212 0.000 0.024
#> SRR1608716 2 0.0891 0.9334 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.1528 0.9193 0.000 0.936 0.048 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.1151 0.9286 0.000 0.956 0.032 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.1391 0.9233 0.000 0.944 0.040 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608720 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 3 0.0146 0.9208 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608722 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 3 0.0000 0.9205 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 6 0.0000 0.9543 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608737 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608738 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608739 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608740 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608741 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608742 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608743 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608744 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608745 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608746 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608747 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608748 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608749 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608750 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608751 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608752 6 0.3371 0.6237 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1608753 6 0.3647 0.4868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1608754 6 0.3515 0.5640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1608755 6 0.3515 0.5637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1608764 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608765 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608766 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608767 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608768 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608769 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608770 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608771 6 0.0458 0.9547 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608756 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608757 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608758 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608759 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608760 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608761 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608762 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608763 3 0.1152 0.9129 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608772 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608773 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608774 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608775 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608776 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.0547 0.9187 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.1341 0.9108 0.028 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608785 3 0.1341 0.9108 0.028 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608786 3 0.1341 0.9104 0.024 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608787 3 0.1341 0.9108 0.028 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608788 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608796 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608797 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608798 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608799 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608800 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608801 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608802 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608803 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608812 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608831 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608832 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608833 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608834 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608835 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608836 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608837 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608855 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608856 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608857 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608858 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608859 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608860 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608861 3 0.1219 0.9111 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608862 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608864 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608866 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 3 0.1010 0.9161 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608868 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608869 3 0.0790 0.9183 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608880 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608881 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608882 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608883 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608884 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608885 6 0.0146 0.9538 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608886 3 0.4727 0.6478 0.096 0.000 0.676 0.004 0.000 0.224
#> SRR1608887 3 0.4683 0.6106 0.068 0.000 0.652 0.004 0.000 0.276
#> SRR1608888 3 0.4389 0.6960 0.076 0.000 0.712 0.004 0.000 0.208
#> SRR1608889 3 0.4513 0.6807 0.084 0.000 0.700 0.004 0.000 0.212
#> SRR1608890 3 0.4673 0.6249 0.072 0.000 0.660 0.004 0.000 0.264
#> SRR1608891 3 0.4787 0.5501 0.064 0.000 0.620 0.004 0.000 0.312
#> SRR1608892 3 0.4544 0.6039 0.052 0.000 0.652 0.004 0.000 0.292
#> SRR1608893 3 0.4524 0.6872 0.092 0.000 0.704 0.004 0.000 0.200
#> SRR1608894 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0146 0.9749 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0291 0.9704 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.1152 0.9047 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0291 0.9704 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0146 0.9733 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.9775 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0405 0.9646 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608911 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608912 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608913 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608914 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608915 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608916 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608917 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608918 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608919 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608920 6 0.1501 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608921 6 0.1501 0.9086 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608922 6 0.0547 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608923 6 0.0547 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.745 0.824 0.930 0.3760 0.605 0.605
#> 3 3 0.645 0.819 0.910 0.6358 0.608 0.435
#> 4 4 0.674 0.817 0.892 0.1232 0.850 0.649
#> 5 5 0.609 0.647 0.800 0.0943 0.826 0.509
#> 6 6 0.723 0.718 0.827 0.0681 0.892 0.572
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608494 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608495 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608496 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608497 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608498 1 0.2423 0.819 0.960 0.040
#> SRR1608499 1 0.2423 0.819 0.960 0.040
#> SRR1608500 1 0.2423 0.819 0.960 0.040
#> SRR1608501 1 0.2423 0.819 0.960 0.040
#> SRR1608502 2 0.9998 -0.191 0.492 0.508
#> SRR1608503 2 0.9998 -0.191 0.492 0.508
#> SRR1608504 2 0.9998 -0.191 0.492 0.508
#> SRR1608505 2 0.9998 -0.191 0.492 0.508
#> SRR1608510 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608511 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608512 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608513 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608506 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608507 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608508 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608509 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608514 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608515 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608516 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608517 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608518 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608519 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608520 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608521 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608522 2 0.8207 0.557 0.256 0.744
#> SRR1608523 2 0.8327 0.540 0.264 0.736
#> SRR1608524 2 0.8267 0.548 0.260 0.740
#> SRR1608525 2 0.8267 0.548 0.260 0.740
#> SRR1608526 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608527 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608528 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608529 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608530 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608531 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608532 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608533 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608534 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608547 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608548 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608549 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608550 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608551 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608552 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608553 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608554 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608555 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608556 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608557 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608558 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608559 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608560 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608561 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608562 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608563 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608564 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608565 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608566 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608567 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608568 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608574 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608575 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608576 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608577 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608578 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608569 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608570 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608571 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608572 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608573 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608584 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608585 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608586 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608587 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608588 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608579 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608580 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608581 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608582 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608583 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608589 1 0.2236 0.821 0.964 0.036
#> SRR1608590 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608591 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608592 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608593 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608594 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608595 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608596 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608597 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608598 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608599 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608600 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608601 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608602 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608603 1 0.9866 0.392 0.568 0.432
#> SRR1608604 1 0.9977 0.284 0.528 0.472
#> SRR1608605 1 0.9944 0.331 0.544 0.456
#> SRR1608606 1 0.9944 0.331 0.544 0.456
#> SRR1608607 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608619 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608620 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608621 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608623 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608629 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608630 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608634 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608631 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608642 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608638 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608639 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608640 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608641 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608643 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608646 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608647 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608648 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608657 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608658 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608659 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608660 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608661 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608662 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608663 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608664 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608665 2 0.9977 -0.120 0.472 0.528
#> SRR1608666 2 0.9977 -0.120 0.472 0.528
#> SRR1608667 2 0.9977 -0.120 0.472 0.528
#> SRR1608668 2 0.9977 -0.120 0.472 0.528
#> SRR1608669 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608670 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608671 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608672 2 0.9983 -0.134 0.476 0.524
#> SRR1608681 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608682 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608683 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608684 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608685 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608686 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608687 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608688 1 0.9635 0.507 0.612 0.388
#> SRR1608673 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608674 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608675 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608676 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608677 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608678 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608679 2 0.9044 0.397 0.320 0.680
#> SRR1608680 2 0.9087 0.387 0.324 0.676
#> SRR1608689 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608690 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608691 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608692 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608693 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608694 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608695 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608696 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> SRR1608697 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608698 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608699 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608700 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608701 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608702 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608703 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608704 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.9922 0.368 0.552 0.448
#> SRR1608714 1 0.9922 0.368 0.552 0.448
#> SRR1608715 1 0.9909 0.378 0.556 0.444
#> SRR1608716 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608717 2 0.0672 0.948 0.008 0.992
#> SRR1608718 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608719 2 0.0376 0.950 0.004 0.996
#> SRR1608724 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608725 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608726 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608727 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608728 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608729 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608730 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608731 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608732 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608733 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608734 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608735 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608736 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608744 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608745 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608746 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608747 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608748 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608749 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608750 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608751 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608752 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608756 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608784 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608785 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608786 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608787 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608788 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608789 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608790 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608791 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608792 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608793 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608794 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608795 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608796 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608797 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608798 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608799 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608800 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608801 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608802 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608803 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608812 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608814 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608815 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608816 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608817 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608818 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608819 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608822 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608823 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608824 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608825 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608826 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608827 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608828 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608829 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608820 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608821 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608830 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608838 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608839 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608840 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608841 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608842 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608843 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608844 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608845 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608854 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608855 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608856 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608857 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608858 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608859 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608860 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608861 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608862 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608863 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608864 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608865 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608866 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608867 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608868 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608869 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608870 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608871 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608872 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608873 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608874 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608875 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608876 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608877 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608878 1 0.9977 0.317 0.528 0.472
#> SRR1608880 1 0.9988 0.294 0.520 0.480
#> SRR1608881 1 0.9983 0.306 0.524 0.476
#> SRR1608882 1 0.9983 0.306 0.524 0.476
#> SRR1608883 1 0.9977 0.317 0.528 0.472
#> SRR1608884 1 0.9977 0.317 0.528 0.472
#> SRR1608885 1 0.9970 0.323 0.532 0.468
#> SRR1608886 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608887 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608888 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608889 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608890 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608891 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608892 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608893 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608894 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608895 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608896 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608897 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608898 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608899 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608901 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608902 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608903 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608904 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608905 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608906 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608907 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608908 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608909 2 0.0000 0.952 0.000 1.000
#> SRR1608910 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.829 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608921 1 0.5946 0.771 0.856 0.144
#> SRR1608922 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
#> SRR1608923 1 0.1184 0.827 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.4291 0.792 0.180 0.820 0.000
#> SRR1608491 2 0.4399 0.783 0.188 0.812 0.000
#> SRR1608492 2 0.4346 0.788 0.184 0.816 0.000
#> SRR1608493 2 0.4291 0.792 0.180 0.820 0.000
#> SRR1608494 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608495 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608496 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608497 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608498 3 0.7622 0.334 0.332 0.060 0.608
#> SRR1608499 3 0.7622 0.334 0.332 0.060 0.608
#> SRR1608500 3 0.7622 0.334 0.332 0.060 0.608
#> SRR1608501 3 0.7622 0.334 0.332 0.060 0.608
#> SRR1608502 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608503 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608504 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608505 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608510 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.3921 0.829 0.872 0.112 0.016
#> SRR1608507 1 0.3921 0.829 0.872 0.112 0.016
#> SRR1608508 1 0.3921 0.829 0.872 0.112 0.016
#> SRR1608509 1 0.3921 0.829 0.872 0.112 0.016
#> SRR1608514 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.2796 0.854 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608523 2 0.2796 0.854 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608524 2 0.2796 0.854 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608525 2 0.2796 0.854 0.000 0.908 0.092
#> SRR1608526 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.1753 0.898 0.048 0.952 0.000
#> SRR1608535 2 0.1753 0.898 0.048 0.952 0.000
#> SRR1608536 2 0.1753 0.898 0.048 0.952 0.000
#> SRR1608537 2 0.1753 0.898 0.048 0.952 0.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608542 2 0.1411 0.907 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608543 2 0.1163 0.913 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608544 2 0.1031 0.916 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608545 2 0.1411 0.907 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 3 0.2879 0.907 0.052 0.024 0.924
#> SRR1608590 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 2 0.6912 0.167 0.444 0.540 0.016
#> SRR1608608 2 0.6897 0.196 0.436 0.548 0.016
#> SRR1608609 2 0.6905 0.182 0.440 0.544 0.016
#> SRR1608610 2 0.6912 0.167 0.444 0.540 0.016
#> SRR1608611 2 0.6912 0.167 0.444 0.540 0.016
#> SRR1608612 2 0.6897 0.196 0.436 0.548 0.016
#> SRR1608613 1 0.6879 0.271 0.556 0.428 0.016
#> SRR1608614 1 0.6888 0.258 0.552 0.432 0.016
#> SRR1608615 1 0.6888 0.258 0.552 0.432 0.016
#> SRR1608616 1 0.6859 0.296 0.564 0.420 0.016
#> SRR1608617 1 0.6859 0.296 0.564 0.420 0.016
#> SRR1608618 1 0.6879 0.271 0.556 0.428 0.016
#> SRR1608619 3 0.3272 0.854 0.104 0.004 0.892
#> SRR1608620 3 0.3193 0.859 0.100 0.004 0.896
#> SRR1608621 2 0.2356 0.881 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608622 2 0.2356 0.881 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608623 1 0.3091 0.846 0.912 0.072 0.016
#> SRR1608624 2 0.5414 0.733 0.212 0.772 0.016
#> SRR1608625 2 0.5167 0.760 0.192 0.792 0.016
#> SRR1608626 2 0.5167 0.761 0.192 0.792 0.016
#> SRR1608627 2 0.5506 0.722 0.220 0.764 0.016
#> SRR1608628 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 1 0.6648 0.457 0.620 0.364 0.016
#> SRR1608632 1 0.6629 0.467 0.624 0.360 0.016
#> SRR1608633 1 0.6566 0.494 0.636 0.348 0.016
#> SRR1608642 1 0.7962 0.485 0.576 0.072 0.352
#> SRR1608638 3 0.2496 0.899 0.068 0.004 0.928
#> SRR1608639 3 0.2496 0.899 0.068 0.004 0.928
#> SRR1608640 3 0.2496 0.899 0.068 0.004 0.928
#> SRR1608641 3 0.2496 0.899 0.068 0.004 0.928
#> SRR1608643 1 0.6161 0.610 0.696 0.288 0.016
#> SRR1608644 1 0.6161 0.610 0.696 0.288 0.016
#> SRR1608645 1 0.6161 0.610 0.696 0.288 0.016
#> SRR1608646 1 0.2564 0.854 0.936 0.036 0.028
#> SRR1608647 1 0.2681 0.853 0.932 0.040 0.028
#> SRR1608648 1 0.2681 0.853 0.932 0.040 0.028
#> SRR1608657 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 2 0.4602 0.806 0.152 0.832 0.016
#> SRR1608650 2 0.4539 0.811 0.148 0.836 0.016
#> SRR1608651 2 0.4602 0.806 0.152 0.832 0.016
#> SRR1608652 2 0.4539 0.811 0.148 0.836 0.016
#> SRR1608653 2 0.4209 0.830 0.128 0.856 0.016
#> SRR1608654 2 0.4059 0.833 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608655 2 0.4277 0.827 0.132 0.852 0.016
#> SRR1608656 2 0.4059 0.833 0.128 0.860 0.012
#> SRR1608665 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608666 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608667 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608668 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608669 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608670 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608671 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608672 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608681 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608682 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608683 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608684 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608685 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608686 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608687 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608688 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608673 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608674 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608675 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608676 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608677 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608678 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608679 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608680 1 0.6079 0.500 0.612 0.388 0.000
#> SRR1608689 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608690 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608691 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608692 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608693 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608694 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608695 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608696 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608697 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608698 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608699 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608700 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608701 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608702 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608703 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608704 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608705 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608712 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608713 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608714 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608715 1 0.3846 0.830 0.876 0.108 0.016
#> SRR1608716 2 0.0424 0.926 0.008 0.992 0.000
#> SRR1608717 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608718 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608719 2 0.0237 0.928 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608724 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608725 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608726 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608727 1 0.0983 0.858 0.980 0.004 0.016
#> SRR1608720 1 0.6869 0.283 0.560 0.424 0.016
#> SRR1608721 1 0.6905 0.231 0.544 0.440 0.016
#> SRR1608722 1 0.6905 0.231 0.544 0.440 0.016
#> SRR1608723 1 0.6905 0.231 0.544 0.440 0.016
#> SRR1608728 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608729 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608730 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608731 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608732 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608733 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608734 1 0.8120 0.388 0.532 0.072 0.396
#> SRR1608735 1 0.8108 0.398 0.536 0.072 0.392
#> SRR1608736 2 0.6062 0.627 0.276 0.708 0.016
#> SRR1608737 2 0.6027 0.633 0.272 0.712 0.016
#> SRR1608738 2 0.6129 0.611 0.284 0.700 0.016
#> SRR1608739 2 0.6129 0.611 0.284 0.700 0.016
#> SRR1608740 2 0.6062 0.627 0.276 0.708 0.016
#> SRR1608741 2 0.5992 0.642 0.268 0.716 0.016
#> SRR1608742 2 0.5956 0.647 0.264 0.720 0.016
#> SRR1608743 2 0.6027 0.633 0.272 0.712 0.016
#> SRR1608744 1 0.0424 0.859 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608745 1 0.1129 0.858 0.976 0.020 0.004
#> SRR1608746 1 0.0747 0.858 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608747 1 0.0747 0.858 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608748 1 0.0983 0.859 0.980 0.016 0.004
#> SRR1608749 1 0.1129 0.858 0.976 0.020 0.004
#> SRR1608750 1 0.0983 0.859 0.980 0.016 0.004
#> SRR1608751 1 0.0747 0.858 0.984 0.016 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 1 0.5115 0.741 0.796 0.188 0.016
#> SRR1608757 1 0.5414 0.712 0.772 0.212 0.016
#> SRR1608758 1 0.4953 0.755 0.808 0.176 0.016
#> SRR1608759 1 0.5115 0.741 0.796 0.188 0.016
#> SRR1608760 1 0.5595 0.691 0.756 0.228 0.016
#> SRR1608761 1 0.5506 0.702 0.764 0.220 0.016
#> SRR1608762 1 0.5681 0.680 0.748 0.236 0.016
#> SRR1608763 1 0.5595 0.691 0.756 0.228 0.016
#> SRR1608772 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 2 0.1031 0.916 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608777 2 0.0747 0.921 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608778 2 0.1163 0.913 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608779 2 0.1163 0.913 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608780 2 0.0747 0.921 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608782 2 0.0747 0.921 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608783 2 0.0747 0.921 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608784 1 0.3213 0.847 0.912 0.060 0.028
#> SRR1608785 1 0.3325 0.843 0.904 0.076 0.020
#> SRR1608786 1 0.3310 0.846 0.908 0.064 0.028
#> SRR1608787 1 0.3310 0.846 0.908 0.064 0.028
#> SRR1608788 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608789 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608790 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608791 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608792 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608793 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608794 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608795 1 0.0237 0.859 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608796 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608797 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608798 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608799 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608800 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608801 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608802 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608803 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608812 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608805 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608806 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608807 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608808 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608809 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608810 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608811 1 0.2902 0.837 0.920 0.064 0.016
#> SRR1608822 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608821 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608830 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608855 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608856 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608857 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608858 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608859 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608860 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608861 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608862 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608863 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608864 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608865 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608866 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608867 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608868 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608869 1 0.0747 0.857 0.984 0.000 0.016
#> SRR1608870 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.5254 0.665 0.736 0.000 0.264
#> SRR1608880 1 0.4974 0.699 0.764 0.000 0.236
#> SRR1608881 1 0.5058 0.690 0.756 0.000 0.244
#> SRR1608882 1 0.5254 0.665 0.736 0.000 0.264
#> SRR1608883 1 0.5431 0.639 0.716 0.000 0.284
#> SRR1608884 1 0.5178 0.675 0.744 0.000 0.256
#> SRR1608885 1 0.5254 0.665 0.736 0.000 0.264
#> SRR1608886 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608887 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608888 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608889 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608890 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608891 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608892 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608893 1 0.1860 0.847 0.948 0.000 0.052
#> SRR1608894 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.858 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 1 0.5706 0.586 0.680 0.000 0.320
#> SRR1608921 1 0.5929 0.584 0.676 0.004 0.320
#> SRR1608922 3 0.2496 0.899 0.068 0.004 0.928
#> SRR1608923 3 0.2496 0.899 0.068 0.004 0.928
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.5993 0.650 0.224 0.684 0.004 0.088
#> SRR1608491 2 0.5993 0.650 0.224 0.684 0.004 0.088
#> SRR1608492 2 0.5993 0.650 0.224 0.684 0.004 0.088
#> SRR1608493 2 0.5993 0.650 0.224 0.684 0.004 0.088
#> SRR1608494 4 0.5099 0.537 0.380 0.008 0.000 0.612
#> SRR1608495 4 0.5125 0.515 0.388 0.008 0.000 0.604
#> SRR1608496 4 0.5290 0.218 0.476 0.008 0.000 0.516
#> SRR1608497 4 0.5007 0.594 0.356 0.008 0.000 0.636
#> SRR1608498 3 0.2593 0.880 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR1608499 3 0.2593 0.880 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR1608500 3 0.2593 0.880 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR1608501 3 0.2593 0.880 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR1608502 4 0.3142 0.943 0.132 0.008 0.000 0.860
#> SRR1608503 4 0.3142 0.943 0.132 0.008 0.000 0.860
#> SRR1608504 4 0.3249 0.934 0.140 0.008 0.000 0.852
#> SRR1608505 4 0.3142 0.943 0.132 0.008 0.000 0.860
#> SRR1608510 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.4375 0.737 0.788 0.032 0.000 0.180
#> SRR1608507 1 0.4375 0.737 0.788 0.032 0.000 0.180
#> SRR1608508 1 0.4375 0.737 0.788 0.032 0.000 0.180
#> SRR1608509 1 0.4375 0.737 0.788 0.032 0.000 0.180
#> SRR1608514 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.2647 0.778 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608523 2 0.2647 0.778 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608524 2 0.2589 0.782 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1608525 2 0.2647 0.778 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1608526 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3907 0.776 0.140 0.828 0.000 0.032
#> SRR1608535 2 0.3907 0.776 0.140 0.828 0.000 0.032
#> SRR1608536 2 0.3856 0.780 0.136 0.832 0.000 0.032
#> SRR1608537 2 0.3803 0.782 0.132 0.836 0.000 0.032
#> SRR1608538 2 0.2256 0.836 0.020 0.924 0.000 0.056
#> SRR1608539 2 0.2256 0.836 0.020 0.924 0.000 0.056
#> SRR1608540 2 0.2335 0.833 0.020 0.920 0.000 0.060
#> SRR1608541 2 0.2335 0.833 0.020 0.920 0.000 0.060
#> SRR1608542 2 0.3749 0.783 0.128 0.840 0.000 0.032
#> SRR1608543 2 0.3749 0.783 0.128 0.840 0.000 0.032
#> SRR1608544 2 0.3694 0.786 0.124 0.844 0.000 0.032
#> SRR1608545 2 0.3749 0.783 0.128 0.840 0.000 0.032
#> SRR1608546 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0336 0.860 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608550 2 0.0921 0.853 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608551 2 0.0921 0.853 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608552 2 0.0921 0.853 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608553 2 0.1022 0.852 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608554 2 0.0921 0.853 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608555 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0376 0.861 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1608560 2 0.0524 0.860 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1608561 2 0.0188 0.861 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608562 2 0.0376 0.861 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1608563 2 0.0524 0.860 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1608564 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 3 0.2667 0.882 0.020 0.060 0.912 0.008
#> SRR1608590 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.2552 0.827 0.020 0.920 0.048 0.012
#> SRR1608604 2 0.2673 0.825 0.020 0.916 0.048 0.016
#> SRR1608605 2 0.2757 0.822 0.020 0.912 0.052 0.016
#> SRR1608606 2 0.2797 0.818 0.020 0.908 0.060 0.012
#> SRR1608607 2 0.6548 0.527 0.304 0.592 0.000 0.104
#> SRR1608608 2 0.6548 0.527 0.304 0.592 0.000 0.104
#> SRR1608609 2 0.6548 0.527 0.304 0.592 0.000 0.104
#> SRR1608610 2 0.6548 0.527 0.304 0.592 0.000 0.104
#> SRR1608611 2 0.6548 0.527 0.304 0.592 0.000 0.104
#> SRR1608612 2 0.6548 0.527 0.304 0.592 0.000 0.104
#> SRR1608613 2 0.6834 0.525 0.300 0.588 0.008 0.104
#> SRR1608614 2 0.6834 0.525 0.300 0.588 0.008 0.104
#> SRR1608615 2 0.6834 0.525 0.300 0.588 0.008 0.104
#> SRR1608616 2 0.6834 0.525 0.300 0.588 0.008 0.104
#> SRR1608617 2 0.6834 0.525 0.300 0.588 0.008 0.104
#> SRR1608618 2 0.6834 0.525 0.300 0.588 0.008 0.104
#> SRR1608619 3 0.2877 0.877 0.060 0.028 0.904 0.008
#> SRR1608620 3 0.2774 0.879 0.060 0.024 0.908 0.008
#> SRR1608621 2 0.2944 0.806 0.128 0.868 0.000 0.004
#> SRR1608622 2 0.2345 0.825 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1608623 1 0.3812 0.787 0.832 0.028 0.000 0.140
#> SRR1608624 2 0.4284 0.730 0.224 0.764 0.000 0.012
#> SRR1608625 2 0.4284 0.730 0.224 0.764 0.000 0.012
#> SRR1608626 2 0.4284 0.730 0.224 0.764 0.000 0.012
#> SRR1608627 2 0.4319 0.726 0.228 0.760 0.000 0.012
#> SRR1608628 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 1 0.3108 0.774 0.872 0.112 0.000 0.016
#> SRR1608632 1 0.3108 0.774 0.872 0.112 0.000 0.016
#> SRR1608633 1 0.3108 0.774 0.872 0.112 0.000 0.016
#> SRR1608642 3 0.5202 0.659 0.176 0.012 0.760 0.052
#> SRR1608638 3 0.2066 0.909 0.024 0.028 0.940 0.008
#> SRR1608639 3 0.2066 0.909 0.024 0.028 0.940 0.008
#> SRR1608640 3 0.2066 0.909 0.024 0.028 0.940 0.008
#> SRR1608641 3 0.2066 0.909 0.024 0.028 0.940 0.008
#> SRR1608643 1 0.3099 0.817 0.876 0.020 0.000 0.104
#> SRR1608644 1 0.3205 0.815 0.872 0.024 0.000 0.104
#> SRR1608645 1 0.3205 0.815 0.872 0.024 0.000 0.104
#> SRR1608646 1 0.3943 0.789 0.832 0.028 0.004 0.136
#> SRR1608647 1 0.3943 0.789 0.832 0.028 0.004 0.136
#> SRR1608648 1 0.3943 0.789 0.832 0.028 0.004 0.136
#> SRR1608657 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.3908 0.746 0.212 0.784 0.000 0.004
#> SRR1608650 2 0.3831 0.753 0.204 0.792 0.000 0.004
#> SRR1608651 2 0.3870 0.750 0.208 0.788 0.000 0.004
#> SRR1608652 2 0.3870 0.750 0.208 0.788 0.000 0.004
#> SRR1608653 2 0.3791 0.756 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR1608654 2 0.3751 0.759 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR1608655 2 0.3791 0.756 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR1608656 2 0.3791 0.756 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR1608665 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608666 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608667 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608668 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608669 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608670 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608671 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608672 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608681 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608682 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608683 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608684 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608685 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608686 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608687 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608688 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608673 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608674 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608675 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608676 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608677 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608678 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608679 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608680 1 0.5998 0.522 0.680 0.108 0.000 0.212
#> SRR1608689 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608690 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608691 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608692 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608693 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608694 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608695 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608696 4 0.3032 0.949 0.124 0.008 0.000 0.868
#> SRR1608697 1 0.2466 0.826 0.900 0.004 0.000 0.096
#> SRR1608698 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608699 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608700 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608701 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608702 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608703 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608704 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608705 2 0.1545 0.848 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1608706 2 0.1545 0.848 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1608707 2 0.1452 0.850 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR1608708 2 0.1677 0.847 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1608709 2 0.2443 0.832 0.024 0.916 0.000 0.060
#> SRR1608710 2 0.2443 0.832 0.024 0.916 0.000 0.060
#> SRR1608711 2 0.2443 0.832 0.024 0.916 0.000 0.060
#> SRR1608712 2 0.2443 0.832 0.024 0.916 0.000 0.060
#> SRR1608713 1 0.4741 0.673 0.744 0.028 0.000 0.228
#> SRR1608714 1 0.4775 0.666 0.740 0.028 0.000 0.232
#> SRR1608715 1 0.4599 0.698 0.760 0.028 0.000 0.212
#> SRR1608716 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0188 0.861 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608725 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608726 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608727 1 0.2530 0.824 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608720 2 0.6620 0.500 0.320 0.576 0.000 0.104
#> SRR1608721 2 0.6762 0.423 0.360 0.536 0.000 0.104
#> SRR1608722 2 0.6653 0.486 0.328 0.568 0.000 0.104
#> SRR1608723 2 0.6653 0.486 0.328 0.568 0.000 0.104
#> SRR1608728 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608729 3 0.4807 0.704 0.152 0.008 0.788 0.052
#> SRR1608730 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608731 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608732 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608733 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608734 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608735 3 0.4855 0.699 0.156 0.008 0.784 0.052
#> SRR1608736 2 0.4635 0.686 0.268 0.720 0.000 0.012
#> SRR1608737 2 0.4606 0.690 0.264 0.724 0.000 0.012
#> SRR1608738 2 0.4635 0.686 0.268 0.720 0.000 0.012
#> SRR1608739 2 0.4635 0.686 0.268 0.720 0.000 0.012
#> SRR1608740 2 0.4635 0.686 0.268 0.720 0.000 0.012
#> SRR1608741 2 0.4635 0.686 0.268 0.720 0.000 0.012
#> SRR1608742 2 0.4606 0.690 0.264 0.724 0.000 0.012
#> SRR1608743 2 0.4635 0.686 0.268 0.720 0.000 0.012
#> SRR1608744 1 0.2773 0.828 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608745 1 0.2714 0.826 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1608746 1 0.2773 0.828 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608747 1 0.2773 0.828 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608748 1 0.2714 0.826 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1608749 1 0.2714 0.826 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1608750 1 0.2714 0.826 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1608751 1 0.2773 0.828 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608752 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608756 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608757 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608758 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608759 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608760 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608761 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608762 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608763 1 0.2593 0.823 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1608772 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.1302 0.852 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.1022 0.856 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1608778 2 0.1474 0.849 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.1389 0.850 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.1118 0.854 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1608782 2 0.0921 0.857 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608783 2 0.0921 0.857 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608784 1 0.3943 0.789 0.832 0.028 0.004 0.136
#> SRR1608785 1 0.3994 0.786 0.828 0.028 0.004 0.140
#> SRR1608786 1 0.3943 0.789 0.832 0.028 0.004 0.136
#> SRR1608787 1 0.3943 0.789 0.832 0.028 0.004 0.136
#> SRR1608788 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608789 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608790 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608791 1 0.2714 0.830 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1608792 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608793 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608794 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608795 1 0.2773 0.830 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR1608796 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608797 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608798 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608799 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608800 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608801 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608802 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608803 1 0.4114 0.787 0.828 0.000 0.060 0.112
#> SRR1608812 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608814 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608815 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608816 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608817 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608818 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608819 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608804 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608805 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608806 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608807 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608808 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608809 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608810 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608811 2 0.5562 0.532 0.392 0.588 0.008 0.012
#> SRR1608822 1 0.2469 0.824 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608823 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608824 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608825 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608826 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608827 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608828 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608829 1 0.2530 0.822 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608820 1 0.2216 0.830 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608821 1 0.2149 0.832 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1608830 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608831 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608832 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608833 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608834 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608835 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608836 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608837 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608839 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608840 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608841 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608842 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608843 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608844 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608845 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608846 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608855 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608856 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608857 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608858 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608859 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608860 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608861 1 0.1007 0.847 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1608862 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608863 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608864 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608865 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608866 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608867 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608868 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608869 1 0.0859 0.847 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1608870 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608871 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608872 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608873 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608874 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608875 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608876 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608877 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608878 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608880 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608881 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608882 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608883 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608884 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608885 1 0.1970 0.833 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1608886 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608887 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608888 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608889 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608890 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608891 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608892 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608893 1 0.1975 0.839 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1608894 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608895 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608896 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608897 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608898 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608899 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608901 1 0.2704 0.815 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608902 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608903 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608904 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608905 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608906 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608907 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608908 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608909 1 0.0707 0.849 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1608910 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608911 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608912 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608913 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608914 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608915 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608916 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608917 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608918 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608919 3 0.0000 0.943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608920 3 0.5069 0.486 0.320 0.000 0.664 0.016
#> SRR1608921 3 0.5069 0.486 0.320 0.000 0.664 0.016
#> SRR1608922 3 0.1042 0.924 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1608923 3 0.1042 0.924 0.020 0.000 0.972 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 3 0.7000 -0.09334 0.052 0.392 0.444 0.112 0.000
#> SRR1608491 3 0.6996 -0.07802 0.052 0.388 0.448 0.112 0.000
#> SRR1608492 3 0.6996 -0.07802 0.052 0.388 0.448 0.112 0.000
#> SRR1608493 3 0.7033 -0.10359 0.052 0.392 0.440 0.116 0.000
#> SRR1608494 4 0.2672 0.57621 0.116 0.008 0.004 0.872 0.000
#> SRR1608495 4 0.2722 0.57408 0.120 0.008 0.004 0.868 0.000
#> SRR1608496 4 0.2818 0.56948 0.128 0.008 0.004 0.860 0.000
#> SRR1608497 4 0.2672 0.57621 0.116 0.008 0.004 0.872 0.000
#> SRR1608498 5 0.6260 0.45054 0.000 0.000 0.152 0.372 0.476
#> SRR1608499 5 0.6282 0.45086 0.000 0.000 0.156 0.368 0.476
#> SRR1608500 5 0.6296 0.45624 0.000 0.000 0.160 0.360 0.480
#> SRR1608501 5 0.6282 0.45086 0.000 0.000 0.156 0.368 0.476
#> SRR1608502 4 0.1251 0.60703 0.036 0.008 0.000 0.956 0.000
#> SRR1608503 4 0.1331 0.60683 0.040 0.008 0.000 0.952 0.000
#> SRR1608504 4 0.1408 0.60579 0.044 0.008 0.000 0.948 0.000
#> SRR1608505 4 0.1251 0.60703 0.036 0.008 0.000 0.956 0.000
#> SRR1608510 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608511 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608512 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608513 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608506 4 0.7442 0.57397 0.140 0.196 0.132 0.532 0.000
#> SRR1608507 4 0.7442 0.57397 0.140 0.196 0.132 0.532 0.000
#> SRR1608508 4 0.7442 0.57397 0.140 0.196 0.132 0.532 0.000
#> SRR1608509 4 0.7407 0.57511 0.140 0.196 0.128 0.536 0.000
#> SRR1608514 2 0.1831 0.81106 0.000 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR1608515 2 0.2068 0.81203 0.000 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR1608516 2 0.2124 0.81203 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1608517 2 0.2124 0.81203 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1608518 2 0.1041 0.80218 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1608519 2 0.1041 0.80218 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1608520 2 0.1041 0.80218 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1608521 2 0.1041 0.80218 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1608522 5 0.6309 0.33208 0.000 0.408 0.072 0.032 0.488
#> SRR1608523 5 0.6309 0.33208 0.000 0.408 0.072 0.032 0.488
#> SRR1608524 5 0.6314 0.32332 0.000 0.412 0.072 0.032 0.484
#> SRR1608525 5 0.6309 0.33208 0.000 0.408 0.072 0.032 0.488
#> SRR1608526 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608527 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608528 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608529 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608530 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608531 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608532 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608533 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608534 2 0.4424 0.71135 0.000 0.728 0.048 0.224 0.000
#> SRR1608535 2 0.4519 0.70228 0.000 0.720 0.052 0.228 0.000
#> SRR1608536 2 0.4453 0.70600 0.000 0.724 0.048 0.228 0.000
#> SRR1608537 2 0.4394 0.71654 0.000 0.732 0.048 0.220 0.000
#> SRR1608538 2 0.3536 0.79218 0.000 0.812 0.032 0.156 0.000
#> SRR1608539 2 0.3536 0.79218 0.000 0.812 0.032 0.156 0.000
#> SRR1608540 2 0.3536 0.79218 0.000 0.812 0.032 0.156 0.000
#> SRR1608541 2 0.3536 0.79218 0.000 0.812 0.032 0.156 0.000
#> SRR1608542 2 0.4238 0.72757 0.000 0.756 0.052 0.192 0.000
#> SRR1608543 2 0.4238 0.72757 0.000 0.756 0.052 0.192 0.000
#> SRR1608544 2 0.4238 0.73285 0.000 0.756 0.052 0.192 0.000
#> SRR1608545 2 0.4272 0.73315 0.000 0.752 0.052 0.196 0.000
#> SRR1608546 2 0.2605 0.80347 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608547 2 0.2605 0.80347 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608548 2 0.2605 0.80347 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608549 2 0.2605 0.80347 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608550 2 0.2929 0.80075 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608551 2 0.2929 0.80075 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608552 2 0.2929 0.80075 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608553 2 0.3039 0.79966 0.000 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR1608554 2 0.2929 0.80075 0.000 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR1608555 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608556 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608557 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608558 2 0.1569 0.78507 0.044 0.944 0.008 0.004 0.000
#> SRR1608559 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608560 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608561 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608562 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608563 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608564 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608565 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608566 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608567 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608568 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608574 2 0.0404 0.79982 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608575 2 0.0290 0.79838 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608576 2 0.0290 0.79838 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608577 2 0.0703 0.79981 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608578 2 0.0290 0.79838 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608569 2 0.0963 0.79922 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608570 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608571 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608572 2 0.0963 0.79922 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1608573 2 0.0880 0.80087 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1608584 2 0.2516 0.80510 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1608585 2 0.2377 0.80800 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1608586 2 0.2471 0.80628 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1608587 2 0.2516 0.80510 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1608588 2 0.2516 0.80510 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1608579 2 0.0324 0.79555 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608580 2 0.0324 0.79555 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608581 2 0.0324 0.79555 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608582 2 0.0162 0.79529 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608583 2 0.0451 0.79550 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608589 5 0.4237 0.77674 0.000 0.012 0.112 0.080 0.796
#> SRR1608590 2 0.1885 0.78149 0.044 0.932 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608591 2 0.1885 0.78149 0.044 0.932 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608592 2 0.1885 0.78149 0.044 0.932 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608593 2 0.1885 0.78149 0.044 0.932 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608594 2 0.2313 0.77476 0.044 0.912 0.040 0.004 0.000
#> SRR1608595 2 0.1668 0.78196 0.000 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1608596 2 0.1485 0.78876 0.000 0.948 0.020 0.032 0.000
#> SRR1608597 2 0.1485 0.78876 0.000 0.948 0.020 0.032 0.000
#> SRR1608598 2 0.1668 0.78196 0.000 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1608599 2 0.0451 0.79550 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608600 2 0.0451 0.79550 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608601 2 0.0451 0.79550 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608602 2 0.0451 0.79550 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608603 2 0.5042 0.71844 0.000 0.724 0.012 0.168 0.096
#> SRR1608604 2 0.4992 0.72366 0.000 0.728 0.012 0.168 0.092
#> SRR1608605 2 0.5092 0.71338 0.000 0.720 0.012 0.168 0.100
#> SRR1608606 2 0.5141 0.70789 0.000 0.716 0.012 0.168 0.104
#> SRR1608607 3 0.7678 -0.04536 0.084 0.212 0.464 0.240 0.000
#> SRR1608608 3 0.7678 -0.04536 0.084 0.212 0.464 0.240 0.000
#> SRR1608609 3 0.7678 -0.04536 0.084 0.212 0.464 0.240 0.000
#> SRR1608610 3 0.7635 -0.04369 0.080 0.212 0.468 0.240 0.000
#> SRR1608611 3 0.7678 -0.04536 0.084 0.212 0.464 0.240 0.000
#> SRR1608612 3 0.7678 -0.04536 0.084 0.212 0.464 0.240 0.000
#> SRR1608613 3 0.1992 0.70450 0.032 0.000 0.924 0.044 0.000
#> SRR1608614 3 0.2067 0.70112 0.032 0.000 0.920 0.048 0.000
#> SRR1608615 3 0.1992 0.70450 0.032 0.000 0.924 0.044 0.000
#> SRR1608616 3 0.1992 0.70450 0.032 0.000 0.924 0.044 0.000
#> SRR1608617 3 0.1992 0.70450 0.032 0.000 0.924 0.044 0.000
#> SRR1608618 3 0.1992 0.70450 0.032 0.000 0.924 0.044 0.000
#> SRR1608619 5 0.4940 0.65135 0.092 0.000 0.188 0.004 0.716
#> SRR1608620 5 0.4940 0.65135 0.092 0.000 0.188 0.004 0.716
#> SRR1608621 2 0.5649 0.64660 0.068 0.680 0.044 0.208 0.000
#> SRR1608622 2 0.5590 0.65334 0.064 0.684 0.044 0.208 0.000
#> SRR1608623 4 0.7557 0.56954 0.140 0.204 0.140 0.516 0.000
#> SRR1608624 2 0.6742 0.45782 0.076 0.572 0.092 0.260 0.000
#> SRR1608625 2 0.6681 0.47579 0.076 0.584 0.092 0.248 0.000
#> SRR1608626 2 0.6722 0.46688 0.076 0.576 0.092 0.256 0.000
#> SRR1608627 2 0.6787 0.44866 0.076 0.568 0.096 0.260 0.000
#> SRR1608628 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608629 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608630 2 0.2605 0.80253 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1608634 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 2 0.8318 -0.13671 0.148 0.352 0.284 0.216 0.000
#> SRR1608632 2 0.8261 -0.04523 0.156 0.388 0.248 0.208 0.000
#> SRR1608633 2 0.8229 -0.00199 0.164 0.404 0.224 0.208 0.000
#> SRR1608642 5 0.6825 0.52062 0.008 0.024 0.244 0.168 0.556
#> SRR1608638 5 0.2488 0.80164 0.000 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1608639 5 0.2488 0.80164 0.000 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1608640 5 0.2488 0.80164 0.000 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1608641 5 0.2488 0.80164 0.000 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1608643 4 0.7906 0.30309 0.172 0.340 0.104 0.384 0.000
#> SRR1608644 4 0.7906 0.30309 0.172 0.340 0.104 0.384 0.000
#> SRR1608645 4 0.7906 0.30309 0.172 0.340 0.104 0.384 0.000
#> SRR1608646 4 0.7672 0.56358 0.156 0.192 0.148 0.504 0.000
#> SRR1608647 4 0.7672 0.56358 0.156 0.192 0.148 0.504 0.000
#> SRR1608648 4 0.7672 0.56358 0.156 0.192 0.148 0.504 0.000
#> SRR1608657 5 0.0510 0.87260 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608658 5 0.0510 0.87260 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608659 5 0.0510 0.87260 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608660 5 0.0510 0.87260 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1608661 5 0.0609 0.87146 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608662 5 0.0609 0.87146 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608663 5 0.0609 0.87146 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608664 5 0.0609 0.87146 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608649 2 0.6258 0.55931 0.064 0.628 0.080 0.228 0.000
#> SRR1608650 2 0.6258 0.55931 0.064 0.628 0.080 0.228 0.000
#> SRR1608651 2 0.6258 0.55931 0.064 0.628 0.080 0.228 0.000
#> SRR1608652 2 0.6258 0.55931 0.064 0.628 0.080 0.228 0.000
#> SRR1608653 2 0.6122 0.58070 0.060 0.644 0.080 0.216 0.000
#> SRR1608654 2 0.5985 0.59860 0.060 0.660 0.076 0.204 0.000
#> SRR1608655 2 0.6094 0.58752 0.060 0.648 0.080 0.212 0.000
#> SRR1608656 2 0.6038 0.59438 0.060 0.656 0.080 0.204 0.000
#> SRR1608665 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608666 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608667 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608668 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608669 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608670 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608671 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608672 4 0.1243 0.60416 0.028 0.008 0.004 0.960 0.000
#> SRR1608681 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608682 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608683 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608684 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608685 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608686 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608687 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608688 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608673 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608674 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608675 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608676 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608677 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608678 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608679 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608680 4 0.5797 0.27035 0.072 0.324 0.016 0.588 0.000
#> SRR1608689 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608690 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608691 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608692 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608693 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608694 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608695 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608696 4 0.0290 0.60096 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1608697 4 0.7224 0.39172 0.352 0.164 0.044 0.440 0.000
#> SRR1608698 4 0.7224 0.39172 0.352 0.164 0.044 0.440 0.000
#> SRR1608699 4 0.7224 0.39172 0.352 0.164 0.044 0.440 0.000
#> SRR1608700 4 0.7230 0.38613 0.356 0.164 0.044 0.436 0.000
#> SRR1608701 4 0.7212 0.40246 0.344 0.164 0.044 0.448 0.000
#> SRR1608702 4 0.7212 0.40246 0.344 0.164 0.044 0.448 0.000
#> SRR1608703 4 0.7212 0.40246 0.344 0.164 0.044 0.448 0.000
#> SRR1608704 4 0.7212 0.40246 0.344 0.164 0.044 0.448 0.000
#> SRR1608705 2 0.3368 0.79447 0.000 0.820 0.024 0.156 0.000
#> SRR1608706 2 0.3368 0.79447 0.000 0.820 0.024 0.156 0.000
#> SRR1608707 2 0.3278 0.79566 0.000 0.824 0.020 0.156 0.000
#> SRR1608708 2 0.3278 0.79566 0.000 0.824 0.020 0.156 0.000
#> SRR1608709 2 0.3409 0.79301 0.000 0.816 0.024 0.160 0.000
#> SRR1608710 2 0.3409 0.79301 0.000 0.816 0.024 0.160 0.000
#> SRR1608711 2 0.3409 0.79301 0.000 0.816 0.024 0.160 0.000
#> SRR1608712 2 0.3409 0.79385 0.000 0.816 0.024 0.160 0.000
#> SRR1608713 4 0.6400 0.59010 0.140 0.152 0.068 0.640 0.000
#> SRR1608714 4 0.5972 0.59287 0.136 0.136 0.052 0.676 0.000
#> SRR1608715 4 0.6470 0.58957 0.140 0.160 0.068 0.632 0.000
#> SRR1608716 2 0.1978 0.80943 0.024 0.928 0.004 0.044 0.000
#> SRR1608717 2 0.1739 0.80434 0.024 0.940 0.004 0.032 0.000
#> SRR1608718 2 0.1822 0.80637 0.024 0.936 0.004 0.036 0.000
#> SRR1608719 2 0.1822 0.80637 0.024 0.936 0.004 0.036 0.000
#> SRR1608724 4 0.7269 0.39925 0.344 0.164 0.048 0.444 0.000
#> SRR1608725 4 0.7269 0.39925 0.344 0.164 0.048 0.444 0.000
#> SRR1608726 4 0.7269 0.39925 0.344 0.164 0.048 0.444 0.000
#> SRR1608727 4 0.7269 0.39925 0.344 0.164 0.048 0.444 0.000
#> SRR1608720 4 0.7974 0.30010 0.172 0.356 0.112 0.360 0.000
#> SRR1608721 4 0.7941 0.29515 0.172 0.344 0.108 0.376 0.000
#> SRR1608722 4 0.7943 0.29496 0.172 0.348 0.108 0.372 0.000
#> SRR1608723 4 0.7944 0.29392 0.172 0.352 0.108 0.368 0.000
#> SRR1608728 5 0.6803 0.54519 0.008 0.024 0.224 0.180 0.564
#> SRR1608729 5 0.6803 0.54519 0.008 0.024 0.224 0.180 0.564
#> SRR1608730 5 0.6803 0.54519 0.008 0.024 0.224 0.180 0.564
#> SRR1608731 5 0.6803 0.54519 0.008 0.024 0.224 0.180 0.564
#> SRR1608732 5 0.6803 0.54519 0.008 0.024 0.224 0.180 0.564
#> SRR1608733 5 0.6803 0.54519 0.008 0.024 0.224 0.180 0.564
#> SRR1608734 5 0.6780 0.55141 0.008 0.024 0.220 0.180 0.568
#> SRR1608735 5 0.6780 0.55141 0.008 0.024 0.220 0.180 0.568
#> SRR1608736 2 0.6885 0.42563 0.084 0.576 0.112 0.228 0.000
#> SRR1608737 2 0.6844 0.43435 0.084 0.580 0.108 0.228 0.000
#> SRR1608738 2 0.6925 0.41774 0.084 0.572 0.116 0.228 0.000
#> SRR1608739 2 0.6908 0.41497 0.084 0.572 0.112 0.232 0.000
#> SRR1608740 2 0.6885 0.42563 0.084 0.576 0.112 0.228 0.000
#> SRR1608741 2 0.6844 0.43435 0.084 0.580 0.108 0.228 0.000
#> SRR1608742 2 0.6844 0.43435 0.084 0.580 0.108 0.228 0.000
#> SRR1608743 2 0.6885 0.42563 0.084 0.576 0.112 0.228 0.000
#> SRR1608744 1 0.7412 -0.21400 0.428 0.144 0.068 0.360 0.000
#> SRR1608745 1 0.7762 -0.31710 0.372 0.168 0.088 0.372 0.000
#> SRR1608746 1 0.7508 -0.23611 0.416 0.152 0.072 0.360 0.000
#> SRR1608747 1 0.7632 -0.24861 0.404 0.152 0.084 0.360 0.000
#> SRR1608748 4 0.7762 0.29763 0.372 0.168 0.088 0.372 0.000
#> SRR1608749 1 0.7844 -0.31077 0.368 0.164 0.100 0.368 0.000
#> SRR1608750 1 0.7607 -0.30274 0.388 0.168 0.072 0.372 0.000
#> SRR1608751 1 0.7563 -0.28950 0.396 0.168 0.068 0.368 0.000
#> SRR1608752 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608753 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608754 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608755 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608764 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608765 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608766 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608767 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608768 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608769 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608770 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608771 5 0.0162 0.87480 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1608756 4 0.8251 0.37360 0.152 0.188 0.292 0.368 0.000
#> SRR1608757 4 0.8315 0.38380 0.168 0.188 0.280 0.364 0.000
#> SRR1608758 4 0.8238 0.38614 0.152 0.188 0.284 0.376 0.000
#> SRR1608759 4 0.8270 0.39191 0.164 0.184 0.276 0.376 0.000
#> SRR1608760 4 0.8321 0.37762 0.168 0.188 0.284 0.360 0.000
#> SRR1608761 4 0.8312 0.39798 0.172 0.188 0.268 0.372 0.000
#> SRR1608762 4 0.8333 0.38137 0.172 0.188 0.280 0.360 0.000
#> SRR1608763 4 0.8333 0.38137 0.172 0.188 0.280 0.360 0.000
#> SRR1608772 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608773 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608774 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608775 5 0.0963 0.86505 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1608776 2 0.4503 0.75710 0.052 0.788 0.040 0.120 0.000
#> SRR1608777 2 0.4184 0.77215 0.048 0.808 0.032 0.112 0.000
#> SRR1608778 2 0.4503 0.75710 0.052 0.788 0.040 0.120 0.000
#> SRR1608779 2 0.4427 0.75958 0.052 0.792 0.036 0.120 0.000
#> SRR1608780 2 0.4262 0.76929 0.048 0.804 0.036 0.112 0.000
#> SRR1608782 2 0.4184 0.77215 0.048 0.808 0.032 0.112 0.000
#> SRR1608783 2 0.4184 0.77215 0.048 0.808 0.032 0.112 0.000
#> SRR1608784 4 0.7627 0.56529 0.152 0.200 0.140 0.508 0.000
#> SRR1608785 4 0.7627 0.56529 0.152 0.200 0.140 0.508 0.000
#> SRR1608786 4 0.7627 0.56529 0.152 0.200 0.140 0.508 0.000
#> SRR1608787 4 0.7627 0.56529 0.152 0.200 0.140 0.508 0.000
#> SRR1608788 1 0.5595 0.33273 0.632 0.080 0.012 0.276 0.000
#> SRR1608789 1 0.5551 0.31029 0.624 0.080 0.008 0.288 0.000
#> SRR1608790 1 0.5427 0.36370 0.648 0.080 0.008 0.264 0.000
#> SRR1608791 1 0.5351 0.38209 0.656 0.076 0.008 0.260 0.000
#> SRR1608792 1 0.5551 0.31029 0.624 0.080 0.008 0.288 0.000
#> SRR1608793 1 0.5551 0.31029 0.624 0.080 0.008 0.288 0.000
#> SRR1608794 1 0.5551 0.31029 0.624 0.080 0.008 0.288 0.000
#> SRR1608795 1 0.5551 0.31029 0.624 0.080 0.008 0.288 0.000
#> SRR1608796 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608797 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608798 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608799 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608800 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608801 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608802 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608803 3 0.2230 0.74234 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608805 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608806 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608807 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608808 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608809 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608810 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608811 3 0.0609 0.72071 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.1121 0.78560 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.1197 0.78099 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1608830 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608855 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608856 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608857 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608858 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608859 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608860 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608861 3 0.4201 0.30519 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608862 3 0.3675 0.70192 0.216 0.008 0.772 0.004 0.000
#> SRR1608863 3 0.3643 0.70373 0.212 0.008 0.776 0.004 0.000
#> SRR1608864 3 0.3675 0.70192 0.216 0.008 0.772 0.004 0.000
#> SRR1608865 3 0.3643 0.70477 0.212 0.008 0.776 0.004 0.000
#> SRR1608866 3 0.3519 0.70247 0.216 0.008 0.776 0.000 0.000
#> SRR1608867 3 0.3675 0.70192 0.216 0.008 0.772 0.004 0.000
#> SRR1608868 3 0.3611 0.70622 0.208 0.008 0.780 0.004 0.000
#> SRR1608869 3 0.3643 0.70373 0.212 0.008 0.776 0.004 0.000
#> SRR1608870 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608871 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608872 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608873 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608874 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608875 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608876 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608877 1 0.0324 0.82614 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608878 3 0.2377 0.74145 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1608880 3 0.2424 0.74061 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1608881 3 0.2377 0.74145 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1608882 3 0.2377 0.74145 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1608883 3 0.2471 0.73951 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1608884 3 0.2377 0.74145 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1608885 3 0.2424 0.74061 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1608886 3 0.3612 0.64962 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1608887 3 0.3612 0.64977 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1608888 3 0.3661 0.64183 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1608889 3 0.3661 0.64183 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1608890 3 0.3661 0.64183 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1608891 3 0.3636 0.64589 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1608892 3 0.3661 0.64274 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1608893 3 0.3661 0.64183 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.82997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 5 0.0000 0.87509 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 3 0.2625 0.74007 0.108 0.000 0.876 0.000 0.016
#> SRR1608921 3 0.2625 0.74007 0.108 0.000 0.876 0.000 0.016
#> SRR1608922 5 0.4480 0.72034 0.092 0.000 0.128 0.008 0.772
#> SRR1608923 5 0.4480 0.72034 0.092 0.000 0.128 0.008 0.772
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 1 0.5617 0.266 0.516 0.352 0.124 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608491 1 0.5617 0.266 0.516 0.352 0.124 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608492 1 0.5617 0.266 0.516 0.352 0.124 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608493 1 0.5617 0.266 0.516 0.352 0.124 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.3616 0.729 0.000 0.000 0.076 0.792 0.000 0.132
#> SRR1608495 4 0.3616 0.729 0.000 0.000 0.076 0.792 0.000 0.132
#> SRR1608496 4 0.3616 0.729 0.000 0.000 0.076 0.792 0.000 0.132
#> SRR1608497 4 0.3616 0.729 0.000 0.000 0.076 0.792 0.000 0.132
#> SRR1608498 4 0.4767 0.339 0.076 0.000 0.000 0.620 0.304 0.000
#> SRR1608499 4 0.4767 0.339 0.076 0.000 0.000 0.620 0.304 0.000
#> SRR1608500 4 0.4767 0.339 0.076 0.000 0.000 0.620 0.304 0.000
#> SRR1608501 4 0.4767 0.339 0.076 0.000 0.000 0.620 0.304 0.000
#> SRR1608502 4 0.3492 0.744 0.000 0.008 0.064 0.816 0.000 0.112
#> SRR1608503 4 0.3492 0.744 0.000 0.008 0.064 0.816 0.000 0.112
#> SRR1608504 4 0.3492 0.744 0.000 0.008 0.064 0.816 0.000 0.112
#> SRR1608505 4 0.3492 0.744 0.000 0.008 0.064 0.816 0.000 0.112
#> SRR1608510 2 0.0146 0.891 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0146 0.891 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0146 0.891 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0146 0.891 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608506 3 0.7766 0.124 0.108 0.080 0.376 0.348 0.000 0.088
#> SRR1608507 3 0.7825 0.140 0.108 0.080 0.376 0.340 0.000 0.096
#> SRR1608508 3 0.7902 0.134 0.120 0.080 0.368 0.336 0.000 0.096
#> SRR1608509 3 0.7793 0.119 0.112 0.080 0.372 0.348 0.000 0.088
#> SRR1608514 2 0.1572 0.892 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.1572 0.892 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.1644 0.890 0.000 0.932 0.040 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.1644 0.890 0.000 0.932 0.040 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0458 0.892 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0458 0.892 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0458 0.892 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0458 0.892 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.3043 0.699 0.000 0.796 0.004 0.004 0.196 0.000
#> SRR1608523 2 0.2979 0.710 0.000 0.804 0.004 0.004 0.188 0.000
#> SRR1608524 2 0.3043 0.699 0.000 0.796 0.004 0.004 0.196 0.000
#> SRR1608525 2 0.2979 0.710 0.000 0.804 0.004 0.004 0.188 0.000
#> SRR1608526 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0717 0.896 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0717 0.896 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0717 0.896 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0717 0.896 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608534 3 0.4847 0.407 0.012 0.352 0.592 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608535 3 0.4835 0.415 0.012 0.348 0.596 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608536 3 0.4847 0.407 0.012 0.352 0.592 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608537 3 0.4835 0.409 0.012 0.348 0.596 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.4187 0.763 0.000 0.736 0.168 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608539 2 0.4187 0.763 0.000 0.736 0.168 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608540 2 0.4187 0.763 0.000 0.736 0.168 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608541 2 0.4187 0.763 0.000 0.736 0.168 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608542 3 0.4843 0.375 0.016 0.364 0.584 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608543 3 0.4864 0.357 0.016 0.372 0.576 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608544 3 0.4864 0.348 0.016 0.372 0.576 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608545 3 0.4924 0.335 0.016 0.372 0.572 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.2119 0.879 0.000 0.904 0.036 0.060 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.2258 0.876 0.000 0.896 0.044 0.060 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.2119 0.879 0.000 0.904 0.036 0.060 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.2325 0.875 0.000 0.892 0.048 0.060 0.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.3678 0.812 0.000 0.788 0.128 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.3595 0.819 0.000 0.796 0.120 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.3595 0.819 0.000 0.796 0.120 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.3727 0.809 0.000 0.784 0.128 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.3637 0.816 0.000 0.792 0.124 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.2575 0.845 0.004 0.880 0.072 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.2507 0.846 0.004 0.884 0.072 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.2507 0.846 0.004 0.884 0.072 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.2631 0.840 0.004 0.876 0.076 0.044 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.2675 0.838 0.008 0.876 0.076 0.040 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.1176 0.897 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.1261 0.896 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.1176 0.897 0.000 0.956 0.020 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0717 0.897 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.1261 0.896 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.1341 0.895 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.1257 0.895 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.1257 0.895 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.1341 0.895 0.000 0.948 0.024 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.1257 0.895 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0146 0.894 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0146 0.894 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0146 0.894 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0146 0.894 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0146 0.894 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.1168 0.896 0.000 0.956 0.016 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.1168 0.896 0.000 0.956 0.016 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.1168 0.896 0.000 0.956 0.016 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.1074 0.896 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.1074 0.896 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 5 0.5183 0.634 0.060 0.172 0.000 0.068 0.696 0.004
#> SRR1608590 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0713 0.896 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0632 0.896 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.2854 0.845 0.012 0.860 0.004 0.108 0.016 0.000
#> SRR1608604 2 0.2807 0.848 0.012 0.864 0.004 0.104 0.016 0.000
#> SRR1608605 2 0.2854 0.845 0.012 0.860 0.004 0.108 0.016 0.000
#> SRR1608606 2 0.2854 0.845 0.012 0.860 0.004 0.108 0.016 0.000
#> SRR1608607 3 0.2364 0.635 0.072 0.032 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608608 3 0.2344 0.644 0.048 0.052 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608609 3 0.2307 0.636 0.068 0.032 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608610 3 0.2364 0.635 0.072 0.032 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608611 3 0.2364 0.635 0.072 0.032 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608612 3 0.2333 0.640 0.060 0.040 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608613 1 0.2340 0.743 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608614 1 0.2340 0.743 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608615 1 0.2340 0.743 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608616 1 0.2340 0.743 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608617 1 0.2340 0.743 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608618 1 0.2340 0.743 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608619 5 0.4703 0.670 0.152 0.004 0.000 0.020 0.728 0.096
#> SRR1608620 5 0.4703 0.670 0.152 0.004 0.000 0.020 0.728 0.096
#> SRR1608621 3 0.4362 0.434 0.028 0.388 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.4199 0.449 0.020 0.380 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 3 0.8113 0.156 0.152 0.084 0.364 0.300 0.000 0.100
#> SRR1608624 3 0.4757 0.559 0.084 0.280 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.4620 0.549 0.068 0.292 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.4729 0.555 0.080 0.284 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.4887 0.552 0.096 0.280 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.1010 0.893 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.1010 0.893 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.1010 0.893 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608634 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 3 0.8733 0.323 0.200 0.248 0.276 0.164 0.000 0.112
#> SRR1608632 3 0.8741 0.318 0.200 0.244 0.276 0.168 0.000 0.112
#> SRR1608633 3 0.8741 0.318 0.200 0.244 0.276 0.168 0.000 0.112
#> SRR1608642 5 0.7529 0.178 0.176 0.056 0.008 0.296 0.428 0.036
#> SRR1608638 5 0.2346 0.831 0.084 0.004 0.000 0.016 0.892 0.004
#> SRR1608639 5 0.2346 0.831 0.084 0.004 0.000 0.016 0.892 0.004
#> SRR1608640 5 0.2346 0.831 0.084 0.004 0.000 0.016 0.892 0.004
#> SRR1608641 5 0.2346 0.831 0.084 0.004 0.000 0.016 0.892 0.004
#> SRR1608643 3 0.3882 0.655 0.036 0.072 0.824 0.024 0.000 0.044
#> SRR1608644 3 0.3790 0.653 0.036 0.060 0.832 0.028 0.000 0.044
#> SRR1608645 3 0.3864 0.652 0.036 0.060 0.828 0.032 0.000 0.044
#> SRR1608646 4 0.8591 0.156 0.236 0.060 0.196 0.292 0.004 0.212
#> SRR1608647 4 0.8591 0.156 0.236 0.060 0.196 0.292 0.004 0.212
#> SRR1608648 4 0.8593 0.156 0.236 0.060 0.200 0.292 0.004 0.208
#> SRR1608657 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608658 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608659 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608660 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608661 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608662 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608663 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608664 5 0.0937 0.879 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1608649 3 0.4377 0.530 0.044 0.312 0.644 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.4316 0.532 0.040 0.312 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.4393 0.523 0.044 0.316 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.4252 0.533 0.036 0.312 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608653 3 0.3758 0.576 0.016 0.284 0.700 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608654 3 0.3670 0.576 0.012 0.284 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608655 3 0.3758 0.576 0.016 0.284 0.700 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608656 3 0.3670 0.576 0.012 0.284 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608665 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608666 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608667 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608668 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608669 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608670 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608671 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608672 4 0.3453 0.734 0.000 0.000 0.064 0.804 0.000 0.132
#> SRR1608681 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608682 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608683 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608684 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608685 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608686 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608687 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608688 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608673 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608674 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608675 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608676 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608677 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608678 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608679 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608680 4 0.1793 0.748 0.000 0.032 0.036 0.928 0.000 0.004
#> SRR1608689 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608690 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608691 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608692 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608693 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608694 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608695 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608696 4 0.0260 0.769 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608697 3 0.4212 0.488 0.000 0.000 0.688 0.048 0.000 0.264
#> SRR1608698 3 0.4122 0.509 0.000 0.000 0.704 0.048 0.000 0.248
#> SRR1608699 3 0.4274 0.469 0.000 0.000 0.676 0.048 0.000 0.276
#> SRR1608700 3 0.4254 0.476 0.000 0.000 0.680 0.048 0.000 0.272
#> SRR1608701 3 0.4233 0.482 0.000 0.000 0.684 0.048 0.000 0.268
#> SRR1608702 3 0.4274 0.469 0.000 0.000 0.676 0.048 0.000 0.276
#> SRR1608703 3 0.4233 0.482 0.000 0.000 0.684 0.048 0.000 0.268
#> SRR1608704 3 0.4254 0.476 0.000 0.000 0.680 0.048 0.000 0.272
#> SRR1608705 2 0.4314 0.745 0.000 0.720 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608706 2 0.4314 0.745 0.000 0.720 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608707 2 0.4314 0.745 0.000 0.720 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608708 2 0.4314 0.745 0.000 0.720 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608709 2 0.4452 0.742 0.004 0.716 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608710 2 0.4452 0.742 0.004 0.716 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608711 2 0.4452 0.742 0.004 0.716 0.184 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608712 2 0.4390 0.751 0.004 0.724 0.176 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608713 4 0.7875 0.294 0.140 0.056 0.228 0.436 0.000 0.140
#> SRR1608714 4 0.7834 0.308 0.140 0.056 0.224 0.444 0.000 0.136
#> SRR1608715 4 0.7924 0.286 0.140 0.056 0.228 0.428 0.000 0.148
#> SRR1608716 2 0.1765 0.853 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.1556 0.863 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.1663 0.858 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.1610 0.860 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608724 3 0.3766 0.557 0.000 0.000 0.748 0.040 0.000 0.212
#> SRR1608725 3 0.3892 0.552 0.000 0.000 0.740 0.048 0.000 0.212
#> SRR1608726 3 0.3766 0.557 0.000 0.000 0.748 0.040 0.000 0.212
#> SRR1608727 3 0.3830 0.555 0.000 0.000 0.744 0.044 0.000 0.212
#> SRR1608720 3 0.5909 0.552 0.184 0.160 0.616 0.024 0.000 0.016
#> SRR1608721 3 0.5763 0.582 0.152 0.172 0.636 0.024 0.000 0.016
#> SRR1608722 3 0.5796 0.569 0.168 0.160 0.632 0.024 0.000 0.016
#> SRR1608723 3 0.5765 0.570 0.168 0.156 0.636 0.024 0.000 0.016
#> SRR1608728 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608729 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608730 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608731 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608732 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608733 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608734 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608735 5 0.7293 0.261 0.136 0.056 0.008 0.296 0.468 0.036
#> SRR1608736 3 0.4497 0.593 0.060 0.260 0.676 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608737 3 0.4770 0.581 0.080 0.264 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608738 3 0.4476 0.598 0.060 0.256 0.680 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608739 3 0.4421 0.599 0.056 0.256 0.684 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608740 3 0.4770 0.581 0.080 0.264 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608741 3 0.4770 0.581 0.080 0.264 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608742 3 0.4742 0.578 0.076 0.268 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608743 3 0.4770 0.581 0.080 0.264 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608744 3 0.3301 0.583 0.000 0.000 0.788 0.024 0.000 0.188
#> SRR1608745 3 0.3345 0.585 0.000 0.000 0.788 0.028 0.000 0.184
#> SRR1608746 3 0.3301 0.583 0.000 0.000 0.788 0.024 0.000 0.188
#> SRR1608747 3 0.3301 0.583 0.000 0.000 0.788 0.024 0.000 0.188
#> SRR1608748 3 0.3345 0.585 0.000 0.000 0.788 0.028 0.000 0.184
#> SRR1608749 3 0.3345 0.585 0.000 0.000 0.788 0.028 0.000 0.184
#> SRR1608750 3 0.3345 0.585 0.000 0.000 0.788 0.028 0.000 0.184
#> SRR1608751 3 0.3345 0.585 0.000 0.000 0.788 0.028 0.000 0.184
#> SRR1608752 5 0.0779 0.888 0.008 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000
#> SRR1608753 5 0.0779 0.888 0.008 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000
#> SRR1608754 5 0.0779 0.888 0.008 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000
#> SRR1608755 5 0.0779 0.888 0.008 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000
#> SRR1608764 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608765 5 0.0146 0.894 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608766 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608767 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608768 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608769 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608770 5 0.0146 0.894 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608771 5 0.0146 0.894 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608756 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608757 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608758 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608759 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608760 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608761 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608762 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608763 3 0.3371 0.634 0.000 0.036 0.828 0.020 0.000 0.116
#> SRR1608772 5 0.1841 0.857 0.008 0.008 0.000 0.064 0.920 0.000
#> SRR1608773 5 0.1841 0.857 0.008 0.008 0.000 0.064 0.920 0.000
#> SRR1608774 5 0.1841 0.857 0.008 0.008 0.000 0.064 0.920 0.000
#> SRR1608775 5 0.1841 0.857 0.008 0.008 0.000 0.064 0.920 0.000
#> SRR1608776 2 0.4167 0.471 0.012 0.636 0.344 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.3744 0.667 0.004 0.724 0.256 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608778 2 0.4264 0.385 0.012 0.604 0.376 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.4088 0.472 0.008 0.636 0.348 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.3961 0.625 0.008 0.700 0.276 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608782 2 0.3838 0.686 0.008 0.732 0.240 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608783 2 0.3852 0.659 0.008 0.720 0.256 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608784 4 0.8690 0.145 0.236 0.072 0.212 0.280 0.004 0.196
#> SRR1608785 4 0.8650 0.160 0.236 0.068 0.212 0.288 0.004 0.192
#> SRR1608786 4 0.8690 0.145 0.236 0.072 0.212 0.280 0.004 0.196
#> SRR1608787 4 0.8683 0.152 0.236 0.072 0.208 0.284 0.004 0.196
#> SRR1608788 3 0.3394 0.575 0.000 0.000 0.776 0.024 0.000 0.200
#> SRR1608789 3 0.3424 0.570 0.000 0.000 0.772 0.024 0.000 0.204
#> SRR1608790 3 0.3424 0.572 0.000 0.000 0.772 0.024 0.000 0.204
#> SRR1608791 3 0.3394 0.575 0.000 0.000 0.776 0.024 0.000 0.200
#> SRR1608792 3 0.3424 0.570 0.000 0.000 0.772 0.024 0.000 0.204
#> SRR1608793 3 0.3394 0.575 0.000 0.000 0.776 0.024 0.000 0.200
#> SRR1608794 3 0.3364 0.577 0.000 0.000 0.780 0.024 0.000 0.196
#> SRR1608795 3 0.3424 0.570 0.000 0.000 0.772 0.024 0.000 0.204
#> SRR1608796 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608797 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608798 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608799 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608800 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608801 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608802 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608803 1 0.2266 0.792 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608812 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608814 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608815 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608816 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608817 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608818 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608819 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608804 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608805 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608806 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608807 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608808 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608809 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608810 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608811 1 0.1225 0.755 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1608822 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608823 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608824 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608825 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608826 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608827 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608828 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608829 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608820 6 0.1219 0.853 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948
#> SRR1608821 6 0.1219 0.853 0.048 0.000 0.004 0.000 0.000 0.948
#> SRR1608830 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608831 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608832 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608833 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608834 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608835 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608836 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608837 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608838 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608839 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608840 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608841 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608842 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608843 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608844 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608845 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608855 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608856 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608857 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608858 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608859 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608860 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608861 1 0.4462 0.557 0.660 0.000 0.060 0.000 0.000 0.280
#> SRR1608862 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608863 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608864 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608865 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608866 1 0.3958 0.786 0.764 0.000 0.108 0.000 0.000 0.128
#> SRR1608867 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608868 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608869 1 0.3918 0.787 0.768 0.000 0.108 0.000 0.000 0.124
#> SRR1608870 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608871 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608872 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608873 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608874 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608875 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608876 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608877 6 0.3765 0.400 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608878 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608880 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608881 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608882 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608883 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608884 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608885 1 0.3470 0.762 0.772 0.000 0.028 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608886 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608887 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608888 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608889 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608890 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608891 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608892 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608893 1 0.3841 0.720 0.716 0.000 0.028 0.000 0.000 0.256
#> SRR1608894 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608895 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608896 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608897 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608898 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608899 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608901 6 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608902 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608903 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608904 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608905 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608906 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608907 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608908 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608909 6 0.0146 0.904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608910 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608918 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608919 5 0.0000 0.895 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.3184 0.733 0.836 0.000 0.016 0.000 0.120 0.028
#> SRR1608921 1 0.3184 0.733 0.836 0.000 0.016 0.000 0.120 0.028
#> SRR1608922 5 0.4473 0.701 0.132 0.004 0.000 0.020 0.752 0.092
#> SRR1608923 5 0.4473 0.701 0.132 0.004 0.000 0.020 0.752 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 15583 rows and 430 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.809 0.889 0.955 0.4797 0.513 0.513
#> 3 3 0.969 0.965 0.985 0.3260 0.665 0.447
#> 4 4 0.855 0.882 0.932 0.1552 0.824 0.561
#> 5 5 0.771 0.762 0.871 0.0780 0.887 0.605
#> 6 6 0.725 0.649 0.801 0.0302 0.952 0.776
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1608490 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608498 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608499 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608500 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608501 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608502 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608506 1 0.9963 0.2048 0.536 0.464
#> SRR1608507 1 0.9983 0.1630 0.524 0.476
#> SRR1608508 2 0.9977 0.0348 0.472 0.528
#> SRR1608509 1 0.9909 0.2694 0.556 0.444
#> SRR1608514 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608538 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608539 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608540 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608541 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608589 2 0.2603 0.9214 0.044 0.956
#> SRR1608590 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608607 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608608 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608609 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608610 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608611 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608612 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608619 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608620 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608621 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608623 2 0.5294 0.8344 0.120 0.880
#> SRR1608624 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608634 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608635 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608636 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608637 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608631 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608632 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608633 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608642 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608638 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608639 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608640 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608641 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608643 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608644 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608645 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608646 1 0.9608 0.4367 0.616 0.384
#> SRR1608647 1 0.9358 0.5090 0.648 0.352
#> SRR1608648 1 0.9170 0.5486 0.668 0.332
#> SRR1608657 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608658 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608659 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608660 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608661 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608662 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608663 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608664 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608682 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608683 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608684 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608685 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608686 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608687 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608688 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608673 2 0.7602 0.6930 0.220 0.780
#> SRR1608674 2 0.7453 0.7062 0.212 0.788
#> SRR1608675 2 0.7528 0.6998 0.216 0.784
#> SRR1608676 2 0.8081 0.6460 0.248 0.752
#> SRR1608677 2 0.9850 0.2021 0.428 0.572
#> SRR1608678 1 1.0000 0.0712 0.500 0.500
#> SRR1608679 2 0.9922 0.1306 0.448 0.552
#> SRR1608680 1 0.9977 0.1762 0.528 0.472
#> SRR1608689 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608690 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608691 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608692 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608693 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608694 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608695 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608696 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608697 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608706 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608707 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608708 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608709 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608710 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608711 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608712 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608713 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608714 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608715 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608724 1 0.0938 0.9253 0.988 0.012
#> SRR1608725 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608727 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608720 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608721 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608722 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608723 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608728 1 0.5842 0.8273 0.860 0.140
#> SRR1608729 1 0.6048 0.8185 0.852 0.148
#> SRR1608730 1 0.6148 0.8141 0.848 0.152
#> SRR1608731 1 0.5519 0.8396 0.872 0.128
#> SRR1608732 1 0.5519 0.8397 0.872 0.128
#> SRR1608733 1 0.5178 0.8507 0.884 0.116
#> SRR1608734 1 0.5408 0.8434 0.876 0.124
#> SRR1608735 1 0.5737 0.8315 0.864 0.136
#> SRR1608736 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608737 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608738 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608739 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608740 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608741 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608742 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608743 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608744 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608745 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608746 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608747 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608748 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608749 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608750 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608751 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608752 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608753 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608754 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608755 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608764 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608765 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608766 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608767 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608768 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608769 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608770 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608771 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608756 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608757 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608758 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608759 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608760 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608761 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608762 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608763 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608772 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608773 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608774 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608775 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608784 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608785 2 0.1184 0.9492 0.016 0.984
#> SRR1608786 2 0.0672 0.9564 0.008 0.992
#> SRR1608787 2 0.0938 0.9528 0.012 0.988
#> SRR1608788 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608789 2 0.1414 0.9453 0.020 0.980
#> SRR1608790 2 0.0376 0.9599 0.004 0.996
#> SRR1608791 2 0.0376 0.9599 0.004 0.996
#> SRR1608792 2 0.1633 0.9415 0.024 0.976
#> SRR1608793 2 0.0938 0.9528 0.012 0.988
#> SRR1608794 2 0.1843 0.9376 0.028 0.972
#> SRR1608795 2 0.1414 0.9453 0.020 0.980
#> SRR1608796 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.9323 0.5170 0.652 0.348
#> SRR1608814 1 0.9522 0.4646 0.628 0.372
#> SRR1608815 1 0.9580 0.4459 0.620 0.380
#> SRR1608816 1 0.9661 0.4163 0.608 0.392
#> SRR1608817 1 0.9552 0.4554 0.624 0.376
#> SRR1608818 1 0.9686 0.4061 0.604 0.396
#> SRR1608819 1 0.9635 0.4263 0.612 0.388
#> SRR1608804 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608822 1 0.3733 0.8858 0.928 0.072
#> SRR1608823 1 0.3733 0.8858 0.928 0.072
#> SRR1608824 1 0.4298 0.8738 0.912 0.088
#> SRR1608825 1 0.4431 0.8708 0.908 0.092
#> SRR1608826 1 0.4939 0.8578 0.892 0.108
#> SRR1608827 1 0.3584 0.8886 0.932 0.068
#> SRR1608828 1 0.5178 0.8509 0.884 0.116
#> SRR1608829 1 0.3879 0.8828 0.924 0.076
#> SRR1608820 2 0.0376 0.9599 0.004 0.996
#> SRR1608821 2 0.0376 0.9599 0.004 0.996
#> SRR1608830 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608831 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608832 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608833 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608834 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608835 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608836 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608837 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608846 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608847 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608848 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608849 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608850 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608851 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608852 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608853 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608854 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608855 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608856 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608857 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608858 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608859 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608860 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608861 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608862 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608863 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608864 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608865 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608866 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608867 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608868 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608869 2 0.0000 0.9633 0.000 1.000
#> SRR1608870 1 0.5059 0.8542 0.888 0.112
#> SRR1608871 1 0.5629 0.8356 0.868 0.132
#> SRR1608872 1 0.5629 0.8355 0.868 0.132
#> SRR1608873 1 0.5408 0.8433 0.876 0.124
#> SRR1608874 1 0.4939 0.8577 0.892 0.108
#> SRR1608875 1 0.5737 0.8314 0.864 0.136
#> SRR1608876 1 0.5629 0.8355 0.868 0.132
#> SRR1608877 1 0.4690 0.8642 0.900 0.100
#> SRR1608878 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608880 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608881 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608882 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608883 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608884 1 0.0376 0.9302 0.996 0.004
#> SRR1608885 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608886 2 0.9933 0.1149 0.452 0.548
#> SRR1608887 2 0.9815 0.2275 0.420 0.580
#> SRR1608888 2 0.9661 0.3140 0.392 0.608
#> SRR1608889 2 0.9850 0.2009 0.428 0.572
#> SRR1608890 2 0.9732 0.2781 0.404 0.596
#> SRR1608891 2 0.9795 0.2405 0.416 0.584
#> SRR1608892 2 0.9850 0.2009 0.428 0.572
#> SRR1608893 2 0.9909 0.1448 0.444 0.556
#> SRR1608894 1 0.9393 0.5002 0.644 0.356
#> SRR1608895 1 0.9393 0.5002 0.644 0.356
#> SRR1608896 1 0.9427 0.4916 0.640 0.360
#> SRR1608897 1 0.9427 0.4916 0.640 0.360
#> SRR1608898 1 0.9209 0.5406 0.664 0.336
#> SRR1608899 1 0.9000 0.5778 0.684 0.316
#> SRR1608901 1 0.9044 0.5707 0.680 0.320
#> SRR1608902 2 0.8813 0.5440 0.300 0.700
#> SRR1608903 2 0.8661 0.5688 0.288 0.712
#> SRR1608904 2 0.8267 0.6229 0.260 0.740
#> SRR1608905 2 0.8763 0.5524 0.296 0.704
#> SRR1608906 2 0.8763 0.5524 0.296 0.704
#> SRR1608907 2 0.8327 0.6155 0.264 0.736
#> SRR1608908 2 0.8499 0.5926 0.276 0.724
#> SRR1608909 2 0.8861 0.5354 0.304 0.696
#> SRR1608910 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608911 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608912 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608913 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608914 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608915 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608916 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608917 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608918 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608919 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608920 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608921 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608922 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
#> SRR1608923 1 0.0000 0.9322 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1608490 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608494 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608495 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608496 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608497 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608498 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608499 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608500 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608501 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608502 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608503 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608504 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608505 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608510 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608511 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608512 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608513 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608506 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608507 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608508 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608509 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608514 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608538 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608539 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608540 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608541 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608542 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608543 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608544 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608545 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608546 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608550 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608551 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608552 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608553 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608554 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608555 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608575 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608578 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608589 3 0.5706 0.525 0.000 0.320 0.680
#> SRR1608590 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608604 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608605 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608606 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608607 1 0.5678 0.555 0.684 0.316 0.000
#> SRR1608608 1 0.4842 0.718 0.776 0.224 0.000
#> SRR1608609 1 0.5216 0.661 0.740 0.260 0.000
#> SRR1608610 1 0.5948 0.457 0.640 0.360 0.000
#> SRR1608611 1 0.5859 0.496 0.656 0.344 0.000
#> SRR1608612 1 0.5363 0.633 0.724 0.276 0.000
#> SRR1608613 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608614 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608615 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608616 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608617 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608618 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608619 2 0.1643 0.948 0.000 0.956 0.044
#> SRR1608620 2 0.1860 0.940 0.000 0.948 0.052
#> SRR1608621 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608623 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608624 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608629 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608630 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608634 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608632 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608633 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608642 3 0.0237 0.990 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608638 2 0.4842 0.716 0.000 0.776 0.224
#> SRR1608639 2 0.4750 0.729 0.000 0.784 0.216
#> SRR1608640 2 0.3340 0.864 0.000 0.880 0.120
#> SRR1608641 2 0.3816 0.828 0.000 0.852 0.148
#> SRR1608643 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608644 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608645 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608646 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608647 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608648 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608657 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608649 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608650 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608651 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608652 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608653 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608654 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608655 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608656 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608665 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608666 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608667 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608668 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608669 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608670 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608671 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608672 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608681 1 0.3192 0.865 0.888 0.000 0.112
#> SRR1608682 1 0.3267 0.861 0.884 0.000 0.116
#> SRR1608683 1 0.3482 0.847 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608684 1 0.3116 0.870 0.892 0.000 0.108
#> SRR1608685 1 0.3412 0.851 0.876 0.000 0.124
#> SRR1608686 1 0.3192 0.865 0.888 0.000 0.112
#> SRR1608687 1 0.3482 0.847 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608688 1 0.3482 0.847 0.872 0.000 0.128
#> SRR1608673 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608674 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608675 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608676 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608677 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608678 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608679 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608680 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608689 3 0.1163 0.969 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608690 3 0.1031 0.973 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608691 3 0.1411 0.961 0.036 0.000 0.964
#> SRR1608692 3 0.0747 0.980 0.016 0.000 0.984
#> SRR1608693 3 0.1031 0.973 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608694 3 0.1163 0.969 0.028 0.000 0.972
#> SRR1608695 3 0.1031 0.973 0.024 0.000 0.976
#> SRR1608696 3 0.1289 0.965 0.032 0.000 0.968
#> SRR1608697 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608698 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608699 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608700 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608701 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608702 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608703 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608704 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608705 2 0.0892 0.969 0.020 0.980 0.000
#> SRR1608706 2 0.1860 0.935 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608707 2 0.0592 0.977 0.012 0.988 0.000
#> SRR1608708 2 0.1163 0.961 0.028 0.972 0.000
#> SRR1608709 2 0.3267 0.857 0.116 0.884 0.000
#> SRR1608710 2 0.3551 0.836 0.132 0.868 0.000
#> SRR1608711 2 0.3267 0.857 0.116 0.884 0.000
#> SRR1608712 2 0.3941 0.803 0.156 0.844 0.000
#> SRR1608713 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608714 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608715 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608716 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608724 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608725 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608726 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608727 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608720 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608721 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608722 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608723 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608728 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608736 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608737 2 0.1031 0.965 0.024 0.976 0.000
#> SRR1608738 2 0.0747 0.973 0.016 0.984 0.000
#> SRR1608739 2 0.0237 0.985 0.004 0.996 0.000
#> SRR1608740 2 0.2356 0.912 0.072 0.928 0.000
#> SRR1608741 2 0.1289 0.957 0.032 0.968 0.000
#> SRR1608742 2 0.1860 0.935 0.052 0.948 0.000
#> SRR1608743 2 0.2066 0.926 0.060 0.940 0.000
#> SRR1608744 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608745 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608746 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608747 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608748 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608749 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608750 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608751 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608752 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608764 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608765 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608766 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608767 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608768 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608769 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608770 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608771 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608756 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608757 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608758 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608759 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608760 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608761 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608762 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608763 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608772 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608778 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608782 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608783 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608784 1 0.0424 0.966 0.992 0.008 0.000
#> SRR1608785 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608786 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608787 1 0.0237 0.970 0.996 0.004 0.000
#> SRR1608788 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608789 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608790 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608791 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608792 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608793 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608794 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608795 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608796 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608797 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608798 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608799 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608800 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608801 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608802 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608803 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608812 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608814 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608815 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608816 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608817 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608818 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608819 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608804 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608805 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608806 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608807 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608808 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608809 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608810 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608811 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608821 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608830 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608839 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608840 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608841 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608842 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608843 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608844 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608845 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608846 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.4504 0.760 0.804 0.196 0.000
#> SRR1608863 1 0.4555 0.755 0.800 0.200 0.000
#> SRR1608864 1 0.4605 0.750 0.796 0.204 0.000
#> SRR1608865 1 0.4750 0.734 0.784 0.216 0.000
#> SRR1608866 1 0.4452 0.765 0.808 0.192 0.000
#> SRR1608867 1 0.4121 0.794 0.832 0.168 0.000
#> SRR1608868 1 0.4654 0.745 0.792 0.208 0.000
#> SRR1608869 1 0.4605 0.750 0.796 0.204 0.000
#> SRR1608870 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608871 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608872 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608873 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608874 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608875 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608876 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608877 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608878 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608880 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608881 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608882 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608883 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608884 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608885 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608886 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608887 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608888 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608889 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608890 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608891 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608892 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608893 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608894 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608903 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608904 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608905 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608906 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608907 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608908 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608909 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608910 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608921 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608922 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 3 0.0000 0.993 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1608490 2 0.0921 0.9553 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.0921 0.9553 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.0921 0.9553 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.0921 0.9553 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.1118 0.8754 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1608495 4 0.1118 0.8754 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1608496 4 0.1118 0.8754 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1608497 4 0.1118 0.8754 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1608498 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608499 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608500 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608501 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608502 4 0.0921 0.8738 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608503 4 0.0921 0.8738 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608504 4 0.1022 0.8748 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1608505 4 0.0921 0.8738 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608510 2 0.0336 0.9689 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608511 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608512 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608513 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608506 4 0.1211 0.8761 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608507 4 0.1302 0.8763 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1608508 4 0.1302 0.8763 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1608509 4 0.1211 0.8761 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608514 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.0336 0.9683 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608526 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608527 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608528 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608529 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608531 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608532 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608533 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608534 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608535 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608536 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608537 2 0.0469 0.9672 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608538 4 0.3649 0.6943 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1608539 4 0.3610 0.6987 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1608540 4 0.3123 0.7474 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1608541 4 0.2704 0.7794 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1608542 2 0.0524 0.9686 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608543 2 0.0524 0.9686 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608544 2 0.0524 0.9686 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608545 2 0.0524 0.9686 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1608546 2 0.0817 0.9602 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608547 2 0.0921 0.9575 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608548 2 0.0817 0.9602 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1608549 2 0.0921 0.9575 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608550 2 0.1867 0.9211 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608551 2 0.1792 0.9248 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1608552 2 0.1867 0.9211 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608553 2 0.1940 0.9173 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1608554 2 0.1867 0.9211 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1608555 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608560 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608561 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608562 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608563 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608564 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608575 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608576 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608577 2 0.0336 0.9688 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608578 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608569 2 0.0336 0.9689 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608570 2 0.0336 0.9689 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608571 2 0.0336 0.9689 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608572 2 0.0469 0.9670 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1608573 2 0.0336 0.9689 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608584 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608583 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608589 3 0.4826 0.6058 0.000 0.264 0.716 0.020
#> SRR1608590 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608600 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608601 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608602 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608603 2 0.0921 0.9574 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608604 2 0.1022 0.9546 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1608605 2 0.0921 0.9574 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608606 2 0.0921 0.9574 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1608607 1 0.3908 0.7430 0.784 0.212 0.000 0.004
#> SRR1608608 1 0.4313 0.6832 0.736 0.260 0.000 0.004
#> SRR1608609 1 0.3831 0.7486 0.792 0.204 0.000 0.004
#> SRR1608610 1 0.4188 0.7083 0.752 0.244 0.000 0.004
#> SRR1608611 1 0.4155 0.7135 0.756 0.240 0.000 0.004
#> SRR1608612 1 0.4155 0.7100 0.756 0.240 0.000 0.004
#> SRR1608613 1 0.4222 0.6699 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1608614 1 0.4040 0.7079 0.752 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608615 1 0.3837 0.7361 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR1608616 1 0.3975 0.7184 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1608617 1 0.4008 0.7128 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1608618 1 0.4008 0.7134 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1608619 2 0.5638 0.3484 0.028 0.584 0.388 0.000
#> SRR1608620 2 0.5724 0.2469 0.028 0.548 0.424 0.000
#> SRR1608621 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608622 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608623 4 0.2081 0.8714 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1608624 2 0.0817 0.9583 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608625 2 0.0707 0.9612 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608626 2 0.0707 0.9612 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1608627 2 0.0817 0.9583 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1608628 2 0.0336 0.9687 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608629 2 0.0336 0.9687 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608630 2 0.0336 0.9687 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1608634 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608635 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608636 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608637 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608631 4 0.1716 0.8750 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1608632 4 0.1716 0.8750 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1608633 4 0.1637 0.8752 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1608642 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608638 2 0.5263 0.2127 0.008 0.544 0.448 0.000
#> SRR1608639 2 0.5273 0.1870 0.008 0.536 0.456 0.000
#> SRR1608640 2 0.5138 0.3703 0.008 0.600 0.392 0.000
#> SRR1608641 2 0.5183 0.3282 0.008 0.584 0.408 0.000
#> SRR1608643 4 0.2408 0.8658 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1608644 4 0.2345 0.8672 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1608645 4 0.2281 0.8686 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1608646 4 0.3172 0.8394 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608647 4 0.3074 0.8443 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1608648 4 0.2921 0.8512 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1608657 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608658 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608659 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608660 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608661 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608662 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608663 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608664 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608649 2 0.0188 0.9697 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608650 2 0.0188 0.9697 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608651 2 0.0188 0.9697 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608652 2 0.0188 0.9697 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608653 2 0.0524 0.9681 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1608654 2 0.0804 0.9638 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1608655 2 0.0524 0.9681 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1608656 2 0.0804 0.9622 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1608665 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608666 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608667 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608668 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608669 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608670 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608671 4 0.1211 0.8760 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1608672 4 0.1118 0.8754 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1608681 4 0.1174 0.8718 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR1608682 4 0.1174 0.8718 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR1608683 4 0.1151 0.8668 0.008 0.000 0.024 0.968
#> SRR1608684 4 0.1182 0.8705 0.016 0.000 0.016 0.968
#> SRR1608685 4 0.1042 0.8673 0.008 0.000 0.020 0.972
#> SRR1608686 4 0.1042 0.8673 0.008 0.000 0.020 0.972
#> SRR1608687 4 0.1042 0.8673 0.008 0.000 0.020 0.972
#> SRR1608688 4 0.1042 0.8673 0.008 0.000 0.020 0.972
#> SRR1608673 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608674 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608675 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608676 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608677 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608678 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608679 4 0.0817 0.8728 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1608680 4 0.0707 0.8712 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1608689 4 0.1022 0.8484 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608690 4 0.1209 0.8473 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1608691 4 0.1211 0.8449 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1608692 4 0.1022 0.8483 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1608693 4 0.0707 0.8548 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608694 4 0.0707 0.8548 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608695 4 0.0817 0.8527 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1608696 4 0.0707 0.8548 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1608697 4 0.2216 0.8696 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1608698 4 0.2216 0.8696 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1608699 4 0.2216 0.8696 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1608700 4 0.2149 0.8706 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1608701 4 0.2011 0.8724 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608702 4 0.2011 0.8724 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608703 4 0.2011 0.8724 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1608704 4 0.1940 0.8731 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1608705 4 0.3610 0.7000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1608706 4 0.3356 0.7263 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1608707 4 0.4040 0.6341 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1608708 4 0.2647 0.7820 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1608709 4 0.1637 0.8285 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608710 4 0.1474 0.8335 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1608711 4 0.1474 0.8335 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1608712 4 0.1474 0.8335 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1608713 4 0.1488 0.8749 0.032 0.000 0.012 0.956
#> SRR1608714 4 0.1209 0.8748 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR1608715 4 0.1610 0.8745 0.032 0.000 0.016 0.952
#> SRR1608716 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608717 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.0188 0.9701 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1608724 4 0.2589 0.8606 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1608725 4 0.2408 0.8655 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1608726 4 0.2530 0.8624 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1608727 4 0.2408 0.8655 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1608720 1 0.6275 0.5076 0.596 0.328 0.000 0.076
#> SRR1608721 4 0.7751 0.2487 0.344 0.240 0.000 0.416
#> SRR1608722 1 0.7180 0.3585 0.504 0.348 0.000 0.148
#> SRR1608723 1 0.7660 0.1962 0.428 0.356 0.000 0.216
#> SRR1608728 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608729 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608730 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608731 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608732 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608733 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608734 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608735 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608736 2 0.0804 0.9580 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1608737 2 0.1182 0.9470 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1608738 2 0.0937 0.9546 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1608739 2 0.0804 0.9583 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1608740 2 0.1411 0.9386 0.020 0.960 0.000 0.020
#> SRR1608741 2 0.1059 0.9509 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1608742 2 0.1297 0.9429 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1608743 2 0.1297 0.9429 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1608744 4 0.3219 0.8333 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1608745 4 0.2868 0.8509 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1608746 4 0.3172 0.8362 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1608747 4 0.3266 0.8304 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1608748 4 0.2921 0.8487 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1608749 4 0.3024 0.8439 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1608750 4 0.2921 0.8487 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1608751 4 0.3024 0.8439 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1608752 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608753 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608754 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608755 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608764 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608765 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608766 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608767 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608768 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608769 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608770 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608771 3 0.0188 0.9918 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1608756 4 0.4981 0.3465 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1608757 4 0.4103 0.7494 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1608758 1 0.4948 -0.0132 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1608759 4 0.5000 0.2438 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1608760 4 0.4008 0.7630 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1608761 4 0.4072 0.7540 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1608762 4 0.3975 0.7672 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1608763 4 0.4040 0.7587 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608772 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608773 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608774 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608775 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608776 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608777 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608778 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608779 2 0.0000 0.9705 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1608780 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608782 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608783 2 0.0188 0.9700 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1608784 4 0.5462 0.7522 0.112 0.152 0.000 0.736
#> SRR1608785 4 0.4130 0.8388 0.108 0.064 0.000 0.828
#> SRR1608786 4 0.5067 0.7889 0.116 0.116 0.000 0.768
#> SRR1608787 4 0.5171 0.7786 0.112 0.128 0.000 0.760
#> SRR1608788 4 0.4679 0.6228 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1608789 4 0.4164 0.7479 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1608790 4 0.4713 0.6089 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1608791 4 0.4790 0.5711 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1608792 4 0.4134 0.7524 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1608793 4 0.4040 0.7650 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608794 4 0.4040 0.7654 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1608795 4 0.4072 0.7610 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1608796 1 0.1557 0.8746 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608797 1 0.1557 0.8746 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608798 1 0.1557 0.8746 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608799 1 0.1474 0.8773 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1608800 1 0.1557 0.8746 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608801 1 0.1557 0.8746 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608802 1 0.1389 0.8796 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1608803 1 0.1557 0.8746 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1608812 1 0.1557 0.8753 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1608814 1 0.1302 0.8854 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1608815 1 0.1389 0.8823 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608816 1 0.1302 0.8854 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1608817 1 0.1302 0.8854 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1608818 1 0.1302 0.8854 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1608819 1 0.1302 0.8854 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1608804 1 0.3873 0.7266 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.3764 0.7385 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.3688 0.7451 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.3873 0.7266 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.3649 0.7484 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.3975 0.7112 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.3873 0.7273 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.3837 0.7314 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608823 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608824 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608825 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608826 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608827 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608828 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608829 1 0.1022 0.8916 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608820 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608821 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608830 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608831 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608832 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608833 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608834 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608835 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608836 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608837 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608838 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608839 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608840 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608841 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608842 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608843 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608844 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608845 1 0.1211 0.8881 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608846 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608855 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608856 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608857 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608858 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608859 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608860 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608861 1 0.0000 0.8925 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608862 1 0.0921 0.8827 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.1022 0.8807 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.1118 0.8785 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.1118 0.8785 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.1022 0.8807 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0921 0.8827 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.1022 0.8807 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.1022 0.8807 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1608870 4 0.4804 0.5480 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1608871 4 0.4866 0.5055 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608872 4 0.4877 0.4967 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1608873 4 0.4866 0.5048 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1608874 4 0.4916 0.4623 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1608875 4 0.4877 0.4970 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1608876 4 0.4877 0.4967 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1608877 4 0.4790 0.5541 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1608878 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608880 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608881 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608882 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608883 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608884 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608885 1 0.1452 0.8850 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1608886 1 0.0336 0.8931 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608887 1 0.0672 0.8930 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1608888 1 0.0672 0.8930 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1608889 1 0.0336 0.8931 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608890 1 0.0336 0.8931 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608891 1 0.0524 0.8934 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608892 1 0.0524 0.8934 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1608893 1 0.0336 0.8931 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1608894 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608895 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608896 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608897 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608898 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608899 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608901 1 0.0921 0.8925 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608902 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608903 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608904 1 0.1211 0.8882 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1608905 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608906 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608907 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608908 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608909 1 0.1118 0.8902 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608910 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608911 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608912 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608913 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608914 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608915 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608916 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608917 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608918 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608919 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608920 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608921 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608922 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608923 3 0.0000 0.9950 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1608490 2 0.2930 0.8015 0.004 0.832 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608491 2 0.2930 0.8015 0.004 0.832 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608492 2 0.2930 0.8015 0.004 0.832 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608493 2 0.2930 0.8015 0.004 0.832 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608494 4 0.0324 0.8462 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608495 4 0.0324 0.8462 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608496 4 0.0324 0.8462 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608497 4 0.0324 0.8462 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1608498 5 0.0162 0.9491 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608499 5 0.0162 0.9491 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608500 5 0.0162 0.9491 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608501 5 0.0162 0.9491 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608502 4 0.0451 0.8457 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1608503 4 0.0451 0.8457 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1608504 4 0.0451 0.8457 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1608505 4 0.0451 0.8457 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1608510 3 0.4126 0.3269 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR1608511 3 0.4201 0.2498 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608512 3 0.4182 0.2725 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1608513 3 0.4201 0.2465 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1608506 4 0.0671 0.8416 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1608507 4 0.0671 0.8416 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1608508 4 0.0671 0.8416 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1608509 4 0.0671 0.8416 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1608514 2 0.4045 0.5624 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1608515 2 0.4015 0.5770 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR1608516 2 0.3983 0.5916 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR1608517 2 0.4015 0.5767 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR1608518 2 0.2890 0.8113 0.004 0.836 0.160 0.000 0.000
#> SRR1608519 2 0.2806 0.8164 0.004 0.844 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608520 2 0.2806 0.8164 0.004 0.844 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608521 2 0.2806 0.8164 0.004 0.844 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608522 2 0.2763 0.8174 0.004 0.848 0.148 0.000 0.000
#> SRR1608523 2 0.2806 0.8154 0.004 0.844 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608524 2 0.2806 0.8154 0.004 0.844 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608525 2 0.2806 0.8154 0.004 0.844 0.152 0.000 0.000
#> SRR1608526 3 0.3177 0.6435 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1608527 3 0.3143 0.6487 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1608528 3 0.3143 0.6487 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1608529 3 0.3003 0.6677 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1608530 2 0.0609 0.8426 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608531 2 0.0609 0.8426 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608532 2 0.0609 0.8426 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608533 2 0.0609 0.8426 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608534 2 0.3141 0.8254 0.000 0.852 0.108 0.040 0.000
#> SRR1608535 2 0.3267 0.8214 0.000 0.844 0.112 0.044 0.000
#> SRR1608536 2 0.3317 0.8201 0.000 0.840 0.116 0.044 0.000
#> SRR1608537 2 0.3442 0.8142 0.000 0.836 0.104 0.060 0.000
#> SRR1608538 2 0.4451 0.4283 0.000 0.644 0.016 0.340 0.000
#> SRR1608539 2 0.4451 0.4281 0.000 0.644 0.016 0.340 0.000
#> SRR1608540 2 0.4564 0.3517 0.000 0.612 0.016 0.372 0.000
#> SRR1608541 2 0.4674 0.2361 0.000 0.568 0.016 0.416 0.000
#> SRR1608542 3 0.2408 0.7405 0.000 0.092 0.892 0.016 0.000
#> SRR1608543 3 0.2464 0.7385 0.000 0.096 0.888 0.016 0.000
#> SRR1608544 3 0.2448 0.7425 0.000 0.088 0.892 0.020 0.000
#> SRR1608545 3 0.2423 0.7461 0.000 0.080 0.896 0.024 0.000
#> SRR1608546 2 0.3857 0.6428 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR1608547 2 0.3895 0.6315 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR1608548 2 0.3895 0.6315 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR1608549 2 0.3983 0.5958 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR1608550 3 0.5068 0.4024 0.000 0.364 0.592 0.044 0.000
#> SRR1608551 3 0.4949 0.3272 0.000 0.396 0.572 0.032 0.000
#> SRR1608552 3 0.5010 0.3355 0.000 0.392 0.572 0.036 0.000
#> SRR1608553 3 0.5080 0.4961 0.000 0.316 0.628 0.056 0.000
#> SRR1608554 3 0.4990 0.3582 0.000 0.384 0.580 0.036 0.000
#> SRR1608555 2 0.1704 0.8458 0.004 0.928 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608556 2 0.1704 0.8458 0.004 0.928 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608557 2 0.1704 0.8458 0.004 0.928 0.068 0.000 0.000
#> SRR1608558 2 0.1638 0.8460 0.004 0.932 0.064 0.000 0.000
#> SRR1608559 2 0.0932 0.8248 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608560 2 0.0932 0.8248 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608561 2 0.0932 0.8248 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608562 2 0.0932 0.8248 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608563 2 0.0932 0.8248 0.004 0.972 0.020 0.004 0.000
#> SRR1608564 2 0.1732 0.8448 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1608565 2 0.1608 0.8455 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1608566 2 0.1732 0.8448 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1608567 2 0.1908 0.8432 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608568 2 0.1671 0.8453 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1608574 2 0.0324 0.8341 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608575 2 0.0162 0.8357 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608576 2 0.0162 0.8357 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608577 2 0.0324 0.8341 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608578 2 0.0162 0.8357 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608569 2 0.2179 0.8372 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1608570 2 0.1965 0.8422 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608571 2 0.1965 0.8422 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1608572 2 0.2179 0.8371 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1608573 2 0.1792 0.8443 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608584 2 0.0671 0.8421 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608585 2 0.0566 0.8412 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608586 2 0.0671 0.8421 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608587 2 0.0609 0.8428 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608588 2 0.0566 0.8412 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608579 2 0.0290 0.8398 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608580 2 0.0162 0.8385 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608581 2 0.0290 0.8398 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608582 2 0.0510 0.8417 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1608583 2 0.0290 0.8398 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608589 5 0.3940 0.6711 0.000 0.220 0.024 0.000 0.756
#> SRR1608590 2 0.2773 0.8090 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608591 2 0.2773 0.8090 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1608592 2 0.2732 0.8117 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1608593 2 0.2929 0.7979 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1608594 2 0.2732 0.8117 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1608595 2 0.0162 0.8371 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608596 2 0.0162 0.8371 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608597 2 0.0162 0.8371 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608598 2 0.0162 0.8371 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608599 2 0.1908 0.8428 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608600 2 0.1851 0.8435 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1608601 2 0.1908 0.8428 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1608602 2 0.1792 0.8442 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1608603 2 0.0451 0.8377 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608604 2 0.0451 0.8377 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608605 2 0.0451 0.8377 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608606 2 0.0451 0.8377 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1608607 3 0.4920 0.4855 0.348 0.024 0.620 0.008 0.000
#> SRR1608608 3 0.4828 0.5320 0.320 0.020 0.648 0.012 0.000
#> SRR1608609 3 0.4822 0.4932 0.344 0.020 0.628 0.008 0.000
#> SRR1608610 3 0.5150 0.4417 0.372 0.032 0.588 0.008 0.000
#> SRR1608611 3 0.5030 0.4849 0.348 0.036 0.612 0.004 0.000
#> SRR1608612 3 0.4846 0.5262 0.324 0.020 0.644 0.012 0.000
#> SRR1608613 1 0.5811 0.3813 0.596 0.140 0.264 0.000 0.000
#> SRR1608614 1 0.5579 0.4212 0.620 0.116 0.264 0.000 0.000
#> SRR1608615 1 0.5493 0.4538 0.632 0.112 0.256 0.000 0.000
#> SRR1608616 1 0.5531 0.4612 0.632 0.120 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608617 1 0.5531 0.4610 0.632 0.120 0.248 0.000 0.000
#> SRR1608618 1 0.5493 0.4488 0.632 0.112 0.256 0.000 0.000
#> SRR1608619 2 0.4797 0.5818 0.004 0.676 0.040 0.000 0.280
#> SRR1608620 2 0.4867 0.5321 0.004 0.652 0.036 0.000 0.308
#> SRR1608621 3 0.2648 0.6986 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1608622 3 0.2690 0.6953 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1608623 4 0.4325 0.6601 0.036 0.000 0.240 0.724 0.000
#> SRR1608624 3 0.2690 0.6849 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1608625 3 0.2377 0.7109 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR1608626 3 0.2605 0.6934 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1608627 3 0.3039 0.6471 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1608628 3 0.1965 0.7311 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1608629 3 0.1965 0.7311 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1608630 3 0.1851 0.7356 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1608634 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608635 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608636 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608637 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608631 3 0.5042 0.0343 0.032 0.000 0.508 0.460 0.000
#> SRR1608632 3 0.5039 0.0476 0.032 0.000 0.512 0.456 0.000
#> SRR1608633 3 0.5044 0.0185 0.032 0.000 0.504 0.464 0.000
#> SRR1608642 5 0.1544 0.9228 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1608638 2 0.6226 0.3409 0.004 0.492 0.128 0.000 0.376
#> SRR1608639 2 0.6211 0.3610 0.004 0.500 0.128 0.000 0.368
#> SRR1608640 2 0.6043 0.5024 0.004 0.560 0.128 0.000 0.308
#> SRR1608641 2 0.5959 0.4946 0.004 0.564 0.116 0.000 0.316
#> SRR1608643 3 0.5053 0.3820 0.052 0.000 0.624 0.324 0.000
#> SRR1608644 3 0.4921 0.3599 0.040 0.000 0.620 0.340 0.000
#> SRR1608645 3 0.4866 0.3552 0.036 0.000 0.620 0.344 0.000
#> SRR1608646 4 0.6472 0.4144 0.208 0.000 0.268 0.520 0.004
#> SRR1608647 4 0.6410 0.4644 0.148 0.000 0.280 0.556 0.016
#> SRR1608648 4 0.6249 0.4941 0.144 0.000 0.272 0.572 0.012
#> SRR1608657 5 0.0771 0.9412 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1608658 5 0.0794 0.9365 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1608659 5 0.0865 0.9389 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR1608660 5 0.0771 0.9412 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1608661 5 0.0566 0.9455 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1608662 5 0.0566 0.9455 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1608663 5 0.0566 0.9455 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1608664 5 0.0566 0.9455 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1608649 3 0.1478 0.7487 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1608650 3 0.1608 0.7462 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1608651 3 0.1608 0.7462 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1608652 3 0.1571 0.7498 0.000 0.060 0.936 0.004 0.000
#> SRR1608653 3 0.1399 0.7559 0.000 0.028 0.952 0.020 0.000
#> SRR1608654 3 0.1310 0.7561 0.000 0.024 0.956 0.020 0.000
#> SRR1608655 3 0.1399 0.7559 0.000 0.028 0.952 0.020 0.000
#> SRR1608656 3 0.1300 0.7560 0.000 0.016 0.956 0.028 0.000
#> SRR1608665 4 0.0566 0.8467 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1608666 4 0.0566 0.8467 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1608667 4 0.0451 0.8465 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR1608668 4 0.0566 0.8467 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1608669 4 0.0671 0.8466 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1608670 4 0.0771 0.8465 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR1608671 4 0.0566 0.8467 0.004 0.000 0.012 0.984 0.000
#> SRR1608672 4 0.0771 0.8465 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR1608681 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608682 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608683 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608684 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608685 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608686 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608687 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608688 4 0.0963 0.8428 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1608673 4 0.2079 0.8061 0.000 0.064 0.020 0.916 0.000
#> SRR1608674 4 0.2079 0.8061 0.000 0.064 0.020 0.916 0.000
#> SRR1608675 4 0.2144 0.8035 0.000 0.068 0.020 0.912 0.000
#> SRR1608676 4 0.2079 0.8061 0.000 0.064 0.020 0.916 0.000
#> SRR1608677 4 0.1872 0.8139 0.000 0.052 0.020 0.928 0.000
#> SRR1608678 4 0.1872 0.8139 0.000 0.052 0.020 0.928 0.000
#> SRR1608679 4 0.1872 0.8139 0.000 0.052 0.020 0.928 0.000
#> SRR1608680 4 0.1800 0.8164 0.000 0.048 0.020 0.932 0.000
#> SRR1608689 4 0.5297 0.3551 0.000 0.000 0.360 0.580 0.060
#> SRR1608690 4 0.5492 0.2480 0.000 0.000 0.396 0.536 0.068
#> SRR1608691 4 0.5476 0.2720 0.000 0.000 0.388 0.544 0.068
#> SRR1608692 4 0.5395 0.3514 0.000 0.000 0.356 0.576 0.068
#> SRR1608693 4 0.5080 0.3997 0.000 0.000 0.348 0.604 0.048
#> SRR1608694 4 0.4950 0.4094 0.000 0.000 0.348 0.612 0.040
#> SRR1608695 4 0.5107 0.3817 0.000 0.000 0.356 0.596 0.048
#> SRR1608696 4 0.4851 0.4294 0.000 0.000 0.340 0.624 0.036
#> SRR1608697 4 0.1386 0.8478 0.032 0.000 0.016 0.952 0.000
#> SRR1608698 4 0.1386 0.8478 0.032 0.000 0.016 0.952 0.000
#> SRR1608699 4 0.1386 0.8478 0.032 0.000 0.016 0.952 0.000
#> SRR1608700 4 0.1485 0.8473 0.032 0.000 0.020 0.948 0.000
#> SRR1608701 4 0.1403 0.8479 0.024 0.000 0.024 0.952 0.000
#> SRR1608702 4 0.1310 0.8483 0.024 0.000 0.020 0.956 0.000
#> SRR1608703 4 0.1582 0.8465 0.028 0.000 0.028 0.944 0.000
#> SRR1608704 4 0.1310 0.8481 0.020 0.000 0.024 0.956 0.000
#> SRR1608705 3 0.1478 0.7486 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1608706 3 0.1671 0.7444 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1608707 3 0.1502 0.7513 0.000 0.004 0.940 0.056 0.000
#> SRR1608708 3 0.1732 0.7421 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1608709 3 0.1732 0.7406 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1608710 3 0.1792 0.7397 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1608711 3 0.1732 0.7406 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1608712 3 0.1851 0.7371 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1608713 4 0.0807 0.8450 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1608714 4 0.0566 0.8455 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1608715 4 0.0912 0.8443 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1608716 2 0.4302 0.2551 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1608717 3 0.4304 -0.1463 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1608718 2 0.4306 0.2157 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR1608719 2 0.4307 0.2030 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000
#> SRR1608724 4 0.2149 0.8397 0.048 0.000 0.036 0.916 0.000
#> SRR1608725 4 0.1997 0.8412 0.036 0.000 0.040 0.924 0.000
#> SRR1608726 4 0.2221 0.8383 0.052 0.000 0.036 0.912 0.000
#> SRR1608727 4 0.1997 0.8412 0.036 0.000 0.040 0.924 0.000
#> SRR1608720 3 0.3573 0.7032 0.152 0.000 0.812 0.036 0.000
#> SRR1608721 3 0.3390 0.7182 0.100 0.000 0.840 0.060 0.000
#> SRR1608722 3 0.3608 0.7033 0.148 0.000 0.812 0.040 0.000
#> SRR1608723 3 0.3551 0.7085 0.136 0.000 0.820 0.044 0.000
#> SRR1608728 5 0.3816 0.6289 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1608729 5 0.3707 0.6652 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1608730 5 0.3932 0.5877 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1608731 5 0.3534 0.7079 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1608732 5 0.3876 0.6094 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1608733 5 0.3661 0.6765 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1608734 5 0.3752 0.6502 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1608735 5 0.3895 0.6039 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1608736 3 0.1854 0.7567 0.008 0.036 0.936 0.020 0.000
#> SRR1608737 3 0.1569 0.7573 0.008 0.012 0.948 0.032 0.000
#> SRR1608738 3 0.2095 0.7589 0.020 0.028 0.928 0.024 0.000
#> SRR1608739 3 0.1772 0.7572 0.008 0.032 0.940 0.020 0.000
#> SRR1608740 3 0.1682 0.7578 0.012 0.012 0.944 0.032 0.000
#> SRR1608741 3 0.1569 0.7573 0.008 0.012 0.948 0.032 0.000
#> SRR1608742 3 0.1455 0.7567 0.008 0.008 0.952 0.032 0.000
#> SRR1608743 3 0.1455 0.7567 0.008 0.008 0.952 0.032 0.000
#> SRR1608744 4 0.5019 0.4379 0.396 0.000 0.036 0.568 0.000
#> SRR1608745 4 0.4444 0.7399 0.180 0.000 0.072 0.748 0.000
#> SRR1608746 4 0.4977 0.5221 0.356 0.000 0.040 0.604 0.000
#> SRR1608747 4 0.5044 0.4089 0.408 0.000 0.036 0.556 0.000
#> SRR1608748 4 0.4360 0.7419 0.184 0.000 0.064 0.752 0.000
#> SRR1608749 4 0.4462 0.7310 0.196 0.000 0.064 0.740 0.000
#> SRR1608750 4 0.4430 0.7432 0.172 0.000 0.076 0.752 0.000
#> SRR1608751 4 0.4325 0.7452 0.180 0.000 0.064 0.756 0.000
#> SRR1608752 5 0.1341 0.9299 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608753 5 0.1341 0.9299 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608754 5 0.1341 0.9299 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608755 5 0.1341 0.9299 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608764 5 0.1410 0.9277 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608765 5 0.1544 0.9229 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1608766 5 0.1341 0.9297 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1608767 5 0.1671 0.9170 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608768 5 0.1671 0.9170 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1608769 5 0.1544 0.9228 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1608770 5 0.1608 0.9200 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1608771 5 0.1410 0.9278 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1608756 3 0.6606 0.2760 0.328 0.000 0.444 0.228 0.000
#> SRR1608757 3 0.6710 0.1700 0.272 0.000 0.424 0.304 0.000
#> SRR1608758 3 0.6615 0.2542 0.356 0.000 0.424 0.220 0.000
#> SRR1608759 3 0.6671 0.2231 0.352 0.000 0.412 0.236 0.000
#> SRR1608760 3 0.6642 0.1892 0.248 0.000 0.444 0.308 0.000
#> SRR1608761 3 0.6661 0.1898 0.256 0.000 0.440 0.304 0.000
#> SRR1608762 3 0.6598 0.1864 0.232 0.000 0.452 0.316 0.000
#> SRR1608763 3 0.6707 0.1667 0.268 0.000 0.424 0.308 0.000
#> SRR1608772 5 0.0290 0.9482 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1608773 5 0.0162 0.9493 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608774 5 0.0162 0.9493 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608775 5 0.0162 0.9493 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1608776 3 0.1908 0.7390 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608777 3 0.1851 0.7403 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1608778 3 0.1965 0.7374 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1608779 3 0.1908 0.7390 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1608780 3 0.1851 0.7403 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1608782 3 0.1851 0.7403 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1608783 3 0.1851 0.7403 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1608784 3 0.3340 0.6965 0.032 0.004 0.840 0.124 0.000
#> SRR1608785 3 0.3645 0.6497 0.024 0.004 0.804 0.168 0.000
#> SRR1608786 3 0.3567 0.6786 0.032 0.004 0.820 0.144 0.000
#> SRR1608787 3 0.3523 0.6818 0.032 0.004 0.824 0.140 0.000
#> SRR1608788 4 0.2124 0.8243 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608789 4 0.2011 0.8282 0.088 0.000 0.004 0.908 0.000
#> SRR1608790 4 0.2124 0.8243 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1608791 4 0.2233 0.8197 0.104 0.000 0.004 0.892 0.000
#> SRR1608792 4 0.1956 0.8319 0.076 0.000 0.008 0.916 0.000
#> SRR1608793 4 0.1952 0.8295 0.084 0.000 0.004 0.912 0.000
#> SRR1608794 4 0.1952 0.8304 0.084 0.000 0.004 0.912 0.000
#> SRR1608795 4 0.1952 0.8304 0.084 0.000 0.004 0.912 0.000
#> SRR1608796 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608797 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608798 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608799 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608800 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608801 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608802 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608803 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608812 1 0.1965 0.8513 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1608814 1 0.1792 0.8651 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1608815 1 0.1732 0.8691 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1608816 1 0.1671 0.8729 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608817 1 0.1732 0.8691 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1608818 1 0.1671 0.8730 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1608819 1 0.1851 0.8605 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1608804 1 0.4297 0.5821 0.692 0.288 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608805 1 0.4318 0.5749 0.688 0.292 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608806 1 0.4318 0.5747 0.688 0.292 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608807 1 0.4400 0.5433 0.672 0.308 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608808 1 0.4318 0.5752 0.688 0.292 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608809 1 0.4456 0.5170 0.660 0.320 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608810 1 0.4400 0.5430 0.672 0.308 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608811 1 0.4360 0.5593 0.680 0.300 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608822 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608823 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608824 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608825 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608826 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608827 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608828 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608829 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608820 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608821 1 0.0162 0.9255 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1608830 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608831 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608832 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608833 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608834 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608835 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608836 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608837 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608838 1 0.0703 0.9182 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608839 1 0.0794 0.9154 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608840 1 0.0609 0.9201 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1608841 1 0.0794 0.9154 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608842 1 0.0794 0.9154 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608843 1 0.0794 0.9154 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608844 1 0.0703 0.9176 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1608845 1 0.0794 0.9154 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1608846 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608854 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608855 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608856 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608857 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608858 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608859 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608860 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608861 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608862 1 0.0162 0.9243 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608863 1 0.0324 0.9230 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608864 1 0.0162 0.9243 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608865 1 0.0324 0.9230 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608866 1 0.0162 0.9243 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1608867 1 0.0324 0.9230 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608868 1 0.0324 0.9230 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608869 1 0.0324 0.9230 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1608870 4 0.3612 0.6885 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1608871 4 0.3774 0.6487 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1608872 4 0.3730 0.6606 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608873 4 0.3730 0.6610 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1608874 4 0.3774 0.6484 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1608875 4 0.3837 0.6298 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR1608876 4 0.3774 0.6487 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1608877 4 0.3661 0.6776 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1608878 1 0.0566 0.9228 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608880 1 0.0671 0.9201 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608881 1 0.0693 0.9223 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1608882 1 0.0671 0.9201 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608883 1 0.0671 0.9201 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1608884 1 0.0566 0.9223 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608885 1 0.0566 0.9228 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1608886 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608887 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608888 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608889 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608890 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608891 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608892 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608893 1 0.0324 0.9252 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1608894 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608895 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608896 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608897 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608898 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608899 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608901 1 0.0290 0.9253 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608902 1 0.0404 0.9239 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608903 1 0.0404 0.9239 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1608904 1 0.0510 0.9221 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608905 1 0.0510 0.9221 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608906 1 0.0510 0.9221 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608907 1 0.0290 0.9252 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608908 1 0.0290 0.9252 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1608909 1 0.0510 0.9221 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1608910 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608911 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608912 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608913 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608914 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608915 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608916 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608917 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608918 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608919 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608920 5 0.0162 0.9481 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608921 5 0.0162 0.9481 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1608922 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1608923 5 0.0000 0.9501 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1608490 2 0.4024 0.6395 0.000 0.700 0.036 0.000 0.000 0.264
#> SRR1608491 2 0.4024 0.6395 0.000 0.700 0.036 0.000 0.000 0.264
#> SRR1608492 2 0.4002 0.6448 0.000 0.704 0.036 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608493 2 0.4002 0.6448 0.000 0.704 0.036 0.000 0.000 0.260
#> SRR1608494 4 0.0870 0.8156 0.004 0.000 0.012 0.972 0.000 0.012
#> SRR1608495 4 0.0870 0.8156 0.004 0.000 0.012 0.972 0.000 0.012
#> SRR1608496 4 0.0870 0.8156 0.004 0.000 0.012 0.972 0.000 0.012
#> SRR1608497 4 0.0870 0.8156 0.004 0.000 0.012 0.972 0.000 0.012
#> SRR1608498 5 0.1528 0.8407 0.000 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048
#> SRR1608499 5 0.1594 0.8387 0.000 0.000 0.000 0.016 0.932 0.052
#> SRR1608500 5 0.1528 0.8407 0.000 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048
#> SRR1608501 5 0.1528 0.8407 0.000 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048
#> SRR1608502 4 0.0806 0.8111 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1608503 4 0.0806 0.8111 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1608504 4 0.0891 0.8104 0.000 0.000 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1608505 4 0.0806 0.8111 0.000 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1608510 3 0.4991 0.1930 0.000 0.404 0.524 0.000 0.000 0.072
#> SRR1608511 3 0.5019 0.1380 0.000 0.428 0.500 0.000 0.000 0.072
#> SRR1608512 3 0.5019 0.1380 0.000 0.428 0.500 0.000 0.000 0.072
#> SRR1608513 3 0.5025 0.1106 0.000 0.436 0.492 0.000 0.000 0.072
#> SRR1608506 4 0.0692 0.8095 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1608507 4 0.0692 0.8095 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1608508 4 0.0692 0.8095 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1608509 4 0.0692 0.8095 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1608514 2 0.5233 0.1400 0.000 0.500 0.096 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608515 2 0.5179 0.1942 0.000 0.516 0.092 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608516 2 0.5217 0.1803 0.000 0.512 0.096 0.000 0.000 0.392
#> SRR1608517 2 0.5185 0.1801 0.000 0.512 0.092 0.000 0.000 0.396
#> SRR1608518 2 0.3176 0.7488 0.000 0.812 0.032 0.000 0.000 0.156
#> SRR1608519 2 0.3065 0.7545 0.000 0.820 0.028 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608520 2 0.2988 0.7575 0.000 0.824 0.024 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608521 2 0.3065 0.7545 0.000 0.820 0.028 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608522 2 0.2954 0.7579 0.000 0.844 0.108 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608523 2 0.2954 0.7579 0.000 0.844 0.108 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608524 2 0.2954 0.7579 0.000 0.844 0.108 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608525 2 0.2954 0.7579 0.000 0.844 0.108 0.000 0.000 0.048
#> SRR1608526 3 0.5444 0.2444 0.000 0.212 0.576 0.000 0.000 0.212
#> SRR1608527 3 0.5421 0.2545 0.000 0.212 0.580 0.000 0.000 0.208
#> SRR1608528 3 0.5421 0.2545 0.000 0.212 0.580 0.000 0.000 0.208
#> SRR1608529 3 0.5421 0.2525 0.000 0.208 0.580 0.000 0.000 0.212
#> SRR1608530 2 0.0146 0.8026 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608531 2 0.0146 0.8026 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608532 2 0.0146 0.8026 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608533 2 0.0146 0.8026 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1608534 2 0.5547 0.2650 0.000 0.512 0.012 0.376 0.000 0.100
#> SRR1608535 2 0.5554 0.2588 0.000 0.508 0.012 0.380 0.000 0.100
#> SRR1608536 2 0.5576 0.2297 0.000 0.492 0.012 0.396 0.000 0.100
#> SRR1608537 2 0.5741 0.1894 0.000 0.472 0.020 0.408 0.000 0.100
#> SRR1608538 2 0.4924 0.5408 0.000 0.708 0.036 0.160 0.000 0.096
#> SRR1608539 2 0.4924 0.5415 0.000 0.708 0.036 0.160 0.000 0.096
#> SRR1608540 2 0.4957 0.5359 0.000 0.704 0.036 0.164 0.000 0.096
#> SRR1608541 2 0.5086 0.5190 0.000 0.692 0.040 0.172 0.000 0.096
#> SRR1608542 6 0.5903 0.4967 0.000 0.088 0.256 0.068 0.000 0.588
#> SRR1608543 6 0.5830 0.4954 0.000 0.084 0.260 0.064 0.000 0.592
#> SRR1608544 6 0.5835 0.4931 0.000 0.080 0.260 0.068 0.000 0.592
#> SRR1608545 6 0.5835 0.4815 0.000 0.068 0.260 0.080 0.000 0.592
#> SRR1608546 2 0.4707 0.5448 0.000 0.676 0.228 0.004 0.000 0.092
#> SRR1608547 2 0.4794 0.5367 0.000 0.668 0.228 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608548 2 0.4865 0.5129 0.000 0.652 0.248 0.004 0.000 0.096
#> SRR1608549 2 0.5008 0.4573 0.000 0.628 0.268 0.004 0.000 0.100
#> SRR1608550 3 0.5134 0.3729 0.000 0.264 0.624 0.008 0.000 0.104
#> SRR1608551 3 0.5153 0.3643 0.000 0.268 0.620 0.008 0.000 0.104
#> SRR1608552 3 0.5153 0.3643 0.000 0.268 0.620 0.008 0.000 0.104
#> SRR1608553 3 0.4920 0.4241 0.000 0.216 0.672 0.012 0.000 0.100
#> SRR1608554 3 0.5171 0.3629 0.000 0.272 0.616 0.008 0.000 0.104
#> SRR1608555 2 0.2331 0.7944 0.000 0.888 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1608556 2 0.2331 0.7944 0.000 0.888 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1608557 2 0.2384 0.7926 0.000 0.884 0.032 0.000 0.000 0.084
#> SRR1608558 2 0.2331 0.7944 0.000 0.888 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1608559 2 0.1503 0.7875 0.000 0.944 0.016 0.008 0.000 0.032
#> SRR1608560 2 0.1503 0.7875 0.000 0.944 0.016 0.008 0.000 0.032
#> SRR1608561 2 0.1503 0.7875 0.000 0.944 0.016 0.008 0.000 0.032
#> SRR1608562 2 0.1679 0.7834 0.000 0.936 0.016 0.012 0.000 0.036
#> SRR1608563 2 0.1503 0.7875 0.000 0.944 0.016 0.008 0.000 0.032
#> SRR1608564 2 0.1367 0.8076 0.000 0.944 0.012 0.000 0.000 0.044
#> SRR1608565 2 0.1225 0.8075 0.000 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608566 2 0.1225 0.8079 0.000 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1608567 2 0.1563 0.8063 0.000 0.932 0.012 0.000 0.000 0.056
#> SRR1608568 2 0.1151 0.8077 0.000 0.956 0.012 0.000 0.000 0.032
#> SRR1608574 2 0.1434 0.7888 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR1608575 2 0.1434 0.7888 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR1608576 2 0.1434 0.7888 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR1608577 2 0.1679 0.7849 0.000 0.936 0.012 0.016 0.000 0.036
#> SRR1608578 2 0.1434 0.7888 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR1608569 2 0.1719 0.8056 0.000 0.924 0.016 0.000 0.000 0.060
#> SRR1608570 2 0.1657 0.8059 0.000 0.928 0.016 0.000 0.000 0.056
#> SRR1608571 2 0.1594 0.8067 0.000 0.932 0.016 0.000 0.000 0.052
#> SRR1608572 2 0.1779 0.8048 0.000 0.920 0.016 0.000 0.000 0.064
#> SRR1608573 2 0.1594 0.8067 0.000 0.932 0.016 0.000 0.000 0.052
#> SRR1608584 2 0.3088 0.7466 0.000 0.808 0.020 0.000 0.000 0.172
#> SRR1608585 2 0.2783 0.7698 0.000 0.836 0.016 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608586 2 0.2744 0.7710 0.000 0.840 0.016 0.000 0.000 0.144
#> SRR1608587 2 0.3000 0.7610 0.000 0.824 0.016 0.004 0.000 0.156
#> SRR1608588 2 0.2744 0.7710 0.000 0.840 0.016 0.000 0.000 0.144
#> SRR1608579 2 0.0777 0.8064 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608580 2 0.0692 0.8065 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608581 2 0.0837 0.8069 0.000 0.972 0.004 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608582 2 0.1036 0.8068 0.000 0.964 0.008 0.004 0.000 0.024
#> SRR1608583 2 0.0837 0.8069 0.000 0.972 0.004 0.004 0.000 0.020
#> SRR1608589 5 0.3821 0.7804 0.000 0.096 0.012 0.000 0.796 0.096
#> SRR1608590 2 0.3587 0.7109 0.000 0.772 0.040 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608591 2 0.3618 0.7075 0.000 0.768 0.040 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608592 2 0.3649 0.7033 0.000 0.764 0.040 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608593 2 0.3885 0.6715 0.000 0.736 0.044 0.000 0.000 0.220
#> SRR1608594 2 0.3679 0.6995 0.000 0.760 0.040 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608595 2 0.0858 0.8004 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608596 2 0.0858 0.8004 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608597 2 0.0858 0.8004 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608598 2 0.0777 0.8007 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1608599 2 0.1923 0.8033 0.000 0.916 0.016 0.004 0.000 0.064
#> SRR1608600 2 0.1923 0.8033 0.000 0.916 0.016 0.004 0.000 0.064
#> SRR1608601 2 0.2011 0.8028 0.000 0.912 0.020 0.004 0.000 0.064
#> SRR1608602 2 0.1829 0.8039 0.000 0.920 0.012 0.004 0.000 0.064
#> SRR1608603 2 0.2375 0.7596 0.000 0.896 0.020 0.016 0.000 0.068
#> SRR1608604 2 0.2224 0.7626 0.000 0.904 0.020 0.012 0.000 0.064
#> SRR1608605 2 0.2257 0.7650 0.000 0.904 0.020 0.016 0.000 0.060
#> SRR1608606 2 0.2317 0.7627 0.000 0.900 0.020 0.016 0.000 0.064
#> SRR1608607 1 0.5659 0.1547 0.520 0.020 0.380 0.008 0.000 0.072
#> SRR1608608 1 0.5807 -0.0212 0.468 0.016 0.424 0.012 0.000 0.080
#> SRR1608609 1 0.5640 0.1134 0.508 0.020 0.396 0.008 0.000 0.068
#> SRR1608610 1 0.5666 0.1444 0.516 0.020 0.384 0.008 0.000 0.072
#> SRR1608611 1 0.5698 0.1310 0.512 0.024 0.388 0.008 0.000 0.068
#> SRR1608612 1 0.5699 0.0574 0.492 0.020 0.408 0.008 0.000 0.072
#> SRR1608613 6 0.6922 0.4722 0.340 0.168 0.084 0.000 0.000 0.408
#> SRR1608614 6 0.6910 0.4618 0.348 0.164 0.084 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608615 6 0.6860 0.4465 0.356 0.160 0.080 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608616 6 0.6844 0.4450 0.356 0.164 0.076 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608617 6 0.6877 0.4541 0.352 0.164 0.080 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608618 6 0.6892 0.4553 0.352 0.160 0.084 0.000 0.000 0.404
#> SRR1608619 5 0.6154 0.2790 0.004 0.304 0.008 0.000 0.476 0.208
#> SRR1608620 5 0.5865 0.3230 0.000 0.296 0.004 0.000 0.500 0.200
#> SRR1608621 3 0.4390 0.4748 0.004 0.176 0.724 0.000 0.000 0.096
#> SRR1608622 3 0.4345 0.4769 0.004 0.176 0.728 0.000 0.000 0.092
#> SRR1608623 4 0.4686 0.6434 0.024 0.000 0.088 0.720 0.000 0.168
#> SRR1608624 6 0.5199 0.4674 0.000 0.120 0.300 0.000 0.000 0.580
#> SRR1608625 6 0.5206 0.4576 0.000 0.116 0.312 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608626 6 0.5248 0.4651 0.000 0.124 0.304 0.000 0.000 0.572
#> SRR1608627 6 0.5476 0.4837 0.008 0.136 0.276 0.000 0.000 0.580
#> SRR1608628 3 0.4453 0.2310 0.000 0.032 0.568 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608629 3 0.4453 0.2310 0.000 0.032 0.568 0.000 0.000 0.400
#> SRR1608630 3 0.4445 0.2419 0.000 0.032 0.572 0.000 0.000 0.396
#> SRR1608634 5 0.0363 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608635 5 0.0363 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608636 5 0.0363 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1608637 5 0.0458 0.8604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1608631 3 0.5022 0.4341 0.048 0.000 0.656 0.256 0.000 0.040
#> SRR1608632 3 0.5065 0.4260 0.044 0.000 0.648 0.264 0.000 0.044
#> SRR1608633 3 0.5085 0.4209 0.044 0.000 0.644 0.268 0.000 0.044
#> SRR1608642 5 0.5051 0.6800 0.000 0.000 0.016 0.136 0.676 0.172
#> SRR1608638 5 0.6035 0.2969 0.000 0.176 0.012 0.000 0.468 0.344
#> SRR1608639 5 0.6020 0.3140 0.000 0.176 0.012 0.000 0.476 0.336
#> SRR1608640 5 0.6243 0.1693 0.000 0.220 0.012 0.000 0.416 0.352
#> SRR1608641 5 0.6209 0.2195 0.000 0.216 0.012 0.000 0.436 0.336
#> SRR1608643 3 0.4695 0.5316 0.068 0.000 0.736 0.144 0.000 0.052
#> SRR1608644 3 0.4760 0.5227 0.060 0.000 0.724 0.164 0.000 0.052
#> SRR1608645 3 0.4818 0.5229 0.060 0.000 0.720 0.164 0.000 0.056
#> SRR1608646 4 0.5914 0.5035 0.068 0.004 0.064 0.600 0.004 0.260
#> SRR1608647 4 0.5708 0.5461 0.052 0.000 0.064 0.624 0.012 0.248
#> SRR1608648 4 0.5565 0.5743 0.048 0.000 0.064 0.644 0.012 0.232
#> SRR1608657 5 0.2013 0.8509 0.000 0.000 0.008 0.008 0.908 0.076
#> SRR1608658 5 0.2157 0.8501 0.000 0.004 0.008 0.008 0.904 0.076
#> SRR1608659 5 0.2157 0.8501 0.000 0.004 0.008 0.008 0.904 0.076
#> SRR1608660 5 0.2157 0.8501 0.000 0.004 0.008 0.008 0.904 0.076
#> SRR1608661 5 0.2013 0.8509 0.000 0.000 0.008 0.008 0.908 0.076
#> SRR1608662 5 0.2058 0.8510 0.000 0.000 0.008 0.012 0.908 0.072
#> SRR1608663 5 0.2013 0.8509 0.000 0.000 0.008 0.008 0.908 0.076
#> SRR1608664 5 0.2114 0.8500 0.000 0.000 0.008 0.012 0.904 0.076
#> SRR1608649 3 0.3638 0.5393 0.008 0.036 0.784 0.000 0.000 0.172
#> SRR1608650 3 0.3772 0.5311 0.008 0.040 0.772 0.000 0.000 0.180
#> SRR1608651 3 0.3867 0.5224 0.008 0.040 0.760 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608652 3 0.3705 0.5345 0.008 0.036 0.776 0.000 0.000 0.180
#> SRR1608653 3 0.3351 0.5416 0.004 0.028 0.800 0.000 0.000 0.168
#> SRR1608654 3 0.3344 0.5492 0.004 0.024 0.808 0.004 0.000 0.160
#> SRR1608655 3 0.3351 0.5416 0.004 0.028 0.800 0.000 0.000 0.168
#> SRR1608656 3 0.3415 0.5446 0.004 0.024 0.800 0.004 0.000 0.168
#> SRR1608665 4 0.1149 0.8176 0.008 0.000 0.024 0.960 0.000 0.008
#> SRR1608666 4 0.1149 0.8176 0.008 0.000 0.024 0.960 0.000 0.008
#> SRR1608667 4 0.0951 0.8174 0.008 0.000 0.020 0.968 0.000 0.004
#> SRR1608668 4 0.1116 0.8173 0.008 0.000 0.028 0.960 0.000 0.004
#> SRR1608669 4 0.0922 0.8168 0.004 0.000 0.024 0.968 0.000 0.004
#> SRR1608670 4 0.1116 0.8173 0.008 0.000 0.028 0.960 0.000 0.004
#> SRR1608671 4 0.1036 0.8174 0.008 0.000 0.024 0.964 0.000 0.004
#> SRR1608672 4 0.1049 0.8159 0.008 0.000 0.032 0.960 0.000 0.000
#> SRR1608681 4 0.1464 0.8140 0.004 0.000 0.036 0.944 0.000 0.016
#> SRR1608682 4 0.1464 0.8140 0.004 0.000 0.036 0.944 0.000 0.016
#> SRR1608683 4 0.1370 0.8131 0.004 0.000 0.036 0.948 0.000 0.012
#> SRR1608684 4 0.1464 0.8140 0.004 0.000 0.036 0.944 0.000 0.016
#> SRR1608685 4 0.1370 0.8131 0.004 0.000 0.036 0.948 0.000 0.012
#> SRR1608686 4 0.1511 0.8110 0.004 0.000 0.044 0.940 0.000 0.012
#> SRR1608687 4 0.1514 0.8136 0.004 0.000 0.036 0.944 0.004 0.012
#> SRR1608688 4 0.1514 0.8136 0.004 0.000 0.036 0.944 0.004 0.012
#> SRR1608673 4 0.3664 0.7200 0.000 0.080 0.008 0.804 0.000 0.108
#> SRR1608674 4 0.3664 0.7200 0.000 0.080 0.008 0.804 0.000 0.108
#> SRR1608675 4 0.3715 0.7162 0.000 0.084 0.008 0.800 0.000 0.108
#> SRR1608676 4 0.3612 0.7237 0.000 0.076 0.008 0.808 0.000 0.108
#> SRR1608677 4 0.3447 0.7341 0.000 0.064 0.008 0.820 0.000 0.108
#> SRR1608678 4 0.3389 0.7375 0.000 0.060 0.008 0.824 0.000 0.108
#> SRR1608679 4 0.3447 0.7341 0.000 0.064 0.008 0.820 0.000 0.108
#> SRR1608680 4 0.3330 0.7409 0.000 0.056 0.008 0.828 0.000 0.108
#> SRR1608689 4 0.5534 0.5662 0.000 0.000 0.108 0.656 0.176 0.060
#> SRR1608690 4 0.5534 0.5651 0.000 0.000 0.108 0.656 0.176 0.060
#> SRR1608691 4 0.5619 0.5503 0.000 0.000 0.108 0.644 0.188 0.060
#> SRR1608692 4 0.5459 0.5841 0.000 0.000 0.116 0.668 0.156 0.060
#> SRR1608693 4 0.4922 0.6455 0.000 0.000 0.112 0.720 0.120 0.048
#> SRR1608694 4 0.4796 0.6580 0.000 0.000 0.116 0.732 0.104 0.048
#> SRR1608695 4 0.5075 0.6264 0.000 0.000 0.112 0.704 0.136 0.048
#> SRR1608696 4 0.4661 0.6709 0.000 0.000 0.116 0.744 0.092 0.048
#> SRR1608697 4 0.1542 0.8172 0.016 0.000 0.024 0.944 0.000 0.016
#> SRR1608698 4 0.1448 0.8176 0.012 0.000 0.024 0.948 0.000 0.016
#> SRR1608699 4 0.1448 0.8176 0.012 0.000 0.024 0.948 0.000 0.016
#> SRR1608700 4 0.1542 0.8172 0.016 0.000 0.024 0.944 0.000 0.016
#> SRR1608701 4 0.1218 0.8167 0.004 0.000 0.028 0.956 0.000 0.012
#> SRR1608702 4 0.1138 0.8170 0.004 0.000 0.024 0.960 0.000 0.012
#> SRR1608703 4 0.1138 0.8170 0.004 0.000 0.024 0.960 0.000 0.012
#> SRR1608704 4 0.1218 0.8167 0.004 0.000 0.028 0.956 0.000 0.012
#> SRR1608705 3 0.2563 0.5870 0.000 0.000 0.876 0.072 0.000 0.052
#> SRR1608706 3 0.2554 0.5864 0.000 0.000 0.876 0.076 0.000 0.048
#> SRR1608707 3 0.2563 0.5870 0.000 0.000 0.876 0.072 0.000 0.052
#> SRR1608708 3 0.2685 0.5850 0.000 0.000 0.868 0.072 0.000 0.060
#> SRR1608709 3 0.2712 0.5821 0.000 0.000 0.864 0.088 0.000 0.048
#> SRR1608710 3 0.2762 0.5804 0.000 0.000 0.860 0.092 0.000 0.048
#> SRR1608711 3 0.2647 0.5827 0.000 0.000 0.868 0.088 0.000 0.044
#> SRR1608712 3 0.2812 0.5788 0.000 0.000 0.856 0.096 0.000 0.048
#> SRR1608713 4 0.1332 0.8097 0.000 0.000 0.008 0.952 0.028 0.012
#> SRR1608714 4 0.1078 0.8131 0.000 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012
#> SRR1608715 4 0.1409 0.8089 0.000 0.000 0.008 0.948 0.032 0.012
#> SRR1608716 6 0.5795 0.2819 0.000 0.364 0.184 0.000 0.000 0.452
#> SRR1608717 6 0.5879 0.3324 0.000 0.344 0.208 0.000 0.000 0.448
#> SRR1608718 6 0.5809 0.2928 0.000 0.360 0.188 0.000 0.000 0.452
#> SRR1608719 6 0.5831 0.3239 0.000 0.348 0.196 0.000 0.000 0.456
#> SRR1608724 4 0.2071 0.8071 0.028 0.000 0.044 0.916 0.000 0.012
#> SRR1608725 4 0.1908 0.8094 0.020 0.000 0.044 0.924 0.000 0.012
#> SRR1608726 4 0.2147 0.8057 0.032 0.000 0.044 0.912 0.000 0.012
#> SRR1608727 4 0.1908 0.8094 0.020 0.000 0.044 0.924 0.000 0.012
#> SRR1608720 6 0.7046 0.1974 0.228 0.012 0.344 0.044 0.000 0.372
#> SRR1608721 3 0.6913 -0.1353 0.148 0.008 0.396 0.068 0.000 0.380
#> SRR1608722 6 0.6868 0.1947 0.176 0.012 0.368 0.044 0.000 0.400
#> SRR1608723 6 0.6958 0.1781 0.184 0.008 0.364 0.056 0.000 0.388
#> SRR1608728 5 0.5876 0.3339 0.000 0.004 0.360 0.000 0.460 0.176
#> SRR1608729 5 0.5714 0.3897 0.000 0.000 0.340 0.000 0.484 0.176
#> SRR1608730 5 0.5862 0.2778 0.000 0.004 0.388 0.000 0.440 0.168
#> SRR1608731 5 0.5665 0.4196 0.000 0.000 0.328 0.000 0.500 0.172
#> SRR1608732 5 0.5837 0.3368 0.000 0.004 0.364 0.000 0.464 0.168
#> SRR1608733 5 0.5690 0.3711 0.000 0.000 0.352 0.000 0.480 0.168
#> SRR1608734 5 0.5805 0.3879 0.000 0.004 0.344 0.000 0.484 0.168
#> SRR1608735 5 0.5724 0.3167 0.000 0.000 0.376 0.000 0.456 0.168
#> SRR1608736 3 0.2760 0.5925 0.064 0.020 0.884 0.020 0.000 0.012
#> SRR1608737 3 0.2834 0.5932 0.064 0.016 0.880 0.028 0.000 0.012
#> SRR1608738 3 0.2842 0.5875 0.076 0.020 0.876 0.016 0.000 0.012
#> SRR1608739 3 0.2731 0.5907 0.068 0.020 0.884 0.016 0.000 0.012
#> SRR1608740 3 0.2809 0.5932 0.064 0.016 0.880 0.032 0.000 0.008
#> SRR1608741 3 0.2775 0.5946 0.060 0.016 0.884 0.028 0.000 0.012
#> SRR1608742 3 0.2689 0.5957 0.056 0.016 0.888 0.032 0.000 0.008
#> SRR1608743 3 0.2750 0.5947 0.060 0.016 0.884 0.032 0.000 0.008
#> SRR1608744 1 0.5833 -0.0107 0.476 0.000 0.104 0.396 0.000 0.024
#> SRR1608745 4 0.5936 0.4473 0.288 0.000 0.148 0.540 0.000 0.024
#> SRR1608746 1 0.5873 -0.0497 0.464 0.000 0.108 0.404 0.000 0.024
#> SRR1608747 1 0.5886 0.0173 0.480 0.000 0.112 0.384 0.000 0.024
#> SRR1608748 4 0.6039 0.4089 0.312 0.000 0.152 0.512 0.000 0.024
#> SRR1608749 4 0.6060 0.3945 0.320 0.000 0.152 0.504 0.000 0.024
#> SRR1608750 4 0.5978 0.4397 0.284 0.000 0.156 0.536 0.000 0.024
#> SRR1608751 4 0.5988 0.4266 0.304 0.000 0.148 0.524 0.000 0.024
#> SRR1608752 5 0.3094 0.8183 0.000 0.000 0.036 0.000 0.824 0.140
#> SRR1608753 5 0.3094 0.8183 0.000 0.000 0.036 0.000 0.824 0.140
#> SRR1608754 5 0.3094 0.8183 0.000 0.000 0.036 0.000 0.824 0.140
#> SRR1608755 5 0.3094 0.8183 0.000 0.000 0.036 0.000 0.824 0.140
#> SRR1608764 5 0.2755 0.8214 0.000 0.000 0.012 0.004 0.844 0.140
#> SRR1608765 5 0.2794 0.8194 0.000 0.000 0.012 0.004 0.840 0.144
#> SRR1608766 5 0.2833 0.8183 0.000 0.000 0.012 0.004 0.836 0.148
#> SRR1608767 5 0.2872 0.8165 0.000 0.000 0.012 0.004 0.832 0.152
#> SRR1608768 5 0.3048 0.8121 0.000 0.000 0.020 0.004 0.824 0.152
#> SRR1608769 5 0.2833 0.8179 0.000 0.000 0.012 0.004 0.836 0.148
#> SRR1608770 5 0.3010 0.8146 0.000 0.000 0.020 0.004 0.828 0.148
#> SRR1608771 5 0.2886 0.8176 0.000 0.000 0.016 0.004 0.836 0.144
#> SRR1608756 3 0.5904 0.2739 0.352 0.000 0.492 0.140 0.000 0.016
#> SRR1608757 3 0.6112 0.3318 0.288 0.000 0.520 0.164 0.000 0.028
#> SRR1608758 3 0.5916 0.1689 0.412 0.000 0.440 0.132 0.000 0.016
#> SRR1608759 3 0.5871 0.2352 0.388 0.000 0.468 0.128 0.000 0.016
#> SRR1608760 3 0.6096 0.3420 0.276 0.000 0.528 0.168 0.000 0.028
#> SRR1608761 3 0.6066 0.3498 0.268 0.000 0.536 0.168 0.000 0.028
#> SRR1608762 3 0.5984 0.3647 0.252 0.000 0.548 0.176 0.000 0.024
#> SRR1608763 3 0.6057 0.3347 0.284 0.000 0.524 0.168 0.000 0.024
#> SRR1608772 5 0.1387 0.8527 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1608773 5 0.1327 0.8530 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1608774 5 0.1387 0.8527 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1608775 5 0.1387 0.8527 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1608776 3 0.3806 0.5158 0.000 0.048 0.752 0.000 0.000 0.200
#> SRR1608777 3 0.3776 0.5188 0.000 0.048 0.756 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608778 3 0.3920 0.4983 0.000 0.048 0.736 0.000 0.000 0.216
#> SRR1608779 3 0.3776 0.5185 0.000 0.048 0.756 0.000 0.000 0.196
#> SRR1608780 3 0.3715 0.5257 0.000 0.048 0.764 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608782 3 0.3746 0.5223 0.000 0.048 0.760 0.000 0.000 0.192
#> SRR1608783 3 0.3715 0.5257 0.000 0.048 0.764 0.000 0.000 0.188
#> SRR1608784 6 0.6004 0.4426 0.036 0.016 0.124 0.192 0.004 0.628
#> SRR1608785 6 0.5897 0.4317 0.036 0.012 0.128 0.204 0.000 0.620
#> SRR1608786 6 0.5836 0.4356 0.036 0.012 0.124 0.200 0.000 0.628
#> SRR1608787 6 0.5971 0.4362 0.036 0.012 0.124 0.200 0.004 0.624
#> SRR1608788 4 0.2762 0.7731 0.092 0.000 0.000 0.860 0.000 0.048
#> SRR1608789 4 0.2390 0.7924 0.056 0.000 0.000 0.888 0.000 0.056
#> SRR1608790 4 0.2762 0.7731 0.092 0.000 0.000 0.860 0.000 0.048
#> SRR1608791 4 0.2842 0.7658 0.104 0.000 0.000 0.852 0.000 0.044
#> SRR1608792 4 0.2451 0.7910 0.056 0.000 0.000 0.884 0.000 0.060
#> SRR1608793 4 0.2325 0.7946 0.048 0.000 0.000 0.892 0.000 0.060
#> SRR1608794 4 0.2389 0.7931 0.052 0.000 0.000 0.888 0.000 0.060
#> SRR1608795 4 0.2389 0.7931 0.052 0.000 0.000 0.888 0.000 0.060
#> SRR1608796 1 0.1732 0.8158 0.920 0.000 0.000 0.004 0.072 0.004
#> SRR1608797 1 0.1732 0.8158 0.920 0.000 0.000 0.004 0.072 0.004
#> SRR1608798 1 0.1588 0.8158 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1608799 1 0.1732 0.8158 0.920 0.000 0.000 0.004 0.072 0.004
#> SRR1608800 1 0.1644 0.8132 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1608801 1 0.1700 0.8099 0.916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1608802 1 0.1674 0.8182 0.924 0.000 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR1608803 1 0.1732 0.8158 0.920 0.000 0.000 0.004 0.072 0.004
#> SRR1608812 1 0.1956 0.8053 0.908 0.000 0.008 0.080 0.000 0.004
#> SRR1608814 1 0.1787 0.8135 0.920 0.000 0.008 0.068 0.000 0.004
#> SRR1608815 1 0.1787 0.8134 0.920 0.000 0.008 0.068 0.000 0.004
#> SRR1608816 1 0.1728 0.8155 0.924 0.000 0.008 0.064 0.000 0.004
#> SRR1608817 1 0.1845 0.8109 0.916 0.000 0.008 0.072 0.000 0.004
#> SRR1608818 1 0.1787 0.8134 0.920 0.000 0.008 0.068 0.000 0.004
#> SRR1608819 1 0.1845 0.8109 0.916 0.000 0.008 0.072 0.000 0.004
#> SRR1608804 1 0.5600 0.3085 0.592 0.244 0.016 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608805 1 0.5419 0.3749 0.620 0.228 0.016 0.000 0.000 0.136
#> SRR1608806 1 0.5580 0.3197 0.596 0.240 0.016 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608807 1 0.5650 0.2873 0.584 0.248 0.016 0.000 0.000 0.152
#> SRR1608808 1 0.5495 0.3600 0.612 0.224 0.016 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608809 1 0.5657 0.2769 0.580 0.256 0.016 0.000 0.000 0.148
#> SRR1608810 1 0.5549 0.3271 0.600 0.240 0.016 0.000 0.000 0.144
#> SRR1608811 1 0.5474 0.3574 0.612 0.232 0.016 0.000 0.000 0.140
#> SRR1608822 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608823 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608824 1 0.0547 0.8351 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1608825 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608826 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608827 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608828 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608829 1 0.0632 0.8345 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1608820 1 0.1720 0.8268 0.928 0.000 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR1608821 1 0.1720 0.8268 0.928 0.000 0.000 0.032 0.000 0.040
#> SRR1608830 5 0.0665 0.8587 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1608831 5 0.0665 0.8587 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1608832 5 0.0767 0.8590 0.008 0.000 0.004 0.000 0.976 0.012
#> SRR1608833 5 0.0665 0.8587 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1608834 5 0.0665 0.8587 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1608835 5 0.0665 0.8587 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1608836 5 0.0767 0.8576 0.008 0.000 0.004 0.000 0.976 0.012
#> SRR1608837 5 0.0665 0.8587 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1608838 1 0.2750 0.7509 0.844 0.000 0.000 0.136 0.000 0.020
#> SRR1608839 1 0.2869 0.7371 0.832 0.000 0.000 0.148 0.000 0.020
#> SRR1608840 1 0.2667 0.7588 0.852 0.000 0.000 0.128 0.000 0.020
#> SRR1608841 1 0.2830 0.7418 0.836 0.000 0.000 0.144 0.000 0.020
#> SRR1608842 1 0.2830 0.7422 0.836 0.000 0.000 0.144 0.000 0.020
#> SRR1608843 1 0.2830 0.7418 0.836 0.000 0.000 0.144 0.000 0.020
#> SRR1608844 1 0.2907 0.7322 0.828 0.000 0.000 0.152 0.000 0.020
#> SRR1608845 1 0.2750 0.7509 0.844 0.000 0.000 0.136 0.000 0.020
#> SRR1608846 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608847 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608848 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608849 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608850 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608851 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608852 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608853 5 0.0000 0.8605 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1608854 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608855 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608856 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608857 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608858 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608859 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608860 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608861 1 0.0713 0.8307 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1608862 1 0.2979 0.7586 0.848 0.032 0.008 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608863 1 0.2933 0.7614 0.852 0.032 0.008 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608864 1 0.2887 0.7646 0.856 0.032 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608865 1 0.3024 0.7537 0.844 0.032 0.008 0.000 0.000 0.116
#> SRR1608866 1 0.2686 0.7747 0.868 0.024 0.008 0.000 0.000 0.100
#> SRR1608867 1 0.2734 0.7718 0.864 0.024 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR1608868 1 0.2781 0.7683 0.860 0.024 0.008 0.000 0.000 0.108
#> SRR1608869 1 0.2979 0.7573 0.848 0.032 0.008 0.000 0.000 0.112
#> SRR1608870 4 0.5283 0.2700 0.416 0.000 0.032 0.512 0.000 0.040
#> SRR1608871 4 0.5190 0.1650 0.452 0.000 0.028 0.484 0.000 0.036
#> SRR1608872 4 0.5184 0.2038 0.440 0.000 0.028 0.496 0.000 0.036
#> SRR1608873 4 0.5251 0.1740 0.448 0.000 0.032 0.484 0.000 0.036
#> SRR1608874 4 0.5191 0.1524 0.456 0.000 0.028 0.480 0.000 0.036
#> SRR1608875 4 0.5193 0.1088 0.468 0.000 0.028 0.468 0.000 0.036
#> SRR1608876 4 0.5190 0.1650 0.452 0.000 0.028 0.484 0.000 0.036
#> SRR1608877 4 0.5166 0.2637 0.420 0.000 0.028 0.516 0.000 0.036
#> SRR1608878 1 0.1657 0.8202 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR1608880 1 0.1644 0.8232 0.932 0.000 0.000 0.004 0.052 0.012
#> SRR1608881 1 0.1801 0.8209 0.924 0.000 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR1608882 1 0.1707 0.8204 0.928 0.000 0.000 0.004 0.056 0.012
#> SRR1608883 1 0.1829 0.8160 0.920 0.000 0.000 0.004 0.064 0.012
#> SRR1608884 1 0.1644 0.8226 0.932 0.000 0.000 0.004 0.052 0.012
#> SRR1608885 1 0.1769 0.8184 0.924 0.000 0.000 0.004 0.060 0.012
#> SRR1608886 1 0.1944 0.8236 0.924 0.000 0.024 0.000 0.036 0.016
#> SRR1608887 1 0.1699 0.8272 0.936 0.000 0.016 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608888 1 0.1787 0.8263 0.932 0.000 0.020 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608889 1 0.1871 0.8249 0.928 0.000 0.024 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608890 1 0.1787 0.8263 0.932 0.000 0.020 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608891 1 0.1787 0.8263 0.932 0.000 0.020 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608892 1 0.1787 0.8263 0.932 0.000 0.020 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608893 1 0.1787 0.8263 0.932 0.000 0.020 0.000 0.032 0.016
#> SRR1608894 1 0.0260 0.8335 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608895 1 0.0363 0.8344 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608896 1 0.0363 0.8344 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608897 1 0.0260 0.8335 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608898 1 0.0260 0.8335 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1608899 1 0.0363 0.8344 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608901 1 0.0363 0.8344 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1608902 1 0.0951 0.8353 0.968 0.000 0.004 0.020 0.000 0.008
#> SRR1608903 1 0.0837 0.8353 0.972 0.000 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608904 1 0.1116 0.8342 0.960 0.000 0.004 0.028 0.000 0.008
#> SRR1608905 1 0.1003 0.8343 0.964 0.000 0.004 0.028 0.000 0.004
#> SRR1608906 1 0.0951 0.8353 0.968 0.000 0.004 0.020 0.000 0.008
#> SRR1608907 1 0.0951 0.8353 0.968 0.000 0.004 0.020 0.000 0.008
#> SRR1608908 1 0.0837 0.8353 0.972 0.000 0.004 0.020 0.000 0.004
#> SRR1608909 1 0.1003 0.8343 0.964 0.000 0.004 0.028 0.000 0.004
#> SRR1608910 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608911 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608912 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608913 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608914 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608915 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608916 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608917 5 0.0260 0.8599 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1608918 5 0.0622 0.8573 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1608919 5 0.0622 0.8573 0.008 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1608920 5 0.1065 0.8508 0.020 0.000 0.000 0.008 0.964 0.008
#> SRR1608921 5 0.0976 0.8528 0.016 0.000 0.000 0.008 0.968 0.008
#> SRR1608922 5 0.0547 0.8613 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1608923 5 0.0458 0.8614 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0